Prinsip PCR adalah penggunaan polimerase termostabil (Taq polymerase) selama beberapa siklus.

Dimana ada 3 langkah utama yang dilakukan pada setiap siklus tersebut. Adapun langkah tersebut adalah sebagai berikut : 1. Denaturasi Dengan terjadinya denaturasi yang dilakukan pada temperatur 94°C selama 30-60 detik dari untaian ganda DNA ( double – stranded DNA) sehingga sequence target akan muncul. 1. Annealing Pendinginan yang dilakukan pada temperatur 45-60°C selama 60-120 detik pada setiap siklus memungkinkan primer untuk melekat pada target. 1. Extension Sintesis DNA komplementer baru oleh enzim polimerase dilakukan pada temperatur 72°C selama 60-120 detik sehingga terbentuk kembali DNA rantai ganda . Dimana setiap siklus tersebut memperbanyak dua kali jumlah DNA dan siklus tersebut diulang 20-35 kali. Sehingga pada akhir PCR akan diperoleh amplifikasi sebanyak 106 –109 kali dari jumlah DNA target awal. Kemudian produk amplifikasi tersebut dibaca pada gel elektroferesis. Reaksi amplifikasi ini demikian sensitif sehingga kurang dari 10 molekul DNA target dapat memberi sinyal positif. Untuk mencegah kontaminasi aerosol dari hasil amplifikasi spesimen lain yang dapat menyebabkan hasil positif palsu maka di dalam disertakan enzim Uracil N-Glycosylate (UNG) yang mengenali dan mengkatalisa destruksi DNA yang mengandung urasil tidak terdapat dalam DNA kuman tetapi ada dalam amplikon karena reagen PCR menggunakan urasil. Amplikon yang mugkin terbawa akan dihancurkan terlebih dahulu oleh UNG sehingga tidak ikut proses amplifikasi, dengan demikian mengurangi salah satu kemungkinan hasil positif palsu. Adanya kontrol negatif pada pemeriksaan mengurangi kemungkinan kontaminasi, maka semua peralatan dan perlengkapan laboratorium harus dibersihkan secara teratur dan menggunakan perlengkapan habis pakai. Pada hasil biakan negatif, PCR dapat memberikan hasil positif. Hal ini kemungkinan karena kuman specimen terlalu sedikit untuk dapat tumbuh dalam biakan atau respon imun penderita yang menyebabkan kuman tak dapat tumbuh. Sedangkan hasil negatif palsu dapat diakibatkan karena specimen tidak mengandung DNA kuman M. tuberkulosis. walaupun berasal dari penderita TB atau kemungkinan dapat disebabkan karena kesalahan teknis. Untuk menghindari kemungkinan ini, maka pada setiap pemeriksaan disertakan kontrol positif yang mengandung DNA kuman M. tuberkulosis. Upaya lain adalah menghilangkan inhibitor yang berpotensi dapat menurunkan sensitivitas PCR. Pemeriksaan PCR telah dilakukan di beberapa laboratorium dengan target IS 6110. Dimana waktu yang diperlukan antara 24-36 jam. Sensitivitas PCR di dalam penegakan diagnosis efusi pleura tuberkulosis sekitar 20-81%. PCR positif 100% pada kultur positif efusi pleura tuberkulosis dan sekitar 30-60% PCR positif pada kultur negatif cairan pleura. Pada sampel apusan BTA sputum positif dijumpai sensitivitas PCR berkisar 73,6–100%. Sedangkan sampel apusan BTA sputum negatif dijumpai sensitivitas PCR

70% dan spesitifitasnya 98,6 %. Selain itu pada apusan BTA positif dengan pemeriksaan PCR dapat dijumpai hasil yang negatif. Yang mana hal ini dapat terjadi karena adanya infeksi M. atipikal dan inhibitor dalam proses amplifikasi.

PCR (Era Uji Diagnoistik Molekuler Terkini) UJI DIAGNOSTIK MOLEKULER

DNA polymerase adalah enzim yang dapat mensintesis rantai DNA yang baru dan DNA yang sudah ada. maka pengembangan uji-uji diagnostik mulai diarahkan kepada teknologi tersebut yang menggunakan materi genetik sebagai dasar pengujiannya. Unsur gula dan fosfat akan membentuk struktur DNA dan RNA. uji-uji diagnostik dikembangkan melalui teknik-teknik molekuler seperti hibridisasi dengan probe asam nukleat. yaitu: 1) basa (purin dan pirimidin). dan G dengan C). DNA memiliki struktur rantai ganda sedangkan RNA memiliki rantai tunggal. Berbeda dengan proses replikasi yang berlangsung secara diskrit untuk sepanjang rantai DNA. dan 3) fosfat. restriction fragment length polymorphism (RFLP) dan sekuensing asam nukleat. baik yang didasarkan pada teknik kultur agen penyakit. untuk DNA adalah Cytocine [C] dan Thymine [T] dan untuk RNA kedudukan Thymine digantikan oleh Uracil [U] Kedua unsur basa tersebut (purin dan pirimidin) akan berpasangan membentuk kode-kode genetik pada DNA maupun RNA melalui ikatan hidrogen (A akan berpasangan dengan T [pada DNA] atau A dengan U [pada RNA]. Reaksi Rantai Polimerase atau Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu teknik sintesis untuk mengamplifikasi atau melipatgandakan fragmen DNA target secara invitro dengan eksponensial yang menggunakan primer atau pemula DNA yang tepat. . Berbagai uji diagnostik telah dikembangkan. Struktur DNA lebih stabil bila dibandingkan dengan RNA. karena tahap awal proses PCR dilakukan dengan cara pemanasan rantai DNA yang sudah ada pada temperatur 90°C. Materi genetik yang berupa asam nukleat baik DNA (Deoxy-ribose Nucleic Acid) maupun RNA (Ribo Nucleic Acid) mengandung tiga komponen. reraksi kimia/biokimia maupun reaksi imunologik. yaitu Adenine [A] dan Guanine [G] sedangkan basa pirimidin berbeda. uji-uji diagnostik merupakan salah satu metode untuk menangani kasus penyakit. telah membuat PCR dapat digunakan untuk uji-uji diagnostik secara praktis. 2) gula (deoksiribosa untuk DNA dan ribosa untuk RNA). PCR dapat mengamplifikasi DNA dan jumlah yang sedikit menjadi jumlah yang dapat dideteksi/banyak. Berdasarkan materi genetik tersebut. polymerase chain reaction (PCR). Dengan berkembangnya teknologi dalam bidang biologi molekuler.Dalam bidang kedokteran (manusia maupun hewan). Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA in vivo. Adanya penemuan DNA polymerase (Taq polymerase) yang stabil pada temperatur tinggi dan pengembangan alat yang mengatur temperatur proses PCR secara otornatis. Penemuan enzim yang tahan panas sangat membantu untuk mensintesis DNA baru. Basa purin yang terdapat pada DNA maupun RNA adalah sama. POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Salah satu perkembangan teknik biologi molekuler yang sangat membantu dalam pengembangan uji-uji diagnostik adalah PCR.

Satu siklus terdiri dari 3 tahap. Permunian sampel DNA dilakukan dengan memakai metode Boom (1990). Setelah beberapa tahun berikutnya didapatkan enzim thermostable DNA Polymerase yaitu Taq DNA Polymerase. Penemuan enzim ini juga memberi peluang untuk dilakukannya setiap tahapan PCR secara automatis. kemudian divisualisasikan melalui elektroforesis dan proses hibridisasi. Klenow enzim dapat bekerja baik pada potongan DNA yang pendek (<200bp). . Semula Mullis menggunakan enzim Klenow fragmen E. PCR menjadi sangat populer dalam penelitian. khususnya pada teknik yang diharapkan berlangsung secara automatis. tahap hibridisasi primer pada temperatur 37° sampai 56°C dan tahap polimerisasi pada temperatur 72°C. Namun. sehingga PCR sekarang telah dapat dikerjakan dengan mesin. Situasi yang sangat memperihatinkan pada awal dimulainya PCR ini ialah bahwa teknik ini dilakukan secara manual dari satu waterbath ke waterbath lainnya sesuai tahapan dari PCR. sedangkan partikel silica ataupun diatom berfungsi mengikat asam nukleat. karena hasilnya yang memberikan sensitifitas yang rendah dan memperlihatkan hasil yang heterogen. tetapi hanya untuk satu segmen tertentu saja dari suatu DNA. Hal ini disebabkan karena tahapan annealing yang rendah dan perubahan temperatur (37’C) yang harus disesuaikan untuk mengaktifkan enzim Klenow. Untuk mendukung amplifikasi tersebut diperlukan berbagai zat lainnya. Keseluruhan proses PCR membutuhkan waktu hanya 2 hari.coli DNA Polymerase I untuk memicu perpanjangan potongan DNA yang spesifik. Untuk mengamplifikasi DNA dilakukan 30-40 kali siklus proses PCR. tetapi tetapi tidak bis bekerja pada potongan DNA yang lebih besar. Penemuan yang mempesonakan itu dipublikasi pada American Scientific.maka pada proses PCR reaksi ini berjalan kontinu. Potongan DNA yang spesifik ini akan berikatan dengan pasangan yang komplementer dengannya. GuSCN dan diatom menghilangkan hambatan secara efisien terhadap berbagai macam sampel dari rumah sakit. Impian Mullis dimulai ketika di bulan April. Dengan merancang komplementer potongan DNA yang spesifik dari mikroorganisme tersebut. yaitu tahap denaturasi pada temperatur 95°C. saat membawa kendaraannya keluar kota pada bulan purnama menuju ke Negara bagian utara California dimana Mullis mendapatkan inpirasi yang bermakna dengan menemukan cara baru untuk mendeteksi urutan basa yang spesifik dari DNA. Metode ini menggunakan Chaotropic agent guanidium thiocyanate (GuSCN) dan diatom. 1983. enzim ini tidak dapat bertahan pada saat tahapan denaturasi dari PCR. sehingga mengharuskan penambahan enzim yang baru lagi pada setiap siklus PCR. Kondisi ini merupakan suatu hambatan yang kritis. yang memberiny peluang pada tahun 1993 mendapatkan hadiah Nobel dalam kimia atas penemuan PCR. Untuk mendeteksi potongan DNA yang spesifik dengan PCR diperlukan informasi dari tiap mikroorganisme yang memiliki potongan DNA yang spesifik untuk golongannya. B. Teknik PCR ditemukan pertama kali oleh Kary. GuSCN berfungsi untuk lisis dan menginaktifkan asam nukleat. maka dapat dihasilkan pemula DNA atau disebut juga primer. Mullis pada tahun 1985. dan inilah yang dilipatgandakan atau diamplifikasi sampai jutaan dalam waktu sekitar 4 jam pada mesin PCR. Pada perkembangan penggunaan PCR dilakukan pemurnian terhadap sampel yang akan di tes. 1990. malam Jumat.

Untuk proses pemasangan primer ini dibutuhkan temperature yang berbeda dari setiap primer. tuberkulosis dan mikobakterium lain. Dengan adanya pengulangan tahap-tahap denaturasi. terkecuali pada kandungan PCR-miks. maka rantai DNA target yang terdapat di antara primer akan diperbanyak menjadi dua rantai dengan panjang yang sama seperti DNA target.Secara umum. 3. kemudian primer ditambahkan pada DNA target dan temperatur diturunkan agan terjadi proses hibridisasi. Extension ( Perpanjangan) Setelah primer ditempatkan pada posisi yang tepat. DNA yang telah diamplifikasi selanjutnya diidentifikasi dengan teknik hibridisasi yang rnenggunakan probe asam nukleat yang spesifik. DNA target yang akan diamplifikasi didenaturasi terlebih dahulu dengan pemanasan. DNA yang akan diamplifikasi diapit oleh sepasang primer sintetik yang merupakan potongan pendek dari DNA yang spesifik/komplementer yang berfungsi sebagai template dari DNA yang akan diamplifikasi. annealing dan elongation. Bila digunakan hanya satu pasang primer disebut PCR unipleks. PCR Unipleks dapat dipakai untuk diagnosis terhadap penyebab penyakit infeksi. sedangkan PCR yang menggunakan lebih dari satu pasang disebut PCR multipleks tak ada perbedaan pada tahapan denaturasi. digunakan pada tahap awal proses PCR. Prinsip dasar suatu PCR adalah : pasangan primer menghibridisasi sekuens komplemen terget pada rantai DNA yang sebelumnya telah terdenaturasi. maka DNA target akan diperbanyak secana efektif. 2. Bila tahap polimerisasi dimulai. PCR dilaksanakan dengan cara menginkubasi sample pada temperatur yang berbeda pada tahap. dimulailah proses pemanjangan rantai baru DNA yang berkomplementar. Perkembangan selanjutnya terhadap pemanfaatan mesin PCR. PCR dapat digunakan dalam uji-uji diagnostik untuk mengamplifikasi asam nukleat dan agen-agen penyakit yang ada dalam jumlah sedikit sehingga sensitifitas uji dapat ditingkatkan. Annealing ( penempatan / pemasangan primer ) Primer dipasangakan pada tempat yang sesuai ( berkomplementer dengan rantai tunggal DNA ) melalui proses pembentukan iktan hidroksi. dalam suatu siklus PCR. karena panas dapat merusak ikatan hidroksi antara basa-basa yang komplementar. Sintesis DNA kemudian berlangsung dengan bantuan enzim polimerase di sepanjang daerah diantara primer. Denaturasi Dengan pemanasan 95 oC rantai DNA akan berpisah. juga untuk tes resistensi terhadap OAT. Bila enzim reverse transcriptase yang mensintesis DNA dan template RNA. temperatur optimal yang dibutuhkan untuk proses ini adalah 72o C. yaitu tahap : 1. sedangkan PCR multipleks selain digunakan untuk diagnosis. . hibridisasi dan polimerisasi beberapa kali. atau dengan analisis restriction fragment length polymorphism (RFLP) dan elektroforesis pada gel agarose atau dengan cara sekuensing. maka RNA ribosom dan genomik dan virus RNAjuga dapat diamplifikasi. waktu tahapan dan jumlah sikling temperatur. termasuk M. dengan bantuan enzim DNA polymerase sehingga terbentuk suatu fragmen rantai ganda DNA yang spesifik. dibedakan antara PCR unipleks dan PCR multipleks. Enzim yang stabil pada temperatur tinggi ini akan membantu proses penempaan nukleotida yang dibutuhkan sampai terbentuknya suatu rantai ganda DNA.

akan dihasilkan reaksi yang menghasilkan warna. Analit bersama dengan antibodi ditambahkan kedalam mikroplat. 2. Dibutuhkan suatu antibodi antispesies yang dilabel dengan enzim. Ciri utama metoda ini adalah menggunakan suatu indikator enzim untuk reaksi immunologi (Burgess. Antibodi spesifik dilapiskan pada mikroplat yang kemudian diinkubasi selama waktu tertentu. 1995). Teknik pengujian dengan metoda ELISA dapat dilakukan dengan beberapa konfigurasi. Banyaknya enzim-hapten konjugat yang dapat mengikat antibodi dapat ditentukan dengan penambahan substrat senyawa pembentuk warna.ELISA adalah suatu metoda immunokimia yang berdasarkan reaksi spesifik antara antigen dengan antibodi yang memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi dengan menggunakan enzim sebagai indikatornya. ELISA Kompetitif ELISA Kompetitif dapat dibedakan menjadi dua. serta tingkat sensitifitas dan spesifitas yang dikehendaki. Antigen dalam hal ini hapten protein konjugat dilekatkan pada permukaan mikroplat dan kemudian diinkubasi selama waktu tertentu. Dengan tambahan substrat yang spesifik terhadap kerja enzim. Analat yang akan dideteksi bersama dengan enzim-hapten konjugat ditambahkan pada mikroplat yang telah dilapisi dengan antibodi. Antigen . Analat dan enzim-hapten konjugat akan saling berkompetisi untuk mengikat antibodi yang dilekatkan pada permukaan mikroplat. sehingga akan lebih sedikit enzim-hapten konjugat yang mengikat antibodi. Semakin banyak analat dalam contoh maka analat mempunyai kesempatan yang lebih besar untuk mengikat antibodi. pemilihan konfigurasi tergantung dari besar molekul yang akan dideteksi. antibodi dilapiskan pada immunosorbent (substrat padat). Akibatnya intensitas warna yang terbentuk berkurang karena enzim yang bereaksi dengan substrat juga lebih sedikit. Hasil warna tersebut dapat dilihat secara visual atau diukur dengan menggunakan kolorimeter atau spektrofotometer. Warna yang terbentuk akan berbanding terbalik dengan jumlah analat yang terdeteksi dalam contoh. Pada metoda ELISA dengan antigen kompetitif. Beberapa konfigurasi tersebut adalah: A. yaitu: 1. Kemudian antigen sampel dan antigen yang berlabel enzim dimasukan kedalam immunosorbent sehingga terjadi kompetisi antara antigen sampel dengan antigen berlabel enzim untuk berikatan dengan antibodi dan terbentuk kompleks antibodi-antigen. ELISA kompetitif tak langsung Pada metoda ini menunjukan bahwa warna yang ditimbulkan tidak langsung disebabkan oleh antigen dan antibodi yang bereaksi. ELISA kompetitif langsung Konfigurasi ELISA langsung merupakan konfigurasi paling sederhana. maka akan terbentuk antigen-antibodi kompleks. Dengan memiliki satu dari komponen tersebut (antigen atau antibodi) yang dilabel dengan enzim dan diikatkan dengan pendukung immunosorbent.

akibatnya intensitas warna yang ditimbulkan juga semakin rendah. Sehingga antibodi kedua yang berlabel enzim (antibodi antispesies) yang ditambahkan jumlahnya akan semakin sedikit. Konfigurasi ini digunakan untuk mendeteksi makromolekul atau senyawa dengan molekul besar seperti protein dan mikroorganisme. ELISA on-kompetitive sandwich Antibodi dilekatkan pada permukaan sumur-sumur mikroplat. Makin banyak analat dalam contoh yang diuji maka semakin sedikit antigen yang dapat mengikat antibodi.dan analat akan berkompetisi untuk mengikat antibodi yang ada. Intensitas warna yang ditimbulkan setelah penambahan substrat berbanding lurus dengan antigen yang terdeteksi. Kompetitif ELISA merupakan konfigurasi yang banyak digunakan untuk pengujian cemaran. toksin serta senyawa dengan berat molekul kecil. kemudian antigen dan contoh uji ditambahkan dan diinkubasi selama waktu tertentu. Kemudian ditambahkan antibodi kedua yang diberi label enzim. B. Akan tetapi kurang sensitif untuk mendeteksi senyawa dengan berat molekul kecil seperti toksin dan cemar .

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful