P. 1
Transkripsi DNA

Transkripsi DNA

|Views: 182|Likes:
Published by Putri Agustina

More info:

Published by: Putri Agustina on Sep 05, 2012
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOC, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

12/23/2014

pdf

text

original

Transkripsi DNA Eukaryotic Nukleolus dalam Eukaryotes Eukaryotes memiliki empat segmen ribosomal RNA dalam ribisosome dibandingkan

dengan tiga segmen dalam prokaroytes. Subunit ribosomal yang lebih kecil memiliki 188 buah RNA dan subunit yang lebih besar memiliki 58,5S dan 288 segmen. Semua selain 5S bagian ribosomal RNA diproduksi sebagai bagian dari potongan RNA yang sama. Akan tetapi, sel eukaryotic memiliki banyak tiruand ari gen ribosomal RNA ini tergantung dengan spesiesnya. Sebagai contoh, lalat buah, Drosophila melanogaster memiliki sekitar 130 kopi area DNA dimana disana segmen ribosomal RNA yang lebih besar dikopi. Daerah ini muncul bersamaan dengan kromosom seks (X dan Y) dan secara bersaman dikenal sebagai organisatornukleolar (lihat Bab 3). Subunit RNA yang terkecil juga dihasilkan dari gen yang dikopi tetapi pada poin yang berbeda dalam genome. Sebagai contoh, pada D. melanogaster, subunit 5S diproduksi oleh kromosom 2. Eukaryotes- tidak seperti prokaryotes, yang hanya memiliki satu RNA polymerasememiliki tiga RNA polymerase. Euckaryotic RNA polymerase I (atau polymerase A) hanya mengkopi DNA organisatornukleolar. RNA polymerase II (atau polymerase B) mentranskrip (mengkopi) kebanyakan gen. RNA polymerase III (atau polymerase C) mentranskrip gen kecil terutama 58 gen ribosomal RNA dan mentransfer gen RNA (Tabel 10.3). Selain itu, mitokondria, kloroplas, dan beberapa mikroba memiliki RNA polymerase lainnya. Pada organisator nukleolar, nukleolus membentuk gumpalan gelap yang sama dalam nuklei eukaryotic. Nukleolus adalah tempat dimana ribosom terbentuk. Berbagai macam protein ribosomal yang diproduksi dalam sitoplasma akan berpindah ke nukleus dan pada akhirnya ke nukleolus dimana dengan bentuk akhir ribosomal RNA mereka akan diubah menjadi ribosom. Dalam organisator nukleolar, daerah spacer DNA yang tidak tertranskrip (terkopi) akan memisahkan setiap pengulangan gen ribosomal yang besar. Ini seperti yang ditunjukkan di gambar 10.20 dan dibuatkan diagramnya pada gambar 10.21. Pada mikrograf elektron di gambar 10.20, polaritas transkripsi terlihat jelas dari RNA pendek

1

Perubahan ini terjadi di nukleolus disertai dengan partikel-partikel yang terdiri dari segmen-segmen RNA dan protein yang kecil. gabungan transkripsi dan translasi yang mungkin muncul dalam prokaryotes dan modifikasi pascatranskripsional yang muncul secara ekstensif dalam RNA pembawa pesan eukaryoptic. Jika sudah ada ujung 5’ RNA. Pada E. beberapa uridinei diubah menjadi pseudouridine dan beberapa gula ribose juga akan termetalasikan.pada satu ujung segmen transkripsi dan RNA panjang di ujung lainnya dengan gradasi (tahapan) yang sama diantaranya. Perhatikan bahwa banyak RNA polymerase mentranskripsi (mengkopi/menduplikat) setiap daerah pada waktu yang bersamaan. Ketika ribosome pertama bergerak menjauh dari ujung 5’dari transkrip. Daerah antara segmen DNA yang tertranskripsi adalah daerah spacer DNA. 2 .22b). Perbedaan Antara Transkripsi Eukaryotik dan Prokaryotik Meskipun semua aspek transkripsi berbeda dalam beberapa hal antara prokaryotes dan eukaryotes. ribosomal RNA juga akan dimodofikasi (diubah). ribosome kedua dapat melekat dan mulai pemindahan (translasi). RNA ini akan dimodifikasi oleh proses yang umumnya tidak terjadi dalam prokaryotes. Seperti ransfer RNA. pada eukaryotes RNA pembawa pesan tersintesis dalam nukelus tetapi sintesis protein terjadi dalam sitoplasma. ribosome dapat melekat ke RNA pembawa pesan dan bergerak sepanjang arah 5’ → 3’ yang akan memperpanjang polypeptide yang sedang tumbuh ektika dia bergerak. kita akan melihat dua perbedaan utama.22). Setiap snoRNP yang berbeda memiliki snoRNA yang melengkapi daerah yang mengelilingi nucleotide yang termodifikasi. RNA pembawa pesan tersintesiskan dengan arah 5’ → 3’ dan translasi mulai didekat ujung 5’. Meskipun demikian. tempat modifikasi dipilih berdasarkan sifat melengkapi dari snoRNA yang akan mengarahkan tempat terjadinya modifikasi. (pemisahan wilayah kerja ini tidak ditemukan dalam E. Sehingga. bakterium tidak memiliki nukleus). Proses ini terkjadi berulang-ulang seperti yang ditunjukkan jelas oleh mikrograf elektron (gambar 10.coli karena diantara alasan-alasan lainnya. Sebelum RNA pembawa pesan eukaryotic meninggalkan nukleus. RNA disebut sebagai partikel ribonukleoprotein nukelolar kecil (snoRNP).Coli translasi (pemindahan) RNA pembawa pesan yang abru tertranskripsikan kedalam sebuah protein dapat terjadi sebelum transkripsi selesai (gambar 10.

Permulaan transkripsi dalam promotor ini tampaknya dikontrol oleh area yang kaya akan CT yang diberinama elemen awal (initiator element/Inr). Kita akan berkonsentrasi pada gen RNA polymerase II dengan kotak TATA. Kita akan membahas proses pengendalian (kontrol) ini pada eukaroytes di bab 16. Elemen awal memiliki susunan konsesus TCA(G atau T)T(T atau C) dan elemen promotor bawah memiliki susunan konsesus (A atau G)G(A atau T)CGTG.II dan III) menunjukkan tujuh urutan.Promotor Promotor eukaryotic agak sama dengan promotor prokaryotic. faktor transkripsi umum dinamakan berdasarkan polymerase dimana mereka berfungsi. Semua tiga polymerase RNA eukaryotic (I. lebih banyak protein terlibat dalam upaya untuk mengenali promotor dan lebih banyak protein terlibat dalam pengendalian transkripsi yang menunjukkan ribuan basis yang terpisah-pisah. kedua-duanya adalah area DNA pada awal gen dengan sinyal yang memungkinkan pelekatan polymerase RNA dan pemulaian transkripsi. Dalam eukaryotes. Enzim ini tidak dapat meletakan promotor atau terikat pada DNA secara stabil. TATAAAA yang terdapat di sekitar –25 pada DNA promotor. Meskipun demikian dalam eukaryotes. protein yang bernama TFIID membutuhkan elemen-elemen ini untuk melakukan pengikatan. TFIID terdiri dari satu sub-uniot yang menunjukkan adanya susunan TAT yang dinamakan oleh D.Hogness). sedikit promotor kekurangan kotak TATA dan tetap saja di transkripkan (dikpoikan). Sehingga faktor transkripsi yang menunjukkan adanya kotak TATA untuk gen polymerase II dinamakan dengan TFIID (D adalah huruf keempat di alfabet yang menandakan faktor transkripsi keempat). pada 1 transkrip (dekat dengan tempat awal transkripsi) disertai dengan elemen promotor bawah (downstream promoter element/DPE) pada seitar +28 sampai +34 transkrip. maka pembahasan kita akan berkisar 3 . Agar terikat pada permulaan gen. RNA Polymerase II pada ragi adalah protein dengan dua belas subunit. Diantara sejumlah besar promotor yang telah disusun (diurutkan). Karena RNA polymerase II mentranskrip (mengkopi/menduplikat) gen dalam eukaryotes. Ini sama dengan urutan –10 dalam prokaryotes dan dinamakan dengan kotak TATA (atau kotak Hogness setelah dia ditemukan disekitarnya. RNA polymerase II harus ebrinterkasi dengan beberapa protein yang dinamakan dengan faktor transkripsi umum. Dalam promoter yang memiliki sedikit TATA.

TFIID sama dengan faktor sigma pada prokaryotic RNA polymerase.coli (gambar 10. sebuah penelitian imunologis untuk mengisolasi berbagai amcam komponen dengan antibodi dan studi photocrosslinking untuk menentukan moitas mana yang saling berhubungan satu sama lain. Studi ini dikombinasikan dengan penelitian kinetis untuk menentukan susunan mana yang stabil. Aktifator transkripsional tertentu ini memiliki wilayah yang menunjukkan adanya susunan materi penguat (enhancer) tertentu mereka.24a). kloning dan pengisolasian gen dan protein yang terlibat didalamnya dan jemudian menghubungkan kembali berbagai macam kombinasi dalam tabung uji. Pengikatan mungkina dalah sinyal penting untuk protein pengikat lainnya. TPIIH juga memiliki peran. RNA Polymerase II kemudian terfosforilasi. faktor lainnya diperlukan masuk dalam pengendalian dimana promoter ditranskrip (dikopi) dengan aktif. Agar muncul transkripsi aktif.dengan protein pengikat TATA (TATA binding protein /TBP) dan sampai lusinan protein yang dinamakan dengan faktor yang ada hubungannya dengan TBP (TBP-associated factors/TAF) yang menunjukkan adanya elemen awal yang ada dan membantu penyusunan transkripsi.25). Akan muncul pengikatan faktor transkripsi IIA. yang merupakan sebuah kinase: pada poin ini kebanyakan faktor transkripsi akan jatuh dan menyisakan elongasi kompleks yang menjadi penghitungan dasar transkripsi (gambar 10.23). dan IIF seperti halnya juga RNA polymerase II dalam kondisi takterfosforilasi yang akan membentuk preinisiasi kompleks (PIC) yang sama dengan holoenzim pada E. Ketika TFIID mengikatkan dirinya pada kotak TATA. Materi penguat seringkali terdiri dari ratusan atau ribuan pasangan atas dasar dari promotor (gamabr 10.24b). Faktor-faktor lain ini adalah akifator atau faktor transkripsi tertentu yang mengikat susunan DNA yang dinamakan dengan materi penguat. Satu aspek pengikatan TBP yang menarik adalah bahwa pengikatan itu akan mengakibatkan pengikatan dan pembukaan DNA yang signifikan (gambar 10. Tabel 10. akan muncul proses pengikatan faktor transkripsi lainnya. wilayah yang dapat menunjukkan adanya protein yang berhubungan dengan polymerase (faktor transkripsi umum) dan 4 .4 meringkas perkiraan peran dari faktor transkripsi umum. Perhatikan bahwa banyak dari informasi ini dikumpulkan dari catatan kaki. level transkripsi yang tinggi. IIB. mungkin oleh TFIIH. studi mutasional.

(Transkrip dari beberapa gen ditemukan dalam beberapa eukaryoptes yang lebih rendah 5 . Sama halnya dengan aktifator dan penguat (enhancer). seperti yang kita bahas di bab 15. eukoryotic RNA polymerase betulbetul dapat terlihat jelas (menunjukan aktifitas eksonuklease 3’ → 5’ ). Agar faktor transkripsi tertentu dapat terikat pada penguat dan mesin polymerase. Pertama. bagian dari RNA polymerase II kompleks terbuatd ari protein yang dapat mengganggu histon yang terikat pada DNA. transkripsi dalam archaea. kontrol dan penghentian-nyaadalah satu dari area dalam ilmu genetika modern yang menarik. Koordinasi awal transkripsi yang kompleks pada eukaryotes ini diberi nama dengan kontrol kombinatoerial: proses awal yang sangat kompleks mungkin bisa terdiri dari 85 atau lebih polypeptide berbeda.24b). Pada akhirnya. Meskipun RNA polymerase I dan III tampaknya memiliki sinyal penghentian yang sama dengan promotor rho-independen dalam prokaryotes.proses awal. penekan (represor) dapat terikat ke wilayah silencer DNA pada arus jauh promotor untuk menekan transkripsi.wilayah yang memungkinkan terbentuknya pengikatan faktor transkripsi lainnya (gambar 10. Kedua. semua transkrip dari eukaryoptes yang lebih tinggi terdiri dari informasi dari hanya satu gen. Berbeda dengan kebanyakan transkrip prokaryotik yang terdiri dari informasi dari beberapa gen. DNA harus melipat dirinya agar mereka menjadi susunan polymerase. Selain itu. Sebaliknya. Mikrograf elektron dengan jelas menunjukkan DNA yang melipat dirinya dan menekuk membentuk semacam kurva (gambar. meskipun dibawah kontrol yang lebih sederhana daripada dalam eukaryotes. lebih mirip transkripsi dalam eukaryotes daripada prokaryotes. Studi tentang detail proses transkripsi. Tutup dan Ekor Transkripsi eukaryotik menghasilkan transkrip primer (utama).26). penghentian transkripsi gen RNA polymerase II lebih kompleks dengan disertai proses mRNA yang lebih lanjut. banyak gen berhubungan dengan berbagai macam susunan faktor transkripsi yang kompleks yang memunculkan kontrol transkripsi yang rumit (lihat bab 16). 10. ada beberapa poin lainnya yang butuh kita bahas. RNA polymerase II kompleks terdiri dari protein yang berperan sebagai perantara antara aktifator dan polymerase holoenzim. tidak seperti prokaryotik RNA polymerase. mungkin ribuan pasangan dasar yang terpisah. Sebelum kita bergerak terus. Sehingga. eukaryotik DNA semakin rumit karena adanya protein histone yang dapat mengganggu jalannya ranskripsi.

Mereka adalah RNA pra-pembawa pesan. sebuah susunan yang terdiri dari dua puluh sampai dua ratus nukleotide yang mengandung adenin yang disebut dengan ekor poli-A ditambahkan dari enzim poli-A polymerase. Kita menyebut perubahan ini sebagai modifikasi pascatranskripsional.seperti cacing nematoda). Ketika RNA pembawa pesan pertama kali dipelajari pada cukaryotes. 7-metil guanosine ditambahkan kedalam arah yang “salah”. L. DNA akan membentuk struktur dengan jenis ganda dengan exon didalam RNA sehingga mereka membentuk lingkaran 6 . Chow dan teman-temannya di Universitas Cold Spring Harbor menemukan intron di tahun 1977. Contoh gen dengan nitron muncul pada gambar 10.dan dipindahkan ke sitoplasma dan ditampilkan dinamakan dengan exon.28). RNA yang tidak memiliki modifikasi pascatranskripsional utama. 5’ → 5’ (Gambar 10.30). Roberts. Tiga perubahan utama terjadi dalam trnaskrip utama pada RNA polymerase II sebelum pemindahan ke sitoplasma: modifikasi ke ujung 5’ dan 3’ dan pembuangan susunan yang mengganggu.Broker.Sharp dan temannya di MIT dan R. Sekarang terlihat inilah transkrip utamanya. RNA pembawa pesan dalam nukleus ditemukan jauh lebih besar daripada yang ditemukan di sitoplasma dan dinamakan dengan mRNA inti heterogen atau hnRNA. Tutup (cap) ini memungkunkan ribosom untuk menunjukan munculnya RNA pembawa pesan. (Sharp dan Roberts diberi penghargaan Nobel pada tahun 1993). Di ujung lainnya. P.29. Hasil dari pemindahan intron terlihat jelas ketika RNA pembawa pesan terhibidrasi dengan gen yanga sli (gamabr 10. Intron Eukaryotes memiliki segmen DNA didalam gen yang ditranskripkan kedalam RNA tetapi tidka pernah dipindahkan (atau diubah) menjadi susunan protein. ujung 3’ transkrip polymerase II.27). Pada ujung 5’ transkrip polymerase II. Susunan yang masuk ditengah-tengah proses atau intron dipindahkan dari RNA dalam nukelus sebelum pemindahannya kedalam sitoplasma (gamabr 10. Polyadenylation akan muncul setelah ujung 3’ transkrip dipindahkan oleh nukleus yang memotong sekitar dua puluh nukeotitel kebawah menuju ke molekul dan membantu pemindahannya dari nukleus. Segmen gen antara nitron yang ditranskripkan dan diubah. T.

33) karena bentuknya. Nucleotide yang mengandung guanine (GMP.31 menunjukkan diagram terjadinya penyambungan sendiri. Dengan meneliti intron dalam 355 RNA ribosomal awal pada protozoa tersiliasi. ikatan U-A di sisi kiri (5’) intron dipindahkan ke GTP. Selama penyambungan sendiri. Struktur sekunder (RNA lingkaran-batang) juga merupakan pemindahan intron yang penting. Karena molekul RNA ini ukurannya kecil 7 . GDP atau GTP) harus ada. kita sebut dengan RNA dengan properti enzimatis sebuah ribosom. Tetrahymena. ujung exon harus dikumpulkan dan dihubungkan dalam proses yang dinamakan dengan proses penyambungan. Intron bertindak sebagai enzim. Agar intron dapat dipindahkan. Saat ini setidaknya ada tujuh kelas ribosim yang berbeda berdasarkan apda sifat enzimatis mereka. Cech dan teman-temannya menemukan bahwa mereka dapat memunculkan pmindahan intron secara in vitro tanpa ada protein. Thomas Cech dan temannya termasuk Sidney Altman yang mengatakan bahwa RNA dapat memiliki sifat katalis menemukan penyambungan RNA sendiri.31). Setidaknya ada dua tipe penyambungan meskipun mereka berhubungan: penyambungan sendiri dan penyambungan dengan bantuan protein.. gambar 10. struktur sekundernya setelah pemindahan memberikannya kemampuan untuk melakukan katalisasi reaksi lebih lanjut (gambar 10. Penyambungan sendiri Di tahun 1982. tidak ada sumber energi eksternal yang kita butuhkan.dengan satu jenis. Smeskipun aktifitas enziamtis ribosim adalah pemindahannya sendiri. Intron juga muncul dalam RNA pemindahan eukaryotic dan gen ribosomal.32). Sebuah ribosim dapat memecah RNA lainnya dan yang muncul di patogen tanaman kecil dinamakan dengan hammerhead ribozyme (gamabr 10. (Cech dan Altman diberi hadiah Nobel dalam bidang Kimia). U yang tidak terikat akan memindahkan RNA dengan hubungan U-U dan melepaskan intron (gambar 10. reaksi yang dikatalisasikan oleh ribosim berisfat transesterifikasi dan reaksi hidrolisis yang akan memecahkan molekul RNA menjadi dua bagian. Intron penyambung sendiri tipe ini dinamakan dengan intron grup I. Ribosim juga dapat melakukan fungsi lainnya termasuk pembentukan formasi ikatan peptide yang dibahas di bab 11. Karena semua ikatan dapat dipindahkan secara terbalik (transesterifikasi) dan bukanlah ikatan baru.

Intron ini disebut dengan Intron grup II karena mereka menggunakan mekanisme penyambungan yang berbeda yang tidak membutuhkan nukleotide eksternal. Agar terbentuk lariate. Penyambungan diri juga dapat ditemukan di gen di mitokondria ragi.35). ikatan pertama dipindahkan didalam intron ke adenosine sehingga membentuk struktur lariate (gambar 10.34).mereka memiliki potensi untuk dimodifikasi dalam laboratorium untuk tujuan tertentu yang berhubungan dengan perawatan klinis dan studi proses RNA selanjutnya. 8 . Justru. ribose adenosine harus membuat tiga ikatan fosfodiester (gambar 10.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->