Laporan Praktikum

Genetika Sel

Isolasi DNA Allium cepa L. (dengan cara sederhana)

Universitas Gadjah Mada Yogyakarta 2010

Prosedur isolasi DNA dapat berbeda-beda tergantung tujuan isolasi dan kuantitas yang dibutuhkan (Remelia. Oleh karena itu diperlukan metode yang tepat dalam isolasi DNA (Pharmawati. kemurnian sampel DNA dan kondisi optimum reaksi menjadi hal yang menentukan dalam analisis genetika molekuler. Walaupun hampir semua teknik melibatkan banyak kerja dan membutuhkan sejumlah besar materi awal. Bagaimana benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L.al. Bagaimana cara/tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana? 2. 2008). dan terapeutik. 2009).? 1 . Metode terbaik untuk isolasi DNA dan RNA dan perbanyakannya tergantung pada tujuan penggunaan. DNA dan RNA harus diisolasi dalam bentuk dan jumlah yang sesuai. seperti dalam ekstraksi bawang atau pisang telah dikembangkan untuk memfasilitasi eksperimen yang dapat dilakukan dengan peralatan sederhana serta biaya yang relatif murah (De Boer. Protokol sederhana dan singkat.. 2000) B. Isolasi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler. diagnosis. penggunaan kit dari berbagai perusahaan bioteknologi cukup menyederhanakan isolasi DNA dan RNA. Apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. Permasalahan 1. Agar dapat digunakan untuk manipulasi. Isolasi baik secara klasik maupun dengan kit menggunakan prinsip dasar yang sama (Lyrawati. Latar Belakang Metode yang ada untuk keperluan penelitian dalam biologi molekuler dan genetik terus berkembang dengan cepat.? 3. 2004). Jumlah.BAB I PENDAHULUAN A. et.

3. Mengetahui cara/ tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana.C. Melihat benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L. Tujuan 1. Mengetahui apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. 2 . 2.

Kompleks DNA dan protein histon (nukleosom) menyebabkan kondensasi atau pengemasan DNA menjadi enam kali lebih kompak. Basa Nitrogen Terdapat dua macam basa nitrogen yang menyusun asam nukleat. Timin dan Urasil. Tinjauan Pustaka DNA merupakan polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan. Gula Pentosa Gugus gula pada RNA adalah ribose. sedangkan pada DNA adalah deoksiribosa. yang terdapat pada suatu sel secara bersama-sama (Weaver dan Hedrick. 1997).BAB II LANDASAN TEORI A. Perbedaan keduanya terletak pada atom C nomor 2 yang dalam RNA berikatan dengan gugus hidroksil (OH). Ukuran DNA yang menyusun kromosom eukariot jauh lebih panjang daripada ukuran selnya. 2008).serta basa pirimidin yang terdiri dari Sitosin. 2008) DNA genom merupakan seluruh materi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme termasuk di dalamnya DNA yang berinteraksi dengan protein dan RNA. 3 . Gugus ini yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif kuat (Yuwono. Rangkaian nukleosom membentuk struktur yang disebut kromatin. DNA dikemas dalam sistem yang sangat efisien dan kompak mengunakan protein histon. Gugus Fosfat Gugus fosfat terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfodiester. Asam nukleat merupakan polimer nukleotida yang tersusun atas: 1. terdiri atas DNA. yaitu basa purin yang terdiri dari Adenin dan Guanin. 2. 3. sedangkan dalam DNA berikatan dengan atom H. Oleh karena itu. Ikatan antara DNA dengan histon ini dapat dipisahkan mengunakan garam dengan konsentrasi tinggi. protein dan RNA (kurang dari 10%) (Yuwono.

yaitu mencegah oksidasi zat fenolik yang dapat bereaksi dengan asam nukleat dan protein untuk menghilangkan polisakarida yang mengganggu dengan manipulasi enzimatik dalam penelitian biologi molekuler (Oboh. purifikasi. Ekstraksi biasanya dengan menggunakan fenol-klorofom-isoamil alkohol atau ammonium asetat yang akan mengendapkan protein. 1992). DNA atau RNA ini dapat diperoleh melalui proses isolasi (Pai. lisis dinding sel dan membran sel. bahan pokok yang harus dimiliki adah DNA atau RNA. 1999). Isolasi DNA adalah pemisahan molekul DNA dari molekul lain seperti dinding sel. Lisis sel dapat dilakukan secara kimiawi atau enzimatik tergantung sumber DNA-nya. B. Zat kimia yang biasa digunakan adalah detergen. 2009). Detergen akan menyebabkan protein membran terdenaturasi sehingga struktur membran akan rusak. karena bersifat sangat polar dan dapat menarik molekul air dari DNA sehingga DNA mengendap (Schleic.Dalam penerapan teknik molekuler. Presipitasi DNA dapat menggunakan etanol absolute atau isopropanol. Tahap dalam isolasi DNA tanaman yaitu pengambilan sampel (jaringan). Protokol ekstraksi DNA genom juga harus memenuhi syarat. 4 . Hipotesis Metode yang digunakan pada praktikum ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA Allium cepa L. membran sel dan membran ini sehingga strukturnya dapat dilihat dengan jelas. 1998). serta presipitasi (Kephart.

B. lalu disimpan dalam freezer. Selanjutnya campuran disentrifugasi menggunakan microsentrifuge dengan kecepatan 3000 rpm selama 15 menit. NaCl. pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol (bias juga dengan diserap menggunakan tisu). Selanjutnya disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk presipitasi DNA. tip. mikropipet. buffer TE (tris EDTA). microsentrifuge. saringan. blender. Alat Tube plastik. dilanjutkan penyaringan menggunakan kertas filter. Supernatan dibuang. Selanjutnya pellet diberi 50 µL pelarut DNA (tris EDTA). C.). pellet dicuci dengan menambahkan 100µL alkohol 70% dan diresuspensi menggunakan sentrifuge dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit. Cara Kerja Sel-sel umbi bawang bombay dihancurkan menggunakan blender. alkohol 70%. Juice bawang Bombay kemudian disaring menggunakan saringan biasa. NaHCO3. Supernatan yang diperoleh dari hasil sentrifugasi dipindahkan ke tube baru sebanyak 400µL. Bahan Umbi bawang bombay (Allium cepa L. Kemudian ditambahkan larutan buffer sebanyak 800µL. Larutan alkohol kemudian dibuang. Filtrat yang diperoleh dimasukkan ke tube plastik sebanyak 400µL. corong gelas. dan detergen 10%). larutan buffer (dibuat dari campuran akuades steril. 5 . Kemudian sebanyak 800µL isoprophyl alcohol dingin dimasukkan secara perlahan melalui dinding tabung.BAB III METODOLOGI A. Tube digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit untuk mencampur filtrat dan buffer. isoprophyl alcohol dingin. gelas beker. lalu diamati benang-benang DNA yang mulai terpisah. Tube digoyangkan perlahan. kertas filter.

Pada teknik isolasi DNA sederhana. Dalam teknik isolasi ini tidak diperoleh DNA murni. melainkan DNA kotor yang masih berikatan dengan protein. memiliki kandungan air yang tinggi dan memiliki kromosom yang relatif besar.) dan melihat benang DNA yang diperoleh. Umbi bawang Bombay mudah didapat. Pembahasan Tujuan dari praktikum ini adalah untuk melakukan isolasi DNA dari umbi bawang Bombay (Allium cepa L. Penggunaan umbi dalam praktikum ini didasarkan bahwa pada umbi kromosomnya lebih lengkap.BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil Gambar 1. purifikasi yang dilakukan hanya memisahkan benang DNA dengan debris selnya. Kemungkinan tidak hanya terdiri atas DNA tetapi juga terdapat RNA. Presipitat DNA Allium cepa L. 6 . Prinsip dasar isolasi total DNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan dan DNA. Kemudian ekstrak sel dipurifikasi sehingga dihasilkan pelet sel yang mengandung DNA total. hasil isolasi (pellet putih di dasar tube) B.

2000. Garam dalam buffer berfungsi untuk memisahkan molekul DNA dari komponen lainnya dengan membentuk ikatan ionik dengan asam nukleat (kondisi ionik yang lebih stabil). 10ml detergen 10%. Selanjutnya dilakukan sentrifugasi pada kecepatan rendah (3000 rpm) selama 15 menit. Supernatant yang diperoleh dipindahkan ke tube yang lain. Tube berisi campuran filtrat dan buffer digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit agar larutan menjadi homogen. yang terdiri atas 3gr NaCl. 2009). Proses dilanjutkan dengan penambahan larutan buffer. akan tampak 3 lapisan pada tube. Faatih. Fase terlarut (supernatant) mengandung DNA genom karena memiliki berat molekul lebih ringan dibandingkan fase organiknya. Menurut Seidman dan Moore (2000). Ini bertujuan untuk memisahkan DNA genom yang terlarut dalam sari umbi dengan sisa-sisa jaringan umbi yang telah hancur. digunakan untuk merusak membran sel. dan akuades. 10gr NaHCO3. kemudian ditambahkan isoprophyl alcohol dingin. Sentrifugasi ini dimaksudkan untuk memisahkan campuran menjadi dua fase. Larutan buffer merupakan larutan campuran garam dan detergen. Beberapa saat setelah penambahan isoprophyl alcohol.. sehingga komponen DNA dalam sitoplasma sel dapat keluar dan diisolasi (DeBoer et al. ke tube yang berisi filtrat umbi. Lapisan pertama yang tampak bening merupakan isoprophyl alcohol.Proses isolasi diawali dengan penghancuran sel yang dilakukan secara mekanis menggunakan blender. Deterjen dapat berasosiasi dengan protein membran sehingga akan melarutkan protein tersebut sehingga membran sel akan dengan mudah dilisiskan (Sambrook dan Russel. yaitu fase terlarut dan fase organik. Kemudian juice yang dihasilkan disaring dua kali. fase organik (pellet) yang terbentuk pada bagian dasar tabung merupakan molekul-molekul protein dan polisakarida yang terdenaturasi. lapisan kedua yang tampak seperti 7 . menggunakan saringan biasa dan kertas filter. Penambahan ke dalam supernatant harus dilakukan perlahan-lahan dan melalui dinding sel agar tidak merusak benang-benang DNA. 2001).

8 . Presipitasi DNA setelah pemberian isoprophyl alcohol (isopropanol).benang DNA (B) berwarna putih diantara isopropanol (A) dan supernatant (C) Penambahan garam berfungsi sebagai neutralize charge pada gula fosfat DNA.kumpulan benang putih merupakan benang-benang DNA. tampak benang. gaya elektrostatik antara ion positif (Na+) dan negatif (DNA) masih lemah karena sebagian rantai DNA masih berikatan dengan air. Fungsi penambahan pelarut organik seperti etanol atau isopropanol adalah menurunkan konstanta dielektrik air atau memperbanyak ikatan DNA dengan Na+ sehingga membuat DNA lebih mudah terpresipitasi. Di dalam air. ion-ion seperti Na+ Mg2+ akan menyelimuti rantai DNA yang bermuatan negatif. sedangkan lapisan paling bawah merupakan sisa supernatant DNA (Gambar 2) A B C Gambar 2.

Aktivitas pelarut terhadap DNA Selanjutnya dilakukan sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk mengendapkan molekul DNA. Dengan penambahan TE ini. Kemudian ditambahkan buffer TE (Tris EDTA) yang berfungsi melarutkan DNA dan melindungi dari kerusakan oleh endonuklease. Setelah dicuci DNA tampak seperti endapan tepung putih. Pellet harus terbebas dari alkohol karena dapat merusak pellet DNA. DNA dapat disimpan dalam waktu yang lama sebelum digunakan untuk analisis selanjutnya karena senyawa Tris dapat mempertahankan pH. DNA mengendap sebagai pellet berwarna putih di dasar tube. Pellet kemudian dicuci menggunakan alkohol 70% dan diresuspensi dengan sentrifugasi 10000 rpm selama 5 menit. Setelah sentrifugasi.Pelarut Isopropanol Gambar 3. 2000). 9 . Alkohol yang digunakan untuk mencuci DNA dibuang kemudian pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol. sedangkan EDTA mampu menghambat aktivitas endonuklease (Seidman dan Moore.

10 . 3. DNA yang diperoleh dari metode ini berupa DNA kotor yang masih berikatan dengan protein.BAB V KESIMPULAN 1. Hasil isolasi DNA tampak benang-benang berwarna putih. Tahapan isolasi DNA dengan cara sederhana meliputi penghancuran jaringan dan lisis sel. purifikasi dari debris sel dan presipitasi DNA. Dari praktikum yang dilakukan diketahui bahwa metode ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA genom Allium cepa L. Setelah dilakukan presipitasi dan sentrifugasi DNA tampak sebagai endapan putih di dasar tube. 2. juga kemungkinan terdapat pula RNA. Namun.

A. 1997. Chicago: Wm.C. Isolasi dan digesti DNA kromosom.J.W. Isolation and Restriction Endonuclease Digestion of Onion in Junior College-High School Biology Laboratory. 2009. Jakarta: Erlangga. Genetics. and Crupper. 2004. 2009.) Kultivar Nipponbare. M.W. R.promega. Rapid Isolation of Genome DNA suitable for PCR from Tropical Almond (T.com/profiles/203/ProfilsinDNA Lyrawati. 2009. 1992. L. London: Prentice Hall Weaver.C. R. Dasar – Dasar Genetika.. Seidman. dan P. Indonesia (ISBN 979508-543-3). dan C. 2008. (Proteaceae). Yuwono. Unibraw Publ.Q. S.Moore. N. Publishers. M.Ogunkanmi. R. Basic Laboratory Method for Biotechnology. 2001. Transmission of Human Disease and Computer Resources for The Clinical and Molecular Geneticist (transl... 3rd ed. Analisis Insersi T-DNA Pembawa Transposon pada T0 dan Aktivitas Ds pada T1 Tanaman Padi (Oryza sativa L. Agric. Molecular Cloning: A Laboratory Manual.DAFTAR PUSTAKA DeBoer.Indonesian). J. M. Jakarta: Erlangga 11 . Jakarta: FMIPA UI Sambrook. 2000. Bioscience 26 (3): 15-17 Faatih. Rapid Isolation of Genomic DNA from Small Quantities of Human Tissue. L. D. T. Sobieski. D.J. International journal of Botany 5(3):250-254 Pai. 2000. London: John Hopkins University press.dan D. Biologi Molekuler.F. 2008. A.Agwu.A. Russel. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi 10 (1): 61-67 Kephart. Jurnal Biologi 8 (1): 12-16 Ramelia.B. DNA Recombination and Genetic Techniques. Genetics and Molecular Biology.3rd ed. 1999. Fac.. New York: CSHL press Schleic. R. www. Oboh. 1998.S. Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea sp.catappa) Plant Populations.L. 3rd ed. Pharmawati.Hedrick. Brown.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful