P. 1
Laporan GenSel_isolasi DNA Sederhana

Laporan GenSel_isolasi DNA Sederhana

3.0

|Views: 2,529|Likes:
Published by Auronita Pratiwi

More info:

Published by: Auronita Pratiwi on Sep 19, 2012
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOCX, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

09/16/2015

pdf

text

original

Laporan Praktikum

Genetika Sel

Isolasi DNA Allium cepa L. (dengan cara sederhana)

Universitas Gadjah Mada Yogyakarta 2010

Oleh karena itu diperlukan metode yang tepat dalam isolasi DNA (Pharmawati. Jumlah. Isolasi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler. diagnosis. 2009). Walaupun hampir semua teknik melibatkan banyak kerja dan membutuhkan sejumlah besar materi awal. dan terapeutik. DNA dan RNA harus diisolasi dalam bentuk dan jumlah yang sesuai.al. Agar dapat digunakan untuk manipulasi. kemurnian sampel DNA dan kondisi optimum reaksi menjadi hal yang menentukan dalam analisis genetika molekuler. 2000) B. Apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. Prosedur isolasi DNA dapat berbeda-beda tergantung tujuan isolasi dan kuantitas yang dibutuhkan (Remelia.? 1 . Permasalahan 1.BAB I PENDAHULUAN A.? 3. penggunaan kit dari berbagai perusahaan bioteknologi cukup menyederhanakan isolasi DNA dan RNA. Isolasi baik secara klasik maupun dengan kit menggunakan prinsip dasar yang sama (Lyrawati. seperti dalam ekstraksi bawang atau pisang telah dikembangkan untuk memfasilitasi eksperimen yang dapat dilakukan dengan peralatan sederhana serta biaya yang relatif murah (De Boer. et.. Bagaimana benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L. 2008). Protokol sederhana dan singkat. Metode terbaik untuk isolasi DNA dan RNA dan perbanyakannya tergantung pada tujuan penggunaan. 2004). Latar Belakang Metode yang ada untuk keperluan penelitian dalam biologi molekuler dan genetik terus berkembang dengan cepat. Bagaimana cara/tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana? 2.

Mengetahui apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. 2.C. Melihat benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L. Tujuan 1. 2 . Mengetahui cara/ tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana. 3.

sedangkan pada DNA adalah deoksiribosa. Perbedaan keduanya terletak pada atom C nomor 2 yang dalam RNA berikatan dengan gugus hidroksil (OH). Tinjauan Pustaka DNA merupakan polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan. sedangkan dalam DNA berikatan dengan atom H. 3. Timin dan Urasil. 1997). yaitu basa purin yang terdiri dari Adenin dan Guanin. Asam nukleat merupakan polimer nukleotida yang tersusun atas: 1. yang terdapat pada suatu sel secara bersama-sama (Weaver dan Hedrick. 2008).serta basa pirimidin yang terdiri dari Sitosin. Oleh karena itu. Gula Pentosa Gugus gula pada RNA adalah ribose. protein dan RNA (kurang dari 10%) (Yuwono. terdiri atas DNA.BAB II LANDASAN TEORI A. 3 . Rangkaian nukleosom membentuk struktur yang disebut kromatin. DNA dikemas dalam sistem yang sangat efisien dan kompak mengunakan protein histon. Ikatan antara DNA dengan histon ini dapat dipisahkan mengunakan garam dengan konsentrasi tinggi. Basa Nitrogen Terdapat dua macam basa nitrogen yang menyusun asam nukleat. Kompleks DNA dan protein histon (nukleosom) menyebabkan kondensasi atau pengemasan DNA menjadi enam kali lebih kompak. Gugus Fosfat Gugus fosfat terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfodiester. 2008) DNA genom merupakan seluruh materi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme termasuk di dalamnya DNA yang berinteraksi dengan protein dan RNA. Gugus ini yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif kuat (Yuwono. Ukuran DNA yang menyusun kromosom eukariot jauh lebih panjang daripada ukuran selnya. 2.

1998). 1992). DNA atau RNA ini dapat diperoleh melalui proses isolasi (Pai. purifikasi. 2009). Detergen akan menyebabkan protein membran terdenaturasi sehingga struktur membran akan rusak. serta presipitasi (Kephart. Protokol ekstraksi DNA genom juga harus memenuhi syarat. bahan pokok yang harus dimiliki adah DNA atau RNA. Lisis sel dapat dilakukan secara kimiawi atau enzimatik tergantung sumber DNA-nya. yaitu mencegah oksidasi zat fenolik yang dapat bereaksi dengan asam nukleat dan protein untuk menghilangkan polisakarida yang mengganggu dengan manipulasi enzimatik dalam penelitian biologi molekuler (Oboh. Presipitasi DNA dapat menggunakan etanol absolute atau isopropanol. B.Dalam penerapan teknik molekuler. 1999). lisis dinding sel dan membran sel. membran sel dan membran ini sehingga strukturnya dapat dilihat dengan jelas. 4 . Tahap dalam isolasi DNA tanaman yaitu pengambilan sampel (jaringan). Ekstraksi biasanya dengan menggunakan fenol-klorofom-isoamil alkohol atau ammonium asetat yang akan mengendapkan protein. Isolasi DNA adalah pemisahan molekul DNA dari molekul lain seperti dinding sel. Zat kimia yang biasa digunakan adalah detergen. karena bersifat sangat polar dan dapat menarik molekul air dari DNA sehingga DNA mengendap (Schleic. Hipotesis Metode yang digunakan pada praktikum ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA Allium cepa L.

dilanjutkan penyaringan menggunakan kertas filter. Kemudian ditambahkan larutan buffer sebanyak 800µL. gelas beker. Filtrat yang diperoleh dimasukkan ke tube plastik sebanyak 400µL. Larutan alkohol kemudian dibuang. NaCl. C. Tube digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit untuk mencampur filtrat dan buffer. microsentrifuge.BAB III METODOLOGI A. dan detergen 10%). Selanjutnya pellet diberi 50 µL pelarut DNA (tris EDTA). lalu disimpan dalam freezer. Supernatan dibuang. buffer TE (tris EDTA). larutan buffer (dibuat dari campuran akuades steril. lalu diamati benang-benang DNA yang mulai terpisah. Kemudian sebanyak 800µL isoprophyl alcohol dingin dimasukkan secara perlahan melalui dinding tabung. isoprophyl alcohol dingin. blender. B. Alat Tube plastik. pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol (bias juga dengan diserap menggunakan tisu). Supernatan yang diperoleh dari hasil sentrifugasi dipindahkan ke tube baru sebanyak 400µL. Selanjutnya campuran disentrifugasi menggunakan microsentrifuge dengan kecepatan 3000 rpm selama 15 menit. 5 . Juice bawang Bombay kemudian disaring menggunakan saringan biasa. NaHCO3. pellet dicuci dengan menambahkan 100µL alkohol 70% dan diresuspensi menggunakan sentrifuge dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit. alkohol 70%. saringan. mikropipet. Cara Kerja Sel-sel umbi bawang bombay dihancurkan menggunakan blender.). kertas filter. corong gelas. Selanjutnya disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk presipitasi DNA. Tube digoyangkan perlahan. Bahan Umbi bawang bombay (Allium cepa L. tip.

Presipitat DNA Allium cepa L. memiliki kandungan air yang tinggi dan memiliki kromosom yang relatif besar. Penggunaan umbi dalam praktikum ini didasarkan bahwa pada umbi kromosomnya lebih lengkap. Pada teknik isolasi DNA sederhana. Dalam teknik isolasi ini tidak diperoleh DNA murni. Kemudian ekstrak sel dipurifikasi sehingga dihasilkan pelet sel yang mengandung DNA total. Kemungkinan tidak hanya terdiri atas DNA tetapi juga terdapat RNA. melainkan DNA kotor yang masih berikatan dengan protein. Hasil Gambar 1. Prinsip dasar isolasi total DNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan dan DNA. hasil isolasi (pellet putih di dasar tube) B. Pembahasan Tujuan dari praktikum ini adalah untuk melakukan isolasi DNA dari umbi bawang Bombay (Allium cepa L. 6 .) dan melihat benang DNA yang diperoleh. purifikasi yang dilakukan hanya memisahkan benang DNA dengan debris selnya. Umbi bawang Bombay mudah didapat.BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A.

dan akuades. digunakan untuk merusak membran sel. Selanjutnya dilakukan sentrifugasi pada kecepatan rendah (3000 rpm) selama 15 menit. Lapisan pertama yang tampak bening merupakan isoprophyl alcohol. 2000. yaitu fase terlarut dan fase organik. akan tampak 3 lapisan pada tube. 10ml detergen 10%. 2001). Supernatant yang diperoleh dipindahkan ke tube yang lain. Sentrifugasi ini dimaksudkan untuk memisahkan campuran menjadi dua fase. fase organik (pellet) yang terbentuk pada bagian dasar tabung merupakan molekul-molekul protein dan polisakarida yang terdenaturasi. kemudian ditambahkan isoprophyl alcohol dingin. sehingga komponen DNA dalam sitoplasma sel dapat keluar dan diisolasi (DeBoer et al. Tube berisi campuran filtrat dan buffer digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit agar larutan menjadi homogen. Proses dilanjutkan dengan penambahan larutan buffer. Garam dalam buffer berfungsi untuk memisahkan molekul DNA dari komponen lainnya dengan membentuk ikatan ionik dengan asam nukleat (kondisi ionik yang lebih stabil). Beberapa saat setelah penambahan isoprophyl alcohol. Penambahan ke dalam supernatant harus dilakukan perlahan-lahan dan melalui dinding sel agar tidak merusak benang-benang DNA. lapisan kedua yang tampak seperti 7 . Larutan buffer merupakan larutan campuran garam dan detergen. Kemudian juice yang dihasilkan disaring dua kali.. 10gr NaHCO3. Deterjen dapat berasosiasi dengan protein membran sehingga akan melarutkan protein tersebut sehingga membran sel akan dengan mudah dilisiskan (Sambrook dan Russel. ke tube yang berisi filtrat umbi. Ini bertujuan untuk memisahkan DNA genom yang terlarut dalam sari umbi dengan sisa-sisa jaringan umbi yang telah hancur. Faatih. Fase terlarut (supernatant) mengandung DNA genom karena memiliki berat molekul lebih ringan dibandingkan fase organiknya. menggunakan saringan biasa dan kertas filter. 2009). yang terdiri atas 3gr NaCl. Menurut Seidman dan Moore (2000).Proses isolasi diawali dengan penghancuran sel yang dilakukan secara mekanis menggunakan blender.

Fungsi penambahan pelarut organik seperti etanol atau isopropanol adalah menurunkan konstanta dielektrik air atau memperbanyak ikatan DNA dengan Na+ sehingga membuat DNA lebih mudah terpresipitasi. sedangkan lapisan paling bawah merupakan sisa supernatant DNA (Gambar 2) A B C Gambar 2. 8 . gaya elektrostatik antara ion positif (Na+) dan negatif (DNA) masih lemah karena sebagian rantai DNA masih berikatan dengan air. Di dalam air.kumpulan benang putih merupakan benang-benang DNA. tampak benang. Presipitasi DNA setelah pemberian isoprophyl alcohol (isopropanol).benang DNA (B) berwarna putih diantara isopropanol (A) dan supernatant (C) Penambahan garam berfungsi sebagai neutralize charge pada gula fosfat DNA. ion-ion seperti Na+ Mg2+ akan menyelimuti rantai DNA yang bermuatan negatif.

Alkohol yang digunakan untuk mencuci DNA dibuang kemudian pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol. DNA dapat disimpan dalam waktu yang lama sebelum digunakan untuk analisis selanjutnya karena senyawa Tris dapat mempertahankan pH. Aktivitas pelarut terhadap DNA Selanjutnya dilakukan sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk mengendapkan molekul DNA. sedangkan EDTA mampu menghambat aktivitas endonuklease (Seidman dan Moore. Dengan penambahan TE ini.Pelarut Isopropanol Gambar 3. 2000). Setelah dicuci DNA tampak seperti endapan tepung putih. DNA mengendap sebagai pellet berwarna putih di dasar tube. Pellet harus terbebas dari alkohol karena dapat merusak pellet DNA. Setelah sentrifugasi. 9 . Pellet kemudian dicuci menggunakan alkohol 70% dan diresuspensi dengan sentrifugasi 10000 rpm selama 5 menit. Kemudian ditambahkan buffer TE (Tris EDTA) yang berfungsi melarutkan DNA dan melindungi dari kerusakan oleh endonuklease.

purifikasi dari debris sel dan presipitasi DNA. 3. 2. 10 . Setelah dilakukan presipitasi dan sentrifugasi DNA tampak sebagai endapan putih di dasar tube. Hasil isolasi DNA tampak benang-benang berwarna putih. juga kemungkinan terdapat pula RNA. Tahapan isolasi DNA dengan cara sederhana meliputi penghancuran jaringan dan lisis sel. Dari praktikum yang dilakukan diketahui bahwa metode ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA genom Allium cepa L.BAB V KESIMPULAN 1. DNA yang diperoleh dari metode ini berupa DNA kotor yang masih berikatan dengan protein. Namun.

Yuwono.. London: Prentice Hall Weaver. Chicago: Wm. Isolation and Restriction Endonuclease Digestion of Onion in Junior College-High School Biology Laboratory. Jakarta: FMIPA UI Sambrook. Oboh. Rapid Isolation of Genomic DNA from Small Quantities of Human Tissue. T. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Analisis Insersi T-DNA Pembawa Transposon pada T0 dan Aktivitas Ds pada T1 Tanaman Padi (Oryza sativa L. Brown. Rapid Isolation of Genome DNA suitable for PCR from Tropical Almond (T. M. 1992.L. Genetics and Molecular Biology. D. S. 2008. M. and Crupper. 2009. N..A. Sobieski.Agwu. Jurnal Biologi 8 (1): 12-16 Ramelia.S. Pharmawati.catappa) Plant Populations. dan P.C.A. R. Agric. 2009. International journal of Botany 5(3):250-254 Pai.Ogunkanmi. 2000. 1998.Hedrick. 2000. dan C. 3rd ed. Unibraw Publ. Jakarta: Erlangga 11 . J. Jakarta: Erlangga. 2001.W.J.Indonesian). (Proteaceae). Isolasi dan digesti DNA kromosom. R. New York: CSHL press Schleic. Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea sp.promega. 2004. R.Q. www.F. Publishers.) Kultivar Nipponbare.W.dan D. 1999. Seidman. Bioscience 26 (3): 15-17 Faatih. Russel.3rd ed.com/profiles/203/ProfilsinDNA Lyrawati. Transmission of Human Disease and Computer Resources for The Clinical and Molecular Geneticist (transl.DAFTAR PUSTAKA DeBoer. 1997. M. 3rd ed. 2009. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi 10 (1): 61-67 Kephart.J.C. R.Moore. A. L. Basic Laboratory Method for Biotechnology. Genetics. Biologi Molekuler.B. Fac. L. Indonesia (ISBN 979508-543-3). D. DNA Recombination and Genetic Techniques. 2008. London: John Hopkins University press.. Dasar – Dasar Genetika..

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->