Laporan Praktikum

Genetika Sel

Isolasi DNA Allium cepa L. (dengan cara sederhana)

Universitas Gadjah Mada Yogyakarta 2010

Permasalahan 1. DNA dan RNA harus diisolasi dalam bentuk dan jumlah yang sesuai. Protokol sederhana dan singkat. Agar dapat digunakan untuk manipulasi. 2008). Metode terbaik untuk isolasi DNA dan RNA dan perbanyakannya tergantung pada tujuan penggunaan. Bagaimana benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L. Latar Belakang Metode yang ada untuk keperluan penelitian dalam biologi molekuler dan genetik terus berkembang dengan cepat. kemurnian sampel DNA dan kondisi optimum reaksi menjadi hal yang menentukan dalam analisis genetika molekuler. Oleh karena itu diperlukan metode yang tepat dalam isolasi DNA (Pharmawati. seperti dalam ekstraksi bawang atau pisang telah dikembangkan untuk memfasilitasi eksperimen yang dapat dilakukan dengan peralatan sederhana serta biaya yang relatif murah (De Boer.BAB I PENDAHULUAN A. Prosedur isolasi DNA dapat berbeda-beda tergantung tujuan isolasi dan kuantitas yang dibutuhkan (Remelia. Apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L.al. Walaupun hampir semua teknik melibatkan banyak kerja dan membutuhkan sejumlah besar materi awal. 2009). Bagaimana cara/tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana? 2. Isolasi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler. Isolasi baik secara klasik maupun dengan kit menggunakan prinsip dasar yang sama (Lyrawati. 2000) B. diagnosis.? 1 . Jumlah. dan terapeutik. et. penggunaan kit dari berbagai perusahaan bioteknologi cukup menyederhanakan isolasi DNA dan RNA..? 3. 2004).

Melihat benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L. Mengetahui apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. 3. 2 .C. Tujuan 1. Mengetahui cara/ tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana. 2.

Ikatan antara DNA dengan histon ini dapat dipisahkan mengunakan garam dengan konsentrasi tinggi. Gugus ini yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif kuat (Yuwono. Kompleks DNA dan protein histon (nukleosom) menyebabkan kondensasi atau pengemasan DNA menjadi enam kali lebih kompak. Ukuran DNA yang menyusun kromosom eukariot jauh lebih panjang daripada ukuran selnya. 3 .BAB II LANDASAN TEORI A. Gula Pentosa Gugus gula pada RNA adalah ribose. sedangkan pada DNA adalah deoksiribosa. Asam nukleat merupakan polimer nukleotida yang tersusun atas: 1. Oleh karena itu. Gugus Fosfat Gugus fosfat terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfodiester. yaitu basa purin yang terdiri dari Adenin dan Guanin. Rangkaian nukleosom membentuk struktur yang disebut kromatin. protein dan RNA (kurang dari 10%) (Yuwono. DNA dikemas dalam sistem yang sangat efisien dan kompak mengunakan protein histon. 2008) DNA genom merupakan seluruh materi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme termasuk di dalamnya DNA yang berinteraksi dengan protein dan RNA. Tinjauan Pustaka DNA merupakan polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan. Basa Nitrogen Terdapat dua macam basa nitrogen yang menyusun asam nukleat. Timin dan Urasil. 1997). Perbedaan keduanya terletak pada atom C nomor 2 yang dalam RNA berikatan dengan gugus hidroksil (OH). 3. yang terdapat pada suatu sel secara bersama-sama (Weaver dan Hedrick.serta basa pirimidin yang terdiri dari Sitosin. terdiri atas DNA. 2008). sedangkan dalam DNA berikatan dengan atom H. 2.

Presipitasi DNA dapat menggunakan etanol absolute atau isopropanol. Tahap dalam isolasi DNA tanaman yaitu pengambilan sampel (jaringan). yaitu mencegah oksidasi zat fenolik yang dapat bereaksi dengan asam nukleat dan protein untuk menghilangkan polisakarida yang mengganggu dengan manipulasi enzimatik dalam penelitian biologi molekuler (Oboh. 2009). bahan pokok yang harus dimiliki adah DNA atau RNA. 1999). Zat kimia yang biasa digunakan adalah detergen. Ekstraksi biasanya dengan menggunakan fenol-klorofom-isoamil alkohol atau ammonium asetat yang akan mengendapkan protein. DNA atau RNA ini dapat diperoleh melalui proses isolasi (Pai. 4 . karena bersifat sangat polar dan dapat menarik molekul air dari DNA sehingga DNA mengendap (Schleic. purifikasi. membran sel dan membran ini sehingga strukturnya dapat dilihat dengan jelas. serta presipitasi (Kephart. Isolasi DNA adalah pemisahan molekul DNA dari molekul lain seperti dinding sel. Hipotesis Metode yang digunakan pada praktikum ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA Allium cepa L. Lisis sel dapat dilakukan secara kimiawi atau enzimatik tergantung sumber DNA-nya. 1998). Protokol ekstraksi DNA genom juga harus memenuhi syarat. B. Detergen akan menyebabkan protein membran terdenaturasi sehingga struktur membran akan rusak. lisis dinding sel dan membran sel.Dalam penerapan teknik molekuler. 1992).

Juice bawang Bombay kemudian disaring menggunakan saringan biasa. B. larutan buffer (dibuat dari campuran akuades steril. buffer TE (tris EDTA).). saringan. microsentrifuge. pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol (bias juga dengan diserap menggunakan tisu). Alat Tube plastik. Selanjutnya pellet diberi 50 µL pelarut DNA (tris EDTA). Tube digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit untuk mencampur filtrat dan buffer. pellet dicuci dengan menambahkan 100µL alkohol 70% dan diresuspensi menggunakan sentrifuge dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit. Filtrat yang diperoleh dimasukkan ke tube plastik sebanyak 400µL.BAB III METODOLOGI A. Selanjutnya campuran disentrifugasi menggunakan microsentrifuge dengan kecepatan 3000 rpm selama 15 menit. Kemudian sebanyak 800µL isoprophyl alcohol dingin dimasukkan secara perlahan melalui dinding tabung. lalu diamati benang-benang DNA yang mulai terpisah. gelas beker. tip. NaHCO3. Supernatan dibuang. Larutan alkohol kemudian dibuang. Cara Kerja Sel-sel umbi bawang bombay dihancurkan menggunakan blender. mikropipet. NaCl. kertas filter. Supernatan yang diperoleh dari hasil sentrifugasi dipindahkan ke tube baru sebanyak 400µL. lalu disimpan dalam freezer. isoprophyl alcohol dingin. dan detergen 10%). corong gelas. Tube digoyangkan perlahan. blender. C. alkohol 70%. dilanjutkan penyaringan menggunakan kertas filter. Kemudian ditambahkan larutan buffer sebanyak 800µL. 5 . Selanjutnya disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk presipitasi DNA. Bahan Umbi bawang bombay (Allium cepa L.

Kemudian ekstrak sel dipurifikasi sehingga dihasilkan pelet sel yang mengandung DNA total. Hasil Gambar 1. Presipitat DNA Allium cepa L. hasil isolasi (pellet putih di dasar tube) B. Prinsip dasar isolasi total DNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan dan DNA. 6 . Umbi bawang Bombay mudah didapat.BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. memiliki kandungan air yang tinggi dan memiliki kromosom yang relatif besar. Pembahasan Tujuan dari praktikum ini adalah untuk melakukan isolasi DNA dari umbi bawang Bombay (Allium cepa L.) dan melihat benang DNA yang diperoleh. Pada teknik isolasi DNA sederhana. Dalam teknik isolasi ini tidak diperoleh DNA murni. melainkan DNA kotor yang masih berikatan dengan protein. purifikasi yang dilakukan hanya memisahkan benang DNA dengan debris selnya. Kemungkinan tidak hanya terdiri atas DNA tetapi juga terdapat RNA. Penggunaan umbi dalam praktikum ini didasarkan bahwa pada umbi kromosomnya lebih lengkap.

Supernatant yang diperoleh dipindahkan ke tube yang lain. fase organik (pellet) yang terbentuk pada bagian dasar tabung merupakan molekul-molekul protein dan polisakarida yang terdenaturasi. digunakan untuk merusak membran sel. 10gr NaHCO3. lapisan kedua yang tampak seperti 7 . ke tube yang berisi filtrat umbi. akan tampak 3 lapisan pada tube. yang terdiri atas 3gr NaCl. 10ml detergen 10%.. Sentrifugasi ini dimaksudkan untuk memisahkan campuran menjadi dua fase. 2009). 2000. 2001). Menurut Seidman dan Moore (2000). Proses dilanjutkan dengan penambahan larutan buffer. Tube berisi campuran filtrat dan buffer digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit agar larutan menjadi homogen. menggunakan saringan biasa dan kertas filter. Garam dalam buffer berfungsi untuk memisahkan molekul DNA dari komponen lainnya dengan membentuk ikatan ionik dengan asam nukleat (kondisi ionik yang lebih stabil). Ini bertujuan untuk memisahkan DNA genom yang terlarut dalam sari umbi dengan sisa-sisa jaringan umbi yang telah hancur. sehingga komponen DNA dalam sitoplasma sel dapat keluar dan diisolasi (DeBoer et al.Proses isolasi diawali dengan penghancuran sel yang dilakukan secara mekanis menggunakan blender. Beberapa saat setelah penambahan isoprophyl alcohol. Selanjutnya dilakukan sentrifugasi pada kecepatan rendah (3000 rpm) selama 15 menit. Faatih. Kemudian juice yang dihasilkan disaring dua kali. yaitu fase terlarut dan fase organik. Penambahan ke dalam supernatant harus dilakukan perlahan-lahan dan melalui dinding sel agar tidak merusak benang-benang DNA. Fase terlarut (supernatant) mengandung DNA genom karena memiliki berat molekul lebih ringan dibandingkan fase organiknya. kemudian ditambahkan isoprophyl alcohol dingin. dan akuades. Lapisan pertama yang tampak bening merupakan isoprophyl alcohol. Larutan buffer merupakan larutan campuran garam dan detergen. Deterjen dapat berasosiasi dengan protein membran sehingga akan melarutkan protein tersebut sehingga membran sel akan dengan mudah dilisiskan (Sambrook dan Russel.

8 . Fungsi penambahan pelarut organik seperti etanol atau isopropanol adalah menurunkan konstanta dielektrik air atau memperbanyak ikatan DNA dengan Na+ sehingga membuat DNA lebih mudah terpresipitasi.kumpulan benang putih merupakan benang-benang DNA. gaya elektrostatik antara ion positif (Na+) dan negatif (DNA) masih lemah karena sebagian rantai DNA masih berikatan dengan air.benang DNA (B) berwarna putih diantara isopropanol (A) dan supernatant (C) Penambahan garam berfungsi sebagai neutralize charge pada gula fosfat DNA. tampak benang. ion-ion seperti Na+ Mg2+ akan menyelimuti rantai DNA yang bermuatan negatif. sedangkan lapisan paling bawah merupakan sisa supernatant DNA (Gambar 2) A B C Gambar 2. Presipitasi DNA setelah pemberian isoprophyl alcohol (isopropanol). Di dalam air.

DNA dapat disimpan dalam waktu yang lama sebelum digunakan untuk analisis selanjutnya karena senyawa Tris dapat mempertahankan pH. Aktivitas pelarut terhadap DNA Selanjutnya dilakukan sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk mengendapkan molekul DNA. sedangkan EDTA mampu menghambat aktivitas endonuklease (Seidman dan Moore. Kemudian ditambahkan buffer TE (Tris EDTA) yang berfungsi melarutkan DNA dan melindungi dari kerusakan oleh endonuklease. Setelah dicuci DNA tampak seperti endapan tepung putih. Dengan penambahan TE ini. Pellet harus terbebas dari alkohol karena dapat merusak pellet DNA. 2000). Setelah sentrifugasi. Pellet kemudian dicuci menggunakan alkohol 70% dan diresuspensi dengan sentrifugasi 10000 rpm selama 5 menit.Pelarut Isopropanol Gambar 3. 9 . DNA mengendap sebagai pellet berwarna putih di dasar tube. Alkohol yang digunakan untuk mencuci DNA dibuang kemudian pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol.

DNA yang diperoleh dari metode ini berupa DNA kotor yang masih berikatan dengan protein. Namun. Dari praktikum yang dilakukan diketahui bahwa metode ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA genom Allium cepa L. purifikasi dari debris sel dan presipitasi DNA.BAB V KESIMPULAN 1. 2. Setelah dilakukan presipitasi dan sentrifugasi DNA tampak sebagai endapan putih di dasar tube. 3. 10 . juga kemungkinan terdapat pula RNA. Hasil isolasi DNA tampak benang-benang berwarna putih. Tahapan isolasi DNA dengan cara sederhana meliputi penghancuran jaringan dan lisis sel.

M. Yuwono. London: John Hopkins University press. M. International journal of Botany 5(3):250-254 Pai. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi 10 (1): 61-67 Kephart.promega. 2004.Indonesian).com/profiles/203/ProfilsinDNA Lyrawati. Russel. Transmission of Human Disease and Computer Resources for The Clinical and Molecular Geneticist (transl. Isolasi dan digesti DNA kromosom.W. 1992. R.Ogunkanmi. Publishers. 2009.W. Basic Laboratory Method for Biotechnology. R. T. Analisis Insersi T-DNA Pembawa Transposon pada T0 dan Aktivitas Ds pada T1 Tanaman Padi (Oryza sativa L..Moore. Pharmawati. 2000. D. Isolation and Restriction Endonuclease Digestion of Onion in Junior College-High School Biology Laboratory. 2008. Jakarta: Erlangga. Biologi Molekuler.Q. Fac. 3rd ed. and Crupper. Rapid Isolation of Genome DNA suitable for PCR from Tropical Almond (T.A. New York: CSHL press Schleic..dan D.DAFTAR PUSTAKA DeBoer. dan C. M. Unibraw Publ.L. Bioscience 26 (3): 15-17 Faatih. Molecular Cloning: A Laboratory Manual.C. (Proteaceae).catappa) Plant Populations. 2000. Rapid Isolation of Genomic DNA from Small Quantities of Human Tissue. L.Agwu. 2009. R. Seidman. Jakarta: Erlangga 11 . 2008. Jakarta: FMIPA UI Sambrook. Genetics and Molecular Biology. London: Prentice Hall Weaver.J. dan P.A. Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea sp. Indonesia (ISBN 979508-543-3). N.C..J. Brown. R. L. Oboh. S.S. Chicago: Wm. Genetics. 2001.F. D.3rd ed. Sobieski. Dasar – Dasar Genetika. A. 2009. DNA Recombination and Genetic Techniques. 3rd ed. Jurnal Biologi 8 (1): 12-16 Ramelia. www. 1997. J. Agric. 1998..Hedrick. 1999.) Kultivar Nipponbare.B.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful