Laporan Praktikum

Genetika Sel

Isolasi DNA Allium cepa L. (dengan cara sederhana)

Universitas Gadjah Mada Yogyakarta 2010

Apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. penggunaan kit dari berbagai perusahaan bioteknologi cukup menyederhanakan isolasi DNA dan RNA. Agar dapat digunakan untuk manipulasi. 2004). DNA dan RNA harus diisolasi dalam bentuk dan jumlah yang sesuai. dan terapeutik. seperti dalam ekstraksi bawang atau pisang telah dikembangkan untuk memfasilitasi eksperimen yang dapat dilakukan dengan peralatan sederhana serta biaya yang relatif murah (De Boer. et.? 1 . Isolasi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler. Bagaimana cara/tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana? 2. Latar Belakang Metode yang ada untuk keperluan penelitian dalam biologi molekuler dan genetik terus berkembang dengan cepat. Prosedur isolasi DNA dapat berbeda-beda tergantung tujuan isolasi dan kuantitas yang dibutuhkan (Remelia. Permasalahan 1.BAB I PENDAHULUAN A. 2009). kemurnian sampel DNA dan kondisi optimum reaksi menjadi hal yang menentukan dalam analisis genetika molekuler.al. Isolasi baik secara klasik maupun dengan kit menggunakan prinsip dasar yang sama (Lyrawati. Jumlah. Oleh karena itu diperlukan metode yang tepat dalam isolasi DNA (Pharmawati. diagnosis. 2008). Bagaimana benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L. Protokol sederhana dan singkat.? 3. 2000) B. Walaupun hampir semua teknik melibatkan banyak kerja dan membutuhkan sejumlah besar materi awal. Metode terbaik untuk isolasi DNA dan RNA dan perbanyakannya tergantung pada tujuan penggunaan..

3. 2. 2 . Mengetahui apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. Mengetahui cara/ tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana. Tujuan 1.C. Melihat benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L.

Kompleks DNA dan protein histon (nukleosom) menyebabkan kondensasi atau pengemasan DNA menjadi enam kali lebih kompak. Basa Nitrogen Terdapat dua macam basa nitrogen yang menyusun asam nukleat. Rangkaian nukleosom membentuk struktur yang disebut kromatin. Gugus ini yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif kuat (Yuwono. Gula Pentosa Gugus gula pada RNA adalah ribose. DNA dikemas dalam sistem yang sangat efisien dan kompak mengunakan protein histon. Timin dan Urasil.serta basa pirimidin yang terdiri dari Sitosin. Tinjauan Pustaka DNA merupakan polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan. 1997). Perbedaan keduanya terletak pada atom C nomor 2 yang dalam RNA berikatan dengan gugus hidroksil (OH). Ukuran DNA yang menyusun kromosom eukariot jauh lebih panjang daripada ukuran selnya. 2008). Asam nukleat merupakan polimer nukleotida yang tersusun atas: 1. yang terdapat pada suatu sel secara bersama-sama (Weaver dan Hedrick. sedangkan pada DNA adalah deoksiribosa. protein dan RNA (kurang dari 10%) (Yuwono. Gugus Fosfat Gugus fosfat terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfodiester. sedangkan dalam DNA berikatan dengan atom H. yaitu basa purin yang terdiri dari Adenin dan Guanin. 2. 3. 2008) DNA genom merupakan seluruh materi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme termasuk di dalamnya DNA yang berinteraksi dengan protein dan RNA. Oleh karena itu. terdiri atas DNA. Ikatan antara DNA dengan histon ini dapat dipisahkan mengunakan garam dengan konsentrasi tinggi. 3 .BAB II LANDASAN TEORI A.

lisis dinding sel dan membran sel. Hipotesis Metode yang digunakan pada praktikum ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA Allium cepa L. Zat kimia yang biasa digunakan adalah detergen. Presipitasi DNA dapat menggunakan etanol absolute atau isopropanol. yaitu mencegah oksidasi zat fenolik yang dapat bereaksi dengan asam nukleat dan protein untuk menghilangkan polisakarida yang mengganggu dengan manipulasi enzimatik dalam penelitian biologi molekuler (Oboh. Detergen akan menyebabkan protein membran terdenaturasi sehingga struktur membran akan rusak. 2009). B. karena bersifat sangat polar dan dapat menarik molekul air dari DNA sehingga DNA mengendap (Schleic. DNA atau RNA ini dapat diperoleh melalui proses isolasi (Pai. bahan pokok yang harus dimiliki adah DNA atau RNA. Ekstraksi biasanya dengan menggunakan fenol-klorofom-isoamil alkohol atau ammonium asetat yang akan mengendapkan protein. membran sel dan membran ini sehingga strukturnya dapat dilihat dengan jelas. Lisis sel dapat dilakukan secara kimiawi atau enzimatik tergantung sumber DNA-nya. purifikasi. serta presipitasi (Kephart. 4 . 1992).Dalam penerapan teknik molekuler. 1999). Tahap dalam isolasi DNA tanaman yaitu pengambilan sampel (jaringan). Protokol ekstraksi DNA genom juga harus memenuhi syarat. Isolasi DNA adalah pemisahan molekul DNA dari molekul lain seperti dinding sel. 1998).

Larutan alkohol kemudian dibuang. Selanjutnya campuran disentrifugasi menggunakan microsentrifuge dengan kecepatan 3000 rpm selama 15 menit. gelas beker. tip. dan detergen 10%). Selanjutnya disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk presipitasi DNA. Alat Tube plastik. larutan buffer (dibuat dari campuran akuades steril. Kemudian sebanyak 800µL isoprophyl alcohol dingin dimasukkan secara perlahan melalui dinding tabung. blender. lalu disimpan dalam freezer. dilanjutkan penyaringan menggunakan kertas filter. Bahan Umbi bawang bombay (Allium cepa L. Kemudian ditambahkan larutan buffer sebanyak 800µL. lalu diamati benang-benang DNA yang mulai terpisah. Juice bawang Bombay kemudian disaring menggunakan saringan biasa. NaCl. saringan. Tube digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit untuk mencampur filtrat dan buffer. NaHCO3. Cara Kerja Sel-sel umbi bawang bombay dihancurkan menggunakan blender. mikropipet. alkohol 70%. pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol (bias juga dengan diserap menggunakan tisu). buffer TE (tris EDTA). Supernatan yang diperoleh dari hasil sentrifugasi dipindahkan ke tube baru sebanyak 400µL. C. 5 . Filtrat yang diperoleh dimasukkan ke tube plastik sebanyak 400µL. Tube digoyangkan perlahan. B. corong gelas.BAB III METODOLOGI A. kertas filter. Selanjutnya pellet diberi 50 µL pelarut DNA (tris EDTA). microsentrifuge. Supernatan dibuang.). pellet dicuci dengan menambahkan 100µL alkohol 70% dan diresuspensi menggunakan sentrifuge dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit. isoprophyl alcohol dingin.

) dan melihat benang DNA yang diperoleh. Umbi bawang Bombay mudah didapat. Kemudian ekstrak sel dipurifikasi sehingga dihasilkan pelet sel yang mengandung DNA total. Hasil Gambar 1. hasil isolasi (pellet putih di dasar tube) B. Pembahasan Tujuan dari praktikum ini adalah untuk melakukan isolasi DNA dari umbi bawang Bombay (Allium cepa L. purifikasi yang dilakukan hanya memisahkan benang DNA dengan debris selnya. Kemungkinan tidak hanya terdiri atas DNA tetapi juga terdapat RNA. Dalam teknik isolasi ini tidak diperoleh DNA murni. Pada teknik isolasi DNA sederhana. melainkan DNA kotor yang masih berikatan dengan protein. Prinsip dasar isolasi total DNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan dan DNA. Penggunaan umbi dalam praktikum ini didasarkan bahwa pada umbi kromosomnya lebih lengkap. Presipitat DNA Allium cepa L. 6 .BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. memiliki kandungan air yang tinggi dan memiliki kromosom yang relatif besar.

2000. Beberapa saat setelah penambahan isoprophyl alcohol. digunakan untuk merusak membran sel. kemudian ditambahkan isoprophyl alcohol dingin. Faatih. Selanjutnya dilakukan sentrifugasi pada kecepatan rendah (3000 rpm) selama 15 menit. yaitu fase terlarut dan fase organik.Proses isolasi diawali dengan penghancuran sel yang dilakukan secara mekanis menggunakan blender. Penambahan ke dalam supernatant harus dilakukan perlahan-lahan dan melalui dinding sel agar tidak merusak benang-benang DNA. Menurut Seidman dan Moore (2000). yang terdiri atas 3gr NaCl. Tube berisi campuran filtrat dan buffer digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit agar larutan menjadi homogen. lapisan kedua yang tampak seperti 7 . menggunakan saringan biasa dan kertas filter. ke tube yang berisi filtrat umbi. 10ml detergen 10%. Supernatant yang diperoleh dipindahkan ke tube yang lain. 10gr NaHCO3. sehingga komponen DNA dalam sitoplasma sel dapat keluar dan diisolasi (DeBoer et al. Proses dilanjutkan dengan penambahan larutan buffer. Sentrifugasi ini dimaksudkan untuk memisahkan campuran menjadi dua fase. Larutan buffer merupakan larutan campuran garam dan detergen. Ini bertujuan untuk memisahkan DNA genom yang terlarut dalam sari umbi dengan sisa-sisa jaringan umbi yang telah hancur. Kemudian juice yang dihasilkan disaring dua kali. akan tampak 3 lapisan pada tube.. Lapisan pertama yang tampak bening merupakan isoprophyl alcohol. 2009). Fase terlarut (supernatant) mengandung DNA genom karena memiliki berat molekul lebih ringan dibandingkan fase organiknya. fase organik (pellet) yang terbentuk pada bagian dasar tabung merupakan molekul-molekul protein dan polisakarida yang terdenaturasi. Deterjen dapat berasosiasi dengan protein membran sehingga akan melarutkan protein tersebut sehingga membran sel akan dengan mudah dilisiskan (Sambrook dan Russel. 2001). dan akuades. Garam dalam buffer berfungsi untuk memisahkan molekul DNA dari komponen lainnya dengan membentuk ikatan ionik dengan asam nukleat (kondisi ionik yang lebih stabil).

benang DNA (B) berwarna putih diantara isopropanol (A) dan supernatant (C) Penambahan garam berfungsi sebagai neutralize charge pada gula fosfat DNA. 8 . Fungsi penambahan pelarut organik seperti etanol atau isopropanol adalah menurunkan konstanta dielektrik air atau memperbanyak ikatan DNA dengan Na+ sehingga membuat DNA lebih mudah terpresipitasi. tampak benang. sedangkan lapisan paling bawah merupakan sisa supernatant DNA (Gambar 2) A B C Gambar 2. ion-ion seperti Na+ Mg2+ akan menyelimuti rantai DNA yang bermuatan negatif. Presipitasi DNA setelah pemberian isoprophyl alcohol (isopropanol).kumpulan benang putih merupakan benang-benang DNA. gaya elektrostatik antara ion positif (Na+) dan negatif (DNA) masih lemah karena sebagian rantai DNA masih berikatan dengan air. Di dalam air.

Pellet kemudian dicuci menggunakan alkohol 70% dan diresuspensi dengan sentrifugasi 10000 rpm selama 5 menit. Pellet harus terbebas dari alkohol karena dapat merusak pellet DNA. sedangkan EDTA mampu menghambat aktivitas endonuklease (Seidman dan Moore.Pelarut Isopropanol Gambar 3. 2000). DNA mengendap sebagai pellet berwarna putih di dasar tube. Kemudian ditambahkan buffer TE (Tris EDTA) yang berfungsi melarutkan DNA dan melindungi dari kerusakan oleh endonuklease. Aktivitas pelarut terhadap DNA Selanjutnya dilakukan sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk mengendapkan molekul DNA. Dengan penambahan TE ini. Setelah sentrifugasi. Alkohol yang digunakan untuk mencuci DNA dibuang kemudian pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol. DNA dapat disimpan dalam waktu yang lama sebelum digunakan untuk analisis selanjutnya karena senyawa Tris dapat mempertahankan pH. 9 . Setelah dicuci DNA tampak seperti endapan tepung putih.

BAB V KESIMPULAN 1. purifikasi dari debris sel dan presipitasi DNA. Hasil isolasi DNA tampak benang-benang berwarna putih. Setelah dilakukan presipitasi dan sentrifugasi DNA tampak sebagai endapan putih di dasar tube. 2. 10 . DNA yang diperoleh dari metode ini berupa DNA kotor yang masih berikatan dengan protein. Namun. Dari praktikum yang dilakukan diketahui bahwa metode ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA genom Allium cepa L. juga kemungkinan terdapat pula RNA. Tahapan isolasi DNA dengan cara sederhana meliputi penghancuran jaringan dan lisis sel. 3.

Hedrick.Ogunkanmi. 1999. and Crupper. Seidman. N. Jakarta: FMIPA UI Sambrook. Publishers. Sobieski. dan P...F. Genetics and Molecular Biology. Bioscience 26 (3): 15-17 Faatih. Molecular Cloning: A Laboratory Manual.dan D. 2009.A.Q. Dasar – Dasar Genetika.Agwu. Brown. Genetics.3rd ed.com/profiles/203/ProfilsinDNA Lyrawati. 2009. Analisis Insersi T-DNA Pembawa Transposon pada T0 dan Aktivitas Ds pada T1 Tanaman Padi (Oryza sativa L.DAFTAR PUSTAKA DeBoer.Indonesian).J. Rapid Isolation of Genomic DNA from Small Quantities of Human Tissue. 2009. Isolation and Restriction Endonuclease Digestion of Onion in Junior College-High School Biology Laboratory.J. Unibraw Publ. Jurnal Biologi 8 (1): 12-16 Ramelia. Chicago: Wm.Moore. 1997. Isolasi dan digesti DNA kromosom. L. DNA Recombination and Genetic Techniques. www. M.catappa) Plant Populations. L. 3rd ed. Rapid Isolation of Genome DNA suitable for PCR from Tropical Almond (T. D. 2001. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi 10 (1): 61-67 Kephart. 2004. S. Biologi Molekuler. Transmission of Human Disease and Computer Resources for The Clinical and Molecular Geneticist (transl. R.S. 1992. M. 2000.A. Jakarta: Erlangga. 1998.W.C.. Fac. Agric. A. 2008. R. Basic Laboratory Method for Biotechnology. Jakarta: Erlangga 11 . Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea sp..L. 2000. 2008. (Proteaceae). Yuwono. R. Oboh.B.) Kultivar Nipponbare. International journal of Botany 5(3):250-254 Pai.C. Indonesia (ISBN 979508-543-3). T. Pharmawati. New York: CSHL press Schleic. D. London: John Hopkins University press. J. Russel. dan C.W. M. R. 3rd ed.promega. London: Prentice Hall Weaver.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful