Laporan Praktikum

Genetika Sel

Isolasi DNA Allium cepa L. (dengan cara sederhana)

Universitas Gadjah Mada Yogyakarta 2010

penggunaan kit dari berbagai perusahaan bioteknologi cukup menyederhanakan isolasi DNA dan RNA.BAB I PENDAHULUAN A. Prosedur isolasi DNA dapat berbeda-beda tergantung tujuan isolasi dan kuantitas yang dibutuhkan (Remelia. diagnosis. Permasalahan 1. et. Jumlah. Bagaimana cara/tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana? 2. Latar Belakang Metode yang ada untuk keperluan penelitian dalam biologi molekuler dan genetik terus berkembang dengan cepat. seperti dalam ekstraksi bawang atau pisang telah dikembangkan untuk memfasilitasi eksperimen yang dapat dilakukan dengan peralatan sederhana serta biaya yang relatif murah (De Boer. Isolasi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler. 2004).. 2008). kemurnian sampel DNA dan kondisi optimum reaksi menjadi hal yang menentukan dalam analisis genetika molekuler.? 1 .al. 2000) B. DNA dan RNA harus diisolasi dalam bentuk dan jumlah yang sesuai. Isolasi baik secara klasik maupun dengan kit menggunakan prinsip dasar yang sama (Lyrawati. Protokol sederhana dan singkat. Oleh karena itu diperlukan metode yang tepat dalam isolasi DNA (Pharmawati.? 3. Metode terbaik untuk isolasi DNA dan RNA dan perbanyakannya tergantung pada tujuan penggunaan. 2009). Bagaimana benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L. Apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. dan terapeutik. Agar dapat digunakan untuk manipulasi. Walaupun hampir semua teknik melibatkan banyak kerja dan membutuhkan sejumlah besar materi awal.

Mengetahui cara/ tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana. Melihat benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L. 2. Tujuan 1. 3.C. Mengetahui apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. 2 .

Timin dan Urasil. Oleh karena itu. protein dan RNA (kurang dari 10%) (Yuwono. Rangkaian nukleosom membentuk struktur yang disebut kromatin. Perbedaan keduanya terletak pada atom C nomor 2 yang dalam RNA berikatan dengan gugus hidroksil (OH). Asam nukleat merupakan polimer nukleotida yang tersusun atas: 1. sedangkan dalam DNA berikatan dengan atom H. 1997). 3 . DNA dikemas dalam sistem yang sangat efisien dan kompak mengunakan protein histon. Gula Pentosa Gugus gula pada RNA adalah ribose. 2008). sedangkan pada DNA adalah deoksiribosa. terdiri atas DNA. Basa Nitrogen Terdapat dua macam basa nitrogen yang menyusun asam nukleat. Ikatan antara DNA dengan histon ini dapat dipisahkan mengunakan garam dengan konsentrasi tinggi. yaitu basa purin yang terdiri dari Adenin dan Guanin. Tinjauan Pustaka DNA merupakan polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan. 2. 3. Ukuran DNA yang menyusun kromosom eukariot jauh lebih panjang daripada ukuran selnya.BAB II LANDASAN TEORI A.serta basa pirimidin yang terdiri dari Sitosin. yang terdapat pada suatu sel secara bersama-sama (Weaver dan Hedrick. 2008) DNA genom merupakan seluruh materi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme termasuk di dalamnya DNA yang berinteraksi dengan protein dan RNA. Gugus ini yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif kuat (Yuwono. Gugus Fosfat Gugus fosfat terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfodiester. Kompleks DNA dan protein histon (nukleosom) menyebabkan kondensasi atau pengemasan DNA menjadi enam kali lebih kompak.

karena bersifat sangat polar dan dapat menarik molekul air dari DNA sehingga DNA mengendap (Schleic.Dalam penerapan teknik molekuler. lisis dinding sel dan membran sel. Protokol ekstraksi DNA genom juga harus memenuhi syarat. DNA atau RNA ini dapat diperoleh melalui proses isolasi (Pai. yaitu mencegah oksidasi zat fenolik yang dapat bereaksi dengan asam nukleat dan protein untuk menghilangkan polisakarida yang mengganggu dengan manipulasi enzimatik dalam penelitian biologi molekuler (Oboh. 2009). Ekstraksi biasanya dengan menggunakan fenol-klorofom-isoamil alkohol atau ammonium asetat yang akan mengendapkan protein. Presipitasi DNA dapat menggunakan etanol absolute atau isopropanol. Detergen akan menyebabkan protein membran terdenaturasi sehingga struktur membran akan rusak. 4 . Isolasi DNA adalah pemisahan molekul DNA dari molekul lain seperti dinding sel. serta presipitasi (Kephart. 1999). bahan pokok yang harus dimiliki adah DNA atau RNA. membran sel dan membran ini sehingga strukturnya dapat dilihat dengan jelas. 1998). Hipotesis Metode yang digunakan pada praktikum ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA Allium cepa L. purifikasi. Lisis sel dapat dilakukan secara kimiawi atau enzimatik tergantung sumber DNA-nya. Tahap dalam isolasi DNA tanaman yaitu pengambilan sampel (jaringan). B. 1992). Zat kimia yang biasa digunakan adalah detergen.

isoprophyl alcohol dingin. blender. Selanjutnya campuran disentrifugasi menggunakan microsentrifuge dengan kecepatan 3000 rpm selama 15 menit. corong gelas. buffer TE (tris EDTA). alkohol 70%. Cara Kerja Sel-sel umbi bawang bombay dihancurkan menggunakan blender. 5 . Selanjutnya disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk presipitasi DNA. lalu diamati benang-benang DNA yang mulai terpisah. B. Bahan Umbi bawang bombay (Allium cepa L. Tube digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit untuk mencampur filtrat dan buffer. pellet dicuci dengan menambahkan 100µL alkohol 70% dan diresuspensi menggunakan sentrifuge dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit. NaCl. dilanjutkan penyaringan menggunakan kertas filter. larutan buffer (dibuat dari campuran akuades steril. Kemudian sebanyak 800µL isoprophyl alcohol dingin dimasukkan secara perlahan melalui dinding tabung. Juice bawang Bombay kemudian disaring menggunakan saringan biasa. Filtrat yang diperoleh dimasukkan ke tube plastik sebanyak 400µL. C. kertas filter. Tube digoyangkan perlahan. Supernatan yang diperoleh dari hasil sentrifugasi dipindahkan ke tube baru sebanyak 400µL. Kemudian ditambahkan larutan buffer sebanyak 800µL. lalu disimpan dalam freezer.BAB III METODOLOGI A. Selanjutnya pellet diberi 50 µL pelarut DNA (tris EDTA). NaHCO3. gelas beker. Supernatan dibuang. mikropipet. Alat Tube plastik. dan detergen 10%).). saringan. Larutan alkohol kemudian dibuang. pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol (bias juga dengan diserap menggunakan tisu). microsentrifuge. tip.

Pembahasan Tujuan dari praktikum ini adalah untuk melakukan isolasi DNA dari umbi bawang Bombay (Allium cepa L. purifikasi yang dilakukan hanya memisahkan benang DNA dengan debris selnya. memiliki kandungan air yang tinggi dan memiliki kromosom yang relatif besar.BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. 6 . Presipitat DNA Allium cepa L. melainkan DNA kotor yang masih berikatan dengan protein. Hasil Gambar 1. Umbi bawang Bombay mudah didapat. hasil isolasi (pellet putih di dasar tube) B. Kemungkinan tidak hanya terdiri atas DNA tetapi juga terdapat RNA. Prinsip dasar isolasi total DNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan dan DNA.) dan melihat benang DNA yang diperoleh. Pada teknik isolasi DNA sederhana. Dalam teknik isolasi ini tidak diperoleh DNA murni. Penggunaan umbi dalam praktikum ini didasarkan bahwa pada umbi kromosomnya lebih lengkap. Kemudian ekstrak sel dipurifikasi sehingga dihasilkan pelet sel yang mengandung DNA total.

Kemudian juice yang dihasilkan disaring dua kali. menggunakan saringan biasa dan kertas filter. yaitu fase terlarut dan fase organik. 10ml detergen 10%. kemudian ditambahkan isoprophyl alcohol dingin. digunakan untuk merusak membran sel. Deterjen dapat berasosiasi dengan protein membran sehingga akan melarutkan protein tersebut sehingga membran sel akan dengan mudah dilisiskan (Sambrook dan Russel. Tube berisi campuran filtrat dan buffer digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit agar larutan menjadi homogen. dan akuades.Proses isolasi diawali dengan penghancuran sel yang dilakukan secara mekanis menggunakan blender. 2009). Selanjutnya dilakukan sentrifugasi pada kecepatan rendah (3000 rpm) selama 15 menit. Faatih.. Sentrifugasi ini dimaksudkan untuk memisahkan campuran menjadi dua fase. Menurut Seidman dan Moore (2000). 2000. ke tube yang berisi filtrat umbi. Supernatant yang diperoleh dipindahkan ke tube yang lain. yang terdiri atas 3gr NaCl. Ini bertujuan untuk memisahkan DNA genom yang terlarut dalam sari umbi dengan sisa-sisa jaringan umbi yang telah hancur. Fase terlarut (supernatant) mengandung DNA genom karena memiliki berat molekul lebih ringan dibandingkan fase organiknya. sehingga komponen DNA dalam sitoplasma sel dapat keluar dan diisolasi (DeBoer et al. 2001). Beberapa saat setelah penambahan isoprophyl alcohol. fase organik (pellet) yang terbentuk pada bagian dasar tabung merupakan molekul-molekul protein dan polisakarida yang terdenaturasi. Penambahan ke dalam supernatant harus dilakukan perlahan-lahan dan melalui dinding sel agar tidak merusak benang-benang DNA. 10gr NaHCO3. Lapisan pertama yang tampak bening merupakan isoprophyl alcohol. akan tampak 3 lapisan pada tube. Proses dilanjutkan dengan penambahan larutan buffer. lapisan kedua yang tampak seperti 7 . Larutan buffer merupakan larutan campuran garam dan detergen. Garam dalam buffer berfungsi untuk memisahkan molekul DNA dari komponen lainnya dengan membentuk ikatan ionik dengan asam nukleat (kondisi ionik yang lebih stabil).

Fungsi penambahan pelarut organik seperti etanol atau isopropanol adalah menurunkan konstanta dielektrik air atau memperbanyak ikatan DNA dengan Na+ sehingga membuat DNA lebih mudah terpresipitasi. tampak benang. sedangkan lapisan paling bawah merupakan sisa supernatant DNA (Gambar 2) A B C Gambar 2.kumpulan benang putih merupakan benang-benang DNA. ion-ion seperti Na+ Mg2+ akan menyelimuti rantai DNA yang bermuatan negatif. Di dalam air. gaya elektrostatik antara ion positif (Na+) dan negatif (DNA) masih lemah karena sebagian rantai DNA masih berikatan dengan air. 8 .benang DNA (B) berwarna putih diantara isopropanol (A) dan supernatant (C) Penambahan garam berfungsi sebagai neutralize charge pada gula fosfat DNA. Presipitasi DNA setelah pemberian isoprophyl alcohol (isopropanol).

Alkohol yang digunakan untuk mencuci DNA dibuang kemudian pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol. sedangkan EDTA mampu menghambat aktivitas endonuklease (Seidman dan Moore. Pellet kemudian dicuci menggunakan alkohol 70% dan diresuspensi dengan sentrifugasi 10000 rpm selama 5 menit. Pellet harus terbebas dari alkohol karena dapat merusak pellet DNA. 2000). Dengan penambahan TE ini. Setelah sentrifugasi. DNA dapat disimpan dalam waktu yang lama sebelum digunakan untuk analisis selanjutnya karena senyawa Tris dapat mempertahankan pH. DNA mengendap sebagai pellet berwarna putih di dasar tube. Aktivitas pelarut terhadap DNA Selanjutnya dilakukan sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk mengendapkan molekul DNA.Pelarut Isopropanol Gambar 3. 9 . Kemudian ditambahkan buffer TE (Tris EDTA) yang berfungsi melarutkan DNA dan melindungi dari kerusakan oleh endonuklease. Setelah dicuci DNA tampak seperti endapan tepung putih.

Dari praktikum yang dilakukan diketahui bahwa metode ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA genom Allium cepa L. Namun. Tahapan isolasi DNA dengan cara sederhana meliputi penghancuran jaringan dan lisis sel. purifikasi dari debris sel dan presipitasi DNA. DNA yang diperoleh dari metode ini berupa DNA kotor yang masih berikatan dengan protein. juga kemungkinan terdapat pula RNA. 2. 10 . 3.BAB V KESIMPULAN 1. Setelah dilakukan presipitasi dan sentrifugasi DNA tampak sebagai endapan putih di dasar tube. Hasil isolasi DNA tampak benang-benang berwarna putih.

S. 3rd ed. Basic Laboratory Method for Biotechnology. M. Chicago: Wm.A. Rapid Isolation of Genomic DNA from Small Quantities of Human Tissue.dan D.. Bioscience 26 (3): 15-17 Faatih. Seidman.Q. Dasar – Dasar Genetika. M. dan P.catappa) Plant Populations. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 1992. 1999.B. R. L. 2008. R.Moore. DNA Recombination and Genetic Techniques. Jakarta: FMIPA UI Sambrook. 2004.com/profiles/203/ProfilsinDNA Lyrawati. Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea sp. Jurnal Biologi 8 (1): 12-16 Ramelia.) Kultivar Nipponbare. London: Prentice Hall Weaver.DAFTAR PUSTAKA DeBoer. S.J. Russel. Agric.W. J. Biologi Molekuler.. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi 10 (1): 61-67 Kephart. 2008. 2001.L. Jakarta: Erlangga. New York: CSHL press Schleic.. Indonesia (ISBN 979508-543-3). 1997. Genetics and Molecular Biology. 2009. Isolasi dan digesti DNA kromosom. 2009. Fac. Unibraw Publ.3rd ed. and Crupper. A. Sobieski. N.C. 3rd ed. Jakarta: Erlangga 11 . Oboh. 1998. Rapid Isolation of Genome DNA suitable for PCR from Tropical Almond (T.Indonesian). R.. Yuwono. London: John Hopkins University press. T. D. R. Analisis Insersi T-DNA Pembawa Transposon pada T0 dan Aktivitas Ds pada T1 Tanaman Padi (Oryza sativa L. Isolation and Restriction Endonuclease Digestion of Onion in Junior College-High School Biology Laboratory. International journal of Botany 5(3):250-254 Pai. 2000. 2000. D.W. Pharmawati. Transmission of Human Disease and Computer Resources for The Clinical and Molecular Geneticist (transl. www.Hedrick.Agwu.Ogunkanmi. M.C.J. Publishers. dan C. Brown. 2009. Genetics.F. (Proteaceae). L.A.promega.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful