PROTEIN Tugas Terstuktur Mata Kuliah Biokimia JURUSAN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS

BRAWIJAYA MALANG 2009
1. I. PENDAHULUAN

Protein merupakan komponen utama dalam sel hidup yang memegang peranan penting dalam proses kehidupan. Protein berperan dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Protein dalam bentuk enzim beperan sebagai katalis dalam bermacam macam proses biokimia. Sebagai alat transport, yaitu protein hemoglobin mengikat dan mengangkut oksigen dalam bentuk ke seluruh bagian tubuh. Protein juga berfungsi sebagai pelindung, seperti antibodi yang terbentuk jika tubuh kemasukan zat asing, serta sebagai sistem kendali dalam bentuk hormon, Protein pembangun misalnya glikoprotein terdapat dalam dinding sel, keratin yang terdapat pada kulit, kuku dan rambut. Sebagai komponen penyimpanan dalam biji-bijian. Protein juga merupakan sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino. Dalam tinjauan kimia protein adalah senyawa organik yang kompleks berbobot molekul tinggi berupa polimer dengan monomer asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan sulfur serta Posfor. Protein dapat digolongkan berdasarkan bentuk dan proses pembentukan serta sifat fisiknya. Terdapat empat struktur protein yaitu struktur primer, sekunder, tersier dan kuartener. Struktur primer adalah rantai polipeptida sebuah protein terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida yang membentuk rantai lurus dan panjang sebagai untaian polipeptida tunggal. Gambar 1. Struktur primer sederhana yang disusun oleh 4 jenis asam amino Struktur yang kedua adalah struktur sekunder. Pada struktur sekunder, protein sudah mengalami interaksi intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Ikatan pembentuk struktur ini didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. Ada dua jenis struktur sekunder, yaitu a-heliks dan b-sheet (lembaran). Gambar 2. Protein dengan struktur sekunder Struktur tersier merupakan struktur yang dibangun oleh struktur primer atau sekunder dan distabilkan oleh interakasi hidrofobik, hidrofilik, jembatan garam, ikatan hidrogen dan ikatan

disulfida (antar atom S) sehingga strukturnya menjadi kompleks. Protein globular dan protein serbut atau serat atau fiber merupakan contoh struktur tersier. Protein Globular merupakan protein yang larut dalam pelarut air dan dapat berdifusi dengan cepat, dan bersifat dinamis dimana seluruh interaksi antar struktur sekunder atau primer tervisualisasi dengan baik. Gambar 3. Struktur tersier dari protein Globular Protein serabut bersifat tidak larut dalam air merupakan molekul serabut panjang dengan rantai polipeptida yang memanjang pada satu sumbu dan tidak berlipat menjadi bentuk globular. Struktur kuartener merupakan hasil interaksi dari beberapa molekul protein tersier, setiap unit molekul tersier disebut dikenal dengan subunit. Gambar 4. Struktur kuartener yang diwakili oleh molekul hemoglobin Untuk pembahasan protein dikaji terlebih dahulu monomer penyusun protein yaitu asam amino. Asam amino adalah senyawa organik yang memiliki gugus fungsional karboksilat (COOH) dan amina (NH2) yang terikat pada satu atom karbon yang sama, atom ini juga umumnya merupakan C asimetris. Secara rinci struktur asam amino dibangun oleh sebuah atom C yang mengikat empat gugus yaitu; gugus amina (NH2), gugus karboksilat (COOH), atom hidrogen (H), dan satu gugus sisa R. Gugus ini yang membedakan satu asam amino dengan asam amino lainnya. Penggolongan Asam amino didasari pada sifat dan struktur gugus sisa (R), seperti gugus R yang bersifat asam, basa, gugus R yang mengandung belerang atau hidroksil, R sebagai senyawa aromatik, alifatik dan yang siklik. Namun penggolongan yang umum dipergunakan adalah sifat polaritas dari gugus R, yaitu asam amino dengan R yang bersifat non polar, asam amino dengan R polar tapi tidak bermuatan, asam amino dengan gugus R yang bermuatan negatif, dan asam amino dengan gugus R bermuatan positif. Dalam tubuh manusia terdapat beberapa asam amino yang tidak disintesa dalam tubuh yang disebut asam amino esensial, yaitu Arginin, (Arg), Histidin (His), Isoleusin (Ile), Leusin (Leu), Lisin (Lys), Methionin (Met), Phenilalanin (Phe), Threonin (Thr), Triptofan (Trp) dan Valin (Val). Dua molekul asam amino dapat saling berikatan membentuk ikatan kovalen melalui suatu ikatan amida yang disebut dengan ikatan peptida. Ikatan kovalen ini terjadi antara gugus karboksilat dari satu asam amino dengan gugus amino dari molekul asam amino lainnya dengan melepas molekul air. Gambar 14.26. Mekanisme pembentukan ikatan peptida sebagai rantai protein

1. II. PENGGOLONGAN PROTEIN BERDASARKAN FUNGSI BIOLOGI

Protein sebagai makromolekul (molekul besar) mampu menunjukkan berbagai fungsi biologi. Atas dasar peran ini maka protein dapat diklasifikasikan sebagai berikut enzim, protein transport,

Protein Kontraktil atau Motil 5. 1.protein nutrient dan penyimpan. protein kontraktil atau motil. No. Protein Struktural 6. Protein Nutrien dan Penyimpan 4. Protein Pengatur . Protein Transport 3. Protein Pertahanan 7. Enzim Golongan Ribonuklease Tripsin Hemoglobin Albumin serum Mioglobin b1-Lipoprotein Gliadin (gandum) Ovalbumin (telur) Kasein (susu) Feritin Aktin Miosin Tubulin Dynein Keratin Fibroin Kolagen Elastin Proteoglikan Antibodi Fibrinogen Contoh 2. protein pertahanan dan protein pengatur. protein struktural.

Beberapa contoh enzim yang banyak dimanfaatkan saat ini seperti. Protein sebagai protein transport . masing-masing dapat mengkatalisa reaksi kimia yang berbeda. Contoh protein yang berfungsi sebagai enzim adalah Ribonuklease dan Tripsin. Lebih dari 2000 jenis enzim.Trombin Toksin Botulinus Toksin Difteri Bisa ular Risin Insulin Hormon tumbuh Kortikotropin Represor Tabel 1. Enzim ini sangat spesifik dalam aksi katalitiknya. tanpa memandang panjang atau derat asam amino pada rantai polipeptida. telah ditemukan di dalam berbagai bentuk kehidupan. Protein yang paling bervariasi dan mempunyai kekhususan tinggi adalah protein yang mempunyai aktivitas katalisa. Enzim merupakan protein yang mempunyai fungsi sebagai katalis yang mempercepat laju reaksi dengan menurunkan energi aktivasi dari reaksi tersebut. Tripsin adalah enzim yang hanya mengkatalisa hidrolisis ikatan peptida dengan gugus karboksil yang ada pada residu lisin atau arginin. urikase yaitu enzim yang dapat membongkar asam urat menjadi alantoin. Gambar 5. merupakan protein yang dapat berfungsi sebagai katalisator. glukosa oksidase yang mengkatalisis glukosa menjadi asam glukonat. Hampir seluruh reaksi kimia yang terjadi di tingkat sel dikatalisis oleh enzim. Struktur Tripsin 1. tempat molekul ini mengkatalisa hidrolisis ikatan tertentu pada asam ribonukleat yang terdapat pada makanan yang masuk. Penggolongan protein berdasarkan fungsi biologi 1. Ribonuklease adalah protein globular berukuran kecil lainnya. merupakan enzim yang disekresikan oleh pankreas ke dalam usus kecil. enzim. Hampir semua reaksi kimia biomolekul organik di dalam sel dikatalisa oleh enzim. yakni. Protein sebagai enzim Enzim.

Struktur dari hemoglobin (hemoglobin tetramer) adalah molekul spheroidal dengan dimensi 64x55x50 Amstrong. suatu monomerik yang mengikat oksigen pada otot. karena laju transpor dari difusi zat bervariasi secara terbalik dengan pangkat dari jarak yang harus ditempuh. akan tetapi merupakan sistem pembawa oksigen modern yang menyediakan jumlah oksigen secara akurat menuju jarngan-jaringan di bawah kondisi apapun. Hemoglobin membawa oksigen dari paru-paru. seperti Annelida (contoh cacing tanah). Oksigen dibawa dan dilepaskan pada jaringan periferi yang dapat dipergunakan untuk mengoksidasi nutrient (makanan) menjadi energi. Contoh protein transport adalah mioglobin. protein ini merupakan cadangan makanan yang dibutuhkan untuk pertumbuhan dan perkembangan. protein pertama yang dikarakterisasikan dengan ultra sentrifugasi dan dihubungkan dengan fungsi fisiologis spesifik (dari transpor oksigen). Hemoglobin bukanlah hanya sebuah tangki oksigen sederhana. Beberapa contoh protein ini.700) yang ditemukan pada sel otot. Protein sebagai protein penyimpan Protein nutrient sering disebut juga protein penyimpanan. Subunit a dan b-nya terhubung secara struktur dan evolusi terhadap satu sama lain dan terhadap mioglobin. Hemoglobin menyusun 33% dari berat tubuh manusia.Protein transport adalah protein yang dapat mengikat dan membawa molekul atau ion yang khas dari satu organ ke organ lainnya. yang mempergunakan oksigen selama oksidasi nutrien sel. laju difusi oksigen sepanjang jaringan lebih tebal dari 1mm adalah terlalu lamban untuk menopang kehidupan. Struktur Hemoglobin 1. Gambar 6. Dua protomer ab-nya terhubung secara simetris dengan rotasi lipatan dua. Organisme yang sangat kecil tidak membutuhkan protein ini karena kebutuhan respirasinya dicukupkan dengan difusi pasif yang sederhana dari oksigen sepanjang tubuh. Akan tetapi. Mioglobin yang mendistribusikan oksigen ke otot Contoh lainnya adalah Hemoglobin. Protein transport di dalam plasma darah mengikat dan membawa molekul atau ion spesifik dari satu organ ke organ lain. evolusi organisme yang besar dan kompleks. dan dalam sel sabit anemia merupakan yang pertama dalam menunjukkan mutasi yang menyebabkan perubahan asam amino tunggal. Mioglobin merupakan protein pengikat oksigen yang relatif kecil (BM 16. membutuhkan perkembangan sistem sirkulasi secara aktif membawa oksigen dan nutrisi ke jaringan darah untuk organisme ini harus mempunyai pembawa oksigen seperti hemoglobin karena kelarutan oksigen dalam plasma darah terlalu rendah untuk membawa oksigen yang cukup untuk kebutuhan metabolisme. yang merupakan protein transport yang terdapat dalam sel darah merah. Oleh karena itu. Fungsinya adalah untuk menyimpan oksigen yang terikat dan untuk meningkatkan transport oksigen ke mitokondria. . asam amino dan nutrient lainnya melalui membran menuju sel. atau kulit hewan menuju kapiler-kapiler yang berfungsi dalam respirasi. Hemoglobin adalah salah satu protein pertama yang dapat ditentukan massa molekulnya secara akurat. Gambar 7. insang. Hemoglobin dapat mengikat oksigen ketika darah melalui paru-paru. Molekul hemoglobin adalah suatu tetramer a2b2 yang terdiri dari 2 rantai a yang identik dan 2 rantai b yang identik. Pada plasma darah terdapat lipoprotein yang berfungsi mengangkut lipida dari hati ke organ. Protein transport lain yang terdapat dalam membran sel berperan untuk membawa beberapa molekul seperti glukosa.

Ovalbumin protein utama putih telur. Ketika berkoagulasi dengan renin. Kasein relatif hidrofobik sehingga kurang larut dalam air. protein tidak dapat terdenaturasi. kasein memiliki muatan negatif dalam susu. artinya kasein tidak memiliki muatan ion bersih. dan beras. Oleh karena itu. Aktin serat sebenarnya merupakan untaian panjang molekul G-aktin(BM 46. Aktin terdapat dalam dua bentuk. Protein sebagai protein kontraktil Protein kontraktil juga dikenal sebagai protein motil. Struktur G-Aktin Gambar 10. Yang berhubungan erat dengan filamen tebal pada otot kerangka adalah filamen tipis. Hal ini dipicu oleh asam dan enzim rennet yang merupakan enzim proteolitik. Karena pH susu 6. Ferritin jaringan hewan merupakan protein penyimpan besi. yang terdiri dari protein aktin. mudah didispersikan dalam larutan basa encer dan larutan garam seperti natrium oksalat dan natrium asetat. protein utama susu merupakan contoh lain dari protein nutrien. kasein disebut parakasein. Contoh lainnya adalah tubulin pembentuk mikrotubul merupakan zat utama penyusun flagel dan silia yang menggerakkan sel. Kedua protein ini merupakan filamen yang berfungsi untuk bergerak di dalam sistem kontraktil dan otot kerangka. dan kasein. kasein merupakan golongan fosfoprotein. Secara teknis.6. namun tidak berinteraksi dimana tidak membentuk jembatan disulfida sehingga relatif tidak memiliki struktur tersier. Kasein adalah protein yang terdapat dalam susu dan digunakan sebagai agen pengikat pada berbagai macam makanan. Dalam kondisi asam (pH rendah) kasein akan mengendap karena kasein memiliki kelarutan (solubility) yang rendah pada kondisi asam. Kasein merupakan garam. contoh yang telah dikenal adalah protein biji dari gandum. Contoh lainnya adalah protein yang menyimpan zat besi yaitu ferritin yang terdapat di dalam jaringan hewan. Titik isoelektrik kasein adalah 4. aktin globular (G-aktin) dan aktin serat (F-aktin). yang merupakan kumpulan ikatan protein yang mengandung asam fosfat. di dalam sel organisme protein ini berperan untuk berkontraksi. Sementara protein tidak larut dalam larutan garam netral. kasein sebagai protein utama dalam susu.sering kita temukan dalam kehidupan sehari-hari seperti ovalbumin merupakan protein utama putih telur. Kasein tidak tergumpalkan oleh panas. Dua filamen F-aktin saling membelit terhadap sesamanya membentuk struktur dua untaian serupa tambang Gambar 9. jagung.6. Biji berbagai tumbuhan menyimpan protein nutrien yang dibutuhkan untuk pertumbuhan embrio tanaman.000) yang bergabung membentuk suatu filamen. Struktur Kasein 1. Struktur F-Aktin . Gambar 8. mengubah bentuk. Terutama. Salah satu contoh protein kontraktil adalah Aktin. Protein yang dimurnikan tidak dapat larut dalam air. Kasein terdiri dari jumlah yang cukup tinggi dari prolin peptida. atau bergerak seperti aktin dan miosin.

Persendian mengandung protein elastin yang dapat meregang dalam dua arah. seperti rambut. Ikatan disulfidanya dipotong. serabut a-keratin dapat diregangkan dua kali panjang dari panjang awalnya dengan memberikan panas lembab. 1. tanduk. kerangka. Dalam proses ini. masingmasing berberat molekul kira-kira 18. Fibroin merupakan protein serabut yang tidak larut. Ekor panjangnya terdiri dari dua rantai berberat molekul masing-masing 200. Protein ini adalah komponen dasar dari lapisan luar epidermal dan anggota badan yang berkaitan seperti rambut. Rambut biasanya mempunyai diameter 20mm dan terdiri dari sel mati. tetapi protein ini bersifat fleksibel dan lentur. Keratin keras. seperti kulit dan belulang. a-keratin kaya akan residu Cys. dan mengandung enam rantai polipeptida. yang tersusun utamanya dari a-keratin. kuku dan bulu. tanduk. Jenis lain adalah kuku. Salah satu contoh protein struktural adalah keratin. dan tidak dapat meregang. b-keratin.000. yang mengkatalisa hidrolisa ATP menghasilkan ADP dan fosfat.000. dimana tiap-tiapnya mengandung mikrofibril (2000 Amstrong dalam diameter) yang terorientasi secara paralel terhadap serabut rambut. Struktur Keratin . keduanya disebut rantai berat. Makrofibril tersusun dari mikrofibril (80 Amstrong dalam diameter) yang tertumpuk bersama oleh matriks protein amorfus yang kaya akan kandungan sulfur. Berat molekul protrin ini 450. karena ikatan disulfidanya dapat melawan gaya yang cenderung akan mendeformasikannya. Rantai ini mempunyai sambungan fleksibel seperti engsel. Komponen utama dari serat sutra dan jaring labah-labah adalah protein fibroin. miosin juga mempunyai “kepala” dengan susunan yang kompleks dan dilengkapi dengan aktivitas enzim. Miosin juga terdapat pada sel bukan otot. Misalnya kolagen adalah protein utama dalam urat dan tulang rawan yang memiliki kekuatan dan liat. kira-kira 160 nm panjangnya. akeratin diklasifikasikan sebagai “keras” atau “lunak” berdasarkan pada apakah kandungan sulfurnya tinggi atau rendah. Studi mikroskopik elektron menunjukkan bahwa rambut. analisis X-ray mengindikasikan bahwa struktur heliks a memanjang dengan pengaturan kembali yang seiring dari ikatan hidrogen untuk membentuk lembaran plat-b. Sejumlah molekul miosin tersusun bersama-sama membentuk filamen tebal pada otot. dan kuku adalah lebih lembut dari keratin lunak.Contoh lainya adalah miosin merupakan molekul serupa batang yang berukuran relatif panjang dengan ekor yang merupakan dua polipeptida a-heliks yang melilit terhadap satu sama lain. yang cross-link secara sejajar dengan ikatan peptida. dan b-keratin yang terdapat dalam burung dan reptil. Keratin diklasifikasikan sebagai a-keratin yang terdapat dalam mamalia.000. seperti bulu. terdapat dalam semua vertebrata tingkat tinggi. mempunyai pola X-ray dalam keadaan normalnya. jenis protein ini berperan untuk menyangga atau membangun struktur biologi makhluk hidup. Kepala molekul miosin mengandung aktivitas enzim. dan mengandung ujung rantai berat dan juga empat rantai ringan. Gambar 11. Hal ini berguna untuk kelarutan dan ketahannya terhadap regangan. Protein sebagai protein struktural Protein struktural. Keratin adalah protein yang tidak reaktif secara kimiawai dan tahan lama secara mekanik. dua dari sifat biologis utama suatu a-keratin. terlipat menjadi konformasi globular. Kepala miosin bersifat globular. rambut dan bulu-buluan merupakan protein keratin yang liat dan tidak larut dalam air. terdiri dari struktur hierarki.

yang mengatur transport Ca2+ dan fosfat. dan kaya akan Pro. seperti insulin. Insulin sapi mempunyai berat molekul kira-kira 5700. Gambar 12. Elastin memiliki komposisi asam amino yang berbeda dan sebagian besar mengandung residu non polar yang kecil. Protein pengatur lain. Lysinonorleucine adalah hasil dari reduksi basa Schiff (ikatan imine) yang terbentuk oleh kondensasi dari rantai samping sebuah Lys dengan allysine. Jaringan konektif putih yang tidak elastis dari tendon hanya mengandung jumlah elastin yang sedikit. Elastin membentuk jaringan tiga dimensi serat yang menempati kecenderungan waktu tertentu yang tak tampak dalam mikroskop elektron. menyebabkan penyakit diabetes. Insulin yang mengatur metabolisme gula dan kekurangannya menyebabkan penyakit diabetes. Di sini insulin berikatan dengan reseptor pada permukaan sel dan merangsang kapasitas sel untuk menggunakan glukosa sebagai bahan bakar metabolik. Sanger mempergunakan pengoksidasi asam performat. Insulin mengandung 2 rantai polipeptida. Hormon tersebut juga mempengaruhi jaringan tubuh lainnya. dan persendian elastis seperti yang ada pada leher. Pengamatan . Struktur Elastin 1. dan kekurangannya. terutama hati dan otot. Rantai silang kovalen dalam elastin terbentuk dari allysine aldol. Rantai silang initernyata juga berperan dalam sifat elastik dari elastin dan ketidaklarutannya. Insulin adalah sebuah hormon polipeptida yang mengatur metabolisme karbohidrat. Contohnya adalah insulin. lebih dari sepertiga Ala+Val. rantai A dengan 21 residu asam amino dan rantai B dengan 30 residu asam amino. Di antara jenis ini terdapat sejumlah hormon. Hormon pertumbuhan dari pituitary dan hormon paratiroid. Elastin mengandung sepertiga Gly. Akan tetapi. Desmosine dan Isedesmosine mempunyai bentuk unik terhadap elastin dan berperan untuk warna kuning.Contoh lain adalah Elastin. dimana seratnya dapat memanjang beberapa kali dari panjang normalnya. Desmosine. Merupakan komponen dasar dari jaringan konektif elastis kuning yang terdapat pada paru-paru. Selain merupakan efektor utama dalam homeostasis karbohidrat. dan Isodesmosine. dinding pembuluh darah yang besar seperti aorta. Hormon insulin dihasilkan oleh sel B pada pankreas yang merupakan pembawa pesan kimia yang diangkut oleh darah menuju organ lain. yang mengatur metabolisme gula. Molekul ini memiliki 2 rantai polipeptida. yang satu mempunyai 30 residu asam amino. yang lainnya mempunyai dua residu asam amino. hormon ini juga ambil bagian dalam metabolisme lemak (trigliserida) dan protein – hormon ini memiliki properti anabolik. yang juga terdapat dalam kolagen. dan senyawa Lysinonorleucine. Kedua rantai polipeptida pertama-tama dipisahkan dengan pemotongan jembatan disulfida. Rantai ini kemudian dipisahkan dan deret masing-masing ditentukan. Kortikotropin merupakan protein struktural yaitu suatu hormon dari kelenjar pituitary anterior yang merangsang korteks adrenal. elastin hanya mengandung sedikit Hydroxyproline dan residu polar. bukan Hydroxylysine. satu pada masingmasing rantai. yang memotong tiap residu sistin menjadi 2 residu asam sistat. yang disebut represor mengatur biosintesa enzim oleh sel bakteri. Elastin adalah protein dengan sifat elastis seperti penghapus. dan merupakan hasil dari kondensasi 3 allysine dan 1 lysine rantai samping. Untuk tujuan ini. Insulin merupakan protein pertama yang ditentukan deretnya. Protein sebagai protein regulator Beberapa protein membantu mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. Kedua rantai disambung oleh dua jembatan disulfida (S-S) dan salah satu rantai mempunyai ikatan disulfida internal.

asam amino yang ditemukan selalu sama walaupun spesies sumber insulin berbeda. sebagai contoh sapi. Walaupun insulin yang diisolasi dari pankreas beberapa spesies. Molekul antibodi mempunyai dua sisi pengikat yang membuatnya mampu membentuk kisi-kisi tiga dimensi molekul antibodi dan antigen secara berganti-ganti. Molekul ini mempunyai sisi pengikat yang bersifat komplementer terhadap bentuk struktur spesifik molekul antigen. juga tampaknya berfungsi di dalam pertahanan tubuh. Akan tetapi. Pasien dengan diabetes mellitus tipe 1 bergantung pada insulin eksogen (disuntikkan ke bawah kulit atau subkutan) untuk keselamatannya karena kekurangan absolut hormon tersebut. Imunoglobulin atau antibodi pada vertebrata adalah protein khusus yang dibuat oleh limfosit yang dapat mengenali dan mengendapkan atau menetralkan serangan bakteri. Antibodi merupakan molekul protein berbentuk-Y yang mengandung empat rantai polipeptida.deret asam amino kedua rantai tidak memperlihatkan pola yang nyata atau suatu pengulangan adanya asam amino tertentu. Yang nyata adalah bahwa pada posisi tertentu pada masing-masing insulin. dan ikan paus. Pasien dengan diabetes mellitus tipe 2 memiliki tingkat produksi insulin rendah atau kebal insulin. dan aktivitas biologinya dalam menjalankan metabolisme gula. Contohnya adalah antibodi. Insulin digunakan dalam pengobatan beberapa jenis diabetes mellitus. dan protein tumbuhan beracun. Antibodi bersifat sangat spesifik tehadap protein asing yang menimbulkan pembentukannya. lebih jauh lagi jembatan disulfida harus utuh. pada posisi lain asam amino mungkin berbeda dari satu spesies ke spesies lain. Tiap antigen dapat menimbulkan jenis antibodi spesifik masing-masing yang akan mengenali dan bergabung hanya dengan antigen yang menimbulkan pembentukannya atau molekul lain yang berdekatan. virus. Setiap detik. Bisa ular. Salah satu contoh yang melibatkan antibodi adalah ketika kulit . protein. senyawa ini tidak identik dengan insulin manusia. Penggantian sebagian atau kedua rantai oleh pemotongan selektif menyebabkan hilangnya beberapa atau semua aktivitas molekul. tambahan pula deret kedua rantai cukup berbeda. Protein sebagai protein pertahanan Banyak protein mempertahankan organisme dalam melawan serangan oleh spesies lain atau melindungi organisme tersebut dari luka. dan terkadang membutuhkan pengaturan insulin bila pengobatan lain tidak cukup untuk mengatur kadar glukosa darah. Gambar 13. babi. Molekul antibodi muncul di dalam serum darah dan jaringan tertentu spesies vertebrata sebagai reaksi terhadap injeksi suatu antigen. Struktur Insulin 1. Kedua rantai A dan B insulin diperlukan bagi aktivitas biologi. atau protein asing dari spesies lain. toksin bakteri. Pengamatan ini secara kuat menunjukkan bahwa aktivitas insulin tergantung kepada deret asam amino pada rantai polipeptidanya. merupakan hormon aktif di dalam manusia dan dipergunakan dalam pengobatan pasien penyakit diabetes. Fibrinogen dan trombin merupakan protein penggumpal darah yang menjaga kehilangan darah jika sistem pembuluh terluka. kambing. di samping kepada ikatan antar rantai pada titik-titik tertentu. Ribuan atau jutaan jenis antigen yang masuk akan merangsang dibentuknya ribuan atau jutaan jenis antibodi pula. seperti risin. Penentuan deret asam amino rantai insulin yang berhasil baik ini telah mendorong penelitian intensif mengenai hubungan diantara struktur insulin yang diisolasi dari berbagai spesies. sekitar 2000 molekul antibodi diproduksi oleh sel limfosit B. atau makromolekul asing lain.

and Voet. New York Zulfikar. DAFTAR PUSTAKA Lehninger... Protein Lain Terdapat banyak protein lain yang fungsinya agak eksotik dan tidak mudah diklasifikasikan. Monelin. G. I. Inc.id/wpcontent/uploads/2009/09/pikiranrakyat-20090903-kuatberpuasadengansusu. Gambar 14..php/1/kimiakesehatan_3_zulfikar. diakses pada 3 Oktober 2009 Voet. diakses dari www. 2009.ac. Persendian sayap beberapa insekta dibuat dari protein resilin.pdf. Merupakan hal yang luar biasa bahwa semua protein ini dengan sifat dan fungsi yang amat berbeda terbuat dari 20 asam amino yang sama. 2008.wordpress. 1990.. Biochemistry. L. Nanah ini merupakan sel darah putih penghasil antibodi yang mati setelah berperang melawan antigen.pdf. suatu protein tanaman dari Afrika yang mempunyai rasa yang amat manis.unpad. Kimia Kesehatan.com/2009/10/23/protein/ . diakses pada 3 Oktober 2009 http://impras7. yang bersifat hampir sempurna elastis. John Willey & Sons. diakses dari http://pustaka.terkena infeksi karena luka maka akan timbul nanah.com/file. D.ilmuku. Antibodi 1. Erlangga. J. Protein ini sedang dipelajari sebagai pemanis makanan yang tidak menggemukkan dan tidak beracun untuk manusia. A. Kuat Berpuasa dengan Susu. 1988. Plasma darah beberapa ikan Antartika mengandung protein antibeku yang melindungi darah ikan dari pembekuan. Jakarta Shiddieqy. Dasar-Dasar Biokimia Jilid I..

kuku. asam amino. yaitu protein yang berperan sebagai penyangga untuk memberikan struktur biologi kekuatan atau perlindungan. Lipoprotein dalam plasma darah membawa lipid dari hati ke organ lain. beras. yaitu protein yang berperan dalam system kontraksi otot kerangka. Ovalbumin pada telur dan kasein pada susu juga merupakan protein nutrien. atau protein asing dari spesi lain. yaitu protein yang mengikat dan memindahkan molekul atau ion spesifik. yaitu protein yang melindungi organism terhadap serangan organism lain (penyakit). Enzim. Bisa ular dan toksin bakteri juga tampaknya berfungsi sebagai protein pertahanan. Fibrinogen dan thrombin merupakan protein penggumpal darah jika system pembuluh terluka. Protein transpor.blogspot. 7. ialah protein yang berfungsi sebagai cadangan makanan. Lebih dari 2. Kekurangan insulin akan menyebabkan penyakit diabetes. Berikut ini penggolongan protein menurut fungsi biologisnya. bentuk. atau fungsi biologisnya. http://sriastutikkimia. dan bulu ayam/burung. dan membawanya ke jaringan periferi. fibrion yaitu komponen utama dalam serat sutra dan jarring laba – laba.com/2011/03/penggolongan-protein_1027. Berdasarkan fungsi biologisnya. yaitu komponen utama dalam urat dan tulang rawan. protein dapat dibedakan atas 7 golongan. Protein nutrien dan penyimpan. virus. Protein ini dapat mengenali dan menetralkan bakteri. Contohnya ialah kolagen. Contohnya adalah imunoglobin atau antibodi yang terdapat dalam vertebrata. 2. yaitu: 1. 3. Protein pertahanan (antibodi). 6. Protein struktur. yaitu protein yang berfungsi sebagai biokatalis. Hemoglobin dalam sel darah merah mengikat oksigen dari paru – paru. Contoh lain adalah keratin yang terdapat pada rambut.html . yaitu protein yang memberikan kemampuan pada sel dan organisme untuk mengubah bentuk atau bergerak. Protein transpor lain terdapat dalam dinding sel dan menyesuaika strukturnya untuk mengikat dan membawa glukosa.Penggolongan Protein Diposkan oleh IMOET BFF di 00:03 Protein dapat dibeda – bedakan komposisi kimia. 5. Contohnya ialah hormon. yaitu protein yang berfungsi mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. Protein pengatur. Protein kontraktil. Hamper semua reaksi senyawa organik dalam sel dikatalisis enzim. dan nutrient lain melalui membrane ke dalam sel. Contohnya ialah protein yang terdapat dalam biji – bijian seperti gandum. dan jagung. 4.000 jenis enzim telah ditemukan di dalam berbagai bentuk khidupan. seperti insulin yang mengatur metabolism gula darah. Contohnya ialah aktin dan miosin.

php?id=1909 Selasa. oksigen. namun untuk dapat berfungsi. Fungsi utama protein Sebagai enzim. Secara singkat penjelasan tentang protein sebagai berikut : A. senyawa pembentuk .donlod : http://digilib. Meskipun protein hanya tersusun atas asam amino yang ada 20 jenis saja. hidrogen. Alat pengangkut dan penyimpan Misalnya hemoglobin mengangkut oksigen dalam eritrosit sedangkan mioglobin mengangkut oksigen dalam otot. Media perambatan impuls syaraf misalnya berbentuk reseptor.Protein adalah senyawa organik kompleks dengan berat molekul tinggi. 05 Juni 2012 PROTEIN Protein merupakan senyawa polimer organik yang berasal dari monomer asam amino yang mempunyai ikatan peptida. Istilah protein berasal dari bahasa Yunani “protos” yang memiliki arti “yang paling utama”. keberadaan asam amino esensia atau fungsi biologisnya.penunjang mekanis.kelarutan. Karena strukturnya yang unik dan presisi itulah maka protein memiliki fungsi yang spesifik yang berbeda satu dengan lainnya.unimus. dan Pengendalian pertumbuhan. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan bentuknya : . Protein mengandung molekul karbon. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. protein merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida.ac.id/download. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Klasifikasi Protein Klasifikasi Protein dapat dibeda-bedakan berdasarkan bentuk. ia akan melipat-lipat dan membentuk suatu struktur tertentu yang sangat presisi sekaligus sulit diprediksi hingga saat ini.

terkoagulasi oleh panas. Albumin : larut dalam air terkoagulasi oleh panas. konsentrasi garam dan mudah denaturasi. Protein Konjugasi Merupakan protein sederhana yang terikat dengan baha-bahan non-asam amino. Karakteristik protein bentuk serabut adalah rendahnya daya larut. Contohnya : albumin telur. mudah berubah dibawah pengaruh suhu. Kolagen merupakan protein utama jaringan ikat. 2. Metaloprotein adalah protein yang terikat dengan mineral seperti feritin dan hemosiderin adalah protein dimana mineralnya adalah zat besi. Globulin terdapat dalam otot. albumin serum. Lipoprotein terdapat dalam plasma-plasma yang terikat melalui ikatan ester dengan asam fosfat sepertu kasein dalam susu. Nukleoprotein adalah kombinasi protein dengan karbohidrat dalam jumlah besar. serum. mempunyai kekuatan mekanis yang tinggi untuk tahan terhadap enzim pencernaan. konsentrasi meningkat. 2. tembaga dan seng. susu. dan hemoglobin. Protein ini larut dalam larutan garam dan encer. Albumin terdapat dalam telur. dan gizi tumbuh-tumbuhan. Contohnya : Ixiosinogen dalam otot. .1. Protein bentuk serabut (fibrous) Protein ini terdiri atas beberapa rantai peptida berbentu spiral yang terjalin. Globulin : tak larut air. Histon terdapat dalam jaringan-jaringan seperti timus dan pancreas. Protamin dihubungkan dengan asam nukleat. Miosin merupakan protein utama serat otot. larut dalam larutan garam. Nukleoprotein terdaoat dalam inti sel dan merupakan bagian penting DNA dan RNA. mengendap dalam larutan garam. Satu sama lain sehingga menyerupai batang yang kaku. kuning telur. arteri (pembuluh darah) dan jaringan elastis lain. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan kelarutannya dibagi menjadi : 1. Protein Globuler Berbentuk bola terdapat dalam cairan jaringan tubuh. plasma. Keratini adalah protein rambut dan kuku. otot. 3. Elasti terdapat dalam urat.

dan Valin. Contohnya : Histo dalam Hb. Triptopan. Protamin : protein paling sederhana dibanding protein-protein lain. Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan senyawa pembentuknya tebagi sebagai berikut: 1. larut dalam air dan tak terkoagulasi oleh panas. Contohnya : hisron dalam Hb. 5. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan keberadaan asam amino esensial. akan tetapi paling tidak dapat menghematnya. Lisin. Protein sederhana (misalnya serum darah albumin) yang bila dihidrolisis hanya menghasilkan asam-asam amino saja) atau protein saja. 6. Threonin. Enzim Enzim merupakan golongan protein yang terbesar dan paling penting. Contohnya : prolaamin dalam gandum. Contohnya : salmin dalam ikatan salmon. 4. Methionin (asam amino esensial) fungsinya dapat digantikan sistin (semi esensial) secara tidak sempurna. • Klasifikasi protein menurut fungsi biologisnya. Plolamin/Gliadin : larut dalam alcohol 70-80% dan tak larut dalam air maupun alcohol absolut.3. • Glutelin : tak larut dalam pelarut netral tapi larut dalam asam atau basa encer. dimana enzim berfungsi sebagai biokatalisator reaksi kimia dalam jasad hidup. sebagian terdiri dari satu rantai polipeptida dan . Lebih dari 2. Contoh : Hb 2. Dikelompokkan kedelapan asam amino esensial yang harus disediakan dalam bentuk jadi dalam menu makanan yang dikonsumsi sehari-hari yaitu : Isoleusin. Molekul enzim biasanya berbentuk globular (bulat). Leussin.000 jenis enzim telah ditemukan di dalam berbagai bentuk kehidupan. Histon : Larut dalam air dan tak larut dalam ammonia encer. yang dapat dibedakan menjadi 8 golongan : 1. Protein terkonjugasi (protein-protein yang terdapat di dalam membran sel) yang bila dihidrolisis menghasilkan asam-asam amino dan senyawa lain. Penilalanin yang fungsinya dapat digantikan tirosin (semi esensial) tidak secara sempurna.

Contoh lain adalah keratin yang terdapat pada rambut. Sebagai contoh adalah ribonuklease (enzim yang mengkatalisis hidrolisis RNA). 4. fibroin.penyangga untuk memberikan struktur biologi kekuatan atau perlindungan. asam amino. Lipoprotein dalam plasma darah membawa lipid dari hati ke organ lain. yaitu komponen utama dalam serat sutera dan jaring laba-laba. Hemoglobin dalam sel darah merah mengikat oksigen dari paru-paru. Hampir semua reaksi senyawa organik dalam sel dikatalis enzim. Protein Pembangun Protein ini berfungsi sebagai pembentuk struktur. Protein transpor lain terdapat dalam dinding sel dan menyesuaikan strukturnya untuk mengikat dan membawa glukosa. Sebagai contoh adalah myosin (filament tak bergerak dalam miofibril). Sebagai contohnya ialah kolagen. dan bulu ayam/burung.ada yang lebih dari satu rantai polipeptida. dan nutrien lain melaluai membran ke dalam sel. dinein (dalam rambut getar dan flagel). dan membawanya ke jaringan periferi. 2. kuku. sitokrom (berperan dalam proses pemindahan elektron). . aktin (filament yang bergerak miofibril). 3. yaitu komponen utama dalam urat dan tulang rawan. Protein Kontraktil protein yang berfungsi memberikan kemampuan pada sel dan organisme untuk mengubah bentuk atau bergerak. tripsin (katalisator pemutus ikatan peptida). Protein Pengangkut Protein yang mengikat dan memindahkan molekul atau ion spesifik.

Sebagai contoh adalah insulin (mengatur metabolisme glukosa). Golongan ini umumnya terdapat dalam darah vertebrata. risin (racun dalam beras). mioglobin (pengangkut oksigen dalam otot). atau protein asing dari spesi lain.Sebagai contoh adalah hemoglobin (alat pengangkut oksigen dalam darah). Protein ini dapat mengenali dan menetralkan bakteri. 5. 8. Protein Cadangan Protein ini disimpan untuk berbagai proses metabolisme dalam tubuh berfungsi sebagi cadangan makanan. 7. Sebagai contohnya adalah imunoglobin atau antibodi yang terdapat dalam vertebrata. protein yang berfungsi mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. adrenokortikotrop (mengatur sintesis kortikosteroid). virus. kasein (protein susu). Fibrinogen dan trombin merupakan protein penggumpal darah jika sistem pembuluh terluka. Protein Hormon Seperti halnya enzim. β-lipoprotein (pengangkut lipida dalam darah). bisah ular (penyebab terhidrolisisnya fosfogliserida). serum albumin (pengangkut asam lemak dalam darah). Sebagi contoh adalah ovalbumin (protein pada putih telur). Sebagai contoh adalah Clostridium botulinum (keracunan bahan makanan). 6. Struktur Protein . hormon termasuk protein yang aktif. B. Protein Pelindung Protein yang melindungi organisme terhadap serangan oraganisme lain (penyakit). Protein Bersifat racun Beberapa protein bersifat racun terhadap hewan kelas tinggi. feritin (cadangan besi dalam limfa).

Struktur primer dapat dianggap sebagai deskripsi lengkap semua ikatan kovalen dalam suatu rantai polipeptida atau protein. sekunder. glisin. Cara yang paling umum untuk menunjukkan struktur utama adalah untuk menulis urutan asam amino menggunakan singkatan tiga huruf standar untuk asam amino. Rangkaian asam amino yang membentuk protein sering dikelompokkan ke dalam empat tingkatan struktur. dan kuarterner. Sebagai contoh: Gly-Gly-ser-ala struktur utama untuk polipeptida terdiri dari glisin. Namun. 1. setiap gugus mengadakan ikatan hidrogen sehingga rantai asam amino membentuk struktur heliks. Struktur Tersier Struktur tersier terbentuk jika rangkaian heliks (struktur sekunder) menggulung karena adanya tarik-menarik antarbagian polipeptida sehingga membentuk satu subunit protein yang disebut struktur tersier. seperti pegas atau per. Struktur Kuartener . tersier. Protein terbentuk dari ikatan antarmolekul asam amino (disebut ikatan peptida). agar. 4. dan alanin . Dua molekul asam amino dapat berikatan (berkondensasi) dengan melepas molekul air sebagai berikut. Struktur Sekunder Struktur sekunder merupakan rangkaian lurus (struktur primer) dari rantai asam amino. yaitu primer. serin . 3. dari asam N-terminal amino (glisin) untuk asam C-terminal amino (alanin). Struktur Primer Struktur primer merupakan rantai pendek dari asam amino dan dianggap lurus. 2.Struktur utama dari polipeptida dan protein adalah urutan asam amino dalam rantai polipeptida dengan mengacu pada lokasi dari setiap ikatan disulfida.

Protein termasuk kopolimer. Protein yang terbentuk dari dua molekul asam amino disebut dipeptida.Struktur kuarterner terbentuk jika antarsubunit protein (dari struktur tersier) berinteraksi membentuk struktur kuarterner. Rantai Peptida Protein merupakan senyawa makromolekul yang terbentuk dari hasil polimerisasi kondensasi berbagai asam amino. Berikut ini adalah gambar Ikatan Peptida. senyawa tripeptida yang terbentuk dari asam amino glisin. Suatu rangkaian asam amino diberi nama dengan cara menambahkan akhiran -il pada asam amino awal (yang memiliki gugus fungsional bebas -NH2). Ikatan peptida ini terjadi antara atom C (dari gugus -COOH) dan atom N dari (gugus . C. dengan jumlah asam amino yang dapat mencapai ribuan. dari tiga molekul asam amino disebut tripeptida. kemudian diakhiri dengan nama asam amino terakhir (yang memiliki gugus fungsi bebas -COOH) tanpa akhiran -il. diberi nama glisilalanilfenilalanin. Misalnya. Antarmolekul asam amino tersebut berikatan kovalen yang disebut ikatan peptida. Berikut ini adalah gambar 4 struktur protein. dan fenilalanin. maka jumlah Asam Amino penyusun polipeptida disebut residu. Karena reaksi pembentukan peptida membebaskan 1 molekul air. Setiap molekul protein mengandung sekitar 20 jenis asam amino yang berikatan. diikuti oleh asam amino berikutnya. alanin. dan dari banyak molekul asam amino disebut polipeptida.NH2). .

bentuk dan ukuran. gamma dan protein. Elektroforesis protein juga dapat dilakukan pada urin. Posisi molekul yang terseparasi pada gel dapat dideteksi dengan pewarnaan atau autoradiografi. Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan matriks penyangga yang banyak dipakai untuk separasi protein dan asam nukleat. ataupun dilakukan kuantifikasi dengan densitometer.Berdasarkan konvensi. alpha 2. Elektroforesis yang dibahas di bawah ini menggunakan matriks berupa gel poliakrilamida (PAGE = poly-acrilamida gel electrophoresis) untuk separasi sampel protein. Elektroforesis protein serum (SPEP) adalah tes skrining yang mengukur protein darah utama dengan memisahkan mereka ke dalam lima fraksi yang berbeda: albumin. Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan. alpha 1. beta. Bila berada dalam suatu medan listrik. Elektroforesis merupakan proses bergeraknya molekul bermuatan pada suatu medan listrik. Elektroferisis Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan unsur-unsur yang berbeda (pecahan) dari sampel darah menjadi komponen-komponen individu. Dengan demikian elektroforesis dapat digunakan untuk separasi makromolekul (seperti protein dan asam nukleat). Banyak molekul biologi bermuatan listrik yang besarnya tergantung pada pH dan komposisi medium dimana molekul biologi tersebut terlarut. D. molekul biologi yang bermuatan positif akan bermigrasi ke elektroda .Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan matriks penyangga untuk mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan. Struktur molekul polipeptida Rantai peptida biasa disebut “backbone” alias tulang punggung sedangkan gugus R biasa disebut gugus samping. penyebutan urutan Asam Amino dimulai dari Asam Amino yang memiliki gugus –NH2 (disebut N terminal) hingga yang memiliki gugus –COOH bebas (C terminal).

Didalam elektroforesis tak-penyahaslian (nondenaturing) atau elektroforesis natif. protein dipisahkan dalam bentuk aslinya berdasarkan cas.negatif dan sebaliknya. Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel. dan bentuk molekul tersebut. Kobaktor enzim walaupun jumlahnya kecil dalam sel tetapi sangat esensial bagi kerja beberapa enzim. Contoh koenzim mencakup NADH. Beberapa koenzim seperti riboflavin. merkaptoetanol atau ditiotreitol. ataupun substrat sekunder. ataupun gugus metil yang dibawa oleh asam folat. sekitar 700 enzim diketahui menggunakan koenzim NADH. Gugus kimiawi yang dibawa mencakup ion hidrida (H–) yang dibawa oleh NAD atau NADP+. Protein dilarutkan didalam suatu larutan penimbal yang mengandungi SDS dan agen penurun. Sebagai contoh. yang dibutuhkan untuk fungsi katalitiknya. Satu lagi bentuk elektroforesis yang selalu digunakan bagi pemisahan protein ialah elektroforesis penyahaslian. adalah dapat dikatakan koenzim merupakan substrat yang khusus. saiz. tiamina. formil. dan asam folat adalah vitamin. Protein bergabung dengan SDS lalu bercas negartif. gugus asetil yang dibawa oleh koenzim A. . Coenzyme Koenzim adalah suatu molekul organik yang merupakan kobaktor non protein dari enzim. Elektroforesis gel poliakrilamid (PAGE) dengan suatu detergen anion. dan dipisahkan hanya berdasarkan saiz. Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim. dan oleh karena itu memegang peranan. metenil. Prinsip inilah yang dipakai dalam elektroforesis untuk memisahkan molekul-molekul berdasarkan muatannya. Model pengisian ruang koenzim NADH Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor gugus kimia atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat. E. dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina. sodium dodesil sulfat (SDS) digunakan untuk memisahkan subunit protein mengikut saiz. NADPH dan adenosina trifosfat. untuk menceraikan protein menjadi subunit dan menurunkan ikatan disulfat (Rajah 1). Contohnya. dan S-adenosilmetionina melalui metionina adenosiltransferase.

F.6 residu asam amino dan struktur ini terbentuk karena adanya ikatan hidrogen antara atom O pada gugus CO dengan atom H pada gugus NH (ditandai dengan garis warna oranye). Ada dua struktur sekunder utama yaitu alfa-helix dan beta-sheet. Struktur sekunder protein Pada gambar sebelah kiri.blogspot.com/2012/06/protein. Tidak semua bagian protein membentuk struktur alfa-helix dan beta-sheet. Struktur ini terjadi akibat adanya ikatan hidrogen antar Asam Amino. Satu putaran terdiri atas 3. Seperti halnya alfa-helix. http://sitisariinah. Struktur Sekunder Protein Pada bagian tertentu dari protein. terlihat bahwa struktur alfa-helix terbentuk oleh ‘backbone‘ ikatan peptida yang membentuk spiral dimana jika dilihat tegak lurus dari atas. namun seperti terlihat pada gambar sebelah kanan. struktur beta-sheet juga terbentuk karena adanya ikatan hidrogen. terdapat susunan Asam Amino yang membentuk suatu struktur yang reguler dengan sudut-sudut geometri tertentu. arah putarannya adalah searah jarum jam menjauhi pengamat (dinamakan alfa). pada bagian tertentu mereke tidak membentuk struktur yang reguler.html . ikatan hidrogen terjadi antara dua bagian rantai yang pararel sehingga membentuk lembaran yang berlipatlipat.