PROTEIN Tugas Terstuktur Mata Kuliah Biokimia JURUSAN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS

BRAWIJAYA MALANG 2009
1. I. PENDAHULUAN

Protein merupakan komponen utama dalam sel hidup yang memegang peranan penting dalam proses kehidupan. Protein berperan dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Protein dalam bentuk enzim beperan sebagai katalis dalam bermacam macam proses biokimia. Sebagai alat transport, yaitu protein hemoglobin mengikat dan mengangkut oksigen dalam bentuk ke seluruh bagian tubuh. Protein juga berfungsi sebagai pelindung, seperti antibodi yang terbentuk jika tubuh kemasukan zat asing, serta sebagai sistem kendali dalam bentuk hormon, Protein pembangun misalnya glikoprotein terdapat dalam dinding sel, keratin yang terdapat pada kulit, kuku dan rambut. Sebagai komponen penyimpanan dalam biji-bijian. Protein juga merupakan sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino. Dalam tinjauan kimia protein adalah senyawa organik yang kompleks berbobot molekul tinggi berupa polimer dengan monomer asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan sulfur serta Posfor. Protein dapat digolongkan berdasarkan bentuk dan proses pembentukan serta sifat fisiknya. Terdapat empat struktur protein yaitu struktur primer, sekunder, tersier dan kuartener. Struktur primer adalah rantai polipeptida sebuah protein terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida yang membentuk rantai lurus dan panjang sebagai untaian polipeptida tunggal. Gambar 1. Struktur primer sederhana yang disusun oleh 4 jenis asam amino Struktur yang kedua adalah struktur sekunder. Pada struktur sekunder, protein sudah mengalami interaksi intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Ikatan pembentuk struktur ini didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. Ada dua jenis struktur sekunder, yaitu a-heliks dan b-sheet (lembaran). Gambar 2. Protein dengan struktur sekunder Struktur tersier merupakan struktur yang dibangun oleh struktur primer atau sekunder dan distabilkan oleh interakasi hidrofobik, hidrofilik, jembatan garam, ikatan hidrogen dan ikatan

disulfida (antar atom S) sehingga strukturnya menjadi kompleks. Protein globular dan protein serbut atau serat atau fiber merupakan contoh struktur tersier. Protein Globular merupakan protein yang larut dalam pelarut air dan dapat berdifusi dengan cepat, dan bersifat dinamis dimana seluruh interaksi antar struktur sekunder atau primer tervisualisasi dengan baik. Gambar 3. Struktur tersier dari protein Globular Protein serabut bersifat tidak larut dalam air merupakan molekul serabut panjang dengan rantai polipeptida yang memanjang pada satu sumbu dan tidak berlipat menjadi bentuk globular. Struktur kuartener merupakan hasil interaksi dari beberapa molekul protein tersier, setiap unit molekul tersier disebut dikenal dengan subunit. Gambar 4. Struktur kuartener yang diwakili oleh molekul hemoglobin Untuk pembahasan protein dikaji terlebih dahulu monomer penyusun protein yaitu asam amino. Asam amino adalah senyawa organik yang memiliki gugus fungsional karboksilat (COOH) dan amina (NH2) yang terikat pada satu atom karbon yang sama, atom ini juga umumnya merupakan C asimetris. Secara rinci struktur asam amino dibangun oleh sebuah atom C yang mengikat empat gugus yaitu; gugus amina (NH2), gugus karboksilat (COOH), atom hidrogen (H), dan satu gugus sisa R. Gugus ini yang membedakan satu asam amino dengan asam amino lainnya. Penggolongan Asam amino didasari pada sifat dan struktur gugus sisa (R), seperti gugus R yang bersifat asam, basa, gugus R yang mengandung belerang atau hidroksil, R sebagai senyawa aromatik, alifatik dan yang siklik. Namun penggolongan yang umum dipergunakan adalah sifat polaritas dari gugus R, yaitu asam amino dengan R yang bersifat non polar, asam amino dengan R polar tapi tidak bermuatan, asam amino dengan gugus R yang bermuatan negatif, dan asam amino dengan gugus R bermuatan positif. Dalam tubuh manusia terdapat beberapa asam amino yang tidak disintesa dalam tubuh yang disebut asam amino esensial, yaitu Arginin, (Arg), Histidin (His), Isoleusin (Ile), Leusin (Leu), Lisin (Lys), Methionin (Met), Phenilalanin (Phe), Threonin (Thr), Triptofan (Trp) dan Valin (Val). Dua molekul asam amino dapat saling berikatan membentuk ikatan kovalen melalui suatu ikatan amida yang disebut dengan ikatan peptida. Ikatan kovalen ini terjadi antara gugus karboksilat dari satu asam amino dengan gugus amino dari molekul asam amino lainnya dengan melepas molekul air. Gambar 14.26. Mekanisme pembentukan ikatan peptida sebagai rantai protein

1. II. PENGGOLONGAN PROTEIN BERDASARKAN FUNGSI BIOLOGI

Protein sebagai makromolekul (molekul besar) mampu menunjukkan berbagai fungsi biologi. Atas dasar peran ini maka protein dapat diklasifikasikan sebagai berikut enzim, protein transport,

Protein Struktural 6. 1. Protein Pertahanan 7. No. Protein Kontraktil atau Motil 5.protein nutrient dan penyimpan. protein struktural. Protein Transport 3. protein pertahanan dan protein pengatur. Protein Nutrien dan Penyimpan 4. protein kontraktil atau motil. Enzim Golongan Ribonuklease Tripsin Hemoglobin Albumin serum Mioglobin b1-Lipoprotein Gliadin (gandum) Ovalbumin (telur) Kasein (susu) Feritin Aktin Miosin Tubulin Dynein Keratin Fibroin Kolagen Elastin Proteoglikan Antibodi Fibrinogen Contoh 2. Protein Pengatur .

tanpa memandang panjang atau derat asam amino pada rantai polipeptida. telah ditemukan di dalam berbagai bentuk kehidupan. Ribonuklease adalah protein globular berukuran kecil lainnya. Penggolongan protein berdasarkan fungsi biologi 1. Enzim merupakan protein yang mempunyai fungsi sebagai katalis yang mempercepat laju reaksi dengan menurunkan energi aktivasi dari reaksi tersebut. Tripsin adalah enzim yang hanya mengkatalisa hidrolisis ikatan peptida dengan gugus karboksil yang ada pada residu lisin atau arginin.Trombin Toksin Botulinus Toksin Difteri Bisa ular Risin Insulin Hormon tumbuh Kortikotropin Represor Tabel 1. yakni. Beberapa contoh enzim yang banyak dimanfaatkan saat ini seperti. Hampir semua reaksi kimia biomolekul organik di dalam sel dikatalisa oleh enzim. Struktur Tripsin 1. Lebih dari 2000 jenis enzim. Protein yang paling bervariasi dan mempunyai kekhususan tinggi adalah protein yang mempunyai aktivitas katalisa. masing-masing dapat mengkatalisa reaksi kimia yang berbeda. urikase yaitu enzim yang dapat membongkar asam urat menjadi alantoin. merupakan enzim yang disekresikan oleh pankreas ke dalam usus kecil. Enzim ini sangat spesifik dalam aksi katalitiknya. Protein sebagai enzim Enzim. Gambar 5. enzim. merupakan protein yang dapat berfungsi sebagai katalisator. Contoh protein yang berfungsi sebagai enzim adalah Ribonuklease dan Tripsin. Hampir seluruh reaksi kimia yang terjadi di tingkat sel dikatalisis oleh enzim. Protein sebagai protein transport . glukosa oksidase yang mengkatalisis glukosa menjadi asam glukonat. tempat molekul ini mengkatalisa hidrolisis ikatan tertentu pada asam ribonukleat yang terdapat pada makanan yang masuk.

Hemoglobin bukanlah hanya sebuah tangki oksigen sederhana. Protein sebagai protein penyimpan Protein nutrient sering disebut juga protein penyimpanan.700) yang ditemukan pada sel otot. Beberapa contoh protein ini. seperti Annelida (contoh cacing tanah). karena laju transpor dari difusi zat bervariasi secara terbalik dengan pangkat dari jarak yang harus ditempuh. Struktur Hemoglobin 1. membutuhkan perkembangan sistem sirkulasi secara aktif membawa oksigen dan nutrisi ke jaringan darah untuk organisme ini harus mempunyai pembawa oksigen seperti hemoglobin karena kelarutan oksigen dalam plasma darah terlalu rendah untuk membawa oksigen yang cukup untuk kebutuhan metabolisme. dan dalam sel sabit anemia merupakan yang pertama dalam menunjukkan mutasi yang menyebabkan perubahan asam amino tunggal. Protein transport lain yang terdapat dalam membran sel berperan untuk membawa beberapa molekul seperti glukosa. Hemoglobin membawa oksigen dari paru-paru. Hemoglobin adalah salah satu protein pertama yang dapat ditentukan massa molekulnya secara akurat. atau kulit hewan menuju kapiler-kapiler yang berfungsi dalam respirasi. akan tetapi merupakan sistem pembawa oksigen modern yang menyediakan jumlah oksigen secara akurat menuju jarngan-jaringan di bawah kondisi apapun. Dua protomer ab-nya terhubung secara simetris dengan rotasi lipatan dua. yang merupakan protein transport yang terdapat dalam sel darah merah. Gambar 6. Fungsinya adalah untuk menyimpan oksigen yang terikat dan untuk meningkatkan transport oksigen ke mitokondria. Mioglobin yang mendistribusikan oksigen ke otot Contoh lainnya adalah Hemoglobin. Organisme yang sangat kecil tidak membutuhkan protein ini karena kebutuhan respirasinya dicukupkan dengan difusi pasif yang sederhana dari oksigen sepanjang tubuh. Pada plasma darah terdapat lipoprotein yang berfungsi mengangkut lipida dari hati ke organ. asam amino dan nutrient lainnya melalui membran menuju sel. Oksigen dibawa dan dilepaskan pada jaringan periferi yang dapat dipergunakan untuk mengoksidasi nutrient (makanan) menjadi energi. Hemoglobin dapat mengikat oksigen ketika darah melalui paru-paru. . protein pertama yang dikarakterisasikan dengan ultra sentrifugasi dan dihubungkan dengan fungsi fisiologis spesifik (dari transpor oksigen). Protein transport di dalam plasma darah mengikat dan membawa molekul atau ion spesifik dari satu organ ke organ lain. Mioglobin merupakan protein pengikat oksigen yang relatif kecil (BM 16. Subunit a dan b-nya terhubung secara struktur dan evolusi terhadap satu sama lain dan terhadap mioglobin. Oleh karena itu. suatu monomerik yang mengikat oksigen pada otot. Struktur dari hemoglobin (hemoglobin tetramer) adalah molekul spheroidal dengan dimensi 64x55x50 Amstrong.Protein transport adalah protein yang dapat mengikat dan membawa molekul atau ion yang khas dari satu organ ke organ lainnya. Contoh protein transport adalah mioglobin. Molekul hemoglobin adalah suatu tetramer a2b2 yang terdiri dari 2 rantai a yang identik dan 2 rantai b yang identik. Gambar 7. Hemoglobin menyusun 33% dari berat tubuh manusia. insang. yang mempergunakan oksigen selama oksidasi nutrien sel. protein ini merupakan cadangan makanan yang dibutuhkan untuk pertumbuhan dan perkembangan. Akan tetapi. laju difusi oksigen sepanjang jaringan lebih tebal dari 1mm adalah terlalu lamban untuk menopang kehidupan. evolusi organisme yang besar dan kompleks.

Contoh lainnya adalah protein yang menyimpan zat besi yaitu ferritin yang terdapat di dalam jaringan hewan. Protein sebagai protein kontraktil Protein kontraktil juga dikenal sebagai protein motil. Contoh lainnya adalah tubulin pembentuk mikrotubul merupakan zat utama penyusun flagel dan silia yang menggerakkan sel.sering kita temukan dalam kehidupan sehari-hari seperti ovalbumin merupakan protein utama putih telur. artinya kasein tidak memiliki muatan ion bersih. Kedua protein ini merupakan filamen yang berfungsi untuk bergerak di dalam sistem kontraktil dan otot kerangka. Hal ini dipicu oleh asam dan enzim rennet yang merupakan enzim proteolitik. Oleh karena itu.6. Karena pH susu 6. Dalam kondisi asam (pH rendah) kasein akan mengendap karena kasein memiliki kelarutan (solubility) yang rendah pada kondisi asam. Kasein relatif hidrofobik sehingga kurang larut dalam air. jagung. Salah satu contoh protein kontraktil adalah Aktin. yang terdiri dari protein aktin. Ferritin jaringan hewan merupakan protein penyimpan besi. Sementara protein tidak larut dalam larutan garam netral. Dua filamen F-aktin saling membelit terhadap sesamanya membentuk struktur dua untaian serupa tambang Gambar 9. Kasein tidak tergumpalkan oleh panas. Titik isoelektrik kasein adalah 4. Gambar 8. di dalam sel organisme protein ini berperan untuk berkontraksi. mudah didispersikan dalam larutan basa encer dan larutan garam seperti natrium oksalat dan natrium asetat. Yang berhubungan erat dengan filamen tebal pada otot kerangka adalah filamen tipis. aktin globular (G-aktin) dan aktin serat (F-aktin). Aktin serat sebenarnya merupakan untaian panjang molekul G-aktin(BM 46. atau bergerak seperti aktin dan miosin. Secara teknis. Terutama. kasein disebut parakasein. Struktur F-Aktin . kasein memiliki muatan negatif dalam susu. kasein merupakan golongan fosfoprotein. yang merupakan kumpulan ikatan protein yang mengandung asam fosfat. Ketika berkoagulasi dengan renin. Struktur Kasein 1. Kasein merupakan garam. Struktur G-Aktin Gambar 10. Ovalbumin protein utama putih telur. mengubah bentuk. Kasein terdiri dari jumlah yang cukup tinggi dari prolin peptida. dan beras. protein utama susu merupakan contoh lain dari protein nutrien. Protein yang dimurnikan tidak dapat larut dalam air. contoh yang telah dikenal adalah protein biji dari gandum. Biji berbagai tumbuhan menyimpan protein nutrien yang dibutuhkan untuk pertumbuhan embrio tanaman. protein tidak dapat terdenaturasi.6. kasein sebagai protein utama dalam susu. dan kasein. namun tidak berinteraksi dimana tidak membentuk jembatan disulfida sehingga relatif tidak memiliki struktur tersier. Aktin terdapat dalam dua bentuk.000) yang bergabung membentuk suatu filamen. Kasein adalah protein yang terdapat dalam susu dan digunakan sebagai agen pengikat pada berbagai macam makanan.

yang cross-link secara sejajar dengan ikatan peptida. 1.000. miosin juga mempunyai “kepala” dengan susunan yang kompleks dan dilengkapi dengan aktivitas enzim. Komponen utama dari serat sutra dan jaring labah-labah adalah protein fibroin. kerangka. seperti kulit dan belulang. Miosin juga terdapat pada sel bukan otot. masingmasing berberat molekul kira-kira 18. tetapi protein ini bersifat fleksibel dan lentur. rambut dan bulu-buluan merupakan protein keratin yang liat dan tidak larut dalam air. dan mengandung ujung rantai berat dan juga empat rantai ringan. Kepala miosin bersifat globular. Makrofibril tersusun dari mikrofibril (80 Amstrong dalam diameter) yang tertumpuk bersama oleh matriks protein amorfus yang kaya akan kandungan sulfur. dimana tiap-tiapnya mengandung mikrofibril (2000 Amstrong dalam diameter) yang terorientasi secara paralel terhadap serabut rambut. serabut a-keratin dapat diregangkan dua kali panjang dari panjang awalnya dengan memberikan panas lembab. Hal ini berguna untuk kelarutan dan ketahannya terhadap regangan. dua dari sifat biologis utama suatu a-keratin. Gambar 11. seperti rambut. yang tersusun utamanya dari a-keratin. b-keratin. dan tidak dapat meregang. keduanya disebut rantai berat. kuku dan bulu. Sejumlah molekul miosin tersusun bersama-sama membentuk filamen tebal pada otot. Protein sebagai protein struktural Protein struktural.000. Ekor panjangnya terdiri dari dua rantai berberat molekul masing-masing 200. terdapat dalam semua vertebrata tingkat tinggi. dan b-keratin yang terdapat dalam burung dan reptil. Dalam proses ini. terdiri dari struktur hierarki. terlipat menjadi konformasi globular. analisis X-ray mengindikasikan bahwa struktur heliks a memanjang dengan pengaturan kembali yang seiring dari ikatan hidrogen untuk membentuk lembaran plat-b. yang mengkatalisa hidrolisa ATP menghasilkan ADP dan fosfat. Keratin keras. akeratin diklasifikasikan sebagai “keras” atau “lunak” berdasarkan pada apakah kandungan sulfurnya tinggi atau rendah. Berat molekul protrin ini 450. dan kuku adalah lebih lembut dari keratin lunak. Ikatan disulfidanya dipotong. tanduk. dan mengandung enam rantai polipeptida. Protein ini adalah komponen dasar dari lapisan luar epidermal dan anggota badan yang berkaitan seperti rambut. Rantai ini mempunyai sambungan fleksibel seperti engsel.Contoh lainya adalah miosin merupakan molekul serupa batang yang berukuran relatif panjang dengan ekor yang merupakan dua polipeptida a-heliks yang melilit terhadap satu sama lain. Persendian mengandung protein elastin yang dapat meregang dalam dua arah. Misalnya kolagen adalah protein utama dalam urat dan tulang rawan yang memiliki kekuatan dan liat. Salah satu contoh protein struktural adalah keratin. Fibroin merupakan protein serabut yang tidak larut. tanduk. seperti bulu. Keratin diklasifikasikan sebagai a-keratin yang terdapat dalam mamalia. Struktur Keratin . Kepala molekul miosin mengandung aktivitas enzim. Jenis lain adalah kuku. karena ikatan disulfidanya dapat melawan gaya yang cenderung akan mendeformasikannya. Keratin adalah protein yang tidak reaktif secara kimiawai dan tahan lama secara mekanik. Rambut biasanya mempunyai diameter 20mm dan terdiri dari sel mati.000. Studi mikroskopik elektron menunjukkan bahwa rambut. mempunyai pola X-ray dalam keadaan normalnya. a-keratin kaya akan residu Cys. jenis protein ini berperan untuk menyangga atau membangun struktur biologi makhluk hidup. kira-kira 160 nm panjangnya.

dan senyawa Lysinonorleucine. Molekul ini memiliki 2 rantai polipeptida. bukan Hydroxylysine. dan Isodesmosine. dan kekurangannya. Hormon tersebut juga mempengaruhi jaringan tubuh lainnya. Jaringan konektif putih yang tidak elastis dari tendon hanya mengandung jumlah elastin yang sedikit. Selain merupakan efektor utama dalam homeostasis karbohidrat. Desmosine. Contohnya adalah insulin. yang juga terdapat dalam kolagen. hormon ini juga ambil bagian dalam metabolisme lemak (trigliserida) dan protein – hormon ini memiliki properti anabolik. Sanger mempergunakan pengoksidasi asam performat. Hormon insulin dihasilkan oleh sel B pada pankreas yang merupakan pembawa pesan kimia yang diangkut oleh darah menuju organ lain. dimana seratnya dapat memanjang beberapa kali dari panjang normalnya. Insulin sapi mempunyai berat molekul kira-kira 5700.Contoh lain adalah Elastin. Rantai silang kovalen dalam elastin terbentuk dari allysine aldol. Pengamatan . rantai A dengan 21 residu asam amino dan rantai B dengan 30 residu asam amino. yang disebut represor mengatur biosintesa enzim oleh sel bakteri. Protein pengatur lain. yang mengatur transport Ca2+ dan fosfat. Untuk tujuan ini. Insulin merupakan protein pertama yang ditentukan deretnya. dan merupakan hasil dari kondensasi 3 allysine dan 1 lysine rantai samping. Kortikotropin merupakan protein struktural yaitu suatu hormon dari kelenjar pituitary anterior yang merangsang korteks adrenal. Rantai silang initernyata juga berperan dalam sifat elastik dari elastin dan ketidaklarutannya. Insulin adalah sebuah hormon polipeptida yang mengatur metabolisme karbohidrat. dan persendian elastis seperti yang ada pada leher. Struktur Elastin 1. Di sini insulin berikatan dengan reseptor pada permukaan sel dan merangsang kapasitas sel untuk menggunakan glukosa sebagai bahan bakar metabolik. yang lainnya mempunyai dua residu asam amino. Merupakan komponen dasar dari jaringan konektif elastis kuning yang terdapat pada paru-paru. Elastin adalah protein dengan sifat elastis seperti penghapus. Elastin memiliki komposisi asam amino yang berbeda dan sebagian besar mengandung residu non polar yang kecil. yang satu mempunyai 30 residu asam amino. Protein sebagai protein regulator Beberapa protein membantu mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. yang memotong tiap residu sistin menjadi 2 residu asam sistat. seperti insulin. lebih dari sepertiga Ala+Val. Elastin mengandung sepertiga Gly. Di antara jenis ini terdapat sejumlah hormon. Desmosine dan Isedesmosine mempunyai bentuk unik terhadap elastin dan berperan untuk warna kuning. yang mengatur metabolisme gula. dinding pembuluh darah yang besar seperti aorta. Kedua rantai polipeptida pertama-tama dipisahkan dengan pemotongan jembatan disulfida. satu pada masingmasing rantai. Insulin mengandung 2 rantai polipeptida. Gambar 12. Hormon pertumbuhan dari pituitary dan hormon paratiroid. elastin hanya mengandung sedikit Hydroxyproline dan residu polar. dan kaya akan Pro. Elastin membentuk jaringan tiga dimensi serat yang menempati kecenderungan waktu tertentu yang tak tampak dalam mikroskop elektron. Lysinonorleucine adalah hasil dari reduksi basa Schiff (ikatan imine) yang terbentuk oleh kondensasi dari rantai samping sebuah Lys dengan allysine. Kedua rantai disambung oleh dua jembatan disulfida (S-S) dan salah satu rantai mempunyai ikatan disulfida internal. terutama hati dan otot. Insulin yang mengatur metabolisme gula dan kekurangannya menyebabkan penyakit diabetes. menyebabkan penyakit diabetes. Rantai ini kemudian dipisahkan dan deret masing-masing ditentukan. Akan tetapi.

Penentuan deret asam amino rantai insulin yang berhasil baik ini telah mendorong penelitian intensif mengenai hubungan diantara struktur insulin yang diisolasi dari berbagai spesies. Antibodi merupakan molekul protein berbentuk-Y yang mengandung empat rantai polipeptida. babi. dan protein tumbuhan beracun. Pasien dengan diabetes mellitus tipe 2 memiliki tingkat produksi insulin rendah atau kebal insulin. kambing. Insulin digunakan dalam pengobatan beberapa jenis diabetes mellitus. Gambar 13. senyawa ini tidak identik dengan insulin manusia. atau makromolekul asing lain. Protein sebagai protein pertahanan Banyak protein mempertahankan organisme dalam melawan serangan oleh spesies lain atau melindungi organisme tersebut dari luka. Molekul antibodi muncul di dalam serum darah dan jaringan tertentu spesies vertebrata sebagai reaksi terhadap injeksi suatu antigen. sebagai contoh sapi. Tiap antigen dapat menimbulkan jenis antibodi spesifik masing-masing yang akan mengenali dan bergabung hanya dengan antigen yang menimbulkan pembentukannya atau molekul lain yang berdekatan. Penggantian sebagian atau kedua rantai oleh pemotongan selektif menyebabkan hilangnya beberapa atau semua aktivitas molekul. dan ikan paus. Fibrinogen dan trombin merupakan protein penggumpal darah yang menjaga kehilangan darah jika sistem pembuluh terluka. lebih jauh lagi jembatan disulfida harus utuh. Setiap detik. Kedua rantai A dan B insulin diperlukan bagi aktivitas biologi. dan terkadang membutuhkan pengaturan insulin bila pengobatan lain tidak cukup untuk mengatur kadar glukosa darah. dan aktivitas biologinya dalam menjalankan metabolisme gula. tambahan pula deret kedua rantai cukup berbeda. Yang nyata adalah bahwa pada posisi tertentu pada masing-masing insulin. Antibodi bersifat sangat spesifik tehadap protein asing yang menimbulkan pembentukannya. Walaupun insulin yang diisolasi dari pankreas beberapa spesies. Molekul antibodi mempunyai dua sisi pengikat yang membuatnya mampu membentuk kisi-kisi tiga dimensi molekul antibodi dan antigen secara berganti-ganti. sekitar 2000 molekul antibodi diproduksi oleh sel limfosit B. Salah satu contoh yang melibatkan antibodi adalah ketika kulit . Bisa ular. Molekul ini mempunyai sisi pengikat yang bersifat komplementer terhadap bentuk struktur spesifik molekul antigen. juga tampaknya berfungsi di dalam pertahanan tubuh. Akan tetapi. Imunoglobulin atau antibodi pada vertebrata adalah protein khusus yang dibuat oleh limfosit yang dapat mengenali dan mengendapkan atau menetralkan serangan bakteri. toksin bakteri. Struktur Insulin 1. Ribuan atau jutaan jenis antigen yang masuk akan merangsang dibentuknya ribuan atau jutaan jenis antibodi pula. protein. di samping kepada ikatan antar rantai pada titik-titik tertentu. pada posisi lain asam amino mungkin berbeda dari satu spesies ke spesies lain. atau protein asing dari spesies lain. Contohnya adalah antibodi. Pasien dengan diabetes mellitus tipe 1 bergantung pada insulin eksogen (disuntikkan ke bawah kulit atau subkutan) untuk keselamatannya karena kekurangan absolut hormon tersebut. merupakan hormon aktif di dalam manusia dan dipergunakan dalam pengobatan pasien penyakit diabetes. seperti risin. virus.deret asam amino kedua rantai tidak memperlihatkan pola yang nyata atau suatu pengulangan adanya asam amino tertentu. asam amino yang ditemukan selalu sama walaupun spesies sumber insulin berbeda. Pengamatan ini secara kuat menunjukkan bahwa aktivitas insulin tergantung kepada deret asam amino pada rantai polipeptidanya.

Protein Lain Terdapat banyak protein lain yang fungsinya agak eksotik dan tidak mudah diklasifikasikan.. diakses pada 3 Oktober 2009 http://impras7. Antibodi 1. L. Inc.pdf.unpad.terkena infeksi karena luka maka akan timbul nanah. Monelin. suatu protein tanaman dari Afrika yang mempunyai rasa yang amat manis. D. 2008.pdf. diakses dari http://pustaka. Kimia Kesehatan. Nanah ini merupakan sel darah putih penghasil antibodi yang mati setelah berperang melawan antigen. John Willey & Sons. Erlangga. Merupakan hal yang luar biasa bahwa semua protein ini dengan sifat dan fungsi yang amat berbeda terbuat dari 20 asam amino yang sama.. J. G. Dasar-Dasar Biokimia Jilid I. Protein ini sedang dipelajari sebagai pemanis makanan yang tidak menggemukkan dan tidak beracun untuk manusia. New York Zulfikar. Kuat Berpuasa dengan Susu. Jakarta Shiddieqy. 1988. diakses dari www.ac.ilmuku..com/2009/10/23/protein/ .php/1/kimiakesehatan_3_zulfikar. diakses pada 3 Oktober 2009 Voet. Plasma darah beberapa ikan Antartika mengandung protein antibeku yang melindungi darah ikan dari pembekuan. A. Biochemistry. I.wordpress. 1990. 2009. Gambar 14. Persendian sayap beberapa insekta dibuat dari protein resilin. and Voet. yang bersifat hampir sempurna elastis.id/wpcontent/uploads/2009/09/pikiranrakyat-20090903-kuatberpuasadengansusu.com/file... DAFTAR PUSTAKA Lehninger.

Contohnya adalah imunoglobin atau antibodi yang terdapat dalam vertebrata. Ovalbumin pada telur dan kasein pada susu juga merupakan protein nutrien. ialah protein yang berfungsi sebagai cadangan makanan. 7. atau protein asing dari spesi lain. Lipoprotein dalam plasma darah membawa lipid dari hati ke organ lain. seperti insulin yang mengatur metabolism gula darah.000 jenis enzim telah ditemukan di dalam berbagai bentuk khidupan. yaitu komponen utama dalam urat dan tulang rawan. Protein struktur. yaitu: 1. yaitu protein yang memberikan kemampuan pada sel dan organisme untuk mengubah bentuk atau bergerak. 2. Protein pengatur. beras. yaitu protein yang berfungsi sebagai biokatalis. 3. Kekurangan insulin akan menyebabkan penyakit diabetes. Protein kontraktil. Hemoglobin dalam sel darah merah mengikat oksigen dari paru – paru.html . Protein pertahanan (antibodi). yaitu protein yang berperan sebagai penyangga untuk memberikan struktur biologi kekuatan atau perlindungan. dan nutrient lain melalui membrane ke dalam sel. Protein transpor. Hamper semua reaksi senyawa organik dalam sel dikatalisis enzim. asam amino. dan jagung. Protein nutrien dan penyimpan. Protein transpor lain terdapat dalam dinding sel dan menyesuaika strukturnya untuk mengikat dan membawa glukosa. Contohnya ialah aktin dan miosin. http://sriastutikkimia. dan membawanya ke jaringan periferi. Protein ini dapat mengenali dan menetralkan bakteri. Berdasarkan fungsi biologisnya. Enzim. Contoh lain adalah keratin yang terdapat pada rambut. yaitu protein yang berfungsi mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. yaitu protein yang melindungi organism terhadap serangan organism lain (penyakit). 5. atau fungsi biologisnya. protein dapat dibedakan atas 7 golongan. Contohnya ialah kolagen. virus. Berikut ini penggolongan protein menurut fungsi biologisnya. Contohnya ialah protein yang terdapat dalam biji – bijian seperti gandum. yaitu protein yang berperan dalam system kontraksi otot kerangka. Bisa ular dan toksin bakteri juga tampaknya berfungsi sebagai protein pertahanan. bentuk.com/2011/03/penggolongan-protein_1027. kuku. Fibrinogen dan thrombin merupakan protein penggumpal darah jika system pembuluh terluka. dan bulu ayam/burung. Contohnya ialah hormon. 6.Penggolongan Protein Diposkan oleh IMOET BFF di 00:03 Protein dapat dibeda – bedakan komposisi kimia. yaitu protein yang mengikat dan memindahkan molekul atau ion spesifik.blogspot. Lebih dari 2. fibrion yaitu komponen utama dalam serat sutra dan jarring laba – laba. 4.

Secara singkat penjelasan tentang protein sebagai berikut : A.unimus. Klasifikasi Protein Klasifikasi Protein dapat dibeda-bedakan berdasarkan bentuk. hidrogen. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan bentuknya : . 05 Juni 2012 PROTEIN Protein merupakan senyawa polimer organik yang berasal dari monomer asam amino yang mempunyai ikatan peptida. namun untuk dapat berfungsi.id/download.kelarutan. ia akan melipat-lipat dan membentuk suatu struktur tertentu yang sangat presisi sekaligus sulit diprediksi hingga saat ini.Protein adalah senyawa organik kompleks dengan berat molekul tinggi. Media perambatan impuls syaraf misalnya berbentuk reseptor.ac. Protein mengandung molekul karbon. Karena strukturnya yang unik dan presisi itulah maka protein memiliki fungsi yang spesifik yang berbeda satu dengan lainnya.php?id=1909 Selasa.penunjang mekanis. oksigen. protein merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. senyawa pembentuk . Fungsi utama protein Sebagai enzim. Istilah protein berasal dari bahasa Yunani “protos” yang memiliki arti “yang paling utama”. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Alat pengangkut dan penyimpan Misalnya hemoglobin mengangkut oksigen dalam eritrosit sedangkan mioglobin mengangkut oksigen dalam otot. Meskipun protein hanya tersusun atas asam amino yang ada 20 jenis saja.donlod : http://digilib. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. keberadaan asam amino esensia atau fungsi biologisnya. dan Pengendalian pertumbuhan.

plasma. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan kelarutannya dibagi menjadi : 1. Nukleoprotein terdaoat dalam inti sel dan merupakan bagian penting DNA dan RNA. Elasti terdapat dalam urat. Satu sama lain sehingga menyerupai batang yang kaku. albumin serum. Metaloprotein adalah protein yang terikat dengan mineral seperti feritin dan hemosiderin adalah protein dimana mineralnya adalah zat besi. Karakteristik protein bentuk serabut adalah rendahnya daya larut. Lipoprotein terdapat dalam plasma-plasma yang terikat melalui ikatan ester dengan asam fosfat sepertu kasein dalam susu. konsentrasi garam dan mudah denaturasi. susu. 2. Protamin dihubungkan dengan asam nukleat. Globulin terdapat dalam otot. Miosin merupakan protein utama serat otot. mudah berubah dibawah pengaruh suhu. mempunyai kekuatan mekanis yang tinggi untuk tahan terhadap enzim pencernaan. konsentrasi meningkat. 3.1. terkoagulasi oleh panas. Protein ini larut dalam larutan garam dan encer. Nukleoprotein adalah kombinasi protein dengan karbohidrat dalam jumlah besar. Kolagen merupakan protein utama jaringan ikat. 2. arteri (pembuluh darah) dan jaringan elastis lain. Keratini adalah protein rambut dan kuku. Protein bentuk serabut (fibrous) Protein ini terdiri atas beberapa rantai peptida berbentu spiral yang terjalin. kuning telur. tembaga dan seng. Albumin terdapat dalam telur. Contohnya : Ixiosinogen dalam otot. Globulin : tak larut air. Protein Konjugasi Merupakan protein sederhana yang terikat dengan baha-bahan non-asam amino. Albumin : larut dalam air terkoagulasi oleh panas. . Contohnya : albumin telur. otot. mengendap dalam larutan garam. serum. dan gizi tumbuh-tumbuhan. larut dalam larutan garam. dan hemoglobin. Histon terdapat dalam jaringan-jaringan seperti timus dan pancreas. Protein Globuler Berbentuk bola terdapat dalam cairan jaringan tubuh.

Protein sederhana (misalnya serum darah albumin) yang bila dihidrolisis hanya menghasilkan asam-asam amino saja) atau protein saja. Contohnya : prolaamin dalam gandum. Threonin. Dikelompokkan kedelapan asam amino esensial yang harus disediakan dalam bentuk jadi dalam menu makanan yang dikonsumsi sehari-hari yaitu : Isoleusin. Protamin : protein paling sederhana dibanding protein-protein lain. Plolamin/Gliadin : larut dalam alcohol 70-80% dan tak larut dalam air maupun alcohol absolut. Contohnya : salmin dalam ikatan salmon. larut dalam air dan tak terkoagulasi oleh panas. Enzim Enzim merupakan golongan protein yang terbesar dan paling penting.3. akan tetapi paling tidak dapat menghematnya. Leussin. • Glutelin : tak larut dalam pelarut netral tapi larut dalam asam atau basa encer. Lebih dari 2. dimana enzim berfungsi sebagai biokatalisator reaksi kimia dalam jasad hidup. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan keberadaan asam amino esensial. yang dapat dibedakan menjadi 8 golongan : 1. 4. Contohnya : Histo dalam Hb. 6. • Klasifikasi protein menurut fungsi biologisnya. Penilalanin yang fungsinya dapat digantikan tirosin (semi esensial) tidak secara sempurna. Molekul enzim biasanya berbentuk globular (bulat). Lisin. sebagian terdiri dari satu rantai polipeptida dan . dan Valin. Contohnya : hisron dalam Hb. Contoh : Hb 2.000 jenis enzim telah ditemukan di dalam berbagai bentuk kehidupan. Methionin (asam amino esensial) fungsinya dapat digantikan sistin (semi esensial) secara tidak sempurna. Histon : Larut dalam air dan tak larut dalam ammonia encer. 5. Protein terkonjugasi (protein-protein yang terdapat di dalam membran sel) yang bila dihidrolisis menghasilkan asam-asam amino dan senyawa lain. Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan senyawa pembentuknya tebagi sebagai berikut: 1. Triptopan.

yaitu komponen utama dalam urat dan tulang rawan. Sebagai contoh adalah ribonuklease (enzim yang mengkatalisis hidrolisis RNA). asam amino. Lipoprotein dalam plasma darah membawa lipid dari hati ke organ lain.ada yang lebih dari satu rantai polipeptida. Protein Kontraktil protein yang berfungsi memberikan kemampuan pada sel dan organisme untuk mengubah bentuk atau bergerak. fibroin. tripsin (katalisator pemutus ikatan peptida). Protein Pengangkut Protein yang mengikat dan memindahkan molekul atau ion spesifik. dan membawanya ke jaringan periferi. yaitu komponen utama dalam serat sutera dan jaring laba-laba. sitokrom (berperan dalam proses pemindahan elektron). 2. Sebagai contoh adalah myosin (filament tak bergerak dalam miofibril). 4. dan nutrien lain melaluai membran ke dalam sel. aktin (filament yang bergerak miofibril). kuku. dinein (dalam rambut getar dan flagel). Protein Pembangun Protein ini berfungsi sebagai pembentuk struktur. Contoh lain adalah keratin yang terdapat pada rambut. Sebagai contohnya ialah kolagen.penyangga untuk memberikan struktur biologi kekuatan atau perlindungan. dan bulu ayam/burung. . Hampir semua reaksi senyawa organik dalam sel dikatalis enzim. Protein transpor lain terdapat dalam dinding sel dan menyesuaikan strukturnya untuk mengikat dan membawa glukosa. 3. Hemoglobin dalam sel darah merah mengikat oksigen dari paru-paru.

Sebagai contohnya adalah imunoglobin atau antibodi yang terdapat dalam vertebrata. hormon termasuk protein yang aktif. risin (racun dalam beras). protein yang berfungsi mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. 5. atau protein asing dari spesi lain. 7.Sebagai contoh adalah hemoglobin (alat pengangkut oksigen dalam darah). Sebagi contoh adalah ovalbumin (protein pada putih telur). mioglobin (pengangkut oksigen dalam otot). 8. Sebagai contoh adalah insulin (mengatur metabolisme glukosa). B. Golongan ini umumnya terdapat dalam darah vertebrata. β-lipoprotein (pengangkut lipida dalam darah). Struktur Protein . Fibrinogen dan trombin merupakan protein penggumpal darah jika sistem pembuluh terluka. adrenokortikotrop (mengatur sintesis kortikosteroid). Protein Cadangan Protein ini disimpan untuk berbagai proses metabolisme dalam tubuh berfungsi sebagi cadangan makanan. Protein Pelindung Protein yang melindungi organisme terhadap serangan oraganisme lain (penyakit). Protein Bersifat racun Beberapa protein bersifat racun terhadap hewan kelas tinggi. virus. Protein ini dapat mengenali dan menetralkan bakteri. bisah ular (penyebab terhidrolisisnya fosfogliserida). Sebagai contoh adalah Clostridium botulinum (keracunan bahan makanan). feritin (cadangan besi dalam limfa). 6. kasein (protein susu). serum albumin (pengangkut asam lemak dalam darah). Protein Hormon Seperti halnya enzim.

tersier. Namun. sekunder. agar.Struktur utama dari polipeptida dan protein adalah urutan asam amino dalam rantai polipeptida dengan mengacu pada lokasi dari setiap ikatan disulfida. Struktur Tersier Struktur tersier terbentuk jika rangkaian heliks (struktur sekunder) menggulung karena adanya tarik-menarik antarbagian polipeptida sehingga membentuk satu subunit protein yang disebut struktur tersier. glisin. setiap gugus mengadakan ikatan hidrogen sehingga rantai asam amino membentuk struktur heliks. dari asam N-terminal amino (glisin) untuk asam C-terminal amino (alanin). Protein terbentuk dari ikatan antarmolekul asam amino (disebut ikatan peptida). 4. Struktur Sekunder Struktur sekunder merupakan rangkaian lurus (struktur primer) dari rantai asam amino. Rangkaian asam amino yang membentuk protein sering dikelompokkan ke dalam empat tingkatan struktur. Struktur primer dapat dianggap sebagai deskripsi lengkap semua ikatan kovalen dalam suatu rantai polipeptida atau protein. 1. seperti pegas atau per. Cara yang paling umum untuk menunjukkan struktur utama adalah untuk menulis urutan asam amino menggunakan singkatan tiga huruf standar untuk asam amino. Struktur Kuartener . Sebagai contoh: Gly-Gly-ser-ala struktur utama untuk polipeptida terdiri dari glisin. Struktur Primer Struktur primer merupakan rantai pendek dari asam amino dan dianggap lurus. yaitu primer. dan alanin . dan kuarterner. Dua molekul asam amino dapat berikatan (berkondensasi) dengan melepas molekul air sebagai berikut. serin . 3. 2.

Rantai Peptida Protein merupakan senyawa makromolekul yang terbentuk dari hasil polimerisasi kondensasi berbagai asam amino.NH2). senyawa tripeptida yang terbentuk dari asam amino glisin. maka jumlah Asam Amino penyusun polipeptida disebut residu. Karena reaksi pembentukan peptida membebaskan 1 molekul air. alanin. Antarmolekul asam amino tersebut berikatan kovalen yang disebut ikatan peptida. dari tiga molekul asam amino disebut tripeptida. Misalnya. Berikut ini adalah gambar 4 struktur protein. dengan jumlah asam amino yang dapat mencapai ribuan. Suatu rangkaian asam amino diberi nama dengan cara menambahkan akhiran -il pada asam amino awal (yang memiliki gugus fungsional bebas -NH2). diberi nama glisilalanilfenilalanin. Protein termasuk kopolimer. . kemudian diakhiri dengan nama asam amino terakhir (yang memiliki gugus fungsi bebas -COOH) tanpa akhiran -il. Ikatan peptida ini terjadi antara atom C (dari gugus -COOH) dan atom N dari (gugus . dan dari banyak molekul asam amino disebut polipeptida. dan fenilalanin. Setiap molekul protein mengandung sekitar 20 jenis asam amino yang berikatan. diikuti oleh asam amino berikutnya. Berikut ini adalah gambar Ikatan Peptida. C.Struktur kuarterner terbentuk jika antarsubunit protein (dari struktur tersier) berinteraksi membentuk struktur kuarterner. Protein yang terbentuk dari dua molekul asam amino disebut dipeptida.

Elektroferisis Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan unsur-unsur yang berbeda (pecahan) dari sampel darah menjadi komponen-komponen individu. Banyak molekul biologi bermuatan listrik yang besarnya tergantung pada pH dan komposisi medium dimana molekul biologi tersebut terlarut. Elektroforesis protein serum (SPEP) adalah tes skrining yang mengukur protein darah utama dengan memisahkan mereka ke dalam lima fraksi yang berbeda: albumin. Elektroforesis protein juga dapat dilakukan pada urin. gamma dan protein. alpha 2. beta. Bila berada dalam suatu medan listrik. penyebutan urutan Asam Amino dimulai dari Asam Amino yang memiliki gugus –NH2 (disebut N terminal) hingga yang memiliki gugus –COOH bebas (C terminal). Struktur molekul polipeptida Rantai peptida biasa disebut “backbone” alias tulang punggung sedangkan gugus R biasa disebut gugus samping. Elektroforesis merupakan proses bergeraknya molekul bermuatan pada suatu medan listrik. alpha 1.Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan matriks penyangga untuk mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan. Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan matriks penyangga yang banyak dipakai untuk separasi protein dan asam nukleat.Berdasarkan konvensi. Dengan demikian elektroforesis dapat digunakan untuk separasi makromolekul (seperti protein dan asam nukleat). D. bentuk dan ukuran. Elektroforesis yang dibahas di bawah ini menggunakan matriks berupa gel poliakrilamida (PAGE = poly-acrilamida gel electrophoresis) untuk separasi sampel protein. Posisi molekul yang terseparasi pada gel dapat dideteksi dengan pewarnaan atau autoradiografi. ataupun dilakukan kuantifikasi dengan densitometer. Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan. molekul biologi yang bermuatan positif akan bermigrasi ke elektroda .

Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim. Protein dilarutkan didalam suatu larutan penimbal yang mengandungi SDS dan agen penurun. sekitar 700 enzim diketahui menggunakan koenzim NADH. Sebagai contoh. . NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat. dan oleh karena itu memegang peranan. Satu lagi bentuk elektroforesis yang selalu digunakan bagi pemisahan protein ialah elektroforesis penyahaslian. dan dipisahkan hanya berdasarkan saiz. tiamina. Didalam elektroforesis tak-penyahaslian (nondenaturing) atau elektroforesis natif. Protein bergabung dengan SDS lalu bercas negartif. merkaptoetanol atau ditiotreitol. yang dibutuhkan untuk fungsi katalitiknya. dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina. Gugus kimiawi yang dibawa mencakup ion hidrida (H–) yang dibawa oleh NAD atau NADP+. Elektroforesis gel poliakrilamid (PAGE) dengan suatu detergen anion. Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel. saiz. dan asam folat adalah vitamin. Contoh koenzim mencakup NADH.negatif dan sebaliknya. NADPH dan adenosina trifosfat. sodium dodesil sulfat (SDS) digunakan untuk memisahkan subunit protein mengikut saiz. adalah dapat dikatakan koenzim merupakan substrat yang khusus. gugus asetil yang dibawa oleh koenzim A. formil. untuk menceraikan protein menjadi subunit dan menurunkan ikatan disulfat (Rajah 1). Contohnya. Coenzyme Koenzim adalah suatu molekul organik yang merupakan kobaktor non protein dari enzim. Kobaktor enzim walaupun jumlahnya kecil dalam sel tetapi sangat esensial bagi kerja beberapa enzim. Prinsip inilah yang dipakai dalam elektroforesis untuk memisahkan molekul-molekul berdasarkan muatannya. ataupun gugus metil yang dibawa oleh asam folat. Beberapa koenzim seperti riboflavin. Model pengisian ruang koenzim NADH Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor gugus kimia atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. dan bentuk molekul tersebut. protein dipisahkan dalam bentuk aslinya berdasarkan cas. ataupun substrat sekunder. E. metenil. dan S-adenosilmetionina melalui metionina adenosiltransferase.

Struktur Sekunder Protein Pada bagian tertentu dari protein. pada bagian tertentu mereke tidak membentuk struktur yang reguler. Struktur ini terjadi akibat adanya ikatan hidrogen antar Asam Amino. namun seperti terlihat pada gambar sebelah kanan. Seperti halnya alfa-helix.html . Satu putaran terdiri atas 3. terdapat susunan Asam Amino yang membentuk suatu struktur yang reguler dengan sudut-sudut geometri tertentu. http://sitisariinah.com/2012/06/protein. arah putarannya adalah searah jarum jam menjauhi pengamat (dinamakan alfa). struktur beta-sheet juga terbentuk karena adanya ikatan hidrogen. terlihat bahwa struktur alfa-helix terbentuk oleh ‘backbone‘ ikatan peptida yang membentuk spiral dimana jika dilihat tegak lurus dari atas.blogspot.F.6 residu asam amino dan struktur ini terbentuk karena adanya ikatan hidrogen antara atom O pada gugus CO dengan atom H pada gugus NH (ditandai dengan garis warna oranye). Ada dua struktur sekunder utama yaitu alfa-helix dan beta-sheet. ikatan hidrogen terjadi antara dua bagian rantai yang pararel sehingga membentuk lembaran yang berlipatlipat. Struktur sekunder protein Pada gambar sebelah kiri. Tidak semua bagian protein membentuk struktur alfa-helix dan beta-sheet.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful