PROTEIN Tugas Terstuktur Mata Kuliah Biokimia JURUSAN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS

BRAWIJAYA MALANG 2009
1. I. PENDAHULUAN

Protein merupakan komponen utama dalam sel hidup yang memegang peranan penting dalam proses kehidupan. Protein berperan dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Protein dalam bentuk enzim beperan sebagai katalis dalam bermacam macam proses biokimia. Sebagai alat transport, yaitu protein hemoglobin mengikat dan mengangkut oksigen dalam bentuk ke seluruh bagian tubuh. Protein juga berfungsi sebagai pelindung, seperti antibodi yang terbentuk jika tubuh kemasukan zat asing, serta sebagai sistem kendali dalam bentuk hormon, Protein pembangun misalnya glikoprotein terdapat dalam dinding sel, keratin yang terdapat pada kulit, kuku dan rambut. Sebagai komponen penyimpanan dalam biji-bijian. Protein juga merupakan sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino. Dalam tinjauan kimia protein adalah senyawa organik yang kompleks berbobot molekul tinggi berupa polimer dengan monomer asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan sulfur serta Posfor. Protein dapat digolongkan berdasarkan bentuk dan proses pembentukan serta sifat fisiknya. Terdapat empat struktur protein yaitu struktur primer, sekunder, tersier dan kuartener. Struktur primer adalah rantai polipeptida sebuah protein terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida yang membentuk rantai lurus dan panjang sebagai untaian polipeptida tunggal. Gambar 1. Struktur primer sederhana yang disusun oleh 4 jenis asam amino Struktur yang kedua adalah struktur sekunder. Pada struktur sekunder, protein sudah mengalami interaksi intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Ikatan pembentuk struktur ini didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. Ada dua jenis struktur sekunder, yaitu a-heliks dan b-sheet (lembaran). Gambar 2. Protein dengan struktur sekunder Struktur tersier merupakan struktur yang dibangun oleh struktur primer atau sekunder dan distabilkan oleh interakasi hidrofobik, hidrofilik, jembatan garam, ikatan hidrogen dan ikatan

disulfida (antar atom S) sehingga strukturnya menjadi kompleks. Protein globular dan protein serbut atau serat atau fiber merupakan contoh struktur tersier. Protein Globular merupakan protein yang larut dalam pelarut air dan dapat berdifusi dengan cepat, dan bersifat dinamis dimana seluruh interaksi antar struktur sekunder atau primer tervisualisasi dengan baik. Gambar 3. Struktur tersier dari protein Globular Protein serabut bersifat tidak larut dalam air merupakan molekul serabut panjang dengan rantai polipeptida yang memanjang pada satu sumbu dan tidak berlipat menjadi bentuk globular. Struktur kuartener merupakan hasil interaksi dari beberapa molekul protein tersier, setiap unit molekul tersier disebut dikenal dengan subunit. Gambar 4. Struktur kuartener yang diwakili oleh molekul hemoglobin Untuk pembahasan protein dikaji terlebih dahulu monomer penyusun protein yaitu asam amino. Asam amino adalah senyawa organik yang memiliki gugus fungsional karboksilat (COOH) dan amina (NH2) yang terikat pada satu atom karbon yang sama, atom ini juga umumnya merupakan C asimetris. Secara rinci struktur asam amino dibangun oleh sebuah atom C yang mengikat empat gugus yaitu; gugus amina (NH2), gugus karboksilat (COOH), atom hidrogen (H), dan satu gugus sisa R. Gugus ini yang membedakan satu asam amino dengan asam amino lainnya. Penggolongan Asam amino didasari pada sifat dan struktur gugus sisa (R), seperti gugus R yang bersifat asam, basa, gugus R yang mengandung belerang atau hidroksil, R sebagai senyawa aromatik, alifatik dan yang siklik. Namun penggolongan yang umum dipergunakan adalah sifat polaritas dari gugus R, yaitu asam amino dengan R yang bersifat non polar, asam amino dengan R polar tapi tidak bermuatan, asam amino dengan gugus R yang bermuatan negatif, dan asam amino dengan gugus R bermuatan positif. Dalam tubuh manusia terdapat beberapa asam amino yang tidak disintesa dalam tubuh yang disebut asam amino esensial, yaitu Arginin, (Arg), Histidin (His), Isoleusin (Ile), Leusin (Leu), Lisin (Lys), Methionin (Met), Phenilalanin (Phe), Threonin (Thr), Triptofan (Trp) dan Valin (Val). Dua molekul asam amino dapat saling berikatan membentuk ikatan kovalen melalui suatu ikatan amida yang disebut dengan ikatan peptida. Ikatan kovalen ini terjadi antara gugus karboksilat dari satu asam amino dengan gugus amino dari molekul asam amino lainnya dengan melepas molekul air. Gambar 14.26. Mekanisme pembentukan ikatan peptida sebagai rantai protein

1. II. PENGGOLONGAN PROTEIN BERDASARKAN FUNGSI BIOLOGI

Protein sebagai makromolekul (molekul besar) mampu menunjukkan berbagai fungsi biologi. Atas dasar peran ini maka protein dapat diklasifikasikan sebagai berikut enzim, protein transport,

protein nutrient dan penyimpan. protein pertahanan dan protein pengatur. Protein Pertahanan 7. Protein Nutrien dan Penyimpan 4. protein struktural. 1. Enzim Golongan Ribonuklease Tripsin Hemoglobin Albumin serum Mioglobin b1-Lipoprotein Gliadin (gandum) Ovalbumin (telur) Kasein (susu) Feritin Aktin Miosin Tubulin Dynein Keratin Fibroin Kolagen Elastin Proteoglikan Antibodi Fibrinogen Contoh 2. Protein Transport 3. Protein Kontraktil atau Motil 5. protein kontraktil atau motil. Protein Struktural 6. Protein Pengatur . No.

tempat molekul ini mengkatalisa hidrolisis ikatan tertentu pada asam ribonukleat yang terdapat pada makanan yang masuk. Struktur Tripsin 1. merupakan enzim yang disekresikan oleh pankreas ke dalam usus kecil. Protein yang paling bervariasi dan mempunyai kekhususan tinggi adalah protein yang mempunyai aktivitas katalisa. Penggolongan protein berdasarkan fungsi biologi 1. glukosa oksidase yang mengkatalisis glukosa menjadi asam glukonat. Hampir semua reaksi kimia biomolekul organik di dalam sel dikatalisa oleh enzim. Enzim ini sangat spesifik dalam aksi katalitiknya. Hampir seluruh reaksi kimia yang terjadi di tingkat sel dikatalisis oleh enzim. yakni. Protein sebagai protein transport . Contoh protein yang berfungsi sebagai enzim adalah Ribonuklease dan Tripsin. Ribonuklease adalah protein globular berukuran kecil lainnya. merupakan protein yang dapat berfungsi sebagai katalisator. tanpa memandang panjang atau derat asam amino pada rantai polipeptida. Protein sebagai enzim Enzim. urikase yaitu enzim yang dapat membongkar asam urat menjadi alantoin. telah ditemukan di dalam berbagai bentuk kehidupan. Lebih dari 2000 jenis enzim. Tripsin adalah enzim yang hanya mengkatalisa hidrolisis ikatan peptida dengan gugus karboksil yang ada pada residu lisin atau arginin. Enzim merupakan protein yang mempunyai fungsi sebagai katalis yang mempercepat laju reaksi dengan menurunkan energi aktivasi dari reaksi tersebut. Beberapa contoh enzim yang banyak dimanfaatkan saat ini seperti. Gambar 5. enzim.Trombin Toksin Botulinus Toksin Difteri Bisa ular Risin Insulin Hormon tumbuh Kortikotropin Represor Tabel 1. masing-masing dapat mengkatalisa reaksi kimia yang berbeda.

Pada plasma darah terdapat lipoprotein yang berfungsi mengangkut lipida dari hati ke organ. Hemoglobin dapat mengikat oksigen ketika darah melalui paru-paru. seperti Annelida (contoh cacing tanah). Oleh karena itu. Gambar 6. protein ini merupakan cadangan makanan yang dibutuhkan untuk pertumbuhan dan perkembangan. Mioglobin merupakan protein pengikat oksigen yang relatif kecil (BM 16. Molekul hemoglobin adalah suatu tetramer a2b2 yang terdiri dari 2 rantai a yang identik dan 2 rantai b yang identik. yang merupakan protein transport yang terdapat dalam sel darah merah. Protein sebagai protein penyimpan Protein nutrient sering disebut juga protein penyimpanan. dan dalam sel sabit anemia merupakan yang pertama dalam menunjukkan mutasi yang menyebabkan perubahan asam amino tunggal. Akan tetapi. Oksigen dibawa dan dilepaskan pada jaringan periferi yang dapat dipergunakan untuk mengoksidasi nutrient (makanan) menjadi energi. Hemoglobin adalah salah satu protein pertama yang dapat ditentukan massa molekulnya secara akurat. Protein transport di dalam plasma darah mengikat dan membawa molekul atau ion spesifik dari satu organ ke organ lain. Struktur Hemoglobin 1. evolusi organisme yang besar dan kompleks. Hemoglobin membawa oksigen dari paru-paru. Gambar 7. Protein transport lain yang terdapat dalam membran sel berperan untuk membawa beberapa molekul seperti glukosa. Struktur dari hemoglobin (hemoglobin tetramer) adalah molekul spheroidal dengan dimensi 64x55x50 Amstrong. karena laju transpor dari difusi zat bervariasi secara terbalik dengan pangkat dari jarak yang harus ditempuh. asam amino dan nutrient lainnya melalui membran menuju sel. Hemoglobin menyusun 33% dari berat tubuh manusia. akan tetapi merupakan sistem pembawa oksigen modern yang menyediakan jumlah oksigen secara akurat menuju jarngan-jaringan di bawah kondisi apapun. atau kulit hewan menuju kapiler-kapiler yang berfungsi dalam respirasi.Protein transport adalah protein yang dapat mengikat dan membawa molekul atau ion yang khas dari satu organ ke organ lainnya. membutuhkan perkembangan sistem sirkulasi secara aktif membawa oksigen dan nutrisi ke jaringan darah untuk organisme ini harus mempunyai pembawa oksigen seperti hemoglobin karena kelarutan oksigen dalam plasma darah terlalu rendah untuk membawa oksigen yang cukup untuk kebutuhan metabolisme. laju difusi oksigen sepanjang jaringan lebih tebal dari 1mm adalah terlalu lamban untuk menopang kehidupan. insang. Fungsinya adalah untuk menyimpan oksigen yang terikat dan untuk meningkatkan transport oksigen ke mitokondria.700) yang ditemukan pada sel otot. Hemoglobin bukanlah hanya sebuah tangki oksigen sederhana. Mioglobin yang mendistribusikan oksigen ke otot Contoh lainnya adalah Hemoglobin. yang mempergunakan oksigen selama oksidasi nutrien sel. Subunit a dan b-nya terhubung secara struktur dan evolusi terhadap satu sama lain dan terhadap mioglobin. Contoh protein transport adalah mioglobin. Dua protomer ab-nya terhubung secara simetris dengan rotasi lipatan dua. . suatu monomerik yang mengikat oksigen pada otot. Beberapa contoh protein ini. protein pertama yang dikarakterisasikan dengan ultra sentrifugasi dan dihubungkan dengan fungsi fisiologis spesifik (dari transpor oksigen). Organisme yang sangat kecil tidak membutuhkan protein ini karena kebutuhan respirasinya dicukupkan dengan difusi pasif yang sederhana dari oksigen sepanjang tubuh.

Kasein adalah protein yang terdapat dalam susu dan digunakan sebagai agen pengikat pada berbagai macam makanan. Ferritin jaringan hewan merupakan protein penyimpan besi. mengubah bentuk. Protein sebagai protein kontraktil Protein kontraktil juga dikenal sebagai protein motil. yang merupakan kumpulan ikatan protein yang mengandung asam fosfat. contoh yang telah dikenal adalah protein biji dari gandum. Dalam kondisi asam (pH rendah) kasein akan mengendap karena kasein memiliki kelarutan (solubility) yang rendah pada kondisi asam. kasein memiliki muatan negatif dalam susu. kasein sebagai protein utama dalam susu. Struktur G-Aktin Gambar 10. Protein yang dimurnikan tidak dapat larut dalam air. Secara teknis. Gambar 8. Kasein merupakan garam.sering kita temukan dalam kehidupan sehari-hari seperti ovalbumin merupakan protein utama putih telur. protein tidak dapat terdenaturasi. kasein merupakan golongan fosfoprotein. Sementara protein tidak larut dalam larutan garam netral. di dalam sel organisme protein ini berperan untuk berkontraksi. namun tidak berinteraksi dimana tidak membentuk jembatan disulfida sehingga relatif tidak memiliki struktur tersier. Contoh lainnya adalah tubulin pembentuk mikrotubul merupakan zat utama penyusun flagel dan silia yang menggerakkan sel. Ovalbumin protein utama putih telur. Contoh lainnya adalah protein yang menyimpan zat besi yaitu ferritin yang terdapat di dalam jaringan hewan. protein utama susu merupakan contoh lain dari protein nutrien.6. Hal ini dipicu oleh asam dan enzim rennet yang merupakan enzim proteolitik. Kasein relatif hidrofobik sehingga kurang larut dalam air. Yang berhubungan erat dengan filamen tebal pada otot kerangka adalah filamen tipis. Biji berbagai tumbuhan menyimpan protein nutrien yang dibutuhkan untuk pertumbuhan embrio tanaman. atau bergerak seperti aktin dan miosin. dan beras. mudah didispersikan dalam larutan basa encer dan larutan garam seperti natrium oksalat dan natrium asetat. Karena pH susu 6. dan kasein. Struktur Kasein 1. Kasein tidak tergumpalkan oleh panas. Titik isoelektrik kasein adalah 4. artinya kasein tidak memiliki muatan ion bersih. Ketika berkoagulasi dengan renin. yang terdiri dari protein aktin. Oleh karena itu. kasein disebut parakasein. jagung.000) yang bergabung membentuk suatu filamen. Salah satu contoh protein kontraktil adalah Aktin. Kasein terdiri dari jumlah yang cukup tinggi dari prolin peptida. Struktur F-Aktin . Kedua protein ini merupakan filamen yang berfungsi untuk bergerak di dalam sistem kontraktil dan otot kerangka.6. aktin globular (G-aktin) dan aktin serat (F-aktin). Aktin serat sebenarnya merupakan untaian panjang molekul G-aktin(BM 46. Terutama. Dua filamen F-aktin saling membelit terhadap sesamanya membentuk struktur dua untaian serupa tambang Gambar 9. Aktin terdapat dalam dua bentuk.

seperti rambut. akeratin diklasifikasikan sebagai “keras” atau “lunak” berdasarkan pada apakah kandungan sulfurnya tinggi atau rendah. Fibroin merupakan protein serabut yang tidak larut. Komponen utama dari serat sutra dan jaring labah-labah adalah protein fibroin. a-keratin kaya akan residu Cys. Persendian mengandung protein elastin yang dapat meregang dalam dua arah. miosin juga mempunyai “kepala” dengan susunan yang kompleks dan dilengkapi dengan aktivitas enzim. Salah satu contoh protein struktural adalah keratin. Berat molekul protrin ini 450. seperti kulit dan belulang. serabut a-keratin dapat diregangkan dua kali panjang dari panjang awalnya dengan memberikan panas lembab. Sejumlah molekul miosin tersusun bersama-sama membentuk filamen tebal pada otot. kuku dan bulu. kira-kira 160 nm panjangnya.000. Rantai ini mempunyai sambungan fleksibel seperti engsel. Hal ini berguna untuk kelarutan dan ketahannya terhadap regangan. terdapat dalam semua vertebrata tingkat tinggi. dan mengandung enam rantai polipeptida. Kepala molekul miosin mengandung aktivitas enzim.000. b-keratin. Struktur Keratin . mempunyai pola X-ray dalam keadaan normalnya. Miosin juga terdapat pada sel bukan otot. 1. terlipat menjadi konformasi globular. Gambar 11. Protein sebagai protein struktural Protein struktural. yang mengkatalisa hidrolisa ATP menghasilkan ADP dan fosfat. rambut dan bulu-buluan merupakan protein keratin yang liat dan tidak larut dalam air. Keratin diklasifikasikan sebagai a-keratin yang terdapat dalam mamalia. Keratin keras. tanduk. dan b-keratin yang terdapat dalam burung dan reptil. dan kuku adalah lebih lembut dari keratin lunak. Studi mikroskopik elektron menunjukkan bahwa rambut.000. keduanya disebut rantai berat. Keratin adalah protein yang tidak reaktif secara kimiawai dan tahan lama secara mekanik. kerangka. dan mengandung ujung rantai berat dan juga empat rantai ringan.Contoh lainya adalah miosin merupakan molekul serupa batang yang berukuran relatif panjang dengan ekor yang merupakan dua polipeptida a-heliks yang melilit terhadap satu sama lain. yang tersusun utamanya dari a-keratin. Makrofibril tersusun dari mikrofibril (80 Amstrong dalam diameter) yang tertumpuk bersama oleh matriks protein amorfus yang kaya akan kandungan sulfur. dimana tiap-tiapnya mengandung mikrofibril (2000 Amstrong dalam diameter) yang terorientasi secara paralel terhadap serabut rambut. Ikatan disulfidanya dipotong. dua dari sifat biologis utama suatu a-keratin. Dalam proses ini. dan tidak dapat meregang. tetapi protein ini bersifat fleksibel dan lentur. yang cross-link secara sejajar dengan ikatan peptida. Kepala miosin bersifat globular. terdiri dari struktur hierarki. Misalnya kolagen adalah protein utama dalam urat dan tulang rawan yang memiliki kekuatan dan liat. Protein ini adalah komponen dasar dari lapisan luar epidermal dan anggota badan yang berkaitan seperti rambut. masingmasing berberat molekul kira-kira 18. jenis protein ini berperan untuk menyangga atau membangun struktur biologi makhluk hidup. karena ikatan disulfidanya dapat melawan gaya yang cenderung akan mendeformasikannya. seperti bulu. tanduk. Rambut biasanya mempunyai diameter 20mm dan terdiri dari sel mati. Ekor panjangnya terdiri dari dua rantai berberat molekul masing-masing 200. Jenis lain adalah kuku. analisis X-ray mengindikasikan bahwa struktur heliks a memanjang dengan pengaturan kembali yang seiring dari ikatan hidrogen untuk membentuk lembaran plat-b.

Elastin adalah protein dengan sifat elastis seperti penghapus. Selain merupakan efektor utama dalam homeostasis karbohidrat. Rantai silang kovalen dalam elastin terbentuk dari allysine aldol. Insulin yang mengatur metabolisme gula dan kekurangannya menyebabkan penyakit diabetes. Gambar 12. lebih dari sepertiga Ala+Val. Rantai ini kemudian dipisahkan dan deret masing-masing ditentukan. Di sini insulin berikatan dengan reseptor pada permukaan sel dan merangsang kapasitas sel untuk menggunakan glukosa sebagai bahan bakar metabolik. Struktur Elastin 1. dan Isodesmosine. Kedua rantai disambung oleh dua jembatan disulfida (S-S) dan salah satu rantai mempunyai ikatan disulfida internal. dan persendian elastis seperti yang ada pada leher. Elastin mengandung sepertiga Gly. Kortikotropin merupakan protein struktural yaitu suatu hormon dari kelenjar pituitary anterior yang merangsang korteks adrenal. Desmosine. yang mengatur metabolisme gula. yang lainnya mempunyai dua residu asam amino.Contoh lain adalah Elastin. Hormon tersebut juga mempengaruhi jaringan tubuh lainnya. Hormon insulin dihasilkan oleh sel B pada pankreas yang merupakan pembawa pesan kimia yang diangkut oleh darah menuju organ lain. bukan Hydroxylysine. Insulin sapi mempunyai berat molekul kira-kira 5700. yang juga terdapat dalam kolagen. satu pada masingmasing rantai. hormon ini juga ambil bagian dalam metabolisme lemak (trigliserida) dan protein – hormon ini memiliki properti anabolik. Untuk tujuan ini. Elastin membentuk jaringan tiga dimensi serat yang menempati kecenderungan waktu tertentu yang tak tampak dalam mikroskop elektron. dan kekurangannya. terutama hati dan otot. Jaringan konektif putih yang tidak elastis dari tendon hanya mengandung jumlah elastin yang sedikit. dimana seratnya dapat memanjang beberapa kali dari panjang normalnya. elastin hanya mengandung sedikit Hydroxyproline dan residu polar. Insulin merupakan protein pertama yang ditentukan deretnya. Contohnya adalah insulin. dan merupakan hasil dari kondensasi 3 allysine dan 1 lysine rantai samping. Sanger mempergunakan pengoksidasi asam performat. Rantai silang initernyata juga berperan dalam sifat elastik dari elastin dan ketidaklarutannya. dinding pembuluh darah yang besar seperti aorta. Protein sebagai protein regulator Beberapa protein membantu mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. Pengamatan . menyebabkan penyakit diabetes. dan senyawa Lysinonorleucine. Desmosine dan Isedesmosine mempunyai bentuk unik terhadap elastin dan berperan untuk warna kuning. dan kaya akan Pro. yang mengatur transport Ca2+ dan fosfat. yang disebut represor mengatur biosintesa enzim oleh sel bakteri. Merupakan komponen dasar dari jaringan konektif elastis kuning yang terdapat pada paru-paru. Elastin memiliki komposisi asam amino yang berbeda dan sebagian besar mengandung residu non polar yang kecil. Protein pengatur lain. Di antara jenis ini terdapat sejumlah hormon. Molekul ini memiliki 2 rantai polipeptida. Lysinonorleucine adalah hasil dari reduksi basa Schiff (ikatan imine) yang terbentuk oleh kondensasi dari rantai samping sebuah Lys dengan allysine. Hormon pertumbuhan dari pituitary dan hormon paratiroid. yang satu mempunyai 30 residu asam amino. Insulin mengandung 2 rantai polipeptida. Insulin adalah sebuah hormon polipeptida yang mengatur metabolisme karbohidrat. seperti insulin. Akan tetapi. yang memotong tiap residu sistin menjadi 2 residu asam sistat. rantai A dengan 21 residu asam amino dan rantai B dengan 30 residu asam amino. Kedua rantai polipeptida pertama-tama dipisahkan dengan pemotongan jembatan disulfida.

Kedua rantai A dan B insulin diperlukan bagi aktivitas biologi. Setiap detik. lebih jauh lagi jembatan disulfida harus utuh. Walaupun insulin yang diisolasi dari pankreas beberapa spesies. Antibodi bersifat sangat spesifik tehadap protein asing yang menimbulkan pembentukannya. Antibodi merupakan molekul protein berbentuk-Y yang mengandung empat rantai polipeptida. merupakan hormon aktif di dalam manusia dan dipergunakan dalam pengobatan pasien penyakit diabetes. Imunoglobulin atau antibodi pada vertebrata adalah protein khusus yang dibuat oleh limfosit yang dapat mengenali dan mengendapkan atau menetralkan serangan bakteri. virus. juga tampaknya berfungsi di dalam pertahanan tubuh. Penentuan deret asam amino rantai insulin yang berhasil baik ini telah mendorong penelitian intensif mengenai hubungan diantara struktur insulin yang diisolasi dari berbagai spesies. Pasien dengan diabetes mellitus tipe 1 bergantung pada insulin eksogen (disuntikkan ke bawah kulit atau subkutan) untuk keselamatannya karena kekurangan absolut hormon tersebut. toksin bakteri. pada posisi lain asam amino mungkin berbeda dari satu spesies ke spesies lain. Protein sebagai protein pertahanan Banyak protein mempertahankan organisme dalam melawan serangan oleh spesies lain atau melindungi organisme tersebut dari luka. Molekul antibodi mempunyai dua sisi pengikat yang membuatnya mampu membentuk kisi-kisi tiga dimensi molekul antibodi dan antigen secara berganti-ganti. atau makromolekul asing lain. Akan tetapi. sekitar 2000 molekul antibodi diproduksi oleh sel limfosit B. sebagai contoh sapi. Struktur Insulin 1. seperti risin. asam amino yang ditemukan selalu sama walaupun spesies sumber insulin berbeda. Bisa ular. Molekul ini mempunyai sisi pengikat yang bersifat komplementer terhadap bentuk struktur spesifik molekul antigen. kambing. Molekul antibodi muncul di dalam serum darah dan jaringan tertentu spesies vertebrata sebagai reaksi terhadap injeksi suatu antigen. tambahan pula deret kedua rantai cukup berbeda. babi. Ribuan atau jutaan jenis antigen yang masuk akan merangsang dibentuknya ribuan atau jutaan jenis antibodi pula. Pengamatan ini secara kuat menunjukkan bahwa aktivitas insulin tergantung kepada deret asam amino pada rantai polipeptidanya. Pasien dengan diabetes mellitus tipe 2 memiliki tingkat produksi insulin rendah atau kebal insulin. dan terkadang membutuhkan pengaturan insulin bila pengobatan lain tidak cukup untuk mengatur kadar glukosa darah. senyawa ini tidak identik dengan insulin manusia. atau protein asing dari spesies lain. Fibrinogen dan trombin merupakan protein penggumpal darah yang menjaga kehilangan darah jika sistem pembuluh terluka. dan protein tumbuhan beracun. Salah satu contoh yang melibatkan antibodi adalah ketika kulit . protein. Insulin digunakan dalam pengobatan beberapa jenis diabetes mellitus. Yang nyata adalah bahwa pada posisi tertentu pada masing-masing insulin.deret asam amino kedua rantai tidak memperlihatkan pola yang nyata atau suatu pengulangan adanya asam amino tertentu. dan aktivitas biologinya dalam menjalankan metabolisme gula. di samping kepada ikatan antar rantai pada titik-titik tertentu. Gambar 13. dan ikan paus. Tiap antigen dapat menimbulkan jenis antibodi spesifik masing-masing yang akan mengenali dan bergabung hanya dengan antigen yang menimbulkan pembentukannya atau molekul lain yang berdekatan. Penggantian sebagian atau kedua rantai oleh pemotongan selektif menyebabkan hilangnya beberapa atau semua aktivitas molekul. Contohnya adalah antibodi.

pdf. diakses pada 3 Oktober 2009 http://impras7. yang bersifat hampir sempurna elastis. Erlangga. Kimia Kesehatan. G.com/2009/10/23/protein/ . Kuat Berpuasa dengan Susu. DAFTAR PUSTAKA Lehninger. Inc. diakses dari www. 2008. J.pdf. A.id/wpcontent/uploads/2009/09/pikiranrakyat-20090903-kuatberpuasadengansusu. Nanah ini merupakan sel darah putih penghasil antibodi yang mati setelah berperang melawan antigen.. Biochemistry.com/file.unpad. diakses dari http://pustaka. New York Zulfikar. Monelin. Antibodi 1. I. John Willey & Sons. Jakarta Shiddieqy.terkena infeksi karena luka maka akan timbul nanah.. D. L. 1988.wordpress. Protein Lain Terdapat banyak protein lain yang fungsinya agak eksotik dan tidak mudah diklasifikasikan..ilmuku. 1990. Persendian sayap beberapa insekta dibuat dari protein resilin. Dasar-Dasar Biokimia Jilid I. Merupakan hal yang luar biasa bahwa semua protein ini dengan sifat dan fungsi yang amat berbeda terbuat dari 20 asam amino yang sama.. diakses pada 3 Oktober 2009 Voet.php/1/kimiakesehatan_3_zulfikar. Gambar 14. 2009. Protein ini sedang dipelajari sebagai pemanis makanan yang tidak menggemukkan dan tidak beracun untuk manusia.ac.. suatu protein tanaman dari Afrika yang mempunyai rasa yang amat manis. Plasma darah beberapa ikan Antartika mengandung protein antibeku yang melindungi darah ikan dari pembekuan. and Voet.

bentuk. virus. Protein ini dapat mengenali dan menetralkan bakteri. Enzim. yaitu komponen utama dalam urat dan tulang rawan. 4.blogspot. atau protein asing dari spesi lain. yaitu protein yang melindungi organism terhadap serangan organism lain (penyakit). seperti insulin yang mengatur metabolism gula darah. fibrion yaitu komponen utama dalam serat sutra dan jarring laba – laba. Contohnya ialah kolagen. Contoh lain adalah keratin yang terdapat pada rambut. Fibrinogen dan thrombin merupakan protein penggumpal darah jika system pembuluh terluka. dan membawanya ke jaringan periferi. Lipoprotein dalam plasma darah membawa lipid dari hati ke organ lain. Berdasarkan fungsi biologisnya. yaitu: 1. 7. dan bulu ayam/burung. yaitu protein yang memberikan kemampuan pada sel dan organisme untuk mengubah bentuk atau bergerak. dan jagung. beras.Penggolongan Protein Diposkan oleh IMOET BFF di 00:03 Protein dapat dibeda – bedakan komposisi kimia.000 jenis enzim telah ditemukan di dalam berbagai bentuk khidupan. Hemoglobin dalam sel darah merah mengikat oksigen dari paru – paru. yaitu protein yang berfungsi mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. Contohnya adalah imunoglobin atau antibodi yang terdapat dalam vertebrata. yaitu protein yang berperan dalam system kontraksi otot kerangka. 3. 5. 6. Protein pengatur. atau fungsi biologisnya. Protein transpor lain terdapat dalam dinding sel dan menyesuaika strukturnya untuk mengikat dan membawa glukosa. http://sriastutikkimia. yaitu protein yang berperan sebagai penyangga untuk memberikan struktur biologi kekuatan atau perlindungan. 2. Hamper semua reaksi senyawa organik dalam sel dikatalisis enzim.html . Ovalbumin pada telur dan kasein pada susu juga merupakan protein nutrien. Protein struktur. Lebih dari 2. Protein transpor. protein dapat dibedakan atas 7 golongan.com/2011/03/penggolongan-protein_1027. Protein kontraktil. dan nutrient lain melalui membrane ke dalam sel. yaitu protein yang mengikat dan memindahkan molekul atau ion spesifik. yaitu protein yang berfungsi sebagai biokatalis. Berikut ini penggolongan protein menurut fungsi biologisnya. Contohnya ialah hormon. Contohnya ialah protein yang terdapat dalam biji – bijian seperti gandum. Kekurangan insulin akan menyebabkan penyakit diabetes. kuku. Protein pertahanan (antibodi). ialah protein yang berfungsi sebagai cadangan makanan. Protein nutrien dan penyimpan. Contohnya ialah aktin dan miosin. asam amino. Bisa ular dan toksin bakteri juga tampaknya berfungsi sebagai protein pertahanan.

Klasifikasi Protein Klasifikasi Protein dapat dibeda-bedakan berdasarkan bentuk. keberadaan asam amino esensia atau fungsi biologisnya. dan Pengendalian pertumbuhan.penunjang mekanis. 05 Juni 2012 PROTEIN Protein merupakan senyawa polimer organik yang berasal dari monomer asam amino yang mempunyai ikatan peptida.donlod : http://digilib.unimus. Media perambatan impuls syaraf misalnya berbentuk reseptor. hidrogen.Protein adalah senyawa organik kompleks dengan berat molekul tinggi. Protein mengandung molekul karbon. Fungsi utama protein Sebagai enzim. Meskipun protein hanya tersusun atas asam amino yang ada 20 jenis saja. namun untuk dapat berfungsi. ia akan melipat-lipat dan membentuk suatu struktur tertentu yang sangat presisi sekaligus sulit diprediksi hingga saat ini.id/download.kelarutan. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan bentuknya : . Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Karena strukturnya yang unik dan presisi itulah maka protein memiliki fungsi yang spesifik yang berbeda satu dengan lainnya. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. oksigen.php?id=1909 Selasa. Secara singkat penjelasan tentang protein sebagai berikut : A. Istilah protein berasal dari bahasa Yunani “protos” yang memiliki arti “yang paling utama”. Alat pengangkut dan penyimpan Misalnya hemoglobin mengangkut oksigen dalam eritrosit sedangkan mioglobin mengangkut oksigen dalam otot.ac. senyawa pembentuk . protein merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida.

Albumin terdapat dalam telur. 3. Lipoprotein terdapat dalam plasma-plasma yang terikat melalui ikatan ester dengan asam fosfat sepertu kasein dalam susu. Protein Konjugasi Merupakan protein sederhana yang terikat dengan baha-bahan non-asam amino. larut dalam larutan garam. Albumin : larut dalam air terkoagulasi oleh panas. Protein ini larut dalam larutan garam dan encer. Histon terdapat dalam jaringan-jaringan seperti timus dan pancreas. mudah berubah dibawah pengaruh suhu. mengendap dalam larutan garam. Satu sama lain sehingga menyerupai batang yang kaku. Protein bentuk serabut (fibrous) Protein ini terdiri atas beberapa rantai peptida berbentu spiral yang terjalin. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan kelarutannya dibagi menjadi : 1. arteri (pembuluh darah) dan jaringan elastis lain. Protamin dihubungkan dengan asam nukleat. serum. Keratini adalah protein rambut dan kuku. 2. Nukleoprotein terdaoat dalam inti sel dan merupakan bagian penting DNA dan RNA. Miosin merupakan protein utama serat otot. terkoagulasi oleh panas. Kolagen merupakan protein utama jaringan ikat. dan gizi tumbuh-tumbuhan. Globulin : tak larut air. plasma. albumin serum. mempunyai kekuatan mekanis yang tinggi untuk tahan terhadap enzim pencernaan. tembaga dan seng. kuning telur.1. Metaloprotein adalah protein yang terikat dengan mineral seperti feritin dan hemosiderin adalah protein dimana mineralnya adalah zat besi. Contohnya : albumin telur. . konsentrasi garam dan mudah denaturasi. Nukleoprotein adalah kombinasi protein dengan karbohidrat dalam jumlah besar. susu. otot. 2. Elasti terdapat dalam urat. konsentrasi meningkat. Protein Globuler Berbentuk bola terdapat dalam cairan jaringan tubuh. dan hemoglobin. Karakteristik protein bentuk serabut adalah rendahnya daya larut. Contohnya : Ixiosinogen dalam otot. Globulin terdapat dalam otot.

Penilalanin yang fungsinya dapat digantikan tirosin (semi esensial) tidak secara sempurna. akan tetapi paling tidak dapat menghematnya. Contoh : Hb 2. Protein terkonjugasi (protein-protein yang terdapat di dalam membran sel) yang bila dihidrolisis menghasilkan asam-asam amino dan senyawa lain. 4. 6. dan Valin.000 jenis enzim telah ditemukan di dalam berbagai bentuk kehidupan. Threonin. • Klasifikasi protein menurut fungsi biologisnya. Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan senyawa pembentuknya tebagi sebagai berikut: 1. Enzim Enzim merupakan golongan protein yang terbesar dan paling penting. Protamin : protein paling sederhana dibanding protein-protein lain. sebagian terdiri dari satu rantai polipeptida dan .3. Lebih dari 2. Leussin. Methionin (asam amino esensial) fungsinya dapat digantikan sistin (semi esensial) secara tidak sempurna. Protein sederhana (misalnya serum darah albumin) yang bila dihidrolisis hanya menghasilkan asam-asam amino saja) atau protein saja. dimana enzim berfungsi sebagai biokatalisator reaksi kimia dalam jasad hidup. Contohnya : salmin dalam ikatan salmon. Dikelompokkan kedelapan asam amino esensial yang harus disediakan dalam bentuk jadi dalam menu makanan yang dikonsumsi sehari-hari yaitu : Isoleusin. Plolamin/Gliadin : larut dalam alcohol 70-80% dan tak larut dalam air maupun alcohol absolut. 5. Molekul enzim biasanya berbentuk globular (bulat). Histon : Larut dalam air dan tak larut dalam ammonia encer. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan keberadaan asam amino esensial. larut dalam air dan tak terkoagulasi oleh panas. Lisin. • Glutelin : tak larut dalam pelarut netral tapi larut dalam asam atau basa encer. Triptopan. Contohnya : hisron dalam Hb. Contohnya : prolaamin dalam gandum. Contohnya : Histo dalam Hb. yang dapat dibedakan menjadi 8 golongan : 1.

4. Sebagai contohnya ialah kolagen. yaitu komponen utama dalam urat dan tulang rawan. Hemoglobin dalam sel darah merah mengikat oksigen dari paru-paru. Protein Pengangkut Protein yang mengikat dan memindahkan molekul atau ion spesifik. kuku. Contoh lain adalah keratin yang terdapat pada rambut. aktin (filament yang bergerak miofibril). 3. 2. Sebagai contoh adalah myosin (filament tak bergerak dalam miofibril). . tripsin (katalisator pemutus ikatan peptida). Protein transpor lain terdapat dalam dinding sel dan menyesuaikan strukturnya untuk mengikat dan membawa glukosa. fibroin. Protein Kontraktil protein yang berfungsi memberikan kemampuan pada sel dan organisme untuk mengubah bentuk atau bergerak. dan nutrien lain melaluai membran ke dalam sel. Lipoprotein dalam plasma darah membawa lipid dari hati ke organ lain.ada yang lebih dari satu rantai polipeptida. dan bulu ayam/burung.penyangga untuk memberikan struktur biologi kekuatan atau perlindungan. dan membawanya ke jaringan periferi. Protein Pembangun Protein ini berfungsi sebagai pembentuk struktur. Sebagai contoh adalah ribonuklease (enzim yang mengkatalisis hidrolisis RNA). asam amino. dinein (dalam rambut getar dan flagel). Hampir semua reaksi senyawa organik dalam sel dikatalis enzim. yaitu komponen utama dalam serat sutera dan jaring laba-laba. sitokrom (berperan dalam proses pemindahan elektron).

5. β-lipoprotein (pengangkut lipida dalam darah). protein yang berfungsi mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. mioglobin (pengangkut oksigen dalam otot). Golongan ini umumnya terdapat dalam darah vertebrata. 8. Protein ini dapat mengenali dan menetralkan bakteri. B. Sebagai contoh adalah Clostridium botulinum (keracunan bahan makanan). kasein (protein susu). 6. atau protein asing dari spesi lain. bisah ular (penyebab terhidrolisisnya fosfogliserida). Fibrinogen dan trombin merupakan protein penggumpal darah jika sistem pembuluh terluka. serum albumin (pengangkut asam lemak dalam darah). Struktur Protein . 7. Sebagi contoh adalah ovalbumin (protein pada putih telur). Protein Bersifat racun Beberapa protein bersifat racun terhadap hewan kelas tinggi. feritin (cadangan besi dalam limfa). adrenokortikotrop (mengatur sintesis kortikosteroid). hormon termasuk protein yang aktif. Sebagai contohnya adalah imunoglobin atau antibodi yang terdapat dalam vertebrata.Sebagai contoh adalah hemoglobin (alat pengangkut oksigen dalam darah). risin (racun dalam beras). Protein Pelindung Protein yang melindungi organisme terhadap serangan oraganisme lain (penyakit). Protein Cadangan Protein ini disimpan untuk berbagai proses metabolisme dalam tubuh berfungsi sebagi cadangan makanan. Sebagai contoh adalah insulin (mengatur metabolisme glukosa). Protein Hormon Seperti halnya enzim. virus.

agar. Namun. Struktur Primer Struktur primer merupakan rantai pendek dari asam amino dan dianggap lurus. Sebagai contoh: Gly-Gly-ser-ala struktur utama untuk polipeptida terdiri dari glisin.Struktur utama dari polipeptida dan protein adalah urutan asam amino dalam rantai polipeptida dengan mengacu pada lokasi dari setiap ikatan disulfida. Protein terbentuk dari ikatan antarmolekul asam amino (disebut ikatan peptida). 4. dan kuarterner. Struktur Kuartener . sekunder. yaitu primer. Struktur Sekunder Struktur sekunder merupakan rangkaian lurus (struktur primer) dari rantai asam amino. tersier. 3. 1. dari asam N-terminal amino (glisin) untuk asam C-terminal amino (alanin). Struktur primer dapat dianggap sebagai deskripsi lengkap semua ikatan kovalen dalam suatu rantai polipeptida atau protein. 2. Cara yang paling umum untuk menunjukkan struktur utama adalah untuk menulis urutan asam amino menggunakan singkatan tiga huruf standar untuk asam amino. Rangkaian asam amino yang membentuk protein sering dikelompokkan ke dalam empat tingkatan struktur. glisin. dan alanin . Dua molekul asam amino dapat berikatan (berkondensasi) dengan melepas molekul air sebagai berikut. seperti pegas atau per. serin . setiap gugus mengadakan ikatan hidrogen sehingga rantai asam amino membentuk struktur heliks. Struktur Tersier Struktur tersier terbentuk jika rangkaian heliks (struktur sekunder) menggulung karena adanya tarik-menarik antarbagian polipeptida sehingga membentuk satu subunit protein yang disebut struktur tersier.

dengan jumlah asam amino yang dapat mencapai ribuan. Berikut ini adalah gambar 4 struktur protein. diberi nama glisilalanilfenilalanin. Antarmolekul asam amino tersebut berikatan kovalen yang disebut ikatan peptida. Rantai Peptida Protein merupakan senyawa makromolekul yang terbentuk dari hasil polimerisasi kondensasi berbagai asam amino.NH2). C. Berikut ini adalah gambar Ikatan Peptida. maka jumlah Asam Amino penyusun polipeptida disebut residu. dari tiga molekul asam amino disebut tripeptida. dan fenilalanin. kemudian diakhiri dengan nama asam amino terakhir (yang memiliki gugus fungsi bebas -COOH) tanpa akhiran -il.Struktur kuarterner terbentuk jika antarsubunit protein (dari struktur tersier) berinteraksi membentuk struktur kuarterner. Karena reaksi pembentukan peptida membebaskan 1 molekul air. Misalnya. diikuti oleh asam amino berikutnya. Protein termasuk kopolimer. alanin. Ikatan peptida ini terjadi antara atom C (dari gugus -COOH) dan atom N dari (gugus . . Protein yang terbentuk dari dua molekul asam amino disebut dipeptida. dan dari banyak molekul asam amino disebut polipeptida. Suatu rangkaian asam amino diberi nama dengan cara menambahkan akhiran -il pada asam amino awal (yang memiliki gugus fungsional bebas -NH2). Setiap molekul protein mengandung sekitar 20 jenis asam amino yang berikatan. senyawa tripeptida yang terbentuk dari asam amino glisin.

Berdasarkan konvensi. D. Elektroforesis protein juga dapat dilakukan pada urin. Elektroforesis protein serum (SPEP) adalah tes skrining yang mengukur protein darah utama dengan memisahkan mereka ke dalam lima fraksi yang berbeda: albumin. Dengan demikian elektroforesis dapat digunakan untuk separasi makromolekul (seperti protein dan asam nukleat). Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan. alpha 1.Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan matriks penyangga untuk mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan. ataupun dilakukan kuantifikasi dengan densitometer. penyebutan urutan Asam Amino dimulai dari Asam Amino yang memiliki gugus –NH2 (disebut N terminal) hingga yang memiliki gugus –COOH bebas (C terminal). alpha 2. gamma dan protein. beta. Bila berada dalam suatu medan listrik. Banyak molekul biologi bermuatan listrik yang besarnya tergantung pada pH dan komposisi medium dimana molekul biologi tersebut terlarut. bentuk dan ukuran. Struktur molekul polipeptida Rantai peptida biasa disebut “backbone” alias tulang punggung sedangkan gugus R biasa disebut gugus samping. Elektroforesis yang dibahas di bawah ini menggunakan matriks berupa gel poliakrilamida (PAGE = poly-acrilamida gel electrophoresis) untuk separasi sampel protein. Elektroforesis merupakan proses bergeraknya molekul bermuatan pada suatu medan listrik. molekul biologi yang bermuatan positif akan bermigrasi ke elektroda . Elektroferisis Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan unsur-unsur yang berbeda (pecahan) dari sampel darah menjadi komponen-komponen individu. Posisi molekul yang terseparasi pada gel dapat dideteksi dengan pewarnaan atau autoradiografi. Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan matriks penyangga yang banyak dipakai untuk separasi protein dan asam nukleat.

metenil. adalah dapat dikatakan koenzim merupakan substrat yang khusus. Elektroforesis gel poliakrilamid (PAGE) dengan suatu detergen anion. yang dibutuhkan untuk fungsi katalitiknya. NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat. . gugus asetil yang dibawa oleh koenzim A. tiamina. Protein dilarutkan didalam suatu larutan penimbal yang mengandungi SDS dan agen penurun. protein dipisahkan dalam bentuk aslinya berdasarkan cas. Coenzyme Koenzim adalah suatu molekul organik yang merupakan kobaktor non protein dari enzim. Contohnya. NADPH dan adenosina trifosfat. Didalam elektroforesis tak-penyahaslian (nondenaturing) atau elektroforesis natif. ataupun gugus metil yang dibawa oleh asam folat. dan S-adenosilmetionina melalui metionina adenosiltransferase.negatif dan sebaliknya. Beberapa koenzim seperti riboflavin. Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel. Satu lagi bentuk elektroforesis yang selalu digunakan bagi pemisahan protein ialah elektroforesis penyahaslian. Contoh koenzim mencakup NADH. Sebagai contoh. Protein bergabung dengan SDS lalu bercas negartif. Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim. formil. saiz. dan oleh karena itu memegang peranan. merkaptoetanol atau ditiotreitol. dan asam folat adalah vitamin. Model pengisian ruang koenzim NADH Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor gugus kimia atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. E. Kobaktor enzim walaupun jumlahnya kecil dalam sel tetapi sangat esensial bagi kerja beberapa enzim. dan bentuk molekul tersebut. sekitar 700 enzim diketahui menggunakan koenzim NADH. sodium dodesil sulfat (SDS) digunakan untuk memisahkan subunit protein mengikut saiz. Prinsip inilah yang dipakai dalam elektroforesis untuk memisahkan molekul-molekul berdasarkan muatannya. ataupun substrat sekunder. Gugus kimiawi yang dibawa mencakup ion hidrida (H–) yang dibawa oleh NAD atau NADP+. dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina. dan dipisahkan hanya berdasarkan saiz. untuk menceraikan protein menjadi subunit dan menurunkan ikatan disulfat (Rajah 1).

Struktur ini terjadi akibat adanya ikatan hidrogen antar Asam Amino.html . Satu putaran terdiri atas 3. struktur beta-sheet juga terbentuk karena adanya ikatan hidrogen. terdapat susunan Asam Amino yang membentuk suatu struktur yang reguler dengan sudut-sudut geometri tertentu. arah putarannya adalah searah jarum jam menjauhi pengamat (dinamakan alfa). Struktur sekunder protein Pada gambar sebelah kiri.blogspot.com/2012/06/protein. ikatan hidrogen terjadi antara dua bagian rantai yang pararel sehingga membentuk lembaran yang berlipatlipat. Seperti halnya alfa-helix. terlihat bahwa struktur alfa-helix terbentuk oleh ‘backbone‘ ikatan peptida yang membentuk spiral dimana jika dilihat tegak lurus dari atas. pada bagian tertentu mereke tidak membentuk struktur yang reguler. namun seperti terlihat pada gambar sebelah kanan. http://sitisariinah. Tidak semua bagian protein membentuk struktur alfa-helix dan beta-sheet.6 residu asam amino dan struktur ini terbentuk karena adanya ikatan hidrogen antara atom O pada gugus CO dengan atom H pada gugus NH (ditandai dengan garis warna oranye). Ada dua struktur sekunder utama yaitu alfa-helix dan beta-sheet. Struktur Sekunder Protein Pada bagian tertentu dari protein.F.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful