PROTEIN Tugas Terstuktur Mata Kuliah Biokimia JURUSAN KIMIA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS

BRAWIJAYA MALANG 2009
1. I. PENDAHULUAN

Protein merupakan komponen utama dalam sel hidup yang memegang peranan penting dalam proses kehidupan. Protein berperan dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Protein dalam bentuk enzim beperan sebagai katalis dalam bermacam macam proses biokimia. Sebagai alat transport, yaitu protein hemoglobin mengikat dan mengangkut oksigen dalam bentuk ke seluruh bagian tubuh. Protein juga berfungsi sebagai pelindung, seperti antibodi yang terbentuk jika tubuh kemasukan zat asing, serta sebagai sistem kendali dalam bentuk hormon, Protein pembangun misalnya glikoprotein terdapat dalam dinding sel, keratin yang terdapat pada kulit, kuku dan rambut. Sebagai komponen penyimpanan dalam biji-bijian. Protein juga merupakan sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino. Dalam tinjauan kimia protein adalah senyawa organik yang kompleks berbobot molekul tinggi berupa polimer dengan monomer asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan sulfur serta Posfor. Protein dapat digolongkan berdasarkan bentuk dan proses pembentukan serta sifat fisiknya. Terdapat empat struktur protein yaitu struktur primer, sekunder, tersier dan kuartener. Struktur primer adalah rantai polipeptida sebuah protein terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida yang membentuk rantai lurus dan panjang sebagai untaian polipeptida tunggal. Gambar 1. Struktur primer sederhana yang disusun oleh 4 jenis asam amino Struktur yang kedua adalah struktur sekunder. Pada struktur sekunder, protein sudah mengalami interaksi intermolekul, melalui rantai samping asam amino. Ikatan pembentuk struktur ini didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. Ada dua jenis struktur sekunder, yaitu a-heliks dan b-sheet (lembaran). Gambar 2. Protein dengan struktur sekunder Struktur tersier merupakan struktur yang dibangun oleh struktur primer atau sekunder dan distabilkan oleh interakasi hidrofobik, hidrofilik, jembatan garam, ikatan hidrogen dan ikatan

disulfida (antar atom S) sehingga strukturnya menjadi kompleks. Protein globular dan protein serbut atau serat atau fiber merupakan contoh struktur tersier. Protein Globular merupakan protein yang larut dalam pelarut air dan dapat berdifusi dengan cepat, dan bersifat dinamis dimana seluruh interaksi antar struktur sekunder atau primer tervisualisasi dengan baik. Gambar 3. Struktur tersier dari protein Globular Protein serabut bersifat tidak larut dalam air merupakan molekul serabut panjang dengan rantai polipeptida yang memanjang pada satu sumbu dan tidak berlipat menjadi bentuk globular. Struktur kuartener merupakan hasil interaksi dari beberapa molekul protein tersier, setiap unit molekul tersier disebut dikenal dengan subunit. Gambar 4. Struktur kuartener yang diwakili oleh molekul hemoglobin Untuk pembahasan protein dikaji terlebih dahulu monomer penyusun protein yaitu asam amino. Asam amino adalah senyawa organik yang memiliki gugus fungsional karboksilat (COOH) dan amina (NH2) yang terikat pada satu atom karbon yang sama, atom ini juga umumnya merupakan C asimetris. Secara rinci struktur asam amino dibangun oleh sebuah atom C yang mengikat empat gugus yaitu; gugus amina (NH2), gugus karboksilat (COOH), atom hidrogen (H), dan satu gugus sisa R. Gugus ini yang membedakan satu asam amino dengan asam amino lainnya. Penggolongan Asam amino didasari pada sifat dan struktur gugus sisa (R), seperti gugus R yang bersifat asam, basa, gugus R yang mengandung belerang atau hidroksil, R sebagai senyawa aromatik, alifatik dan yang siklik. Namun penggolongan yang umum dipergunakan adalah sifat polaritas dari gugus R, yaitu asam amino dengan R yang bersifat non polar, asam amino dengan R polar tapi tidak bermuatan, asam amino dengan gugus R yang bermuatan negatif, dan asam amino dengan gugus R bermuatan positif. Dalam tubuh manusia terdapat beberapa asam amino yang tidak disintesa dalam tubuh yang disebut asam amino esensial, yaitu Arginin, (Arg), Histidin (His), Isoleusin (Ile), Leusin (Leu), Lisin (Lys), Methionin (Met), Phenilalanin (Phe), Threonin (Thr), Triptofan (Trp) dan Valin (Val). Dua molekul asam amino dapat saling berikatan membentuk ikatan kovalen melalui suatu ikatan amida yang disebut dengan ikatan peptida. Ikatan kovalen ini terjadi antara gugus karboksilat dari satu asam amino dengan gugus amino dari molekul asam amino lainnya dengan melepas molekul air. Gambar 14.26. Mekanisme pembentukan ikatan peptida sebagai rantai protein

1. II. PENGGOLONGAN PROTEIN BERDASARKAN FUNGSI BIOLOGI

Protein sebagai makromolekul (molekul besar) mampu menunjukkan berbagai fungsi biologi. Atas dasar peran ini maka protein dapat diklasifikasikan sebagai berikut enzim, protein transport,

Protein Nutrien dan Penyimpan 4. No.protein nutrient dan penyimpan. Protein Transport 3. Protein Pertahanan 7. 1. Protein Kontraktil atau Motil 5. protein kontraktil atau motil. protein pertahanan dan protein pengatur. Protein Struktural 6. Enzim Golongan Ribonuklease Tripsin Hemoglobin Albumin serum Mioglobin b1-Lipoprotein Gliadin (gandum) Ovalbumin (telur) Kasein (susu) Feritin Aktin Miosin Tubulin Dynein Keratin Fibroin Kolagen Elastin Proteoglikan Antibodi Fibrinogen Contoh 2. protein struktural. Protein Pengatur .

Gambar 5. Struktur Tripsin 1. merupakan enzim yang disekresikan oleh pankreas ke dalam usus kecil. telah ditemukan di dalam berbagai bentuk kehidupan. urikase yaitu enzim yang dapat membongkar asam urat menjadi alantoin. merupakan protein yang dapat berfungsi sebagai katalisator. Tripsin adalah enzim yang hanya mengkatalisa hidrolisis ikatan peptida dengan gugus karboksil yang ada pada residu lisin atau arginin. masing-masing dapat mengkatalisa reaksi kimia yang berbeda. Protein sebagai enzim Enzim. Protein yang paling bervariasi dan mempunyai kekhususan tinggi adalah protein yang mempunyai aktivitas katalisa. Contoh protein yang berfungsi sebagai enzim adalah Ribonuklease dan Tripsin. Penggolongan protein berdasarkan fungsi biologi 1. tempat molekul ini mengkatalisa hidrolisis ikatan tertentu pada asam ribonukleat yang terdapat pada makanan yang masuk. Hampir semua reaksi kimia biomolekul organik di dalam sel dikatalisa oleh enzim. Enzim merupakan protein yang mempunyai fungsi sebagai katalis yang mempercepat laju reaksi dengan menurunkan energi aktivasi dari reaksi tersebut. Beberapa contoh enzim yang banyak dimanfaatkan saat ini seperti. Protein sebagai protein transport . Ribonuklease adalah protein globular berukuran kecil lainnya. Hampir seluruh reaksi kimia yang terjadi di tingkat sel dikatalisis oleh enzim. glukosa oksidase yang mengkatalisis glukosa menjadi asam glukonat. enzim.Trombin Toksin Botulinus Toksin Difteri Bisa ular Risin Insulin Hormon tumbuh Kortikotropin Represor Tabel 1. yakni. Enzim ini sangat spesifik dalam aksi katalitiknya. tanpa memandang panjang atau derat asam amino pada rantai polipeptida. Lebih dari 2000 jenis enzim.

Gambar 7. Mioglobin merupakan protein pengikat oksigen yang relatif kecil (BM 16. Oleh karena itu. Akan tetapi. Protein sebagai protein penyimpan Protein nutrient sering disebut juga protein penyimpanan. Organisme yang sangat kecil tidak membutuhkan protein ini karena kebutuhan respirasinya dicukupkan dengan difusi pasif yang sederhana dari oksigen sepanjang tubuh. asam amino dan nutrient lainnya melalui membran menuju sel.Protein transport adalah protein yang dapat mengikat dan membawa molekul atau ion yang khas dari satu organ ke organ lainnya. Gambar 6. Beberapa contoh protein ini. Hemoglobin membawa oksigen dari paru-paru. Hemoglobin adalah salah satu protein pertama yang dapat ditentukan massa molekulnya secara akurat. Fungsinya adalah untuk menyimpan oksigen yang terikat dan untuk meningkatkan transport oksigen ke mitokondria. yang merupakan protein transport yang terdapat dalam sel darah merah. Struktur dari hemoglobin (hemoglobin tetramer) adalah molekul spheroidal dengan dimensi 64x55x50 Amstrong. Protein transport di dalam plasma darah mengikat dan membawa molekul atau ion spesifik dari satu organ ke organ lain.700) yang ditemukan pada sel otot. yang mempergunakan oksigen selama oksidasi nutrien sel. akan tetapi merupakan sistem pembawa oksigen modern yang menyediakan jumlah oksigen secara akurat menuju jarngan-jaringan di bawah kondisi apapun. dan dalam sel sabit anemia merupakan yang pertama dalam menunjukkan mutasi yang menyebabkan perubahan asam amino tunggal. evolusi organisme yang besar dan kompleks. atau kulit hewan menuju kapiler-kapiler yang berfungsi dalam respirasi. . Protein transport lain yang terdapat dalam membran sel berperan untuk membawa beberapa molekul seperti glukosa. protein pertama yang dikarakterisasikan dengan ultra sentrifugasi dan dihubungkan dengan fungsi fisiologis spesifik (dari transpor oksigen). Mioglobin yang mendistribusikan oksigen ke otot Contoh lainnya adalah Hemoglobin. karena laju transpor dari difusi zat bervariasi secara terbalik dengan pangkat dari jarak yang harus ditempuh. Dua protomer ab-nya terhubung secara simetris dengan rotasi lipatan dua. laju difusi oksigen sepanjang jaringan lebih tebal dari 1mm adalah terlalu lamban untuk menopang kehidupan. Struktur Hemoglobin 1. Molekul hemoglobin adalah suatu tetramer a2b2 yang terdiri dari 2 rantai a yang identik dan 2 rantai b yang identik. Pada plasma darah terdapat lipoprotein yang berfungsi mengangkut lipida dari hati ke organ. insang. membutuhkan perkembangan sistem sirkulasi secara aktif membawa oksigen dan nutrisi ke jaringan darah untuk organisme ini harus mempunyai pembawa oksigen seperti hemoglobin karena kelarutan oksigen dalam plasma darah terlalu rendah untuk membawa oksigen yang cukup untuk kebutuhan metabolisme. Oksigen dibawa dan dilepaskan pada jaringan periferi yang dapat dipergunakan untuk mengoksidasi nutrient (makanan) menjadi energi. suatu monomerik yang mengikat oksigen pada otot. protein ini merupakan cadangan makanan yang dibutuhkan untuk pertumbuhan dan perkembangan. Hemoglobin bukanlah hanya sebuah tangki oksigen sederhana. Subunit a dan b-nya terhubung secara struktur dan evolusi terhadap satu sama lain dan terhadap mioglobin. Hemoglobin dapat mengikat oksigen ketika darah melalui paru-paru. Hemoglobin menyusun 33% dari berat tubuh manusia. Contoh protein transport adalah mioglobin. seperti Annelida (contoh cacing tanah).

Kasein adalah protein yang terdapat dalam susu dan digunakan sebagai agen pengikat pada berbagai macam makanan. Ferritin jaringan hewan merupakan protein penyimpan besi. Biji berbagai tumbuhan menyimpan protein nutrien yang dibutuhkan untuk pertumbuhan embrio tanaman. kasein merupakan golongan fosfoprotein. Oleh karena itu. Kasein relatif hidrofobik sehingga kurang larut dalam air. Ovalbumin protein utama putih telur. protein tidak dapat terdenaturasi. Aktin terdapat dalam dua bentuk. Karena pH susu 6. Sementara protein tidak larut dalam larutan garam netral. Kedua protein ini merupakan filamen yang berfungsi untuk bergerak di dalam sistem kontraktil dan otot kerangka. Hal ini dipicu oleh asam dan enzim rennet yang merupakan enzim proteolitik. kasein memiliki muatan negatif dalam susu.000) yang bergabung membentuk suatu filamen. Contoh lainnya adalah tubulin pembentuk mikrotubul merupakan zat utama penyusun flagel dan silia yang menggerakkan sel. Secara teknis. dan beras. Contoh lainnya adalah protein yang menyimpan zat besi yaitu ferritin yang terdapat di dalam jaringan hewan. Yang berhubungan erat dengan filamen tebal pada otot kerangka adalah filamen tipis.6. dan kasein. protein utama susu merupakan contoh lain dari protein nutrien. di dalam sel organisme protein ini berperan untuk berkontraksi. Dua filamen F-aktin saling membelit terhadap sesamanya membentuk struktur dua untaian serupa tambang Gambar 9. Struktur G-Aktin Gambar 10. jagung. namun tidak berinteraksi dimana tidak membentuk jembatan disulfida sehingga relatif tidak memiliki struktur tersier. atau bergerak seperti aktin dan miosin. kasein sebagai protein utama dalam susu. Protein yang dimurnikan tidak dapat larut dalam air.sering kita temukan dalam kehidupan sehari-hari seperti ovalbumin merupakan protein utama putih telur. yang terdiri dari protein aktin. Kasein merupakan garam. Aktin serat sebenarnya merupakan untaian panjang molekul G-aktin(BM 46. aktin globular (G-aktin) dan aktin serat (F-aktin). Salah satu contoh protein kontraktil adalah Aktin. artinya kasein tidak memiliki muatan ion bersih. Titik isoelektrik kasein adalah 4. Ketika berkoagulasi dengan renin. Terutama. Gambar 8. Dalam kondisi asam (pH rendah) kasein akan mengendap karena kasein memiliki kelarutan (solubility) yang rendah pada kondisi asam. mudah didispersikan dalam larutan basa encer dan larutan garam seperti natrium oksalat dan natrium asetat. Protein sebagai protein kontraktil Protein kontraktil juga dikenal sebagai protein motil. Struktur Kasein 1. Kasein terdiri dari jumlah yang cukup tinggi dari prolin peptida.6. mengubah bentuk. Struktur F-Aktin . contoh yang telah dikenal adalah protein biji dari gandum. yang merupakan kumpulan ikatan protein yang mengandung asam fosfat. Kasein tidak tergumpalkan oleh panas. kasein disebut parakasein.

Rantai ini mempunyai sambungan fleksibel seperti engsel. jenis protein ini berperan untuk menyangga atau membangun struktur biologi makhluk hidup. Gambar 11. Misalnya kolagen adalah protein utama dalam urat dan tulang rawan yang memiliki kekuatan dan liat. analisis X-ray mengindikasikan bahwa struktur heliks a memanjang dengan pengaturan kembali yang seiring dari ikatan hidrogen untuk membentuk lembaran plat-b. rambut dan bulu-buluan merupakan protein keratin yang liat dan tidak larut dalam air. Protein sebagai protein struktural Protein struktural. Ikatan disulfidanya dipotong. karena ikatan disulfidanya dapat melawan gaya yang cenderung akan mendeformasikannya. terdapat dalam semua vertebrata tingkat tinggi. Komponen utama dari serat sutra dan jaring labah-labah adalah protein fibroin. Struktur Keratin . Ekor panjangnya terdiri dari dua rantai berberat molekul masing-masing 200. masingmasing berberat molekul kira-kira 18. dan mengandung ujung rantai berat dan juga empat rantai ringan. Berat molekul protrin ini 450. Makrofibril tersusun dari mikrofibril (80 Amstrong dalam diameter) yang tertumpuk bersama oleh matriks protein amorfus yang kaya akan kandungan sulfur. Kepala miosin bersifat globular. yang mengkatalisa hidrolisa ATP menghasilkan ADP dan fosfat. terdiri dari struktur hierarki. Keratin keras. dimana tiap-tiapnya mengandung mikrofibril (2000 Amstrong dalam diameter) yang terorientasi secara paralel terhadap serabut rambut. Keratin adalah protein yang tidak reaktif secara kimiawai dan tahan lama secara mekanik. akeratin diklasifikasikan sebagai “keras” atau “lunak” berdasarkan pada apakah kandungan sulfurnya tinggi atau rendah. tanduk. Hal ini berguna untuk kelarutan dan ketahannya terhadap regangan. Rambut biasanya mempunyai diameter 20mm dan terdiri dari sel mati. 1. kira-kira 160 nm panjangnya. kuku dan bulu. seperti rambut. Jenis lain adalah kuku. Fibroin merupakan protein serabut yang tidak larut. dan b-keratin yang terdapat dalam burung dan reptil. Studi mikroskopik elektron menunjukkan bahwa rambut. Protein ini adalah komponen dasar dari lapisan luar epidermal dan anggota badan yang berkaitan seperti rambut. seperti bulu. mempunyai pola X-ray dalam keadaan normalnya. a-keratin kaya akan residu Cys. b-keratin.000. Dalam proses ini. tetapi protein ini bersifat fleksibel dan lentur. yang cross-link secara sejajar dengan ikatan peptida. seperti kulit dan belulang. Kepala molekul miosin mengandung aktivitas enzim. tanduk. Salah satu contoh protein struktural adalah keratin. Persendian mengandung protein elastin yang dapat meregang dalam dua arah.000.Contoh lainya adalah miosin merupakan molekul serupa batang yang berukuran relatif panjang dengan ekor yang merupakan dua polipeptida a-heliks yang melilit terhadap satu sama lain. Miosin juga terdapat pada sel bukan otot. yang tersusun utamanya dari a-keratin. keduanya disebut rantai berat. terlipat menjadi konformasi globular. kerangka.000. dan mengandung enam rantai polipeptida. dan kuku adalah lebih lembut dari keratin lunak. dan tidak dapat meregang. serabut a-keratin dapat diregangkan dua kali panjang dari panjang awalnya dengan memberikan panas lembab. dua dari sifat biologis utama suatu a-keratin. Sejumlah molekul miosin tersusun bersama-sama membentuk filamen tebal pada otot. miosin juga mempunyai “kepala” dengan susunan yang kompleks dan dilengkapi dengan aktivitas enzim. Keratin diklasifikasikan sebagai a-keratin yang terdapat dalam mamalia.

dinding pembuluh darah yang besar seperti aorta. Insulin adalah sebuah hormon polipeptida yang mengatur metabolisme karbohidrat. dan persendian elastis seperti yang ada pada leher. bukan Hydroxylysine. Molekul ini memiliki 2 rantai polipeptida. dimana seratnya dapat memanjang beberapa kali dari panjang normalnya. Insulin yang mengatur metabolisme gula dan kekurangannya menyebabkan penyakit diabetes. Hormon insulin dihasilkan oleh sel B pada pankreas yang merupakan pembawa pesan kimia yang diangkut oleh darah menuju organ lain. Contohnya adalah insulin. Insulin merupakan protein pertama yang ditentukan deretnya. Untuk tujuan ini. Lysinonorleucine adalah hasil dari reduksi basa Schiff (ikatan imine) yang terbentuk oleh kondensasi dari rantai samping sebuah Lys dengan allysine. Struktur Elastin 1. Sanger mempergunakan pengoksidasi asam performat. dan kaya akan Pro. yang disebut represor mengatur biosintesa enzim oleh sel bakteri. dan Isodesmosine. Kedua rantai disambung oleh dua jembatan disulfida (S-S) dan salah satu rantai mempunyai ikatan disulfida internal. yang mengatur transport Ca2+ dan fosfat. Elastin adalah protein dengan sifat elastis seperti penghapus. dan merupakan hasil dari kondensasi 3 allysine dan 1 lysine rantai samping. Pengamatan . elastin hanya mengandung sedikit Hydroxyproline dan residu polar. Kortikotropin merupakan protein struktural yaitu suatu hormon dari kelenjar pituitary anterior yang merangsang korteks adrenal. terutama hati dan otot. hormon ini juga ambil bagian dalam metabolisme lemak (trigliserida) dan protein – hormon ini memiliki properti anabolik. Rantai silang kovalen dalam elastin terbentuk dari allysine aldol. rantai A dengan 21 residu asam amino dan rantai B dengan 30 residu asam amino. Di sini insulin berikatan dengan reseptor pada permukaan sel dan merangsang kapasitas sel untuk menggunakan glukosa sebagai bahan bakar metabolik. Selain merupakan efektor utama dalam homeostasis karbohidrat. Kedua rantai polipeptida pertama-tama dipisahkan dengan pemotongan jembatan disulfida. Rantai ini kemudian dipisahkan dan deret masing-masing ditentukan. Elastin memiliki komposisi asam amino yang berbeda dan sebagian besar mengandung residu non polar yang kecil. Di antara jenis ini terdapat sejumlah hormon. Hormon tersebut juga mempengaruhi jaringan tubuh lainnya. Desmosine dan Isedesmosine mempunyai bentuk unik terhadap elastin dan berperan untuk warna kuning. dan senyawa Lysinonorleucine. yang memotong tiap residu sistin menjadi 2 residu asam sistat. yang juga terdapat dalam kolagen. yang satu mempunyai 30 residu asam amino. Gambar 12. lebih dari sepertiga Ala+Val. dan kekurangannya. Elastin mengandung sepertiga Gly. yang lainnya mempunyai dua residu asam amino. satu pada masingmasing rantai. Desmosine. Protein sebagai protein regulator Beberapa protein membantu mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. Akan tetapi. seperti insulin. Insulin mengandung 2 rantai polipeptida. Rantai silang initernyata juga berperan dalam sifat elastik dari elastin dan ketidaklarutannya. Insulin sapi mempunyai berat molekul kira-kira 5700. Hormon pertumbuhan dari pituitary dan hormon paratiroid. Elastin membentuk jaringan tiga dimensi serat yang menempati kecenderungan waktu tertentu yang tak tampak dalam mikroskop elektron. Jaringan konektif putih yang tidak elastis dari tendon hanya mengandung jumlah elastin yang sedikit. Merupakan komponen dasar dari jaringan konektif elastis kuning yang terdapat pada paru-paru.Contoh lain adalah Elastin. Protein pengatur lain. menyebabkan penyakit diabetes. yang mengatur metabolisme gula.

toksin bakteri. juga tampaknya berfungsi di dalam pertahanan tubuh. asam amino yang ditemukan selalu sama walaupun spesies sumber insulin berbeda. Molekul ini mempunyai sisi pengikat yang bersifat komplementer terhadap bentuk struktur spesifik molekul antigen. Gambar 13. Imunoglobulin atau antibodi pada vertebrata adalah protein khusus yang dibuat oleh limfosit yang dapat mengenali dan mengendapkan atau menetralkan serangan bakteri. Kedua rantai A dan B insulin diperlukan bagi aktivitas biologi. Yang nyata adalah bahwa pada posisi tertentu pada masing-masing insulin. Pasien dengan diabetes mellitus tipe 1 bergantung pada insulin eksogen (disuntikkan ke bawah kulit atau subkutan) untuk keselamatannya karena kekurangan absolut hormon tersebut. Penentuan deret asam amino rantai insulin yang berhasil baik ini telah mendorong penelitian intensif mengenai hubungan diantara struktur insulin yang diisolasi dari berbagai spesies. Molekul antibodi muncul di dalam serum darah dan jaringan tertentu spesies vertebrata sebagai reaksi terhadap injeksi suatu antigen. Molekul antibodi mempunyai dua sisi pengikat yang membuatnya mampu membentuk kisi-kisi tiga dimensi molekul antibodi dan antigen secara berganti-ganti. Salah satu contoh yang melibatkan antibodi adalah ketika kulit . Contohnya adalah antibodi. lebih jauh lagi jembatan disulfida harus utuh. tambahan pula deret kedua rantai cukup berbeda. pada posisi lain asam amino mungkin berbeda dari satu spesies ke spesies lain. protein. Setiap detik. dan aktivitas biologinya dalam menjalankan metabolisme gula. Bisa ular. kambing. atau makromolekul asing lain. babi. Penggantian sebagian atau kedua rantai oleh pemotongan selektif menyebabkan hilangnya beberapa atau semua aktivitas molekul. sekitar 2000 molekul antibodi diproduksi oleh sel limfosit B. Akan tetapi. dan ikan paus. atau protein asing dari spesies lain. Pengamatan ini secara kuat menunjukkan bahwa aktivitas insulin tergantung kepada deret asam amino pada rantai polipeptidanya. Pasien dengan diabetes mellitus tipe 2 memiliki tingkat produksi insulin rendah atau kebal insulin. Antibodi merupakan molekul protein berbentuk-Y yang mengandung empat rantai polipeptida. sebagai contoh sapi. virus. dan terkadang membutuhkan pengaturan insulin bila pengobatan lain tidak cukup untuk mengatur kadar glukosa darah. Antibodi bersifat sangat spesifik tehadap protein asing yang menimbulkan pembentukannya. senyawa ini tidak identik dengan insulin manusia. Insulin digunakan dalam pengobatan beberapa jenis diabetes mellitus. Walaupun insulin yang diisolasi dari pankreas beberapa spesies. dan protein tumbuhan beracun.deret asam amino kedua rantai tidak memperlihatkan pola yang nyata atau suatu pengulangan adanya asam amino tertentu. Tiap antigen dapat menimbulkan jenis antibodi spesifik masing-masing yang akan mengenali dan bergabung hanya dengan antigen yang menimbulkan pembentukannya atau molekul lain yang berdekatan. Ribuan atau jutaan jenis antigen yang masuk akan merangsang dibentuknya ribuan atau jutaan jenis antibodi pula. merupakan hormon aktif di dalam manusia dan dipergunakan dalam pengobatan pasien penyakit diabetes. seperti risin. Protein sebagai protein pertahanan Banyak protein mempertahankan organisme dalam melawan serangan oleh spesies lain atau melindungi organisme tersebut dari luka. di samping kepada ikatan antar rantai pada titik-titik tertentu. Struktur Insulin 1. Fibrinogen dan trombin merupakan protein penggumpal darah yang menjaga kehilangan darah jika sistem pembuluh terluka.

Monelin.pdf. I.. Protein Lain Terdapat banyak protein lain yang fungsinya agak eksotik dan tidak mudah diklasifikasikan.php/1/kimiakesehatan_3_zulfikar. Protein ini sedang dipelajari sebagai pemanis makanan yang tidak menggemukkan dan tidak beracun untuk manusia.wordpress. Dasar-Dasar Biokimia Jilid I.. A. J. 2008.terkena infeksi karena luka maka akan timbul nanah.pdf.. Kuat Berpuasa dengan Susu. G. Plasma darah beberapa ikan Antartika mengandung protein antibeku yang melindungi darah ikan dari pembekuan. 2009. Kimia Kesehatan.id/wpcontent/uploads/2009/09/pikiranrakyat-20090903-kuatberpuasadengansusu. and Voet. Inc. 1990.unpad. Gambar 14. Persendian sayap beberapa insekta dibuat dari protein resilin.ilmuku. diakses dari http://pustaka. D. diakses dari www. diakses pada 3 Oktober 2009 Voet. Biochemistry. Nanah ini merupakan sel darah putih penghasil antibodi yang mati setelah berperang melawan antigen. DAFTAR PUSTAKA Lehninger. yang bersifat hampir sempurna elastis..com/2009/10/23/protein/ . Merupakan hal yang luar biasa bahwa semua protein ini dengan sifat dan fungsi yang amat berbeda terbuat dari 20 asam amino yang sama.ac. Antibodi 1. 1988. John Willey & Sons. Erlangga. diakses pada 3 Oktober 2009 http://impras7. Jakarta Shiddieqy. suatu protein tanaman dari Afrika yang mempunyai rasa yang amat manis.com/file.. L. New York Zulfikar.

Protein struktur. 3. fibrion yaitu komponen utama dalam serat sutra dan jarring laba – laba. dan membawanya ke jaringan periferi. yaitu protein yang berfungsi mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. 6. Hamper semua reaksi senyawa organik dalam sel dikatalisis enzim.000 jenis enzim telah ditemukan di dalam berbagai bentuk khidupan. 7. Protein pertahanan (antibodi). Protein transpor lain terdapat dalam dinding sel dan menyesuaika strukturnya untuk mengikat dan membawa glukosa.blogspot.Penggolongan Protein Diposkan oleh IMOET BFF di 00:03 Protein dapat dibeda – bedakan komposisi kimia. Contohnya ialah aktin dan miosin. beras. yaitu komponen utama dalam urat dan tulang rawan. http://sriastutikkimia. Protein ini dapat mengenali dan menetralkan bakteri. yaitu protein yang melindungi organism terhadap serangan organism lain (penyakit). Contohnya ialah hormon. 2. Enzim. Lipoprotein dalam plasma darah membawa lipid dari hati ke organ lain. Protein nutrien dan penyimpan. yaitu protein yang berfungsi sebagai biokatalis. dan nutrient lain melalui membrane ke dalam sel. yaitu protein yang mengikat dan memindahkan molekul atau ion spesifik. Protein transpor. Hemoglobin dalam sel darah merah mengikat oksigen dari paru – paru. Protein pengatur. Kekurangan insulin akan menyebabkan penyakit diabetes. Contohnya adalah imunoglobin atau antibodi yang terdapat dalam vertebrata. yaitu protein yang berperan dalam system kontraksi otot kerangka. protein dapat dibedakan atas 7 golongan. seperti insulin yang mengatur metabolism gula darah. Protein kontraktil. atau fungsi biologisnya. Bisa ular dan toksin bakteri juga tampaknya berfungsi sebagai protein pertahanan.com/2011/03/penggolongan-protein_1027. Fibrinogen dan thrombin merupakan protein penggumpal darah jika system pembuluh terluka. dan bulu ayam/burung. Contohnya ialah protein yang terdapat dalam biji – bijian seperti gandum. yaitu protein yang berperan sebagai penyangga untuk memberikan struktur biologi kekuatan atau perlindungan. bentuk. kuku. Contohnya ialah kolagen. 5. ialah protein yang berfungsi sebagai cadangan makanan. dan jagung. yaitu protein yang memberikan kemampuan pada sel dan organisme untuk mengubah bentuk atau bergerak. virus. atau protein asing dari spesi lain. yaitu: 1. Contoh lain adalah keratin yang terdapat pada rambut. asam amino.html . 4. Berdasarkan fungsi biologisnya. Berikut ini penggolongan protein menurut fungsi biologisnya. Lebih dari 2. Ovalbumin pada telur dan kasein pada susu juga merupakan protein nutrien.

protein merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Protein mengandung molekul karbon.Protein adalah senyawa organik kompleks dengan berat molekul tinggi.kelarutan. dan Pengendalian pertumbuhan. Klasifikasi Protein Klasifikasi Protein dapat dibeda-bedakan berdasarkan bentuk.php?id=1909 Selasa. namun untuk dapat berfungsi. Karena strukturnya yang unik dan presisi itulah maka protein memiliki fungsi yang spesifik yang berbeda satu dengan lainnya. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Alat pengangkut dan penyimpan Misalnya hemoglobin mengangkut oksigen dalam eritrosit sedangkan mioglobin mengangkut oksigen dalam otot. ia akan melipat-lipat dan membentuk suatu struktur tertentu yang sangat presisi sekaligus sulit diprediksi hingga saat ini. Fungsi utama protein Sebagai enzim. hidrogen. senyawa pembentuk . 05 Juni 2012 PROTEIN Protein merupakan senyawa polimer organik yang berasal dari monomer asam amino yang mempunyai ikatan peptida. Meskipun protein hanya tersusun atas asam amino yang ada 20 jenis saja.unimus. Media perambatan impuls syaraf misalnya berbentuk reseptor. keberadaan asam amino esensia atau fungsi biologisnya. Secara singkat penjelasan tentang protein sebagai berikut : A.id/download.penunjang mekanis.donlod : http://digilib.ac. Istilah protein berasal dari bahasa Yunani “protos” yang memiliki arti “yang paling utama”. oksigen. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan bentuknya : .

albumin serum. konsentrasi meningkat. Contohnya : Ixiosinogen dalam otot. dan hemoglobin. kuning telur. Albumin : larut dalam air terkoagulasi oleh panas. Protein bentuk serabut (fibrous) Protein ini terdiri atas beberapa rantai peptida berbentu spiral yang terjalin. konsentrasi garam dan mudah denaturasi. Protein Globuler Berbentuk bola terdapat dalam cairan jaringan tubuh. Albumin terdapat dalam telur. Keratini adalah protein rambut dan kuku. larut dalam larutan garam. Protein Konjugasi Merupakan protein sederhana yang terikat dengan baha-bahan non-asam amino. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan kelarutannya dibagi menjadi : 1. 2. Metaloprotein adalah protein yang terikat dengan mineral seperti feritin dan hemosiderin adalah protein dimana mineralnya adalah zat besi. arteri (pembuluh darah) dan jaringan elastis lain. Globulin : tak larut air. plasma. Contohnya : albumin telur. mempunyai kekuatan mekanis yang tinggi untuk tahan terhadap enzim pencernaan. Elasti terdapat dalam urat. 2. Protamin dihubungkan dengan asam nukleat. otot. tembaga dan seng. mengendap dalam larutan garam. Satu sama lain sehingga menyerupai batang yang kaku. serum. . dan gizi tumbuh-tumbuhan. Karakteristik protein bentuk serabut adalah rendahnya daya larut.1. Globulin terdapat dalam otot. Lipoprotein terdapat dalam plasma-plasma yang terikat melalui ikatan ester dengan asam fosfat sepertu kasein dalam susu. Nukleoprotein adalah kombinasi protein dengan karbohidrat dalam jumlah besar. Protein ini larut dalam larutan garam dan encer. Miosin merupakan protein utama serat otot. mudah berubah dibawah pengaruh suhu. 3. susu. terkoagulasi oleh panas. Histon terdapat dalam jaringan-jaringan seperti timus dan pancreas. Kolagen merupakan protein utama jaringan ikat. Nukleoprotein terdaoat dalam inti sel dan merupakan bagian penting DNA dan RNA.

5. Histon : Larut dalam air dan tak larut dalam ammonia encer. • Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan keberadaan asam amino esensial. Protamin : protein paling sederhana dibanding protein-protein lain. Triptopan. dimana enzim berfungsi sebagai biokatalisator reaksi kimia dalam jasad hidup. yang dapat dibedakan menjadi 8 golongan : 1.3. • Glutelin : tak larut dalam pelarut netral tapi larut dalam asam atau basa encer. akan tetapi paling tidak dapat menghematnya. Protein sederhana (misalnya serum darah albumin) yang bila dihidrolisis hanya menghasilkan asam-asam amino saja) atau protein saja. 4. Contohnya : hisron dalam Hb. Protein terkonjugasi (protein-protein yang terdapat di dalam membran sel) yang bila dihidrolisis menghasilkan asam-asam amino dan senyawa lain. Contohnya : salmin dalam ikatan salmon. Penilalanin yang fungsinya dapat digantikan tirosin (semi esensial) tidak secara sempurna. Threonin. Contohnya : Histo dalam Hb.000 jenis enzim telah ditemukan di dalam berbagai bentuk kehidupan. Methionin (asam amino esensial) fungsinya dapat digantikan sistin (semi esensial) secara tidak sempurna. Lisin. Molekul enzim biasanya berbentuk globular (bulat). • Klasifikasi protein menurut fungsi biologisnya. Lebih dari 2. dan Valin. Enzim Enzim merupakan golongan protein yang terbesar dan paling penting. Leussin. larut dalam air dan tak terkoagulasi oleh panas. Klasifikasi Protein dibedakan berdasarkan senyawa pembentuknya tebagi sebagai berikut: 1. Contoh : Hb 2. Dikelompokkan kedelapan asam amino esensial yang harus disediakan dalam bentuk jadi dalam menu makanan yang dikonsumsi sehari-hari yaitu : Isoleusin. Contohnya : prolaamin dalam gandum. sebagian terdiri dari satu rantai polipeptida dan . 6. Plolamin/Gliadin : larut dalam alcohol 70-80% dan tak larut dalam air maupun alcohol absolut.

Sebagai contoh adalah ribonuklease (enzim yang mengkatalisis hidrolisis RNA).ada yang lebih dari satu rantai polipeptida. asam amino. 4. Sebagai contoh adalah myosin (filament tak bergerak dalam miofibril). Protein Pengangkut Protein yang mengikat dan memindahkan molekul atau ion spesifik. aktin (filament yang bergerak miofibril). Protein transpor lain terdapat dalam dinding sel dan menyesuaikan strukturnya untuk mengikat dan membawa glukosa.penyangga untuk memberikan struktur biologi kekuatan atau perlindungan. dinein (dalam rambut getar dan flagel). Protein Kontraktil protein yang berfungsi memberikan kemampuan pada sel dan organisme untuk mengubah bentuk atau bergerak. kuku. Hemoglobin dalam sel darah merah mengikat oksigen dari paru-paru. tripsin (katalisator pemutus ikatan peptida). yaitu komponen utama dalam serat sutera dan jaring laba-laba. Hampir semua reaksi senyawa organik dalam sel dikatalis enzim. sitokrom (berperan dalam proses pemindahan elektron). 2. dan membawanya ke jaringan periferi. Lipoprotein dalam plasma darah membawa lipid dari hati ke organ lain. dan bulu ayam/burung. . fibroin. Contoh lain adalah keratin yang terdapat pada rambut. Protein Pembangun Protein ini berfungsi sebagai pembentuk struktur. 3. yaitu komponen utama dalam urat dan tulang rawan. Sebagai contohnya ialah kolagen. dan nutrien lain melaluai membran ke dalam sel.

Fibrinogen dan trombin merupakan protein penggumpal darah jika sistem pembuluh terluka. kasein (protein susu). Golongan ini umumnya terdapat dalam darah vertebrata. 6. 5. feritin (cadangan besi dalam limfa). Sebagai contoh adalah Clostridium botulinum (keracunan bahan makanan). Struktur Protein . Sebagi contoh adalah ovalbumin (protein pada putih telur). Sebagai contoh adalah insulin (mengatur metabolisme glukosa). bisah ular (penyebab terhidrolisisnya fosfogliserida). Protein ini dapat mengenali dan menetralkan bakteri. risin (racun dalam beras). Protein Bersifat racun Beberapa protein bersifat racun terhadap hewan kelas tinggi. virus. Protein Cadangan Protein ini disimpan untuk berbagai proses metabolisme dalam tubuh berfungsi sebagi cadangan makanan. 8. Sebagai contohnya adalah imunoglobin atau antibodi yang terdapat dalam vertebrata. mioglobin (pengangkut oksigen dalam otot). β-lipoprotein (pengangkut lipida dalam darah). hormon termasuk protein yang aktif. B. protein yang berfungsi mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. 7. adrenokortikotrop (mengatur sintesis kortikosteroid). atau protein asing dari spesi lain. Protein Pelindung Protein yang melindungi organisme terhadap serangan oraganisme lain (penyakit). Protein Hormon Seperti halnya enzim. serum albumin (pengangkut asam lemak dalam darah).Sebagai contoh adalah hemoglobin (alat pengangkut oksigen dalam darah).

Dua molekul asam amino dapat berikatan (berkondensasi) dengan melepas molekul air sebagai berikut. dari asam N-terminal amino (glisin) untuk asam C-terminal amino (alanin). Cara yang paling umum untuk menunjukkan struktur utama adalah untuk menulis urutan asam amino menggunakan singkatan tiga huruf standar untuk asam amino.Struktur utama dari polipeptida dan protein adalah urutan asam amino dalam rantai polipeptida dengan mengacu pada lokasi dari setiap ikatan disulfida. Struktur Tersier Struktur tersier terbentuk jika rangkaian heliks (struktur sekunder) menggulung karena adanya tarik-menarik antarbagian polipeptida sehingga membentuk satu subunit protein yang disebut struktur tersier. Protein terbentuk dari ikatan antarmolekul asam amino (disebut ikatan peptida). dan alanin . setiap gugus mengadakan ikatan hidrogen sehingga rantai asam amino membentuk struktur heliks. Sebagai contoh: Gly-Gly-ser-ala struktur utama untuk polipeptida terdiri dari glisin. yaitu primer. glisin. dan kuarterner. Rangkaian asam amino yang membentuk protein sering dikelompokkan ke dalam empat tingkatan struktur. Namun. agar. seperti pegas atau per. sekunder. Struktur Kuartener . Struktur primer dapat dianggap sebagai deskripsi lengkap semua ikatan kovalen dalam suatu rantai polipeptida atau protein. 2. Struktur Sekunder Struktur sekunder merupakan rangkaian lurus (struktur primer) dari rantai asam amino. tersier. Struktur Primer Struktur primer merupakan rantai pendek dari asam amino dan dianggap lurus. 4. serin . 1. 3.

diberi nama glisilalanilfenilalanin. alanin. Suatu rangkaian asam amino diberi nama dengan cara menambahkan akhiran -il pada asam amino awal (yang memiliki gugus fungsional bebas -NH2). dengan jumlah asam amino yang dapat mencapai ribuan. Misalnya.Struktur kuarterner terbentuk jika antarsubunit protein (dari struktur tersier) berinteraksi membentuk struktur kuarterner. Berikut ini adalah gambar Ikatan Peptida. Berikut ini adalah gambar 4 struktur protein.NH2). Antarmolekul asam amino tersebut berikatan kovalen yang disebut ikatan peptida. Protein yang terbentuk dari dua molekul asam amino disebut dipeptida. dari tiga molekul asam amino disebut tripeptida. maka jumlah Asam Amino penyusun polipeptida disebut residu. Setiap molekul protein mengandung sekitar 20 jenis asam amino yang berikatan. C. . diikuti oleh asam amino berikutnya. Karena reaksi pembentukan peptida membebaskan 1 molekul air. Rantai Peptida Protein merupakan senyawa makromolekul yang terbentuk dari hasil polimerisasi kondensasi berbagai asam amino. Ikatan peptida ini terjadi antara atom C (dari gugus -COOH) dan atom N dari (gugus . dan dari banyak molekul asam amino disebut polipeptida. senyawa tripeptida yang terbentuk dari asam amino glisin. Protein termasuk kopolimer. dan fenilalanin. kemudian diakhiri dengan nama asam amino terakhir (yang memiliki gugus fungsi bebas -COOH) tanpa akhiran -il.

Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan. Elektroforesis merupakan proses bergeraknya molekul bermuatan pada suatu medan listrik. Dengan demikian elektroforesis dapat digunakan untuk separasi makromolekul (seperti protein dan asam nukleat). gamma dan protein. Bila berada dalam suatu medan listrik. D. molekul biologi yang bermuatan positif akan bermigrasi ke elektroda . Elektroforesis protein juga dapat dilakukan pada urin. Banyak molekul biologi bermuatan listrik yang besarnya tergantung pada pH dan komposisi medium dimana molekul biologi tersebut terlarut. alpha 2. ataupun dilakukan kuantifikasi dengan densitometer. bentuk dan ukuran. beta. Elektroforesis yang dibahas di bawah ini menggunakan matriks berupa gel poliakrilamida (PAGE = poly-acrilamida gel electrophoresis) untuk separasi sampel protein. alpha 1. Elektroforesis protein serum (SPEP) adalah tes skrining yang mengukur protein darah utama dengan memisahkan mereka ke dalam lima fraksi yang berbeda: albumin. Struktur molekul polipeptida Rantai peptida biasa disebut “backbone” alias tulang punggung sedangkan gugus R biasa disebut gugus samping. Elektroferisis Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan unsur-unsur yang berbeda (pecahan) dari sampel darah menjadi komponen-komponen individu. Gel poliakrilamid dan agarosa merupakan matriks penyangga yang banyak dipakai untuk separasi protein dan asam nukleat. Posisi molekul yang terseparasi pada gel dapat dideteksi dengan pewarnaan atau autoradiografi. penyebutan urutan Asam Amino dimulai dari Asam Amino yang memiliki gugus –NH2 (disebut N terminal) hingga yang memiliki gugus –COOH bebas (C terminal).Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan matriks penyangga untuk mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yang digunakan.Berdasarkan konvensi.

dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina. Coenzyme Koenzim adalah suatu molekul organik yang merupakan kobaktor non protein dari enzim. Model pengisian ruang koenzim NADH Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor gugus kimia atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. Sebagai contoh. merkaptoetanol atau ditiotreitol. Protein dilarutkan didalam suatu larutan penimbal yang mengandungi SDS dan agen penurun. sekitar 700 enzim diketahui menggunakan koenzim NADH. untuk menceraikan protein menjadi subunit dan menurunkan ikatan disulfat (Rajah 1). Satu lagi bentuk elektroforesis yang selalu digunakan bagi pemisahan protein ialah elektroforesis penyahaslian. protein dipisahkan dalam bentuk aslinya berdasarkan cas. Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel. saiz. dan S-adenosilmetionina melalui metionina adenosiltransferase. Prinsip inilah yang dipakai dalam elektroforesis untuk memisahkan molekul-molekul berdasarkan muatannya. Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim. Kobaktor enzim walaupun jumlahnya kecil dalam sel tetapi sangat esensial bagi kerja beberapa enzim. formil. ataupun substrat sekunder. Elektroforesis gel poliakrilamid (PAGE) dengan suatu detergen anion. dan bentuk molekul tersebut. Protein bergabung dengan SDS lalu bercas negartif. tiamina. yang dibutuhkan untuk fungsi katalitiknya. gugus asetil yang dibawa oleh koenzim A. sodium dodesil sulfat (SDS) digunakan untuk memisahkan subunit protein mengikut saiz. adalah dapat dikatakan koenzim merupakan substrat yang khusus. dan dipisahkan hanya berdasarkan saiz. metenil. Didalam elektroforesis tak-penyahaslian (nondenaturing) atau elektroforesis natif.negatif dan sebaliknya. NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat. dan asam folat adalah vitamin. . Contoh koenzim mencakup NADH. NADPH dan adenosina trifosfat. Gugus kimiawi yang dibawa mencakup ion hidrida (H–) yang dibawa oleh NAD atau NADP+. dan oleh karena itu memegang peranan. ataupun gugus metil yang dibawa oleh asam folat. Contohnya. Beberapa koenzim seperti riboflavin. E.

6 residu asam amino dan struktur ini terbentuk karena adanya ikatan hidrogen antara atom O pada gugus CO dengan atom H pada gugus NH (ditandai dengan garis warna oranye). Ada dua struktur sekunder utama yaitu alfa-helix dan beta-sheet. Seperti halnya alfa-helix. Struktur ini terjadi akibat adanya ikatan hidrogen antar Asam Amino. Tidak semua bagian protein membentuk struktur alfa-helix dan beta-sheet. Struktur sekunder protein Pada gambar sebelah kiri. struktur beta-sheet juga terbentuk karena adanya ikatan hidrogen.html . pada bagian tertentu mereke tidak membentuk struktur yang reguler.F. http://sitisariinah. arah putarannya adalah searah jarum jam menjauhi pengamat (dinamakan alfa).com/2012/06/protein. Struktur Sekunder Protein Pada bagian tertentu dari protein. Satu putaran terdiri atas 3. ikatan hidrogen terjadi antara dua bagian rantai yang pararel sehingga membentuk lembaran yang berlipatlipat.blogspot. terlihat bahwa struktur alfa-helix terbentuk oleh ‘backbone‘ ikatan peptida yang membentuk spiral dimana jika dilihat tegak lurus dari atas. namun seperti terlihat pada gambar sebelah kanan. terdapat susunan Asam Amino yang membentuk suatu struktur yang reguler dengan sudut-sudut geometri tertentu.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful