Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

IV. ENZIM
Aktivitas sistem hidup dikontrol oleh enzim. Enzim merupakan molekul protein yang bertindak sebagai katalis biologi dengan karakterisitk. Pertama, fungsi dasar enzim adalah meningkatkan kecepatan reaksi. Umumnya reaksi selular terjadi jutaan kali lebih cepat dibandingkan dengan tanpa enzim. Kedua, umumnya enzim bekeja secara spesifik dengan hanya satu reaktan (disebut substrat) untuk menghasilkan produk.

4.1. Sifat-safat Enzim

a. Secara kimia, umumnya enzim merupakan protein globular. (Beberapa molekul RNA disebut ribosom dapat juga disebut enzim. Mereka biasanya terdapat di inti sel). b. Enzim merupakan katalis yang memecah atau mensintesis senyawa kimia yang lebih kompleks. Enzim memungkinkan reaksi berlangsung lebih cepat untuk mendukung hidup. Kecepatan enzim jauh melebihi kecepatan reaksi kimia biasa, dengan menurunkan energi aktivasi. Enzim bekerja sangat efisien. Umumnya enzim dapat mengkatalisis reaksi antara 1 dan 10,000 molekul substrat per detik. c. Enzim hanya terdapat dalam jumlah kecil di dalam sel karena mereka tidak dapat diubah selama reaksi. Enzim sangat spesifik terhadap substratnya. Biasanya enzim spesifik untuk reaksi yang spesifik.

4.2. Nomenklatur dan Klasifikasi

Enzim umumnya diberi nama dengan penambahan -ase pada substrat yang dikatalisisnya. Sebagai contoh, Lipase mengkatalisis hidrolisis lipid menjadi

Biologi UNM Tahun 2008

79

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

gliserol dan asam lemak. Sukrase mengkatalisis hidrolisis sukrosa menjadi glukosa dan fruktosa. Beberapa enzim yang ditemukan sebelum sistem penamaan diatur dikenal dengan nama umum. Contohnya adalah pepsin, tripsin, dan kimotripsin yang mengkatalisis hidrolisis protein. Sistem tata nama yang terakhir dikenal sebagai sistem Internasional Enzyme Commision (IEC) didasarkan pada jenis reaksi yang dikatalisisnya. Ada enam kelompok ezim dalam sistem ini, seperti tertera di dalam tabel berikut:
Klasifikasi Enzim menurut IEC Kelompok Enzim Jenis Reaksi yang Dikatalisis Oksidase atau Dehidrogenase Reaksi Oksidase-reduksi Transferase Memindahkan gugus fungsional Hidrolase Reaksi Hidrolisis Liase Penambahan ikatan rangkap atau sebaliknya Isomerase Reaksi Isomerasi Ligase atau Sintetase Pembentukan ikatan dengan pemecahahan ATP Sebagai contoh, bila menggunakan sistem ini, urease menjadi urea amidohidrolase.

4.3. Struktur Enzim

Sejumlah enzim memerlukan kofaktor untuk menangani reaksi. "Assisten"

tersebut adalah senyawa non-protein dan logam. Kofaktor terikat ke enzim dan terlibat dalam reaksi dengan melepaskan elektron, proton , atau gugus kimia dari suatu substrat. Enzim yang lengkap dengan kofaktor disebut holoenzim, sedangkan jika hanya bagian dari protein tanpa kofaktor disebut apoenzim (Gambar 4.1.).

Biologi UNM Tahun 2008

80

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

Gbr. 4.1. Suatu apoenzim dan kofaktor berkombinasi membentuk haloenzim

Kofaktor molekul organik

adalah koenzim. Dalam

reaksi oksidasi -reduksi,

koenzim sering melepas elektron dari substrat dan menyerahkan ke molekul lain. Seringkali elektron ditambahkan ke proton untuk membentuk atom hidrogen sebelum dilewatkan. Dengan cara ini, koenzim bertindak untuk membawa energi dalam bentuk elektron (atau atom hidrogen) dari satu senyawa ke yang lainnya. Contoh koenzim adalah FAD, NAD, biotin atau koenzim A. Koenzim merupakan molekul relatif kecil dibandingkan dengan bagian enzim. Banyak koenzim merupakan turunan dari vitamin. Koenzim mengisi sebagian dari sisi aktif, karena itu tanpa koenzim, enzim tidak dapat berfungsi.
vitamin niasin riboflavin Asam pantothenat Vitamin B-12 Thiamin (B-1) Koenzim Nikotinamida adenin dinukleotida (NAD) Flavin adenin dinukleotida (FAD) Koenzim A (KoA) Koenzim B-12 Thiaminpyrophosphat (TPP) Fungsi Oksidasi atau transfer hidrogen Oksidasi atau transfer hidrogen Pembawa gugus asetil Transfer gugus asetil Transfer gugus aldehid

Vitamin adalah molekul organik kecil yang diperlukan dalam jumlah sedikit. Biasanya bertindak sebagai koenzim atau prekursor koenzim.

Biologi UNM Tahun 2008

81

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

Kofaktor anorganik disebut aktivator enzim berupa ion lseperti Mg+2, K+, Cu+2, Mn+2, Na+, Fe+2, Zn+2 dan Ca+2.

4.4. Mekanisme Kerja Enzim Mekanisme dasar bagaimana enzim mengkatalisis reaksi kimia dimulai dengan pengikatan substrat ke sisi aktif (active site) enzim. Sisi aktif merupakan daerah khusus pada enzim dimana substrat dapat berkombinasi. Pengikatan substrat ke enzim menyebabkan perubahan dalam distribusi elektron ikatan kimia substrat dan akhirnya meneyebabkan reaksi mendorong ke pembentukan produk. Produk dilepas dari permukaan enzim dan enzim kemudian memulai reaksi lagi. Ada tiga mekanisme kerja katalisis enzim. Ketiganya menguraiakan proses yang sama, meskipun dengan jalan berbeda, dan kita perlu memahami tentang masing-masing dintara cara tersebut.

a. Mekanisme reaksi
Di dalam reaksi kimia, substrat (S) dikonversi menjadi produk (P): S D P

Pada reaksi yang yang dikatalisis enzim, mula-mula substrat berikatan ke sisi aktif enzim membentuk kompleks enzim-substrat (ES), selanjutnya substrat dikonversi menjadi produk yang masih berikatan dengan enzim, dan akhirnya produk kemudian dilepas. Mekanisme tersebut digambarkan sebagai berikut (Gambar 4.2.):

Biologi UNM Tahun 2008

82

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

Gbr. 4.2. Mekanisme kerja enzim

b. Geometri molekul Lokasi yang aktif mempunyai suatu bentuk geometris yang unik dan komplementer denga bentuk geomtris substrat. 1). Teori Gembok dan Kunci Kerja spesifik suatu enzim dengan substrat tunggal dapat dijelaskan dengan menggunakan analogi Gembok dan Kunci (Lock and Key). Postulat ini pertama kali dikemukakan oleh Emil Fischer pada tahun 1894. Dalam analogi ini, Gembok adalah enzim dan Kunci adalah substrat. Hanya kunci (substrat) dengan bentuk dan ukuran yang bersesuaian yang cocok masuk ke lobang (sisi aktif) gembok (enzim). Ilustrasi tersebut digambarkan dalam gambar 4.3.

Biologi UNM Tahun 2008

83

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

Gbr. 4.3. Model Teori Gembok dan Kunci

2). Teori Teriduksi-cocok (Induced Fit) Tidak semua bukti percobaan dapat dijelaskan dengan menggunakan model yang asumsikan oleh teori Gembok dan Kunci, karena model ini menganggap enzim sebagai molekul yang sangat kaku. Untuk itu diusulkan suatu model yang disebut teori terinduksi-cocok. Teori terinduksi-cocok menganggap bahwa substrat memegang peranan dalam menentukan bentuk akhir enzim dan bahwa enzim mempunyai bagian yang fleksibel. Hal ini menjelaskan mengapa senyawa tertentu dapat berikatan dengan enzim tetapi tidak terjadi reaksi karena bentuk enzim telah menyimpang terlalu jauh. Molekul lain mungkin terlalu kecil untuk menginduksinya dan dengan demikian tidak terjadi reaksi. Hanya substrat yang sesuai dapat menginduksi sisi aktif. Perhatikan gambar 4.4.

Biologi UNM Tahun 2008

84

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

Gbr. 4.4. Model Teori Terinduksi-cocok

Interaksi substrat dan sisi aktif: Enzim memiliki

berbagai tingkat

spesifisitas. Beberapa enzim mempunyai spesifisitas untuk satu substrat dan tidak untuk yang lain, sedangkan enzim lainnya bereaksi dengan substrat dengan gugus fungsi, rantai samping, atau posisi pada rantai yang serupa.

c. Perubahan Energi
Cara enzim bekerja dapat juga dijelaskan dengan memperhitungkan perubahan energi yang berlangsung selama reaksi kimia. Kita akan mempertimbangkan bahwa suatu produk mempunyai tingkat energi lebih rendah daripada substrat, sehingga substrat secara alami menjadi produk (dengan kata lain keseimbangan ke arah produk). Sebelum dapat berubah menjadi produk, substrat harus mencapai suatu batas energi yang disebut energi aktivasi (EA). Energi aktivasi adalah energi yang diperlukan untuk memulai suatu reaksi. Semakin besar energi aktivasi, semakin lambat reaksi berlangsung karena hanya sedikit molekul substrat yang mempunyai energi cukup untuk melampaui pembatas energi aktivasi. Umumnya reaksi fisiologis mempunyai energi aktivasi besar. Enzim dapat mereduksi energi aktivasi

Biologi UNM Tahun 2008

85

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

suatu reaksi, sehingga banyak molekul dapat dengan mudah melampaui batas energi aktivasi dan secara cepat beubah menjadi produk (Gambar 4.5.)

Gbr. 4.5. Energi aktivasi yang diperlukan suatu reaksi dengan dan tanpa enzim.

Sebagai contoh, untuk reaksi katalase (2H2O2 2H2O + O2) energi aktivasinya
adalah 86 kJ mol-1 dengan tanpa enzim, dan 1kJmol-1 bila dengan enzim katalase.

4.5. Faktor-faktor yang Mempengaruhi Kerja Enzim

Reaksi dengan enzim dapat mencapai 106 1012 kali lebih cepat dibanding reaksi tanpa enzim. Enzim secara khas bereaksi antara 1-10,000 molekul per detik. Aktivitas enzim dipengaruhi oleh sejumlah faktor, yaitu:
a. Konsentrasi enzim Bila konsentrasi substrat cukup tersedia, peningkatan konsentrasi enzim akan meningkatkan kecepatan reaksi enzim.

Biologi UNM Tahun 2008

86

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

b. Konsentrasi substrat

Pada konsentrasi enzim yang tetap dan konsentrasi substrat rendah, konsentrasi substrat merupakan faktor pembatas. Apabila konsentrasi substrat ditingkatkan, kecepatan reaksi enzim akan meningkat. Namun, pada konsentrasi substrat yang sangat tinggi, enzim akan menjadi jenuh dengan substrat dan konsentrasi substrat yang lebih tinggi tidak meningkatkan kecepatan reaksi.

c. Temperatur

Tiap enzim mempunyai temperatur optimum dimana dapat bekerja dengan baik. Sampai dengan temperatur optimum kecepatan reaksi meningkat dengan meningkatnya temperatur. Peningkatan kecepatan terjadi karena molekul enzim dan substrat keduanya mempunyai energi kinetik yang lebih untuk lebih sering bertabrakan, dan juga karena lebih banyak molekul mempunyai energi yang cukup untuk melampaui pembatas energi aktivasi.

Biologi UNM Tahun 2008

87

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

Peningkatan kecepatan reaksi terkait dengan temperatur dapat dihitung sebagai Q10 yang berarti peningkatan relatif untuk tiap 10oC.

Bila temperatur terus meningkat di atas temperatur optimum, panas tersebut menyebabkan enzim mengalami denaturasi. Akibatnya enzim kehilangan bentuk fungsionalnya oleh rusaknya ikatan hidrogen. Temperatur dingin, pada sisi lain, menurunkan aktivitas enzim oleh penurunan gerak molekuler.

d. pH Tiap enzim mempunyai pH optimum yang membantu menjaga bentuk tigadimensiolnya. Perubahan dalam pH dapat menyebabkan denaturasi enzim dengan mengubah muatan enzim, sebagai contoh gugus R asam karboksil menjadi tidak bermuatan pada pH rendah (COOH), tetapi bermuatan pada pH tinggi (COO-). Perubahan ikatan ion enzim berkontribusi dalam bentuk fungsionalnya. Untuk kebanyakan enzim pH optimum antara 7-8 (pH fisiologis umumnya sel), tetapi beberapa enzim dapat bekerja pada pH ekstrem, seperti enzim protease di dalam lambung hewan, yang mempunyai pH optimum 1.

Biologi UNM Tahun 2008

88

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

5.6. Pengaturan Kerja Enzim Jalur metabolisme merujuk pada reaksi kimia yang terjadi di dalam sel. Secara hipotetik jalur metabolisme ditunjukkan berikut ini:

Reaksi terjadi dalam urutan dan dikatalisis oleh enzim khusus pada tiap tahap. Intermediat dapat digunakan sebagai titik awal untuk jalur berikutnya. Sebagai contoh, C di dalam diagram di atas dapat digunakan untuk menghasilkan D tetapi juga dapat digunakan untuk menghasilkan F. Sel telah membangun mekanisme kontrol untuk mengatur konsentrasi enzim dan aktivitasnya. Pengaturan enzim terdiri atas: 1. Pengaturan genetik 2. Pengaturan enzim yang telah dihasilkan, yang terdiri atas: a. Inhibisi kompetitif b. Inhibisi nonkompetitif c. Inhibisi feedback

1. Pengaturan Sintesis Protein (Genetic Regulation)

Biologi UNM Tahun 2008

89

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

Enzim adalah protein. Sel dapat mengaturnya dengan membuat lebih atau kurang dari yang dibutuhkannya. Pengaturan sintesis protein di bahas dalam mata kuliah lain. 2. Pengaturan Enzim yang Telah Diproduksi Inhibitor menghambat aktivitas enzim, mereduksi kecepatan reaksi. Inhibitor terdapat secara alami, tetapi juga dapat dibuat sebagai obat, pestisida dan bahan penelitian. Terdapat dua macam inhibitor. a. Inhibitor kompetitif Molekul inhibitor mempunyai struktur yang serupa dengan molekul substrat dan bersesuaian dengan sisi aktif enzim. Artinya berkompetisi dengan substrat untuk sisi aktif (Gambar 4.7.). Dengan demikian, reaksi berlangsung lebih lambat. Obat anti bakterial merupakan contoh inihibitor kompetitif.

Biologi UNM Tahun 2008

90

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

Gbr. 4.7. Inhibitor kompetitif

b. Inhibitor Nonkompetitif Bentuk lain inihibisi adalah inihibitor nonkompetitif. Inihibitor ini berikatan pada sisi allosterik enzim. Sisi allosterik berbeda lokasinya dengan sisi aktif (Gambar 4.8).

Gbr. 4.8. Inhibitor nonkompetitf

Pengikatan suatu inhibitor pada sisi allosterik menyebabkan perubahan bentuk enzim, dimana sisi aktif mengalami distorsi sehingga tidak dapat berfungsi. Pengikatan biasannya bersifat temporer. Racun adalah inhibitor yang berikatan secara irreversibel. Sebagai contoh, penicilin menghambat enzim yang diperlukan bakteri untuk membangun dinding selnya. Penghambatan Umpan-balik (Feedback Inhibiton) Penghambatan umpan-balik negatif seperti halnya termostat. Bila kondisi dingin, termostat menyalakan pemanas sehingga menghasilkan panas. Panas menyebabkan pemanas termostat kembali memadamkan pemanas. Panas mempunyai efek negatif terhadap termostat; ini merupakan umpan-balik terhadap tahap awal dalam urutan terkontrol seperti dalam diagram berikut:

Biologi UNM Tahun 2008

91

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

Sejumlah jalur enzimatik diatur dengan penghambatan umpan-balik. Bila produk enzim terakumulasi, produk tersebut menghentikan enzim, seperti halnya panas menyebabkan termostat kembali menghentikan produksi panas. Produk akhir jalur reaksi berikatan secara allosterik pada enzim pertama dalam jalur dan menghentikan urutan reaksi berikutnya (Gambar 4.9.dan 4.10). Pada umumnya sel mengalami Penghambatan umpan-balik.

Gbr. 4.9. Penghambatan umpan-balik

Biologi UNM Tahun 2008

92

Fisiologi Tumbuhan Drs. Ismail, M.S.

Gbr. 4.10. Penghambatan umpan-balik

Biologi UNM Tahun 2008

93