1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9.

2.1 Strain Industri 2.1.1 Pengertian Strain industri adalah koloni mikrobia (atau hasil biakannya) dengan sifat-sifat fisiologi yang sama sebagai hasil proses isolasi atau rekayasa lainnya untuk memurnikan sifat tersebut. 2.1.2 Syarat Terlepas dari asal-usul suatu mikroorganisme industri, idealnya harus menunjukkan : Stabilitas genetik Efisiensi produksi produk sasaran di mana rute biosintesis harus ditandai dengan baik Terbatas atau tidak ada kebutuhan akan vitamin dan faktor pertumbuhan tambahan Pemanfaatan berbagai karbon rendah biaya dan ketersediaan sumber karbon Dapat dimanipulasi secara genetik Aman, bukan patogen dan tidak menghasilkan produk beracun kecuali jika produk beracun tersebut adalah produk sasaran Siap dipanen dari fermentasi Siap rusak jika produk sasaran adalah intraselular Produksi terbatas oleh produk sebagai produk sampingan untuk meringankan masalah pemurnian selanjutnya Fitur lain yang dapat dimanfaatkan adalah sifat thermofilik atau halofilik yang dapat berguna dalam lingkungan fermentasi. Juga, khususnya untuk sel yang tumbuh dalam suspensi, mereka harus tumbuh dengan baik dalam bioreaktor konvensional sehingga industri dapat meminimalisir kewajiban untuk mengembangkan sistem alternatif. 2.2 Pemurnian Galur (Strain Improvement) 2.2.1 Pengertian Pemurnian galur adalah bagian vital dari pengembangan proses di industri fermentasi. Hal ini dapat mengurangi harga produksi, meningkatkan produktivitas produk yang lebih unggul. Pada beberapa kasus pemurnian galur dapat dilakukan menggunakan metode alami, yaitu rekombinasi genetik yang menyatukan elemen genetik dari dua genom yang berbeda menjadi satu membentuk genotip baru. Strategi lain melalui mutagenesis. Rekombinan dan mutan dipilih dan diseleksi untuk mendapatkan strain yang memiliki karakteristik lebih spesifik untuk proses industri fermentasi. Namun strain seperti ini tidak mungkin bertahan di alam karena gen mereka telah dimanipulasi sehingga tercipta ketidaksetimbangan metabolik. Akibatnya, strain tersebut harus dipertahankan pada media spesifik agar mampu tumbuh. 2.2.2 Tujuan Tujuan dari pemurnian galur ini adalah untuk meningkatkan produktivitas mikroorganisme, untuk mengubah produk metabolisme yang tidak terpakai, untuk memperbarui sumber karbon dan nitrogen sebagai nutrisi bagi mikroorganisme, dan memperbaiki morfologi sel menjadi sel yang lebih baik sehingga dapat memisahkan sel dan produk yang dihasilkan. 2.2.3 Rekombinasi Alami DNA bakteri umumnya dalam bentuk kromosom tunggal dan plasmid; belakangan ini DNA dapat mereplikasi dirinya sendiri. Tiap plasmid membawa hingga beberapa ratus gen tambahan dan ada sebanyak 1000 kopi plasmid per sel. Plasmid tersebut mengandung kode informasi genetik tambahan untuk ciri-ciri yang tidak ditemukan di kromosom DNA bakteri. Tidak seperti organisme eukariotik, bakteri tidak mempunyai bentuk reproduksi seksual. Namun, bakteri itu mampu bertukar beberapa materi genetik melalui proses konjugasi, transduksi, transformasi dan pembelahan biner. KONJUGASI melibatkan kontak antar sel satu dengan sel yang lain, di mana pendonor kontak dengan resipien melalui struktur protein filamen yang dinamakan pilus seks yang menghubungkan 2 sel tersebut berdekatan. Pendonor menyalin semua bagian dari plasmid atau kromosom DNAnya dan dibagikan melalui pilus ke resipien.

Pada TRANSDUKSI, bakteri yang mengandung virus (bakteriofage) berperan sebagai vektor dalam mentransfer gen antar bakteri. Bakteriofage menempel ke sel bakteri dan memasukkan DNA-nya ke inang untuk menggabungkan DNA bakteriofage ke kromosom inangnya. Selama replikasi, bakteriofage memperoleh potongan dari DNA inang. Jika fage-fage tesebut terus memasuki inang-inang baru, mereka mampu menggabungkan DNA asli dan gen-gen yang diambil dari inang sebelumnya ke dalam kromosom inang baru. Bakteriofage, seperti plasmid, juga memperoleh transposon (bagian dari DNA yang memiliki kemampuan untuk berpindah-pindah dari tempat yang satu ke tempat yang lain, dalam kromosom yang sama ataupun yang berbeda); misalnya, dari plasmid ke kromosom dan sebaliknya. Bakteriofage dapat membawa transposon ke dalam sel bakteri inang baru di mana mereka dapat meloncat ke dalam plasmid atau kromosom DNA inang. TRANSFORMASI melibatkan serapan selular bagian DNA dari medium sekitar yang kemudian menjadi tergabung di dalam sel. Pada lingkungan alami, transformasi merupakan proses acak, fragmen DNA tersedia untuk penyerapan yang berasal dari sel yang segaris. Pada eukariot, rekombinasi genetik secara alami terjadi selama reproduksi seksual. Genotif baru dihasilkan dari kombinasi kromosom parental dan sebagai akibat dari peristiwa crossing-over selama meiosis. Belakangan ini melibatkan kerusakan bagian kromosom DNA dan perubahan dari segmen antar kromosom homolog untuk membentuk kombinasi baru. Beberapa fungi yang berperan penting dalam industri, meliputi Penicillium dan Aspergillus, tidak mempunyai fase seksual yang sebenarnya. Namun, siklus paraseksual telah menyediakan rute sehingga strain baru dapat diproduksi. Hal ini dikembangkan saat dua strain haploid yang berbeda secara genetik tumbuh bersama, membolehkan fusi hifa mereka. Peristiwa ini akibat dari pembentukan heterokarion, inti yang mengandung miselium yang berasal dari masing-masing strain. Pembentukan herokarion secara langsung dapat dilakukan secara in vitro dengan menggabungkan protoplas yang dinding selnya telah dihilangkan. Juga, eukariot tertentu termasuk beberapa kapang dan jamur berfilamen, memiliki plasmid autonomous, seperti 2m plasmid Saccharomyces cerevisiae yang terbukti berguna sebagai vektor dalam rekayasa genetika. 2.2.4 Mutasi Mutasi didapatkan dari perubahan fisik DNA sel, seperti delesi, insersi, duplikasi, inversi dan translokasi dari sepotong DNA, atau perubahan dalam jumlah salinan dari seluruh gen atau kromosom. Penaklukan mikroorganisme untuk mengulangi siklus mutagenesis, diikuti oleh seleksi yang sesuai dan pemilihan organisme yang dapat bertahan, merupakan cara efektif dalam banyak mikroorganisme industri. Mutan dapat muncul secara alami atau juga diinduksi, mereka dianggap sebagai produk dari peristiwa alami. Akibatnya, ada beberapa masalah dalam memperoleh persetujuan dari berwenang ketika teknologi rekombinasi DNA digunakan untuk mengembangkan mikroorganisme untuk industri. Laju mutasi spontan lambat; misalnya pada banyak gen bakteri, laju diperkirakan 10 -10 per generasi per gen. Laju mutasi dapat ditingkatkan dengan menggunakan mutagaen, yang dapat dibedakan menjadi 2 jenis. Mutagen fisik meliputi ultraviolet, radiasi dan X; mutagen kimia adalah senyawa seperti EMS, NTG, asam nitrit dan acridine mustards. Mutan terbentuk saat mutagen menginduksi modifikasi dari urutan basa DNA yang hasilnya dalam substitusi sepasang basa, mutasi frame-shift atau delesi besar kemudian menjadi tidak sepasang. Mutagenesis dapat juga diinduksi menggunakan transposon yang dikirimkan menggunakan vektor yang cocok. Mereka memproduksi mutan penginsersi yang rangkaian nukleotida normalnya disela oleh rangkaian transposon. Metode tradisional ini telah berhasil digunakan pada pemindahan warna kuning dari penyiapan penisilin dikarenakan chrysogenin, pigmen kuning dihasilkan oleh Penicillium chrysogenum. Program mutagenesis memiliki keefektifan yang besar dalam meningkatkan produksi penisilin di strain industri pada organisme yang sama.
2

Baru-baru ini, metode yang dikembangkan untuk meningkatkan baik keseluruhan kemampuan mutasi dan laju mutasi dari gen spesifik agar mendapatkan frekuensi maksimum dari tipe mutan yang diinginkan. Mutagenesis langsung ini dengan jelas membutuhkan pengetahuan tentang gen yang mengontrol target produk dan sering gambaran genetik dari organisme. Sebagai tambahan, mutagenesis in vitro sekarang digunakan dalam kombinasi dengan rekayasa genetik untuk memodifikasi gen terisolasi atau bagian dari gen. 2.2.4 Rekayasa Genetika Selama 20 tahun, perkembangan dari teknologi rekombinasi DNA dan metode fusi sel, seperti pembentukan hybridoma untuk produksi antibodi monoklonal memiliki pengaruh besar dalam mikrobiologi industri. Berbeda dengan proses rekombinasi alami, teknologi modern rekombinasi DNA menyediakan banyak kesempatan tidak terbatas untuk memproduksi gen kombinasi baru. Metode ini juga secara spesifik dan terkontrol dan memiliki berbagai macam informasi genetik yang tersedia dari beberapa makhluk hidup dan bahkan organisme yang punah. Teknologi rekombinasi DNA memungkinkan rangkaian gen spesifik dipindah dari satu organisme ke organisme lain dan memungkinkan metode tambahan diperkenalkan ke perbaikan strain. Metode ini dapat digunakan untuk meningkatkan produk dengan menghapuskan kemacetan metabolik di bagian tertentu dan memperbesar atau memperbaiki langkah spesifik metabolisme. Secara keseluruhan, prosedur rekayasa genetika memperbolehkan sifat baru ditambahkan ke kemampuan mikroorganisme industri. Mikroorganisme dapat dimanipulasi untuk mensintesis dan meningkatkan rentangan enzim yang dapat memproduksi senyawa baru atau substrat kompleks yang lebih murah. Karena tidak ada pembatasan untuk gen alami yang ditampilkan mikroorganisme, produksi protein tanaman dan hewan dimungkinkan. Produk berharga yang diproduksi termasuk pertumbuhan hormon manusia, insulin dan interferon. Namun begitu, metode ini tidak secara total menggantikan metode mutagenesis tradisional dan pendekatan kepada kedua metode harus diperhatikan untuk menghasilkan strain improvement yang lebih banyak. Strategi Rekayasa Genetika Untuk Bakteri Rekayasa genetika melibatkan manipulasi DNA. Hal ini memerlukan isolasi awal dan pemulihan gen yang diinginkan dari genom organisme donor. Rangkaian DNA yang terisolasi kemudian dimodifikasi dan pengaturan ekspresi gen mereka diubah, sebelum dimasukkan ke dalam organisme inang melalui sistem vektor termanipulasi yang cocok. Langkah pertama membutuhkan ekstraksi DNA total dari organisme pendonor yang kemudian dipotong dalam urutan yang lebih kecil menggunakan endonuklease restriksi spesifik. Banyak dari enzim restriksi ditemukan pada beberapa spesies bakteri, membuat potongan DNA beruntai ganda yang memiliki urutan spesifik (palindrom) menjadi urutan tunggal. Bagian kecil dari DNA (fragmen restriksi) kemudian dapat bergabung atau disambung ke molekul DNA vektor yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sejenis. Penyambungan dilakukan oleh enzim DNA ligase, dan menciptakan sebuah molekul DNA sintesis. Plasmid dan bakteriofag adalah kloning vektor yang paling berguna. Mereka memainkan peran penting sebagai pengirim sistem untuk memperkenalkan molekul rekombinan ke sel inang melalui transduksi ataupun transformasi. Setelah masuk, mereka mampu mereplikasi diri sendiri sehingga dapat mempertahankan DNA rekombinan dalam sel inang. Pengenalan plasmid rekombinan dalam sel bakteri dapat dicapai setelah treatment kalsium klorida yang membuat membran sel lebih permeabel terhadap DNA. Setelah pengenalan, plasmid mereplikasi dirinya. Dalam beberapa kasus, banyak sekali salinan diproduksi dalam sel inang untuk meningkatkan jumlah DNA rekombinan per sel. Plasmid dapat dirancang untuk mengandung penanda genetik yang baik, seperti resistensi antibiotik, kebutuhan vitamin, dll. Penanda dapat digunakan untuk memilih sel inang yang telah memasukkan plasmid selama transformasi. Bakteriofag adalah vektor kloning yang sangat berguna. Setengah dari genom bakteriofag dapat dihilangkan dan diganti dengan DNA asing. Hal ini dilakukan secara in vitro menggunakan enzim restriksi
3

yang mirip dengan cara manipulasi plasmid. Fragmen DNA yang sesuai kemudian dikumpulkan menjadi partikel fag, yang mampu menginfeksi inang Fragmen DNA yang sesuai kemudian dikumpulkan menjadi partikel fag, yang mampu menginfeksi inang yang dipilih. Campuran dari fragmen restriksi yang berasal dari ekstrak DNA utuh, setelah dikumpulkan dalam fag atau plasmid, digunakan untuk transformasi atau mentranduksi sel inang. Hal ini menghasilkan perpustakaan DNA yang terdiri dari individu klon yang mengandung molekul DNA rekombinan yang berbeda, mewakili seluruh urutan DNA / gen dari genom donor. Setelah itu, klon diperbolehkan untuk membentuk koloni pada media padat selektif. Pada tahap ini, klon spesifik yang berisi molekul DNA rekombinan yang diinginkan dapat diidentifikasi. Jika gen asing berhasil mengekspresikan bakteri inang dan membuat protein heterolog, deteksi dapat dicapai dengan penggunaan reaksi antibodi spesifik dengan protein. Atau jika protein rekombinan adalah enzim yang tidak diproduksi oleh inang, aktivitas enzim dapat dideteksi. Pembatasan Inang Prokariot Seringkali, tujuan utama dari kloning gen adalah mendapatkana jumlah banyak dari suatu produk. Gen tidak dapat diekspresikan jika Escherchia coli digunakan sebagai inang dan gen yang dimasukkan pada inang bukan dari bentuk strain E. Coli, misalnya gen heterolog. Masalah ini dapat ditangani menggunakan vektor pengekspresi di mana gen asing dimasukkan dalam konfigurasi di bawah kontrol inang. Selain itu, untuk memaksimalkan produksi proetin asing, vektor pengekspresi harus mereplikasi hingga jumlah salinan tinggi dan stabil. Gen asing idealnya harus dihubungkan dengan promotor kuat yang memiliki afinitas tinggi untuk polimerase RNA dan mRNA tertranskripsi harus diterjemahkan secara efisien. Kadang-kadang, menguntungkan bagi ekspresi gen kloning untuk dimanipulasi dengan menempatkan Secara umum, bakteri gram negatif mampu untuk mengekspresikan gen dari bakteri gram positif. Namun, jika dari bakteri gen negatif ke positif, tidak mudah untuk diekspresikan. Tambahan masalah juga muncul jika tujuannya adalah untuk mengkloning dan mengekspresikan gen seperti E. Coli. Perbedaan antara ekspresi gen prokariot dan eukariot harus diperhitungkan. Gen eukariot mengandung area non-coding, intron, yang akan menimbulkan masalah jika gen langsung ditransfer ke sistem prokariotik. Namun, intron dipotong selama proses RNA normal. Akibatnya, mRNA eukariot dapat digunakan utnuk mensintesis gen yang dapat berfungsi dalam sebuah prokariot. Ini memerlukan penggunaa reverse transcriptase untuk menghasilkan salinan pelengkap DNA atau cDNA dari RNA. Atau, jika urutan nukleotida gen atau urutan asam amino dari protein produk diketahui, gen sintesis dapat disintesis. Sekresi protein rekombinan sering disukai untuk stabilitas produk dan membuat proses downstream memulihkan produk yang kurang bermasalah. Namun, keberadaan tantangan lebih lanjut pada beberapa organisme mengeluarkan lebih efisien dari yang lain. Pada bakteri gram negatif, sekresi lebih sering ke ruang periplasmic daripada ke medium secara langsung, sehingga bakteri gram negatif tidak bisa mudah melintasi membran luar. Untuk beberapa tujuan, ini mungkin bermanfaat seperti dalam proses downstream. Di mana sekresi dalam media dibutuhkan, hal ini dapat diterima dengan menggunakan dinding sel bakteri. Sekresi protein lebih sulit dari faktanya karena harus disintesis dengan ekstra urutan asam amina pada terminal akhir N. Urutan sinyal dari 20-25 asam amino membantu jalan protein melewati membran sel. Masalah umum lainnya pada ekspresi protein heterolog yang juga dapat ditemui dengan beberapa host eukariotik termasuk : 1. ketidakstabilan produk gen tertentu dalam host mikroorganisme, menyebabkan degradasi cepat mereka dengan protease; 2. salah lipat dari polipeptida yang menghasilkan sebuah aktif molekul, yang mungkin terakumulasi membentuk inklusi tubuh di dalam sel, dan 3. kesulitan dalam mencapai pasca-translasi modifikasi protein, seperti pembelahan, glikosilasi atau amidasi.
4

Pembatasan Inang Eukariot Strategi lain yang lebih baik untuk mengekspresikan gen heterolog eukariotik sering mempergunakan inang eukariot yang sesuai yang akan menunjukkan semua kebutuhan modifikasi protein post-translasi dan sekresi. Awalnya, Saccharomyces cerevisiae banyak dipilih karena aman dan mengandung jumlah informasi luas yang telah terakumulasi dari genetikanya, fisiologi, kerjanya pada proses industri farmasi. Juga, relatif cepat laju pertumbuhannya dan mudah mengalami manipulasi genetik, tapi tidak seperti eukariot yang lebih tinggi tingkatannya (seperti sel hewan dan tumbuhan), jamur ini dengan mudah dan murah tumbuh pada skala industri. Beberapa protein heterolog eukariotik telah sukses diproduksi secara massa dari S. cerevisiae. Namun, produk jamur relatif sedikit yaitu 1-5% dari total protein dan beberapa protein disimpan dalam periplasma. Jamur lain dapat pula menjadi inang yang baik, khususnya methylotroph, Pichia angusta, dan Pichia pastoris yang memiliki beberapa keuntungan dibanding S. cerevisiae. Mereka memiliki promotor induksi yang kuat dan mampu untuk menghasilkan modifikasi protein post-translasion mirip dengan yang dilakukan oleh sel manusia. Proses downstream juga memiliki masalah yang sedikit karena jamur tersebut tidak mensekresikan banyak protein mereka sendiri ke dalam media. P. Angusta seringkali lebih baik untuk aplikasi industri karena memiliki versatilitas yang lebih baik; contohnya dalam produksi heterolog dari jamur termasuk vasin hepatitis B, enzim phytase sebagai umpan tambahan dan antitrombotic hirudin, Perkembangan teknologi rekombinasi DNA maju dengan cepat dan kloning gen pada sel hewan dan tumbuhan sekarang diproduksi secara rutin. Sebagai contoh, vektor berdasarkan virus, seperti virus bovine papiloma, retroviruses dan virus simian 40 digunakan untuk stabil mentransformasi sel mamalia. Transformasi dari sel tumbuhan dikotil dapat ditunjukkan menggunakan plasmid yang berasal dari bakteri tanah Agrobacterium tumefaciens and A. rhizogenes. Pada in vivo, A. tumefaciens menginduksi tumor yang melibatkan plasmid Ti dan A. Rhizogenes menginduksi pembentukan rambut akar, yang dimediasi oleh plasmid Ri. Protein individiual dapat direkayasa dengan mengubah beberapa komponen asam amino untuk memodifikasi sifat dan memiliki peluang untuk fitur pembangun dalam membantuk proses downstream. Sebagai tambahan, urutan lengkap dari genom mikroba, termasuk organisme food grade menstimulasi kemajuan lebih jauh dalam rekayasa metabolik. Relatif kecil rekayasa genetika telah diimpelementasikan untuk memperbaiki produksi dari metabolit yang ada, memberikan kegiatan katabolik baru dan memperbaiki kinerja fermentasi. Namun, jaringan metabolis dalam mikroorganisme dapat direstrukturisasi dan rekayasa metabolik yang luas memiliki implikasi utama dalam mikrobiologi industri. 2.3 Stabilitas Strain Faktor utama dalam perkembangan strain baru adalah stabilitas strain. Aspek penting dari stabilitas strain adalah pemeliharaan dan penyimpanan stok kultur sehingga mereka atirbut mereka yang dengan hatihati dipilih tidak hilang. Hal ini melibatkan penyimpanan dalam larutan nitrogen atau lyophilization. Strain ditransformasi oleh plasmid harus dipertahankan di bawah seleksi terus-menerus untuk memastikan bahwa stabilitas plasmid. Ketidakstabilan dihasilkan dari penghapusan dan penyusunan ulang plasmid rekombinan, yang leibh baik sebagi struktural ketidakstabilan, atau menghilangkan plasmid, disebut stabilitas segregasi. Beberapa masalah dapat diatasi dengan menmbangun plasmid dengan hati-hati dan penempatan gen penting dalam plasmid. Ketidakstabilan segregasi dapat pula diatasi dengan membangun strain pembunuh yang membutuhkan penanda spesifik pada plasmid untuk bertahan hidup. Sebagai akibatnya, sel bebas-plasmid mati dan tidak boleh diakumulasikan di kultur. Strain tersebut dibangun dengan penanda lethal di kromosom dan repressor dari penanda ini terletak di plasmid. Sel mengekspresikan repressor selama mereka memiliki plasmid, tetapi jika kehilangan sel akan mengekspresikan gen mematikan. Namun, integrasi gen ke kromosom normalnya adalah solusi terbaik untuk mengatasi banyak masalah ketidakstablitasan.
5

LAMPIRAN PERTANYAAN 1. Albertus Ardika (115061101111005) Dijawab : Alfonsina Pada proses transduksi, metode apa yang digunakan virus untuk menginjeksi agar menjadi banyak jumlahnya? Setau saya, pembelahan virus ada lisis dan lisogenik, yang mana? Apakah salah satu atau keduanya? - Metode replikasi virus (reproduksi virus) untuk memperbanyak diri yang digunakan pada proses transduksi adalah daur litik. Tahap pertama adalah adsorpsi yaitu fase di mana virus menempel dan menginfeksi bagian tertentu dari dinding bakteri hospes. Tahap kedua, penetrasi, DNA virus masuk ke sel inang dan menghancurkan dinding sel bakteri menggunakan enzim lisosom. Tahap sintesis, virus merusak dan mengendalikan DNA bakteri hospesnya. Tahap eklifase, perakitan virus dalam jumlah besar. Tahap terakhir, lisis, pecahnya dinding bakteri inang sehingga virus-virus baru akan terbebas. Sedangkan pada daur lisogenik, virus hanya mengalami tiga tahap, yaitu penginfeksian virus ke bakteri inangnya; menggabungkan DNA virus ke DNA bakteri inang untuk membentuk calon virus baru dan ikut membelah bersama bakteri. Sehingga pada daur lisogenik ini, virus tidak memecahkan dinding bakteri dan keluar dari bakteri, tetapi virus ikut membelah bersama bakteri. (Budiyanto, 2010) 2. Teza Nur F. (115061102111001) Dijawab : Gregorius Bagas Pada video proses transduksi, mikroorganisme yang ditempati virus itu waktu virus keluar dari mikroorganisme tersebut hilang. Apakah memang mikroorganisme tersebut hilang dan menjadi apa waktu mikroorganisme tersebut hilang? Jelaskan! - Mikroorganisme (bakteri) yang ditempati sebagai media berkembang biak bagi virus akan mati, stelah mencapai dinding dari mikroorganisme tersebut. Hal ini terjadi karena pada proses transduksi, virus mengalami daur litik. Pada fase lisis, virus akan menghancurkan dinding bakteri inang dan menyebabkan bakteri mati. (Old and Primrose, 1989) 3. Ayu Indah Wibowo (115061100111011) Dijawab : Gregorius Bagas Bagaimana bisa bakteri mengalami transformasi? Apakah terjadi pada kondisi yang khusus? Atau terjadi pada bakteri tertentu? - Transformasi terjadi karena : 1. Kontak antar sel bakteri 2. Homologi DNA bakteri yang bersangkutan 3. Adanya proses modifikasi dalam inang 4. Kondisi morfologi (kemampuan untuk membentuk rambut getar / fili) 5. Perlunya gen khusus seperti gen TRA untuk proses konjugas (Brown, 1986) 4. Pandu Rahmat Pinasthiko (115061107111001) Dijawab : Gregorius Bagas Pada saat di video transduksi, ada yang pecah pada saat proses konjugasi. Apa yang menyebabkan pecah? - Yang menyebabkan pecah adalah kondisi virus yang berada di dalam mikroorganisme sudah matang sehingga virus siap keluar dengan cara memcah dinding dari bakteri inang (fase lisis). (Old and Primrose, 1989) 5. Dewi Ariesi R (115061105111007)
6

6.

7.

8. 1. 2. 9.

Dijawab : Alfonsina Bakteri yang seperti apa yang dapat melakukan transduksi, transformasi, dan pendonor? Jelaskan spesifikasi bakteri untuk setiap kemampuannya tersebut! Apakah mungkin satu bakteri mengalami lebih dari satu kemampuan? Bakteri yang dapat melakukan transduksi adalah bakteriofag. Bakteriofag adalah bakteri yang diinjeksi oleh virus. Bakteri yang dapat melakukan transformasi adalah bakteri sejenis yang memiliki potongan DNA yang sejenis pula. Bakteri pendonor adalah bakteri yang memiliki faktor F+ (bahan genetik, DNA) yang memiliki tonjolan pada dinding tubuhnya yang berfungsi untuk menempel dan mendonorkan DNAnya ke tubuh bakteri resipien, yaitu bakteri penerima DNA / bakteri yang tidak memiliki faktor F (F-). Bisa saja, satu spesies bakteri dapat memiliki lebih dari satu kemampuan (transduksi, transformasi ataupun konjugasi) namun kemampuan tersebut tidak terjadi secara bersamaan, hanya pada kondisi-kondisi tertentu seperti yang telah dijelaskan di jawaban point pertama. (Schaum, 2006) Sharfina Widyaningrum (11506110511103) Dijawab : Alfonsina Kapan terjadi perpindahan secara konjugasi, transformasi dan transduksi pada mikroba? Syarat apa saja untuk melakukan mutasi buatan? Konjugasi terjadi saat bakteri pendonor (bakteri yang memiliki faktor F+ (bahan genetik, DNA)) bertemu dengan bakteri resipien (bakteri tanpa faktor F (F-)) dan mendonorkan DNA bakteri pendonor melalui tonjolan sitoplasma. Transformasi terjadi saat bakteri dengan spesies sama, yang satu memberikan potongan DNAnya ke bakteri yang lain. Transduksi terjadi saat virus mengalami fase litik (keluarnya virus dari tubuh bakteriofag). Syarat untuk melakukan mutasi buatan adalah adanya perubahan materi genetik / DNA, hasilnya dapat diwariskan pada keturunannya, dan dilakukan oleh manusia. (Schaum, 2006) Dhanang (115061101111007) Dijawab : Adit Iqbal Dampak dari mutagenesis itu apa saja? Tolong dijelaskan? Mutia Dhana F. (115061100111007) Dijawab : Adit Iqbal Apakah syarat menjadi bakteri pendonor? Jika ada, apa syarat-syarat tersebut? Pada slide stabilitas strain, apa yang membuat nitrogen cair tersebut berfungsi untuk penyimpanan galur? Winda Fauzi Istiqomah (115061101111003) Dijawab : Alfonsina Kunci dari stabilitas strain adalah menjaga kesetimbangan strain tersebut, bisakah strain tersebut mengalami ketidakseimbangan? Mengapa? Strain dapat mengalami ketidaksetimbangan jika terdapat faktor pengganggu. Salah satu contoh faktor pengganggu adalah virus. Strain yang stabil, dirusak kesetimbangannya dengan masuknya virus ke strain sehingga virus dapat mengambil alih kerja DNA strain dan terjadi mutasi yang tidak diinginkan pada strain. (Walyo, 2005) 2.1. Pembentukan Media Pada umumnya fermentasi membutuhkan media cair, untuk membantu proses pernafasan. Meskipun demikian, fermentasi substrat padat juga banyak digunakan. Media fermentasi harus memenuhi kebutuhan nutrisi mikroorganisme dan mendukung proses teknik perlakuan objek. Nutrisi mikroorganisme harus terbentuk/ terformulasikan untuk mendukung proses sintesis dalam membentuk produk yang diinginkan begitu juga biomassa sel dan metabolik tertentu (Waites, dkk, 2005).

Suatu strain yang mampu memberikan hasil yang tinggi dari produk yang diinginkan saat dikembangkan dalam laboratorium belum tentu memberikan hasil yang sama ketika diaplikasikan dalam skala industry. Dalam bidang industri yang diperlukan adalah medium yang cocok secara ekonomi. Medium tersebut dapat berupa padat atau cair (Hidayat, dkk, 2006) Pada fermentasi antibiotika, bahan baku yang digunakan tidak boleh mahal, karena produk yang dihasilkan tidak mahal. Namun pada produksi steroid, produk bernilai lebih mahal sehingga penggunaan substrat dapat dipilih yang lebih dominan agar dihasilkan produk yang lebih banyak. Dalam fermentasi konvensional, umumnya dipakai bahan baku yang tidak mahal, misalnya biji-bijian, daging, prosesing serat dan sebagainya. Dalam perkembangan produk bioteknologi dibutuhkan medium yang mahal seperti untuk pertumbuhan sel mamalia dan tanaman (hidayat, dkk, 2006). Medium kultur harus mengandung semua elemen yang dibutuhkan untuk pertumbuhan mikroba, dalam proporsi yang serupa dengan dengan adanya sel pada mikroba (Waites, dkk, 2005). Tabel 1. Unsur-unsur yang ada pada mikroba Unsur Fungsi fisiologi Hidrogen Oksigen Karbon Nitrogen Sulfur Fosfor Magnesium Mangan Kalsium Besi Penyusun senyawa organik Penyusun senyawa organik Penyusun senyawa organik Penyusunan protein, asam nukleat dan koenzim Penyusun protein dan beberapa koenzim Penyusun asam nukleat, fosfolipid dan koenzim Kofaktor pada sejumlah reaksi enzim (ATP) Kofaktor pada beberapa enzim Kofaktor pada beberapa enzim (protease) Penyusun sitokrom, protein non-heme dan kofaktor pada beberapa enzim Penyusun vitamin B12 Seng, Penyusun beberapa enzim

Berat kering (%) 8 20 50 14 1 3 0,5 0,1 0,5 0,2

Kobalt 0,03 Tembaga, 0,03 Molybdeum (sumber: Hidayat, dkk, 2006) Umumnya yang disebut makronutrien adalah yang dibutuhkan dalam jumlah yang besar seperti C, H, O dan N. Mesonutrien dibutuhkan dalam jumlah yang lebih sedikit seperti Mg, P, S dan mikronutrien dibutuhkan dalam jumlah yang sangat sedikit seperti Fe, Cu, Zn dam Mo (hidayat,dkk, 2006). Kebanyakan fermentasi, kecuali keterlibatan substrat padat, membutuhkan jumlah air yang banyak dalam pembentukan media. Kebutuhan media secara umum termasuk didalamnya adalah sumber karbon, yang mana sebenarnya semua industri fermentasi menghasilkan energi dan unit karbon untuk biosintesis, dan sumber nitrogen, sumber fosfor, sulfur dan unsur lain yang diperlukan dalam jumlah yang sangat sedikit
8

1. 2. 3. 4. 5. 6. 7.

juga harus tersedia, dan beberapa mikroorganisme membutuhkan penambahan vitamin, seperti biotin dan riboflavin. Fermentasi aerobik tergantung pada oksigen yang berkelanjutan sedangkan fermentasi anaerob membutuhkan aerasi awal dari media, misalnya fermentasi bir. Biasanya, media menggabungkan buffer atau pengontrol pH dengan penambahan asam ataupun basa, dan agent antibusa yang mungkin dibutuhkan. Pada beberapa proses, pendahuluan, senyawa induksi atau inhibitor dikenalkan pada tingat/ taraf tertentu dari fermentasi (waites, dkk, 2005). Saat kebutuhan unsur mikroorganisme sudah ditetapkan, sumber nutrisi yang cocok dapat digabungkan kedalam media untuk memenuhi permintaan ini. Meskipun demikian, ini penting untuk diketahui, masalah potensial dapat timbul ketika menggunakan senyawa tertentu. Misalnya, mempercepat metabolism dapat menekan pembentukan produk. Untuk menagani masalah ini, dilakukan penambahan medium segar secara berkala ataupun kontinyu. Perlakuan ini dapat diangkat untuk memelihara konsentrasi zat (yang mengganggu pembentukan produk) sehingga relatif rendah agar tidak lagi bersifat menekan. Nutrisi media tertentu atau kondisi lingkungan dapat mempengaruhi tidak hanya fisiologi dan biokimia tetapi juga morfologi dari mikroorganisme tersebut. Di dalam beberapa yeast, sel tunggal dapat berkembang ke dalam pseudo-miycelium atau flocculate, filament jamur dapat membentuk lempengan. Hal mungkin tidak sebagai keinginan utama, namun perubahan morfologi dapat mempengaruhi produk dan sifat fermentasi yang lain. Fermentasi skala industri pada dasarnya menggunakan pembagian kompleks untuk mendapatkan harga ongkos yang efektif, dimana sumber karbon dan nitrogen hampir tidak dapat ditegaskan dengan jelas. Kebanyakan didapat dari material alami seperti hewan dan tumbuhan, sering juga menggunakan by produk dari industry lainnya dengan divariasikan komposisi variabel. Pengaruh variasi batch-to-batch harus ditentukan. Percobaan skala kecil, biasanya dipertunjukkan dengan setiap batch baru untuk substrat, khususnya untuk menguji adanya tabrakan yield produk dan tahap pemulihan produk (Waites, dkk, 2005). Faktor utama yang mempengaruhi pilihan akhir bahan baku tersendiri yang diikuti/ digunakan (waites, dkk, 2005). Ongkos dan pendapatan; sempurnanya, bahan haruslah tidak mahal dan tidak perlu ditanya kualitasnya dan setiap tahun/ sepanjang tahun bahan tersebut dapat didapatkan. Pengendaliannya mudah untuk bentuk padatan ataupun cairan, begitu juga ongkos penyimpanan misalnya memerlukan pengontrolan suhu. Kebutuhan sterilisasi dan potensi masalah perubahan sifat. Pembentukan, pencampuran, pengompleksan sifat viskositas yang mungkin mempengaruhi pergerakan dan aerasi selama fermentasi dan proses tingkat downstream. Konsentrasi produk target yang dicapai, kecepatan pembentukannya, dan yield per gram substrat yang digunakan. Level dan range ketidakmurnian dan muncul dan berkembangan produk yang tidak diinginkan selama proses berlangsung. Kesehatan dan keselamatan untuk semua. Bahan mentah substrat harus disesuaikan dengan ekonominya, namun jika tingkat ketidakmurnian dari substrat tinggi, maka tidak menutup kemungkinan akan membutuhkan ongkos lebih dan pemulihan yang kompleks. Selain itu juga membutuhkan purifikasi pada downstream dan bisa juga meningkatkan biaya penanganan limbahnya. Sifat fisika dan kimia dalam medium yang terbentuk dapat mempengaruhi operasi sterilisasi. Medium yang mudah disterilkan dengan panas yang relatif rendah adalah yang sangat penting. Panas tidak hanya mengurangi komposisi spesifik/ tertentu, namun juga membentuk inhibitor by produk (penghalang) yang dapat menjadi pengganggu pada proses downstream (waites, dkk, 2005). 2.1.1. Fermentasi Media Cair

1.

2.

3. 4.

Fermentasi media cair diartikan sebagai fermentasi yang melibatkan air sebagai fase kontinyu dari sistem pertumbuhan sel yang bersangkutan atau substrat baik sumber karbon maupun mineral terlarut atau tersuspensi sebagai partikel-partikel dalam fase cair. Fermentasi cair meliputi minuman anggur dan alkohol, fermentasi asam cuka, yogurt dan kefir (Dharma, 1992). Fermentasi cair dengan teknik tradisional tidak dilakukan pengadukan, berbeda dengan fermentasi teknik fermentasi cair modern melibatkan fermentor yang dilengkapi dengan: pengaduk agar medium tetap homogen, aerasi, pengatur suhu (pendingin atau pemanasan) dan pengaturan pH. Proses fermentasi cair modern dapat dikontrol lebih baik dan hasil uniform dan dapat diprediksi. Juga tidak dilakukan sterilisasi, namun pemanasan, perebusan dan pengukusan mematikan banyak mikroba competitor (Dharma, 1992). Jenis-jenis fermentasi media cair yang dapat dilakukan adalah sebagai berikut: (Dharma, 1992) Fermentasi yang diagitasi dimana substratnya larut dalam air. Jenis fermentasi ini dikerjakan dalam suatu labu atau gelas yang cocok atau yang lebih modern dengan menggunakan fermentor dimana substratnya larut sempurna dalam air. Pengambilan substrat oleh mikroba melalui fase larutan dalam air. Pada kultur labu yang dikocok, agitasi dilakukan dengan bantuan alat pengocok (shaker). Pada fermentor agitasi dikerjakan dengan pengaduk yang dijalankan oleh motor dan dapat dibantu oleh aerasi (gelembung udara). Fermentasi yang diagitasi dimana zat yang tak larut dalam air tersuspensi dalam fasa cair. Pada fermentasi ini substrat zat padat tidak larut dalam air tetapi dalam bubuk-bubuk halus yang tersuspensi dalam sejumlah air yang banyak. Garam dan zat hara lain mungkin terlarut dalam air. Konsentrasi substrat dalam media dapat bervariasi mulai dari satu persen sampai pada suatu keadaan yang menyerupai bubur. Pengambilan substrat oleh mikriba biasanya disertai dengan produksi suatu faktor yang dapat melarutkan yang mungkin sifatnya ekstraseluler atau terletak didalam dinding dalam air sehingga partikel substrat tersipresi secara merata dalam medium yang mengandung air agar terjadi kontak dengan mikroba secara maksimum. Fermentasi yang diagitasi dimana zat cair yang tak larut dalam air tersuspensi dalam fase cair. Jenis fermentasi ini dan mekanisme pengambilan substrat dengan yang kedua kecuali substrat bersifat cair. Fermenatasi yang tidak diagitasi dimana substratnya larut dalam fasa cair. Pada fermentasi ini substrat larut dalam air tetapi medianya tidak diagitasi atau dikocok. Pengambilan substrat melalui fase cair. Medium didistribusikan berupa larutan yang dangkal dalam suatu baki atau dalam suatu wadah yang mempunyai permukaan yang luas dan dalamnya media biasanya 2,5 5,0 cm untuk produksi yang sangat tinggi. 2.1.2. Fermentasi media padat Fermentasi media padat merupakan proses fermentasi yang berlangsung dalam substrat tidak terlarut, namun mengandung air yang cukup sekalipun tidak mengalir bebas. Produk dari fermentasi media padat misalnya oncom, kecap, dan tape (Dharma, 1992). Fermentasi media (substrat) padat mempunyai kandungan nutrien per volume jauh lebih pekat sehingga hasil per volume dapat lebih besar. Adapun faktor yang mempengaruhi fermentasi media padat diantaranya: (Dharma, 1992) Kadar air: kadar optimum tergantung pada substrat, organisme, dan tipe produk akhir. Kisaran kadar air yang optimal adalah 50-75%. Kadar air yang tinggi akan mengakibatkan penurunan porositas, pertukaran gas, difusi oksigen, volume gas, tetapi meningkatkan resiko kontaminasi dengan bakteri. Temperatur: temperatur berpengaruh pada laju reaksi biokimia selama proses fermentasi Pertukaran gas: pertukaran gas antara fase gas dengan substrat padat mempengaruhi proses fermentasi. Fermentasi substrat padat dengan kapang mempunyai keuntungan yaitu: (Dharma, 1992) Medium yang digunakan relative sederhana
10

1.

2. 3. 1.

2. 3. 4. 5. 6.

Ruang yang diperlukan untuk peralatan fermentasi relative kecil, karena air yang digunakan sedikit. Inokulum dapat disiapkan secara sederhana. Kondisi medium tempat pertumbuhan fungi mendekati kondisi habitat alaminya. Aerasi dihasilkan dengan mudah karena ada ruang udara diantara tiap partikel substrat. Produk yang dihasilkan dapat dipanen dengan mudah. 2.2. Sumber Karbon Dengan mengecualikan alga dan bakteri autotrof yang menggunakan karbondioksida sebagai sumber karbon, mikroba yang digunakan dalam industri membutuhkan senyawa organik sebagai sumber karbon dan energi. Selain itu juga untuk biosintesa, pembentukan produk, dan pemeliharaan sel. Karbon merupakan unsure yang paling penting. Berdasarkan berat mikroba, sekitar 50% berat mikroba adalah karbon. Konsentrasi nitrogen bervariasi dari 3-15 %. Oleh karena itu karbon merupakan bahan yang paling besar dalam medium kultur (hidayat, dkk, 2006). Kebutuhan karbon dapat ditentukan dari koefisien hasil biomasa (Y) maka: (waites, dkk, 2005) Ycarbon (g/g) = Pada fermentasi komersial perhitungan koefisien yield untuk semua nutrisi biasanya menjadi dasar. Setiap nutrient dapat dihitung melalui rangkaian perlakuan pada percobaan batch-culture dimana substrat yang spesifik hanya menjadi media pembatas pertumbuhan dan nutrient yang lain sebagai excess. Dengan memvariasi konsentrasi awal dari substrat pembatas pertumbuhan yang kemudian diplotkan dengan total pertumbuhan pada konsentrasi disetiap batch, sehingga Y dapat ditentukan. Meskipun demikian, nilai yang didapatkan dapat menceritakan pada kondisi yang spesifik dengan memvariasi pH dan temperatur, yang dapat merubah nilai Y. Jenis/ variasi organisme juga dapat menujukkan perbedaan koefisien yield (Y) pada substrat yang sama. Tabel 2. Pertumbuhan yield (Ycarbon) pada medium minimum dengan variasi sumber karbon dan energy Yglucosa Yethanol Ymethanol Yoktana Pertumbuhan aerob Aspergilus nidulans 0,61 Candida utilis 0,51 0,68 Escherchia coli 0,52 Phicia angusta 0,36 Penicillium chrysogenum 0,43 Pseudomonas aeruginosa 0,43 Pseudomonas species 0,54 1,07 Saccharomyces cereviceae 0,56 0,63 Pertombuhan anaerob Moorella thermacetica 0,11 Escherchia coli 0,13 Klebsiella pneumonia 0,12 Saccharomyces cereviceae 0,12 (Sumber: Waites, dkk, 2005)

11

Perbedaan dapat juga tetrjadi pada satu individu misalnya Saccharomyces cereviceae tumbuh pada glukosa yang menpunyai koefisien biomasa (Y) 0,56 dan 0,12 g/g pada kondisi aerob dan anaerob (waites, dkk, 2005). Sebagian besar mikroba dapat menggunakan berbagai tipe nutrisi yang telah diketahui. Senyawa karbon yang digunakan dapat berasal dari senyawa C2 sederhana (asam asetat, etanol) sampai senyawa kompleks (polisakarida, protein) dan senyawa aromatik. Ada pula mikroba yang hanya dapat menggunakan substrat terbatas. Pada sumber karbon lain tidak dapat tumbuh dengan baik. Sebagai contoh adalah Methylomonas dan Methylococcus yang hanya menggunakan metana dan methanol sebagai sumber karbon dan energi (waites, dkk, 2005). Jumlah molekul ATP yang dibentuk dari sumber karbon dan energi dalam medium dapat dihitung berdasarkan berat kering yang diperoleh sebagai fungsi ATP yang dihasilkan selama katabolisme sumber energi (hidayat, dkk, 2006). Energi diperoleh terutama melalui 2 jalan: (hidayat, dkk, 2006) 1. Fosforilasi substrat Oksidasi substrtat adalah hilangnya electron disertai oleh sintesis fosfat kaya energy yang akan dipindah lewat ADP dengan membentuk ATP. Jadi selama glikolisis, mikroba mendapatkan dua molekul ATP dari tiap molekul glukosa. 2. Fosforilasi oksidatif Dalam kasus ini energi diubah selama pemindahan electron dalam rantai respirasi. Tiga molekul ATP diperoleh dari tiap pasang electron yang dipindah dari NADH ke oksigen. Jika 12 pasang electron dapat digunakan dari tiap molekul glukosa yang dimetabolisme melalui glikolisis pada siklus kreb maka akan diperoleh 36 molekul ATP. Jadi metabolism aerob menghasilkan (36+2)/2 = 19 kali lebih tinggi dari pada ATP secara anaerob. Secara umum, mikroba aerob mengubah substrat karbon dalam jumlah lebih besar (50 %) menjadi biomassa dibanding mikroba anaerob, karena mikroba tersebut tidak menggunakan banyak substrat untuk memperoleh energi. Ini memungkinkan untuk menghitung jumlah minimum substrat karbon yang dibutuhkan dalam medium untuk memperoleh biomassa. Sebagai contoh penelitian mula-mula menggunakan medium yang mengandung substrat berlebihan dan ini memungkinkan diperoleh berat kering sel bakteri maksimum perliter (misalnya 40 g). Biomassa ini diasumsikan mengandung 50 % karbon dan mikrobia mampu mengubah 50% karbon pada substrat menjadi karbon pada substrat menjadi biomassa secara aerob, sehingga medium harus mengandung: 40 x (100/50) x (50/100) = 40 g karbon/L Jika sumber karbon adalah glukosa maka jumlah yang harus ditambahkan dalam medium: (40 x 180)/72 = 100 g glukosa/L (hidayat, dkk, 2006) Gula murni seperti glukosa dan sukrosa umumnya mahal bila digunakan dalam industri dan biasanya dicari sumber karbon yang murah. Hal yang menarik adalah penggunaan limbah pertanian atau industri. Industri fermentasi dapat memilih antara beberapa bahan utama, tergantung harga, fluktuasi pasar dalam menggunakan surplus (hidayat, dkk, 2006). Kebanyakan kapang menggunakan glukosa sebagai sumber karbonnya. Beberapa jasad dapat menggunakan lebih dari satu sumber karbon. Pertumbuhan yang terjadi disebut pertumbuhan diauksi. Misalnya S. ceriviciae, laktosa didegradasi menjadi glukosa dan galaktosa. Kapang tertentu tidak dapat menggunakan sukrosa, misalnya Rhizopus dan Sordaria. Kebanyakan kapang tidak dapat tumbuh pada gula alcohol, seperti manitol (hidayat, dkk, 2006). 2.2.1. Molase
12

Glukosa dan sukrosa murni jarang digunakan dalam fermentasi skala industri, dikarenakan faktor biaya (waites, dkk, 2005). Molase adalah limbah industri gula yang tentunya lebih murah. Komposisi molase dapat dilihat pada tabel 3. Molase tebu kaya akan biotin, asam pantotenat, tiamin, fosfor dan sulfur. Kandungan nitrogen organik sedikit. Mengandung 62% gula yang terdiri dari sukrosa 32%, glukosa 14% dan fruktosa 16% (hidayat, dkk, 2006). Molase berbeda dengan bahan baku yang umum digunakan dalam produksi alkohol seperti jagung dan kentang. Bahan ini mengandung karbohidrat yang disimpan sebagai pati sehingga harus mengalami perlakuan awal dengan memasaknya dan membutuhkan kerja enzim untuk menghidrolisis pati menjadi gula yang dapat difermentasi. Sebaliknya karbohidrat dalam molase siap untuk difermentasi tanpa perlakuan pendahuluan karena berbentuk gula (hidayat, dkk, 2006). Tabel 3. Komposisi molase Komponen Persentase Air 17-25 Sukrosa 30-40 Dektrosa 4-9 Fruktosa 5-12 Gula reduksi lain 1-5 Karbohidrat lain 2-5 Abu 7-15 Senyawa nitrogen 2-6 Asam-asam non nitrogen 2-8 Lilin, sterol dan fosfolipid 0,1-1 (sumber: Hidayat, dkk, 2006)

2.2.2. Ekstrak gandum Ekstrak cair dari gandum dapat dibentuk seperti sirup yang secara khusus digunakan untuk sumber karbon yang biasanya untuk pembentukan filament pada jamur, ragi dan actinomycetes. Persiapan ekstrak pada dasarnya sama dengan pemasakan bir. Komposisi dari ekstrak gandum biasanya mengandung 90% karbohidrat dalam basis kering. Dimana terdiri dari 20 % heksosa (glukosa dan sedikit fruktosa), 55% disakarida (umumnya maltose dan sedikit sukrosa), dan 10 % maltotriosa sebuah trisakarida. Lagi pula, produksi ini mengandung dekstrin bercabang dan tidak bercabang (15-20%), yang mana mungkin atau tidak mengalami metabolism, tergantung pada mikroorganismenya. Ekstrak gandum juga mengandung beberapa vitamin dan kira-kira 5% substansi nitrogen, protein, peptide dan asam amino (waites, dkk, 2005). Sterilisasi media yang mengandung ekstrak gandum harus dikontrol dengan hati-hati untuk mencegah pemanasan berlebih. Unsur yang menurukan gula dan asam amino cenderung menghasilkan produk reaksi maillard ketika dipanaskan pada pH yang rendah. Muncullah produk kondensat berwarna coklat hasil dari reaksi kelompok amino dari amin, asam amino dan protein dengan kelompok karbonil dari penurunan gula, keton dan aldehid. Tidak hanya karena warnanya yang berubah tetapi juga hasil hilangnya materi yang menyebabkan fermentasi dan produk beberapa reaksi yang menghalangi pertumbuhan mikroorganisme (waites, dkk, 2005). 2.2.3. Pati Polisakarida ini tidak siap untuk digunakan seperti monoskarida dan disakarida, namun dapat secara langsung mengalami metabolism dengan produksi amylase oleh miroorganisme, khususnya pembentukan filament jamur, enzim ekstra seluler menghidrolisis substansi yang merupakan campuran dari glukosa, maltosa atau maltotriosa (waites, dkk, 2005).
13

Pati jagung adalah yang paling banyak dipakai, namun ini dapat juga didapatkan dari cereal yang lain atau potongan akar. Untuk diperbolekannya dalam fermentasi, pati biasanya dikonversi menjadi sirup gula, yang mengandung paling banyak glukosa. Ini pertama-tama berubah menjadi agar-agar kemudian dihidrolisis dengan mengencerkan asam atau enzim amilolitik (waites, dkk, 2005). Setelah dihidrolisis meggunakan enzim tanaman atau amylase mikroba, terjadi proses kontinyu (proses symba) dikembangkan di Swedia untuk produksi biomassa menggunakan khamir Endomycopsis fibulinger untuk menghidrolisis pati menjadi gula yang dapat difermentasi. Candida utilis akan menggunakan gula ini untuk pertumbuhannya (hidayat, dkk, 2006). 2.2.4. Sulphite Waste Liquor Sulphite Waste Liquor (SWL) dari industri kertas mengandung gula dari hidrolisis hemiselulosa dalam kayu. komposisi SWL tergantung kayu yang digunakan. Angiospermae memberikan Sulphite Liquor yang mengandung 3% gula yang 70 %-nya adalah pentosa (terutama silosa), sedangkan gymnospermae menghasilkan liquor yang mengandung gula 2% dengan 75%-nya adalah heksosa (terutama manosa). Hidrolisis asam pada pada selulosa kayu itu sendiri memberikan 65-85% gula yang dapat difermentasi. Selulosa biasanya dihidrolisis sebelum dapat digunakan sebagai substrat, tetapi penggunaan mikroba selulolitik memungkinkan diperolehnya protein mikroba secara langsung dari limbah selulosa tanpa perlakuan. Jamur berfilamen (Tricoderma viridae) dan bakteri (cellulomonas sp) merupakan mikroba yang sering digunakan. Beberapa hidrolisis asam dikembangkan selama perang dunia ke II. Asam sulfat dengan konsentrasi 0,5% biasanya digunakan pada 150o-185oC. Dalam proses kontinyu kemungkinan didapat dari sirup bubuk gergaji yang mengandung 4-5% gula pereduksi (campuran glukosa dan pentosa) dengan hasil 45-55% (hidayat, dkk, 2006). 2.4.5. selulosa Selulosa paling dominan ditemukan sebagai lignoselulosa dalam dinding sel tumbuhan, yang mana terbentuk dari 3 polimer yaitu: selulosa, hemiselulosa dan lignin. Lignoselulosa tersedia dari pertanian, hutan, limbah industri maupun domestik. Sedikit mikroorganisme yang dapat langsung digunakan, ini sama sulitnya dengan menghidrolisis. Komponen dari selulosa adalah bagian kristalin, lapisan lignin dan memberikan area sempit untuk enzim menyerang. Ini umumnya digunakan pada fermentasi substrat padat untuk memproduksi jamur yang bervariasi. Walaupun demikian ini dapat berpotensi tinggi yaitu sebagai sumber yang dapat diperbarui dari fermentasi gula saat dihidrolisis khususnya pada biokonversi menjadi etanol (waites, dkk, 2005). Berikut merupakan gambar lignoselulosa.

Gambar 1. Struktur lignoselulosa dan pre-treatmen (sumber: Anonymous, 2011) Dalam dunia industri, proses perombakan atau pemecahan ikatan pada selulosa adalah proses hidrolisis enzimatik pada lignoselulosa (Mooney et al, 1998). Ada 2 cara pretreatment yang biasa digunakan
14

untuk menghilangkan lignin yaitu dengan delignifikasi oksidatif dan proses organosolv (Sun and Cheng, 2002). Pada proses delignifikasi oksidasi ini lignin dapat didegradasi dengan menggunakan katallis enzim peroksida H2O2 (Azzam, 1989), sedangkan pada proses organosolv lignin dalam bentuk cairan organic dapat didegradasi dengan menggunakan katalis inorganic seperti asam sulfat H2SO4 atau HCl (Aziz and Sarkanen, 1989). 2.4.6. Whey Whey adalah by produk cair dari suatu indutri harian (industri keju). Sepanjang tahun produksi whey di dunia lebih dari 80 juta ton, mengandung lebih dari 1 juta ton laktosadan 0,2 juta ton protein susu. Merupakan hasil samping keju yang merupakan protein yang sulit menggumpal seperti kasein pada keju. Bahan ini cukup mahal untuk dijual. Oleh karena itu laktosa pekat sering disiapkan untuk fermentasi selanjutnya dari penguapan whey disertai dengan pemindahan protein susu yang digunakan sebagai misalnya, suplemen makanan. Laktosa pada umumnya kurang berguna sebagai umpan awal pada fermentasi dibandingkan sukrosa, seperti untuk terjadinya metabolism hanya sedikit mikroornaisme yang dapat melakukannya. S. cerevisiae contohnya, tidak memfermentasi laktosa. Disakarida ini secara pembentukannya digunakan dalam fermentasi penicillin dan ini juga dapat digunakan dalam fermentasi alcohol, protein sel tunggal, asam laktat, vitamuin B12 dan asam giberelik (waites, dkk, 2005). Whey susu diperoleh dari limbah pembuatan keju dengan komposisi seperti tabel 4, sering digunakan untuk pakan babi (Hidayat, dkk, 2006) Tabel 4. Komposisi Whey susu (g/L) Komponen Laktosa Protein Senyawa nitrogen terlarut Lipid Garam-garam mineral Berat kering (sumber : Hidayat, dkk, 2006)

Jumlah (g/ L) 45-50 7-9 1,5 1-2 6-8 63-70

2.4.7. alkana dan alcohol Minyak (fraksi kasar minyak petroleum) mengandung C10-C18 10-25% hidrokarbon parafin yang sangat mudah digunakan mikrobia. Hidrokarbon mempunyai rumus CnH2n+2 dapat berbentuk lurus ataupun rantai bercabang (iso) yang sukar didegradasi oleh semua mikroba. Dalam fraksi petroleum seperti bahan bakar mungkin mengandung hidrokarbon lain (parafin siklik atau aromatis) yang biasanya kurang tersedia untuk dimetabolisme. Candida lipolytica hanya memetabolisme normal parafin. Setelah tumbuh pada fraksi minyak petroleum, bahan diperkaya dengan isoparafin. Isoparafin mempunyai sifat yang mirip dengan bahan bakar. Ini untuk proses penyempurnaan (hidayat, dkk, 2006). Hidrokarbon sangat sesuai sebagai sumber karbon dan energi untuk pertumbuhan mikroba, yaitu sebagai protein sel tunggal (PST). Sejumlah bakteri mampu tumbuh pada hidrokarbon. Strain dari genus Pseudomonas, Bacillus, Acinetobacter (A. Calcoaceticus), corynebacterium, Micobacterium (M. Smegmatis), Nocardia, dan dari famili Enterobacteriaceae. Beberapa bakteri dapat mengasimilasi normal parafin (n-alkana) dan normal olefin (n-alkena). Cladosporium resinae mengasimilasi bahan bakar minyak dan menyebabkan korosi pada tanki bahan bakar. Sejumlah khamir, Crypococcaceae mampu menggunakan hidrokarbon. Spesies dari genus Candida seperti C. lipolytica secara ekonomis memberikan hasil yang baik (hidayat, dkk, 2006).

15

Khamir tidak mengasimilasi alkana yang lebih pendek dari C9, sedang alkana C11 dan C18 adalah yang paling banyak diasimilasi. Kemungkinan alkana dengan berat molekul rendah adalah racun, karena mampu larut dalam lemak sehingga mampu merusak fosfolipid pada membrane sel. Beberapa strain Pseudomonas dapat tumbuh pada heksana, heptana, dan oktana sebagai sumber karbon dan energi, biomassa optimum yang diperoleh pada C16-C20. Katabolisme normal parafin terjadi melalui oksigenase. Oksigen dapat bereaksi dengan C1 dan C2. Jadi kultur Methylomonas methanica mengoksidasi propane menghasilkan campuran asam propionate dan aceton (hidayat, dkk, 2006). Sejumlah produk fermentasi dapat diperoleh dari hidrokarbon. Penggunaan hidrokarbon membutuhkan oksigen lebih banyak daripada karbohidrat. Sebagai contohnya adalah pembentukan biomassa (komposisi global C5H9NO4). Kemungkinan pembentukan biomasssa: (hidayat, dkk, 2006) 1. Glukosa C6H12O6 + 2,1 O2 + NH3 1,2 C5H9NO4 + 5,4 H2O (Hasilnya adalah 120 % - 98% berdasarkan berat secara molekuler) 2. Heksadekana C16H35 + 8,45 O2 + NH3 3,2 C5H9NO4 + 4,1 H2O (hasilnya adalah 320 % atau 208 % berdasarkan berat secara molekuler tetapi dengan kebutuhan oksigen 4 kali lebih besar) Dalam produksi asam glutamate, heksadekana digunakan untuk menggantikan glukosa. Oksigen yang dibutuhkan 3 kali lipat dan panas yang dihasilkan 3,5 kali (10,35 kkal/ g asam glutamate yang dibentuk heksadekana sebanding dengan 2 kali denagn 2,73 kkal/g dari glukosa). Hidrokarbon alifatik bukanlah satusatunya yang dapat digunakan untuk metabolisme. Sejumlah hidrokarbon siklik komersia dapat pula digunakan ( benzene, toluene, styerene naphtalena, dan sikloheksana). Metabolism hidrokarbon harus melalui pembukaan cincin. Cincin aromatik pertama mengalami hidrosilasi kemudian dihidrogenasi menjadi senyawa dihidroksi yang terbuka, dengan 1 atau lebih kemungkinan jalan melalui oksigenasi. Sejumlah produk (asam lemak, asam amino, asam laktat, vitamin, dan pigmen karatenoid) dapat diperoleh dari hidrokarbon sama baiknya dengan sumber karbon konvensional seperi karbohidrat. Namun banyak senyawa, termasuk di dalamnya sebagian besar antibiotik dan produk-produk fermentasi anaerob, tidak dapat dihasilkan oleh hidrokarbon tersebut. Hidrokarbin siklik dan paraffin rantai pendek biasanya bersifat racun pada konsentrasi tinggi sehingga yang dikembangkan adalah membuatnya pada konsentrasi rendah (hidayat, dkk, 2006). n-alkana dari panjang ikatan C10-C20 dapat dimetobolisasikan oleh mikroorganisme tertentu. Pencampuran, senyawa tunggal biasaya yang banyak cocok untuk fermentasi mikoba. Walaupun demikian, industr menggunakan tergantung pada harga petroleum yang berlaku. Metana digunakan sebagai sumber karbon pada sebagian kecil mikroorganisme, namun konversi produk metanol lebih disukai untuk industri fermentasi dengan masalah teknis yang cukup sedikit. Kemurnian methanol siap didapatkan dan ini sangat larut dalam air. Methanol mempunyai persentase karbon yang cukup besar dan relatif murah. Meskipun hanya sedikit mikroorganisme yang dapat merombaknya. Selama fermentasi methanol, kebutuhan oksigen dan panas fermentasinya tinggi, tetapi ini akan lebih bermasalah ketika berkembang pada alkana. Beberapa perusahaan menggunakan methanol dan produksi protein mikroba pada tahun 1970an dan awal 1980an, namun proses ini tidak ekonomis (waites, dkk, 2005) Etanol lebih rendah sifat toksiknya dibandungkan methanol dan digunakan satu-satunya oleh banyak mikroorganisme. Namun ini akan terlalu mahal jika dipakai sebagai sumber karbon umum. Walaupun demikian, biotransformasi ke asam asetat dengan menggunakan bakteri sisa fermentasi utama (waites, dkk, 2005). 1.2.8. Lemak dan minyak
16

Lemak kasar hewani yang kebanyakan tersusun atas gliserida, dan asam stearat, jarang digunakan dalam fermentasi. Minyak nabati umumnya terbuat dari biji kapas, jagung, buah zaitun, palm, dan kedelai. Minyak nabati dan minyak ikan biasanya digunakan sebagai sumber karbon primer atau suplementer, khususnya produksi antibiotic. Minyak nabati kebanyakan tersusun atas asam oleic dan asam linoleic. Minyak mengandung energi lebih per unit berat dibanding karbohidrat. Karbohidrat menempati volume yang paling besar. Karbohidrat biasanya disiapkan pada larutan encer dengan konsentrasi tidak lebih dari 50% (w/w). oleh karena itu, minyak dapat berguna secara khusus dalam operasi fed-batch, dengan kapasitas cadangan dibutuhkan utuk memuat penambahan ke sumber karbon (waites, dkk, 2005). LAMPIRAN Pertanyaan 1 (Nanang Adi) Mengapa kontaminasi media fermentasi perlu dimasalahkan? Padahal kita mengetahui bahwa fermentasi pada dasarnya juga menggunakan bakteri. Jawab: Maksud kontaminasi bakteri pada kasus ini adalah kontaminasi oleh bakteri lain. Misalnya, pada fermentasi alkohol dari glukosa, maka bakteri yang hanya (harus) hidup hanyalah bakteri saccaromyces cerreviceae. Apa bakteri lain dapat hidup di dalam media tersebut (glukosa)? Jawabannya adalah iya, dimana ada sumber karbon, maka bakteri juga akan bertumbuh dan berkembang didalamnya, nah oleh karena itu, maka dalam proses fermentasi, hanya ada bakteri yang mendukung proses pembentukan produknya. Jika dalam medium fermentasi terdapat bakteri lain yang tidak ikut andil dalam pembentukan produk, maka keberadaan bakteri tersebut merupakan salah satu bentuk kontaminasi. Pertanyaan 2 (Lilis Triyowati) Mengapa whey itu harganya mahal? Padahal whey merupakan hasil produk sampingan pembuatan keju. Dimana seperti yang kita ketahui bahwa jika produksi keju meningkat, otomatis produksi whey juga meningkat? Lalu apa contoh penggunaan whey? Jawab: Memang dulu whey itu harganya murah. Namun seiring berkembangnya ilmu pengetahuan, maka orang lama-kelamaan mengetahui bahwa sesungguhnya whey ternyata masih bisa digunakan sebagai bahan baku, yang mana menurut kandungannya yang ternyata didalamnya masih mengandung nutrisi penting. Hanya saja, whey ini merupakan protein yang sukar menggumpal, berbeda dengan protein pada keju (kasein) yang mudah menggumpal, untuk membuat keju. Nah ternyata, whey ini dapat membentuk emulsi, contohnya dapat diaplikasikan pada pembuatan eskrim. Pertanyaan 3 (Ridhani Rida) Bagaimana proses fermentasi pada bakteri yang mempunyai 2 keadaan yang berbeda, yaitu anaerob dan aerob? Yang tentunya dari pengertiannya saja berbeda dari sumber kebutuhan oksigennya? Jawab: Memang, terdapat bakteri tertentu yang dapat mengalami proses fernentasi dalam keadaan aerob ataupun anaerob, seperti yang telah dijelaskan pada makalah ini yaitu bakteri saccaromyces. Bakteri saccaromyces dapat mengalami metabolism dalam dua keadaan. Bakteri saccaromyces dapat memproduksi alkohol jika kondisi pada keadaan anaerob. Namun jika fermentasi ini dilanjutkan dengan keadaan aerob maka fermentasi alkohol oleh bakteri saccaromyces menghasilkan asam cuka. Pertanyaan 4 (Febrika Larasati)

17

Pada sumber energi untuk fermentasi yang berupa selulosa dikatakan bahwa perlu dilakukukan proses pretreatment terlebuh dahulu, bagaimana proses pre-treatment tersebut? Dan siapa yang melakukan proses tersebut? Jawab: Dalam dunia industri, proses perombakan atau pemecahan ikatan pada selulosa adalah proses hidrolisis enzimatik pada lignoselulosa (Mooney et al, 1998). Ada 2 cara pretreatment yang biasa digunakan untuk menghilangkan lignin yaitu dengan delignifikasi oksidatif dan proses organosolv (Sun and Cheng, 2002). Pada proses delignifikasi oksidasi ini lignin dapat didegradasi dengan menggunakan katallis enzim peroksida H2O2 (Azzam, 1989), sedangkan pada proses organosolv lignin dalam bentuk cairan organic dapat didegradasi dengan menggunakan katalis inorganic seperti asam sulfat H2SO4 atau HCl (Aziz and Sarkanen, 1989). Pertanyaan 5 (Dianita Citra Dewi) 1). Untuk membuat suatu medium kan kebutuhan karbonnya dihitung, apa dalam kebutuhan karbon, bakteri wajib dikeringkan dahulu? Jawab: Jawabanya iya, karena jika kita menghitungnya tidak dalam keadaan bakteri kering, maka yang bersifat membasahinya merupakan suatu media (air), maka tentunya, bakteri yang basah tidak bisa dikatakan bahwa ia adalah pure bakteri. Nah untuk menghitung karbon yang memakai perhitungan mikroba dalam keadaan kering, tidaklah perlu dikhawatirkan, kita tidak perlu untuk mengeringkannya terlebih dahulu. Mengapa? Karena kita memberikan bakteri itu sudah dalam bentuk kering. Misalnya, ragi tape. Merupakan suatu bakteri saccaromyces yang sudah dalam bentuk kering. Jadi untuk menghitung kebutuhan karbon yang menyertakan massa dari ragi tersebut, dapat langsung dihitung (dengan kita mengetahui massa ragi itu sendiri). Pertanyaan 6 (Dian Nita) Dari sumber karbon yang sudah dijelaskan, dapatkah dari berbagai sumber misalnya Whey + molase + pati dicampur? Jelaskan! Jawab: Untuk campuran dari berbagai sumber, sebenarnya hal ini bergantung juga dengan produk apa yang ingin kita capai. Pertanyaan 7 (Alfonsina A.A Torimtubun) Apakah bisa suatu mikroba ditempatkan pada 2 media yang digabung menjadi 1 misalnya media cair (molasses atau yang lain) dicampur dengan media padat (pati atau yang lain) agar mendapat sumber karbon yang banyak? jika bisa, mengapa? jika Tidak, mengapa? Jawab: Untuk pencampuran 2 medium dengan fase yang berbeda dapat dilakukan misalnya pada pembuatan asam sitrat dari ampas singkong dimana media tersebut dicampur dengan media cair (air). Ini disebut dengan medium semi padat. Pertanyaan 8 (Gregorius Bagas) Tadi dijelaskan bahwa nilai Whey cukup mahal, bagaimana caranya whey yang sebagai produk sampingan diubah menjadi produk utama? Agar industri berkonsentrasi pada wheynya, bukan pada kejunya. Seperti industri etanol di brazil yang konsentrasi pada ethanol bukan gula (tebu)? Jawab: Seperti yang telah dijelaskan pada makalah ini, bahwa whey merupakan hasil samping dari pembuatan keju, karena protein pada whey merupakan protein yang sulit untuk digumpalkan, tidak seperti kasein yang terdapat pada keju. Jika susu tidak difermentasi dengan bakteri (lactobacillus casei) untuk pembuatan keju,

18

maka whey pun tidak dapat diproduksi. Karena pembentukan whey juga tergentung pada pembentukan keju (karena whey merupakan hasil samping keju). Sehingga produksi whey sejalan dengan produksi keju. Pertanyaan 9 (adit Iqbal I) Pada selulosa bagaimana cara memisah sel pada ikatannya? Jawab: Untuk memisah/ memecah ikatan pada selulosa adalah dengan cara hidrolisis enzimatik. Seperti yang dijelaskan pada jawaban dari pertanyaan febrika larasati. Pertanyaan 10 (Adit Iqbal I) Whey itu dulu dibuang, mengapa hasilnya dipakai lagi dan harganya mahal? Jika digunakan, diproses buat apa? Jawab: Dahulu, memang whey itu dibuang, atau hanya sebagai bahan pakan babi. Namun seiring berkembangan ilmu pengetahuan, maka lama kelamaan orang di dunia mengetahui sebenarnya dalam whey ternyata masih terdapat nutrisi yang masih berguna. Whey sekarang digunakan untuk bahan pembuatan permen, eskrim, susu bubuk, dan makanan bayi. Pertanyaan 11 (Freshsya Zatalini) Dapatkah Anda memberikan contoh produk fermentasi yang menggunakan media molase? Jawab: Salah satu produk fermentasi molasses adalah etanol. Pada dasarnya molasses masih mengandung gugus gula, dimana gugus gula tersebut langsung dapat difermentasi, tanpa pemasakan terlebih dahulu (oleh enzim) seperti pada jagung dan kentang. Sel adalah unit dasar dari semua organisme hidup. Banyak diantaranya yang merupakan uniseluler dan lainnya berupa multiseluler, yang memungkinkan spesialisasi sel. Semua sel diisi dengan matriks cairan dan dikelilingi oleh membran sitoplasma, terutama terdiri dari lipid dan protein. Mereka juga mengandung asam nukleat, pembawa fisik dari informasi genetik, bersama dengan ribosom yang mengambil bagian dalam sintesis protein. Sel dibagi menjadi dua kategori: Archaebacteria dan Eubacteria yang merupakan sel prokariotik, sedangkan sel-sel jamur, protozoa, ganggang dan tanaman lainnya, serta hewan yang tergolong sel eukariotik (Waites, dkk, 2001). A. ORGANISME PROKARIOTIK Organisme prokariotik telah dipisahkan menjadi dua kelompok yang berbeda atas dasar studi filogenetik (evolusi) hubungan. Mereka adalah Archaebacteria atau archaea (bakteri kuno) dan Eubacteria (bakteri sesungguhnya). (Waites, dkk, 2001). 1. Archaebacteria Archaebacteria merupakan kelompok bakteri yang pertama muncul di Bumi. Archaebacteria disebut juga bakteri purba (archae = purba). Bakteri dari kelompok ini memiliki cirri hidup dalam kondisi lingkungan yang cukup ekstrim. Dan berdasarkan lingkungan hidupnya tersebut, Archaebacteria dibagi kedalam 3 kelompok utama, yaitu : (Karmana, 2008) a. Metanogen Archaebacteria ini dinamai sesuai dengan metabolism energinya yang khas, yaitu H digunakan untuk mereduksi CO menjadi (CH). Metanogen merupakan Archaebacteria yang tergolong anaerob strict (tidak dapat mentolerir keberadaan oksigen), yang berarti Archaebacteria ini akan teracuni bila terdapat oksigen. Archae kelompok ini hidup di lumpur dan rawa tempat mikroorganisme lain yang telah menghabiskan semua oksigen. Contoh bakteri golongan ini adalah Methanococcus jannaschii. Metanogen memiliki peranan sebagai pengurai yang penting. Misalnya, dalam pengolahan kotoran yang berasal dari sampah dan hewan, kemudian diubah menjadi metana yang dijadikan bahan bakar. Spesies metanogen lainnya hidup di lingkungan anaerobik di dalam perut hewan, khususnya hewan yang memakan
19

b.

c.

2.

1.

a. 1) 2) 3) 4) 5)

6)

tumbuhan. Archaebacteria kelompok ini berperan penting dalam proses pembentukan nutrisi di hewanhewan tersebut, terutama yang mengandalkan makanan berselulosa. Halofil Archaebacteria kelompok ini memiliki cirri hidup di tempat-tempat yang memiliki salinitas tinggi (halo = garam, dan philos = pecinta). Dari asal bahasa tersebut, Archaebacteria halofil memiliki arti pecinta garam atau hidup di tempat yang memiliki salinitas (kadar garam) cukup tinggi. Misalnya di danau air asin dan di laut mati. Contoh dari Archaebacteria kelompok ini adalah Halobacterium salinatrium. Beberapa sepesies memerlukan suatu lingkungan yang salinitasnya sepuluh kali lebih asin dari air laut untuk tumbuh. Pada suatu larutan yang dipenuhi oleh koloni halofil, akan membentuk buih berwarna merah ungu yang dihasilkan oleh bakteri orhodopsin. Bakteri orhodopsin merupakan suatu pigmen yang menangkap energy cahaya. Pigmen ini tertanam dalam membrane plasma. Termofil Archaebacteria ini memiliki cirri-ciri hidup pada suhu ekstrim (panas). Archaebacteria ini dapat bertahan hidup dalam lingkungan panas dengan suhu optimum 60C sampai 80C. Bakteri ini hidup dengan mengoksidasi sulfur. Contohnya, Sulfolobus yang menempati mata air panas sulfur di Yellowstone National Park, USA. Eubacteria (Bakteri) Eubacteria adalah bakteri yang bersifat prokariot. Inti dan organelnya tidak memiliki membran, bersifat uniseluler, bersifat mikroskopik, serta mempunyai dinding sel yang tersusun dari peptidoglikon. Eubacteria adalah kelompok yang sangat beragam yang dapat dibagi menjadi beberapa kelompok. Namun, hampir semua bakteri yang terkandung dalam industri hanya dua, yaitu Bakteri Gram Positif dan Bakteri Gram Negatif. (Waites, dkk, 2001) Ukuran dan Bentuk Bakteri Bakteri merupakan organism mikroskopis dan rata-rata berdiameter 1,25 . Bakteri yang terkecil, Dialister pneumosintes, mempunyai panjang tubuh 0,15 . Adapun bakteri yang terbesar, Spirillium volutans, panjang tubuhnya . Walau berukuran lebih besar dari virus, bakteri pun baru dapat diamati di bawah mikroskop. Bakteri aktif bergerak pada kondisi lembap. Aktivitas tertinggi bakteri terjadi pada kelmbapan 90%. Pada kondisi kekurangan air, bakteri menjadi tidak aktif, bahkan dapat menyebabkan kematian. (Karmana, 2006) Bentuk dasar sel bakteri beranekaragam, yaitu : (Aryulina, dkk, 2006) Bentuk Bulat (Coccus) Berdasarkan koloninya dibagi menjadi: Monococcus, yaitu berupa sel bakteri kokus tunggal. Contoh : Chlamydia trachomatis (penyebab penyakit mata) Diplococcus, yaitu berupa dua sel bakteri kokus berdempetan (tergabung secara berpasangan dua-dua). Contoh : Diplococcus pneumonia (penyebab penyakit pneumonia) Tetracoccus, yaitu berupa empat sel bakteri kokus berdempetan membentuk rantai. Contoh : Pediococcus cerevisiae Sarcina, yaitu berupa delapan sel bakteri kokus berdempetan membentuk kubus. Contoh : Thiosarcina rosea (bakteri belerang) Streptococcus, yaitu berupa lebih dari empat sel bakteri kokus berdempetan secara bergerombol membentuk rantai. Contoh : Streptococcus mutans (penyebab gigi berlubang) Staphylococcus, yaitu berupa lebih dari empat sel bakteri kokus berdempetan secara bergerombol membentuk seperti buah anggur. Contoh : Staphylococcus aureus (penyebab penyakit radang paru-paru)
20

b. Bentuk Batang (Bacillus) Berdasarkan koloninya dibagi menjadi: 1) Monobacillus, yaitu berupa sel bakteri basil tunggal. Contoh : Escherichia coli (bakteri usus besar manusia) 2) Diplobacillus, yaitu berupa dua sel bakteri basil berdempetan. Contoh : Salmonella typhosa (bakteri penyebab penyakit tifus) 3) Streptobacillus, yaitu berupa beberapa sel bakteri basil berdempetan membentuk rantai. Contoh : Azotobacter (bakteri tanah yang mengikat nitrogen) c. Bentuk Spiral (Spirillium) Berdasarkan bentuknya dibagi menjadi: 1) Spirillum, yaitu bentuk sel bergelombang. Contoh : Thiospirillopsis floridana (bakteri belerang) 2) Spirocheta, yaitu bentuk sel seperti sekrup. Contoh : Treponema pallidum (penyebab penyakit kelamin sifilis) 3) Vibrio, yaitu bentuk sel seperti tanda baca koma. Contoh : Vibrio cholera (penyebab penyakit kolera) Untuk lebih jelasnya, lihat tabel berikut ini :

Kistinnah dan Lestari, 2009

2.

Struktur Bakteri

Kistinnah dan Lestari, 2009

21

Dengan melihat Gambar 4.4 tersebut, dapat diamati bahwa stuktur sel bakteri masih sangat sederhana yang tersusun atas dinding sel dan isi sel. Permukaan paling luar dilindungi oleh kapsul berupa lapisan lendir yang juga berfungsi sebagai cadangan makanan. Akan tetapi untuk bakteri penyebab penyakit, kapsul ini berfungsi untuk menginfeksi inangnya (daya virulensi). Adapun pada lapisan di dalamnya terdapat dinding sel yang sangat kaku sehingga bisa memberikan bentuk dari bakteri itu sendiri, juga berfungsi untuk melindungi isi sel. (Kistinnah dan Lestari, 2009) Dinding sel bakteri tersusun dari peptidoglikan, yaitu gabungan protein dan polisakarida. Berdasarkan ketebalan lapisan peptidoglikan dinding sel, bakteri dibedakan menjadi dua, yaitu : (Aryulina, dkk, 2006) Bakteri gram positif adalah bakteri yang memiliki dinding sel dengan lapisan peptidoglikan yang tebal. Bakteri ini akan berwarna ungu jika diwarnai dengan pewarnaan Gram. Contohnya : Neisseria gonorrhoeae, Treponema pallidum, Vibrio cholera, dan Bacillus subtilis. Bakteri gram negatif adalah bakteri yang memiliki dinding sel dengan lapisan peptidoglikan yang tipis. Bakteri ini akan berwarna merah muda atau merah, jika diwarnai dengan pewarnaan Gram. Contohnya : Propionibacterium acnes, Streptococcus mutans, Staphylococcus aureus, dan Escheria coli. Untuk lebih jelasnya, perhatikan gambar kenampakan bakteri berdasarkan pewarnaan Gram di bawah ini : (Aryulina, dkk, 2006)

Struktur tubuh bakteri dibedakan menjadi struktur utama di luar dinding sel dan struktur di sebelah dalam dinding sel seperti berikut ini : (Kistinnah dan Lestari, 2009) a. Struktur Utama di Luar Dinding Struktur utama di luar dinding adalah flagela, pili, dan kapsul. 1) Flagelum (jamak: Flagela) Bentuk flagela seperti rambut yang teramat tipis, mencuat menembus dinding sel, dan fungsinya untuk pergerakan pada sel bakteri. Flagela terdiri atas tiga bagian, yaitu tubuh dasar, struktur seperti kait, dan sehelai filament panjang di luar dinding sel. Panjangnya beberapa kali lebih panjang dari selnya, tetapi diameternya jauh lebih kecil dari diameter selnya. Perlu kita ketahui bahwa ada beberapa bakteri yang tidak memiliki flagelum yang disebut atrik. Berdasarkan letak dan jumlahnya, terdapat empat macam bakteri, yaitu : 1. monotorik (memiliki satu flagelum pada salah satu ujung sel bakteri),
22

2. lopotrik (memiliki dua/lebih flagela pada salah satu ujung sel bakteri), 3. amfitrik (memiliki dua ataulebih flagella di kedua ujung sel bakteri), dan 4. peritrik (memiliki flagela di seluruh permukaan sel bakteri). Untuk lebih jelasnya, perhatikan gambar berikut :

Kistinnah dan Lestari, 2009

2) Pili (Fimbriae) Bentuknya seperti filamen, tetapi bukan flagela, banyak terdapat pada bakteri gram negatif. Ukurannya lebih kecil, lebih pendek, dan lebih banyak dari flagela. Pili ini tidak berfungsi untuk pergerakan, tetapi berfungsi sebagai pintu gerbang masuknya bahan genetik selama berlangsungnya perkawinan antarbakteri. Selain itu, pili juga mempunyai fungsi lain, yaitu sebagai alat untuk melekatkan pada berbagai permukaan jaringan hewan atau tumbuhan yang merupakan nutriennya. Contohnya, Sex pilus. 3) Kapsul Kapsul merupakan suatu bahan kental berupa lapisan lendir. Ukurannya dipengaruhi oleh medium tempat tumbuhnya. Kapsul bakteri mempunyai arti penting bagi bakteri maupun organisme lain. Bagi bakteri, kapsul merupakan penutup atau pelindung dan juga sebagai gudang makanan cadangan. Selain itu, dapat pula menambah kemampuan bakteri untuk menginfeksi. b. Struktur di Sebelah Dalam Dinding Sel Struktur paling umum yang terdapat di dalam dinding sel bakteri adalah sebagai berikut : 1) Membran Sitoplasma Membran ini amatlah penting karena berfungsi mengendalikan keluar masuknya substansi kimiawi dalam larutan sel, yaitu mampu mengambil dan menahan nutrien seperti gula, asam amino, mineral, dalam jumlah yang sesuai dan membuang kelebihan nutrien atau produk-produk buangannya. Selain itu, juga berfungsi sebagai tempat perlekatan flagelum. Membran sitoplasma merupakan membran plasma yang membungkus sitoplasma beserta isinya. 2) Mesosom Apabila membran sitoplasma mengalami pelipatan ke arah dalam/ invaginasi, maka akan menghasilkan suatu struktur yang disebut mesosom. Mesosom ini selalu bersambungan dengan membran sitoplasma. Diduga mesosom bisa berfungsi dalam sintesis dinding sel dan pembelahan nukleus. 3) Sitoplasma dan Struktur-Struktur di Dalamnya Sitoplasma merupakan cairan yang bersifat koloid dan berisi semua zat yang diperlukan untuk kehidupan sel. Bahan sel yang dikandungnya antara lain seperti berikut. a) Daerah sitoplasma, berisi partikel-partikel RNA protein (ribosom). Ribosom ini merupakan biosintesis protein, dijumpai pada semua sel, baik eukariotik atau prokariotik. b) Daerah nukleus, bahan nukleus/DNA di dalam sel bakteri menempati posisi dekat pusat sel dan terikat pada mesosom sitoplasma. Bahan ini sebagai alat genetik yang terdiri atas kromosom.
23

c) Bagian zat alir, mengandung nutrien terlarut yang terbentuk sebagai tubuh inklusi. Pada bagian tubuh ini terdiri atas lipid, glikogen, polifosfat, dan pati. Jika materi materi ini menumpuk maka akan membentuk granul/globul di dalam sitoplasma. Contohnya, bakteri Thiobacillus thioparus yang menumpuk sejumlah besar sulfur yang tampak seperti granul. 4) Plasmid dan Endospora Pada umumnya bakteri memiliki plasmid berbentuk seperti cincin yang terdapat di dalam sitoplasma. Fungsinya untuk pertahanan sel bakteri terhadap lingkungan yang tidak menguntungkan. Sama halnya dengan plasmid dalam keadaan lingkungan yang jelek, bakteri tersebut akan membentuk endospora. Endospora ini sebenarnya adalah spora/struktur yang berdinding tebal, pembentukannya terjadi di dalam sel bakteri. Endospora ini tahan terhadap panas dengan batas sekitar 120 C. Jika kondisi telah membaik, maka endospora akan bisa tumbuh menjadi bakteri seperti semula. 5) Klorosom Klorosom adalah struktur yang berada tepat di bawah membrane plasma. Klorosom mengandung pigmen klorofil dan pigmen lainnya untuk proses fotosintesis. Klorosom hanya terdapat pada bakteri yang melakukan fotosintesis, contohnya Chlorobium (bakteri hijau). 6) Vakuola gas Vakuola gas terdapat pada bakteri yang hidup di air dan melakukan fotosintesis. Vakuola gas memungkinkan bakteri mengapung di air untuk memperoleh cahaya matahari. Dengan demikian, fotosintesis dapat terjadi. 3. Penggolongan bakteri a. Berdasarkan Cara Memperoleh Makanannya 1) Bakteri Heterotrof Bakteri heterotrof adalah bakteri yang hidup dan memperoleh makanan dari lingkungannya karena tidak dapat membuat makanan sendiri. Bakteri ini dapat hidup secara saprofit dan parasit. Bakteri saprofit adalah bakteri yang hidup pada jasad yang sudah mati, misalnya, sampah, bangkai, atau kotoran. Bakteri ini sering disebut sebagai bakteri pembersih karena dapat menguraikan sampahsampah organik sehingga menguntungkan bagi manusia, contohnya, bakteri Escherichia coli yang berperan sebagai pembusuk sisa makanan dalam usus besar dan bakteri Lactobacillus garicus yang berperan dalam pembuatan yogurt. Bakteri parasit adalah bakteri yang hidup menumpang pada makhluk hidup lain. Bakteri ini biasanya bersifat merugikan makhluk hidup yang ditumpanginya karena dapat menimbulkan penyakit. Contoh penyakit yang disebabkan oleh bakteri ini, antara lain, kolera disebabkan oleh bakteri Vibrio cholerae, TBC disebabkan oleh bakteri Mycobacterium tuberculosis, disentri disebabkan oleh bakteri Shigella dysenterriae, sifilis disebabkan oleh bakteri Treponema pallidum, dan radang paruparu (pneumoniae) disebabkan oleh bakteri Diplococcus pneumoniae. Penularan penyakit yang disebabkan oleh bakteri dapat melalui makanan, minuman, pernapasan, ataupun kontak langsung dengan penderita, baik secara langsung maupun tidak langsung. 2) Bakteri Autotrof Bakteri autotrof adalah bakteri yang dapat membuat makanannya sendiri. Berdasarkan asal energi yang digunakan, bakteri autotrof dapat dibedakan menjadi dua, yaitu bakteri yang bersifat kemoautotrof dan bakteri yang bersifat fotoatotrof. Bakteri kemoautotrof adalah bakteri yang membuat makanannya dengan bantuan energi yang berasal dari reaksi-reaksi kimia, misalnya, proses oksidasi senyawa tertentu. Contohnya, bakteri nitrit dengan mengoksidkan NH, bakteri nitrat dengan mengoksidkan HNO, bakteri belerang dengan mengoksidkan senyawa belerang, Nitosococcus, dan Nitrobacter.

24

Bakteri fotoautotrof adalah bakteri yang membuat makanannya dengan bantuan energi yang berasal dari cahaya matahari. Bakteri ini adalah bakteri yang mengandung zat warna hijau sehingga dapat melakukan fotosintesis, seperti tumbuhan hijau. Contohnya bakteri-bakteri yang mempunyai zat warna, antara lain, dari golongan Thiorhodaceae (bakteri belerang berzat warna). b. Berdasarkan Kebutuhan Oksigennya Berdasarkan kebutuhan oksigennya, bakteri dapat dibedakan menjadi bakteri aerob dan bakteri anaerob. 1 ) Bakteri Aerob Bakteri aerob adalah bakteri yang hidupnya memerlukan oksigen bebas. Bakteri yang hidup secara aerob dapat memecah gula menjadi air, CO, dan energi. Bakteri aerob secara obligat adalah bakteri yang mutlak memerlukan oksigen bebas dalam hidupnya, misalnya, bakteri Nitrosomonas. 2) Bakteri Anaerob Bakteri anaerob adalah bakteri yang dapat hidup tanpa oksigen bebas, misalnya, bakteri asam susu, bakteri Lactobacillus bulgaricus, dan Clostridium tetani. Akan tetapi, jika bakteri tersebut dapat hidup tanpa kebutuhan oksigen secara mutlak atau dapat hidup tanpa adanya oksigen, bakteri itu disebut bakteri anaerob fakultatif. 4. Reproduksi bakteri Bakteri dapat berkembang biak secara aseksual dengan membelah diri pada lingkungan yang tepat atau sesuai. Proses pembelahan diri pada bakteri terjadi secara biner melintang. Pembelahan biner melintang adalah pembelahan yang diawali dengan terbentuknya dinding melintang yang memisahkan satu sel bakteri menjadi dua sel anak. Dua sel bakteri ini mempunyai bentuk dan ukuran sama (identik). Sel anakan hasil pembelahan ini akan membentuk suatu koloni yang dapat dijadikan satu tanda pengenal untuk jenis bakteri. Misalnya, bakteri yang terdiri dari sepasang sel (diplococcus), delapan sel membentuk kubus (sarcina), dan berbentuk rantai (streptococus). Reproduksi bakteri dapat berlangsung dengan sangat cepat. Pada keadaan optimal, beberapa jenis bakteri dapat membelah setiap 20 menit. Dalam satu jam bakteri dapat berkembang biak menjadi berjutajuta sel. Pada kondisi yang kurang menguntungkan, sel-sel bakteri dapat mempertahankan diri dengan pembentukan spora. Akan tetapi, ada pula jenis bakteri yang akan mati karena perubahan faktor lingkungan. Faktor lingkungan ini adalah cahaya matahari yang terus-menerus, kenaikan suhu, kekeringan, dan adanya zat-zat penghambat dan pembunuh bakteri, seperti antibiotika dan desinfektan. Keadaan tersebut juga menunjukkan bahwa meskipun populasi bakteri sangat besar, tetap saja dapat dikendalikan oleh faktor-faktor penghambat sehingga peranan bakteri di alam sebagai salah satu pengurai dapat seimbang dengan makhluk hidup produsen dan konsumen. Dalam keadaan normal, spora akan tumbuh kembali menjadi satu sel bakteri. Berikut adalah gambar yang menunjukkan perkembangbiakan bakteri secara aseksual, yaitu dengan pembelahan biner :

25

(Aryulina, dkk, secara Selain reproduksi secara aseksual, bakteri juga melakukan reproduksi 2006) seksual. Bakteri tidak melakukan pembiakan seksual yang sebenarnya, seperti yang terjadi pada makhluk hidup eukariot, karena bakteri tidak mengalami penyatuan sel kelamin. Meskipun demikian, pada bakteri terjadi pertukaran materi genetik dengan sel pasangannya. Oleh karena itu, perkembangbiakan bakteri yang terjadi dengan cara ini disebut perkembangbiakan paraseksual. Perkembangbiakan parasekual bakteri dapat terjadi dengan tiga cara, yaitu transformasi, konjugasi, dan transduksi. a. Transformasi adalah pemindahan potongan materi genetik atau DNA dari luar ke sel bakteri penerima. Dalam proses ini, tidak terjadi kontak langsung antara bakteri pemberi DNA dan penerima. b. Transduksi adalah pemindahan DNA dari sel pemberi ke sel penerima dengan perantaraan virus. Dalam hal ini, protein virus yang berfungsi sebagai cangkang digunakan untuk pembungkus dan membawa DNA bakteri pemberi menuju sel penerima. c. Konjugasi adalah penggabungan antara DNA pemberi dan DNA penerima melalui kontak langsung. Jadi, untuk memasukkan DNA dari sel pemberi ke sel penerima, harus terjadi hubungan langsung.

Untuk lebih jelasnya, perhatikan gambar di bawah ini :

(Aryulina, dkk, 2006) 26

5.

Klasifikasi Eubacteria Eubacteria dikelompokkan menjadi lima filum, yaitu: Proteobacteria, Cyanobacteria, Spirochetes, Chlamydias, dan bakteri Gram-Positif. (Aryulina, dkk, 2006). 1) Proteobacteria Proteobacteria merupakan kelompok terbesar bakteri. Proteobacteria dikelompokkan menjadi bakteri ungu yang bersifat fotoautotrof atau fotoheterotrof, proteobacteria kemoautotrof, dan proteobacteria kemoheterotrof. Bakteri ungu mengandung klorofil yang terdapat pada membran plasma. Beberapa jeis bakteri ungu memiliki flagella. Sebagian besar bakteri ungu anaerob obligat dan hidup di endapan kolam, danau, atau lumpur. Contoh bakteri ungu adalah Chromatium. Proteobacteria kemoautotrof hidup bebas atau bersimbiosis dengan makhluk hidup lain. Beberapa jenis berperan penting dalam siklus biogeokimia di dalam suatu ekosistem, yaitu mengikat nitrogen (mengubah N di atmosfer menjadi senyawa nitrogen yang dapat digunakan tumbuhan). Contoh proteobacteria kemoautotrof adalah Rhizobium. Rhizobium hidup bersimbiosis dalam akar tanaman kacangkacangan. Proteobacteria kemoheterotrof meliputi bakteri yang hidup dalam saluran pencernaan manusia dan hewan. Sebagian besar bakteri dalam kelompok ini berbentuk batang dan anaerob fakultatif. Contoh proteobacteria kemoheterotrof adalah Escherichia coli dan Salmonella. 2) Cyanobacteria Cyanobacteria sering disebut juga ganggang hijau-biru atau ganggang lendir. Disebut ganggan hijaubiru karena Cyanobacteria memiliki klorofil seperti halnya ganggang hijau. Disebut ganggang lendir karena pada bagian luar dinding selnya terdapat lapisan lendir. Pada beberapa jenis Cyanobacteria, lapisan lendir dapat membantu gerakan secara meluncur. Berbeda dengan kelompok bakteri yang lain, Cyanobacteia tidak memliki alat gerak dan dapat melakukan fotosintesis. Cyanobacteia berukuran Cyanobacteria hidup soliter atau berkoloni. Koloni Cyanobacteria dapat berbentuk benang, lembaran, atau bola berongga. Pada Cyanobacteria bentuk benang, misalnya Anabaena, terdapat tiga macam sel utama, yaitu heterokista, akinet, dan baeosit. Heterokista merupakan sel berdinding tebal yang berguna untuk mengikat nitrogen. Akinet adalah sel berdinding tebal yang berfungsi untuk pertahanan diri. Sedangkan baeosit adalah sel-sel bulat kecil hasil reproduksi. Baeosit juga berfungsi untuk melakukan fotosintesis. Sitoplasma Cyanobacteria tidak memiliki banyak organel serta tidak memiliki membran inti (prokariot). Membran fotosintetiknya (membran tilakoid) mengandung pigmen klorofil, karoten, dan pigmen tambahan. Pigmen tambahan berupa fikosianin yang berwarna biru dan fikoeritrin yang berwarna merah. Pigmen-pigmen tersebut yang menyebabkan warna Cyanobacteria beraneka ragam dari hijau, merah, ungu, sampai kehitaman. Tubuh Cyanobacteria juga memiliki vakuola gas yang memungkinkannya mengapung dekat permukaan air, yang memiliki intensitas cahaya matahari yang tinggi. Cyanobacteria membutuhkan cahaya matahari untuk proses fotosintesis. Cyanobacteria hidup secara fotoautotrof dengan mengasimilasi senyawa sederhana misalnya CO, ion nitrat atau ammonium, dan beberapa ion anorganik lainnya. Perbedaan Cyanobacteria dengan bakteri fotoautotrof adalah Cyanobacteria menghasilkan O dalam proses fotosintesisnya sedangkan bakteri fotoautotrof tidak menghasilkan O. Reproduksi Cyanobacteria adalah secara aseksual sengan cara membelah diri (pembelahan biner), fragmentasi bagian dari filamen (hormogonia), dan pembentukan akinet (spora). Pembelahan biner dilakukan oleh Cyanobacteria bersel satu, sedangkan fragmentasi pada bagian hormogonia dilakukan oleh Cyanobacteria yang berbentuk benang. Pada kondisi lingkungan yang buruk, akinet terbentuk agar

27

Cyanobacteria dapat bertahan hifup. Jika lingkungan telah membaik, akinet dapat membentuk filamen baru. Reproduksi secara seksual belum diketahui. Cyanobacteria dapat ditemukan pada berbagai lingkungan, misalnya : danau, laut, sungai, tanah, batu, dan rawa. Cyanobacteria dapat terlihat dengan mata telanjang berupa lapisan tipis berwarna hijau-biru, merah, atau ungu kehitaman. Pada saat tertentu, Cyanobacteria yang hidup di air muncul berlimpah sehingga menyebabkan air tampak berwarna seperti warna Cyanobacteria tersebut. Contohnya Cyanobacteria berwarna hijau-biru (Anabaena) membuat air sawah tampak kehijauan dan Cyanobacteria berwarna merah (Oscillatoria rubescens) membuat laut di daerah Timur Tengah berwarna merah sehingga disebut Laut Merah. Beberapa jenis Cyanobacteria yang dapat mengikat nitrogen berperan sebagai tumbuhan perintis pada habitat miskin nutrisi (makanan), misalnya pantai berpasir atau gurun. Salah satu Cyanobacteria, Synechococcus lividus dapat hidup di habitat yang ekstrim, misalnya habitat dengan tingkat keasaman tinggi (pH 4,0) dan temperatur tinggi (70C). Sedangkan jenis lainnya ada yang hidup bersimbiosis dengan organisme lain, misalnya Nostoc dan Anabaena azollae. Nostoc hidup bersama dengan jamur membentuk lumut kerak (Lichen) Peltigera, serta hidup di akar tumbuhan paku Cycas, Anabaena azollae hidup di daun tumbuhan paku air Azolla piata. Simbiosis antara Cyanobacteria dengan organisme lain saling member keuntungan. Cyanobacteria terutama berperan dalam memberikan nutrisi organik pada organisme simbiotiknya. Sedangkan organisme simbiotiknya memberikan kelembaban dan nutrisi anorganik pada Cyanobacteria. 3) Spirochetes Spirocheta bukan merupakan kelompok yang besar dari Eubacteria. Namun, keberadaan Spirocheta mempengaruhi kehidupan manusia karena beberapa jenis menyebabkan penyakit. Spirocheta berbentuk spiral dengan panjang Spirocheta merupakan bakteri gram-negatif. Spirocheta memiliki suatu struktur unik yang disebut filament aksial. Filamen aksial merupakan semacam serabut di sepanjang tubuh, di dalam selubung terluar., tetapi di luar dinding sel. Filamen aksial berfungsi untuk membuat gerakan berputar. Habitat Spirocheta bervariasi. Ada yang hidup bebas di lumpur atau air, sebagai parasit dalam tubuh manusia, atau hidup dalam lambung hewan memamah biak. Contoh Spirocheta antara lain Treponema pallidum (penyebab penyakit sifilis pada manusia), beberapa jenis Treponema lain yang hidup dalam lambung hewan memamah biak, dan Leptospira interrogans (penyebab penyakit leptospirosis). 4) Chlamydias Chlamydias merupakan kelompok bakteri yang memiliki ukuran paling kecil ( ). Bentuk tubuh Chlamydias tidak beraturan. Chlamydias hanya dapat hidup sebagai parasit dalam sel-sel makhluk hidup lain. Kelompok bakteri ini merupakan prokariot yang unik karena memiliki dua bentuk sel dalam siklus hidupnya. Kedua bentuk sel tersebut yaitu badan dasar (elementary body) dan badan inisial (initial body). Badan dasar masuk ke dalam sel inang dan berkembang menjadi badan inisial. Badan inisial tumbuh dan membelah diri. Badan inisial membentuk badan dasar kembali dan dilepaskan dari sel inang yang disertai pecahnya sel inang. Contoh Chlamydias adalah Chlamydia psittaci (penyebab penyakit mata, penyakit menular seksual, dan beberapa jenis penyakit pneumonia). 5) Bakteri Gram-Positif Beberapa bakteri gram-positif membentuk endospora (struktur dormansi yang bersifat tahan terhadap panas). Endospora dibentuk ketika lingkungan miskin akan zat makanan. Sel induk pecah dan endospora dilepaskan. Endospora dapat bertahan dalam keadaan lingkungan yang ekstrim, misalnya suhu tinggi, suhu rendah, atau kekeringan. Pada kondisi lingkungan yang membaik, endospora menjadi aktif dan membelah diri, membentuk sel-sel seperti induknya. Dormansi endospora dapat bertahan lebih dari seribu tahun. Contoh bakteri gram-positif yang dapat membentuk endospora adalah Bacillus dan Clostridium.
28

Contoh lain bakteri gram-positif adalah kelompok Actinomycetes dan Mycoplasma. Actinomycetes berbentuk filament bercabang yang menyerupai jamur. Actinomycetes berkembang biak dengan membentuk rantai spora di ujung filamen. Actinomycetes yang tidak membentuk spora berkembang biak dengan cara memutuskan ujung filamen dalam bentuk bulat atau batang. Selanjutnya, filamen tersebut membelah diri. Contoh Actinomycetes adalah Mycobacterium tuberculosis (penyebab penyakit TBC) dan Streptomyces (penghasil antibiotik streptomisin). Mycoplasma tidak memiliki dinding sel, tetapi beberapa jenis memiliki struktur yang mengeras di luar membran plasma. Beberapa Mycoplasma berukuran lebih kecil dibandingkan Chlamydias. Contohnya Mycoplasma gallisepticum (dikenal sebagai bakteri terkecil). B. VIRUS Virus merupakan salah satu jenis mikroorganisme parasit. Virus ini mempunyai ciri-ciri tidak dimiliki oleh organisme lain. Virus hanya dapat berkembang biak di sel-sel hidup lain (sifat virus parasit obligat) karenanya, vius dapat dibiakkan pada telur ayam yang berisi embrio hidup. Untuk bereproduksi virus hanya memerlukan asam nukleat saja. Ciri lainnya, virus tidak dapat bergerak maupun melakukan aktivitas metabolisme sendiri. Selain itu irus tidak dapat membelah diri. Virus tidak dapat diendapkan dengan sentrifugasi biasa, tetapi dapat dikristalkan.(Waluyo,2004) Morfologi virus 1. Virus berukuran aseluler (tidak mempunyai sel). 2. Virus berukuran amat kecil, jauh lebih kecil daripada bakteri. 3. Virus hanya memiliki sala satu macam asam nukleat (RNA atau DNA). 4. Virus umumnya berupa semacam hablur (kristal) dan bentuknya sangat bervariasi 5. Tubuh virus terdiri atas kepala, kulit(selubung atau kapsid), isi tubuh, dan serabut ekor.

Gambar.4.20 Anatomi virus(Waluyo,2004) Anatomi virus Kepala Kepala virus berisi DNA dan bagian luarnya diselubungi kapsid.
29

Kapsid Kapsid adalah selubung yang berupa protein. Kapsid terdiri atas bagian-bagian yang disebut kapsomer. Kapsid juga dapat terdiri atas proten-protein monomer identik, yang masing-masing terdiri dari rantai polipeptida. Isi tubuh Isi tubuh yang disebut viorin adalah bahan genetik yakni asam nukleat (DNA atau RNA), contohnya sebagai berikut: Virus yang isi tubuhnya RNA dan bentuknya menyerupai kubus antara lain, virus radang mulut. Virus yang isi tubuhnya RNA, protein, lipida, dan polisakarida, contohnya paramixovirus. Virus yag isi tubuhnya tediri atas RNA, protein, dan banyak lipida, contohnya virus cacar. Ekor Ekor virus merupakan alat penancap ketubuh organisme yang diserangnya. Ekor virus terdiri atas tabung bersumbat yang dilengkapi benang atau serabut.Pada virus dijumpai asam nukleat yang diselubungi kapsid, disebut nukleokapsid.(waluyo,2004)

Reproduksi virus Untuk berkembang biak virus memerlukan tempat atau lingkungan yang hidup. Oleh karena itu, virus menginfeksi sel bakteri, sel hewan, atau sel tumbuhan untuk bereproduksi. Ada dua macam cara virus menginfeksi bakteri, yaitu secara litik an secara lisogeni. Pada infeksi secara litik, virus akan menghancurkan sel induk setelah berhasil melakukan reproduksi, sedangkan pada infeksi secara lisogenik,virus tidak menghancurkan sel bakteri tetapi virus berintregasi dengan DNA sel bakteri, sehingga jika bakteri membelah atau berkembang biak virus pun ikut membelah. Pada prinsipnya cara perkembangbiakan virus pada hewan maupun pada tumbuhan mirip dengan yang berlangsung pada bakteriofag, yaitu melalui fase adsorpsi, sintesis, dan lisis.(Winami,2007)

Gambar 4.20 Gambar Reproduksi Virus(Winami,2007)

30

DAFTAR PERTANYAAN BESERTA JAWABAN 1. Organel apa yang ada pada eukariotik tapi tidak ada di prokariotik, atau sebaliknya? (Rahma Yulia Rusmo dan Ayu Indah Wibowo) Jawab :

2. Bagaimana proses fotosintesis pada bakteri? (Vivi Anita) Jawab : Pada bakteri yang melakukan fotosintesis, terdapat klorosom di dalam selnya. Klorosom adalah struktur yang berada tepat di bawah membrane plasma. Klorosom mengandung pigmen klorofil dan pigmen lainnya untuk proses fotosintesis. Selain itu, terdapat vakuola gas pada bakteri yang hidup di air dan melakukan fotosintesis. Vakuola gas memungkinkan bakteri mengapung di air untuk memperoleh cahaya matahari. Dengan demikian, fotosintesis dapat terjadi. 3. Bagaimana proses bakteri memperoleh makanan? (Gregorious Bagas) Jawab : Jalannya proses dimana bakteri memperoleh makanan adalah dari dinding sel, ke membran plasma, dan kemudian masuk ke dalam sitoplasma. 1). Dinding Sel - Pada dinding sel terdapat pori-pori sebagai jalan keluar masuknya molekul-molekul. 2). Membran Plasma Berfungsi sebagai pelindung molekuler sel terhadap lingkungan di sekirnya, dengan jalan mengatur lalu lintas molekul dan ion-ion dari dalam. Membran plasma sangat berguna bagi kehidupan sel karena berfungsi untuk lalu-lalangnya substansi kimiawi dalam larutan atau keluar masuk dari dalam sel, menjaga keseimbangan nutrien yang terdapat didalam sel. Membran sitoplasma juga menyediakan peralatan
31

biokimiawi yang berguna untuk memindahkan ion ion, mineral, gula, asam-asam amino, elektron, serta metabolit-metabolit lain melintasi membran. Pemindahan substansi-substansi tersebut dilakukan dengan cara: a. Difusi pasif (osmosis) yaitu pemindahan substansi yang berkonsentrasi tinggi menuju konsentrasi rendah. b. Angkutan aktif yaitu kemampuan menghimpun nutrien secara selektif untuk kepentingan sel dalam pertumbuhan dan perkembangannya. 3). Sitoplasma - Berfungsi untuk mencerna makanan secara ekstraselular untuk melakukan metabolisme sel. A. PERTUMBUHAN KULTUR MIKROBA Pertumbuhan di sini yang dimaksud adalah peningkatan jumlah bakteri, bukan peningkatan ukuran tiap individu. Bakteri pada umumnya bereproduksi dengan cara pembelahan biner. Tahapan-tahapan pembelahan biner yaitu: 1. Sel memanjang dan terjadi replikasi DNA 2. Dinding sel dan membran plasma mulai melakukan pembelahan 3. Dinding sel yang baru terbentuk di antara kedua DNA 4. Sel pun memisah. Beberapa spesies bakteri bereproduksi dengan cara membentuk tunas (budding). Mikroba membentuk suatu tunas yang terus membesar hingga ukurannya mendekati ukuran sel induknya, lalu ia memisah. Beberapa bakteri berbentuk filamen bereproduksi dengan menghasilkan rantai konidiospora pada ujung filamen. Ada pula beberapa spesies yang melakukan fragmentasi, dan fragmen yang terbentuk lalu memulai pertumbuhan sel baru (Tortora, dkk; 2001). Waktu generasi (generation time) adalah waktu yang dibutuhkan sel untuk membelah (dan populasinya untuk menggandakan diri). Untuk menghitung waktu generasi dari bakteri, reproduksi yang diperhatikan hanyalah reproduksi dengan pembelahan biner, di mana kebanyakan bakteri melakukan reproduksi dengan metode ini. Waktu generasi bervariasi, dipengaruhi jenis organisme, dan kondisi lingkungannya. Kebanyakan bakteri memiliki waktu generasi 1-3 jam, ada pula yang lebih dari 24 jam per generasi. Karena banyaknya jumlah mikroba yang bisa dihasilkan selama beberapa waktu, maka untuk mempermudah perhitungan biasanya dipakai skala logaritmik (Tortora, dkk; 2001). Batch Culture Mikroba jika dikembangbiakkan pada satu medium tertentu, mereka biasanya akan tumbuh sebagai batch culture atau closed system. Jika pada masa inkubasi tidak ada penyediaan medium baru yang segar, maka konsentrasi nutrien akan turun, dan konsentrasi limbah akan meningkat. Pertumbuhan mikroorganisme yang bereproduksi secara biner bisa diplot kurva sebagai jumlah sel yang ada versus masa inkubasi. Kurva yang terbentuk memiliki 6 fase yang berbeda.

32

Gambar 1: Pertumbuhan Mikroorganisme pada Batch Culture (Waites, dkk. Industrial Microbiology: An Introduction. Fig 2.1) Kurva-kurva tersebut adalah: 1) Lag phase Lag phase adalah fase di ketika mikroorganisme dimasukkan ke dalam medium kultur yang masih segar. Biasanya pada fase ini tidak ada penambahan jumlah sel, kalaupun ada penambahannya dalam jumlah yang sangat sedikit. Meskipun tidak ada pembelahan sel maupun peningkatan massa, namun pada fase ini sel melakukan sintesis komponen-komponen baru. Pembentukan komponen-komponen baru ini bisa disebabkan karena hal-hal berikut: - Sel yang bersangkutan mungkin saja telah tua dan memiliki keterbatasan dalam jumlah ATP, kofaktor, maupun ribosom. Sel harus menyintesis bahan-bahan tersebut sebelum pertumbuhan mikroorganisme dapat dilakukan. - Medium kemungkinan berbeda dengan medium yang ditempati mikroorganisme itu sebelumnya, sehingga mikroorganisme tersebut harus beradaptasi, ini dikarenakan enzim yang baru dibutuhkan untuk mengolah nutrien yang baru. - Kemungkinan mikroba mengalami kerusakan dan membutuhkan waktu untuk memulihkan dirinya (Tortora, dkk; 2001). Lag phase bervariasi waktunya untuk setiap kondisi mikroba dan suasana dari medium yang bersangkutan. Fase ini bisa saja berlangsung lama apabila inokulumnya berasal dari kultur yang sudah tua, kultur yang baru saja didinginkan, atau inokulasi suatu kultur yang ditempatkan pada medium yang berbeda secara kimiawi. Namun fase ini juga bisa saja berlangsung cepat apabila kultur yang digunakan adalah kultur yang masih muda dan berada pada fase eksponensial ditempatkan pada medium yang masih segar dan dalam komposisi yang sesuai (Tortora, dkk; 2001). 2) Acceleration phase Fase ini merupakan fase di mana pembelahan sel dimulai dan lajunya semakin meningkat hingga mencapai laju maksimum. Jika laju maksimum, maka fase eksponensial pun dimulai (Waites, dkk; 2001). 3) Exponential phase / Log phase Pada fase eksponensial, mikroba mengalami pertumbuhan dan membelah dengan kecepatan semaksimal mungkin yang mungkin dicapai, tergantung pada potensial genetik, medium, dan kondisi pada saat mereka tumbuh. Kecepatan pertumbuhan mikroba adalah konstan. Pertumbuhan ini menghasilkan kurva naik yang
33

mulus. Mulusnya kurva ini disebabkan tiap individu mikroba membelah berkali-kali dalam interval waktu yang sangat singkat, sehingga tidak menghasilkan kurva diskret (Tortora, dkk; 2001). Pertumbuhan eksponensial termasuk dalam jenis pertumbuhan seimbang (balanced growth). Pada kondisi ini, semua komponen sel dihasilkan dengan kecepatan yang sama antara satu komponen dengan yang lain. Namun jika level nutrien atau suasana lingkungan berubah, akan terjadi pertumbuhan tidak seimbang (unbalanced growth). Pada kondisi ini, kecepatan sintesis dari komponen-komponen sel bervariasi antara komponen satu dengan yang lain, menghasilkan suatu kurva yang lebih kompleks, dan ini terjadi hingga keseimbangan yang baru telah tercapai (Tortora, dkk; 2001). Jika mikroba dipindahkan dari medium bernutrisi rendah ke medium yang lebih kaya nutrisi, sel akan mulamula membentuk ribosom baru untuk meningkatkan kapasitas mereka dalam membentuk protein. Ini lalu diikuti dengan peningkatan jumlah sintesis protein dan DNA. Pada akhirnya, mikroba pun melakukan reproduksi (Tortora, dkk; 2001). Jika mikroba dipindahkan dari medium kaya nutrisi ke medium miskin nutrisi, mikroba akan membutuhkan waktu untuk membuat enzim baru. Pembelahan sel dan replikasi DNA tetap terjadi, namun pembentukan protein dan sintesis RNA melambat. Sel akan menjadi lebih kecil dan melakukan reorganisasi secara metabolik hingga mereka dapat tumbuh kembali. Kemudian pertumbuhan yang seimbang dapat dimulai lagi dan kultur memasuki fase eksponensial (Tortora, dkk; 2001). Kecepatan pertumbuhan juga meningkat seiring dengan konsentrasi nutrien. Kurva itu juga sekaligus menggambarkan jumlah nutrien yang mampu dimanfaatkan oleh mikroba. Pada konsentrasi nutrien yang sangat tinggi, sistem transpor pada mikroba sudah jenuh, dan kecepatan pertumbuhan tidak akan meningkat lagi (Tortora, dkk; 2001).

4) Deceleration phase Nutrien yang dikonsumsi mikroba lama-kelamaan pasti akan mengalami keterbatasan. Jika nutrien mulai mengalami keterbatasan, maka laju pertumbuhan pun akan mulai melambat, sehingga menghasilkan kurva yang cenderung menuju datar. Jika kurva sudah benar-benar datar (di mana tidak ada laju pertumbuhan mikroba), berarti sudah memasuki fase stasioner (Waites, dkk; 2001). 5) Stationary phase Pertumbuhan pada suatu saat akan berhenti dan kurva pertumbuhan membentuk garis horizontal. Saat seperti ini disebut dengan fase stasioner. Bakteria pada umumnya mencapai fase stasioner pada level populasi sekitar 109 sel per mL, sedangkan algae dan protozoa mencapainya pada level populasi sekitar 106 sel per mL. Jumlah maksimum populasi yang dapat dicapai ditentukan oleh banyak faktor, misalnya saja nutrien yang tersedia, tipe mikroorganisme yang dikembangkan, dan sebagainya (Tortora, dkk; 2001). Pada fase stasioner jumlah mikroorganisme konstan. Ini dapat disebabkan oleh seimbangnya jumlah sel yang mati dan yang membelah, atau memang karena populasi benar-benar berhenti melakukan pembelahan namun masih aktif melakukan metabolisme (Tortora, dkk; 2001). Populasi mikroba bisa memasuki fase stasioner bisa disebabkan karena beberapa hal. Salah satunya adalah karena keterbatasan nutrien. Jika nutrien jumlahnya semakin terbatas, pertumbuhan akan melambat. Organisme aerobik seringkali mengalami keterbatasan O2. Oksigen tidak terlalu bersifat larut dan bisa habis dalam waktu yang cukup cepat, sehingga hanya bagian permukaan kultur saja yang mendapatkan cukup oksigen dan melakukan pertumbuhan. Sel yang berada di bawahnya tidak dapat melakukan pertumbuhan, kecuali jika kultur diguncang atau diaerasi (Tortora, dkk; 2001).
34

Pertumbuhan populasi juga bisa terhambat akibat akumulasi sisa metabolisme yang bersifat racun. Banyak kultur anaerobik mengalami masalah ini. Contohnya, streptococci dapat memproduksi asam laktat dan asamasam organik lain dalam jumlah yang besar hasil dari fermentasi gula. Ini dapat menyebabkan medium menjadi asam dan menghambat pertumbuhan. Selain itu, streptococci juga bisa memasuki fase stasioner akibat kehabisan gula (Tortora, dkk; 2001). 6) Death phase Memburuknya suasana lingkungan, seperti habisnya nutrien atau menumpuknya sisa metabolisme menyebabkan menurunnya jumlah populasi mikroba, yang menandakan terjadinya fase mati (death phase). Matinya mikroba biasanya berbentuk logaritmik pada kurva (Tortora, dkk; 2001). Cara untuk memastikan apakah suatu sel bakteri hidup atau tidak adalah dengan menempatkannya di medium yang masih segar. Jika ia tidak tumbuh dan bereproduksi, berarti dia dinyatakan mati. Mati di sini diartikan sebagai kehilangan kemampuan untuk bereproduksi (Tortora, dkk; 2001). Meskipun kebanyakan populasi mikroba mati dengan pola logaritmik, laju kematian bisa saja mengalami penurunan drastis. Ini dikarenakan ada beberapa sel yang resisten dan tahan terhadap lingkungan yang tidak mendukung. Ini mengakibatkan kurva kematian terkadang bisa menjadi kompleks (Tortora, dkk; 2001). Continuous Culture Pada penjabaran di sebelumnya, pengkulturan mikroba dilakukan secara batch di mana persediaan nutrien tidak diperbarui dan limbah tidak dibuang. Sehingga fase eksponensial hanya berlangsung selama beberapa saat saja (Tortora, dkk; 2001). Selain metode batch, mikroorganisme bisa ditumbuhkan di dalam suatu sistem terbuka, di mana kondisi lingkungan mikroorganisme tetap dipertahankan dengan cara pemberian nutrien dan pembuangan limbah secara kontinu. Sistem ini disebut dengan sistem kultur kontinu (continuous culture system). Pada sistem ini, populasi mikroba dapat dipertahankan pada fase eksponensialnya untuk jangka waktu yang lebih lama (Tortora, dkk; 2001).

Gambar 2: Peralatan untuk Continuous Culture (Waites, dkk. Industrial Microbiology: An Introduction. Fig 2.4)

35

Pada metode ini, mikroba pada mulanya ditumbuhkan secara batch, namun pada fase eksponensialnya nutrien diberikan secara kontinu untuk memperpanjang fase eksponensialnya. Volume dari fermenter dibuat konstan dengan cara mengontrol antara jumlah medium kultur yang masuk dengan jumlah sel dan hasil metabolismenya yang dikeluarkan. Kondisi steady-state dapat dipertahankan, di mana laju pertumbuhan mikroba sama dengan jumlah mikroba yang dikeluarkan (Waites, dkk; 2001).

Gambar 3: Pertumbuhan Mikroorganisme dalam Kultur Kontinu (Waites, dkk. Industrial Microbiology: An Introduction. Fig 2.5) Laju pertumbuhan mikroba bisa dikontrol laju volumetrik medium yang masuk, namun juga laju pengenceran. Jika laju pengenceran lebih cepat dari laju pertumbuhan mikroba, mikroba akan terbuang dari fermentor sebelum sempat melakukan pembelahan. Namun jika laju pengencerannya lambat, konsentrasi substrat yang dihasilkan juga lebih rendah. Semakin mendekati nilai laju pertumbuhan maksimum, semakin banyak substrat yang dihasilkan oleh mikroba. Maka kontrol pada continuous culture sangatlah penting (Waites, dkk; 2001). B. MENGUKUR PERTUMBUHAN MIKROBA Metode penghitungan langsung (Direct Method) Metode ini dilakukan dengan menghitung pertambahan jumlah dari sel. 1. Counting Chamber / Direct Microscope Method Cara paling umum untuk menentukan jumlah mikroba adalah dengan menghitungnya langsung menggunakan counting chamber. Menggunakan counting chamber merupakan cara yang mudah, murah, cepat, dan juga memberikan informasi mengenai ukuran dan morfologi mokroorganisme. Petroff-Hauser counting chamber bisa digunakan untuk menghitung sel prokariot, sedangkan hemocytometer digunakan untuk menghitung baik sel prokariot maupun eukariot. Sel prokariot lebih mudah dihitung dengan counting chamber apabila sel-sel itu diberi warna, atau menggunakan mikroskop fase-kontras atau mikroskop fluorescence (Prescott, dkk; 2002). Ada beberapa kelemahan metode ini. Populasi mikroba harus cukup besar, karena yang digunakan sebagai sampel hanyalah volume yang sangat kecil. Selain itu, sulit dibedakan antara sel yang hidup dan mati jika menggunakan counting chamber tanpa teknik khusus (Prescott, dkk; 2002).
36

2. Coulter Counter Mikroorganisme berukuran besar seperti protozoa, algae, dan ragi nonfilamen bisa dihitung menggunakan alat hitung elektronik seperti Coulter Counter. Suspensi mikroba dipaksa masuk melalui sebuah lubang kecil. Arus listrik dialirkan melalui lubang, dan elektrode dipasang di kedua sisi lubang untuk mengukur hambatan listrik. Tiap kali sel mikroba melalui lubang, hambatan listrik terbentuk dan sel pun dihitung (Prescott, dkk; 2002). Kelemahannya adalah, Coulter Counter kurang cocok digunakan untuk menghitung bakteri, karena adanya kemungkinan terganggu oleh partikel kecil, pembentukan filamen, dan sebagainya. Selain itu metode ini tidak bisa membedakan antara sel hidup dan sel mati (Prescott, dkk; 2002). 3. Plate Count: Pour Plates dan Spread Plates Plate Count adalah suatu metode untuk menghitung mikroba yang terdapat pada plate. Metode ini mengasumsikan bahwa satu individu mikroba mampu bereproduksi dan membentuk koloni, sehingga jumlah mikroba mula-mula sama dengan jumlah koloni yang ada saat ini. Namun asumsi ini tidak selamanya benar, karena satu koloni bisa saja dibentuk tidak hanya oleh 1 bakteri, bisa saja sejumlah bakteri yang melakukannya. Oleh karena itu, hasil perhitungan plate count biasanya dinyatakan sebagai colony-forming unit (CFU) (Prescott, dkk; 2002).

Jika plate count dilakukan, hanya beberapa koloni saja yang dapat ditumbuhkan dalam satu plate. Jika coloni terlalu banyak, maka beberapa sel tidak dapat tumbuh. Biasanya plate yang digunakan adalah plate dengan 25-250 koloni. Agar koloni berada dalam range ini, maka pada inokulum yang jumlah mikrobanya banyak perlu dilakukan pengenceran (Prescott, dkk; 2002). Plate count bisa dilakukan baik dengan cara pour plates maupun spread plates. Prosedur pour plates yaitu mula-mula suspensi bakteri yang telah diencerkan dimasukkan ke dalam cawan Petri sebanyak 1 mL atau 0,1 mL. Lalu medium agar dituangkan ke dalam cawan dan diaduk dengan merata. Ketika agar memadat, cawan kemudian diinkubasi. Dengan teknik ini, koloni akan tumbuh di dalam atau di permukaan nutrien agar. Perhitungan pun bisa dilakukan (Prescott, dkk; 2002). Kelemahan dari pour plate ini adalah tidak cocok digunakan pada bakteri yang tidak tahan panas ketika medium agar dituangkan ke dalam wadah, karena bakteri tersebut bisa mengalami kerusakan dan tidak bisa melakukan reproduksi. Selain itu, koloni yang terbentuk di dalam medium agar bisa saja tidak terlalu kelihatan, sehingga mempengaruhi perhitungan (Prescott, dkk; 2002). Untuk menghindari masalah-masalah itu, biasanya digunakan teknik spread plates. Pada teknik ini 0,1 mL inokulum dituangkan ke dalam cawan. Inokulum disebar secara uniform dengan menggunakan glass rod yang steril. Bakteri yang telah tersebar tadi kemudian membentuk koloni-koloni yang tersebar, sehingga mudah dihitung (Prescott, dkk; 2002). 4. Teknik Filter Membran Pada teknik ini, suatu sampel yang mengandung mikroba dilewatkan pada filter membran. Filter ini memiliki lubang pori yang kecil, sehingga mampu menangkap bakteri. Filter lalu ditempatkan pada medium agar atau pada suatu tempat yang telah diberi media liquid dan diinkubasi hingga tiap sel membentuk koloni-koloni yang berbeda. Jumlah koloni yang terbentuk merupakan jumlah mikroorganisme yang tersaring pada filter. Media-media tertentu dapat digunakan agar mikroorganisme yang dihitung bisa spesifik. Teknik ini berguna khususnya dalam menganalisa sampel akuatik (Prescott, dkk; 2002). Selain metode di atas, filter membran juga bisa digunakan untuk menghitung mikroba secara langsung. Sampel mula-mula disaring melalui membran polikarbonat hitam untuk memberikan background yang
37

bagus untuk menentukan objek fluorescent. Mikroba lalu diberi warna dengan suatu fluorescent, misalnya acridine orange dan dihitung dengan mikroskop epifluorescence. Kelemahan teknik ini adalah tidak dapat dibedakan antara sel hidup dan sel mati. Namun sekarang terdapat reaagen fluorescent yang mampu membedakan antara sel hidup dan sel mati, sehingga kelemahan tadi dapat teratasi (Prescott, dkk; 2002). Metode penghitungan tidak langsung (Indirect Method) Selain pertambahan jumlah, pertumbuhan populasi juga ditandai dengan pertambahan massa total sel. 1. Metode Berat Kering (Dry Weight) Salah satu metode yang sering digunakan adalah dengan penentuan berat kering mikroba (microbial dry weight). Sel yang tumbuh di medium liquid dikumpulkan dengan sentrifugasi, lalu dicuci, dikeringkan di oven, dan ditimbang. Teknik ini sangat cocok untuk menentukan jumlah fungi. Kelemahannya metode ini adalah terlalu memakan waktu dan tidak terlalu sensitif, sehingga perlu sentrifugasi kultur dalam jumlah yang cukup besar (Prescott, dkk; 2002). 2. Turbidimetri dan Spektrofotometri Metode lain yaitu dengan memanfaatkan fakta bahwa sel mikroba menyebarkan sinar yang mengenainya. Besarnya pantulan sinar sebanding dengan massa sel yang dikenai sinar. Semakin besar konsentrasi mikroba, maka semakin keruh penampakannya dan semakin sedikit sinar yang diteruskan olehnya. Tingkat sebaran sinar itu bisa ditentukan dengan spektrofotometer. Pada absorbansi rendah hubungannya dengan konsentrasi mikroba hampir linear. Sehingga pertumbuhan populasi dapat diukur dengan mudah dengan spektrofotometer, asalkan populasi mikroba terdapat dalam jumlah yang cukup untuk memberikan turbiditas yang dapat dideteksi (Prescott, dkk; 2002). 3. Menghitung Jumlah Substansi Tertentu Jika jumlah substansi dalam tiap sel sama antara satu dengan yang lain, maka total jumlah substansi itu berhubungan langsung dengan massa sel mikroba. Contohnya, sampel dari suatu sel yang didapatkan dari suatu medium dengan volume tertentu dapat dianalisa dengan menghitung jumlah protein atau nitrogennya. Selain itu, penentuan klorofil dapat digunakan untuk menghitung populasi algae, dan jumlah ATP dapat digunakan untuk menghitung massa mikroba hidup (Prescott, dkk; 2002). C. MENDAPATKAN KULTUR MURNI Kebanyakan sampel yang diambil dari alam, seperti tanah, air, makanan, dan sebagainya, mengandung tidak hanya satu jenis mikroba. Jika material-material tersebut ditumbuhkan mikrobanya pada suatu medium solid, maka koloni-koloni akan tumbuh persis sama dengan organisme induknya. Secara teori, suatu koloni yang tumbuh berasal dari satu sel atau spora. Koloni mikroba seringkali memiliki penampilan yang bisa dibedakan antara satu dengan yang lain. Mikroba harus dipisahkan sejauh mungkin agar koloni yang tumbuh bisa terpisah secara jelas antara satu dengan yang lain (Tortora, dkk; 2001). Kebanyakan dari pekerjaan bidang mikrobiologi membutuhkan kultur yang murni. Metode isolasi yang seringkali digunakan untuk mendapatkan kultur murni adalah metode streak plate. Pada metode ini, suatu jerat inokulasi yang steril dicelupkan ke dalam kultur yang mengandung lebih dari satu jenis kultur, lalu jerat ini digosokkan pada medium nutrien membentuk pola. Begitu pola terbentuk, mikroba akan lepas dari jerat dan masuk ke medium. Sel terakhir yang lepas dari jerat jarajnya cukup jauh dari mikroba yang lainnya

38

untuk membentuk koloni murni. Koloni yang terbentuk lalu bisa dipindahkan ke dalam test tube yang berisi nutrien untuk menumbuhkan kultur yang murni (Tortora, dkk; 2001). Metode sterak plate cocok digunakan ketika jumlah organisme yang akan diisolasi jumlahnya banyak. Jika terlalu sedikit, maka mikroba jumlahnya harus ditingkatkan dengan pengayaan nutrien sebelum dilakukan metode streak plate (Tortora, dkk; 2001) D. EFEK DARI KONDISI LINGKUNGAN PADA PERTUMBUHAN MIKROBA pH ph mengacu pada keasaman atau alkalinitas dari solusi. bakteri dapat tumbuh dengan baik pada ph normal antara ph 6,5 dan 7,5. Bakteri sangat sedikit tumbuh pada ph asam dibawah 4. hal ini menyebabkan mengapa sejumlah makanan, seperti asinan kubis, acar dan keju , banyak diawetkan dari pembusukan oleh asam yang dihasilkan oleh bakteri fermentasi (Waites, dkk; 2001). Meskipun demikian, ada beberapa bakteri yang disebut acidophiles yang sangat toleran terhadap keasaman. Sebagai contoh, salah satu jenis bakteri chemoautotrophic, yang ditemukan dalam air drainase dari tambang batubara dan mengoksidasi sulfur untuk membentuk asam sulfat dapat bertahan pada nilai pH kurang dari 1 (Waites, dkk; 2001). Ragi akan tumbuh selama rentang ph lebih besar dari bakteri, akan tetapi pH optimum dari jamur dan ragi umumnya di bawah bakteri, biasanya sekitar pH 5-6 (Waites, dkk; 2001). Bakteri alkalophiles, contohnya Bacillus dan Micrococcus, memiliki pH optimum antara 8,5 - 11,5 (Waites, dkk; 2001). Suhu / Temperatur Suhu merupakan salah satu faktor penting di dalam mempengaruhi dan pertumbuhan mikroorganisme. Suhu dapat mempengaruhi mikroba dalam dua cara yang berlawanan: 1. Apabila suhu naik maka kecepatan metabolisme naik dan pertumbuhan dipercepat. Sebaliknya apabila suhu turun, maka kecepatan metabolisme akan menurun dan pertumbuhan diperlambat. 2. Apabila suhu naik atau turun secara drastis, tingkat pertumbuhan akan terhenti, kompenen sel menjadi tidak aktif dan rusak, sehingga sel-sel menjadi mati (Waites, dkk; 2001). Berdasarkan hal tersebut, maka suhu yang berkaitan dengan pertumbuhan mikroba digolongkan menjadi tiga, yaitu : 1. Suhu minimum yaitu suhu yang apabila berada di bawahnya maka pertumbuhan terhenti. 2. Suhu optimum yaitu suhu dimana pertumbuhan berlangsung paling cepat dan optimum. (Disebut juga suhu inkubasi). 3. Suhu maksimum yaitu suhu yang apabila berada di atasnya maka pertumbuhan tidak terjadi (Waites, dkk; 2001).

39

Gambar 4: Range Temperatur Pertumbuhan Mikroba (Waites, dkk. Industrial Microbiology: An Introduction. Fig 2.6) Mesofil memiliki temperatur optimum pada range 20-45C dan temperatur minimum sekitar 15-20C (Waites, dkk; 2001). Psikrofil biasanya memiliki temperatur optimum di bawah 15C dan organisme ini biasanya mati pada temperatur ruang. Mereka mampu hidup pada temperatur rendah karena membran mereka mengandung banyak lemak tak jenuh. Molekul ini tetap berbentuk cair pada temperatur rendah di mana membranmembran lain yang mengandung lemak jenuh tidak dapat berfungsi lagi (Waites, dkk; 2001). Psikotrop bisa disebut psikrofil fakultatif. Mereka tumbuh dengan optimum pada temperatur di atas 20C, namun masih mampu melakukan pertumbuhan dengan lambat pada temperatur sekitar 0C. Beberapa mikroba jenis ini bertanggung jawab pada pembusukan produk-produk yang didinginkan (Waites, dkk; 2001). Termofil adalah organisme yang memiliki temperatur optimum di atas 50C. Beberapa jenis algae, protozoa, dan fungi memiliki temperatur maksimum hingga 55C (Waites, dkk; 2001). Termofil ekstrim (hiper-termofil) bisa tumbuh pada temperatur 100C ataupun lebih. Sebagai contoh, Pyrolobus fumarii memiliki temperatur optimum 106C dan terus tumbuh hingga 113C (Waites, dkk; 2001). Bakteri non-termofil apabila dikenakan temperatur tinggi biasanya menyebabkan kerusakan pada membran sitoplasma, rusaknya ribosom, denaturasi enzim, dan rusaknya DNA. Namun, ribosom dari termofil bekerja dengan baik pada temperatur tinggi. Enzim termofil juga memiliki sifat stabil pada temperatur tinggi. DNA mereka juga tetap terintegritas pada temperatur tinggi, dan beberapa bakteri termofil ekstrim memiliki DNA dengan rasio guanin-sitosin yang tinggi. Ini menyebabkan ikatan hidrogen semakin banyak yang mendukung kestabilan DNA (Waites, dkk; 2001). Spora mikroba umunya tahan terhadap panas. Ia memiliki pelapis spora yang tebal dan aktifitas air yang rendah (Waites, dkk; 2001). Oksigen Mikroorganisme memiliki karakteristik sendiri-sendiri Mikroorganisme dalam hal ini digolongkan menjadi : 1) Aerobik obligat: 2) Anaerob obligat: di dalam kebutuhannya akan oksigen.

hanya dapat tumbuh apabila ada oksigen bebas. hanya dapat tumbuh apabila tidak ada oksigen bebas / tanpa adanya oksigen

3) Anaerob fakultatif: dapat tumbuh baik dengan atau tanpa oksigen bebas. Akan tetapi mereka tumbuh lebih baik apabila ada oxygen.

40

Mikroaerofil: dapat tumbuh apabila ada oksigen dalam jumlah kecil. Pada konstentrasi oksigen di atmosfer (21%) mereka tidak dapat tumbuh. Mereka bisa tumbuh pada level oksigen 2-10%. Aerotolerant: Biasanya mengabaikan oxygen, namun dapat tumbuh dengan baik meskipun ada atau tidak ada oksigen (Waites, dkk; 2001). Jika kontak dengan oksigen, sebagian besar organisme akan menghasilkan senyawa-senyawa yang sangat beracun, yaitu superoksida (O2-), hidrogen peroksida (H2O2) dan radikal hidroksil (OH). Jika tidak didetoksifikasi, produk-produk ini mampu bereaksi dengan molekul-molekul organik dan menghancurkannya. Terdapat 3 enzim yang mampu menetralisir produk-produk di atas, yaitu superoksida dismutase, katalase, dan peroksidase:
Superoksida dismutase

superoksida (2O2-) + 2H+ hidrogen peroksida (2H2O2)

glutathione peroksidase katalase

O2 + H2O2 O2 + 2H2O

H2O2 + 2GSH
glutathione

2H2O + GSSG
glutathione teroksidasi

(Waites, dkk; 2001)

Bakteri-bakteri aerobik dan organisme lain yang mampu menoleransi oksigen memiliki superoksida dismutase. Kebanyakan bakteri aerob, namun bukan aerotolerant juga memiliki katalase. Adanya asam aksorbat, vitamin E, dan beta-karoten juga membantu menghilangkan radikal bebas secara non-enzimatis. Bakteri anaerob oligat tidak memiliki superoksida dismutase dan katalase, ataupun kalau ada dalam jumlah yang sangat sedikit (Waites, dkk; 2001). Water activity Kebanyakan mikroorganisme mengandung 70-80% air dan membutuhkan sejumlah air bebas untuk melangsungkan beberapa aktifitas metabolik (Waites, dkk; 2001). Jika mikroba dengan dinding sel yang kaku ditempatkan di larutan hipotonik, mereka akan menyerap air, dan menjadi bengkak. Mikroba yang tidak memiliki dinding akan terus mengembang dan pecah pada akhirnya (Waites, dkk; 2001). Lingkungan hipertonik mungkin mengandung air, namun jumlahnya cukup sedikit. Sel yang ditempatkan di larutan hipertonik akan kehilangan air akibat osmosis dan pertumbuhan sel pun terhambat (Waites, dkk; 2001). Ketersediaan air bagi mikroorganisme diistilahkan dengan aktivitas air (water activity). Aktifitas air adalah rasio dari tekanan uap dari air dalam larutan dengan tekanan uap dari air murni (Waites, dkk; 2001). Aw= Psolution / Pwater (Waites, dkk; 2001)

41

Spesies mikroba memiliki toleransi yang berbeda-beda terhadap kondisi kering dan tekanan osmosis tinggi. Kebanyakan baktri tidak dapat tumbuh dengan Aw di bawah 0,9. Kebanyakan fungi yang menyebabkan biodeterioration merupakan xerotoleran (dapat tumbuh pada kelembaban rendah). Beberapa fungi filamentous xerofilik dan ragi osmofilik bisa hidup pada lingkungan di mana Aw bisa mencapai 0,6. Beberapa spesies ini tidak tumbuh pada lingkungan di mana terdapat air dalam jumlah besar (Waites, dkk; 2001). Bakteri laut teradaptasi pada air laut yang berkonsentrasi tinggi (aw = 0,98) dan memiliki enzim yang mampu mengolah ion-ion sodium. True halofilik, seperti Halobacterium halobium tidak dapat tumbuh di tempat yang konsentrasi garamnya kurang dari 3mol/L (Waites, dkk; 2001). Radiasi Sinar UV, yang cukup berbahaya pada 260 nm mampu menyebabkan kerusakan pada DNA, khususnya pada pembentukan dimer thymine. Radiasi ionisasi, misalkan saja sinar gamma yang dihasilkan dari eksitasi 60Co mampu menghasilkan radikal bebas, OH, H, dan hydrated elektron. Radikal bebas ini dapat merusak ikatan hidrogen, oksidasi bahan-bahan kimia, serta merusak DNA (Waites, dkk; 2001). Beberapa mikroorganisme, misalkan saja pada Deinococcus radiodurans memiliki kemampuan alami untuk tahan terhadap radiasi. Beberapa bakteri juga memiliki pigmen yang dapat mengabsorpsi radiasi. Ada pula mikroorganisme yang mampu memperbaiki DNA mereka yang rusak akibat radiasi (Waites, dkk; 2001). Tekanan hidrostatik Di alam, banyak mikroorganisme yang tidak pernah diberi tekanan hingga lebih dari 1 atm, dan tekanan yang lebih tinggi dapat menghambat pertumbuhan mikroorganisme. Namun ada beberapa mikroorganisme yang bersifat barotoleran. Contohnya mikroorganisme laut adalah termasuk barotolerant, di mana mereka terkena tekanan tinggi, bahkan hingga ratusan atm (Waites, dkk; 2001) E. KONTROL PERTUMBUHAN MIKROBA Pencegahan pertumbuhan mikroorganisme sangat diperlukan di banyak bidang, seperti kesehatan, food processing, dan pengawetan berbagai macam benda. Kontrol dapat dilakukan, yaitu dengan membunuh mikroba maupun mencegah pertumbuhan mikroba (Waites, dkk; 2001). Mikroorganisme tidak dapat dimusnahkan secara langsung sekaligus. Populasi mikroba akan menurun secara eksponensial (Waites, dkk; 2001). Beberapa hal yang mempengaruhi mudah tidaknya pengontrolan jumlah mikroba: o Ukuran populasi Semakin besar ukuran populasi, semakin sulit populasi itu untuk dimusnahkan. o Komposisi populasi Tiap mikroorganisme memiliki sensitivitas yang berbeda-beda. Dan keefektifan pengontrolan dapat dipengaruhi oleh umur mikroba, morfologi, maupun kondisi fisiologisnya. o Konsentrasi dari agen anti mikrobial dan intensitas treatment. o Periode paparan agen pengontrol terhadap mikroba. o Temperatur Pada umunya semakin tinggi temperatur akan meningkatkan efektifitas dari agen pengontrol. o Kondisi lingkungan (pH, viskositas medium, konsentrasi nutrien) (Waites, dkk; 2001).
42

Kontrol pertumbuhan mikroba ada 2 cara, yaitu secara fisik dan kimia: Kontrol pertumbuhan mikroba secara fisik 1. Panas Jika panas digunakan untuk mengontrol pertumbuhan mikroba, baik temperatur pemanasan maupun waktunya harus benar-benar diperhatikan, karena tiap jenis mikroba memiliki ketahanan sendiri-sendiri. Kontrol pertumbuhan mikroba dengan panas bisa dicapai dengan cara: Insinerasi Pembakaran dengan metode ini bisa mencapai temperatur 500C dan mampu menghancurkan mikroorganisme. Biasanya digunakan pada pengolahan limbah padat. Moist heat Metode ini dilakukan dengan mengalirkan uap dalam tekanan tinggi untuk mencapai temperatur 121C selama 15 menit. Diterapkan pada proses fermentasi untuk sterilisasi wadah, pipa penghubung, serta media kultur. Dry heat Dilakukan pada hot air oven pada 160C selama 2 jam. Bisa digunakan pada benda-benda gelas, logam, bubuk, dan sebagainya. Perebusan air atau pemanasan benda padat dalam air mendidih pada 100C selama 30 menit tidak menjamin sterilitas. Ia memang mampu membunuh sel, namun tidak bisa membunuh semua endospora. Untuk membunuh endospora, sesudah direbus, benda yang akan disterilisasi diinkubasi pada 37C untuk memberi kesempatan pada endospora untuk tumbuh menjadi sel, diikuti dengan perebusan kedua untuk membunuh sel-sel tersebut (Waites, dkk; 2001). 2. Pendinginan Dengan pendinginan atau pembekuan, organisme biasanya tidak terbunuh, namun mayoritas tidak dapat tumbuh atau tumbuh dengan amat sangat lambat pada temperatur di bawah 5C (Waites, dkk; 2001). 3. Pengurangan kadar air Metode ini dilakukan dengan menghilangkan kandungan air dari suatu bahan dengan cara pemanasan, freeze-drying, penambahan gula ataupun garam (Waites, dkk; 2001). 4. Radiasi Gelombang microwave, UV, X, dan gamma dapat digunakan untuk memusnahkan mikroorganisme. Radiasi UV cukup efektif, namun ia tidak mampu menembus gelas, air, dan bahan-bahan lain. Sehingga yang sering digunakan adalah sinar X dan gamma. Radiasi digunakan secara luas untuk mensterilisasi benda-benda seperti cawan Petri, bahkan buah dan sayuran. Bahan-bahan makanan bisa diberi radiasi untuk meningkatkan masa penyimpanannya hingga 500% dengan menghancurkan mikroorganisme pembusuk. Proses ini cukup mahal, dan tidak semua organisme bisa terbunuh (akibat sifat dari bahan itu dan dosis yang diberikan), serta bisa menghancurkan beberapa vitamin (Waites, dkk; 2001). 5. Electric field treatment Metode ini dilakukan dengan cara memberi aliran listrik 15-20 kV/cm pada bahan yang akan disterilisasi hanya selama beberapa milidetik atau bahkan kurang dari itu. Mekanisme dari penonaktifan sel dengan metode ini belum diketahui, namun diduga listrik mampu merusak membran melalui elektroporasi (pembentukan pori dalam membran) (Waites, dkk; 2001).

43

6. Filtrasi Filtrasi digunakan untuk menghilangkan mikroba dari liquid atau gas. Metode ini diterapkan pada sterilisasi antibiotik dan obat-obatan lain, asam amino, vitamin, dan sebagainya. Namun, hasil yang diperoleh mungkin saja tidak bebas virus, sehingga ultrafiltrasi dibutuhkan untuk menghilangkan virus (Waites, dkk; 2001). Ada 3 tipe filtrasi: Depth filter Yaitu filter dengan serat-serat tebal atau bergranula yang menghilangkan mikroorganisme dengan screening fisik, entrapment, dan adsorpsi. Membrane filter Filter tipis dengan ukuran pori tertentu, biasanya 0,2 atau 0,4 m, di mana mikroorganisme tidak dapat lewat. High efficiency particulate air (HEPA) Biasanya digunakan pada containment room untuk mensterilisasi udara yang terdapat di dalam ruangan itu (Waites, dkk; 2001). Kontrol pertumbuhan mikroba secara kimia Agen kimia antimikroba dapat digunakan untuk membunuh mikroorganisme atau menghambat pertumbuhannya. Antiseptik dan disinfektan Antiseptik adalah pencegahan infeksi jaringan hidup. Ini dapat dicapai dengan menggunakan agen antiseptik microbiocidal, yaitu agen yang tidak membahayakan kulit dan membran mukus, namun tidak bisa dimakan. Contohnya adalah larutan iodine, alkohol, dan senyawa amonium kuartener (Waites, dkk; 2001). Disinfektan adalah agen yang membunuh mikroba, namun tidak membunuh sporanya. Tidak cocok digunakan pada jaringan hidup. Contohnya adalah klorin, hipoklorit, senyawa klorin, dan fenol (Waites, dkk; 2001). Pengawetan antimikroba untuk makanan dan produk-produk terkait Senyawa yang digunakan kebanyakan agen statik, yaitu agen yang digunakan untuk menghambat pertumbuhan mikroorganisme pada produk-produk yang mungkin ditelan. Ada 3 kategori untuk bahan pengawet tambahan, berdasarkan FDA. Terdiri dari: o Asam organik alami (laktat, sitrat, dan sebagainya) o Substansi yang diklasifikasikan sebagai GRAS (generally regarded as safe), terdiri dari asam organik lainnya (benzoat, propionat, dan sebagainya), ester dari para-hydrobenzoic acid), dan SO2. o Senyawa-senyawa lain yang aman bagi manusia dan hewan yang tidak dapat dimasukkan dalam kategori di atas (Waites, dkk; 2001). Antimicrobial chemotherapy Antimicrobial chemotherapy adalah metode untuk mengontrol atau memusnahkan mikroorganisme penyebab penyakit di dalam jaringan hidup. Hal paling penting dari agen antimikroba yang akan digunakan adalah selektifitasnya, yaitu ia harus mampu menghambat atau membunuh mikroorganisme patogen, namun tidak memberikan dampak terhadap inangnya. Agen ini lebih mudah digunakan pada penyakit yang disebabkan oleh bakteri, karena antara sel bakteri (prokariot) dan sel inangnya (eukariot) terdapat perbedaan yang cukup jauh, sehingga selektifitas agennya menjadi lebih efektif (Waites, dkk; 2001).

44

Antimicrobial chemotherapy terdiri dari: o Bahan kimia sintetis Agen chemotherapy sintesis adalah inhibitor kompetitif, biasa disebut antimetabolit. Contohnya adalah sulfonamida. Senyawa ini mampu menghambat pembentukan tetrahydrofolic acid (THF) yang cukup penting untuk bakteri. Sulfonamida berperan sebagai substrat untuk enzim yang seharusnya digunakan untuk menyintesis THF. Akibatnya, pertumbuhan mikroba terhambat (Waites, dkk; 2001). o Antibiotik Antibiotik adalah obat yang dihasilkan oleh mikroorganisme untuk mengatasi infeksi mikroba. Ia bisa berperan sebagai pembunuh atau penghambat patogen. Salah satu contohnya adalah penisilin yang dihasilkan oleh Penicillium (Waites, dkk; 2001). Antibiotik bekerja dengan 4 cara: a. Menghambat sintesis dinding sel Penghambat pembentukan dinding sel biasanya menyerang mikroba pada saat pembentukan peptidoglikan. Contohnya adalah penisilin. Penisilin menghambat sintesis peptidoglikan yang berujung pada tidak terbentuknya dinding sel dari mikroba yang diserang. Akibatnya mikroba menjadi rentan terhadap tekanan osmosis yang dapat membunuh mikroba itu (Waites, dkk; 2001). b. Penghambat membran sel Pada bakteri, membran sangat penting untuk transpor nutrien dan produksi energi. Membran terluar dari bakteri Gram negatif juga berperan sebagai pelindung. Jika membran rusak, maka mikroba akan terbunuh. Namun, membran eubakterial dan eukariot memiliki struktur yang sama, sehingga agen kimia tipe ini sulit untuk dibuat secara spesifik menyerang mikroba. Polymyxin adalah satu-satunya senyawa yang mampu menyerang hanya membran bakteri. Cara kerjanya adalah polymyxin mengikatkan dirinya dengan membran mikroba, sehingga fungsi membran terganggu (Waites, dkk; 2001). c. Penghambat sintesis protein Antibiotik tipe ini mampu menyerang dengan berbagai cara, salah satunya menyerang ribosom pada saat translasi RNA. Struktur ribosom antara prokariot dan eukariot berbeda, sehingga selektifitas agen bisa dicapai. Golongan aminoglikosida, seperti streptomisin, kanamisin, dan produk-produk dari Streptomyces bekerja dengan cara menghambat inisiasi sintesis protein. Golongan makrolida, seperti eritromisin dan oleandomisin bekerja dengan cara menghambat translokasi dari ribosom (Waites, dkk; 2001). d. Serangan terhadap asam nukleat Beberapa antibiotik mampu menghambat pertumbuhan sel dengan cara mengganggu sintesis DNA atau RNA. Contohnya adalah rifamisin dari spesies Streptomyces (Waites, dkk; 2001). LAMPIRAN PERTANYAAN 1. Renanto Pandu Wirawan (115061107111009) Di antara cara-cara menghambat pertumbuhan mikroba, manakah yang merupakan cara yang paling efektif? Cara-cara yang sudah disebutkan sebelumnya merupakan cara-cara menghambat pertumbuhan mikroorganisme dalam kondisi-kondisi tertentu. Jadi dari semua cara itu, masing-masing memiliki penerapan sendiri-sendiri
45

2. Dobita Amanda Feliciana (115061100111021) Pada gambar counting chamber yang telah ditunjukkan, terdapat garis-garis yang tebal dan yang tipis. Itu apa perbedaannya? Jawab: Itu bukan garis yang tebal, namun itu adalah garis tipis-tipis yang jajraknya berdekatan, sehingga terlihat seperti garis tebal. Kotak-kotak besar yang berada di bagian terluar berukuran 1x1 mm, Sedangkan garisgaris tipis yang saya sebutkan tadi itu lebarnya 0,05 mm. Tujuan dari pemberian garis itu adalah untuk mempermudah penghitungan mikroba. Menghitungnya ini mamakai mikroskop, sehingga ukuran kotak-kotaknya pun harus sangat kecil, yaitu 0,05 mm kalau pada counting chamber ini. 3. Inggit Kresna Maharsih (115061100111005) Pada proses perhitungan coulter counter, bakteri disensor saat melewati electrode. Apakah mungkin, 1 bakteri melewati sensor lebih dari 1 kali, dan apakah hal tersebut mengurangi keakuratan perhitungan bakteri? Jawab: Pada coulter counter, suspensi bakteri yang akan dihitung dipaksa masuk ke dalam lubang dengan cara memberi hembusan angin atau aliran fluida melalui lubang itu. Dengan aliran ini, maka mikroba tidak akan mungkin bisa masuk kembali ke dalam lubang itu jika sudah melewatinya. 4. Febrika Larasati (115061101111001) Pada water activity, apa saja yang mempengaruhi kepekatan air? Jawab: Yang mempengaruhi kepekatan air adalah jumlah zat terlarut di dalamnya. Semakin banyak zat terlarut, maka semakin kecil vapor pressure dari larutan itu, sehingga akan mengurangi water activity larutan itu. Hal ini berakibat pada semakin pekatnya larutan itu.

5. Rizka Dwi Octaria (115061101111017) - Tolong jelaskan lagi pertumbuhan mikroba pada proses continuous culture! Terutama proses yang terjadi pada fermenter. Jawab: Pada continuous culture, mikroba ditempatkan ke dalam suatu wadah yang disebut fermentor. Di dalam wadah itu mikroba diberi nutrisi secara terukur dan kontinu. Nutrisi diberikan secara terukur supaya fase pertumbuhan mikroba bisa dibuat optimal, yaitu dengan cara mempertahankan fase eksponensialnya. Dengan adanya nutrisi secara kontinu itu, mikroba dapat melakukan pertumbuhan dan melakukan metabolisme dengan terus-menerus. Jika mikroba terus-menerus diberikan nutrisi, maka suatu saat akan terjadi overload pada fermentor. Oleh karena itu, untuk mengatasinya maka pada fermentor diberi suatu saluran dimana jika terjadi overflow pada fermentor, saluran tersebut dapat membuang kelebihan mikroba, produk metabolisme, dan nutrisi pada fermentor. Dengan cara inilah maka pertumbuhan mikroba dapat dijaga pada fase eksponensialnya.
46

Bagaimana pertumbuhan mikroba pada pH 8,5-11,5; apa contohnya? Jawab: Mikroba yang dapat tumbuh pada pH 8,5-11,5 disebut sebagai bakteri alkalophiles, yang berarti tahan basa. Jika mikroba jenis ini ditempatkan pada kisaran pH seperti di atas, maka mikroba tersebut dapat melakukan pertumbuhan dan metabolisme secara normal (secara normal yang dimaksud adalah, bakteri ini melakukan pertumbuhan seperti biasanya, yaitu mulai dari stationery phase hingga death phase). Contohnya yaitu Bacillus dan Micrococcus.

Jika mikroba selain jenis alkalophiles ditempatkan pada pH ini, maka ia tidak akan tahan sehingga ia akan mati. 6. Freshsya Zatalini (115061100111003) Dalam kehidupan sehari-hari kapan kita menggunakan cara menumbuhkan mikroba scara batch culture maupun continuous culture? Jawab: Untuk batch culture, kita banyak sekali menjumpainya dalam kehidupan sehari-hari. Contoh yang paling sering kita jumpai adalah pembusukan makanan. Jika ada makanan yang tidak diawetkan kita biarkan begitu saja, ia mula-mula masih dalam kondisi baik, ini menandakan mikroba itu masih dalam lag phase. Jika makanan mulai membusuk, berarti mikroba sudah mulai aktif dan memasuki exponential phase. Suatu saat jumlah makanan yang dibusukkan sudah agak banyak, sehingga pertumbuhan mikroba pun terhambat dan memasuki stationery phase. Jika makanan sudah dibusukkan semuanya, maka mikroba kehabisan nutrisi dan lambat laun akan mati, menandakan death phase. Untuk continuous culture kita sulit menjumpainya dalam kehidupan sehari-hari, karena pertumbuhan ini adalah pertumbuhan yang sebelumnya sudah dikondisikan oleh manusia untuk tujuan tertentu (misalnya industri), sehingga kita tidak menjumpainya secara alami. 7. Ridhani Rida Ramadhan (115061100111007) Dari cara menghitung mikroba tersebut, lebih akurat memakai metode apa? Dan yang paling sering digunakan metode apa? Jawab: Dari cara-cara menghitung mikroba tersebut, yang paling akurat adalah metode filter membran. Ini dikarenakan metode ini merupakan direct counting method, dan juga mampu membedakan antara mikroba yang mati dengan mikroba yang masih hidup. Pada filter membran, mikroba dapat diberi warna dengan fluorescent. Bahan kimia itu mampu memberi warna yang berbeda antara mikroba hidup dan mati. 8. Maratus Sholihah (115061100111019) Pada metode coulter counter digunakan arus listrik untuk menghitung jumlah mikroba, tetapi apakah arus listrik yang digunakan itu tidak menghambat pertumbukan mikroba? Kemudian bagaimana agar cara penghitungan ini tidak menghambat pertumbuhan mikroba? Jawab: Arus listrik yang digunakan pada coulter counter ini kecil sekali. Lubang yang digunakan untuk melewatkan mikroba ukurannya sangat kecil, sehingga arus listrik yang dibutuhkan juga kecil, hanya beberapa mV saja. Arus listrik yang sekecil ini kebanyakan tidak dapat membunuh bakteri, sehingga aman digunakan untuk perhitungan.
47

9. Mutia Dhana F. (115061100111007) Pada slide grafik pertumbuhan mikroba disebutkan idiophase. Apa yang dimaksud dengan idiophase? Dan kenapa hanya berlaku pada beberapa organisme? Jawab: Pada grafik di atas, selain lag phase hingga death phase, grafik pertumbuhan juga dibagi menjadi dua, yaitu tropophase dan idiophase. Tropophase adalah fase di mana mikroorganisme menghasilkan metabolit primer. Sedangkan idiophase adalah fase di mana mikroorganisme menghasilkan metabolit sekunder, yaitu produk metabolisme yang dihasilkan spesifik tiap jenis mikroorganisme. Oleh karena itulah pada grafik dituliskan bahwa idiophase hanya ada pada mikroorganisme tertentu.

10. Alfonsina Abat Amelenan Torimtubun (115061100111027) Bagaimana cara mengatasi penghambatan mikroba agar tidak mengganggu (misal pemberian bahan kimia untuk makanan, kemudian makanan tersebut disterilkan dari mikroba) jika mikroba tersebut telah mengalami evolusi sehingga resisten terhadap bahan kimia tersebut? Jawab: Untuk mikroba patogen yang telah resisten terhadap bahan kimia tertentu, maka satu-satunya cara untuk mengatasinya adalah dengan membuat bahan kimia lain atau antibiotik yang mampu membunuh mikroba tersebut. Untuk mikroba non-patogen (misalnya mikroba pada makanan) jika ia resisten terhadap bahan kimia tertentu, selain dengan memberinya bahan kimia lain bisa pula dengan memberikan perlakuan fisik (dipanaskan, diasinkan, dsb). 11. Queen G.G. Sitanggang (115061100111015) Apa beda paling konkrit antara depth filter dan membrane filter? Jawab: Depth filter dan membrane filter sama-sama merupakan alat untuk menyaring mikroba. Bedanya, kalau depth filter bentuknya berupa serabut-serabut, sedangkan membrane filter bentuknya berupa lempengan yang memiliki lubang-lubang mikro. Jadi dari penampilannya, depth filter bentuknya lebih tebal daripada yang membran. 12. Dian Nita Citra Dewi (115061101111013) Jelaskan tentang cara kontrol kebutuhan oksigen pada jenis-jenis mikroba. Adakah ciri-ciri mikroba yang kekurangan atau kelebihan oksigen? Jawab: Cara kontrol kebutuhan oksigen yang paling mudah adalah dengan menggunakan regulator udara. Suatu mikroba kekurangan atau kelebihan oksigen dapat dilihat dari pertumbuhannya. Jika oksigennya tidak sesuai dengan kebutuhannya, pertumbuhan mikroba akan mengalami hambatan, dan hal ini dapat diketahui menggunakan metode-metode perhitungan mikroba seperti yang telah diuraikan di atas.

48

13. Afida Khofsoh (115061100111031) Bagaimana tentang kebutuhan cahaya bagi pertumbuhan mikroorganisme? Misalnya saya pernah dengar bahwa pasien yang mengalami infeksi tetanus sebaiknya/harus ditempatkan pada tempat gelap/kurang cahaya agar bakteri yang menyebabkan penyakit tetanus tersebut agar tidak tumbuh lagi. Apakah penyataan tersebut benar?

Jawab: Cahaya adalah salah satu bentuk dari radiasi yang berada dalam panjang gelombang cahaya tampak. Berbagai jenis mikroorganisme memiliki sensitivitas sendiri-sendiri terhadap radiasi. Mengenai tetanus sendiri, pasien ditempatkan dalam ruangan yang gelap, karena racun yang dikeluarkan bakteri tetanus menyerang sistem saraf, sehingga pasien menjadi sensitif terhadap berbagai macam rangsangan, salah satunya cahaya. Jadi bukan bakterinya yang tidak tahan cahaya. 14. Teza Nur F. (115061102111001) Apakah pada continuous culture tidak ada death phase? Jawab: Tentu saja ada, karena pada continuous culture fungsinya hanyalah memperpanjang fase eksponensial selama kurun waktu tertentu. Meskipun mediumnya terus dipindahkan ketika overflow, namun suatu saat nanti jumlah metabolit yang terakumulasi pada medium akan menjadi jenuh, sehingga akan menghentikan fase eksponensial yang bisa berujung pada death phase. 15. Winda Fauzi Istiqomah (115061101111003) Kapankah suatu pembelahan sel berhenti pada fermentor? Jawab: Pembelahan sel terjadi pada saat mikroba dalam fermentor brada dalam fase eksponensial. Meskipun mediumnya terus dipindahkan ketika overflow, namun suatu saat nanti jumlah metabolit yang terakumulasi pada medium akan menjadi jenuh, sehingga akan menghentikan fase eksponensial. Jika fase eksponensial terhenti, maka otomatis akan menghentikan pertumbuhan mikroba. 16. Dewi Ariesi R. (115061105111007) - Bagaimana penanggulangan lingkungan yang buruk agar pada death phase kurva menjadi kompleks? Jawab: Pada umumnya death phase terjadi akibat kehabisan nutrisi, kondisi lingkungan yang memburuk, atau ada bakteri yang resisten. Jika nutrisi ataupun lingkungan ini dapat diperbaiki atau dikembalikan ke kondisi semula, maka kurva death phase tidak akan menurun lagi, namun bisa menjadi datar, naik, atau berfluktuasi. Cara menanggulangi lingkungan yang buruk agar kurva death phase tidak terus menurun adalah memberikan nutrisi yang sesuai dengan mikroba itu dan mengatur kondisi (temperatur, tekanan, dsb) yang disukai mikroba itu. Kelemahan dan kelebihan metode menghitung mikroba? Dan yang mana yang lebih cepat dan akurat, serta yang paling ekonomis?
49

o o o o o o

Counting chamber Kelemahan: tidak bisa membedakan mikroba hidup dan mati Kelebihan: mudah, murah, dan cepat Coulter counter Kelemahan: tidak bisa membedakan mikroba hidup dan mati, tidak bisa membedakan antara mikroba dan benda mati Kelebihan: mudah dan cepat dilakukan Plate count dan membrane filter Kelemahan: tidak bisa membedakan mikroba hidup dan mati, koloni yang terbentuk belum tentu berasal dari satu sel, tidak bisa langsung dilakukan perhitungan Kelebihan: mudah, dan murah dilakukan Dry weight Kelemahan: membutuhkan waktu lama, tidak bisa membedakan mikroba hidup dan mati, membutuhkan mikroba dalam jumlah besar, sulit dilakukan Kelebihan: murah Turbidimetri dan spektrofotometri Kelemahan: tidak bisa membedakan mikroba hidup dan mati, tidak bisa membedakan antara mikroba dan benda mati Kelebihan: cepat, mudah dilakukan Menghitung substansi tertentu Kelemahan: sulit dilakukan Kelebihan: hasilnya akurat

17. Sharfina Widyaningrum (115061105111003) Aplikasi bakteri aerob dan anaerob dalam kehidupan sehari-hari apa? Penanganan khusus bakteri aerob dan anaerob dalam industri bagaimana? Jawab: Bakteri aerob dapat ditemui dengan mudah dalam kehidupan sehari-hari, pembusukan makanan, sampah, dan bahan-bahan organik non-xenobiotik lainnya semuanya dilakukan oleh bakteri aerob. Bakteri anaerob dapat ditemui pada sungai yang keruh, industri tape, dan industri-industri lain yang proses produksinya membutuhkan mikroba. Untuk penanganannya, fermentor yang menggunakan bakteri aerob diberi saluran atau lubang untuk pertukaran udara. Saluran itu bisa diberi regulator jika oksigen yang diberikan harus terukur. Untuk fermentor bakteri anaerob harus dikondisikan agar tidak ada oksigen yang masuk ke dalam fermentor. Saluran tempat pertukaran udara bisa diberi suatu regulator yang mencegah udara memasuki fermentor. A. Sejarah Awal Perkembangan Mikroorganisme Industri Kebanyakan mikroorganisme digunakan secara ekstensif untuk membantu menghasilkan produk dan jasa. Mereka terbukti berguna karena mereka relative mudah untuk dibudidayakan, mempunyai kecepatan tumbuh tinggi, dapat menggunakan substrat yang murah (yang dalam banyak kasus adalah limbah) dan keragaman produknya cukup berpotensi (Waites, 2001). Sejarah yang memicu perkembangan pemanfaatan mikroorganisme berawal dari proses fermentasi sederhana yang dahulu terlibat dalam produksi susu fermentasi dan minuman beralkohol (anggur) yang berkembang ribuan tahun lalu. namun, baru sekitar kurang dari 150 tahun lalu dasar ilmiah dari proses tersebut diperiksa., dan Kelahiran dari mikrobiologi industri sebagian besar dimulai dari studi Pasteur.
50

Pasteur berkeyakinan bahwa produk fermentasi anggur merupakan hasil mikroorganisme yang ada, bukan fermentasi yang menghasilkan mikroorganisme sebagaimana yang dipercaya pada waktu tersebut. Pada tahun 1950, Pasteur memecahkan masalah yang timbul di Industri anggur. Dengan meneliti anggur yang baik dan anggur yang kurang bagus, Pasteur menemukan mikroorganisme yang berbeda. Mikroorganisme tertentu mendominasi anggur yang bagus sementara mikroorganisme tipe lain mendominasi anggur yang kurang bagus. Dia menyimpulkan bahwa pemilihan mikroorganime yang sesuai akan menghasilkan produk yang bagus. Untuk itu dia memusnahkan mikroba yang telah ada dalam sari buah anggur dengan cara memanaskannya. setelah dingin kedalam sari buah tersebut diinokulasi dengan anggur yang berkualitas baik yang mengandung mikroorganime yang diinginkan. Hasilnya menunjukkan bahwa anggur yang dihasilkan memiliki kualitas yang baik dan tidak mengalami perubahan aroma selama disimpan, jika sebelumnya dipanasi dulu selama beberapa menit pada suhu 50-60oC. Proses ini dikenal dengan pasteurisasi ( proses pengawetan) yang digunakan secara luas dibidang industri makanan. Sehingga, pada tahun 1857 akhirnya Pasteur menunjukkan bahwa fermentasi alcohol dalam produksi bir dan anggur adalah hasil dari aktivitas mikroba. Selain itu Pasteur juga mencatat bahwa organisme tertentu dapat merusak bir dan anggur, dan beberapa fermentasi adalah aerobic, sedangkan yang lain sudah anaerobik (Waites, 2001 dan Okafor, 2007). Setelah adanya publikasi dari Pasteur, muncul beberapa kemajuan penting seperti adanya teknik pengembangan kultur murni oleh Hansen di Brewery Carlsberg, Denmark. Penggunaan kultur murni untuk fermentasi pertama kali dilakukan tahun 1883 dengan menggunakan ragi yang telah diisolasi oleh Hansen, sebagai ragi Carlsberg No.1 (Saccharomyces carlsbergensis) yang sekarang diklasifikasikan sebagai strain Saccharomyces cerevisiae. Sehingga disimpulkan bahwa mikroorganisme pertama kali diisolasi dari proses fermentasi sebagai kultur alami kemudian dipilih sesuai dengan strain yang berguna (Waites, 2001). Sejak 80 tahun pertama pada abad ke 20, mikroorganisme spesifik sering diisolasi dari lingkungan alam, yang melibatkan pemilihan secara acak ( random screening) dari banyak mikroorganisme yang telah diisolasi, atau dapat juga mendapatkan mikroorganisme yang cocok dengan koleksi kultur (cultur collection). Namun, sebagian besar mikroorganisme terlepas dari asal-usul mereka, karena akibat dari modifikasi oleh peningkatan strain secara konvensional dengan salah satu cara yaitu mutagenesis. Hal tersebut dilakukan untuk memenuhi kebutuhan akan mikroorganisme bagi kepentingan industry. Beberapa proses telah dikembangakan selama 20 tahun terakhir yaitu melibatkan rekombinan mikroorganisme dan teknologi rekayasa genetika, yang ditandai dengan banyaknya industri strain yang didirikan. B. Perkembangan Pemanfaatan Mikroorganisme bagi Industri Dalam kebanyakan kasus, pertimbangan regulasi merupakan hal yang paling utama ketika memilih mikroorganisme untuk keperluan industri. Fermentasi industry biasanya lebih memilih menggunakan mikroorganisme GRAS ( generally regarded as safe), khususnya untuk pembuatan produk makanan. GRAS ( generally regarded as safe) merupakan kategori bagi bahan yang ditambahkan ke dalam makanan, obat dan kosmetik oleh FDA ( Food and Drug Administration) Amerika. Jadi bahan yang telah masuk dalam GRAS adalah bahan yang telah diteliti dan diakui aman oleh para ahli dari badan FDA tersebut. Berikut ini merupakan contoh mikroorganime untuk industry yang telah diklasifikasikan sebagai GRAS (bahan tambahan yang dianggap aman) :

51

Tabel 4.2 Mikroorganisme kategori GRAS. ( sumber : Waites, 2001) Mikroorganisme kategori diatas, biasanya tidak memerlukan pengujian yang terlalu lama jika kondisi budidaya yang digunakan dapat diterima. Jadi ketika industry memilih menggunakan mikroorganisme yang baru, membutuhkan persyaratan untuk proses dan persetujuan untuk produk. sehingga hal tersebut lebih ketat terkait biaya yang jauh lebih tinggi. Selain itu, juga terdapat contoh beberapa mikroorganisme industry beserta produk fermentasi yang dihasilkan. (Lihat lampiran). C. Metode Isolasi Mikroorganisme dari Lingkungan Isolasi merupakan salah satu cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentu dari lingkungan tertentu, sehingga diperoleh kultur murni atau biakan murni. Kultur murni ialah kultur yang selsel mikrobanya berasal dari pembelahan satu sel tunggal (Pelczar, 1986). Strategi yang diadopsi untuk mengisolasi mikroorganisme industry yang cocok dari lingkungan dapat dibagi menjadi 2 tipe yaitu pendekatan shotgun dan pendekatan objective ( Waites, 2001). Pendekatan shotgun Pada pendekatan ini, sampel dari mikroorganisme bebas atau kelompok mikroorganisme lainnya dikoleksi dari berbagai habitat seperti materi tanaman, hewan, tanah, sewage, air dan aliran limbah, dan khususnya berasal dari habitat alam atau habitat buatan manusia. Hasil dari isolasi ini kemudian dipilih untuk mendapatkan sifat mikroorganisme yang diinginkan (Waites,2001). a) a) b) c)

52

Contoh habitat untuk pendekatan shotgun : a) tanah, b)sewage, c) aliran air b) Pendekatan objective Pada pendekatan ini, pengambilan sampel diarahkan pada tempat yang spesifik yang sesuai untuk kehidupan mikroorganisme tertentu atau berasal dari komponen yang kemungkinan mengandung mikroorganisme yang diinginkan. Sebagai contoh, ketika mencoba mengisolasi organism yang dapat menurunkan (mendegradasi) atau mendetoksifikasi suatu senyawa spesifik, tempat sampel yang dipilih adalah tempat (bahan) yang telah diketahui terkontaminasi organism ini. Kondisi ini dipilih ketika mikroorganisme mempunyai kemampuan untuk melakukan metabolisme dari suatu senyawa (Waites, 2001). Setelah mendapatkan sampel mikroorganisme, pertama-tama sampel ditumbuhkan di media pertumbuhan yang sesuai dan kondisi kultivasi (budidaya) harus disesuaikan untuk mengisolasi mikroorganisme target. Langkah awal seringkali membunuh atau menekan proliferasi organism umum dan mendorong pertumbuhan mikroorganisme yang langka. Menyuburkan (menumbuhkan) kultur kemungkinan dapat dilakukan dengan sistem kultur batch, atau seringkali lebih cocok dalam sistem kontinu. Hal ini mendorong pertumbuhan dari organisme-organisme dengan sifat (ciri-ciri) yang diinginkan dan meningkatkan kuantitas dari organisme target sebelum diisolasi dan diseleksi (screening). Namun, mode pemilihan ini hanya cocok untuk kasus dimana sifat yang diinginkan dari mikroorganisme, memberikan sebuah keuntungan bagi organisme itu sendiri. Setelah isolasi sebagai kultur murni pada media pertumbuhan padat termasuk pemilihan atau pengembangan media seleksi dan kondisi pertumbuhan yang tepat, masing-masing harus diseleksi berdasarkan properti yang diinginkan; produksi dari enzim-enzim spesifik, senyawa inhibitor, dll. Namun, pada tahap ini, tingkat aktivitas atau konsentrasi dari target produk per se bukan merupakan perhatian utama, karena pengembangan strain dapat dengan normal digunakan untuk pengembangan secara luas. Isolasi yang dipilih juga harus diseleksi bagi ciri-ciri yang penting lainnya, seperti stabilitas, dan juga tidak beracun (Waites,2001). Prosedur isolasi dan pemilihan ini lebih mudah diaplikasikan untuk mencari mikroorganisme tunggal. Namun, hal ini lebih sulit dilakukan untuk isolasi consortia yang sama-sama memiliki kemampuan/karakteristik yang dicari dan komposisi yang bervariasi seiring waktu. Kelompok semacam ini dapat menjadi lebih efisien, khususnya meliputi kemampuan untuk mendegradasi senyawa bandel yang kompleks (Waites,2001). Karakterisasi terbagi dalam beberapa tahap yaitu klasifikasi dan identifikasi. Klasifikasi merupakan pengelompokan mikroba kedalam kelompok. Teori identifikasi bakteri merupakan perbandingan antara yang tidak diketahui dan yang diketahui. Tingkat keakuratan dari identifikasi bergantung pada ketelitian kerga preparasi seperti pembuatan media, pembuatan reagen dan pewarnaan serta ketelitian dalam melakukan, mengamati dan mencatat berbagai uji. Ketika suatu organism tidak dapat diidentifikasi atau seperti spesies asing, kita dapat menduga mungkin kultur tersebut tidak murni, atau kita sudah membuat kesalahan (error) dalam observasi dan pencatatan. Identifikasi karakteristik suatu organism dapat dilakukan dengan 2 metode pendekatan yaitu konvensional (mikrobiologis) dan pendekatan molekuler. Penetapan nama ilmiah Internasional yang tepat terhadap mikroba didasarkan pada sistem penamaan Binomial Nomenklatur Carolus Linoleus ( Ketchum,1988). Perbedaan antara karakterisasi untuk klasifikasi dan identifikasi tidak teretak pada banyaknya uji yang dilakukan, tetapi pada hasil dari uji tersebut. Pernyataan ini benar, karena kebanyakan taksonomi saat ini mendukung konsep yang menyatakan bahwa untuk klasifikasi bobot yang sama harus diberikan terhadap masing- masing karakter atau ciri. Hubungan antara strain dapat dihitung dan diekspresikan sebagai kemiripan dari karakter positif atau dengan menjumlahkan antara ciri-ciri yang positif dan yang negative. Hasil dari perbandingan ini dapat dianalisa secara laborat melalui perhitungan atau lebih mudah dengan
53

menggunakan komputerisasi. Namun, untuk tujuan identifikasi kita memberikan bobot yang tinggi untuk beberapa karakter karena mempunyai nilai perbedaan yang sangat besar dan memberikan bobot yang kecil untuk yang lain, atau bahkan tidak sama sekali untuk karakter tertentu (Ketchum,1988). D. Teknik Isolasi Kultur Murni Kultur murni didefinisikan sebagai turunan (cloning) dari suatu mikroba. Kultur murni pertama kali dilakukan sekitar tahun 1870. Tokoh yang mendukung penggunaan kultur murni ini adalah dua orang ahli ilmu jamur, Anton de Bary dan O Brefeld. Kultur murni awalnya digunakan saat meneliti jamur. Brefeld memperkenalkan cara mengisolasi sel tunggal, seperti menumbuhkan jamur pada media padatan yang ia tambahkan dengan gelatin pada media cair. Metodenya dapat digunakan dalam menghasilkan kultur untuk jamur tetapi tidak cocok untuk bakteri. Hal ini mempelopori ahli bakteriologi dari Jerman, Robert Koch dan asistennya yang akhirnya mengembangkan kultur murni untuk bakteri. Pemisahan mikroorganisme yang tidak diinginkan perlu dilakukan untuk membuat sebuah kultur murni dari mikroorganisme. Ini dapat dilakukan dengan meningkatkan temperatur, dengan cara kimia, atau dengan radiasi untuk membunuh mikroorganisme. Isolasi kultur dilakukan dengan teknik aseptic. Teknik aseptik ialah suatu cara menghilangkan kontak dari kultur murni dan membuat medium pertumbuhan menjadi steril dari kontaminan. Ini dilakukan dengan membersihkan dan memberikan desifektan pada area kerja untuk mengurangi jumlah kontaminan, dengan memanaskan media inokulasi, dan bekerja dengan cepat serta efisien untuk meminimalisir adanya kontaminan. Berbagai macam teknik telah dikembangkan untuk isolasi kultur murni. Masing-masing teknik memiliki keuntungan dan kekurangan sendiri-sendiri. Maka dari itu, tidak ada metode yang dapat digunakan untuk seluruh mikroorganisme, tiap mikroorganisme menggunakan metode yang berbeda. Isolasi Mikroorganisme Sampel dari tanah, air, atau makanan mengandung jenis-jenis bakteri yang berbeda. Ada beberapa teknik yang dapat digunakan untuk mengisolasi, mendeteksi, dan menghitung kehadiran bakteri dalam sampel dengan efektif, yaitu dengan memisahkan mereka pada medium padat dan membiarkannya berkembang membentuk koloni. Di antara prosedur yang digunakan, teknik streak plate, spread plate, dan pour plate menjadi teknik yang sangat diperlukan. Teknik Streak Plate. Merupakan metode klasik untuk isolasi bakteri. Dalam teknik ini, material yang mengandung bakteri disebar di atas permukaan dari medium agar yang padat. Pertama-tama, inokulum bakteri disebarkan dengan menggunakan kawat nikrom pada permukaan media. Kemudian, kawat nikrom diberi nyala api untuk menghilangkan bakteri-bakteri yang tersisa, dan plate yang mengandung medium diputar sekitar 90. Kawat yang telah diberi nyala api kemudian digunakan untuk membuat goresan kedua yang berfungsi untuk memperkecil populasi bakteri. Pengenceran lebih lanjut dari material yang diuji dilakukan dengan membakar kembali kawat nikrom, memutar plate dan membuat goresan tambahan. Dengan cara ini, garis-garis pada permukaan media hanya digoreskan sekali. Dalam teknik ini, sel bakteri dari sampel menyebar ke bagian-bagian ujung. Setelah digores, plate diinkubasi pada temperature yang tepat untuk membiarkan bakteri tumbuh. Sel bakteri kemudian berkembang membentuk koloni. Untuk memastikan kemurnian dari spesies bakteri tersebut, perlu dilakukan pengulangan proses goresan pada plate baru lainnya. Kultur murni diperoleh ketika hanya satu jenis bakteri yang tumbuh pada plate. Teknik goresan dapat bekerja dengan baik ketika bakteri yang diisolasi berada dalam jumlah yang besar. Namun, jika bakteri yang diisolasi berada dalam jumlah yang kecil, tingkat pertumbuhannya harus ditingkatkan dengan menyuburkan bakteri tersebut sebelum isolasi menggunakan teknik goresan.
54

Gambar: Teknik streak plate (Sumbali, 2009) (a d) prosedur urutan goresan untuk mendapatkan koloni terisolasi (e) kultur streak plate yang menunjukkan koloni-koloni yang diisolasi Spread Plate Technique. Metode ini juga digunakan untuk isolasi bakteri. Dalam metode ini, sekitar 0,1 ml dari sampel yang telah diencerkan ditempatkan pada bagian tengah dari agar dan disebarkan ke permukaan agar menggunakan batang kaca penyebar. Ketika suspense menyebar, sel bakteri terpisah dan tertanam pada tempat yang berbeda-beda. Setelah inkubasi pada temperature yang tepat, bakteri yang tersebar berkembang menjadi koloni-koloni yang terisolasi. Isolasi koloni ini diambil dan digoreskan pada medium yang telah dipastikan kemurniannya. Tidak seperti teknik goresan, teknik sebaran dapat digunakan untuk menentukan jumlah bakteri dari jenis tertentu yang ada pada sampel.

(a) (b) (c) (d)

Gambar: Teknik spread plate untuk isolasi bakteri (Sumbali, 2009) volume yang diketahui dari sampel dipipet secara aseptic pada permukaan medium agar cawan Petri, batang kaca penyebar disterilkan dengan cara dicelupkan dalam alkohol kemudian dibakar dalam nyala api, batang yang telah steril digunakan untuk menyebarkan sampel pada bagian permukaan dari media, koloni dari hasil isolasi tampak setelah diinkubasi. Pour Plate Technique. Teknik ini digunakan secara luas untuk isolasi bakteri. Dalam teknik agar tuang (pour plate), sampel diencerkan dan kemudian diencerkan dan ditambahkan sejumlah kecil suspensi mikroba ke dalam tabung yang berisi agar cair pada suhu sekitar 45 C. Bakteri dan agar cair yang telah tercampur dengan baik dituangkan dengan segera ke dalam cawan Petri menggunakan teknik aseptik dan
55

kemudian dibiarkan mengeras dan diinkubasi. Dalam prosedur ini, koloni-koloni tersebar dengan merata dalam medium padat. Seperti metode lainnya, koloni-koloni tunggal kemudian diambil dan digoreskan ke plate lainnya untuk dimurnikan. Teknik pour plate juga membantu dalam menghitung jumlah bakteri yang dapat hidup. Teknik ini memiliki satu kekurangan yaitu medium cair perlu diperhatikan karena temperature tinggi dari medium cair dapat membunuh beberapa spesies bakteri. Sebagai contoh, metode pour plate tidak cocok bagi isolasi bakteri psychrophilic.

Gambar: Teknik pour plate (Sumbali, 2009) Pemeliharaan dan Pelestarian Stok Kultur Setelah mikroorganisme diisolasi dan tumbuh dalam kultur murni, hal berikunya yang penting dilakukan adalah menjaga kultur yang telah tumbuh dari adanya kontaminasi. Kebanyakan laboratorium mikrobiologi memelihara sejumlah besar strain, yang biasa disebut dengan koleksi stok kultur. Kultur-kultur ini seringkali dibutuhkan dalam bidang pendidikan, penelitian, uji hayati, industri, atau untuk tujuan-tujuan lainnya. Tujuan utama dari pelestarian kultur adalah untuk memelihara organisme hidup, organisme yang tidak terkontaminasi, dan tanpa terjadi mutasi. Pemeliharaan kultur dilakukan dalam kondisi yang semirip mungkin dengan isolasi alaminya. Ada beberapa metode pemeliharaan koleksi kultur mikroba, tetapi semua spesies memiliki metodenya sendiri-sendiri. Kenyataannya, beberapa strain dari spesies yang sama memberikan hasil yang sama dengan prosedur yang sama. Keberhasilan atau kegagalan dari metode pemeliharaan juga bergantung pada penggunaan media yang tepat, prosedur kultivasi, dan umur dari kultur saat dipelihara. Metode yang digunakan juga bergantung pada jumlah kultur yang akan dipelihara, ketersediaan alat, keberadaan media penyimpanan, keahlian para pekerja laboratorium, waktu, dan iklim dari tempat di mana proses tersebut berlangsung. Beberapa metode yang umum digunakan dalam koleksi kultur mikroba ialah: Subculturing (Agar Slants or Microgardening) Metode pemeliharaan bakteri dan jamur yang paling tradisional dan paling sederhana adalah menumbuhkannya pada nutrient agar slants yang dibuat dalam tabung-tabung atau botol-botol. Nutrient ini berasal dari potongan-potongan sayuran atau tanaman, rebusan sayur, garam mineral serta sumber karbohidrat. Setelah kultur dibuat, mereka disimpan pada suhu 5-8 C, dan perlu dipindahkan secara periodik ke medium yang lebih segar untuk menumbuhkan dan memastikan keberlangsungan hidup dari stok kultur. Media yang kecil biasanya diperlukan untuk memproduksi subkultur karena mereka membuat laju metabolisme organism menurun. Metode ini memberikan keuntungan yaitu murah, tidak membutuhkan
56

E.

peralatan yang khusus, cocok bagi koleksi berukuran kecil, tidak membutuhkan waktu yang lama, dan koleksi kultur dapat bertahan selama beberapa tahun. Kerugian dari metode ini adalah dapat menyebabkan perubahan genetic (mutasi) dan adanya bahaya kontaminasi spora.

Gambar: Agar slants menunjukkan pertumbuhan jamur (Sumbali, 2009) Penyimpanan menggunakan mineral oil Kultur dengan kondisi baik disimpan dengan ditutupi oleh minyak mineral dan akan bertahan dalam jangka waktu yang lama. Metode pemeliharaan ini sangat berguna di daerah dengan iklim tropis karena dapat mencegah hilangnya kandungan air dari kultur, murah, tidak membutuhkan peralatan dan keahlian khusus, serta mudah unutk digunakan. Sejumlah besar spesies bakteri dan jamur berhasil disimpan menggunakan metode ini selama bertahun-tahun. Dalam metode ini, minyak mineral disterilkan di autoclave selama 2 jam. Uap yang terjebak dihilangkan dengan memanaskan cairan dalam oven pengering pada 180 C selama 1-2 jam. Kultur ditumbuhkan pada slant agar hingga mencapai pertumbuhan yang baik dan spora yang didapat dilindungi menggunakan teknik yang steril, yaitu dengan dicelupkan dalam minyak mineral steril dengan kedalaman 10 mm di atas permukaan agar. Kultur minyak ini dapat disimpan dalam suhu ruang atau pada temperatur rendah (15 C). Jumlah minyak dalam tabung atau botol-botol kecil harus diperiksa secara periodik dan ditambah jika perlu. Untuk mendapatkan kembali kultur dari minyak mineral, sejumlah kecil bagian yang tumbuh diambil dan dibersihkan dari minyak dengan menggunakan potongan kertas dan kemudian digoreskan pada agar plate yang mengandung media pertumbuhan yang cocok. Pertumbuhan yang subur menunjukkan media pertumbuhan yang baik, tetapi plate dengan pertumbuha koloni yang sedikit menunjukkan media pertumbuhan yang buruk sehingga diperlukan stok yang baru. Penyimpanan menggunakan air Ini adalah metode pemeliharaan yang tidak sulit dan murah yang berfungsi untuk menyimpan kultur dari beberapa jamur. Metode ini pertama kali digagas oleh Castallani (1939). Metode ini telah berhasil digunakan untuk memelihara Oomikota, Askomikota, Basidiomikota, jamur pathogen, Hipomikota, dan yeasts. Metode alternative untuk sporulasi jamur meliputi inokulasi agar slants yang kemudian diinkubasi pada suhu 25 C. Air suling (sekitar 5 ml) ditambahkan ke kultur secara aseptik, dan bagian permukaan dari kultur dihilangkan dengan lembut untuk menghasilkan spora dan bubur miselium. Bubur ini kemudian dipindahkan ke botol kaca kecil. Penutupnya kemudian dieratkan dan disimpan pada suhu 25 C. Penyimpanan menggunakan tanah Tanah yang steril dapat digunakan untuk menumbuhkan dan menyimpan mikroorganisme. Dalam metode ini, endapan spora dalam air ditambahkan ke tanah yang steril dan dibiarkan tumbuh pada
57

suhu 20-25 C selama sekitar 10 hari. Setelah mikroorganime tumbuh, kultur tanah kemudian disimpan dalam sebuah pendingin (4-7 C). Dengan cara ini, kultur kehilangan kemampuannya selama beberapa saat. Metode ini terbukti berhasil diaplikasikan pada beberapa jenis jamur. Ordinary Freezing Pemeliharaan mikroba dalam ruang pembeku atau dalam pendingin dengan temperature berkisar 0 -20 C akan mendapatkan hasil yang bervariasi, dan keberhasilannya bergantung pada spesies dari mikroba. Ini adalah metode yang singkat, yang dapat digunakan untuk memelihara bakteri selama 6 bulan hingga 2 tahun. Umumnya, pembekuan ini tidak disarankan bagi pemeliharaan kultur karena proses pembekuan dapat merusak sel-sel mikroba. Deep Freezing Ini adalah metode dengan jangka waktu yang pendek dalam memelihara mikroba yang dilakukan pada temperatur -70 C dalam sebuah mesin pembeku. Freeze drying akan lebih baik dilakukan pada suhu -20 C karena dapat membekukan suspensi mikroba dengan adanya zat cryoprotective seperti gliserol atau dimetyl sulfoksida (DMSO), yang mencegah kerusakan sel selama proses pembekuan. Cryoprotectant terdiri dari dua macam: zat penetrasi seperti gliserol dan DMSO, yang dapat dengan mudah melewati membrane sel dan melindungi intrasel dan ekstrasel, dan zat non penetrasi seperti sukrosa, laktosa, glukosa, mannitol, sorbitol, dextran, dan polyvinyl-pyrolidone, yang menggunakan efek protektif mereka pada membrane sel. Freeze-Drying (Lyophilization) Ini adalah salah satu metode yang efektif dan ekonomis untuk pemeliharaan mikroorganisme dalam jangka waktu yang lama. Banyak fisiologis telah berhasil memelihara jamur, spesies bakteri, dan bakteriofag, menggunakan teknik ini dan menghilangkan kemampuan perkembangan mikroorganisme selama 40 tahun. Lyophilisation bertujuan untuk mempertahankan mikroba agar tidak berubah dari bentuk aslinya. Dalam lyophilization, kultur dibekukan pada temperature yang sangat rendah dan ditempatkan pada tekanan vakum. Pada kondisi ini, air dan sel mikroba dalam kultur akan langsung berubah dari keadaan beku menjadi gas (sublimasi) sehingga sel menjadi kering. Dengan menurunkan suhu atau menghilangkan kandungan air, kelangsungan hidup mikroba dibatasi dengan mengaturnya dalam keadaan dorman, hal ini memungkinkan pelestarian mikroorganisme untuk beberapa saat. Keberhasilan lyophilisation bergantung pada keadaan sel mikroba yang digunakan pada kondisi optimum dari media yang dipilih. Penanaman kultur mikroba dilakukan saat berada pada stabilitas maksimum, yaitu pada akhir fasa logaritmik atau awal fasa stasioner. Spora atau sel kemudian disuspensi dalam berbagai jenis zat cryoprotectif seperti gliserol atau DMSO yang dapat membantu menghilangkan kerusakan akibat pembekuan. Zat cryoprotectif adalah senyawa kimia yang memiliki sifat tertentu seperti non-toxic dan mampu menetrasi membrane sel dengan mudah. Selama proses lyophilisation, sel mikroba disuspensi dalam agen krioprotektif dalam botol kecil menggunakan teknik yang steril dan dibekukan pada suhu -60 hingga -70 C dengan menggunakan campuran etil asetat dan es kering. Batol-botol kecil kemudian dihubungkan dengan mesin pengering vakum dan dikeringkan sekitar 12 hingga 17 jam hingga menyisakan sekitar 1-2% kandungan air. Botol-botol ini kemudian disimpan dalam kondisi vakum pada suhu 2 hingga 8 C. Umur kultur dapat diperpanjang ketika kultur disimpan pada suhu -30 hingga -70 C dalam mesin pembeku. Kultur lyophilize dapat dihidupkan kembali dengan membuka botol-botol kecil tersebut dan ditambahkan udara steril kemudian memindahkan kultur ke medium pertumbuhan yang tepat.

58

Gambar: Laboratorium freezedrying (Lyophilization) (Sumbali, 2009) Penyimpanan menggunakan cairan nitrogen Penyimpanan dalam cairan nitrogen adalah cara pemeliharaan mikroorganisme jangka panjang yang efektif, termasuk yang tidak dapat dilakukan dengan cara lyophilisation. Ini menjadikan mikroorganisme berada dalam bentuk dorman sehingga organisme tidak mengalami perubahan genetik. Pada metode ini, pemilihan zat cryoprotectan seringkali bervariasi berdasarkan organisme yang dipelihara, tetapi gliserol dan DMSO dapat digunakan secara efektif dalam upaya pemeliharaan sejumlah besar mikroba. Suspensi sel disegel dalam botol-botol kecil dan dibekukan pada suhu -150 C. Tabung-tabung kecil kemudian disimpan dalam pendingin nitrogen cair (tangki vakum yang besar dan dindingnya diisolasi) baik dengan perendaman dalam nitrogen cair (-195 C) atau disimpan dalam fasa gas oleh nitrogen cair (-150 C). Kebanyakan mikroba dapat kehilangan kemampuannya dalam kondisi ini selama 10 hingga 30 tahun atau bahkan dapat lebih lama pada bakteri. Keuntungan dari penyimpanan menggunakan nitrogen cair meliputi pencegahan peningkatan variasi genetik stok kultur, penghematan waktu, dan perlindungan kultur dari kontaminasi. Kerugian dari teknik ini adalah harga peralatan yang mahal dan nitrogen cair yang harus diisi ulang dalam interval waktu tertentu karena mengalami peristiwa evaporasi.

Gambar: Liquid nitrogen vapor storage (biomedicalmarketing.com) F. Koleksi Kultur (Culture Collection)
59

Koleksi kultur mikroba memberikan sumber yang kaya akan mikroorganisme, yang berasal dari zaman dahulu, saat ini, dan potensi perhatian yang akan datang. Ada hampir 500 koleksi kultur di seluruh dunia; kebanyakan dari mereka berukuran kecil, koleksi-koleksi menyediakan kultur atau servis berdasarkan bagiannya tersendiri. Koleksi-koleksi nasional lainnya, menerbitkan daftar katalog bagi organisasi industri dan akademis. Sebagai contoh di Inggris, National Culture Collection (UKNCC) membuat beberapa koleksi. Mereka terbagi menjadi institusi-institusi dan cenderung dikhususkan pada bakteri, khamir, kapang, atau alga, dari kepentingan lain di bidang industri atau medis; sedangkan di Amerika terdapat pusat koleksi utama, American Type Cultur Collection (ATCC), yang menangani semua tipe mikroorganisme (Waites 2001). Fungsi utama dari koleksi kultur adalah untuk memelihara koleksi-koleksi yang telah ada, untuk meneruskan mengumpulkan strain-strain baru dan memberikan biakan yang murni, menyediakan sampelsampel kultur dari masing-masing organisme. Masalah-masalah dari pemeliharaan kultur telah diatasi dengan pengembangan dan penggunaan dari teknik cryopreservation dan freeze-drying (lyophilization), beserta metode penyimpanan miniatur. Penggunaan mikroorganisme yang dipilih dari sebuah koleksi kultur dengan jelas memberikan penghematan biaya yang signifikan dibandingkan dengan isolasi lingkungan dan memiliki keuntungan bahwa beberapa karakteristik dari mikroorganisme telah terbentuk. Namun, kerugiannya adalah bahwa kompetitor memiliki akses ke mikroorganisme yang sama. Kultur dihasilkan dari koleksi yang murni, dan bentuk morfologi, fisiologi, dan karakteristik biokimia dasar mereka telah diketahui, sedangkan isolasi yang berasal dari alam harus dimurnikan terlebih dahulu, bebas dari mikroorganisme yang tak diinginkan, kultur murni harus diisolasi dan dikarakteristikkan. Berikut ini adalah contoh perusahaan yang menyediakan koleksi kultur untuk kebutuhan mikrobiologi bagi industry (Waites,2001) :

60

LAMPIRAN Contoh Produk Industry Fermentasi dan Mikroorganisme yang Memproduksinya (Waites, 2001).

61

62

Tabel 4.1 Produk fermentasi industry dan organisme yang memproduksinya. Sumber : Waites, 2001 Lampiran II PERTANYAAN DAN JAWABAN 1. WINDA FAUZI ISTIQOMAH (115061101111003) Pertanyaan : Pada teknik pour plate, apa larutan yang digunakan untuk mengencerkan?

Jawaban : Larutan yang digunakan pada saat pengenceran dapat berupa larutan fosfat buffer, larutan garam fisiologi (NaCl 0,85%), atau larutan Linger. SISCA DWI A. (115061101111015) Pertanyaan : Pada saat pembekuan, apakah mikroba tetap hidup? Jawaban : Saat dibekukan, mikroba tidak mengalami perkembangan karena mikroba tersebut akan berada pada fasa dorman/beristirahat dan mikroba ini masih dalam keadaan hidup. AFIDA KHOFSOH ( 115061100111031) Pertanyaan : Apa saja syarat yang harus diperhatikan oleh pekerja pada saat mengulturkan mikroba? Jawaban : Pekerja yang akan mengkultur mikroorganisme haruslah steril , steril yang dimaksud adalah meliputi kebersihan dari pakaian dan alat yang digunakan pekerja selain itu juga sebaiknya dihindari pengkulturan di tempat yang terbuka. Hal tersebut dilakukan untuk menghindari kontaminan kontaminan pengganggu untuk mikroorganisme, karena apabila mikroorganisme terkontaminasi, pekerja kultur tidak akan mendapatkan kultur murni yang diharapkan. DEWI ARIESI R. (115061105111007) Pertanyaan : Pada teknik streak plate kenapa menggunakan kawat nikrom? Apakah ada kawat lain selain kawat nikrom? Apa karakteristik kawat yang bisa digunakan pada teknik ini? Jawaban : kawat yang digunakan pada teknik streak plate biasanya merupakan kawat nikrom yang merupakan campuran dari nikel dan kromium atau kawat platinum. Kawat dengan bahan ini dapat berpijar saat dipanaskan sehingga dapat dengan mudah disterilkan. Pada teknik ini, terdapat beberapa bentuk bagian ujung dari kawat yang digunakan, ujung kawat berbentuk lingkaran (loop) atau yang berbentuk lurus disebut inoculating needle. DEWI NUGRAHANI (115061100111001) Pertanyaan : Pada slide, waktu pembahasan penyimpanan media tanah, dikatakan bahwa tanah harus steril. Tanah steril itu seperti apa? Bagaimana kita tahu bahwa tanah tersebut steril atau tidak? Kalau memang ada cara tersendiri untuk mensterilkan tanah, bagaimana caranya? Jawaban : Tanah steril adalah tanah yang tidak mengandung kuman dan mikroorganisme pathogen. Cara sterilisasi tanah: 1. Diambil tanah yang agak liat, dikeringanginkan dan diayak untuk memisahkan partikel tanah yang agak besar dan membuang sisa-sisa tanaman.
63

2. Tanah yang sudah dikeringaninkan dan diayak dimasukkan ke dalam tabung atau botol dengan tutup berukuran 25 ml hingga 1 cm dari permukaan tutup. 3. Tabung atau botol yang berisi tanah diberi aquadest steril hingga kebasahan 50% kapasitas lapang, kemudian diautoklaf pada suhu 121 C tiga kali berturut-turut selama 3 hari masingmasing selama satu jam. 4. Bilamana diperlukan, sterilitas tanah diuji dengan menumbuhkan contoh tanah pada medium agar. 5. Selanjutnya, botol dioven kering pada suhu 105 C selama satu jam, dan setelah dingin disimpan di dalam desikator hingga digunakan. (Desikator adalah suatu wadah yang terbuat dari bahan kaca yang kedap udara dan mengandung desikan yang berfungsi menghilangkan air dari kristal hasil pemurnian).

FRESHSYA ZATALINI (115061100111003) Pertanyaan : Bagaimana cara kontrol temperatur pada proses spread plate agar suhunya tidak tinggi sehingga tidak mematikan bakteri? Jawaban : Pada teknik spread plate tidak menggunakan suhu yang tinggi. Namun, suhu tinggi digunakan pada teknik pour plate. Mikroba yang akan dikultur menggunakan teknik ini merupakan mikroba yang dapat bertahan pada suhu tinggi. Untuk kontrol suhu agar tidak tinggi ( lebih dari 45 oC), hal ini mudah dilakukan yaitu dengan mengontrol terlebih dahulu suhu lingkungan dimana akan dilakukan teknik ini, Jika suhu tidak melebihi 45oC maka masih dianggap aman untuk melakukan teknik ini. Ayu Indah Wibowo (115061101111011) Pertanyaan : Bagaimana bisa terjadi biakan murni, apakah membelah diri ? Jawaban : Pada saat setelah pengambilan bakteri dari medium tertentu, selanjutnya bakteri diisolasi. Dari isolasi tersebut keadaan lingkungan (suhu) dan mediumnya disesuaikan dengan bakteri target. dan setelah itu diambil 1 bakteri ( yang telah dipilih, dan diteliti morfologinya) dan ditanam dimedium yang cocok agar bakteri dapat melakukan metabolisme dan perkembang biakan. dari sinilah akan terbentuk koloni kultur murni,karena bakteri mempunyai kemampuan berkembang biak ( seperti berkembang biak dengan membelah diri, pembentukan tunas dll) Dhanang Edy P (115061101111007) Pertanyaan : Jika kita mengambil mikroba dari alam, lalu disimpan untuk digunakan seanjutnya, bagaimanakah alur prosesnya mulai dari pengambilan sampai penyimpanan. Jawaban : Dari uraian materi diatas, bakteri dapat diambil dari lingkungan dengan beberapa pendekatan misalnya pendekatan shotgun, teknik isolasi yang digunakan juga terdiri dari 3 macam misalnya kita memakai teknik pour plate dan penyimpanannya misalkan dengan metode freeze-drying.

1. misalkan pengambilan bakteri dari air. Pengambilan sampel air bergantung kepada keadaan air itu sendiri. Jika berasal dari air sungai yang mengalir maka botol dicelupkan miring dengan bibir botol melawan arus air. Bila pengambilan sampel dilakukan pada air yang tenang, botol dapat dicelupkan dengan tali, jika ingin
64

2.

3.

4. 5. 6. 7.

mengambil sampel dari air keran maka sebelumya keran dialirkan dulu beberapa saat dan mulut kran dibakar. jika air sampel mengandung padatan maka harus diencerkan dahulu menjadi suspensi dengan aquades steril, fungsi dari tahap ini adalah untuk memisahkan mikroba dari medium padatnya. Selanjutnya teknik penanaman sampel dari cairan diatas, metode yang digunakan missal pour plate. pertama tama menyiapkan cawan steril, tabung pengenceran yang akan ditanam dan media padat yang masih cair (>45oC). Diteteskan 1 ml secara aseptis, suspensi sel kedalam cawan kosong dan setelah itu Tuangkan media yang masih cair ke cawan kemudian putar cawan untuk menghomogenkan suspensi bakteri dan media, kemudian diinkubasi (pada temperature kamar). Setelah 24-48 jam inkubasi, amati bentuk koloni bakteri yang tumbuh di permukaan dan di dalam agar, apakah koloni-koloni bakteri terpisah merata atau masih menyatu dengan bakteri lain membentuk spreader. Diperhatikan koloni yang tumbuh pada media baik yang dipermukaan, tengah atau dasar medium. lalu dicatat semua koloni berdasarkan warna, bentuk, ukuran dan konsistensi koloni. Dari hasil pengamatan, maka dipilih bakteri yang di inginkan, setelah itu dipindahkan inokulan tersebut dan dijadikan biakan murni ke medium yang baru. Dilakukan penyimpanan misalkan dengan metode freeze-drying. 9. Teza Nur F (11506110211100) Pertanyaan : Mikroorganisme dapat disimpan menggunakan media nitrogen cair, adakah media lain yang bagus untuk media penyimpanan mikroorganisme, metode apa yang paling baik ? Jawaban : Dari hasil literature yang kami dapatkan, media pendingin selain nitrogen cair belum ada namun seperti yang telah dijelaskan masih banyak media lain yang dapat digunakan seperti media air steril dan media tanah steril (penggunaan media biasanya bergantung pada jenis mikroba yang akan disimpan dan jangka waktu penyimpanan yang diinginkan) . Untuk metode yang efektif menurut Ilyas adalah metode penyimpanan freeze- Drying karena dapat memelihara mikroorganisme dengan jangka waktu lebih lama daripada metode lainnya.

I.

Fermentor control dan Monitoring Kontrol fermentor dan monitoring berfungsi untuk mendeteksi ketika suatu proses fermentasi berlangsung tidak sesuai dengan yang diinginkan sehingga membuat proses itu berjalan sesuai dengan design fermentor yang digunakan. Kebanyakan sistem fermentasi dibuat mendekati dengan kondisi natural atau kondisi sebenarnya agar menghasilkan produk yang sesuai dengan prosesnya. Sistem fermentasi bergantung pada pengaruh berbagai sumber dari luar fermentor, sehingga diharapkan terjadi proses yang menyebar keseluruh media di fermentor secara natural. Untuk mempersempit variasi kualitas produk, proses operasi harus dimodifikasi untuk memperhitungkan pencegahan variasi kualitas produk yang akan dihasilkan dari fermentasi itu sendiri. Metode kontrol dan monitoring efektif untuk mendeteksi penyimpangan dan mengimbangi proses fermentasi, sehingga sangat penting untuk mengatur efisiensi proses dalam fermentor. Dan, memaksimalkan performa ekonomik atau biaya yang dibutuhkan yang biasanya hanya bisa dikendalikan dengan mengimprofisasi kontrol fermentor.

65

( Gary montauge,1997) Sistem fermentasi harus dikontrol secara efisien untuk mengoptimalkan produktivitas dan produk hasil, dan memastikan reproduktifitasnya. Sebagian besar parameter kimia dan fisika yang terlibat tergantung pada bioreaktor, model operasi, dan mikroorganisme yang digunakan. Parameter tersebut terutama aerasi, pencampuran, temperatur, pH, dan kontrol busa. Kontrol dan pemeliharaan pada tingkat optimum di dalam reaktor dioperasikandengna sensor elektroda, sistem kontrol yang cocok dan data logging. 1. Temperatur Temperatur fermenter harus dikontrol dengan baik, dengan ketelitian lebih kurang 0,10C. Pada industri skala besar, pendingin untuk menjaga suhu biasanya dibuat dari jaket air atau kumparan pipa sehingga pemanasan akan jarang dilakukan. Jika fermentor didesign untuk produktivitas yang rendah atau biomassa dengan konsentrasi rendah tetapi fermentor tersebut digunakan untuk produktivitas tinggi atau fermentasi biomassa dengan konsentrasi tinggi, sehingga akan terjadi penambahan panas dalam proses dan akan dibutuhkan penambahan air untuk mengatur suhu dalam fermentor. Pada fermenter berskala kecil, kemampuan pendingin dan pemanas dibutuhkan tetapi temperatur kontrol juga harus diperhatikan. 2. Aliran gas laju aliran gas biasanya diatur dengan menggunakan katup, karena aliran tergantung tekanan, baik kompensasi feedforward dari posisi katup untuk perubahan tekanan yang dikendalikan atau keduanya, tekanan dan aliran gas yang dikendalikan. 3. Liquid flow Regulasi aliran bisa didapat pada skala kecil dengan menggunakan pompa meter. Sedangkan peristaltic pompa sering digunakan pada skala laboratorium. Pendekatan lain yang digunakan adalah dosing pot, katup bertekanan rendah diatas fermentor dengan katup isolasi. Dengan mengetahui tekanan katup tersebut maka volume penembakan dapat ditentukan.

66

( Gary montauge,1997) 4. pH pH biasa dinyatakan dengan kaca elektroda, dimana biasanya elektroda terbuat dari perak atau perak klorida atau mercury/mercurious chloride dengan potassium chloride sebagai elektrolit. Elektroda mampu bertahan pada kondisi sterilisasi ( 1210C) tetapi pengulangan sterilisasi membuat penurunan performa sepanjang waktu. Pengontrolan pH dapat diraih dengan penambahan asam atau alkali pada fermentor. Pada fermentasi skala kecil, kebanyakan liquid ditambahkan menggunakan pompa peristaltic. Pada skala besar, penambahan gas ammonia lebih dipilih daripada ammonia hydroxide untuk masuk menuju aliran udara pada fermentor. Pada kultur sel hewan, penambahan karbon dioksida pada media digunakan untuk meregulasi pH selama periode pertumbuhan. 5. Pressure Tekanan perlu dikontrol untuk proses sterilisasi dan memenuhi kebutuhan keamanan. Tekanan dapat dikontrol dengan menggunakan katup regulasi. Itu adalah standart alat yang secara hukum harus diinstal pada fermentor untuk melepas tekanan diatas batas tekanan yang sudah ditentukan
67

Metode elektrik pada pengukuran tekanan didasarkan pada penggunaan pembentukan kembali tranducer piezoelectric, yang mengukur tekanan dengan mendeteksi perubahan elektrik Kristal asimetri 6. Foam Masalah saat membentukan busa dapat diatasi dengan pemberian antibusa tetapi antibusa ini dapat mengakibatkan racun bagi mikroorganisme dan mengurangi laju aliran. Sehingga dapat digunakan pemecah busa . 7. Potensial redoks Redoks ialah ukuran untuk oksidasi atau reduksi pada system biologi. Pengukuran dilakukan dengan menggunakan elektroda platinum, emas, atau iridium dan hasil yang didapat dari elektroda diindikasikan pada analisa pH yaitu perak atau perak klorida. Pengukuran redoks ini digunakan pada fermentasi anaerob dan fermentasi sel hewan dimana terdapat perubahan jumlah sel atau perubahan kondisi fisiologis. 8. Dissolved Oxygen Tipe penganalisa DO pada bioreactor ada dua, yaitu galvani dan polarografi. Keduanya mengukur parsial DO dan membandingkannya dengan kejenuhan udara. Analisa galvani menggunakan anoda timbal dan seng, katoda perak dan potassium hydroxide. Analisa galvani digunakan untuk fermentor skala kecil karena peralatannya yang padat dan arena disebabkan oleh biaya yang rendah. Sedangkan proses fermentasi skala besar menggunakan analisa elektroda polarografi . Alat ini menggunakan anoda perak dengan polarisasi negatif terhadap katoda platinum atau emas dengan menggunakan kalium klorida cair sebagai elektrolit. Respon yang didapat dari analisa polarografi lebih cepat, biasanya hanya membutuhkan waktu beberapa detik. Biaya untuk analisa ini lima kali lebih mahal daripada galvani tetapi biaya untuk pemeliharaan cenderung lebih rendah. Control untuk DO pada skala kecil biasanya menggunakan empat cara: Merubah kecepatan pengaduk Variasi pada aliran udara Modifikasi komposisi pada gas yang masuk Variasi pada tekanan yang berlebihan

a. b. c. d.

Pengontrolan DO dengan mengganti komposisi gas yang dimasukkan akan lebih mahal karena membutuhakan gas yang telah dipurifikasi. Metode ini biasanya digunakan pada kultur sel hewan karena disana terdapat spesifikasi komposisi gas yang dimasukkan. 9. Dissolved Carbon Dioxide Dissolved carbon dioxide bisa diukur dengan menggunakan hydrophobic membrane. Kesetimbangan akan terbentuk antara konsentrasi karbon dioksida di sisi lain membran. Hasil perubahan konsetrasi karbon dioksida terlarut didapat dari variasi pH larutan yang dianalisa pada membrane yang bisa diketahui dengan elektroda pH. Dua buffer dengan konsentrasi karbon dioksida yang diketahui digunakan sebagai bahan kalibrasi.

68

(Michael J. Waites,2001) Sampel dapat diambil secara acak untuk berbagai analisis seperti perhitungan sel dan penentuan DNA, RNA, lemak, spesifik protein, karbohidrat dan substrat atau hasil metabolisme yang lain. Pengontrolan pH adalah faktor, karena produk fermentasi bisa berubah disebabkan adanya perubahan pH dalam media fermentasi. Media fermentasi banyak mengandung garam buffer, biasanya fosfat, tetapi kapasitas fosfat untuk mengontrol pH dapat berlebihan sehingga dibutuhkan penambahan asam atau alkali. pH dalam fermentor dapat terjaga dengan cara penambahan asam atau basa secara otomatis jika pH yang ditangkap oleh sensor tidak sesuai. Banyak proses fermentasi memproduksi asam dan pengaturan pH dapat berlangsung dengan menggunakan amonium oksida, yang juga dapat berperan sebagai sumber nitrogen. Pemantauan suhu melalui termometer resistensi dan termistor yang terhubung dengan pemanas otomatis ataupun dengan sistem pendingin. Tingkat O2 dan CO2 terlarut ditentukan dengan elektroda O2 dan CO2. Produksi busa pada bioreaktor adalah masalah utama, terutama pada fermentasi aerasi. Pembentuka busabusa tersebut disebabkan oleh hadirnya protein yang dapat membentuk busa. Jika tidak dikontrol, busa ini bisa memicu kontaminan dan pemblokiran filter udara. Ada tiga cara untuk mencegah pembentukan busa, yaitu modifikasi media, alat pemecah busa, atau penambahan agen antibusa. Prinsip dasar pengontrolan sistem melibatkan sistem sensor yang terhubung dengan sistem kontrol dan feedback loop. Sensor ini digunakan untuk mengukur dan mencatat kondisi pada bioreaktor. Kontrol sistem fermentasi secara keseluruhan dapat dilakukan secara manual atau otomatis. Data atau informasi yang didapat dari kontrol sistem dapat digunakan untuk membuat model proses dan dapat digunakan untuk pengembangan sistem fermentasi. Ketika terdapat kondisi yang tidak sesuai dengan kondisi yang diinginkan maka akan muncul tanda peringatan dan sistem pengkoreksi akan teraktifikasi sehingga memberikan kontrol yang lebih intens pada sistem fermentasi. Meskipun begitu, sistem kontrol kondisi fermentasi membutuhkan kalibrasi secara teratur saat pemasangan pertama kali dan di cek secara berkala.

69

II.

Mode Operasi Industri fermentasi berlangsung secara batch, fed-batch, atau kontinu. Proses yang banyak digunakan adalah proses batch. Yaitu sistem tertutup yang tidak ada inokulasi (penyuntikan) ataupun tambahan asam atau basa untuk kontrol pH pemakaian udara untuk fermentasi aerob. Pada fermentasi batch, semua kondisi sudah ditentukan dan dipastikan pada awal dan akhir proses. Fermentor disiapkan, disterilkan, dan diinokulasi sehingga organisme tumbuh berdasarkan profil yang khas. Ketika produk sudah dihasilkan dan dipanen, fermentor harus dibersihkan sebelum proses fermentasi dimulai lagi, fase non produktif ini disebut sebagai down-time. Contoh proses ini yaitu meliputi produksi minuman berakhohol, banyak dari pembuatan asam amino, enzim, atau asam organil, dan lain-lain. Proses fermentasi yang lain yaitu fed-batch yang banyak digunakan dalam memproduksi ragi roti dan penicilin. Untuk model operasi ini, perlu ditambahkan nutrisi ekstra selama proses fermentasi untuk menambah volume fermentasi. Penambahan nutrisi ekstra dapat dilakukan terus menerus, sesekali, atau sesering mungkin sebagai satu suplementasi ketika kultur mendekati akhir fase pertumbuhan. Operasi fed-batch dapat memperpanjang fase pembentukan produk dan dapat mengatasi masalah yang terkait dengan penggunaan substrat yang banyak, serta metabolisme yang berlangsung secara cepat. Model fermentasi ini juga berguna saat substrat mengalami masalah viskositas atau racun ketika konsentrasi terlalu tinggi. Fed-batch dengan menggunakan sel daur ulang ( biomassa) juga dapat digunakan untuk tujuan tertentu seperti fermentasi beberapa etanol, serta proses pengolahan air buangan. Keuntungan dari sistem batch adalah bahwa pengeluaran modal lebih rendah dan jika terjadi kontaminasi maka relatif cukup mudah untuk dihentikan dan dapat memulai proses fermentasi lagi. Sistem fermentasi batch telah telah sukses digunakan untuk menghasilkan banyak produk fermentasi tradisional dan untuk memproduksi metabolit sekunder seperti antibiotik, dimana sel-sel pertama tumbuh melampaui fase pertumbuhan yang cepat sebelum akumulasi metabolit. Bagaimanapun, fermentasi batch secara teoritis kurang efektif untuk produksi biomassa dan produk metabolit primer. Hanya sebagian kecil dari siklus fermentasi batch yang dapat dikatakan produktif. Karena terdapat lag period yang cukup besar dan pada tahap selanjutnya dari fase eksponensial dengan banyaknya jumlah produk yang dihasilkan. Kelemahan lain sistem batch yaitu keragaman produk, ditambah meningkatnya fase non produktif downtime yang melibatkan proses pembersihan, sterilisasi, pengisian dan pendinginan setelah sterilisasi. Peningkatan frekuensi sterilisasi juga dapat menyebabkan stres yang lebih besar pada instrumen pengontrol. Selain itu,
70

biaya yang dibutuhkan lebih besar untuk mempersiapkan dan memelihara stok kultur, dan umumnya dibutuhkan lebih banyak personil untuk mengoperasikan sistem batch.

(Vogel, 1996) Kultur kontinu adalah sistem terbuka dimana medium akan ditambahkan secara kontinu dan kultur secara serempak dipindahkan pada tingkat yang sama, sehingga sistem bekerja pada volume yang sama. Dalam sistem kontinu, sel-sel tumbuh secara eksponensial (membelah) untuk waktu lama yang ditentukan dalam laju pertumbuhan spesifik. Selain itu sistem ini memiliki sifat untuk mencapai stady state dimana konsentrasi nutrisi dan jumlah sel sudah tidak bervariasi terhadap waktu. Akibatnya, sistem tersebut lebih produktif daripada sistem batch. Fermentasi kontinu sangat cocok untuk produksi biomassa dan pertumbuhan yang berkaitan dengan metabolit primer. Sistem kontinu mengurangi down-time dan mengurangi biaya operasi yang lebih rendah. Namun sistem ini membutuhkan modal yang cukup tinggi. Masalah yang terkait dengan proses fermentasi kontinu selain masalah pengeluaran air buangan, termasuk fakta bahwa sepanjang pengoperasian 20-50 hari atau lebih, sterilitas harus dipertahankan dan media harus disuplai secara terus menerus dengan komposisi konstan. Namun, masalah ini dapat diatasi dengan GMP dan praktek mikrobiologi yang benar. Meskipun begitu, kondisi operasi menyebabkan membentuk mutan yang lebih banyak pada hasil dengan kualitas yang lebih rendah daripada hasil asli.

( Gary montauge,1997)
71

III.

STERILIZATION Kebanyakan industri fermentasi menggunakan kultur murni dimana pertumbuhan terjadi pada strain yang terpilih. Jjika terdapat mikroorganisme asing pada media atau pada peralatan, produksi organisme harus bersaing dengan kontaminan untuk nutrisi yang terbatas. Kontaminan dapat memproduksi produk yang berbahaya bagi organisme. Oleh karena itu, sebelum proses fermentasi dilakukan, media dan seluruh alat yang akan digunakan harus bebas dari kontaminasi, dengan kata lain, mereka harus benar-benar disterilkan. Selain itu, kondisi aseptik harus dipertahankan (Waites, 2001). 3.1.AIR STERILIZATION Pada fermentasi aerob,penyuplaian udara dibutuhkan secara kontinu. Laju aerasi untuk tipikal fermentasi aerob adalah 0.5 1.0 vvm (air volume per liquid volume per minute). Ini membutuhkan jumlah udara yang sangat besar. Oleh karena itu, tidak hanya media saja yang harus steril namun udara yang digunakan juga. Teknik pensterilan udara yang paling efektif adalah dengan menggunakan filter membrane berserat (Dutta, 2008).

Gambar : filter membrane berserat 3.2.MEDIA AND VESSEL STERILIZATION Untuk skala industry fermentasi aseptis fermenter dapat di sterilkan pada saat kosong. Wadah atau vessel nya lalu dimasuki media steril, yang disiapkan di dalam pemasak medium batch atau continous yang dapat mengoperasikan beberapa fermentasi. Sebagai kemungkinan lain, fermenter diisi dengan media yang sudah terformulasi, lalu kedua medium tersebut dapat di sterilkan bersamaan. Namun, beberapa industry fermentasi tidak aseptis, tetapi kontaminasi mikroba tetap terjadi dalam jumlah yang dapat ditoleransi dengan cara pasteurization, atau pemanasan untuk membunuh mikroba spesifik tanpa memberikan efek yang berarti. Jika tidak, kontaminan yang dapat berkembang dengan cepat dapat tumbuh dan dapat menghilangkan nutrisi. Kontaminasi mikroorganisme juga dapat memetabolisme produk target, memproduksi senyawa beracun atau produk sekresi yang dapat memblokir filter dan mengganggu pengolahan hilir atau downstream process. Jika kontaminan adalah bakteriofag, maka, dapat melisiskan kultur, seperti yang terjadi pada fermentasi yang melibatkan bakteri asam laktat. Untuk skala industry fermentasi, dibutuhkan sterilisasi secara ketat, yang melibatkan peningkatan suhu atau waktu sterilisasi . Umumnya, tujuannya adalah untuk memberikan kondisi sterilisasi yang memberikan probabilitas kontaminasi dari 0,1% (1 dalam 10000). Konsekuensinya, jika jumlah sel mikroba diketahui (No), factor Del (=ln No/Nt)dapat dihitung (selengkapnya ligat chapter 2). Faktor del sendiri adalah jumlah organisme pada awal sterilisasi dan Nt adalah jumlah yang tersisa setelah waktu t. Oleh karena itu, faktor del adalah ukuran pengurangan pecahan dalam jumlah organisme yang layak diproduksi oleh panas tertentu dan rezim waktu. semakin besar faktor del, semakin besar waktu sterilisasi diperlukan. Istilah ini banyak digunakan dalam industri fermentasi. Penghancuran sel terjadi pada saat pemanasan (T=121 oC) dan pendinginan. Maka dari itu factor Del nya dapat dinyatakan sebagai berikut:
72

total = heating + holding + cooling Pada prakteknya, sterilisasi uap melibatkan pemberian uap dibawah tekanan kedalam selimut bejan atau kumparan internal. Uap juga dapat diinjeksikan secara langsung ke dalam ruang di atas media fermentasi. Ini dapat membantu sterilisasi, tetapi dapat mengakibatkan perubahan volume media. Kelebihan sterilisasi uap adalah proses yang murah dan efektif dibandingkan sterilisasi panas kering. Namun, konstituen media tertentu yang bersifat rapuh akan dirusak oleh panas yang berlebihan, e.g. glukosa, vitamin dan media kultur sel hewan. Bahan yang bersifat sensitive terhadap panas tadi sebelumnya disterilisasi dengan cara filter sterilization yang menggunakan filter membrane dimana pori pori nya berukuran 0.2 m yang akan secara efektif menyaring kontaminan microorganism. Beberapa juga dapat disterilisasi dengan panas namun untuk meminimalisir kerusaka digunakan suhu tinggi untuk waktu yang sangat singkat, e.g. 140oC dengan lama waktu pemanasan hanya 50 detik. Ini biasanya merupakan operasi continuous di mana waktu holding dikendalikan oleh laju aliran melalui sterilisasi dan material tersebut kemudian dengan cepat didinginkan dalam heat exchanger. Holding section atau holding merupakan pemanasan media yang biasanya terdiri dari tabung panjang. Holding section dipertahankan dalam kondisi adiabatik. Jika panas yang hilang di bagian diabaikan, suhu dapat diasumsikan konstan.

(Waites, 2001) 3.3.CONTINUOUS STERILIZATION Proses sterilisasi dapat dilakukan dengan cara kontinu. Sterilisasi kontinu memiliki beberapa kelebihan yaitu : Menyederhanakan strategi perencanaan produksi atau production planning, sehingga memungkinkan maximum utilisasi pabrik dan meminimalisir penundaan atau keterlambatan produksi. Memberikan kondisi yang mudah dalam menghasilkan produk. Dapat beroperasi pada suhu tinggi (T = 140oC), sehingga waktu sterilisasi dapat dipersingkat. Uap yang dibutuhkan untuk memulihkan panas dari media steril jauh lebih sedikit. Akibatnya, memerlukan sedikit air pendingin. Lebih mudah dalam pengotomatisasi proses, dengan demikian, memerlukan sedikit tenaga kerja.

1. 2. 3. 4. 5.

Proses sterilisasi kontinu terdiri dari tiga bagian utama: heating, holding,dan cooling. Heating section : Metode pemanasan dapat dikategorikan menjadi dua yaitu (1) injeksi uap secara langsung, (2) pemanasan secara tidak langsung di heat exchanger. Metode injeksi uap secara langsunglebih efektif daripada pemanasan secara tidak langsung karena tidak ada penghalang antara media dan sumber panas.
73

Holding section : merupakan pemanasan media yang biasanya terdiri dari tabung panjang. Holding section dipertahankan dalam kondisi adiabatik. Jika panas yang hilang di bagian diabaikan, suhu dapat diasumsikan konstan. Cooling : Untuk bagian pendingin, pengurangan kapasitan panas dengan menggunakan quench cooler secara efektif. Teknik lain adalah dengan menyuntikkan media panas melalui katup ekspansi keruang hampa, yang dikenal sebagai flash cooling. Kedua teknik pendinginan ini membutuhkan waktu yang sangat singkat, sehingga dapat diabaikan (Dutta, 2008) 3.4.BATCH STERILIZATION Media sterilisasi di dalam fermenter dapat dilakukan secara batch dengan penyebaran uap menggunakan pemanas elektrik atau sirkulasi tekanan konstan kondensasi uap melalui koil pemanas. Sirkulasi sterilisasi terdiri dari heating, holding, dan cooling. (Dutta, 2008) IV. FERMENTASI SUBSTRAT-PADAT Fermentasi substrat-padat telah digunakan untuk memproduksi berbagai macam makanan fermentasi terutama di Asia selama beribu tahun lamanya, namun metode ini jarang digunakan di Eropa dan Amerika Utara. Fermentasi substrat-padat melibatkan penumbuhan mikroorganisme pada padatan, biasanya organic, material dengan kadar air yang sangat kecil atau tampa air sana sekali. Substrat yang sering digunakan seperti butiran gandum, kulit padi, leguminosa, dsb. Pada proses fermentasi substrat-padat biasanya enzim, asam organic dan etanol di produksi. Fermentasi substrat-padat tidak memiliki mekanisme kontrol canggih yang biasanya berhubungan dengan fermentasi submerge. Penggunaan fermentasi substrat-padat sering terhambat dengan kurangnya control daripada kondisi didalam bioreactor, kondisi yang diinginkan sulit dicapai, khususnya mempertahankan suhu dan kelembaban optimal. Adapun kekurangan dan kelebihan fermentasi substrat-padat yang dapat dilihat pada tabel dibahawah ini:

74

1. 2. 3. 4.

Sporulasi biasanya tercapai pada fermentasi substrat-padat. Metode ini berhasil digunakan dalam memproduksi spora Coniothyrium minitans untuk bio kontrol terhadap jenis bakteri tanaman jamur, Sclerotinia sclerotiorum. Proses fermentasi subtrat-padat merupakan multistep process yang melibatkan: Pretreatment substrat, yang biasanya membutukan proses kimiawi ataupun biologis. Hidrolysis polimer substrat, e.g. protein & polysakarida. Penggunaan atau pemanfaatan produk daripada hydrolysis; dan Pemisahan dan pemurnian produk akhir.

Mikroorganisme yang terdapat pada fermentasi substrat-padat, adalah jenis yang dapat menoleransi water activity yang rendah, Aw = 0.7. Mikroorganisme mikroorganisme ini dapt berbentuk : 1. Monokultur, seperti yang ada pada produksi jamur, e.g. Agaricus bisporus; 2. Dual kultur, e.g. straw bioconversion yang menggunakan Chaetomium cellulilytic dan Candida tropicalis; 3. Kultur campuran, seperti yang digunakan dalam composting (pembuatan pupuk kompos). (Waites,2001) 4.1.ENVIRONMENTAL PARAMETERS THAT INFLUENCE SOLID-SUBSTRATE FERMENTATIONS WATER ACTIVITY, Aw Air yang hilang pada proses fermentasi pada umumnya melalui evaporasi dan aktivitas metabolisme. Ini biasanya diganti dengan pelembaban atau penambahan air secara berkala. Jika level kelembaban terlalu rendah, substrat menjadi sulit untuk diterima sehingga terjadi penurunan pertumbuhan mikroba. Namun, jika level kelembaban terlalu tinggi akan terjadi penurunan porositas substrat, penurunkan laju difusi oksigen, serta penurunan pertukaran gas. Alhasil, laju degradasi substrat menurun dan resiko kontaminasi mikroba menaik. SUHU Panas yang dihasilkan dapat menjadi masalah serta merupakan pengaruh besar pada kelembaban relatif dalam fermentasi. Suhu sebagian besar dikontrol menggunakan aerasi dan/atau agitasi pada substrat. AERASI Kebanyakan fermentasi substrat-padat bersifat aerob, namun adanya kebutuhan oksigen tergantung pada jenis mikroorganisme yang dipakai dan jenis proses. Laju aerasi yang disediakan berhubungan dengan penghilangan panas, CO2 dan senyawa volatile yang dapat mengganggu. Laju transfer oksigen terpengaruh dengan ukuran partikel substrat yang juga menyatakan ruang kosong. Transfer oksigen di dalam ruang kosong ini berhubungan dengan level kelembaban, ketika oksigen terlarut dalam film air di sekitar partikel substrat. Akan tetapi, seperti yang dijelaskan sebelumnya, jika air di dalam ruang kosong berlebih, dapat mengganggu transfer oksigen. (Waites,2001) 4.2.Bioreactor yang digunakan pada fermentasi substrat-padat Kebanyakan fermentasi substrat-padat merupakan proses batch. Beberapa proses tidak membutuhkan bioreactor, mereka cukup melibatkan penyebaran substrat ke dasar. Beberapa proses anaerob, seperti proses produksi silage, proses ini tidak membutuhkan agitasi dan aerasi. Bagaimanapun juga, kebanyakan fermentasi aerob membutuhkan aerasi dan agitasi. Bioreactor yang dipakai seperti yang terdapat pada gamabr dibawah ini:

75

Rotating drum fermenter Terdiri dari bejana silinder yang berkapasitas 100 L dan terdapat roller yang berfungsi untuk menegakkan dan memutar bejana. Fermenter ini digunakan pada produksi enzim dan biomassa mikroba. Kerugian utama dari pada unit ini adalah hanya dapat diisi 30% dari kapasitas total, jika tidak pengadukan akan tidak efisien. a. Tray fermenter Bioreactor jenis ini sering digunakan untuk produksi makanan fermentasi dan enzim. Substrat di tambahkan dengan ketinggian beberapa cm pada setiap tray, lalu dimasukkan ke dalam chamber yang di alirkan udara lembab. System ini membutuhkan sejumlah tray dan runag inkubasi yang luas dengan kapasitas volume mencapai 150 m3 . b. Bed system Seperti yang digunakan dalam produksi sake, terdiri dari alas substrat yang kedalamannya mencapai 1 m, dimana udara lembab di alirkan secara kontinu. c. Column bioreactor Terdiri dari kolom yang terbuat dari kaca atau plastic, dimana substrat padat dikemas dengan selimut yang berfungsi sebagai control suhu. Bioreactor ini digunakan untuk memproduksi asam organic, etanol dan biomassa. d. Fluidized bed reactor Bioreactor jenis ini menyediakan agitasi secara kontinu dengan udara yang dipakasa masuk untuk mencegah adhesi dan agregasi partikel substrat. System ini berguna untuk memproduksi pakan ternak. (Waites,2001) 4.3.Fermentation process development Setelah mikroorganisme telah dipilih sebagai produser organism untuk proses tertentu , penelitian terhadap kinerja mikroorganisme dilakukan dengan mempertimbangkan berbagai hal seperti: pH optimum strategi pemberian nutrisi ( batch, fed-batch, continuous, etc.) formulasi media system fermentasi (stirred tank, airlift, packed bed, solid state, hollow fibre, etc.) suhu optimum oksigen terlarut produksi busa

Penelitian dilakukan menggunakan fermenter skala laboratrium yaitu 1-10L fermenter. Jika mikroorganisme dikatakan cocok maka akan dilakukan scale up. Namun dalam scale up terdapat kerugian kerugian seperti menurunnya hasil produksi; hal ini disebabkan oleh kondisi dalam fermenter skala besar tidak identik dengan yang di praktekkan dalam laboraturium. Factor utama yang mempengaruhi hasil atau yield pada saat proses scale up : 1. Prosedur propagasi inokulum yang diadopsi, serta kualitas dan kuantitas inokulum yang digunakan untuk memulai fermentasi.
76

2. Pemilihan media; sumber nutrisi yang lebih murah sering digunakan untuk operasi skala besar karena kendala biaya. 3. Protokol sterilisasi skala industri dapat menyebabkan degradasi yang lebih besar dari senyawa yang tidak stabil, yang mempengaruhi kualitas akhir dari medium. 4. Fermentor yang besar sering dikenakan perkembangan gizi, gradien suhu, ph, dan oksigen, yang tidak dilakukan dalam skala kecil. 5. Scale up juga dapat merubah generasi busa, gaya geser dan laju penghapusan karbon dioksida. (Waites,2001) Komentar: 1. Terjemahan 2. Fermentasi harus digunakan pada fermentasi awal 3. Saat pH naik atau turun, maka asam atau basa dimasukkan. Konsentrasi asam atau basa ditentukan tergantung pada proses fermentasi 4. Control proses dan monitoring pada fermentasi anaerob 5. Pada keadaan bagaimana uap langsung dipakai 6. Foam terbentuk karena ada gas-gas yang menarik protein keatas 7. Pada mode operasi batch, mudah dihentikan, sedangkan pada kontinu penghentian akan berdampak kerugian yang besar 8. Batch tidak untuk pembuatan metabolit primer, metabolit primer bekerja pada fase eksponensial yang membutuhkan penambahan terus 9. Batch akan mudah mencapai fase datar( stasioner) 10. Keuntungan fermentasi substrat-padat Prtanyaan: 1. Febrika Larasati (115061101111001) a. Bagaimana anti busa dapat mengurangi laju aliran dalam fermentor? Apa perbedaan antara penambahan antibusa dan tidak adanya penambahan antibusa pada kondisi fisik cairan dalam fermentor? Fungsi antibusa adalah untuk memecah busa sedangkan busa dihasilkan karena laju aliran yang ada dalam fermentor. Semakin besar laju aliran, maka akan semakin banyak protein yang dihasilkan dan busa yang terbentuk juga semakin banyak. Ketika busa ditekan pembentukannya, maka laju aliran dalam fermentor akan otomatis menjadi berkurang.. b. Bagaimana cara kerja katup dalam proses fermentasi dalam mengatur tekanan dalam fermentor? Katup yang dipasang dalam fermentor memiliki sensor yang dapat mendeteksi tekanan dalam fermentor, ketika katup mendeteksi tekanan dalam fermentor mengalami penyimpangan maka katu akan memberikan sinyal kepada controller untuk mengoreksi fermentor

2. Vivi anita aprilia (115061107111005) a. Pada fed batch substrat digunakan untuk controller. Substrat yang seperti apa? Substrat yang dimasukkan dalam fermentor adalah substrat yang dibutuhkan dalam proses fermentasi. Untuk klasifikasi substrat yang dimasukkan bergantung pada macam fermentasi dan macam produk yang akan dihasilkan b. Pada proses fermentasi pasti akan menghasilkan limbah. Apakah limbah tersebut berpotensi untuk mencemari lingkungan?
77

3. 4. 5.

6.

7.

8.

Pada proses fermentasi, biasanya limbah yang dihasilkan yaitu gas keluaran mikroorganisme yaitu gas CO2, limbah lainnya yaitu zat-zat yang merupakan hasil samping dalam fermentasi. Untuk limbah-limbah ini biasanya digunakan untuk bahan baku proses lainnya. Limbah fermentasi biasanya tidak mencemari lingkungan Winda Fauzi Istiqomah (115061101111003) Apa yang mendasari kondisi aliran pada proses? Jenis mikroorganisme yang digunakan dan produk yang akan dihasilkan dari proses fermentasi itu sendiri. Afida khofsoh (1150611011110031) Kapan metode fermentasi tertentu dapat digunakan? Tergantung hasil produk apa yang diinginkan. Misalkan metode fermentasi kontinu digunakan untuk memproduksi vinegar atau cuka. Dobita Amanda Feliciana (1150611001110021) Apa yang membedakan metode Galvani dan Polarografi pada kontrol proses? Pada proses Galvanisasi elektroda yang digunakan adalah anoda timbal atau seng dan katoda perak. Sedangkan pada metode Polarografi menggunakan anoda perak dengan polarisasi negative terhadap katoda platinum/emas dengan menggunakan kalium klorida sebagai elektrolit. Intan Nuroniyah (115061101111001) Bagaimana cara menganalisa karbon dioksida terlarut? Diukur dengan menggunakan hydrophobic membrane. Kesetimbangan akan terbentuk antara konsentrasi karbon dioksida di sisi lain membran. Hasil perubahan konsetrasi karbon dioksida terlarut didapat dari variasi pH larutan yang dianalisa pada membrane yang bisa diketahui dengan elektroda pH. Dua buffer dengan konsentrasi karbon dioksida yang diketahui digunakan sebagai bahan kalibrasi. Queen G. G. Sitanggang (1150611001110015) Apa perbedaan CSTR & PFR? CSTR adalah reaktor model berupa tangki berpengaduk dan diasumsikan pengaduk yang bekerja dalam tanki sangat sempurna sehingga konsentrasi tiap komponen dalam reaktor seragam sebesar konsentrasi aliran yang keluar dari reaktor. Model ini biasanya digunakan pada reaksi homogen di mana semua bahan baku dan katalisnya berfasa cair, atau reaksi antara cair dan gas dengan katalis cair. PFR Untuk reaksi heterogen, misalnya antara bahan baku gas dengan katalis padat menggunakan model PFR. PFR mirip saringan air dari pasir. Katalis diletakkan pada suatu pipa lalu dari sela-sela katalis dilewatkan bahan baku seperti air melewati sela-sela pasir pada saringan. Asumsi yang digunakan adalah tidak ada perbedaan konsentrasi tiap komponen yang terlibat di sepanjang arah jari-jari pipa. Sharfina W. (1150611005111003) Professor Chandra pernah menyebutka tentang Reaktor Plug Flow? Adalah suatu alat yang digunakan untuk mereaksikan suatu reaktan dalam hal ini fluida dan mengubahnya menjadi produk dengan cara mengalirkan fluida tersebut dalam pipa secara berkelanjutan (continuous). Biasanya reaktor ini dipakai untuk mempelajari berbagai proses kimia yang penting seperti perubahan kimia senyawa, reaksi termal, dan lain-lain. ENERGI DAN ENZIM Energi dapat didefinisikan sebagai kapasitas untuk melakukan kerja atau untuk melakukan suatu pergerakan. Semua proses fisika dan kimia merupakan hasil aplikasi atau perpindahan dari energi. Sel hidup memiliki tiga tipe kerja utama, yaitu kerja kimia, kerja transport, dan kerja mekanik. Ketiganya penting untuk proses hidup. Kerja kimia termasuk sintesis molekul biologi kompleks yang diperlukan oleh sel; energi dibutuhkan untuk menambah kompleksitas molekular dari sel. Molekul dan ion ditransportasi melewati sel membran melawan gradien elektro-kimia. Sebagai contoh, sebuah molekul bisa bergerak ke
78

dalam sel meskipun konsentrasi di dalam sel lebih tinggi daripada konsentrasi di luar sel. Sama dengan larutan yang dapat keluar dari sel dengan melawan gradien konsentrasi. Proses ini disebut kerja transport dan membutuhkan energi agar dapat mengambil nutrisi, membuang kotoran, dan menjaga keseimbangan ion. Tipe ketiga adalah kerja mekanik. Energi dibutuhkan untuk mengubah lokasi fisik dari organisme, sel, dan struktur di dalam sel. Sumber energi pokok dari semua energi biologi adalah sinar matahari. Energi tersebut ditangkap oleh phototrops (organisme) selama fotosintesis, dimana ia diserap oleh klorofil dan pigmen lainnya, dan dikonversi menjadi energi kimia. Kemolithoautotrophs memeperoleh energi melalaui oksidasi komponen inorganik daripada melalui sinar matahari. Energi kimia dari fotosintesis dan kemolithotrofi dapat digunakan oleh fotolithoautotrophs dan chemolithoautotrophs untuk mengubah CO2 menjadi molekul biologi seperti glukosa. Molekul kompleks yang dihasilkan oleh organisme autotrophic (tanaman maupun produsen mikroba) bertindak sebagai sumber karbon untuk kemoheterotrophs dan konsumen lain yang menggunakan molekul organik kompleks sebagai sumber material dan energi untuk membangun struktur selulernya (autotrophs menggunakan molekul organik kompleks). Kemoheterotrophs selalu menggunakan O2 sebagai akseptor elektron ketika oksidasi glukosa dan molekul organik lain menjadi CO2. Proses ini, ketika O2 berperan sebagai akseptor elektron final dan O2 direduksi menjadi H2O, disebut respirasi aerobik. Banyak energi yang dihasilkan dalam proses ini. Jadi pada ekosistem, energi ditangkap oleh photoautotrophs dan kemolithoautotrophs; beberapa energi ini kemudian mengalir ke kemoheterotrophs ketika mereka memakai nutrisi yang didapat dari autotrophs. Produksi CO2 selama respirasi aerobik dapat digabungkan kembali ke dalam molekul organik kompleks selama fotosintesis dankemolithoautotrophy. Pada ekosistem, aliran karbon dan energi sangat berhubungan. Tabel mikroorganisme dan sumber energinya:

Sel-sel harus dengan efisien mentransfer energy dari produksi energy. Sel-sel harus memiliki bentuk yang sederhana dari energy, agar. Dalam kehidupan, kebanyakan organisme memiliki energi yang berupa adenosine 5 tripospat (ATP). Ketika ATP memecah diri menjadi adenosin dipospat (ADP)dan orthopospat (Pi), energi yang dihasilkan dapat digunakan untuk melakukan kerja. Kemudian, energi dari fotositesis,
79

respirasi aerobik, respirasi anaerobik, dan fermentasi digunakan untuk menyintesis ulang ATP dari ADP dan Pi. Siklus energi ini terjadi di dalam sel. Siklus energy dibuat dalam sel. Enzim adalah protein katalis yang memiliki spesivitas untuk reaksi. Katalis adalah substan yang mempercepat reaksi kimia tanpa ikut dalam proses reaksi tersebut. Enzim mempercepat reaksi seluler. Molekul yang bereaksi disebut substrat, substan yang terbentuk disebut produk. Banyak enzim yang merupakan protein murni, contohnya apoenzim, dan juga komponen nonprotein, yaitu kofaktor, yang dibutuhkan untuk aktivitas katalitik. Enzim lengkap terdiri dari apoenzim dan kofaktornya, yang disebut holoenzim. Jika kofaktor melekat pada apoenzim, ini disebut prosthetic group. Meskipun enzim berjumlah banyak dan jenisnya bermacam-macam, namun enzim dikelompokkan menjadi tujuh kelas umum. Pengelompokkan ini berdasarkan reaksi katalis yang dihasilkan oleh enzim. Enzim biasanya memiliki nama yang mirip dengan substrat yang akan direaksikan dan tipe reaksi katalis. Sebagai contoh, laktat dehidrogenase fungsinya adalah menghilangkan hidrogen dari laktat. Biasanya ditambah akhiran ase. Klasifikasi enzim: Mekanisme reaksi enzim Enzim menambah kecepatan reaksi, tetapi tidak menjaga kesetimbangan secara konstan. Pada reaksi endergonik, enzim tidak melakukan kesetimbangan agar banyak produk terbentuk. Enzim mempercepat laju reaksi, agar laju reaksi melanjutkan kesetimbangan finalnya. Pada reaksi eksergonik, enzim akan menurunkan energi aktivasi. Energi aktivasi adalah energi yang dibutuhkan agar molekul reaktan dapat bereaksi bersama dan membentuk produk.

A B A tidak akan dikonversi menjadi B jika tidak disuplai oleh energi aktivasi. Enzim mengakselerasi reaksi dengan menurunkan energi aktivasi, sehingga banyak molekul yang memiliki cukup energi untuk membentuk produk. Enzim membawa substrat dengan bagian tertentu yang disebut sisi aktif atau katabolis aktif. Enzim dapat berinteraksi dengan substrat melalui dua cara, yaitu lock and key dan induced fit model. Pada lock and key, enzim dan substrat bergabung bersama membentuk kompleks, seperti kunci yang masuk dalam gembok. Di dalam kompleks, substrat dapat bereaksi dengan energi aktivasi yang rendah. Setelah bereaksi, kompleks lepas dan melepaskan produk serta membebaskan enzim. Ukuran molekul enzim > ukuran molekul substrat. Sementara itu pada induced fit model, sisi aktif enzim merupakan bentuk yang fleksibel. Ketika substrat
80

memasuki sisi aktif enzim, bentuk sisi aktif termodifikasi melingkupi substrat membentuk kompleks. Ketika produk sudah terlepas dari kompleks, enzim tidak aktif menjadi bentuk yang lepas. Sehingga, substrat yang lain kembali bereaksi dengan enzim tersebut. Contohnya adalah enzim heksokinase. Perubahan pH dan suhu mempengaruhi kerja enzim. Setiap enzim memiliki pH dan suhu optimum yang berbeda antara satu dengan yang lain. METABOLISME Metabolisme mencakup semua reaksi enzim-katalis dari sel, dan dapat dibagi menjadi proses primer dan sekunder. Jalur metabolisme primer umumnya digunakan oleh sebagian besar organisme. Terdapat dua jenismetabolisme, disebut sebagai katabolisme dan anabolisme, yang memanfaatkan energi dalam biosintesis komponen seluler untuk pertumbuhan dan perkembangan. Untuk mempermudah pemahaman, katabolisme dan anabolisme dianggap sebagai proses yang berbeda, tetapipada faktanya kedua jenis metabolisme tersebut sangat terintegrasi. Produk dari metabolisme primer yang penting untuk industri tertentu adalah alkohol, asam amino, asam organik, nukleotida, enzim dan mikroba sel (biomassa). Beberapa mikroorganisme juga melakukan metabolisme sekunder, yang melibatkan jalur yang tidak digunakan selama pertumbuhan yang cepat. Metabolisme, seringkali menghasilkan produk akhir yang spesifi. Metabolit sekunder yang penting untuk industri adalah alkaloid, antibiotik, racun dan beberapa pigmen. Metabolit sekunder tertentu dapat memberikan suatu keuntungan ekologi, sedangkan yang lain tidak memiliki nilai nyata untuk organisme produser. KATABOLISME Semua sel mikroba vegetatif memerlukan pasokan energi kontinyu untuk proses yang terkait dengan pertumbuhan,transportasi, gerakan, dan perkembangan. Dalam mikroorganismekemoheterotrophic, sumber energi organikdiperoleh dari lingkungan dan kemudianditransformasikan oleh serangkaian reaksi enzim yang dikendalikandalam jalur metabolik tertentu. Metabolisme ini (katabolisme) mengarah ke pembentukanenergi potensial dalam bentuk adenosine 5 -trifosfat (ATP) dan koenzim tereduksi, sepertisebagai nikotinamida adenin dinukleotida (NADH), nicotinamideadenin dinukleotida fosfat (NADPH)dan flavin adenin dinukleotida (FADH2), dan panas. Sebagian besar mikroorganisme dapat memanfaatkan karbohidrat,yang dapat bertindak sebagai sumber karbon dan energy yang baik.Glukosa adalah substrat yang disukai banyak mikroorganisme danada sangat sedikit organisme yang tidak bisa menggunakannya. Di alam, glukosa bebas biasanya tidak tersedia, tetapi dapat diperoleh melalui berbagai bentuk. Ini mungkin berasal dari interkonversi heksosa lainnya, hidrolisis disakarida, oligosakarida dan polisakarida dari lingkungan, atau dari bahan sel penyimpanan, seperti pati, glikogen dan trehalosa. Pembentukan energi dari glukosa didahului oleh fosforilasi, awalnya diikuti oleh oksidasi melalui sebagian besar piruvat (C3). Metabolisme glukosa untuk piruvat disebut glikolisis yang menyediakan ATP, prekursor dan mengurangi daya (terutama NADH). Namun, hanya ATP dalam jumlah terbatas yang diproduksi, yang dibentuk melalui substrat-tingkat fosforilasi. Maksimal dua molekul ATP yang dihasilkan untuk setiap unit glukosa teroksidasi ke titik ini. Proses ini menghasilkan piruvat yang menempati posisi penting dalam metabolisme perantara dan merupakan titik awal untuk katabolisme lanjut. JALUR GLIKOLISIS 1. Embden-Meyerhof-Parnas (EMP)Pathway EMP merupakan rute yang paling umum dan ditemukan di semua kelompok utama organisme, termasuk flagelata, jamur, ragi dan bakteri. Jalur ini dapat beroperasi di bawah kondisi anaerobik atau aerobik dan terdiri dari reaksi 10 enzim-katalis yang terletak di dalam matriks sitoplasma. Kunci ketiga regulasi enzim dari jalur (heksokinase, fosfofruktokinase dan kinase piruvat) bertindak irreversibel. Semua langkah lainnya terjadi secara reversibel, yang penting untuk peran biosintesis dari jalur selama sintesis glukosa.

81

Tahap awal dari pemecahan glukosa membutuhkandua molekul ATP dalam pembentukan tiga-tahap fruktosa1,6-bifosfat. Molekul ini kemudian dipecahmelalui aldolase untuk membentuk triose fosfat(C3), gliseraldehida 3-fosfat(GAP), dan fosfat dihidroksiaseton (DAP).GAP secara langsung diproses di jalur ini dan DAP akan diisomer untuk GAP sebelum dapat digunakan. Oksidasimolekul resultan GAP dua piruvat menghasilkanenergi dalam bentuk empat molekul ATP melalui reaksi fosforilasi duasubstrat. Untuk setiap molekul glukosa dioksidasi menjadi dua molekul piruvat. 2. Fosfat pentosa (PP) Pathway Jalur monofosfat ditemukan di banyak bakteri dan sebagian besar organisme eukariotik. Jalur ini seringkali beroperasi pada waktu yang sama dengan jalur EMP. Dalam ragi, misalnya, 10-20% glukosa (lebih selama pertumbuhan pesat) terdegradasi melalui jalur PP, dan sisanya dikatabolisasi melalui jalur EMP. Jalur PP di bawah kondisi aerobik atau anaerobik, dan memiliki peran katabolik dan anabolik yang baik. Jalur ini sangat penting dalam penyediaan NADPH, terutama untuk digunakan dalam langkah reduktif dalam proses anabolik, intermediet untuk sintesis asam amino aromatik, terutama erythrose-4-fosfat; pentosa, terutama ribosa untuk biosintesis asam nukleat, dan lainnya biosintesis intermediet. Gula pentosa seperti xylose juga dapat dikatabolisasi melalui rute ini. Jalur PP adalah siklik dan seperti semua jalur glikolitik, enzimnya terletakdi matriks sitoplasma. Jalur ini dimulai dengan oksidasi dua langkah oksidasi glukosa6-fosfat (G6P) ke fosfat pentosa(C5), ribulosa5-fosfat (Rump), melalui 6-phosphoglukonat.Ini melibatkan hilangnya satu karbon sebagai CO2 danpembentukan dua NADPH. Setelah fase oksidatif ini, ribulosa 5-fosfat mengalami penataan ulang dalam serangkaianduakarbon dan tiga-karbon pertukaran fragmen,dikatalisis oleh enzimtransketolase dan transaldolase.Untuk proses setiap tiga unit glukosa, dihasilkan satuGAP, enam NADPH dan dua fruktosa 6-fosfat (F6P). Molekul F6P dikonversikembali ke G6P untuk mempertahankan operasi dari siklus. GAP dapat dioksidasi menjadi piruvat dengan enzim pada jalur EMPatau juga dapat dikembalikan ke jalur awal melalui konversi dari dua GAP satu G6P. 3. The Entner-Doudoroff (ED) Pathway Relatif digunakan oleh sedikit mikroorganisme yang tidak memiliki jalur EMP. Kebanyakan bakteri gram-negatif, termasuk spesies Azotobacter, Pseudomonas, Rhizobium, Xanthomonas dan Zymomonas, tapi jarang dalam jamur. Jalur dimulai dengan pembentukan 6-phosphogluconate, seperti di jalur PP. Namun, kemudian mengalami dehidrasi, bukan teroksidasi, untuk membentuk 2-okso-3-deoksi-6-phosphogluconate. Molekul enam-karbon dibelah oleh aldolase untuk membentuk dua senyawa C3, piruvat, dan GAP, dan yang terakhir juga dapat dikonversi menjadi piruvat. Secara keseluruhan, dari setiap molekul glukosa dimetabolisasi,dapat menghasilkan dua molekul piruvat, satu ATP, satu NADH dan satu NADPH, yang merupakan hasil energi yang lebih rendah daripada jalur EMP. 4. Phosphoketolase (PK) Pathway Jalur ini juga sering disebut sebagai jalur Warburg-Dickens yang dioperasikan oleh beberapa asam laktat bakteri, terutama spesies Lactobacillus dan Leuconostoc. Ini melibatkan oksidasi dan dekarboksilasi glukosa 6-fosfat ke RuMP, seperti di jalur PP. RuMP yang diisomerisasi untuk xylulose fosfat 5-(C5) dan kemudian dibelah oleh phosphoketolase untuk GAP (C3) dan asetil fosfat (C2). Yang pertama pada akhirnya dikonversi ke laktat dan yang kedua ke etanol. Jalur ini menghasilkan hanya setengah hasil ATP dibandingkan dengan jalur EMP. Mayoritas katabolisme bakteri, ragi, jamur berfilamen, ganggang dan protozoa, dari piruvat dibawah kondisi aerobic dengan menggunakan siklus Asam Trikarboksilat (TCA). Siklus enzim TCA terletak dalam matriks mitokondria pada bakteri eukariotik, sedangkan pada prokariota mereka berada di sitoplasma. Dekarboksilasi oksidatif piruvat dilibatkan untuk membentuk unit C2 asetil koenzim A (asetil KoA),
82

dikatalisis oleh multienzim yang kompleks, piruvatdehidrogenase. Asetil KoA juga dapat dibentuk melalui pemecahan lipid dan beberapa asam amino, dan dai oksidasi alkana, yang mana mikroorganisme dapat memanfaatkan. Siklus yang tepat dimulai dengan kondensasi senyawa dua-karbon dengan oksaloasetat (C4) untuk membentuk sitrat (C6). Selama delapan langkah berikut dari sikluslengkap TCA, dua fragmen karbon teroksidasi menjadi dua molekul CO2 dan oksaloasetat adalah diregenerasi untuk menerima unit dua-karbon lebih lanjut. Tiga reaksi dalam hasil siklus dalam pembentukan NADH dan satu menghasilkan FADH2, dan molekul ATP tunggal dibentuk langsung oleh fosforilasi tingkat-substrat. Hasilnya adalah sebagai berikut: Asetil KoA (C2) + 3NAD+ + FAD + ADP 2 CO2 + 3NADH + 3H+ + FADH2 + ATP Dalam hal katabolisme, siklus TCA melengkapi oksidasi piruvat menjadi CO2, dan mereduksi elektron pembawa untuk menghasilkan NADH dan FADH2. koenzim ini tereduksi kemudian dapat digunakan untuk sintesis ATP dalam respirasi dan yang lebih penting. Siklus TCA tidak hanya sebuah jalur katabolik, namun juga menyediakan intermediet, senyawa C4 dan C5, untuk biosintesis amino, asam purin dan pirimidin. Dalam kondisi anaerobik tidak berfungsi sebagai siklus. Namun, sebagai perantara beberapa masih diperlukan untuk biosintesis, beroperasi sebagai bercabang biosintesis jalur. Fasilitas ini untuk menghasilkan biosintetik intermediet juga hadir dalam mikroorganisme lainnya yang tidak memiliki siklus TCA lengkap.
( Waites at all, 2001)

RESPIRASI Semua formasi ATP dari oksidasi glukosa memilikitelah dibentuk melalui substrat-tingkat fosforilasi. Respirasi mengarah ke pembentukanlebih banyak ATP dari oksidasi NADH dan FADH2. Hal ini membutuhkan oksigen , seperti dalam beberapa prokariota anaerob fakultatif dan obligate, senyawa lain atau ion yang memiliki potensial redoks rendah, untuk bertindak sebagai akseptor elektron terminal. Oksigen sangat ideal untuk ini, karena memiliki potensi redoks rendah dan direduksi menjadi air, sedangkan beberapa dari produk akhir respirasi anaerob yang beracun, misalnya nitrat direduksi menjadi nitrit.

83

ETS Eukariota terletak di membran mitokondria, sedangkan pada prokariota itu terikat dalam membran sitoplasma. Rangkaian reaksi yang terlibat dapat digabungkan ke kebutuhan energi proses, seperti transportasi terlarut, atau untuk produksi ATP melalui oksidatif fosforilasi. Elektron yang berasal dari oksidasi substrat yang berasal dari NADH atau FADH2, melalui serangkaian redoks atau reduksi-oksidasi reaksi, ke terminal akseptor. Dalam proses ini, energi dilepaskan selama aliran elektron digunakan untuk membuat gradien proton untuk melintasi membran. Gradien proton Ini digunakan untuk mengankut pembentukan ATP oleh oksidatif kemiosmotik fosforilasi mekanisme. Hipotesis kemiosmotik diusulkan oleh Mitchell (1961) menjelaskan proses sebagai berikut: sebagai aliran elektron melalui sistem transportasi, proton (H+) yang dipindahkan dari dalam ke luar membran (ekskresi). Karena membran pada dasarnya kedap proton, mereka tidak bisa lewat kembali dan gradien proton didirikan. sebagai positif biaya yang dikeluarkan dari dalam membran, muatan negatif tetap berada di dalam, sebagian besar dalam bentuk hidroksil (OH-) ion. Akibatnya, pH luar membran bisa mencapai 5,5, sedangkan di bagian dalam membrann mendekati 8,5. Ini merupakan energi potensial disimpan sebagai gradien proton atau proton-kekuatan pendorong, yang mendorong sintesis ATP melalui kemiosmotik fosforilasi, dimediasi oleh sintase ATP (ADP + Pi ATP).

( Waites at all, 2001)

Sebuah molekul NADH teridiri atas sekitar 218 kJ dari energy potensial dan itu diambil sekitar 30kJ untuk membentuk satu molekul ATP. Oleh karena itu, tujuh ATP maksimum didapat, dalam teori, akan dibentuh per NADH jika eneginya dikonversi 100% secara efisien. Meskipun system ini hanya sampai 40% dan oleh karena itu produk maksimum hanya 3 molekul ATP per NADH. Respirasi aerobik dilakukan oleh bakteri aerob dan fakultatif anaerob dengan bantuan oksigen. Electron memasuki ETS dari pembawa, terutama NADH atau FADH2. Ketika operator menyumbangkan elektron, mereka yang direoksidasi untuk digunakan lebih lanjut dalam metabolisme. elektron tersebut kemudian melewati serangkaian dari pembawa dalam membran, sedangkan proton pindah dari dalam ke luar membran, seperti yang dijelaskan di atas. Proton akhirnya melekat menjadi oksigen, membentuk air. Pada eukariota, ETS dalam membran mitokondria menghasilkan tiga ATP molekul per NADH, dan terdiri dari berikut rantai pembawa elektron: NADH flavoprotein iron shulphur protein quinone cytochrome b cytochrome c cytochrome a cytochrome a3 oxygen Dalam bakteri prokariotik, ETS dalam membran sitoplasmik memiliki pembawa yang agak berbeda, dengan rantai pemendek yang tidak lengkap pembentukannya sehingga hanya satu atau dua molekul ATP setiap NADH yang terbentuk. Cythochromic yang terlibat meliputi : b558, b562, d, dan o. Pasti anaerobic
84

fakultatif seperti Eshcerichia coli, setidaknya memiliki dua system respirasi, masing-masing berbeda afinitas oksigennya. Oleh karena itu, mereka dapat beradaptasi dengan konsentrasi oksigen yang bervariasi, dilanjutkan untuk menggunakan oksigen sebagai aseptor electron meskipun pada tingkat oksigen yang rendah. Beberapa bakteri anaerobic fakultatif atau anaerobic obligat melakukan respirasi anaerob. Keterlibatan ini serupa ETS, tetapi memiliki aseptor electron selain oksigen. Contoh dari respirasi anaerobic mencakup : 1. Respirasi Nitrogen, dilakukan oleh bakteri anaerobic fakultatif. Potensial redok dari nitrat adalah +0,42 volt, dibandingkan dengan +0,82 volt untuk oksigen. Oleh karena itu, lebih sedikit energy didapatkan kemudian oksigen sebagai electron aseptor dan molekul ATP dapat terbentuk. Prosesnya memiliki beberapa langkah, dimana nitrat direduksi melalui nitrat dan nitous oksida akhirnya menjadi dinitrogen, yangmana merujuk sebagai disimilator reduksi nitrat atau denitifikasi. Denitrifikasi meliputi spesies dari Pseudomonas, Paracoccus denitrificans, and Thiobacillius denitrificans.Bakterianaerob fakultativ yang lain meliputi E. coli dan relative, hanya mengurangi nitrat atau nitrit, dan tanggungjawab enzim, reduktase nitrat , dengan tingakt keberadaan oksigen yang terbatas. 2. Respirasi Sulfat, dipraktekan oleh kelompok kecil dari bakteri heterotrof, yang mana semuanya anaerobic obligat, misalnya spesies Desulfovibro. Mereka memproduksi hydrogen sulfide, yang berasal melalui beberapa kali intermediet. 3. Respirasi Karbon, dilakukan oleh archaeans seperti Methanococcus and Methanobacterium. Keduanya anaerob obligat yang mereduksi CO2 dan beberapa karbon monoksida menjadi metana. Bakteri metanogen ini biasanya menggunakan hydrogen sebagai sumber energy merekadan untuk mendapatkan anoksik lingkungan yang rendah nitrat dan sulfat. CO2 + 4H2 CH4 + 2H2O Dalam penambahan nitrat, sulfat, dan karbondioksida, Besi (Fe3+), magnesium (Mn4+) dan beberapa komponen organic (dimetil sulfoksida, fumarat,glisin, dan trimetilamin oksida )dapat digunakan sebagai aseptor pada respirasi anaerobic pada bakteri. FERMENTASI Ketika respirasi bukan sebuah pilihan, organisme harus menggunakan mekanisme alternative untuk regenerasi suplai coenzim yang terbatas, direduksi selama oksidasi glukosa menjadi piruvat. Jika NAD(P)H tidak dioksidasi kembali menjadi NAD(P)+, selanjutnya metabolisme akan berhenti. Oleh karena itu, sebuah aseptor electron yang cocok harus di dapatkan untuk membawa electron. Fermentasi digunakan oleh molekul organik, piruvat atau derivative, sebagai aseptor elektron akhir, dengan cara demikian pembentukan NAD(P)+ dan katabolisme akan berlanjut. Ini adalah hasil dari pembentukan reduksi produk limbah , seperti alkohol dan asam, yang kemudian dikeluarkan dari sel. Meskipun, ini sangat boros dalam ketentuan dari pemulihan energy potensial dari glukosa, sebagai sedikit atau tidak ada ATP lebih lanjut dibentuk. Sebaliknya, oksidasi yang lengkap menghasilkan CO2, dalam hubungan dengan oksidasi posporilasi selama respirasi akan dapat membentuk 36 molekul ATP bahkan lebih per molekul glukosa. Fermentasi alkohol dilakukan oleh ragi, filamen jamur tertentu dan bakteri. Ini adalah suatu penerusan proses, di mana piruvat dari jalur EMP, atau melalui jalur ED dalam kasus Zymomonas, adalah dekarboksilasipertama menjadi asetaldehida, NAD+ kemudian dibentuk kembali selama reduksi asetaldehida menjadi etanol. Fermentasi asam laktat dilakukan oleh sejumlah bakteri, termasuk Streptococcus, Lactobacillus, Lactococcus dan Leuconostoc, bersama dengan beberapa jamur, alga dan protozoa. Berikut piruvat, bukan turunan piruvat, adalah akseptor elektron dan bentuk laktat. Ada dua bentuk fermentasi ini: 1. Fermentasi Homolaktik yang dioperasikan oleh bakteri seperti Lactobacillus acidiophilus and Lactobacillus casei, yang mana mengurangi hampir semua piruvat yang dibentuk oleh glikolisis asam laktik.
85

2. Fermentasi heterofermentatif menghasilkan produk lainnya bersama dengan asam laktat. Organisme yang melakukan itu termasuk Leuconostoc mesenteroides dan Lactobacillus brevis, yang mengoperasikan jalur PK. Mereka membentuk laktat dari piruvat dan etanol dari fosfat asetil, dan dalam kasus tertentu asetat beberapa mungkin diproduksi. Fermentasi asam campuran yang dilakukan oleh E. coli dan terkait fakultatif anaerob. Produk meliputi laktat, asetat, jumlah kecil dari etanol dan format. Beberapa organisme memiliki kemampuan untuk mengurangi formate menjadi hidrogen dan CO2. Fermentasi 2,3-Butanediol dilakukan oleh Enterobacter, Erwinia, Klebsiella dan Serratia. Hal ini mirip dengan fermentasi campuran asam, namun menghasilkan butanadiol, bersama dengan etanol dan asam. Fermentasi asam propionat dilakukan oleh beberapa usus bakteri, seperti Propionibacterium spesies, beberapa yang terlibat dalam produksi komersial tertentu jenis kejuSwiss dan vitamin B12 (cobalamin). Propionat yang terbentuk dari piruvat melaluiCoA, di mana piruvat adalah terkarboksilasi oleh oksaloasetat, dan kemudian dikurangi menjadi propionat melalui malat, fumarat dan suksinat.Proses ini membutuhkan kofaktor, biotin, CoA dan CoB12. Fermentasi asam butirat dilakukan oleh spesies Clostridium. Spesies ini adalah pembentuk spora anaerobik yang juga memproduksi aseton, butanol, propanol, alkohol danasam lainnya. Mereka juga fermentasi asam amino, nitrogen dan senyawa lainnya, serta karbohidrat. KATABOLISME LIPID DAN PROTEIN Karbon merupakan sumber karbohidrat,sebelum karbon digunakan dalam katabolisme, seperti lipid sebagai digliserida dan trigliserida dihidrolisis oleh lipase untuk menghasilkan asam lemak bebas dan gliserol. Asam lemak kemudian dapat dipecah oleh jalur b-oksidasi. Berikut FAD dan NAD+ yang digunakan untuk menerima elektron, dan duaunitkarbon berhasil dihapus, dalam bentuk asetil CoA, yang kemudian dapat memberi makan langsung ke siklus TCA. Gliserol dapat terfosforilasi untuk fosfat gliserol, diikuti oleh oksidasi terhadap DAP dan isomerisasi untuk GAP. Unit C3 kemudian bisa masuk jalur EMP. Protein ekstraseluler yang dihidrolisis oleh protease untuk menghasilkan asam amino bebas, yang dapat diangkut ke sel. Katabolisme asam amino awalnya melibatkan penghapusan kelompok amino mereka. Hal ini biasanya dicapai melalui transaminasi, di mana kelompok amino yang disumbangkan ke host keto, misalnya aminasi piruvat untuk membentuk alanin. Asam keto yang dihasilkan dari transaminasi kemudian dapat dioksidasi dalam siklus TCA. Kelebihan gugus amino dapat terakumulasi dan sering diekskresikan sebagai ion amonium, yang menyumbang untuk meningkatkan pH media selama pertumbuhan beberapa bakteri. PENYIMPANAN ENERGI Ketika kelebihan gizi yang tersedia, mikroorganisme biasanya mensintesis senyawa yang dapat disimpan untuk kemudian gunakan selama periode kekurangan nutrisi. Penyimpanan karbohidrat termasuk polisakarida, glikogen dan pati, dan trehalosa disakarida, yang semuanya bertindak sebagai sumber karbon dan energi. Trehalosa diproduksi oleh jamur berfilamen, ragi dan beberapa bakteri, dan glikogen merupakan penyimpanan utama karbohidrat di banyak kelompok mikroorganisme. Bila diperlukan, cadangan polimer yang dihidrolisis oleh phosphorylases, membentuk glukosa 1-fosfat, yang secara langsung dapat masuk katabolisme. Banyak mikroorganisme menyimpan energi yang kaya lipid. Poli b-hidroksibutirat umumnya ditemukan pada bakteri, namun tidak diproduksi oleh eukariota. Jamur berfilamen dan ragi sering menyimpan lipid netral (trigliserida) dalam vakuola. Volutin butiran, terdiri dari polymetaphosphates, juga disimpan oleh beberapa prokariota dan eukariota, yang bertindak baik sebagai fosfat dan cadangan energi. Bakteri Sulphur dapat mengakumulasi butiran belerang oleh oksidasi H2S. Ketika tidak ada media lanjut pasokan sulfida yang tersedia, ini toko belerang teroksidasi untuk sulfat, menyediakan setara mengurangi CO2 untuk fiksasi atau fosforilasi oksidatif.
86

Pertanyaan: 1. Bagaimana proses pembentukan enzim? (Pandu Rahmat Pinasthiko/115061107111001). Pembentukan enzim memerlukan bahan baku asam amino, sehingga pembentukannya identik dengan sintesis protein. Sintesis protein dilakukan oleh RNA berdasarkan transkip kode dari DNA. Sintesis ini dilakukan di dalam ribosom (Sumardjo, 2006). 2. Mengapa pada siklus asam trikarboksilik, terdapat materi yang berubah-ubah? (Lilis Triyowati A./115061101111009) Pada siklus trikarboksilik, diperlukan enzim yang membantu untuk mengkatalis reaksi, enzim yang dibutuhkan tersebut berbeda-beda jenisnya dan nantinya akan keluar dari siklus membentuk enzim yang sama. 3. Pada proses respirasi sulfur anaerob, apa maksud intermediet yang menghasilkan hidrogen sulfida? (Ayu Indah W./115061101111011) Intermediet adalah molekul-molekul yang terbentuk dari reaksi sebelumnya. 4. Apa faktor-faktor yang mempengaruhi siklus krebs? (Dian Nita Citra D./115061101) Faktor yang mempengaruhi silus kreb adalah ketersediaannya glukosa sebagai material utama yang dipecah. 5. Dimana energi disimpan pada mikroorganisme? (Dwi Chandra P./115061107111003) Energi disimpan dengan berbagai macam cara, setiap mikroorganisme memiliki cara yang berbeda, salah satunya adalah di dalam vakuola. 6. Dimana siklus trikarboksilik terjadi? (Dhanang Edy P./115061101111). Siklus trikarboksilik terjadi di matriks mitokondria (Campbell, dkk., 2002). 7. Perubahan NAD+ menjadi NADH, FADH menjadi FADH2 atau sebaliknya dibantu dengan apa ? Lalu saat kapan dan dimana proses tersebut terjadi ? Jelaskan ! (Sharfina Widyaningrum/1150611051110) Penjelasan : NAD+ adalah hasil reduksi dari NADH. NADH bersama piruvat dan H+bereaksi dan membentuk NAD+ dan laktat, seperti reaksi berikut :

Piruvat tersebut berasal dari proses glikolisis yang terjadi pada mikroba. (John F, 1986). Sedangkan pembentukan FADH2 terjadi seperti digambarkan pada reaksi berikut :

(Kenneth B,2004) 8. Mikroorganisme terdiri dari berbagai macam jenis. Apakah energy yang disimpan oleh tiap-tiap mikroorganisme sama? (Febrika Larasati/115061101111001) Energi yang disimpan oleh tiap-tiap organisme berbeda, sebagai contoh, penyimpanan karbohidrat termasuk polisakarida, glikogen dan pati, dan trehalosa disakarida, yang semuanya bertindak sebagai sumber karbon
87

dan energi. Trehalosa diproduksi oleh jamur berfilamen, ragi dan beberapa bakteri, dan glikogen merupakan penyimpanan utama karbohidrat di banyak kelompok mikroorganisme. 9. Hasil dari respirasi nitrat, sulfat, dan karbohidrat tersebut digunakan untuk apa? (Mutia Dhana F./11506110011100) Hasil dari reaksi anaerob menyebabkan lingkungan tercemar, jadi adanya hasil respirasi anaerob dapat dijadikan indikator kesehatan lingkungan. 10. Pada siklus asam trikarboksilik, mengapa CoASH harus masuk dan keluar lagi dalam siklus ? fungsi dari CoASH itu apa ? Dan apakah ada bedanya CoASH yang masuk dan keluar (komposisi) ?(Freshsya Zatalini/115061100111003) CoASH adalah koenzim A yang fungsinya adalah sebagai enzim yang mengkatalis reaksi, sehingga CoASH yang masuk ke dalam siklus sama dengan yang keluar, tidak ada perbedaan dari segi komposisi karena sifat enzim tidak ikut bereaksi. 11. Pada respirasi sulfat tidak memerlukan oksigen, apakah itu benar? Padahal semua organisme itu selalu membutuhkan oksigen. (Maratus Sholihah/11506110011100) Respirasi sulfat tidak memerlukan oksigen karena respirasi sulfat membutuhkan sufat yang direduksi, dalam peristiwa, oksigen tidak dibutuhkan

88

PENGERTIAN NUTRISI DAN NUTRIEN Nutrisi adalah apa yang dimakan seseorang dan bagamaina tubuh menggunakannya sedangkan nutrien adalah zat organik, zat nonorganik dan zat yang memproduksi energi yang ditemukan dalam makanan dan di,butuhkan untuk fungsi tubuh.(Berman dkk,2009) PERSYARATAN Persyaratan nutrisi bagi organisme secara umum adalah sebagai berikut:( Plezar,2006) Nutrisi sebagai sumber energi NUTRISI

1.

Semua organisme hidup membutuhkan sumber energi.Beberapa bentuk kehidupanseperti tumbuhan hijau dapat menggunakan energi pancaran atau cahaya dan dinamakan fotoautotrof. 2. Semua organisme membutuhkan karbon Semua organisme hidup membutuhkan karbon dioksida walaupun dalam jumlah yang sedikit tetapi kebanyakan diantaranya juga membutuhkan beberapa senyawa karbon organik, seperti gula dan karbohidrat lain. Tumbuhan, alga dan beberapa kuman berklorofil membutuhkan karbon dioksida dan mengubahnya menjadi karbohidrat melalui proses fotosintesis. Ditinjau dari segi nutrisi, semua organisme yang disebutkan diatas adalah organism autotrof. Bila mereka memperoleh energinya dari cahaya maka disebut organisme fotoautotrof, dan bila memperoleh energinya dengan cara mengoksidasi senyawa kimia, maka disebut organisme kemoautotrof. Mikroorganisme yang lain tidak dapat menggunakan karbon dioksida sebagai sumber karbon dan hidupnya bergantung pada organisme ototrof untuk memproduksi karbohidrat dan senyawa-senyawa organik lain yang digunakan sebagai makanan. Organisme yang membutuhkan senyawa-senyawa organik lain sebagai sumber karbonnya disebut organisme heterotrof . Semua organisme yang hidup memerlukan nitrogen Tumbuhan menggunakan nitrogen dalam bentuk garam nitrogen anorganik seperti kalium nitrat (KNO3)sedangkan hewan membutuhkan senyawa nitrogen organik seperti protein dan produk-produk hasil peruraiannya yaitu peptida dan asam-asam amino tertentu. Semua organisme hidup membutuhkan belerang (sulfur) dan fosfor Persyaratan akan zat sulfur pada hewan secara khas dipenuhi oleh senyawa-senyawa sulfur organik. Sedangkan persayaratan akan sulfur pada tumbuhan secara khas dipenuhi melalui senyawa-senyawa anorganik. Fosfor biasanya diberikan sebagai fosfat yaitu garam-garam fosfat.Belerang adalah komponen dari banyak substansi organik sel. Belerang membentuk bagian struktur beberapa koenzim dan ditemukan dalam rantai samping cisteinil dan merionil protein. Beberapa bakteri autotropik dapat mengoksidasinya menjadi sulfat (SO42-). Kebanyakan mikroorganisme dapat menggunakan sulfat sebagai sumber belerang, mereduksi sulfat menjadi hidrogen sulfida (H2S).Beberapa mikroorganisme dapat mengasimilasi H2S secara langsung dari medium pertumbuhan tetapi senyawa ini dapat menjadi racun bagi banyak organisme. 5. Semua organisme hidup membutuhkan beberapa unsur logam, natrium, kalium, kalsium, magnesium, mangan, besi, seng, tembaga dan kobalt untuk pertumbuhannya yang normal. 6. Semua organisme hidup membutuhkan air untuk fungsi-fungsi metabolisme danpertumbuhannya. Dalam memformulasikan medium untuk pembiakan sebagian besar mikroorganisme, hal yang perlu dilakukan yaitu menyediakan sumber potassium, magnesium, kalsium, dan besi, biasanya dalam bentuk ionion (K+, Mg2+, Ca2+, dan Fe2+). Banyak mineral lainnya sepertiMn2+, Mo2+, Co2+, Cu2+, dan Zn2+ dibutuhkan dan mineral ini seringkali terdapat dalam air kran atau sebagai kontaminan dari kandungan medium lainnya. 7. Seluruh organisme hidup memerlukan oksigen
89

3.

4.

8.

1.

Untuk sel, oksigen tersedia dalam bentuk air.Selanjutnya oksigen juga terdapat dalam CO2 dan dalam bentuk senyawa organik.Selain itu masih banyak organisme yang tergantung dari molekuloksigen (O2 atau dioksigen). Oksigen yang berasal dari molekul oksigen hanya akan diinkorporasi ke dalam substansi sel sebagai sumber karbon yang digunakan metana atau hidrokarbon aromatik yang berantai panjang. Organisme dibedakan menjadi tiga yaitu organisme aerob obligat yang mampu menghasilkan energi hanya melalui respirasi dan dengan demikian tergantung pada oksigen. Organisme anaerob obligat hanya dapat hidup dalam lingkungan bebas oksigen.Untuk organisme ini O2 bersifat toksik.Mikroorganisme anaerob fakultatif tumbuh dengan adanya O2 udara, jadi bersifat aerotoleran tetapi organisme ini tidak dapat memanfaatkan O2tetapi memperoleh energi semata-mata dari peragian. Semua organisme hidup membutuhkan vitamin Vitamin adalah senyawa organik khusus yang penting untuk pertumbuhan. Kebanyakan vitamin berfungsi membentuk subsansi yangmengaktifkan enzim. Dalam aspek nutrisi akan vitamin pada bakteri menunjukkan pola yang beragam. Meskipun bakteri membutuhkan vitamin didalam proses metaboliknya yang normal, beberapa mikroba mampu mensintesis seluruh kebutuhan vitaminnya. Bahan makanan yang digunakan oleh jasad hidup dapat berfungsi sebagai sumber energi, bahan pembangun sel, dan sebagai aseptor atau donor elektron.Secara garis besar bahan makanan dibagi menjadi tujuh golongan yaitu air, sumber energi, sumber karbon, sumber aseptor elektron, sumber mineral, faktor tumbuh, dan sumber nitrogen. JENIS NUTRIENT Nutrien dalam media perbenihan harus mengandung seluruh elemen yang penting untuk sintesis biologik organisme baru. Nutrient diklasifikasikan berdasarkan elemen yang mereka suplai yaitu : (Rusdimin,2003) Sumber Karbon Tumbuhan-tumbuhan dan beberapa bakteri mampu mengunakan energyfotosintetik untuk mereduksi karbondioksida pada penggunaan air.Organisme ini termasuk kelompok autotrof, makhluk hidup yang tidak membutuhkan nutrien organik untuk pertumbuhannya. Autotrof lain adalah khemolitotrof yaitu organisme yang menggunakan substrat anorganik seperti hidrogen atau thiosulfat sebagai reduktan dan karbondioksida sebagai sumber karbon. Heterotrof membutuhkan karbon organik untuk pertumbuhannya dan karbon organik tersebut harus dalam bentuk yang dapat diasimilasi.Contohnya naphthalene dapat menyediakan semua karbon dan energi yang dibutuhkan untuk pertumbuhan respirasi heterotropik, tetapi sangat sedikit organisme yang memiliki jalur metabolik yang perlu untuk asimilasi naphthalene.Sebaliknya, glukosa, dapat membantu pertumbuhan fermentatif atau respirasi dari banyak organisme.Substrat pertumbuhan disuplai pada tingkatan yang cocok untuk galur mikroba yang akan ditumbuhkan. Karbondioksida dibutuhkan pada sejumlah reaksi biosintesis. Banyak organisme respiratif menghasilkan lebih dari cukup karbondioksida untuk memenuhi kebutuhannya, tetapi yang lain membutuhkan sumber karbondioksida pada medium pertumbuhannya. Sumber Nitrogen dan Belerang Nitrogen merupakan komponen utama protein dan asam nukleat, yaitu 10 % dari berat kering sel bakteri.Nitrogen mungkin disuplai dalam bentuk yang berbedadan mikroorganisme beragam kemampuannya untuk mengasimilasi nitrogen.Hasil akhir dari seluruh jenis asimilasi nitrogen adalah bentuk paling tereduksi yaitu ion ammonium (NH4+). Banyak mikroorganisme memiliki kemampuan untuk mengasimilasi nitrat (NO3) dan nitrit (NO2) secara reduksi dengan mengubahnya menjadi amoniak (NH3).Jalur asimilasi ini berbeda dengan jalur dissimilasi nitrat dan nitrit.Jalur dissimilasi digunakan oleh organisme yang menggunakan ion ini sebagai
90

2.

elektron penerima terminal dalam respirasi, proses ini dikenal sebagai denitrifikasi, dan hasilnya adalah gas nitrogen (N2), yang dikeluarkan ke atmosfer. Kemampuan untuk mengasimilasi N2 secara reduksi melalui NH3 disebut fiksasi nitrogenadalah sifat untuk prokariota dan relatif sedikit bakteri yang memiliki kemampuan metabolisme ini. Proses tersebut membutuhkan sejumlah besar energi metabolik dan tidak dapat aktif dengan adanya oksigen. Kemampuan fiksasi nitrogen ditemukan pada beragam bakteri yang berevolusi sangat berbeda dalam strategi biokimia untuk melindungi enzim fixing-nitrogen nya dari oksigen. 3. Sumber Phospor Fosfat (PO43-) dibutuhkan sebagai komponen ATP, asam nukleat dan sejumlah koenzim seperti NAD, NADP dan flavin. Selain itu, banyak metabolit, lipid (fosfolipid, lipid A), komponen dinding sel (teichoic acid), beberapa polisakarida kapsul dan beberapa protein adalah bergugus fosfat. Fosfat selalu diasimilasi sebagai fosfat anorganik bebas (Pi). Sumber Mineral Sebagian besar mineral dibutuhkan untuk fungsi enzim.Dalam memformulasikan medium untuk pembiakan mikroorganisme.Hal yang perlu dilakukan yaitu menyediakan sumber potassium, magnesium, kalsium, dan besi, biasanya dalam bentuk ion-ion (K+, Mg2+, Ca2+, dan Fe2+). Banyak mineral lainnya (seperti Mn2+, Mo2+, Co2+, Cu2+, dan Zn2+) dapat ditemukan dalam air kran atau sebagai kontaminan dari kandungan medium lainnya. Sumber Oksigen Oksigen adalah komponen universal pada sel dan selalu terdapat dalam jumlah yang besar pada zat gizi yang utama yaitu air. Banyak organisme yang memerlukan oksigen molekular(O2). Organisme ini bergantung pada respirasi aerobik untuk memenuhi kebutuhan energi dan oksigen molekular berfungsi sebagai perantara yang mengoksidasi, maka organisme semacam iini disebut aerob obligat. Pada ekstrem faali yang lain terdapat mikroorganisme yang mendapat energi dari reaksi yang tidak menyertakan pemanfaatan oksigen molekular dan bentuk kimia unsur ini bukanlah zat gizi. Bagi banyak golongan faali, oksigen molekular merupakan racun, baik membunuhnya maupun menghambat pertumbuhannya. Organisme semacam ini adalah anaerob obligat. Beberapa mikroorganisme yang dapat tumbuh baik dengan maupun tanpa oksigen molekular adalah anaerob fakultatif. Air Air merupakan komponen utama sel mikroba dan medium.Fungsi air adalah sebagai sumber oksigen untuk bahan organik sel pada respirasi.Selain itu air berfungsi sebagai pelarut dan alat pengangkut dalam metabolism. Berdasarkan jumlah yang digunakan nutrient juga dibedakan menjadi dua yaitu makronutrient(digunakan dalam jumlah besar) dan micronutrient(digunakan dalam jumlah kecil). Tabel 2.1 Nutrisi Makronutrien Bakteri Elemen % Berat Kering Sumber Fungsi Makronutrien Karbon 50 Senyawa organik Konstituen utama atau CO2 dari bahan material sel Oksigen 20 H2O, senyawa Konstituen dalam organik, CO2 dan bahan material sel O2 dan cairan sel; O2
91

4.

5.

6.

Nitrogen

14

Hidrogen

Fosforus

adalah akseptor dalam respirasi aerobik NH3, NO3, Senyawa Konstituen dalam organik, N2 asam amino, asam nukleat dan koenzim H2O, senyawa Konstituen dari organik, H2 senyawa organik dan cairan sel. Juga penting bagi pembentukan sebagai proton. Fosfat(PO4) Konstituen asam nukleat, nukleotida, fosfolipid

Sumber : Rusdimin,2003 Tabel 2.2 Nutrisi Mikronutrien Bakteri Elemen % Berat Kering Makronutrien Sulfur 1

Sumber SO2, H2S, S, Senyawa sulfur organik Garam kalium

Fungsi

Konstituen dari senyawa ionik dan beberapa koenzim Kalium 1 Kation selular utama dan kofaktor untuk enzim-enzim tertentu Magnesium 0,5 Garam magneesium Kation sel dan kofaktor untuk beberapa reaksi enzim tertentu Kalsium 0,5 Garam kalsium Kation sel, kofaktor untuk enzim tertentu, dan salah satu komponen endospora Besi 0,2 Garam besi Komponen sitokrom dan protein lain serta salah satu kofaktor untuk beberapa reaksi enzim Ket : % berat kering tersebut untuk sel E.coli dalam fase pertumbuhan eksponensial. Sumber : Rusdimin,2003 SUMBER ENERGI
92

Ada beberapa sumber energi untuk mikroba yaitu senyawa organik atau anorganik yang dapat dioksidasi dan cahaya terutama cahaya matahari.( Schlegel,1994) 1. Sumber aseptor elektron Proses oksidasi biologi merupakan proses pengambilan dan pemindahan elektron dari substrat. Karena elektron dalam sel tidak berada dalam bentuk bebas, maka harus ada suatu zat yang dapat menangkap elektron tersebut.Penangkap elektron ini disebut aseptor elektron.Aseptor elektron ialah agen pengoksidasi.Pada mikrobia yang dapat berfungsi sebagai aseptor elektron ialah O2, senyawa organik, NO3-, NO2-, N2O, CO2, dan Fe3+. 2. Faktor tumbuh Faktor tumbuh ialah senyawa organik yang sangat diperlukan untuk pertumbuhan (penyusun bahan sel) dan senyawa ini tidak dapat disintesis dari sumber karbon yang sederhana.Faktor tumbuh sering juga disebut zat tumbuh dan hanya diperlukan dalam jumlah sangat sedikit.Berdasarkan struktur dan fungsinya dalam metabolisme, faktor tumbuh digolongkan menjadi asam aminosebagai penyusun protein; base purin dan pirimidinsebagai penyusun asam nukleat; dan vitamin sebagai gugus prostetis atau bagian aktif dari enzim. 3. Fungsi Unsur Nutrisi untuk Mikroba Setiap unsur nutrisi mempunyai peran tersendiri dalam fisiologi sel unsur tersebut di berikan kepada medium sebagai kation garam anornagilik yang jumlahnya berbeda-beda tergantung pada keperluannya. PENGGOLONGAN MIKROBA BERDASARKAN NUTRISI DAN OKSIGEN Mikroba berdasarkan nutrisi dan oksigen dibedakan menjadi :( Stanier Roger dkk, 1982) 1.Berdasarkan sumber karbon Berdasarkan atas kebutuhan karbon dibedakan menjadi autototrof dan heterotrof.Autotrof ialah jasad yang memerlukan sumber karbon dalam bentuk anorganik, misalnya CO2 dan senyawa karbonat. Heterotrof ialah jasad yang memerlukan sumber karbon dalam bentuk senyawa organik. Heterotrof dibedakan lagi menjadi jasad saprofit dan parasit. Jasad saprofit ialah jasad yang dapat menggunakan bahan organik yang berasal dari sisa jasad hidup atau sisa jasad yang telah mati. Jasad parasit ialah jasad yang hidup di dalam jasad hidup lain dan menggunakan bahan dari jasad inang nya. Jasad parasit yang dapat menyebabkan penyakit pada inangnya disebut jasad patogen. 2. Berdasarkan sumber energi Berdasarkan atas sumber energi jasad dibedakan menjadi jasad fototrof, jika menggunakan energi cahaya; dan khemotrof, jika menggunakan energi dari reaksi kimia.Jika didasarkan atas sumber energi dan karbonnya, maka dikenal jasad fotoautotrof, fotoheterotrof, khemoautotrof dan khemoheterotrof. Perbedaan dari keempat jasad tersebut sbb: Tabel 2.3 Perbedaan jasad berdasarkan sumber energi Jasad Sumber Karbon Fotoautotrof Zat anorganik Fotoheterotrof Zat organik Khemoautotrof Zat anorganik khemoheterotrof Zat organik

Sumber Energi Cahaya matahari Cahaya matahari Oksidasi zat anorganik Oksidasi zat organik

Sumber :Stanier Roger, Edward Alderberg dan John Ingraham. 1982. Dunia Mikroba 1. Bharata Karya Aksara. Jakarta.
93

3. Berdasarkan sumber donor elektron Berdasarkan atas sumber donor elektron jasad digolongkan manjadi jasad litotrof dan organotrof.Jasad litotrof ialah jasad yang dapat menggunakan donor elektron dalam bentuk senyawa anorganik seperti H2, NH3, H2S, dan S. Jasad organotrof ialah jasad yang menggunakan donor elektron dalam bentuk senyawa organik. 4. Berdasarkan sumber energi dan donor elektron Berdasarkan atas sumber energi dan sumber donor elektron jasad dapat digolongkan menjadi jasad fotolitotrof, fotoorganotrof, khemolitotrof, dan khemoorganotrof. Perbedaan keempat golongan jasad tersebut sbb: Tabel 2.4 Perbedaan jasad berdasarkan sumber enegidan donor elektron Jasad Sumber Energi Sumber Donor Contoh Elektron Fotolitotrof Cahaya Zat anorganik Tumbuhan tingkat Fotoorganotrof Cahaya Zat organik tinggi, alga Khemolitotrof Oksidasi zat anorganik Zat anorganik Bakteri belerang Khemoorganotrof Oksidasi zat organik Zat organik fotosintetik Bakteri besi, bakteri hidrogen, bakteri nitrifikasi Jasad heterotrof Sumber : Stanier Roger, Edward Alderberg dan John Ingraham. 1982. Dunia Mikroba 1. Bharata Karya Aksara. Jakarta. 5. Berdasarkan kebutuhan oksigen Berdasarkan akan kebutuhan oksigen, jasad dapat digolongkan dalam jasad aerob, anaerob, mikroaerob, anaerob fakultatif, dan kapnofil. Pertumbuhan mikroba di dalam media cair dapat menunjukkan sifat berdasarkan kebutuhan oksigen. Obligat aerob Fakultatif, anaerob Obligat ,anaerob Aerotoleran/Anaerob Mikroaerofil Jasad aerob ialah jasad yang menggunakan oksigen bebas (O2) sebagai satusatunya aseptor hidrogen yang terakhir dalam proses respirasinya. Jasa anaerob, sering disebut anaerob obligat atau anaerob 100% ialah jasad yang tidak dapat menggunakan oksigen bebas sebagai aseptor hidrogen terakhir dalam proses respirasinya. Jasad mikroaerob ialah jasad yang hanya memerlukan oksigen dalam jumlah yang sangat sedikit.Jasad aerob fakultatif ialah jasad yang dapat hidup dalam keadaan anaerob maupun aerob.Jasad ini juga bersifat anaerob toleran.Jasad kapnofil ialah jasad yang memerlukan kadar oksigen rendah dan kadar CO2 tinggi. Selain mikroba dibedakan berdasarkan nutrisi dan oksigen, mikroba juga dibedakan berdasarkan kondisi lingkungan yaitu suhu,pH(keasaman) dan tekanan osmotik.( Cotty, 1988) Suhu Berdasarkan ketahanannya terhadap suhu, mikroba dapat dikategorikan menjadi beberapa yaitu: 1. Psikrofil, mikroba yang tumbuh dengan baik pada suhu di bawah 20oC, dan masih dapat tumbuh pada suhu 0oC. 2. Mesofil, mikroba yang tumbuh pada suhu 20-40oC. Beberapa bakteri mesofil dapat tumbuh (tetapi tidak optimal) pada suhu tinggi atau suhu yang lebih rendah. 3. Termofil, mikroba ini tumbuh optimum pada suhu di atas 45oC, bahkan ada yang di atas 100 oC (ekstrim). pH (Kemasaman)
94

Berdasarkan ketahanannya terhadap pH, mikroba dapat dikategorikan menjadi beberapa yaitu: 1. Neutrofil, mikroba yang hidup optimum pada pH netral (6-8), tidak dapat hidup pada pH di bawah 4 dan di atas 9. 2. Asidofil, mikroba yang tumbuh optimum pada pH di bawah 5.5. Contoh: fungi, bakteri Thiobacillus yang hidup pada pH 2-3. 3. Alkalofil, mikroba yang tumbuh optimum pada pH di atas 9, Tekanan Osmotik Perbedaan tekanan osmotik dapat memecahkan sel mikroba. Beberapa arkhaeobakteri hanya dapat tumbuh pada konsentrasi elektrolit (biasanya NaCl), tinggi, Bakteri yang tahan pada kadar garam yang relatif tinggi disebut bakteri Halofil yang bersifat halotoleran.

INTERAKSI ANTAR JASAD DALAM MENGGUNAKAN NUTRIEN Jika dua atau lebih jasad yang berbeda ditumbuhkan bersama-sama dalam suatu medium, maka aktivitas metabolismenya secara kualitatif maupun kuantitatif akan berbeda jika dibandingkan dengan jumlah aktivitas masing-masing jasad yang ditumbuhkan dalam medium yang sama tetapi terpisah. Fenomena ini merupakan hasil interaksi metabolisme atau interaksi dalam penggunaan nutrisi yang dikenal sebagai sintropik atau sintropisme atau sinergitik. Sebagai contoh ialah bakteri penghasil metan yang anaerob obligat tidak dapat menggunakan glukosa sebagai substrat, tetapi bakteri tersebut akan segera tumbuh oleh adanya hasil metabolisme bakteri anaerob lain yang dapat menggunakan glukosa. Contoh lain ialah biakan campuran yang terdiri atas dua jenis mikroba atau lebih sering tidak memerlukan faktor tumbuh untuk pertumbuhannya. Mikroba yang dapat mensintesis bahan selnya dari senyawa organik sederhana dalam medium, akan mengekskresikan berbagai vitamin atau asam amino yang sangat penting untuk mikroba lainnya. Adanya ekskresi tersebut memungkinkan tumbuhnya mikroba lain. Kenyataan ini dapat menimbulkan koloni satelit yang dapat dilihat pada medium padat. Koloni satelit hanya dapat tumbuh kalau ada ekskresi dari mikroba lain yang menghasilkan faktor tumbuh eseniil bagi mikroba tersebut. Bentuk interaksi lain adalah cross feeding yang merupakan bentuk sederhana dari simbiose mutualistik. Dalam interaksi ini pertumbuhan jasad yang satu tergantung pada pertumbuhan jasad lainnya, karena kedua jasad tersebut saling memerlukanm faktor tumbuh esensiil yang diekskresikan oleh masing-masing jasad.( Tryana, S.T. 2008) MEDIA SEBAGAI SUMBER NUTRISI MIKROBA Media pertumbuhan mikroorganisme adalah suatu bahan yang terdiri dari campuran zat-zat makanan (nutrisi) yang di perlukan mikroorganisme untuk pertumbuhan.Mikroorganisme memanfaatkan nutrisi media berupa molekul-melekul kecil yang dirakit untuk menyusun komponen sel. Dengan media pertumbuhan dapat dilakukan isolate mikroorganisme menjadi kultur murni dan juga memanipulasi komponen media pertumbuhannya.( Suriawiria, 1999) Medium yang digunakan untuk menumbuhkan dan mengembangbiakkan mikroorganisme tersebut harus sesuai susunanya dengan kebutuhan jenis-jenis mikroorganisme yang bersangkutan. Untuk menumbuhkan mikroorganisme yang kita inginkan, yang pertama harus dilakukan adalah memahami kebutuhan dasarnya kemudian memformulasikan suatu medium atau bahan yang akan digunakan. ( Suriawiria, 1999)

95

Media biakan yang digunakan untuk menumbuhkan bakteri terdapat dalam bentuk padat, semi-padat dan cair.Media biakan harus berisi zat hara dan mempunyai keadaan fisik yang sesuai pertumbuhan bakteri.Nutrisi yang berbeda di dalam media biakan di gunakan untuk pertumbuhan, sintesis sel, keperluan energi dalam metabolisme dan pergerakan.Pada umumnya nutrisi atau kandungan unsure dalam media biakan yang dibutuhkan oleh bakteri adalah sumber energi, karbon, nitrogen, sulfur, fasfor, unsur-unsur logam, vitamin dan air. Bahan-bahan media biakan: ( Suriawiria, 1999) 1.Bahan dasar a. Air (H2O) sebagai pelarut b. Agar (dari rumput laut) yang berfungsi sebagai pemadat media. Agar sulit di degradasi oleh mikroorganisme pada umunya dan mencair pada suhu 450C. c. Glatin juga memiliki fungsi yang sama seperti agar. Glatin adalah polimer asam aminio yang diproduksi dari kologen.Kekurangannya adalah lebih banyak jemis mikroba yang mampu menguraikan dibandingkan agar. d. Silica gel, yaitu bahan yang mengandung natrium silikat. Fungsinya juga sebagai pemadat media.Silica gel khususnya digunakan untuk memadatkan media bagi mikroorganisme autotrof abligat. 2.Nutrisi atau zat makanan a. Media harus mengandung unsur-unsur yang diperlukan untuk metabolisme sel yaitu berupa unsur malro seperti C, H, O, N, P; unsur mikro seperti Fe, Mg dan unsur pelekat/trace element. b. Sumber karbon dan energi yang dapat di peroleh berupa semyawa organic atau anorganik sesuai dengan sifat mikrobanya. Jasad heterotrof memerlukan sumber karbon organik antara lain dari karbohidrat, lemak, protein, dan asam organic. c. Sumber nitrogen mencakup asam amino, protein atau senyawa bernitrogen lain. Sejumlah mikroba dapat menggunakan sumber N anorganik seperti urea. d. Vitamin-vitamin. 3.Bahan tambahan Bahan-bahan tambahan yaitu bahan yang ditambahkan ke dalam medium dengan tujuan tertentu, msalnya phenol red (indicator asam basa) ditambahkan untuk indicator perbahan pH akibat produksi asam organic hasil metabolisme. Bahan yang sering digunakan dalam pembuatan media a. Agar, dapat diperoleh dalam bentuk batangan, granula atau bubuk dan terbuat dari rumput laut. Kegunaannya adalah sebagai pemadat (gelling). Jika dicampur dengan air dingin, agar tidak akan larut, untuk melarutkannya harus diasuk dan dipanasi. b. Peptone, adalah produk hidrolisis protein hewani aau nabati seperti otot, liver, darah, susu, kasein, laktobumin, gelatin, dan kedelai. c. Meat extract, mengandung basa organic terbuat dari otak, limpa, plasenta, dan daging sapi. d. Yeast extract, terbuat dari ragi pengembang roti atau pembuat alcohol. Yeast extract mengandung asam amino yang lengkap dan vitamin (B complex). Karbohidrat, ditambahkan untuk memperkaya asam amino dan gas dari karbohidrat.Jenis karbohidrat yang umumnya digunakan adalah amilum, glukosa, fruktosa, galaktosa, sukrosa, manitol, dan lain-lain. Konsentrasi yang ditambahkan untuk analisis fermentasi adalah 0,5-1%. MEDIUM KULTUR Medium kultur adalah material nutrien yang disiapkan untuk pertumbuhan mikroorganisme di laboratorium. Beberapa mikroorganisme dapat umbuh pada berbagai media, namun ada pula yang membutuhkan media khusus, dan bahkan ada yang tidak dapat tumbuh sama sekali dalam medium buatan.
96

Ketika mikroba pertama kali dimasukkan ke dalam medium kultur untuk memulai perkembangbiakan, ia disebut inokulum. Mikroba yang tumbuh dan berkembangbiak dalam medium kultur disebut dengan kultur. Ada beberapa kriteria medium kultur agar dapat menumbuhkan suatu kultur: (Prescott dkk,2002) - Mengandung nutrien yang tepat untuk mikroorganisme yang ingin ditumbuhkan. - Medium harus steril (tidak ada kehidupan lain di dalamnya) sehingga kultur hanya mengandung mikroba yang diinginkan. - Kultur harus diinkubasi pada temperatur yang tepat. Jika dibutuhkan suatu medium solid untuk menumbuhkan bakteri, suatu agen pemadat (solidifying agent) perlu ditambahkan ke dalam medium. Agen pemadat yang paling sering digunakan adalah agar, suatu senyawa polisakarida kompleks yang berasal dari alga di lautan. Agar biasa digunakan dalam makanan seperti jeli dan es krim. Supaya tetap cair. agar disimpan dalam air pada temperatur 50C. Pada kisaran temperatur ini masih aman bagi bakteri ketika agar dituangkan pada mereka. Begitu agar memadat, medium bisa diinkubasi bahkan hingga temperatur mendekati 100C (agar mencair pada 100C) sehingga bisa digunakan untuk menumbuhkan bakteri termofilik. Ada beberapa jenis medium, yaitu: (Prescott dkk,2002) Chemically Defined Media Untuk mendukung pertumbuhan mikroba, suatu medium harus menyediakan energi, karbon, nitrogen, sulfur, fosfor, dan bahan-bahan lain yang tidak dapat disintesis oleh mikroba dalam medium itu. Medium dengan bahan kimia yang ditentukan adalah medium yang dapat diketahui dengan pasti komposisi kimianya. Untuk menumbuhkan mikroba kemoheterotrof, medium harus mengandung bahan organik yang dibutuhkan mikroba untuk tumbuh, yaitu bahan yang mengandung karbon dan energi. Sebagai contoh, glukosa dimasukkan dalam medium untuk menumbuhkan mikroba kemoheterotrof E. coli. Organisme yang membutuhkan banyak bahan-bahan faktor pertumbuhan disebut fastidious, contohnya adalah Neisseria. Beberapa mikroorganisme juga bisa dimanfaatkan untuk melakukan microbiological assay, yaitu menentukan konsentrasi vitamin dalam suatu substansi. Salah satu contohnya adalah Lactobacillus. Untuk melakukannya, medium pertumbuhan yang mengandung semua bahan yang dibutuhkan untuk pertumbuhan mikroorganisme disiapkan terlebih dahulu, kecuali vitamin yang akan ditentukan konsentrasinya. Kemudian medium, substansi yang akan dites, dan mikroba digabungkan. Pertumbuhan bakteri, yang bisa dilihat dari jumlah asam laktat yang dihasilkan, akan sebanding dengan jumlah vitamin dalam substansi. Media kompleks (Complex Media) Hampir semua bakteri heterotropik dan fungi ditumbuhkan dalam media kompleks, yang terdiri dari sejumlah nutrien seperti ekstrak dari ragi, daging, tanaman, maupun digest dari protein, dan sejenisnya. Komposisi kimianya sedikit bervariasi dari batch satu dan batch lain. Tabel berikut menunjukkan resep yang umum digunakan. Komposisi Nutrient Agar, Suatu Medium Kompleks untuk Pertumbuhan Bakteri Heterotrof Konstituen Jumlah Pepton 5,0 g Ekstrak daging sapi 3,0 g NaCl 8,0 g Agar 15,0 g Air 1 liter
97

bel 1:

Dalam media kompleks, kebutuhan energi, karbon, nitrogen, dan sulfur untuk pertumbuhan mikroba disediakan oleh digest protein, yaitu pepton. Vitamin dan bahan-bahan organik lain disediakan oleh ekstrak daging maupun ragi. Vitamin dan mineral dari daging atau ragi dilarutkan, lalu diuapkan airnya sehingga bahan-bahan yang larut tadi akan terkonsentrasi. Jika medium kompleks dalam bentuk cair disebut nutrient broth. Jika agar ditambahkan, medium disebut nutrient agar. Media pertumbuhan anaerobik (Anaerobic Growth Media) Bakteri anaerobik merupakan bakteri yang tidak tahan oksigen, sehingga jika terkena oksigen ia akan mati. Ini menjadi masalah dalam kultivasi bakteri anaerobik. Suatu media khusus yang disebut media pereduksi (reducing media) digunakan untuk bakteri anaerobik. Media ini mengandung bahan seperti sodium thioglycolate yang mampu mengikat oksigen terlarut dan menghilangkan oksigen dalam media kultur. Test tube yang digunakan untuk menumbuhkan bakteri ini haruslah tertutup rapat dan dipanaskan sebelum digunakan untuk menghilangkan O2. Jika kultur ternyata harus ditumbuhkan di cawan Petri, diperlukan suatu wadah khusus anaerobik. Cawan dimasukkan ke dalam wadah itu, lalu oksigen dihilangkan dengan cara memberi air pada sodium bikarbonat dan sodium borohidrat yang sudah ada dalam wadah. Wadah kemudian ditutup rapat. Reaksi yang terjadi menghasilkan H2 dan CO2. Dengan bantuan katalis paladium, H2 dan O2 di dalam wadah bereaksi membentuk air. Teknik kultur khusus Ada beberapa jenis bakteri yang tidak pernah bisa ditumbuhkan dalam media buatan, sehingga perlu penanganan khusus untuk menumbuhkannya. Mycobacterium leprae hanya bisa ditimbuhkan di dalam armadillo, yang temperatur tubuhnya sesuai dengan yang dibutuhkan bakteri itu. Pada umumnya, bakteri obligat intraseluler, seperti Rickettsias dan Chlamydias tidak dapat tumbuh dalam media buatan. Mereka hanya bisa tumbuh dalam sel hidup. Ada beberapa bakteri aerobik yang membutuhkan CO2 dalam jumlah lebih besar daripada yang ada di atmosfer. Saat ini konsentrasi CO2 bisa diatur lewat alat elektronik. Selain itu, ada cara yang lebih sederhana, yaitu dengan candle jar. Pada metode ini, kultur dimasukkan ke dalam wadah yang di dalamnya terdapat lilin yang menyala. Wadah lalu ditutup rapat. Lilin akan berhenti menyala ketika konsentrasi O2 dalam wadah menjadi sedikit (tapi masih cukup untuk pertumbuhan mikroba). Kondisi di mana O 2 sedikit dan CO2 banyak adalah merupakan representasi dari kondisi dalam sistem pencernaan dan sistem pernafasan. Media selektif dan media diferensiasi Media selektif adalah media yang didesain untuk menekan pertumbuhan mikroba yang tidak diinginkan dan mendukung pertumbuhan mikroba yang diinginkan. Misalnya saja pemberian agar bismuth sulfite. Medium ini merupakan medium yang cocok untuk mengisolasi bakteri gram-negatif Salmonella typhi dari feses. Bismuth sulfite mampu menghambat bakteri gram-positif dan kebanyakan bakteri gram-negatif pada saluran pencernaan (kecuali S. Typhi). Media diferensiasi adalah media yang mampu mempermudah untuk membedakan koloni mikroba yang diinginkan dengan koloni-koloni lain yang tumbuh pada tempat yang sama. Agar darah (mengandung eritrosit) adalah media yang digunakan untuk mengidentifikasi spesies bakteri yang menghancurkan sel darah merah. Streptococcus pyogenes, bakteri yang menyebabkan sakit tenggorokan membentuk suatu cincin di sekitar koloninya di mana mereka menghancurkan eritrosit di sekitarnya. Terkadang media selektif dan diferensiasi dijadikan satu dalam sebuah medium. Staphylococcus aureus mampu menoleransi NaCl dalam konsentrasi tinggi, dan ia juga dapat memfermentasi manitol untuk membentuk asam. Agar garam manitol mengandung 7,5% NaCl. Kandungan NaCl mampu menghambat
98

pertumbuhan mikroba-mikroba lain dan mendukung pertumbuhan S. aureus. Medium ini juga mengandung indikator pH yang berubah warna ketika manitol dalam medium difermentasi menjadi asam oleh S. aureus. Berikut ini contoh media selektif dan media diferensial yang sering digunakan di dalam Laboratorium Mikrobiologi : (Tryana, S.T. 2008)

1. Agar-darah (Blood agar) Agar darah merupakan media differensial yang digunakan untuk perbedaan beberapa bakteri patogen, misalnya Streptococcus. Media ini dibubuhi darah, sehingga kelihatan berwarna coklat kemerahmerahan dan digunakan untuk menyediakan faktor penumbuh yang diperlukan oleh bakteri patogen. Bakteri dapat juga dibedakan berdasarkan kemampuannya untuk mengadakan hemolisis pada sel-sel darah. Bakteri hemolitik a dapat menghasilkan suatu zona yang menghijau di sekelilingkoloni, sedangkan bakteri hemolitik b, menghasilkan suatu zona yang cerah di sekeliling koloni.

2. Endo agar Endo agar adalah media padat (solid plating media), digunakan untuk menumbuhkan bakteri yang hidup di usus. Media ini mengandung natrium sulfit dan basic fuchsin yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri Gram positif. Asam yang dihasilkan dari perombakan laktosa dapat dideteksi dengan asetaldehida dan natrium sulfit. 3. EMB (Eosin Methylene Blue) EMB merupakan media diferensial berbentuk padat dapat digunakan untuk menggantikan Mac Conkey agar dan untuk mengadakan isolasi serta mendeteksi Enterobacteriaceae dan campuran spesiesspesies bakteri yangberbentuk batang koliform. Eosin dan methylene blue berfungsi untuk menghambat pertumbuhan bakteri Gram positif dan bakteri Gram negatif. Eosin dan methylene blue ini dapat juga berperan sebagai indikator produksi asam. 4. Mac Conkey Agar Media ini merupakan media padat dan media differensial, digunakan untuk seleksi dan penumbuh Enterobacteriaceae dan bakteri Gram negatif yang berbentuk batang. Garam-garam empedu dan kristal-kristal violet di dalam media ini dapat menghambat pertumbuhan bakteri Gram positif dan bakteri Gram negatif. 5. Mannitol Salt Agar Mannitol salt agar merupakan medium yang mengandung 7,5% NaCl, yang dapat menghambat pertumbuhan kebanyakan bakteria selainStreptococcus. Medium ini juga mengandung mannitol, fenol merah sebagai indikator pH, berguna untuk mendeteksi adanya asam yang dihasilkan
99

oleh Staphylococcus yang memfermentasi mannitol dapat menghasilkan zona berwarna kuning di sekitar pertumbuhannya, sedangkan yang tidak dapat memfermentasikan manitol tidak akan menimbulkan perubahan warna. 6. Selenite Broth Media ini digunakan untuk mengadakan isolasi spesies Salmonella dari spesimen-spesimen seperti urin dan feses. Sodium Selenite dapat merupakan inhibitor terhadap Eschericia coli dan beberapa spesies dariShigella. Kultur yang diperkaya (Enrichment culture) Terkadang suatu bakteri terdapat dalam jumlah yang sangat kecil terabaikan, terutama ketika bakteri spesies lain terdapat dalam jumlah besar, sehingga digunakanlah enrichment culture. Biasanya digunakan pada sampel tanah. Medium yang digunakan untuk memperkaya kultur minoritas tadi biasanya berbentuk cair dan menyediakan nutrien dan suasana yang mendukung pertumbuhan mikroba minoritas, namun tidak untuk mikroba-mikroba lain. Metode ini hampir sama dengan medium selektif, namun ini didesain untuk meningkatkan jumlah mikroba yang ada dalam jumlah sangat kecil hingga mencapai level yang dapat dideteksi. Misalkan kita ingin mengisolasi mikroba dari tanah yang bisa tumbuh dengan fenol, namun jumlahnya sangat sedikit dibandingkan mikroba lain. Jika sampel tanah ditempatkan dalam medium cair kaya fenol (di mana fenol di sini sebagai sumber satu-satunya sumber karbon dan energi), maka mikroba yang tidak bisa mengolah fenol tidak akan bisa tumbuh. Medium kultur diinkubasi beberapa hari, lalu sebagian dari mikroba ditempatkan pada wadah lain yang berisi medium yang sama. Setelah beberapa kali transfer, populasi yang tersisa itu adalah bakteri yang mampu mengolah fenol. MEDIUM YANG SERING DIGUNAKAN Medium untuk menumbuhkan mikroorganisme ada berbagai macam.Mikroorganisme dapat tumbuh sesuai dengan medium yang digunakan. Berikut adalah berbagai medium yang sering digunakan :( Buckle.2007) Nutrien Agar(NA) Gambar:Nutrien Agar Sumber : (wikipedia.org/wiki/Nutrient_agar) Nutrien agar adalah medium umum untuk uji air dan produk dairy.NA juga digunakan untuk

pertumbuhan mayoritas dari mikroorganisme yang tidak selektif, dalam artian mikroorganisme heterotrof.Media ini merupakan media sederhana yang dibuat dari ekstrak beef, pepton, dan agar. Na merupakan salah satu media yang umum digunakan dalam prosedur bakteriologi seperti uji biasa dari air, sewage, produk pangan, untuk membawa stok kultur, untuk pertumbuhan sampel pada uji bakteri, dan untuk mengisolasi organisme dalam kultur murni. Pada pembuatan medium NA ini ditambahkan pepton agar mikroba cepat tumbuh, karena mengandung banyak N2 (Dwidjoseputro, 1994). Agar yang digunakan dalam proses ini untuk mengentalkan medium sama halnya dengan yang digunakan pada medium PDA yang juga
100

berperan sebagai media tumbuh yang ideal bagi mikroba (Schlegel, 1993). Agar dilarutkan dengan komposisi lain dan disterilisasi dengan autoklaf pada 121C selama 15 menit. Kemudian siapkan wadah sesuai yang dibutuhkan. Dalam percobaan warna NA sebelum dilarutkan dalam aquades adalah coklat, dan setelah dilarutkan dalam aquades berubah menjadi kekuning-kuningan dan terdapat endapan. Jadi untuk menghilangkan endapan tersebut maka dipanaskan dalam penangas air dengan tabung Erlenmeyer disumbat dengan alat penyumbat. Setelah sterilisasi warna medium menjadi agak coklat Potato Dextrose Agar (PDA) Gambar : Fusarium roseum on Potato Dextrose Agar (PDA)

(Sumber : forestryimages.org) PDA digunakan untuk menumbuhkan atau mengidentifikasi yeast dan kapang.Dapat juga digunakan untuk enumerasi yeast dan kapang dalam suatu sampel atau produk makanan. PDA mengandung sumber karbohidrat dalam jumlah cukup yaitu terdiri dari 20% ekstrak kentang dan 2% glukosa sehingga baik untuk pertumbuhan kapang dan khamir tetapi kurang baik untuk pertumbuhan bakteri. Cara membuat PDA adalah mensuspensikan 39 g media dalam 1 liter air yang telah didestilasi. Tetapi pada praktikum kali ini PDA dilarutkan pada 50mL air dengan perhitungan : 3950 = 1000x x = 1,95gr jadi PDA yang digunakan untuk 50 ml aquades adalah 1,95gr. Serbuk PDA berwarna kuning karena merupakan ekstrak kentang yang pada dasarnya berarna kuning.serbuk dicampur dan dipanaskan serta aduk. Didihkan selama 1 menit untuk melarutkan media secara sempurna.Sterilisasi pada suhu 121C selama 15 menit.setelah disterilisasi dalam autoklaf medium berwarna kecoklatan dan didapat endapan berwarna putih. Dinginkan hingga suhu 40-45C dan tuang dalam cawan petri dengan pH akhir 5,6+0,2.). Setelah didinginkan, medium dapat ditanami bakteri . Plate Count Agar (PCA) Gambar : Listeria monocytogenes pada PCA

101

(Sumber: mikrobiyoloji.org) PCA digunakan sebagai medium untuk mikroba aerobik dengan inokulasi di atas permukaan. PCA dibuat dengan melarutkan semua bahan (casein enzymic hydrolisate, yeast extract, dextrose, agar) hingga membentuk suspensi 22,5 g/L kemudian disterilisasi pada autoklaf (15 menit pada suhu 121C). Media PCA ini baik untuk pertumbuhan total mikroba (semua jenis mikroba) karena di dalamnya mengandung komposisi casein enzymic hydrolisate yang menyediakan asam amino dan substansi nitrogen komplek lainnya serta ekstrak yeast mensuplai vitamin B kompleks. MEDIUM LAINNYA Selain medium di atas masih terdapat medium lain yang juga memiliki fungsi untuk menumbuhkan kultur mikroorganisme, yaitu :( Buckle.2007) Lactose Broth

Gambar : Kaldu hasil laktosa (Sumber: marietta.edu) Lactose broth digunakan sebagai media untuk mendeteksi kehadiran koliform dalam air, makanan, dan produk susu, sebagai kaldu pemerkaya (pre-enrichment broth) untuk Salmonellae dan dalam mempelajari fermentasi laktosa oleh bakteri pada umumnya. Pepton dan ekstrak beef menyediakan nutrien esensial untuk memetabolisme bakteri.Laktosa menyediakan sumber karbohidrat yang dapat difermentasi untuk organisme koliform.Pertumbuhan dengan pembentukan gas adalah presumptive test untuk koliform. Lactose broth dibuat dengan komposisi 0,3% ekstrak beef; 0,5% pepton; dan 0,5% laktosa. Fermentasi laktosa menyebabkan produksi asam dan perubahan dalam indikator pH ke warna kuning.Jika laktosa tidak difermentasi media tetap merah.Produksi gas ditunjukkan oleh akumulasi dalam tabung Durham (panah).

Nutrient Broth (NB)

Gambar : media nutrient agar (NA) yang telah ditanam dari biakan media nutrient broth (NB) Sumber: mulyadiveterinary.wordpress.com Nutrient broth merupakan media untuk mikroorganisme yang berbentuk cair. Intinya sama dengan nutrient agar. Nutrient broth dibuat dengan cara sebagai berikut.
102

1. Larutkan 5 g pepton dalam 850 ml air distilasi/akuades. 2. Larutkan 3 g ekstrak daging dalam larutan yang 3. Atur pH sampai 7,0. 4. Beri air distilasi sebanyak 1.000 ml. 5. Sterilisasi dengan autoklaf EMBA (Eosin Methylene Blue Agar)

dibuat

pada

langkah

pertama.

Media Eosin Methylene Blue mempunyai keistimewaan mengandung laktosa dan berfungsi untuk memilah mikroba yang memfermentasikan laktosa seperti S. aureus, P. aerugenosa, dan Salmonella.Mikroba yang memfermentasi laktosa menghasilkan koloni dengan inti berwarna gelap dengan kilap logam. Sedangkan mikroba lain yang dapat tumbuh koloninya tidak berwarna. Adanya eosin dan metilen blue membantu mempertajam perbedaan tersebut. Namun demikian, jika media ini digunakan pada tahap awal karena kuman lain juga tumbuh terutama P. Aerugenosa dan Salmonella sp dapat menimbulkan keraguan. Bagaiamanapun media ini sangat baik untuk mengkonfirmasi bahwa kontaminan tersebut adalah E.coli. Agar EMB (levine) merupakan media padat yang dapat digunakan untuk menentukan jenis bakteri coli dengan memberikan hasil positif dalam tabung. EMB yang menggunakan eosin dan metilin bklue sebagai indikator memberikan perbedaan yang nyata antara koloni yang meragikan laktosa dan yang tidak.Medium tersebut mengandung sukrosa karena kemempuan bakteri koli yang lebih cepat meragikan sukrosa daripada laktosa. Untuk mengetahui jumlah bakteri coli umumnya digunakan tabel Hopkins yang lebih dikenal dengan nama MPN (most probable number) atau tabel JPT (jumlah perkiraan terdekat), tabel tersebut dapat digunakan untuk memperkirakan jumlah bakteri coli dalam 100 ml dan 0,1 ml contoh air.

Gambar : Salmonella enteritidis tumbuh di EMB Agar (Sumber : microbiologyatlas.kvl.dk) MRSA (deMann Rogosa Sharpe Agar) MRSA merupakan media yang diperkenalkan oleh De Mann, Rogosa, dan Shape (1960) untuk memperkaya, menumbuhkan, dan mengisolasi jenis Lactobacillus dari seluruh jenis bahan. MRS agar mengandung polysorbat, asetat, magnesium, dan mangan yang diketahui untuk beraksi/bertindak sebagai faktor pertumbuhan bagi Lactobacillus, sebaik nutrien diperkaya MRS agar tidak sangat selektif, sehingga ada kemungkinan Pediococcus dan jenis Leuconostoc serta jenis bakteri lain dapat tumbuh. MRS agar mengandung: 1. Protein dari kasein 10 g/L 2. Ekstrak daging 8,0 g/L 3. Ekstrak ragi 4,0 g/L 4. D (+) glukosa 20 g/L 5. Magnesium sulfat 0,2 g/L
103

6. Agar-agar 14 g/L 7. dipotassium hidrogen phosphate 2 g/L 8. Tween 80 1,0 g/L 9. Diamonium hidrogen sitrat 2 g/L 10. Natrium asetat 5 g/L 11. Mangan sulfat 0,04 g/L MRSB merupakan media yang serupa dengan MRSA yang berbentuk cair/broth Trypticase Soy Broth (TSB)

(Sumber : totallyfreeimages.com) Setelah 24 jam, menunjukkan pertumbuhan kolonial kasar, dan halus pada bakteri Enterobacter cloacae. TSB adalah media broth diperkaya untuk tujuan umum, untuk isolasi, dan penumbuhan bermacam mikroorganisme. Media ini banyak digunakan untuk isolasi bakteri dari spesimen laboratorium dan akan mendukung pertumbuhan mayoritas bakteri patogen. Media TSB mengandung kasein dan pepton kedelai yang menyediakan asam amino dan substansi nitrogen lainnya yang membuatnya menjadi media bernutrisi untuk bermacam mikroorganisme.Dekstrosa adalah sumber energi dan natrium klorida mempertahankan kesetimbangan osmotik.Dikalium fosfat ditambahkan sebagai buffer untuk mempertahankan pH. APDA Media APDA berfungsi untuk menumbuhkan dan menghitung jumlah khamir dan yeast yang terdapat dalam suatu sampel. Khamir dan yeast akan tumbuh dengan optimal pada media yang sesuai. Adanya asam tartarat dan pH rendah maka pertumbuhan bakteri terhambat. APDA dibuat dengan merebus kentang selama 1 jam/45 menit, agar dilelehkan dalam 500 ml air. Campurkan ekstrak kentang dalam agar lalu ditambahkan glukosa dan diaduk rata. Pada APDA jadi ini juga ditambah asam tartarat. VRBA (Violet Red Bile Agar) VRBA dapat digunakan untuk perhitungan kelompok bakteri Enterobactericeae. Agar VRBA mengandung violet kristal yang bersifat basa, sedangkan sel mikroba bersifat asam. Bila kondisi terlalu basa maka sel akan mati. Dengan VRBA dapat dihitung jumlah bakteri E.coli. Bahan-bahan yang dibutuhkan untuk membuat VRBA adalah yeast ekstrak, pepton, NaCl, empedu, glukosa, neutral red, kristal violet, agar). Bahan-bahan tersebut kemudian dicampur dengan 1 liter air yang telah didestilasi.Panaskan hingga mendidih sampai larut sempurna.Dinginkan hingga 50-60C. Pindahkan dalam tabung sesuai kebutuhan, pH akhir adalah 7,4. Campuran garam bile dan kristal violet menghambat bakteri gram positif. Yeast ekstrak menyediakan vitamin B-kompleks yang mendukung pertumbuhan bakteri. Laktosa merupakan sumber karbohidrat.Neutral red sebagai indikator pH.Agar merupakan agen pemadat.
104

PGYA Media ini berfungsi untuk isolasi, enumerasi, dan menumbuhkan sel khamir. Dengan adanya dekstrosa yang terkandung dalam media ini, PGYA dapat digunakan untuk mengidentifikasi mikroba terutama sel khamir. Untuk membuatnya, semua bahan dicampur dengan ditambah CaCO3 terlebih dahulu sebanyak 0,5 g lalu dilarutkan dengan akuades. Kemudian dimasukkan dalam erlenmeyer dan disumbat dengan kapas lalu disterilisasi pada suhu 121C selama 15 menit.

LAMPIRAN II (TANYA-JAWAB) 1. Dewi N (115061100111001) Bagaimana cara memisahkan mikroba dengan agar pada industri? Metode apa yang digunakan? Jawaban : Metode yang digunakan untuk memisahkan agar dan mikroba merupakan metode yang sederhana yaitu hanya dengan menggunakan pinset yang steril sehingga mikroba tidak tercemar oleh zat-zat lain. 2. Nanang(11506110111025) Bagaimana cara kerja pompa Na? Jawaban : Kerja Pompa Na adalah sebagai berikut

1. Pompa Na dengan binding site (3 untuk Na+, 2 untuk K+) dengan posisi terbuka pada sisi sitoplasma 2. Konformasi menunjukkan afinitas yang lebih tinggi terhadap Na+ dibanding K+ 3. Ion Na terikat 4.ATP terikat dan memfosforilasi permukaan sitoplasma dari pompa, yang menyebabkan perubahan konformasi ATPase sehingga binding site terbuka ke arah luar. 5. Konformasi ini menunjukkan afinitas yang lebih rendah terhadap Na+ dibanding K+ 6. Ion Na dilepaskan 7. Ion K terikat 8. Glikosida digitalis menghambat pompa dengan berikatan pada 1 tempat K+ 9. Defosforilasi terjadi, mengubah konformasi ATPase 10. Binding site sekarang terbuka ke dalam, dengan afinitas lebih rendah terhadap K+ dibanding Na+ 11. Ion K dilepaskan dan kembali ke konformasi awal
105

3. Winda(115061101111003) Semua organisme membutuhkan belerang(sulfur) apa bahayannya jika sulfur menjadi sulfit? Jawaban : Tidak berbahaya karena perpindahan sulfat terjadi melalui proses rantai makanan lalu semua makhluk hidup yang mati akan diuraikan komponen organiknya oleh bakteri. Beberapa jenis bakteri terlibat dalam daur sulfur, antara lain Desulfomaculum dan Desulfibrio yang akan tereduksi sulfat menjadi sulfida dalam bentuk hidrogen sulfida(H2S). Kemudian H2S digunakan bakteri fotoautotrof naerob seperti Chromatium dan melepaskan sulfur dan oksigen. 4. Ayu Indah Wibowo(115061101111011) Bagaimana cara mengendalikan nutrient untuk mikroba agar tidak berlebihan? Jawaban : Dengan cara cleaning, desinfeksi,aniseptis,sterlisasi,Dll

5. Dewi Ariesi (115061105111007) Apakah di industri juga menggunakan agar dalam pemberian nutrient? Apakah ada media selain agar? Jawaban : Iya, dalam industri memakai media agar. Ada media lain selain agar yaitu media cair seperti kaldu tetapi sangat jarang digunakan karena keefektifannya lebih rendah jika dibandingkan dengan media agar. 6. Mutia Dhana (115061100111007) Syarat-syarat apa yang digunakan untuk untuk memilih medium yang cocok untuk mikroba yang kita gunakan? Jawaban : berdasarkan susunan kimianya, yaitu medium organik,meium anorganik,medium sintetik dan medium nonsintetik -berdasarkan konsistensi medium separti medium cair, padat, semi padat berdasarkan fungsi yaitu diperkaya,spesifik,perhitungan penguji dan khusus. 7. Dian Nita Citra Dewi(115061101111013) Apa di dalam industri juga menggunakan media agar dalam skala besar? Jawaban : Dalam industri juga menggunakan agar tetapi agar tersebut di letakkan di tempat- tempat kecil dan tempat tersebut harus dalm jumlah banyak

8. Pandu R(115061107111001) Tadi dikatakan bahwa kapasitol itu membutuhkan oksigen yang sedikit nah apa bedanya dengan microaerophil? Jawaban: Kapnofil adalah mikroba yang memerlukan CO2 dalam konsentrasi yang tinggi, microaerophil adalah mikroba yang selama hidupnya hanya membutuhkan oksigen dalam jumlah yang sedikit. 9. Vivi Anita Aprilia(115061107111005) Aseptor yang digunakan oleh mikroba aalah O2, lalu bagaimana aseptor untuk mikroorganisme anaerob yang tidak menyukai O2? Jawaban: Yang tidak menyukai O2 pada mikroba anaerobik terjadi pemanfaatan berbagai akseptor elektron seperti nitrat, besi, mangan, sulfat dan karbon dioksida. Proses tersebut tergantung pada ketersediaan akseptor dan kondisi lingkungan

106

10. Dhanang Edy Pratama(115061101111007) Ada berapa mikroba yng benar benar tida bisa ditumbuhkan dalam medium buatan, seperti mikrobkteriel leprae yang hanya bisa di tumbuhkan dalam tubuh armadillo. Bagaimana cara mengontrol asupan nutrisi pada mikroba seperti itu? Jawaban: Jawaban : Asupan pada mikrobakterium lepre berasal dari gula, hidrokarbon dan asam amino sebagai sumber karbon dan nitrogen mikroba. Nutrisi tersebut dapat diambil dari lingkungan maupun dari tubuh armadillo 11. Ridhani Rida Ramadhan(115061100111009) Sisa sisa metabolisme dari bakteri bis dijadikan sebagai media pertumbuhan mikroba atau tidak? Dan tolong jelaskan medium pengaya dengan diperkaya? Jawaban: Sisa-sisa metebolisme bakteri tidak bisa dijadikan sebagai media pertumbuhan mikoba, karena media pertumbuhan harus steril sedangkan pada sisa sisa metabolisme tidak steril Medium pengaya medium yang kaya akan nutrient tertentu sehingga vdapat menumbuhkan dan memperbanyak sel 12. Mariatus Sholihah(115061100111019) Pada syarat nutrisi dijelaskan bahwa semua mikroorganisme membutuhkan oksigen, tetapi ada bakteri anaerob itu bagaimana? Dan bagaimana cara kerja aseptor elektron serta bagaimana mikroba menggunakannya? Jawaban: Bakteri anaerobik untuk memenuhi syarat nutrisinya dengan cara aseptor elektron. Cara kerja aseptor elektron yaitu dengan membuat ATP dengan menggunakan reaksi anaerobik yaitu fermentasi. Pengertian Sel Sel berasal dari kata latin cella yang berarti ruangan kecil. ukuran sel bermacam-macam dan bentuk sel juga bermacam-macam . meskipun ukuran sel sangat kecil, strukturnya sangat rumit dan masing-masing bagian sel memiliki fungsi khusus. misalnya, mitokondria yang terdapat di dalam sel berfungsi sebagai penghasil energy, sedangkan lisosom berfungsi sebagai pencerna. Sel merupakan unit terkecil dari makhluk hidup, yang dapat melaksanakan kehidupan. Sel disebut sebagai unit terkecil karena sudah tidak bisa dibagi-bagi lagi menjadi bagian yang lebih kecil yang berdiri sendiri. Sel dapat melakukan proses kehidupan seperti melakukan respirasi, perombakan, penyusunan, reproduksi melalui pembelahan sel, dan terhadap rangsangan. Sel disebut satuan struktural makhluk hidup. Sel juga disebut sebagai satuan fungsional makhluk hidup. Perkembangbiakan dilakukan melalui pembelahan sel. Pembelahan sel dilakukan baik oleh organisme bersel satu maupun organisme bersel banyak. Organisme bersel satu mengadakan pembelahan secara langsung sedangkan sel-sel pada organisme bersel banyak mengalami pembelahan secara mitosis. Sel mengandung materi genetic,yaitu materi penentun sifat-sifat makhluk hidup. Dengan adanya materi genetik, sifat makhluk hidup dapat diwariskan kepada keturunannya. (Alberts B. 1994) Struktur Sel Struktur sel dibagi menjadi struktuk sel prokariotik dan sel eukariotik. Struktur sel prokariotik

107

Semua sel prokariotik mempunyai membram plasma, nukleoid (berupa DNA dan RNA), dan sitoplasma yang mengandung ribosom. sel prokariotik tidak memiliki membram inti. Karena tidak mempunyai membran inti maka bahan inti yang berada di dalam sel mengadakan kontak langsung dengan protoplasma. Ciri lain dari sel prokariotik adalah tidak memiliki sistem endomembran (membran dalam), sepert reticulum endoplasma dan komplek golgi. selain itu, sel prokariotik juga tidak memiliki mitokondria dan kloropas, namun mempunyai struktur yang berfungsi sama, yaitu mesosom dan kromatofor. (Yunus, A. 2009)

Struktur sel eukariotik Perbedaan pokok antara sel prokariotik dan eukariotik adalah sel eukariotik memiliki membran inti, sedangkan sel prokariotik tidak. selain itu sel, eukariotik memiliki sistem endomembran, yakni memiliki organelorganel bermembram seperti retikulum endoplasma, komplek Golgi, mitokondria, dan lisosom. sel eukariotik juga memiliki sentriol, sedangkan sel prokariotik tidak. adapun sel eukariotik meliputi sebagai berikut: (Yunus, A. 2009)

1.

Membran plasma

Membran plasma membatasi sel dengan lingkungan luar, bersifat semi/selektif permeabel, berfungsi mengatur pemasukan dan pengeluaran zat ke dalam dan ke luar sel dengan cara difusi, osmosis, dan transport aktif. Membran sel terutama terdiri dari campuran protein dan lipid . Tergantung pada lokasi membran dan peran dalam tubuh, lipid dapat membuat mana saja dari 20 sampai 80 persen dari membran, dengan sisanya menjadi protein. Sementara lipid membantu memberikan fleksibilitas membran mereka, protein memantau dan memelihara iklim kimia sel dan membantu dalam transfer molekul melintasi membran. Membran sel Lipid Fosfolipid merupakan komponen utama dari membran sel. Mereka membentuk bilayer lipid di mana mereka hidrofilik (menarik air) di daerah kepala spontan mengatur untuk menghadapi sitosol berair dan cairan ekstraselular, sedangkan hidrofobik mereka (ditolak oleh air) daerah ekor wajah jauh dari cairan sitosol dan ekstraseluler. The bilayer lipid adalah semipermeabel, sehingga hanya molekul tertentu untuk meredakan melintasi membran.

108

Kolesterol merupakan komponen lipid dari membran sel. Kolesterol merupakan komponen penting dari membran plasma hewan. Kadang-kadang konten adalah setinggi satu molekul kolesterol per satu molekul fosfolipid. Kolesterol sebagian melumpuhkan ekor asam lemak membuat membran kurang fleksibel dan dengan demikian kurang permeabel untuk molekul yang lebih kecil. Glikolipid yang terletak pada permukaan membran sel dan memiliki karbohidrat rantai gula yang melekat pada mereka. Mereka membantu sel untuk mengenali sel-sel tubuh lainnya. Membran sel Protein Protein struktural membantu memberikan dukungan sel dan bentuk. Protein membran sel reseptor membantu sel berkomunikasi dengan lingkungan eksternal mereka melalui penggunaan hormon, neurotransmitter dan molekul sinyal lainnya. Protein transport, seperti protein globular, molekul transportasi melintasi membran sel melalui difusi difasilitasi .Glikoprotein memiliki rantai karbohidrat yang menyertainya. Mereka tertanam dalam membran sel dan membantu dalam sel untuk komunikasi sel dan transportasi molekul melintasi membran. 2. Sitoplasma Sitoplasma merupakan cairan sel yang berada di luar inti, terdiri atas air dan zat-zat yang terlarut serta berbagai macam organel sel hidup. Sitoplasma adalah materi yang mengisi antara inti dan selaput plasma. Sitoplasma berisi sisa organel seperti retikulum endoplasma dan mitokondria, masing-masing diperlukan untuk reproduksi sel dan kelangsungan hidup. Daerah sitoplasma di luar organel individu disebut sitosol. Sitosol adalah struktur terbesar dalam sel. Ini composes 54% dari total volume sel. Sitosol berisi ribuan enzim yang bertanggung jawab untuk catalyzation dari glikolisis dan glukoneogenesis dan untuk biosintesis gula, asam lemak, dan asam amino. 3. Nukleus Inti sel atau nukleus merupakan organel terbesar yang berada di dalam sel. Nukleus berdiameter 10 mikrometer. Nukleus biasanya terletak di tengah sel dan berbentuk bulat dan oval. Yang berperan penting pada sel sebagai pengendali kegiatan sel. Informasi genetik dikelilingi oleh amplop dua-lapisan nuklir dan umumnya ditemukan di tengah sel. Inti bertanggung jawab untuk berkomunikasi dengan organel lain dalam sitoplasma (ruang seperti gel yang mengelilingi inti). Pesan dari dalam perjalanan inti melalui pori-pori di amplop nuklir untuk memasuki sitoplasma. Di dalam inti, disebut nucleoplasm, DNA terikat oleh protein histon dan disusun dalam kromatin. Selama replikasi, chromatins dikondensasikan untuk membentuk struktur yang sangat terorganisir yang disebut kromosom . Selain informasi genetik, inti sebagian besar juga mengandung satu atau lebih bola berbentuk organel yang disebut nukleolus. Nucleolus adalah di mana ribosom dirakit. 4. Sitoskleton Merupakan rangka sel yang tersusun atas tiga jenis serabut yaitu mikrofilamen, mikrotubulus dan filamen intermediar. Struktur ini memberikan sel bentuk dan memungkinkan untuk mengatur banyak reaksi kimia yang terjadi di sitoplasma. Selain itu, sitoskeleton dapat membantu dalam pergerakan sel. Sitoskeleton menyediakan kerangka kerja struktural penting untuk: a. Sel bentuk. Untuk sel tanpa dinding sel, sitoskeleton menentukan bentuk sel. Ini adalah salah satu fungsi dari filamen intermediate.
109

b. Gerakan sel. Koleksi dinamis mikrofilamen dan microtubles dapat terus dalam proses perakitan dan pembongkaran, sehingga kekuatan yang menggerakkan sel. Ada juga dapat geser gerakan struktur ini. Audesirk dan Audesirk memberikan contoh sel darah putih "merangkak" dan perubahan migrasi dan bentuk sel selama perkembangan organisme multicelled. c. Organel gerakan. Mikrotubulus dan mikrofilamen dapat membantu organel bergerak dari satu tempat ke tempat dalam sel. Dalam kasusendositosis ketika vesikula terbentuk untuk menelan beberapa partikel dari luar sel, mikrofilamen menempel vesikel dan menariknya ke dalam sel.Sebagian besar sintesis kompleks dan fungsi distribusi dari retikulum endoplasma dan kompleks Golgi memanfaatkan vescicles transportasi, dan diperkirakan bahwa pergerakan vesikel dipandu oleh sitoskeleton. d. Pembelahan sel. Selama pembelahan sel, mikrotubulus mencapai gerakan chromosones ke inti putri. Kemudian untuk sel-sel hewan, cincin mikrofilamen membantu membagi sel mengembangkan dua oleh konstriksi wilayah tengah antara sel-sel. 5. Sentriol Sentriol merupakan organel yang dapat dilihat ketika sel mengadakan pembelahan.Pada fase tertentu dalam daur hidupnya sentriol memiliki silia atau flagela. Sentriol adalah struktur yang ditemukan dalam sel-sel hewan eukariotik. Tanaman sel dan jamur tidak mengandung sentriol. Ini adalah bagian dari sel, yang bertindak sebagai pusat mikrotubulus memproduksi, yang merupakan komponen sitoskeleton. Retikulum Endoplasma Adalah organel yang dapat ditemukan di seluruh sel hewan eukariotik. Retikulum endoplasma memiliki struktur yang menyerupai kantung berlapis-lapis. Kantung ini disebut cisternae. Fungsi retikulum endoplasma bervariasi, tergantung pada jenisnya. Retikulum Endoplasma (RE) merupakan labirin membran yang demikian banyak sehingga retikulum endoplasma meliputi separuh lebih dari total membran dalam sel-sel eukariotik. (kata endoplasmik berarti di dalam sitoplasma dan retikulum diturunkan dari bahasa latin yang berarti jaringan). Ada tiga jenis retikulum endoplasma: RE kasar Di permukaan RE kasar, terdapat bintik-bintik yang merupakan ribosom. Ribosom ini berperan dalam sintesis protein. Maka, fungsi utama RE kasar adalah sebagai tempat sintesis protein. RE halus Berbeda dari RE kasar, RE halus tidak memiliki bintik-bintik ribosom di permukaannya. RE halus berfungsi dalam beberapa proses metabolisme yaitu sintesis lipid, metabolisme karbohidrat dan konsentrasi kalsium, detoksifikasi obat-obatan, dan tempat melekatnya reseptor pada protein membran sel. RE sarkoplasmik RE sarkoplasmik adalah jenis khusus dari RE halus. RE sarkoplasmik ini ditemukan pada otot licin dan otot lurik. Yang membedakan RE sarkoplasmik dari RE halus adalah kandungan proteinnya. RE halus mensintesis molekul, sementara RE sarkoplasmik menyimpan dan memompa ion kalsium. RE sarkoplasmik berperan dalam pemicuan kontraksi otot. Ribosom Ribosom merupakan salah satu bagian penting dalam tubuh makhluk hidup karena dapat mengendalikan cara kerja tubuh tumbuh-tumbuhan, hewan, maupun manusia. Kata ribosom didapat dari penggabungan kata yaitu ribonucleic acid dan kosakata Yunani, soma, yang artinya tubuh. Ribosom merupakan organel terkecil dalam sel yang berbentuk bulat padat dengan diameter sekitar 20 sampai 25 nm. Ribosom tersuspensi dalam sitosol atau terikat pada retikulum endoplasma kasar, atau pada membran inti sel. Struktur Ribosom Susunan ribosom merupakan susunan yang rumit antara RNA ribosom (rRNA) dan protein ribosom (disebut Ribonukleoprotein atau RNP). Perbandingan keduanya yaitu 65% rRNA dan 35% RNP. Pembagian ribosom berdasarkan subunit besar dan subunit kecil. Subunit kecil mengikat mRNA (messeger RNA), sedangkan yang besar mengikat tRNA (transport RNA).
110

6.

7.

Fungsi ribosom Ribosom memiliki fungsi untuk mensintesis protein. Sel yang memiliki laju sintesis protein yang tinggi secara khusus memiliki jumlah ribosom yang sangat banyak. Misal, sel hati manusia memiliki beberapa juta ribosom. Tidak mengejutkan jika sel yang aktif dalam mensintesis protein juga memiliki nukleus yang terlihat jelas. Pada saat sintesis protein ribosom mengelompok menjadi poliribosom (polisom). Sebagian besar protein dibuat oleh ribosom bebas akan berfungsi di dalam sitosol. Sedang ribosom terikat umumnya membuat protein yang dimasukkan ke dalam membran, untuk pembungkusan dalam organel tertentu seperti lisosom atau dikirim ke luar sel. Proses pembentukan protein Ada tiga tahap proses pembentukan protein, antara lain replikasi DNA, transkrpsi dan translasi. Replikasi DNA Replikasi adalah pencetakan dan penggandaan DNA dengan membelah dan membentuk sel yang baru yang urutan A-C-G-T nya sama. Transkripsi Transkripsi adalah proses penggandaan DNA menjadi RNA. Pada produksi awal protein, informasi pada gen digandakan satu per satu (basa per basa) dari sebuah rantai DNA menjadi rantai RNA pembawa pesan (mRNA). Pada tahap transkripsi basa timin pada DNA digantikan oleh urasil pada RNA namun keduanya sama- sama berpasangan dengan adenine. Transkripsi adalah penyalinan informasi dari gen ke dalam molekul RNA, yang dalam pelaksanaannya adalah berupa penyusunan basa-basa pada rantai RNA dengan menggunakan runtunan basa DNA gen sebagai modelnya. Translasi Pada tahap ini mRNA hasil transkripsi dibaca oleh ribosom dan diproses lebih lanjut oleh ribosom. Terdapat tiga unsur yang terlibat dalam proses translasi yaitu adalah mRNA, tRNA, dan rRNA. Ribosom berperan sebagai tempat pertemuan mRNA dengan tRNA serta penterjemahan kodon serta reaksi perangkaian asamamino. Ribosom akan membaca urutan basa RNA dan menterjemahkan (translate) menjadi urutan asam amino tertentu sesuai dengan resep yang dibawa mRNA. Di sinilah asam-asam amino itu dirakit sesuai urutan yang diresepkan gen (DNA) dan kemudian melipat membentuk struktur tiga dimensi yang fungsional. Kompleks golgi Badan Golgi (disebut juga aparatus Golgi, kompleks Golgi atau diktiosom) adalah organel yang dikaitkan dengan fungsi ekskresi sel, dan struktur ini dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop cahaya biasa. Organel ini terdapat hampir di semua sel eukariotik dan banyak dijumpai pada organ tubuh yang melaksanakan fungsi ekskresi, misalnya ginjal. Setiap sel hewan memiliki 10 hingga 20 badan Golgi, sedangkan sel tumbuhan memiliki hingga ratusan badan Golgi. Badan Golgi pada tumbuhan biasanya disebut diktiosom. beberapa fungsi badan golgi antara lain : Membentuk kantung (vesikula) untuk sekresi. Terjadi terutama pada sel-sel kelenjar kantung kecil tersebut, berisi enzim dan bahan-bahan lain. Membentuk membran plasma. Kantung atau membran golgi sama seperti membran plasma. Kantung yang dilepaskan dapat menjadi bagian dari membran plasma. Membentuk dinding sel tumbuhan Fungsi lain ialah dapat membentuk akrosom pada spermatozoa yang berisi enzim untuk memecah dinding sel telur dan pembentukan lisosom. Tempat untuk memodifikasi protein
111

8.

Untuk menyortir dan memaket molekul-molekul untuk sekresi sel Untuk membentuk lisosom 9. Lisosom Lisosom adalah organel sel berupa kantong terikat membran yang berisi enzim hidrolitik yang berguna untuk mengontrol pencernaan intraseluler pada berbagai keadaan. Lisosom ditemukan pada tahun 1950 oleh Christian de Duve dan ditemukan pada semua sel eukariotik. Di dalamnya, organel ini memiliki 40 jenis enzim hidrolitik asam seperti protease, nuklease, glikosidase, lipase, fosfolipase, fosfatase, ataupun sulfatase. Semua enzim tersebut aktif pada pH 5. Fungsi utama lisosom adalah endositosis, fagositosis, dan autofagi. Endositosis ialah pemasukan makromolekul dari luar sel ke dalam sel melalui mekanisme endositosis, yang kemudian materi-materi ini akan dibawa ke vesikel kecil dan tidak beraturan, yang disebut endosom awal. Beberapa materi tersebut dipilah dan ada yang digunakan kembali (dibuang ke sitoplasma), yang tidak dibawa ke endosom lanjut. Di endosom lanjut, materi tersebut bertemu pertama kali dengan enzim hidrolitik. Di dalam endosom awal, pH sekitar 6. Terjadi penurunan pH (5) pada endosom lanjut sehingga terjadi pematangan dan membentuk lisosom. Proses autofagi digunakan untuk pembuangan dan degradasi bagian sel sendiri, seperti organel yang tidak berfungsi lagi. Mula-mula, bagian dari retikulum endoplasma kasar menyelubungi organel dan membentuk autofagosom. Setelah itu, autofagosom berfusi dengan enzim hidrolitik dari trans Golgi dan berkembang menjadi lisosom (atau endosom lanjut). Proses ini berguna pada sel hati, transformasi berudu menjadi katak, dan embrio manusia. Fagositosis merupakan proses pemasukan partikel berukuran besar dan mikroorganisme seperti bakteri dan virus ke dalam sel. Pertama, membran akan membungkus partikel atau mikroorganisme dan membentuk fagosom. Kemudian, fagosom akan berfusi dengan enzim hidrolitik dari trans Golgi dan berkembang menjadi lisosom (endosom lanjut). 10. Badan Mikro Badan mikro disebut karena ukurannya yang kecil , hanya bergaris tengah 0,3-1,5 mikro meter .Badan mikro terdiri atas peroksisom dan glioksisom serta berisi enzim katalase. 11. Mitokondria Mitokondria adalah tempat di mana fungsi respirasi pada makhluk hidup berlangsung. Respirasi merupakan proses perombakan atau katabolisme untuk menghasilkan energi atau tenaga bagi berlangsungnya proses hidup. Dengan demikian, mitokondria adalah pembangkit tenaga bagi sel. Mitokondria banyak terdapat pada sel yang memilki aktivitas metabolisme tinggi dan memerlukan banyak ATP dalam jumlah banyak, misalnya sel otot jantung. Jumlah dan bentuk mitokondria bisa berbeda-beda untuk setiap sel. Mitokondria berbentuk elips dengan diameter 0,5 m dan panjang 0,5 1,0 m. Struktur mitokondria terdiri dari empat bagian utama, yaitu membran luar, membran dalam, ruang antar membran, dan matriks yang terletak di bagian dalam membran [Cooper, 2000]. Membran luar terdiri dari protein dan lipid dengan perbandingan yang sama serta mengandung protein porin yang menyebabkan membran ini bersifat permeabel terhadap molekul-molekul kecil yang berukuran 6000 Dalton. Dalam hal ini, membran luar mitokondria menyerupai membran luar bakteri gram-negatif. Selain itu, membran luar juga mengandung enzim yang terlibat dalam biosintesis lipid dan enzim yang berperan dalam proses transpor lipid ke matriks untuk menjalani ?-oksidasi menghasilkan Asetil KoA. Membran dalam yang kurang permeabel dibandingkan membran luar terdiri dari 20% lipid dan 80% protein. Membran ini merupakan tempat utama pembentukan ATP. Luas permukaan ini meningkat sangat tinggi diakibatkan banyaknya lipatan yang menonjol ke dalam matriks, disebut krista [Lodish, 2001]. Stuktur krista ini meningkatkan luas permukaan membran dalam sehingga meningkatkan kemampuannya dalam memproduksi ATP. Membran dalam mengandung protein yang terlibat dalam reaksi fosforilasi
112

oksidatif, ATP sintase yang berfungsi membentuk ATP pada matriks mitokondria, serta protein transpor yang mengatur keluar masuknya metabolit dari matriks melewati membran dalam. Ruang antar membran yang terletak diantara membran luar dan membran dalam merupakan tempat berlangsungnya reaksi-reaksi yang penting bagi sel, seperti siklus Krebs, reaksi oksidasi asam amino, dan reaksi ?-oksidasi asam lemak. Di dalam matriks mitokondria juga terdapat materi genetik, yang dikenal dengan DNA mitkondria (mtDNA), ribosom, ATP, ADP, fosfat inorganik serta ion-ion seperti magnesium, kalsium dan kalium. 12. Mikrotubulus dan Mikrofilamen Mikrotubulus merupakan organel berbentuk tabung atau pipa , yang panjangnya 2,5 mikrometer dengan diameter 25 nm.Tabung tabung kecil itu tersusun atas protein yang dikenal sebagai tubulin. Selain mikrotubulus ,yang juga berperan dalam gerakan sel adalah mikrofilamen. Organel ini berbentuk benangbenang halus ,tipis yang memanjang.Mikrofilamen tersusun atas dua macam protein ,yaitu aktin dan miosin.Mikrofilamen banyak terdapat pada sel-sel otot ,dan juga membentuk rangka dalam pada sel.Diameter mikrofilamen hanya 5 nm. (Abercrombie,M.1997) Dalam sitoplasma eukariotik ada sejumlah protein struktural yang membentuk jaringan. Mikrotubula, aktin, filamen intermediat, dan filamen tipis membentuk empat kategori serat yang ditemukan dalam sel eukariotik. Serat dalam sel memberikan kerangka struktur kaku, berpartisipasi dalam gerakan vesikel dan kromosom, dan berpartisipasi dalam mengubah bentuk sel sehingga ia dapat bergerak. Mereka juga mengikat mayoritas ribosom. (Syamsuri I & Suliestijono. 2006) DNA sel eukariotik tidak mencampur bebas dengan sitoplasma, namun terselubung dalam selaput inti. Secara normal, hanya protein kecil dengan berat molekul kurang dari 20 hingga 40 ribu dapat bebas memasuki inti lewat selaput inti. Ini adalah struktur besar yang secara aktif mentranspor protein atau RNA ke dalam atau ke luar inti. Dalam tiap siklus sel, selaput inti meluruh, dan kemudian menggumpal kembali. DNA sendiri terkekang erat dengan sejenis protein yang disebut histon, yang fungsi utamanya tampaknya membantu DNA mempertahankan keadaan kakunya. Saat sel membelah, sebuah alat khusus bernama spindel, dan terdiri dari sebagian mikrotubula, dibutuhkan untuk menarik kromosom ke sel-sel anakan. (Prawirohartono S & Suhargono H.1996) Sel eukariotik juga mengandung organel khusus seperti mitokondria, yang melakukan fosforilasi oksidatif untuk membangkitkan energi kimia yang dibutuhkan sel. Dalam banyak hal, mitokondria mirip dengan bakteri dan kenyataannya tampaknya berevolusi dari bakteri. Mereka mengandung DNA, biasanya dalam bentuk kromosom melingkar seperti yang ditemukan juga pada E.coli dan ribosom yang berada di sitoplasma sel eukariotik. (Prawirohartono S & Suhargono H.1996) Kloroplas melakukan fotosintesis pada sel tanaman, dan merupakan tipe organel khusus lainnya yang ditemukan dalam beberapa jenis sel eukariotik. Seperti mitokondria, kloroplas juga mengandung DNA dan ribosom yang berbeda dari struktur yang analog di daerah lain sel tersebut. (Schleif, R. 1993). Sebagian besar sel eukariotik juga mengandung selaput dalam. Inti dikelilingi oleh dua selaput. Retikulum Endoplasma adalah selaput lain yang ditemukan dalam sel eukariotik. Retikulum Endoplasma berdampingan dengan selaput inti luar namun membentang di seluruh sitoplasma dalam banyak tipe sel dan terlibat dengan sintesis dan transpor protein selaput. Golgi adalah struktur lain yang mengandung selaput. Ia terlibat dengan modifikasi protein untuk transpornya ke organel sel lain atau untuk ekspor ke luar sel. (Schleif, R. 1993).Mikroorganisme yang termasuk jenis Eukariotik. Fungi.

113

Jamur merupakan kelompok organisme eukariotik yang membentuk dunia jamur atau regnum fungi. Jamur pada umumnya multiseluler (bersel banyak). Ciri-ciri jamur berbeda dengan organisme lainnya dalam hal cara makan, struktur tubuh, pertumbuhan, dan reproduksinya. (Prawirohartono, Slamet. 2003) 1. Struktur jamur. Struktur tubuh jamur tergantung pada jenisnya. Ada jamur yang satu sel, misalnyo khamir, ada pula jamur yang multiseluler membentuk tubuh buah besar yang ukurannya mencapai satu meter, contohnyojamur kayu. Tubuh jamur tersusun dari komponen dasar yang disebut hifa. Hifa membentuk jaringan yang disebutmiselium. Miselium menyusun jalinan-jalinan semu menjadi tubuh buah. Hifa adalah struktur menyerupai benang yang tersusun dari dinding berbentuk pipa. Dinding ini menyelubungi membran plasma dan sitoplasma hifa. Sitoplasmanya mengandung organel eukariotik. Kebanyakan hifa dibatasi oleh dinding melintang atau septa. Septa mempunyai pori besar yang cukup untuk dilewati ribosom, mitokondria, dan kadangkala inti sel yang mengalir dari sel ke sel. Akan tetapi, adapula hifa yang tidak bersepta atau hifa senositik. Struktur hifa senositik dihasilkan oleh pembelahan inti sel berkali-kali yang tidak diikuti dengan pembelahan sitoplasma. Hifa pada jamur yang bersifat parasit biasanya mengalami modifikasi menjadi haustoria yang merupakan organ penyerap makanan dari substrat; haustoria dapat menembus jaringan substrat. 2. Cara makan dan Habitat jamur Semua jenis jamur bersifat heterotrof. Namun, berbeda dengan organisme lainnya, jamur tidak memangsa dan mencernakan makanan. Clntuk memperoleh makanan, jamur menyerap zat organik dari lingkungan melalui hifa dan miseliumnya, kemudian menyimpannya dalam bentuk glikogen. Oleh karena jamur merupakan konsumen maka jamur bergantung pada substrat yang menyediakan karbohidrat, protein, vitamin, dan senyawa kimia lainnya. Semua zat itu diperoleh dari lingkungannya. Sebagai makhluk heterotrof, jamur dapat bersifat parasit obligat, parasit fakultatif, atau saprofit. a. Parasit Parasit obligat merupakan sifat jamur yang hanya sedangkan di luar inangnya tidak dapat carinii (khamir yang menginfeksi paru-paru penderita AIDS). b. Parasit Parasit fakultatif sesuai, tetapi cocok. obligat dapat hidup pada inangnya, hidup. Misalnya, Pneumonia

adalah jamur yang bersifat saprofit

bersifat jika

parasit tidak

fakultatif jika mendapatkan inang yang mendapatkan inang yang

c. Saprofit Saprofit merupakan jamur pelapuk dan pengubah susunan zat organik yang mati. Jamur saprofit menyerap makanannya dari organisme yang telah mati seperti kayu tumbang dan buah jatuh. Sebagian besar jamur saprofit mengeluar-kan enzim hidrolase pada substrat makanan untuk mendekomposisi molekul kompleks menjadi molekul sederhana sehingga mudah diserap oleh hifa. Selain itu, hifa dapat juga langsung menyerap bahanbaha organik dalam bentuk sederhana yang dikeluarkan oleh inangnya. Cara hidup jamur lainnya adalah melakukan simbiosis mutualisme. Jamur yang hidup bersimbiosis, selain menyerap makanan dari organisme lain juga menghasilkan zat tertentu yang bermanfaat bagi simbionnya. Simbiosis mutualisme jamur dengan tanaman dapat dilihat pada mikoriza, yaitu jamur yang hidup di akar tanaman kacang-kacangan atau pada liken. Jamur berhabitat pada bermacammacam lingkungan dan berasosiasi dengan banyak organisme. Meskipun kebanyakan hidup di darat, beberapa jamur
114

ada yang hidup di air dan berasosiasi dengan organisme air. Jamur yang hidup di air biasanya bersifat parasit atau saprofit, dan kebanyakan dari kelas Oomycetes. 3. MORFOLOGI Bentuk jamur secara garis besar ada 3 bentuk yaitu : a. Yeast Merupakan jamur uniselluler yang berbentuk oval / lonjong dengan diameter 3 15 mikron, berkembang biak dengan cara membelah diri (asexual) membentuk tunas atau budding cell. Yeast ada dua yaitu : Yeast murni merupakan jamur uniselluler yang tidak mampu membentuk pseudohifa/ klamidospora. Yeast like merupakan jamur uniselluler yang mampu membentuk pseudohifa. Contoh : Candida sp, Candida albicans, Torulla (koloni berwarna merah / orange), Cryptococcus neoformans. Secara makroskopik (pada media padat SGA) koloni jamur bentuk yeast tampak Smooth, warna krem, cembung bau seperti ragi. Ragi adalah chemoorganotrophs, karena mereka menggunakan senyawa organik sebagai sumber energi dan tidak membutuhkan sinar matahari untuk tumbuh. Karbon diperoleh sebagian besar dari gula heksosa, seperti glukosa dan fruktosa, atau disakarida seperti sukrosa dan maltosa. Spesies ragi baik memerlukan oksigen untuk respirasi seluler aerobik (aerob obligat) atau anaerobik, tetapi juga memiliki metode aerobik dari produksi energi (fakultatif anaerob). Tidak seperti bakteri, tidak ada spesies ragi diketahui bahwa tumbuh hanya anaerob (anaerob obligat). Ragi tumbuh terbaik di lingkungan pH netral atau sedikit asam. (Schlegel, H.G. and K. Schmitdt. 1994) Mold / Kapang Merupakan jamur multiselluler (mempunyai inti lebih dari satu) yang membentuk benang-benang hifa / filament, kumpulan dari hifa disebut miselium yang membentuk suatu anyaman. Hifa yang dibentuk ada yang bersekat maupun tak bersekat. Hifa yang berada di atas permukaan media disebut Hifa aerial yang berfungsi sebagai alat perkembangbiakan. Hifa yang berada didalam media disebut Hifa Vegetatif berfungsi sebagai alat untuk menyerap makanan. Secara makroskopik (pada media SGA) jamur yang berbentuk Mold membentuk koloni yang berserabut / granuler koloninya tampak kasar (Rought). Untuk identifikasi, hasil mikroskopik dan makroskopik merupakan dasar identifikasi. Contoh: Aspergillus, Penicellium, Rhizopus, Mucor, Microsporum, Trichophyton, Epidermophy ton. (Schlegel, H.G. and K. Schmitdt. 1994) c. Dimorfik Merupakan jamur yang mempunyai dua bentuk yaitu : Yeast dan Mold. Berbentuk Yeast jika berada di dalam inang / host atau pada suhu inkubasi 37 derajat C, dan berbentuk mold jika berada diluar inangnya atau pada suhu inkubasi suhu ruang. Contoh : Histoplasma capsulatum, Coccidioides immitis, Blastomyces dermatidis. (Schlegel, H.G. and K. Schmitdt. 1994)

b.

Peranan Jamur Peranan jamur dalam kehidupan manusia sangat banyak, baik peran yang merugikan maupun yang menguntungkan. Jamur yang menguntungkan meliputi berbagai jenis antara lain sebagai berikut. a. Volvariella volvacea (jamur merang) berguna sebagai bahan pangan berprotein tinggi. b. Rhizopus dan Mucor berguna dalam industri bahan makanan, yaitu dalam pembuatan tempe dan oncom. c. Khamir Saccharomyces berguna sebagai fermentor dalam industri keju, roti, dan bir. d. Penicillium notatum berguna sebagai penghasil antibiotik. e. Higroporus dan Lycoperdon perlatum berguna sebagai dekomposer. (Starr, Cecie. 1991)
115

Di samping peranan yang menguntungkan, beberapa jamur juga mempunyai peranan yang merugikan, antara lain sebagai berikut. a. Phytium sebagai hama bibit tanaman yang menyebabkan penyakit rebah semai. b. Phythophthora inf'estan menyebabkan penyakit pada daun tanaman kentang. c. Saprolegnia sebagai parasit pada tubuh organisme air. d. Albugo merupakan parasit pada tanaman pertanian. e. Pneumonia carinii menyebabkan penyakit pneumonia pada paru-paru manusia. f. Candida sp. penyebab keputihan dan sariawan pada manusia. (Starr, Cecie. 1991) Protista Protista sendiri berasal dari bahasa yunani, yaitu protos yang berarti pertama atau mula-mula, dan ksitos artinya menyusun. Maka kingdom ini beranggotakan makhluk bersel satu atau bersel banyak yang tersusun sederhana. Meskipun begitu, dibandingkan dengan monera, protista sudah jauh lebih maju karena sel-selnya sudah memiliki membran inti atau eukariota.. Protista bukan merupakan hewan ataupun tumbuhan, tetapi hanya mempunyai sifat yang menyerupai hewan, menyerupai tumbuhan, ataupun menyerupai jamur. Semua makhluk hidup eukariotik yang bukan merupakan hewan dan tumbuhan masuk dalam kelompok Protista. Kelompok makhluk hidup Protista yang menyerupai tumbuhan adalah ganggang (Algae), kelompok Protista yang menyerupai hewan adalah Protozoa, sedangkan kelompok Protista yang menyerupai jamur adalah jamur lendir dan jamur air.Protista biasanya ditemukan di dalam air, dapat berupa planktonyang melayanglayang di dalam air atau melekat di dasar sungai, laut,atau danau. Protista dapat pula hidup di dalam tanah dan di tempattempatyang lembap, baik sebagai parasit maupun sebagai saprofit, sertadapat pula hidup bersimbiosis dengan organisme lainnya.Umumnya, Protista bersifat aerobik dan menggunakan mitokondriauntuk respirasi. Pada kenyataannya, ada Protista yang dapat berlaku sebagai produsen. Protista tersebut dapat melakukan fotosintesis (dapat membuat makanan sendiri). Nutrisi yang diperoleh dari fotosintesis Protista tersebut dapat bersifat fototropik, heterotropik, atau keduanya.Protista memiliki flagela atau cilia dalam hidupnya dan dapat berkembang secara aseksual atau seksual.Pada kondisi yang kurang menguntungkan, Protista dapat membentuk kistae. Secara taksonomis,Protista dapat dikelompokkan menjadi tiga kelompok, yaitu sebagai berikut. (Syamsuri, 2004) A. Protista Menyerupai Tumbuhan (Ganggang atau Algae) Ganggang adalah Protista yang menyerupai tumbuhan, berwarna hijau, dan berbentuk seperti benang-benang halus. Karena ganggang merupakan Protista yang mengandung klorofil dan dapat berfotosintesis untuk memenuhi kebutuhan makanannya sendiri maka disebut protista mirip tumbuhan. Hanya dikatakan menyerupai tumbuhan karena ganggang tidak mempunyai akar, batang, dan daun sejati seperti yang dimiliki oleh tumbuhan. Ganggang dapat hidup di air tawar dan di air laut, tetapi ada pulayang hidup di tempat-tempat yang lembap, seperti dinding tembok kamar mandi, batu-batuan, atap rumah, atau kulit-kulit pohon.Ganggang juga memiliki ciri lain yang sama dengan Protista, yaitumemiliki membran inti, ada yang bersifat uniseluler dan ada yang multiseluler.Ganggang dapat berbentuk benang, lembaran, atau koloni sel.Reproduksi ganggang dapat dilakukan secara seksual dan aseksual.Secara seksual dilakukan dengan cara isogami dan oogami. Isogami terjadi jika antara sel betina dan sel kelamin jantan mempunyai ukuran yang sama dan sulit dibedakan.Oogami terjadi jika antara sel kelamin jantan dan sel kelamin betina mempunyai bentuk dan ukuran yang berbeda dan mudah dibedakan. Dari peleburan dua sel kelamin tersebut, akan terjadi pembuahan yang menghasilkan zigot. Zigot akan terusmberkembang menjadi individu baru. Ganggang dapat dikelompokkan menurut pigmen yang dimilikinya menjadi beberapa golongan, yaitu ganggang cokelat
116

(Phaeophyta), ganggang pirang (Chrysophyta), ganggang merah (Rhodophyta), ganggang hijau (Chlorophyta), dan ganggang Euglenophyta. (Syamsuri, 2004) 1. Filum Euglenophyta Euglenophyta merupakan ganggang bersel satu. Euglena biasa hidup di air tawar, misalnya, air kolam, sawah, sungai, atau parit. Makhluk hidup ini berwarna hijau, berklorofil, dan berfotosintesis sehingga dimasukkan ke dalam dalam kelompok makhluk hidup yang menyerupai tumbuhan. Makhluk hidup ini juga mempunyai ciri-ciri yang menyerupai hewan karena dapat bergerak aktif, cara memasukkan makanan melalui mulut sel, tidak berdinding sel, dan mempunyai bintik mata sehingga Euglena ini merupakan makhluk hidup yang menyerupai hewan dan sekaligus juga merupakan makhluk hidup yang menyerupai tumbuhan, contohnya, Euglena viridis. (Syamsuri I & Suliestijono. 2006) a . Ciri-Ciri Euglena Euglena mempunyai ciri-ciri sebagai berikut: 1) berwarna hijau karena mengandung klorofil, 2) sel berbentuk oval memanjang, 3) di salah satu ujungnya terdapat mulut sel, 4) dari mulutnya muncul satu flagela (cambuk) yang berfungsi sebagai alat gerak, dan 5) mempunyai bintik mata yang terletak di dekat mulut sel yang berfungsi untuk membedakan antara gelap dan terang. (Syamsuri I & Suliestijono. 2006) b . Cara Euglena Memperoleh Makanan Sebagai organisme yang menyerupai tumbuhan, Euglena dapat membuat makanan sendiri dengan melakukan fotosintesis. Dengan bantuan cahaya matahari, makhluk hidup ini dapat mengubah klorofil menjadi energi. Selain berfotosintesis, makhluk hidup ini dapat pula memasukkan bahan makanan melalui mulut sel yang dimilikinya sehingga Euglena dapat disebut sebagai organisme fotoautotrof dan organisme heterotrof. (Syamsuri I & Suliestijono. 2006) c . Cara Euglena Bereproduksi Reproduksi Euglena dilakukan dengan membelah diri. Dari pembelahan ini akan dihasilkan dua sel anak. Setiap sel anak mempunyai inti sel, membran sel, dan sitoplasma. (Syamsuri I & Suliestijono. 2006) 2. Filum Ganggang Hijau (Chlorophyta) Chlorophyta adalah ganggang yang mengandung klorofil dan karotin berwarna kuning sehingga warnanya menjadi hijau kekuningan. Biasanya, ganggang ini hidup di air tawar, seperti air kolam, air danau, ataupun air sungai. Air kolam, sungai, atau danau akan berwarna hijau karena adanya jenis ganggang hijau di dalamnya. Chlorophyta (ganggang hijau) merupakan plankton yang hidup melayang-layang di air tawar atau laut. Ganggang hijau dapat berbentuk benang, filamen, ataupun berkoloni. Contoh ganggang hijau, antara lain, Volvox sp., Spirogyra sp., dan Ulothrix sp. Dengan bantuan cahaya matahari, Chlorophyta dapat melakukan fotosintesis. Plankton ini merupakan sumber makanan utama bagi hewan-hewan yang hidup di dalamnya. Plankton disebut sebagai produsen. Bagaimana kalian tahu jika Chlorophyta sedang melakukan fotosintesis? Amati dan perhatikan kolam ikan air tawar pada siang hari. Jika kalian perhatikan dengan baik, ganggang yang terkena cahaya matahari akan mengeluarkan gas berupa gelembung-gelembung kecil yang menempel pada pinggir-pinggir kolam, gas itu adalah oksigen. Oksigen adalah gas yang dihasilkan dalam proses fotosintesis. (Syamsuri, 2004) a . Ciri-ciri Chlorophyta Ganggang hijau (Chlorophyta) mempunyai ciri-ciri sebagai berikut: 1) tubuhnya mengandung klorofil dan berwarna hijau. Sel mengandung kloroplas yang berisi klorofil a.b. karoten dan xantofil,
117

2) hidup melayang-layang di air tawar atau air laut, 3) merupakan makhluk hidup bersel satu yang berbentuk benang, lembaran, dan berkoloni, 4) telah memiliki dinding sel, 5) cadangan makanan disimpan di suatu rongga yang berbentuk bulat. Rongga ini terletak di dekat kloroplas yang disebut pirenoid. (Syamsuri, 2004) b . Cara Mendapatkan Makanan Ganggang hijau mengandung klorofil dan dapat melakukan fotosintesis untuk mendapatkan makanannya. Ganggang hijau berperan sebagai pemasok bahan makanan utama bagi hewan-hewan yang ada di perairan tersebut. Di perairan tersebut, ganggang hijau disebut sebagai produsen. (Syamsuri, 2004) c . Cara Chlorophyta Bereproduksi Reproduksi Chlorophyta dapat dilakukan dengan dua cara, yaitu secara seksual dan secara aseksual. Reproduksi seksual dilakukan dengan cara peleburan sel kelamin jantan dan betina serta ada juga yang secara konjugasi. Reproduksi secara aseksual dilakukan tanpaadanya peleburan sel jantan dan betina, tetapi dilakukan dengan pembelahan biner (ganggang bersel satu), fragmentasi (ganggang berbentuk benang dan berkoloni), serta pembentukan zoospora (spora kembara). (Syamsuri, 2004) d . Contoh-Contoh Chlorophyta Beberapa contoh ganggang hijau yang sering dijumpai adalah sebagai berikut : 1) Chlorococcum dan Chlorella merupakan Chlorophyta bersel satu yang tidak dapat bergerak dan bersifat mikroskopis. Kloroplasnya berbentuk mangkuk, berukuran mikroskopis, dan hidup sebagai zoospora pada Chlorococcum hingga terbentuk satu sel dewasa. merupakan salah satu kelompok plankton air tawar. Chlorococcum dan Chlorella dapat berkembang biak secara aseksual dengan membentuk zoospora yang bergerak dengan dua flagella. Chlorella dapat berkembang biak dengan pembelahan sel. Chlorella dapat dimanfaatkan sebagai obat, bahkan sekarang sedang dikembangkan untuk obat yang dikemas dalam bentuk kapsul. 2) Chlamydomonas merupakan Chlorophyta bersel satu yang dapat bergerak dan bersifat mikroskopis. Selnya berbentuk bulat telur. Sel Chlamydomonas mengandung satu inti, satu vakuola, dan kloroplas. Alat gerak berupa dua flagel. Kloroplas berbentuk mangkuk. Bintik mata dan pirenoid terletak di dalam mangkuk yang berfungsi sebagai tempat pembentukan zat tepung. Chlamydomonas dapat berkembang biak dengan dua cara, yaitu dengan pembentukan zoosprora dan konjugasi. 3) Spirogyra dan Oedogonium adalah sel yang membentuk benang atau untaian memanjang seperti benang dan bersifat mikroskopis. Spirogyra dan Oedogonium banyak hidup di air tawar. Spirogyra mempunyai sel yang mengandung kloroplas berbentuk pita spiral dan dalam satu sel mengandung satu inti, dapat berkembang biak secara fragmentasi dan konjugasi. Oedogonium mempunyai kloroplas berbentuk jala dan dalam satu sel mengandung satu inti serta dapat berkembang biak dengan zoospora dan peleburan spermatozoid (anteridium) dengan ovum (oogonium) yang dihasilkan oleh benang yang berbeda. Hasil peleburan tersebut adalah zigot yang dapat tumbuh menjadi individu baru. 4) Chara dan Ulva merupakan Chlorophyta yang berbentuk lembaran. Chara merupakan ganggang yang hidup di air tawar, mempunyai ruas-ruas yang mengandung nukula dan globula. Nukula mengandung arkegonium penghasil ovum. Globula mengandung anteridium penghasil spermatozoid. Pembuahan ovum oleh spermatozoid akan menghasilkan zigospora yang selanjutnya akan berkembang menjadi individu baru. Reproduksi secara aseksual dilakukan dengan fragmentasi. Ulva adalah ganggang yang hidup di air laut, memiliki kromosom diploid (2n), berkembang biak secara aseksual dengan spora yang menghasilkan Ulva haploi (n). Ulva haploid (n) akan berkembang biak secara seksual menghasilkan Ulva diploid (2n). 5) Hydrodictyon merupakan Chlorophyta yang berbentuk koloni tak bergerak. Banyak terdapat di air tawar dan bentuk koloninya seperti jala. Berkembang biak secara aseksual dengan spora dan fragmentasi, sedangkan secara seksual dengan konjugasi.
118

6) Volvox merupakan Chlorophyta yang berbentuk koloni dan bergerak. Volvox hidup di air tawar dan tiap sel mempunyai dua flagel dan stigma, bentuk koloni seperti bola dengan jumlah sel 500 50.000 buah. Reproduksi secara aseksual dilakukan dengan cara fragmentasi, sedangkan secara seksual dengan konjugasi. (Prawirohartono, 2003) 3. Filum Ganggang Cokelat (Phaeophyta) Ganggang cokelat berwarna cokelat karena selain mengandung klorofil juga memiliki zat warna cokelat (fukosantin). Ganggang ini hidup di air laut, mempunyai tubuh yang multiseluler, berbentuk seperti lembaran atau tumbuhan tinggi (memiliki alat, seperti akar, batang, dan daun), serta sering digunakan sebagai bahan pakan ternak, obat-obatan,dan bahan cat. Contoh ganggang cokelat adalah Fucus, Tulbilaria,Laminaria, dan Sargasum. Ganggang cokelat berkembang biak secara aseksual dengan fragmentasi, sedangkan secara seksual dilakukan dengan cara pembentukan konseptakel jantan yang mengandung anteridium penghasil spermatozoid dan konseptakel betina yang mengandung oogonium penghasil ovum. Pembuahan sperma dan ovum menghasilkan zigot. Selanjutnya, zigot akan tumbuh menjadi individu baru. (Syamsuri, 2004) 4. Filum Ganggang Pirang atau Keemasan (Chrysophyta) Chrysophyta ada yang berwarna kuning kecokelatan, hijau kekuningan, dan kuning keemasan (diatom). Chrysophyta ada yang bersel satu, bersel banyak, dan bersifat mikroskopis. Chrysophyta merupakan penyusun plankton yang terbesar. Chrysophyta hijau kekuningan (Xanthophyceae) mengandung klorofil dan pigmen kuning (xentofil). Contohnya, Vaucheria yang mempunyai ciri berbentuk seperti benang, bercabang tidak bersekat, bersel banyak, dan benang berinti banyak (senosit). Reproduksi aseksual dilakukan dengan membentuk zoospora, secara seksual dengan peleburan sperma dan ovum yang menghasilkan zigot. Chrysophyta kuning kecokelatan (Chrysophyceae) mengandung klorofil dan karoten (pigmen keemasan), bersel satu (Ochromonas), dan berkoloni (Synura). Chrysophyta yang disebut diatom (Bacillariophyceae) berbentuk seperti kotak yang saling menutupi dan dapat hidup di tempat yang basah, baik air tawar, air payau, maupun air laut. Reproduksi aseksual dilakukan dengan cara membelah diri. Contoh ganggang ini adalah Diatom, Navicula, Cyclotella, dan Pinnularia. Dinding sel Diatom mengandung zat kersik sehingga ganggang pirang sering disebut juga ganggang kersik. Zat kersik ini sangat berguna bagi industri, misalnya, sebagai bahan penggosok dan bahan isolasi. (Syamsuri, 2004) 3. Filum Ganggang Merah (Rhodophyta) Ganggang merah merupakan makhluk hidup bersel banyak. Berwarna merah tua karena selain mengandung klorofil, juga mengandung zat warna merah (fikoeritrin). Ganggang ini hidup di laut, memiliki bentuk seperti rumput maka sering disebut rumput laut (sea weed) dan bersel banyak (berbentuk seperti lembaran). Berkembang biak secara seksual dengan peleburan sperma dan ovum yang menghasilkan zigot. Ganggang merah dapat dimanfaatkan oleh manusia sebagai bahan makanan dan kosmetika. Contoh ganggang merah yang digunakan sebagai bahan makanan, antara lain, Euchema spinosum dan Gellidium yang digunakan manusia untuk bahan agar-agar. Selain untuk bahan makanan, agar-agar juga dimanfaatkan sebagai medium kultur mikroorganisme, kosmetik, obat, pelapis daging kaleng, pengeras es krim, serta pengelmusi lemak dan cokelat batangan. (Syamsuri, 2004) 6. Filum Ganggang Api (Pyrrhophyta) Ganggang api sering disebut dengan Dinoflagelata. Sebagian besar hidup di laut dan ada juga yang hidup di air tawar. Ganggang ini mempunyai ciri tubuhnya bersel satu, dinding sel berupa lempengan selulosa yang rapat, dapat bergerak aktif, di luar sel terdapat celah dan alur yang masing-masing dilengkapi dengan satu flagel, berklorofil, mengandung pigmen kuning kecokelatan, dan berkembang biak dengan cara membelah diri. Contohnya adalah Peridinium. Pinnularia sp. (Syamsuri, 2004) B. Protista yang Menyerupai Hewan (Protozoa)
119

Protozoa merupakan makhluk hidup yang menyerupai hewan. Protozoa hidup di air tawar (selokan, parit, sungai, dan waduk), air laut, permukaan tanah yang lembap, rendaman jerami, dan di dalam tubuh makhluk hidup lain atau di dalam jasad yang mati. Protozoa merupakan makhluk hidup bersel satu yang bersifat mikroskopis. Segala aktivitas hidup terjadi di dalam sel itu sendiri. Pada keadaan tertentu, Protozoa dapat membentuk dirinya menjadi kista. Protozoa dapat berkembang biak dengan cara aseksual dan seksual, secara aseksual dilakukan dengan membelah diri dan secara seksual dengan konjugasi. Protozoa dibagi menjadi enam filum, yaitu Rhizopoda atau Sarcodina (berkaki semu), Actinopoda, Foraminifera, Flagellata atau Mastigophora (bercambuk), Ciliata (berambut getar), dan Sporozoa (penghasil spora). Akan tetapi, yang dibahas dalam bab ini hanya empat filum, yaitu sebagai berikut. (Syamsuri, 2004) 1. Rhizopoda atau Sarcodina (Berkaki Semu) Rhizopoda adalah Protozoa yang mempunyai alat gerak berupa kaki semu (pseudopodia). Salah satu contoh Rhizopoda adalah Amoeba sp. Selain Amoeba, ada beberapa Protozoa yang termasuk dalam Rhizopoda, yaitu Foraminifera dan Arcella. Keduanya merupakan Rhizopoda yang diselimuti oleh cangkang. Amoeba Bentuk tubuh Amoeba dapat berubah-ubah. Ia bersel satu dan hidup bebas di tempattempat yang becek, berair, dan mengandung makanan. Isi sel telah dilindungi oleh membran sel dan membran plasma yang sekaligus berfungsi sebagai pengatur pertukaran zat, pengeluaran, pertukaran gas, alat gerak, dan penangkap rangsang yang berasal dari luar tubuhnya. Sel berisi sitoplasma yang terdiri dari sitoplasma bagian luar yang kental (ektoplasma), sitoplasma bagian dalam yang encer (endoplasma), dan sebuah inti sel. Dengan kaki semunya, Amoeba dapat menangkap dan mengambil makanan. Mula-mula kaki semu (pseudopoda) dijulurkan ke arah makanan lalu mengelilingi makanan tersebut. Kemudian, membran plasma bergerak mendekati dan mengikuti kaki semu mengelilingi makanan.Bersatunya kedua ujung membran plasma membentuk vakuola. Makanan dicerna di dalam vakuola makanan. Dari sini, sari makanan diedarkan ke seluruh tubuh. Sisa makanan yang berupa cairan dikeluarkan melalui vakuola berdenyut. Amoeba dapat berkembang biak dengan pembelahan biner tanpa melalui tahap-tahap mitosis. Pembelahan dimulai dari membelahnya inti sel menjadi dua, lalu diikuti oleh pembelahan sitoplasma. Pembelahan inti tersebut menimbulkan lekukan yang sangat dalam yang lama-lama akan putus sehingga terjadilah dua sel anak Amoeba. Kedua sel anak ini akan mengalami pembelahan biner sehingga menjadi empat sel, delapan sel, enam belas sel, dan seterusnya. Pada keadaan yang tidak menguntungkan, Amoeba dapat membentuk dirinya menjadi kista. Jika keadaan luar telah membaik, kista Amoeba akan pecah dan Amoeba akan keluar untuk memulai kembali hidupnya. Ada Amoeba yang dapat hidup bebas dan ada pula yang hidup sebagai parasit pada hewan atau manusia. Amoeba yang hidup sebagai parasit ini biasa disebut dengan Entamoeba. Misalnya, Entamoeba yang menyebabkan penyakit, seperti Entamoeba histolytica, berparasit dalam usus manusia. Entamoeba hystolytica masuk ke dalam usus melalui makanan yang tidak higienis, mungkin tidak ditutup, terkena debu, atau dihinggapi lalat. Penyakit yang disebabkan oleh Entamoeba histolytica adalah diare. Untuk mencegah diare, hindarilah memakan makanan yang tidak bersih dan tidak ditutup. Kita harus berhati-hati terhadap penyakit ini karena meskipun sudah sembuh, kista Amoeba mungkin saja tertinggal di dalam tubuh, bahkan dapat mencapai hati. Selain Entamoeba histolytica, ada Entamoeba ginggivalis yang hidup sebagai parasit di dalam rongga mulut yang dapat menyebabkan penyakit radang dan gusi berdarah. Entamoeba ginggivalis ini dapat hidup di sela-sela gigi yang kotor. Agar tidak sampai terserang, gosoklah gigi setelah selesai makan dan sebelum tidur. (Syamsuri, 2004) 2. Kelompok Flagellata atau Mastigophora (Bercambuk) Flagellata adalah Protozoa yang mempunyai alat gerak berupa bulu cambuk (flagela). Flagellata merupakan nenek moyang dari hewan dan tumbuhan. Flagellata dapat hidup bebas di dalam air atau sebagai parasit pada makhluk hidup lain, seperti Trypanosoma dan Trichomonas. Trypanosoma gambiense dan
120

Trypanosoma rhodiense menyebabkan penyakit tidur yang disebarkan oleh gigitan lalat Tse-tse. Ketika lalat menggigit, lalat juga mengeluarkan air liur yang mengandung Trypanosoma untuk mencegah pembekuan darah. T. Evansi merupakan penyebab penyakit sura pada hewan. T. cruzi merupakan penyebab penyakit nagana pada sapi dan kerbau. Pada Trichomonas terdapat tiga flagel atau lebih. Trichomonas vaginalis yang menyerang vagina dapat menyebabkan keputihan. (Syamsuri, 2004) 3. Kelompok Ciliata (Berambut Getar) Ciliata adalah Protozoa yang mempunyai alat gerak berupa rambut getar (cilia). Rambut getar ini adalah bulu-bulu halus yang melekat pada membran sel. Dengan menggunakan rambut getar, makhluk hidup dapat bergerak bebas ke segala arah di dalam air. Bentuk tubuh Ciliata adalah oval, tidak berubah-ubah. Mereka biasa hidup di rawa, sawah, dan tempat-tempat berair yang banyak mengandung bahan organik. Contoh Ciliata yang hidup bebas adalah Paramaecium sp., sedangkan yang hidup berparasit adalah Nyctoterus ovalis, hidupnya menumpang di usus kecoa. Ada juga Ciliata yang hidup di air tawar, yaitu Stylonichia (hidup di perairan yang banyak mengandung sampah organik), Didinium (hidup di perairan yang mengandung Protozoa), Stentor (hidup di perairan sawah yang mengandung bahan organik), dan Vorticella. Paramaecium caudatum Paramaecium caudatum adalah Ciliata yang hidup bebas. Bentuk selnya seperti sandal, ukuran kira-kira 250 mikron, mempunyai sitostom (celah mulut) pada membran plasma, dan selnya diselubungi oleh pelikel. Sel berisi dua inti sel yang terdiri atas inti kecil (mikronukleus) dan inti besar (makronukleus), sitoplasma, vakuola makanan (pencerna makanan), serta vakuola kontraktil (pengeluaran zat sisa). Gerakan Paramaecium caudatum dilakukan dengan menggetarkan cilianya. Gerakan cilia sulit diamati oleh mikroskop karena gerakannya sangat cepat. Paramaecium caudatum dapat berkembang biak secara aseksual dengan membelah diri menjadi dua anak sel (pembelahan biner) dan secara seksual dengan konjugasi. Konjugasi didahului dengan pertukaran inti antara dua individu lalu berpisah dan masing-masing membelah menjadi dua individu. Ciliata mendapatkan makanan dengan mulut sel. Pada saat bergetar, rambut di sekitar mulut sel akan bergetar pula. Pada saat ini, terjadilah aliran keluar masuk air pada mulut sel. Air yang masuk dan keluar mulut sel banyak mengandung bakteri atau bahan organik atau bahan makanan lainnya yang tertambat atau terkumpul di dalam mulut sel. Makanan yang terkumpul akan masuk dalam sitofaring (kerongkongan sel) lalu masuk ke dalam vakuola makanan untuk dicerna dan diedarkan ke seluruh tubuhnya. Penyerapan sari makanan terjadi di dalam sitoplasma. Sisa makanan padat dikeluarkan melalui membran plasma, sedangkan sisa makanan berupa cairan dikeluarkan melalui vakuola berdenyut yang terletak di kedua ujungnya. (Syamsuri, 2004) 4. Kelompok Sporozoa (Penghasil Spora) Tidak seperti Rhizopoda, Ciliata, dan Flagellata yang telah mempunyai alat gerak, Sporozoa tidak memiliki alat gerak. Sporozoa hidup sebagai parasit pada makhluk hidup lain. Contoh makhluk hidup yang termasuk dalam Sporozoa adalah Plasmodium malariae dan Plasmodium vivax. Plasmodium hidup sebagai parasit pada tubuh manusia yang menyebabkan penyakit malaria. Makanannya adalah sel darah merah. Penularan malaria terjadi melalui gigitan nyamuk Anopheles betina. Plasmodium berkembang biak secara aseksual dengan pembentukan spora terjadi di dalam tubuh manusia dan berkembang biak secara seksual dengan pembentukan gamet. Peleburan gamet jantan dan gamet betina terjadi di dalam tubuh nyamuk Anopheles. Contoh lainnya adalah Babesia dan Theileria. Babesia bigemina menyebabkan penyakit demam Texas dan Theileria parva menyebabkan penyakit demam Pantai Timur (Afrika). (Syamsuri, 2004) C. Protista Menyerupai Jamur Protista yang menyerupai jamur ini mempunyai struktur tubuh dan cara reproduksi yang tidak sama dengan kelompok Fungi. Cara reproduksi jamur lendir hampir sama dengan Fungi, tetapi tidak dapat dikelompokkan dalam kingdom Fungi karena gerakan pada fase aseksualnya lebih mirip dengan Amoeba.

121

Semetara itu, jamur air lebih menyerupai ganggang pada struktur molekulnya, hanya saja tidak mengandung klorofil. (Prawirohartono, 2003) 1. Filum Jamur Air (Oomycota) Oomycota dapat hidup di air atau tempat-tempat lembap dan mempunyai oospora sebagai penghasil spora. Spora yang dihasilkan oleh zigot berdinding tebal yang berfungsi sebagai pelindung. Pada kondisi tertentu, spora akan tumbuh menjadi hifa baru. Jamur ini memiliki ciriciri sebagai berikut: a. dinding sel berupa selulosa, b. mempunyai banyak inti yang terdapat dalam benang-benang hifa yang tidak bersekat, dan c. berkembang biak secara aseksual dengan pembentukan zoospora. Zoospora ini dilengkapi dengan alat berenang berupa dua buah flagel. Contoh Oomycota adalah Phytophthora, Saphrolegnia, dan Pythium. Phytophthora adalah jamur karat putih yang dapat hidup secara saprofit atau parasit. Jamur yang hidup secara parasit, misalnya, P. Nicotin (tembakau), P. palmifera (kelapa), dan P. infestans (kentang). Saprholegnia mempunyai miselium dan hifa sebagai alat reproduksi. Jamur ini merupakan saprofit pada hewan air yang telah mati. Jamur ini dikatakan mempunyai spora kembara dimorf. (Prawirohartono, 2003) 2. Filum Jamur Lendir (Mycomycota) Ciri-ciri jamur lendir adalah sebagai berikut: a. bentuk tubuh seperti lendir (plasmodium) yang merupakan massa protoplasma tidak berdinding; b. berinti banyak, bersel satu atau bersel banyak; c. struktur tubuh vegetatif menyerupai Amoeba, berbentuk seperti lendir (plasmodium), tetapi cara berkembang biaknya menyerupai Fungi; d. berkembang biak secara aseksual dan seksual. Pencernaan makanan yang dilakukan pada fase vegetatif (aseksual) dilakukan menyerupai Amoeba. Pada tingkat dewasa, Plasmodium akan membentuk kotak spora seperti pada Fungi. Setelah matang, kotak spora ini akan pecah dan mengeluarkan spora. Spora yang berkecambah akan membentuk sel gamet yang menyerupai Amoeba. Sel-sel gamet ini bersifat haploid dan akan melakukan singami atau peleburan dua gamet dengan ukuran yang sama dan tidak dapat dibedakan antara sel jantan dan betina yang akan menghasilkan zigot; e. biasa hidup di hutan-hutan basah, tanah lembap, batang kayu yang membusuk, kayu lapuk, atau sampah basah. (Prawirohartono, 2003) Jamur lendir (Mycomycota) dibedakan menjadi dua tipe, yaitu Acrasiomycota dan Myxomycota. (Timotius, K. H. 1982) a. Acrasiomycota (Jamur Lendir Bersekat) Acrasiomycota dinamakan juga jamur lendir bersekat. Pada saat Plasmodium membesar dan inti sel membelah sel individu tetap terpisah saat bergabung membentuk pseudoplasmodium. Saat makanan berkurang zat kimia yang dikeluarkan oleh Amoeba akan bergabung membentuk Plasmodium. Plasmodium akan bergerak ke arah cahaya. Pada saat ada makanan, Plasmodium akan berhenti bergerak dan membentuk tubuhnya yang mengandung spora reproduksi. Pada saat kondisi menguntungkan, spora yang tertinggal akan membentuk Amoeba baru dan siklus akan berulang. . (Timotius, K. H. 1982) b. Myxomycota (Jamur Lendir Tidak Bersekat) Myxomycota merupakan jamur lendir yang tidak bersekat. Jamur ini berinti banyak, setiap intinya tidak dipisahkan oleh adanya sekat, bersifat uniseluler ataupun multiseluler, dan dapat bergerak bebas. Jamur lendir hidup di batang kayu yang membusuk, tanah lembap, sampah basah, kayu lapuk, dan di hutan basah. Jamur lendir dapat berkembang biak dengan cara vegetatif dan generatif. Fase vegetatif Plasmodium bergerak amoeboid mengelilingi dan menelan makanan berupa bahan organik. Makanan dicerna dalam vakuola makanan. Sisa yang tidak dicerna ditinggal sewaktu plasmodium bergerak. Jika telah dewasa, Plasmodium membentuk sporangium (kotak spora). Sporangium yang masak
122

akan pecah dan spora tersebar dengan bantuan angin. Spora yang berkecambah akan membentuk sel gamet yang bersifat haploid, kemudian sel gamet ini melakukan singami. Singami adalah peleburan dua gamet yang bentuk dan ukurannya sama (yang tidak dapat dibedakan jantan dan betinanya). Hasil peleburan berupa zigot dan zigot tumbuh dewasa. Pada Myxomycota, massa berinti banyak yang disebut Plasmodium (jangan dikacaukan dengan plasmodium penyebab malaria), bergerakberpindah tempat di tanah atau sepanjang dasar hutan, di daun, kayubusuk untuk memakan bakteri. Plasmodium mempunyai banyak inti,tetapi tidak dapat dibagi menjadi beberapa sel-sel terpisah. Myxomycota yang sedang bergerak dapat seukuran buah anggur. Saat Plasmodium membesar, intinya membelah. Sebaliknya, pada Acrasiomycota, sel-sel individu tetap terpisah saat mereka bergabung membentuk pseudoplasmodium atau massa multiseluler. . (Timotius, K. H. 1982) FERMENTATION SYSTEMS Fermentasi pada mikrobiologi memilki dua arti yang berbeda. Pertama dalam metabolisme, fermentasi mengacu pada energi yang menghasilkan senyawa organik di mana bertindak sebagai pendonor elektron dan akseptor. Kedua, dalam konteks industrial mikrobiologi, mengacu pada kuantitas pertumbuhan besar sel aerobik atau anaerobik, dalam sebuah alat biasanya sebagai fermentor atau bioreaktor. Selain dari penggunaannya untuk budidaya sel, yaitu pada sel vegetatif dan spora. Meskipun media dalam bentuk padat sering digunakan tetapi kebanyakan fermentasi menggunakan media cair. Fermentasi juga diklasifikasikan sebagai proses dalam fasa biologi. (waites,2001) Pada penundaan pertumbuhan mikroorganisme, sel sel yang ada berpencar dengan bebas dalam media dan berinteraksi sebagai bentuk tersendiri. Sistem fermentasi ini mungkin terlihat mudah tetapi dalam kenyataanya fermentasi menggunakan nutrisi dan oksigen bisa dikembangkan. (waites,2001) Alat yang biasa digunakan adalah fermentor (bioreactor) yaitu suatu unit alat yang digunakan untuk melangsungkan proses biokimia dari suatu bahan baku menjadi produk yang diinginkan, dimana prosesnya dilakukan oleh enzim-enzim dalam mikroba atau enzim murni yang diisolasi. Fermentor merupakan system tertutup untuk reaksi biologis dari proses bioteknologi. DESAIN DAN KONSTRUKSI FERMENTOR Fermentor kebanyakan didesain untuk menjaga konsentrasi biomass tetap tinggi, dimana yang penting untuk banyak proses fermentasi yang ingin dilakukan, kontrol apa yang akan dilakukan bergantung pada proses tertentu, dan objek yang lebih spesifik untuk dihasilkan. Pada fermentor ada parameter yang harus dikontrol, yaitu laju agitasi, transfer oksigen, suhu, pH, dan bahan baku. (waites,2001) Fungsi utama bioreaktor adalah memberikan lingkungan terkontrol bagi pertumbuhan mikroorganisme atau campuran tertentu mikroorganisme untuk memperoleh produk yang diinginkan. Bioreaktor hendaknya mencegah kontaminasi produksi dari lingkungan pada kultur sambil mencegah pelepasan kultur ke lingkungan. Bioreaktor sebaiknya memiliki instrumentasi untuk pemeriksaan agar terjadi pengawasan proses optimum. Fermentor yang digunakan berdasarkan kapasitasnya dibagi menjadi dua, yaitu skala laboratorium dan skala industry. Dalam skala laboratorium digunakan dalam botol erlenmeyer (volume 50-2000 ml dengan pengisian maksimum 20 %). Jenis Jenis Fermentor
123

Menurut Pujaningsih (2005), macam-macam reactor adalah sebagai berikut : 1. Bioreaktor tangki adukan ( stirres tank bioreactor) 2. Bioreaktor kolom gelembung (Bubble column bioreactor) udara dialirkan melalui sparger di dasar bejana. 3. Bioreaktor dengan pancaran udara (Airlift bioreactor) terdiri dari dua kolum yang dimasukkan ke dalam kolum yang lain. Udara dipaksa masuk melewati pipa sehingga udara dapat terpancar keatas dan medium ikut terbawa. Bioreaktor terkemas padat diisi dengan bahan padatan yang dapat menjaring mikrobia masuk kedalamnya. Menurut Andhiko (2008), Berdasarkan proses penyebaran organisme dan media dalam bejana mengelompokkan jenis fermentor ke dalam 3 grup : 1. Reaktor dengan agitasi internal. Merupakan biorekator yang paling lazim digunakan di berbagai industri fermentasi. Grup ini termasuk stirred tank reactor. 2. Bubble column bioreactor. Merupakan bioreaktor paling sederhana. Terdiri dari tabung panjang dengan beberapa sparger di bagian dasarnya. 3. Loop reactor. Merupakan reaktor kolom di mana percampuran dan sirkulasi diinduksi dengan alat-alat tertentu. Berdasarkan penggunaan alat tersebut, fermentor ini dikelompokkan atas tiga jenis: a. Air lift loop reactor . b. Pro pellerloop reactor. c. Jet loop reactor . PERANCANGAN FERMENTOR Rancangan dan kontroksi bioreaktor perlu diperhatikan tentang bejana harus dapat dioperasikan dalam jangka waktu lama, serasi dan afitasi memadai untuk kelangsungan proses metabolik mirkobia, sistem kontrol suhu, pH dan penambahan nutrien, bejana harus dapat dicuci dan disterilisasi fasilitas sampling harus ada konsumsi tenaga serendah mungkin, bahan kontruksi murah dan evaporasi diusahakan tidak terlalu besar. (waites,2001) A.Kriteria Dasar Dalam Desain Bioreaktor: Karakteristik mikrobiologi dan biokimia dr sistem sel (mikrobia, mamalia, tumbuhan). Karakteristik hidrodinamik bioreaktor. Karakteristik massa dan panas bioreaktor. Kinetika pertumbuhan sel dan pembentukan produk. Karakteristik stabilitas genetis dr sistem sel Desain peralatan yg aseptis Pengawasan lingkungan bioreaktor (makro dan mikro) Implikasi desain bioreaktor pada pemisahan produk menghilir Modal dan biaya operasi bioreactor Potensi pengembangan desain bioreactor

124

B. Syarat Fermentor adalah sebagai berikut : Tidak boleh ada hubungan antara bagian sistem yang steril dengan non-steril. Hindari kelep-kelep / penghubung bentuk gelangan, karena bentuk demikian dapat mengendur akibat dari gerakan/fibrasi alat dan kenaikan suhu, dan memungkinkan kontaminasi. Bila mungkin seluruh konstruksi alat dilas. Hindari ruang-ruang perangkap serta bentuk leher, karena ruangan seperti itu sulit untuk dibersihkan. Semua bagian sistem harus dapat disterilisasi secara tersendiri. Setiap hubungan/kelep ke bejana harus dapat disterilkan dengan uap. Gunakan katup-katup yang mudah dibersihkan maupun disterilkan, misalnya katup bola atau diafragma. Tekanan dalam fermentor harus tetap positif sehingga kalau ada kebocoran akan mengarah ke luar. C. Konstruksi Fermentor. Bahan fermentor dibuat tahan karat untuk mencegah kontaminasi logam/ion selama proses. Bahan fermentor harus tidak beracun & tidak mudah terlarut, shg tdk menghambat pertumbuhan mikroba. Bahan fermentor harus kuat utk sterilisasi berulang kali pd tekanan uap tinggi. Sistem stirer dari fermenter & lubang pemasukannya cukup, sehingga tidak mengalami stress mekanik akibat terlampau rapat. Pemeriksaan secara visual dari medium & kultur hrs tersedia, dibuat dari bahan transparan. D. Desain Bioreaktor Harus Memperhatikan Beberapa Hal Yaitu : Bejana dapat dioperasikan dalam keadaan aseptis untuk jangka waktu lama. Aerasi dan agitasi cukup memadai untuk kelangsungan proses metabolik mikrobia. Konsumsi tenaga serendah mungkin. Sistim kontrol temperatur, pH harus ada. Fasilitas untuk sampling harus ada. Evaporasi diusahakan tidak terlalu besar. Bejana harus dapat dicuci, dibersihkan dan mudah dipelihara, mempunyai geometri yang sama baik untuk laboratorium maupun skala industri. Dikonstruksi dari bahan yang murah. E. Karakteristik Fermenter. Fermentor anaerobik memerlukan alat khusus kecuali untuk menghilangkan panas. Fermentor aerobik memerlukan alat untuk mengaduk dan memberikan aerasi cukup. Konstruksi fermentor aerobic Tebuat dari baja anti karat. Berupa silinder besar, tertutup di bagian atas atau bawah, dilengkapi pipa-pipa. KONTROL KIMIA DAN KONDISI FISIK Konsep dasar dari Bioreaktor adalah untuk pemisahan, dengan menggunakan pembatas antara lingkungan dalam fermentasi dengan lingkungan luar. Apapun yang keluar ataupun masuk pada proses
125

fermentasi dapat dimonitor. Pada fermentasi ada bagian yang intensif, yaitu temperature, konsentrasi, tekanan dan panas yang tepat. Bagian ini memiliki jumlah tersendiri pada system fermentasi. Ada bagian extrinsif seperti massa, volum, entropi dan energy dapat diseimbangkan. Contohnya jika 10gr air dengan suhu 30C ditambahkan pada 35 gr air dengan suhu 30C, hasilnya didapatkan air dengan temperature (bagian intensif) adalah 30C dan bukan 60C, tetapi berat dari air (bagian extrinsif) adalah additive pada 45 gr. (waites,2001) Kunci pada bagian exrinsif adalah adalah pada energy dan massa, hal ini diakibatkan karena jumlah atom karbon, nitrogen, oksigen dan energi yang ada di sistem pada saat awal operasi, dan input yang lebih jauh berguna untuk fermentasi, dan semuanya dikalkulasi pada akhir proses. Sistem ini harus menyediakan alat analitik yang baik, apalagi ketika digabungkan dengan penetapan pada termodinamik ( perpindahan panas, densitas, rheologi dan temperature) dan laju reaksi (produksi biomass). Dengan informasi yang didapat dapat digunakan untuk perhitungan matematik dan pemodelan pada computer yang kemungkinan bisa digunakan pada computer dan kontrol fermentasi selanjutnya.(waites,2001) Agitasi Agitasi pada fermentasi sel tersuspensi adalah proses yang dilakukan dengan keinginan untuk mencampur 3 fasa yang berbeda dengan menggunakan fermentor. Pada fasa cair terkandung larutan nutrisi dan metabolit. Pada fasa gas di dominasi oleh oksigen dan karbon dioksida. Fasa padat dibuat oleh sel dan kemungkinan terdapat substrat padat. Proses pencampuran seharusnya terjadi pada kondisi produksi secara homogen dan meningkatkan fungsi nutrisi, gas dan perpindahan panas. Perpindahan panas sangat diperlukan pada proses sterilisasi dan penjagaan temperatur selama operasi terjadi. Pencampuran yang efisien sangat penting untuk perpindahan oksigen pada fermentasi aerob, karena sebagai mikroorganisme hanya dapat mengambil oksigen pada saat fasa cair. Perubahan fasa dari gas menjadi fasa cair meningkat dengan agitasi. (waites,2001) Tingkat agitasi mempunyai pengaruh yang nyata terhadap efisiensi transfer oksigen di dalam fermentasi dengan pengadukan mekanik. Agitasi sangat membantu proses transfer oksigen di dalam fermentor dengan cara sebagai berikut: - Agitasi menyebabkan ukuran gelembung udara menjadi lebih kecil sehingga luas permukaan untuk terjadinya transfer oksigen menjadi lebih besar. - Agitasi menyebabkan waktu tinggal gelembung udara di medium menjadi lebih lama. - Agitasi mencegah bergabungnya kembali gelembung-gelembung udara yang sudah ada. - Agitasi memperkecil tebal lapisan film pada permukaan antar fase gas dan cairan karena sifat alir fluida yang menjadi tubulen. Tingkat agitasi dapat diukur berdasarkan tenaga yang dikonsumsi oleh motor yang menggerakkannya. Beberapa upaya telah dilakukan untuk mencari hubungan-hubungan antara konsumsi tenaga yang diperlukan dengan KLa, sehingga dengan hubungan-hubungan yang diperoleh tersebut dapat digunakan untuk memperkirakan tenaga yang dibutuhkan dalam desain dan scale-up. (waites,2001) Agitasi fermentor membutuhkan input energi dan ada 3 prinsip mekanisme yang biasanya digunakan. 1. Stirred Tank Reactors(STRs)

STRs secara mekanis menggerakkan agitator atau impeller dalam sebuah wadah silinder baffle. Baffle selalu berupa pelat datar dipasang secara vertical dengan ketebalan 1 -10 diameter. Normalnya pelat baffle dipasang 4 -6 buah pada dinding wadah untuk membantu proses pencampuran dan perpindahan panas secara turbulen, agar tidak terjadi formasi vortex dan mengurangi dead space.
126

Pada wadah, impeller dipasang pada motor external dimana sebagai pengendali pada sistem pengadukan. Pada perakitan agitator yang juga terdapat sebuah pelindung, ini biasanya sebagai jalur yang potensial untuk kontaminasi. Untuk menghindari adanya kontaminasi, sebuah batang pemisah dipasang pada fermenter sampai pada pelindung aseptik. Untuk proses fermentasi tertentu, dibutuhkan 2 atau 3 pelindung untuk meminimalkan adanya kontaminasi, dan melepaskan mikroorganisme serta hasilnya ke lingkungan. Keefektifan dari agitasi tergantung pada desain dari pisau impeller, kecepatan dari proses agitasi dan kedalaman dari cairan. Kebanyakan STRs memiliki ratio ketinggian dan diameter 3 : 1 atau 4 : 1. STRs harus dibuat pada turbulen yang tinggi untuk menjaga kecepatan dari perpindahan, tetapi ini juga menghasilkan kekuatan potong yang besar yang dapat merusak beberapa sel. Sebagai contohnya, banyal sel hewan dan tumbuhan mudah terpotong dan pengadukan berlebihan mebuat hasil sel menjadi kacau. Dalam hal ini, STRs tidak mungkin cocok tanpa dimodifikasi dan pancaran udara kemungkinan besar diperlukan.(waites,2001)

2. Airlift Fermenter Sistem ini sangat cocok untuk proses aerobik seperti produksi biomassa mikroba. Hal ini didasarkan pada proses yang dirancang setelah penelitian intensif dan pengembangan, yang secara signifikan meningkatkan sirkulasi di dalam reaktor dengan mengorganisir konsentrasi oksigen terlarut dan substrat yang dapat disesuaikan sepanjang silinder gerakan agar tidak mengganggu pertumbuhan mikroba karena oksigen tidak mencukupi dan kelebihan gula. Cairan-dinamis kondisi dalam cairan fermentasi sangat homogen.(waites,2001) Keuntungan: - Produktivitas yang lebih tinggi - Pengurangan konsumsi energi - Tidak ada tindakan geser - Sebagai bagian dari perlindungan lingkungan - Metode kompak konstruksi
127

- Cepat pembersihan tanpa masalah - Waktu amortisasi Sangat singkat

3. Hydrodynamic mechanism (Deep-jet Fermenter)

Mekanisme hidrodinamik menggunakan energy kinetik cairan untuk pencampuran pada fermentor yang diterima menggunakan menggunakan pompa cairan diluar proses sirkulasi dan diinjeksi ulang. Pencampuran gizi dan penukaran gas dengan fermentor sangatlah kompleks. Hal tersebut dipengaruhi oleh densitas dari medium dan rheologi, ukuran dan geometri wadah, dan banyaknya kekuatan yang digunakan pada sistem. STRs memiliki agitator dengan impeller berlipat agar memberikan pencampuran yang baik pada lingkungan yang homogen. Walaupun demikian, pada kenyataannya kondisi yang tidak seragam terdapat pada wadah dengan kapasitas lebih dari 500 Liter. Pola aliran pada fluida di tangki pengadukan dapat menjadi 2 tipe, yaitu aliran laminar dan turbulen.aliran laminar dan turbulen berkarakteristik dengan tinggi dan rendahnya reynold number. (waites,2001) Perpindahan Panas Pada desain fermentor, efisiensi dari perpindahan panas sangat penting pada kontrol temperatur selama operasi penyeterilan dan mempertahankan temperature tetap selama proses fermentasi berlangsung. Terbentuknya panas pada fermentasi terutama akibat dari aktivitas metabolis mikroorganisme dan proses mekanisme agitasi. Perpindahan panas utamanya dicapai menggunakan jaket luar di sekitar fasa internal atau menggunakan gulungan internal. Kontak tidak langsung antara sistem pendingin/pemanas dengan media fermentasi. Panas terkonduksi masuk melewati dinding wadah, gulungan dan baffle. Sistem tersebut juga digunakan untuk sterilisasi wadah dan konten sebelum inokulasi, menggunakan injeksi penguap tekanan. Pengontrol otomatis temperature selama fermentasi berhasil terjadi dengan penginjeksi air panas/dingin menuju jaket terluar dan atau gulungan dalam. (waites,2001) Perpindahan Massa Pada perpindahan nutrisi dari fasa larutan menjadi sel sel microbial selama fermentasi secara relatif tanpa kesulitan sebagagai nutriri biasanya tersedia di kelbihannya. Bagaimanapun, perpindahan oksigen pada fermentasi aerob lebih kompleks.(waites,2001) Aerasi Aerasi merupakan salah satu proses dari transfer gas yang lebih dikhususkan pada transfer oksigen dari fase gas ke fase cair. Fungsi utama aerasi dalam pengolahan air adalah melarutkan oksigen ke dalam air untuk meningkatkan kadar oksigen terlarut dalam air dan melepaskan kandungan gas-gas yang terlarut dalam air, serta membantu pengadukan air. (waites,2001) Aerasi dipergunakan pula untuk menghilangkan kandungan gas-gas terlarut, oksidasi kandungan besi dan mangan dalam air, mereduksi kandungan ammonia dalam air dan untuk meningkatkan kandungan oksigen terlarut agar air terasa lebih segar. Penyisihan besi dan mangan. Penyisihan besi dan mangan dapat dilakukan dengan proses oksidasi. Aplikasi aerasi dalam proses ini dapat memberikan cukup banyak oksigen untuk berlangsungnya reaksi. Proses ini biasanya digunakan pada air tanah yang kebanyakan mempunyai kandungan oksigen terlarut yang rendah. Oleh karena itu, aerasi dalam aplikasi ini akan menghasilkan endapan dan meningkatkan konsentrasi
128

oksigen terlarut. Mangan sering kali tidak dapat teroksidasi pada pH normal. Peningkatan pH sampai 8,5 dapat memperbesar oksidasi mangan, khususnya jika digunakan menara aerator. Penyisihan senyawa organic volatile. Senyawa organic yang bersifat mudah menguap (volatile) dapat disisihkan dengan cara aerasi. Penyisihan karbondioksida. Karbondioksida dapat cepat dihilangkan dengan cara aerasi. Karbondioksida mempunyai kelarutan yang rendah dalam air, sehingga aerasi sangat efisien dalam penyisihannya. Proses ini biasanya diterapkan pada pelunakan air tanah yang umumnya mempunyai kandungan karbondioksida yang tinggi. Tingginya konsentrasi karbondioksida dalam air dapat meningkatkan pemakaian bahan kimia untuk keperluan pelunakan. Penyisihan hydrogen sulfide. Hidrogen sulfide adalah senyawa utama penyebab rasa dan bau yang dapat diolah cukup efektif dengan aerasi. Mekanisme pengolahannya adalah terjadi oksidasi hydrogen sulfide menghasilkan air dan belerang bebas. Ammonia merupakan polutan yang dapat dipisahkan dari suatu limbah cair walaupun seringkali memerlukan pengaturan pH terlebih dahulu. Proses pemisahan (stripping) lebih mudah dilakukan pada suhu tinggi. Hal tersebut sejalan dengan koefisien hukum Henry dimana koefisian akan meningkat seiring dengan meningkatnya suhu. (Berne dan Cordonnier, 1995) AIR STRIPPING Proses air stripping biasanya diawali dengan proses pre-asidifikasi. Tujuan pre-asidifikasi adalah untuk mendisosiasi ammonium dalam bentuk garam. Pre-asidifikasi dilakukan dengan menambahkan asam kuat seperti asam sulfat sehingga dicapai pH 5,5-6. Proses yang terjadi adalah digambarkan seperti persamaan berikut. 2 HSNH4 + H2SO4 (NH4)2SO4 + 2 H2S / Gas H2S bersifat lebih volatile dibandingkan dengan gas NH3. Kombinasi gas H2S dengan asam lemah akan memungkin suhu proses stripping dapat diturunkan hingga suhu dibawah 80 oC. Proses pemisahan gas NH3 secara cepat umumnya dilakukan pada suhu 105 oC. Hal tersebut didasari hasil percobaan bahwa kombinasi gas H2S dengan asam lemah akan menghasilkan konstanta Henry 150 MPa, sedangkan kombinasi gas NH3 dengan asam lemah akan menghasilkan konstanta Henry 15 MPa. Telah disebutkan diawal bahwa semakin tinggi kostanta Henry, maka proses stripping akan semakin mudah dilakukan. Kondisi proses stripping yang dapat dijadikan acuan diperlihatkan pada Tabel 1. (Berne dan Cordonnier, 1995) Tabel 1. Kondisi Proses Air Strippping Proses Air stripping 0,2-0,5 ambien 5-15 90-96

Kandungan S2-awal (g/L) Suhu (oC) Kandungan S2- akhir (g/L) Efisiensi removal S2- (%)

129

40-80 V udara / V air 2-3 Tinggi kolom packing (m) Percolation velocity (m3/ jam. m2) Sumber: Berne dan Cordonnier, 1995 DAFTAR PERTANYAAN BESERTA JAWABAN 1. Pada proses fermentasi, prosesnya itu aerobik atau anaerobik? Yang dijelaskan tadi pada fermentor ada pemasukan udara, tapi ada fermentasi anaerobik itu ada pemasukan udara atau tidak?Kalau prosesnya anaerobik, mikroba dikatakan akan keracunan bila mendapat oksigen. Jadi apakah mikroba tidak bernafas? (Maratus 115061100111019) Jawab: Pada proses fermentasi yang dijelaskan adalah aerob, sebelumnya telah dijelaskan oleh kelompok sebelumnya bahwa bakteri anaerob tidak memerlukan oksigen untuk berespirasi sehingga saat proses fermentasi menggunakan bakteri anaerob tidak dialiri oksigen. 2. Apa pengaruhnya aliran kultur yang terlalu cepat dalam fermentor proses agitasi? (Queen Sitanggang 115061100111015) Jawab: Keefektifan dari agitasi tergantung pada desain dari pisau impeller, kecepatan dari proses agitasi dan kedalaman dari cairan. Kebanyakan STRs memiliki ratio ketinggian dan diameter 3 : 1 atau 4 : 1. STRs harus dibuat pada turbulen yang tinggi untuk menjaga kecepatan dari perpindahan, tetapi ini juga menghasilkan kekuatan potong yang besar yang dapat merusak beberapa sel. Sebagai contohnya, banyal sel hewan dan tumbuhan mudah terpotong dan pengadukan berlebihan mebuat hasil sel menjadi kacau. Dalam hal ini, STRs tidak mungkin cocok tanpa dimodifikasi dan pancaran udara kemungkinan besar diperlukan. 3. Tolong dijelaskan proses yang terjadi dalam deep-jet fermentor! (Rizka Dwi Octaria 115061101111017) Jawab: Mekanisme hidrodinamik menggunakan energy kinetik cairan untuk pencampuran pada fermentor yang diterima menggunakan menggunakan pompa cairan diluar proses sirkulasi dan diinjeksi ulang. Pencampuran gizi dan penukaran gas dengan fermentor sangatlah kompleks. Hal tersebut dipengaruhi oleh densitas dari medium dan rheologi, ukuran dan geometri wadah, dan banyaknya kekuatan yang digunakan pada sistem. STRs memiliki agitator dengan impeller berlipat agar memberikan pencampuran yang baik pada lingkungan yang homogen. Walaupun demikian, pada kenyataannya kondisi yang tidak seragam terdapat pada wadah dengan kapasitas lebih dari 500 Liter. Pola aliran pada fluida di tangki pengadukan dapat menjadi 2 tipe, yaitu aliran laminar dan turbulen.aliran laminar dan turbulen berkarakteristik dengan tinggi dan rendahnya reynold number. 4. Tadi dijelaskan pada airlift fermentor mempunyai keuntungan cepat pembersihan tanpa masalah, itu maksudnya apa? Memang fermentor lainnya ada masalah dalam pembersihan? Padahal proses fermentasi tadi dikatakan steril. (Winda Fauzi Istiqomah 115061101111003) Jawab: fermentor airlift ini wadahnya mudah dibuka serta didalamnya tidak terlalu banyak alat seperti pada STRs yang didalamnya ada alat pengaduk. Kesulitan pada deep jet adalah desain alat yang rumit sehingga untuk cara pembersihannya lebih sulit dari alat yang lain. 5. STR itu fermentor untuk fermentasi aerob atau anaerob? Kalau bisa digunakan untuk keduanya, lalu bagaimana peran sparger dan sterile air pada fermentasi anaerob? Fermentasi anaerob kan tidak
130

30-40

membutuhkan oksigen? Tapi kalau STR digunakan hanya untuk fermentasi aerob, lalu fermentor seperti apa yang biasa digunakan untuk fermentasi anaerob? (Dewi Nugrahani 115061100111001) Jawab: STR digunakam untuk aerob sedangkan Fermentor yang digunakan dalam produksi etanol dengan bahan baku gula biasanya mengunakan fermentor anaerob. Secara umum, terdapat definisi yang lebih jelas yang mendefinisikan fermentasi sebagai respirasi dalam lingkungan anaerobic dengan tanpa akseptor elektron eksternal. 6. Diketahui bahwa mikroba berespirasi secara aerob atau anaerob dan dijelaskan pada diagram stirred tank reactor ada udara steril yang masuk. Mikroba aerob mungkin akan tetap bisa hidup jika udara tersebut mengandung oksigen, akan tetapi bagaimana untuk mikroba anaerob yang notabene tidak dapat hidup jika ada oksigen.Jelaskan! (Vivi Anita Aprilia 115061107111005) Jawab: Pada prinsipnya STR adalah fermentor aerob, jadi dapat dinyatakan bahwa mikroba anaerob benar akan mati bila masuk ke dalamnya. Untuk fermentor anaerob itu sendiri contohnya pada pembuatan etanol. 7. Kalau mikroba anaerobic desain fermentornya bagaimana? Apa perbedaanya dengan desain fermentor untuk aerob? (Dhanang Edy Pratama 115061101111007) Jawab: Proses anaerobic yang terjadi dilakukan di dalam bioreactor anaerob dengan tipe Up-Flow anaerobic filter dengan volume 500L, reactor tersebut menggunakan media sponge filter yang berfungsi sebagai tempat melekatnya mikroorganisme. 8. Pada deep-jet fermentor, apa tujuannya aliran secara turbulen? Kenapa jenis alirannya berbeda dengan fermentor lain? (Alfonsina 115061100111027) Jawab: Deep jet fermentor adalah salah satu alat dengan menggunakan mekanisme hidrodinamik, deep jet fermentor juga menggunakan aliran laminar dimana harus disesuaikan dengan reynould number. 9. Buffle terbuat dari bahan apa? Apakah ada spesifikasi tertentu tentang bahan-bahan yang digunakan untuk buffle? Misalnya harus kuat, atau sebagainya. (Inggit Kresna Maharsih 115061100111003) Jawab: Baffle selalu berupa pelat datar dipasang secara vertical dengan ketebalan 1 -10 diameter. Normalnya pelat baffle dipasang 4 -6 buah pada dinding wadah untuk membantu proses pencampuran dan perpindahan panas 10. Bagaimana cara menentukan kapan kita menggunakan fermentor dengan system batch, feed batch, maupun continous? Dan apa dampak dari produk yang dihasilkan? (Freshsya Zatalini 115061100111003) Jawab: Kelompok kami tidak membahas fermentor dengan system baych, feed batch, maupun continous karena telah dijelaskan dikelompok selanjutnya. 11. BagaimPada deep-jet bagaimana cara menghilangkan kontaminan pada system penggeraknya? Menggunakan apa? (Sharfina Widyaningrum 115061105111003) Jawab: pada deep jet ini ada pompa untuk mengalirkan hasil fermentasinya, untuk adanya kontaminan bisa dilakukan sterilisasi pada alat menggunakan udara bertekanan. 12. Udara seperti apa yang digunakan pada sparger?serta pada perpindahan massa nutrisi seperti apa yang digunakan?makro apa mikro? (Lilis Triyowati 115061101111009) Jawab: Udara yang digunakan pada STR berupa udara yang steril yang bebas dari kontaminan dan masuk melalui sparger yang dihubungkan dengan selang. Nutrisi yang digunakan meliputi makro dan mikro karena
131

mikroorganisme adalah makhluk hidup dan pada dasarnya semua makhluk hidup butuh nutrisi baik makro maupun mikro. 13. Kenapa deep-jet fermentor jarang digunakan? Apa kekurangan dan kelebihannya? ( Pandu Rahmat 115061107111001) Jawab: Deep-jet fermentor jarang digunakan karena pada fermentor ini mekanisme hidrodinamik menggunakan energy kinetik cairan untuk pencampuran pada fermentor yang diterima menggunakan menggunakan pompa cairan diluar proses sirkulasi dan diinjeksi ulang. Jadi dapat dikatakan pompa tersebut membuat kinerja dari fermentor ini kurang efisien karena harus menggunakan tenaga untuk melakukannya. 14. Apa pengertian amortisasi? dan apa yang dimaksud sebagai bagian dari perlindungan lingkungan? (Ridhani 115061100111009) Jawab: alat dipasang ataupun dibuat dari bahan yang murah harganya dan ramah lingkungan, karena setiap alat harus ada pengawasannya terhadap lingkungan. Amortisasi adalah penyusutan secara berangsur angsur pada proses fermentasi. BAB II TINJAUAN PUSTAKA II.1 Medium Fermentasi Istilah fermentasi berasal dari bahasa latin fervare yang berarti mendidih. Istilah ini digunakan untuk menggambarkan aksi dari ragi dalam ekstrak buah atau biji-bijian yang menghasilkan gelembunggelembung gas karbondioksida sebagai akibat dari proses katabolisme anaerob dari gula yang terdapat dalam ekstrak. Fermentasi merupakan suatu cara untuk mengubah substrat menjadi produk tertentu yang dikehendaki dengan menggunakan bantuan mikroba. Produk-produk tersebut biasanya dimanfatkan sebagai produk minuman atau makanan. Dalam suatu proses fermentasi memerlukan: 1. Mikroba sebagai inoculum 2. Tempat (wadah) untuk menjamin proses fermentasi berlangsung dengan optimal. 3. Substrat sebagai tempat tumbuh (medium) dan sumber nutrisi bagi mikroba Medium fermentasi memiliki fungsi yaitu untuk menyediakan semua nutrisi yang dibutuhkan oleh mikroorganisme selama proses fermentasi berlangsung. Sehingga melalui media fermentasi, mikroorganisme tersebut dapat memperoleh sumber nutrisi yang dapat digunakan untuk memperoleh energy dalam rangka pembentukan sel serta melakukan proses biosintesis untuk menghasilkan produk-produk metabolit. Oleh karena itu, suatu medium fermentasi harus mengandung komponen-komponen yang diperlukan oleh mikroorganisme dalam proses fermentasi. Idealnya suatu medium fermentasi harus mengandung komponen-komponen yang dapat berperan sebagai pensuplai nutrisi bagi mikroorganisme selama proses fermentasi berlangsung agar mikroorganisme tersebut dapat bekerja secara optimum selama proses fermentasi. Berikut ini terdapat tabel yang menjelaskan menganai kebutuhan nutrisi bagi 3 jenis mikroorganisme yang berbeda-beda.

132

1. 2. 3. 4. a. b. c. d. 5. 6. 7. 8. 9.

Berdasarkan data pada tabel di atas dapat dilihat bahwa komposisi bagi masing-masing mikroorganisme ( bacteria, yeast, maupun molds) memiliki prosentase yang berbeda-beda untuk setiap komponen penyusunnya, seperti nitrogen, protein, karbohidrat, lipids, nucleo acid, dan ash. Hal tersebut dikarenakan mikroorganisme tersebut memiliki sifat fisiologis yang berbeda-beda sehingga kebutuhan akan nutrisinya juga berbeda. Namun untuk kandungan karbon dan mineral yang dibutuhkan oleh ke-tiga mikroorganisme tersebut cenderung sama prosentasenya. Hal tersebut dikarenakan ke-dua komponen tadi merupakan kebutuhan dasar yang harus terpenuhi oleh setiap jenis mikroorganisme untuk kelangsungan hidupnya. Selain ke-dua komponen tadi, kebutuhan dasar lain dari mikroorganisme yaitu air. Dimana air merupakan komponen terbesar dalam tubuh organisme yaitu sekitar 80-90%, oleh karena nya kebutuhan akan air sebagai sumber nutrisi bagi mikroorganisme sangat penting. Komponen - komponen penyusun media fermentasi adalah sebagai berikut : Sumber nitrogen Air dan mineral Vitamin Faktor pertumbuhan Prekursor dan Induser Elisitor Inhibitor Modifikasi permeabilitas sel Oksigen Antifoams Animal Colture Media Plant Culture Media Culture Maintance Media

Gambar 1 : Tabel Komposisi rata-rata mikroorganisme (bakteri, yeast, molds). Sumber : The Internet Journal of Microbiology ISSN: 1937-8289

II.2 Sumber Nitrogen Fungsi sumber nitrogen dalam media fermentasi yaitu untuk mempercepat pertumbuhan mikroorganisme selama proses fermentasi berlangsung. Dengan kebutuhan nitrogen bagi mikroorganisme yang harus disuplai pad media fermentasi yaitu sekitar 10-15% dari berat kering sel bakteri. Sumber nitrogen dapat dibedakan menjadi 2, yaitu nitrogen organik dan nitrogen anorganik. 1. Nitrogen organik Nitrogen merupakan nitrogen yang berasal dari berbagai macam sumber zat organic. Nitrogen organic didapatkan dari berbagai kombinasi hasil samping pertanian, seperti kacang kedelai dan ampas biji kapas. Selain itu sumber nitrogen organik lainnya yaitu berupa asam amino, protein dan urea. Dalam hal ini sumber
133

nitrogen organic yang paling banyak digunakan yaitu jenis urea dan asam amino. Hal tersebut dikarenakan ke-dua sumber nitrogen tersebut harganya relatif murah dan mudah mendapatkannya. 2. Sementara nitrogen anorganik dapat bersumber dari amonium sulfat, gas amonia, maupun amonium hidroksida. Dalam hal ini nitrogen anorganik bersifat sebagai suplemen untuk mikroorganisme pada proses fermentasi. Selain itu dengan penambahan nitrogen anorganik pada medium fermentasi juga berfungsi sebagai pengatur pH pada proses fermentasi. Seperti contohnya yaitu ketika melakukan proses fermentasi yoghurt, maka nitrogen anorganik tersebut akan mengontrol agar pH selama proses fermentasi berlangsung berkisar antara 4,2 4,4. Tujuan pengontrolan pH yaitu agar mikroorganisme yang berperan (Lactobacillus bulgaricus dan Streptococcus thermophilus) dapat bekerja secara optimum karena pada pH demikian kerja mikroorganisme tersebut dapat optimum. Sumber nitrogen yang dapat digunakan dalam proses fermentasi adalah amonium sulfat, ekstrak khamir dan pepton. Sedangkan yang paling cocok digunakan sebagai sumber nitrogen adalah amonium sulfat dan diamonium hidrogen phosphate (DAHP) karena mudah didapat dan harganya cenderung murah. Amonium phosphat mempunyai kandungan nutrien yang tinggi yaitu fosfor (P) dan nitrogen (N), serta mempunyai kelarutan yang tinggi dan mempunyai sifat yang stabil dalam penanganan penyimpanannya. Amonium phosphat yang terdapat di pasaran terdapat dua jenis yaitu monobasis dan dibasis. Amonium phosphat monobasis disebut juga sebagai amonium dihidrogen phosphat yang mempunyai rumus kimia NH4H2PO4. Sedangkan amonium phosphat dibasis atau disebut juga diamonium hidrogen phosphat mempunyai rumus kimia (NH4)2HPO4. Batas maksimum penggunaan amonium phosphat menurut Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia nomor 235/Men.Kes./Per/VI/79 adalah secukupnya untuk jenis makanan soda kue, roti, bir dan makanan lainnya. Hal ini bertujuan untuk meminimalisasikan keracunan dan hal-hal yang buruk bagi pengosumsi. Sedangkan Matz (1972) menyatakan bahwa penggunaan amonium phosphat pada pembuatan roti tawar tidak boleh lebih dari 0,25 bagian untuk setiap 100 bagian berdasarkan berat. Dalam proses industri, sumber nitrogen tersebut dapat diproses sehingga menghasilkan produk seperti corn steep liquor, ekstrak ragi, peptones dan soya bean meal. 1. Corn steep Liqour Corn steep Liqour adalah produk samping yang dihasilkan dari ekstraksi pati dengan menggunakan jagung sebagai komponen pokok. Pada proses fermentasi, Corn steep Liqour digunakan untuk produksi antibiotik penisilin pada tahun 1940-an. Dalam hal ini sumber nitrogen akan membantu proses pertumbuhan dari mikroorganisme yang berperan (jamur) sehingga dapat menjalankan fungsinya secara optimum. Untuk komposisi yang tepat dari Corn steep Liqour tergantung pada kualitas jagung sebagai sumber nya serta kondisi pengolahan, meliputi pH, suhu, dan tekanan. Komposisi pada Corn steep Liqour umumnya mengandung sekitar 4% (b / v) nitrogen, dalam hal ini sudah termasuk berbagai asam amino, vitamin dan mineral. Dimana setiap sisa gula yang dihasilkan biasanya dikonversi menjadi asam laktat
134

sebanyak 9-20%, b/ v oleh mikroorganisme yang mengkontaminasinya. Corn steep Liqour kadang-kadang dapat digantikan oleh minuman keras yang sama, seperti yang berasal dari produksi tepung kentang. 2. Ekstrak Ragi Ekstrak ragi dapat didapatkan dari Gambar 2 : Tabel komposisi Corn Steep Liquor limbah Sumber : Anon, 1975 toko roti maupun ragi, atau dapat juga bersumber dari strain seperti Saccaromyches cerevisiae serta strain alternative lainnya yaitu Kluyveromyces marxianus, yang ditanamkan pada ragi untuk kemudian dibudidayakan (dikulturkan) menggunakan etanol. Selain itu ekstrak ragi juga dapat ditemukan sebagai limbah dari kayu dan pengolahan kertas. Ekstrak tersebut digunakan dalam formulasi media fermentasi biasanya berupa garam bebas dengan konsentrasi komponen yang larut dalam hidrolisis sel ragi. Ekstrak ragi dengan konsentrasi natrium klorida lebih besar dari 0,05% (b / v) tidak dapat digunakan dalam proses fermentasi karena memiliki potensial menyebabkan masalah korosi, yaitu apabila dia terhidrolis dengan air maka akan menyebabkan asam yang bersifat korosif. Proses mendapatkan ekstrak ragi yaitu melalui proses hidrolisi, dalam hal ini beripa autolysis. Pada proses autolysis ini menggunakan enzim endogen sel, biasanya tanpa perlu enzim hidrolitik tambahan lainnya. Dalam hal ini selama proses autolisis harus dapat mengontrol suhu dan tekanan osmotik, sehingga dapat menyebabkan sel-sel dalam ragi (yeast) tersebut mati tanpa menonaktifkan enzim. Suhu dan pH harus dikendalikan untuk memastikan proses autolisis optimal dan standar. Selain itu kontrol suhu sangat penting untuk mencegah hilangnya vitamin dari proses autolysis ini. Proses autolisis bekerja pada rentang suhu pada 50-55C selama beberapa jam sebelum suhu dinaikkan hingga 75C untuk mengaktifkan enzim. Sehingga pada akhirnya, sel-sel dalam ragi tersebut akan terganggu oleh adanya proses plasmolisis atau gangguan mekanis lainnya pada proses autolysis ini. Akibatnya bahan- Gambar 3 : Tabel kandungan protein dan vitamin pada ekstrak ragi. bahan pada dinding sel ragi rusak dan menjadi puing-puing dan dihilangkan melalui Sumber : Waites. 1995 penyaringan atau sentrifugasi, sehingga ekstrak yang dihasilkanakan akan terkonsentrasi dengan cepat. Dalam hal ini, ekstrak yang terbentuk berupa cairan yang mengandung padatan sekitar 50-65%, pasta kental atau bubuk kering. Ekstrak tersebut mengandung asam amino, peptida, vitamin larut air (Tabel 3), dan beberapa glukosa yang berasal dari karbohidrat yang tersimpan dalam ragi (trehalosa dan glikogen). 3. Peptone Peptone biasanya terlalu mahal digunakan untuk industri fermentasi skala besar. Hal tersebut dikarenakan bahan penyusun pada pepton terdiri atas asam atau hidrolisis enzim dari bahan protein tinggi, seperti : daging, gelatin, keratin, kacang, kedelai makan, biji bunga matahari, dll. Dalam hal ini komposisi dari pepton bervariasi tergantung pada sumber protein awalnya. Misalnya peptones yang berasal dari gelatin, memiliki kandungan prolin dan hidroksiprolin yang sangat besar, namun hampir tanpa kandungan belerang yang mengandung asam amino. Dalam industri pangan, gelatin luas dipakai sebagai salah satu bahan baku dari permen lunak, jeli, dan es krim. Sedangkan peptones dengan sumber keratin kaya akan kedua-nya, yaitu prolin dan sistein, namun kekurangan lisin. Peptone dari sumber tanaman selalu mengandung jumlah karbohidrat yang relatif besar. Berdasarkan hal di atas diketahui bahwa komposisi pepton berbeda-beda berdasarkan sumber protein penyusunnya. Oleh karena itu dalam formulasi media fermentasi harus dapat diketahui terlebih dahulu
135

karakteristik jenis pepton yang dibutuhkan oleh mikroorganisme yang akan digunakan selama proses fermentasi, sehingga dapat memilih sumber pepton yang sesuai terhadap kebutuhan mikroorganisme nya. 4. Soya Bean Meal Soya Bean Meal merupakan residu yang tersisa setelah kacang kedelai selesai di proses, yang kemudian digunakan untuk mengekstrak sebagian besar minyak. Komposisi dari soya bean meal yaitu terdiri dari protein sebanyak 50%, 8% senyawa non-protein nitrogen, 30% karbohidrat dan minyak sebesar 1%. Pada proses fermentasi, soya bean meal digunakan dalam proses fermentasi antibiotic. Hal tersebut dikarenakan komponen nya hanya secara perlahan-lahan dilakukan proses metabolisme, sehingga dapat digunakan untuk menghilangkan kemungkinan represi dari pembentukan produk. II.2.1 Aplikasi penerapan media dengan komponen sumber Nitrogen dalam industry Pegaplikasinua yaitu dalam proses : Produksi -Glukan dengan menggunakan mikroorganisme berupa Saccharomyces cervisiae dalam media dengan sumber nitrogen berbeda pada Air-Lift Fermentor.

Gambar 4 : Garfik hasil -Glukan yang dihasilkan dengan menggunakan medium : pepton; asam glutamate; urea; dan

136

Grafik diatas menerangkan bahwa produksi -Glukan terbanyak pada akhir fermentasi (84 jam) adalah pada medium dengan menggunakan sumber nitrogen pepton, yaitu sekitar 833 mg. Sementara dengan menggunakan urea produksi -Glukanpaling sedikit yaitu 633 mg. Dan untuk medium urea dan DAHP Glukan yang dihasilkan sama yaitu 733 mg. Sehingga dapat disimpulkan bahwa sumber nitrogen terbaik untuk proses fermentasi (produksi -Glukan) adalah menggunakan pepton. Namun sayangnya pepton harganya relative mahal, sehingga dapat menggunakan alternative urea yang jauh lebih murah sementara produksi -Glukan tidak jauh berbeda dengan -Glukan yang dihasilkan oleh pepton. II.3 Air dan Mineral II.3.1 Air Semua proses fermentasi, kecuali solid-substrat fermentasi, memerlukan air dalam jumlah yang besar. Hal ini dikarenakan air merupakan komponen dasar yang dibutuhkan mikroorganisme untuk tumbuh selama proses fermentasi berlangsung. Dalam banyak kasus juga menyediakan elemen mineral dalam media fermentasi. Dalam hal ini air yang akan digunakan untuk formulasi media fermentasi harus dipastikan bebas dari kandungan padatan tersuspensi maupun koloid seperti klorin, ferum, maupun garam mineral seperti kalsium karbonat. Dalam hal ini car menghilangkan koloid maupun suspensi tadi adalah dengan menggunakan teknik GAC (Granulated Carbon Active), yaitu menambahkan butiran karbon aktif yang berfungsi sebagi filtrate air sehingga antara air dan kolod tersebut dapat terpisah sehingga menghasilkan air yang bebas koloid untuk proses formulasi media fermentasi. Selain itu air tidak hanya digunakan sebagai komponen utama dari semua media fermentasi, namun juga penting untuk peralatan pendukung dan pembersihan (sterilisasi). Proses sterilisasi bisa dengan meggunakan cara filtrasi maupun pemanasan. Dengan alat yang digunakan untuk sterilisasi adalah autoclave. Dalam hal ini media yang akan disterilisasi dimasukkan dalam chamber, dan dengan injeksi steam dengan tekanan yang tinggi, maka dilakukan pemanasan pada kolom chamber dengan suhu 121C selama minimal 15 menit untuk memastikan medium sudah tersterilisasi sempurna.Air digunakan untuk proses pembersih (sterilisasi) dalam proses fermentasi. Saat ini air menjadi semakin mahal, sehingga banyak perusahaan yang melakukan proses pendaur ulangan / penggunaan kembali dari air. Hal ini dapat meminimalkan biaya dalam penggunaan air dan mengurangi volume limbah yang membutuhkan pengolahan air. II.3.2 Mineral Mineral mineral yang sering terdapat dalam medium fermentasi yaitu seperti berikut : kobalt, copper, besi, mangan, magnesium, molibdenum, dan seng yang hadir dalam pasokan air, dan kotoran dalam bahan media lainnya. Misalnya, cornsteep liquor mengandung berbagai mineral yang biasanya akan memenuhi kebutuhan mineral minor. Kadang-kadang, kadar kalsium, magnesium, fosfor, kalium, sulfur dan ion klorida terlalu rendah untuk memenuhi persyaratan ini sehingga dapat ditambahkan sebagai garam yang spesifik. Fungsi pemberian mineral dalam media fermentasi yaitu untuk fisiologi mikroorganisme tersebut, termasuk : saat pembelahan dan pertumbuhan sel, struktur dan fungsi mitokondria, Respiro-fermentasi metabolisme dan respon terhadap stres lingkungan. II.3.2.1 Aplikasi dari penggunaan mineral dalam industri Pengaplikasi dapat dijelaskan dalam Proses Fermentasi menggunakan Residu Mango sebagai Sumber Karbon untuk Produksi Bioetanol dengan menggunakan garam mineral MnSO4, FeSO4, MgSO4, KH2PO4.Hasil yang diperoleh yaitu :

137

Gambar 5 : Garfik laju produksi bioethanol pada produk yang mengandung mineral MgSO4 or KH2PO4

Berdasarkan kedua kurva di atas dapat dilihat bahwa penambahan mineral dalam medium fermentasi sangat penting dalam proses fermentasi. Oleh karena itu, disimpulkan bahwa Mn2+, K+, Mg2+, Fe2+ adalah ion yang dibutuhkan untuk proses fermentasi Ragi alkohol. Mn2+ berperan dalam produksi metabolit, karena perannya sebagai konstituen dehidrogenase laktat. Mg2+ berperan penting untuk produksi enzim sehingga alkohol dapat terbentuk, dalam hal ini magnesium bertindak sebagai penggerak beberapa enzim (fosfatidilkolin transferase dan dekarboksilase).Ion K+ sangat diperlukan untuk pertumbuhan mikroorganise. Sementara Fe2+ dapat merangsang pernapasan dan perkembangan mikroorganisme. II.4 Vitamin Pada proses fermentasi, vitamin berperan untuk mengaktifkan enzim-enzim yang digunakan selama proses fermentasi. Dalam medium fermentasi, vitamin disintesis oleh banyak bakteri dan digunakan sebagai unsur-unsur dasar penyusun media fermentasi. Sementara untuk mikroorganisme lainnya, seperti jamur dan ragi berserabut, maka harus ditambahkan vitamin sebagai suplemen untuk formulasi media fermentasi. Vitamin dapat ditemukan dalam produk-produk yang banyak mengandung sumber karbon dan sumber nitrogen sebagai kontaminan ringan. Contoh vitamin yang digunakan dalam formulasi media fermentasi yaitu pengunaan kalsium pantotenat dalam produksi vinegar dan biotin dalam produksi asam glutamate. II.5 Faktor Pertumbuhan Faktor pertumbuhan dalam media fermentasi didefinisikan sebagai persenyawaan organik yang harus terdapat dalam sel mikroorganisme agar mikroorganisme tersebut dapat tumbuh dan menjalankan fungsinya selama proses fermentasi berlangsung. Tetapi factor pertumbuhan ini tidak dapat dapat dibuat sendiri oleh mikroorganisme tersebut sehingga perlu ditambahkan dari pihak luar. Faktor pertumbuhan biasanya ditambahkan pada sumber karbon maupun sumber nitrogen pada saat formulasi media pertumbuhan. Contoh faktor-faktor pertumbuhan yang diperlukan dan ditambahkan dalam media fermentasi yaitu seperti : asam amino, nukleotida, asam lemak dan sterol, dimana ditambahkan baik dalam bentuk murni atapun, dalam bentuk ekstrak dengan tujuan untuk menekan biaya operasi fermentasi karena harganya yang lebih murah dalam bentuk ekstrak. Dalam hal ini factor pertumbuhan yang ditambahkan pada media fermentasi dapat berupa : prekursor, inducer, elicitor, maupun inhibitor. 1. Prekursor Prekursor adalah senyawa kimia yang ditambahkan ke medium fermentasi dimana selama proses fermentasi berlangsung akan dapat berikatan dengan molekul produk untuk menghasilkan produk dari proses metabolit sekunder. Pada fermentasi membutuhkan suplemen precursor yang spesifik ditambahkan dalam jumlah terkontrol dan dalam bentuk relatif murni. Contoh precursor yang ditambahkan dalam media fermentasi yaitu penggunaan phenylacetic acid atau phenilacetamida pada fermentasi antibiotic penisilin oleh Penicilliumchrysogenum, dimana precursor tadi akan berikatan dengan rantai samping molekul penisilin. Selain itu contoh lain dari penambahan precursor yaitu D-treonin digunakan sebagai precursor dalam produksi L-isoleusin oleh Serratia marcescens, dan asam antranilat ditambahkan pada produksi L-triptofan oleh khamir Hansenula anomala. Aplikasi dari penggunaan prekursor dalam industry dapat terlihat pada proses pengaruh penambahan urasil dalam media fermentasi terhadap hasil -glukan dari dua strain Agrobacteriumradiobacter A1.5 dan Agrobacterium sp. Bro 1.2.1.
138

Pada grafik samping dapat diamati bahwa produksi -glukan dengan menggunakan medium yang diberi precursor urasil akan jauh lebih tinggi dibanding medium yang tanpa pemberian precursor, baik dengan menggunakan kultur Agrobacteriumradiobacter A1.5 maupun Agrobacterium sp. Bro 1.2.1 untuk fase logarigtmik (24 jam) maupun fase stasioner (46 jam). 2. Inducer Dalam proses fermentasi, inducer adalah senyawa yang Gambar 6 : Grafik produksi bersifat menginduksi sistem biosintesis produksi enzim yang berguna glukan dengan menggunakan selama proses fermentasi. Dalam hal ini inducible enzyme hanya medium yang diberi precursor disintesis untuk merespon adanya inducer di lingkungannya, yaitu urasil biasanya berupa substrat enzim atau senyawa yang memiliki struktur berdekatan. Agar enzim tetap disintesis selama fermentasi, substrat inducer harus selalu ada dalam medium fermentasi. Dalam hal ini inducer diberikan secara terus menerus dalam konsentrasi yang rendah. Contoh pemberian induser dalam medium fementasi yaitu penggunaan starch untuk produksi amilase oleh kultur Aspergillus spp, pemberian induser maltosa oleh Bacillus subtilis, dan pemberian selulosa sebagai induser untuk produksi selulase oleh Trichoderma viride . 3. Elisitor Elisitor yaitu senyawa yang dihasilkan oleh mikroorganisme yang berperan dalam proses fermentasi untuk membantu mengsekresikan produk target dari sel tumbuhan. Contoh : dihasilkannya isoflavonoid pada kultur sel kedelei oleh senyawa elisitor Pms yg dihasilkan oleh fungi patogen Phytophthoramegasperma var. Soja Jika pembentukan produk tergantung pada kehadiran senyawa elisitor tertentu atau analog struktural, maka harus dimasukkan ke dalam media fermentasi atau ditambahkan pada suatu titik tertentu selama fermentasi. Dalam proses kultur sel tanaman produksi metabolit sekunder, seperti flavonoid dan trepenoids, dapat dipicu dengan menambahkan elisitor. Dalam hal ini dilakukan proses isolasi untuk produk target dari berbagai mikroorganisme, khususnya patogen tumbuhan. Selain elisator, reagen juga sering diperlukan dalam fermentasi mikroorganisme hasil rekayasa genetika (GMMs). Hal ini dikarenakan pertumbuhan GMMs dapat terganggu ketika gen cloning 'dihidupkan', karena tingkat transkripsi dan translasi yang sangat tinggi. Akibatnya, sistem untuk gen kloning digabungkan yang memungkinkan maksimalisasi awal pertumbuhan untuk membangun kepadatan biomassa yang tinggi, dimana gen kloning kemudian dapat 'dihidupkan' oleh penambahan elisitor kimia tertentu. Dalam hal ini aplikasi penggunaan elisiator dalam medium fermentasi adalah pada proses peningkatan produksi katarantin melalui teknik elisitasi pada kultur agregat sel catharanthus roseus. Elisitasi adalah suatu metode untuk meningkatkan fitoaleksin dan metabolit sekunder lainnya dengan menambahkan berbagai elisitor biotik maupun abiotic. Dalam hal ini kultur yang digunakan adalah Catharanthus roseusdengan elisiator berupa S. cerevisiae

139

Gambar 7: Garfik kandungan karantin dalam sel S. cerevisiae(A) dan medium(B) sebelum (control) dan sesudah elisitasi.

Pada grafik di atas dapat disimpulkan bahwa kandungan katarantin baik pada sel S.cerevisiae maupun pada medium akan lebih banyak dihasilkan dengan yang diberi perlakuan pemberian elisitor. Hal ini dikarenakan terinduksinya serangkaian proses yang mengarah pada akumulasi katarantin. Selain itu dapat diamati pula bahwa pada produksi katarantin pada medium menunjukkan pola yang selalu naik setiap pertambahan waktu dalam proses fermentasi. Hal tersebut dikarenakan karena adanya perubahan pH pada medium setelah elisitasi. 4. Inhibitor Inhibitor adalah molekul atau senyawa kimia yang bersifat mengalihkan reaksi metabolism sehingga bisa dihasikan produk yang lebih spesifik. Pada inhibitor terjadi proses inhibisi, yaitu proses dimana satu fungsi di halangi oeh fungsi lainnya. Dengan kata lain inhibitor digunakan untuk mengarahkan metabolisme terhadap produk target dan mengurangi pembentukan produk yang tidak diinginkan. Jadi, inhibitor menghentikan jalur pada titik tertentu untuk mencegah metabolisme lebih lanjut dari produk target. Sebuah contoh dari penghambat khusus digunakan untuk mengarahkan metabolisme natrium bisulfit, yang digunakan dalam produksi gliserol oleh S. cerevisiae. Selain itu fungsi dari inhibitor adalah untuk mempengaruhi struktur dinding sel sehingga meningkatkan permeabilitas dinding sel untuk melepaskan metabolit. Contoh : penggunaan penisilin dlm produksi asam glutamat oleh Micrococcus glutamicus. Inhibitor dibedakan menjadi dua kelompok, yaitu: a. Inhibitor Reversibel, yaitu penghambat yang tidak berikatan secara kuat dengan enzim. Oleh sebab itu, penghambat ini dapat dibalikkan. Inhibitor reversibel dibedakan menjadi inhibitor kompetitif dan nonkompetitif. i. Inhibitor kompetitif menghambat kerja enzim dengan menempati sisi aktif enzim sehingga substrat tidak dapat masuk. Inhibitor ini bersaing dengan substrat untuk berikatan dengan sisi aktif enzim.

Gambar 8 : cara kerja inhibitor kompetitif

ii.

Inhibitor nonkompetitif merupakan senyawa kimia yang tidak mirip dengan subtrat den berikatan pada sisi selain sisi aktif enzim. Ikatan ini menyebabkan perubahan bentuk enzim sehingga sisi aktif enzim tidak sesuai lagi dengan substratnya.
Gambar 9 : Cara kerja inhibitor nonkompetitif

b. Inhibitor Irreversibel, merupakan penghambat yang berikatan dengan sisi aktif enzim secara kuat sehinga tidak dapat terlepas. Enzim menjadi tidak aktif dan tidak dapat kembali seperti semula. Contohnya adalah diisopropil-fluorofosfat (DFT) yang menghambat kerja asetilkolinestirase (enzim penting dalam transmisi implus saraf) yang dapat menyebabkan kekejagan otot. 5. Modifikasi sel permeabilitas

140

1. 2. 3. 4.

Hal ini di lakukan untuk meningkatkan permeabilitas sel dengan memodifikasi dinding sel dan membran, sehingga meningkatnya pelepasan produk intraseluler dari media fermentasi. Senyawa yang digunakan untuk tujuan ini termasuk penisilin dan surfaktan. Mereka sering ditambahkan ke fermentasi asam amino, termasuk proses untuk memproduksi L-glutamicacid menggunakan anggota Brevibacterium Corynebacteriumand genera. II.6 Oksigen Penggunaan oksigen pada fermentasi bergantung pada jumlah okisgen yag dibutuhkan oleh organisme,hal itu dapat diberikan dalam udara yang mengandung sekitar 21% (v/v) oksigen. Berdasarkan kebutuhan akan oksigen, fermentasi dibagi menjadi aerob (membutuhkan oksigen) dan anaerob (tidak membutuhkan oksigen). Fermentasi yang mengunakan oksigen salah satu nya adalah fermenasi asam cuka, sdangkan fermentasi yang tidak membutuhkan oksigen adalh fermentasi asam laktat. II.7 Antifoams Antifoams diperlukan untuk mengurangi pembentukan busa selama fermentasi. Busa ini terjadi terbentuk disebabkan ole media potein yang melekat pada permukaan air-broth dimana mereka mengubah sifat busa yang stabil. Jika tidak dikontrol, busa dapat menghalangi udara, yang mengakibatkan hilangnya kondisi aseptik, sehingga fermentor menjadi tercemari mikroorganisme yang dilepaskan ke limgkunagn. Yang penting adalah kebutuhan untuk freeborad dalam fermentor untuk memberikan rang bagi busa yang dihasilkan. Ada tiga pendekatan yang memungkinkan untuk mengendalikan produksi foam: modifikasi komposisi media, penggunaan pemutus busa mekanik dan penambahan antifoams kimia. Antifoams kimia bahan aktif yang dapat mengurangi tegangan yang mengikat busa bersama-sama. Antifoam yang ideal harus memiliki sifat sebagai berikut: Mudah dan cepat tersebar dengan tindakan yang cepat Aktivitas tinggi pada konsentrasi rendah Tidak beracun untuk microorganisme fermentasi,manusia tau hewan Memiliki biaya yang rendah Antifoams alam termasuk minyak tanaman(misalnya kedelai, bunga matahari), minyak ikan,minyak mineral dan dan lemak. Para antifoam sintetissebagian besar adalah silikon minyak miyak, alkohol poli dan glikolteralkilasi. II.8 Animal Cell Culture Media Animal cell culture media biasanya didasarkan pada media yang kompleks, seperti media kultur yang mengandung glukosa, mineral garam, vitamin dan asam amino. II.9 Plant cell Culture Media Berbeda dengan anmal cultre media, yang digunakan untuk palnt culture media hanyasenyawa kimia tretentu. Mereka mengandung sumber karbon organic, sumber nitrogen, mineral garam dan hormone pertumbuhan. Nitrat adalah sumber nitrogen, namun sering juga di tambahkan garam ammonium. Namun beberapa spesies memerlukan garam organic dalam bentuk asam amino.kombinasi dan konsentrasi hormone tanaman diberika tergantung padafermentasi tretentu. II.10 Culture maintance media Media ini digunakan untukmenyimpan dan subkuktur sektir utama industry. Media ini dirancang untuk mempertahankan kelangsungan hidup sel yang baik dan memnimalisirkan segala kemungkinan berkembangnya variasi generic. LAMPIRAN I. Daftar Pertayaan

141

A. Pertanyaan Lisan

1. Dian Nita Citra ( Apakah kondisi dan perlakuan setiap bakteri walaupun dengan strain yag berbeda itu sama? Jawab: iya, meskipun bakteri dalam strain yang sama, namun memiliki spesifikasi sifat yang berbeda. Jadi tiap-tipa bekteri memeliki spesifikasi sifat yang berbeda-beda karena juga memiliki karakter untuk menghasilkan produk yang berbedbeda juga. 2.Sisca ( Apakah efek apabila konsentrasi pada komponen tidak sesuai? Jawab: Efek yag terjadi apabila konsentrasi komponen fermentasi tidak sesuai dapat menyebabkan hasil yang diinginkan tidak sesuai dengan target. Sehingga dapat menyebabkan kerugian. Sebab, konsentrasi juga merupakan salah satu factor pada prose fermentasi. 3.Alfondsina ( Mengapa garam yang berlebih dapat menyebabkan korosi? Jawab:

B. Pertanyaan Tertulis 1. Dewi Nugrahani ( Apa yang menyebabkan komposisi masing-masing mikroorganisme berbeda ? Jawab : Kebutuhan nutrisi bagi masing-masing mikroorganisme ( bacteria, yeast, maupun molds) memiliki prosentase yang berbeda-beda untuk setiap komponen penyusunnya, seperti nitrogen, protein, karbohidrat, lipids, nucleo acid, dan ash. Hal tersebut dikarenakan mikroorganisme tersebut memiliki sifat fisiologis yang berbeda-beda sehingga kebutuhan akan nutrisinya juga berbeda. Namun untuk kandungan karbon, mineral, dan air yang dibutuhkan oleh ke-tiga mikroorganisme tersebut cenderung sama prosentasenya. Hal tersebut dikarenakan ke-dua komponen tadi merupakan kebutuhan dasar yang harus terpenuhi oleh setiap jenis mikroorganisme untuk kelangsungan hidupnya. 2. Maratus S ( Selain bahan yang mengandung gula, apa saja yang bisa difermentasi oleh bakteri ? Jawab : Fermentasi merupakan suatu proses produksi energi dalam sel dalam keadaan anaerobik (tanpa oksigen). Gula adalah bahan yang umum digunakan dalam fermentasi. Beberapa contoh hasil fermentasi adalah etanol, asam laktat, dan hidrogen. Akan tetapi beberapa komponen lain dapat juga dihasilkan dari fermentasi seperti asam butirat dan aseton. Ragi dikenal sebagai bahan yang umum digunakan dalam fermentasi untuk menghasilkan etanol dalam bir, anggur dan minuman beralkohol lainnya. Respirasi anaerobik dalam otot mamalia selama kerja yang keras (yang tidak memiliki akseptor elektron eksternal), dapat dikategorikan sebagai bentuk fermentasi yang menghasilkan asam laktat sebagai produk sampingannya. 3. Ridhani R ( Bagaimana dengan penggunaan kultur lain selain saccaromyches dalam aplikasi penggunaan medium fermentasi sumber nitrogen terhadap hasi -Glukan yang dihasilkan ? Jawab: Dalam hal ini penggunaan kultur jenis lain selain saccaromyches akan menyebabkan produksi -Glukan berbeda. Hal tersebut dikarenakan fungsi yang dimiliki oleh masing-masing mikroorganisme berbeda-beda setiap jenisnya. Dalam hal ini kultur saccaromyches dapat menjalankan fungsinya secara optimum dalam produksi -Glukan, sehingga kultur ini dipilih untuk membantu proses fermentasi ini. 4. Afida K ( Bagaimana cara menangani kandungan bahan pengotor pada air agar dihasilkan air yang murni untuk penyusun formulasi media fermentasi ?
142

Jawab : Cara yang paling umum digunakan yaitu metode GAC (Granulated Active Carbon), yaitu dengan cara menambahkan butiran karbon aktif sebagai filtrate air sehingga antara air dan bahan suspen maupun koloid akan terpisah.

1.

BAB II ISI ANABOLISME: Penggunaan energi dalam Biosintesisi Pengetahuan tentang metabolisme yang sifatnya fundamental dan vital bagi makhluk hidup telah mengantarkan kita ke suatu tingkat pemahaman yang mendalam tentang proses-proses yang berkaitan. Anabolisme adalah sintesis dari makromolekul seperti protein, polisakarida dan asam nukleat dari bahan- bahan kecil. Proses sintesis demikian tidak dapat berlangsung tanpa adanya masukan energi. ATP merupakan sumber energi bagi semua aktifitas anabolik didalam sel. Proses Anabolisme biasanya banyak membutuhkan energi sehingga reaksinya dapat berlangsung cepat dan efisien. Reaksi yang memerlukan energi dalam bentuk panas disebut reaksi endergonik atau reaksi endoterm Mikroorganisme dapat memperoleh energi dalam berbagai cara. Banyak dari energi ini digunakan dalam biosintesis atau anabolisme. Selama biosintesis, sebuah mikroorganisme memulai dari prekursor sederhana seperti molekul- molekul anorganik dan monomer- monomer yang kemudian menjadi molekulmolekul yang lebih kompleks sampai menjadi organela- organela baru dan sel- sel terbentuk. Karena anabolisme merupakan proses sintesis molekul kompleks dari beberapa molekul sederhana maka memerlukan sejumlah energi untuk biosintesisnya. Energi bebas diperlukan untuk biosintesis pada selsel dewasa dalam ukuran yang konstan karena molekul- molekul seluler akan secara berkesinambungan terdegradasi dan disintesis. Proses ini disebut dengan turnover atau pergantian. Walaupun pergantian atau turnover dari unsure-unsur pokok suatu sel berkesinambungan, metabolism secara hati- hati meregulasinya sehingga kecepatan dari biosintesis kira- kira setimbang dengan katabolisme. Energi yang telah dihabiskan pada proses perggantian molekul untuk banyak sel yang tidak berkembang menggunakan energinya untuk mensintesis enzim dan zat- zat lainnya untuk dilepaskan ke lingkungan. Hasil- hasil anabolisme berguna dalam sejumlah fungsi yang esensial. Glikogen, lemak dan protein berguna sebagai bahan bakar cadangan untuk katabolisme. Sintesis asam nukleat memungkinkan organisme untuk menyimpan dan mengutarakan tambahan dari perbendaharaan informasi genetiknya. Molekul protein, protein- karbohidrat dan protein-lipid merupakan komponen structural yang esensial dari organism, baik ekstra sel maupun intrasel. Bila sintesis bahan- bahan ini berlangsung lebih cepat dari perombakannnya maka organism akan tumbuh. Semua transformasi anabolik seperti halnya dengan semua reaksi katabolic, dikatalis oleh enzim. Enzim- enzim yang berperan dalam katabolisme dapat pula berperan dalam anabolisme dengan suatu tindakan sederhana seperti merubah konsentrasi nisbi zat- zat pada kedua sisi dari persamaan itu dan beberapa jalur anabolik menggunakan enzim yang juga digunakan dalam jalur katabolic yang serupa. Anabolisme merupakan suatu proses pembentukan molekul alami dari molekul lain yang kurang rumit strukturnya. Hal ini bisa disebut dengan istilah biosintesis, istilah biosintesis berarti pembentukan senyawa alami oleh organisme hidup. Prinsip- prinsip pengaturan biosintesis Sebuah sel mikroba mengandung sejumlah besar protein, asam nukleat, dan polisakarida yang tergabung dalam makromolekul atau molekul besar yang terdiri dari polimer-polimer kecil yang tergabung bersama. Pembuatan molekul komplek yang besar dimulai dari unit struktur sederhana yang disebut monomer dimana menyimpan kapasitas ruang genetic, materi- materi baku biosintesis dan energy. Protein, apapun ukuran, bentuk dan fungsinya dibuat dari 20 asam amino terikat oleh ikatan peptide.Protein yang berbeda memiliki
143

rangkaian asam amino yang berbeda pula. Jika sebuah protein disusun oleh 40 asam amino yang berbeda yang terbagi menjadi dua puluh. Sel mebutuhkan enzim untuk membuat dua kali lipat asam amino(atau menyediakan asam amino ekstra ). Gen akan membutuhkan enzyme ekstra dan sel harus menanamkan materi-materi baku dalam sintesis atas penambahan gen, enzim dan asam amino. Kegunaan beberapa monomer yang terhubung bersama oleh ikatan kovalen membuat sintesis makromolekul memiliki proses yang efisien. Hampir semua struktur sel terbuat dari 30 prekursor-prekursor kecil. 2. Sel sering menyimpan penambahan materi dan energy dengan menggunakan enzim yang sama untuk proses katabolisme dan anabolisme. Seperti misalnya, enzim glikolisis yang terlibat dalam sintesis dan degradasi glukosa. Walaupun banyak enzim dalam jalur amphiobolik terlibat dalam aktivitas katabolisme dan anabolisme , beberapa tahapnya dikatalisis oleh enzim yang berbeda. Satu enzim mengkatalisis reaksi dalam katabolisme, dan yang lainnya membalik proses pengubahan. Jalur anabolisme dan katabolisme tidak pernah sama walaupun banyak enzim digunakan bersama. Kegunaan enzim yang terpisah untuk dua reaksi dalam satu tahap memungkinkan regulasi independen dari katabolisme dan anabolisme. Regulasi anabolisme adalah bentuk yang agak berbeda dengan katabolisme. Kedua jenis jalur dapat diatur dengan produk akhir mereka serta oleh konsentrasi ATP, ADP, AMP, dan NAD +. Untuk mensintesis secara efisien suatu molekul, jalur anabolik harus beroperasi ireversibel ke arah reaksi biosintesis untuk pemecahan ATP dan trifosfat nukleosida lainnya. ketika dua proses yang digabungkan, energi bebas yang dibuat tersedia selama perombakan trifosfat nukleosida yang mendorong reaksi biosintesis sampai selesai.

3.

4.

5.

Dalam jalur biosintesis mikroorganisme eukariotik sering terletak di ruang selular yang berbeda dari jalur yang berhubungan secara katabolik. Misalnya. biosintesis asam lemak terjadi dalam matriks sitoplasma, sedangkan oksidasi asam lemak terjadi di dalam mitokondria. Pembagian ruang memudahkan jalur untuk beroperasi secara simultan namun independen 6. Jalur anabolik dan katabolik sering menggunakan kofaktor berbeda. Biasanya oksidasi katabolik menghasilkan substrat NADH untuk transpor elektron. Sebaliknya, ketika elektron donor dibutuhkan selama biosintesis, NADPH daripada NADH biasanya berfungsi sebagai donor Setelah makromolekul telah dibangun dari prekursor sederhana, mereka dirakit menjadi lebih besar, struktur yang lebih kompleks seperti sistem supramolekul dan organel. Makromolekul biasanya berisi informasi yang diperlukan untuk membentuk spontan dalam proses yang dikenal sebagai self-kumpulan. Untuk contoh, ribosom merupakan kumpulan besar proton banyak dan molekul ribonukleikasid namun mereka muncul dengan pembentukan komponen mereka tanpa keterlibatan. A. FIKSASI CO2 Sebagian besar mikroorganisme dapat menggabungkan dan memfiksasi CO2. Hanya mikroorganisme autotrof yang menggunakan CO2 sebagai satu-satunya sumber karbon bagi sintesis selnya, sama dengan mikroorganisme fotosintetik. Mikroorganisme fotosintetik memperoleh energi untuk mengubah CO2 menjadi bahan sel berasal dari cahaya, tetapi mikroorganisme autotrof memperoleh energi dari oksidasi kimia. Mikroorganisme autotrof mendapatkan energi dari oksidasi senyawa anorganik tetapi proses penangkapan energi sama dengan fosforilasi oksidatif, seperti misalnya elektron yang dibebaskan dari oksidasi belerang, amoniak, dan lainnya disalurkan melewati rantai-rantai transpor elektron yang menyebabkan proton menyembul dari membran. Potensial yang terjadi diubah menjadi ikatan fosfat berenergi tinggi jika proton memasuki sel kembali melewati saluran proton.
144

Mikroorganisme autotrof merupakan satu kelompok besar mikroorganisme yang mempunyai kemampuan untuk mengubah senyawa anorganik menjadi senyawa organik seperti protein, lemak, asam nukleat, dan vitamin. Hal ini merupakan suatu kelebihan yang sangat tidak mungkin terjadi pada organisme tingkat tinggi. Hampir semua mikroorganisme autotrof menggabungkan CO2 melalui jalur metabolik yang disebut siklus calvin. , siklus calvin-Benson atau siklus reduktivitas pentose phospat. Walau demikian, siklus calvin diketemukan pada fotosintesis eukariotik dan pada sebagian besar fotosintesis prokariotik (tidak untuk Archaea, beberapa bakteri obligat anaerobic dan beberapa bakteri mikroaerofilik). Mikroorganisme ini biasanya menggunakan satu dari dua jalur. Jalur reduktif asam trikarboksilik yang digunakan untuk beberapa Archaea (Thermoproteus, sulfolobus,) dan beberapa bakteri seperi Chlorobium dan desulfobacter). Melalui jalur asetil-koA pada methanogen, Sulfate Reducer, dan bakteri yang membentuk asetat dari CO2 selama fermentasi (Acetogen). Siklus Calvin terjadi di stroma pada kloroplas mikroba autotrof eukariotik . Cyanobacteria, beberapa bakteri nitrifikasi pemasukan thiobacilli carboxysomes . Terdapat polyhedral yang mengandung enzim ribolusa-1,5-bifosfat karboksilase, merupakan tempat fiksasi CO2 atau penyimpanan karboksilase dan protein- protein lain. Dibagi menjadi tiga fase yakni karboksilasi, reduksi, regenerasi. Fase Karboksilasi Fiksasi karbon dioksida dilakukan oleh enzim ribolosa-1,5-bifosfat karboksilase atau ribolosa difosfat karboksilase yang dikatalisis dengan penambahan CO2 menjadi ribolosa 1,5-bifosfat (RuBP), membentuk dua molekule 3-fosfogliserat (PGA) Fase Reduksi Setelah PGA terbentuk melalui karboksilase, PGA Tereduksi menjadi gliseraldehid 3-fosfat. Reduksi, dilakukan oleh dua enzyme, dan merupakan proses pembalikan dari proses glikolisis. Walaupun begitu, gliseraldehid 3-fosfat dehidroginase berbeda dengan enzim pada glikolisis dalam penggunakan NADP+. Fase Regenerasi Fase ketiga, dari siklus Calvin adalah pembentukan kembali RuBP dan dihasilkannya karbohidrat seperti gliseraldehid 3-fosfat, fruktosa, dan glukosa. Pembagian dari siklus ini mirip dengan jalur pentose fosfat dan melibatkan reaksi transketolase dan transaldolase. Siklus ini selesai ketika fosforibulokinase membentuk kembali RuBP. Untuk mensintesis fruktosa 6-fosfat atau glukosa 6-fosfat dari CO2, Siklus harus beroperasi enam kali untuk menghasilkan heksosa dan membentuk kembali 6 molekul-molekul RuBP. 6RuBP+6CO2 12PGA 6RuBP+Fruktosa 6-P Pengubahan CO2 menjadi materi organik membutuhkan 3 ATP dan 2NADP. Pembentukan glukosa dari CO2 dapat dituliskan sebagai berikut 6CO2+18ATP+12NADPH+12H++12H2O Glukosa+18ADP+18Pi+12NADP+ ATP dan NADPH dihasilkan dari reaksi terang fotosintesis dengan mengoksidasi molekul- molekul anorganik secara kemoautotrof. Gula yang terbentuk dalam siklus Calvin dapat digunakan untuk mensintesis molekul- molekul yang diperlukan lainnya. B. FOTOSINTESIS 1. Fotosintesis Anoksiganik Bakteri Unit Fotosintesis dalam unit bakteri berbeda dengan siano bakteri, memiliki tiga komponen pertama, Pengumpulan cahaya (mengandung dan tambahan pigmen) sebuah reaksi pusat, tersusun dari bacteriochlorophyll dan bacteriopheophytins dan sebuah ETS. Senyawa sulfur tereduksi, hydrogen molekuler, dan senyawa organic yang digunakan sebagai donor electron terakhir. Oksigen tidak terbentuk
145

selama fotosintesis. Ketika bateriochlorophyll melalui dalam reaksi pusat ditangkap oleh cahaya, sebuah electron diberikan kepada bacteriopheophytin. Bakteri ini melewati sebuah quinine dan melalui berbagai sitokrom, kembali pada reaksi pusat bacteriochlorophyll. Selama siklus ini, setiap electron berpindah, ATP tersintesis. Proses ini dinamakan fotofosforilasi. Dalam pembentukan NADH, yang dibutuhkan bersama ATP untuk fiksasi nitrogen, sebuah electron tereduksi dibutuhkan yakni H2S atau H2. Pemberian NADP+ tidak bergantung pada cahaya ATP tersintesis melalui siklus fosforilasi yang dibutuhkan untuk memaksa electron dari reduktor lemah untuk bergerak kemudian mereduksi NADP+ (Pembalikan transfor electron) ,Pembalikan transfor electron juga digunakan litotrof untuk mengatasi masalah yang sama. Fotosintesis bakteri ungu non belerang CO2 + 2CH3CHOHCH3 (CH2O) + H2O + 2CH3COCH3 Fotosintesis bakteri hijau belerang CO2 + 2H2S (CH2O) + H2O + 2S 2. Fotosintesis oksigenik bakteri Ganggang hijau dan sianobakteri di lingkungan lautan menghasilkan sekitar 70% oksigen bebas yang dihasilkan di bumi, sedangkan sisanya dihasilkan oleh tumbuhan daratan. Sianobakteria, alga dan tanaman tingkat tinggi mempunyai dua fotosintesis (I dan II) terhubung melalui pembawa electron. System ini bertanggung jawab atas pembentukan ATP dan NADPH. Electron berpindah dari reaksi pusat fotosistem I ketika ditangkap cahaya menuju ferredoksin kemudian menuju NADP+ untuk membentuk NADPH. Fotosistem I selesai dan tidak sanggup untuk memberikan electron lagi. Electron yang diberikan ke fotosistem I melalui system transport electron adalah untuk mempertahankan proses operasi. Dilakukan dengan fotolisis air dan hasilnya adalah oksigen. Inilah proses oksigenenik. Fotolisis air H2O + Cahaya Matahari 2e- + 2H++ H2O ATP juga dapat dihasilkan dari electron yang terbentuk melalui fotosistem I, jika tidak digunakan dalam produksi NADPH . Aseptor electron utama dari fotosistem I dapat melewatkan electron melalui sitokrom dapat kembali melakukann siklus untuk reaksi pusat pada fotosistem I. Selam proses ini ATP disentesis melalui siklus fosforilasi. Fotosintesis Sianobakteri 6CO2 + 6H2O C6H12O6 + 6O2 C. SINTESIS GULA DAN POLISAKARIDA Mikroorganisme yang tidak bisa melakukan fotosintesis dan mikroorganisme Heterotrof harus mensintesis molekul- molekul organic gula yang tereduksi dari CO2. Sintesis glukosa dari prekursorprekursor nonkarbohidrat disebut glukoneogenesis. Walaupun sama-sama menggunakan tujuh enzim, jalur glukonigenesis berbeda dengan jalur glikolisis. Tiga tahap glikolisis yang terjadi dalam sel dan bersifat irreversible 1. Pengubahan fosfoenolpiruvat menjadi piruvat 2. Pembentukan fruktosa-1,6 bifosfat dari fruktosa 6-fosfat 3. Fosforilasi glukosa Tahap- tahap ini dilewati ketika proses terjadi secara biosintetis. Seperti contohnya fruktosa 1,6 bifosfat dengan fosfofruktokinase yang dibalikkan oleh enzim, fruktosa bifosfatase yang mana secara
146

hidrolisis memindahkan fosfat dari fruktosa bifosfat. Paling tidak dua enzim terlibat dalam pengubahan piruvat menjadi fosfoenolpiruvat. Ketika glukosa dan fruktosa telah terbentuk, gula pada umumnya juga akan terbentuk. Seperti misalnya mannose yang secara langsung dapat terbentuk dari fruktosa melalui perombakan sederhana. Fruktosa 6-fosfat mannose-6 fosfat Beberapa gula tersintesis sambil tersisip menuju nukleosida difosfat. Gula nukleosida difosfat paling penting adalah uridin difosfat glukosa (UDPG). Glukosa teraktivasi melalui penyisipan pada pirpfosfat pada uridin melalui reaksi dengan uridin difosfat. Pembagian UDP oleh UPGD dikenali enzim dan membawa glukosa di sekitar sel untuk terlibat dalam reaksi enzim seperti ADP yang memecah fosfat dalam pembentukan ATP. UDP-galaktosa disintesis dari UDPG melalui penyusunan ulang dari satu kelompok hidroksil. Enzim yang berbeda mengkatalisis sintesis UDP-asam glukorin melalui proses oksidasi UDPG. Gula Nukleosida difosfat memiliki peran pusat dalam sintesis polisakarida seperti kanji (Starch) dan glikogen. Seperti yang dikatakan sebelumnya biosintesis bukanlah proses pembalikan yang sederhana dari proses katabolisme. Katabolisme glikogen dan pati atau Starch mengolah tidak hanya melalui hidrolisis untuk membentuk gula bebas dengan penambahan fosfat pada polimer ini dengan produksi glukosa 1-fosfat. Gula nukleosida difosfat tidak terlibat. Berbeda selama sintesis gula dan kanji pada bakteri dan alga, gula adenosine difosfat terbentuk dari glukosa 1-fosfat dan kemudian memberikan glukosa pada akhir rantai glukosa dan pati. ATP+glukosa 1-fosfat ADP-glukosa + Pi (Glukosa)n + ADP-glukosa(glukosa)n+1 + ADP Nukleosida difosfat juga ikut terlibat dalam sintesis molekul komplek pada dinding sel bakteri.

147

Gambar glukeneogenesis. ( Harley, 2005) D. ASIMILASI FOSFOR SULFUR, DAN NITROGEN ANORGANIK Di samping karbon dan oksigen, mikroorganisme menbutuhkan fosfor, sulfur, dan nitrogen dalam jumlah banyak untuk biosintesis. Masing- masing diasimilasi atau dibentuk menjadi molekul- molekul organic melalui rute yang berbeda, Asimilasi fosfor Fosfor ditemukan pada asam nukleida, protein, fosfolipid,ATP, koenzim seperti NADP. Sumber fosfor paling utama fosfat anorganik dan ester fosfat organic. Fosfat anorganik terbentuk melalui pembentukan ATP dalam tiga cara yakni : fotofosforilasi,fosforilasi oksidatif, fosforisasi level substrat. Glikolisis memberikan contoh pada proses ketiga. Fosfat terlibat dengan gliseraldehid 3- fosfat membentuk 1,3-bifosfogliserat, yang selanjutnya digunakan dalam sintesis ATP. Gliseradehid 3-P+Pi+NAD+1,3-bifosfogliserat+NADH+H+ 1,3 Bifosfogliserat + ADP3-Fosfogliserat+ATP Mikroorganisme memperoleh fosfat dari lingkungan disekitarnya yang larut maupun terbentuk. Phospatases sering menghidrolisis ester fosfat organic untuk menghasilkan fosfat anorganik. Gram negative- bacteria mempunyai phosphatases di ruang periplasmic antara dinding sel dan membrane sel yang mengambil fosfat setelah dihasilkan. Protozoa secara langsung menggunakan fosfat organic setelah ingesti atau hidrolisis di lisosom dan membentuk fosfat 1. Asimilasi Sulfur Sulfur diperlukan dalam sintesis asam amino (sistein dan mesionin) dan beberapa enzim (koenzin A dan iotin) . Banyak organisme yang menggunakan sistein dan mesionin , karena keduanya merupakan sumber eksraselular dan tempat penyimpanan intraselular asam amino, sulfat dapat menghasilkan sulfur untuk proses biosintesis. Atom sulfur pada sulfat akan lebih teroksidasi daripada pada sistein dan molekulmolekul organic lainnya, sehingga sulfat harus direduksi sebelum proses asimilasi. Proses yang disebut dengan reduksi asimilasi sulfat ini dimaksudkan untuk dapat dibedakan dengan reduksi dissimilasi sulfat yang terjadi ketika sulfat berperan sebagai aseptor electron selama proses anaerobic berlangsung. Reduksi asimilasi sulfat melibatkan proses pengaktifan sulfat melalui pembentukan phosphoadenosine 5- phosphosulfat yang kemudian diikuti dengan reduksi sulfat. Proses ini merupakan proses yang kompleks dimana sulfat pertama direduksi menjadi sulfit (SO32-) kemudian menjadi hidrogen sulfida. Sistein dapat disintesis dari hidrogen sulfida dengan dua cara. Jamur berperan untuk mengkombinasikan hidrogen sulfide dengan serin untuk membentuk sistein (proses 1) dimana banyak bakteri- bakteri menggabungkan hidrogen sulfida dengan O-acetylserine (proses 2) (1) H2s+serin sistein + H2O (2) Serin asetil-koA O-Asetilserin H2S
Asetat

sistein

Setelah terbentuk, sistein dapat juga digunakan sebagai sintesis sulfur yang mengandung senyawa organic 2. Asimilasi nitrogen Nitrogen adalah unsur yang diperlukan untuk membentuk senyawa penting di dalam sel, termasuk protein, DNA dan RNA. Nitrogen adalah komponen utama dalam semua asam amino, yang nantinya dimasukkan ke dalam protein, protein adalah zat yang sangat kita butuhkan dalam pertumbuhan. Nitrogen juga hadir di basis pembentuk asam nukleat, seperti DNA dan RNA yang nantinya membawa hereditas Karena nitrogen merupakan komponen penting dari protein, asam nukleat, koenzim dan unsure-unsur pokok banyak sel lainnya, kemampuan sel untuk mengasimilasi nitrogen anorganik adalah penting. Walaupun gas
148

nitrogen melimpah di atmosfer, beberapa mikroorganisme dapat mereduksi gas dan menggunakan menjadi sumber nitrogen. Sebagian besar dipakai untuk pembentukan ammonia atau nitrat Siklus nitrogen dari fiksasi N2-atmosfer secara fisik/kimiawi yang menyuplai tanah bersama presipitasi, dan oleh mikroorganisme baik secara simbiotik maupun nonsimbiotik yang menyuplai tanah baik melaliu inangnya maupun setelah mati. Sel-sel mati ini bersama dengan sisa tanaman/hewan akan menjadi bahan organic yang siap didekomposisikan dan melalui serangkaian proses mineralisasi (aminisasi, amonifikasi, dan nitrifikasi) akan melepaskan N-mineral (NH4+ dan NO3-) yang kemudian di immobilisasi oleh tanaman atau mikrobia Nitrogen hadir di lingkungan dalam berbagai bentuk kimia termasuk nitrogen organik, amonium + (NH4 ), nitrit (NO2-), nitrat (NO3-), dan gas nitrogen (N2). Nitrogen organik dapat berupa organisme hidup, atau humus, dan dalam produk antara dekomposisi bahan organik atau humus dibangun. Proses siklus nitrogen mengubah nitrogen dari satu bentuk kimia lain. Banyak proses yang dilakukan oleh mikroba baik untuk menghasilkan energi atau menumpuk nitrogen dalam bentuk yang dibutuhkan untuk pertumbuhan a. Pembentukan amonia Nitrogen Amoniak dapat dibentuk menjadi materi organic dengan relative mudah dan langsung karena mudah tereduksi daripada nitrogen anorganik dalam bentuk lain . beberapa mikroorganisme membentuk alanin asam amino dalam reaksi aminasi reduktif yang dikatalis oleh alanin dehidroginase Piruvat +NH4+NADH (NADPH)+H+L-alanin + NAD+ (NADP+)+H2O Rute utama untuk pembentukan amoniak adalah pembentukan glutamat dari -Ketoglutarat (sebuah siklus TCA intermediet). Banyak bakteri dan jamur menggunakan glutamat dehidroginase ketika konsentrasi amoniak tinggi. -Ketoglutarat + NH4++NADPH (NADH) +H+glutamat+NADP+(NAD+)+H2O Perbedaan kemampuan dalam penggunaan NADPH dan NADH sebagai agen pereduksi adalah pada sintesis glutamate. Dalam jalur ini asam amino glutamate bertindak sebagai akseptor untuk amonia, dan amida glutamine dibentuk. Glutamine synthetase mempunyai suatu gaya affinitas sangat tinggi untuk amonia dengan begitu mampu untuk memasuki amonia sekalipun konsentrasinya sangat rendah. Ini diaktifkan oleh pH tinggi dan konsentrasi ATP dan magnesium yang tinggi, Enzim yang lain dalam asimilasi amonia, glutamate synthase (GOGAT), mengkatalisasi perpindahan kelompok amida (-NH2) dari glutamine ke 2-oxoglutarate, yang belakangan adalah produk dari siklus asam trikarboksilik (Gambar 7-4). Untuk reaksi ini baik ferredoxin yang direduksi (dari photosystem) atau NADPH (dari respirasi) diperlukan untuk pemeliharaan siklus asimilasi amonia dan yang selebihnya dapat digunakan untuk biosynthesis protein, sebagai contoh. Sebagai suatu alternatif, manakala pemberian amonia besar, kedua-duanya molekul glutamate dapat bertindak sebagai suatu akseptor amonia, dan satu molekul glutamine meninggalkan siklus itu. Jalur alternatif untuk asimilasi amonia Glutamate dehidrogenase (GDH) mengkatalisis reaksi dua arah untuk membentuk glutamat atau membuang gugus amina dari glutamat . 2-oxoglutarate + NH4+ + NAD(P)H glutamate + H2O + NADP+ Meskipun reaksi diatas nampak seperti asimilasi amonium menjadi glutamat, namun berbagai bukti menunjukkan bahwa GDH bukanlah untuk menggantikan GS dan GOGAT namun lebih banyak berperan sebagai mekanisme untuk memisahkan amina (de-aminasi) dari glutamat. Setelah terasimilasi menjadi glutamin dan glutamat, nitrogen kemudian diinkorporasikan menjadi asam amino lain melalui reaksi transaminasi. Enzim yang berperan dalam hal ini secara umum dikenal sebagai aminotransferase. Salah satu contoh enzim ini adalah aspartate aminotransferase (AAT) yang mengkatalis reaksi
149

Glutamate + oxaloacetate aspartate + 2-oxoglutarate Dimana gugus amina dari glutamat ditransfer menuju atom C-2 asam keto. Aspartate adalah asam amino yang berpartisipasi dalam malate-aspartate shuttle dari mitokondria dan kloroplas menuju sitoplasma, dan dalam transport karbon dari sel mesofil menuju sel seludang pembuluh (bundle sheath) pada fiksasi karbon c4.

Gambar Struktur dan lintasan senyawa terkait dengan metabolisme amonium. Amonium dapat diasimilasi melalui kombinasi dengan glutamat untuk membentuk glutamin (Glutamin sintetase) atau dengan aminasi reduktis 2-oxoglurata yang menghasilkan glutamat (glutamat dehidrogenase). Dua glutamat dihasilkan dari glutamin dan 2-oxoglutarat (glutamat sintase). Donor elektron (kofaktor tereduksi) diperlukan dalam reaksi tersebut: feredoksin pada daun hijau dan NADH pada jaringan non-fotosintetik. ( Foster, bob. 2010) Nitrogen ditransfer dari glutamin atau glutamat menjadi asam amino lain melalui reaksi transaminasi Semua reaksi transaminasi memerlukan kofaktor pyridoxal phosphate (vitamin B6). Aminotransferase ditemukan dalam sitoplasma, kloroplas, mitokondria, glioksisom, dan peroksisom. Enzim biosintesis asam amino karena daun tanaman atau kloroplas yang diisolasi jika dipajankan pada CO 2 diberi label radiokatif akan segera menggabungkan C berlabel menjadi glutamat, asapartat, alanin, serin, dan glisin. Peran asparagin dan glutamin sebagai jembatan antara metabolisme N dan C Asparagin, yang diisolasi dari asparagus pada awal 1806, merupakan bentuk amida pertama yang teridentifikasi. Fungsinya bukan sebagai prekursor protein, namun sebagi senyawa kunci untuk transport dan penyimpanan nitrogen karena stabilitasnya dan tingginya rasio nitrogen:karbon (2N:4C untuk asparagin vs. 2N:5C untuk glutamin atau 1N:5C untuk glutamat). Jalur utama sintesis asparagin mencakup transfer amida nitrogen dari glutamin ke aspartat (Gambar 7-4 bawah): Glutamine + aspartate + ATP asparagine + glutamate + AMP + PPi Reaksi tersebut dikatalis oleh asparagine synthetase (AS), yang banyak ditemukan pada sitoplasma daun dan akar dan dalam nodul pemfiksasi N. Intensitas cahaya dan kandungan karbohidrat yang tinggi, kondisi yang merangsang aktivitas glutamine synthetase (GS) dan Fd-glutamate synthase (Fd-GOGAT), menghambat ekspresi gen dan aktivitas asparagine synthetase (AS). Kondisi cukup energi (cahaya dan karbohidrat tinggi) menstimulir GS dan GOGAT, menghambat AS, sehingga mendorong asimilasi N
150

menjadi glutamin dan glitamat, senyawa yang kaya akan karbon dan berpartisipasi dalam sintesis. Sebaliknya, keterbatasan energi menghambat GS dan GOGAT, menstimulir AS, sehingga mendorong asimilasi N menuju asparagin, senyawa yang kaya nitrogen dan cukup stabil untuk transport jarak jauh atau untuk disimpan dalam jangka waktu lama (asparagine is stable for long-distance transport or long-term storage). Jika tumbuhan atau hewan mati, nitrogen organik diubah menjadi amonium (NH4+) oleh bakteri dan jamur. Sebagian besar keberadaan N2 di dalam tanah dalam bentuk molekul anorganik. Organisme yang sudah mati diuraikan melalui proses hidrolisis yang menyebabkan protein terurai menjadi asam amino. Proses ini disebut deaminasi. Proses selanjutnya, asam amino yang sudah terbentuk dikonversi menjadi ammonia (NH3) dan proses ini disebut amonifikasi. Amonifikasi dibantu oleh beberapa mikroorganisme seperti bakteri dan jamur. Amonia merupakan senyawa dalam bentuk gas, pada tanah yang kering mudah menguap, sebaliknya pada tanah yang lembab/basah ammonia terlarut dalam air dan membentuk ion ammonium (NH4+ ). Selanjutnya ion amonium dapat digunakan oleh bakteri dan tumbuhan untuk sintesa asam amino. b. Reduksi asimilasi nitrat Nitrogen dalam nitrat (NO3-) lebih mudah teroksidasi daripada dalam amoniak. Nitrat pertama kali direduksi menjadi amoniak sebelum nitrogen dapat dikonversikan menjadi bentuk organik. Proses reduksi nitrat ini dinamakan reduksi asimilasi nitrat, dimana ini terjadi selama pernafasan anaerobik reduksi dissimilasi nitrat. Pada asimiasi nitrat, nitrat dibentuk menjadi materi organik dan tidak ikut dalam pembentukan energi. Proses ini terjadi pada bakteri, fungi,alga. Reduksi asimilasi nitrat pada bakteri terjadi di kritoplasma. Langkah pertama dalam asimilasi nitrat adalah reduksi menjadi nitrit oleh nitrate reductase, enzim yang mengandung dan molibdenum. NADPH adalah sumber elektron. NO3- + NADPH + H+NO2-+NADP++H2O Nitrit selanjutnya direduksi menjadi amoniak dengan penambahan dua elektron yang dikatalisis oleh oleh nitrite reductase dan mungkin enzim lainnya. Hidroxylamine mungkin sebuah internediet ( antara) amonia kemudian dibentuk menjadi asam amino. c. Fiksasi Nitrogen Reduksi gas nitrogen pada atmosfer menjadi ammonia dinamakan fiksasi nitrogen. Karena amoniadan nitrat berada dalam jumlah yang sedikit dan hanya beberapa organisme prokariotik yang dapat melakukan fiksasi nitrogen (sel- sel eukariotik memiliki keterbatasan kemampuan dalam melakukan ini), laju dari proses ini terbatas pada pertumbuhan tanaman. Fiksasi nitrogen terjadi pada 1. Bakteri yang hidup bebas seperti azetobacter Klebsiella, Clostridium, dan Methanococcus 2. Bakteri yang hidup bersimbiosis tanaman Legumes seperti Rhizobium 3. Sianobakteri seperti (Nostoc dan Anabaena) Reduksi nitrogen menjadi amonia dikatalisis oleh enzim nitrogenase. Walaupun ikatan enzim intermediet dalam proses ini masih belum diketahui. Nitrogen direduksi oleh penambahan dua elektron. Reduksi molekul- molekul nitrogen menjadi amonia adalah cukup eksergonik, tetapi reaksi ini memiliki energi aktivasi yang tinggi karena molekul- molekul nitrogen adalah gas tidak reaktif dengan tiga ikatan diantara dua atom nitrogen. Reduksi nitrogen membutuhkan pelepasan ATP dalam jumlah yang besar yakni 8 elektron dan 16 molekul ATP, 4 pasang ATP dan elektron dibutuhkan N2+8H++8e-+16ATP2NH3+H2+16ADP+16Pi
151

Elektron diperoleh dari ferredoksin yang telah tereduksi dengan berbagai macam cara ; fotosintesis pada sianobakteri, proses respirasi pada pemfiksasi nitrogen aerobik atau fermentasi pada bakteri anaerob seperti misalnya clostridium pasteurianum (bakteri anaerob) mereduksi ferredoksin selama oksidasi piruvat dimana Azetobacter aerob menggunakan elektron dari NADPH untuk mereduksi feredoksin. Nitrogenase adalah sistem komplek yang mencakup dua komponen protein utama, protein MoFe (220.000mw) yang diikuti satu atau dua protein Fe (64.000mw) . protein MoFe mengandung 2 atom molibdenum dan 28 sampai 32 atom besi, protein Fe mengandung 4 atom besi. Protein Fe pertama direduksi oleh feredoksin kemudian mengikat ATP. Ikatan ATP menyesuaikan dengan protein Fe dan memperendah potensialnya, ikatan ATPNdihilangkan untuk mereduksi protein MoFe. ATP dihidrolisis ketika terjadi transfer elektron. Protein MoFe yang telah tereduksi memberikan elektron pada atom nitrogen. Nitrogenesa cukup sensitif dengan O2 dan harus dilindungi dari pentidakaktifan O2 didalam sel. Dalam banyak sianobakteri, proteksi melawan oksigen dilakukan oleh struktur istimewa yang dinamakan heterokis. Reduksi N2 menjadi NH3 terjadi dalam tiga tahap, setiap tahap membutuhkan sebuah pasangan elektron, 6 elektron yang ditransfer membutuhkan 12 ATP setiap N2 direduksi. Seluruh proses ini membutuhkan paling tidak 8 elektron dan 16 ATP sebab nitrogenase juga mereduksi proton pada menjadi H2. Reaksi H2 dengan diimin (HN=NH) untuk membentuk N2 dan H2. Simbiosis nitogen-bakteri dapat menghabiskan hampir 20% ATP yang dihasilkan oleh tanaman. Nitrogenase dapat mereduksi bermacam molekul yang mengandung ikatan rangkap tiga. (asetilena, sianida, dan azide). HCCH + 2H++2e-H2C=CH2 Laju reduksi dari asitilena menjadi etilena digunakan dalam estimasi aktivasi nitrogenase. Molekul nitrogen yang tereduksi menjadi amonia, amonia dapat terbentuk menjadi senyawa organik. Pada simbiosis dengan pemfiksasi nitrogen Rhizobium memunculkan difusi amonia keluar sel bakteri dan mengasimilasi sel legume sekitar. Rute utama asimilasi amonia adalah sintesis glutamin oleh sistem glutamin syinthetase-glutamat synthetase. Walupun begitu, zat seperti turunan purin alantoin dan alantoik juga disintesis dan digunakan untuk transfer nitrogen menjadi bagian lain tanaman. E. SINTESIS ASAM AMINO Sintesis asam amino membutuhkan susunan dari kerangka karbon yang cocok dan ini melalui proses komplek yang melibatkan banyak tahap. Karena kebutuhan untuk memelihara nitrogen, karbon, dan energi, jalur sintesis asam amino biasanya teregulasi secara rumit oleh allosteric dan mekanisme umpan balik. Walaupun jalur sintesis asam amino tidak dijelaskan secara rinci sebuah survey mengenai pola umum biosintesis asam amino mungkin diketemukan dalam textbook pengenalan biokimia. Skeleton asam amino diperoleh dari asetil koA dan dari intermediet (antara) siklus TCA, Glikolisis, jalur pentose phosphate. Untuk memaksimalkan efisiensi dan ekonomi, prekursor untuk biosintesis asam amino diperoleh dari beberapa jalur utama ampiobolik. Pada dasarnya sintesis asam amino merupakan reaksi aminasi (pengikatan gugus amin) karboksilat. Gugus amin biasanya berasal dari amonia. Akan tetapi, pengikatan gugus amin ke karboksilat dapat langsung (1 tahap) atau tidak langsung (2 tahap). Pengikatan gugus amin langsung terdapat pada proses sintesis glutamat dari -ketoglutarat . Reaksi ini memerlukan glutamat dehidrogenase.

152

Gambar 813 Reaksi glutamat dehidrogenase (Kimball,1993)

Gambar Reaksi GS-GOGAT (anonim, 2010) Pengikatan gugus amin tidak langsung terjadi pada proses sintesis glutamat dari -ketoglutarat dan memerlukan glutamat lainnya. Pada reaksi ini gugus amin lebih dulu diinkorporasi ke glutamat menghasilkan glutamin (dikatalisis glutamin sintase/GS). Gugus amin ditransfer ke -ketoglutarat menghasilkan glutamat (dikatalisis glutamin -oksoglutarat transaminase atau GOGAT). Glutamin yang kehilangan amida, menjadi glutamat. Dari kedua tipe reaksi di atas (GH dan GS-GOGAT) tampaknya reaksi GS-GOGAT merupakan reaksi yang paling mungkin terjadi di alam. Hal ini karena reaksi GH memerlukan kadar amonia yang tinggi di habitatnya, sedangkan reaksi GS-GOGAT memerlukan sedikit amonia di habitatnya. Sintesis asam amino lainnya memerlukan glutamat sebagai sumber nitrogen (gugus amin) ke karboksilat. Reaksi ini merupakan proses transaminasi, sehingga enzimnya disebut transaminase.
153

Rangkaiam cabang asam amino dari rute pusat, alanin, aspartat glutamate akan ditransminasi secara langsung dari piruvat, oksaloasetat, dan ketoglutarat. Banyak dari jalur biosintetis F. SINTESIS PURIN, PIRIMIDIN, dan NUKLEOTIDA Nukleotida adalah polimer molekul purin atau pirimidin, ribosa atau deoksiribosa, dan fosfat. Jika tanpa fosfat, maka polimer tersebut dinamakan nukleosida. Jadi nukleotida adalah nukleosida fosfat. Tiga molekul pirimidin penyusun nukleotida adalah sitosin, timin, dan urasil dan nama nukleosidanya adalah sitidin, timidin, dan uridin. Dua molekul purin penyusun nukleotida adalah guanin dan adenin dan nama nukleosidanya adalah guanosin dan adenosin. Nukleotida adalah building blocks dari DNA atau deoxribunucleic acid dan RNA atau ribonucleic Acid, juga merupakan konstituen- konstituen penting dari beberapa koenzim, dan memiliki peran penting dalam aktivasi dan transfer gula, asam amino, dan komponen dinding sel.

gambar Monomer nukleotida

Gambar Molekul purin (atas) dan pirimidin (bawah) (Kimball, 1993) Banyak mikroorganisme dapat mensintesis purine dan pirimidin mereka sendiri. Sintesis purin sangatlah komplek, skeleton purin diperoleh dari beberapa komponen dimana pirimidin mula- mula dari asam orotik, sebuah kondensasi produk dari carbomyl phosphates dengan asam aspartic. Biosintesis Pirimidin Berdasarkan asal atom karbon dan nitrogen, pirimidin disintesis dari aspartat, amonia yang berasal dari glutamin, dan CO2 yang berasal dari karbonat.

154

Prekursor pirimidin (kiri) dan purin (kanan) (http://free.vlsm.org.2009) Sintesis nukleotida pirimidin dimulai dari fosforilasi aminasi karbonat. Aminasi dan fosforilasi karbonat menjadi karbamoil fosfat. Reaksi ini dikatalisis karbamoil fosfat sintetase. Selanjutnya, aspartat terikat pada karbamoil, sehingga menghasilkan karbamoil aspartat (melepaskan fosfat). Reaksi ini dikatalisis aspartat transkarbamoilase. Hidrasi karbamoil aspartat menjadi Reaksi dihidroorotat.

Gambar Biosintesis pirimidin (Kimball.1993) dikatalisis dihidroorotase. Dehidrogenasi (oksidasi) dihidroorotat menjadi orotat. Reaksi ini dikatalisis dihidroorotat dehidrogenase. Terikatnya 5-fosforibosil pirofosfat (disintesis dari fosforilasi ribosa 5-fosfat) pada atom nitrogen dari orotat, sehingga menghasilkan orotidin monofosfat (melepaskan pirofosfat). Reaksi ini dikatalisis orotat fosforibosil transferase. Dekarboksilasi orotidin monofosfat menjadi uridin monofosfat
155

(UMP). Reaksi ini dikatalisis orotidin fosfat dekarboksilase. Fosforilasi uridin monofosfat menjadi uridin difosfat (UDP). Reaksi ini dikatalisis nukleosidamonofosfat kinase. Fosforilasi uridin difosfat menjadi uridin trifosfat (UTP). Reaksi ini dikatalisis nukleosidadifosfat kinase. Uridin trifosfat merupakan prekursor uridin. Terikatnya amonia pada uridin trifosfat menghasilkan sitidin trifosfat (CTP). Reaksi ini memerlukan energi/ATP. Sitidin trifosfat merupakan prekursor sitidin. Timidin disintesis dari metilasi UTP. Biosintesis Purin Atom karbon dari purin berasal dari format atau serin, glisin, dan karbon dioksida. Atom nitrogen dari purin berasal dari aspartat, glisin, dan glutamin Sintesis cincin purin dimulai dari terikatnya atom nitrogen glutamin pada fosforibosil (berasal dari fosforibosil pirofosfat) menghasilkan 5-fosforibosilamin. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil pirofosfat amidotransferase. Tersisipnya glisin ke 5-fosforibosilamin, sehingga menghasilkan 5-fosforibosil glisinamida. Reaksi ini memerlukan energi (ATP) dan dikatalisis fosforibosil glisinamida sintetase. Terikatnya formil pada fosforibosil glisinamida, sehingga menghasilkan 5-fosforibosil N formilglisinamida. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil formilglisinamida sintetase. Pengikatan gugus NH2 dari glutamin,sehingga menghasilkan 5-fosforibosil N formilglisinamidin. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil formilglisinamidin sintetase dan memerlukan energi. Pembentukan struktur cincin pada fosforibosil N formilglisinamidin, sehingga menghasilkan 5fosforibosil 5-aminoimidazol. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil aminoimidazol sintetase. Karboksilasi 5fosforibosil 5-aminoimidazol, sehingga menghasilkan asam 5-fosforibosil 5-aminoimidazol 4-karboksilat. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil aminoamidazol karboksilase. Terikatnya aspartat pada asam 5-fosforibosil 5-aminoimidazol 4-karboksilat, sehingga menghasilkan asam 5-fosforibosil 4-N suksinokarboksamida 5aminoimidazol. Reaksi ini dikatalisis fosforibosilaminoamidazol suksinokarboksamida sintetase. Terlepasnya 4 karbon yang semula berasal dari aspartat dari reaksi sebelumnya (Jadi aspartat akhirnya hanya menyumbang nitrogen saja), sehingga menghasilkan 5-fosforibosil 4-karboksamida 5-amidoimidazol.

156

Gambar Biosintesis purin (Kimball.1993) Reaksi ini dikatalisis adenilosuksinat liase. Terikatnya formil ke 5-fosforibosil 4-karboksamida 5amidoimidazol, sehingga menghasilkan 5-fosforibosil 4-karboksamida 5-formamidoimidazol. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil amidoimidazol karboksamida formiltransferase. Pembentukan cincin (kedua) dari 5fosforibosil 4-karboksamida 5-formamidoimidazol, sehingga menghasilkan inosinat monofosfat (IMP). Reaksi ini melepaskan air dan dikatalisis inosinat siklohidrolase. IMP merupakan prekursor dari semua nukleotida purin. Semua sel dalam tubuh dapat mensin-tesa purin dan pirimidin. Asam nukleat dari makanan akan dikatabolisme menjadi asam urat (purin)dan -alaninatau -amino isobutirat (pirimidin)dan CO2, NH3.Tidak ada purin atau pirimidin dari makanan yang digabung dgn asam nukleat jaringan Purin

Pirimidin

Nukleotida

(masterprima, 2009)

157

Seperti yang dijelaskan sebelumnya ada dua tipe asam nukleat yakni DNA dan RNA yang disusun oleh building blocks nukleotida. Dua asam nukleat berbeda dalam gula berbeda dalam nukleitida yakni deoksiribosa dan ribose. Polimer keduanya dibuat dari formasi ikatan kovalen antar gula dan fosfat. G. Sintesis Lipid Bermacam- macam lipid ditemukan pada mikroorganisme terutama pada membrane sel. Sebagian besar mengandung fatty acid atau turunannya. Fatty acid adalah asam monokarbolik dengan rantai alkil panjang yang mempunyai serangkaian atom- atom karbon. Beberapa diantaranya tidak jenuh (mempunyai satu atau lebih ikatan rangkap). Banyak dari mikrobia fatty acid merupakan rantai lurus., tetapi beberapa ada yang bercabang. Gram negative bacteria mempunyai fatty acid siklopropana (fatty acid dengan satu atau lebih cincin siklopropana pada rantainya) Sintesis fatty acid dikatalisis oleh fatty acid synthetase komplek dengan asetil koA dan Malonyl-koA sebagai substratnya dan NADPH sebagai donor electron. Malonil-koA berasal dari karboksilasi ATP dari asetil koA. Sintesis terjadi setelah asetat dan malonat ditransfer dari koenzim A ke grup sulfyhydril dari ACP (Accetyl Carrier Protein), protein kecil yang membawa rantai fatty acid yang berkembang selama sintesis. Katalisator sintesis menambahkan dua atom karbon pada rantai terakhir faaty acid dalam dua proses. Pertama, Malonyl-ACP bereaksi dengan fatty acid-ACP untuk menghasilkan CO2 dan fatty acid ACP yang lebih lama. Kehilangan CO2 membuat reaksi ini berkesudahan. ATP digunakan untuk menambahkan CO2 ke Asetil-koA, membentuk Malonyl-koA. CO2 tersebut hilang ketika Malonyl- ACP memberikan atom karbon pada rantai. Carbon dioksida sangat diperlukan dalam sintesis fatty acid tetatpi tidak secara permanen terbentuk. Walaupun begitu, beberapa mikroorganisme membutuhkan CO2 demi pertumbuhan yang baik tetapi itu tidak dapat dilakukan tanpa kehadiran fatty acid seperti oleic acid (fatty acid rantai 18 tak jenuh . kedua, -keto yang berasal dari reaksi kondensasi awal dipindahkan dengan proses tiga langkah yang melibatkan dua reduksidan senuah dehidrasi. Fatty acid disiapkan untuk penambahan dua atau lebih atom karbon. Fatty acid tak jenuh disentesis dengan dua cara. Bakteri eukariotik dan aerobic seperti bacillus megaterium membangun sebuah jalur aerobic menggunakan NADPH dan O2. O O _ + R (CH2)9-C-SCoA + NADPH + H +O2 R-CH=CH-(CH2)7-C-SCoA+NADPH++2H2O Sebuah ikatan rangkap terbentuk diantara karbon 9 dan 10 dan O2 tereduksi menjadi air dengan dengan electron yang diberikan oleh fatty acid dan NADPH. Bakteri anaerobic dan beberapa bakteri aerobic membuat ikatan rangkap selama sintesis fatty acid dengan meng-dehidrasi hidroksi fatty acids. Oksigen tidak diperluakan untuk sintesis ikatan rangkap dua pada jalur ini. Jalur anaerobic terjadi pada beberapa (gram-negative bacteria) seperi Escherichia Coli dan Salmonella typhimurium. (gram-positive Bacteria) seperti Lactobacillus plantarum dan clostridium pasterianum ) dan sianobakteria. Mikroorganisme eukariotik seringkali menyimpan karbon dan energi sebagai triacylgliserol, gliserol teresterifikasi tiga fatty acid. Gliserol berasal dari reduksi glikolitik intermediet. Dehidroksiaseton phosphate mejadi gliserol 3-phosphate, yang mana kemudian akan teresterifikasi dengan dua fatty acid menjadi asam phosphatidik, fosfat adalah hidrolisis dari phospatidic acid oleh diacylglycerol dan fatty acid ketiga diberikan oleh hasil triagliserol. Fosfolipid adalah komponen utama dari membrane sel eukariotik dan prokariotik. Sintesis ini biasanya diproses dengan jalan phosphatidic acid. Sebuah CDP (Cytidine diphosphate) yang mempunyai peran sama seperti adenosine difosfat, bakteri sintesis phosphatidylethanolamine, komponen- komponen utama membrane sel, melalui pembentukan awal CDP-diacylglyserol. Turunan CDP akan bereaksi dengan serine untuk membentuk fosfolipid fosfatidilserin dan dekarboksilasi yang menghasilkan phosphatidylathanolamine. Pada jalan ini, sebuah membrane lipid yang komplek terbentuk dari hasil glikolisis, biosintesis fatty acid, dan biosintesis asam amino.
158

H. Sintesis peptidoglikan Dinding sel bakteri mengandung mengandung molekul komplek peptidoglican yang mencakup rantai polisakarida panjang yang terbuat dari pertukaran asam N-asetilmuramik (NAM) dan residu Nasetilglukosamin (NAG). Rantai Pentapeptida terletak pada NAM. Rantai polisakarida akan saling berhubungan melalui pentapeptida atau jembatandalam (interbridges) Sebuah struktur yang rumit (berkelit-kelit atau berseluk beluk ) membutuhkan proses biosintesis yang rumit juga, karena reaksi sintesis terjadi di dalam dan di luar membrane sel. Sintesis peptidoglican adalah sintesis dengan proses multi step. Hal ini terjadi pada gram positive bacteria yakni (staphylococcus aureus). Dua partisipan carrier yakni UDP (Uridin Difosfat)dan baktoprenol. Naktoprenol ialah karbon-55 alkohol yamh terletak pada NAM oleh pirofosfat dan memindahkan komponen- komponen peptodoglican melalui membrane hidrofobik. Sintesis peptidoglican terjadi dalam delapan tahap : 1. Turunan UDP dari (N-acetylmuramic acid dan N-acetylglucosamine) di sintesis kritoplasma. 2. Asam amino ditambahkan secara berurutan menjadi UDP-NAM untuk membentuk rantai pentapeptida (dua terminal D-alanin ditambahkan sebagai dipeptida) Energi ATP digunakan untuk membuat ikatan peptide tetapi tRNA dan ribosom tidak terlibat. 3. NAM-Peptida ditrnasfer dari UDP menuju baktoprenol fosfat pada permukaan membrane. 4. UDP-NAG menambahkan NAG ke NAM untuk membentuk unit pengulang peptidoglikan. Jika interbridges (jembatan dalam) pentaglisin diperlukan, glisin ditambahkan menggunakan Molekul glisil-tRNA bukan ribosom 5. Unit pengulang Peptidoglikan NAM-NAG yang sudah sempurna diangkut menyeberangi membrane menuju permukaan luar oleh pembawa bactoprenol pyrophosphate 6. Unit Peptidoglikan diletakkan pada akhir rantai peptodoglican untuk memperpanjang oleh unit pengulang. 7. Pembawa bactoprenol kembali kedalam membrane. Fosfat dihasilkan selama proses. 8. Peptide cross-link rantai peptidoglikan terbentuk oleh transpeptidado. Pada E.Coli, asam amino yang bebas dari asam diaminopimelik menyerang subterminal D-alanin, menghasilkan residu D-alanin. ATP digunakan untuk membentuk terminal ikatan peptide didalam membrane. Energi atp tidak lagi dibutuhkan ketika transpeptidasi yang terjadi di luar. Proses yang sama terjadi kepada interbridges terlibat. Hanya aka nada sebuah kelompok yang bereaksi dengan subterminal D-alanin. Sintesis peptidoglikan mudah diserang dan mengalami gangguan oleh agen antimikroba. Rintangan atau hambatan pada setiap tahap pada sintesis memperlemah dinding sel dan bisa mengakibatkan osmotic lisis. Seperti misalnya penisilin menyerang reaksi transpeptidasi dan basitrasin yang menghalangi defosforilasi bactoprenol rophosphate. LAMPIRAN Pertanyaan dan jawaban Pertanyaan lisan 1. Alfonsina AAT (115061100111027) apakah dalam siklus glukeogenesis yang merupakan proses pembalikan glikolisis, dapatkah kedua siklus berjalan secara bersama-sama?
159

2.

Jawaban walaupun siklus glukeogenesis reversible, tapi berdasarkan prinsip- prinsip biosintesis dijelaskan bahwa jalur anabolisme dan katabolisme (dalam hal ini merupakan glikolisis dan glukeogenesis) tidak pernah berjalan bersama walaupun banyak enzim yang digunakan bersama. Karena pada dasarnya regulasinya berbeda Alberus Ardika (115061101111005) tadi dijelaskan dalam presentasi siklus sintesis purin prosesnya, lalu maksud kotak kecil ditengah itu apa? (menunjuk gambar)

Jawaban gambar di tengah itu penjelasan dari proses awal sintesis purin yakni dimulai terikatnya atom nitrogen glutamine pada fosforibossil (berasal dari fosforibosil pirofosfat) menghasilkan 5- fosforibosilamin. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil pirofosfat amidotransferase .itu menghasilkan AMP dan GMP. AMP menghambat sintesis adenilosuksinat dari inosinat, sedang GMP menghambat perubahan substrat dari sintesis AMP. 3. Reinanto pandu (115061107111009) dalam fotosintesis anoksigenik kan ada reaksinya, lalu senyawa-senyawa yang dihasilkan itu untuk apa? Reaksinya adalah seperti ini Fotosintesis bakteri ungu non belerang CO2 + 2CH3CHOHCH3 (CH2O) + H2O + 2CH3COCH3 Fotosintesis bakteri hijau belerang CO2 + 2H2S (CH2O) + H2O + 2S Berdasar pada sumber yang saya baca pada keadaan anaerob tidak diproduksi oksigen. Ada beberapa mikroorganisme yang mampu melakukan fotofosforilasi dalam keadaan anaerob, meraka ini dikenal dengan nama kelompok bakteri fotosintetik anoksigenik. Berdasarkan bakteriaklorofil yang dimiliki oleh anoksegenik, maka kelompok ini bibagi menjadi ; bakteri fotosintetik purple (sulfur dan non sulfur), bakteri fotosintetik hijau (sulfur dan non sulfur), dan Heliobacteria(white,1995) Pada bakteri fotosintetik ungu non sulfur anoksigenik, konsentrasi sulfid harus benar-benar ditekan serendah mungkin, karena pada konsentrasi yang tinggi akan menjadi racun . bakteri ini telah diketahui sejak awal abad ke-20 ketika pertama kalinya diisolasi oleh Hans Molisch. Bakteri-bakteri ini dapat melakukan berbagai macam metabolisme, antara lain ; fotoautrotop atau fotoheterotrop pada kondisi anaerobik; respirasi anerobik; dan fermentasi. Selain itu, organisme-organisme ini pada umumnya merupakan penambat nitrogen yang hidup bebas. Kemampuan bakteri ini untuk melakukan fotofosforilasi karena adanya piranti fotosintesis dalam selnya yang berupa pigmen fotosintesis, pigmen karatenoid, dan bakterioklorofil. Bakterioklorofil yang dimiliki bakteri ini dapat digunakan sebagai salah satu ciri morfologi dengan melihat spektra maksimumnya. Sebagian besar bakteri fotosintetik ungu non sulfur anoksegenik, seperti bakteri dari genus Rhodobacter, pada umumnya menujukkan resistensi yang tinggi terhadap oksianion logam tanah jarang, seperti TeO3-2 dan SeO3-2. oleh karena itu penambahan larutan oksianion (biasanya K2TeO3) memungkinkan isolasi kelompok bakteri tersebut secara selektif. Pertanyaan Tertulis 1. Freshsya Zatalini (115061100111003) Apakah persyaratan dari asimilasi bagi mikroba? Bagaimana bakteri yang tidak punya klorofil melakukan asimilasi? Jawaban
160

2.

Asimilasi adalah pembentukan molekul kompleks dari molekul sederhana yang membutuhkan energy yang tinggi. Dalam presentasi dan makalah kami dijelaskan tentang asimilasi sulfur, fosfor dan nitrogen. Perlu ditekankan bahwa asimilasi dilakukan mikroorganisme karena mikroorganisme itu sendiri membutuhkan fosfor, sulfur, dan nitrogen dalam jumlah banyak untuk biosintesis. Jadi tidak ada persyaratan, karena mikroba membutuhkan asimilasi (fosfor, sulfur,nitrogen) disamping karbon dan oksigen asimilasi dilakukan oleh semua mikroorganisme yang membutuhkan, tidak terbatas bakteri yang mempunyai klorofil ataupun tidak. Mekanismenya masing- masing diasimilasi atau dibentuk menjadi molekul molekul organic melalui rute yang berbeda (tergantung apa yang diasimilasi) Sharfina W (115061105111003) Sintesis Purin dan Peptodoglikan terjadi saat kondisi apa? Di bagian mana kedua sintesis itu dapat terjadi? Jawaban: purin adalah jenis basa yang disintesis dalam bentuk nukleotida dan terjadi dalam tingkat sel bakteri karena nukleotida ini akan membentuk building blok dari DNA dan RNA. Sedangkan sintesis Peptidoglikan terjadi pada dinding sel bakteri, karena dinding sel bakteri mengandung molekul kompleks peptidoglikan yang mencakup rantai polisakarida panjang yang terbuat dari pertukaran NAM (asan N-asetilmuramik) dan residu NAG (N-asetilglukosamin) sintesis purin terjadi pada bakteri karena basa dari nukleotida akan digunakan untuk membentuk materi pembawa genetic RNA dan DNA. Begitu pula dengan sintesis peptidoglikan akan terjadi pada setiap kondisi karena dinding sel bakteri mengandung kompleks peptidoglikan 3. Ridhani Ridha R (115061100111009) Pada siklus tersebut kalau tidak salah namanya siklus purimidin kenapa hasilnya tidak purimidin? Mungkin dari siklus yang lain ada seperti itu? Jawaban : sintesis purimidin atau sintesis pirimidin itu sama. Yakni merupakan jenis basa yang disintesis dalam bentuk nukleotida untuk membentuk DNA dan RNA. Golongan pirimidin itu ada pada DNA yang terdiri dari timin dan sitosin, sedangkan golongan purimidin itu ada pada RNA yang terdiri dari urasil dan sitosin. Tapi untuk mekanisme dan regulasi sintesisnya sama Maratus Sholihah (115061100111019) apakah benar dari apa yang anda jelaskan bahwa fotosintesis hanya terjadi pada mikroorganisme prokariotik? Kemudian bagaimana untuk yang eukariotik? Jawaban : fotosintesis itu terjadi pada mikroorganisme yang mempunyai klorofil dan dibagi menjadi anoksiganik (tidak menghasilkan O2) dan oksigenik (menghasilkan O2), eukariotik ataupun prokariotik itu bisa asalnkan memiliki klorofil. Penjelasan mikroorganisme prokariotik pada slide adalah sebagai tambahan, bukan pengertian. Adit Iqbal (115061105111005)

4.

5.

Apakah dalam suatu sintesis itu mengalami hambatan? Jika iya apa? Jawaban : pada sintesis Peptidoglikan mudah diserang dan mengalami gangguan oleh agen mikroba. Rintangan atau hambatan pada setiap tahap pada sintesis memperlemah dinding sel dan bisa mengakibatkan osmotic lisis. Seperti misalnya penisilin yang menyerang reaksi transpeptidasi dan basitrasin yang menghalangi defosforilasi bactoprenol rophosphate 6. Gregorius Bagas (115061105111005)
161

 Pada sintesis nitrogen , dijelaskan tentang bakteri yang terlibat dalam prosesnya. Bakteri apa itu dan perannya apa? Jawaban : Pada asimilasi nitrogen, nitrogen dimanfaatkan untuk tiga hal yakni pembentukan ammonia, reduksi asimilasi nitrat dan fiksasi nitrogen. Pada fiksasi nitrogen inilah, sel- sel eukariotik memiliki keterbatasan dalam melakukan ini. Tetapi fiksasi nitrogen terjadi pada beberapa bakteri yakni bakteri yang hidup bebas seperti azetobacter klebsiella, clostridium, dan Methanococcus, bakteri yang hidup bersibiosis tanama legumes seperti Rhizobium, bakteri Rhizobium memunculkan sifat amoniak keluar sel bakteri dan mengasimilasi sel legume sekitar, dan Sianobakteri

Kesimpulan : 1. Proses metabolisme adalah proses yang spesifik dan merupakan proses dasar 2. Telah dijelaskan ,Anabolisme dan Katabolisme dan memang benar kedua proses tersebut tidak pernah berjalan bersamaan Komentar : 1. Perlu sitasi yang jelas(dituliskan) 2. Perlu editing(pendandanan) 3. Perlu penjelasan lebih bagaimana fotosintesis aerob dan anaerob serta senyawa-senyawa yang dihasilkan

162