Elsa Amalia 3425090138 Biologi 2009

UAS TAKEHOME ENZIMOLOGI 097

1. Mekanisme kerja dan kinetika enzim A. Mekanisme kerja enzim Enzim adalah katalis untuk reaksi-reaksi dalam sistem biologi (biokatalisator), yaitu substansi yang dapat mempercepat atau membantu suatu reaksi kimia tanpa harus ikut terlibat di dalam reaksi itu sendiri. Ezim ditemukan dalam setiap sel hidup, mulai dari organisme bersel tunggal sederhana sampai organisme multiseluler yang kompleks, termasuk manusia. Mekanisme kerja enzim adalah dengan membentuk senyawa enzimsubstrat, kemudian menghasilkan suatu produk tanpa merubah senyawa enzim itu sendiri. Dan setelah produk terbentuk maka enzim akan melepaskan diri untuk

membentuk senyawa baru dengan substrat yang lain.

Gambar 1. Mekanisme kerja enzim

Enzim bekerja dengan dua cara, yaitu menurut Teori Kunci-Gembok (Lock and Key Theory) dan Teori Kecocokan Induksi (Induced Fit Theory). 1.) Teori Kunci-Gembok (Lock and Key Theory)

Gambar 2. Lock and Key Theory Teori ini dikemukakan oleh seorang ahli yang bernama Fisher. Menurutnya, enzim bagaikan sebuah gembok, memiliki bagian yang berhubungan dengan kunci yang

enzim tidak pernah ikut bereaksi karena setelah terbentuk produk. Induced Fit Theory . Artinya. Produk tersebut berasal dari substrat yang telah bereaksi. bentuk sisi aktif enzim bersifat fleksibel. yaitu suatu tempat yang spesifik untuk mengikat substratnya. Pada sistem kerja enzim. Pada saat itu pula enzim tidak aktif lagi. enzim akan lepas. Gambar 3. Kompleks enzim substrat digambarkan sebagai gembok dimana pada lubang kuncinya terdapat kunci. Apabila sisi aktif bergabung dengan substrat maka enzim tidak aktif lagi. artinya enzim tertentu hanya bekerja pada substrat tertentu. Dengan kata lain. Mata kunci memiliki struktur lubang kunci pada gembok. substrat lain bergabung dengan enzim. Substrat digambarkan sebagai sebuah kunci. Kunci tertentu hanya cocok dengan gembok tertentu. maka sisi aktif enzim berubah sedemikian rupa sehingga cocok dengaan substrat dan terbentuklah kompleks enzim substrat. Setelah reaksi berlangsung. enzim tidak akan diubah menjadi produk atau enzim hanya berperan sebagai perantara dalam membentuk produk. Bagian lubang kunci ini diibaratkan sebagai sisi aktif enzim. Bergabungnya enzim dengan substrat membentuk kompleks enzim substrat. 2. Setelah terjadi reaksi dan produk telah terbentuk. Pada saat ini tidak menutup kemungkinan. kompleks enzim substrat lepas dan terbentuklah produk.) Teori Ketepatan Induksi (Induced Fit Theory) Teori ini menyatakan bahwa enzim memiliki sisi aktif yang mudah menyesuaikan dengan substratnya .Elsa Amalia 3425090138 Biologi 2009 disebut lubang kunci. enzim akan terlepas dan dapat menjalankan fungsi enzim untuk berikatan dengan substrat lain yang sesuai. Pada saat substrat bertemu dengan enzim.

Semakin tinggi konsentrasi substrat reaksi enzim semakin cepat. Kinetika enzim Dalam reaksi enzim dikenal kecepatan reaksi hidrolisis. Vmax hanyalah salah satu konstanta .Elsa Amalia 3425090138 Biologi 2009 B. Untuk menentukan kelajuan maksimum suatu reaksi enzimatik. Harga V dari suatu reaksi enzimatik pada umumnya sangat tergantung pada konsentrasi substrat. atau melanjutkan reaksi dengan menghasilkan produk (P) dan E dengan konstanta k3. Namun. Pada kelajuan yang maksimum (Vmax). dan jumlah kompleks ES adalah sama dengan jumlah total enzim yang ada. Pembentukan senyawa kompleks ES dari E dan S berlangsung dengan konstanta kecepatan k1. sampai mencapai kecepatan tetap. semua tapak aktif enzim akan berikatan dengan substrat. penguraian. Gambar 4. Kejenuhan terjadi karena seiring dengan meningkatnya konsentrasi substrat. atau reaksi katalis yang disebut Velocity (V). bahwa dalam suatu reaksi enzim selalu terbentuk senyawa peralihan ES. dengan asumsi tidak ada P yang dapat diubah lagi menjadi S. Hal ini ditunjukkan oleh kurva kejenuhan di samping. semakin banyak enzim bebas yang diubah menjadi kompleks substrate-enzim ES. Kompleks ES kemudian mengalami 2 kemungkinan penguraian yaitu. konsentrasi substrat ditingkatkan sampai laju pembentukan produk yang terpantau menjadi konstan. Hubungan antara konsentrasi substrat (S) dengan laju reaksi (V) Leoner Michaelis dan Maud Menten mengajukan suatu model. pertama kembali terurai menjadi E dan S dengan konstanta kecepatan k2.

Contoh enzim yang memiliki sifat seperti ini adalah karbonat anhidrase. dan laju pembentukan produk tidak dibatasi oleh laju reaksi.Elsa Amalia 3425090138 Biologi 2009 kinetika enzim. ataupun enzim yang sama dengan substrat yang berbeda. Konstanta lainnya yang juga berguna adalah kcat. yang merupakan konsentrasi substrat yang diperlukan oleh suatu enzim untuk mencapai setengah kelajuan maksimumnya. Juga disebut sebagai konstanta kespesifikan dan memasukkan tetapan kelajuansemua langkah reaksi. Namun. katalase. setiap penumbukkan enzim dengan substratnya akan menyebabkan katalisis. dan ini dapat menunjukkan seberapa kuatnya pengikatan substrat ke enzim. Konstanta kespesifikan maksimum teoritis disebut limit difusi dan nilainya sekitar 108 sampai 109 (M-1 s-1). β-laktamase. ia dapat digunakan untuk membandingkan enzim yang satu dengan enzim yang lain. yang merupakan jumlah molekul substrat yang dapat ditangani oleh satu tapak aktif per detik. Hal ini diekspresikan oleh konstanta Michaelis-Menten (Km). Karena konstanta kespesifikan mencermikan kemampuan katalitik dan afinitas. banyak proses-proses biokimia dan selular yang . melainkan oleh laju difusi. Pada titik ini. asetilkolinesterase. dan superoksida dismutase. Gambar 5. Setiap enzim memiliki nilai Km yang berbeda-beda untuk suatu subtrat. yang diturunkan berdasarkan asumsi difusi bebas dan pertumbukan acak yang didorong secara termodinamik. Kinetika Michaelis-Menten bergantung pada hukum aksi massa. Enzim dengan sifat demikian disebut secara katalitik sempurna ataupun secara kinetika sempurna. Kurva kejenuhan suatu reaksi enzim yang menunjukkan relasi antara konsentrasi substrat (S) dengan kelajuan (v) Efisiensi suatu enzim diekspresikan oleh kcat/Km. Jumlah substrat yang diperlukan untuk mencapai nilai kelajuan reaksi tertentu jugalah penting. fumarase.

4glukanohidrolase. Enzim amilase Enzim amilase adalah enzim yang mengkatalis hidrolisis pada ikatan α-1-4 glikosidik pada produk pati dengan berat molekul rendah. Amilase mempunyai struktur 3 dimensi yang mampu mengikat substrat. α-amilase ini memiliki beberapa sisi aktif yang dapat mengikat 4 hingga 10 molekul substrat sekaligus. dan menunjukkan kerusakan pada ikatan glikosida. hidrolase.6 kDa.1. Struktur tiga dimensi amilase Sifat dan Fungsi Enzim α-Amilase Enzim α-amilase (α-1-4-glucan-4-glucanohydrolase) dapat ditemukan pada kelenjar ludah manusia. dengan katalis yang spesifik. dan maltotriose. perpisahan fase enzim/substrat/produk. Struktur molekuler dari enzim ini adalah α-1. dan pergerakan molekul secara satu atau dua dimensi. Bersama dengan enzim pendegradasi pati lain. Enzim amilase dapat diperoleh dari bermacam-macam sumber. sehingga memiliki E. α-amilase termasuk ke dalam golongan enzim kelas 1. pulpulanase. binatang. kinetika MichaelisMenten fraktal dapat diterapkan.2. Gambar 6. 2.Elsa Amalia 3425090138 Biologi 2009 menyimpang dari kondisi ideal ini. Pada situasi seperti ini. α-amilase pada manusia adalah enzim yang mengandung kalsium dan tersusun dari 512 asam amino pada rantai tunggal oligosakarida dengan berat molekul 57. dan mikroorganisme. disebabkan oleh kesesakan makromolekuler (macromolecular crowding). Artikel-artikel terlampir 3. seperti glukosa. seperti tumbuhan.3.1. maltosa.C. Enzim α-amilase dimiliki oleh family endo-amilase yang mengkatalis awal hidrolisis pati menjadi oligosakarida yang lebih pendek melalui .

5 – 8. Reaksi Enzim α-amilase Amilase merupakan enzim yang berfungsi untuk menghidrolis amilum (pati) menjadi gula-gula sederhana seperti dekstrin dan glukosa. Amilase. namun α-amilase berkontribusi paling penting dalam inisiasi pada proses ini. kadar maltosa atau mengukur viskositas dan jumlah terbentuknya gula pereduksi pada aktivitas optimumnya secara normal yaitu pH 4.Enzim bekerja dengan mengikat substrat dan menciptakan jalan reaksi yang berbeda yang mempunyai fase transisi lebih rendah dibandingkan reaksi tanpa enzim.8 – 6. . Enzim mempercepat reaksi tetapi tidak mengubah keseimbangan reaksi atau ΔGº (selisih energi bebas standar/perbedaan antara energi reaktan dengan energi produk). Reaksi biokimia dapat berlangsung lebih cepat karena dapat menurunkan energi aktivasi.0. Penjelasan mengenai: a. αamilase ditentukan dengan mengukur hasil degradasi pati yang diamati dari penurunan kadar pati larut.Elsa Amalia 3425090138 Biologi 2009 pemecahan ikatan α-D-(1-4) glikosidik. Energi aktivasi untuk reaksi yang dikatalis enzim lebih rendah dari reaksi tanpa enzim. 2 (C6H10O5)n + n H2O n C12H22O11 Pada Protein Data Bank (PDB) amilase memiliki kode panggil 1SMD. Ikatan gula residu maupun ikatan α-1-6 dapat dapat dipecah oleh α-amilase.5 -amilase stabil pada kisaran pH 5. Enzim penting untuk menurunkan energi aktivasi untuk memulai suatu reaksi. Enzim amilolitik lain berperan dalam proses pemecahan pati. yaitu enzim yang menguraikan amilum (suatu polisakarida) menjadi maltosa 9 suatu disakarida). membutuhkan suhu dan tekanan yang tinggi. Reaksi tanpa enzim berlangsung lambat. Enzim memberikan lingkungan yang spesifik di dalam sisi aktifnya sehingga reaksi secara energik dapat lebih mudah terjadi. Alpha-amilase pada umumnya aktif bekerja pada kisaran suhu 25 C – 95 C. 4. Aktivasi enzim Enzim mempunyai peranan penting dalam metabolisme karena mengendalikan reaksi-reaksi biokimia dalam tubuh.

Di dalam organisme eukariot ada tahapan proses tertentu sebelum menghasilkan RNA. . maka dalam hal ini tidak termasuk dalam kategori bahwa gen tersebut telah terekspresi atau dengan kata lain tidak terjadi ekspresi gen. Grafik aktivasi enzim b. senyawa penghambat tersebut merupakan penghambat alosterik. Hasil proses transkripsi adalah hn RNA (transkrip primer). Apabila ada senyawa yang dapat memasuki bagian yang menangkap penghambay maka enzim menjadi tidak aktif. c. sehingga enzim dapat aktif mereaksikan substrat menjadi produk.Elsa Amalia 3425090138 Biologi 2009 Gambar 7. Pengikatan penghambat alosterik pada enzim menyebabkan enzim tidak aktif. Struktur senyawa penghambat alosterik tidak mirip dengan struktur substrat. sehingga substrat tidak dapat diakatalisis dan tidak menghasilkan produk. Jika dalam proses tersebut ada tahapan yang tidak terjadi. Apabila enzim mennagkap substrat maka penghambat tidak dapat terikat pada enzim. Kontrol ekspresi protein Kontrol ekspresi gen (protein) merupakan proses bagaimana informasi yang ada di dalam DNA dikontrol sehingga bisa di copy melalui proses transkripsi dalam organisme eukariot. yaitu RNA processing. Modulasi Alosterik Enzim alosterik adalah enzim yang memiliki sisi lain selain sisi katalitik. yaitu pada bagian yang menangkap substrat dan bgian yang menangkap penghambat. Enzim alosterik mempunyai dua sisi aktif. Kemudian diikuti tahap translasi yang akhirnya menghasilkan polypeptida.

sehingga satu dapat dikatakan bahwa enzim hanya dapat digunakan untuk satu jenis substrat. Modulasi enzim alosterik d. .Elsa Amalia 3425090138 Biologi 2009 Gambar 8. Di mana pada salah satu sisi enzim terdapat bentuk tempat aktif yang hanya dapat berpasangan tepat sama dengan bentuk permukaan substrat yang sesuai. One enzyme one substrate Enzim bekerja spesifik. Kerja spesifik pada enzim ini berdasarkan pada teori Gembok dan Kunci (Lock and Key). yang artinya bahwa enzim hanya dapat bekerja pada satu substrat.