TINJAUAN PUSTAKA Aves (Bangsa Burung) Burung atau aves adalah hewan yang memiliki bulu, tungkai atau

lengan depan termodifikasi untuk terbang, tungkai belakang teradaptasi untuk berjalan, berenang dan hinggap, paruh tidak bergigi, jantung memiliki empat ruang, rangka ringan memiliki kantong udara, berdarah panas, tidak memiliki kandung kemih dan bertelur (Welty, 1982). Burung diklasifikasikan dalam kingdom Animalia, filum Chordata, subfilum Vertebrata, dan kelas Aves. Alikondra (2010) menjelaskan bahwa domestikasi adalah suatu urutan proses pembentukan spesies dalam suatu populasi yang semakin lama semakin disesuaikan dengan keadaan tidak liar, melalui mekanisme-mekanisme penjinakan dari banyak generasi untuk mendekati/mencapai tuntutan kebutuhan manusia. Berdasarkan proses domestikasi kelas Aves terbagi menjadi unggas dan burung. Unggas Unggas merupakan jenis (spesies) burung yang telah mengalami domestikasi dan mempunyai manfaat utama sebagai penghasil pangan (Donham dan Haase, 1980). Beberapa jenis unggas seperti ayam Kampung, itik, puyuh dan merpati dijelaskan dibawah ini: Ayam Kampung. Ayam kampung (Gallus gallus domesticus) memiliki kekerabatan yang dekat dengan dua sub spesies dari ayam hutan merah (G. gallus spadiceus) di China dan ayam hutan merah (G. gallus gallus) di Thailand (Sulandari dan Zein, 2009). Ayam kampung didefinisikan sebagai ayam yang tidak mempunyai ciri-ciri khas tertentu, dengan kata lain penampilan fenotipenya masih sangat beragam. Sifatsifat kualitatif seperti warna bulu, warna kulit dan bentuk jengger yang sangat bervariasi (Sartika dan Iskandar, 2007; Sartika, 2000). Ayam kampung jantan memiliki bulu ekor sama panjang dengan panjang tubuh dan berpenampilan gagah, sedangkan betina bulu ekor lebih pendek dari panjang tubuh, memiliki ukuran badan dan kepala lebih kecil (Gambar 1). Itik. Itik merupakan salah satu ternak unggas yang dikenal sebagai penghasil telur dan daging. Itik jantan memiliki ukuran tubuh yang lebih besar dibandingkan dengan

3

itik tegal. bulu leher.. Merpati termasuk dalam Familia Columbidae dari Ordo Columbiformes. Merpati dapat dibedakan jenis kelaminnya setelah dewasa kelamin. 2003). sedangkan merpati jantan tubuhnya lebih besar. Pola warna bulu itik mojosari sebagian besar didominasi oleh warna lurik-coklat gelap. Puyuh merupakan penghasil daging dan telur sehingga sering dipelihara oleh masyarakat (Minvielle. Merpati betina biasanya lebih kecil dan tidak terlalu ribut sewaktu kawin. 4 . Ciri-ciri puyuh jantan yaitu pada bagian bulu kepala sampai ke bagian belakang terdapat warna putih yang berbentuk garis melengkung tebal. 1994) (Gambar 1). dan dadanya yang berwarna cokelat muda (cinamon) tanpa ada bercak kehitaman. ukuran tubuh relatif kecil dan berkaki pendek. Merpati Indonesia merupakan jenis merpati lokal yang berasal dari merpati liar (Columba livia) yang telah lama dibudidayakan dan asal penyebarannya dari Eropa (Antawidjaja. jantan membuat gerakan melingkar. 2010).itik betina (Brahmantiyo et al. Dari sebagian kecil dari populasi itik mojosari muncul warna bulu putih polos (Suparyanto. 1988). Puyuh merupakan jenis Aves yang tidak dapat terbang. Merpati. memekarkan bulu ekor dan merebahkan bulu sayapnya (Blakely & Bade. 2009) (Gambar 1). Puyuh jantan dan betina dapat dibedakan dari pola warna. Itik liar mengalami perubahan morfologi yang bervariasi sesuai dengan tempat berkembangnya setelah mengalami domestikasi seperti itik alabio. itik mojosari dan lain-lain (Srigandono. Puyuh. Ciri-ciri puyuh betina yaitu warna bulu pada kerongkongan dan dada bagian atas berwarna cokelat muda lebih terang (sawo matang) dengan bercak cokelat tua atau kehitamhitaman (Kasiyati.. 1997). lehernya lebih tebal dan saat sedang kawin. lebih kasar. abu-abu dengan garis putih dan bulu sayap seperti bulu punggung dengan belang kehitaman. 2004). Merpati merupakan salah satu plasma nutfah di Indonesia. Para hobies menjadikan merpati sebagai hewan kesayangan untuk dijadikan merpati balap (Darwati et al. Variasi warna diantaranya adalah kombinasi warna lurik dengan belang putih pada daerah leher dan bagian dada. 2003) (Gambar 1). bulu punggung berwarna campuran cokelat gelap. Merpati termasuk dalam kelas unggas yang telah lama dikenal di Indonesia dengan sebutan burung dara.

Semua burung paruh bengkok Indonesia terdaftar dalam Appendix CITES yaitu Appendix I (terancam punah) sebanyak 4 spesies dan Appendix II (genting) sebanyak 73 spesies. Fimbel et al (2001) menyebutkan bahwa fungsi ekologis burung yaitu sebagai pollinator. kakatua molukan dan beo Nias. Hal ini menyebabkan populasi burung ini mendekati kepunahan akibat permintaan pasar yang tinggi. Burung kakatua merupakan jenis burung yang sangat dekat dan banyak digemari oleh masyarakat karena perilaku yang khas. Family: Pssittacidae) yaitu 61 spesies diantaranya masuk ke dalam daftar perdagangan pasar internasional sejak tahun 1983-1999. Salah satu spesies yang termasuk dalam Appendix I yaitu kakatua molucan (Cacatua moluccensis) (Soehartono dan Mardiastuti. lucu. Burung ini dapat menirukan suara yang didengarnya dengan cermat (Gambar 1). penyebar dan pemangsa benih. Populasi burung saat ini mengalami penurunan karena meningkatnya populasi manusia sehingga habitat asli burung menjadi terganggu. Burung kakatua merupakan spesies endemik Indonesia (Gambar 1). Hal ini menyebabkan perlunya pengembangbiakan yang diharapkan mampu meningkatkan populasi dan kelestariannya dengan upaya penangkaran. Tingginya permintaan pasar juga salah satu faktor yang menyebabkan menurunnya populasi burung endemik Indonesia di alam. Beo Nias Burung beo merupakan burung yang paling pintar berbicara di dunia. 2002). riang dan suka menirukan suara. Beberapa jenis burung yang saat ini populasinya menurun akibat tingginya permintaan pasar yaitu kakatua kecil jambul kuning. Indonesia memiliki 77 spesies dari burung paruh bengkok (Ordo: Psttaciformes.Burung Burung merupakan salah satu jenis satwa liar yang hidup di dalam ekosistem alam dengan jumlah populasi yang tinggi. Burung beo memiliki sebutan yang berbeda-beda di setiap daerah di Indonesia dan dalam bahasa 5 . Indonesia memiliki kekayaan hayati berupa burung yang berlimpah. Kakatua Kecil Jambul Kuning dan Kakatua Molukan. Alikondra (2010) menyebutkan bahwa penangkaran satwa liar adalah perkembangbiakan dan pemeliharaan satwa liar dalam keadaan terkurung oleh manusia untuk mencapai sasaran tertentu.

Inggris disebut Mynah (Campbell dan Lack.id) 3 (www.deptan.go. 2005) Penentuan Jenis Kelamin pada Aves Penentuan jenis kelamin pada aves dapat dilakukan dengan beberapa cara yaitu secara non molekuler dan secara molekuler. Itik Jantan (C. Hampir semua jenis burung beo terancam kelestariannya akibat penangkapan dari habitat alaminya.2)2.karantina.id) 4 (www. Gambar 1.cybex.1) dan Betina (A.1) dan Betina (B. steroid sexing pada feses dan laparoskopi.id) 5 (Shepherd. 2002). Burung beo adalah burung monomorfik yaitu sulit dibedakan antara jantan dan betina.2)1.deptan.go. Merpati (D)4. Sumber: 1(Candrawati.1) dan Betina (C. 2007) 2 (www. Puyuh Jantan (B. 2006) 6 (Harrison. Cara-cara untuk menentukan jenis kelamin secara non molekuler ini memiliki beberapa kelemahan. 2005) 7 (Harrison. Kakatua Molukan (F)6.go. karyotyping. Penentuan jenis kelamin secara molekuler umumnya menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan penanda genetik khusus jenis kelamin (Cerit dan Avanus. Penentuan jenis kelamin secara non molekuler diantaranya yaitu autosexing.deptan.2)3. Beberapa Jenis Aves: Ayam Kampung Jantan (A. Cara penentuan jenis kelamin secara non molekuler yaitu sebagai berikut: 6 . 1985). dan Kakatua Kecil Jambul Kuning (G)7.litbang. Burung beo termasuk daftar burung paruh bengkok yang popular dalam pedagangan burung internasional (Soehartono dan Mardiastuti. vent sexing. 2007a). Beo Nias (E)5.

2007a). Metode itu membutuh orang yang terlatih dan banyak pengalaman. Karakteristik saluran reproduksi dapat langsung dilihat dengan menggunakan laparoskopi. 1996. 7 . Jantan dan betina dapat diidentifikasi saat penetasan melalui warna bulunya yang unik (Elbrecht dan Smith. Penentuan jenis kelamin day old chick (DOC) merupakan pekerjaan yang sangat penting dalam reproduksi di suatu pembibitan. Laparoskopi (Pembedahan). Vent Sexing. Fakta menarik mengenai jenis kelamin DOC yang baru menetas dapat diketahui dari bulu menggunakan gen marker K-k yang berlokasi pada kromosom sex Z. Pemeriksaan ini dapat berbahaya dan bahkan mematikan burung tersebut (Swengel. Kiyoshi Masui pada tahun 1930.Autosexing. Kotoran burung betina memiliki rasio E/T yang tinggi daripada burung jantan. 2003). 1992). tingkat akurasi yang tinggi dan cepat dalam menentukan jenis kelamin pada ayam sehingga sering digunakan di pembibitan unggas skala industri (Mincheva et al. 2012).. Metode ini mengidentifikasi jenis kelamin berdasarkan area kloaka untuk melihat keberadaan alat kelamin jantan. Gonad burung dewasa lebih mudah divisualisasi dibandingkan dengan anakan. Metode ini didasarkan pada tingkat hormon estrogen/testosterone (E/T) dalam kotoran burung. 2007a). Seorang ahli juga dapat mengalami kesalahan dalam mengidentifikasi burung yang monomorfik (Bramwell. sementara itu betina diketahui dari pertumbuhan bulu primer yang lebih cepat. Metode ini dilakukan dengan penyayatan kecil pada sisi kiri tubuh burung sehingga memiliki resiko yang tinggi yaitu cedera pada organ vital burung yang dibedah. Vent sexers yang sangat terlatih dengan mudah mengidentifikasi jenis kelamin day old chick (DOC) dengan tingkat keberhasilan hingga 95%. Cerit dan Avanus. Steroid Sexing pada feses. Hasil terbaik dapat diperoleh dari burung-burung dewasa selama musim kawin dan dilakukan pada feses segar (Swengel. 1996. Autosexing ayam diketahui dari warna bulu akibat mutasi yang terpaut kelamin. Hal ini menjadi cara yang mudah. Vent sexing merupakan metode yang dipopulerkan oleh seorang profesor Jepang. Saat menetas jantan dilihat dari pertumbuhan bulu primer yang lambat. Cerit dan Avanus.

Kahn et al. 2007a) Gen CHD (Chromo Helicase DNA Binding) Gen Chromo Helicase DNA binding (CHD) merupakan suatu gen penanda jenis kelamin pada Aves. yang terdiri dari CHD-Z (berada pada kromosom Z) dan CHD-W (berada pada kromosom W) (Dubiec dan Zagalska-Neubauer. 1998.Karyotyping. kemudian gen ini diamplifikasi dengan PCR (Griffiths et al. Fridolfsson dan Ellegren. Perbedaan ini terjadi karena adanya keterpautan (linkage) antara posisi gen CHD dengan kromosom kelamin pada Aves (kromosom Z dan W) (Griffith dan Korn. 8 . 1998). Namun primer yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi jenis kelamin pada Aves yaitu P2 dan P8 (Griffiths et al. 1997). 1998. Sejak ditemukannya perbedaan pada gen jenis kelamin CHD-Z dan CHD-W pada kebanyakan jenis burung. 1996).. Sifat heterogametik pada burung dimiliki oleh betina (ZW) sedangkan jantan merupakan homogametik (ZZ) (Ellergren... Aves mempunyai kromosom sex yang berbeda dibandingkan dengan mamalia. 1999). yang ada pada dua jenis kelamin (ZZ dan ZW). Sebagian besar kromosom spesies burung adalah mikrokromosom sehingga sulit untuk menghitung mikrokromosom ini secara akurat. Sejauh ini hanya sedikit gen yang terdapat pada kromosom W untuk mengidentifikasi jenis kelamin pada Aves. Kelemahan dari metode ini yaitu prosedur yang memakan waktu lama (Cerit dan Avanus. Gen CHD berada di kromosom Z dan W. 1995). Gen CHD (chromo helicase DNA binding) merupakan gen pertama yang berlokasi di kromosom W (CHD-W) pada aves (Griffiths and Tiwari. Kromosom Z memiliki ukuran yang lebih besar dibandingkan dengan kromosom W (Archawaranon. Struktur protein dari CHD-Z dan CHD-W diketahui memiliki perbedaan yang sangat sedikit (Fridolfson dan Ellergen. 2006). CHD-Z berlokasi pada kromosom Z (Griffiths and Korn 1997). Banyak primer yang telah didesain untuk mengenali ukuran intron yang berbeda pada gen CHD. 1996). 2004). namun gen yang paling umum digunakan yaitu gen CHD. 1999). Gen CHD (Chromo Helicase DNA binding) dapat menunjukkan perbedaan antara alel Z dan W pada betina (Griffiths et al. Sumber untuk isolasi kromosom dan penentuan kariotipe dapat diperoleh dari kultur sel yang umumnya berasal dari bulu atau sel darah..

2003). Prinsip metode purifikasi pada semua jaringan hewan tidak jauh berbeda. Secara umum dalam studi molekuler burung. DNA cetakan didapatkan dari hasil ekstraksi dan purifikasi suatu sel. 9 . pemisahan material DNA dari material organik sel lain. 1996). Ekstraksi dan purifikasi DNA pada prinsipnya adalah suatu cara atau metoda untuk memisahkan DNA total dari komponen sel lainnya (Sulandari dan Zein. Namun kualitas dan jumlah DNA yang diperoleh dapat bervariasi tergantung asal jaringan.Isolasi DNA Total Teknik PCR memerlukan suatu DNA cetakan (DNA template) yang nantinya akan diperbanyak secara in vitro. Komponen bulu terdiri dari α dan β-keratin yang tersusun oleh bermacam-macam asam amino (Harrap dan Woods. Ekstraksi DNA dari fosil. dan feses biasanya lebih sulit dilakukan (Taberlet et al. Ekstraksi DNA dapat dilakukan secara manual ataupun menggunakan DNA extraction kit (kit). Bulu burung mempunyai prospek menjadi sumber DNA karena pada pangkal bulu (calamus) banyak mengandung sel epitel. Namun karena pada bulu banyak mengandung unsur keratin dan sudah mengeras. 1989). Bulu dapat diperoleh secara langsung (pada saat mabung) maupun tak langsung (dicabut) dengan tingkat resiko kecil pada burung tersebut. maka sulit untuk didapatkan DNAnya. yaitu terdiri atas tiga tahapan utama. Ekstraksi DNA dengan menggunakan kit umumnya menghasilkan DNA dengan kualitas yang lebih baik (Schill. 2007). rambut atau bulu. metode penyimpanan. DNA total didapatkan dari hasil ekstraksi dan purifikasi darah lengkap (whole blood). Setiap sel atau jaringan yang memiliki DNA memungkinkan untuk dilakukan ekstraksi DNA. 1964). Bulu merupakan struktur khusus sebagai penciri dalam kelas Aves. Tiga tahapan tersebut secara berurutan adalah penghancuran (lisis) membran sel. dan pemisahan DNA dari larutannya (presipitasi) (Sambrook et al. Inhibitor (penghambat) yang terdapat pada beberapa jaringan memerlukan perlakuan khusus dalam proses ekstraksi sehingga hasilnya akan sulit untuk di PCR. Sebagian besar DNA pada sel hewan terdapat di dalam inti dan sebagian yang lain terdapat di organel seperti mitokondria. dan cara ekstraksi. jaringan atau organ.

Primer yang berada sebelum daerah target disebut sebagai primer forward dan yang berada setelah daerah target disebut primer reverse. 10 . Enzim yang digunakan sebagai pencetak rangkaian molekul DNA baru dikenal sebagai enzim polymerase. diperlukan juga dNTPs (deoxynucleoside triphosphat) yang mencakup dATP (nukleotida berbasa Adenine). dan (3) Ekstensi. 2002).. dNTP. yaitu pemanjangan primer oleh DNA polymerase. 2005). buffer. Untuk mencetak rangkaian tersebut dalam teknik PCR. PCR biasanya berlangsung dalam 35-40 siklus (Muladno. 2002). Poymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu dengan DNA baru yang berkomplemen dengan molekul DNA target tersebut dengan bantuan enzim dan oligonukleotida sebagai primer dalam suatu thermocycler.Seleksi Menggunakan Penanda Molekuler Metode seleksi sederhana berdasarkan informasi fenotipe telah banyak dilakukan untuk perbaikan produktivitas ternak. yaitu penempelan primer pada sekuens DNA komplementer yang akan diperbanyak. dGTP (Guanine) dan dTTP (Tymine) (Muladno. Tahap yang paling menentukan adalah tahap penempelan primer. (2) Annealing. Tahap denaturasi DNA berlangsung dalam suhu 94 ºC sehingga DNA untai ganda dapat terpisah menjadi utai tunggal. Panjang target DNA berkisar antara puluhan sampai ribuan nukleotida yang posisinya diapit sepasang primer. Proses PCR terdiri dari tiga tahapan yaitu : (1) Denaturasi. Tahap pemanjangan primer berlangsung pada suhu 27 ºC. namun terdapat beberapa keterbatasan seperti perbedaan jenis kelamin dan sifat-sifat yang sulit atau mahal untuk diukur dan diamati (Vischer et al. 2000). yaitu perubahan struktur DNA utas ganda menjadi utas tunggal. karena setiap pasang primer memiliki suhu penempelan primer yang spesifik. Proses PCR disajikan pada Gambar 2.. dCTP (Cytosine). dan Mg2+ memulai aktifitasnya memperpanjang primer (Viljoen et al. Pada tahap ini enzim taq polymerase. Salah satu metode untuk mengatasi kelemahan tersebut adalah dengan melakukan seleksi menggunakan penanda molekuler.

Elektroforesis Elektroforesis adalah proses bergeraknya molekul bermuatan pada suatu medan listrik. Prinsip kerja dari elekroforesis yaitu berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif yang bergerak menuju kutub positif (Klug & Cummings. bentuk dan ukuran molekulnya.. 1999). Proses elektroforesis membutuhkan agar atau gel sebagai medium untuk pemisahan DNA. Ada dua tipe gel dalam proses elektroforesis yaitu agarose dan poliakrilamid.Gambar 2. 1994). Prinsip yang mendasari metode analisis SSCP adalah perbedaan asam nukleotida yang akan mempengaruhi bentuk fragmen DNA untai tunggal (Bastos et al.. 2004) Polymerase Chain Reaction-Single Strand Comformation Polymorphism (PCR-SSCP) merupakan salah satu metode analisis lebih lanjut yang memanfaatkan produk PCR. Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan. 1999) walaupun perbedaannya hanya satu nukleotida saja (Nataraj et al. 2001) akan menyebabkan pola migrasi pada saat elektroforesis dalam gel poliakrilamid (Baroso et al. 1989). Metode ini merupakan pemisahan asam nukleat rantai tunggal (single stranded nucleic acids) hasil amplifikasi PCR dengan elektroforesis melalui gel poliakrilamid dan berdasarkan pada perbedaan berat model pasangan basa.. Gel agarose adalah koloid alami yang 11 . Proses Poymerase Chain Reaction (PCR) (Nicholas.. sehingga dapat menghasilkan perbedaan struktur sekuen gen (Orita et al.

Panjang rantai polimer akrilamida ditentukan oleh konsentrasi akrilamida di dalam reaksi polimerisasi (antara 3. Penambahan senyawa lain N. (2) gel poliakrilamida dapat menampung jumlah DNA yang lebih besar daripada gel agarose dan (3) DNA yang diekstrak dari gel poliakrilamida bersifat sangat murni dan dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut (Muladno. dimana migrasi fragmen DNA yang besar akan lebih lambat daripada fragmen yang lebih kecil (Fatchiyah. Elektroforesis gel poliakrilamida dilakukan pada posisi vertikal. Pencampuran ini akan mengakibatkan monomer akrilamida mengalami polimerisasi menjadi rantai panjang.N’. maka makin kecil pori yang terbentuk. Resolusi optimal dalam separasi fragmen DNA akan didapatkan apabila pemilihan konsentrasi gel tepat. Untuk mendeteksi potongan-potongan DNA berupa larik DNA pada gel agarose digunakan pewarna yang mengandung fluorescen dengan konsentrasi rendah seperti ethidium bromide (EtBr) (Fatchiyah. 12 .. Gel poliakrilamida memiliki tiga keuntungan yaitu: (1) resolusi dalam pemisahan molekul DNA jauh lebih tinggi sehingga panjang molekul DNA yang berbeda hanya satu nukleotida dapat dideteksi. Pori-pori ini berfungsi sebagai saringan molekul. Gel poliakrilamida terbentuk tanpa pemanasan.N. terbentuk cross-linker antar rantai panjang sehingga terbentuk gel yang tingkat porositasnya ditentukan oleh panjang rantai dan derajat penyilangan antar rantai (cross-link). Besar kecilnya pori-pori pada agarose ditentukan oleh konsentrasinya. 1989). melainkan dengan pencampuran larutan akrilamida dengan ammonium sulfat dan TEMED (N. makin tinggi konsentrasi agarose. 2002). 2006). 2002). 2006). Karakteristik dari gel agarose dan poliakrilamid ditampilkan pada Tabel 1. Gel agarose memiliki pori berukuran besar dan kegunaan utamanya untuk memisahkan molekul yang sangat besar dengan berat molekul lebih dari 200 kiladalton (Sambrook et al. Senyawa bisakrilamida yang berfungsi sebagai cross-linker ditambahkan dengan perbandingan 1:29 terhadap akrilamida (Muladno.N’-methylene bis-akrilamida (bis-akrilamida) di dalam proses polimerisasi. Posisi molekul yang terseparasi dapat dilihat dengan pewarnaan gel.N’tetramethylethylenediamine).diekstrak dari rumput laut.5% dan 20%).

0 12. 1989) 13 .2 0.0 8.6 0.4 0.0 Kisaran ukuran DNA (pb) 5000-40000 5000-30000 3000-10000 1000-7000 500-5000 300-3000 200-1500 100-1000 1000-2000 80-500 60-400 40-200 25-150 6-100 Agarose Poliakrilamid Sumber: (Sambrook et al.0 3.0 20.0 15.8 1.Tabel 1. Karakteristik Gel Agarose dan Poliakrilamid Jenis Gel Konsentrasi Gel Agarose (%) 0.0 3.0 1.5 5.5 2..