P. 1
BAB II Tinjauan Pustaka

BAB II Tinjauan Pustaka

|Views: 375|Likes:
Published by Dinie Rizqie
dasar teori
dasar teori

More info:

Published by: Dinie Rizqie on Mar 21, 2013
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOCX, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

06/04/2015

pdf

text

original

TINJAUAN PUSTAKA Aves (Bangsa Burung) Burung atau aves adalah hewan yang memiliki bulu, tungkai atau

lengan depan termodifikasi untuk terbang, tungkai belakang teradaptasi untuk berjalan, berenang dan hinggap, paruh tidak bergigi, jantung memiliki empat ruang, rangka ringan memiliki kantong udara, berdarah panas, tidak memiliki kandung kemih dan bertelur (Welty, 1982). Burung diklasifikasikan dalam kingdom Animalia, filum Chordata, subfilum Vertebrata, dan kelas Aves. Alikondra (2010) menjelaskan bahwa domestikasi adalah suatu urutan proses pembentukan spesies dalam suatu populasi yang semakin lama semakin disesuaikan dengan keadaan tidak liar, melalui mekanisme-mekanisme penjinakan dari banyak generasi untuk mendekati/mencapai tuntutan kebutuhan manusia. Berdasarkan proses domestikasi kelas Aves terbagi menjadi unggas dan burung. Unggas Unggas merupakan jenis (spesies) burung yang telah mengalami domestikasi dan mempunyai manfaat utama sebagai penghasil pangan (Donham dan Haase, 1980). Beberapa jenis unggas seperti ayam Kampung, itik, puyuh dan merpati dijelaskan dibawah ini: Ayam Kampung. Ayam kampung (Gallus gallus domesticus) memiliki kekerabatan yang dekat dengan dua sub spesies dari ayam hutan merah (G. gallus spadiceus) di China dan ayam hutan merah (G. gallus gallus) di Thailand (Sulandari dan Zein, 2009). Ayam kampung didefinisikan sebagai ayam yang tidak mempunyai ciri-ciri khas tertentu, dengan kata lain penampilan fenotipenya masih sangat beragam. Sifatsifat kualitatif seperti warna bulu, warna kulit dan bentuk jengger yang sangat bervariasi (Sartika dan Iskandar, 2007; Sartika, 2000). Ayam kampung jantan memiliki bulu ekor sama panjang dengan panjang tubuh dan berpenampilan gagah, sedangkan betina bulu ekor lebih pendek dari panjang tubuh, memiliki ukuran badan dan kepala lebih kecil (Gambar 1). Itik. Itik merupakan salah satu ternak unggas yang dikenal sebagai penghasil telur dan daging. Itik jantan memiliki ukuran tubuh yang lebih besar dibandingkan dengan

3

Merpati Indonesia merupakan jenis merpati lokal yang berasal dari merpati liar (Columba livia) yang telah lama dibudidayakan dan asal penyebarannya dari Eropa (Antawidjaja. 1988). itik tegal. Puyuh. jantan membuat gerakan melingkar. 2003). Merpati termasuk dalam kelas unggas yang telah lama dikenal di Indonesia dengan sebutan burung dara. lebih kasar. Puyuh jantan dan betina dapat dibedakan dari pola warna. Dari sebagian kecil dari populasi itik mojosari muncul warna bulu putih polos (Suparyanto. 2004).. 1994) (Gambar 1). itik mojosari dan lain-lain (Srigandono. Puyuh merupakan penghasil daging dan telur sehingga sering dipelihara oleh masyarakat (Minvielle. Ciri-ciri puyuh betina yaitu warna bulu pada kerongkongan dan dada bagian atas berwarna cokelat muda lebih terang (sawo matang) dengan bercak cokelat tua atau kehitamhitaman (Kasiyati. 2010). abu-abu dengan garis putih dan bulu sayap seperti bulu punggung dengan belang kehitaman. Merpati betina biasanya lebih kecil dan tidak terlalu ribut sewaktu kawin. bulu leher. 4 . Para hobies menjadikan merpati sebagai hewan kesayangan untuk dijadikan merpati balap (Darwati et al. Pola warna bulu itik mojosari sebagian besar didominasi oleh warna lurik-coklat gelap. 2009) (Gambar 1). 1997). bulu punggung berwarna campuran cokelat gelap. lehernya lebih tebal dan saat sedang kawin. Variasi warna diantaranya adalah kombinasi warna lurik dengan belang putih pada daerah leher dan bagian dada. Merpati merupakan salah satu plasma nutfah di Indonesia.itik betina (Brahmantiyo et al. 2003) (Gambar 1). ukuran tubuh relatif kecil dan berkaki pendek.. Merpati dapat dibedakan jenis kelaminnya setelah dewasa kelamin. dan dadanya yang berwarna cokelat muda (cinamon) tanpa ada bercak kehitaman. Ciri-ciri puyuh jantan yaitu pada bagian bulu kepala sampai ke bagian belakang terdapat warna putih yang berbentuk garis melengkung tebal. Merpati termasuk dalam Familia Columbidae dari Ordo Columbiformes. Puyuh merupakan jenis Aves yang tidak dapat terbang. sedangkan merpati jantan tubuhnya lebih besar. Merpati. memekarkan bulu ekor dan merebahkan bulu sayapnya (Blakely & Bade. Itik liar mengalami perubahan morfologi yang bervariasi sesuai dengan tempat berkembangnya setelah mengalami domestikasi seperti itik alabio.

Burung kakatua merupakan jenis burung yang sangat dekat dan banyak digemari oleh masyarakat karena perilaku yang khas. Hal ini menyebabkan populasi burung ini mendekati kepunahan akibat permintaan pasar yang tinggi. lucu. 2002). Tingginya permintaan pasar juga salah satu faktor yang menyebabkan menurunnya populasi burung endemik Indonesia di alam. kakatua molukan dan beo Nias. Indonesia memiliki 77 spesies dari burung paruh bengkok (Ordo: Psttaciformes. Fimbel et al (2001) menyebutkan bahwa fungsi ekologis burung yaitu sebagai pollinator. Burung beo memiliki sebutan yang berbeda-beda di setiap daerah di Indonesia dan dalam bahasa 5 . Alikondra (2010) menyebutkan bahwa penangkaran satwa liar adalah perkembangbiakan dan pemeliharaan satwa liar dalam keadaan terkurung oleh manusia untuk mencapai sasaran tertentu. Salah satu spesies yang termasuk dalam Appendix I yaitu kakatua molucan (Cacatua moluccensis) (Soehartono dan Mardiastuti.Burung Burung merupakan salah satu jenis satwa liar yang hidup di dalam ekosistem alam dengan jumlah populasi yang tinggi. Burung kakatua merupakan spesies endemik Indonesia (Gambar 1). Hal ini menyebabkan perlunya pengembangbiakan yang diharapkan mampu meningkatkan populasi dan kelestariannya dengan upaya penangkaran. Kakatua Kecil Jambul Kuning dan Kakatua Molukan. Beberapa jenis burung yang saat ini populasinya menurun akibat tingginya permintaan pasar yaitu kakatua kecil jambul kuning. Family: Pssittacidae) yaitu 61 spesies diantaranya masuk ke dalam daftar perdagangan pasar internasional sejak tahun 1983-1999. Populasi burung saat ini mengalami penurunan karena meningkatnya populasi manusia sehingga habitat asli burung menjadi terganggu. riang dan suka menirukan suara. penyebar dan pemangsa benih. Burung ini dapat menirukan suara yang didengarnya dengan cermat (Gambar 1). Indonesia memiliki kekayaan hayati berupa burung yang berlimpah. Semua burung paruh bengkok Indonesia terdaftar dalam Appendix CITES yaitu Appendix I (terancam punah) sebanyak 4 spesies dan Appendix II (genting) sebanyak 73 spesies. Beo Nias Burung beo merupakan burung yang paling pintar berbicara di dunia.

vent sexing.2)3. steroid sexing pada feses dan laparoskopi.id) 5 (Shepherd. Sumber: 1(Candrawati.id) 4 (www. dan Kakatua Kecil Jambul Kuning (G)7. Kakatua Molukan (F)6.2)2. 2005) Penentuan Jenis Kelamin pada Aves Penentuan jenis kelamin pada aves dapat dilakukan dengan beberapa cara yaitu secara non molekuler dan secara molekuler. Cara penentuan jenis kelamin secara non molekuler yaitu sebagai berikut: 6 . Gambar 1.Inggris disebut Mynah (Campbell dan Lack. 2006) 6 (Harrison. Cara-cara untuk menentukan jenis kelamin secara non molekuler ini memiliki beberapa kelemahan.deptan. 2007a). 2002).deptan.go. Burung beo adalah burung monomorfik yaitu sulit dibedakan antara jantan dan betina. 2005) 7 (Harrison. Penentuan jenis kelamin secara molekuler umumnya menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan penanda genetik khusus jenis kelamin (Cerit dan Avanus. Beberapa Jenis Aves: Ayam Kampung Jantan (A.1) dan Betina (A. karyotyping. Beo Nias (E)5.cybex.go. Puyuh Jantan (B. Penentuan jenis kelamin secara non molekuler diantaranya yaitu autosexing. Merpati (D)4. 1985). Itik Jantan (C.deptan.1) dan Betina (B. 2007) 2 (www.litbang.1) dan Betina (C.karantina.id) 3 (www.go.2)1. Burung beo termasuk daftar burung paruh bengkok yang popular dalam pedagangan burung internasional (Soehartono dan Mardiastuti. Hampir semua jenis burung beo terancam kelestariannya akibat penangkapan dari habitat alaminya.

Metode ini dilakukan dengan penyayatan kecil pada sisi kiri tubuh burung sehingga memiliki resiko yang tinggi yaitu cedera pada organ vital burung yang dibedah. Vent sexers yang sangat terlatih dengan mudah mengidentifikasi jenis kelamin day old chick (DOC) dengan tingkat keberhasilan hingga 95%. Metode ini didasarkan pada tingkat hormon estrogen/testosterone (E/T) dalam kotoran burung. Kiyoshi Masui pada tahun 1930. 1992). Hasil terbaik dapat diperoleh dari burung-burung dewasa selama musim kawin dan dilakukan pada feses segar (Swengel. 1996. 2007a). Hal ini menjadi cara yang mudah. 7 . 2012). Laparoskopi (Pembedahan). sementara itu betina diketahui dari pertumbuhan bulu primer yang lebih cepat. 2003). Karakteristik saluran reproduksi dapat langsung dilihat dengan menggunakan laparoskopi. Pemeriksaan ini dapat berbahaya dan bahkan mematikan burung tersebut (Swengel. Seorang ahli juga dapat mengalami kesalahan dalam mengidentifikasi burung yang monomorfik (Bramwell. Cerit dan Avanus. Fakta menarik mengenai jenis kelamin DOC yang baru menetas dapat diketahui dari bulu menggunakan gen marker K-k yang berlokasi pada kromosom sex Z. Jantan dan betina dapat diidentifikasi saat penetasan melalui warna bulunya yang unik (Elbrecht dan Smith. Steroid Sexing pada feses. Saat menetas jantan dilihat dari pertumbuhan bulu primer yang lambat. 2007a).. Metode itu membutuh orang yang terlatih dan banyak pengalaman. Gonad burung dewasa lebih mudah divisualisasi dibandingkan dengan anakan. 1996.Autosexing. Autosexing ayam diketahui dari warna bulu akibat mutasi yang terpaut kelamin. Vent sexing merupakan metode yang dipopulerkan oleh seorang profesor Jepang. Vent Sexing. Penentuan jenis kelamin day old chick (DOC) merupakan pekerjaan yang sangat penting dalam reproduksi di suatu pembibitan. Cerit dan Avanus. Metode ini mengidentifikasi jenis kelamin berdasarkan area kloaka untuk melihat keberadaan alat kelamin jantan. tingkat akurasi yang tinggi dan cepat dalam menentukan jenis kelamin pada ayam sehingga sering digunakan di pembibitan unggas skala industri (Mincheva et al. Kotoran burung betina memiliki rasio E/T yang tinggi daripada burung jantan.

Namun primer yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi jenis kelamin pada Aves yaitu P2 dan P8 (Griffiths et al. 1999). Sifat heterogametik pada burung dimiliki oleh betina (ZW) sedangkan jantan merupakan homogametik (ZZ) (Ellergren. Perbedaan ini terjadi karena adanya keterpautan (linkage) antara posisi gen CHD dengan kromosom kelamin pada Aves (kromosom Z dan W) (Griffith dan Korn. 1997). Gen CHD (Chromo Helicase DNA binding) dapat menunjukkan perbedaan antara alel Z dan W pada betina (Griffiths et al. kemudian gen ini diamplifikasi dengan PCR (Griffiths et al. Sejak ditemukannya perbedaan pada gen jenis kelamin CHD-Z dan CHD-W pada kebanyakan jenis burung. CHD-Z berlokasi pada kromosom Z (Griffiths and Korn 1997). Kelemahan dari metode ini yaitu prosedur yang memakan waktu lama (Cerit dan Avanus. Kromosom Z memiliki ukuran yang lebih besar dibandingkan dengan kromosom W (Archawaranon. Struktur protein dari CHD-Z dan CHD-W diketahui memiliki perbedaan yang sangat sedikit (Fridolfson dan Ellergen. 1998). Sumber untuk isolasi kromosom dan penentuan kariotipe dapat diperoleh dari kultur sel yang umumnya berasal dari bulu atau sel darah. 8 . 1998. Aves mempunyai kromosom sex yang berbeda dibandingkan dengan mamalia. Kahn et al. 1996).. yang ada pada dua jenis kelamin (ZZ dan ZW).. namun gen yang paling umum digunakan yaitu gen CHD.Karyotyping. 1995). 1996). Gen CHD (chromo helicase DNA binding) merupakan gen pertama yang berlokasi di kromosom W (CHD-W) pada aves (Griffiths and Tiwari. 2004). yang terdiri dari CHD-Z (berada pada kromosom Z) dan CHD-W (berada pada kromosom W) (Dubiec dan Zagalska-Neubauer. Sebagian besar kromosom spesies burung adalah mikrokromosom sehingga sulit untuk menghitung mikrokromosom ini secara akurat.. Fridolfsson dan Ellegren. Sejauh ini hanya sedikit gen yang terdapat pada kromosom W untuk mengidentifikasi jenis kelamin pada Aves. Banyak primer yang telah didesain untuk mengenali ukuran intron yang berbeda pada gen CHD. 2007a) Gen CHD (Chromo Helicase DNA Binding) Gen Chromo Helicase DNA binding (CHD) merupakan suatu gen penanda jenis kelamin pada Aves. 1999). 2006).. 1998. Gen CHD berada di kromosom Z dan W.

Prinsip metode purifikasi pada semua jaringan hewan tidak jauh berbeda. Namun kualitas dan jumlah DNA yang diperoleh dapat bervariasi tergantung asal jaringan. 1989). Bulu burung mempunyai prospek menjadi sumber DNA karena pada pangkal bulu (calamus) banyak mengandung sel epitel. Sebagian besar DNA pada sel hewan terdapat di dalam inti dan sebagian yang lain terdapat di organel seperti mitokondria. 1996). Secara umum dalam studi molekuler burung. 2003). DNA cetakan didapatkan dari hasil ekstraksi dan purifikasi suatu sel. Inhibitor (penghambat) yang terdapat pada beberapa jaringan memerlukan perlakuan khusus dalam proses ekstraksi sehingga hasilnya akan sulit untuk di PCR. dan pemisahan DNA dari larutannya (presipitasi) (Sambrook et al. Komponen bulu terdiri dari α dan β-keratin yang tersusun oleh bermacam-macam asam amino (Harrap dan Woods. Tiga tahapan tersebut secara berurutan adalah penghancuran (lisis) membran sel. dan feses biasanya lebih sulit dilakukan (Taberlet et al. jaringan atau organ. 9 . Ekstraksi DNA dari fosil. pemisahan material DNA dari material organik sel lain. Ekstraksi DNA dengan menggunakan kit umumnya menghasilkan DNA dengan kualitas yang lebih baik (Schill. Ekstraksi dan purifikasi DNA pada prinsipnya adalah suatu cara atau metoda untuk memisahkan DNA total dari komponen sel lainnya (Sulandari dan Zein. Namun karena pada bulu banyak mengandung unsur keratin dan sudah mengeras. 2007). yaitu terdiri atas tiga tahapan utama. metode penyimpanan. rambut atau bulu. dan cara ekstraksi. Ekstraksi DNA dapat dilakukan secara manual ataupun menggunakan DNA extraction kit (kit). DNA total didapatkan dari hasil ekstraksi dan purifikasi darah lengkap (whole blood). 1964). maka sulit untuk didapatkan DNAnya. Bulu dapat diperoleh secara langsung (pada saat mabung) maupun tak langsung (dicabut) dengan tingkat resiko kecil pada burung tersebut.Isolasi DNA Total Teknik PCR memerlukan suatu DNA cetakan (DNA template) yang nantinya akan diperbanyak secara in vitro. Setiap sel atau jaringan yang memiliki DNA memungkinkan untuk dilakukan ekstraksi DNA. Bulu merupakan struktur khusus sebagai penciri dalam kelas Aves.

2000). PCR biasanya berlangsung dalam 35-40 siklus (Muladno. yaitu perubahan struktur DNA utas ganda menjadi utas tunggal. dan Mg2+ memulai aktifitasnya memperpanjang primer (Viljoen et al. dCTP (Cytosine). 2005). Tahap yang paling menentukan adalah tahap penempelan primer. (2) Annealing. Panjang target DNA berkisar antara puluhan sampai ribuan nukleotida yang posisinya diapit sepasang primer. 2002). Proses PCR terdiri dari tiga tahapan yaitu : (1) Denaturasi. Tahap pemanjangan primer berlangsung pada suhu 27 ºC. Proses PCR disajikan pada Gambar 2. yaitu penempelan primer pada sekuens DNA komplementer yang akan diperbanyak. yaitu pemanjangan primer oleh DNA polymerase. karena setiap pasang primer memiliki suhu penempelan primer yang spesifik.Seleksi Menggunakan Penanda Molekuler Metode seleksi sederhana berdasarkan informasi fenotipe telah banyak dilakukan untuk perbaikan produktivitas ternak. Primer yang berada sebelum daerah target disebut sebagai primer forward dan yang berada setelah daerah target disebut primer reverse.. 10 . diperlukan juga dNTPs (deoxynucleoside triphosphat) yang mencakup dATP (nukleotida berbasa Adenine). Salah satu metode untuk mengatasi kelemahan tersebut adalah dengan melakukan seleksi menggunakan penanda molekuler. dNTP. Pada tahap ini enzim taq polymerase. Untuk mencetak rangkaian tersebut dalam teknik PCR. namun terdapat beberapa keterbatasan seperti perbedaan jenis kelamin dan sifat-sifat yang sulit atau mahal untuk diukur dan diamati (Vischer et al.. dan (3) Ekstensi. buffer. dGTP (Guanine) dan dTTP (Tymine) (Muladno. Tahap denaturasi DNA berlangsung dalam suhu 94 ºC sehingga DNA untai ganda dapat terpisah menjadi utai tunggal. 2002). Enzim yang digunakan sebagai pencetak rangkaian molekul DNA baru dikenal sebagai enzim polymerase. Poymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu dengan DNA baru yang berkomplemen dengan molekul DNA target tersebut dengan bantuan enzim dan oligonukleotida sebagai primer dalam suatu thermocycler.

Elektroforesis Elektroforesis adalah proses bergeraknya molekul bermuatan pada suatu medan listrik.. Metode ini merupakan pemisahan asam nukleat rantai tunggal (single stranded nucleic acids) hasil amplifikasi PCR dengan elektroforesis melalui gel poliakrilamid dan berdasarkan pada perbedaan berat model pasangan basa. Prinsip yang mendasari metode analisis SSCP adalah perbedaan asam nukleotida yang akan mempengaruhi bentuk fragmen DNA untai tunggal (Bastos et al... 1994). 1999). Gel agarose adalah koloid alami yang 11 . sehingga dapat menghasilkan perbedaan struktur sekuen gen (Orita et al.Gambar 2. bentuk dan ukuran molekulnya. 1989). Prinsip kerja dari elekroforesis yaitu berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif yang bergerak menuju kutub positif (Klug & Cummings. Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan. 1999) walaupun perbedaannya hanya satu nukleotida saja (Nataraj et al. 2004) Polymerase Chain Reaction-Single Strand Comformation Polymorphism (PCR-SSCP) merupakan salah satu metode analisis lebih lanjut yang memanfaatkan produk PCR. Proses Poymerase Chain Reaction (PCR) (Nicholas. Ada dua tipe gel dalam proses elektroforesis yaitu agarose dan poliakrilamid. Proses elektroforesis membutuhkan agar atau gel sebagai medium untuk pemisahan DNA. 2001) akan menyebabkan pola migrasi pada saat elektroforesis dalam gel poliakrilamid (Baroso et al..

Besar kecilnya pori-pori pada agarose ditentukan oleh konsentrasinya. maka makin kecil pori yang terbentuk. 2006). melainkan dengan pencampuran larutan akrilamida dengan ammonium sulfat dan TEMED (N. Pori-pori ini berfungsi sebagai saringan molekul.. (2) gel poliakrilamida dapat menampung jumlah DNA yang lebih besar daripada gel agarose dan (3) DNA yang diekstrak dari gel poliakrilamida bersifat sangat murni dan dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut (Muladno. 2006). Elektroforesis gel poliakrilamida dilakukan pada posisi vertikal. Karakteristik dari gel agarose dan poliakrilamid ditampilkan pada Tabel 1.N’tetramethylethylenediamine). Resolusi optimal dalam separasi fragmen DNA akan didapatkan apabila pemilihan konsentrasi gel tepat. Gel poliakrilamida memiliki tiga keuntungan yaitu: (1) resolusi dalam pemisahan molekul DNA jauh lebih tinggi sehingga panjang molekul DNA yang berbeda hanya satu nukleotida dapat dideteksi. Posisi molekul yang terseparasi dapat dilihat dengan pewarnaan gel. Gel poliakrilamida terbentuk tanpa pemanasan. terbentuk cross-linker antar rantai panjang sehingga terbentuk gel yang tingkat porositasnya ditentukan oleh panjang rantai dan derajat penyilangan antar rantai (cross-link). Gel agarose memiliki pori berukuran besar dan kegunaan utamanya untuk memisahkan molekul yang sangat besar dengan berat molekul lebih dari 200 kiladalton (Sambrook et al. Untuk mendeteksi potongan-potongan DNA berupa larik DNA pada gel agarose digunakan pewarna yang mengandung fluorescen dengan konsentrasi rendah seperti ethidium bromide (EtBr) (Fatchiyah.N’-methylene bis-akrilamida (bis-akrilamida) di dalam proses polimerisasi. makin tinggi konsentrasi agarose.diekstrak dari rumput laut.N’. Senyawa bisakrilamida yang berfungsi sebagai cross-linker ditambahkan dengan perbandingan 1:29 terhadap akrilamida (Muladno. 1989). Penambahan senyawa lain N. 2002). 12 . Pencampuran ini akan mengakibatkan monomer akrilamida mengalami polimerisasi menjadi rantai panjang. dimana migrasi fragmen DNA yang besar akan lebih lambat daripada fragmen yang lebih kecil (Fatchiyah. Panjang rantai polimer akrilamida ditentukan oleh konsentrasi akrilamida di dalam reaksi polimerisasi (antara 3.5% dan 20%).N. 2002).

4 0.5 5.0 8. 1989) 13 .0 12.0 Kisaran ukuran DNA (pb) 5000-40000 5000-30000 3000-10000 1000-7000 500-5000 300-3000 200-1500 100-1000 1000-2000 80-500 60-400 40-200 25-150 6-100 Agarose Poliakrilamid Sumber: (Sambrook et al.8 1.6 0.0 1.Tabel 1.2 0.0 15.5 2. Karakteristik Gel Agarose dan Poliakrilamid Jenis Gel Konsentrasi Gel Agarose (%) 0.0 3..0 20.0 3.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->