TINJAUAN PUSTAKA Aves (Bangsa Burung) Burung atau aves adalah hewan yang memiliki bulu, tungkai atau

lengan depan termodifikasi untuk terbang, tungkai belakang teradaptasi untuk berjalan, berenang dan hinggap, paruh tidak bergigi, jantung memiliki empat ruang, rangka ringan memiliki kantong udara, berdarah panas, tidak memiliki kandung kemih dan bertelur (Welty, 1982). Burung diklasifikasikan dalam kingdom Animalia, filum Chordata, subfilum Vertebrata, dan kelas Aves. Alikondra (2010) menjelaskan bahwa domestikasi adalah suatu urutan proses pembentukan spesies dalam suatu populasi yang semakin lama semakin disesuaikan dengan keadaan tidak liar, melalui mekanisme-mekanisme penjinakan dari banyak generasi untuk mendekati/mencapai tuntutan kebutuhan manusia. Berdasarkan proses domestikasi kelas Aves terbagi menjadi unggas dan burung. Unggas Unggas merupakan jenis (spesies) burung yang telah mengalami domestikasi dan mempunyai manfaat utama sebagai penghasil pangan (Donham dan Haase, 1980). Beberapa jenis unggas seperti ayam Kampung, itik, puyuh dan merpati dijelaskan dibawah ini: Ayam Kampung. Ayam kampung (Gallus gallus domesticus) memiliki kekerabatan yang dekat dengan dua sub spesies dari ayam hutan merah (G. gallus spadiceus) di China dan ayam hutan merah (G. gallus gallus) di Thailand (Sulandari dan Zein, 2009). Ayam kampung didefinisikan sebagai ayam yang tidak mempunyai ciri-ciri khas tertentu, dengan kata lain penampilan fenotipenya masih sangat beragam. Sifatsifat kualitatif seperti warna bulu, warna kulit dan bentuk jengger yang sangat bervariasi (Sartika dan Iskandar, 2007; Sartika, 2000). Ayam kampung jantan memiliki bulu ekor sama panjang dengan panjang tubuh dan berpenampilan gagah, sedangkan betina bulu ekor lebih pendek dari panjang tubuh, memiliki ukuran badan dan kepala lebih kecil (Gambar 1). Itik. Itik merupakan salah satu ternak unggas yang dikenal sebagai penghasil telur dan daging. Itik jantan memiliki ukuran tubuh yang lebih besar dibandingkan dengan

3

4 . 1988). lehernya lebih tebal dan saat sedang kawin. Dari sebagian kecil dari populasi itik mojosari muncul warna bulu putih polos (Suparyanto. bulu leher. 2009) (Gambar 1). Puyuh merupakan jenis Aves yang tidak dapat terbang. lebih kasar. Para hobies menjadikan merpati sebagai hewan kesayangan untuk dijadikan merpati balap (Darwati et al. Merpati Indonesia merupakan jenis merpati lokal yang berasal dari merpati liar (Columba livia) yang telah lama dibudidayakan dan asal penyebarannya dari Eropa (Antawidjaja.itik betina (Brahmantiyo et al. 2004). itik tegal. abu-abu dengan garis putih dan bulu sayap seperti bulu punggung dengan belang kehitaman.. Merpati betina biasanya lebih kecil dan tidak terlalu ribut sewaktu kawin. jantan membuat gerakan melingkar. Ciri-ciri puyuh betina yaitu warna bulu pada kerongkongan dan dada bagian atas berwarna cokelat muda lebih terang (sawo matang) dengan bercak cokelat tua atau kehitamhitaman (Kasiyati. Puyuh jantan dan betina dapat dibedakan dari pola warna. ukuran tubuh relatif kecil dan berkaki pendek. 2010). Merpati merupakan salah satu plasma nutfah di Indonesia. bulu punggung berwarna campuran cokelat gelap. itik mojosari dan lain-lain (Srigandono. Puyuh merupakan penghasil daging dan telur sehingga sering dipelihara oleh masyarakat (Minvielle. Pola warna bulu itik mojosari sebagian besar didominasi oleh warna lurik-coklat gelap. Merpati. dan dadanya yang berwarna cokelat muda (cinamon) tanpa ada bercak kehitaman. Merpati dapat dibedakan jenis kelaminnya setelah dewasa kelamin. 1997). 2003). 2003) (Gambar 1). Itik liar mengalami perubahan morfologi yang bervariasi sesuai dengan tempat berkembangnya setelah mengalami domestikasi seperti itik alabio. 1994) (Gambar 1). Merpati termasuk dalam Familia Columbidae dari Ordo Columbiformes. Ciri-ciri puyuh jantan yaitu pada bagian bulu kepala sampai ke bagian belakang terdapat warna putih yang berbentuk garis melengkung tebal. Merpati termasuk dalam kelas unggas yang telah lama dikenal di Indonesia dengan sebutan burung dara. memekarkan bulu ekor dan merebahkan bulu sayapnya (Blakely & Bade. Puyuh. Variasi warna diantaranya adalah kombinasi warna lurik dengan belang putih pada daerah leher dan bagian dada. sedangkan merpati jantan tubuhnya lebih besar..

Hal ini menyebabkan perlunya pengembangbiakan yang diharapkan mampu meningkatkan populasi dan kelestariannya dengan upaya penangkaran. Indonesia memiliki kekayaan hayati berupa burung yang berlimpah.Burung Burung merupakan salah satu jenis satwa liar yang hidup di dalam ekosistem alam dengan jumlah populasi yang tinggi. Burung ini dapat menirukan suara yang didengarnya dengan cermat (Gambar 1). Salah satu spesies yang termasuk dalam Appendix I yaitu kakatua molucan (Cacatua moluccensis) (Soehartono dan Mardiastuti. kakatua molukan dan beo Nias. Burung beo memiliki sebutan yang berbeda-beda di setiap daerah di Indonesia dan dalam bahasa 5 . Tingginya permintaan pasar juga salah satu faktor yang menyebabkan menurunnya populasi burung endemik Indonesia di alam. lucu. Family: Pssittacidae) yaitu 61 spesies diantaranya masuk ke dalam daftar perdagangan pasar internasional sejak tahun 1983-1999. Burung kakatua merupakan jenis burung yang sangat dekat dan banyak digemari oleh masyarakat karena perilaku yang khas. Burung kakatua merupakan spesies endemik Indonesia (Gambar 1). Populasi burung saat ini mengalami penurunan karena meningkatnya populasi manusia sehingga habitat asli burung menjadi terganggu. 2002). Beo Nias Burung beo merupakan burung yang paling pintar berbicara di dunia. Semua burung paruh bengkok Indonesia terdaftar dalam Appendix CITES yaitu Appendix I (terancam punah) sebanyak 4 spesies dan Appendix II (genting) sebanyak 73 spesies. Indonesia memiliki 77 spesies dari burung paruh bengkok (Ordo: Psttaciformes. riang dan suka menirukan suara. Alikondra (2010) menyebutkan bahwa penangkaran satwa liar adalah perkembangbiakan dan pemeliharaan satwa liar dalam keadaan terkurung oleh manusia untuk mencapai sasaran tertentu. Fimbel et al (2001) menyebutkan bahwa fungsi ekologis burung yaitu sebagai pollinator. Hal ini menyebabkan populasi burung ini mendekati kepunahan akibat permintaan pasar yang tinggi. Kakatua Kecil Jambul Kuning dan Kakatua Molukan. penyebar dan pemangsa benih. Beberapa jenis burung yang saat ini populasinya menurun akibat tingginya permintaan pasar yaitu kakatua kecil jambul kuning.

Cara-cara untuk menentukan jenis kelamin secara non molekuler ini memiliki beberapa kelemahan.litbang. Penentuan jenis kelamin secara molekuler umumnya menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan penanda genetik khusus jenis kelamin (Cerit dan Avanus. Burung beo termasuk daftar burung paruh bengkok yang popular dalam pedagangan burung internasional (Soehartono dan Mardiastuti. Hampir semua jenis burung beo terancam kelestariannya akibat penangkapan dari habitat alaminya. Beberapa Jenis Aves: Ayam Kampung Jantan (A. Gambar 1. Beo Nias (E)5.2)1. Puyuh Jantan (B. Merpati (D)4. Itik Jantan (C.2)3.2)2. 2005) 7 (Harrison. 2007a).deptan.id) 4 (www.karantina. Cara penentuan jenis kelamin secara non molekuler yaitu sebagai berikut: 6 . Penentuan jenis kelamin secara non molekuler diantaranya yaitu autosexing. 2005) Penentuan Jenis Kelamin pada Aves Penentuan jenis kelamin pada aves dapat dilakukan dengan beberapa cara yaitu secara non molekuler dan secara molekuler.Inggris disebut Mynah (Campbell dan Lack. 2002).id) 5 (Shepherd. dan Kakatua Kecil Jambul Kuning (G)7. 1985).deptan. Sumber: 1(Candrawati.1) dan Betina (A.cybex. 2006) 6 (Harrison. 2007) 2 (www.1) dan Betina (B.1) dan Betina (C. Kakatua Molukan (F)6. vent sexing.id) 3 (www. karyotyping.go.go. Burung beo adalah burung monomorfik yaitu sulit dibedakan antara jantan dan betina. steroid sexing pada feses dan laparoskopi.go.deptan.

Kotoran burung betina memiliki rasio E/T yang tinggi daripada burung jantan. 2007a). Steroid Sexing pada feses. 2003). Karakteristik saluran reproduksi dapat langsung dilihat dengan menggunakan laparoskopi.. sementara itu betina diketahui dari pertumbuhan bulu primer yang lebih cepat. 1996. Cerit dan Avanus. 7 . Gonad burung dewasa lebih mudah divisualisasi dibandingkan dengan anakan. 1996. Saat menetas jantan dilihat dari pertumbuhan bulu primer yang lambat. Fakta menarik mengenai jenis kelamin DOC yang baru menetas dapat diketahui dari bulu menggunakan gen marker K-k yang berlokasi pada kromosom sex Z. Penentuan jenis kelamin day old chick (DOC) merupakan pekerjaan yang sangat penting dalam reproduksi di suatu pembibitan. Seorang ahli juga dapat mengalami kesalahan dalam mengidentifikasi burung yang monomorfik (Bramwell. Autosexing ayam diketahui dari warna bulu akibat mutasi yang terpaut kelamin. Hal ini menjadi cara yang mudah. Cerit dan Avanus. Metode ini mengidentifikasi jenis kelamin berdasarkan area kloaka untuk melihat keberadaan alat kelamin jantan. Metode ini didasarkan pada tingkat hormon estrogen/testosterone (E/T) dalam kotoran burung.Autosexing. Vent sexers yang sangat terlatih dengan mudah mengidentifikasi jenis kelamin day old chick (DOC) dengan tingkat keberhasilan hingga 95%. Jantan dan betina dapat diidentifikasi saat penetasan melalui warna bulunya yang unik (Elbrecht dan Smith. Metode ini dilakukan dengan penyayatan kecil pada sisi kiri tubuh burung sehingga memiliki resiko yang tinggi yaitu cedera pada organ vital burung yang dibedah. Metode itu membutuh orang yang terlatih dan banyak pengalaman. 2012). Pemeriksaan ini dapat berbahaya dan bahkan mematikan burung tersebut (Swengel. 1992). tingkat akurasi yang tinggi dan cepat dalam menentukan jenis kelamin pada ayam sehingga sering digunakan di pembibitan unggas skala industri (Mincheva et al. Laparoskopi (Pembedahan). 2007a). Vent sexing merupakan metode yang dipopulerkan oleh seorang profesor Jepang. Hasil terbaik dapat diperoleh dari burung-burung dewasa selama musim kawin dan dilakukan pada feses segar (Swengel. Vent Sexing. Kiyoshi Masui pada tahun 1930.

Gen CHD berada di kromosom Z dan W. Kromosom Z memiliki ukuran yang lebih besar dibandingkan dengan kromosom W (Archawaranon. 1996). Fridolfsson dan Ellegren. Perbedaan ini terjadi karena adanya keterpautan (linkage) antara posisi gen CHD dengan kromosom kelamin pada Aves (kromosom Z dan W) (Griffith dan Korn. Kelemahan dari metode ini yaitu prosedur yang memakan waktu lama (Cerit dan Avanus.. 1995). 1997). Sifat heterogametik pada burung dimiliki oleh betina (ZW) sedangkan jantan merupakan homogametik (ZZ) (Ellergren. 1996). Kahn et al. 1998. Gen CHD (Chromo Helicase DNA binding) dapat menunjukkan perbedaan antara alel Z dan W pada betina (Griffiths et al. 2007a) Gen CHD (Chromo Helicase DNA Binding) Gen Chromo Helicase DNA binding (CHD) merupakan suatu gen penanda jenis kelamin pada Aves. Sejak ditemukannya perbedaan pada gen jenis kelamin CHD-Z dan CHD-W pada kebanyakan jenis burung. Banyak primer yang telah didesain untuk mengenali ukuran intron yang berbeda pada gen CHD. 2004). namun gen yang paling umum digunakan yaitu gen CHD. 1999). Aves mempunyai kromosom sex yang berbeda dibandingkan dengan mamalia. CHD-Z berlokasi pada kromosom Z (Griffiths and Korn 1997). yang ada pada dua jenis kelamin (ZZ dan ZW).. Sejauh ini hanya sedikit gen yang terdapat pada kromosom W untuk mengidentifikasi jenis kelamin pada Aves.Karyotyping. 1999).. 2006). Namun primer yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi jenis kelamin pada Aves yaitu P2 dan P8 (Griffiths et al. Sumber untuk isolasi kromosom dan penentuan kariotipe dapat diperoleh dari kultur sel yang umumnya berasal dari bulu atau sel darah.. Gen CHD (chromo helicase DNA binding) merupakan gen pertama yang berlokasi di kromosom W (CHD-W) pada aves (Griffiths and Tiwari. yang terdiri dari CHD-Z (berada pada kromosom Z) dan CHD-W (berada pada kromosom W) (Dubiec dan Zagalska-Neubauer. 1998). 8 . 1998. Struktur protein dari CHD-Z dan CHD-W diketahui memiliki perbedaan yang sangat sedikit (Fridolfson dan Ellergen. kemudian gen ini diamplifikasi dengan PCR (Griffiths et al. Sebagian besar kromosom spesies burung adalah mikrokromosom sehingga sulit untuk menghitung mikrokromosom ini secara akurat.

1989). Sebagian besar DNA pada sel hewan terdapat di dalam inti dan sebagian yang lain terdapat di organel seperti mitokondria. Secara umum dalam studi molekuler burung. Komponen bulu terdiri dari α dan β-keratin yang tersusun oleh bermacam-macam asam amino (Harrap dan Woods. yaitu terdiri atas tiga tahapan utama. 9 . Ekstraksi DNA dari fosil. Setiap sel atau jaringan yang memiliki DNA memungkinkan untuk dilakukan ekstraksi DNA. Ekstraksi dan purifikasi DNA pada prinsipnya adalah suatu cara atau metoda untuk memisahkan DNA total dari komponen sel lainnya (Sulandari dan Zein. Namun kualitas dan jumlah DNA yang diperoleh dapat bervariasi tergantung asal jaringan. Bulu dapat diperoleh secara langsung (pada saat mabung) maupun tak langsung (dicabut) dengan tingkat resiko kecil pada burung tersebut. Ekstraksi DNA dengan menggunakan kit umumnya menghasilkan DNA dengan kualitas yang lebih baik (Schill. pemisahan material DNA dari material organik sel lain. Bulu merupakan struktur khusus sebagai penciri dalam kelas Aves. Prinsip metode purifikasi pada semua jaringan hewan tidak jauh berbeda. jaringan atau organ. Tiga tahapan tersebut secara berurutan adalah penghancuran (lisis) membran sel. 1996). Inhibitor (penghambat) yang terdapat pada beberapa jaringan memerlukan perlakuan khusus dalam proses ekstraksi sehingga hasilnya akan sulit untuk di PCR. DNA total didapatkan dari hasil ekstraksi dan purifikasi darah lengkap (whole blood). 1964). Namun karena pada bulu banyak mengandung unsur keratin dan sudah mengeras. 2003). 2007). DNA cetakan didapatkan dari hasil ekstraksi dan purifikasi suatu sel. maka sulit untuk didapatkan DNAnya. dan cara ekstraksi. Ekstraksi DNA dapat dilakukan secara manual ataupun menggunakan DNA extraction kit (kit). Bulu burung mempunyai prospek menjadi sumber DNA karena pada pangkal bulu (calamus) banyak mengandung sel epitel. rambut atau bulu. dan pemisahan DNA dari larutannya (presipitasi) (Sambrook et al. dan feses biasanya lebih sulit dilakukan (Taberlet et al.Isolasi DNA Total Teknik PCR memerlukan suatu DNA cetakan (DNA template) yang nantinya akan diperbanyak secara in vitro. metode penyimpanan.

Panjang target DNA berkisar antara puluhan sampai ribuan nukleotida yang posisinya diapit sepasang primer. 2005). Tahap yang paling menentukan adalah tahap penempelan primer. buffer. 2002). Poymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu dengan DNA baru yang berkomplemen dengan molekul DNA target tersebut dengan bantuan enzim dan oligonukleotida sebagai primer dalam suatu thermocycler. PCR biasanya berlangsung dalam 35-40 siklus (Muladno. yaitu penempelan primer pada sekuens DNA komplementer yang akan diperbanyak. dGTP (Guanine) dan dTTP (Tymine) (Muladno.Seleksi Menggunakan Penanda Molekuler Metode seleksi sederhana berdasarkan informasi fenotipe telah banyak dilakukan untuk perbaikan produktivitas ternak. dan (3) Ekstensi. Salah satu metode untuk mengatasi kelemahan tersebut adalah dengan melakukan seleksi menggunakan penanda molekuler. Primer yang berada sebelum daerah target disebut sebagai primer forward dan yang berada setelah daerah target disebut primer reverse. namun terdapat beberapa keterbatasan seperti perbedaan jenis kelamin dan sifat-sifat yang sulit atau mahal untuk diukur dan diamati (Vischer et al. Tahap denaturasi DNA berlangsung dalam suhu 94 ºC sehingga DNA untai ganda dapat terpisah menjadi utai tunggal. 2000). Proses PCR disajikan pada Gambar 2. Tahap pemanjangan primer berlangsung pada suhu 27 ºC. dCTP (Cytosine). diperlukan juga dNTPs (deoxynucleoside triphosphat) yang mencakup dATP (nukleotida berbasa Adenine). karena setiap pasang primer memiliki suhu penempelan primer yang spesifik. dNTP. Proses PCR terdiri dari tiga tahapan yaitu : (1) Denaturasi. (2) Annealing. 2002). 10 . Untuk mencetak rangkaian tersebut dalam teknik PCR. yaitu perubahan struktur DNA utas ganda menjadi utas tunggal... yaitu pemanjangan primer oleh DNA polymerase. Pada tahap ini enzim taq polymerase. Enzim yang digunakan sebagai pencetak rangkaian molekul DNA baru dikenal sebagai enzim polymerase. dan Mg2+ memulai aktifitasnya memperpanjang primer (Viljoen et al.

.Gambar 2. Ada dua tipe gel dalam proses elektroforesis yaitu agarose dan poliakrilamid. Prinsip kerja dari elekroforesis yaitu berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif yang bergerak menuju kutub positif (Klug & Cummings. 1994). Gel agarose adalah koloid alami yang 11 . bentuk dan ukuran molekulnya. 2004) Polymerase Chain Reaction-Single Strand Comformation Polymorphism (PCR-SSCP) merupakan salah satu metode analisis lebih lanjut yang memanfaatkan produk PCR. Elektroforesis Elektroforesis adalah proses bergeraknya molekul bermuatan pada suatu medan listrik.. Metode ini merupakan pemisahan asam nukleat rantai tunggal (single stranded nucleic acids) hasil amplifikasi PCR dengan elektroforesis melalui gel poliakrilamid dan berdasarkan pada perbedaan berat model pasangan basa.. 1999). sehingga dapat menghasilkan perbedaan struktur sekuen gen (Orita et al. Proses elektroforesis membutuhkan agar atau gel sebagai medium untuk pemisahan DNA. Proses Poymerase Chain Reaction (PCR) (Nicholas. 1989). Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan. 2001) akan menyebabkan pola migrasi pada saat elektroforesis dalam gel poliakrilamid (Baroso et al.. 1999) walaupun perbedaannya hanya satu nukleotida saja (Nataraj et al. Prinsip yang mendasari metode analisis SSCP adalah perbedaan asam nukleotida yang akan mempengaruhi bentuk fragmen DNA untai tunggal (Bastos et al.

maka makin kecil pori yang terbentuk. (2) gel poliakrilamida dapat menampung jumlah DNA yang lebih besar daripada gel agarose dan (3) DNA yang diekstrak dari gel poliakrilamida bersifat sangat murni dan dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut (Muladno.. Gel poliakrilamida terbentuk tanpa pemanasan. Posisi molekul yang terseparasi dapat dilihat dengan pewarnaan gel. melainkan dengan pencampuran larutan akrilamida dengan ammonium sulfat dan TEMED (N. Gel agarose memiliki pori berukuran besar dan kegunaan utamanya untuk memisahkan molekul yang sangat besar dengan berat molekul lebih dari 200 kiladalton (Sambrook et al. Untuk mendeteksi potongan-potongan DNA berupa larik DNA pada gel agarose digunakan pewarna yang mengandung fluorescen dengan konsentrasi rendah seperti ethidium bromide (EtBr) (Fatchiyah. 2006).5% dan 20%). terbentuk cross-linker antar rantai panjang sehingga terbentuk gel yang tingkat porositasnya ditentukan oleh panjang rantai dan derajat penyilangan antar rantai (cross-link). Pori-pori ini berfungsi sebagai saringan molekul. Besar kecilnya pori-pori pada agarose ditentukan oleh konsentrasinya. Resolusi optimal dalam separasi fragmen DNA akan didapatkan apabila pemilihan konsentrasi gel tepat. Penambahan senyawa lain N. 1989).N’tetramethylethylenediamine). Senyawa bisakrilamida yang berfungsi sebagai cross-linker ditambahkan dengan perbandingan 1:29 terhadap akrilamida (Muladno. 2002).N.N’. dimana migrasi fragmen DNA yang besar akan lebih lambat daripada fragmen yang lebih kecil (Fatchiyah.diekstrak dari rumput laut. 12 .N’-methylene bis-akrilamida (bis-akrilamida) di dalam proses polimerisasi. Panjang rantai polimer akrilamida ditentukan oleh konsentrasi akrilamida di dalam reaksi polimerisasi (antara 3. Karakteristik dari gel agarose dan poliakrilamid ditampilkan pada Tabel 1. Pencampuran ini akan mengakibatkan monomer akrilamida mengalami polimerisasi menjadi rantai panjang. 2002). makin tinggi konsentrasi agarose. Elektroforesis gel poliakrilamida dilakukan pada posisi vertikal. 2006). Gel poliakrilamida memiliki tiga keuntungan yaitu: (1) resolusi dalam pemisahan molekul DNA jauh lebih tinggi sehingga panjang molekul DNA yang berbeda hanya satu nukleotida dapat dideteksi.

1989) 13 .Tabel 1.4 0.0 8..0 12. Karakteristik Gel Agarose dan Poliakrilamid Jenis Gel Konsentrasi Gel Agarose (%) 0.0 15.2 0.6 0.5 2.0 20.8 1.0 3.0 1.5 5.0 3.0 Kisaran ukuran DNA (pb) 5000-40000 5000-30000 3000-10000 1000-7000 500-5000 300-3000 200-1500 100-1000 1000-2000 80-500 60-400 40-200 25-150 6-100 Agarose Poliakrilamid Sumber: (Sambrook et al.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful