TINJAUAN PUSTAKA Aves (Bangsa Burung) Burung atau aves adalah hewan yang memiliki bulu, tungkai atau

lengan depan termodifikasi untuk terbang, tungkai belakang teradaptasi untuk berjalan, berenang dan hinggap, paruh tidak bergigi, jantung memiliki empat ruang, rangka ringan memiliki kantong udara, berdarah panas, tidak memiliki kandung kemih dan bertelur (Welty, 1982). Burung diklasifikasikan dalam kingdom Animalia, filum Chordata, subfilum Vertebrata, dan kelas Aves. Alikondra (2010) menjelaskan bahwa domestikasi adalah suatu urutan proses pembentukan spesies dalam suatu populasi yang semakin lama semakin disesuaikan dengan keadaan tidak liar, melalui mekanisme-mekanisme penjinakan dari banyak generasi untuk mendekati/mencapai tuntutan kebutuhan manusia. Berdasarkan proses domestikasi kelas Aves terbagi menjadi unggas dan burung. Unggas Unggas merupakan jenis (spesies) burung yang telah mengalami domestikasi dan mempunyai manfaat utama sebagai penghasil pangan (Donham dan Haase, 1980). Beberapa jenis unggas seperti ayam Kampung, itik, puyuh dan merpati dijelaskan dibawah ini: Ayam Kampung. Ayam kampung (Gallus gallus domesticus) memiliki kekerabatan yang dekat dengan dua sub spesies dari ayam hutan merah (G. gallus spadiceus) di China dan ayam hutan merah (G. gallus gallus) di Thailand (Sulandari dan Zein, 2009). Ayam kampung didefinisikan sebagai ayam yang tidak mempunyai ciri-ciri khas tertentu, dengan kata lain penampilan fenotipenya masih sangat beragam. Sifatsifat kualitatif seperti warna bulu, warna kulit dan bentuk jengger yang sangat bervariasi (Sartika dan Iskandar, 2007; Sartika, 2000). Ayam kampung jantan memiliki bulu ekor sama panjang dengan panjang tubuh dan berpenampilan gagah, sedangkan betina bulu ekor lebih pendek dari panjang tubuh, memiliki ukuran badan dan kepala lebih kecil (Gambar 1). Itik. Itik merupakan salah satu ternak unggas yang dikenal sebagai penghasil telur dan daging. Itik jantan memiliki ukuran tubuh yang lebih besar dibandingkan dengan

3

Para hobies menjadikan merpati sebagai hewan kesayangan untuk dijadikan merpati balap (Darwati et al. dan dadanya yang berwarna cokelat muda (cinamon) tanpa ada bercak kehitaman. Puyuh merupakan penghasil daging dan telur sehingga sering dipelihara oleh masyarakat (Minvielle. jantan membuat gerakan melingkar. bulu punggung berwarna campuran cokelat gelap.. lebih kasar. Merpati. Merpati Indonesia merupakan jenis merpati lokal yang berasal dari merpati liar (Columba livia) yang telah lama dibudidayakan dan asal penyebarannya dari Eropa (Antawidjaja. abu-abu dengan garis putih dan bulu sayap seperti bulu punggung dengan belang kehitaman. memekarkan bulu ekor dan merebahkan bulu sayapnya (Blakely & Bade. 1997). Merpati termasuk dalam Familia Columbidae dari Ordo Columbiformes. Puyuh merupakan jenis Aves yang tidak dapat terbang.. 2009) (Gambar 1). Ciri-ciri puyuh jantan yaitu pada bagian bulu kepala sampai ke bagian belakang terdapat warna putih yang berbentuk garis melengkung tebal. 1988). Dari sebagian kecil dari populasi itik mojosari muncul warna bulu putih polos (Suparyanto. Ciri-ciri puyuh betina yaitu warna bulu pada kerongkongan dan dada bagian atas berwarna cokelat muda lebih terang (sawo matang) dengan bercak cokelat tua atau kehitamhitaman (Kasiyati. 1994) (Gambar 1). Merpati termasuk dalam kelas unggas yang telah lama dikenal di Indonesia dengan sebutan burung dara.itik betina (Brahmantiyo et al. 4 . Merpati betina biasanya lebih kecil dan tidak terlalu ribut sewaktu kawin. sedangkan merpati jantan tubuhnya lebih besar. Puyuh. itik tegal. Itik liar mengalami perubahan morfologi yang bervariasi sesuai dengan tempat berkembangnya setelah mengalami domestikasi seperti itik alabio. 2010). 2003). ukuran tubuh relatif kecil dan berkaki pendek. 2004). bulu leher. 2003) (Gambar 1). lehernya lebih tebal dan saat sedang kawin. Variasi warna diantaranya adalah kombinasi warna lurik dengan belang putih pada daerah leher dan bagian dada. Puyuh jantan dan betina dapat dibedakan dari pola warna. Merpati merupakan salah satu plasma nutfah di Indonesia. Pola warna bulu itik mojosari sebagian besar didominasi oleh warna lurik-coklat gelap. Merpati dapat dibedakan jenis kelaminnya setelah dewasa kelamin. itik mojosari dan lain-lain (Srigandono.

Alikondra (2010) menyebutkan bahwa penangkaran satwa liar adalah perkembangbiakan dan pemeliharaan satwa liar dalam keadaan terkurung oleh manusia untuk mencapai sasaran tertentu. 2002). Burung kakatua merupakan spesies endemik Indonesia (Gambar 1). Burung kakatua merupakan jenis burung yang sangat dekat dan banyak digemari oleh masyarakat karena perilaku yang khas. riang dan suka menirukan suara. Burung beo memiliki sebutan yang berbeda-beda di setiap daerah di Indonesia dan dalam bahasa 5 . Salah satu spesies yang termasuk dalam Appendix I yaitu kakatua molucan (Cacatua moluccensis) (Soehartono dan Mardiastuti. Indonesia memiliki 77 spesies dari burung paruh bengkok (Ordo: Psttaciformes.Burung Burung merupakan salah satu jenis satwa liar yang hidup di dalam ekosistem alam dengan jumlah populasi yang tinggi. penyebar dan pemangsa benih. Populasi burung saat ini mengalami penurunan karena meningkatnya populasi manusia sehingga habitat asli burung menjadi terganggu. Burung ini dapat menirukan suara yang didengarnya dengan cermat (Gambar 1). Hal ini menyebabkan perlunya pengembangbiakan yang diharapkan mampu meningkatkan populasi dan kelestariannya dengan upaya penangkaran. Family: Pssittacidae) yaitu 61 spesies diantaranya masuk ke dalam daftar perdagangan pasar internasional sejak tahun 1983-1999. kakatua molukan dan beo Nias. Beberapa jenis burung yang saat ini populasinya menurun akibat tingginya permintaan pasar yaitu kakatua kecil jambul kuning. Tingginya permintaan pasar juga salah satu faktor yang menyebabkan menurunnya populasi burung endemik Indonesia di alam. Fimbel et al (2001) menyebutkan bahwa fungsi ekologis burung yaitu sebagai pollinator. lucu. Kakatua Kecil Jambul Kuning dan Kakatua Molukan. Semua burung paruh bengkok Indonesia terdaftar dalam Appendix CITES yaitu Appendix I (terancam punah) sebanyak 4 spesies dan Appendix II (genting) sebanyak 73 spesies. Beo Nias Burung beo merupakan burung yang paling pintar berbicara di dunia. Hal ini menyebabkan populasi burung ini mendekati kepunahan akibat permintaan pasar yang tinggi. Indonesia memiliki kekayaan hayati berupa burung yang berlimpah.

Itik Jantan (C. Penentuan jenis kelamin secara molekuler umumnya menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan penanda genetik khusus jenis kelamin (Cerit dan Avanus. 1985). Penentuan jenis kelamin secara non molekuler diantaranya yaitu autosexing.Inggris disebut Mynah (Campbell dan Lack.1) dan Betina (C. 2006) 6 (Harrison.2)1.1) dan Betina (B. Gambar 1. 2002).deptan. Merpati (D)4.id) 4 (www.karantina.id) 3 (www.cybex.2)3. 2007) 2 (www. Sumber: 1(Candrawati. karyotyping. 2005) 7 (Harrison. Cara penentuan jenis kelamin secara non molekuler yaitu sebagai berikut: 6 . Beberapa Jenis Aves: Ayam Kampung Jantan (A. Burung beo termasuk daftar burung paruh bengkok yang popular dalam pedagangan burung internasional (Soehartono dan Mardiastuti.litbang.id) 5 (Shepherd. Hampir semua jenis burung beo terancam kelestariannya akibat penangkapan dari habitat alaminya.2)2.1) dan Betina (A. 2005) Penentuan Jenis Kelamin pada Aves Penentuan jenis kelamin pada aves dapat dilakukan dengan beberapa cara yaitu secara non molekuler dan secara molekuler.deptan.go. dan Kakatua Kecil Jambul Kuning (G)7. 2007a). vent sexing.go. Burung beo adalah burung monomorfik yaitu sulit dibedakan antara jantan dan betina. Kakatua Molukan (F)6. Beo Nias (E)5. steroid sexing pada feses dan laparoskopi. Cara-cara untuk menentukan jenis kelamin secara non molekuler ini memiliki beberapa kelemahan. Puyuh Jantan (B.go.deptan.

Cerit dan Avanus. Kiyoshi Masui pada tahun 1930. 7 . 1996. Kotoran burung betina memiliki rasio E/T yang tinggi daripada burung jantan. Cerit dan Avanus. Karakteristik saluran reproduksi dapat langsung dilihat dengan menggunakan laparoskopi. 2003). Metode ini didasarkan pada tingkat hormon estrogen/testosterone (E/T) dalam kotoran burung. Jantan dan betina dapat diidentifikasi saat penetasan melalui warna bulunya yang unik (Elbrecht dan Smith. Hasil terbaik dapat diperoleh dari burung-burung dewasa selama musim kawin dan dilakukan pada feses segar (Swengel. Saat menetas jantan dilihat dari pertumbuhan bulu primer yang lambat. Hal ini menjadi cara yang mudah. Vent sexing merupakan metode yang dipopulerkan oleh seorang profesor Jepang. Metode ini mengidentifikasi jenis kelamin berdasarkan area kloaka untuk melihat keberadaan alat kelamin jantan. 1996. Pemeriksaan ini dapat berbahaya dan bahkan mematikan burung tersebut (Swengel. Fakta menarik mengenai jenis kelamin DOC yang baru menetas dapat diketahui dari bulu menggunakan gen marker K-k yang berlokasi pada kromosom sex Z. 2007a). Penentuan jenis kelamin day old chick (DOC) merupakan pekerjaan yang sangat penting dalam reproduksi di suatu pembibitan. Laparoskopi (Pembedahan). Vent Sexing. 1992). Metode itu membutuh orang yang terlatih dan banyak pengalaman. Vent sexers yang sangat terlatih dengan mudah mengidentifikasi jenis kelamin day old chick (DOC) dengan tingkat keberhasilan hingga 95%. 2007a).. Metode ini dilakukan dengan penyayatan kecil pada sisi kiri tubuh burung sehingga memiliki resiko yang tinggi yaitu cedera pada organ vital burung yang dibedah. Gonad burung dewasa lebih mudah divisualisasi dibandingkan dengan anakan. 2012). Seorang ahli juga dapat mengalami kesalahan dalam mengidentifikasi burung yang monomorfik (Bramwell. tingkat akurasi yang tinggi dan cepat dalam menentukan jenis kelamin pada ayam sehingga sering digunakan di pembibitan unggas skala industri (Mincheva et al.Autosexing. Steroid Sexing pada feses. Autosexing ayam diketahui dari warna bulu akibat mutasi yang terpaut kelamin. sementara itu betina diketahui dari pertumbuhan bulu primer yang lebih cepat.

Perbedaan ini terjadi karena adanya keterpautan (linkage) antara posisi gen CHD dengan kromosom kelamin pada Aves (kromosom Z dan W) (Griffith dan Korn. 2006).. 1999).. 1996).. 1999). CHD-Z berlokasi pada kromosom Z (Griffiths and Korn 1997). 1996). Namun primer yang paling sering digunakan untuk mengidentifikasi jenis kelamin pada Aves yaitu P2 dan P8 (Griffiths et al. 1997). yang ada pada dua jenis kelamin (ZZ dan ZW).. 1995). Fridolfsson dan Ellegren. 2007a) Gen CHD (Chromo Helicase DNA Binding) Gen Chromo Helicase DNA binding (CHD) merupakan suatu gen penanda jenis kelamin pada Aves. Sejak ditemukannya perbedaan pada gen jenis kelamin CHD-Z dan CHD-W pada kebanyakan jenis burung. Aves mempunyai kromosom sex yang berbeda dibandingkan dengan mamalia. 8 . 2004). Sejauh ini hanya sedikit gen yang terdapat pada kromosom W untuk mengidentifikasi jenis kelamin pada Aves. Kelemahan dari metode ini yaitu prosedur yang memakan waktu lama (Cerit dan Avanus. Kahn et al. Struktur protein dari CHD-Z dan CHD-W diketahui memiliki perbedaan yang sangat sedikit (Fridolfson dan Ellergen. namun gen yang paling umum digunakan yaitu gen CHD. Kromosom Z memiliki ukuran yang lebih besar dibandingkan dengan kromosom W (Archawaranon. 1998. Sumber untuk isolasi kromosom dan penentuan kariotipe dapat diperoleh dari kultur sel yang umumnya berasal dari bulu atau sel darah. Gen CHD (chromo helicase DNA binding) merupakan gen pertama yang berlokasi di kromosom W (CHD-W) pada aves (Griffiths and Tiwari. Banyak primer yang telah didesain untuk mengenali ukuran intron yang berbeda pada gen CHD. 1998). Gen CHD (Chromo Helicase DNA binding) dapat menunjukkan perbedaan antara alel Z dan W pada betina (Griffiths et al.Karyotyping. Sebagian besar kromosom spesies burung adalah mikrokromosom sehingga sulit untuk menghitung mikrokromosom ini secara akurat. 1998. kemudian gen ini diamplifikasi dengan PCR (Griffiths et al. Gen CHD berada di kromosom Z dan W. yang terdiri dari CHD-Z (berada pada kromosom Z) dan CHD-W (berada pada kromosom W) (Dubiec dan Zagalska-Neubauer. Sifat heterogametik pada burung dimiliki oleh betina (ZW) sedangkan jantan merupakan homogametik (ZZ) (Ellergren.

Bulu merupakan struktur khusus sebagai penciri dalam kelas Aves. dan pemisahan DNA dari larutannya (presipitasi) (Sambrook et al. dan feses biasanya lebih sulit dilakukan (Taberlet et al. Ekstraksi DNA dengan menggunakan kit umumnya menghasilkan DNA dengan kualitas yang lebih baik (Schill. Prinsip metode purifikasi pada semua jaringan hewan tidak jauh berbeda. metode penyimpanan. 2003). 1996). Namun kualitas dan jumlah DNA yang diperoleh dapat bervariasi tergantung asal jaringan. maka sulit untuk didapatkan DNAnya. Ekstraksi DNA dapat dilakukan secara manual ataupun menggunakan DNA extraction kit (kit). Inhibitor (penghambat) yang terdapat pada beberapa jaringan memerlukan perlakuan khusus dalam proses ekstraksi sehingga hasilnya akan sulit untuk di PCR. 2007). Ekstraksi DNA dari fosil. Bulu dapat diperoleh secara langsung (pada saat mabung) maupun tak langsung (dicabut) dengan tingkat resiko kecil pada burung tersebut. rambut atau bulu. pemisahan material DNA dari material organik sel lain. Namun karena pada bulu banyak mengandung unsur keratin dan sudah mengeras. DNA cetakan didapatkan dari hasil ekstraksi dan purifikasi suatu sel. 1989). yaitu terdiri atas tiga tahapan utama. Sebagian besar DNA pada sel hewan terdapat di dalam inti dan sebagian yang lain terdapat di organel seperti mitokondria. Bulu burung mempunyai prospek menjadi sumber DNA karena pada pangkal bulu (calamus) banyak mengandung sel epitel. 1964). Setiap sel atau jaringan yang memiliki DNA memungkinkan untuk dilakukan ekstraksi DNA. 9 . DNA total didapatkan dari hasil ekstraksi dan purifikasi darah lengkap (whole blood). dan cara ekstraksi. Tiga tahapan tersebut secara berurutan adalah penghancuran (lisis) membran sel. Komponen bulu terdiri dari α dan β-keratin yang tersusun oleh bermacam-macam asam amino (Harrap dan Woods. Secara umum dalam studi molekuler burung. jaringan atau organ.Isolasi DNA Total Teknik PCR memerlukan suatu DNA cetakan (DNA template) yang nantinya akan diperbanyak secara in vitro. Ekstraksi dan purifikasi DNA pada prinsipnya adalah suatu cara atau metoda untuk memisahkan DNA total dari komponen sel lainnya (Sulandari dan Zein.

Enzim yang digunakan sebagai pencetak rangkaian molekul DNA baru dikenal sebagai enzim polymerase. Tahap denaturasi DNA berlangsung dalam suhu 94 ºC sehingga DNA untai ganda dapat terpisah menjadi utai tunggal. diperlukan juga dNTPs (deoxynucleoside triphosphat) yang mencakup dATP (nukleotida berbasa Adenine). Proses PCR terdiri dari tiga tahapan yaitu : (1) Denaturasi. yaitu penempelan primer pada sekuens DNA komplementer yang akan diperbanyak. 2002). buffer. Tahap pemanjangan primer berlangsung pada suhu 27 ºC.. Proses PCR disajikan pada Gambar 2. 2000). yaitu pemanjangan primer oleh DNA polymerase.. PCR biasanya berlangsung dalam 35-40 siklus (Muladno. namun terdapat beberapa keterbatasan seperti perbedaan jenis kelamin dan sifat-sifat yang sulit atau mahal untuk diukur dan diamati (Vischer et al. dan Mg2+ memulai aktifitasnya memperpanjang primer (Viljoen et al. dan (3) Ekstensi. (2) Annealing. 10 .Seleksi Menggunakan Penanda Molekuler Metode seleksi sederhana berdasarkan informasi fenotipe telah banyak dilakukan untuk perbaikan produktivitas ternak. Untuk mencetak rangkaian tersebut dalam teknik PCR. dCTP (Cytosine). Tahap yang paling menentukan adalah tahap penempelan primer. 2005). dNTP. Primer yang berada sebelum daerah target disebut sebagai primer forward dan yang berada setelah daerah target disebut primer reverse. Panjang target DNA berkisar antara puluhan sampai ribuan nukleotida yang posisinya diapit sepasang primer. 2002). dGTP (Guanine) dan dTTP (Tymine) (Muladno. Salah satu metode untuk mengatasi kelemahan tersebut adalah dengan melakukan seleksi menggunakan penanda molekuler. yaitu perubahan struktur DNA utas ganda menjadi utas tunggal. karena setiap pasang primer memiliki suhu penempelan primer yang spesifik. Pada tahap ini enzim taq polymerase. Poymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu reaksi in vitro untuk menggandakan jumlah molekul DNA pada target tertentu dengan DNA baru yang berkomplemen dengan molekul DNA target tersebut dengan bantuan enzim dan oligonukleotida sebagai primer dalam suatu thermocycler.

sehingga dapat menghasilkan perbedaan struktur sekuen gen (Orita et al. 1994)... Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan. Elektroforesis Elektroforesis adalah proses bergeraknya molekul bermuatan pada suatu medan listrik. 1999). Metode ini merupakan pemisahan asam nukleat rantai tunggal (single stranded nucleic acids) hasil amplifikasi PCR dengan elektroforesis melalui gel poliakrilamid dan berdasarkan pada perbedaan berat model pasangan basa.. bentuk dan ukuran molekulnya.. Proses Poymerase Chain Reaction (PCR) (Nicholas.Gambar 2. Gel agarose adalah koloid alami yang 11 . 1999) walaupun perbedaannya hanya satu nukleotida saja (Nataraj et al. 2001) akan menyebabkan pola migrasi pada saat elektroforesis dalam gel poliakrilamid (Baroso et al. 1989). Prinsip yang mendasari metode analisis SSCP adalah perbedaan asam nukleotida yang akan mempengaruhi bentuk fragmen DNA untai tunggal (Bastos et al. Proses elektroforesis membutuhkan agar atau gel sebagai medium untuk pemisahan DNA. Ada dua tipe gel dalam proses elektroforesis yaitu agarose dan poliakrilamid. Prinsip kerja dari elekroforesis yaitu berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif yang bergerak menuju kutub positif (Klug & Cummings. 2004) Polymerase Chain Reaction-Single Strand Comformation Polymorphism (PCR-SSCP) merupakan salah satu metode analisis lebih lanjut yang memanfaatkan produk PCR.

N’-methylene bis-akrilamida (bis-akrilamida) di dalam proses polimerisasi. Panjang rantai polimer akrilamida ditentukan oleh konsentrasi akrilamida di dalam reaksi polimerisasi (antara 3. maka makin kecil pori yang terbentuk. 2006).diekstrak dari rumput laut. Senyawa bisakrilamida yang berfungsi sebagai cross-linker ditambahkan dengan perbandingan 1:29 terhadap akrilamida (Muladno. Gel poliakrilamida terbentuk tanpa pemanasan. 2002). Besar kecilnya pori-pori pada agarose ditentukan oleh konsentrasinya. Elektroforesis gel poliakrilamida dilakukan pada posisi vertikal. Pencampuran ini akan mengakibatkan monomer akrilamida mengalami polimerisasi menjadi rantai panjang. Penambahan senyawa lain N..N’tetramethylethylenediamine).N. Resolusi optimal dalam separasi fragmen DNA akan didapatkan apabila pemilihan konsentrasi gel tepat. melainkan dengan pencampuran larutan akrilamida dengan ammonium sulfat dan TEMED (N. 1989). Posisi molekul yang terseparasi dapat dilihat dengan pewarnaan gel. Gel agarose memiliki pori berukuran besar dan kegunaan utamanya untuk memisahkan molekul yang sangat besar dengan berat molekul lebih dari 200 kiladalton (Sambrook et al. (2) gel poliakrilamida dapat menampung jumlah DNA yang lebih besar daripada gel agarose dan (3) DNA yang diekstrak dari gel poliakrilamida bersifat sangat murni dan dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut (Muladno. makin tinggi konsentrasi agarose. Untuk mendeteksi potongan-potongan DNA berupa larik DNA pada gel agarose digunakan pewarna yang mengandung fluorescen dengan konsentrasi rendah seperti ethidium bromide (EtBr) (Fatchiyah.N’. 12 .5% dan 20%). Gel poliakrilamida memiliki tiga keuntungan yaitu: (1) resolusi dalam pemisahan molekul DNA jauh lebih tinggi sehingga panjang molekul DNA yang berbeda hanya satu nukleotida dapat dideteksi. terbentuk cross-linker antar rantai panjang sehingga terbentuk gel yang tingkat porositasnya ditentukan oleh panjang rantai dan derajat penyilangan antar rantai (cross-link). 2006). Karakteristik dari gel agarose dan poliakrilamid ditampilkan pada Tabel 1. dimana migrasi fragmen DNA yang besar akan lebih lambat daripada fragmen yang lebih kecil (Fatchiyah. Pori-pori ini berfungsi sebagai saringan molekul. 2002).

0 3.0 8.0 1.0 Kisaran ukuran DNA (pb) 5000-40000 5000-30000 3000-10000 1000-7000 500-5000 300-3000 200-1500 100-1000 1000-2000 80-500 60-400 40-200 25-150 6-100 Agarose Poliakrilamid Sumber: (Sambrook et al.6 0..2 0.Tabel 1.0 12. Karakteristik Gel Agarose dan Poliakrilamid Jenis Gel Konsentrasi Gel Agarose (%) 0.8 1.0 3.0 20.4 0.0 15.5 2. 1989) 13 .5 5.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful