Variasi gen dalam populasi merupakan gambaran dari adanya perbedaan respon individuindividu terhadap lingkungan.

Suatu populasi terdiri dari suatu sejumlah individu. Dengan suatu kekecualian, maka tidak ada dua individu yang serupa, pada populasi manusia dapat kita lihat dengan mudah adanya perbedaan-perbedaan individu, misalnya dipunyainya ciri-ciri anatomi, fisiologi dan tingkah lakunya. Variasi individu terjadi pada binatang bersel satu sampai dengan manusia. Fenotipe suatu individu organisme dihasilkan dari genotipe dan pengaruh lingkungan organisme tersebut. Variasi fenotipe yang substansial pada sebuah populasi diakibatkan oleh perbedaan genotipenya. Evolusi modern mendefinisikan evolusi sebagai perubahan dari waktu ke waktu pada variasi genetika ini. Variasi dapat berasal dari mutasi bahan genetika, migrasi antar populasi (aliran gen), perubahan susunan gen melalui reproduksi seksual, dan tukar ganti gen antara spesies yang berbeda: contohnya melalui transfer gen horizontal pada bakteria. Walaupun terdapat variasi yang terjadi secara terus menerus melalui proses-proses ini, kebanyakan genom spesies adalah identik pada seluruh individu spesies tersebut. Bahkan perubahan kecil pada genotipe dapat mengakibatkan perubahan yang dramatis pada fenotipenya. Secara umum variasi gen dalam populasi dapat dibedakan menjadi 5 penyebab (agensia evolutif), yakni mutasi, rekombinasi gen, genetic drift, gen flow dan seleksi alam. 1. Mutasi Mutasi diartikan sebagai perubahan sifat keturunan (gen). Mutasi terjadi secara acak, yang beradaptasi hanya sebagian kecil. Bila suatu mutasi mempunyai nilai ketahanan dan bentuk baru yang diturunkan telah nampak, maka ketahanan, kedewasaan dan reproduksi dari bentuk baru itu tidak bersifat acak lagi. Mereka cenderung untuk bertambah dalam populasi dibandingkan dengan anggota populasi lain yang mempunyai nilai selektif rendah. Penyebab mutasi Faktor- faktor yang menjadi penyebab terjadinya mutasi dikenal sebagai mutagen. a) Faktor fisika (radiasi) Agen mutagenik dari faktor fisika berupa radiasi. Radiasi yang bersifat mutagenik antara lain berasal dari sinar kosmis, sinar ultraviolet, sinar gamma, sinar X, partikel beta, pancaran netron ion- ion berat, dan sina- sinar lain yang mempunyai daya ionisasi. b) Faktor kimia Banyak zat kimia bersifat mutagenik. Zat- zat tersebut antara lain adalah pestisida dan bahan-bahan industri (Formadehid, Glycidol, DEB, dll), makanan dan minuman (caffein, siklamat, sikloheksilamin, natriun nitrit, asam nitrit, dll), Obat (Siklofosfamid, Metil di-kloro etil amin, Antibiotik, dll). c) Faktor biologi Virus merupakan penyebab kerusakan kromosom. Misalnya virus hepatitis menimbulkan aberasi pada darah dan sumsum tulang. Virus campak, demam kuning, dan cacar juga dapat menimbulkan aberasi. 2. Rekombinasi Gen Rekombinasi genetika merupakan proses pemutusan seunting bahan genetika (biasanya DNA namun juga bisaRNA) yang kemudian diikuti oleh penggabungan dengan molekul DNA lainnya. Pada eukariota rekombinasi biasanya terjadi selama meiosis sebagai pindah silang kromosom antara kromosom yang berpasangan. Proses ini menyebabkan keturunan suatu makhluk hidup memiliki kombinasi gen yang berbeda dari orang tuanya, dan dapat menghasilkan alel kimerik yang baru. 3. Genetic flow Genetic flow merupakan pertukaran gen antar populasi, yang biasanya merupakan spesies yang sama. Migrasi ke dalam atau ke luar populasi dapat mengubah frekuensi alel, serta menambah variasi genetika ke dalam suatu populasi. Gene flow (alur gen), akibat adanya imigran yang dapat menambah alel baru kedalam unggun gen suatu deme, sehingga dapat merubah frekunsi alela. Alur gen berarti kisaran imigran mulai dari yang sangat rendah kesangat tinggi

tergantung dari jumlah individu yang datang dan seberapa banyak perbedaan genetik yang ada pada individu- individu dalam deme yang dapat bergabung. Bila tidak ada perbedaan yang banyak antara deme- deme dalam populasi yang besar, maka pergerakan individu dalam jumlah yang sangat kecil diantara deme- deme di pandang cukup kuat dapat menjaga frekuensi alela tetap sama. 4. Genetic drift Genetic drift adalah lepasnya frekuensi alela secara kebetulan. Peristiwa ini sangat berarti pada populasi yang sangat kecil. Kenyataannya 1 dari 2 alela mempunyai peluang untuk lepas adalah kira-kira 0, 8%. Hilangnya gen selalu mempengaruhi frekuensi alela pada beberapa tingkat tetapi pengaruh tersebut menurun pada populasi yang berukuran besar. Karena itu dalam populasi kecil, kurang dari 100 individu hilangnya gen masih cukup kuat pengaruhnya terhadap frekuensi alela, meskipun ada agenesia evolutif lain yang berperanan pada saat itu juga terhadap perubahan frekuensi alela dalam arah yang berbeda. 5. Seleksi alam Seleksi alam yang dimaksud dalam teori evolusi adalah teori bahwa makhluk hidup yang tidak mampu beradaptasi dengan lingkungannya lama kelamaan akan punah. Yang tertinggal hanyalah mereka yang mampu beradaptasi dengan lingkungannya. Antara sesama makhluk hidup akan saling bersaing untuk mempertahankan hidupnya.