Langkah pertama dalam pemurnian protein tertentu kebanyakan dilakukan dengan teknik pengendapan.

Teknik ini terutama ditujukan untuk memisahkan protein dari senyawaan bukan protein yang terlarut. Protein dapat diendapkan dengan penambahan garam (salting out), pengaturan pH, pengaturan suhu dan penambahan pelarut organic seperti alcohol atau aseton. Namun beberapa jenis protein tidak dapat diendapkan dengan garam, bahkan penambahan garam akan mempertinggi kelarutannya (salting in). sifat protein seperti ini dapat juga digunakan untuk pemurnian protein tersebut. Sentrifugasi banyak digunakan untuk mempercepat pengendapan protein (Tim Penyusun, 2009). Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas. Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan di dalam sebuah mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi, contohnya 2500 rpm (rotation per minute) atau 3000 rpm (Holme and Peck, 1993). Fraksinasi dengan salting out Banyak metode yang digunakan untuk fraksinasi protein terutama berdasarkan ukuran molekul dari protein. Sebagai contoh, protein yang diangkat dari larutan dengan menambahkan garam, proses dari ukuran molekul protein yang lebih besar ke ukuran yang lebih kecil. Peristiwa pemisahan atau pengendapan protein oleh garam berkonsentrasi tinggi disebut "salting out". Metode "salting out" ini mungkin bergantung pada fenomena fisik, dua fenomena tersebut yang penting di antaranya adalah penghentian dari daya tarik dari permukaan protein oleh ion garam dan perpindahan air dari sekitar molekul protein oleh kompetisi dari ion dari garam dengan air (Cantarow and Schepartz, 1963). Salting out merupakan metode yang digunakan untuk memisahkan protein yang didasarkan pada prinsip bahwa protein kurang terlarut ketika berada pada daerah yang konsentrasi kadar garamnya tinggi. Konsentrasi garam diibutuhkan oleh protein untuk mempercepat keluarnya larutan yang berbeda dari protein satu ke protein yang lainnya (Mayes dkk, 1990). Pengaruh penambahan garam terhadap kelarutan protein berbeda-beda, tergantung pada konsentrasi dan jumlah muatan ionnya dalam larutan. Semakin tinggi konsentrasi dan jumlah muatan ionnya, semakin efektif garam dalam mengendapkan protein (Yazid dan Nursanti, 2006). Suatu campuran protein, seperti yang dapat diekstraksi dari jaringan dengan menggunakan atau larutan garam encer, dapat dipisah-pisahkan dengan penambahan sedikit demi sedikit ammonium sulfat. Pertama-tama globulin akan diendapkan dan kemudian dapat dipisahkan dengan sentrifus atau dengan penyaringan. Albumin mengendap apabila ammonium sulfat dalam larutan tersebut telah jenuh. Pemisahan dengan menggunakan garam ini, digabungkan dengan perubahan keadaan keasaman larutan dapat memisahkan campuran protein dengan cukup baik. Pemurnian

selanjutnya mungkin memerlukan prosedur kromatografi yang lebih teliti (Montgomery dkk, 1993). Kelarutan protein akan berkurang bila kedalam larutan protein ditambahkan garam- garam anorganik. Pengendapan terus terjadi karena kemampuan ion garam untuk menghidrasi, sehingga terjadi kompetisi antara garam anorganik dengan molekul protein untuk mengikat air. Karena garam anorganik lebih menarik air maka jumlah air yang tersedia untuk molekul protein akan berkurang (Mayes dkk, 1990). Kegunaan dari ammonium sulfat untuk pemisahan protein adalah untuk mempercepat dalam menghubungkan klasifikasi dari albumin dan globulin. Sodium sulfat lebih sesuai untuk pemisahan analitik dari plasma protein (Cantarow and Schepartz, 1963). Cantarow and Schepartz, 1963, Biochemistry, W.B Saunders Company, Philadelphia. Holme, D.J and Peck Hazel, 1993, Analytical Biochemistry Second Edition, Longman Scientific & Technical, New York. Mayes, P.A., Granner, D.K., Rodwell, V.W., dan Martin, D.W., 1990,Biokimia Harper Edisi 20, Penerbit Buku Kedokteran. Jakarta. Montgomery. R. dkk, 1993, BIOKIMIA Suatu Pendekatan terorientasi Kasus, Gadjah Mada University Press. Yogyakarta. Yazid dan Nursanti, 2006, Penuntun Praktikum Biokimia Untuk Mahasiswa Analis, Penerbit Andi, Yogyakarta.