MURTIARNI PUTRI 06101010025 REPLIKASI DNA 2012 06.

27 Replikasi DNA merupakan proses penggandaan / duplikat rantai DNA menghasilkan DNA yang baru. Terdapat tiga hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu : 1. Hipotesis pertama, menyatakan bahwa pada proses replikasi DNA, DNA yang lama akan tetap dan langsung menghasilkan double helix yang baru, disebut dengan konservatif. 2. Hipotesis kedua yaitu, menyatakan bahwa double helix akan terputus – putus dan selanjutnya segmen – segmen tersebut akan membentuk segmen-segmen baru yang bergabung dengan segmen-segmen lama dan akan membentuk DNA yang baru. Hipotesis ini disebut dispersif. 3. Hipotesis ketiga yaitu, menyatakan bahwa dua pita spiral dari double helix akan memisahkan diri dan setiap pita tunggal mencetak pita pasangannya, disebut dengan semi konservatif. Teori mengenai replikasi DNA oleh Watson dan Crick menyatakan bahwa proses replikasi DNA terjadi secara semikonservatif. Hipotesis ini mendapat dukungan kuat dari M.S.Meselson dan F.W. Stahl. Mereka melakukan percobaan dengan menggunakan baktei Escherichia coli sebagai organisme percobaan. Replikasi heliks DNA dimulai dengan pemisahan kedua untaian DNA yang saling melengkapi. Setiap untaian kemudian bertindak sebagai cetakan untuk pembentukan sebuah molekul DNA baru melalui penambahan deoksiribonukleosid trifosfat secara berurutan. Nukleotid yang harus ditambahkan pada setiap tahapan dipilih melalui suatu proses yang mengharuskannya membentuk perpasangan basa komplementer dengan nukleotid berikutnya dalam untaian induk, sehingga dengan demikian membentuk sebuah untaian DNA baru yang saling melengkapi dengan untaian induk. Pada akhirnya informasi genetik diduplikasi secara keseluruhan sehingga terbentuklah dua buah heliks rangkap DNA yang lengkap, masing- masing mempunyai urutan nukleotid yang identik dengan urutan pada heliks DNA induk yang bertindak sebagai cetakan. Karena setiap molekul DNA turunan tersusun dari sebuah untaian asli dan sebuah untaian bentukan baru. Enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA : 1. Enzim Helicase Enzim ini berfungsi untuk memotong untaian DNA yang doble heliks pada proses replikasi DNA menggunakan enegi kimia. 2. Enzim topoisomerase Berfungsi untuk membantu helicase untuk memotong untaian DNA dengan mengurangi tegangan untaian DNA. 3. Enzim DNA polimerase Berfungsi untuk memperpanjang untaian DNA baru. 4. Enzim Ligase Berfungsi untuk melekatkan fragmen-fragmen okazaki. 5. Enzim Primerase Enzim yang memungkinkan akses pembentukan RNA primer. Tahapan replikasi DNA : 1. Struktur DNA yang doble helix diputuskan ikatannya oleh enzim DNA helicase membentuk DNA dengan untaian tunggal. Proses awal pemutusan atau titik awal

atau memasangkan sebuah A padahal seharunya G. kebanyakan mekanisme perbaikan DNA rusak memanfaatkan struktur pasangan basa yang dimiliki DNA. Kesalahan-kesalahan dalam replikasi DNA menyebab mutasi. Sebuah mutasi mungkindapat terjadi di bagian tidak penting sehingga tidak menimbulkan pengaruh sama sekali. Bagaimanapun. mutasi ini disebut dengan silent mutasi. emisi radioaktif. Dengan demikian. DNA polimerase sendirilah yang melakukan perbaikan salah pasang. Selain perbaikan kasalahan replikasi. perbaikan salah pasang ( mismatch repair ). Helikase pada proses sintesis DNA yang baru akan berikatan dengan enzim primerase untuk memungkinkan akses pembentukan RNA primer. Enzim ligase kemudian berperan dalam menyambungkan fragmen-fragmen tersebut. myngkin menagkibatkan tidak aktifnya protein yang sangat penting dan ini menyebabkan sel yang bersangkutan mati. Sedangkan lagging strand harus tumbuh kontinu dengan arah 3’-5’.000 kali lebih umum terjadi suatu tingkat kesalahn sebesar 1 dalam 10. Molekul-molekul DNA selalu terancam oleh agen fisis dan kimiawi yang bisa melukai. 3. leading strand dan lagging strand selama selama replikasi DNA. Biasanya. 5. Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya begitu nukleotida ditambahkan pada untaian. Para pakar genetika menyakini bahwa gen-gen menentukan struktur setiap protein. replikasi ini disebut dengan ORI ( The Origin of Replication ). sinar X.2. dan cahaya ultraviolet dapat mengubah nukleotida dengan cara yang dapat berpengaruh pada informasi genetik yang terkode. umumnya berpengaruh buruk. jarang sekali mesin replikasi melewatkan beberapa buah nukleotid. Setiap perubahan seperti ini dalam urutan DNA adalah sebuah kesalahan genetik disebut mutasi. atau memasangkan sebuah T padahal semestinya adalah C. karena urutan DNA yang salah secar lugu akan diangga sebagai urutan yang benar. Salah satu mekanisme perbaikan DNA. Enzim polimerase akan memulai replikasi DNA dan akan memperpanjang untaian DNA yang terbentuk. Selama replikasi DNA.000 pasangan basa. memperbaiki kesalahan-kesalahan yang terjadi ketika DNA disalin. urutan nukleotid dalam sebuah molekul DNA disalin dengan kesalahan kurang dari satu untuk setiap 109 nukleotid yang ditambahkan. Struktur DNA tunggal yang terbentuk distabilkan oleh protein-protein pengikat DNA yag disebut Single Srand Biding protein ( SSB ). tergantung dari di bagian mana mutasi telah terjadi. pemeliharaan informasi genetik yang dikode dalam DNA juga menuntut perbaikan kerusakan pada DNA yang ada. Dan akan membentuk percabangan untaian struktur DNA ( replication fork ). satu . Zat-zat kimia reaktif. Dalam proses tersebut terdapat beberapa mekanisme pengoreksi yang bertugas membuang nukleotid yang salah posisi. mutasi dalam sebuah gen yang disebabkan oleh berubahnya urutan DNA. DNA polimerase memenjangkan untaian hanya dalam arah 5’-3’. 6. Seperti halnya perbaikan salah pasang. akibatnya. 4. yang akan terus disalindan di transmisikan ke semua generasi sel berikutnya. Salah satu ciri yang paling mengesankan dalam replikasi DNA adalah ketelitiannya. karena perubahan sebuah nukleotid tunggal saja dapat menimbulkan pengaruh-pengaruh yang tidak sepele terhadap sel. Akibat yang ditimbulkan oleh kesalahan semacam ini bisa besar. yaitu leadding strand ( DNA yang disintesis secara kontinu dan lagging strand (DNA yang disintesis dalam framen yang pendek ( 1-5kb) yang disebut fragmen Okazaki. Kesalahan pemasangan awal antara nukleotida yang baru masuk dan nukleotida yang sudah ada di untai cetakan 100. atau justru menambahkan nukleotid lebih dari semestinya.

Salah satu sumber kesalahan DNA adalah pada kesalahan replikasi yang dipengaruhi oleh berbagai factor. Enzim yang terlibat dalam pengisian celah ini adalah DNA polimerase dan DNA ligase. Pengertian Replikasi DNA Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. Dan celah yang terbentuk diisi dengan nukleotida-nukleotida yang pasangannya sesuai dengan nukleotida yang terdapat dalam untai yang tidak rusak. Kedua DNA parental strand bisa menjadi template yang berfungsi sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservaative process. genom manusia pada satu sel terdiri sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis tidak boleh ada yang salah). jadi yang menambah selalu ujung 3’. transkripsi DNA : terjadi pada saat akan terjadi sintesis protein (ekspresi gen). Supaya replikasi sel dari generasi ke generasi tidak terjadi kesalahan maka perlu ada repair DNA. Primer strand : Pada 3’ dia akan melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk menempelkan. Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA Enzim yang berperan dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses transkripsi. Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel anak supaya informasi genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). Selain karena kesalahan replikasi. diantaranya karena kondisi lingkungan dan kesalahan replikasi sendiri sehingga menyebabkan terjadinya mutasi. Pada proses replikasi. radiasi maupun panas (hal yang dapat menyebabkan mutasi pada DNA pada saat replikasi). kedua untai induk dipakai sebagai cetakan untuk di replikasi. Hasil replikasi DNA double strand. yang dipakai cetakan hanya salah satu untai DNA(3’-5’) replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam siklus sel. DNA juga sangat rentan terhadap bahan kimia. tetapi dari 5’-3’. Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan selesai sebelum fase M.segman dari untai yang mengandung kerusakan dipotong habis dan dibuang( dieksisi. excised ) oleh suatu enzim pemotong DNA yaitu Nuklease. DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH (hidroksil) dimana gugus OH hanya ada pada ujung 3’ sedangkan ujung 5’ adalah ujung fosfat. . DNA polymerase Pada proses replikasi DNA terdapat enzim sentral. enzim yang berperan RNA polymerase. tetapi pada 5’ P tidak bisa dilepas karena ketiga P dibutuhkan sehigga tidak ada energy sehingga tidak pernah terjadi sintesis dari 3’-5’. Replikasi hanya terjadi pada fase S (pada mamalia). yaitu DNA polymerase. Perbaikan DNA tipe ini disebut perbaikan eksisi ( excision repair ). Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix.

topoisomerase yang memotong pada titik tertentu. kemudian ada molekul lain. G2/M sudah selesai Proses replikasi DNA Pertama adanya replication origin. Replikasi terjadi pada fase S sedangkan transkripsi bisa terjadi pada fase S atau G1 dimana terjadi sintesis protein maka bisa terjadi transkripsi. ORI lebih global sedangkan ACS sudah pada sequence (pada urutan basa tertentu). Untuk replikasi perlu sequence tertentu yaitu yang disingkat (ACS) merupakan urutan basa yang sangat terjaga karena urutan basa tersebut dikenali oleh protein Origin Recognition Complex (ORC) sehingga bila ORC mengenali sequence maka replikasi dapat dimulai. kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya RNA primer synthesis. Sehingga pada mamalia ada 30. DNA double helix (bentuk terpilin). juga helikase yang membentuk pre-replicative complex (pre-RC). DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan. Pada Proses replikasi di butuhkan titik awal (replication origin) biasa di singkat ORI. Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yang akan bergabung satu sama lain. Origin replication disebut sebagai unique sequence yang merupakan pertanda sebagai tempat proses/titik mulai terjadinya replikasi. Helikase akan menempel untuk membuka pilinan (helix). Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer. degradasi fosforilasi Cdc6 maka terbentuk bubble replication. Sifat dari DNA polymerase dia hanya bisa mensintesis DNA dari arah 5’-3’ sehingga pertumbuhan dari 5’-3’ karena penambahan pada ujung 3’. Bila membuka pilinan pada salah satu ujung maka ujung yang lain akan semakin kuat pilinannya sehingga perlu daerah tertentu yang dipotong untuk membuka pilinan tesebut yang dilakukan . Bila lokomotif sudah jadi maka akan di-take over oleh DNA polymerase. DNA primase untuk mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). S proses replikasi.000 titik ORI yang bekerja secara bersamaan sehingga fase S untuk replikasi hanya butuh beberapa jam saja. Ciri kedua: DNA polymerase tidak bisa mensintesis/ menempelkan DNA ke pasangan-nya kalau tidak ada primer (lokomotif). Pada bakteri (prokariot) hanya butuh satu titik ORI (origin of replication) sedangkan pada mamalia (eukariot) butuh beberapa ORI karena kalau hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk mereplikasi 3 milyard DNA. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan membuka dengan bantuan helikase. dimana ada protein tertentu yang akan mengenali sequence. selanjutnya pada fase S degradasi fosporilasi ORC. Contoh pada plasmid (prokariot). secara singkat dalam siklus sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. terdapat proses replikasi yang dimulai pada replication origin dan mengembang sampai dihasilkan 2 plasmid yang sama persis. Pada fase G1 persiapan. tidak bisa mensintesis DNA tanpa adanya primer. Tetapi pada eukariot (mamalia) lebih kompleks tetapi tetap membutuhkan replication origin. Untuk mereplikasi bila bentuknya terpilin tidak akan pernah bisa sehingga perlu dibuka pilinannya. pada G1 akhir ORC mengenali sequence ACS. DNA yang dibutuhkan adalah DNA primase untuk meletakkan RNA pada tempatnya. primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan DNA). dimana pada ujung 3’ ada ujung hidroksil. dan yang ditambahkan adalah DNA. Helikase membuka pilinan.(ciri utama DNA polymerase). Saat awal akan di mulainya repliaksi.

Helikase 3. Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication bubble. untuk mencegah DNA yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi). Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Satu strain bisa secara kontinyu disintesis yaitu yang 5’-3 (leading strain). Merah RNA. Dari ORI didapatkan 2 replication fork. Replication fork pada plasmid Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5’-3’ dan 3’-5’. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer sintesis. replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork. Topoisomerase. tetapi tetap harus dibentuk dengan 5’-3’. Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu: • Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA • Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding.oleh helikase. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading-strand dan lagging strand. . ORI 2. Sementara yang 3’-5’ tidak bisa dibentuk. yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. tetapi pada titik tertentu akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5’-3’ (okazaki fragmen: fragmen2 potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada lagging strand arahnya dari 3’-5’ Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging strand template. cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk memutar karena sudah dipotong. Proses replikasi yang di perlukan utama: 1. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok. Setelah itu untuk menggantikan RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi juga bisa bersifat endonuclease. Kemudian terjadi proses replikasi. Small peaces disebut okazaki fragmen. Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga terbentuk hairpins. DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang bertugas untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa membentuk hairpins. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di OF ada RNA-DNA hybrid. Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5’-3’ maka tinggal menambah saja. Sedangkan pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3’-5’ maka hanya diam. Pada saat RNA dibuang maka akan digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama sekali. Tetapi masih belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk menempelkan. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang terpotong. Biru DNA. karena DNA polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer. • Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu. DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5’-3’. Bubble semakin besar. sehingga perlu satu strain yang terbentuk dari small discontinue peaces yang disebut sebagai lagging strain. Replication bubble Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Akhirnya diperoleh 2 strain yang sama persis.

Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi. Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil (tidak mudah terlepas dari DNA template). Pada saat sel replikasi maka akan selalu memendek. primase. Sliding-clamps protein. sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. brace. Bila tidak ada telomere maka kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk gandeng2 (tidak diketahui). Semua sel selain stem sel tidak punya telomere. Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan. Telomer diadakan untuk mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan memendek. shg bila telomere habis sel akan berhenti membelah. : Replication factor C (RFC). Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang dibuat berkali-kali. Sedangkan pada stem sel yang memiliki telomerase. . Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah. Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan dengan DNA yang baru. Chromosome end: Pada lagging strand. Telomer dibuat oleh enzim telomerase. singlestrand binding protein. Hal ini terjadi karena menggunakan primer RNA untuk proses replikasi. Telomer: ujung yang merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek tidak akan menjadi masalah karena tidak mengkode apapun. Manusia memiliki kemampuan replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere. Sintesis terjadi pada leading strand terlebih dahulu. Karena kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh panjangnya telomerase. tetapi proses pada lagging bertahap.Protein aksesori : Brace protein. topoisomerase. RNA juga akan dihilangkan. EXTENDS 3’ PRIMARY GENE --> TELOMERE. Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-nya datang lagi. dan enzim yang membuatnya : telomerase. supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2. DNA helicase. dan RNA primer setelah replikasi harus dibuang dan tidak bisa digantikan. maka kemampuan membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka telomerase akan membentuk telomere baru. (slide 76: TTGGGGTTGGGTTGGGG). Ada DNA polimerase dan sliding clamps. di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan. Pada saat telomere memendek sampai batas tertentu maka akan memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti membelah. clamp. Sampai pada suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel untuk berhenti membelah.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful