MURTIARNI PUTRI 06101010025 REPLIKASI DNA 2012 06.

27 Replikasi DNA merupakan proses penggandaan / duplikat rantai DNA menghasilkan DNA yang baru. Terdapat tiga hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu : 1. Hipotesis pertama, menyatakan bahwa pada proses replikasi DNA, DNA yang lama akan tetap dan langsung menghasilkan double helix yang baru, disebut dengan konservatif. 2. Hipotesis kedua yaitu, menyatakan bahwa double helix akan terputus – putus dan selanjutnya segmen – segmen tersebut akan membentuk segmen-segmen baru yang bergabung dengan segmen-segmen lama dan akan membentuk DNA yang baru. Hipotesis ini disebut dispersif. 3. Hipotesis ketiga yaitu, menyatakan bahwa dua pita spiral dari double helix akan memisahkan diri dan setiap pita tunggal mencetak pita pasangannya, disebut dengan semi konservatif. Teori mengenai replikasi DNA oleh Watson dan Crick menyatakan bahwa proses replikasi DNA terjadi secara semikonservatif. Hipotesis ini mendapat dukungan kuat dari M.S.Meselson dan F.W. Stahl. Mereka melakukan percobaan dengan menggunakan baktei Escherichia coli sebagai organisme percobaan. Replikasi heliks DNA dimulai dengan pemisahan kedua untaian DNA yang saling melengkapi. Setiap untaian kemudian bertindak sebagai cetakan untuk pembentukan sebuah molekul DNA baru melalui penambahan deoksiribonukleosid trifosfat secara berurutan. Nukleotid yang harus ditambahkan pada setiap tahapan dipilih melalui suatu proses yang mengharuskannya membentuk perpasangan basa komplementer dengan nukleotid berikutnya dalam untaian induk, sehingga dengan demikian membentuk sebuah untaian DNA baru yang saling melengkapi dengan untaian induk. Pada akhirnya informasi genetik diduplikasi secara keseluruhan sehingga terbentuklah dua buah heliks rangkap DNA yang lengkap, masing- masing mempunyai urutan nukleotid yang identik dengan urutan pada heliks DNA induk yang bertindak sebagai cetakan. Karena setiap molekul DNA turunan tersusun dari sebuah untaian asli dan sebuah untaian bentukan baru. Enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA : 1. Enzim Helicase Enzim ini berfungsi untuk memotong untaian DNA yang doble heliks pada proses replikasi DNA menggunakan enegi kimia. 2. Enzim topoisomerase Berfungsi untuk membantu helicase untuk memotong untaian DNA dengan mengurangi tegangan untaian DNA. 3. Enzim DNA polimerase Berfungsi untuk memperpanjang untaian DNA baru. 4. Enzim Ligase Berfungsi untuk melekatkan fragmen-fragmen okazaki. 5. Enzim Primerase Enzim yang memungkinkan akses pembentukan RNA primer. Tahapan replikasi DNA : 1. Struktur DNA yang doble helix diputuskan ikatannya oleh enzim DNA helicase membentuk DNA dengan untaian tunggal. Proses awal pemutusan atau titik awal

Enzim ligase kemudian berperan dalam menyambungkan fragmen-fragmen tersebut. Salah satu ciri yang paling mengesankan dalam replikasi DNA adalah ketelitiannya. umumnya berpengaruh buruk. perbaikan salah pasang ( mismatch repair ). Dengan demikian.2. 5. Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya begitu nukleotida ditambahkan pada untaian. myngkin menagkibatkan tidak aktifnya protein yang sangat penting dan ini menyebabkan sel yang bersangkutan mati. pemeliharaan informasi genetik yang dikode dalam DNA juga menuntut perbaikan kerusakan pada DNA yang ada.000 pasangan basa. replikasi ini disebut dengan ORI ( The Origin of Replication ). atau memasangkan sebuah A padahal seharunya G. Setiap perubahan seperti ini dalam urutan DNA adalah sebuah kesalahan genetik disebut mutasi. mutasi dalam sebuah gen yang disebabkan oleh berubahnya urutan DNA. yaitu leadding strand ( DNA yang disintesis secara kontinu dan lagging strand (DNA yang disintesis dalam framen yang pendek ( 1-5kb) yang disebut fragmen Okazaki. leading strand dan lagging strand selama selama replikasi DNA. Kesalahan pemasangan awal antara nukleotida yang baru masuk dan nukleotida yang sudah ada di untai cetakan 100. yang akan terus disalindan di transmisikan ke semua generasi sel berikutnya. karena urutan DNA yang salah secar lugu akan diangga sebagai urutan yang benar. Zat-zat kimia reaktif.000 kali lebih umum terjadi suatu tingkat kesalahn sebesar 1 dalam 10. Sebuah mutasi mungkindapat terjadi di bagian tidak penting sehingga tidak menimbulkan pengaruh sama sekali. Selain perbaikan kasalahan replikasi. dan cahaya ultraviolet dapat mengubah nukleotida dengan cara yang dapat berpengaruh pada informasi genetik yang terkode. Struktur DNA tunggal yang terbentuk distabilkan oleh protein-protein pengikat DNA yag disebut Single Srand Biding protein ( SSB ). Dan akan membentuk percabangan untaian struktur DNA ( replication fork ). Para pakar genetika menyakini bahwa gen-gen menentukan struktur setiap protein. Selama replikasi DNA. atau justru menambahkan nukleotid lebih dari semestinya. mutasi ini disebut dengan silent mutasi. akibatnya. Sedangkan lagging strand harus tumbuh kontinu dengan arah 3’-5’. DNA polimerase memenjangkan untaian hanya dalam arah 5’-3’. Seperti halnya perbaikan salah pasang. emisi radioaktif. kebanyakan mekanisme perbaikan DNA rusak memanfaatkan struktur pasangan basa yang dimiliki DNA. tergantung dari di bagian mana mutasi telah terjadi. Biasanya. 6. Molekul-molekul DNA selalu terancam oleh agen fisis dan kimiawi yang bisa melukai. Akibat yang ditimbulkan oleh kesalahan semacam ini bisa besar. 4. Helikase pada proses sintesis DNA yang baru akan berikatan dengan enzim primerase untuk memungkinkan akses pembentukan RNA primer. memperbaiki kesalahan-kesalahan yang terjadi ketika DNA disalin. urutan nukleotid dalam sebuah molekul DNA disalin dengan kesalahan kurang dari satu untuk setiap 109 nukleotid yang ditambahkan. satu . Dalam proses tersebut terdapat beberapa mekanisme pengoreksi yang bertugas membuang nukleotid yang salah posisi. jarang sekali mesin replikasi melewatkan beberapa buah nukleotid. Salah satu mekanisme perbaikan DNA. Bagaimanapun. atau memasangkan sebuah T padahal semestinya adalah C. karena perubahan sebuah nukleotid tunggal saja dapat menimbulkan pengaruh-pengaruh yang tidak sepele terhadap sel. 3. Kesalahan-kesalahan dalam replikasi DNA menyebab mutasi. sinar X. Enzim polimerase akan memulai replikasi DNA dan akan memperpanjang untaian DNA yang terbentuk. DNA polimerase sendirilah yang melakukan perbaikan salah pasang.

DNA polymerase Pada proses replikasi DNA terdapat enzim sentral. tetapi pada 5’ P tidak bisa dilepas karena ketiga P dibutuhkan sehigga tidak ada energy sehingga tidak pernah terjadi sintesis dari 3’-5’. yaitu DNA polymerase. tetapi dari 5’-3’. Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan selesai sebelum fase M. DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH (hidroksil) dimana gugus OH hanya ada pada ujung 3’ sedangkan ujung 5’ adalah ujung fosfat. DNA juga sangat rentan terhadap bahan kimia. radiasi maupun panas (hal yang dapat menyebabkan mutasi pada DNA pada saat replikasi). yang dipakai cetakan hanya salah satu untai DNA(3’-5’) replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam siklus sel. Enzim yang terlibat dalam pengisian celah ini adalah DNA polimerase dan DNA ligase.segman dari untai yang mengandung kerusakan dipotong habis dan dibuang( dieksisi. Perbaikan DNA tipe ini disebut perbaikan eksisi ( excision repair ). genom manusia pada satu sel terdiri sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis tidak boleh ada yang salah). Primer strand : Pada 3’ dia akan melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk menempelkan. Selain karena kesalahan replikasi. excised ) oleh suatu enzim pemotong DNA yaitu Nuklease. diantaranya karena kondisi lingkungan dan kesalahan replikasi sendiri sehingga menyebabkan terjadinya mutasi. Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA Enzim yang berperan dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses transkripsi. jadi yang menambah selalu ujung 3’. Replikasi hanya terjadi pada fase S (pada mamalia). Supaya replikasi sel dari generasi ke generasi tidak terjadi kesalahan maka perlu ada repair DNA. enzim yang berperan RNA polymerase. Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel anak supaya informasi genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). transkripsi DNA : terjadi pada saat akan terjadi sintesis protein (ekspresi gen). kedua untai induk dipakai sebagai cetakan untuk di replikasi. . Hasil replikasi DNA double strand. Dan celah yang terbentuk diisi dengan nukleotida-nukleotida yang pasangannya sesuai dengan nukleotida yang terdapat dalam untai yang tidak rusak. Kedua DNA parental strand bisa menjadi template yang berfungsi sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservaative process. Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix. Salah satu sumber kesalahan DNA adalah pada kesalahan replikasi yang dipengaruhi oleh berbagai factor. Pada proses replikasi. Pengertian Replikasi DNA Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat.

secara singkat dalam siklus sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. Bila membuka pilinan pada salah satu ujung maka ujung yang lain akan semakin kuat pilinannya sehingga perlu daerah tertentu yang dipotong untuk membuka pilinan tesebut yang dilakukan . Origin replication disebut sebagai unique sequence yang merupakan pertanda sebagai tempat proses/titik mulai terjadinya replikasi. Saat awal akan di mulainya repliaksi. topoisomerase yang memotong pada titik tertentu. Untuk replikasi perlu sequence tertentu yaitu yang disingkat (ACS) merupakan urutan basa yang sangat terjaga karena urutan basa tersebut dikenali oleh protein Origin Recognition Complex (ORC) sehingga bila ORC mengenali sequence maka replikasi dapat dimulai. kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya RNA primer synthesis. degradasi fosforilasi Cdc6 maka terbentuk bubble replication. Sifat dari DNA polymerase dia hanya bisa mensintesis DNA dari arah 5’-3’ sehingga pertumbuhan dari 5’-3’ karena penambahan pada ujung 3’. primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan DNA). Helikase akan menempel untuk membuka pilinan (helix). DNA yang dibutuhkan adalah DNA primase untuk meletakkan RNA pada tempatnya. Sehingga pada mamalia ada 30. DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan.(ciri utama DNA polymerase). Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer. terdapat proses replikasi yang dimulai pada replication origin dan mengembang sampai dihasilkan 2 plasmid yang sama persis. Tetapi pada eukariot (mamalia) lebih kompleks tetapi tetap membutuhkan replication origin. Pada bakteri (prokariot) hanya butuh satu titik ORI (origin of replication) sedangkan pada mamalia (eukariot) butuh beberapa ORI karena kalau hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk mereplikasi 3 milyard DNA. kemudian ada molekul lain. Contoh pada plasmid (prokariot). dan yang ditambahkan adalah DNA. DNA primase untuk mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). S proses replikasi. dimana pada ujung 3’ ada ujung hidroksil. dimana ada protein tertentu yang akan mengenali sequence. Untuk mereplikasi bila bentuknya terpilin tidak akan pernah bisa sehingga perlu dibuka pilinannya. tidak bisa mensintesis DNA tanpa adanya primer. Replikasi terjadi pada fase S sedangkan transkripsi bisa terjadi pada fase S atau G1 dimana terjadi sintesis protein maka bisa terjadi transkripsi. Helikase membuka pilinan. juga helikase yang membentuk pre-replicative complex (pre-RC). DNA double helix (bentuk terpilin). selanjutnya pada fase S degradasi fosporilasi ORC. G2/M sudah selesai Proses replikasi DNA Pertama adanya replication origin. pada G1 akhir ORC mengenali sequence ACS. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan membuka dengan bantuan helikase. Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yang akan bergabung satu sama lain.000 titik ORI yang bekerja secara bersamaan sehingga fase S untuk replikasi hanya butuh beberapa jam saja. Pada fase G1 persiapan. Pada Proses replikasi di butuhkan titik awal (replication origin) biasa di singkat ORI. Ciri kedua: DNA polymerase tidak bisa mensintesis/ menempelkan DNA ke pasangan-nya kalau tidak ada primer (lokomotif). Bila lokomotif sudah jadi maka akan di-take over oleh DNA polymerase. ORI lebih global sedangkan ACS sudah pada sequence (pada urutan basa tertentu).

Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication bubble. tetapi pada titik tertentu akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5’-3’ (okazaki fragmen: fragmen2 potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada lagging strand arahnya dari 3’-5’ Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging strand template. Merah RNA. Kemudian terjadi proses replikasi. Sedangkan pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3’-5’ maka hanya diam. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di OF ada RNA-DNA hybrid. ORI 2. Proses replikasi yang di perlukan utama: 1. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading-strand dan lagging strand. replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok. . untuk mencegah DNA yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi). Small peaces disebut okazaki fragmen. Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu: • Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA • Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang terpotong. Akhirnya diperoleh 2 strain yang sama persis. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer sintesis.oleh helikase. • Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu. Helikase 3. Tetapi masih belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk menempelkan. sehingga perlu satu strain yang terbentuk dari small discontinue peaces yang disebut sebagai lagging strain. Biru DNA. Topoisomerase. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. tetapi tetap harus dibentuk dengan 5’-3’. Pada saat RNA dibuang maka akan digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama sekali. yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. karena DNA polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer. Satu strain bisa secara kontinyu disintesis yaitu yang 5’-3 (leading strain). Setelah itu untuk menggantikan RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi juga bisa bersifat endonuclease. Sementara yang 3’-5’ tidak bisa dibentuk. cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk memutar karena sudah dipotong. Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga terbentuk hairpins. Replication bubble Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang bertugas untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa membentuk hairpins. Dari ORI didapatkan 2 replication fork. Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5’-3’ maka tinggal menambah saja. Replication fork pada plasmid Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5’-3’ dan 3’-5’. Bubble semakin besar. DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5’-3’.

Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah. Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan dengan DNA yang baru. Semua sel selain stem sel tidak punya telomere. Hal ini terjadi karena menggunakan primer RNA untuk proses replikasi. brace. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. RNA juga akan dihilangkan. Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang dibuat berkali-kali. topoisomerase. clamp. primase. supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2. Sliding-clamps protein. . singlestrand binding protein. Telomer dibuat oleh enzim telomerase. supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil (tidak mudah terlepas dari DNA template). di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan. dan enzim yang membuatnya : telomerase. Telomer diadakan untuk mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan memendek. Karena kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh panjangnya telomerase. Manusia memiliki kemampuan replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere. EXTENDS 3’ PRIMARY GENE --> TELOMERE. Pada saat telomere memendek sampai batas tertentu maka akan memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti membelah. maka kemampuan membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka telomerase akan membentuk telomere baru. Pada saat sel replikasi maka akan selalu memendek. sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. DNA helicase. dan RNA primer setelah replikasi harus dibuang dan tidak bisa digantikan. Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan. Sintesis terjadi pada leading strand terlebih dahulu. tetapi proses pada lagging bertahap. Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi. Sampai pada suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel untuk berhenti membelah.Protein aksesori : Brace protein. Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). Bila tidak ada telomere maka kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk gandeng2 (tidak diketahui). shg bila telomere habis sel akan berhenti membelah. Telomer: ujung yang merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek tidak akan menjadi masalah karena tidak mengkode apapun. : Replication factor C (RFC). (slide 76: TTGGGGTTGGGTTGGGG). Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-nya datang lagi. Chromosome end: Pada lagging strand. Sedangkan pada stem sel yang memiliki telomerase.