P. 1
Replikasi DNA

Replikasi DNA

|Views: 203|Likes:
Published by Paramita Dewi

More info:

Published by: Paramita Dewi on Apr 16, 2013
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOC, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

12/27/2015

pdf

text

original

MURTIARNI PUTRI 06101010025 REPLIKASI DNA 2012 06.

27 Replikasi DNA merupakan proses penggandaan / duplikat rantai DNA menghasilkan DNA yang baru. Terdapat tiga hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu : 1. Hipotesis pertama, menyatakan bahwa pada proses replikasi DNA, DNA yang lama akan tetap dan langsung menghasilkan double helix yang baru, disebut dengan konservatif. 2. Hipotesis kedua yaitu, menyatakan bahwa double helix akan terputus – putus dan selanjutnya segmen – segmen tersebut akan membentuk segmen-segmen baru yang bergabung dengan segmen-segmen lama dan akan membentuk DNA yang baru. Hipotesis ini disebut dispersif. 3. Hipotesis ketiga yaitu, menyatakan bahwa dua pita spiral dari double helix akan memisahkan diri dan setiap pita tunggal mencetak pita pasangannya, disebut dengan semi konservatif. Teori mengenai replikasi DNA oleh Watson dan Crick menyatakan bahwa proses replikasi DNA terjadi secara semikonservatif. Hipotesis ini mendapat dukungan kuat dari M.S.Meselson dan F.W. Stahl. Mereka melakukan percobaan dengan menggunakan baktei Escherichia coli sebagai organisme percobaan. Replikasi heliks DNA dimulai dengan pemisahan kedua untaian DNA yang saling melengkapi. Setiap untaian kemudian bertindak sebagai cetakan untuk pembentukan sebuah molekul DNA baru melalui penambahan deoksiribonukleosid trifosfat secara berurutan. Nukleotid yang harus ditambahkan pada setiap tahapan dipilih melalui suatu proses yang mengharuskannya membentuk perpasangan basa komplementer dengan nukleotid berikutnya dalam untaian induk, sehingga dengan demikian membentuk sebuah untaian DNA baru yang saling melengkapi dengan untaian induk. Pada akhirnya informasi genetik diduplikasi secara keseluruhan sehingga terbentuklah dua buah heliks rangkap DNA yang lengkap, masing- masing mempunyai urutan nukleotid yang identik dengan urutan pada heliks DNA induk yang bertindak sebagai cetakan. Karena setiap molekul DNA turunan tersusun dari sebuah untaian asli dan sebuah untaian bentukan baru. Enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA : 1. Enzim Helicase Enzim ini berfungsi untuk memotong untaian DNA yang doble heliks pada proses replikasi DNA menggunakan enegi kimia. 2. Enzim topoisomerase Berfungsi untuk membantu helicase untuk memotong untaian DNA dengan mengurangi tegangan untaian DNA. 3. Enzim DNA polimerase Berfungsi untuk memperpanjang untaian DNA baru. 4. Enzim Ligase Berfungsi untuk melekatkan fragmen-fragmen okazaki. 5. Enzim Primerase Enzim yang memungkinkan akses pembentukan RNA primer. Tahapan replikasi DNA : 1. Struktur DNA yang doble helix diputuskan ikatannya oleh enzim DNA helicase membentuk DNA dengan untaian tunggal. Proses awal pemutusan atau titik awal

2. karena urutan DNA yang salah secar lugu akan diangga sebagai urutan yang benar. perbaikan salah pasang ( mismatch repair ). Para pakar genetika menyakini bahwa gen-gen menentukan struktur setiap protein. Kesalahan-kesalahan dalam replikasi DNA menyebab mutasi. Dengan demikian. Selain perbaikan kasalahan replikasi. atau memasangkan sebuah T padahal semestinya adalah C. Enzim ligase kemudian berperan dalam menyambungkan fragmen-fragmen tersebut. Bagaimanapun. emisi radioaktif. Zat-zat kimia reaktif. Salah satu ciri yang paling mengesankan dalam replikasi DNA adalah ketelitiannya. tergantung dari di bagian mana mutasi telah terjadi. 3. Sedangkan lagging strand harus tumbuh kontinu dengan arah 3’-5’. Enzim polimerase akan memulai replikasi DNA dan akan memperpanjang untaian DNA yang terbentuk. leading strand dan lagging strand selama selama replikasi DNA. Sebuah mutasi mungkindapat terjadi di bagian tidak penting sehingga tidak menimbulkan pengaruh sama sekali. urutan nukleotid dalam sebuah molekul DNA disalin dengan kesalahan kurang dari satu untuk setiap 109 nukleotid yang ditambahkan. replikasi ini disebut dengan ORI ( The Origin of Replication ). akibatnya. mutasi dalam sebuah gen yang disebabkan oleh berubahnya urutan DNA. Dalam proses tersebut terdapat beberapa mekanisme pengoreksi yang bertugas membuang nukleotid yang salah posisi. sinar X. Akibat yang ditimbulkan oleh kesalahan semacam ini bisa besar.000 pasangan basa. yaitu leadding strand ( DNA yang disintesis secara kontinu dan lagging strand (DNA yang disintesis dalam framen yang pendek ( 1-5kb) yang disebut fragmen Okazaki. atau justru menambahkan nukleotid lebih dari semestinya. 4. pemeliharaan informasi genetik yang dikode dalam DNA juga menuntut perbaikan kerusakan pada DNA yang ada. DNA polimerase memenjangkan untaian hanya dalam arah 5’-3’. umumnya berpengaruh buruk. Seperti halnya perbaikan salah pasang. Kesalahan pemasangan awal antara nukleotida yang baru masuk dan nukleotida yang sudah ada di untai cetakan 100. 5. karena perubahan sebuah nukleotid tunggal saja dapat menimbulkan pengaruh-pengaruh yang tidak sepele terhadap sel. memperbaiki kesalahan-kesalahan yang terjadi ketika DNA disalin. dan cahaya ultraviolet dapat mengubah nukleotida dengan cara yang dapat berpengaruh pada informasi genetik yang terkode. DNA polimerase sendirilah yang melakukan perbaikan salah pasang. kebanyakan mekanisme perbaikan DNA rusak memanfaatkan struktur pasangan basa yang dimiliki DNA. Selama replikasi DNA. yang akan terus disalindan di transmisikan ke semua generasi sel berikutnya. atau memasangkan sebuah A padahal seharunya G. jarang sekali mesin replikasi melewatkan beberapa buah nukleotid. Dan akan membentuk percabangan untaian struktur DNA ( replication fork ). 6. Struktur DNA tunggal yang terbentuk distabilkan oleh protein-protein pengikat DNA yag disebut Single Srand Biding protein ( SSB ). satu . mutasi ini disebut dengan silent mutasi. Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya begitu nukleotida ditambahkan pada untaian. myngkin menagkibatkan tidak aktifnya protein yang sangat penting dan ini menyebabkan sel yang bersangkutan mati. Molekul-molekul DNA selalu terancam oleh agen fisis dan kimiawi yang bisa melukai. Setiap perubahan seperti ini dalam urutan DNA adalah sebuah kesalahan genetik disebut mutasi. Helikase pada proses sintesis DNA yang baru akan berikatan dengan enzim primerase untuk memungkinkan akses pembentukan RNA primer.000 kali lebih umum terjadi suatu tingkat kesalahn sebesar 1 dalam 10. Biasanya. Salah satu mekanisme perbaikan DNA.

Pengertian Replikasi DNA Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat.segman dari untai yang mengandung kerusakan dipotong habis dan dibuang( dieksisi. Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix. Supaya replikasi sel dari generasi ke generasi tidak terjadi kesalahan maka perlu ada repair DNA. enzim yang berperan RNA polymerase. Dan celah yang terbentuk diisi dengan nukleotida-nukleotida yang pasangannya sesuai dengan nukleotida yang terdapat dalam untai yang tidak rusak. Selain karena kesalahan replikasi. kedua untai induk dipakai sebagai cetakan untuk di replikasi. . Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA Enzim yang berperan dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses transkripsi. Perbaikan DNA tipe ini disebut perbaikan eksisi ( excision repair ). jadi yang menambah selalu ujung 3’. Hasil replikasi DNA double strand. excised ) oleh suatu enzim pemotong DNA yaitu Nuklease. tetapi pada 5’ P tidak bisa dilepas karena ketiga P dibutuhkan sehigga tidak ada energy sehingga tidak pernah terjadi sintesis dari 3’-5’. Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan selesai sebelum fase M. Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel anak supaya informasi genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). yang dipakai cetakan hanya salah satu untai DNA(3’-5’) replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam siklus sel. Pada proses replikasi. DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH (hidroksil) dimana gugus OH hanya ada pada ujung 3’ sedangkan ujung 5’ adalah ujung fosfat. tetapi dari 5’-3’. diantaranya karena kondisi lingkungan dan kesalahan replikasi sendiri sehingga menyebabkan terjadinya mutasi. genom manusia pada satu sel terdiri sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis tidak boleh ada yang salah). DNA polymerase Pada proses replikasi DNA terdapat enzim sentral. Enzim yang terlibat dalam pengisian celah ini adalah DNA polimerase dan DNA ligase. DNA juga sangat rentan terhadap bahan kimia. Replikasi hanya terjadi pada fase S (pada mamalia). transkripsi DNA : terjadi pada saat akan terjadi sintesis protein (ekspresi gen). radiasi maupun panas (hal yang dapat menyebabkan mutasi pada DNA pada saat replikasi). Kedua DNA parental strand bisa menjadi template yang berfungsi sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservaative process. Salah satu sumber kesalahan DNA adalah pada kesalahan replikasi yang dipengaruhi oleh berbagai factor. yaitu DNA polymerase. Primer strand : Pada 3’ dia akan melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk menempelkan.

DNA yang dibutuhkan adalah DNA primase untuk meletakkan RNA pada tempatnya.000 titik ORI yang bekerja secara bersamaan sehingga fase S untuk replikasi hanya butuh beberapa jam saja. topoisomerase yang memotong pada titik tertentu. G2/M sudah selesai Proses replikasi DNA Pertama adanya replication origin. secara singkat dalam siklus sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. dimana pada ujung 3’ ada ujung hidroksil. DNA double helix (bentuk terpilin). selanjutnya pada fase S degradasi fosporilasi ORC. Untuk mereplikasi bila bentuknya terpilin tidak akan pernah bisa sehingga perlu dibuka pilinannya. Bila lokomotif sudah jadi maka akan di-take over oleh DNA polymerase. Replikasi terjadi pada fase S sedangkan transkripsi bisa terjadi pada fase S atau G1 dimana terjadi sintesis protein maka bisa terjadi transkripsi. S proses replikasi. Helikase akan menempel untuk membuka pilinan (helix). dan yang ditambahkan adalah DNA. degradasi fosforilasi Cdc6 maka terbentuk bubble replication. Sehingga pada mamalia ada 30. DNA primase untuk mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer. terdapat proses replikasi yang dimulai pada replication origin dan mengembang sampai dihasilkan 2 plasmid yang sama persis. primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan DNA). Pada fase G1 persiapan. Origin replication disebut sebagai unique sequence yang merupakan pertanda sebagai tempat proses/titik mulai terjadinya replikasi. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan membuka dengan bantuan helikase. Tetapi pada eukariot (mamalia) lebih kompleks tetapi tetap membutuhkan replication origin. juga helikase yang membentuk pre-replicative complex (pre-RC). ORI lebih global sedangkan ACS sudah pada sequence (pada urutan basa tertentu). Ciri kedua: DNA polymerase tidak bisa mensintesis/ menempelkan DNA ke pasangan-nya kalau tidak ada primer (lokomotif). Untuk replikasi perlu sequence tertentu yaitu yang disingkat (ACS) merupakan urutan basa yang sangat terjaga karena urutan basa tersebut dikenali oleh protein Origin Recognition Complex (ORC) sehingga bila ORC mengenali sequence maka replikasi dapat dimulai. Sifat dari DNA polymerase dia hanya bisa mensintesis DNA dari arah 5’-3’ sehingga pertumbuhan dari 5’-3’ karena penambahan pada ujung 3’. Pada bakteri (prokariot) hanya butuh satu titik ORI (origin of replication) sedangkan pada mamalia (eukariot) butuh beberapa ORI karena kalau hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk mereplikasi 3 milyard DNA. Bila membuka pilinan pada salah satu ujung maka ujung yang lain akan semakin kuat pilinannya sehingga perlu daerah tertentu yang dipotong untuk membuka pilinan tesebut yang dilakukan . kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya RNA primer synthesis.(ciri utama DNA polymerase). dimana ada protein tertentu yang akan mengenali sequence. Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yang akan bergabung satu sama lain. Pada Proses replikasi di butuhkan titik awal (replication origin) biasa di singkat ORI. kemudian ada molekul lain. Contoh pada plasmid (prokariot). DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan. tidak bisa mensintesis DNA tanpa adanya primer. Saat awal akan di mulainya repliaksi. Helikase membuka pilinan. pada G1 akhir ORC mengenali sequence ACS.

Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu: • Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA • Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding. Merah RNA. DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang bertugas untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa membentuk hairpins. yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. Sementara yang 3’-5’ tidak bisa dibentuk. Small peaces disebut okazaki fragmen. Sedangkan pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3’-5’ maka hanya diam. Kemudian terjadi proses replikasi. replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork. tetapi tetap harus dibentuk dengan 5’-3’. cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk memutar karena sudah dipotong. Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication bubble. Helikase 3. Proses replikasi yang di perlukan utama: 1. Topoisomerase. Bubble semakin besar. . Dari ORI didapatkan 2 replication fork.oleh helikase. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di OF ada RNA-DNA hybrid. Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5’-3’ maka tinggal menambah saja. • Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading-strand dan lagging strand. Setelah itu untuk menggantikan RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi juga bisa bersifat endonuclease. Pada saat RNA dibuang maka akan digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama sekali. untuk mencegah DNA yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi). Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang terpotong. sehingga perlu satu strain yang terbentuk dari small discontinue peaces yang disebut sebagai lagging strain. karena DNA polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer. Akhirnya diperoleh 2 strain yang sama persis. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Replication fork pada plasmid Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5’-3’ dan 3’-5’. Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga terbentuk hairpins. Tetapi masih belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk menempelkan. tetapi pada titik tertentu akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5’-3’ (okazaki fragmen: fragmen2 potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada lagging strand arahnya dari 3’-5’ Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging strand template. Biru DNA. Satu strain bisa secara kontinyu disintesis yaitu yang 5’-3 (leading strain). Replication bubble Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5’-3’. ORI 2. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer sintesis.

(slide 76: TTGGGGTTGGGTTGGGG). Karena kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh panjangnya telomerase. Pada saat telomere memendek sampai batas tertentu maka akan memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti membelah. Semua sel selain stem sel tidak punya telomere. tetapi proses pada lagging bertahap. Sintesis terjadi pada leading strand terlebih dahulu. Sampai pada suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel untuk berhenti membelah. Telomer diadakan untuk mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan memendek. brace. DNA helicase. EXTENDS 3’ PRIMARY GENE --> TELOMERE. Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan. sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan dengan DNA yang baru. Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). Sliding-clamps protein. Bila tidak ada telomere maka kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk gandeng2 (tidak diketahui). Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi. primase. . Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang dibuat berkali-kali. Telomer dibuat oleh enzim telomerase. Manusia memiliki kemampuan replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere.Protein aksesori : Brace protein. maka kemampuan membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka telomerase akan membentuk telomere baru. supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil (tidak mudah terlepas dari DNA template). shg bila telomere habis sel akan berhenti membelah. topoisomerase. Hal ini terjadi karena menggunakan primer RNA untuk proses replikasi. dan enzim yang membuatnya : telomerase. supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2. Chromosome end: Pada lagging strand. Telomer: ujung yang merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek tidak akan menjadi masalah karena tidak mengkode apapun. di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan. singlestrand binding protein. dan RNA primer setelah replikasi harus dibuang dan tidak bisa digantikan. : Replication factor C (RFC). clamp. Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah. Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-nya datang lagi. RNA juga akan dihilangkan. Pada saat sel replikasi maka akan selalu memendek. Sedangkan pada stem sel yang memiliki telomerase.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->