LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI SEL INTERAKSI PROTEIN-LIGAN

Tanggal Praktikum Nama NIM Kelompok Asisten

: 17 November 2011 : Dinia Rizqi D : 105090100111005 :4 : Moch Hardi Baramada

LABORATORIUM FISIOLOGI KULTUR JARINGAN TUMBUHAN DAN MIKROTEKNIK JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

.

LEMBAR PERNYATAAN .

Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Semakin banyak jumlahnya maka ikatan yang terbentuk juga semakin banyak. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. protein . Metode yang dilakukan adalah mereaksikan ovalbumin sebagi protein dengan CBB G-250 sebagai ligan dengan inkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. Berdasarkan pengukuran nilai absorbansi diperoleh hasil bahwa hubungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi adalah berbanding lurus. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. interaksi. Kata kunci : CBB G-250. Interaksi ini terbentuk karena adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Universitas Brawijaya. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. ovalbumin. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. Malang Abstrak Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. Kesimpulan dari praktikum ini adalah besarnya ikatan antara protein ligan dipengaruhi oleh jumlah protein maupun ligan tersebut. Tujuan praktikum ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul.INTERAKSI PROTEIN-LIGAN Dinia Rizqi Dwijayanti Jurusan Biologi. ligan. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. Hal tersebut dapat terjadi karena ikatan yang terbentuk antara ovalbumin dan CBB G-250 semakin banyak sehingga nilai absorbansinya juga semakin tinggi. Selanjutnya larutan diukur nilai absorbansinya. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu.

Keistimewaan lain dari protein ini adalah strukturnya yang mengandung N (15. Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. Protein juga berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. (2002). interaksi antara protein dan ligan pada umumnya merupakan awal dari terjadinya komunikasi antarsel . 2.8-2%). ikatan antar molekul yang berinteraksi sangat dekat. Interaksi antara protein dengan ligan terjadi melalui 2 mekanisme. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. Fe dan Cu (sebagai senyawa kompleks dengan protein) (Sudarmaji. Interaksi ini juga merupakan metode komunikasi antar sel.40%). Kedua. Proses tersebut menghasilkan respon yang bersifat lokal dan terkadang juga diinduksikan kepada sel yang lainnya. 2007). Ligan yang sama dapat menyebabkan perubahan konformasi berbeda pada tiap makromolekul yang mengikatnya (Kavraki.90-7.50%).30%). oksigen. O (seperti juga karbohidrat dan lemak). 2007). Molekul protein mengandung karbon. interaksi yang terbentuk karena adanya ikatan nonkovalen dan ikatan lemah. Selanjutnya. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. Interaksi antara protein dengan ligan dan dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang bersifat kompleks. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. C (52. hidrogen. Limfotoksin sebagai ligan berikatan dengan reseptor sebagai protein sehingga menyebabkan sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. selektif dan spesifik. S (0. Seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. Hal tersebut menyebabkan molekul ini mengalami perubahan konformasi.1 Dasar Teori Protein merupakan senyawa organik kompleks yang memiliki berat molekul tinggi. disamping C.BAB I PENDAHULUAN 1. Asetilkolin sebagai ligan berikatan dengan heart muscle cell sebagai reseptor sehingga mengakibatkan heart muscle cell mengalami relaksasi.30-18%). di dalam sel akan terjadi serangkaian proses biokimia yang akan merespon induksi. Interaksi antara protein . H (6. dkk. O (21-23. antara lain: 1. 1989). 3. TNF-α sebagai ligan berikatan dengan permukaan sel sebagai protein sehingga sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. dan S kadang-kadang P. Ligan adalah suatu mikromolekul yang memiliki kemampuan mengikat molekul yang lebih besar. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Respon tersebut sesuai dengan jenis ligan yang mengikat reseptor pada sel yang bersangkutan. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking (Kavraki. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Protein adalah salah satu bio-makromolekul yang penting perananya bagi semua organisme. Pertaman. H. Contoh interaksi antara protein dan ligan menurut Campbell.

Commasie Briliant Blue G-250 dan pelarutnya serta plastic warp.2 Bahan dan Alat Bahan-bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah larutan ovalbumin (20 mg/ml) dalam aquades. 2000). Fosforilasi protein atau kegiatan ion kalsium akan mengubah fungsi sel sebagai respon sel (Ibrahim. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetahne yang memiliki ikatan kuat. Fungsi ovalbumin bagi telur itu sendiri adalah sebagai cadangan makanan bagi embrio yang sedang mengalami perkembangan. spektrofotometer UV-Vis. 2000).00 WIB. 2005). Sinyal molekul ektraselular yang berikatan akan mengaktifkan protein kinase dan second messenger. Ovalbumin adalah protein albumin yang terdapat pada putih telur. menggiatkan kanal ion tertentu.1 Waktu dan Tempat Praktikum Biologi Sel yang berjudul Interaksi Protein-Ligan dilaksanakan pada hari Kamis. 2. dan bertempat di Laboratorium Fisiologi Kultur Jaringan Tumbuhan dan Mikroteknik. cuvet 3 ml berbahan dasar gelas. CBB memiliki niilai absorbansi 575-625 nm. 17 November 2011. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Ovalbumin memiliki kadar protein sekitar 60-65% dari total protein yang terdapat pada telur. pukul 10. 1. Second messenger berguna untuk mengubah kegiatan enzim khususnya protein kinase. . Pada beberapa penelitian. Ikatan pada CBB merupakan kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3. BAB II METODE 2. Peralatan yang digunakan meliputi mikropipet dan tip. Malang. Hasil pewarnaan didasarkan pada pernyataan hukum Lambert-Beer dimana hasil tersebut diperoleh sebanding dengan jumlah protein pada sampel (Sambrook dan Russell. CBB berfungsi untuk pewarnaan protein yang telah diberi perlakuan elektroforesis dengan gel polyacrylamide. ovalbumin biasanya digunakan sebagai penanda berat molekul pada gel elektroforesis. meningkatkan ion kalsium intrasel.15-13. Universitas Brawijaya.dan ligan juga menyebabkan adanya perubahan sinyal di dalam sel.2 Tujuan Tujuan dilaksanakannnya praktikum yang berjudul “Interaksi Protein-Ligan” ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. dan tabung reaksi. Disamping itu dapat juga dimanfaatkan untuk menstimulasi reaksi alergi dan penanda pada subyek yang mengandung logam berat (Sambrook dan Russell. Jurusan Biologi.

Tabung reaksi yang telah ditutup tersebut diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. Untuk pengukuran absorbansi. 0. 0.1. tabung yang telah berisi ditambah aquades dengan volume berbeda (0. 2000). Ovalbumin ini merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. setiap tabung ditambah dengan CBB-G250 sebanyak 2 ml. Hal ini dikarenakan tabung dengan label berbeda dapat mempermudah dalam identifikasi sampel. Dalam praktikum ini ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan suatu ligan (Biology.025. Tiap larutan dibuat duplo sebagi perbandingan. Tabung digoyang secara perlahan agar protein dalam ovalbumin tidak mengalami denaturasi.05. Aquadest berfungsi pelarut sebagai pelarut dan untuk menzeroing spektrofotometer.80. masing-masing tabung dimasukkan dalam spektrofotometer untuk pengukuran absorbansi dari masing-masing tabung. Prosedur ini diawali dengan dinyalakannya tombol ON pada spektrofotometer dan “Zeroing Pertama” dijalankan. Dalam praktikum ini ovalbumin berfungsi sebagai ligan yang membentuk ikatan dengan ovalbumin.6. 2009). Selanjutnya. Nilai . 0. 0. dan aquadest. BAB III HASIL DAN PEMBAHASAN 3. Setelah tabung diberi label. Panjang gelombang yang digunakan diganti dengan λ 596 nm. 0.20 ml).2. Setelah itu. dan 0. Setelah itu. 0. Tabung tersebut kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit untuk memaksimalkan pengikatan CBB dengan ovalbumin. 1964).60. Sampel dimasukkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 3 ml dengan proporsi ovalbumin dan aquadest yang berbeda-beda. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetanhe yang berikatan cukup kuat akibat adanya kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3 (Sambrook dan Russell. Cara ini berfungsi untuk memaksimalkan percampuran antara ovalbumin dan CBB.95. ovalbumin.90. Denaturasi merupakan perubahan struktur alami dari protein yang mengakibatkan protein tidak dapat lagi berfungsi sebagaimana mestinya (Clark.40. 0. dimulai pengukuran dengan spektrofotometer. spektrofotometer dibiarkan sambil menunggu penggunaan.3 Prosedur Kerja Cara kerja pada praktikum ini dimulai dengan persiapan spektrofotometri.1 Analisa Prosedur Prosedur dalam praktikum kali ini dimulai dengan pelabelan tabung reaksi. 0.4. dan 1 ml). 0.2. Tabung yang telah ditambah ovalbumin kemudian ditutup dengan plastic warp dan digoyang perlahan beberapa kali.G250. Tabung reaksi ditutup dengan plastic warp dan digoyang-goyang pelan beberapa kali (tidak sampai terbentuk busa). sampel disiapkan terlebih dahulu yaitu CBB G-250. Tabung yang telah berisi aquades tersebut selanjutnya ditambah ovalbumin dengan volume yang berbeda pula ( 0. Setelah itu. 0.8. 0.975.

Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. Ovalbumin yang telah berikatan dengan ligan. Protein ini memiliki kadar sekitar 60-65% dari total protein yang ada pada telur. Dalam hal ini. Ovalbumin dalam tabung reaksi akan berikatan dengan CBB yang ditambahkan. 3. yaitu CBB G-250. Hal ini akan menyebabkan nilai absorbansi dari suatu sampel juga akan meningkat. semakin kecil kadar ovalbumin maka semakin rendah nilai absorbansinya. Hubungan kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi Ovalbumin merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan . Semakin banyak kadar protein maka akan semakin banyak interaksi ligan-protein yang terjadi. Dapat dikatakan bahwa terdapat hubungan yang berbanding lurus antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansinya. akan membentuk warna yang akan menunjukkan nilai absorbansi dalam spektrofotometri. ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan ligan.2 Analisa Hasil Berdasarkan hasil pengamatan dan pengukuran nilai absorbansi pada masing-masing tabung dengan kadar ovalbumin berbeda diperoleh hasil bahwa semakin tinggi kadar ovalbumin maka semakin tinggi nilai absorbansinya. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu.absorbansi ini menunjukkan banyaknya ovalbumin yang berikatan dengan CBBG250. Timbulnya ikatan ini disebabkan adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. Berikut akan disajikan grafik hungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi. Sebaliknya. Gambar 1.

dkk. interaksi antara protein dengan ligan dan protein lain dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang kompleks. CBB G-250 yang telah terikat akan memberi warna pada ovalbumin dan akan meningkatkan absorbansi dari CBB itu sendiri. besar energi bebas pengikatan. Contoh: nourotransmitter dalam syaraf sebagai ligan ditangkap oleh reseptor sel jaringan sebagai protein dimana . Berikut merupakan rumus struktur dari CBB G250 (Campbell. Konstanta inhibisi merupakan kestabilan kompleks yang terbentuk antara protein dengan ligan. Interaksi antara protein ligan ditentukan oleh beberapa parameter antara lain. Energi bebas pengikatan dapat mengindikasikan spontanitas reaksi. dkk. konstanta inhibisi. CBB G-250 merupakan ligan yang memiliki rumus molekul C47H50N3O7S2. CBB G-250 (Roe. 2002). yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. Diantara titik temu tersebut terdapat celah sinaps. Gambar 2. Celah sinaps merupakan tempat terjadinya pemindahan impuls. Sinaps Sinaps adalah titik temu antara satu neuron dengan neuron lainnya. dan interaksi fingerprinting kompleks protein ligan yang terbentuk. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik.maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. Sedangkan interaksi fingerprinting merupakan ciri khas yang dibentuk oleh interaksi elektrostatik. 2007). Ligan yang digunakan dalam praktikum ini ialah CBB G-250.. Sehingga peningkatan nilai absorbansi tersebut berbanding lurus dengan banyaknya ikatan yang terjadi antara CBB G-250 dengan ovalbumin (Campbell. maupun ikatan van der walls pada sisi katalitik protein oleh ligan. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. 2001) Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. Menurut Kavraki (2007). ikatan hidrogen. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking. Beberapa contoh mekanisme interaksi sel yang diperantarai protein dan ligan adalah sebagai berikut: 1..

2004). Contoh: sekresi hormon Insulin oleh sel β pankreas sebagai ligan yang akan dibawa melalui sirkulasi darah ke organ targetnya yaitu reseptor sel-sel hepar sebagai protein (Indah. . Endokrin Sistem endokrin adalah sistem kontrol kelenjar tanpa saluran yang menghasilkan hormon. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel terget merupakan protein. Hormon tersebut tersirkulasi di tubuh melalui aliran darah untuk mempengaruhi organ-organ lain. Ligan Protein Gambar 3. 2011) 2.interaksi tersebut menyebabkan terbukanya gerbang pada membran sel dan impuls syaraf dapat masuk dan diterima sel pada jaringan tersebut (Universe. Mekanisme impuls saraf pada sinaps (Universe. 2011).

2004). Contoh: secara khusus kerja autokrin pada sel kanker yang mensintesis berbagai produk onkogen sebagi ligan yang bertindak dalam sel yang sama dan diterima oleh reseptor sel tersebut sebagai protein untuk merangsang pembelahan sel dan meningkatkan pertumbuhan kanker secara keseluruhan (Indah. Mekanisme endokrin (Stevens dan Lowe. 2009) .Ligan protein Gambar 4. Autokrin Autokrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut bertugas untuk mempengaruhi sel itu sendiri. 2009) 3. Mekanisme autokrin (Stevens dan Lowe. Ligan Protein Gambar 5. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel itu sendiri berperan sebagai protein.

diduga bahwa titik jenuh interaksi protein ligan tidak ditemukan. 2004). Hal ini tentunya akan mempengaruhi nilai absorbansi yang dihasilkan dari pada sampel. Umumnya peningkatan tersebut akan sampai pada suatu titik yang disebut titik jenuh. Titik jenuh merupakan titik tertinggi nilai absorbansi dimana jika kadar protein yang diberikan melebihi titik tersebut. Mekanisme parakrin (Stevens dan Lowe. Contoh: Steroid seks sebagai ligan yang diterima oleh reseptor sel-sel disekitarnya sebagai protein dalam ovarium. ovalbumin maupun CBB G250 dalam tabung reaksi. nilai absorbansi meningkat karena jumlah ikatan antara protein dengan ligan. Kesalahan yang mungkin terjadi dalam praktikum ini ialah kurangnya ketelitian dalam melakukan penambahan aquades. Parakrin Parakrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut akan membengaruhi sel-sel disekitarnya. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel yang berada disekitarnya berperan sebagai perotein. Namun melihat grafik hubungan nilai absorbansi dengan kadar protein yaitu ovalbumin. 2009) Berdasarkan nilai absorbansi ikatan protein dengan ligan diketahui bahwa nilai absorbansi meningkat seiring meningkatnya kadar protein yang diberikan. sehingga protein dari ovalbumin dapat mengalami denaturasi. insulin sebagai ligan yang diproduksi oleh sel β pankreas yang diterima oleh resptor sel-sel disekitarnya sebagi protein sehingga menstimulasi sel β yang lain untuk ikut memproduksi insulin (Indah. maka nilai absorbansi akan turun.4. Ligan Protein Gambar 6. Ini dapat . Kesalahan lain ialah perlakuan yang terlalu keras saat membolak-balik tabung yang telah berisi CBB G-250 dan ovalbumin. Berdasarkan hal tersebut. Semakin banyak jumlah protein maupun ligan maka jumlah ikatan akan semakin banyak dan nilai absorbansi akan semakin tinggi.

ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. . 4. BAB IV PENUTUP 4.1 Kesimpulan Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa. interaksi antara CBB G-250 sebagi ligan dan ovalbumin sebagai protein dapat terjadi karena adanya reseptor pada permukaan sel ovalbumin. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen.menyebabkan kurangnya interaksi yang terjadi antara ovalbumin dan CBB G-250 sehingga akan berpengaruh pula pada nilai absorbansi yang dihasilkan. Disamping itu lamanya waktu inkubasi juga akan mempengaruhi hasil absorbansi. mengingat perhitungan absorbansi dilakukan satu persatu dan membutuhkan waktu yang tidak sedikit. Hal tersebut dimaksudkan agar waktu inkubasi tiap larutan tidak melebihi 15 menit. Reseptor sel mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya apabila sel berikatan dengan ligan yang spesifik.2 Saran Disarankan untuk praktikum selanjutnya agar penambahan CBB G-250 ke dalam ovalbumin pada tiap kelompok diberi jarak minimal 5 menit.

Neurons and Nerves. Jakarta Indah. 2009. J dan D.html. Departemen FKUI. Mitchell. dan L. Pearson Education. 1989. Fisiologi Komunikasi Antar dan Intra sel. S. E.DAFTAR PUSTAKA Biology. USA Ibrahim. USA Stevens. M. Inc. 2002.ac. 2007. G. 2000. Ovalbumin. W. Diakses 30 November 2011 Sudarmaji. M.org/ovalbumin. org/ content /m11456/ latest/. Experimental Biochemistry.ca/R10-16-ANS. Penerbit Liberty. Protein-Ligand Docking. Protein Purification Techniques: A Practical Approach. N.html. and Endocrine. B. Oxford University Press. N. J. Biology 6th Edition. Diakses 29 November 2011 Roe. http:// cnx. Reece.biology-online. Mekanisme Kerja Hormon. 2004. 1964. 2001. dkk. J. http://www. http://paper6textcube. 2005. 2009.usu. L. Diakses 30 November 2011 Kavraki.htm. S.. New York Clark. The Condensed Protocol for Molecular Cloning: A Laboratory Manual. W. Oxford Sambrook. Paracrine. 2011. Freeman Company. Autocrine. Diakses 30 November 2011 . CSHL Press. http://repository.id/bitstream/123456789/3541/1/biokimia-mutiara2. http://universe-review. Russell.pdf. Including Flexible Ligand Docking (online). A. Diakses 29 November 2011 Campbell.com/2009/10/autocrine-paracrine-endocrine. H. Yogyakarta Universe. Analisa Bahan Makanan dan Pertanian. dan Lowe.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful