LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI SEL INTERAKSI PROTEIN-LIGAN

Tanggal Praktikum Nama NIM Kelompok Asisten

: 17 November 2011 : Dinia Rizqi D : 105090100111005 :4 : Moch Hardi Baramada

LABORATORIUM FISIOLOGI KULTUR JARINGAN TUMBUHAN DAN MIKROTEKNIK JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

.

LEMBAR PERNYATAAN .

Kesimpulan dari praktikum ini adalah besarnya ikatan antara protein ligan dipengaruhi oleh jumlah protein maupun ligan tersebut. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Hal tersebut dapat terjadi karena ikatan yang terbentuk antara ovalbumin dan CBB G-250 semakin banyak sehingga nilai absorbansinya juga semakin tinggi. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. interaksi. Universitas Brawijaya. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. Berdasarkan pengukuran nilai absorbansi diperoleh hasil bahwa hubungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi adalah berbanding lurus. Semakin banyak jumlahnya maka ikatan yang terbentuk juga semakin banyak. ovalbumin. Kata kunci : CBB G-250. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Malang Abstrak Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik.INTERAKSI PROTEIN-LIGAN Dinia Rizqi Dwijayanti Jurusan Biologi. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. Tujuan praktikum ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. ligan. Interaksi ini terbentuk karena adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. Metode yang dilakukan adalah mereaksikan ovalbumin sebagi protein dengan CBB G-250 sebagai ligan dengan inkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. Selanjutnya larutan diukur nilai absorbansinya. protein .

Limfotoksin sebagai ligan berikatan dengan reseptor sebagai protein sehingga menyebabkan sel terinduksi untuk melakukan apoptosis.30-18%). Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Keistimewaan lain dari protein ini adalah strukturnya yang mengandung N (15. selektif dan spesifik. Molekul protein mengandung karbon. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking (Kavraki. Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. disamping C. Fe dan Cu (sebagai senyawa kompleks dengan protein) (Sudarmaji. Seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Hal tersebut menyebabkan molekul ini mengalami perubahan konformasi. H. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. Interaksi antara protein dengan ligan terjadi melalui 2 mekanisme.BAB I PENDAHULUAN 1.90-7.40%). interaksi antara protein dan ligan pada umumnya merupakan awal dari terjadinya komunikasi antarsel . interaksi yang terbentuk karena adanya ikatan nonkovalen dan ikatan lemah. 1989). (2002). Contoh interaksi antara protein dan ligan menurut Campbell. ikatan antar molekul yang berinteraksi sangat dekat. O (seperti juga karbohidrat dan lemak). Proses tersebut menghasilkan respon yang bersifat lokal dan terkadang juga diinduksikan kepada sel yang lainnya. Interaksi antara protein . dan S kadang-kadang P. 2007). Protein juga berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. 2. Ligan adalah suatu mikromolekul yang memiliki kemampuan mengikat molekul yang lebih besar. di dalam sel akan terjadi serangkaian proses biokimia yang akan merespon induksi. Respon tersebut sesuai dengan jenis ligan yang mengikat reseptor pada sel yang bersangkutan. Interaksi ini juga merupakan metode komunikasi antar sel. Kedua. hidrogen. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. S (0.30%). 2007).50%). Ligan yang sama dapat menyebabkan perubahan konformasi berbeda pada tiap makromolekul yang mengikatnya (Kavraki. oksigen.1 Dasar Teori Protein merupakan senyawa organik kompleks yang memiliki berat molekul tinggi. Interaksi antara protein dengan ligan dan dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang bersifat kompleks. TNF-α sebagai ligan berikatan dengan permukaan sel sebagai protein sehingga sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. Asetilkolin sebagai ligan berikatan dengan heart muscle cell sebagai reseptor sehingga mengakibatkan heart muscle cell mengalami relaksasi. Protein adalah salah satu bio-makromolekul yang penting perananya bagi semua organisme. C (52. H (6. antara lain: 1. dkk.8-2%). Selanjutnya. O (21-23. Pertaman. 3.

1. Malang. ovalbumin biasanya digunakan sebagai penanda berat molekul pada gel elektroforesis. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. 2000).2 Tujuan Tujuan dilaksanakannnya praktikum yang berjudul “Interaksi Protein-Ligan” ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul.dan ligan juga menyebabkan adanya perubahan sinyal di dalam sel.1 Waktu dan Tempat Praktikum Biologi Sel yang berjudul Interaksi Protein-Ligan dilaksanakan pada hari Kamis. Ovalbumin memiliki kadar protein sekitar 60-65% dari total protein yang terdapat pada telur. dan bertempat di Laboratorium Fisiologi Kultur Jaringan Tumbuhan dan Mikroteknik. Pada beberapa penelitian. 2. Sinyal molekul ektraselular yang berikatan akan mengaktifkan protein kinase dan second messenger. 2005). 17 November 2011. cuvet 3 ml berbahan dasar gelas. CBB memiliki niilai absorbansi 575-625 nm. Peralatan yang digunakan meliputi mikropipet dan tip. 2000). Ikatan pada CBB merupakan kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3. meningkatkan ion kalsium intrasel. . dan tabung reaksi. Fungsi ovalbumin bagi telur itu sendiri adalah sebagai cadangan makanan bagi embrio yang sedang mengalami perkembangan. Second messenger berguna untuk mengubah kegiatan enzim khususnya protein kinase. Commasie Briliant Blue G-250 dan pelarutnya serta plastic warp. spektrofotometer UV-Vis. menggiatkan kanal ion tertentu. Jurusan Biologi. pukul 10. Ovalbumin adalah protein albumin yang terdapat pada putih telur. Universitas Brawijaya. Hasil pewarnaan didasarkan pada pernyataan hukum Lambert-Beer dimana hasil tersebut diperoleh sebanding dengan jumlah protein pada sampel (Sambrook dan Russell. CBB berfungsi untuk pewarnaan protein yang telah diberi perlakuan elektroforesis dengan gel polyacrylamide.00 WIB.2 Bahan dan Alat Bahan-bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah larutan ovalbumin (20 mg/ml) dalam aquades. Fosforilasi protein atau kegiatan ion kalsium akan mengubah fungsi sel sebagai respon sel (Ibrahim.15-13. BAB II METODE 2. Disamping itu dapat juga dimanfaatkan untuk menstimulasi reaksi alergi dan penanda pada subyek yang mengandung logam berat (Sambrook dan Russell. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetahne yang memiliki ikatan kuat.

ovalbumin. tabung yang telah berisi ditambah aquades dengan volume berbeda (0. dan 0. 0.G250. Tabung yang telah berisi aquades tersebut selanjutnya ditambah ovalbumin dengan volume yang berbeda pula ( 0. Aquadest berfungsi pelarut sebagai pelarut dan untuk menzeroing spektrofotometer. Tabung digoyang secara perlahan agar protein dalam ovalbumin tidak mengalami denaturasi. Prosedur ini diawali dengan dinyalakannya tombol ON pada spektrofotometer dan “Zeroing Pertama” dijalankan. sampel disiapkan terlebih dahulu yaitu CBB G-250.975. 0. masing-masing tabung dimasukkan dalam spektrofotometer untuk pengukuran absorbansi dari masing-masing tabung. Tabung reaksi yang telah ditutup tersebut diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit.95.4. Tabung yang telah ditambah ovalbumin kemudian ditutup dengan plastic warp dan digoyang perlahan beberapa kali. 0. dan 1 ml).8. dimulai pengukuran dengan spektrofotometer.2. Denaturasi merupakan perubahan struktur alami dari protein yang mengakibatkan protein tidak dapat lagi berfungsi sebagaimana mestinya (Clark. 0. Tiap larutan dibuat duplo sebagi perbandingan. Selanjutnya. 2009).80.05. 2000).60. Hal ini dikarenakan tabung dengan label berbeda dapat mempermudah dalam identifikasi sampel. spektrofotometer dibiarkan sambil menunggu penggunaan. 0. 0. dan aquadest.90. Dalam praktikum ini ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan suatu ligan (Biology. 0.3 Prosedur Kerja Cara kerja pada praktikum ini dimulai dengan persiapan spektrofotometri.1 Analisa Prosedur Prosedur dalam praktikum kali ini dimulai dengan pelabelan tabung reaksi. 0. Ovalbumin ini merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. Panjang gelombang yang digunakan diganti dengan λ 596 nm. BAB III HASIL DAN PEMBAHASAN 3.40. Setelah itu. Sampel dimasukkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 3 ml dengan proporsi ovalbumin dan aquadest yang berbeda-beda. setiap tabung ditambah dengan CBB-G250 sebanyak 2 ml. Dalam praktikum ini ovalbumin berfungsi sebagai ligan yang membentuk ikatan dengan ovalbumin. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetanhe yang berikatan cukup kuat akibat adanya kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3 (Sambrook dan Russell.2. 0. 1964).20 ml). Setelah itu. Cara ini berfungsi untuk memaksimalkan percampuran antara ovalbumin dan CBB. Nilai . 0.6. Untuk pengukuran absorbansi.025. 0. Setelah itu.1. Tabung reaksi ditutup dengan plastic warp dan digoyang-goyang pelan beberapa kali (tidak sampai terbentuk busa). Tabung tersebut kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit untuk memaksimalkan pengikatan CBB dengan ovalbumin. Setelah tabung diberi label.

Ovalbumin yang telah berikatan dengan ligan. Berikut akan disajikan grafik hungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi. Semakin banyak kadar protein maka akan semakin banyak interaksi ligan-protein yang terjadi. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. Sebaliknya. Dalam hal ini.2 Analisa Hasil Berdasarkan hasil pengamatan dan pengukuran nilai absorbansi pada masing-masing tabung dengan kadar ovalbumin berbeda diperoleh hasil bahwa semakin tinggi kadar ovalbumin maka semakin tinggi nilai absorbansinya. ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan ligan. Gambar 1. Protein ini memiliki kadar sekitar 60-65% dari total protein yang ada pada telur. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan . 3. Dapat dikatakan bahwa terdapat hubungan yang berbanding lurus antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansinya. Ovalbumin dalam tabung reaksi akan berikatan dengan CBB yang ditambahkan. akan membentuk warna yang akan menunjukkan nilai absorbansi dalam spektrofotometri. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Hubungan kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi Ovalbumin merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. yaitu CBB G-250. Hal ini akan menyebabkan nilai absorbansi dari suatu sampel juga akan meningkat. Timbulnya ikatan ini disebabkan adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin.absorbansi ini menunjukkan banyaknya ovalbumin yang berikatan dengan CBBG250. semakin kecil kadar ovalbumin maka semakin rendah nilai absorbansinya.

CBB G-250 merupakan ligan yang memiliki rumus molekul C47H50N3O7S2. ikatan hidrogen.maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. dan interaksi fingerprinting kompleks protein ligan yang terbentuk. CBB G-250 (Roe. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking. 2007). dkk. Konstanta inhibisi merupakan kestabilan kompleks yang terbentuk antara protein dengan ligan.. Sehingga peningkatan nilai absorbansi tersebut berbanding lurus dengan banyaknya ikatan yang terjadi antara CBB G-250 dengan ovalbumin (Campbell. Berikut merupakan rumus struktur dari CBB G250 (Campbell. Ligan yang digunakan dalam praktikum ini ialah CBB G-250. besar energi bebas pengikatan. 2002).. Sedangkan interaksi fingerprinting merupakan ciri khas yang dibentuk oleh interaksi elektrostatik. Beberapa contoh mekanisme interaksi sel yang diperantarai protein dan ligan adalah sebagai berikut: 1. dkk. Gambar 2. Interaksi antara protein ligan ditentukan oleh beberapa parameter antara lain. Diantara titik temu tersebut terdapat celah sinaps. Contoh: nourotransmitter dalam syaraf sebagai ligan ditangkap oleh reseptor sel jaringan sebagai protein dimana . interaksi antara protein dengan ligan dan protein lain dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang kompleks. Menurut Kavraki (2007). Energi bebas pengikatan dapat mengindikasikan spontanitas reaksi. Sinaps Sinaps adalah titik temu antara satu neuron dengan neuron lainnya. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. CBB G-250 yang telah terikat akan memberi warna pada ovalbumin dan akan meningkatkan absorbansi dari CBB itu sendiri. konstanta inhibisi. 2001) Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. maupun ikatan van der walls pada sisi katalitik protein oleh ligan. Celah sinaps merupakan tempat terjadinya pemindahan impuls.

Endokrin Sistem endokrin adalah sistem kontrol kelenjar tanpa saluran yang menghasilkan hormon.interaksi tersebut menyebabkan terbukanya gerbang pada membran sel dan impuls syaraf dapat masuk dan diterima sel pada jaringan tersebut (Universe. . Mekanisme impuls saraf pada sinaps (Universe. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel terget merupakan protein. Hormon tersebut tersirkulasi di tubuh melalui aliran darah untuk mempengaruhi organ-organ lain. 2004). Contoh: sekresi hormon Insulin oleh sel β pankreas sebagai ligan yang akan dibawa melalui sirkulasi darah ke organ targetnya yaitu reseptor sel-sel hepar sebagai protein (Indah. 2011) 2. 2011). Ligan Protein Gambar 3.

Ligan protein Gambar 4. Ligan Protein Gambar 5. 2009) 3. Mekanisme endokrin (Stevens dan Lowe. Mekanisme autokrin (Stevens dan Lowe. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel itu sendiri berperan sebagai protein. Autokrin Autokrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut bertugas untuk mempengaruhi sel itu sendiri. 2004). 2009) . Contoh: secara khusus kerja autokrin pada sel kanker yang mensintesis berbagai produk onkogen sebagi ligan yang bertindak dalam sel yang sama dan diterima oleh reseptor sel tersebut sebagai protein untuk merangsang pembelahan sel dan meningkatkan pertumbuhan kanker secara keseluruhan (Indah.

Parakrin Parakrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut akan membengaruhi sel-sel disekitarnya. Kesalahan yang mungkin terjadi dalam praktikum ini ialah kurangnya ketelitian dalam melakukan penambahan aquades. sehingga protein dari ovalbumin dapat mengalami denaturasi. 2004). Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel yang berada disekitarnya berperan sebagai perotein. Ligan Protein Gambar 6. maka nilai absorbansi akan turun. Titik jenuh merupakan titik tertinggi nilai absorbansi dimana jika kadar protein yang diberikan melebihi titik tersebut. 2009) Berdasarkan nilai absorbansi ikatan protein dengan ligan diketahui bahwa nilai absorbansi meningkat seiring meningkatnya kadar protein yang diberikan. Berdasarkan hal tersebut.4. diduga bahwa titik jenuh interaksi protein ligan tidak ditemukan. Hal ini tentunya akan mempengaruhi nilai absorbansi yang dihasilkan dari pada sampel. Kesalahan lain ialah perlakuan yang terlalu keras saat membolak-balik tabung yang telah berisi CBB G-250 dan ovalbumin. Namun melihat grafik hubungan nilai absorbansi dengan kadar protein yaitu ovalbumin. Umumnya peningkatan tersebut akan sampai pada suatu titik yang disebut titik jenuh. Ini dapat . nilai absorbansi meningkat karena jumlah ikatan antara protein dengan ligan. ovalbumin maupun CBB G250 dalam tabung reaksi. Semakin banyak jumlah protein maupun ligan maka jumlah ikatan akan semakin banyak dan nilai absorbansi akan semakin tinggi. Contoh: Steroid seks sebagai ligan yang diterima oleh reseptor sel-sel disekitarnya sebagai protein dalam ovarium. Mekanisme parakrin (Stevens dan Lowe. insulin sebagai ligan yang diproduksi oleh sel β pankreas yang diterima oleh resptor sel-sel disekitarnya sebagi protein sehingga menstimulasi sel β yang lain untuk ikut memproduksi insulin (Indah.

menyebabkan kurangnya interaksi yang terjadi antara ovalbumin dan CBB G-250 sehingga akan berpengaruh pula pada nilai absorbansi yang dihasilkan. interaksi antara CBB G-250 sebagi ligan dan ovalbumin sebagai protein dapat terjadi karena adanya reseptor pada permukaan sel ovalbumin. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. Disamping itu lamanya waktu inkubasi juga akan mempengaruhi hasil absorbansi. Hal tersebut dimaksudkan agar waktu inkubasi tiap larutan tidak melebihi 15 menit. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. 4.2 Saran Disarankan untuk praktikum selanjutnya agar penambahan CBB G-250 ke dalam ovalbumin pada tiap kelompok diberi jarak minimal 5 menit. Reseptor sel mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya apabila sel berikatan dengan ligan yang spesifik. mengingat perhitungan absorbansi dilakukan satu persatu dan membutuhkan waktu yang tidak sedikit.1 Kesimpulan Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa. BAB IV PENUTUP 4. .

org/ content /m11456/ latest/. Russell. Yogyakarta Universe. Ovalbumin. M. Fisiologi Komunikasi Antar dan Intra sel.org/ovalbumin. 1964. Departemen FKUI. http:// cnx. H. Diakses 30 November 2011 Kavraki. J dan D. Biology 6th Edition. Freeman Company. Protein Purification Techniques: A Practical Approach. Neurons and Nerves. 2004. http://repository. 2011. http://paper6textcube. S. W. 2005. Diakses 29 November 2011 Roe. Penerbit Liberty. Oxford Sambrook. USA Ibrahim. Jakarta Indah. J. A. Diakses 30 November 2011 Sudarmaji. dan Lowe. dkk. Analisa Bahan Makanan dan Pertanian. New York Clark. Pearson Education.html. and Endocrine.usu. Experimental Biochemistry. S. Diakses 29 November 2011 Campbell. dan L. 2000. 1989. E. Diakses 30 November 2011 . Mekanisme Kerja Hormon. 2009.id/bitstream/123456789/3541/1/biokimia-mutiara2. The Condensed Protocol for Molecular Cloning: A Laboratory Manual. http://www. J. N. CSHL Press. Protein-Ligand Docking.html.biology-online. 2007.com/2009/10/autocrine-paracrine-endocrine. N. B. G.. 2001. Including Flexible Ligand Docking (online). Oxford University Press. Mitchell.ac. Paracrine. M. Autocrine. Reece. 2002. L. Inc. W. 2009.DAFTAR PUSTAKA Biology.pdf. USA Stevens. http://universe-review.ca/R10-16-ANS.htm.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful