LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI SEL INTERAKSI PROTEIN-LIGAN

Tanggal Praktikum Nama NIM Kelompok Asisten

: 17 November 2011 : Dinia Rizqi D : 105090100111005 :4 : Moch Hardi Baramada

LABORATORIUM FISIOLOGI KULTUR JARINGAN TUMBUHAN DAN MIKROTEKNIK JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

.

LEMBAR PERNYATAAN .

protein . Malang Abstrak Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. ligan. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. Semakin banyak jumlahnya maka ikatan yang terbentuk juga semakin banyak. ovalbumin. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Berdasarkan pengukuran nilai absorbansi diperoleh hasil bahwa hubungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi adalah berbanding lurus. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. Hal tersebut dapat terjadi karena ikatan yang terbentuk antara ovalbumin dan CBB G-250 semakin banyak sehingga nilai absorbansinya juga semakin tinggi. Selanjutnya larutan diukur nilai absorbansinya.INTERAKSI PROTEIN-LIGAN Dinia Rizqi Dwijayanti Jurusan Biologi. Interaksi ini terbentuk karena adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. Universitas Brawijaya. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. Kata kunci : CBB G-250. Tujuan praktikum ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. Kesimpulan dari praktikum ini adalah besarnya ikatan antara protein ligan dipengaruhi oleh jumlah protein maupun ligan tersebut. Metode yang dilakukan adalah mereaksikan ovalbumin sebagi protein dengan CBB G-250 sebagai ligan dengan inkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. interaksi.

Seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. di dalam sel akan terjadi serangkaian proses biokimia yang akan merespon induksi. Interaksi antara protein dengan ligan dan dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang bersifat kompleks. O (21-23. Selanjutnya. hidrogen.BAB I PENDAHULUAN 1. (2002). 3. Interaksi antara protein . Ligan adalah suatu mikromolekul yang memiliki kemampuan mengikat molekul yang lebih besar. oksigen. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. Keistimewaan lain dari protein ini adalah strukturnya yang mengandung N (15. H (6.30-18%). antara lain: 1. Interaksi ini juga merupakan metode komunikasi antar sel. Limfotoksin sebagai ligan berikatan dengan reseptor sebagai protein sehingga menyebabkan sel terinduksi untuk melakukan apoptosis.40%). Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan.1 Dasar Teori Protein merupakan senyawa organik kompleks yang memiliki berat molekul tinggi. Pertaman. Molekul protein mengandung karbon. Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. Ligan yang sama dapat menyebabkan perubahan konformasi berbeda pada tiap makromolekul yang mengikatnya (Kavraki. 2. Proses tersebut menghasilkan respon yang bersifat lokal dan terkadang juga diinduksikan kepada sel yang lainnya. Protein adalah salah satu bio-makromolekul yang penting perananya bagi semua organisme. ikatan antar molekul yang berinteraksi sangat dekat. dkk.8-2%). dan S kadang-kadang P. interaksi antara protein dan ligan pada umumnya merupakan awal dari terjadinya komunikasi antarsel . Fe dan Cu (sebagai senyawa kompleks dengan protein) (Sudarmaji. Interaksi antara protein dengan ligan terjadi melalui 2 mekanisme. 2007). Contoh interaksi antara protein dan ligan menurut Campbell. O (seperti juga karbohidrat dan lemak). H. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking (Kavraki. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor.30%). selektif dan spesifik. S (0. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Protein juga berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. 2007). interaksi yang terbentuk karena adanya ikatan nonkovalen dan ikatan lemah. C (52.50%). Kedua. disamping C. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. Hal tersebut menyebabkan molekul ini mengalami perubahan konformasi. TNF-α sebagai ligan berikatan dengan permukaan sel sebagai protein sehingga sel terinduksi untuk melakukan apoptosis.90-7. Respon tersebut sesuai dengan jenis ligan yang mengikat reseptor pada sel yang bersangkutan. Asetilkolin sebagai ligan berikatan dengan heart muscle cell sebagai reseptor sehingga mengakibatkan heart muscle cell mengalami relaksasi. 1989).

CBB memiliki niilai absorbansi 575-625 nm. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetahne yang memiliki ikatan kuat. spektrofotometer UV-Vis. Ikatan pada CBB merupakan kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3. Disamping itu dapat juga dimanfaatkan untuk menstimulasi reaksi alergi dan penanda pada subyek yang mengandung logam berat (Sambrook dan Russell. Pada beberapa penelitian.15-13. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Universitas Brawijaya. . dan bertempat di Laboratorium Fisiologi Kultur Jaringan Tumbuhan dan Mikroteknik.dan ligan juga menyebabkan adanya perubahan sinyal di dalam sel.2 Tujuan Tujuan dilaksanakannnya praktikum yang berjudul “Interaksi Protein-Ligan” ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. Commasie Briliant Blue G-250 dan pelarutnya serta plastic warp. Ovalbumin adalah protein albumin yang terdapat pada putih telur. Second messenger berguna untuk mengubah kegiatan enzim khususnya protein kinase. Fosforilasi protein atau kegiatan ion kalsium akan mengubah fungsi sel sebagai respon sel (Ibrahim. CBB berfungsi untuk pewarnaan protein yang telah diberi perlakuan elektroforesis dengan gel polyacrylamide. Ovalbumin memiliki kadar protein sekitar 60-65% dari total protein yang terdapat pada telur. Hasil pewarnaan didasarkan pada pernyataan hukum Lambert-Beer dimana hasil tersebut diperoleh sebanding dengan jumlah protein pada sampel (Sambrook dan Russell. BAB II METODE 2.2 Bahan dan Alat Bahan-bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah larutan ovalbumin (20 mg/ml) dalam aquades. ovalbumin biasanya digunakan sebagai penanda berat molekul pada gel elektroforesis. Sinyal molekul ektraselular yang berikatan akan mengaktifkan protein kinase dan second messenger.00 WIB. 2005). cuvet 3 ml berbahan dasar gelas. Fungsi ovalbumin bagi telur itu sendiri adalah sebagai cadangan makanan bagi embrio yang sedang mengalami perkembangan. 1. Jurusan Biologi. 17 November 2011.1 Waktu dan Tempat Praktikum Biologi Sel yang berjudul Interaksi Protein-Ligan dilaksanakan pada hari Kamis. 2000). Malang. menggiatkan kanal ion tertentu. 2. dan tabung reaksi. 2000). meningkatkan ion kalsium intrasel. pukul 10. Peralatan yang digunakan meliputi mikropipet dan tip.

dimulai pengukuran dengan spektrofotometer.40. Tabung tersebut kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit untuk memaksimalkan pengikatan CBB dengan ovalbumin. Ovalbumin ini merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. setiap tabung ditambah dengan CBB-G250 sebanyak 2 ml. Hal ini dikarenakan tabung dengan label berbeda dapat mempermudah dalam identifikasi sampel. Aquadest berfungsi pelarut sebagai pelarut dan untuk menzeroing spektrofotometer. 0.60. Nilai .4. dan 1 ml). sampel disiapkan terlebih dahulu yaitu CBB G-250.1 Analisa Prosedur Prosedur dalam praktikum kali ini dimulai dengan pelabelan tabung reaksi. 0. Tabung reaksi ditutup dengan plastic warp dan digoyang-goyang pelan beberapa kali (tidak sampai terbentuk busa).80.G250. ovalbumin. Tabung reaksi yang telah ditutup tersebut diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. Setelah itu. 2000). masing-masing tabung dimasukkan dalam spektrofotometer untuk pengukuran absorbansi dari masing-masing tabung. Dalam praktikum ini ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan suatu ligan (Biology. 0. Tiap larutan dibuat duplo sebagi perbandingan.025. BAB III HASIL DAN PEMBAHASAN 3. 0. 0.6. Dalam praktikum ini ovalbumin berfungsi sebagai ligan yang membentuk ikatan dengan ovalbumin. Prosedur ini diawali dengan dinyalakannya tombol ON pada spektrofotometer dan “Zeroing Pertama” dijalankan.1. Tabung yang telah ditambah ovalbumin kemudian ditutup dengan plastic warp dan digoyang perlahan beberapa kali. Untuk pengukuran absorbansi. Cara ini berfungsi untuk memaksimalkan percampuran antara ovalbumin dan CBB. 0.975. Setelah tabung diberi label.95. Tabung yang telah berisi aquades tersebut selanjutnya ditambah ovalbumin dengan volume yang berbeda pula ( 0. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetanhe yang berikatan cukup kuat akibat adanya kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3 (Sambrook dan Russell. dan aquadest. 0. Setelah itu. Sampel dimasukkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 3 ml dengan proporsi ovalbumin dan aquadest yang berbeda-beda.3 Prosedur Kerja Cara kerja pada praktikum ini dimulai dengan persiapan spektrofotometri. 0. Setelah itu. Panjang gelombang yang digunakan diganti dengan λ 596 nm. 0.8. spektrofotometer dibiarkan sambil menunggu penggunaan. tabung yang telah berisi ditambah aquades dengan volume berbeda (0. Denaturasi merupakan perubahan struktur alami dari protein yang mengakibatkan protein tidak dapat lagi berfungsi sebagaimana mestinya (Clark.20 ml).90. 1964).05. Tabung digoyang secara perlahan agar protein dalam ovalbumin tidak mengalami denaturasi.2. dan 0. Selanjutnya. 2009). 0. 0.2.

yaitu CBB G-250. Sebaliknya. Dapat dikatakan bahwa terdapat hubungan yang berbanding lurus antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansinya. semakin kecil kadar ovalbumin maka semakin rendah nilai absorbansinya. Berikut akan disajikan grafik hungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi. Protein ini memiliki kadar sekitar 60-65% dari total protein yang ada pada telur.2 Analisa Hasil Berdasarkan hasil pengamatan dan pengukuran nilai absorbansi pada masing-masing tabung dengan kadar ovalbumin berbeda diperoleh hasil bahwa semakin tinggi kadar ovalbumin maka semakin tinggi nilai absorbansinya. Dalam hal ini. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. 3.absorbansi ini menunjukkan banyaknya ovalbumin yang berikatan dengan CBBG250. ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan ligan. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan . akan membentuk warna yang akan menunjukkan nilai absorbansi dalam spektrofotometri. Hal ini akan menyebabkan nilai absorbansi dari suatu sampel juga akan meningkat. Ovalbumin yang telah berikatan dengan ligan. Ovalbumin dalam tabung reaksi akan berikatan dengan CBB yang ditambahkan. Hubungan kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi Ovalbumin merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. Semakin banyak kadar protein maka akan semakin banyak interaksi ligan-protein yang terjadi. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Gambar 1. Timbulnya ikatan ini disebabkan adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin.

Energi bebas pengikatan dapat mengindikasikan spontanitas reaksi. Gambar 2. Sehingga peningkatan nilai absorbansi tersebut berbanding lurus dengan banyaknya ikatan yang terjadi antara CBB G-250 dengan ovalbumin (Campbell. Celah sinaps merupakan tempat terjadinya pemindahan impuls.maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. maupun ikatan van der walls pada sisi katalitik protein oleh ligan. 2001) Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen.. CBB G-250 yang telah terikat akan memberi warna pada ovalbumin dan akan meningkatkan absorbansi dari CBB itu sendiri. Interaksi antara protein ligan ditentukan oleh beberapa parameter antara lain. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. Sedangkan interaksi fingerprinting merupakan ciri khas yang dibentuk oleh interaksi elektrostatik. 2002). konstanta inhibisi. Diantara titik temu tersebut terdapat celah sinaps. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking. CBB G-250 (Roe. ikatan hidrogen. Konstanta inhibisi merupakan kestabilan kompleks yang terbentuk antara protein dengan ligan. Berikut merupakan rumus struktur dari CBB G250 (Campbell. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. CBB G-250 merupakan ligan yang memiliki rumus molekul C47H50N3O7S2. Sinaps Sinaps adalah titik temu antara satu neuron dengan neuron lainnya. interaksi antara protein dengan ligan dan protein lain dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang kompleks.. Menurut Kavraki (2007). dan interaksi fingerprinting kompleks protein ligan yang terbentuk. dkk. Beberapa contoh mekanisme interaksi sel yang diperantarai protein dan ligan adalah sebagai berikut: 1. Ligan yang digunakan dalam praktikum ini ialah CBB G-250. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. dkk. 2007). Contoh: nourotransmitter dalam syaraf sebagai ligan ditangkap oleh reseptor sel jaringan sebagai protein dimana . besar energi bebas pengikatan.

Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel terget merupakan protein. 2004). . Mekanisme impuls saraf pada sinaps (Universe. 2011). 2011) 2. Hormon tersebut tersirkulasi di tubuh melalui aliran darah untuk mempengaruhi organ-organ lain. Ligan Protein Gambar 3. Contoh: sekresi hormon Insulin oleh sel β pankreas sebagai ligan yang akan dibawa melalui sirkulasi darah ke organ targetnya yaitu reseptor sel-sel hepar sebagai protein (Indah. Endokrin Sistem endokrin adalah sistem kontrol kelenjar tanpa saluran yang menghasilkan hormon.interaksi tersebut menyebabkan terbukanya gerbang pada membran sel dan impuls syaraf dapat masuk dan diterima sel pada jaringan tersebut (Universe.

Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel itu sendiri berperan sebagai protein.Ligan protein Gambar 4. Ligan Protein Gambar 5. Contoh: secara khusus kerja autokrin pada sel kanker yang mensintesis berbagai produk onkogen sebagi ligan yang bertindak dalam sel yang sama dan diterima oleh reseptor sel tersebut sebagai protein untuk merangsang pembelahan sel dan meningkatkan pertumbuhan kanker secara keseluruhan (Indah. Mekanisme endokrin (Stevens dan Lowe. Autokrin Autokrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut bertugas untuk mempengaruhi sel itu sendiri. 2009) 3. Mekanisme autokrin (Stevens dan Lowe. 2004). 2009) .

Mekanisme parakrin (Stevens dan Lowe. Namun melihat grafik hubungan nilai absorbansi dengan kadar protein yaitu ovalbumin. Hal ini tentunya akan mempengaruhi nilai absorbansi yang dihasilkan dari pada sampel. Kesalahan lain ialah perlakuan yang terlalu keras saat membolak-balik tabung yang telah berisi CBB G-250 dan ovalbumin. Parakrin Parakrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut akan membengaruhi sel-sel disekitarnya. Contoh: Steroid seks sebagai ligan yang diterima oleh reseptor sel-sel disekitarnya sebagai protein dalam ovarium. Umumnya peningkatan tersebut akan sampai pada suatu titik yang disebut titik jenuh. 2004). insulin sebagai ligan yang diproduksi oleh sel β pankreas yang diterima oleh resptor sel-sel disekitarnya sebagi protein sehingga menstimulasi sel β yang lain untuk ikut memproduksi insulin (Indah. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel yang berada disekitarnya berperan sebagai perotein. Semakin banyak jumlah protein maupun ligan maka jumlah ikatan akan semakin banyak dan nilai absorbansi akan semakin tinggi.4. Kesalahan yang mungkin terjadi dalam praktikum ini ialah kurangnya ketelitian dalam melakukan penambahan aquades. diduga bahwa titik jenuh interaksi protein ligan tidak ditemukan. Ligan Protein Gambar 6. Berdasarkan hal tersebut. 2009) Berdasarkan nilai absorbansi ikatan protein dengan ligan diketahui bahwa nilai absorbansi meningkat seiring meningkatnya kadar protein yang diberikan. Ini dapat . sehingga protein dari ovalbumin dapat mengalami denaturasi. Titik jenuh merupakan titik tertinggi nilai absorbansi dimana jika kadar protein yang diberikan melebihi titik tersebut. maka nilai absorbansi akan turun. ovalbumin maupun CBB G250 dalam tabung reaksi. nilai absorbansi meningkat karena jumlah ikatan antara protein dengan ligan.

. mengingat perhitungan absorbansi dilakukan satu persatu dan membutuhkan waktu yang tidak sedikit. Hal tersebut dimaksudkan agar waktu inkubasi tiap larutan tidak melebihi 15 menit. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. 4. BAB IV PENUTUP 4.2 Saran Disarankan untuk praktikum selanjutnya agar penambahan CBB G-250 ke dalam ovalbumin pada tiap kelompok diberi jarak minimal 5 menit.menyebabkan kurangnya interaksi yang terjadi antara ovalbumin dan CBB G-250 sehingga akan berpengaruh pula pada nilai absorbansi yang dihasilkan. Disamping itu lamanya waktu inkubasi juga akan mempengaruhi hasil absorbansi.1 Kesimpulan Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. Reseptor sel mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya apabila sel berikatan dengan ligan yang spesifik. interaksi antara CBB G-250 sebagi ligan dan ovalbumin sebagai protein dapat terjadi karena adanya reseptor pada permukaan sel ovalbumin.

Biology 6th Edition. 2005.com/2009/10/autocrine-paracrine-endocrine. E. The Condensed Protocol for Molecular Cloning: A Laboratory Manual.ca/R10-16-ANS. Penerbit Liberty. Mitchell. Departemen FKUI. Diakses 29 November 2011 Roe. Oxford University Press. Including Flexible Ligand Docking (online). 2004. http://repository.id/bitstream/123456789/3541/1/biokimia-mutiara2. N. Diakses 30 November 2011 .pdf. Protein Purification Techniques: A Practical Approach. 2002. dkk.ac. A. USA Ibrahim. Paracrine. Freeman Company. http:// cnx. CSHL Press. http://universe-review. W. Experimental Biochemistry. Diakses 30 November 2011 Kavraki. Diakses 30 November 2011 Sudarmaji. dan Lowe. Russell. Yogyakarta Universe. M. 2000. G. 2009. New York Clark.htm. Analisa Bahan Makanan dan Pertanian. J. Protein-Ligand Docking.html.DAFTAR PUSTAKA Biology. Ovalbumin. http://paper6textcube. Oxford Sambrook. Jakarta Indah. N. Reece. Diakses 29 November 2011 Campbell. S. Autocrine. 2011.usu. 1989. USA Stevens. and Endocrine. J.biology-online. Fisiologi Komunikasi Antar dan Intra sel. M. Pearson Education. Neurons and Nerves. http://www. B. Inc..html. 2001. S. dan L. Mekanisme Kerja Hormon. 2009. J dan D.org/ovalbumin. org/ content /m11456/ latest/. 2007. L. H. W. 1964.