LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI SEL INTERAKSI PROTEIN-LIGAN

Tanggal Praktikum Nama NIM Kelompok Asisten

: 17 November 2011 : Dinia Rizqi D : 105090100111005 :4 : Moch Hardi Baramada

LABORATORIUM FISIOLOGI KULTUR JARINGAN TUMBUHAN DAN MIKROTEKNIK JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

.

LEMBAR PERNYATAAN .

ovalbumin. Selanjutnya larutan diukur nilai absorbansinya. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. interaksi. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Kesimpulan dari praktikum ini adalah besarnya ikatan antara protein ligan dipengaruhi oleh jumlah protein maupun ligan tersebut. protein . Metode yang dilakukan adalah mereaksikan ovalbumin sebagi protein dengan CBB G-250 sebagai ligan dengan inkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. Universitas Brawijaya. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. Interaksi ini terbentuk karena adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. Hal tersebut dapat terjadi karena ikatan yang terbentuk antara ovalbumin dan CBB G-250 semakin banyak sehingga nilai absorbansinya juga semakin tinggi.INTERAKSI PROTEIN-LIGAN Dinia Rizqi Dwijayanti Jurusan Biologi. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. ligan. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Semakin banyak jumlahnya maka ikatan yang terbentuk juga semakin banyak. Kata kunci : CBB G-250. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. Tujuan praktikum ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. Malang Abstrak Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. Berdasarkan pengukuran nilai absorbansi diperoleh hasil bahwa hubungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi adalah berbanding lurus.

3. Hal tersebut menyebabkan molekul ini mengalami perubahan konformasi. Ligan adalah suatu mikromolekul yang memiliki kemampuan mengikat molekul yang lebih besar. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking (Kavraki. H (6. Interaksi ini juga merupakan metode komunikasi antar sel. antara lain: 1. O (21-23. Interaksi antara protein . H. Protein juga berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. oksigen. interaksi antara protein dan ligan pada umumnya merupakan awal dari terjadinya komunikasi antarsel .30-18%). dan S kadang-kadang P. 2007). Ligan yang sama dapat menyebabkan perubahan konformasi berbeda pada tiap makromolekul yang mengikatnya (Kavraki. Protein adalah salah satu bio-makromolekul yang penting perananya bagi semua organisme. Seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. Interaksi antara protein dengan ligan dan dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang bersifat kompleks.BAB I PENDAHULUAN 1. Interaksi antara protein dengan ligan terjadi melalui 2 mekanisme. Pertaman. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Proses tersebut menghasilkan respon yang bersifat lokal dan terkadang juga diinduksikan kepada sel yang lainnya.90-7. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Contoh interaksi antara protein dan ligan menurut Campbell. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. 2. 2007). Selanjutnya. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. Respon tersebut sesuai dengan jenis ligan yang mengikat reseptor pada sel yang bersangkutan.40%). Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik.8-2%). Keistimewaan lain dari protein ini adalah strukturnya yang mengandung N (15. 1989). dkk. Fe dan Cu (sebagai senyawa kompleks dengan protein) (Sudarmaji. Kedua.50%). (2002). Limfotoksin sebagai ligan berikatan dengan reseptor sebagai protein sehingga menyebabkan sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. TNF-α sebagai ligan berikatan dengan permukaan sel sebagai protein sehingga sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. S (0. di dalam sel akan terjadi serangkaian proses biokimia yang akan merespon induksi. Asetilkolin sebagai ligan berikatan dengan heart muscle cell sebagai reseptor sehingga mengakibatkan heart muscle cell mengalami relaksasi.1 Dasar Teori Protein merupakan senyawa organik kompleks yang memiliki berat molekul tinggi. hidrogen. ikatan antar molekul yang berinteraksi sangat dekat. C (52. disamping C. Molekul protein mengandung karbon. Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. O (seperti juga karbohidrat dan lemak). selektif dan spesifik. interaksi yang terbentuk karena adanya ikatan nonkovalen dan ikatan lemah.30%).

dan ligan juga menyebabkan adanya perubahan sinyal di dalam sel. Fungsi ovalbumin bagi telur itu sendiri adalah sebagai cadangan makanan bagi embrio yang sedang mengalami perkembangan. pukul 10. dan bertempat di Laboratorium Fisiologi Kultur Jaringan Tumbuhan dan Mikroteknik. Disamping itu dapat juga dimanfaatkan untuk menstimulasi reaksi alergi dan penanda pada subyek yang mengandung logam berat (Sambrook dan Russell. 2. 2000). cuvet 3 ml berbahan dasar gelas. Hasil pewarnaan didasarkan pada pernyataan hukum Lambert-Beer dimana hasil tersebut diperoleh sebanding dengan jumlah protein pada sampel (Sambrook dan Russell. Ikatan pada CBB merupakan kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3. Fosforilasi protein atau kegiatan ion kalsium akan mengubah fungsi sel sebagai respon sel (Ibrahim. Jurusan Biologi. meningkatkan ion kalsium intrasel. BAB II METODE 2. ovalbumin biasanya digunakan sebagai penanda berat molekul pada gel elektroforesis. Ovalbumin memiliki kadar protein sekitar 60-65% dari total protein yang terdapat pada telur.2 Tujuan Tujuan dilaksanakannnya praktikum yang berjudul “Interaksi Protein-Ligan” ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul.2 Bahan dan Alat Bahan-bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah larutan ovalbumin (20 mg/ml) dalam aquades. Pada beberapa penelitian. dan tabung reaksi.00 WIB. CBB memiliki niilai absorbansi 575-625 nm. menggiatkan kanal ion tertentu. Ovalbumin adalah protein albumin yang terdapat pada putih telur. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. CBB berfungsi untuk pewarnaan protein yang telah diberi perlakuan elektroforesis dengan gel polyacrylamide. Malang. Peralatan yang digunakan meliputi mikropipet dan tip. 17 November 2011. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetahne yang memiliki ikatan kuat. Universitas Brawijaya.15-13.1 Waktu dan Tempat Praktikum Biologi Sel yang berjudul Interaksi Protein-Ligan dilaksanakan pada hari Kamis. Second messenger berguna untuk mengubah kegiatan enzim khususnya protein kinase. 1. Commasie Briliant Blue G-250 dan pelarutnya serta plastic warp. 2000). Sinyal molekul ektraselular yang berikatan akan mengaktifkan protein kinase dan second messenger. . 2005). spektrofotometer UV-Vis.

Hal ini dikarenakan tabung dengan label berbeda dapat mempermudah dalam identifikasi sampel. Dalam praktikum ini ovalbumin berfungsi sebagai ligan yang membentuk ikatan dengan ovalbumin. 0. 0. 0. 2009).20 ml). Tabung tersebut kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit untuk memaksimalkan pengikatan CBB dengan ovalbumin. dan aquadest.80.G250.4.05. 0. Setelah tabung diberi label. spektrofotometer dibiarkan sambil menunggu penggunaan. 0. 2000).975. BAB III HASIL DAN PEMBAHASAN 3. Panjang gelombang yang digunakan diganti dengan λ 596 nm.95. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetanhe yang berikatan cukup kuat akibat adanya kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3 (Sambrook dan Russell. Denaturasi merupakan perubahan struktur alami dari protein yang mengakibatkan protein tidak dapat lagi berfungsi sebagaimana mestinya (Clark. 0. Tabung yang telah berisi aquades tersebut selanjutnya ditambah ovalbumin dengan volume yang berbeda pula ( 0.1 Analisa Prosedur Prosedur dalam praktikum kali ini dimulai dengan pelabelan tabung reaksi. 0. Prosedur ini diawali dengan dinyalakannya tombol ON pada spektrofotometer dan “Zeroing Pertama” dijalankan.8. Tiap larutan dibuat duplo sebagi perbandingan. 0.90. Tabung digoyang secara perlahan agar protein dalam ovalbumin tidak mengalami denaturasi.6. Dalam praktikum ini ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan suatu ligan (Biology. dan 0. Tabung reaksi ditutup dengan plastic warp dan digoyang-goyang pelan beberapa kali (tidak sampai terbentuk busa). setiap tabung ditambah dengan CBB-G250 sebanyak 2 ml. Tabung yang telah ditambah ovalbumin kemudian ditutup dengan plastic warp dan digoyang perlahan beberapa kali. Tabung reaksi yang telah ditutup tersebut diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. 0.2. Nilai .025. 1964). Setelah itu. Untuk pengukuran absorbansi.60. tabung yang telah berisi ditambah aquades dengan volume berbeda (0. ovalbumin. masing-masing tabung dimasukkan dalam spektrofotometer untuk pengukuran absorbansi dari masing-masing tabung. Setelah itu. sampel disiapkan terlebih dahulu yaitu CBB G-250. 0. Setelah itu. Ovalbumin ini merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. dan 1 ml).2. Aquadest berfungsi pelarut sebagai pelarut dan untuk menzeroing spektrofotometer. Cara ini berfungsi untuk memaksimalkan percampuran antara ovalbumin dan CBB. Sampel dimasukkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 3 ml dengan proporsi ovalbumin dan aquadest yang berbeda-beda.40. Selanjutnya. 0.3 Prosedur Kerja Cara kerja pada praktikum ini dimulai dengan persiapan spektrofotometri. dimulai pengukuran dengan spektrofotometer.1.

Timbulnya ikatan ini disebabkan adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin.absorbansi ini menunjukkan banyaknya ovalbumin yang berikatan dengan CBBG250. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan . Dapat dikatakan bahwa terdapat hubungan yang berbanding lurus antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansinya. Semakin banyak kadar protein maka akan semakin banyak interaksi ligan-protein yang terjadi. yaitu CBB G-250. semakin kecil kadar ovalbumin maka semakin rendah nilai absorbansinya. 3. Protein ini memiliki kadar sekitar 60-65% dari total protein yang ada pada telur. akan membentuk warna yang akan menunjukkan nilai absorbansi dalam spektrofotometri. Ovalbumin yang telah berikatan dengan ligan. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Sebaliknya. Hubungan kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi Ovalbumin merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. Dalam hal ini. Ovalbumin dalam tabung reaksi akan berikatan dengan CBB yang ditambahkan. Hal ini akan menyebabkan nilai absorbansi dari suatu sampel juga akan meningkat. Berikut akan disajikan grafik hungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi. Gambar 1. ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan ligan.2 Analisa Hasil Berdasarkan hasil pengamatan dan pengukuran nilai absorbansi pada masing-masing tabung dengan kadar ovalbumin berbeda diperoleh hasil bahwa semakin tinggi kadar ovalbumin maka semakin tinggi nilai absorbansinya.

. dkk. Menurut Kavraki (2007). ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. dan interaksi fingerprinting kompleks protein ligan yang terbentuk. Interaksi antara protein ligan ditentukan oleh beberapa parameter antara lain. Konstanta inhibisi merupakan kestabilan kompleks yang terbentuk antara protein dengan ligan. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking. 2001) Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. CBB G-250 merupakan ligan yang memiliki rumus molekul C47H50N3O7S2. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. konstanta inhibisi. CBB G-250 yang telah terikat akan memberi warna pada ovalbumin dan akan meningkatkan absorbansi dari CBB itu sendiri. Sedangkan interaksi fingerprinting merupakan ciri khas yang dibentuk oleh interaksi elektrostatik. Berikut merupakan rumus struktur dari CBB G250 (Campbell. Sehingga peningkatan nilai absorbansi tersebut berbanding lurus dengan banyaknya ikatan yang terjadi antara CBB G-250 dengan ovalbumin (Campbell. Gambar 2. CBB G-250 (Roe.maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. 2007). Sinaps Sinaps adalah titik temu antara satu neuron dengan neuron lainnya. maupun ikatan van der walls pada sisi katalitik protein oleh ligan. Energi bebas pengikatan dapat mengindikasikan spontanitas reaksi. Contoh: nourotransmitter dalam syaraf sebagai ligan ditangkap oleh reseptor sel jaringan sebagai protein dimana . interaksi antara protein dengan ligan dan protein lain dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang kompleks.. Ligan yang digunakan dalam praktikum ini ialah CBB G-250. ikatan hidrogen. Diantara titik temu tersebut terdapat celah sinaps. Beberapa contoh mekanisme interaksi sel yang diperantarai protein dan ligan adalah sebagai berikut: 1. 2002). besar energi bebas pengikatan. dkk. Celah sinaps merupakan tempat terjadinya pemindahan impuls.

Contoh: sekresi hormon Insulin oleh sel β pankreas sebagai ligan yang akan dibawa melalui sirkulasi darah ke organ targetnya yaitu reseptor sel-sel hepar sebagai protein (Indah. Endokrin Sistem endokrin adalah sistem kontrol kelenjar tanpa saluran yang menghasilkan hormon. Mekanisme impuls saraf pada sinaps (Universe. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel terget merupakan protein. Hormon tersebut tersirkulasi di tubuh melalui aliran darah untuk mempengaruhi organ-organ lain. 2011) 2. . Ligan Protein Gambar 3. 2004).interaksi tersebut menyebabkan terbukanya gerbang pada membran sel dan impuls syaraf dapat masuk dan diterima sel pada jaringan tersebut (Universe. 2011).

2004). Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel itu sendiri berperan sebagai protein. 2009) . Mekanisme endokrin (Stevens dan Lowe. Mekanisme autokrin (Stevens dan Lowe. 2009) 3. Autokrin Autokrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut bertugas untuk mempengaruhi sel itu sendiri.Ligan protein Gambar 4. Ligan Protein Gambar 5. Contoh: secara khusus kerja autokrin pada sel kanker yang mensintesis berbagai produk onkogen sebagi ligan yang bertindak dalam sel yang sama dan diterima oleh reseptor sel tersebut sebagai protein untuk merangsang pembelahan sel dan meningkatkan pertumbuhan kanker secara keseluruhan (Indah.

Berdasarkan hal tersebut. diduga bahwa titik jenuh interaksi protein ligan tidak ditemukan. Parakrin Parakrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut akan membengaruhi sel-sel disekitarnya. 2004). Contoh: Steroid seks sebagai ligan yang diterima oleh reseptor sel-sel disekitarnya sebagai protein dalam ovarium. ovalbumin maupun CBB G250 dalam tabung reaksi. insulin sebagai ligan yang diproduksi oleh sel β pankreas yang diterima oleh resptor sel-sel disekitarnya sebagi protein sehingga menstimulasi sel β yang lain untuk ikut memproduksi insulin (Indah. Titik jenuh merupakan titik tertinggi nilai absorbansi dimana jika kadar protein yang diberikan melebihi titik tersebut. Mekanisme parakrin (Stevens dan Lowe. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel yang berada disekitarnya berperan sebagai perotein. maka nilai absorbansi akan turun. Umumnya peningkatan tersebut akan sampai pada suatu titik yang disebut titik jenuh. Namun melihat grafik hubungan nilai absorbansi dengan kadar protein yaitu ovalbumin. Kesalahan yang mungkin terjadi dalam praktikum ini ialah kurangnya ketelitian dalam melakukan penambahan aquades.4. Semakin banyak jumlah protein maupun ligan maka jumlah ikatan akan semakin banyak dan nilai absorbansi akan semakin tinggi. nilai absorbansi meningkat karena jumlah ikatan antara protein dengan ligan. Ini dapat . 2009) Berdasarkan nilai absorbansi ikatan protein dengan ligan diketahui bahwa nilai absorbansi meningkat seiring meningkatnya kadar protein yang diberikan. Ligan Protein Gambar 6. Kesalahan lain ialah perlakuan yang terlalu keras saat membolak-balik tabung yang telah berisi CBB G-250 dan ovalbumin. Hal ini tentunya akan mempengaruhi nilai absorbansi yang dihasilkan dari pada sampel. sehingga protein dari ovalbumin dapat mengalami denaturasi.

mengingat perhitungan absorbansi dilakukan satu persatu dan membutuhkan waktu yang tidak sedikit. . Reseptor sel mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya apabila sel berikatan dengan ligan yang spesifik.1 Kesimpulan Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa.menyebabkan kurangnya interaksi yang terjadi antara ovalbumin dan CBB G-250 sehingga akan berpengaruh pula pada nilai absorbansi yang dihasilkan.2 Saran Disarankan untuk praktikum selanjutnya agar penambahan CBB G-250 ke dalam ovalbumin pada tiap kelompok diberi jarak minimal 5 menit. Hal tersebut dimaksudkan agar waktu inkubasi tiap larutan tidak melebihi 15 menit. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. interaksi antara CBB G-250 sebagi ligan dan ovalbumin sebagai protein dapat terjadi karena adanya reseptor pada permukaan sel ovalbumin. Disamping itu lamanya waktu inkubasi juga akan mempengaruhi hasil absorbansi. 4. BAB IV PENUTUP 4.

Russell.ac.biology-online. 2011. Jakarta Indah. Diakses 30 November 2011 . http:// cnx.DAFTAR PUSTAKA Biology. G. Reece. 2007. dan L. Departemen FKUI. Inc. org/ content /m11456/ latest/. Pearson Education. http://repository. 2001. H. 2009. W.pdf. 2000. Biology 6th Edition. New York Clark. 1964. Diakses 29 November 2011 Roe. http://www. The Condensed Protocol for Molecular Cloning: A Laboratory Manual. USA Stevens. Penerbit Liberty. Ovalbumin.. Including Flexible Ligand Docking (online). J. dan Lowe. dkk. B. M. 2004. Diakses 30 November 2011 Sudarmaji. J dan D. J. A. E. Freeman Company. http://universe-review. Diakses 29 November 2011 Campbell. Mekanisme Kerja Hormon. Experimental Biochemistry. Autocrine. S. Protein Purification Techniques: A Practical Approach. Oxford University Press. Oxford Sambrook. L. 1989.com/2009/10/autocrine-paracrine-endocrine.org/ovalbumin. and Endocrine. Neurons and Nerves. 2005. Diakses 30 November 2011 Kavraki. Paracrine.html. Fisiologi Komunikasi Antar dan Intra sel. N.ca/R10-16-ANS. S. N. USA Ibrahim. W. M.id/bitstream/123456789/3541/1/biokimia-mutiara2. http://paper6textcube.html. 2002. Yogyakarta Universe.htm.usu. 2009. Analisa Bahan Makanan dan Pertanian. Protein-Ligand Docking. CSHL Press. Mitchell.