LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI SEL INTERAKSI PROTEIN-LIGAN

Tanggal Praktikum Nama NIM Kelompok Asisten

: 17 November 2011 : Dinia Rizqi D : 105090100111005 :4 : Moch Hardi Baramada

LABORATORIUM FISIOLOGI KULTUR JARINGAN TUMBUHAN DAN MIKROTEKNIK JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

.

LEMBAR PERNYATAAN .

interaksi. ligan. Universitas Brawijaya. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. ovalbumin. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. Interaksi ini terbentuk karena adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Malang Abstrak Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. Metode yang dilakukan adalah mereaksikan ovalbumin sebagi protein dengan CBB G-250 sebagai ligan dengan inkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. Hal tersebut dapat terjadi karena ikatan yang terbentuk antara ovalbumin dan CBB G-250 semakin banyak sehingga nilai absorbansinya juga semakin tinggi. Berdasarkan pengukuran nilai absorbansi diperoleh hasil bahwa hubungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi adalah berbanding lurus. Kesimpulan dari praktikum ini adalah besarnya ikatan antara protein ligan dipengaruhi oleh jumlah protein maupun ligan tersebut. Selanjutnya larutan diukur nilai absorbansinya. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan.INTERAKSI PROTEIN-LIGAN Dinia Rizqi Dwijayanti Jurusan Biologi. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. protein . Tujuan praktikum ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. Semakin banyak jumlahnya maka ikatan yang terbentuk juga semakin banyak. Kata kunci : CBB G-250.

O (seperti juga karbohidrat dan lemak). Interaksi ini juga merupakan metode komunikasi antar sel. 2007). Ligan yang sama dapat menyebabkan perubahan konformasi berbeda pada tiap makromolekul yang mengikatnya (Kavraki. disamping C. Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. Interaksi antara protein dengan ligan terjadi melalui 2 mekanisme. Seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. ikatan antar molekul yang berinteraksi sangat dekat. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik.50%). Asetilkolin sebagai ligan berikatan dengan heart muscle cell sebagai reseptor sehingga mengakibatkan heart muscle cell mengalami relaksasi. O (21-23. Interaksi antara protein . interaksi antara protein dan ligan pada umumnya merupakan awal dari terjadinya komunikasi antarsel . Kedua. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. oksigen.8-2%). Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. hidrogen. di dalam sel akan terjadi serangkaian proses biokimia yang akan merespon induksi. Selanjutnya. Molekul protein mengandung karbon.90-7. 2007).1 Dasar Teori Protein merupakan senyawa organik kompleks yang memiliki berat molekul tinggi. dan S kadang-kadang P. H (6. TNF-α sebagai ligan berikatan dengan permukaan sel sebagai protein sehingga sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. Interaksi antara protein dengan ligan dan dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang bersifat kompleks. 1989). Proses tersebut menghasilkan respon yang bersifat lokal dan terkadang juga diinduksikan kepada sel yang lainnya. selektif dan spesifik. 3. 2. Pertaman.30-18%).BAB I PENDAHULUAN 1. C (52. Protein juga berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. (2002). interaksi yang terbentuk karena adanya ikatan nonkovalen dan ikatan lemah. H. Hal tersebut menyebabkan molekul ini mengalami perubahan konformasi. Protein adalah salah satu bio-makromolekul yang penting perananya bagi semua organisme. Keistimewaan lain dari protein ini adalah strukturnya yang mengandung N (15. Limfotoksin sebagai ligan berikatan dengan reseptor sebagai protein sehingga menyebabkan sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. Contoh interaksi antara protein dan ligan menurut Campbell. Fe dan Cu (sebagai senyawa kompleks dengan protein) (Sudarmaji. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking (Kavraki. dkk. antara lain: 1. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor.30%).40%). Respon tersebut sesuai dengan jenis ligan yang mengikat reseptor pada sel yang bersangkutan. Ligan adalah suatu mikromolekul yang memiliki kemampuan mengikat molekul yang lebih besar. S (0.

1 Waktu dan Tempat Praktikum Biologi Sel yang berjudul Interaksi Protein-Ligan dilaksanakan pada hari Kamis. Jurusan Biologi. Fosforilasi protein atau kegiatan ion kalsium akan mengubah fungsi sel sebagai respon sel (Ibrahim. Ikatan pada CBB merupakan kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3. pukul 10. Disamping itu dapat juga dimanfaatkan untuk menstimulasi reaksi alergi dan penanda pada subyek yang mengandung logam berat (Sambrook dan Russell. 2. 17 November 2011. Pada beberapa penelitian. cuvet 3 ml berbahan dasar gelas. 1. Second messenger berguna untuk mengubah kegiatan enzim khususnya protein kinase. 2000). . dan tabung reaksi. dan bertempat di Laboratorium Fisiologi Kultur Jaringan Tumbuhan dan Mikroteknik. Ovalbumin memiliki kadar protein sekitar 60-65% dari total protein yang terdapat pada telur. BAB II METODE 2. Commasie Briliant Blue G-250 dan pelarutnya serta plastic warp. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetahne yang memiliki ikatan kuat. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. CBB berfungsi untuk pewarnaan protein yang telah diberi perlakuan elektroforesis dengan gel polyacrylamide. Sinyal molekul ektraselular yang berikatan akan mengaktifkan protein kinase dan second messenger. CBB memiliki niilai absorbansi 575-625 nm. meningkatkan ion kalsium intrasel.dan ligan juga menyebabkan adanya perubahan sinyal di dalam sel. Ovalbumin adalah protein albumin yang terdapat pada putih telur. Malang. Universitas Brawijaya. menggiatkan kanal ion tertentu.00 WIB. spektrofotometer UV-Vis.2 Tujuan Tujuan dilaksanakannnya praktikum yang berjudul “Interaksi Protein-Ligan” ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. ovalbumin biasanya digunakan sebagai penanda berat molekul pada gel elektroforesis. Peralatan yang digunakan meliputi mikropipet dan tip. 2005). 2000). Fungsi ovalbumin bagi telur itu sendiri adalah sebagai cadangan makanan bagi embrio yang sedang mengalami perkembangan. Hasil pewarnaan didasarkan pada pernyataan hukum Lambert-Beer dimana hasil tersebut diperoleh sebanding dengan jumlah protein pada sampel (Sambrook dan Russell.2 Bahan dan Alat Bahan-bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah larutan ovalbumin (20 mg/ml) dalam aquades.15-13.

masing-masing tabung dimasukkan dalam spektrofotometer untuk pengukuran absorbansi dari masing-masing tabung. Setelah itu. dan 1 ml). Sampel dimasukkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 3 ml dengan proporsi ovalbumin dan aquadest yang berbeda-beda. Selanjutnya.2. Ovalbumin ini merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. 0. 0.2. Cara ini berfungsi untuk memaksimalkan percampuran antara ovalbumin dan CBB. 0.6. Setelah tabung diberi label. 0. Tabung yang telah berisi aquades tersebut selanjutnya ditambah ovalbumin dengan volume yang berbeda pula ( 0. tabung yang telah berisi ditambah aquades dengan volume berbeda (0. setiap tabung ditambah dengan CBB-G250 sebanyak 2 ml. Tabung reaksi yang telah ditutup tersebut diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit.4. Nilai .40. Tabung digoyang secara perlahan agar protein dalam ovalbumin tidak mengalami denaturasi.1. ovalbumin. Tabung yang telah ditambah ovalbumin kemudian ditutup dengan plastic warp dan digoyang perlahan beberapa kali.025. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetanhe yang berikatan cukup kuat akibat adanya kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3 (Sambrook dan Russell. Dalam praktikum ini ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan suatu ligan (Biology. 0.95. spektrofotometer dibiarkan sambil menunggu penggunaan. 0. BAB III HASIL DAN PEMBAHASAN 3. dan aquadest. Setelah itu. Hal ini dikarenakan tabung dengan label berbeda dapat mempermudah dalam identifikasi sampel. 0. 0. 0. 2009). Untuk pengukuran absorbansi. Denaturasi merupakan perubahan struktur alami dari protein yang mengakibatkan protein tidak dapat lagi berfungsi sebagaimana mestinya (Clark. Tabung reaksi ditutup dengan plastic warp dan digoyang-goyang pelan beberapa kali (tidak sampai terbentuk busa).05. 0.1 Analisa Prosedur Prosedur dalam praktikum kali ini dimulai dengan pelabelan tabung reaksi.80. 1964).90.60.8. Tabung tersebut kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit untuk memaksimalkan pengikatan CBB dengan ovalbumin. Aquadest berfungsi pelarut sebagai pelarut dan untuk menzeroing spektrofotometer. 2000). 0. Setelah itu. sampel disiapkan terlebih dahulu yaitu CBB G-250. Prosedur ini diawali dengan dinyalakannya tombol ON pada spektrofotometer dan “Zeroing Pertama” dijalankan. Tiap larutan dibuat duplo sebagi perbandingan.20 ml).975.G250. dan 0. Panjang gelombang yang digunakan diganti dengan λ 596 nm. dimulai pengukuran dengan spektrofotometer. Dalam praktikum ini ovalbumin berfungsi sebagai ligan yang membentuk ikatan dengan ovalbumin.3 Prosedur Kerja Cara kerja pada praktikum ini dimulai dengan persiapan spektrofotometri.

Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. akan membentuk warna yang akan menunjukkan nilai absorbansi dalam spektrofotometri. Ovalbumin dalam tabung reaksi akan berikatan dengan CBB yang ditambahkan. Sebaliknya. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan . Protein ini memiliki kadar sekitar 60-65% dari total protein yang ada pada telur. Timbulnya ikatan ini disebabkan adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. 3. Semakin banyak kadar protein maka akan semakin banyak interaksi ligan-protein yang terjadi. Hubungan kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi Ovalbumin merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. semakin kecil kadar ovalbumin maka semakin rendah nilai absorbansinya. Hal ini akan menyebabkan nilai absorbansi dari suatu sampel juga akan meningkat.absorbansi ini menunjukkan banyaknya ovalbumin yang berikatan dengan CBBG250. Gambar 1.2 Analisa Hasil Berdasarkan hasil pengamatan dan pengukuran nilai absorbansi pada masing-masing tabung dengan kadar ovalbumin berbeda diperoleh hasil bahwa semakin tinggi kadar ovalbumin maka semakin tinggi nilai absorbansinya. Ovalbumin yang telah berikatan dengan ligan. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Berikut akan disajikan grafik hungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi. yaitu CBB G-250. Dapat dikatakan bahwa terdapat hubungan yang berbanding lurus antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansinya. ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan ligan. Dalam hal ini.

maupun ikatan van der walls pada sisi katalitik protein oleh ligan. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. dkk. CBB G-250 (Roe.. Beberapa contoh mekanisme interaksi sel yang diperantarai protein dan ligan adalah sebagai berikut: 1. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking. ikatan hidrogen. Sinaps Sinaps adalah titik temu antara satu neuron dengan neuron lainnya. 2007). Contoh: nourotransmitter dalam syaraf sebagai ligan ditangkap oleh reseptor sel jaringan sebagai protein dimana . Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. Energi bebas pengikatan dapat mengindikasikan spontanitas reaksi. Interaksi antara protein ligan ditentukan oleh beberapa parameter antara lain. interaksi antara protein dengan ligan dan protein lain dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang kompleks. CBB G-250 yang telah terikat akan memberi warna pada ovalbumin dan akan meningkatkan absorbansi dari CBB itu sendiri. besar energi bebas pengikatan. konstanta inhibisi. 2001) Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. Menurut Kavraki (2007). Gambar 2.maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. dan interaksi fingerprinting kompleks protein ligan yang terbentuk.. Konstanta inhibisi merupakan kestabilan kompleks yang terbentuk antara protein dengan ligan. CBB G-250 merupakan ligan yang memiliki rumus molekul C47H50N3O7S2. Sehingga peningkatan nilai absorbansi tersebut berbanding lurus dengan banyaknya ikatan yang terjadi antara CBB G-250 dengan ovalbumin (Campbell. Sedangkan interaksi fingerprinting merupakan ciri khas yang dibentuk oleh interaksi elektrostatik. Diantara titik temu tersebut terdapat celah sinaps. Berikut merupakan rumus struktur dari CBB G250 (Campbell. dkk. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. 2002). Celah sinaps merupakan tempat terjadinya pemindahan impuls. Ligan yang digunakan dalam praktikum ini ialah CBB G-250.

Hormon tersebut tersirkulasi di tubuh melalui aliran darah untuk mempengaruhi organ-organ lain. Endokrin Sistem endokrin adalah sistem kontrol kelenjar tanpa saluran yang menghasilkan hormon. 2011). 2011) 2. Mekanisme impuls saraf pada sinaps (Universe. Ligan Protein Gambar 3. 2004).interaksi tersebut menyebabkan terbukanya gerbang pada membran sel dan impuls syaraf dapat masuk dan diterima sel pada jaringan tersebut (Universe. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel terget merupakan protein. Contoh: sekresi hormon Insulin oleh sel β pankreas sebagai ligan yang akan dibawa melalui sirkulasi darah ke organ targetnya yaitu reseptor sel-sel hepar sebagai protein (Indah. .

Mekanisme endokrin (Stevens dan Lowe. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel itu sendiri berperan sebagai protein. 2004). 2009) . Contoh: secara khusus kerja autokrin pada sel kanker yang mensintesis berbagai produk onkogen sebagi ligan yang bertindak dalam sel yang sama dan diterima oleh reseptor sel tersebut sebagai protein untuk merangsang pembelahan sel dan meningkatkan pertumbuhan kanker secara keseluruhan (Indah. Ligan Protein Gambar 5. Mekanisme autokrin (Stevens dan Lowe.Ligan protein Gambar 4. Autokrin Autokrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut bertugas untuk mempengaruhi sel itu sendiri. 2009) 3.

Semakin banyak jumlah protein maupun ligan maka jumlah ikatan akan semakin banyak dan nilai absorbansi akan semakin tinggi. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel yang berada disekitarnya berperan sebagai perotein. diduga bahwa titik jenuh interaksi protein ligan tidak ditemukan. Kesalahan yang mungkin terjadi dalam praktikum ini ialah kurangnya ketelitian dalam melakukan penambahan aquades. Ini dapat . Mekanisme parakrin (Stevens dan Lowe. sehingga protein dari ovalbumin dapat mengalami denaturasi. Ligan Protein Gambar 6. Berdasarkan hal tersebut. Kesalahan lain ialah perlakuan yang terlalu keras saat membolak-balik tabung yang telah berisi CBB G-250 dan ovalbumin. Titik jenuh merupakan titik tertinggi nilai absorbansi dimana jika kadar protein yang diberikan melebihi titik tersebut. Namun melihat grafik hubungan nilai absorbansi dengan kadar protein yaitu ovalbumin. 2004). maka nilai absorbansi akan turun. insulin sebagai ligan yang diproduksi oleh sel β pankreas yang diterima oleh resptor sel-sel disekitarnya sebagi protein sehingga menstimulasi sel β yang lain untuk ikut memproduksi insulin (Indah. Contoh: Steroid seks sebagai ligan yang diterima oleh reseptor sel-sel disekitarnya sebagai protein dalam ovarium. Hal ini tentunya akan mempengaruhi nilai absorbansi yang dihasilkan dari pada sampel. ovalbumin maupun CBB G250 dalam tabung reaksi. Umumnya peningkatan tersebut akan sampai pada suatu titik yang disebut titik jenuh. Parakrin Parakrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut akan membengaruhi sel-sel disekitarnya. 2009) Berdasarkan nilai absorbansi ikatan protein dengan ligan diketahui bahwa nilai absorbansi meningkat seiring meningkatnya kadar protein yang diberikan.4. nilai absorbansi meningkat karena jumlah ikatan antara protein dengan ligan.

BAB IV PENUTUP 4. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. . interaksi antara CBB G-250 sebagi ligan dan ovalbumin sebagai protein dapat terjadi karena adanya reseptor pada permukaan sel ovalbumin. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen.1 Kesimpulan Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa. Disamping itu lamanya waktu inkubasi juga akan mempengaruhi hasil absorbansi. mengingat perhitungan absorbansi dilakukan satu persatu dan membutuhkan waktu yang tidak sedikit. Hal tersebut dimaksudkan agar waktu inkubasi tiap larutan tidak melebihi 15 menit. 4. Reseptor sel mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya apabila sel berikatan dengan ligan yang spesifik.menyebabkan kurangnya interaksi yang terjadi antara ovalbumin dan CBB G-250 sehingga akan berpengaruh pula pada nilai absorbansi yang dihasilkan.2 Saran Disarankan untuk praktikum selanjutnya agar penambahan CBB G-250 ke dalam ovalbumin pada tiap kelompok diberi jarak minimal 5 menit.

1989. A. H. dan Lowe. W.DAFTAR PUSTAKA Biology. Paracrine. 2001. New York Clark.ac. S. Pearson Education.usu. USA Stevens. N. S. M. Mitchell. 2002. http://universe-review. http://paper6textcube. dan L.html. Freeman Company. Fisiologi Komunikasi Antar dan Intra sel. Inc.biology-online. 2004.pdf.id/bitstream/123456789/3541/1/biokimia-mutiara2. Diakses 29 November 2011 Roe. W. 2011. 2009. M. Protein Purification Techniques: A Practical Approach. G. 1964. Analisa Bahan Makanan dan Pertanian. J. Biology 6th Edition. Oxford University Press. The Condensed Protocol for Molecular Cloning: A Laboratory Manual. B. Diakses 30 November 2011 . Diakses 29 November 2011 Campbell. and Endocrine.com/2009/10/autocrine-paracrine-endocrine.htm. Ovalbumin. Neurons and Nerves. Penerbit Liberty. CSHL Press. http:// cnx. http://repository. org/ content /m11456/ latest/. 2000. J. Departemen FKUI. E. Russell. http://www. Yogyakarta Universe.ca/R10-16-ANS. 2007. Diakses 30 November 2011 Sudarmaji. N. 2009. 2005. Mekanisme Kerja Hormon. J dan D. Experimental Biochemistry. Including Flexible Ligand Docking (online). Oxford Sambrook.org/ovalbumin. Protein-Ligand Docking. L.. dkk.html. Reece. USA Ibrahim. Diakses 30 November 2011 Kavraki. Autocrine. Jakarta Indah.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful