Laporan Praktikum Interaksi Protein-Ligan

LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI SEL INTERAKSI PROTEIN-LIGAN

Tanggal Praktikum Nama NIM Kelompok Asisten

: 17 November 2011 : Dinia Rizqi D : 105090100111005 :4 : Moch Hardi Baramada

LABORATORIUM FISIOLOGI KULTUR JARINGAN TUMBUHAN DAN MIKROTEKNIK JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

.

LEMBAR PERNYATAAN .

Semakin banyak jumlahnya maka ikatan yang terbentuk juga semakin banyak. ovalbumin. Malang Abstrak Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. Hal tersebut dapat terjadi karena ikatan yang terbentuk antara ovalbumin dan CBB G-250 semakin banyak sehingga nilai absorbansinya juga semakin tinggi. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. ligan. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. Interaksi ini terbentuk karena adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Kesimpulan dari praktikum ini adalah besarnya ikatan antara protein ligan dipengaruhi oleh jumlah protein maupun ligan tersebut. protein . Tujuan praktikum ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. Berdasarkan pengukuran nilai absorbansi diperoleh hasil bahwa hubungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi adalah berbanding lurus.INTERAKSI PROTEIN-LIGAN Dinia Rizqi Dwijayanti Jurusan Biologi. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. Metode yang dilakukan adalah mereaksikan ovalbumin sebagi protein dengan CBB G-250 sebagai ligan dengan inkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. Kata kunci : CBB G-250. Selanjutnya larutan diukur nilai absorbansinya. interaksi. Universitas Brawijaya. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul.

Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik.90-7.30%). oksigen. 2007).50%). interaksi antara protein dan ligan pada umumnya merupakan awal dari terjadinya komunikasi antarsel . Respon tersebut sesuai dengan jenis ligan yang mengikat reseptor pada sel yang bersangkutan. selektif dan spesifik. dkk. Interaksi antara protein dengan ligan terjadi melalui 2 mekanisme. antara lain: 1. S (0. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. Molekul protein mengandung karbon. O (21-23. Contoh interaksi antara protein dan ligan menurut Campbell. hidrogen. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. Pertaman. TNF-α sebagai ligan berikatan dengan permukaan sel sebagai protein sehingga sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. 1989).40%). di dalam sel akan terjadi serangkaian proses biokimia yang akan merespon induksi. interaksi yang terbentuk karena adanya ikatan nonkovalen dan ikatan lemah. 2. disamping C. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Interaksi ini juga merupakan metode komunikasi antar sel. C (52. H. Keistimewaan lain dari protein ini adalah strukturnya yang mengandung N (15. 3.8-2%). Proses tersebut menghasilkan respon yang bersifat lokal dan terkadang juga diinduksikan kepada sel yang lainnya. Ligan yang sama dapat menyebabkan perubahan konformasi berbeda pada tiap makromolekul yang mengikatnya (Kavraki. Asetilkolin sebagai ligan berikatan dengan heart muscle cell sebagai reseptor sehingga mengakibatkan heart muscle cell mengalami relaksasi. O (seperti juga karbohidrat dan lemak). Interaksi antara protein dengan ligan dan dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang bersifat kompleks. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking (Kavraki. H (6. Seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. ikatan antar molekul yang berinteraksi sangat dekat.1 Dasar Teori Protein merupakan senyawa organik kompleks yang memiliki berat molekul tinggi. (2002). Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. 2007). dan S kadang-kadang P.BAB I PENDAHULUAN 1. Protein adalah salah satu bio-makromolekul yang penting perananya bagi semua organisme.30-18%). Interaksi antara protein . Hal tersebut menyebabkan molekul ini mengalami perubahan konformasi. Ligan adalah suatu mikromolekul yang memiliki kemampuan mengikat molekul yang lebih besar. Limfotoksin sebagai ligan berikatan dengan reseptor sebagai protein sehingga menyebabkan sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. Selanjutnya. Kedua. Protein juga berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Fe dan Cu (sebagai senyawa kompleks dengan protein) (Sudarmaji.

Disamping itu dapat juga dimanfaatkan untuk menstimulasi reaksi alergi dan penanda pada subyek yang mengandung logam berat (Sambrook dan Russell. 2. Fungsi ovalbumin bagi telur itu sendiri adalah sebagai cadangan makanan bagi embrio yang sedang mengalami perkembangan.2 Tujuan Tujuan dilaksanakannnya praktikum yang berjudul “Interaksi Protein-Ligan” ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. 2000).dan ligan juga menyebabkan adanya perubahan sinyal di dalam sel. ovalbumin biasanya digunakan sebagai penanda berat molekul pada gel elektroforesis. Ikatan pada CBB merupakan kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3.15-13. meningkatkan ion kalsium intrasel.1 Waktu dan Tempat Praktikum Biologi Sel yang berjudul Interaksi Protein-Ligan dilaksanakan pada hari Kamis. 17 November 2011. Jurusan Biologi. pukul 10. 2000). Second messenger berguna untuk mengubah kegiatan enzim khususnya protein kinase. 2005). dan tabung reaksi. Ovalbumin adalah protein albumin yang terdapat pada putih telur. Fosforilasi protein atau kegiatan ion kalsium akan mengubah fungsi sel sebagai respon sel (Ibrahim. BAB II METODE 2. menggiatkan kanal ion tertentu. Pada beberapa penelitian. Sinyal molekul ektraselular yang berikatan akan mengaktifkan protein kinase dan second messenger. Ovalbumin memiliki kadar protein sekitar 60-65% dari total protein yang terdapat pada telur. cuvet 3 ml berbahan dasar gelas. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetahne yang memiliki ikatan kuat. Malang. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.2 Bahan dan Alat Bahan-bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah larutan ovalbumin (20 mg/ml) dalam aquades.00 WIB. CBB memiliki niilai absorbansi 575-625 nm. dan bertempat di Laboratorium Fisiologi Kultur Jaringan Tumbuhan dan Mikroteknik. Peralatan yang digunakan meliputi mikropipet dan tip. Hasil pewarnaan didasarkan pada pernyataan hukum Lambert-Beer dimana hasil tersebut diperoleh sebanding dengan jumlah protein pada sampel (Sambrook dan Russell. Commasie Briliant Blue G-250 dan pelarutnya serta plastic warp. CBB berfungsi untuk pewarnaan protein yang telah diberi perlakuan elektroforesis dengan gel polyacrylamide. spektrofotometer UV-Vis. Universitas Brawijaya. . 1.

Denaturasi merupakan perubahan struktur alami dari protein yang mengakibatkan protein tidak dapat lagi berfungsi sebagaimana mestinya (Clark. 1964). Prosedur ini diawali dengan dinyalakannya tombol ON pada spektrofotometer dan “Zeroing Pertama” dijalankan.2. Cara ini berfungsi untuk memaksimalkan percampuran antara ovalbumin dan CBB. 0. 0.20 ml). Tabung reaksi yang telah ditutup tersebut diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. Setelah itu. ovalbumin.975. Setelah tabung diberi label.1 Analisa Prosedur Prosedur dalam praktikum kali ini dimulai dengan pelabelan tabung reaksi.3 Prosedur Kerja Cara kerja pada praktikum ini dimulai dengan persiapan spektrofotometri. dan 0. 0. Setelah itu. 0. Selanjutnya. spektrofotometer dibiarkan sambil menunggu penggunaan. Tiap larutan dibuat duplo sebagi perbandingan.025. dan aquadest.95. Tabung tersebut kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit untuk memaksimalkan pengikatan CBB dengan ovalbumin.90.1. 0.40. tabung yang telah berisi ditambah aquades dengan volume berbeda (0. Tabung yang telah berisi aquades tersebut selanjutnya ditambah ovalbumin dengan volume yang berbeda pula ( 0. 0. 2009).60. Ovalbumin ini merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetanhe yang berikatan cukup kuat akibat adanya kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3 (Sambrook dan Russell. Tabung reaksi ditutup dengan plastic warp dan digoyang-goyang pelan beberapa kali (tidak sampai terbentuk busa). Aquadest berfungsi pelarut sebagai pelarut dan untuk menzeroing spektrofotometer. dimulai pengukuran dengan spektrofotometer. masing-masing tabung dimasukkan dalam spektrofotometer untuk pengukuran absorbansi dari masing-masing tabung. Tabung yang telah ditambah ovalbumin kemudian ditutup dengan plastic warp dan digoyang perlahan beberapa kali. 0.05. 0. Setelah itu.8. BAB III HASIL DAN PEMBAHASAN 3.6. Dalam praktikum ini ovalbumin berfungsi sebagai ligan yang membentuk ikatan dengan ovalbumin. Panjang gelombang yang digunakan diganti dengan λ 596 nm. dan 1 ml). 0. 2000). 0. Hal ini dikarenakan tabung dengan label berbeda dapat mempermudah dalam identifikasi sampel. sampel disiapkan terlebih dahulu yaitu CBB G-250.2. setiap tabung ditambah dengan CBB-G250 sebanyak 2 ml. 0. Nilai . Dalam praktikum ini ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan suatu ligan (Biology. Untuk pengukuran absorbansi. Sampel dimasukkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 3 ml dengan proporsi ovalbumin dan aquadest yang berbeda-beda.G250.80.4. Tabung digoyang secara perlahan agar protein dalam ovalbumin tidak mengalami denaturasi.

akan membentuk warna yang akan menunjukkan nilai absorbansi dalam spektrofotometri. semakin kecil kadar ovalbumin maka semakin rendah nilai absorbansinya. Ovalbumin yang telah berikatan dengan ligan. Berikut akan disajikan grafik hungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi. Protein ini memiliki kadar sekitar 60-65% dari total protein yang ada pada telur. Dalam hal ini.absorbansi ini menunjukkan banyaknya ovalbumin yang berikatan dengan CBBG250. 3. Hal ini akan menyebabkan nilai absorbansi dari suatu sampel juga akan meningkat. Hubungan kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi Ovalbumin merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. Sebaliknya. Dapat dikatakan bahwa terdapat hubungan yang berbanding lurus antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansinya. Ovalbumin dalam tabung reaksi akan berikatan dengan CBB yang ditambahkan. yaitu CBB G-250. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan . Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan ligan. Timbulnya ikatan ini disebabkan adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin.2 Analisa Hasil Berdasarkan hasil pengamatan dan pengukuran nilai absorbansi pada masing-masing tabung dengan kadar ovalbumin berbeda diperoleh hasil bahwa semakin tinggi kadar ovalbumin maka semakin tinggi nilai absorbansinya. Semakin banyak kadar protein maka akan semakin banyak interaksi ligan-protein yang terjadi. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. Gambar 1.

ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls.. Sedangkan interaksi fingerprinting merupakan ciri khas yang dibentuk oleh interaksi elektrostatik. CBB G-250 (Roe. Energi bebas pengikatan dapat mengindikasikan spontanitas reaksi. ikatan hidrogen. CBB G-250 merupakan ligan yang memiliki rumus molekul C47H50N3O7S2. Konstanta inhibisi merupakan kestabilan kompleks yang terbentuk antara protein dengan ligan. dkk. besar energi bebas pengikatan. Beberapa contoh mekanisme interaksi sel yang diperantarai protein dan ligan adalah sebagai berikut: 1. Berikut merupakan rumus struktur dari CBB G250 (Campbell. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking. Interaksi antara protein ligan ditentukan oleh beberapa parameter antara lain. Diantara titik temu tersebut terdapat celah sinaps. konstanta inhibisi. interaksi antara protein dengan ligan dan protein lain dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang kompleks. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. 2001) Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. Sinaps Sinaps adalah titik temu antara satu neuron dengan neuron lainnya. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. Celah sinaps merupakan tempat terjadinya pemindahan impuls.. Sehingga peningkatan nilai absorbansi tersebut berbanding lurus dengan banyaknya ikatan yang terjadi antara CBB G-250 dengan ovalbumin (Campbell.maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. dkk. Gambar 2. Ligan yang digunakan dalam praktikum ini ialah CBB G-250. maupun ikatan van der walls pada sisi katalitik protein oleh ligan. dan interaksi fingerprinting kompleks protein ligan yang terbentuk. CBB G-250 yang telah terikat akan memberi warna pada ovalbumin dan akan meningkatkan absorbansi dari CBB itu sendiri. 2007). 2002). Menurut Kavraki (2007). Contoh: nourotransmitter dalam syaraf sebagai ligan ditangkap oleh reseptor sel jaringan sebagai protein dimana .

Endokrin Sistem endokrin adalah sistem kontrol kelenjar tanpa saluran yang menghasilkan hormon. Contoh: sekresi hormon Insulin oleh sel β pankreas sebagai ligan yang akan dibawa melalui sirkulasi darah ke organ targetnya yaitu reseptor sel-sel hepar sebagai protein (Indah. 2011).interaksi tersebut menyebabkan terbukanya gerbang pada membran sel dan impuls syaraf dapat masuk dan diterima sel pada jaringan tersebut (Universe. Ligan Protein Gambar 3. Mekanisme impuls saraf pada sinaps (Universe. 2011) 2. . Hormon tersebut tersirkulasi di tubuh melalui aliran darah untuk mempengaruhi organ-organ lain. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel terget merupakan protein. 2004).

2004).Ligan protein Gambar 4. 2009) . Mekanisme autokrin (Stevens dan Lowe. Mekanisme endokrin (Stevens dan Lowe. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel itu sendiri berperan sebagai protein. Ligan Protein Gambar 5. Contoh: secara khusus kerja autokrin pada sel kanker yang mensintesis berbagai produk onkogen sebagi ligan yang bertindak dalam sel yang sama dan diterima oleh reseptor sel tersebut sebagai protein untuk merangsang pembelahan sel dan meningkatkan pertumbuhan kanker secara keseluruhan (Indah. Autokrin Autokrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut bertugas untuk mempengaruhi sel itu sendiri. 2009) 3.

Ini dapat .4. Kesalahan yang mungkin terjadi dalam praktikum ini ialah kurangnya ketelitian dalam melakukan penambahan aquades. sehingga protein dari ovalbumin dapat mengalami denaturasi. 2009) Berdasarkan nilai absorbansi ikatan protein dengan ligan diketahui bahwa nilai absorbansi meningkat seiring meningkatnya kadar protein yang diberikan. Kesalahan lain ialah perlakuan yang terlalu keras saat membolak-balik tabung yang telah berisi CBB G-250 dan ovalbumin. Mekanisme parakrin (Stevens dan Lowe. Namun melihat grafik hubungan nilai absorbansi dengan kadar protein yaitu ovalbumin. ovalbumin maupun CBB G250 dalam tabung reaksi. maka nilai absorbansi akan turun. Parakrin Parakrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut akan membengaruhi sel-sel disekitarnya. Semakin banyak jumlah protein maupun ligan maka jumlah ikatan akan semakin banyak dan nilai absorbansi akan semakin tinggi. insulin sebagai ligan yang diproduksi oleh sel β pankreas yang diterima oleh resptor sel-sel disekitarnya sebagi protein sehingga menstimulasi sel β yang lain untuk ikut memproduksi insulin (Indah. Titik jenuh merupakan titik tertinggi nilai absorbansi dimana jika kadar protein yang diberikan melebihi titik tersebut. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel yang berada disekitarnya berperan sebagai perotein. Contoh: Steroid seks sebagai ligan yang diterima oleh reseptor sel-sel disekitarnya sebagai protein dalam ovarium. diduga bahwa titik jenuh interaksi protein ligan tidak ditemukan. Hal ini tentunya akan mempengaruhi nilai absorbansi yang dihasilkan dari pada sampel. Berdasarkan hal tersebut. 2004). nilai absorbansi meningkat karena jumlah ikatan antara protein dengan ligan. Ligan Protein Gambar 6. Umumnya peningkatan tersebut akan sampai pada suatu titik yang disebut titik jenuh.

Reseptor sel mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya apabila sel berikatan dengan ligan yang spesifik. BAB IV PENUTUP 4. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen.1 Kesimpulan Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa. interaksi antara CBB G-250 sebagi ligan dan ovalbumin sebagai protein dapat terjadi karena adanya reseptor pada permukaan sel ovalbumin. Hal tersebut dimaksudkan agar waktu inkubasi tiap larutan tidak melebihi 15 menit. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls.menyebabkan kurangnya interaksi yang terjadi antara ovalbumin dan CBB G-250 sehingga akan berpengaruh pula pada nilai absorbansi yang dihasilkan. Disamping itu lamanya waktu inkubasi juga akan mempengaruhi hasil absorbansi. mengingat perhitungan absorbansi dilakukan satu persatu dan membutuhkan waktu yang tidak sedikit. 4. .2 Saran Disarankan untuk praktikum selanjutnya agar penambahan CBB G-250 ke dalam ovalbumin pada tiap kelompok diberi jarak minimal 5 menit.

ac. org/ content /m11456/ latest/. Experimental Biochemistry.biology-online. Fisiologi Komunikasi Antar dan Intra sel. 2000. W.ca/R10-16-ANS. Diakses 29 November 2011 Roe. The Condensed Protocol for Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Diakses 30 November 2011 . http://universe-review. dan L. Mitchell. Including Flexible Ligand Docking (online). Analisa Bahan Makanan dan Pertanian. dan Lowe. http://paper6textcube. Russell. Freeman Company. H. Oxford Sambrook.id/bitstream/123456789/3541/1/biokimia-mutiara2.com/2009/10/autocrine-paracrine-endocrine. J. G.htm. L.html. E. B. 2009. Autocrine..usu. A. http://repository. Yogyakarta Universe. Protein Purification Techniques: A Practical Approach. W. Penerbit Liberty. J. N. Ovalbumin. Mekanisme Kerja Hormon. 2002. Reece. Diakses 30 November 2011 Kavraki. 1964. dkk. USA Ibrahim.html. CSHL Press. and Endocrine. http:// cnx. J dan D.DAFTAR PUSTAKA Biology. Diakses 30 November 2011 Sudarmaji. Oxford University Press. 2005. Protein-Ligand Docking. Jakarta Indah. 1989. S. Pearson Education. Paracrine. 2001. Biology 6th Edition. M. M. Diakses 29 November 2011 Campbell. 2004. 2009. Inc. S. USA Stevens. http://www. 2011. Neurons and Nerves. N. New York Clark. 2007.org/ovalbumin.pdf. Departemen FKUI.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful