LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI SEL INTERAKSI PROTEIN-LIGAN

Tanggal Praktikum Nama NIM Kelompok Asisten

: 17 November 2011 : Dinia Rizqi D : 105090100111005 :4 : Moch Hardi Baramada

LABORATORIUM FISIOLOGI KULTUR JARINGAN TUMBUHAN DAN MIKROTEKNIK JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

.

LEMBAR PERNYATAAN .

Interaksi ini terbentuk karena adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Hal tersebut dapat terjadi karena ikatan yang terbentuk antara ovalbumin dan CBB G-250 semakin banyak sehingga nilai absorbansinya juga semakin tinggi. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Selanjutnya larutan diukur nilai absorbansinya. Tujuan praktikum ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. Kata kunci : CBB G-250. ovalbumin. Metode yang dilakukan adalah mereaksikan ovalbumin sebagi protein dengan CBB G-250 sebagai ligan dengan inkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. Berdasarkan pengukuran nilai absorbansi diperoleh hasil bahwa hubungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi adalah berbanding lurus. protein . interaksi. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. ligan. Malang Abstrak Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. Semakin banyak jumlahnya maka ikatan yang terbentuk juga semakin banyak.INTERAKSI PROTEIN-LIGAN Dinia Rizqi Dwijayanti Jurusan Biologi. Universitas Brawijaya. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. Kesimpulan dari praktikum ini adalah besarnya ikatan antara protein ligan dipengaruhi oleh jumlah protein maupun ligan tersebut.

Asetilkolin sebagai ligan berikatan dengan heart muscle cell sebagai reseptor sehingga mengakibatkan heart muscle cell mengalami relaksasi. interaksi antara protein dan ligan pada umumnya merupakan awal dari terjadinya komunikasi antarsel . Interaksi antara protein dengan ligan terjadi melalui 2 mekanisme. ikatan antar molekul yang berinteraksi sangat dekat. Ligan adalah suatu mikromolekul yang memiliki kemampuan mengikat molekul yang lebih besar. Ligan yang sama dapat menyebabkan perubahan konformasi berbeda pada tiap makromolekul yang mengikatnya (Kavraki. hidrogen. (2002). oksigen.30%). di dalam sel akan terjadi serangkaian proses biokimia yang akan merespon induksi. 1989). Fe dan Cu (sebagai senyawa kompleks dengan protein) (Sudarmaji. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. antara lain: 1. S (0. 3. Interaksi antara protein dengan ligan dan dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang bersifat kompleks. Respon tersebut sesuai dengan jenis ligan yang mengikat reseptor pada sel yang bersangkutan. 2. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking.30-18%). nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Molekul protein mengandung karbon. O (seperti juga karbohidrat dan lemak).BAB I PENDAHULUAN 1. Interaksi ini juga merupakan metode komunikasi antar sel. dan S kadang-kadang P.1 Dasar Teori Protein merupakan senyawa organik kompleks yang memiliki berat molekul tinggi. Limfotoksin sebagai ligan berikatan dengan reseptor sebagai protein sehingga menyebabkan sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. Kedua. Keistimewaan lain dari protein ini adalah strukturnya yang mengandung N (15. Selanjutnya. Interaksi antara protein .50%). Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. Contoh interaksi antara protein dan ligan menurut Campbell. 2007). disamping C. Pertaman. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. Seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. Hal tersebut menyebabkan molekul ini mengalami perubahan konformasi. H. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. Protein adalah salah satu bio-makromolekul yang penting perananya bagi semua organisme. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking (Kavraki. 2007).90-7. dkk. interaksi yang terbentuk karena adanya ikatan nonkovalen dan ikatan lemah.8-2%). TNF-α sebagai ligan berikatan dengan permukaan sel sebagai protein sehingga sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. Protein juga berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Proses tersebut menghasilkan respon yang bersifat lokal dan terkadang juga diinduksikan kepada sel yang lainnya.40%). O (21-23. selektif dan spesifik. H (6. C (52.

2005).00 WIB.dan ligan juga menyebabkan adanya perubahan sinyal di dalam sel. Ikatan pada CBB merupakan kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3. Ovalbumin adalah protein albumin yang terdapat pada putih telur. Universitas Brawijaya. menggiatkan kanal ion tertentu. ovalbumin biasanya digunakan sebagai penanda berat molekul pada gel elektroforesis. Pada beberapa penelitian. BAB II METODE 2. CBB memiliki niilai absorbansi 575-625 nm. Malang.2 Tujuan Tujuan dilaksanakannnya praktikum yang berjudul “Interaksi Protein-Ligan” ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetahne yang memiliki ikatan kuat. 2. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Disamping itu dapat juga dimanfaatkan untuk menstimulasi reaksi alergi dan penanda pada subyek yang mengandung logam berat (Sambrook dan Russell. Ovalbumin memiliki kadar protein sekitar 60-65% dari total protein yang terdapat pada telur.2 Bahan dan Alat Bahan-bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah larutan ovalbumin (20 mg/ml) dalam aquades. 2000). Hasil pewarnaan didasarkan pada pernyataan hukum Lambert-Beer dimana hasil tersebut diperoleh sebanding dengan jumlah protein pada sampel (Sambrook dan Russell. cuvet 3 ml berbahan dasar gelas. Fosforilasi protein atau kegiatan ion kalsium akan mengubah fungsi sel sebagai respon sel (Ibrahim. . CBB berfungsi untuk pewarnaan protein yang telah diberi perlakuan elektroforesis dengan gel polyacrylamide. Commasie Briliant Blue G-250 dan pelarutnya serta plastic warp. dan tabung reaksi. 1. meningkatkan ion kalsium intrasel. Peralatan yang digunakan meliputi mikropipet dan tip. Sinyal molekul ektraselular yang berikatan akan mengaktifkan protein kinase dan second messenger.1 Waktu dan Tempat Praktikum Biologi Sel yang berjudul Interaksi Protein-Ligan dilaksanakan pada hari Kamis. Jurusan Biologi. Fungsi ovalbumin bagi telur itu sendiri adalah sebagai cadangan makanan bagi embrio yang sedang mengalami perkembangan.15-13. 2000). dan bertempat di Laboratorium Fisiologi Kultur Jaringan Tumbuhan dan Mikroteknik. 17 November 2011. Second messenger berguna untuk mengubah kegiatan enzim khususnya protein kinase. spektrofotometer UV-Vis. pukul 10.

2000). Hal ini dikarenakan tabung dengan label berbeda dapat mempermudah dalam identifikasi sampel.20 ml). Tiap larutan dibuat duplo sebagi perbandingan.975. Ovalbumin ini merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. Tabung reaksi yang telah ditutup tersebut diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit.4.G250. Nilai . Cara ini berfungsi untuk memaksimalkan percampuran antara ovalbumin dan CBB. Setelah itu. 0. Selanjutnya.2.6. 0. Setelah itu. 0. dan 0. 0.60. Setelah itu. dan 1 ml). sampel disiapkan terlebih dahulu yaitu CBB G-250. Setelah tabung diberi label.025.90. 1964). Tabung yang telah berisi aquades tersebut selanjutnya ditambah ovalbumin dengan volume yang berbeda pula ( 0. 2009). Prosedur ini diawali dengan dinyalakannya tombol ON pada spektrofotometer dan “Zeroing Pertama” dijalankan.80. Tabung digoyang secara perlahan agar protein dalam ovalbumin tidak mengalami denaturasi. 0. 0. setiap tabung ditambah dengan CBB-G250 sebanyak 2 ml.1. Sampel dimasukkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 3 ml dengan proporsi ovalbumin dan aquadest yang berbeda-beda. masing-masing tabung dimasukkan dalam spektrofotometer untuk pengukuran absorbansi dari masing-masing tabung.8.05. spektrofotometer dibiarkan sambil menunggu penggunaan.1 Analisa Prosedur Prosedur dalam praktikum kali ini dimulai dengan pelabelan tabung reaksi. Tabung yang telah ditambah ovalbumin kemudian ditutup dengan plastic warp dan digoyang perlahan beberapa kali. 0.3 Prosedur Kerja Cara kerja pada praktikum ini dimulai dengan persiapan spektrofotometri. Tabung reaksi ditutup dengan plastic warp dan digoyang-goyang pelan beberapa kali (tidak sampai terbentuk busa). dimulai pengukuran dengan spektrofotometer. 0.2. Panjang gelombang yang digunakan diganti dengan λ 596 nm. ovalbumin. Denaturasi merupakan perubahan struktur alami dari protein yang mengakibatkan protein tidak dapat lagi berfungsi sebagaimana mestinya (Clark. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetanhe yang berikatan cukup kuat akibat adanya kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3 (Sambrook dan Russell. 0. Dalam praktikum ini ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan suatu ligan (Biology. Tabung tersebut kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit untuk memaksimalkan pengikatan CBB dengan ovalbumin. Aquadest berfungsi pelarut sebagai pelarut dan untuk menzeroing spektrofotometer. Untuk pengukuran absorbansi.95. Dalam praktikum ini ovalbumin berfungsi sebagai ligan yang membentuk ikatan dengan ovalbumin. tabung yang telah berisi ditambah aquades dengan volume berbeda (0. 0.40. dan aquadest. 0. BAB III HASIL DAN PEMBAHASAN 3.

Dalam hal ini. Ovalbumin yang telah berikatan dengan ligan. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. Ovalbumin dalam tabung reaksi akan berikatan dengan CBB yang ditambahkan. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu.2 Analisa Hasil Berdasarkan hasil pengamatan dan pengukuran nilai absorbansi pada masing-masing tabung dengan kadar ovalbumin berbeda diperoleh hasil bahwa semakin tinggi kadar ovalbumin maka semakin tinggi nilai absorbansinya. Sebaliknya. akan membentuk warna yang akan menunjukkan nilai absorbansi dalam spektrofotometri. semakin kecil kadar ovalbumin maka semakin rendah nilai absorbansinya. Gambar 1. 3. ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan ligan. Semakin banyak kadar protein maka akan semakin banyak interaksi ligan-protein yang terjadi. Hal ini akan menyebabkan nilai absorbansi dari suatu sampel juga akan meningkat. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan .absorbansi ini menunjukkan banyaknya ovalbumin yang berikatan dengan CBBG250. Timbulnya ikatan ini disebabkan adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. Hubungan kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi Ovalbumin merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. Dapat dikatakan bahwa terdapat hubungan yang berbanding lurus antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansinya. Protein ini memiliki kadar sekitar 60-65% dari total protein yang ada pada telur. Berikut akan disajikan grafik hungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi. yaitu CBB G-250.

. CBB G-250 yang telah terikat akan memberi warna pada ovalbumin dan akan meningkatkan absorbansi dari CBB itu sendiri. Sedangkan interaksi fingerprinting merupakan ciri khas yang dibentuk oleh interaksi elektrostatik. besar energi bebas pengikatan. interaksi antara protein dengan ligan dan protein lain dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang kompleks. Contoh: nourotransmitter dalam syaraf sebagai ligan ditangkap oleh reseptor sel jaringan sebagai protein dimana . CBB G-250 merupakan ligan yang memiliki rumus molekul C47H50N3O7S2. 2001) Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. Ligan yang digunakan dalam praktikum ini ialah CBB G-250. dan interaksi fingerprinting kompleks protein ligan yang terbentuk. Konstanta inhibisi merupakan kestabilan kompleks yang terbentuk antara protein dengan ligan.. dkk. 2002). dkk. Menurut Kavraki (2007). Berikut merupakan rumus struktur dari CBB G250 (Campbell. Celah sinaps merupakan tempat terjadinya pemindahan impuls. Sehingga peningkatan nilai absorbansi tersebut berbanding lurus dengan banyaknya ikatan yang terjadi antara CBB G-250 dengan ovalbumin (Campbell. maupun ikatan van der walls pada sisi katalitik protein oleh ligan. Interaksi antara protein ligan ditentukan oleh beberapa parameter antara lain. CBB G-250 (Roe. Energi bebas pengikatan dapat mengindikasikan spontanitas reaksi. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. Gambar 2. konstanta inhibisi. Diantara titik temu tersebut terdapat celah sinaps.maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. ikatan hidrogen. 2007). yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. Sinaps Sinaps adalah titik temu antara satu neuron dengan neuron lainnya. Beberapa contoh mekanisme interaksi sel yang diperantarai protein dan ligan adalah sebagai berikut: 1. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls.

2004). .interaksi tersebut menyebabkan terbukanya gerbang pada membran sel dan impuls syaraf dapat masuk dan diterima sel pada jaringan tersebut (Universe. Ligan Protein Gambar 3. Mekanisme impuls saraf pada sinaps (Universe. Hormon tersebut tersirkulasi di tubuh melalui aliran darah untuk mempengaruhi organ-organ lain. Contoh: sekresi hormon Insulin oleh sel β pankreas sebagai ligan yang akan dibawa melalui sirkulasi darah ke organ targetnya yaitu reseptor sel-sel hepar sebagai protein (Indah. 2011). Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel terget merupakan protein. 2011) 2. Endokrin Sistem endokrin adalah sistem kontrol kelenjar tanpa saluran yang menghasilkan hormon.

Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel itu sendiri berperan sebagai protein. Ligan Protein Gambar 5. Mekanisme endokrin (Stevens dan Lowe. Mekanisme autokrin (Stevens dan Lowe. 2009) . Contoh: secara khusus kerja autokrin pada sel kanker yang mensintesis berbagai produk onkogen sebagi ligan yang bertindak dalam sel yang sama dan diterima oleh reseptor sel tersebut sebagai protein untuk merangsang pembelahan sel dan meningkatkan pertumbuhan kanker secara keseluruhan (Indah. Autokrin Autokrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut bertugas untuk mempengaruhi sel itu sendiri. 2009) 3. 2004).Ligan protein Gambar 4.

Parakrin Parakrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut akan membengaruhi sel-sel disekitarnya. nilai absorbansi meningkat karena jumlah ikatan antara protein dengan ligan. insulin sebagai ligan yang diproduksi oleh sel β pankreas yang diterima oleh resptor sel-sel disekitarnya sebagi protein sehingga menstimulasi sel β yang lain untuk ikut memproduksi insulin (Indah.4. 2004). Kesalahan yang mungkin terjadi dalam praktikum ini ialah kurangnya ketelitian dalam melakukan penambahan aquades. sehingga protein dari ovalbumin dapat mengalami denaturasi. Ligan Protein Gambar 6. ovalbumin maupun CBB G250 dalam tabung reaksi. Kesalahan lain ialah perlakuan yang terlalu keras saat membolak-balik tabung yang telah berisi CBB G-250 dan ovalbumin. Namun melihat grafik hubungan nilai absorbansi dengan kadar protein yaitu ovalbumin. Ini dapat . Mekanisme parakrin (Stevens dan Lowe. Contoh: Steroid seks sebagai ligan yang diterima oleh reseptor sel-sel disekitarnya sebagai protein dalam ovarium. diduga bahwa titik jenuh interaksi protein ligan tidak ditemukan. Berdasarkan hal tersebut. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel yang berada disekitarnya berperan sebagai perotein. Umumnya peningkatan tersebut akan sampai pada suatu titik yang disebut titik jenuh. Semakin banyak jumlah protein maupun ligan maka jumlah ikatan akan semakin banyak dan nilai absorbansi akan semakin tinggi. Titik jenuh merupakan titik tertinggi nilai absorbansi dimana jika kadar protein yang diberikan melebihi titik tersebut. maka nilai absorbansi akan turun. Hal ini tentunya akan mempengaruhi nilai absorbansi yang dihasilkan dari pada sampel. 2009) Berdasarkan nilai absorbansi ikatan protein dengan ligan diketahui bahwa nilai absorbansi meningkat seiring meningkatnya kadar protein yang diberikan.

BAB IV PENUTUP 4. Disamping itu lamanya waktu inkubasi juga akan mempengaruhi hasil absorbansi. 4. Reseptor sel mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya apabila sel berikatan dengan ligan yang spesifik. . mengingat perhitungan absorbansi dilakukan satu persatu dan membutuhkan waktu yang tidak sedikit.2 Saran Disarankan untuk praktikum selanjutnya agar penambahan CBB G-250 ke dalam ovalbumin pada tiap kelompok diberi jarak minimal 5 menit. interaksi antara CBB G-250 sebagi ligan dan ovalbumin sebagai protein dapat terjadi karena adanya reseptor pada permukaan sel ovalbumin.menyebabkan kurangnya interaksi yang terjadi antara ovalbumin dan CBB G-250 sehingga akan berpengaruh pula pada nilai absorbansi yang dihasilkan. Hal tersebut dimaksudkan agar waktu inkubasi tiap larutan tidak melebihi 15 menit. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls.1 Kesimpulan Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa.

Fisiologi Komunikasi Antar dan Intra sel. Russell.html.com/2009/10/autocrine-paracrine-endocrine. Oxford Sambrook. 2009. 2004. 2002. CSHL Press. 2001. New York Clark. Biology 6th Edition. E. Mitchell. Oxford University Press. J. A. Departemen FKUI. and Endocrine. Mekanisme Kerja Hormon. J dan D. dkk. M. USA Stevens. Paracrine. http://repository. Penerbit Liberty. W.usu. USA Ibrahim. http://universe-review. Protein Purification Techniques: A Practical Approach.pdf. dan Lowe. Diakses 30 November 2011 . Ovalbumin. M. The Condensed Protocol for Molecular Cloning: A Laboratory Manual.htm. 2005. Diakses 29 November 2011 Roe. 2000. B. org/ content /m11456/ latest/. Diakses 30 November 2011 Sudarmaji. Diakses 29 November 2011 Campbell. G. Reece. http://paper6textcube.html. J. S.biology-online. 1989. Pearson Education. Jakarta Indah. http://www. Experimental Biochemistry. Protein-Ligand Docking. 1964. L. S.org/ovalbumin.DAFTAR PUSTAKA Biology. Including Flexible Ligand Docking (online).id/bitstream/123456789/3541/1/biokimia-mutiara2. Autocrine. W. 2009.ca/R10-16-ANS. N. Analisa Bahan Makanan dan Pertanian. dan L. N. Neurons and Nerves. H. Diakses 30 November 2011 Kavraki. Freeman Company. 2007.. 2011.ac. Inc. http:// cnx. Yogyakarta Universe.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful