P. 1
Laporan Praktikum Interaksi Protein-Ligan

Laporan Praktikum Interaksi Protein-Ligan

|Views: 489|Likes:
Published by Dini QHy
laporan praktikum Biologi Sel
laporan praktikum Biologi Sel

More info:

Categories:Types, Research
Published by: Dini QHy on Apr 27, 2013
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOC, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

10/22/2014

pdf

text

original

LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI SEL INTERAKSI PROTEIN-LIGAN

Tanggal Praktikum Nama NIM Kelompok Asisten

: 17 November 2011 : Dinia Rizqi D : 105090100111005 :4 : Moch Hardi Baramada

LABORATORIUM FISIOLOGI KULTUR JARINGAN TUMBUHAN DAN MIKROTEKNIK JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

.

LEMBAR PERNYATAAN .

Malang Abstrak Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. ligan. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. Tujuan praktikum ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. Semakin banyak jumlahnya maka ikatan yang terbentuk juga semakin banyak. protein . Berdasarkan pengukuran nilai absorbansi diperoleh hasil bahwa hubungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi adalah berbanding lurus. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Metode yang dilakukan adalah mereaksikan ovalbumin sebagi protein dengan CBB G-250 sebagai ligan dengan inkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. ovalbumin. Selanjutnya larutan diukur nilai absorbansinya. Kata kunci : CBB G-250. Universitas Brawijaya. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya. Hal tersebut dapat terjadi karena ikatan yang terbentuk antara ovalbumin dan CBB G-250 semakin banyak sehingga nilai absorbansinya juga semakin tinggi.INTERAKSI PROTEIN-LIGAN Dinia Rizqi Dwijayanti Jurusan Biologi. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. interaksi. Interaksi ini terbentuk karena adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. Kesimpulan dari praktikum ini adalah besarnya ikatan antara protein ligan dipengaruhi oleh jumlah protein maupun ligan tersebut.

H.8-2%). selektif dan spesifik. dan S kadang-kadang P. Limfotoksin sebagai ligan berikatan dengan reseptor sebagai protein sehingga menyebabkan sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. Proses tersebut menghasilkan respon yang bersifat lokal dan terkadang juga diinduksikan kepada sel yang lainnya. Ligan yang sama dapat menyebabkan perubahan konformasi berbeda pada tiap makromolekul yang mengikatnya (Kavraki. antara lain: 1. Pertaman. O (seperti juga karbohidrat dan lemak). Selanjutnya. oksigen. disamping C. Seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. interaksi yang terbentuk karena adanya ikatan nonkovalen dan ikatan lemah. Interaksi antara protein dengan ligan terjadi melalui 2 mekanisme. Kedua. (2002). interaksi antara protein dan ligan pada umumnya merupakan awal dari terjadinya komunikasi antarsel . di dalam sel akan terjadi serangkaian proses biokimia yang akan merespon induksi. Fe dan Cu (sebagai senyawa kompleks dengan protein) (Sudarmaji. nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Molekul protein mengandung karbon. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking. 3. Interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekul yang membentuk makromolekul. Keistimewaan lain dari protein ini adalah strukturnya yang mengandung N (15. 2007). dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking (Kavraki. Interaksi antara protein . ikatan antar molekul yang berinteraksi sangat dekat. Asetilkolin sebagai ligan berikatan dengan heart muscle cell sebagai reseptor sehingga mengakibatkan heart muscle cell mengalami relaksasi. Ligan adalah suatu mikromolekul yang memiliki kemampuan mengikat molekul yang lebih besar.30%).30-18%). Proses biologi dalam tubuh organisme senantiasa melibatkan protein dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik. 1989). O (21-23. TNF-α sebagai ligan berikatan dengan permukaan sel sebagai protein sehingga sel terinduksi untuk melakukan apoptosis. Protein juga berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Interaksi antara protein dengan ligan dan dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang bersifat kompleks.50%).1 Dasar Teori Protein merupakan senyawa organik kompleks yang memiliki berat molekul tinggi. 2007). hidrogen. H (6. dkk.90-7. Contoh interaksi antara protein dan ligan menurut Campbell. S (0. Respon tersebut sesuai dengan jenis ligan yang mengikat reseptor pada sel yang bersangkutan. Interaksi ini juga merupakan metode komunikasi antar sel. Salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan. Protein adalah salah satu bio-makromolekul yang penting perananya bagi semua organisme. 2.BAB I PENDAHULUAN 1.40%). C (52. Hal tersebut menyebabkan molekul ini mengalami perubahan konformasi.

Jurusan Biologi. Commasie Briliant Blue G-250 dan pelarutnya serta plastic warp. cuvet 3 ml berbahan dasar gelas. CBB berfungsi untuk pewarnaan protein yang telah diberi perlakuan elektroforesis dengan gel polyacrylamide. 1. dan bertempat di Laboratorium Fisiologi Kultur Jaringan Tumbuhan dan Mikroteknik. Fungsi ovalbumin bagi telur itu sendiri adalah sebagai cadangan makanan bagi embrio yang sedang mengalami perkembangan.15-13. Hasil pewarnaan didasarkan pada pernyataan hukum Lambert-Beer dimana hasil tersebut diperoleh sebanding dengan jumlah protein pada sampel (Sambrook dan Russell. ovalbumin biasanya digunakan sebagai penanda berat molekul pada gel elektroforesis. Disamping itu dapat juga dimanfaatkan untuk menstimulasi reaksi alergi dan penanda pada subyek yang mengandung logam berat (Sambrook dan Russell. Universitas Brawijaya.1 Waktu dan Tempat Praktikum Biologi Sel yang berjudul Interaksi Protein-Ligan dilaksanakan pada hari Kamis. dan tabung reaksi. Malang. Pada beberapa penelitian. menggiatkan kanal ion tertentu.2 Bahan dan Alat Bahan-bahan yang digunakan pada praktikum ini adalah larutan ovalbumin (20 mg/ml) dalam aquades. Ovalbumin memiliki kadar protein sekitar 60-65% dari total protein yang terdapat pada telur. Peralatan yang digunakan meliputi mikropipet dan tip. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetahne yang memiliki ikatan kuat. 2. Second messenger berguna untuk mengubah kegiatan enzim khususnya protein kinase. spektrofotometer UV-Vis. 17 November 2011. Sinyal molekul ektraselular yang berikatan akan mengaktifkan protein kinase dan second messenger. . 2000). Ikatan pada CBB merupakan kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3. Ovalbumin adalah protein albumin yang terdapat pada putih telur. 2005).2 Tujuan Tujuan dilaksanakannnya praktikum yang berjudul “Interaksi Protein-Ligan” ini adalah untuk mempelajari dinamika pengikatan CBB sebagai ligan pada ovalbumin sebagi makromolekul untuk memperoleh pemahaman tentang sifat fisiokimiawi interaksi ligan-makromolekul. 2000). meningkatkan ion kalsium intrasel. Fosforilasi protein atau kegiatan ion kalsium akan mengubah fungsi sel sebagai respon sel (Ibrahim. BAB II METODE 2.dan ligan juga menyebabkan adanya perubahan sinyal di dalam sel.00 WIB. CBB memiliki niilai absorbansi 575-625 nm. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. pukul 10.

1 Analisa Prosedur Prosedur dalam praktikum kali ini dimulai dengan pelabelan tabung reaksi. Ovalbumin ini merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur. 2009). Denaturasi merupakan perubahan struktur alami dari protein yang mengakibatkan protein tidak dapat lagi berfungsi sebagaimana mestinya (Clark. Tabung reaksi yang telah ditutup tersebut diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit. 2000). Prosedur ini diawali dengan dinyalakannya tombol ON pada spektrofotometer dan “Zeroing Pertama” dijalankan. 0. tabung yang telah berisi ditambah aquades dengan volume berbeda (0. 0.G250. Dalam praktikum ini ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan suatu ligan (Biology. dimulai pengukuran dengan spektrofotometer. Tabung yang telah berisi aquades tersebut selanjutnya ditambah ovalbumin dengan volume yang berbeda pula ( 0. dan 1 ml). 0. 1964). Sampel dimasukkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 3 ml dengan proporsi ovalbumin dan aquadest yang berbeda-beda. Dalam praktikum ini ovalbumin berfungsi sebagai ligan yang membentuk ikatan dengan ovalbumin.60. sampel disiapkan terlebih dahulu yaitu CBB G-250. Tabung digoyang secara perlahan agar protein dalam ovalbumin tidak mengalami denaturasi. spektrofotometer dibiarkan sambil menunggu penggunaan.2.20 ml). Cara ini berfungsi untuk memaksimalkan percampuran antara ovalbumin dan CBB. 0. Panjang gelombang yang digunakan diganti dengan λ 596 nm.3 Prosedur Kerja Cara kerja pada praktikum ini dimulai dengan persiapan spektrofotometri. ovalbumin. 0. 0. Setelah itu.025. Tabung tersebut kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 15 menit untuk memaksimalkan pengikatan CBB dengan ovalbumin. Hal ini dikarenakan tabung dengan label berbeda dapat mempermudah dalam identifikasi sampel. Setelah itu. Setelah tabung diberi label. masing-masing tabung dimasukkan dalam spektrofotometer untuk pengukuran absorbansi dari masing-masing tabung. Tiap larutan dibuat duplo sebagi perbandingan.1. Selanjutnya. BAB III HASIL DAN PEMBAHASAN 3. 0.80. Tabung yang telah ditambah ovalbumin kemudian ditutup dengan plastic warp dan digoyang perlahan beberapa kali.4.8.05. CBB atau Commassie Briliant Blue merupakan suatu senyawa kimia aminotryarilmetanhe yang berikatan cukup kuat akibat adanya kombinasi antara gaya Van Der Walls dan ikatan elektrostatis dari gugus NH3 (Sambrook dan Russell. Setelah itu. 0. Aquadest berfungsi pelarut sebagai pelarut dan untuk menzeroing spektrofotometer. dan 0.40.975. setiap tabung ditambah dengan CBB-G250 sebanyak 2 ml. dan aquadest.90.6. Nilai . Tabung reaksi ditutup dengan plastic warp dan digoyang-goyang pelan beberapa kali (tidak sampai terbentuk busa).2. 0. 0.95. 0. Untuk pengukuran absorbansi.

Berikut akan disajikan grafik hungan antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi.2 Analisa Hasil Berdasarkan hasil pengamatan dan pengukuran nilai absorbansi pada masing-masing tabung dengan kadar ovalbumin berbeda diperoleh hasil bahwa semakin tinggi kadar ovalbumin maka semakin tinggi nilai absorbansinya. semakin kecil kadar ovalbumin maka semakin rendah nilai absorbansinya. Gambar 1. yaitu CBB G-250. Semakin banyak kadar protein maka akan semakin banyak interaksi ligan-protein yang terjadi. Dalam hal ini. Timbulnya ikatan ini disebabkan adanya reseptor pada permukaan sel dari ovalbumin. Reseptor ini mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya.absorbansi ini menunjukkan banyaknya ovalbumin yang berikatan dengan CBBG250. Deteksi ini dapat terjadi apabila terbentuk ikatan antara reseptor dengan suatu ligan tertentu. Protein ini memiliki kadar sekitar 60-65% dari total protein yang ada pada telur. Ovalbumin yang telah berikatan dengan ligan. Dapat dikatakan bahwa terdapat hubungan yang berbanding lurus antara kadar ovalbumin dengan nilai absorbansinya. ovalbumin berperan sebagai protein yang akan berikatan dengan ligan. Sebaliknya. 3. Ligan ini bersifat spesifik karena baik ligan . akan membentuk warna yang akan menunjukkan nilai absorbansi dalam spektrofotometri. Ovalbumin dalam tabung reaksi akan berikatan dengan CBB yang ditambahkan. Hal ini akan menyebabkan nilai absorbansi dari suatu sampel juga akan meningkat. Hubungan kadar ovalbumin dengan nilai absorbansi Ovalbumin merupakan protein albumin yang terdapat pada putih telur.

CBB G-250 merupakan ligan yang memiliki rumus molekul C47H50N3O7S2. 2002). Beberapa contoh mekanisme interaksi sel yang diperantarai protein dan ligan adalah sebagai berikut: 1. CBB G-250 yang telah terikat akan memberi warna pada ovalbumin dan akan meningkatkan absorbansi dari CBB itu sendiri. yaitu interaksi pada daerah binding pocket atau disebut direct docking.. dkk. Interaksi antara protein ligan ditentukan oleh beberapa parameter antara lain. Gambar 2. Ligan yang digunakan dalam praktikum ini ialah CBB G-250. Sehingga peningkatan nilai absorbansi tersebut berbanding lurus dengan banyaknya ikatan yang terjadi antara CBB G-250 dengan ovalbumin (Campbell.. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik. Konstanta inhibisi merupakan kestabilan kompleks yang terbentuk antara protein dengan ligan.maupun reseptor memiliki sisi yang saling berkomplemen. Diantara titik temu tersebut terdapat celah sinaps. maupun ikatan van der walls pada sisi katalitik protein oleh ligan. CBB G-250 (Roe. 2007). dkk. besar energi bebas pengikatan. Sinaps Sinaps adalah titik temu antara satu neuron dengan neuron lainnya. Sedangkan interaksi fingerprinting merupakan ciri khas yang dibentuk oleh interaksi elektrostatik. Berikut merupakan rumus struktur dari CBB G250 (Campbell. Menurut Kavraki (2007). interaksi antara protein dengan ligan dan protein lain dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekular yang kompleks. Energi bebas pengikatan dapat mengindikasikan spontanitas reaksi. Celah sinaps merupakan tempat terjadinya pemindahan impuls. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. dan interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding pocket disebut blind docking. Contoh: nourotransmitter dalam syaraf sebagai ligan ditangkap oleh reseptor sel jaringan sebagai protein dimana . 2001) Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. dan interaksi fingerprinting kompleks protein ligan yang terbentuk. konstanta inhibisi. ikatan hidrogen.

Hormon tersebut tersirkulasi di tubuh melalui aliran darah untuk mempengaruhi organ-organ lain. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel terget merupakan protein. Mekanisme impuls saraf pada sinaps (Universe. . Endokrin Sistem endokrin adalah sistem kontrol kelenjar tanpa saluran yang menghasilkan hormon. 2011) 2. Contoh: sekresi hormon Insulin oleh sel β pankreas sebagai ligan yang akan dibawa melalui sirkulasi darah ke organ targetnya yaitu reseptor sel-sel hepar sebagai protein (Indah. Ligan Protein Gambar 3. 2004).interaksi tersebut menyebabkan terbukanya gerbang pada membran sel dan impuls syaraf dapat masuk dan diterima sel pada jaringan tersebut (Universe. 2011).

2009) 3. Mekanisme autokrin (Stevens dan Lowe. Autokrin Autokrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut bertugas untuk mempengaruhi sel itu sendiri. Ligan Protein Gambar 5.Ligan protein Gambar 4. Contoh: secara khusus kerja autokrin pada sel kanker yang mensintesis berbagai produk onkogen sebagi ligan yang bertindak dalam sel yang sama dan diterima oleh reseptor sel tersebut sebagai protein untuk merangsang pembelahan sel dan meningkatkan pertumbuhan kanker secara keseluruhan (Indah. Mekanisme endokrin (Stevens dan Lowe. 2009) . 2004). Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel itu sendiri berperan sebagai protein.

diduga bahwa titik jenuh interaksi protein ligan tidak ditemukan. sehingga protein dari ovalbumin dapat mengalami denaturasi. Titik jenuh merupakan titik tertinggi nilai absorbansi dimana jika kadar protein yang diberikan melebihi titik tersebut. Ini dapat . Contoh: Steroid seks sebagai ligan yang diterima oleh reseptor sel-sel disekitarnya sebagai protein dalam ovarium. insulin sebagai ligan yang diproduksi oleh sel β pankreas yang diterima oleh resptor sel-sel disekitarnya sebagi protein sehingga menstimulasi sel β yang lain untuk ikut memproduksi insulin (Indah. Kesalahan yang mungkin terjadi dalam praktikum ini ialah kurangnya ketelitian dalam melakukan penambahan aquades. Hormon berperan sebagai ligan sedangkan reseptor sel yang berada disekitarnya berperan sebagai perotein. Namun melihat grafik hubungan nilai absorbansi dengan kadar protein yaitu ovalbumin. Umumnya peningkatan tersebut akan sampai pada suatu titik yang disebut titik jenuh. Semakin banyak jumlah protein maupun ligan maka jumlah ikatan akan semakin banyak dan nilai absorbansi akan semakin tinggi. Mekanisme parakrin (Stevens dan Lowe. 2004). Berdasarkan hal tersebut. nilai absorbansi meningkat karena jumlah ikatan antara protein dengan ligan. 2009) Berdasarkan nilai absorbansi ikatan protein dengan ligan diketahui bahwa nilai absorbansi meningkat seiring meningkatnya kadar protein yang diberikan. Parakrin Parakrin merupakan sekresi hormon oleh sel dimana hormon tersebut akan membengaruhi sel-sel disekitarnya. ovalbumin maupun CBB G250 dalam tabung reaksi. Ligan Protein Gambar 6.4. maka nilai absorbansi akan turun. Hal ini tentunya akan mempengaruhi nilai absorbansi yang dihasilkan dari pada sampel. Kesalahan lain ialah perlakuan yang terlalu keras saat membolak-balik tabung yang telah berisi CBB G-250 dan ovalbumin.

Disamping itu lamanya waktu inkubasi juga akan mempengaruhi hasil absorbansi. interaksi antara CBB G-250 sebagi ligan dan ovalbumin sebagai protein dapat terjadi karena adanya reseptor pada permukaan sel ovalbumin.menyebabkan kurangnya interaksi yang terjadi antara ovalbumin dan CBB G-250 sehingga akan berpengaruh pula pada nilai absorbansi yang dihasilkan. BAB IV PENUTUP 4. Ikatan yang terbentuk antara CBB G-250 dengan ovalbumin merupakan ikatan lemah seperti ikatan hidrogen. 4. mengingat perhitungan absorbansi dilakukan satu persatu dan membutuhkan waktu yang tidak sedikit.1 Kesimpulan Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulkan bahwa. Reseptor sel mampu mendeteksi suatu sinyal yang berasal dari lingkungan sekitarnya apabila sel berikatan dengan ligan yang spesifik. Hal tersebut dimaksudkan agar waktu inkubasi tiap larutan tidak melebihi 15 menit. ikatan hidrofobik maupun gaya Van der Walls. .2 Saran Disarankan untuk praktikum selanjutnya agar penambahan CBB G-250 ke dalam ovalbumin pada tiap kelompok diberi jarak minimal 5 menit.

Protein Purification Techniques: A Practical Approach.DAFTAR PUSTAKA Biology. dan L. New York Clark. http://universe-review. dan Lowe. 2009. Yogyakarta Universe.org/ovalbumin. W. Analisa Bahan Makanan dan Pertanian. M.. Departemen FKUI. W. Fisiologi Komunikasi Antar dan Intra sel. Russell. J dan D. B. Freeman Company. J. USA Stevens. Autocrine. and Endocrine. Including Flexible Ligand Docking (online). Diakses 30 November 2011 . 2000. N. http://www. Reece. N.html.ca/R10-16-ANS. Pearson Education. http://paper6textcube.id/bitstream/123456789/3541/1/biokimia-mutiara2. 2004. 2005. http:// cnx. 2007. Diakses 30 November 2011 Sudarmaji. Diakses 29 November 2011 Campbell. S.ac. dkk. Neurons and Nerves.pdf. 2002. A. 2009.htm. Oxford University Press. Diakses 30 November 2011 Kavraki.usu. M. 1964. S. Penerbit Liberty. E. Jakarta Indah. Protein-Ligand Docking. Ovalbumin. L. H. J. CSHL Press. Mekanisme Kerja Hormon. Diakses 29 November 2011 Roe. Paracrine. 2001. Experimental Biochemistry. Biology 6th Edition. G. Mitchell.biology-online. 1989. http://repository. org/ content /m11456/ latest/.com/2009/10/autocrine-paracrine-endocrine. USA Ibrahim. Inc.html. 2011. The Condensed Protocol for Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Oxford Sambrook.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->