KLASIFIKASI MIKROBA KLASIFIKASI DAN PERANAN MIKROBA DALAM KEHIDUPAN ABSTRAK Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal

yang berbeda tetapi saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat diidentifikasikan sebagai penyusunan organisme kedalam grup taksonomi(taksa) dengan berdasarkan persamaan atau hubungan. Klasifikasi organisme prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat dari pengalaman dan juga teknik observasi, sifat biokimia, fisiologi, genetik dan morfologi yang sering penting untuk menggambarkan sebuah takson. Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Key word: Klasifikasi, identifikasi,mikroba, mikroorganisme. PENDAHULUAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan sistematis organisme kedalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal, takson) tetapi penyusunan taksonomi mikroorganisme mensyaratkan diidentifikasi sebagai mana mestinya dan diberi nama. Kegiatan secara keseluruhan, yakni tentang pengklasifikasian penamaan dan pengidentifikasian mikroorganisme, disebut sebagai sistematika mikroba. Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau golongan tumbuhan. Setelah leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme , sarjana Zoologi seperti Muller (1773) dan erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada tahun (1873), Cohn sarjana botani bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan. Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan secara berangsur-angsur sampai sekarang.

Banyak kesulitan dalam mengklasifikasikan mikroorganisme. Misalnya dalam klasifikasi bakteri. Kriteria dalam kalasifikasi berbeda dengan mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat tinggi yang didasarkan terutama pada sifat-sifat marfologisnya. Tetapi hal ini sulit dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri di dasarkan sebagian pada sifat-sifat morfologi, dan sifat-sifat fisiologinya termasuk imunologi. Banyak bakteri di bawah mikroskop menunjukkan bentuk morfologi yang sama, tetapi sifat-sifat fisiologi mereka berlainan sama sekali. Ada beberapa golongan bakteri yang sama bentuknya, tetapi yang satu dapat mencernakan asam amino tertentu, sedangkan yang lainnya tidak. Ada pula suatu golongan yang dapat menyebabkan suatu penyakit, sedang golongan yang lain tidak. Maka jelaslah bahwa kesukaran kita untuk menetapkan spesies berdasarkan sifat-sifat morfologi saja. Rumusan Masalah Adakah peranan penting mikroba bagi kehidupan. Tujuan Ø Ø Mengetahui klasifikasi dan identifikasi suatu mikroorganisme Mengetahui manfaat mikroorganisme bagi kehidupan.

PEMBAHASAN Klasifikasi dan Identifikasi Dalam semua cabang biologi diperluan pencirian, klasifikasi dan identifikasi. Klasifikasi merupakan proses untuk mengenali dan mengelompokkan organisme hidup. Klasifikasi merupakan bagian dari bidang ilmu sistematik. Tujuan klasifikasi ialah mengatur kedudukan dari berbagai organisme di alam. Jika diketahui ciri-ciri suatu mikroorganisme, maka dapat dilakukan perbandingan sehingga terlihat persamaan dan juga perbedaan dnegan organisme lainnya. Hal ini dapat disamakan dengan membuat tabel periodik bagi unsur kimia sehingga terlihat keterkaitan antara unsur kimia tersebut. Klasifikasi dan karakteristik atau tidaklah mungkin dipelajari adalah mikroorganisme. identifikasi mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu ciri-ciri mikroorganisme. Oleh karena ukurannya yang sangat kecil, bagi kita untuk mempelajari 1 mikroorganisme saja, sehingga yang karakkteristik suatu biakan yang merupakan populasi dari suatu

Ciri-ciri utama dari suatu mikroorganisme dikelompokan sebagai berukut : . 1. Morfologi m) .

Mikroba pada umumnya sangat kecil : ukurannya dinyatakan dalam mikrometer (

Sifat Genetik DNA kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian mikroorganisme. purin. Sedangkan bakteri Gram positif tidak. pirimidin. Pada kelompok virus. Dinding sel fungsi dan algae berbeda dari bakteri. vitamin.001 mm Oleh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop untuk melihat mikroba. Bahan kimia ini tidak ditemukan pada gram negatif. 2. maka sel ini memperlihatkan susunan kimiawi yang spesifik. 6. Sifat Kimiawi Sel terdiri dari berbagai bahan kimia. Antibodi ini bersifat sangat spesifik terhadap antigen yang menginduksinya. telur. maka antibodi dapat digunakan untuk mencirikan (rapid indentification) terhadap mikroorganisme. biakan jaringan.1 m = 0. Sifat Metabilisme Proses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimiawi yang disebut metabolisme. bakteri Gram negatif memiliki lipopolisakarida dalam dinding selnya. Reaksi ini sangat sepesifik sehingga dapat disebut sebagai lock and key system. akan terbentu antibodi yang mengikat antigen. Bila sel mikroba diberi perlauan kimiawi. Sifat Biakan Zat hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda ada mikroorganisme yang hanya dapat hidup dan tumbuh bila diberikan zat hara yang kompleks (serum. Sebaliknya pada banyak bakteri Gram positif terdapat asam teikoat. Antigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba. 4. berupa inang. Sebagai contoh. karbohidrat. Berbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme dapat digunakan untuk mencirikan mikroorganisme 5. Mikroskop yang digunakan tergantung pada kecermatan yang diinginkan oleh peneliti. koenzim) selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh pada sel hidup. Oleh karena mikroorganisme memiliki antigen yang berbeda. pembagian dilakukan berdasaran asam inti yang dikandung. bertunas. darah). Sebaliknya ada pula yang hanya memerlukan bahan inorganik saja atau bahan organik (asam amino. Sifat Antigenik Bila mikroorganisme masuk kedalam tubuh. apakah merupakan DNA atau RNA 3. Susunan basa DNA .

Forosintesis Absorpsi Ingesti Prokariot termasuk dalam Monera. Selain itu ada pula yang melakukan kombinasi. c. Monera (bacteria dan cyanobacteria) Protista (microalgae dan protozoa) Fungsi (yeasts dan mold) Tabel. Mucroalgar bersifat forosintetik. kemampuannya untuk menimbulkan penyakit merupakan ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya (Bdellovibrio) dan virus (bakteriofag)yang menginfesi dan menghancurkan bakteri. Mikroorganisme yang hidup di lautan berbeda dengan air tawar. cara mengambilan zat hara tidak melalui ingesti. Yukariot uniseluler termasuk protista. b. Mikroorganisme masuk dalam : a. ketiga macam pengambilan zat hara terlihat dalam kelompok ini. Perkembangan Klasifikasi Two-Kingdom system Lennaeus Four-Kingdom System Capeland Five-Kingdom system Whitaker . b. Protozoa dengan ingesti dan protista lainnya dengan absorpsi. Sifat Ekologi Habitat merupakan sifat yang mencirikan mikroorganisme. 8. Patogenitas Mikroba dapat menimbulkan penyakit. c.Untuk perbandingan di gunakan mol % G+C 7. Mikroorganisme yang terdapat dalam rongga mulut berbeda dengan saluran pencernaan. Pembagian didasarkan pada cara pengambilan zat hara yaitu : a. Perkembangan Klasifikasi Pada klasifikasi “Five-kingdom System.

Metode ini paling obyektif dan didasarkan pada DNA. cabang ilmu yang disebut biologi molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan DNA antar organisme. Homologi DNA . Organisme yang berkaitan erat memiliki % G +C yang sama. b. Metode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah : 1. Derajat perbedaan sangat berguna oleh karena menunjukkan beberapa banyak organisme yang diteliti berbeda dengan organisme lain. Urutan nukleotida inilah yang merupakan ciri dasar suatu organisme. Pada tahun 1960.Animalia Plantae Monera Protoctista Metaphyta Metazoa Monera Protista Plantac Fungsi Animalia Koefisien Kesamaan Kesamaan ini dapat dinyatakan dalam derajat kesamaan atau perbedaan. c. Cluster analysis Phenogram / dendrogram Ordination methods Menggunakan Principal component analysis d. Namun demikian. Similarity Matrix Keterkaitan Sifat Genetik Metode klasifikasi yang paling cermat adalah keterkaitan sifat genetika anta organisme. Dengan mengetahui koefisien kesamaan dapat disusun Cluster dari organisme yang serupa Beberapa metode utuk menentukan derajat kesamaan a. organisme yang tidak berkaitan mungkin saja memiliki % G + C yang sama. Pada mulanya kesamaan yang dibadingkan hanyalah % mol G + C saja. sebaliknya organisme yang jauh berbeda memiliki nilai % G + C yang berbeda pula. Oleh karena itu dicari metode perbandingan yang lebih cermat dengan cara membandingkan urutan dari nukleotida.

Untaian tunggal ini kemudian dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali. pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti. Mikroba sesuai dengan bentuk dan sifatnya termasuk kedalam Dunia tumbuh-tumbuhan. Mikroba termasuk kedalam kelompok ke-3 tersebut sesuai dengan sifat alat untuk perkembangbiakannya. Monocotyledoneae. Pertama kali pengelompokan ini hanya untuk lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal. Sehingga kalau sebelumnya dunia tersebut hanya terbagi kedalam dua kelompok besar yaitu : 1. Yaitu : 1. 3. atau tumbuh-tumbuhan tanpa keping biji. tetapi masih memperlihatkan homologi DNA. Ini berarti bahwa selama evolusi cistron ini memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian DNA yang lain Taksonomi Mikroba a. 2. Pada bakteri ternyata rRNA cistron ini “highlyy conserved” lestari. rRNA yang disandi oleh sebagian DNA yang disebut sebagai RNA sistron. gamae = alat perkembangbiak). Kedalam kelompok ini termasuk : a) Bakteria. Metode ini paling berguna dalam tingkat klasifikasi species.DNA dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal. baik yang sudah terdiferensiasi ataupun yang belum. Dasar Pengelompokan Taksonomi merupakan cara atau upaya pengelompokan jasad hidup di dalam kelompok atau takson yang sesuai. Prokaryota. dunia Mikroba terbagi menjadi dua kelompok besar lainnya. 1. Ini berarti untaian dari satu organisme akan berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya. Dari segi mikrobiologi sendiri. maka sekarang akan bertambah dengan 1 kelompok besar lainnya. Dicotyledoneae. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji dua. tetapi ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan. Bila dua organisme ini berkaitan erat maka akan terbentuk Heterodupleks. Acotyledoneae. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. Bila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat heterodupleks. yaitu Cryptogamae (kriptos = tersembunyi/tidak ada atau tidak nampa. Homologi RNA ribosom dan ribosomal RNA oligonukleotida Dua organisme dapat saja tidak erat kaitannya. .

Kriteria untuk Klasifikasi Bakteri Kriteria sesuai untuk tujuan klasifikasi bakteri termasuk sifat-sifatnya telah diterangkan dalam bab terdahulu. pada bahanbahan. Hal ini merupakan petunjuk awal bahwa keragaman kimiawi DNA dari organisme yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya kekerabata genetik. Tempat hidupnya tersebar di mana-mana. sejak di udara. Karyota. Kedalam kelompok ini termasuk : a) b) Jamur. informasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan melihat lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau flagella. 2. Tingkat Taksonomi Tingkatan Resmi Kingdom Divisi Contoh Prokaryotae Gracilicutes . Tabel . termasuk didalamnya ragi. 2. yaitu kelompo mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. bakteri hidup sebagai jasad yang saprofitik ataupun sebagai jasad yang parasitik.b) Mikro-alga biru-hijau (BGA = blue-green algae). di dalam tanah. ada dua kelompok besar lain yang umumnya dimasukkan kedalam Dunia Mikroba yaitu : 1. Protozoa Virus Klasifakasi Bakteri Umumnya berbentuk 1-sel atau sel tunggal atau uniseluler. pada tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan. didalam air. Prosedur pewarnaan seperti pewarnaan gram dapat memberikan perkiraan bakteri memiliki kekerabatan yang dekat. Mikro-alga lainnya Walaupun ada kelompok kehidupan atau jasad lain yang dianggap hirup berdasarkan kepada bentuk dan sifatnya tidak sama dengan mikroba tetapi mengingat kepentingan dan asosiasi kehidupannya. Karena tidak mempunyai klorofil. tidak mempunyai klorofil berkembangbiak dengan pembelahan sel atau biner. Studi fisik membuktian bahwa kekerabatan DNA dari organisme yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan kromosom DNA untuk dikawin silangkan.

Klasifikasi Virus a. Penemuan terbaru. hibridisasi DNA dengan rangkaian oligonukleotida padat telah digunakan untuk mengidentifikasi spesies. Kemudahan relatif dalam penangannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus maupun banyak masalah dasar di dalam biologi. Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai berikut : adsorbsi partikel fage. Ribosom memiliki pesan penting dalam sintesa protein. termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi Fage pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung protein pelindung. fage-fage virulen telah digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri patogenik.(2)batang. perakitan partikel-partikel fage baru. dan pembebasan partikel-partikel fage ini di dalam suatu ledakan bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang. Gen penanda RNA ribosom dan protein ribosom telah diturunkan melalui evolusi dan telah disebarkan lebih lambat daripada gen kromosom lainnya.(3)spiral. Gambar Bentuk Sel Tunggal Bakteri(1)coccus. yaitu Arecbaebacteria.Klas Ordo Famili Genus spesies Scotobacteria Eubacteriales Entobacteriaceae Escherichia Coli Penyusunan urutan DNA telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan DNA diantara beragam gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan DNA diantara gen-gen yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik dari gen-gen yang berhubungan dekat. replikasi asam nukleat virus. dan perbedaan susunan di antara gen-gen yang tersebar secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok bakteri yang hubungannya jauh. Perbandingan susunan dari 165S RNA ribosom dari berbagai sumber biologis menunjukkan adanya hubungan evolusi diantara organisme yang sangat beragam dan menunjukkan adanya kingdom baru. Virus Bakterial Bakterifage (fage) adalah virus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam sel bakteri. penetrasi asam nukleat. .

berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan evolisoner atara virus-virus. Virus Hewan dan Tumbuhan Virus hewan dan virus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami atau filogenik. . karena dia hidup secara saprofik ataupun parasitik Klasifikasi Alga-Hijau Bentuknya sama seperti BGA. Loff dan kawan-kawan dalam tahun 1962. ada tidaknya selubung dan ukuran kapsid. dan sabagiannya). Seperti bakteria. Ada beberapa yang hidup secara simbiosis dengan jamur membentuk jasad baru yang disebut lichenes (lumut kerak). kemudian serat atau filamen (paling banyak di dapatkan). Pembagian lebih lanjut didasarkan atas sifat-sifat lain virion itu. Secara morfologis. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. biosintesis komponen-omponen virus dan perakitan serta pematangan virion. Didapatkan dimana-mana. sampai dengan telah membentuk tubuh lengkap yang dinamakan tubuh-buah (misalkan pada jamur merang. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. walaupun ada beberapa yang sudah mempunyai tubuh lengkap dengan bagian-bagian yang dinamakan akar batang dan daun walau semuanya bersifat semu (Chara dan Nitella). sifat pertumbuhan virus. virus hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral. atau menempel pada tubuh jasad lain (kulit kura-kura) sehingga kelihatannya hewan tersebut mempunyai klorofil karena berawarna hijau. terutama pada tanah yang lembab.b. yang diperkenalkan oleh A. Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel inang. seperti kedudukan tempat sintesis virus di dalam sel dan hubungan timbal balik antara inang dan virus. Mushrooms. Klasifikasi Jamur Bentuknya sel tunggal (misal pada ragi). Jasad ini tidak mempunyai klorofil. bentuk susunan kapsid. Sistem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi virus terlihat pada sistem ini. Hubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimiawi dan strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat. Peristiwa ini disusul dengan penetrasi dan pelepasan selubung. seperti digambarkan oleh kisaran inang. Proses replikasi virus dimulai dengan melekatnya virion pada sel inang. menempel pada tanaman ataupun bersifat endofitik (hidup di dalam jaringan jasad lain). Setiap virus mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. Misal pada Hydra. sifat pertumbuhan virus. halikal bersampul atau kompleks. virus dikelompokkan menurut sifat virionnya yaitu semacam asam nukleat. pada air.

hewan maupun tumbuhan Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri. Akan tetapi karena ukurannya yang kecil. dkk. di dalam tanah yang lembab atau bersimbiosis dengan jasad lain. Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. atau berbentuk koloni sederhana. Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan antara lain dapat mengalami pertumbuhan. khamir (yeast) dan kapang (mould) dapat menyebabkan perubahan yang tidak . Dengan demikian enzim yang tidak diperlukan tidak akan disimpan dalam bentuk persediaan. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. disamping pigmen lainnya seperti fikobilin (biru). Mikroorganisme ini juga tidak memerlukan tempat yang besar. baik pada manusia. 1988). Oleh karena aktivitasnya tersebut. 2001). atau dengan tanaman tinggi (Cassuarina) dengan membentuk akar karang Peran mikroorganisme dalam khidupan Mikroorganisme merupakan jasad hidup yang mempunyai ukuran sangat kecil (Kusnadi. sejak paku-pakuan (Azolla) didalam rongga udara daunnya. menghasilkan energi dan bereproduksi dengan sendirinya. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan. Dalam pembusukan daging. dan tingkat pembiakannya relative cepat (Darkuni. fukosantin (coklat) dan fukoeritrin (merah) hidup didalam air. maka tidak ada tempat untuk menyimpan enzim-enzim yang telah dihasilkan. Mikroorganisme memiliki fleksibilitas metabolisme yang tinggi karena mikroorganisme ini harus mempunyai kemampuan menyesuaikan diri yang besar sehingga apabila ada interaksi yang tinggi dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi zat yang tinggi pula. Mikroorganisme seperti bakteri. • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut.enzim-enzim tertentu yang diperlukan untuk perngolahan bahan makanan akan diproduksi bila bahan makanan tersebut sudah ada. maka setiap mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. mudah ditumbuhkan dalam media buatan.Klasifikasi Alga-Biru Hijau Berbentuk sel tunggal atau filamen (serat) yang disekelilingnya diselimuti oleh seludang yang terdiri dari lendir (polisakharida). mikroorganisme yang menghasilkan enzim proteolitik mampu merombak protein-protein. 2003). Pada proses pembusukan sayur dan buah. Termasuk kedalam kelompok jasad yang fotosintetik karena mempunyai klorofil. mikroorganisme pektinolitik mampu merombak bahan-bahan yang mengandung pektin yang terdapat pada dinding sel tumbuhan (Tarigan.

Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi. bahtera yang berlayar di laut membawa apa yang berguna bagi manusia. seperti proteolitik. tumbuhan. sesungguhnya Allah Maha Kuasa atas segala sesuatu. Pembentukan nitrat dari nitrogen ini dapat terjadi karena adanya mikroorganisme. kesehatan. Surat Al-Baqaroh 164: 164. misalnya pada bidang mikrobiologi kedokteran dan fitopatologi banyak ditemukan mikroorganisme yang patogen yang menyebabkan penyakit dengan sifat-sifat kehidupannya yang khas. Atau berdasarkan kebutuhan hidupnya seperti termofilik. Nitrogen bebas merupakan komponen terbesar udara. Peranan yang Menguntungkan Banyak yang menduga bahwa mikroorganisme membawa dampak yang merugikan bagi kehidupan hewan. dll. Allah menciptakan apa yang dikehendaki-Nya. Dan Dia menundukkan malam dan siang. dll. bau. Dan Allah telah menciptakan semua jenis hewan dari air. halofilik. lalu dengan air itu Dia hidupkan bumi sesudah mati (kering)-nya dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan. dan lingkungan. Surat An-Nahl 12: 12. matahari dan bulan untukmu. Penggunaan mikroorganisme dapat diterapkan dalam berbagai bidang kehidupan. Unsur ini hanya dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan dalam bentuk nitrat dan pengambilan khususnya melalui akar. Dan bintangbintang itu ditundukkan (untukmu) dengan perintah-Nya. lipolitik. maka sebagian dari hewan itu ada yang berjalan di atas perutnya dan sebagian berjalan dengan dua kaki sedang sebagian (yang lain) berjalan dengan empat kaki. dan apa yang Allah turunkan dari langit berupa air. dan manusia. Beberapa manfaat yang dapat diambil antara lain sebagai berikut: Bidang pertanian Dalam bidang pertanian.dikehendaki pada penampakan visual. dan pengisaran angin . Meskipun demikian. silih bergantinya malam dan siang. Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-benar ada tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi kaum yang memahami (nya). Mikroorganisme ini dikelompokkan berdasarkan tipe aktivitasnya. dan peternakan hewan. seperti bidang pertanian. siklus nutrien. masih banyak manfaat yang dapat diambil dari mikroorganisme-mikroorganisme tersebut. mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2. Penyusunan nitrat dilakukan secara bertahap oleh beberapa genus bakteri secara sinergetik. tekstur atau rasa suatu makanan. Kajian religi: Surat An-Nur 45: 45.

lup dan lain-lain. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan yaitu: Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. Mikroorganisme terbagi menjadi dua kelopok yaitu: 1. 2. yaitu kelompok mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarka dengan taksonomi. hewan maupun tumbuhan . Prokaryota. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi.dan awan yang dikendalikan antara langit dan bumi. baik pada manusia. sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop. Ciri-ciri utama suatu mikroorganisme yaitu: a) b) c) d) e) f) g) h) Morfologi Sifat Kimiawi Sifat Biakan Sifat Metabilisme Sifat Antigenik Sifat Genetik Patogenitas Sifat Ekologi Mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. KESIMPULAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang. Karyota. sungguh (terdapat) tanda-tanda (keesaan dan kebesaran Allah) bagi kaum yang memikirkan.

klasifikasi mikroba. mampu memfermentasi. 1995.id) diakses tanggal 22 Desember 2008. 2008. Selain itu bakteri juga mempunyai aktifitas yang bernilai ekonomi dan medis antara lain. Budiyanto Mak.Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri. Pangantar Mokrobiologi Umum. . Peranan yang Menguntungkan Contoh dalam bidang pertanian mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2.id) diakses tanggal 22 Desember 2008. Hand Out dan Klasifikasi Mikroba. siklus nutrien.identifikasi mikroba. Dasar-dasar Mikrobiologi. Jakarta : Djambatan Suriawira U. dapat memproduksi antibiotik. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. DAFTAR PUSTAKA Anonymous.Pustaka. 1990.co.2008. Anonymous.Ditulis oleh zaifbio | BIOKIMIA BAB I PENGANTAR Bakteri merupakan salah satu mikrobia prokariotik yang bersifat heterogen dan mampu menghuni lingkungan yang sangat beraneka ragam. Bakteri mempunyai peranan yang sangat penting di alam sehingga memberikan pengaruh yang besar bagi proses kehidupan.pustaka. 2008.co.(online)(http//www. • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut.(online) (http//www. dan peternakan hewan. Bandung : Angkasa 02/26/2009 . Malang : Universitas Muhammadiyah Malang Dwijoseputro. Peranan bakteri di alam sangat beragam salah satunya adalah sebagai agen yang mampu mendaur ulang materi atau nutrien di dalam biosfer sehingga dapat berguna bagi organisme lainnya.

oleh karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi.dan dapat menyebabkan penyakit pada tumbuhan. dan padat informasi. Bakteri mempunyai ukuran yang sangat kecil. elevasi. 1999). reduksi berbagai senyawa. Karakter kultur dan karakter koloni. morfologi.0 mikrometer dan pada umumnya tidak dapat dilihat dengan mata telanjang sehingga harus menggunakan alat bantu berupa mikroskop (Stainer et al. Sedangkan taksonomi numerik adalah sistem klasifikasi mikrobia berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan menggunakan komputer. dan warna koloni. Taksonomi bakteri dilakukan melalui beberapa tahap yaitu. dan susunan sel. Dalam mengklasifikasikan suatu bakteri tertentu kriteria yang digunakan antara lain adalah karakter morfologi yang terdiri dari ukuran. dan lainlain. Karakteristik biokimia meliputi fermentasi. Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat evolusioner. produksi indol. dan identifikasi. bentuk. diameternya hanya kira-kira berukuran 0. Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter . Karakter fisiologis yang meliputi kisaran suhu. pH. Menurut Bergey (2001). hidrolisis. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis . kimiawi dan pembedaan DNA.5-1. 1998) Ciri yang dipakai sebagai dasar pengelompokan bakteri meliputi beberapa sifat penting. 1982). sifat nutrisi dan metabolisme serta kebutuhan akan oksigen (Sembiring dkk.bentuk. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif. Bakteri yang terdapat di alam sangat banyak. translucent. semua bakteri dapat dimasukkan ke dalam satu dunia kehidupan yaitu dunia prokariota atau monera. Nomenklatur merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode tatanama. Salah satu cara untuk mengelompokkan bakteri adalah dengan taksonomi fenetik. meliputi bentuk koloni. fisiologi. antara lain pengecatan gram .1999). misalnya penentuan sifat biokimia. sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan (Nicklinet. Klasifikasi adalah proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). reproducible. dan lain-lain (Sulia and Shantharam. klasifikasi.al. dan produksi enzim spesifik. hewan. sifat pengecatan. Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti.karakter yang digunakan dalam penggolongan organisme. dan manusia. nomenklatur.

fakultatif anaerob serta kemoorganotrof. Bacillus nitroxus(E). • Bacillus subtilisdan Bacillus nitroxus . 1998) Dalam acara praktikum ini digunakan 6 strain (OTU) yang akan dibuat klasifikasinya.5-1.memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif. dan memiliki dua sistem metabolisme baik fermentatif atau respiratori.dan Pseudomonas sp. Katalase positif. diantaranya strain Staphylococcus aureus (A). Bersifat Gram positif. dan mereduksi nitrat menjadi nitrit.5 μm. dan tidak membentuk spora. Aeromonas sp. 1982) Salah satu cara yang paling mudah untuk membandingkan Op er a tio n a l Taxonomical Unit (OTU) adalah dengan mencari jumlah karakter yang identik diantara mereka yang disebut sebagai koefisien asosiasi. dan biasanya aktif melakukan metabolisme pada suhu ini. bukan klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al. Metabolisme baik secara fermentasi atau respirasi. Sel bersifat gram negatif. dengan diameter 0. (F). Strain ini bersifat fakultatif anaerob. Umumnya katalase positif. Menurut Bergey (2001) sifat-sifat khusus dari masing-masing strain yang digunakan adalah sebagai berikut : • Staphylococcus aureus Strain ini memiliki beberapa ciri. Ssm secara umum digunakan dalam analisis bakteri yang merupakan perbandingan karakter-karakter yang cocok tanpa memperhatikan sifat ada (present) ataupun sifat tidak ada (absent) sedangkan dalam metode SJ digunakan perbandingan unit karakter dengan mengabaikan sifat yang samasama negatif (Sulia and Shantharam. diantaranya sel berbentuk spherical. Bacillus subtilis(C). Strain ini patogen terhadap hewan dan manusia atau dapat memproduksi toksin ekstraseluler. Dalam percobaan ini digunakan S im p le Matching Coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (SJ). • Escherichia coli Beberapa sifat dari strain ini diantaranya oksidasi positif dan memiliki flagella untuk motilitasnya terutama saat tumuh pada media cair. Escherichia coli (B). tumbuh baik pada suhu 37° C namun akan lebih baik pada suhu 25-30° C.(D) . non motile. kemoorganotrof.

dan salinitas. Bersifat negatif terhadap pengecatan gram.Kedua strain ini masuk dalam genus Bacillus sehingga memiliki cirri-ciri khusus antara lain sel berbentuk batang atau lurus. Reduksi nitrat. Fakultatif anaerob. cawan petri.0 μm. Bergerak umumnya dengan menggunakan flagella single polar.5-2. Bersifat positif terhadap gelatinase dan DNAase. Umumnya katalase positif dan beberapa spesies di dalamnya patogen terhadap vertebrata dan invertebrata. Strain ini memiliki bentuk sel batang dengan ujung membulat hingga berbentuk spherical. BAB II METODE II. dengan diameter 0. Sel bersifat positif terhadap pengecatan gram dan motile atau bergerak dengan petrichous flagella. Optimal temperaturnya adalah 22-28°C. Pada siklus hidupnya diketahui tidak ada fase istirahat. ALAT DAN BAHAN Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi. pro pipet. pH. ikan.5-1. pipet tetes.5-5. Sifat strain ini selnya berbentuk batang atau batang panjang. Beberapa spesies patogen terhadap kodok. pipet ukur. Oksidasi positif dan katalase positif. Anggota genus ini bersifat aerob atau fakultatif anaerob. bermetabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. melakukan metabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. kemoorganotrof. Umumnya strain ini mengakumulasi βhidroksibutirat sebagai materi cadangan karbon. mikro pipet. rak tabung reaksi. Merupakan organisme kemoorganotrof. Strain ini tidak dapat memproduksi prosthecae dan tidak diselubungi oleh selimut. dan manusia.5 x 1.3-1.5 μm. 1.0-3. namun tidak helical dengan ukuran 0. Selnya bersifat negatif terhadap pengecatan gram. dan memfermentasi karbohidrat termasuk maltosa. Anggota dari genus ini bersifat aerobik dan bergerak dengan flagella. Memiliki keanekaragaman kemampuan fisiologi yang luas seperti respek terhadap panas. • Aeromonas sp. erlenmeyer. • Pseudomonas sp.0 μm dan panjang 1. gelas .0 x 1.2-10 μm dan sering terangkai secara berpasangan atau rantai dengan ujung membulat atau persegi. Penyakit yang ditimbulkan pada manusia biasanya diare atau bakteremia. dengan ukuran 0.

(D) • Bacillus nitroxus(E) • Pseudomonas sp. . dan mikroskop. irregular.(F) Unit karakter yang digunakan dalam percobaan kali ini adalah sebanyak 44 karakter. lobate. arborescen c) Pada media agar miring -Pertumbuhan : lebat. Karakterkarakter tersebut antara lain: 1. erose. -Bentuk tepi : crenate.Bentuk koloni : circulair. echinulate. b) Pada media agar tegak -Pertumbuhan : tipis.benda. -Warna : krem. -Elevasi : effuse. Morfologi koloni a) Pada media agar plate . sedang. yaitu : • Staphylococcus aureus(A) • Escherichia coli(B) • Bacillus subtilis(C) • Aeromonas sp. filamentous. cilliate. morfologi sel. dan sifat-sifat biokimia. low convex. -Bentuk struktur dalam : opaque. finely granular. gelas penutup. Sedangkan bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah 6 strain mikrobia. -Permukaan koloni :mengkilat dan tidak mengkilat. -Bentuk pertumbuhan : filiform. yang termasuk dalam morfologi koloni .

2. sukrosa. c) Penguraian protein : pembentukan indol. Morfologi Sel a) Bentuk sel : batang. d) Reduksi berbagai senyawa : nitrat. pencairan gelatin. methylen blue. gram negatif. hidrogen peroksida. bulat. CARA KERJA TEKNIK KLASIFIKASI NUMERIC 1. Koleksi data Untuk memperoleh data dilakukan karakterisasi 6 buah strain mikrobia yang kemudian diberi symbol (n). II 2. tidak tahan asam. echinulate. c) Pengecatan gram : gram positif. spreading. b) Spora : ada. tersebar merata. Penghitungan indeks similaritas Setiap strain mikrobia yang akan dibandingkan dengan strain mikrobia yang lain. b) Hidrolisis pati. peptonisasi. tidak ada. fermentasi air susu. d) Pengecatan asam : tahan asam. Tingkat kemiripan ditentukan dengan cara Ssm dan Sj. d) Pada media nutrient cair -Pertumbuhan : menutup permukaan. ring. laktosa. Pengujian Sifat Biokimia a) Kemampuan fermentasi : glukosa. Rumus yang digunakan dalah sebagai berikut : S sm = ( a + b ) x100 % (a +b+ c+ d) . 3.-Bentuk pertumbuhan : beaded. uji biokimiawi. Karakter ini dilakukan untuk memperoleh sejumlah unit karakter (t) yang digunakan dalam klasifikasi yaitu karakter morfologis. hidrolisis kasein. mengumpul di dasar. dan lain-lain. pengecatan. 4. membraneous.

5.∑x.∑y √ {n ∑x² . 4.(∑x)²}{n ∑y² . Konstruksi dendogram berdasarkan matrix similaritas Untuk mengklasifikasikan strain berdasarkan indeks similaritas dilakukan pengklasteran dalam table analisis klustering dengan menggunakan algoritme pengklasteran average linkage.(∑y)²} . Penentuan struktur taksonomis.Sj = ( a) X100% (a +b + c) Keterangan : a = jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain b = jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain yang kedua c = jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain yang kedua d = jumlah karakter (-) untuk kedua strain Untuk selanjutnya nilai dari masing-masing perhitungan dimasukkan dalam matrix similaritas 3. Teknik karakterisasi fenotip Untuk mengetahui kelayakan nilai dari hasil konstruksi dendogram diuji dengan analisis korelasi fenetik sehingga akan didapatkan nilai r yang didapat dari rumus sebagai berikut: r = n ∑xy .

C. Bacillus subtilis (C). dan E dengan nilai kekerabatan 65.73 %. Bacillus nitroxus (E). Aeromonas sp (D). E) pada nilai similaritas sebesar 49.91 %. Strain-strain yang digunakan adalah strain bakteri. Sedangkan strain F bergabung pada kelompok tersebut pada nilai similaritas paling kecil yaitu 54. D. Pada Ssm. Dari hasil dendogram Sj.95 % sehingga kelompoknya menjadi A. Sedangkan karakter-karakter yang digunakan dalam percobaan ini adalah 44 karakter. Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti.14%. membentuk kelompok. Escherichia coli (B).55 %. D. hanya berbeda pada nilai similaritas dimana kelompok strain tersebut bergabung. Kemudian kelompok yang telah terbentuk tersebut anggotanya membentuk cluster dengan strain A pada nilai similaritas 57.BAB IV PEMBAHASAN Pada praktikum ini diperoleh suatu bentuk klasifikasi berdasarkan unit karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik. antara lain : Staphylococcus aureus (A). D. memperlihatkan pembentukan kelompok yang sama sehingga gambar dendogramnya sama. E. Hasil dari perhitungan Ssm menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan Sj. diperoleh konstruksi dendogram dari perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan Sj. Strain C bergabung dengan strain E pada nilai 57.19 % membentuk kelompok ( B. dan Ps eu d o m o n as (F). Selanjutnya terjadi clustering antara B. Selanjutnya strain B dan D bergabung dengan kelompok strain (C. kekerabatan paling dekat terjadi antara strain C dan E dengan nilai similaritas 72. C. B. E ). C. Strain A bergabung .

Hal ini dapat mengurangi tingkat kesalahan ( error ). Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau kevalidan hasil konstruksi dendogram. Hasil yang dapat terbentuk merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. B. Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas yang menyebabkan data tidak valid. Semakin banyak sifat yang sama. begitu juga sebaliknya. Akan tetapi uji Ssm memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif. Karena keduanya memiliki nilai diatas 60 % maka keduanya dapat dikatakan memiliki hasil yang valid dan dapat dipercaya.5 %. . E ) pada nilai similaritas 41. berbeda dengan uji Sj yang tidak menggunakan karakter yang sama-sama negatif. Hal ini berarti strain C dan strain E tergolong dalam satu spesies. Persamaan hubungan kekerabatan yang terjadi berdasarkan Ssm dan Sj dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan mereka.48 %. C.1 %. yang merupakan kelompok strain yang menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain C dan E. Untuk Sj diperoleh nilai r sebesar 88. Semakin banyak unit karakter yang diuji maka hasilnya semakin valid. Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage. Sebagai pertimbangan. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. D. semakin dekat hubungan kekerabatannya. F. Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk konstruksi dendogram. Hasil dikatakan valid apabila nilai r ini lebih besar daripada 60 %. Kemudian strain F bergabung dengan kelompok yang telah terbentuk pada nilai similaritas paling kecil yaitu 34. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm diperoleh nilai r sebesar 84. dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi kofenetik. Berdasarkan hasil uji taksonomi numerik fenetik diperoleh satu taksospesies. E. D. Hasil dari klasifikasi dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya. uji Ssm menggunakan unit karakter yang lebih banyak daripada uji Sj. yang diambil adalah nilai rerata dari indeks similaritas.dengan kelompok strain ( B. C ).10 % membentuk kelompok ( A. Nilai similaritas Sj lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan pada analisis Sj lebih sedikit.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful