KLASIFIKASI MIKROBA KLASIFIKASI DAN PERANAN MIKROBA DALAM KEHIDUPAN ABSTRAK Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal

yang berbeda tetapi saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat diidentifikasikan sebagai penyusunan organisme kedalam grup taksonomi(taksa) dengan berdasarkan persamaan atau hubungan. Klasifikasi organisme prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat dari pengalaman dan juga teknik observasi, sifat biokimia, fisiologi, genetik dan morfologi yang sering penting untuk menggambarkan sebuah takson. Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Key word: Klasifikasi, identifikasi,mikroba, mikroorganisme. PENDAHULUAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan sistematis organisme kedalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal, takson) tetapi penyusunan taksonomi mikroorganisme mensyaratkan diidentifikasi sebagai mana mestinya dan diberi nama. Kegiatan secara keseluruhan, yakni tentang pengklasifikasian penamaan dan pengidentifikasian mikroorganisme, disebut sebagai sistematika mikroba. Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau golongan tumbuhan. Setelah leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme , sarjana Zoologi seperti Muller (1773) dan erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada tahun (1873), Cohn sarjana botani bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan. Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan secara berangsur-angsur sampai sekarang.

Banyak kesulitan dalam mengklasifikasikan mikroorganisme. Misalnya dalam klasifikasi bakteri. Kriteria dalam kalasifikasi berbeda dengan mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat tinggi yang didasarkan terutama pada sifat-sifat marfologisnya. Tetapi hal ini sulit dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri di dasarkan sebagian pada sifat-sifat morfologi, dan sifat-sifat fisiologinya termasuk imunologi. Banyak bakteri di bawah mikroskop menunjukkan bentuk morfologi yang sama, tetapi sifat-sifat fisiologi mereka berlainan sama sekali. Ada beberapa golongan bakteri yang sama bentuknya, tetapi yang satu dapat mencernakan asam amino tertentu, sedangkan yang lainnya tidak. Ada pula suatu golongan yang dapat menyebabkan suatu penyakit, sedang golongan yang lain tidak. Maka jelaslah bahwa kesukaran kita untuk menetapkan spesies berdasarkan sifat-sifat morfologi saja. Rumusan Masalah Adakah peranan penting mikroba bagi kehidupan. Tujuan Ø Ø Mengetahui klasifikasi dan identifikasi suatu mikroorganisme Mengetahui manfaat mikroorganisme bagi kehidupan.

PEMBAHASAN Klasifikasi dan Identifikasi Dalam semua cabang biologi diperluan pencirian, klasifikasi dan identifikasi. Klasifikasi merupakan proses untuk mengenali dan mengelompokkan organisme hidup. Klasifikasi merupakan bagian dari bidang ilmu sistematik. Tujuan klasifikasi ialah mengatur kedudukan dari berbagai organisme di alam. Jika diketahui ciri-ciri suatu mikroorganisme, maka dapat dilakukan perbandingan sehingga terlihat persamaan dan juga perbedaan dnegan organisme lainnya. Hal ini dapat disamakan dengan membuat tabel periodik bagi unsur kimia sehingga terlihat keterkaitan antara unsur kimia tersebut. Klasifikasi dan karakteristik atau tidaklah mungkin dipelajari adalah mikroorganisme. identifikasi mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu ciri-ciri mikroorganisme. Oleh karena ukurannya yang sangat kecil, bagi kita untuk mempelajari 1 mikroorganisme saja, sehingga yang karakkteristik suatu biakan yang merupakan populasi dari suatu

Ciri-ciri utama dari suatu mikroorganisme dikelompokan sebagai berukut : . 1. Morfologi m) .

Mikroba pada umumnya sangat kecil : ukurannya dinyatakan dalam mikrometer (

pirimidin. Sifat Genetik DNA kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian mikroorganisme. Sebaliknya ada pula yang hanya memerlukan bahan inorganik saja atau bahan organik (asam amino. pembagian dilakukan berdasaran asam inti yang dikandung. Sebaliknya pada banyak bakteri Gram positif terdapat asam teikoat. telur. Mikroskop yang digunakan tergantung pada kecermatan yang diinginkan oleh peneliti. Reaksi ini sangat sepesifik sehingga dapat disebut sebagai lock and key system.001 mm Oleh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop untuk melihat mikroba. maka antibodi dapat digunakan untuk mencirikan (rapid indentification) terhadap mikroorganisme. darah). Dinding sel fungsi dan algae berbeda dari bakteri. maka sel ini memperlihatkan susunan kimiawi yang spesifik. Berbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme dapat digunakan untuk mencirikan mikroorganisme 5. Sifat Kimiawi Sel terdiri dari berbagai bahan kimia. berupa inang.1 m = 0. Sifat Biakan Zat hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda ada mikroorganisme yang hanya dapat hidup dan tumbuh bila diberikan zat hara yang kompleks (serum. 2. vitamin. Pada kelompok virus. bertunas. biakan jaringan. 4. karbohidrat. 6. Bahan kimia ini tidak ditemukan pada gram negatif. bakteri Gram negatif memiliki lipopolisakarida dalam dinding selnya. akan terbentu antibodi yang mengikat antigen. Antibodi ini bersifat sangat spesifik terhadap antigen yang menginduksinya. Oleh karena mikroorganisme memiliki antigen yang berbeda. Antigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba. Sifat Metabilisme Proses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimiawi yang disebut metabolisme. Sedangkan bakteri Gram positif tidak. apakah merupakan DNA atau RNA 3. koenzim) selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh pada sel hidup. Bila sel mikroba diberi perlauan kimiawi. Sebagai contoh. Susunan basa DNA . purin. Sifat Antigenik Bila mikroorganisme masuk kedalam tubuh.

Mikroorganisme masuk dalam : a. c. Mikroorganisme yang terdapat dalam rongga mulut berbeda dengan saluran pencernaan. kemampuannya untuk menimbulkan penyakit merupakan ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya (Bdellovibrio) dan virus (bakteriofag)yang menginfesi dan menghancurkan bakteri. Pembagian didasarkan pada cara pengambilan zat hara yaitu : a. Sifat Ekologi Habitat merupakan sifat yang mencirikan mikroorganisme. Protozoa dengan ingesti dan protista lainnya dengan absorpsi. Yukariot uniseluler termasuk protista. b. Selain itu ada pula yang melakukan kombinasi. c. Patogenitas Mikroba dapat menimbulkan penyakit. Forosintesis Absorpsi Ingesti Prokariot termasuk dalam Monera. Perkembangan Klasifikasi Pada klasifikasi “Five-kingdom System. Perkembangan Klasifikasi Two-Kingdom system Lennaeus Four-Kingdom System Capeland Five-Kingdom system Whitaker . Mucroalgar bersifat forosintetik. Monera (bacteria dan cyanobacteria) Protista (microalgae dan protozoa) Fungsi (yeasts dan mold) Tabel. cara mengambilan zat hara tidak melalui ingesti. b.Untuk perbandingan di gunakan mol % G+C 7. 8. Mikroorganisme yang hidup di lautan berbeda dengan air tawar. ketiga macam pengambilan zat hara terlihat dalam kelompok ini.

organisme yang tidak berkaitan mungkin saja memiliki % G + C yang sama. Homologi DNA . Dengan mengetahui koefisien kesamaan dapat disusun Cluster dari organisme yang serupa Beberapa metode utuk menentukan derajat kesamaan a. Pada tahun 1960. Namun demikian. sebaliknya organisme yang jauh berbeda memiliki nilai % G + C yang berbeda pula. c. Derajat perbedaan sangat berguna oleh karena menunjukkan beberapa banyak organisme yang diteliti berbeda dengan organisme lain. b. Similarity Matrix Keterkaitan Sifat Genetik Metode klasifikasi yang paling cermat adalah keterkaitan sifat genetika anta organisme. Cluster analysis Phenogram / dendrogram Ordination methods Menggunakan Principal component analysis d. Organisme yang berkaitan erat memiliki % G +C yang sama. cabang ilmu yang disebut biologi molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan DNA antar organisme. Metode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah : 1. Urutan nukleotida inilah yang merupakan ciri dasar suatu organisme. Pada mulanya kesamaan yang dibadingkan hanyalah % mol G + C saja. Metode ini paling obyektif dan didasarkan pada DNA.Animalia Plantae Monera Protoctista Metaphyta Metazoa Monera Protista Plantac Fungsi Animalia Koefisien Kesamaan Kesamaan ini dapat dinyatakan dalam derajat kesamaan atau perbedaan. Oleh karena itu dicari metode perbandingan yang lebih cermat dengan cara membandingkan urutan dari nukleotida.

atau tumbuh-tumbuhan tanpa keping biji. 3. Monocotyledoneae. yaitu Cryptogamae (kriptos = tersembunyi/tidak ada atau tidak nampa. Sehingga kalau sebelumnya dunia tersebut hanya terbagi kedalam dua kelompok besar yaitu : 1. rRNA yang disandi oleh sebagian DNA yang disebut sebagai RNA sistron. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. Dasar Pengelompokan Taksonomi merupakan cara atau upaya pengelompokan jasad hidup di dalam kelompok atau takson yang sesuai. Yaitu : 1.DNA dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal. 1. pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti. Metode ini paling berguna dalam tingkat klasifikasi species. Prokaryota. gamae = alat perkembangbiak). dunia Mikroba terbagi menjadi dua kelompok besar lainnya. tetapi masih memperlihatkan homologi DNA. Mikroba sesuai dengan bentuk dan sifatnya termasuk kedalam Dunia tumbuh-tumbuhan. Homologi RNA ribosom dan ribosomal RNA oligonukleotida Dua organisme dapat saja tidak erat kaitannya. Dari segi mikrobiologi sendiri. 2. . Kedalam kelompok ini termasuk : a) Bakteria. baik yang sudah terdiferensiasi ataupun yang belum. Pada bakteri ternyata rRNA cistron ini “highlyy conserved” lestari. Bila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat heterodupleks. Ini berarti bahwa selama evolusi cistron ini memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian DNA yang lain Taksonomi Mikroba a. Acotyledoneae. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji dua. Ini berarti untaian dari satu organisme akan berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya. maka sekarang akan bertambah dengan 1 kelompok besar lainnya. Pertama kali pengelompokan ini hanya untuk lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan. Mikroba termasuk kedalam kelompok ke-3 tersebut sesuai dengan sifat alat untuk perkembangbiakannya. Dicotyledoneae. Bila dua organisme ini berkaitan erat maka akan terbentuk Heterodupleks. Untaian tunggal ini kemudian dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali. tetapi ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan.

2. Tempat hidupnya tersebar di mana-mana. informasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan melihat lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau flagella. sejak di udara. di dalam tanah. Tingkat Taksonomi Tingkatan Resmi Kingdom Divisi Contoh Prokaryotae Gracilicutes . Karena tidak mempunyai klorofil. yaitu kelompo mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. Protozoa Virus Klasifakasi Bakteri Umumnya berbentuk 1-sel atau sel tunggal atau uniseluler. didalam air. pada tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan. pada bahanbahan. Karyota. Mikro-alga lainnya Walaupun ada kelompok kehidupan atau jasad lain yang dianggap hirup berdasarkan kepada bentuk dan sifatnya tidak sama dengan mikroba tetapi mengingat kepentingan dan asosiasi kehidupannya. Hal ini merupakan petunjuk awal bahwa keragaman kimiawi DNA dari organisme yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya kekerabata genetik. tidak mempunyai klorofil berkembangbiak dengan pembelahan sel atau biner. 2. bakteri hidup sebagai jasad yang saprofitik ataupun sebagai jasad yang parasitik. Tabel . Studi fisik membuktian bahwa kekerabatan DNA dari organisme yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan kromosom DNA untuk dikawin silangkan. ada dua kelompok besar lain yang umumnya dimasukkan kedalam Dunia Mikroba yaitu : 1.b) Mikro-alga biru-hijau (BGA = blue-green algae). Kriteria untuk Klasifikasi Bakteri Kriteria sesuai untuk tujuan klasifikasi bakteri termasuk sifat-sifatnya telah diterangkan dalam bab terdahulu. Kedalam kelompok ini termasuk : a) b) Jamur. termasuk didalamnya ragi. Prosedur pewarnaan seperti pewarnaan gram dapat memberikan perkiraan bakteri memiliki kekerabatan yang dekat.

(2)batang. fage-fage virulen telah digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri patogenik. termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi Fage pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung protein pelindung. yaitu Arecbaebacteria. Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai berikut : adsorbsi partikel fage. replikasi asam nukleat virus. dan pembebasan partikel-partikel fage ini di dalam suatu ledakan bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang. Gambar Bentuk Sel Tunggal Bakteri(1)coccus. perakitan partikel-partikel fage baru. hibridisasi DNA dengan rangkaian oligonukleotida padat telah digunakan untuk mengidentifikasi spesies. Penemuan terbaru.(3)spiral. dan perbedaan susunan di antara gen-gen yang tersebar secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok bakteri yang hubungannya jauh. Virus Bakterial Bakterifage (fage) adalah virus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam sel bakteri. Ribosom memiliki pesan penting dalam sintesa protein. Klasifikasi Virus a. Gen penanda RNA ribosom dan protein ribosom telah diturunkan melalui evolusi dan telah disebarkan lebih lambat daripada gen kromosom lainnya.Klas Ordo Famili Genus spesies Scotobacteria Eubacteriales Entobacteriaceae Escherichia Coli Penyusunan urutan DNA telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan DNA diantara beragam gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan DNA diantara gen-gen yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik dari gen-gen yang berhubungan dekat. . Perbandingan susunan dari 165S RNA ribosom dari berbagai sumber biologis menunjukkan adanya hubungan evolusi diantara organisme yang sangat beragam dan menunjukkan adanya kingdom baru. penetrasi asam nukleat. Kemudahan relatif dalam penangannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus maupun banyak masalah dasar di dalam biologi.

karena dia hidup secara saprofik ataupun parasitik Klasifikasi Alga-Hijau Bentuknya sama seperti BGA. Ada beberapa yang hidup secara simbiosis dengan jamur membentuk jasad baru yang disebut lichenes (lumut kerak). sifat pertumbuhan virus. seperti digambarkan oleh kisaran inang. pada air. Peristiwa ini disusul dengan penetrasi dan pelepasan selubung. Mushrooms. atau menempel pada tubuh jasad lain (kulit kura-kura) sehingga kelihatannya hewan tersebut mempunyai klorofil karena berawarna hijau. Secara morfologis.b. Pembagian lebih lanjut didasarkan atas sifat-sifat lain virion itu. Loff dan kawan-kawan dalam tahun 1962. sifat pertumbuhan virus. Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel inang. dan sabagiannya). biosintesis komponen-omponen virus dan perakitan serta pematangan virion. terutama pada tanah yang lembab. Proses replikasi virus dimulai dengan melekatnya virion pada sel inang. kemudian serat atau filamen (paling banyak di dapatkan). Klasifikasi Jamur Bentuknya sel tunggal (misal pada ragi). Sistem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi virus terlihat pada sistem ini. Seperti bakteria. walaupun ada beberapa yang sudah mempunyai tubuh lengkap dengan bagian-bagian yang dinamakan akar batang dan daun walau semuanya bersifat semu (Chara dan Nitella). berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan evolisoner atara virus-virus. Setiap virus mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. Hubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimiawi dan strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat. Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami atau filogenik. bentuk susunan kapsid. Didapatkan dimana-mana. Misal pada Hydra. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. virus dikelompokkan menurut sifat virionnya yaitu semacam asam nukleat. halikal bersampul atau kompleks. menempel pada tanaman ataupun bersifat endofitik (hidup di dalam jaringan jasad lain). yang diperkenalkan oleh A. seperti kedudukan tempat sintesis virus di dalam sel dan hubungan timbal balik antara inang dan virus. virus hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral. ada tidaknya selubung dan ukuran kapsid. Virus Hewan dan Tumbuhan Virus hewan dan virus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. . sampai dengan telah membentuk tubuh lengkap yang dinamakan tubuh-buah (misalkan pada jamur merang. Jasad ini tidak mempunyai klorofil. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua.

baik yang merugikan maupun yang menguntungkan.enzim-enzim tertentu yang diperlukan untuk perngolahan bahan makanan akan diproduksi bila bahan makanan tersebut sudah ada. 2003). Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. 1988). Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. di dalam tanah yang lembab atau bersimbiosis dengan jasad lain. Oleh karena aktivitasnya tersebut. sejak paku-pakuan (Azolla) didalam rongga udara daunnya. dan tingkat pembiakannya relative cepat (Darkuni. dkk. hewan maupun tumbuhan Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri. khamir (yeast) dan kapang (mould) dapat menyebabkan perubahan yang tidak . Dalam pembusukan daging. disamping pigmen lainnya seperti fikobilin (biru). • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut. Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan antara lain dapat mengalami pertumbuhan. Akan tetapi karena ukurannya yang kecil. maka tidak ada tempat untuk menyimpan enzim-enzim yang telah dihasilkan. atau berbentuk koloni sederhana. Mikroorganisme seperti bakteri. Dengan demikian enzim yang tidak diperlukan tidak akan disimpan dalam bentuk persediaan. maka setiap mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. 2001). Pada proses pembusukan sayur dan buah. atau dengan tanaman tinggi (Cassuarina) dengan membentuk akar karang Peran mikroorganisme dalam khidupan Mikroorganisme merupakan jasad hidup yang mempunyai ukuran sangat kecil (Kusnadi. mikroorganisme yang menghasilkan enzim proteolitik mampu merombak protein-protein. mikroorganisme pektinolitik mampu merombak bahan-bahan yang mengandung pektin yang terdapat pada dinding sel tumbuhan (Tarigan. Mikroorganisme ini juga tidak memerlukan tempat yang besar.Klasifikasi Alga-Biru Hijau Berbentuk sel tunggal atau filamen (serat) yang disekelilingnya diselimuti oleh seludang yang terdiri dari lendir (polisakharida). Termasuk kedalam kelompok jasad yang fotosintetik karena mempunyai klorofil. mudah ditumbuhkan dalam media buatan. fukosantin (coklat) dan fukoeritrin (merah) hidup didalam air. menghasilkan energi dan bereproduksi dengan sendirinya. baik pada manusia. Mikroorganisme memiliki fleksibilitas metabolisme yang tinggi karena mikroorganisme ini harus mempunyai kemampuan menyesuaikan diri yang besar sehingga apabila ada interaksi yang tinggi dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi zat yang tinggi pula.

Meskipun demikian. tumbuhan. tekstur atau rasa suatu makanan. misalnya pada bidang mikrobiologi kedokteran dan fitopatologi banyak ditemukan mikroorganisme yang patogen yang menyebabkan penyakit dengan sifat-sifat kehidupannya yang khas. Surat Al-Baqaroh 164: 164. bahtera yang berlayar di laut membawa apa yang berguna bagi manusia. Dan Dia menundukkan malam dan siang. dan lingkungan. Atau berdasarkan kebutuhan hidupnya seperti termofilik.dikehendaki pada penampakan visual. Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-benar ada tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi kaum yang memahami (nya). seperti proteolitik. lipolitik. siklus nutrien. masih banyak manfaat yang dapat diambil dari mikroorganisme-mikroorganisme tersebut. Unsur ini hanya dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan dalam bentuk nitrat dan pengambilan khususnya melalui akar. halofilik. dll. Kajian religi: Surat An-Nur 45: 45. Nitrogen bebas merupakan komponen terbesar udara. Surat An-Nahl 12: 12. Penggunaan mikroorganisme dapat diterapkan dalam berbagai bidang kehidupan. dan apa yang Allah turunkan dari langit berupa air. Dan Allah telah menciptakan semua jenis hewan dari air. maka sebagian dari hewan itu ada yang berjalan di atas perutnya dan sebagian berjalan dengan dua kaki sedang sebagian (yang lain) berjalan dengan empat kaki. kesehatan. sesungguhnya Allah Maha Kuasa atas segala sesuatu. Beberapa manfaat yang dapat diambil antara lain sebagai berikut: Bidang pertanian Dalam bidang pertanian. lalu dengan air itu Dia hidupkan bumi sesudah mati (kering)-nya dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan. dll. Mikroorganisme ini dikelompokkan berdasarkan tipe aktivitasnya. mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2. matahari dan bulan untukmu. Dan bintangbintang itu ditundukkan (untukmu) dengan perintah-Nya. dan pengisaran angin . Penyusunan nitrat dilakukan secara bertahap oleh beberapa genus bakteri secara sinergetik. seperti bidang pertanian. dan peternakan hewan. Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi. Allah menciptakan apa yang dikehendaki-Nya. Peranan yang Menguntungkan Banyak yang menduga bahwa mikroorganisme membawa dampak yang merugikan bagi kehidupan hewan. Pembentukan nitrat dari nitrogen ini dapat terjadi karena adanya mikroorganisme. dan manusia. silih bergantinya malam dan siang. bau.

baik yang merugikan maupun yang menguntungkan yaitu: Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. sungguh (terdapat) tanda-tanda (keesaan dan kebesaran Allah) bagi kaum yang memikirkan. Prokaryota. KESIMPULAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang. 2. yaitu kelompok mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. Ciri-ciri utama suatu mikroorganisme yaitu: a) b) c) d) e) f) g) h) Morfologi Sifat Kimiawi Sifat Biakan Sifat Metabilisme Sifat Antigenik Sifat Genetik Patogenitas Sifat Ekologi Mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. baik pada manusia. sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop. hewan maupun tumbuhan . lup dan lain-lain. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarka dengan taksonomi. Karyota.dan awan yang dikendalikan antara langit dan bumi. Mikroorganisme terbagi menjadi dua kelopok yaitu: 1.

Peranan bakteri di alam sangat beragam salah satunya adalah sebagai agen yang mampu mendaur ulang materi atau nutrien di dalam biosfer sehingga dapat berguna bagi organisme lainnya. 2008. DAFTAR PUSTAKA Anonymous. • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut.id) diakses tanggal 22 Desember 2008. Pangantar Mokrobiologi Umum.2008. mampu memfermentasi. 1995.Ditulis oleh zaifbio | BIOKIMIA BAB I PENGANTAR Bakteri merupakan salah satu mikrobia prokariotik yang bersifat heterogen dan mampu menghuni lingkungan yang sangat beraneka ragam. 2008. Bandung : Angkasa 02/26/2009 . Bakteri mempunyai peranan yang sangat penting di alam sehingga memberikan pengaruh yang besar bagi proses kehidupan.(online) (http//www. siklus nutrien. dapat memproduksi antibiotik. Budiyanto Mak. Anonymous. Selain itu bakteri juga mempunyai aktifitas yang bernilai ekonomi dan medis antara lain. klasifikasi mikroba.Pustaka. Jakarta : Djambatan Suriawira U.co.pustaka. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. 1990.(online)(http//www. .Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri. Dasar-dasar Mikrobiologi. Hand Out dan Klasifikasi Mikroba. Malang : Universitas Muhammadiyah Malang Dwijoseputro.id) diakses tanggal 22 Desember 2008.identifikasi mikroba.co. Peranan yang Menguntungkan Contoh dalam bidang pertanian mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2. dan peternakan hewan.

0 mikrometer dan pada umumnya tidak dapat dilihat dengan mata telanjang sehingga harus menggunakan alat bantu berupa mikroskop (Stainer et al. dan lain-lain (Sulia and Shantharam. Bakteri yang terdapat di alam sangat banyak. 1982). dan susunan sel.1999). misalnya penentuan sifat biokimia.5-1. hidrolisis. Nomenklatur merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode tatanama. sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan (Nicklinet. Karakter kultur dan karakter koloni. 1999). Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti.al. elevasi. klasifikasi. meliputi bentuk koloni. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis .karakter yang digunakan dalam penggolongan organisme. semua bakteri dapat dimasukkan ke dalam satu dunia kehidupan yaitu dunia prokariota atau monera. reproducible.dan dapat menyebabkan penyakit pada tumbuhan. sifat nutrisi dan metabolisme serta kebutuhan akan oksigen (Sembiring dkk. morfologi. reduksi berbagai senyawa. dan warna koloni. produksi indol. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif. Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter . Klasifikasi adalah proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). Salah satu cara untuk mengelompokkan bakteri adalah dengan taksonomi fenetik. dan lainlain. Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat evolusioner. hewan. Bakteri mempunyai ukuran yang sangat kecil. Dalam mengklasifikasikan suatu bakteri tertentu kriteria yang digunakan antara lain adalah karakter morfologi yang terdiri dari ukuran. oleh karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi. dan padat informasi. antara lain pengecatan gram . translucent. Menurut Bergey (2001). dan produksi enzim spesifik. Sedangkan taksonomi numerik adalah sistem klasifikasi mikrobia berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan menggunakan komputer. Taksonomi bakteri dilakukan melalui beberapa tahap yaitu. fisiologi. kimiawi dan pembedaan DNA. sifat pengecatan. dan manusia. bentuk. 1998) Ciri yang dipakai sebagai dasar pengelompokan bakteri meliputi beberapa sifat penting. diameternya hanya kira-kira berukuran 0.bentuk. nomenklatur. pH. Karakter fisiologis yang meliputi kisaran suhu. Karakteristik biokimia meliputi fermentasi. dan identifikasi.

5-1. Umumnya katalase positif. Bacillus subtilis(C). Strain ini patogen terhadap hewan dan manusia atau dapat memproduksi toksin ekstraseluler.dan Pseudomonas sp. 1998) Dalam acara praktikum ini digunakan 6 strain (OTU) yang akan dibuat klasifikasinya. Escherichia coli (B). • Bacillus subtilisdan Bacillus nitroxus . 1982) Salah satu cara yang paling mudah untuk membandingkan Op er a tio n a l Taxonomical Unit (OTU) adalah dengan mencari jumlah karakter yang identik diantara mereka yang disebut sebagai koefisien asosiasi. Aeromonas sp.5 μm. (F). dengan diameter 0. • Escherichia coli Beberapa sifat dari strain ini diantaranya oksidasi positif dan memiliki flagella untuk motilitasnya terutama saat tumuh pada media cair. Katalase positif. Menurut Bergey (2001) sifat-sifat khusus dari masing-masing strain yang digunakan adalah sebagai berikut : • Staphylococcus aureus Strain ini memiliki beberapa ciri. Metabolisme baik secara fermentasi atau respirasi.(D) . fakultatif anaerob serta kemoorganotrof. kemoorganotrof. Sel bersifat gram negatif. tumbuh baik pada suhu 37° C namun akan lebih baik pada suhu 25-30° C. Dalam percobaan ini digunakan S im p le Matching Coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (SJ). non motile. bukan klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al. Bersifat Gram positif. diantaranya sel berbentuk spherical. dan memiliki dua sistem metabolisme baik fermentatif atau respiratori. Strain ini bersifat fakultatif anaerob. diantaranya strain Staphylococcus aureus (A).memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif. dan biasanya aktif melakukan metabolisme pada suhu ini. dan tidak membentuk spora. Ssm secara umum digunakan dalam analisis bakteri yang merupakan perbandingan karakter-karakter yang cocok tanpa memperhatikan sifat ada (present) ataupun sifat tidak ada (absent) sedangkan dalam metode SJ digunakan perbandingan unit karakter dengan mengabaikan sifat yang samasama negatif (Sulia and Shantharam. dan mereduksi nitrat menjadi nitrit. Bacillus nitroxus(E).

gelas .Kedua strain ini masuk dalam genus Bacillus sehingga memiliki cirri-ciri khusus antara lain sel berbentuk batang atau lurus. Pada siklus hidupnya diketahui tidak ada fase istirahat.5-2.0-3. dan manusia. dengan ukuran 0. Sifat strain ini selnya berbentuk batang atau batang panjang. Beberapa spesies patogen terhadap kodok. dan memfermentasi karbohidrat termasuk maltosa. mikro pipet. pro pipet. 1. bermetabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. Umumnya strain ini mengakumulasi βhidroksibutirat sebagai materi cadangan karbon.5 μm. Penyakit yang ditimbulkan pada manusia biasanya diare atau bakteremia.0 μm.5-1. • Pseudomonas sp. melakukan metabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. Sel bersifat positif terhadap pengecatan gram dan motile atau bergerak dengan petrichous flagella.5-5. Memiliki keanekaragaman kemampuan fisiologi yang luas seperti respek terhadap panas. pipet tetes. Selnya bersifat negatif terhadap pengecatan gram. Anggota genus ini bersifat aerob atau fakultatif anaerob. Strain ini memiliki bentuk sel batang dengan ujung membulat hingga berbentuk spherical. kemoorganotrof. dengan diameter 0.2-10 μm dan sering terangkai secara berpasangan atau rantai dengan ujung membulat atau persegi. Umumnya katalase positif dan beberapa spesies di dalamnya patogen terhadap vertebrata dan invertebrata. Oksidasi positif dan katalase positif. pipet ukur. dan salinitas. Merupakan organisme kemoorganotrof.3-1. BAB II METODE II. ALAT DAN BAHAN Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi.0 x 1. Anggota dari genus ini bersifat aerobik dan bergerak dengan flagella. ikan. rak tabung reaksi. Bersifat positif terhadap gelatinase dan DNAase. pH.0 μm dan panjang 1. Bergerak umumnya dengan menggunakan flagella single polar.5 x 1. • Aeromonas sp. erlenmeyer. cawan petri. Bersifat negatif terhadap pengecatan gram. namun tidak helical dengan ukuran 0. Optimal temperaturnya adalah 22-28°C. Reduksi nitrat. Strain ini tidak dapat memproduksi prosthecae dan tidak diselubungi oleh selimut. Fakultatif anaerob.

-Bentuk struktur dalam : opaque.(F) Unit karakter yang digunakan dalam percobaan kali ini adalah sebanyak 44 karakter. dan sifat-sifat biokimia. -Elevasi : effuse. lobate. -Warna : krem. cilliate. morfologi sel.Bentuk koloni : circulair.(D) • Bacillus nitroxus(E) • Pseudomonas sp. yaitu : • Staphylococcus aureus(A) • Escherichia coli(B) • Bacillus subtilis(C) • Aeromonas sp. Karakterkarakter tersebut antara lain: 1. erose. sedang. . b) Pada media agar tegak -Pertumbuhan : tipis. -Permukaan koloni :mengkilat dan tidak mengkilat. gelas penutup. finely granular. irregular. arborescen c) Pada media agar miring -Pertumbuhan : lebat. filamentous. Morfologi koloni a) Pada media agar plate . dan mikroskop. low convex. yang termasuk dalam morfologi koloni . -Bentuk pertumbuhan : filiform. Sedangkan bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah 6 strain mikrobia. -Bentuk tepi : crenate. echinulate.benda.

Karakter ini dilakukan untuk memperoleh sejumlah unit karakter (t) yang digunakan dalam klasifikasi yaitu karakter morfologis. uji biokimiawi. tidak tahan asam. dan lain-lain. pencairan gelatin. membraneous. Penghitungan indeks similaritas Setiap strain mikrobia yang akan dibandingkan dengan strain mikrobia yang lain. d) Reduksi berbagai senyawa : nitrat. Rumus yang digunakan dalah sebagai berikut : S sm = ( a + b ) x100 % (a +b+ c+ d) . ring. 3. d) Pengecatan asam : tahan asam. Koleksi data Untuk memperoleh data dilakukan karakterisasi 6 buah strain mikrobia yang kemudian diberi symbol (n). c) Pengecatan gram : gram positif. 4. b) Hidrolisis pati. mengumpul di dasar. d) Pada media nutrient cair -Pertumbuhan : menutup permukaan. b) Spora : ada. laktosa. Pengujian Sifat Biokimia a) Kemampuan fermentasi : glukosa. sukrosa. Morfologi Sel a) Bentuk sel : batang. pengecatan. tersebar merata. bulat. II 2. methylen blue. 2. fermentasi air susu. echinulate. peptonisasi. c) Penguraian protein : pembentukan indol. tidak ada. gram negatif. CARA KERJA TEKNIK KLASIFIKASI NUMERIC 1.-Bentuk pertumbuhan : beaded. hidrolisis kasein. spreading. Tingkat kemiripan ditentukan dengan cara Ssm dan Sj. hidrogen peroksida.

Konstruksi dendogram berdasarkan matrix similaritas Untuk mengklasifikasikan strain berdasarkan indeks similaritas dilakukan pengklasteran dalam table analisis klustering dengan menggunakan algoritme pengklasteran average linkage.∑x. 4. Penentuan struktur taksonomis.∑y √ {n ∑x² .(∑y)²} . Teknik karakterisasi fenotip Untuk mengetahui kelayakan nilai dari hasil konstruksi dendogram diuji dengan analisis korelasi fenetik sehingga akan didapatkan nilai r yang didapat dari rumus sebagai berikut: r = n ∑xy . 5.(∑x)²}{n ∑y² .Sj = ( a) X100% (a +b + c) Keterangan : a = jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain b = jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain yang kedua c = jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain yang kedua d = jumlah karakter (-) untuk kedua strain Untuk selanjutnya nilai dari masing-masing perhitungan dimasukkan dalam matrix similaritas 3.

91 %. D.55 %. Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti. Sedangkan strain F bergabung pada kelompok tersebut pada nilai similaritas paling kecil yaitu 54. Pada Ssm. Selanjutnya terjadi clustering antara B. kekerabatan paling dekat terjadi antara strain C dan E dengan nilai similaritas 72. Strain C bergabung dengan strain E pada nilai 57. Dari hasil dendogram Sj. Kemudian kelompok yang telah terbentuk tersebut anggotanya membentuk cluster dengan strain A pada nilai similaritas 57. hanya berbeda pada nilai similaritas dimana kelompok strain tersebut bergabung. Bacillus subtilis (C). memperlihatkan pembentukan kelompok yang sama sehingga gambar dendogramnya sama. Aeromonas sp (D). Strain-strain yang digunakan adalah strain bakteri. D. C. Escherichia coli (B). Sedangkan karakter-karakter yang digunakan dalam percobaan ini adalah 44 karakter. B.19 % membentuk kelompok ( B. E) pada nilai similaritas sebesar 49. diperoleh konstruksi dendogram dari perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan Sj.95 % sehingga kelompoknya menjadi A. antara lain : Staphylococcus aureus (A). C. D. Hasil dari perhitungan Ssm menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan Sj. membentuk kelompok. C. E ). Strain A bergabung . Bacillus nitroxus (E).73 %.BAB IV PEMBAHASAN Pada praktikum ini diperoleh suatu bentuk klasifikasi berdasarkan unit karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik. Selanjutnya strain B dan D bergabung dengan kelompok strain (C. dan Ps eu d o m o n as (F). E. dan E dengan nilai kekerabatan 65.14%.

Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk konstruksi dendogram. Kemudian strain F bergabung dengan kelompok yang telah terbentuk pada nilai similaritas paling kecil yaitu 34. begitu juga sebaliknya. Berdasarkan hasil uji taksonomi numerik fenetik diperoleh satu taksospesies.10 % membentuk kelompok ( A. D. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. C. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm diperoleh nilai r sebesar 84. Hasil yang dapat terbentuk merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage. uji Ssm menggunakan unit karakter yang lebih banyak daripada uji Sj. Semakin banyak unit karakter yang diuji maka hasilnya semakin valid. Hal ini berarti strain C dan strain E tergolong dalam satu spesies. Hasil dari klasifikasi dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya. D. F. Akan tetapi uji Ssm memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif. berbeda dengan uji Sj yang tidak menggunakan karakter yang sama-sama negatif. Sebagai pertimbangan.dengan kelompok strain ( B.48 %. . Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas yang menyebabkan data tidak valid.1 %.5 %. B. dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi kofenetik. Untuk Sj diperoleh nilai r sebesar 88. E ) pada nilai similaritas 41. Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau kevalidan hasil konstruksi dendogram. Persamaan hubungan kekerabatan yang terjadi berdasarkan Ssm dan Sj dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan mereka. E. semakin dekat hubungan kekerabatannya. C ). Karena keduanya memiliki nilai diatas 60 % maka keduanya dapat dikatakan memiliki hasil yang valid dan dapat dipercaya. Hal ini dapat mengurangi tingkat kesalahan ( error ). yang merupakan kelompok strain yang menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain C dan E. Hasil dikatakan valid apabila nilai r ini lebih besar daripada 60 %. Nilai similaritas Sj lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan pada analisis Sj lebih sedikit. yang diambil adalah nilai rerata dari indeks similaritas. Semakin banyak sifat yang sama.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful