KLASIFIKASI MIKROBA KLASIFIKASI DAN PERANAN MIKROBA DALAM KEHIDUPAN ABSTRAK Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal

yang berbeda tetapi saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat diidentifikasikan sebagai penyusunan organisme kedalam grup taksonomi(taksa) dengan berdasarkan persamaan atau hubungan. Klasifikasi organisme prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat dari pengalaman dan juga teknik observasi, sifat biokimia, fisiologi, genetik dan morfologi yang sering penting untuk menggambarkan sebuah takson. Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Key word: Klasifikasi, identifikasi,mikroba, mikroorganisme. PENDAHULUAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan sistematis organisme kedalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal, takson) tetapi penyusunan taksonomi mikroorganisme mensyaratkan diidentifikasi sebagai mana mestinya dan diberi nama. Kegiatan secara keseluruhan, yakni tentang pengklasifikasian penamaan dan pengidentifikasian mikroorganisme, disebut sebagai sistematika mikroba. Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau golongan tumbuhan. Setelah leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme , sarjana Zoologi seperti Muller (1773) dan erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada tahun (1873), Cohn sarjana botani bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan. Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan secara berangsur-angsur sampai sekarang.

Banyak kesulitan dalam mengklasifikasikan mikroorganisme. Misalnya dalam klasifikasi bakteri. Kriteria dalam kalasifikasi berbeda dengan mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat tinggi yang didasarkan terutama pada sifat-sifat marfologisnya. Tetapi hal ini sulit dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri di dasarkan sebagian pada sifat-sifat morfologi, dan sifat-sifat fisiologinya termasuk imunologi. Banyak bakteri di bawah mikroskop menunjukkan bentuk morfologi yang sama, tetapi sifat-sifat fisiologi mereka berlainan sama sekali. Ada beberapa golongan bakteri yang sama bentuknya, tetapi yang satu dapat mencernakan asam amino tertentu, sedangkan yang lainnya tidak. Ada pula suatu golongan yang dapat menyebabkan suatu penyakit, sedang golongan yang lain tidak. Maka jelaslah bahwa kesukaran kita untuk menetapkan spesies berdasarkan sifat-sifat morfologi saja. Rumusan Masalah Adakah peranan penting mikroba bagi kehidupan. Tujuan Ø Ø Mengetahui klasifikasi dan identifikasi suatu mikroorganisme Mengetahui manfaat mikroorganisme bagi kehidupan.

PEMBAHASAN Klasifikasi dan Identifikasi Dalam semua cabang biologi diperluan pencirian, klasifikasi dan identifikasi. Klasifikasi merupakan proses untuk mengenali dan mengelompokkan organisme hidup. Klasifikasi merupakan bagian dari bidang ilmu sistematik. Tujuan klasifikasi ialah mengatur kedudukan dari berbagai organisme di alam. Jika diketahui ciri-ciri suatu mikroorganisme, maka dapat dilakukan perbandingan sehingga terlihat persamaan dan juga perbedaan dnegan organisme lainnya. Hal ini dapat disamakan dengan membuat tabel periodik bagi unsur kimia sehingga terlihat keterkaitan antara unsur kimia tersebut. Klasifikasi dan karakteristik atau tidaklah mungkin dipelajari adalah mikroorganisme. identifikasi mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu ciri-ciri mikroorganisme. Oleh karena ukurannya yang sangat kecil, bagi kita untuk mempelajari 1 mikroorganisme saja, sehingga yang karakkteristik suatu biakan yang merupakan populasi dari suatu

Ciri-ciri utama dari suatu mikroorganisme dikelompokan sebagai berukut : . 1. Morfologi m) .

Mikroba pada umumnya sangat kecil : ukurannya dinyatakan dalam mikrometer (

telur. pirimidin. biakan jaringan. Sifat Kimiawi Sel terdiri dari berbagai bahan kimia. Sifat Metabilisme Proses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimiawi yang disebut metabolisme. Antigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba. Reaksi ini sangat sepesifik sehingga dapat disebut sebagai lock and key system.001 mm Oleh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop untuk melihat mikroba. Pada kelompok virus. akan terbentu antibodi yang mengikat antigen. maka sel ini memperlihatkan susunan kimiawi yang spesifik. pembagian dilakukan berdasaran asam inti yang dikandung. Sifat Biakan Zat hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda ada mikroorganisme yang hanya dapat hidup dan tumbuh bila diberikan zat hara yang kompleks (serum. apakah merupakan DNA atau RNA 3. Antibodi ini bersifat sangat spesifik terhadap antigen yang menginduksinya. Sifat Genetik DNA kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian mikroorganisme. Sifat Antigenik Bila mikroorganisme masuk kedalam tubuh. bakteri Gram negatif memiliki lipopolisakarida dalam dinding selnya. Dinding sel fungsi dan algae berbeda dari bakteri. Berbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme dapat digunakan untuk mencirikan mikroorganisme 5. bertunas. koenzim) selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh pada sel hidup. Sedangkan bakteri Gram positif tidak. purin. Mikroskop yang digunakan tergantung pada kecermatan yang diinginkan oleh peneliti. karbohidrat. Bahan kimia ini tidak ditemukan pada gram negatif. berupa inang. Sebagai contoh. darah). 2. Bila sel mikroba diberi perlauan kimiawi. Susunan basa DNA . 4. Sebaliknya pada banyak bakteri Gram positif terdapat asam teikoat. maka antibodi dapat digunakan untuk mencirikan (rapid indentification) terhadap mikroorganisme.1 m = 0. vitamin. Sebaliknya ada pula yang hanya memerlukan bahan inorganik saja atau bahan organik (asam amino. Oleh karena mikroorganisme memiliki antigen yang berbeda. 6.

Mikroorganisme yang terdapat dalam rongga mulut berbeda dengan saluran pencernaan. Perkembangan Klasifikasi Pada klasifikasi “Five-kingdom System. Patogenitas Mikroba dapat menimbulkan penyakit. Forosintesis Absorpsi Ingesti Prokariot termasuk dalam Monera. Yukariot uniseluler termasuk protista. 8. Perkembangan Klasifikasi Two-Kingdom system Lennaeus Four-Kingdom System Capeland Five-Kingdom system Whitaker . Selain itu ada pula yang melakukan kombinasi. Mucroalgar bersifat forosintetik. Pembagian didasarkan pada cara pengambilan zat hara yaitu : a. b. Mikroorganisme masuk dalam : a. c. ketiga macam pengambilan zat hara terlihat dalam kelompok ini. b. Mikroorganisme yang hidup di lautan berbeda dengan air tawar. Sifat Ekologi Habitat merupakan sifat yang mencirikan mikroorganisme. Protozoa dengan ingesti dan protista lainnya dengan absorpsi. cara mengambilan zat hara tidak melalui ingesti. Monera (bacteria dan cyanobacteria) Protista (microalgae dan protozoa) Fungsi (yeasts dan mold) Tabel. kemampuannya untuk menimbulkan penyakit merupakan ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya (Bdellovibrio) dan virus (bakteriofag)yang menginfesi dan menghancurkan bakteri.Untuk perbandingan di gunakan mol % G+C 7. c.

Namun demikian. Homologi DNA . sebaliknya organisme yang jauh berbeda memiliki nilai % G + C yang berbeda pula.Animalia Plantae Monera Protoctista Metaphyta Metazoa Monera Protista Plantac Fungsi Animalia Koefisien Kesamaan Kesamaan ini dapat dinyatakan dalam derajat kesamaan atau perbedaan. cabang ilmu yang disebut biologi molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan DNA antar organisme. Metode ini paling obyektif dan didasarkan pada DNA. organisme yang tidak berkaitan mungkin saja memiliki % G + C yang sama. Similarity Matrix Keterkaitan Sifat Genetik Metode klasifikasi yang paling cermat adalah keterkaitan sifat genetika anta organisme. Pada mulanya kesamaan yang dibadingkan hanyalah % mol G + C saja. Oleh karena itu dicari metode perbandingan yang lebih cermat dengan cara membandingkan urutan dari nukleotida. Dengan mengetahui koefisien kesamaan dapat disusun Cluster dari organisme yang serupa Beberapa metode utuk menentukan derajat kesamaan a. Organisme yang berkaitan erat memiliki % G +C yang sama. b. Metode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah : 1. Derajat perbedaan sangat berguna oleh karena menunjukkan beberapa banyak organisme yang diteliti berbeda dengan organisme lain. Pada tahun 1960. Cluster analysis Phenogram / dendrogram Ordination methods Menggunakan Principal component analysis d. c. Urutan nukleotida inilah yang merupakan ciri dasar suatu organisme.

Acotyledoneae. Bila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat heterodupleks. gamae = alat perkembangbiak).DNA dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal. Pada bakteri ternyata rRNA cistron ini “highlyy conserved” lestari. Bila dua organisme ini berkaitan erat maka akan terbentuk Heterodupleks. atau tumbuh-tumbuhan tanpa keping biji. 3. 1. Mikroba sesuai dengan bentuk dan sifatnya termasuk kedalam Dunia tumbuh-tumbuhan. dunia Mikroba terbagi menjadi dua kelompok besar lainnya. Dasar Pengelompokan Taksonomi merupakan cara atau upaya pengelompokan jasad hidup di dalam kelompok atau takson yang sesuai. Ini berarti untaian dari satu organisme akan berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya. Yaitu : 1. Metode ini paling berguna dalam tingkat klasifikasi species. Monocotyledoneae. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji dua. Homologi RNA ribosom dan ribosomal RNA oligonukleotida Dua organisme dapat saja tidak erat kaitannya. . pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti. Kedalam kelompok ini termasuk : a) Bakteria. tetapi ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan. yaitu Cryptogamae (kriptos = tersembunyi/tidak ada atau tidak nampa. 2. tetapi masih memperlihatkan homologi DNA. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal. Pertama kali pengelompokan ini hanya untuk lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan. rRNA yang disandi oleh sebagian DNA yang disebut sebagai RNA sistron. baik yang sudah terdiferensiasi ataupun yang belum. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. Dicotyledoneae. maka sekarang akan bertambah dengan 1 kelompok besar lainnya. Dari segi mikrobiologi sendiri. Sehingga kalau sebelumnya dunia tersebut hanya terbagi kedalam dua kelompok besar yaitu : 1. Ini berarti bahwa selama evolusi cistron ini memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian DNA yang lain Taksonomi Mikroba a. Untaian tunggal ini kemudian dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali. Mikroba termasuk kedalam kelompok ke-3 tersebut sesuai dengan sifat alat untuk perkembangbiakannya. Prokaryota.

2. di dalam tanah. tidak mempunyai klorofil berkembangbiak dengan pembelahan sel atau biner. Prosedur pewarnaan seperti pewarnaan gram dapat memberikan perkiraan bakteri memiliki kekerabatan yang dekat. pada tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan. 2. Tabel . Mikro-alga lainnya Walaupun ada kelompok kehidupan atau jasad lain yang dianggap hirup berdasarkan kepada bentuk dan sifatnya tidak sama dengan mikroba tetapi mengingat kepentingan dan asosiasi kehidupannya. didalam air. yaitu kelompo mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. Karyota. Tempat hidupnya tersebar di mana-mana. pada bahanbahan. sejak di udara. Hal ini merupakan petunjuk awal bahwa keragaman kimiawi DNA dari organisme yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya kekerabata genetik. Protozoa Virus Klasifakasi Bakteri Umumnya berbentuk 1-sel atau sel tunggal atau uniseluler. ada dua kelompok besar lain yang umumnya dimasukkan kedalam Dunia Mikroba yaitu : 1. Karena tidak mempunyai klorofil. Kedalam kelompok ini termasuk : a) b) Jamur. termasuk didalamnya ragi. Kriteria untuk Klasifikasi Bakteri Kriteria sesuai untuk tujuan klasifikasi bakteri termasuk sifat-sifatnya telah diterangkan dalam bab terdahulu.b) Mikro-alga biru-hijau (BGA = blue-green algae). informasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan melihat lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau flagella. Tingkat Taksonomi Tingkatan Resmi Kingdom Divisi Contoh Prokaryotae Gracilicutes . bakteri hidup sebagai jasad yang saprofitik ataupun sebagai jasad yang parasitik. Studi fisik membuktian bahwa kekerabatan DNA dari organisme yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan kromosom DNA untuk dikawin silangkan.

Virus Bakterial Bakterifage (fage) adalah virus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam sel bakteri. hibridisasi DNA dengan rangkaian oligonukleotida padat telah digunakan untuk mengidentifikasi spesies. Gambar Bentuk Sel Tunggal Bakteri(1)coccus. replikasi asam nukleat virus.(2)batang. perakitan partikel-partikel fage baru.Klas Ordo Famili Genus spesies Scotobacteria Eubacteriales Entobacteriaceae Escherichia Coli Penyusunan urutan DNA telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan DNA diantara beragam gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan DNA diantara gen-gen yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik dari gen-gen yang berhubungan dekat. . dan perbedaan susunan di antara gen-gen yang tersebar secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok bakteri yang hubungannya jauh. Kemudahan relatif dalam penangannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus maupun banyak masalah dasar di dalam biologi. dan pembebasan partikel-partikel fage ini di dalam suatu ledakan bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang. Penemuan terbaru. Perbandingan susunan dari 165S RNA ribosom dari berbagai sumber biologis menunjukkan adanya hubungan evolusi diantara organisme yang sangat beragam dan menunjukkan adanya kingdom baru. termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi Fage pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung protein pelindung. Gen penanda RNA ribosom dan protein ribosom telah diturunkan melalui evolusi dan telah disebarkan lebih lambat daripada gen kromosom lainnya. yaitu Arecbaebacteria. fage-fage virulen telah digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri patogenik. Klasifikasi Virus a. Ribosom memiliki pesan penting dalam sintesa protein.(3)spiral. penetrasi asam nukleat. Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai berikut : adsorbsi partikel fage.

Ada beberapa yang hidup secara simbiosis dengan jamur membentuk jasad baru yang disebut lichenes (lumut kerak). Klasifikasi Jamur Bentuknya sel tunggal (misal pada ragi). yang diperkenalkan oleh A. karena dia hidup secara saprofik ataupun parasitik Klasifikasi Alga-Hijau Bentuknya sama seperti BGA. seperti digambarkan oleh kisaran inang. seperti kedudukan tempat sintesis virus di dalam sel dan hubungan timbal balik antara inang dan virus. Virus Hewan dan Tumbuhan Virus hewan dan virus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. sifat pertumbuhan virus. atau menempel pada tubuh jasad lain (kulit kura-kura) sehingga kelihatannya hewan tersebut mempunyai klorofil karena berawarna hijau. Seperti bakteria. Setiap virus mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel inang. pada air. terutama pada tanah yang lembab. Hubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimiawi dan strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat. dan sabagiannya). . virus dikelompokkan menurut sifat virionnya yaitu semacam asam nukleat. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. biosintesis komponen-omponen virus dan perakitan serta pematangan virion.b. ada tidaknya selubung dan ukuran kapsid. Proses replikasi virus dimulai dengan melekatnya virion pada sel inang. Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami atau filogenik. Misal pada Hydra. bentuk susunan kapsid. Secara morfologis. berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan evolisoner atara virus-virus. virus hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral. Sistem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi virus terlihat pada sistem ini. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. halikal bersampul atau kompleks. Pembagian lebih lanjut didasarkan atas sifat-sifat lain virion itu. Jasad ini tidak mempunyai klorofil. sifat pertumbuhan virus. Mushrooms. menempel pada tanaman ataupun bersifat endofitik (hidup di dalam jaringan jasad lain). Didapatkan dimana-mana. Loff dan kawan-kawan dalam tahun 1962. kemudian serat atau filamen (paling banyak di dapatkan). Peristiwa ini disusul dengan penetrasi dan pelepasan selubung. walaupun ada beberapa yang sudah mempunyai tubuh lengkap dengan bagian-bagian yang dinamakan akar batang dan daun walau semuanya bersifat semu (Chara dan Nitella). sampai dengan telah membentuk tubuh lengkap yang dinamakan tubuh-buah (misalkan pada jamur merang.

dkk. Mikroorganisme memiliki fleksibilitas metabolisme yang tinggi karena mikroorganisme ini harus mempunyai kemampuan menyesuaikan diri yang besar sehingga apabila ada interaksi yang tinggi dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi zat yang tinggi pula. • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut. khamir (yeast) dan kapang (mould) dapat menyebabkan perubahan yang tidak .enzim-enzim tertentu yang diperlukan untuk perngolahan bahan makanan akan diproduksi bila bahan makanan tersebut sudah ada. mikroorganisme yang menghasilkan enzim proteolitik mampu merombak protein-protein. fukosantin (coklat) dan fukoeritrin (merah) hidup didalam air. menghasilkan energi dan bereproduksi dengan sendirinya. Akan tetapi karena ukurannya yang kecil. maka setiap mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. Dengan demikian enzim yang tidak diperlukan tidak akan disimpan dalam bentuk persediaan. 2003). Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. Mikroorganisme ini juga tidak memerlukan tempat yang besar. 1988). maka tidak ada tempat untuk menyimpan enzim-enzim yang telah dihasilkan. Dalam pembusukan daging. di dalam tanah yang lembab atau bersimbiosis dengan jasad lain. Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. Pada proses pembusukan sayur dan buah.Klasifikasi Alga-Biru Hijau Berbentuk sel tunggal atau filamen (serat) yang disekelilingnya diselimuti oleh seludang yang terdiri dari lendir (polisakharida). baik pada manusia. 2001). baik yang merugikan maupun yang menguntungkan. atau dengan tanaman tinggi (Cassuarina) dengan membentuk akar karang Peran mikroorganisme dalam khidupan Mikroorganisme merupakan jasad hidup yang mempunyai ukuran sangat kecil (Kusnadi. Mikroorganisme seperti bakteri. Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan antara lain dapat mengalami pertumbuhan. Oleh karena aktivitasnya tersebut. disamping pigmen lainnya seperti fikobilin (biru). mikroorganisme pektinolitik mampu merombak bahan-bahan yang mengandung pektin yang terdapat pada dinding sel tumbuhan (Tarigan. sejak paku-pakuan (Azolla) didalam rongga udara daunnya. mudah ditumbuhkan dalam media buatan. hewan maupun tumbuhan Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri. atau berbentuk koloni sederhana. Termasuk kedalam kelompok jasad yang fotosintetik karena mempunyai klorofil. dan tingkat pembiakannya relative cepat (Darkuni.

seperti bidang pertanian. Dan bintangbintang itu ditundukkan (untukmu) dengan perintah-Nya. Pembentukan nitrat dari nitrogen ini dapat terjadi karena adanya mikroorganisme. sesungguhnya Allah Maha Kuasa atas segala sesuatu. dan pengisaran angin . Penyusunan nitrat dilakukan secara bertahap oleh beberapa genus bakteri secara sinergetik. Meskipun demikian. lipolitik. kesehatan. Beberapa manfaat yang dapat diambil antara lain sebagai berikut: Bidang pertanian Dalam bidang pertanian. Dan Allah telah menciptakan semua jenis hewan dari air. dan apa yang Allah turunkan dari langit berupa air. maka sebagian dari hewan itu ada yang berjalan di atas perutnya dan sebagian berjalan dengan dua kaki sedang sebagian (yang lain) berjalan dengan empat kaki. bahtera yang berlayar di laut membawa apa yang berguna bagi manusia. dll. siklus nutrien. Nitrogen bebas merupakan komponen terbesar udara. Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-benar ada tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi kaum yang memahami (nya). Unsur ini hanya dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan dalam bentuk nitrat dan pengambilan khususnya melalui akar. mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2. tumbuhan. bau. silih bergantinya malam dan siang. Dan Dia menundukkan malam dan siang. Kajian religi: Surat An-Nur 45: 45. Penggunaan mikroorganisme dapat diterapkan dalam berbagai bidang kehidupan. halofilik. Peranan yang Menguntungkan Banyak yang menduga bahwa mikroorganisme membawa dampak yang merugikan bagi kehidupan hewan. dan manusia. Surat Al-Baqaroh 164: 164. matahari dan bulan untukmu. Atau berdasarkan kebutuhan hidupnya seperti termofilik. dan peternakan hewan.dikehendaki pada penampakan visual. masih banyak manfaat yang dapat diambil dari mikroorganisme-mikroorganisme tersebut. seperti proteolitik. lalu dengan air itu Dia hidupkan bumi sesudah mati (kering)-nya dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan. Allah menciptakan apa yang dikehendaki-Nya. Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi. dan lingkungan. tekstur atau rasa suatu makanan. dll. misalnya pada bidang mikrobiologi kedokteran dan fitopatologi banyak ditemukan mikroorganisme yang patogen yang menyebabkan penyakit dengan sifat-sifat kehidupannya yang khas. Surat An-Nahl 12: 12. Mikroorganisme ini dikelompokkan berdasarkan tipe aktivitasnya.

Karyota. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarka dengan taksonomi. 2. Prokaryota. KESIMPULAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang. sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. yaitu kelompok mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. lup dan lain-lain.dan awan yang dikendalikan antara langit dan bumi. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan yaitu: Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. hewan maupun tumbuhan . Mikroorganisme terbagi menjadi dua kelopok yaitu: 1. sungguh (terdapat) tanda-tanda (keesaan dan kebesaran Allah) bagi kaum yang memikirkan. Ciri-ciri utama suatu mikroorganisme yaitu: a) b) c) d) e) f) g) h) Morfologi Sifat Kimiawi Sifat Biakan Sifat Metabilisme Sifat Antigenik Sifat Genetik Patogenitas Sifat Ekologi Mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. baik pada manusia.

Jakarta : Djambatan Suriawira U. Anonymous.identifikasi mikroba. 2008.(online)(http//www. dapat memproduksi antibiotik.co. 1990.id) diakses tanggal 22 Desember 2008. Budiyanto Mak. siklus nutrien. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut. Dasar-dasar Mikrobiologi. dan peternakan hewan. Peranan yang Menguntungkan Contoh dalam bidang pertanian mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2.Ditulis oleh zaifbio | BIOKIMIA BAB I PENGANTAR Bakteri merupakan salah satu mikrobia prokariotik yang bersifat heterogen dan mampu menghuni lingkungan yang sangat beraneka ragam.(online) (http//www.id) diakses tanggal 22 Desember 2008. 2008.Pustaka. Bandung : Angkasa 02/26/2009 . Selain itu bakteri juga mempunyai aktifitas yang bernilai ekonomi dan medis antara lain. Hand Out dan Klasifikasi Mikroba. Malang : Universitas Muhammadiyah Malang Dwijoseputro. Pangantar Mokrobiologi Umum.2008. DAFTAR PUSTAKA Anonymous. mampu memfermentasi. .Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri. 1995.co.pustaka. klasifikasi mikroba. Bakteri mempunyai peranan yang sangat penting di alam sehingga memberikan pengaruh yang besar bagi proses kehidupan. Peranan bakteri di alam sangat beragam salah satunya adalah sebagai agen yang mampu mendaur ulang materi atau nutrien di dalam biosfer sehingga dapat berguna bagi organisme lainnya.

Bakteri yang terdapat di alam sangat banyak. Salah satu cara untuk mengelompokkan bakteri adalah dengan taksonomi fenetik. oleh karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi. Karakter fisiologis yang meliputi kisaran suhu. sifat pengecatan.dan dapat menyebabkan penyakit pada tumbuhan. elevasi. hewan. dan lainlain. sifat nutrisi dan metabolisme serta kebutuhan akan oksigen (Sembiring dkk. misalnya penentuan sifat biokimia. Menurut Bergey (2001). 1999). Nomenklatur merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode tatanama. dan produksi enzim spesifik.1999).al. 1982). Bakteri mempunyai ukuran yang sangat kecil. dan padat informasi. dan susunan sel. meliputi bentuk koloni. dan lain-lain (Sulia and Shantharam. hidrolisis. klasifikasi. reproducible. 1998) Ciri yang dipakai sebagai dasar pengelompokan bakteri meliputi beberapa sifat penting. Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter . diameternya hanya kira-kira berukuran 0. Karakter kultur dan karakter koloni.bentuk.0 mikrometer dan pada umumnya tidak dapat dilihat dengan mata telanjang sehingga harus menggunakan alat bantu berupa mikroskop (Stainer et al. produksi indol. Sedangkan taksonomi numerik adalah sistem klasifikasi mikrobia berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan menggunakan komputer. Dalam mengklasifikasikan suatu bakteri tertentu kriteria yang digunakan antara lain adalah karakter morfologi yang terdiri dari ukuran. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif. nomenklatur. translucent. Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti.5-1.karakter yang digunakan dalam penggolongan organisme. bentuk. fisiologi. pH. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis . dan warna koloni. semua bakteri dapat dimasukkan ke dalam satu dunia kehidupan yaitu dunia prokariota atau monera. dan manusia. kimiawi dan pembedaan DNA. Karakteristik biokimia meliputi fermentasi. sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan (Nicklinet. morfologi. Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat evolusioner. dan identifikasi. Klasifikasi adalah proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). antara lain pengecatan gram . Taksonomi bakteri dilakukan melalui beberapa tahap yaitu. reduksi berbagai senyawa.

Escherichia coli (B). Bersifat Gram positif.dan Pseudomonas sp. Aeromonas sp. dan tidak membentuk spora. • Escherichia coli Beberapa sifat dari strain ini diantaranya oksidasi positif dan memiliki flagella untuk motilitasnya terutama saat tumuh pada media cair. dan mereduksi nitrat menjadi nitrit.5-1.memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif. Bacillus subtilis(C). Menurut Bergey (2001) sifat-sifat khusus dari masing-masing strain yang digunakan adalah sebagai berikut : • Staphylococcus aureus Strain ini memiliki beberapa ciri. dan memiliki dua sistem metabolisme baik fermentatif atau respiratori. non motile.5 μm. Dalam percobaan ini digunakan S im p le Matching Coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (SJ). kemoorganotrof. Metabolisme baik secara fermentasi atau respirasi. 1982) Salah satu cara yang paling mudah untuk membandingkan Op er a tio n a l Taxonomical Unit (OTU) adalah dengan mencari jumlah karakter yang identik diantara mereka yang disebut sebagai koefisien asosiasi. tumbuh baik pada suhu 37° C namun akan lebih baik pada suhu 25-30° C. • Bacillus subtilisdan Bacillus nitroxus . Katalase positif. (F). bukan klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al.(D) . Ssm secara umum digunakan dalam analisis bakteri yang merupakan perbandingan karakter-karakter yang cocok tanpa memperhatikan sifat ada (present) ataupun sifat tidak ada (absent) sedangkan dalam metode SJ digunakan perbandingan unit karakter dengan mengabaikan sifat yang samasama negatif (Sulia and Shantharam. fakultatif anaerob serta kemoorganotrof. Strain ini patogen terhadap hewan dan manusia atau dapat memproduksi toksin ekstraseluler. 1998) Dalam acara praktikum ini digunakan 6 strain (OTU) yang akan dibuat klasifikasinya. Sel bersifat gram negatif. Umumnya katalase positif. Bacillus nitroxus(E). diantaranya sel berbentuk spherical. diantaranya strain Staphylococcus aureus (A). dengan diameter 0. dan biasanya aktif melakukan metabolisme pada suhu ini. Strain ini bersifat fakultatif anaerob.

Anggota genus ini bersifat aerob atau fakultatif anaerob. Optimal temperaturnya adalah 22-28°C. dan salinitas. Umumnya katalase positif dan beberapa spesies di dalamnya patogen terhadap vertebrata dan invertebrata. Bersifat positif terhadap gelatinase dan DNAase. pH. melakukan metabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. pro pipet. Strain ini tidak dapat memproduksi prosthecae dan tidak diselubungi oleh selimut.5 x 1. 1.2-10 μm dan sering terangkai secara berpasangan atau rantai dengan ujung membulat atau persegi. Anggota dari genus ini bersifat aerobik dan bergerak dengan flagella. bermetabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. Umumnya strain ini mengakumulasi βhidroksibutirat sebagai materi cadangan karbon. Pada siklus hidupnya diketahui tidak ada fase istirahat. pipet tetes. Beberapa spesies patogen terhadap kodok. BAB II METODE II. dan manusia. erlenmeyer. namun tidak helical dengan ukuran 0.0 μm. dengan diameter 0.Kedua strain ini masuk dalam genus Bacillus sehingga memiliki cirri-ciri khusus antara lain sel berbentuk batang atau lurus. mikro pipet. dan memfermentasi karbohidrat termasuk maltosa. ALAT DAN BAHAN Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi.5-1. gelas . Bergerak umumnya dengan menggunakan flagella single polar. Strain ini memiliki bentuk sel batang dengan ujung membulat hingga berbentuk spherical. Reduksi nitrat. Selnya bersifat negatif terhadap pengecatan gram. cawan petri. • Pseudomonas sp. dengan ukuran 0.0-3. Fakultatif anaerob.5-2. pipet ukur.3-1. ikan. kemoorganotrof.5 μm. Sifat strain ini selnya berbentuk batang atau batang panjang. rak tabung reaksi.5-5. Memiliki keanekaragaman kemampuan fisiologi yang luas seperti respek terhadap panas.0 x 1. Merupakan organisme kemoorganotrof. Sel bersifat positif terhadap pengecatan gram dan motile atau bergerak dengan petrichous flagella.0 μm dan panjang 1. Oksidasi positif dan katalase positif. Penyakit yang ditimbulkan pada manusia biasanya diare atau bakteremia. Bersifat negatif terhadap pengecatan gram. • Aeromonas sp.

-Bentuk struktur dalam : opaque. dan mikroskop.benda. -Elevasi : effuse. lobate. irregular. b) Pada media agar tegak -Pertumbuhan : tipis. Morfologi koloni a) Pada media agar plate . -Warna : krem.(F) Unit karakter yang digunakan dalam percobaan kali ini adalah sebanyak 44 karakter. gelas penutup. filamentous. yaitu : • Staphylococcus aureus(A) • Escherichia coli(B) • Bacillus subtilis(C) • Aeromonas sp. -Permukaan koloni :mengkilat dan tidak mengkilat. erose. Sedangkan bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah 6 strain mikrobia. yang termasuk dalam morfologi koloni . Karakterkarakter tersebut antara lain: 1. arborescen c) Pada media agar miring -Pertumbuhan : lebat. echinulate. low convex.Bentuk koloni : circulair. morfologi sel. cilliate. finely granular. -Bentuk tepi : crenate. -Bentuk pertumbuhan : filiform. dan sifat-sifat biokimia. sedang.(D) • Bacillus nitroxus(E) • Pseudomonas sp. .

Morfologi Sel a) Bentuk sel : batang. II 2. CARA KERJA TEKNIK KLASIFIKASI NUMERIC 1. c) Pengecatan gram : gram positif. b) Hidrolisis pati. pencairan gelatin. 4. Koleksi data Untuk memperoleh data dilakukan karakterisasi 6 buah strain mikrobia yang kemudian diberi symbol (n). ring. 2. Penghitungan indeks similaritas Setiap strain mikrobia yang akan dibandingkan dengan strain mikrobia yang lain. bulat. c) Penguraian protein : pembentukan indol.-Bentuk pertumbuhan : beaded. peptonisasi. spreading. pengecatan. uji biokimiawi. tidak ada. mengumpul di dasar. laktosa. b) Spora : ada. Tingkat kemiripan ditentukan dengan cara Ssm dan Sj. Rumus yang digunakan dalah sebagai berikut : S sm = ( a + b ) x100 % (a +b+ c+ d) . membraneous. echinulate. tersebar merata. 3. Karakter ini dilakukan untuk memperoleh sejumlah unit karakter (t) yang digunakan dalam klasifikasi yaitu karakter morfologis. fermentasi air susu. hidrolisis kasein. hidrogen peroksida. gram negatif. d) Pengecatan asam : tahan asam. d) Reduksi berbagai senyawa : nitrat. methylen blue. sukrosa. d) Pada media nutrient cair -Pertumbuhan : menutup permukaan. tidak tahan asam. dan lain-lain. Pengujian Sifat Biokimia a) Kemampuan fermentasi : glukosa.

Teknik karakterisasi fenotip Untuk mengetahui kelayakan nilai dari hasil konstruksi dendogram diuji dengan analisis korelasi fenetik sehingga akan didapatkan nilai r yang didapat dari rumus sebagai berikut: r = n ∑xy .∑y √ {n ∑x² .Sj = ( a) X100% (a +b + c) Keterangan : a = jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain b = jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain yang kedua c = jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain yang kedua d = jumlah karakter (-) untuk kedua strain Untuk selanjutnya nilai dari masing-masing perhitungan dimasukkan dalam matrix similaritas 3. Penentuan struktur taksonomis. 5.(∑y)²} .(∑x)²}{n ∑y² . 4.∑x. Konstruksi dendogram berdasarkan matrix similaritas Untuk mengklasifikasikan strain berdasarkan indeks similaritas dilakukan pengklasteran dalam table analisis klustering dengan menggunakan algoritme pengklasteran average linkage.

Bacillus subtilis (C). C. memperlihatkan pembentukan kelompok yang sama sehingga gambar dendogramnya sama. Pada Ssm. dan Ps eu d o m o n as (F). Dari hasil dendogram Sj.73 %.BAB IV PEMBAHASAN Pada praktikum ini diperoleh suatu bentuk klasifikasi berdasarkan unit karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik. Strain-strain yang digunakan adalah strain bakteri. Kemudian kelompok yang telah terbentuk tersebut anggotanya membentuk cluster dengan strain A pada nilai similaritas 57. Selanjutnya strain B dan D bergabung dengan kelompok strain (C. E.95 % sehingga kelompoknya menjadi A. C. Strain C bergabung dengan strain E pada nilai 57. Strain A bergabung .91 %. kekerabatan paling dekat terjadi antara strain C dan E dengan nilai similaritas 72.55 %. Bacillus nitroxus (E). E) pada nilai similaritas sebesar 49. Sedangkan strain F bergabung pada kelompok tersebut pada nilai similaritas paling kecil yaitu 54. dan E dengan nilai kekerabatan 65. B. E ). Hasil dari perhitungan Ssm menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan Sj. Selanjutnya terjadi clustering antara B. Sedangkan karakter-karakter yang digunakan dalam percobaan ini adalah 44 karakter. D. Aeromonas sp (D).19 % membentuk kelompok ( B. D. hanya berbeda pada nilai similaritas dimana kelompok strain tersebut bergabung. Escherichia coli (B). diperoleh konstruksi dendogram dari perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan Sj. C. membentuk kelompok. Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti. antara lain : Staphylococcus aureus (A). D.14%.

Hasil yang dapat terbentuk merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. Semakin banyak sifat yang sama. C ).1 %.48 %. yang diambil adalah nilai rerata dari indeks similaritas. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm diperoleh nilai r sebesar 84. D. uji Ssm menggunakan unit karakter yang lebih banyak daripada uji Sj.10 % membentuk kelompok ( A. . F.dengan kelompok strain ( B. E ) pada nilai similaritas 41. Hal ini berarti strain C dan strain E tergolong dalam satu spesies. semakin dekat hubungan kekerabatannya. Sebagai pertimbangan. D. E. C. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. Nilai similaritas Sj lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan pada analisis Sj lebih sedikit. Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk konstruksi dendogram. dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi kofenetik. begitu juga sebaliknya.5 %. Akan tetapi uji Ssm memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif. Hal ini dapat mengurangi tingkat kesalahan ( error ). Berdasarkan hasil uji taksonomi numerik fenetik diperoleh satu taksospesies. Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage. berbeda dengan uji Sj yang tidak menggunakan karakter yang sama-sama negatif. yang merupakan kelompok strain yang menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain C dan E. Hasil dari klasifikasi dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya. Semakin banyak unit karakter yang diuji maka hasilnya semakin valid. Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau kevalidan hasil konstruksi dendogram. Untuk Sj diperoleh nilai r sebesar 88. Persamaan hubungan kekerabatan yang terjadi berdasarkan Ssm dan Sj dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan mereka. Karena keduanya memiliki nilai diatas 60 % maka keduanya dapat dikatakan memiliki hasil yang valid dan dapat dipercaya. Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas yang menyebabkan data tidak valid. Hasil dikatakan valid apabila nilai r ini lebih besar daripada 60 %. B. Kemudian strain F bergabung dengan kelompok yang telah terbentuk pada nilai similaritas paling kecil yaitu 34.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful