P. 1
Klasifikasi Mikroba Klasifikasi Dan Peranan Mikroba Dalam

Klasifikasi Mikroba Klasifikasi Dan Peranan Mikroba Dalam

|Views: 653|Likes:
Published by Wida Salupi

More info:

Published by: Wida Salupi on May 16, 2013
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOC, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

11/03/2014

pdf

text

original

KLASIFIKASI MIKROBA KLASIFIKASI DAN PERANAN MIKROBA DALAM KEHIDUPAN ABSTRAK Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal

yang berbeda tetapi saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat diidentifikasikan sebagai penyusunan organisme kedalam grup taksonomi(taksa) dengan berdasarkan persamaan atau hubungan. Klasifikasi organisme prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat dari pengalaman dan juga teknik observasi, sifat biokimia, fisiologi, genetik dan morfologi yang sering penting untuk menggambarkan sebuah takson. Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Key word: Klasifikasi, identifikasi,mikroba, mikroorganisme. PENDAHULUAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan sistematis organisme kedalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal, takson) tetapi penyusunan taksonomi mikroorganisme mensyaratkan diidentifikasi sebagai mana mestinya dan diberi nama. Kegiatan secara keseluruhan, yakni tentang pengklasifikasian penamaan dan pengidentifikasian mikroorganisme, disebut sebagai sistematika mikroba. Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau golongan tumbuhan. Setelah leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme , sarjana Zoologi seperti Muller (1773) dan erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada tahun (1873), Cohn sarjana botani bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan. Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan secara berangsur-angsur sampai sekarang.

Banyak kesulitan dalam mengklasifikasikan mikroorganisme. Misalnya dalam klasifikasi bakteri. Kriteria dalam kalasifikasi berbeda dengan mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat tinggi yang didasarkan terutama pada sifat-sifat marfologisnya. Tetapi hal ini sulit dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri di dasarkan sebagian pada sifat-sifat morfologi, dan sifat-sifat fisiologinya termasuk imunologi. Banyak bakteri di bawah mikroskop menunjukkan bentuk morfologi yang sama, tetapi sifat-sifat fisiologi mereka berlainan sama sekali. Ada beberapa golongan bakteri yang sama bentuknya, tetapi yang satu dapat mencernakan asam amino tertentu, sedangkan yang lainnya tidak. Ada pula suatu golongan yang dapat menyebabkan suatu penyakit, sedang golongan yang lain tidak. Maka jelaslah bahwa kesukaran kita untuk menetapkan spesies berdasarkan sifat-sifat morfologi saja. Rumusan Masalah Adakah peranan penting mikroba bagi kehidupan. Tujuan Ø Ø Mengetahui klasifikasi dan identifikasi suatu mikroorganisme Mengetahui manfaat mikroorganisme bagi kehidupan.

PEMBAHASAN Klasifikasi dan Identifikasi Dalam semua cabang biologi diperluan pencirian, klasifikasi dan identifikasi. Klasifikasi merupakan proses untuk mengenali dan mengelompokkan organisme hidup. Klasifikasi merupakan bagian dari bidang ilmu sistematik. Tujuan klasifikasi ialah mengatur kedudukan dari berbagai organisme di alam. Jika diketahui ciri-ciri suatu mikroorganisme, maka dapat dilakukan perbandingan sehingga terlihat persamaan dan juga perbedaan dnegan organisme lainnya. Hal ini dapat disamakan dengan membuat tabel periodik bagi unsur kimia sehingga terlihat keterkaitan antara unsur kimia tersebut. Klasifikasi dan karakteristik atau tidaklah mungkin dipelajari adalah mikroorganisme. identifikasi mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu ciri-ciri mikroorganisme. Oleh karena ukurannya yang sangat kecil, bagi kita untuk mempelajari 1 mikroorganisme saja, sehingga yang karakkteristik suatu biakan yang merupakan populasi dari suatu

Ciri-ciri utama dari suatu mikroorganisme dikelompokan sebagai berukut : . 1. Morfologi m) .

Mikroba pada umumnya sangat kecil : ukurannya dinyatakan dalam mikrometer (

2. 4. 6. Antigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba. Oleh karena mikroorganisme memiliki antigen yang berbeda. maka antibodi dapat digunakan untuk mencirikan (rapid indentification) terhadap mikroorganisme. Sifat Genetik DNA kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian mikroorganisme. telur. Berbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme dapat digunakan untuk mencirikan mikroorganisme 5. berupa inang. purin. vitamin. akan terbentu antibodi yang mengikat antigen. Sifat Metabilisme Proses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimiawi yang disebut metabolisme. Sebagai contoh. Pada kelompok virus. Sifat Kimiawi Sel terdiri dari berbagai bahan kimia. pembagian dilakukan berdasaran asam inti yang dikandung. bakteri Gram negatif memiliki lipopolisakarida dalam dinding selnya. Bila sel mikroba diberi perlauan kimiawi. pirimidin. Mikroskop yang digunakan tergantung pada kecermatan yang diinginkan oleh peneliti. Dinding sel fungsi dan algae berbeda dari bakteri. Susunan basa DNA . apakah merupakan DNA atau RNA 3. Reaksi ini sangat sepesifik sehingga dapat disebut sebagai lock and key system. maka sel ini memperlihatkan susunan kimiawi yang spesifik. Sebaliknya pada banyak bakteri Gram positif terdapat asam teikoat. Sifat Biakan Zat hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda ada mikroorganisme yang hanya dapat hidup dan tumbuh bila diberikan zat hara yang kompleks (serum. Sifat Antigenik Bila mikroorganisme masuk kedalam tubuh. koenzim) selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh pada sel hidup. Sebaliknya ada pula yang hanya memerlukan bahan inorganik saja atau bahan organik (asam amino.1 m = 0. Bahan kimia ini tidak ditemukan pada gram negatif. biakan jaringan. darah). Sedangkan bakteri Gram positif tidak. Antibodi ini bersifat sangat spesifik terhadap antigen yang menginduksinya. karbohidrat. bertunas.001 mm Oleh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop untuk melihat mikroba.

Protozoa dengan ingesti dan protista lainnya dengan absorpsi. Selain itu ada pula yang melakukan kombinasi. Sifat Ekologi Habitat merupakan sifat yang mencirikan mikroorganisme. Perkembangan Klasifikasi Pada klasifikasi “Five-kingdom System. b. kemampuannya untuk menimbulkan penyakit merupakan ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya (Bdellovibrio) dan virus (bakteriofag)yang menginfesi dan menghancurkan bakteri. c. Mucroalgar bersifat forosintetik. Pembagian didasarkan pada cara pengambilan zat hara yaitu : a. Perkembangan Klasifikasi Two-Kingdom system Lennaeus Four-Kingdom System Capeland Five-Kingdom system Whitaker . Mikroorganisme masuk dalam : a. Yukariot uniseluler termasuk protista. 8. c. Mikroorganisme yang terdapat dalam rongga mulut berbeda dengan saluran pencernaan. b. Patogenitas Mikroba dapat menimbulkan penyakit. ketiga macam pengambilan zat hara terlihat dalam kelompok ini. cara mengambilan zat hara tidak melalui ingesti. Mikroorganisme yang hidup di lautan berbeda dengan air tawar. Forosintesis Absorpsi Ingesti Prokariot termasuk dalam Monera. Monera (bacteria dan cyanobacteria) Protista (microalgae dan protozoa) Fungsi (yeasts dan mold) Tabel.Untuk perbandingan di gunakan mol % G+C 7.

Derajat perbedaan sangat berguna oleh karena menunjukkan beberapa banyak organisme yang diteliti berbeda dengan organisme lain. cabang ilmu yang disebut biologi molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan DNA antar organisme. c. organisme yang tidak berkaitan mungkin saja memiliki % G + C yang sama. Homologi DNA . Similarity Matrix Keterkaitan Sifat Genetik Metode klasifikasi yang paling cermat adalah keterkaitan sifat genetika anta organisme. Metode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah : 1. Metode ini paling obyektif dan didasarkan pada DNA.Animalia Plantae Monera Protoctista Metaphyta Metazoa Monera Protista Plantac Fungsi Animalia Koefisien Kesamaan Kesamaan ini dapat dinyatakan dalam derajat kesamaan atau perbedaan. Namun demikian. sebaliknya organisme yang jauh berbeda memiliki nilai % G + C yang berbeda pula. Pada mulanya kesamaan yang dibadingkan hanyalah % mol G + C saja. Oleh karena itu dicari metode perbandingan yang lebih cermat dengan cara membandingkan urutan dari nukleotida. Pada tahun 1960. b. Urutan nukleotida inilah yang merupakan ciri dasar suatu organisme. Organisme yang berkaitan erat memiliki % G +C yang sama. Dengan mengetahui koefisien kesamaan dapat disusun Cluster dari organisme yang serupa Beberapa metode utuk menentukan derajat kesamaan a. Cluster analysis Phenogram / dendrogram Ordination methods Menggunakan Principal component analysis d.

2. Bila dua organisme ini berkaitan erat maka akan terbentuk Heterodupleks. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji dua. Metode ini paling berguna dalam tingkat klasifikasi species. Untaian tunggal ini kemudian dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali. gamae = alat perkembangbiak).DNA dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal. Dari segi mikrobiologi sendiri. Pertama kali pengelompokan ini hanya untuk lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti. tetapi masih memperlihatkan homologi DNA. Yaitu : 1. Homologi RNA ribosom dan ribosomal RNA oligonukleotida Dua organisme dapat saja tidak erat kaitannya. Dicotyledoneae. Pada bakteri ternyata rRNA cistron ini “highlyy conserved” lestari. Bila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat heterodupleks. Prokaryota. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal. rRNA yang disandi oleh sebagian DNA yang disebut sebagai RNA sistron. . Monocotyledoneae. 1. tetapi ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan. 3. atau tumbuh-tumbuhan tanpa keping biji. Ini berarti bahwa selama evolusi cistron ini memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian DNA yang lain Taksonomi Mikroba a. Dasar Pengelompokan Taksonomi merupakan cara atau upaya pengelompokan jasad hidup di dalam kelompok atau takson yang sesuai. Mikroba sesuai dengan bentuk dan sifatnya termasuk kedalam Dunia tumbuh-tumbuhan. Sehingga kalau sebelumnya dunia tersebut hanya terbagi kedalam dua kelompok besar yaitu : 1. baik yang sudah terdiferensiasi ataupun yang belum. maka sekarang akan bertambah dengan 1 kelompok besar lainnya. Ini berarti untaian dari satu organisme akan berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya. Mikroba termasuk kedalam kelompok ke-3 tersebut sesuai dengan sifat alat untuk perkembangbiakannya. Acotyledoneae. yaitu Cryptogamae (kriptos = tersembunyi/tidak ada atau tidak nampa. Kedalam kelompok ini termasuk : a) Bakteria. dunia Mikroba terbagi menjadi dua kelompok besar lainnya.

Tempat hidupnya tersebar di mana-mana. Tabel . Prosedur pewarnaan seperti pewarnaan gram dapat memberikan perkiraan bakteri memiliki kekerabatan yang dekat. Karena tidak mempunyai klorofil. di dalam tanah. Kedalam kelompok ini termasuk : a) b) Jamur. tidak mempunyai klorofil berkembangbiak dengan pembelahan sel atau biner. pada tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan. Protozoa Virus Klasifakasi Bakteri Umumnya berbentuk 1-sel atau sel tunggal atau uniseluler. didalam air. Tingkat Taksonomi Tingkatan Resmi Kingdom Divisi Contoh Prokaryotae Gracilicutes . informasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan melihat lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau flagella. Kriteria untuk Klasifikasi Bakteri Kriteria sesuai untuk tujuan klasifikasi bakteri termasuk sifat-sifatnya telah diterangkan dalam bab terdahulu. 2. 2. Karyota. Studi fisik membuktian bahwa kekerabatan DNA dari organisme yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan kromosom DNA untuk dikawin silangkan. ada dua kelompok besar lain yang umumnya dimasukkan kedalam Dunia Mikroba yaitu : 1. bakteri hidup sebagai jasad yang saprofitik ataupun sebagai jasad yang parasitik. termasuk didalamnya ragi.b) Mikro-alga biru-hijau (BGA = blue-green algae). Mikro-alga lainnya Walaupun ada kelompok kehidupan atau jasad lain yang dianggap hirup berdasarkan kepada bentuk dan sifatnya tidak sama dengan mikroba tetapi mengingat kepentingan dan asosiasi kehidupannya. Hal ini merupakan petunjuk awal bahwa keragaman kimiawi DNA dari organisme yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya kekerabata genetik. sejak di udara. yaitu kelompo mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. pada bahanbahan.

(2)batang. Kemudahan relatif dalam penangannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus maupun banyak masalah dasar di dalam biologi. termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi Fage pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung protein pelindung.Klas Ordo Famili Genus spesies Scotobacteria Eubacteriales Entobacteriaceae Escherichia Coli Penyusunan urutan DNA telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan DNA diantara beragam gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan DNA diantara gen-gen yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik dari gen-gen yang berhubungan dekat. penetrasi asam nukleat. hibridisasi DNA dengan rangkaian oligonukleotida padat telah digunakan untuk mengidentifikasi spesies. Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai berikut : adsorbsi partikel fage. fage-fage virulen telah digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri patogenik.(3)spiral. Perbandingan susunan dari 165S RNA ribosom dari berbagai sumber biologis menunjukkan adanya hubungan evolusi diantara organisme yang sangat beragam dan menunjukkan adanya kingdom baru. Gen penanda RNA ribosom dan protein ribosom telah diturunkan melalui evolusi dan telah disebarkan lebih lambat daripada gen kromosom lainnya. . replikasi asam nukleat virus. Ribosom memiliki pesan penting dalam sintesa protein. Klasifikasi Virus a. dan perbedaan susunan di antara gen-gen yang tersebar secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok bakteri yang hubungannya jauh. Gambar Bentuk Sel Tunggal Bakteri(1)coccus. yaitu Arecbaebacteria. dan pembebasan partikel-partikel fage ini di dalam suatu ledakan bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang. Virus Bakterial Bakterifage (fage) adalah virus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam sel bakteri. perakitan partikel-partikel fage baru. Penemuan terbaru.

atau menempel pada tubuh jasad lain (kulit kura-kura) sehingga kelihatannya hewan tersebut mempunyai klorofil karena berawarna hijau. sifat pertumbuhan virus. biosintesis komponen-omponen virus dan perakitan serta pematangan virion. seperti kedudukan tempat sintesis virus di dalam sel dan hubungan timbal balik antara inang dan virus. bentuk susunan kapsid. Jasad ini tidak mempunyai klorofil. Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel inang. virus hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral. Peristiwa ini disusul dengan penetrasi dan pelepasan selubung. virus dikelompokkan menurut sifat virionnya yaitu semacam asam nukleat. sifat pertumbuhan virus. ada tidaknya selubung dan ukuran kapsid.b. halikal bersampul atau kompleks. Setiap virus mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. Pembagian lebih lanjut didasarkan atas sifat-sifat lain virion itu. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. Mushrooms. terutama pada tanah yang lembab. Loff dan kawan-kawan dalam tahun 1962. kemudian serat atau filamen (paling banyak di dapatkan). menempel pada tanaman ataupun bersifat endofitik (hidup di dalam jaringan jasad lain). . Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami atau filogenik. Secara morfologis. sampai dengan telah membentuk tubuh lengkap yang dinamakan tubuh-buah (misalkan pada jamur merang. walaupun ada beberapa yang sudah mempunyai tubuh lengkap dengan bagian-bagian yang dinamakan akar batang dan daun walau semuanya bersifat semu (Chara dan Nitella). Misal pada Hydra. Sistem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi virus terlihat pada sistem ini. Seperti bakteria. Hubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimiawi dan strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat. Klasifikasi Jamur Bentuknya sel tunggal (misal pada ragi). pada air. Virus Hewan dan Tumbuhan Virus hewan dan virus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. Proses replikasi virus dimulai dengan melekatnya virion pada sel inang. yang diperkenalkan oleh A. karena dia hidup secara saprofik ataupun parasitik Klasifikasi Alga-Hijau Bentuknya sama seperti BGA. Didapatkan dimana-mana. seperti digambarkan oleh kisaran inang. berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan evolisoner atara virus-virus. dan sabagiannya). Ada beberapa yang hidup secara simbiosis dengan jamur membentuk jasad baru yang disebut lichenes (lumut kerak).

enzim-enzim tertentu yang diperlukan untuk perngolahan bahan makanan akan diproduksi bila bahan makanan tersebut sudah ada. menghasilkan energi dan bereproduksi dengan sendirinya. maka setiap mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. dan tingkat pembiakannya relative cepat (Darkuni.Klasifikasi Alga-Biru Hijau Berbentuk sel tunggal atau filamen (serat) yang disekelilingnya diselimuti oleh seludang yang terdiri dari lendir (polisakharida). 2001). 1988). baik pada manusia. Dengan demikian enzim yang tidak diperlukan tidak akan disimpan dalam bentuk persediaan. atau berbentuk koloni sederhana. • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut. 2003). mudah ditumbuhkan dalam media buatan. Dalam pembusukan daging. sejak paku-pakuan (Azolla) didalam rongga udara daunnya. Mikroorganisme memiliki fleksibilitas metabolisme yang tinggi karena mikroorganisme ini harus mempunyai kemampuan menyesuaikan diri yang besar sehingga apabila ada interaksi yang tinggi dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi zat yang tinggi pula. Mikroorganisme ini juga tidak memerlukan tempat yang besar. Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. mikroorganisme yang menghasilkan enzim proteolitik mampu merombak protein-protein. Oleh karena aktivitasnya tersebut. Mikroorganisme seperti bakteri. disamping pigmen lainnya seperti fikobilin (biru). Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan antara lain dapat mengalami pertumbuhan. maka tidak ada tempat untuk menyimpan enzim-enzim yang telah dihasilkan. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. atau dengan tanaman tinggi (Cassuarina) dengan membentuk akar karang Peran mikroorganisme dalam khidupan Mikroorganisme merupakan jasad hidup yang mempunyai ukuran sangat kecil (Kusnadi. Pada proses pembusukan sayur dan buah. di dalam tanah yang lembab atau bersimbiosis dengan jasad lain. mikroorganisme pektinolitik mampu merombak bahan-bahan yang mengandung pektin yang terdapat pada dinding sel tumbuhan (Tarigan. Termasuk kedalam kelompok jasad yang fotosintetik karena mempunyai klorofil. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan. fukosantin (coklat) dan fukoeritrin (merah) hidup didalam air. khamir (yeast) dan kapang (mould) dapat menyebabkan perubahan yang tidak . dkk. hewan maupun tumbuhan Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri. Akan tetapi karena ukurannya yang kecil.

Surat An-Nahl 12: 12. masih banyak manfaat yang dapat diambil dari mikroorganisme-mikroorganisme tersebut. Dan Dia menundukkan malam dan siang. misalnya pada bidang mikrobiologi kedokteran dan fitopatologi banyak ditemukan mikroorganisme yang patogen yang menyebabkan penyakit dengan sifat-sifat kehidupannya yang khas. Surat Al-Baqaroh 164: 164. Beberapa manfaat yang dapat diambil antara lain sebagai berikut: Bidang pertanian Dalam bidang pertanian. dan peternakan hewan. halofilik. mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2.dikehendaki pada penampakan visual. sesungguhnya Allah Maha Kuasa atas segala sesuatu. dan pengisaran angin . Dan bintangbintang itu ditundukkan (untukmu) dengan perintah-Nya. Dan Allah telah menciptakan semua jenis hewan dari air. tekstur atau rasa suatu makanan. Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-benar ada tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi kaum yang memahami (nya). silih bergantinya malam dan siang. dll. Atau berdasarkan kebutuhan hidupnya seperti termofilik. dll. lipolitik. Peranan yang Menguntungkan Banyak yang menduga bahwa mikroorganisme membawa dampak yang merugikan bagi kehidupan hewan. Nitrogen bebas merupakan komponen terbesar udara. dan lingkungan. Meskipun demikian. dan manusia. maka sebagian dari hewan itu ada yang berjalan di atas perutnya dan sebagian berjalan dengan dua kaki sedang sebagian (yang lain) berjalan dengan empat kaki. Unsur ini hanya dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan dalam bentuk nitrat dan pengambilan khususnya melalui akar. dan apa yang Allah turunkan dari langit berupa air. kesehatan. Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi. seperti proteolitik. lalu dengan air itu Dia hidupkan bumi sesudah mati (kering)-nya dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan. Penggunaan mikroorganisme dapat diterapkan dalam berbagai bidang kehidupan. matahari dan bulan untukmu. bau. seperti bidang pertanian. Allah menciptakan apa yang dikehendaki-Nya. bahtera yang berlayar di laut membawa apa yang berguna bagi manusia. Mikroorganisme ini dikelompokkan berdasarkan tipe aktivitasnya. Penyusunan nitrat dilakukan secara bertahap oleh beberapa genus bakteri secara sinergetik. Pembentukan nitrat dari nitrogen ini dapat terjadi karena adanya mikroorganisme. siklus nutrien. Kajian religi: Surat An-Nur 45: 45. tumbuhan.

sungguh (terdapat) tanda-tanda (keesaan dan kebesaran Allah) bagi kaum yang memikirkan. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan yaitu: Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. lup dan lain-lain. baik pada manusia. yaitu kelompok mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi.dan awan yang dikendalikan antara langit dan bumi. Prokaryota. Mikroorganisme terbagi menjadi dua kelopok yaitu: 1. Karyota. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarka dengan taksonomi. KESIMPULAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang. Ciri-ciri utama suatu mikroorganisme yaitu: a) b) c) d) e) f) g) h) Morfologi Sifat Kimiawi Sifat Biakan Sifat Metabilisme Sifat Antigenik Sifat Genetik Patogenitas Sifat Ekologi Mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. hewan maupun tumbuhan . sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop. 2.

Anonymous.id) diakses tanggal 22 Desember 2008. Malang : Universitas Muhammadiyah Malang Dwijoseputro. Selain itu bakteri juga mempunyai aktifitas yang bernilai ekonomi dan medis antara lain. 1990. siklus nutrien. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. dapat memproduksi antibiotik. Bakteri mempunyai peranan yang sangat penting di alam sehingga memberikan pengaruh yang besar bagi proses kehidupan. klasifikasi mikroba. mampu memfermentasi.id) diakses tanggal 22 Desember 2008.co. Pangantar Mokrobiologi Umum. 2008. DAFTAR PUSTAKA Anonymous.2008. Bandung : Angkasa 02/26/2009 . • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut.(online) (http//www. .co.(online)(http//www. dan peternakan hewan. Peranan yang Menguntungkan Contoh dalam bidang pertanian mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2.Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri.identifikasi mikroba.pustaka. Peranan bakteri di alam sangat beragam salah satunya adalah sebagai agen yang mampu mendaur ulang materi atau nutrien di dalam biosfer sehingga dapat berguna bagi organisme lainnya. Dasar-dasar Mikrobiologi.Ditulis oleh zaifbio | BIOKIMIA BAB I PENGANTAR Bakteri merupakan salah satu mikrobia prokariotik yang bersifat heterogen dan mampu menghuni lingkungan yang sangat beraneka ragam. Jakarta : Djambatan Suriawira U. 2008. Budiyanto Mak.Pustaka. 1995. Hand Out dan Klasifikasi Mikroba.

sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan (Nicklinet. dan manusia. Taksonomi bakteri dilakukan melalui beberapa tahap yaitu. 1999). Salah satu cara untuk mengelompokkan bakteri adalah dengan taksonomi fenetik. dan padat informasi. diameternya hanya kira-kira berukuran 0.dan dapat menyebabkan penyakit pada tumbuhan. Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti. meliputi bentuk koloni.bentuk.1999). semua bakteri dapat dimasukkan ke dalam satu dunia kehidupan yaitu dunia prokariota atau monera. Klasifikasi adalah proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). dan identifikasi. Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat evolusioner. hidrolisis. 1982). reproducible. Bakteri yang terdapat di alam sangat banyak. Karakteristik biokimia meliputi fermentasi. produksi indol. fisiologi.al. dan lain-lain (Sulia and Shantharam. reduksi berbagai senyawa. nomenklatur. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis . Karakter kultur dan karakter koloni. Nomenklatur merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode tatanama. Menurut Bergey (2001). Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif. dan susunan sel. dan lainlain. sifat pengecatan. Dalam mengklasifikasikan suatu bakteri tertentu kriteria yang digunakan antara lain adalah karakter morfologi yang terdiri dari ukuran. elevasi. Sedangkan taksonomi numerik adalah sistem klasifikasi mikrobia berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan menggunakan komputer. morfologi. translucent.0 mikrometer dan pada umumnya tidak dapat dilihat dengan mata telanjang sehingga harus menggunakan alat bantu berupa mikroskop (Stainer et al. antara lain pengecatan gram . kimiawi dan pembedaan DNA. Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter . pH. sifat nutrisi dan metabolisme serta kebutuhan akan oksigen (Sembiring dkk. Bakteri mempunyai ukuran yang sangat kecil.5-1. oleh karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi. bentuk. dan warna koloni. hewan.karakter yang digunakan dalam penggolongan organisme. misalnya penentuan sifat biokimia. Karakter fisiologis yang meliputi kisaran suhu. 1998) Ciri yang dipakai sebagai dasar pengelompokan bakteri meliputi beberapa sifat penting. klasifikasi. dan produksi enzim spesifik.

memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif. Aeromonas sp. bukan klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al. dan mereduksi nitrat menjadi nitrit. dan biasanya aktif melakukan metabolisme pada suhu ini. Bacillus nitroxus(E). dan tidak membentuk spora. • Bacillus subtilisdan Bacillus nitroxus . Ssm secara umum digunakan dalam analisis bakteri yang merupakan perbandingan karakter-karakter yang cocok tanpa memperhatikan sifat ada (present) ataupun sifat tidak ada (absent) sedangkan dalam metode SJ digunakan perbandingan unit karakter dengan mengabaikan sifat yang samasama negatif (Sulia and Shantharam. dengan diameter 0. Metabolisme baik secara fermentasi atau respirasi. Umumnya katalase positif. Bersifat Gram positif. Dalam percobaan ini digunakan S im p le Matching Coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (SJ). diantaranya sel berbentuk spherical. diantaranya strain Staphylococcus aureus (A). kemoorganotrof. Strain ini bersifat fakultatif anaerob. non motile. (F).dan Pseudomonas sp. Sel bersifat gram negatif. Bacillus subtilis(C). fakultatif anaerob serta kemoorganotrof. Katalase positif. 1982) Salah satu cara yang paling mudah untuk membandingkan Op er a tio n a l Taxonomical Unit (OTU) adalah dengan mencari jumlah karakter yang identik diantara mereka yang disebut sebagai koefisien asosiasi.5-1. dan memiliki dua sistem metabolisme baik fermentatif atau respiratori. Strain ini patogen terhadap hewan dan manusia atau dapat memproduksi toksin ekstraseluler. 1998) Dalam acara praktikum ini digunakan 6 strain (OTU) yang akan dibuat klasifikasinya. Escherichia coli (B). Menurut Bergey (2001) sifat-sifat khusus dari masing-masing strain yang digunakan adalah sebagai berikut : • Staphylococcus aureus Strain ini memiliki beberapa ciri.5 μm.(D) . tumbuh baik pada suhu 37° C namun akan lebih baik pada suhu 25-30° C. • Escherichia coli Beberapa sifat dari strain ini diantaranya oksidasi positif dan memiliki flagella untuk motilitasnya terutama saat tumuh pada media cair.

dengan diameter 0. cawan petri.Kedua strain ini masuk dalam genus Bacillus sehingga memiliki cirri-ciri khusus antara lain sel berbentuk batang atau lurus. melakukan metabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. bermetabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. BAB II METODE II.0 μm. Sel bersifat positif terhadap pengecatan gram dan motile atau bergerak dengan petrichous flagella. Selnya bersifat negatif terhadap pengecatan gram. • Aeromonas sp. pipet ukur.2-10 μm dan sering terangkai secara berpasangan atau rantai dengan ujung membulat atau persegi. kemoorganotrof. Penyakit yang ditimbulkan pada manusia biasanya diare atau bakteremia. dan memfermentasi karbohidrat termasuk maltosa.5-2. Bersifat positif terhadap gelatinase dan DNAase.3-1. • Pseudomonas sp. dengan ukuran 0. Bergerak umumnya dengan menggunakan flagella single polar. Oksidasi positif dan katalase positif. Beberapa spesies patogen terhadap kodok. Anggota genus ini bersifat aerob atau fakultatif anaerob.5 μm. rak tabung reaksi.5 x 1. dan salinitas. Sifat strain ini selnya berbentuk batang atau batang panjang. Umumnya katalase positif dan beberapa spesies di dalamnya patogen terhadap vertebrata dan invertebrata.0 μm dan panjang 1. erlenmeyer.0 x 1. dan manusia.5-1. Strain ini memiliki bentuk sel batang dengan ujung membulat hingga berbentuk spherical. Memiliki keanekaragaman kemampuan fisiologi yang luas seperti respek terhadap panas. Merupakan organisme kemoorganotrof.5-5. Bersifat negatif terhadap pengecatan gram. Pada siklus hidupnya diketahui tidak ada fase istirahat. 1. pipet tetes. pro pipet.0-3. Fakultatif anaerob. Reduksi nitrat. mikro pipet. Strain ini tidak dapat memproduksi prosthecae dan tidak diselubungi oleh selimut. Umumnya strain ini mengakumulasi βhidroksibutirat sebagai materi cadangan karbon. ALAT DAN BAHAN Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi. ikan. Anggota dari genus ini bersifat aerobik dan bergerak dengan flagella. pH. gelas . Optimal temperaturnya adalah 22-28°C. namun tidak helical dengan ukuran 0.

low convex. dan mikroskop.(D) • Bacillus nitroxus(E) • Pseudomonas sp.Bentuk koloni : circulair. yaitu : • Staphylococcus aureus(A) • Escherichia coli(B) • Bacillus subtilis(C) • Aeromonas sp. -Bentuk tepi : crenate. lobate. sedang. dan sifat-sifat biokimia. finely granular. filamentous.benda. echinulate.(F) Unit karakter yang digunakan dalam percobaan kali ini adalah sebanyak 44 karakter. -Permukaan koloni :mengkilat dan tidak mengkilat. -Warna : krem. Sedangkan bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah 6 strain mikrobia. gelas penutup. arborescen c) Pada media agar miring -Pertumbuhan : lebat. cilliate. b) Pada media agar tegak -Pertumbuhan : tipis. yang termasuk dalam morfologi koloni . irregular. . -Bentuk struktur dalam : opaque. Morfologi koloni a) Pada media agar plate . erose. -Bentuk pertumbuhan : filiform. morfologi sel. Karakterkarakter tersebut antara lain: 1. -Elevasi : effuse.

b) Spora : ada. mengumpul di dasar. membraneous. Karakter ini dilakukan untuk memperoleh sejumlah unit karakter (t) yang digunakan dalam klasifikasi yaitu karakter morfologis. echinulate. CARA KERJA TEKNIK KLASIFIKASI NUMERIC 1. d) Pengecatan asam : tahan asam. Pengujian Sifat Biokimia a) Kemampuan fermentasi : glukosa. Koleksi data Untuk memperoleh data dilakukan karakterisasi 6 buah strain mikrobia yang kemudian diberi symbol (n). d) Reduksi berbagai senyawa : nitrat. hidrogen peroksida. 2. bulat. fermentasi air susu. b) Hidrolisis pati. c) Penguraian protein : pembentukan indol. c) Pengecatan gram : gram positif. laktosa. Morfologi Sel a) Bentuk sel : batang. peptonisasi. Rumus yang digunakan dalah sebagai berikut : S sm = ( a + b ) x100 % (a +b+ c+ d) . Penghitungan indeks similaritas Setiap strain mikrobia yang akan dibandingkan dengan strain mikrobia yang lain. dan lain-lain. tidak ada. hidrolisis kasein. methylen blue. ring. Tingkat kemiripan ditentukan dengan cara Ssm dan Sj. 3. II 2. 4. d) Pada media nutrient cair -Pertumbuhan : menutup permukaan.-Bentuk pertumbuhan : beaded. tersebar merata. tidak tahan asam. uji biokimiawi. spreading. pencairan gelatin. sukrosa. pengecatan. gram negatif.

(∑x)²}{n ∑y² . Penentuan struktur taksonomis.∑x.∑y √ {n ∑x² . 4. Konstruksi dendogram berdasarkan matrix similaritas Untuk mengklasifikasikan strain berdasarkan indeks similaritas dilakukan pengklasteran dalam table analisis klustering dengan menggunakan algoritme pengklasteran average linkage.Sj = ( a) X100% (a +b + c) Keterangan : a = jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain b = jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain yang kedua c = jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain yang kedua d = jumlah karakter (-) untuk kedua strain Untuk selanjutnya nilai dari masing-masing perhitungan dimasukkan dalam matrix similaritas 3.(∑y)²} . Teknik karakterisasi fenotip Untuk mengetahui kelayakan nilai dari hasil konstruksi dendogram diuji dengan analisis korelasi fenetik sehingga akan didapatkan nilai r yang didapat dari rumus sebagai berikut: r = n ∑xy . 5.

Kemudian kelompok yang telah terbentuk tersebut anggotanya membentuk cluster dengan strain A pada nilai similaritas 57. diperoleh konstruksi dendogram dari perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan Sj. D.55 %.14%.95 % sehingga kelompoknya menjadi A. Strain A bergabung . hanya berbeda pada nilai similaritas dimana kelompok strain tersebut bergabung. Pada Ssm. dan Ps eu d o m o n as (F). antara lain : Staphylococcus aureus (A). Selanjutnya strain B dan D bergabung dengan kelompok strain (C. memperlihatkan pembentukan kelompok yang sama sehingga gambar dendogramnya sama. Strain-strain yang digunakan adalah strain bakteri. C. membentuk kelompok.73 %. Escherichia coli (B). Hasil dari perhitungan Ssm menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan Sj. Bacillus subtilis (C). Aeromonas sp (D). D.91 %. E) pada nilai similaritas sebesar 49. kekerabatan paling dekat terjadi antara strain C dan E dengan nilai similaritas 72. E. Sedangkan karakter-karakter yang digunakan dalam percobaan ini adalah 44 karakter.BAB IV PEMBAHASAN Pada praktikum ini diperoleh suatu bentuk klasifikasi berdasarkan unit karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik. dan E dengan nilai kekerabatan 65. Selanjutnya terjadi clustering antara B. Sedangkan strain F bergabung pada kelompok tersebut pada nilai similaritas paling kecil yaitu 54.19 % membentuk kelompok ( B. C. Dari hasil dendogram Sj. Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti. C. E ). Bacillus nitroxus (E). B. D. Strain C bergabung dengan strain E pada nilai 57.

Untuk Sj diperoleh nilai r sebesar 88. F. Hal ini berarti strain C dan strain E tergolong dalam satu spesies. D. semakin dekat hubungan kekerabatannya. Berdasarkan hasil uji taksonomi numerik fenetik diperoleh satu taksospesies. E ) pada nilai similaritas 41. uji Ssm menggunakan unit karakter yang lebih banyak daripada uji Sj. Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas yang menyebabkan data tidak valid. C ). B. Nilai similaritas Sj lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan pada analisis Sj lebih sedikit. berbeda dengan uji Sj yang tidak menggunakan karakter yang sama-sama negatif. C. Akan tetapi uji Ssm memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif. Persamaan hubungan kekerabatan yang terjadi berdasarkan Ssm dan Sj dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan mereka. Hal ini dapat mengurangi tingkat kesalahan ( error ). yang diambil adalah nilai rerata dari indeks similaritas. . dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi kofenetik. Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage. D. E. Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk konstruksi dendogram. Hasil dari klasifikasi dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya. Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau kevalidan hasil konstruksi dendogram. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm diperoleh nilai r sebesar 84. Kemudian strain F bergabung dengan kelompok yang telah terbentuk pada nilai similaritas paling kecil yaitu 34. Sebagai pertimbangan.1 %.dengan kelompok strain ( B. Semakin banyak sifat yang sama.48 %.10 % membentuk kelompok ( A. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. begitu juga sebaliknya. Karena keduanya memiliki nilai diatas 60 % maka keduanya dapat dikatakan memiliki hasil yang valid dan dapat dipercaya.5 %. Hasil yang dapat terbentuk merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. Semakin banyak unit karakter yang diuji maka hasilnya semakin valid. yang merupakan kelompok strain yang menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain C dan E. Hasil dikatakan valid apabila nilai r ini lebih besar daripada 60 %.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->