KLASIFIKASI MIKROBA KLASIFIKASI DAN PERANAN MIKROBA DALAM KEHIDUPAN ABSTRAK Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal

yang berbeda tetapi saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat diidentifikasikan sebagai penyusunan organisme kedalam grup taksonomi(taksa) dengan berdasarkan persamaan atau hubungan. Klasifikasi organisme prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat dari pengalaman dan juga teknik observasi, sifat biokimia, fisiologi, genetik dan morfologi yang sering penting untuk menggambarkan sebuah takson. Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Key word: Klasifikasi, identifikasi,mikroba, mikroorganisme. PENDAHULUAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan sistematis organisme kedalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal, takson) tetapi penyusunan taksonomi mikroorganisme mensyaratkan diidentifikasi sebagai mana mestinya dan diberi nama. Kegiatan secara keseluruhan, yakni tentang pengklasifikasian penamaan dan pengidentifikasian mikroorganisme, disebut sebagai sistematika mikroba. Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau golongan tumbuhan. Setelah leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme , sarjana Zoologi seperti Muller (1773) dan erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada tahun (1873), Cohn sarjana botani bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan. Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan secara berangsur-angsur sampai sekarang.

Banyak kesulitan dalam mengklasifikasikan mikroorganisme. Misalnya dalam klasifikasi bakteri. Kriteria dalam kalasifikasi berbeda dengan mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat tinggi yang didasarkan terutama pada sifat-sifat marfologisnya. Tetapi hal ini sulit dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri di dasarkan sebagian pada sifat-sifat morfologi, dan sifat-sifat fisiologinya termasuk imunologi. Banyak bakteri di bawah mikroskop menunjukkan bentuk morfologi yang sama, tetapi sifat-sifat fisiologi mereka berlainan sama sekali. Ada beberapa golongan bakteri yang sama bentuknya, tetapi yang satu dapat mencernakan asam amino tertentu, sedangkan yang lainnya tidak. Ada pula suatu golongan yang dapat menyebabkan suatu penyakit, sedang golongan yang lain tidak. Maka jelaslah bahwa kesukaran kita untuk menetapkan spesies berdasarkan sifat-sifat morfologi saja. Rumusan Masalah Adakah peranan penting mikroba bagi kehidupan. Tujuan Ø Ø Mengetahui klasifikasi dan identifikasi suatu mikroorganisme Mengetahui manfaat mikroorganisme bagi kehidupan.

PEMBAHASAN Klasifikasi dan Identifikasi Dalam semua cabang biologi diperluan pencirian, klasifikasi dan identifikasi. Klasifikasi merupakan proses untuk mengenali dan mengelompokkan organisme hidup. Klasifikasi merupakan bagian dari bidang ilmu sistematik. Tujuan klasifikasi ialah mengatur kedudukan dari berbagai organisme di alam. Jika diketahui ciri-ciri suatu mikroorganisme, maka dapat dilakukan perbandingan sehingga terlihat persamaan dan juga perbedaan dnegan organisme lainnya. Hal ini dapat disamakan dengan membuat tabel periodik bagi unsur kimia sehingga terlihat keterkaitan antara unsur kimia tersebut. Klasifikasi dan karakteristik atau tidaklah mungkin dipelajari adalah mikroorganisme. identifikasi mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu ciri-ciri mikroorganisme. Oleh karena ukurannya yang sangat kecil, bagi kita untuk mempelajari 1 mikroorganisme saja, sehingga yang karakkteristik suatu biakan yang merupakan populasi dari suatu

Ciri-ciri utama dari suatu mikroorganisme dikelompokan sebagai berukut : . 1. Morfologi m) .

Mikroba pada umumnya sangat kecil : ukurannya dinyatakan dalam mikrometer (

Sifat Metabilisme Proses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimiawi yang disebut metabolisme. 6. biakan jaringan. Bahan kimia ini tidak ditemukan pada gram negatif. Antigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba. purin. Sifat Genetik DNA kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian mikroorganisme. koenzim) selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh pada sel hidup. Berbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme dapat digunakan untuk mencirikan mikroorganisme 5. maka sel ini memperlihatkan susunan kimiawi yang spesifik. Sifat Kimiawi Sel terdiri dari berbagai bahan kimia. Susunan basa DNA . apakah merupakan DNA atau RNA 3. Bila sel mikroba diberi perlauan kimiawi. Sebagai contoh. Sifat Biakan Zat hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda ada mikroorganisme yang hanya dapat hidup dan tumbuh bila diberikan zat hara yang kompleks (serum. vitamin. bakteri Gram negatif memiliki lipopolisakarida dalam dinding selnya. Dinding sel fungsi dan algae berbeda dari bakteri. Reaksi ini sangat sepesifik sehingga dapat disebut sebagai lock and key system. bertunas. pembagian dilakukan berdasaran asam inti yang dikandung. maka antibodi dapat digunakan untuk mencirikan (rapid indentification) terhadap mikroorganisme. telur. Mikroskop yang digunakan tergantung pada kecermatan yang diinginkan oleh peneliti. 4. akan terbentu antibodi yang mengikat antigen. Sedangkan bakteri Gram positif tidak. darah). Sebaliknya ada pula yang hanya memerlukan bahan inorganik saja atau bahan organik (asam amino. berupa inang.001 mm Oleh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop untuk melihat mikroba. Antibodi ini bersifat sangat spesifik terhadap antigen yang menginduksinya. karbohidrat. 2. Pada kelompok virus. Sebaliknya pada banyak bakteri Gram positif terdapat asam teikoat. Oleh karena mikroorganisme memiliki antigen yang berbeda. pirimidin. Sifat Antigenik Bila mikroorganisme masuk kedalam tubuh.1 m = 0.

Mikroorganisme masuk dalam : a. Mucroalgar bersifat forosintetik. Patogenitas Mikroba dapat menimbulkan penyakit. c.Untuk perbandingan di gunakan mol % G+C 7. Monera (bacteria dan cyanobacteria) Protista (microalgae dan protozoa) Fungsi (yeasts dan mold) Tabel. Perkembangan Klasifikasi Pada klasifikasi “Five-kingdom System. Pembagian didasarkan pada cara pengambilan zat hara yaitu : a. cara mengambilan zat hara tidak melalui ingesti. Forosintesis Absorpsi Ingesti Prokariot termasuk dalam Monera. Yukariot uniseluler termasuk protista. kemampuannya untuk menimbulkan penyakit merupakan ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya (Bdellovibrio) dan virus (bakteriofag)yang menginfesi dan menghancurkan bakteri. Sifat Ekologi Habitat merupakan sifat yang mencirikan mikroorganisme. Mikroorganisme yang hidup di lautan berbeda dengan air tawar. Protozoa dengan ingesti dan protista lainnya dengan absorpsi. Mikroorganisme yang terdapat dalam rongga mulut berbeda dengan saluran pencernaan. Perkembangan Klasifikasi Two-Kingdom system Lennaeus Four-Kingdom System Capeland Five-Kingdom system Whitaker . 8. ketiga macam pengambilan zat hara terlihat dalam kelompok ini. c. b. Selain itu ada pula yang melakukan kombinasi. b.

Metode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah : 1. Cluster analysis Phenogram / dendrogram Ordination methods Menggunakan Principal component analysis d. cabang ilmu yang disebut biologi molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan DNA antar organisme. Pada mulanya kesamaan yang dibadingkan hanyalah % mol G + C saja. Homologi DNA . b. Organisme yang berkaitan erat memiliki % G +C yang sama. Similarity Matrix Keterkaitan Sifat Genetik Metode klasifikasi yang paling cermat adalah keterkaitan sifat genetika anta organisme. Namun demikian. Oleh karena itu dicari metode perbandingan yang lebih cermat dengan cara membandingkan urutan dari nukleotida. Dengan mengetahui koefisien kesamaan dapat disusun Cluster dari organisme yang serupa Beberapa metode utuk menentukan derajat kesamaan a. sebaliknya organisme yang jauh berbeda memiliki nilai % G + C yang berbeda pula. c.Animalia Plantae Monera Protoctista Metaphyta Metazoa Monera Protista Plantac Fungsi Animalia Koefisien Kesamaan Kesamaan ini dapat dinyatakan dalam derajat kesamaan atau perbedaan. organisme yang tidak berkaitan mungkin saja memiliki % G + C yang sama. Metode ini paling obyektif dan didasarkan pada DNA. Urutan nukleotida inilah yang merupakan ciri dasar suatu organisme. Pada tahun 1960. Derajat perbedaan sangat berguna oleh karena menunjukkan beberapa banyak organisme yang diteliti berbeda dengan organisme lain.

Sehingga kalau sebelumnya dunia tersebut hanya terbagi kedalam dua kelompok besar yaitu : 1. Yaitu : 1. Pertama kali pengelompokan ini hanya untuk lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan. Homologi RNA ribosom dan ribosomal RNA oligonukleotida Dua organisme dapat saja tidak erat kaitannya. gamae = alat perkembangbiak). 1. 2. Mikroba sesuai dengan bentuk dan sifatnya termasuk kedalam Dunia tumbuh-tumbuhan. rRNA yang disandi oleh sebagian DNA yang disebut sebagai RNA sistron. Ini berarti untaian dari satu organisme akan berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya. 3. Acotyledoneae. Mikroba termasuk kedalam kelompok ke-3 tersebut sesuai dengan sifat alat untuk perkembangbiakannya. maka sekarang akan bertambah dengan 1 kelompok besar lainnya. yaitu Cryptogamae (kriptos = tersembunyi/tidak ada atau tidak nampa. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal. Untaian tunggal ini kemudian dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali. Bila dua organisme ini berkaitan erat maka akan terbentuk Heterodupleks. Dicotyledoneae.DNA dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal. Bila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat heterodupleks. Dasar Pengelompokan Taksonomi merupakan cara atau upaya pengelompokan jasad hidup di dalam kelompok atau takson yang sesuai. Dari segi mikrobiologi sendiri. Monocotyledoneae. tetapi masih memperlihatkan homologi DNA. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji dua. pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti. Ini berarti bahwa selama evolusi cistron ini memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian DNA yang lain Taksonomi Mikroba a. Pada bakteri ternyata rRNA cistron ini “highlyy conserved” lestari. atau tumbuh-tumbuhan tanpa keping biji. tetapi ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan. Prokaryota. Metode ini paling berguna dalam tingkat klasifikasi species. baik yang sudah terdiferensiasi ataupun yang belum. dunia Mikroba terbagi menjadi dua kelompok besar lainnya. . Kedalam kelompok ini termasuk : a) Bakteria. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi.

di dalam tanah. Mikro-alga lainnya Walaupun ada kelompok kehidupan atau jasad lain yang dianggap hirup berdasarkan kepada bentuk dan sifatnya tidak sama dengan mikroba tetapi mengingat kepentingan dan asosiasi kehidupannya. termasuk didalamnya ragi. sejak di udara. pada bahanbahan. Protozoa Virus Klasifakasi Bakteri Umumnya berbentuk 1-sel atau sel tunggal atau uniseluler. Karyota. informasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan melihat lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau flagella. Hal ini merupakan petunjuk awal bahwa keragaman kimiawi DNA dari organisme yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya kekerabata genetik. tidak mempunyai klorofil berkembangbiak dengan pembelahan sel atau biner. Tempat hidupnya tersebar di mana-mana. Tabel . pada tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan. Kedalam kelompok ini termasuk : a) b) Jamur. Prosedur pewarnaan seperti pewarnaan gram dapat memberikan perkiraan bakteri memiliki kekerabatan yang dekat.b) Mikro-alga biru-hijau (BGA = blue-green algae). 2. ada dua kelompok besar lain yang umumnya dimasukkan kedalam Dunia Mikroba yaitu : 1. Tingkat Taksonomi Tingkatan Resmi Kingdom Divisi Contoh Prokaryotae Gracilicutes . Kriteria untuk Klasifikasi Bakteri Kriteria sesuai untuk tujuan klasifikasi bakteri termasuk sifat-sifatnya telah diterangkan dalam bab terdahulu. Karena tidak mempunyai klorofil. bakteri hidup sebagai jasad yang saprofitik ataupun sebagai jasad yang parasitik. Studi fisik membuktian bahwa kekerabatan DNA dari organisme yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan kromosom DNA untuk dikawin silangkan. yaitu kelompo mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. didalam air. 2.

perakitan partikel-partikel fage baru. hibridisasi DNA dengan rangkaian oligonukleotida padat telah digunakan untuk mengidentifikasi spesies. penetrasi asam nukleat. termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi Fage pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung protein pelindung. Ribosom memiliki pesan penting dalam sintesa protein. Perbandingan susunan dari 165S RNA ribosom dari berbagai sumber biologis menunjukkan adanya hubungan evolusi diantara organisme yang sangat beragam dan menunjukkan adanya kingdom baru. Gen penanda RNA ribosom dan protein ribosom telah diturunkan melalui evolusi dan telah disebarkan lebih lambat daripada gen kromosom lainnya.(3)spiral.Klas Ordo Famili Genus spesies Scotobacteria Eubacteriales Entobacteriaceae Escherichia Coli Penyusunan urutan DNA telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan DNA diantara beragam gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan DNA diantara gen-gen yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik dari gen-gen yang berhubungan dekat. dan perbedaan susunan di antara gen-gen yang tersebar secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok bakteri yang hubungannya jauh. dan pembebasan partikel-partikel fage ini di dalam suatu ledakan bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang. Gambar Bentuk Sel Tunggal Bakteri(1)coccus. replikasi asam nukleat virus. Kemudahan relatif dalam penangannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus maupun banyak masalah dasar di dalam biologi. Penemuan terbaru. yaitu Arecbaebacteria. Klasifikasi Virus a.(2)batang. . fage-fage virulen telah digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri patogenik. Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai berikut : adsorbsi partikel fage. Virus Bakterial Bakterifage (fage) adalah virus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam sel bakteri.

Loff dan kawan-kawan dalam tahun 1962. halikal bersampul atau kompleks. Didapatkan dimana-mana. Secara morfologis. dan sabagiannya). menempel pada tanaman ataupun bersifat endofitik (hidup di dalam jaringan jasad lain). terutama pada tanah yang lembab. Mushrooms. Peristiwa ini disusul dengan penetrasi dan pelepasan selubung.b. Setiap virus mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. atau menempel pada tubuh jasad lain (kulit kura-kura) sehingga kelihatannya hewan tersebut mempunyai klorofil karena berawarna hijau. kemudian serat atau filamen (paling banyak di dapatkan). sampai dengan telah membentuk tubuh lengkap yang dinamakan tubuh-buah (misalkan pada jamur merang. seperti kedudukan tempat sintesis virus di dalam sel dan hubungan timbal balik antara inang dan virus. Jasad ini tidak mempunyai klorofil. walaupun ada beberapa yang sudah mempunyai tubuh lengkap dengan bagian-bagian yang dinamakan akar batang dan daun walau semuanya bersifat semu (Chara dan Nitella). Misal pada Hydra. Ada beberapa yang hidup secara simbiosis dengan jamur membentuk jasad baru yang disebut lichenes (lumut kerak). virus hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral. ada tidaknya selubung dan ukuran kapsid. virus dikelompokkan menurut sifat virionnya yaitu semacam asam nukleat. sifat pertumbuhan virus. . yang diperkenalkan oleh A. pada air. Virus Hewan dan Tumbuhan Virus hewan dan virus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami atau filogenik. Proses replikasi virus dimulai dengan melekatnya virion pada sel inang. sifat pertumbuhan virus. Sistem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi virus terlihat pada sistem ini. Seperti bakteria. berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan evolisoner atara virus-virus. seperti digambarkan oleh kisaran inang. bentuk susunan kapsid. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. Hubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimiawi dan strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat. karena dia hidup secara saprofik ataupun parasitik Klasifikasi Alga-Hijau Bentuknya sama seperti BGA. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel inang. Pembagian lebih lanjut didasarkan atas sifat-sifat lain virion itu. biosintesis komponen-omponen virus dan perakitan serta pematangan virion. Klasifikasi Jamur Bentuknya sel tunggal (misal pada ragi).

mudah ditumbuhkan dalam media buatan. Mikroorganisme ini juga tidak memerlukan tempat yang besar. Termasuk kedalam kelompok jasad yang fotosintetik karena mempunyai klorofil. mikroorganisme pektinolitik mampu merombak bahan-bahan yang mengandung pektin yang terdapat pada dinding sel tumbuhan (Tarigan. Oleh karena aktivitasnya tersebut. Akan tetapi karena ukurannya yang kecil. disamping pigmen lainnya seperti fikobilin (biru). 2003). di dalam tanah yang lembab atau bersimbiosis dengan jasad lain. 2001). Mikroorganisme memiliki fleksibilitas metabolisme yang tinggi karena mikroorganisme ini harus mempunyai kemampuan menyesuaikan diri yang besar sehingga apabila ada interaksi yang tinggi dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi zat yang tinggi pula. dkk. atau berbentuk koloni sederhana. sejak paku-pakuan (Azolla) didalam rongga udara daunnya. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan. Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan antara lain dapat mengalami pertumbuhan. khamir (yeast) dan kapang (mould) dapat menyebabkan perubahan yang tidak . Pada proses pembusukan sayur dan buah. 1988). maka tidak ada tempat untuk menyimpan enzim-enzim yang telah dihasilkan.enzim-enzim tertentu yang diperlukan untuk perngolahan bahan makanan akan diproduksi bila bahan makanan tersebut sudah ada. Dalam pembusukan daging. mikroorganisme yang menghasilkan enzim proteolitik mampu merombak protein-protein. dan tingkat pembiakannya relative cepat (Darkuni. fukosantin (coklat) dan fukoeritrin (merah) hidup didalam air. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. maka setiap mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. menghasilkan energi dan bereproduksi dengan sendirinya. Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut. Dengan demikian enzim yang tidak diperlukan tidak akan disimpan dalam bentuk persediaan. hewan maupun tumbuhan Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri.Klasifikasi Alga-Biru Hijau Berbentuk sel tunggal atau filamen (serat) yang disekelilingnya diselimuti oleh seludang yang terdiri dari lendir (polisakharida). Mikroorganisme seperti bakteri. atau dengan tanaman tinggi (Cassuarina) dengan membentuk akar karang Peran mikroorganisme dalam khidupan Mikroorganisme merupakan jasad hidup yang mempunyai ukuran sangat kecil (Kusnadi. baik pada manusia.

dikehendaki pada penampakan visual. dan manusia. bahtera yang berlayar di laut membawa apa yang berguna bagi manusia. dll. lalu dengan air itu Dia hidupkan bumi sesudah mati (kering)-nya dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan. Penggunaan mikroorganisme dapat diterapkan dalam berbagai bidang kehidupan. matahari dan bulan untukmu. Dan Dia menundukkan malam dan siang. dan pengisaran angin . Beberapa manfaat yang dapat diambil antara lain sebagai berikut: Bidang pertanian Dalam bidang pertanian. mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2. seperti proteolitik. sesungguhnya Allah Maha Kuasa atas segala sesuatu. Atau berdasarkan kebutuhan hidupnya seperti termofilik. Allah menciptakan apa yang dikehendaki-Nya. Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-benar ada tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi kaum yang memahami (nya). halofilik. Peranan yang Menguntungkan Banyak yang menduga bahwa mikroorganisme membawa dampak yang merugikan bagi kehidupan hewan. Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi. masih banyak manfaat yang dapat diambil dari mikroorganisme-mikroorganisme tersebut. siklus nutrien. dan peternakan hewan. kesehatan. Penyusunan nitrat dilakukan secara bertahap oleh beberapa genus bakteri secara sinergetik. bau. misalnya pada bidang mikrobiologi kedokteran dan fitopatologi banyak ditemukan mikroorganisme yang patogen yang menyebabkan penyakit dengan sifat-sifat kehidupannya yang khas. dll. Mikroorganisme ini dikelompokkan berdasarkan tipe aktivitasnya. maka sebagian dari hewan itu ada yang berjalan di atas perutnya dan sebagian berjalan dengan dua kaki sedang sebagian (yang lain) berjalan dengan empat kaki. Surat Al-Baqaroh 164: 164. lipolitik. Meskipun demikian. Dan Allah telah menciptakan semua jenis hewan dari air. dan lingkungan. seperti bidang pertanian. silih bergantinya malam dan siang. Pembentukan nitrat dari nitrogen ini dapat terjadi karena adanya mikroorganisme. Kajian religi: Surat An-Nur 45: 45. Nitrogen bebas merupakan komponen terbesar udara. Dan bintangbintang itu ditundukkan (untukmu) dengan perintah-Nya. tekstur atau rasa suatu makanan. Unsur ini hanya dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan dalam bentuk nitrat dan pengambilan khususnya melalui akar. Surat An-Nahl 12: 12. dan apa yang Allah turunkan dari langit berupa air. tumbuhan.

baik pada manusia. Prokaryota. lup dan lain-lain. sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop. Ciri-ciri utama suatu mikroorganisme yaitu: a) b) c) d) e) f) g) h) Morfologi Sifat Kimiawi Sifat Biakan Sifat Metabilisme Sifat Antigenik Sifat Genetik Patogenitas Sifat Ekologi Mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. hewan maupun tumbuhan .dan awan yang dikendalikan antara langit dan bumi. Karyota. 2. sungguh (terdapat) tanda-tanda (keesaan dan kebesaran Allah) bagi kaum yang memikirkan. yaitu kelompok mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. KESIMPULAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. Mikroorganisme terbagi menjadi dua kelopok yaitu: 1. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarka dengan taksonomi. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan yaitu: Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit.

klasifikasi mikroba. DAFTAR PUSTAKA Anonymous. 1990. Selain itu bakteri juga mempunyai aktifitas yang bernilai ekonomi dan medis antara lain.2008.Pustaka. dapat memproduksi antibiotik. Dasar-dasar Mikrobiologi. Peranan yang Menguntungkan Contoh dalam bidang pertanian mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2.co.Ditulis oleh zaifbio | BIOKIMIA BAB I PENGANTAR Bakteri merupakan salah satu mikrobia prokariotik yang bersifat heterogen dan mampu menghuni lingkungan yang sangat beraneka ragam.Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri.id) diakses tanggal 22 Desember 2008. 1995. mampu memfermentasi. Anonymous. Budiyanto Mak.(online)(http//www.identifikasi mikroba.co. . dan peternakan hewan. Hand Out dan Klasifikasi Mikroba. Jakarta : Djambatan Suriawira U. • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut. Bakteri mempunyai peranan yang sangat penting di alam sehingga memberikan pengaruh yang besar bagi proses kehidupan. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. siklus nutrien. Peranan bakteri di alam sangat beragam salah satunya adalah sebagai agen yang mampu mendaur ulang materi atau nutrien di dalam biosfer sehingga dapat berguna bagi organisme lainnya. 2008. Bandung : Angkasa 02/26/2009 . Malang : Universitas Muhammadiyah Malang Dwijoseputro.id) diakses tanggal 22 Desember 2008.(online) (http//www.pustaka. 2008. Pangantar Mokrobiologi Umum.

meliputi bentuk koloni.dan dapat menyebabkan penyakit pada tumbuhan. 1982). reproducible.bentuk. Sedangkan taksonomi numerik adalah sistem klasifikasi mikrobia berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan menggunakan komputer. semua bakteri dapat dimasukkan ke dalam satu dunia kehidupan yaitu dunia prokariota atau monera. dan produksi enzim spesifik. Karakteristik biokimia meliputi fermentasi. Bakteri yang terdapat di alam sangat banyak. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis . Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter . dan warna koloni.0 mikrometer dan pada umumnya tidak dapat dilihat dengan mata telanjang sehingga harus menggunakan alat bantu berupa mikroskop (Stainer et al. diameternya hanya kira-kira berukuran 0. Nomenklatur merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode tatanama. oleh karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi. translucent. reduksi berbagai senyawa. Dalam mengklasifikasikan suatu bakteri tertentu kriteria yang digunakan antara lain adalah karakter morfologi yang terdiri dari ukuran. klasifikasi. Salah satu cara untuk mengelompokkan bakteri adalah dengan taksonomi fenetik. Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti.al. Karakter kultur dan karakter koloni. Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat evolusioner.1999). antara lain pengecatan gram . kimiawi dan pembedaan DNA. Menurut Bergey (2001). fisiologi. nomenklatur. hidrolisis. 1999). sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan (Nicklinet. dan manusia. produksi indol. dan susunan sel. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif. sifat nutrisi dan metabolisme serta kebutuhan akan oksigen (Sembiring dkk. dan lainlain.karakter yang digunakan dalam penggolongan organisme. Karakter fisiologis yang meliputi kisaran suhu. dan identifikasi.5-1. dan lain-lain (Sulia and Shantharam. dan padat informasi. elevasi. Klasifikasi adalah proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). 1998) Ciri yang dipakai sebagai dasar pengelompokan bakteri meliputi beberapa sifat penting. bentuk. Bakteri mempunyai ukuran yang sangat kecil. sifat pengecatan. Taksonomi bakteri dilakukan melalui beberapa tahap yaitu. misalnya penentuan sifat biokimia. morfologi. hewan. pH.

diantaranya strain Staphylococcus aureus (A). 1982) Salah satu cara yang paling mudah untuk membandingkan Op er a tio n a l Taxonomical Unit (OTU) adalah dengan mencari jumlah karakter yang identik diantara mereka yang disebut sebagai koefisien asosiasi. Metabolisme baik secara fermentasi atau respirasi. dan mereduksi nitrat menjadi nitrit. 1998) Dalam acara praktikum ini digunakan 6 strain (OTU) yang akan dibuat klasifikasinya. • Bacillus subtilisdan Bacillus nitroxus . bukan klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al.memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif.5-1. tumbuh baik pada suhu 37° C namun akan lebih baik pada suhu 25-30° C. Bacillus subtilis(C). Ssm secara umum digunakan dalam analisis bakteri yang merupakan perbandingan karakter-karakter yang cocok tanpa memperhatikan sifat ada (present) ataupun sifat tidak ada (absent) sedangkan dalam metode SJ digunakan perbandingan unit karakter dengan mengabaikan sifat yang samasama negatif (Sulia and Shantharam. Strain ini patogen terhadap hewan dan manusia atau dapat memproduksi toksin ekstraseluler. Menurut Bergey (2001) sifat-sifat khusus dari masing-masing strain yang digunakan adalah sebagai berikut : • Staphylococcus aureus Strain ini memiliki beberapa ciri. fakultatif anaerob serta kemoorganotrof. Aeromonas sp. dan biasanya aktif melakukan metabolisme pada suhu ini. dengan diameter 0.(D) . Sel bersifat gram negatif. non motile. kemoorganotrof. Dalam percobaan ini digunakan S im p le Matching Coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (SJ). Bersifat Gram positif. Escherichia coli (B). Katalase positif. dan tidak membentuk spora.dan Pseudomonas sp. Umumnya katalase positif. dan memiliki dua sistem metabolisme baik fermentatif atau respiratori. Strain ini bersifat fakultatif anaerob. Bacillus nitroxus(E). diantaranya sel berbentuk spherical.5 μm. • Escherichia coli Beberapa sifat dari strain ini diantaranya oksidasi positif dan memiliki flagella untuk motilitasnya terutama saat tumuh pada media cair. (F).

BAB II METODE II.Kedua strain ini masuk dalam genus Bacillus sehingga memiliki cirri-ciri khusus antara lain sel berbentuk batang atau lurus. Anggota dari genus ini bersifat aerobik dan bergerak dengan flagella.0-3. ikan. Merupakan organisme kemoorganotrof. Optimal temperaturnya adalah 22-28°C. Sel bersifat positif terhadap pengecatan gram dan motile atau bergerak dengan petrichous flagella. bermetabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. dengan ukuran 0. Bersifat negatif terhadap pengecatan gram. • Pseudomonas sp.5 x 1. Reduksi nitrat. • Aeromonas sp.0 x 1. ALAT DAN BAHAN Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi. cawan petri. mikro pipet. Bersifat positif terhadap gelatinase dan DNAase.5-1. Bergerak umumnya dengan menggunakan flagella single polar. erlenmeyer. Fakultatif anaerob. dengan diameter 0.0 μm dan panjang 1. Memiliki keanekaragaman kemampuan fisiologi yang luas seperti respek terhadap panas.5-2. Penyakit yang ditimbulkan pada manusia biasanya diare atau bakteremia. pipet ukur. dan manusia. Strain ini tidak dapat memproduksi prosthecae dan tidak diselubungi oleh selimut.2-10 μm dan sering terangkai secara berpasangan atau rantai dengan ujung membulat atau persegi.0 μm. Strain ini memiliki bentuk sel batang dengan ujung membulat hingga berbentuk spherical. pipet tetes. kemoorganotrof. 1. Anggota genus ini bersifat aerob atau fakultatif anaerob. Beberapa spesies patogen terhadap kodok. gelas . namun tidak helical dengan ukuran 0. dan salinitas. pro pipet.3-1.5-5. Umumnya strain ini mengakumulasi βhidroksibutirat sebagai materi cadangan karbon. Pada siklus hidupnya diketahui tidak ada fase istirahat. Oksidasi positif dan katalase positif. Umumnya katalase positif dan beberapa spesies di dalamnya patogen terhadap vertebrata dan invertebrata. Selnya bersifat negatif terhadap pengecatan gram. rak tabung reaksi. pH. melakukan metabolisme baik secara fermentasi atau respiratori.5 μm. Sifat strain ini selnya berbentuk batang atau batang panjang. dan memfermentasi karbohidrat termasuk maltosa.

benda. Sedangkan bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah 6 strain mikrobia. Morfologi koloni a) Pada media agar plate . gelas penutup. -Permukaan koloni :mengkilat dan tidak mengkilat. sedang. low convex. irregular. -Elevasi : effuse. -Bentuk pertumbuhan : filiform. dan sifat-sifat biokimia.(F) Unit karakter yang digunakan dalam percobaan kali ini adalah sebanyak 44 karakter. yang termasuk dalam morfologi koloni . b) Pada media agar tegak -Pertumbuhan : tipis. erose. -Bentuk tepi : crenate.(D) • Bacillus nitroxus(E) • Pseudomonas sp. dan mikroskop. cilliate. filamentous. finely granular. . echinulate. lobate. -Bentuk struktur dalam : opaque. morfologi sel. yaitu : • Staphylococcus aureus(A) • Escherichia coli(B) • Bacillus subtilis(C) • Aeromonas sp. -Warna : krem. Karakterkarakter tersebut antara lain: 1. arborescen c) Pada media agar miring -Pertumbuhan : lebat.Bentuk koloni : circulair.

peptonisasi. pengecatan. 4. c) Penguraian protein : pembentukan indol. d) Pengecatan asam : tahan asam. tersebar merata. pencairan gelatin. spreading. uji biokimiawi. gram negatif. 3. Tingkat kemiripan ditentukan dengan cara Ssm dan Sj. Karakter ini dilakukan untuk memperoleh sejumlah unit karakter (t) yang digunakan dalam klasifikasi yaitu karakter morfologis. Penghitungan indeks similaritas Setiap strain mikrobia yang akan dibandingkan dengan strain mikrobia yang lain. b) Hidrolisis pati. mengumpul di dasar. b) Spora : ada. echinulate. Koleksi data Untuk memperoleh data dilakukan karakterisasi 6 buah strain mikrobia yang kemudian diberi symbol (n). hidrolisis kasein. sukrosa.-Bentuk pertumbuhan : beaded. II 2. Rumus yang digunakan dalah sebagai berikut : S sm = ( a + b ) x100 % (a +b+ c+ d) . methylen blue. hidrogen peroksida. Morfologi Sel a) Bentuk sel : batang. membraneous. 2. bulat. fermentasi air susu. d) Pada media nutrient cair -Pertumbuhan : menutup permukaan. Pengujian Sifat Biokimia a) Kemampuan fermentasi : glukosa. c) Pengecatan gram : gram positif. laktosa. CARA KERJA TEKNIK KLASIFIKASI NUMERIC 1. ring. dan lain-lain. tidak ada. d) Reduksi berbagai senyawa : nitrat. tidak tahan asam.

(∑x)²}{n ∑y² . Teknik karakterisasi fenotip Untuk mengetahui kelayakan nilai dari hasil konstruksi dendogram diuji dengan analisis korelasi fenetik sehingga akan didapatkan nilai r yang didapat dari rumus sebagai berikut: r = n ∑xy . 5.∑y √ {n ∑x² . 4.∑x. Konstruksi dendogram berdasarkan matrix similaritas Untuk mengklasifikasikan strain berdasarkan indeks similaritas dilakukan pengklasteran dalam table analisis klustering dengan menggunakan algoritme pengklasteran average linkage. Penentuan struktur taksonomis.Sj = ( a) X100% (a +b + c) Keterangan : a = jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain b = jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain yang kedua c = jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain yang kedua d = jumlah karakter (-) untuk kedua strain Untuk selanjutnya nilai dari masing-masing perhitungan dimasukkan dalam matrix similaritas 3.(∑y)²} .

Kemudian kelompok yang telah terbentuk tersebut anggotanya membentuk cluster dengan strain A pada nilai similaritas 57. antara lain : Staphylococcus aureus (A). B. Bacillus subtilis (C). C. membentuk kelompok. D. Bacillus nitroxus (E).55 %. Strain-strain yang digunakan adalah strain bakteri. Aeromonas sp (D). Escherichia coli (B). Pada Ssm. E. C. dan Ps eu d o m o n as (F).BAB IV PEMBAHASAN Pada praktikum ini diperoleh suatu bentuk klasifikasi berdasarkan unit karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik.19 % membentuk kelompok ( B. Sedangkan karakter-karakter yang digunakan dalam percobaan ini adalah 44 karakter. Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti. Selanjutnya strain B dan D bergabung dengan kelompok strain (C. dan E dengan nilai kekerabatan 65.73 %. Strain C bergabung dengan strain E pada nilai 57. E ). hanya berbeda pada nilai similaritas dimana kelompok strain tersebut bergabung. Dari hasil dendogram Sj. Sedangkan strain F bergabung pada kelompok tersebut pada nilai similaritas paling kecil yaitu 54. E) pada nilai similaritas sebesar 49. C. memperlihatkan pembentukan kelompok yang sama sehingga gambar dendogramnya sama. diperoleh konstruksi dendogram dari perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan Sj. kekerabatan paling dekat terjadi antara strain C dan E dengan nilai similaritas 72. Hasil dari perhitungan Ssm menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan Sj. D. Selanjutnya terjadi clustering antara B.95 % sehingga kelompoknya menjadi A.91 %. Strain A bergabung .14%. D.

semakin dekat hubungan kekerabatannya. Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk konstruksi dendogram. B.5 %. Karena keduanya memiliki nilai diatas 60 % maka keduanya dapat dikatakan memiliki hasil yang valid dan dapat dipercaya. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm diperoleh nilai r sebesar 84. Persamaan hubungan kekerabatan yang terjadi berdasarkan Ssm dan Sj dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan mereka. dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi kofenetik.48 %. Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas yang menyebabkan data tidak valid. Hal ini dapat mengurangi tingkat kesalahan ( error ). Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage. Sebagai pertimbangan. E ) pada nilai similaritas 41. C. Kemudian strain F bergabung dengan kelompok yang telah terbentuk pada nilai similaritas paling kecil yaitu 34. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. begitu juga sebaliknya. Semakin banyak sifat yang sama. Hasil dikatakan valid apabila nilai r ini lebih besar daripada 60 %. . yang merupakan kelompok strain yang menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain C dan E. Nilai similaritas Sj lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan pada analisis Sj lebih sedikit. Berdasarkan hasil uji taksonomi numerik fenetik diperoleh satu taksospesies.dengan kelompok strain ( B. Hasil yang dapat terbentuk merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau kevalidan hasil konstruksi dendogram. D. Semakin banyak unit karakter yang diuji maka hasilnya semakin valid. yang diambil adalah nilai rerata dari indeks similaritas. F. C ). berbeda dengan uji Sj yang tidak menggunakan karakter yang sama-sama negatif.1 %. Akan tetapi uji Ssm memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif.10 % membentuk kelompok ( A. Untuk Sj diperoleh nilai r sebesar 88. Hasil dari klasifikasi dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya. E. D. uji Ssm menggunakan unit karakter yang lebih banyak daripada uji Sj. Hal ini berarti strain C dan strain E tergolong dalam satu spesies.