KLASIFIKASI MIKROBA KLASIFIKASI DAN PERANAN MIKROBA DALAM KEHIDUPAN ABSTRAK Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal

yang berbeda tetapi saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat diidentifikasikan sebagai penyusunan organisme kedalam grup taksonomi(taksa) dengan berdasarkan persamaan atau hubungan. Klasifikasi organisme prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat dari pengalaman dan juga teknik observasi, sifat biokimia, fisiologi, genetik dan morfologi yang sering penting untuk menggambarkan sebuah takson. Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Key word: Klasifikasi, identifikasi,mikroba, mikroorganisme. PENDAHULUAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan sistematis organisme kedalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal, takson) tetapi penyusunan taksonomi mikroorganisme mensyaratkan diidentifikasi sebagai mana mestinya dan diberi nama. Kegiatan secara keseluruhan, yakni tentang pengklasifikasian penamaan dan pengidentifikasian mikroorganisme, disebut sebagai sistematika mikroba. Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau golongan tumbuhan. Setelah leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme , sarjana Zoologi seperti Muller (1773) dan erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada tahun (1873), Cohn sarjana botani bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan. Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan secara berangsur-angsur sampai sekarang.

Banyak kesulitan dalam mengklasifikasikan mikroorganisme. Misalnya dalam klasifikasi bakteri. Kriteria dalam kalasifikasi berbeda dengan mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat tinggi yang didasarkan terutama pada sifat-sifat marfologisnya. Tetapi hal ini sulit dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri di dasarkan sebagian pada sifat-sifat morfologi, dan sifat-sifat fisiologinya termasuk imunologi. Banyak bakteri di bawah mikroskop menunjukkan bentuk morfologi yang sama, tetapi sifat-sifat fisiologi mereka berlainan sama sekali. Ada beberapa golongan bakteri yang sama bentuknya, tetapi yang satu dapat mencernakan asam amino tertentu, sedangkan yang lainnya tidak. Ada pula suatu golongan yang dapat menyebabkan suatu penyakit, sedang golongan yang lain tidak. Maka jelaslah bahwa kesukaran kita untuk menetapkan spesies berdasarkan sifat-sifat morfologi saja. Rumusan Masalah Adakah peranan penting mikroba bagi kehidupan. Tujuan Ø Ø Mengetahui klasifikasi dan identifikasi suatu mikroorganisme Mengetahui manfaat mikroorganisme bagi kehidupan.

PEMBAHASAN Klasifikasi dan Identifikasi Dalam semua cabang biologi diperluan pencirian, klasifikasi dan identifikasi. Klasifikasi merupakan proses untuk mengenali dan mengelompokkan organisme hidup. Klasifikasi merupakan bagian dari bidang ilmu sistematik. Tujuan klasifikasi ialah mengatur kedudukan dari berbagai organisme di alam. Jika diketahui ciri-ciri suatu mikroorganisme, maka dapat dilakukan perbandingan sehingga terlihat persamaan dan juga perbedaan dnegan organisme lainnya. Hal ini dapat disamakan dengan membuat tabel periodik bagi unsur kimia sehingga terlihat keterkaitan antara unsur kimia tersebut. Klasifikasi dan karakteristik atau tidaklah mungkin dipelajari adalah mikroorganisme. identifikasi mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu ciri-ciri mikroorganisme. Oleh karena ukurannya yang sangat kecil, bagi kita untuk mempelajari 1 mikroorganisme saja, sehingga yang karakkteristik suatu biakan yang merupakan populasi dari suatu

Ciri-ciri utama dari suatu mikroorganisme dikelompokan sebagai berukut : . 1. Morfologi m) .

Mikroba pada umumnya sangat kecil : ukurannya dinyatakan dalam mikrometer (

Sifat Metabilisme Proses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimiawi yang disebut metabolisme. Reaksi ini sangat sepesifik sehingga dapat disebut sebagai lock and key system. biakan jaringan. bakteri Gram negatif memiliki lipopolisakarida dalam dinding selnya. Sedangkan bakteri Gram positif tidak. Sifat Antigenik Bila mikroorganisme masuk kedalam tubuh. Pada kelompok virus. Susunan basa DNA . koenzim) selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh pada sel hidup. 6. maka antibodi dapat digunakan untuk mencirikan (rapid indentification) terhadap mikroorganisme. akan terbentu antibodi yang mengikat antigen. Sebaliknya ada pula yang hanya memerlukan bahan inorganik saja atau bahan organik (asam amino. Mikroskop yang digunakan tergantung pada kecermatan yang diinginkan oleh peneliti. Sifat Kimiawi Sel terdiri dari berbagai bahan kimia. darah).001 mm Oleh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop untuk melihat mikroba. 4. Sifat Biakan Zat hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda ada mikroorganisme yang hanya dapat hidup dan tumbuh bila diberikan zat hara yang kompleks (serum. berupa inang. 2. pirimidin.1 m = 0. purin. pembagian dilakukan berdasaran asam inti yang dikandung. karbohidrat. Bahan kimia ini tidak ditemukan pada gram negatif. Oleh karena mikroorganisme memiliki antigen yang berbeda. Sebagai contoh. apakah merupakan DNA atau RNA 3. Sifat Genetik DNA kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian mikroorganisme. telur. Sebaliknya pada banyak bakteri Gram positif terdapat asam teikoat. Antigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba. Berbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme dapat digunakan untuk mencirikan mikroorganisme 5. Bila sel mikroba diberi perlauan kimiawi. Dinding sel fungsi dan algae berbeda dari bakteri. vitamin. maka sel ini memperlihatkan susunan kimiawi yang spesifik. Antibodi ini bersifat sangat spesifik terhadap antigen yang menginduksinya. bertunas.

Perkembangan Klasifikasi Pada klasifikasi “Five-kingdom System. Forosintesis Absorpsi Ingesti Prokariot termasuk dalam Monera. b. Yukariot uniseluler termasuk protista. c. Sifat Ekologi Habitat merupakan sifat yang mencirikan mikroorganisme. Mikroorganisme yang hidup di lautan berbeda dengan air tawar. b. Mikroorganisme masuk dalam : a. Selain itu ada pula yang melakukan kombinasi. Mucroalgar bersifat forosintetik. 8. Protozoa dengan ingesti dan protista lainnya dengan absorpsi. cara mengambilan zat hara tidak melalui ingesti. Patogenitas Mikroba dapat menimbulkan penyakit. Pembagian didasarkan pada cara pengambilan zat hara yaitu : a. Mikroorganisme yang terdapat dalam rongga mulut berbeda dengan saluran pencernaan.Untuk perbandingan di gunakan mol % G+C 7. Perkembangan Klasifikasi Two-Kingdom system Lennaeus Four-Kingdom System Capeland Five-Kingdom system Whitaker . Monera (bacteria dan cyanobacteria) Protista (microalgae dan protozoa) Fungsi (yeasts dan mold) Tabel. ketiga macam pengambilan zat hara terlihat dalam kelompok ini. c. kemampuannya untuk menimbulkan penyakit merupakan ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya (Bdellovibrio) dan virus (bakteriofag)yang menginfesi dan menghancurkan bakteri.

Cluster analysis Phenogram / dendrogram Ordination methods Menggunakan Principal component analysis d. Urutan nukleotida inilah yang merupakan ciri dasar suatu organisme. organisme yang tidak berkaitan mungkin saja memiliki % G + C yang sama. Dengan mengetahui koefisien kesamaan dapat disusun Cluster dari organisme yang serupa Beberapa metode utuk menentukan derajat kesamaan a. Namun demikian. Pada mulanya kesamaan yang dibadingkan hanyalah % mol G + C saja. c. Organisme yang berkaitan erat memiliki % G +C yang sama. Homologi DNA . cabang ilmu yang disebut biologi molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan DNA antar organisme. Metode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah : 1. sebaliknya organisme yang jauh berbeda memiliki nilai % G + C yang berbeda pula.Animalia Plantae Monera Protoctista Metaphyta Metazoa Monera Protista Plantac Fungsi Animalia Koefisien Kesamaan Kesamaan ini dapat dinyatakan dalam derajat kesamaan atau perbedaan. Derajat perbedaan sangat berguna oleh karena menunjukkan beberapa banyak organisme yang diteliti berbeda dengan organisme lain. Metode ini paling obyektif dan didasarkan pada DNA. b. Similarity Matrix Keterkaitan Sifat Genetik Metode klasifikasi yang paling cermat adalah keterkaitan sifat genetika anta organisme. Pada tahun 1960. Oleh karena itu dicari metode perbandingan yang lebih cermat dengan cara membandingkan urutan dari nukleotida.

Sehingga kalau sebelumnya dunia tersebut hanya terbagi kedalam dua kelompok besar yaitu : 1. Acotyledoneae. 3. yaitu Cryptogamae (kriptos = tersembunyi/tidak ada atau tidak nampa. rRNA yang disandi oleh sebagian DNA yang disebut sebagai RNA sistron. maka sekarang akan bertambah dengan 1 kelompok besar lainnya. Prokaryota. dunia Mikroba terbagi menjadi dua kelompok besar lainnya. Bila dua organisme ini berkaitan erat maka akan terbentuk Heterodupleks. Pertama kali pengelompokan ini hanya untuk lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi.DNA dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal. atau tumbuh-tumbuhan tanpa keping biji. tetapi ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan. Ini berarti untaian dari satu organisme akan berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal. . Homologi RNA ribosom dan ribosomal RNA oligonukleotida Dua organisme dapat saja tidak erat kaitannya. Untaian tunggal ini kemudian dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali. Pada bakteri ternyata rRNA cistron ini “highlyy conserved” lestari. Bila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat heterodupleks. Dari segi mikrobiologi sendiri. Yaitu : 1. Mikroba termasuk kedalam kelompok ke-3 tersebut sesuai dengan sifat alat untuk perkembangbiakannya. Metode ini paling berguna dalam tingkat klasifikasi species. Mikroba sesuai dengan bentuk dan sifatnya termasuk kedalam Dunia tumbuh-tumbuhan. Kedalam kelompok ini termasuk : a) Bakteria. Dasar Pengelompokan Taksonomi merupakan cara atau upaya pengelompokan jasad hidup di dalam kelompok atau takson yang sesuai. pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti. Ini berarti bahwa selama evolusi cistron ini memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian DNA yang lain Taksonomi Mikroba a. gamae = alat perkembangbiak). yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji dua. Dicotyledoneae. Monocotyledoneae. 2. 1. tetapi masih memperlihatkan homologi DNA. baik yang sudah terdiferensiasi ataupun yang belum.

tidak mempunyai klorofil berkembangbiak dengan pembelahan sel atau biner. yaitu kelompo mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. Studi fisik membuktian bahwa kekerabatan DNA dari organisme yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan kromosom DNA untuk dikawin silangkan. ada dua kelompok besar lain yang umumnya dimasukkan kedalam Dunia Mikroba yaitu : 1. informasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan melihat lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau flagella. didalam air. pada bahanbahan. Mikro-alga lainnya Walaupun ada kelompok kehidupan atau jasad lain yang dianggap hirup berdasarkan kepada bentuk dan sifatnya tidak sama dengan mikroba tetapi mengingat kepentingan dan asosiasi kehidupannya. termasuk didalamnya ragi. bakteri hidup sebagai jasad yang saprofitik ataupun sebagai jasad yang parasitik. Prosedur pewarnaan seperti pewarnaan gram dapat memberikan perkiraan bakteri memiliki kekerabatan yang dekat. sejak di udara. 2. Hal ini merupakan petunjuk awal bahwa keragaman kimiawi DNA dari organisme yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya kekerabata genetik. Tabel . di dalam tanah. Kedalam kelompok ini termasuk : a) b) Jamur. Karyota. Tempat hidupnya tersebar di mana-mana. Karena tidak mempunyai klorofil. pada tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan. Protozoa Virus Klasifakasi Bakteri Umumnya berbentuk 1-sel atau sel tunggal atau uniseluler. 2.b) Mikro-alga biru-hijau (BGA = blue-green algae). Kriteria untuk Klasifikasi Bakteri Kriteria sesuai untuk tujuan klasifikasi bakteri termasuk sifat-sifatnya telah diterangkan dalam bab terdahulu. Tingkat Taksonomi Tingkatan Resmi Kingdom Divisi Contoh Prokaryotae Gracilicutes .

Penemuan terbaru. . replikasi asam nukleat virus. Perbandingan susunan dari 165S RNA ribosom dari berbagai sumber biologis menunjukkan adanya hubungan evolusi diantara organisme yang sangat beragam dan menunjukkan adanya kingdom baru. Gen penanda RNA ribosom dan protein ribosom telah diturunkan melalui evolusi dan telah disebarkan lebih lambat daripada gen kromosom lainnya. termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi Fage pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung protein pelindung. Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai berikut : adsorbsi partikel fage. hibridisasi DNA dengan rangkaian oligonukleotida padat telah digunakan untuk mengidentifikasi spesies. Ribosom memiliki pesan penting dalam sintesa protein.Klas Ordo Famili Genus spesies Scotobacteria Eubacteriales Entobacteriaceae Escherichia Coli Penyusunan urutan DNA telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan DNA diantara beragam gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan DNA diantara gen-gen yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik dari gen-gen yang berhubungan dekat. dan pembebasan partikel-partikel fage ini di dalam suatu ledakan bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang. Klasifikasi Virus a. Gambar Bentuk Sel Tunggal Bakteri(1)coccus. fage-fage virulen telah digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri patogenik. yaitu Arecbaebacteria. penetrasi asam nukleat.(2)batang. Virus Bakterial Bakterifage (fage) adalah virus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam sel bakteri.(3)spiral. dan perbedaan susunan di antara gen-gen yang tersebar secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok bakteri yang hubungannya jauh. perakitan partikel-partikel fage baru. Kemudahan relatif dalam penangannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus maupun banyak masalah dasar di dalam biologi.

Proses replikasi virus dimulai dengan melekatnya virion pada sel inang. Didapatkan dimana-mana. sifat pertumbuhan virus. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. kemudian serat atau filamen (paling banyak di dapatkan). Mushrooms. Hubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimiawi dan strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat. Pembagian lebih lanjut didasarkan atas sifat-sifat lain virion itu. Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami atau filogenik. . pada air. yang diperkenalkan oleh A. Peristiwa ini disusul dengan penetrasi dan pelepasan selubung. bentuk susunan kapsid. berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan evolisoner atara virus-virus. Misal pada Hydra. biosintesis komponen-omponen virus dan perakitan serta pematangan virion. ada tidaknya selubung dan ukuran kapsid. atau menempel pada tubuh jasad lain (kulit kura-kura) sehingga kelihatannya hewan tersebut mempunyai klorofil karena berawarna hijau. Virus Hewan dan Tumbuhan Virus hewan dan virus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. Klasifikasi Jamur Bentuknya sel tunggal (misal pada ragi). sifat pertumbuhan virus.b. Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel inang. sampai dengan telah membentuk tubuh lengkap yang dinamakan tubuh-buah (misalkan pada jamur merang. halikal bersampul atau kompleks. dan sabagiannya). seperti kedudukan tempat sintesis virus di dalam sel dan hubungan timbal balik antara inang dan virus. menempel pada tanaman ataupun bersifat endofitik (hidup di dalam jaringan jasad lain). walaupun ada beberapa yang sudah mempunyai tubuh lengkap dengan bagian-bagian yang dinamakan akar batang dan daun walau semuanya bersifat semu (Chara dan Nitella). Seperti bakteria. virus dikelompokkan menurut sifat virionnya yaitu semacam asam nukleat. Setiap virus mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. Jasad ini tidak mempunyai klorofil. Secara morfologis. seperti digambarkan oleh kisaran inang. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. virus hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral. Loff dan kawan-kawan dalam tahun 1962. Sistem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi virus terlihat pada sistem ini. Ada beberapa yang hidup secara simbiosis dengan jamur membentuk jasad baru yang disebut lichenes (lumut kerak). karena dia hidup secara saprofik ataupun parasitik Klasifikasi Alga-Hijau Bentuknya sama seperti BGA. terutama pada tanah yang lembab.

Mikroorganisme seperti bakteri. mikroorganisme yang menghasilkan enzim proteolitik mampu merombak protein-protein. atau dengan tanaman tinggi (Cassuarina) dengan membentuk akar karang Peran mikroorganisme dalam khidupan Mikroorganisme merupakan jasad hidup yang mempunyai ukuran sangat kecil (Kusnadi. maka setiap mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. atau berbentuk koloni sederhana. 2003). di dalam tanah yang lembab atau bersimbiosis dengan jasad lain. Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. Dalam pembusukan daging. dan tingkat pembiakannya relative cepat (Darkuni. baik pada manusia. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. Termasuk kedalam kelompok jasad yang fotosintetik karena mempunyai klorofil. disamping pigmen lainnya seperti fikobilin (biru). khamir (yeast) dan kapang (mould) dapat menyebabkan perubahan yang tidak . mudah ditumbuhkan dalam media buatan. fukosantin (coklat) dan fukoeritrin (merah) hidup didalam air. menghasilkan energi dan bereproduksi dengan sendirinya. 1988). dkk. 2001). hewan maupun tumbuhan Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri. mikroorganisme pektinolitik mampu merombak bahan-bahan yang mengandung pektin yang terdapat pada dinding sel tumbuhan (Tarigan. Mikroorganisme ini juga tidak memerlukan tempat yang besar. Dengan demikian enzim yang tidak diperlukan tidak akan disimpan dalam bentuk persediaan. Oleh karena aktivitasnya tersebut. maka tidak ada tempat untuk menyimpan enzim-enzim yang telah dihasilkan. Pada proses pembusukan sayur dan buah. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan. • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut.enzim-enzim tertentu yang diperlukan untuk perngolahan bahan makanan akan diproduksi bila bahan makanan tersebut sudah ada. Mikroorganisme memiliki fleksibilitas metabolisme yang tinggi karena mikroorganisme ini harus mempunyai kemampuan menyesuaikan diri yang besar sehingga apabila ada interaksi yang tinggi dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi zat yang tinggi pula. Akan tetapi karena ukurannya yang kecil. sejak paku-pakuan (Azolla) didalam rongga udara daunnya.Klasifikasi Alga-Biru Hijau Berbentuk sel tunggal atau filamen (serat) yang disekelilingnya diselimuti oleh seludang yang terdiri dari lendir (polisakharida). Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan antara lain dapat mengalami pertumbuhan.

mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2. Atau berdasarkan kebutuhan hidupnya seperti termofilik.dikehendaki pada penampakan visual. Dan bintangbintang itu ditundukkan (untukmu) dengan perintah-Nya. Surat Al-Baqaroh 164: 164. Allah menciptakan apa yang dikehendaki-Nya. seperti bidang pertanian. dll. lipolitik. Dan Allah telah menciptakan semua jenis hewan dari air. Penyusunan nitrat dilakukan secara bertahap oleh beberapa genus bakteri secara sinergetik. Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi. Beberapa manfaat yang dapat diambil antara lain sebagai berikut: Bidang pertanian Dalam bidang pertanian. tumbuhan. Penggunaan mikroorganisme dapat diterapkan dalam berbagai bidang kehidupan. bahtera yang berlayar di laut membawa apa yang berguna bagi manusia. silih bergantinya malam dan siang. sesungguhnya Allah Maha Kuasa atas segala sesuatu. dan manusia. Pembentukan nitrat dari nitrogen ini dapat terjadi karena adanya mikroorganisme. halofilik. dan apa yang Allah turunkan dari langit berupa air. seperti proteolitik. Surat An-Nahl 12: 12. misalnya pada bidang mikrobiologi kedokteran dan fitopatologi banyak ditemukan mikroorganisme yang patogen yang menyebabkan penyakit dengan sifat-sifat kehidupannya yang khas. Peranan yang Menguntungkan Banyak yang menduga bahwa mikroorganisme membawa dampak yang merugikan bagi kehidupan hewan. dan pengisaran angin . tekstur atau rasa suatu makanan. dan peternakan hewan. siklus nutrien. Dan Dia menundukkan malam dan siang. lalu dengan air itu Dia hidupkan bumi sesudah mati (kering)-nya dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan. matahari dan bulan untukmu. Kajian religi: Surat An-Nur 45: 45. kesehatan. Nitrogen bebas merupakan komponen terbesar udara. Mikroorganisme ini dikelompokkan berdasarkan tipe aktivitasnya. dll. Unsur ini hanya dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan dalam bentuk nitrat dan pengambilan khususnya melalui akar. maka sebagian dari hewan itu ada yang berjalan di atas perutnya dan sebagian berjalan dengan dua kaki sedang sebagian (yang lain) berjalan dengan empat kaki. Meskipun demikian. Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-benar ada tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi kaum yang memahami (nya). bau. dan lingkungan. masih banyak manfaat yang dapat diambil dari mikroorganisme-mikroorganisme tersebut.

Karyota. baik pada manusia. lup dan lain-lain. sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop. Ciri-ciri utama suatu mikroorganisme yaitu: a) b) c) d) e) f) g) h) Morfologi Sifat Kimiawi Sifat Biakan Sifat Metabilisme Sifat Antigenik Sifat Genetik Patogenitas Sifat Ekologi Mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. yaitu kelompok mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. Mikroorganisme terbagi menjadi dua kelopok yaitu: 1. sungguh (terdapat) tanda-tanda (keesaan dan kebesaran Allah) bagi kaum yang memikirkan. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarka dengan taksonomi. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. 2. KESIMPULAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang. Prokaryota. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan yaitu: Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit.dan awan yang dikendalikan antara langit dan bumi. hewan maupun tumbuhan .

2008. Hand Out dan Klasifikasi Mikroba.co. Jakarta : Djambatan Suriawira U. Bakteri mempunyai peranan yang sangat penting di alam sehingga memberikan pengaruh yang besar bagi proses kehidupan. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk.(online)(http//www.identifikasi mikroba.(online) (http//www.Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri.Pustaka. Budiyanto Mak. 1990. mampu memfermentasi. 1995. Peranan bakteri di alam sangat beragam salah satunya adalah sebagai agen yang mampu mendaur ulang materi atau nutrien di dalam biosfer sehingga dapat berguna bagi organisme lainnya. Dasar-dasar Mikrobiologi. klasifikasi mikroba.Ditulis oleh zaifbio | BIOKIMIA BAB I PENGANTAR Bakteri merupakan salah satu mikrobia prokariotik yang bersifat heterogen dan mampu menghuni lingkungan yang sangat beraneka ragam. dan peternakan hewan.2008. • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut.id) diakses tanggal 22 Desember 2008. Bandung : Angkasa 02/26/2009 .id) diakses tanggal 22 Desember 2008. Peranan yang Menguntungkan Contoh dalam bidang pertanian mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2. . Pangantar Mokrobiologi Umum. dapat memproduksi antibiotik. Malang : Universitas Muhammadiyah Malang Dwijoseputro. Anonymous. siklus nutrien.co. DAFTAR PUSTAKA Anonymous. 2008. Selain itu bakteri juga mempunyai aktifitas yang bernilai ekonomi dan medis antara lain.pustaka.

Salah satu cara untuk mengelompokkan bakteri adalah dengan taksonomi fenetik.dan dapat menyebabkan penyakit pada tumbuhan. semua bakteri dapat dimasukkan ke dalam satu dunia kehidupan yaitu dunia prokariota atau monera. dan lain-lain (Sulia and Shantharam. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif. sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan (Nicklinet. dan susunan sel. Sedangkan taksonomi numerik adalah sistem klasifikasi mikrobia berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan menggunakan komputer. Karakter fisiologis yang meliputi kisaran suhu. Menurut Bergey (2001). hewan. elevasi. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis . dan lainlain. bentuk. reduksi berbagai senyawa.1999). dan produksi enzim spesifik. 1999).bentuk. Bakteri yang terdapat di alam sangat banyak. Klasifikasi adalah proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). Bakteri mempunyai ukuran yang sangat kecil. Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat evolusioner. dan identifikasi.5-1. hidrolisis. 1982).0 mikrometer dan pada umumnya tidak dapat dilihat dengan mata telanjang sehingga harus menggunakan alat bantu berupa mikroskop (Stainer et al.karakter yang digunakan dalam penggolongan organisme. oleh karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi. Dalam mengklasifikasikan suatu bakteri tertentu kriteria yang digunakan antara lain adalah karakter morfologi yang terdiri dari ukuran. dan manusia. produksi indol. Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter . dan padat informasi. Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti. Karakter kultur dan karakter koloni. Karakteristik biokimia meliputi fermentasi. sifat nutrisi dan metabolisme serta kebutuhan akan oksigen (Sembiring dkk. antara lain pengecatan gram . fisiologi. sifat pengecatan. misalnya penentuan sifat biokimia. klasifikasi. reproducible. kimiawi dan pembedaan DNA. dan warna koloni. 1998) Ciri yang dipakai sebagai dasar pengelompokan bakteri meliputi beberapa sifat penting. nomenklatur. translucent. Nomenklatur merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode tatanama. pH. Taksonomi bakteri dilakukan melalui beberapa tahap yaitu. diameternya hanya kira-kira berukuran 0.al. morfologi. meliputi bentuk koloni.

• Escherichia coli Beberapa sifat dari strain ini diantaranya oksidasi positif dan memiliki flagella untuk motilitasnya terutama saat tumuh pada media cair. Menurut Bergey (2001) sifat-sifat khusus dari masing-masing strain yang digunakan adalah sebagai berikut : • Staphylococcus aureus Strain ini memiliki beberapa ciri. Strain ini patogen terhadap hewan dan manusia atau dapat memproduksi toksin ekstraseluler. Bersifat Gram positif. 1982) Salah satu cara yang paling mudah untuk membandingkan Op er a tio n a l Taxonomical Unit (OTU) adalah dengan mencari jumlah karakter yang identik diantara mereka yang disebut sebagai koefisien asosiasi. Metabolisme baik secara fermentasi atau respirasi.memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif. Sel bersifat gram negatif. dan mereduksi nitrat menjadi nitrit. Dalam percobaan ini digunakan S im p le Matching Coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (SJ). Bacillus nitroxus(E).5 μm. diantaranya sel berbentuk spherical. dan memiliki dua sistem metabolisme baik fermentatif atau respiratori. Bacillus subtilis(C). Umumnya katalase positif. fakultatif anaerob serta kemoorganotrof.(D) . dengan diameter 0. 1998) Dalam acara praktikum ini digunakan 6 strain (OTU) yang akan dibuat klasifikasinya. Escherichia coli (B). (F). kemoorganotrof. dan tidak membentuk spora. • Bacillus subtilisdan Bacillus nitroxus . bukan klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al.dan Pseudomonas sp. Strain ini bersifat fakultatif anaerob. tumbuh baik pada suhu 37° C namun akan lebih baik pada suhu 25-30° C. diantaranya strain Staphylococcus aureus (A). non motile. dan biasanya aktif melakukan metabolisme pada suhu ini. Katalase positif.5-1. Aeromonas sp. Ssm secara umum digunakan dalam analisis bakteri yang merupakan perbandingan karakter-karakter yang cocok tanpa memperhatikan sifat ada (present) ataupun sifat tidak ada (absent) sedangkan dalam metode SJ digunakan perbandingan unit karakter dengan mengabaikan sifat yang samasama negatif (Sulia and Shantharam.

pipet tetes. dengan diameter 0. Optimal temperaturnya adalah 22-28°C.2-10 μm dan sering terangkai secara berpasangan atau rantai dengan ujung membulat atau persegi.0 x 1. Bersifat positif terhadap gelatinase dan DNAase. namun tidak helical dengan ukuran 0.5-5. Pada siklus hidupnya diketahui tidak ada fase istirahat. 1.5-2. Selnya bersifat negatif terhadap pengecatan gram.3-1. mikro pipet. pH. Fakultatif anaerob. Reduksi nitrat.5 μm.0 μm dan panjang 1. melakukan metabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. dengan ukuran 0. Oksidasi positif dan katalase positif. gelas . kemoorganotrof. Memiliki keanekaragaman kemampuan fisiologi yang luas seperti respek terhadap panas. Anggota genus ini bersifat aerob atau fakultatif anaerob. pro pipet. Penyakit yang ditimbulkan pada manusia biasanya diare atau bakteremia. Strain ini tidak dapat memproduksi prosthecae dan tidak diselubungi oleh selimut. erlenmeyer.0 μm. Bergerak umumnya dengan menggunakan flagella single polar. dan memfermentasi karbohidrat termasuk maltosa. dan manusia.5-1. Sel bersifat positif terhadap pengecatan gram dan motile atau bergerak dengan petrichous flagella. cawan petri. Beberapa spesies patogen terhadap kodok. ikan. dan salinitas.5 x 1. Sifat strain ini selnya berbentuk batang atau batang panjang. BAB II METODE II. Merupakan organisme kemoorganotrof. rak tabung reaksi.Kedua strain ini masuk dalam genus Bacillus sehingga memiliki cirri-ciri khusus antara lain sel berbentuk batang atau lurus.0-3. Strain ini memiliki bentuk sel batang dengan ujung membulat hingga berbentuk spherical. Anggota dari genus ini bersifat aerobik dan bergerak dengan flagella. Umumnya strain ini mengakumulasi βhidroksibutirat sebagai materi cadangan karbon. Bersifat negatif terhadap pengecatan gram. Umumnya katalase positif dan beberapa spesies di dalamnya patogen terhadap vertebrata dan invertebrata. pipet ukur. ALAT DAN BAHAN Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi. bermetabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. • Pseudomonas sp. • Aeromonas sp.

irregular. -Elevasi : effuse. finely granular. -Permukaan koloni :mengkilat dan tidak mengkilat. -Bentuk pertumbuhan : filiform. . arborescen c) Pada media agar miring -Pertumbuhan : lebat. filamentous. sedang.Bentuk koloni : circulair.(D) • Bacillus nitroxus(E) • Pseudomonas sp. erose. echinulate. yaitu : • Staphylococcus aureus(A) • Escherichia coli(B) • Bacillus subtilis(C) • Aeromonas sp.(F) Unit karakter yang digunakan dalam percobaan kali ini adalah sebanyak 44 karakter. Karakterkarakter tersebut antara lain: 1. dan sifat-sifat biokimia. gelas penutup. cilliate. -Bentuk tepi : crenate. Sedangkan bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah 6 strain mikrobia.benda. dan mikroskop. -Bentuk struktur dalam : opaque. lobate. yang termasuk dalam morfologi koloni . morfologi sel. Morfologi koloni a) Pada media agar plate . b) Pada media agar tegak -Pertumbuhan : tipis. -Warna : krem. low convex.

peptonisasi. ring. gram negatif. spreading. tersebar merata.-Bentuk pertumbuhan : beaded. b) Spora : ada. d) Pengecatan asam : tahan asam. dan lain-lain. Morfologi Sel a) Bentuk sel : batang. b) Hidrolisis pati. Tingkat kemiripan ditentukan dengan cara Ssm dan Sj. echinulate. hidrolisis kasein. fermentasi air susu. Penghitungan indeks similaritas Setiap strain mikrobia yang akan dibandingkan dengan strain mikrobia yang lain. bulat. tidak tahan asam. tidak ada. Rumus yang digunakan dalah sebagai berikut : S sm = ( a + b ) x100 % (a +b+ c+ d) . Pengujian Sifat Biokimia a) Kemampuan fermentasi : glukosa. membraneous. pencairan gelatin. 4. 3. mengumpul di dasar. pengecatan. methylen blue. d) Pada media nutrient cair -Pertumbuhan : menutup permukaan. CARA KERJA TEKNIK KLASIFIKASI NUMERIC 1. uji biokimiawi. II 2. hidrogen peroksida. Koleksi data Untuk memperoleh data dilakukan karakterisasi 6 buah strain mikrobia yang kemudian diberi symbol (n). d) Reduksi berbagai senyawa : nitrat. 2. c) Penguraian protein : pembentukan indol. c) Pengecatan gram : gram positif. laktosa. Karakter ini dilakukan untuk memperoleh sejumlah unit karakter (t) yang digunakan dalam klasifikasi yaitu karakter morfologis. sukrosa.

Penentuan struktur taksonomis. 4.(∑y)²} . Konstruksi dendogram berdasarkan matrix similaritas Untuk mengklasifikasikan strain berdasarkan indeks similaritas dilakukan pengklasteran dalam table analisis klustering dengan menggunakan algoritme pengklasteran average linkage.Sj = ( a) X100% (a +b + c) Keterangan : a = jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain b = jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain yang kedua c = jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain yang kedua d = jumlah karakter (-) untuk kedua strain Untuk selanjutnya nilai dari masing-masing perhitungan dimasukkan dalam matrix similaritas 3. 5. Teknik karakterisasi fenotip Untuk mengetahui kelayakan nilai dari hasil konstruksi dendogram diuji dengan analisis korelasi fenetik sehingga akan didapatkan nilai r yang didapat dari rumus sebagai berikut: r = n ∑xy .∑x.∑y √ {n ∑x² .(∑x)²}{n ∑y² .

D. memperlihatkan pembentukan kelompok yang sama sehingga gambar dendogramnya sama. Dari hasil dendogram Sj. dan E dengan nilai kekerabatan 65. D. dan Ps eu d o m o n as (F). Strain C bergabung dengan strain E pada nilai 57. B. Escherichia coli (B). Bacillus subtilis (C). C.55 %.19 % membentuk kelompok ( B. C. Aeromonas sp (D). E. E ). E) pada nilai similaritas sebesar 49.73 %. Selanjutnya terjadi clustering antara B. Sedangkan strain F bergabung pada kelompok tersebut pada nilai similaritas paling kecil yaitu 54.BAB IV PEMBAHASAN Pada praktikum ini diperoleh suatu bentuk klasifikasi berdasarkan unit karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik. hanya berbeda pada nilai similaritas dimana kelompok strain tersebut bergabung. Hasil dari perhitungan Ssm menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan Sj.95 % sehingga kelompoknya menjadi A. kekerabatan paling dekat terjadi antara strain C dan E dengan nilai similaritas 72. Pada Ssm.14%. Strain A bergabung . D. Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti. Sedangkan karakter-karakter yang digunakan dalam percobaan ini adalah 44 karakter. Kemudian kelompok yang telah terbentuk tersebut anggotanya membentuk cluster dengan strain A pada nilai similaritas 57. Selanjutnya strain B dan D bergabung dengan kelompok strain (C. Bacillus nitroxus (E). antara lain : Staphylococcus aureus (A). membentuk kelompok. diperoleh konstruksi dendogram dari perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan Sj.91 %. C. Strain-strain yang digunakan adalah strain bakteri.

F.1 %. Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage. Kemudian strain F bergabung dengan kelompok yang telah terbentuk pada nilai similaritas paling kecil yaitu 34. D. Sebagai pertimbangan. Semakin banyak unit karakter yang diuji maka hasilnya semakin valid. Berdasarkan hasil uji taksonomi numerik fenetik diperoleh satu taksospesies. E ) pada nilai similaritas 41. Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk konstruksi dendogram. D. Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas yang menyebabkan data tidak valid. uji Ssm menggunakan unit karakter yang lebih banyak daripada uji Sj. dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi kofenetik. Akan tetapi uji Ssm memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif. Hal ini dapat mengurangi tingkat kesalahan ( error ). Hasil dikatakan valid apabila nilai r ini lebih besar daripada 60 %.10 % membentuk kelompok ( A. Hal ini berarti strain C dan strain E tergolong dalam satu spesies. Semakin banyak sifat yang sama. Karena keduanya memiliki nilai diatas 60 % maka keduanya dapat dikatakan memiliki hasil yang valid dan dapat dipercaya. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. . Persamaan hubungan kekerabatan yang terjadi berdasarkan Ssm dan Sj dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan mereka. C.48 %. Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau kevalidan hasil konstruksi dendogram. Hasil dari klasifikasi dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya. yang diambil adalah nilai rerata dari indeks similaritas. Hasil yang dapat terbentuk merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. begitu juga sebaliknya.dengan kelompok strain ( B. B. E. Untuk Sj diperoleh nilai r sebesar 88. semakin dekat hubungan kekerabatannya. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm diperoleh nilai r sebesar 84. yang merupakan kelompok strain yang menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain C dan E. Nilai similaritas Sj lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan pada analisis Sj lebih sedikit. berbeda dengan uji Sj yang tidak menggunakan karakter yang sama-sama negatif.5 %. C ).

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful