KLASIFIKASI MIKROBA KLASIFIKASI DAN PERANAN MIKROBA DALAM KEHIDUPAN ABSTRAK Klasifikasi dan identifikasi adalah dua hal

yang berbeda tetapi saling berhubungan dalam taksonomi. Klasifikasi dapat diidentifikasikan sebagai penyusunan organisme kedalam grup taksonomi(taksa) dengan berdasarkan persamaan atau hubungan. Klasifikasi organisme prokariota seperti bakteri memerlukan pengetahuan yang didapat dari pengalaman dan juga teknik observasi, sifat biokimia, fisiologi, genetik dan morfologi yang sering penting untuk menggambarkan sebuah takson. Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Key word: Klasifikasi, identifikasi,mikroba, mikroorganisme. PENDAHULUAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang, sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop, lup dan lain-lain. Cakupan dunia mikroorganisme sangat luas, terdiri dari berbagai kelompok dan jenis, sehingga diperlukan suatu cara pengelompokan atau pengklasifikasian. Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan sistematis organisme kedalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal, takson) tetapi penyusunan taksonomi mikroorganisme mensyaratkan diidentifikasi sebagai mana mestinya dan diberi nama. Kegiatan secara keseluruhan, yakni tentang pengklasifikasian penamaan dan pengidentifikasian mikroorganisme, disebut sebagai sistematika mikroba. Menyusun sistematik dalam dunia mikroorganisme bukanlah pekerjaan yang mudah kesulitan pertama yang kita hadapi ialah menentukan apakah mikroba itu golongan hewan atau golongan tumbuhan. Setelah leeuwenhoek menyelami dunia mikroorganisme , sarjana Zoologi seperti Muller (1773) dan erlenberg (1838) menggolongkan bakteri pada protozoa. Baru pada tahun (1873), Cohn sarjana botani bangsa Jerman, mengetahui adanya ciri-ciri yang menyebabkan ia lebih condong menggolongkan bakteri (salah satu mikroorganisme) pada tumbuhan. Klasifikasi bakteri secara agak lengkap pada tahun 1875, dan sejak itu diadakan penyempurnaan secara berangsur-angsur sampai sekarang.

Banyak kesulitan dalam mengklasifikasikan mikroorganisme. Misalnya dalam klasifikasi bakteri. Kriteria dalam kalasifikasi berbeda dengan mengklasifikasikan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan tingkat tinggi yang didasarkan terutama pada sifat-sifat marfologisnya. Tetapi hal ini sulit dilaksanakan pada bakteri, sehingga klasifikasi bakteri di dasarkan sebagian pada sifat-sifat morfologi, dan sifat-sifat fisiologinya termasuk imunologi. Banyak bakteri di bawah mikroskop menunjukkan bentuk morfologi yang sama, tetapi sifat-sifat fisiologi mereka berlainan sama sekali. Ada beberapa golongan bakteri yang sama bentuknya, tetapi yang satu dapat mencernakan asam amino tertentu, sedangkan yang lainnya tidak. Ada pula suatu golongan yang dapat menyebabkan suatu penyakit, sedang golongan yang lain tidak. Maka jelaslah bahwa kesukaran kita untuk menetapkan spesies berdasarkan sifat-sifat morfologi saja. Rumusan Masalah Adakah peranan penting mikroba bagi kehidupan. Tujuan Ø Ø Mengetahui klasifikasi dan identifikasi suatu mikroorganisme Mengetahui manfaat mikroorganisme bagi kehidupan.

PEMBAHASAN Klasifikasi dan Identifikasi Dalam semua cabang biologi diperluan pencirian, klasifikasi dan identifikasi. Klasifikasi merupakan proses untuk mengenali dan mengelompokkan organisme hidup. Klasifikasi merupakan bagian dari bidang ilmu sistematik. Tujuan klasifikasi ialah mengatur kedudukan dari berbagai organisme di alam. Jika diketahui ciri-ciri suatu mikroorganisme, maka dapat dilakukan perbandingan sehingga terlihat persamaan dan juga perbedaan dnegan organisme lainnya. Hal ini dapat disamakan dengan membuat tabel periodik bagi unsur kimia sehingga terlihat keterkaitan antara unsur kimia tersebut. Klasifikasi dan karakteristik atau tidaklah mungkin dipelajari adalah mikroorganisme. identifikasi mikroorganisme haruslah diketahui terlebih dahulu ciri-ciri mikroorganisme. Oleh karena ukurannya yang sangat kecil, bagi kita untuk mempelajari 1 mikroorganisme saja, sehingga yang karakkteristik suatu biakan yang merupakan populasi dari suatu

Ciri-ciri utama dari suatu mikroorganisme dikelompokan sebagai berukut : . 1. Morfologi m) .

Mikroba pada umumnya sangat kecil : ukurannya dinyatakan dalam mikrometer (

purin. Sifat Antigenik Bila mikroorganisme masuk kedalam tubuh. Antibodi ini bersifat sangat spesifik terhadap antigen yang menginduksinya. Mikroskop yang digunakan tergantung pada kecermatan yang diinginkan oleh peneliti. Bahan kimia ini tidak ditemukan pada gram negatif. Sebaliknya ada pula yang hanya memerlukan bahan inorganik saja atau bahan organik (asam amino. Sifat Genetik DNA kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian mikroorganisme. Bila sel mikroba diberi perlauan kimiawi. telur. maka sel ini memperlihatkan susunan kimiawi yang spesifik. Sifat Kimiawi Sel terdiri dari berbagai bahan kimia. akan terbentu antibodi yang mengikat antigen. berupa inang. Susunan basa DNA . 6. pirimidin. Oleh karena mikroorganisme memiliki antigen yang berbeda. 4. darah). Antigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba. Dinding sel fungsi dan algae berbeda dari bakteri. pembagian dilakukan berdasaran asam inti yang dikandung. bertunas. maka antibodi dapat digunakan untuk mencirikan (rapid indentification) terhadap mikroorganisme. Sebaliknya pada banyak bakteri Gram positif terdapat asam teikoat.001 mm Oleh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop untuk melihat mikroba. karbohidrat. Sebagai contoh.1 m = 0. 2. koenzim) selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh pada sel hidup. Pada kelompok virus. apakah merupakan DNA atau RNA 3. Sifat Biakan Zat hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda ada mikroorganisme yang hanya dapat hidup dan tumbuh bila diberikan zat hara yang kompleks (serum. bakteri Gram negatif memiliki lipopolisakarida dalam dinding selnya. biakan jaringan. Berbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme dapat digunakan untuk mencirikan mikroorganisme 5. vitamin. Sifat Metabilisme Proses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimiawi yang disebut metabolisme. Reaksi ini sangat sepesifik sehingga dapat disebut sebagai lock and key system. Sedangkan bakteri Gram positif tidak.

Selain itu ada pula yang melakukan kombinasi. Mucroalgar bersifat forosintetik. Monera (bacteria dan cyanobacteria) Protista (microalgae dan protozoa) Fungsi (yeasts dan mold) Tabel. ketiga macam pengambilan zat hara terlihat dalam kelompok ini. b. 8. Perkembangan Klasifikasi Two-Kingdom system Lennaeus Four-Kingdom System Capeland Five-Kingdom system Whitaker . Mikroorganisme yang terdapat dalam rongga mulut berbeda dengan saluran pencernaan. kemampuannya untuk menimbulkan penyakit merupakan ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya (Bdellovibrio) dan virus (bakteriofag)yang menginfesi dan menghancurkan bakteri. Protozoa dengan ingesti dan protista lainnya dengan absorpsi. Mikroorganisme yang hidup di lautan berbeda dengan air tawar. Yukariot uniseluler termasuk protista. Patogenitas Mikroba dapat menimbulkan penyakit. Sifat Ekologi Habitat merupakan sifat yang mencirikan mikroorganisme. Forosintesis Absorpsi Ingesti Prokariot termasuk dalam Monera. cara mengambilan zat hara tidak melalui ingesti. Perkembangan Klasifikasi Pada klasifikasi “Five-kingdom System. b. c. Mikroorganisme masuk dalam : a. c.Untuk perbandingan di gunakan mol % G+C 7. Pembagian didasarkan pada cara pengambilan zat hara yaitu : a.

Derajat perbedaan sangat berguna oleh karena menunjukkan beberapa banyak organisme yang diteliti berbeda dengan organisme lain. Oleh karena itu dicari metode perbandingan yang lebih cermat dengan cara membandingkan urutan dari nukleotida. Pada tahun 1960. Pada mulanya kesamaan yang dibadingkan hanyalah % mol G + C saja. Dengan mengetahui koefisien kesamaan dapat disusun Cluster dari organisme yang serupa Beberapa metode utuk menentukan derajat kesamaan a. Metode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah : 1. Similarity Matrix Keterkaitan Sifat Genetik Metode klasifikasi yang paling cermat adalah keterkaitan sifat genetika anta organisme. Metode ini paling obyektif dan didasarkan pada DNA. organisme yang tidak berkaitan mungkin saja memiliki % G + C yang sama. sebaliknya organisme yang jauh berbeda memiliki nilai % G + C yang berbeda pula. Urutan nukleotida inilah yang merupakan ciri dasar suatu organisme. b. Namun demikian. Cluster analysis Phenogram / dendrogram Ordination methods Menggunakan Principal component analysis d. Organisme yang berkaitan erat memiliki % G +C yang sama.Animalia Plantae Monera Protoctista Metaphyta Metazoa Monera Protista Plantac Fungsi Animalia Koefisien Kesamaan Kesamaan ini dapat dinyatakan dalam derajat kesamaan atau perbedaan. c. Homologi DNA . cabang ilmu yang disebut biologi molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan DNA antar organisme.

Pada bakteri ternyata rRNA cistron ini “highlyy conserved” lestari.DNA dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal. baik yang sudah terdiferensiasi ataupun yang belum. atau tumbuh-tumbuhan tanpa keping biji. Homologi RNA ribosom dan ribosomal RNA oligonukleotida Dua organisme dapat saja tidak erat kaitannya. dunia Mikroba terbagi menjadi dua kelompok besar lainnya. 3. Monocotyledoneae. Sehingga kalau sebelumnya dunia tersebut hanya terbagi kedalam dua kelompok besar yaitu : 1. Metode ini paling berguna dalam tingkat klasifikasi species. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. yaitu Cryptogamae (kriptos = tersembunyi/tidak ada atau tidak nampa. 1. Dari segi mikrobiologi sendiri. tetapi ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan. Dicotyledoneae. maka sekarang akan bertambah dengan 1 kelompok besar lainnya. Kedalam kelompok ini termasuk : a) Bakteria. Ini berarti untaian dari satu organisme akan berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya. 2. Acotyledoneae. Mikroba termasuk kedalam kelompok ke-3 tersebut sesuai dengan sifat alat untuk perkembangbiakannya. Bila dua organisme ini berkaitan erat maka akan terbentuk Heterodupleks. tetapi masih memperlihatkan homologi DNA. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal. Dasar Pengelompokan Taksonomi merupakan cara atau upaya pengelompokan jasad hidup di dalam kelompok atau takson yang sesuai. Ini berarti bahwa selama evolusi cistron ini memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian DNA yang lain Taksonomi Mikroba a. Mikroba sesuai dengan bentuk dan sifatnya termasuk kedalam Dunia tumbuh-tumbuhan. Prokaryota. Untaian tunggal ini kemudian dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali. gamae = alat perkembangbiak). rRNA yang disandi oleh sebagian DNA yang disebut sebagai RNA sistron. pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti. . Bila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat heterodupleks. Pertama kali pengelompokan ini hanya untuk lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan. Yaitu : 1. yaitu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai keping biji dua.

pada tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan. Prosedur pewarnaan seperti pewarnaan gram dapat memberikan perkiraan bakteri memiliki kekerabatan yang dekat. di dalam tanah. Tingkat Taksonomi Tingkatan Resmi Kingdom Divisi Contoh Prokaryotae Gracilicutes . Mikro-alga lainnya Walaupun ada kelompok kehidupan atau jasad lain yang dianggap hirup berdasarkan kepada bentuk dan sifatnya tidak sama dengan mikroba tetapi mengingat kepentingan dan asosiasi kehidupannya. sejak di udara. Hal ini merupakan petunjuk awal bahwa keragaman kimiawi DNA dari organisme yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya kekerabata genetik. didalam air. pada bahanbahan. 2. ada dua kelompok besar lain yang umumnya dimasukkan kedalam Dunia Mikroba yaitu : 1. 2. yaitu kelompo mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. Karena tidak mempunyai klorofil. bakteri hidup sebagai jasad yang saprofitik ataupun sebagai jasad yang parasitik. Tabel . Studi fisik membuktian bahwa kekerabatan DNA dari organisme yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan kromosom DNA untuk dikawin silangkan. Protozoa Virus Klasifakasi Bakteri Umumnya berbentuk 1-sel atau sel tunggal atau uniseluler. Karyota.b) Mikro-alga biru-hijau (BGA = blue-green algae). Tempat hidupnya tersebar di mana-mana. Kedalam kelompok ini termasuk : a) b) Jamur. Kriteria untuk Klasifikasi Bakteri Kriteria sesuai untuk tujuan klasifikasi bakteri termasuk sifat-sifatnya telah diterangkan dalam bab terdahulu. tidak mempunyai klorofil berkembangbiak dengan pembelahan sel atau biner. termasuk didalamnya ragi. informasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan melihat lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau flagella.

(2)batang. dan pembebasan partikel-partikel fage ini di dalam suatu ledakan bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang. hibridisasi DNA dengan rangkaian oligonukleotida padat telah digunakan untuk mengidentifikasi spesies. Kemudahan relatif dalam penangannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus maupun banyak masalah dasar di dalam biologi. penetrasi asam nukleat. Virus Bakterial Bakterifage (fage) adalah virus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam sel bakteri. yaitu Arecbaebacteria. Klasifikasi Virus a. Gen penanda RNA ribosom dan protein ribosom telah diturunkan melalui evolusi dan telah disebarkan lebih lambat daripada gen kromosom lainnya. Gambar Bentuk Sel Tunggal Bakteri(1)coccus. termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi Fage pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung protein pelindung. Ribosom memiliki pesan penting dalam sintesa protein.Klas Ordo Famili Genus spesies Scotobacteria Eubacteriales Entobacteriaceae Escherichia Coli Penyusunan urutan DNA telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan DNA diantara beragam gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan DNA diantara gen-gen yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik dari gen-gen yang berhubungan dekat. . replikasi asam nukleat virus. fage-fage virulen telah digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri patogenik. dan perbedaan susunan di antara gen-gen yang tersebar secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok bakteri yang hubungannya jauh. perakitan partikel-partikel fage baru. Penemuan terbaru.(3)spiral. Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai berikut : adsorbsi partikel fage. Perbandingan susunan dari 165S RNA ribosom dari berbagai sumber biologis menunjukkan adanya hubungan evolusi diantara organisme yang sangat beragam dan menunjukkan adanya kingdom baru.

yang diperkenalkan oleh A. Sistem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi virus terlihat pada sistem ini. sifat pertumbuhan virus. menempel pada tanaman ataupun bersifat endofitik (hidup di dalam jaringan jasad lain). seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan evolisoner atara virus-virus. bentuk susunan kapsid. Loff dan kawan-kawan dalam tahun 1962. Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel inang. Hubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan sistem ini menggolongkan virus berdasarkan susunan biasa sifat-sifat kimiawi dan strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat. walaupun ada beberapa yang sudah mempunyai tubuh lengkap dengan bagian-bagian yang dinamakan akar batang dan daun walau semuanya bersifat semu (Chara dan Nitella). sampai dengan telah membentuk tubuh lengkap yang dinamakan tubuh-buah (misalkan pada jamur merang. seperti digambarkan oleh kisaran inang. seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua. Peristiwa ini disusul dengan penetrasi dan pelepasan selubung. Misal pada Hydra. ada tidaknya selubung dan ukuran kapsid. sifat pertumbuhan virus. Ada beberapa yang hidup secara simbiosis dengan jamur membentuk jasad baru yang disebut lichenes (lumut kerak). Sistem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami atau filogenik. virus hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral. Virus Hewan dan Tumbuhan Virus hewan dan virus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. Proses replikasi virus dimulai dengan melekatnya virion pada sel inang. biosintesis komponen-omponen virus dan perakitan serta pematangan virion. dan sabagiannya). pada air. halikal bersampul atau kompleks. kemudian serat atau filamen (paling banyak di dapatkan). Pembagian lebih lanjut didasarkan atas sifat-sifat lain virion itu. Secara morfologis. virus dikelompokkan menurut sifat virionnya yaitu semacam asam nukleat. seperti kedudukan tempat sintesis virus di dalam sel dan hubungan timbal balik antara inang dan virus. Setiap virus mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. Didapatkan dimana-mana.b. . Klasifikasi Jamur Bentuknya sel tunggal (misal pada ragi). terutama pada tanah yang lembab. Mushrooms. Jasad ini tidak mempunyai klorofil. atau menempel pada tubuh jasad lain (kulit kura-kura) sehingga kelihatannya hewan tersebut mempunyai klorofil karena berawarna hijau. karena dia hidup secara saprofik ataupun parasitik Klasifikasi Alga-Hijau Bentuknya sama seperti BGA. Seperti bakteria.

mikroorganisme pektinolitik mampu merombak bahan-bahan yang mengandung pektin yang terdapat pada dinding sel tumbuhan (Tarigan. mudah ditumbuhkan dalam media buatan. hewan maupun tumbuhan Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri. Akan tetapi karena ukurannya yang kecil. 1988). Mikroorganisme ini juga tidak memerlukan tempat yang besar. Oleh karena aktivitasnya tersebut. sejak paku-pakuan (Azolla) didalam rongga udara daunnya. di dalam tanah yang lembab atau bersimbiosis dengan jasad lain. disamping pigmen lainnya seperti fikobilin (biru). menghasilkan energi dan bereproduksi dengan sendirinya. Dengan demikian enzim yang tidak diperlukan tidak akan disimpan dalam bentuk persediaan. fukosantin (coklat) dan fukoeritrin (merah) hidup didalam air. baik pada manusia. maka setiap mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan. atau dengan tanaman tinggi (Cassuarina) dengan membentuk akar karang Peran mikroorganisme dalam khidupan Mikroorganisme merupakan jasad hidup yang mempunyai ukuran sangat kecil (Kusnadi. Pada proses pembusukan sayur dan buah. 2001). Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan antara lain dapat mengalami pertumbuhan. Termasuk kedalam kelompok jasad yang fotosintetik karena mempunyai klorofil. khamir (yeast) dan kapang (mould) dapat menyebabkan perubahan yang tidak . mikroorganisme yang menghasilkan enzim proteolitik mampu merombak protein-protein. Mikroorganisme seperti bakteri. dkk. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan. Mikroorganisme memiliki fleksibilitas metabolisme yang tinggi karena mikroorganisme ini harus mempunyai kemampuan menyesuaikan diri yang besar sehingga apabila ada interaksi yang tinggi dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi zat yang tinggi pula. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. Dalam pembusukan daging. dan tingkat pembiakannya relative cepat (Darkuni.Klasifikasi Alga-Biru Hijau Berbentuk sel tunggal atau filamen (serat) yang disekelilingnya diselimuti oleh seludang yang terdiri dari lendir (polisakharida). • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut.enzim-enzim tertentu yang diperlukan untuk perngolahan bahan makanan akan diproduksi bila bahan makanan tersebut sudah ada. Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. maka tidak ada tempat untuk menyimpan enzim-enzim yang telah dihasilkan. atau berbentuk koloni sederhana. 2003).

dan peternakan hewan. Surat An-Nahl 12: 12. misalnya pada bidang mikrobiologi kedokteran dan fitopatologi banyak ditemukan mikroorganisme yang patogen yang menyebabkan penyakit dengan sifat-sifat kehidupannya yang khas. dan manusia. halofilik. silih bergantinya malam dan siang. Peranan yang Menguntungkan Banyak yang menduga bahwa mikroorganisme membawa dampak yang merugikan bagi kehidupan hewan. Sesungguhnya dalam penciptaan langit dan bumi. matahari dan bulan untukmu. Dan Dia menundukkan malam dan siang. seperti bidang pertanian. sesungguhnya Allah Maha Kuasa atas segala sesuatu. dan pengisaran angin . Dan Allah telah menciptakan semua jenis hewan dari air. dll. masih banyak manfaat yang dapat diambil dari mikroorganisme-mikroorganisme tersebut. lipolitik. Nitrogen bebas merupakan komponen terbesar udara. Beberapa manfaat yang dapat diambil antara lain sebagai berikut: Bidang pertanian Dalam bidang pertanian. dan apa yang Allah turunkan dari langit berupa air. dll. lalu dengan air itu Dia hidupkan bumi sesudah mati (kering)-nya dan Dia sebarkan di bumi itu segala jenis hewan. Surat Al-Baqaroh 164: 164. tekstur atau rasa suatu makanan. Pembentukan nitrat dari nitrogen ini dapat terjadi karena adanya mikroorganisme. Allah menciptakan apa yang dikehendaki-Nya. Penyusunan nitrat dilakukan secara bertahap oleh beberapa genus bakteri secara sinergetik. mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2. maka sebagian dari hewan itu ada yang berjalan di atas perutnya dan sebagian berjalan dengan dua kaki sedang sebagian (yang lain) berjalan dengan empat kaki. kesehatan. Penggunaan mikroorganisme dapat diterapkan dalam berbagai bidang kehidupan. Kajian religi: Surat An-Nur 45: 45. bahtera yang berlayar di laut membawa apa yang berguna bagi manusia.dikehendaki pada penampakan visual. Mikroorganisme ini dikelompokkan berdasarkan tipe aktivitasnya. Unsur ini hanya dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan dalam bentuk nitrat dan pengambilan khususnya melalui akar. Atau berdasarkan kebutuhan hidupnya seperti termofilik. siklus nutrien. dan lingkungan. tumbuhan. seperti proteolitik. Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-benar ada tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi kaum yang memahami (nya). Meskipun demikian. Dan bintangbintang itu ditundukkan (untukmu) dengan perintah-Nya. bau.

Klasifikasi adalah suatu istilah yang berkaitan dan sering kali digunakan atau dipertukarka dengan taksonomi. Mikroorganisme terbagi menjadi dua kelopok yaitu: 1. sungguh (terdapat) tanda-tanda (keesaan dan kebesaran Allah) bagi kaum yang memikirkan. baik yang merugikan maupun yang menguntungkan yaitu: Peranan yang Merugikan • Penyebab penyakit. yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. lup dan lain-lain. Karyota. KESIMPULAN Mikroorganisme merupakan suatu kelompok organisme yang tidak dapat dilihat dengan menggunakan mata telanjang. hewan maupun tumbuhan .dan awan yang dikendalikan antara langit dan bumi. 2. Prokaryota. baik pada manusia. yaitu kelompok mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. sehingga diperlukan alat bantu untuk dapat melihatnya seperti mikroskop. Ciri-ciri utama suatu mikroorganisme yaitu: a) b) c) d) e) f) g) h) Morfologi Sifat Kimiawi Sifat Biakan Sifat Metabilisme Sifat Antigenik Sifat Genetik Patogenitas Sifat Ekologi Mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan.

Peranan bakteri di alam sangat beragam salah satunya adalah sebagai agen yang mampu mendaur ulang materi atau nutrien di dalam biosfer sehingga dapat berguna bagi organisme lainnya. Hand Out dan Klasifikasi Mikroba. Peranan yang Menguntungkan Contoh dalam bidang pertanian mikroorganisme dapat digunakan untuk peningkatan kesuburan tanah melalui fiksasi N2. Jakarta : Djambatan Suriawira U.identifikasi mikroba. 1990. 1995. mampu memfermentasi.Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri. .co. Bakteri mempunyai peranan yang sangat penting di alam sehingga memberikan pengaruh yang besar bagi proses kehidupan.Ditulis oleh zaifbio | BIOKIMIA BAB I PENGANTAR Bakteri merupakan salah satu mikrobia prokariotik yang bersifat heterogen dan mampu menghuni lingkungan yang sangat beraneka ragam. DAFTAR PUSTAKA Anonymous. 2008.(online)(http//www. dan peternakan hewan.id) diakses tanggal 22 Desember 2008. Budiyanto Mak.(online) (http//www. Dasar-dasar Mikrobiologi. 2008. Bandung : Angkasa 02/26/2009 . • Penyebab kebusukan makanan (spoilage) Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri yang tumbuh dalam makanan tersebut.pustaka. Malang : Universitas Muhammadiyah Malang Dwijoseputro. Selain itu bakteri juga mempunyai aktifitas yang bernilai ekonomi dan medis antara lain.Pustaka. Anonymous.2008.co. klasifikasi mikroba. siklus nutrien. dapat memproduksi antibiotik. Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. Pangantar Mokrobiologi Umum.id) diakses tanggal 22 Desember 2008.

morfologi. oleh karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi.karakter yang digunakan dalam penggolongan organisme. nomenklatur. Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter . hidrolisis. reproducible. 1998) Ciri yang dipakai sebagai dasar pengelompokan bakteri meliputi beberapa sifat penting. dan padat informasi. Bakteri yang terdapat di alam sangat banyak. hewan. sifat nutrisi dan metabolisme serta kebutuhan akan oksigen (Sembiring dkk. kimiawi dan pembedaan DNA. dan susunan sel.0 mikrometer dan pada umumnya tidak dapat dilihat dengan mata telanjang sehingga harus menggunakan alat bantu berupa mikroskop (Stainer et al. Klasifikasi adalah proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). Karakteristik biokimia meliputi fermentasi. meliputi bentuk koloni. bentuk. 1999). diameternya hanya kira-kira berukuran 0. dan manusia. misalnya penentuan sifat biokimia. pH. 1982). dan lain-lain (Sulia and Shantharam. semua bakteri dapat dimasukkan ke dalam satu dunia kehidupan yaitu dunia prokariota atau monera.al.1999). Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis . Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti. Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat evolusioner. Karakter kultur dan karakter koloni. produksi indol. Karakter fisiologis yang meliputi kisaran suhu. Nomenklatur merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode tatanama. fisiologi. sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan (Nicklinet. elevasi. antara lain pengecatan gram . klasifikasi. sifat pengecatan. Sedangkan taksonomi numerik adalah sistem klasifikasi mikrobia berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan menggunakan komputer. Taksonomi bakteri dilakukan melalui beberapa tahap yaitu. Salah satu cara untuk mengelompokkan bakteri adalah dengan taksonomi fenetik. reduksi berbagai senyawa. Dalam mengklasifikasikan suatu bakteri tertentu kriteria yang digunakan antara lain adalah karakter morfologi yang terdiri dari ukuran. Menurut Bergey (2001).dan dapat menyebabkan penyakit pada tumbuhan. dan identifikasi. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif.5-1. dan warna koloni. dan lainlain. Bakteri mempunyai ukuran yang sangat kecil. dan produksi enzim spesifik.bentuk. translucent.

Katalase positif. 1982) Salah satu cara yang paling mudah untuk membandingkan Op er a tio n a l Taxonomical Unit (OTU) adalah dengan mencari jumlah karakter yang identik diantara mereka yang disebut sebagai koefisien asosiasi. dan biasanya aktif melakukan metabolisme pada suhu ini. 1998) Dalam acara praktikum ini digunakan 6 strain (OTU) yang akan dibuat klasifikasinya. • Bacillus subtilisdan Bacillus nitroxus . Menurut Bergey (2001) sifat-sifat khusus dari masing-masing strain yang digunakan adalah sebagai berikut : • Staphylococcus aureus Strain ini memiliki beberapa ciri.memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif. Ssm secara umum digunakan dalam analisis bakteri yang merupakan perbandingan karakter-karakter yang cocok tanpa memperhatikan sifat ada (present) ataupun sifat tidak ada (absent) sedangkan dalam metode SJ digunakan perbandingan unit karakter dengan mengabaikan sifat yang samasama negatif (Sulia and Shantharam. Escherichia coli (B). Sel bersifat gram negatif. Bacillus nitroxus(E). Strain ini bersifat fakultatif anaerob. fakultatif anaerob serta kemoorganotrof.dan Pseudomonas sp.(D) . Bersifat Gram positif.5 μm. bukan klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al. Metabolisme baik secara fermentasi atau respirasi. Strain ini patogen terhadap hewan dan manusia atau dapat memproduksi toksin ekstraseluler. Aeromonas sp. Umumnya katalase positif. tumbuh baik pada suhu 37° C namun akan lebih baik pada suhu 25-30° C. diantaranya sel berbentuk spherical. dan tidak membentuk spora. diantaranya strain Staphylococcus aureus (A). kemoorganotrof. non motile.5-1. dan memiliki dua sistem metabolisme baik fermentatif atau respiratori. Dalam percobaan ini digunakan S im p le Matching Coefficient (Ssm) dan Jaccard Coefficient (SJ). Bacillus subtilis(C). dengan diameter 0. • Escherichia coli Beberapa sifat dari strain ini diantaranya oksidasi positif dan memiliki flagella untuk motilitasnya terutama saat tumuh pada media cair. (F). dan mereduksi nitrat menjadi nitrit.

cawan petri. Bersifat negatif terhadap pengecatan gram. dengan ukuran 0. erlenmeyer.5-2. pipet ukur. Anggota genus ini bersifat aerob atau fakultatif anaerob. Pada siklus hidupnya diketahui tidak ada fase istirahat. Optimal temperaturnya adalah 22-28°C. melakukan metabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. ikan. Sel bersifat positif terhadap pengecatan gram dan motile atau bergerak dengan petrichous flagella.3-1. 1. rak tabung reaksi. dan manusia. Sifat strain ini selnya berbentuk batang atau batang panjang.0 μm.5 x 1.Kedua strain ini masuk dalam genus Bacillus sehingga memiliki cirri-ciri khusus antara lain sel berbentuk batang atau lurus. dan salinitas. Bergerak umumnya dengan menggunakan flagella single polar. pH. pro pipet. dengan diameter 0. Umumnya katalase positif dan beberapa spesies di dalamnya patogen terhadap vertebrata dan invertebrata. Beberapa spesies patogen terhadap kodok. Selnya bersifat negatif terhadap pengecatan gram. namun tidak helical dengan ukuran 0.2-10 μm dan sering terangkai secara berpasangan atau rantai dengan ujung membulat atau persegi.5-5. Strain ini memiliki bentuk sel batang dengan ujung membulat hingga berbentuk spherical.0-3. mikro pipet. pipet tetes. BAB II METODE II. • Pseudomonas sp. Anggota dari genus ini bersifat aerobik dan bergerak dengan flagella. Reduksi nitrat. Umumnya strain ini mengakumulasi βhidroksibutirat sebagai materi cadangan karbon.5 μm. Bersifat positif terhadap gelatinase dan DNAase. Merupakan organisme kemoorganotrof. ALAT DAN BAHAN Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi.0 x 1. gelas . Oksidasi positif dan katalase positif. • Aeromonas sp. bermetabolisme baik secara fermentasi atau respiratori. Fakultatif anaerob. dan memfermentasi karbohidrat termasuk maltosa. Strain ini tidak dapat memproduksi prosthecae dan tidak diselubungi oleh selimut. Penyakit yang ditimbulkan pada manusia biasanya diare atau bakteremia. kemoorganotrof.0 μm dan panjang 1. Memiliki keanekaragaman kemampuan fisiologi yang luas seperti respek terhadap panas.5-1.

benda.(F) Unit karakter yang digunakan dalam percobaan kali ini adalah sebanyak 44 karakter. gelas penutup. lobate. yaitu : • Staphylococcus aureus(A) • Escherichia coli(B) • Bacillus subtilis(C) • Aeromonas sp. erose. finely granular. -Elevasi : effuse. dan mikroskop. -Warna : krem. morfologi sel. irregular. echinulate. . b) Pada media agar tegak -Pertumbuhan : tipis. Sedangkan bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah 6 strain mikrobia. filamentous.(D) • Bacillus nitroxus(E) • Pseudomonas sp. dan sifat-sifat biokimia. -Permukaan koloni :mengkilat dan tidak mengkilat. low convex. sedang. arborescen c) Pada media agar miring -Pertumbuhan : lebat. cilliate. -Bentuk struktur dalam : opaque. Karakterkarakter tersebut antara lain: 1. Morfologi koloni a) Pada media agar plate . yang termasuk dalam morfologi koloni . -Bentuk pertumbuhan : filiform.Bentuk koloni : circulair. -Bentuk tepi : crenate.

pengecatan. pencairan gelatin. b) Spora : ada. tersebar merata. Pengujian Sifat Biokimia a) Kemampuan fermentasi : glukosa. c) Penguraian protein : pembentukan indol. mengumpul di dasar. Penghitungan indeks similaritas Setiap strain mikrobia yang akan dibandingkan dengan strain mikrobia yang lain. b) Hidrolisis pati. 3. Tingkat kemiripan ditentukan dengan cara Ssm dan Sj. uji biokimiawi. ring. c) Pengecatan gram : gram positif. Koleksi data Untuk memperoleh data dilakukan karakterisasi 6 buah strain mikrobia yang kemudian diberi symbol (n). echinulate. Rumus yang digunakan dalah sebagai berikut : S sm = ( a + b ) x100 % (a +b+ c+ d) . dan lain-lain. hidrogen peroksida. bulat. Morfologi Sel a) Bentuk sel : batang. II 2. d) Reduksi berbagai senyawa : nitrat. CARA KERJA TEKNIK KLASIFIKASI NUMERIC 1. membraneous. fermentasi air susu. methylen blue. tidak tahan asam. d) Pengecatan asam : tahan asam. gram negatif. 4. spreading. 2. hidrolisis kasein. laktosa. sukrosa. d) Pada media nutrient cair -Pertumbuhan : menutup permukaan.-Bentuk pertumbuhan : beaded. peptonisasi. tidak ada. Karakter ini dilakukan untuk memperoleh sejumlah unit karakter (t) yang digunakan dalam klasifikasi yaitu karakter morfologis.

∑x.∑y √ {n ∑x² . Konstruksi dendogram berdasarkan matrix similaritas Untuk mengklasifikasikan strain berdasarkan indeks similaritas dilakukan pengklasteran dalam table analisis klustering dengan menggunakan algoritme pengklasteran average linkage. 5.(∑y)²} . 4. Teknik karakterisasi fenotip Untuk mengetahui kelayakan nilai dari hasil konstruksi dendogram diuji dengan analisis korelasi fenetik sehingga akan didapatkan nilai r yang didapat dari rumus sebagai berikut: r = n ∑xy . Penentuan struktur taksonomis.Sj = ( a) X100% (a +b + c) Keterangan : a = jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain b = jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain yang kedua c = jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain yang kedua d = jumlah karakter (-) untuk kedua strain Untuk selanjutnya nilai dari masing-masing perhitungan dimasukkan dalam matrix similaritas 3.(∑x)²}{n ∑y² .

kekerabatan paling dekat terjadi antara strain C dan E dengan nilai similaritas 72. C. Dari hasil dendogram Sj. antara lain : Staphylococcus aureus (A). B. Bacillus nitroxus (E). Hasil dari perhitungan Ssm menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan Sj. Selanjutnya strain B dan D bergabung dengan kelompok strain (C. Pada Ssm.14%. hanya berbeda pada nilai similaritas dimana kelompok strain tersebut bergabung. memperlihatkan pembentukan kelompok yang sama sehingga gambar dendogramnya sama. membentuk kelompok. D. C. Sedangkan strain F bergabung pada kelompok tersebut pada nilai similaritas paling kecil yaitu 54. dan E dengan nilai kekerabatan 65. diperoleh konstruksi dendogram dari perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan Sj. Selanjutnya terjadi clustering antara B. D. Escherichia coli (B). Bacillus subtilis (C). Aeromonas sp (D).91 %.73 %. Sedangkan karakter-karakter yang digunakan dalam percobaan ini adalah 44 karakter. Strain-strain yang digunakan adalah strain bakteri. Strain A bergabung .BAB IV PEMBAHASAN Pada praktikum ini diperoleh suatu bentuk klasifikasi berdasarkan unit karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik. Strain C bergabung dengan strain E pada nilai 57. dan Ps eu d o m o n as (F).55 %. Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti.95 % sehingga kelompoknya menjadi A. C. Kemudian kelompok yang telah terbentuk tersebut anggotanya membentuk cluster dengan strain A pada nilai similaritas 57. E. E) pada nilai similaritas sebesar 49. E ). D.19 % membentuk kelompok ( B.

Sebagai pertimbangan. Berdasarkan hasil uji taksonomi numerik fenetik diperoleh satu taksospesies. Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage. F. C. yang diambil adalah nilai rerata dari indeks similaritas. Hasil dari klasifikasi dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya. Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau kevalidan hasil konstruksi dendogram. D. dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi kofenetik. Semakin banyak unit karakter yang diuji maka hasilnya semakin valid. E. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm diperoleh nilai r sebesar 84.5 %.dengan kelompok strain ( B.10 % membentuk kelompok ( A. Nilai similaritas Sj lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan pada analisis Sj lebih sedikit. B. begitu juga sebaliknya. berbeda dengan uji Sj yang tidak menggunakan karakter yang sama-sama negatif. Untuk Sj diperoleh nilai r sebesar 88. Hal ini dapat mengurangi tingkat kesalahan ( error ). Hasil yang dapat terbentuk merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. Hasil dikatakan valid apabila nilai r ini lebih besar daripada 60 %. E ) pada nilai similaritas 41. C ). Akan tetapi uji Ssm memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif.1 %. yang merupakan kelompok strain yang menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain C dan E. semakin dekat hubungan kekerabatannya. uji Ssm menggunakan unit karakter yang lebih banyak daripada uji Sj. . Karena keduanya memiliki nilai diatas 60 % maka keduanya dapat dikatakan memiliki hasil yang valid dan dapat dipercaya. Kemudian strain F bergabung dengan kelompok yang telah terbentuk pada nilai similaritas paling kecil yaitu 34. Semakin banyak sifat yang sama.48 %. Hal ini berarti strain C dan strain E tergolong dalam satu spesies. Persamaan hubungan kekerabatan yang terjadi berdasarkan Ssm dan Sj dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan mereka. D. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk konstruksi dendogram. Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas yang menyebabkan data tidak valid.