P. 1
BIOMOL - 1 (isolasi)

BIOMOL - 1 (isolasi)

|Views: 327|Likes:
Published by Siti Nur Azizah

More info:

Published by: Siti Nur Azizah on May 22, 2013
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOCX, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

01/17/2015

pdf

text

original

ISOLASI DNA BUAH

Oleh: Nama NIM Kelompok Rombongan Asisten : Siti Nur Azizah : B1J011086 :3 : II : Puspa Dwi

LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS BIOLOGI PURWOKERTO 2013

karena memiliki nukleus dimana terdapat DNA didalamnya. Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimilikimsuatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon. Penemuan teknik dalam memperoleh gen atau disebut dengan teknik molekuler yang mengendalikan suatu karakter sebagai penanda atau marker molekuler. Teknik molekuler bervariasi dalam cara pelaksanaan untuk mendapatkan data.I. . Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas. Dilihat dari organismenya. fasilitas. sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki protein histon. struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon dan berbentuk sirkular. Latar Belakang Dewasa ini perkembangan ilmu pengetahuan dalam ilmu biologi sangat pesat. gugus fosfat dan pasangan basa. sangat membantu efektifitas maupun efisiensi dari pelaksanaan proses seleksi yang akan dilakukan. Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. DNA memiliki struktur pilinan untai ganda yang anti pararel dengan komponen-komponennya. DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. ketersediaan sumber daya manusia. yaitu gula pentosa (deoksiribosa). PENDAHULUAN A. baik tekniknya maupun tingkatan target data yang diinginkan sesuai kemudahan pelaksanaan. baik pada manusia maupun tumbuhan. mitikondria. DNA juga dapat diisolasi. dan kloroplas. DNA manusia dapat diisolasi melalui darah. diantaranya adalah perkembangan teknik biologi molekuler yang memungkinkan diperolehnya suatu marka gen yang mengendalikan karakter target perbaikan dalam program pemuliaan tanaman. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua. dan dana. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon. DNA terdapat pada nukleus. yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu.

dibahas B. Tujuan Praktikum kali ini bertujuan untuk mengisolasi DNA kromosom serta mengetahui prinsip dan proses isolasi DNA kromosom.Pengetahuan tentang DNA dan cara mengisolasinya akan dibahas dengan menggunakan alat dan bahan yang sederhana. .

buah alpukat. Alat-alat yang digunakan adalah kantung plastik. deterjen. Materi Bahan yang digunakan dalam praktikum kali ini adalah buah strawberry. 3. 2. beaker glass. buah pepaya. tabung eppendorf. Tambahkan 1 sendok NaCl dan akuades lalu dihancurkan. 4. Metode 1. tabung falcon. buah naga. Masukkan detergen cair lalu disaring saat dimasukkan ke dalam tabung falcon. Masukkan buah ke dalam kantung plastik. corong plastik. MATERI DAN METODE A. tenderizer. 5. Amati kabut putih yang terbentuk. NaCl (garam dapur). etanol absolut dan akuades. Tambahkan tenderizer secukupnya dan tambahkan etanol absolut sebanyak 2 ml. . pipet plastik. B. kain kasa. buah mangga.II. sarung tangan dan kamera digital.

Hasil Isolasi DNA Buah Pepaya Gambar 2. Kelompok Tabung Eppendorf 1 1 2 3 4 5 Strawberry Alpokat Pepaya Mangga Buah Naga + + + + Tabung Eppendorf II + + _ + + Gambar 1. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil Isolasi DNA Buah Mangga . Hasil Isolasi DNA Buah Kabut Putih No.III. Hasil Tabel 1.

Proses ini membebaskan DNA kromosom. 2011). sehingga didapat DNA murni yang dapat digunakan untuk perkembangan teknik biologi molekuler lainnya sperti vektor kloning (Medina. RNA dan protein yang tersisa dipisahkan. terutama mRNA merupakan materi genetik yang mengkode suatu protein. hewan dan tumbuhan) dilakukan melalui proses penghancuran dinding sel (lysis of cell walls). mRNA eukariot dapat dipisahkan dari DNA dengan menggunakan oligonukleotida dT. Hasil ekstraksi tersebut merupakan tahapan penting untuk langkah berikutnya.B. sehingga saat ini muncul berbagai teknik ekstraksi dan purifikasi DNA. DNA plasmid mempunyai ukuran yang jauh lebih kecil daripada DNA kromosom. membran sel dilisis dengan penambahan detergen (Fatih. isolasi DNA kromosom lebih banyak menyerap . Prinsip dasar ekstraksi DNA adalah serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. maka memerlukan perlakuan yang sedikit berbeda dengan prosedur di atas. DNA + protein + potasium yang mengendap dipisahkan dengan cara sentrifugasi. Ekstraksi DNA dari organisme eukariot (manusia. Akhirnya DNA plasmid dapat dipresipitasi menggunakan etanol. Oleh sebab itu dalam pelaksanaannya harus dilakukan dengan baik dan bebas kontaminasi. DNA kromosom dan protein diendapkan dengan penambahan potasium. RNA. Berbagai teknik ekstraksi DNA telah dikembangkan dari prinsip dasar tersebut. Supernatan yang mengandung DNA plasmid. Jumlah populasi mRNA akan lebih banyak dibanding dengan DNA. Sebagai contoh. DNA plasmid. 2004). penghilangan protein dan RNA (cell digestion) dan pengendapan DNA (precipitation of DNA) dan pemanenan. sehingga DNA plasmid harus di pisahkan dari DNA kromosom. untuk memisahkan DNA plasmid. 2009). Atau RNA total juga dapat diisolasi dari sel dengan menambahkan enzim DNase yang berfungsi untuk mendegradasi DNA (Zubaidah. Pembahasan Isolasi DNA merupakan suatu teknik dalam biologi molekuler yang digunakan untuk memisahkan DNA dengan campurannya. Bedanya. DNA plasmid merupakan wadah yang digunakan untuk kloning gen. RNA. protein dan komponen lain. Kemudian ditambahkan RNase dan protese untuk mendegradasi RNA dan protein. Pertama.

000 rpm atau dengan menggunakan larutan pelisis sel atau buffer. 2. 2012). Kemudian molekul nuleotida (DNA dan RNA) yang telah dipisahkan dibersihkan dari protein yang masih ada dengan menggunakan phenol (Mustahib. pengekstraksian dalam larutan. yaitu: isolasi jaringan. dan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate). memisahkan DNA dari larutan. dan presipitasi. Secara umum. Selain itu. 2012). sentrifugasi dengan kecepatan lebih dari 10. Pelisisan dinding dan membran sel Tahap selanjutnya yaitu melisiskan dinding dan membran sel dengan cara penggerusan (homogenasi). DNA kromosom juga diproduksi didalam sel (Cespedes. Isolasi jaringan Tahap pertama yaitu mengisolasi jaringan yang akan digunakan. Enzim proteinase K dapat digunakan untuk menghancurkan protein. Proses sentrifugasi dengan kecepatan tinggi akan mengendapkan tepung berwarna putih (DNA) dan menempel di dasar tabung ependorf (Mustahib. pelisisan dinding dan membran sel. Pemurnian atau purifikasi DNA dapat dilakukan dengan mencampur larutan DNA tersebut dengan NaCl yang berfungsi memekatkan. 1. Penambahan larutan pelisis sel ini bertujuan untuk melisiskan sel yang tidak mengandung DNA agar sel yang mengandung inti sel dapat . EDTA berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion magnesium (ion ini berfungsi untuk mempertahankan integritas sel maupun mempertahankan aktivitas enzim nuclease yang merusak asam nukleat). Secara kimiawi penghancuran sel dilakukan dengan memanfaatkan senyawa kimia seperti EDTA (Ethylene Diamine Tetra Acetic). purifikasi. Enzim RNAase digunakan untuk menghancurkan RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh. ada 5 tahap untuk melakukan isolasi DNA. dan mengendapkan DNA sewaktu dicampur dengan ethanol. Proses ini sebagian kecil RNA juga dapat dibersihkan. 2010).zat warna daripada isolasi DNA biasa. ada didalamnya. Kotoran akibat lisis sel dipisahkan dengan cara sentrifugasi. Sedangkan choloform digunakan untuk membersihkan sisa-sisa protein dan polisakarida dari larutan. SDS merupakan sejenis deterjen yang berfungsi merusak membrane sel.

Penambahan RNAse berguna untuk menyingkirkan kontaminasi RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh. Tahap presipitasi dilakukan dengan cara meneteskan larutan presipitasi protein dan kemudian divortex yang bertujuan untuk menghomogenkan larutan. Pada larutan tersebut kemudian diberikan RNAse dan diinkubasi selama 10 menit pada suhu 65°C. yaitu presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon. 2005). Hal tersebut bertujuan agar didapat ekstrak. Larutan presipitasi protein terdiri atas amonium asetat yang jika berikatan dengan protein mengakibatkan terbentuknya senyawa baru dengan kelarutan lebih rendah. sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon.diisolasi atau dipisahkan dari komponen-komponen sel lainnya yang tidak berfungsi (Davis. Penambahan etanol. sehingga menyebabkan protein mengendap. 2010). 1994). . Penghancuran jaringa jaringan sampel pada awal proses isolasi DNA. terjadi pelepasan senyawa polifenol dan polisakarida.000 rpm. 4. detergen berfungsi menggantikan senyawasenyawa kimia. yang menyebabkan DNA menjadi terlihat. Presipitasi Tahap terakhir. Larutan tersebut kemudian disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan kecepatan 13. 3. Pengekstrasikan dalam larutan Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang dan kemudian dilakukan ekstraksi di dalam larutan. sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas (Calista. Hal tersebut bertujuan untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur. Purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan hasil ekstrak dari zat-zat lainnya. 5. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar. Penambahan NaCl berfungsi sebagai buffer atau penyeimbang pH. Detergen mengandung sodium dodesil sulfat (SDA) yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membranakan rusak dan melisiskan isi sel (Jamilah.

Menurut Jamilah (2005). maka kadar air pada masing-masing buah berbeda. sementara filtrat berada dibagian dasar tabung karena ethanol memiliki kerapatan yang lebih kecil dibandingkan air (Jamilah. Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi ekstrak sel. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sample buah. penambahan detergen untuk membantu kerja NaCl untuk melisiskan sel. dan pada akhirnya ethanol akan berada di bagian atas tabung. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara. etanol absolut memiliki berat jenis yang ringan. akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda. 2005). DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup yang sangat berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan stuktur protein dan proses metabolisme lain. DNA tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa. Proses peremasan merupakan perlakuan untuk mensederhanakan tekstur dan merusak dinding sel secara mekanis (Jamilah. hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. menyebabkan DNA stabil dan bias disimpan untuk keperluan yang lain misalnya untuk keperluan elektroforesis.larutan akan tampak terbalik untuk beberapa saat. memisahkan DNA dari bahan lain. penambahan alkohol 96% atau etanol absolut atau bisa juga dengan isopropanol untuk pemurnian DNA. dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. selain itu juga etanol absolut dapat mengikat air dan memiliki suhu yang rendah. mengubah larutan dari isotonis menjadi hipertonis. 2005). penyaringan untuk memisahkan serat buah dan DNA. penambahan akuades sebagai pengencer atau pelarut. penambahan Tenderizer untuk menghidrolisis atau menghancurkan protein. supaya DNA tidak rusak. selain itu juga sebagai pelarut lemak. dapat memberi hasil yang . pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. tidak melarutkan DNA yang dapat menyebabakan DNA melayang. basa nitrogen. Tujuan setiap tahapan isolasi DNA buah yang pertama adalah penghancuran buah secara mekanik dengan cara di remas-remas bertujuan untuk perusakan dinding sel selanjutnya penambahan NaCl 1 sendok bertujuan sebagai buffer.

menghambat aktivitas nuklease. Pemberian garam (NaCl) bertujuan untuk presipitasi alkohol. sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit. mendenaturasi protein. Semakin tinggi kadar air. dalam penelitiannya. DNA diekstraksi dari sampel dari 60 genotipe mangga. termasuk muda. tiga jenis DNA tanaman protokol ekstraksi dipelajari dan target adalah mendirikan eter jenuh air (WSE) dengan metode 1. tua. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik. 2005).28 ug / uL.berbeda-beda pula. dan deterjen Sodium Dodesil Sulfat (SDS) untuk merusak membran sel. maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit. Metode ini melibatkan yang CTAB yang dimodifikasi atau prosedur SDS menggunakan langkah pemurnian untuk menghilangkan polisakarida menggunakan metode WSE. Pemberian fenol untuk pendenaturasi protein sedangkan rasio pemberian fenol dan kloroform (1:1) yang berfungsi deproteinasi supaya lebih efektif. daun buram tua tua dan layu. menurunkan jumlah material yang ikut . Menurut Majumder (2011). Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membran sel.44%) pada DNA content genotipe mangga. melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa “lipid proteindeterjen kompleks”. sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia. ditemukan bahwa Metode WSE dengan NaCl memiliki nilai tertinggi dari persentase rata-rata (85. pelet menjadi mudah dilarutkan dalam buffer TE. DNA cocok untuk analisis PCR dan RAPD dan penyimpanan jangka panjang untuk digunakan lebih lanjut.25 M NaCl sebagai yang paling efisien protokol untuk menghapus polisakarida yang sangat terkonsentrasi dari DNA genomik tanaman buah berkayu. Setelah dicuci dengan etil alkohol 70%.05 ug / uL to11. demikian juga dengan deterjen. Dengan menggunakan tiga metode. Dibandingkan dengan tiga protokol DNA dipelajari ekstraksi mangga. rata-rata menghasilkan DNA berkisar antara 5. Pemberian isoamil alkohol saat memisahkan natan dengan supernatan lebih kepada membantu penisahan fase. dewasa. (Jamilah. pengendapan dengan volume yang sama isopropanol menyebabkan pelet DNA terbentuk. Menurut Wane (2011) penggunaan kemikalia seperti garam dan fenol memiliki tujuan dan fungsi yang berbeda pada isolasi DNA.

Ekstrak tadi membentuk EtOH yang akan terpisah menjadi aseton dan etil-asetat. 4 dan 5 terlihat adanya kabut setelah diisolasi. Langkah pertama yaitu potongan buah naga dimasukkan kedalam plastik dan diremas-remas. . Isolasi DNA pada tanaman berkayu lebih sulit dilakukan karena tanaman berkayu mengandung polisakarida. 2009). polifenol. Menurut Cespedes et al (2009) dalam melakukan isolasi dengan bahan buah. Kelompok menggunakan buah papaya sebagai sumber DNA untuk diisolasi. 2010). kemudian dari penyaringan tadi ditambahkan alkohol 96% kemudian. Isolasi DNA juga dapat diaplikasikan pada DNA tanaman. Pada tahapan presipitasi.terkontaminan dalam fase cair dan interfase serta membantu menurunkan busa. dan hal ini dapat mempersulit pemurnian DNA tumbuhan berkayu itu sendiri (Sahasrabudhe. Kabut diduga mengandung DNA setelah dielektroforesis. fungsi fenol ialah dapat memutus urutan reaksi metabolisme dan fenol sendiri merupakan senyawa aktif yang berada di alam (Wahyuni. Penggunaan etanol biasanya dilakukan pada isolasi buah yang mengandung antioksidan. dan metabolit lain yang dapat menghambat isolasi DNA. buah harus dipisahkan antara daging buah dan bijinya. Fungsi tenderizer (pengempuk daging hewan) dalam isolasi buah atau bagian lain dari tumbuhan juga memiliki fungsi yang sama untuk mengempukkan buah sehingga lebih mudah didapatkan ekstrak buahnya. dagingnya dihancurkan dan diekstraksi dengan menggunakan etanol (dengan penambahan 0. Antioksidan dalam konsentrasi rendah akan mudah teroksidasi oleh senyawa ROS maupun fenol. Jadi. 2. ditambahkan akuades agar hancur lebih mudah kemudian ditambahkan l dan 15 sendok NaCl dan ditambahkan deterjen.1% HCl). Analisis genetik pada tanaman membutuhkan DNA sampel yang benar-benar murni. disaring dan ditambah tenderizer. tanin. Hasilnya tidak terlihat adanya kabut putih yang kemudian dimasukkan kedalam tabung eppendorf. alkaloid. etanol dapat menggumpal dengan polisakarida. Kelompok 1. diambil 2 ml untuk dimasukkan kedalam tabung eppendorf.

KESIMPULAN DAN SARAN A. Saran Praktikum isolasi DNA. alangkah baiknya mengisolasi DNA dari jaringan hewan. 2. Buah yang memiliki kadar air rendah menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik daripada buah yang kadar airnya tinggi. pengekstraksian dalam larutan. Kesimpulan 1. yaitu isolasi jaringan. strawberry dan buah naga. pelisisan dinding dan membran sel. dan presipitasi. B.IV. Isolasi DNA kromosom prinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari komponen-komponen sel lain. mangga. Bawang bombay menunjukkan kualitas DNA terbaik selanjutnya berturut-turut buah alpukat. purifikasi. Ada 5 (lima) tahapan untuk melakukan isolasi DNA. hendaknya tidak hanya memakai preparat buahbuahan. .

J. Medina. 2nd ed. No.M. Distribusi dan Upaya Eliminasi Bakteri Penyebab CVPD (Citrus Vein Phloem).G. M. . Malang. O.P. dan Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah. 1. Fatih. Mustahib. 10.html.15:872– 882. 1994.blogsome. Identifikasi. 2010. Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya. Zubaidah. 2012. C. Lopez.D. et. C. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. M. 2009: 61 – 67. Aristotelia chilensis (Mol) Stuntz (Elaeocarpaceae). Phytochemical profile and the antioxidant activity of Chilean wild black berry fruits. 2011. J.student.L. Kuehl. Basic methods: Molecular biology. Norwol.V. Inflamm Bowel Dis 2009.pdf.. M. Davis. Isolasi DNA plasmid. Cespedes.E.com/2012/02/11/isolasi-dna-metode-kitchenpreparation/. Teknik isolasi genom tanaman pepaya dan jeruk dengan menggunakan modifikasi buher CTAB. Pengertian DNA dan Isolasi DNA kromosom. Isolasi RNA Available on http://wanenoor. Appleton & Lange. Asian Network for Scientific Information Wahyuni. Isolasi DNA metode “Kitchen Preparation”. Siti. Vol. Diakses tanggal 20 Mei 2013. Battey.umm.ac. Diakses tanggal 20 Mei 2013. Malang. Pengaruh Berbagai Macam Detergen. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi.DAFTAR REFERENSI Calista.. Available on http:// biologi. Penambahan Enzim. Jamilah.id/download-aspdf/umm_blog_article_57. Avila. http://carladc. Molecular Diversity of Escherichia coli in the Human Gut: New Ecological Evidence Supporting the Role of Adherent-Invasive E. 2005. Alacron. 2004. Hafidi. M. International Journal of Botani 6 (3): 293-298. 2009. Sahasrabudhe.blogspot. Wane. Moralea. Dwi A. & J. Diakses pada tanggal 20 Mei 2013. al. 2010. 2011. Universitas Negeri Malang.com/2011/06/ pengertian-dna-dan-isolasi-dna-kromosom. 2009. L. coli (AIEC) in Crohn’s Disease. 2010. Variasi Genetik. Standardization of DNA Extraction and Optimization of RAPD-PCR Conditions in Garcinia indica. Mukhlissul. Food Chemistry 119 (2010) 886–895.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->