TRANSKRIPSI

TRANSKRIPSI

Transkripsi (dari bahasa Inggris: transcription) adalah proses penyalinan kode-kode genetika yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Transkripsi adalah bagian dari rangkaian ekspresi genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida pada salah satu untaian molekul DNA digunakan sebagai cetakan untuk sintesis molekul RNA yang komplementer. Molekul RNA yang disintesis dalam proses transkripsi pada garis besarnya dapat dibedakan menjadi 3 kelompok molekul RNA, yaitu : mRNA (messenger RNA), tRNA(transfer RNA), dan rRNA (ribosomal RNA).

Proses
Transkripsi berlangsung di dalam inti sel (nukleus) atau di dalam matriks pada mitokondria dan plastida. Proses transkripsi adalah proses sintesa RNA dari template DNA, bedanya basa RNA adalah Urasil (U) sebagai gantinya timin (T). Jadi bila dalam untai DNA A maka hasil transkripsinya adalah U dan bila pada DNA T, maka pada RNA menjadi A, bila pada DNA C maka hasil transkripsi pada RNA adalah G dan sebaliknya. Contoh untai DNA AAACCGGCAAAA maka untai molekul RNA hasil transkripsi adalah RNA UUUGGCCGUUUURNA adalah untai tunggal, komplementernya DNA. RNA adalah pembawa pesan DNA urutan basa pada RNA dibaca tiga-tiga disebut kodon, mendiktekan jenis asam amino yang dikode pada tahap translasi. Jadi informasi genetik ditulis sebagai kodon dan ditranslasikan ke dalam rangkaian (urutan) asam aminoEnzim untuk mentranskripsi DNA menjadi RNA disebut RNA polymerase. Proses transkripsi dimulai ketika enzim RNA polimerase berkontak dengan protein pada DNA yang disebut promotor. Setelah tahap transkripsi dimulai dari proses yang disebut inisiasi, yaitu ketika enzim RNA polimerase bergabung dengan promotor.Pada tiap gen, promotor hanya mengkode untuk mentranskripsi satu untai DNA saja. Bagian yang ditranskripsi berbeda antara satu gen dengan gen lainnya. Tahap transkripsi berikutnya adalah pemanjangan RNA, RNA terpisah atau menjauh dari DNA templatenya, sehingga kedua untai DNA dapat bergabung lagi, dilanjutkan dengan tahap ketiga.Tahap ketiga transkripsi adalah terminasi, yaitu ketika RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut terminator. Proses transkripsi menghasilkan tiga jenis RNA, yaitu yang pertama adalah RNA yang mengkode urutan asam amino, disebut RNA pembawa atau mesenger disingkat mRNA, dan dua jenis RNA, yaitu transfer RNA disingkat tRNA sebagai molekul penerjemah dan ribosom disingkat rRNA yang menyediakan diri sebagai tempat atau pabrik pembuat protein, semuanya berperanan dalam proses translasi.mRNA yang dihasilkan bukan hanya untai dari informasi genetik dari DNA, tetapi masing-masing ujungnya diperpanjang dengan untai selain berita genetik pada proses transkripsi yang diperlukan untuk proses translasi nantinya.Berita genetik ditranslasi dalam sitoplasma. Pada prokariot semua transkripsi dan translasi terjadi dalam sitoplasma.

tetapi identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA strand/nontemplate strand). karena struktur T digantikan oleh U (uracil). Selanjutnya. Pelepasan subunit σ biasanya terjadi setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 89 nukleotida. subunit σ melepaskan diri dari struktur holoenzim. RNA polimerase inti yang sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat pada DNA sehingga tidak lepas. hanya salah satu untaian DNA yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Hal ini dapat digambarkan dengan skema sederhana berikut ini: 5’-ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT -3’ Untaian DNA pengkode 3’-TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA -5’ Untaian DNA cetakan Transkripsi 5’-AUG GUC CUU UAC UUG UCU GUA UUU -3’ RNA hasil transkripsi Perlu diingat bahwa pada struktur RNA tidak ada nukleotida T (thymine). subunit σ berperan dalam menemukan bagian promoter suatu gen sehingga RNA polimerase dapat menempel. sedangkan pada basa U tidak ada gugus metil. Selanjutnya. Urutan nukleotida pada transkrip RNA bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan (DNA template). Dalam proses penempelan promoter tersebut. Pada prokaryot. Diduga.000 pasangan basa per detik. (2) pembentukan kompleks promoter terbuka. proses pengenalan suatu promoter oleh RNA polimerase diawali dengan penempelan enzim tersebut secara tidak spesifik pada molekul DNA. RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain. Subunit σ tersebut selanjutnya dapat . Secara umum proses transkripsi pada prokaryot berjalan serupa dengan transkripsi pada eukaryot. dan (4) perubahan konfirmasi RNA polimerase karena subunit σ dilepaskan dari kompleks holoenzim. RNA polimerase masih belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan tertutup (closed promoter complex). Struktur khas tersebut berupa suatu kelompok ikatan hydrogen anatara kedua untaian DNA pada posisi -35 dan -10. pada awal penempelan. Nukleotida T dan U mempunyai cincin yang serupa yaitu cincin pirimidin. Inisiasi Transkripsi Tahapan proses inisiasi transkripsi meliputi 4 langkah yaitu: (1) pembentukan kompleks promoter tertutup. meskipun ada beberapa rincian proses yang berbeda antara kedua system tersebut. Pada prokaryot. Dalam proses transkripsi. (3) penggabungan beberapa nukleotida awal (sekiatar 10 nukleotida). tetapi pada basa T ada gugus metil (CH3) pada atom C nomor 5. transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian promoter suatu gen. Setelah RNA polimerase menempel pada promoter.MEKANISME TRANSKRIPSI PADA PROKARYOT Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang terdapat pada molekul DNA. RNA polimerase akan terikat secara kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka (membentuk struktur open promoter complex). Ikatan ini sangat penting dalam proses transkripsi selesai. kecepatan suatu polimerase dalam menemukan promoter diperkirakan mencapai 1. RNA polimerase akan mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter.

maka basa RNA yang digabungkan adalah UAC. Dalam pemanjangan transkrip. pada awalnya basa-basa RNA yang digabungkan membentuk ikatan hidrogen dengan basa DNA cetakan. suatu gen yang mengkode protein akan disalin menjadi RNA dalam waktu sekitar satu menit. basa-basa molekul RNA membentuk hibrid dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida. Hibrid RNA-DNA ini bersifat sementara sebab setelah RNA polimerasenya berjalan. RNA polimerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan proses pemanjangan (elogation) untaian RNA. Dalam proses transkripsi. Secara umum. Setelah proses inisiasi transkripsi terjadi. Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA sekitar anatara 30 samapai 60 nukleotida perdetik. dan 2% diawali dengan U. Kepekaan atau ketahanan terhadap streptoligin juga ditentukan oleh subunit β pada RNA polimerase. Proses inisiasi transkripsi merupakan prose yang menentukan laju transkrpisi. Setelah struktur promoter terbuka secara stabil. meskipun laju rata-ratanya dapat lebih rendah dari nilai ini. Bagian DNA yang berkaitan dengan RNA polimerase membentuk suatu struktur gelembung transkripsi (transcription bubble) sepanjang kurang lebih 17 pasang basa. nukleotida RNA digabungkan sehingga membentuk transkrip RNA.1 nekleotida perdetik) jika RNA polimerase melewati sisi jeda (pause site) yang biasanya mengandung banyak basa GC.digunakan lagi dalam proses inisiasi transkripsi selanjutnya. Meskipun demikian.siklus subunit σ tersebut pertama kali diungkapkan oleh Travers dan Burgess pada tahun 1969. transkripsi kemudian berjalan kembali. selanjutnya subunit σ terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan oleh enzim inti RNA polimerase yang lain. Jika ke dalam sistem tersebut dimasukkan RNA polimerase inti yang baru maka. nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3’ molekul RNA yang baru terbentuk. 42% diawali dengan G. Penelitian yang dilakukan oleh Alfred Heil dan Walter Zilig pada tahun 1970 membuktikan bahwa subunit RNA polimerase yang menentukan kepekaan atau ketahanan terhadap antibiotik rifampisin adalah subunit β. Inisiasi transkripsi dapat dihambat oleh pemberian antibiotic rifampisin. Nukleotida RNA yang ditambah tersebut bersifat . maka RNA polimerase inti tidak terlepas dari DNA cetakan pada ujung suatu gen. Bagian DNA yang terbuka setelah RNA polimerase menempel biasanya terjadi pada daerah sekitar -9 sampai +3 sehingga menjadi struktur untai tunggal. Nukleotida pertama yang digabungkan hampir selalu berupa molekul purin. Kajian pada 88 promoter menunjukkan bahwa 51% molekul RNA diawali dengan basa A. maka hibrid tersebut akan terlepas dan bagian DNA yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. Hal ini menyebabkan inisiasi transkrisi berhenti. laju pemanjangan transkrip dapat menjadi sangat rendah (sekitar 0. Mereka menunjukan bahwa jika transkripsi berlangsung pada kekuatan ionic yang rendah. Subunit σ mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak mempercepat laju pertambahan untaian RNA. tetapi antibiotic ini tidak menghambat proses pemajangan transkrip. maka selanjutnya RNA polimerase melakukan proses inisiasi transkripsi dengan menggunakan urutan DNA cetakan sebagai panduannya. berdasarkan atas nilai laju semacam ini. Proses pemanjangan transkrip dapat dihambat oleh antibiotic streptoligin. sehingga jika urutan DNA cetakan adalah ATG. 5% diawali dengan C. Keadaan ini menunjukkan bahwa RNA polimerase inti yang baru tersebut kemudian bergabung dengan subunit σ yang sebelumnya telah dilepaskan dari enzim RNA polimerase inti lainnya. Proses Pemanjangan Transkrip Pada bagian gelembung transkripsi.

Pengakhiran transkripsi yang memerlukan faktor rho hanya terjadi pada daerah jeda yang terletak pada jarak tertentu dari promoter. melainkan ditentukan oleh adanya suatu urutan nukleotida tertentu pada bagian terminator. Bagian sisa hibrid RNA-DNA tersebut berupa urutan oligo (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan dengan dA. Dalam proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan mengenai perubahan topologi DNA. Pada waktu lengkungan RNA terbentuk. Faktor rho diduga ikut teriakat pada transkip dan . dan (2) terminator yang tergantung pada protein rho(rho-independent terminator). coli ada dua macam terminator yaitu: (1) terminator yang tidak tergantung pada protein rho (rho-dependent terminator). jika nukleotida pada DNA cetakan adalah A. Sinyal yang akan mengakhiri transkripsi dengan mekanisme semacam ini ditentukan oleh daerah yang mengandung banyak urutan GC yang dapat membentuk struktur batang dan lengkung (stem-and-loop) pada RNA dengan panjang sekitar 20 basa di sebelah hulu dari ujung 3’ –OH dan diikuti oleh rangkaian 4-8 residu uridin berurutan. Eksperimen yang dilakukan oleh Peggy Farnham dan Terry Platt menunjukkan bahwa pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan factor rho mempunyai 2 ciri utama. terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida berikutnya. Akibatnya ujung 3’ hibrid tersebut akan terlepas sehingga transkripsi berakhir. Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalananya. Struktur batang lengkung tersebut menyebabkan RNA polimerase berhenti dan merusak bagian 5’ dari hibrid RNA-DNA. maka daerah itu tidak dapat berfungsi sebagai daerah pengakhiran transkripsi. Transkripsi akan berakir pada saat RNA polimerase mencapai ujung gen yang disebut terminator.komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan. Dalam proses pemanjangan transkrip RNA. tetapi untaian RNA hasil transkripnya akan melintir sepanjang untaian DNA. dan (2) adanya rangkaian basa T pada untaian DNA bukan cetakan (nontemplate strand) sehingga membentuk pasangan basa yang lemah antara rU-dA yang menahan transkrip RNA pada untaian DNA cetakan. Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut ditentukan oleh keberadaan subunit β pada RNA polimerase. hipotesis kedua menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak lurus sepanjang untaian DNA sehingga RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran. Dengan demikian jika ada daerah jeda yang terletak di dekat promoter. tetapi untaian DNA yang ditranskripsi harus mengalami puntiran. Dengan cara demikian maka dapat dihindari terjadinya pelintiran pada stuktur DNA. Sebaliknya. yaitu. Pengakhiran Transkripsi yang Tidak Tidak Tergantung pada Faktor Rho Pengakhiran terminasi yang tidak tergantung pada rho dilakukan tanpa harus melibatkan suatu protein khusus. tetapi tidak ada rangkaian basa T seperti pada daerah terminator yang tidak melibatkan faktor rho. Pada bakteri E. maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U. demikian juga pada proses inisiasi sintesis RNA. Untaian DNA yang ada di depan RNA polymerase akan membuka sedangkan DNA yang berada di belakangnya akan memutir kembali untuk menutup. Sebagai contoh. Pengakhiran Transkripsi yang Tergantung pada Faktor Rho Mekanisme pengakhiran transkripsi semacam ini memerlukan protein ρ (rho). Terminator yang tergantung pada rho terdiri atas suatu urutan berulang-balik yang dapat membentuk lengkungan (loop). maka RNA polimerase berhenti dan ikatan basa yang lemah menyebabkan RNA yang baru terbentuk akan lepas. (1) adanya rangkaian basa berulang-balik (inverted repeat) yang dapat membentuk lengkungan.

MEKANISME TRANSKRIPSI PADA EUKARIOTIK Secara umum mekanisme pada eukariotik serupa dengan yang terjdi pada prokariotik. Proses transkripsi pada eukaryot Proses transkripsi secara umum Perbedaan Transkripsi Pada Prokariot Dan Transkripsi Pada Eukariot Transkripsi Pada Prokariot 1. Pengaturan transkripsi yang lebih spesifik dilakukan oleh faktor transkripsi yang khusus untuk suatu gen. Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian struktural yg berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Transkripsi dimulai pada titik awal transkripsi (RNA initiation site. yaitu (1) faktor transkripsi umum. Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir (downstream) dari promoter. Faktor transkripsi umum mengarahkan polimerase ke promoter. Selanjutnya. Penempelan RNA polimerase pada promoter oleh faktor transkkripsi umum hanya menghasilkan transkripsi pada dasar (basal level). gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali (promoter). yaitu 1) terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan 2) diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent. Faktor transkripsi dibedakan menjadi dua kelompok. Fungsi terminator adalah memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar menghentikan proses transkripsi. . bagian struktural dan terminator. gen kelas II. Proses terminasi transkripsi pd prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas. Meskipun demikian. Promoter pd prokariot juga terdiri atas operator. faktor rho menyebabkan destabilitasasi ikatan RNA-DNA sehingga transkrip RNA terlepas dari DNA cetakan. Setelah faktorfaktor transkripsi yang umum dan polimerase menempel pada promoter. dan (2) faktor transkripsi yang khusus suatu gen. proses penempelan tersebut sangat vital bagi keberlangsungan proses transkripsi. dan gen kelas III yang masing-masing dikatalisis oleh RNA polimerase dan faktor transkripsi yang berbeda. Pada eukariotik terdapat tiga kelas gen. Bagian inilah yg mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik) yg akan ditranskripsi. RIS) yang terletak beberapa nukleotida sebelum urutan kodon awal ATG. selanjutnya akan terjadi pembentukan kompleks promoter terbuka (open promoter complex). yaitu gen kelas I. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pada daerah promoter. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan dlm mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5’.mengikuti pergerakan RNA polimerase sampai akhirnya RNA polimerase berhenti pada daerah terminator yaitu sesaat setelah menyintesis lengkungan RNA. Pada prokariot.

namun yang berperanan sebagai cetakan. 4. Misal : urutan ATG pada DNA.8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA polimerase I). Pada prokariot. Dengan demikian. Jadi. operon lac menghasilkan satu mRNA yg membawa kode-kode genetik untuk 3 macam polipeptida yg berbeda : mRNA polisistronik. masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yg sama. Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer promoter) dan promoter utama. proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak. 5. Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yg mengkode 18SrRNA. Contoh : operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri Escherichia coli). hanya salah satu untaiannya 8. 7. Gen kelas II : meliputi semua gen yg mengkode protein dan bbrp RNA berukuran kecil yg terdpt di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase II). translasi sudah dpt dimulai. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Jadi. maka hasil transkripsinya adalah UAC. Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu sekuens pemulai (initiator) yg terletak pd daerah inisiasi transkripsi.2. 2) pemanjangan 3) terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho) Transkripsi pada eukariot 1. Molekul DNA yg ditranskripsi adalah untai ganda. RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan eukariot) 6. Pada prokariot. Ciri utama gen struktural pd prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. elemen hilir (downstream) yg terletak disebelah hilir dari titik awal transkripsi. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan cetakannya. Saat ditranskripsi. Adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen struktural. artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan. artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan berulang . Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi: 1) inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi). pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu. 5S rRNA dan bbrp RNA kecil yg ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase III). kotak TATA dan suatu elemen hulu (upstream) Gen kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode tRNA. 28SrRNA dan 5. 3. jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang berurutan.

yg disebut sebagai fase pasca-transkripsi. Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA dan 4). 4. TFIIJ. Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak mengkode urutan spesifik (intron). yg disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF). Pada gen struktural eukariot. 5. proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak. sedangkan translasi berlangsung di dlm sitoplasma (ribosom). About these ads . TF dibedakan 2. Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing). TFIID. Pada fase ini. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pd daerah promoter. Dengan demikian. TFIIF. TFIIH. melainkan melalui perantaraan protein-protein lain. ada jeda waktu antara transkripsi dengan translasi. Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen struktural. Penyuntingan mRNA 7. 3). Pada eukariot. 6. TFIIB. terjadi proses : 1). Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada prokariot. RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter. keberadaan intron merupakan hal yang sering dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron. Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’mRNA). TFIIE. 3.2. Transkripsi berlangsung di dalam nukleus . Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu macam rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida). TF umum dalam mengarahkan RNA polimerase II ke promoter adalah TFIIA. yaitu : (1) TF umum dan (2) TF yg khusus untuk suatu gen. 2).