P. 1
TRANSKRIPSI

TRANSKRIPSI

|Views: 19|Likes:
Published by Nurul Rahma Dhana

More info:

Published by: Nurul Rahma Dhana on Jun 13, 2013
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOC, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

11/07/2013

pdf

text

original

TRANSKRIPSI

TRANSKRIPSI

Transkripsi (dari bahasa Inggris: transcription) adalah proses penyalinan kode-kode genetika yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Transkripsi adalah bagian dari rangkaian ekspresi genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida pada salah satu untaian molekul DNA digunakan sebagai cetakan untuk sintesis molekul RNA yang komplementer. Molekul RNA yang disintesis dalam proses transkripsi pada garis besarnya dapat dibedakan menjadi 3 kelompok molekul RNA, yaitu : mRNA (messenger RNA), tRNA(transfer RNA), dan rRNA (ribosomal RNA).

Proses
Transkripsi berlangsung di dalam inti sel (nukleus) atau di dalam matriks pada mitokondria dan plastida. Proses transkripsi adalah proses sintesa RNA dari template DNA, bedanya basa RNA adalah Urasil (U) sebagai gantinya timin (T). Jadi bila dalam untai DNA A maka hasil transkripsinya adalah U dan bila pada DNA T, maka pada RNA menjadi A, bila pada DNA C maka hasil transkripsi pada RNA adalah G dan sebaliknya. Contoh untai DNA AAACCGGCAAAA maka untai molekul RNA hasil transkripsi adalah RNA UUUGGCCGUUUURNA adalah untai tunggal, komplementernya DNA. RNA adalah pembawa pesan DNA urutan basa pada RNA dibaca tiga-tiga disebut kodon, mendiktekan jenis asam amino yang dikode pada tahap translasi. Jadi informasi genetik ditulis sebagai kodon dan ditranslasikan ke dalam rangkaian (urutan) asam aminoEnzim untuk mentranskripsi DNA menjadi RNA disebut RNA polymerase. Proses transkripsi dimulai ketika enzim RNA polimerase berkontak dengan protein pada DNA yang disebut promotor. Setelah tahap transkripsi dimulai dari proses yang disebut inisiasi, yaitu ketika enzim RNA polimerase bergabung dengan promotor.Pada tiap gen, promotor hanya mengkode untuk mentranskripsi satu untai DNA saja. Bagian yang ditranskripsi berbeda antara satu gen dengan gen lainnya. Tahap transkripsi berikutnya adalah pemanjangan RNA, RNA terpisah atau menjauh dari DNA templatenya, sehingga kedua untai DNA dapat bergabung lagi, dilanjutkan dengan tahap ketiga.Tahap ketiga transkripsi adalah terminasi, yaitu ketika RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut terminator. Proses transkripsi menghasilkan tiga jenis RNA, yaitu yang pertama adalah RNA yang mengkode urutan asam amino, disebut RNA pembawa atau mesenger disingkat mRNA, dan dua jenis RNA, yaitu transfer RNA disingkat tRNA sebagai molekul penerjemah dan ribosom disingkat rRNA yang menyediakan diri sebagai tempat atau pabrik pembuat protein, semuanya berperanan dalam proses translasi.mRNA yang dihasilkan bukan hanya untai dari informasi genetik dari DNA, tetapi masing-masing ujungnya diperpanjang dengan untai selain berita genetik pada proses transkripsi yang diperlukan untuk proses translasi nantinya.Berita genetik ditranslasi dalam sitoplasma. Pada prokariot semua transkripsi dan translasi terjadi dalam sitoplasma.

dan (4) perubahan konfirmasi RNA polimerase karena subunit σ dilepaskan dari kompleks holoenzim. RNA polimerase akan terikat secara kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka (membentuk struktur open promoter complex). Selanjutnya. karena struktur T digantikan oleh U (uracil). Struktur khas tersebut berupa suatu kelompok ikatan hydrogen anatara kedua untaian DNA pada posisi -35 dan -10. Setelah RNA polimerase menempel pada promoter. (2) pembentukan kompleks promoter terbuka. Subunit σ tersebut selanjutnya dapat . RNA polimerase inti yang sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat pada DNA sehingga tidak lepas. subunit σ melepaskan diri dari struktur holoenzim. Urutan nukleotida pada transkrip RNA bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan (DNA template). subunit σ berperan dalam menemukan bagian promoter suatu gen sehingga RNA polimerase dapat menempel. (3) penggabungan beberapa nukleotida awal (sekiatar 10 nukleotida). proses pengenalan suatu promoter oleh RNA polimerase diawali dengan penempelan enzim tersebut secara tidak spesifik pada molekul DNA. Selanjutnya. tetapi identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA strand/nontemplate strand). Secara umum proses transkripsi pada prokaryot berjalan serupa dengan transkripsi pada eukaryot.MEKANISME TRANSKRIPSI PADA PROKARYOT Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang terdapat pada molekul DNA.000 pasangan basa per detik. Inisiasi Transkripsi Tahapan proses inisiasi transkripsi meliputi 4 langkah yaitu: (1) pembentukan kompleks promoter tertutup. Pelepasan subunit σ biasanya terjadi setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 89 nukleotida. Dalam proses penempelan promoter tersebut. RNA polimerase akan mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter. pada awal penempelan. RNA polimerase masih belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan tertutup (closed promoter complex). tetapi pada basa T ada gugus metil (CH3) pada atom C nomor 5. sedangkan pada basa U tidak ada gugus metil. Diduga. Ikatan ini sangat penting dalam proses transkripsi selesai. hanya salah satu untaian DNA yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkip RNA). meskipun ada beberapa rincian proses yang berbeda antara kedua system tersebut. Nukleotida T dan U mempunyai cincin yang serupa yaitu cincin pirimidin. kecepatan suatu polimerase dalam menemukan promoter diperkirakan mencapai 1. Pada prokaryot. RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain. transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian promoter suatu gen. Dalam proses transkripsi. Hal ini dapat digambarkan dengan skema sederhana berikut ini: 5’-ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT -3’ Untaian DNA pengkode 3’-TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA -5’ Untaian DNA cetakan Transkripsi 5’-AUG GUC CUU UAC UUG UCU GUA UUU -3’ RNA hasil transkripsi Perlu diingat bahwa pada struktur RNA tidak ada nukleotida T (thymine). Pada prokaryot.

Subunit σ mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak mempercepat laju pertambahan untaian RNA. Proses inisiasi transkripsi merupakan prose yang menentukan laju transkrpisi.digunakan lagi dalam proses inisiasi transkripsi selanjutnya. Jika ke dalam sistem tersebut dimasukkan RNA polimerase inti yang baru maka. Proses pemanjangan transkrip dapat dihambat oleh antibiotic streptoligin. Dalam proses transkripsi. Secara umum. Hal ini menyebabkan inisiasi transkrisi berhenti. RNA polimerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan proses pemanjangan (elogation) untaian RNA. maka RNA polimerase inti tidak terlepas dari DNA cetakan pada ujung suatu gen. nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3’ molekul RNA yang baru terbentuk. meskipun laju rata-ratanya dapat lebih rendah dari nilai ini. Proses Pemanjangan Transkrip Pada bagian gelembung transkripsi. sehingga jika urutan DNA cetakan adalah ATG. Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA sekitar anatara 30 samapai 60 nukleotida perdetik. maka basa RNA yang digabungkan adalah UAC. Mereka menunjukan bahwa jika transkripsi berlangsung pada kekuatan ionic yang rendah. Meskipun demikian. Bagian DNA yang berkaitan dengan RNA polimerase membentuk suatu struktur gelembung transkripsi (transcription bubble) sepanjang kurang lebih 17 pasang basa. Bagian DNA yang terbuka setelah RNA polimerase menempel biasanya terjadi pada daerah sekitar -9 sampai +3 sehingga menjadi struktur untai tunggal. basa-basa molekul RNA membentuk hibrid dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida. nukleotida RNA digabungkan sehingga membentuk transkrip RNA. selanjutnya subunit σ terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan oleh enzim inti RNA polimerase yang lain. Keadaan ini menunjukkan bahwa RNA polimerase inti yang baru tersebut kemudian bergabung dengan subunit σ yang sebelumnya telah dilepaskan dari enzim RNA polimerase inti lainnya. Hibrid RNA-DNA ini bersifat sementara sebab setelah RNA polimerasenya berjalan. Penelitian yang dilakukan oleh Alfred Heil dan Walter Zilig pada tahun 1970 membuktikan bahwa subunit RNA polimerase yang menentukan kepekaan atau ketahanan terhadap antibiotik rifampisin adalah subunit β. tetapi antibiotic ini tidak menghambat proses pemajangan transkrip. transkripsi kemudian berjalan kembali. dan 2% diawali dengan U. Inisiasi transkripsi dapat dihambat oleh pemberian antibiotic rifampisin. maka selanjutnya RNA polimerase melakukan proses inisiasi transkripsi dengan menggunakan urutan DNA cetakan sebagai panduannya. Kajian pada 88 promoter menunjukkan bahwa 51% molekul RNA diawali dengan basa A. berdasarkan atas nilai laju semacam ini.siklus subunit σ tersebut pertama kali diungkapkan oleh Travers dan Burgess pada tahun 1969.1 nekleotida perdetik) jika RNA polimerase melewati sisi jeda (pause site) yang biasanya mengandung banyak basa GC. pada awalnya basa-basa RNA yang digabungkan membentuk ikatan hidrogen dengan basa DNA cetakan. Dalam pemanjangan transkrip. maka hibrid tersebut akan terlepas dan bagian DNA yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. Nukleotida RNA yang ditambah tersebut bersifat . laju pemanjangan transkrip dapat menjadi sangat rendah (sekitar 0. 5% diawali dengan C. suatu gen yang mengkode protein akan disalin menjadi RNA dalam waktu sekitar satu menit. Setelah struktur promoter terbuka secara stabil. 42% diawali dengan G. Setelah proses inisiasi transkripsi terjadi. Kepekaan atau ketahanan terhadap streptoligin juga ditentukan oleh subunit β pada RNA polimerase. Nukleotida pertama yang digabungkan hampir selalu berupa molekul purin.

Sebaliknya. tetapi untaian RNA hasil transkripnya akan melintir sepanjang untaian DNA. Akibatnya ujung 3’ hibrid tersebut akan terlepas sehingga transkripsi berakhir. melainkan ditentukan oleh adanya suatu urutan nukleotida tertentu pada bagian terminator. yaitu. Dalam proses pemanjangan transkrip RNA. Dengan demikian jika ada daerah jeda yang terletak di dekat promoter.komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan. Terminator yang tergantung pada rho terdiri atas suatu urutan berulang-balik yang dapat membentuk lengkungan (loop). terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida berikutnya. Pada waktu lengkungan RNA terbentuk. tetapi tidak ada rangkaian basa T seperti pada daerah terminator yang tidak melibatkan faktor rho. Pengakhiran transkripsi yang memerlukan faktor rho hanya terjadi pada daerah jeda yang terletak pada jarak tertentu dari promoter. Eksperimen yang dilakukan oleh Peggy Farnham dan Terry Platt menunjukkan bahwa pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan factor rho mempunyai 2 ciri utama. (1) adanya rangkaian basa berulang-balik (inverted repeat) yang dapat membentuk lengkungan. dan (2) terminator yang tergantung pada protein rho(rho-independent terminator). tetapi untaian DNA yang ditranskripsi harus mengalami puntiran. Bagian sisa hibrid RNA-DNA tersebut berupa urutan oligo (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan dengan dA. maka daerah itu tidak dapat berfungsi sebagai daerah pengakhiran transkripsi. Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalananya. Pengakhiran Transkripsi yang Tergantung pada Faktor Rho Mekanisme pengakhiran transkripsi semacam ini memerlukan protein ρ (rho). Transkripsi akan berakir pada saat RNA polimerase mencapai ujung gen yang disebut terminator. jika nukleotida pada DNA cetakan adalah A. coli ada dua macam terminator yaitu: (1) terminator yang tidak tergantung pada protein rho (rho-dependent terminator). Faktor rho diduga ikut teriakat pada transkip dan . Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut ditentukan oleh keberadaan subunit β pada RNA polimerase. Pada bakteri E. hipotesis kedua menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak lurus sepanjang untaian DNA sehingga RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran. dan (2) adanya rangkaian basa T pada untaian DNA bukan cetakan (nontemplate strand) sehingga membentuk pasangan basa yang lemah antara rU-dA yang menahan transkrip RNA pada untaian DNA cetakan. maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U. Untaian DNA yang ada di depan RNA polymerase akan membuka sedangkan DNA yang berada di belakangnya akan memutir kembali untuk menutup. Dalam proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan mengenai perubahan topologi DNA. Dengan cara demikian maka dapat dihindari terjadinya pelintiran pada stuktur DNA. Sebagai contoh. maka RNA polimerase berhenti dan ikatan basa yang lemah menyebabkan RNA yang baru terbentuk akan lepas. Pengakhiran Transkripsi yang Tidak Tidak Tergantung pada Faktor Rho Pengakhiran terminasi yang tidak tergantung pada rho dilakukan tanpa harus melibatkan suatu protein khusus. demikian juga pada proses inisiasi sintesis RNA. Sinyal yang akan mengakhiri transkripsi dengan mekanisme semacam ini ditentukan oleh daerah yang mengandung banyak urutan GC yang dapat membentuk struktur batang dan lengkung (stem-and-loop) pada RNA dengan panjang sekitar 20 basa di sebelah hulu dari ujung 3’ –OH dan diikuti oleh rangkaian 4-8 residu uridin berurutan. Struktur batang lengkung tersebut menyebabkan RNA polimerase berhenti dan merusak bagian 5’ dari hibrid RNA-DNA.

Pengaturan transkripsi yang lebih spesifik dilakukan oleh faktor transkripsi yang khusus untuk suatu gen. Fungsi terminator adalah memberikan sinyal pd enzim RNA polimerase agar menghentikan proses transkripsi. Pada prokariot. Transkripsi dimulai pada titik awal transkripsi (RNA initiation site. Faktor transkripsi dibedakan menjadi dua kelompok. . Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pada daerah promoter. selanjutnya akan terjadi pembentukan kompleks promoter terbuka (open promoter complex). Bagian inilah yg mengandung urutan DNA spesifik (kode-kode genetik) yg akan ditranskripsi. bagian struktural dan terminator. Setelah faktorfaktor transkripsi yang umum dan polimerase menempel pada promoter. gen kelas II. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan dlm mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5’. Proses terminasi transkripsi pd prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas. faktor rho menyebabkan destabilitasasi ikatan RNA-DNA sehingga transkrip RNA terlepas dari DNA cetakan. yaitu 1) terminasi yg ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan 2) diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-dependent.mengikuti pergerakan RNA polimerase sampai akhirnya RNA polimerase berhenti pada daerah terminator yaitu sesaat setelah menyintesis lengkungan RNA. Pada eukariotik terdapat tiga kelas gen. yaitu gen kelas I. yaitu (1) faktor transkripsi umum. dan gen kelas III yang masing-masing dikatalisis oleh RNA polimerase dan faktor transkripsi yang berbeda. RIS) yang terletak beberapa nukleotida sebelum urutan kodon awal ATG. gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali (promoter). MEKANISME TRANSKRIPSI PADA EUKARIOTIK Secara umum mekanisme pada eukariotik serupa dengan yang terjdi pada prokariotik. Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir (downstream) dari promoter. Penempelan RNA polimerase pada promoter oleh faktor transkkripsi umum hanya menghasilkan transkripsi pada dasar (basal level). Terminator adalah bagian gen yg terletak disebelah hilir dari bagian struktural yg berperanan dlm pengakhiran (terminasi) proses transkripsi. Selanjutnya. proses penempelan tersebut sangat vital bagi keberlangsungan proses transkripsi. dan (2) faktor transkripsi yang khusus suatu gen. Faktor transkripsi umum mengarahkan polimerase ke promoter. Promoter pd prokariot juga terdiri atas operator. Meskipun demikian. Proses transkripsi pada eukaryot Proses transkripsi secara umum Perbedaan Transkripsi Pada Prokariot Dan Transkripsi Pada Eukariot Transkripsi Pada Prokariot 1.

Misal : urutan ATG pada DNA. 7. operon lac menghasilkan satu mRNA yg membawa kode-kode genetik untuk 3 macam polipeptida yg berbeda : mRNA polisistronik. translasi sudah dpt dimulai. hanya salah satu untaiannya 8. 2) pemanjangan 3) terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho) Transkripsi pada eukariot 1. Jadi. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan cetakannya. masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yg sama. 3. artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan. Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan berulang . Pada prokariot. Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu sekuens pemulai (initiator) yg terletak pd daerah inisiasi transkripsi. jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang berurutan. maka hasil transkripsinya adalah UAC. pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu. namun yang berperanan sebagai cetakan. 5S rRNA dan bbrp RNA kecil yg ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase III). Adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen struktural. Jadi. 4. 28SrRNA dan 5. Saat ditranskripsi. Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yg mengkode 18SrRNA. elemen hilir (downstream) yg terletak disebelah hilir dari titik awal transkripsi. artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan eukariot) 6. kotak TATA dan suatu elemen hulu (upstream) Gen kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode tRNA. Pada prokariot. Contoh : operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri Escherichia coli).8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA polimerase I). 5. Dengan demikian. proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak. Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi: 1) inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi).2. Molekul DNA yg ditranskripsi adalah untai ganda. Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer promoter) dan promoter utama. Gen kelas II : meliputi semua gen yg mengkode protein dan bbrp RNA berukuran kecil yg terdpt di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase II). Ciri utama gen struktural pd prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino.

3. Dengan demikian. Pada gen struktural eukariot. Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’mRNA). ada jeda waktu antara transkripsi dengan translasi. melainkan melalui perantaraan protein-protein lain. 3). 2). TFIIH. 6. TFIIE. keberadaan intron merupakan hal yang sering dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron. 4. TF dibedakan 2. yg disebut sebagai fase pasca-transkripsi. sedangkan translasi berlangsung di dlm sitoplasma (ribosom). yaitu : (1) TF umum dan (2) TF yg khusus untuk suatu gen. Pada fase ini. terjadi proses : 1). proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak. Transkripsi berlangsung di dalam nukleus . yg disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF). TFIIB. Penyuntingan mRNA 7. TFIID. Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA dan 4). Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pd daerah promoter. Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen struktural. Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu macam rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida). TFIIJ. Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada prokariot. Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing). Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak mengkode urutan spesifik (intron). 5. TFIIF. About these ads .2. RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter. Pada eukariot. TF umum dalam mengarahkan RNA polimerase II ke promoter adalah TFIIA.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->