IV.

MIKROBA PROKARIOTIK: BAKTERI

Bakteri merupakan mikroba prokariotik uniselular, berkembang biak secara aseksual dengan pembelahan sel. Bakteri tidak berklorofil kecuali beberapa yang bersifat fotosintetik. Bakteri ada yang dapat hidup bebas, parasitik, saprofitik, patogen pada manusia, hewan dan tumbuhan. Habitatnya tersebar luas di alam, dalam tanah, atmosfer (sampai 10 km diatas bumi), di dalam lumpur, dan di laut. Bakteri mempunyai bentuk dasar bulat, batang, dan lengkung. Bentuk bakteri juga dapat dipengaruhi oleh umur dan syarat pertumbuhan tertentu. Bakteri dapat mengalami involusi, yaitu perubahan bentuk yang disebabkan faktor makanan, suhu, dan lingkungan yang kurang menguntungkan bagi bakteri. Selain itu, beberapa bakteri dapat mengalami pleomorfi, yaitu bentuk dan ukuran yang bermacam-macam dan teratur walaupun ditumbuhkan pada syarat pertumbuhan yang sesuai. Umumnya bakteri berukuran 0,5-10 m.

Gambar 1. Struktur sel bakteri (Source: Madigan dan Martinko. 2006).

Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan

4.1. Morfologi Sel Bakteri

Meliputi ukuran dan bentuk sel bakteri serta variasinya. Ukuran sel bakteri Satuan ukuran sel bakteri adalah m(mikrometer), 1 m = 10-3 atau 0,001 mm. Kelompok bakteri yang disebut Mycoplasma berukuran amat kecil (0,1 0,3 m) sehingga tidak dapat dilihat dengan mikroskop cahaya. Bakteri yang umum digunakan di laboratorium berukuran 2,0 5,0 X 0,5 1,0 m. Bentuk Bakteri Sel-sel individual bakteri dapat berbentuk bulat atau elips, silindris atau batang, ataupun melengkung atau spiral, masing- masing dengan variasinya. Genus bakteri ada yang dinamakan sesuai dengan bentuknya. Pada beberapa bakteri terdapat bentuk yang tidak biasa,yaitu spirochete, bentuk seperti tunas dan appendages, serta berbentuk benang/ filamentous. Gambar 2. Bentuk bakteri dan contohnya: a. Bakteri coccus, Thiocapsa roseopersicina ( = 1,4 m). b. Bentuk batang, Desulfuromonas acetoxidans ( = 1 m). c. Bentuk spiral, Rhodospirillum rubdum ( = 1 m). d. Spirochete, Spirochete stenostrepta ( 1,4 m). e. Tunas dan appendages, Rhodomicrobium vannielli ( 1,2 m). f. Filamentous, Chloroflexus auratiacus ( 0,8 m) (Source: Madigan dan Martinko. 2006). Sel bakteri yang berbentuk bola atau elips disebut coccus (kokus). Kebanyakan bakteri berbentuk bulat, tertata dalam berbagai variasi yang khas tergantung spesiesnya. Micrococcus adalah genus bakteri yang terdiri dari sel bulat dan tunggal. Diplococcus merupakan bakteri bulat sepasang-sepasang. Tetracoccus adalah bakteri berbentuk bulat empat-empat. Staphylococcus adalah bakteri berbentuk bulat bergerombol menyerupai untaian buah anggur. Streptococcus adalah bakeri yang berbentuk bulat tersusun dalam rantai. Sarcina adalah bakteri bulat berjumlah 8 yang tersusun sebagai kubus.

Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan

Gambar 3. Bentuk-bentuk bakteri coccus. a. Micrococcus, b. Diplococcus, c. Streptococcus, d. Tetracoccus, e. Staphylococcus, f. Sarcina. Sel bakteri berbentuk batang disebut bacillus. Ujung sel bakteri yang berbentuk batang sangat bervariasi yaitu persegi, bulat, atau meruncing seperti ujung cerutu. Disamping yang tertata secara individual, bakteri berbentuk batang dapat tertata dalam rantai (ex: Bacillus cereus), roset (ex: Caulobacter vibricoides), atau tertata seperti pagar (ex: Corynebacterium sp).

Gambar 4. Bentuk-bentuk bakteri bacillus. a. Ujung seperti cerutu (ex: Clostridium sporogenes), b. Ujung bulat (ex: Pseudomonas sp), c. Ujung persegi (ex: Salmonella typhii), e. Tertata seperti pagar (ex: Corynebacterium sp), f. Roset (ex: Caulobacter vibricoides), g. Tertata seperti rantai (ex: Bacillus cereus). Bakteri berbentuk melengkung atau spiral terdapat secara individual. Perbedaan antara kelompok ini terdapat pada jumlah amplitudo spiralnya serta tingkat kekakuan dinding selnya.

Gambar 5. Berbagai bakteri spiral. a. Vibrio cholerae, b. Spirillum volutans, c. Treponema pallidum, d. Borrelia anseriana.

4.2. Struktur Halus Sel Bakteri

Struktur halus sel bakteri terdiri atas appendages(struktur tambahan), dinding sel, dan bagian dalam dinding sel. Seiring dengan perkembangan mikroskop elektron, struktur halus sel bakteri sudah diketahui dengan baik. Dinding sel, membran sel, dan nukleoid terdapat pada seluruh jenis bakteri. Bagian-bagian lain hanya terdapat pada jenis bakteri tertentu. Protoplasma sel bakteri dibungkus oleh membran sel yang terletak di bagian dalam dinding
Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan 3

sel. Di dalam protoplasma, bagian yang paling besar dan terletak di tengah, terdapat nukleoid. Nukleoid merupakan DNA bakteri yang sirkuler tanpa membran inti.

Appendages
Terdapat di luar dinding sel, terdiri atas flagel, pili/ fimbrae, kapsul, dan selongsong. Flagel Flagel merupakan appendages seperti rambut. Ujungnya mencuat, pangkalnya menembus dinding sel, dan bermula dari badan basal. Flagel menyebabkan motilitas pada bakteri. Flagel terdiri atas badan basal, struktur seperti kait, dan filamen yang panjang. Panjang flagel beberapa kali panjang selnya. Diameternya 10 20 nm, jauh lebih kecil dari diameter sel bakteri. Flagel disusun oleh protein yang dinamakan flagein.

Gambar 6. Flagel dan bagian-bagiannya. a. Flagel pada bakteri gram negatif, b. Flagel pada bakteri gram positif (Source: Madigan dan Martinko. 2006). Jumlah dan letak flagel berbeda untuk jenis bakteri yang berbeda. Escherichia coli, bakteri coliform perairan, flagelnya bersifat peritrikh yaitu flagelnya terdapat di seluruh permukaan sel. Pseudomonas aeruginosa flagelnya bersifat monotrikh, yaitu terdapat satu buah flagel di salah satu ujung permukaan selnya. Pseudomonas fluorescens bersifat lofotrikh yaitu terdapat lebih dari satu buah flagel di salah satu ujung permukaan selnya. Bakteri amfitrikh mempunyai flagel pada kedua ujung permukaan selnya. Namun, tidak semua bakteri memiliki flagel. Bakteri tak berflagel disebut atrikh.

Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan

Gambar 7. Macam-macam letak flagel bakteri. a. Monotrikh (ex: Pseudomonas aeruginosa), b. Lofotrikh (ex: Pseudomonas fluorescens), c. Amfitrikh (ex: Spirillum serpens), d. Peritrikh (ex: Salmonella typhii).

Pili dan Fimbrae Pili dan fimbrae merupakan appendages seperti rambut yang lebih kecil dan lebih pendek dari flagel. Banyak terdapat pada bakteri gram negatif. Pili dijumpai pada bakteri motil (ex: Shigella flexneri) maupun non motil (ex: Salmonella typhii). Pili mampu mentransfer sejumlah gen kepada bakteri lain. Fimbrae berfungsi sebagai alat untuk melekatkan diri pada sel inang. Kapsul Beberapa bakteri, selnya dibungkus oleh kapsul atau lapisan lendir. Kapsul dapat lebih tebal atau lebih tipis daripada selnya. Bahan pembentuk kapsul diekskresikan dari sel. Komponen kapsul dapat larut dalam media tumbuhnya dan menyebabkan media tersebut berlendir. Bagi sel bakteri, kapsul berfungsi sebagai gudang makanan dan pelindung. Bakteri patogen yang berkapsul, bila kehilangan seluruh kapsulnya, tidak akan mampu menginfeksi. Disini, kapsul melindungi bakteri dari sistem pertahanan tubuh inang.

Gambar 8. Kapsul bakteri. a. Bakteri Acetinobacter sp. yang diamati dengan mikroskop cahaya, b. Bakteri Rhizobium trifolii yang diamati dengan mikroskop elektron.

Selongsong Beberapa jenis bakteri, contohnya dari genus leptotrix dan Crenotrix yang hidup di badan air (tawar atau asin), terbungkus dalam selongsong. Selongsong terbentuk dari oksida besi dan
Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan 5

mangan yang mengendap di sekeliling selnya sebagai produk kegiatan metabolisnya. Bakteri akan tampak seperti filamen dengan adanya selongsong, padahal sel-sel bakteri tinggal di dalam selongsong tersebut. Bakteri sering keluar dari ujung selongsong yang terbuka dan membentuk selongsong baru.

Dinding Sel
Merupakan struktur yang amat kaku dan memberi bentuk pada sel. Dinding sel berfungsi melindungi bagian di dalamnya. Tebal dinding sel sekitar 10-35 nm, walaupun ada yang amat tebal. Dinding sel dapat merupakan 10-40% berat kering sel. Kecuali Mycoplasma, seluruh bakteri memiliki dinding sel yang kaku. Komponen kimia dinding sel Komposisi utama dinding sel adalah peptidoglikan. Peptidoglikan merupakan polimer dari (1) asam N-asetilglukosamin, (2) asam N-asetil muramat, dan (3) suatu peptida yang disebut asam diamiopimelat, yang tersusun atas asam amino L-alanin, D-alanin, D-glutamat, dan Llisin. Di samping itu, dinding sel juga mengandung asam tekoat, protein, polisakarida, lipoprotein, dan lipoposakarida yang terikat pada peptidoglikan. Peptidoglikan bersama asam diaminopimelat dan asam tekoat hanya terdapat pada organisme prokaryotik. Pada berbagai bakteri, susunan kimia dan struktur peptidoglikan bervariasi. Dalam garis besarnya, dinding sel berbeda dalam reaksinya terhadap pengecatan bakteri yang dikembangkan oleh Christian Gram. Dalam pengecatan Gram ini, bakteri Gram positif berwarna ungu, sedang bakteri Gram negatif berwarna merah. Belum ada penjelasan yang tepat tentang timbulnya perbedaan reaksi dinding sel terhadap pengecatan Gram ini. Penjelasan yang paling mungkin, didasarkan pada struktur dan komposisi dinding sel. Bakteri Gram negatif, mengandung lebih bannyak lipid, lemak atau sejenisnnya, dibanding bakteri Gram positif. Perlakuan dengan etanol (alkohol) pada pengecatan Gram akan mengekstraksi komponen lemak. Ekstraksi ini menyebabkan cat utama (kristal ultra violet) dan yodium yang semula tetangkap dinding sel, menembus masuk. Akibatnya dinding sel menangkap cat penutup (safranin) yang berwarna merah. Hal ini tidak terjadi pada bakteri Gram positif. Di samping berbeda dalam reaksi terhadap pewarnaan Gram, perbedaan struktur dinding sel bakteri juga menimbulkan perbedaan dalam bereaksi terhadap antibiotika. Penjelasan lain hampir serupa. Dinding sel bakteri gram negatif mengandung peptidoglikan yang jauh lebih sedikit dan peptidoglikan ini mempunyai ikatan silang yang jauh kurang ekstensif dibandingkan bakteri gram positif. Karenanya, pori-pori peptidoglikan bakteri gram negatif tetap cukup besar, sekalipun setelah perlakuan dengan etanol, yang mengakibatkan kompleks kristal violet-yodium terekstraksi. Pada bakteri gram positif, setelah perlakuan dengan etanol, kompleks kristal violet-yodium terperangkap di dalam sel. Reaksi terhadap antibiotik antara bakteri gram positif dan negatif juga berbeda. Bakteri gram negatif lebih rentan terhadap streptomisin. Bakteri gram positif umumnya lebih rentan terhadap penisilin dan kurang rentan terhadap disintegrasi oleh perlakuan mekanik dan pemberian enzim-enzim tertentu.
Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan 6

Gambar 9. Perbedaan dinding sel antara bakteri gram positif dan bakteri gram negatif. (Source: Madigan dan Martinko. 2006). Tabel Perbedaan antara bakteri gram positif dan bakteri gram negatif. No. Aspek Perbedaan Bakteri Gram Positif Bakteri Gram Negatif 1 Struktur dinding sel a. tebal (15 80 nm) a. tipis (10 15 nm) b. berlapis tunggal b. berlapis tiga 2 Komposisi dinding a. kandungan lipid a. kandungan lipid tinggi sel rendah (1 4 %) (11 22 %) b. peptidoglikan b. peptidoglikan merupakan lapis merupakan lapisan tunggal kaku sebelah dalam c. komponen utama c. komponen utama merupakan > 50% merupakan 50% berat kering sel berat kering bakteri d. tanpa asam teikoat. d. mengandung asam teikoat.
Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan

No. Aspek Perbedaan 3 Kerentanan terhadap penisilin 4 Pengaruh zat warna dasar terhadap pertumbuhan 5 6 Persyaratan nutrisi Resistensi terhadap gangguan fisik

Bakteri Gram Positif Lebih rentan Pertumbuhan dihambat dengan nyata misalnya oleh kristal violet Relatif rumit pada beberapa spesies Lebih resisten

Bakteri Gram Negatif Kurang rentan Pertumbuhan kurang dihambat misalnya oleh kristal violet Relatif sederhana Kurang resisten

Struktur Halus Di Dalam Dinding Sel

Bagian sel bakteri yang merupakan struktur di dalam dinding sel adalah membran sel dengan mesosomnya, sitoplasma, nukleoid, ribosom, dan endospora pada jenis-jenis tertentu (perhatikan kembali Gambar 1). Membran Sitoplasma Membran sitoplasma merupakan bagian yang mengatur keluar masuknya senyawa kimia dari dan ke dalam sel bakteri. dengan adanya membran sel, mikroorganisme mampu berada pada posisi yang tepat pada lingkungan zat kimia yang kompleks dan selalu berubah, mampu mengambil dan menahan nutrien sejumlah yang diperlukan, dan membuang produk buangannya. Membran sel juga mampu menyediakan kemudahan biokimiawi untuk memindahkan ion-ion mineral, gula, asam-asam amino, elektron, serta metabolit lain melewati membran. Substansi-substansi dalam larutan ini melewati membran dengan cara difusi dan transpor aktif. Proses osmosis tidak spesifik. Proses ini menyamakan konsentrasi larutan di luar dan di dalam sel. Larutan bergerak dari yang lebih encer ke yang lebih pekat. Umumnya dari luar ke dalam sel. Transpor aktif bersifat sangat selektif dan mampu memperlakukan larutan (solut) secara efektif. Transpor aktif mampu melakukan penumpukan solut di dalam sel yang kadarnya lebih tinggi daripada di luar sel. Transpor aktif juga mampu memasukkan nutrien yang di luar sel kadarnya sangat rendah. Mekanisme transpor aktif melibatkan portir membran dan membutuhkan energi. Pada transpor pasif, suatu substansi secara spontan berdifusi menuruni gradien konsentrasinya tanpa memerlukan pengeluaran energi oleh sel. Molekul hidrofobik dan molekul polar tak bermuatan yang berukuran kecil berdifusi langsung melintasi membran. Substansi hidrofilik berdifusi melalui protein transpor dalam suatu proses yang disebut difusi yang dipermudah. Dalam transpor aktif, suatu protein transpor memindahkan substansi melintasi membran naik bukit melawan gradien konsentrasinya. Transpor aktif membutuhkan pengeluaran energi, yang biasanya disediakan oleh ATP.

Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan

Gambar 10. Perbedaan transpor pasif dengan transpor aktif. Bakteri fotosintesik mempunyai klorofil yang tidak berada dalam kloroplast, tetapi ada dalam membran yang sangat melipat-lipat ke dalam sel, yang disebut membran fotosintetik (tilakoid). Sel bakteri tidak mempunyai mitokondria. Oksidasi nutrien dilakukan oleh enzim oksidase yang terdapat dalam membran atau mesosom. Mesosom Mesosom merupakan invaginasi/ pelipatan ke dalam dari membran sel. Invaginasi terjadi pada titik tempat pembelahan sel dimulai. Mesosom berhubungan dengan nukleoid. Diduga, mesosom berfungi dalam: (1) sintesis dinding sel dan (2) duplikasi nukleus. Protoplasma Merupakan komponen semisolid yang dibungkus oleh membran sel. Dibedakan atas daerah sitoplasma, daerah nukleoid, dan inklusi sitoplasma. Daerah sitoplasma merupakan cairan dimana banyak terdapat ribosom. Ribosom pada prokariot terdiri dari dua subunit berukuran 30S (subunit kecil) dan 50S (subunit besar) yang apabila bergabung menjadi 70S. S merupakan konstanta pengendapan Svedberg yaitu unit koefisien sedimentasi saat ribosom disentrifugasi dengan ultrasentrifugasi. Di dalam sel bakteri juga terdapat plasmid, yaitu untaian ganda DNA di luar kromosom berbentuk sirkuler. Plasmid dapat bereplikasi secara mandiri tidak tergantung pada replikasi kromosom sel. Plasmid diketahui mengandung gen yang produknya khas bagi suatu jenis bakteri seperti bahan yang membuat tahan terhadap antibiotik tertentu, enzim restriksi, dan toksin.
Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan

Inklusi sitoplasma mengandung nutrien terlarut atau bahan partikulat lain. Komponen kimia terlarut ini membentuk granula atau globula dalam sitoplasma yang disebut tubuh inklusi. Isi tubuh inklusi berbeda-beda menurut spesies bakterinya. Pada bakteri belerang terdapat banyak belerang. Pada bakteri lain dapat berisi poliposfat, lipid, glikogen, atau pati.

Gambar 11. Tubuh inklusi. a. Pengamatan dengan mikroskop elektron dari bakteri fototrofik Rhodovibrio sodomensis. Tubuh inklusi mengandung poly--hidroksibutirat; b. Pengamatan dengan mikroskop cahaya dari bakteri sulfur Isochromatium buderi. Tubuh inklusi mengandung senyawa sulfur (Source: Madigan dan Martinko. 2006). Daerah nukleoid terdiri dari kromosom yang sirkuler. Bakteri tidak mempunyai bentuk inti seperti pada sel tanaman dan hewan. Bahan genetik hanya berupa satu untaian ganda DNA yang tersusun secara heliks. Panjang DNA mencapai 1,2 mm, tetapi terlipat menjadi diameter 2nm. Selama pembelahan sel masing-masing untaian DNA bereplikasi menghasilkan dua molekul untaian DNA kembali. DNA akan ditranskripsi menjadi bentuk messenger (m) RNA. Beberapa bakteri mampu membentuk endospora. Endospora merupakan tubuh dalam sel bakteri dari genus Bacillus, Clostridium, dan Sporosarcina. Bakteri yang mampu membentuk endospora dapat tumbuh dan berkembang untuk beberapa generasi. Endospora berfungsi sebagai badan dorman bakteri yang membuat bakteri tersebut mampu bertahan dalam suasana lingkungan yang tidak sesuai bagi pertumbuhan bakteri tersebut seperti suhu, kekringan, adanya bahan kimia, dan sebagainya faktor pembatas pertumbuhan bakteri tersebut. Setelah berada pada lingkungan yang sesuai, spora kemudian berkecambah membentuk sel vegetatif baru. Endospora bakteri mengandung sejumlah asam dipikolineat yang merupakan 5 10% berat kering endospora. Selain itu juga mengandung kalsium. Diduga, korteks endospora terbuat dari kompleks kalsium-asam dipikolineat-peptidoglikan.

Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan

10

Gambar 12. Pembentukan spora. (Source: Madigan dan Martinko. 2006). Ukuran, bentuk, dan letak endospora bermacam-macam. Letak spora dapat sentral (di tengahtengah sel), terminal (di ujung sel), atau subterminal (di dekat ujung sel). Ukuran spora dapat lebih besar, sama, atau lebih kecil dari diameter sel vegetatifnya.

Gambar 13. Letak endospora bakteri. a. terminal, b. subterminal, c. Sentral.

Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan

11

4.3. Klasifikasi Bakteri

Klasifikasi bakteri sebagai mikroorganisme prokariotik dijelaskan dalam buku Bergeys Manual of Systematic Bacteriology.
A. Bergeys Manual of Systematic Bacteriology edisi pertama- terutama adalah fenetik (phonetic): 1. Terdiri dari 33 seksi (sections) dalam empat volume. 2. Masing-masing seksi terdiri dari bakteri yang mempunyai kesamaan karakter yang secara mudah dapat ditentukan (contoh, morfologi, reaksi gram, hubungan oksigen) dan memuat judul yang menggambarkan sifat-sifat atau memberikan nama daerah bakteri. B. Bergeys Manual of Systematic Bacteriology edisi kedua: 1. Lebih banyak filogenetik daripada fenetik. 2. Terdiri dari lima volume. Volume 1 (of 2nd edition of Bergeys Manual): The Archaea, Genera bakteri fototropik dan dekat percabangan dengan archaea 1. Archaea-dibagi dua phyla a. Crenarchaeota- phylum yang beragam terdiri dari organism termofilik dan hipertermofilik dan juga beberapa organisme yang tumbuh di laut pada suhu rendah sebagai picoplankton. b. Euryarchaeota- terdiri dari terutama prokariot metanogenik dan halofilik dan juga prokariot termofilik, pereduksi sulfur. 2. Bakteri a. Aquificae - phylum yang terdiri dari bakteri autotropik yang menggunakan hidrogen sebagai sumber energi; sebagian besar adalah bakteri termofilik. b. Thermatogae - phylum yang terdiri dari bakteri gram negatif, fermentatif termofilik, anaerobik.; mempunyai asam lemak yang tidak umum. c. Deinococcus-Thermus phylum ini meliputi bakteri dengan resistensi luar biasa terhadap radiasi dan organisme termofilik. d. Chloroflexi phylum ini terdiri dari bakteri yang seringkali disebut bakteri nonsulfur hijau; beberapa melakukan fotosintesis anoksigenik(anoxygenic), sedangkan yang lain bakteri respiratori dan bergerak secara gliding; mempunyai peptidoglikan yang tidak biasa dan tidak mempunyai liposakarida dalam membran luarnya. e. Cyanobacteria-phylum yang terdiri dari bakteri fotosintetik oksigenik. f. Chlorobi- phylum ini terdiri dari bakteri fotosintetik anoksigenik yang dikenal sebagai bakteri sulfur hijau.

Volume 2: Proteobacteria hanya satu phylum disebut Proteobacteria, yang terdiri dari banyak ragam bakteri gram negatif. Volume 3: Bakteri gram positip dengan kandung G+C rendah hanya satu philum disebut Firmicutes; seluruhnya mempunyai kandungan G+C 50%; kecuali mycoplasma, yang tidak mempunyai dinding sel, seluruhnya adalah gram positip; meliputi genera yang menghasilkan endospora.

Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan

12

Volume 4: Bakteri gram positip dengan kandungan G+C tinggi mencakup phylum Actinobacteria; mempunyai kandungan G+C 50-55%; meliputi bakteri filamentous (actinomycetes) dan bakteri dengan dinding sel yang tidak biasa (mycobacteria). Volume 5: Planctomycetes, Spriocheates, Fibrobacteres, Bacteroidetes, dan Fusobacteria- campuran dari berbagai jenis kelompok filogenetik dengan percabangan dekat yang tidak harus berhubungan satu sama lain walaupun seluruhnya gram negatif. 1. Planctomycetes - phylum terdiri dari bakteri dengan sifat tidak biasa, termasuk dinding sel yang tidak mempunyai peptidoglikan dan sel dengan nukleoid yang diselimuti membran; membelah dengan bertunas dan membentuk tonjolan (appendages) yang disebut stalks. 2. Chlamydiae - phylum terdiri dari patogen intraseluler obligat yang mempunyai siklus hidup unik; patogen ini tidak mempunyai peptidoglikan. 3. Spirochaetes- phylum terdiri dari bakteri berbentuk heliks dengan morfologi dan motilitas unik. 4. Bacteroides- phylum yang terdiri dari sejumlah bakteri penting secara ekologis.

Dalam Bergey's Manual of Determinative Bacteriology terdapat langkah-langkah untuk mengidentifikasi bakteri yang belum diketahui jenisnya. Namun identifikasinya masih didasarkan atas pengamatan karakter morfologi dan fisiologi. Agar identifikasi lebih akurat dapat dilakukan denngan menganalisis secara filogenetik. Analisis secara filogenetik dilakukan dengan menganalisis urutan basa pada gen DNA/RNA ribosom (rDNA/ rRNA), biasanya sekuen 16S. Urutan basa tersebut dianalisis cluster dengan menggunakan program di
situs internet (ex: situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov dari European Bioinformatics Institute). Setelah itu dapat dibuat pohon filogenetik yang dikonstruksi dengan menggunakan program komputer (ex: Treecon).

*Situs Internet terkait klasifikasi bakteri:

The Tree of Life (http://phylogeny.arizona.edu/tree/phylogeny.html) Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (http://server.mph.msu.edu/bergeys/)

Wawan A Setiawan http://blog.unila.ac.id/wasetiawan

13