SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

PRAKTIKAL 6 MENGUKUR DIVERSITI GENETIK

Tujuan

: Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik

Teori

:

Genetik merupakan bidang sains yang mengkaji fenomena pewarisan dan variasi dalam kesemua makhluk hidup, samada manusia mahupun bakteria.
Kromosom adalah satu molekul makro DNA, dan merupakan unit asas DNA dalam satu sel. Kromosom terdiri daripada kumpulan gen-gen dan ekspresi luar gen (individu phenotype) boleh mempunyai perbezaan yang besar. Ini kerana gen-gen mempunyai bentuk alternatif yang

dikenali sebagai allele, dan perbezaan yang diperhatikan adalah disebabkan variasi di mana allele hadir di dalam pembentukan genetik individu. Sel-sel hidup yang menghasilkan

generasi sel-sel anak memindahkan maklumat genetiknya melalui kromosom dengan bilangan yang sama, kecuali sel gamet. Bentuk dan saiz kromosom adalah berlainan mengikut organisma tertentu. Maklumat genetik perlu berinteraksi bersama faktor luaran yang lain seperti permakanan dan persekitaran untuk menentukan faktor fizikal dan perlakuan organisma secara keseluruhan.

Gen adalah linear DNA yang merupakan unit berfungsi pada kromosom atau plasmid. Keseluruhan maklumat bagi struktur dan fungsi sesuatu organisma dikodkan dalam gennya. Bagi sesetengah maklumat yang dikodkan oleh gen menentukan hanya satu ciri, tetapi

1

sebaliknya. adanya alel dapat mengakibatkan perbezaan penampilan di antara individu-individu dalam suatu populasi. Disebabkan gen atau segmen DNA dapat diekspresikan menjadi suatu fenotipe tertentu. Gene pool” spesies adalah himpunan allele-allele daripada gen-gen di dalam sesebuah spesies. Alel terbentuk kerana adanya perbezaan kecil (variasi) pada satu atau sejumlah urutan tertentu. Variasi merupakan perbezaan di kalangan organisma yang sama spesies dari segi fenotip dan genotip. dikatakan bersifat monomorfik (satu bentuk) apabila tidak memiliki variasi. dan bergantung kepada pewarisan gen daripada induk-induk organisma.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) sesetengah lokus (lokasi) bagi gen yang sama boleh membawa maklumat yang berlainan.Genotip merupakan kandungan genetik di dalam sesuatu organisma. Fenotip merupakan suatu ciri fizikal yang boleh dilihat seperti rupa. Fenotip dipengaruhi oleh genotip dan persekitaran. TUGASAN 2 .SCE 3107. Genotip tidak dapat dilihat dengan mata kasar. Lokus yang memiliki alel dalam suatu populasi dikatakan bersifat polimorfik dan. Gen yang mempunyai maklumat yang berlainan pada lokus yang sama dinamakan alel. warna kulit dan lain-lain.

Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik. dan menerima data seperti di bawah. frekuensi allele perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. iaitu di dalam bentuk gel protein elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesis.SCE 3107. di mana allele yang cepat berada di bawah allele yang perlahan. Identiti bagi setiap 3 . Mana satukah antara keenam-enam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah tanah lembap. ‘Cepat’ dan ‘Perlahan’ kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut. yang diketahui hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang dibangunkan menjadi kawasan perindustrian. Tiga jenis paya yang lain merupakan satusatunya populasi yang paling berkait rapat tetapi spesis yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal. Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat tanah sahaja.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu krisis : sebuah kawasan dengan enam jenis tanah lembap yang berbeza. Langkah 1 Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi. Lokus tersebut mempunyai dua allel. tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis isozymus. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk.

Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dai dalam populasi tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu). Sebaliknya. dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30.  Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua allele yang sama. yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel. di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan. individu di baris kedua ialah homozygous.SCE 3107. oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda. Pterostylis isozymus. 1 Slow Fast   2  3  4  Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5  6   4 7 8  9  10   11 12  13   14   15  Jum 23 7 . individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous. Sebagai contoh.

menandakan kenaikan perbezaan. heterozygousity perlu 5 . Untuk menentukan Fst.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Pterostylis isozymus. 1 Slow Fast    2 3 4  Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5      6 7 8 9      10 11 12 13   14    15 Jum 8 22 Langkah 2 Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. 1 Slow Fast   2 3   4  Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9   10    11 12   13   14    15 Jum 12 18 Pterostylis isozymus. dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut. 1 Slow Fast   2 3   4  Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9   10    11 12   13   14    15 Jum 12 18 Pterostylis polyzymus. 1 Slow Fast  2     3 4 Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5  6  7         8 9 10 11 12 13 14   15 Jum 4 26 Pterostylis polyzymus. Biasanya Wright’s Fixation Index or Fst digunakan. meningkat. 1 Slow Fast    2 3  4  Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9  10    11 12   13   14   15 Jum 14 16 Pterostylis polyzymus.SCE 3107.

23) (0.87 4/30 0.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) dikira bagi setiap spesis (Hs).35 Frekuensi allele bagi Pterostylis polyzymus. Frekuensi allele bagi Pterostylis isozymus.40) .13) = 0.77) = 0.23 Populasi 2 18/30 0.60 Allele perlahan. dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesis.23 Allele perlahan. Allele cepat.60 12/30 0. q 23/30 = 0. q 12/30 6 0.60) (0. p Populasi 1 7/30 = 0.35 2 (0.48 2 (0. Allele cepat.87) (0.40 2xpxq 2 (0.40 Populasi 3 26/30 0.4) 01 = 0.77 2xpxq 2 (0. p Populasi 1 18/30 0.SCE 3107.13 Purata (Hs) 0.6) (0.

73) (0.23 Populasi 3 22/30 0.73 8/30 0.27 Purata (Hs) 0. digandakan dengan 2 x purata p x purata q.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) = 0.46 Langkah 3 Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan.47 2 (0.SCE 3107.53 14/30 0.27) = 0.48 Populasi 2 16/30 0. (Ht).50 2 (0.47) 01 = 0.53) (0. Jangkaan frekuensi heterozygote di dalam 7 . Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap spesis.

70/3 = 0.57 Allele perlahan. q 23/30 12/30 4/30 0. Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis isozymus Allele cepat.43 = 0. p 8 Allele perlahan.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa.43 Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis polyzymus Allele cepat.60 0. p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq = 2 x 0.30/3 = 0.13 1.57 x 0.49 7/30 18/30 26/30 0.23 0.77 0. q .SCE 3107.87 1.40 0.

40 0.62 23/30 14/30 8/30 0.86/3 = 0.73 1. (Ht). Frekuensi sisihan bagi heterozygotes di dalam populasi yang berasingan.14/3 = 0. dengan variasi populasi.47 0.47 Langkah 4 Anda perlu mengira jumlah local.38 = 0.SCE 3107.62 x 0.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq 18/30 16/30 22/30 0.27 1.60 0.53 0. sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui 9 .38 = 2 x 0. (Hs) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama.

Oleh itu.Hs) / Ht. Oleh itu. di mana nilai Fst < 0.SCE 3107. 10 .49 – 0. menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis isozymus.46 / 0.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) di dalam satu populasi local.1 . Fst = (Ht .02 Fst <0.1 menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi (iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain).47 . populasi Pterostylis polyzymous.Hs) / Ht = 0. Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.Hs) / Ht = 0.47 = 0. menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis polyzymus.49 = 0.1 . adalah sama secara genetik antara satu sama lain.29 Fst > 0.35 / 0. RUMUSAN  Pterostylis isozymus Fst = (Ht .  Pterostylis polyzymus Fst = (Ht .0. Populasi Pterostylis isozymous adalah lebih divergen daripada populasi Pterostylis polyzymous.

Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies. Saya akan memilih genetik yang menunjukkan diversiti genetik yang tinggi antara populasi. 2.1 di mana ia menunjukkan divergen yang besar antara populasi. Berdasarkan data yang telah dikumpul. 3.SCE 3107. Fst yang dikumpul mestilah melebihi 0. Untuk memiliki diversiti genetik yang tinggi di dalam sesebuah variasi populasi.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) PERBINCANGAN 1. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu? Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain. Dana tersebut akan digunakan untuk memulihara tanah lembap yang mempunyai diversiti genetik yang tinggi untuk medapatkan populasi yang lebih baik. terdapat spesies yang mempunyai diversiti antara populasi yang lebih daripada yang lain. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda? 11 .

Populasi dengan variasi genetik yang tinggi menunjukkan bahawa semakin tinggi peluang populasi tersebut untuk hidup. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesis yang dilindungi? Biasanya. bagaimanakah saintis memaksimakan diversiti genetik bagi pengenalan semula populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut? Berdasarkan pembacaan yang telah dibuat. saya akan melihat kepada spesies yang terancam dan yang terdedah kepada masalah sukar untuk hidup di dalam habitat sedia ada. Ini adalah kerana haiwan daripada spesis yang sama tetapi berbeza persekitaran (pulau) mempunyai peluang terbentuknya populasi yang pelbagai. ia berkemungkinan akan terkena penyakit dan seterusnya akan mati.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Selain daripada faktor genetik. dan mungkin terdapat variasi antaranya. 12 . saiz populasi dan sumbangannya terhadap ekosistem. 5. ia perlu dipelihara bagi mengelak berlakunya kepupusan terhadap spesis tersebut daripada ekosistem yang akan memberi impak besar jika kehilangannya. 4. saya juga akan mengambil kira kualiti persekitaran pembiakan. Diberi bahawa kedua-dua allele pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies. Selain itu. Apabila hanya satu haiwan sahaja dipilih. saintis memaksimakan diversity genetik bagi re-introduce population. Apabila spesies tersebut makin kurang di dalam persekitaran. Haiwan daripada satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan kajian menunjukkan populasi di pulau itu akan mengalami kekurangan variasi genetik. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk ‘Trouble in Paradise’. dengan memilih haiwan daripada pulau yang berbeza.SCE 3107. bagi setiap satu populasi spesis. mereka akan dilindungi apabila diversiti genetik di dalam populasi itu berbeza antara satu sama lain.

PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) 13 .SCE 3107.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful

Master Your Semester with Scribd & The New York Times

Special offer for students: Only $4.99/month.

Master Your Semester with a Special Offer from Scribd & The New York Times

Cancel anytime.