SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

PRAKTIKAL 6 MENGUKUR DIVERSITI GENETIK

Tujuan

: Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik

Teori

:

Genetik merupakan bidang sains yang mengkaji fenomena pewarisan dan variasi dalam kesemua makhluk hidup, samada manusia mahupun bakteria.
Kromosom adalah satu molekul makro DNA, dan merupakan unit asas DNA dalam satu sel. Kromosom terdiri daripada kumpulan gen-gen dan ekspresi luar gen (individu phenotype) boleh mempunyai perbezaan yang besar. Ini kerana gen-gen mempunyai bentuk alternatif yang

dikenali sebagai allele, dan perbezaan yang diperhatikan adalah disebabkan variasi di mana allele hadir di dalam pembentukan genetik individu. Sel-sel hidup yang menghasilkan

generasi sel-sel anak memindahkan maklumat genetiknya melalui kromosom dengan bilangan yang sama, kecuali sel gamet. Bentuk dan saiz kromosom adalah berlainan mengikut organisma tertentu. Maklumat genetik perlu berinteraksi bersama faktor luaran yang lain seperti permakanan dan persekitaran untuk menentukan faktor fizikal dan perlakuan organisma secara keseluruhan.

Gen adalah linear DNA yang merupakan unit berfungsi pada kromosom atau plasmid. Keseluruhan maklumat bagi struktur dan fungsi sesuatu organisma dikodkan dalam gennya. Bagi sesetengah maklumat yang dikodkan oleh gen menentukan hanya satu ciri, tetapi

1

Fenotip merupakan suatu ciri fizikal yang boleh dilihat seperti rupa. Variasi merupakan perbezaan di kalangan organisma yang sama spesies dari segi fenotip dan genotip. Gene pool” spesies adalah himpunan allele-allele daripada gen-gen di dalam sesebuah spesies. dikatakan bersifat monomorfik (satu bentuk) apabila tidak memiliki variasi. adanya alel dapat mengakibatkan perbezaan penampilan di antara individu-individu dalam suatu populasi.Genotip merupakan kandungan genetik di dalam sesuatu organisma. warna kulit dan lain-lain. Fenotip dipengaruhi oleh genotip dan persekitaran.SCE 3107. Alel terbentuk kerana adanya perbezaan kecil (variasi) pada satu atau sejumlah urutan tertentu. Lokus yang memiliki alel dalam suatu populasi dikatakan bersifat polimorfik dan. Genotip tidak dapat dilihat dengan mata kasar. sebaliknya. Disebabkan gen atau segmen DNA dapat diekspresikan menjadi suatu fenotipe tertentu. dan bergantung kepada pewarisan gen daripada induk-induk organisma. TUGASAN 2 . Gen yang mempunyai maklumat yang berlainan pada lokus yang sama dinamakan alel.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) sesetengah lokus (lokasi) bagi gen yang sama boleh membawa maklumat yang berlainan.

Langkah 1 Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi. Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat tanah sahaja. frekuensi allele perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. Mana satukah antara keenam-enam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah tanah lembap.SCE 3107. ‘Cepat’ dan ‘Perlahan’ kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut. Lokus tersebut mempunyai dua allel. Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik. Tiga jenis paya yang lain merupakan satusatunya populasi yang paling berkait rapat tetapi spesis yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk. tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis isozymus.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu krisis : sebuah kawasan dengan enam jenis tanah lembap yang berbeza. di mana allele yang cepat berada di bawah allele yang perlahan. yang diketahui hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang dibangunkan menjadi kawasan perindustrian. iaitu di dalam bentuk gel protein elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesis. dan menerima data seperti di bawah. Identiti bagi setiap 3 .

individu di baris kedua ialah homozygous.  Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua allele yang sama. Pterostylis isozymus. oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda. Sebagai contoh. di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan.SCE 3107. Sebaliknya. dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30. individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous. yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan. 1 Slow Fast   2  3  4  Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5  6   4 7 8  9  10   11 12  13   14   15  Jum 23 7 . Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dai dalam populasi tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu).PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel.

1 Slow Fast  2     3 4 Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5  6  7         8 9 10 11 12 13 14   15 Jum 4 26 Pterostylis polyzymus. Untuk menentukan Fst.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Pterostylis isozymus.SCE 3107. 1 Slow Fast   2 3   4  Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9   10    11 12   13   14    15 Jum 12 18 Pterostylis isozymus. 1 Slow Fast    2 3  4  Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9  10    11 12   13   14   15 Jum 14 16 Pterostylis polyzymus. menandakan kenaikan perbezaan. Biasanya Wright’s Fixation Index or Fst digunakan. heterozygousity perlu 5 . 1 Slow Fast    2 3 4  Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5      6 7 8 9      10 11 12 13   14    15 Jum 8 22 Langkah 2 Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. meningkat. 1 Slow Fast   2 3   4  Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9   10    11 12   13   14    15 Jum 12 18 Pterostylis polyzymus. dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut.

q 12/30 6 0.87 4/30 0. Allele cepat.40) .77) = 0.35 Frekuensi allele bagi Pterostylis polyzymus.77 2xpxq 2 (0. p Populasi 1 18/30 0.4) 01 = 0. Allele cepat.SCE 3107. q 23/30 = 0.40 2xpxq 2 (0.87) (0.13) = 0. dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesis.48 2 (0.23) (0. p Populasi 1 7/30 = 0.13 Purata (Hs) 0.60 Allele perlahan.23 Allele perlahan. Frekuensi allele bagi Pterostylis isozymus.6) (0.23 Populasi 2 18/30 0.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) dikira bagi setiap spesis (Hs).60) (0.40 Populasi 3 26/30 0.60 12/30 0.35 2 (0.

50 2 (0.27) = 0.46 Langkah 3 Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) = 0.53) (0. digandakan dengan 2 x purata p x purata q.23 Populasi 3 22/30 0.73 8/30 0. Jangkaan frekuensi heterozygote di dalam 7 .SCE 3107.47) 01 = 0. Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap spesis.48 Populasi 2 16/30 0.47 2 (0.73) (0.27 Purata (Hs) 0.53 14/30 0. (Ht).

87 1.23 0.60 0.30/3 = 0.57 x 0. q . Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis isozymus Allele cepat. q 23/30 12/30 4/30 0.40 0.70/3 = 0.77 0.43 Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis polyzymus Allele cepat.13 1. p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq = 2 x 0.57 Allele perlahan.43 = 0.SCE 3107. p 8 Allele perlahan.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa.49 7/30 18/30 26/30 0.

27 1. (Hs) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama.38 = 2 x 0. sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui 9 .53 0.47 Langkah 4 Anda perlu mengira jumlah local.73 1.62 23/30 14/30 8/30 0.40 0. dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi heterozygotes di dalam populasi yang berasingan.SCE 3107.14/3 = 0. (Ht).47 0.60 0.86/3 = 0.38 = 0.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq 18/30 16/30 22/30 0.62 x 0.

46 / 0.47 = 0.49 = 0.  Pterostylis polyzymus Fst = (Ht . Populasi Pterostylis isozymous adalah lebih divergen daripada populasi Pterostylis polyzymous.49 – 0.Hs) / Ht = 0. 10 .Hs) / Ht = 0.1 .29 Fst > 0. menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis polyzymus.Hs) / Ht. Oleh itu. RUMUSAN  Pterostylis isozymus Fst = (Ht . menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis isozymus. di mana nilai Fst < 0.35 / 0.0.1 .SCE 3107.47 .02 Fst <0. populasi Pterostylis polyzymous.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) di dalam satu populasi local. adalah sama secara genetik antara satu sama lain. Fst = (Ht . Oleh itu. Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.1 menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi (iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain).

Untuk memiliki diversiti genetik yang tinggi di dalam sesebuah variasi populasi. 3. Saya akan memilih genetik yang menunjukkan diversiti genetik yang tinggi antara populasi. Dana tersebut akan digunakan untuk memulihara tanah lembap yang mempunyai diversiti genetik yang tinggi untuk medapatkan populasi yang lebih baik.SCE 3107.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) PERBINCANGAN 1.1 di mana ia menunjukkan divergen yang besar antara populasi. Fst yang dikumpul mestilah melebihi 0. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda? 11 . Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies. Berdasarkan data yang telah dikumpul. terdapat spesies yang mempunyai diversiti antara populasi yang lebih daripada yang lain. 2. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu? Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain.

Haiwan daripada satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan kajian menunjukkan populasi di pulau itu akan mengalami kekurangan variasi genetik. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesis yang dilindungi? Biasanya. mereka akan dilindungi apabila diversiti genetik di dalam populasi itu berbeza antara satu sama lain. saya akan melihat kepada spesies yang terancam dan yang terdedah kepada masalah sukar untuk hidup di dalam habitat sedia ada. bagaimanakah saintis memaksimakan diversiti genetik bagi pengenalan semula populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut? Berdasarkan pembacaan yang telah dibuat. Apabila hanya satu haiwan sahaja dipilih. dan mungkin terdapat variasi antaranya. saya juga akan mengambil kira kualiti persekitaran pembiakan. Apabila spesies tersebut makin kurang di dalam persekitaran. Populasi dengan variasi genetik yang tinggi menunjukkan bahawa semakin tinggi peluang populasi tersebut untuk hidup.SCE 3107. Diberi bahawa kedua-dua allele pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies. 4.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Selain daripada faktor genetik. bagi setiap satu populasi spesis. ia perlu dipelihara bagi mengelak berlakunya kepupusan terhadap spesis tersebut daripada ekosistem yang akan memberi impak besar jika kehilangannya. 5. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk ‘Trouble in Paradise’. saiz populasi dan sumbangannya terhadap ekosistem. Ini adalah kerana haiwan daripada spesis yang sama tetapi berbeza persekitaran (pulau) mempunyai peluang terbentuknya populasi yang pelbagai. dengan memilih haiwan daripada pulau yang berbeza. ia berkemungkinan akan terkena penyakit dan seterusnya akan mati. 12 . saintis memaksimakan diversity genetik bagi re-introduce population. Selain itu.

PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) 13 .SCE 3107.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful