SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

PRAKTIKAL 6 MENGUKUR DIVERSITI GENETIK

Tujuan

: Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik

Teori

:

Genetik merupakan bidang sains yang mengkaji fenomena pewarisan dan variasi dalam kesemua makhluk hidup, samada manusia mahupun bakteria.
Kromosom adalah satu molekul makro DNA, dan merupakan unit asas DNA dalam satu sel. Kromosom terdiri daripada kumpulan gen-gen dan ekspresi luar gen (individu phenotype) boleh mempunyai perbezaan yang besar. Ini kerana gen-gen mempunyai bentuk alternatif yang

dikenali sebagai allele, dan perbezaan yang diperhatikan adalah disebabkan variasi di mana allele hadir di dalam pembentukan genetik individu. Sel-sel hidup yang menghasilkan

generasi sel-sel anak memindahkan maklumat genetiknya melalui kromosom dengan bilangan yang sama, kecuali sel gamet. Bentuk dan saiz kromosom adalah berlainan mengikut organisma tertentu. Maklumat genetik perlu berinteraksi bersama faktor luaran yang lain seperti permakanan dan persekitaran untuk menentukan faktor fizikal dan perlakuan organisma secara keseluruhan.

Gen adalah linear DNA yang merupakan unit berfungsi pada kromosom atau plasmid. Keseluruhan maklumat bagi struktur dan fungsi sesuatu organisma dikodkan dalam gennya. Bagi sesetengah maklumat yang dikodkan oleh gen menentukan hanya satu ciri, tetapi

1

Genotip merupakan kandungan genetik di dalam sesuatu organisma. Fenotip merupakan suatu ciri fizikal yang boleh dilihat seperti rupa.SCE 3107.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) sesetengah lokus (lokasi) bagi gen yang sama boleh membawa maklumat yang berlainan. sebaliknya. warna kulit dan lain-lain. Genotip tidak dapat dilihat dengan mata kasar. TUGASAN 2 . dan bergantung kepada pewarisan gen daripada induk-induk organisma. dikatakan bersifat monomorfik (satu bentuk) apabila tidak memiliki variasi. Variasi merupakan perbezaan di kalangan organisma yang sama spesies dari segi fenotip dan genotip. Alel terbentuk kerana adanya perbezaan kecil (variasi) pada satu atau sejumlah urutan tertentu. Fenotip dipengaruhi oleh genotip dan persekitaran. Lokus yang memiliki alel dalam suatu populasi dikatakan bersifat polimorfik dan. Gene pool” spesies adalah himpunan allele-allele daripada gen-gen di dalam sesebuah spesies. Disebabkan gen atau segmen DNA dapat diekspresikan menjadi suatu fenotipe tertentu. adanya alel dapat mengakibatkan perbezaan penampilan di antara individu-individu dalam suatu populasi. Gen yang mempunyai maklumat yang berlainan pada lokus yang sama dinamakan alel.

di mana allele yang cepat berada di bawah allele yang perlahan. Tiga jenis paya yang lain merupakan satusatunya populasi yang paling berkait rapat tetapi spesis yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal. Langkah 1 Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi. ‘Cepat’ dan ‘Perlahan’ kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk. dan menerima data seperti di bawah. iaitu di dalam bentuk gel protein elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesis.SCE 3107. Lokus tersebut mempunyai dua allel. Identiti bagi setiap 3 .PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu krisis : sebuah kawasan dengan enam jenis tanah lembap yang berbeza. frekuensi allele perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis isozymus. Mana satukah antara keenam-enam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah tanah lembap. Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik. Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat tanah sahaja. yang diketahui hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang dibangunkan menjadi kawasan perindustrian.

Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dai dalam populasi tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu). oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda. dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30. yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan.  Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua allele yang sama. 1 Slow Fast   2  3  4  Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5  6   4 7 8  9  10   11 12  13   14   15  Jum 23 7 . individu di baris kedua ialah homozygous. Pterostylis isozymus.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel. individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous.SCE 3107. Sebaliknya. di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan. Sebagai contoh.

1 Slow Fast  2     3 4 Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5  6  7         8 9 10 11 12 13 14   15 Jum 4 26 Pterostylis polyzymus. 1 Slow Fast    2 3 4  Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5      6 7 8 9      10 11 12 13   14    15 Jum 8 22 Langkah 2 Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. 1 Slow Fast   2 3   4  Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9   10    11 12   13   14    15 Jum 12 18 Pterostylis isozymus. meningkat. Untuk menentukan Fst. Biasanya Wright’s Fixation Index or Fst digunakan.SCE 3107. dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Pterostylis isozymus. 1 Slow Fast    2 3  4  Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9  10    11 12   13   14   15 Jum 14 16 Pterostylis polyzymus. heterozygousity perlu 5 . menandakan kenaikan perbezaan. 1 Slow Fast   2 3   4  Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9   10    11 12   13   14    15 Jum 12 18 Pterostylis polyzymus.

p Populasi 1 7/30 = 0.23 Populasi 2 18/30 0.4) 01 = 0. dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesis.23) (0. q 23/30 = 0.60) (0.87 4/30 0.40 Populasi 3 26/30 0.40 2xpxq 2 (0.87) (0.40) .60 12/30 0.13 Purata (Hs) 0.60 Allele perlahan.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) dikira bagi setiap spesis (Hs).6) (0. q 12/30 6 0.23 Allele perlahan.35 Frekuensi allele bagi Pterostylis polyzymus. p Populasi 1 18/30 0.77) = 0. Allele cepat.13) = 0.SCE 3107. Allele cepat.77 2xpxq 2 (0. Frekuensi allele bagi Pterostylis isozymus.48 2 (0.35 2 (0.

27 Purata (Hs) 0.27) = 0.SCE 3107.73 8/30 0.50 2 (0.47 2 (0.46 Langkah 3 Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan. (Ht).53 14/30 0.53) (0.48 Populasi 2 16/30 0. digandakan dengan 2 x purata p x purata q.73) (0. Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap spesis.47) 01 = 0. Jangkaan frekuensi heterozygote di dalam 7 .23 Populasi 3 22/30 0.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) = 0.

40 0.43 Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis polyzymus Allele cepat.57 Allele perlahan. q .13 1.70/3 = 0. p 8 Allele perlahan.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa. q 23/30 12/30 4/30 0.23 0.87 1. Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis isozymus Allele cepat.SCE 3107.77 0. p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq = 2 x 0.57 x 0.60 0.30/3 = 0.49 7/30 18/30 26/30 0.43 = 0.

38 = 0.14/3 = 0.47 Langkah 4 Anda perlu mengira jumlah local.47 0. (Ht). sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui 9 .38 = 2 x 0. dengan variasi populasi.60 0.62 x 0.73 1. (Hs) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama.SCE 3107.40 0.53 0.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq 18/30 16/30 22/30 0.27 1.86/3 = 0.62 23/30 14/30 8/30 0. Frekuensi sisihan bagi heterozygotes di dalam populasi yang berasingan.

Hs) / Ht = 0.49 = 0.49 – 0. populasi Pterostylis polyzymous.SCE 3107. 10 .47 .1 menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi (iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain).47 = 0.  Pterostylis polyzymus Fst = (Ht .1 . Populasi Pterostylis isozymous adalah lebih divergen daripada populasi Pterostylis polyzymous. Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) di dalam satu populasi local.35 / 0. Fst = (Ht . adalah sama secara genetik antara satu sama lain.1 .02 Fst <0.29 Fst > 0.Hs) / Ht = 0. RUMUSAN  Pterostylis isozymus Fst = (Ht . di mana nilai Fst < 0.0. Oleh itu.46 / 0. Oleh itu. menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis isozymus. menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis polyzymus.Hs) / Ht.

1 di mana ia menunjukkan divergen yang besar antara populasi. Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) PERBINCANGAN 1. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda? 11 . Saya akan memilih genetik yang menunjukkan diversiti genetik yang tinggi antara populasi. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu? Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain. Fst yang dikumpul mestilah melebihi 0. 3. terdapat spesies yang mempunyai diversiti antara populasi yang lebih daripada yang lain.SCE 3107. Berdasarkan data yang telah dikumpul. 2. Dana tersebut akan digunakan untuk memulihara tanah lembap yang mempunyai diversiti genetik yang tinggi untuk medapatkan populasi yang lebih baik. Untuk memiliki diversiti genetik yang tinggi di dalam sesebuah variasi populasi.

saintis memaksimakan diversity genetik bagi re-introduce population. Apabila spesies tersebut makin kurang di dalam persekitaran. Ini adalah kerana haiwan daripada spesis yang sama tetapi berbeza persekitaran (pulau) mempunyai peluang terbentuknya populasi yang pelbagai. Selain itu. 5.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Selain daripada faktor genetik. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk ‘Trouble in Paradise’. saya juga akan mengambil kira kualiti persekitaran pembiakan. Haiwan daripada satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan kajian menunjukkan populasi di pulau itu akan mengalami kekurangan variasi genetik. Diberi bahawa kedua-dua allele pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies. ia berkemungkinan akan terkena penyakit dan seterusnya akan mati. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesis yang dilindungi? Biasanya. bagaimanakah saintis memaksimakan diversiti genetik bagi pengenalan semula populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut? Berdasarkan pembacaan yang telah dibuat. 4. ia perlu dipelihara bagi mengelak berlakunya kepupusan terhadap spesis tersebut daripada ekosistem yang akan memberi impak besar jika kehilangannya. mereka akan dilindungi apabila diversiti genetik di dalam populasi itu berbeza antara satu sama lain.SCE 3107. bagi setiap satu populasi spesis. Apabila hanya satu haiwan sahaja dipilih. saiz populasi dan sumbangannya terhadap ekosistem. Populasi dengan variasi genetik yang tinggi menunjukkan bahawa semakin tinggi peluang populasi tersebut untuk hidup. dengan memilih haiwan daripada pulau yang berbeza. saya akan melihat kepada spesies yang terancam dan yang terdedah kepada masalah sukar untuk hidup di dalam habitat sedia ada. 12 . dan mungkin terdapat variasi antaranya.

SCE 3107.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) 13 .

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful