SCE 3107- PRAKTIKAL 6

SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J)

PRAKTIKAL 6 MENGUKUR DIVERSITI GENETIK

Tujuan

: Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik

Teori

:

Genetik merupakan bidang sains yang mengkaji fenomena pewarisan dan variasi dalam kesemua makhluk hidup, samada manusia mahupun bakteria.
Kromosom adalah satu molekul makro DNA, dan merupakan unit asas DNA dalam satu sel. Kromosom terdiri daripada kumpulan gen-gen dan ekspresi luar gen (individu phenotype) boleh mempunyai perbezaan yang besar. Ini kerana gen-gen mempunyai bentuk alternatif yang

dikenali sebagai allele, dan perbezaan yang diperhatikan adalah disebabkan variasi di mana allele hadir di dalam pembentukan genetik individu. Sel-sel hidup yang menghasilkan

generasi sel-sel anak memindahkan maklumat genetiknya melalui kromosom dengan bilangan yang sama, kecuali sel gamet. Bentuk dan saiz kromosom adalah berlainan mengikut organisma tertentu. Maklumat genetik perlu berinteraksi bersama faktor luaran yang lain seperti permakanan dan persekitaran untuk menentukan faktor fizikal dan perlakuan organisma secara keseluruhan.

Gen adalah linear DNA yang merupakan unit berfungsi pada kromosom atau plasmid. Keseluruhan maklumat bagi struktur dan fungsi sesuatu organisma dikodkan dalam gennya. Bagi sesetengah maklumat yang dikodkan oleh gen menentukan hanya satu ciri, tetapi

1

Lokus yang memiliki alel dalam suatu populasi dikatakan bersifat polimorfik dan. Fenotip dipengaruhi oleh genotip dan persekitaran. dan bergantung kepada pewarisan gen daripada induk-induk organisma. Disebabkan gen atau segmen DNA dapat diekspresikan menjadi suatu fenotipe tertentu.SCE 3107. TUGASAN 2 . Alel terbentuk kerana adanya perbezaan kecil (variasi) pada satu atau sejumlah urutan tertentu. Gene pool” spesies adalah himpunan allele-allele daripada gen-gen di dalam sesebuah spesies. Fenotip merupakan suatu ciri fizikal yang boleh dilihat seperti rupa. adanya alel dapat mengakibatkan perbezaan penampilan di antara individu-individu dalam suatu populasi.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) sesetengah lokus (lokasi) bagi gen yang sama boleh membawa maklumat yang berlainan. Gen yang mempunyai maklumat yang berlainan pada lokus yang sama dinamakan alel.Genotip merupakan kandungan genetik di dalam sesuatu organisma. warna kulit dan lain-lain. sebaliknya. Genotip tidak dapat dilihat dengan mata kasar. Variasi merupakan perbezaan di kalangan organisma yang sama spesies dari segi fenotip dan genotip. dikatakan bersifat monomorfik (satu bentuk) apabila tidak memiliki variasi.

tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis isozymus. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk. Tiga jenis paya yang lain merupakan satusatunya populasi yang paling berkait rapat tetapi spesis yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal. Mana satukah antara keenam-enam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah tanah lembap. Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat tanah sahaja. Lokus tersebut mempunyai dua allel.SCE 3107. ‘Cepat’ dan ‘Perlahan’ kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut. Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik. dan menerima data seperti di bawah. di mana allele yang cepat berada di bawah allele yang perlahan.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu krisis : sebuah kawasan dengan enam jenis tanah lembap yang berbeza. Langkah 1 Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi. iaitu di dalam bentuk gel protein elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua spesis. frekuensi allele perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. yang diketahui hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang dibangunkan menjadi kawasan perindustrian. Identiti bagi setiap 3 .

oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda. Pterostylis isozymus. dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30. individu di baris kedua ialah homozygous. individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous. yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan. Sebagai contoh. 1 Slow Fast   2  3  4  Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5  6   4 7 8  9  10   11 12  13   14   15  Jum 23 7 .SCE 3107. Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dai dalam populasi tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu). di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel.  Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua allele yang sama. Sebaliknya.

1 Slow Fast    2 3 4  Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5      6 7 8 9      10 11 12 13   14    15 Jum 8 22 Langkah 2 Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut. 1 Slow Fast  2     3 4 Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5  6  7         8 9 10 11 12 13 14   15 Jum 4 26 Pterostylis polyzymus. heterozygousity perlu 5 . 1 Slow Fast   2 3   4  Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9   10    11 12   13   14    15 Jum 12 18 Pterostylis polyzymus.SCE 3107. 1 Slow Fast    2 3  4  Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9  10    11 12   13   14   15 Jum 14 16 Pterostylis polyzymus. Biasanya Wright’s Fixation Index or Fst digunakan.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Pterostylis isozymus. 1 Slow Fast   2 3   4  Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan) 5    6 7    8 9   10    11 12   13   14    15 Jum 12 18 Pterostylis isozymus. menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan Fst. meningkat.

p Populasi 1 18/30 0.40 Populasi 3 26/30 0. q 12/30 6 0.87 4/30 0.60 12/30 0.13) = 0.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) dikira bagi setiap spesis (Hs).35 Frekuensi allele bagi Pterostylis polyzymus. Frekuensi allele bagi Pterostylis isozymus. q 23/30 = 0.48 2 (0. p Populasi 1 7/30 = 0.40 2xpxq 2 (0. Allele cepat.23) (0.35 2 (0.60) (0.60 Allele perlahan.23 Populasi 2 18/30 0.13 Purata (Hs) 0.77 2xpxq 2 (0. Allele cepat.23 Allele perlahan. dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesis.87) (0.SCE 3107.40) .4) 01 = 0.77) = 0.6) (0.

53 14/30 0. digandakan dengan 2 x purata p x purata q.46 Langkah 3 Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan. Jangkaan frekuensi heterozygote di dalam 7 .47) 01 = 0.73) (0.23 Populasi 3 22/30 0.47 2 (0.50 2 (0.27 Purata (Hs) 0. Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap spesis.27) = 0.53) (0.SCE 3107. (Ht).PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) = 0.48 Populasi 2 16/30 0.73 8/30 0.

49 7/30 18/30 26/30 0.77 0. q 23/30 12/30 4/30 0.57 x 0. p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq = 2 x 0.13 1.30/3 = 0.43 Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis polyzymus Allele cepat.70/3 = 0.40 0. q .87 1.60 0.23 0. Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis isozymus Allele cepat.43 = 0.SCE 3107. p 8 Allele perlahan.57 Allele perlahan.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa.

SCE 3107. sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui 9 .53 0.62 x 0.47 Langkah 4 Anda perlu mengira jumlah local.27 1.38 = 2 x 0.60 0.73 1.40 0.62 23/30 14/30 8/30 0.86/3 = 0.38 = 0. (Ht).47 0. (Hs) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi allele (Ht) = 2pq 18/30 16/30 22/30 0. dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi heterozygotes di dalam populasi yang berasingan.14/3 = 0.

menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis polyzymus. Oleh itu.47 = 0. adalah sama secara genetik antara satu sama lain.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) di dalam satu populasi local. Fst = (Ht . populasi Pterostylis polyzymous. di mana nilai Fst < 0.0. menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis isozymus. Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.Hs) / Ht = 0.46 / 0.1 . 10 .47 . Oleh itu.1 .1 menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi (iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain).49 – 0.49 = 0.35 / 0. Populasi Pterostylis isozymous adalah lebih divergen daripada populasi Pterostylis polyzymous.Hs) / Ht = 0. RUMUSAN  Pterostylis isozymus Fst = (Ht .02 Fst <0.SCE 3107.  Pterostylis polyzymus Fst = (Ht .Hs) / Ht.29 Fst > 0.

Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda? 11 . Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) PERBINCANGAN 1. 2. Fst yang dikumpul mestilah melebihi 0. Dana tersebut akan digunakan untuk memulihara tanah lembap yang mempunyai diversiti genetik yang tinggi untuk medapatkan populasi yang lebih baik. Untuk memiliki diversiti genetik yang tinggi di dalam sesebuah variasi populasi. 3.1 di mana ia menunjukkan divergen yang besar antara populasi. Berdasarkan data yang telah dikumpul. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu? Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain.SCE 3107. terdapat spesies yang mempunyai diversiti antara populasi yang lebih daripada yang lain. Saya akan memilih genetik yang menunjukkan diversiti genetik yang tinggi antara populasi.

Populasi dengan variasi genetik yang tinggi menunjukkan bahawa semakin tinggi peluang populasi tersebut untuk hidup. 5. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesis yang dilindungi? Biasanya. 4. Selain itu. saintis memaksimakan diversity genetik bagi re-introduce population. mereka akan dilindungi apabila diversiti genetik di dalam populasi itu berbeza antara satu sama lain. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk ‘Trouble in Paradise’. Apabila spesies tersebut makin kurang di dalam persekitaran. Ini adalah kerana haiwan daripada spesis yang sama tetapi berbeza persekitaran (pulau) mempunyai peluang terbentuknya populasi yang pelbagai. 12 . ia berkemungkinan akan terkena penyakit dan seterusnya akan mati. Diberi bahawa kedua-dua allele pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies. saya juga akan mengambil kira kualiti persekitaran pembiakan. dan mungkin terdapat variasi antaranya. Haiwan daripada satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan kajian menunjukkan populasi di pulau itu akan mengalami kekurangan variasi genetik.PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) Selain daripada faktor genetik. ia perlu dipelihara bagi mengelak berlakunya kepupusan terhadap spesis tersebut daripada ekosistem yang akan memberi impak besar jika kehilangannya. dengan memilih haiwan daripada pulau yang berbeza. saiz populasi dan sumbangannya terhadap ekosistem. bagaimanakah saintis memaksimakan diversiti genetik bagi pengenalan semula populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut? Berdasarkan pembacaan yang telah dibuat.SCE 3107. Apabila hanya satu haiwan sahaja dipilih. bagi setiap satu populasi spesis. saya akan melihat kepada spesies yang terancam dan yang terdedah kepada masalah sukar untuk hidup di dalam habitat sedia ada.

PRAKTIKAL 6 SITI ZULAIHA BINTI MOHD ZIN (P4J) 13 .SCE 3107.

Master your semester with Scribd & The New York Times

Special offer for students: Only $4.99/month.

Master your semester with Scribd & The New York Times

Cancel anytime.