BAB 1 PENDAHULUAN A.

Latar Belakang Menurut para ahli biologi, virus merupakan organisme peralihan antara makhluk hidup dan benda mati. Dikatakan peralihan karena virus mempunyai ciri-ciri makhluk hidup, misalnya mempunyai DNA (asam deoksiribonukleat) dan dapat berkembang biak pada sel hidup. Memiliki ciri-ciri benda mati seperti tidak memiliki protoplasma dan dapat dikristalkan. Para penemu virus antara lain D. Iwanoski (1892) pada tanaman tembakau, dilanjutkan M. Beijerinck (1898), Loffern dan Frooch (1897) menemukan dan memisahkan virus penyebab penyakit mulut dan kaki (food and mouth diseases), Reed (1900) berhasil menemukan virus penyebab kuning (yellow fever), Twort dan Herelle (1917) penemu Bakteriofage, Wendell M. Stanley (1935) berhasil mengkristalkan virus mosaik pada tembakau. Pengetahuan tentang virus terus berkembang sampai lahir ilmu cabang biologi yang mempelajari virus disebut virology. Moloney Murine Leukimia Virus merupakan salah satu retrovirus yang diberi nama sesuai dengan kemampuannya dalam memicu penyakit kanker dalam inang murin. Beberapa MLV memiliki kemungkinan menginveksi vertebrata. MLV merupakan jenis virus eksogen dan endogen. Proses replikasi MLV memiliki positif sense, rantai tunggal RNA yaitu genom yang dapat bereplikasi menjadi DNA intermediet melalui proses reverse transcription. Moloney Murine Leukimia Virus merupakan protein konjugasi yang memiliki struktur tersier.

B. Rumusan Masalah 1. Apa nama protein yang diperoleh melalui PDB? 2. Termasuk protein sederhana atau proten konjugasi Moloney Murine Leukimia Virus? 3. Struktur yang dipeoleh termasuk struktur tersier atau kuartener? 4. Berapa panjang masing-masing subunitnya? 5. Bagian mana yang sangat dinamis sehingga tidak bias dideteksi oleh sinar x? 6. Tentukan ujung N/C pada masing-masing subunitnya? 7. Tentukan bagian mana saja pada struktur sekundernya? 8. Bagaimana bentuk permukaan protein tersebut?

RNA untai ganda. heliks. Karena karakteristik khasnya ini virus selalu terasosiasi dengan penyakit tertentu. DNA untai tunggal. Protein yang menjadi lapisan pelindung tersebut disebut kapsid. atau RNA untai tunggal. atau tanaman (misalnya virus mosaik tembakau) Genom virus dapat berupa DNA ataupun RNA. . baik pada manusia (misalnya virus influenza dan HIV). Bergantung pada tipe virusnya. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein. lipid. hewan (misalnya virus flu burung). glikoprotein. Genom virus dapat terdiri dari DNA untai ganda. Virus sering diperdebatkan statusnya sebagai makhluk hidup karena ia tidak dapat menjalankan fungsi biologisnya secara bebas. Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Dalam sel inang. atau bentuk yang lebih kompleks dan terdiri atas protein yang disandikan oleh genom virus. sementara istilah bakteriofag atau fag digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel). Bahan genetik kebanyakan virus hewan dan manusia berupa DNA. asam nukleat genom virus dapat berbentuk linear tunggal atau sirkuler. dan pada virus tumbuhan kebanyakan adalah RNA yang beruntai tunggal.BAB 2 KAJIAN PUSTAKA A. atau kombinasi ketiganya. Pengertian Virus Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Bahan genetik virus diselubungi oleh suatu lapisan pelindung. polihedral. Selain itu. Genom virus menyandi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya. kapsid bisa berbentuk bulat (sferik). Istilah virus biasanya merujuk pada pertikel-partikel yang menginfeksi sel-sel eukariota(organisme multisel dan banyak jenis organisme sel tunggal). virus merupakan parasit obligat dan di luar inangnya menjadi tak berdaya. Kapsid terbentuk dari banyak subunit protein yang disebut kapsomer. Jumlah gen virus bervariasi dari empat untuk yang terkecil sampai dengan beberapa ratus untuk yang terbesar.

Retrovirus merupakan salah satu golongan virus yang terdiri dari satu benang tunggal RNA (bukannya DNA). epidimologi atau virus. dan spumaviruses. Ada empat jenis ornocavirus yang terdapat pada non human primata(ordo) (NHP) yaitu Simian T-lymphotropic virus (STLV). pada virus campak. Meskipun kasus kejadiannya tidak banyak.7 Angstrom Resolution dapat diketahui struktur 3 dimensi dari Moloney Murine Leukimia Virus yakni virus yang dapat menimbulkan penyakit leukemia. HTLV dapat menyebabkan leukemia pada sel T dewasa atau lymphoma pada manusia yang terinfeksi. Selain itu. umumnya terjadi pada leukosit (sel darah putih).Untuk virus berbentuk heliks. Moloney Murine Leukimia Virus Pada jurnal NCBI yang berjudul Retrovirus Envelope Domain at 1. virus leukemia feline. nukleokapsid ini diselubungi oleh lapisan lipid yang didapatkan dari sel inang. Leukimia dapat dipicu dengan berbsgsi fsktor ysitu radiasi. dan glikoprotein yang disandikan oleh virus melekat pada selubung lipid tersebut. virus tersebut akan membentuk replika DNA dari RNA-nya dengan menggunakan enzim reverse transcriptase. protein kapsid (biasanya disebut protein nukleokapsid) terikat langsung dengan genom virus. strain virus . Simian T-lymphotropic virus (STLV) sangat mirip dengan Human T-cell leukemia virus (HTLV) yang banyak sekali terdapat di Asia. dan Simian retrovirus Type D (SRV). HTLV-1 pada orang dewasa. hereditas. Sel-sel normal di dalam sumsum tulang digantikan oleh sel tak normal atau abnormal. Ada tiga golongan retrovirus yang ditemukan pada primata yaitu oncornaviruses. lentiviruses. Bagian-bagian ini berfungsi dalam pengikatan pada dan pemasukan ke sel inang pada awal infeksi. B. Virus dapat menyebabkan leukemia seperti retrovirus. Gibbon ape leukemia virus (GaLV). Afrika maupun Amerika. Pada virus campak. Simian sarcoma virus. setiap protein nukleokapsid terhubung dengan enam basa RNA membentuk heliks sepanjang sekitar 1. Setelah menginfeksi sel. Sel abnormal ini keluar dari sumsum dan dapat ditemukan di dalam darah perifer atau darah tepi. Komposisi kompleks protein dan asam nukleat ini disebut nukleokapsid. Sel leukemia memengaruhi hematopoiesis atau proses pembentukan sel darah normal dan imunitas tubuh penderita.3 mikrometer. Misalnya. Leukimia lebih dikenal sebagai kanker darah merupakan penyakit dalam klasifikasi kanker pada darah atau sumsum tulang yang ditandai oleh perbanyakan secara tak normal atau transformasi maligna dari sel-sel pembentuk darah di sumsum tulang dan jaringan limfoid.

HTLV I juga berkaitan dengan tropical spastic paraparesis yaitu suatu gangguan syaraf yang langka. Biasanya gugus prostetik pada protein memegang peranan penting di dalam fungsi biologisnya. Protein konjugasi digolongkan berdasarkan jenis gugus prostetiknya. . Gambar 1. Protein Sederhana dan Protein Konjugasi Berdasarkan komposisi kimianya. dan tidak ada gugus kimia lain.1 Moloney Murine Leukimia Virus C. Protein sederhana hanya teriri atas asam amino. Bagian yang bukan asam amino dari protein konjugasi disebut gugus prostetik. Moloney Murine Leukimia Virus merupakan protein konjugasi karena memiliki gugus prostetik. protein dibedakan atas protein sederhana dan protein konjugasi.

 struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. (β-turn. tersier (tingkat tiga). Frederick Sanger merupakan ilmuwan yang berjasa dengan temuan metode penentuan deret asam amino pada protein. dengan penggunaan beberapa enzim protease yang mengiris ikatan antara asam amino tertentu. (γ-turn. "lekukan-beta"). Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya ialah sebagai berikut:  alpha helix (α-helix. berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H). dan kuartener (tingkat empat):  struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). sekunder (tingkat dua).    beta-turn. dan gamma-turn. . menjadi fragmen peptida yang lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuan kertas kromatografik. beta-sheet (β-sheet. Struktur Protein Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki. yaitu berupa struktur primer (tingkat satu). "lempeng-beta"). "lekukan-gamma").Gambar 1. "puntiran-alfa").2 protein konjugasi D. berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk seperti spiral.

trimer. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin. E. struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer. Moloney Murine Leukimia Virus merupakan protein berstruktur tersier karena terdiri dari 3 subunit yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Ujung N dan Ujung C dari masing-masing Subunit Gambar 1.4 ujung N dan ujung C dari masing-masing subunit G. Bagian-bagian Struktur Sekunder . Panjang Masing-masing Subunit F. atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.

Gambar 1.5 struktur sekunder Moloney Murine Leukimia Virus .