Professional Documents
Culture Documents
Biosel 2006 1
DNA
5’ Nontemplate/sense/coding strand 3’
3’ Template/antisense/noncoding strand 5’
Biosel 2006 2
• Sekuen DNA selalu ditulis 5’ - 3’
• Sekuen DNA biasanya adalah dari
Nontemplate/coding/sense strand
Biosel 2006 3
mRNA protein Sifat
translasi ekspresi
transkripsi
Biosel 2006 4
• Kode genetika: 43 = 64 kodons
• Hanya 20 asam amino, sehingga 1 asam
dikodekan oleh lebih dari satu kodon; dikenal
dengan Degenerasi/redundansi
• Kodon berbeda yang mengkode Asam
amino yang sama disebut sinonim
• Variasi kodon tersebut terjadi pada basa
ketiga. Gejala ini disebut Wobble position
• Valin: GUU, GUC, GUA, GUG
Biosel 2006 5
• Dari ke 64 kodon tsb, hanya 61 yang
mengkode AA.
• 1 start kodon = Metionin (AUG)
• 3 termination kodon UAG, UGA, UAA
Biosel 2006 6
• ORF (Open Reading Frame) adalah satu set
kodon yang berjalan berturutan, yang
dimulai dengan start kodon dan diakhiri
dengan stop kodon
Biosel 2006 7
Promoter coding Termination
sequence sequence
Biosel 2006 8
TRANSKRIPSI
Biosel 2006 10
TRANSKRIPSI PROKARIOTIK
Biosel 2006 11
• RNA polymerase mengenali sebuah konsensus
sekuen (-10 dan -35)
• Sub unit σ dari RNA polymerase berperan
dalam mengenali dan mengikatkan diri dengan
promoter pada titik -35.
• Ikatan antara ensim dengan promoter tersebut
membentuk sebuah “closed promoter complex”
dimana promoter tetap double helix)
Biosel 2006 12
• Double helix kemudian terbuka sedikit pada
titik -10, yang kaya akan ikatan yang lemah
antara A-T, dan membentuk “open promoter
complex”
Biosel 2006 13
Promoter Transcribed gene sekuen
5’ 3’
DNA
-10 +1 5’
3’ -35
Biosel 2006 14
RNA polymerase
5’ 3’
+1 5’
3’
Subunit σ
Biosel 2006 15
Biosel 2006 16
Subunit σ
5’ 3’
3’ 5’
5’
RNA
Biosel 2006 17
5’ 3’
3’ 5’
5’
RNA
Biosel 2006 18
TRANSKRIPSI EUKARIOTIK
• Fase : inisiasi, elongasi, terminasi
• RNA polymerase II
• Transkripsi dimulai dari sekuen Promoter
• Promoter mengandung sekuen DNA khusus
(TATA…) yang dikenal dengan TATA box, dan
terletak pada 25 bp upstream
• TATA box berperan untuk meletakkan RNA
polymerase II pada tempat yang tepat sebelum
transkripsi
Biosel 2006 19
• Pengikatan RNA Polymerase II dengan
promoter memerlukan beberapa protein yang
disebut Transcription Factor II
Biosel 2006 20
Promoter
Transcribed gene sekuen
5’ 3’
DNA TATA
-25 +1 5’
3’
Biosel 2006 21
TFIID
5’ 3’
DNA
+1 5’
3’
Biosel 2006 22
TFIIA,
TFIIB
5’ 3’
DNA
+1 5’
3’
Biosel 2006 23
RNAPol II
5’ 3’
DNA
+1 5’
3’
Biosel 2006 24
TFII
F,E,H,J
5’ 3’
DNA
+1 5’
3’
Biosel 2006 25
5’ 3’
3’ 5’
5’
RNA
Biosel 2006 26
mRNA PROCESSING
• Hasil proses transkripsi sebuah gen
yang mengkode protein adalah sebuah
pre-mRNA (hnRNA/mRNA precursor)
• Pre-mRNA (pada eukariotik) terdiri
dari intron dan exon
Biosel 2006 27
mRNA PROCESSING
• Langkah pertama: Splicing, yaitu
menghilangkan sekuen non-coding
(intron), sehingga menghasilkan
mRNA tanpa intron
• Langkah kedua: 5’Capping, yaitu
menambahkan 7-methylguanosin (GTP
+ CH3), pada ujung 5’ untuk
menghindari degradasi exonuklease
pada ujung 5’
Biosel 2006 28
mRNA PROCESSING
• Langkah ketiga: 3’ Polyadenilatin,
yaitu menambahkan ± 250 Adenin
pada ujung 3’, sehingga membentuk
ekor poli-A, untuk menghindari
degradasi exonuklease pada ujung 3’
Setiap mRNA pasti mengandung ekor
poli-A.
Biosel 2006 29
Biosel 2006 30
tRNA PROCESSING
• Sebanyak 74 – 95 nukleotida RNA
membentuk struktur berbentuk daun
cengkih (cloverleaf structure)
Biosel 2006 31
tRNA
3’
A
C
Acceptor arm
C
5’
TϕC arm
dHU arm
Optional arm
Anticodon arm
Biosel 2006 32
• Acceptor arm: memiliki ujung CCA3’,
yang tidak berpasangan, dan
merupakan titik pengikatan tRNA
dengan Asam Amino
• Anticodon arm: berperan untuk
mengenali dan melekatkan diri pada
codon dalam mRNA
Biosel 2006 33
rRNA PROCESSING
• rRNA terbentuk dari asosiasi antara
ribosom dengan RNA
• Ribosom Prokariotik 70S
• Ribosom Eukariotik 80S
Biosel 2006 34
TRANSLASI
Biosel 2006 35
• terdapat 31 – 40 tRNA
• Sehingga 1 AA kemungkinan akan
dibawa oleh > 1 tRNA
• tRNA berbeda yang membawa AA yang
sama disebut Isoacceptors
Biosel 2006 36
PROSES TRANSLASI
Biosel 2006 37
3. Tahapan translasi:
• Inisiasi (Initiation): adalah pengikatan
Ribosom dengan mRNA membentuk
sebuah “inisiation complex”
• Proses ini dimulai dari AUG (met)
sehingga kodon ini disebut ‘translation
initiation codon”
Biosel 2006 38
• Pada prokariotik, translasi dimulai pada
sekuen yang terletak –10 dari AUG
yaitu dengan sekuen 5’AGGAGGU3’,
yang disebut “Shine-Dalgarno
Sequence”
Biosel 2006 39
b. Pemanjangan/elongation:
• Dimulai dengan penggabungan Ribosom
pada inisiation complex
• Sehingga terbentuk 2 buah ruangan
pada kompleks, dimana satu ruangan
telah diisi oleh tRNA Met, dan ruangan
yang kedua diisi oleh tRNA yang
ditentukan oleh kodon kedua dari
mRNA.
Biosel 2006 40
• Kompleks ini kemudian akan bergeser
kearah 3’ (downstream) sehingga
ruangan pertama akan disi oleh tRNA
kedua, dan ruangan kedua akan diisi
oleh tRNA ketiga yang ditentukan oleh
kodon ketiga dst.
Biosel 2006 41
a. Terminasi (termination):
• tRNA tidak akan mampu berikatan
dengan termination codon
• Terdapat beberapa protein yang
disebut “Release Factors” yang akan
mengenali kodon stop (UAA, UAG,
UGA), dan akan menambahkan air
pada polipeptida, sehingga terjadi
pelepasan polipeptida.
Biosel 2006 42
Biosel 2006 43
• Dilanjutkan dengan pelepasan ribosom
dari mRNA.
Biosel 2006 44