P. 1
Enzim.docx

Enzim.docx

|Views: 4|Likes:
Published by Jongko Priyo

More info:

Published by: Jongko Priyo on Jan 12, 2014
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOCX, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

05/01/2015

pdf

text

original

Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang mempercepat [1][2] proses reaksi tanpa

habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia organik. Molekul awal yang disebut substrat akan dipercepat perubahannya menjadi molekul lain yang disebut produk. Jenis produk yang akan dihasilkan bergantung pada suatu kondisi/zat, yang disebut promoter. Semua proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan cukup cepat dalam suatu arah lintasan metabolisme yang ditentukan oleh hormon sebagai promoter. Enzim bekerja dengan cara bereaksi dengan molekul substrat untuk menghasilkan senyawa intermediat melalui suatu reaksi kimia organik yang membutuhkan energi aktivasi lebih rendah, sehingga percepatan reaksi kimia terjadi karena reaksi kimia dengan energi aktivasi lebih tinggi membutuhkan waktu lebih lama. Sebagai contoh: X + C → XC (1) Y + XC → XYC (2) XYC → CZ (3) CZ → C + Z (4) Meskipun senyawa katalis dapat berubah pada reaksi awal, pada reaksi akhir molekul katalis akan kembali ke bentuk semula. Sebagian besar enzim bekerja secara khas, yang artinya setiap jenis enzim hanya dapat bekerja pada satu macam senyawa atau reaksi kimia. Hal ini disebabkan perbedaan struktur kimia tiap enzim yang bersifat tetap. Sebagai contoh, enzim αamilase hanya dapat digunakan pada proses perombakan pati menjadi glukosa. Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah substrat, suhu, keasaman, kofaktor dan inhibitor. Tiap enzim memerlukan suhu dan pH(tingkat keasaman) optimum yang berbeda-beda karena enzim adalah protein, yang dapat mengalami perubahan bentuk jika suhu dan keasaman berubah. Di luar suhu atau pH yang sesuai, enzim tidak dapat bekerja secara optimal atau strukturnya akan mengalami kerusakan. Hal ini akan menyebabkan enzim kehilangan fungsinya sama sekali. Kerja enzim juga dipengaruhi oleh molekul lain. Inhibitor adalah molekul yang menurunkan aktivitas enzim, sedangkan aktivator adalah yang meningkatkan aktivitas enzim. Banyak obat dan racun adalah inihibitor enzim.
Daftar isi
[sembunyikan]

  

1 Etimologi dan Sejarah 2 Konvensi penamaan 3 Struktur dan mekanisme

o

3.1 Kespesifikan

3.1.1 Model "kunci dan gembok"

2 Dinamika dan fungsi 3.1. Enzimologi terutama .2.2 Koenzim 5 Termodinamika 6 Kinetika 7 Inhibisi 8 Fungsi biologis 9 Kontrol aktivitas 10 Keterlibatan dalam penyakit 11 Referensi 12 Lihat pula [sunting]Etimologi dan Sejarah Eduard Buchner Hal-ihwal yang berkaitan dengan enzim dipelajari dalam enzimologi. Dalam dunia pendidikan tinggi.1 Kofaktor 4.2 Model ketepatan induksi 3.1 Stabilisasi keadaan transisi 3.2 Mekanisme   o  3.3 Modulasi alosterik 4 Kofaktor dan koenzim o o         4.2. enzimologi tidak dipelajari tersendiri sebagai satu jurusan tersendiri tetapi sejumlah program studi memberikan mata kuliah ini. o 3.

Pengetahuan tentang enzim telah dirintis oleh Berzelius pada tahun 1837. untuk menjelaskan proses ini. pencernaan daging oleh sekresi [3] perut dan konversi pati menjadi gula oleh ekstrak tumbuhan dan ludahtelah diketahui. Pada sederet eksperimen di Universitas Berlin. ia menemukan bahwa gula difermentasi [6] bahkan apabila sel ragi tidak terdapat pada campuran. proses kimia yang terjadi dengan pertolongan enzim telah dikenal sejak zaman dahulu misalnya pembuatan anggur dengan cara fermentasi atau peragian. dan bukannya kematian ataupun putrefaksi sel tersebut. pada tahun 1926. Namun. James B. Penemuan bahwa enzim dapat bekerja diluar sel hidup mendorong penelitian pada sifat-sifat biokimia enzim tersebut. Louis Pasteur menyimpulkan bahwa fermentasi ini dikatalisasi oleh gaya dorong vital yang terdapat dalam sel ragi. Mengikuti praktek Buchner. Ia menulis bahwa "fermentasi alkoholik adalah peristiwa yang berhubungan dengan kehidupan dan [5] organisasi sel ragi. Namun. Pada tahun 1907. ia menerima penghargaan Nobel dalam bidang kimia "atas riset biokimia dan penemuan fermentasi tanpa sel yang dilakukannya". Kesimpulannya adalah bahwa protein murni dapat berupa enzim dan hal ini secara tuntas dibuktikan oleh Northrop dan Stanley yang meneliti enzim pencernaan . Ia mengusulkan nama "katalis" untuk zat-zat yang dapat mempercepat reaksi tetapi zat itu sendiri tidak ikut bereaksi. Eduard Buchner memulai kajiannya mengenai kemampuan ekstrak ragi untuk memfermentasi gula walaupun ia tidak terdapat pada sel ragi yang hidup. Ia menamai enzim yang [7] memfermentasi sukrosa sebagai "zymase" (zimase). merupakan enzim yang mengurai laktosa) ataupun pada jenis reaksi yang dikatalisasi (contoh: DNA polimerase yang menghasilkan polimer DNA). yang berasal dari bahasa Yunani ενζυμονyang berarti "dalam bahan pengembang" (ragi). Banyak peneliti awal menemukan bahwa aktivitas enzim diasosiasikan dengan protein. mekanisme bagaimana hal ini terjadi belum diidentifikasi. Kata " enzyme" kemudian digunakan untuk merujuk pada zat mati sepertipepsin. [4] Namun.dipelajari dalam kedokteran. Pada akhir tahun 1700-an dan awal tahun 1800-an. teknologi pengolahan pangan. akhiran -ase ditambahkan pada nama substrat enzim tersebut (contohnya: laktase. Lois Pasteur salah seorang yang banyak bekerja dalam fermentasi ini dan ketika mengkajifermentasi gula menjadi alkohol oleh ragi. untuk mendapatkan nama sebuah enzim. namun beberapa ilmuwan seperti Richard Willstätter berargumen bahwa proten hanyalah bertindak sebagai pembawa enzim dan protein sendiri tidak dapat melakukan katalisis. dan diperkirakan hanya berfungsi dalam tubuh organisme hidup. enzim biasanya dinamai sesuai dengan reaksi yang dikatalisasi oleh enzim tersebut. dan kata ferment digunakan untuk merujuk pada aktivitas kimiawi yang dihasilkan oleh organisme hidup. ahli fisiologi Jerman Wilhelm Kühne (1837–1900) pertama kali menggunakan istilah "enzyme". Pada tahun 1897. Sumner berhasil mengkristalisasi enzim urease dan menunjukkan bahwa ia merupakan protein murni. disebut sebagai "ferment"." Pada tahun 1878. dan cabangcabang ilmu pertanian. dan pembuatan asam cuka. ilmu pangan. Umumnya.

pepsin (1930). yang disebut sebagai nomor EC.qmul.chem. tiap-tiap enzim memiliki empat digit nomor urut sesuai dengan ketentuan klasifikasi yang berlaku. yang mencerna lapisan pelindung beberapa bakteri. dan DNA polimerase. air ludah. Struktur enzim ini dipecahkan oleh sekelompok ilmuwan [9] yang diketuai oleh David Chilton Phillips dan dipublikasikan pada tahun 1965. dan telur putih. International Union of Biochemistry and Molecular Biology telah mengembangkan suatu tatanama untuk enzim. Penemuan bahwa enzim dapat dikristalisasi pada akhirnya mengijinkan struktur enzim ditentukan melalui kristalografi sinar-X. Struktur lisozim dalam resolusi tinggi ini menandai dimulainya bidang biologi struktural dan usaha untuk memahami bagaimana enzim bekerja pada tingkat atom. Nomor pertama untuk klasifikasi teratas enzim didasarkan pada ketentuan berikut:       EC 1 Oksidoreduktase: mengatalisis reaksi oksidasi/reduksi EC 2 Transferase: mentransfer gugus fungsi EC 3 Hidrolase: mengatalisis hidrolisis berbagai ikatan EC 4 Liase: memutuskan berbagai ikatan kimia selain melalui hidrolisis dan oksidasi EC 5 Isomerase: mengatalisis isomerisasi sebuah molekul tunggal EC 6 Ligase: menggabungkan dua molekul dengan ikatan kovalen Tata nama secara lengkap dapat dilihat di http://www. enzim yang ditemukan pada air mata.ac. tripsin. Metode ini pertama kali diterapkan pada lisozim. alkohol dehidrogenase (mengatalisis penghilangan hidrogen dari alkohol).uk/iubmb/enzyme/ (Bahasa Inggris). [sunting]Struktur dan mekanisme Lihat pula: Katalisis enzim . [sunting]Konvensi penamaan Nama enzim sering kali diturunkan dari nama substrat ataupun reaksi kimia yang ia kataliskan dengan akhiran -ase. Contohnya adalah laktase. Ketiga ilmuwan ini meraih penghargaan Nobel [8] tahun 1946 pada bidang kimia. dan kimotripsin.

denaturasi dapat bersifat reversibel maupun ireversibel. Tiap-tiap urutan asam amino menghasilkan struktur pelipatan dan sifatsifat kimiawi yang khas. Dengan demikian ia berfungsi sebagai regulasi umpan balik. Pengikatan ini dapat meningkatkan ataupun menurunkan aktivitas enzim. sampai dengan lebih dari [11] 2. Aktivitas enzim ditentukan oleh struktur tiga dimensinya [12] (struktur kuaterner). Sama seperti protein-protein lainnya. Walaupun struktur enzim menentukan fungsinya. Beberapa enzim juga memiliki tapak ikat untuk molekul kecil. Enzim juga dapat mengandung tapak yang mengikat kofaktor yang diperlukan untuk katalisis. Kebanyakan enzim berukuran lebih besar daripada substratnya. prediksi [13] aktivitas enzim baru yang hanya dilihat dari strukturnya adalah hal yang sangat sulit. Terdapat pula sejumlah kecil katalis RNA. Enzim umumnya merupakan protein globular dan ukurannya berkisar dari hanya 62 [10] asam amino pada monomer 4-oksalokrotonat tautomerase .Diagram pita yang menunjukkan karbonat anhidrase II.500 residu pada asam lemak sintase. Rantai protein tunggal kadang-kadang dapat berkumpul bersama dan membentukkompleks protein. enzim merupakan rantai asam amino yang melipat. Jenis enzim ini dirujuk sebagai RNAenzim ataupun ribozim. tetapi hanya sebagian kecil asam amino enzim (sekitar 3–4 asam amino) yang secara langsung terlibat dalam [14] katalisis. Daerah yang mengandung residu katalitik yang akan mengikat substrat dan kemudian menjalani reaksi ini dikenal sebagai tapak aktif. [sunting]Kespesifikan . yang sering kali merupakan produk langsung ataupun tak langsung dari reaksi yang dikatalisasi. dengan yang paling umum merupakan ribosom. Kebanyakan enzim dapat mengalami denaturasi (yakni terbuka dari lipatannya dan menjadi tidak aktif) oleh pemanasan ataupun denaturan kimiawi. Tergantung pada jenis-jenis enzim. Bola abu-abu adalah kofaktor seng yang berada pada tapak aktif.

Orientasirantai samping asam amino berubah sesuai dengan substrat dan mengijinkan enzim untuk menjalankan fungsi katalitiknya. Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci dan gembok: oleh karena enzim memiliki struktur yang fleksibel. molekul substrat juga . yakni bahwa ia dapat bekerja pada berbagai jenis substrat yang berbeda-beda. Pada tahun 1894. substrat tidak berikatan dengan tapak aktif yang kaku. dan model ketepatan induksilah yang sekarang paling banyak diterima. Proses dwi-langkah ini menurunkan laju kesalahan dengan 1 kesalahan untuk setiap 100 juta [17] reaksi pada polimerase mamalia. Beberapa enzim yang menunjukkan akurasi dan kespesifikan tertinggi terlibat dalam pengkopian dan pengekspresian genom. Pada beberapa kasus. misalnya glikosidase. tapak aktif secara terus menerus [23] berubah bentuknya sesuai dengan interaksi antara enzim dan substrat. Enzim-enzim ini memiliki mekanisme "sistem pengecekan ulang". [sunting]Model ketepatan induksi Diagram yang menggambarkan hipotesis ketepatan induksi. regioselektivitas. Bentuk. Manakala model ini menjelaskan kespesifikan enzim. Emil Fischer mengajukan bahwa hal ini dikarenakan baik enzim dan substrat memiliki bentuk geometri yang saling [22] memenuhi. Akibatnya.Enzim biasanya sangat spesifik terhadap reaksi yang ia kataliskan maupun terhadap substrat yang terlibat dalam reaksi. Mekanisme yang sama juga dapat ditemukan [18] [19] [20] pada RNA polimerase. aminoasil tRNA sintetase dan ribosom. Enzim seperti DNA polimerase mengatalisasi reaksi pada langkah [16] pertama dan mengecek apakah produk reaksinya benar pada langkah kedua. Model ini telah dibuktikan tidak akurat. [sunting]Model "kunci dan gembok" Enzim sangatlah spesifik. Hal ini sering dirujuk sebagai model "Kunci dan Gembok". ia gagal dalam menjelaskan stabilisasi keadaan transisi yang dicapai oleh enzim. dankemoselektivitas yang sangat tinggi. muatan dan katakteristik hidrofilik/hidrofobik enzim dan substrat bertanggung jawab terhadap kespesifikan ini. Beberapa enzim yang menghasilkan metabolit sekunder dikatakan sebagai "tidak pilihpilih". Enzim juga dapat menunjukkan [15] tingkat stereospesifisitas. Diajukan bahwa kespesifikan substrat yang sangat luas ini sangat penting terhadap [21] evolusi lintasan biosintetik yang baru. Pada tahun 1958.

Gerakan protein sangat vital. Menurunkan perubahan entropi reaksi dengan menggiring substrat bersama pada orientasi yang tepat untuk bereaksi. [sunting]Dinamika dan fungsi Dinamika internal enzim berhubungan dengan mekanisme katalis enzim [30][31][32] tersebut. Cara yang paling efektif untuk mencapai stabilisasi yang besar adalah menggunakan efek elektrostatik. sekelompok asam amino. Menyediakan lintasan reaksi alternatif. namun apakah vibrasi yang cepat atau lambat maupun pergerakan konformasi yang besar atau kecil yang lebih penting bergantung pada tipe reaksi yang terlibat. ‡ ‡ [26] [24]    [sunting]Stabilisasi keadaan transisi Pemahaman asal usul penurunan ΔG memerlukan pengetahuan bagaimana enzim dapat menghasilkan keadaan transisi reaksi yang lebih stabil dibandingkan dengan stabilitas keadaan transisi reaksi tanpa katalis. Dinamika internal enzim adalah pergerakan bahagian struktur enzim. Lingkungan seperti ini tidak ada dapat ditemukan pada reaksi tanpa katalis di air.) Menurunkan energi keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat dengan menciptakan lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang berlawanan dengan keadaan transisi. [sunting]Mekanisme Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara. Tapak aktif akan terus berubah bentuknya sampai substrat terikat secara sepenuhnya. misalnya residu asam amino tunggal. Modulasi ini dapat terjadi secara langsung. Namun. Penyingkapan ini juga memiliki implikasi yang luas dalam pemahaman efek alosterik dan pengembangan obat baru. Contohnya bereaksi dengan substrat sementara waktu untuk membentuk kompleks Enzim-Substrat antara. terutama pada lingkungan yang relatif polar yang diorientasikan ke distribusi muatan keadaan [29] transisi. adalah tidak jelas jika gerak ini membantu mempercepat langkah-langkah reaksi reaksi enzimatik [37] ini.berubah sedikit ketika ia memasuki tapak aktif. yang mana bentuk akhir dan [25] muatan enzim ditentukan. [sunting]Modulasi alosterik Enzim alosterik mengubah strukturnya sesuai dengan efektornya. . berkisar dari beberapa femtodetik sampai dengan beberapa detik. yang kesemuaannya menurunkan ΔG :  Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang mana keadaan transisi terstabilisasi (contohnya mengubah bentuk substrat menjadi konformasi keadaan transisi ketika ia terikat dengan enzim. walaupun gerak ini sangat penting dalam hal pengikatan dan pelepasan substrat dan produk. efek entropi ini melibatkan [27] [28] destabilisasi keadaan dasar. ataupun bahwa keseluruhan domain protein. Menariknya. Jaringan residu protein di seluruh struktur enzim dapat berkontribusi terhadap katalisis melalui gerak [33][34][35][36] dinamik. Pergerakan ini terjadi pada skala waktu yang bervariasi. dan kontribusinya terhadap katalis relatif kecil. di mana efektor mengikat tapak ikat enzim secara lngsung.

formil. Gugus kimiawi yang dibawa – + mencakup ion hidrida (H ) yang dibawa oleh NAD atau NADP . NADPH dan adenosina trifosfat. yang akan melepaskan diri dari tapak aktif enzim semasa reaksi. Namun beberapa memerlukan pula molekul non-protein yang disebut [38] kofaktor untuk berikatan dengan enzim dan menjadi aktif. [sunting]Koenzim Model pengisian ruang koenzim NADH Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor gugus kimia [38][40][41] atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. Contoh koenzim mencakup NADH. di mana efektor mengikat protein atau subunit protein lain yang berinteraksi dengan enzim alosterik. metenil. [sunting]Kofaktor dan koenzim Artikel utama untuk bagian ini adalah: Kofaktor dan Koenzim [sunting]Kofaktor Beberapa enzim tidak memerlukan komponen tambahan untuk mencapai aktivitas penuhnya.ataupun secara tidak langsung. tetapi terikat dengan kuat. seperti DNA polimerase. holoenzim adalah kompleks lengkap yang mengandung seluruh subunit yang diperlukan agar menjadi aktif. dengan [39] kofaktor seng terikat sebagai bagian dari tapak aktifnya. Kofaktor dapat berupa zat anorganik (contohnya ion logam) ataupun zat organik (contohnya flavin dan heme). Kebanyakan kofaktor tidak terikat secara kovalen dengan enzim. ataupun gugus metil yang dibawa oleh asam . Enzim yang memerlukan kofaktor namun tidak terdapat kofaktor yang terikat dengannya disebut sebagai apoenzim ataupun apoprotein. Istilah holoenzim juga dapat digunakan untuk merujuk pada enzim yang mengandung subunit protein berganda. Apoenzim beserta dengan kofaktornya disebut holoenzim(bentuk aktif). gugus prostetik organik dapat pula terikat secara kovalen (contohnya tiamina pirofosfat pada enzim piruvat dehidrogenase). Pada kasus ini. ataupun koenzim. Namun. Kofaktor dapat berupa gugus prostetik yang mengikat dengan kuat. sehingga memengaruhi aktivitas katalitiknya. Contoh enzim yang mengandung kofaktor adalah karbonat anhidrase. gugus asetil yang dibawa oleh koenzim A.

dan asam folat adalah vitamin. yang akan kemudian berubah menjadi produk. dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina. [sunting]Termodinamika Tahapan-tahapan energi pada reaksi kimia. Enzim tidak mengubah kesetimbangan reaksi itu sendiri. hidrolsis ATP sering kali menggunakan reaksi kimia lainnya untuk mendorong reaksi. karbonat anhidrase mengatalisasi reaksinya ke dua arah bergantung pada konsentrasi reaktan. Sebagai contoh. Sebagai contoh. . NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat. danKesetimbangan kimia Sebagai katalis. Enzim menstabilisasi keadaan transisi. Biasanya reaksi akan berjalan ke arah yang sama dengan reaksi tanpa katalis. Perbedaannya adalah. sehingga reaksi yang difavoritkan secara termodinamik dapat digunakan untuk mendorong reaksi yang tidak difavoritkan secara termodinamik. Enzim mengatalisasi reaksi maju dan balik secara seimbang. Sebagai contoh. Beberapa koenzim seperti riboflavin. enzim dapat menggabungkan dua atau lebih reaksi. Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel. dan S-adenosilmetionina melalui metionina adenosiltransferase. reaksi enzimatik berjalan lebih cepat. reaksi samping yang memungkinkan dapat terjadi dan menghasilkan produk yang berbeda. Contohnya. Substrat memerlukan energi yang banyak untuk mencapai keadaan transisi.folat. enzim tidak mengubah posisi kesetimbangan reaksi kimia. Namun. [42] sekitar 700 enzim diketahui menggunakan koenzim NADH. Artikel utama untuk bagian ini adalah: Energi aktivasi. namun hanya mempercepat reaksi saja. Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim. tiamina. Lebih lanjut. adalah dapat dikatakan koenzim merupakan substrat yang khusus. tanpa keberadaan enzim. menurunkan energi yang diperlukan untuk menjadi produk. Kesetimbangan termodinamik. ataupun substrat sekunder.

jika kesetimbangan tersebut sangat memfavoritkan satu arah reaksi. E. namun data eksperimennya tidak berguna karena perhatian pada konsentrasi ion hidrogen pada saat itu masih belum dititikberatkan. konsentrasi CO2 yang tinggi) (pada paru-paru. Maud Leonora Menten. Salah satu kontribusi utama Henri pada kinetika enzim adalah memandang reaksi enzim sebagai dua tahapan. mengulangi eksperimen Henri dan mengkonfirmasi persamaan Henri. Penurunan persamaan kinetika yang diturunkan mereka masih digunakan secara meluas [46] sampai sekarang . Briggs dan J. [sunting]Kinetika Artikel utama untuk bagian ini adalah: Kinetika enzim Mekanisme reaksi enzimatik untuk sebuah subtrat tunggal. Enzim (E) mengikat substrat (S) dan menghasilkan produk (P). Data laju yang digunakan dalam analisis kinetika didapatkan dari asai enzim. Kinetika enzim menginvestigasi bagaimana enzim mengikat substrat dengan mengubahnya menjadi produk. Pada tahap pertama. enzim akan hanya mengatalisasi reaksi yang diijinkan secara termodinamik. Setelah Peter Lauritz Sørensen menentukan skala pH logaritmik dan [44] memperkenalkan konsep penyanggaan (buffering) pada tahun 1909 . Kompleks ini [43] . Pada kondisi demikian. B. Haldane. Persamaan ini kemudian dikenal dengan nama Kinetika Henri-Michaelis-Menten (kadang-kadang juga hanya [45] disebut kinetika Michaelis-Menten). membentuk kompleks enzim-substrat. subtrat terikat ke enzim secara reversible. Hasil kerja mereka kemudian dikembangkan lebih jauh oleh G. reaksi itu akan menjadi ireversible. Victor Henri mengajukan suatu teori kinetika enzim yang kuantitatif. konsentrasi CO2 yang rendah) Walaupun demikian.(dalam jaringan tubuh. Pada tahun 1902. yakni reaksi yang sangat eksergonik. S. kimiawan Jerman Leonor Michaelis dan murid bimbingan pascadokotoralnya yang berasal dari Kanada.

semakin banyak enzim bebas yang diubah menjadi kompleks substrate-enzim ES. apabila enzim tersebut [47] ditambahkan. proses ini hanya memerlukan waktu 25 milidetik.kadang-kadang disebut sebagai kompleks Michaelis. dan ini dapat menunjukkan seberapa kuatnya pengikatan substrat ke enzim. Untuk menentukan kelajuan maksimum suatu reaksi enzimatik. Ia juga disebut sebagai konstanta kespesifikan dan memasukkan tetapan kelajuan semua langkah . Sedangkan peningkatan konsentrasi substrat cenderung meningkatkan aktivitasnya. Sebagai contoh. Efisiensi suatu enzim diekspresikan oleh kcat/Km. dan jumlah kompleks ES adalah sama dengan jumlah total enzim yang ada. Enzim kemudian mengatalisasi reaksi kimia dan melepaskan produk. dan nilai pH yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan menghilangkan aktivitas enzim. konsentrasi garam yang tinggi. Hal ini ditunjukkan oleh kurva kejenuhan di samping. Kondisi-kondisi yang menyebabkan denaturasi protein seperti temperatur tinggi. Pada kelajuan yang maksimum (Vmax). Konstanta lainnya yang juga berguna adalah kcat. semua tapak aktif enzim akan berikatan dengan substrat. Setiap enzim memiliki nilai Km yang berbeda-beda untuk suatu subtrat. reaksi yang dikatalisasi oleh enzim orotidina 5'-fosfat dekarboksilase akan memerlukan waktu 78 juta tahun untuk mengubah 50% substrat menjadi produk. Hal ini diekspresikan olehkonstanta Michaelis-Menten (Km). Kurva kejenuhan suatu reaksi enzim yang menunjukkan relasi antara konsentrasi substrat (S) dengan kelajuan (v). Kejenuhan terjadi karena seiring dengan meningkatnya konsentrasi substrat. Laju reaksi bergantung pada kondisi larutan dan konsentrasi substrat. Namun. Enzim dapat mengatalisasi reaksi dengan kelajuan mencapai jutaan reaksi per detik. Jumlah substrat yang diperlukan untuk mencapai nilai kelajuan reaksi tertentu jugalah penting. tanpa keberadaan enzim. yang merupakan jumlah molekul substrat yang dapat ditangani oleh satu tapak aktif per detik. Namun. konsentrasi substrat ditingkatkan sampai laju pembentukan produk yang terpantau menjadi konstan. yang merupakan konsentrasi substrat yang diperlukan oleh suatu enzim untuk mencapai setengah kelajuan maksimumnya. Vmax hanyalah salah satu konstanta kinetika enzim.

Pada situasi seperti ini. [sunting]Inhibisi . asetilkolinesterase. dan laju pembentukan produk tidak dibatasi oleh laju reaksi. Karena konstanta kespesifikan mencermikan kemampuan katalitik dan afinitas. Penerowongan kuantum untuk proton [55] telah terpantau pada triptamina. β-laktamase. Hal ini tampaknya sangat tidak mungkin. dan superoksida dismutase. ataupun enzim yang sama dengan substrat yang berbeda. Namun. Konstanta kespesifikan maksimum teoritis disebut limit difusi dan nilainya 8 9 -1 -1 sekitar 10 sampai 10 (M s ). walaupun [53][54] penjelasan ini masih kontroversial. Pada titik ini. katalase. kinetika Michaelis-Menten fraktal dapat [49][50][51][52] diterapkan. Beberapa enzim beroperasi dengan kinetika yang lebih cepat daripada laju difusi.reaksi. Beberapa mekanisme telah diajukan untuk menjelaskan fenomena ini. Enzim dengan sifat demikian disebut secara katalitik sempurna ataupun secara kinetika sempurna. Model lainnya menggunakan penjelasan penerowongan kuantum mekanika. banyak proses-proses biokimia dan selular yang menyimpang dari kondisi ideal ini. setiap penumbukkan enzim dengan substratnya akan menyebabkan katalisis. dan pergerakan molekul secara satu atau dua [48] dimensi. Kinetika Michaelis-Menten bergantung pada hukum aksi massa. ia dapat digunakan untuk membandingkan enzim yang satu dengan enzim yang lain. Beberapa protein dipercayai mempercepat katalisis dengan menarik substratnya dan melakukan praorientasi substrat menggunakan medan listrik dipolar. yang diturunkan berdasarkan asumsi difusi bebas dan pertumbukan acak yang didorong secara termodinamik. Contoh enzim yang memiliki sifat seperti ini adalah karbonat anhidrase. fumarase. melainkan oleh laju difusi. perpisahan fase enzim/substrat/produk. disebabkan oleh kesesakan makromolekuler (macromolecular crowding).

Seringkali inhibitor kompetitif memiliki struktur yang sangat mirip dengan substrat asli enzim. pengikatn substrat juga menghalangi pengikatan inhibitor.Inhibitor kompetitif mengikat enzim secara reversibel.[56] Artikel utama untuk bagian ini adalah: Inhibitor enzim Laju reaksi enzim dapat diturunkan menggunakan berbagai jenis inhibitor enzim. Substrat dan inhibitor berkompetisi satu sama lainnya. menghalangi pengikatan substrat. metotreksat adalah inihibitor . Sebagai contoh. inhibitor dan substrat berkompetisi untuk berikatan dengan enzim. Klasifikasi ini diperkenalkan oleh W. Cleland.W. Inhibisi kompetitif Pada inihibisi kompetitif. Jenis-jenis inihibisi. Di lain pihak.

Pada banyak organisme. Km tetaplah sama. Baik kompleks EI dan EIS tidak aktif. Inhibisi tak kompetitif Pada inhibisi tak kompetitif. sehingga menghalangi pengikatan substrat. Pada inhibisi kompetitif. inhibitor dapat merupakan bagian dari mekanisme umpan balik. Kurva substrat/kelajuan enzim ini tidak berbentuk hiperbola melainkan berbentuk S. Hal ini akan menyebabkan produksi produk melambat atau berhenti. Karena inhibitor tidak dapat dilawan dengan peningkatan konsentrasi substrat. Namun. sehingga meningkatkan Km. namun memerlukan konsentrasi substrat yang lebih tinggi untuk mencapai kelajuan maksimal tersebut. Jika enzim memproduksi terlalu banyak produk. inhibitor tidak dapat berikatan dengan enzim bebas. metotreksat adalah inhibitor kompetitif bagi enzim yang menggunukan folat. Kompleks EIS yang terbentuk kemudian menjadi tidak aktif. Kemiripan antara struktur asam folat dengan obat ini ditunjukkan oleh gambar di samping bawah. Inhibitor ireversibel bereaksi dengan enzim dan membentuk aduk dengan protein. namun hanya dapat dengan komples ES. Koenzim asam folat (kiri) dan obat anti kanker metotreksat (kanan) memiliki struktur yang sangat mirip. karena substrat masih dapat mengikat enzim. Inhibitor seperti ini . Oleh sebab itu. Bentuk umpan balik ini adalah umpan balik negatif. Enzim memiliki bentuk regulasi seperti ini sering kali multimerik dan mempunyai tapak ikat alosterik. produk tersebut dapat berperan sebagai inhibitor bagi enzim tersebut.kompetitif untuk enzim dihidrofolat reduktase. kecuali kompleks EIS memiliki aktivitas enzimatik residual. namun dapat terjadi pada enzim-enzim multimerik. Jenis inhibisi ini sangat jarang. Inhibisi campuran Inhibisis jenis ini mirip dengan inhibisi non-kompetitif. kelajuan maksimal reaksi tidak berubah. Inaktivasi ini bersifat ireversible. Vmax reaksi berubah. Perhatikan bahwa pengikatan inhibitor tidaklah perlu terjadi pada tapak pengikatan substrat apabila pengikatan inihibitor mengubah konformasi enzim. Inhibisi non-kompetitif Inhibitor non-kompetitif dapat mengikat enzim pada saat yang sama substrat berikatan dengan enzim.

Kegunaan inhibitor Oleh karena inhibitor menghambat fungsi enzim. mikroorganisme dalam perut hewan tersebut menghasilkan enzim selulase yang dapat mengurai sel dinding [62] selulosa tanaman. mencerna zat-zat makanan yang berbeda pula. Enzim-enzim yang berbeda. sebagai contohnya. yang akan dihidrolisis lebih jauh menjadi glukosa. dan menghasilan lintasan metabolisme. metabolisme tidak akan berjalan melalui . obat yang digunakan untuk mengobati penyakit yang [57] disebabkan oleh protozoaAfrican trypanosomiasis. Dalam lintasan metabolisme. seringkali melalui [59] enzim kinase dan fosfatase. dan enzim kemudian mengubah inhibitor menjadi bentuk aktif yang bereaksi secara ireversibel dengan satu atau lebih residu asam amino. Kadang-kadang lebih dari satu enzim dapat mengatalisasi reaksi yang sama secara bersamaan. [sunting]Fungsi biologis Enzim mempunyai berbagai fungsi bioligis dalam tubuh organisme hidup. sehingga ia dapat menekan peradangan dan rasa sakit. satu enzim akan membawa produk enzim lainnya sebagai substrat. Setelah reaksi katalitik terjadi. misalnya HIV integrase dan transkriptase balik. terlalu besar untuk diserap oleh usus. Penisilin dan Aspirin juga bekerja dengan cara yang sama. inhibitor sering digunakan sebagai obat. Aspirin menginhibisi enzim COX-1 dan COX-2 yang memproduksi pembawa pesan peradangan prostaglandin. sehingga dapat diserap. Enzim menentukan langkah-langkah apa saja yang terjadi dalam lintasan metabolisme ini. Sebagai contohnya. sepertilusiferase yang menghasilkan cahaya [61] pada kunang-kunang. Molekul pati. dengan miosin menghidrolisis ATP untuk [60] menghasilkan kontraksi otot. Tanpa enzim. Enzim berperan dalam transduksi signal dan regulasi sel. Beberapa enzim dapat bekerja bersama dalam urutan tertentu. ATPase lainnya dalam membran sel umumnya adalah pompa ion yang terlibat dalam transpor aktif. produk kemudian dihantarkan ke enzim lainnya. Salah satu fungsi penting enzim adalah pada sistem pencernaan hewan. Namun. Contohnya adalah inhibitor yang digunakan sebagai obat aspirin.contohnya efloritina. namun enzim akan menghidrolisis rantai pati menjadi molekul kecil seperti maltosa. Virus juga mengandung enzim yang dapat menyerang sel. Pada hewan pemamah biak. akan bergabung dengan tembaga dan besi pada tapak aktif enzim sitokrom c [58] oksidase dan memblok pernapasan sel. Senyawa obat ini terikat pada tapak aktif. Enzim juga terlibat dalam fungs-fungsi yang khas. Enzim juga berperan dalam menghasilkan pergerakan tubuh. banyak pula inhibitor enzim lainnya yang beracun. sehingga dapat diserap oleh usus. sianida yang merupakan inhibitor enzim ireversibel. Enzim seperti amilase dan protease memecah molekul yang besar (seperti pati dan protein) menjadi molekul yang kecil.

retikulum endoplasma. asam lemak disintesis oleh sekelompok enzim dalam sitosol. 2. dan glikosilasi. 1. Induksi atau inhibisi enzim ini dapat mengakibatkan interaksi obat. contohnya. Contoh lainnya adalah enzim dalam hati yang disebut sitokrom P450 oksidase yang penting dalam metabolisme obat. dan menjadi terfosforliasi pada karbon-karbonnya secara acak. proses ini berjalan dengan sangat lambat. [sunting]Kontrol aktivitas Terdapat lima cara utama aktivitas enzim dikontrol dalam sel. dengan lintasan metabolisme yang berbeda-beda yang terjadi dalam kompartemen sel yang berbeda. Enzim dapat diregulasi oleh inhibitor dan aktivator. sedemikiannya produk glukosa-6-fosfat ditemukan sebagai produk utama. Glukosa. bakteri dapat menjadi resistan terhadap antibiotik seperti penisilin karena enzim yang disebut betalaktamase menginduksi hidrolisis cincin beta-laktam penisilin. Produksi enzim (transkripsi dan translasi gen enzim) dapat ditingkatkan atau diturunkan bergantung pada respon sel terhadap perubahan lingkungan. Dan sebenarnya. 4. sehingga ia dapat meregulasi jumlah produk akhir lintasan metabolisme tersebut. dan digunakan oleh sekelompok enzim lainnya sebagai sumber energi [63] dalam mitokondria melalui β-oksidasi. fosforilasi banyak enzim termasuk glikogen sintase membantu mengontrol sintesis ataupun . lintasan metabolisme seperti glikolisis tidak akan dapat terjadi tanpa enzim. miristoilasi. jaringan lintasan metabolisme dalam tiap-tiap sel bergantung pada kumpulan enzim fungsional yang terdapat dalam sel tersebut. Sebagai contoh. Contohnya. dan aparat golgi. Kontrol aksi enzimatik membantu menjaga homeostasis organisme hidup. reaksi ini tetap berjalan. dapat bereaksi secara langsung dengan ATP. produk akhir lintasan metabolisme seringkali merupakan inhibitor enzim pertama yang terlibat dalam lintasan metabolisme. Hal ini membantu alokasi bahan zat dan energi secara ekonomis dan menghindari pembuatan produk akhir yang berlebihan. Tanpa keberadaan enzim.langkah yang teratur ataupun tidak akan berjalan dengan cukup cepat untuk memenuhi kebutuhan sel. Bentuk regulase gen ini disebutinduksi dan inhibisi enzim. Ia dapat meliputi fosforilasi. jika heksokinase ditambahkan. Enzim dapat dikompartemenkan. Namun. Contohnya. Sebagai contohnya. namun fosforilasi pada karbon 6 akan terjadi dengan sangat cepat. Mekanisme umpan balik negatif dapat secara efektif mengatur laju sintesis zat antara metabolit tergantung pada kebutuhan sel. 3. sebagai respon terhadap insulin. Enzim dapat diregulasi melalui modifikasi pasca-translasional. Mekanisme regulasi seperti ini disebut umpan balik negatif karena jumlah produk akhir diatur oleh konsentrasi produk itu sendiri. Oleh karena itu.

Kerusakan ada enzim ini dapat menyebabkan kanker karena kemampuan tubuh memperbaiki mutasi .degradasi glikogen dan mengijinkan sel merespon terhadap [64] perubahan kadar gula dalam darah. Contoh lainnya adalah mutasi silsilah nutfah (germline mutation) pada gen yang mengkode enzim reparasi DNA. Pentingnya enzim ditunjukkan oleh fakta bahwa penyakit-penyakit mematikan dapat disebabkan oleh hanya mala fungsi satu enzim dari ribuan enzim yang ada dalam tubuh kita. Hal ini dapat menyebabkan keterbelakangan mental jika ia tidak [66] diobati. malafungsi (mutasi. Contohnya. hemaglutinin pada virus influenza menjadi aktif dikarenakan kondisi asam lingkungan. Kimotripsin yang merupakan protease pencernaan diproduksi dalam keadaan tidak aktif sebagai kimotripsinogen dipankreas. [sunting]Keterlibatan dalam penyakit Fenilalanina hidroksilase. 5. Jenis prekursor tak aktif ini dikenal sebagai zimogen. Sumber:PDB 1KW0 Oleh karena kontrol aktivitas enzim yang ketat diperlukan untuk menjaga homeostasis. Ia dapat menyebakan sindrom penyakit kanker keturunan seperti xeroderma pigmentosum. Ia kemudian ditranspor ke dalam perut di mana ia diaktivasi. Contoh lain modifikasi pascatranslasional adalah pembelahan rantai polipeptida. kelebihan produksi. Salah satu contohnya adalah fenilketonuria. Hal ini menghalangi enzim mencerna pankreas dan jaringan lainnya sebelum ia memasuki perut. Hal ini terjadi ketika virus [65] terbawa ke dalam sel inang dan memasuki lisosom. Mutasi asam amino tunggal pada enzim fenilalania hidroksilase yang mengatalisis langkah pertama degradasifenilalanina mengakibatkan penumpukkan fenilalanina dan senyawa terkait. kekurangan produksi ataupun delesi) enzim tunggal yang penting dapat menyebabkan penyakit genetik. Beberapa enzim dapat menjadi aktif ketika berada pada lingkungan yang berbeda.

pada genom menjadi berkurang. Hal ini menyebabkan akumulasi mutasi dan mengakibatkan berkembangnya berbagai jenis kanker pada penderita. .

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->