UJI ANTIBAKTERI PATOGEN DAN ANTIJAMUR PATOGEN

DARI BAKTERI LAMUN

1
Bhakti Pambudi Kurniawan
1,2
Ocky K Radjasa
1
Siwi Aryani QQ
1
Center of Marine Resources Studies
2
Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan Universitas Diponegoro

Abstrak
Lamun atau dikenal padang lamun adalah hamparan vegetasi lamun yang menutup suatu area
pesisir/laut dangkal. Bermacam–macam bakteri juga hidup di daerah lamun, salah satunya mampu
menghambat pertumbuhan bakteri pembentuk biofilm tetapi kemampuan bakteri tersebut sebagai
penghasil anti bakteri atau anti jamur belum diketahui. Tujuan penelitian ini adalah untuk
mengetahui aktivitas anti-bakteri dan anti-jamur dari bakteri lamun tersebut. Penelitian ini
menggunakan spesies jamur uji Candida albicans dan Aspergillus niger, sedangkan bakteri uji
menggunakan Staphylococcus aureus dan Ereschia coli. Metode yang digunakan melalui difusi
agar. Uji antimikroba patogen menggunakan ulangan tiga kali per spesies bakteri lamun yang aktif.
Bakteri lamun yang aktif sebagai anti-bakteri dan anti-jamur kemudian di identifikasi secara
molekular menggunakan analisis DNA. Hasil penelitian ini belum dapat dipublikasikan karena
masih dalam proses.

Pengantar
Seagrass (tumbuhan lamun) adalah tumbuhan monokotil yang berada di lautan yang
memiliki arti penting dalam siklus ekologi pada perairan dangkal pantai tropis dan subtropis,
khususnya sebagai produsen di lautan. Lamun yang ditemukan di perairan Indonesia terdiri dari
tujuh marga (genus). Tiga diantaranya : Enhalus, Thalassia dan Halophila yang termasuk Famili
Hidrocharitaceae, sedangkan empat genus lainnya adalah Halodule, Cymodocea, Syringodium
dan Thalassodendron yang termasuk Famili Potamogetonaceae (Nontji, 1987 dalam Dahuri,
2003). Tanaman tingkat tinggi mempunyai memiliki simbiosis dengan mikroba baik bakteri dan
atau jamur, simbiosis ini dapat bersifat epifit atau endofit (Tan RX., et al. 2001 dalam Radji, 2005).
Lebih lanjut Strobel GA., et.al. (2003) dalam Radji (2005) mengemukakan bahwa sekitar 300.000
jenis tanaman yang tersebar di muka bumi ini mengandung satu atau lebih mikroba endofit yang
terdiri dari bakteri dan jamur.
Bakteri simbion lamun merupakan sebutan koloni bakteri yang tumbuh dan berkembang
serta berasosiasi dengan tanaman lamun. Mikrobia yang telah berhasil diisolasi dari lingkungan
laut diperkirakan sekitar 1-2% sebagai kultur murni, sedangkan 98-99% mikrobia belum berhasil
dikulturkan. Demikian juga dengan keanekaragaman bakteri simbion pada lamun juga datanya
masih sangat terbatas. Dilaporkan bahwa terdapat asosiasi mikroorganisme dengan organisme
laut yang diduga juga mensistesa metabolit sekunder (Watermann, 1999). Mikroba yang diisolasi
dari tumbuhan yang menghasilkan bahan bioaktif telah diketahui memiliki aktivitas yang lebih
besar, bahkan dapat memiliki aktivitas yang lebih besar dibandingkan aktivitas tumbuhan
inangnya. Salah satu potensi bakteri tersebut adalah sebagai sumber anti-bakteri pathogen dan
anti-jamur pathogen (anti-mikroba pathogen).
Antimikroba merupakan suatu bahan kimia yang dapat menghambat pertumbuhan atau
membunuh mikrobia. Agen antimikroba bersifat selektif toxicity, sehingga biasanya digunakan
dalam terapi penyembuhan penyakit yang berhubungan dengan mikroorganisme pathogen (Brock
dan Madigan, 1991; Watimena dkk., 1991).
Spektrum aktivitas antimikroba ada dua macam, yaitu spektrum luas (broad spectrum)
merupakan aktifitas senyawa antimikroba yang aktif terhadap berbagai jenis mikroba dan spektrum
sempit (narrow spectrum) yang merupakan kelompok senyawa antimikroba yang aktif terhadap
satu atau beberapa jenis mikroba (Levinson, 2004). Uji antimikroba ini bertujuan mengetahui
adanya isolat bakteri lamun yang mampu melawan bakteri E. coli dan S. aureus, dan jamur
memakai A. niger dan C. albicans.
Pemilihan mikroba patogen dalam uji antimikroba disesuaikan dengan tiap golongan, di
mana bakteri E. coli merupakan golongan bakteri gram negatif sedangkan S. aureus memiliki
karakterisasi sebagai bakteri kelompok gram positif. Jamur A. niger merupakan kelompok kapang
yang diketahui sebagai jamur pathogen karena mampu mensekresikan aflatoxin, sedangkan jamur
C. albicans merupakan golongan khamir yang telah diketahui dapat menyebabkan kandidiasis.

Bahan dan Metode

Bahan
Isolat bakteri lamun yang diperoleh dari koleksi Laboratorium Mikrobiologi Laut, Jurusan
Ilmu Kelautan, UNDIP dengan jumlah 30 isolat, isolat bakteri lamun tersebut aktif terhadap bakteri
biofilm. Media yang digunakan dalam pertumbuhan bakteri lamun adalah media Zobell untuk
media pertumbuhan mikroba lawan yaitu A. niger dan C. albicans adalah Potato Dextrose Agar
(PDA) dan malt ekstrak, sedangkan bagi E. coli dan S. aureus adalah Nutrient Broth dan Nutrient
Agar.

Kultivasi bakteri
Satu ose tiap bakteri lamun diinokulasikan ke dalam 10ml media Zobell 2216 laut cair laut
diinkubasi selama 5 hari. Jamur lawan A. niger dan C. albicans diinokulasikan pada media 10ml
media malt ekstrak, sedangkan bakteri lawan E. coli dan S. aureus diinokulasikan pada media
nutrient broth. Jamur lawan dan Bakteri lawan tersebut diinkubasi selama 24 jam.

Seleksi antimikroba patogen

Tiap sampel isolat bakteri lamun ditumbuhkan pada media Zobell cair 10ml, kemudian
diinkubasi selama 5 hari. Pada hari keempat, jamur dan bakteri lawan dikultivasikan. Bakteri lawan
pada media NB 10ml sedangkan jamur lawan ditumbuhkan pada media malt ekstrak 10 ml. Hari
kelima, bakteri lawan dan jamur lawan diambil 100µl dan dituangkan ke cawan petri yang
kemudian di ratakan dengan spreader. Setelah 20 menit, papper disk ukuran 8mm diletakkan
sebanyak 8 buah kemudian 20µl bakteri lamun diteteskan pada papper disk. Selanjutnya dilakukan
inkubasi selama 24 jam untuk pemgamatandan pengukuran zona bening yang terbentuk.Isolat
bakteri yang aktif, baik terhadap bakteri lawan dan atau jamur lawan kemudian diuji lebih lanjut
dengan pengulangan 3 kali dengan metode yang sama.

Uji Anti Bakteri Patogen dan Uji Antimikroba Patogen

Bakteri lamun yang positif dan diduga positif, kemudian diuji konfirmasi terhadap bakteri uji
atau jamur uji dimana isolat bakteri tersebut aktif. Langkah uji seperti pada metode seleksi.

Identifikasi Bakteri
Amplifikasi DNA dilakukan dengan metode PCR berdasarkan metode Thiel and Imhoff
(2003). Primer yang digunakan untuk amplifikasi 16S rDNA adalah primer universal 27F (5'-
AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3') dan primer spesifik eubacteria 1492R (5'-
TACGGYTACCTTGTTACGACTT-3'). (Long dan Azam 2001).
Amplifikasi DNA dengan PCR dilakukan dengan DNA thermal cycler dengan perlakuan
suhu sebagai berikut :
Denaturasi awal pada 94°C selama 2 menit, Annealing (50°C selama 40 detik), ekstensi (72°C
selama 1 menit), dan denaturasi (94°C selama 40 det ik), sebanyak 30 siklus, Ekstra annealing
selama 1 menit, dan Ekstra ekstensi akhir pada 72°C selama 5 menit.
Visualisasi produk PCR dilakukan melalui elektroforesis dengan tahapan sebagai berikut:
Produk PCR sebanyak 5 µl dimasukkan ke dalam sumur gel agarose 1% yang diletakkan pada
bufer TAE 1 X, Gel kemudian direndam pada ethidium bromide selama 5 menit untuk
mewarnai pita DNA yang terperangkap pada gel. Hasil amplifikasi 16S rDNA yang memiliki
panjang sekitar 1460 bp dapat dilihat dengan meletakkan gel di atas UV transluminator (Long
dan Azam, 2001).
 Proses sekuensing akan dilakukan terhadap isolat bakteri lamu yang aktif dengan
menggunakan metode Radjasa et al (2007). Hasil analisis ini akan menemukan jenis bakteri
sampai tingkat spesies atau genus tertentu atau merupakan jenis baru yang memiliki kedekatan
dengan jenis bakteri tertentu yang telah diketahui.
Analisis sekuen DNA isolat bakteri terbaik kemudian dibandingkan dengan sekuen DNA
pada basis data (database) DNA. Penelusuran homologi dilakukan dengan menggunakan internet
melalui program pelacakan database Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) pada National
Center for Biotechnology Information, National Institute for Health, USA (www.ncbi.nlm.nih.gov)
(Altschul et al., 1997 dalam Radjasa, 2004).

Hasil dan Pembahasan

Bakteri yang dikultivasi berjumlah 30 isolat yang merupakan bakteri lamun aktif terhadap
bakteri biofilm. Jenis bakteri lamun tesebut merupakan hasil isolasi dari genus lamun Thalassia sp,
Sryngodium sp, Enhallus sp. Daftar isolat dan kemampuannya terhadap bakteri biofilm dapat
dilihat pada tabel 01. dan table 02.

Tabel 01. Isolat Bakteri Lamun

Thalassia sp Sryngodium sp Enhallus sp
ETJ - 1 TB - 3 ESJ - 1 SA - 5 EEJ - 1 EA - 7
ETJ - 2 TB - 7 ESJ - 2 EEJ - 2 EB - 1
ETJ - 3 TT - 1 ESJ - 3 EEJ - 5 ET - 1
ETJ - 4 TT - 4 ESJ - 6 EA - 1 ET - 2
ETJ - 6 TT - 5 SA - 1 EA - 2
TA - 1 TT - 10 SA - 2 EA - 6
Ket: E= Endofit E= Endofit E= Endofit
T= Thalassia S= Sryngodium E= Enhallus
J= Jepara J= Jepara J= Jepara
A= Atas A= Atas A= Atas
B= Bawah B= Bawah
T= Tengah T= Tengah

Tabel 02. Bakteri lamun terhadap bakteri biofilm

Bakteri Lamun Bakteri Biofilm
Thalassia sp TKA TKB TFK TFH SKA SKB SFK SFH EKA EKB EFK EFH
ETJ - 1 √ √ √ √ − − − − − − − −
ETJ - 2 √ − √ √ − − − − − − − −
ETJ - 3 √ − √ − − − − − − − −
ETJ - 4 √ − − √ − − − − − − − −
ETJ - 6 − − √ − − − − − − − − −
TA - 1 √ − − − − − − − − − − −
TB - 3 √ − − − − − − − − − − −
TB - 7 − − − √ − − − − − − − −
TT - 1 − − − √ − − − − − − − −
TT - 4 − − − √ − − − − − − − −
TT - 5 − − − √ − − − − − − − −
TT - 10 − − √ − − − − − − − − −
Sryngodium sp TKA TKB TFK TFH SKA SKB SFK SFH EKA EKB EFK EFH
ESJ - 1 − − − − √ √ √ √ − − − −
ESJ - 2 − − − − − − √ √ − − − −
ESJ - 3 − − − − √ √ √ √ − − − −
ESJ - 6 − − − − − √ − − − − − −
SA - 1 − − − − − − √ − − − − −
SA - 2 − − − − − − √ − − − − −
SA - 5 − − − − − √ − − − − − −
 Enhallus sp TKA TKB TFK TFH SKA SKB SFK SFH EKA EKB EFK EFH
EEJ - 1 − − − − − − − − √ √ √ √
EEJ - 3 − − − − − − − − − − √ −
EEJ - 4 − − − − − − − − − − √ −
EEJ - 5 − − − − − − − − − − − √
EA - 1 − − − − − − − − − − √ −
EA - 2 − − − − − − − − − √ √ −
EA - 6 − − − − − − − − − − − √
EA - 7 − − − − − − − − − √ − −
EB - 2 − − − − − − − − − √ −
ET - 1 − − − − − − − − − √ − −
ET - 2 − − − − − − − − − − √ −
Ket Bakteri Biofilm:
E= Enhalus T= Thalassia K= Kayu A= atas
S= Sryngodium H= Halodule F= fiber B= bawah

Hasil seleksi bakteri lamun dari Tabel 1 terhadap jamur dan bakteri lawan
mengindikasikan terdapat 12 isolat yang diduga positif terhadap jamur dan bakteri lawan. Isolat
bakteri lamun yang positif dan diduga positif dapat dilihat pada Tabel 3.

Tabel 3. Isolat bakteri lamun diduga positif

A. niger C. albicans E. coli S. aureus
ET – 1 ETJ – 3 TT – 5 EA – 1 EEJ – 1
ESJ – 3 ETJ – 6 TA -1 EEJ – 3
SA – 2 TB – 1
TT – 4

Dari ke 12 isolat tersebut, terdapat 3 isolat yang mampu aktif terhadap jamur lawan C.
albicans sedangkan 9 isolat lain tidak aktif terhadap jamur atau bakteri lawan. Isolat dikatakan aktif
apabila terdapat zona bening di sekitar papperdisk, ketiga isolat mempunyai lebar zona bening
yang bervariasi. Menurut Burges et al., 2003, antimikroba ditandakan adanya zona bening yang
terbentuk lebih lebar 1mm daripada diameter papper disk yang digunakan. Daftar isolat yang aktif
dapat dilihat pada Tabel 3 dan Gambar 1. Ukuran zona bening dari ketiga isolat dapat dilihat pada
Tabel 4.

Tabel.3. Bakteri lamun positif

Isolat A. niger C. albicans E. coli S. aureus
ETJ - 6 - + - -
ESJ - 3 - + - -
SA - 2 - + - -

Ket: + = aktif
- = tidak aktif (pasif)
Tabel 4. Ukuran zona bening (mm) terhadap papper disk
Isolat A. niger C. albicans E. coli S. aureus
ETJ - 6 - 2 1 1 - -
ESJ - 3 - 1 1 0 - -
SA - 2 - 0 1 0 - -
 Gambar 1. Kenampakan zona bening
Jamur lawan: C. albicans
Isolat : ETJ – 6 Isolat : ESJ – 3 Isolat : SA - 2

1 3
2
2 1
3 1 2 3

Menurut Madigan (1991), C. albicans merupakan golongan mikroorganisme yang

termasuk yeast atau khamir. Patogenitas C albicans pada manusia sering ditemukan di dalam
mulut, feses, kulit dan di bawah kuku orang sehat. C. albicans dapat membentuk blastospora dan
hifa, baik dalam biakan maupun dalam tubuh. Bentuk jamur di dalam tubuh dianggap dapat
dihubungkan dengan sifat jamur, yaitu sebagai saproba tanpa menyebabkan kelainan atau sebagai
parasit patogen yang menyebabkan kelainan dalam jaringan. Rippon (1974) mengemukakan
bahwa bentuk blastospora diperlukan untuk memulai suatu lesi pada jaringan. Sesudah terjadi lesi,
dibentuk hifa yang melakukan invasi. Dengan proses tersebut terjadilah reaksi radang. Pada
kandidiasis akut biasanya hanya terdapat blastospora, sedang pada yang menahun didapatkan
miselium.
Antimikroba Isolat bakteri lamun ETJ – 6; ESJ – 3; SA – 2 terlihat mampu membuat zona
bening dengan ukuran 1-2 mm. Namun penelitian ini belum dapat mengungkapkan senyawa
antimikroba yang terkandung pada isolat bakteri lamun tersebut. Isolat bakteri lamun ETJ – 6
merupakan koloni bakteri epifit pada lamun jenis Thalassia sp, sedangkan ESJ – 3 dan SA – 2
merupakan koloni bakteri epifit pada lamun Sryngodium sp. Hal semacam ini mengindikasikan
bahwa senyawa antimikroba memiliki spectrum yang sempit, karena hanya mampu menghambat
pertumbuhan kapang C. albicans. Lamun yang merupakan tempat tumbuh isolat ETJ – 6; ESJ – 3;
SA – 2, memiliki senyawa metabolit sekunder. Maxey (2006), dalam penelitiannya menyatakan
bahwa lamun Thalassia testudinum dan Syringodium filiforme dikenal mempunyai senyawa bioaktif
Irgarol.

Proses identifikasi bakteri secara molekuler masih dalam proses berjalan sehingga data
keanekaragaman bakteri lamun yang aktif belum dapat diketahui.

Kesimpulan dan Saran

Dapat disimpulkan bahwa tidak semua isolate bakteri lamun yang aktif terhadap bakteri
pembentuk biofilm mampu menghambat pertumbuhan bakteri uji E. coli dan S. aureus serta jamur
C. albicans dan A. niger. Hal ini mungkin disebabkan karena adanya perbedaan tekanan ekologis
antara bakteri di alam dan bakteri dalam laboratorium.
Daftar Pustaka

Burgess, J.G., K.G.Boyda, E. Armstronga, Z. Jianga, L. Yana, M. Berggrenb, U. Mayb, T.

Pisacanec, A.K. Granmob and D.R. Adamsd. 2003. The development of a marine natural
product-based antifouling paint. Biofouling. 19: 197-205.

Dahuri, R. 2003. Keanekaragaman Hayati Laut Aset Pembangunan Berkelanjutan Indonesia. PT.
Gramedia Pustaka Utama. Jakarta
th
Levinson, W. 2004. Medical Microbiology and Immunology: Examination and Board Review. 8
edition. The McGraw-Hill Companies. USA.

Long R. A. and F. Azam. 2001. Antagonistic Interactions among Marine Pelagic Bacteria. Envir.
Microbiol. 67, 4975-4983. http://www.sciencemag.org/cgi/content/short/280/5364/694.
diakses tanggal 10 Juli 2009.

Madigan, MT., TD. Brock. 1991. Biology of Microorganisms, Sixth Edition. Prentice Hall
International Inc. USA.

Maxey IV, C.E. 2006. Occurrence and Distribution of Irganol 1051 and its Natural Metabolites in
Biotic and Abiotic Marine Samples, having been approved in respect to style and
intellectual content, is referred to you for judgment. Florida International University.

Pelczar, MA., JECS. Chan, NR. Krieg. 1993. Microbiology Concept and Application. The McGraw-
Hill Companies. USA.

Radjasa, OK. 2004. Marine invertebrata-associated bacteria in coral reef ecosystems as a new
source of bioactive compounds. J. Coast. Dev. 7: 65-70

Radjasa, OK., T. Martens, H-P. Grossart, T. Brinkhoff, A. Sabdono, M. Simon. 2007. Antagonistic
Activity of Marine BacteriumPseudoalteromonasluteoviolaceae TAB 4.2 Associated with
Coral Acropora sp. J. Biol. Sci. 7 (2):239-246

Thiel, V., and J.F. Imhoff, 2003: Phylogenetic identification of bacteria with antimicrobial activities
isolated from different Mediteranean sponges. J. Biomolec. Engin., 20, 421-423. www.ifm-
geomar.de/fileadmin/ifm/jb/chapter3_10_microbio.pdf. Diakses tanggal 10 Juli 2009

Watermann, B. 1999. Alternative antifoulant techniques present and future. LimnoMar: 1-6

Wattimena, JR., NJ. Sugiarso, MB. Widianto, EY. Sukandar, dan AR. Setiadi,. 1991.
Farmakodinamika dan Terapi Antibiotik. Gajah Mada University Press. Yogyakarta.