TUGAS MAKALAH BIOKIMIA

ENZIM

Oleh :

Fajar Maulana Putra 230110090104

Donny Ferdiansyah 230110090108

M. Fauzi Chairul U 230110090112

Rachmad Sholeh W 230110090119

Rendi Irawan 230110090130

Achmad Fatah Nurdin 230110090132

Hafiz Aulia 230110097030

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS PADJADJARAN

2010
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa, yang telah

memberikan Rahmat dan Karunia-Nya, sehingga kami dapat menyelesaikan tugas

makalah Mata Kuliah Biokimia ini.

Ucapan terima kasih kami tujukan kepada dosen mata kuliah Biokimia yang

telah memberi dorongan dan motivasi sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ini,

Serta berbagai pihak yang tidak dapat kami sebutkan satu persatu.

Pembuatan makalah ini masih jauh dari kesempurnaan dan masih banyak terdapat

kesalahan serta kekurangan di dalamnya, oleh karena itu saran dan kritik yang

membangun akan selalu penyusun terima.

Semoga tugas makalah ini dapat bermanfaat bagi kami dan juga pembaca,

sehingga dengan demikian dapat bermanfaat untuk mempermudah dalam proses belajar

mengajar pada Mata Kuliah Biokimia serta dalam rangka menambah perbendaharaan

pengetahuan.

Terima kasih.

Jatinangor, April 2010

 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ..................................................................................................

DAFTAR ISI .................................................................................................................

DAFTAR GAMBAR ....................................................................................................

BAB I PENDAHULUAN .............................................................................................

BAB II PEMBAHASAN ..............................................................................................

Enzim..................................................................................................................

Etimologi dan Sejarah........................................................................................

Konvensi penamaan...........................................................................................

Struktur dan mekanisme.................................................................................

Kespesifikan......................................................................................................

Mekanisme........................................................................................................

Kofaktor dan koenzim.....................................................................................

Modulasi alosterik............................................................................................

Termodinamika..................................................................................................

Kinetika..............................................................................................................

Inhibisi...............................................................................................................

Keterlibatan dalam penyakit...............................................................................

DAFTAR PUSTAKA
 DAFTAR GAMBAR

Eduard Buchner......................................................................................................
Diagram pita yang menunjukkan karbonat anhidrase II. .......................................
Diagram yang menggambarkan hipotesis ketepatan induksi..................................
Model pengisian ruang koenzim NADH................................................................
Tahapan-tahapan energi pada reaksi kimia.............................................................
Mekanisme reaksi enzimatik untuk sebuah subtrat tunggal...................................
Kurva kejenuhan suatu reaksi enzim .....................................................................
Inhibitor kompetitif mengikat enzim secara reversibel..........................................
Jenis-jenis inihibisi..................................................................................................
Koenzim asam folat dan obat anti kanker metotreksat .........................................
Enzim lusiferase .....................................................................................................
Fenilalanina hidroksilase........................................................................................
 BAB I

PENDAHULUAN

Coba kita perhatiakn. Sewaktu kita lapar, pasti tubuh kita akan merasa

lemas. Namun, setelah makan tubuh kita kembali segar. Kesegaran itu disebabkan

tubuh mendapat energy yang dihasilkan dari pembakaran bahan makanan yang

kita makan. Energy dalam tbuh disimpan dan dilepaskan dalam bentuk energy

kimia dan di tambah sedikit energy panas. Energy tersebut diperlukan untuk

melakukan aktivitas kehidupan, baik tingkat seluler seperti pembelahan sel,

maupun tingkat individu misalnya membaca, berlari, berjalan, atau berolah raga.

Energy yang dihasilkan dari proses kimia yang terjadi di dalam sel. Selain

proses kimia yang menghasilkan energy, di dalam sel juga terjadi beribu-ribu

proses kimia. Proses tersebut tidak berdiri sendiri, melainkan berhubungan satu

sama lain dalam suatu rangkaian yang di sebut metabolism

Kumpulan reaksi kimia yang terjadi di dalam sel memerlukan enzim untuk

mempercepat laju reaksi. Oleh karena itu, begitu penting bagi kita untuk

mengetahui lebih jauh tentang enzim.

Enzim adalah biomolekul yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang

mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia.

Hampir semua enzim merupakan protein. Pada reaksi yang dikatalisasi oleh
enzim, molekul awal reaksi disebut sebagai substrat, dan enzim mengubah

molekul tersebut menjadi molekul-molekul yang berbeda, disebut produk. Hampir

semua proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan

cukup cepat.
 BAB II

PEMBAHASAN

ENZIM

Enzim bekerja dengan cara menempel pada permukaan molekul zat-zat

yang bereaksi dan dengan demikian mempercepat proses reaksi. Percepatan

terjadi karena enzim menurunkan energi pengaktifan yang dengan sendirinya akan

mempermudah terjadinya reaksi. Sebagian besar enzim bekerja secara khas, yang

artinya setiap jenis enzim hanya dapat bekerja pada satu macam senyawa atau

reaksi kimia. Hal ini disebabkan perbedaan struktur kimia tiap enzim yang bersifat

tetap. Sebagai contoh, enzim α-amilase hanya dapat digunakan pada proses

perombakan pati menjadi glukosa.

Hal-ihwal yang berkaitan dengan enzim dipelajari dalam enzimologi. Dalam

dunia pendidikan tinggi, enzimologi tidak dipelajari tersendiri sebagai satu

jurusan tersendiri tetapi sejumlah program studi memberikan mata kuliah ini.

Enzimologi terutama dipelajari dalam kedokteran, ilmu pangan, teknologi

pengolahan pangan, dan cabang-cabang ilmu pertanian.

Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah substrat, suhu,

keasaman, kofaktor dan inhibitor. Tiap enzim memerlukan suhu dan pH (tingkat

keasaman) optimum yang berbeda-beda karena enzim adalah protein, yang dapat

mengalami perubahan bentuk jika suhu dan keasaman berubah. Di luar suhu atau
pH yang sesuai, enzim tidak dapat bekerja secara optimal atau strukturnya akan

mengalami kerusakan. Hal ini akan menyebabkan enzim kehilangan fungsinya

sama sekali. Kerja enzim juga dipengaruhi oleh molekul lain. Inhibitor adalah

molekul yang menurunkan aktivitas enzim, sedangkan aktivator adalah yang

meningkatkan aktivitas enzim. Banyak obat dan racun adalah inihibitor enzim.

Etimologi dan Sejarah

Eduard Buchner

Pada akhir tahun 1700-an dan awal tahun 1800-an, pencernaan daging

oleh sekresi perut dan konversi pati menjadi gula oleh ekstrak tumbuhan dan

ludah telah diketahui. Namun, mekanisme bagaimana hal ini terjadi belum

diidentifikasi.

Pada abad ke-19, ketika mengkaji fermentasi gula menjadi alkohol oleh ragi,

Louis Pasteur menyimpulkan bahwa fermentasi ini dikatalisasi oleh gaya dorong

vital yang terdapat dalam sel ragi, disebut sebagai "ferment", dan diperkirakan

hanya berfungsi dalam tubuh organisme hidup. Ia menulis bahwa "fermentasi

alkoholik adalah peristiwa yang berhubungan dengan kehidupan dan organisasi

sel ragi, dan bukannya kematian ataupun putrefaksi sel tersebut."

Pada tahun 1878, ahli fisiologi Jerman Wilhelm Kühne (1837–1900) pertama kali

menggunakan istilah "enzyme", yang berasal dari bahasa Yunani ενζυμον yang

berarti "dalam bahan pengembang" (ragi), untuk menjelaskan proses ini. Kata

"enzyme" kemudian digunakan untuk merujuk pada zat mati seperti pepsin, dan

kata ferment digunakan untuk merujuk pada aktivitas kimiawi yang dihasilkan

oleh organisme hidup.

Pada tahun 1897, Eduard Buchner memulai kajiannya mengenai kemampuan

ekstrak ragi untuk memfermentasi gula walaupun ia tidak terdapat pada sel ragi

yang hidup. Pada sederet eksperimen di Universitas Berlin, ia menemukan bahwa

gula difermentasi bahkan apabila sel ragi tidak terdapat pada campuran. Ia

menamai enzim yang memfermentasi sukrosa sebagai "zymase" (zimase). Pada

tahun 1907, ia menerima penghargaan Nobel dalam bidang kimia "atas riset

biokimia dan penemuan fermentasi tanpa sel yang dilakukannya". Mengikuti

praktek Buchner, enzim biasanya dinamai sesuai dengan reaksi yang dikatalisasi

oleh enzim tersebut. Umumnya, untuk mendapatkan nama sebuah enzim, akhiran

-ase ditambahkan pada nama substrat enzim tersebut (contohnya: laktase,

merupakan enzim yang mengurai laktosa) ataupun pada jenis reaksi yang

dikatalisasi (contoh: DNA polimerase yang menghasilkan polimer DNA).

Penemuan bahwa enzim dapat bekerja diluar sel hidup mendorong penelitian pada

sifat-sifat biokimia enzim tersebut. Banyak peneliti awal menemukan bahwa

aktivitas enzim diasosiasikan dengan protein, namun beberapa ilmuwan seperti

Richard Willstätter berargumen bahwa proten hanyalah bertindak sebagai

pembawa enzim dan protein sendiri tidak dapat melakukan katalisis. Namun, pada

tahun 1926, James B. Sumner berhasil mengkristalisasi enzim urease dan

menunjukkan bahwa ia merupakan protein murni. Kesimpulannya adalah bahwa

protein murni dapat berupa enzim dan hal ini secara tuntas dibuktikan oleh

Northrop dan Stanley yang meneliti enzim pencernaan pepsin (1930), tripsin, dan

kimotripsin. Ketiga ilmuwan ini meraih penghargaan Nobel tahun 1946 pada

bidang kimia.

Penemuan bahwa enzim dapat dikristalisasi pada akhirnya mengijinkan struktur

enzim ditentukan melalui kristalografi sinar-X. Metode ini pertama kali

diterapkan pada lisozim, enzim yang ditemukan pada air mata, air ludah, dan telur

putih, yang mencerna lapisan pelindung beberapa bakteri. Struktur enzim ini

dipecahkan oleh sekelompok ilmuwan yang diketuai oleh David Chilton Phillips

dan dipublikasikan pada tahun 1965. Struktur lisozim dalam resolusi tinggi ini

menandai dimulainya bidang biologi struktural dan usaha untuk memahami

bagaimana enzim bekerja pada tingkat atom.

Konvensi penamaan

Nama enzim sering kali diturunkan dari nama substrat ataupun reaksi

kimia yang ia kataliskan dengan akhiran -ase. Contohnya adalah laktase, alkohol

dehidrogenase (mengatalisis penghilangan hidrogen dari alkohol), dan DNA

polimerase.
International Union of Biochemistry and Molecular Biology telah

mengembangkan suatu tatanama untuk enzim, yang disebut sebagai nomor EC;

tiap-tiap enzim memiliki empat digit nomor urut sesuai dengan ketentuan

klasifikasi yang berlaku. Nomor pertama untuk klasifikasi teratas enzim

didasarkan pada ketentuan berikut:

← EC 1 Oksidoreduktase: mengatalisis reaksi oksidasi/reduksi

← EC 2 Transferase: mentransfer gugus fungsi

← EC 3 Hidrolase: mengatalisis hidrolisis berbagai ikatan

← EC 4 Liase: memutuskan berbagai ikatan kimia selain melalui hidrolisis

dan oksidasi

← EC 5 Isomerase: mengatalisis isomerisasi sebuah molekul tunggal

← EC 6 Ligase: menggabungkan dua molekul dengan ikatan kovalen

Tata nama secara lengkap dapat dilihat di

http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/ (Bahasa Inggris).

Struktur dan mekanisme

Diagram pita yang menunjukkan karbonat

anhidrase II. Bola abu-abu adalah kofaktor seng

yang berada pada tapak aktif.

Enzim umumnya merupakan protein globular dan ukurannya berkisar dari hanya

62 asam amino pada monomer 4-oksalokrotonat tautomerase, sampai dengan

lebih dari 2.500 residu pada asam lemak sintase. Terdapat pula sejumlah kecil

katalis RNA, dengan yang paling umum merupakan ribosom; Jenis enzim ini

dirujuk sebagai RNA-enzim ataupun ribozim. Aktivitas enzim ditentukan oleh

struktur tiga dimensinya (struktur kuaterner). Walaupun struktur enzim

menentukan fungsinya, prediksi aktivitas enzim baru yang hanya dilihat dari

strukturnya adalah hal yang sangat sulit.

Kebanyakan enzim berukuran lebih besar daripada substratnya, tetapi hanya

sebagian kecil asam amino enzim (sekitar 3–4 asam amino) yang secara langsung

terlibat dalam katalisis. Daerah yang mengandung residu katalitik yang akan

mengikat substrat dan kemudian menjalani reaksi ini dikenal sebagai tapak aktif.

Enzim juga dapat mengandung tapak yang mengikat kofaktor yang diperlukan

untuk katalisis. Beberapa enzim juga memiliki tapak ikat untuk molekul kecil,

yang sering kali merupakan produk langsung ataupun tak langsung dari reaksi

yang dikatalisasi. Pengikatan ini dapat meningkatkan ataupun menurunkan

aktivitas enzim. Dengan demikian ia berfungsi sebagai regulasi umpan balik.

Sama seperti protein-protein lainnya, enzim merupakan rantai asam amino yang

melipat. Tiap-tiap urutan asam amino menghasilkan struktur pelipatan dan sifat-

sifat kimiawi yang khas. Rantai protein tunggal kadang-kadang dapat berkumpul

bersama dan membentuk kompleks protein. Kebanyakan enzim dapat mengalami

denaturasi (yakni terbuka dari lipatannya dan menjadi tidak aktif) oleh pemanasan
ataupun denaturan kimiawi. Tergantung pada jenis-jenis enzim, denaturasi dapat

bersifat reversibel maupun ireversibel.

Kespesifikan

Enzim biasanya sangat spesifik terhadap reaksi yang ia kataliskan

mauapun terhadap substrat yang terlibat dalam reaksi. Bentuk, muatan dan

katakteristik hidrofilik/hidrofobik enzim dan substrat bertanggung jawab terhadap

kespesifikan ini. Enzim juga dapat menunjukkan tingkat stereospesifisitas,

regioselektivitas, dan kemoselektivitas yang sangat tinggi.

Beberapa enzim yang menunjukkan akurasi dan kespesifikan tertinggi terlibat

dalam pengkopian dan pengekspresian genom. Enzim-enzim ini memiliki

mekanisme "sistem pengecekan ulang". Enzim seperti DNA polimerase

mengatalisasi reaksi pada langkah pertama dan mengecek apakah produk

reaksinya benar pada langkah kedua. Proses dwi-langkah ini menurunkan laju

kesalahan dengan 1 kesalahan untuk setiap 100 juta reaksi pada polimerase

mamalia. Mekanisme yang sama juga dapat ditemukan pada RNA polimerase,

aminoasil tRNA sintetase dan ribosom.

Beberapa enzim yang menghasilkan metabolit sekunder dikatakan sebagai "tidak

pilih-pilih", yakni bahwa ia dapat bekerja pada berbagai jenis substrat yang

berbeda-beda. Diajukan bahwa kespesifikan substrat yang sangat luas ini sangat

penting terhadap evolusi lintasan biosintetik yang baru.

Model "kunci dan gembok"

Enzim sangatlah spesifik. Pada tahun 1894, Emil Fischer mengajukan

bahwa hal ini dikarenakan baik enzim dan substrat memiliki bentuk geometri

yang saling memenuhi. Hal ini sering dirujuk sebagai model "Kunci dan

Gembok". Manakala model ini menjelaskan kespesifikan enzim, ia gagal dalam

menjelaskan stabilisasi keadaan transisi yang dicapai oleh enzim. Model ini telah

dibuktikan tidak akurat, dan model ketepatan induksilah yang sekarang paling

banyak diterima.

Model ketepatan induksi

Diagram yang menggambarkan hipotesis ketepatan induksi.

Pada tahun 1958, Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci

dan gembok: oleh karena enzim memiliki struktur yang fleksibel, tapak aktif

secara terus menerus berubah bentuknya sesuai dengan interaksi antara enzim dan

substrat. Akibatnya, substrat tidak berikatan dengan tapak aktif yang kaku.

Orientasi rantai samping asam amino berubah sesuai dengan substrat dan

mengijinkan enzim untuk menjalankan fungsi katalitiknya. Pada beberapa kasus,

misalnya glikosidase, molekul substrat juga berubah sedikit ketika ia memasuki

tapak aktif. Tapak aktif akan terus berubah bentuknya sampai substrat terikat

secara sepenuhnya, yang mana bentuk akhir dan muatan enzim ditentukan.

Mekanisme

Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara, yang kesemuaannya menurunkan

ΔG‡:

← Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang

mana keadaan transisi terstabilisasi (contohnya mengubah bentuk substrat

menjadi konformasi keadaan transisi ketika ia terikat dengan enzim.)

← Menurunkan energi keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat

dengan menciptakan lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang

berlawanan dengan keadaan transisi.

← Menyediakan lintasan reaksi alternatif. Contohnya bereaksi dengan

substrat sementara waktu untuk membentuk kompleks Enzim-Substrat

antara.

← Menurunkan perubahan entropi reaksi dengan menggiring substrat

bersama pada orientasi yang tepat untuk bereaksi. Menariknya, efek

entropi ini melibatkan destabilisasi keadaan dasar, dan kontribusinya

terhadap katalis relatif kecil.

Stabilisasi keadaan transisi

Pemahaman asal usul penurunan ΔG‡ memerlukan pengetahuan bagaimana enzim

dapat menghasilkan keadaan transisi reaksi yang lebih stabil dibandingkan dengan

stabilitas keadaan transisi reaksi tanpa katalis. Cara yang paling efektif untuk

mencapai stabilisasi yang besar adalah menggunakan efek elektrostatik, terutama

pada lingkungan yang relatif polar yang diorientasikan ke distribusi muatan

keadaan transisi. Lingkungan seperti ini tidak ada dapat ditemukan pada reaksi

tanpa katalis di air.

Dinamika dan fungsi

Dinamika internal enzim berhubungan dengan mekanisme katalis enzim

tersebut. Dinamika internal enzim adalah pergerakan bahagian struktur enzim,

misalnya residu asam amino tunggal, sekelompok asam amino, ataupun bahwa

keseluruhan domain protein. Pergerakan ini terjadi pada skala waktu yang

bervariasi, berkisar dari beberapa femtodetik sampai dengan beberapa detik.

Jaringan residu protein di seluruh struktur enzim dapat berkontribusi terhadap

katalisis melalui gerak dinamik. Gerakan protein sangat vital, namun apakah

vibrasi yang cepat atau lambat maupun pergerakan konformasi yang besar atau

kecil yang lebih penting bergantung pada tipe reaksi yang terlibat. Namun,

walaupun gerak ini sangat penting dalam hal pengikatan dan pelepasan substrat

dan produk, adalah tidak jelas jika gerak ini membantu mempercepat langkah-
langkah reaksi reaksi enzimatik ini. Penyingkapan ini juga memiliki implikasi

yang luas dalam pemahaman efek alosterik dan pengembangan obat baru.

Modulasi alosterik

Enzim alosterik mengubah strukturnya sesuai dengan efektornya.

Modulasi ini dapat terjadi secara langsung, di mana efektor mengikat tapak ikat

enzim secara lngsung, ataupun secara tidak langsung, di mana efektor mengikat

protein atau subunit protein lain yang berinteraksi dengan enzim alosterik,

sehingga mempengaruhi aktivitas katalitiknya.

Kofaktor dan koenzim

Kofaktor

Beberapa enzim tidak memerlukan komponen tambahan untuk mencapai

aktivitas penuhnya. Namun beberapa memerlukan pula molekul non-protein yang

disebut kofaktor untuk berikatan dengan enzim dan menjadi aktif. [38] Kofaktor

dapat berupa zat anorganik (contohnya ion logam) ataupun zat organik (contohnya

flavin dan heme). Kofaktor dapat berupa gugus prostetik yang mengikat dengan

kuat, ataupun koenzim, yang akan melepaskan diri dari tapak aktif enzim semasa

reaksi.

Enzim yang memerlukan kofaktor namun tidak terdapat kofaktor yang terikat

dengannya disebut sebagai apoenzim ataupun apoprotein. Apoenzim beserta

dengan kofaktornya disebut holoenzim (bentuk aktif). Kebanyakan kofaktor tidak

terikat secara kovalen dengan enzim, tetapi terikat dengan kuat. Namun, gugus

prostetik organik dapat pula terikat secara kovalen (contohnya tiamina pirofosfat

pada enzim piruvat dehidrogenase). Istilah holoenzim juga dapat digunakan untuk

merujuk pada enzim yang mengandung subunit protein berganda, seperti DNA

polimerase. Pada kasus ini, holoenzim adalah kompleks lengkap yang

mengandung seluruh subunit yang diperlukan agar menjadi aktif.

Contoh enzim yang mengandung kofaktor adalah karbonat anhidrase, dengan

kofaktor seng terikat sebagai bagian dari tapak aktifnya.

Koenzim

Model pengisian ruang koenzim NADH

Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor

gugus kimia atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. Contoh koenzim

mencakup NADH, NADPH dan adenosina trifosfat. Gugus kimiawi yang dibawa

mencakup ion hidrida (H–) yang dibawa oleh NAD atau NADP+, gugus asetil yang

dibawa oleh koenzim A, formil, metenil, ataupun gugus metil yang dibawa oleh
asam folat, dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina. Beberapa

koenzim seperti riboflavin, tiamina, dan asam folat adalah vitamin.

Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim, adalah dapat

dikatakan koenzim merupakan substrat yang khusus, ataupun substrat sekunder.

Sebagai contoh, sekitar 700 enzim diketahui menggunakan koenzim NADH.

Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel. Contohnya,

NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat, dan S-adenosilmetionina

melalui metionina adenosiltransferase.

Termodinamika

Tahapan-tahapan energi pada reaksi kimia. Substrat memerlukan energi

yang banyak untuk mencapai keadaan transisi, yang akan kemudian berubah

menjadi produk. Enzim menstabilisasi keadaan transisi, menurunkan energi yang

diperlukan untuk menjadi produk.

Sebagai katalis, enzim tidak mengubah posisi kesetimbangan reaksi kimia.

Biasanya reaksi akan berjalan ke arah yang sama dengan reaksi tanpa katalis.

Perbedaannya adalah, reaksi enzimatik berjalan lebih cepat. Namun, tanpa

keberadaan enzim, reaksi samping yang memungkinkan dapat terjadi dan

menghasilkan produk yang berbeda.

Lebih lanjut, enzim dapat menggabungkan dua atau lebih reaksi, sehingga reaksi

yang difavoritkan secara termodinamik dapat digunakan untuk mendorong reaksi

yang tidak difavoritkan secara termodinamik. Sebagai contoh, hidrolsis ATP

sering kali menggunakan reaksi kimia lainnya untuk mendorong reaksi.

Enzim mengatalisasi reaksi maju dan balik secara seimbang. Enzim tidak

mengubah kesetimbangan reaksi itu sendiri, namun hanya mempercepat reaksi

saja. Sebagai contoh, karbonat anhidrase mengatalisasi reaksinya ke dua arah

bergantung pada konsentrasi reaktan.

(dalam jaringan tubuh;

konsentrasi CO2 yang tinggi)

(pada paru-paru;

konsentrasi CO2 yang rendah)

Walaupun demikian, jika kesetimbangan tersebut sangat memfavoritkan satu arah

reaksi, yakni reaksi yang sangat eksergonik, reaksi itu akan menjadi ireversible.

Pada kondisi demikian, enzim akan hanya mengatalisasi reaksi yang diijinkan

secara termodinamik.
Kinetika

Mekanisme reaksi enzimatik untuk sebuah subtrat tunggal. Enzim (E) mengikat substrat (S) dan

menghasilkan produk (P).

Kinetika enzim menginvestigasi bagaimana enzim mengikat substrat

dengan mengubahnya menjadi produk. Data laju yang digunakan dalam analisa

kinetika didapatkan dari asai enzim.

Pada tahun 1902, Victor Henri mengajukan suatu teori kinetika enzim yang

kuantitatif, namun data eksperimennya tidak berguna karena perhatian pada

konsentrasi ion hidrogen pada saat itu masih belum dititikberatkan. Setelah Peter

Lauritz Sørensen menentukan skala pH logaritmik dan memperkenalkan konsep

penyanggaan (buffering) pada tahun 1909, kimiawan Jerman Leonor Michaelis

dan murid bimbingan pascadokotoralnya yang berasal dari Kanada, Maud

Leonora Menten, mengulangi eksperimen Henri dan mengkonfirmasi persamaan

Henri. Persamaan ini kemudian dikenal dengan nama Kinetika Henri-Michaelis-

Menten (kadang-kadang juga hanya disebut kinetika Michaelis-Menten). Hasil

kerja mereka kemudian dikembangkan lebih jauh oleh G. E. Briggs dan J. B. S.

Haldane. Penurunan persamaan kinetika yang diturunkan mereka masih

digunakan secara meluas sampai sekarang .

Salah satu kontribusi utama Henri pada kinetika enzim adalah memandang reaksi

enzim sebagai dua tahapan. Pada tahap pertama, subtrat terikat ke enzim secara

reversible, membentuk kompleks enzim-substrat. Kompleks ini kadang-kadang

disebut sebagai kompleks Michaelis. Enzim kemudian mengatalisasi reaksi kimia

dan melepaskan produk.

Kurva kejenuhan suatu reaksi enzim yang menunjukkan relasi antara konsentrasi substrat (S)

dengan kelajuan (v).

Enzim dapat mengatalisasi reaksi dengan kelajuan mencapai jutaan reaksi

per detik. Sebagai contoh, tanpa keberadaan enzim, reaksi yang dikatalisasi oleh

enzim orotidina 5'-fosfat dekarboksilase akan memerlukan waktu 78 juta tahun

untuk mengubah 50% substrat menjadi produk. Namun, apabila enzim tersebut

ditambahkan, proses ini hanya memerlukan waktu 25 milidetik. Laju reaksi

bergantung pada kondisi larutan dan konsentrasi substrat. Kondisi-kondisi yang

menyebabkan denaturasi protein seperti temperatur tinggi, konsentrasi garam yang

tinggi, dan nilai pH yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan menghilangkan

aktivitas enzim. Sedangkan peningkatan konsentrasi substrat cenderung

meningkatkan aktivitasnya. Untuk menentukan kelajuan maksimum suatu reaksi

enzimatik, konsentrasi substrat ditingkatkan sampai laju pembentukan produk

yang terpantau menjadi konstan. Hal ini ditunjukkan oleh kurva kejenuhan di

samping. Kejenuhan terjadi karena seiring dengan meningkatnya konsentrasi

substrat, semakin banyak enzim bebas yang diubah menjadi kompleks substrate-

enzim ES. Pada kelajuan yang maksimum (Vmax), semua tapak aktif enzim akan

berikatan dengan substrat, dan jumlah kompleks ES adalah sama dengan jumlah

total enzim yang ada. Namun, Vmax hanyalah salah satu konstanta kinetika enzim.

Jumlah substrat yang diperlukan untuk mencapai nilai kelajuan reaksi tertentu

jugalah penting. Hal ini diekspresikan oleh konstanta Michaelis-Menten (Km),

yang merupakan konsentrasi substrat yang diperlukan oleh suatu enzim untuk

mencapai setengah kelajuan maksimumnya. Setiap enzim memiliki nilai Km yang

berbeda-beda untuk suatu subtrat, dan ini dapat menunjukkan seberapa kuatnya

pengikatan substrat ke enzim. Konstanta lainnya yang juga berguna adalah kcat,

yang merupakan jumlah molekul substrat yang dapat ditangani oleh satu tapak

aktif per detik.

Efisiensi suatu enzim diekspresikan oleh kcat/Km. Ia juga disebut sebagai

konstanta kespesifikan dan memasukkan tetapan kelajuan semua langkah reaksi.

Karena konstanta kespesifikan mencermikan kemampuan katalitik dan afinitas, ia

dapat digunakan untuk membandingkan enzim yang satu dengan enzim yang lain,

ataupun enzim yang sama dengan substrat yang berbeda. Konstanta kespesifikan

maksimum teoritis disebut limit difusi dan nilainya sekitar 108 sampai 109 (M-1 s-
1
). Pada titik ini, setiap penumbukkan enzim dengan substratnya akan
menyebabkan katalisis, dan laju pembentukan produk tidak dibatasi oleh laju

reaksi, melainkan oleh laju difusi. Enzim dengan sifat demikian disebut secara

katalitik sempurna ataupun secara kinetika sempurna. Contoh enzim yang

memiliki sifat seperti ini adalah karbonat anhidrase, asetilkolinesterase, katalase,

fumarase, β-laktamase, dan superoksida dismutase.

Kinetika Michaelis-Menten bergantung pada hukum aksi massa, yang

diturunkan berdasarkan asumsi difusi bebas dan pertumbukan acak yang didorong

secara termodinamik. Namun, banyak proses-proses biokimia dan selular yang

menyimpang dari kondisi ideal ini, disebabkan oleh kesesakan makromolekuler

(macromolecular crowding), perpisahan fase enzim/substrat/produk, dan

pergerakan molekul secara satu atau dua dimensi. Pada situasi seperti ini, kinetika

Michaelis-Menten fraktal dapat diterapkan.

Beberapa enzim beroperasi dengan kinetika yang lebih cepat daripada laju

difusi. Hal ini tampaknya sangat tidak mungkin. Beberapa mekanisme telah

diajukan untuk menjelaskan fenomena ini. Beberapa protein dipercayai

mempercepat katalisis dengan menarik substratnya dan melakukan pra-orientasi

substrat menggunakan medan listrik dipolar. Model lainnya menggunakan

penjelasan penerowongan kuantum mekanika, walaupun penjelasan ini masih

kontroversial. Penerowongan kuantum untuk proton telah terpantau pada

triptamina.
Inhibisi

Inhibitor kompetitif mengikat enzim secara reversibel, menghalangi pengikatan substrat. Di lain

pihak, pengikatn substrat juga menghalangi pengikatan inhibitor. Substrat dan inhibitor

berkompetisi satu sama lainnya.

Jenis-jenis inihibisi. Klasifikasi ini diperkenalkan oleh W.W. Cleland.

Laju reaksi enzim dapat diturunkan menggunakan berbagai jenis inhibitor enzim.

Inhibisi kompetitif

Pada inihibisi kompetitif, inhibitor dan substrat berkompetisi untuk

berikatan dengan enzim. Seringkali inhibitor kompetitif memiliki struktur yang

sangat mirip dengan substrat asli enzim. Sebagai contoh, metotreksat adalah

inihibitor kompetitif untuk enzim dihidrofolat reduktase. Kemiripan antara

struktur asam folat dengan obat ini ditunjukkan oleh gambar di samping bawah.

Perhatikan bahwa pengikatan inhibitor tidaklah perlu terjadi pada tapak

pengikatan substrat apabila pengikatan inihibitor mengubah konformasi enzim,

sehingga menghalangi pengikatan substrat. Pada inhibisi kompetitif, kelajuan

maksimal reaksi tidak berubah, namun memerlukan konsentrasi substrat yang

lebih tinggi untuk mencapai kelajuan maksimal tersebut, sehingga meningkatkan

Km.

Inhibisi tak kompetitif

Pada inhibisi tak kompetitif, inhibitor tidak dapat berikatan dengan enzim

bebas, namun hanya dapat dengan komples ES. Kompleks EIS yang terbentuk

kemudian menjadi tidak aktif. Jenis inhibisi ini sangat jarang, namun dapat terjadi

pada enzim-enzim multimerik.

Inhibisi non-kompetitif

Inhibitor non-kompetitif dapat mengikat enzim pada saat yang sama

substrat berikatan dengan enzim. Baik kompleks EI dan EIS tidak aktif. Karena

inhibitor tidak dapat dilawan dengan peningkatan konsentrasi substrat, V max reaksi

berubah. Namun, karena substrat masih dapat mengikat enzim, Km tetaplah sama.

Inhibisi campuran

Inhibisis jenis ini mirip dengan inhibisi non-kompetitif, kecuali kompleks

EIS memiliki aktivitas enzimatik residual.

Pada banyak organisme, inhibitor dapat merupakan bagian dari mekanisme umpan

balik. Jika enzim memproduksi terlalu banyak produk, produk tersebut dapat

berperan sebagai inhibitor bagi enzim tersebut. Hal ini akan menyebabkan

produksi produk melambat atau berhenti. Bentuk umpan balik ini adalah umpan

balik negatif. Enzim memiliki bentuk regulasi seperti ini sering kali multimerik

dan mempunyai tapak ikat alosterik. Kurva substrat/kelajuan enzim ini tidak

berbentuk hiperbola melainkan berbentuk S.

Koenzim asam folat (kiri) dan obat anti kanker metotreksat (kanan) memiliki struktur yang sangat

mirip. Oleh sebab itu, metotreksat adalah inhibitor kompetitif bagi enzim yang menggunukan folat.

Inhibitor ireversibel bereaksi dengan enzim dan membentuk aduk dengan

protein. Inaktivasi ini bersifat ireversible. Inhibitor seperti ini contohnya

efloritina, obat yang digunakan untuk mengobati penyakit yang disebabkan oleh

protozoa African trypanosomiasis. Penisilin dan Aspirin juga bekerja dengan cara

yang sama. Senyawa obat ini terikat pada tapak aktif, dan enzim kemudian

mengubah inhibitor menjadi bentuk aktif yang bereaksi secara ireversibel dengan

satu atau lebih residu asam amino.

Kegunaan inhibitor

Oleh karena inhibitor menghambat fungsi enzim, inhibitor sering digunakan

sebagai obat. Contohnya adalah inhibitor yang digunakan sebagai obat aspirin.

Aspirin menginhibisi enzim COX-1 dan COX-2 yang memproduksi pembawa

pesan peradangan prostaglandin, sehingga ia dapat menekan peradangan dan rasa

sakit. Namun, banyak pula inhibitor enzim lainnya yang beracun. Sebagai

contohnya, sianida yang merupakan inhibitor enzim ireversibel, akan bergabung

dengan tembaga dan besi pada tapak aktif enzim sitokrom c oksidase dan

memblok pernafasan sel.

Fungsi biologis

Enzim mempunyai berbagai fungsi bioligis dalam tubuh organisme hidup.

Enzim berperan dalam transduksi signal dan regulasi sel, seringkali melalui enzim

kinase dan fosfatase. Enzim juga berperan dalam menghasilkan pergerakan tubuh,

dengan miosin menghidrolisis ATP untuk menghasilkan kontraksi otot. ATPase

lainnya dalam membran sel umumnya adalah pompa ion yang terlibat dalam

transpor aktif. Enzim juga terlibat dalam fungs-fungsi yang khas, seperti lusiferase

yang menghasilkan cahaya pada kunang-kunang. Virus juga mengandung enzim

yang dapat menyerang sel, misalnya HIV integrase dan transkriptase balik.
Enzim lusiferase pada kunang-kunang memiliki kofaktor lusiferin (kuning-hijau) yang dapat

memancarkan cahaya.

Salah satu fungsi penting enzim adalah pada sistem pencernaan hewan.

Enzim seperti amilase dan protease memecah molekul yang besar (seperti pati dan

protein) menjadi molekul yang kecil, sehingga dapat diserap oleh usus. Molekul

pati, sebagai contohnya, terlalu besar untuk diserap oleh usus, namun enzim akan

menghidrolisis rantai pati menjadi molekul kecil seperti maltosa, yang akan

dihidrolisis lebih jauh menjadi glukosa, sehingga dapat diserap. Enzim-enzim

yang berbeda, mencerna zat-zat makanan yang berbeda pula. Pada hewan

pemamah biak, mikroorganisme dalam perut hewan tersebut menghasilkan enzim

selulase yang dapat mengurai sel dinding selulosa tanaman.

Beberapa enzim dapat bekerja bersama dalam urutan tertentu, dan menghasilan

lintasan metabolisme. Dalam lintasan metabolisme, satu enzim akan membawa

produk enzim lainnya sebagai substrat. Setelah reaksi katalitik terjadi, produk
kemudian dihantarkan ke enzim lainnya. Kadang-kadang lebih dari satu enzim

dapat mengatalisasi reaksi yang sama secara bersamaan.

Enzim menentukan langkah-langkah apa saja yang terjadi dalam lintasan

metabolisme ini. Tanpa enzim, metabolisme tidak akan berjalan melalui langkah

yang teratur ataupun tidak akan berjalan dengan cukup cepat untuk memenuhi

kebutuhan sel. Dan sebenarnya, lintasan metabolisme seperti glikolisis tidak akan

dapat terjadi tanpa enzim. Glukosa, contohnya, dapat bereaksi secara langsung

dengan ATP, dan menjadi terfosforliasi pada karbon-karbonnya secara acak.

Tanpa keberadaan enzim, proses ini berjalan dengan sangat lambat. Namun, jika

heksokinase ditambahkan, reaksi ini tetap berjalan, namun fosforilasi pada karbon

6 akan terjadi dengan sangat cepat, sedemikiannya produk glukosa-6-fosfat

ditemukan sebagai produk utama. Oleh karena itu, jaringan lintasan metabolisme

dalam tiap-tiap sel bergantung pada kumpulan enzim fungsional yang terdapat

dalam sel tersebut.

Kontrol aktivitas

Terdapat lima cara utama aktivitas enzim dikontrol dalam sel.

1. Produksi enzim (transkripsi dan translasi gen enzim) dapat ditingkatkan

atau diturunkan bergantung pada respon sel terhadap perubahan

lingkungan. Bentuk regulase gen ini disebut induksi dan inhibisi enzim.

Sebagai contohnya, bakteri dapat menjadi resistan terhadap antibiotik

seperti penisilin karena enzim yang disebut beta-laktamase menginduksi

 hidrolisis cincin beta-laktam penisilin. Contoh lainnya adalah enzim dalam

hati yang disebut sitokrom P450 oksidase yang penting dalam

metabolisme obat. Induksi atau inhibisi enzim ini dapat mengakibatkan

interaksi obat.

2. Enzim dapat dikompartemenkan, dengan lintasan metabolisme yang

berbeda-beda yang terjadi dalam kompartemen sel yang berbeda. Sebagai

contoh, asam lemak disintesis oleh sekelompok enzim dalam sitosol,

retikulum endoplasma, dan aparat golgi, dan digunakan oleh sekelompok

enzim lainnya sebagai sumber energi dalam mitokondria melalui β-

oksidasi.

3. Enzim dapat diregulasi oleh inhibitor dan aktivator. Contohnya, produk

akhir lintasan metabolisme seringkali merupakan inhibitor enzim pertama

yang terlibat dalam lintasan metabolisme, sehingga ia dapat meregulasi

jumlah produk akhir lintasan metabolisme tersebut. Mekanisme regulasi

seperti ini disebut umpan balik negatif karena jumlah produk akhir diatur

oleh konsentrasi produk itu sendiri. Mekanisme umpan balik negatif dapat

secara efektif mengatur laju sintesis zat antara metabolit tergantung pada

kebutuhan sel. Hal ini membantu alokasi bahan zat dan energi secara

ekonomis dan menghindari pembuatan produk akhir yang berlebihan.

Kontrol aksi enzimatik membantu menjaga homeostasis organisme hidup.

4. Enzim dapat diregulasi melalui modifikasi pasca-translasional. Ia dapat

meliputi fosforilasi, miristoilasi, dan glikosilasi. Contohnya, sebagai

respon terhadap insulin, fosforilasi banyak enzim termasuk glikogen

 sintase membantu mengontrol sintesis ataupun degradasi glikogen dan

mengijinkan sel merespon terhadap perubahan kadar gula dalam darah.

Contoh lain modifikasi pasca-translasional adalah pembelahan rantai

polipeptida. Kimotripsin yang merupakan protease pencernaan diproduksi

dalam keadaan tidak aktif sebagai kimotripsinogen di pankreas. Ia

kemudian ditranspor ke dalam perut di mana ia diaktivasi. Hal ini

menghalangi enzim mencerna pankreas dan jaringan lainnya sebelum ia

memasuki perut. Jenis prekursor tak aktif ini dikenal sebagai zimogen.

5. Beberapa enzim dapat menjadi aktif ketika berada pada lingkungan

yang berbeda. Contohnya, hemaglutinin pada virus influenza menjadi

aktif dikarenakan kondisi asam lingkungan. Hal ini terjadi ketika virus

terbawa ke dalam sel inang dan memasuki lisosom.

Keterlibatan dalam penyakit

Fenilalanina hidroksilase.

Oleh karena kontrol aktivitas enzim yang

ketat diperlukan untuk menjaga homeostasis,

malafungsi (mutasi, kelebihan produksi,

kekurangan produksi ataupun delesi) enzim

tunggal yang penting dapat menyebabkan

penyakit genetik. Pentingnya enzim ditunjukkan oleh fakta bahwa penyakit-

penyakit mematikan dapat disebabkan oleh hanya mala fungsi satu enzim dari

ribuan enzim yang ada dalam tubuh kita.

Salah satu contohnya adalah fenilketonuria. Mutasi asam amino tunggal pada

enzim fenilalania hidroksilase yang mengatalisis langkah pertama degradasi

fenilalanina mengakibatkan penumpukkan fenilalanina dan senyawa terkait. Hal

ini dapat menyebabkan keterbelakangan mental jika ia tidak diobati.

Contoh lainnya adalah mutasi silsilah nutfah (germline mutation) pada gen yang

mengkode enzim reparasi DNA. Ia dapat menyebakan sindrom penyakit kanker

keturunan seperti xeroderma pigmentosum. Kerusakan ada enzim ini dapat

menyebabkan kanker karena kemampuan tubuh memperbaiki mutasi pada genom

menjadi berkurang. Hal ini menyebabkan akumulasi mutasi dan mengakibatkan

berkembangnya berbagai jenis kanker pada penderita.