MIKROBA INDUSTRI

ISOLASI, SELEKSI &

IDENTIFIKASI
 MIKROBA INDUSTRI
Mikroba  kunci kegagalan atau keberhasilan suatu kultivasi

Kriteria Mikroba Industri :

 Merupakan galur murni
 Sifat genetiknya stabil
 Dapat menghasilkan sel vegetatif, spora atau unit-unit reproduktif
lain
 Mampu tumbuh dengan cepat setelah diinokulasi
 Mampu menghasilkan produk yang diinginkan dalam waktu yang
pendek & tidak menghasilkan produk sampingan yang toksik
 Mampu melindungi diri dari kontaminasi (pH, suhu, inhibitor)
 Dapat disimpan dalam jangka waktu yang panjang
 Galur dapat dikembangkan kualitasnya (mutasi), sehingga
produksinya meningkat
Sumber Mikroba

 Sumber mikroba industri : sumber alami atau lembaga koleksi kultur

 Sumber alami : tanah, air, sayuran segar/busuk, tanaman/hewan,
limbah dll  jumlah dan jenis mikroba sangat beragam

 Tahap pertama dalam seleksi mikroba yang akan digunakan untuk

industri adalah isolasi mikroba, sehingga diperoleh kultur murni (sifat
morfologi & fisiologi seragam).
 Setelah itu dilakukan seleksi sehingga diperoleh galur dengan kinerja
terbaik.
 Terakhir baru dilakukan identifikasi dengan menggunakan kunci-kunci
yang sesuai, sehingga diketahui nama (klasifikasi) mikroba tersebut

 Mikroba yang telah diperoleh sepatutnya disimpan dengan baik

dengan teknik penyimpana yang baik, sehingga kemurniannya
terpelihara dalam jangka waktu yang panjang.
ISOLASI
 Isolasi kultur : kegiatan pemisahan suatu kultur mikroba dari
campuran biakan mikroba di alam  sel individu terpisah

 Sebelum mengisolasi, harus diketahui mikroba apa yang akan

diisolasi dan habitatnya  menentukan sampel apa yang akan
diambil dari alam dan media apa yang akan digunakan

 Sampel biasanya segera dipakai atau disimpan pada suhu dingin

(kulkas)

 Teknik Isolasi Kultur Murni :

- 1. Penggoresan (Streak-plate) & Penyebaran (Spread-plate)
- 2. Penuangan (Pour-plate)
- 3. Kultur Yang Diperkaya
- 4. Pengenceran Berseri (Serial-dilution)
- 5. Isolasi Sel Tunggal
1. Teknik Penggoresan (Streak-plate) & Penyebaran (Spread-plate)

- Untuk bakteri paling sesuai

- Menggunakan agar cawan
- Cara :
Sampel

Pengenceran berseri dg larutan garam

fisiologis (0,85 %)

Penggoresan (jarum Ose) atau penyebaran (batang

gelas) pada media agar , sehingga koloni tumbuh
menyebar

Penggoresan dilakukan berulang, sehingga

Diperoleh kultur murni

1 sel  1 koloni
 Teknik ini merupakan prosedur rutin untuk isolasi bakteri &
menggunakan peralatan yang sederhana
 Kelemahan : hanya sejumlah kecil contoh yang dapat digunakan/
disebarkan pada media
 Dua sel dapat bergabung manjadi membentuk satu koloni
Contoh : bakteri yang menghasilkan lendir & yang tidak 
pencegahan dengan menambahkan deterjen

2. Teknik Penuangan (Pour-plate)

 Prinsip : pengenceran contoh dengan media agar cair (+/- 450C)

dalam tabung reaksi, sehingga distribusi sampel merata
 dituang ke petri dish & dibiarkan mengeras pada
suhu ruang, lalu diinkubasi
 Teknik Penuangan (Pour-plate)

Sampel +/- 1 g)

1 loop ....
A . .. .. . A
Agar cair
Diperiksa

....
. .. .. . B
B
Pengenceran
Koloni terisolasi
Suspensi Penuangan
Bakteri
Dibiarkan mengeras
....
. .. .. . C
C
Inkubasi

Tahap I Tahap II Tahap III

Media agar miring

 Metode Penuangan  Pengamatan dapat dilakukan secara kualitatif
(morfologi) & kuantitatif (jumlah sel mikroba)
 Teknik penggoresan/penyebaran dan penuangan ini lebih efektif
dengan menggunakan media selektif/ diferensial atau dengan
perlakuan khusus sebelum penanaman pada agar cawan
Contoh : Isolasi bakteri pembentuk spora  contoh terlebih dulu
dipanaskan s.d 850C 5 menit

 Media Selektif :
- Media dg NaCl 7,5 % unt mengisolasi Staphylococcus dari faeces
- Media BGLBB (brilliant green lactose bile broth) : Salmonellae

 Media Diferensial :
- Media agar EMB (eosin-methylene blue agar)  terbentuk koloni
berbeda & mudah dikenali
E. coli : hijau kehitaman/hijau metalik
Aerobacter aerogenes : tengah ungu tua/coklat, tepi ungu muda
3. Kultur Yang Diperkaya

 Untuk mengisolasi bakteri yang mempunyai sifat fisiologis yang khusus

(jumlah kecil & tumbuh lambat)
 Prinsip : menggunakan komposisi media dan kondisi inkubasi
tertentu, sehingga yang tumbuh hanya bakteri tertentu
 Cara :

1 2 3 4

Media cair dgn substrat khusus

Contoh : bakteri tanah : α-conidendrin

(+) (-)
Verifikasi
4. Teknik Pengenceran Berseri (Serial-dilution)

 Digunakan jika mikroba dlm kultur campuran terdapat dalam jumlah

lebih besar dari pada mikroba lain.
Contoh : S. lactis dalam susu asam

 Dengan tingkat pengenceran tinggi, sampel hanya mengandung 1

galur mikroba

 Perlu dicek kemurnian kultur

5. Teknik Isolasi Sel Tunggal

 Menggunakan alat Mikromanipulator yang digabung dengan

mikroskop untuk mengambil suatu sel mikroba tunggal dari preparat
tetes bergantung

 Dengan Mikromanipulator, operator dapat mengontrol gerakan

mikropipet di bawah lensa obyek, sehingga dapat diambil sel
tunggal ke dalam tabung dan selanjutnya dipindahkan ke media
yang sesuai

 Lebih cepat, namun kelemahannya : alat mahal & operator harus

trampil
 SELEKSI & IDENTIFIKASI
SELEKSI

Tujuan : mendapatkan galur dengan kinerja terbaik

 - rendemen lebih tinggi
- tidak menghasilkan produk sampingan yang tidak
dikehendaki
- peningkatan kemampuan penggunaan sumber C dan N
yang murah
- Perubahan morfologi sel menjadi bentuk yang lebih
mudah dipisahkan dari produk

 Pendekatan genetika untuk memperbaiki kualitas mikroba :

1. Mutasi
2. Rekombinasi
 Taksonomi (klasifikasi) :
penataan teratur unitiunit ke dalam kelompok satuan yang lebih besar
 hierarkhi klasifikasi :
spesies  genus  familia  orde  kelas  filum atau divisi
Spesies : satuan atau kelompok dasar dalam semua sistem klasifikasi
organisme

 Nomenklatur :
penamaan satuan-satuan yang dicirikan dan dibatasi oleh klasifikasi

 Identifikasi :
penggunaan kriteria yang ditetapkan untuk klasifikasi dan nomenklatur
untuk mengidentifikasi mikroba dengan membandingkan dengan ciri-
ciri/ karakteristik yang ada
 Menggunakan kunci-kunci yang sesuai
Contoh : Bakteri : Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology
 Menggunakan kombinasi biner Latin, misalnya Rhizopus oryzae
 Contoh identifikasi bakteri :
- tidak terdapat bakteroklorofil
- sel tidak berbentuk filamen
- Gram positif
- berbentuk batang
- menghasilkan endospora
- Katalase positif
- Aerobik
- Nitrit negatif
- VP (Voges Proskauer) negatif
 Bacillus megaterium

Identifikasi Kapang :
 a.l. berdasarkan spora dan miselium

Identifikasi khamir :
 a.l. berdasarkan spora & kemampuan memfermentasi gula sebagai
sumber karbon
IDENTIFIKASI
 Setelah diperoleh kultur murni, dilakukan identifikasi

 Metode untuk identifikasi mikroba adalah dengan menggunakan

ciri/karakteristik :

1. Morfologis
Pengamatan ukuran, bentuk dan susunan sel, adanya flagela,
kapsul atau spora dengan bantuan mikroskop, baik dengan
pewarnaan maupun tidak
2. Nutrisional
Penentuan senyawa kimia dan kondisi fisik khusus (suhu, cahaya,
gas) yang diperlukan untuk pertumbuhan mikroba
3. Kultural
Penentuan tampilan pertumbuhan pada berbagai macam media,
baik cair maupun padat (bentuk koloni, permukaan koloni, tepi
koloni, warna dll)
4. Metabolik
Identifikasi & pengukuran perubahan kimiawi yang dilakukan
mikroba ( kemampuan mikroba untuk mengubah karbohidrat
menjadi asam organik; gula menjadi asam dan gas dll)
Contoh : E. coli dapat memfermentasi laktosa, sedangkan
Salmonella typhi tidak dapat
5. Susunan Kimiawi
Penentuan susunan kimiawi berbagai komponen sel (dinding sel,
nukleus, membran dll)
6. Susunan antigen
Penelaahan sifat antigen – antibodi yang khas
* Antigen : substansi (sel mikroba) yang menstimulasi produksi
antibodi saat diinjeksikan ke hewan
7. Patogenik
Penentuan potensi suatu mikroba untuk menimbulkan penyakit
8. Genetik
Kajian berdasarkan untaian DNA mikroba menggunakan DNA Probe
Contoh 1. Karakteristik Morfologis

Aspergillus E. coli

Streptomyces Penicillium
Contoh 3. Karakteristik Kultural
 Tampilan pertumbuhan pada media padat
(bentuk koloni, tepi koloni, permukaan koloni dll)
Sel Bakteri
 PEMELIHARAAN & PENGAWETAN KULTUR MURNI

 Tujuan : menjaga sampai periode tertentu mikroba tetap dalam

kondisi hidup (viable), mencegah terjadinya perubahan genetik & tidak
terkontaminasi  harus mampu melestarikan karakteristik spesies
mikroba selama diawetkan
 Cara :
1. Pemindahan Secara Periodik
- Kultur mikroba secara periodik dipindahkan ke media baru/segar
- Komposisi media & suhu serta interval waktu pemindahan harus
tepat
2. Pelapisan Kultur dgn Minyak Mineral
- Permukaan agar miring dilapisi dengan minyak mineral steril
(+/- 0,5 inci)
- Keuntungan : dapat memindahkan sebagian mikroba di bawah
minyak mineral dg jarum Ose, lalu diinokulasi ke media segar dg
tetap mempertahankan kultur awal
3. Liofilisasi
- Pengeringan beku (freeze-drying)
- Merupakan cara paling efektif untuk mengawetkan kultur bakteri
(dapat tetap hidup & tidak berubah lebih dari 20 tahun)
- Cara :
* media berisi senyawa pelindung : susu, serum, natrium glutamat dll
* suspensi mikroba ditempatkan dalam ampul (vial)
* Perendalam dalam es kering + alkohol (-780C)  beku
* Ampul dihubungkan dengan kondensor & pompa vakum  kering
* Ampul ditutup di bawah vakum

- Keuntungan :
* Tahan lama
* Kemungkinan perubahan kecil
* Wadah penyimpanan kecil
Freeze Dryer
4. Penyimpanan pada Suhu Sangat Rendah
- Menggunakan nitrogen cair (sekitar -1760C)
- Sel dibekukan dengan diberi pelindung (gliserol atau dimetil
sulfoksida)
- Contoh beku disimpan dalam lemari pendingin nitrogen cair
- Cocok untuk kapang
- Kelebihan : hampir sama dgn liofilisasi & kultur yg tidak dapat
diawetkan dengan liofilisasi, dapat dengan cara ini

5. Penyimpanan pada Tanah Steril

- Diterapkan untuk penyimpanan spora