P. 1
Struktur DNA

Struktur DNA

5.0

|Views: 4,507|Likes:
download : http://www.ziddu.com/download/10846469/StrukturDNA.pdf.html
download : http://www.ziddu.com/download/10846469/StrukturDNA.pdf.html

More info:

Published by: Hendrik_Nurfitrianto on Jul 23, 2010
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOC, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

09/13/2013

pdf

text

Kromosom, gen, DNA, sinthesis Protein dan regulasi ekspresi gen

2.1.Pendahuluan
Era penemuan materi genetik telah dibuka oleh F Miescher dengan menggunakan mikroskop sederhana, dia telah menetapkan bahwa bahan aktif yang ada di dalam nukleus disebut sebagai nuclein. Peneliti ini belum bisa menetapkan apakah

nuclein ini kromosom ataukah DNA. Kromosom ditemukan pada awal abad ke 19
merupakan struktur seperti benang pada nukleus sel eukariot yang nampak pada saat sel mulai membelah. Kromosom berjumlah diploid pada setiap selnya, dan pada autosomal maupun seks-kromosom membawa gen-gen yang berpasangan, kecuali pada kromosomY.

Gambar 1. Diagram skematik kromosom, gene dan struktur heliks DNA.

Gen adalah unit heriditas suatu organisme hidup. Gen ini dikode dalam material genetik organisme, yang kita kenal sebagai molekul DNA, atau RNA pada beberapa virus, dan ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan internal atau eksternal seperti perkembangan fisik atau perilaku dari organisme itu Gen tersusun atas daerah urutan basa nukleotida baik yang mengkode suatu informasi genetik ( coding-gene region as

exon) dan juga daerah yang tidak mengkode informasi genetik ( non-coding-gene region as intron), hal ini penting untuk pembentukan suatu protein yang fungsinya
diperlukan di tingkat sel, jaringan, organ atau organisme secara keseluruhan. Molekul DNA membawa informasi hereditas dari sel dan komponen protein (molekul-molekul

histon) dari kromosom mempunyai fungsi penting dalam pengemasan dan pengontrolan molekul DNA yang sangat panjang sehingga dapat muat didalam nucleus dan mudah diakses ketika dibutuhkan. Selama reproduksi, Jumlah kromosom yang haploid dan material genetik DNA hanya separoh dari masing-masing parental, dan disebut sebagai genom.

2.2 Struktur DNA
Pada tahun 1953, James Watson and Francis Crick telah membuka wawasan baru tentang penemuan model struktur DNA. Publikasi dari model double heliks DNA ini disusun berdasarkan penemuan: 1. Penemuan struktur asam nukleat dari Pauling & Corey 2. Pola difraksi DNA (Single-crystal X-ray analysis) dari Wilkins & Franklin 3. Pola perbandingan jumlah A-T, G-C (1:1) dari Chargaff atau dikenal sebagai Hukum Ekivalen Chargaff: · Jumlah purin sama dengan pirimidin · Banyaknya adenin sama dengan timin, juga jumlah glisin sama dengan sitosin. DNA terbentuk dari empat tipe nukleotida, yang berikatan secara kovalen membentuk rantai polinukleotida (rantai DNA atau benang DNA) dengan tulang punggung gulafosfat tempat melekatnya basa-basa. Dua rantai polinukleotida saling berikatan melalui ikatan hydrogen antara basabasa nitrogen dari rantai yang berbeda. Semua basa berada di dalam double helix dan tulangpunggung gula-fosfat berada di bagian luar. Purin selalu berpasangan dengan pirimidin (A-T, G-C). Perpasangan secara komplemen tersebut memungkinkan pasangan basa dikemas dengan susunan yang paling sesuai. Hal ini bisa terjadi bila kedua rantai polinukleotida tersusun secara antiparalel.

Gambar2. Struktur basa pirimidine (Cytosine, Thimine, Urasil), purine (Adenine, Guanine), Gula pentosa, ribonucleic acid, dan deoxyribonucleic acid.

B A

Gambar 3. Pembentukan secara skematik struktur dsDNA dari gula fosfat sebagai ‘backbone‛ dan basa nukleotida (A). Dua ikatan hidrogen dari AT dan 3 ikatan hidrogen untuk GC (B).

Untuk

memaksimumkan

pengemasan

pasangan

basa

tersebut,

kedua

tulangpunggung gula-fosfat tersebut berpilin membentuk double heliks, dengan satu putaran komplementer setiap 10 pasang basa. Polaritas dari rantai DNA ditunjukkan dengan sebutan ujung 5‛ dan ujung 3‛. Arah pembacaan basa nukleotida dari ujung-5‛ menuju ujung-3‛.

Gambar 4. Bentuk skematik double-helix DNA Jarak antara nukleotida satu dengan berkutnya adalah 3.4 nm. Ujung 3‛ membawa gugus –OH bebas pada posisi 3‛ dari cincin gula, dan ujung 5‛ membawa gugus fosfat bebas pada posisi 5‛ dari cincin gula.

Gambar 4. Jarak antara basa nukleotida dan lekukan minor dan major dari molekul DNA DNA dobel heliks dapat dikopi secara persis karena masing-masing untai mengandung sekuen nukleotida yang persis berkomplemen dengan sekuen untai pasangannya. Masing-masing untai dapat berperan sebagai cetakan untuk sintesis dari untai komplemen baru yang identik dengan pasangan awalnya.

Gambar 4. Proses replikasi sederhana molekul DNA.

2.3 Sintesis Protein
Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi. Seperti kita ketahui DNA sebagai media untuk proses transkripsi suatu gen berada di kromosom dan terikat oleh protein histon. Saat menjelang proses transkripsi berjalan, biasanya didahului signal dari luar akan kebutuhan suatu protein atau molekul lain yang dibutuhkan untuk proses pertumbuhan, perkembangan, metabolisme, dan fungsi lain di tingkat sel maupun jaringan. Kemudian RNA polymerase II akan mendatangi daerah regulator element dari gen yang akan ditranskripsi. Kemudian RNA polymerase ini akan menempel (binding) di daerah promoter spesifik dari gene yang akan disintesis proteinnya, daerah promoter ini merupakan daerah consesus sequences, pada urutan -10 dan -35 dari titik inisiasi (+1) yang mengandung urutan TATA-Box sebagai basal promoter. Setelah itu, polimerase ini akan membuka titik inisiasi (kodon ATG) dari gene tersebut dan mengkopi semua informasi secara utuh baik daerah exon maupun intron, dalam bentuk molekul immature

mRNA ( messenger RNA). Kemudian immature mRNA ini diolah pada proses splicing
dengan menggunakan smallnuclearRNA (snRNA) complex yang akan memotong hanya daerah intron, dan semua exon akan disambungkan menjadi satu urutan gen utuh tanpa non-coding area dan disebut sebagai mature mRNA. Pada tahap berikutnya, mRNA ini diproses lebih lanjut pada proses translasi di dalam ribosom, dalam tiga tahapan pokok yaitu inisiasi sebagai mengawali sintesis polipeptida dari kodon AUG yang ditranslasi sebagai asam amino methionine. Proses ini berlangsung dengan bantuan initiation factor (IF-1, IF-2 dan IF3) dan enzim t RNA-methionine synthethase (pada

bakteri diawali oleh formylmethionine) sehingga tRNA dan asam amino methionine membentuk ikatan cognate dan bergerak ke ribosom tempat sintesis protein berlangsung. Langkah selanjutnya adalah elongasi atau pemanjangan polpeptida sesuai denga urutan kodon yang dibawa oleh mRNA.

Gambar5. Proses splicing dari pematangan mRNA. Pada proses elongasi ini diperlukan elongation factor complex. Seperti juga proses inisiasi enzim t RNA-amino acid synthethase berperan dalam pembentukan

cognate antara tRNA dan asam amino lainya dari sitoplasma yang sesuai dengan urutan
kodon mRNA tersebut. Proses elongasi akan berhenti sampai kodon terminasi dan polyadenyl (poly-A), dan diakhiri sebagai proses terminasi yang dilakukan oleh rho-protein. Polipeptida akan diproses sebagai molekul protein yang fungsional setelah melalui proses posttranslation di retikulum endoplasmik (RE) hingga tingkat jaringan.

2.4 Regulasi gen
Sebelum penemuan DNA, telah diketahui bahwa gen adalah unit fisik dan fungsional dari hereditas yang mengandung informasi untuk sintesis protein. Jadi gen mengandung informasi hereditas. Gen-gen membawa informasi yang harus dikopi secara akurat untuk ditransmisikan kepada generasi berikutnya. Sekarang pertanyaannya adalah bagaimana suatu informasi dapat diformulasikan dalam bentuk molekul kimia? Bagaimana molekul tersebut dapat dikopi secara akurat? Pada tahun 1940-an, peneliti menemukan bahwa informasi genetik terutama terdiri dari instruksi untuk membentuk protein. Protein adalah molekul makro yang berperan dalam hampir semua fungsi sel yaitu: sebagai bahan pembangun struktur sel dan membentuk enzim-enzim yang mengkatalisis reaksi-reaksi kimia di dalam sel; meregulasi ekspresi gen, memungkinkan

sel untuk bergerak dan berkomunikasi antar sel. Jadi fungsi paling penting dari DNA adalah membawa gen yang mengandung informasi yang menentukan jenis protein yang harus disintesis, kapan, dalam tipe sel yang mana, dan seberapa banyak jumlah protein yang harus disintesis. Dengan semakin berkembangnya pengetahuan molekuler maka definisi dari gen adalah : • Keseluruhan sekuen asam nukleat yang dapat ditranskrip menjadi RNA fungsional dan protein, pada waktu dan tempat yang tepat selama pertumbuhan dan perkembangan oraganismE.

Gambar 6. Proses sintesis protein pada prokariota. • Komposisi gen adalah: daerah pengkode (exon and intron) yang mengkode RNA atau protein + sekuen-sekuen pengaturan (Regulatory sequences: termasuk. promoter yang menginisiasi terjadinya transkripsi, enhancer/silencer yang menentukan tinggi rendahnya aktivitas transkripsi, polyadenylation site, splicing sites serta signal terminasi transkripsi). • Produk gen : RNA yang kemudian ditranslasi menjadi protein Hanya RNA seperti rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA dan miRNA • Satu gen mempunyai potensi menghasilkan banyak produk karena adanya : promoter- promoter yang berbeda alternative splicing

Gambar 7. Daerah regulasi gen, exon, intron, dan signal akhir proses Transkripsi dari gen prokariota dan eukaryota.

Proses sintesa protein dalam sel luar biasa sangat cepat, secepat kedipan mata. Rata-rata satu asam amino teruntaikan tiap 0,05 detik. Berarti dalam satu detik dapat teruntai 20 asam amino, dan satu protein utuh yang besar/panjangnya 600 asam amino, dapat terbentuk hanya dalam tempo 60 detik atau 1 menit. Coba bandingkan dengan membikin protein di laboratorium. Membikinnya itu pun dengan suatu alat yang disebut Protein Synthetizer, dan terkomputerisasi. Dalam alat itu sudah sedia urutan botol yang berisi 20 macam asam amino. Menurut program dalam disket akan naik nanti salah satu botol, lalu dalam media di atasnya terjadi penguntaian asam amino itu, disusul oleh botol lain, demikian seterusnya. Pekerjaan membikin satu protein itu butuh waktu berhari-hari. Tapi dalam sel cukup hanya satu menit. Alat komputer yang diprogram Tuhan rupanya masih jauh lebih unggul daripada komputer yang dicoba dibikin oleh salah satu jenis makhluknya, yakni manusia. Sintesa protein diawali sejak tahap transkripsi dalam inti. Transkripsi bisa mulai jika lilitan DNA lepas terentang dari nukleosom. Ini dipicu oleh hormon atau bahan pengaktif gen lain yang merangsang sel pada plasmalema. Disusul dengan lepasnya ikatan lilitan kedua atas yang berpasangan. Lalu transkripsi berlangsung dengan katalisa enzim RNA polimerase. Ada enzim menyambung-nyambungkan ekson dalam proses

pematangan RNA, dan dikira digarap oleh intron gen bersangkutan sendiri. Ada pula enzim yang khusus untuk mendorong perikatan asam amino dengan RNAt, disebut aminoasil RNAt sintetase. Lalu ada enzim yang khusus menguntaikan satu asam amino yang diangkut RNAt dengan peptida (untaian asam amino) yang sudah terbentuk, disebut peptidil transferase. Pada suatu ketika nanti urutan kodon pada RNAm sampai pada kodon stop. Maka kedatangan RNAt membawa asam amino baru tidak diterima lagi. Satu kelenjar menggetahkan beberapa jenis protein. Misalnya kelenjar ludah di mulut, sel-selnya mensintesa beberapa jenis protein, yaitu musin, lisozim, dan ptialin. Musin untuk membina air ludah sendiri, lisozim adalah enzim yang bekerja untuk menghancurkan kuman yang masuk mulut, atau terbawa dalam makanan atau minuman. Sedangkan ptialin adalah enzim yang bekerja mengurai pati untuk jadi disakarida. Pankreas juga mensintesa beberapa macam protein. Terutama musin, protease, lipase, dan karbohidrase. Tiga yang belakangan adalah enzim pencernaan yang bekerja dalam usus dua belas jari (duodenum). Pankreas itu adalah double kelenjar, selain sebagai eksokrin juga endokrin. Sebagai endokrin ia mensintesa hormon insulin dan glukagon, keduanya bekerja untuk mengontrol metabolisme glukosa. Jadi sel-sel pankreas mensintesa banyak macam protein, dan pada umumnya tiap macam zat disintesa oleh jenis sel khusus. Untuk mensintsa protease beda selnya dengan yang untuk mensintesa insulin ataupun glukagon. Proses sintesa bisa terganggu oleh infeksi kuman atau obat. Kuman yang menginfeksi sel secara intraseluler terutama ialah virus. Gen-gen virus mendorong gen-gen sel inang untuk tidak mensintesa protein secara reguler, tetapi hanya mensintesa protein selaput tubuhnya saja. Ingat, virus ini terdiri dari selaput (kapsid) dan teras. Selaput terdiri dari protein, teras dari asam nukleat (DNA atau RNA). Sementara itu virus juga memberi keuntungan bagi kehidupan masyarakat modern. Yang menguntungkan itu ialah virus yang menghasilkan enzim reverse transkriptasi yang dapat mendorong sintesa DNA dari RNA. Yang lain ialah virus AIDS (aquired immune defisiency syndrome). Virus ini memiliki gen aktivator sintesa protein yang luar bisa.

Oleh zat ini sel inang dapat mensintesa protein 2.000 kali lebih banyak dari biasa, sehingga dapat dimanfaatkan orang untuk memproduksi protein besar-besaran. Obat yang dapat mengganggu sintesa protein terutama dari golongan antibiotika. Misalnya kloroamfenikol, sikloheksamida, puromisin, rifamisin, streptomisin, eritromisin, dan tetrasiklin. Di antaranya ada yang mengganggu sintesa protein pada bakteri saprofit usus saja, ada pula pada hewan tinggi dan orang. Penisilin dan amfisilin tidak menghambat sintesa protein tetapi hanya menghambat pembentukan dinding sel pada bakteri menyebabkan mikroba itu mati. Padahal bakteri yang hidup saprofit dalam usus besar itu menghasilkan beberapa jenis vitamin (B kompleks dan K). Kalau pasien diberi obat yang menghambat sintesa protein dan pembikinan dinding sel, perlulah dia diberi suplemen vitamin.

DAFTAR PUSTAKA

Harper.Edisi 24. Alih bahasa oleh dr Andry Hartono, editor dr Alexander H. Santoso. Biokimia Harper. Penerbit Buku Kedokteran EGC. Jakarta :128-139. Sheeler, phillip. Bianchi, Donald E. Cell and Molecular Biology. 1987. Canada. USA. Haffner SM. Impaired Glucose Tolerance, Insulin Resistance and Cardiovascular Disease. Diabetic Medicine 1997;14:S12-S18. www.Harian Kompas.co.id/ http://www.sciencemag.org/ http://www.wikipedia.com/

MAKALAH BIOLOGI SEL

Disusun oleh:
AYUNIA P. S. EKA SUSANTI 063244204 063244226

HAFIFA YULIASARI 063244228

JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS NEGERI SURABAYA 2007

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->