Kromosom, gen, DNA, sinthesis

Protein dan regulasi ekspresi gen

2.1.Pendahuluan
Era penemuan materi genetik telah dibuka oleh F Miescher dengan
menggunakan mikroskop sederhana, dia telah menetapkan bahwa bahan aktif yang ada
di dalam nukleus disebut sebagai nuclein. Peneliti ini belum bisa menetapkan apakah
nuclein ini kromosom ataukah DNA. Kromosom ditemukan pada awal abad ke 19
merupakan struktur seperti benang pada nukleus sel eukariot yang nampak pada saat sel
mulai membelah. Kromosom berjumlah diploid pada setiap selnya, dan pada autosomal
maupun seks-kromosom membawa gen-gen yang berpasangan, kecuali pada kromosom-
Y.

Gambar 1. Diagram skematik kromosom,

gene dan struktur heliks
DNA.

Gen adalah unit heriditas suatu organisme hidup. Gen ini dikode dalam material
genetik organisme, yang kita kenal sebagai molekul DNA, atau RNA pada beberapa
virus, dan ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan internal atau eksternal seperti
perkembangan fisik atau perilaku dari organisme itu Gen tersusun atas daerah urutan
basa nukleotida baik yang mengkode suatu informasi genetik ( coding-gene region as
exon) dan juga daerah yang tidak mengkode informasi genetik ( non-coding-gene
region as intron), hal ini penting untuk pembentukan suatu protein yang fungsinya
diperlukan di tingkat sel, jaringan, organ atau organisme secara keseluruhan. Molekul
DNA membawa informasi hereditas dari sel dan komponen protein (molekul-molekul
histon) dari kromosom mempunyai fungsi penting dalam pengemasan dan pengontrolan
molekul DNA yang sangat panjang sehingga dapat muat didalam nucleus dan mudah
diakses ketika dibutuhkan. Selama reproduksi, Jumlah kromosom yang haploid dan
material genetik DNA hanya separoh dari masing-masing parental, dan disebut sebagai
genom.

2.2 Struktur DNA

Pada tahun 1953, James Watson and Francis Crick telah membuka wawasan baru
tentang penemuan model struktur DNA. Publikasi dari model double heliks DNA ini
disusun berdasarkan penemuan:
1. Penemuan struktur asam nukleat dari Pauling & Corey
2. Pola difraksi DNA (Single-crystal X-ray analysis) dari Wilkins &
Franklin
3. Pola perbandingan jumlah A-T, G-C (1:1) dari Chargaff atau dikenal
sebagai Hukum Ekivalen Chargaff:
· Jumlah purin sama dengan pirimidin
· Banyaknya adenin sama dengan timin, juga jumlah glisin sama dengan sitosin.
DNA terbentuk dari empat tipe nukleotida, yang berikatan secara kovalen membentuk
rantai polinukleotida (rantai DNA atau benang DNA) dengan tulang punggung gula-
fosfat tempat melekatnya basa-basa. Dua rantai polinukleotida saling berikatan melalui
ikatan hydrogen antara basabasa nitrogen dari rantai yang berbeda. Semua basa berada di
dalam double helix dan tulangpunggung gula-fosfat berada di bagian luar. Purin selalu
berpasangan dengan pirimidin (A-T, G-C). Perpasangan secara komplemen tersebut
memungkinkan pasangan basa dikemas dengan susunan yang paling sesuai. Hal ini bisa
terjadi bila kedua rantai polinukleotida tersusun secara antiparalel.
Gambar2. Struktur basa pirimidine (Cytosine, Thimine, Urasil), purine (Adenine,
Guanine), Gula pentosa, ribonucleic acid, dan deoxyribonucleic acid.

B
A

Gambar 3. Pembentukan secara skematik struktur dsDNA dari gula fosfat sebagai
‘backbone‛ dan basa nukleotida (A). Dua ikatan hidrogen dari AT dan 3 ikatan hidrogen
untuk GC (B).
 Untuk memaksimumkan pengemasan pasangan basa tersebut, kedua
tulangpunggung gula-fosfat tersebut berpilin membentuk double heliks, dengan satu
putaran komplementer setiap 10 pasang basa. Polaritas dari rantai DNA ditunjukkan
dengan sebutan ujung 5‛ dan ujung 3‛. Arah pembacaan basa nukleotida dari ujung-5‛
menuju ujung-3‛.

Gambar 4. Bentuk skematik double-helix DNA

Jarak antara nukleotida satu dengan berkutnya adalah 3.4
nm. Ujung
3‛ membawa gugus –OH bebas pada posisi 3‛ dari cincin
gula, dan ujung 5‛
membawa gugus fosfat bebas pada posisi 5‛ dari cincin
gula.

Gambar 4. Jarak antara basa nukleotida dan lekukan minor dan major dari molekul DNA

DNA dobel heliks dapat dikopi secara persis karena masing-masing untai mengandung
sekuen nukleotida yang persis berkomplemen dengan sekuen untai pasangannya.
Masing-masing untai dapat berperan sebagai cetakan untuk sintesis dari untai
komplemen baru yang identik dengan pasangan awalnya.
 Gambar 4. Proses replikasi sederhana molekul DNA.

2.3 Sintesis Protein

Proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi. Seperti kita ketahui
DNA sebagai media untuk proses transkripsi suatu gen berada di kromosom dan terikat
oleh protein histon. Saat menjelang proses transkripsi berjalan, biasanya didahului signal
dari luar akan kebutuhan suatu protein atau molekul lain yang dibutuhkan untuk proses
pertumbuhan, perkembangan, metabolisme, dan fungsi lain di tingkat sel maupun
jaringan. Kemudian RNA polymerase II akan mendatangi daerah regulator element dari
gen yang akan ditranskripsi. Kemudian RNA polymerase ini akan menempel (binding)
di daerah promoter spesifik dari gene yang akan disintesis proteinnya, daerah promoter
ini merupakan daerah consesus sequences, pada urutan -10 dan -35 dari titik inisiasi (+1)
yang mengandung urutan TATA-Box sebagai basal promoter. Setelah itu, polimerase ini
akan membuka titik inisiasi (kodon ATG) dari gene tersebut dan mengkopi semua
informasi secara utuh baik daerah exon maupun intron, dalam bentuk molekul immature
mRNA ( messenger RNA). Kemudian immature mRNA ini diolah pada proses splicing
dengan menggunakan smallnuclearRNA (snRNA) complex yang akan memotong
hanya daerah intron, dan semua exon akan disambungkan menjadi satu urutan gen utuh
tanpa non-coding area dan disebut sebagai mature mRNA. Pada tahap berikutnya,
mRNA ini diproses lebih lanjut pada proses translasi di dalam ribosom, dalam tiga
tahapan pokok yaitu inisiasi sebagai mengawali sintesis polipeptida dari kodon AUG
yang ditranslasi sebagai asam amino methionine. Proses ini berlangsung dengan bantuan
initiation factor (IF-1, IF-2 dan IF3) dan enzim t RNA-methionine synthethase (pada
bakteri diawali oleh formylmethionine) sehingga tRNA dan asam amino methionine
membentuk ikatan cognate dan bergerak ke ribosom tempat sintesis protein berlangsung.
Langkah selanjutnya adalah elongasi atau pemanjangan polpeptida sesuai denga urutan
kodon yang dibawa oleh mRNA.

Gambar5. Proses splicing dari pematangan mRNA.

Pada proses elongasi ini diperlukan elongation factor complex. Seperti juga
proses inisiasi enzim t RNA-amino acid synthethase berperan dalam pembentukan
cognate antara tRNA dan asam amino lainya dari sitoplasma yang sesuai dengan urutan
kodon mRNA tersebut. Proses elongasi akan berhenti sampai kodon terminasi dan poly-
adenyl (poly-A), dan diakhiri sebagai proses terminasi yang dilakukan oleh rho-protein.
Polipeptida akan diproses sebagai molekul protein yang fungsional setelah melalui
proses posttranslation di retikulum endoplasmik (RE) hingga tingkat jaringan.

2.4 Regulasi gen

Sebelum penemuan DNA, telah diketahui bahwa gen adalah unit fisik dan
fungsional dari hereditas yang mengandung informasi untuk sintesis protein. Jadi gen
mengandung informasi hereditas. Gen-gen membawa informasi yang harus dikopi secara
akurat untuk ditransmisikan kepada generasi berikutnya. Sekarang pertanyaannya adalah
bagaimana suatu informasi dapat diformulasikan dalam bentuk molekul kimia?
Bagaimana molekul tersebut dapat dikopi secara akurat? Pada tahun 1940-an, peneliti
menemukan bahwa informasi genetik terutama terdiri dari instruksi untuk membentuk
protein. Protein adalah molekul makro yang berperan dalam hampir semua fungsi sel
yaitu: sebagai bahan pembangun struktur sel dan membentuk enzim-enzim yang
mengkatalisis reaksi-reaksi kimia di dalam sel; meregulasi ekspresi gen, memungkinkan
sel untuk bergerak dan berkomunikasi antar sel. Jadi fungsi paling penting dari DNA
adalah membawa gen yang mengandung informasi yang menentukan jenis protein yang
harus disintesis, kapan, dalam tipe sel yang mana, dan seberapa banyak jumlah protein
yang harus disintesis.
Dengan semakin berkembangnya pengetahuan molekuler maka definisi
dari gen adalah :
• Keseluruhan sekuen asam nukleat yang dapat ditranskrip menjadi RNA
fungsional dan protein, pada waktu dan tempat yang tepat selama
pertumbuhan dan perkembangan oraganismE.

Gambar 6. Proses sintesis protein pada prokariota.

• Komposisi gen adalah: daerah pengkode (exon and intron) yang mengkode RNA atau
protein + sekuen-sekuen pengaturan (Regulatory sequences: termasuk. promoter yang
menginisiasi terjadinya transkripsi, enhancer/silencer yang menentukan tinggi rendahnya
aktivitas transkripsi, polyadenylation site, splicing sites serta signal terminasi
transkripsi).
• Produk gen :
RNA yang kemudian ditranslasi menjadi protein Hanya RNA seperti rRNA, tRNA,
snRNA, snoRNA dan miRNA
• Satu gen mempunyai potensi menghasilkan banyak produk karena
adanya : promoter- promoter yang berbeda alternative splicing
Gambar 7. Daerah regulasi gen, exon, intron, dan signal akhir proses
Transkripsi dari gen prokariota dan eukaryota.

Proses sintesa protein dalam sel luar biasa sangat cepat, secepat kedipan mata.
Rata-rata satu asam amino teruntaikan tiap 0,05 detik. Berarti dalam satu detik dapat
teruntai 20 asam amino, dan satu protein utuh yang besar/panjangnya 600 asam amino,
dapat terbentuk hanya dalam tempo 60 detik atau 1 menit. Coba bandingkan dengan
membikin protein di laboratorium. Membikinnya itu pun dengan suatu alat yang disebut
Protein Synthetizer, dan terkomputerisasi. Dalam alat itu sudah sedia urutan botol yang
berisi 20 macam asam amino. Menurut program dalam disket akan naik nanti salah satu
botol, lalu dalam media di atasnya terjadi penguntaian asam amino itu, disusul oleh botol
lain, demikian seterusnya.
Pekerjaan membikin satu protein itu butuh waktu berhari-hari. Tapi dalam sel
cukup hanya satu menit. Alat komputer yang diprogram Tuhan rupanya masih jauh lebih
unggul daripada komputer yang dicoba dibikin oleh salah satu jenis makhluknya, yakni
manusia.
Sintesa protein diawali sejak tahap transkripsi dalam inti. Transkripsi bisa mulai
jika lilitan DNA lepas terentang dari nukleosom. Ini dipicu oleh hormon atau bahan
pengaktif gen lain yang merangsang sel pada plasmalema. Disusul dengan lepasnya
ikatan lilitan kedua atas yang berpasangan. Lalu transkripsi berlangsung dengan katalisa
enzim RNA polimerase. Ada enzim menyambung-nyambungkan ekson dalam proses
pematangan RNA, dan dikira digarap oleh intron gen bersangkutan sendiri. Ada pula
enzim yang khusus untuk mendorong perikatan asam amino dengan RNAt, disebut
aminoasil RNAt sintetase. Lalu ada enzim yang khusus menguntaikan satu asam amino
yang diangkut RNAt dengan peptida (untaian asam amino) yang sudah terbentuk,
disebut peptidil transferase.
Pada suatu ketika nanti urutan kodon pada RNAm sampai pada kodon stop. Maka
kedatangan RNAt membawa asam amino baru tidak diterima lagi.
Satu kelenjar menggetahkan beberapa jenis protein. Misalnya kelenjar ludah di mulut,
sel-selnya mensintesa beberapa jenis protein, yaitu musin, lisozim, dan ptialin. Musin
untuk membina air ludah sendiri, lisozim adalah enzim yang bekerja untuk
menghancurkan kuman yang masuk mulut, atau terbawa dalam makanan atau minuman.
Sedangkan ptialin adalah enzim yang bekerja mengurai pati untuk jadi disakarida.

Pankreas juga mensintesa beberapa macam protein. Terutama musin, protease, lipase,
dan karbohidrase. Tiga yang belakangan adalah enzim pencernaan yang bekerja dalam
usus dua belas jari (duodenum).

Pankreas itu adalah double kelenjar, selain sebagai eksokrin juga endokrin. Sebagai
endokrin ia mensintesa hormon insulin dan glukagon, keduanya bekerja untuk
mengontrol metabolisme glukosa. Jadi sel-sel pankreas mensintesa banyak macam
protein, dan pada umumnya tiap macam zat disintesa oleh jenis sel khusus. Untuk
mensintsa protease beda selnya dengan yang untuk mensintesa insulin ataupun glukagon.

Proses sintesa bisa terganggu oleh infeksi kuman atau obat. Kuman yang menginfeksi sel
secara intraseluler terutama ialah virus. Gen-gen virus mendorong gen-gen sel inang
untuk tidak mensintesa protein secara reguler, tetapi hanya mensintesa protein selaput
tubuhnya saja. Ingat, virus ini terdiri dari selaput (kapsid) dan teras. Selaput terdiri dari
protein, teras dari asam nukleat (DNA atau RNA).

Sementara itu virus juga memberi keuntungan bagi kehidupan masyarakat modern. Yang
menguntungkan itu ialah virus yang menghasilkan enzim reverse transkriptasi yang
dapat mendorong sintesa DNA dari RNA. Yang lain ialah virus AIDS (aquired immune
defisiency syndrome). Virus ini memiliki gen aktivator sintesa protein yang luar bisa.
Oleh zat ini sel inang dapat mensintesa protein 2.000 kali lebih banyak dari biasa,
sehingga dapat dimanfaatkan orang untuk memproduksi protein besar-besaran.

Obat yang dapat mengganggu sintesa protein terutama dari golongan antibiotika.
Misalnya kloroamfenikol, sikloheksamida, puromisin, rifamisin, streptomisin,
eritromisin, dan tetrasiklin. Di antaranya ada yang mengganggu sintesa protein pada
bakteri saprofit usus saja, ada pula pada hewan tinggi dan orang. Penisilin dan amfisilin
tidak menghambat sintesa protein tetapi hanya menghambat pembentukan dinding sel
pada bakteri menyebabkan mikroba itu mati. Padahal bakteri yang hidup saprofit dalam
usus besar itu menghasilkan beberapa jenis vitamin (B kompleks dan K). Kalau pasien
diberi obat yang menghambat sintesa protein dan pembikinan dinding sel, perlulah dia
diberi suplemen vitamin.
 DAFTAR PUSTAKA

Harper.Edisi 24. Alih bahasa oleh dr Andry Hartono, editor dr Alexander H. Santoso.
Biokimia Harper. Penerbit Buku Kedokteran EGC. Jakarta :128-139.

Sheeler, phillip. Bianchi, Donald E. Cell and Molecular Biology. 1987. Canada. USA.

Haffner SM. Impaired Glucose Tolerance, Insulin Resistance and Cardiovascular

Disease. Diabetic Medicine 1997;14:S12-S18.

www.Harian Kompas.co.id/

http://www.sciencemag.org/

http://www.wikipedia.com/
 MAKALAH BIOLOGI SEL

Disusun oleh:
AYUNIA P. S. 063244204
EKA SUSANTI 063244226
HAFIFA YULIASARI 063244228

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI SURABAYA
2007