ISOLASI DNA

Laporan Praktikum

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
Jurusan Biologi
September 2010
A. Judul :
Isolasi DNA

B. Tujuan :
Tujuan dari praktikum kali ini adalah mengetahiu pengaruh jenis buah dan
jenis detergen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi.

C. Pendahuluan :
DNA merupakan suatu materi genetik yang terbentuk dari dua kelompok basa
yang berbeda yang mengandung nitrogen, yaitu purin dan pirimdin. Dua purin yang
paling banyak terdapat dalam DNA adalah adenin dan guanin, dan pirimidin yang
umum adalah sitosin dan timin. Purin dan pirimidin berisi beberapa ikatan ganda
yang berhubungan. Molekul molekul yang berisi ikatan demikian itu mempunyai
potensi untuk hadir dalam sejumlah struktur kimia yang berbeda, karena atom
hidrogennya mempunyai kebebasan tertentu. Misalnya saja satu atom hidrogen dapat
berpindah dari suatu gugusan asam amino ( -NH2 ), dengan meninggalkan gugusan
asam amino ( -NH ) dan muatan negatif netto yang diserap oleh sistem cincin
molekul yang berkonjugasi. Fluktuasi kimia semacam itu disebut pergeseran
tautomer, dan struktur struktur molekul berbeda yang dihasilkannya disebut tautomer
( Goodenough 1988 ).
DNA adala polimer bukleotida biasa : bila dua nukleotida digabungkan,
molekul resultannya disebut dinukleotida ; bila tiga menjadi trinukleotida ; bila
beberapa membentuk polinukleotida. Hanya satu gugusan fosfat dari setiap trifosfat
pelopor termasuk dalam polimer. Gugusan fosfat ini, yang terikat pada 5 ’- karbon
gula pentosa pada satu nukleotida, juga terikata secara kimiawi pada 3 ’- karbon gula
nukleotida kedua, sehingga suatu deret 5’-3’ pautan fosfat mengikat nukleotida
nukleotida itu menjadi satu sejauh panjangnya polimer. Ikatan ikatan fosfat itu sangat
kuat dan dikenal sebagai ikatan ikatan ester kovalen, atau ikatan fosfodiester.
Residu fosfat ( PO4- ) sepanjang rantai ini bersifat asam, sehingga diberi nama asam
nukleat ( Goodenough 1988 ).

D. Kajian Pustaka
DNA ( Deoxyribose Nucleid Acid ) adalah master molekul yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme
( jamilah, 2005 ). DNA tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deeoksiribosa,
basa nitrogen, mitokondria, dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini
merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda, dimana basa nitrogen dan
kedua benag polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui
ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain
dihubungkan dengan ikatan fosfat.
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain ytang tidak diinginkan. Proses ini harus
dilakukan dengan hati hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA.
Untuk mengluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan deinding sel,
membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik maupun secra kimiawi.
Jika dengan cara mekanik bisa dilakukan dengan memblender atau menggerus
dengan menggunakan mortar dan pistil.
Penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena detergen
dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidrofobik detregen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa
lipid protein kompleks ( Machfud, 2006 ). Macam macam detergan yang digunakan
jega berpengeruh pada hasil dari isolasi DNA dengan kualitas baik karena kandungan
pada masing masing detergen berbeda.
Garam garam memegang peran penting yang lain untuk menghilangkan
proteindan karbohidart karena garam dapat menyebabkan kedua terpresipitasi dan
bersama sama dengan detergen, keduanya berfungsi seperti halnya lysing buffer
( Dollard, 1994 ). Pemekatan dengan etanol pada lapisan atas sampel sehingga terjadi
presipitasi DNA pada perbatasan kedua larutan.
E. Alat dan Bahan

1. Alat
- Blender
- Saringan
- Kertas saring
- Kain saring
- Beaker glass
- Sendok
- Spatula
- Tabung reaksi
- Pipet tetes
- Sendok plastik kecil
2. Bahan
- Buah ( pepaya, nanas, melon, pear )
- Detergen ( rinso, attack, bukrim, sunlight )
- Alkohol absolut 95 %
- Aquades
- Garam dapur

F. Metode Kerja

Memblender 20 gr buah dan 20 ml aquades selama 1 menit ( semua buah diblender

satu persatu : buah pepaya, nanas, melon, pear )

Menyaring dengan saringan, lalu menyaring kembali dengan kertas saring

Meletakkan hasil saringan pada beaker glass

 Mengambil detergen, dan memasukkannya kedalam beaker glass ( semua detergen
dimasukkan ke dalam beaker glass satu per satu : rinso, attack, bukrim, sunlightt )

Menambahkan 1 sendok detrgen, 2 spatula NaCl, 56 ml aquades

Mengaduk detrgen diatas dan jangan sampai berbuih

Memasukkan 15 ml saringan buah ( alikot ) kedalam tabung reaksi

Menambahkan 1ml campuran detergen, lalu meneteskan 6 ml etanol 70% yang dingin
melalui dinding tabung reaksi

Mencatat waktu awal terbentuknya benang benang DNA dan membandingkan
ketebalan lapisan DNA yang terbentuk pada masing masing jenis buah

Mengulangi tiap jenis buah dan detergen masing-masing 2 kali.

G. DATA HASIL PENGAMATAN, ANALISIS DATA DAN PEMBAHASAN

Tabel Data Hasil Pengamatan

Buah Detergen Waktu Banyak DNA
Rinso 15 detik
17 detik
Attack 3 detik
4 detik
Pepaya
Bukrim 20 detik
26 detik
Sunlight 7 detik
8 detik
Nanas Rinso 8,26 detik
 7,33 detik
Attack 5,31 detik
6,24 detik
Bukrim 45 detik
30,57 detik
Sunlight 13,27 detik
34 detik
Rinso 7,91 detik
6,49 detik
Attack 6,15 detik
9,13 detik
Melon
Bukrim 8,05 detik
9,04 detik
Sunlight 3,40 menit
3,37 menit
Rinso 11 detik
15 detik
Attack 6 detik
13 detik
Tomat
Bukrim 17 detik
38 detik
Sunlight 27 detik
19 detik

Keterangan :
+ : tipis
++ : sedang
+++ : agak tebal
++++ : tebal
Analisis Data
 Praktikum kali ini yaitu isolasi DNA bertujuan untuk mengetahui pengaruh
macam buah dan jenis detergen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses
isolasi. Buah yang digunakan dalam proses isolasi DNA kali ini adalah buah pepaya,
nanas, melon, damn pear. Sebelumnya buah buah ini di blender terlebih dahulu
selama satu menit agar nantinya bisa didapatkan alikot. Setelah buah diblender
menyiapkan detergen yang telah ditambai dengan 2 spatula NaCl, aquades 56 ml, dan
mengaduknya, namun dalam mengaduk diusahakan jangan sampai berbuih.
Kemudian menuangkan 15 ml alikot kedalam tabung reaksi yang selanjutnya ditetesi
etanol 70 % dingin melalui dinding tabung reaksi.
Setalah proses isolasi DNA dilakuakn, kami mendapatkan data bahwa pada
penggunaan buah pepaya sebagai sumber DNA, DNA yang berhasil diisolasi paling
tebal dengan kualifikasi +++ ( agak tebal ) ditemukan pada tabung reaksi yang berisi
larutan sabun rinso dan attack, sedangkan isolasi DNA yang kualifikasinya paling
tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun cair sunlight dengan
kualifikasi + ( tipis ). Perolehan kualifikasi ini sama untuk setiap ulangan artinya pada
semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama, misalnya pada larutan
sabun bukrim ini kualifikasinya ulangan pertama dan kedua sama yaitu ++ ( sedang ).
Kemudian untuk waktu yang dibutuhkan detergen untuk membentuk DNA itu paling
cepat didapatkan oleg larutan sabun attack dengan waktu untuk ulangan pertama 3
detik dan ulangan yang keduan 4 detik. Sedangkan waktu yang paling lama yang
dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini dittempati oleh larutan sabun
bukrim, untuk ulangan pertama 20 detik dan ulangan yang kedua 26 detik. Untuk
detergen yang lain memiliki waktu yang berada ditengah tengah larutan sabun attack
dan bukrim. Pada larutan sabun rinso waktu yang dibutuhkan untuk membentuk DNA
ini, untuk ulangan pertama selama 15 detik, dan untuk ulangan kedua selama 17
detik. Sedangkan waktu yang dibutuhkan pada larutan sabun sunlight untuk
membentuk DNA pada ulangan pertama selama 7 detik dan ulangan ke dua selama 8
detik.
Proses isolasi yang kedua ini menggunakan buah nanas, dimana didapatkan
data bahwa pada penggunaan buah nanas sebagai suber DNA, DNA yang berhasil
diisolasi paling tebal dengan kualifikasi ++++ ( tebal ) ditemukan pada tabung reaksi
yang berisi larutan sabun attack, sedangkan isolasi DNA yang kualifikasinya paling
tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun cair sunlight dengan
kualifikasi + ( tipis ). Perolehan kualifikasi ini sama untuk semua ulangan ulangan
artinya pada semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama, misalnya
pada larutan sabun bukarim dan rinso yang mempunyai kualifikasi untuk ulangan
pertamadan kedua sama yaitu bukrim ++ ( sedang ) dan rinso +++ ( agak ). Kemudian
untuk waktu yang dibutuhkan detergen untuk membentuk DNA itu paling cepat
didapatkan oleh larutan sabun attack dengan waktu untuk ulangan pertama yaitu 5,31
detik dan untuk ulangan yang kedua yaitu 6,24 detik. Sedangkan waktu yang paling
lama yang dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini ditempatioleh larutan
sabun bukrim, untuk ulangan pertama 45 detik dan ulangan yang kedua 30,57 detik.
Untuk detergen yang lain memiliki waktu yang berada ditengah tengah larutan attack
dan larutan sabun bukrim. Pada larutan sabun rinso waktu yang dibutuhkan untuik
membentuk DNA ini untuk ulangan pertama selama 8,26 detik, dan untuk ulangan
yang kedua selama 7,33 detik. Sedangkan waktu yang dibutuhkan pada larutan sabun
sunlight untuk membentuk DNA pada ulangan pertama sela 13,27 detik dan ulangan
kedua selama 34 detik.
Proses isolasi yang ketiga ini menggunakan buah melon, dimana didapatkan
data bahwa pada penggunaan buah melon sebagai sumber DNA, DNA yang berhasil
diisolasi paling tebal dengan kualifikasi ++++ ( tebal ) ditemukan pada tabung reaksi
yang berisi larutan sabun attack, sedangkan isolasi DNA yang kualifikasinya paling
tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun cair sunlight dengan
kualifikasi + ( tipis ). Perolehan kualifikasi ini sama untuk semua ulangan ulangan
artinya pada semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama, misalnya
pada larutan sabun bukrim dan rinso yang mempunyai kualifikasi untuk ulangan
pertama dan kedua sama yaitu bukrim ++ ( sedeang ) dan rinso +++ ( agak tebal ).
Kemudian untuk waktu yang dibutuhkan detregen untuk membentuk DNA itu paling
cepat didapatkan oleh larutan sabun rinso dengan waktu : untuk ulangan pertama
yaitu selama 7,91 detik dan untuk ulangan yang kedua yaitu 6,49 detik. Sedangkan
waktu yang paling lama yang dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini
ditempati oleh larutan sabun cair senlight, untuk ulangan pertama 3,40 menit dan
ulangan yang kedua 3,37 menit. Untuk detergen yang lain memiliki waktu yang
berada ditengah tengah larutan sabun sunlight dan rinso. Pada larutan sabun attack
waktu yang dibutuhkan untuk membentuk DNA ini untuk ulangan pertma selama
6,15 detik, dan untuk ulangan yang kedua selama 9,13 detik. Sedangkan waktu yang
dibutuhkan pada larutan sabun bukrim untuk membentuk DNA pada ulangan pertama
selama 8,05 detik dan ulangan yang kdua selama 9,04 detik.
Proses isolasi yang keempat ini menggunakan buah pear, dimana didapatkan
data bahwa pada penggunaan buah pear sebagai sumber DNA, DNA yang berhasil
diisolasi paling tebal dengan kualifikasi ++++ ( tebal ) ditemukan pada tabung reaksi
yang berisi larutan sabun rinso, sedangkan isolasi DNA yang kualifikasinya paling
tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun cair sunlight dengan
kualifikasi + ( tipis ). Perolehan kualifikasi ini sama untuk semua ulangan ulangan
artinya pada semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama, misalnya
pada larutan sabun bukrim dan attack yang mempunyai kualifikasi untuk ulangan
pertama dan kedua sama yaitu bukrim +++ ( agak tebal ) dan rinso ++ ( sedang ).
Kemudian untuk waktu yang dibutuhkan detregen untuk membentuk DNA itu paling
cepat didapatkan oleh larutan sabun attack dengan waktu : untuk ulangan pertama
yaitu selama 6 detik dan untuk ulangan yang kedua yaitu 13 detik. Sedangkan waktu
yang paling lama yang dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini ditempati
oleh larutan sabun bukrim, untuk ulangan pertama 17 detik dan ulangan yang kedua
38 detik. Untuk detergen yang lain memiliki waktu yang berada ditengah tengah
larutan sabun bukrim dan attack. Pada larutan sabun rinso waktu yang dibutuhkan
untuk membentuk DNA ini untuk ulangan pertma selama 11 detik, dan untuk ulangan
yang kedua selama 15 detik. Sedangkan waktu yang dibutuhkan pada larutan sabun
cair sunlight untuk membentuk DNA pada ulangan pertama selama 27 detik dan
ulangan yang kdua selama 19 detik.
 Pembhasan
 Pada dasarnya isolasi DNA dapat dilakukan dengan menggunakan
berbagai macam sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan.
Cara yang digunakan untuk merusak membran membran inti untuk mengambil DNA
tersebut sangat beraneka ragam, misalnyadengan pemblenderan atau penggerusan
dengan mortal dan pistil. Selain perusakan dengan cara fisik membran inti dapat
dirusak dengan cara menggunakan senyawa senyawa kimia.
Dengan melihat tabel hasil pengamatan dan juga analisis data dapat diketrahui
bahwa jenis detergen itu mempengaruhi hasil dari isolasi DNA. Dari detergen yang
telah digunakan ada yang berpengaruh sangat baik dalam pembentukan isolasi DNA
dan ada pula yang memberikan pengaruh kurang baik terhadap iaolasi DNA. Pada
pengamatan kali ini macam detergen yang digunakan sebanyak 4 macam detergen
yaitu rinso, attack, bukrim, dan sunlight. Pada beberapa perlakuan dan juga ulangan
yang dilakukan, larutan detergen attack sering menghasilkan DNA dengan ketebalan
paling tinggi sedangkan larutan dengan sabun cair sunlight memiliki hasil isolasi
DNA yang paling tipis.
Untuk waktu yang dibutuhkan untuk menghasilkan isolasi DNA ini bervariasi
dari setiap detergen. Untuk wakttu yang dibutuhkan untuk menghasilkan isolasi DNA
paling lama ini diperoleh oleh larutan sabun bukrim dan untuk larutan sabun yang
paling cepat menghasilkan isolasi DNA adalah pada larutan sabun attack. Untuk
sumber DNA yang menghasilkan isolasi DNA paling tebal itu diperoleh oleh buah
nanas. Untuk sumber DNA yang membutuhkan waktu pailing cepat tuk menghasilkan
proses isolasi DNA ini dimiliki oleh buah pepaya, sedangkan waktu yang dibutuhkan
untuk membentuk isolasi DNA paling lama ini di tempati oleh sumber DNA buah
melon.
Pada teori yang kami peroleh dijelaskan bahwa semakin banyak kandungan
air pada buah maka sel yang terlarut dalam ekstrak akan semakin sedikit. Hal ini
terbukti bahwa pada perlakuan buah melon mempunyai kadar iar yang lebih banyak
bila dibandingkan dengan buah yang lain. Pada salah satu sumber menyatakan bahwa
dalam proses pembuatan sumber DNA untuk isolasi DNA hendaknya jangan terlalu
encer karena semakin encer sumber DNA , DNA yang terpresipitasi akan semakin
sedikit.
Dalam proses isolasi DNA detergen berfungsi menggantikan senyawa
senyawa kimia. Detergen mengandung sodium dodesil sulfat ( SDA ) yang dapat
menyebabkan hilangnya molekullipid pada membran sel sehingga struktur membran
akan rusak dan melisiskan isi sel ( kamilah,2005 ). Pada saat penghancuran jaringa
jaringan sampel pada awal proses isolasi DNA, terjadi pelepasan senyawa polifenol
dan polisakarida ( Zubaidah, : 38 ). Pada saat penambahan etanol, larutan akan
tampak terbalik untuk beberapa saat, dan pada akhirnya ethanol akan berada di bagian
atas tabung, sementara filtrat berada dibagian dasar tabung karena ethanol memiliki
kerapatan yang lebih kecil dibandingkan air ( Jamilah 2005 ). Jika melihat dari jenis
buah yang digunakan sebagai sumber DNA, ternyata buah yang memiliki kadar air
rendah menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik jika dibandingkan dengan
sumber DNA yang dari buah yang memiliki kadar air yang tinggi.
Namunb pqada pengamatan iaolasi DNA kali ini kami rasa hasil yang
diperoleh kurang akurat. Misaslnya saja dalam penentuan kadar kepekatan hasil
isolasi DNA yang kami nilai. Dalam penentuan kepekatan kadar isolasi DNA ini
dilakuakn oleh 4 kelompok besar. Sehingga adalam penentuan kepekatan antara
kelompok satu dengan kelompok yang lain itu bisa berbeda. Misalnya pada buah
pepaya, dalam penentuan kepekatan bisa saja kelompok kami mengatakan bahwa
pada buah ini sangat pekat namun kelompok lain mengatakan kepekatanm buah ini
sedikit seperti itu.
G.Diskusi

. Apakah yang dimaksud dengan isolasi DNA ?

. Apakah fungsi dari penambahan garam ?
. Apakah fungsi dari penembahan detergen ?
. Apakah fungsi dari penambahan alkohol
. Mengapa larutan tidak boleh berbuih ketika diaduk dengan penambahan
detergen ?
. Mengapa alkohol yang ditambahkan dalam keadaan dingin ?
. Apakah kecepatan pembentukan DNA pada masing masing buah dan
detergen berbeda ?
. Apa kesimpulan dari praktikum isolasi DNA ?

 Jawaban :
. Isolasi DNA merupakan cara ataupun metode yang digunakan untuk
memisahkan DNA dari sel , baik dari inti, mitokondria, maupun kloroplas.
. Adapun fungsi dari penambahan garam yaitu untuk menghilangkan protein
dan karbohidrat. Karena pada garam ini memang dapat menyebabkan protein dan
karbohidrat terpresipitasi. Penambahan garam juga dpat digunakan untuk melarutkan
DAN, karena ion Na+ yang diakndung oleh garam mampu memblikir dengan kutub
negatif fosfat DNA. Dalam hal ini penambahan garam bisa dikatakan dapat
membantu dalam hal pemekatan DNA.
. Fungsi dari penambahan detergen yaitu untuk melisiskan barier sel secar
kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran
sel. Karena pada detergen mengandung sodium dodesil sulfat ( SDA ) yang dapat
menyebabkan hilangnya molekullipid pada membran sel sehingga struktur membran
akan rusak dan melisiskan isi sel.
. Fungsi dari penambahan alkohol yaiut untuk mengikat strand DNA yang
telah terkumpul. Strand strand DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagai
benang benang putih yang terapung diatas filtrat. Selain itu alkohol juga berfungsi
mempertifikasi DNA.
. Larutan sabun tidak boleh berbuih karena agar sel dapat mengalami lisis
yang disebabkan karena rusaknya dinding dan membran sel.
. Alkohol yang ditambahkan dalam keadaan dingin, karena pada alkohol
yang dingin dapat membentu mempercepat proses mempertifikasi DNA. Selain itu
jika alkohol yang dingin yang diberikan maka konsentrasi DNA yang akan terikat
oleh alkohol tersebut akan semakin pekat.
. Iya, kecepatan pembentukan DNA pada masing masing buah dan detergen
itu berbeda karena jenis detergen ada yang memberikan pengruh baik dalam proses
isolasi DNA dan ada jiga yang memberikan pengaruh kurang baik dalam proses
isolasi DNA. Pada buah juga demikian ada buah yang memberikan pengaruh baik
dalam proses isolasi DNA dan ada juga yang memberikan pengruh kurang baik dalam
proses isolasi DNA, mislanya pada buah yang memiliki kadar air rendah maka
nantinya akan menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik, dan sebaliknya jika
buah yang memiliki kadar air tinggi maka nantinya akan menghasilkan presipitasi
DNA yang kurang baik.
. Kesimpulan dari praktikum kali ini adalah bahwa sumber DNA yang
digunakan itu berpengaruh terhadap hasil dari proses isolasi DNA, selain itu detergen
yang digunakan dalam proses isolasi DNA nantinya juga akan menghasilkan hasil
isolasi DNA yang berbeda.
H. Kesimpulan
. Jenis buah yang digunakan dalamproses isolasi DNA berpengaruh
terhadap hasil dari isolasi DNA itu sendiri
. Semakin rendah kadar air dalam buah maka semakin tinggi hasil
presipitasi DNA, dan sebaliknya jika buah yang memiliki kadar air tinggi maka
nantinya akan menghasilkan presipitasi DNA yang rendah
. Detergen berpengaruh terhadap hasil dari isolasi DNA
 Daftar Pustaka

Jamilah. 2005. pengaruh berbagai macam detergen, penambahan enzim, dan

ekstrak nanas ( Ananas comunis )terhadap hasil isolasi DNA berbagai macam buah
sebagia topik praktikum mata kuliah genetika. Skripsi tidak diterbitkan. Malang :
Unoversitas Negeri Malang.
Zubaidah, siti. 2004. Identifikasi, variasi genetik, distribusi dan upaya
eliminasi bakteri penyebab CVPD ( Citrus Vein Phloem Degeneration ). Desertasi
tidakl diterbitkan. Malang : program pasca sarjana Universitas Brawijaya.
Goodenough, ursula. 1988. Genetics. Jakarta : erlangga.
Http : //www. Isolasi DNA. // wiki. Com
Http : //www. Genetics //. Com
Http : //www/ structur DNA. com