Professional Documents
Culture Documents
TINJAUAN PUSTAKA
Definisi molekul yang sederhana yaitu bagian yang terkecil dari suatu zat yang masih
mempunyai sifat yang sama dengan zat tersebut. Sebagai contoh, suatu molekul gula
adalah bagian yang terkecil dari zat gula, yang masih mempunyai sifat gula meskipun
secara fisik tidak tampak seperti butiran gula. Contoh lain adalah molekul air. Seperti
zat lain, air tersusun atas molekul-molekul. Di dalam molekul, kita masih dapat
menemukan bagian terkecil lagi yang tidak tampak dengan mata. Ada sekitar 100 jenis
bagian yang lebih kecil dari molekul yang disebut atom.
Di alam semesta terdapat sekitar 105 jenis atom. Semua zat dan molekul terdiri
dari satu atau lebih atom, karena atom-atom adalah bahan dasar dari suatu molekul
yang nantinya akan membentuk senyawa atau zat. Atom ini juga biasa disebut elemen
atau unsur. Contoh bebrapa unsur, antara lain : Hidrogen (H), Argon (Ar), Nitrogen
(N), Oksigen (O), Besi (Fe), dan sebagainya. Dua atom atau lebih atom yang sama
atau berbeda bergabung membentuk molekul. Berdasarkan jenis atom pembentuknya,
Lingkungan
sistem
molekul
Batas
Simulasi
Pengembangan
Dinamika
model
Molekul
Analisa
Hasil
Molekul-molekul yang berada dekat batas sistem atau permukaan memiliki molekul
tetangga yang lebih sedikit dari pada yang berada di tengah sistem sehingga
mengakibatkan efek permukaan yang sangat kecil sedangkan simulasi dinamika
molekul ini juga sangat dipengaruhi oleh efek permukaan. Hal ini menyebabkan
informasi yang akan diperoleh dominan merupakan sifat materi yang berada dekat
permukaan, padahal yang paling penting untuk diamati adalah sifat materi itu sendiri.
Untuk menghindari hal ini, maka interaksi molekul dengan batas dihilangkan dengan
menggunakan syarat batas periodik.
Objek yang diamati dibagi menjadi sel-sel yang identik satu sama lain. Sel yang
diamati disebut dengan sel primer sedangkan sel lain yang tidak diamati disebut
dengan sel citra yang juga memiliki semua informasi (misalnya posisi dan kecepatan
molekul) yang sama dengan sel primer. Pembuatan syarat batas periodik ini
memberikan implikasi yaitu apabila sebuah molekul meninggalkan sel primer,
molekul tersebut akan digantikan dengan sel citranya yang masuk ke dalam sel primer
secara bersamaan. Posisi molekul yang keluar dari sel primer tersebut diganti dengan
posisi baru yaitu posisi citranya yang masuk ke dalam sel primer. Kondisi ini
menyebabkan jumlah atom yang berada dalam sel akan konstan.
(2.1)
3. Hukum Newton ketiga ini disebut dengan hukum aksi-reaksi. Jika partikel i
memberikan gaya pada partikel j sebesar , maka partikel j akan memberikan
(2.2)
Dari pembahasan di atas dapat disimpulkan bahwa kuantitas gerak suatu benda
tergantung pada massa inersia dan juga kecepatan benda. Untuk itu didefenisikan
suatu besaran vector yang disebut sebagai momentum yang merupakan kuantitas
gerak suatu benda. Ketiga hukum Newton ini memberikan konsekwensi hukum
kekekalan momentum. Dalam suatu sistem terisolasi (ensemble mikrokanonikal),
momentum dari masing-masing partikel dapat berubah-ubah akibat interaksi satu
sama lain, namun momentum totalnya tidak berubah. Momentum total sistem diamati
guna memeriksa kebenaran simulasi untuk mikrokanonikal ensemble.
(2.4)
Dengan
Sedangkan energy total suatu sistem tersusun dari energy potensial dan juga
energi kinetik sistem.
Untuk sistem terisolasi dimana tidak ada energy yang menembus batas, sistem bersifat
konservatif atau energi sistem konstan. Konservasi energi ini adalah salah satu cara
untuk memeriksa kebenaran simulasi ensemble mikrokanonikal.
(2.6)
Dengan adalah set posisi titik pusat massa atom atau molekul,
, sedangkan energy total suatu sistem tersusun dari
energy potensial dan juga energi kinetik sistem.
(2.7)
Untuk sistem terisolasi dimana tidak ada energy yang menembus batas, sistem bersifat
konservatif atau energi sistem konstan. Konservasi energi ini adalah salah satu cara
untuk memeriksa kebenaran simulasi ensemble mikrokanonikal.
2.4.3 Temperatur
Ditinjau menurut termodinamika statistik, temperature merupakan suatu skala dari
energy kinetic molekul-molekul penyusunnya. Untuk tiga dimensi, hubungan antara
energy kinetik terhadap temperatur dinyatakan oleh:
(2.8)
Atau
Dimana K adalah energy kinetic total sistem, N adalah jumlah molekul sistem,
adalah konstanta Boltzman dan T adalah temperature.
2.4.4 Tekanan
Tekanan didefenisikan sebagai gaya yang bekerja tegak lurus pada suatu satua luas,
yang secara matematis dinyatakan dengan:
(2.10)
(2.11)
Maka tekanan dapat dinyatakan sebagai suatu fluks momentum atau momentum
yang menembus suatu satuan luas dalam suatu satuan waktu. Sedangkan menurut
termodinamika statistik, tekanan seperti ini terdiri dari dua bagian yaitu:
1. Fluks momentum akibat molekul yang menembus suatu permukaan luas
selama dt, dinotasikan dengan
(2.12)
2. Fluks momentum akibat gaya yang bekerja antara dua molekul yang berada
pada sisi yang berbeda dari permukaan luas, dinotasikan dengan (
(2.13)
(2.14)
(2.15)
Gambar di atas merupakan sketsa gambar yang ditemukan oleh V. Henry pada
tahun 1908 dari pengamatan sinematografinya mengenai gerakan Brown. Henry
menggunakan sebuah mikroskop dengan kamera gambar dengan kecepatan 20
kerangka/detik, dan setiap pembukaan sebesar 1/320 detik. Garis-garis yang berliku-
(2.17)
Dengan n dan m merupakan bilangan bulat positif yang dipilih,dimana n > m, i dan j
adalah indeks dari molekul, atau jarak antara molekul i dan j,
sedangkan adalah parameter jarak, dan adalah parameter yang menyatakan
kekuatan interaksi. Pilihan yang umum untuk m dan n adalah m=6 dan n=12.
(2.18)
(2.19)
(2.20)
Gaya positif adalah gaya tolak menolak dan gaya negatif adalah gaya tarik-menarik.
Model Lennard jones ini menggambarkan adanya gaya tolak-menolak dengan suku
yang mndominasi pada jarak dekat dan gaya tarik menarik dengan suku
Maka diperoleh:
(2.21)