Professional Documents
Culture Documents
Oleh :
PROGRAM PASCASARJANA
BANDUNG
2010
STRUKTUR DAN FUNGSI DNA DAN RNA
I. DNA
DNA terdiri atas dua utas benang polinukleotida yang saling berpilin membentuk heliks
ganda (double helix). Model struktur DNA itu pertama kali dikemukakan oleh James Watson
dan Francis Crick pada tahun 1953 di Inggris. Struktur tersebut mereka buat berdasarkan hasil
analisis foto difraksi sinar X pada DNA yang dibuat oleh Rosalind Franklin. Karena yang
difoto itu tingkat molekul, maka yang tampak hanyalah bayangan gelap dan terang saja.
Bayangan foto itu dianalisis sehingga mereka berkesimpulan bahwa molekul DNA
merupakan dua benang polinukleotida yang berpilin. Dalam gambar Terdiri dari dua untai
rangkaian nukleotida yang saling melilit kekanan dengan aksis yang sama. Satu lilitan berukuran
36 Å, atau tersusun atas 10,5 pasangan basa. Struktur utama, yang merupakan rangkaian
deoksiribosa yang berselang-seling dengan gugus fosfat, berada di bagian luar lilitan. Pasangan
basa purin dan pirimidin dari masing-masing untaian mengisi bagian dalam lilitan.
Gambar 2. Bagian DNA
Seutas polinukleotida pada molekul DNA tersusun atas rangkaian nukleotida. Setiap
nukleotida tersusun atas :
1. Gugusan gula deoksiribosa (gula pentosa yang kehilangan satu atom oksigen)
2. Gugusan asam fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 dari gula)
3. Gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1 dari gula
Untaian benang DNA merupakan Pasangan benang DNA, namun bukan identik tetapi
berpasangan, dimana C berpasangan dengan G, sedangkan A dengan T. Kedua benang DNA
berpasangan secara antiparallel. Urutan basa ditulis dari ujung yang memiliki fosfat bebas di
atom C no 5' dari gugus deoksiribosanya ke arah ujung yang memiliki hidroksil bebas di atom C
no 3' dari gugus deoksiribosanya. Struktur ini sangat sesuai untuk penyimpanan dan transfer
informasi.
Basa nitrogen penyusun DNA terdiri dari basa purin, yaitu adenin (A) dan guanin (G),
serta basa pirimidin yaitu sitosin atau cytosine (C) dan timin (T). Ikatan antara gula pentosa dan
basa nitrogen disebut nukleosida. Ada 4 macam basa nukleosida yaitu :
Basa-basa nitrogen pada utas yang satu memiliki pasangan yang tetap dengan basa-basa
nitrogen pada utas yang lain. Adenin berpasangan dengan timin dan guanin berpasangan dengan
sitosin. Pasangan basa nitrogen A dan T dihubungkan oleh dua atom hidrogen (A=T). Adapun
pasangan basa nitrogen C dan G dihubungkan oleh tiga atom hidrogen (C≡G). Dengan demikian,
kedua polinukleotida pada satu DNA saling komplemen. Pada gambar dibawah ini Pasangan
basa C-G (merah) dan A-T (biru) merupakan pasangan isosterik (bentuk dan ukurannya sama),
sehingga memungkinkan pengisian ruang antar lilitan yang tidak dipengaruhi oleh urutan basa
penyusunnya.
Pada tahun 1947, sebelum ditemukannya struktur molekul DNA, seorang ahli biokimia
bernama Erwin Chargaff menganalisis komposisi basa DNA sejumlah organisme yang berbeda.
Hasil analisisnya adalah tiap spesies organisme memiliki komposisi DNA yang berbeda-beda.
Banyaknya keempat basa nitrogen pada tiap spesies tidak sama, tetapi memiliki perbandingan
yang khas. Artinya, tiap spesies memiliki jumlah basa yang khas.
Dalam DNA setiap spesies yang ditelitinya, Chargaff mengemukakan bahwa jumlah
adenin hampir sama dengan jumlah timin dan jumlah sitosin hampir sama dengan jumlah guanin.
Selain itu, urutan basa dan panjang DNA pada tiap spesies berbeda. Dengan 4 macam basa dan
DNA yang panjang, akan terbentuk berbagai kemungkinan urutan basa. Karena gen tersusun dari
urutan basa tertentu, maka jumlah gen pada DNA juga sangat banyak kemungkinannya. Jadi,
hanya dengan 4 macam basa akan terbentuk banyak gen yang menentukan sifat individu.
Gambar 6. Satu molekul gula dan satu molekul basa disebut "nukleosida"
Struktur molekul DNA terdiri dari atom karbon berwarna hitam, oksigen merah, nitrogen
biru, fosfor hijau dan hydrogen putih. Asam dekoksiribonukleat yang lebih dikenal dengan DNA
adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering stiap
organism. Di dalam sel, DNA umumnya terletak dalam inti sel. Secara garis besar, peran DNA
bagi sebuah sel adalah sebagai materi genetik, artinya DNA menyimpan seluruh cetak biru
segala aktivitas sel. Ini berlaku bagi seluruh jenis sel (diantara beberapa perkecualian yang
menonjol adalah beberapa jenis virus (dan vius tidak termasuk ke dalam suatu organisme) seperti
HIV ( Human Immunodeficiency Virus).
Secara garis besar mengenai DNA:
- Persenyawaan kimia yang membawa informasi genetik dari satu generasi ke generasi
berikutnya.
- Komponen kimia utama kromosom, merupakan bahan penyusun gen, sehingga secara
kimia dapat dikatakan bahwa gen adalah DNA
- Pada prokariotik, DNA tersebar didalam nukleoid.
- Pada eukariot, DNA berada di dalam nucleus sel
- Informasi genetik terdapat pada urutan basa nitrogen yang dibawa oleh DNA.
- Segmen polipeptida dari DNA disebut gen, biasanya merupakan molekul RNA
1.2 Fungsi DNA:
1. Membawa informasi genetik dari satu generasi ke generasi yang lain
2. Menyimpan dan mentransmisi informasi genetik
3. Mengontrol aktivitas hidup secara langsung dan tidak langsung
4. Mensintesis RNA
5. Berperan dalam proses sintesis protein
Gambar 8.Temperatur pelelehan (melting temperature, Tm) adalah titik tengah dari bagian
kurva pelelehan yang linier.
Denaturasi DNA bersifat dapat balik (reversible). Pembentukan DNA double heliks dari
DNA yang mengalami denaturasi disebut annealing (penempelan). Penurunan suhu hingga di
bawah Tm (perubahan pH, kekuatan ion, dll.) mengakibatkan annealing.
3.RNA
Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang tersusun dari
sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus gula ribosa, dan
satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus
fosfat dari satu nukleotida dengan gugus gula ribosa dari nukleotida yang lain.
Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil tambahan pada cincin gula
ribosa (sehingga dinamakan ribosa). Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali basa
timin pada DNA diganti dengan urasil pada RNA (Gambar 2). Selain itu, bentuk konformasi
RNA tidak berupa pilin ganda sebagaimana DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan
fungsinya (Gambar 3).
Gambar 10. Perbedaan struktur DNA dan RNA
Tulang punggung (back bone) RNA tersusun atas deretan ribose dan fosfat (Gambar 3).
Ribonukleotida RNA terdapat secara bebas dalam nukleoplasma dalam bentuk nukleosida
trifosfat seperti adenine trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP), sistidin trifosfat (CTP)
dan uridin trifosfat (UTP).
1. RNA Genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai pembawa keterangan
genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu yang tidak mempunyai
DNA, misalnya virus. Dalam hal ini fungsi RNA menjadi sama dengan DNA, baik sebagai
materi genetik maupun dalam mengatur aktivitas sel.
2. RNA Non-genetik
RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa genetik sehingga RNA jenis ini hanya
dimiliki oleh makhluk hidup yang juga mempunyai DNA. Berdasarkan letak dan fungsinya,
RNA non-genetik dibedakan menjadi mRNA, tRNA dan rRNA.
mRNA berbentuk pita tunggal, terdapat di dalam nukleus dan dibuat (dicetak) oleh
DNA dalam suatu proses yang dinamakan transkripsi (Gambar 5). Sebelum DNA
mencetak mRNA, “double helix” moleku DNA terlebih dahulu membuka spiralnya
dengan bantuan enzim RNA polimerase (Gambar 4). Setelah mRNA selesai dicetak
(artinya telah menerima keterangan genetik dari DNA) maka mRNA keluar dari
nukleus melalui pori-pori dinding nukleus menuju ke ribosom (Gambar 5).
Gambar 12. Skema proses pencetakan mRNA oleh salah satu pita DNA
R. Holley pada tahun 1965 untuk pertama kalinya mempelajari dan member
keterangan tentang molekul tRNA yang ditemukan pada khamir (Saccharomyces
cereviciae). Holley mengatakan bahwa tRNA sama seperti mRNA yaitu dibuat di
dalam nukleus, sebelum menempatkan diri di dalam sitoplasma. Selain itu, pada
bagian dari molekul tRNA susunan pasangan basanya mengikuti model Watson dan
Crick, tetapi ada bagian-bagian yang basa-basanya tidak memperlihatkan pasangan.
Diantara basa yang tidak berpasangan itu terdapat struktur menukik yang
merupakan suatu bulatan, sehingga Holley berpendapat bahwa molekul tRNA
mempunyai struktur seperti daun semanggi (cloverleaf)
Gambar 14. Skema tRNA yang seperti daun semanggi (cloverleaf)
a. Semua molekul tRNA mengandung urutan terminal yang sama dari basa 5’-SSA-
3’ pada akhir 3’ dari deretan polinukleotida. Pada basa A (adenine) itulah
molekul tRNA mengikat asam amino.
b. Semua tRNA mempunyai bagian menukik yang merupakan bulatan, yang
disebut lengan T dimana terdapat tujuh basa tidak berpasangan, termasuk
pseudouridin. Lengan ini mempunyai peranan pada pengikatan molekul tRNA
dengan ribosom.
c. Semua molekul tRNA mempunyai lengan DHU (=dihidrouridin) yang
mengandung 8-12 basa tidak berpasangan.
d. Ada bagian yang mengandung tiga basa, yang pada tRNA tertentu berbeda
susunannya daripada di tRNA lainnya. Tiga basa tersebut dinamakan antikodon,
yang nantinya akan berpasangan dengan tiga basa pada molekul mRNA. Tiga
basa pada mRNA ini disebut kodon.
e. Pada beberapa tRNA yang berupa pita panjang dan dapat mempunyai lengan
tambahan pendek.
3). rRNA (ribosomal RNA)
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun di buat di
dalam nukleus. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang dan fleksibel. Lebih
dari 80% RNA merupakan rRNA. Pada rRNA ini juga terdapat bagian dimana basa-
basa komplementer membentuk pasangan-pasangan (Gambar 7).
Gambar 15. Struktur molekul rRNA dengan memperlihatkan bagian berbentuk spiral,
dimana terdapat pasangan basa-basa komplementer. Pada tanda X terbentuklah
bagian menukik yang merupakan bulatan.
Pada sel-sel Eukariotik terdapat tiga macam rRNA, yaitu 28S rRNA, 18S rRNA dan 5S
rRNA. Pada sel prokaryotic juga memiliki tiga macam molekul rRNA, yaitu 23S rRNA, 16S rRNA
dan 5S rRNA (Gambar 8).
rRNA dapat diklasifikasikan menjadi tiga yaitu: satu struktur panjang yang terdiri dari
kurang lebih 1500 nukleotida, dan dua struktur pendek yang terdiri dari 120 dan 160
nukleotida. Ketiganya bertugas membentuk sub unit ribosom, dimana struktur panjang
membentuk sub unit 60S (besar) dan struktur pendek membentuk sub unit 40S (kecil).
Gambar 16. Struktur rRNA pada Prokariotik dan Eukariotik
Fungsi dari RNA ribosomal adalah sebagai mesin perakit dalam sintesis protein yang
bergerak ke satu arah mRNA. Di dalam ribosom, molekul rRNA ini mencapai 30-46%.
Struktur Ribosom
Ribosom adalah tempat atau agen mensistesis protein. Ribosom terdiri dari protein dan
ribosom RNA (rRNA) membentuk arsitekstur spesifik yang ditemukan baik pada sitosol maupun
pada matriks mitokondria. Ribosom terdiri dari dua subunit, yaitu subunit kecil dan subunit
besar (Gambar 9). Ribosom dapat bergerak sepanjang rantai RNA, mengikuti interaksi antara
kodon dan antikodon dari arah 5’ ke 3’, jadi ribosom mempunyai aktivitas mechano-chemical.
Ribosom pada sel prokariotik dan eukariotik mempunyai struktur yang mirip yang dapat
berasosiasi dan berdisosiasi dari satu unit menjadi subunit besar dan kecil. Asosiasi dan
disosiasi dari kedua subunit ini sangat penting untuk sintesis protein. Pada sel prokariotik,
ribosom yang terdiri dari dua subunit, yaitu subunit kecil (30S) disusun dari 21 macam protein
yang berbeda, dan 16S rRNA, dan subunit besar (subunit 50S) terbuat dari 34 macam protein
yang berbeda dan 23S serta 5S ribosomal RNA (rRNA). Ribosom prokariotik mempunyai
koefisien sedimentasi 70S (Gambar 8).
Gambar 17 . Subunit Ribosom
Pada eukariotik, ribosom lebih besar daripada ribosom prokariotik dan mempunyai
koefisien sedimentasi 80S (Gambar 8). Ribosom eukariotik terdiri dari duasubunit yang tidak
sama, subunit yang kecil (40S) mengandung 33 protein dan 18rRNA dan subunit besar (60S)
terbuat dari 45 protein dan tiga rRNAs (28S,5.8S dan 5S). Pada prokariotik, sejumlah ribosom
tunggal biasanya menterjemahkan satu molekul mRNA tunggal pada saat yang sama. Kompleks
ribosom yang mengikat mRNA tunggal tersebut disebut polisom.
RNA polimerase
RNA polimerase ini berperan penting dalam proses transkripsi dan terdiri atas RNA
polimerase I, RNA polimerase II dan RNA polimerase III. Substrat untuk RNA polimerase adalah
ribonukleosida trifosfat : ATP, GTP, CTP dan UTP. Pembentukan molekul RNA tersebut biasanya
diawali oleh suatu nukleotida yang berkomplemen dengan nukleotida pada DNA. Nukleotida
kedua kemudian ditambahkan melalui ikatan fosfodieter. Elongisasi rantai RNA dilanjutkan
menurut alurnya, dan polimerisasi dilanjutkan pada arah 5’ ke 3’ yang urutannya ditentukan
pada templat DNA.
Karakteristik kimia yang penting pada sintesis RNA adalah :
a. RNA polimerase adalah enzim yang pertama mengidentifikasi dan mengikat urutan
basa spesisifik, yang disebut promoter. Setelah enzim mengikat promoter, ikatan
holoenzim tersebut menyebabkan DNA double heliks membuka, sehingga transkripsi
dapat dimulai.
b. RNA disintesis pada arah 5’ ke 3’ mengikuti untaian DNA sebagai komplemennya.
Nukleotida RNA pertama umumnya purin (A atau G). RNA polimerase tidak
memerlukan primer untuk memulai transkripsi. Ketika rangkaian DNA-RNA hibrida
panjangnya telah mencapai 10-12 nukleotida, ujung 5’ pada rantai RNA yang sedang
tumbuh memisah dari komplemen untaian DNA dan pembentukkan kembali DNA
duplek. Pada saat itu terjadi pelepasan faktor sigma dari inti polimerase. Polimerase
RNA melanjutkan tugasnya sepanjang templat DNA sampai mencapai titik terminasi.
Polimerase RNA dan rantai RNA kemudian terpisah dari templat DNA.
RNA polimerase I akan mentranskripsikan rRNA yang terdiri dari 5,8S, 28S dan 18S. RNA
polimerase I ini banyak terdapat di daerah nukleus dan termasuk salah satu unsure pembangun
nucleoli bersama-sama dengan rRNA dan protein ribosomal. Pada saat proses pembentukan
ribosom rRNA yang berasal dari aktivitas RNA polimerase I akan berkolaborasi dengan rRNA 5S
yang berasal dari proses penyandian yang distimulasi oleh RNA polimerase III. Lalu bersama-
sama dengan unsur lain yang ada dinukleoli rRNA bergabung untuk membentuk ribosom
dengan unit 40S dan 60S.
RNA polimerase III memiliki peran sebagai pengatur sintesis beberapa RNA pendek
seperti 5S rRNA yang akan membentuk unit 60S ribosom, transfer RNA (tRNA), small nuclear
RNA (snRNA) dan signal recognition particle RNA (srpRNA). tRNA adalah pembawa pesan yang
tertulis di dalam mRNA untuk diterjemahkan di dalam ribosom, sedangkan snRNA adalah salah
satu komponen enzim spliceosome yang terlibat dalam perekayasaan konformasi pre-mRNA
menjadi mRNA melalui aktivitas splicing ekson. srpRNA sebagai kelompok terakhir produk RNA
polimerase III berperan selaku komponen dalam sistem signal recognition particle yang
bertugas memandu perjalanan protein nascent ke dalam retikulum endoplasma (Gambar 10).
http://www.scribd.com/doc/12896552/DNA-dan-RNA
http://www.pdftop.com/ebook/struktur+dna+bentuk+z