.1 Latar Belakang Penemuan yang berpengaruh terhadap perkembangan ilmu biologi molekuler salahsatunya adalah PCR (Polymerase Chain

Reaction). Teknik ini mempunyai fungsi utama untuk memperbanyak DNA target. Proses yang terjadi melibatkan suatu primer yang berfungsi sebagai cetakan untuk membuat DNA baru (David, 2005). Aplikasi PCR yang paling besar adalah melakukan pengkopian DNA dalam waktu yang relatif cepat, sehingga kemudian DNA tersebut cukup banyak untuk dapat dideteksi, dikaji, dan dipergunakan untuk berbagai aplikasi (Lairmore, 1990). Teknik PCR memerlukan keterampilan khusus dalam pelaksanaannya, tidak hanya bergantung pada alat PCR tetapi diperlukan hal-hal teknis yang perlu diperhatikan demi kelancaran PCR. Salah satu keahlian teknis yang diperlukan adalah mendesain primer yang dipergunakan sebagai cetakan dalam PCR. Selain hal tersebut diatas, PCR dapat dipergunakan untuk sekuensing, melakukan deteksi gen patologis, serta pembuatan probe. Berdasarkan haltersebut di atas, maka praktikum ini penting untuk dilaksanakan. 1.2 Rumusan Permasalahan Permasalahan yang dapat ditelaah adalah bagaimana teknik cara melakukan teknik PCR dan mendesain primer yang berfungsi sebagai langkah awal sebelum melakukan PCR ? 1.3 Tujuan Praktikum bertujuan untuk mengetahui pelaksanaan teknik PCR dan cara mendesain primer 1.4 Manfaat Salah satu kemampuan PCR adalah dapat mengamplifikasi gen-gen yang diduga terkait dengan penyakit tertentu sehingga akan mempermudah diagnosis penyakit tersebut, sehingga teknik ini dapat digunakan dalam bidang medis.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 PCR (Polymerase Chain Reaction) Polymerase Chain Reaction adalah metode untuk amplifikasi primer oligonukleotida yang dikendalikan secara enzimatis untuk sekuen DNA yang diinginkan. Teknik tersebut mampu mengamplifikasi sekuen hingga berlipat pada tingkatan 105 - 106 dari sejumlah kecil (nanogram) DNA templat, dengan latar sekuen yang tidak relevan (dari DNA genom total. Prasyarat untuk mengamplifikasi sekuen dengan mempergunakan PCR adalah mengetahui sekuen tertentu yang mengapit sekuen DNA yang diamplifikasi sehingga oligonukleotida spesifik dapat diperoleh. Produk PCR diamplifikasi dari templat DNA dengan menggunakan DNA polymerase yang stabil terhadap panas, dan diperoleh dari Thermus aquaticus (Taq DNA polimerase) serta mempergunakan cycler termal otomatis. Tiga tahapan utama PCR (terdiri dari denaturasi, annealing primer, dan polimerisasi) diulang hinggga berlangsung 30 - 40 siklus. Hal ini dilakukan dengan cycler otomatis, yang dapat memanaskan tabung yang berisi campuran reaksi dan mendinginkannya dalam waktu yang sangat singkat (Eavier, 1999). Denaturasi DNA double strand menjadi single strand terjadi pada tahap denaturasi. Hal

6. Prinsip dasar elektroforesis adalah memisahkan molekul berdasarkan muatan listrik intrinsiknya. RNA ataupun protein) adalah Elektoforesis gel. maka akan memerlukan waktu yang semakin lama. muatan negatif akan menarik muatan positif . Tahapan berikutnya adalah denaturasi pada temperatur 95?C selama 30 detik hingga 1 menit. termasuk segmen DNA yang akan diamplifikasi. Tiga atau lebih sekuen C atau G pada ujung 3' primer dapat memicu terjadinya kesalahan priming pada sekuen yang kaya akan G dan C (karena stabilitas annealing). enzim yang diperlukan untuk mengatur salinan DNA.ini terjadi sebagai akibat akibat perlakuan temperatur tinggi yang akan memisahkan strand komplemennya. Hal ini menghindari terjadinya "breathing" pada ujung dan meningkatkan efisiensi priming. Primer PCR tidak boleh memiliki ujung (3') berupa G atau C. 4. Ujung 3' primer bukan merupakan komplementer (pasangan basa). nukleotida yang dibutuhkan untuk membuat DNA baru. Tm (suhu melting) berkisar antara 55-80oC 5. 2003). Muatan listrik positif akan menarik muatan negatif dan menolak sesama muatan positif. sehingga harus dihindari. dan mesin PCR yang dibutuhkan untuk mengatur temperatur.3 Elektroforesis Gel Agarose Teknik pemisahan fragmen . Ukuran primer berkisar antara 17-28 basa 2. 7. 2. Sebaliknya. Menurut Clark dan Russel (2005). sedangkan pada akhir siklus maka sekuens target pada kedua strand akan dapat dikopi (Prescott dkk. 2005). Primer yang ideal memiliki kandungan GC vs.2 Desain Primer Desain primer merupakan salah satu prasyarat sebelum melakukan proses pengkopian gen dengan PCR.fragmen molekuler (DNA.5 ?C (David. Dengan kelengkapan prasyarat di atas diharapakan proses PCR berjalan dengan semestinya. Jarak amplifikasi atau sekuens target yang diamplifikasi mempunyai ukuran sekitar 200-400 bp (David. Waktu yang diperluakan ini tergantung pada ukuran templat. 2. Primer PCR biasanya berukuran panjang 20-30 bp. karena akan mengakibatkan terjadinya dimer primer. sehingga saling dapat membentuk ikatan atau menyatu. AT yang seimbang (45-55% GC). Menurut Innis dan Gelfand (1990). semakin besar. Dua primer dari pasangan primer tidak mengandung struktur komplemen lebih dari 2 kb. Syarat sebuah primer dalam PCR adalah : 1. Primer Reverse dan primer forward harus dihindari saling berkomplemen. Tahapan annealing mempergunakan temperatur yang ditentukan oleh rumus Tm .. komponen-komponen untuk melakukan PCR terdiri dari: sejumlah kecil molekul DNA. DNA polymerase kemudian akan membuat salinan DNA target menggunakan dNTP. dan tanpa untaian satu basa yang terlalu panjang. Temperatur selanjutnya diturunkan agar primer dapat membentuk ikatan hidrogen pada kedua sisi DNA target (annealing). Tahap pertama dari PCR adalah awal yang panas dengan temperatur 95 ?C selama 2-4 menit. atau CG atau GC. Komposisi basa adalah 50-60% (G+C) 3. Ujung 5' pada primer menentukan ujung produk PCR yang dihasilkan. primer PCR. primer yang dibutuhkan ini berjumlah dua buah berupa potongan pendek DNA single strand yang sesuai dengan sekuens yang akan diamplifikasi. 2005).

pukul 09.5 g H3BO3 dan 3. buffer TE.6 ?l ddH2O (free water nuclease) ditambah dengan master mix yang tersusun atas dNTP. Untuk sampel DNA plasmid dan tail cut. Universitas Brawijaya Malang. sebanyak 8. dengan bagian pori terisi oleh air. Elektroforesis DNA biasanya dipergunakan untuk memisahkan DNA dalam beragam ukuran. sampel DNA (Tail cut : TC 1. sebanyak 13. TB 1) sebanyak 0.4 ?l akuades steril 1 x buffer Taq 4 ?l. Untuk sampel DNA tanaman.3. serta sekuen DNA untuk desain primer.2 Bahan Bahan yang digunakan adalah PCR mix solution yang terdiri atas 16. BAB III METODE PENELITIAN 3. sentrifuse. strip asetat selulosa. 2005). gel agarosa. yang berguna untuk memperkirakan ukuran fragmen yang berbeda-beda pada DNA sampel yang dielektroforesis (Clark. dan penyokong lainnya dipergunakan untuk sampel biologis seperti campuran protein atau fragmen DNA. Tabung kapiler terbuka dipergunakan untuk berbagai jenis sampel.2 ?L. 2005). microwave. maka agarosa akan meleleh menjadi larutan homogen. Bila agarosa dan air dicampur dan direbus. 27.1 Waktu Dan Tempat Praktikum PCR dan desain primer dilaksanakan pada hari Selasa. Marker pada elektroforesis gel adalah serangkaian fragmen DNA standar dilalukan secara beriringan pada gel yang sama. Taq . buffer Taq. 3. Plasmid : PA 2. Loading dye. masing-masing bermuatan postif dan negatif dihubungkan dengan sumber tegangan tinggi.00 WIB di Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler.3 Cara Kerja 3. primer HLA dan primer aux1 (10 pmol) 0. Bila larutan tersebut suhunya mulai turun suhunya.2. mikropipet. MgCl2.2 ?l. Agarosa merupakan polisakarida yang diekstraksi dari rumput laut.1. Gel yang mengeras nampak seperti konsentrat campuran gelatin tanpa pewarna.30-19. atau tabung kapiler. PA 3.2. 3. Tanaman : KMB. 2805. elektroda. buffer PCR. primer HLA.1 Alat Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah PCR unit. blue tip.5 ?l (50 ng/ ?l). BR 1. muatan yang berbeda muatan akan saling tarik (Clark. seperangkat alat elektoforesis. buffer. dan kamera polaroid. Dua elektrode. Jurusan Biologi. dan terakhir ditambahkan sampel DNA.2 ?l ddH2O (free water nuclease) ditambah dengan dNTP.dan menolak sesama muatan negatif. dan penyokong buffer seperti kertas saring. tanggal 23 Oktober 2007. maka gel akan membentuk jaring-jaring berlubang. P 5.2 Alat dan Bahan 3. dNTP mix 0. Peralatan serta kondisi yang diperlukan untuk proses elektrforesis adalah tegangan tinggi. 3. TC 2.1 Program PCR Perlakuan awal berupa pencampuran bahan-bahan untuk PCR berbeda untuk sampel DNA plasmid dan tail cut dengan sampel DNA tanaman. Taq DNA polymerase 0.2.2H2O dan aquades steril). primer aux1. Etidium Bromida (EtBr). T 2. TC 2.72 g Na2EDTA.2. tabung. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Menurut hukum listrik. Tris Borac EDTA (TBE) (yang terdiri atas 54 g Tris-base. Ukuran pori agarose bergantung pada konsentrasi dari bubuk agarose yang digunakan. Taq Polimerase.2 ?l.1.

temperatur annealing (Ta) ditentukan dengan rumus : Ta = Tm .3 Elektroforesis Gel Agarosa Larutan TBE diencerkan dari 5 kali menjadi 1 kali. Sekuen primer yang dipergunakan tidak boleh region DNA repetitive.8% sehingga gel agarose yang ditimbang seberat 0. melainkan G atau C. serta mempergunakan siklus sebanyak 35 siklus.24 gram. dan jajaran G/C maksimal sebanyak dua buah. serta mempergunakan siklus sebanyak 30 siklus. Hal ini dilakukan dengan aturan yang sama seperti penentuan primer forward. Program yang kedua meliputi hot start pada temperatur 930C selama 1 menit. ekstensi akhir pada temperatur 720C selama 10 menit dan post-ekstensi pada temperatur 370C selama 1 menit. Larutan yang telah homogen kemudian dimasukkan ke dalam microwave pada suhu medium (4800C) selama ± 4 menit.1 Program PCR DNA yang dipergunakan berasal dari hasil isolasi DNA dari praktikum sebelumnya. Larutan tersebut kemudian dimasukkan ke dalam cetakan yang sudah dipasang sisiran besar (12 sumuran).60%. ekstensi pada temperatur 720C selama 1 menit. 3. annealing pada temperatur 560C selama 30 detik. dan post-ekstensi pada temperatur 720C selama 7 menit.50C Bila primer forward telah ditentukan. Gel kemudian dIletakkan pada UV transiluminator untuk mengetahui hasil elektroforesis BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4. Sebanyak 3 l sampel DNA dicampur dengan 2 l loading dye sehingga perbandingan antara keduanya adalah 3 : 2. Presentase (G+C) berkisar antara 45 . EtBr dalam jumlah sedikit ditambahkan secara merata ke dalam larutan tersebut setelah larutan tersebut cukup dingin. maka selanjutnya ditentukan primer reverse. dan sampel DNA. temperatur melting (Tm) ditentukan melalui rumus : Tm = 4 (G + C) + 2 (A + T) Selanjutnya.3. Running dilakukan bila larutan gel agarosa dalam cetakan memadat. 3. annealing pada temperatur 580C selama 30 detik. campuran dimasukkan ke dalam sumuran gel dengan hati-hati hingga semua sampel mengisi setiap sumuran yang tersedia.1 Analisis Prosedur 4. denaturasi pada temperatur 920C selama 30 detik. Program PCR yang dipergunakan sebanyak dua program yang berbeda. Ujung sekuen 3' bukan T atau A.2 Desain Primer Primer forward dipilih secara acak pada sekuen urutan basa nukleotida dengan ketentuan bahwa panjang basa berkisar antara 18 -23 pasangan basa. Running dilakukan pada tegangan 50 mV selama satu jam. ekstensi pada temperatur 720C selama 45 detik. tetapi selisih Ta antara primer forward dan reverse tidak boleh lebih dari 10C. Program yang pertama meliputi hot start pada temperatur 920C selama 1 menit. .polimerase. sedangkan program yang kedua dipergunakan untuk sampel DNA tanaman.3.1. Konsentrasi gel yang diinginkan sebesar 0. Gel agarosa dilarutkan dengan 30 ml larutan TBE dan dihomogenisasi dengan stirer. Program yang pertama dipergunakan untuk sampel DNA dari tail cut mencit dan plasmid bakteri. denaturasi pada temperatur 930C selama 1 menit. Gel agarose ditimbang sesuai dengan konsentrasi gel yang diinginkan serta jumlah sumuran yang digunakan. Setelah itu.

Selain itu. Setiap perlakuan pemindahan larutan atau reagen dillakukan pipetting dan mix gentle-finger agar setiap komponen homogen. Pencampuran yang tidak merata akan mengakibatkan terjadinya kegagalan pada reaksi. buffer Taq juga dipergunakan untuk menstabilkan DNA dan komponen lain dalam reaksi (Van Fleteren. temperatur yang dipergunakan untuk masing-masing tahapan bervariasi tergantung pada jenis organisme.yakni DNA plasmid (E. 2000). Selain itu. sel. dan setiap gen yang dianalisis(Van Fleteren. Primer forward merupakan penyalin DNA templat bagian forward. Pengadukan . ion Mg2+ berasal dari MgCl2 (Fester. dan dNTP juga akan mengikat pada Mg2+ sehingga konsentrasinya harus lebih tinggi daripada konsentrasi total dNTP. sedangkan untuk tumbuhan adalah aux1. 2005). 1999). Optimalisasi pemanjangan primer dilakukan melalui melalui tahapan setelah ekstensi. Sampel DNA dipergunakan sebagai DNA templat yang akan diamplifikasi.1. Hal ini dilakukan agar dapat meminimalisasi terjadinya kesalahan pengenalan primer pada DNA non target. Masing-masing komponen yang terdapat pada master mix memiliki fungsi yang berbeda. Hal ini penting untuk mendukung terjadinya reaksi PCR terkait dengan sensitivitas PCR (Fester. Thawing dilakukan pada tiap komponen yang ingin dimasukkan (yang telah disimpan pada temperatur rendah). template. tetapi terkadang konsentrasinya dinaikkan untuk menghasilkan produk PCR yang lebih baik. Buffer Taq berfungsi untuk menjaga kondisi fisiologis enzim Taq Polimerase. Primer. Penambahan ddH2O (free water nuclease) dipergunakan sebagai pelarut DNA dan sebagai media terjadinya reaksi yang tidak mengandung ion ataupun DNA/RNA.24 gram dan TBE yang dipergunakan untuk melarutkan gel agarosa sebanyak 30 ml. 1999). Primer terdiri dari forward dan reverse. Gel agarose ditimbang agar sesuai dengan konsentrasi gel yang diinginkan serta jumlah sumuran yang digunakan. Coli). Buffer Taq berfungsi untuk menjaga kondisi fisiologis enzim Taq Polimerase. sedangkan primer reverse merupakan penyalin DNA templat bagian reverse. Hal ini penting untuk mendukung terjadinya reaksi PCR terkait dengan sensitivitas PCR (Fester. 4. Perbedaan ini terletak pada penggunaan master mix yang berbeda. 2005). Larutan ddH2O (free water nuclease) dipergunakan sebagai pelarut DNA dan sebagai media terjadinya reaksi yang tidak mengandung ion ataupun DNA/RNA. Perlakuan awal yang dipergunakan untuk sampel DNA plasmid dan tail cut berbeda dengan perlakuan untuk DNA tanaman.2 Elektroforesis Gel Agarosa Langkah pertama adalah larutan TBE diencerkan dari 5 kali menjadi 1 kali untuk memperoleh konsentrasi TBE yang sesuai. Hot start berfungsi untuk untuk lebih memaksimalkan pembukaan untai ganda DNA. Menurut Van Fleteren (1999).8% sehingga gel agarose yang ditimbang seberat 0. 1999). yakni ekstensi akhir pada DNA tanaman dan post-ekstensi pada DNA tail cut serta plasmid. 2005). Primer merupakan oligonukleotida pendek yang mengawali reaksi polimerisasi dan berfungsi untuk menentukan awal serta akhir bagian yang akan diamplifikasi (Van Fleteren. Masing-masing komponen yang terdapat pada master mix memiliki fungsi yang berbeda. Konsentrasi standar Mg2+ adalah 2 mM. Primer yang dipergunakan untuk sampel DNA tail cut dan plasmid adalah HLA. Konsentrasi gel yang diinginkan sebesar 0. DNA tail cut tikus. dan DNA tanaman (kacang koro dan buncis) untuk membandingkan hasil amplifikasi PCR pada ketiga sampel. Hal ini dilakukan untuk memastikan bahwa komponen tersebut telah siap dipergunakan (The American Heritage. buffer Taq juga dipergunakan untuk menstabilkan DNA dan komponen lain dalam reaksi.

Pemerataan DNA pada loading dye diharapkan menghasilkan pendaran DNA di bawah sinar UV dapat . Konsentrasi tersebut akan memisahkan fragmen pada kisaran yang lebar. 1999). EtBr dalam jumlah sedikit ditambahkan secara merata ke dalam larutan tersebut setelah larutan tersebut cukup dingin. EtBr dapat ditambahkan pada larutan tempat terendamnya gel setelah elektroforesis atau dapat ditambahkan pada larutan agarosa di awal pembuatannya. Hal ini penting karena sebagian besar nuklease yang mendegradasi DNA memerlukan kation divalen untuk aktivasinya. EDTA merupakan agen pengkelat kation divalen seperti magnesium. Informasi ini dapat dipergunakan untuk optimalisasi kondisi eksperimen bila ukuran fragmen DNA diketahui (Viers. Menurut Viers (1999). Semakin banyak agarose akan membentuk gel yang makin padat dan menghasilkan matriks yang lebih sulit dilalui DNA. 1999). yakni larutan TBE. Konsentrasi agarose yang digunakan sebesar 0. Setelah itu. Pemberian EtBr ketika gel masih beruap akan menyebabkan EtBr juga ikut menguap. Larutan tersebut mengoptimalkan pH dan konsentrasi ion dalam gel serta melapisi gel agar dapat mengalirkan arus listrik yang menggerakkan DNA melalui gel. Running dilakukan bila larutan gel agarosa dalam cetakan memadat. Salah satu cara meminimalisasi ancaman karsinogenik dari EtBr adalah dengan menambahkannya ketika suhu gel telah sedikit menurun (tidak beruap). loading dye juga dapat meningkatkan densitas DNA sehingga dapat mengendapkan DNA pada sumuran (Warder. Sampel DNA yang dipergunakan lebih banyak agar molekul DNA memiliki persebaran yang lebih merata di antara loading dye. Pemisahan mampu mendiferensiasikan antara dua atau lebih fragmen pada ukuran yang bebeda-beda. Zat ini memiliki muatan negatif seperti DNA dan berfungsi sebagai penunjuk seberapa jauh proses elektroforesis berlangsung. Larutan TBE merupakan larutan buffer yang memungkinkan DNA bergerak lancar melalui gel. Akan tetapi. Menurut Bowen (2000). Hal ini karena DNA yang terdapat dalam sampel tersebut telah mengalami pengenceran sehingga memiliki konsentrasi rendah. Hal ini dikarenakan agarosa tidak dapat terlarut dalam buffer pada suhu ruang sehingga harus dididihkan. Sebanyak 3 l sampel DNA dicampur dengan 2 l loading dye sehingga jumlah total larutan adalah 5 l. Hal ini dilakukan untuk memperoleh hasil yang optimal karena running diawali dengan memasukkan sampel DNA pada sumuran. Perbandingan antara loading dye dan DNA yang dipergunakan adalah 2 : 3. Selain itu. yakni dengan memasukkannya ke dalam microwave. Larutan tersebut kemudian dimasukkan ke dalam cetakan yang sudah dipasang sisiran besar (12 sumuran) dan dibiarkan dingin hingga memadat.0%. yakni antara 500 bp hingga 20 kb. Penambahan EtBr di awal pada larutan agarosa memiliki keuntungan yakni tidak diperlukannya periode perendaman setelah elektroforesis.dengan stirer dilakukan dengan tujuan untuk menghomogenisasi gel agarosa dengan solvennya.1.8 . Tris merupakan bahan kimia yang membantu mempertahankan konsistensi pH larutan. Perlu diperhatikan bahwa uap EtBr bersifat karsinogen sehingga harus berhati-hati. 2002). sisiran dapat diambil dengan hati-hati agar sumuran tidak rusak dan selanjutnya running elektroforesis dapat dilakukan. kerugiannya adalah EtBr bersifat karsinogen sehingga selama penggunaanya harus berhati-hati (Viers. loading dye merupakan suatu zat pewarna pelacak yang dapat ikut bermigrasi di sepanjang gel. Asam borak menyediakan konsentrasi ion yang sesuai untuk buffer . Larutan yang telah homogen kemudian dimasukkan ke dalam microwave pada suhu medium (4800C) selama ± 4 menit.

hal ini disebabkan oleh beberapa hal berikut ini: 1. melainkan G atau C. Tegangan yang dipergunakan cukup kecil karena DNA sangat rentan terhadap tekanan fisik. dan jajaran G/C maksimal sebanyak dua buah.1 Analisis Hasil Elektroforesis. tegangan yang lebih rendah menghasilkan resolusi yang lebih baik di antara fragmen-fragmen yang berukuran hampir sama (Warder. 3. PCR dan RFLP Pada praktikum ini. Tegangan listrik yang dipergunakan adalah 50 mV selama satu jam. Visualisasi menggunakan UV transluminator. temperatur annealing (Ta) ditentukan dengan rumus : Ta = Tm .lebih representatif terhadap jumlah DNA.3.2 Analisis Hasil 4. Sekuen primer yang dipergunakan tidak boleh region DNA repetitive. hasil elektroforesis tidak menampilkan band-band DNA pada gel seperti yang diharapkan tujuan praktikum kali ini. pada PCR hampir tidak terdapat band pada hasil elektroforesis. Presentase (G+C) berkisar antara 45 . 2002). Dimungkinkan pada saat elektroforesis voltase yang digunakan tidak sesuai dengan komponen Elektroforesis pada saat itu 3.50C Selanjutnya dicari primer reverse nya dengan ketentuan seperti di atas. dengan kata lain primer R dan primer F akan berjalan bersamaan pada temperatur yang sama juga. dan di potret menggunakan kamera polaroid.2 Desain Primer Langkah pertama dari desain primer adalah memilih primer forwar. misal kecocokan primer. Selain itu. ini disebabkan oleh hal-hal . Running dilakukan dengan mengalirkan arus listrik yang dipergunakan sebagai faktor pendorong gerakan molekul DNA dengan elektroda positif terletak berhadapan dengan sumuran. Hal ini karena DNA bermuatan negatif sehingga harus dipergunakan kutub yang berlawanan untuk dapat menggerakkan DNA. 4. temperatur melting (Tm) ditentukan melalui rumus : Tm = 4 (G + C) + 2 (A + T) Selanjutnya.2. Setelah itu. Dimungkinkan hasil PCR yang tidak bagus sehingga mempengaruhi hasil pada saat elelktroforesis 2. Peletakan sampel pada gel yang kurang berhati-hati sehingga dapat merobek gel Sehingga untuk menghindari kegagalan pada saat elektroforesis diperlukan suatu langkah preventif misalnya:memperhatikan semua syarat untuk terjadinya PCR. Ujung sekuen 3' bukan T atau A. pcr mix yang digunakan. Primer forward dipilih secara acak pada sekuen urutan basa nukleotida dengan ketentuan bahwa panjang basa berkisar antara 18 -23 pasangan basa. Hal yang perlu diperhatikan adalah Ta antara primer forward dan reverse tidak boleh lebih dari 10C. Terdapat pebedaan yang nyata antara hasil PCR dan RFLP pada praktikum kali ini.60%. serta menghindari pipetting pada saat pencampuran larutan pCR pada thin wall.

BAB V PENUTUP 5. ini membuktikan bahwa enzim restriksi Hae III dan Hind III dapat bekerja pada sampel. PCR sangat sensitif terhadap semua perlakuan yang tidak sesuai dengan protokol pada saat pencampuran larutan thin wall 4. oligonuklueotide dapat dipesan langsung pada perusahaan penyedia primer PCR. secara bersinergi.2 Keuntungan dan Kerugian Teknik PCR dan RFLP Kerugian teknik PCR 1. Kerugian teknik RFLP 1. Memerlukan analisis RE untuk menentukan gen traget yang akan di potong 2. Biasanya dipergunakan secara luas dalam analisis bidang molekuler botani. serta kurang bercampurnya larutan pada thin wall PCR.2. User harus mengetahui sisi sequens pemotongan oleh enzim RE 3. dan tidak rusak Keuntungan RFLP 1. . Diperlukan PCR mix 3. Akan lebih memerlukan waktu relatif lama untuk mengamplifikasi minimal 30-40 siklus Keuntungan teknik PCR 1. Akan tetapi dari hasil elektroforesis tidak semua bisa tampil ini memuktikan juga bahwa fragmen hasil RFLP terlalu kecil atau terjadi difusi pada cairan elelktroforesis. serta untuk mendesain primer. . Terdapat PCR mix solution pabrikan yang tidak memerlukan pencampuran oleh user 3. menentukan sisi pemotongan RE. komposisi larutan pada thin wall yang tidak seimbang. sedangkan pada hasil RFLP masih terdapat satu band DNA yang begitu mencolok pada sampel. asisten menyediakan software-software untuk melakukan sekuensing. 5.1 Kesimpulan Secara umum PCR berfungsi untuk melakukan kopi pada DNA target berdasarkan primer yang digunakan. Porgram PCR relatif lebih mudah dilaksanakan 2. Dapat melakukan analisis gen Polimorfisme pada sutu spesies dan lebih akurat daripada PCR 2. Selalu memerlukan suatu primer untuk menjalankan PCR 2. Hasil Elektroforesis dari PCR menunjukkan bahwa hampir tidak terdapat band DNA yang muncul pada film polaroid hasil UV transluminator. RE harus dalam keadaan yang masih baik.yang tersebut diatas. hal ini disebabkan karena: pipetting yang dilaksanakan pada pencampuran larutan pcr mix pada thin wall. berdampingan dengan marker yang digunakan.2 Saran Sebaiknya pada praktikum kali ini.

Molecular Biology : Made Simple and Fun.htm. Louis. H. A. DNA & PCR. California. . A.be/ %7Eavierstr/. dan D. 2000. Tanggal akses 3 Maret 2007 Van Fleteren. Tanggal akses 3 Maret 2007 Sambrook. David Ng. New York.dnalc.org. Tanggal akses 3 Maret 2007 Warden. Polymerase Chain Reaction.jp. Gelfand.med. http:// www. Russel.html.kr/ vt/ chem -ed/sep/electrop/disc-el. M. Gelfand. Halaman 3-12 Lairmore. N. Protocol for PCR with Taq DNA Polymerase. Tanggal akses 3 Maret 2007 Fester. Third Edition. Tanggal akses 3 Maret 2007 Mullis. PCR Lab.ac.D. 1026 halaman. Harley. O. DAFTAR PUSTAKA Bowen. L. Yayasan Essentia Medica. D. http://www. Yogyakarta Clark. M. http://www. http://www. B. dan J. J.meb. PCR Primer Design and Reaction Optimalization. Tanggal akses 3 Maret 2007 Prescott.org /shockwave/ pcranwhole. 1999. 2004.ugent. dan L. H. http://allsevv.ac. DNA Purification and Analysis. http://users. Molecular Technique Lecture Note 2005. Isolation of DNA from Agarosa and Polyacrylamide Gels. 1993. Academic Press.com. Academic Press. D. 2005. 2005. 2005. New York Tissue. PCR: an outstanding method. Cache River Press. Klein.574 Clark. J. T. 1999. Halaman 565 . 1990.. San Diego Innis.ac. 2002. science-projects.ac.2a/ed. Rybicky.nig.A.be /~avierstr/index. 1990. 1999. Tanggal akses 3 Maret 2007 Viers. Electrophoresis. http://www. Molecular Biology : Understanding the Genetic Evolution. W.htm. Tanggal akses 3 Maret 2007 Henegariu. Suinsky..wfcc. 2001.ugent.html. http://users. http://info. Elsevier Inc. DNA Analysis by Agarose Gel Electrophoresis.Software tersebut bisa di download dari internet secara gratis misal GENtle.com /onionDNA.edu/genetics/ward/taxi/pog. 1999. D. Houghton Mifflin Company. A. Principle of the PCR. 2003.be/mariester/principles/pcr.html. Pengantar Kloning Gen.html.ca. Principle of the PCR. 2001.nobel. 2005. D. J dan D. R. 2005.yale.kaist. Editor Prof.biotech ubc. New York. Microbiology. Polymerase Chain Reaction. J. McGraw Hil.htm.P. http://fermentas.. http://elchem.vct. Soemanti Ahmad Muhammad Praseno. Tanggal akses 3 Maret 2007 Innis. H. Tanggal akses 3 Maret 2007 Eavier.html. P. 1999. New York The American Heritage. Russel. P. PCR Protocols. M. Fifth Edition. http:// www. Molecular Cloning : A Laboratory Manual Volume 2. Tanggal akses 3 Maret 2007 Fermentas. W. PCR Aplications : Protocols for Functional Genomics. Cold Spring Harbor Laboratory Press. W. St. Brown.se/chemistry/laureates/1993/mullis-lecture. E. 2003. 2000.

Mungkin Anda bingung bagaimana caranya polisi bisa mengungkap pelaku kejahatan dengan berbekal sehelai rambut pelaku yang tercecer di TKP.824 kali! Tentu saja nilainya tidak tepat seperti itu. ajaib! Ternyata hal ini gak lepas dari yang namanya PCR alias Polymerase Chain Reaction.be/~avierstr/principles/pcrcopies. Reaksi PCR meniru reaksi penggandaan atau replikasi DNA yang terjadi dalam makhluk hidup.http://biology. biasanya 20 sampai 40 siklus. PCR terdiri atas beberapa siklus yang berulang-ulang. Proses yang berlangsung secara in vitro dalam tabung reaksi sebesar 200 µl ini mampu menggandakan atau mengkopi DNA hingga miliaran kali jumlah semula.arizona. 2003. tapi tetap saja hasilnya akan sangat banyak. dan coba hitung berapa salinan utas ganda DNA yang akan dihasilkan setelah 30 siklus? Yup. J. atau dari tetesan sperma pemerkosa yang mengering di tubuh korban.ugent. Sumber: http://users. http://www. Tanggal akses 3 Maret 2007 Wolf.073.edu /sciconn /lessons2 /lessons . Maka pantes aja dengan berbekal DNA yang terkandung dalam sampel yang cuma secuil itu bisa diperoleh banyak sekali informasi sesuai kebutuhan kita.umbc. dll. diagnosa penyakit. B.be/~avierstr/principles/pcrcopies. 2 pangkat 30 alias 1. Beginning Molecular Biology Laboratory Manual : PCR Amplification of DNA.741.gif . DNA ini sering disebut-sebut terutama berkaitan dengan kriminalitas. kita masih harus memperhitungkan efisiensi reaksi. Secara sederhana PCR merupakan reaksi penggandaan daerah tertentu dari DNA cetakan (template) dengan batuan enzim DNA polymerase.gif Sumber: http://users. Padahal kan sampel yang dianalisa jumlahnya sangat sedikit. sekarang bayangkan bahwa pada setiap siklus DNA polymerase akan menggandakan DNA sebanyak 2 kali.html.ugent. Nah.edu/biosci /graduate/amb.html. penentuan ‘keabsahan’ keturunan. Tanggal akses 3 Maret 2007 Tentu Anda sudah mengenal yang namanya DNA.

Ion Logam • • Ion logam bivalen. Tanpa ion ini enzim DNA polymerase tidak dapat bekerja. kalsium (K+). Jadi jangan membayangkan kalau PCR mampu menggandakan seluruh DNA bakteri E. komponen lain yang dibutuhkan adalah: Primer Primer adalah sepasang DNA utas tunggal atau oligonukleotida pendek yang menginisiasi sekaligus membatasi reaksi pemanjangan rantai atau polimerisasi DNA.Komponen PCR Selain DNA template yang akan digandakan dan enzim DNA polymerase. dNTP (deoxynucleoside triphosphate) dNTP alias building blocks sebagai ‘batu bata’ penyusun DNA yang baru. . Buffer Buffer yang biasanya terdiri atas bahan-bahan kimia untuk mengkondisikan reaksi agar berjalan optimum dan menstabilkan enzim DNA polymerase. jadi dirancang agar menempel mengapit daerah tertentu yang kita inginkan. dNTP terdiri atas 4 macam sesuai dengan basa penyusun DNA. dGTP dan dTTP. fungsinya sebagai kofaktor bagi enzim DNA polymerase. Ion logam monovalen. dCTP. PCR hanya mampu menggandakan DNA pada daerah tertentu sepanjang maksimum 10000 bp saja. yaitu dATP. Primer dirancang untuk memiliki sekuen yang komplemen dengan DNA template. coli yang panjangnya kira-kira 3 juta bp itu. umumnya Mg++. dan dengan teknik tertentu bisa sampai 40000 bp.

be/~avierstr/principles/pcrsteps. Pada suhu ini DNA utas ganda akan memisah menjadi utas tunggal.gif Sumber: http://users.be/~avierstr/principles/pcrsteps. suhu diturukan ke kisaran 40-60oC selama 20-40 detik untuk memberikan kesempatan bagi primer untuk menempel pada DNA template di tempat yang komplemen dengan sekuen primer. Annealing Setelah DNA menjadi utas tunggal. Ekstensi/elongasi .ugent.Tahapan Reaksi Sumber: http://users.ugent. yaitu: Denaturasi Denaturasi dilakukan dengan pemanasan hingga 96oC selama 30-60 detik.gif Setiap siklus reaksi PCR terdiri atas tiga tahap.

Final Elongasi Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC) selama 5-15 menit untuk memastikan bahwa setiap utas tunggal yang tersisa sudah diperpanjang secara sempurna. Oh ya. RNA kemudian diterjemahkan untuk menghasilkan rantai asam amino alias protein. berpindah dari satu suhu ke suhu lainnya menggunakan tangan. Dari sekian panjang DNA genome. . dan di dalamnya mengandung ribuan gen. gen itu apaan ya? Sebagaimana kita tahu bahwa fungsi utama DNA adalah sebagai sandi genetik. dan C dengan G. DNA manusia saja panjangnya sekitar 3 miliar basa. begitu pula sebaliknya). yaitu sebagai panduan sel dalam memproduksi protein. biasanya 70-72oC. annealing dan ekstensi secara manual. jika basa pada template adalah A. Aplikasi teknik PCR Kita harus berterima kasih kepada Kary B Mullis yang telah menemukan dan mengaplikasikan PCR pada tahun 1984.Dilakukan dengan menaikkan suhu ke kisaran suhu kerja optimum enzim DNA polymerase. bagian yang menyandikan protein inilah yang disebut gen. secara kasarnya adalah 1 menit untuk setiap 1000 bp. maka akan dipasang dNTP. DNA ditranskrip menghasilkan RNA. Tapi syukurlah sekarang mesin Thermal Cycler sudah terotomatisasi dan dapat diprogram sesuai kebutuhan. begitu seterusnya (ingat pasangan A adalah T. Enzim akan memperpanjang rantai baru ini hingga ke ujung. Pada tahap ini DNA polymerase akan memasangkan dNTP yang sesuai pada pasangannya. Proses ini dilakukan setelah siklus PCR terakhir PCR dilakukan dengan menggunakan mesin Thermal Cycler yang dapat menaikkan dan menurunkan suhu dalam waktu cepat sesuai kebutuhan siklus PCR. Selain ketiga proses tersebut biasanya PCR didahului dan diakhiri oleh tahapan berikut: Pra-denaturasi Dilakukan selama 1-9 menit di awal reaksi untuk memastikan kesempurnaan denaturasi dan mengaktifasi DNA Polymerase (jenis hot-start alias baru aktif kalau dipanaskan terlebih dahulu). diantaranya: Isolasi Gen Kita tahu bahwa DNA makhluk hidup memiliki ukuran yang sangat besar. Saat ini PCR sudah digunakan secara luas untuk berbagai macam kebutuhan. Lamanya waktu ekstensi bergantung pada panjang daerah yang akan diamplifikasi. Pada awalnya orang menggunakan tiga penangas air (water bath) untuk melakukan denaturasi.

Konon banyak kalangan tertentu yang memanfaatkan pengujian ini untuk menelusuri orang tua ‘sesungguhnya’ dari seorang anak jika sang orang tua merasa ragu. Nah.htm]. diperlukan DNA pencari atau dikenal dengan nama ‘probe’ yang memiliki urutan basa nukleotida sama dengan gen yang kita inginkan. dimana proses awalnya adalah reaksi PCR dengan pereaksi yang agak berbeda. Jika identifikasi secara fisik sulit atau tidak mungkin lagi dilakukan. maka pengujian DNA adalah pilihan yang tepat. Diagnosa Penyakit . Jika memiliki kecocokan yang sangat tinggi maka bisa dipastikan identitas orang yang dimaksud.littletree. kemudian menjadikannya obat diabetes. maka urutan basa suatu DNA yang tidak diketahui bisa ditentukan. DNA ‘sampah’ yang fungsinya belum diketahui dengan baik. metode yang umum digunakan saat ini adalah metode Sanger (chain termination method) yang sudah dimodifikasi menggunakan dye-dideoxy terminator. Karena warna fluorescent untuk setiap basa berbeda. dulu kita harus mengekstrak insulin langsung dari pancreas sapi atau babi. kini mereka dapat mengisolasi gen penghasil insulin dari DNA genome manusia. DNA dapat diambil dari bagian tubuh manapun. coli) agar bakteri dapat memproduksi insulin juga [http://www. Sebagai contoh. dan tentunya lebih murah ketimbang cara konvensional yang harus ‘mengorbankan’ sapi atau babi. kemudian dilakukan analisa PCR untuk mengamplifikasi bagian-bagian tertentu DNA yang disebut fingerprints alias DNA sidik jari. Hasilnya dibandingkan dengan DNA sidik jari keluarganya yang memiliki pertalian darah. untuk mengisolasi gen. Berkat teknologi rekayasa genetik. proses yang rumit dan tentu saja mahal serta memiliki efek samping karena insulin dari sapi atau babi tidak benar-benar sama dengan insulin manusia. yaitu bagian yang unik bagi setiap orang. yaitu hanya menggunakan satu primer (PCR biasa menggunakan 2 primer) dan adanya tambahan dideoxynucleotide yang dilabel fluorescent. para ahli seringkali membutuhkan gen tertentu untuk diisolasi. lalu menyisipkannya ke sel bakteri (dalam hal ini E. Dan ajaib! Hasilnya insulin yang sama persis dengan yang dihasilkan dalam tubuh manusia.com. misalnya ibu atau bapak kandung.sisanya tidak menyandikan protein atau disebut ‘junk DNA’.au/dna. mudah. Forensik Identifikasi seseorang yang terlibat kejahatan (baik pelaku maupun korban). atau korban kecelakaan/bencana kadang sulit dilakukan. Kembali ke pembahasan isolasi gen. DNA Sequencing Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan dengan teknik DNA Sequencing. Probe ini bisa dibuat dengan teknik PCR menggunakan primer yang sesuai dengan gen tersebut. dan sekarang insulin tinggal diekstrak dari bakteri. lebih cepat.

. Teknologi saat ini memungkinkan diagnosa dalam hitungan jam dengan hasil akurat. bahkan satu fase lagi dari fase pandemi. PCR merupakan teknik yang sering digunakan. 2001). Suhu annealing yang terlalu rendah dapat mengakibatkan timbulnya pita elektroforesis yang tidak spesifik. sehingga diperoleh amplifikasi DNA antara 108 – 109 kali (Retnoningrum. Kenaikan suhu setelah tahap annealing hingga mencapai 70–74 oC bertujuan untuk mengaktifkan enzim TaqDNA polimerase. Proses dalam PCR Polymerase Chain Reaction (PCR) terdiri dari tiga proses. Tahap denaturasi DNA biasanya dilakukan pada kisaran suhu 92 – 95 oC. Teknik PCR didasarkan pada amplifikasi fragmen DNA spesifik di mana terjadi penggandaan jumlah molekul DNA pada setiap siklusnya secara eksponensial dalam waktu yang relatif singkat. Disebut akurat karena PCR mengamplifikasi daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas virus Influenza A (H1N1) yang tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya. Prinsip dasar PCR Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu metode untuk mengidentifikasi penyakit infeksi. yaitu: 1. Faktor yang mempengaruhi tahap ini antara lain suhu annealing dan primer. B. Metode ini dikembangkan untuk mengatasi kelemahan metode diagnosis konvensional seperti imunologi dan mikrobiologi. . sedangkan suhu yang tinggi dapat meningkatkan kespesifikan amplifikasi (Saiki et al. Denaturasi awal dilakukan selama 1 – 3 menit diperlukan untuk meyakinkan bahwa DNA telah terdenaturasi menjadi untai tunggal. Denaturasi Newton and Graham (1997) dalam Rohmy (2001). Maka tak salah panitia Nobel menganugrahkan hadiah Nobel bidang kimia yang bergengsi ini kepada Kary B Mullis hanya 9 tahun setelah penemuannya (1993).Penyakit Influenza A (H1N1) yang sebelumnya disebut flu babi sedang mewabah saat ini. annealing (penempelan) pasangan primer pada untai DNA target dan extension (pemanjangan atau polimerisasi). 2. yaitu suhu optimal untuk TaqDNA polimerase. Masih banyak aplikasi PCR lainnya yang sangat bermanfaat. 1997 dalam Rohmy 2001). karena jika ada sedikit saja kesalahan pada tahap ini maka akan mempengaruhi kemurnian dan hasil akhir produk DNA yang diinginkan. 1997). Penyakit berbahaya seperti ini memerlukan diagnosa yang cepat dan akurat. Denaturasi yang tidak berlangsung secara sempurna dapat menyebabkan utas DNA terputus. Proses pemanjangan primer (tahap extension) biasanya dilakukan pada suhu 72 oC. A. menyatakan bahwa denaturasi merupakan proses memisahkan DNA menjadi utas tunggal. Tahap denaturasi yang terlalu lama dapat mengakibatkan hilangnya aktivitas enzim polimerase (Lisdiyanti. Proses ini dapat dikelompokkan dalam tiga tahap berurutan yaitu denaturasi templat. 1988 dalam Rohmy. Annealing Merupakan proses penempelan primer. Tahap annealing primer merupakan tahap terpenting dalam PCR.

semakin lama waktu extension maka jumlah DNA yang tidak spesifik semakin banyak (Saiki et al. Hal ini bertujuan untuk mencegah terjadinya kerusakan DNA/RNA (Haliman dan Adijaya. hasil elektroforesis yang berupa band RNA dapat dilihat dengan UV transluminator dan diabadikan dengan kamera polaroid (Sunarto dkk. Sementara untuk mengekstraksi RNA digunakan RNA ekstraction solution (IQ2000TM). Dengan kata lain DNA target meningkat secara eksponensial. DNA virus yang telah berlipat ganda jumlahnya dapat dideteksi dengan elektoforesis sel agarosa. enzim polimerase bergabung bersama dengan nukleotida dan pemanjangan primer lengkap untuk sintesis sebuah DNA utas ganda. kaki renang (pleopoda). Reaksi ini akan berubah dari satu siklus ke siklus selanjutnya mengikuti perubahan konsentrasi DNA (Hsu et al. Extension Merupakan proses pemanjangan DNA. sehingga setelah 30 siklus akan menjadi milyaran amplifikasi DNA target. Menurut Haliman dan Adijaya (2005). DNA yang telah diklon pada tahap kedua dimasukkan ke dalam lubang-lubang kecil yang terdapat pada lempengan agar agarose . Uji PCR untuk mendeteksi keberadaan virus dilakukan di laboratorium dengan pengambilan sampel udang Vannamei dari tambak budidaya... Proses tersebut dilakukan pada kondisi suhu dan siklus penggandaan tertentu. Setelah diwarnai dengan Ethidium Bromida (ETBr). 3. Sampel udang Vannamei yang diambil tersebut selanjutnya dilakukan pemotongan bagian insang. Hasil sintesa DNA dalam satu siklus dapat berperan sebagai cetakan (template) pada siklus berikutnya sehingga jumlah DNA target menjadi berlipat dua pada setiap akhir siklus. yaitu proses elektroforesis. Sampel yang akan diuji PCR sebaiknya dalam kondisi segar. 2004). atau cairan hemolim. 2. PCR) karena merupakan siklus penggandaan yang berulang sehingga kegiatan ini seolah-olah merupakan suatu proses reaksi berantai. sampel dapat disimpan dalam larutan alkohol 95% dengan perbandingan 1 : 9 (1 bagian sampel dengan 9 bagian alkohol 95%). Proses ini disebut dengan reaksi rantai polimerase (polymerase chain reaction. Selain suhu. DNA dari sel-sel sampel diekstraksi dengan larutan lysis buffer (IQ2000TM). Hasil ekstraksi DNA pada tahap pertama digandakan dengan bantuan enzim-enzim yang dikenal sebagai primer.Selain itu. Hasil uji PCR selanjutnya digunakan pada tahap ketiga. Proses penggandaan ini dikenal sebagai proses amplifikasi. Satu jenis primer bertanggung jawab atas penggandaan satu jenis DNA tertentu sehingga primer satu jenis virus hanya dapat digunakan untuk deteksi virus tersebut saja. 2001). RNA ekstraction solution (IQ2000TM) juga berfungsi mengamankan RNA dari kerusakan akibat kerja enzim rNase. 1988 dalam Rohmy. 2005). Selanjutnya. yang dapat diatur pada mesin PCR (thermocycle). Hasil ekstraksi DNA di-sentrifus hingga diperoleh butiran atau pelet DNA. pada masa peralihan suhu dari suhu annealing ke suhu extension sampai 70 oC juga menyebabkan terputusnya ikatan-ikatan tidak spesifik antara DNA cetakan dengan primer karena ikatan ini bersifat lemah. secara umum uji PCR di laboratorium dilakukan dengan tahapan-tahapan sebagai berikut: 1. 3. 2001). Dengan bantuan buffer TAE atau TBE. Lysis buffer (IQ2000TM) juga berfungsi untuk mengamankan hasil ekstraksi dari kerusakan akibat kerja enzim dNase. tetapi bila tidak memungkinkan. Dalam tahap extension atau sintesis DNA. 1996 dalam Wahyudi.

Keberhasilan Penggunaan Primer Spesifik DNA Mitokondria (mtDNA) Ikan Patin (Pangasius hypophthalmus) pada Beberapa Ikan Budidaya dengan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Keberhasilan pengujian sampel dengan metode PCR dipengaruhi oleh beberapa hal. Institut Pertanian Bogor. 1997. Program Studi Budidaya Perairan. 2001. Isti Koesharyani. serta kondisi larutan buffer dan larutan etidium bromida yang dipakai. Disketkanling. D. Agus. Penerapan Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Diagnosis Penyakit Infeksi. Institut Pertanian Bogor . Agar kontaminasi silang dapat dihindarkan. Dari hasil proses elektroforesis ini dapat disimpulkan status sampel. dan Adiwijaya. Prosedur PCR untuk diagnosa Cepat Penyakit Bercak Putih pada Udang. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. 2001. seperti faktor kontaminasi silang.2%. D. umur reagen atau enzim yang dipakai.S. Penebar Swadaya. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. 2004. Pembudidayaan dan Prospek Pasar Udang Putih yang Tahan Penyakit. sebaiknya operator pengujian PCR harus benar-benar terlatih dan teliti (Haliman dan Adijaya. Sunarto. Taukhid. H. Udang Vannamei. Skripsi. Pengaruh Suhu Annealing dan Jumlah Siklus yang Berbeda pada Program PCR Terhadap Keberhasilan Isolasi dan Amplifikasi mtDNA Ikan Patin (Pangasius hypophthalmus). Hasil proses elektroforesis akan menampilkan pita-pita DNA yang letaknya tersebar. terinfeksi virus atau bebas dari virus. S. Jakarta Retnoningrum. Akhmad Rukyani. jumlah enzim yang dipakai. T.go. 2005). tergantung pada berat molekulnya. Bandung. www. Skripsi.W. 2005.id Wahyudi. ketelitian saat poses ekstraksi. Jurusan Farmasi FMIPA ITB. Daftar Pustaka Haliman. Rohmy. Pita-pita DNA kemudian dibandingkan dengan posisi pita-pita pada lajur penanda DNA (DNA marker). Program Studi Budidaya Perairan. R.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful