.1 Latar Belakang Penemuan yang berpengaruh terhadap perkembangan ilmu biologi molekuler salahsatunya adalah PCR (Polymerase Chain

Reaction). Teknik ini mempunyai fungsi utama untuk memperbanyak DNA target. Proses yang terjadi melibatkan suatu primer yang berfungsi sebagai cetakan untuk membuat DNA baru (David, 2005). Aplikasi PCR yang paling besar adalah melakukan pengkopian DNA dalam waktu yang relatif cepat, sehingga kemudian DNA tersebut cukup banyak untuk dapat dideteksi, dikaji, dan dipergunakan untuk berbagai aplikasi (Lairmore, 1990). Teknik PCR memerlukan keterampilan khusus dalam pelaksanaannya, tidak hanya bergantung pada alat PCR tetapi diperlukan hal-hal teknis yang perlu diperhatikan demi kelancaran PCR. Salah satu keahlian teknis yang diperlukan adalah mendesain primer yang dipergunakan sebagai cetakan dalam PCR. Selain hal tersebut diatas, PCR dapat dipergunakan untuk sekuensing, melakukan deteksi gen patologis, serta pembuatan probe. Berdasarkan haltersebut di atas, maka praktikum ini penting untuk dilaksanakan. 1.2 Rumusan Permasalahan Permasalahan yang dapat ditelaah adalah bagaimana teknik cara melakukan teknik PCR dan mendesain primer yang berfungsi sebagai langkah awal sebelum melakukan PCR ? 1.3 Tujuan Praktikum bertujuan untuk mengetahui pelaksanaan teknik PCR dan cara mendesain primer 1.4 Manfaat Salah satu kemampuan PCR adalah dapat mengamplifikasi gen-gen yang diduga terkait dengan penyakit tertentu sehingga akan mempermudah diagnosis penyakit tersebut, sehingga teknik ini dapat digunakan dalam bidang medis.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 PCR (Polymerase Chain Reaction) Polymerase Chain Reaction adalah metode untuk amplifikasi primer oligonukleotida yang dikendalikan secara enzimatis untuk sekuen DNA yang diinginkan. Teknik tersebut mampu mengamplifikasi sekuen hingga berlipat pada tingkatan 105 - 106 dari sejumlah kecil (nanogram) DNA templat, dengan latar sekuen yang tidak relevan (dari DNA genom total. Prasyarat untuk mengamplifikasi sekuen dengan mempergunakan PCR adalah mengetahui sekuen tertentu yang mengapit sekuen DNA yang diamplifikasi sehingga oligonukleotida spesifik dapat diperoleh. Produk PCR diamplifikasi dari templat DNA dengan menggunakan DNA polymerase yang stabil terhadap panas, dan diperoleh dari Thermus aquaticus (Taq DNA polimerase) serta mempergunakan cycler termal otomatis. Tiga tahapan utama PCR (terdiri dari denaturasi, annealing primer, dan polimerisasi) diulang hinggga berlangsung 30 - 40 siklus. Hal ini dilakukan dengan cycler otomatis, yang dapat memanaskan tabung yang berisi campuran reaksi dan mendinginkannya dalam waktu yang sangat singkat (Eavier, 1999). Denaturasi DNA double strand menjadi single strand terjadi pada tahap denaturasi. Hal

komponen-komponen untuk melakukan PCR terdiri dari: sejumlah kecil molekul DNA. Primer Reverse dan primer forward harus dihindari saling berkomplemen. RNA ataupun protein) adalah Elektoforesis gel. Primer PCR biasanya berukuran panjang 20-30 bp. AT yang seimbang (45-55% GC). 6. Tiga atau lebih sekuen C atau G pada ujung 3' primer dapat memicu terjadinya kesalahan priming pada sekuen yang kaya akan G dan C (karena stabilitas annealing). primer yang dibutuhkan ini berjumlah dua buah berupa potongan pendek DNA single strand yang sesuai dengan sekuens yang akan diamplifikasi. Tahap pertama dari PCR adalah awal yang panas dengan temperatur 95 ?C selama 2-4 menit. enzim yang diperlukan untuk mengatur salinan DNA. Waktu yang diperluakan ini tergantung pada ukuran templat. Dengan kelengkapan prasyarat di atas diharapakan proses PCR berjalan dengan semestinya. Primer PCR tidak boleh memiliki ujung (3') berupa G atau C.2 Desain Primer Desain primer merupakan salah satu prasyarat sebelum melakukan proses pengkopian gen dengan PCR. DNA polymerase kemudian akan membuat salinan DNA target menggunakan dNTP. Menurut Innis dan Gelfand (1990). Primer yang ideal memiliki kandungan GC vs. karena akan mengakibatkan terjadinya dimer primer.3 Elektroforesis Gel Agarose Teknik pemisahan fragmen . atau CG atau GC. 2005). 2005). nukleotida yang dibutuhkan untuk membuat DNA baru. sedangkan pada akhir siklus maka sekuens target pada kedua strand akan dapat dikopi (Prescott dkk. semakin besar. Ujung 5' pada primer menentukan ujung produk PCR yang dihasilkan. 7.. Sebaliknya. Prinsip dasar elektroforesis adalah memisahkan molekul berdasarkan muatan listrik intrinsiknya. Tahapan annealing mempergunakan temperatur yang ditentukan oleh rumus Tm . Ujung 3' primer bukan merupakan komplementer (pasangan basa). Jarak amplifikasi atau sekuens target yang diamplifikasi mempunyai ukuran sekitar 200-400 bp (David. Hal ini menghindari terjadinya "breathing" pada ujung dan meningkatkan efisiensi priming. muatan negatif akan menarik muatan positif . Muatan listrik positif akan menarik muatan negatif dan menolak sesama muatan positif. sehingga harus dihindari. Syarat sebuah primer dalam PCR adalah : 1. maka akan memerlukan waktu yang semakin lama. 2.fragmen molekuler (DNA. Komposisi basa adalah 50-60% (G+C) 3. Temperatur selanjutnya diturunkan agar primer dapat membentuk ikatan hidrogen pada kedua sisi DNA target (annealing).5 ?C (David. Menurut Clark dan Russel (2005). sehingga saling dapat membentuk ikatan atau menyatu. 2003). 4. Dua primer dari pasangan primer tidak mengandung struktur komplemen lebih dari 2 kb. dan tanpa untaian satu basa yang terlalu panjang.ini terjadi sebagai akibat akibat perlakuan temperatur tinggi yang akan memisahkan strand komplemennya. termasuk segmen DNA yang akan diamplifikasi. Tahapan berikutnya adalah denaturasi pada temperatur 95?C selama 30 detik hingga 1 menit. Tm (suhu melting) berkisar antara 55-80oC 5. dan mesin PCR yang dibutuhkan untuk mengatur temperatur. Ukuran primer berkisar antara 17-28 basa 2. 2. primer PCR.

2. 3. Marker pada elektroforesis gel adalah serangkaian fragmen DNA standar dilalukan secara beriringan pada gel yang sama. Elektroforesis DNA biasanya dipergunakan untuk memisahkan DNA dalam beragam ukuran.2 ?L. primer HLA. Menurut hukum listrik. 2805. Jurusan Biologi.2. PA 3.4 ?l akuades steril 1 x buffer Taq 4 ?l.1. Plasmid : PA 2. dan penyokong lainnya dipergunakan untuk sampel biologis seperti campuran protein atau fragmen DNA. Etidium Bromida (EtBr).3 Cara Kerja 3. buffer. microwave.1 Alat Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah PCR unit. TC 2.6 ?l ddH2O (free water nuclease) ditambah dengan master mix yang tersusun atas dNTP. Bila agarosa dan air dicampur dan direbus. atau tabung kapiler. gel agarosa. 27. T 2. sebanyak 13. buffer TE. buffer Taq.2 ?l. serta sekuen DNA untuk desain primer. mikropipet. Peralatan serta kondisi yang diperlukan untuk proses elektrforesis adalah tegangan tinggi.1 Program PCR Perlakuan awal berupa pencampuran bahan-bahan untuk PCR berbeda untuk sampel DNA plasmid dan tail cut dengan sampel DNA tanaman. buffer PCR.2 Bahan Bahan yang digunakan adalah PCR mix solution yang terdiri atas 16. 3. MgCl2. BAB III METODE PENELITIAN 3. BR 1. dengan bagian pori terisi oleh air. pukul 09. primer HLA dan primer aux1 (10 pmol) 0. Taq Polimerase. elektroda. Taq . Gel yang mengeras nampak seperti konsentrat campuran gelatin tanpa pewarna. Tris Borac EDTA (TBE) (yang terdiri atas 54 g Tris-base. 2005). dan terakhir ditambahkan sampel DNA. yang berguna untuk memperkirakan ukuran fragmen yang berbeda-beda pada DNA sampel yang dielektroforesis (Clark. dan kamera polaroid. maka gel akan membentuk jaring-jaring berlubang.1 Waktu Dan Tempat Praktikum PCR dan desain primer dilaksanakan pada hari Selasa. Loading dye. Bila larutan tersebut suhunya mulai turun suhunya.00 WIB di Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.2. P 5. sampel DNA (Tail cut : TC 1.5 g H3BO3 dan 3. maka agarosa akan meleleh menjadi larutan homogen. Tabung kapiler terbuka dipergunakan untuk berbagai jenis sampel. primer aux1. dan penyokong buffer seperti kertas saring. Dua elektrode.dan menolak sesama muatan negatif.2. Tanaman : KMB.2 ?l ddH2O (free water nuclease) ditambah dengan dNTP.5 ?l (50 ng/ ?l). sentrifuse. dNTP mix 0.1. sebanyak 8. tabung.2 ?l. seperangkat alat elektoforesis. Agarosa merupakan polisakarida yang diekstraksi dari rumput laut. blue tip. Universitas Brawijaya Malang. muatan yang berbeda muatan akan saling tarik (Clark. Ukuran pori agarose bergantung pada konsentrasi dari bubuk agarose yang digunakan. TB 1) sebanyak 0. Untuk sampel DNA plasmid dan tail cut. tanggal 23 Oktober 2007. masing-masing bermuatan postif dan negatif dihubungkan dengan sumber tegangan tinggi. strip asetat selulosa. Taq DNA polymerase 0.72 g Na2EDTA.30-19.2 Alat dan Bahan 3. Untuk sampel DNA tanaman.2H2O dan aquades steril). 2005).3. 3. TC 2.

dan jajaran G/C maksimal sebanyak dua buah. Setelah itu. serta mempergunakan siklus sebanyak 30 siklus. annealing pada temperatur 560C selama 30 detik. campuran dimasukkan ke dalam sumuran gel dengan hati-hati hingga semua sampel mengisi setiap sumuran yang tersedia. maka selanjutnya ditentukan primer reverse. Program yang kedua meliputi hot start pada temperatur 930C selama 1 menit. .polimerase. Larutan tersebut kemudian dimasukkan ke dalam cetakan yang sudah dipasang sisiran besar (12 sumuran).2 Desain Primer Primer forward dipilih secara acak pada sekuen urutan basa nukleotida dengan ketentuan bahwa panjang basa berkisar antara 18 -23 pasangan basa. ekstensi pada temperatur 720C selama 1 menit. Gel agarose ditimbang sesuai dengan konsentrasi gel yang diinginkan serta jumlah sumuran yang digunakan.3. ekstensi akhir pada temperatur 720C selama 10 menit dan post-ekstensi pada temperatur 370C selama 1 menit. Sekuen primer yang dipergunakan tidak boleh region DNA repetitive. dan post-ekstensi pada temperatur 720C selama 7 menit. 3. temperatur annealing (Ta) ditentukan dengan rumus : Ta = Tm .3. sedangkan program yang kedua dipergunakan untuk sampel DNA tanaman. dan sampel DNA. 3.24 gram. Hal ini dilakukan dengan aturan yang sama seperti penentuan primer forward. Program yang pertama meliputi hot start pada temperatur 920C selama 1 menit. Larutan yang telah homogen kemudian dimasukkan ke dalam microwave pada suhu medium (4800C) selama ± 4 menit.3 Elektroforesis Gel Agarosa Larutan TBE diencerkan dari 5 kali menjadi 1 kali.60%. EtBr dalam jumlah sedikit ditambahkan secara merata ke dalam larutan tersebut setelah larutan tersebut cukup dingin. Running dilakukan pada tegangan 50 mV selama satu jam. denaturasi pada temperatur 920C selama 30 detik.1 Program PCR DNA yang dipergunakan berasal dari hasil isolasi DNA dari praktikum sebelumnya.1 Analisis Prosedur 4. melainkan G atau C. serta mempergunakan siklus sebanyak 35 siklus. temperatur melting (Tm) ditentukan melalui rumus : Tm = 4 (G + C) + 2 (A + T) Selanjutnya. Presentase (G+C) berkisar antara 45 .50C Bila primer forward telah ditentukan. Konsentrasi gel yang diinginkan sebesar 0. annealing pada temperatur 580C selama 30 detik. ekstensi pada temperatur 720C selama 45 detik. Program yang pertama dipergunakan untuk sampel DNA dari tail cut mencit dan plasmid bakteri. Running dilakukan bila larutan gel agarosa dalam cetakan memadat. Gel kemudian dIletakkan pada UV transiluminator untuk mengetahui hasil elektroforesis BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4. Program PCR yang dipergunakan sebanyak dua program yang berbeda. tetapi selisih Ta antara primer forward dan reverse tidak boleh lebih dari 10C. Sebanyak 3 l sampel DNA dicampur dengan 2 l loading dye sehingga perbandingan antara keduanya adalah 3 : 2.8% sehingga gel agarose yang ditimbang seberat 0. denaturasi pada temperatur 930C selama 1 menit.1. Gel agarosa dilarutkan dengan 30 ml larutan TBE dan dihomogenisasi dengan stirer. Ujung sekuen 3' bukan T atau A.

1999). temperatur yang dipergunakan untuk masing-masing tahapan bervariasi tergantung pada jenis organisme. Masing-masing komponen yang terdapat pada master mix memiliki fungsi yang berbeda. ion Mg2+ berasal dari MgCl2 (Fester. yakni ekstensi akhir pada DNA tanaman dan post-ekstensi pada DNA tail cut serta plasmid. tetapi terkadang konsentrasinya dinaikkan untuk menghasilkan produk PCR yang lebih baik. 2005). Optimalisasi pemanjangan primer dilakukan melalui melalui tahapan setelah ekstensi. Buffer Taq berfungsi untuk menjaga kondisi fisiologis enzim Taq Polimerase. Perbedaan ini terletak pada penggunaan master mix yang berbeda. Hal ini penting untuk mendukung terjadinya reaksi PCR terkait dengan sensitivitas PCR (Fester. Hal ini dilakukan untuk memastikan bahwa komponen tersebut telah siap dipergunakan (The American Heritage.8% sehingga gel agarose yang ditimbang seberat 0. DNA tail cut tikus. sedangkan primer reverse merupakan penyalin DNA templat bagian reverse. Konsentrasi gel yang diinginkan sebesar 0. Perlakuan awal yang dipergunakan untuk sampel DNA plasmid dan tail cut berbeda dengan perlakuan untuk DNA tanaman. Primer yang dipergunakan untuk sampel DNA tail cut dan plasmid adalah HLA. Hal ini penting untuk mendukung terjadinya reaksi PCR terkait dengan sensitivitas PCR (Fester. template. Konsentrasi standar Mg2+ adalah 2 mM.2 Elektroforesis Gel Agarosa Langkah pertama adalah larutan TBE diencerkan dari 5 kali menjadi 1 kali untuk memperoleh konsentrasi TBE yang sesuai. Penambahan ddH2O (free water nuclease) dipergunakan sebagai pelarut DNA dan sebagai media terjadinya reaksi yang tidak mengandung ion ataupun DNA/RNA. 2000). 1999).24 gram dan TBE yang dipergunakan untuk melarutkan gel agarosa sebanyak 30 ml. Primer merupakan oligonukleotida pendek yang mengawali reaksi polimerisasi dan berfungsi untuk menentukan awal serta akhir bagian yang akan diamplifikasi (Van Fleteren. Hal ini dilakukan agar dapat meminimalisasi terjadinya kesalahan pengenalan primer pada DNA non target. dan dNTP juga akan mengikat pada Mg2+ sehingga konsentrasinya harus lebih tinggi daripada konsentrasi total dNTP. Setiap perlakuan pemindahan larutan atau reagen dillakukan pipetting dan mix gentle-finger agar setiap komponen homogen. Coli). dan DNA tanaman (kacang koro dan buncis) untuk membandingkan hasil amplifikasi PCR pada ketiga sampel. buffer Taq juga dipergunakan untuk menstabilkan DNA dan komponen lain dalam reaksi (Van Fleteren. Menurut Van Fleteren (1999). sel. Primer terdiri dari forward dan reverse. Hot start berfungsi untuk untuk lebih memaksimalkan pembukaan untai ganda DNA. 4. Buffer Taq berfungsi untuk menjaga kondisi fisiologis enzim Taq Polimerase.1. dan setiap gen yang dianalisis(Van Fleteren. 2005). 2005). Larutan ddH2O (free water nuclease) dipergunakan sebagai pelarut DNA dan sebagai media terjadinya reaksi yang tidak mengandung ion ataupun DNA/RNA. 1999). Thawing dilakukan pada tiap komponen yang ingin dimasukkan (yang telah disimpan pada temperatur rendah). Selain itu. Gel agarose ditimbang agar sesuai dengan konsentrasi gel yang diinginkan serta jumlah sumuran yang digunakan. Primer. Selain itu. buffer Taq juga dipergunakan untuk menstabilkan DNA dan komponen lain dalam reaksi. Primer forward merupakan penyalin DNA templat bagian forward. Sampel DNA dipergunakan sebagai DNA templat yang akan diamplifikasi.yakni DNA plasmid (E. sedangkan untuk tumbuhan adalah aux1. Pencampuran yang tidak merata akan mengakibatkan terjadinya kegagalan pada reaksi. Pengadukan . Masing-masing komponen yang terdapat pada master mix memiliki fungsi yang berbeda.

Hal ini dilakukan untuk memperoleh hasil yang optimal karena running diawali dengan memasukkan sampel DNA pada sumuran. Larutan TBE merupakan larutan buffer yang memungkinkan DNA bergerak lancar melalui gel. Perlu diperhatikan bahwa uap EtBr bersifat karsinogen sehingga harus berhati-hati. Semakin banyak agarose akan membentuk gel yang makin padat dan menghasilkan matriks yang lebih sulit dilalui DNA. Running dilakukan bila larutan gel agarosa dalam cetakan memadat. yakni antara 500 bp hingga 20 kb. EtBr dapat ditambahkan pada larutan tempat terendamnya gel setelah elektroforesis atau dapat ditambahkan pada larutan agarosa di awal pembuatannya. Pemisahan mampu mendiferensiasikan antara dua atau lebih fragmen pada ukuran yang bebeda-beda. Hal ini dikarenakan agarosa tidak dapat terlarut dalam buffer pada suhu ruang sehingga harus dididihkan. EtBr dalam jumlah sedikit ditambahkan secara merata ke dalam larutan tersebut setelah larutan tersebut cukup dingin. Salah satu cara meminimalisasi ancaman karsinogenik dari EtBr adalah dengan menambahkannya ketika suhu gel telah sedikit menurun (tidak beruap). Pemberian EtBr ketika gel masih beruap akan menyebabkan EtBr juga ikut menguap. Informasi ini dapat dipergunakan untuk optimalisasi kondisi eksperimen bila ukuran fragmen DNA diketahui (Viers.8 . yakni dengan memasukkannya ke dalam microwave. Tris merupakan bahan kimia yang membantu mempertahankan konsistensi pH larutan. Menurut Viers (1999). 1999). Akan tetapi. Larutan yang telah homogen kemudian dimasukkan ke dalam microwave pada suhu medium (4800C) selama ± 4 menit. Larutan tersebut mengoptimalkan pH dan konsentrasi ion dalam gel serta melapisi gel agar dapat mengalirkan arus listrik yang menggerakkan DNA melalui gel. Perbandingan antara loading dye dan DNA yang dipergunakan adalah 2 : 3. 2002). Konsentrasi agarose yang digunakan sebesar 0. yakni larutan TBE. Menurut Bowen (2000). sisiran dapat diambil dengan hati-hati agar sumuran tidak rusak dan selanjutnya running elektroforesis dapat dilakukan. loading dye juga dapat meningkatkan densitas DNA sehingga dapat mengendapkan DNA pada sumuran (Warder. Larutan tersebut kemudian dimasukkan ke dalam cetakan yang sudah dipasang sisiran besar (12 sumuran) dan dibiarkan dingin hingga memadat. Hal ini karena DNA yang terdapat dalam sampel tersebut telah mengalami pengenceran sehingga memiliki konsentrasi rendah. 1999). Konsentrasi tersebut akan memisahkan fragmen pada kisaran yang lebar. Zat ini memiliki muatan negatif seperti DNA dan berfungsi sebagai penunjuk seberapa jauh proses elektroforesis berlangsung. Sebanyak 3 l sampel DNA dicampur dengan 2 l loading dye sehingga jumlah total larutan adalah 5 l. Pemerataan DNA pada loading dye diharapkan menghasilkan pendaran DNA di bawah sinar UV dapat . loading dye merupakan suatu zat pewarna pelacak yang dapat ikut bermigrasi di sepanjang gel. Setelah itu.dengan stirer dilakukan dengan tujuan untuk menghomogenisasi gel agarosa dengan solvennya. Asam borak menyediakan konsentrasi ion yang sesuai untuk buffer .0%. Sampel DNA yang dipergunakan lebih banyak agar molekul DNA memiliki persebaran yang lebih merata di antara loading dye. Selain itu. EDTA merupakan agen pengkelat kation divalen seperti magnesium.1. Penambahan EtBr di awal pada larutan agarosa memiliki keuntungan yakni tidak diperlukannya periode perendaman setelah elektroforesis. kerugiannya adalah EtBr bersifat karsinogen sehingga selama penggunaanya harus berhati-hati (Viers. Hal ini penting karena sebagian besar nuklease yang mendegradasi DNA memerlukan kation divalen untuk aktivasinya.

tegangan yang lebih rendah menghasilkan resolusi yang lebih baik di antara fragmen-fragmen yang berukuran hampir sama (Warder. ini disebabkan oleh hal-hal . PCR dan RFLP Pada praktikum ini. Presentase (G+C) berkisar antara 45 . Dimungkinkan hasil PCR yang tidak bagus sehingga mempengaruhi hasil pada saat elelktroforesis 2. Running dilakukan dengan mengalirkan arus listrik yang dipergunakan sebagai faktor pendorong gerakan molekul DNA dengan elektroda positif terletak berhadapan dengan sumuran.2. Terdapat pebedaan yang nyata antara hasil PCR dan RFLP pada praktikum kali ini. temperatur annealing (Ta) ditentukan dengan rumus : Ta = Tm . dan jajaran G/C maksimal sebanyak dua buah. hal ini disebabkan oleh beberapa hal berikut ini: 1. Sekuen primer yang dipergunakan tidak boleh region DNA repetitive.2 Desain Primer Langkah pertama dari desain primer adalah memilih primer forwar. Dimungkinkan pada saat elektroforesis voltase yang digunakan tidak sesuai dengan komponen Elektroforesis pada saat itu 3. Peletakan sampel pada gel yang kurang berhati-hati sehingga dapat merobek gel Sehingga untuk menghindari kegagalan pada saat elektroforesis diperlukan suatu langkah preventif misalnya:memperhatikan semua syarat untuk terjadinya PCR.1 Analisis Hasil Elektroforesis. Tegangan yang dipergunakan cukup kecil karena DNA sangat rentan terhadap tekanan fisik. temperatur melting (Tm) ditentukan melalui rumus : Tm = 4 (G + C) + 2 (A + T) Selanjutnya. pada PCR hampir tidak terdapat band pada hasil elektroforesis. serta menghindari pipetting pada saat pencampuran larutan pCR pada thin wall. Ujung sekuen 3' bukan T atau A.3. Setelah itu. 3. dengan kata lain primer R dan primer F akan berjalan bersamaan pada temperatur yang sama juga. Visualisasi menggunakan UV transluminator.60%. Hal ini karena DNA bermuatan negatif sehingga harus dipergunakan kutub yang berlawanan untuk dapat menggerakkan DNA. Tegangan listrik yang dipergunakan adalah 50 mV selama satu jam.2 Analisis Hasil 4. pcr mix yang digunakan. Selain itu. misal kecocokan primer. 2002). 4. hasil elektroforesis tidak menampilkan band-band DNA pada gel seperti yang diharapkan tujuan praktikum kali ini. Hal yang perlu diperhatikan adalah Ta antara primer forward dan reverse tidak boleh lebih dari 10C. Primer forward dipilih secara acak pada sekuen urutan basa nukleotida dengan ketentuan bahwa panjang basa berkisar antara 18 -23 pasangan basa. melainkan G atau C.50C Selanjutnya dicari primer reverse nya dengan ketentuan seperti di atas. dan di potret menggunakan kamera polaroid.lebih representatif terhadap jumlah DNA.

2 Keuntungan dan Kerugian Teknik PCR dan RFLP Kerugian teknik PCR 1.2 Saran Sebaiknya pada praktikum kali ini. Kerugian teknik RFLP 1. Selalu memerlukan suatu primer untuk menjalankan PCR 2.1 Kesimpulan Secara umum PCR berfungsi untuk melakukan kopi pada DNA target berdasarkan primer yang digunakan. Memerlukan analisis RE untuk menentukan gen traget yang akan di potong 2. asisten menyediakan software-software untuk melakukan sekuensing. User harus mengetahui sisi sequens pemotongan oleh enzim RE 3. Hasil Elektroforesis dari PCR menunjukkan bahwa hampir tidak terdapat band DNA yang muncul pada film polaroid hasil UV transluminator. hal ini disebabkan karena: pipetting yang dilaksanakan pada pencampuran larutan pcr mix pada thin wall. PCR sangat sensitif terhadap semua perlakuan yang tidak sesuai dengan protokol pada saat pencampuran larutan thin wall 4. secara bersinergi. Diperlukan PCR mix 3. Porgram PCR relatif lebih mudah dilaksanakan 2. berdampingan dengan marker yang digunakan. komposisi larutan pada thin wall yang tidak seimbang. RE harus dalam keadaan yang masih baik.yang tersebut diatas. . Dapat melakukan analisis gen Polimorfisme pada sutu spesies dan lebih akurat daripada PCR 2. Terdapat PCR mix solution pabrikan yang tidak memerlukan pencampuran oleh user 3.2. ini membuktikan bahwa enzim restriksi Hae III dan Hind III dapat bekerja pada sampel. Akan tetapi dari hasil elektroforesis tidak semua bisa tampil ini memuktikan juga bahwa fragmen hasil RFLP terlalu kecil atau terjadi difusi pada cairan elelktroforesis. serta untuk mendesain primer. dan tidak rusak Keuntungan RFLP 1. . sedangkan pada hasil RFLP masih terdapat satu band DNA yang begitu mencolok pada sampel. oligonuklueotide dapat dipesan langsung pada perusahaan penyedia primer PCR. Biasanya dipergunakan secara luas dalam analisis bidang molekuler botani. BAB V PENUTUP 5. serta kurang bercampurnya larutan pada thin wall PCR. menentukan sisi pemotongan RE. Akan lebih memerlukan waktu relatif lama untuk mengamplifikasi minimal 30-40 siklus Keuntungan teknik PCR 1. 5.

H. Russel.vct.. 2005. W. 1990. http://elchem. DNA Analysis by Agarose Gel Electrophoresis. P.ugent. Gelfand. 2000. N. Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1026 halaman. http://www. Electrophoresis.htm.be /~avierstr/index. 2000. Halaman 565 . Polymerase Chain Reaction. http://www. Elsevier Inc. 2003. New York Tissue. Principle of the PCR.P. A. Suinsky. DNA Purification and Analysis. Protocol for PCR with Taq DNA Polymerase.ac. DNA & PCR.be/ %7Eavierstr/.574 Clark. .html. J dan D. 2001.kr/ vt/ chem -ed/sep/electrop/disc-el. Principle of the PCR. http://allsevv. 1999. Third Edition. New York. Tanggal akses 3 Maret 2007 Warden.jp. Houghton Mifflin Company. California. L. Tanggal akses 3 Maret 2007 Sambrook.se/chemistry/laureates/1993/mullis-lecture.org.2a/ed. http://info. 1990. http://users. D.html.biotech ubc. science-projects. 2002. 2005.med. PCR Protocols. Yayasan Essentia Medica.htm. DAFTAR PUSTAKA Bowen. 1999. Halaman 3-12 Lairmore.nig.nobel. J. Molecular Biology : Understanding the Genetic Evolution. Isolation of DNA from Agarosa and Polyacrylamide Gels. Tanggal akses 3 Maret 2007 Viers. Tanggal akses 3 Maret 2007 Fermentas.edu/genetics/ward/taxi/pog. http:// www. Cache River Press. McGraw Hil. J. PCR Primer Design and Reaction Optimalization. http://www.A. 2004. Tanggal akses 3 Maret 2007 Innis. 2001. St. Tanggal akses 3 Maret 2007 Fester. Russel. Tanggal akses 3 Maret 2007 Mullis.com /onionDNA.com. Fifth Edition.html. Rybicky. Tanggal akses 3 Maret 2007 Van Fleteren. 1999. E. T.ca. Editor Prof. Molecular Cloning : A Laboratory Manual Volume 2. Molecular Biology : Made Simple and Fun.ac.wfcc.ugent. A. PCR: an outstanding method. Harley. D.. Tanggal akses 3 Maret 2007 Eavier.be/mariester/principles/pcr. PCR Aplications : Protocols for Functional Genomics.meb. Academic Press. Microbiology. D. P.Software tersebut bisa di download dari internet secara gratis misal GENtle.ac. http:// www. PCR Lab. Molecular Technique Lecture Note 2005. Yogyakarta Clark. dan L. M.ac.org /shockwave/ pcranwhole. Soemanti Ahmad Muhammad Praseno.yale. Tanggal akses 3 Maret 2007 Henegariu. Klein. D. 1993. 1999. Tanggal akses 3 Maret 2007 Prescott.D. 2005. W. M. H. dan J. J. New York. dan D. http://www. M.kaist. H. http://fermentas.html.html.dnalc. New York The American Heritage. A. David Ng.. 2005. W. 1999.htm. O. Polymerase Chain Reaction. Pengantar Kloning Gen. Academic Press. B. http://users. Louis. R. 2003. 2005. San Diego Innis. Gelfand. Brown.

741. Padahal kan sampel yang dianalisa jumlahnya sangat sedikit. 2003. B. http://www. Mungkin Anda bingung bagaimana caranya polisi bisa mengungkap pelaku kejahatan dengan berbekal sehelai rambut pelaku yang tercecer di TKP. Beginning Molecular Biology Laboratory Manual : PCR Amplification of DNA.073.arizona.be/~avierstr/principles/pcrcopies. Sumber: http://users.edu/biosci /graduate/amb. Tanggal akses 3 Maret 2007 Tentu Anda sudah mengenal yang namanya DNA. biasanya 20 sampai 40 siklus.html. tapi tetap saja hasilnya akan sangat banyak. J. Reaksi PCR meniru reaksi penggandaan atau replikasi DNA yang terjadi dalam makhluk hidup. Nah.html. penentuan ‘keabsahan’ keturunan. 2 pangkat 30 alias 1.824 kali! Tentu saja nilainya tidak tepat seperti itu. ajaib! Ternyata hal ini gak lepas dari yang namanya PCR alias Polymerase Chain Reaction. diagnosa penyakit. atau dari tetesan sperma pemerkosa yang mengering di tubuh korban. PCR terdiri atas beberapa siklus yang berulang-ulang.umbc.edu /sciconn /lessons2 /lessons . dll.http://biology.gif .gif Sumber: http://users. Maka pantes aja dengan berbekal DNA yang terkandung dalam sampel yang cuma secuil itu bisa diperoleh banyak sekali informasi sesuai kebutuhan kita.be/~avierstr/principles/pcrcopies. sekarang bayangkan bahwa pada setiap siklus DNA polymerase akan menggandakan DNA sebanyak 2 kali.ugent. kita masih harus memperhitungkan efisiensi reaksi.ugent. Proses yang berlangsung secara in vitro dalam tabung reaksi sebesar 200 µl ini mampu menggandakan atau mengkopi DNA hingga miliaran kali jumlah semula. Tanggal akses 3 Maret 2007 Wolf. Secara sederhana PCR merupakan reaksi penggandaan daerah tertentu dari DNA cetakan (template) dengan batuan enzim DNA polymerase. DNA ini sering disebut-sebut terutama berkaitan dengan kriminalitas. dan coba hitung berapa salinan utas ganda DNA yang akan dihasilkan setelah 30 siklus? Yup.

Tanpa ion ini enzim DNA polymerase tidak dapat bekerja. fungsinya sebagai kofaktor bagi enzim DNA polymerase. dan dengan teknik tertentu bisa sampai 40000 bp. Jadi jangan membayangkan kalau PCR mampu menggandakan seluruh DNA bakteri E. coli yang panjangnya kira-kira 3 juta bp itu. jadi dirancang agar menempel mengapit daerah tertentu yang kita inginkan.Komponen PCR Selain DNA template yang akan digandakan dan enzim DNA polymerase. PCR hanya mampu menggandakan DNA pada daerah tertentu sepanjang maksimum 10000 bp saja. dNTP (deoxynucleoside triphosphate) dNTP alias building blocks sebagai ‘batu bata’ penyusun DNA yang baru. dGTP dan dTTP. Buffer Buffer yang biasanya terdiri atas bahan-bahan kimia untuk mengkondisikan reaksi agar berjalan optimum dan menstabilkan enzim DNA polymerase. komponen lain yang dibutuhkan adalah: Primer Primer adalah sepasang DNA utas tunggal atau oligonukleotida pendek yang menginisiasi sekaligus membatasi reaksi pemanjangan rantai atau polimerisasi DNA. Ion logam monovalen. dCTP. kalsium (K+). Ion Logam • • Ion logam bivalen. yaitu dATP. umumnya Mg++. . Primer dirancang untuk memiliki sekuen yang komplemen dengan DNA template. dNTP terdiri atas 4 macam sesuai dengan basa penyusun DNA.

Annealing Setelah DNA menjadi utas tunggal.gif Sumber: http://users. suhu diturukan ke kisaran 40-60oC selama 20-40 detik untuk memberikan kesempatan bagi primer untuk menempel pada DNA template di tempat yang komplemen dengan sekuen primer.be/~avierstr/principles/pcrsteps.ugent.be/~avierstr/principles/pcrsteps.ugent. yaitu: Denaturasi Denaturasi dilakukan dengan pemanasan hingga 96oC selama 30-60 detik. Pada suhu ini DNA utas ganda akan memisah menjadi utas tunggal. Ekstensi/elongasi .Tahapan Reaksi Sumber: http://users.gif Setiap siklus reaksi PCR terdiri atas tiga tahap.

Tapi syukurlah sekarang mesin Thermal Cycler sudah terotomatisasi dan dapat diprogram sesuai kebutuhan. gen itu apaan ya? Sebagaimana kita tahu bahwa fungsi utama DNA adalah sebagai sandi genetik. Proses ini dilakukan setelah siklus PCR terakhir PCR dilakukan dengan menggunakan mesin Thermal Cycler yang dapat menaikkan dan menurunkan suhu dalam waktu cepat sesuai kebutuhan siklus PCR. dan di dalamnya mengandung ribuan gen. Saat ini PCR sudah digunakan secara luas untuk berbagai macam kebutuhan. RNA kemudian diterjemahkan untuk menghasilkan rantai asam amino alias protein. bagian yang menyandikan protein inilah yang disebut gen. berpindah dari satu suhu ke suhu lainnya menggunakan tangan. Enzim akan memperpanjang rantai baru ini hingga ke ujung. jika basa pada template adalah A. Dari sekian panjang DNA genome. DNA manusia saja panjangnya sekitar 3 miliar basa. Pada awalnya orang menggunakan tiga penangas air (water bath) untuk melakukan denaturasi.Dilakukan dengan menaikkan suhu ke kisaran suhu kerja optimum enzim DNA polymerase. yaitu sebagai panduan sel dalam memproduksi protein. diantaranya: Isolasi Gen Kita tahu bahwa DNA makhluk hidup memiliki ukuran yang sangat besar. Final Elongasi Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC) selama 5-15 menit untuk memastikan bahwa setiap utas tunggal yang tersisa sudah diperpanjang secara sempurna. secara kasarnya adalah 1 menit untuk setiap 1000 bp. Pada tahap ini DNA polymerase akan memasangkan dNTP yang sesuai pada pasangannya. biasanya 70-72oC. Lamanya waktu ekstensi bergantung pada panjang daerah yang akan diamplifikasi. dan C dengan G. . Aplikasi teknik PCR Kita harus berterima kasih kepada Kary B Mullis yang telah menemukan dan mengaplikasikan PCR pada tahun 1984. DNA ditranskrip menghasilkan RNA. annealing dan ekstensi secara manual. begitu seterusnya (ingat pasangan A adalah T. Oh ya. maka akan dipasang dNTP. begitu pula sebaliknya). Selain ketiga proses tersebut biasanya PCR didahului dan diakhiri oleh tahapan berikut: Pra-denaturasi Dilakukan selama 1-9 menit di awal reaksi untuk memastikan kesempurnaan denaturasi dan mengaktifasi DNA Polymerase (jenis hot-start alias baru aktif kalau dipanaskan terlebih dahulu).

Diagnosa Penyakit . Konon banyak kalangan tertentu yang memanfaatkan pengujian ini untuk menelusuri orang tua ‘sesungguhnya’ dari seorang anak jika sang orang tua merasa ragu. Dan ajaib! Hasilnya insulin yang sama persis dengan yang dihasilkan dalam tubuh manusia. yaitu bagian yang unik bagi setiap orang. lalu menyisipkannya ke sel bakteri (dalam hal ini E. dulu kita harus mengekstrak insulin langsung dari pancreas sapi atau babi. kemudian menjadikannya obat diabetes. atau korban kecelakaan/bencana kadang sulit dilakukan.htm]. coli) agar bakteri dapat memproduksi insulin juga [http://www. Sebagai contoh. untuk mengisolasi gen.sisanya tidak menyandikan protein atau disebut ‘junk DNA’.littletree.com. maka pengujian DNA adalah pilihan yang tepat. dimana proses awalnya adalah reaksi PCR dengan pereaksi yang agak berbeda. Berkat teknologi rekayasa genetik. dan sekarang insulin tinggal diekstrak dari bakteri. maka urutan basa suatu DNA yang tidak diketahui bisa ditentukan. dan tentunya lebih murah ketimbang cara konvensional yang harus ‘mengorbankan’ sapi atau babi. mudah. DNA ‘sampah’ yang fungsinya belum diketahui dengan baik. proses yang rumit dan tentu saja mahal serta memiliki efek samping karena insulin dari sapi atau babi tidak benar-benar sama dengan insulin manusia. para ahli seringkali membutuhkan gen tertentu untuk diisolasi. diperlukan DNA pencari atau dikenal dengan nama ‘probe’ yang memiliki urutan basa nukleotida sama dengan gen yang kita inginkan. Kembali ke pembahasan isolasi gen. Forensik Identifikasi seseorang yang terlibat kejahatan (baik pelaku maupun korban). metode yang umum digunakan saat ini adalah metode Sanger (chain termination method) yang sudah dimodifikasi menggunakan dye-dideoxy terminator. kini mereka dapat mengisolasi gen penghasil insulin dari DNA genome manusia. DNA dapat diambil dari bagian tubuh manapun. Jika identifikasi secara fisik sulit atau tidak mungkin lagi dilakukan. lebih cepat. DNA Sequencing Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan dengan teknik DNA Sequencing. yaitu hanya menggunakan satu primer (PCR biasa menggunakan 2 primer) dan adanya tambahan dideoxynucleotide yang dilabel fluorescent. misalnya ibu atau bapak kandung. Probe ini bisa dibuat dengan teknik PCR menggunakan primer yang sesuai dengan gen tersebut. Nah. Karena warna fluorescent untuk setiap basa berbeda.au/dna. Jika memiliki kecocokan yang sangat tinggi maka bisa dipastikan identitas orang yang dimaksud. Hasilnya dibandingkan dengan DNA sidik jari keluarganya yang memiliki pertalian darah. kemudian dilakukan analisa PCR untuk mengamplifikasi bagian-bagian tertentu DNA yang disebut fingerprints alias DNA sidik jari.

A. Kenaikan suhu setelah tahap annealing hingga mencapai 70–74 oC bertujuan untuk mengaktifkan enzim TaqDNA polimerase. B. PCR merupakan teknik yang sering digunakan. Prinsip dasar PCR Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu metode untuk mengidentifikasi penyakit infeksi. Tahap annealing primer merupakan tahap terpenting dalam PCR. Metode ini dikembangkan untuk mengatasi kelemahan metode diagnosis konvensional seperti imunologi dan mikrobiologi. . Tahap denaturasi DNA biasanya dilakukan pada kisaran suhu 92 – 95 oC. Denaturasi awal dilakukan selama 1 – 3 menit diperlukan untuk meyakinkan bahwa DNA telah terdenaturasi menjadi untai tunggal. yaitu suhu optimal untuk TaqDNA polimerase. Suhu annealing yang terlalu rendah dapat mengakibatkan timbulnya pita elektroforesis yang tidak spesifik. Penyakit berbahaya seperti ini memerlukan diagnosa yang cepat dan akurat. Annealing Merupakan proses penempelan primer. Masih banyak aplikasi PCR lainnya yang sangat bermanfaat. Denaturasi yang tidak berlangsung secara sempurna dapat menyebabkan utas DNA terputus. 1997).. bahkan satu fase lagi dari fase pandemi. yaitu: 1. Tahap denaturasi yang terlalu lama dapat mengakibatkan hilangnya aktivitas enzim polimerase (Lisdiyanti. 2. Denaturasi Newton and Graham (1997) dalam Rohmy (2001). annealing (penempelan) pasangan primer pada untai DNA target dan extension (pemanjangan atau polimerisasi). sehingga diperoleh amplifikasi DNA antara 108 – 109 kali (Retnoningrum. Maka tak salah panitia Nobel menganugrahkan hadiah Nobel bidang kimia yang bergengsi ini kepada Kary B Mullis hanya 9 tahun setelah penemuannya (1993). Proses pemanjangan primer (tahap extension) biasanya dilakukan pada suhu 72 oC. Faktor yang mempengaruhi tahap ini antara lain suhu annealing dan primer. 2001). 1997 dalam Rohmy 2001). Teknologi saat ini memungkinkan diagnosa dalam hitungan jam dengan hasil akurat. Proses dalam PCR Polymerase Chain Reaction (PCR) terdiri dari tiga proses.Penyakit Influenza A (H1N1) yang sebelumnya disebut flu babi sedang mewabah saat ini. menyatakan bahwa denaturasi merupakan proses memisahkan DNA menjadi utas tunggal. Proses ini dapat dikelompokkan dalam tiga tahap berurutan yaitu denaturasi templat. 1988 dalam Rohmy. sedangkan suhu yang tinggi dapat meningkatkan kespesifikan amplifikasi (Saiki et al. karena jika ada sedikit saja kesalahan pada tahap ini maka akan mempengaruhi kemurnian dan hasil akhir produk DNA yang diinginkan. Teknik PCR didasarkan pada amplifikasi fragmen DNA spesifik di mana terjadi penggandaan jumlah molekul DNA pada setiap siklusnya secara eksponensial dalam waktu yang relatif singkat. Disebut akurat karena PCR mengamplifikasi daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas virus Influenza A (H1N1) yang tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya.

sehingga setelah 30 siklus akan menjadi milyaran amplifikasi DNA target. 1988 dalam Rohmy. Hasil ekstraksi DNA di-sentrifus hingga diperoleh butiran atau pelet DNA. DNA virus yang telah berlipat ganda jumlahnya dapat dideteksi dengan elektoforesis sel agarosa. Hal ini bertujuan untuk mencegah terjadinya kerusakan DNA/RNA (Haliman dan Adijaya. Sampel yang akan diuji PCR sebaiknya dalam kondisi segar. Satu jenis primer bertanggung jawab atas penggandaan satu jenis DNA tertentu sehingga primer satu jenis virus hanya dapat digunakan untuk deteksi virus tersebut saja. RNA ekstraction solution (IQ2000TM) juga berfungsi mengamankan RNA dari kerusakan akibat kerja enzim rNase. hasil elektroforesis yang berupa band RNA dapat dilihat dengan UV transluminator dan diabadikan dengan kamera polaroid (Sunarto dkk. Menurut Haliman dan Adijaya (2005). DNA dari sel-sel sampel diekstraksi dengan larutan lysis buffer (IQ2000TM). enzim polimerase bergabung bersama dengan nukleotida dan pemanjangan primer lengkap untuk sintesis sebuah DNA utas ganda. Sampel udang Vannamei yang diambil tersebut selanjutnya dilakukan pemotongan bagian insang.. yaitu proses elektroforesis. 2001). Dengan kata lain DNA target meningkat secara eksponensial. Extension Merupakan proses pemanjangan DNA. 2004). Setelah diwarnai dengan Ethidium Bromida (ETBr). 2001). 1996 dalam Wahyudi. Hasil ekstraksi DNA pada tahap pertama digandakan dengan bantuan enzim-enzim yang dikenal sebagai primer. atau cairan hemolim. Sementara untuk mengekstraksi RNA digunakan RNA ekstraction solution (IQ2000TM).Selain itu. kaki renang (pleopoda). 3. semakin lama waktu extension maka jumlah DNA yang tidak spesifik semakin banyak (Saiki et al. pada masa peralihan suhu dari suhu annealing ke suhu extension sampai 70 oC juga menyebabkan terputusnya ikatan-ikatan tidak spesifik antara DNA cetakan dengan primer karena ikatan ini bersifat lemah. Hasil sintesa DNA dalam satu siklus dapat berperan sebagai cetakan (template) pada siklus berikutnya sehingga jumlah DNA target menjadi berlipat dua pada setiap akhir siklus. Hasil uji PCR selanjutnya digunakan pada tahap ketiga. Selanjutnya. Uji PCR untuk mendeteksi keberadaan virus dilakukan di laboratorium dengan pengambilan sampel udang Vannamei dari tambak budidaya. Dengan bantuan buffer TAE atau TBE. 2. Dalam tahap extension atau sintesis DNA. 2005). DNA yang telah diklon pada tahap kedua dimasukkan ke dalam lubang-lubang kecil yang terdapat pada lempengan agar agarose . secara umum uji PCR di laboratorium dilakukan dengan tahapan-tahapan sebagai berikut: 1. Proses tersebut dilakukan pada kondisi suhu dan siklus penggandaan tertentu. sampel dapat disimpan dalam larutan alkohol 95% dengan perbandingan 1 : 9 (1 bagian sampel dengan 9 bagian alkohol 95%).. Proses ini disebut dengan reaksi rantai polimerase (polymerase chain reaction. yang dapat diatur pada mesin PCR (thermocycle). Selain suhu. PCR) karena merupakan siklus penggandaan yang berulang sehingga kegiatan ini seolah-olah merupakan suatu proses reaksi berantai. tetapi bila tidak memungkinkan. Lysis buffer (IQ2000TM) juga berfungsi untuk mengamankan hasil ekstraksi dari kerusakan akibat kerja enzim dNase. 3. Reaksi ini akan berubah dari satu siklus ke siklus selanjutnya mengikuti perubahan konsentrasi DNA (Hsu et al. Proses penggandaan ini dikenal sebagai proses amplifikasi.

dan Adiwijaya. sebaiknya operator pengujian PCR harus benar-benar terlatih dan teliti (Haliman dan Adijaya. Program Studi Budidaya Perairan. Agus.2%. Institut Pertanian Bogor . 1997. H. Rohmy. Penerapan Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Diagnosis Penyakit Infeksi. terinfeksi virus atau bebas dari virus. T. Jurusan Farmasi FMIPA ITB. 2001.go. jumlah enzim yang dipakai. Isti Koesharyani. www. Keberhasilan Penggunaan Primer Spesifik DNA Mitokondria (mtDNA) Ikan Patin (Pangasius hypophthalmus) pada Beberapa Ikan Budidaya dengan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Skripsi. Keberhasilan pengujian sampel dengan metode PCR dipengaruhi oleh beberapa hal. Taukhid. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Program Studi Budidaya Perairan. 2004.S. Jakarta Retnoningrum. tergantung pada berat molekulnya. 2001. Sunarto. S. seperti faktor kontaminasi silang. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Skripsi. R. Disketkanling.W. Institut Pertanian Bogor. Akhmad Rukyani. 2005. 2005). Pita-pita DNA kemudian dibandingkan dengan posisi pita-pita pada lajur penanda DNA (DNA marker). D. Prosedur PCR untuk diagnosa Cepat Penyakit Bercak Putih pada Udang. Dari hasil proses elektroforesis ini dapat disimpulkan status sampel. Udang Vannamei. Hasil proses elektroforesis akan menampilkan pita-pita DNA yang letaknya tersebar. Pembudidayaan dan Prospek Pasar Udang Putih yang Tahan Penyakit. Pengaruh Suhu Annealing dan Jumlah Siklus yang Berbeda pada Program PCR Terhadap Keberhasilan Isolasi dan Amplifikasi mtDNA Ikan Patin (Pangasius hypophthalmus). serta kondisi larutan buffer dan larutan etidium bromida yang dipakai. Agar kontaminasi silang dapat dihindarkan. D. Penebar Swadaya.id Wahyudi. ketelitian saat poses ekstraksi. Daftar Pustaka Haliman. umur reagen atau enzim yang dipakai. Bandung.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful