.1 Latar Belakang Penemuan yang berpengaruh terhadap perkembangan ilmu biologi molekuler salahsatunya adalah PCR (Polymerase Chain

Reaction). Teknik ini mempunyai fungsi utama untuk memperbanyak DNA target. Proses yang terjadi melibatkan suatu primer yang berfungsi sebagai cetakan untuk membuat DNA baru (David, 2005). Aplikasi PCR yang paling besar adalah melakukan pengkopian DNA dalam waktu yang relatif cepat, sehingga kemudian DNA tersebut cukup banyak untuk dapat dideteksi, dikaji, dan dipergunakan untuk berbagai aplikasi (Lairmore, 1990). Teknik PCR memerlukan keterampilan khusus dalam pelaksanaannya, tidak hanya bergantung pada alat PCR tetapi diperlukan hal-hal teknis yang perlu diperhatikan demi kelancaran PCR. Salah satu keahlian teknis yang diperlukan adalah mendesain primer yang dipergunakan sebagai cetakan dalam PCR. Selain hal tersebut diatas, PCR dapat dipergunakan untuk sekuensing, melakukan deteksi gen patologis, serta pembuatan probe. Berdasarkan haltersebut di atas, maka praktikum ini penting untuk dilaksanakan. 1.2 Rumusan Permasalahan Permasalahan yang dapat ditelaah adalah bagaimana teknik cara melakukan teknik PCR dan mendesain primer yang berfungsi sebagai langkah awal sebelum melakukan PCR ? 1.3 Tujuan Praktikum bertujuan untuk mengetahui pelaksanaan teknik PCR dan cara mendesain primer 1.4 Manfaat Salah satu kemampuan PCR adalah dapat mengamplifikasi gen-gen yang diduga terkait dengan penyakit tertentu sehingga akan mempermudah diagnosis penyakit tersebut, sehingga teknik ini dapat digunakan dalam bidang medis.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 PCR (Polymerase Chain Reaction) Polymerase Chain Reaction adalah metode untuk amplifikasi primer oligonukleotida yang dikendalikan secara enzimatis untuk sekuen DNA yang diinginkan. Teknik tersebut mampu mengamplifikasi sekuen hingga berlipat pada tingkatan 105 - 106 dari sejumlah kecil (nanogram) DNA templat, dengan latar sekuen yang tidak relevan (dari DNA genom total. Prasyarat untuk mengamplifikasi sekuen dengan mempergunakan PCR adalah mengetahui sekuen tertentu yang mengapit sekuen DNA yang diamplifikasi sehingga oligonukleotida spesifik dapat diperoleh. Produk PCR diamplifikasi dari templat DNA dengan menggunakan DNA polymerase yang stabil terhadap panas, dan diperoleh dari Thermus aquaticus (Taq DNA polimerase) serta mempergunakan cycler termal otomatis. Tiga tahapan utama PCR (terdiri dari denaturasi, annealing primer, dan polimerisasi) diulang hinggga berlangsung 30 - 40 siklus. Hal ini dilakukan dengan cycler otomatis, yang dapat memanaskan tabung yang berisi campuran reaksi dan mendinginkannya dalam waktu yang sangat singkat (Eavier, 1999). Denaturasi DNA double strand menjadi single strand terjadi pada tahap denaturasi. Hal

primer PCR. dan mesin PCR yang dibutuhkan untuk mengatur temperatur. sedangkan pada akhir siklus maka sekuens target pada kedua strand akan dapat dikopi (Prescott dkk. Primer yang ideal memiliki kandungan GC vs. Syarat sebuah primer dalam PCR adalah : 1. Ujung 5' pada primer menentukan ujung produk PCR yang dihasilkan. Primer PCR tidak boleh memiliki ujung (3') berupa G atau C. Menurut Innis dan Gelfand (1990). Dua primer dari pasangan primer tidak mengandung struktur komplemen lebih dari 2 kb.2 Desain Primer Desain primer merupakan salah satu prasyarat sebelum melakukan proses pengkopian gen dengan PCR. enzim yang diperlukan untuk mengatur salinan DNA.ini terjadi sebagai akibat akibat perlakuan temperatur tinggi yang akan memisahkan strand komplemennya. komponen-komponen untuk melakukan PCR terdiri dari: sejumlah kecil molekul DNA. 2003).. sehingga harus dihindari.3 Elektroforesis Gel Agarose Teknik pemisahan fragmen . 2. Ujung 3' primer bukan merupakan komplementer (pasangan basa). Prinsip dasar elektroforesis adalah memisahkan molekul berdasarkan muatan listrik intrinsiknya. primer yang dibutuhkan ini berjumlah dua buah berupa potongan pendek DNA single strand yang sesuai dengan sekuens yang akan diamplifikasi. Tahap pertama dari PCR adalah awal yang panas dengan temperatur 95 ?C selama 2-4 menit. RNA ataupun protein) adalah Elektoforesis gel. semakin besar. 6. termasuk segmen DNA yang akan diamplifikasi. maka akan memerlukan waktu yang semakin lama.5 ?C (David. Hal ini menghindari terjadinya "breathing" pada ujung dan meningkatkan efisiensi priming. sehingga saling dapat membentuk ikatan atau menyatu. Tm (suhu melting) berkisar antara 55-80oC 5. karena akan mengakibatkan terjadinya dimer primer. Sebaliknya. 2005). Tahapan berikutnya adalah denaturasi pada temperatur 95?C selama 30 detik hingga 1 menit. nukleotida yang dibutuhkan untuk membuat DNA baru. 2. Tiga atau lebih sekuen C atau G pada ujung 3' primer dapat memicu terjadinya kesalahan priming pada sekuen yang kaya akan G dan C (karena stabilitas annealing). Komposisi basa adalah 50-60% (G+C) 3. dan tanpa untaian satu basa yang terlalu panjang. Ukuran primer berkisar antara 17-28 basa 2. muatan negatif akan menarik muatan positif . Muatan listrik positif akan menarik muatan negatif dan menolak sesama muatan positif. 2005).fragmen molekuler (DNA. Tahapan annealing mempergunakan temperatur yang ditentukan oleh rumus Tm . Jarak amplifikasi atau sekuens target yang diamplifikasi mempunyai ukuran sekitar 200-400 bp (David. Menurut Clark dan Russel (2005). DNA polymerase kemudian akan membuat salinan DNA target menggunakan dNTP. atau CG atau GC. Primer Reverse dan primer forward harus dihindari saling berkomplemen. Dengan kelengkapan prasyarat di atas diharapakan proses PCR berjalan dengan semestinya. 4. Waktu yang diperluakan ini tergantung pada ukuran templat. 7. AT yang seimbang (45-55% GC). Temperatur selanjutnya diturunkan agar primer dapat membentuk ikatan hidrogen pada kedua sisi DNA target (annealing). Primer PCR biasanya berukuran panjang 20-30 bp.

Etidium Bromida (EtBr). 2805. Tanaman : KMB. gel agarosa. strip asetat selulosa. muatan yang berbeda muatan akan saling tarik (Clark.2H2O dan aquades steril). buffer PCR. Tris Borac EDTA (TBE) (yang terdiri atas 54 g Tris-base. seperangkat alat elektoforesis. sebanyak 13.1 Alat Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah PCR unit. Peralatan serta kondisi yang diperlukan untuk proses elektrforesis adalah tegangan tinggi.2 Bahan Bahan yang digunakan adalah PCR mix solution yang terdiri atas 16. MgCl2. Ukuran pori agarose bergantung pada konsentrasi dari bubuk agarose yang digunakan. dan penyokong buffer seperti kertas saring. dan kamera polaroid. Taq Polimerase. atau tabung kapiler.3. dNTP mix 0.2 ?L.2 ?l. pukul 09. 2005). Dua elektrode. microwave.2 ?l. mikropipet. 2005). dan penyokong lainnya dipergunakan untuk sampel biologis seperti campuran protein atau fragmen DNA. dengan bagian pori terisi oleh air.2 ?l ddH2O (free water nuclease) ditambah dengan dNTP.2 Alat dan Bahan 3. tabung. 3.30-19. blue tip. PA 3. Elektroforesis DNA biasanya dipergunakan untuk memisahkan DNA dalam beragam ukuran.1. Untuk sampel DNA plasmid dan tail cut. serta sekuen DNA untuk desain primer. yang berguna untuk memperkirakan ukuran fragmen yang berbeda-beda pada DNA sampel yang dielektroforesis (Clark. primer aux1.2. Plasmid : PA 2.dan menolak sesama muatan negatif.6 ?l ddH2O (free water nuclease) ditambah dengan master mix yang tersusun atas dNTP. BR 1.2.5 ?l (50 ng/ ?l). BAB III METODE PENELITIAN 3.1. Bila larutan tersebut suhunya mulai turun suhunya. Taq . sentrifuse. Agarosa merupakan polisakarida yang diekstraksi dari rumput laut. TC 2. Jurusan Biologi.2. 3.5 g H3BO3 dan 3. buffer Taq. Taq DNA polymerase 0. Gel yang mengeras nampak seperti konsentrat campuran gelatin tanpa pewarna. buffer.72 g Na2EDTA. masing-masing bermuatan postif dan negatif dihubungkan dengan sumber tegangan tinggi. sampel DNA (Tail cut : TC 1. dan terakhir ditambahkan sampel DNA. maka gel akan membentuk jaring-jaring berlubang. 27. Bila agarosa dan air dicampur dan direbus. TB 1) sebanyak 0.2. Tabung kapiler terbuka dipergunakan untuk berbagai jenis sampel. primer HLA. primer HLA dan primer aux1 (10 pmol) 0. buffer TE. Loading dye. 3. maka agarosa akan meleleh menjadi larutan homogen. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Untuk sampel DNA tanaman. T 2.00 WIB di Laboratorium Biologi Molekuler dan Seluler. P 5.1 Waktu Dan Tempat Praktikum PCR dan desain primer dilaksanakan pada hari Selasa. Marker pada elektroforesis gel adalah serangkaian fragmen DNA standar dilalukan secara beriringan pada gel yang sama. TC 2.4 ?l akuades steril 1 x buffer Taq 4 ?l. Universitas Brawijaya Malang. Menurut hukum listrik.1 Program PCR Perlakuan awal berupa pencampuran bahan-bahan untuk PCR berbeda untuk sampel DNA plasmid dan tail cut dengan sampel DNA tanaman. sebanyak 8. tanggal 23 Oktober 2007. elektroda.3 Cara Kerja 3.

Ujung sekuen 3' bukan T atau A. . denaturasi pada temperatur 930C selama 1 menit. melainkan G atau C. Running dilakukan pada tegangan 50 mV selama satu jam. sedangkan program yang kedua dipergunakan untuk sampel DNA tanaman. dan post-ekstensi pada temperatur 720C selama 7 menit.1 Analisis Prosedur 4. 3. serta mempergunakan siklus sebanyak 30 siklus. temperatur annealing (Ta) ditentukan dengan rumus : Ta = Tm . Gel agarose ditimbang sesuai dengan konsentrasi gel yang diinginkan serta jumlah sumuran yang digunakan. Program yang kedua meliputi hot start pada temperatur 930C selama 1 menit. maka selanjutnya ditentukan primer reverse. dan sampel DNA. Hal ini dilakukan dengan aturan yang sama seperti penentuan primer forward.24 gram. ekstensi pada temperatur 720C selama 45 detik.8% sehingga gel agarose yang ditimbang seberat 0. Konsentrasi gel yang diinginkan sebesar 0. ekstensi akhir pada temperatur 720C selama 10 menit dan post-ekstensi pada temperatur 370C selama 1 menit. temperatur melting (Tm) ditentukan melalui rumus : Tm = 4 (G + C) + 2 (A + T) Selanjutnya.50C Bila primer forward telah ditentukan. annealing pada temperatur 560C selama 30 detik. 3.3.polimerase.3. annealing pada temperatur 580C selama 30 detik. ekstensi pada temperatur 720C selama 1 menit. Larutan yang telah homogen kemudian dimasukkan ke dalam microwave pada suhu medium (4800C) selama ± 4 menit. Larutan tersebut kemudian dimasukkan ke dalam cetakan yang sudah dipasang sisiran besar (12 sumuran). Sebanyak 3 l sampel DNA dicampur dengan 2 l loading dye sehingga perbandingan antara keduanya adalah 3 : 2.1 Program PCR DNA yang dipergunakan berasal dari hasil isolasi DNA dari praktikum sebelumnya. dan jajaran G/C maksimal sebanyak dua buah.60%. Setelah itu. campuran dimasukkan ke dalam sumuran gel dengan hati-hati hingga semua sampel mengisi setiap sumuran yang tersedia. Program yang pertama dipergunakan untuk sampel DNA dari tail cut mencit dan plasmid bakteri. denaturasi pada temperatur 920C selama 30 detik. serta mempergunakan siklus sebanyak 35 siklus. tetapi selisih Ta antara primer forward dan reverse tidak boleh lebih dari 10C. EtBr dalam jumlah sedikit ditambahkan secara merata ke dalam larutan tersebut setelah larutan tersebut cukup dingin. Presentase (G+C) berkisar antara 45 . Running dilakukan bila larutan gel agarosa dalam cetakan memadat. Program PCR yang dipergunakan sebanyak dua program yang berbeda.2 Desain Primer Primer forward dipilih secara acak pada sekuen urutan basa nukleotida dengan ketentuan bahwa panjang basa berkisar antara 18 -23 pasangan basa. Sekuen primer yang dipergunakan tidak boleh region DNA repetitive.3 Elektroforesis Gel Agarosa Larutan TBE diencerkan dari 5 kali menjadi 1 kali. Gel agarosa dilarutkan dengan 30 ml larutan TBE dan dihomogenisasi dengan stirer.1. Program yang pertama meliputi hot start pada temperatur 920C selama 1 menit. Gel kemudian dIletakkan pada UV transiluminator untuk mengetahui hasil elektroforesis BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.

Hal ini penting untuk mendukung terjadinya reaksi PCR terkait dengan sensitivitas PCR (Fester. sel. Primer. 1999). 2000). Selain itu. buffer Taq juga dipergunakan untuk menstabilkan DNA dan komponen lain dalam reaksi (Van Fleteren.1. Thawing dilakukan pada tiap komponen yang ingin dimasukkan (yang telah disimpan pada temperatur rendah). Hal ini dilakukan untuk memastikan bahwa komponen tersebut telah siap dipergunakan (The American Heritage. dan dNTP juga akan mengikat pada Mg2+ sehingga konsentrasinya harus lebih tinggi daripada konsentrasi total dNTP. Konsentrasi gel yang diinginkan sebesar 0. Sampel DNA dipergunakan sebagai DNA templat yang akan diamplifikasi. Setiap perlakuan pemindahan larutan atau reagen dillakukan pipetting dan mix gentle-finger agar setiap komponen homogen. Hal ini dilakukan agar dapat meminimalisasi terjadinya kesalahan pengenalan primer pada DNA non target. Penambahan ddH2O (free water nuclease) dipergunakan sebagai pelarut DNA dan sebagai media terjadinya reaksi yang tidak mengandung ion ataupun DNA/RNA. Konsentrasi standar Mg2+ adalah 2 mM.8% sehingga gel agarose yang ditimbang seberat 0. temperatur yang dipergunakan untuk masing-masing tahapan bervariasi tergantung pada jenis organisme. DNA tail cut tikus. 2005). Optimalisasi pemanjangan primer dilakukan melalui melalui tahapan setelah ekstensi. Masing-masing komponen yang terdapat pada master mix memiliki fungsi yang berbeda. sedangkan untuk tumbuhan adalah aux1. Masing-masing komponen yang terdapat pada master mix memiliki fungsi yang berbeda. template. Buffer Taq berfungsi untuk menjaga kondisi fisiologis enzim Taq Polimerase. buffer Taq juga dipergunakan untuk menstabilkan DNA dan komponen lain dalam reaksi. Pengadukan . Larutan ddH2O (free water nuclease) dipergunakan sebagai pelarut DNA dan sebagai media terjadinya reaksi yang tidak mengandung ion ataupun DNA/RNA. Buffer Taq berfungsi untuk menjaga kondisi fisiologis enzim Taq Polimerase. Gel agarose ditimbang agar sesuai dengan konsentrasi gel yang diinginkan serta jumlah sumuran yang digunakan. 4. Hot start berfungsi untuk untuk lebih memaksimalkan pembukaan untai ganda DNA. Primer yang dipergunakan untuk sampel DNA tail cut dan plasmid adalah HLA. dan setiap gen yang dianalisis(Van Fleteren. 2005). tetapi terkadang konsentrasinya dinaikkan untuk menghasilkan produk PCR yang lebih baik. 1999). Primer forward merupakan penyalin DNA templat bagian forward.24 gram dan TBE yang dipergunakan untuk melarutkan gel agarosa sebanyak 30 ml.2 Elektroforesis Gel Agarosa Langkah pertama adalah larutan TBE diencerkan dari 5 kali menjadi 1 kali untuk memperoleh konsentrasi TBE yang sesuai. 1999). Perlakuan awal yang dipergunakan untuk sampel DNA plasmid dan tail cut berbeda dengan perlakuan untuk DNA tanaman. Pencampuran yang tidak merata akan mengakibatkan terjadinya kegagalan pada reaksi. Hal ini penting untuk mendukung terjadinya reaksi PCR terkait dengan sensitivitas PCR (Fester. yakni ekstensi akhir pada DNA tanaman dan post-ekstensi pada DNA tail cut serta plasmid. sedangkan primer reverse merupakan penyalin DNA templat bagian reverse. Perbedaan ini terletak pada penggunaan master mix yang berbeda. ion Mg2+ berasal dari MgCl2 (Fester. dan DNA tanaman (kacang koro dan buncis) untuk membandingkan hasil amplifikasi PCR pada ketiga sampel. Menurut Van Fleteren (1999). 2005). Coli). Primer terdiri dari forward dan reverse. Primer merupakan oligonukleotida pendek yang mengawali reaksi polimerisasi dan berfungsi untuk menentukan awal serta akhir bagian yang akan diamplifikasi (Van Fleteren.yakni DNA plasmid (E. Selain itu.

Setelah itu. Running dilakukan bila larutan gel agarosa dalam cetakan memadat. 1999). Zat ini memiliki muatan negatif seperti DNA dan berfungsi sebagai penunjuk seberapa jauh proses elektroforesis berlangsung. Konsentrasi agarose yang digunakan sebesar 0. Salah satu cara meminimalisasi ancaman karsinogenik dari EtBr adalah dengan menambahkannya ketika suhu gel telah sedikit menurun (tidak beruap).1. Hal ini karena DNA yang terdapat dalam sampel tersebut telah mengalami pengenceran sehingga memiliki konsentrasi rendah. Pemberian EtBr ketika gel masih beruap akan menyebabkan EtBr juga ikut menguap. Sampel DNA yang dipergunakan lebih banyak agar molekul DNA memiliki persebaran yang lebih merata di antara loading dye. Sebanyak 3 l sampel DNA dicampur dengan 2 l loading dye sehingga jumlah total larutan adalah 5 l. EtBr dapat ditambahkan pada larutan tempat terendamnya gel setelah elektroforesis atau dapat ditambahkan pada larutan agarosa di awal pembuatannya. yakni larutan TBE. EtBr dalam jumlah sedikit ditambahkan secara merata ke dalam larutan tersebut setelah larutan tersebut cukup dingin. EDTA merupakan agen pengkelat kation divalen seperti magnesium. Menurut Viers (1999).8 . Larutan tersebut mengoptimalkan pH dan konsentrasi ion dalam gel serta melapisi gel agar dapat mengalirkan arus listrik yang menggerakkan DNA melalui gel. Semakin banyak agarose akan membentuk gel yang makin padat dan menghasilkan matriks yang lebih sulit dilalui DNA. Perbandingan antara loading dye dan DNA yang dipergunakan adalah 2 : 3. 1999). Selain itu. Penambahan EtBr di awal pada larutan agarosa memiliki keuntungan yakni tidak diperlukannya periode perendaman setelah elektroforesis. Pemisahan mampu mendiferensiasikan antara dua atau lebih fragmen pada ukuran yang bebeda-beda. kerugiannya adalah EtBr bersifat karsinogen sehingga selama penggunaanya harus berhati-hati (Viers. Larutan TBE merupakan larutan buffer yang memungkinkan DNA bergerak lancar melalui gel. yakni antara 500 bp hingga 20 kb. Konsentrasi tersebut akan memisahkan fragmen pada kisaran yang lebar. loading dye merupakan suatu zat pewarna pelacak yang dapat ikut bermigrasi di sepanjang gel. Hal ini penting karena sebagian besar nuklease yang mendegradasi DNA memerlukan kation divalen untuk aktivasinya. Larutan tersebut kemudian dimasukkan ke dalam cetakan yang sudah dipasang sisiran besar (12 sumuran) dan dibiarkan dingin hingga memadat. Perlu diperhatikan bahwa uap EtBr bersifat karsinogen sehingga harus berhati-hati.0%. Hal ini dilakukan untuk memperoleh hasil yang optimal karena running diawali dengan memasukkan sampel DNA pada sumuran. Akan tetapi. Asam borak menyediakan konsentrasi ion yang sesuai untuk buffer .dengan stirer dilakukan dengan tujuan untuk menghomogenisasi gel agarosa dengan solvennya. loading dye juga dapat meningkatkan densitas DNA sehingga dapat mengendapkan DNA pada sumuran (Warder. Pemerataan DNA pada loading dye diharapkan menghasilkan pendaran DNA di bawah sinar UV dapat . Menurut Bowen (2000). Hal ini dikarenakan agarosa tidak dapat terlarut dalam buffer pada suhu ruang sehingga harus dididihkan. yakni dengan memasukkannya ke dalam microwave. sisiran dapat diambil dengan hati-hati agar sumuran tidak rusak dan selanjutnya running elektroforesis dapat dilakukan. Larutan yang telah homogen kemudian dimasukkan ke dalam microwave pada suhu medium (4800C) selama ± 4 menit. Informasi ini dapat dipergunakan untuk optimalisasi kondisi eksperimen bila ukuran fragmen DNA diketahui (Viers. 2002). Tris merupakan bahan kimia yang membantu mempertahankan konsistensi pH larutan.

dan jajaran G/C maksimal sebanyak dua buah. temperatur melting (Tm) ditentukan melalui rumus : Tm = 4 (G + C) + 2 (A + T) Selanjutnya.3. 4. melainkan G atau C. 2002). temperatur annealing (Ta) ditentukan dengan rumus : Ta = Tm .50C Selanjutnya dicari primer reverse nya dengan ketentuan seperti di atas. Tegangan yang dipergunakan cukup kecil karena DNA sangat rentan terhadap tekanan fisik. Presentase (G+C) berkisar antara 45 . Hal ini karena DNA bermuatan negatif sehingga harus dipergunakan kutub yang berlawanan untuk dapat menggerakkan DNA.2 Desain Primer Langkah pertama dari desain primer adalah memilih primer forwar.2. Dimungkinkan hasil PCR yang tidak bagus sehingga mempengaruhi hasil pada saat elelktroforesis 2. dan di potret menggunakan kamera polaroid. ini disebabkan oleh hal-hal . Peletakan sampel pada gel yang kurang berhati-hati sehingga dapat merobek gel Sehingga untuk menghindari kegagalan pada saat elektroforesis diperlukan suatu langkah preventif misalnya:memperhatikan semua syarat untuk terjadinya PCR. Setelah itu. PCR dan RFLP Pada praktikum ini. Primer forward dipilih secara acak pada sekuen urutan basa nukleotida dengan ketentuan bahwa panjang basa berkisar antara 18 -23 pasangan basa. pada PCR hampir tidak terdapat band pada hasil elektroforesis. 3. Ujung sekuen 3' bukan T atau A. Dimungkinkan pada saat elektroforesis voltase yang digunakan tidak sesuai dengan komponen Elektroforesis pada saat itu 3. Selain itu. Hal yang perlu diperhatikan adalah Ta antara primer forward dan reverse tidak boleh lebih dari 10C. hal ini disebabkan oleh beberapa hal berikut ini: 1. misal kecocokan primer. Running dilakukan dengan mengalirkan arus listrik yang dipergunakan sebagai faktor pendorong gerakan molekul DNA dengan elektroda positif terletak berhadapan dengan sumuran. Sekuen primer yang dipergunakan tidak boleh region DNA repetitive. pcr mix yang digunakan. Tegangan listrik yang dipergunakan adalah 50 mV selama satu jam.60%. Terdapat pebedaan yang nyata antara hasil PCR dan RFLP pada praktikum kali ini. tegangan yang lebih rendah menghasilkan resolusi yang lebih baik di antara fragmen-fragmen yang berukuran hampir sama (Warder. hasil elektroforesis tidak menampilkan band-band DNA pada gel seperti yang diharapkan tujuan praktikum kali ini.lebih representatif terhadap jumlah DNA. dengan kata lain primer R dan primer F akan berjalan bersamaan pada temperatur yang sama juga. serta menghindari pipetting pada saat pencampuran larutan pCR pada thin wall.2 Analisis Hasil 4.1 Analisis Hasil Elektroforesis. Visualisasi menggunakan UV transluminator.

komposisi larutan pada thin wall yang tidak seimbang. Akan tetapi dari hasil elektroforesis tidak semua bisa tampil ini memuktikan juga bahwa fragmen hasil RFLP terlalu kecil atau terjadi difusi pada cairan elelktroforesis. serta untuk mendesain primer. Dapat melakukan analisis gen Polimorfisme pada sutu spesies dan lebih akurat daripada PCR 2. PCR sangat sensitif terhadap semua perlakuan yang tidak sesuai dengan protokol pada saat pencampuran larutan thin wall 4. User harus mengetahui sisi sequens pemotongan oleh enzim RE 3. 5. oligonuklueotide dapat dipesan langsung pada perusahaan penyedia primer PCR.yang tersebut diatas. Akan lebih memerlukan waktu relatif lama untuk mengamplifikasi minimal 30-40 siklus Keuntungan teknik PCR 1. Diperlukan PCR mix 3.2. berdampingan dengan marker yang digunakan. Selalu memerlukan suatu primer untuk menjalankan PCR 2. Memerlukan analisis RE untuk menentukan gen traget yang akan di potong 2. sedangkan pada hasil RFLP masih terdapat satu band DNA yang begitu mencolok pada sampel. . RE harus dalam keadaan yang masih baik. Terdapat PCR mix solution pabrikan yang tidak memerlukan pencampuran oleh user 3.1 Kesimpulan Secara umum PCR berfungsi untuk melakukan kopi pada DNA target berdasarkan primer yang digunakan. . BAB V PENUTUP 5. asisten menyediakan software-software untuk melakukan sekuensing. dan tidak rusak Keuntungan RFLP 1.2 Keuntungan dan Kerugian Teknik PCR dan RFLP Kerugian teknik PCR 1.2 Saran Sebaiknya pada praktikum kali ini. Hasil Elektroforesis dari PCR menunjukkan bahwa hampir tidak terdapat band DNA yang muncul pada film polaroid hasil UV transluminator. ini membuktikan bahwa enzim restriksi Hae III dan Hind III dapat bekerja pada sampel. serta kurang bercampurnya larutan pada thin wall PCR. Biasanya dipergunakan secara luas dalam analisis bidang molekuler botani. hal ini disebabkan karena: pipetting yang dilaksanakan pada pencampuran larutan pcr mix pada thin wall. Kerugian teknik RFLP 1. menentukan sisi pemotongan RE. Porgram PCR relatif lebih mudah dilaksanakan 2. secara bersinergi.

nig.com.jp.ac.edu/genetics/ward/taxi/pog. Tanggal akses 3 Maret 2007 Innis.htm. M. 2003.vct. Suinsky.kaist. DNA Analysis by Agarose Gel Electrophoresis.2a/ed. Tanggal akses 3 Maret 2007 Henegariu. Halaman 3-12 Lairmore.574 Clark. Tanggal akses 3 Maret 2007 Van Fleteren.html. Academic Press. W. A. PCR: an outstanding method. 1999. Tanggal akses 3 Maret 2007 Viers. J. 2005. Cold Spring Harbor Laboratory Press. http://elchem. P. http://www. PCR Aplications : Protocols for Functional Genomics. http://allsevv. W.ugent. Klein.be/mariester/principles/pcr.. J.wfcc. D. Soemanti Ahmad Muhammad Praseno. DAFTAR PUSTAKA Bowen. D. dan D. T. David Ng. 2001.htm. Academic Press. E. Harley. L. Tanggal akses 3 Maret 2007 Fermentas.html.ugent. Brown. Isolation of DNA from Agarosa and Polyacrylamide Gels.. B. Principle of the PCR. H. McGraw Hil. R. PCR Lab. Louis. Yayasan Essentia Medica. Russel. 1993. Tanggal akses 3 Maret 2007 Sambrook. Molecular Technique Lecture Note 2005. 2004. Halaman 565 . H.nobel. Principle of the PCR. Tanggal akses 3 Maret 2007 Eavier. Tanggal akses 3 Maret 2007 Warden. 1999. Gelfand.org. DNA Purification and Analysis. New York. 1990. science-projects.A. PCR Primer Design and Reaction Optimalization. Polymerase Chain Reaction.D. M.kr/ vt/ chem -ed/sep/electrop/disc-el. D. Fifth Edition. 2002. Molecular Biology : Made Simple and Fun. Polymerase Chain Reaction. 1999. O.Software tersebut bisa di download dari internet secara gratis misal GENtle. 1999.htm. N. San Diego Innis. J. H. 2005. Elsevier Inc.P.dnalc. http://www. dan J. .biotech ubc. http://users. http://www. D. Editor Prof. Protocol for PCR with Taq DNA Polymerase.yale. 1026 halaman. Microbiology. Cache River Press. 2003. http://www. Rybicky. http://users. W. New York The American Heritage. Tanggal akses 3 Maret 2007 Prescott. New York. Third Edition. 1990. dan L. Tanggal akses 3 Maret 2007 Fester.ca..html. 2000. 2005.html. PCR Protocols.ac. Pengantar Kloning Gen. A.org /shockwave/ pcranwhole. Houghton Mifflin Company. http://info.be /~avierstr/index. http://fermentas.ac.be/ %7Eavierstr/. http:// www. Yogyakarta Clark. A. New York Tissue. Gelfand. http:// www.med. J dan D. P.se/chemistry/laureates/1993/mullis-lecture. Electrophoresis. DNA & PCR. 2000. 2005. Molecular Biology : Understanding the Genetic Evolution. M. California.html.ac. 2001.com /onionDNA. Tanggal akses 3 Maret 2007 Mullis. 1999. St. Russel. Molecular Cloning : A Laboratory Manual Volume 2. 2005.meb.

Padahal kan sampel yang dianalisa jumlahnya sangat sedikit.umbc. 2 pangkat 30 alias 1.be/~avierstr/principles/pcrcopies.html.http://biology.edu /sciconn /lessons2 /lessons . diagnosa penyakit.html. Nah.arizona.be/~avierstr/principles/pcrcopies. Secara sederhana PCR merupakan reaksi penggandaan daerah tertentu dari DNA cetakan (template) dengan batuan enzim DNA polymerase. dll. atau dari tetesan sperma pemerkosa yang mengering di tubuh korban.ugent.gif . Beginning Molecular Biology Laboratory Manual : PCR Amplification of DNA. PCR terdiri atas beberapa siklus yang berulang-ulang. tapi tetap saja hasilnya akan sangat banyak. ajaib! Ternyata hal ini gak lepas dari yang namanya PCR alias Polymerase Chain Reaction. Reaksi PCR meniru reaksi penggandaan atau replikasi DNA yang terjadi dalam makhluk hidup. 2003. dan coba hitung berapa salinan utas ganda DNA yang akan dihasilkan setelah 30 siklus? Yup. Mungkin Anda bingung bagaimana caranya polisi bisa mengungkap pelaku kejahatan dengan berbekal sehelai rambut pelaku yang tercecer di TKP. Maka pantes aja dengan berbekal DNA yang terkandung dalam sampel yang cuma secuil itu bisa diperoleh banyak sekali informasi sesuai kebutuhan kita.741.824 kali! Tentu saja nilainya tidak tepat seperti itu. http://www. sekarang bayangkan bahwa pada setiap siklus DNA polymerase akan menggandakan DNA sebanyak 2 kali. biasanya 20 sampai 40 siklus. DNA ini sering disebut-sebut terutama berkaitan dengan kriminalitas. J.073. Proses yang berlangsung secara in vitro dalam tabung reaksi sebesar 200 µl ini mampu menggandakan atau mengkopi DNA hingga miliaran kali jumlah semula.gif Sumber: http://users.ugent. Sumber: http://users. Tanggal akses 3 Maret 2007 Tentu Anda sudah mengenal yang namanya DNA.edu/biosci /graduate/amb. Tanggal akses 3 Maret 2007 Wolf. B. penentuan ‘keabsahan’ keturunan. kita masih harus memperhitungkan efisiensi reaksi.

dNTP (deoxynucleoside triphosphate) dNTP alias building blocks sebagai ‘batu bata’ penyusun DNA yang baru. kalsium (K+). dGTP dan dTTP. coli yang panjangnya kira-kira 3 juta bp itu. Ion Logam • • Ion logam bivalen. umumnya Mg++. yaitu dATP. Primer dirancang untuk memiliki sekuen yang komplemen dengan DNA template. Tanpa ion ini enzim DNA polymerase tidak dapat bekerja.Komponen PCR Selain DNA template yang akan digandakan dan enzim DNA polymerase. jadi dirancang agar menempel mengapit daerah tertentu yang kita inginkan. Jadi jangan membayangkan kalau PCR mampu menggandakan seluruh DNA bakteri E. dCTP. komponen lain yang dibutuhkan adalah: Primer Primer adalah sepasang DNA utas tunggal atau oligonukleotida pendek yang menginisiasi sekaligus membatasi reaksi pemanjangan rantai atau polimerisasi DNA. dan dengan teknik tertentu bisa sampai 40000 bp. fungsinya sebagai kofaktor bagi enzim DNA polymerase. dNTP terdiri atas 4 macam sesuai dengan basa penyusun DNA. Buffer Buffer yang biasanya terdiri atas bahan-bahan kimia untuk mengkondisikan reaksi agar berjalan optimum dan menstabilkan enzim DNA polymerase. PCR hanya mampu menggandakan DNA pada daerah tertentu sepanjang maksimum 10000 bp saja. . Ion logam monovalen.

Annealing Setelah DNA menjadi utas tunggal.be/~avierstr/principles/pcrsteps. Pada suhu ini DNA utas ganda akan memisah menjadi utas tunggal. suhu diturukan ke kisaran 40-60oC selama 20-40 detik untuk memberikan kesempatan bagi primer untuk menempel pada DNA template di tempat yang komplemen dengan sekuen primer.Tahapan Reaksi Sumber: http://users.gif Sumber: http://users.ugent. yaitu: Denaturasi Denaturasi dilakukan dengan pemanasan hingga 96oC selama 30-60 detik.gif Setiap siklus reaksi PCR terdiri atas tiga tahap. Ekstensi/elongasi .be/~avierstr/principles/pcrsteps.ugent.

dan C dengan G. DNA manusia saja panjangnya sekitar 3 miliar basa. yaitu sebagai panduan sel dalam memproduksi protein. Lamanya waktu ekstensi bergantung pada panjang daerah yang akan diamplifikasi. Proses ini dilakukan setelah siklus PCR terakhir PCR dilakukan dengan menggunakan mesin Thermal Cycler yang dapat menaikkan dan menurunkan suhu dalam waktu cepat sesuai kebutuhan siklus PCR. Dari sekian panjang DNA genome. begitu seterusnya (ingat pasangan A adalah T. biasanya 70-72oC. jika basa pada template adalah A. DNA ditranskrip menghasilkan RNA. dan di dalamnya mengandung ribuan gen. annealing dan ekstensi secara manual.Dilakukan dengan menaikkan suhu ke kisaran suhu kerja optimum enzim DNA polymerase. diantaranya: Isolasi Gen Kita tahu bahwa DNA makhluk hidup memiliki ukuran yang sangat besar. Tapi syukurlah sekarang mesin Thermal Cycler sudah terotomatisasi dan dapat diprogram sesuai kebutuhan. begitu pula sebaliknya). secara kasarnya adalah 1 menit untuk setiap 1000 bp. maka akan dipasang dNTP. bagian yang menyandikan protein inilah yang disebut gen. RNA kemudian diterjemahkan untuk menghasilkan rantai asam amino alias protein. Final Elongasi Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC) selama 5-15 menit untuk memastikan bahwa setiap utas tunggal yang tersisa sudah diperpanjang secara sempurna. Enzim akan memperpanjang rantai baru ini hingga ke ujung. Pada awalnya orang menggunakan tiga penangas air (water bath) untuk melakukan denaturasi. Pada tahap ini DNA polymerase akan memasangkan dNTP yang sesuai pada pasangannya. Aplikasi teknik PCR Kita harus berterima kasih kepada Kary B Mullis yang telah menemukan dan mengaplikasikan PCR pada tahun 1984. . Oh ya. Saat ini PCR sudah digunakan secara luas untuk berbagai macam kebutuhan. berpindah dari satu suhu ke suhu lainnya menggunakan tangan. gen itu apaan ya? Sebagaimana kita tahu bahwa fungsi utama DNA adalah sebagai sandi genetik. Selain ketiga proses tersebut biasanya PCR didahului dan diakhiri oleh tahapan berikut: Pra-denaturasi Dilakukan selama 1-9 menit di awal reaksi untuk memastikan kesempurnaan denaturasi dan mengaktifasi DNA Polymerase (jenis hot-start alias baru aktif kalau dipanaskan terlebih dahulu).

proses yang rumit dan tentu saja mahal serta memiliki efek samping karena insulin dari sapi atau babi tidak benar-benar sama dengan insulin manusia. para ahli seringkali membutuhkan gen tertentu untuk diisolasi.littletree. Kembali ke pembahasan isolasi gen.sisanya tidak menyandikan protein atau disebut ‘junk DNA’. diperlukan DNA pencari atau dikenal dengan nama ‘probe’ yang memiliki urutan basa nukleotida sama dengan gen yang kita inginkan. Konon banyak kalangan tertentu yang memanfaatkan pengujian ini untuk menelusuri orang tua ‘sesungguhnya’ dari seorang anak jika sang orang tua merasa ragu. Dan ajaib! Hasilnya insulin yang sama persis dengan yang dihasilkan dalam tubuh manusia. maka urutan basa suatu DNA yang tidak diketahui bisa ditentukan. dulu kita harus mengekstrak insulin langsung dari pancreas sapi atau babi. kemudian dilakukan analisa PCR untuk mengamplifikasi bagian-bagian tertentu DNA yang disebut fingerprints alias DNA sidik jari. metode yang umum digunakan saat ini adalah metode Sanger (chain termination method) yang sudah dimodifikasi menggunakan dye-dideoxy terminator. mudah. Karena warna fluorescent untuk setiap basa berbeda.com. dan sekarang insulin tinggal diekstrak dari bakteri. maka pengujian DNA adalah pilihan yang tepat. DNA ‘sampah’ yang fungsinya belum diketahui dengan baik. Diagnosa Penyakit . Hasilnya dibandingkan dengan DNA sidik jari keluarganya yang memiliki pertalian darah. Nah. kemudian menjadikannya obat diabetes. Probe ini bisa dibuat dengan teknik PCR menggunakan primer yang sesuai dengan gen tersebut. Jika identifikasi secara fisik sulit atau tidak mungkin lagi dilakukan. Sebagai contoh. lalu menyisipkannya ke sel bakteri (dalam hal ini E. misalnya ibu atau bapak kandung. coli) agar bakteri dapat memproduksi insulin juga [http://www. DNA Sequencing Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan dengan teknik DNA Sequencing. lebih cepat. yaitu hanya menggunakan satu primer (PCR biasa menggunakan 2 primer) dan adanya tambahan dideoxynucleotide yang dilabel fluorescent. dimana proses awalnya adalah reaksi PCR dengan pereaksi yang agak berbeda. Forensik Identifikasi seseorang yang terlibat kejahatan (baik pelaku maupun korban).au/dna. untuk mengisolasi gen.htm]. DNA dapat diambil dari bagian tubuh manapun. Jika memiliki kecocokan yang sangat tinggi maka bisa dipastikan identitas orang yang dimaksud. dan tentunya lebih murah ketimbang cara konvensional yang harus ‘mengorbankan’ sapi atau babi. kini mereka dapat mengisolasi gen penghasil insulin dari DNA genome manusia. atau korban kecelakaan/bencana kadang sulit dilakukan. yaitu bagian yang unik bagi setiap orang. Berkat teknologi rekayasa genetik.

Denaturasi Newton and Graham (1997) dalam Rohmy (2001). Proses ini dapat dikelompokkan dalam tiga tahap berurutan yaitu denaturasi templat. Tahap denaturasi yang terlalu lama dapat mengakibatkan hilangnya aktivitas enzim polimerase (Lisdiyanti. Teknik PCR didasarkan pada amplifikasi fragmen DNA spesifik di mana terjadi penggandaan jumlah molekul DNA pada setiap siklusnya secara eksponensial dalam waktu yang relatif singkat. karena jika ada sedikit saja kesalahan pada tahap ini maka akan mempengaruhi kemurnian dan hasil akhir produk DNA yang diinginkan. yaitu suhu optimal untuk TaqDNA polimerase. Masih banyak aplikasi PCR lainnya yang sangat bermanfaat. Proses dalam PCR Polymerase Chain Reaction (PCR) terdiri dari tiga proses. yaitu: 1. Faktor yang mempengaruhi tahap ini antara lain suhu annealing dan primer. sehingga diperoleh amplifikasi DNA antara 108 – 109 kali (Retnoningrum. Suhu annealing yang terlalu rendah dapat mengakibatkan timbulnya pita elektroforesis yang tidak spesifik. 1997). 2001). Prinsip dasar PCR Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu metode untuk mengidentifikasi penyakit infeksi. bahkan satu fase lagi dari fase pandemi. Annealing Merupakan proses penempelan primer. Penyakit berbahaya seperti ini memerlukan diagnosa yang cepat dan akurat. 2. menyatakan bahwa denaturasi merupakan proses memisahkan DNA menjadi utas tunggal. Teknologi saat ini memungkinkan diagnosa dalam hitungan jam dengan hasil akurat. Denaturasi yang tidak berlangsung secara sempurna dapat menyebabkan utas DNA terputus. Maka tak salah panitia Nobel menganugrahkan hadiah Nobel bidang kimia yang bergengsi ini kepada Kary B Mullis hanya 9 tahun setelah penemuannya (1993).Penyakit Influenza A (H1N1) yang sebelumnya disebut flu babi sedang mewabah saat ini. A. 1997 dalam Rohmy 2001). Kenaikan suhu setelah tahap annealing hingga mencapai 70–74 oC bertujuan untuk mengaktifkan enzim TaqDNA polimerase.. 1988 dalam Rohmy. annealing (penempelan) pasangan primer pada untai DNA target dan extension (pemanjangan atau polimerisasi). Proses pemanjangan primer (tahap extension) biasanya dilakukan pada suhu 72 oC. sedangkan suhu yang tinggi dapat meningkatkan kespesifikan amplifikasi (Saiki et al. B. PCR merupakan teknik yang sering digunakan. Disebut akurat karena PCR mengamplifikasi daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas virus Influenza A (H1N1) yang tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya. Metode ini dikembangkan untuk mengatasi kelemahan metode diagnosis konvensional seperti imunologi dan mikrobiologi. Denaturasi awal dilakukan selama 1 – 3 menit diperlukan untuk meyakinkan bahwa DNA telah terdenaturasi menjadi untai tunggal. Tahap annealing primer merupakan tahap terpenting dalam PCR. . Tahap denaturasi DNA biasanya dilakukan pada kisaran suhu 92 – 95 oC.

Proses penggandaan ini dikenal sebagai proses amplifikasi. Hal ini bertujuan untuk mencegah terjadinya kerusakan DNA/RNA (Haliman dan Adijaya. Selain suhu. sampel dapat disimpan dalam larutan alkohol 95% dengan perbandingan 1 : 9 (1 bagian sampel dengan 9 bagian alkohol 95%). 2004). 2005). Proses ini disebut dengan reaksi rantai polimerase (polymerase chain reaction. Hasil uji PCR selanjutnya digunakan pada tahap ketiga. Sampel yang akan diuji PCR sebaiknya dalam kondisi segar. 1988 dalam Rohmy. enzim polimerase bergabung bersama dengan nukleotida dan pemanjangan primer lengkap untuk sintesis sebuah DNA utas ganda. semakin lama waktu extension maka jumlah DNA yang tidak spesifik semakin banyak (Saiki et al. Lysis buffer (IQ2000TM) juga berfungsi untuk mengamankan hasil ekstraksi dari kerusakan akibat kerja enzim dNase. DNA dari sel-sel sampel diekstraksi dengan larutan lysis buffer (IQ2000TM). secara umum uji PCR di laboratorium dilakukan dengan tahapan-tahapan sebagai berikut: 1. 2001). Hasil sintesa DNA dalam satu siklus dapat berperan sebagai cetakan (template) pada siklus berikutnya sehingga jumlah DNA target menjadi berlipat dua pada setiap akhir siklus. Sampel udang Vannamei yang diambil tersebut selanjutnya dilakukan pemotongan bagian insang. Dalam tahap extension atau sintesis DNA. Uji PCR untuk mendeteksi keberadaan virus dilakukan di laboratorium dengan pengambilan sampel udang Vannamei dari tambak budidaya. DNA yang telah diklon pada tahap kedua dimasukkan ke dalam lubang-lubang kecil yang terdapat pada lempengan agar agarose .. 2. Menurut Haliman dan Adijaya (2005). sehingga setelah 30 siklus akan menjadi milyaran amplifikasi DNA target. Reaksi ini akan berubah dari satu siklus ke siklus selanjutnya mengikuti perubahan konsentrasi DNA (Hsu et al.Selain itu. kaki renang (pleopoda). atau cairan hemolim. yang dapat diatur pada mesin PCR (thermocycle). Setelah diwarnai dengan Ethidium Bromida (ETBr). tetapi bila tidak memungkinkan. 1996 dalam Wahyudi. Selanjutnya. Dengan bantuan buffer TAE atau TBE. 2001). hasil elektroforesis yang berupa band RNA dapat dilihat dengan UV transluminator dan diabadikan dengan kamera polaroid (Sunarto dkk. Hasil ekstraksi DNA pada tahap pertama digandakan dengan bantuan enzim-enzim yang dikenal sebagai primer. Satu jenis primer bertanggung jawab atas penggandaan satu jenis DNA tertentu sehingga primer satu jenis virus hanya dapat digunakan untuk deteksi virus tersebut saja. pada masa peralihan suhu dari suhu annealing ke suhu extension sampai 70 oC juga menyebabkan terputusnya ikatan-ikatan tidak spesifik antara DNA cetakan dengan primer karena ikatan ini bersifat lemah. RNA ekstraction solution (IQ2000TM) juga berfungsi mengamankan RNA dari kerusakan akibat kerja enzim rNase. Sementara untuk mengekstraksi RNA digunakan RNA ekstraction solution (IQ2000TM). Dengan kata lain DNA target meningkat secara eksponensial.. Hasil ekstraksi DNA di-sentrifus hingga diperoleh butiran atau pelet DNA. Proses tersebut dilakukan pada kondisi suhu dan siklus penggandaan tertentu. PCR) karena merupakan siklus penggandaan yang berulang sehingga kegiatan ini seolah-olah merupakan suatu proses reaksi berantai. DNA virus yang telah berlipat ganda jumlahnya dapat dideteksi dengan elektoforesis sel agarosa. Extension Merupakan proses pemanjangan DNA. 3. 3. yaitu proses elektroforesis.

Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Keberhasilan Penggunaan Primer Spesifik DNA Mitokondria (mtDNA) Ikan Patin (Pangasius hypophthalmus) pada Beberapa Ikan Budidaya dengan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction). S. 2005. 2005). dan Adiwijaya. Akhmad Rukyani. Pita-pita DNA kemudian dibandingkan dengan posisi pita-pita pada lajur penanda DNA (DNA marker). Hasil proses elektroforesis akan menampilkan pita-pita DNA yang letaknya tersebar. ketelitian saat poses ekstraksi. Skripsi.W. Agus.S. Jurusan Farmasi FMIPA ITB. Isti Koesharyani. D. Agar kontaminasi silang dapat dihindarkan. Program Studi Budidaya Perairan. 2001. serta kondisi larutan buffer dan larutan etidium bromida yang dipakai. 2004. Keberhasilan pengujian sampel dengan metode PCR dipengaruhi oleh beberapa hal. 1997. 2001. Penerapan Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Diagnosis Penyakit Infeksi. Prosedur PCR untuk diagnosa Cepat Penyakit Bercak Putih pada Udang. Program Studi Budidaya Perairan. Sunarto. Daftar Pustaka Haliman. Pengaruh Suhu Annealing dan Jumlah Siklus yang Berbeda pada Program PCR Terhadap Keberhasilan Isolasi dan Amplifikasi mtDNA Ikan Patin (Pangasius hypophthalmus).go. Skripsi. Dari hasil proses elektroforesis ini dapat disimpulkan status sampel.2%. Institut Pertanian Bogor . Disketkanling. seperti faktor kontaminasi silang. jumlah enzim yang dipakai. H. R. umur reagen atau enzim yang dipakai. Bandung. Taukhid. tergantung pada berat molekulnya. Institut Pertanian Bogor. Penebar Swadaya. T.id Wahyudi. Udang Vannamei. Jakarta Retnoningrum. Rohmy. www. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. terinfeksi virus atau bebas dari virus. D. Pembudidayaan dan Prospek Pasar Udang Putih yang Tahan Penyakit. sebaiknya operator pengujian PCR harus benar-benar terlatih dan teliti (Haliman dan Adijaya.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful