Professional Documents
Culture Documents
I. ALAT-ALAT PRAKTIKUM
Otoklaf. Dipergunakan untuk sterilisasi larutan, peralatan gelas, dan untuk membunuh
mikroorganisma yang telah selesai dipergunakan atau dibuang.
Refrigerator dan Freezer. Dipergunakan untuk menyimpan sampel serta bahan pada
suhu 4C, -20C dan -70C. Kebutuhan akan freezer bersuhu -70C dapat digantikan
dengan pendingin menggunakan nitrogen cair.
Instalasi pemurnian air. Untuk menghasilkan air murni yang dipergunakan untuk
pembuatan regen yang dibutuhkan seperti yang tercantum dalam protokol. Terkadang
untuk regen tertentu dibutuhkan air dari hasil destilasi 2 kali dan dideionisasi.
Orbital Shaker. Untuk menumbuhkan bakteri atau mikroorganisma lainnya. Sebaiknya
dapat dipergunakan untuk erlenmeyer dari yang berukuran 100 ml hingga 500 ml.
Blok Inkubator/Penangas Air. Menjaga suhu tabung yang mengandung agar agar
tetap panas (cair) sebelum dituangkan ke petri dish sebagai top agar.
Pembakar Bunsen, Loop inokulasi, Batang gelas penyebar. Dipergunakan pada
berbagai manipulasi yang berhubungan dengan bakteri dan media.
loop inokulasi/jarum ose. Loop inokulasi digunakan untuk memindahkan sejumlah
bakteri atau phage ke cawan petri atau ke suatu wadah dari medium cair. Alat tersebut
dapat dibeli di toko penyalur peralatan laboratorium. Bahannya terbuat dari kawat
platinum dan sebelum digunakan harus dipanaskan terlebih dahulu hingga membara
kemudian didinginkan dengan menyentuhkan bagian yang membara ke permukaan
agar.
Gelas penyebar. Gelas penyebar digunakan untuk mendistribusikan sel-sel bakteri
secara merata pada permukaan cawan petri (media padat). Alat ini dibuat dari batang
gelas yang dibengkokan. Sebelum dipergunakan gelas penyebar disterilisasi dengan
jalan mencelupkannya pada alkohol dan membakarnya hingga apinya padam. Gelas
penyebar kemudian sebelum digunakan didinginkan dengan cara menyentuhkan pada
permukaan media padat.
Tusuk gigi steril. Bagian yang tajam dari tusuk gigi dapat dipergunakan untuk
menginokulasi bakteri pada media padat dengan cara menusuk atau menggores.
Kadang bagian tumpulnya dipergunakan untuk mengambil satu koloni atau plaque dari
phage. Sebelum digunakan, alat ini harus disterilisasi dengan cara meletakkannya di
gelas piala 100 ml dalam keadaan bagian yang tajam menghadap ke atas dan ditutup
dengan alumunium foil. Alat ini dapat dipergunakan berkali-kali dengan cara
mesterilisasinya terlebih dahulu.
Labu Erlenmeyer dan Tabung reaksi 15-50 ml. Labu Erlenmeyer berukuran 100, 250
dan 500 ml diperlukan pada saat menumbuhkan mikroorganisma, juga sebagai wadah
saat mempersiapkan media agar. Tabung reaksi diperlukan saat menumbuhkan bakteri
dalam volume kecil.
Petri dish. Steril petri dish berukuran 9015mm dan 15015mm dipergunakan untuk
menyeleksi, menghitung bakteri atau dari suatu library secara rutin
UV/visible Spectrophotometer. Pengukuran dengan cuvett kaca atau plastik
dilakukan saat mengamati pertumbuhan dari sel bakteri (660nm) sedangkan dengan
menggunakan cuvett quart dipergunakan dalam menentukan konsentrasi asam nukleat
(260nm).
Vortex mixer. Berfungsi untuk melarutkan pelet yang terbentuk pada microcentriguge
tube atau mengaduk larutan pada tabung reaksi.
III. MEDIA DAN LARUTAN PENGENCER
Tujuan
Mengetahui beberapa medium (media) kultur dan larutan pengencer yang dipergunakan
dalam pekerjaan-pekerjaan mikrobiologi serta dapat membuatnya secara aseptik.
PENDAHULUAN
Medium adalah suatu bahan yang terdiri dari campuran nutrisi (zat makanan) yang
dipakai untuk menumbuhkan mikroba, mengisolasi, memperbanyak, pengujian sifat-sifat
fisiologis dan perhitungn jumlah mikroba.
Agar digunakan sebagai bahan pemadat berasal dari gang-gang laut yang
diperdagangkan dalam bentuk murni dan kering. Agar mencair pada suhu 97-100C,
kemudian setelah didinginkan sampai 40C agar mulai memadat. Konsentrasi agar
yang digunakan pada media padat biasanya 1,5% sampai 2,0%.
TEKNIK PEMINDAHAN BIAKAN MIKROBA SECARA ASEPTIK
Tujuan
Menguasai teknik pemindahan bakteri dari satu wadah ke wadah lain secara aseptik.
Pendahuluan
Mikroorganisma pada prinsipnya terdapat dimana-mana dan dapat masuk melalui
kontak langsung dengan permukaan tangan yang tercemar, bersentuhan dengan benda
lain yang tidak steril ataupun melalui aliran udara. Untuk mencegah terjadinya
kontaminasi oleh mikroorganisma pada saat membuat media atau biakan murni,
kegiatan tersebut harus dilakukan secara aseptik.
Dalam kegiatan ini akan dipelajari cara memindahkan biakan murni dengan teknik
aseptik. Bila teknik tersebut berhasil maka biakan yang tumbuh hanya berasal dari
organisma yang diinokulasi ke media tersebut.
Teknik ini harus dapat dikuasai sebaik mungkin karena sangat menentukan
keberhasilan pada kegiatan yang berhubungan dengan mikroba.
Tujuan
-Mengenal beberapa metode yang dilakukan dalam penghitungan mikroorganisma
seperti menggunakan hemasitometer, metode hitungan cawan dan spektrofotometer.
-Belajar melakukan pengenceran seri dalam hubungannya menghitung mikroba atau
isolasi.
Pendahuluan
Ada berbagai macam cara mengukur jumlah sel, antara lain dengan hitungan
cawan (plate count), hitungan mikroskopis langsung (direct microskopic count) dan lain-
lain. Pada metode hitungan mikroskopis langsung, sampel ditaruh di suatu ruang
hitung (hemasitometer) dan jumlah sel dapat ditentukan secara langsung dengan
bantuan mikroskop.
Keuntungannya adalah
-pelaksanaan penghitungan dapat dilakukan secara cepat dan
-tidak memerlukan banyak peralatan.
Kelemahannya adalah
-Tidak dapat membedakan sel hidup dengan sel mati.
-Sulit menghitung sel yang berukuran sangat kecil seperti bakteri karena ketebalan
hemasitometer tidak memungkinkan digunakan lensa obyektif minyak immersi.
-Kadang sel-sel bergerombol sehingga sulit untuk dibedakan secara individu.
Pada metode hitungan cawan diasumsikan bahwa setiap sel yang hidup dapat
berkembang menjadi satu koloni, sehingga jumlah koloni yang muncul pada cawan
merupakan suatu indeks bagi jumlah organisma yang dapat hidup yang terkandung
dalam sampel. Cawan yang dipilih untuk penghitungan adalah yang berjumlah antara
30 hingga 300 koloni. Karena jumlah mikroorganisma dalam sampel tidak diketahui
sebelumnya maka untuk mendapatkan cawan yang disyaratkan dilakukan sederetan
pengenceran. Jumlah organisme yang terdapat dalam sampel asal ditentukan dengan
mengalikan jumlah koloni yang terbentuk dengan faktor pengenceran pada cawan
bersangkutan.
PROSEDUR
A. Hitungan langsung
1. Bersihkan permukaan hitung hemasitometer dan tutup denganethanol dan air serta
keringkan dengan kertas saring/tissue.
2. Letakkan kaca tutup hemasitometer di atas permukaan hitung hemasitometer.
3. Dengan menggunakan pipet ambilah suspensi sebanyak 0,1 saampai 0,5 ml.
4. Dengan hati-hati taruhlah ujung pipet pada lekukan berbentuk V pada tepi kaca tutup
hemasitometer dan biarkan ruang hemasitometer terpenuhi secara suspensi secara
kapiler (usahakan agar tidak ada cairan masuk antara kaca tutup dengan penyangga
kaca tutup karena hal tersebut akan menambah kedalaman cairan).
5. Amati hemasitometer dengan mikroskopdan hitunglah jumlah sel yang terdapat pada
80 buah kotak kecil yang terletak d dalam kotak bagian tengahyang berukuran 1
mm2.
6. Cara penghitungan: Hemasitometer dibagi menjadi 9 area masing-masing berukuran
1mm2. Kotak yang ditengah (sisinya dibatasi garis ganda) dibagi menjadi 25 kotak
besar. Setiap kotak besar dibagi lagi menjadi 16 kotak kecil sehingga di dalam kotak
tengah terdapat 400 kotak kecil (25 16).
Contoh perhitungan :
Hasil pengamatan terdapat 500 sel khamir di dalam 80 kotak kecil
Luas 80 kotak kecil 80 (1/400mm2) = 0,2 mm2
maka 500 sel (1/0,2)mm2 = 2500 sel
Kedalaman cairan 0,1 mm maka jumlah sel per mm3 adalah :
2500 sel/mm2 (1/0,1) mm = 25.000 sel /mm3
1 ml = 1 cm3 atau 1000 mm3 maka jumlah sel per ml-nya adalah :
25.000 sel/mm3 1000 = 2,5 107 sel/ml
a.
kaca
Kaca
Ruang
9 ml 9 ml 9 ml 9 ml
0,5 ml 0,5 ml
1:200 1:2000
0,1 ml 0,1 ml
1:1000 1:100.000
IV. PEWARNAAN
Pewarnaan sederhana
Pemberian warna pada bakteri atau jasad renik dengan menggunakan suatu
pewarnapada lapisan tipis, atau olesan yang sudah difiksasi
Pewarnaan diferensial
Prosedur pewarnaan yang menampilkan perbedaan di antara sel-sel mikroba atau
bagian-bagian sel mikroba. Biasanya digunakan lebih dari satu larutan zat pewarna.
Tujuan
Mengenal dan memahami teknik preparasi oles
Mempelajari kegunaan pewarnaan untuk mempertinggi kontras antara sel dan
sekelilingnya dan mengamati ciri-ciri tertentu mikroba.
Pendahuluan
Sel-sel mikroba yang tidak diwarnai umumnya tampak hampir tembus pandang
(transparan) bila diamati dengan mikroskop cahaya biasa sehingga sukar dilihat karena
sitoplasma selnya mempunyai indeks bias yang hampir sama dengan indeks bias
lingkungannya ayng bersifat cair. Kontras antara sel dengan latar belakangnya dapat
dipertajam dengan cara mewarnai sel-sel tersebut dengan zat warna.
Pada perawnaan sederhana hanya digunakan satu jenis zat warna untuk mewarnai
organisma tersebut. Kebanyakan bakteri mudah bereaksi dengan pewarna-pewarna
sederhana karena sitoplasmanya bersifat basofilik. Zat-zat warna yang digunakan untuk
pewarnaan sederhaan umumnya bersifat alkalin (komponen kromoforiknya bermuatan
positif).
Pewarnaan sederhana ini memungkinkan dibedakannya bakteri dengan bermacam-
macam tipe morfologi (kokus, basilus, vibrio dll) dari bahan-bahan lainnya yang ad pada
olesan yang diwarnai. disamping itu dapat pula diamati struktur-struktur tertentu seperti
endospora. Berbeda dengan sampel hidup, sel-sel yang diwarnai terfiksasi pada kaca
obyek sehingga dapat disimpan sebagai dokumentasi untuk jangka waktu lama.
Bahan
Biakan bakteri,Alkohol 75%, Jarum ose, Pembakar bunsen, Zat warna biru metilen, Air
destilasi, Minyak immersi
Alat
Mikroskop, Jarum ose, Gelas preparat, Gelas penutup (cover glass), Kertas serap, Bak
pewarna
Tujuan
Belajar melakukan prosedur pewarnaan Gram, memahami pentingnya setiap langkah
dalam prosedur tersebut, dan secara umum memahami reaksi-reaksi kimiawi yang
terlibat di dalam prosedur tersebut.
PENDAHULUAN
Pewarnaan diferensial memerlukan sekurang-kurangnya 3 pereaksi kimia. Pertama
adalah zat pewarna primer (primary stain), berfungsi untuk mewarnai seluruh sel.
Pereaksi kedua adalah penghilang warna (decolorizing agen), berfungsi untuk
menghilangkan zat warna primer yang tidak terabsiorbsi dan pewarna tandingan
(counter stain) berfungsi untuk mewarnai sel/bagian yang tidak terwarnai oleh zat warna
primer sehingga terlihat perbedaan yang jelas (perbedaan warna).
Pewarnaan Gram membagi sel-sel bakteri ke dalam dua kelompok utama, yakni
Gram positif dan Gram negatif. Sel-sel gram positif akan mengikat zat warna primer
sedangkan sel-sel gram negatif akan mengikat zat warna tandinga (counterstain).
Pewarnaan gram menggunakan 4 pereaksi kimia yaitu crystal violet (zat warna primer),
Gram’s Iodine (mordant), alkohol 95% (decolorizing agent), dan safranin (counter stain).
Bahan
Preparat oles, Zat warna crystal violet, Larutan Yodium Gram, Alkohol 95%, Zat warna
Safranin, Air destilasi , Kertas serap, Minyak immersi
Alat
Mikroskop, Jarum ose, Gelas preparat, Gelas penutup (cover glass), Kertas serap, Bak
pewarna
Pewarnaan gram
Ditemukan oleh seorang bakteriologi Denmark, Cristian Gram (1884). Teknik
pewarnaan diferensial yang paling luas digunakan untuk bakteri. Larutan-larutan yang
digunakan adalah ugu kristal, larutan yodium, alkohol (bahan pemucat), dan safranin
atau beberapa pewarna pengganti lain yang sesuai. Hasil pewarnaanny a
menghasilkan dua tipe bakteri yaitu gram positif dan gram negatif.
Gram positif----tampak ungu tua (akibat zat warna ungu kristal)
Gram negatif-----warna merah (merah safranin, ungu kristal hilang ketika dicuci
alkohol)
Cawan tuang
Metode ini digunakan oleh Robert Koch dalam pengisolasi suatu
mikroorganisme, yaitu dengan cara sampel campuran bakteri yang telah dencerkan
kemudian dicampurak kedalam suatu medium yang juga telah berisi bahan pengental
(agar-agar, gelatin dll) yag kemudian dituangkan dalam suatu wadah (Petri dish) hingga
akhirnya mengental. Selang beberapa jam akan tampak koloni-koloni yang saling
terpisah. Dengan mengulangi beberapa kali pekerjaan di atas akan diperoleh biakan
murni.
Dalam melakukan metode ini Koch dibantu dengan dua orang asisten yang
sangat berjasa yaitu Petri yang menciptakan cawan dengan tutup yang dikenal dengan
nama Petri dish. Dan pembantu kedua adalah Hesse yang menemukan agar-agara
untuk menggantikan gelatin. Agar-agar ternyata lebih baik daripada gelatin, karena
tidak cepat mencair karena titik cairnya 95C.
CARA STERILISASI
b. Sifat-sifat koloni pada agara miring terhadap benuk dan tepi koloni adalah:
serupa pedanng; serupa duri; serupa titik-titik; serupa batang; serupa akar.
c. Sifat koloni pada tususkan gelatin dimana mikroorganisma tidak mendegradasi gelatin:
Serupa pedang; serupa tasbih; bertonjol-tonjol; berjonjot; serupa batang.
Jika mendegradasi gelatin maka bentuknya serupa kawah; serupa mangkuk; serupa
corong; serupa pundi-pundi; berlapis
Bakteri berasal dari kata “bakterion” yang berarti tongkat atau batang. Sekarang
nama tersebut digunakan untuk menyebut sekelompok mikroorganisma yang bersel satu,
tidak berklorofil, berbiak dengn membelah diri serta hanya nampak dengan menggunakan
mikroskop. Bentuk bakteri dibagi atas tiga golongan yaitu : basil, kokus dan spiral.
Basil berbetuk serupa tongkat pendek, silindris. Sebagian besar bakteri berupa
basil dan antara basil dapat bergandengan satu sama lain. Yang bergandengan panjang
disebut streptobasil, sedangkan yang dua-dua disebut diplobasil. Jika terlepas satu sama
lain ujungnya berbentuk tumpul sedangkan yang bergandengan ujungnya lancip.
Kokus adalah bakteri yang bentuknya serupa bola-bola kecil. Kokus ada yang
bergandengan panjang serupa tali disebut streptokokus; ada yang bergandengan dua-dua
disebut diplokokus; ada yang berkelompok berempat disebut tetrakokus. Kokus yang
mengelompok merupakan suatu untaian disebut stafilokokus; sedangkan kokus yang
mengelompok seperti kubus disebut sarsina.
Spiral adalah bakteri ayng bengkok atau berbengkok-bengkok serupa spiral.
Golongan ini merupakan golongan yang paling kecil dibanding dengan golongan kokus
maupun basil.
Pada umumnya bakteri yang berumur muda (6-12 jam) berukuran lebih besar
dibanding dengan yang berumur tua. Bakteri yang berumur tua sering menampakkan
kelainan bentuk, tetapi akan berbentuk normal kembali setelah dipelihara pada medium
baru.
Ukuran Bakteri
Pada umumnya bakteri berukuran kecil sekali sehingga untuk melihatnya harus
menggunakan mikroskop. Secara umum dapat dikatakan bahwa bakteri kokus memiliki
diameter 0,5 sampai 2,5m; basil memiliki ukuran lebar antara 0,2-2,0m dan panjang 1-
15m.
Susunan Sel
Pada sel bakteri terdiri dari dinding luar, sitoplasma dan bahan inti. Dinding sel
terdiri dari bahan organik seperti selulosa, hemiselulosa, khitin tergantung pada
spesiesnya. Dinding luar terdiri dari 3 lapis yaitu lapisan lendir, dinding sel dan
membran sitoplasma. Karena bahan penyusun tersebut maka bakteri umumnya
digolongkan pada tumbuhan.
Fungsi dinding sel dalah memberi perlindungan, mengatur keluar masuknya zat
kimi serta berperan dalam pembelahan sel.
Membran sitoplasma (palsmolema atau hialin) merupakan bungkus dari
protoplasma dan membran ini menyusut pada waktu mengalami plasmolisis. Bahan
penyusunnya terdiri dari protein dan lipida serta mudah menghisap zat warna alkalis.
Lapisan lendir (kapsula), terdiri atas karbohidrat dan pada beberapa spesies
tertentu mengandung N atau P. Lendir ini memberikan perlindungan terhadap
kekeringan, dan kebanyakan bakteri memiliki kapsula. Kapsula berguna sebagai ciri
untuk identifikasi.
Isi sel berupa protoplasma atau sitoplasma atau plasma sel. Bahan penyusunnya
adalah protein, karbohidrat, enzim-enzim, S, CaCO3dan zat yang banyak mengandung
RNA.
Inti/nukleus yang terdiri atas DNA dan RNA etapi inti pada bakteri tidak memiliki
membran (prokaryon), sedangkan pada mahluk tingkat tinggi intinya memiliki membran
(eukaryon). RNA adalah bagian dari ribosom yang terdapat dalam sel berfungsi sebagai
organ penyusun protein.
Bakteri adalah mahluk haploid, tidak memiliki retikulum endoplasm,
mitokondria, tubuh golgi. Pada bakteri gram positif terdapat lipatan-lipatan plasmolema
yang disebut mesosom yang kemungkinan berfungsi sebagai mitokondria.
Flagel
Telah diketahui beberapa bakteri bergerak menggunakan flagel (flagellum yang
berarti bulu cambuk). Banyak spesies yang dapat bergerak tetapi banyak pula yang tidak
dapat bergerak. Dari golongan kokus tidak banyak yang dapat bergerak. Yang dapat
bergerak memiliki 1 sampai 5 flagel. Dari golongan spiral banyak yang dapat bergerak
karena mempunyai flagel pada salah satu atau kedua ujung sel. Golongan basil yang
dapat bergerak mempunyai flagel yang tersebar baik pada ujung-ujung maupun pada sisi.
Berdasarkan tempat kedudukan flagel, maka dapat diklasifikasikan menjadi :
a. Jika flagel hanya satu dan melekat pada ujung sel maka disebut monotrik,
b. jika flagel melekat pada salah satu ujung itu banyak, maka disebut lofotrik
c. jika banyak flagel melekat pada pada kedua ujung sel disebut amfitrik
d. Jika suatu spesies tidak mempunyai flagel sama sekali maka disebut atrik.
Pada umumnya lebar (diameter) flagel kurang daripada 0,1m dan hanya dapat
dilihat dengan menggunakan mikroskop elektron. Flagel terdiri atas suatu protein yang
disebut flagelin, yaitu semacam miosin.
Beberapa bakteri gram negatif memiliki bulu-bulu panjang sekeliling sel. Bulu-
bulu ini tidak berlekuk dan lebih halus daripada flagel. Bulu-bulu ini disebut dengan pili
(pilus = rambut). Dengan pili ini bakteri mudah mengapung dan diduga mempunyai
fungsi dalam konyugasi (perkawinan).
Spora Bakteri
Pada umumnya spora dipakai untuk alat berbiak seperti pada jamur, ganggang,
lumut, paku-pakuan, akan tetapi pada bakteri, spora adalah bentuk bakteri yang sedang
dalam usaha mengamankan diri terhadap pengaruh buruk dari luar. Spora bakteri
mempunyai fungsi yang sama seprti kista amoeba. Jika keadaan luar baik kembali maka
maka pecahlah bungkus spora atau dinding kista. Beberapa spesies Bacillus yang aerob
dan beberapa spesies Clostridium yang anaerob dapat membentuk spora. Spora ini lazim
disebut endospora karena spora dibentk di dalam sel.
Menurut Knaysi, terjadinya spora atau sporaulasi dapat dibagi menjadi 4 tahap:
a. Tahap dimana koloni menunjukkan pertumbuhan lambat
b. Kelihatan adanya bahan-bahan lipoprotein yang mengumpul ke salah satu ujung sel
sehingga ujung itu tampak padat.
c. Timbul bungkus yang menyelubungi calon spora yang terdiri dari dua lapis yaitu kulit
luar (eksin) dan kulit dalam (intin).
d. Spora tampak berubah benuk dan volume.
Sel yang mengandung endospora disebut denga sporangium atau kotak spora.
Adanya spora dapat diketahu dengan pengamatan secara morfologi dan secara fisiologi,
bentuk spora dapat dilihat dengan mikroskop biasa. Jika spora tidak diwarnai, tampak
sebagai benda yang agak suram disampig protoplasma yang tembus sinar
KLASIFIKASI BAKTERI
Dunia tumbuhan pada garis besarnya dibagi atas divisi, klas, ordo, famili, genus
dan spesies dan varietas. Tetapi terkadang terdapat penyisipan sub kelompok seperti sub-
dvisi, sub-klas, sub-ordo, sub-famili, sub-genus, sub-spesies dan sebagainya.
Untuk penyebuan nama suatu bakteri digunakan sistem dua nama (binomenklatur)
yaitu nama genus diikuti dengan spesies. Huruf pertama dari genus ditulis dengan huruf
besar, sedangkan keterangan spesiesnya ditulis dengan huruf kecil dan digaris bawahi
atau dicetak miring.
Sistematika penulisan saat ini digunakan sistematika yang disusun oleh Bergey.
Klasifikasi bakteri menurut Bergey adalah sebagai berikut:
Rhodhobacteriineae
Psedomonadales
Athiorhodaceae
Clamydobacteriales
Chlorobacteriaceae
Shizophyceae Hyphomicrobiales
Shizomycetes Eubacteriales
Nitrobacteriaceae
Microtatobiotes Actinomycetales
Methanomonadaceae
Caryophanales
Thiobactericeae
Beggiatoales
Pseudomonadaceae
Myxobacteriales
Caulobactteraceae
Spirochaetales
Siderocapsaceae
Divisi I Protophyta Mycoplasmatales Spirilaceae
Divisi II Thallophyta
Divisi III Bryophyta
Chlamidobacteriaceae
Divisi IV Pteridophyta
Peloporaceae
Divisi V Spermatophyta
Crenotrichaceae
Caryophanaceae
Hyphomicrobiaceae
OScillosporaceae Pasteuriceae
Arthromitaceae
Azotobacteraceae
Beggiatoaceae Rhizobiaceae
Vitreoscillaceae
Acromobacteraceae
Leucotrichaceae
Enterobacteriaceae
Achromatceae Brucellaceae
Micrococcaceae
Cytophagaceae Neisseriaceae
Arcangiaceae
Brevibacteriaceae
Sorangiaceae
Lactobacillaceae
Polyangiaceae
Propionibacteriaceae
Myxococcaceae
Corynebacteriaceae
Bacillaceae
Spirochaetaceae
Treponemataceae
Mycobacteriaceae
Actinomycetaceae
Plasmataceae
Streptomycetaceae
Actinoplanaceae
Sifat-sifat Klas Shizomycetes
Terdiri atas tumbuhan bersel satu, ada yang dapat bergerak ada yang tidak, tidak jelas
adanya inti (eukarion). Inti yang sederhana disebut prokaryon dan haploid.
Sel-sel nya berbentuk bola, tongkat, koma dan spiral. Ada yang hidup sendiri ada yang
berkelompok. Ada yang memiliki pigmen ada yang tidak. Pembiakan dilakukan secara vegetatif
dengan pembelahan diri, beberapa spesie membentuk endosppora untuk mengatasi pengaruh
buruk lingkungan. Bakteri ada yang hidup bebas, autotrof, ada pula yang hidup sebagai saproba,
sebagai parasit ada pola yang patogen.
Struktur sel Grup biologi Ukuran normal Batasan ekstrim Batasan untuk
grup mayor
Sel eukariot alga uniseluler 5.000-15.000 5-100.000 5-150.000.000
Protozoa 10.000-50.000 20-150.000.000
Khamir/yeast 20-50 20-50
Sel prokariot Eubacteria 1-5 0,10-5.000 0,01-5.000
Sphirochetes 0,1-2 0,05-1.000
Myxobacteria 1-5 0,50-20
Alga biru-hijau 5-50 0,10-5.000
Rickettsia 0,01-0,03 0,01-0,03
Virus Grup cacar 0,01 Ukuran tetap untuk 0,00001-0,01
Virus rabies 0,0015 setiap grup
Virus flu 0,0005
Virus polio 0,0001
Organisma prokariot memiliki ukurang yang lebih kecil dibanding dengan organisma
eukariot. Evolusi yang terjadi pada organisma prokariot adalah lebih terekspresi pada
metabolismenya dibanding dengan struktur tubuhnya. Organisma ini dapat digolongkan secara
umum menjadi 4 golongan berdasarkan cara medapat nutrisi yaitu : photoautotroph,
photoheterotroph, chemoautotroph dan chemoheterotroph
Photoautotroph adalah organisma yang mengandalkan CO2 untuk kebutuhan nutriennya
Photoheterotroph adalah organisma yang mengandalkan senyawa organik dibading CO2 sebagai
sumber karbon.
Chemoautotroph adalah organisma yang mengandalkan/memerukan nutrien sederhana murni
oksidasi senyawa inorganik sebagai sumber energi
Chemoheterotroph adalah organisma nonphotosithesis dimana memerlukan senyawa organik
sebagai sumber energinya.
Organisma nonphotosintesis dapat dibagi dua berdasarkan cara mendapatkan nutrien dari
lingkungannya yaitu :
Osmotrophic nutrient, bakteri dan fungi menyerap makanan dalam bentuk terlarut
Phagothropic nutrition, Protozoa mencerna makanannya yang berbentuk padat
KONDISI FISIK YANG DIBUTUHKAN UNTUK PERTUMBUHAN
Selain menyediakan nutrien yang sesuai untuk kultivasi bakteri, juga perlu
disediakan kondisi fisik yang memungkinkan pertumbuhan optimum. Bakteri tidak
hanya amat bervariasi dalam persyaratan nutrisinya, tetapi juga menunjukkan respon
yang berbeda-beda terhadap kondisi fisik di dalam lingkungannya.
Suhu
Karena semua proses pertumbuhan berganung pada reaksi kimiawi dan karena
laju reaksi-reaksi ini dipengaruhi oleh suhu, maka pola petumbuhan bakteri dapat sangat
dipengaruhi oleh suhu. Suhu juga mempengaruhi laju pertumbuhan dan jumlah total
pertumbuhan organisma. Keragaman suhu dapat juga mengubah proses-proses metabolik
tertentu serta morfologi sel. Suhu inkubasi yang memungkinkan pertumbuhan tercepat
selama periode waktu singkat (12-24 jam) disebut suhu pertumbuhan optimum.
Klasifikasi bakteri berdasarkan suhu optimum adalah sebagai berikut :
Atmosfer gas
Gas-gas utama yang mempengaruhi pertumbuhan bakteri ialah oksigen dan
karbon dioksida. Bakteri memperlihatkan keragaman yang luas dalam hal respon
terhadap oksigen bebas, dan atas dasar ini maka dibagi menjadi kelompopk aeobik;
anaerobik; anaerobik fakultatif dan mokroaerofilik.
Beberapa bakteri tidak hanya anaerobik tetapi juga sangat sensitif terhadap
oksigen; bila terkena oksigen maka akan terbunuh.
Kondisi lain-lain
Beberapa kelompok bakteri mempunyai persyaratan tambahan, sebagai contoh
organisma fotoautotrofik (fotosintetk) harus diberi sumber pencahayaan, karena cahaya
adalah sumber energinya. Pertumbuhan bakteri dapat dipengaruhi oleh keadaan tekanan
osmotik (tenaga atau tegangan yang terhimpun ketika air berdifusi melalui suatu
membran) atau tekanan hidrostatik (tegangan zat alir). Bakteri tertentu yang disebut
bakteri halofilik dan dijumpai di air asin, wadah berisi garam, makanan yang diasin, air
laut, dan danau air asin, hanya tumbuh bila mediumnya mengandung konsentrasi garam
yang tinggi. Mikroorganisma yang membutuhkannya NaCl untuk pertumbuhannya
disebut halofil obligat (bakteri yang tidak akan tumbuh kecuali konsentrasi garamnya
tinggi). Yang dapat tumbuh dalam larutan NaCl tetapi tidak mensyaratkannya disebut
halofil fakultatif.
Sel
Seluruh mahluk hidup terdiri dari sel, yang terdiri dari 2 tipe yaitu sel prokariot
dan sel eukariot. Gambar … menunjukkan 2 tipe sel yang bagian-bagiannya
diterangkan di bawah ini :
Dinding sel : Diding Sel prokariot mengandung glikopeptida hal tersebut tidak
dimiliki sel eukariot. Dinding sel eukariot mengandung kitin, selulosa dan polimer
gula lainnya yang menjadikannya kuat.
Membran sel. Terdiri dari dua lapisan dari fosfolipid, membran sel menyelubungi
sel tetapi tidak bersifat halangan pasif karena memungkinkan sel secara aktif
menseleksi metabolit yang dibutuhkan dan engeluarkan produk-produk sisa.
Ribosoma: Adalah bagian dari sintesis protein. Terdiri dari 2 sub unit. Ribosom
pada prokariot sebanyak 70S dan memiliki 2 sub unit: 30S (kecil) dan 50S
(besar). Ribosom eukariot sebanyak 80S dan memiliki sub unit 40S (kecil) dan
60S (besar). S artinya Unit unit Svedberg, ukuran dari kecepatan sedimentasi
partikel pada ultrasentrigasi yang setara dengan ukuran dari partikel. Unit
Svedberg tidak bersifat penambahan, dua sub unit ribosom dapat memiliki nilai
bersama tetapi tidak dapat ditambahkan menjadi nilai ribosom keseluruhan. Sub
unit 30S prokariot dibangun dari molekul RNA 16S dan 21 rantai polipeptida,
sedangkan sub unit 50S dibangun dari 2 molekul RNA dengan urutan 5S dan
23S dan 34 rantai polipeptida.
Mitokondria : adalah suatu struktur yang dikelilingi membran yang terdapat pada
sel eukariot dimana terjadi proses aerobik respirasi dan fosforilasi oksidatif yang
menghasilkan energi. Sel prokariot tidak memiliki mitokondria dan energi
dihasilkan dimembra sel
Membran inti : Mengelilingi inti pada sel eukariotdan tidak dimiliki oleh sel
prokariot. Pada sel prokariot hanya satu makromolekul DNA berbentuk lingkaran
yang mengandung sifat hereditas atau genom (pada sel prokariot hanya satu
sirkular molekul DNA yang membawa perangkat keturunan dan genome).
sedangkan pada sel eukariot DNA tersebar pada kromosom-kromosom.
Nucleolus : adalah struktur yang terdapat pada inti sel eukariot tempat
mensintesis RNA ribosom. Portein ribosom disintesis pada sitoplasma kemudian
ditransportasikan ke dalam nukleolus untuk dikombinasikan dengan RNA
ribosom untuk membentuk sub unit besar dan kecil dari ribosom eukariot.
Mereka kemudian di ekspor ke sitoplasma dimana kemudian bergabung menjadi
ribosom yang utuh
Klasifikasi mahluk hidup setiap saat berkembang. Klasifikasi mahluk hidup pada
awalnya hanya dibagi menjadi 2 kategori hewan dan tumbuhan. Ketika
mikroskop ditemukan pada pertengahan abad ke-16 saat pertama kali
mikroorganisma dapat diobservasi, mahluk hidup kemudian dibagi menjadi
tumbuhan, binatang dan protista (mikroorganisma) yang dapat dilihat hanya
dengan bantuan mikroskop. Penggolongan mahluk hidup ini berlaku dari tahun
1866 hingga tahun 1960-an. Dari tahun 1960-an hingga tahun 1970-an
Whittaker membagi mahluk hidup menjadi 5 grup. Dasar dari klasifikasi tersebut
adalah tipe sel : prokariot atau eukariot; tingkat kompleksitas : sel tunggal atau
multiseluler ; tipe nutrisi: heterotrop dan autotrop. Berdasar sifat-sifat tersebut
Whittaker embagi menjadi 5 grup yaitu Monera (bakteri), Protista (alga dan
protozoa), tumbuhan, Fungi dan hewan.
Klasifikasi mahluk hidup saat ini berdasarkan pada hasil kerja Carl R
Woose dari Universitas Illinois yaitu berdasarkan sekuen dari RNA ribosom
(rRNA) pada 16S dari sub-unit kecil dari ribosom prokariot, dan ribosom 18S
eukariot. Alasan mengapa menggunakan rRNA sekuen untuk penggolongan
maluk hidup adalah sebagai berikut :
a. 16S (atau 18S) rRNA merupakan bagian penting pada ribosom,
merupakan organel penting yang ditemukan di seluruh mahluk hidup
b. Memiliki fungsi yang sama di seluruh ribosom
c. Perubahan Sekuennya sangat lambat terhadap waktu evolusi,
mengandung sekuen variabel dan tetap dimana dapat digunakan untuk
membandingkan spesies yang memiliki hubungan yang dekat ataupun
yang jauh
Tabel 2. Perbedaan sifat dari ketiga grup mahluk hidup (Madigan dan Martimko,
2006)
1Protein histone terdapat pada eukariotik kromosom Histon dan DNA
membentuk struktur pada kromosom di eukariot
2Intron adalah non koding sekuen pada gen
3Operon adalah sekelompok gen yang dikontrol oleh satu buah operator dan
umum terdapat pada sel prokariot
4. Faktor transkrisi adalah protein yang melekat pada DNA pada promotor
spesifik dimana terjadi pengaturan trasnkripsi
I. roorganisma yang umum digunakan pada industri mikrobiologi dan
bioteknologi
Penggunaan medium yang baik, cukup dan dan terjamin adalah penting
sebagaimana pentingnya menggunakan mikroorganisma yang cocok di Industri.
Jika medium tidaklah cukup, bagaimanapun mikroorganisma produktif yang
digunakan, tetap tidak dapat bekerja secara maksimal. Bukan saja produk yang
dihasilkan menjadi menurun tetapi juga dapat menghasilkan racun. Media cair
biasanya digunakan dalam industri karena memerlukan lebih sedikit tempat,
lebih mudah melaksanakan proses rekayasa, dan mengurangi biaya persiapan
penggunaan agar atau bahan padat lainnya.
c. Biaya trasnportasi
Jarak antara industri dengan tempat bahan baku berada merupakan
hal yang sangat penting karena biaya bahan baku, biaya produk yang
dihasilkan dan daya saing di pasaran dipenagruhi oleh biaya
transportasi. Makin dekat jarak sumber bahan baku adalah semakin
baik
e. Kualitas dari bahan baku (dalam hal ini komposisi yang terkandung)
haruslah relatif konstan untuk menjaga keseragaman produk yang
dihasikan serta menjaga kepuasan dari konsumen. Pada kasus dimana
pemasok bahan baku banyak, umumnya mereka berkompetisi dalam
menjaga mutunya sesuai dengan yang diinginkan pengguna. Dala hal
dimana bahan baku berasal dari limbah industri lainnya seperti misalnya
molase, industri yang menghasilkannya tidak terlalu peduli dengan mutu
yang dihasilkannya. Oleh karena itu perlu dilakukan analisis pada setiap
batch molase yang akan digunakan guna mengetahui berapa banyak
komponen lainnya yang harus dtambahkan. Bahan baku dengan
variabilitas kualitas yang tinggi tidak diinginkan karen amembutuhkan
biaya ekstra yang mahal, tidak saja untuk analisis tetapi juga bahan
tambahan lainnya yang dibutuhkan agar dapat mencapai kualitas ang
diinginkan.
Bahan baku yang didiskusikan adalah limbah mengingat beberapa sifat yang
harus dimiliki seperti murah, tersedia, keterjaminan kualitas kandungan kimia
dan lain-lain. Bhana baku pada suatu negara murah, pada daerah lain di negara
yang sama belum tentu murah, terutama jika bahan tersebut juga digunakan
untuk proses produksi lainnya. Pada beberapa kasus, bahan subtitusi yang
cocok harus dicari jika proses produksi harus dilakukan pada tempat yang baru.
Penggunaan bahan subtitusi lokal tersebut menjadi nilai positif karena dapat
dapat mengurangi biaya transportasi bahan baku atau bahkan dapat
menciptakan lapangan kerja bagi penduduk lokal. Penelitian pendahuluan perlu
dilakukan jika bahan lokal tersebut memiliki komposisi yang agak berbeda
dengan bahan yang baisa digunakan. Beberap abahan baku yang biasa
digunakan akan diterangkan di bawah ini.
(a) Corn steep liquor. Produk tersebut adalah limbah dari pengolahan pati
dari jagung. SO2 ditambahkan pada air yang merendam jagung. Dengan
pH yang rendah akan menghambat pertumbuhan hampir seluruh
mikroorganisma, tetapi mendorong tumbuhnya bakteri asam laktat,
terutama termofilik homofementatif Lactobacillus spp, yang akan
meningkatkan suhu menjadi 38-55oC. Dalam kondisi tersebut,
kebanyakan protein yang ada di jagung diubah menjadi peptida dan
keluar dari jagung bersama dengan gula menjadikannya sebagai
makanan untuk bakteri asam laktat. Fermentasi laktat berhenti ketika
konsentrasi SO2 mencapai 0.04% dan konsentrasi asam laktat antara 1.0
dan 1.5%, pada saat ini pH menjadi 4. Kondisi asam menjadikan kernel
lunak sehingga memudahkan penggilingan sedangkan pembentukan gel
dari pati tidak tertunda. Supernatan yang dipoisahkan dari rendaman
jagung disebut corn step liquor. Sebelum digunakan cairan tersebut
disaring dan dikonsentrasikan menggunakan panas hingga konsentrasi
padatan menjadi 50%. Proses pemanasan akan membunuh bakteri.
Corn step liquor banyak digunakan di industri-industri sebagai nutrisi di
medium pertumbuhan organisma karena kaya akan karbohidrat, nitrogen,
vitamin dan mineral. Komposisinya bervariasi dan dipengaruhi varietas
jagung, kondisi perendaman, pemanasan dan lain-lain. Corn step liquor
bersifat sangat asam, perlu dilakukan penetralan dengan CaCO3 sebelum
digunakan.
(b) Dikenal juga dengan nama porflo, berupa bubuk kuning yang terbuat dari
embrio biji kapas. Digunakan dalam pembuatan tetracycline dan
beberapa penisilin sintetik. Kaya akan protein (56% w/v) dan karbohidrat
24%, minyak 5%, dan abu 4% juga kaya akan kalsium, besi, klorida, fosfor
dan sulfat.
Molase
Molase adalah sumber gula dari limbah industri gula, dan digunakan pada
banyak industri fermentasi seperti alkohol, aseton, asam sitrat, glyserol dan
khamir. Ada 2 tipe molase berdasarkan bahan baku industri gula yaitu dari gula
(Saccharum officinarum) atau beet (beta alba). Empat tahap proses dalam
pembuatan gula. Setelah digiling, cairan gula dari tebu berwarna hijau kemudian
dilakukan pemanasan dan penambahan soda (lime). Penambahan soda
menjadikan kondisi basa menghentikan hidrolisis, dan pemanasan menjadikan
koagunal-koagulan protein dan bahan yang tidak diinginkan lainnya membentuk
semacam lumpur. Bagian atas (supernatan) kemudian dipisahkan dan
dikonsentrasikan menggunakan beberapa evaporator berurutan mulai dari yang
bertekanan rendah meningkat bertahap makin tinggi. Pada tahap akhir, kristal
gula mulai terbentuk dengan makin meningkatnya panas dibawah tekanan tinggi,
menghasilkan sirup kental berwarna coklat yang mengandung kristal dan disebut
dengan massecuite (pada industri menggunakan bit disebut filmass).
Massecuite kemudian disentrifus untuk memisahkan gula kristal dengan
cairannya yang disebut molase. Gula hasil koleksi pertama disebut “A” dan
cairan yang terpisah disebut ‘A’ molase. A molase selanjutnya didihkan untuk
mengekstrak kristal gula menghasilkan rendemen gula B dan molase B. Dua
atau lebih proses pendidihan dilakukan untuk mendapatkan kristal gula hingga
sampai tidak ekonomis lagi proses tersebut dilakukan. Molase akhir ini disebut
“blackstrap molase”. Gula yang dihasilkan dari ‘blackstrap molase’ bermutu
rendah dan berwarna coklatdan dikenal dengan gula mentah, cargo sugar dan
gula rafinasi. Gula mentah tersebut kemudian dimurnikan kembali (pada pabrik
pengolahan lain) untuk menghilangkan kotoran termasuk warna coklat akibat
karamelisasi menjadi gula putih yang biasa digunakan sehari-hari. Cairan yang
dihasilkan dari proses pemurnian ini disebut sebagai sirup, mirip dengan molase.
Pada industri gula menggunakan bit sebagai bahan baku, proses yang dilakukan
adalah sama tetapi nama fraksi yang diperoleh dari pemurnian berbeda. Molase
dari tebu berbeda komposisinya dengan dari Bit, Molase daribit bersifat basa
sedangkan molase dari tebu bersifat asam. Satu hal yang perlu diperhatikan
bahwa molase yang dihasilkan waalupun dari jenis bahan baku yang sama,
berbeda komposisinya dari tahun ke tahun, dan dari satu daerah dengan daerah
lain.
Industri pengguna umumnya memilih molase dengan komposisi yang sesuai dan
membelinya untuk 1 tahun kebutuhan. Untuk produksi sel, varisi kualitas dari
molase tidaklah menjadi hal yang kritis, tetapi untuk menghasilkan metabolit
seperti asam sitrat, perubahan komponen sekecil apapun akan memberikan
dampak terhadap produksi bahan metabolit tersebut.
Molase inverted (high test molase) adalah sirup kental berwarna cokelat
digunakan pada industri destilasi mengandung 75% gula (sukrosa dan gula
reduksi) dan sekitar 18% kadar air. Secara sederhana dapat dikatakan bukan
lagi molase tetapi gula invert (contoh, gula reduksi hasil hidrolisis sukrosa).
Diproduksi dari hidrolisis konsentrat larutan dengan asam dan disebut metode
Cuban, enzim invertase digunakan dalam hidrolisis. Terkadang gula A di invert
dan dicampurkan dengan molase A.
Cairan Sulfit
Cairan sulfit atau cairan limbah sulfit, adalah cairan hasil dari proses sulfit pada
pengolahan pulp dari kayu. Tergantung dari tipenya, kebanyakan kayu
mengandung selulosa 50%, sekitar 25% lignin dan 25% hemiselulosa. Selama
proses sulfit, hemiselulosa dihidrolisis dan larut menghasilkan heksosa, glukosa,
manosa, galaktosa, fruktosa dan gula pentosa silosa dan arabinosa. Senyawa
asam memecah ikatan kimia antara lignin dan selulosa dan selanjutnya
melarutkan lignin. Tergantung pada perlakuan, selulosa hasil proses masih
berupa serat dan dapat dijadikan pulp. Kehadiran dari ion kalsium berfungsi
sebagai bufer dan membantu menetralisir asam kuat lignin sulfonat. Degradasi
dari selulosa menghasilkan glukosa. Sebagian dari gula ersebut diubah menjadi
gula asam slfonat yang tidak dapat terfermentasi. Sejumlah asam asetat, format
dan asam galakturonat juga dihasilkan.
Cairan sulfit dengan komposisi berbeda-beda dihasilkan bergantung pada tipe
perlakuan dan tipe dari kayu. Makin beratnya perlakuan yang diterima, makin
banyaknya gula yang dihasikan dari degradasi hemiselulosa diubah menjadi
asam sulfonat, begitu pula gula yang dihasilkan makin banyak dari degradasi
selulosa. Pohon keras tidak saja menghasilkan rendemen gula dalam jumlah
tinggi (3%) tetapi juga menghasilkan pentosa dalam bentuk silosa. Hidrolsat
pohon keras juga mengandung asam asetat sedangkan pada pohon lunak
mengahasilkan produk dengan kandungan 75% heksosa,yang terbanyak
manosa. Cairan slfit diguanakan sebagai medium untuk mikroorganisma setelah
dinetralisasi dengan CaCO3 dan diperkaya dengan garam amonium atau urea
dan nutrien lainnya. Digunakan untuk memproduksi alkohol dan khamir.
Beberapa contoh tidak mengandung cukup bahan assaimilable carbonaceous
untuk fermentasi modern. Oleh karena itu biasanya diprkaya dengan ekstrak
malt dan lain lainnya.
Substrat lainnya
Substrat lain yang digunakan sebagai bahan mentah di fermentasi adalah
alkohol, asam asetat, metanol, metan, dan fraksi dari minyak mentah.
FAKTOR-FAKTOR PERTUMBUHAN
AIR
Air adalah bahan baku yang sangat dibutuhkan dalam industri mikrobiologi.
Dibutuhkan sebagai komponen utama untuk medium fermentasi, untuk
pendinginan, pencucian dan membersihkan. Dibutuhkan dalam jumlah banyak
hingga ribuan liter tergantung dari industri. Pada beberapa industri minuman,
kualitas dari produk tergantung dari air. Dalam upaya menjaga kekonstanan dari
kualitas produk, kualitas air harus selalu dianalisis secara reguler untuk mineral,
warna, pH dan lainnya. Jika pasokan air dari sumber air wilayah tidak
mencukupi, industri harus mengusahakan sendiri kebutuhannya.
Sumber Karbohidrat
Keseluruhan adalah polisakarida dan harus dihidrolisis enjadi gula sebelum
diguakan
a. Singkong / Casava
Merupakan akar dari tanaman singkong (Manihot esculenta) dan menjadi
sumber utama karbohidrat untuk manusia (sebagian hewan) pada banyak
negara tropis. Memiliki banyak kelebihan seperti rendemen karbohidrat tinggi,
tidak memerlukan pemeliharaan yang intensif, dan umbi yang dihasilkan dapat
bertahan berbulan-bulan didalam tanah tanpa mengalami kerusakan sebelum di
panen. Pati singkong setelah dihidrolisis, dijadikan sebagai sumber karbon
untuk protein sel tunggal, ethanol dan bahkan minuman. Di Brazil dijadikan
sebagai sumber bahan baku fermentasi alkohol yang dicampur dengan bensin
membentuk gasohol untuk kendaraan.
Ubi-ubian
Dengan nama latin Ipomoea batatas adalah tanaman yang hidup di iklim hangat,
walaupun dapat tumbuh pada daerah subtropis. Terdapat berbagai macam
cultivar, yang memiliki warna yang berbeda pada umbi dan kulitnya dan juga
memiliki perbedaan pada ukuran, waktu kematangan, rendemen dan kemanisan.
Mereka tumbuh diberbagai belahan dunia seperti Afrika Utara, Amerika dan Asia.
Ubi mengandung lebih sedikt karbohidrat dibanding dengan jagung, gamdum,
atau singkong, akan tetapi memiliki kelebihan bahwa ubi tidak terlalu banyak
membutuhkan perawatan. Ubi telah banyak digunakan sebagai sumber gula
karena umbinya mengandung enzim sakarifikasi. Sirup hasil perebusan umbi
digunakan sebagai sumber karbohidrat untuk meramu media industri. Butil
alkohol, aseton dan etanol diproduksi dari sirup ini dengan kuantitas yang lebih
tinggi dibanding dengan diproduksi dari sirup jagung pada konsentrasi yang
sama. Diberitakan bahwa pada varietas tertentu telah dikembangkan hingga
produktivitasnya mencapai 40 ton per hektar, lebih tinggi dibandingkan dengan
singkong atau jagung.
Cocoyam (taro)
Cocoyam adalah nama dari beberapa tanaman edible dari jenis monokotil dari
family Araceae, dua jenis yang teah dikenal adalah Colocasia (taro) dan
Xanthosoma (talas-talasan). Tanaman tersebut tumbuh dan biasa dikonsumsi di
daerah tropis. Karena cukup sulit dibudidayakan dan memerlukan kelembaban
yang tinggi dan sulit penyimpanannya, maka tidak menjadi makanan sumber
karbohidrat di tempat dimana tumbuh. Pati dari cocoyam cocok digunakan untuk
keperluan farmasi.
Yam (Gadung)
Yam (Dioscorea spp) digunakan dan dikonsumsi luas di daerah tropis.
Dibanding dengan tanaman tropis yang dimanfaatkan akarnya, penanamnnya
cukup sulit sehingga jarang dimanfaatkan sebagai bahan makanan. Yam telah
dimanfaatkan untuk memproduksi berbagai jenis produk seperti tepung yam,
yam flakes. Jika pemanfaatan yam dikelola dalam skala besar, maka limbah dari
hasil pengupasan dapat dihidrolisis dan dimanfaatkan sebagai media di industry
mikrobiologi.
Millet (rumput-rumputan)
Adalah merupakan nama gabungan dari beberapa sereal yang benihnya kecil
dibandingkan dengan jagung, sorgum, beras dan lain-lainnya. Tanamannya juga
berukuran kecil. Tanaman-tanaman tersebut diklasifikasikan sebagai sereal
minor, tetapi bukan akibat dari ukurannya yang kecil tetapi karena tidak menjadi
komponen utama makanan manusia, walaupun sebenarnya tanaman tersebut
dapat tumbuh pada daerah yang minim dengan temperature tinggi dan cepat
menghasikan. Perhatian saat ini tertuju pada tanaman tersebut karena
kemampuannya bertahan pada kondisi ekstrim, selain itu juga millet dapat
tumbuh baik di daerah tropis maupun subtropics dan memiliki berbagai jenis
seperti Pennisetum americanum (millet mutiara), Setaria italica (millet foxtail)
Eleusine corcana (finger millet). Pati millet pernah dihidrolisis untuk digunakan
dalam produksi alcohol sejak 50 tahun yang lalu.
Beras
Beras, Oryza sativa adalah tanaman bahan pangan yang dibudidayakan di 5
benua, terutama yang beriklim tropis. Walaupun termasuk komoditas berbiaya
tinggi, tetapi memiliki kelebihan karena kemudahan dalam mekanisasi,
penyimpanan dan ketersediaan lembaga pengembangannya melalui IRRI,
filipina dan lembaga-lembaga lainnya. Lembaga-lembaga tersebut
menyimpulkan bahwa masa depan dari beras kemungkinan akan diganti sebagai
sumber pati lainnya seperti Yam atau singkong. Dengan peningkatan produksi
beras diharapkan makin menjadi efisien untuk kebanyakan negara sehingga
cukup murah untuk dijadikan sumber substrat bagi industri mikrobiologi. Beras
digunakan sebagai tambahan perasa pada industri minuman keras.
Sorgum
Sorgum bicolor, menduduki peringkat ke empat dalam jumlah produksi sereal
dunia, setelah gamdum, beras dan jagung. Digunakan dalam produksi bir di
berbagai dunia. Dalam penanamannya teah dimekanisasi dan memiliki potensi
yang sangat baik diantara sereal yag digunakan sebagai sumber karbohidrat
sebagai media dalam industri. Telah sukses di ubah menjadi malt dan
digunakan sebagai bir lager
Jerusalem artichoke
Helianthus tuberosus merupakan anggota dari tanaman famili compositae,
dimana karbohidrat yang tersimpan bukan pati tetapi inulin, polimer fruktosa
yang dapat dihidrolisa. Merupakan tanaman yang dimanfaatkan akarnya dan
tumbuh didaerah semi tropis dan tropis
Sumber protein
a. Kacang
Beragai macam biji dari jenis tanaman legum digunakan sebagai sumber untuk
memasok nitrogen pada media industri. Kacang tanah (Arachis hypogea) kaya
akan cairan dan protein. Cake dari kacang yang telah diekstrak minyaknya
biasanya digunakan sebagai bahan makanan ternak. Tetapi pada kasus kedelai,
minyak dari kacang tersebut dapat digunakan sebagai pencegah busa,
sedangkan limbah padat hasil ekstraksi minyak dapat digunakan sebgai sumber
protein. Kacang dan limbahnya kaya akan protein
b. Darah
Darah mengandung 82% air, 0.1% karbohidrat, 0.6% lemak, 16.4% nitrogen dan
0.7% abu. Adalah merupakan limbah dari produk pejagalan meskipun kadang-
kadang digunakan sebagai makanan ternak. Pengeringan dilakuka dengan cara
mengalirkan uap panas ke darah hingga suhu mencapai 100°C. Perlakuan ini
menjadikannya steril dan juga menyebabkan penggumpalan. Perlakuan
selanjutnya ditekan untuk menghilangkan serum, kemudian dikeringkan dan
digiling. Hasilnya adalah tepung darah berwarna cokelat dan mengandng 80%
proten, abu dan lemak. Bahan ini menjadi sumber penting protein untuk menjadi
media dalam industri
Daging Ikan
Daging ikan digunakan sebagai bahan makanan ternak. Mengandung banyak
protein (65%) dan mineral (21% kalsium, 8% kalsium dan 3.5% fosfor) dan dapat
digunakan sebagai media produksi mikroba. Daging ikan dibuat dengan cara
mengeringkan ikan dengan uap panas baik dengan bantuan vakum atau hanya
pengeringan biasa.Atau dengan cara melalukan udara panas ke ikan yang
ditempatkan pada drum yang berputar. Selanjutnya bahan tersebut kemudian
digiling.