Dari Redaksi >>

Biodiversity dan manfaatnya
MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI
Biodiversity, apa itu? Menurut Convention on Biological Diversity (1998), biodiversity (keanekaragaman hayati) adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan, hewan, mikroorganisme, dan ekosistim dimana organisme ini hidup. Karenanya, biodiversity adalah sumber daya alam yang penting bagi manusia dan ekosistem. Biodiversity ini merupakan aset besar dalam pengembangan Bioteknologi, sehingga semestinya negara yang kaya dengan biodiversity dapat memetik hasil dari kekayaan tersebut. Indonesia konon adalah negara biodiversity terbesar kedua di dunia (megadiversity), setelah Brasil. Seharusnya kita bisa menikmati hasil dari kekayaan tersebut. Tapi kenyataannya belum, bahkan kita jauh tertinggal dalam bidang Bioteknologi termasuk pemanfaatan biodiversity. Oleh karena itu, perlu kesadaran dan perhatian kita bersama terhadap kekayaan yang kita miliki dan juga terhadap pengetahuan dan teknologi untuk memanfaatkan biodiversity tersebut untuk kepentingan bangsa dan rakyat Indonesia. Biotrends edisi ini akan menfokuskan pada biodiversity, khususnya tentang berbagai jenis biodiversity dan peluang pemanfaatan biodiveristy tersebut. Diantara topik yang hadir adalah tentang keanekaragaman mikroba endofit yang dapat dijadikan sebagai sumber molekul yang bermanfaat untuk farmasetikal. Begitu juga keanekaragaman bakteri Bacillus thuringtensis yang bisa dimanfaatkan untuk ketahanan pangan dan kesehatan. Juga hadir topik tentang peluang biodiversity, khususnya tanaman untuk penemuan obat penyakit infeksi virus, yang menjadi topik hangat saat ini. Indonesia adalah negara kepulauan dan sekitar 70% diantaranya adalah laut. Karena itu, selain di darat kita juga harus memperhatikan laut, yang diperkirakan juga mengandung biodiversity yang luar biasa. Ini juga tentunya merupakan aset besar yang berpeluang untuk dimanfaatkan. Dalam konteks ini, kami juga menghadirkan artikel tentang “Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia”. Selain itu, yang tidak kalah menarik adalah topik diversity di tingkat mikro; seperti diversity di tingkat protein, gen, dan molekul. Analisa diversity tersebut bahkan tidak terbatas pada organisme yang bisa dikulturkan, tetapi juga pada organisme (khususnya mikroorganisme) yang tidak bisa dikulturkan. Bagaimana caranya? Artikel yang bertajuk “Metagnomik: lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru”. Dengan cara itu bisa dilihat bahwa sesungguhnya di tingkat mikro ditemukan variasi yang sangat beragam. Keanekaragam ini tentunya memiliki fungsi yang beragam pula. Tugas kita adalah menemukan fungsi dari masing-masing protein, gen, atau molekul tersebut. Caranya bisa anda temukan pada artikel-artikel dalam edisi ini, diantaranya adalah “Functional Genomics, untuk mempelajari fungsi gen dalam skala global”. Bahkan keanekaragaman molekul itu bisa diperkaya lagi. Gunanya adalah untuk meningkatkan peluang penemuan obat. Bagaimana caranya? Jawabannya bisa anda temukan pada artikel “Combinational Chemistry, pengayaan molekul diversity untuk penemuan obat”. Namun, perlu kita sadari bahwa agar bisa memberikan manfaat secara terus-menerus, kita tidak boleh mengeksploitasi biodiveristy, tetapi yang lebih penting adalah bagaimana mengolah, memanfaatkan, dan melestarikannya. Apa yang harus kita lakukan untuk itu? Simaklah perbincangan kami dengan Prof. Dr. Endang Sukara, Deputi LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (LIPI). Di sana anda juga bisa melihat upaya yang telah dilakukan LIPI untuk mengolah, memanfaatkan dan melestarikan biodiversity yang kita miliki. Selamat membaca!

Penanggung Jawab: M. Ahkam Subroto Pimpinan Redaksi: Andi Utama Anggota Redaksi: Adi Santoso Bambang Sunarko InesAtmosukarto Wien Kusharyoto Satya Nugroho Sigit Purwantomo Syahrudin Said Sekretariat: Siti Elly Faisholyah Ludya Arica Bakti Yulnawati Wulansih D. Astuti Seksi Promosi dan Marketing: Tutang Yatri Hapsari Betalini Widhi Hapsari Iklan: Sogir Hayat Raharja Fotografer: S. Jitno Rijadi Noor Rachman Design grafis: Wien Kusharyoto Uus Faizal Firdaussy Ahmad Saefudin S Ario Tutuko

BioTrends Majalah Populer Bioteknologi Diterbitkan oleh Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Jalan Raya Bogor Km. 46, Cibinong 16911 Telepon (021) 875 1527, 8754587 Faks (021) 8754588

Hak Cipta dilindungi oleh undang-undang. Dilarang memproduksi seluruh atau sebagian foto, teks, atau ilustrasi isi majalah dalam bentuk apapun tanpa izin tertulis terlebih dahulu kepada penerbit.

Redaksi

2

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

Metagenomik
Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru

/Hal 16
MIKROBA ENDOFIT:
SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI

/Hal 13
Secangkir TEH
Dari Redaksi Biodiversity dan Manfaatnya /Hal 2 Surat Pembaca Komentar dari para pembaca, tentang BioTrends /Hal 5 Program freeware DNA analysis ClustalW, BioEdit, dan CLC Free Workbench /Hal 23 Biokatalis Biokatalis, Enzim dan Biotransformasi /Hal 27

DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI

/Hal 06
Profil Pemanfaatan Biodiversity

Prof. Dr. Endang Sukara
“We are within biodiversity, but we do not know what is the real value of biodiversity”

/Hal 08
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

3

Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

“Functional Genomics ”
un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i gen da l a m sk a l a gl o b a l

/Hal 19
COMBINATORIAL CHEMISTRY: Melirik prospek Bioteknologi kelautan Indonesia /Hal 33 Keanekaragaman bakteri Bacillus thuringiensis, biologi molekuler dan upaya Bioteknologi untuk ketahanan dan kesehatan /Hal 38 Produksi edible vaksin dengan molekular farming /Hal 40 PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT

/Hal 25

Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus

/Hal 30

Rare sugars, karunia yang belum tereksplorasi

/Hal 35

4

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

materi dan Menanggapi surat dari sekretaris Kepala LIPI terhadap BioTrends edisi sebelumnya tentang salah penulisan pada kolom profil.Bogor Redaksi: Terima kasih atas saran dan masukannya. Mohon maaf . untuk edisi perdana kami baru mendistribusikan ke institusiinstitusi pemerintah. Bioterends sebelumnya baru saya dapatkan setelah memesan pada teman yang kuliah di Bogor.toko buku di berbagai kota. Hari Susanto. Sambudi Prof. Menurut saya cover .go. Peter Clezy Petroporphyrin Kirim Pertanyaan dan Komentar Anda Kirimkan opini. Mungkin ada benarnya edisi sebelumnya memuat artikel yang agak sulit dipahami terutama bagi orang yang tidak berkecimpung di dunia Bioteknologi.) Prof. Kalau bisa. Redaksi: Terima kasih atas tanggapannya. terutama bidang Bioteknologi. namun majalah ini agak sulit diperoleh. sumbangsih dan permintaan anda: disinilah forum tempat anda memberikan opini mengenai apa yang benar dan salah mengenai hal-hal yang kami angkat di majalah ini dan sebagai sarana agar kami tahu apa yang ingin anda baca. Distribusi Biotrends Sebelumya. opini.com. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 5 . kami meralat sebagai berikut: Hal 9 9 10 10 Baris 27 58 9 14 Kolom 1 2 1 1 Tertulis (SD jaman Belanda) Prof. nama saya Agung Firmansyah. Namun. tapi sepertinya terlalu berat dan sulit dicerna. Isinya Terlalu Berat Salam kenal. Saya termasuk orang yang sangat menyenangi dunia ilmu pengetahuan. Agung A. mulai edisi ini kami juga akan mendistribusikannya ke toko . Peter Klessy Peterporphyrin Seharusnya (SD pada dekade 40-60-an. tanggapan.surat PEMBACA Koreksi. Bandung penyajiannya lebih mudah dimengerti. Tetapi mengingat tujuan penerbitan majalah ini adalah untuk mempopulerkan ilmu pengetahuan di bidang Bioteknologi untuk berbagai lapisan masyarakat.Saya ucapkan selamat atas terbitnya edisi perdana dari Majalah Biotrend. Menurut saya isinya cukup baik. pertanyaan dan artikel anda ke BioTrends@lipi. Samhoedi Prof. Saya menyambut hangat terbitnya Biotrends. isi dan disain sudah cukup baik. kami akan terus berupaya untuk meningkatkan kualitas majalah ini untuk mencapai tujuan tersebut.id atau Biotrends@yahoo. IPB .

Malaysia yang dimotori etnis yang sama. Bahkan ada kesan bahwa dinamika dan mobilitas penduduk di daerah-daerah seperti itu justru (maaf beribu maaf) rendah. Suatu ungkapan versi lain untuk tidak menyebut malas. tak pelak lagi Asia Tenggara ditetapkannya sebagai salah satu dari 8 pusat asal usul tanaman budidaya dunia. (www. ulet. Nyatanya juga tidak demikian.5 abad. subur kang sarwi tinandur (segala yang ditanam tumbuh subur). Maka tanpa berpikir panjang. murah kang sarwi tinuku (segala yang dibeli. Kriteria utama penetapan pusat-pusat itu adalah adanya keanekaragaman tanaman budidaya yang tinggi di masing-masing pusat tersebut.menyimpulkan hasil kajiannya tentang asal usul tanaman budidaya setelah perjalanan panjang melanglang buana. Tuhan berseru “ Hai kamu bangsa Uganda. Apa gerangan yang salah dengan negeri ini? Sebuah anecdote tentang orang Uganda. Menurut yang empunya cerita. Istilah orisinilnya the IndoMalayan Centre. maka di belahan Nusantara yang alamnya tidak dapat dipandang ramah dan pemurah. meskipun sekedar sebagai pembantu. Konsekuensinya tentu mudah ditebak. terutama Gambar: Nikolai Ivanovich Vavilov. sebagai bagian dari kawasan Asia Tenggara. tongkat pun ditancap tumbuh jadi tanaman kata Koes Bersaudara. Anecdote itu sungguh sangat menyakitkan. Dan konon sejak itu pula pisang berlimpah di negara itu sehingga dijadikan makanan pokok penduduk setempat. secara spontan mereka pun memilih pisang”. harganya murah).secangkir TEH DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI Penulis: Made Sri Prana* K etika Nikolai Ivanovich Vavilov. Indonesia diibaratkan sebagai “The Garden of Eden” karena keanekaragaman buahbuahannya. Sejujurnya penjajahan era kini meskipun sifatnya halus dan tidak kasat mata mungkin jauh lebih dahsyat dampaknya daripada penjajahan fisik yang menimbulkan trauma. pisang atau otak”. yang sulit dicari tandingannya di dunia. telah membuat bangsa ini menjadi manja . Sementara itu asumsi faktor etnis yang menjadi penyebab keterpurukan Indonesia. Indonesia. terkesan sederhana namun mengandung makna yang sangat dalam. Andaikan pernyataan itu benar. melalui pembangunan tentunya. tandus dan gersang. Kajian lebih lanjut yang dilakukan oleh ilmuwan lain sesudahnya semakin mengukuhkan pernyataan Vavilov. yang konon merupakan jembatan emas menuju masyarakat yang adil dan makmur. sepertinya kini sudah tidak relevant lagi. Dengan semua kekayaan itu konon Indonesia pernah berjaya di masa silam. logikanya kita akan menemukan sosok-sosok manusia Indonesia yang rajin. istilah Jawa yang berarti lari. Setelah kemerdekaan tercapai. akan tetapi terlalu naïf rasanya untuk melimpahkan semua kesalahan hanya kepada si penjajah. Katakanlah di jaman Majapahit atau Sriwijaya. Maklum makanan juga serba sulit. Bahkan oleh salah satu tokoh keanekaragaman hayati. konon ketika Tuhan bermurah hati memberikan pilihan kepada orang. Argumentasi itu mungkin ada benarnya. barangkali menurut versi orang Inggeris yang pernah menjajahnya.lainsigna. yaitu Melayu. rakyat Nusantara tetap saja hidup bersahaja untuk tidak dikatakan melarat. kecuali apel. Namun kekayaan itu pulalah yang telah mengantar bangsa ini ke neraka penjajahan. jelas merupakan bagian terpenting dari pusat itu.org) 6 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Salah satunya adalah dampak dari penjajahan yang berlangsung lebih dari 3. dan energik. dan melesat meninggalkan Indonesia sambil membawa segelintir saudara serumpunnya. Meskipun pada kenyataannya pusat keanekaragaman suatu jenis tanaman tertentu tidak harus selalu identik dengan pusat asal usul dari tanaman yang bersangkutan. Ini mungkin juga terkait dengan pasokan energi yang tidak/kurang memadai. ilmuwan terkemuka Rusia. kegiatan pikir memikir menjadi masalah. kau lihat di tangan kananku ada pisang dan di tangan kiriku ada otak. yang berkarang. Pilihlah salah satu yang kamu mau. Banyak alasan (excuses) yang dijadikan kambing hitam sebagai penyebab keterpurukan bangsa ini. mungkin bisa membantu menguak kabut hitam kelam yang menyelimuti bangsa kita. Argumentasi lain adalah karena alam Indonesia terlampau ramah dan pemurah. ternyata kini sudah benar-benar melayu.

arbain@telkom. Kita perlu menguasai teknologi dan bukan sekedar teknik agar mampu terus berkreasi. Fax. Fakultas Kedokteran Hewan IPB. Ini tentu sangat berbeda dengan ucapan “ Why him/her? Why not me?” yang lebih kerap terdengar dalam kehidupan sehari-hari. Bioteknologi menawarkan banyak peluang dan terobosan untuk bisa memanfaatkan khasanah/kekayaan sumber daya hayati untuk kesejahteraan bangsa.id. http:// www. yaitu tim peneliti.LIPI. Spices and Other Natural Products (ASOMPS) XII. tidak perlu dimunafikan sepanjang sifatnya saling menguntungkan (mutual benefit). Dayar Arbain. guna meningkatkan kesejahteraan bangsa dan negara sekaligus mewujudkan konsep pemanfaatan sumberdaya hayati secara lestari. Dr.com. M. sedangkan kita bisa menimba pengetahuan (knowledge) dan bukan sekedar ketrampilan (skill) dari mereka. baik untuk jajaran pemimpin maupun yang dipimpin. Kontak: www. IPB.unand. atau telepon kantor APS (021) 527 7648.php 3. Tema itu relevant tidak hanya untuk tahun ini melainkan berlaku sepanjang masa dan buat siapa atau organisasi apa saja. 0251626368. sebab belakangan diketahui pula pentingnya kecerdasan emosional (EQ). persaudaraan. Artinya wajib adanya ciri profesionalisme. APS akan mengadakan road show di kota-kota besar di seluruh Indonesia di bulan Mei-Juni 2006. E-mail: asompsxii@unand. Dengan semangat kebersamaan dan persaudaraan itu kita kamikan saya. sesuai situasi dan kondisi. Rectorate Building 2nd floor. 13-18 November 2006: Asian Symposium on Medical Plants. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 7 . Kerjasama dengan pihak luar dalam hal ini. Jadilah sayur asem yang nikmat dan menyegarkan.net. Di sini persamaan dan perbedaan sama pentingnya. sebenarnya humor itu telah menyadarkan orang Uganda. Ir. The University of Andalas.ac.R. Para anggota tim harus memiliki persamaan visi namun berbeda dalam kepakaran sesuai misi yang diemban. 0251-629474.id/asompsxii BEASISWA AUSTRALIAN PARTNERSHIP SCHOLARSHIPS (APS) Studi Pasca Sarjana di Australia Pendaftaran APS akan dibuka tgl 8 Mei 2006. Yogyakarta.net.ac. Tubagus Bachtiar Rifai. Kontak: Dra. Fax. takdir69@yahoo. Kesalahan serupa (salah pilih) konon juga mengantarkan Kurawa ke jurang kehancuran kalah perang di Kuru Setra melawan Pandawa .+62-751-72645/71085. Pentingnya otak atau SDM dalam meniti kehidupan dan kelangsungan hidup (sustainability) sebagai individu. herdis_bppt@plasa. Akibatnya integritas tim (team work) tidak solid atau bahkan berantakan. dan persatuan itu adalah rohnya organisasi. APU adalah staf peneliti utama di Pusat Penelitian Bioteknologi . salah seorang mantan Ketua LIPI yang disegani pada masanya. Bagian Reproduksi dan Kebidanan. Tepat sekali slogan “Bersatu meningkatkan mutu” diangkat sebagai tema filosofis dan spiritual oleh Puslit Bioteknologi LIPI. FKH. Tel. jadwal road show. Teknik pada saatnya akan daluarsa. Pasalnya mereka lebih memilih mendapatkan bantuan bala tentara dan alat perang yang kuat daripada merangkul Sri Krishna. Dan kalau pada suatu saat nanti di antara kita kebetulan ada yang meraih prestasi luar biasa maka pernyataan “ I am proud of him/her. akan tetapi sikap dan komitmen dalam merealisasikannyalah yang tampak sangat berbeda-beda. tak peduli apapun bentuknya. 8 April 2006: Seminar Sehari: Peranan Bioteknologi Reproduksi dalam Pembangunan Peternakan di Indonesia. Kebersamaan. Cibinong. sementara teknologi atau pengetahuan tentang teknik membuka terus peluang untuk berinovasi sesuai tuntutan dan perkembangan jaman. Kontak: Prof. formulir. semoga saja bioteknologi mampu memberikan kontribusi maksimal kepada pembangunan nasional sebagaimana yang selama ini diharapkan. atau kirimkan e-mail ke info@apsprogram. Banyak di antara kita yang hanya siap memimpin dan tidak terlalu siap untuk dipimpin. mentok di ujung. Tetapi bioteknologi juga memiliki karakteristik synergisme dan pendekatan multidisiplin sebagai salah satu prasyarat. kelompok. Dengan bekal itu. *Dr. penasehat yang arif dan bijaksana. Jalan Agatis Kampus Darmaga IPB. Perbedaanperbedaan yang lain.id/index. He/she is one of us!!!” akan terdengar sungguh sangat nyaring di telinga dan mengharukan di hati. Auditorium of Faculty of Animal Science. Otak atau tentu saja tidak harus diterjemahkan sebagai kecerdasan inteletual (IQ) semata. dan kita kitakan kami.Si. integritas. tentang betapa pentingnya otak dalam menjalani hidup dan kehidupan ini. bangsa dan bahkan umat manusia (human being) sudah menjadi rahasia umum.apsprogram. bisa dilihat dan didownload dari website aps (www. terutama dengan negara-negara maju. Masala pun akhirnya kerap timbul karenanya.or. kalaupun ada. E-mail: Iis_arifiantini@telkom. orang Afrika dan bahkan kita semua. Akan tetapi bila diambil hikmahnya. Semua pasti menganggap bahwa SDM itu penting. Research Institute.ac. Padang 25163.isap4. Gadjah Mada University. Mereka bisa menikmati (bersama kita) benefit dari kekayaan sumberdaya genetik Indonesia.INFO bagi orang Uganda (juga kita yang simpati). Persamaan adalah sebuah berkah yang menjadi perekat. Dr. Prana.or.ugm. Ibarat masakan. garam di laut asam di gunung bertemu dalam jambangan. Iis Arifiantini. Telp. Formulir pendaftaran dan informasi lebih lanjut mengenai persyaratan beasiswa APS. SEMINAR 1. Made S.id). dan dinamika para pelaksananya. Animal Production and Sustainable Agriculture in The Tropics . sementara perbedaan adalah anugerah yang berfungsi sebagai pengikat.com 2.+62-751-72645. jangan hendaknya dipertentangkan.id atau d. Itulah antara lain secuil cuplikan wejangan dari berbagai upaya serius dan sistematis untuk menggalang persatuan di lingkungan LIPI yang pernah dilakukan oleh Prof. Keanekaragaman genetik Indonesia yang berlimpah itu menunggu kreativitas tangan-tangan trampil untuk meramunya menjadi produk-produk unggulan guna menunjang pengembangan berbagai sektor pembangunan agar sebagai bangsa kita tidak dipandang bak tikus jatuh ke lumbung mati kelaparan. Semua itu toh juga karunia Tuhan yang harus disyukuri. 8-9 November 2006: International Seminar on Tropical Animal Production (ISTAP-4).

namun kekayaan ini belum Kegiatan lain yang rutin saya lakukan bisa dimanfaatkan untuk kejayaan adalah pergi ke Madrasah. Endang membayangkan suasana yang nyaman. Indonesia. Ayah dan Ibu saya adalah pedagang kecil di Kecamatan Ciawi . Namun dengan segala keterbatasannya. Pertama di Jakarta mungkin lebih banyak pilihan. but we do not know what is the real value of biodiversity” Indonesia adalah negara yang kaya dari keuntungan hasil berjualan untuk dengan biodiversity (keanekaragaman ditabung atau untuk keperluan sekolah. Saya juga sering kali ikut menjajakan makananmakanan kecil ini di kampung termasuk ke pusat-pusat keramaian seperti terminal bus dan stasiun kereta api. pak Basyuni Suriamihardja. dan memanfaatkan dibangunkan kakek. Kolam dijumpai di mana-mana. Saya mencoba mengadu nasib dengan ikut tes di Universitas Padjadjaran (Unpad). 4 Ciawi. LIPI (Lembaga Ilmu Endang adalah anak kedua dari 8 Pengetahuan Indonesia) khususnya bersaudara. dodol. but Endang Sukara. semua dipenuhi oleh rumah-rumah. berikut wawancara redaksi Biotrend dengan Prof. paling tidak untuk sementara. Dengan modal Rp. Di masa kecilnya tidak kedeputian ilmu pengetahuan hayati pernah membayangkan akan ke Jakarta. Pak Basyuni menyarankan untuk mendaftarkan diri ke Fakultas Biologi Universitas Nasional. beraneka ragam jenis ikan dan udang serta kerang sangat mudah di dapat. “Tidak heran kalau orang bilang Indonesia adalah serpihan dari syurga”. anak-anak kampung lainnya. Karena itu saya memutuskan untuk nggak jadi masuk Unpad dan memutuskan untuk mencoba mencari peluang melanjutkan pendidikan di Jakarta. Usai sarapan. dan waktu itu kebanyakan orang ingin jadi dokter. Saat memasuki usia sekolah. tenteng kacang dan lain sebagainya untuk dijual di pasar Ciawi. udara yang bersih. Di sini Endang juga dikenalkan dengan pak Gazali Dunia (kolega pak Basyuni). Sewaktu tinggal bersama kakek dan terus berupaya melakukan terobosannenek. 7 tahun. Sungguh sangat mengasyikan karena dengan cara ini saya juga mendapatkan uang dana. Nasib belum beruntung. saya langsung ke dapur membantu orang tua membuat berbagai jenis makanan kecil mulai dari permen. saya tidak berhasil mendapatkan panggilan pertama. Tapi saya juga menyadari banyak keterbatasan termasuk tentunya keterbatasan 8 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Sebenarnya saya ingin jadi dokter. Kolam di sekitar kampung nyaris tinggal kenangan. shalat subuh biodiversity tersebut untuk berjamaah di masjid (surau). Ada tiga pertimbangan.Kabupaten Tasikmalaya. Lalu kenapa Bapak tibatiba ingin ke Jakarta? Cita-cita kan boleh tinggi. Ketiga di Jakarta ada adik kandung ayah yang sudah lama menetap. Ketua Umum Perhimpunan Guru Seluruh Indonesia) yang memberikan bimbingan untuk kelanjutan pendidikan saya. Terasa pengap. Sungai kering penuh lumpur bersampah dan airnya sangat kotor. saya kemudian ke Ciawi mulai sekolah di Sekolah Rakyat No. Saya masih ingat. Deputi Kepala we do not know what is the real value of LIPI Bidang IPH yang juga salah biodiveristy for the prosperity of this seorang pakar biodiversity kita. Sekarang suasananya sangat berbeda.000 Endang hijrah ke Jakarta dan disinilah Endang mulai meniti karirnya. Hal ini terus berlangsung sampai menjelang saya masuk SMA. Terasa begitu asri. Bagaimana LIPI melakukannya. sekecil apapun sumbangannya. Endang tidak ubahnya seperti terobosan untuk melindungi. wajik. Kalaupun dipaksakan. yang berjarak sekitar 25 km dari tempat ayah dan ibu menetap dan berusaha. Kedua. makanan kecil seperti kerupuk yang dibuat dari beras ketan. dan kepentingan umat manusia. saya dirawat oleh kakek dan nenek di kampung kelahiran saya di Indihiang Tasikmalaya. Setiap subuh memahami. Dr. Saya lahir 52 tahun yang lalu di satu kampung di kabupaten Tasikmalaya yang terletak di kaki Gunung Galunggung. We are within the biodiversity. sambil menikmati hangatnya tungku. country. lebih kemudian menemani nenek di dapur khusus lagi bangsa Indonesia. sungai yang sangat jernih. Itulah suasana sekitar 45 tahun yang lalu. bahwa setiap hari. anak-anak di Ciawi waktu itu. 30. pasti biaya masuknya mahal. tutur Endang. biasanya ikut dengan kakek ke sawah. Kegiatan ini bangsa karena banyaknya dilakukan saat menjelang magrib sampai keterbatasan ilmu pengetahuan yang isya. Endang diantar ke Jakarta oleh pamanda Wasita Kontara (mang guru) dan dipertemukan dengan Pak Basyuni. seusai sekolah. hayati). (IPH). Bisakah Bapak bercerita sedikit tentang masa kecil Bapak? Saya nggak tahu harus bercerita dari mana. Dan itulah keseharian kebanyakan kita miliki tentang biodiversity ini. di Jakarta ada famili (famili suami adiknya ayah. Endang Sukara “We are within biodiversity.Profile: Prof. Sebelum masuk sekolah. yang bisa ditumpangi. Akhirnya Terkadang juga ikut membakar “opak”. Dr.

mendiskusikan hasil penelitian dan mengolah data. Selama melakukan penelitian saya dibimbing secara teknis oleh bapak Lubis (staf senior di Pusat Penelitian Botani). “UNAS di bawah kepemimpinan Prof. Bagaimana Bapak menyesuaikan diri dengan kehidupan Jakarta? Awalnya agak susah. meneruskan kuliah. Kami pada waktu itu mempunyai hubungan dengan Univeristy of California LA (UCLA). yaitu ke Taman Nasional Tanjung Puting. Saya masih ingat. Selain kuliah.Endang ke Universitas Nasional (UNAS) dan mendaftarkan diri menjadi mahasiswa di Fakultas Biologi. mulai dari keluar sarang sampai masuk sarang lagi. Untung di UNAS saya ketemu dengan teman se-SMA. suatu hari saya pernah menjadi moderator dalam acara pembahasan sampah kota. Melalui grup pencinta alam. Jadi Bapak sudah sejak lama punya perhatian terhadap lingkungan hidup? Oh iya. Pada waktu itu Birute Galdikas Brendamour dari UCLA menginginkan counter part mahasiswa dari UNAS yang ikut bersamanya ke lapangan. Setelah saya lulus sarjana muda mendapat gelar BSc. 30. Pak Gardjito meneliti “gibbon”. dan juga masalah sosial. Waktu itu yang menjadi pembicara kunci adalah Pak Ali Sadikin (Gubernur DKI Jakarta waktu itu). Kelompok 10 ini menjadi bidan pendirian lembaga swadaya masyarakat (LSM) yang dikenal dengan Wahana Lingkungan Hidup (Walhi). saya sudah mulai dikenalkan sejak tahun 1974. Ini juga berguna untuk mapping ruang gerak orang utan tersebut. Kebetulan uang masuknya Rp. Bagaimana di bidang riset sendiri? Di bidang riset. Selama di UNAS saya juga banyak belajar dari Pak Jatna Supriatna (sekarang direktur Conservation International di Indonesia). Disamping melakukan penelitian. dan juga bagaimana mereka membuat sarang diikuti dan dicermati dengan teropong dan dicatat. waktu saya masih menjadi mahasiswa tingkat 2 di UNAS. kita mengajak siswasiswi SMA ke lapangan. Sambil bekerja. apa kegiatan Bapak sewaktu di UNAS? Macam-macam. di bawah bimbingan Ibu Setijati (pada waktu itu Direktur LBN-LIPI) dan Prof. setiap arah gerakan diukur dan arah diperiksa dengan kompas sehingga kita tahu posisi saat itu. taksonomi. gibbon. Kita juga mengadakan kerjasama dengan Kuartir Nasional Pramuka. saya bahkan sering diajak menginap di rumahnya. Indonesia. saya ikut aktif pada program rehabilitasi orang utan di Taman Nasional Tanjung Puting. Karena itu dan juga atas undangan Pak Susono (pada waktu itu pimpinan Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI). Selama di Tanjung Puting. Sebenarnya sederhana sekali. Saya masih diberi kesempatan. Disamping itu kami juga ikut aktif dalam kelompok 10 bersama Pak Emil Salim. Pada waktu itu pengaruh kedaerahan sangat kuat. Selain itu kita juga sangat aktif kerja sama dengan berbagai pihak termasuk Mapala UI. Saya mendaftar dan ikut tes di Bogor. Sutan Takdir Alisyahbana dan Fakultas Biologi dibawah pimpinan Prof Koesnoto cukup disegani waktu itu” tegas Endang. Saya kemudian dibimbing oleh bapak Soetarjo BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 9 . dll. Kita membuat program yang namanya “Wisata Kasat Bumi”. seperti apa yang dimakan oleh “maroon red leaf eating monkey”. Kita juga menyelenggarakan seminar di Istana Wakil Presiden tentang Pelestarian Orang Utan. Bahasa Jakarta sangat berbeda dengan bahasa Indonesia. kami bekerja lagi. Dulu senang senang mengerjakan macam-macam kegiatan khususnya yang berhubungan dengan masalah lingkungan. Lalu bagaimana Bapak bisa ke LIPI? Dari kegiatan di lapangan. Saya pernah menjadi sekretaris senat di Fakultas Biologi. Sewaktu tes. akhirnya saya memutuskan untuk bergabung dengan laboratorium mikrobiologi Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI. saya juga melakukan penelitian di tempat saya bekerja. Akhirnya pada tahun 1979 saya dapat menyelesaikan kuliah. diantaranya ikut menggalang pembinaan kesadaran lingkungan dan mengenai ilmu biologi lainnya kepada siswa-siswi SMA. saya mengumpulkan banyak data. Judul penelitian saya adalah tentang diosgenin dalam tumbuhan Costus. Saya juga ikut membesarkan Biological Sciences Club di sana. Saya menjadi ketua selama 2 tahun dan selama kepengurusan saya banyak yang dilakukan. Saya juga senang sekali karena ada senior yang bisa bahasa Sunda. Akhirnya saya diterima dan mulai bekerja pada tahun 1977. Kalimantan Tengah.000. seminggu sekali pergi ke kampus UNAS. Saya banyak belajar dari Pak Eddy tentang kehidupan di Jakarta. misalnya Bapak Eddy Jusuf (sekarang menjadi peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). Saya lebih senang bekerja dengan lingkungan dan juga masyarakat. saya bilang kalau saya masih ingin menyelesaikan studi saya di UNAS. Saya pernah juga menyelenggarakan pameran tungku hemat energi di kampus UNAS dan senang sekali karena juga dikunjungi Pangeran Bernard dari Belanda. Bapak Dayat Bastiawan. Tapi kenapa Bapak kemudian mendalami bidang mikrobiologi di LIPI? Saya nggak begitu senang dengan penelitian lapangan mengamati dan mempelajari primata seperti lutung merah. mengintroduksi bagaimana melakukan penelitian ekologi. Disitulah saya kenal dengan LIPI. Perhatian dengan lingkungan hidup. sampel-sampel yang dimakan berupa bauh atau daun kemudian dikumpulkan dan dipelajari di Herbarium Bogorensis. saya meneliti “maroon red leaf eating monkeys ” alias Presbytis rubicundus . Saya adalah mahasiswa yang beruntung diberi kesempatan mendampingi Birute Galdikas Brendamour dan sekaligus ikut melakukan penelitian primata di hutan (Taman Nasional Tanjung Puting). atau orang utan sekalipun pernah belajar cukup intensif tentang masalah ini dari Birute Galdikas. kita pulang. Agar tidak tersesat. Pusat Penelitian Botani LBNLIPI. Dari UNAS selain saya juga ikut Pak Sugardjito. saya dan pak Gardjito banyak juga membantu Brendamour meneliti social behaviour dari orang utan dan program rehabilitasi orang utan. Koesnoto (pada waktu itu Dekan Fakultas Biologi UNAS). konservasi. saya melihat pengumuman bahwa Lembaga Biologi Nasional (LBN – LIPI) menerima pegawai baru. Pak Sugardjito (sekarang Direktur Program Fauna and Flora International di Indonesia) dan Pak Barita Oloan Manullang. Pagi pagi buta saya dan pak Gardjito menemani Brendamour berangkat ke hutan. Di base camp. Segala tingkah laku orang utan. Saya sendiri tidak terlalu menyadari kalau itu semua kelihatannya sebagian dari hobi. Bersama dengan teman-teman kita menerbitkan majalah Biologica. Setelah orang utan kembali ke sarangnya (biasanya lepas maghrib).

Kemudian yang menarik juga dari kuliah-kuliah yang saya ikuti di Queensland ini adalah menentukan pathway dari satu kuman tertentu. Saya pernah dikirim ke Philippina untuk belajar budidaya jamur merang melalui program UNESCO dibawah bimbingan Prof. Saya harus cari key enzyme seperti adolase. “Tapi sekarang saya merasakan banyak hikmahnya”. Ratu Ratna Isnaniah ini juga aktif di berbagai organisasi. Skerman? Ya. Itu merupakan metamorfose secara perlahan-lahan. Bagaimana Bapak bisa tertarik dan sampai menjadi narasumber Biodiversity di LIPI? Saya juga nggak tau ya. Dengan dana UNESCO ini. suami Dra. saya kemudian dikenalkan dengan mikrobiologiwan Indonesia. Dan setelah perumusan kebijakan harus mampu dirumuskan dan dilaksanakan. Dalam hal ini saya banyak dibantu sama teman seperti Wangchen dari Thailand dan Tao dari Cina. saya diarahkan untuk melanjutkan penelitian di bidang teknologi fermentasi dan mengambil topik baru untuk program doktor saya yaitu “microbial convertion of cassava starch to mycoprotein”. Doelle. Tomita dari Hokaido University dalam kerangka program kerjasama LIPI dengan JSPS. yang menjadi kenangkenangan sampai sekarang. D. kata Endang. Akhirnya semua yeast tersebut bisa diidentifikasi. Saya senang juga bisa mempatenkan. Bangga juga karena proses ini kemudian didaftarkan ke kantor paten dan mendapatkan nomor paten pada tahun 1986. sering diantar ke manapun saya perlu dengan gratis. Dan beberapa publikasi ilmiah di jurnal-jurnal yang baik seperti European Journal of Microbiology and Biotechnology. pasti teman-teman itu tidak membolehkan saya menginap di hotel. Setelah itu saya pergi ke Australia. Saya juga diminta untuk melihat GC ratio. Dengan menggunakan kapang tempe ini. mampir dulu di Bandung atau Jogja. itu berat sekali. Endang pernah menjadi Sekjen di (Himpunan Pengajar dan Peneliti Indonesia di Australia) cabang Brisbane. Queensland University. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. Skerman akhirnya pensiun. Emas hijau yang dimaksudkan di sini adalah biodiversity. saya dibawah berhasil mengembangan “One step process for the production of mycoprotein and enzyme”. akhirnya saya memutuskan untuk menggunakan kapang tempe alias Rhizopus oligosporus. Apa yang Bapak dalami di Australia? Saya berangkat ke Australia tahun 1982 dengan dana beasiswa dari program Colombo Plan Australia. Senang sekali karena ada tugas yang dapat saya selesaikan. pada masa kualifikasi di universitas ini diberi tugas untuk mengidentifikasi 10 jenis yeast. Kepala Balai Teknologi Proses. Di Australia saya belajar tentang systematic bacteriology bersama Prof. Saya masih ingat. Skerman di Deopartment of Microbiology. pembimbingan dialihkan ke DR. di Brisbane. Alhamdulillah saya mendapat nilai yang memuaskan dari Prof Skerman. B. Jadi selama di Australia. Begitu juga kalau sampai di Bali. yang lebih senior. Romeo Alichbusan dari Tropical Mushroom Research Center di Bicutan. Horst Doelle mikrobiolog handal asal Jerman ahli dalam bidang microbial physiology. dan Kepala Puslitbang Bioteknologi sampai akhirnya dipercaya menjadi Deputi Kepala LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (IPH). saya harus belajar menggunakan mikroskop dengan baik. dll. Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Saya harus nginap di rumah mereka. Di sini saya mempunyai peluang untuk belajar lebih banyak dari Puslit dan Unit-unit yag ada di bawah kedeputian saya. Bapak dibimbing oleh Prof. walaupun tidak sempat dilisensi orang. Saya sangat bersykur sekalipun Prof. dan Ketua PPIA (Perhimpunan Pelajar Indonesia di Australia cabang Brisbane). saya harus banyak bertanya. Endang sering menjemput karyasiswa yang baru datang ke Australia dan membantu memfasilitasi agar masa transisi karyasiswa baru berjalan dengan mulus. Oleh Pak Susono. Beliau menulis buku tentang microbial physiology dan kemudian menjadi buku pegagang di seluruh dunia. Itu semua pada waktu itu merupakan ilmu yang sangat modern karena tidak pernah ditemukan di Indonesia baik di bangku kuliah maupun selama bekerja di LIPI. Saya kemudian membuat tulisan yang kemudian saya bacakan dalam orasi ilmiah untuk pengukuhan Ahli Peneliti Utama (APU) saya. Saya pernah menjadi Kepada Balai Biak Sel dan Jaringan. Bahkan keluarga Endang tidak keberatan untuk sementara menampung karyasiswa sebelum karyasiswa mendapatkan tempat tinggal. Oleh Dr.Brotonegoro (alm) dan diberitugas meneliti tentang masalah kompos. Pulang dari sana saya menulis satu buku yang berjudul “Menanam Jamur Merang di Pekarangan”. dan yang penting belajar memelihara dan menumbuhkan yeast ini dalam berbagai jenis medium mulai dari media gypsum hingga berbagai jenis media agar untuk melihat karakteristik yeast ini mulai dari sporulasi sampai dengan sifat-sifat fisiologisnya. Di Australia. Di Biotek saya macam-macam juga. amur merang. Penelitian yang saya rintis bersama dengan Prof. kenangnya. Kita kehilangan banyak biodiversity. Melalui proses skrining. Tulisan tersebut berjudul “Emas Hijau sebagai Alternatif untuk Keluar dari Krisis Multidimensi”. V. Philippina. saya belajar bagaimana membuat jamur tropis (edible tropical mushrom). Itulah hikmah silaturahmi yang saya rasakan yang dulu tidak pernah saya bayangkan”. Saya juga dikenalkan dengan pakar mikrobiologi di kawasan ASEAN melalui berbagai channel termasuk UNESCO. Waduh. saya harus bisa mengembangkan dan merumuskan kebijakan dalam bidang ilmu pengetahuan hayati termasuk biodiversity. mulai melihat 10 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Saya harus banyak pergi ke perpustakaan. Segala macam cara saintifik untuk identifikasi yeast ini dilakukan. “Jika saya jalan dari misalnya Bogor ke Bali. Endang membantu mereka mencari tempat tinggal. Saya juga meneliti masalah biogas. selama 3 bulan. Saya mulai memahami ilmu pengetahuan hayati dalam tingkatan yang lebih makro. Satu yang saya berhasil mengenali yeast pada tahap pertama kali adalah Trigometris karena sporanya berbentuk segitiga. Saya juga menyadari bahwa sesuai dengan Surat Keputusan Presiden dan tugas dari Kepala LIPI. Bimbingan penuh saya dapatkan selama saya mengikuti program kualifikasi dan program master.

sebagian dari pisang. Pelajari CBD agar kita tidak salah langkah dalam mengembangkan kerjasama.nilai biodiversity yang lebih besar ketika memahami bahwa di dalam jaringan pembuluh tumbuhan ditemukan begitu banyak mikroorganisma (bakteria. We are within the biodiversity. industri nata de coco yant besar seperti Kara. Makanya saya berharap Biotrend terus maju dan berperan di sini. Kita sangat beruntung. dan fungi) yang kemudian dikenalkan sebagai mikroba endofit. punya tanah yang subur. Kalau di Sulawesi ditanami dengan Eboni misalnya. kegiatan harus melibatkan masyarakat termasuk petani sehingga tumbuhan itu dipakai. dipelajari dan dimanfaatkan. but we do not know what is the real value of biodiveristy for the prosperity of this country. kedelai. Dan kehidupan bangsa kita dan bangsa-bangsa di dunia hanya tergantung pada puluhan saja biodiversity yang ada. Mulai sekarang kita galakan program penanaman. cikal bakal antibiotik baru. LIPI telah berhasil meyakinkan Presiden RI (waktu itu Megawati) akan pentingnya kawasan konservasi ex situ dengan membuat Kebun Raya di seluruh propinsi. ada program yang namanya tematik. Salah satu negara yang betul-betul memahami tentang keadaan Indonesia itu adalah Jepang. Sebelumnya dengan berbagai program lainnya kita telah berhasil mengumpulkan banyak jenis mikroba yang lainnya termasuk dari kelompok bakteri asam laktat dan asam asetat. Saya juga heran. Miroba endofitik ini ternyata juga mempunyai nilai tinggi karena mempunyai peluang membuka berbagai industri besar termasuk industri farmasi. Kedepannya diharapkan kita bisa mempunyai koleksi kultur mikroba yang bisa disandingkan dengan microbial culture collection seperti JCC di Jepang atau ATCC di Amerika. Selain itu. Sebetulnya ini adalah pekerjaan besar yang menuntut peranan semua pihak. Data yang terakhir kita ketahui adalah banyaknya ditemukan jenis bahkan genus baru yang juga telah diakui dunia. nilai sosial dan nilai lingkungan yang tinggi. Kerjasama kita dengan Jepang. Buktikan kepada masyarakat dunia bahwa plant resources di kawasan ini mempunyai manfaat yang besar baik untuk pembangunan ekonomi. Itupun dipersempit pada actinomycetes dan fungi. protein. Mudah-mudahan semua pihak (peneliti) termasuk pembaca Biotrend menyadari bahwa kalau publikasi saja belum cukup. Kita kehilangan banyak biodiversity. digunakan dan dijadikan sahabat. Harapan kita. yeast. Dia itu sebenarnya didedikasikan untuk pembangunan kompetensi. pembagian keuntungan. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. Untuk itu kita harus bekerja keras. durian. Kita hanya tahu jagung. Untuk itu. Hutan juga memberikan kontribusi untuk mensuplai oksigen dan membantu mempertahankan bumi dari pemanasan global. Ribuan mikroba dari kelompok fungi dan aktinomisetes berhasil dikumpulkan dan dipelajari. Masih banyak hal-hal yang kita nggak punya ilmu pengetahuan tentang itu. berbagai jenis tumbuhan penting daerah bisa segera diselamatkan. Begitulah fungsi pohon yang kalau ditebang memberikan dampak yang besar terhadap water storage. sebagian dari padi. Jika saja kebijakan pemerintah berpihak pada pentingnya penelitian dan pengungkapan khazanah biodibersity milik bangsa ini dan mampu mengubahnya menjadi dollar. Kalau kita punya laut yang luas. tapi provokasinya harus dari LIPI. Scientific intergrity harus ditautkan dengan social responsibility BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 11 . sungguh bangsa ini tidak dilahirkan untuk menjadi bangsa yang miskin. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasabahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. Saat ini sungguh kita sebagai bangsa tidak mengerti apa-apa tentang biodiversity. dll. small peptide. Saya ingin apa yang dihasilkan peneliti setelah ada publikasi. Makanya obsesi saya bisa nggak di seluruh bantaran sungai yang ada di Indonesia ditanaman dengan tumbuhan kharismatik. di Jawa dengan buah-buahan seperti manggis. mereka menggunakan mikroba koleksi kita. Apa yang telah dilakukan LIPI sejauh ini? Di satuan kerja saya di LIPI termasuk Puslit Bioteknologi. Untuk membangun kompetensi ini tidak ada jalan kecuali link dengan international scientific community. fiber. Penanaman dengan jenis-jenis yang mempunyai nilai ekonomi. Dengan cara menterjemahkan bahasa ilmiah ke dalam bahasa yang lebih mudah dikenal oleh masyarakat umum menjadi sangat strategis. Padahal kita juga tahu bahwa hutan (disamping phytoplankton yang ada di laut) bekerja untuk mengkonversikan CO2. tepatnya dengan National Institute of Technology and Evaluation (NITE) didedikasikan untuk mempelajari taksonomi mikroba asli Indonesia. Tidaklah berlebihan jika LIPI mengatakan bahwa pegunungan Muller di Kalimantan adalah menara air pulau besar itu. Banyak lagi contoh yang lainnya yang membuktikan adanya berbagai potensi dari biodiversity. di kulit kodok ada kelenjar yang menghasilkan magainin. Saya sangat berharap agar koleksi tumbuhan (Herbarium dan Kebun Raya) serta koleksi fauna (Museum Woologicum Bogoriense) dapat diikuti oleh LIPI Microbial Culture Collection (LIPI-CC) yang diakui dan memenuhi Treaty Budapest. minyak. air dan mineral dengan bantuan sinar matahari menjadi biomass (karbohidrat. Insyaallah hal ini akan segera berubah. punya cahaya matahari yang berlimpah. Pertelaan ilmiah tentang tumbuhan di kawasan Asia Tenggara yang dituangkan dalam buku PROSEA (Plant Resources in South East Asia) yang dikembangkan oleh Yayasan PROSEA dapat dijadikan modal untuk kegiatan di atas. Sebenarnya apa peranan LIPI dalam hal ini? Fungsi (kedeputian) kita memberikan saran kebijakan kepada pemerintah supaya hal itu benar-benar dilaksanakan. Ingat. mengapa hutan terus menjadi bulan-bulanan. dana penelitian. why not. Sehingga keputusan di meja DPR harusnya dipengaruhi oleh ilmu pengetahuan. dan hanya diberi akses pada tempat-tempat yang bisa diakses oleh LIPI misalnya kebunkebun raya atau komplek Science Center Cibinong. lingkungan dan sosial. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. sosial maupun lingkungan. dll. Sekarang tidak konek antara science dan kebijakan. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. Dan tidak mengherankan jika LIPI mendukung perubahan kawasan Muller menjadi World Natural Heritage demi keselamatan pulau ini dari proses kehancurannya. Karenanya saya pikir akan banyak manfaat yang bisa kita dapatkan dan manfaat ini akan berlipat bila kita mampu melakukan kerja sama dengan pihak lain agar terjadi transfer technologi. Tapi begitu masuk ke Puslit Biotek. bahwa setiap pohon minimal 70% isinya air. saya sedih melihat sumber plasmanutfah buahbuahan yang kita sudah miliki belum terurus dengan baik dan belum dijadikan modal melainkan beban. Artinya kita harus yakin betul bahwa seluruh biodiversity yang ada di negeri ini adalah milik ekslusif bangas Indonesia. industri pertanian dan lingkungan. Hutan juga berfungsi untuk konservasi air. Bagaimana solusinya menurut Bapak? Kita masih punya secercah harapan. Indonesia. dan lain-lain termasuk beraneka jenis bahan kimia yang diperlukan sebagai bahan baku pembuatan obat). di-rewrite menjadi bahasa publik. Saya juga confidence karena Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Saya melihat ini yang jauh lebih strategis. Apa batasan dalam kerja sama dengan NITE ini? Kita batasi pada taksonomi mikroorganisme. sehingga bisa memberikan dampat ekonomi. Kita harus ingat. sehingga mempunyai dampak sosial yang betul-betul dirasakan. kita telah meratifikasi CBD (Convension Biological Diversity) dengan UU No 5 tahun 1994.

Yang menjadi penting bagi kita adalah segera mempelajari isolatisolat itu untuk kepentingan bangsa Indonesia dengan mengarus utamakan penelitian bioprospekting dan pengungkapan potensi mikroba hasil koleksi ini. Apa kunci kerja sama dengan luar negri untuk menyelamatkan biodiversity Indonesia? Yang penting adalah bahwa kita harus hati-hati. yang merupakan rekomendasi SABSSTA pada CBD. mereka bersama tim dari Indonesia mengumpulkan puluhan sampel saja tiap tahunnya. dananya hampir seluruhnya dari Jepang (NITE). Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasa-bahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. Saya yakin ada metobolit-metabolit baru dari situ. Makanya saya pesan pada teman-teman di sini. dari 500 isolate actinomicetes yang diisolasi tahun 2003 dari Kebun Raya Cibodas dan dari Bali. Endang telah mengikuti banyak organisasi. Saya berharap tim ini terus berkembang dan mampu mengumpulkan isolat dari seluruh Indonesia. Hasil kerjasama LIPI NITE ini sangat bagus. Isolat ini langsung dipinjam oleh Chugai dan Kyowa Hakko Pharma selama 1 tahun. Suprisingly. Bu Yanti harus kokoh dan berjuang agar Indonesia mendapatkan manfaat yang sebesar-besarnya.kita punya orang yang kompeten seperti Dr. Tapi Jepang lebih pintar karena proyek NITE itu sebenarnya juga ditautkan pada program CBD yaitu GTI (Global Taxonomi Initiative). UNTUK PEMASANGAN IKLAN HUBUNGI SEKRETARIAT BIOTRENDS 12 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Aturan mainnya harus jelas. maka kali ini kepemilikannya adalah joint ownership (LIPI dan NITE). akses ke koleksi yang kita kumpulkan sendiri akan memperkuat posisi tawar bangsa. cobalah digalang kursus-kursus penulisan proposal. Aturan mainnya sudah ada. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. Saya juga sangat berharap bila semua pengetahuan yang telah kita serap dari kerjasama dengan NITE ini hendaknya dapat dipakai untuk melakukan kegiatan sendiri melakukan eksplorasi dan pengungkapan potensi mikroba Indonesia di luar kerangka kerjasama LIP-NITE. memeliharanya dan mempromosikannya untuk kepentingan nasional. Dengan prosedur yang sama kita juga bisa meminjamkan ke pihak luar. harganya akan bisa berubah. Harusnya Indonesia sendiri yang mendapatkan dana juga dari program GTI ini. Dalam bayangan saya Ibu Yantiyati dengan timnya bisa mengumpulkan puluhan kali lipat dari jumlah yang dikumpulkan oleh kerjasama ini. Siapapun yang mempromosikan. terutama biodiversity Indonesia. Plant Resources in South East Asia (PROSEA) Foundation. Dengan cara ini koleksi kita menjadi lebih besar melebihi koleksi NITE. Dari contoh kemarin. 30% diantaranya new species. Dengan keseriusan tim ini telah berhasil mengumpulkan ribuan kultur. Plant Resources in Tropical Africa (PROTA) Foundation. Sekarang LIPI-NITE sedang meminjamkan koleksinya ke industri farmasi di Jepang dengan harga 1000 yen/isolat/tahun. Puspita Lisdiyanti (dua peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). Ayah dari dua anak ini juga menjadi chairman pada Man and the Biosphere (MAB) Program dari UNESCO di Indonesia dan juga anggota Governing Board dari Global Biodiversity Information Facilities. Tentu dalam hal ini kita sekarang sedang belajar. Diantaranya Perhimpunan Mikrobiologi Indoneisa (PERMI). Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. Perlu diingat. harus ada material transfer agreement yang salah satu isinya pengakuan bahwa isolat tersebut asalnya Indonesia. Ini paket CBD sebetulnya. Ibu Yantiyati adalah wakil dari Indonesia. Tapi dari perjanjian itu kalau ada hit dan dia tertarik terhadap beberapa isolat. tapi itu tidak terjadi karena ketidakmampuan kita menulis proposal. Perhimpunan Biologi Indonesia. bahwa perwakilan NITE hanya datang sekali atau dua kali dalam setahun ke Indonesia dan menetap di Indonesia selama 2 minggu. peminjaman didasarkan pada kesepakatan di joint project committee mengacu pada Material Transfer Agreement yang dibuat oleh Joint Steering Committee. Bagaimana aturan peminjaman itu Pak? Dalam kaitan kerjasama NITE-LIPI. baik organisasi ilmiah maupun profesi. Sesuai dengan hobinya. Yantiyati dan Dr. Melalui organisasi ini Endang selalu aktif berperan untuk memanfaatkan dan meyelamatkan biodiversity. hasilnya tetap dibagi dua (50% NITE dan 50% LIPI). Makanya ketika mau melimpahkan duplikat isolat ke Jepang. Tapi karena Sekarang tidak relevan antara science dan kebijakan. Perhimpunan Bioteknologi Pertanian Indonesia. Sudah barang tentu. dan sepertinya akan diperpanjang 1 tahun lagi. Indonesian Foundation for the Advancement of Biological Sciences.

Tampak jelas bahwa mikroba endofit merupakan sumber keanekaragaman genetik yang kaya dan dapat diandalkan. dan/atau industri. Pertama. definisi mikroba endofit telah disepakati sebagai “mikroba yang hidup di dalam jaringan internal tumbuhan hidup tanpa menyebabkan efek negatif langsung yang nyata” seperti yang dikemukakan oleh Stone dkk. Mikroba endofit Mikroba endofit pertama kali dilaporkan oleh Darnel dkk. dalam mendahului jenis mikroba untuk pemurnian senyawa baru perlu mendahului jenis mikroba yang baru. karena alam sesungguhnya memberi kita pelajaran tentang keanekaragaman struktur molekul termasuk molekul berukuran kecil. sehingga membuat optimasi penggunaannya sebagai terapetika melalui modifikasi kimia menjadi sangat kompleks. Dengan demikian pencarian senyawa metabolit sekunder baru seringkali difokuskan pada organisme-organisme yang hidup di biotop yang sifatnya unik. pengalaman menunjukkan bahwa jenis mikroba baru sangat erat kaitannya dengan produk alam baru. Sejak itu. Mengapa hal itu terjadi padahal berbagai obat telah ditemukan dari sumber tersebut. sang peneliti harus mempelajari dan memilih sumber organisme dengan cermat sebelum melakukan penelitian. hidrogen dan oksigen yang relatif lebih tinggi dan kandungan nitrogen yang relatif lebih rendah dari molekul terapetik sintetik. sebut saja antibiotika seperti penicillin dan chloramphenicol dan obat lainnya seperti aspirin dan taxol? Jawabannya sederhana. Walau demikian. taksa endofit baru. Metabolit sekunder didefinisikan sebagai senyawa dengan berat molekul rendah yang tidak diperlukan untuk pertumbuhan. pada tahun 1904. Bahkan. ternyata ada pula yang berupa saprofit agresif atau mikroba patogen oportunis. seperti ricketsia. Pemanfaatan mikroba endofit sebagai sumber molekul acuan baru perlu didasari pada pemilihan jenis tumbuhan inang yang tepat. namun dengan menilik biodiversitasnya. bahan alam umumnya memiliki arsitektur/ susunan yang relatif lebih kompleks dari molekul sintetik. dan dihasilkan sebagai bentuk adaptasi organisme terhadap lingkungannya. Karena tumbuh dalam jaringan tanaman. Dreyfuss dan Chappela memperkirakan bahwa jumlah kapang yang hidup sebagai mikroba endofit saja berjumlah setidaknya satu juta jenis. dan archaebacteria. Mikroba endofit yang umum ditemukan adalah berupa bakteri dan kapang namun kapang lebih sering diisolasikan. Karena itu. maka biotop tempat hidup mikroba sangat unik sifatnya. Beberapa contoh molekul bahan alam yang menggambarkan kompleksitas struktur bahan alam BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 13 . Ketiga. dengan sumber berbagai spesies baru yang belum dideskripsikan. Tren ini kemudian menurun perlahan seiring berkembangnya berbagai cabang ilmu pengetahuan biomedik dan bioinformatik termasuk juga ilmu kimia kombinatorial. menyaksikan memuncaknya minat industri farmasetika dan bioteknologi untuk memanfaatkan produk hasil alam dalam pengembangan obat baru (natural product drug discovery). Oleh karena itu. tumbuhan yang telah diteliti mikroflora endofitnya masih sedikit. Lebih lanjut. Apa sebenarnya bahan aktif tersebut? Umumnya bahan aktif itu merupakan metabolit sekunder yang dihasilkan mikroba maupun tanaman. Berdasarkan pertimbangan tersebut endofit dapat menjadi sumber berbagai metabolit sekunder baru yang berpotensi untuk dikembangkan dalam bidang medis. pertanian. Akhirnya. Kedua. Beberapa pihak bahkan berspekulasi bahwa masih dimungkinkan adanya beberapa jenis mikroba endofit lain. Meskipun sifat mikroba endofit yang tidak berdampak negatif pada jaringan tumbuhan menunjukkan kemungkinan adanya hubungan simbiosis mutualisme antara mikroba endofit dan inangnya. Bahan aktif dan molekul terapetik yang bersumber pada bahan alam memiliki berbagai karakteristik. Bahan alam sangat kompleks sifatnya. Banyak pihak mulai lelah untuk mengejar sumbersumber senyawa bioaktif tradisional seperti tumbuhan dan mikroba terutama mikroba yang dikoleksi dari bermacam-macam sampel tanah. masih ada banyak kesempatan untuk menemukan berbagai jenis.akan beda di lingkungan yang berbeda. sumber bahan aktif dari bahan biologis sering sulit didapatkan secara berkesinambungan. di mana tanaman yang satu tentunya berbeda dengan tanaman lainnya. bahan alam sering mempunyai kandungan karbon. fakta menunjukkan bahwa bahan alam menjadi sumber inspirasi bagi para ahli kimia. fisiologi tumbuhan tinggi -termasuk yang berasal dari spesies yang sama. Oleh karena itu.MIKROBA ENDOFIT: SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI Penulis: Anggia Prasetyoputri dan Ines Atmosukarto* E ra tahun 80-an. Pilihan tersebut akan mempengaruhi keunikan dan aktivitas biologis produk yang dihasilkan dari mikroba endofitik. molekul aktif bahan alam umumnya mempunyai berat molekul di atas 500 Dalton dengan polaritas yang tinggi. Sejauh ini. Schultz mengatakan bahwa beberapa metabolit yang dihasilkan mikroba tampaknya merupakan ciri khas dari biotop tempat mikroba itu berada. Karena itu keanekaragaman biotop endofit sangatlah tinggi.

tumbuhan yang hidup di daerahdaerah yang memiliki keanekaragaman tinggi juga berpotensi untuk memiliki mikroba endofit dengan keanekaragaman yang tinggi pula. daerah tersebut dipilih sebagai lokasi pengambilan sampel tumbuhan karena merupakan rumah dari sebuah peradaban tua dunia – suku Aborigin Australia. seperti telah disebutkan sebelumnya. Rhyncholacis penicillata. marcescens terkait langsung dengan hubungan mikroba endofit dengan tumbuhan Prof Strobel. perlu dipertimbangkan untuk dipelajari mikroflora endofitnya. Hasil fermentasi mikroba endofit (foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) 14 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Malahan. dari tumbuhan R. Akan tetapi. Saat ini. maka kita harus menggunakan pendekatan yang kreatif dan imajinatif agar dapat mempermudah pencarian mikroba endofit yang menunjukkan aktivitas biologis. juga merupakan kandidat yang menjanjikan karena kegunaan tumbuhan tersebut dalam bidang medis lebih terkait dengan populasi mikroba endofitnya dibandingkan dengan karakteristik biokimia tumbuhan itu sendiri. yaitu oocydin A. salah satu pelopor penelitian endofit dalam kunjungannya ke hutan di daerah Tesso Nilo (Foto koleksi pribadi. sejenis tumbuhan air. terhempas oleh air. juga mungkin memiliki mikroba endofit yang menghasilkan produk beraktifitas biologis tinggi tersebut sebagai inangnya. atau hidup di daratan kuno. melainkan disebabkan oleh mikroba endofit yang hidup dalam jaringan tumbuhan tersebut. Akhirnya.Dasar pemikiran dalam pemilihan jenis tumbuhan Oleh karena begitu banyaknya jenis tumbuhan di dunia. populasi tumbuhan tersebut tampak sehat. dan kerikil. oocydin A akan dikembangkan dalam bidang pertanian untuk mengendalikan kapangkapang oomycetes yang bersifat pathogen seperti pythium dan phytophthora. Ketiga. dihancurkan. Tumbuhan merambat tersebut dipanen. Itu merupakan petunjuk biologi lingkungan yang digunakan untuk memilih tumbuhan tersebut sebagai obyek penelitian mikroba endofit yang komprehensif. Kemungkinan besar produksi oocydin A oleh S. Ines Atmosukarto) Tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani. tumbuhan yang bersifat endemik. terutama jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas dan cara pertahanan hidup yang lain dari biasanya. Australia. yaitu Kennedia nigriscans . Pertama. penicillata tersebut diisolasi satu galur mikroba Serratia marcescens . tumbuhan yang berasal dari lingkungan yang unik. memiliki masa hidup yang lain dari umumnya. Kedua. berbagai jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas juga dianggap sebagai sumber potensial mikroba endofit dan senyawa-senyawa baru. dikoleksi oleh Dr Strobel dari Montana State University dari sebuah sungai di barat daya Venezuela di mana tumbuhan tersebut hidup dalam lingkungan yang keras. tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani yang terkait dengan beberapa penggunaan atau aplikasi spesifik perlu dipilih untuk diteliti. yang menghasilkan senyawa antioomycetes baru dengan ciriciri serupa dengan chlorinated macrocyclic lactone. Seperti tumbuhan yang hidup di lingkungan yang unik. Pada akhirnya. Beberapa hipotesis mendasari strategi pemilihan tumbuhan. dipilih untuk diteliti karena getahnya dimanfaatkan sebagai obat hutan tradisional selama berabad-abad. Jenis-jenis tumbuhan tersebut dipilih baik dengan cara mengadakan kontak langsung dengan masyarakat setempat atau melalui literatur lokal. bebatuan. Ada dasar pemikiran tertentu yang digunakan dalam pemilihan jenis tumbuhan yang akan menjadi sumber isolasi mikroba endofit dan pencarian produk alam baru. dan dipanaskan dalam bentuk larutan oleh masyarakat Aborigin setempat di daerah barat daya Arnhemland untuk merawat luka-luka dan Isolasi endofit dari tanaman buah merah (Foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) tumbuhan tertentu sama sekali tidak terkait dengan produk alami tumbuhan tersebut. Hal tersebut menyebabkan tumbuhan tersebut rentan terhadap serangan oomycetes yang bersifat pathogen. Misalnya. Terakhir. ada kemungkinan bahwa sebenarnya kemampuan untuk menyembuhkan yang dimiliki oleh jenis dibandingkan dengan jenis tumbuhan lain. kemungkinan terlindungi oleh senyawa yang dihasilkan mikroba endofit yang hidup di dalamnya. Misalnya sejenis tumbuhan merambat yang ditemukan kelompok Montana State University di Northern Territory.

karena di ekosistem itulah terdapat kompetisi yang ketat. Data tersebut menunjukkan pentingnya peranan tumbuhan inang dalam mempengaruhi metabolisme umum mikroba endofit. apabila mikroba endofit dapat menghasilkan senyawa-senyawa bioaktif yang langka dan penting seperti tumbuhan inangnya. Tan dan Zou yakin bahwa alasan mengapa sebagian mikroba endofit menghasilkan beberapa senyawa fitokimia tertentu yang tadinya dihasilkan oleh tumbuhan inangnya mungkin terkait dengan adanya rekombinasi genetik oleh mikroba endofit dengan inangnya sepanjang waktu evolusinya. Dapat diasumsikan bahwa proses penyembuhan yang terjadi. Tentunya dengan adanya jumlah tumbuhan endemik yang tinggi. Selain itu. hutan hujan tropis dianggap sebagai sumber berbagai struktur molekul baru dan senyawa-senyawa baru yang memiliki aktivitas biologis. Tampaknya ada banyak faktor yang berubah dalam tumbuhan inang terkait dengan perubahan musim. Hutan hujan tropis merupakan contoh yang baik. satu galur kapang baru penghasil taxol. Cibinong. infeksi. maka kebutuhan untuk menumbuhkan tumbuhan yang masa hidupnya panjang dan mungkin termasuk langka akan berkurang dan keanekaragaman hayati dunia juga terlindungi. Daerah ini menutupi BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 15 . Tidak banyak yang menyadari bahwa sesungguhnya keanekaragaman hayati sangat erat kaitannya dengan keanekaragaman kimiawi. Dengan menyadari karakteristik ekologi dari endofit dan juga mengenai peranannya di alam akan memberikan banyak petunjuk dalam menentukan mikroba endofit tertentu sebagai target dengan potensi terbesar untuk bioprospecting. Bills dkk. telah diisolasi kelompok Dr Strobel dari tumbuhan Taxus brevifolia dan dikarakterisasi. Berbagai ekstrak hasil mikroba endofit koleksi PT Indo Bio Pertiwi. lingkungan. Taxomyces andreanae. penggunaan mikroba sebagai sumber suatu produk akan memudahkan proses dan mengurangi biaya produksi. tidak ada seorangpun yang dapat secara pasti mengatakan bahwa mikroba endofit bersifat spesifik dengan inangnya atau merupakan bagian sistemik dari tumbuhan.D adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . namun mereka juga menemukan bahwa sangat banyak mikroba endofit tropis yang menghasilkan jauh lebih banyak metabolit sekunder aktif dibandingkan dengan kapangkapang tropis yang bukan endofit.44% dari total luas permukaan daratan. dengan cara menghitung data statistik dan membandingkan jumlah produk alami beraktivitas biologis yang diisolasi dari tumbuhan daerah tropis dan tumbuhan yang hidup di daerah beriklim sedang. Semua interaksi tersebut mungkin dimediasi secara kimiawi di alam untuk beberapa tujuan tertentu. dan faktor-faktor lain seperti masa hidup. Oleh karena itu. Seringkali. S. Pada tahun 1993. suatu senyawa diterpenoid yang merupakan agen anti kanker terkenal. Keanekaragaman hayati Indonesia merupakan sumber mikroba endofit yang belum terkaji dengan optimal pemanfaatannya (Foto koleksi pribadi. Ternyata. Memang saat ini dibutuhkan penelitian lebih lanjut di tingkat molekular untuk mempelajari interaksi dan ekologi mikroba endofit. Memang tampak jelas bahwa produksi senyawa bioaktif tertentu oleh mikroba endofit secara in situ mungkin memfasilitasi dominansinya dalam jaringan tumbuhan atau bahkan melindingi tumbuhan tersebut dari serangan patogen. diharapkan pula terdapat banyak mikroba endofit tertentu yang turut berevolusi dengan tumbuhan endemik yang ada. Selain itu. Semua aspek biologi dan keterkaitan mikroba endofit dengan inangnya masingmasing sangatlah menarik untuk diteliti. banyak mikroba endofit dari spesies yang sama diisolasi dari jenis tumbuhan yang sama. perlu dicatat bahwa beberapa jenis tumbuhan yang menghasilkan produk alami dengan aktivitas biologis mengandung mikroba endofit yang menghasilkan produk alami yang sama. kemungkinan besar difasilitasi oleh senyawa-senyawa yang dihasilkan oleh satu atau lebih mikroba endofit yang hidup di jaringan tumbuhan. Oleh karena itu. seperti yang ditemukan oleh masyarakat setempat. ekosistem yang memiliki keanekaragaman tertinggi tampaknya merupakan ekosistem yang keanekaragaman mikroba endofitnya paling tinggi jenis dan jumlahnya. Hutan hujan tropis dan hutan di daerah beriklim sedang merupakan dua ekosistem darat yang paling tinggi keanekaragaman hayatinya di bumi. yang ditemukan di tiap jenis pohon yew (Taxus spp. Hal ini disebabkan inovasi kimiawi yang terusmenerus terjadi agar organisme dapat terus hidup dalam ekosistem dengan tingkat seleksi alam tinggi. Sementara beberapa jenis kapang endofit dapat ditemukan di manamana (misalnya Fusarium. sehingga pada akhirnya menghasilkan produk dengan harga lebih murah. tumbuhan tersebut mengandung satu jenis mikroba endofit baru. Sayangnya. Xylaria ). Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI.). tidak ada yang yakin akan peranan mikroba endofit di alam dan hubungannya dengan tumbuhan inang mereka. Cibinong. andreanae dapat menghasilkan taxol. dan tekanan seleksi alam yang sangat tinggi. Selain itu. Mereka tidak hanya menemukan bahwa mikroba endofit tropis menghasilkan lebih banyak produk alami yang aktif. yang menghasilkan antibiotika peptida baru dengan spektrum luas yang dinamakan munumbicin. Hubungan antara mikroba emdofit dan inangnya hanya dapat diasumsikan sebagai kebetulan semata. keterbatasan jumlah sumberdaya. ekosistem tersebut makin lama makin terancam hancur oleh berbagai kegiatan manusia. Oleh karena itu. *Anggia Prasetyo Putri. dan hanya satu dari semua endofit tersebut yang akan menghasilkan senyawa dengan aktivitas biologis dalam kultur. Ph. Hal itulah yang terjadi dengan taxol.LIPI. Ines Atmosukarto) Mikroba endofit dan keanekaragaman hayati Dari semua ekosistem yang ada di bumi.Si dan Ines Atmosukarto. ada 20-25 daerah yang dianggap sebagai penyokong keanekaragaman hayati di bumi dan masing-masing dari daerah tersebut memiliki jumlah tumbuhan endemik yang sangat tinggi. Konsep tersebut dulu diusulkan sebagai mekanisme untuk menjelaskan mengapa T . tersedianya lebih banyak informasi mengenai latar belakang jenis tumbuhan tertentu dan karakteristik biologis mikroorganisme yang hidup di dalamnya akan sangat membantu dalam mengarahkan pencarian berbagai produk yang memiliki aktivitas biologis. Masih belum diketahui dengan pasti hubungan antara apa yang dihasilkan mikroba endofit dalam kultur dan di alam. Pestalotiopsis. selain dari produk tumbuhan itu sendiri. tidak banyak informasi yang tersedia mengenai karakteristik biokimia dan fisiologi dari interaksi mikroba endofit dengan tumbuhan inangnya. Pada saat ini. dapat juga mempengaruhi karakteristik biologi mikroba endofit. yaitu Streptomyces NRRL 30562. tetapi menampung lebih dari 60% keanekaragaman hayati di darat. menggambarkan suatu perbedaan di tingkat metabolisme antara mikroba endofit dari daerah tropis dan daerah beriklim sedang. Selain itu.Endofit sekitar 1. dan lokasi.

serta dalam amplifikasi dengan PCR (polymerase chain reaction) dan kloning dari gen-gen yang memiliki kesamaan sekuen. dan di samping itu. Metagenomik adalah analisis genom dari mikroorganisme tanpa bergantung pada pengulturan mikroorganisme tersebut. Beberapa protokol untuk mengisolasi DNA dari sampel tanah telah dikembangkan. sehingga dengan demikian proses pengulturan dapat dihindari. Istilah tersebut berasal dari konsep statistik dari meta-analisis (proses yang secara statistik mengkombinasikan metode-metode analisis yang terpisah) serta dari genomik (analisis menyeluruh dari materi genetika suatu organisme). Dengan demikian sebagian besar dari mikroorganisme yang hidup di bumi masih belum dikenal atau bahkan dimanfaatkan. di air. mereka memiliki keanekaragaman fisiologis. di udara. Fragmen DNA dengan ukuran sebesar itu terutama disiapkan untuk kloning ke dalam vektor cosmid 16 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . di dalam usus kita. Cara ini dapat membatasi interferensi dari zat-zat penghambat dan komponen anorganik dengan prosedur penguraian sel dan ekstraksi DNA. Keberadaan senyawa polifenol (yang terutama berasal dari degradasi lignin) yang ikut terekstraksi dari sampel tanah dapat mengganggu proses selanjutnya. Jumlah ini ditentukan berdasarkan perbandingan dari jumlah mikroba yang dapat tumbuh pada medium agar dengan jumlah mikroba dari suatu sampel lingkungan yang dapat dihitung di bawah mikroskop. seperti pada sub-unit kecil dari RNA ribosomal (ribosomal RNA). Namun efisiensi dalam ekstrasi tersebut diringi pula oleh ukuran fragmen DNA yang cenderung kecil (1 kb sampai 50 kb) yang disebabkan oleh pemangkasan mekanis. Saat ini metode tersebut telah diadaptasikan untuk menganalisis keanekaragaman hayati mikroba. dan 18S rRNA pada eukaryota. metabolik dan genetik yang sangat tinggi. serta mengurangi tekanan mekanis terhadap DNA genom yang terlepas dari sel. yaitu 16S rRNA pada prokaryota (bakteri dan archaebakteri). Metode ini memungkinkan perolehan DNA dalam jumlah yang tinggi. Keuntungannya adalah bahwa fragmen DNA yang diperoleh dapat berukuran besar (sampai 500 kb) serta berpotensi membawa keseluruhan kelompok gen (gene-cluster) dari suatu mikroorganisme. Metagenomik dikembangkan berdasarkan perkembangan terkini dalam studi genom mikroorganisme. terutama bila DNA tersebut diambil dari sampel tanah. Metode ini diperkenalkan pertama kali oleh Norman Pace dan koleganya untuk mengidentifikasi mikroba yang tidak dapat dikultur dan untuk memetakan hubungan kekerabatan di antara mereka. Dalam hal ini sampel tanah disuspensikan langsung dengan larutan penyangga untuk penguraian (lysis buffer) dan dilanjutkan oleh perlakuan dengan detergen dan enzim. serta pada suhu yang moderat. serta kecilnya kemungkinan akan adanya bias oleh ekstraksi karena kegagalan dalam mengekstraksi DNA dari mikroba dengan dinding sel yang keras. atau lebih dikenal dengan istilah “great-plate-count anomaly”. DNA dari sampel lingkungan tersebut kemudian disisipkan (diklon) ke dalam vektor yang sesuai untuk membentuk pustaka DNA (pustaka metagenom). mereka dapat diisolasi karena kemampuan mereka untuk dapat tumbuh secara cepat sebagai koloni-koloni pada medium pertumbuhan yang biasanya disiapkan dengan kandungan nutrisi yang tinggi. Sebaliknya. Isolasi DNA dengan metode ini biasanya melibatkan pula proses pemecahan sel secara mekanis. Jumlah keseluruhan dari berbagai jenis bakteri di bumi diperkirakan mencapai lebih dari 10 juta. yang lainnya membantu kita dalam proses pencernaan atau dapat memproduksi antibiotika serta enzim-enzim yang bermanfaat. Kenyataan bahwa sebagian besar mikroorganisme dari lingkungan tidak dapat dikultur serta belum termanfaatkan telah merangsang pengembangan metagenomik. Kenyataannya adalah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dengan menggunakan metode kultur standard jarang yang merupakan spesies yang dari segi jumlahnya dominan di komunitas tempat asal mereka diisolasi. misalnya pada saat PCR. Mikroorganisme dapat hidup di manamana: di tanah.Metagenomik Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru Penulis: Wien Kusharyoto* S elama lebih dari tiga setengah milyar tahun evolusi telah menciptakan keanekaragaman mikroorganisme yang luar biasa. Adalah konsep umum yang salah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dari lingkungan sebagai kultur tunggal murni merupakan spesies-spesies yang dominan baik dari jumlahnya ataupun fungsinya di lingkungan tersebut. pada kondisi aerobik. Pada metode kedua mikroba dipisahkan terlebih dahulu dari sampel tanah sebelum dilakukan penguraian sel (ex situ). Pada dasarnya mereka dapat dikategorikan menjadi dua metode standard. Keberhasilan dalam pendekatan metagenomik sangat bergantung pada kemurnian dari DNA yang diekstraksi langsung dari sampel lingkungan. Fragmen DNA dengan ukuran tersebut terutama sesuai untuk kloning ke dalam vektor plasmid atau vektor lambda yang membawa promotor yang kuat untuk memungkinkan ekspresi gen dari fragmen DNA yang diklonkan. Pada metode pertama mikroba diurai selnya (cell lysis ) ketika masih bersama sampel tanah (in situ). bahkan di sumber-sumber air panas. Pembentukan pustaka metagenom Pendekatan metagenomik mencakup antara lain ekstrasi DNA genom secara langsung dari sampel lingkungan. Beberapa dari mikroorganisme tersebut dapat menyebabkan kita sakit. Jumlah mikroorganisme yang dengan mudah berhasil dikultur dengan menggunakan metode kultur standard diperkirakan lebih kecil dari 1% dari keseluruhan spesies mikroorganisme yang ada. terutama bakteri dan archaebakteri dari berbagai lingkungan.

Plasmid Berbasis aktivitas berdasarkan pada sekuen mengandalkan Oxygenase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas pada sekuen-sekuen Poliketide synthase Enzim Cosmid Berbasis sekuen DNA yang sama pada Protease Enzim Cosmid. California yang aktivitasnya berbasis pada metagenomik.. maupun yang berupa pustaka dengan sisipan DNA berukuran besar (large insert libraries. Analisis yang berbasis pada aktivitas digunakan untuk memperoleh gen-gen atau kelompok gen baru yang menyandi biokatalis atau bahan aktif (antibiotika) yang memiliki potensi aplikasi yang besar bagi industri. serta kemungkinan bahwa mikroorganisme dengan dinding sel yang keras terlewatkan pada proses penguraian sel. seperti misalnya bakteri Target Jenis Vektor Metode analisis/skrining Alkohol oxidoreduktase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas Streptomyces lividans. baik yang berupa pustaka dengan sisipan DNA (insert) berukuran kecil (small insert libraries. Jerman berhasil menemukan enzim esterase yang mampu mengubah menthylasetat menjadi menthol dengan selektivitas terhadap substrat dan enantioselektivitas yang lebih tinggi bila dibandingkan dengan enzim yang digunakan sebelumnya. Hal tersebut berakibat pada rendahnya jumlah DNA yang diperoleh. diklon di dalam sel-sel inang heterolog (yang berbeda dengan sel-sel yang Metagenomik tidak hanya digunakan merupakan sumber dari gen tersebut). Terdapat dua metode analisis yang selama ini digunakan: analisis yang berdasarkan pada aktivitas (activity-based analysis ) dan analisis berdasarkan pada sekuen (sequence-based analysis ). ia juga tergantung pada ketersediaan dari metode pengujan (assay) terhadap aktivitas yang diinginkan. Analisis yang berdasarkan pada aktivitas juga telah menghasilkan beberapa senyawa bioaktif baru dari pustaka metagenom. Penggabungan dari pendekatan metagenomik berbasis aktivitas dan evolusi protein yang terarah (directed evolution) yang dilakukan oleh Diversa Corp. Kelemahan metode ini adalah kemungkinan hilangnya mikroorganisme karena kegagalan dalam proses pemisahan mereka dari sampel tanah. Indirubin Antibiotika BAC Berbasis aktivitas Analisis yang Lipase/esterase Enzim BAC. Salah bakteriplankton yang sebelumnya tidak satu contohnya adalah perolehan dari bisa dikultur dan yang kemudian BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 17 . beragam antibiotika baru. akan lebih Amidase Enzim Cosmid Berbasis sekuen mendorong Amilase Enzim BAC. telah menghasilkan enzim á-amilase yang memiliki aktivitas yang tinggi pada pH di bawah 4. di suatu lingkungan tertentu. Karena merupakan suatu modul dari beberapa kelompok gen biosintetik yang menyandi enzim dengan domain berulang yang pembentukan senyawa bioaktif atau mengandung bagian-bagian (regions ) metabolit sekunder rata-rata berukuran yang berlainan. Cosmid Berbasis sekuen/aktivitas pembentukan metabolit sekunder Chitinase Enzim Lambda Berbasis aktivitas baru. yang mengandung gen dari RNA ribosomal melainkan juga dapat dimanfaatkan dalam atau gene-gen penanda lainnya dalam memperoleh pemahaman tentang habitat survei tentang hubungan kekerabatan dan peran ekologis dari mikroorganisme dari mikroorganisme di suatu lingkungan. Beberapa enzim baru berhasil diperoleh dengan metode analisis tersebut.5 dan suhu di atas 105°C. sebuah perusahaan di San Diego. Salah satu Gen-gen penyandi biokatalis maupun contoh yang mengesankan dari senyawa aktif baru yang berpotensi pemanfaatan metagenomik dalam kaitan dalam aplikasi industri dapat pula ini adalah penemuan proteorhodopsin dari ditemukan dengan pendekatan ini. Plasmid Berbasis aktivitas berbagai mikroorganisme yang Turbomycin A dan B Antibiotika BAC Berbasis aktivitas telah ada saat ini Violacein Antibiotika Cosmid Berbasis aktivitas untuk mendisain pelacak (probe) untuk hibridisasi atau primer untuk PCR dalam melakukan proses skrining dari gen-gen PKS baru. serta mengurangi limbah produksi. Gen-gen penyandi pustaka metagenom. kemudian dianalisis untuk memperoleh biokatalis atau antibiotika baru. antara lain gen-gen bergantung pada ekspresi dari gen yang penyandi amilase dan amidase.atau BAC (Bacterial Artificial Chromosome). Sebuah perusahaan serupa B·R·A·I·N AG dari Zwingenberg. Di samping itu. Vektor yang membawa fragmen DNA yang diperoleh melalui kedua cara tersebut kemudian ditransformasikan (dimasukkan) ke dalam sel inang. Di samping itu. sehingga hal pemanfaataan bakteri yang lebih sesuai itu merangsang minat untuk menemukan sebagai sel inang untuk ekspresi gengen penyandi Biokatalis (enzim) dan antibiotika yang diperoleh dengan metagenomik tersebut. Keuntungan dari biokatalis juga ditemukan dengan analisis metode ini adalah bahwa ia tidak berbasis sekuen. PKS adalah Indirubin dan Violacein. Identifikasi dari aktivitas yang diharapkan tergantung pada keberhasilan proses transkripsi dan translasi dari gen penyandi protein di dalam sel inang yang digunakan. kedokteran maupun pertanian. Senyawa bioaktif yang berperan dalam sintesis beragam lainnya yang telah diperoleh antara lain antibiotika oleh mikroorganisme. seperti misalnya bakteri Escherichia coli yang selama ini paling sering digunakan. SIL) dalam vektor plasmid atau lambda. chitinase. dalam penelitian terapan untuk pencarian Analisis berdasarkan sekuen terutama terhadap biokatalis baru atau senyawa digunakan untuk memperoleh klon-klon aktif baru sebagai bahan obat-obatan. lipase. maupun informasi genetika dari komunitas mikroorganisme di lingkungan tertentu. variasi dalam struktur kimia dari produkpemanfaatan pustaka metagenom dengan produk enzimatik yang dihasilkan. LIL) dalam vektor cosmid atau BAC. Salah satu contoh yang menarik adalah isolasi gen-gen yang menyandi poliketide antibiotika Turbomycin A dan B oleh synthase (PKS) dan peptide synthase Gillespie dan koleganya. Enzim tersebut digunakan dalam proses pencairan tepung (starch liquifaction) dan pemanfaatannya pada industri terkait dapat mengurangi biaya dan waktu produksi. Enzim-enzim lain yang diperoleh dari analisis yang berbasis pada aktivitas antara lain adalah amidase. Analisis dari pustaka metagenom Pustaka metagenom yang diperoleh. insert berukuran besar atau LIL akan Penggabungan domain-domain PKS dari menguntungkan dalam penemuan obatberbagai sumber dapat menghasilkan obatan baru. yang dapat menciptakan besar (30 kb sampai 100 kb). oxygenase dan protease.

Meningkatkan kompetensi dalam bidang ilmu hayati . Berbagai perkembangan dalam ekspresi gen di dalam sel-sel inang heterolog. Proteorhodopsin adalah protein yang terkait dengan proses fototrofi (phototrophy) dan dari hubungan kekerabatannya serupa dengan bakteriorhodopsin yang merupakan pompa proton yang dikendalikan oleh cahaya (light-driven proton. sebagian besar bakteri pathogen yang terdapat di lingkungan berada dalam kondisi hidup dan dapat menimbulkan penyakit.Menumbuhkan ketertarikan pada dunia penelitian . Peserta didikan mendapatkan gambaran komprehensif tentang topik yang berhubungan dengan dunia bioteknologi. Pendekatan metagenomik dan kemajuan dalam teknologi DNA-chip akan membawa metode pendeteksian berbasis DNA ini satu langkah lebih maju dalam penaksiran tingkat aktivitas dan virulensi bakteri di lingkungan. Penutup Metagenomik merupakan teknologi yang masih baru serta memiliki potensi aplikasi yang besar dalam bidang industri. analisis secara langsung dari DNA yang diekstraksi dari sampel lingkungan dan pendeteksian bakteri dengan metode molekuler dapat mengatasi keterbatasan tersebut. namun tidak dapat dikultur dan diisolasi dengan metode konvensional. Di masa mendatang metagenomik diharapkan dapat lebih berperan dalam menjawab berbagai pertanyaan yang terkait dengan ekologi dari mikroorganisme dan penemuan aplikasi bioteknologi baru yang bermanfaat.pump). kedokteran atau pertanian. Alasan utama dari keterbatasan pengetahuan kita tentang ekologi dari bakteri pathogen terletak pada ketidakhandalan pendeteksian dengan metode-metode konvensional yang berbasis pada pengulturan.digolongkan dalam gammaproteobakteria. serta dalam pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroorganisme. Di lain pihak. Dalam satu dekade terakhir. Tujuan kegiatan: . Cibinong. Wien Kusharyoto adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . termasuk di antaranya dalam penemuan biokatalis dan senyawa bioaktif baru.Memberikan kesempatan kepada siswa tingkat SMU untuk merasakan suasana penelitian Untuk keterangan lebih lanjut hubungi Sigit Purwantomo Tlp: (021) 875 8547 Fax: (021) 875 4588 *Dr. disain vektor dan proses analisis/skrining membuktikan bahwa teknologi ini mampu memberikan jawaban terhadap berbagai permasalahan.Meningkatkan pemahaman konsepKonsep bioteknologi . Hampir semua sistem monitoring yang selama ini digunakan di sektor kesehatan publik berdasarkan pada metode-metode konvensional. Penemuan proteorhodopsin pada bakteriplankton menunjukkan bahwa fototrofi juga merupakan proses global di lautan. BioSS menawarkan wahana untuk menjembatani kegiatan sekolah dengan kegiatan di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. konstruksi pustaka metagenom. 18 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .LIPI.

regulatory gen (gen regulator) dan structural gene (gen struktur). (CIMMYT) Mamalia diperkirakan memiliki sekitar 50. Menempelnya protein regulator akan mendorong atau menghambat ekspresi gen tersebut. Kombinasi dari teknik-teknik diatas akan sangat bermanfaat untuk mengetahui dasar-dasar molekuler atas terjadinya proses-proses biologi pada suatu organisme. misalnya cekaman/stress. Regulatory protein akan menempel pada seutas DNA (regulatory region) yang biasanya terletak di depan gen tertentu berdekatan dengan promoter gen tersebut. tidak kesemuanya diekspresikan pada saat bersamaan. DNA dikemas dalam kromosom dan total informasi genetika yang tersimpan dalam seluruh kromosom di suatu organisma merupakan komponen dari genom organisme tersebut. Jadi perbedaan fungsi antara tipe sel (celltype) satu dengan yang lainnya adalah pada perbedaan gen yang diekspresikan. A. forward genetics dengan membuat mutasi secara acak pada genom organisma sasaran yang dilanjutkan dengan pemilihan mutan dengan fenotip menarik.“ F u n c t i o n a l G e n o m i c s” un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i ge n da l a m sk a l a gl o b a l Penulis: Satya Nugroho* G en adalah untaian DNA yang mengkodekan pembentukan suatu protein. expression profiling. Ekspresi gen di genom yang selektif ini tidak hanya berlaku untuk organisma tingkat tinggi seperti pada mamalia yang memiliki sekitar 50.000 gen akan tetapi juga terdapat pada organisme prokaryot yang memiliki jumlah gen jauh lebih sedikit (sekitar 2. Adanya varietas-varietas tertentu dalam suatu spesies yang memiliki sifat (fenotip) tertentu yang tidak dimiliki varietas lain dalam satu spesies. Lalu bagaimana sel memutuskan kapan membutuhkan ekspresi gen tertentu dari genomnya? Protein atau enzim akan diproduksi di dalam sel terutama pada saat sel membutuhkan. Regulatory protein sendiri akan aktif (diekspresikan) setelah mendapatkan rangsangan/stimulus tertentu. reverse genetics dengan membuat mutasi pada gen-gen yang dijadikan sasaran. Pada akhirnya setiap aktivitas sel pada setiap proses biologi. Akan tetapi dalam satu sel tidak seluruh gen-gen tersebut diekspresikan bersamaan. Sehingga tujuan dari ‘ilmu’ Functional Genomics adalah untuk memetakan fungsi semua gen dari organisme ke dalam suatu functional framework mulai dari lingkup kecil seperti memastikan protein apa yang dikodekan oleh suatu gen sampai pada pemahaman tentang peranan protein tersebut dalam keseluruhan fungsi sel maupun organisma. pembentukan embryo. seperti enzim.000 gen). baik pada saat pembelahan sel. DNA dari suatu sel mengandung semua gen yang diperlukan oleh sel atau organisma tersebut. pada genom. Upaya untuk mengerti fungsi-fungsi dari gen-gen dan juga komponenkompenen lain seperti regulatory region dari suatu genom diistilahkan sebagai Functional Genomics. functional genomics dapat memberikan penjelasan atas mekanisme proses-proses biologi dari suatu organisma yang dipelajari dikaitkan dengan fungsi gen atau gengen. untuk melihat pola dan tingkat expresi gen baik pada level transkrip mRNA maupun pada protein. juga dapat di sebabkan karena adanya perbedaan ekspresi gen. Protein tertentu yang lebih dikenal sebagai regulatory protein berperan sebagai pengontrol ekspresi gen sehingga hanya protein tertentu saja yang diproduksi. dan bioinformatics untuk menganalisa data yang diperoleh dari semua pendekatan yang dilakukan diatas untuk mendapatkan data semaksimal mungkin. tergantung kepada aktivitas dari gen-gen tertentu BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 19 .000 gen didalam genomnya. Keragaman genetika seperti pada jagung perlu dieksplorasi antara lain melalui pendekatan functional genomics untuk dimanfaatkan bagi pengembangan bioteknologi. berpikir. Akan tetapi dari keseluruhan gen pada suatu organisme.000 gen yang ekspresikan. Oleh karena itu dalam functional genomics fungsi suatu gen dipelajari baik sebagai individu gen maupun sebagai bagian dari system yang menyeluruh di dalam sel maupun secara kesatuan sebagai bagian dari suatu organisme. yang mempunyai peran penting tertentu. Menurut perkiraan biasanya di satu sel pada saat tertentu ada sekitar 12-15. dan komponen genetika lainnya pada genom. baik pada setiap tahap perkembangan sel. Dengan memakai pendekatan secara global. Expression profiling Salah satu pendekatan fundamental untuk memahami fungsi-fumgsi gen adalah Gambar 1. Pada dasarnya ada dua macam gen. Teknik-teknik untuk functional genomics Functional genomics mengandalkan beberapa pendekatan-pendekatan teknik utama seperti. melakukan respons terhadap stimulus dan lain sebagainya.

html) 20 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Panel kiri menunjukkan hasil hibridisasi dengan probe DNA dari SK1 (dilabel hijau) dan dari S288c (dilabel merah). sehingga expression profiling dilakukan dengan melihat mRNA maupun protein. Probe-probe yang tidak terhibridisasi dengan kuat pada DNa dari SK1 dan X2180 akan memberikan warna merah.transkripsi DNA replikasi DNA translasi mRNA Protein dianalisa lebih lanjut. Proses-proses ini. Dalam proteomics teknikteknik kimia protein modern diaplikasikan antara lain 2-D gel electrophoresis. pada tahun 1999 istilah ini dianggap sebagai bagian integral dari analisa ekspresi gen. Cara melihat perbedaan ekspresi suatu gen dapat diketahui dari transkrip maupun protein yang dihasilkannya. Meskipun ada pendapat untuk memisahkan proteomics sebagai disiplin ilmu pengetahuan baru. B. a. three prime end dihasilkan maupun pada taraf protein yang amplification PCR (TEA PCR) yang diproduksi. pada waktu atau tempat disampaikan oleh Dixon dan koleganya tertentu. melibatkan pembuatan utas tunggal (single-strand/ss) cDNA dari organisme target dan poly(A)+RNA dari driver tissues untuk melakukan substractive hybridization. Karena proses transkripsi dari gen-gen berbeda-beda baik tingkat ekspresinya. representational sekitar duapuluh tahun lalu. (ss-cDNA adalah DNA utas tunggal hasil perbanyakan mRNA dengan menggunakan enzim RNA polymerase). Untuk ‘membedakan’ dengan teknologi yang memanfaatkan transkrip mRNA pada tahun 1995 istilah proteomics mulai dimunculkan oleh Wassinger dan koleganya untuk menyatakan total protein komplemen dari suatu genom (total protein complement of a genome). Pada prinsipnya proteomics memanfaatkan ekspresi protein untuk mengidentifikasi fungsi gengen tertentu. Cara lain yang juga menggunakan Gambar 2: The central dogma of molecular biology transkrip mRNA untuk mengetahui dengan mengidentifikasi dimana dan kapan fungsi gen secara global yang juga gen tersebut diekspresikan (spatial and memanfaatkan teknologi PCR antara lain temporal expressions ). Stanford (1995). kemudian dipisahkan dan diklon menggunakan teknik pengganaan utas DNA polymerase chain reaction (PCR) untuk Gambar 3.nature. matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) dan kombinasi dari teknik-teknik tersebut. dan setelah ditumpuk akan kelihatan DNa yang terdapat pada SK1 dan S288c memberikan warna gabungan merah dan hijau (kuning). Cara ini dapat terapkan untuk menunjukkan perbedaan tingkat ekspresi gen-gen. dalam biologi molekuler dikenal sebagai the central dogma of molecular biology. pertama kali disampaikan oleh Davis dan timnya. Panel kanan eksperimen yang mirip untuk membandingkan galur X2180 dengan S288c. Substractive library. Pada saat gen aktif maka DNA (1998) dan cDNA microarrays yang dari gen tersebut akan mengalami proses pertama kali dilaporkan oleh Brown di trankripsi (transcription) untuk menghasilkan mRNA yang kemudian akan diterjemahkan (translation) menjadi protein. Upaya untuk adalah dengan differential display yang melakukan identifikasi gen yang pertama kali disampaikan oleh Pardee dan diekspresikan pada jaringan atau cellLiang (1992) dan kemudian diperbarui type tertentu sudah dilakukan sejak pada tahun 1997. sscDNa yang tidak tersubstaksi (atau tidak mempunyai komplemen) oleh poly(A)+RNA. Dengan cara ini gen mana saja yang terekspresi secara unik hanya pada organisme target saja atau pada organisme control saja akan dapat diidentifikasi. maka dengan melihat faktorfaktor tersebut maka fungsi gen dapat diperkirakan. W303 and SK1 (dari kiri ke kanan) memiliki perbedaan morfologi koloni. 2-D High-perforance liquid chromatography (2-D HPLC). disampaikan oleh Velculescu (1995) yang Expression profiling dapat dilakukan kemudian dikembangkan versi baru yang dengan melakukan pengamatan terhadap dinamai SAGE adaptation for downsized transkrip messenger RNA (mRNa) yang extracts (SADE). A364. Perbedan komposisi DNA Saccharomyces cerevisiae pada galur-galur yang biasa dipakai untuk penelitian laboratorium dapat ditampilkan dengan menggunakan teknik DNA microarrayer.com/nrg/journal/v3/n9/full/nrg886_fs. Iimej yang diperoleh dianalisa. ditambah dengan proses perbanyakan untaian DNa melalui proses replikasi (replication). Yang hanya di SK1 saja akan berwarna hijau sementara yang hanya di S288c akan berwarna merah. Selain dengan memanfaatkan transkrip mRNA expression profiling juga dapat dilakukan dengan melihat protein yang diekspresikan. (gambar diambil dari http:// www. galur yang digunakan S288c. electrospray ionization mass spectrometry (ESI MS). Sampai saat ini teknikteknik dengan memanfaatkan transkrip dan dikombinasi dengan teknik PCR seperti diatas telah dapat mengidentifikasi banyak gen. serial analysis of gene ekspresi gen (expression profiling) pada expression (SAGE) yang pertama kali skala genom (global) mulai dikembangkan. Teknologi yang telah dikembangkan untuk expression profiling yang sering diterapkan diantaranya adalah dengan mengkonstruksi dan kemudian melakukan screening suatu substractive library. waktu ekspresinya maupun tempat ekspresinya. Akan tetapi difference analysis of cDNA (cDNA RDA) baru pada beberapa tahun terakhir yang disampaikan oleh Lisitsyn dan metoda untuk mengetahui perbedaan koleganya (1993). dan kemungkinan interaksinya dengan gen-gen lain. fungsinya.

aktivitas dari promoter atau enhancer (expression control element) gen tersebut dapat diidentifikasi dengan memperhatikan ekspresi reporter gene. atau forward genetics. Untuk melakukan knock-out. Sehingga untuk lebih memaksimalkan upaya mempelajari genegen tanaman dengan cara knock-out saat ini telah dikembangkan satu cara yang efektif untuk melakukan knock-out pada padi yaitu dengan memanfaatkan insersi transposon.B. diantaranya adalah dengan induksi stres maupun dengan memanfaatkan protein transposase yang dihasilkan oleh transposon. Narayana Uppadhyaya. Contoh aplikasi dari penggunaan A c/Ds mutagenesis yang sudah cukup maju adalah di Arabidopsis dan padi. a. Oleh karena tidak setiap knock-out menghasilkan fenotip baru. b. pada system syaraf embryo tikus (kiri) dan pada tanaman Arabidopsis (kanan) (diambil dari beberapa sumber). Transposon dan retrotransposon pada dasarnya adalah elemen genetik yang dapat bertransposisi/berpindah tempat dari satu posisi di genom ke posisi lainnya pada generasi berikutnya secara acak. Australia) transposon dan retrotransposon terletak pada cara mereka bertransposisi (berpindah tempat). untuk mendapatkan kesimpulan data biologi yang Gambar 5. gen yang akan dipelajari fungsinya sudah harus tersedia sehingga gen tersebut dapat segera diklon di plasmid ekspresi untuk kemudian dioverekspresikan pada organisma target (tanaman). Dengan pendekatan ini maka mutasi inseri secara acak akan bisa diperoleh dengan lebih cepat. Pertukaran informasi terjadi antara site-site database penyedia informasi bioinformatics. Knock-out secara random pada genom tanaman dapat dilakukan dengan insersi T-DNA pada genom melalui transformasi Agrobacterium untuk tanaman tertentu seperti model tanaman Arabidopsis. yang memakai pendekatan perhitungan dengan memanfaatkan komputer (computational biology) untuk menjawab pertanyaanpertanyaan seputar ilmu biologi. C. Sehingga untuk mempelajari fungsi dan mengidentifikasi gen secara menyeluruh (functional genomics) dapat dilakukan dengan cara knock-out yang dilakukan secara random. Proses berpindahnya transposon dikarenakan oleh beberapa faktor induksi. Perbedaan antara A B Gambar 4. Sementara activation-tag akan dapat meningkatkan tingkat ekspresi gen yang terpengaruh. untuk mutagenesis dengan sasaran gen/target tertentu. tembakau atau padi dan tanaman lainnya. untuk mutasi secara random pada genom untuk kemudian di lakukan screening terhadap fenotip tertentu. isolasi dan identifikasi fungsi gen-gen pada genom dapat dilakukan. Untuk melakukan overekspresi. meskipun gen organisme target yang terganggu karena insersi transposon tidak menyebabkan munculnya fenotip baru. Demikian pula client dapat memasukkan data-data baru ke dalam database. dimana hal ini bisa disebabkan oleh adanya gen-gen lain yang mampu menggantikan fungsi gen yang telah di-knock-out (fungsional redundancy). untuk tanaman saat ini teknologi yang dapat dipercaya (reliable) untuk melakukan knock-out pada gen tertentu (targeted knock-out) pada belum tersedia. Tidak seperti pada organisme lain. Metoda ini cukup handal. CSIRO. Melalui cara mutasi insersi ini. Activator/ Dissociation). BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 21 . akan tetapi untuk mendapatkan insersi yang banyak untuk mendapatkan saturasi diperlukan proses transformasi yang banyak. Dengan melihat pola atau spesifisitas ekspresi dari reporter gene tersebut maka fungsi dari gen yang ada di sekitar daerah insersi tersebut akan dapat diperkirakan. atau activation-tag yang mampu mengoverekspresikan gengen yang ada disekitar daerah insersi dari activation tag tersebut. Cara yang pertama adalah dengan mengoverekspresikan (over-expression) gen dan yang kedua dengan merusak/menghilangkan (knockout/disruption) gen yang dipelajari. Aplikasi gene/enhancer trap untuk mengidentifikasi fungsi gen dengan melihat ekspresi dari reporter gene. Bioinformatics Bioinformatics adalah satu area ilmu pengetahuan baru yang sedang tumbuh dan berkembang. baik yang berasal dari tanaman itu sendiri (endogenous retrotransposon. Fungsi gen tersebut dapat diperkirakan dengan melihat fenotip yang dihasilkan oleh tanaman transgenik yang dihasilkan. sehingga pengaruh overekspresinya dapat dipanytau dengan melihat perubahan fenotipnya. Mutagenesis (Reverse genetics dan Forward genetics) Pada dua strategi yang biasa dilakukan untuk mempelajari fungsi suatu gen secara langsung. gen yang berpengaruh pada sifat tertentu yang akan dipelajari tidak perlu tersedia. misalkan Tos17pada padi) maupun yang berasal dari tanaman lain seperti jagung (A c/Ds. Pendekatan ini biasa disebut sebagai reverse genetics. Database dan alat-alat bioinformatics pada server dapat dimanfaatkan oleh client. yang dimiliki oleh pribadi maupun umum. knock-out mutagenesis dengan transposon Ac/Ds menghasilkan mutan yang tumbuh lebih lambat (tanda panah) dari tanaman galur liarnya (Dari Dr. Dengan gene/ enhancer-trap. maka selain berfungsi untuk knock-out konstruksi vektor yang digunakan mempunyai fungsi lain yaitu sebagai gene/enhancer-trap yang dapat berfungsi untuk menangkap sinyal aktivitas promoter/enhancer element yang berperan sebagai regulator ekspresi suatu gen dengan menggunakan reporter gene (gusA/gfp). Identifikasi gen-gen penting dan prediksi fungsi-fungsi mereka secara genomik dengan mutagenesis menggunakan transposon ini prosesnya semakin dipercepat dengan telah diselesaikannya draft-draft urutan DNA organisme target. Untuk menjawab pertanyaan-ppertanyaan tersebut dibutuhkan pengolahan data yang sangat besar dan kompleks.

Salah satu site bioinformatics yang mempunyai fasilitas terlengkap dalam memfasilitasi penelitian functional genomics adalah adalah yang dibangun dan dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information yang merupakan bagian dari National Institute of Health di Amerika Serikat ( www. padi. bioinformatics juga memberikan alat-alat untuk menganalisa secara biologi molekuler seperti kemampuan untuk mencari urutan basa yang sama (similarity search). Arabidopsis dan sebagainya. memprediksi catalytic domain protein untuk meramalkan fungsi gen yang bertanggungjawab. Keberadaan data-data tersebut secara otomatis akan mendukung upaya untuk mempelajari fungsi gen-gen secara genomics (global) melalui pendekatan-pendekatan functional genomics. Satya Nugroho adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . memprediksi regulatory region dari suatu gen seperti promoter dan lokasi-lokasi yang penting untuk interaksi (binding domain) dengan protein yang berperan untuk proses transkripsi (transcription factors). *Dr. urutan basa DNA atau cDNA yang diperoleh dari expression profilling dan mutagenesis beserta prediksi fungsi-fungsi mereka. IKLAN ANDA SEHARUSNYA BISA TERPAMPANG DI SINI untuk pemasangan iklan hubungi sekretariat BioTrends 22 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Bioinformatics menjadi semakin penting dengan telah diselesaikannya pengurutan basa genom organismeorganisme penting seperti manusia. Selain menyediakan database seperti urutan DNA genom. lalat buah. urutan asam amino berbagai organism. Data-data yang didapat semakin mudah diakses dengan adanya jaringan internet yang semakin mudah dijangkau.ncbi. Cibinong. dan sebagainya.nih.LIPI. Saccharomyces cereviseae. NCBI berkolaborasi dengan organisasiorganisasi lain seperti DNA Databank of Japan (DDBJ) dan European Molecular biology Laboratory (EMBL) database milik European Bioinformatics Institute dalam hal pertukaran informasi sehingga datadata baru yang diperoleh secara terpisah akan dapat dikumpulkan untuk dimanfaatkan oleh publik semaksimal mungkin. Potensipotensi yang ditawarkan bioinformatics mampu merubah cara pandang ilmu pengetahuan dasar dengan memberikan pemecahan permasalahan dan pendekatan desain experimen di laboratorium.gov).Dari Redaksi >> valid atau dapat dipercaya.nlm. melakukan sequence allignment.

melibatkan sejumlah delesi atau substitusi basa yang menyusunnya. yang berbeda dari normal deoxynucleotide. Selanjutnya. Program ini diperlukan antara lain untuk melihat homologi dan posisi restriksi enzim serta analisis lain seperti desain primer (A). Fungsi program analisis DNA. Pada cara ini. Tabel kode genetik. Kode genetik adalah gabungan tiga basa nukleotida untuk menyandikan satu jenis asam amino. Bioedit menghadirkan tutorial untuk menjalankan fungsi yang tersedia.coli mampu mengenali sisi sekuens DNA khusus. BioEdit. Restiksi enzim map. Tampilan help pada BioEdit. semua informasi yang nantinya akan diwariskan disimpan dalam bentuk materi DNA. program ini menyediakan petunjuk tutorial untuk menjalankannya. merupakan upaya untuk menemukan “kembali” gen untuk dipelajari fungsinya. DNA tersebut terdiri dari empat jenis basa nukleotida adenine. kombinasi untuk setiap tiga basa nukleotida akan mengkode asam nukleat. Sequence DNA tersedia pada genebank yang dapat diakses free dari NCBI website. cytocine. Melalui analisis PCR dari flanking sequence yang diketahui dan dideskripsikan dengan sequencing. Kemampuan untuk mengakses DNA saat ini juga tidak terbatas. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 23 . Kegiatan untuk melakukan manipulasi urutan DNA secara artifisial sangatlah dimungkinkan. akan tetapi secara umum asam nukleat yang dikodekan oleh tiga basa pengkodenya adalah sama. sequence DNA yang menjadi interest selanjutnya dapat diketahui. Beberapa pusat riset di dunia telah melakukan upaya genome sequencing yang datanya dapat diakses secara bebas. Analisis fungsi suatu sequence DNA biasanya akan Saat ini beberapa organisme seperti Escerichia coli K12. Website ini juga memiliki link dengan web database DNA lainnya. Disamping fungsi help. Walaupun kode ini bersifat universal. GAATTC yang sangat spesifik untuk selanjutnya dipotong. Sequencing dengan tekhnik dideoxynucleotide atau umum dikenal dengan metode Sanger merupakan contoh metode sequencing. Enzime restriksi endonuclease yang telah diisolasi dari berbagai organisme seperti EcoRI dari E. Enzim T4 Gambar 4.Program freeware DNA analysis: ClustalW. Gambar 5. Tampilan help dari CLC free workbench. Disamping itu dari sequence DNA kita dapat melihat hubungan kekerabatan dari suatu jenis relative dengan species lainnya melalui sequence homology yang dimiliki.3’-dideoxynucleotide triphosphates (ddNTP). molekul ini akan menghentikan elongasi rantai DNA disebabkan ketidakmampuan Gambar 3. dan thymine. Beberapa tekhnik dikembangkan antara lain melalui inseri buatan untuk menghasilkan mutan atau teknik metagenomik untuk mandapatkan sejumlah gen dari organisme yang tidak dapat atau masih sulit ditumbuhkan pada kondisi lab. Gene hunting ataupun gene discovery. guanine. Gambar 1. Arabidopsis thaliana. Manipulasi dan analisis DNA dapat dilakukan secara on line atau off line internet. Urutan DNA dapat diketahui karena kita dapat malakukan pengurutan DNA melalui DNA sequencing. pada kode-kode tertentu mengkode asam amino yang berbeda pada urutan basa yang sama (Tabel diambil dari DNAMan). Di samping itu program analisis DNA diperlukan untuk mempermudah pencarian conserved region untuk menemukan gen uang sama pada organisme lain (B). dan CLC Free Workbench Penulis: Sigit Purwantomo* P ada organisme prokariotik dan eukariotik. Gambar 2. Akibatnya. digunakan 2’. dan Oryza sativa telah secara utuh disekuens urutan DNA begitu juga dengan species Homo sapiens. Walaupun ada beberapa pengecualian yang membedakan antara kode asam amino tertentu dari prokariotik dan eukariotik. (Diambil dari CFC Free Workbench) membentuk ikatan phosphodiester dengan deoxynucleotide selanjutnya.

Disamping itu. complementary.…. kita dapat secara step-by-step menggunakan software-software aplikasi tersebut. Kita dapat melihat suatu fungsi dari pilihan help pada bagian index atau kita dapat memilih dari content ataupun find. oleh karena itu mungkin diperlukan reverse complement. ataupun open reading frame. Sejumlah program untuk menganalisis sequence DNA. Untuk memakainya memang terdapat perbedaan pada tampilan yang disajikan dan menu fungsi yang diberikan. dan lainlain. Sequence DNA akan ditulis dari ujung 5 ke ujung 3 yang menunjuk pada posisi karbon pada gula di basa nukleotida. dari coding sequence suatu gen fungsional. terlebih jika speed koneksi internet sangat rendah. atau langsung dengan kata kunci menggunakan nama software tersebut. * Sigit Purwantomo. alignment. Cibinong. Hal ini dijumpai juga pada tutorial dan help pada CLC. Reverse complement akan membuat complement dari utas 5’-……. Kita dapat mempelajari fungsi yang ada melalui fungsi help yang diberikan.-3’ akan memiliki utas komplementari 3’-……-5’. Kegiatan alignment merupakan fungsi untuk menyamakan posisi basa pada satu sequence dengan sequence lainnya. Dua program terakhir mampu untuk memberikan input tentang posisi enzim restriksi yang ada pada suatu sequence. dan pembuatan phylogenetic tree. BioEdit. intron. BioEdit menawarkan sejumlah aplikasi seperti DNA alignment. alignment dapat dilakukan untuk presiksi protein yang dihasilkan. Software analisis DNA yang ada pada dasarnya memiliki fungsi dasar yang sama. Dalam organisasi genom. Walaupun mungkin ada keterbatasan yang ada dibanding sepupunya yang komersial. DNAMan dan Vektor NTI adalah contoh versi komersial analisis DNA. Beberapa software tersedia secara komersial untuk analisis DNA tidak secara online. Dengan mempelajari help dan tutorial yang ada. software gratis yang tersedia saat ini dapat diberdayakan untuk menganalisis DNA yang kita punya dan menggali potensi diversitas DNA yang kita miliki. restriksi enzim. ClustalW merupakan versi Windows untuk program klasik clustalX. Kedua program terakhir cukup kuat untuk menganalisis sequence DNA. Akan tetapi beberapa diantaranya dapat kita download secara free. Baik ClustalW. Semua program analisis yang tersedia umumnya dilengkapi dengan tutorial atau Help yang sangat user friendly. Dengan menggunakan kata kunci “molecular biology freeware”pada search engine kita dapat menjumpai daftar software tersebut. ClustalW. seperti misalnya intron pada organisasi genom eukariotik. Umumnya DNA adalah double strand. BioEdit. 24 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Seperti misalnya bahwa.DNA ligase menjadi enzim penting jika akan dilakukan penempelan antara ujung yang telah dipotong. kecuali pada beberapa organisme seperti virus dapat single strand. beberapa sequence telah diketahui fungsinya akan tetapi ada beberapa bagian yang belum diketahui fungsinya. atau CLC memberikan fungsi untuk alignment DNA dan pembutan phylogenetic tree dari sequence yang dialignment. Software CFC Workbench yang direlease 2005 memiliki tampilan dan help yang sangat mudah diikuti begitu juga BioEdit yang direlease tahun 2004. posisi restriksi enzim ataupun menggambar plasmid yang dapat dipelajari dari help tutorial yang tersedia. Program ini dipakai untuk alignment dari beberapa sequence. Secara sederhana terdiri dari bagian promoter. Fungsi ini diperlukan untuk melihat kesamaan antar sequence dan daerah conserved pada sequence tersebut.. Tampaknya software yang tersedia bebas tidak kalah dari komersial software yang berharga cukup mahal. Pada genome posisi strand DNA yang berisi modul tertentu yang diinginkan.-3’ (utas 1) yaitu utas 2. Intron bisa saja terletak di awal. akan tetapi utas 2 ditulis dengan 5’-……3’. exon. Disarankan untuk menggunakan Untuk analisis sequence DNA dengan menggunakan program-program tersebut diperlukan pengetahuan dasar terkait dengan sequence DNA. dan terminator. dapat “ungkir balik”. seperti alignment.LIPI. seperti map restriction site.Akan tetapi harga dari software ini relatif mahal karena membutuhkan licence untuk penggunaannya. misalnya promoter. utas 5’. atau akhir analisis sequence dapat digunakan BioEdit atau CLC. M. Kita dapat pula mengedit dalam arti menambah enzyme restriksi untuk keperluan up date. Gen fungsional selalu terdiri dari bentukan yang sifatnya modular.Sc adalah staf di Pusat Peneliti Bioteknologi . Hal ini untuk mengurangi kemungkinan terputusnya koneksi internet saat download yang dapat berakibat rusaknya program. Untuk melihat alignment dan beberapa aplikasi program accelerator pada saat download. Akan tetapi ukurannya relative sangat besar sehingga membutuhkan waktu saat download dari internet. tengah. coding sequence. dan CLC Free Workbench merupakan contoh dari freeware yang dapat diakses dan didownload via internet.

dan B3). dan C (a) A B A-B C A . Secara teori.C D A. C2.B2-C2 A1-B 2-C3 A1-B 3-C1 A1-B3 A1-B 3-C 3 A1. Sebagai teknologi yang relatif baru teknologi combinatorial chemistry banyak mendapat perhatian dari kalangan peneliti terutama dari kalangan industri farmasi. diantaranya berasal dari: farmasi. B. proteomik. Pada reaksi pertama terjadi reaksi antara 3 jenis molekul A (A1. Pada contoh Gambar 1 tersebut molekul yang digunakan adalah molekul A. KONSEP DASAR COMBINATORIAL CHEMISTRY Secara umum konsep dasar reaksi combinatorial chemistry dapat diterangkan seperti pada Gambar 1.B. Seperti diketahui walaupun suatu molekul mempunyai rumus molekul yang sama tetapi dengan mempunyai rumus bangun yang berbeda maka reaksi yang dihasilkan juga akan berbeda. Teknologi ini dikembangkan dengan tujuan utama untuk mendapatkan cara yang paling efisien dan efektif untuk mendapatkan bahan obat baru (drug discovery). Teknik semacam ini bila digabung dengan kemampuan skrining yang tinggi dan dalam jumlah sampel yang STAGE 1 R’ R’ H2NCHCOOR’ RCOCl RCONHCHCOOR’’ STAGE 2 R’ R’’’NH2 RCONHCHCONHR’’’ A 1-B1.C . penambahan molekul (seperti yang terlihat pada Gambar 2b) secara bercabang.C D A -B . bioteknologi. Dengan keragaman yang sangat tinggi maka diharapkan sebagian dari molekul yang disintesa mempunyai fungsi biologi seperti yang kita harapkan dan mampu digunakan untuk melawan suatu jenis penyakit tertentu. Disamping teknik combinatorial chemistry. Berdasarkan pada konsep ini maka jumlah dan keragaman jenis molekul (molecular diversity) dapat diproduksi dengan sangat cepat. kimia inorganik. 2a. cara mendisain suatu obat yang telah berhasil dan banyak dilakukan oleh para peneliti dari bidang biokimia sejak dulu adalah dengan mempelajari secara detil biochemical pathways (siklus biokimia) dari suatu molekul didalam tubuh mahluk hidup. yaitu: pertama. Pada cara ini penambahan molekul terjadi seperti rantai dimana penambahan molekul hanya dari satu arah (tidak bercabang). Pada artikel ini keunikan dan potensi teknologi combinatorial chemistry dibahas dalam kaitannya dengan drug discovery. dan C3) maka dengan cepat 9 molekul tadi bertambah menjadi 27 jenis molekul. dan A3) dengan 3 jenis molekul B (B1. dengan cara membuat molekul yang mempunyai struktur seperti pada Gambar A1-B3 A2-B 3-C3 A 2-B2. Dalam hal ini. konsep dasar combinatorial chemistry dapat dibagi menjadi 2 macam. dan mikrobiologi.B1-C3 A1.B2-C2 A2 -B1-C1 A1-B1 A2-B 1-C3 A2 -B2-C1 A2-B 1-C2 A2 A1-B2 A 2-B2-C3 A2-B 3-C1 A2-B 2-C 2 dengan masing-masing memiliki 3 jenis.B3-C1 A 3-B2-C2 A1-B3 A 3-B3. biokimia. Secara simultan beberapa reaksi dapat terjadi seperti yang tertera pada Gambar 1.C 1 A1 -B1 A 1-B1-C2 A1. Ditambah dengan kemajuan sains dan teknologi yang begitu cepat dalam bidang life sciences seperti genomik. Hal ini karena teknik baru ini sangat berpotensi sekali digunakan sebagai cara untuk mensintesa senyawa kimia yang berfungsi sebagai obat yang bahkan dialam kombinasi molekul tersebut tidak didapatkan. kedua. kimia organik. akan membuat potensi combinatorial chemistry akan lebih tinggi untuk mendapatkan molekul baru sebagai bahan obat yang lebih sesuai dengan kondisi tubuh kita. A2.COMBINATORIAL CHEMISTRY: PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT Penulis: Adi Santoso* PENDAHULUAN Combinatorial chemistry adalah teknologi yang masih tergolong baru yang dikembangkan oleh peneliti dari berbagai disiplin ilmu pengetahuan.C 3 A3.B1-C3 A3-B 2-C1 A 3-B1. dan kemampuan membuat hewan transgenik sesuai dengan yang diinginkan. dengan mengetahui fungsi spesifik suatu molekul dalam biochemical pathway maka molekul baru yang berfungsi sebagai obat dapat didisain dan disintesa. Pada reaksi tersebut (antara A dan B) dihasilkan 9 jenis molekul.D D-A -B .C 3 A3 -B2-C2 Gambar 1: Konsep dasar reaksi combinatorial chemistry.C 2 A3-B 1-C1 A1 -B1 A3. Selain kedua cara tersebut diatas. Dalam teknik ini diharapkan dengan meningkatkan jumlah populasi keragaman molekul maka kemungkinan untuk mendapatkan molekul yang diinginkan dengan sifat tertentu juga akan meningkat. Hal lain yang juga berperan dalam combinatorial chemistry terletak pada posisi ikatan suatu molekul dengan molekul lainnya. Dengan mereaksikan 9 jenis molekul yang dihasilkan dari reaksi A dan B dengan molekul C (C1. Keunikan teknologi combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam mensintesa molekul dengan keragaman yang tidak terbatas. Bisa dibayangkan apabila ini digunakan BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 25 .C 2 A3 A1-B2 A 3-B2.C-D D A -B -C (b) A B A -B C D D A -B . besar (high-throughput screening) maka teknologi combinatorial chemistry dapat digunakan sebagai basis yang sangat kuat dalam drug discovery efforts.B2-C1 A1 A1 -B2 A1. teknologi lain yang saat ini banyak digunakan dalam drug discovery adalah dengan mengisolasi sampel dari tanaman atau mikroba atau sumber lain kemudian dianalisa satu persatu pengaruhnya terhadap efek biologi yang diteliti.B .C Gambar 1: Pola dasar sintesa molekul dalam combinatorial chemistry. B2.

dalam teknik ini sebagian besar usaha yang dilakukan terfokus pada tahap purifikasi. dan C1. B2. 2. C3 -----> Campuran 1 mengandung senyawa A1. Menghadapi hal semacam ini. KESIMPULAN Keunggulan combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam menciptakan keanekaragaman molekul (molecular diversity). -----> Uji Biologis 26 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Berikut dibawah ini dijelaskan keuntungan dan kerugian kedua sistim tersebut: 1. adalah pustaka yang dibuat dalam bentuk cairan (solution). dan C1. -----> Uji Biologis A3 + B1. B3 + C1. 3. solid support system atau solution. Bila dibandingkan dengan teknik solid support system. Tukar menukar informasi dan pustaka molekul yang telah disintesa antara satu peneliti dengan peneliti lainnya akan sangat menentukan kecepatan drug discovery. B3 + C1. B2. keuntungan teknik ini adalah beayanya yang relatif murah dan bisa dilakukan dalam skala yang besar. C2. 3. A1-B1-C1 A1-B1-C2 A1-B1-C3 A1 -B2-C1 A1 -B2-C2 A1 -B2-C3 A1-B3-C1 A1-B3-C2 A1-B3-C3 A2-B1-C1 A2-B1-C2 A2-B1-C3 A2-B 2-C 1 A2-B 2-C 2 A2-B 2-C 3 A2-B3-C1 A2-B3-C2 A2-B3-C3 A3 -B 1-C1 A3 -B 1-C2 A3 -B 1-C3 A3-B2-C1 A3-B2-C2 A3-B2-C3 A3-B3-C1 A3-B3-C2 A3-B3-C3 UJI BIOLOGIS Gambar 4. Pada sistim ini setiap reaksi dilakukan secara terpisah sehingga apabila suatu molekul ternyata positif mempunyai fungsi yang 2.LIPI. 3. C2. Ph. Solid support system Metode solid support pertama kali digunakan oleh perusahaan Merrifields dari USA. Pemilihan cara pembuatan pustaka molekul. 3. maka setiap molekul yang disintesa akan mempunyai fungsi dan potensi yang berbeda. Pustaka yang berbentuk cairan biasanya merupakan pustaka mixture dimana semua molekul dalam pustaka bersatu dalam cairan. Karena masing-masing reaksi dilakukan secara terpisah diatas suatu platform maka proses purifikasi akan sangat memudahkan sekali dalam proses purifikasinya. Gambar 3. Salah satu contoh combinatorial chemistry yang menggunakan solid support system adalah dengan menggunakan well grid array (misal: 96 well plates). Konsekuensinya. C3 -----> Campuran 3 mengandung senyawa A3.D adalah staf peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi .sebagai obat. B3 + C1. 3. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solution. 2. Pustaka semacam ini biasanya dikerjakan dengan menggunakan robotic system dimana molekul yang digunakan diletakkan pada solid support. 2. kedua. B1. dan C1. 2. dikehendaki maka molekul ini dapat langsung di identifikasi dan diproduksi dalam skala besar. * Adi Santoso. Kemampuan dalam memodifikasi dengan cara menambahkan beberapa gugus kimia pada molekul tertentu membuat molekul baru yang disintesa diharapkan secara spesifik dapat mempunyai mekanisme seperti yang diharapkan dalam fungsinya sebagai obat. B2. 2. 3. C3 -----> Campuran 2 mengandung senyawa A2. Walaupun teknik ini sangat menguntungkan tetapi membutuhkan biaya yang sangat tinggi karena melibatkan proses pembuatan solid support dan meletakkan molekul yang diteliti pada support yang digunakan. B1. B1. Karena dalam teknik ini semua reaksi terjadi dalam satu tempat sehingga banyak sekali terdapat molekulmolekul yang tidak kita inginkan. -----> Uji biologi s A2 + B1. manajemen pustaka molekul menjadi sangat esensial. Cibinong. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solid support . 2. C2. akan sangat dipengaruhi oleh biaya dan teknologi purifikasi yang akan digunakan. Kemampuan untuk mendapatkan informasi tentang jenis molekul yang berpotensi sebagai obat dan sistim database yang digunakan untuk menyimpan informasi yang dihasilkan adalah sangat mendasar dalam combinatorial chemistry. Pustaka yang dibuat dengan cara ini mudah untuk dipurifikasi karena masing-masing molekul yang terdapat dalam pustaka tersebut diletakkan secara terpisah pada support yang digunakan. Karena sifat teknik ini adalah kombinasi (combinatorial) maka dengan cepat jumlah molekul yang di sintesa akan meningkat dengan sangat tajam. Solution Masalah yang sangat mendasar pada teknik ini adalah kesulitan dalam purifikasi. A1 + B1. CARA MENDISAIN COMBINATORIAL CHEMISTRY Hal yang juga sangat mendasar dalam combinatorial chemistry adalah dimana pustaka molekul disintesa? Terdapat 2 macam cara pembuatan pustaka combinatorial chemistry: pertama adalah pustaka yang dibuat dalam solid support (sejenis bahan plastik). Hal yang sangat menguntungkan dengan menggunakan teknik solid support adalah tahap purifikasinya.

maka faktor-faktor berikut yang perlu mendapat diperhatikan: · Spesifitas. reaksi-reaksi yang dijembataninya seringkali mempunyai kemo-. merupakan metoda yang tidak asing dalam proses sintesis kimia organik di ranah akademis maupun dalam tataran industri. sedangkan tipe kedua terdiri atas molekul organik yang kompleks. Inilah salah satu alasan mengapa saat ini industri mulai melirik biokatalisis dan memanfaatkan biokatalis secara ekstensif untuk memproduksi precursor dan ingradien penting untuk produksi farmaseutika. misalnya. Sehingga. secara umum hanya ada perbedaan yang kecil diantara beragam enzim dalam nilai pH dan suhu operasinya. biokatalis telah digunakan untuk produksi fruktosa. yang disebut sebagai kofaktor. atau stereospesifik (selektif hanya terhadap salah satu stereoisomer) · Kofaktor. peranan biokatalisis juga akan semakin penting dalam industri kimia modern. resolusi kinetik dari campuran rasemat. Enzim dan Biotransformasi Penulis: Theresia Umi Harwati & Bambang Sunarko* Kenapa biokatalis penting? Biokatalisis. tidaklah mengherankan. lambat laun biokatalisis mulai menggeser dan menjadi pesaing utama metode sintetik konvensional. dan ramah lingkungan. dapat bersifat substrat spesifik (selektif · terhadap senyawa atau kelompok senyawa tertentu). penisilin semi sintetik dan obat kanker. seperti hidrolisis. aspartame. mudah didapat. tipe pertama berupa ion-ion logam sederhana. Dan tampaknya biokatalisis. enansio. pemahaman tentang mekanisme pengendalian semacam ini dapat merupakan hal penting untuk optimasi proses Kondisi reaksi. yang disebut sebagai ko-enzim. Inhibitor. deterjen. transesterifikasi. serta limbah yang dihasilkan mudah dituntaskan. seperti dalam sintesa senyawa-senyawa yang bersifat regio-. kebanyakan farmaseutika adalah molekul-molekul khiral. yang terikat dalam matriks atau bebas. yang pada akhirnya akan membatasi penggunaannya (kecuali ada cara-cara praktis untuk mendapatkannya kembali). Enzim dengan nama yang sama tetapi berasal dari sumber yang berbeda seringkali menujukkan perbedaan pula dalam struktur dan sifat-sifatnya Stabilitas. sehingga digunakan juga untuk mengolah material yang berasal dari bahan bakar fosil. diagnostik. ada beberapa contoh enzim yang mampu melakukan reaksi pada suhu lebih rendah dari katalis konvensional. dan juga biokatalis. Industri proses kimia juga mulai menyadari bahwa enzim bukan hanya efektif sebagai katalis dalam transformasi senyawa-senyawa ’alami’ dalam sistem kehidupan. · · · BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 27 .dan stereoselektif. maka akan semakin mahal biaya yang diperlukan.Biokatalis. Sampai saat ini. Secara umum.dan stereospesifitas yang tinggi. metoda tersebut banyak berperan dalam industri kimia dan farmasi. Selain itu. dan sekaligus mengurangi konsumsi enerji untuk produksinya. Semakin kompleks kofaktor yang dibutuhkan. Di masa depan. Pemanfaatannya juga begitu beragam. enzim mempunyai karakteristik yang sangat menarik untuk industri: sangat spesifik. namun rendeman dan kualitas produk yang dihasilkan lebih tinggi. atau oleh kontaminan kimiawi yang ada dalam substrat. industri pangan dan pakan. Sebagai contoh. dapat dibuktikan dengan kenyataan bahwa saat ini pasar biokatalis (enzim saja) dalam bisnis global mencapai 1 milyar dolar Amerika. Enzim sebagai biokatalis Sebagai biokatalis. ezim lebih labil dibandingkan katalis sintetik. enzim dimanfaatkan untuk mengkatalisis beragam reaksi-reaksi organik dan banyak dilibatkan dalam industri pangan. aktif dan bekerja dalam kondisi ’normal’. pemanfaatannya terus meluas. pada Tabel 1 ditampilkan beberapa contoh senyawa-senyawa kimiawi yang diproduksi secara enzimatis. Dan tampaknya. suatu reaksi kimiawi yang menggunakan katalis biologis (biokatalis). isu-isu lingkungan merupakan hal yang penting bagi industri. dapat menekan jumlah limbah dan konsumsi energi. Ada dua macam kofaktor. Atas dasar kelebihan-kelebihan ini. Dengan demikian. sel mikroba (hidup atau mati). beberapa enzim memerlukan keberadaan materi lain. Walaupun beberapa dapat beroperasi diatas 60oC. Selain itu. produk reaksi. atau regiospesifik . Dalam praktek. dalam industri. yang ramah lingkungan. Semakin pentingnya peran biokatalisis. serta dalam pengelolaan limbah dan remediasi lingkungan. Seperti kita ketahui. secara tradisional telah digunakan untuk mengkonversi bahan baku yang berasal dari bahan organik atau bahan baku yang terbarukan. Namun. yang selama ini digunakan sebagai sarana untuk memproduksi molekul-molekul khiral sebagai bahan baku industri farmasi. Seperti kita ketahui. Biokatalis. aktif dalam kondisi ’normal’. Dalam skala industri. kimia dan farmasi. secara ideal dapat memenuhi tuntutan itu. serta yang memihak pada penggunaan sumber daya terbarukan daripada bahan baku berbasis petroleum. Bila enzim akan dimanfaatkan sebagai biokatalis. Untuk bisa berfungsi. Daya pikatnya berasal dari selektivitasnya yang tinggi. Pemikiran untuk menekan polusi telah meningkatkan ketertarikan mereka terhadap produk dan proses kimia. bila biokatalisis dianggap sebagai komponen penting dan bagian yang tak terpisahkan dari industri life-science. Sebagai ilustrasi betapa beragamnya kegunaan biokatalis dalam sintesis kimia. Aktivitas enzim seringkali peka terhadap keberadaan molekulmolekul kecil. biokatalisis dianggap sebagai representasi dari suatu strategi yang menjanjikan dalam menopang konsep “ green chemistry”. dan lain-lain. Sumber biologis. enzim digunakan sebagai katalis dalam beragam reaksi. Secara umum. enzim bersifat sangat spesifik. Spesifikasi sumber enzim seringkali merupakan hal penting. enzim dapat dihambat oleh substrat. Secara umum. regio. namun juga dapat berperan dalam reaksi serupa dengan senyawa-senyawa ’non-alami’. dari biotransformasi senyawa khiral secara enzimatis untuk produksi obat sampai desulfurisasi bahan bakar diesel menggunakan mikroba. Metode ini akan menjadi proses inti untuk memproduksi senyawa yang sulit atau tidak dapat dilakukan dengan teknikteknik kimia konvensional. yang berupa enzim.

sifat biokatalis yang enansio. Oleh karena itu. tahapan-tahapan proses dan integrasi keseluruhan proses perlu diperhitungkan. kompatibiliats dengan proses yang telah ada juga merupakan hal penting lain dalam keputusan tersebut. masih ada beberapa kelemahan dalam pemanfaatannya dalam industri. selektivitas dan rendeman (yield). terutama bila jumlah tahapan reaksi dalam memproduksi suatu produk akhir dapat diturunkan secara drastis. Akhirnya. Dari pengalaman dapat ditunjukkan bahwa semakin positif jawaban yang dapat diberikan atas aspek-aspek tersebut diatas. yang sudah lama dikenal?”. Selain itu. apakah biokatalis tersebut diaplikasikan dalam bentuk sel utuh. Masalah pertama menyangkut bentuk biokatalis yang akan digunakan. inhibitasi substrat/produk. seperti kebutuhan reagen dan senyawa-senyawa esensial lainnya yang lebih sedikit dan lebih murah. dan purifikasi produk. dalam keseluruhan pembuatan keputusan. maka mereka memerlukan: · Identifikasi biokatalis . Selain itu. seperti dalam pelarut organik atau dalam media padat. Media padat dapat merupakan keuntungan yang meyakinkan bagi penggunaan biokatalis. Ketersediaan.dan/ atau stereoselektif dapat menjadi pertimbangan yang kuat untuk penggunaan biokatalis. Kapan? ”Kapan biokatalis bisa dianggap sebagai alternatif yang menjanjikan. ataukah dalam media non-konvensional. juga akan mendorong penggunaan biokatalis dalam proses produksi. dan aspekaspek lingkungan (‘greenness”) juga merupakan aspek penting lainnya. laju reaksi yang lebih cepat dan kondisi reaksi yang lebih mild. Bila industri akan menggunakan proses yang melibatkan biokatalis dalam proses produksinya. bila dibandingkan reaksi kimia biasa. diimobilisasi ataupun diaplikasikan dalam bentuk bebas. merupakan pertanyaan pertama yang harus dijawab untuk memutuskan pemakaiannya dalam industri. serta kondisi reaksi merupakan aspek lain yang perlu mendapat perhatian. Lebih lanjut. maka kecenderungan ini juga akan mendorong penggunaan biokatalis sebagai pilihan dalam proses produksi. jumlah reaksi yang terlibat. biaya. maka pertanyaan “Bagaimana biokatalis tersebut dimanfaatkan dalam proses produksi?” akan muncul dalam pengambilan keputusan berikutnya. Aspek lain. Tak kalah pentingnya. biaya dan komponen media lain yang diperlukan. namun perlu juga disadari bahwa saat ini kemajuankemajuan dalam yang berarti dalam bidang ini terjadi juga di bidang katalis kimiawi. Bagaimana? Bila aspek-aspek yang dikemukakan diatas dijawab secara positif. sel organela. kebutuhan dan ‘pada tataran mana’ integrasi proses dalam kaitannya dengan reaksi-reaksi (jika lebih dari satu reaksi yang terlibat). kebutuhan kofaktor adalah beberapa aspek penting yang perlu mendapat perhatian. Kegiatan ini melibatkan pencarian dan penapisan enzim yang tersedia secara Gambar: Dari tahapan riset sampai dengan aplikasi biokatalis 28 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Jika isu ‘natural’ dan ‘green’ sangat menentukan penerimaan masyarakat terhadap suatu produkproduk tertentu. kemudahan dalam purifikasi produk. biokatalis mempunyai peranan yang semakin penting dalam industri kimia sintesis. “Kapan dan bagaimana menggunakan biokatalis?” merupakan pertanyaan penting yang harus dijawab sebelum industri memutuskan untuk mulai menggunakannya dalm proses produksinya. Sedangkan masalah kedua menyangkut media reaksi. keseimbangan reaksi. Kemampuan komputer yang ada saat ini memungkinkan untuk itu. maka semakin tinggi pula efektivitas penggunaan biokatalis dalam industri kimia. enzim kompleks. terutama berkaitan dengan kelarutan. Peluang pemanfaatan biokatalis akan meningkat. Namun. kualitas produk akhir.Biokatalis dalam Industri Kimia Seperti telah diuraikan. yang berarti bahwa penggunaan biokatalis merupakan alternatif yang menarik dalam proses produksi. kemurnian. rendeman yang lebih tinggi. sel hasil rekayasa genetis. ataukah dalam bentuk enzim kasar atau murni). terutama karena kebanyakan indutri kimia kurang begitu ‘akrab’ dengan ‘katalis alam’ ini. Adanya kepastian bahwa proses atau reaksi akan berlangsung melalui rute tertentu juga akan menjadi pertimbangan penting dalam keputusan untuk menggunakan atau tidak menggunakan biokatalis dalam proses produksi. apakah reaksi biokatalisis dilakukan dalam media cair konvensional yang ramah lingkungan (green). Aspek-aspek yang perlu mendapat perhatian dalam keputusan awal ini adalah: ketersediaan biokatalis.

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 29 . dekstran.LIPI. maka biokatalis merupakan proses yang akan menjadi pilihan. · Tahapan produksi enzim secara umum Secara umum. Cibinong. telah menghasilkan beragam biokatalis-biokatalis baru. polimir akrilik). terutama untuk mendapatkan jumlah protein yang lebih tinggi. atau bahkan melakukan pengembangan biokatalis baru. namun dengan meningkatnya akumulasi pengetahuan. dialisis dan/atau liofilisasi. Untuk pengembangan biokatalis in-house. Dalam praktek. Bambang Sunarko adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . teknikteknik pengkonsentrasian juga perlu dilibatkan. sentrifugasi. seringkali juga dilakukan. dan lain-lain. presipitasi. Umumnnya kajian dilakukan untuk mempelajari dan mengidentifikasi pengaruh pH. bila perlu. seperti glutaraldehida. demikian juga mengenai struktur. enzim diperoleh dari mikroorganisme (bakteri. FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography). Biasanya. industri dapat memperoleh atau mengembangkan sendiri biokatalis yang diinginkan.komersial. misalnya metoda penggaraman. Kesimpulan Dalam artikel ini. yang menunjukkan catalytic turnover yang tinggi. Setelah itu. ultrafiltrasi. Namun. misalnya dengan menggunakan HPLC (High Pressure Liquid Chromatography). atau tidak ada alternatif kimiawi yang ada. Pengembangan katalis yang stabil. dan juga stabilitas dan aktivitas dalam kondisi proses sebenarnya. upaya kloning dan ekspresi enzim dilakukan pada E. Proses untuk biotransformasi yang diinginkan perlu dikembangkan . Untuk tahap-tahap selanjutnya. biasanya industri juga mencoba proses yang multi-tahap yang melibatkan lebih dari satu enzim. penentuan kinetika dan stoikiometri reaksi. Tentu saja. pada akhirnya adalah ekonomi yang menentukan apakah aplikasi biokatalis dapat direalisasikan dalam praktek ataukah apakah. Datadata ini memberi landasan untuk dapat dilakukannya site-directed mutagenesis untuk memperoleh enzim baru yang dapat digunakan dalam bioreaktor secara industri. suhu. seperti penentuan aktivitas dan stabilitas enzim pada suhu dan pH yang berbeda. Isolasi. Demikian juga. Selain itu. fungsi dan aplikasi enzim masih tetap diperlukan. mikrokapsulasi (dengan cara polimerasi interfasial atau dengan mencampurkannya dengan surfaktan tertentu sehingga membentuk reverse micelles). atau diamina yang diaktivasi dengan carbodiimida). Dengan waktu yang relatif singkat. metode-metode baru. yang menyandikan sintesis enzim. dampak dari penggunaan biokatalis rekombinan semacam ini terhadap keseluruhan pentahapan reaksi dan terhadap proses downstream juga menjadi sasaran kajian dan riset dalam biotransformasi. Untuk mengawali penguasaan teknologi biokatalis. ultrasentrifugasi analitis. Industri yang melakukan pengembangan biokatalis secara aktif biasanya mempunyai koleksi strain-strain mikroba dan enzimenzim dalam jumlah besar dan menganggapnya sebagai sumber daya teknologi kunci. biasanya industri memanfaatkan enzim yang tersedia secara komersial untuk proses biotransformasi sederhana (satu tahap). Setelah enzim dimurnikan. Seperti kita ketahui. Upaya pengembangan biokatalis baru mencakup penapisan mikroba dan biomaterial secara ekstensif untuk mengidentifikasi aktivitas yang diinginkan. stabilitas terhadap pH dan suhu. kemudian mengisolasi enzim atau enzim-kompleks yang cocok. bila upaya ini tidak/ kurang berhasil. Pada akhirnya. dekade terakhir ini dipahami sebagai revolusi dalam pemahaman proses biokonversi pada tataran genetik. walaupun sampai saat ini. dilakukan imobilisasi enzim. Selain itu. mengintegrasikan ke dalam keseluruhan proses sintesis produk yang diinginkan. parameter kinetika dan penggunaan ulang) dapat diidentifikasi. kloning dan perunutan gena. biokatalisis kombinatorial. serta rekayasa metabolik (metabolic engineering). Prosedur purifikasi melibatkan teknik-teknik kromatografi. karaginan). perbandingan enzim/ dengan matriks dan sebagainya untuk mendapatkan biokatalis yang tepat secara industrial. seperti elektroferesa. diperlukan sumber daya teknis yang memadai (beragam keahlian bioteknologis). yang bertujuan agar biokatalis dapat dipanen dan digunakan kembali dalam proses. beberapa pertanyaan dipaparkan yang harus dijawab untuk menghasilkan aplikasi biokatalis secara optimal. karakterisasi struktural enzim perlu dilakukan. Selain itu. evolusi terarah banyak diterapkan untuk mengembangkan enzim-enzim secara individual. adsorpsi dan pengikatan secara kovalen dengan pedukung inorganik (seperti gelas berpori. teknik ini juga akan dapat diaplikasikan untuk perekayasaan sistem enzim kompleks. dalam tahap awal. kondisi proses yang paling baik (nilai pH dan suhu optimal. agarosa. seperti evolusi enzim yang diarahkan (directed enzyme evolution). penyelidikan terhadap aspek-aspek regulasi katalitis dan ekspresi enzim. karakterisasi fungsional perlu juga dilakukan. spektroskopi (UV-VIS dan/atau flueresens). Namun. silica) atau dengan pendukung organik (seperti selulosa. maka tahap berikutnya adalah optimasi proses yang menggunakan biokatalis amobil tersebut. baru dicoba dengan menggunakan sistem-sistem kloning dan ekspresi yang lain. sintesis secara kimiawi konvensional memenangkan kompetisi pada akhirnya. seperti kebanyakan kasus. Beragam metode imobilisasi telah dikenal dan dapat disesuaikan dengan proses-proses industrial. Untuk menghasilkan biokatalis yang memenuhi kebutuhan komersial. · Sumber biokatalis. dengan melibatkan metoda-metoda. menscale-up dan. pengikatan silang dengan reaktan bifungsional (dialdehida. Riset dan Pengembangan Biokatalis dan Biotransformasi Riset dalam bidang ini terutama diarahkan untuk mengembangkan dan optimasi proses yang melibatkan biokatalis. dan mampu melakukan transformasi baru merupakan hal penting untuk memperluas area penerapan bioteknologi. dan juga proses untuk memproduksi biokatalis itu sendiri. jamur dan kapang) yang ‘dipanen’ melalui proses fermentasi.coli melalui suatu vektor tertentu. * Theresia Umi Harwati. alginat. Pengalaman mengajari kita bahwa hanya jika sebagian besar aspek-aspek memihak pada biokatalis. waktu kontak dengan matriks pendukung. seperti pencerapan dalam matriks gel (poliakrilamida. tahap pertama yang perlu dilakukan adalah pemurnian enzim dari media fermentasi. Optimasi proses downstream dari biotransformasi seringkali sama pentingnya dengan proses biotransformasi itu sendiri. MSi & Dr. Bila proses imobilisasi telah dilakukan dengan hasil yang baik. Pengembangan proses.

Sesuai dengan life cycle dari virus tersebut. Saat ini digunakan interferon atau gabungan interferon dengan ribavirin. Fusion adalah proses menyatunya virus dengan sel.Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus Penulis: Andi Utama* M asalah penyakit infeksi virus adalah masalah besar baik secara global maupun nasional. yang merupakan reseptor dari virus HIV. wabah DBD merupakan wabah rutin yang terjadi setiap tahunnya. Pendekatan untuk penemuan obat antivirus Untuk penemuan obat antivirus perlu diketahui life cycle (siklus hidup) dari virus itu sendiri. fusion. sampai pada protein cleavage (Gambar 4). Alpha interferon telah disapprove untuk pengobatan leukemia dan hepatitis C. Awalnya interferon diambil melalui ekstraksi dari darah manusia. sehingga sulit untuk mendapatkan dalam jumlah yang banyak. demam berdarah dengue (DBD) juga merupakan penyakit infeksi serius. Sehingga WHO memperkirakan akan terjadi pandemi flu burung H5N1 di dunia di masa yang akan datang. Begitu juga obat AIDS seperti AZT. seperti ko-infeksi dengan Tuberkulosis (TBC) dan/atau hepatitis C. integration. beta. bahkan sudah meluas sampai ke benua Eropa dan Amerika. dimana virus masuk ke dalam sitoplasma sel. Walaupun beberapa obat digunakan secara klinis. Sementara itu. Di Indonesia sendiri telah terjadi wabah H5N1 sebagai perluasan dari wabah yang terjadi di Asia Tenggara. hanya bisa berinteraksi dengan virus HIV. lebih dari 100 jutas kasus DBD terjadi setiap tahunnya. masing-masing alpha. misalnya. interferon telah berhasil dibuat secara masal. terutama di negara-negara tropis. Binding adalah interaksi antara virus dan sel inang (host cell) melalui reseptor yang ada di permukaan sel inang dengan protein yang ada di permukaan virus (Gambar 4). penemuan obat antivirus merupakan hal yang urgen. Sampai saat ini belum ditemukan obat yang efektif untuk sebagian besar ada beberapa pendekatan yang bias dilakukan untuk penemuan obat antivirus. Sebut saja flu burung. Dengan alasan tersebut diatas. dimana dimulai dari reverse transcription. (A) Hepatitis C (B). Secara detil ketiga proses ini berbeda untuk setiap virus. penyakit AIDS sering menimbulkan komplikasi dan ko-infeksi. Alpha interferon juga terbukti efektif untuk hepatitis B dan beberapa penyakit kanker. protein synthesis . dan pemakaian yang lama dari obat ini bisa menimbulkan efek samping seperti panas dan bahkan rontoknya rambut. yaitu 1) virus entry. yaitu proses masuknya virus ke dalam sel inang . Gambar 1. proses virus entry terdiri dari sedikitnya 3 step. Proses replikasi virus lebih kompleks lagi. Bahkan dalam kondisi sekarang ini. 1) Penemuan senyawa/zat yang menghambat proses virus entry Sesuai dengan proses virus entry ini. misalnya. Reseptor ini bersifat spesifik. Tetapi sejak tahun 1980. dan uncoating. merupakan penyakit lama yang sampai saat masih menjadi masalah besar di dunia. Secara umum ada 3 tahap life cycle virus. Untuk Indonesia. dan 3) virus budding. Beberapa contoh obat antivirus. dan gamma interferon. Virus influenza H5N1 (A) dan Bahkan sejaktahun ini telah membawa korban jiwa. Obat untuk hepatitis C. step ini bisa 30 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . sehingga Kementrian Kesehatan menyatakan sebagai Keadaan Luar Biasa (KLB). Proses virus entry dari HIV terdiri dari binding (Step 1 Gambar 4). dan uncoating (Step 3 Gambar 4). penemuan obat antivirus juga dilakukan melalui tiga pendekatan. interferon dianggap sebagai salah satu biofarmasetik yang potensial. Karena itu. Wabah flu burung H5N1 telah telah terjadi di berbagai negara. Obat ini memicu munculnya virus influenza yang resisten. genome replication. Karena penyakit ini menyerang system imun tubuh. Secara global. yaitu proses keluarnya virus dari dalam sel untuk menginfeksi sel lainnya. Misalnya CD4. Keampuhan obat ini tidak lebih dari 50 persen. Gambar 3. fusion (Step 2 Gambar 4). Ada tiga jenis interferon. maka usaha untuk penemuan dan pengembangan obat antivirus merupakan hal yang penting. Interferon adalah protein yang diproduksi oleh sel ketika diinfeksi oleh virus atau pathogen lainnya. Virus HIV misalnya. (B) Gambar 2. yang efektifitasnya tidak tinggi dan memiliki efek samping yang sama. umumnya obat tersebut hanya mempunyai tingkat efektifitas yang rendah dan masih memilik efek samping. tidak hanya di Asia. dengan teknik genetic engineering. yaitu proses terjadinya perbanyakan (replikasi) virus virus di dalam sel inang. (A) virus DBD (B) (B) penyakit infeksi virus. Kita ambil saja virus HIV sebagai contoh. Virus HIV (A) dan Virus Begitu juga penyakit AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) yang disebabkan oleh infeksi virus HIV (Human Immunodeficiency Virus). 2) virus replication. Step binding merupakan tahap awal dari infeksi dan merupakan proses yang signifikan untuk menentukan terjadi tidaknya infeksi. Karena itu. Juga sama halnya dengan Amantadine. yang merupakan obat antivirus influenza. dimana terjadi berbagai penyakit infeksi virus. masing-masing binding. termasuk Indonesia. Interferon dilepas ke aliran darah atau cairan intercellular dan menginduksi sel sehat untuk memproduksi enzim guna melawan infeksi tersebut. artinya hanya bisa berinteraksi dengan virus tertentu. Sedangkan uncoating adalah lepasnya gemon virus dari selubungnya dan masuk ke sitoplasma. Secara nasional. penyakit ini juga merupakan masalah serius karena jumlah orang dengan HIV/AIDS (ODHA) terus meningkat tiap tahunnya.

enzim neurimidase (enzim yang terekspresi di selubung virus) berperan dalam proses budding ini. Oseltamivir atau yang lebih dikenal dengan Tamiflu. Phyllanthus niruri. upaya untuk penemuan obat antivirus dari biodiversity terus dilakukan. virus. poliprotein ini perlu encapsidation terjadi melalui ion channel diproses menjadi masing-masing protein. yang merupakan proses perbanyakan genom yang difungsikan oleh enzim RNA polimerase dan RNA helikase. baik secara langsung menjadi untai RNA tunggal (single strand maupun tidak langsung. Phyllanthus niruri. Mangifera indica. Step ini difungsikan oleh enzim integrase yang juga diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. penelitian yang mendalam banyak dilakukan terhadap Curcuma sebagai obat antivirus HIV (Mazumder. menghambat proses virus budding Step ini difungsikan oleh enzim reverse Setelah replikasi genom terjadi di dalam sel. Karena itu. karena banyak obat tradisional yang berasal dari biodiversity. yang menghasilkan untai RNA dijadikan target untuk penemuan obat ganda (double strand RNA) yang antivirus. Pada proses ini. yang dibentuk oleh protein M2. Virus assembly adalah step dimana semua komponen virus seperti genom dan protein-protein menyatu sehingga menjadi virus yang sempurna. Proses ini melalui dua step. matang (immature) dan belum berfungsi. terjadi proses genome replication (Step 6 Gambar 4). semua genom virus yang telah disintesa dibungkus oleh protein selubung virus sehingga menjadi virus baru yang sempurna. Dalam step ini. Pada virus influenza misalnya. terjadi reverse transcriptase. banyak yang bisa dijadikan Di dalam sel terjadi proses replikasi target untuk penemuan obat antivirus. yang menghambat proses budding ini. Croton lechleri. Virus baru ini kemudian keluar dari sel (release) dan siap untuk menginfeksi sel lainnya. sehingga enzim ini dijadikan target penemuan obat antivirus influenza. integrase. Curcuma Ionga. Bersamaan dengan itu. adalah obat influenza yang merupakan inhibitor neurimidase. diketahui efektif terhadap penyakit infeksi hepatitis B. synthesis (Step 7 Gambar 4). untuk penemuan obat yang mentargetkan proses virus budding ini diperlukan pengetahuan tentang mekanisme budding itu sendiri. polimerase. Step fusion dan replication. dan berpegang pada prinsip bahwa yang alami itu lebih aman dibandingkan yang sintetis. Penemuan obat antivirus harus memenuhi 3 kriteria (Colegate SM. Seperti contoh virus influenza. ada beberapa tanaman yang bersifat antivirus. merupakan proses yang kompleks. Copaifera paupera. Jika proses ini bisa dihambat. Pada step Tentu saja untuk itu mengetahui ini terbentuk poliprotein yang belum mekanismenya menjadi syarat mutlak. proses reverse transcription (Step 4 Gambar 4). yaitu proses sintesa DNA dari 3) Penemuan senyawa/zat yang RNA yang merupakan genom virus HIV. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 31 . Double sini bisa berupa senyawa/zat yang bisa strand RNA ini kemudian dipisahkan lagi berinteraksi. Siklus hidup virus HIV baru yang komplementari dengan RNA genom. Karena Proses ini dinamakan protein cleavage itu. Salah satu obat anti-HIV yang Secara detil proses ini juga berbeda dipakai saat ini. maka tertutup kemungkinan virus bisa menyebar ke sel lain di dalam tubuh. dimana banyak sekali enzim yang berperan. umumnya seperti enzim protease. enzim protease. yang banyak diteliti. Bersamaan dengan genome binding tidak terjadi. Setiap virus memiliki mekanisme yang berbeda dan protein/enzim yang berperan dalam proses tersebut berbeda pula. Nicotiana tabacum. dan Uncaria tomentosa. reverse trandiperlukan beberapa enzim. 2000): (1) Harus menghambat perkembangbiakan virus tanpa memberikan efek terhadap sel inang (2) Harus memeiliki aktivitas yang luas (3) Tidak boleh yang menekan sistem immune (immunosuppressive) Pada penelitian tanaman di Amazon. terutama dari tanaman. yaitu menyatunya DNA tadi dengan genom sel inang. atau inang maupun dari virus itu sendiri. baik dari sel scriptase. Setelah itu terjadi proses genome integration (Step 5 Gambar 4). Namun. 1995). Setelah genom dengan AZT (Table 1) adalah inhibitor virus masuk ke dalam sitoplasma. helikase. virus akan keluar dari sel dan siap menginfeksi sel lainnya. 3’-azido-3’untuk setiap virus. Virus HIV juga memiliki Amantadine dan rimantadine adalah obat dan mengkodekan enzim protease ini. Draconitium Ioretense. juga terjadi proses protein uncoating juga bisa dijadikan target. RNA polimerase berperan membentuk untai RNA (RNA strand) Gambar 4. yang saat ini menjadi topik hangat. dengan reseptor RNA). telah Untuk menjadi protein matang (mature) ditemukan bahwa proses uncoating/ dan berfungsi. Sama halnya dengan proses lainnya. Mari kita lihat lagi deoxythimidine atau yang lebih dikenal virus HIV sebagai contoh. sehingga proses helikase. influenza dari inhibitor ion channel yang dijual di pasaran dan digunakan secara Jelas bahwa proses virus replication ini klinis sampai saat ini.transcriptase yang diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. Inhibitor yang diperlukan di merupakan intermediate product. inhibitor protein M2 bisa dijadikan (Step 8 Gambar 4) dan dilakukan oleh sebagai obat antivirus influenza. perlu diakui bahwa obat yang ada saat ini umumnya senyawa kimia sintetis. Selain itu. yaitu virus assembly (Step 9 Gambar 4) dan release. Proses ini difungsikan oleh RNA atau protein dari virus. dan dari hasil studi awal diduga juga memiliki efek antivirus terhadap virus hepatitis C (HCV) dan HIV. Biodiversity untuk obat antivirus Berbicara tentang obat antivirus. yang 2) Penemuan senyawa/zat yang jika salah satunya tidak berfungsi proses menghambat replikasi virus di dalam sel virus replication ini tidak akan terjadi.

Ribavirin menghambat fungsi inosine monophosphate (IMP) dehydrogenase. Diperkirakan ada sekitar 30 sampai 100 juta species di bumi ini. Diversity ini berkurang dengan kecepatan 27 ribu species/tahun atau 74 species/hari atau 3 species/jam (Wilson. 32 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . terbukti menghambat pertumbuhan virus HIV dan bahkan juga menghambat ekspresi antigen virus HIV pada sel MT-4 (Premanathan. Polisakarida dari Rhizophora mucronata menghambat ikatan virus HIV dengan sel secara sempurna. 1992). (Bidang Virologi) Ribavirin Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus. Masyarakat local hidup dengan biodiversity yang ada di sekelilingnya. 1998). Amantadine menghambat fungsi protein M2 yang berfungsi sebagai ion channel. yang banyak diteliti adalah obat antivirus AIDS. Fungsi Acyclovir menghambat fungsi enzim thymidine kinase dari virus herpes. yang penting bagi manusia dan ekosistem.02-0. yang mutlak diperlukan untuk replikasi virus. Osetalmivir menghambat fungsi enzim neurimidase (NA) berperan dalam proses budding virus influenza. tidak untuk influenza B. baik virus DNA (seperti hepatitis B) maupun virus RNA (seperti hepatitis C). yang diperlukan untuk produksi DNA provirus dari template RNA. Namun makin lama biodiversity makin berkurang karena industrialisasi. lebih khusus virus herpes simplex tipe 1 dan 2.09 mg/ml (Witvrouw. Pengembangan Prostatin sebagai obat antivirus HIV terus dilakukan dan sepertinya masih memerlukan waktu sampai penggunaan secara klinis. Penelitian lebih lanjut menunjukan bahwa tanaman Rhizophoraceae menghambat proses virus entry. hewan. ternyata zat aktif yang berperan adalah prostratin atau 12-deoxyphorbol ester. 1999). Misalnya Rhizophora mucronata. Studi lanjut membuktikan bahwa EC50 (konsentrasi untuk menghambat 50% perkembangbiakan virus) dari Prostatin adalah 0. dan senyawa ini tidak berfungsi sebagai tumor promoter. Pengetahuan dan tradisi ini diturunkan dari generasi ke generasi. Uji toksisitas menunjukan bahwa Prostatin hanya menginduksi ornithine decarboxylase 2530% dari senyawa phorbol ester lain. Zidovudine (AZT) Digunakan untuk penanganan pasien AIDS (acquired immunodeficiency syndrome) Sejauh ini. seperti contoh tanaman dan hewan sebagai makanan. Setelah diteliti lebih jauh. Selain itu mereka juga memanfaatkan biota liar untuk menjaga kesehatannya. Fungsi beberapa obat antivirus Nama obat Acyclovir Struktur kimia Penggunaan Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus herpes. terutama ekstrak polisakarida-nya. biodiversity adalah sumber daya alam. polusi. dan migrasi penduduk ke kota. tanaman yang sering digunakan untuk berbagai pengobatan. Biodiversity adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan. Gancyclovir adalah analog dari acyclovir yang digunakan untuk terapi infeksi cytomegalovirus dan virus herpes lainnya. Cibinong. HIV-2. Hal yang sama juga ditemukan pada Rhizophora apiculata yang menghambat perkembangbiakan virus HIV-1. dan mereka mempelajari bagaimana memanfaatkannya. yang diperlukan untuk uncoating. Prostatin bahkan dibuktikan efektif terhadap virus HIV yang resisten terhadap berbagai obat. Kita berharap dalam waktu tidak lama. diantara penyakit infeksi virus. mikroorganisme. Dengan kata lain. baik influenza A maupun influenza B. dan bahkan SIV (simian immunodeficiency virus) (Premanathan. * Dr. Hasil penelitian menunjukan bahwa Prostatin menghambat proses viral entry melalui interkasi dengan protein dari sel yang berperan penting dalam proses viral entry. Sebagai hasilnya ditemukan bahwa tanaman dari tanaman Mangrove dari famili Rhizophoraceae menghambat perkembangbiakan virus HIV pada sel MT4 (Premanathan. sehingga mengakibatkan tumpukan IMP dan akhirnya mengganggu replikasi DNA/RNA. Diantara sumber tersebut yang banyak diteliti adalah tanaman. 2003). AZT adalah competitive inhibitor dari enzim reverse transcriptase virus HIV. Gancyclovir Cara kerja-nya sama dengan acyclovir Amantadine Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza A. Ekstrak dari Homalanthus nutans secara in vitro menunjukan inhibisi terhadap virus HIV-1 (Gustafson. termasuk inhibitor reverse transcriptase dan inhibitor protease. Tanaman lain yang banyak diteliti adalah Homalanthus nutans . Andi Utama adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI. obat ini benar-benar bisa digunakan untuk kebutuhan pasien yang mengidap berbagai penyakit infeksi virus.Table 1. 1999). 1996). walaupun dosisnya 30 kali lebih tinggi. Osetalmivir (Tamiflu) Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza . Juga telah dibuktikan bahwa Prostatin berikatan dan mengaktifkan protein kinase C secara in vitro. Adapun sumber yang digunakan cukup beragam termasuk mikroba dan tanaman. 1992). modernisasi pertanian. dan ekosistim dimana organisme ini hidup (Convention on Biological Diversity. Uji menggunakan sel menunjukan bahwa 1 mM prostratin menghambat virus HIV-1 membunuh sel C-8166 dan sel U937 (Gustafson. 1992). Juga digunakan untuk pengobatan infeksi serius virus herpes pada alat kelamin.

minuman. Namun. Salah seorang peneliti bakteri laut dari Pusat Penelitian Oseanografi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Ruyitno bahkan menjelaskan bahwa selain menjadi bahan obat-obatan. kerangkerangan. C. Hewanhewan ini banyak dimanfaatkan untuk aplikasi bioteknologi di bidang farmasi yaitu: obat tidur dan obat penenang dari kuda laut. kura-kura.Dari Redaksi >> Melirik Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia Penulis : Elvi Yetti* S ekali lagi. farmasi. Senyawa itu ternyata berkhasiat obat dan kemudian dibuat sintetisnya. kepiting. Rumput laut yang selama ini lebih dikenal untuk makanan ternyata memiliki berbagai khasiat.216 spesies spons. HIV/AIDS. Bioprospecting adalah pemanfaatan sumberdaya genetik dan hayati berkelanjutan baik untuk tujuan ilmiah BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 33 . dan diabetes. Kedua komponen yang dihasilkan ini ramah lingkungan dan tidak beracun bagi biota laut lainnya. Biota laut untuk industri yaitu industri makanan. bakteri laut dapat dimanfaatkan untuk mengatasi pencemaran minyak. Senyawa bioaktif lainnya dari spons yang juga digunakan untuk industri farmasi adalah Bastadin. Disamping itu riset tentang rumput laut saat ini diarahakan untuk obat hepatitis. kuda laut. dan lain-lain. Bioprospecting Keanekaraman Hayati Laut Indonesia Perlu dicatat bahwa selain pertanian. Sedangkan obat anti-asma dibuat dari senyawa spons Cymbacela. yang sangat dibutuhkan dalam proses pembuatan produk-produk kosmetik. seperti ikan.360 dollar AS per miligram. salah seorang peneliti Balai Penelitian Bioteknologi dan Genetika Pertanian. kosmetik dan industri berbasis bioteknologi lainnya. ataupun perban. hasil penelitian para pakar menyebutkan bahwa banyak mikroorganisme laut menyimpan kandungan senyawa biopolimer. kita harus sangat bersyukur karena Indonesia benarbenar kaya. makanan tambahan. Kekayaan tak ternilai tersebut tersebar dari darat. Adapun serbuk kerang digunakan untuk obat mag. Tumbuhan ini dapat diolah untuk obat influenza dan bahan pengawet makanan. Bila dilihat dari jenisnya. baik makroflora dan fauna laut. Biota laut sebagai alternatif bioenergi d. Potensi tersebut sebenarnya memiliki prospek yang cerah untuk dikembangkan antara lain untuk keperluan industri makanan sehat. tempurung kura-kura untuk obat luka dan tetanus. pelangsing tubuh. kosmetika. Pada spons dan karang lunak terdapat senyawa bioaktif yang berfungsi sebagai alat pertahanan diri dari musuh alaminya. Tahukah Anda. Sebagai negara maritim terbesar di dunia dengan garis pantai terpanjang kedua setelah Kanada (81. Ular dari laut diambil serbuknya untuk meningkatkan daya ingat. diantaranya senyawa baru Barangmideditemukan di Kepulauan Barang Lombo dan Bitungolide A-F dari Pulau Bitung. Dari berbagai riset yang dilakukan telah diketahui bahwa berbagai jenis kekayaan hayati laut Indonesia dapat bermanfaat untuk perkembangan riset dan industri bidang bioteknologi. dan sebagainya. Senyawa bioaktif Monoalide yang diperoleh dari spons Luffariella variabilis merupakan senyawa yang memiliki nilai jual tertinggi daripada senyawa bioaktif dari spesies spons lainnya. fikokoloid dan biopolimer yang terdapat pada mikro dan makroalgae. Ini dengan asumsi bila digarap secara optimal. Departemen Kelautan dan Perikanan memperkirakan perolehan devisa dari bioteknologi kelautan ini bisa mencapai US$4 miliar. bakteri laut sangat efektif menurunkan tingkat pencemaran dengan memecah komponen minyak hingga menjadi air dan karbon dioksida.000 kilometer). Amerika Serikat saja yang memiliki potensi keanekaragaman hayati laut yang jauh lebih rendah daripada Indonesia. laut dan udara. biomedis. Sayangnya. antara lain ikan. Sensus biota laut yang diselenggarkan oleh Pusat Penelitian Oseanografi LlPI bekerjasama dengan Universitas Osaka Jepang baru-baru ini berhasil menyeleksi 1. bidang ini relatif belum terjamah. dapat juga dilakukan rekayasa genetika untuk budidaya ikan dan biota laut yang bernilai ekonomis tinggi Untuk dapat mengetahui potensi biota sebagai bahan baku obat. farmasi dll c. bioaktif. pemanfaatan seluruh jenis biota laut tetap harus membumi atau memperhatikan prinsipprinsip lingkungan agar kita tidak menyesal di kemudian hari. Okadaic acid. sudah dapat meraup devisa dari industri bioteknologi kelautan lebih dari 40 milyar dollar per tahun. laut Nusantara mewadahi hampir semua makhluk hayati laut. hati ikan buntel untuk obat tetrodotoxin yang memperbaiki saraf otak yang rusak dan mengurangi rasa sakit. omega3. dan Monoalide. Dari jumlah tersebut ditemukan 73 senyawa aktif yang berkhasiat antikanker. Menurut Sugiono Moeljoprawiro. Perairan laut Indonesia menyimpan berbagai potensi keanekaragaman hayati untuk pengembangan bioteknologi. bioteknologi kelautan pun sebenarnya menjanjikan keuntungan bisnis yang cukup besar. yaitu 20. dan minuman. Spons dari spesies Petrosia contegnatta di antaranya diambil senyawa bioaktifnya untuk obat anti-kanker. mikroorganisme maupun invertebrate ternyata belum banyak dimanfaatkan dan dikelola secara optimal. polisakarida. Melalui teknik bioremediasi. Potensi kekayaan tersebut antara lain adalah: a. influenza HIV/AIDS. Mikroorganisme Kekayaan hayati laut Indonesia menjadi lengkap dengan adanya berbagai jenis mikroorganisme laut. hepatitis. Berbagai senyawa-senyawa bioaktif produk alam (natural products) seperti skualen. Tumbuhan Laut Jenis tumbuhan laut yang sudah diketahui manfaatnya untuk pengembangan bioteknologi adalah rumput laut atau berbagai jenis alga terutama alga hijau. Selain itu. diabetes dan anti bakteri b. Tidak ketinggalan jenis invertebrate. biokatalis. udang. Alga hijau juga dapat bermanfaat untuk menyembuhkan penyakit kardiovascular. juga ada kitin dan kitosan dari kulit udang dan kepiting untuk obatanti kolesterol. ular laut. Sebagai perbandingan. Biota sebagai bahan obat dan aplikasi bidang farmasi yaitu sebagai anti kanker. dan kerang. B. kosmetika dan apilaksi lain yang berbasis bioteknologi maka perlu dilakukan uji bioprospecting. Selanjutnya ia menyebutkan ada sekitar 100 jenis bakteri di laut yang sebenarnya dapat mendegradasi minyak. maupun beragam mikroorganisme laut. dan rumput laut. udang. Mengenal Potensi Laut Indonesia Untuk Bioteknologi Seluruh keanekaragaman jenis mahluk hidup yang berada di laut dikenal dengan biota laut. biota laut Indonesia yang saat ini dapat bermanfaat untuk pengembangan bioteknologi dapat dikelompokkan menjadi: A. Hewan Laut Banyak sekali jenis hewan laut yang memiliki potensi untuk pengembangan bioteknologi Indonesia. Selain itu.

000 senyawa. akan ditemukan satu yang berkhasiat obat.LIPI. antikolesterol. bahan baku kosmetik dan farmasi. Untuk menjaga agar pemanfaatan keanekaragaman hayati tetap membumi maka sebanyak 139 negara termasuk Indonesia telah membuat kesepakatan yang tertuang dalam Konvensi Keanekaragaman Hayati (CBD) di Rio de Janeiro. berhasil menemukan 34 senyawa aktif dari 57 spesies yang ditemukan di perairan Indonesia. IPB. dan terakhir distribusi. Departemen Kelautan dan Perikanan lewat Badan Riset Kelautan dan Perikanan (BRKP) dilingkungan departemen itu menetapkan bioteknologi kelautan dan perikanan sebagai program unggulan atau program utama sejak tahun 2002. adalah staf peneliti di Puslit Bioteknologi . Dalam proses ini diperlukan penelitian dasar mengenai penyakit hingga pengujian serta uji klinis. BPPT dan beberapa Perguruan Tinggi. Ada beberapa tahapan bioprospecting yang harus dijalani untuk memperoleh hasil akhir yang memuaskan. Badan Riset Kelautan dan Perikanan DKP. tetapi lebih dari itu terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya . karang lunak. Brazil tahun 1992. antara lain terbatasnya sarana peralatan untuk mengidentifikasi zat aktif dari bahan alam itu. Hal senada juga disinggung oleh Direktur Lembaga Eijkman Prof Sangkot Marzuki. Hal inilah yang membuat Indonesia tidak dapat menjaga kerahasiaan dari faktor penting yang terkait dengan HKI dan daya saing industri. pemasaran. Beberapa spesies rumput laut. . Pembangunan tahap pertama dilaksanakan tahun 2003 di atas area seluas 840 meter persegi. menurut Dr Linawati Hardjito dari Departemen Teknologi Hasil Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB. Contoh paling nyata adalah dalam proses pencarian obat. Salah satu ketentuan yang termuat dalam kesepakatan tsb menyebutkan bahwa habitat ekosistem dan seluruh komponen hidup yang terdapat di laut merupakan unsur utama yang yang harus dilindungi. Annex I (memuat kesimpulan tambahan dari rekomendasi SBSTTA) dan Annex II (program untuk kerja lebih lanjut). introduksi spesies asing. antidiabetes. dan Universitas Andalas. Perhatian pada konservasi dan pemanfaatan berkesinambungan berarti membuka sumber pendapatan baru. dalam diskusi itu terungkap kendala dalam pengembangan obat-obatan. dan bioinsektisida. para peneliti dari IPB saja.ataupun komersil. Indonesia sudah menandatangani CBD pada saat di KTT Bumi tanggal 5 Juni 1992 dan sudah meratifikasi CBD tanggal 23 Agustus 1994 dengan UU No 5/1994. Di antara lembaga riset dan ikan menggunakan bom dan racun (sianida). serta penangkapan Riset Bioteknologi Bidang Keanekaragaman Hayati Laut Riset bioteknologi kelautan saat ini dilakukan oleh beberapa institusi. *Elvi Yetti. lalu dilakukan kloning. Setelah itu diketahui. Salah satu tema utama dari Conference of Parties (COP) kedua yang diselenggarakan di Jakarta tahun 1995 adalah mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut yang menjadi kepentingan Indonesia sebagai tuan rumah COP2. namun belum ada lembaga riset dan industri yang memiliki fasilitas tersebut. Kapasitas yang dapat dilakukan alat pelarik ini 100. CBD bertujuan agar keanekaragaman hayati di dunia ini lestari dengan mengkonservasi. Dalam rangka pengembangan riset bioteknologi kelautan dan perikanan bahkan telah didirikan Laboratorium Bioteknologi Kelautan dan Perikanan yang pembangunannya dilakukan secara bertahap. antibiotik. CBD sudah ditandatangani oleh 168 negara dan diratifikasi oleh 160 negara. kemudian masuk ke tahap produksi. Informasi mengenai sumber daya alam ditindaklanjuti dengan penelitian dasar dan penelitian terapan. dan teknologi pengembangan produk baru bagi pasar global. Cibinong. Akibatnya. Setelah itu dilakukan pengembangan produk. pemanfaatannya yang optimal dan konservasi yang berkesinambungan dapat menjamin masa depan bangsa. perguruan tinggi itu. Selanjutnya untuk mengembangkan obat. dan penyedia jasajasa lingkungan laut yang berpotensi sebagai basis model pembangunan berkelanjutan. Di alam ini terdapat puluhan juta senyawa di tumbuhan dan biota. alih fungsi kawasan hutan mangrove. gen. kata Linawati menjelaskan. antipenuaan. sponge. memanfaatkan secara berkelanjutan dan berbagi manfaat dari keanekaragaman hayati (to conserve. Selain itu COP2 juga membahas akses pada sumber daya genetik. Pusat Penelitian Oseanografi (P2O) LIPI sudah melakukan penelitian aktivitas antimikroba dan antikanker pada spons laut sejak tahun 1997. Diperkirakan dari 10. dengan keanekaragaman hayati laut tinggi. Baru kemudian tanaman obat bisa dijadikan sesuatu yang bernilai ekonomi tinggi. Selain itu mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut termuat lengkap di dalam “Jakarta Mandate on Marine and Coastal Biological Diversity”. S. untuk mengetahui kandungan zat aktif. sumber pangan.Si. dan organisme berkualitas. Lebih dasar lagi. infrastruktur. Prinsip Lingkungan Dalam Pemanfaaatan Keanekaragaman Hayati Secara teoretis. kata Sangkot. Lebih lanjut ia menyebutkan bahwa pada dasarnya konsep bioprospecting modern memberi negara berkembang kemampuan memperbaiki nilai tambah sumber daya alamnya. and to share the benefits of biological diversity). penambangan pasir laut. seperti reklamasi pantai. Tahapan tersebut mulai dari proses pencarian dan pengembangan sumber-sumber baru senyawa kimia. moluska diketahui memiliki zat antikanker. hal itu adalah krisis yang mengancam sistem penopang hidup dan penghidupan jutaan penduduk di negaranegara Dunia Ketiga (Shiva. Dalam Suatu Diskusi Ahli Biokimia dan Farmasi Kelautan yang diselenggarakan Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP) di Jakarta tahun 2004 lalu dipaparkan hasil pengisolasian zat aktif yang berkhasiat obat dari biota laut di perairan Indonesia. seperti P2O-LIPI. Dan sejatinya. to sustainably use. Selain itu juga keterampilan. keanekaragaman hayati ini merupakan potensi sangat strategis bagi negara Indonesia untuk meningkatkan taraf hidup masyarakatnya. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu belum dimanfaatkan optimal. Konservasi keragaman hayati juga sangat penting untuk bioprospecting. 34 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Namun. PhD yang mengatakan untuk mengidentifikasi senyawa aktif berkhasiat obat diperlukan mesin otomatis yang disebut high throughput screening. Erosi keanekaragaman hayati ini bukan hanya merupakan krisis hilangnya spesies yang memiliki potensi menghasilkan dollar bagi perusahaan dengan menyediakan bahan mentah industri. Dan juga terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu bukan saja belum dimanfaatkan optimal. . Keputusan menyangkut keanekaragaman hayati pesisir dan laut ada tiga bagian yaitu keputusan. penggunaan tributiltin pada cat kapal. Lembaga riset yang berhasil melakukan itu antara lain LIPI. Hal itu disebabkan karena di dalam keanekaragaman hayati itu tersimpan sumber daya yang terbarukan (renewable resources) yang berguna sebagai sumber plasma nutfah. 1994). Oleh karena itu dibutuhkan perangkat-perangkat pendukung untuk pengaplikasiannya. Pengujian dengan sistem robotik itu bertujuan untuk mengetahui interaksi molekuler dari senyawa dari alam. perlu diketahui dulu mekanisme timbulnya penyakit sehingga kemudian dapat ditentukan target molekul yang dapat digunakan untuk obat. apabila dites secara acak.000 senyawa per hari. konservasi dan pemanfaatan keanekaragaman hayati yang berkelanjutan dan keamanan hayati. sampel biota yang ada harus dikirim ke luar negeri antara lain ke Belanda.

Beberapa aplikasi penting dari mengembangkan pemanfaatan L-sorbose rare sugars bisa dilihat pada tabel 2. Dengan dilakukan dengan menggunakan yeast. murah. xylitol mampu mencegah terjadinya dental caries (pengeroposan ¥10. Produksi xylitol dibanding dengan natural sugars. kanker. D-xylosa atau Lpenderita penyakit diabetes. Yang untuk memproduksi glycosidase inhibitor. pasti. K A R U N I A YA N G B E L U M TEREKSPLORASI Oleh : Budi Saksono* P roduksi gula telah dimulai sejak abad ke 17. Enzim amylase pertama diperkenalkan oleh Anselme Payen dan Jean Francois pada tahun 1833. Akhir-akhir ini. Gula ini mampu mencegah tooth decay. Sifat lain dari xylitol menghasilkan rasa dingin pada mulut ketika berinteraksi dengan air liur.RARE S U G A R S . Salah satu jenis dari rare sugars meliputi terapi surgery. Pada tahun 2002. pemanis dan minuman ringan telah meningkatkan pula perhatian manusia pada dampak kesehatannya. Derivatif dari rare-sugars juga telah digunakan sebagai agent bagi antiWaste material sebagai bahan baku hepatitis B virus dan human immunodefirare sugar yang murah dan berlimpah ciency virus (HIV). Karena fungsinya yang seperti itu. Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon. Aplikasi Lcarbohydrate dan L-arabinosa derivatifnya Usus kecil dibidang Maltooligosakarida Monosakarida kedokteran Sucrase ( -) Sukrosa G–F G F mengalami peningkatan drastis. diperlukan upaya pengembangan terhadap aktifitas enzim sucrase usus teknologi fermentasi yang mampu (gambar 1) dan juga menekan pengaruh memproduksi rare sugars tersebut secara glycemia paska penghambatan proses ekonomis. rare sugars diharapkan sebagai pemanis berkalori rendah dan International Society of Rare Sugar sangat toleransi terhadap penyakit (ISRS) telah mendefinisikan rare sugars diabetes. adalah penggunaan pati. Fungsi L -Arabinosa dalam usus kecil. Menurut hasil survei dari WHO yang diumumkan pada bulan Maret 2003. Huwig. yang bisa dihidrolisa menjadi Darabinofuranosyl uracil (L-FMAU). xylitol tergolong rare dengan semua bentuk terapi kanker yang sugars. adalah L-carbohydrate.000 (Rp. produksi gula alternatif bagi gula yang sudah mendominasi saat ini sangatlah mungkin. telah mencapai 15. (G) Glukosa. Rare Sugars (gula langka) Peningkatan jumlah penggunaan gula pada industri makanan. Whey mengandung deoxy-2-fluoro-5-methyl-b-Llactose. fenomena tersebut. Produksi xylitol dunia. suatu gigi). yang tersedia secara berlimpah dan murah. sejak ditemukannya gula xylitol. jumlah penduduk yang terkena penyakit diabetes. L-arabinose arabinose bisa didapatkan dari fraksi juga digunakan untuk pembuatan obat 2hemiselulosa kayu. D-glukosa bisa postprandial hyperglycemia pada didapat dari pati. Absorbed Seperti LUsus kecil sorbose Maltooligosakarida Maltooligosakarida (+) telah Sucrase G– F Sukrosa G–F digunakan Inhibitor sebagai material Non Absorbed dasar bagi L-arabinosa produksi Gambar 1. (F) Fruktosa L-ascorbid acid (VIT kimia terapi dan radioterapi dan hyperC). Beberapa biotransformasi ini. Metabolisme xylitol berlangsung angka yang fantastis. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir. para peneliti telah mampu mengemukakan fenomena yang terjadi pada starch dan apa akibat dari kerja enzim tersebut. berlimpah pada limbah pertanian. tetapi tidak sampai pada awal abad ke 20. dan jantung meningkat dari tahun ketahun. gm sama dengan beberapa tetapi tidak teraplikasi lebih lanjut makanan diabet lainnya. terdapat secara B Virus) dan anti EBV (Epstein B Virus).000) per kg. Jepang harga L-arabinosa mencapai Tabel 1. pada tahun 1998 thermia. dengan pemahaman teknologi yaitu 1-deoxygalactonojirimycin. xylitol sangat potensial untuk dimanfaatkan sebagai pengganti gula pasir pada industri proses makanan. Oleh karena itu. glukosa dan D-galaktosa. Selain itu. hutan. Meskipun demikian. Selain itu. Dengan sangat berguna pada kombinasinya definisi tersebut. obesitas. otitis acute pada anak-anak. Komponen potensial obat untuk anti-HBV (Hepatitis monosakarida tersebut. di dan industri makanan. Pada tahun 2002.000 tons. Diantara sumber utama gula absorpsi sukrosa. terlepas dari insulin pada saja tidak masuk ke dalam metabolisme manusia dan menghasilkan energy sebesar tubuh atau masuk ke dalam metabolisme 4 Kcal. produksi High derivatif L-sugar juga diketahui memiliki Fructose Corn Syrup (HFCS) bisa potensi sebagai antiviral agent dan bisa dilakukan dengan bahan baku yang juga digunakan sebagai terapi antigen. Rare sugars. menunjukkan komposisi dari BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 35 . yaitu D-glukosa. mints dan pasta gigi. 900. L-monosakarida sebagai monosakarida dan derivatifnya memiliki karakter antineoplastic dan yang terbilang langka di alam. sehingga sangat cocok digunakan pada industri chewing gum. Hal ini disebabkan xylitol mampu menghasilkan panas negatif. terutama tepung. juga melaporkan bahwa Latau whey sebagai material awal untuk arabinosa juga berfungsi sebagai pencegah produksi rare sugars. biologi terapi. bukan sangat mudah. yang sangat baik bagi kesehatan. dimana L-arabinosa Mengingat potensi dari rare sugars berperan sebagai inhibitor yang selektif tersebut. dan mengalami pertumbuhan yang sangat mengagumkan sejak itu. produksi gula global melampaui angka 133 juta ton pertahunnya. Para peneliti telah mengetahui aplikasi penting dari L-arabinosa. wood Sanai et al.

1 3.1 18 Wheat Straw 36.3 2.8 14.0 0.8 3.2 25.4 19.3 Rice hulls 36.1 23.5 39.6 39.8 4.3 0.6 Baggase Fiber 38. Gula ini mampu mencegah tooth decay.2 2.Tabel 1.1 1.8 ♦ ♦ ♦ Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon.2 19.1 14.4 14.2 16.8 21.8 Rice Straw 41. otitis acute pada anak-anak.0 2.8 0.0 0.2 40.6 0. Komposisi monosakarida dari beragam biomasa Corn Stover C a r b o h y d rate Glukosa (C6) Mannosa (C6) Galactose (C6) Xylose (C5) Arabinose (C5) Total C6 Total C5 39. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir ♦ ♦ ♦ 36 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .4 39.5 43.0 1. yang sangat baik bagi kesehatan.8 2.

adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. Akanuma. media produksi sekala industri Dengan semakin diketahuinya reaksi enzimatik yang mampu memfasilitasi proses biotransformasi tersebut. yang ekonomis. dengan mengkonsumsi NAD. ramah lingkungan dan ramah bagi penderita penyakit diabetes. Sebuah konsorsium yang berdiri sendiri. Sebagai antioksidan. dan potensi pasar terbuka secara luas. produksi anhydrofructose dari pati.5 Anhydro-D-fructose. terlihat seperti pada gambar 3. Produksi xylitol misalnya. Apalagi hal ini kemudian didukung dengan tingkat pemahaman akan fungsi physiologis dari masingmasing rare sugars. Selain pasar gula non kalori. dengan mengkonsumsi NAD(P)H. bagaimana mekanisme rare sugars dalam tubuh. Contoh lain. Prosedur ini memerlukan beberapa step purifikasi karena hanya D-xylose murni yang bisa digunakan untuk reaksi kimia reduksi. Dengan ditemukannya enzim-enzim yang berperan dalam proses biotransformasi tersebut. untuk memproduksi gula alternatif. Penemuan rare sugars sangat menarik perhatian para peneliti. sangat terbuka peluang bagi penemuan rare sugars baru. misalnya pada produksi 1. Dxylose direduksi oleh enzim xylose reductase menjadi D-xylitol. yang segar dimulut sekaligus melindungi gigi kita. Seperti halnya xylitol. Reaksi enzimatik yang terjadi pada yeast adalah sebagai berikut. Dxylulose mengalami phosphorilasi menjadi D-xylulose-5-phosphate oleh enzim xylulokinase. Baute dan coworkernya di Bordeaux. Tidak bisa dipungkiri bahwa peranan bioteknologi untuk memproduksi rare sugars sekala industri dengan biaya produksi murah sangat besar. Teknologi tinggal dikembangkan. terlepas dari Amylase society dan lain sebagainya. M. sedikitnya informasi bagaimana rare sugars mampu berperan sebagai antikanker. sangat berkepentingan terhadap pengembangan teknologi ini. penggunaan rare sugars bagi obat maupun makanan kesehatan semakin terbuka lebar. Cibinong. hal yang perlu disadari bahwa tidak selalu enzim tersebut memiliki karakteristik yang sesuai untuk aplikasi industri. pengembangan xylitol di Indonesia. Terakhir. Pengembangan rare sugar masa Depan. Indonesia menempati urutan ke 6 terbesar dunia untuk penderita penyakit diabetes. dimana masing memiliki kadar glukosa. Perancis. Tunggu apa lagi? *Budi Saksono. biologi molekuler. Baru pada tahun 1986. yang sangat gemar makan perment. pada awalnya produksi xylitol sekala industri dilakukan menggunakan reaksi kimia reduksi dari D-xylose. Metoda produksi dari beragam jenis rare sugars membutuhkan pendekatan multidisiplin yang meliputi teknologi fermentasi. German pada tahun 1980. dan kimia organik. xylosa dan arabinosa yang cukup relevan untuk dimanfaatkan sebagai bahan baku produksi rare sugars. Alternatif penggunaan yeast sebagai bioreaktor sudah dilakukan secara intensif.Proses reaksi ini dapat dilihat pada gambar 2. menggunakan Raney nickel katalis. virus Hepatitis B. Oleh karena itu. baik starch maupun limbahnya. antibakteri dengan kalori yang rendah. yang diekstrak dari hidrolisa kayu keras. anhydro fructose memiliki efektifitas 1. teknologi enzim. sehingga mampu mempengaruhi beberapa jenis penyakit berbahaya saat ini seperti virus HIV.Sc. rare sugars yang berfungsi sebagai antioksidan. dan masih sangat tergantung pada impor gula pasir. Hal ini setidaknya mengisyaratkan betapa besarnya potensi rare sugars ditengah pengembangan sugar konvensional. sangat berdampak pada kesehatan gigi anak – anak. dengan menggunakan enzim glucan lyase diperkenalkan oleh Prof. hal ini bisa meningkatkan kemungkinan produksi sekala industri. Skema konversi pati menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 37 . teknik rekayasa genetika. Reaksi enzimatik konversi pati menjadi anhydrofructose akan nampak NAD(P)H NAD(P) D-xylose Xylose reductase D-xylitol NAD Xylitol dehydrogenase NADH D-xylulose-5-phosphate Xylulokinase D-xylulose ADP ATP Gambar 2. Skema konversi pati (starch) menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase Gambar 3. atau bisa menjadi bahan campuran pasta gigi. rekayasa protein menggunakan metoda directed evolution sangat mendukung dalam upaya mendapatkan enzim dengan karakteristik yang tepat untuk aplikasi industri.7 kali lebih tinggi dibanding Lascorbid Acid (vitamin C). Pada saat yang sama. Dan baru pada tahun 1988. reaksi secara enzimatik berantai diperkenalkan oleh Prof.beberapa jenis limbah. anhydrofructose pertama kali diperkenalkan oleh Prof. Disisi lain. D-xylitol yang terbentuk kemudian di rubah menjadi Dxylulose oleh enzim xylitol dehydrogenase. Indonesia adalah negara yang kaya akan sumber karbohidrat. Dengan semakin diketahuinya proses enzimatik. Gambar 3. Bioteknologi. sangat menggelitik untuk dikaji dan diteliti. Lichtenthaler dan coworker di Darmstadt. hingga beberapa peneliti membentuk konsorsium independen yang bernama International Society of Rare Sugar (ISRS). Metabolisme D-xylose pada yeast.

cereus dan B. namun beberapa dekade belakangan ini dirasakan dampaknya dengan kerugian yang sangat besar. Bakteri ini memperbanyak diri dengan menginfeksi insekta yang secara tidak sengaja memakan spora dan protein kristalnya. termasuk dalam keluarga Bacilliaceae. Buyat. Apabila serangga telah mati maka bangkai serangga ini dapat menjadi media untuk perkembangbiakan bakteri. cairan sekitar akan terserap ke dalam sel.5-8. Peranan bakteri sebagai pestisida hayati Bt merupakan bakteri patogen terhadap serangga. 1990).5-7.KEANEKARAGAMAN BAKTERI Bacillus thuringiensis. Secara biokimia dan genetika Bt sama dengan B. pada pakan ternak. masing-masing patogen terhadap manusia dengan penyakit pada sistem pencernaan dan penyakit antrak. oleh karena itu disebut entomofaga. bersifat fakultatif aerob. Dampak lainnya adalah munculnya resistensi serangga hama terhadap racun yang sudah sering diberikan sehingga penggunaan insektisida menjadi sia-sia. BIOLOGI MOLEKULER DAN UPAYA BIOTEKNOLOGI UNTUK KETAHANAN PANGAN DAN KESEHATAN Penulis: Eddy Jusuf* S erangga adalah mahluk yang paling banyak jenis dan jumlahnya yang secara langsung atau tidak langsung berperan dalam kehidupan dan perekonomian umat manusia.6-2. termasuk bakteri mesofil dengan kisaran suhu pertumbuhan 15-45oC (suhu optimum 2637oC) dan kisaran pH 5. spora menetas membentuk sel vegetatif dan membelah diri sampai dengan Gambar 1. Tetapi tidak semua serangga menguntungkan manusia. belalang sembah yang berperan sebagai pemangsa serangga hama dan hewan-hewan lain seperti cacing. Pada tahun 1990 formulasi bakteri ini berhasil menggantikan pestisida kimia sampai mencapai 20 milyar dolar AS di pasar dunia (Carlton. Perbedaannya terletak pada karakter genetika yang didapatkan pada DNA ekstrakromosomal yang disebut plasmid. Keunggulan pestisida hayati yang dihasilkan dengan menggunakan Bt adalah dapat membunuh jenis serangga tertentu dan aman terhadap jenis organisme lain serta ramah lingkungan. Gambaran mikroskopik elektronik dari bakteri Bacillus thuringiensis dari bentuk sel vegetatif. sel menggembung selanjutnya pecah dan akhirnya berakibat pada kematian serangga. Protein ini berperan memperbesar pori-pori sel sehingga kesetimbangan osmosis dalam sel epitel terganggu. Pada awalnya usaha ini membuahkan hasil yang gemilang dan dapat meningkatkan hasil pertanian serta mengurangi wabah penyakit. Bt juga merupakan bakteri tanah yang memberikan reaksi pewarnaan Gram positif. dan lain-lain. Bila serangga memakan spora dan kristal ini maka enzim dan asam lambung dalam usus serangga akan melarutkan protein kristal yang sebenarnya masih merupakan protoksin menjadi protein toksik yang terlarut. Bombyx mori (kupu-kupu penghasil serat sutra) dan Apis spp (lebah penghasil madu) adalah contoh serangga yang memiliki nilai ekonomi yang sejak ribuan tahun telah dibudidayakan manusia. et al. berbentuk batang dengan panjang 3-5 mikrometer dan lebar 1-1. maka dimulai revolusi baru mengganti pestisida racun kimia dengan pestisida hayati yang sangat spesifik. sediaan kering komersial dan bentuk kristalnya 38 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . dan pada serangga yang mati. Protein ini kemudian berikatan dengan protein reseptor pada pili sel epitel usus serangga (brush border membrane vesicle. Untuk lebih efektif membunuh satu individu serangga diperlukan cukup banyak kristal protoksin yang akan memperbesar jumlah sel eptitel usus yang lisis dan mempercepat kematiannya. divisio Schizhopyta. Antracis. Protein kristal disebut sebagai protein Cry atau d-endotoksin atau disebut juga ICP (Insecticidal Crystal Protein). Dengan telah ditemukannya satu jenis bakteri yang dapat mematikan satu jenis serangga tertentu oleh Ishiwata tahun 1901 di Jepang yang kemudian diberi nama Bacillus thuringiensis (selanjutnya disingkat Bt). Sporanya berbentuk oval berwarna hijau kebiruan berukuran 1. sejak revolusi industri pada abad 18 telah diciptakan bahan kimia beracun yang disebut insektisida atau pestisida yang kini jenis dan mereknya sudah mencapai ribuan.3 mikrometer. disingkat BBMV) yang mirip seperti mekanisme hormon insulin pada sel manusia. Untuk menanggulangi serangga yang merugikan. bisa didapatkan dari habitat di alam seperti pada tanah. pada debu penyimpanan bijibijian serealia. Sebenarnya Bt juga membuat sejumlah besar faktor-faktor virulensi dalam bentuk protein maupun non-protein atau bentuk enzim yang dalam kondisi alami dianggap yang menjadi pemicu infeksi dengan cara melemahkan sistim pertahanan serangga tersebut.5).0-1.5 (pH optimum 6.2 mikrometer. Protein toksin anti serangga ini merupakan ciri khas dari Bt yang dapat membedakan (pada observasi dibawah mikroskop) dari bakteri Bacillus lainnya. pada pepohonan. bergerak aktif (motil) dengan flagella peritrich (diseluruh dinding sel).0 tergantung dari tipenya. Residu kimia beracun dari insektisida dapat membunuh serangga-serangga yang berguna bagi manusia seperti beberapa jenis-jenis capung. residu kimia tersebut terakumulasi baik dalam tanah maupun dalam jaringan tanaman dan hewan yang akhirnya dapat terkonsumsi oleh manusia dan menimbulkan akibat fatal seperti pada kasus Minamata. kelas Eubacteriales. sedang protein kristal berukuran 0. Secara laten. Formulasi komersil dari bakteri ini sebagai pestisida biasanya berupa biomasa kering atau cairan sangat kental yang berisi spora dan kristal protein yang diperoleh dari hasil fermentasi.

Zeigler dari Departement Biochemistry. Tetapi ada yang tidak memiliki serotipe yaitu serovar wuhanensis untuk Bt subsp. toksisitas maupun karakter genetik lainnya dengan istilah strain (galur). Mallophaga dan Acarina. dari serotype 3a. Eddy Jusuf adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Kemudian diikuti oleh Amerika Serikat tahun 1957 dengan merek Thuricide menggunakan galur yang sama. Galur Bt. Disamping itu jenis protein Cry yang diproduksi oleh tiap galur juga bervariasi dari 1 sampai 5 jenis protoksin. Thuringiensis dan serotipe 2 adalah serovar finitimus untuk Bt subsp. 3c adalah Bt. finitimus. kemudian membentuk spora dan kristal untuk infeksi ulang pada individu lain. Galur-galur Bt dan potensi toksik pada serangga sasaran Dr.R. israelensis yang spesifik untuk serangga dari ordo Diptera baru digunakan pada tahun 1980 untuk menanggulangi nyamuk vektor penyakit malaria dan demam berdarah dan lalat hitam yang mencapai 20% dari total perdagangan pestisida hayati di pasaran dunia (Frankenhuyzen. *Drs. Protein Cry ini banyak sekali tipenya tergantung dari galur-galur Bt dan masingmasing tipe memiliki target atau sasaran toksisitas serangga tertentu. Homoptera. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 39 . 3c adalah serovar alesti yang memiliki 3 galur diantaranya Bt subsp. cerus. thuringiensis lagi melainkan telah menjadi B. cereus. thuringiensis memiliki 9 galur.LIPI. kurstaki lebih dari 20 tahun digunakan dan diketahui telah mampu mengendalikan populasi lebih dari 100 jenis serangga hama. Kristal yang tertelan dilarutkan oleh cairan lambung dan melekat pada reseptor pili sel epitel usus serangga dan membentuk pori-pori sel yang menyebabkan ganguan kesetimbangan osmosis sehingga sel menggembung dan pecah. beberapa diantaranya Bt. Tabel 1. Cibinong. Subsp. Apabila Bt tidak menghasilkan protein ini maka secara nomenklatur tidak disebut sebagai B. subsp. subsp. Tahun 1997 Bravo melaporkan bahwa beberapa galur baru dari Bt memperlihatkan toksisitas terhadap serangga dari ordo Hymenoptera. Tiap-tiap galur Bt memiliki toksisitas yang spesifik dengan sasaran serangga yang spesifik. Mekanisme toksisitas protein Cry dalam membunuh serangga. adalah galur HD1 dan masih banyak lagi serotipe maupun galur-galur yang telah diidentifikasi. Galur-galur Bt subsp. Wuhanensis. alesti HD4 (standar antisera seotipe ini). Pengembangan produk komersial pestisida hayati berbahan aktif bakteri ini diawali di Perancis tahun 1938 dengan merek Sporine menggunakan galur Bt subsp. Produk-produk komersial pestisida hayati berbahan aktif berbagai galur bakteri Bacillus thuringiensis dan serangga sasarannya. Tiap-tiap subspecies ini dibedakan lagi berdasarkan sifat protein Cry. Pestisida hayati dengan formulasi spora dan kristal Bt telah digunakan sejak tahun 1920 dan saat ini secara luas dipakai untuk menanggulangi lebih dari 160 jenis serangga hama terutama yang termasuk dalam ordo Lepidoptera. Data dari buku katalog Zeigler disebutkan. Pada tahun 1980-an perdagangan pestisida hayati yang berbahan aktif galur HD-1 dengan berbagai merek mendominasi pasaran dunia hingga mencapai 60% dalam bidang pertanian dan 20% untuk kehutanan menggantikan pestisida kimia. dan seterusnya. akan tetapi ada juga yang memiliki beberapa serangga sasaran. beberapa jenis Diptera dan Coleoptera. serotype 3a. telah menyusun katalog (1999) yang berisi galur-galur Bt dari seluruh dunia yang telah diisolasi dan diidentifikasi. penggunaan galur Berliner sudah mulai ditinggalkan karena galur baru ternyata lebih ampuh. kurstaki yang memiliki 22 galur dan satu yang terkenal dan umum dikomersilkan Gambar 2. kurstaki HD-1 pada tahun 1967. Misalnya serotype 1 adalah serovar thuringiensis untuk Bt subsp. thuringiensis HD2 yang dijadikan standar antisera untuk penentuan serotype. Bt subsp. Bakteri Bt diklasifikasikan dalam lebih dari 68 subspesies atau varietas dengan istilah serovar yang ditentukan berdasarkan perbedaan sifat antigen flagela-nya yang dapat membuat antisera terhadap serum darah kelinci. jadi satu tipe protein toksik untuk satu jenis serangga tetapi tidak ada pengaruh atau malahan dapat menjadikan sumber nutrisi pada serangga lain. Berikut ini dilampirkan tabel berbagai merek produk-produk komersial dari galur-galur Bt yang telah digunakan dan memenuhi pasar dunia. 3b. The Ohio State University USA adalah kurator dari koleksi Bt dan B. 1993). thuringiensis Berliner. Sejak ditemukan galur Bt subsp.jumlah tertentu dimana kondisi nutrisi memungkinkan. D.

dan dorongan untuk memproduksi vaksin yang aman. Vaksin-vaksin baru ini termasuk protein dan peptida rekombinan. Pada pisang kini sedang dikembangkan untuk vaksin hepatitis B dan vaksin HPV (human pappiloma virus) yang kini telah masuk tahap evaluasi klinik. Epitop umumnya disisipkan pada bagian coat protein (CP) dari virus vektor. kemanjuran dan keamanan dalam sistem pengirimannya. karena pisang diproduksi hampir di seluruh negara berkembang. dapat merupakan suatu cara menghasilkan vaksin oral yang lebih baik. Replikasi virus dan penyebarannya secara sistemik memungkinkan terjadinya transient expression dari CP khimera pada semua jaringan tanaman. vaksin-vaksin yang lebih efektif akan tersedia. penurunan angka penyakit infeksi. Dalam penggunaan vaksin. Mason H. Dengan adanya gelombang baru dari perkembangan vaksin. seperti umbi kentang. Pisang adalah salah satu tanaman yang menjadi target dalam banyak penelitian.S dan Arntzen C. telah mendorong munculnya perkembangan vaksin baru. sehingga menghasilkan protein kimera (chimeric prtein). seperti edible vaccine diharapkan dapat melengkapi bahkan memperbaiki kekurangan yang ada pada vaksin-vaksin terdahulu. Dengan vaksin telah dibuktikan banyak mengurangi angka kematian. Tantangan selanjutnya yang harus dihadapi adalah membuktikan bahwa edible vaccine benarbenar dapat menjadi vaksin yang aman. murah.vaksin juga harus efektif dan relatif aman digunakan. yaitu sebagai penghasil vaksin. Vaksin telah terbukti merupakan intervensi yang paling efektif dalam menurunkan angka kematian dan kesakitan. baik dari yang ekstrak maupun yang dimakan langsung. Konsep ini didukung oleh kemampuan tanaman dalam menghasilkan protein yang beragam. Dengan mulai berkembangnya riset edible vaccine.J dalam Transgenic Plants as Vaccines Production System pada jurnal Trends in Biotechnology tahun 1995. diharapkan manusia dapat memakan langsung protein dari bagian tanaman tanpa dimasak. terutama untuk negara berkembang.P r o d u k s i ed i b l e va ccin e dengan Molekular Farming Oleh : Anky Zannati* P erkembangan teknologi Molecular Farming pada tanaman telah memunculkan konsep baru. diharapkan dalam 5 hingga 10 tahun mendatang. Dengan mengkombinasikan keefektifan biaya sistem produksi. antigen yang terdiri dari satu atau beberapa epitop disisipkan pada genom virus. Dengan cara yang sama. selain alasan epidemiologi penyakit. Banyak vaksin rekombinan yang telah memasuki tahap clinical trial. selanjutnya uji imunogenitas. Vaksin ini dapat digunakan dengan diekstraksi terlebih dahulu atau juga dapat dimakan langsung. Yang pertama adalah mengintroduksi DNA asing pada vektor Agrobacterium. Namun sebelumnya tentu saja harus dilakukan uji imunogenitasnya. suatu saat manusia bisa imunisasi dengan makan pisang” 40 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .menyebutkan terdapat dua strategi yang dipelajari dalam ekspresi transgen dalam menghasilkan calon vaksin pada tanaman. Dalam dekade terakhir. dapat dimakan langsung. Strategi kedua adalah menggunakan virus sebagai vektor. Virus tanaman yang biasanya digunakan diantaranya adalah tobacco mosaic virus (TMV). baik oleh anak-anak maupun dewasa. perkembangan teknologi rekombinasi DNA dibarengi dengan perkembangan pengetahuan mengenai mekanisme patogenesis dan respon imun. “Dengan edible vaccine. efektif dan praktis. Partikel-partikel virus yang mengekspresikan epitope asing lalu dimurnikan. karena itulah disebut edible vaccine atau vaksin siap makan. tanaman edible vaccine yang mengekspresikan antigen dalam jaringan tanaman yang dapat dimakan. dimana seluruh gen yang mengkode antigen (target antigen) yang berasal dari organisme patogen seperti virus. murah dan praktis. Pada edible vaccine. bakteri atau parasit disisipkan dalam vektor transformasi tanaman.

Imunogenik. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. secara oral Intact Glikoprotein diberikan Tabel. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif.LIPI. Cibinong. diberikan melalui suntik ataupun oral Imunogenic. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. diberikan secara oral. Partikel imunogenik. 13 (9) BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 41 .Si . diberikan secara oral. Coli Enterotoxigenic E. imunogenic. Strategi menghasilkan calon antigen vaksin pada jaringan tanaman. diberikan secara oral. Imunogenik. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. S. bekerja di Pusat Penelitian Bioteknologi . diberikan secara oral. Imunogenik. diberikan melalui suntik Imunogenik. diberikan secara oral. diberikan secara oral Antigen dari organisme Virus tanaman Fragmen DNA Penyatuan epitope untuk menghasilkan gen khimera bagi CP virus Gen Struktur Vektor transformasi tanaman Transformasi genetik dengan perantara Agrobacterium dan regenerasi tanaman transgenik Penyatuan gen Infeksi tanaman oleh virus yang dimodifikasi Transient expression dari antigen asing Gambar. diberikan secara oral Ekstrak protein imunogenik. Protein yang diekspresikan oleh tanaman transgenik untuk vaksin pada manusia dan hewan Hepatitis B Hepatitis B Infeksi Virus Norwalk Infeksi Virus Norwalk Rabies Human cytomegalovirus Rabbit hemorrhagic disease virus Penyakit kuku dan mulut Penyakit kuku dan mulut Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Imunological related Protein Imunogenik dan protektif. Penelitian mengenai imunogenitas Sumber : Trends in Biotechnology (1995). Coli Vibrio cholerae (kolera) Hepatitis B Hepatitis B Target vaksin Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Kelinci Hewan ternak Hewan ternak Babi Babi Babi Ekspresi pada tanaman Tembakau Kentang Jagung Kentang Tembakau Kentang Lupin Lettuce Tembakau Kentang Tomat Tembakau Kentang Arabidobsis Alfalfa Arabidobsis Tembakau Jagung Kapasitas vaksin Imunogenik. Imunogenik dan protektif.Target Penyakit Enterotoxigenic E. diberikan melalui suntik Proektif. diberikan melalui suntik Protein intact. Tanaman Kentang Tanaman tembakau Pemberian makan pada binatang percobaan Ekstraksi antigen asing Isolasi partikel virus * Anky Zannati. Coli Enterotoxigenic E.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful