Dari Redaksi >>

Biodiversity dan manfaatnya
MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI
Biodiversity, apa itu? Menurut Convention on Biological Diversity (1998), biodiversity (keanekaragaman hayati) adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan, hewan, mikroorganisme, dan ekosistim dimana organisme ini hidup. Karenanya, biodiversity adalah sumber daya alam yang penting bagi manusia dan ekosistem. Biodiversity ini merupakan aset besar dalam pengembangan Bioteknologi, sehingga semestinya negara yang kaya dengan biodiversity dapat memetik hasil dari kekayaan tersebut. Indonesia konon adalah negara biodiversity terbesar kedua di dunia (megadiversity), setelah Brasil. Seharusnya kita bisa menikmati hasil dari kekayaan tersebut. Tapi kenyataannya belum, bahkan kita jauh tertinggal dalam bidang Bioteknologi termasuk pemanfaatan biodiversity. Oleh karena itu, perlu kesadaran dan perhatian kita bersama terhadap kekayaan yang kita miliki dan juga terhadap pengetahuan dan teknologi untuk memanfaatkan biodiversity tersebut untuk kepentingan bangsa dan rakyat Indonesia. Biotrends edisi ini akan menfokuskan pada biodiversity, khususnya tentang berbagai jenis biodiversity dan peluang pemanfaatan biodiveristy tersebut. Diantara topik yang hadir adalah tentang keanekaragaman mikroba endofit yang dapat dijadikan sebagai sumber molekul yang bermanfaat untuk farmasetikal. Begitu juga keanekaragaman bakteri Bacillus thuringtensis yang bisa dimanfaatkan untuk ketahanan pangan dan kesehatan. Juga hadir topik tentang peluang biodiversity, khususnya tanaman untuk penemuan obat penyakit infeksi virus, yang menjadi topik hangat saat ini. Indonesia adalah negara kepulauan dan sekitar 70% diantaranya adalah laut. Karena itu, selain di darat kita juga harus memperhatikan laut, yang diperkirakan juga mengandung biodiversity yang luar biasa. Ini juga tentunya merupakan aset besar yang berpeluang untuk dimanfaatkan. Dalam konteks ini, kami juga menghadirkan artikel tentang “Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia”. Selain itu, yang tidak kalah menarik adalah topik diversity di tingkat mikro; seperti diversity di tingkat protein, gen, dan molekul. Analisa diversity tersebut bahkan tidak terbatas pada organisme yang bisa dikulturkan, tetapi juga pada organisme (khususnya mikroorganisme) yang tidak bisa dikulturkan. Bagaimana caranya? Artikel yang bertajuk “Metagnomik: lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru”. Dengan cara itu bisa dilihat bahwa sesungguhnya di tingkat mikro ditemukan variasi yang sangat beragam. Keanekaragam ini tentunya memiliki fungsi yang beragam pula. Tugas kita adalah menemukan fungsi dari masing-masing protein, gen, atau molekul tersebut. Caranya bisa anda temukan pada artikel-artikel dalam edisi ini, diantaranya adalah “Functional Genomics, untuk mempelajari fungsi gen dalam skala global”. Bahkan keanekaragaman molekul itu bisa diperkaya lagi. Gunanya adalah untuk meningkatkan peluang penemuan obat. Bagaimana caranya? Jawabannya bisa anda temukan pada artikel “Combinational Chemistry, pengayaan molekul diversity untuk penemuan obat”. Namun, perlu kita sadari bahwa agar bisa memberikan manfaat secara terus-menerus, kita tidak boleh mengeksploitasi biodiveristy, tetapi yang lebih penting adalah bagaimana mengolah, memanfaatkan, dan melestarikannya. Apa yang harus kita lakukan untuk itu? Simaklah perbincangan kami dengan Prof. Dr. Endang Sukara, Deputi LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (LIPI). Di sana anda juga bisa melihat upaya yang telah dilakukan LIPI untuk mengolah, memanfaatkan dan melestarikan biodiversity yang kita miliki. Selamat membaca!

Penanggung Jawab: M. Ahkam Subroto Pimpinan Redaksi: Andi Utama Anggota Redaksi: Adi Santoso Bambang Sunarko InesAtmosukarto Wien Kusharyoto Satya Nugroho Sigit Purwantomo Syahrudin Said Sekretariat: Siti Elly Faisholyah Ludya Arica Bakti Yulnawati Wulansih D. Astuti Seksi Promosi dan Marketing: Tutang Yatri Hapsari Betalini Widhi Hapsari Iklan: Sogir Hayat Raharja Fotografer: S. Jitno Rijadi Noor Rachman Design grafis: Wien Kusharyoto Uus Faizal Firdaussy Ahmad Saefudin S Ario Tutuko

BioTrends Majalah Populer Bioteknologi Diterbitkan oleh Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Jalan Raya Bogor Km. 46, Cibinong 16911 Telepon (021) 875 1527, 8754587 Faks (021) 8754588

Hak Cipta dilindungi oleh undang-undang. Dilarang memproduksi seluruh atau sebagian foto, teks, atau ilustrasi isi majalah dalam bentuk apapun tanpa izin tertulis terlebih dahulu kepada penerbit.

Redaksi

2

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

Metagenomik
Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru

/Hal 16
MIKROBA ENDOFIT:
SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI

/Hal 13
Secangkir TEH
Dari Redaksi Biodiversity dan Manfaatnya /Hal 2 Surat Pembaca Komentar dari para pembaca, tentang BioTrends /Hal 5 Program freeware DNA analysis ClustalW, BioEdit, dan CLC Free Workbench /Hal 23 Biokatalis Biokatalis, Enzim dan Biotransformasi /Hal 27

DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI

/Hal 06
Profil Pemanfaatan Biodiversity

Prof. Dr. Endang Sukara
“We are within biodiversity, but we do not know what is the real value of biodiversity”

/Hal 08
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

3

Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

“Functional Genomics ”
un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i gen da l a m sk a l a gl o b a l

/Hal 19
COMBINATORIAL CHEMISTRY: Melirik prospek Bioteknologi kelautan Indonesia /Hal 33 Keanekaragaman bakteri Bacillus thuringiensis, biologi molekuler dan upaya Bioteknologi untuk ketahanan dan kesehatan /Hal 38 Produksi edible vaksin dengan molekular farming /Hal 40 PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT

/Hal 25

Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus

/Hal 30

Rare sugars, karunia yang belum tereksplorasi

/Hal 35

4

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

pertanyaan dan artikel anda ke BioTrends@lipi. Redaksi: Terima kasih atas tanggapannya. tapi sepertinya terlalu berat dan sulit dicerna. kami meralat sebagai berikut: Hal 9 9 10 10 Baris 27 58 9 14 Kolom 1 2 1 1 Tertulis (SD jaman Belanda) Prof. Peter Klessy Peterporphyrin Seharusnya (SD pada dekade 40-60-an. Distribusi Biotrends Sebelumya. Bandung penyajiannya lebih mudah dimengerti. Mungkin ada benarnya edisi sebelumnya memuat artikel yang agak sulit dipahami terutama bagi orang yang tidak berkecimpung di dunia Bioteknologi. Saya termasuk orang yang sangat menyenangi dunia ilmu pengetahuan. Agung A. Saya menyambut hangat terbitnya Biotrends.surat PEMBACA Koreksi. Menurut saya cover . BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 5 .toko buku di berbagai kota. tanggapan.Saya ucapkan selamat atas terbitnya edisi perdana dari Majalah Biotrend. kami akan terus berupaya untuk meningkatkan kualitas majalah ini untuk mencapai tujuan tersebut.com. Kalau bisa. untuk edisi perdana kami baru mendistribusikan ke institusiinstitusi pemerintah. Menurut saya isinya cukup baik. sumbangsih dan permintaan anda: disinilah forum tempat anda memberikan opini mengenai apa yang benar dan salah mengenai hal-hal yang kami angkat di majalah ini dan sebagai sarana agar kami tahu apa yang ingin anda baca.Bogor Redaksi: Terima kasih atas saran dan masukannya. materi dan Menanggapi surat dari sekretaris Kepala LIPI terhadap BioTrends edisi sebelumnya tentang salah penulisan pada kolom profil.) Prof. mulai edisi ini kami juga akan mendistribusikannya ke toko . Hari Susanto. Peter Clezy Petroporphyrin Kirim Pertanyaan dan Komentar Anda Kirimkan opini. Sambudi Prof. namun majalah ini agak sulit diperoleh. Bioterends sebelumnya baru saya dapatkan setelah memesan pada teman yang kuliah di Bogor.go. Tetapi mengingat tujuan penerbitan majalah ini adalah untuk mempopulerkan ilmu pengetahuan di bidang Bioteknologi untuk berbagai lapisan masyarakat. nama saya Agung Firmansyah. IPB . Isinya Terlalu Berat Salam kenal. opini. Samhoedi Prof. isi dan disain sudah cukup baik. Namun. terutama bidang Bioteknologi.id atau Biotrends@yahoo. Mohon maaf .

subur kang sarwi tinandur (segala yang ditanam tumbuh subur). secara spontan mereka pun memilih pisang”. Argumentasi itu mungkin ada benarnya. Bahkan oleh salah satu tokoh keanekaragaman hayati. Sementara itu asumsi faktor etnis yang menjadi penyebab keterpurukan Indonesia. Argumentasi lain adalah karena alam Indonesia terlampau ramah dan pemurah. kau lihat di tangan kananku ada pisang dan di tangan kiriku ada otak. murah kang sarwi tinuku (segala yang dibeli. ternyata kini sudah benar-benar melayu. rakyat Nusantara tetap saja hidup bersahaja untuk tidak dikatakan melarat. tongkat pun ditancap tumbuh jadi tanaman kata Koes Bersaudara. barangkali menurut versi orang Inggeris yang pernah menjajahnya. sebagai bagian dari kawasan Asia Tenggara. Ini mungkin juga terkait dengan pasokan energi yang tidak/kurang memadai. Malaysia yang dimotori etnis yang sama. dan energik. pisang atau otak”. kecuali apel. Kriteria utama penetapan pusat-pusat itu adalah adanya keanekaragaman tanaman budidaya yang tinggi di masing-masing pusat tersebut. yang konon merupakan jembatan emas menuju masyarakat yang adil dan makmur. istilah Jawa yang berarti lari. Nyatanya juga tidak demikian. harganya murah). Namun kekayaan itu pulalah yang telah mengantar bangsa ini ke neraka penjajahan.secangkir TEH DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI Penulis: Made Sri Prana* K etika Nikolai Ivanovich Vavilov.menyimpulkan hasil kajiannya tentang asal usul tanaman budidaya setelah perjalanan panjang melanglang buana. Kajian lebih lanjut yang dilakukan oleh ilmuwan lain sesudahnya semakin mengukuhkan pernyataan Vavilov. Salah satunya adalah dampak dari penjajahan yang berlangsung lebih dari 3. Apa gerangan yang salah dengan negeri ini? Sebuah anecdote tentang orang Uganda. maka di belahan Nusantara yang alamnya tidak dapat dipandang ramah dan pemurah. Dengan semua kekayaan itu konon Indonesia pernah berjaya di masa silam. yang sulit dicari tandingannya di dunia. ulet. Maklum makanan juga serba sulit. Menurut yang empunya cerita. kegiatan pikir memikir menjadi masalah. Andaikan pernyataan itu benar. yaitu Melayu. melalui pembangunan tentunya. Tuhan berseru “ Hai kamu bangsa Uganda. Pilihlah salah satu yang kamu mau. telah membuat bangsa ini menjadi manja . Indonesia. Istilah orisinilnya the IndoMalayan Centre. Bahkan ada kesan bahwa dinamika dan mobilitas penduduk di daerah-daerah seperti itu justru (maaf beribu maaf) rendah. sepertinya kini sudah tidak relevant lagi. jelas merupakan bagian terpenting dari pusat itu. terutama Gambar: Nikolai Ivanovich Vavilov. yang berkarang. Konsekuensinya tentu mudah ditebak.lainsigna. Indonesia diibaratkan sebagai “The Garden of Eden” karena keanekaragaman buahbuahannya. terkesan sederhana namun mengandung makna yang sangat dalam. konon ketika Tuhan bermurah hati memberikan pilihan kepada orang. logikanya kita akan menemukan sosok-sosok manusia Indonesia yang rajin. Anecdote itu sungguh sangat menyakitkan. tandus dan gersang. Suatu ungkapan versi lain untuk tidak menyebut malas. tak pelak lagi Asia Tenggara ditetapkannya sebagai salah satu dari 8 pusat asal usul tanaman budidaya dunia. Katakanlah di jaman Majapahit atau Sriwijaya. (www. Meskipun pada kenyataannya pusat keanekaragaman suatu jenis tanaman tertentu tidak harus selalu identik dengan pusat asal usul dari tanaman yang bersangkutan. Maka tanpa berpikir panjang. dan melesat meninggalkan Indonesia sambil membawa segelintir saudara serumpunnya. Setelah kemerdekaan tercapai. akan tetapi terlalu naïf rasanya untuk melimpahkan semua kesalahan hanya kepada si penjajah.5 abad. Dan konon sejak itu pula pisang berlimpah di negara itu sehingga dijadikan makanan pokok penduduk setempat. mungkin bisa membantu menguak kabut hitam kelam yang menyelimuti bangsa kita.org) 6 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Sejujurnya penjajahan era kini meskipun sifatnya halus dan tidak kasat mata mungkin jauh lebih dahsyat dampaknya daripada penjajahan fisik yang menimbulkan trauma. meskipun sekedar sebagai pembantu. ilmuwan terkemuka Rusia. Banyak alasan (excuses) yang dijadikan kambing hitam sebagai penyebab keterpurukan bangsa ini.

Akan tetapi bila diambil hikmahnya. Dengan bekal itu. terutama dengan negara-negara maju. Kebersamaan. Bioteknologi menawarkan banyak peluang dan terobosan untuk bisa memanfaatkan khasanah/kekayaan sumber daya hayati untuk kesejahteraan bangsa. Semua itu toh juga karunia Tuhan yang harus disyukuri. Pentingnya otak atau SDM dalam meniti kehidupan dan kelangsungan hidup (sustainability) sebagai individu. Kontak: www. The University of Andalas. Ini tentu sangat berbeda dengan ucapan “ Why him/her? Why not me?” yang lebih kerap terdengar dalam kehidupan sehari-hari. integritas. Jadilah sayur asem yang nikmat dan menyegarkan. tentang betapa pentingnya otak dalam menjalani hidup dan kehidupan ini. 13-18 November 2006: Asian Symposium on Medical Plants. Prana. persaudaraan. orang Afrika dan bahkan kita semua. FKH.unand. atau kirimkan e-mail ke info@apsprogram. takdir69@yahoo. Otak atau tentu saja tidak harus diterjemahkan sebagai kecerdasan inteletual (IQ) semata. Made S. Dan kalau pada suatu saat nanti di antara kita kebetulan ada yang meraih prestasi luar biasa maka pernyataan “ I am proud of him/her. Yogyakarta. penasehat yang arif dan bijaksana. Gadjah Mada University. herdis_bppt@plasa. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 7 . SEMINAR 1. Auditorium of Faculty of Animal Science. sesuai situasi dan kondisi. Animal Production and Sustainable Agriculture in The Tropics . http:// www. bisa dilihat dan didownload dari website aps (www. Tepat sekali slogan “Bersatu meningkatkan mutu” diangkat sebagai tema filosofis dan spiritual oleh Puslit Bioteknologi LIPI. Fax. Dr.isap4. jadwal road show. dan kita kitakan kami.+62-751-72645.net. bangsa dan bahkan umat manusia (human being) sudah menjadi rahasia umum. IPB.net. kelompok.INFO bagi orang Uganda (juga kita yang simpati).R. Keanekaragaman genetik Indonesia yang berlimpah itu menunggu kreativitas tangan-tangan trampil untuk meramunya menjadi produk-produk unggulan guna menunjang pengembangan berbagai sektor pembangunan agar sebagai bangsa kita tidak dipandang bak tikus jatuh ke lumbung mati kelaparan. Dr. Bagian Reproduksi dan Kebidanan. Telp. Spices and Other Natural Products (ASOMPS) XII. Mereka bisa menikmati (bersama kita) benefit dari kekayaan sumberdaya genetik Indonesia.id/index. formulir. Pasalnya mereka lebih memilih mendapatkan bantuan bala tentara dan alat perang yang kuat daripada merangkul Sri Krishna. Tema itu relevant tidak hanya untuk tahun ini melainkan berlaku sepanjang masa dan buat siapa atau organisasi apa saja. kalaupun ada. *Dr. sebab belakangan diketahui pula pentingnya kecerdasan emosional (EQ). Kesalahan serupa (salah pilih) konon juga mengantarkan Kurawa ke jurang kehancuran kalah perang di Kuru Setra melawan Pandawa . APS akan mengadakan road show di kota-kota besar di seluruh Indonesia di bulan Mei-Juni 2006. E-mail: asompsxii@unand. Persamaan adalah sebuah berkah yang menjadi perekat.com 2.id). sedangkan kita bisa menimba pengetahuan (knowledge) dan bukan sekedar ketrampilan (skill) dari mereka. Ibarat masakan. 8-9 November 2006: International Seminar on Tropical Animal Production (ISTAP-4). salah seorang mantan Ketua LIPI yang disegani pada masanya. Rectorate Building 2nd floor. baik untuk jajaran pemimpin maupun yang dipimpin. Fax. Artinya wajib adanya ciri profesionalisme.ugm. Dengan semangat kebersamaan dan persaudaraan itu kita kamikan saya. Formulir pendaftaran dan informasi lebih lanjut mengenai persyaratan beasiswa APS.com.id/asompsxii BEASISWA AUSTRALIAN PARTNERSHIP SCHOLARSHIPS (APS) Studi Pasca Sarjana di Australia Pendaftaran APS akan dibuka tgl 8 Mei 2006.+62-751-72645/71085. akan tetapi sikap dan komitmen dalam merealisasikannyalah yang tampak sangat berbeda-beda. Banyak di antara kita yang hanya siap memimpin dan tidak terlalu siap untuk dipimpin. Kontak: Prof. yaitu tim peneliti.php 3. Tetapi bioteknologi juga memiliki karakteristik synergisme dan pendekatan multidisiplin sebagai salah satu prasyarat. Semua pasti menganggap bahwa SDM itu penting.LIPI. Tubagus Bachtiar Rifai.arbain@telkom. 0251-629474. Iis Arifiantini. Kita perlu menguasai teknologi dan bukan sekedar teknik agar mampu terus berkreasi. 0251626368. semoga saja bioteknologi mampu memberikan kontribusi maksimal kepada pembangunan nasional sebagaimana yang selama ini diharapkan. Masala pun akhirnya kerap timbul karenanya. E-mail: Iis_arifiantini@telkom. Teknik pada saatnya akan daluarsa. Dayar Arbain. M. dan persatuan itu adalah rohnya organisasi.or. Cibinong.id. Research Institute. atau telepon kantor APS (021) 527 7648. Tel. guna meningkatkan kesejahteraan bangsa dan negara sekaligus mewujudkan konsep pemanfaatan sumberdaya hayati secara lestari.ac. Akibatnya integritas tim (team work) tidak solid atau bahkan berantakan. Padang 25163. Para anggota tim harus memiliki persamaan visi namun berbeda dalam kepakaran sesuai misi yang diemban.apsprogram.ac. Ir.id atau d. tidak perlu dimunafikan sepanjang sifatnya saling menguntungkan (mutual benefit). jangan hendaknya dipertentangkan. mentok di ujung. garam di laut asam di gunung bertemu dalam jambangan. Itulah antara lain secuil cuplikan wejangan dari berbagai upaya serius dan sistematis untuk menggalang persatuan di lingkungan LIPI yang pernah dilakukan oleh Prof. He/she is one of us!!!” akan terdengar sungguh sangat nyaring di telinga dan mengharukan di hati. Kontak: Dra.Si.ac. sementara teknologi atau pengetahuan tentang teknik membuka terus peluang untuk berinovasi sesuai tuntutan dan perkembangan jaman. sebenarnya humor itu telah menyadarkan orang Uganda. Kerjasama dengan pihak luar dalam hal ini. dan dinamika para pelaksananya. tak peduli apapun bentuknya.or. Perbedaanperbedaan yang lain. sementara perbedaan adalah anugerah yang berfungsi sebagai pengikat. APU adalah staf peneliti utama di Pusat Penelitian Bioteknologi . Fakultas Kedokteran Hewan IPB. Di sini persamaan dan perbedaan sama pentingnya. 8 April 2006: Seminar Sehari: Peranan Bioteknologi Reproduksi dalam Pembangunan Peternakan di Indonesia. Jalan Agatis Kampus Darmaga IPB.

Indonesia. paling tidak untuk sementara. lebih kemudian menemani nenek di dapur khusus lagi bangsa Indonesia. Tapi saya juga menyadari banyak keterbatasan termasuk tentunya keterbatasan 8 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . sekecil apapun sumbangannya. Kalaupun dipaksakan. Dr. biasanya ikut dengan kakek ke sawah. Hal ini terus berlangsung sampai menjelang saya masuk SMA. saya langsung ke dapur membantu orang tua membuat berbagai jenis makanan kecil mulai dari permen. makanan kecil seperti kerupuk yang dibuat dari beras ketan. di Jakarta ada famili (famili suami adiknya ayah. wajik. Usai sarapan.Profile: Prof. dodol. Saya juga sering kali ikut menjajakan makananmakanan kecil ini di kampung termasuk ke pusat-pusat keramaian seperti terminal bus dan stasiun kereta api. beraneka ragam jenis ikan dan udang serta kerang sangat mudah di dapat. Pak Basyuni menyarankan untuk mendaftarkan diri ke Fakultas Biologi Universitas Nasional. Ketiga di Jakarta ada adik kandung ayah yang sudah lama menetap. pasti biaya masuknya mahal. bahwa setiap hari. Saat memasuki usia sekolah. Sungguh sangat mengasyikan karena dengan cara ini saya juga mendapatkan uang dana. dan kepentingan umat manusia. shalat subuh biodiversity tersebut untuk berjamaah di masjid (surau). Sekarang suasananya sangat berbeda. Saya lahir 52 tahun yang lalu di satu kampung di kabupaten Tasikmalaya yang terletak di kaki Gunung Galunggung. Endang tidak ubahnya seperti terobosan untuk melindungi. yang berjarak sekitar 25 km dari tempat ayah dan ibu menetap dan berusaha. Kolam di sekitar kampung nyaris tinggal kenangan.000 Endang hijrah ke Jakarta dan disinilah Endang mulai meniti karirnya. saya tidak berhasil mendapatkan panggilan pertama. Terasa begitu asri. Akhirnya Terkadang juga ikut membakar “opak”. Itulah suasana sekitar 45 tahun yang lalu. Sungai kering penuh lumpur bersampah dan airnya sangat kotor. saya dirawat oleh kakek dan nenek di kampung kelahiran saya di Indihiang Tasikmalaya.Kabupaten Tasikmalaya. Karena itu saya memutuskan untuk nggak jadi masuk Unpad dan memutuskan untuk mencoba mencari peluang melanjutkan pendidikan di Jakarta. yang bisa ditumpangi. Sebenarnya saya ingin jadi dokter. pak Basyuni Suriamihardja. Ada tiga pertimbangan. 4 Ciawi. 7 tahun. Bagaimana LIPI melakukannya. Endang Sukara “We are within biodiversity. anak-anak di Ciawi waktu itu. sungai yang sangat jernih. Kegiatan ini bangsa karena banyaknya dilakukan saat menjelang magrib sampai keterbatasan ilmu pengetahuan yang isya. LIPI (Lembaga Ilmu Endang adalah anak kedua dari 8 Pengetahuan Indonesia) khususnya bersaudara. Dr. Sewaktu tinggal bersama kakek dan terus berupaya melakukan terobosannenek. saya kemudian ke Ciawi mulai sekolah di Sekolah Rakyat No. Terasa pengap. namun kekayaan ini belum Kegiatan lain yang rutin saya lakukan bisa dimanfaatkan untuk kejayaan adalah pergi ke Madrasah. Endang diantar ke Jakarta oleh pamanda Wasita Kontara (mang guru) dan dipertemukan dengan Pak Basyuni. semua dipenuhi oleh rumah-rumah. Nasib belum beruntung. seusai sekolah. Dengan modal Rp. Di masa kecilnya tidak kedeputian ilmu pengetahuan hayati pernah membayangkan akan ke Jakarta. dan memanfaatkan dibangunkan kakek. country. “Tidak heran kalau orang bilang Indonesia adalah serpihan dari syurga”. berikut wawancara redaksi Biotrend dengan Prof. Namun dengan segala keterbatasannya. sambil menikmati hangatnya tungku. but we do not know what is the real value of biodiversity” Indonesia adalah negara yang kaya dari keuntungan hasil berjualan untuk dengan biodiversity (keanekaragaman ditabung atau untuk keperluan sekolah. Endang membayangkan suasana yang nyaman. udara yang bersih. Deputi Kepala we do not know what is the real value of LIPI Bidang IPH yang juga salah biodiveristy for the prosperity of this seorang pakar biodiversity kita. Ketua Umum Perhimpunan Guru Seluruh Indonesia) yang memberikan bimbingan untuk kelanjutan pendidikan saya. 30. Bisakah Bapak bercerita sedikit tentang masa kecil Bapak? Saya nggak tahu harus bercerita dari mana. Lalu kenapa Bapak tibatiba ingin ke Jakarta? Cita-cita kan boleh tinggi. Kolam dijumpai di mana-mana. Setiap subuh memahami. anak-anak kampung lainnya. Ayah dan Ibu saya adalah pedagang kecil di Kecamatan Ciawi . Saya masih ingat. Kedua. hayati). tenteng kacang dan lain sebagainya untuk dijual di pasar Ciawi. We are within the biodiversity. (IPH). Dan itulah keseharian kebanyakan kita miliki tentang biodiversity ini. but Endang Sukara. Di sini Endang juga dikenalkan dengan pak Gazali Dunia (kolega pak Basyuni). dan waktu itu kebanyakan orang ingin jadi dokter. Saya mencoba mengadu nasib dengan ikut tes di Universitas Padjadjaran (Unpad). Sebelum masuk sekolah. tutur Endang. Pertama di Jakarta mungkin lebih banyak pilihan.

Pada waktu itu pengaruh kedaerahan sangat kuat. seminggu sekali pergi ke kampus UNAS. Sewaktu tes. saya mengumpulkan banyak data. Disamping itu kami juga ikut aktif dalam kelompok 10 bersama Pak Emil Salim. Akhirnya pada tahun 1979 saya dapat menyelesaikan kuliah. kami bekerja lagi. Tapi kenapa Bapak kemudian mendalami bidang mikrobiologi di LIPI? Saya nggak begitu senang dengan penelitian lapangan mengamati dan mempelajari primata seperti lutung merah. Melalui grup pencinta alam. Untung di UNAS saya ketemu dengan teman se-SMA. konservasi. gibbon. Saya lebih senang bekerja dengan lingkungan dan juga masyarakat. 30. Sambil bekerja. Kami pada waktu itu mempunyai hubungan dengan Univeristy of California LA (UCLA). meneruskan kuliah. Judul penelitian saya adalah tentang diosgenin dalam tumbuhan Costus. Saya masih diberi kesempatan. Selama melakukan penelitian saya dibimbing secara teknis oleh bapak Lubis (staf senior di Pusat Penelitian Botani). Kita juga menyelenggarakan seminar di Istana Wakil Presiden tentang Pelestarian Orang Utan. Perhatian dengan lingkungan hidup. Sutan Takdir Alisyahbana dan Fakultas Biologi dibawah pimpinan Prof Koesnoto cukup disegani waktu itu” tegas Endang. Sebenarnya sederhana sekali. Ini juga berguna untuk mapping ruang gerak orang utan tersebut. dan juga masalah sosial. Pada waktu itu Birute Galdikas Brendamour dari UCLA menginginkan counter part mahasiswa dari UNAS yang ikut bersamanya ke lapangan. Setelah saya lulus sarjana muda mendapat gelar BSc. Bagaimana di bidang riset sendiri? Di bidang riset. Pak Gardjito meneliti “gibbon”. Dulu senang senang mengerjakan macam-macam kegiatan khususnya yang berhubungan dengan masalah lingkungan.000. akhirnya saya memutuskan untuk bergabung dengan laboratorium mikrobiologi Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI. kita mengajak siswasiswi SMA ke lapangan. Koesnoto (pada waktu itu Dekan Fakultas Biologi UNAS). Segala tingkah laku orang utan. Selama di UNAS saya juga banyak belajar dari Pak Jatna Supriatna (sekarang direktur Conservation International di Indonesia). Disitulah saya kenal dengan LIPI. “UNAS di bawah kepemimpinan Prof. Bapak Dayat Bastiawan. Saya mendaftar dan ikut tes di Bogor. Saya sendiri tidak terlalu menyadari kalau itu semua kelihatannya sebagian dari hobi. saya juga melakukan penelitian di tempat saya bekerja. mulai dari keluar sarang sampai masuk sarang lagi. Disamping melakukan penelitian. saya dan pak Gardjito banyak juga membantu Brendamour meneliti social behaviour dari orang utan dan program rehabilitasi orang utan. Bersama dengan teman-teman kita menerbitkan majalah Biologica. dll. Saya pernah menjadi sekretaris senat di Fakultas Biologi. Saya banyak belajar dari Pak Eddy tentang kehidupan di Jakarta. saya melihat pengumuman bahwa Lembaga Biologi Nasional (LBN – LIPI) menerima pegawai baru. Saya adalah mahasiswa yang beruntung diberi kesempatan mendampingi Birute Galdikas Brendamour dan sekaligus ikut melakukan penelitian primata di hutan (Taman Nasional Tanjung Puting). Saya kemudian dibimbing oleh bapak Soetarjo BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 9 . di bawah bimbingan Ibu Setijati (pada waktu itu Direktur LBN-LIPI) dan Prof. Pagi pagi buta saya dan pak Gardjito menemani Brendamour berangkat ke hutan. Pusat Penelitian Botani LBNLIPI. taksonomi. mendiskusikan hasil penelitian dan mengolah data. atau orang utan sekalipun pernah belajar cukup intensif tentang masalah ini dari Birute Galdikas. dan juga bagaimana mereka membuat sarang diikuti dan dicermati dengan teropong dan dicatat. Saya juga ikut membesarkan Biological Sciences Club di sana. saya ikut aktif pada program rehabilitasi orang utan di Taman Nasional Tanjung Puting. Bagaimana Bapak menyesuaikan diri dengan kehidupan Jakarta? Awalnya agak susah. Pak Sugardjito (sekarang Direktur Program Fauna and Flora International di Indonesia) dan Pak Barita Oloan Manullang. Kebetulan uang masuknya Rp. Di base camp. Dari UNAS selain saya juga ikut Pak Sugardjito. Indonesia. saya bilang kalau saya masih ingin menyelesaikan studi saya di UNAS. saya meneliti “maroon red leaf eating monkeys ” alias Presbytis rubicundus . Selain kuliah. Agar tidak tersesat. seperti apa yang dimakan oleh “maroon red leaf eating monkey”. saya sudah mulai dikenalkan sejak tahun 1974. Kita membuat program yang namanya “Wisata Kasat Bumi”. Akhirnya saya diterima dan mulai bekerja pada tahun 1977. misalnya Bapak Eddy Jusuf (sekarang menjadi peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). mengintroduksi bagaimana melakukan penelitian ekologi. diantaranya ikut menggalang pembinaan kesadaran lingkungan dan mengenai ilmu biologi lainnya kepada siswa-siswi SMA. Kita juga mengadakan kerjasama dengan Kuartir Nasional Pramuka. Lalu bagaimana Bapak bisa ke LIPI? Dari kegiatan di lapangan. Jadi Bapak sudah sejak lama punya perhatian terhadap lingkungan hidup? Oh iya. kita pulang. Setelah orang utan kembali ke sarangnya (biasanya lepas maghrib). saya bahkan sering diajak menginap di rumahnya. waktu saya masih menjadi mahasiswa tingkat 2 di UNAS. Saya menjadi ketua selama 2 tahun dan selama kepengurusan saya banyak yang dilakukan. Selain itu kita juga sangat aktif kerja sama dengan berbagai pihak termasuk Mapala UI. Saya masih ingat. Kalimantan Tengah. suatu hari saya pernah menjadi moderator dalam acara pembahasan sampah kota. setiap arah gerakan diukur dan arah diperiksa dengan kompas sehingga kita tahu posisi saat itu.Endang ke Universitas Nasional (UNAS) dan mendaftarkan diri menjadi mahasiswa di Fakultas Biologi. yaitu ke Taman Nasional Tanjung Puting. sampel-sampel yang dimakan berupa bauh atau daun kemudian dikumpulkan dan dipelajari di Herbarium Bogorensis. Saya juga senang sekali karena ada senior yang bisa bahasa Sunda. Karena itu dan juga atas undangan Pak Susono (pada waktu itu pimpinan Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI). Bahasa Jakarta sangat berbeda dengan bahasa Indonesia. Saya pernah juga menyelenggarakan pameran tungku hemat energi di kampus UNAS dan senang sekali karena juga dikunjungi Pangeran Bernard dari Belanda. Waktu itu yang menjadi pembicara kunci adalah Pak Ali Sadikin (Gubernur DKI Jakarta waktu itu). Selama di Tanjung Puting. apa kegiatan Bapak sewaktu di UNAS? Macam-macam. Kelompok 10 ini menjadi bidan pendirian lembaga swadaya masyarakat (LSM) yang dikenal dengan Wahana Lingkungan Hidup (Walhi).

Skerman? Ya. Melalui proses skrining. Alhamdulillah saya mendapat nilai yang memuaskan dari Prof Skerman. Kita kehilangan banyak biodiversity. Bangga juga karena proses ini kemudian didaftarkan ke kantor paten dan mendapatkan nomor paten pada tahun 1986. D. Senang sekali karena ada tugas yang dapat saya selesaikan. saya harus belajar menggunakan mikroskop dengan baik. Pulang dari sana saya menulis satu buku yang berjudul “Menanam Jamur Merang di Pekarangan”. Tomita dari Hokaido University dalam kerangka program kerjasama LIPI dengan JSPS. Kemudian yang menarik juga dari kuliah-kuliah yang saya ikuti di Queensland ini adalah menentukan pathway dari satu kuman tertentu. Saya juga dikenalkan dengan pakar mikrobiologi di kawasan ASEAN melalui berbagai channel termasuk UNESCO. Emas hijau yang dimaksudkan di sini adalah biodiversity. mampir dulu di Bandung atau Jogja. dan Ketua PPIA (Perhimpunan Pelajar Indonesia di Australia cabang Brisbane). pada masa kualifikasi di universitas ini diberi tugas untuk mengidentifikasi 10 jenis yeast. Saya kemudian membuat tulisan yang kemudian saya bacakan dalam orasi ilmiah untuk pengukuhan Ahli Peneliti Utama (APU) saya. B. suami Dra. Di sini saya mempunyai peluang untuk belajar lebih banyak dari Puslit dan Unit-unit yag ada di bawah kedeputian saya. Dan beberapa publikasi ilmiah di jurnal-jurnal yang baik seperti European Journal of Microbiology and Biotechnology. V. Oleh Pak Susono. saya kemudian dikenalkan dengan mikrobiologiwan Indonesia. Segala macam cara saintifik untuk identifikasi yeast ini dilakukan. Begitu juga kalau sampai di Bali. Saya senang juga bisa mempatenkan. Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Penelitian yang saya rintis bersama dengan Prof. dan Kepala Puslitbang Bioteknologi sampai akhirnya dipercaya menjadi Deputi Kepala LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (IPH). Waduh. Saya masih ingat. Saya harus cari key enzyme seperti adolase. Dengan menggunakan kapang tempe ini. di Brisbane. Dalam hal ini saya banyak dibantu sama teman seperti Wangchen dari Thailand dan Tao dari Cina. saya dibawah berhasil mengembangan “One step process for the production of mycoprotein and enzyme”. amur merang. dll. “Tapi sekarang saya merasakan banyak hikmahnya”. Dan setelah perumusan kebijakan harus mampu dirumuskan dan dilaksanakan. kata Endang. Oleh Dr. Romeo Alichbusan dari Tropical Mushroom Research Center di Bicutan. Saya juga menyadari bahwa sesuai dengan Surat Keputusan Presiden dan tugas dari Kepala LIPI. kenangnya. Skerman di Deopartment of Microbiology. Ratu Ratna Isnaniah ini juga aktif di berbagai organisasi. Bimbingan penuh saya dapatkan selama saya mengikuti program kualifikasi dan program master. Jadi selama di Australia. saya diarahkan untuk melanjutkan penelitian di bidang teknologi fermentasi dan mengambil topik baru untuk program doktor saya yaitu “microbial convertion of cassava starch to mycoprotein”. selama 3 bulan. Doelle. Akhirnya semua yeast tersebut bisa diidentifikasi. Saya mulai memahami ilmu pengetahuan hayati dalam tingkatan yang lebih makro. mulai melihat 10 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Bahkan keluarga Endang tidak keberatan untuk sementara menampung karyasiswa sebelum karyasiswa mendapatkan tempat tinggal. yang lebih senior. dan yang penting belajar memelihara dan menumbuhkan yeast ini dalam berbagai jenis medium mulai dari media gypsum hingga berbagai jenis media agar untuk melihat karakteristik yeast ini mulai dari sporulasi sampai dengan sifat-sifat fisiologisnya. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. Saya harus nginap di rumah mereka. akhirnya saya memutuskan untuk menggunakan kapang tempe alias Rhizopus oligosporus. Dengan dana UNESCO ini. Bapak dibimbing oleh Prof. yang menjadi kenangkenangan sampai sekarang. pembimbingan dialihkan ke DR. Endang sering menjemput karyasiswa yang baru datang ke Australia dan membantu memfasilitasi agar masa transisi karyasiswa baru berjalan dengan mulus. saya harus banyak bertanya. Di Australia saya belajar tentang systematic bacteriology bersama Prof. Beliau menulis buku tentang microbial physiology dan kemudian menjadi buku pegagang di seluruh dunia. Di Biotek saya macam-macam juga.Brotonegoro (alm) dan diberitugas meneliti tentang masalah kompos. Saya juga meneliti masalah biogas. pasti teman-teman itu tidak membolehkan saya menginap di hotel. Saya juga diminta untuk melihat GC ratio. Queensland University. Kepala Balai Teknologi Proses. Saya pernah dikirim ke Philippina untuk belajar budidaya jamur merang melalui program UNESCO dibawah bimbingan Prof. walaupun tidak sempat dilisensi orang. saya belajar bagaimana membuat jamur tropis (edible tropical mushrom). Saya sangat bersykur sekalipun Prof. sering diantar ke manapun saya perlu dengan gratis. Itu merupakan metamorfose secara perlahan-lahan. Itulah hikmah silaturahmi yang saya rasakan yang dulu tidak pernah saya bayangkan”. Endang membantu mereka mencari tempat tinggal. Skerman akhirnya pensiun. Apa yang Bapak dalami di Australia? Saya berangkat ke Australia tahun 1982 dengan dana beasiswa dari program Colombo Plan Australia. Bagaimana Bapak bisa tertarik dan sampai menjadi narasumber Biodiversity di LIPI? Saya juga nggak tau ya. Satu yang saya berhasil mengenali yeast pada tahap pertama kali adalah Trigometris karena sporanya berbentuk segitiga. “Jika saya jalan dari misalnya Bogor ke Bali. Di Australia. Setelah itu saya pergi ke Australia. Endang pernah menjadi Sekjen di (Himpunan Pengajar dan Peneliti Indonesia di Australia) cabang Brisbane. Saya pernah menjadi Kepada Balai Biak Sel dan Jaringan. Itu semua pada waktu itu merupakan ilmu yang sangat modern karena tidak pernah ditemukan di Indonesia baik di bangku kuliah maupun selama bekerja di LIPI. itu berat sekali. Horst Doelle mikrobiolog handal asal Jerman ahli dalam bidang microbial physiology. Saya harus banyak pergi ke perpustakaan. Tulisan tersebut berjudul “Emas Hijau sebagai Alternatif untuk Keluar dari Krisis Multidimensi”. saya harus bisa mengembangkan dan merumuskan kebijakan dalam bidang ilmu pengetahuan hayati termasuk biodiversity. Philippina.

small peptide. Saya ingin apa yang dihasilkan peneliti setelah ada publikasi. sebagian dari padi. pembagian keuntungan. Mudah-mudahan semua pihak (peneliti) termasuk pembaca Biotrend menyadari bahwa kalau publikasi saja belum cukup. Pelajari CBD agar kita tidak salah langkah dalam mengembangkan kerjasama. kedelai. We are within the biodiversity. dan hanya diberi akses pada tempat-tempat yang bisa diakses oleh LIPI misalnya kebunkebun raya atau komplek Science Center Cibinong. Saya juga heran. Untuk membangun kompetensi ini tidak ada jalan kecuali link dengan international scientific community. dan fungi) yang kemudian dikenalkan sebagai mikroba endofit. industri nata de coco yant besar seperti Kara. nilai sosial dan nilai lingkungan yang tinggi. Sekarang tidak konek antara science dan kebijakan. dll. Begitulah fungsi pohon yang kalau ditebang memberikan dampak yang besar terhadap water storage. dan lain-lain termasuk beraneka jenis bahan kimia yang diperlukan sebagai bahan baku pembuatan obat). Insyaallah hal ini akan segera berubah. Hutan juga berfungsi untuk konservasi air. Karenanya saya pikir akan banyak manfaat yang bisa kita dapatkan dan manfaat ini akan berlipat bila kita mampu melakukan kerja sama dengan pihak lain agar terjadi transfer technologi.nilai biodiversity yang lebih besar ketika memahami bahwa di dalam jaringan pembuluh tumbuhan ditemukan begitu banyak mikroorganisma (bakteria. LIPI telah berhasil meyakinkan Presiden RI (waktu itu Megawati) akan pentingnya kawasan konservasi ex situ dengan membuat Kebun Raya di seluruh propinsi. Ribuan mikroba dari kelompok fungi dan aktinomisetes berhasil dikumpulkan dan dipelajari. fiber. Apa yang telah dilakukan LIPI sejauh ini? Di satuan kerja saya di LIPI termasuk Puslit Bioteknologi. Penanaman dengan jenis-jenis yang mempunyai nilai ekonomi. why not. Mulai sekarang kita galakan program penanaman. Padahal kita juga tahu bahwa hutan (disamping phytoplankton yang ada di laut) bekerja untuk mengkonversikan CO2. but we do not know what is the real value of biodiveristy for the prosperity of this country. dipelajari dan dimanfaatkan. digunakan dan dijadikan sahabat. di-rewrite menjadi bahasa publik. Sebetulnya ini adalah pekerjaan besar yang menuntut peranan semua pihak. Harapan kita. minyak. Indonesia. Masih banyak hal-hal yang kita nggak punya ilmu pengetahuan tentang itu. Kita hanya tahu jagung. Dengan cara menterjemahkan bahasa ilmiah ke dalam bahasa yang lebih mudah dikenal oleh masyarakat umum menjadi sangat strategis. durian. Scientific intergrity harus ditautkan dengan social responsibility BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 11 . cikal bakal antibiotik baru. Kita sangat beruntung. Makanya saya berharap Biotrend terus maju dan berperan di sini. protein. punya cahaya matahari yang berlimpah. di kulit kodok ada kelenjar yang menghasilkan magainin. berbagai jenis tumbuhan penting daerah bisa segera diselamatkan. tepatnya dengan National Institute of Technology and Evaluation (NITE) didedikasikan untuk mempelajari taksonomi mikroba asli Indonesia. Pertelaan ilmiah tentang tumbuhan di kawasan Asia Tenggara yang dituangkan dalam buku PROSEA (Plant Resources in South East Asia) yang dikembangkan oleh Yayasan PROSEA dapat dijadikan modal untuk kegiatan di atas. Dan kehidupan bangsa kita dan bangsa-bangsa di dunia hanya tergantung pada puluhan saja biodiversity yang ada. Jika saja kebijakan pemerintah berpihak pada pentingnya penelitian dan pengungkapan khazanah biodibersity milik bangsa ini dan mampu mengubahnya menjadi dollar. Apa batasan dalam kerja sama dengan NITE ini? Kita batasi pada taksonomi mikroorganisme. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. Untuk itu kita harus bekerja keras. bahwa setiap pohon minimal 70% isinya air. Miroba endofitik ini ternyata juga mempunyai nilai tinggi karena mempunyai peluang membuka berbagai industri besar termasuk industri farmasi. Saat ini sungguh kita sebagai bangsa tidak mengerti apa-apa tentang biodiversity. Salah satu negara yang betul-betul memahami tentang keadaan Indonesia itu adalah Jepang. Tapi begitu masuk ke Puslit Biotek. Kita harus ingat. Kedepannya diharapkan kita bisa mempunyai koleksi kultur mikroba yang bisa disandingkan dengan microbial culture collection seperti JCC di Jepang atau ATCC di Amerika. Dan tidak mengherankan jika LIPI mendukung perubahan kawasan Muller menjadi World Natural Heritage demi keselamatan pulau ini dari proses kehancurannya. mereka menggunakan mikroba koleksi kita. Banyak lagi contoh yang lainnya yang membuktikan adanya berbagai potensi dari biodiversity. Saya juga confidence karena Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Saya sangat berharap agar koleksi tumbuhan (Herbarium dan Kebun Raya) serta koleksi fauna (Museum Woologicum Bogoriense) dapat diikuti oleh LIPI Microbial Culture Collection (LIPI-CC) yang diakui dan memenuhi Treaty Budapest. sungguh bangsa ini tidak dilahirkan untuk menjadi bangsa yang miskin. punya tanah yang subur. Sehingga keputusan di meja DPR harusnya dipengaruhi oleh ilmu pengetahuan. Kerjasama kita dengan Jepang. Sebelumnya dengan berbagai program lainnya kita telah berhasil mengumpulkan banyak jenis mikroba yang lainnya termasuk dari kelompok bakteri asam laktat dan asam asetat. sosial maupun lingkungan. Data yang terakhir kita ketahui adalah banyaknya ditemukan jenis bahkan genus baru yang juga telah diakui dunia. Ingat. Kalau di Sulawesi ditanami dengan Eboni misalnya. Hutan juga memberikan kontribusi untuk mensuplai oksigen dan membantu mempertahankan bumi dari pemanasan global. air dan mineral dengan bantuan sinar matahari menjadi biomass (karbohidrat. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. dll. Saya melihat ini yang jauh lebih strategis. Sebenarnya apa peranan LIPI dalam hal ini? Fungsi (kedeputian) kita memberikan saran kebijakan kepada pemerintah supaya hal itu benar-benar dilaksanakan. Itupun dipersempit pada actinomycetes dan fungi. Selain itu. mengapa hutan terus menjadi bulan-bulanan. sebagian dari pisang. Bagaimana solusinya menurut Bapak? Kita masih punya secercah harapan. kegiatan harus melibatkan masyarakat termasuk petani sehingga tumbuhan itu dipakai. sehingga mempunyai dampak sosial yang betul-betul dirasakan. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. dana penelitian. tapi provokasinya harus dari LIPI. ada program yang namanya tematik. di Jawa dengan buah-buahan seperti manggis. saya sedih melihat sumber plasmanutfah buahbuahan yang kita sudah miliki belum terurus dengan baik dan belum dijadikan modal melainkan beban. Untuk itu. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasabahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. Kalau kita punya laut yang luas. Tidaklah berlebihan jika LIPI mengatakan bahwa pegunungan Muller di Kalimantan adalah menara air pulau besar itu. sehingga bisa memberikan dampat ekonomi. Makanya obsesi saya bisa nggak di seluruh bantaran sungai yang ada di Indonesia ditanaman dengan tumbuhan kharismatik. kita telah meratifikasi CBD (Convension Biological Diversity) dengan UU No 5 tahun 1994. yeast. Buktikan kepada masyarakat dunia bahwa plant resources di kawasan ini mempunyai manfaat yang besar baik untuk pembangunan ekonomi. Dia itu sebenarnya didedikasikan untuk pembangunan kompetensi. lingkungan dan sosial. Artinya kita harus yakin betul bahwa seluruh biodiversity yang ada di negeri ini adalah milik ekslusif bangas Indonesia. industri pertanian dan lingkungan. Kita kehilangan banyak biodiversity.

Dengan prosedur yang sama kita juga bisa meminjamkan ke pihak luar. Endang telah mengikuti banyak organisasi. Saya yakin ada metobolit-metabolit baru dari situ. dananya hampir seluruhnya dari Jepang (NITE). Saya juga sangat berharap bila semua pengetahuan yang telah kita serap dari kerjasama dengan NITE ini hendaknya dapat dipakai untuk melakukan kegiatan sendiri melakukan eksplorasi dan pengungkapan potensi mikroba Indonesia di luar kerangka kerjasama LIP-NITE. Saya berharap tim ini terus berkembang dan mampu mengumpulkan isolat dari seluruh Indonesia. baik organisasi ilmiah maupun profesi. Dalam bayangan saya Ibu Yantiyati dengan timnya bisa mengumpulkan puluhan kali lipat dari jumlah yang dikumpulkan oleh kerjasama ini. Dengan cara ini koleksi kita menjadi lebih besar melebihi koleksi NITE. Indonesian Foundation for the Advancement of Biological Sciences. harus ada material transfer agreement yang salah satu isinya pengakuan bahwa isolat tersebut asalnya Indonesia. Dari contoh kemarin. memeliharanya dan mempromosikannya untuk kepentingan nasional. Sesuai dengan hobinya. akses ke koleksi yang kita kumpulkan sendiri akan memperkuat posisi tawar bangsa.kita punya orang yang kompeten seperti Dr. Hasil kerjasama LIPI NITE ini sangat bagus. Sekarang LIPI-NITE sedang meminjamkan koleksinya ke industri farmasi di Jepang dengan harga 1000 yen/isolat/tahun. tapi itu tidak terjadi karena ketidakmampuan kita menulis proposal. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. Aturan mainnya harus jelas. Perhimpunan Bioteknologi Pertanian Indonesia. Dengan keseriusan tim ini telah berhasil mengumpulkan ribuan kultur. Ibu Yantiyati adalah wakil dari Indonesia. harganya akan bisa berubah. Plant Resources in South East Asia (PROSEA) Foundation. bahwa perwakilan NITE hanya datang sekali atau dua kali dalam setahun ke Indonesia dan menetap di Indonesia selama 2 minggu. Aturan mainnya sudah ada. Ayah dari dua anak ini juga menjadi chairman pada Man and the Biosphere (MAB) Program dari UNESCO di Indonesia dan juga anggota Governing Board dari Global Biodiversity Information Facilities. maka kali ini kepemilikannya adalah joint ownership (LIPI dan NITE). Perhimpunan Biologi Indonesia. peminjaman didasarkan pada kesepakatan di joint project committee mengacu pada Material Transfer Agreement yang dibuat oleh Joint Steering Committee. UNTUK PEMASANGAN IKLAN HUBUNGI SEKRETARIAT BIOTRENDS 12 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Apa kunci kerja sama dengan luar negri untuk menyelamatkan biodiversity Indonesia? Yang penting adalah bahwa kita harus hati-hati. Bu Yanti harus kokoh dan berjuang agar Indonesia mendapatkan manfaat yang sebesar-besarnya. Melalui organisasi ini Endang selalu aktif berperan untuk memanfaatkan dan meyelamatkan biodiversity. Ini paket CBD sebetulnya. Siapapun yang mempromosikan. 30% diantaranya new species. yang merupakan rekomendasi SABSSTA pada CBD. Makanya saya pesan pada teman-teman di sini. mereka bersama tim dari Indonesia mengumpulkan puluhan sampel saja tiap tahunnya. Yantiyati dan Dr. cobalah digalang kursus-kursus penulisan proposal. Tapi Jepang lebih pintar karena proyek NITE itu sebenarnya juga ditautkan pada program CBD yaitu GTI (Global Taxonomi Initiative). Tapi dari perjanjian itu kalau ada hit dan dia tertarik terhadap beberapa isolat. Puspita Lisdiyanti (dua peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). Perlu diingat. dari 500 isolate actinomicetes yang diisolasi tahun 2003 dari Kebun Raya Cibodas dan dari Bali. Plant Resources in Tropical Africa (PROTA) Foundation. Suprisingly. Makanya ketika mau melimpahkan duplikat isolat ke Jepang. Sudah barang tentu. Tapi karena Sekarang tidak relevan antara science dan kebijakan. terutama biodiversity Indonesia. Diantaranya Perhimpunan Mikrobiologi Indoneisa (PERMI). Isolat ini langsung dipinjam oleh Chugai dan Kyowa Hakko Pharma selama 1 tahun. Bagaimana aturan peminjaman itu Pak? Dalam kaitan kerjasama NITE-LIPI. Harusnya Indonesia sendiri yang mendapatkan dana juga dari program GTI ini. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasa-bahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. hasilnya tetap dibagi dua (50% NITE dan 50% LIPI). Tentu dalam hal ini kita sekarang sedang belajar. Yang menjadi penting bagi kita adalah segera mempelajari isolatisolat itu untuk kepentingan bangsa Indonesia dengan mengarus utamakan penelitian bioprospekting dan pengungkapan potensi mikroba hasil koleksi ini. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. dan sepertinya akan diperpanjang 1 tahun lagi.

bahan alam sering mempunyai kandungan karbon. Bahan alam sangat kompleks sifatnya. Apa sebenarnya bahan aktif tersebut? Umumnya bahan aktif itu merupakan metabolit sekunder yang dihasilkan mikroba maupun tanaman. Banyak pihak mulai lelah untuk mengejar sumbersumber senyawa bioaktif tradisional seperti tumbuhan dan mikroba terutama mikroba yang dikoleksi dari bermacam-macam sampel tanah. sumber bahan aktif dari bahan biologis sering sulit didapatkan secara berkesinambungan. dengan sumber berbagai spesies baru yang belum dideskripsikan. Tampak jelas bahwa mikroba endofit merupakan sumber keanekaragaman genetik yang kaya dan dapat diandalkan. Sejauh ini. dalam mendahului jenis mikroba untuk pemurnian senyawa baru perlu mendahului jenis mikroba yang baru. bahan alam umumnya memiliki arsitektur/ susunan yang relatif lebih kompleks dari molekul sintetik. Dengan demikian pencarian senyawa metabolit sekunder baru seringkali difokuskan pada organisme-organisme yang hidup di biotop yang sifatnya unik. sebut saja antibiotika seperti penicillin dan chloramphenicol dan obat lainnya seperti aspirin dan taxol? Jawabannya sederhana. dan dihasilkan sebagai bentuk adaptasi organisme terhadap lingkungannya. Pemanfaatan mikroba endofit sebagai sumber molekul acuan baru perlu didasari pada pemilihan jenis tumbuhan inang yang tepat. pertanian. Karena itu keanekaragaman biotop endofit sangatlah tinggi. Oleh karena itu. Pertama. sehingga membuat optimasi penggunaannya sebagai terapetika melalui modifikasi kimia menjadi sangat kompleks. menyaksikan memuncaknya minat industri farmasetika dan bioteknologi untuk memanfaatkan produk hasil alam dalam pengembangan obat baru (natural product drug discovery). masih ada banyak kesempatan untuk menemukan berbagai jenis. Kedua. Mengapa hal itu terjadi padahal berbagai obat telah ditemukan dari sumber tersebut. Mikroba endofit Mikroba endofit pertama kali dilaporkan oleh Darnel dkk. Akhirnya. Mikroba endofit yang umum ditemukan adalah berupa bakteri dan kapang namun kapang lebih sering diisolasikan. pada tahun 1904. Karena tumbuh dalam jaringan tanaman. Meskipun sifat mikroba endofit yang tidak berdampak negatif pada jaringan tumbuhan menunjukkan kemungkinan adanya hubungan simbiosis mutualisme antara mikroba endofit dan inangnya. taksa endofit baru. seperti ricketsia. hidrogen dan oksigen yang relatif lebih tinggi dan kandungan nitrogen yang relatif lebih rendah dari molekul terapetik sintetik. fisiologi tumbuhan tinggi -termasuk yang berasal dari spesies yang sama. definisi mikroba endofit telah disepakati sebagai “mikroba yang hidup di dalam jaringan internal tumbuhan hidup tanpa menyebabkan efek negatif langsung yang nyata” seperti yang dikemukakan oleh Stone dkk.MIKROBA ENDOFIT: SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI Penulis: Anggia Prasetyoputri dan Ines Atmosukarto* E ra tahun 80-an. namun dengan menilik biodiversitasnya. Bahkan. Pilihan tersebut akan mempengaruhi keunikan dan aktivitas biologis produk yang dihasilkan dari mikroba endofitik. ternyata ada pula yang berupa saprofit agresif atau mikroba patogen oportunis. Sejak itu. pengalaman menunjukkan bahwa jenis mikroba baru sangat erat kaitannya dengan produk alam baru. Beberapa pihak bahkan berspekulasi bahwa masih dimungkinkan adanya beberapa jenis mikroba endofit lain. Schultz mengatakan bahwa beberapa metabolit yang dihasilkan mikroba tampaknya merupakan ciri khas dari biotop tempat mikroba itu berada. karena alam sesungguhnya memberi kita pelajaran tentang keanekaragaman struktur molekul termasuk molekul berukuran kecil. molekul aktif bahan alam umumnya mempunyai berat molekul di atas 500 Dalton dengan polaritas yang tinggi. Berdasarkan pertimbangan tersebut endofit dapat menjadi sumber berbagai metabolit sekunder baru yang berpotensi untuk dikembangkan dalam bidang medis. Ketiga. Dreyfuss dan Chappela memperkirakan bahwa jumlah kapang yang hidup sebagai mikroba endofit saja berjumlah setidaknya satu juta jenis. Lebih lanjut. maka biotop tempat hidup mikroba sangat unik sifatnya.akan beda di lingkungan yang berbeda. Karena itu. dan/atau industri. Walau demikian. dan archaebacteria. sang peneliti harus mempelajari dan memilih sumber organisme dengan cermat sebelum melakukan penelitian. Bahan aktif dan molekul terapetik yang bersumber pada bahan alam memiliki berbagai karakteristik. Oleh karena itu. fakta menunjukkan bahwa bahan alam menjadi sumber inspirasi bagi para ahli kimia. Beberapa contoh molekul bahan alam yang menggambarkan kompleksitas struktur bahan alam BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 13 . Metabolit sekunder didefinisikan sebagai senyawa dengan berat molekul rendah yang tidak diperlukan untuk pertumbuhan. Tren ini kemudian menurun perlahan seiring berkembangnya berbagai cabang ilmu pengetahuan biomedik dan bioinformatik termasuk juga ilmu kimia kombinatorial. di mana tanaman yang satu tentunya berbeda dengan tanaman lainnya. tumbuhan yang telah diteliti mikroflora endofitnya masih sedikit.

Rhyncholacis penicillata. berbagai jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas juga dianggap sebagai sumber potensial mikroba endofit dan senyawa-senyawa baru. Beberapa hipotesis mendasari strategi pemilihan tumbuhan. atau hidup di daratan kuno. Australia. tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani yang terkait dengan beberapa penggunaan atau aplikasi spesifik perlu dipilih untuk diteliti. Tumbuhan merambat tersebut dipanen. oocydin A akan dikembangkan dalam bidang pertanian untuk mengendalikan kapangkapang oomycetes yang bersifat pathogen seperti pythium dan phytophthora. dari tumbuhan R. Ada dasar pemikiran tertentu yang digunakan dalam pemilihan jenis tumbuhan yang akan menjadi sumber isolasi mikroba endofit dan pencarian produk alam baru. Akhirnya. tumbuhan yang hidup di daerahdaerah yang memiliki keanekaragaman tinggi juga berpotensi untuk memiliki mikroba endofit dengan keanekaragaman yang tinggi pula. yaitu Kennedia nigriscans . tumbuhan yang bersifat endemik. dipilih untuk diteliti karena getahnya dimanfaatkan sebagai obat hutan tradisional selama berabad-abad. populasi tumbuhan tersebut tampak sehat. yang menghasilkan senyawa antioomycetes baru dengan ciriciri serupa dengan chlorinated macrocyclic lactone. Itu merupakan petunjuk biologi lingkungan yang digunakan untuk memilih tumbuhan tersebut sebagai obyek penelitian mikroba endofit yang komprehensif. dikoleksi oleh Dr Strobel dari Montana State University dari sebuah sungai di barat daya Venezuela di mana tumbuhan tersebut hidup dalam lingkungan yang keras. terhempas oleh air. kemungkinan terlindungi oleh senyawa yang dihasilkan mikroba endofit yang hidup di dalamnya.Dasar pemikiran dalam pemilihan jenis tumbuhan Oleh karena begitu banyaknya jenis tumbuhan di dunia. yaitu oocydin A. memiliki masa hidup yang lain dari umumnya. dan kerikil. ada kemungkinan bahwa sebenarnya kemampuan untuk menyembuhkan yang dimiliki oleh jenis dibandingkan dengan jenis tumbuhan lain. Hasil fermentasi mikroba endofit (foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) 14 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Kemungkinan besar produksi oocydin A oleh S. salah satu pelopor penelitian endofit dalam kunjungannya ke hutan di daerah Tesso Nilo (Foto koleksi pribadi. Akan tetapi. Terakhir. Jenis-jenis tumbuhan tersebut dipilih baik dengan cara mengadakan kontak langsung dengan masyarakat setempat atau melalui literatur lokal. Seperti tumbuhan yang hidup di lingkungan yang unik. Ketiga. penicillata tersebut diisolasi satu galur mikroba Serratia marcescens . Pada akhirnya. daerah tersebut dipilih sebagai lokasi pengambilan sampel tumbuhan karena merupakan rumah dari sebuah peradaban tua dunia – suku Aborigin Australia. tumbuhan yang berasal dari lingkungan yang unik. Kedua. melainkan disebabkan oleh mikroba endofit yang hidup dalam jaringan tumbuhan tersebut. juga merupakan kandidat yang menjanjikan karena kegunaan tumbuhan tersebut dalam bidang medis lebih terkait dengan populasi mikroba endofitnya dibandingkan dengan karakteristik biokimia tumbuhan itu sendiri. seperti telah disebutkan sebelumnya. Misalnya sejenis tumbuhan merambat yang ditemukan kelompok Montana State University di Northern Territory. bebatuan. Malahan. maka kita harus menggunakan pendekatan yang kreatif dan imajinatif agar dapat mempermudah pencarian mikroba endofit yang menunjukkan aktivitas biologis. Saat ini. perlu dipertimbangkan untuk dipelajari mikroflora endofitnya. dan dipanaskan dalam bentuk larutan oleh masyarakat Aborigin setempat di daerah barat daya Arnhemland untuk merawat luka-luka dan Isolasi endofit dari tanaman buah merah (Foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) tumbuhan tertentu sama sekali tidak terkait dengan produk alami tumbuhan tersebut. dihancurkan. Hal tersebut menyebabkan tumbuhan tersebut rentan terhadap serangan oomycetes yang bersifat pathogen. Ines Atmosukarto) Tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani. sejenis tumbuhan air. Pertama. juga mungkin memiliki mikroba endofit yang menghasilkan produk beraktifitas biologis tinggi tersebut sebagai inangnya. marcescens terkait langsung dengan hubungan mikroba endofit dengan tumbuhan Prof Strobel. terutama jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas dan cara pertahanan hidup yang lain dari biasanya. Misalnya.

Mereka tidak hanya menemukan bahwa mikroba endofit tropis menghasilkan lebih banyak produk alami yang aktif. apabila mikroba endofit dapat menghasilkan senyawa-senyawa bioaktif yang langka dan penting seperti tumbuhan inangnya. Ines Atmosukarto) Mikroba endofit dan keanekaragaman hayati Dari semua ekosistem yang ada di bumi. tidak banyak informasi yang tersedia mengenai karakteristik biokimia dan fisiologi dari interaksi mikroba endofit dengan tumbuhan inangnya. Oleh karena itu. diharapkan pula terdapat banyak mikroba endofit tertentu yang turut berevolusi dengan tumbuhan endemik yang ada. Hubungan antara mikroba emdofit dan inangnya hanya dapat diasumsikan sebagai kebetulan semata. Hal ini disebabkan inovasi kimiawi yang terusmenerus terjadi agar organisme dapat terus hidup dalam ekosistem dengan tingkat seleksi alam tinggi. telah diisolasi kelompok Dr Strobel dari tumbuhan Taxus brevifolia dan dikarakterisasi. tidak ada seorangpun yang dapat secara pasti mengatakan bahwa mikroba endofit bersifat spesifik dengan inangnya atau merupakan bagian sistemik dari tumbuhan. andreanae dapat menghasilkan taxol. menggambarkan suatu perbedaan di tingkat metabolisme antara mikroba endofit dari daerah tropis dan daerah beriklim sedang. satu galur kapang baru penghasil taxol. tidak ada yang yakin akan peranan mikroba endofit di alam dan hubungannya dengan tumbuhan inang mereka.D adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . seperti yang ditemukan oleh masyarakat setempat. kemungkinan besar difasilitasi oleh senyawa-senyawa yang dihasilkan oleh satu atau lebih mikroba endofit yang hidup di jaringan tumbuhan. Sayangnya. selain dari produk tumbuhan itu sendiri. Keanekaragaman hayati Indonesia merupakan sumber mikroba endofit yang belum terkaji dengan optimal pemanfaatannya (Foto koleksi pribadi. Daerah ini menutupi BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 15 . Tan dan Zou yakin bahwa alasan mengapa sebagian mikroba endofit menghasilkan beberapa senyawa fitokimia tertentu yang tadinya dihasilkan oleh tumbuhan inangnya mungkin terkait dengan adanya rekombinasi genetik oleh mikroba endofit dengan inangnya sepanjang waktu evolusinya. Tentunya dengan adanya jumlah tumbuhan endemik yang tinggi. Ph. tumbuhan tersebut mengandung satu jenis mikroba endofit baru. yang menghasilkan antibiotika peptida baru dengan spektrum luas yang dinamakan munumbicin. Selain itu. dengan cara menghitung data statistik dan membandingkan jumlah produk alami beraktivitas biologis yang diisolasi dari tumbuhan daerah tropis dan tumbuhan yang hidup di daerah beriklim sedang. Cibinong. namun mereka juga menemukan bahwa sangat banyak mikroba endofit tropis yang menghasilkan jauh lebih banyak metabolit sekunder aktif dibandingkan dengan kapangkapang tropis yang bukan endofit. Seringkali. *Anggia Prasetyo Putri. Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. dan tekanan seleksi alam yang sangat tinggi. maka kebutuhan untuk menumbuhkan tumbuhan yang masa hidupnya panjang dan mungkin termasuk langka akan berkurang dan keanekaragaman hayati dunia juga terlindungi. ada 20-25 daerah yang dianggap sebagai penyokong keanekaragaman hayati di bumi dan masing-masing dari daerah tersebut memiliki jumlah tumbuhan endemik yang sangat tinggi. tersedianya lebih banyak informasi mengenai latar belakang jenis tumbuhan tertentu dan karakteristik biologis mikroorganisme yang hidup di dalamnya akan sangat membantu dalam mengarahkan pencarian berbagai produk yang memiliki aktivitas biologis. dan hanya satu dari semua endofit tersebut yang akan menghasilkan senyawa dengan aktivitas biologis dalam kultur. Tampaknya ada banyak faktor yang berubah dalam tumbuhan inang terkait dengan perubahan musim. banyak mikroba endofit dari spesies yang sama diisolasi dari jenis tumbuhan yang sama. infeksi. Dengan menyadari karakteristik ekologi dari endofit dan juga mengenai peranannya di alam akan memberikan banyak petunjuk dalam menentukan mikroba endofit tertentu sebagai target dengan potensi terbesar untuk bioprospecting. Selain itu. Berbagai ekstrak hasil mikroba endofit koleksi PT Indo Bio Pertiwi. Taxomyces andreanae. yang ditemukan di tiap jenis pohon yew (Taxus spp.44% dari total luas permukaan daratan. Xylaria ). Selain itu. dapat juga mempengaruhi karakteristik biologi mikroba endofit. Bills dkk. Masih belum diketahui dengan pasti hubungan antara apa yang dihasilkan mikroba endofit dalam kultur dan di alam. suatu senyawa diterpenoid yang merupakan agen anti kanker terkenal. yaitu Streptomyces NRRL 30562.LIPI. Data tersebut menunjukkan pentingnya peranan tumbuhan inang dalam mempengaruhi metabolisme umum mikroba endofit. sehingga pada akhirnya menghasilkan produk dengan harga lebih murah. Dapat diasumsikan bahwa proses penyembuhan yang terjadi. Sementara beberapa jenis kapang endofit dapat ditemukan di manamana (misalnya Fusarium. Oleh karena itu. S. Memang tampak jelas bahwa produksi senyawa bioaktif tertentu oleh mikroba endofit secara in situ mungkin memfasilitasi dominansinya dalam jaringan tumbuhan atau bahkan melindingi tumbuhan tersebut dari serangan patogen. hutan hujan tropis dianggap sebagai sumber berbagai struktur molekul baru dan senyawa-senyawa baru yang memiliki aktivitas biologis. dan lokasi. tetapi menampung lebih dari 60% keanekaragaman hayati di darat. perlu dicatat bahwa beberapa jenis tumbuhan yang menghasilkan produk alami dengan aktivitas biologis mengandung mikroba endofit yang menghasilkan produk alami yang sama. Ternyata. Hutan hujan tropis dan hutan di daerah beriklim sedang merupakan dua ekosistem darat yang paling tinggi keanekaragaman hayatinya di bumi. Semua interaksi tersebut mungkin dimediasi secara kimiawi di alam untuk beberapa tujuan tertentu.Endofit sekitar 1. penggunaan mikroba sebagai sumber suatu produk akan memudahkan proses dan mengurangi biaya produksi. Hutan hujan tropis merupakan contoh yang baik. Cibinong. Memang saat ini dibutuhkan penelitian lebih lanjut di tingkat molekular untuk mempelajari interaksi dan ekologi mikroba endofit. Tidak banyak yang menyadari bahwa sesungguhnya keanekaragaman hayati sangat erat kaitannya dengan keanekaragaman kimiawi. Oleh karena itu. ekosistem tersebut makin lama makin terancam hancur oleh berbagai kegiatan manusia. Pada saat ini.Si dan Ines Atmosukarto. Pestalotiopsis. Konsep tersebut dulu diusulkan sebagai mekanisme untuk menjelaskan mengapa T . Selain itu. dan faktor-faktor lain seperti masa hidup.). keterbatasan jumlah sumberdaya. Hal itulah yang terjadi dengan taxol. karena di ekosistem itulah terdapat kompetisi yang ketat. Pada tahun 1993. ekosistem yang memiliki keanekaragaman tertinggi tampaknya merupakan ekosistem yang keanekaragaman mikroba endofitnya paling tinggi jenis dan jumlahnya. Semua aspek biologi dan keterkaitan mikroba endofit dengan inangnya masingmasing sangatlah menarik untuk diteliti. lingkungan.

terutama bakteri dan archaebakteri dari berbagai lingkungan. Saat ini metode tersebut telah diadaptasikan untuk menganalisis keanekaragaman hayati mikroba. Metode ini memungkinkan perolehan DNA dalam jumlah yang tinggi. Beberapa protokol untuk mengisolasi DNA dari sampel tanah telah dikembangkan. seperti pada sub-unit kecil dari RNA ribosomal (ribosomal RNA). pada kondisi aerobik. Fragmen DNA dengan ukuran sebesar itu terutama disiapkan untuk kloning ke dalam vektor cosmid 16 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Pada metode pertama mikroba diurai selnya (cell lysis ) ketika masih bersama sampel tanah (in situ). Beberapa dari mikroorganisme tersebut dapat menyebabkan kita sakit. Namun efisiensi dalam ekstrasi tersebut diringi pula oleh ukuran fragmen DNA yang cenderung kecil (1 kb sampai 50 kb) yang disebabkan oleh pemangkasan mekanis. di dalam usus kita.Metagenomik Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru Penulis: Wien Kusharyoto* S elama lebih dari tiga setengah milyar tahun evolusi telah menciptakan keanekaragaman mikroorganisme yang luar biasa. Jumlah ini ditentukan berdasarkan perbandingan dari jumlah mikroba yang dapat tumbuh pada medium agar dengan jumlah mikroba dari suatu sampel lingkungan yang dapat dihitung di bawah mikroskop. Adalah konsep umum yang salah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dari lingkungan sebagai kultur tunggal murni merupakan spesies-spesies yang dominan baik dari jumlahnya ataupun fungsinya di lingkungan tersebut. Keberhasilan dalam pendekatan metagenomik sangat bergantung pada kemurnian dari DNA yang diekstraksi langsung dari sampel lingkungan. serta mengurangi tekanan mekanis terhadap DNA genom yang terlepas dari sel. serta kecilnya kemungkinan akan adanya bias oleh ekstraksi karena kegagalan dalam mengekstraksi DNA dari mikroba dengan dinding sel yang keras. Sebaliknya. Isolasi DNA dengan metode ini biasanya melibatkan pula proses pemecahan sel secara mekanis. di air. yang lainnya membantu kita dalam proses pencernaan atau dapat memproduksi antibiotika serta enzim-enzim yang bermanfaat. Pada metode kedua mikroba dipisahkan terlebih dahulu dari sampel tanah sebelum dilakukan penguraian sel (ex situ). Istilah tersebut berasal dari konsep statistik dari meta-analisis (proses yang secara statistik mengkombinasikan metode-metode analisis yang terpisah) serta dari genomik (analisis menyeluruh dari materi genetika suatu organisme). Pembentukan pustaka metagenom Pendekatan metagenomik mencakup antara lain ekstrasi DNA genom secara langsung dari sampel lingkungan. di udara. Metagenomik dikembangkan berdasarkan perkembangan terkini dalam studi genom mikroorganisme. Keuntungannya adalah bahwa fragmen DNA yang diperoleh dapat berukuran besar (sampai 500 kb) serta berpotensi membawa keseluruhan kelompok gen (gene-cluster) dari suatu mikroorganisme. Metagenomik adalah analisis genom dari mikroorganisme tanpa bergantung pada pengulturan mikroorganisme tersebut. Jumlah mikroorganisme yang dengan mudah berhasil dikultur dengan menggunakan metode kultur standard diperkirakan lebih kecil dari 1% dari keseluruhan spesies mikroorganisme yang ada. Jumlah keseluruhan dari berbagai jenis bakteri di bumi diperkirakan mencapai lebih dari 10 juta. sehingga dengan demikian proses pengulturan dapat dihindari. metabolik dan genetik yang sangat tinggi. atau lebih dikenal dengan istilah “great-plate-count anomaly”. DNA dari sampel lingkungan tersebut kemudian disisipkan (diklon) ke dalam vektor yang sesuai untuk membentuk pustaka DNA (pustaka metagenom). Kenyataannya adalah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dengan menggunakan metode kultur standard jarang yang merupakan spesies yang dari segi jumlahnya dominan di komunitas tempat asal mereka diisolasi. serta pada suhu yang moderat. Kenyataan bahwa sebagian besar mikroorganisme dari lingkungan tidak dapat dikultur serta belum termanfaatkan telah merangsang pengembangan metagenomik. mereka memiliki keanekaragaman fisiologis. dan di samping itu. bahkan di sumber-sumber air panas. serta dalam amplifikasi dengan PCR (polymerase chain reaction) dan kloning dari gen-gen yang memiliki kesamaan sekuen. dan 18S rRNA pada eukaryota. misalnya pada saat PCR. Fragmen DNA dengan ukuran tersebut terutama sesuai untuk kloning ke dalam vektor plasmid atau vektor lambda yang membawa promotor yang kuat untuk memungkinkan ekspresi gen dari fragmen DNA yang diklonkan. Metode ini diperkenalkan pertama kali oleh Norman Pace dan koleganya untuk mengidentifikasi mikroba yang tidak dapat dikultur dan untuk memetakan hubungan kekerabatan di antara mereka. Mikroorganisme dapat hidup di manamana: di tanah. terutama bila DNA tersebut diambil dari sampel tanah. Dengan demikian sebagian besar dari mikroorganisme yang hidup di bumi masih belum dikenal atau bahkan dimanfaatkan. Keberadaan senyawa polifenol (yang terutama berasal dari degradasi lignin) yang ikut terekstraksi dari sampel tanah dapat mengganggu proses selanjutnya. Dalam hal ini sampel tanah disuspensikan langsung dengan larutan penyangga untuk penguraian (lysis buffer) dan dilanjutkan oleh perlakuan dengan detergen dan enzim. yaitu 16S rRNA pada prokaryota (bakteri dan archaebakteri). Cara ini dapat membatasi interferensi dari zat-zat penghambat dan komponen anorganik dengan prosedur penguraian sel dan ekstraksi DNA. Pada dasarnya mereka dapat dikategorikan menjadi dua metode standard. mereka dapat diisolasi karena kemampuan mereka untuk dapat tumbuh secara cepat sebagai koloni-koloni pada medium pertumbuhan yang biasanya disiapkan dengan kandungan nutrisi yang tinggi.

Gen-gen penyandi pustaka metagenom. ia juga tergantung pada ketersediaan dari metode pengujan (assay) terhadap aktivitas yang diinginkan. Hal tersebut berakibat pada rendahnya jumlah DNA yang diperoleh. Enzim-enzim lain yang diperoleh dari analisis yang berbasis pada aktivitas antara lain adalah amidase. antara lain gen-gen bergantung pada ekspresi dari gen yang penyandi amilase dan amidase. lipase. PKS adalah Indirubin dan Violacein. Vektor yang membawa fragmen DNA yang diperoleh melalui kedua cara tersebut kemudian ditransformasikan (dimasukkan) ke dalam sel inang. seperti misalnya bakteri Target Jenis Vektor Metode analisis/skrining Alkohol oxidoreduktase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas Streptomyces lividans. serta kemungkinan bahwa mikroorganisme dengan dinding sel yang keras terlewatkan pada proses penguraian sel. maupun informasi genetika dari komunitas mikroorganisme di lingkungan tertentu. serta mengurangi limbah produksi. Indirubin Antibiotika BAC Berbasis aktivitas Analisis yang Lipase/esterase Enzim BAC. yang mengandung gen dari RNA ribosomal melainkan juga dapat dimanfaatkan dalam atau gene-gen penanda lainnya dalam memperoleh pemahaman tentang habitat survei tentang hubungan kekerabatan dan peran ekologis dari mikroorganisme dari mikroorganisme di suatu lingkungan. baik yang berupa pustaka dengan sisipan DNA (insert) berukuran kecil (small insert libraries. Di samping itu. Analisis dari pustaka metagenom Pustaka metagenom yang diperoleh. chitinase. Karena merupakan suatu modul dari beberapa kelompok gen biosintetik yang menyandi enzim dengan domain berulang yang pembentukan senyawa bioaktif atau mengandung bagian-bagian (regions ) metabolit sekunder rata-rata berukuran yang berlainan. Beberapa enzim baru berhasil diperoleh dengan metode analisis tersebut.5 dan suhu di atas 105°C. Analisis yang berdasarkan pada aktivitas juga telah menghasilkan beberapa senyawa bioaktif baru dari pustaka metagenom. Kelemahan metode ini adalah kemungkinan hilangnya mikroorganisme karena kegagalan dalam proses pemisahan mereka dari sampel tanah. Salah satu contoh yang menarik adalah isolasi gen-gen yang menyandi poliketide antibiotika Turbomycin A dan B oleh synthase (PKS) dan peptide synthase Gillespie dan koleganya. beragam antibiotika baru. Plasmid Berbasis aktivitas berdasarkan pada sekuen mengandalkan Oxygenase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas pada sekuen-sekuen Poliketide synthase Enzim Cosmid Berbasis sekuen DNA yang sama pada Protease Enzim Cosmid. variasi dalam struktur kimia dari produkpemanfaatan pustaka metagenom dengan produk enzimatik yang dihasilkan. oxygenase dan protease. akan lebih Amidase Enzim Cosmid Berbasis sekuen mendorong Amilase Enzim BAC. Enzim tersebut digunakan dalam proses pencairan tepung (starch liquifaction) dan pemanfaatannya pada industri terkait dapat mengurangi biaya dan waktu produksi. sebuah perusahaan di San Diego. diklon di dalam sel-sel inang heterolog (yang berbeda dengan sel-sel yang Metagenomik tidak hanya digunakan merupakan sumber dari gen tersebut). Plasmid Berbasis aktivitas berbagai mikroorganisme yang Turbomycin A dan B Antibiotika BAC Berbasis aktivitas telah ada saat ini Violacein Antibiotika Cosmid Berbasis aktivitas untuk mendisain pelacak (probe) untuk hibridisasi atau primer untuk PCR dalam melakukan proses skrining dari gen-gen PKS baru. Salah bakteriplankton yang sebelumnya tidak satu contohnya adalah perolehan dari bisa dikultur dan yang kemudian BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 17 . Salah satu Gen-gen penyandi biokatalis maupun contoh yang mengesankan dari senyawa aktif baru yang berpotensi pemanfaatan metagenomik dalam kaitan dalam aplikasi industri dapat pula ini adalah penemuan proteorhodopsin dari ditemukan dengan pendekatan ini. seperti misalnya bakteri Escherichia coli yang selama ini paling sering digunakan. Jerman berhasil menemukan enzim esterase yang mampu mengubah menthylasetat menjadi menthol dengan selektivitas terhadap substrat dan enantioselektivitas yang lebih tinggi bila dibandingkan dengan enzim yang digunakan sebelumnya. Penggabungan dari pendekatan metagenomik berbasis aktivitas dan evolusi protein yang terarah (directed evolution) yang dilakukan oleh Diversa Corp. telah menghasilkan enzim á-amilase yang memiliki aktivitas yang tinggi pada pH di bawah 4. Di samping itu. Cosmid Berbasis sekuen/aktivitas pembentukan metabolit sekunder Chitinase Enzim Lambda Berbasis aktivitas baru. Keuntungan dari biokatalis juga ditemukan dengan analisis metode ini adalah bahwa ia tidak berbasis sekuen. kedokteran maupun pertanian. Sebuah perusahaan serupa B·R·A·I·N AG dari Zwingenberg. Identifikasi dari aktivitas yang diharapkan tergantung pada keberhasilan proses transkripsi dan translasi dari gen penyandi protein di dalam sel inang yang digunakan. sehingga hal pemanfaataan bakteri yang lebih sesuai itu merangsang minat untuk menemukan sebagai sel inang untuk ekspresi gengen penyandi Biokatalis (enzim) dan antibiotika yang diperoleh dengan metagenomik tersebut. dalam penelitian terapan untuk pencarian Analisis berdasarkan sekuen terutama terhadap biokatalis baru atau senyawa digunakan untuk memperoleh klon-klon aktif baru sebagai bahan obat-obatan.atau BAC (Bacterial Artificial Chromosome). insert berukuran besar atau LIL akan Penggabungan domain-domain PKS dari menguntungkan dalam penemuan obatberbagai sumber dapat menghasilkan obatan baru. Terdapat dua metode analisis yang selama ini digunakan: analisis yang berdasarkan pada aktivitas (activity-based analysis ) dan analisis berdasarkan pada sekuen (sequence-based analysis ).. SIL) dalam vektor plasmid atau lambda. yang dapat menciptakan besar (30 kb sampai 100 kb). LIL) dalam vektor cosmid atau BAC. Senyawa bioaktif yang berperan dalam sintesis beragam lainnya yang telah diperoleh antara lain antibiotika oleh mikroorganisme. Analisis yang berbasis pada aktivitas digunakan untuk memperoleh gen-gen atau kelompok gen baru yang menyandi biokatalis atau bahan aktif (antibiotika) yang memiliki potensi aplikasi yang besar bagi industri. kemudian dianalisis untuk memperoleh biokatalis atau antibiotika baru. California yang aktivitasnya berbasis pada metagenomik. maupun yang berupa pustaka dengan sisipan DNA berukuran besar (large insert libraries. di suatu lingkungan tertentu.

Wien Kusharyoto adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi .Menumbuhkan ketertarikan pada dunia penelitian . BioSS menawarkan wahana untuk menjembatani kegiatan sekolah dengan kegiatan di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI.pump).Memberikan kesempatan kepada siswa tingkat SMU untuk merasakan suasana penelitian Untuk keterangan lebih lanjut hubungi Sigit Purwantomo Tlp: (021) 875 8547 Fax: (021) 875 4588 *Dr. kedokteran atau pertanian.LIPI. namun tidak dapat dikultur dan diisolasi dengan metode konvensional. Hampir semua sistem monitoring yang selama ini digunakan di sektor kesehatan publik berdasarkan pada metode-metode konvensional. Pendekatan metagenomik dan kemajuan dalam teknologi DNA-chip akan membawa metode pendeteksian berbasis DNA ini satu langkah lebih maju dalam penaksiran tingkat aktivitas dan virulensi bakteri di lingkungan. Dalam satu dekade terakhir. Cibinong. Tujuan kegiatan: . termasuk di antaranya dalam penemuan biokatalis dan senyawa bioaktif baru. Penemuan proteorhodopsin pada bakteriplankton menunjukkan bahwa fototrofi juga merupakan proses global di lautan. konstruksi pustaka metagenom.Meningkatkan kompetensi dalam bidang ilmu hayati . Peserta didikan mendapatkan gambaran komprehensif tentang topik yang berhubungan dengan dunia bioteknologi. serta dalam pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroorganisme. disain vektor dan proses analisis/skrining membuktikan bahwa teknologi ini mampu memberikan jawaban terhadap berbagai permasalahan.digolongkan dalam gammaproteobakteria. Penutup Metagenomik merupakan teknologi yang masih baru serta memiliki potensi aplikasi yang besar dalam bidang industri. Di masa mendatang metagenomik diharapkan dapat lebih berperan dalam menjawab berbagai pertanyaan yang terkait dengan ekologi dari mikroorganisme dan penemuan aplikasi bioteknologi baru yang bermanfaat. Berbagai perkembangan dalam ekspresi gen di dalam sel-sel inang heterolog. 18 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Proteorhodopsin adalah protein yang terkait dengan proses fototrofi (phototrophy) dan dari hubungan kekerabatannya serupa dengan bakteriorhodopsin yang merupakan pompa proton yang dikendalikan oleh cahaya (light-driven proton. analisis secara langsung dari DNA yang diekstraksi dari sampel lingkungan dan pendeteksian bakteri dengan metode molekuler dapat mengatasi keterbatasan tersebut.Meningkatkan pemahaman konsepKonsep bioteknologi . Alasan utama dari keterbatasan pengetahuan kita tentang ekologi dari bakteri pathogen terletak pada ketidakhandalan pendeteksian dengan metode-metode konvensional yang berbasis pada pengulturan. sebagian besar bakteri pathogen yang terdapat di lingkungan berada dalam kondisi hidup dan dapat menimbulkan penyakit. Di lain pihak.

Protein tertentu yang lebih dikenal sebagai regulatory protein berperan sebagai pengontrol ekspresi gen sehingga hanya protein tertentu saja yang diproduksi. tergantung kepada aktivitas dari gen-gen tertentu BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 19 . juga dapat di sebabkan karena adanya perbedaan ekspresi gen. regulatory gen (gen regulator) dan structural gene (gen struktur). DNA dari suatu sel mengandung semua gen yang diperlukan oleh sel atau organisma tersebut. Keragaman genetika seperti pada jagung perlu dieksplorasi antara lain melalui pendekatan functional genomics untuk dimanfaatkan bagi pengembangan bioteknologi. dan bioinformatics untuk menganalisa data yang diperoleh dari semua pendekatan yang dilakukan diatas untuk mendapatkan data semaksimal mungkin. Jadi perbedaan fungsi antara tipe sel (celltype) satu dengan yang lainnya adalah pada perbedaan gen yang diekspresikan. Ekspresi gen di genom yang selektif ini tidak hanya berlaku untuk organisma tingkat tinggi seperti pada mamalia yang memiliki sekitar 50. Menurut perkiraan biasanya di satu sel pada saat tertentu ada sekitar 12-15.000 gen akan tetapi juga terdapat pada organisme prokaryot yang memiliki jumlah gen jauh lebih sedikit (sekitar 2. berpikir. Pada dasarnya ada dua macam gen. Lalu bagaimana sel memutuskan kapan membutuhkan ekspresi gen tertentu dari genomnya? Protein atau enzim akan diproduksi di dalam sel terutama pada saat sel membutuhkan. forward genetics dengan membuat mutasi secara acak pada genom organisma sasaran yang dilanjutkan dengan pemilihan mutan dengan fenotip menarik. pembentukan embryo.000 gen didalam genomnya. Upaya untuk mengerti fungsi-fungsi dari gen-gen dan juga komponenkompenen lain seperti regulatory region dari suatu genom diistilahkan sebagai Functional Genomics. Oleh karena itu dalam functional genomics fungsi suatu gen dipelajari baik sebagai individu gen maupun sebagai bagian dari system yang menyeluruh di dalam sel maupun secara kesatuan sebagai bagian dari suatu organisme. baik pada saat pembelahan sel. Regulatory protein sendiri akan aktif (diekspresikan) setelah mendapatkan rangsangan/stimulus tertentu. Kombinasi dari teknik-teknik diatas akan sangat bermanfaat untuk mengetahui dasar-dasar molekuler atas terjadinya proses-proses biologi pada suatu organisme. (CIMMYT) Mamalia diperkirakan memiliki sekitar 50. dan komponen genetika lainnya pada genom. functional genomics dapat memberikan penjelasan atas mekanisme proses-proses biologi dari suatu organisma yang dipelajari dikaitkan dengan fungsi gen atau gengen. reverse genetics dengan membuat mutasi pada gen-gen yang dijadikan sasaran. DNA dikemas dalam kromosom dan total informasi genetika yang tersimpan dalam seluruh kromosom di suatu organisma merupakan komponen dari genom organisme tersebut. expression profiling. Expression profiling Salah satu pendekatan fundamental untuk memahami fungsi-fumgsi gen adalah Gambar 1. Adanya varietas-varietas tertentu dalam suatu spesies yang memiliki sifat (fenotip) tertentu yang tidak dimiliki varietas lain dalam satu spesies. baik pada setiap tahap perkembangan sel. Dengan memakai pendekatan secara global. yang mempunyai peran penting tertentu. Akan tetapi dari keseluruhan gen pada suatu organisme. Menempelnya protein regulator akan mendorong atau menghambat ekspresi gen tersebut. tidak kesemuanya diekspresikan pada saat bersamaan. Regulatory protein akan menempel pada seutas DNA (regulatory region) yang biasanya terletak di depan gen tertentu berdekatan dengan promoter gen tersebut. Sehingga tujuan dari ‘ilmu’ Functional Genomics adalah untuk memetakan fungsi semua gen dari organisme ke dalam suatu functional framework mulai dari lingkup kecil seperti memastikan protein apa yang dikodekan oleh suatu gen sampai pada pemahaman tentang peranan protein tersebut dalam keseluruhan fungsi sel maupun organisma. melakukan respons terhadap stimulus dan lain sebagainya. Akan tetapi dalam satu sel tidak seluruh gen-gen tersebut diekspresikan bersamaan. Pada akhirnya setiap aktivitas sel pada setiap proses biologi.000 gen).“ F u n c t i o n a l G e n o m i c s” un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i ge n da l a m sk a l a gl o b a l Penulis: Satya Nugroho* G en adalah untaian DNA yang mengkodekan pembentukan suatu protein. seperti enzim. Teknik-teknik untuk functional genomics Functional genomics mengandalkan beberapa pendekatan-pendekatan teknik utama seperti. A. pada genom. misalnya cekaman/stress.000 gen yang ekspresikan. untuk melihat pola dan tingkat expresi gen baik pada level transkrip mRNA maupun pada protein.

maka dengan melihat faktorfaktor tersebut maka fungsi gen dapat diperkirakan. serial analysis of gene ekspresi gen (expression profiling) pada expression (SAGE) yang pertama kali skala genom (global) mulai dikembangkan. Untuk ‘membedakan’ dengan teknologi yang memanfaatkan transkrip mRNA pada tahun 1995 istilah proteomics mulai dimunculkan oleh Wassinger dan koleganya untuk menyatakan total protein komplemen dari suatu genom (total protein complement of a genome).nature. Dalam proteomics teknikteknik kimia protein modern diaplikasikan antara lain 2-D gel electrophoresis. pada waktu atau tempat disampaikan oleh Dixon dan koleganya tertentu. Upaya untuk adalah dengan differential display yang melakukan identifikasi gen yang pertama kali disampaikan oleh Pardee dan diekspresikan pada jaringan atau cellLiang (1992) dan kemudian diperbarui type tertentu sudah dilakukan sejak pada tahun 1997. Karena proses transkripsi dari gen-gen berbeda-beda baik tingkat ekspresinya. Probe-probe yang tidak terhibridisasi dengan kuat pada DNa dari SK1 dan X2180 akan memberikan warna merah. melibatkan pembuatan utas tunggal (single-strand/ss) cDNA dari organisme target dan poly(A)+RNA dari driver tissues untuk melakukan substractive hybridization. disampaikan oleh Velculescu (1995) yang Expression profiling dapat dilakukan kemudian dikembangkan versi baru yang dengan melakukan pengamatan terhadap dinamai SAGE adaptation for downsized transkrip messenger RNA (mRNa) yang extracts (SADE). waktu ekspresinya maupun tempat ekspresinya. kemudian dipisahkan dan diklon menggunakan teknik pengganaan utas DNA polymerase chain reaction (PCR) untuk Gambar 3. (ss-cDNA adalah DNA utas tunggal hasil perbanyakan mRNA dengan menggunakan enzim RNA polymerase). electrospray ionization mass spectrometry (ESI MS). Panel kiri menunjukkan hasil hibridisasi dengan probe DNA dari SK1 (dilabel hijau) dan dari S288c (dilabel merah). matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) dan kombinasi dari teknik-teknik tersebut. Akan tetapi difference analysis of cDNA (cDNA RDA) baru pada beberapa tahun terakhir yang disampaikan oleh Lisitsyn dan metoda untuk mengetahui perbedaan koleganya (1993). Pada saat gen aktif maka DNA (1998) dan cDNA microarrays yang dari gen tersebut akan mengalami proses pertama kali dilaporkan oleh Brown di trankripsi (transcription) untuk menghasilkan mRNA yang kemudian akan diterjemahkan (translation) menjadi protein. Teknologi yang telah dikembangkan untuk expression profiling yang sering diterapkan diantaranya adalah dengan mengkonstruksi dan kemudian melakukan screening suatu substractive library. sehingga expression profiling dilakukan dengan melihat mRNA maupun protein. a.transkripsi DNA replikasi DNA translasi mRNA Protein dianalisa lebih lanjut. Yang hanya di SK1 saja akan berwarna hijau sementara yang hanya di S288c akan berwarna merah. dalam biologi molekuler dikenal sebagai the central dogma of molecular biology. sscDNa yang tidak tersubstaksi (atau tidak mempunyai komplemen) oleh poly(A)+RNA. Panel kanan eksperimen yang mirip untuk membandingkan galur X2180 dengan S288c. Cara lain yang juga menggunakan Gambar 2: The central dogma of molecular biology transkrip mRNA untuk mengetahui dengan mengidentifikasi dimana dan kapan fungsi gen secara global yang juga gen tersebut diekspresikan (spatial and memanfaatkan teknologi PCR antara lain temporal expressions ). three prime end dihasilkan maupun pada taraf protein yang amplification PCR (TEA PCR) yang diproduksi. (gambar diambil dari http:// www. ditambah dengan proses perbanyakan untaian DNa melalui proses replikasi (replication). Perbedan komposisi DNA Saccharomyces cerevisiae pada galur-galur yang biasa dipakai untuk penelitian laboratorium dapat ditampilkan dengan menggunakan teknik DNA microarrayer. Proses-proses ini. dan setelah ditumpuk akan kelihatan DNa yang terdapat pada SK1 dan S288c memberikan warna gabungan merah dan hijau (kuning). Substractive library. pertama kali disampaikan oleh Davis dan timnya. A364. Iimej yang diperoleh dianalisa. Dengan cara ini gen mana saja yang terekspresi secara unik hanya pada organisme target saja atau pada organisme control saja akan dapat diidentifikasi. Stanford (1995). W303 and SK1 (dari kiri ke kanan) memiliki perbedaan morfologi koloni. dan kemungkinan interaksinya dengan gen-gen lain. pada tahun 1999 istilah ini dianggap sebagai bagian integral dari analisa ekspresi gen. 2-D High-perforance liquid chromatography (2-D HPLC). Selain dengan memanfaatkan transkrip mRNA expression profiling juga dapat dilakukan dengan melihat protein yang diekspresikan.html) 20 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . galur yang digunakan S288c. Cara melihat perbedaan ekspresi suatu gen dapat diketahui dari transkrip maupun protein yang dihasilkannya. fungsinya. Sampai saat ini teknikteknik dengan memanfaatkan transkrip dan dikombinasi dengan teknik PCR seperti diatas telah dapat mengidentifikasi banyak gen. Cara ini dapat terapkan untuk menunjukkan perbedaan tingkat ekspresi gen-gen. representational sekitar duapuluh tahun lalu. B. Pada prinsipnya proteomics memanfaatkan ekspresi protein untuk mengidentifikasi fungsi gengen tertentu.com/nrg/journal/v3/n9/full/nrg886_fs. Meskipun ada pendapat untuk memisahkan proteomics sebagai disiplin ilmu pengetahuan baru.

Aplikasi gene/enhancer trap untuk mengidentifikasi fungsi gen dengan melihat ekspresi dari reporter gene. Pendekatan ini biasa disebut sebagai reverse genetics. Australia) transposon dan retrotransposon terletak pada cara mereka bertransposisi (berpindah tempat). Dengan gene/ enhancer-trap. Dengan melihat pola atau spesifisitas ekspresi dari reporter gene tersebut maka fungsi dari gen yang ada di sekitar daerah insersi tersebut akan dapat diperkirakan. a. isolasi dan identifikasi fungsi gen-gen pada genom dapat dilakukan. Dengan pendekatan ini maka mutasi inseri secara acak akan bisa diperoleh dengan lebih cepat. pada system syaraf embryo tikus (kiri) dan pada tanaman Arabidopsis (kanan) (diambil dari beberapa sumber). Untuk melakukan knock-out. gen yang berpengaruh pada sifat tertentu yang akan dipelajari tidak perlu tersedia. knock-out mutagenesis dengan transposon Ac/Ds menghasilkan mutan yang tumbuh lebih lambat (tanda panah) dari tanaman galur liarnya (Dari Dr. maka selain berfungsi untuk knock-out konstruksi vektor yang digunakan mempunyai fungsi lain yaitu sebagai gene/enhancer-trap yang dapat berfungsi untuk menangkap sinyal aktivitas promoter/enhancer element yang berperan sebagai regulator ekspresi suatu gen dengan menggunakan reporter gene (gusA/gfp). atau forward genetics. Melalui cara mutasi insersi ini. Cara yang pertama adalah dengan mengoverekspresikan (over-expression) gen dan yang kedua dengan merusak/menghilangkan (knockout/disruption) gen yang dipelajari. Sementara activation-tag akan dapat meningkatkan tingkat ekspresi gen yang terpengaruh. diantaranya adalah dengan induksi stres maupun dengan memanfaatkan protein transposase yang dihasilkan oleh transposon. Oleh karena tidak setiap knock-out menghasilkan fenotip baru. untuk mendapatkan kesimpulan data biologi yang Gambar 5. atau activation-tag yang mampu mengoverekspresikan gengen yang ada disekitar daerah insersi dari activation tag tersebut. misalkan Tos17pada padi) maupun yang berasal dari tanaman lain seperti jagung (A c/Ds. Sehingga untuk lebih memaksimalkan upaya mempelajari genegen tanaman dengan cara knock-out saat ini telah dikembangkan satu cara yang efektif untuk melakukan knock-out pada padi yaitu dengan memanfaatkan insersi transposon. Activator/ Dissociation).B. Demikian pula client dapat memasukkan data-data baru ke dalam database. Transposon dan retrotransposon pada dasarnya adalah elemen genetik yang dapat bertransposisi/berpindah tempat dari satu posisi di genom ke posisi lainnya pada generasi berikutnya secara acak. aktivitas dari promoter atau enhancer (expression control element) gen tersebut dapat diidentifikasi dengan memperhatikan ekspresi reporter gene. Knock-out secara random pada genom tanaman dapat dilakukan dengan insersi T-DNA pada genom melalui transformasi Agrobacterium untuk tanaman tertentu seperti model tanaman Arabidopsis. Narayana Uppadhyaya. gen yang akan dipelajari fungsinya sudah harus tersedia sehingga gen tersebut dapat segera diklon di plasmid ekspresi untuk kemudian dioverekspresikan pada organisma target (tanaman). Bioinformatics Bioinformatics adalah satu area ilmu pengetahuan baru yang sedang tumbuh dan berkembang. untuk tanaman saat ini teknologi yang dapat dipercaya (reliable) untuk melakukan knock-out pada gen tertentu (targeted knock-out) pada belum tersedia. Sehingga untuk mempelajari fungsi dan mengidentifikasi gen secara menyeluruh (functional genomics) dapat dilakukan dengan cara knock-out yang dilakukan secara random. yang dimiliki oleh pribadi maupun umum. Mutagenesis (Reverse genetics dan Forward genetics) Pada dua strategi yang biasa dilakukan untuk mempelajari fungsi suatu gen secara langsung. CSIRO. dimana hal ini bisa disebabkan oleh adanya gen-gen lain yang mampu menggantikan fungsi gen yang telah di-knock-out (fungsional redundancy). tembakau atau padi dan tanaman lainnya. C. untuk mutagenesis dengan sasaran gen/target tertentu. Proses berpindahnya transposon dikarenakan oleh beberapa faktor induksi. Untuk menjawab pertanyaan-ppertanyaan tersebut dibutuhkan pengolahan data yang sangat besar dan kompleks. Untuk melakukan overekspresi. Contoh aplikasi dari penggunaan A c/Ds mutagenesis yang sudah cukup maju adalah di Arabidopsis dan padi. meskipun gen organisme target yang terganggu karena insersi transposon tidak menyebabkan munculnya fenotip baru. Database dan alat-alat bioinformatics pada server dapat dimanfaatkan oleh client. Pertukaran informasi terjadi antara site-site database penyedia informasi bioinformatics. b. sehingga pengaruh overekspresinya dapat dipanytau dengan melihat perubahan fenotipnya. akan tetapi untuk mendapatkan insersi yang banyak untuk mendapatkan saturasi diperlukan proses transformasi yang banyak. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 21 . untuk mutasi secara random pada genom untuk kemudian di lakukan screening terhadap fenotip tertentu. Identifikasi gen-gen penting dan prediksi fungsi-fungsi mereka secara genomik dengan mutagenesis menggunakan transposon ini prosesnya semakin dipercepat dengan telah diselesaikannya draft-draft urutan DNA organisme target. yang memakai pendekatan perhitungan dengan memanfaatkan komputer (computational biology) untuk menjawab pertanyaanpertanyaan seputar ilmu biologi. Fungsi gen tersebut dapat diperkirakan dengan melihat fenotip yang dihasilkan oleh tanaman transgenik yang dihasilkan. Perbedaan antara A B Gambar 4. Tidak seperti pada organisme lain. Metoda ini cukup handal. baik yang berasal dari tanaman itu sendiri (endogenous retrotransposon.

LIPI. lalat buah. Cibinong. urutan basa DNA atau cDNA yang diperoleh dari expression profilling dan mutagenesis beserta prediksi fungsi-fungsi mereka. NCBI berkolaborasi dengan organisasiorganisasi lain seperti DNA Databank of Japan (DDBJ) dan European Molecular biology Laboratory (EMBL) database milik European Bioinformatics Institute dalam hal pertukaran informasi sehingga datadata baru yang diperoleh secara terpisah akan dapat dikumpulkan untuk dimanfaatkan oleh publik semaksimal mungkin. Satya Nugroho adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Keberadaan data-data tersebut secara otomatis akan mendukung upaya untuk mempelajari fungsi gen-gen secara genomics (global) melalui pendekatan-pendekatan functional genomics. Potensipotensi yang ditawarkan bioinformatics mampu merubah cara pandang ilmu pengetahuan dasar dengan memberikan pemecahan permasalahan dan pendekatan desain experimen di laboratorium. padi.ncbi. melakukan sequence allignment. Saccharomyces cereviseae. urutan asam amino berbagai organism. Salah satu site bioinformatics yang mempunyai fasilitas terlengkap dalam memfasilitasi penelitian functional genomics adalah adalah yang dibangun dan dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information yang merupakan bagian dari National Institute of Health di Amerika Serikat ( www.nlm. Arabidopsis dan sebagainya. dan sebagainya.Dari Redaksi >> valid atau dapat dipercaya. memprediksi regulatory region dari suatu gen seperti promoter dan lokasi-lokasi yang penting untuk interaksi (binding domain) dengan protein yang berperan untuk proses transkripsi (transcription factors). bioinformatics juga memberikan alat-alat untuk menganalisa secara biologi molekuler seperti kemampuan untuk mencari urutan basa yang sama (similarity search).gov). IKLAN ANDA SEHARUSNYA BISA TERPAMPANG DI SINI untuk pemasangan iklan hubungi sekretariat BioTrends 22 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Selain menyediakan database seperti urutan DNA genom. memprediksi catalytic domain protein untuk meramalkan fungsi gen yang bertanggungjawab.nih. Bioinformatics menjadi semakin penting dengan telah diselesaikannya pengurutan basa genom organismeorganisme penting seperti manusia. Data-data yang didapat semakin mudah diakses dengan adanya jaringan internet yang semakin mudah dijangkau. *Dr.

pada kode-kode tertentu mengkode asam amino yang berbeda pada urutan basa yang sama (Tabel diambil dari DNAMan). (Diambil dari CFC Free Workbench) membentuk ikatan phosphodiester dengan deoxynucleotide selanjutnya. Gambar 5. Walaupun ada beberapa pengecualian yang membedakan antara kode asam amino tertentu dari prokariotik dan eukariotik. dan CLC Free Workbench Penulis: Sigit Purwantomo* P ada organisme prokariotik dan eukariotik. DNA tersebut terdiri dari empat jenis basa nukleotida adenine. Melalui analisis PCR dari flanking sequence yang diketahui dan dideskripsikan dengan sequencing. Program ini diperlukan antara lain untuk melihat homologi dan posisi restriksi enzim serta analisis lain seperti desain primer (A).3’-dideoxynucleotide triphosphates (ddNTP). kombinasi untuk setiap tiga basa nukleotida akan mengkode asam nukleat. Sequencing dengan tekhnik dideoxynucleotide atau umum dikenal dengan metode Sanger merupakan contoh metode sequencing. Manipulasi dan analisis DNA dapat dilakukan secara on line atau off line internet. Walaupun kode ini bersifat universal. cytocine. Kemampuan untuk mengakses DNA saat ini juga tidak terbatas. Disamping itu dari sequence DNA kita dapat melihat hubungan kekerabatan dari suatu jenis relative dengan species lainnya melalui sequence homology yang dimiliki. BioEdit. Kode genetik adalah gabungan tiga basa nukleotida untuk menyandikan satu jenis asam amino. Bioedit menghadirkan tutorial untuk menjalankan fungsi yang tersedia. Pada cara ini. akan tetapi secara umum asam nukleat yang dikodekan oleh tiga basa pengkodenya adalah sama. Selanjutnya. Akibatnya. Kegiatan untuk melakukan manipulasi urutan DNA secara artifisial sangatlah dimungkinkan. Urutan DNA dapat diketahui karena kita dapat malakukan pengurutan DNA melalui DNA sequencing. Tabel kode genetik. Gambar 2. Tampilan help pada BioEdit. molekul ini akan menghentikan elongasi rantai DNA disebabkan ketidakmampuan Gambar 3. melibatkan sejumlah delesi atau substitusi basa yang menyusunnya. dan Oryza sativa telah secara utuh disekuens urutan DNA begitu juga dengan species Homo sapiens. guanine. yang berbeda dari normal deoxynucleotide. sequence DNA yang menjadi interest selanjutnya dapat diketahui. semua informasi yang nantinya akan diwariskan disimpan dalam bentuk materi DNA. Gambar 1. Gene hunting ataupun gene discovery. Di samping itu program analisis DNA diperlukan untuk mempermudah pencarian conserved region untuk menemukan gen uang sama pada organisme lain (B). BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 23 .Program freeware DNA analysis: ClustalW. Disamping fungsi help.coli mampu mengenali sisi sekuens DNA khusus. Website ini juga memiliki link dengan web database DNA lainnya. program ini menyediakan petunjuk tutorial untuk menjalankannya. Fungsi program analisis DNA. digunakan 2’. GAATTC yang sangat spesifik untuk selanjutnya dipotong. merupakan upaya untuk menemukan “kembali” gen untuk dipelajari fungsinya. Beberapa tekhnik dikembangkan antara lain melalui inseri buatan untuk menghasilkan mutan atau teknik metagenomik untuk mandapatkan sejumlah gen dari organisme yang tidak dapat atau masih sulit ditumbuhkan pada kondisi lab. Enzime restriksi endonuclease yang telah diisolasi dari berbagai organisme seperti EcoRI dari E. Arabidopsis thaliana. Enzim T4 Gambar 4. Tampilan help dari CLC free workbench. Beberapa pusat riset di dunia telah melakukan upaya genome sequencing yang datanya dapat diakses secara bebas. Restiksi enzim map. dan thymine. Sequence DNA tersedia pada genebank yang dapat diakses free dari NCBI website. Analisis fungsi suatu sequence DNA biasanya akan Saat ini beberapa organisme seperti Escerichia coli K12.

Baik ClustalW. BioEdit menawarkan sejumlah aplikasi seperti DNA alignment. atau akhir analisis sequence dapat digunakan BioEdit atau CLC. Secara sederhana terdiri dari bagian promoter. dapat “ungkir balik”. Walaupun mungkin ada keterbatasan yang ada dibanding sepupunya yang komersial. akan tetapi utas 2 ditulis dengan 5’-……3’. dan pembuatan phylogenetic tree. exon. terlebih jika speed koneksi internet sangat rendah. atau CLC memberikan fungsi untuk alignment DNA dan pembutan phylogenetic tree dari sequence yang dialignment. ClustalW merupakan versi Windows untuk program klasik clustalX. BioEdit. Intron bisa saja terletak di awal.…. Disarankan untuk menggunakan Untuk analisis sequence DNA dengan menggunakan program-program tersebut diperlukan pengetahuan dasar terkait dengan sequence DNA. utas 5’. alignment dapat dilakukan untuk presiksi protein yang dihasilkan. Pada genome posisi strand DNA yang berisi modul tertentu yang diinginkan. Seperti misalnya bahwa. Kita dapat mempelajari fungsi yang ada melalui fungsi help yang diberikan. beberapa sequence telah diketahui fungsinya akan tetapi ada beberapa bagian yang belum diketahui fungsinya. Beberapa software tersedia secara komersial untuk analisis DNA tidak secara online. Kegiatan alignment merupakan fungsi untuk menyamakan posisi basa pada satu sequence dengan sequence lainnya.DNA ligase menjadi enzim penting jika akan dilakukan penempelan antara ujung yang telah dipotong. seperti alignment. restriksi enzim. misalnya promoter. Dengan mempelajari help dan tutorial yang ada. Hal ini untuk mengurangi kemungkinan terputusnya koneksi internet saat download yang dapat berakibat rusaknya program. Disamping itu.Sc adalah staf di Pusat Peneliti Bioteknologi . Umumnya DNA adalah double strand. complementary. Untuk melihat alignment dan beberapa aplikasi program accelerator pada saat download. * Sigit Purwantomo. Dalam organisasi genom. atau langsung dengan kata kunci menggunakan nama software tersebut. kecuali pada beberapa organisme seperti virus dapat single strand. Akan tetapi beberapa diantaranya dapat kita download secara free. Program ini dipakai untuk alignment dari beberapa sequence. Akan tetapi ukurannya relative sangat besar sehingga membutuhkan waktu saat download dari internet. dan CLC Free Workbench merupakan contoh dari freeware yang dapat diakses dan didownload via internet. Dengan menggunakan kata kunci “molecular biology freeware”pada search engine kita dapat menjumpai daftar software tersebut. Software CFC Workbench yang direlease 2005 memiliki tampilan dan help yang sangat mudah diikuti begitu juga BioEdit yang direlease tahun 2004. seperti misalnya intron pada organisasi genom eukariotik. Cibinong. Sejumlah program untuk menganalisis sequence DNA. seperti map restriction site.-3’ akan memiliki utas komplementari 3’-……-5’. Kita dapat melihat suatu fungsi dari pilihan help pada bagian index atau kita dapat memilih dari content ataupun find. ataupun open reading frame. ClustalW. dari coding sequence suatu gen fungsional. Untuk memakainya memang terdapat perbedaan pada tampilan yang disajikan dan menu fungsi yang diberikan. oleh karena itu mungkin diperlukan reverse complement. M. Tampaknya software yang tersedia bebas tidak kalah dari komersial software yang berharga cukup mahal. tengah. posisi restriksi enzim ataupun menggambar plasmid yang dapat dipelajari dari help tutorial yang tersedia.LIPI. Kita dapat pula mengedit dalam arti menambah enzyme restriksi untuk keperluan up date.Akan tetapi harga dari software ini relatif mahal karena membutuhkan licence untuk penggunaannya.. BioEdit. 24 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .-3’ (utas 1) yaitu utas 2. dan lainlain. Sequence DNA akan ditulis dari ujung 5 ke ujung 3 yang menunjuk pada posisi karbon pada gula di basa nukleotida. Software analisis DNA yang ada pada dasarnya memiliki fungsi dasar yang sama. intron. DNAMan dan Vektor NTI adalah contoh versi komersial analisis DNA. coding sequence. Gen fungsional selalu terdiri dari bentukan yang sifatnya modular. software gratis yang tersedia saat ini dapat diberdayakan untuk menganalisis DNA yang kita punya dan menggali potensi diversitas DNA yang kita miliki. Kedua program terakhir cukup kuat untuk menganalisis sequence DNA. dan terminator. alignment. Semua program analisis yang tersedia umumnya dilengkapi dengan tutorial atau Help yang sangat user friendly. Dua program terakhir mampu untuk memberikan input tentang posisi enzim restriksi yang ada pada suatu sequence. kita dapat secara step-by-step menggunakan software-software aplikasi tersebut. Reverse complement akan membuat complement dari utas 5’-……. Fungsi ini diperlukan untuk melihat kesamaan antar sequence dan daerah conserved pada sequence tersebut. Hal ini dijumpai juga pada tutorial dan help pada CLC.

Ditambah dengan kemajuan sains dan teknologi yang begitu cepat dalam bidang life sciences seperti genomik. Pada contoh Gambar 1 tersebut molekul yang digunakan adalah molekul A. cara mendisain suatu obat yang telah berhasil dan banyak dilakukan oleh para peneliti dari bidang biokimia sejak dulu adalah dengan mempelajari secara detil biochemical pathways (siklus biokimia) dari suatu molekul didalam tubuh mahluk hidup. bioteknologi. Teknik semacam ini bila digabung dengan kemampuan skrining yang tinggi dan dalam jumlah sampel yang STAGE 1 R’ R’ H2NCHCOOR’ RCOCl RCONHCHCOOR’’ STAGE 2 R’ R’’’NH2 RCONHCHCONHR’’’ A 1-B1. konsep dasar combinatorial chemistry dapat dibagi menjadi 2 macam.B2-C2 A2 -B1-C1 A1-B1 A2-B 1-C3 A2 -B2-C1 A2-B 1-C2 A2 A1-B2 A 2-B2-C3 A2-B 3-C1 A2-B 2-C 2 dengan masing-masing memiliki 3 jenis. A2.C 2 A3 A1-B2 A 3-B2. Secara teori. Sebagai teknologi yang relatif baru teknologi combinatorial chemistry banyak mendapat perhatian dari kalangan peneliti terutama dari kalangan industri farmasi.C Gambar 1: Pola dasar sintesa molekul dalam combinatorial chemistry. dan mikrobiologi. dan C (a) A B A-B C A . dan kemampuan membuat hewan transgenik sesuai dengan yang diinginkan. Hal ini karena teknik baru ini sangat berpotensi sekali digunakan sebagai cara untuk mensintesa senyawa kimia yang berfungsi sebagai obat yang bahkan dialam kombinasi molekul tersebut tidak didapatkan. akan membuat potensi combinatorial chemistry akan lebih tinggi untuk mendapatkan molekul baru sebagai bahan obat yang lebih sesuai dengan kondisi tubuh kita. kimia inorganik.C D A -B .D D-A -B .C 2 A3-B 1-C1 A1 -B1 A3.C-D D A -B -C (b) A B A -B C D D A -B . Pada reaksi tersebut (antara A dan B) dihasilkan 9 jenis molekul. dan A3) dengan 3 jenis molekul B (B1. dengan cara membuat molekul yang mempunyai struktur seperti pada Gambar A1-B3 A2-B 3-C3 A 2-B2. besar (high-throughput screening) maka teknologi combinatorial chemistry dapat digunakan sebagai basis yang sangat kuat dalam drug discovery efforts. Dalam hal ini. proteomik. Berdasarkan pada konsep ini maka jumlah dan keragaman jenis molekul (molecular diversity) dapat diproduksi dengan sangat cepat. B. KONSEP DASAR COMBINATORIAL CHEMISTRY Secara umum konsep dasar reaksi combinatorial chemistry dapat diterangkan seperti pada Gambar 1. Hal lain yang juga berperan dalam combinatorial chemistry terletak pada posisi ikatan suatu molekul dengan molekul lainnya.COMBINATORIAL CHEMISTRY: PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT Penulis: Adi Santoso* PENDAHULUAN Combinatorial chemistry adalah teknologi yang masih tergolong baru yang dikembangkan oleh peneliti dari berbagai disiplin ilmu pengetahuan. dengan mengetahui fungsi spesifik suatu molekul dalam biochemical pathway maka molekul baru yang berfungsi sebagai obat dapat didisain dan disintesa.B3-C1 A 3-B2-C2 A1-B3 A 3-B3. dan C3) maka dengan cepat 9 molekul tadi bertambah menjadi 27 jenis molekul. Dengan mereaksikan 9 jenis molekul yang dihasilkan dari reaksi A dan B dengan molekul C (C1. kimia organik.B . Teknologi ini dikembangkan dengan tujuan utama untuk mendapatkan cara yang paling efisien dan efektif untuk mendapatkan bahan obat baru (drug discovery). Selain kedua cara tersebut diatas. diantaranya berasal dari: farmasi.B1-C3 A1. yaitu: pertama. kedua. Secara simultan beberapa reaksi dapat terjadi seperti yang tertera pada Gambar 1.C 1 A1 -B1 A 1-B1-C2 A1. Dengan keragaman yang sangat tinggi maka diharapkan sebagian dari molekul yang disintesa mempunyai fungsi biologi seperti yang kita harapkan dan mampu digunakan untuk melawan suatu jenis penyakit tertentu. Keunikan teknologi combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam mensintesa molekul dengan keragaman yang tidak terbatas.B2-C2 A1-B 2-C3 A1-B 3-C1 A1-B3 A1-B 3-C 3 A1.C D A. Disamping teknik combinatorial chemistry. Bisa dibayangkan apabila ini digunakan BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 25 .C 3 A3 -B2-C2 Gambar 1: Konsep dasar reaksi combinatorial chemistry. Pada artikel ini keunikan dan potensi teknologi combinatorial chemistry dibahas dalam kaitannya dengan drug discovery. Dalam teknik ini diharapkan dengan meningkatkan jumlah populasi keragaman molekul maka kemungkinan untuk mendapatkan molekul yang diinginkan dengan sifat tertentu juga akan meningkat.B1-C3 A3-B 2-C1 A 3-B1. Pada cara ini penambahan molekul terjadi seperti rantai dimana penambahan molekul hanya dari satu arah (tidak bercabang).B2-C1 A1 A1 -B2 A1. biokimia. penambahan molekul (seperti yang terlihat pada Gambar 2b) secara bercabang. C2. 2a.B. teknologi lain yang saat ini banyak digunakan dalam drug discovery adalah dengan mengisolasi sampel dari tanaman atau mikroba atau sumber lain kemudian dianalisa satu persatu pengaruhnya terhadap efek biologi yang diteliti.C . Pada reaksi pertama terjadi reaksi antara 3 jenis molekul A (A1.C 3 A3. Seperti diketahui walaupun suatu molekul mempunyai rumus molekul yang sama tetapi dengan mempunyai rumus bangun yang berbeda maka reaksi yang dihasilkan juga akan berbeda. B2. dan B3).

Solution Masalah yang sangat mendasar pada teknik ini adalah kesulitan dalam purifikasi. -----> Uji biologi s A2 + B1. 2. B2. keuntungan teknik ini adalah beayanya yang relatif murah dan bisa dilakukan dalam skala yang besar. Kemampuan untuk mendapatkan informasi tentang jenis molekul yang berpotensi sebagai obat dan sistim database yang digunakan untuk menyimpan informasi yang dihasilkan adalah sangat mendasar dalam combinatorial chemistry. maka setiap molekul yang disintesa akan mempunyai fungsi dan potensi yang berbeda. Karena masing-masing reaksi dilakukan secara terpisah diatas suatu platform maka proses purifikasi akan sangat memudahkan sekali dalam proses purifikasinya. Tukar menukar informasi dan pustaka molekul yang telah disintesa antara satu peneliti dengan peneliti lainnya akan sangat menentukan kecepatan drug discovery. Walaupun teknik ini sangat menguntungkan tetapi membutuhkan biaya yang sangat tinggi karena melibatkan proses pembuatan solid support dan meletakkan molekul yang diteliti pada support yang digunakan. dan C1. dan C1. KESIMPULAN Keunggulan combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam menciptakan keanekaragaman molekul (molecular diversity). 3. 2. C2. Berikut dibawah ini dijelaskan keuntungan dan kerugian kedua sistim tersebut: 1. akan sangat dipengaruhi oleh biaya dan teknologi purifikasi yang akan digunakan. dan C1. Menghadapi hal semacam ini. 2. 3. 3. Salah satu contoh combinatorial chemistry yang menggunakan solid support system adalah dengan menggunakan well grid array (misal: 96 well plates). Karena sifat teknik ini adalah kombinasi (combinatorial) maka dengan cepat jumlah molekul yang di sintesa akan meningkat dengan sangat tajam. Hal yang sangat menguntungkan dengan menggunakan teknik solid support adalah tahap purifikasinya. B2. B3 + C1. 3. Karena dalam teknik ini semua reaksi terjadi dalam satu tempat sehingga banyak sekali terdapat molekulmolekul yang tidak kita inginkan. 2. C2. Solid support system Metode solid support pertama kali digunakan oleh perusahaan Merrifields dari USA. adalah pustaka yang dibuat dalam bentuk cairan (solution). B1. -----> Uji Biologis 26 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . dikehendaki maka molekul ini dapat langsung di identifikasi dan diproduksi dalam skala besar. * Adi Santoso. A1-B1-C1 A1-B1-C2 A1-B1-C3 A1 -B2-C1 A1 -B2-C2 A1 -B2-C3 A1-B3-C1 A1-B3-C2 A1-B3-C3 A2-B1-C1 A2-B1-C2 A2-B1-C3 A2-B 2-C 1 A2-B 2-C 2 A2-B 2-C 3 A2-B3-C1 A2-B3-C2 A2-B3-C3 A3 -B 1-C1 A3 -B 1-C2 A3 -B 1-C3 A3-B2-C1 A3-B2-C2 A3-B2-C3 A3-B3-C1 A3-B3-C2 A3-B3-C3 UJI BIOLOGIS Gambar 4. -----> Uji Biologis A3 + B1. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solution. Pemilihan cara pembuatan pustaka molekul. Pustaka semacam ini biasanya dikerjakan dengan menggunakan robotic system dimana molekul yang digunakan diletakkan pada solid support.sebagai obat. Kemampuan dalam memodifikasi dengan cara menambahkan beberapa gugus kimia pada molekul tertentu membuat molekul baru yang disintesa diharapkan secara spesifik dapat mempunyai mekanisme seperti yang diharapkan dalam fungsinya sebagai obat. solid support system atau solution. Pada sistim ini setiap reaksi dilakukan secara terpisah sehingga apabila suatu molekul ternyata positif mempunyai fungsi yang 2. Gambar 3. B1. 2. dalam teknik ini sebagian besar usaha yang dilakukan terfokus pada tahap purifikasi. 3.LIPI. B2. B3 + C1. manajemen pustaka molekul menjadi sangat esensial. C3 -----> Campuran 3 mengandung senyawa A3.D adalah staf peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi . Pustaka yang dibuat dengan cara ini mudah untuk dipurifikasi karena masing-masing molekul yang terdapat dalam pustaka tersebut diletakkan secara terpisah pada support yang digunakan. CARA MENDISAIN COMBINATORIAL CHEMISTRY Hal yang juga sangat mendasar dalam combinatorial chemistry adalah dimana pustaka molekul disintesa? Terdapat 2 macam cara pembuatan pustaka combinatorial chemistry: pertama adalah pustaka yang dibuat dalam solid support (sejenis bahan plastik). A1 + B1. Cibinong. 2. B3 + C1. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solid support . C3 -----> Campuran 2 mengandung senyawa A2. Bila dibandingkan dengan teknik solid support system. Pustaka yang berbentuk cairan biasanya merupakan pustaka mixture dimana semua molekul dalam pustaka bersatu dalam cairan. 3. kedua. C2. B1. Konsekuensinya. Ph. C3 -----> Campuran 1 mengandung senyawa A1.

kebanyakan farmaseutika adalah molekul-molekul khiral. dari biotransformasi senyawa khiral secara enzimatis untuk produksi obat sampai desulfurisasi bahan bakar diesel menggunakan mikroba. Semakin pentingnya peran biokatalisis. yang pada akhirnya akan membatasi penggunaannya (kecuali ada cara-cara praktis untuk mendapatkannya kembali). pemanfaatannya terus meluas. Ada dua macam kofaktor. regio. yang terikat dalam matriks atau bebas. biokatalis telah digunakan untuk produksi fruktosa. produk reaksi. serta yang memihak pada penggunaan sumber daya terbarukan daripada bahan baku berbasis petroleum. dalam industri.dan stereospesifitas yang tinggi. Untuk bisa berfungsi. mudah didapat. dan ramah lingkungan. dapat menekan jumlah limbah dan konsumsi energi. seperti hidrolisis. Semakin kompleks kofaktor yang dibutuhkan. Selain itu. lambat laun biokatalisis mulai menggeser dan menjadi pesaing utama metode sintetik konvensional. biokatalisis dianggap sebagai representasi dari suatu strategi yang menjanjikan dalam menopang konsep “ green chemistry”. dan juga biokatalis. Dalam skala industri. enansio. misalnya. Seperti kita ketahui. beberapa enzim memerlukan keberadaan materi lain. secara tradisional telah digunakan untuk mengkonversi bahan baku yang berasal dari bahan organik atau bahan baku yang terbarukan. aktif dalam kondisi ’normal’. serta limbah yang dihasilkan mudah dituntaskan. maka faktor-faktor berikut yang perlu mendapat diperhatikan: · Spesifitas. Namun. Sebagai contoh. yang disebut sebagai ko-enzim. transesterifikasi. namun juga dapat berperan dalam reaksi serupa dengan senyawa-senyawa ’non-alami’. Pemikiran untuk menekan polusi telah meningkatkan ketertarikan mereka terhadap produk dan proses kimia. Sebagai ilustrasi betapa beragamnya kegunaan biokatalis dalam sintesis kimia.dan stereoselektif. Pemanfaatannya juga begitu beragam. aktif dan bekerja dalam kondisi ’normal’. Sumber biologis. secara umum hanya ada perbedaan yang kecil diantara beragam enzim dalam nilai pH dan suhu operasinya. enzim dimanfaatkan untuk mengkatalisis beragam reaksi-reaksi organik dan banyak dilibatkan dalam industri pangan. dan lain-lain. Dengan demikian. peranan biokatalisis juga akan semakin penting dalam industri kimia modern. enzim dapat dihambat oleh substrat. seperti dalam sintesa senyawa-senyawa yang bersifat regio-. Enzim dengan nama yang sama tetapi berasal dari sumber yang berbeda seringkali menujukkan perbedaan pula dalam struktur dan sifat-sifatnya Stabilitas. ezim lebih labil dibandingkan katalis sintetik. enzim mempunyai karakteristik yang sangat menarik untuk industri: sangat spesifik. Aktivitas enzim seringkali peka terhadap keberadaan molekulmolekul kecil. metoda tersebut banyak berperan dalam industri kimia dan farmasi. reaksi-reaksi yang dijembataninya seringkali mempunyai kemo-. Enzim sebagai biokatalis Sebagai biokatalis. isu-isu lingkungan merupakan hal yang penting bagi industri. yang berupa enzim. atau oleh kontaminan kimiawi yang ada dalam substrat. Sampai saat ini. sel mikroba (hidup atau mati). Spesifikasi sumber enzim seringkali merupakan hal penting. diagnostik. Daya pikatnya berasal dari selektivitasnya yang tinggi. Enzim dan Biotransformasi Penulis: Theresia Umi Harwati & Bambang Sunarko* Kenapa biokatalis penting? Biokatalisis. Inilah salah satu alasan mengapa saat ini industri mulai melirik biokatalisis dan memanfaatkan biokatalis secara ekstensif untuk memproduksi precursor dan ingradien penting untuk produksi farmaseutika. serta dalam pengelolaan limbah dan remediasi lingkungan. yang selama ini digunakan sebagai sarana untuk memproduksi molekul-molekul khiral sebagai bahan baku industri farmasi. resolusi kinetik dari campuran rasemat. bila biokatalisis dianggap sebagai komponen penting dan bagian yang tak terpisahkan dari industri life-science. dapat bersifat substrat spesifik (selektif · terhadap senyawa atau kelompok senyawa tertentu). tipe pertama berupa ion-ion logam sederhana. Seperti kita ketahui. enzim bersifat sangat spesifik. sehingga digunakan juga untuk mengolah material yang berasal dari bahan bakar fosil. Industri proses kimia juga mulai menyadari bahwa enzim bukan hanya efektif sebagai katalis dalam transformasi senyawa-senyawa ’alami’ dalam sistem kehidupan. Dan tampaknya biokatalisis. Bila enzim akan dimanfaatkan sebagai biokatalis. Dan tampaknya. pemahaman tentang mekanisme pengendalian semacam ini dapat merupakan hal penting untuk optimasi proses Kondisi reaksi. dan sekaligus mengurangi konsumsi enerji untuk produksinya. Walaupun beberapa dapat beroperasi diatas 60oC. industri pangan dan pakan. deterjen. ada beberapa contoh enzim yang mampu melakukan reaksi pada suhu lebih rendah dari katalis konvensional. namun rendeman dan kualitas produk yang dihasilkan lebih tinggi. enzim digunakan sebagai katalis dalam beragam reaksi. penisilin semi sintetik dan obat kanker. Atas dasar kelebihan-kelebihan ini. Dalam praktek. Metode ini akan menjadi proses inti untuk memproduksi senyawa yang sulit atau tidak dapat dilakukan dengan teknikteknik kimia konvensional.Biokatalis. Secara umum. Sehingga. Selain itu. kimia dan farmasi. maka akan semakin mahal biaya yang diperlukan. sedangkan tipe kedua terdiri atas molekul organik yang kompleks. atau regiospesifik . atau stereospesifik (selektif hanya terhadap salah satu stereoisomer) · Kofaktor. Secara umum. merupakan metoda yang tidak asing dalam proses sintesis kimia organik di ranah akademis maupun dalam tataran industri. Secara umum. · · · BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 27 . Biokatalis. suatu reaksi kimiawi yang menggunakan katalis biologis (biokatalis). yang ramah lingkungan. secara ideal dapat memenuhi tuntutan itu. Inhibitor. tidaklah mengherankan. yang disebut sebagai kofaktor. pada Tabel 1 ditampilkan beberapa contoh senyawa-senyawa kimiawi yang diproduksi secara enzimatis. dapat dibuktikan dengan kenyataan bahwa saat ini pasar biokatalis (enzim saja) dalam bisnis global mencapai 1 milyar dolar Amerika. Di masa depan. aspartame.

maka mereka memerlukan: · Identifikasi biokatalis . dan purifikasi produk. biaya dan komponen media lain yang diperlukan. Bagaimana? Bila aspek-aspek yang dikemukakan diatas dijawab secara positif. maka semakin tinggi pula efektivitas penggunaan biokatalis dalam industri kimia.dan/ atau stereoselektif dapat menjadi pertimbangan yang kuat untuk penggunaan biokatalis. “Kapan dan bagaimana menggunakan biokatalis?” merupakan pertanyaan penting yang harus dijawab sebelum industri memutuskan untuk mulai menggunakannya dalm proses produksinya. Peluang pemanfaatan biokatalis akan meningkat. apakah biokatalis tersebut diaplikasikan dalam bentuk sel utuh. Tak kalah pentingnya. yang sudah lama dikenal?”. ataukah dalam bentuk enzim kasar atau murni). kemurnian. Adanya kepastian bahwa proses atau reaksi akan berlangsung melalui rute tertentu juga akan menjadi pertimbangan penting dalam keputusan untuk menggunakan atau tidak menggunakan biokatalis dalam proses produksi. terutama bila jumlah tahapan reaksi dalam memproduksi suatu produk akhir dapat diturunkan secara drastis. inhibitasi substrat/produk. merupakan pertanyaan pertama yang harus dijawab untuk memutuskan pemakaiannya dalam industri. sifat biokatalis yang enansio. jumlah reaksi yang terlibat. selektivitas dan rendeman (yield). Oleh karena itu. sel organela. Dari pengalaman dapat ditunjukkan bahwa semakin positif jawaban yang dapat diberikan atas aspek-aspek tersebut diatas. kualitas produk akhir. laju reaksi yang lebih cepat dan kondisi reaksi yang lebih mild. Masalah pertama menyangkut bentuk biokatalis yang akan digunakan. kebutuhan kofaktor adalah beberapa aspek penting yang perlu mendapat perhatian. keseimbangan reaksi. Jika isu ‘natural’ dan ‘green’ sangat menentukan penerimaan masyarakat terhadap suatu produkproduk tertentu. Lebih lanjut. masih ada beberapa kelemahan dalam pemanfaatannya dalam industri. maka kecenderungan ini juga akan mendorong penggunaan biokatalis sebagai pilihan dalam proses produksi. diimobilisasi ataupun diaplikasikan dalam bentuk bebas. kebutuhan dan ‘pada tataran mana’ integrasi proses dalam kaitannya dengan reaksi-reaksi (jika lebih dari satu reaksi yang terlibat). tahapan-tahapan proses dan integrasi keseluruhan proses perlu diperhitungkan. Kapan? ”Kapan biokatalis bisa dianggap sebagai alternatif yang menjanjikan. rendeman yang lebih tinggi. seperti kebutuhan reagen dan senyawa-senyawa esensial lainnya yang lebih sedikit dan lebih murah. seperti dalam pelarut organik atau dalam media padat. Akhirnya. dalam keseluruhan pembuatan keputusan. apakah reaksi biokatalisis dilakukan dalam media cair konvensional yang ramah lingkungan (green). maka pertanyaan “Bagaimana biokatalis tersebut dimanfaatkan dalam proses produksi?” akan muncul dalam pengambilan keputusan berikutnya. Aspek-aspek yang perlu mendapat perhatian dalam keputusan awal ini adalah: ketersediaan biokatalis. Aspek lain. kemudahan dalam purifikasi produk. Ketersediaan.Biokatalis dalam Industri Kimia Seperti telah diuraikan. kompatibiliats dengan proses yang telah ada juga merupakan hal penting lain dalam keputusan tersebut. juga akan mendorong penggunaan biokatalis dalam proses produksi. terutama karena kebanyakan indutri kimia kurang begitu ‘akrab’ dengan ‘katalis alam’ ini. Namun. dan aspekaspek lingkungan (‘greenness”) juga merupakan aspek penting lainnya. biokatalis mempunyai peranan yang semakin penting dalam industri kimia sintesis. Selain itu. terutama berkaitan dengan kelarutan. serta kondisi reaksi merupakan aspek lain yang perlu mendapat perhatian. Bila industri akan menggunakan proses yang melibatkan biokatalis dalam proses produksinya. yang berarti bahwa penggunaan biokatalis merupakan alternatif yang menarik dalam proses produksi. sel hasil rekayasa genetis. namun perlu juga disadari bahwa saat ini kemajuankemajuan dalam yang berarti dalam bidang ini terjadi juga di bidang katalis kimiawi. Kemampuan komputer yang ada saat ini memungkinkan untuk itu. ataukah dalam media non-konvensional. bila dibandingkan reaksi kimia biasa. Selain itu. biaya. enzim kompleks. Sedangkan masalah kedua menyangkut media reaksi. Kegiatan ini melibatkan pencarian dan penapisan enzim yang tersedia secara Gambar: Dari tahapan riset sampai dengan aplikasi biokatalis 28 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Media padat dapat merupakan keuntungan yang meyakinkan bagi penggunaan biokatalis.

dengan melibatkan metoda-metoda. metode-metode baru. teknik ini juga akan dapat diaplikasikan untuk perekayasaan sistem enzim kompleks. baru dicoba dengan menggunakan sistem-sistem kloning dan ekspresi yang lain. dialisis dan/atau liofilisasi. demikian juga mengenai struktur. yang bertujuan agar biokatalis dapat dipanen dan digunakan kembali dalam proses. alginat. atau tidak ada alternatif kimiawi yang ada. Biasanya. misalnya metoda penggaraman. perbandingan enzim/ dengan matriks dan sebagainya untuk mendapatkan biokatalis yang tepat secara industrial. Pengembangan proses. Selain itu. industri dapat memperoleh atau mengembangkan sendiri biokatalis yang diinginkan. evolusi terarah banyak diterapkan untuk mengembangkan enzim-enzim secara individual. pengikatan silang dengan reaktan bifungsional (dialdehida. parameter kinetika dan penggunaan ulang) dapat diidentifikasi. dan juga stabilitas dan aktivitas dalam kondisi proses sebenarnya. Untuk menghasilkan biokatalis yang memenuhi kebutuhan komersial. Pengalaman mengajari kita bahwa hanya jika sebagian besar aspek-aspek memihak pada biokatalis.komersial. karakterisasi struktural enzim perlu dilakukan. dilakukan imobilisasi enzim. dan lain-lain. Untuk mengawali penguasaan teknologi biokatalis. stabilitas terhadap pH dan suhu. dampak dari penggunaan biokatalis rekombinan semacam ini terhadap keseluruhan pentahapan reaksi dan terhadap proses downstream juga menjadi sasaran kajian dan riset dalam biotransformasi. dekade terakhir ini dipahami sebagai revolusi dalam pemahaman proses biokonversi pada tataran genetik. diperlukan sumber daya teknis yang memadai (beragam keahlian bioteknologis). adsorpsi dan pengikatan secara kovalen dengan pedukung inorganik (seperti gelas berpori. Pada akhirnya. seperti evolusi enzim yang diarahkan (directed enzyme evolution). atau diamina yang diaktivasi dengan carbodiimida). dalam tahap awal. fungsi dan aplikasi enzim masih tetap diperlukan. biokatalisis kombinatorial. sentrifugasi. karaginan). · Sumber biokatalis. · Tahapan produksi enzim secara umum Secara umum. Kesimpulan Dalam artikel ini. bila perlu. telah menghasilkan beragam biokatalis-biokatalis baru. Seperti kita ketahui. seperti pencerapan dalam matriks gel (poliakrilamida. sintesis secara kimiawi konvensional memenangkan kompetisi pada akhirnya. seperti elektroferesa. Bambang Sunarko adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . seperti glutaraldehida. walaupun sampai saat ini. dekstran. mengintegrasikan ke dalam keseluruhan proses sintesis produk yang diinginkan. Demikian juga. dan juga proses untuk memproduksi biokatalis itu sendiri. Beragam metode imobilisasi telah dikenal dan dapat disesuaikan dengan proses-proses industrial. enzim diperoleh dari mikroorganisme (bakteri. Industri yang melakukan pengembangan biokatalis secara aktif biasanya mempunyai koleksi strain-strain mikroba dan enzimenzim dalam jumlah besar dan menganggapnya sebagai sumber daya teknologi kunci. Cibinong. Isolasi. agarosa. Bila proses imobilisasi telah dilakukan dengan hasil yang baik. kondisi proses yang paling baik (nilai pH dan suhu optimal. silica) atau dengan pendukung organik (seperti selulosa. kloning dan perunutan gena. mikrokapsulasi (dengan cara polimerasi interfasial atau dengan mencampurkannya dengan surfaktan tertentu sehingga membentuk reverse micelles).coli melalui suatu vektor tertentu. yang menyandikan sintesis enzim. Setelah enzim dimurnikan.LIPI. upaya kloning dan ekspresi enzim dilakukan pada E. Proses untuk biotransformasi yang diinginkan perlu dikembangkan . seringkali juga dilakukan. maka tahap berikutnya adalah optimasi proses yang menggunakan biokatalis amobil tersebut. penentuan kinetika dan stoikiometri reaksi. ultrasentrifugasi analitis. Dengan waktu yang relatif singkat. presipitasi. terutama untuk mendapatkan jumlah protein yang lebih tinggi. karakterisasi fungsional perlu juga dilakukan. Namun. yang menunjukkan catalytic turnover yang tinggi. Tentu saja. FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography). bila upaya ini tidak/ kurang berhasil. namun dengan meningkatnya akumulasi pengetahuan. waktu kontak dengan matriks pendukung. seperti kebanyakan kasus. pada akhirnya adalah ekonomi yang menentukan apakah aplikasi biokatalis dapat direalisasikan dalam praktek ataukah apakah. biasanya industri memanfaatkan enzim yang tersedia secara komersial untuk proses biotransformasi sederhana (satu tahap). kemudian mengisolasi enzim atau enzim-kompleks yang cocok. Optimasi proses downstream dari biotransformasi seringkali sama pentingnya dengan proses biotransformasi itu sendiri. teknikteknik pengkonsentrasian juga perlu dilibatkan. seperti penentuan aktivitas dan stabilitas enzim pada suhu dan pH yang berbeda. suhu. MSi & Dr. beberapa pertanyaan dipaparkan yang harus dijawab untuk menghasilkan aplikasi biokatalis secara optimal. Prosedur purifikasi melibatkan teknik-teknik kromatografi. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 29 . Untuk tahap-tahap selanjutnya. penyelidikan terhadap aspek-aspek regulasi katalitis dan ekspresi enzim. Dalam praktek. Riset dan Pengembangan Biokatalis dan Biotransformasi Riset dalam bidang ini terutama diarahkan untuk mengembangkan dan optimasi proses yang melibatkan biokatalis. Datadata ini memberi landasan untuk dapat dilakukannya site-directed mutagenesis untuk memperoleh enzim baru yang dapat digunakan dalam bioreaktor secara industri. Setelah itu. menscale-up dan. polimir akrilik). Umumnnya kajian dilakukan untuk mempelajari dan mengidentifikasi pengaruh pH. serta rekayasa metabolik (metabolic engineering). tahap pertama yang perlu dilakukan adalah pemurnian enzim dari media fermentasi. spektroskopi (UV-VIS dan/atau flueresens). Selain itu. jamur dan kapang) yang ‘dipanen’ melalui proses fermentasi. maka biokatalis merupakan proses yang akan menjadi pilihan. Untuk pengembangan biokatalis in-house. dan mampu melakukan transformasi baru merupakan hal penting untuk memperluas area penerapan bioteknologi. * Theresia Umi Harwati. Namun. Upaya pengembangan biokatalis baru mencakup penapisan mikroba dan biomaterial secara ekstensif untuk mengidentifikasi aktivitas yang diinginkan. Pengembangan katalis yang stabil. misalnya dengan menggunakan HPLC (High Pressure Liquid Chromatography). ultrafiltrasi. Selain itu. atau bahkan melakukan pengembangan biokatalis baru. biasanya industri juga mencoba proses yang multi-tahap yang melibatkan lebih dari satu enzim.

step ini bisa 30 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . beta. masing-masing alpha. Dengan alasan tersebut diatas. (A) virus DBD (B) (B) penyakit infeksi virus. Proses virus entry dari HIV terdiri dari binding (Step 1 Gambar 4). Kita ambil saja virus HIV sebagai contoh. Walaupun beberapa obat digunakan secara klinis. Binding adalah interaksi antara virus dan sel inang (host cell) melalui reseptor yang ada di permukaan sel inang dengan protein yang ada di permukaan virus (Gambar 4). Karena itu. umumnya obat tersebut hanya mempunyai tingkat efektifitas yang rendah dan masih memilik efek samping. interferon telah berhasil dibuat secara masal. penyakit ini juga merupakan masalah serius karena jumlah orang dengan HIV/AIDS (ODHA) terus meningkat tiap tahunnya. Awalnya interferon diambil melalui ekstraksi dari darah manusia. Begitu juga obat AIDS seperti AZT. Interferon adalah protein yang diproduksi oleh sel ketika diinfeksi oleh virus atau pathogen lainnya. wabah DBD merupakan wabah rutin yang terjadi setiap tahunnya. dimana virus masuk ke dalam sitoplasma sel. terutama di negara-negara tropis. bahkan sudah meluas sampai ke benua Eropa dan Amerika. Di Indonesia sendiri telah terjadi wabah H5N1 sebagai perluasan dari wabah yang terjadi di Asia Tenggara. yaitu proses terjadinya perbanyakan (replikasi) virus virus di dalam sel inang. dengan teknik genetic engineering. Misalnya CD4. Bahkan dalam kondisi sekarang ini. yaitu proses keluarnya virus dari dalam sel untuk menginfeksi sel lainnya. Virus HIV (A) dan Virus Begitu juga penyakit AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) yang disebabkan oleh infeksi virus HIV (Human Immunodeficiency Virus). fusion. yaitu proses masuknya virus ke dalam sel inang . maka usaha untuk penemuan dan pengembangan obat antivirus merupakan hal yang penting. termasuk Indonesia. yang efektifitasnya tidak tinggi dan memiliki efek samping yang sama. integration. seperti ko-infeksi dengan Tuberkulosis (TBC) dan/atau hepatitis C. Secara detil ketiga proses ini berbeda untuk setiap virus. Secara nasional. Juga sama halnya dengan Amantadine. penyakit AIDS sering menimbulkan komplikasi dan ko-infeksi. Sementara itu. Alpha interferon juga terbukti efektif untuk hepatitis B dan beberapa penyakit kanker. Gambar 1. Reseptor ini bersifat spesifik. Fusion adalah proses menyatunya virus dengan sel. Karena itu. Wabah flu burung H5N1 telah telah terjadi di berbagai negara. Secara global. Secara umum ada 3 tahap life cycle virus. penemuan obat antivirus juga dilakukan melalui tiga pendekatan. (A) Hepatitis C (B). dan pemakaian yang lama dari obat ini bisa menimbulkan efek samping seperti panas dan bahkan rontoknya rambut. demam berdarah dengue (DBD) juga merupakan penyakit infeksi serius. Interferon dilepas ke aliran darah atau cairan intercellular dan menginduksi sel sehat untuk memproduksi enzim guna melawan infeksi tersebut. Alpha interferon telah disapprove untuk pengobatan leukemia dan hepatitis C. Tetapi sejak tahun 1980. Obat untuk hepatitis C. Sehingga WHO memperkirakan akan terjadi pandemi flu burung H5N1 di dunia di masa yang akan datang. Sebut saja flu burung. Sesuai dengan life cycle dari virus tersebut. Proses replikasi virus lebih kompleks lagi. misalnya. dimana terjadi berbagai penyakit infeksi virus. sampai pada protein cleavage (Gambar 4). Beberapa contoh obat antivirus. yaitu 1) virus entry. interferon dianggap sebagai salah satu biofarmasetik yang potensial. yang merupakan reseptor dari virus HIV. (B) Gambar 2. Virus influenza H5N1 (A) dan Bahkan sejaktahun ini telah membawa korban jiwa. dan uncoating (Step 3 Gambar 4). merupakan penyakit lama yang sampai saat masih menjadi masalah besar di dunia. protein synthesis . Saat ini digunakan interferon atau gabungan interferon dengan ribavirin. Ada tiga jenis interferon. sehingga sulit untuk mendapatkan dalam jumlah yang banyak. Virus HIV misalnya. Untuk Indonesia. genome replication. 2) virus replication.Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus Penulis: Andi Utama* M asalah penyakit infeksi virus adalah masalah besar baik secara global maupun nasional. lebih dari 100 jutas kasus DBD terjadi setiap tahunnya. Pendekatan untuk penemuan obat antivirus Untuk penemuan obat antivirus perlu diketahui life cycle (siklus hidup) dari virus itu sendiri. Sedangkan uncoating adalah lepasnya gemon virus dari selubungnya dan masuk ke sitoplasma. dan 3) virus budding. artinya hanya bisa berinteraksi dengan virus tertentu. tidak hanya di Asia. Gambar 3. sehingga Kementrian Kesehatan menyatakan sebagai Keadaan Luar Biasa (KLB). Karena penyakit ini menyerang system imun tubuh. yang merupakan obat antivirus influenza. misalnya. 1) Penemuan senyawa/zat yang menghambat proses virus entry Sesuai dengan proses virus entry ini. masing-masing binding. proses virus entry terdiri dari sedikitnya 3 step. dan gamma interferon. Obat ini memicu munculnya virus influenza yang resisten. dan uncoating. hanya bisa berinteraksi dengan virus HIV. Sampai saat ini belum ditemukan obat yang efektif untuk sebagian besar ada beberapa pendekatan yang bias dilakukan untuk penemuan obat antivirus. dimana dimulai dari reverse transcription. penemuan obat antivirus merupakan hal yang urgen. Step binding merupakan tahap awal dari infeksi dan merupakan proses yang signifikan untuk menentukan terjadi tidaknya infeksi. fusion (Step 2 Gambar 4). Keampuhan obat ini tidak lebih dari 50 persen.

sehingga enzim ini dijadikan target penemuan obat antivirus influenza. Setelah itu terjadi proses genome integration (Step 5 Gambar 4). terjadi proses genome replication (Step 6 Gambar 4). Copaifera paupera. Setelah genom dengan AZT (Table 1) adalah inhibitor virus masuk ke dalam sitoplasma. Draconitium Ioretense. Mari kita lihat lagi deoxythimidine atau yang lebih dikenal virus HIV sebagai contoh. Seperti contoh virus influenza. helikase. dengan reseptor RNA). perlu diakui bahwa obat yang ada saat ini umumnya senyawa kimia sintetis. Bersamaan dengan itu. influenza dari inhibitor ion channel yang dijual di pasaran dan digunakan secara Jelas bahwa proses virus replication ini klinis sampai saat ini. yang saat ini menjadi topik hangat. 1995). dimana banyak sekali enzim yang berperan. Phyllanthus niruri. yang dibentuk oleh protein M2. Nicotiana tabacum. Inhibitor yang diperlukan di merupakan intermediate product. Pada step Tentu saja untuk itu mengetahui ini terbentuk poliprotein yang belum mekanismenya menjadi syarat mutlak. RNA polimerase berperan membentuk untai RNA (RNA strand) Gambar 4. 3’-azido-3’untuk setiap virus. yaitu menyatunya DNA tadi dengan genom sel inang. upaya untuk penemuan obat antivirus dari biodiversity terus dilakukan. 2000): (1) Harus menghambat perkembangbiakan virus tanpa memberikan efek terhadap sel inang (2) Harus memeiliki aktivitas yang luas (3) Tidak boleh yang menekan sistem immune (immunosuppressive) Pada penelitian tanaman di Amazon. Mangifera indica. ada beberapa tanaman yang bersifat antivirus. Proses ini melalui dua step. yang banyak diteliti. Oseltamivir atau yang lebih dikenal dengan Tamiflu. Selain itu. dan berpegang pada prinsip bahwa yang alami itu lebih aman dibandingkan yang sintetis. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 31 . Siklus hidup virus HIV baru yang komplementari dengan RNA genom. Karena Proses ini dinamakan protein cleavage itu. juga terjadi proses protein uncoating juga bisa dijadikan target. Jika proses ini bisa dihambat. Double sini bisa berupa senyawa/zat yang bisa strand RNA ini kemudian dipisahkan lagi berinteraksi. atau inang maupun dari virus itu sendiri. reverse trandiperlukan beberapa enzim. Salah satu obat anti-HIV yang Secara detil proses ini juga berbeda dipakai saat ini. yaitu virus assembly (Step 9 Gambar 4) dan release. Bersamaan dengan genome binding tidak terjadi. umumnya seperti enzim protease. Dalam step ini. matang (immature) dan belum berfungsi. Step ini difungsikan oleh enzim integrase yang juga diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. penelitian yang mendalam banyak dilakukan terhadap Curcuma sebagai obat antivirus HIV (Mazumder. yang merupakan proses perbanyakan genom yang difungsikan oleh enzim RNA polimerase dan RNA helikase. menghambat proses virus budding Step ini difungsikan oleh enzim reverse Setelah replikasi genom terjadi di dalam sel. virus akan keluar dari sel dan siap menginfeksi sel lainnya. proses reverse transcription (Step 4 Gambar 4). dan Uncaria tomentosa. Sama halnya dengan proses lainnya. Proses ini difungsikan oleh RNA atau protein dari virus. Biodiversity untuk obat antivirus Berbicara tentang obat antivirus. Namun.transcriptase yang diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. semua genom virus yang telah disintesa dibungkus oleh protein selubung virus sehingga menjadi virus baru yang sempurna. Virus baru ini kemudian keluar dari sel (release) dan siap untuk menginfeksi sel lainnya. Pada proses ini. yaitu proses sintesa DNA dari 3) Penemuan senyawa/zat yang RNA yang merupakan genom virus HIV. inhibitor protein M2 bisa dijadikan (Step 8 Gambar 4) dan dilakukan oleh sebagai obat antivirus influenza. yang menghambat proses budding ini. yang 2) Penemuan senyawa/zat yang jika salah satunya tidak berfungsi proses menghambat replikasi virus di dalam sel virus replication ini tidak akan terjadi. synthesis (Step 7 Gambar 4). baik secara langsung menjadi untai RNA tunggal (single strand maupun tidak langsung. telah Untuk menjadi protein matang (mature) ditemukan bahwa proses uncoating/ dan berfungsi. virus. Virus assembly adalah step dimana semua komponen virus seperti genom dan protein-protein menyatu sehingga menjadi virus yang sempurna. dan dari hasil studi awal diduga juga memiliki efek antivirus terhadap virus hepatitis C (HCV) dan HIV. polimerase. Step fusion dan replication. enzim protease. maka tertutup kemungkinan virus bisa menyebar ke sel lain di dalam tubuh. baik dari sel scriptase. Karena itu. banyak yang bisa dijadikan Di dalam sel terjadi proses replikasi target untuk penemuan obat antivirus. untuk penemuan obat yang mentargetkan proses virus budding ini diperlukan pengetahuan tentang mekanisme budding itu sendiri. poliprotein ini perlu encapsidation terjadi melalui ion channel diproses menjadi masing-masing protein. diketahui efektif terhadap penyakit infeksi hepatitis B. Setiap virus memiliki mekanisme yang berbeda dan protein/enzim yang berperan dalam proses tersebut berbeda pula. terutama dari tanaman. adalah obat influenza yang merupakan inhibitor neurimidase. Curcuma Ionga. terjadi reverse transcriptase. Virus HIV juga memiliki Amantadine dan rimantadine adalah obat dan mengkodekan enzim protease ini. yang menghasilkan untai RNA dijadikan target untuk penemuan obat ganda (double strand RNA) yang antivirus. integrase. Croton lechleri. sehingga proses helikase. enzim neurimidase (enzim yang terekspresi di selubung virus) berperan dalam proses budding ini. karena banyak obat tradisional yang berasal dari biodiversity. Pada virus influenza misalnya. Penemuan obat antivirus harus memenuhi 3 kriteria (Colegate SM. Phyllanthus niruri. merupakan proses yang kompleks.

sehingga mengakibatkan tumpukan IMP dan akhirnya mengganggu replikasi DNA/RNA. Diperkirakan ada sekitar 30 sampai 100 juta species di bumi ini. Penelitian lebih lanjut menunjukan bahwa tanaman Rhizophoraceae menghambat proses virus entry. 1996). 1999). seperti contoh tanaman dan hewan sebagai makanan. Studi lanjut membuktikan bahwa EC50 (konsentrasi untuk menghambat 50% perkembangbiakan virus) dari Prostatin adalah 0. Masyarakat local hidup dengan biodiversity yang ada di sekelilingnya. 1999). terutama ekstrak polisakarida-nya. Selain itu mereka juga memanfaatkan biota liar untuk menjaga kesehatannya. 1992). diantara penyakit infeksi virus. biodiversity adalah sumber daya alam.09 mg/ml (Witvrouw. termasuk inhibitor reverse transcriptase dan inhibitor protease. Hasil penelitian menunjukan bahwa Prostatin menghambat proses viral entry melalui interkasi dengan protein dari sel yang berperan penting dalam proses viral entry.Table 1. AZT adalah competitive inhibitor dari enzim reverse transcriptase virus HIV. 1992). Amantadine menghambat fungsi protein M2 yang berfungsi sebagai ion channel. Prostatin bahkan dibuktikan efektif terhadap virus HIV yang resisten terhadap berbagai obat. dan bahkan SIV (simian immunodeficiency virus) (Premanathan. 32 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . yang banyak diteliti adalah obat antivirus AIDS. Diversity ini berkurang dengan kecepatan 27 ribu species/tahun atau 74 species/hari atau 3 species/jam (Wilson. Cibinong. yang penting bagi manusia dan ekosistem. ternyata zat aktif yang berperan adalah prostratin atau 12-deoxyphorbol ester. 1992). Ekstrak dari Homalanthus nutans secara in vitro menunjukan inhibisi terhadap virus HIV-1 (Gustafson. Andi Utama adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI. baik influenza A maupun influenza B. Zidovudine (AZT) Digunakan untuk penanganan pasien AIDS (acquired immunodeficiency syndrome) Sejauh ini. Kita berharap dalam waktu tidak lama. dan migrasi penduduk ke kota. Pengetahuan dan tradisi ini diturunkan dari generasi ke generasi.02-0. hewan. Adapun sumber yang digunakan cukup beragam termasuk mikroba dan tanaman. 2003). Gancyclovir adalah analog dari acyclovir yang digunakan untuk terapi infeksi cytomegalovirus dan virus herpes lainnya. Gancyclovir Cara kerja-nya sama dengan acyclovir Amantadine Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza A. mikroorganisme. Juga digunakan untuk pengobatan infeksi serius virus herpes pada alat kelamin. * Dr. tanaman yang sering digunakan untuk berbagai pengobatan. Juga telah dibuktikan bahwa Prostatin berikatan dan mengaktifkan protein kinase C secara in vitro. Dengan kata lain. yang mutlak diperlukan untuk replikasi virus. Fungsi beberapa obat antivirus Nama obat Acyclovir Struktur kimia Penggunaan Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus herpes. (Bidang Virologi) Ribavirin Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus. Setelah diteliti lebih jauh. Uji toksisitas menunjukan bahwa Prostatin hanya menginduksi ornithine decarboxylase 2530% dari senyawa phorbol ester lain. tidak untuk influenza B. Osetalmivir menghambat fungsi enzim neurimidase (NA) berperan dalam proses budding virus influenza. yang diperlukan untuk produksi DNA provirus dari template RNA. 1998). HIV-2. dan senyawa ini tidak berfungsi sebagai tumor promoter. Osetalmivir (Tamiflu) Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza . Sebagai hasilnya ditemukan bahwa tanaman dari tanaman Mangrove dari famili Rhizophoraceae menghambat perkembangbiakan virus HIV pada sel MT4 (Premanathan. lebih khusus virus herpes simplex tipe 1 dan 2. dan mereka mempelajari bagaimana memanfaatkannya. modernisasi pertanian. Pengembangan Prostatin sebagai obat antivirus HIV terus dilakukan dan sepertinya masih memerlukan waktu sampai penggunaan secara klinis. obat ini benar-benar bisa digunakan untuk kebutuhan pasien yang mengidap berbagai penyakit infeksi virus. walaupun dosisnya 30 kali lebih tinggi. baik virus DNA (seperti hepatitis B) maupun virus RNA (seperti hepatitis C). Tanaman lain yang banyak diteliti adalah Homalanthus nutans . terbukti menghambat pertumbuhan virus HIV dan bahkan juga menghambat ekspresi antigen virus HIV pada sel MT-4 (Premanathan. Uji menggunakan sel menunjukan bahwa 1 mM prostratin menghambat virus HIV-1 membunuh sel C-8166 dan sel U937 (Gustafson. Fungsi Acyclovir menghambat fungsi enzim thymidine kinase dari virus herpes. Hal yang sama juga ditemukan pada Rhizophora apiculata yang menghambat perkembangbiakan virus HIV-1. Biodiversity adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan. Namun makin lama biodiversity makin berkurang karena industrialisasi. Misalnya Rhizophora mucronata. Diantara sumber tersebut yang banyak diteliti adalah tanaman. polusi. yang diperlukan untuk uncoating. Ribavirin menghambat fungsi inosine monophosphate (IMP) dehydrogenase. dan ekosistim dimana organisme ini hidup (Convention on Biological Diversity. Polisakarida dari Rhizophora mucronata menghambat ikatan virus HIV dengan sel secara sempurna.

mikroorganisme maupun invertebrate ternyata belum banyak dimanfaatkan dan dikelola secara optimal. bakteri laut sangat efektif menurunkan tingkat pencemaran dengan memecah komponen minyak hingga menjadi air dan karbon dioksida. polisakarida. pemanfaatan seluruh jenis biota laut tetap harus membumi atau memperhatikan prinsipprinsip lingkungan agar kita tidak menyesal di kemudian hari. Tidak ketinggalan jenis invertebrate. farmasi dll c. minuman. kuda laut. HIV/AIDS. dapat juga dilakukan rekayasa genetika untuk budidaya ikan dan biota laut yang bernilai ekonomis tinggi Untuk dapat mengetahui potensi biota sebagai bahan baku obat. diantaranya senyawa baru Barangmideditemukan di Kepulauan Barang Lombo dan Bitungolide A-F dari Pulau Bitung. dan lain-lain. influenza HIV/AIDS. Mikroorganisme Kekayaan hayati laut Indonesia menjadi lengkap dengan adanya berbagai jenis mikroorganisme laut. ataupun perban. Bioprospecting Keanekaraman Hayati Laut Indonesia Perlu dicatat bahwa selain pertanian. hati ikan buntel untuk obat tetrodotoxin yang memperbaiki saraf otak yang rusak dan mengurangi rasa sakit. laut Nusantara mewadahi hampir semua makhluk hayati laut. Senyawa bioaktif Monoalide yang diperoleh dari spons Luffariella variabilis merupakan senyawa yang memiliki nilai jual tertinggi daripada senyawa bioaktif dari spesies spons lainnya. juga ada kitin dan kitosan dari kulit udang dan kepiting untuk obatanti kolesterol. biomedis. yang sangat dibutuhkan dalam proses pembuatan produk-produk kosmetik. Tahukah Anda. yaitu 20. Berbagai senyawa-senyawa bioaktif produk alam (natural products) seperti skualen. kura-kura. Potensi tersebut sebenarnya memiliki prospek yang cerah untuk dikembangkan antara lain untuk keperluan industri makanan sehat. kosmetik dan industri berbasis bioteknologi lainnya. Sebagai negara maritim terbesar di dunia dengan garis pantai terpanjang kedua setelah Kanada (81. Selain itu.Dari Redaksi >> Melirik Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia Penulis : Elvi Yetti* S ekali lagi. bakteri laut dapat dimanfaatkan untuk mengatasi pencemaran minyak. dan minuman. Salah seorang peneliti bakteri laut dari Pusat Penelitian Oseanografi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Ruyitno bahkan menjelaskan bahwa selain menjadi bahan obat-obatan. Kedua komponen yang dihasilkan ini ramah lingkungan dan tidak beracun bagi biota laut lainnya. makanan tambahan. Pada spons dan karang lunak terdapat senyawa bioaktif yang berfungsi sebagai alat pertahanan diri dari musuh alaminya. kosmetika dan apilaksi lain yang berbasis bioteknologi maka perlu dilakukan uji bioprospecting. Hewan Laut Banyak sekali jenis hewan laut yang memiliki potensi untuk pengembangan bioteknologi Indonesia. Senyawa itu ternyata berkhasiat obat dan kemudian dibuat sintetisnya. Menurut Sugiono Moeljoprawiro. laut dan udara. hasil penelitian para pakar menyebutkan bahwa banyak mikroorganisme laut menyimpan kandungan senyawa biopolimer. biokatalis. B. sudah dapat meraup devisa dari industri bioteknologi kelautan lebih dari 40 milyar dollar per tahun. Sensus biota laut yang diselenggarkan oleh Pusat Penelitian Oseanografi LlPI bekerjasama dengan Universitas Osaka Jepang baru-baru ini berhasil menyeleksi 1. Ini dengan asumsi bila digarap secara optimal. Perairan laut Indonesia menyimpan berbagai potensi keanekaragaman hayati untuk pengembangan bioteknologi. antara lain ikan. Dari jumlah tersebut ditemukan 73 senyawa aktif yang berkhasiat antikanker. maupun beragam mikroorganisme laut. Sedangkan obat anti-asma dibuat dari senyawa spons Cymbacela. Bila dilihat dari jenisnya. Alga hijau juga dapat bermanfaat untuk menyembuhkan penyakit kardiovascular. kosmetika. dan kerang. Biota laut untuk industri yaitu industri makanan. C. tempurung kura-kura untuk obat luka dan tetanus. dan diabetes. Namun. Sebagai perbandingan. pelangsing tubuh. bioaktif. Selain itu. Tumbuhan ini dapat diolah untuk obat influenza dan bahan pengawet makanan. udang. diabetes dan anti bakteri b. Ular dari laut diambil serbuknya untuk meningkatkan daya ingat. Adapun serbuk kerang digunakan untuk obat mag. kerangkerangan. omega3. bioteknologi kelautan pun sebenarnya menjanjikan keuntungan bisnis yang cukup besar. dan rumput laut. Spons dari spesies Petrosia contegnatta di antaranya diambil senyawa bioaktifnya untuk obat anti-kanker. Selanjutnya ia menyebutkan ada sekitar 100 jenis bakteri di laut yang sebenarnya dapat mendegradasi minyak.216 spesies spons. hepatitis. biota laut Indonesia yang saat ini dapat bermanfaat untuk pengembangan bioteknologi dapat dikelompokkan menjadi: A. Biota sebagai bahan obat dan aplikasi bidang farmasi yaitu sebagai anti kanker. Kekayaan tak ternilai tersebut tersebar dari darat. udang. fikokoloid dan biopolimer yang terdapat pada mikro dan makroalgae. ular laut. baik makroflora dan fauna laut. Tumbuhan Laut Jenis tumbuhan laut yang sudah diketahui manfaatnya untuk pengembangan bioteknologi adalah rumput laut atau berbagai jenis alga terutama alga hijau. bidang ini relatif belum terjamah. seperti ikan. kepiting.360 dollar AS per miligram. Mengenal Potensi Laut Indonesia Untuk Bioteknologi Seluruh keanekaragaman jenis mahluk hidup yang berada di laut dikenal dengan biota laut. dan Monoalide. dan sebagainya. Disamping itu riset tentang rumput laut saat ini diarahakan untuk obat hepatitis. Melalui teknik bioremediasi. Dari berbagai riset yang dilakukan telah diketahui bahwa berbagai jenis kekayaan hayati laut Indonesia dapat bermanfaat untuk perkembangan riset dan industri bidang bioteknologi. Amerika Serikat saja yang memiliki potensi keanekaragaman hayati laut yang jauh lebih rendah daripada Indonesia.000 kilometer). Sayangnya. farmasi. Senyawa bioaktif lainnya dari spons yang juga digunakan untuk industri farmasi adalah Bastadin. Hewanhewan ini banyak dimanfaatkan untuk aplikasi bioteknologi di bidang farmasi yaitu: obat tidur dan obat penenang dari kuda laut. salah seorang peneliti Balai Penelitian Bioteknologi dan Genetika Pertanian. Departemen Kelautan dan Perikanan memperkirakan perolehan devisa dari bioteknologi kelautan ini bisa mencapai US$4 miliar. Biota laut sebagai alternatif bioenergi d. Potensi kekayaan tersebut antara lain adalah: a. kita harus sangat bersyukur karena Indonesia benarbenar kaya. Okadaic acid. Bioprospecting adalah pemanfaatan sumberdaya genetik dan hayati berkelanjutan baik untuk tujuan ilmiah BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 33 . Rumput laut yang selama ini lebih dikenal untuk makanan ternyata memiliki berbagai khasiat.

perguruan tinggi itu. Cibinong. dan organisme berkualitas. alih fungsi kawasan hutan mangrove. antipenuaan. tetapi lebih dari itu terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya . Namun. Pengujian dengan sistem robotik itu bertujuan untuk mengetahui interaksi molekuler dari senyawa dari alam. Perhatian pada konservasi dan pemanfaatan berkesinambungan berarti membuka sumber pendapatan baru. dan penyedia jasajasa lingkungan laut yang berpotensi sebagai basis model pembangunan berkelanjutan. Dan sejatinya. pemanfaatannya yang optimal dan konservasi yang berkesinambungan dapat menjamin masa depan bangsa. kata Linawati menjelaskan. sampel biota yang ada harus dikirim ke luar negeri antara lain ke Belanda. perlu diketahui dulu mekanisme timbulnya penyakit sehingga kemudian dapat ditentukan target molekul yang dapat digunakan untuk obat. Tahapan tersebut mulai dari proses pencarian dan pengembangan sumber-sumber baru senyawa kimia. Beberapa spesies rumput laut. penggunaan tributiltin pada cat kapal. Oleh karena itu dibutuhkan perangkat-perangkat pendukung untuk pengaplikasiannya. IPB. Pusat Penelitian Oseanografi (P2O) LIPI sudah melakukan penelitian aktivitas antimikroba dan antikanker pada spons laut sejak tahun 1997. Contoh paling nyata adalah dalam proses pencarian obat. Selain itu COP2 juga membahas akses pada sumber daya genetik. Akibatnya. sponge. antibiotik. Informasi mengenai sumber daya alam ditindaklanjuti dengan penelitian dasar dan penelitian terapan. kemudian masuk ke tahap produksi. Lebih dasar lagi. Lembaga riset yang berhasil melakukan itu antara lain LIPI.LIPI.000 senyawa. penambangan pasir laut. seperti reklamasi pantai.ataupun komersil. Dan juga terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya. S. Salah satu tema utama dari Conference of Parties (COP) kedua yang diselenggarakan di Jakarta tahun 1995 adalah mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut yang menjadi kepentingan Indonesia sebagai tuan rumah COP2.000 senyawa per hari. antidiabetes. Annex I (memuat kesimpulan tambahan dari rekomendasi SBSTTA) dan Annex II (program untuk kerja lebih lanjut). Konservasi keragaman hayati juga sangat penting untuk bioprospecting. Di alam ini terdapat puluhan juta senyawa di tumbuhan dan biota. Selain itu mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut termuat lengkap di dalam “Jakarta Mandate on Marine and Coastal Biological Diversity”. Baru kemudian tanaman obat bisa dijadikan sesuatu yang bernilai ekonomi tinggi. namun belum ada lembaga riset dan industri yang memiliki fasilitas tersebut. seperti P2O-LIPI. *Elvi Yetti. para peneliti dari IPB saja. pemasaran. CBD bertujuan agar keanekaragaman hayati di dunia ini lestari dengan mengkonservasi. Keputusan menyangkut keanekaragaman hayati pesisir dan laut ada tiga bagian yaitu keputusan. introduksi spesies asing. and to share the benefits of biological diversity). dan bioinsektisida. Departemen Kelautan dan Perikanan lewat Badan Riset Kelautan dan Perikanan (BRKP) dilingkungan departemen itu menetapkan bioteknologi kelautan dan perikanan sebagai program unggulan atau program utama sejak tahun 2002. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu belum dimanfaatkan optimal. antikolesterol. keanekaragaman hayati ini merupakan potensi sangat strategis bagi negara Indonesia untuk meningkatkan taraf hidup masyarakatnya. . Selanjutnya untuk mengembangkan obat. memanfaatkan secara berkelanjutan dan berbagi manfaat dari keanekaragaman hayati (to conserve. Hal senada juga disinggung oleh Direktur Lembaga Eijkman Prof Sangkot Marzuki. akan ditemukan satu yang berkhasiat obat. dengan keanekaragaman hayati laut tinggi. . Hal inilah yang membuat Indonesia tidak dapat menjaga kerahasiaan dari faktor penting yang terkait dengan HKI dan daya saing industri. Setelah itu dilakukan pengembangan produk. konservasi dan pemanfaatan keanekaragaman hayati yang berkelanjutan dan keamanan hayati. bahan baku kosmetik dan farmasi. Diperkirakan dari 10. dan terakhir distribusi. gen. Prinsip Lingkungan Dalam Pemanfaaatan Keanekaragaman Hayati Secara teoretis. Dalam rangka pengembangan riset bioteknologi kelautan dan perikanan bahkan telah didirikan Laboratorium Bioteknologi Kelautan dan Perikanan yang pembangunannya dilakukan secara bertahap. Indonesia sudah menandatangani CBD pada saat di KTT Bumi tanggal 5 Juni 1992 dan sudah meratifikasi CBD tanggal 23 Agustus 1994 dengan UU No 5/1994. CBD sudah ditandatangani oleh 168 negara dan diratifikasi oleh 160 negara. kata Sangkot. to sustainably use. Ada beberapa tahapan bioprospecting yang harus dijalani untuk memperoleh hasil akhir yang memuaskan. Di antara lembaga riset dan ikan menggunakan bom dan racun (sianida). BPPT dan beberapa Perguruan Tinggi. Erosi keanekaragaman hayati ini bukan hanya merupakan krisis hilangnya spesies yang memiliki potensi menghasilkan dollar bagi perusahaan dengan menyediakan bahan mentah industri. 34 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Pembangunan tahap pertama dilaksanakan tahun 2003 di atas area seluas 840 meter persegi. Salah satu ketentuan yang termuat dalam kesepakatan tsb menyebutkan bahwa habitat ekosistem dan seluruh komponen hidup yang terdapat di laut merupakan unsur utama yang yang harus dilindungi. untuk mengetahui kandungan zat aktif. PhD yang mengatakan untuk mengidentifikasi senyawa aktif berkhasiat obat diperlukan mesin otomatis yang disebut high throughput screening. Selain itu juga keterampilan. Dalam proses ini diperlukan penelitian dasar mengenai penyakit hingga pengujian serta uji klinis. Brazil tahun 1992. dan Universitas Andalas. Hal itu disebabkan karena di dalam keanekaragaman hayati itu tersimpan sumber daya yang terbarukan (renewable resources) yang berguna sebagai sumber plasma nutfah. sumber pangan. Setelah itu diketahui. 1994). dalam diskusi itu terungkap kendala dalam pengembangan obat-obatan. Badan Riset Kelautan dan Perikanan DKP. Untuk menjaga agar pemanfaatan keanekaragaman hayati tetap membumi maka sebanyak 139 negara termasuk Indonesia telah membuat kesepakatan yang tertuang dalam Konvensi Keanekaragaman Hayati (CBD) di Rio de Janeiro. hal itu adalah krisis yang mengancam sistem penopang hidup dan penghidupan jutaan penduduk di negaranegara Dunia Ketiga (Shiva.Si. antara lain terbatasnya sarana peralatan untuk mengidentifikasi zat aktif dari bahan alam itu. Dalam Suatu Diskusi Ahli Biokimia dan Farmasi Kelautan yang diselenggarakan Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP) di Jakarta tahun 2004 lalu dipaparkan hasil pengisolasian zat aktif yang berkhasiat obat dari biota laut di perairan Indonesia. apabila dites secara acak. dan teknologi pengembangan produk baru bagi pasar global. berhasil menemukan 34 senyawa aktif dari 57 spesies yang ditemukan di perairan Indonesia. karang lunak. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu bukan saja belum dimanfaatkan optimal. infrastruktur. adalah staf peneliti di Puslit Bioteknologi . Kapasitas yang dapat dilakukan alat pelarik ini 100. menurut Dr Linawati Hardjito dari Departemen Teknologi Hasil Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB. lalu dilakukan kloning. moluska diketahui memiliki zat antikanker. serta penangkapan Riset Bioteknologi Bidang Keanekaragaman Hayati Laut Riset bioteknologi kelautan saat ini dilakukan oleh beberapa institusi. Lebih lanjut ia menyebutkan bahwa pada dasarnya konsep bioprospecting modern memberi negara berkembang kemampuan memperbaiki nilai tambah sumber daya alamnya.

hutan. berlimpah pada limbah pertanian. pemanis dan minuman ringan telah meningkatkan pula perhatian manusia pada dampak kesehatannya. murah. yang tersedia secara berlimpah dan murah. juga melaporkan bahwa Latau whey sebagai material awal untuk arabinosa juga berfungsi sebagai pencegah produksi rare sugars. Dengan sangat berguna pada kombinasinya definisi tersebut. 900. Hal ini disebabkan xylitol mampu menghasilkan panas negatif. sejak ditemukannya gula xylitol. Pada tahun 2002. Beberapa biotransformasi ini. obesitas. terdapat secara B Virus) dan anti EBV (Epstein B Virus). pada tahun 1998 thermia. Huwig. telah mencapai 15. Meskipun demikian. diperlukan upaya pengembangan terhadap aktifitas enzim sucrase usus teknologi fermentasi yang mampu (gambar 1) dan juga menekan pengaruh memproduksi rare sugars tersebut secara glycemia paska penghambatan proses ekonomis. Fungsi L -Arabinosa dalam usus kecil. otitis acute pada anak-anak. produksi gula alternatif bagi gula yang sudah mendominasi saat ini sangatlah mungkin. produksi gula global melampaui angka 133 juta ton pertahunnya. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir. Pada tahun 2002. D-glukosa bisa postprandial hyperglycemia pada didapat dari pati. glukosa dan D-galaktosa. Para peneliti telah mengetahui aplikasi penting dari L-arabinosa. Sifat lain dari xylitol menghasilkan rasa dingin pada mulut ketika berinteraksi dengan air liur. L-monosakarida sebagai monosakarida dan derivatifnya memiliki karakter antineoplastic dan yang terbilang langka di alam. Komponen potensial obat untuk anti-HBV (Hepatitis monosakarida tersebut. jumlah penduduk yang terkena penyakit diabetes. Produksi xylitol dunia. yang sangat baik bagi kesehatan. produksi High derivatif L-sugar juga diketahui memiliki Fructose Corn Syrup (HFCS) bisa potensi sebagai antiviral agent dan bisa dilakukan dengan bahan baku yang juga digunakan sebagai terapi antigen. terlepas dari insulin pada saja tidak masuk ke dalam metabolisme manusia dan menghasilkan energy sebesar tubuh atau masuk ke dalam metabolisme 4 Kcal. Derivatif dari rare-sugars juga telah digunakan sebagai agent bagi antiWaste material sebagai bahan baku hepatitis B virus dan human immunodefirare sugar yang murah dan berlimpah ciency virus (HIV). Produksi xylitol dibanding dengan natural sugars. biologi terapi. Beberapa aplikasi penting dari mengembangkan pemanfaatan L-sorbose rare sugars bisa dilihat pada tabel 2. terutama tepung. para peneliti telah mampu mengemukakan fenomena yang terjadi pada starch dan apa akibat dari kerja enzim tersebut. dimana L-arabinosa Mengingat potensi dari rare sugars berperan sebagai inhibitor yang selektif tersebut. Salah satu jenis dari rare sugars meliputi terapi surgery. mints dan pasta gigi. gm sama dengan beberapa tetapi tidak teraplikasi lebih lanjut makanan diabet lainnya. Selain itu. dan jantung meningkat dari tahun ketahun. K A R U N I A YA N G B E L U M TEREKSPLORASI Oleh : Budi Saksono* P roduksi gula telah dimulai sejak abad ke 17. Rare sugars. Oleh karena itu. menunjukkan komposisi dari BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 35 . Diantara sumber utama gula absorpsi sukrosa. Yang untuk memproduksi glycosidase inhibitor. Karena fungsinya yang seperti itu. kanker. Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon. fenomena tersebut. Aplikasi Lcarbohydrate dan L-arabinosa derivatifnya Usus kecil dibidang Maltooligosakarida Monosakarida kedokteran Sucrase ( -) Sukrosa G–F G F mengalami peningkatan drastis.000 (Rp. Metabolisme xylitol berlangsung angka yang fantastis. sehingga sangat cocok digunakan pada industri chewing gum.000) per kg. pasti. Enzim amylase pertama diperkenalkan oleh Anselme Payen dan Jean Francois pada tahun 1833. xylitol sangat potensial untuk dimanfaatkan sebagai pengganti gula pasir pada industri proses makanan. adalah penggunaan pati. yaitu D-glukosa. Menurut hasil survei dari WHO yang diumumkan pada bulan Maret 2003. xylitol tergolong rare dengan semua bentuk terapi kanker yang sugars.RARE S U G A R S . (G) Glukosa. wood Sanai et al. rare sugars diharapkan sebagai pemanis berkalori rendah dan International Society of Rare Sugar sangat toleransi terhadap penyakit (ISRS) telah mendefinisikan rare sugars diabetes. L-arabinose arabinose bisa didapatkan dari fraksi juga digunakan untuk pembuatan obat 2hemiselulosa kayu. Absorbed Seperti LUsus kecil sorbose Maltooligosakarida Maltooligosakarida (+) telah Sucrase G– F Sukrosa G–F digunakan Inhibitor sebagai material Non Absorbed dasar bagi L-arabinosa produksi Gambar 1. Akhir-akhir ini. Whey mengandung deoxy-2-fluoro-5-methyl-b-Llactose. (F) Fruktosa L-ascorbid acid (VIT kimia terapi dan radioterapi dan hyperC). xylitol mampu mencegah terjadinya dental caries (pengeroposan ¥10. di dan industri makanan. Selain itu. Gula ini mampu mencegah tooth decay. D-xylosa atau Lpenderita penyakit diabetes. yang bisa dihidrolisa menjadi Darabinofuranosyl uracil (L-FMAU). Dengan dilakukan dengan menggunakan yeast. bukan sangat mudah. suatu gigi). Jepang harga L-arabinosa mencapai Tabel 1. Rare Sugars (gula langka) Peningkatan jumlah penggunaan gula pada industri makanan. adalah L-carbohydrate. tetapi tidak sampai pada awal abad ke 20.000 tons. dengan pemahaman teknologi yaitu 1-deoxygalactonojirimycin. dan mengalami pertumbuhan yang sangat mengagumkan sejak itu.

1 1.8 0.2 16.0 0.0 2.1 23.4 19.8 ♦ ♦ ♦ Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon. yang sangat baik bagi kesehatan.8 14.3 0.8 4.6 39.6 0.2 2.5 39.2 25.8 21.Tabel 1. Gula ini mampu mencegah tooth decay.3 2.8 3. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir ♦ ♦ ♦ 36 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .0 0.3 Rice hulls 36.1 18 Wheat Straw 36.8 Rice Straw 41.8 2.5 43.4 14.1 14.0 1. Komposisi monosakarida dari beragam biomasa Corn Stover C a r b o h y d rate Glukosa (C6) Mannosa (C6) Galactose (C6) Xylose (C5) Arabinose (C5) Total C6 Total C5 39.2 19.6 Baggase Fiber 38.1 3. otitis acute pada anak-anak.2 40.4 39.

Dxylulose mengalami phosphorilasi menjadi D-xylulose-5-phosphate oleh enzim xylulokinase. adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. atau bisa menjadi bahan campuran pasta gigi. D-xylitol yang terbentuk kemudian di rubah menjadi Dxylulose oleh enzim xylitol dehydrogenase. penggunaan rare sugars bagi obat maupun makanan kesehatan semakin terbuka lebar. teknologi enzim. terlepas dari Amylase society dan lain sebagainya. Disisi lain. ramah lingkungan dan ramah bagi penderita penyakit diabetes. Selain pasar gula non kalori. Perancis. yang segar dimulut sekaligus melindungi gigi kita. Contoh lain. sehingga mampu mempengaruhi beberapa jenis penyakit berbahaya saat ini seperti virus HIV. reaksi secara enzimatik berantai diperkenalkan oleh Prof. pada awalnya produksi xylitol sekala industri dilakukan menggunakan reaksi kimia reduksi dari D-xylose. Indonesia adalah negara yang kaya akan sumber karbohidrat. Apalagi hal ini kemudian didukung dengan tingkat pemahaman akan fungsi physiologis dari masingmasing rare sugars. Skema konversi pati (starch) menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase Gambar 3. yang ekonomis. M. Dxylose direduksi oleh enzim xylose reductase menjadi D-xylitol.beberapa jenis limbah. dengan menggunakan enzim glucan lyase diperkenalkan oleh Prof. hal ini bisa meningkatkan kemungkinan produksi sekala industri. xylosa dan arabinosa yang cukup relevan untuk dimanfaatkan sebagai bahan baku produksi rare sugars. Pada saat yang sama. baik starch maupun limbahnya. virus Hepatitis B. misalnya pada produksi 1. bagaimana mekanisme rare sugars dalam tubuh.Sc. Dengan ditemukannya enzim-enzim yang berperan dalam proses biotransformasi tersebut. Terakhir. untuk memproduksi gula alternatif. dan masih sangat tergantung pada impor gula pasir. sangat terbuka peluang bagi penemuan rare sugars baru. Tidak bisa dipungkiri bahwa peranan bioteknologi untuk memproduksi rare sugars sekala industri dengan biaya produksi murah sangat besar. Skema konversi pati menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 37 . dengan mengkonsumsi NAD(P)H. Teknologi tinggal dikembangkan. Metoda produksi dari beragam jenis rare sugars membutuhkan pendekatan multidisiplin yang meliputi teknologi fermentasi. yang diekstrak dari hidrolisa kayu keras. Reaksi enzimatik konversi pati menjadi anhydrofructose akan nampak NAD(P)H NAD(P) D-xylose Xylose reductase D-xylitol NAD Xylitol dehydrogenase NADH D-xylulose-5-phosphate Xylulokinase D-xylulose ADP ATP Gambar 2. hingga beberapa peneliti membentuk konsorsium independen yang bernama International Society of Rare Sugar (ISRS). German pada tahun 1980. sangat berdampak pada kesehatan gigi anak – anak. dan potensi pasar terbuka secara luas. menggunakan Raney nickel katalis. Seperti halnya xylitol. Baru pada tahun 1986. Metabolisme D-xylose pada yeast. Reaksi enzimatik yang terjadi pada yeast adalah sebagai berikut. sangat menggelitik untuk dikaji dan diteliti. produksi anhydrofructose dari pati. Lichtenthaler dan coworker di Darmstadt. sedikitnya informasi bagaimana rare sugars mampu berperan sebagai antikanker. Sebuah konsorsium yang berdiri sendiri. rare sugars yang berfungsi sebagai antioksidan. yang sangat gemar makan perment. teknik rekayasa genetika. dan kimia organik. Dan baru pada tahun 1988. Bioteknologi.5 Anhydro-D-fructose. rekayasa protein menggunakan metoda directed evolution sangat mendukung dalam upaya mendapatkan enzim dengan karakteristik yang tepat untuk aplikasi industri. Prosedur ini memerlukan beberapa step purifikasi karena hanya D-xylose murni yang bisa digunakan untuk reaksi kimia reduksi. terlihat seperti pada gambar 3. Dengan semakin diketahuinya proses enzimatik. dimana masing memiliki kadar glukosa. Pengembangan rare sugar masa Depan. Indonesia menempati urutan ke 6 terbesar dunia untuk penderita penyakit diabetes. Penemuan rare sugars sangat menarik perhatian para peneliti. Oleh karena itu. Cibinong. Sebagai antioksidan. sangat berkepentingan terhadap pengembangan teknologi ini. anhydro fructose memiliki efektifitas 1.Proses reaksi ini dapat dilihat pada gambar 2. Baute dan coworkernya di Bordeaux. biologi molekuler. anhydrofructose pertama kali diperkenalkan oleh Prof. Hal ini setidaknya mengisyaratkan betapa besarnya potensi rare sugars ditengah pengembangan sugar konvensional. media produksi sekala industri Dengan semakin diketahuinya reaksi enzimatik yang mampu memfasilitasi proses biotransformasi tersebut. Tunggu apa lagi? *Budi Saksono. Produksi xylitol misalnya. Alternatif penggunaan yeast sebagai bioreaktor sudah dilakukan secara intensif.7 kali lebih tinggi dibanding Lascorbid Acid (vitamin C). Gambar 3. Akanuma. antibakteri dengan kalori yang rendah. pengembangan xylitol di Indonesia. dengan mengkonsumsi NAD. hal yang perlu disadari bahwa tidak selalu enzim tersebut memiliki karakteristik yang sesuai untuk aplikasi industri.

oleh karena itu disebut entomofaga. Apabila serangga telah mati maka bangkai serangga ini dapat menjadi media untuk perkembangbiakan bakteri. disingkat BBMV) yang mirip seperti mekanisme hormon insulin pada sel manusia. spora menetas membentuk sel vegetatif dan membelah diri sampai dengan Gambar 1. Secara laten. Secara biokimia dan genetika Bt sama dengan B. Protein ini kemudian berikatan dengan protein reseptor pada pili sel epitel usus serangga (brush border membrane vesicle. Bila serangga memakan spora dan kristal ini maka enzim dan asam lambung dalam usus serangga akan melarutkan protein kristal yang sebenarnya masih merupakan protoksin menjadi protein toksik yang terlarut. Bt juga merupakan bakteri tanah yang memberikan reaksi pewarnaan Gram positif. residu kimia tersebut terakumulasi baik dalam tanah maupun dalam jaringan tanaman dan hewan yang akhirnya dapat terkonsumsi oleh manusia dan menimbulkan akibat fatal seperti pada kasus Minamata. Protein kristal disebut sebagai protein Cry atau d-endotoksin atau disebut juga ICP (Insecticidal Crystal Protein). Tetapi tidak semua serangga menguntungkan manusia. Bombyx mori (kupu-kupu penghasil serat sutra) dan Apis spp (lebah penghasil madu) adalah contoh serangga yang memiliki nilai ekonomi yang sejak ribuan tahun telah dibudidayakan manusia. bisa didapatkan dari habitat di alam seperti pada tanah. berbentuk batang dengan panjang 3-5 mikrometer dan lebar 1-1. dan lain-lain. Sebenarnya Bt juga membuat sejumlah besar faktor-faktor virulensi dalam bentuk protein maupun non-protein atau bentuk enzim yang dalam kondisi alami dianggap yang menjadi pemicu infeksi dengan cara melemahkan sistim pertahanan serangga tersebut. pada debu penyimpanan bijibijian serealia. bergerak aktif (motil) dengan flagella peritrich (diseluruh dinding sel). namun beberapa dekade belakangan ini dirasakan dampaknya dengan kerugian yang sangat besar. Protein toksin anti serangga ini merupakan ciri khas dari Bt yang dapat membedakan (pada observasi dibawah mikroskop) dari bakteri Bacillus lainnya. Dampak lainnya adalah munculnya resistensi serangga hama terhadap racun yang sudah sering diberikan sehingga penggunaan insektisida menjadi sia-sia. Protein ini berperan memperbesar pori-pori sel sehingga kesetimbangan osmosis dalam sel epitel terganggu.5).KEANEKARAGAMAN BAKTERI Bacillus thuringiensis. Keunggulan pestisida hayati yang dihasilkan dengan menggunakan Bt adalah dapat membunuh jenis serangga tertentu dan aman terhadap jenis organisme lain serta ramah lingkungan. 1990). Gambaran mikroskopik elektronik dari bakteri Bacillus thuringiensis dari bentuk sel vegetatif. Sporanya berbentuk oval berwarna hijau kebiruan berukuran 1. Perbedaannya terletak pada karakter genetika yang didapatkan pada DNA ekstrakromosomal yang disebut plasmid. Dengan telah ditemukannya satu jenis bakteri yang dapat mematikan satu jenis serangga tertentu oleh Ishiwata tahun 1901 di Jepang yang kemudian diberi nama Bacillus thuringiensis (selanjutnya disingkat Bt).0 tergantung dari tipenya. sedang protein kristal berukuran 0. Pada tahun 1990 formulasi bakteri ini berhasil menggantikan pestisida kimia sampai mencapai 20 milyar dolar AS di pasar dunia (Carlton.2 mikrometer. kelas Eubacteriales.5-8. Formulasi komersil dari bakteri ini sebagai pestisida biasanya berupa biomasa kering atau cairan sangat kental yang berisi spora dan kristal protein yang diperoleh dari hasil fermentasi. pada pepohonan. Untuk menanggulangi serangga yang merugikan. Antracis.5-7. Peranan bakteri sebagai pestisida hayati Bt merupakan bakteri patogen terhadap serangga.3 mikrometer. termasuk dalam keluarga Bacilliaceae. cairan sekitar akan terserap ke dalam sel. masing-masing patogen terhadap manusia dengan penyakit pada sistem pencernaan dan penyakit antrak. dan pada serangga yang mati. belalang sembah yang berperan sebagai pemangsa serangga hama dan hewan-hewan lain seperti cacing. Bakteri ini memperbanyak diri dengan menginfeksi insekta yang secara tidak sengaja memakan spora dan protein kristalnya. sejak revolusi industri pada abad 18 telah diciptakan bahan kimia beracun yang disebut insektisida atau pestisida yang kini jenis dan mereknya sudah mencapai ribuan. sediaan kering komersial dan bentuk kristalnya 38 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . bersifat fakultatif aerob. sel menggembung selanjutnya pecah dan akhirnya berakibat pada kematian serangga. Pada awalnya usaha ini membuahkan hasil yang gemilang dan dapat meningkatkan hasil pertanian serta mengurangi wabah penyakit.5 (pH optimum 6. maka dimulai revolusi baru mengganti pestisida racun kimia dengan pestisida hayati yang sangat spesifik. pada pakan ternak. et al. Buyat. termasuk bakteri mesofil dengan kisaran suhu pertumbuhan 15-45oC (suhu optimum 2637oC) dan kisaran pH 5. BIOLOGI MOLEKULER DAN UPAYA BIOTEKNOLOGI UNTUK KETAHANAN PANGAN DAN KESEHATAN Penulis: Eddy Jusuf* S erangga adalah mahluk yang paling banyak jenis dan jumlahnya yang secara langsung atau tidak langsung berperan dalam kehidupan dan perekonomian umat manusia.0-1.6-2. divisio Schizhopyta. Residu kimia beracun dari insektisida dapat membunuh serangga-serangga yang berguna bagi manusia seperti beberapa jenis-jenis capung. Untuk lebih efektif membunuh satu individu serangga diperlukan cukup banyak kristal protoksin yang akan memperbesar jumlah sel eptitel usus yang lisis dan mempercepat kematiannya. cereus dan B.

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 39 . beberapa diantaranya Bt. Wuhanensis. finitimus. Pada tahun 1980-an perdagangan pestisida hayati yang berbahan aktif galur HD-1 dengan berbagai merek mendominasi pasaran dunia hingga mencapai 60% dalam bidang pertanian dan 20% untuk kehutanan menggantikan pestisida kimia. cerus. Homoptera. serotype 3a. jadi satu tipe protein toksik untuk satu jenis serangga tetapi tidak ada pengaruh atau malahan dapat menjadikan sumber nutrisi pada serangga lain. Tahun 1997 Bravo melaporkan bahwa beberapa galur baru dari Bt memperlihatkan toksisitas terhadap serangga dari ordo Hymenoptera.LIPI. Pengembangan produk komersial pestisida hayati berbahan aktif bakteri ini diawali di Perancis tahun 1938 dengan merek Sporine menggunakan galur Bt subsp. Eddy Jusuf adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Mekanisme toksisitas protein Cry dalam membunuh serangga. kurstaki HD-1 pada tahun 1967. Galur-galur Bt subsp. 1993). thuringiensis HD2 yang dijadikan standar antisera untuk penentuan serotype. Disamping itu jenis protein Cry yang diproduksi oleh tiap galur juga bervariasi dari 1 sampai 5 jenis protoksin. D. penggunaan galur Berliner sudah mulai ditinggalkan karena galur baru ternyata lebih ampuh. The Ohio State University USA adalah kurator dari koleksi Bt dan B. telah menyusun katalog (1999) yang berisi galur-galur Bt dari seluruh dunia yang telah diisolasi dan diidentifikasi. Galur Bt. Apabila Bt tidak menghasilkan protein ini maka secara nomenklatur tidak disebut sebagai B. subsp. Data dari buku katalog Zeigler disebutkan. kemudian membentuk spora dan kristal untuk infeksi ulang pada individu lain. Produk-produk komersial pestisida hayati berbahan aktif berbagai galur bakteri Bacillus thuringiensis dan serangga sasarannya. dan seterusnya. thuringiensis Berliner. Tiap-tiap subspecies ini dibedakan lagi berdasarkan sifat protein Cry. Berikut ini dilampirkan tabel berbagai merek produk-produk komersial dari galur-galur Bt yang telah digunakan dan memenuhi pasar dunia. Tiap-tiap galur Bt memiliki toksisitas yang spesifik dengan sasaran serangga yang spesifik.R. thuringiensis lagi melainkan telah menjadi B. Galur-galur Bt dan potensi toksik pada serangga sasaran Dr. Tetapi ada yang tidak memiliki serotipe yaitu serovar wuhanensis untuk Bt subsp. subsp. Mallophaga dan Acarina. Zeigler dari Departement Biochemistry. Subsp. Sejak ditemukan galur Bt subsp. Misalnya serotype 1 adalah serovar thuringiensis untuk Bt subsp. 3c adalah serovar alesti yang memiliki 3 galur diantaranya Bt subsp. kurstaki lebih dari 20 tahun digunakan dan diketahui telah mampu mengendalikan populasi lebih dari 100 jenis serangga hama. 3b. thuringiensis memiliki 9 galur. dari serotype 3a. Bakteri Bt diklasifikasikan dalam lebih dari 68 subspesies atau varietas dengan istilah serovar yang ditentukan berdasarkan perbedaan sifat antigen flagela-nya yang dapat membuat antisera terhadap serum darah kelinci. Pestisida hayati dengan formulasi spora dan kristal Bt telah digunakan sejak tahun 1920 dan saat ini secara luas dipakai untuk menanggulangi lebih dari 160 jenis serangga hama terutama yang termasuk dalam ordo Lepidoptera. toksisitas maupun karakter genetik lainnya dengan istilah strain (galur). Kristal yang tertelan dilarutkan oleh cairan lambung dan melekat pada reseptor pili sel epitel usus serangga dan membentuk pori-pori sel yang menyebabkan ganguan kesetimbangan osmosis sehingga sel menggembung dan pecah. israelensis yang spesifik untuk serangga dari ordo Diptera baru digunakan pada tahun 1980 untuk menanggulangi nyamuk vektor penyakit malaria dan demam berdarah dan lalat hitam yang mencapai 20% dari total perdagangan pestisida hayati di pasaran dunia (Frankenhuyzen. 3c adalah Bt. akan tetapi ada juga yang memiliki beberapa serangga sasaran. *Drs. Bt subsp. beberapa jenis Diptera dan Coleoptera. Cibinong. Protein Cry ini banyak sekali tipenya tergantung dari galur-galur Bt dan masingmasing tipe memiliki target atau sasaran toksisitas serangga tertentu. cereus. Tabel 1. adalah galur HD1 dan masih banyak lagi serotipe maupun galur-galur yang telah diidentifikasi. Thuringiensis dan serotipe 2 adalah serovar finitimus untuk Bt subsp.jumlah tertentu dimana kondisi nutrisi memungkinkan. Kemudian diikuti oleh Amerika Serikat tahun 1957 dengan merek Thuricide menggunakan galur yang sama. kurstaki yang memiliki 22 galur dan satu yang terkenal dan umum dikomersilkan Gambar 2. alesti HD4 (standar antisera seotipe ini).

Replikasi virus dan penyebarannya secara sistemik memungkinkan terjadinya transient expression dari CP khimera pada semua jaringan tanaman. Pada pisang kini sedang dikembangkan untuk vaksin hepatitis B dan vaksin HPV (human pappiloma virus) yang kini telah masuk tahap evaluasi klinik.menyebutkan terdapat dua strategi yang dipelajari dalam ekspresi transgen dalam menghasilkan calon vaksin pada tanaman. diharapkan dalam 5 hingga 10 tahun mendatang. dapat dimakan langsung. Banyak vaksin rekombinan yang telah memasuki tahap clinical trial. dapat merupakan suatu cara menghasilkan vaksin oral yang lebih baik. Epitop umumnya disisipkan pada bagian coat protein (CP) dari virus vektor. seperti edible vaccine diharapkan dapat melengkapi bahkan memperbaiki kekurangan yang ada pada vaksin-vaksin terdahulu. antigen yang terdiri dari satu atau beberapa epitop disisipkan pada genom virus. sehingga menghasilkan protein kimera (chimeric prtein). Konsep ini didukung oleh kemampuan tanaman dalam menghasilkan protein yang beragam. suatu saat manusia bisa imunisasi dengan makan pisang” 40 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Pada edible vaccine. diharapkan manusia dapat memakan langsung protein dari bagian tanaman tanpa dimasak. murah dan praktis. Vaksin telah terbukti merupakan intervensi yang paling efektif dalam menurunkan angka kematian dan kesakitan. efektif dan praktis.P r o d u k s i ed i b l e va ccin e dengan Molekular Farming Oleh : Anky Zannati* P erkembangan teknologi Molecular Farming pada tanaman telah memunculkan konsep baru. Namun sebelumnya tentu saja harus dilakukan uji imunogenitasnya. Dengan cara yang sama. penurunan angka penyakit infeksi. selanjutnya uji imunogenitas. Strategi kedua adalah menggunakan virus sebagai vektor. Vaksin ini dapat digunakan dengan diekstraksi terlebih dahulu atau juga dapat dimakan langsung. selain alasan epidemiologi penyakit. yaitu sebagai penghasil vaksin. Yang pertama adalah mengintroduksi DNA asing pada vektor Agrobacterium. seperti umbi kentang. “Dengan edible vaccine. kemanjuran dan keamanan dalam sistem pengirimannya. terutama untuk negara berkembang. Dengan mengkombinasikan keefektifan biaya sistem produksi. Dalam dekade terakhir. telah mendorong munculnya perkembangan vaksin baru. Vaksin-vaksin baru ini termasuk protein dan peptida rekombinan. murah. dimana seluruh gen yang mengkode antigen (target antigen) yang berasal dari organisme patogen seperti virus. vaksin-vaksin yang lebih efektif akan tersedia.vaksin juga harus efektif dan relatif aman digunakan. bakteri atau parasit disisipkan dalam vektor transformasi tanaman. karena itulah disebut edible vaccine atau vaksin siap makan. Partikel-partikel virus yang mengekspresikan epitope asing lalu dimurnikan.S dan Arntzen C. tanaman edible vaccine yang mengekspresikan antigen dalam jaringan tanaman yang dapat dimakan. Dalam penggunaan vaksin. Dengan vaksin telah dibuktikan banyak mengurangi angka kematian. baik oleh anak-anak maupun dewasa. karena pisang diproduksi hampir di seluruh negara berkembang.J dalam Transgenic Plants as Vaccines Production System pada jurnal Trends in Biotechnology tahun 1995. Tantangan selanjutnya yang harus dihadapi adalah membuktikan bahwa edible vaccine benarbenar dapat menjadi vaksin yang aman. baik dari yang ekstrak maupun yang dimakan langsung. Pisang adalah salah satu tanaman yang menjadi target dalam banyak penelitian. Virus tanaman yang biasanya digunakan diantaranya adalah tobacco mosaic virus (TMV). Dengan adanya gelombang baru dari perkembangan vaksin. Dengan mulai berkembangnya riset edible vaccine. Mason H. dan dorongan untuk memproduksi vaksin yang aman. perkembangan teknologi rekombinasi DNA dibarengi dengan perkembangan pengetahuan mengenai mekanisme patogenesis dan respon imun.

Coli Vibrio cholerae (kolera) Hepatitis B Hepatitis B Target vaksin Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Kelinci Hewan ternak Hewan ternak Babi Babi Babi Ekspresi pada tanaman Tembakau Kentang Jagung Kentang Tembakau Kentang Lupin Lettuce Tembakau Kentang Tomat Tembakau Kentang Arabidobsis Alfalfa Arabidobsis Tembakau Jagung Kapasitas vaksin Imunogenik. diberikan secara oral. secara oral Intact Glikoprotein diberikan Tabel. Strategi menghasilkan calon antigen vaksin pada jaringan tanaman. 13 (9) BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 41 . Imunogenik. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif.Si .Target Penyakit Enterotoxigenic E. diberikan secara oral. diberikan secara oral Antigen dari organisme Virus tanaman Fragmen DNA Penyatuan epitope untuk menghasilkan gen khimera bagi CP virus Gen Struktur Vektor transformasi tanaman Transformasi genetik dengan perantara Agrobacterium dan regenerasi tanaman transgenik Penyatuan gen Infeksi tanaman oleh virus yang dimodifikasi Transient expression dari antigen asing Gambar. diberikan melalui suntik Proektif. Tanaman Kentang Tanaman tembakau Pemberian makan pada binatang percobaan Ekstraksi antigen asing Isolasi partikel virus * Anky Zannati. diberikan secara oral. diberikan secara oral. diberikan secara oral Ekstrak protein imunogenik. Imunogenik. bekerja di Pusat Penelitian Bioteknologi . Imunogenik dan protektif. Coli Enterotoxigenic E. imunogenic. diberikan melalui suntik Imunogenik. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. Partikel imunogenik. diberikan melalui suntik Protein intact. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. Protein yang diekspresikan oleh tanaman transgenik untuk vaksin pada manusia dan hewan Hepatitis B Hepatitis B Infeksi Virus Norwalk Infeksi Virus Norwalk Rabies Human cytomegalovirus Rabbit hemorrhagic disease virus Penyakit kuku dan mulut Penyakit kuku dan mulut Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Imunological related Protein Imunogenik dan protektif. S. Penelitian mengenai imunogenitas Sumber : Trends in Biotechnology (1995). diberikan secara oral. Cibinong. Coli Enterotoxigenic E. Imunogenik. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. diberikan melalui suntik ataupun oral Imunogenic.LIPI.