biotrends edisi dua

Dari Redaksi >>

Biodiversity dan manfaatnya
MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI
Biodiversity, apa itu? Menurut Convention on Biological Diversity (1998), biodiversity (keanekaragaman hayati) adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan, hewan, mikroorganisme, dan ekosistim dimana organisme ini hidup. Karenanya, biodiversity adalah sumber daya alam yang penting bagi manusia dan ekosistem. Biodiversity ini merupakan aset besar dalam pengembangan Bioteknologi, sehingga semestinya negara yang kaya dengan biodiversity dapat memetik hasil dari kekayaan tersebut. Indonesia konon adalah negara biodiversity terbesar kedua di dunia (megadiversity), setelah Brasil. Seharusnya kita bisa menikmati hasil dari kekayaan tersebut. Tapi kenyataannya belum, bahkan kita jauh tertinggal dalam bidang Bioteknologi termasuk pemanfaatan biodiversity. Oleh karena itu, perlu kesadaran dan perhatian kita bersama terhadap kekayaan yang kita miliki dan juga terhadap pengetahuan dan teknologi untuk memanfaatkan biodiversity tersebut untuk kepentingan bangsa dan rakyat Indonesia. Biotrends edisi ini akan menfokuskan pada biodiversity, khususnya tentang berbagai jenis biodiversity dan peluang pemanfaatan biodiveristy tersebut. Diantara topik yang hadir adalah tentang keanekaragaman mikroba endofit yang dapat dijadikan sebagai sumber molekul yang bermanfaat untuk farmasetikal. Begitu juga keanekaragaman bakteri Bacillus thuringtensis yang bisa dimanfaatkan untuk ketahanan pangan dan kesehatan. Juga hadir topik tentang peluang biodiversity, khususnya tanaman untuk penemuan obat penyakit infeksi virus, yang menjadi topik hangat saat ini. Indonesia adalah negara kepulauan dan sekitar 70% diantaranya adalah laut. Karena itu, selain di darat kita juga harus memperhatikan laut, yang diperkirakan juga mengandung biodiversity yang luar biasa. Ini juga tentunya merupakan aset besar yang berpeluang untuk dimanfaatkan. Dalam konteks ini, kami juga menghadirkan artikel tentang “Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia”. Selain itu, yang tidak kalah menarik adalah topik diversity di tingkat mikro; seperti diversity di tingkat protein, gen, dan molekul. Analisa diversity tersebut bahkan tidak terbatas pada organisme yang bisa dikulturkan, tetapi juga pada organisme (khususnya mikroorganisme) yang tidak bisa dikulturkan. Bagaimana caranya? Artikel yang bertajuk “Metagnomik: lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru”. Dengan cara itu bisa dilihat bahwa sesungguhnya di tingkat mikro ditemukan variasi yang sangat beragam. Keanekaragam ini tentunya memiliki fungsi yang beragam pula. Tugas kita adalah menemukan fungsi dari masing-masing protein, gen, atau molekul tersebut. Caranya bisa anda temukan pada artikel-artikel dalam edisi ini, diantaranya adalah “Functional Genomics, untuk mempelajari fungsi gen dalam skala global”. Bahkan keanekaragaman molekul itu bisa diperkaya lagi. Gunanya adalah untuk meningkatkan peluang penemuan obat. Bagaimana caranya? Jawabannya bisa anda temukan pada artikel “Combinational Chemistry, pengayaan molekul diversity untuk penemuan obat”. Namun, perlu kita sadari bahwa agar bisa memberikan manfaat secara terus-menerus, kita tidak boleh mengeksploitasi biodiveristy, tetapi yang lebih penting adalah bagaimana mengolah, memanfaatkan, dan melestarikannya. Apa yang harus kita lakukan untuk itu? Simaklah perbincangan kami dengan Prof. Dr. Endang Sukara, Deputi LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (LIPI). Di sana anda juga bisa melihat upaya yang telah dilakukan LIPI untuk mengolah, memanfaatkan dan melestarikan biodiversity yang kita miliki. Selamat membaca!

Penanggung Jawab: M. Ahkam Subroto Pimpinan Redaksi: Andi Utama Anggota Redaksi: Adi Santoso Bambang Sunarko InesAtmosukarto Wien Kusharyoto Satya Nugroho Sigit Purwantomo Syahrudin Said Sekretariat: Siti Elly Faisholyah Ludya Arica Bakti Yulnawati Wulansih D. Astuti Seksi Promosi dan Marketing: Tutang Yatri Hapsari Betalini Widhi Hapsari Iklan: Sogir Hayat Raharja Fotografer: S. Jitno Rijadi Noor Rachman Design grafis: Wien Kusharyoto Uus Faizal Firdaussy Ahmad Saefudin S Ario Tutuko

BioTrends Majalah Populer Bioteknologi Diterbitkan oleh Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Jalan Raya Bogor Km. 46, Cibinong 16911 Telepon (021) 875 1527, 8754587 Faks (021) 8754588

Hak Cipta dilindungi oleh undang-undang. Dilarang memproduksi seluruh atau sebagian foto, teks, atau ilustrasi isi majalah dalam bentuk apapun tanpa izin tertulis terlebih dahulu kepada penerbit.

Redaksi

2

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

Metagenomik
Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru

/Hal 16
MIKROBA ENDOFIT:
SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI

/Hal 13
Secangkir TEH
Dari Redaksi Biodiversity dan Manfaatnya /Hal 2 Surat Pembaca Komentar dari para pembaca, tentang BioTrends /Hal 5 Program freeware DNA analysis ClustalW, BioEdit, dan CLC Free Workbench /Hal 23 Biokatalis Biokatalis, Enzim dan Biotransformasi /Hal 27

DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI

/Hal 06
Profil Pemanfaatan Biodiversity

Prof. Dr. Endang Sukara
“We are within biodiversity, but we do not know what is the real value of biodiversity”

/Hal 08
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

3

Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

“Functional Genomics ”
un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i gen da l a m sk a l a gl o b a l

/Hal 19
COMBINATORIAL CHEMISTRY: Melirik prospek Bioteknologi kelautan Indonesia /Hal 33 Keanekaragaman bakteri Bacillus thuringiensis, biologi molekuler dan upaya Bioteknologi untuk ketahanan dan kesehatan /Hal 38 Produksi edible vaksin dengan molekular farming /Hal 40 PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT

/Hal 25

Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus

/Hal 30

Rare sugars, karunia yang belum tereksplorasi

/Hal 35

4

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

tanggapan. Mohon maaf . Distribusi Biotrends Sebelumya. Kalau bisa. mulai edisi ini kami juga akan mendistribusikannya ke toko . Namun. tapi sepertinya terlalu berat dan sulit dicerna. Bioterends sebelumnya baru saya dapatkan setelah memesan pada teman yang kuliah di Bogor. kami akan terus berupaya untuk meningkatkan kualitas majalah ini untuk mencapai tujuan tersebut. Peter Klessy Peterporphyrin Seharusnya (SD pada dekade 40-60-an. Peter Clezy Petroporphyrin Kirim Pertanyaan dan Komentar Anda Kirimkan opini. pertanyaan dan artikel anda ke BioTrends@lipi. Saya menyambut hangat terbitnya Biotrends. Hari Susanto.Saya ucapkan selamat atas terbitnya edisi perdana dari Majalah Biotrend. IPB . BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 5 . Isinya Terlalu Berat Salam kenal. Samhoedi Prof.toko buku di berbagai kota.) Prof. Menurut saya cover . nama saya Agung Firmansyah. Saya termasuk orang yang sangat menyenangi dunia ilmu pengetahuan. Tetapi mengingat tujuan penerbitan majalah ini adalah untuk mempopulerkan ilmu pengetahuan di bidang Bioteknologi untuk berbagai lapisan masyarakat. Bandung penyajiannya lebih mudah dimengerti. opini. untuk edisi perdana kami baru mendistribusikan ke institusiinstitusi pemerintah.com. kami meralat sebagai berikut: Hal 9 9 10 10 Baris 27 58 9 14 Kolom 1 2 1 1 Tertulis (SD jaman Belanda) Prof.Bogor Redaksi: Terima kasih atas saran dan masukannya. isi dan disain sudah cukup baik. sumbangsih dan permintaan anda: disinilah forum tempat anda memberikan opini mengenai apa yang benar dan salah mengenai hal-hal yang kami angkat di majalah ini dan sebagai sarana agar kami tahu apa yang ingin anda baca. Redaksi: Terima kasih atas tanggapannya. Menurut saya isinya cukup baik. namun majalah ini agak sulit diperoleh. materi dan Menanggapi surat dari sekretaris Kepala LIPI terhadap BioTrends edisi sebelumnya tentang salah penulisan pada kolom profil.id atau Biotrends@yahoo.surat PEMBACA Koreksi. Mungkin ada benarnya edisi sebelumnya memuat artikel yang agak sulit dipahami terutama bagi orang yang tidak berkecimpung di dunia Bioteknologi. terutama bidang Bioteknologi.go. Sambudi Prof. Agung A.

Salah satunya adalah dampak dari penjajahan yang berlangsung lebih dari 3. rakyat Nusantara tetap saja hidup bersahaja untuk tidak dikatakan melarat. Sementara itu asumsi faktor etnis yang menjadi penyebab keterpurukan Indonesia. istilah Jawa yang berarti lari. Namun kekayaan itu pulalah yang telah mengantar bangsa ini ke neraka penjajahan. Argumentasi lain adalah karena alam Indonesia terlampau ramah dan pemurah. Istilah orisinilnya the IndoMalayan Centre. ternyata kini sudah benar-benar melayu. terkesan sederhana namun mengandung makna yang sangat dalam. Nyatanya juga tidak demikian. harganya murah). Meskipun pada kenyataannya pusat keanekaragaman suatu jenis tanaman tertentu tidak harus selalu identik dengan pusat asal usul dari tanaman yang bersangkutan. yang berkarang. Bahkan ada kesan bahwa dinamika dan mobilitas penduduk di daerah-daerah seperti itu justru (maaf beribu maaf) rendah. tak pelak lagi Asia Tenggara ditetapkannya sebagai salah satu dari 8 pusat asal usul tanaman budidaya dunia. Sejujurnya penjajahan era kini meskipun sifatnya halus dan tidak kasat mata mungkin jauh lebih dahsyat dampaknya daripada penjajahan fisik yang menimbulkan trauma. terutama Gambar: Nikolai Ivanovich Vavilov. Setelah kemerdekaan tercapai.secangkir TEH DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI Penulis: Made Sri Prana* K etika Nikolai Ivanovich Vavilov. telah membuat bangsa ini menjadi manja . Kajian lebih lanjut yang dilakukan oleh ilmuwan lain sesudahnya semakin mengukuhkan pernyataan Vavilov. Indonesia. yang konon merupakan jembatan emas menuju masyarakat yang adil dan makmur. ulet. Andaikan pernyataan itu benar. sepertinya kini sudah tidak relevant lagi. akan tetapi terlalu naïf rasanya untuk melimpahkan semua kesalahan hanya kepada si penjajah. Apa gerangan yang salah dengan negeri ini? Sebuah anecdote tentang orang Uganda. Menurut yang empunya cerita. konon ketika Tuhan bermurah hati memberikan pilihan kepada orang. Indonesia diibaratkan sebagai “The Garden of Eden” karena keanekaragaman buahbuahannya. Konsekuensinya tentu mudah ditebak. (www. tandus dan gersang. Tuhan berseru “ Hai kamu bangsa Uganda. Suatu ungkapan versi lain untuk tidak menyebut malas. Katakanlah di jaman Majapahit atau Sriwijaya. kecuali apel. Dan konon sejak itu pula pisang berlimpah di negara itu sehingga dijadikan makanan pokok penduduk setempat. Dengan semua kekayaan itu konon Indonesia pernah berjaya di masa silam. jelas merupakan bagian terpenting dari pusat itu. Maklum makanan juga serba sulit.org) 6 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . dan melesat meninggalkan Indonesia sambil membawa segelintir saudara serumpunnya. Malaysia yang dimotori etnis yang sama. ilmuwan terkemuka Rusia. subur kang sarwi tinandur (segala yang ditanam tumbuh subur). murah kang sarwi tinuku (segala yang dibeli. Anecdote itu sungguh sangat menyakitkan. logikanya kita akan menemukan sosok-sosok manusia Indonesia yang rajin. barangkali menurut versi orang Inggeris yang pernah menjajahnya. yang sulit dicari tandingannya di dunia. yaitu Melayu. sebagai bagian dari kawasan Asia Tenggara.menyimpulkan hasil kajiannya tentang asal usul tanaman budidaya setelah perjalanan panjang melanglang buana. dan energik. Argumentasi itu mungkin ada benarnya. Ini mungkin juga terkait dengan pasokan energi yang tidak/kurang memadai. mungkin bisa membantu menguak kabut hitam kelam yang menyelimuti bangsa kita. tongkat pun ditancap tumbuh jadi tanaman kata Koes Bersaudara. Banyak alasan (excuses) yang dijadikan kambing hitam sebagai penyebab keterpurukan bangsa ini. melalui pembangunan tentunya. maka di belahan Nusantara yang alamnya tidak dapat dipandang ramah dan pemurah. kau lihat di tangan kananku ada pisang dan di tangan kiriku ada otak. Bahkan oleh salah satu tokoh keanekaragaman hayati. Kriteria utama penetapan pusat-pusat itu adalah adanya keanekaragaman tanaman budidaya yang tinggi di masing-masing pusat tersebut.5 abad. Maka tanpa berpikir panjang. meskipun sekedar sebagai pembantu. pisang atau otak”. Pilihlah salah satu yang kamu mau.lainsigna. secara spontan mereka pun memilih pisang”. kegiatan pikir memikir menjadi masalah.

Fax. Ibarat masakan. Jalan Agatis Kampus Darmaga IPB. kelompok. orang Afrika dan bahkan kita semua. Bagian Reproduksi dan Kebidanan. terutama dengan negara-negara maju. Yogyakarta. Teknik pada saatnya akan daluarsa. Banyak di antara kita yang hanya siap memimpin dan tidak terlalu siap untuk dipimpin. FKH. Kontak: Dra.com 2.net. 13-18 November 2006: Asian Symposium on Medical Plants. Kita perlu menguasai teknologi dan bukan sekedar teknik agar mampu terus berkreasi. Semua pasti menganggap bahwa SDM itu penting. Artinya wajib adanya ciri profesionalisme. tidak perlu dimunafikan sepanjang sifatnya saling menguntungkan (mutual benefit). sebenarnya humor itu telah menyadarkan orang Uganda. Cibinong. Masala pun akhirnya kerap timbul karenanya. Dr.ac. sementara perbedaan adalah anugerah yang berfungsi sebagai pengikat.ugm.net. sedangkan kita bisa menimba pengetahuan (knowledge) dan bukan sekedar ketrampilan (skill) dari mereka.+62-751-72645.LIPI. Kontak: www. Perbedaanperbedaan yang lain. baik untuk jajaran pemimpin maupun yang dipimpin. Akibatnya integritas tim (team work) tidak solid atau bahkan berantakan. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 7 . Dengan semangat kebersamaan dan persaudaraan itu kita kamikan saya. Auditorium of Faculty of Animal Science. akan tetapi sikap dan komitmen dalam merealisasikannyalah yang tampak sangat berbeda-beda. tentang betapa pentingnya otak dalam menjalani hidup dan kehidupan ini. Dr.php 3. Iis Arifiantini.Si. E-mail: Iis_arifiantini@telkom.unand. Ini tentu sangat berbeda dengan ucapan “ Why him/her? Why not me?” yang lebih kerap terdengar dalam kehidupan sehari-hari. Dengan bekal itu.id/asompsxii BEASISWA AUSTRALIAN PARTNERSHIP SCHOLARSHIPS (APS) Studi Pasca Sarjana di Australia Pendaftaran APS akan dibuka tgl 8 Mei 2006. Para anggota tim harus memiliki persamaan visi namun berbeda dalam kepakaran sesuai misi yang diemban. Semua itu toh juga karunia Tuhan yang harus disyukuri. SEMINAR 1. Otak atau tentu saja tidak harus diterjemahkan sebagai kecerdasan inteletual (IQ) semata. Telp. Tepat sekali slogan “Bersatu meningkatkan mutu” diangkat sebagai tema filosofis dan spiritual oleh Puslit Bioteknologi LIPI. formulir.apsprogram. salah seorang mantan Ketua LIPI yang disegani pada masanya. 8 April 2006: Seminar Sehari: Peranan Bioteknologi Reproduksi dalam Pembangunan Peternakan di Indonesia. 8-9 November 2006: International Seminar on Tropical Animal Production (ISTAP-4). IPB. APS akan mengadakan road show di kota-kota besar di seluruh Indonesia di bulan Mei-Juni 2006.id atau d. jangan hendaknya dipertentangkan. Research Institute. Prana. garam di laut asam di gunung bertemu dalam jambangan. Persamaan adalah sebuah berkah yang menjadi perekat. Tetapi bioteknologi juga memiliki karakteristik synergisme dan pendekatan multidisiplin sebagai salah satu prasyarat. Di sini persamaan dan perbedaan sama pentingnya.or. 0251626368. Fax. semoga saja bioteknologi mampu memberikan kontribusi maksimal kepada pembangunan nasional sebagaimana yang selama ini diharapkan. bangsa dan bahkan umat manusia (human being) sudah menjadi rahasia umum. atau telepon kantor APS (021) 527 7648. Tubagus Bachtiar Rifai.id).INFO bagi orang Uganda (juga kita yang simpati). penasehat yang arif dan bijaksana. He/she is one of us!!!” akan terdengar sungguh sangat nyaring di telinga dan mengharukan di hati. 0251-629474. E-mail: asompsxii@unand. The University of Andalas. Kebersamaan. Made S. Gadjah Mada University. APU adalah staf peneliti utama di Pusat Penelitian Bioteknologi .id/index.R.id. Animal Production and Sustainable Agriculture in The Tropics . yaitu tim peneliti. Padang 25163. persaudaraan.com. Rectorate Building 2nd floor. Kerjasama dengan pihak luar dalam hal ini. Keanekaragaman genetik Indonesia yang berlimpah itu menunggu kreativitas tangan-tangan trampil untuk meramunya menjadi produk-produk unggulan guna menunjang pengembangan berbagai sektor pembangunan agar sebagai bangsa kita tidak dipandang bak tikus jatuh ke lumbung mati kelaparan. M. dan dinamika para pelaksananya. mentok di ujung. bisa dilihat dan didownload dari website aps (www.+62-751-72645/71085. dan kita kitakan kami. herdis_bppt@plasa. Itulah antara lain secuil cuplikan wejangan dari berbagai upaya serius dan sistematis untuk menggalang persatuan di lingkungan LIPI yang pernah dilakukan oleh Prof. integritas.or. Jadilah sayur asem yang nikmat dan menyegarkan. kalaupun ada. Fakultas Kedokteran Hewan IPB.isap4. takdir69@yahoo. Dan kalau pada suatu saat nanti di antara kita kebetulan ada yang meraih prestasi luar biasa maka pernyataan “ I am proud of him/her.ac. Formulir pendaftaran dan informasi lebih lanjut mengenai persyaratan beasiswa APS. Ir. sementara teknologi atau pengetahuan tentang teknik membuka terus peluang untuk berinovasi sesuai tuntutan dan perkembangan jaman. Pasalnya mereka lebih memilih mendapatkan bantuan bala tentara dan alat perang yang kuat daripada merangkul Sri Krishna. http:// www. Mereka bisa menikmati (bersama kita) benefit dari kekayaan sumberdaya genetik Indonesia. *Dr.ac. Tel. tak peduli apapun bentuknya. guna meningkatkan kesejahteraan bangsa dan negara sekaligus mewujudkan konsep pemanfaatan sumberdaya hayati secara lestari. Akan tetapi bila diambil hikmahnya. Tema itu relevant tidak hanya untuk tahun ini melainkan berlaku sepanjang masa dan buat siapa atau organisasi apa saja.arbain@telkom. sebab belakangan diketahui pula pentingnya kecerdasan emosional (EQ). sesuai situasi dan kondisi. Kontak: Prof. dan persatuan itu adalah rohnya organisasi. Pentingnya otak atau SDM dalam meniti kehidupan dan kelangsungan hidup (sustainability) sebagai individu. Kesalahan serupa (salah pilih) konon juga mengantarkan Kurawa ke jurang kehancuran kalah perang di Kuru Setra melawan Pandawa . Dayar Arbain. Spices and Other Natural Products (ASOMPS) XII. Bioteknologi menawarkan banyak peluang dan terobosan untuk bisa memanfaatkan khasanah/kekayaan sumber daya hayati untuk kesejahteraan bangsa. atau kirimkan e-mail ke info@apsprogram. jadwal road show.

dodol. Kalaupun dipaksakan. Saat memasuki usia sekolah. seusai sekolah. anak-anak kampung lainnya. lebih kemudian menemani nenek di dapur khusus lagi bangsa Indonesia. yang berjarak sekitar 25 km dari tempat ayah dan ibu menetap dan berusaha. Hal ini terus berlangsung sampai menjelang saya masuk SMA. Di sini Endang juga dikenalkan dengan pak Gazali Dunia (kolega pak Basyuni). pak Basyuni Suriamihardja. Lalu kenapa Bapak tibatiba ingin ke Jakarta? Cita-cita kan boleh tinggi. saya kemudian ke Ciawi mulai sekolah di Sekolah Rakyat No. Terasa begitu asri. Namun dengan segala keterbatasannya. namun kekayaan ini belum Kegiatan lain yang rutin saya lakukan bisa dimanfaatkan untuk kejayaan adalah pergi ke Madrasah. “Tidak heran kalau orang bilang Indonesia adalah serpihan dari syurga”. Pak Basyuni menyarankan untuk mendaftarkan diri ke Fakultas Biologi Universitas Nasional. Endang diantar ke Jakarta oleh pamanda Wasita Kontara (mang guru) dan dipertemukan dengan Pak Basyuni. Akhirnya Terkadang juga ikut membakar “opak”. semua dipenuhi oleh rumah-rumah. Endang tidak ubahnya seperti terobosan untuk melindungi. Sebelum masuk sekolah. Saya juga sering kali ikut menjajakan makananmakanan kecil ini di kampung termasuk ke pusat-pusat keramaian seperti terminal bus dan stasiun kereta api. udara yang bersih. Endang Sukara “We are within biodiversity. berikut wawancara redaksi Biotrend dengan Prof. Bagaimana LIPI melakukannya. di Jakarta ada famili (famili suami adiknya ayah. Saya lahir 52 tahun yang lalu di satu kampung di kabupaten Tasikmalaya yang terletak di kaki Gunung Galunggung. Usai sarapan. Saya mencoba mengadu nasib dengan ikut tes di Universitas Padjadjaran (Unpad). beraneka ragam jenis ikan dan udang serta kerang sangat mudah di dapat. Pertama di Jakarta mungkin lebih banyak pilihan. Deputi Kepala we do not know what is the real value of LIPI Bidang IPH yang juga salah biodiveristy for the prosperity of this seorang pakar biodiversity kita. sambil menikmati hangatnya tungku. Ketua Umum Perhimpunan Guru Seluruh Indonesia) yang memberikan bimbingan untuk kelanjutan pendidikan saya. dan kepentingan umat manusia. Sungguh sangat mengasyikan karena dengan cara ini saya juga mendapatkan uang dana. Karena itu saya memutuskan untuk nggak jadi masuk Unpad dan memutuskan untuk mencoba mencari peluang melanjutkan pendidikan di Jakarta. Ayah dan Ibu saya adalah pedagang kecil di Kecamatan Ciawi . 7 tahun. sungai yang sangat jernih. Indonesia. tenteng kacang dan lain sebagainya untuk dijual di pasar Ciawi. but Endang Sukara.Profile: Prof. Di masa kecilnya tidak kedeputian ilmu pengetahuan hayati pernah membayangkan akan ke Jakarta. 4 Ciawi. shalat subuh biodiversity tersebut untuk berjamaah di masjid (surau). Nasib belum beruntung. Kedua. Sekarang suasananya sangat berbeda. Kolam di sekitar kampung nyaris tinggal kenangan.000 Endang hijrah ke Jakarta dan disinilah Endang mulai meniti karirnya. Endang membayangkan suasana yang nyaman. saya dirawat oleh kakek dan nenek di kampung kelahiran saya di Indihiang Tasikmalaya. anak-anak di Ciawi waktu itu. Sewaktu tinggal bersama kakek dan terus berupaya melakukan terobosannenek. pasti biaya masuknya mahal. dan memanfaatkan dibangunkan kakek. Tapi saya juga menyadari banyak keterbatasan termasuk tentunya keterbatasan 8 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Bisakah Bapak bercerita sedikit tentang masa kecil Bapak? Saya nggak tahu harus bercerita dari mana. Setiap subuh memahami. Terasa pengap. tutur Endang. We are within the biodiversity. Dengan modal Rp. Ketiga di Jakarta ada adik kandung ayah yang sudah lama menetap. bahwa setiap hari. makanan kecil seperti kerupuk yang dibuat dari beras ketan. yang bisa ditumpangi. Saya masih ingat.Kabupaten Tasikmalaya. 30. Dan itulah keseharian kebanyakan kita miliki tentang biodiversity ini. saya tidak berhasil mendapatkan panggilan pertama. country. biasanya ikut dengan kakek ke sawah. Dr. LIPI (Lembaga Ilmu Endang adalah anak kedua dari 8 Pengetahuan Indonesia) khususnya bersaudara. Kegiatan ini bangsa karena banyaknya dilakukan saat menjelang magrib sampai keterbatasan ilmu pengetahuan yang isya. saya langsung ke dapur membantu orang tua membuat berbagai jenis makanan kecil mulai dari permen. but we do not know what is the real value of biodiversity” Indonesia adalah negara yang kaya dari keuntungan hasil berjualan untuk dengan biodiversity (keanekaragaman ditabung atau untuk keperluan sekolah. Dr. Itulah suasana sekitar 45 tahun yang lalu. Kolam dijumpai di mana-mana. paling tidak untuk sementara. (IPH). dan waktu itu kebanyakan orang ingin jadi dokter. Ada tiga pertimbangan. wajik. hayati). sekecil apapun sumbangannya. Sungai kering penuh lumpur bersampah dan airnya sangat kotor. Sebenarnya saya ingin jadi dokter.

konservasi. sampel-sampel yang dimakan berupa bauh atau daun kemudian dikumpulkan dan dipelajari di Herbarium Bogorensis. Akhirnya pada tahun 1979 saya dapat menyelesaikan kuliah. saya dan pak Gardjito banyak juga membantu Brendamour meneliti social behaviour dari orang utan dan program rehabilitasi orang utan. Selama melakukan penelitian saya dibimbing secara teknis oleh bapak Lubis (staf senior di Pusat Penelitian Botani). yaitu ke Taman Nasional Tanjung Puting. saya melihat pengumuman bahwa Lembaga Biologi Nasional (LBN – LIPI) menerima pegawai baru. Ini juga berguna untuk mapping ruang gerak orang utan tersebut. apa kegiatan Bapak sewaktu di UNAS? Macam-macam. setiap arah gerakan diukur dan arah diperiksa dengan kompas sehingga kita tahu posisi saat itu. Bagaimana Bapak menyesuaikan diri dengan kehidupan Jakarta? Awalnya agak susah. Jadi Bapak sudah sejak lama punya perhatian terhadap lingkungan hidup? Oh iya. Agar tidak tersesat. Di base camp. Saya pernah juga menyelenggarakan pameran tungku hemat energi di kampus UNAS dan senang sekali karena juga dikunjungi Pangeran Bernard dari Belanda. Pak Gardjito meneliti “gibbon”. kita pulang. Disamping melakukan penelitian. Saya banyak belajar dari Pak Eddy tentang kehidupan di Jakarta. saya bilang kalau saya masih ingin menyelesaikan studi saya di UNAS. Saya adalah mahasiswa yang beruntung diberi kesempatan mendampingi Birute Galdikas Brendamour dan sekaligus ikut melakukan penelitian primata di hutan (Taman Nasional Tanjung Puting). di bawah bimbingan Ibu Setijati (pada waktu itu Direktur LBN-LIPI) dan Prof. Untung di UNAS saya ketemu dengan teman se-SMA. Kami pada waktu itu mempunyai hubungan dengan Univeristy of California LA (UCLA). Saya masih diberi kesempatan. meneruskan kuliah. seperti apa yang dimakan oleh “maroon red leaf eating monkey”. diantaranya ikut menggalang pembinaan kesadaran lingkungan dan mengenai ilmu biologi lainnya kepada siswa-siswi SMA.000. Selama di Tanjung Puting. Selain kuliah. suatu hari saya pernah menjadi moderator dalam acara pembahasan sampah kota. Saya sendiri tidak terlalu menyadari kalau itu semua kelihatannya sebagian dari hobi. Perhatian dengan lingkungan hidup. Saya juga senang sekali karena ada senior yang bisa bahasa Sunda.Endang ke Universitas Nasional (UNAS) dan mendaftarkan diri menjadi mahasiswa di Fakultas Biologi. waktu saya masih menjadi mahasiswa tingkat 2 di UNAS. Indonesia. Bersama dengan teman-teman kita menerbitkan majalah Biologica. Judul penelitian saya adalah tentang diosgenin dalam tumbuhan Costus. dll. Setelah orang utan kembali ke sarangnya (biasanya lepas maghrib). Setelah saya lulus sarjana muda mendapat gelar BSc. Segala tingkah laku orang utan. Waktu itu yang menjadi pembicara kunci adalah Pak Ali Sadikin (Gubernur DKI Jakarta waktu itu). seminggu sekali pergi ke kampus UNAS. 30. Disitulah saya kenal dengan LIPI. Bagaimana di bidang riset sendiri? Di bidang riset. Selain itu kita juga sangat aktif kerja sama dengan berbagai pihak termasuk Mapala UI. Pagi pagi buta saya dan pak Gardjito menemani Brendamour berangkat ke hutan. Kelompok 10 ini menjadi bidan pendirian lembaga swadaya masyarakat (LSM) yang dikenal dengan Wahana Lingkungan Hidup (Walhi). Saya masih ingat. Lalu bagaimana Bapak bisa ke LIPI? Dari kegiatan di lapangan. Kita membuat program yang namanya “Wisata Kasat Bumi”. Karena itu dan juga atas undangan Pak Susono (pada waktu itu pimpinan Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI). dan juga bagaimana mereka membuat sarang diikuti dan dicermati dengan teropong dan dicatat. “UNAS di bawah kepemimpinan Prof. Pada waktu itu Birute Galdikas Brendamour dari UCLA menginginkan counter part mahasiswa dari UNAS yang ikut bersamanya ke lapangan. Selama di UNAS saya juga banyak belajar dari Pak Jatna Supriatna (sekarang direktur Conservation International di Indonesia). taksonomi. Dari UNAS selain saya juga ikut Pak Sugardjito. Bahasa Jakarta sangat berbeda dengan bahasa Indonesia. Dulu senang senang mengerjakan macam-macam kegiatan khususnya yang berhubungan dengan masalah lingkungan. Kita juga mengadakan kerjasama dengan Kuartir Nasional Pramuka. Sewaktu tes. saya sudah mulai dikenalkan sejak tahun 1974. Bapak Dayat Bastiawan. gibbon. mulai dari keluar sarang sampai masuk sarang lagi. mendiskusikan hasil penelitian dan mengolah data. Kita juga menyelenggarakan seminar di Istana Wakil Presiden tentang Pelestarian Orang Utan. kita mengajak siswasiswi SMA ke lapangan. Saya juga ikut membesarkan Biological Sciences Club di sana. Saya kemudian dibimbing oleh bapak Soetarjo BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 9 . Sutan Takdir Alisyahbana dan Fakultas Biologi dibawah pimpinan Prof Koesnoto cukup disegani waktu itu” tegas Endang. saya meneliti “maroon red leaf eating monkeys ” alias Presbytis rubicundus . Melalui grup pencinta alam. Sebenarnya sederhana sekali. Saya mendaftar dan ikut tes di Bogor. Saya menjadi ketua selama 2 tahun dan selama kepengurusan saya banyak yang dilakukan. saya juga melakukan penelitian di tempat saya bekerja. saya ikut aktif pada program rehabilitasi orang utan di Taman Nasional Tanjung Puting. Tapi kenapa Bapak kemudian mendalami bidang mikrobiologi di LIPI? Saya nggak begitu senang dengan penelitian lapangan mengamati dan mempelajari primata seperti lutung merah. Pusat Penelitian Botani LBNLIPI. Pak Sugardjito (sekarang Direktur Program Fauna and Flora International di Indonesia) dan Pak Barita Oloan Manullang. Akhirnya saya diterima dan mulai bekerja pada tahun 1977. Disamping itu kami juga ikut aktif dalam kelompok 10 bersama Pak Emil Salim. Sambil bekerja. Saya pernah menjadi sekretaris senat di Fakultas Biologi. akhirnya saya memutuskan untuk bergabung dengan laboratorium mikrobiologi Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI. Pada waktu itu pengaruh kedaerahan sangat kuat. saya mengumpulkan banyak data. mengintroduksi bagaimana melakukan penelitian ekologi. Saya lebih senang bekerja dengan lingkungan dan juga masyarakat. kami bekerja lagi. Kalimantan Tengah. dan juga masalah sosial. misalnya Bapak Eddy Jusuf (sekarang menjadi peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). Kebetulan uang masuknya Rp. atau orang utan sekalipun pernah belajar cukup intensif tentang masalah ini dari Birute Galdikas. saya bahkan sering diajak menginap di rumahnya. Koesnoto (pada waktu itu Dekan Fakultas Biologi UNAS).

Saya masih ingat. Penelitian yang saya rintis bersama dengan Prof. Beliau menulis buku tentang microbial physiology dan kemudian menjadi buku pegagang di seluruh dunia. walaupun tidak sempat dilisensi orang. Saya pernah menjadi Kepada Balai Biak Sel dan Jaringan. sering diantar ke manapun saya perlu dengan gratis. dan yang penting belajar memelihara dan menumbuhkan yeast ini dalam berbagai jenis medium mulai dari media gypsum hingga berbagai jenis media agar untuk melihat karakteristik yeast ini mulai dari sporulasi sampai dengan sifat-sifat fisiologisnya. Saya harus nginap di rumah mereka. Romeo Alichbusan dari Tropical Mushroom Research Center di Bicutan. Endang pernah menjadi Sekjen di (Himpunan Pengajar dan Peneliti Indonesia di Australia) cabang Brisbane. Bagaimana Bapak bisa tertarik dan sampai menjadi narasumber Biodiversity di LIPI? Saya juga nggak tau ya. Akhirnya semua yeast tersebut bisa diidentifikasi. Skerman akhirnya pensiun. Kepala Balai Teknologi Proses. Tulisan tersebut berjudul “Emas Hijau sebagai Alternatif untuk Keluar dari Krisis Multidimensi”. Saya sangat bersykur sekalipun Prof. Jadi selama di Australia. Bangga juga karena proses ini kemudian didaftarkan ke kantor paten dan mendapatkan nomor paten pada tahun 1986. Saya juga dikenalkan dengan pakar mikrobiologi di kawasan ASEAN melalui berbagai channel termasuk UNESCO. Kemudian yang menarik juga dari kuliah-kuliah yang saya ikuti di Queensland ini adalah menentukan pathway dari satu kuman tertentu. Setelah itu saya pergi ke Australia. pada masa kualifikasi di universitas ini diberi tugas untuk mengidentifikasi 10 jenis yeast. “Tapi sekarang saya merasakan banyak hikmahnya”. saya dibawah berhasil mengembangan “One step process for the production of mycoprotein and enzyme”. Melalui proses skrining. Begitu juga kalau sampai di Bali. D. saya belajar bagaimana membuat jamur tropis (edible tropical mushrom). Saya mulai memahami ilmu pengetahuan hayati dalam tingkatan yang lebih makro. Di Australia saya belajar tentang systematic bacteriology bersama Prof. Saya harus cari key enzyme seperti adolase. Satu yang saya berhasil mengenali yeast pada tahap pertama kali adalah Trigometris karena sporanya berbentuk segitiga. dan Ketua PPIA (Perhimpunan Pelajar Indonesia di Australia cabang Brisbane). Itu merupakan metamorfose secara perlahan-lahan.Brotonegoro (alm) dan diberitugas meneliti tentang masalah kompos. kenangnya. yang lebih senior. pasti teman-teman itu tidak membolehkan saya menginap di hotel. suami Dra. Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Saya harus banyak pergi ke perpustakaan. Saya juga menyadari bahwa sesuai dengan Surat Keputusan Presiden dan tugas dari Kepala LIPI. yang menjadi kenangkenangan sampai sekarang. mampir dulu di Bandung atau Jogja. Saya kemudian membuat tulisan yang kemudian saya bacakan dalam orasi ilmiah untuk pengukuhan Ahli Peneliti Utama (APU) saya. Ratu Ratna Isnaniah ini juga aktif di berbagai organisasi. Bimbingan penuh saya dapatkan selama saya mengikuti program kualifikasi dan program master. Endang sering menjemput karyasiswa yang baru datang ke Australia dan membantu memfasilitasi agar masa transisi karyasiswa baru berjalan dengan mulus. Pulang dari sana saya menulis satu buku yang berjudul “Menanam Jamur Merang di Pekarangan”. saya harus belajar menggunakan mikroskop dengan baik. Bahkan keluarga Endang tidak keberatan untuk sementara menampung karyasiswa sebelum karyasiswa mendapatkan tempat tinggal. Di Biotek saya macam-macam juga. Saya senang juga bisa mempatenkan. Segala macam cara saintifik untuk identifikasi yeast ini dilakukan. Dengan menggunakan kapang tempe ini. Doelle. Skerman? Ya. Saya pernah dikirim ke Philippina untuk belajar budidaya jamur merang melalui program UNESCO dibawah bimbingan Prof. saya harus bisa mengembangkan dan merumuskan kebijakan dalam bidang ilmu pengetahuan hayati termasuk biodiversity. Bapak dibimbing oleh Prof. Waduh. Di Australia. itu berat sekali. Dengan dana UNESCO ini. Dan setelah perumusan kebijakan harus mampu dirumuskan dan dilaksanakan. Emas hijau yang dimaksudkan di sini adalah biodiversity. Senang sekali karena ada tugas yang dapat saya selesaikan. selama 3 bulan. Alhamdulillah saya mendapat nilai yang memuaskan dari Prof Skerman. B. saya diarahkan untuk melanjutkan penelitian di bidang teknologi fermentasi dan mengambil topik baru untuk program doktor saya yaitu “microbial convertion of cassava starch to mycoprotein”. Itu semua pada waktu itu merupakan ilmu yang sangat modern karena tidak pernah ditemukan di Indonesia baik di bangku kuliah maupun selama bekerja di LIPI. Saya juga diminta untuk melihat GC ratio. pembimbingan dialihkan ke DR. Apa yang Bapak dalami di Australia? Saya berangkat ke Australia tahun 1982 dengan dana beasiswa dari program Colombo Plan Australia. Dan beberapa publikasi ilmiah di jurnal-jurnal yang baik seperti European Journal of Microbiology and Biotechnology. kata Endang. mulai melihat 10 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Endang membantu mereka mencari tempat tinggal. Itulah hikmah silaturahmi yang saya rasakan yang dulu tidak pernah saya bayangkan”. Horst Doelle mikrobiolog handal asal Jerman ahli dalam bidang microbial physiology. dan Kepala Puslitbang Bioteknologi sampai akhirnya dipercaya menjadi Deputi Kepala LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (IPH). Queensland University. Oleh Pak Susono. Dalam hal ini saya banyak dibantu sama teman seperti Wangchen dari Thailand dan Tao dari Cina. Skerman di Deopartment of Microbiology. Kita kehilangan banyak biodiversity. V. Philippina. saya kemudian dikenalkan dengan mikrobiologiwan Indonesia. amur merang. “Jika saya jalan dari misalnya Bogor ke Bali. dll. akhirnya saya memutuskan untuk menggunakan kapang tempe alias Rhizopus oligosporus. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. Oleh Dr. Tomita dari Hokaido University dalam kerangka program kerjasama LIPI dengan JSPS. Saya juga meneliti masalah biogas. Di sini saya mempunyai peluang untuk belajar lebih banyak dari Puslit dan Unit-unit yag ada di bawah kedeputian saya. di Brisbane. saya harus banyak bertanya.

sebagian dari padi. Dan tidak mengherankan jika LIPI mendukung perubahan kawasan Muller menjadi World Natural Heritage demi keselamatan pulau ini dari proses kehancurannya. Mudah-mudahan semua pihak (peneliti) termasuk pembaca Biotrend menyadari bahwa kalau publikasi saja belum cukup. air dan mineral dengan bantuan sinar matahari menjadi biomass (karbohidrat. Kita kehilangan banyak biodiversity. bahwa setiap pohon minimal 70% isinya air. Kalau kita punya laut yang luas. dana penelitian. Indonesia. Kita hanya tahu jagung. Begitulah fungsi pohon yang kalau ditebang memberikan dampak yang besar terhadap water storage. Hutan juga berfungsi untuk konservasi air. durian. di kulit kodok ada kelenjar yang menghasilkan magainin. Salah satu negara yang betul-betul memahami tentang keadaan Indonesia itu adalah Jepang. berbagai jenis tumbuhan penting daerah bisa segera diselamatkan. protein. tepatnya dengan National Institute of Technology and Evaluation (NITE) didedikasikan untuk mempelajari taksonomi mikroba asli Indonesia. Untuk membangun kompetensi ini tidak ada jalan kecuali link dengan international scientific community. Miroba endofitik ini ternyata juga mempunyai nilai tinggi karena mempunyai peluang membuka berbagai industri besar termasuk industri farmasi. kedelai. nilai sosial dan nilai lingkungan yang tinggi. Kita harus ingat. Kalau di Sulawesi ditanami dengan Eboni misalnya. Buktikan kepada masyarakat dunia bahwa plant resources di kawasan ini mempunyai manfaat yang besar baik untuk pembangunan ekonomi. Sebenarnya apa peranan LIPI dalam hal ini? Fungsi (kedeputian) kita memberikan saran kebijakan kepada pemerintah supaya hal itu benar-benar dilaksanakan. Untuk itu. kita telah meratifikasi CBD (Convension Biological Diversity) dengan UU No 5 tahun 1994. Saya ingin apa yang dihasilkan peneliti setelah ada publikasi. Makanya saya berharap Biotrend terus maju dan berperan di sini. pembagian keuntungan. Tidaklah berlebihan jika LIPI mengatakan bahwa pegunungan Muller di Kalimantan adalah menara air pulau besar itu. dan lain-lain termasuk beraneka jenis bahan kimia yang diperlukan sebagai bahan baku pembuatan obat). Sebelumnya dengan berbagai program lainnya kita telah berhasil mengumpulkan banyak jenis mikroba yang lainnya termasuk dari kelompok bakteri asam laktat dan asam asetat. Masih banyak hal-hal yang kita nggak punya ilmu pengetahuan tentang itu. We are within the biodiversity. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. Pelajari CBD agar kita tidak salah langkah dalam mengembangkan kerjasama. Pertelaan ilmiah tentang tumbuhan di kawasan Asia Tenggara yang dituangkan dalam buku PROSEA (Plant Resources in South East Asia) yang dikembangkan oleh Yayasan PROSEA dapat dijadikan modal untuk kegiatan di atas. dan fungi) yang kemudian dikenalkan sebagai mikroba endofit. Kita sangat beruntung. fiber. Scientific intergrity harus ditautkan dengan social responsibility BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 11 . punya cahaya matahari yang berlimpah. Padahal kita juga tahu bahwa hutan (disamping phytoplankton yang ada di laut) bekerja untuk mengkonversikan CO2. Sekarang tidak konek antara science dan kebijakan. Jika saja kebijakan pemerintah berpihak pada pentingnya penelitian dan pengungkapan khazanah biodibersity milik bangsa ini dan mampu mengubahnya menjadi dollar. mereka menggunakan mikroba koleksi kita. Artinya kita harus yakin betul bahwa seluruh biodiversity yang ada di negeri ini adalah milik ekslusif bangas Indonesia. cikal bakal antibiotik baru. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasabahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. dll. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. yeast. Ingat. minyak. ada program yang namanya tematik. sungguh bangsa ini tidak dilahirkan untuk menjadi bangsa yang miskin. Untuk itu kita harus bekerja keras. dipelajari dan dimanfaatkan. Apa yang telah dilakukan LIPI sejauh ini? Di satuan kerja saya di LIPI termasuk Puslit Bioteknologi. Saat ini sungguh kita sebagai bangsa tidak mengerti apa-apa tentang biodiversity. Harapan kita. sebagian dari pisang. Tapi begitu masuk ke Puslit Biotek. Saya juga confidence karena Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Kerjasama kita dengan Jepang. Selain itu. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. Hutan juga memberikan kontribusi untuk mensuplai oksigen dan membantu mempertahankan bumi dari pemanasan global. Saya melihat ini yang jauh lebih strategis. kegiatan harus melibatkan masyarakat termasuk petani sehingga tumbuhan itu dipakai. sehingga bisa memberikan dampat ekonomi. digunakan dan dijadikan sahabat. sehingga mempunyai dampak sosial yang betul-betul dirasakan. Insyaallah hal ini akan segera berubah. Apa batasan dalam kerja sama dengan NITE ini? Kita batasi pada taksonomi mikroorganisme. Karenanya saya pikir akan banyak manfaat yang bisa kita dapatkan dan manfaat ini akan berlipat bila kita mampu melakukan kerja sama dengan pihak lain agar terjadi transfer technologi. lingkungan dan sosial. Sebetulnya ini adalah pekerjaan besar yang menuntut peranan semua pihak. Penanaman dengan jenis-jenis yang mempunyai nilai ekonomi. sosial maupun lingkungan. Mulai sekarang kita galakan program penanaman. LIPI telah berhasil meyakinkan Presiden RI (waktu itu Megawati) akan pentingnya kawasan konservasi ex situ dengan membuat Kebun Raya di seluruh propinsi. Dia itu sebenarnya didedikasikan untuk pembangunan kompetensi. Itupun dipersempit pada actinomycetes dan fungi. why not. dll. industri pertanian dan lingkungan. Kedepannya diharapkan kita bisa mempunyai koleksi kultur mikroba yang bisa disandingkan dengan microbial culture collection seperti JCC di Jepang atau ATCC di Amerika. but we do not know what is the real value of biodiveristy for the prosperity of this country. Ribuan mikroba dari kelompok fungi dan aktinomisetes berhasil dikumpulkan dan dipelajari. tapi provokasinya harus dari LIPI. di Jawa dengan buah-buahan seperti manggis. Dan kehidupan bangsa kita dan bangsa-bangsa di dunia hanya tergantung pada puluhan saja biodiversity yang ada. dan hanya diberi akses pada tempat-tempat yang bisa diakses oleh LIPI misalnya kebunkebun raya atau komplek Science Center Cibinong. Data yang terakhir kita ketahui adalah banyaknya ditemukan jenis bahkan genus baru yang juga telah diakui dunia. Dengan cara menterjemahkan bahasa ilmiah ke dalam bahasa yang lebih mudah dikenal oleh masyarakat umum menjadi sangat strategis. Banyak lagi contoh yang lainnya yang membuktikan adanya berbagai potensi dari biodiversity. di-rewrite menjadi bahasa publik. Saya sangat berharap agar koleksi tumbuhan (Herbarium dan Kebun Raya) serta koleksi fauna (Museum Woologicum Bogoriense) dapat diikuti oleh LIPI Microbial Culture Collection (LIPI-CC) yang diakui dan memenuhi Treaty Budapest. industri nata de coco yant besar seperti Kara. Bagaimana solusinya menurut Bapak? Kita masih punya secercah harapan. small peptide. Sehingga keputusan di meja DPR harusnya dipengaruhi oleh ilmu pengetahuan.nilai biodiversity yang lebih besar ketika memahami bahwa di dalam jaringan pembuluh tumbuhan ditemukan begitu banyak mikroorganisma (bakteria. Makanya obsesi saya bisa nggak di seluruh bantaran sungai yang ada di Indonesia ditanaman dengan tumbuhan kharismatik. mengapa hutan terus menjadi bulan-bulanan. Saya juga heran. punya tanah yang subur. saya sedih melihat sumber plasmanutfah buahbuahan yang kita sudah miliki belum terurus dengan baik dan belum dijadikan modal melainkan beban.

terutama biodiversity Indonesia. dan sepertinya akan diperpanjang 1 tahun lagi. Dengan keseriusan tim ini telah berhasil mengumpulkan ribuan kultur. 30% diantaranya new species. Tentu dalam hal ini kita sekarang sedang belajar. Ibu Yantiyati adalah wakil dari Indonesia. Melalui organisasi ini Endang selalu aktif berperan untuk memanfaatkan dan meyelamatkan biodiversity. maka kali ini kepemilikannya adalah joint ownership (LIPI dan NITE). Sudah barang tentu. baik organisasi ilmiah maupun profesi. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. Plant Resources in South East Asia (PROSEA) Foundation. mereka bersama tim dari Indonesia mengumpulkan puluhan sampel saja tiap tahunnya. Saya juga sangat berharap bila semua pengetahuan yang telah kita serap dari kerjasama dengan NITE ini hendaknya dapat dipakai untuk melakukan kegiatan sendiri melakukan eksplorasi dan pengungkapan potensi mikroba Indonesia di luar kerangka kerjasama LIP-NITE. akses ke koleksi yang kita kumpulkan sendiri akan memperkuat posisi tawar bangsa. bahwa perwakilan NITE hanya datang sekali atau dua kali dalam setahun ke Indonesia dan menetap di Indonesia selama 2 minggu. Diantaranya Perhimpunan Mikrobiologi Indoneisa (PERMI). Hasil kerjasama LIPI NITE ini sangat bagus. Ini paket CBD sebetulnya. dananya hampir seluruhnya dari Jepang (NITE). yang merupakan rekomendasi SABSSTA pada CBD. dari 500 isolate actinomicetes yang diisolasi tahun 2003 dari Kebun Raya Cibodas dan dari Bali. Makanya ketika mau melimpahkan duplikat isolat ke Jepang. Dengan prosedur yang sama kita juga bisa meminjamkan ke pihak luar.kita punya orang yang kompeten seperti Dr. Saya yakin ada metobolit-metabolit baru dari situ. Puspita Lisdiyanti (dua peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). cobalah digalang kursus-kursus penulisan proposal. Apa kunci kerja sama dengan luar negri untuk menyelamatkan biodiversity Indonesia? Yang penting adalah bahwa kita harus hati-hati. Dari contoh kemarin. Bagaimana aturan peminjaman itu Pak? Dalam kaitan kerjasama NITE-LIPI. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasa-bahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. Siapapun yang mempromosikan. Dalam bayangan saya Ibu Yantiyati dengan timnya bisa mengumpulkan puluhan kali lipat dari jumlah yang dikumpulkan oleh kerjasama ini. harganya akan bisa berubah. Bu Yanti harus kokoh dan berjuang agar Indonesia mendapatkan manfaat yang sebesar-besarnya. Suprisingly. memeliharanya dan mempromosikannya untuk kepentingan nasional. Sekarang LIPI-NITE sedang meminjamkan koleksinya ke industri farmasi di Jepang dengan harga 1000 yen/isolat/tahun. Perlu diingat. Ayah dari dua anak ini juga menjadi chairman pada Man and the Biosphere (MAB) Program dari UNESCO di Indonesia dan juga anggota Governing Board dari Global Biodiversity Information Facilities. Harusnya Indonesia sendiri yang mendapatkan dana juga dari program GTI ini. Tapi Jepang lebih pintar karena proyek NITE itu sebenarnya juga ditautkan pada program CBD yaitu GTI (Global Taxonomi Initiative). Saya berharap tim ini terus berkembang dan mampu mengumpulkan isolat dari seluruh Indonesia. Endang telah mengikuti banyak organisasi. Perhimpunan Bioteknologi Pertanian Indonesia. Makanya saya pesan pada teman-teman di sini. Plant Resources in Tropical Africa (PROTA) Foundation. harus ada material transfer agreement yang salah satu isinya pengakuan bahwa isolat tersebut asalnya Indonesia. Aturan mainnya sudah ada. Sesuai dengan hobinya. Yang menjadi penting bagi kita adalah segera mempelajari isolatisolat itu untuk kepentingan bangsa Indonesia dengan mengarus utamakan penelitian bioprospekting dan pengungkapan potensi mikroba hasil koleksi ini. Dengan cara ini koleksi kita menjadi lebih besar melebihi koleksi NITE. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. UNTUK PEMASANGAN IKLAN HUBUNGI SEKRETARIAT BIOTRENDS 12 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Aturan mainnya harus jelas. Isolat ini langsung dipinjam oleh Chugai dan Kyowa Hakko Pharma selama 1 tahun. hasilnya tetap dibagi dua (50% NITE dan 50% LIPI). Indonesian Foundation for the Advancement of Biological Sciences. peminjaman didasarkan pada kesepakatan di joint project committee mengacu pada Material Transfer Agreement yang dibuat oleh Joint Steering Committee. Perhimpunan Biologi Indonesia. Tapi dari perjanjian itu kalau ada hit dan dia tertarik terhadap beberapa isolat. tapi itu tidak terjadi karena ketidakmampuan kita menulis proposal. Yantiyati dan Dr. Tapi karena Sekarang tidak relevan antara science dan kebijakan.

Metabolit sekunder didefinisikan sebagai senyawa dengan berat molekul rendah yang tidak diperlukan untuk pertumbuhan. sebut saja antibiotika seperti penicillin dan chloramphenicol dan obat lainnya seperti aspirin dan taxol? Jawabannya sederhana. Banyak pihak mulai lelah untuk mengejar sumbersumber senyawa bioaktif tradisional seperti tumbuhan dan mikroba terutama mikroba yang dikoleksi dari bermacam-macam sampel tanah. Tampak jelas bahwa mikroba endofit merupakan sumber keanekaragaman genetik yang kaya dan dapat diandalkan. Oleh karena itu. pada tahun 1904. Walau demikian. dan archaebacteria.MIKROBA ENDOFIT: SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI Penulis: Anggia Prasetyoputri dan Ines Atmosukarto* E ra tahun 80-an. sang peneliti harus mempelajari dan memilih sumber organisme dengan cermat sebelum melakukan penelitian. Ketiga. Mengapa hal itu terjadi padahal berbagai obat telah ditemukan dari sumber tersebut. Pertama. Dreyfuss dan Chappela memperkirakan bahwa jumlah kapang yang hidup sebagai mikroba endofit saja berjumlah setidaknya satu juta jenis. Karena itu. maka biotop tempat hidup mikroba sangat unik sifatnya. Schultz mengatakan bahwa beberapa metabolit yang dihasilkan mikroba tampaknya merupakan ciri khas dari biotop tempat mikroba itu berada. Pemanfaatan mikroba endofit sebagai sumber molekul acuan baru perlu didasari pada pemilihan jenis tumbuhan inang yang tepat. pertanian. molekul aktif bahan alam umumnya mempunyai berat molekul di atas 500 Dalton dengan polaritas yang tinggi. Karena itu keanekaragaman biotop endofit sangatlah tinggi. Bahan aktif dan molekul terapetik yang bersumber pada bahan alam memiliki berbagai karakteristik. Berdasarkan pertimbangan tersebut endofit dapat menjadi sumber berbagai metabolit sekunder baru yang berpotensi untuk dikembangkan dalam bidang medis. menyaksikan memuncaknya minat industri farmasetika dan bioteknologi untuk memanfaatkan produk hasil alam dalam pengembangan obat baru (natural product drug discovery). karena alam sesungguhnya memberi kita pelajaran tentang keanekaragaman struktur molekul termasuk molekul berukuran kecil. hidrogen dan oksigen yang relatif lebih tinggi dan kandungan nitrogen yang relatif lebih rendah dari molekul terapetik sintetik. Sejauh ini. tumbuhan yang telah diteliti mikroflora endofitnya masih sedikit. taksa endofit baru. Apa sebenarnya bahan aktif tersebut? Umumnya bahan aktif itu merupakan metabolit sekunder yang dihasilkan mikroba maupun tanaman. Akhirnya. Oleh karena itu. dalam mendahului jenis mikroba untuk pemurnian senyawa baru perlu mendahului jenis mikroba yang baru. bahan alam umumnya memiliki arsitektur/ susunan yang relatif lebih kompleks dari molekul sintetik. masih ada banyak kesempatan untuk menemukan berbagai jenis. di mana tanaman yang satu tentunya berbeda dengan tanaman lainnya. Bahan alam sangat kompleks sifatnya. Dengan demikian pencarian senyawa metabolit sekunder baru seringkali difokuskan pada organisme-organisme yang hidup di biotop yang sifatnya unik. Mikroba endofit yang umum ditemukan adalah berupa bakteri dan kapang namun kapang lebih sering diisolasikan. Tren ini kemudian menurun perlahan seiring berkembangnya berbagai cabang ilmu pengetahuan biomedik dan bioinformatik termasuk juga ilmu kimia kombinatorial. Karena tumbuh dalam jaringan tanaman. pengalaman menunjukkan bahwa jenis mikroba baru sangat erat kaitannya dengan produk alam baru. Mikroba endofit Mikroba endofit pertama kali dilaporkan oleh Darnel dkk. sehingga membuat optimasi penggunaannya sebagai terapetika melalui modifikasi kimia menjadi sangat kompleks. definisi mikroba endofit telah disepakati sebagai “mikroba yang hidup di dalam jaringan internal tumbuhan hidup tanpa menyebabkan efek negatif langsung yang nyata” seperti yang dikemukakan oleh Stone dkk. seperti ricketsia. fakta menunjukkan bahwa bahan alam menjadi sumber inspirasi bagi para ahli kimia. fisiologi tumbuhan tinggi -termasuk yang berasal dari spesies yang sama. dan dihasilkan sebagai bentuk adaptasi organisme terhadap lingkungannya.akan beda di lingkungan yang berbeda. Meskipun sifat mikroba endofit yang tidak berdampak negatif pada jaringan tumbuhan menunjukkan kemungkinan adanya hubungan simbiosis mutualisme antara mikroba endofit dan inangnya. Kedua. Beberapa pihak bahkan berspekulasi bahwa masih dimungkinkan adanya beberapa jenis mikroba endofit lain. dan/atau industri. bahan alam sering mempunyai kandungan karbon. Pilihan tersebut akan mempengaruhi keunikan dan aktivitas biologis produk yang dihasilkan dari mikroba endofitik. Bahkan. Lebih lanjut. namun dengan menilik biodiversitasnya. Sejak itu. sumber bahan aktif dari bahan biologis sering sulit didapatkan secara berkesinambungan. Beberapa contoh molekul bahan alam yang menggambarkan kompleksitas struktur bahan alam BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 13 . dengan sumber berbagai spesies baru yang belum dideskripsikan. ternyata ada pula yang berupa saprofit agresif atau mikroba patogen oportunis.

Seperti tumbuhan yang hidup di lingkungan yang unik. Terakhir. Akan tetapi. Tumbuhan merambat tersebut dipanen. juga mungkin memiliki mikroba endofit yang menghasilkan produk beraktifitas biologis tinggi tersebut sebagai inangnya. melainkan disebabkan oleh mikroba endofit yang hidup dalam jaringan tumbuhan tersebut. Jenis-jenis tumbuhan tersebut dipilih baik dengan cara mengadakan kontak langsung dengan masyarakat setempat atau melalui literatur lokal. Australia. Hasil fermentasi mikroba endofit (foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) 14 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . tumbuhan yang hidup di daerahdaerah yang memiliki keanekaragaman tinggi juga berpotensi untuk memiliki mikroba endofit dengan keanekaragaman yang tinggi pula. berbagai jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas juga dianggap sebagai sumber potensial mikroba endofit dan senyawa-senyawa baru. populasi tumbuhan tersebut tampak sehat. Hal tersebut menyebabkan tumbuhan tersebut rentan terhadap serangan oomycetes yang bersifat pathogen. Misalnya sejenis tumbuhan merambat yang ditemukan kelompok Montana State University di Northern Territory. dan dipanaskan dalam bentuk larutan oleh masyarakat Aborigin setempat di daerah barat daya Arnhemland untuk merawat luka-luka dan Isolasi endofit dari tanaman buah merah (Foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) tumbuhan tertentu sama sekali tidak terkait dengan produk alami tumbuhan tersebut. dari tumbuhan R. kemungkinan terlindungi oleh senyawa yang dihasilkan mikroba endofit yang hidup di dalamnya. Malahan. maka kita harus menggunakan pendekatan yang kreatif dan imajinatif agar dapat mempermudah pencarian mikroba endofit yang menunjukkan aktivitas biologis. terhempas oleh air. Akhirnya. atau hidup di daratan kuno. yaitu Kennedia nigriscans . Beberapa hipotesis mendasari strategi pemilihan tumbuhan. Itu merupakan petunjuk biologi lingkungan yang digunakan untuk memilih tumbuhan tersebut sebagai obyek penelitian mikroba endofit yang komprehensif. Misalnya. yang menghasilkan senyawa antioomycetes baru dengan ciriciri serupa dengan chlorinated macrocyclic lactone. tumbuhan yang bersifat endemik. Pada akhirnya. penicillata tersebut diisolasi satu galur mikroba Serratia marcescens . dihancurkan. terutama jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas dan cara pertahanan hidup yang lain dari biasanya. oocydin A akan dikembangkan dalam bidang pertanian untuk mengendalikan kapangkapang oomycetes yang bersifat pathogen seperti pythium dan phytophthora. perlu dipertimbangkan untuk dipelajari mikroflora endofitnya. Pertama. Ines Atmosukarto) Tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani. juga merupakan kandidat yang menjanjikan karena kegunaan tumbuhan tersebut dalam bidang medis lebih terkait dengan populasi mikroba endofitnya dibandingkan dengan karakteristik biokimia tumbuhan itu sendiri. Kemungkinan besar produksi oocydin A oleh S. Rhyncholacis penicillata. Ketiga. ada kemungkinan bahwa sebenarnya kemampuan untuk menyembuhkan yang dimiliki oleh jenis dibandingkan dengan jenis tumbuhan lain. seperti telah disebutkan sebelumnya. dan kerikil. dipilih untuk diteliti karena getahnya dimanfaatkan sebagai obat hutan tradisional selama berabad-abad. memiliki masa hidup yang lain dari umumnya. marcescens terkait langsung dengan hubungan mikroba endofit dengan tumbuhan Prof Strobel. tumbuhan yang berasal dari lingkungan yang unik. dikoleksi oleh Dr Strobel dari Montana State University dari sebuah sungai di barat daya Venezuela di mana tumbuhan tersebut hidup dalam lingkungan yang keras. tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani yang terkait dengan beberapa penggunaan atau aplikasi spesifik perlu dipilih untuk diteliti.Dasar pemikiran dalam pemilihan jenis tumbuhan Oleh karena begitu banyaknya jenis tumbuhan di dunia. Saat ini. yaitu oocydin A. daerah tersebut dipilih sebagai lokasi pengambilan sampel tumbuhan karena merupakan rumah dari sebuah peradaban tua dunia – suku Aborigin Australia. Ada dasar pemikiran tertentu yang digunakan dalam pemilihan jenis tumbuhan yang akan menjadi sumber isolasi mikroba endofit dan pencarian produk alam baru. Kedua. sejenis tumbuhan air. salah satu pelopor penelitian endofit dalam kunjungannya ke hutan di daerah Tesso Nilo (Foto koleksi pribadi. bebatuan.

telah diisolasi kelompok Dr Strobel dari tumbuhan Taxus brevifolia dan dikarakterisasi. dengan cara menghitung data statistik dan membandingkan jumlah produk alami beraktivitas biologis yang diisolasi dari tumbuhan daerah tropis dan tumbuhan yang hidup di daerah beriklim sedang. Memang tampak jelas bahwa produksi senyawa bioaktif tertentu oleh mikroba endofit secara in situ mungkin memfasilitasi dominansinya dalam jaringan tumbuhan atau bahkan melindingi tumbuhan tersebut dari serangan patogen. ada 20-25 daerah yang dianggap sebagai penyokong keanekaragaman hayati di bumi dan masing-masing dari daerah tersebut memiliki jumlah tumbuhan endemik yang sangat tinggi. Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. Oleh karena itu. Selain itu. Tan dan Zou yakin bahwa alasan mengapa sebagian mikroba endofit menghasilkan beberapa senyawa fitokimia tertentu yang tadinya dihasilkan oleh tumbuhan inangnya mungkin terkait dengan adanya rekombinasi genetik oleh mikroba endofit dengan inangnya sepanjang waktu evolusinya. Sayangnya. Selain itu.D adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Taxomyces andreanae. Hutan hujan tropis dan hutan di daerah beriklim sedang merupakan dua ekosistem darat yang paling tinggi keanekaragaman hayatinya di bumi. Berbagai ekstrak hasil mikroba endofit koleksi PT Indo Bio Pertiwi. Memang saat ini dibutuhkan penelitian lebih lanjut di tingkat molekular untuk mempelajari interaksi dan ekologi mikroba endofit. Pada tahun 1993. Xylaria ). infeksi. tersedianya lebih banyak informasi mengenai latar belakang jenis tumbuhan tertentu dan karakteristik biologis mikroorganisme yang hidup di dalamnya akan sangat membantu dalam mengarahkan pencarian berbagai produk yang memiliki aktivitas biologis. penggunaan mikroba sebagai sumber suatu produk akan memudahkan proses dan mengurangi biaya produksi. sehingga pada akhirnya menghasilkan produk dengan harga lebih murah.LIPI. Ph. yaitu Streptomyces NRRL 30562. Pada saat ini. perlu dicatat bahwa beberapa jenis tumbuhan yang menghasilkan produk alami dengan aktivitas biologis mengandung mikroba endofit yang menghasilkan produk alami yang sama. Semua interaksi tersebut mungkin dimediasi secara kimiawi di alam untuk beberapa tujuan tertentu. Semua aspek biologi dan keterkaitan mikroba endofit dengan inangnya masingmasing sangatlah menarik untuk diteliti. Keanekaragaman hayati Indonesia merupakan sumber mikroba endofit yang belum terkaji dengan optimal pemanfaatannya (Foto koleksi pribadi. Pestalotiopsis. *Anggia Prasetyo Putri.44% dari total luas permukaan daratan. Tidak banyak yang menyadari bahwa sesungguhnya keanekaragaman hayati sangat erat kaitannya dengan keanekaragaman kimiawi. menggambarkan suatu perbedaan di tingkat metabolisme antara mikroba endofit dari daerah tropis dan daerah beriklim sedang. lingkungan. tetapi menampung lebih dari 60% keanekaragaman hayati di darat. dan lokasi. satu galur kapang baru penghasil taxol. ekosistem tersebut makin lama makin terancam hancur oleh berbagai kegiatan manusia. dan tekanan seleksi alam yang sangat tinggi. tidak banyak informasi yang tersedia mengenai karakteristik biokimia dan fisiologi dari interaksi mikroba endofit dengan tumbuhan inangnya. Dengan menyadari karakteristik ekologi dari endofit dan juga mengenai peranannya di alam akan memberikan banyak petunjuk dalam menentukan mikroba endofit tertentu sebagai target dengan potensi terbesar untuk bioprospecting. ekosistem yang memiliki keanekaragaman tertinggi tampaknya merupakan ekosistem yang keanekaragaman mikroba endofitnya paling tinggi jenis dan jumlahnya. keterbatasan jumlah sumberdaya. Ines Atmosukarto) Mikroba endofit dan keanekaragaman hayati Dari semua ekosistem yang ada di bumi. tidak ada yang yakin akan peranan mikroba endofit di alam dan hubungannya dengan tumbuhan inang mereka. Hal itulah yang terjadi dengan taxol. tumbuhan tersebut mengandung satu jenis mikroba endofit baru. tidak ada seorangpun yang dapat secara pasti mengatakan bahwa mikroba endofit bersifat spesifik dengan inangnya atau merupakan bagian sistemik dari tumbuhan. Daerah ini menutupi BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 15 . Bills dkk. hutan hujan tropis dianggap sebagai sumber berbagai struktur molekul baru dan senyawa-senyawa baru yang memiliki aktivitas biologis. Selain itu. Data tersebut menunjukkan pentingnya peranan tumbuhan inang dalam mempengaruhi metabolisme umum mikroba endofit. Selain itu. Hal ini disebabkan inovasi kimiawi yang terusmenerus terjadi agar organisme dapat terus hidup dalam ekosistem dengan tingkat seleksi alam tinggi.). Mereka tidak hanya menemukan bahwa mikroba endofit tropis menghasilkan lebih banyak produk alami yang aktif. dapat juga mempengaruhi karakteristik biologi mikroba endofit. Dapat diasumsikan bahwa proses penyembuhan yang terjadi. Cibinong. selain dari produk tumbuhan itu sendiri. Sementara beberapa jenis kapang endofit dapat ditemukan di manamana (misalnya Fusarium. yang menghasilkan antibiotika peptida baru dengan spektrum luas yang dinamakan munumbicin. Ternyata. Seringkali. dan faktor-faktor lain seperti masa hidup. Hubungan antara mikroba emdofit dan inangnya hanya dapat diasumsikan sebagai kebetulan semata. Cibinong.Endofit sekitar 1. S. namun mereka juga menemukan bahwa sangat banyak mikroba endofit tropis yang menghasilkan jauh lebih banyak metabolit sekunder aktif dibandingkan dengan kapangkapang tropis yang bukan endofit. banyak mikroba endofit dari spesies yang sama diisolasi dari jenis tumbuhan yang sama. karena di ekosistem itulah terdapat kompetisi yang ketat. kemungkinan besar difasilitasi oleh senyawa-senyawa yang dihasilkan oleh satu atau lebih mikroba endofit yang hidup di jaringan tumbuhan. Konsep tersebut dulu diusulkan sebagai mekanisme untuk menjelaskan mengapa T . Tentunya dengan adanya jumlah tumbuhan endemik yang tinggi. Oleh karena itu. Hutan hujan tropis merupakan contoh yang baik. yang ditemukan di tiap jenis pohon yew (Taxus spp. seperti yang ditemukan oleh masyarakat setempat. diharapkan pula terdapat banyak mikroba endofit tertentu yang turut berevolusi dengan tumbuhan endemik yang ada. apabila mikroba endofit dapat menghasilkan senyawa-senyawa bioaktif yang langka dan penting seperti tumbuhan inangnya. maka kebutuhan untuk menumbuhkan tumbuhan yang masa hidupnya panjang dan mungkin termasuk langka akan berkurang dan keanekaragaman hayati dunia juga terlindungi. Oleh karena itu.Si dan Ines Atmosukarto. dan hanya satu dari semua endofit tersebut yang akan menghasilkan senyawa dengan aktivitas biologis dalam kultur. Tampaknya ada banyak faktor yang berubah dalam tumbuhan inang terkait dengan perubahan musim. andreanae dapat menghasilkan taxol. Masih belum diketahui dengan pasti hubungan antara apa yang dihasilkan mikroba endofit dalam kultur dan di alam. suatu senyawa diterpenoid yang merupakan agen anti kanker terkenal.

sehingga dengan demikian proses pengulturan dapat dihindari. bahkan di sumber-sumber air panas. serta mengurangi tekanan mekanis terhadap DNA genom yang terlepas dari sel. Saat ini metode tersebut telah diadaptasikan untuk menganalisis keanekaragaman hayati mikroba. Cara ini dapat membatasi interferensi dari zat-zat penghambat dan komponen anorganik dengan prosedur penguraian sel dan ekstraksi DNA. Beberapa dari mikroorganisme tersebut dapat menyebabkan kita sakit. Pembentukan pustaka metagenom Pendekatan metagenomik mencakup antara lain ekstrasi DNA genom secara langsung dari sampel lingkungan. Istilah tersebut berasal dari konsep statistik dari meta-analisis (proses yang secara statistik mengkombinasikan metode-metode analisis yang terpisah) serta dari genomik (analisis menyeluruh dari materi genetika suatu organisme). Jumlah ini ditentukan berdasarkan perbandingan dari jumlah mikroba yang dapat tumbuh pada medium agar dengan jumlah mikroba dari suatu sampel lingkungan yang dapat dihitung di bawah mikroskop. Keberhasilan dalam pendekatan metagenomik sangat bergantung pada kemurnian dari DNA yang diekstraksi langsung dari sampel lingkungan. Fragmen DNA dengan ukuran sebesar itu terutama disiapkan untuk kloning ke dalam vektor cosmid 16 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . misalnya pada saat PCR. mereka dapat diisolasi karena kemampuan mereka untuk dapat tumbuh secara cepat sebagai koloni-koloni pada medium pertumbuhan yang biasanya disiapkan dengan kandungan nutrisi yang tinggi. Dengan demikian sebagian besar dari mikroorganisme yang hidup di bumi masih belum dikenal atau bahkan dimanfaatkan. Fragmen DNA dengan ukuran tersebut terutama sesuai untuk kloning ke dalam vektor plasmid atau vektor lambda yang membawa promotor yang kuat untuk memungkinkan ekspresi gen dari fragmen DNA yang diklonkan. Namun efisiensi dalam ekstrasi tersebut diringi pula oleh ukuran fragmen DNA yang cenderung kecil (1 kb sampai 50 kb) yang disebabkan oleh pemangkasan mekanis. terutama bakteri dan archaebakteri dari berbagai lingkungan. atau lebih dikenal dengan istilah “great-plate-count anomaly”. metabolik dan genetik yang sangat tinggi. Pada metode kedua mikroba dipisahkan terlebih dahulu dari sampel tanah sebelum dilakukan penguraian sel (ex situ). Jumlah mikroorganisme yang dengan mudah berhasil dikultur dengan menggunakan metode kultur standard diperkirakan lebih kecil dari 1% dari keseluruhan spesies mikroorganisme yang ada. Kenyataannya adalah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dengan menggunakan metode kultur standard jarang yang merupakan spesies yang dari segi jumlahnya dominan di komunitas tempat asal mereka diisolasi. di dalam usus kita. Pada metode pertama mikroba diurai selnya (cell lysis ) ketika masih bersama sampel tanah (in situ). di air. seperti pada sub-unit kecil dari RNA ribosomal (ribosomal RNA). Mikroorganisme dapat hidup di manamana: di tanah. Beberapa protokol untuk mengisolasi DNA dari sampel tanah telah dikembangkan. serta pada suhu yang moderat. Adalah konsep umum yang salah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dari lingkungan sebagai kultur tunggal murni merupakan spesies-spesies yang dominan baik dari jumlahnya ataupun fungsinya di lingkungan tersebut. dan 18S rRNA pada eukaryota. terutama bila DNA tersebut diambil dari sampel tanah. di udara. Sebaliknya.Metagenomik Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru Penulis: Wien Kusharyoto* S elama lebih dari tiga setengah milyar tahun evolusi telah menciptakan keanekaragaman mikroorganisme yang luar biasa. DNA dari sampel lingkungan tersebut kemudian disisipkan (diklon) ke dalam vektor yang sesuai untuk membentuk pustaka DNA (pustaka metagenom). Jumlah keseluruhan dari berbagai jenis bakteri di bumi diperkirakan mencapai lebih dari 10 juta. pada kondisi aerobik. Metode ini memungkinkan perolehan DNA dalam jumlah yang tinggi. dan di samping itu. serta kecilnya kemungkinan akan adanya bias oleh ekstraksi karena kegagalan dalam mengekstraksi DNA dari mikroba dengan dinding sel yang keras. Metagenomik dikembangkan berdasarkan perkembangan terkini dalam studi genom mikroorganisme. Dalam hal ini sampel tanah disuspensikan langsung dengan larutan penyangga untuk penguraian (lysis buffer) dan dilanjutkan oleh perlakuan dengan detergen dan enzim. Isolasi DNA dengan metode ini biasanya melibatkan pula proses pemecahan sel secara mekanis. Pada dasarnya mereka dapat dikategorikan menjadi dua metode standard. yang lainnya membantu kita dalam proses pencernaan atau dapat memproduksi antibiotika serta enzim-enzim yang bermanfaat. mereka memiliki keanekaragaman fisiologis. Kenyataan bahwa sebagian besar mikroorganisme dari lingkungan tidak dapat dikultur serta belum termanfaatkan telah merangsang pengembangan metagenomik. Metode ini diperkenalkan pertama kali oleh Norman Pace dan koleganya untuk mengidentifikasi mikroba yang tidak dapat dikultur dan untuk memetakan hubungan kekerabatan di antara mereka. Keberadaan senyawa polifenol (yang terutama berasal dari degradasi lignin) yang ikut terekstraksi dari sampel tanah dapat mengganggu proses selanjutnya. Keuntungannya adalah bahwa fragmen DNA yang diperoleh dapat berukuran besar (sampai 500 kb) serta berpotensi membawa keseluruhan kelompok gen (gene-cluster) dari suatu mikroorganisme. yaitu 16S rRNA pada prokaryota (bakteri dan archaebakteri). Metagenomik adalah analisis genom dari mikroorganisme tanpa bergantung pada pengulturan mikroorganisme tersebut. serta dalam amplifikasi dengan PCR (polymerase chain reaction) dan kloning dari gen-gen yang memiliki kesamaan sekuen.

. diklon di dalam sel-sel inang heterolog (yang berbeda dengan sel-sel yang Metagenomik tidak hanya digunakan merupakan sumber dari gen tersebut). Di samping itu. California yang aktivitasnya berbasis pada metagenomik. telah menghasilkan enzim á-amilase yang memiliki aktivitas yang tinggi pada pH di bawah 4. seperti misalnya bakteri Escherichia coli yang selama ini paling sering digunakan. beragam antibiotika baru. ia juga tergantung pada ketersediaan dari metode pengujan (assay) terhadap aktivitas yang diinginkan. Gen-gen penyandi pustaka metagenom. Identifikasi dari aktivitas yang diharapkan tergantung pada keberhasilan proses transkripsi dan translasi dari gen penyandi protein di dalam sel inang yang digunakan. sehingga hal pemanfaataan bakteri yang lebih sesuai itu merangsang minat untuk menemukan sebagai sel inang untuk ekspresi gengen penyandi Biokatalis (enzim) dan antibiotika yang diperoleh dengan metagenomik tersebut. akan lebih Amidase Enzim Cosmid Berbasis sekuen mendorong Amilase Enzim BAC. Kelemahan metode ini adalah kemungkinan hilangnya mikroorganisme karena kegagalan dalam proses pemisahan mereka dari sampel tanah. PKS adalah Indirubin dan Violacein. Sebuah perusahaan serupa B·R·A·I·N AG dari Zwingenberg. Karena merupakan suatu modul dari beberapa kelompok gen biosintetik yang menyandi enzim dengan domain berulang yang pembentukan senyawa bioaktif atau mengandung bagian-bagian (regions ) metabolit sekunder rata-rata berukuran yang berlainan. maupun informasi genetika dari komunitas mikroorganisme di lingkungan tertentu. insert berukuran besar atau LIL akan Penggabungan domain-domain PKS dari menguntungkan dalam penemuan obatberbagai sumber dapat menghasilkan obatan baru. Keuntungan dari biokatalis juga ditemukan dengan analisis metode ini adalah bahwa ia tidak berbasis sekuen. sebuah perusahaan di San Diego. LIL) dalam vektor cosmid atau BAC.5 dan suhu di atas 105°C. Penggabungan dari pendekatan metagenomik berbasis aktivitas dan evolusi protein yang terarah (directed evolution) yang dilakukan oleh Diversa Corp. Hal tersebut berakibat pada rendahnya jumlah DNA yang diperoleh. dalam penelitian terapan untuk pencarian Analisis berdasarkan sekuen terutama terhadap biokatalis baru atau senyawa digunakan untuk memperoleh klon-klon aktif baru sebagai bahan obat-obatan. Plasmid Berbasis aktivitas berbagai mikroorganisme yang Turbomycin A dan B Antibiotika BAC Berbasis aktivitas telah ada saat ini Violacein Antibiotika Cosmid Berbasis aktivitas untuk mendisain pelacak (probe) untuk hibridisasi atau primer untuk PCR dalam melakukan proses skrining dari gen-gen PKS baru. Plasmid Berbasis aktivitas berdasarkan pada sekuen mengandalkan Oxygenase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas pada sekuen-sekuen Poliketide synthase Enzim Cosmid Berbasis sekuen DNA yang sama pada Protease Enzim Cosmid. yang dapat menciptakan besar (30 kb sampai 100 kb).atau BAC (Bacterial Artificial Chromosome). variasi dalam struktur kimia dari produkpemanfaatan pustaka metagenom dengan produk enzimatik yang dihasilkan. Beberapa enzim baru berhasil diperoleh dengan metode analisis tersebut. Di samping itu. Analisis yang berdasarkan pada aktivitas juga telah menghasilkan beberapa senyawa bioaktif baru dari pustaka metagenom. Analisis dari pustaka metagenom Pustaka metagenom yang diperoleh. serta kemungkinan bahwa mikroorganisme dengan dinding sel yang keras terlewatkan pada proses penguraian sel. Salah satu contoh yang menarik adalah isolasi gen-gen yang menyandi poliketide antibiotika Turbomycin A dan B oleh synthase (PKS) dan peptide synthase Gillespie dan koleganya. Terdapat dua metode analisis yang selama ini digunakan: analisis yang berdasarkan pada aktivitas (activity-based analysis ) dan analisis berdasarkan pada sekuen (sequence-based analysis ). serta mengurangi limbah produksi. baik yang berupa pustaka dengan sisipan DNA (insert) berukuran kecil (small insert libraries. yang mengandung gen dari RNA ribosomal melainkan juga dapat dimanfaatkan dalam atau gene-gen penanda lainnya dalam memperoleh pemahaman tentang habitat survei tentang hubungan kekerabatan dan peran ekologis dari mikroorganisme dari mikroorganisme di suatu lingkungan. seperti misalnya bakteri Target Jenis Vektor Metode analisis/skrining Alkohol oxidoreduktase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas Streptomyces lividans. Salah satu Gen-gen penyandi biokatalis maupun contoh yang mengesankan dari senyawa aktif baru yang berpotensi pemanfaatan metagenomik dalam kaitan dalam aplikasi industri dapat pula ini adalah penemuan proteorhodopsin dari ditemukan dengan pendekatan ini. Indirubin Antibiotika BAC Berbasis aktivitas Analisis yang Lipase/esterase Enzim BAC. chitinase. antara lain gen-gen bergantung pada ekspresi dari gen yang penyandi amilase dan amidase. oxygenase dan protease. Enzim-enzim lain yang diperoleh dari analisis yang berbasis pada aktivitas antara lain adalah amidase. Senyawa bioaktif yang berperan dalam sintesis beragam lainnya yang telah diperoleh antara lain antibiotika oleh mikroorganisme. Cosmid Berbasis sekuen/aktivitas pembentukan metabolit sekunder Chitinase Enzim Lambda Berbasis aktivitas baru. Analisis yang berbasis pada aktivitas digunakan untuk memperoleh gen-gen atau kelompok gen baru yang menyandi biokatalis atau bahan aktif (antibiotika) yang memiliki potensi aplikasi yang besar bagi industri. di suatu lingkungan tertentu. Enzim tersebut digunakan dalam proses pencairan tepung (starch liquifaction) dan pemanfaatannya pada industri terkait dapat mengurangi biaya dan waktu produksi. Vektor yang membawa fragmen DNA yang diperoleh melalui kedua cara tersebut kemudian ditransformasikan (dimasukkan) ke dalam sel inang. kemudian dianalisis untuk memperoleh biokatalis atau antibiotika baru. lipase. Jerman berhasil menemukan enzim esterase yang mampu mengubah menthylasetat menjadi menthol dengan selektivitas terhadap substrat dan enantioselektivitas yang lebih tinggi bila dibandingkan dengan enzim yang digunakan sebelumnya. kedokteran maupun pertanian. SIL) dalam vektor plasmid atau lambda. Salah bakteriplankton yang sebelumnya tidak satu contohnya adalah perolehan dari bisa dikultur dan yang kemudian BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 17 . maupun yang berupa pustaka dengan sisipan DNA berukuran besar (large insert libraries.

Tujuan kegiatan: . Berbagai perkembangan dalam ekspresi gen di dalam sel-sel inang heterolog. 18 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . serta dalam pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroorganisme. BioSS menawarkan wahana untuk menjembatani kegiatan sekolah dengan kegiatan di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. sebagian besar bakteri pathogen yang terdapat di lingkungan berada dalam kondisi hidup dan dapat menimbulkan penyakit. Pendekatan metagenomik dan kemajuan dalam teknologi DNA-chip akan membawa metode pendeteksian berbasis DNA ini satu langkah lebih maju dalam penaksiran tingkat aktivitas dan virulensi bakteri di lingkungan. namun tidak dapat dikultur dan diisolasi dengan metode konvensional. Hampir semua sistem monitoring yang selama ini digunakan di sektor kesehatan publik berdasarkan pada metode-metode konvensional. Penemuan proteorhodopsin pada bakteriplankton menunjukkan bahwa fototrofi juga merupakan proses global di lautan.Meningkatkan pemahaman konsepKonsep bioteknologi .digolongkan dalam gammaproteobakteria. disain vektor dan proses analisis/skrining membuktikan bahwa teknologi ini mampu memberikan jawaban terhadap berbagai permasalahan. konstruksi pustaka metagenom.Meningkatkan kompetensi dalam bidang ilmu hayati . kedokteran atau pertanian.Memberikan kesempatan kepada siswa tingkat SMU untuk merasakan suasana penelitian Untuk keterangan lebih lanjut hubungi Sigit Purwantomo Tlp: (021) 875 8547 Fax: (021) 875 4588 *Dr. Peserta didikan mendapatkan gambaran komprehensif tentang topik yang berhubungan dengan dunia bioteknologi.LIPI. Penutup Metagenomik merupakan teknologi yang masih baru serta memiliki potensi aplikasi yang besar dalam bidang industri. Di lain pihak. Dalam satu dekade terakhir. Cibinong. termasuk di antaranya dalam penemuan biokatalis dan senyawa bioaktif baru. analisis secara langsung dari DNA yang diekstraksi dari sampel lingkungan dan pendeteksian bakteri dengan metode molekuler dapat mengatasi keterbatasan tersebut.Menumbuhkan ketertarikan pada dunia penelitian . Wien Kusharyoto adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi .pump). Alasan utama dari keterbatasan pengetahuan kita tentang ekologi dari bakteri pathogen terletak pada ketidakhandalan pendeteksian dengan metode-metode konvensional yang berbasis pada pengulturan. Proteorhodopsin adalah protein yang terkait dengan proses fototrofi (phototrophy) dan dari hubungan kekerabatannya serupa dengan bakteriorhodopsin yang merupakan pompa proton yang dikendalikan oleh cahaya (light-driven proton. Di masa mendatang metagenomik diharapkan dapat lebih berperan dalam menjawab berbagai pertanyaan yang terkait dengan ekologi dari mikroorganisme dan penemuan aplikasi bioteknologi baru yang bermanfaat.

(CIMMYT) Mamalia diperkirakan memiliki sekitar 50. Regulatory protein sendiri akan aktif (diekspresikan) setelah mendapatkan rangsangan/stimulus tertentu. pembentukan embryo. Akan tetapi dari keseluruhan gen pada suatu organisme. Sehingga tujuan dari ‘ilmu’ Functional Genomics adalah untuk memetakan fungsi semua gen dari organisme ke dalam suatu functional framework mulai dari lingkup kecil seperti memastikan protein apa yang dikodekan oleh suatu gen sampai pada pemahaman tentang peranan protein tersebut dalam keseluruhan fungsi sel maupun organisma. seperti enzim. Oleh karena itu dalam functional genomics fungsi suatu gen dipelajari baik sebagai individu gen maupun sebagai bagian dari system yang menyeluruh di dalam sel maupun secara kesatuan sebagai bagian dari suatu organisme. Jadi perbedaan fungsi antara tipe sel (celltype) satu dengan yang lainnya adalah pada perbedaan gen yang diekspresikan. Dengan memakai pendekatan secara global. Regulatory protein akan menempel pada seutas DNA (regulatory region) yang biasanya terletak di depan gen tertentu berdekatan dengan promoter gen tersebut. forward genetics dengan membuat mutasi secara acak pada genom organisma sasaran yang dilanjutkan dengan pemilihan mutan dengan fenotip menarik. reverse genetics dengan membuat mutasi pada gen-gen yang dijadikan sasaran. Adanya varietas-varietas tertentu dalam suatu spesies yang memiliki sifat (fenotip) tertentu yang tidak dimiliki varietas lain dalam satu spesies. berpikir. dan komponen genetika lainnya pada genom. A. DNA dikemas dalam kromosom dan total informasi genetika yang tersimpan dalam seluruh kromosom di suatu organisma merupakan komponen dari genom organisme tersebut. Keragaman genetika seperti pada jagung perlu dieksplorasi antara lain melalui pendekatan functional genomics untuk dimanfaatkan bagi pengembangan bioteknologi.000 gen didalam genomnya. Kombinasi dari teknik-teknik diatas akan sangat bermanfaat untuk mengetahui dasar-dasar molekuler atas terjadinya proses-proses biologi pada suatu organisme. Teknik-teknik untuk functional genomics Functional genomics mengandalkan beberapa pendekatan-pendekatan teknik utama seperti. Menempelnya protein regulator akan mendorong atau menghambat ekspresi gen tersebut. dan bioinformatics untuk menganalisa data yang diperoleh dari semua pendekatan yang dilakukan diatas untuk mendapatkan data semaksimal mungkin. tergantung kepada aktivitas dari gen-gen tertentu BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 19 . Upaya untuk mengerti fungsi-fungsi dari gen-gen dan juga komponenkompenen lain seperti regulatory region dari suatu genom diistilahkan sebagai Functional Genomics. yang mempunyai peran penting tertentu. Lalu bagaimana sel memutuskan kapan membutuhkan ekspresi gen tertentu dari genomnya? Protein atau enzim akan diproduksi di dalam sel terutama pada saat sel membutuhkan. misalnya cekaman/stress. untuk melihat pola dan tingkat expresi gen baik pada level transkrip mRNA maupun pada protein. juga dapat di sebabkan karena adanya perbedaan ekspresi gen.000 gen akan tetapi juga terdapat pada organisme prokaryot yang memiliki jumlah gen jauh lebih sedikit (sekitar 2. tidak kesemuanya diekspresikan pada saat bersamaan. Pada dasarnya ada dua macam gen. expression profiling. melakukan respons terhadap stimulus dan lain sebagainya. pada genom. baik pada saat pembelahan sel. DNA dari suatu sel mengandung semua gen yang diperlukan oleh sel atau organisma tersebut. regulatory gen (gen regulator) dan structural gene (gen struktur).“ F u n c t i o n a l G e n o m i c s” un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i ge n da l a m sk a l a gl o b a l Penulis: Satya Nugroho* G en adalah untaian DNA yang mengkodekan pembentukan suatu protein. Akan tetapi dalam satu sel tidak seluruh gen-gen tersebut diekspresikan bersamaan. functional genomics dapat memberikan penjelasan atas mekanisme proses-proses biologi dari suatu organisma yang dipelajari dikaitkan dengan fungsi gen atau gengen.000 gen). Ekspresi gen di genom yang selektif ini tidak hanya berlaku untuk organisma tingkat tinggi seperti pada mamalia yang memiliki sekitar 50. Expression profiling Salah satu pendekatan fundamental untuk memahami fungsi-fumgsi gen adalah Gambar 1.000 gen yang ekspresikan. Pada akhirnya setiap aktivitas sel pada setiap proses biologi. baik pada setiap tahap perkembangan sel. Protein tertentu yang lebih dikenal sebagai regulatory protein berperan sebagai pengontrol ekspresi gen sehingga hanya protein tertentu saja yang diproduksi. Menurut perkiraan biasanya di satu sel pada saat tertentu ada sekitar 12-15.

kemudian dipisahkan dan diklon menggunakan teknik pengganaan utas DNA polymerase chain reaction (PCR) untuk Gambar 3. B. Akan tetapi difference analysis of cDNA (cDNA RDA) baru pada beberapa tahun terakhir yang disampaikan oleh Lisitsyn dan metoda untuk mengetahui perbedaan koleganya (1993). fungsinya. maka dengan melihat faktorfaktor tersebut maka fungsi gen dapat diperkirakan. waktu ekspresinya maupun tempat ekspresinya. Probe-probe yang tidak terhibridisasi dengan kuat pada DNa dari SK1 dan X2180 akan memberikan warna merah. Dengan cara ini gen mana saja yang terekspresi secara unik hanya pada organisme target saja atau pada organisme control saja akan dapat diidentifikasi. matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) dan kombinasi dari teknik-teknik tersebut.transkripsi DNA replikasi DNA translasi mRNA Protein dianalisa lebih lanjut. pada tahun 1999 istilah ini dianggap sebagai bagian integral dari analisa ekspresi gen. Pada prinsipnya proteomics memanfaatkan ekspresi protein untuk mengidentifikasi fungsi gengen tertentu. A364. disampaikan oleh Velculescu (1995) yang Expression profiling dapat dilakukan kemudian dikembangkan versi baru yang dengan melakukan pengamatan terhadap dinamai SAGE adaptation for downsized transkrip messenger RNA (mRNa) yang extracts (SADE). Cara ini dapat terapkan untuk menunjukkan perbedaan tingkat ekspresi gen-gen. Perbedan komposisi DNA Saccharomyces cerevisiae pada galur-galur yang biasa dipakai untuk penelitian laboratorium dapat ditampilkan dengan menggunakan teknik DNA microarrayer. Stanford (1995). W303 and SK1 (dari kiri ke kanan) memiliki perbedaan morfologi koloni. pada waktu atau tempat disampaikan oleh Dixon dan koleganya tertentu. Iimej yang diperoleh dianalisa. Yang hanya di SK1 saja akan berwarna hijau sementara yang hanya di S288c akan berwarna merah. three prime end dihasilkan maupun pada taraf protein yang amplification PCR (TEA PCR) yang diproduksi.nature. Panel kanan eksperimen yang mirip untuk membandingkan galur X2180 dengan S288c. Teknologi yang telah dikembangkan untuk expression profiling yang sering diterapkan diantaranya adalah dengan mengkonstruksi dan kemudian melakukan screening suatu substractive library. serial analysis of gene ekspresi gen (expression profiling) pada expression (SAGE) yang pertama kali skala genom (global) mulai dikembangkan. electrospray ionization mass spectrometry (ESI MS). Panel kiri menunjukkan hasil hibridisasi dengan probe DNA dari SK1 (dilabel hijau) dan dari S288c (dilabel merah). Upaya untuk adalah dengan differential display yang melakukan identifikasi gen yang pertama kali disampaikan oleh Pardee dan diekspresikan pada jaringan atau cellLiang (1992) dan kemudian diperbarui type tertentu sudah dilakukan sejak pada tahun 1997. 2-D High-perforance liquid chromatography (2-D HPLC). Pada saat gen aktif maka DNA (1998) dan cDNA microarrays yang dari gen tersebut akan mengalami proses pertama kali dilaporkan oleh Brown di trankripsi (transcription) untuk menghasilkan mRNA yang kemudian akan diterjemahkan (translation) menjadi protein. Karena proses transkripsi dari gen-gen berbeda-beda baik tingkat ekspresinya. ditambah dengan proses perbanyakan untaian DNa melalui proses replikasi (replication). melibatkan pembuatan utas tunggal (single-strand/ss) cDNA dari organisme target dan poly(A)+RNA dari driver tissues untuk melakukan substractive hybridization.html) 20 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . dalam biologi molekuler dikenal sebagai the central dogma of molecular biology. Cara melihat perbedaan ekspresi suatu gen dapat diketahui dari transkrip maupun protein yang dihasilkannya. a. Substractive library. Cara lain yang juga menggunakan Gambar 2: The central dogma of molecular biology transkrip mRNA untuk mengetahui dengan mengidentifikasi dimana dan kapan fungsi gen secara global yang juga gen tersebut diekspresikan (spatial and memanfaatkan teknologi PCR antara lain temporal expressions ). Sampai saat ini teknikteknik dengan memanfaatkan transkrip dan dikombinasi dengan teknik PCR seperti diatas telah dapat mengidentifikasi banyak gen. sehingga expression profiling dilakukan dengan melihat mRNA maupun protein. dan kemungkinan interaksinya dengan gen-gen lain. Dalam proteomics teknikteknik kimia protein modern diaplikasikan antara lain 2-D gel electrophoresis. dan setelah ditumpuk akan kelihatan DNa yang terdapat pada SK1 dan S288c memberikan warna gabungan merah dan hijau (kuning). Meskipun ada pendapat untuk memisahkan proteomics sebagai disiplin ilmu pengetahuan baru. (ss-cDNA adalah DNA utas tunggal hasil perbanyakan mRNA dengan menggunakan enzim RNA polymerase). galur yang digunakan S288c. Selain dengan memanfaatkan transkrip mRNA expression profiling juga dapat dilakukan dengan melihat protein yang diekspresikan. sscDNa yang tidak tersubstaksi (atau tidak mempunyai komplemen) oleh poly(A)+RNA.com/nrg/journal/v3/n9/full/nrg886_fs. Proses-proses ini. representational sekitar duapuluh tahun lalu. (gambar diambil dari http:// www. Untuk ‘membedakan’ dengan teknologi yang memanfaatkan transkrip mRNA pada tahun 1995 istilah proteomics mulai dimunculkan oleh Wassinger dan koleganya untuk menyatakan total protein komplemen dari suatu genom (total protein complement of a genome). pertama kali disampaikan oleh Davis dan timnya.

yang dimiliki oleh pribadi maupun umum. untuk mendapatkan kesimpulan data biologi yang Gambar 5. CSIRO. tembakau atau padi dan tanaman lainnya. Untuk melakukan overekspresi. Mutagenesis (Reverse genetics dan Forward genetics) Pada dua strategi yang biasa dilakukan untuk mempelajari fungsi suatu gen secara langsung. Sehingga untuk mempelajari fungsi dan mengidentifikasi gen secara menyeluruh (functional genomics) dapat dilakukan dengan cara knock-out yang dilakukan secara random. Contoh aplikasi dari penggunaan A c/Ds mutagenesis yang sudah cukup maju adalah di Arabidopsis dan padi. Database dan alat-alat bioinformatics pada server dapat dimanfaatkan oleh client. Tidak seperti pada organisme lain. Sementara activation-tag akan dapat meningkatkan tingkat ekspresi gen yang terpengaruh. Identifikasi gen-gen penting dan prediksi fungsi-fungsi mereka secara genomik dengan mutagenesis menggunakan transposon ini prosesnya semakin dipercepat dengan telah diselesaikannya draft-draft urutan DNA organisme target. yang memakai pendekatan perhitungan dengan memanfaatkan komputer (computational biology) untuk menjawab pertanyaanpertanyaan seputar ilmu biologi. Transposon dan retrotransposon pada dasarnya adalah elemen genetik yang dapat bertransposisi/berpindah tempat dari satu posisi di genom ke posisi lainnya pada generasi berikutnya secara acak. untuk tanaman saat ini teknologi yang dapat dipercaya (reliable) untuk melakukan knock-out pada gen tertentu (targeted knock-out) pada belum tersedia. Proses berpindahnya transposon dikarenakan oleh beberapa faktor induksi. Dengan pendekatan ini maka mutasi inseri secara acak akan bisa diperoleh dengan lebih cepat. Dengan gene/ enhancer-trap. dimana hal ini bisa disebabkan oleh adanya gen-gen lain yang mampu menggantikan fungsi gen yang telah di-knock-out (fungsional redundancy). knock-out mutagenesis dengan transposon Ac/Ds menghasilkan mutan yang tumbuh lebih lambat (tanda panah) dari tanaman galur liarnya (Dari Dr. Dengan melihat pola atau spesifisitas ekspresi dari reporter gene tersebut maka fungsi dari gen yang ada di sekitar daerah insersi tersebut akan dapat diperkirakan. atau activation-tag yang mampu mengoverekspresikan gengen yang ada disekitar daerah insersi dari activation tag tersebut. untuk mutasi secara random pada genom untuk kemudian di lakukan screening terhadap fenotip tertentu. Oleh karena tidak setiap knock-out menghasilkan fenotip baru. Narayana Uppadhyaya. Australia) transposon dan retrotransposon terletak pada cara mereka bertransposisi (berpindah tempat). isolasi dan identifikasi fungsi gen-gen pada genom dapat dilakukan. gen yang akan dipelajari fungsinya sudah harus tersedia sehingga gen tersebut dapat segera diklon di plasmid ekspresi untuk kemudian dioverekspresikan pada organisma target (tanaman). BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 21 . Pendekatan ini biasa disebut sebagai reverse genetics. gen yang berpengaruh pada sifat tertentu yang akan dipelajari tidak perlu tersedia. misalkan Tos17pada padi) maupun yang berasal dari tanaman lain seperti jagung (A c/Ds. Untuk menjawab pertanyaan-ppertanyaan tersebut dibutuhkan pengolahan data yang sangat besar dan kompleks. sehingga pengaruh overekspresinya dapat dipanytau dengan melihat perubahan fenotipnya. meskipun gen organisme target yang terganggu karena insersi transposon tidak menyebabkan munculnya fenotip baru. Perbedaan antara A B Gambar 4.B. atau forward genetics. pada system syaraf embryo tikus (kiri) dan pada tanaman Arabidopsis (kanan) (diambil dari beberapa sumber). Cara yang pertama adalah dengan mengoverekspresikan (over-expression) gen dan yang kedua dengan merusak/menghilangkan (knockout/disruption) gen yang dipelajari. Melalui cara mutasi insersi ini. akan tetapi untuk mendapatkan insersi yang banyak untuk mendapatkan saturasi diperlukan proses transformasi yang banyak. untuk mutagenesis dengan sasaran gen/target tertentu. baik yang berasal dari tanaman itu sendiri (endogenous retrotransposon. a. Pertukaran informasi terjadi antara site-site database penyedia informasi bioinformatics. Demikian pula client dapat memasukkan data-data baru ke dalam database. Aplikasi gene/enhancer trap untuk mengidentifikasi fungsi gen dengan melihat ekspresi dari reporter gene. b. aktivitas dari promoter atau enhancer (expression control element) gen tersebut dapat diidentifikasi dengan memperhatikan ekspresi reporter gene. maka selain berfungsi untuk knock-out konstruksi vektor yang digunakan mempunyai fungsi lain yaitu sebagai gene/enhancer-trap yang dapat berfungsi untuk menangkap sinyal aktivitas promoter/enhancer element yang berperan sebagai regulator ekspresi suatu gen dengan menggunakan reporter gene (gusA/gfp). Untuk melakukan knock-out. diantaranya adalah dengan induksi stres maupun dengan memanfaatkan protein transposase yang dihasilkan oleh transposon. C. Bioinformatics Bioinformatics adalah satu area ilmu pengetahuan baru yang sedang tumbuh dan berkembang. Fungsi gen tersebut dapat diperkirakan dengan melihat fenotip yang dihasilkan oleh tanaman transgenik yang dihasilkan. Metoda ini cukup handal. Sehingga untuk lebih memaksimalkan upaya mempelajari genegen tanaman dengan cara knock-out saat ini telah dikembangkan satu cara yang efektif untuk melakukan knock-out pada padi yaitu dengan memanfaatkan insersi transposon. Knock-out secara random pada genom tanaman dapat dilakukan dengan insersi T-DNA pada genom melalui transformasi Agrobacterium untuk tanaman tertentu seperti model tanaman Arabidopsis. Activator/ Dissociation).

padi. Arabidopsis dan sebagainya. bioinformatics juga memberikan alat-alat untuk menganalisa secara biologi molekuler seperti kemampuan untuk mencari urutan basa yang sama (similarity search). Bioinformatics menjadi semakin penting dengan telah diselesaikannya pengurutan basa genom organismeorganisme penting seperti manusia. memprediksi regulatory region dari suatu gen seperti promoter dan lokasi-lokasi yang penting untuk interaksi (binding domain) dengan protein yang berperan untuk proses transkripsi (transcription factors). Selain menyediakan database seperti urutan DNA genom. IKLAN ANDA SEHARUSNYA BISA TERPAMPANG DI SINI untuk pemasangan iklan hubungi sekretariat BioTrends 22 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Saccharomyces cereviseae. Satya Nugroho adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi .Dari Redaksi >> valid atau dapat dipercaya. urutan basa DNA atau cDNA yang diperoleh dari expression profilling dan mutagenesis beserta prediksi fungsi-fungsi mereka.nlm. Salah satu site bioinformatics yang mempunyai fasilitas terlengkap dalam memfasilitasi penelitian functional genomics adalah adalah yang dibangun dan dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information yang merupakan bagian dari National Institute of Health di Amerika Serikat ( www. melakukan sequence allignment. Potensipotensi yang ditawarkan bioinformatics mampu merubah cara pandang ilmu pengetahuan dasar dengan memberikan pemecahan permasalahan dan pendekatan desain experimen di laboratorium. Data-data yang didapat semakin mudah diakses dengan adanya jaringan internet yang semakin mudah dijangkau. urutan asam amino berbagai organism.LIPI. NCBI berkolaborasi dengan organisasiorganisasi lain seperti DNA Databank of Japan (DDBJ) dan European Molecular biology Laboratory (EMBL) database milik European Bioinformatics Institute dalam hal pertukaran informasi sehingga datadata baru yang diperoleh secara terpisah akan dapat dikumpulkan untuk dimanfaatkan oleh publik semaksimal mungkin. *Dr. dan sebagainya. memprediksi catalytic domain protein untuk meramalkan fungsi gen yang bertanggungjawab. lalat buah. Keberadaan data-data tersebut secara otomatis akan mendukung upaya untuk mempelajari fungsi gen-gen secara genomics (global) melalui pendekatan-pendekatan functional genomics.ncbi.nih. Cibinong.gov).

Gambar 2. Arabidopsis thaliana. yang berbeda dari normal deoxynucleotide. Tabel kode genetik. Manipulasi dan analisis DNA dapat dilakukan secara on line atau off line internet. Bioedit menghadirkan tutorial untuk menjalankan fungsi yang tersedia. Kemampuan untuk mengakses DNA saat ini juga tidak terbatas. Gene hunting ataupun gene discovery. kombinasi untuk setiap tiga basa nukleotida akan mengkode asam nukleat. dan CLC Free Workbench Penulis: Sigit Purwantomo* P ada organisme prokariotik dan eukariotik. BioEdit. program ini menyediakan petunjuk tutorial untuk menjalankannya. Walaupun kode ini bersifat universal. DNA tersebut terdiri dari empat jenis basa nukleotida adenine. Gambar 5. Walaupun ada beberapa pengecualian yang membedakan antara kode asam amino tertentu dari prokariotik dan eukariotik. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 23 . digunakan 2’. Restiksi enzim map. Akibatnya. pada kode-kode tertentu mengkode asam amino yang berbeda pada urutan basa yang sama (Tabel diambil dari DNAMan). Beberapa pusat riset di dunia telah melakukan upaya genome sequencing yang datanya dapat diakses secara bebas. akan tetapi secara umum asam nukleat yang dikodekan oleh tiga basa pengkodenya adalah sama. Program ini diperlukan antara lain untuk melihat homologi dan posisi restriksi enzim serta analisis lain seperti desain primer (A). sequence DNA yang menjadi interest selanjutnya dapat diketahui. Disamping itu dari sequence DNA kita dapat melihat hubungan kekerabatan dari suatu jenis relative dengan species lainnya melalui sequence homology yang dimiliki. Beberapa tekhnik dikembangkan antara lain melalui inseri buatan untuk menghasilkan mutan atau teknik metagenomik untuk mandapatkan sejumlah gen dari organisme yang tidak dapat atau masih sulit ditumbuhkan pada kondisi lab. semua informasi yang nantinya akan diwariskan disimpan dalam bentuk materi DNA. Enzim T4 Gambar 4. melibatkan sejumlah delesi atau substitusi basa yang menyusunnya. Sequencing dengan tekhnik dideoxynucleotide atau umum dikenal dengan metode Sanger merupakan contoh metode sequencing. Kode genetik adalah gabungan tiga basa nukleotida untuk menyandikan satu jenis asam amino.Program freeware DNA analysis: ClustalW. Melalui analisis PCR dari flanking sequence yang diketahui dan dideskripsikan dengan sequencing. guanine. Tampilan help dari CLC free workbench. cytocine. Tampilan help pada BioEdit. Sequence DNA tersedia pada genebank yang dapat diakses free dari NCBI website. GAATTC yang sangat spesifik untuk selanjutnya dipotong. merupakan upaya untuk menemukan “kembali” gen untuk dipelajari fungsinya.coli mampu mengenali sisi sekuens DNA khusus. Disamping fungsi help. Website ini juga memiliki link dengan web database DNA lainnya. Selanjutnya. Di samping itu program analisis DNA diperlukan untuk mempermudah pencarian conserved region untuk menemukan gen uang sama pada organisme lain (B). molekul ini akan menghentikan elongasi rantai DNA disebabkan ketidakmampuan Gambar 3. Urutan DNA dapat diketahui karena kita dapat malakukan pengurutan DNA melalui DNA sequencing. dan thymine.3’-dideoxynucleotide triphosphates (ddNTP). dan Oryza sativa telah secara utuh disekuens urutan DNA begitu juga dengan species Homo sapiens. Pada cara ini. Gambar 1. Enzime restriksi endonuclease yang telah diisolasi dari berbagai organisme seperti EcoRI dari E. Kegiatan untuk melakukan manipulasi urutan DNA secara artifisial sangatlah dimungkinkan. Analisis fungsi suatu sequence DNA biasanya akan Saat ini beberapa organisme seperti Escerichia coli K12. (Diambil dari CFC Free Workbench) membentuk ikatan phosphodiester dengan deoxynucleotide selanjutnya. Fungsi program analisis DNA.

Hal ini dijumpai juga pada tutorial dan help pada CLC. Kita dapat melihat suatu fungsi dari pilihan help pada bagian index atau kita dapat memilih dari content ataupun find. complementary. Disamping itu. Secara sederhana terdiri dari bagian promoter. DNAMan dan Vektor NTI adalah contoh versi komersial analisis DNA. Pada genome posisi strand DNA yang berisi modul tertentu yang diinginkan.DNA ligase menjadi enzim penting jika akan dilakukan penempelan antara ujung yang telah dipotong.Sc adalah staf di Pusat Peneliti Bioteknologi . atau langsung dengan kata kunci menggunakan nama software tersebut.-3’ akan memiliki utas komplementari 3’-……-5’. Intron bisa saja terletak di awal. Program ini dipakai untuk alignment dari beberapa sequence. Dua program terakhir mampu untuk memberikan input tentang posisi enzim restriksi yang ada pada suatu sequence. ataupun open reading frame. Disarankan untuk menggunakan Untuk analisis sequence DNA dengan menggunakan program-program tersebut diperlukan pengetahuan dasar terkait dengan sequence DNA. exon. intron. ClustalW. dan terminator. BioEdit.. seperti misalnya intron pada organisasi genom eukariotik. BioEdit. Reverse complement akan membuat complement dari utas 5’-……. atau akhir analisis sequence dapat digunakan BioEdit atau CLC. Beberapa software tersedia secara komersial untuk analisis DNA tidak secara online. dan CLC Free Workbench merupakan contoh dari freeware yang dapat diakses dan didownload via internet. Walaupun mungkin ada keterbatasan yang ada dibanding sepupunya yang komersial. Software CFC Workbench yang direlease 2005 memiliki tampilan dan help yang sangat mudah diikuti begitu juga BioEdit yang direlease tahun 2004. seperti alignment. Baik ClustalW. dapat “ungkir balik”. Akan tetapi ukurannya relative sangat besar sehingga membutuhkan waktu saat download dari internet. terlebih jika speed koneksi internet sangat rendah. Hal ini untuk mengurangi kemungkinan terputusnya koneksi internet saat download yang dapat berakibat rusaknya program. dan pembuatan phylogenetic tree. Kita dapat pula mengedit dalam arti menambah enzyme restriksi untuk keperluan up date. coding sequence. alignment. atau CLC memberikan fungsi untuk alignment DNA dan pembutan phylogenetic tree dari sequence yang dialignment. ClustalW merupakan versi Windows untuk program klasik clustalX. alignment dapat dilakukan untuk presiksi protein yang dihasilkan. Fungsi ini diperlukan untuk melihat kesamaan antar sequence dan daerah conserved pada sequence tersebut. dan lainlain. beberapa sequence telah diketahui fungsinya akan tetapi ada beberapa bagian yang belum diketahui fungsinya. Kedua program terakhir cukup kuat untuk menganalisis sequence DNA. kita dapat secara step-by-step menggunakan software-software aplikasi tersebut. BioEdit menawarkan sejumlah aplikasi seperti DNA alignment. Kegiatan alignment merupakan fungsi untuk menyamakan posisi basa pada satu sequence dengan sequence lainnya.…. * Sigit Purwantomo. Sequence DNA akan ditulis dari ujung 5 ke ujung 3 yang menunjuk pada posisi karbon pada gula di basa nukleotida. Dalam organisasi genom. Umumnya DNA adalah double strand. Dengan menggunakan kata kunci “molecular biology freeware”pada search engine kita dapat menjumpai daftar software tersebut. Cibinong.LIPI. Kita dapat mempelajari fungsi yang ada melalui fungsi help yang diberikan. Tampaknya software yang tersedia bebas tidak kalah dari komersial software yang berharga cukup mahal. Seperti misalnya bahwa. seperti map restriction site. M. utas 5’. 24 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . tengah. akan tetapi utas 2 ditulis dengan 5’-……3’. posisi restriksi enzim ataupun menggambar plasmid yang dapat dipelajari dari help tutorial yang tersedia. dari coding sequence suatu gen fungsional. kecuali pada beberapa organisme seperti virus dapat single strand. Untuk melihat alignment dan beberapa aplikasi program accelerator pada saat download. Software analisis DNA yang ada pada dasarnya memiliki fungsi dasar yang sama. restriksi enzim. Dengan mempelajari help dan tutorial yang ada. misalnya promoter.-3’ (utas 1) yaitu utas 2. oleh karena itu mungkin diperlukan reverse complement. Akan tetapi beberapa diantaranya dapat kita download secara free. Gen fungsional selalu terdiri dari bentukan yang sifatnya modular. Sejumlah program untuk menganalisis sequence DNA. software gratis yang tersedia saat ini dapat diberdayakan untuk menganalisis DNA yang kita punya dan menggali potensi diversitas DNA yang kita miliki.Akan tetapi harga dari software ini relatif mahal karena membutuhkan licence untuk penggunaannya. Semua program analisis yang tersedia umumnya dilengkapi dengan tutorial atau Help yang sangat user friendly. Untuk memakainya memang terdapat perbedaan pada tampilan yang disajikan dan menu fungsi yang diberikan.

Pada contoh Gambar 1 tersebut molekul yang digunakan adalah molekul A.C 3 A3 -B2-C2 Gambar 1: Konsep dasar reaksi combinatorial chemistry. proteomik.B1-C3 A1. C2.B2-C1 A1 A1 -B2 A1. A2. Teknik semacam ini bila digabung dengan kemampuan skrining yang tinggi dan dalam jumlah sampel yang STAGE 1 R’ R’ H2NCHCOOR’ RCOCl RCONHCHCOOR’’ STAGE 2 R’ R’’’NH2 RCONHCHCONHR’’’ A 1-B1.C . Dengan keragaman yang sangat tinggi maka diharapkan sebagian dari molekul yang disintesa mempunyai fungsi biologi seperti yang kita harapkan dan mampu digunakan untuk melawan suatu jenis penyakit tertentu.B. B2.C 1 A1 -B1 A 1-B1-C2 A1. Bisa dibayangkan apabila ini digunakan BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 25 . Berdasarkan pada konsep ini maka jumlah dan keragaman jenis molekul (molecular diversity) dapat diproduksi dengan sangat cepat. dan kemampuan membuat hewan transgenik sesuai dengan yang diinginkan.B2-C2 A2 -B1-C1 A1-B1 A2-B 1-C3 A2 -B2-C1 A2-B 1-C2 A2 A1-B2 A 2-B2-C3 A2-B 3-C1 A2-B 2-C 2 dengan masing-masing memiliki 3 jenis.B . kimia inorganik. dan C3) maka dengan cepat 9 molekul tadi bertambah menjadi 27 jenis molekul. dan B3).COMBINATORIAL CHEMISTRY: PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT Penulis: Adi Santoso* PENDAHULUAN Combinatorial chemistry adalah teknologi yang masih tergolong baru yang dikembangkan oleh peneliti dari berbagai disiplin ilmu pengetahuan. KONSEP DASAR COMBINATORIAL CHEMISTRY Secara umum konsep dasar reaksi combinatorial chemistry dapat diterangkan seperti pada Gambar 1. teknologi lain yang saat ini banyak digunakan dalam drug discovery adalah dengan mengisolasi sampel dari tanaman atau mikroba atau sumber lain kemudian dianalisa satu persatu pengaruhnya terhadap efek biologi yang diteliti.C-D D A -B -C (b) A B A -B C D D A -B . Pada cara ini penambahan molekul terjadi seperti rantai dimana penambahan molekul hanya dari satu arah (tidak bercabang).C 2 A3-B 1-C1 A1 -B1 A3.C D A -B . Secara simultan beberapa reaksi dapat terjadi seperti yang tertera pada Gambar 1.B2-C2 A1-B 2-C3 A1-B 3-C1 A1-B3 A1-B 3-C 3 A1. Pada reaksi pertama terjadi reaksi antara 3 jenis molekul A (A1. diantaranya berasal dari: farmasi. kedua.D D-A -B .C Gambar 1: Pola dasar sintesa molekul dalam combinatorial chemistry. dengan mengetahui fungsi spesifik suatu molekul dalam biochemical pathway maka molekul baru yang berfungsi sebagai obat dapat didisain dan disintesa. dan C (a) A B A-B C A . Selain kedua cara tersebut diatas. Keunikan teknologi combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam mensintesa molekul dengan keragaman yang tidak terbatas.B3-C1 A 3-B2-C2 A1-B3 A 3-B3.C D A. penambahan molekul (seperti yang terlihat pada Gambar 2b) secara bercabang. Secara teori. cara mendisain suatu obat yang telah berhasil dan banyak dilakukan oleh para peneliti dari bidang biokimia sejak dulu adalah dengan mempelajari secara detil biochemical pathways (siklus biokimia) dari suatu molekul didalam tubuh mahluk hidup. Seperti diketahui walaupun suatu molekul mempunyai rumus molekul yang sama tetapi dengan mempunyai rumus bangun yang berbeda maka reaksi yang dihasilkan juga akan berbeda. konsep dasar combinatorial chemistry dapat dibagi menjadi 2 macam. Pada artikel ini keunikan dan potensi teknologi combinatorial chemistry dibahas dalam kaitannya dengan drug discovery. bioteknologi. 2a. dan mikrobiologi. akan membuat potensi combinatorial chemistry akan lebih tinggi untuk mendapatkan molekul baru sebagai bahan obat yang lebih sesuai dengan kondisi tubuh kita. Disamping teknik combinatorial chemistry. yaitu: pertama. Teknologi ini dikembangkan dengan tujuan utama untuk mendapatkan cara yang paling efisien dan efektif untuk mendapatkan bahan obat baru (drug discovery). dengan cara membuat molekul yang mempunyai struktur seperti pada Gambar A1-B3 A2-B 3-C3 A 2-B2.C 2 A3 A1-B2 A 3-B2.B1-C3 A3-B 2-C1 A 3-B1. Hal ini karena teknik baru ini sangat berpotensi sekali digunakan sebagai cara untuk mensintesa senyawa kimia yang berfungsi sebagai obat yang bahkan dialam kombinasi molekul tersebut tidak didapatkan. Ditambah dengan kemajuan sains dan teknologi yang begitu cepat dalam bidang life sciences seperti genomik. Hal lain yang juga berperan dalam combinatorial chemistry terletak pada posisi ikatan suatu molekul dengan molekul lainnya. besar (high-throughput screening) maka teknologi combinatorial chemistry dapat digunakan sebagai basis yang sangat kuat dalam drug discovery efforts. B. Dalam hal ini. biokimia. Dalam teknik ini diharapkan dengan meningkatkan jumlah populasi keragaman molekul maka kemungkinan untuk mendapatkan molekul yang diinginkan dengan sifat tertentu juga akan meningkat. Dengan mereaksikan 9 jenis molekul yang dihasilkan dari reaksi A dan B dengan molekul C (C1. dan A3) dengan 3 jenis molekul B (B1. Sebagai teknologi yang relatif baru teknologi combinatorial chemistry banyak mendapat perhatian dari kalangan peneliti terutama dari kalangan industri farmasi. Pada reaksi tersebut (antara A dan B) dihasilkan 9 jenis molekul.C 3 A3. kimia organik.

3. B2. adalah pustaka yang dibuat dalam bentuk cairan (solution). 2. Solution Masalah yang sangat mendasar pada teknik ini adalah kesulitan dalam purifikasi. C3 -----> Campuran 1 mengandung senyawa A1. dan C1. Gambar 3.D adalah staf peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi . B2. 3. Karena masing-masing reaksi dilakukan secara terpisah diatas suatu platform maka proses purifikasi akan sangat memudahkan sekali dalam proses purifikasinya. B1. B1. Pada sistim ini setiap reaksi dilakukan secara terpisah sehingga apabila suatu molekul ternyata positif mempunyai fungsi yang 2. CARA MENDISAIN COMBINATORIAL CHEMISTRY Hal yang juga sangat mendasar dalam combinatorial chemistry adalah dimana pustaka molekul disintesa? Terdapat 2 macam cara pembuatan pustaka combinatorial chemistry: pertama adalah pustaka yang dibuat dalam solid support (sejenis bahan plastik). Pustaka yang berbentuk cairan biasanya merupakan pustaka mixture dimana semua molekul dalam pustaka bersatu dalam cairan. Pustaka yang dibuat dengan cara ini mudah untuk dipurifikasi karena masing-masing molekul yang terdapat dalam pustaka tersebut diletakkan secara terpisah pada support yang digunakan. Ph. A1-B1-C1 A1-B1-C2 A1-B1-C3 A1 -B2-C1 A1 -B2-C2 A1 -B2-C3 A1-B3-C1 A1-B3-C2 A1-B3-C3 A2-B1-C1 A2-B1-C2 A2-B1-C3 A2-B 2-C 1 A2-B 2-C 2 A2-B 2-C 3 A2-B3-C1 A2-B3-C2 A2-B3-C3 A3 -B 1-C1 A3 -B 1-C2 A3 -B 1-C3 A3-B2-C1 A3-B2-C2 A3-B2-C3 A3-B3-C1 A3-B3-C2 A3-B3-C3 UJI BIOLOGIS Gambar 4. Karena dalam teknik ini semua reaksi terjadi dalam satu tempat sehingga banyak sekali terdapat molekulmolekul yang tidak kita inginkan. B1. B2. Tukar menukar informasi dan pustaka molekul yang telah disintesa antara satu peneliti dengan peneliti lainnya akan sangat menentukan kecepatan drug discovery. C3 -----> Campuran 3 mengandung senyawa A3. maka setiap molekul yang disintesa akan mempunyai fungsi dan potensi yang berbeda. C2.sebagai obat. Kemampuan dalam memodifikasi dengan cara menambahkan beberapa gugus kimia pada molekul tertentu membuat molekul baru yang disintesa diharapkan secara spesifik dapat mempunyai mekanisme seperti yang diharapkan dalam fungsinya sebagai obat. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solid support . 3. dalam teknik ini sebagian besar usaha yang dilakukan terfokus pada tahap purifikasi. Walaupun teknik ini sangat menguntungkan tetapi membutuhkan biaya yang sangat tinggi karena melibatkan proses pembuatan solid support dan meletakkan molekul yang diteliti pada support yang digunakan. A1 + B1. KESIMPULAN Keunggulan combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam menciptakan keanekaragaman molekul (molecular diversity). Konsekuensinya. B3 + C1. Pemilihan cara pembuatan pustaka molekul. Kemampuan untuk mendapatkan informasi tentang jenis molekul yang berpotensi sebagai obat dan sistim database yang digunakan untuk menyimpan informasi yang dihasilkan adalah sangat mendasar dalam combinatorial chemistry. keuntungan teknik ini adalah beayanya yang relatif murah dan bisa dilakukan dalam skala yang besar. dan C1. C2. solid support system atau solution. 2. * Adi Santoso. C2. -----> Uji Biologis A3 + B1. Salah satu contoh combinatorial chemistry yang menggunakan solid support system adalah dengan menggunakan well grid array (misal: 96 well plates). 2.LIPI. dikehendaki maka molekul ini dapat langsung di identifikasi dan diproduksi dalam skala besar. -----> Uji biologi s A2 + B1. Cibinong. 2. kedua. C3 -----> Campuran 2 mengandung senyawa A2. Hal yang sangat menguntungkan dengan menggunakan teknik solid support adalah tahap purifikasinya. B3 + C1. 3. manajemen pustaka molekul menjadi sangat esensial. Berikut dibawah ini dijelaskan keuntungan dan kerugian kedua sistim tersebut: 1. 2. 3. B3 + C1. -----> Uji Biologis 26 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . akan sangat dipengaruhi oleh biaya dan teknologi purifikasi yang akan digunakan. Karena sifat teknik ini adalah kombinasi (combinatorial) maka dengan cepat jumlah molekul yang di sintesa akan meningkat dengan sangat tajam. 2. dan C1. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solution. Pustaka semacam ini biasanya dikerjakan dengan menggunakan robotic system dimana molekul yang digunakan diletakkan pada solid support. Menghadapi hal semacam ini. Bila dibandingkan dengan teknik solid support system. 3. Solid support system Metode solid support pertama kali digunakan oleh perusahaan Merrifields dari USA.

merupakan metoda yang tidak asing dalam proses sintesis kimia organik di ranah akademis maupun dalam tataran industri. beberapa enzim memerlukan keberadaan materi lain. lambat laun biokatalisis mulai menggeser dan menjadi pesaing utama metode sintetik konvensional. Sehingga. Di masa depan. Sampai saat ini. Dalam praktek. misalnya. tipe pertama berupa ion-ion logam sederhana. Untuk bisa berfungsi. secara umum hanya ada perbedaan yang kecil diantara beragam enzim dalam nilai pH dan suhu operasinya. yang berupa enzim. Biokatalis. enzim dimanfaatkan untuk mengkatalisis beragam reaksi-reaksi organik dan banyak dilibatkan dalam industri pangan. Seperti kita ketahui. Enzim sebagai biokatalis Sebagai biokatalis. aktif dan bekerja dalam kondisi ’normal’. produk reaksi. enansio. atau oleh kontaminan kimiawi yang ada dalam substrat. enzim mempunyai karakteristik yang sangat menarik untuk industri: sangat spesifik. kimia dan farmasi. Enzim dan Biotransformasi Penulis: Theresia Umi Harwati & Bambang Sunarko* Kenapa biokatalis penting? Biokatalisis. Namun. deterjen. yang selama ini digunakan sebagai sarana untuk memproduksi molekul-molekul khiral sebagai bahan baku industri farmasi. Sumber biologis. maka faktor-faktor berikut yang perlu mendapat diperhatikan: · Spesifitas. dapat dibuktikan dengan kenyataan bahwa saat ini pasar biokatalis (enzim saja) dalam bisnis global mencapai 1 milyar dolar Amerika. enzim dapat dihambat oleh substrat. dan juga biokatalis. dan lain-lain. Metode ini akan menjadi proses inti untuk memproduksi senyawa yang sulit atau tidak dapat dilakukan dengan teknikteknik kimia konvensional.dan stereospesifitas yang tinggi. ada beberapa contoh enzim yang mampu melakukan reaksi pada suhu lebih rendah dari katalis konvensional. pemanfaatannya terus meluas. Pemanfaatannya juga begitu beragam. transesterifikasi. · · · BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 27 . yang pada akhirnya akan membatasi penggunaannya (kecuali ada cara-cara praktis untuk mendapatkannya kembali). atau regiospesifik . seperti dalam sintesa senyawa-senyawa yang bersifat regio-. Ada dua macam kofaktor.Biokatalis. reaksi-reaksi yang dijembataninya seringkali mempunyai kemo-. Walaupun beberapa dapat beroperasi diatas 60oC. Selain itu. yang disebut sebagai ko-enzim. aspartame. biokatalisis dianggap sebagai representasi dari suatu strategi yang menjanjikan dalam menopang konsep “ green chemistry”. biokatalis telah digunakan untuk produksi fruktosa. dan sekaligus mengurangi konsumsi enerji untuk produksinya. sel mikroba (hidup atau mati). atau stereospesifik (selektif hanya terhadap salah satu stereoisomer) · Kofaktor. Bila enzim akan dimanfaatkan sebagai biokatalis. sehingga digunakan juga untuk mengolah material yang berasal dari bahan bakar fosil. secara tradisional telah digunakan untuk mengkonversi bahan baku yang berasal dari bahan organik atau bahan baku yang terbarukan. Dalam skala industri. enzim bersifat sangat spesifik. dapat menekan jumlah limbah dan konsumsi energi. Dan tampaknya biokatalisis. Sebagai ilustrasi betapa beragamnya kegunaan biokatalis dalam sintesis kimia. yang disebut sebagai kofaktor. Inilah salah satu alasan mengapa saat ini industri mulai melirik biokatalisis dan memanfaatkan biokatalis secara ekstensif untuk memproduksi precursor dan ingradien penting untuk produksi farmaseutika. serta dalam pengelolaan limbah dan remediasi lingkungan. namun rendeman dan kualitas produk yang dihasilkan lebih tinggi. Aktivitas enzim seringkali peka terhadap keberadaan molekulmolekul kecil. maka akan semakin mahal biaya yang diperlukan. Secara umum. bila biokatalisis dianggap sebagai komponen penting dan bagian yang tak terpisahkan dari industri life-science. Inhibitor. dapat bersifat substrat spesifik (selektif · terhadap senyawa atau kelompok senyawa tertentu). Semakin pentingnya peran biokatalisis. sedangkan tipe kedua terdiri atas molekul organik yang kompleks. enzim digunakan sebagai katalis dalam beragam reaksi. Daya pikatnya berasal dari selektivitasnya yang tinggi.dan stereoselektif. dalam industri. Pemikiran untuk menekan polusi telah meningkatkan ketertarikan mereka terhadap produk dan proses kimia. Spesifikasi sumber enzim seringkali merupakan hal penting. Seperti kita ketahui. Selain itu. secara ideal dapat memenuhi tuntutan itu. Semakin kompleks kofaktor yang dibutuhkan. Sebagai contoh. Atas dasar kelebihan-kelebihan ini. Industri proses kimia juga mulai menyadari bahwa enzim bukan hanya efektif sebagai katalis dalam transformasi senyawa-senyawa ’alami’ dalam sistem kehidupan. industri pangan dan pakan. penisilin semi sintetik dan obat kanker. Dan tampaknya. yang terikat dalam matriks atau bebas. seperti hidrolisis. Dengan demikian. suatu reaksi kimiawi yang menggunakan katalis biologis (biokatalis). pada Tabel 1 ditampilkan beberapa contoh senyawa-senyawa kimiawi yang diproduksi secara enzimatis. yang ramah lingkungan. serta limbah yang dihasilkan mudah dituntaskan. diagnostik. isu-isu lingkungan merupakan hal yang penting bagi industri. tidaklah mengherankan. mudah didapat. pemahaman tentang mekanisme pengendalian semacam ini dapat merupakan hal penting untuk optimasi proses Kondisi reaksi. peranan biokatalisis juga akan semakin penting dalam industri kimia modern. Enzim dengan nama yang sama tetapi berasal dari sumber yang berbeda seringkali menujukkan perbedaan pula dalam struktur dan sifat-sifatnya Stabilitas. Secara umum. dan ramah lingkungan. serta yang memihak pada penggunaan sumber daya terbarukan daripada bahan baku berbasis petroleum. metoda tersebut banyak berperan dalam industri kimia dan farmasi. dari biotransformasi senyawa khiral secara enzimatis untuk produksi obat sampai desulfurisasi bahan bakar diesel menggunakan mikroba. resolusi kinetik dari campuran rasemat. regio. ezim lebih labil dibandingkan katalis sintetik. Secara umum. kebanyakan farmaseutika adalah molekul-molekul khiral. namun juga dapat berperan dalam reaksi serupa dengan senyawa-senyawa ’non-alami’. aktif dalam kondisi ’normal’.

yang sudah lama dikenal?”. biokatalis mempunyai peranan yang semakin penting dalam industri kimia sintesis. tahapan-tahapan proses dan integrasi keseluruhan proses perlu diperhitungkan. Peluang pemanfaatan biokatalis akan meningkat. Selain itu. Media padat dapat merupakan keuntungan yang meyakinkan bagi penggunaan biokatalis. sel hasil rekayasa genetis. sifat biokatalis yang enansio. Sedangkan masalah kedua menyangkut media reaksi. juga akan mendorong penggunaan biokatalis dalam proses produksi. kebutuhan kofaktor adalah beberapa aspek penting yang perlu mendapat perhatian. kemurnian. keseimbangan reaksi. inhibitasi substrat/produk. Jika isu ‘natural’ dan ‘green’ sangat menentukan penerimaan masyarakat terhadap suatu produkproduk tertentu. Namun. Masalah pertama menyangkut bentuk biokatalis yang akan digunakan. apakah reaksi biokatalisis dilakukan dalam media cair konvensional yang ramah lingkungan (green). apakah biokatalis tersebut diaplikasikan dalam bentuk sel utuh. maka mereka memerlukan: · Identifikasi biokatalis . Aspek lain. Oleh karena itu. Adanya kepastian bahwa proses atau reaksi akan berlangsung melalui rute tertentu juga akan menjadi pertimbangan penting dalam keputusan untuk menggunakan atau tidak menggunakan biokatalis dalam proses produksi. ataukah dalam bentuk enzim kasar atau murni). yang berarti bahwa penggunaan biokatalis merupakan alternatif yang menarik dalam proses produksi. Kapan? ”Kapan biokatalis bisa dianggap sebagai alternatif yang menjanjikan. Tak kalah pentingnya. seperti kebutuhan reagen dan senyawa-senyawa esensial lainnya yang lebih sedikit dan lebih murah. terutama bila jumlah tahapan reaksi dalam memproduksi suatu produk akhir dapat diturunkan secara drastis. terutama karena kebanyakan indutri kimia kurang begitu ‘akrab’ dengan ‘katalis alam’ ini. Aspek-aspek yang perlu mendapat perhatian dalam keputusan awal ini adalah: ketersediaan biokatalis. dalam keseluruhan pembuatan keputusan. kemudahan dalam purifikasi produk. maka semakin tinggi pula efektivitas penggunaan biokatalis dalam industri kimia. Kemampuan komputer yang ada saat ini memungkinkan untuk itu. seperti dalam pelarut organik atau dalam media padat. maka kecenderungan ini juga akan mendorong penggunaan biokatalis sebagai pilihan dalam proses produksi. Dari pengalaman dapat ditunjukkan bahwa semakin positif jawaban yang dapat diberikan atas aspek-aspek tersebut diatas. merupakan pertanyaan pertama yang harus dijawab untuk memutuskan pemakaiannya dalam industri. Akhirnya. maka pertanyaan “Bagaimana biokatalis tersebut dimanfaatkan dalam proses produksi?” akan muncul dalam pengambilan keputusan berikutnya. ataukah dalam media non-konvensional. Kegiatan ini melibatkan pencarian dan penapisan enzim yang tersedia secara Gambar: Dari tahapan riset sampai dengan aplikasi biokatalis 28 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . dan aspekaspek lingkungan (‘greenness”) juga merupakan aspek penting lainnya. namun perlu juga disadari bahwa saat ini kemajuankemajuan dalam yang berarti dalam bidang ini terjadi juga di bidang katalis kimiawi. Bagaimana? Bila aspek-aspek yang dikemukakan diatas dijawab secara positif. Ketersediaan. bila dibandingkan reaksi kimia biasa. jumlah reaksi yang terlibat. biaya. kebutuhan dan ‘pada tataran mana’ integrasi proses dalam kaitannya dengan reaksi-reaksi (jika lebih dari satu reaksi yang terlibat). Selain itu. masih ada beberapa kelemahan dalam pemanfaatannya dalam industri. kualitas produk akhir. terutama berkaitan dengan kelarutan. serta kondisi reaksi merupakan aspek lain yang perlu mendapat perhatian. enzim kompleks. dan purifikasi produk. sel organela. selektivitas dan rendeman (yield). rendeman yang lebih tinggi.dan/ atau stereoselektif dapat menjadi pertimbangan yang kuat untuk penggunaan biokatalis. diimobilisasi ataupun diaplikasikan dalam bentuk bebas. Bila industri akan menggunakan proses yang melibatkan biokatalis dalam proses produksinya. laju reaksi yang lebih cepat dan kondisi reaksi yang lebih mild.Biokatalis dalam Industri Kimia Seperti telah diuraikan. biaya dan komponen media lain yang diperlukan. kompatibiliats dengan proses yang telah ada juga merupakan hal penting lain dalam keputusan tersebut. “Kapan dan bagaimana menggunakan biokatalis?” merupakan pertanyaan penting yang harus dijawab sebelum industri memutuskan untuk mulai menggunakannya dalm proses produksinya. Lebih lanjut.

kondisi proses yang paling baik (nilai pH dan suhu optimal. waktu kontak dengan matriks pendukung. industri dapat memperoleh atau mengembangkan sendiri biokatalis yang diinginkan. Untuk menghasilkan biokatalis yang memenuhi kebutuhan komersial. Riset dan Pengembangan Biokatalis dan Biotransformasi Riset dalam bidang ini terutama diarahkan untuk mengembangkan dan optimasi proses yang melibatkan biokatalis. dan mampu melakukan transformasi baru merupakan hal penting untuk memperluas area penerapan bioteknologi. evolusi terarah banyak diterapkan untuk mengembangkan enzim-enzim secara individual. dengan melibatkan metoda-metoda. dialisis dan/atau liofilisasi. diperlukan sumber daya teknis yang memadai (beragam keahlian bioteknologis). perbandingan enzim/ dengan matriks dan sebagainya untuk mendapatkan biokatalis yang tepat secara industrial. parameter kinetika dan penggunaan ulang) dapat diidentifikasi. dalam tahap awal. Untuk pengembangan biokatalis in-house. Isolasi. dekstran. sentrifugasi. Selain itu. mikrokapsulasi (dengan cara polimerasi interfasial atau dengan mencampurkannya dengan surfaktan tertentu sehingga membentuk reverse micelles). kloning dan perunutan gena. stabilitas terhadap pH dan suhu. Setelah itu. Optimasi proses downstream dari biotransformasi seringkali sama pentingnya dengan proses biotransformasi itu sendiri. teknikteknik pengkonsentrasian juga perlu dilibatkan. demikian juga mengenai struktur. presipitasi.LIPI. atau bahkan melakukan pengembangan biokatalis baru. seperti glutaraldehida. Cibinong. kemudian mengisolasi enzim atau enzim-kompleks yang cocok. enzim diperoleh dari mikroorganisme (bakteri. karakterisasi fungsional perlu juga dilakukan. maka biokatalis merupakan proses yang akan menjadi pilihan. dan juga stabilitas dan aktivitas dalam kondisi proses sebenarnya. misalnya metoda penggaraman. baru dicoba dengan menggunakan sistem-sistem kloning dan ekspresi yang lain. · Sumber biokatalis. atau diamina yang diaktivasi dengan carbodiimida). Umumnnya kajian dilakukan untuk mempelajari dan mengidentifikasi pengaruh pH. beberapa pertanyaan dipaparkan yang harus dijawab untuk menghasilkan aplikasi biokatalis secara optimal. fungsi dan aplikasi enzim masih tetap diperlukan. suhu. Untuk tahap-tahap selanjutnya. Setelah enzim dimurnikan. Seperti kita ketahui. Bila proses imobilisasi telah dilakukan dengan hasil yang baik. yang menyandikan sintesis enzim. ultrafiltrasi. tahap pertama yang perlu dilakukan adalah pemurnian enzim dari media fermentasi. agarosa. Untuk mengawali penguasaan teknologi biokatalis. pada akhirnya adalah ekonomi yang menentukan apakah aplikasi biokatalis dapat direalisasikan dalam praktek ataukah apakah. ultrasentrifugasi analitis. polimir akrilik). Beragam metode imobilisasi telah dikenal dan dapat disesuaikan dengan proses-proses industrial. bila perlu. biasanya industri juga mencoba proses yang multi-tahap yang melibatkan lebih dari satu enzim. Pengembangan proses. Datadata ini memberi landasan untuk dapat dilakukannya site-directed mutagenesis untuk memperoleh enzim baru yang dapat digunakan dalam bioreaktor secara industri. terutama untuk mendapatkan jumlah protein yang lebih tinggi. Selain itu. teknik ini juga akan dapat diaplikasikan untuk perekayasaan sistem enzim kompleks. Namun. yang menunjukkan catalytic turnover yang tinggi. Bambang Sunarko adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . seperti kebanyakan kasus. seperti elektroferesa. upaya kloning dan ekspresi enzim dilakukan pada E. karaginan). misalnya dengan menggunakan HPLC (High Pressure Liquid Chromatography). * Theresia Umi Harwati. menscale-up dan. dilakukan imobilisasi enzim. Industri yang melakukan pengembangan biokatalis secara aktif biasanya mempunyai koleksi strain-strain mikroba dan enzimenzim dalam jumlah besar dan menganggapnya sebagai sumber daya teknologi kunci. biokatalisis kombinatorial. adsorpsi dan pengikatan secara kovalen dengan pedukung inorganik (seperti gelas berpori. mengintegrasikan ke dalam keseluruhan proses sintesis produk yang diinginkan. Upaya pengembangan biokatalis baru mencakup penapisan mikroba dan biomaterial secara ekstensif untuk mengidentifikasi aktivitas yang diinginkan. Pengembangan katalis yang stabil. Biasanya. pengikatan silang dengan reaktan bifungsional (dialdehida. walaupun sampai saat ini. seperti penentuan aktivitas dan stabilitas enzim pada suhu dan pH yang berbeda. spektroskopi (UV-VIS dan/atau flueresens). BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 29 . silica) atau dengan pendukung organik (seperti selulosa. atau tidak ada alternatif kimiawi yang ada. Selain itu. Proses untuk biotransformasi yang diinginkan perlu dikembangkan . Tentu saja. Pada akhirnya. dampak dari penggunaan biokatalis rekombinan semacam ini terhadap keseluruhan pentahapan reaksi dan terhadap proses downstream juga menjadi sasaran kajian dan riset dalam biotransformasi. Namun. namun dengan meningkatnya akumulasi pengetahuan. dan juga proses untuk memproduksi biokatalis itu sendiri. dekade terakhir ini dipahami sebagai revolusi dalam pemahaman proses biokonversi pada tataran genetik. seperti pencerapan dalam matriks gel (poliakrilamida. seperti evolusi enzim yang diarahkan (directed enzyme evolution). MSi & Dr. telah menghasilkan beragam biokatalis-biokatalis baru. · Tahapan produksi enzim secara umum Secara umum. penyelidikan terhadap aspek-aspek regulasi katalitis dan ekspresi enzim. karakterisasi struktural enzim perlu dilakukan. Prosedur purifikasi melibatkan teknik-teknik kromatografi.coli melalui suatu vektor tertentu. dan lain-lain. biasanya industri memanfaatkan enzim yang tersedia secara komersial untuk proses biotransformasi sederhana (satu tahap). Dalam praktek. jamur dan kapang) yang ‘dipanen’ melalui proses fermentasi. penentuan kinetika dan stoikiometri reaksi. Dengan waktu yang relatif singkat. sintesis secara kimiawi konvensional memenangkan kompetisi pada akhirnya. bila upaya ini tidak/ kurang berhasil. yang bertujuan agar biokatalis dapat dipanen dan digunakan kembali dalam proses. Kesimpulan Dalam artikel ini.komersial. alginat. metode-metode baru. serta rekayasa metabolik (metabolic engineering). Pengalaman mengajari kita bahwa hanya jika sebagian besar aspek-aspek memihak pada biokatalis. seringkali juga dilakukan. maka tahap berikutnya adalah optimasi proses yang menggunakan biokatalis amobil tersebut. FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography). Demikian juga.

sampai pada protein cleavage (Gambar 4). Obat untuk hepatitis C. lebih dari 100 jutas kasus DBD terjadi setiap tahunnya. beta. yaitu proses terjadinya perbanyakan (replikasi) virus virus di dalam sel inang. Alpha interferon telah disapprove untuk pengobatan leukemia dan hepatitis C. Keampuhan obat ini tidak lebih dari 50 persen. maka usaha untuk penemuan dan pengembangan obat antivirus merupakan hal yang penting. Fusion adalah proses menyatunya virus dengan sel. interferon telah berhasil dibuat secara masal. Kita ambil saja virus HIV sebagai contoh. interferon dianggap sebagai salah satu biofarmasetik yang potensial. masing-masing binding. Gambar 1. Sementara itu. merupakan penyakit lama yang sampai saat masih menjadi masalah besar di dunia. dan uncoating (Step 3 Gambar 4).Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus Penulis: Andi Utama* M asalah penyakit infeksi virus adalah masalah besar baik secara global maupun nasional. Obat ini memicu munculnya virus influenza yang resisten. (A) virus DBD (B) (B) penyakit infeksi virus. hanya bisa berinteraksi dengan virus HIV. dan 3) virus budding. seperti ko-infeksi dengan Tuberkulosis (TBC) dan/atau hepatitis C. termasuk Indonesia. Secara detil ketiga proses ini berbeda untuk setiap virus. tidak hanya di Asia. Karena itu. yang efektifitasnya tidak tinggi dan memiliki efek samping yang sama. dimana terjadi berbagai penyakit infeksi virus. (A) Hepatitis C (B). artinya hanya bisa berinteraksi dengan virus tertentu. dimana virus masuk ke dalam sitoplasma sel. sehingga sulit untuk mendapatkan dalam jumlah yang banyak. genome replication. Sesuai dengan life cycle dari virus tersebut. fusion. yaitu proses masuknya virus ke dalam sel inang . integration. yang merupakan obat antivirus influenza. (B) Gambar 2. yaitu proses keluarnya virus dari dalam sel untuk menginfeksi sel lainnya. Binding adalah interaksi antara virus dan sel inang (host cell) melalui reseptor yang ada di permukaan sel inang dengan protein yang ada di permukaan virus (Gambar 4). Bahkan dalam kondisi sekarang ini. protein synthesis . Reseptor ini bersifat spesifik. Sampai saat ini belum ditemukan obat yang efektif untuk sebagian besar ada beberapa pendekatan yang bias dilakukan untuk penemuan obat antivirus. Karena penyakit ini menyerang system imun tubuh. umumnya obat tersebut hanya mempunyai tingkat efektifitas yang rendah dan masih memilik efek samping. Untuk Indonesia. Gambar 3. Secara nasional. Proses virus entry dari HIV terdiri dari binding (Step 1 Gambar 4). sehingga Kementrian Kesehatan menyatakan sebagai Keadaan Luar Biasa (KLB). dimana dimulai dari reverse transcription. Interferon dilepas ke aliran darah atau cairan intercellular dan menginduksi sel sehat untuk memproduksi enzim guna melawan infeksi tersebut. Wabah flu burung H5N1 telah telah terjadi di berbagai negara. proses virus entry terdiri dari sedikitnya 3 step. Alpha interferon juga terbukti efektif untuk hepatitis B dan beberapa penyakit kanker. Proses replikasi virus lebih kompleks lagi. Virus HIV misalnya. dan pemakaian yang lama dari obat ini bisa menimbulkan efek samping seperti panas dan bahkan rontoknya rambut. Awalnya interferon diambil melalui ekstraksi dari darah manusia. Karena itu. Juga sama halnya dengan Amantadine. penemuan obat antivirus merupakan hal yang urgen. Walaupun beberapa obat digunakan secara klinis. dan gamma interferon. yaitu 1) virus entry. Virus HIV (A) dan Virus Begitu juga penyakit AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) yang disebabkan oleh infeksi virus HIV (Human Immunodeficiency Virus). Interferon adalah protein yang diproduksi oleh sel ketika diinfeksi oleh virus atau pathogen lainnya. dengan teknik genetic engineering. Misalnya CD4. penyakit AIDS sering menimbulkan komplikasi dan ko-infeksi. Ada tiga jenis interferon. Dengan alasan tersebut diatas. Beberapa contoh obat antivirus. Sedangkan uncoating adalah lepasnya gemon virus dari selubungnya dan masuk ke sitoplasma. misalnya. Di Indonesia sendiri telah terjadi wabah H5N1 sebagai perluasan dari wabah yang terjadi di Asia Tenggara. demam berdarah dengue (DBD) juga merupakan penyakit infeksi serius. bahkan sudah meluas sampai ke benua Eropa dan Amerika. Saat ini digunakan interferon atau gabungan interferon dengan ribavirin. fusion (Step 2 Gambar 4). 2) virus replication. dan uncoating. Step binding merupakan tahap awal dari infeksi dan merupakan proses yang signifikan untuk menentukan terjadi tidaknya infeksi. Pendekatan untuk penemuan obat antivirus Untuk penemuan obat antivirus perlu diketahui life cycle (siklus hidup) dari virus itu sendiri. penyakit ini juga merupakan masalah serius karena jumlah orang dengan HIV/AIDS (ODHA) terus meningkat tiap tahunnya. yang merupakan reseptor dari virus HIV. Sehingga WHO memperkirakan akan terjadi pandemi flu burung H5N1 di dunia di masa yang akan datang. wabah DBD merupakan wabah rutin yang terjadi setiap tahunnya. Begitu juga obat AIDS seperti AZT. Secara global. Sebut saja flu burung. penemuan obat antivirus juga dilakukan melalui tiga pendekatan. step ini bisa 30 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . terutama di negara-negara tropis. Virus influenza H5N1 (A) dan Bahkan sejaktahun ini telah membawa korban jiwa. 1) Penemuan senyawa/zat yang menghambat proses virus entry Sesuai dengan proses virus entry ini. Tetapi sejak tahun 1980. misalnya. Secara umum ada 3 tahap life cycle virus. masing-masing alpha.

1995). baik dari sel scriptase. synthesis (Step 7 Gambar 4). Namun. adalah obat influenza yang merupakan inhibitor neurimidase. proses reverse transcription (Step 4 Gambar 4). terutama dari tanaman. sehingga enzim ini dijadikan target penemuan obat antivirus influenza. Karena itu. Seperti contoh virus influenza. Croton lechleri. influenza dari inhibitor ion channel yang dijual di pasaran dan digunakan secara Jelas bahwa proses virus replication ini klinis sampai saat ini. yaitu virus assembly (Step 9 Gambar 4) dan release. yang banyak diteliti. Setelah genom dengan AZT (Table 1) adalah inhibitor virus masuk ke dalam sitoplasma. Proses ini melalui dua step. dan berpegang pada prinsip bahwa yang alami itu lebih aman dibandingkan yang sintetis. dan Uncaria tomentosa. inhibitor protein M2 bisa dijadikan (Step 8 Gambar 4) dan dilakukan oleh sebagai obat antivirus influenza. poliprotein ini perlu encapsidation terjadi melalui ion channel diproses menjadi masing-masing protein. penelitian yang mendalam banyak dilakukan terhadap Curcuma sebagai obat antivirus HIV (Mazumder. yang menghasilkan untai RNA dijadikan target untuk penemuan obat ganda (double strand RNA) yang antivirus. matang (immature) dan belum berfungsi. Dalam step ini. helikase. yang saat ini menjadi topik hangat. yang merupakan proses perbanyakan genom yang difungsikan oleh enzim RNA polimerase dan RNA helikase. Jika proses ini bisa dihambat. yang 2) Penemuan senyawa/zat yang jika salah satunya tidak berfungsi proses menghambat replikasi virus di dalam sel virus replication ini tidak akan terjadi. yaitu proses sintesa DNA dari 3) Penemuan senyawa/zat yang RNA yang merupakan genom virus HIV. Karena Proses ini dinamakan protein cleavage itu. Nicotiana tabacum. Selain itu. Virus baru ini kemudian keluar dari sel (release) dan siap untuk menginfeksi sel lainnya. Sama halnya dengan proses lainnya. yang menghambat proses budding ini. Setelah itu terjadi proses genome integration (Step 5 Gambar 4). dengan reseptor RNA). sehingga proses helikase. ada beberapa tanaman yang bersifat antivirus. Pada step Tentu saja untuk itu mengetahui ini terbentuk poliprotein yang belum mekanismenya menjadi syarat mutlak. Setiap virus memiliki mekanisme yang berbeda dan protein/enzim yang berperan dalam proses tersebut berbeda pula. Virus HIV juga memiliki Amantadine dan rimantadine adalah obat dan mengkodekan enzim protease ini. umumnya seperti enzim protease. Curcuma Ionga. Siklus hidup virus HIV baru yang komplementari dengan RNA genom. terjadi proses genome replication (Step 6 Gambar 4). enzim neurimidase (enzim yang terekspresi di selubung virus) berperan dalam proses budding ini. merupakan proses yang kompleks. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 31 . Bersamaan dengan genome binding tidak terjadi. upaya untuk penemuan obat antivirus dari biodiversity terus dilakukan. Oseltamivir atau yang lebih dikenal dengan Tamiflu. Inhibitor yang diperlukan di merupakan intermediate product. yaitu menyatunya DNA tadi dengan genom sel inang. semua genom virus yang telah disintesa dibungkus oleh protein selubung virus sehingga menjadi virus baru yang sempurna. untuk penemuan obat yang mentargetkan proses virus budding ini diperlukan pengetahuan tentang mekanisme budding itu sendiri. Double sini bisa berupa senyawa/zat yang bisa strand RNA ini kemudian dipisahkan lagi berinteraksi. 2000): (1) Harus menghambat perkembangbiakan virus tanpa memberikan efek terhadap sel inang (2) Harus memeiliki aktivitas yang luas (3) Tidak boleh yang menekan sistem immune (immunosuppressive) Pada penelitian tanaman di Amazon. diketahui efektif terhadap penyakit infeksi hepatitis B. menghambat proses virus budding Step ini difungsikan oleh enzim reverse Setelah replikasi genom terjadi di dalam sel. juga terjadi proses protein uncoating juga bisa dijadikan target. dimana banyak sekali enzim yang berperan. karena banyak obat tradisional yang berasal dari biodiversity. Virus assembly adalah step dimana semua komponen virus seperti genom dan protein-protein menyatu sehingga menjadi virus yang sempurna. virus akan keluar dari sel dan siap menginfeksi sel lainnya. Draconitium Ioretense. Pada virus influenza misalnya. Copaifera paupera. polimerase. dan dari hasil studi awal diduga juga memiliki efek antivirus terhadap virus hepatitis C (HCV) dan HIV. integrase. maka tertutup kemungkinan virus bisa menyebar ke sel lain di dalam tubuh.transcriptase yang diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. Penemuan obat antivirus harus memenuhi 3 kriteria (Colegate SM. terjadi reverse transcriptase. baik secara langsung menjadi untai RNA tunggal (single strand maupun tidak langsung. reverse trandiperlukan beberapa enzim. 3’-azido-3’untuk setiap virus. Biodiversity untuk obat antivirus Berbicara tentang obat antivirus. Step fusion dan replication. Proses ini difungsikan oleh RNA atau protein dari virus. Step ini difungsikan oleh enzim integrase yang juga diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. Mari kita lihat lagi deoxythimidine atau yang lebih dikenal virus HIV sebagai contoh. Pada proses ini. Mangifera indica. virus. Phyllanthus niruri. atau inang maupun dari virus itu sendiri. banyak yang bisa dijadikan Di dalam sel terjadi proses replikasi target untuk penemuan obat antivirus. Bersamaan dengan itu. Phyllanthus niruri. telah Untuk menjadi protein matang (mature) ditemukan bahwa proses uncoating/ dan berfungsi. yang dibentuk oleh protein M2. Salah satu obat anti-HIV yang Secara detil proses ini juga berbeda dipakai saat ini. perlu diakui bahwa obat yang ada saat ini umumnya senyawa kimia sintetis. RNA polimerase berperan membentuk untai RNA (RNA strand) Gambar 4. enzim protease.

09 mg/ml (Witvrouw. tanaman yang sering digunakan untuk berbagai pengobatan. termasuk inhibitor reverse transcriptase dan inhibitor protease. Pengembangan Prostatin sebagai obat antivirus HIV terus dilakukan dan sepertinya masih memerlukan waktu sampai penggunaan secara klinis. Hal yang sama juga ditemukan pada Rhizophora apiculata yang menghambat perkembangbiakan virus HIV-1. Zidovudine (AZT) Digunakan untuk penanganan pasien AIDS (acquired immunodeficiency syndrome) Sejauh ini. Fungsi beberapa obat antivirus Nama obat Acyclovir Struktur kimia Penggunaan Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus herpes. Namun makin lama biodiversity makin berkurang karena industrialisasi. Dengan kata lain. Hasil penelitian menunjukan bahwa Prostatin menghambat proses viral entry melalui interkasi dengan protein dari sel yang berperan penting dalam proses viral entry. Polisakarida dari Rhizophora mucronata menghambat ikatan virus HIV dengan sel secara sempurna. dan senyawa ini tidak berfungsi sebagai tumor promoter. Ribavirin menghambat fungsi inosine monophosphate (IMP) dehydrogenase.Table 1. (Bidang Virologi) Ribavirin Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus. seperti contoh tanaman dan hewan sebagai makanan. ternyata zat aktif yang berperan adalah prostratin atau 12-deoxyphorbol ester. Andi Utama adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI. Misalnya Rhizophora mucronata. obat ini benar-benar bisa digunakan untuk kebutuhan pasien yang mengidap berbagai penyakit infeksi virus. 32 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Cibinong. Ekstrak dari Homalanthus nutans secara in vitro menunjukan inhibisi terhadap virus HIV-1 (Gustafson. hewan. 1992). 1992). Pengetahuan dan tradisi ini diturunkan dari generasi ke generasi. Gancyclovir adalah analog dari acyclovir yang digunakan untuk terapi infeksi cytomegalovirus dan virus herpes lainnya. dan migrasi penduduk ke kota. lebih khusus virus herpes simplex tipe 1 dan 2. biodiversity adalah sumber daya alam. Tanaman lain yang banyak diteliti adalah Homalanthus nutans . Masyarakat local hidup dengan biodiversity yang ada di sekelilingnya. Setelah diteliti lebih jauh. 1999). Biodiversity adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan. yang diperlukan untuk produksi DNA provirus dari template RNA. Selain itu mereka juga memanfaatkan biota liar untuk menjaga kesehatannya.02-0. Diantara sumber tersebut yang banyak diteliti adalah tanaman. Juga digunakan untuk pengobatan infeksi serius virus herpes pada alat kelamin. Kita berharap dalam waktu tidak lama. Fungsi Acyclovir menghambat fungsi enzim thymidine kinase dari virus herpes. dan bahkan SIV (simian immunodeficiency virus) (Premanathan. sehingga mengakibatkan tumpukan IMP dan akhirnya mengganggu replikasi DNA/RNA. diantara penyakit infeksi virus. Prostatin bahkan dibuktikan efektif terhadap virus HIV yang resisten terhadap berbagai obat. polusi. 1999). Osetalmivir menghambat fungsi enzim neurimidase (NA) berperan dalam proses budding virus influenza. 1998). terbukti menghambat pertumbuhan virus HIV dan bahkan juga menghambat ekspresi antigen virus HIV pada sel MT-4 (Premanathan. mikroorganisme. 1992). dan ekosistim dimana organisme ini hidup (Convention on Biological Diversity. Penelitian lebih lanjut menunjukan bahwa tanaman Rhizophoraceae menghambat proses virus entry. yang banyak diteliti adalah obat antivirus AIDS. Studi lanjut membuktikan bahwa EC50 (konsentrasi untuk menghambat 50% perkembangbiakan virus) dari Prostatin adalah 0. yang penting bagi manusia dan ekosistem. Amantadine menghambat fungsi protein M2 yang berfungsi sebagai ion channel. tidak untuk influenza B. Juga telah dibuktikan bahwa Prostatin berikatan dan mengaktifkan protein kinase C secara in vitro. dan mereka mempelajari bagaimana memanfaatkannya. Adapun sumber yang digunakan cukup beragam termasuk mikroba dan tanaman. Gancyclovir Cara kerja-nya sama dengan acyclovir Amantadine Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza A. Diperkirakan ada sekitar 30 sampai 100 juta species di bumi ini. Uji menggunakan sel menunjukan bahwa 1 mM prostratin menghambat virus HIV-1 membunuh sel C-8166 dan sel U937 (Gustafson. Sebagai hasilnya ditemukan bahwa tanaman dari tanaman Mangrove dari famili Rhizophoraceae menghambat perkembangbiakan virus HIV pada sel MT4 (Premanathan. yang mutlak diperlukan untuk replikasi virus. baik virus DNA (seperti hepatitis B) maupun virus RNA (seperti hepatitis C). baik influenza A maupun influenza B. modernisasi pertanian. terutama ekstrak polisakarida-nya. Uji toksisitas menunjukan bahwa Prostatin hanya menginduksi ornithine decarboxylase 2530% dari senyawa phorbol ester lain. Osetalmivir (Tamiflu) Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza . walaupun dosisnya 30 kali lebih tinggi. HIV-2. 1996). Diversity ini berkurang dengan kecepatan 27 ribu species/tahun atau 74 species/hari atau 3 species/jam (Wilson. * Dr. yang diperlukan untuk uncoating. AZT adalah competitive inhibitor dari enzim reverse transcriptase virus HIV. 2003).

hasil penelitian para pakar menyebutkan bahwa banyak mikroorganisme laut menyimpan kandungan senyawa biopolimer. Potensi kekayaan tersebut antara lain adalah: a. Selanjutnya ia menyebutkan ada sekitar 100 jenis bakteri di laut yang sebenarnya dapat mendegradasi minyak. biomedis. Hewan Laut Banyak sekali jenis hewan laut yang memiliki potensi untuk pengembangan bioteknologi Indonesia. Melalui teknik bioremediasi. bioteknologi kelautan pun sebenarnya menjanjikan keuntungan bisnis yang cukup besar. bidang ini relatif belum terjamah.000 kilometer). bioaktif. makanan tambahan. kepiting. B. seperti ikan. Senyawa bioaktif lainnya dari spons yang juga digunakan untuk industri farmasi adalah Bastadin. Alga hijau juga dapat bermanfaat untuk menyembuhkan penyakit kardiovascular. Sedangkan obat anti-asma dibuat dari senyawa spons Cymbacela. farmasi. Spons dari spesies Petrosia contegnatta di antaranya diambil senyawa bioaktifnya untuk obat anti-kanker. Ular dari laut diambil serbuknya untuk meningkatkan daya ingat. kosmetik dan industri berbasis bioteknologi lainnya. dan rumput laut. Ini dengan asumsi bila digarap secara optimal. Dari jumlah tersebut ditemukan 73 senyawa aktif yang berkhasiat antikanker. juga ada kitin dan kitosan dari kulit udang dan kepiting untuk obatanti kolesterol. kita harus sangat bersyukur karena Indonesia benarbenar kaya. dan sebagainya. C. yang sangat dibutuhkan dalam proses pembuatan produk-produk kosmetik. Disamping itu riset tentang rumput laut saat ini diarahakan untuk obat hepatitis. Perairan laut Indonesia menyimpan berbagai potensi keanekaragaman hayati untuk pengembangan bioteknologi. Tumbuhan Laut Jenis tumbuhan laut yang sudah diketahui manfaatnya untuk pengembangan bioteknologi adalah rumput laut atau berbagai jenis alga terutama alga hijau. dapat juga dilakukan rekayasa genetika untuk budidaya ikan dan biota laut yang bernilai ekonomis tinggi Untuk dapat mengetahui potensi biota sebagai bahan baku obat. ular laut. influenza HIV/AIDS. kura-kura. Biota sebagai bahan obat dan aplikasi bidang farmasi yaitu sebagai anti kanker. biota laut Indonesia yang saat ini dapat bermanfaat untuk pengembangan bioteknologi dapat dikelompokkan menjadi: A. Tumbuhan ini dapat diolah untuk obat influenza dan bahan pengawet makanan. diantaranya senyawa baru Barangmideditemukan di Kepulauan Barang Lombo dan Bitungolide A-F dari Pulau Bitung. udang. sudah dapat meraup devisa dari industri bioteknologi kelautan lebih dari 40 milyar dollar per tahun. bakteri laut sangat efektif menurunkan tingkat pencemaran dengan memecah komponen minyak hingga menjadi air dan karbon dioksida. kerangkerangan. Tahukah Anda. Pada spons dan karang lunak terdapat senyawa bioaktif yang berfungsi sebagai alat pertahanan diri dari musuh alaminya. kosmetika dan apilaksi lain yang berbasis bioteknologi maka perlu dilakukan uji bioprospecting. hepatitis. Okadaic acid. hati ikan buntel untuk obat tetrodotoxin yang memperbaiki saraf otak yang rusak dan mengurangi rasa sakit. Selain itu. kosmetika. udang. mikroorganisme maupun invertebrate ternyata belum banyak dimanfaatkan dan dikelola secara optimal. HIV/AIDS. pelangsing tubuh. Amerika Serikat saja yang memiliki potensi keanekaragaman hayati laut yang jauh lebih rendah daripada Indonesia. polisakarida.Dari Redaksi >> Melirik Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia Penulis : Elvi Yetti* S ekali lagi.360 dollar AS per miligram. Sensus biota laut yang diselenggarkan oleh Pusat Penelitian Oseanografi LlPI bekerjasama dengan Universitas Osaka Jepang baru-baru ini berhasil menyeleksi 1. maupun beragam mikroorganisme laut. diabetes dan anti bakteri b. Bila dilihat dari jenisnya. omega3. Dari berbagai riset yang dilakukan telah diketahui bahwa berbagai jenis kekayaan hayati laut Indonesia dapat bermanfaat untuk perkembangan riset dan industri bidang bioteknologi. Adapun serbuk kerang digunakan untuk obat mag. biokatalis. antara lain ikan. Kekayaan tak ternilai tersebut tersebar dari darat. dan minuman. ataupun perban. bakteri laut dapat dimanfaatkan untuk mengatasi pencemaran minyak. Namun. Senyawa itu ternyata berkhasiat obat dan kemudian dibuat sintetisnya. Kedua komponen yang dihasilkan ini ramah lingkungan dan tidak beracun bagi biota laut lainnya. tempurung kura-kura untuk obat luka dan tetanus. Biota laut sebagai alternatif bioenergi d. Hewanhewan ini banyak dimanfaatkan untuk aplikasi bioteknologi di bidang farmasi yaitu: obat tidur dan obat penenang dari kuda laut. Tidak ketinggalan jenis invertebrate. Rumput laut yang selama ini lebih dikenal untuk makanan ternyata memiliki berbagai khasiat. Sayangnya. baik makroflora dan fauna laut. dan kerang. Biota laut untuk industri yaitu industri makanan. Mengenal Potensi Laut Indonesia Untuk Bioteknologi Seluruh keanekaragaman jenis mahluk hidup yang berada di laut dikenal dengan biota laut. laut dan udara. salah seorang peneliti Balai Penelitian Bioteknologi dan Genetika Pertanian. Sebagai perbandingan. Berbagai senyawa-senyawa bioaktif produk alam (natural products) seperti skualen. Senyawa bioaktif Monoalide yang diperoleh dari spons Luffariella variabilis merupakan senyawa yang memiliki nilai jual tertinggi daripada senyawa bioaktif dari spesies spons lainnya. dan lain-lain. dan diabetes. Potensi tersebut sebenarnya memiliki prospek yang cerah untuk dikembangkan antara lain untuk keperluan industri makanan sehat. Departemen Kelautan dan Perikanan memperkirakan perolehan devisa dari bioteknologi kelautan ini bisa mencapai US$4 miliar. Bioprospecting Keanekaraman Hayati Laut Indonesia Perlu dicatat bahwa selain pertanian. fikokoloid dan biopolimer yang terdapat pada mikro dan makroalgae.216 spesies spons. Salah seorang peneliti bakteri laut dari Pusat Penelitian Oseanografi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Ruyitno bahkan menjelaskan bahwa selain menjadi bahan obat-obatan. yaitu 20. Sebagai negara maritim terbesar di dunia dengan garis pantai terpanjang kedua setelah Kanada (81. Menurut Sugiono Moeljoprawiro. minuman. Mikroorganisme Kekayaan hayati laut Indonesia menjadi lengkap dengan adanya berbagai jenis mikroorganisme laut. kuda laut. Selain itu. farmasi dll c. pemanfaatan seluruh jenis biota laut tetap harus membumi atau memperhatikan prinsipprinsip lingkungan agar kita tidak menyesal di kemudian hari. dan Monoalide. laut Nusantara mewadahi hampir semua makhluk hayati laut. Bioprospecting adalah pemanfaatan sumberdaya genetik dan hayati berkelanjutan baik untuk tujuan ilmiah BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 33 .

Lebih dasar lagi. Setelah itu dilakukan pengembangan produk. Hal senada juga disinggung oleh Direktur Lembaga Eijkman Prof Sangkot Marzuki. Hal inilah yang membuat Indonesia tidak dapat menjaga kerahasiaan dari faktor penting yang terkait dengan HKI dan daya saing industri. CBD bertujuan agar keanekaragaman hayati di dunia ini lestari dengan mengkonservasi. akan ditemukan satu yang berkhasiat obat. Departemen Kelautan dan Perikanan lewat Badan Riset Kelautan dan Perikanan (BRKP) dilingkungan departemen itu menetapkan bioteknologi kelautan dan perikanan sebagai program unggulan atau program utama sejak tahun 2002. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu belum dimanfaatkan optimal. bahan baku kosmetik dan farmasi. Dalam Suatu Diskusi Ahli Biokimia dan Farmasi Kelautan yang diselenggarakan Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP) di Jakarta tahun 2004 lalu dipaparkan hasil pengisolasian zat aktif yang berkhasiat obat dari biota laut di perairan Indonesia. seperti reklamasi pantai. . Selanjutnya untuk mengembangkan obat. dan teknologi pengembangan produk baru bagi pasar global. konservasi dan pemanfaatan keanekaragaman hayati yang berkelanjutan dan keamanan hayati. Selain itu mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut termuat lengkap di dalam “Jakarta Mandate on Marine and Coastal Biological Diversity”. dalam diskusi itu terungkap kendala dalam pengembangan obat-obatan. antibiotik.000 senyawa per hari. PhD yang mengatakan untuk mengidentifikasi senyawa aktif berkhasiat obat diperlukan mesin otomatis yang disebut high throughput screening. Salah satu ketentuan yang termuat dalam kesepakatan tsb menyebutkan bahwa habitat ekosistem dan seluruh komponen hidup yang terdapat di laut merupakan unsur utama yang yang harus dilindungi. moluska diketahui memiliki zat antikanker.000 senyawa. and to share the benefits of biological diversity). . dan terakhir distribusi. Erosi keanekaragaman hayati ini bukan hanya merupakan krisis hilangnya spesies yang memiliki potensi menghasilkan dollar bagi perusahaan dengan menyediakan bahan mentah industri. IPB. Hal itu disebabkan karena di dalam keanekaragaman hayati itu tersimpan sumber daya yang terbarukan (renewable resources) yang berguna sebagai sumber plasma nutfah. Kapasitas yang dapat dilakukan alat pelarik ini 100. antikolesterol. Diperkirakan dari 10. untuk mengetahui kandungan zat aktif. to sustainably use. Di antara lembaga riset dan ikan menggunakan bom dan racun (sianida). hal itu adalah krisis yang mengancam sistem penopang hidup dan penghidupan jutaan penduduk di negaranegara Dunia Ketiga (Shiva. Perhatian pada konservasi dan pemanfaatan berkesinambungan berarti membuka sumber pendapatan baru. BPPT dan beberapa Perguruan Tinggi. Lembaga riset yang berhasil melakukan itu antara lain LIPI. S. lalu dilakukan kloning. apabila dites secara acak. Tahapan tersebut mulai dari proses pencarian dan pengembangan sumber-sumber baru senyawa kimia. Akibatnya. Dalam rangka pengembangan riset bioteknologi kelautan dan perikanan bahkan telah didirikan Laboratorium Bioteknologi Kelautan dan Perikanan yang pembangunannya dilakukan secara bertahap. dan Universitas Andalas. Namun. Brazil tahun 1992. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu bukan saja belum dimanfaatkan optimal. sponge. Pembangunan tahap pertama dilaksanakan tahun 2003 di atas area seluas 840 meter persegi. penambangan pasir laut. seperti P2O-LIPI. antipenuaan. Oleh karena itu dibutuhkan perangkat-perangkat pendukung untuk pengaplikasiannya. pemanfaatannya yang optimal dan konservasi yang berkesinambungan dapat menjamin masa depan bangsa. Beberapa spesies rumput laut. kemudian masuk ke tahap produksi. dan bioinsektisida. serta penangkapan Riset Bioteknologi Bidang Keanekaragaman Hayati Laut Riset bioteknologi kelautan saat ini dilakukan oleh beberapa institusi. Baru kemudian tanaman obat bisa dijadikan sesuatu yang bernilai ekonomi tinggi. Indonesia sudah menandatangani CBD pada saat di KTT Bumi tanggal 5 Juni 1992 dan sudah meratifikasi CBD tanggal 23 Agustus 1994 dengan UU No 5/1994. dengan keanekaragaman hayati laut tinggi. dan penyedia jasajasa lingkungan laut yang berpotensi sebagai basis model pembangunan berkelanjutan. penggunaan tributiltin pada cat kapal. Di alam ini terdapat puluhan juta senyawa di tumbuhan dan biota. Ada beberapa tahapan bioprospecting yang harus dijalani untuk memperoleh hasil akhir yang memuaskan. sumber pangan. Selain itu COP2 juga membahas akses pada sumber daya genetik. memanfaatkan secara berkelanjutan dan berbagi manfaat dari keanekaragaman hayati (to conserve. adalah staf peneliti di Puslit Bioteknologi .Si. perguruan tinggi itu. Dan sejatinya. Dalam proses ini diperlukan penelitian dasar mengenai penyakit hingga pengujian serta uji klinis. Dan juga terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya. Annex I (memuat kesimpulan tambahan dari rekomendasi SBSTTA) dan Annex II (program untuk kerja lebih lanjut). CBD sudah ditandatangani oleh 168 negara dan diratifikasi oleh 160 negara. Prinsip Lingkungan Dalam Pemanfaaatan Keanekaragaman Hayati Secara teoretis. Badan Riset Kelautan dan Perikanan DKP. Keputusan menyangkut keanekaragaman hayati pesisir dan laut ada tiga bagian yaitu keputusan. 1994).ataupun komersil. Setelah itu diketahui.LIPI. berhasil menemukan 34 senyawa aktif dari 57 spesies yang ditemukan di perairan Indonesia. perlu diketahui dulu mekanisme timbulnya penyakit sehingga kemudian dapat ditentukan target molekul yang dapat digunakan untuk obat. Salah satu tema utama dari Conference of Parties (COP) kedua yang diselenggarakan di Jakarta tahun 1995 adalah mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut yang menjadi kepentingan Indonesia sebagai tuan rumah COP2. namun belum ada lembaga riset dan industri yang memiliki fasilitas tersebut. antara lain terbatasnya sarana peralatan untuk mengidentifikasi zat aktif dari bahan alam itu. tetapi lebih dari itu terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya . Untuk menjaga agar pemanfaatan keanekaragaman hayati tetap membumi maka sebanyak 139 negara termasuk Indonesia telah membuat kesepakatan yang tertuang dalam Konvensi Keanekaragaman Hayati (CBD) di Rio de Janeiro. sampel biota yang ada harus dikirim ke luar negeri antara lain ke Belanda. antidiabetes. Lebih lanjut ia menyebutkan bahwa pada dasarnya konsep bioprospecting modern memberi negara berkembang kemampuan memperbaiki nilai tambah sumber daya alamnya. keanekaragaman hayati ini merupakan potensi sangat strategis bagi negara Indonesia untuk meningkatkan taraf hidup masyarakatnya. kata Linawati menjelaskan. introduksi spesies asing. menurut Dr Linawati Hardjito dari Departemen Teknologi Hasil Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB. Cibinong. *Elvi Yetti. kata Sangkot. Selain itu juga keterampilan. infrastruktur. dan organisme berkualitas. Pusat Penelitian Oseanografi (P2O) LIPI sudah melakukan penelitian aktivitas antimikroba dan antikanker pada spons laut sejak tahun 1997. Informasi mengenai sumber daya alam ditindaklanjuti dengan penelitian dasar dan penelitian terapan. gen. pemasaran. 34 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Konservasi keragaman hayati juga sangat penting untuk bioprospecting. Contoh paling nyata adalah dalam proses pencarian obat. Pengujian dengan sistem robotik itu bertujuan untuk mengetahui interaksi molekuler dari senyawa dari alam. alih fungsi kawasan hutan mangrove. karang lunak. para peneliti dari IPB saja.

Rare Sugars (gula langka) Peningkatan jumlah penggunaan gula pada industri makanan. sehingga sangat cocok digunakan pada industri chewing gum. Pada tahun 2002. Dengan sangat berguna pada kombinasinya definisi tersebut. Pada tahun 2002. Para peneliti telah mengetahui aplikasi penting dari L-arabinosa. otitis acute pada anak-anak. kanker.RARE S U G A R S . Karena fungsinya yang seperti itu. Hal ini disebabkan xylitol mampu menghasilkan panas negatif. Beberapa biotransformasi ini. Huwig. rare sugars diharapkan sebagai pemanis berkalori rendah dan International Society of Rare Sugar sangat toleransi terhadap penyakit (ISRS) telah mendefinisikan rare sugars diabetes. D-glukosa bisa postprandial hyperglycemia pada didapat dari pati. xylitol sangat potensial untuk dimanfaatkan sebagai pengganti gula pasir pada industri proses makanan. xylitol mampu mencegah terjadinya dental caries (pengeroposan ¥10. Komponen potensial obat untuk anti-HBV (Hepatitis monosakarida tersebut. fenomena tersebut. yang tersedia secara berlimpah dan murah. pasti. Salah satu jenis dari rare sugars meliputi terapi surgery. wood Sanai et al. xylitol tergolong rare dengan semua bentuk terapi kanker yang sugars. berlimpah pada limbah pertanian. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir. pada tahun 1998 thermia. diperlukan upaya pengembangan terhadap aktifitas enzim sucrase usus teknologi fermentasi yang mampu (gambar 1) dan juga menekan pengaruh memproduksi rare sugars tersebut secara glycemia paska penghambatan proses ekonomis. Selain itu. biologi terapi. Selain itu. (G) Glukosa. produksi gula alternatif bagi gula yang sudah mendominasi saat ini sangatlah mungkin. L-arabinose arabinose bisa didapatkan dari fraksi juga digunakan untuk pembuatan obat 2hemiselulosa kayu. juga melaporkan bahwa Latau whey sebagai material awal untuk arabinosa juga berfungsi sebagai pencegah produksi rare sugars. Diantara sumber utama gula absorpsi sukrosa. Sifat lain dari xylitol menghasilkan rasa dingin pada mulut ketika berinteraksi dengan air liur. dengan pemahaman teknologi yaitu 1-deoxygalactonojirimycin. K A R U N I A YA N G B E L U M TEREKSPLORASI Oleh : Budi Saksono* P roduksi gula telah dimulai sejak abad ke 17. (F) Fruktosa L-ascorbid acid (VIT kimia terapi dan radioterapi dan hyperC). D-xylosa atau Lpenderita penyakit diabetes. terutama tepung. mints dan pasta gigi. dimana L-arabinosa Mengingat potensi dari rare sugars berperan sebagai inhibitor yang selektif tersebut. Produksi xylitol dibanding dengan natural sugars. produksi High derivatif L-sugar juga diketahui memiliki Fructose Corn Syrup (HFCS) bisa potensi sebagai antiviral agent dan bisa dilakukan dengan bahan baku yang juga digunakan sebagai terapi antigen. Enzim amylase pertama diperkenalkan oleh Anselme Payen dan Jean Francois pada tahun 1833. Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon. Jepang harga L-arabinosa mencapai Tabel 1. Fungsi L -Arabinosa dalam usus kecil. Dengan dilakukan dengan menggunakan yeast. dan mengalami pertumbuhan yang sangat mengagumkan sejak itu.000) per kg. Beberapa aplikasi penting dari mengembangkan pemanfaatan L-sorbose rare sugars bisa dilihat pada tabel 2.000 (Rp. 900. Oleh karena itu. Gula ini mampu mencegah tooth decay. adalah L-carbohydrate. pemanis dan minuman ringan telah meningkatkan pula perhatian manusia pada dampak kesehatannya. adalah penggunaan pati. Meskipun demikian. murah. sejak ditemukannya gula xylitol. para peneliti telah mampu mengemukakan fenomena yang terjadi pada starch dan apa akibat dari kerja enzim tersebut. telah mencapai 15. yaitu D-glukosa. Aplikasi Lcarbohydrate dan L-arabinosa derivatifnya Usus kecil dibidang Maltooligosakarida Monosakarida kedokteran Sucrase ( -) Sukrosa G–F G F mengalami peningkatan drastis. Produksi xylitol dunia. L-monosakarida sebagai monosakarida dan derivatifnya memiliki karakter antineoplastic dan yang terbilang langka di alam. Whey mengandung deoxy-2-fluoro-5-methyl-b-Llactose. Rare sugars. Metabolisme xylitol berlangsung angka yang fantastis.000 tons. glukosa dan D-galaktosa. produksi gula global melampaui angka 133 juta ton pertahunnya. Derivatif dari rare-sugars juga telah digunakan sebagai agent bagi antiWaste material sebagai bahan baku hepatitis B virus dan human immunodefirare sugar yang murah dan berlimpah ciency virus (HIV). terdapat secara B Virus) dan anti EBV (Epstein B Virus). Yang untuk memproduksi glycosidase inhibitor. terlepas dari insulin pada saja tidak masuk ke dalam metabolisme manusia dan menghasilkan energy sebesar tubuh atau masuk ke dalam metabolisme 4 Kcal. yang sangat baik bagi kesehatan. bukan sangat mudah. jumlah penduduk yang terkena penyakit diabetes. hutan. Absorbed Seperti LUsus kecil sorbose Maltooligosakarida Maltooligosakarida (+) telah Sucrase G– F Sukrosa G–F digunakan Inhibitor sebagai material Non Absorbed dasar bagi L-arabinosa produksi Gambar 1. Akhir-akhir ini. obesitas. Menurut hasil survei dari WHO yang diumumkan pada bulan Maret 2003. yang bisa dihidrolisa menjadi Darabinofuranosyl uracil (L-FMAU). suatu gigi). di dan industri makanan. dan jantung meningkat dari tahun ketahun. tetapi tidak sampai pada awal abad ke 20. menunjukkan komposisi dari BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 35 . gm sama dengan beberapa tetapi tidak teraplikasi lebih lanjut makanan diabet lainnya.

otitis acute pada anak-anak.2 2. yang sangat baik bagi kesehatan.0 0.8 4.0 2.3 Rice hulls 36.6 39.1 23.2 25.6 Baggase Fiber 38.1 3.8 14.6 0.4 19.Tabel 1.8 21. Gula ini mampu mencegah tooth decay.8 ♦ ♦ ♦ Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon. Komposisi monosakarida dari beragam biomasa Corn Stover C a r b o h y d rate Glukosa (C6) Mannosa (C6) Galactose (C6) Xylose (C5) Arabinose (C5) Total C6 Total C5 39.3 0.4 14.8 3.2 19.0 0.5 39.8 0.0 1. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir ♦ ♦ ♦ 36 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .1 1.1 18 Wheat Straw 36.5 43.1 14.2 16.2 40.8 Rice Straw 41.3 2.4 39.8 2.

Reaksi enzimatik yang terjadi pada yeast adalah sebagai berikut. Seperti halnya xylitol. Bioteknologi. hal yang perlu disadari bahwa tidak selalu enzim tersebut memiliki karakteristik yang sesuai untuk aplikasi industri. Apalagi hal ini kemudian didukung dengan tingkat pemahaman akan fungsi physiologis dari masingmasing rare sugars. Dxylulose mengalami phosphorilasi menjadi D-xylulose-5-phosphate oleh enzim xylulokinase. Hal ini setidaknya mengisyaratkan betapa besarnya potensi rare sugars ditengah pengembangan sugar konvensional. dan kimia organik. teknologi enzim. Dxylose direduksi oleh enzim xylose reductase menjadi D-xylitol. D-xylitol yang terbentuk kemudian di rubah menjadi Dxylulose oleh enzim xylitol dehydrogenase.beberapa jenis limbah. Cibinong. bagaimana mekanisme rare sugars dalam tubuh. untuk memproduksi gula alternatif. hal ini bisa meningkatkan kemungkinan produksi sekala industri. media produksi sekala industri Dengan semakin diketahuinya reaksi enzimatik yang mampu memfasilitasi proses biotransformasi tersebut. misalnya pada produksi 1. Pengembangan rare sugar masa Depan. German pada tahun 1980. Metoda produksi dari beragam jenis rare sugars membutuhkan pendekatan multidisiplin yang meliputi teknologi fermentasi. Tidak bisa dipungkiri bahwa peranan bioteknologi untuk memproduksi rare sugars sekala industri dengan biaya produksi murah sangat besar. Selain pasar gula non kalori. terlihat seperti pada gambar 3. Metabolisme D-xylose pada yeast. yang ekonomis. Dengan semakin diketahuinya proses enzimatik. Tunggu apa lagi? *Budi Saksono. pada awalnya produksi xylitol sekala industri dilakukan menggunakan reaksi kimia reduksi dari D-xylose. Penemuan rare sugars sangat menarik perhatian para peneliti. rare sugars yang berfungsi sebagai antioksidan.Proses reaksi ini dapat dilihat pada gambar 2. teknik rekayasa genetika. anhydro fructose memiliki efektifitas 1. sangat terbuka peluang bagi penemuan rare sugars baru. reaksi secara enzimatik berantai diperkenalkan oleh Prof. anhydrofructose pertama kali diperkenalkan oleh Prof. dan potensi pasar terbuka secara luas.5 Anhydro-D-fructose. Skema konversi pati (starch) menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase Gambar 3. dengan mengkonsumsi NAD(P)H. atau bisa menjadi bahan campuran pasta gigi. yang segar dimulut sekaligus melindungi gigi kita. Dengan ditemukannya enzim-enzim yang berperan dalam proses biotransformasi tersebut. Prosedur ini memerlukan beberapa step purifikasi karena hanya D-xylose murni yang bisa digunakan untuk reaksi kimia reduksi. Sebagai antioksidan. xylosa dan arabinosa yang cukup relevan untuk dimanfaatkan sebagai bahan baku produksi rare sugars. adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. dimana masing memiliki kadar glukosa. Contoh lain. Indonesia adalah negara yang kaya akan sumber karbohidrat. produksi anhydrofructose dari pati. biologi molekuler. menggunakan Raney nickel katalis. Dan baru pada tahun 1988. Sebuah konsorsium yang berdiri sendiri. Akanuma. Baru pada tahun 1986. Pada saat yang sama. Skema konversi pati menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 37 . penggunaan rare sugars bagi obat maupun makanan kesehatan semakin terbuka lebar. Produksi xylitol misalnya. dan masih sangat tergantung pada impor gula pasir. Disisi lain. dengan mengkonsumsi NAD. dengan menggunakan enzim glucan lyase diperkenalkan oleh Prof. Indonesia menempati urutan ke 6 terbesar dunia untuk penderita penyakit diabetes. Teknologi tinggal dikembangkan. antibakteri dengan kalori yang rendah. virus Hepatitis B. Perancis.7 kali lebih tinggi dibanding Lascorbid Acid (vitamin C). Alternatif penggunaan yeast sebagai bioreaktor sudah dilakukan secara intensif. Baute dan coworkernya di Bordeaux. yang sangat gemar makan perment. baik starch maupun limbahnya. hingga beberapa peneliti membentuk konsorsium independen yang bernama International Society of Rare Sugar (ISRS). sedikitnya informasi bagaimana rare sugars mampu berperan sebagai antikanker. rekayasa protein menggunakan metoda directed evolution sangat mendukung dalam upaya mendapatkan enzim dengan karakteristik yang tepat untuk aplikasi industri. Oleh karena itu. sangat berdampak pada kesehatan gigi anak – anak.Sc. terlepas dari Amylase society dan lain sebagainya. pengembangan xylitol di Indonesia. Gambar 3. M. sangat berkepentingan terhadap pengembangan teknologi ini. sehingga mampu mempengaruhi beberapa jenis penyakit berbahaya saat ini seperti virus HIV. Terakhir. sangat menggelitik untuk dikaji dan diteliti. Reaksi enzimatik konversi pati menjadi anhydrofructose akan nampak NAD(P)H NAD(P) D-xylose Xylose reductase D-xylitol NAD Xylitol dehydrogenase NADH D-xylulose-5-phosphate Xylulokinase D-xylulose ADP ATP Gambar 2. yang diekstrak dari hidrolisa kayu keras. Lichtenthaler dan coworker di Darmstadt. ramah lingkungan dan ramah bagi penderita penyakit diabetes.

Untuk lebih efektif membunuh satu individu serangga diperlukan cukup banyak kristal protoksin yang akan memperbesar jumlah sel eptitel usus yang lisis dan mempercepat kematiannya. berbentuk batang dengan panjang 3-5 mikrometer dan lebar 1-1. Antracis. spora menetas membentuk sel vegetatif dan membelah diri sampai dengan Gambar 1. Keunggulan pestisida hayati yang dihasilkan dengan menggunakan Bt adalah dapat membunuh jenis serangga tertentu dan aman terhadap jenis organisme lain serta ramah lingkungan.2 mikrometer. et al. Bombyx mori (kupu-kupu penghasil serat sutra) dan Apis spp (lebah penghasil madu) adalah contoh serangga yang memiliki nilai ekonomi yang sejak ribuan tahun telah dibudidayakan manusia. Sporanya berbentuk oval berwarna hijau kebiruan berukuran 1.6-2. kelas Eubacteriales. Protein ini kemudian berikatan dengan protein reseptor pada pili sel epitel usus serangga (brush border membrane vesicle. Protein kristal disebut sebagai protein Cry atau d-endotoksin atau disebut juga ICP (Insecticidal Crystal Protein). pada debu penyimpanan bijibijian serealia. BIOLOGI MOLEKULER DAN UPAYA BIOTEKNOLOGI UNTUK KETAHANAN PANGAN DAN KESEHATAN Penulis: Eddy Jusuf* S erangga adalah mahluk yang paling banyak jenis dan jumlahnya yang secara langsung atau tidak langsung berperan dalam kehidupan dan perekonomian umat manusia.3 mikrometer. disingkat BBMV) yang mirip seperti mekanisme hormon insulin pada sel manusia. Apabila serangga telah mati maka bangkai serangga ini dapat menjadi media untuk perkembangbiakan bakteri. sediaan kering komersial dan bentuk kristalnya 38 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Tetapi tidak semua serangga menguntungkan manusia. Pada tahun 1990 formulasi bakteri ini berhasil menggantikan pestisida kimia sampai mencapai 20 milyar dolar AS di pasar dunia (Carlton. Protein ini berperan memperbesar pori-pori sel sehingga kesetimbangan osmosis dalam sel epitel terganggu. cereus dan B. dan pada serangga yang mati. termasuk bakteri mesofil dengan kisaran suhu pertumbuhan 15-45oC (suhu optimum 2637oC) dan kisaran pH 5. 1990). Bakteri ini memperbanyak diri dengan menginfeksi insekta yang secara tidak sengaja memakan spora dan protein kristalnya.5).KEANEKARAGAMAN BAKTERI Bacillus thuringiensis. pada pakan ternak. divisio Schizhopyta. Dengan telah ditemukannya satu jenis bakteri yang dapat mematikan satu jenis serangga tertentu oleh Ishiwata tahun 1901 di Jepang yang kemudian diberi nama Bacillus thuringiensis (selanjutnya disingkat Bt). residu kimia tersebut terakumulasi baik dalam tanah maupun dalam jaringan tanaman dan hewan yang akhirnya dapat terkonsumsi oleh manusia dan menimbulkan akibat fatal seperti pada kasus Minamata. Perbedaannya terletak pada karakter genetika yang didapatkan pada DNA ekstrakromosomal yang disebut plasmid. Residu kimia beracun dari insektisida dapat membunuh serangga-serangga yang berguna bagi manusia seperti beberapa jenis-jenis capung. sel menggembung selanjutnya pecah dan akhirnya berakibat pada kematian serangga. cairan sekitar akan terserap ke dalam sel. Protein toksin anti serangga ini merupakan ciri khas dari Bt yang dapat membedakan (pada observasi dibawah mikroskop) dari bakteri Bacillus lainnya. belalang sembah yang berperan sebagai pemangsa serangga hama dan hewan-hewan lain seperti cacing. sejak revolusi industri pada abad 18 telah diciptakan bahan kimia beracun yang disebut insektisida atau pestisida yang kini jenis dan mereknya sudah mencapai ribuan. namun beberapa dekade belakangan ini dirasakan dampaknya dengan kerugian yang sangat besar.5-8. Formulasi komersil dari bakteri ini sebagai pestisida biasanya berupa biomasa kering atau cairan sangat kental yang berisi spora dan kristal protein yang diperoleh dari hasil fermentasi.0 tergantung dari tipenya. Pada awalnya usaha ini membuahkan hasil yang gemilang dan dapat meningkatkan hasil pertanian serta mengurangi wabah penyakit.5 (pH optimum 6. Buyat. sedang protein kristal berukuran 0. Bila serangga memakan spora dan kristal ini maka enzim dan asam lambung dalam usus serangga akan melarutkan protein kristal yang sebenarnya masih merupakan protoksin menjadi protein toksik yang terlarut. Sebenarnya Bt juga membuat sejumlah besar faktor-faktor virulensi dalam bentuk protein maupun non-protein atau bentuk enzim yang dalam kondisi alami dianggap yang menjadi pemicu infeksi dengan cara melemahkan sistim pertahanan serangga tersebut. dan lain-lain. oleh karena itu disebut entomofaga. Bt juga merupakan bakteri tanah yang memberikan reaksi pewarnaan Gram positif. bersifat fakultatif aerob. Dampak lainnya adalah munculnya resistensi serangga hama terhadap racun yang sudah sering diberikan sehingga penggunaan insektisida menjadi sia-sia. Secara laten. Peranan bakteri sebagai pestisida hayati Bt merupakan bakteri patogen terhadap serangga. bergerak aktif (motil) dengan flagella peritrich (diseluruh dinding sel).0-1. maka dimulai revolusi baru mengganti pestisida racun kimia dengan pestisida hayati yang sangat spesifik. pada pepohonan. bisa didapatkan dari habitat di alam seperti pada tanah. termasuk dalam keluarga Bacilliaceae.5-7. masing-masing patogen terhadap manusia dengan penyakit pada sistem pencernaan dan penyakit antrak. Secara biokimia dan genetika Bt sama dengan B. Gambaran mikroskopik elektronik dari bakteri Bacillus thuringiensis dari bentuk sel vegetatif. Untuk menanggulangi serangga yang merugikan.

Produk-produk komersial pestisida hayati berbahan aktif berbagai galur bakteri Bacillus thuringiensis dan serangga sasarannya. Zeigler dari Departement Biochemistry. 1993). Disamping itu jenis protein Cry yang diproduksi oleh tiap galur juga bervariasi dari 1 sampai 5 jenis protoksin. Galur Bt. Tahun 1997 Bravo melaporkan bahwa beberapa galur baru dari Bt memperlihatkan toksisitas terhadap serangga dari ordo Hymenoptera. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 39 . kurstaki lebih dari 20 tahun digunakan dan diketahui telah mampu mengendalikan populasi lebih dari 100 jenis serangga hama. serotype 3a. 3b. cerus. telah menyusun katalog (1999) yang berisi galur-galur Bt dari seluruh dunia yang telah diisolasi dan diidentifikasi. beberapa diantaranya Bt. dari serotype 3a. kurstaki yang memiliki 22 galur dan satu yang terkenal dan umum dikomersilkan Gambar 2. Wuhanensis. thuringiensis lagi melainkan telah menjadi B. penggunaan galur Berliner sudah mulai ditinggalkan karena galur baru ternyata lebih ampuh. thuringiensis Berliner. Pengembangan produk komersial pestisida hayati berbahan aktif bakteri ini diawali di Perancis tahun 1938 dengan merek Sporine menggunakan galur Bt subsp.R. Tabel 1. subsp. Protein Cry ini banyak sekali tipenya tergantung dari galur-galur Bt dan masingmasing tipe memiliki target atau sasaran toksisitas serangga tertentu. subsp. Tetapi ada yang tidak memiliki serotipe yaitu serovar wuhanensis untuk Bt subsp. The Ohio State University USA adalah kurator dari koleksi Bt dan B. Sejak ditemukan galur Bt subsp. Pestisida hayati dengan formulasi spora dan kristal Bt telah digunakan sejak tahun 1920 dan saat ini secara luas dipakai untuk menanggulangi lebih dari 160 jenis serangga hama terutama yang termasuk dalam ordo Lepidoptera. Galur-galur Bt subsp. finitimus. Galur-galur Bt dan potensi toksik pada serangga sasaran Dr. Eddy Jusuf adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . alesti HD4 (standar antisera seotipe ini). Tiap-tiap subspecies ini dibedakan lagi berdasarkan sifat protein Cry. Kristal yang tertelan dilarutkan oleh cairan lambung dan melekat pada reseptor pili sel epitel usus serangga dan membentuk pori-pori sel yang menyebabkan ganguan kesetimbangan osmosis sehingga sel menggembung dan pecah. Mallophaga dan Acarina. jadi satu tipe protein toksik untuk satu jenis serangga tetapi tidak ada pengaruh atau malahan dapat menjadikan sumber nutrisi pada serangga lain. thuringiensis HD2 yang dijadikan standar antisera untuk penentuan serotype. Thuringiensis dan serotipe 2 adalah serovar finitimus untuk Bt subsp. *Drs.LIPI. Mekanisme toksisitas protein Cry dalam membunuh serangga. adalah galur HD1 dan masih banyak lagi serotipe maupun galur-galur yang telah diidentifikasi. kemudian membentuk spora dan kristal untuk infeksi ulang pada individu lain. Tiap-tiap galur Bt memiliki toksisitas yang spesifik dengan sasaran serangga yang spesifik. Data dari buku katalog Zeigler disebutkan. thuringiensis memiliki 9 galur. Cibinong. akan tetapi ada juga yang memiliki beberapa serangga sasaran. 3c adalah Bt. D. dan seterusnya. Berikut ini dilampirkan tabel berbagai merek produk-produk komersial dari galur-galur Bt yang telah digunakan dan memenuhi pasar dunia. Homoptera. Apabila Bt tidak menghasilkan protein ini maka secara nomenklatur tidak disebut sebagai B. israelensis yang spesifik untuk serangga dari ordo Diptera baru digunakan pada tahun 1980 untuk menanggulangi nyamuk vektor penyakit malaria dan demam berdarah dan lalat hitam yang mencapai 20% dari total perdagangan pestisida hayati di pasaran dunia (Frankenhuyzen. beberapa jenis Diptera dan Coleoptera. cereus. Pada tahun 1980-an perdagangan pestisida hayati yang berbahan aktif galur HD-1 dengan berbagai merek mendominasi pasaran dunia hingga mencapai 60% dalam bidang pertanian dan 20% untuk kehutanan menggantikan pestisida kimia. toksisitas maupun karakter genetik lainnya dengan istilah strain (galur).jumlah tertentu dimana kondisi nutrisi memungkinkan. Subsp. kurstaki HD-1 pada tahun 1967. 3c adalah serovar alesti yang memiliki 3 galur diantaranya Bt subsp. Kemudian diikuti oleh Amerika Serikat tahun 1957 dengan merek Thuricide menggunakan galur yang sama. Bt subsp. Misalnya serotype 1 adalah serovar thuringiensis untuk Bt subsp. Bakteri Bt diklasifikasikan dalam lebih dari 68 subspesies atau varietas dengan istilah serovar yang ditentukan berdasarkan perbedaan sifat antigen flagela-nya yang dapat membuat antisera terhadap serum darah kelinci.

menyebutkan terdapat dua strategi yang dipelajari dalam ekspresi transgen dalam menghasilkan calon vaksin pada tanaman. dimana seluruh gen yang mengkode antigen (target antigen) yang berasal dari organisme patogen seperti virus. suatu saat manusia bisa imunisasi dengan makan pisang” 40 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . sehingga menghasilkan protein kimera (chimeric prtein). dapat dimakan langsung. Vaksin-vaksin baru ini termasuk protein dan peptida rekombinan. karena pisang diproduksi hampir di seluruh negara berkembang. Pada pisang kini sedang dikembangkan untuk vaksin hepatitis B dan vaksin HPV (human pappiloma virus) yang kini telah masuk tahap evaluasi klinik. yaitu sebagai penghasil vaksin. Banyak vaksin rekombinan yang telah memasuki tahap clinical trial. Namun sebelumnya tentu saja harus dilakukan uji imunogenitasnya.vaksin juga harus efektif dan relatif aman digunakan. Dengan mengkombinasikan keefektifan biaya sistem produksi. tanaman edible vaccine yang mengekspresikan antigen dalam jaringan tanaman yang dapat dimakan. “Dengan edible vaccine.P r o d u k s i ed i b l e va ccin e dengan Molekular Farming Oleh : Anky Zannati* P erkembangan teknologi Molecular Farming pada tanaman telah memunculkan konsep baru. Mason H. baik dari yang ekstrak maupun yang dimakan langsung. Yang pertama adalah mengintroduksi DNA asing pada vektor Agrobacterium. kemanjuran dan keamanan dalam sistem pengirimannya. perkembangan teknologi rekombinasi DNA dibarengi dengan perkembangan pengetahuan mengenai mekanisme patogenesis dan respon imun. selain alasan epidemiologi penyakit. diharapkan dalam 5 hingga 10 tahun mendatang. Epitop umumnya disisipkan pada bagian coat protein (CP) dari virus vektor. murah. telah mendorong munculnya perkembangan vaksin baru. seperti umbi kentang. baik oleh anak-anak maupun dewasa. Virus tanaman yang biasanya digunakan diantaranya adalah tobacco mosaic virus (TMV). Dalam penggunaan vaksin. Dengan adanya gelombang baru dari perkembangan vaksin. terutama untuk negara berkembang. Pisang adalah salah satu tanaman yang menjadi target dalam banyak penelitian. Konsep ini didukung oleh kemampuan tanaman dalam menghasilkan protein yang beragam. Strategi kedua adalah menggunakan virus sebagai vektor. Dengan mulai berkembangnya riset edible vaccine.J dalam Transgenic Plants as Vaccines Production System pada jurnal Trends in Biotechnology tahun 1995. diharapkan manusia dapat memakan langsung protein dari bagian tanaman tanpa dimasak. seperti edible vaccine diharapkan dapat melengkapi bahkan memperbaiki kekurangan yang ada pada vaksin-vaksin terdahulu. Partikel-partikel virus yang mengekspresikan epitope asing lalu dimurnikan. selanjutnya uji imunogenitas. murah dan praktis. Dengan vaksin telah dibuktikan banyak mengurangi angka kematian. penurunan angka penyakit infeksi. karena itulah disebut edible vaccine atau vaksin siap makan. efektif dan praktis. bakteri atau parasit disisipkan dalam vektor transformasi tanaman. dapat merupakan suatu cara menghasilkan vaksin oral yang lebih baik. Tantangan selanjutnya yang harus dihadapi adalah membuktikan bahwa edible vaccine benarbenar dapat menjadi vaksin yang aman. Vaksin telah terbukti merupakan intervensi yang paling efektif dalam menurunkan angka kematian dan kesakitan. Dalam dekade terakhir. Replikasi virus dan penyebarannya secara sistemik memungkinkan terjadinya transient expression dari CP khimera pada semua jaringan tanaman. Pada edible vaccine. vaksin-vaksin yang lebih efektif akan tersedia.S dan Arntzen C. Vaksin ini dapat digunakan dengan diekstraksi terlebih dahulu atau juga dapat dimakan langsung. antigen yang terdiri dari satu atau beberapa epitop disisipkan pada genom virus. Dengan cara yang sama. dan dorongan untuk memproduksi vaksin yang aman.

Imunogenik. Imunogenik. Penelitian mengenai imunogenitas Sumber : Trends in Biotechnology (1995). Partikel imunogenik. bekerja di Pusat Penelitian Bioteknologi . secara oral Intact Glikoprotein diberikan Tabel. diberikan secara oral. imunogenic. Coli Vibrio cholerae (kolera) Hepatitis B Hepatitis B Target vaksin Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Kelinci Hewan ternak Hewan ternak Babi Babi Babi Ekspresi pada tanaman Tembakau Kentang Jagung Kentang Tembakau Kentang Lupin Lettuce Tembakau Kentang Tomat Tembakau Kentang Arabidobsis Alfalfa Arabidobsis Tembakau Jagung Kapasitas vaksin Imunogenik. diberikan secara oral Ekstrak protein imunogenik. Tanaman Kentang Tanaman tembakau Pemberian makan pada binatang percobaan Ekstraksi antigen asing Isolasi partikel virus * Anky Zannati. diberikan secara oral.Si . Coli Enterotoxigenic E. Cibinong. diberikan melalui suntik Imunogenik. 13 (9) BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 41 . Imunogenik. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. Imunogenik dan protektif. S. diberikan secara oral Antigen dari organisme Virus tanaman Fragmen DNA Penyatuan epitope untuk menghasilkan gen khimera bagi CP virus Gen Struktur Vektor transformasi tanaman Transformasi genetik dengan perantara Agrobacterium dan regenerasi tanaman transgenik Penyatuan gen Infeksi tanaman oleh virus yang dimodifikasi Transient expression dari antigen asing Gambar. diberikan secara oral.Target Penyakit Enterotoxigenic E.LIPI. diberikan melalui suntik ataupun oral Imunogenic. Protein yang diekspresikan oleh tanaman transgenik untuk vaksin pada manusia dan hewan Hepatitis B Hepatitis B Infeksi Virus Norwalk Infeksi Virus Norwalk Rabies Human cytomegalovirus Rabbit hemorrhagic disease virus Penyakit kuku dan mulut Penyakit kuku dan mulut Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Imunological related Protein Imunogenik dan protektif. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. Coli Enterotoxigenic E. Strategi menghasilkan calon antigen vaksin pada jaringan tanaman. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. diberikan secara oral. diberikan melalui suntik Proektif. diberikan melalui suntik Protein intact. diberikan secara oral.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful