Dari Redaksi >>

Biodiversity dan manfaatnya

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI Biodiversity, apa itu? Menurut Convention on Biological Diversity (1998),
biodiversity (keanekaragaman hayati) adalah kumpulan organisme termasuk
tumbuhan, hewan, mikroorganisme, dan ekosistim dimana organisme ini hidup.
Karenanya, biodiversity adalah sumber daya alam yang penting bagi manusia dan
Penanggung Jawab: ekosistem. Biodiversity ini merupakan aset besar dalam pengembangan
M. Ahkam Subroto Bioteknologi, sehingga semestinya negara yang kaya dengan biodiversity dapat
memetik hasil dari kekayaan tersebut. Indonesia konon adalah negara
biodiversity terbesar kedua di dunia (megadiversity), setelah Brasil. Seharusnya
Pimpinan Redaksi:
Andi Utama kita bisa menikmati hasil dari kekayaan tersebut. Tapi kenyataannya belum,
bahkan kita jauh tertinggal dalam bidang Bioteknologi termasuk pemanfaatan
biodiversity. Oleh karena itu, perlu kesadaran dan perhatian kita bersama
Anggota Redaksi:
terhadap kekayaan yang kita miliki dan juga terhadap pengetahuan dan
Adi Santoso
teknologi untuk memanfaatkan biodiversity tersebut untuk kepentingan bangsa
Bambang Sunarko
InesAtmosukarto dan rakyat Indonesia.
Wien Kusharyoto
Satya Nugroho Biotrends edisi ini akan menfokuskan pada biodiversity, khususnya tentang
Sigit Purwantomo berbagai jenis biodiversity dan peluang pemanfaatan biodiveristy tersebut.
Diantara topik yang hadir adalah tentang keanekaragaman mikroba endofit
Syahrudin Said
yang dapat dijadikan sebagai sumber molekul yang bermanfaat untuk
farmasetikal. Begitu juga keanekaragaman bakteri Bacillus thuringtensis yang
Sekretariat: bisa dimanfaatkan untuk ketahanan pangan dan kesehatan. Juga hadir topik
Siti Elly Faisholyah tentang peluang biodiversity, khususnya tanaman untuk penemuan obat
Ludya Arica Bakti penyakit infeksi virus, yang menjadi topik hangat saat ini.
Yulnawati
Wulansih D. Astuti
Indonesia adalah negara kepulauan dan sekitar 70% diantaranya adalah laut.
Seksi Promosi dan Marketing: Karena itu, selain di darat kita juga harus memperhatikan laut, yang
Tutang diperkirakan juga mengandung biodiversity yang luar biasa. Ini juga tentunya
Yatri Hapsari merupakan aset besar yang berpeluang untuk dimanfaatkan. Dalam konteks ini,
kami juga menghadirkan artikel tentang “Prospek Bioteknologi Kelautan
Betalini Widhi Hapsari Indonesia”.

Iklan: Selain itu, yang tidak kalah menarik adalah topik diversity di tingkat mikro;
Sogir seperti diversity di tingkat protein, gen, dan molekul. Analisa diversity tersebut
Hayat Raharja bahkan tidak terbatas pada organisme yang bisa dikulturkan, tetapi juga pada
organisme (khususnya mikroorganisme) yang tidak bisa dikulturkan. Bagaimana
Fotografer: caranya? Artikel yang bertajuk “Metagnomik: lebih dari sekedar pencarian
S. Jitno Rijadi biokatalis dan antibiotika baru”. Dengan cara itu bisa dilihat bahwa
Noor Rachman sesungguhnya di tingkat mikro ditemukan variasi yang sangat beragam.
Keanekaragam ini tentunya memiliki fungsi yang beragam pula. Tugas kita adalah
Design grafis: menemukan fungsi dari masing-masing protein, gen, atau molekul tersebut.
Wien Kusharyoto Caranya bisa anda temukan pada artikel-artikel dalam edisi ini, diantaranya
Uus Faizal Firdaussy adalah “Functional Genomics, untuk mempelajari fungsi gen dalam skala global”.
Ahmad Saefudin S Bahkan keanekaragaman molekul itu bisa diperkaya lagi. Gunanya adalah untuk
Ario Tutuko meningkatkan peluang penemuan obat. Bagaimana caranya? Jawabannya bisa
anda temukan pada artikel “Combinational Chemistry, pengayaan molekul
diversity untuk penemuan obat”.

BioTrends
Majalah Populer Bioteknologi
Diterbitkan oleh Pusat Penelitian Bioteknologi
LIPI
Jalan Raya Bogor Km. 46, Cibinong 16911
Telepon (021) 875 1527, 8754587
Faks (021) 8754588
Namun, perlu kita sadari bahwa agar bisa memberikan manfaat secara
terus-menerus, kita tidak boleh mengeksploitasi biodiveristy, tetapi yang lebih
penting adalah bagaimana mengolah, memanfaatkan, dan melestarikannya. Apa
yang harus kita lakukan untuk itu? Simaklah perbincangan kami dengan Prof. Dr.
Endang Sukara, Deputi LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (LIPI). Di sana anda
juga bisa melihat upaya yang telah dilakukan LIPI untuk mengolah,
memanfaatkan dan melestarikan biodiversity yang kita miliki.
Selamat membaca!

Hak Cipta dilindungi oleh undang-undang. Dilarang Redaksi

memproduksi seluruh atau sebagian foto, teks, atau
ilustrasi isi majalah dalam bentuk apapun tanpa izin
tertulis terlebih dahulu kepada penerbit.

2 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

 DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER
BIOTEKNOLOGI

Metagenomik
Lebih dari sekedar
pencarian biokatalis dan
antibiotika baru

/Hal 16
MIKROBA ENDOFIT:
SUMBER MOLEKUL
ACUAN BARU YANG
BERPOTENSI

/Hal 13

Secangkir TEH

Dari Redaksi DARI NIKOLAI IVANOVICH

Biodiversity dan Manfaatnya VAVILOV SAMPAI KE
/Hal 2 TUBAGUS BACHTIAR RIFAI

Surat Pembaca /Hal 06

Komentar dari para pembaca,
tentang BioTrends Profil
/Hal 5

Program freeware DNA analysis Pemanfaatan Biodiversity

ClustalW, BioEdit, dan CLC Free
Workbench
Prof. Dr. Endang Sukara
/Hal 23 “We are within biodiversity,
but we do not know what is the
Biokatalis real value of biodiversity”

Biokatalis, Enzim dan

Biotransformasi /Hal 08
/Hal 27

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 3

Vol I Nomor 2 Tahun 2006
DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER
BIOTEKNOLOGI

“Functional Genomics ”
un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i gen da l a m
sk a l a gl o b a l

/Hal 19

COMBINATORIAL
CHEMISTRY:
Melirik prospek Bioteknologi PENGAYAAN MOLECULAR
kelautan Indonesia DIVERSITY UNTUK
/Hal 33 PENEMUAN OBAT

/Hal 25
Keanekaragaman bakteri
Bacillus thuringiensis, biologi
molekuler dan upaya
Bioteknologi untuk ketahanan
dan kesehatan
/Hal 38

Produksi edible vaksin Peluang Biodiversity untuk

dengan molekular farming
/Hal 40 penemuan obat antivirus

/Hal 30

Rare sugars, karunia

yang belum
tereksplorasi
/Hal 35

4 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

 surat PEMBACA

Koreksi, opini, sumbangsih dan permintaan anda:

disinilah forum tempat anda memberikan opini mengenai apa yang
benar dan salah mengenai hal-hal yang kami angkat di majalah ini
dan sebagai sarana agar kami tahu apa yang ingin anda baca.

Distribusi Biotrends penyajiannya lebih mudah dimengerti.

Sebelumya,Saya ucapkan selamat atas terbitnya edisi Agung A, IPB - Bogor

perdana dari Majalah Biotrend. Saya termasuk orang
yang sangat menyenangi dunia ilmu pengetahuan,
terutama bidang Bioteknologi. Menurut saya cover , isi Redaksi:
dan disain sudah cukup baik, namun majalah ini agak
sulit diperoleh. Bioterends sebelumnya baru saya Terima kasih atas saran dan masukannya. Mungkin ada
dapatkan setelah memesan pada teman yang kuliah di benarnya edisi sebelumnya memuat artikel yang agak
Bogor. sulit dipahami terutama bagi orang yang tidak
berkecimpung di dunia Bioteknologi. Tetapi mengingat
Hari Susanto, Bandung tujuan penerbitan majalah ini adalah untuk
mempopulerkan ilmu pengetahuan di bidang
Bioteknologi untuk berbagai lapisan masyarakat, kami
Redaksi: akan terus berupaya untuk meningkatkan kualitas
majalah ini untuk mencapai tujuan tersebut.
Terima kasih atas tanggapannya. Mohon maaf , untuk
edisi perdana kami baru mendistribusikan ke institusi-
institusi pemerintah. Namun, mulai edisi ini kami juga
akan mendistribusikannya
ke toko - toko buku di
berbagai kota.
Menanggapi surat dari sekretaris Kepala LIPI terhadap BioTrends
edisi sebelumnya tentang salah penulisan pada kolom profil, kami
Isinya Terlalu Berat meralat sebagai berikut:

Salam kenal, nama saya

Agung Firmansyah. Saya Hal Baris Kolom Tertulis Seharusnya
menyambut hangat 9 27 1 (SD jaman Belanda) (SD pada dekade 40-60-an.)
9 58 2 Prof. Sambudi Prof. Samhoedi
terbitnya Biotrends. 10 9 1 Prof. Peter Klessy Prof. Peter Clezy
Menurut saya isinya cukup 10 14 1 Peterporphyrin Petroporphyrin
baik, tapi sepertinya terlalu
berat dan sulit dicerna.
Kalau bisa, materi dan

Kirim Pertanyaan dan Komentar Anda

Kirimkan opini, tanggapan, pertanyaan dan artikel anda ke BioTrends@lipi.go.id
atau Biotrends@yahoo.com.

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 5

 secangkir TEH
K
etika Nikolai Ivanovich Vavilov,
ilmuwan terkemuka
Rusia,menyimpulkan hasil
kajiannya tentang asal usul tanaman
budidaya setelah perjalanan panjang
melanglang buana, tak pelak lagi Asia
Tenggara ditetapkannya sebagai salah satu
dari 8 pusat asal usul tanaman budidaya
dunia. Istilah orisinilnya the Indo-
Malayan Centre. Kriteria utama
penetapan pusat-pusat itu adalah adanya
keanekaragaman tanaman budidaya yang
tinggi di masing-masing pusat tersebut.
Meskipun pada kenyataannya pusat
keanekaragaman suatu jenis tanaman
tertentu tidak harus selalu identik dengan
pusat asal usul dari tanaman yang
bersangkutan.
Indonesia, sebagai bagian dari kawasan
Asia Tenggara, jelas merupakan bagian
terpenting dari pusat itu. Kajian lebih
lanjut yang dilakukan oleh ilmuwan lain
sesudahnya semakin mengukuhkan
pernyataan Vavilov. Bahkan oleh salah
satu tokoh keanekaragaman hayati,
Indonesia diibaratkan sebagai “The Garden
of Eden” karena keanekaragaman buah-
buahannya, kecuali apel, yang sulit dicari
tandingannya di dunia. Dengan semua
kekayaan itu konon Indonesia pernah
berjaya di masa silam. Katakanlah di
jaman Majapahit atau Sriwijaya. Namun
kekayaan itu pulalah yang telah
mengantar bangsa ini ke neraka
penjajahan.
Setelah kemerdekaan tercapai, yang
konon merupakan jembatan emas menuju
masyarakat yang adil dan makmur, melalui
pembangunan tentunya, rakyat Nusantara
tetap saja hidup bersahaja untuk tidak
dikatakan melarat.
Banyak alasan (excuses) yang
dijadikan kambing hitam sebagai penyebab
keterpurukan bangsa ini. Salah satunya
6 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
DARI NIKOLAI IVANOVICH
VAVILOV SAMPAI KE
TUBAGUS BACHTIAR RIFAI
Penulis: Made Sri Prana*
adalah dampak dari penjajahan yang
berlangsung lebih dari 3,5 abad. Argumentasi
itu mungkin ada benarnya, akan tetapi terlalu
naïf rasanya untuk melimpahkan semua
kesalahan hanya kepada si penjajah.
Sejujurnya penjajahan era kini meskipun
sifatnya halus dan tidak kasat mata mungkin
jauh lebih dahsyat dampaknya daripada
penjajahan fisik yang menimbulkan trauma.
Argumentasi lain adalah karena alam
Indonesia terlampau ramah dan pemurah,
subur kang sarwi tinandur (segala yang
ditanam tumbuh subur), murah kang sarwi
tinuku (segala yang dibeli, harganya murah),
tongkat pun ditancap tumbuh jadi tanaman
kata Koes Bersaudara, telah membuat bangsa
ini menjadi manja . Suatu ungkapan versi lain
untuk tidak menyebut malas. Andaikan
pernyataan itu benar, maka di belahan
Nusantara yang alamnya tidak dapat
dipandang ramah dan pemurah, yang
Gambar: Nikolai Ivanovich Vavilov.
(www.lainsigna.org)
berkarang, tandus dan gersang, logikanya
kita akan menemukan sosok-sosok
manusia Indonesia yang rajin, ulet, dan
energik. Nyatanya juga tidak demikian.
Bahkan ada kesan bahwa dinamika dan
mobilitas penduduk di daerah-daerah
seperti itu justru (maaf beribu maaf)
rendah. Ini mungkin juga terkait dengan
pasokan energi yang tidak/kurang
memadai. Maklum makanan juga serba
sulit.
Sementara itu asumsi faktor etnis
yang menjadi penyebab keterpurukan
Indonesia, sepertinya kini sudah tidak
relevant lagi. Malaysia yang dimotori
etnis yang sama, yaitu Melayu, ternyata
kini sudah benar-benar melayu, istilah
Jawa yang berarti lari, dan melesat
meninggalkan Indonesia sambil
membawa segelintir saudara
serumpunnya, meskipun sekedar sebagai
pembantu.
Apa gerangan yang salah dengan
negeri ini? Sebuah anecdote tentang
orang Uganda, barangkali menurut versi
orang Inggeris yang pernah
menjajahnya, terkesan sederhana namun
mengandung makna yang sangat dalam,
mungkin bisa membantu menguak kabut
hitam kelam yang menyelimuti bangsa
kita. Menurut yang empunya cerita,
konon ketika Tuhan bermurah hati
memberikan pilihan kepada orang,
Tuhan berseru “ Hai kamu bangsa
Uganda, kau lihat di tangan kananku ada
pisang dan di tangan kiriku ada otak.
Pilihlah salah satu yang kamu mau,
pisang atau otak”. Maka tanpa berpikir
panjang, secara spontan mereka pun
memilih pisang”. Dan konon sejak itu
pula pisang berlimpah di negara itu
sehingga dijadikan makanan pokok
penduduk setempat. Konsekuensinya
tentu mudah ditebak, kegiatan pikir
memikir menjadi masalah. Anecdote itu
sungguh sangat menyakitkan, terutama

bagi orang Uganda (juga kita yang
simpati). Akan tetapi bila diambil
hikmahnya, sebenarnya humor itu telah
menyadarkan orang Uganda, orang Afrika
dan bahkan kita semua, tentang betapa
pentingnya otak dalam menjalani hidup
dan kehidupan ini. Kesalahan serupa
(salah pilih) konon juga mengantarkan
Kurawa ke jurang kehancuran kalah
perang di Kuru Setra melawan Pandawa .
Pasalnya mereka lebih memilih
mendapatkan bantuan bala tentara dan
alat perang yang kuat daripada merangkul
Sri Krishna, penasehat yang arif dan
bijaksana.
Pentingnya otak atau SDM dalam
meniti kehidupan dan kelangsungan hidup
(sustainability) sebagai individu,
kelompok, bangsa dan bahkan umat
manusia (human being) sudah menjadi
rahasia umum. Semua pasti menganggap
bahwa SDM itu penting, akan tetapi sikap
dan komitmen dalam
merealisasikannyalah yang tampak sangat
berbeda-beda.
Otak atau tentu saja tidak harus
diterjemahkan sebagai kecerdasan
inteletual (IQ) semata, sebab belakangan
diketahui pula pentingnya kecerdasan
emosional (EQ), baik untuk jajaran
pemimpin maupun yang dipimpin.
Banyak di antara kita yang hanya siap
memimpin dan tidak terlalu siap untuk
dipimpin. Masala pun akhirnya kerap
timbul karenanya. Akibatnya integritas
tim (team work) tidak solid atau bahkan
berantakan.
Bioteknologi menawarkan banyak
peluang dan terobosan untuk bisa
memanfaatkan khasanah/kekayaan
sumber daya hayati untuk kesejahteraan
bangsa. Tetapi bioteknologi juga memiliki
karakteristik synergisme dan pendekatan
multidisiplin sebagai salah satu prasyarat.
Artinya wajib adanya ciri profesionalisme,
integritas, dan dinamika para
pelaksananya, yaitu tim peneliti. Para
anggota tim harus memiliki persamaan
visi namun berbeda dalam kepakaran
sesuai misi yang diemban. Di sini
persamaan dan perbedaan sama
pentingnya. Persamaan adalah sebuah
berkah yang menjadi perekat, sementara
perbedaan adalah anugerah yang berfungsi
sebagai pengikat. Ibarat masakan, garam
di laut asam di gunung bertemu dalam
jambangan. Jadilah sayur asem yang
nikmat dan menyegarkan. Perbedaan-
perbedaan yang lain, kalaupun ada, jangan
hendaknya dipertentangkan. Semua itu
toh juga karunia Tuhan yang harus
disyukuri.
Tepat sekali slogan “Bersatu
meningkatkan mutu” diangkat sebagai
tema filosofis dan spiritual oleh Puslit
Bioteknologi LIPI. Tema itu relevant
tidak hanya untuk tahun ini melainkan
berlaku sepanjang masa dan buat siapa
atau organisasi apa saja. Dengan bekal itu,
semoga saja bioteknologi mampu
memberikan kontribusi maksimal kepada
pembangunan nasional sebagaimana yang
selama ini diharapkan, guna
meningkatkan kesejahteraan bangsa dan
negara sekaligus mewujudkan konsep
pemanfaatan sumberdaya hayati secara
lestari. Keanekaragaman genetik
Indonesia yang berlimpah itu menunggu
kreativitas tangan-tangan trampil untuk
meramunya menjadi produk-produk
unggulan guna menunjang pengembangan
berbagai sektor pembangunan agar sebagai
bangsa kita tidak dipandang bak tikus
jatuh ke lumbung mati kelaparan.
Kerjasama dengan pihak luar dalam
hal ini, terutama dengan negara-negara
maju, tidak perlu dimunafikan sepanjang
sifatnya saling menguntungkan (mutual
benefit). Mereka bisa menikmati (bersama
kita) benefit dari kekayaan sumberdaya
genetik Indonesia, sedangkan kita bisa
menimba pengetahuan (knowledge) dan
bukan sekedar ketrampilan (skill) dari
mereka. Kita perlu menguasai teknologi
dan bukan sekedar teknik agar mampu
terus berkreasi. Teknik pada saatnya akan
daluarsa, mentok di ujung, sementara
teknologi atau pengetahuan tentang
teknik membuka terus peluang untuk
berinovasi sesuai tuntutan dan
perkembangan jaman, sesuai situasi dan
kondisi.
Kebersamaan, persaudaraan, dan
persatuan itu adalah rohnya organisasi,
tak peduli apapun bentuknya. Dengan
semangat kebersamaan dan persaudaraan
itu kita kamikan saya, dan kita kitakan
kami. Dan kalau pada suatu saat nanti di
antara kita kebetulan ada yang meraih
prestasi luar biasa maka pernyataan “ I
am proud of him/her. He/she is one of
us!!!” akan terdengar sungguh sangat
nyaring di telinga dan mengharukan di
hati. Ini tentu sangat berbeda dengan
ucapan “ Why him/her? Why not me?”
yang lebih kerap terdengar dalam
kehidupan sehari-hari. Itulah antara lain
secuil cuplikan wejangan dari berbagai
upaya serius dan sistematis untuk
menggalang persatuan di lingkungan LIPI
yang pernah dilakukan oleh Prof. Dr. Ir.
Tubagus Bachtiar Rifai, salah seorang
mantan Ketua LIPI yang disegani pada
masanya.
*Dr. Made S. Prana, APU adalah staf
peneliti utama di Pusat Penelitian
Bioteknologi - LIPI, Cibinong.
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
INFO
SEMINAR
1. 8 April 2006: Seminar Sehari:
Peranan Bioteknologi
Reproduksi dalam
Pembangunan Peternakan di
Indonesia. Fakultas Kedokteran
Hewan IPB, Jalan Agatis Kampus
Darmaga IPB. Kontak: Dra.R. Iis
Arifiantini, M.Si. Bagian Reproduksi
dan Kebidanan, FKH, IPB, Telp. 0251-
626368, Fax. 0251-629474. E-mail:
Iis_arifiantini@telkom.net,
takdir69@yahoo.com,
herdis_bppt@plasa.com
2. 8-9 November 2006: International
Seminar on Tropical Animal
Production (ISTAP-4). Animal
Production and Sustainable
Agriculture in The Tropics .
Auditorium of Faculty of Animal
Science, Gadjah Mada University,
Yogyakarta. Kontak:
www.isap4.ugm.ac.id/index.php
3. 13-18 November 2006: Asian
Symposium on Medical Plants,
Spices and Other Natural
Products (ASOMPS) XII.
Research Institute, The University of
Andalas, Rectorate Building 2nd floor,
Padang 25163. Kontak: Prof. Dr.
Dayar Arbain, Tel.+62-751-72645,
Fax.+62-751-72645/71085, E-mail:
asompsxii@unand.ac.id atau
d.arbain@telkom.net, http://
www.unand.ac.id/asompsxii
BEASISWA
AUSTRALIAN PARTNERSHIP
SCHOLARSHIPS (APS)
Studi Pasca Sarjana di Australia
Pendaftaran APS akan dibuka tgl 8 Mei
2006. APS akan mengadakan road
show di kota-kota besar di seluruh
Indonesia di bulan Mei-Juni 2006.
Formulir pendaftaran dan informasi
lebih lanjut mengenai persyaratan
beasiswa APS, jadwal road show,
formulir, bisa dilihat dan didownload
dari website aps
(www.apsprogram.or.id), atau
telepon kantor APS
(021) 527 7648,
atau kirimkan e-mail ke
info@apsprogram.or.id.
7
 Profile: Prof. Dr. Endang Sukara
“We are within biodiversity,
but we do not know what is the real value of biodiversity”
Indonesia adalah negara yang kaya
dengan biodiversity (keanekaragaman
hayati), namun kekayaan ini belum
bisa dimanfaatkan untuk kejayaan
bangsa karena banyaknya
keterbatasan ilmu pengetahuan yang
kita miliki tentang biodiversity ini. anak-anak di Ciawi waktu itu.
Namun dengan segala
keterbatasannya, LIPI (Lembaga Ilmu
Pengetahuan Indonesia) khususnya
kedeputian ilmu pengetahuan hayati
(IPH), sekecil apapun sumbangannya,
terus berupaya melakukan terobosan-
terobosan untuk melindungi,
memahami, dan memanfaatkan
biodiversity tersebut untuk
kepentingan umat manusia, lebih
khusus lagi bangsa Indonesia.
Bagaimana LIPI melakukannya,
berikut wawancara redaksi
Biotrend dengan Prof. Dr.
Endang Sukara, Deputi Kepala we do not know what is the real value of
LIPI Bidang IPH yang juga salah
seorang pakar biodiversity kita.
Bisakah Bapak bercerita
sedikit tentang masa kecil
Bapak?
Saya nggak tahu harus bercerita dari
mana. Saya lahir 52 tahun yang lalu di
satu kampung di kabupaten
Tasikmalaya yang terletak di kaki
Gunung Galunggung. Ayah dan Ibu saya
adalah pedagang kecil di Kecamatan
Ciawi - Kabupaten Tasikmalaya.
Sebelum masuk sekolah, saya dirawat
oleh kakek dan nenek di kampung
kelahiran saya di Indihiang -
Tasikmalaya, yang berjarak sekitar 25
km dari tempat ayah dan ibu menetap
dan berusaha. Saat memasuki usia
sekolah, 7 tahun, saya kemudian ke
Ciawi mulai sekolah di Sekolah Rakyat
No. 4 Ciawi. Saya masih ingat, bahwa
setiap hari, seusai sekolah, saya
langsung ke dapur membantu orang
tua membuat berbagai jenis makanan
kecil mulai dari permen, wajik, dodol,
tenteng kacang dan lain sebagainya
untuk dijual di pasar Ciawi. Saya juga
sering kali ikut menjajakan makanan-
makanan kecil ini di kampung termasuk
ke pusat-pusat keramaian seperti
terminal bus dan stasiun kereta api.
Hal ini terus berlangsung sampai
menjelang saya masuk SMA. Sungguh
sangat mengasyikan karena dengan
cara ini saya juga mendapatkan uang
8 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
dari keuntungan hasil berjualan untuk
ditabung atau untuk keperluan sekolah.
Kegiatan lain yang rutin saya lakukan
adalah pergi ke Madrasah. Kegiatan ini
dilakukan saat menjelang magrib sampai
isya. Dan itulah keseharian kebanyakan
Endang adalah anak kedua dari 8
bersaudara. Di masa kecilnya tidak
pernah membayangkan akan ke Jakarta.
Sewaktu tinggal bersama kakek dan
nenek, Endang tidak ubahnya seperti
anak-anak kampung lainnya. Setiap subuh
dibangunkan kakek, shalat subuh
berjamaah di masjid (surau), dan
kemudian menemani nenek di dapur
sambil menikmati hangatnya tungku.
We are within the biodiversity, but
biodiveristy for the prosperity of this
country, Indonesia.
Terkadang juga ikut membakar “opak”,
makanan kecil seperti kerupuk yang
dibuat dari beras ketan. Usai sarapan,
biasanya ikut dengan kakek ke sawah.
Endang membayangkan suasana yang
nyaman, udara yang bersih, sungai yang
sangat jernih, beraneka ragam jenis ikan
dan udang serta kerang sangat mudah di
dapat. Kolam dijumpai di mana-mana.
Terasa begitu asri. Itulah suasana
sekitar 45 tahun yang lalu. “Tidak heran
kalau orang bilang Indonesia adalah
serpihan dari syurga”, tutur Endang.
Sekarang suasananya sangat berbeda,
semua dipenuhi oleh rumah-rumah.
Terasa pengap. Kolam di sekitar kampung
nyaris tinggal kenangan. Sungai kering
penuh lumpur bersampah dan airnya
sangat kotor.
Lalu kenapa Bapak tiba-
tiba ingin ke Jakarta?
Cita-cita kan boleh
tinggi. Sebenarnya saya
ingin jadi dokter, dan
waktu itu kebanyakan
orang ingin jadi dokter.
Tapi saya juga
menyadari banyak
keterbatasan termasuk
tentunya keterbatasan
dana. Saya mencoba mengadu nasib
dengan ikut tes di Universitas
Padjadjaran (Unpad). Nasib belum
beruntung, saya tidak berhasil
mendapatkan panggilan pertama.
Kalaupun dipaksakan, pasti biaya
masuknya mahal. Karena itu saya
memutuskan untuk nggak jadi masuk
Unpad dan memutuskan untuk mencoba
mencari peluang melanjutkan pendidikan
di Jakarta. Ada tiga pertimbangan.
Pertama di Jakarta mungkin lebih banyak
pilihan. Kedua, di Jakarta ada famili
(famili suami adiknya ayah, pak Basyuni
Suriamihardja, Ketua Umum Perhimpunan
Guru Seluruh Indonesia) yang memberikan
bimbingan untuk kelanjutan pendidikan
saya. Ketiga di Jakarta ada adik kandung
ayah yang sudah lama menetap, yang
bisa ditumpangi, paling tidak untuk
sementara.
Dengan modal Rp. 30.000 Endang
hijrah ke Jakarta dan disinilah
Endang mulai meniti karirnya.
Endang diantar ke Jakarta oleh
pamanda Wasita Kontara (mang guru)
dan dipertemukan dengan Pak Basyuni.
Pak Basyuni menyarankan untuk
mendaftarkan diri ke Fakultas Biologi
Universitas Nasional. Di sini Endang juga
dikenalkan
dengan pak
Gazali Dunia
(kolega pak
Basyuni).
Akhirnya

Endang ke Universitas Nasional (UNAS)
dan mendaftarkan diri menjadi
mahasiswa di Fakultas Biologi. Kebetulan
uang masuknya Rp. 30.000. “UNAS di
bawah kepemimpinan Prof. Sutan Takdir
Alisyahbana dan Fakultas Biologi
dibawah pimpinan Prof Koesnoto cukup
disegani waktu itu” tegas Endang.
Bagaimana Bapak menyesuaikan diri
dengan kehidupan Jakarta?
Awalnya agak susah. Pada waktu itu
pengaruh kedaerahan sangat kuat.
Bahasa Jakarta sangat berbeda dengan
bahasa Indonesia. Untung di UNAS saya
ketemu dengan teman se-SMA, Bapak
Dayat Bastiawan. Saya juga senang sekali
karena ada senior yang bisa bahasa
Sunda, misalnya Bapak Eddy Jusuf
(sekarang menjadi peneliti di Puslit
Bioteknologi-LIPI). Saya banyak belajar
dari Pak Eddy tentang kehidupan di
Jakarta, saya bahkan sering diajak
menginap di rumahnya. Selama di UNAS
saya juga banyak belajar dari Pak Jatna
Supriatna (sekarang direktur Conserva-
tion International di Indonesia), Pak
Sugardjito (sekarang Direktur Program
Fauna and Flora International di Indone-
sia) dan Pak Barita Oloan Manullang.
Selain kuliah, apa kegiatan Bapak
sewaktu di UNAS?
Macam-macam. Saya pernah menjadi
sekretaris senat di Fakultas Biologi.
Bersama dengan teman-teman kita
menerbitkan majalah Biologica. Saya juga
ikut membesarkan Biological Sciences
Club di sana. Saya menjadi ketua selama 2
tahun dan selama kepengurusan saya
banyak yang dilakukan, diantaranya ikut
menggalang pembinaan kesadaran
lingkungan dan mengenai ilmu biologi
lainnya kepada siswa-siswi SMA. Melalui
grup pencinta alam, kita mengajak siswa-
siswi SMA ke lapangan, mengintroduksi
bagaimana melakukan penelitian ekologi,
taksonomi, konservasi, dll. Kita juga
mengadakan kerjasama dengan Kuartir
Nasional Pramuka. Kita membuat program
yang namanya
“Wisata
Kasat Bumi”.
Selain itu kita
juga sangat
aktif kerja
sama dengan
berbagai
pihak
termasuk
Mapala UI.
Kita juga
menyelenggarakan
seminar di
Istana Wakil
Presiden
tentang
Pelestarian
Orang Utan.
Kami pada
waktu itu
mempunyai
hubungan
dengan Univeristy of California LA
(UCLA). Saya adalah mahasiswa yang
beruntung diberi kesempatan
mendampingi Birute Galdikas Brendamour
dan sekaligus ikut melakukan penelitian
primata di hutan (Taman Nasional Tanjung
Puting). Disamping melakukan penelitian,
saya ikut aktif pada program rehabilitasi
orang utan di Taman Nasional Tanjung
Puting, Kalimantan Tengah, Indonesia.
Disamping itu kami juga ikut aktif dalam
kelompok 10 bersama Pak Emil Salim.
Kelompok 10 ini menjadi bidan pendirian
lembaga swadaya masyarakat (LSM) yang
dikenal dengan Wahana Lingkungan Hidup
(Walhi). Dulu senang senang mengerjakan
macam-macam kegiatan khususnya yang
berhubungan dengan masalah lingkungan.
Saya masih ingat, suatu hari saya pernah
menjadi moderator dalam acara
pembahasan sampah kota. Waktu itu
yang menjadi pembicara kunci adalah Pak
Ali Sadikin (Gubernur DKI Jakarta waktu
itu).
Jadi Bapak sudah sejak lama punya
perhatian terhadap lingkungan hidup?
Oh iya. Perhatian dengan lingkungan
hidup, dan juga masalah sosial. Saya
sendiri tidak terlalu menyadari kalau itu
semua kelihatannya sebagian dari hobi.
Saya pernah juga menyelenggarakan
pameran tungku hemat energi di kampus
UNAS dan senang sekali karena juga
dikunjungi Pangeran Bernard dari
Belanda.
Bagaimana di bidang riset sendiri?
Di bidang riset, saya sudah mulai
dikenalkan sejak tahun 1974, waktu saya
masih menjadi mahasiswa tingkat 2 di
UNAS. Pada waktu itu Birute Galdikas
Brendamour dari UCLA menginginkan
counter part mahasiswa dari UNAS yang
ikut bersamanya ke lapangan, yaitu ke
Taman Nasional Tanjung Puting. Dari UNAS
selain saya juga ikut Pak Sugardjito. Pak
Gardjito meneliti “gibbon”, saya meneliti
“maroon red leaf eating monkeys ” alias
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
Presbytis rubicundus . Selama di Tanjung
Puting, saya dan pak Gardjito banyak
juga membantu Brendamour meneliti
social behaviour dari orang utan dan
program rehabilitasi orang utan. Pagi
pagi buta saya dan pak Gardjito
menemani Brendamour berangkat ke
hutan. Segala tingkah laku orang utan,
mulai dari keluar sarang sampai masuk
sarang lagi, dan juga bagaimana mereka
membuat sarang diikuti dan dicermati
dengan teropong dan dicatat. Agar tidak
tersesat, setiap arah gerakan diukur dan
arah diperiksa dengan kompas sehingga
kita tahu posisi saat itu. Ini juga berguna
untuk mapping ruang gerak orang utan
tersebut. Setelah orang utan kembali ke
sarangnya (biasanya lepas maghrib), kita
pulang. Di base camp, kami bekerja lagi,
mendiskusikan hasil penelitian dan
mengolah data.
Lalu bagaimana Bapak bisa ke LIPI?
Dari kegiatan di lapangan, saya
mengumpulkan banyak data. Sebenarnya
sederhana sekali, seperti apa yang
dimakan oleh “maroon red leaf eating
monkey”, sampel-sampel yang dimakan
berupa bauh atau daun kemudian
dikumpulkan dan dipelajari di Herbarium
Bogorensis. Disitulah saya kenal dengan
LIPI. Setelah saya lulus sarjana muda
mendapat gelar BSc, saya melihat
pengumuman bahwa Lembaga Biologi
Nasional (LBN – LIPI) menerima pegawai
baru. Saya mendaftar dan ikut tes di
Bogor. Sewaktu tes, saya bilang kalau
saya masih ingin menyelesaikan studi
saya di UNAS. Akhirnya saya diterima dan
mulai bekerja pada tahun 1977. Saya
masih diberi kesempatan, seminggu sekali
pergi ke kampus UNAS, meneruskan
kuliah. Sambil bekerja, saya juga
melakukan penelitian di tempat saya
bekerja, Pusat Penelitian Botani LBN-
LIPI, di bawah bimbingan Ibu Setijati
(pada waktu itu Direktur LBN-LIPI) dan
Prof. Koesnoto (pada waktu itu Dekan
Fakultas Biologi UNAS). Judul penelitian
saya adalah tentang diosgenin dalam
tumbuhan Costus. Selama melakukan
penelitian saya dibimbing secara teknis
oleh bapak Lubis (staf senior di Pusat
Penelitian Botani). Akhirnya pada tahun
1979 saya dapat menyelesaikan kuliah.
Tapi kenapa Bapak kemudian
mendalami bidang mikrobiologi di LIPI?
Saya nggak begitu senang dengan
penelitian lapangan mengamati dan
mempelajari primata seperti lutung
merah, gibbon, atau orang utan sekalipun
pernah belajar cukup intensif tentang
masalah ini dari Birute Galdikas. Saya
lebih senang bekerja dengan lingkungan
dan juga masyarakat. Karena itu dan
juga atas undangan Pak Susono (pada
waktu itu pimpinan Pusat Penelitian
Botani LBN-LIPI), akhirnya saya
memutuskan untuk bergabung dengan
laboratorium mikrobiologi Pusat
Penelitian Botani LBN-LIPI. Saya kemudian
dibimbing oleh bapak Soetarjo
9
Brotonegoro (alm) dan diberitugas
meneliti tentang masalah kompos. Saya
juga meneliti masalah biogas, amur
merang, dll. Oleh Pak Susono, saya
kemudian dikenalkan dengan
mikrobiologiwan Indonesia. Saya juga
dikenalkan dengan pakar mikrobiologi di
kawasan ASEAN melalui berbagai channel
termasuk UNESCO. Saya pernah dikirim
ke Philippina untuk belajar budidaya
jamur merang melalui program UNESCO
dibawah bimbingan Prof. Romeo
Alichbusan dari Tropical Mushroom
Research Center di Bicutan, Philippina.
Dengan dana UNESCO ini, selama 3 bulan,
saya belajar bagaimana membuat jamur
tropis (edible tropical mushrom). Pulang
dari sana saya menulis satu buku yang
berjudul “Menanam Jamur Merang di
Pekarangan”, yang menjadi kenang-
kenangan sampai sekarang. Setelah itu
saya pergi ke Australia.
Apa yang Bapak dalami di Australia?
Saya berangkat ke Australia tahun 1982
dengan dana beasiswa dari program
Colombo Plan Australia. Di Australia saya
belajar tentang systematic bacteriology
bersama Prof. V. B. D. Skerman di
Deopartment of Microbiology, Queensland
University, di Brisbane. Saya masih ingat,
pada masa kualifikasi di universitas ini
diberi tugas untuk mengidentifikasi 10
jenis yeast. Waduh, itu berat sekali. Saya
harus banyak pergi ke perpustakaan,
saya harus banyak bertanya, saya harus
belajar menggunakan mikroskop dengan
baik, dan yang penting belajar
memelihara dan menumbuhkan yeast ini
dalam berbagai jenis medium mulai dari
media gypsum hingga berbagai jenis
media agar untuk melihat karakteristik
yeast ini mulai dari sporulasi sampai
dengan sifat-sifat fisiologisnya. Segala
macam cara saintifik untuk identifikasi
yeast ini dilakukan. Satu yang saya
berhasil mengenali yeast pada tahap
pertama kali adalah Trigometris karena
sporanya berbentuk segitiga. Senang
sekali karena ada tugas yang dapat saya
selesaikan. Dalam hal ini saya banyak
dibantu sama teman seperti Wangchen
dari Thailand dan Tao dari Cina, yang
lebih senior. Akhirnya semua yeast
tersebut bisa diidentifikasi. Alhamdulillah
saya mendapat nilai yang memuaskan dari
Prof Skerman. Kemudian yang menarik
juga dari kuliah-kuliah yang saya ikuti di
Queensland ini adalah menentukan
pathway dari satu kuman tertentu. Saya
harus cari key enzyme seperti adolase.
Saya juga diminta untuk melihat GC ratio.
Itu semua pada waktu itu merupakan ilmu
yang sangat modern karena tidak pernah
ditemukan di Indonesia baik di bangku
kuliah maupun selama bekerja di LIPI.
Jadi selama di Australia, Bapak
dibimbing oleh Prof. Skerman?
Ya. Bimbingan penuh saya dapatkan
selama saya mengikuti program kualifikasi
dan program master. Saya sangat
10 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
bersykur sekalipun Prof. Skerman
akhirnya pensiun, pembimbingan dialihkan
ke DR. Horst Doelle mikrobiolog handal
asal Jerman ahli dalam bidang microbial
physiology. Beliau menulis buku tentang
microbial physiology dan kemudian
menjadi buku pegagang di seluruh dunia.
Oleh Dr. Doelle, saya diarahkan untuk
melanjutkan penelitian di bidang
teknologi fermentasi dan mengambil topik
baru untuk program doktor saya yaitu
“microbial convertion of cassava starch
to mycoprotein”. Melalui proses skrining,
akhirnya saya memutuskan untuk
menggunakan kapang tempe alias
Rhizopus oligosporus. Dengan
menggunakan kapang tempe ini, saya
dibawah berhasil mengembangan “One
step process for the production of
mycoprotein and enzyme”. Bangga juga
karena proses ini kemudian didaftarkan
ke kantor paten dan mendapatkan nomor
paten pada tahun 1986. Saya senang juga
bisa mempatenkan, walaupun tidak
sempat dilisensi orang. Dan beberapa
publikasi ilmiah di jurnal-jurnal yang baik
seperti European Journal of Microbiology
and Biotechnology.
Di Australia, suami Dra. Ratu Ratna
Isnaniah ini juga aktif di berbagai
organisasi. Endang pernah menjadi
Sekjen di (Himpunan Pengajar dan
Peneliti Indonesia di Australia) cabang
Brisbane, dan Ketua PPIA (Perhimpunan
Pelajar Indonesia di Australia cabang
Brisbane). Endang sering menjemput
karyasiswa yang baru datang ke Austra-
lia dan membantu memfasilitasi agar
masa transisi karyasiswa baru berjalan
dengan mulus. Endang membantu mereka
mencari tempat tinggal. Bahkan
keluarga Endang tidak keberatan untuk
sementara menampung karyasiswa
sebelum karyasiswa mendapatkan
tempat tinggal. “Tapi sekarang saya
merasakan banyak hikmahnya”, kata
Endang. “Jika saya jalan dari misalnya
Bogor ke Bali, mampir dulu di Bandung
atau Jogja, pasti teman-teman itu tidak
membolehkan saya menginap di hotel.
Saya harus nginap di rumah mereka.
Begitu juga kalau sampai di Bali, sering
diantar ke manapun saya perlu dengan
gratis. Itulah hikmah silaturahmi yang
saya rasakan yang dulu tidak pernah saya
bayangkan”, kenangnya.
Bagaimana Bapak bisa tertarik dan
sampai menjadi narasumber
Biodiversity di LIPI?
Saya juga nggak tau ya. Itu merupakan
metamorfose secara perlahan-lahan. Di
Biotek saya macam-macam juga. Saya
pernah menjadi Kepada Balai Biak Sel dan
Jaringan, Kepala Balai Teknologi Proses,
dan Kepala Puslitbang Bioteknologi sampai
akhirnya dipercaya menjadi Deputi
Kepala LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan
Hayati (IPH). Di sini saya mempunyai
peluang untuk belajar lebih banyak dari
Puslit dan Unit-unit yag ada di bawah
kedeputian saya. Saya mulai memahami
ilmu pengetahuan hayati dalam tingkatan
yang lebih makro. Saya juga menyadari
bahwa sesuai dengan Surat Keputusan
Presiden dan tugas dari Kepala LIPI, saya
harus bisa mengembangkan dan
merumuskan kebijakan dalam bidang ilmu
pengetahuan hayati termasuk
biodiversity. Dan setelah perumusan
kebijakan harus mampu dirumuskan dan
dilaksanakan. Saya kemudian membuat
tulisan yang kemudian saya bacakan
dalam orasi ilmiah untuk pengukuhan Ahli
Peneliti Utama (APU) saya. Tulisan
tersebut berjudul “Emas Hijau sebagai
Alternatif untuk Keluar dari Krisis
Multidimensi”. Emas hijau yang
dimaksudkan di sini adalah biodiversity.
Saya juga menjadi miris melihat suatu
kenyataan bahwa pada tahun 1980-an
kita masih punya 121 juta ha hutan, dan
pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. Kita
kehilangan banyak biodiversity.
Penelitian yang saya rintis bersama
dengan Prof. Tomita dari Hokaido
University dalam kerangka program
kerjasama LIPI dengan JSPS, mulai melihat
nilai biodiversity yang lebih besar ketika
memahami bahwa di dalam jaringan
pembuluh tumbuhan ditemukan begitu
banyak mikroorganisma (bakteria, yeast,
dan fungi) yang kemudian dikenalkan
sebagai mikroba endofit. Miroba endofitik
ini ternyata juga mempunyai nilai tinggi
karena mempunyai peluang membuka
berbagai industri besar termasuk industri
farmasi, industri pertanian dan
lingkungan. Jika saja kebijakan
pemerintah berpihak pada pentingnya
penelitian dan pengungkapan khazanah
biodibersity milik bangsa ini dan mampu
mengubahnya menjadi dollar, sungguh
bangsa ini tidak dilahirkan untuk menjadi
bangsa yang miskin. Selain itu, di kulit
kodok ada kelenjar yang menghasilkan
magainin, small peptide, cikal bakal
antibiotik baru. Banyak lagi contoh yang
lainnya yang membuktikan adanya
berbagai potensi dari biodiversity. Saat
ini sungguh kita sebagai bangsa tidak
mengerti apa-apa tentang biodiversity.
We are within the biodiversity, but we do
not know what is the real value of bio-
diveristy for the prosperity of this
country, Indonesia. Kita hanya tahu
jagung, kedelai, sebagian dari pisang,
sebagian dari padi. Masih banyak hal-hal
yang kita nggak punya ilmu pengetahuan
tentang itu. Dan kehidupan bangsa kita
dan bangsa-bangsa di dunia hanya
tergantung pada puluhan saja
biodiversity yang ada.
Saya juga heran, mengapa hutan terus
menjadi bulan-bulanan. Padahal kita juga
tahu bahwa hutan (disamping phytoplank-
ton yang ada di laut) bekerja untuk
mengkonversikan CO2, air dan mineral
dengan bantuan sinar matahari menjadi
biomass (karbohidrat, fiber, protein,
minyak, dan lain-lain termasuk beraneka
jenis bahan kimia yang diperlukan sebagai
bahan baku pembuatan obat). Hutan juga
memberikan kontribusi untuk mensuplai
oksigen dan membantu mempertahankan
bumi dari pemanasan global. Hutan juga
berfungsi untuk konservasi air. Kita
harus ingat, bahwa setiap pohon minimal
70% isinya air. Begitulah fungsi pohon
yang kalau ditebang memberikan dampak
yang besar terhadap water storage.
Tidaklah berlebihan jika LIPI mengatakan
bahwa pegunungan Muller di Kalimantan
adalah menara air pulau besar itu. Dan
tidak mengherankan jika LIPI mendukung
perubahan kawasan Muller menjadi World
Natural Heritage demi keselamatan pulau
ini dari proses kehancurannya.
Bagaimana solusinya menurut Bapak?
Kita masih punya secercah harapan.
Kalau kita punya laut yang luas, punya
tanah yang subur, punya cahaya matahari
yang berlimpah, why not. Mulai sekarang
kita galakan program penanaman.
Penanaman dengan jenis-jenis yang
mempunyai nilai ekonomi, nilai sosial dan
nilai lingkungan yang tinggi.
LIPI telah berhasil meyakinkan Presiden
RI (waktu itu Megawati) akan pentingnya
kawasan konservasi ex situ dengan
membuat Kebun Raya di seluruh propinsi.
Harapan kita, berbagai jenis tumbuhan
penting daerah bisa segera diselamatkan,
dipelajari dan dimanfaatkan.
Pertelaan ilmiah tentang tumbuhan di
kawasan Asia Tenggara yang dituangkan
dalam buku PROSEA (Plant Resources in
South East Asia) yang dikembangkan oleh
Yayasan PROSEA dapat dijadikan modal
untuk kegiatan di atas. Buktikan kepada
masyarakat dunia bahwa plant resources
di kawasan ini mempunyai manfaat yang
besar baik untuk pembangunan ekonomi,
sosial maupun lingkungan. Untuk itu,
kegiatan harus melibatkan masyarakat
termasuk petani sehingga tumbuhan itu
dipakai, digunakan dan dijadikan
sahabat, sehingga bisa memberikan
dampat ekonomi, lingkungan dan sosial.
Makanya obsesi saya bisa nggak di
seluruh bantaran sungai yang ada di
Indonesia ditanaman dengan tumbuhan
kharismatik. Kalau di Sulawesi ditanami
dengan Eboni misalnya, di Jawa dengan
buah-buahan seperti manggis, durian, dll.
Saya juga menjadi miris
melihat suatu kenyataan
bahwa pada tahun 1980-an
kita masih punya 121 juta ha
hutan, dan pada hari ini
tinggal 19 juta ha saja. Kita
kehilangan banyak
biodiversity.
Tapi begitu masuk ke Puslit Biotek, saya
sedih melihat sumber plasmanutfah buah-
buahan yang kita sudah miliki belum
terurus dengan baik dan belum dijadikan
modal melainkan beban. Insyaallah hal ini
akan segera berubah.
Sebenarnya apa peranan LIPI dalam hal
ini?
Fungsi (kedeputian) kita memberikan
saran kebijakan kepada pemerintah
supaya hal itu benar-benar dilaksanakan.
Sebetulnya ini adalah pekerjaan besar
yang menuntut peranan semua pihak,
tapi provokasinya harus dari LIPI.
Sehingga keputusan di meja DPR harusnya
dipengaruhi oleh ilmu pengetahuan.
Sekarang tidak konek antara science dan
kebijakan. Siapa yang akan peduli untuk
mencari gen yang tahan terhadap
kekeringan misalnya, tapi manakala suhu
bumi itu benar-benar naik baru kita tahu
bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa
tumbuh di dalam kekeringan. Yang paling
penting sekarang bagi LIPI adalah
bagaimana menformulasikan bahasa-
bahasa ilmu pengetahuan itu menjadi
bahasa publik dan kebijakan. Saya ingin
apa yang dihasilkan peneliti setelah ada
publikasi, di-rewrite menjadi bahasa
publik. Mudah-mudahan semua pihak
(peneliti) termasuk pembaca Biotrend
menyadari bahwa kalau publikasi saja
belum cukup. Scientific intergrity harus
ditautkan dengan social responsibility
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
sehingga mempunyai dampak sosial yang
betul-betul dirasakan. Dengan cara
menterjemahkan bahasa ilmiah ke dalam
bahasa yang lebih mudah dikenal oleh
masyarakat umum menjadi sangat
strategis. Makanya saya berharap
Biotrend terus maju dan berperan di sini.
Apa yang telah dilakukan LIPI sejauh
ini?
Di satuan kerja saya di LIPI termasuk
Puslit Bioteknologi, ada program yang
namanya tematik. Dia itu sebenarnya
didedikasikan untuk pembangunan
kompetensi. Saya melihat ini yang jauh
lebih strategis. Untuk membangun
kompetensi ini tidak ada jalan kecuali link
dengan international scientific commu-
nity. Salah satu negara yang betul-betul
memahami tentang keadaan Indonesia itu
adalah Jepang. Kerjasama kita dengan
Jepang, tepatnya dengan National
Institute of Technology and Evaluation
(NITE) didedikasikan untuk mempelajari
taksonomi mikroba asli Indonesia. Ribuan
mikroba dari kelompok fungi dan
aktinomisetes berhasil dikumpulkan dan
dipelajari. Sebelumnya dengan berbagai
program lainnya kita telah berhasil
mengumpulkan banyak jenis mikroba yang
lainnya termasuk dari kelompok bakteri
asam laktat dan asam asetat. Ingat,
industri nata de coco yant besar seperti
Kara, mereka menggunakan mikroba
koleksi kita. Data yang terakhir kita
ketahui adalah banyaknya ditemukan
jenis bahkan genus baru yang juga telah
diakui dunia. Kedepannya diharapkan kita
bisa mempunyai koleksi kultur mikroba
yang bisa disandingkan dengan microbial
culture collection seperti JCC di Jepang
atau ATCC di Amerika. Saya sangat
berharap agar koleksi tumbuhan (Her-
barium dan Kebun Raya) serta koleksi
fauna (Museum Woologicum Bogoriense)
dapat diikuti oleh LIPI Microbial Culture
Collection (LIPI-CC) yang diakui dan
memenuhi Treaty Budapest. Untuk itu
kita harus bekerja keras. Kita sangat
beruntung, kita telah meratifikasi CBD
(Convension Biological Diversity) dengan
UU No 5 tahun 1994. Artinya kita harus
yakin betul bahwa seluruh biodiversity
yang ada di negeri ini adalah milik ekslusif
bangas Indonesia. Karenanya saya pikir
akan banyak manfaat yang bisa kita
dapatkan dan manfaat ini akan berlipat
bila kita mampu melakukan kerja sama
dengan pihak lain agar terjadi transfer
technologi, dana penelitian, pembagian
keuntungan, dll. Pelajari CBD agar kita
tidak salah langkah dalam
mengembangkan kerjasama.
Apa batasan dalam kerja sama dengan
NITE ini?
Kita batasi pada taksonomi
mikroorganisme. Itupun dipersempit pada
actinomycetes dan fungi, dan hanya
diberi akses pada tempat-tempat yang
bisa diakses oleh LIPI misalnya kebun-
kebun raya atau komplek Science Center
Cibinong. Saya juga confidence karena
11
kita punya orang yang kompeten seperti
Dr. Yantiyati dan Dr. Puspita Lisdiyanti
(dua peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI).
Ini paket CBD sebetulnya. Tapi Jepang
lebih pintar karena proyek NITE itu
sebenarnya juga ditautkan pada program
CBD yaitu GTI (Global Taxonomi Initia-
tive), yang merupakan rekomendasi
SABSSTA pada CBD. Harusnya Indonesia
sendiri yang mendapatkan dana juga dari
program GTI ini, tapi itu tidak terjadi
karena ketidakmampuan kita menulis
proposal. Makanya saya pesan pada
teman-teman di sini, cobalah digalang
kursus-kursus penulisan proposal.
Hasil kerjasama LIPI NITE ini sangat
bagus. Suprisingly, dari 500 isolate
actinomicetes yang diisolasi tahun 2003
dari Kebun Raya Cibodas dan dari Bali,
30% diantaranya new species. Saya yakin
ada metobolit-metabolit baru dari situ.
Isolat ini langsung dipinjam oleh Chugai
dan Kyowa Hakko Pharma selama 1 tahun,
dan sepertinya akan diperpanjang 1
tahun lagi. Yang menjadi penting bagi
kita adalah segera mempelajari isolat-
isolat itu untuk kepentingan bangsa
Indonesia dengan mengarus utamakan
penelitian bioprospekting dan
pengungkapan potensi mikroba hasil
koleksi ini. Saya juga sangat berharap
bila semua pengetahuan yang telah kita
serap dari kerjasama dengan NITE ini
hendaknya dapat dipakai untuk
melakukan kegiatan sendiri melakukan
eksplorasi dan pengungkapan potensi
mikroba Indonesia di luar kerangka
kerjasama LIP-NITE. Dengan cara ini
koleksi kita menjadi lebih besar melebihi
koleksi NITE.
Bagaimana aturan peminjaman itu Pak?
Dalam kaitan kerjasama NITE-LIPI,
peminjaman didasarkan pada
kesepakatan di joint project committee
mengacu pada Material Transfer Agree-
ment yang dibuat oleh Joint Steering
Committee. Aturan mainnya sudah ada.
Ibu Yantiyati adalah wakil dari Indonesia.
Bu Yanti harus kokoh dan berjuang agar
Indonesia mendapatkan manfaat yang
sebesar-besarnya. Tentu dalam hal ini
kita sekarang sedang belajar. Saya
berharap tim ini terus berkembang dan
mampu mengumpulkan isolat dari seluruh
Indonesia, memeliharanya dan
mempromosikannya untuk kepentingan
nasional. Perlu diingat, bahwa perwakilan
NITE hanya datang sekali atau dua kali
dalam setahun ke Indonesia dan menetap
di Indonesia selama 2 minggu. Dari contoh
kemarin, mereka bersama tim dari
Indonesia mengumpulkan puluhan sampel
saja tiap tahunnya. Dengan keseriusan
tim ini telah berhasil mengumpulkan
ribuan kultur. Dalam bayangan saya Ibu
Yantiyati dengan timnya bisa
mengumpulkan puluhan kali lipat dari
jumlah yang dikumpulkan oleh kerjasama
ini. Sudah barang tentu, akses ke koleksi
12 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
yang kita kumpulkan sendiri akan
memperkuat posisi tawar bangsa.
Apa kunci kerja sama dengan luar
negri untuk menyelamatkan
biodiversity Indonesia?
Yang penting adalah bahwa kita harus
hati-hati. Aturan mainnya harus jelas.
Makanya ketika mau melimpahkan
duplikat isolat ke Jepang, harus ada
material transfer agreement yang salah
satu isinya pengakuan bahwa isolat
tersebut asalnya Indonesia. Tapi karena
Sekarang tidak relevan
antara science dan kebijakan.
Siapa yang akan peduli untuk
mencari gen yang tahan
terhadap kekeringan misalnya,
tapi manakala suhu bumi itu
benar-benar naik baru kita tahu
bahwa kita perlu ada tanaman
yang bisa tumbuh di dalam
kekeringan. Yang paling penting
sekarang bagi LIPI adalah
bagaimana menformulasikan
bahasa-bahasa ilmu
pengetahuan itu menjadi bahasa
UNTUK
publik dan kebijakan. PEMASANGAN
IKLAN HUBUNGI
dananya hampir seluruhnya dari Jepang SEKRETARIAT
(NITE), maka kali ini kepemilikannya
adalah joint ownership (LIPI dan NITE). BIOTRENDS
Sekarang LIPI-NITE sedang meminjamkan
koleksinya ke industri farmasi di Jepang
dengan harga 1000 yen/isolat/tahun.
Tapi dari perjanjian itu kalau ada hit dan
dia tertarik terhadap beberapa isolat,
harganya akan bisa berubah. Dengan
prosedur yang sama kita juga bisa
meminjamkan ke pihak luar. Siapapun
yang mempromosikan, hasilnya tetap
dibagi dua (50% NITE dan 50% LIPI).
Sesuai dengan hobinya, Endang telah
mengikuti banyak organisasi, baik
organisasi ilmiah maupun profesi.
Diantaranya Perhimpunan Mikrobiologi
Indoneisa (PERMI), Perhimpunan Biologi
Indonesia, Perhimpunan Bioteknologi
Pertanian Indonesia, Indonesian Founda-
tion for the Advancement of Biological
Sciences, Plant Resources in South East
Asia (PROSEA) Foundation, Plant
Resources in Tropical Africa (PROTA)
Foundation. Ayah dari dua anak ini juga
menjadi chairman pada Man and the
Biosphere (MAB) Program dari UNESCO di
Indonesia dan juga anggota Governing
Board dari Global Biodiversity Informa-
tion Facilities. Melalui organisasi ini
Endang selalu aktif berperan untuk
memanfaatkan dan meyelamatkan
biodiversity, terutama biodiversity
Indonesia.
MIKROBA ENDOFIT:
SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU
YANG BERPOTENSI
Penulis: Anggia Prasetyoputri dan Ines Atmosukarto*
E
ra tahun 80-an, menyaksikan
memuncaknya minat industri
farmasetika dan bioteknologi
untuk memanfaatkan produk hasil
alam dalam pengembangan obat baru
(natural product drug discovery).
Tren ini kemudian menurun perlahan
seiring berkembangnya berbagai
cabang ilmu pengetahuan biomedik
dan bioinformatik termasuk juga ilmu
kimia kombinatorial. Banyak pihak
mulai lelah untuk mengejar sumber-
sumber senyawa bioaktif tradisional
seperti tumbuhan dan mikroba
terutama mikroba yang dikoleksi dari
bermacam-macam sampel tanah.
Mengapa hal itu terjadi padahal
berbagai obat telah ditemukan dari
sumber tersebut, sebut saja
antibiotika seperti penicillin dan
chloramphenicol dan obat lainnya
seperti aspirin dan taxol? Jawabannya
sederhana. Bahan alam sangat
kompleks sifatnya, sehingga membuat
optimasi penggunaannya sebagai
terapetika melalui modifikasi kimia
menjadi sangat kompleks. Lebih
lanjut, sumber bahan aktif dari bahan
biologis sering sulit didapatkan secara
berkesinambungan. Walau demikian,
fakta menunjukkan bahwa bahan alam
Beberapa contoh molekul bahan alam yang
menggambarkan kompleksitas struktur bahan
alam
menjadi sumber inspirasi bagi para ahli
kimia, karena alam sesungguhnya
memberi kita pelajaran tentang
keanekaragaman struktur molekul
termasuk molekul berukuran kecil.
Bahan aktif dan molekul terapetik
yang bersumber pada bahan alam memiliki
berbagai karakteristik. Pertama, bahan
alam umumnya memiliki arsitektur/
susunan yang relatif lebih kompleks dari
molekul sintetik. Kedua, bahan alam
sering mempunyai kandungan karbon,
hidrogen dan oksigen yang relatif lebih
tinggi dan kandungan nitrogen yang
relatif lebih rendah dari molekul terapetik
sintetik. Ketiga, molekul aktif bahan alam
umumnya mempunyai berat molekul di
atas 500 Dalton dengan polaritas yang
tinggi.
Apa sebenarnya bahan aktif tersebut?
Umumnya bahan aktif itu merupakan
metabolit sekunder yang dihasilkan
mikroba maupun tanaman. Metabolit
sekunder didefinisikan sebagai senyawa
dengan berat molekul rendah yang tidak
diperlukan untuk pertumbuhan, dan
dihasilkan sebagai bentuk adaptasi
organisme terhadap lingkungannya.
Schultz mengatakan bahwa beberapa
metabolit yang dihasilkan mikroba
tampaknya merupakan ciri khas
dari biotop tempat mikroba
itu berada. Karena itu,
sang peneliti harus
mempelajari dan memilih
sumber organisme dengan
cermat sebelum melakukan
penelitian. Dengan
demikian pencarian
senyawa metabolit
sekunder baru seringkali
difokuskan pada
organisme-organisme yang
hidup di biotop yang
sifatnya unik.
Mikroba endofit
Mikroba endofit
pertama kali dilaporkan
oleh Darnel dkk. pada
tahun 1904. Sejak itu,
definisi mikroba endofit
telah disepakati sebagai
“mikroba yang hidup di
dalam jaringan internal
tumbuhan hidup tanpa
menyebabkan efek negatif
langsung yang nyata”
seperti yang dikemukakan
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
oleh Stone dkk. Meskipun sifat mikroba
endofit yang tidak berdampak negatif
pada jaringan tumbuhan menunjukkan
kemungkinan adanya hubungan simbiosis
mutualisme antara mikroba endofit dan
inangnya, namun dengan menilik
biodiversitasnya, ternyata ada pula yang
berupa saprofit agresif atau mikroba
patogen oportunis. Mikroba endofit yang
umum ditemukan adalah berupa bakteri
dan kapang namun kapang lebih sering
diisolasikan.
Beberapa pihak bahkan berspekulasi
bahwa masih dimungkinkan adanya
beberapa jenis mikroba endofit lain,
seperti ricketsia, dan archaebacteria.
Karena tumbuh dalam jaringan
tanaman, di mana tanaman yang satu
tentunya berbeda dengan tanaman
lainnya, maka biotop tempat hidup
mikroba sangat unik sifatnya. Bahkan,
fisiologi tumbuhan tinggi -termasuk yang
berasal dari spesies yang sama- akan
beda di lingkungan yang berbeda. Karena
itu keanekaragaman biotop endofit
sangatlah tinggi. Berdasarkan
pertimbangan tersebut endofit dapat
menjadi sumber berbagai metabolit
sekunder baru yang berpotensi untuk
dikembangkan dalam bidang medis,
pertanian, dan/atau industri.
Pemanfaatan mikroba endofit sebagai
sumber molekul acuan baru perlu didasari
pada pemilihan jenis tumbuhan inang yang
tepat. Pilihan tersebut akan
mempengaruhi keunikan dan aktivitas
biologis produk yang dihasilkan dari
mikroba endofitik. Sejauh ini, tumbuhan
yang telah diteliti mikroflora endofitnya
masih sedikit. Oleh karena itu, masih ada
banyak kesempatan untuk menemukan
berbagai jenis, taksa endofit baru.
Dreyfuss dan Chappela memperkirakan
bahwa jumlah kapang yang hidup sebagai
mikroba endofit saja berjumlah
setidaknya satu juta jenis. Tampak jelas
bahwa mikroba endofit merupakan
sumber keanekaragaman genetik yang
kaya dan dapat diandalkan, dengan
sumber berbagai spesies baru yang belum
dideskripsikan. Akhirnya, pengalaman
menunjukkan bahwa jenis mikroba baru
sangat erat kaitannya dengan produk
alam baru. Oleh karena itu, dalam
mendahului jenis mikroba untuk
pemurnian senyawa baru perlu
mendahului jenis mikroba yang baru.
13
Dasar pemikiran dalam pemilihan jenis
tumbuhan
Oleh karena begitu banyaknya jenis
tumbuhan di dunia, maka kita harus
menggunakan pendekatan yang kreatif
dan imajinatif agar dapat mempermudah
pencarian mikroba endofit yang
menunjukkan aktivitas biologis. Ada
dasar pemikiran tertentu yang digunakan
dalam pemilihan jenis tumbuhan yang
akan menjadi sumber isolasi mikroba
endofit dan pencarian produk alam baru.
Beberapa hipotesis mendasari strategi
pemilihan tumbuhan. Pertama, tumbuhan
yang berasal dari lingkungan yang unik,
terutama jenis tumbuhan yang memiliki
karakteristik biologis yang khas dan cara
pertahanan hidup yang lain dari biasanya,
perlu dipertimbangkan untuk dipelajari
mikroflora endofitnya. Kedua, tumbuhan
yang memiliki sejarah etnobotani yang
terkait dengan beberapa penggunaan
atau aplikasi spesifik perlu dipilih untuk
diteliti. Jenis-jenis tumbuhan tersebut
dipilih baik dengan cara mengadakan
kontak langsung dengan masyarakat
setempat atau melalui literatur lokal.
Pada akhirnya, ada kemungkinan bahwa
sebenarnya kemampuan untuk
menyembuhkan yang dimiliki oleh jenis
Isolasi endofit dari tanaman buah merah (Foto koleksi PT
Indo Bio Pertiwi)
tumbuhan tertentu sama sekali tidak
terkait dengan produk alami tumbuhan
tersebut, melainkan disebabkan oleh
mikroba endofit yang hidup dalam
jaringan tumbuhan tersebut. Ketiga,
tumbuhan yang bersifat endemik, memiliki
masa hidup yang lain dari umumnya, atau
hidup di daratan kuno, juga mungkin
memiliki mikroba endofit yang
menghasilkan produk beraktifitas biologis
14 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
dibandingkan dengan jenis tumbuhan lain.
Terakhir, tumbuhan yang hidup di daerah-
daerah yang memiliki keanekaragaman
tinggi juga berpotensi untuk memiliki
mikroba endofit dengan keanekaragaman
yang tinggi pula.
Seperti tumbuhan yang hidup di
lingkungan yang unik, berbagai jenis
tumbuhan yang memiliki karakteristik
biologis yang khas juga dianggap sebagai
sumber potensial mikroba endofit dan
senyawa-senyawa baru. Misalnya,
sejenis tumbuhan air, Rhyncholacis
penicillata, dikoleksi oleh Dr Strobel dari
Montana State University dari sebuah
sungai di barat daya Venezuela di mana
tumbuhan tersebut hidup dalam
lingkungan yang keras, terhempas oleh
air, bebatuan, dan kerikil. Hal tersebut
menyebabkan tumbuhan tersebut rentan
terhadap serangan oomycetes yang
bersifat pathogen. Akan tetapi, populasi
tumbuhan tersebut tampak sehat, Prof Strobel, salah satu pelopor penelitian
kemungkinan terlindungi oleh senyawa endofit dalam kunjungannya ke hutan di
yang dihasilkan mikroba endofit yang daerah Tesso Nilo (Foto koleksi pribadi,
hidup di dalamnya. Itu merupakan
petunjuk biologi lingkungan yang Ines Atmosukarto)
digunakan untuk memilih tumbuhan
tersebut sebagai obyek penelitian
mikroba endofit yang komprehensif. Tumbuhan yang memiliki sejarah
Akhirnya, dari etnobotani, seperti telah disebutkan
tumbuhan R. sebelumnya, juga merupakan kandidat
penicillata yang menjanjikan karena kegunaan
tersebut diisolasi tumbuhan tersebut dalam bidang medis
satu galur mikroba lebih terkait dengan populasi mikroba
Serratia endofitnya dibandingkan dengan
marcescens , yang karakteristik biokimia tumbuhan itu
menghasilkan sendiri. Misalnya sejenis tumbuhan
senyawa merambat yang ditemukan kelompok
antioomycetes Montana State University di Northern
baru dengan ciri- Territory, Australia, yaitu Kennedia
ciri serupa dengan nigriscans , dipilih untuk diteliti karena
chlorinated getahnya dimanfaatkan sebagai obat
macrocyclic hutan tradisional selama berabad-abad.
lactone, yaitu Malahan, daerah tersebut dipilih sebagai
oocydin A. lokasi pengambilan sampel tumbuhan
Kemungkinan besar karena merupakan rumah dari sebuah
produksi oocydin A peradaban tua dunia – suku Aborigin
oleh S. marcescens Australia. Tumbuhan merambat tersebut
terkait langsung dipanen, dihancurkan, dan dipanaskan
dengan hubungan dalam bentuk larutan oleh masyarakat
mikroba endofit Aborigin setempat di daerah barat daya
dengan tumbuhan Arnhemland untuk merawat luka-luka dan
tinggi tersebut sebagai
inangnya. Saat ini,
oocydin A akan
dikembangkan dalam
bidang pertanian untuk
mengendalikan kapang-
kapang oomycetes yang
bersifat pathogen Hasil fermentasi mikroba endofit (foto koleksi PT
seperti pythium dan Indo Bio Pertiwi)
phytophthora.

Berbagai ekstrak hasil mikroba endofit
koleksi PT Indo Bio Pertiwi, Pusat
Penelitian Bioteknologi LIPI, Cibinong.
infeksi. Ternyata, tumbuhan tersebut
mengandung satu jenis mikroba endofit
baru, yaitu Streptomyces NRRL 30562,
yang menghasilkan antibiotika peptida
baru dengan spektrum luas yang
dinamakan munumbicin. Dapat
diasumsikan bahwa proses penyembuhan
yang terjadi, seperti yang ditemukan
oleh masyarakat setempat, kemungkinan
besar difasilitasi oleh senyawa-senyawa
yang dihasilkan oleh satu atau lebih
mikroba endofit yang hidup di jaringan
tumbuhan, selain dari produk tumbuhan
itu sendiri.
Selain itu, perlu dicatat bahwa
beberapa jenis tumbuhan yang
menghasilkan produk alami dengan
aktivitas biologis mengandung mikroba
endofit yang menghasilkan produk alami
yang sama. Hal itulah yang terjadi
dengan taxol, suatu senyawa diterpenoid
yang merupakan agen anti kanker
terkenal, yang ditemukan di tiap jenis
pohon yew (Taxus spp.). Pada tahun
1993, satu galur kapang baru penghasil
taxol, Taxomyces andreanae, telah
diisolasi kelompok Dr Strobel dari
tumbuhan Taxus brevifolia dan
dikarakterisasi.
Keanekaragaman hayati Indonesia
merupakan sumber mikroba endofit yang
belum terkaji dengan optimal
pemanfaatannya (Foto koleksi pribadi, Ines
Atmosukarto)
Mikroba endofit dan keanekaragaman
hayati
Dari semua ekosistem yang ada di
bumi, ekosistem yang memiliki
keanekaragaman tertinggi tampaknya
merupakan ekosistem yang
keanekaragaman mikroba endofitnya
paling tinggi jenis dan jumlahnya. Hutan
hujan tropis dan hutan di daerah beriklim
sedang merupakan dua ekosistem darat
yang paling tinggi keanekaragaman
hayatinya di bumi. Daerah ini menutupi
Endofit
sekitar 1,44% dari total luas permukaan
daratan, tetapi menampung lebih dari 60%
keanekaragaman hayati di darat.
Sayangnya, ekosistem tersebut makin
lama makin terancam hancur oleh
berbagai kegiatan manusia. Selain itu,
ada 20-25 daerah yang dianggap sebagai
penyokong keanekaragaman hayati di
bumi dan masing-masing dari daerah
tersebut memiliki jumlah tumbuhan
endemik yang sangat tinggi. Tentunya
dengan adanya jumlah tumbuhan endemik
yang tinggi, diharapkan pula terdapat
banyak mikroba endofit tertentu yang
turut berevolusi dengan tumbuhan
endemik yang ada.
Tidak banyak yang menyadari bahwa
sesungguhnya keanekaragaman hayati
sangat erat kaitannya dengan
keanekaragaman kimiawi. Hal ini
disebabkan inovasi kimiawi yang terus-
menerus terjadi agar organisme dapat
terus hidup dalam ekosistem dengan
tingkat seleksi alam tinggi. Hutan hujan
tropis merupakan contoh yang baik,
karena di ekosistem itulah terdapat
kompetisi yang ketat, keterbatasan
jumlah sumberdaya, dan tekanan seleksi
alam yang sangat tinggi. Oleh karena itu,
hutan hujan tropis dianggap sebagai
sumber berbagai struktur molekul baru
dan senyawa-senyawa baru yang memiliki
aktivitas biologis. Bills dkk.
menggambarkan suatu perbedaan di
tingkat metabolisme antara mikroba
endofit dari daerah tropis dan daerah
beriklim sedang, dengan cara menghitung
data statistik dan membandingkan jumlah
produk alami beraktivitas biologis yang
diisolasi dari tumbuhan daerah tropis dan
tumbuhan yang hidup di daerah beriklim
sedang. Mereka tidak hanya menemukan
bahwa mikroba endofit tropis
menghasilkan lebih banyak produk alami
yang aktif, namun mereka juga
menemukan bahwa sangat banyak
mikroba endofit tropis yang menghasilkan
jauh lebih banyak metabolit sekunder
aktif dibandingkan dengan kapang-
kapang tropis yang bukan endofit. Data
tersebut menunjukkan pentingnya
peranan tumbuhan inang dalam
mempengaruhi metabolisme umum mikroba
endofit.
Tan dan Zou yakin bahwa alasan
mengapa sebagian mikroba endofit
menghasilkan beberapa senyawa fitokimia
tertentu yang tadinya dihasilkan oleh
tumbuhan inangnya mungkin terkait
dengan adanya rekombinasi genetik oleh
mikroba endofit dengan inangnya
sepanjang waktu evolusinya. Konsep
tersebut dulu diusulkan sebagai
mekanisme untuk menjelaskan mengapa T.
andreanae dapat menghasilkan taxol.
Oleh karena itu, apabila mikroba endofit
dapat menghasilkan senyawa-senyawa
bioaktif yang langka dan penting seperti
tumbuhan inangnya, maka kebutuhan
untuk menumbuhkan tumbuhan yang masa
hidupnya panjang dan mungkin termasuk
langka akan berkurang dan
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
keanekaragaman hayati dunia juga
terlindungi. Selain itu, penggunaan
mikroba sebagai sumber suatu produk
akan memudahkan proses dan mengurangi
biaya produksi, sehingga pada akhirnya
menghasilkan produk dengan harga lebih
murah.
Semua aspek biologi dan keterkaitan
mikroba endofit dengan inangnya masing-
masing sangatlah menarik untuk diteliti.
Oleh karena itu, tersedianya lebih banyak
informasi mengenai latar belakang jenis
tumbuhan tertentu dan karakteristik
biologis mikroorganisme yang hidup di
dalamnya akan sangat membantu dalam
mengarahkan pencarian berbagai produk
yang memiliki aktivitas biologis. Pada
saat ini, tidak ada yang yakin akan
peranan mikroba endofit di alam dan
hubungannya dengan tumbuhan inang
mereka. Sementara beberapa jenis
kapang endofit dapat ditemukan di mana-
mana (misalnya Fusarium, Pestalotiopsis,
Xylaria ), tidak ada seorangpun yang
dapat secara pasti mengatakan bahwa
mikroba endofit bersifat spesifik dengan
inangnya atau merupakan bagian sistemik
dari tumbuhan. Hubungan antara
mikroba emdofit dan inangnya hanya
dapat diasumsikan sebagai kebetulan
semata. Seringkali, banyak mikroba
endofit dari spesies yang sama diisolasi
dari jenis tumbuhan yang sama, dan
hanya satu dari semua endofit tersebut
yang akan menghasilkan senyawa dengan
aktivitas biologis dalam kultur. Masih
belum diketahui dengan pasti hubungan
antara apa yang dihasilkan mikroba
endofit dalam kultur dan di alam. Memang
tampak jelas bahwa produksi senyawa
bioaktif tertentu oleh mikroba endofit
secara in situ mungkin memfasilitasi
dominansinya dalam jaringan tumbuhan
atau bahkan melindingi tumbuhan
tersebut dari serangan patogen. Selain
itu, tidak banyak informasi yang tersedia
mengenai karakteristik biokimia dan
fisiologi dari interaksi mikroba endofit
dengan tumbuhan inangnya. Tampaknya
ada banyak faktor yang berubah dalam
tumbuhan inang terkait dengan
perubahan musim, dan faktor-faktor lain
seperti masa hidup, lingkungan, dan
lokasi, dapat juga mempengaruhi
karakteristik biologi mikroba endofit.
Memang saat ini dibutuhkan penelitian
lebih lanjut di tingkat molekular untuk
mempelajari interaksi dan ekologi
mikroba endofit. Semua interaksi
tersebut mungkin dimediasi secara
kimiawi di alam untuk beberapa tujuan
tertentu. Dengan menyadari
karakteristik ekologi dari endofit dan
juga mengenai peranannya di alam akan
memberikan banyak petunjuk dalam
menentukan mikroba endofit tertentu
sebagai target dengan potensi terbesar
untuk bioprospecting.
*Anggia Prasetyo Putri, S.Si dan Ines
Atmosukarto, Ph.D adalah staf peneliti di
Pusat Penelitian Bioteknologi - LIPI,
Cibinong.
15
Metagenomik
Lebih dari sekedar pencarian biokatalis
dan antibiotika baru
Penulis: Wien Kusharyoto*
S
elama lebih dari tiga setengah
milyar tahun evolusi telah
menciptakan keanekaragaman
mikroorganisme yang luar biasa.
Mikroorganisme dapat hidup di mana-
mana: di tanah, di air, di udara, di dalam
usus kita, bahkan di sumber-sumber air
panas, dan di samping itu, mereka
memiliki keanekaragaman fisiologis,
metabolik dan genetik yang sangat
tinggi. Beberapa dari mikroorganisme
tersebut dapat menyebabkan kita sakit,
yang lainnya membantu kita dalam proses
pencernaan atau dapat memproduksi
antibiotika serta enzim-enzim yang
bermanfaat. Jumlah keseluruhan dari
berbagai jenis bakteri di bumi
diperkirakan mencapai lebih dari 10 juta.
Adalah konsep umum yang salah
bahwa mikroorganisme yang diisolasi dari
lingkungan sebagai kultur tunggal murni
merupakan spesies-spesies yang dominan
baik dari jumlahnya ataupun fungsinya di
lingkungan tersebut. Kenyataannya
adalah bahwa mikroorganisme yang
diisolasi dengan menggunakan metode
kultur standard jarang yang merupakan
spesies yang dari segi jumlahnya dominan
di komunitas tempat asal mereka
diisolasi. Sebaliknya, mereka dapat
diisolasi karena kemampuan mereka
untuk dapat tumbuh secara cepat
sebagai koloni-koloni pada medium
pertumbuhan yang biasanya disiapkan
dengan kandungan nutrisi yang tinggi,
pada kondisi aerobik, serta pada suhu
yang moderat. Jumlah mikroorganisme
yang dengan mudah berhasil dikultur
dengan menggunakan metode kultur
standard diperkirakan lebih kecil dari 1%
dari keseluruhan spesies mikroorganisme
yang ada. Jumlah ini ditentukan
berdasarkan perbandingan dari jumlah
mikroba yang dapat tumbuh pada medium
agar dengan jumlah mikroba dari suatu
sampel lingkungan yang dapat dihitung di
bawah mikroskop, atau lebih dikenal
dengan istilah “great-plate-count
anomaly”. Dengan demikian sebagian
besar dari mikroorganisme yang hidup di
bumi masih belum dikenal atau bahkan
dimanfaatkan.
Kenyataan bahwa sebagian besar
mikroorganisme dari lingkungan tidak
dapat dikultur serta belum
termanfaatkan telah merangsang
pengembangan metagenomik.
Metagenomik adalah analisis genom dari
mikroorganisme tanpa bergantung pada
pengulturan mikroorganisme tersebut.
Istilah tersebut berasal dari konsep
statistik dari meta-analisis (proses yang
secara statistik mengkombinasikan
16 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
metode-metode analisis yang terpisah) pemecahan sel secara mekanis. Metode
serta dari genomik (analisis menyeluruh ini memungkinkan perolehan DNA dalam
dari materi genetika suatu organisme). jumlah yang tinggi, serta kecilnya
Metagenomik dikembangkan berdasarkan kemungkinan akan adanya bias oleh
perkembangan terkini dalam studi genom ekstraksi karena kegagalan dalam
mikroorganisme, serta dalam amplifikasi mengekstraksi DNA dari mikroba dengan
dengan PCR (polymerase chain reaction) dinding sel yang keras. Namun efisiensi
dan kloning dari gen-gen yang memiliki dalam ekstrasi tersebut diringi pula oleh
kesamaan sekuen, seperti pada sub-unit ukuran fragmen DNA yang cenderung
kecil dari RNA ribosomal (ribosomal RNA), kecil (1 kb sampai 50 kb) yang disebabkan
yaitu 16S rRNA pada prokaryota (bakteri oleh pemangkasan mekanis. Fragmen DNA
dan archaebakteri), dan 18S rRNA pada dengan ukuran tersebut terutama sesuai
eukaryota. Metode ini diperkenalkan untuk kloning ke dalam vektor plasmid
pertama kali oleh Norman Pace dan atau vektor lambda yang membawa
koleganya untuk mengidentifikasi promotor yang kuat untuk memungkinkan
mikroba yang tidak dapat dikultur dan ekspresi gen dari fragmen DNA yang
untuk memetakan hubungan kekerabatan diklonkan.
di antara mereka. Saat ini metode
tersebut telah diadaptasikan untuk Pada metode kedua mikroba
menganalisis keanekaragaman hayati dipisahkan terlebih dahulu dari sampel
mikroba, terutama bakteri dan tanah sebelum dilakukan penguraian sel
archaebakteri dari berbagai lingkungan. (ex situ). Cara ini dapat membatasi
interferensi dari zat-zat penghambat dan
Pembentukan pustaka metagenom komponen anorganik dengan prosedur
penguraian sel dan ekstraksi DNA, serta
Pendekatan metagenomik mengurangi tekanan mekanis terhadap
mencakup antara lain ekstrasi DNA genom DNA genom yang terlepas dari sel.
secara langsung dari sampel lingkungan, Keuntungannya adalah bahwa fragmen
sehingga dengan demikian proses DNA yang diperoleh dapat berukuran
pengulturan dapat dihindari. DNA dari besar (sampai 500 kb) serta berpotensi
sampel lingkungan tersebut kemudian membawa keseluruhan kelompok gen
disisipkan (diklon) ke dalam vektor yang (gene-cluster) dari suatu
sesuai untuk membentuk pustaka DNA mikroorganisme. Fragmen DNA dengan
(pustaka metagenom). Keberhasilan dalam ukuran sebesar itu terutama disiapkan
pendekatan metagenomik sangat untuk kloning ke dalam vektor cosmid
bergantung pada kemurnian
dari DNA yang diekstraksi
langsung dari sampel
lingkungan, terutama bila DNA
tersebut diambil dari sampel
tanah. Keberadaan senyawa
polifenol (yang terutama
berasal dari degradasi lignin)
yang ikut terekstraksi dari
sampel tanah dapat
mengganggu proses
selanjutnya, misalnya pada
saat PCR. Beberapa protokol
untuk mengisolasi DNA dari
sampel tanah telah
dikembangkan. Pada dasarnya
mereka dapat dikategorikan
menjadi dua metode standard.
Pada metode pertama mikroba
diurai selnya (cell lysis ) ketika
masih bersama sampel tanah
(in situ). Dalam hal ini sampel
tanah disuspensikan langsung
dengan larutan penyangga
untuk penguraian (lysis
buffer) dan dilanjutkan oleh
perlakuan dengan detergen
dan enzim. Isolasi DNA dengan
metode ini biasanya
melibatkan pula proses
atau BAC (Bacterial Artificial Chromo-
some). Kelemahan metode ini adalah
kemungkinan hilangnya mikroorganisme
karena kegagalan dalam proses
pemisahan mereka dari sampel tanah,
serta kemungkinan bahwa
mikroorganisme dengan dinding sel yang
keras terlewatkan pada proses
penguraian sel. Hal tersebut berakibat
pada rendahnya jumlah DNA yang
diperoleh. Vektor yang membawa fragmen
DNA yang diperoleh melalui kedua cara
tersebut kemudian ditransformasikan
(dimasukkan) ke dalam sel inang, seperti
misalnya bakteri Escherichia coli yang
selama ini paling sering digunakan.
Analisis dari pustaka metagenom
Pustaka metagenom yang
diperoleh, baik yang berupa pustaka
dengan sisipan DNA (insert) berukuran
kecil (small insert libraries, SIL) dalam
vektor plasmid atau lambda, maupun yang
berupa pustaka dengan sisipan DNA
berukuran besar (large insert libraries,
LIL) dalam vektor cosmid atau BAC,
kemudian dianalisis untuk memperoleh
biokatalis atau antibiotika baru, maupun
informasi genetika dari komunitas
mikroorganisme di lingkungan tertentu.
Terdapat dua metode analisis yang selama
ini digunakan: analisis yang berdasarkan
pada aktivitas (activity-based analysis )
dan analisis berdasarkan pada sekuen
(sequence-based analysis ). Analisis yang
Enzim-enzim lain
yang diperoleh
dari analisis yang
berbasis pada
aktivitas antara
lain adalah
amidase,
chitinase, lipase,
oxygenase dan
protease. Analisis
yang berdasarkan
pada aktivitas
juga telah
menghasilkan
beberapa
senyawa bioaktif
baru dari pustaka
metagenom. Salah
satu contoh yang menarik adalah isolasi gen-gen yang menyandi poliketide
antibiotika Turbomycin A dan B oleh
synthase (PKS) dan peptide synthase
Gillespie dan koleganya. Senyawa bioaktif yang berperan dalam sintesis beragam
lainnya yang telah diperoleh antara lain
antibiotika oleh mikroorganisme. PKS
adalah Indirubin dan Violacein. Karena merupakan suatu modul dari beberapa
kelompok gen biosintetik yang menyandi
enzim dengan domain berulang yang
pembentukan senyawa bioaktif atau mengandung bagian-bagian (regions )
metabolit sekunder rata-rata berukuran yang berlainan, yang dapat menciptakan
besar (30 kb sampai 100 kb),
variasi dalam struktur kimia dari produk-
pemanfaatan pustaka metagenom dengan produk enzimatik yang dihasilkan.
insert berukuran besar atau LIL akan
Penggabungan domain-domain PKS dari
menguntungkan dalam penemuan obat- berbagai sumber dapat menghasilkan
obatan baru. Di samping itu, beragam antibiotika baru, sehingga hal
pemanfaataan bakteri yang lebih sesuai
itu merangsang minat untuk menemukan
sebagai sel inang
untuk ekspresi gen-
gen penyandi
tersebut, seperti
Biokatalis (enzim) dan antibiotika yang diperoleh dengan metagenomik

berbasis pada aktivitas digunakan untuk misalnya bakteri Target Jenis Vektor Metode analisis/skrining
memperoleh gen-gen atau kelompok gen
Streptomyces Alkohol oxidoreduktase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas
baru yang menyandi biokatalis atau lividans, akan lebih
bahan aktif (antibiotika) yang memiliki mendorong
Amidase Enzim Cosmid Berbasis sekuen

potensi aplikasi yang besar bagi industri, pembentukan Amilase Enzim BAC, Cosmid Berbasis sekuen/aktivitas
kedokteran maupun pertanian. metabolit sekunder Chitinase Enzim Lambda Berbasis aktivitas
Identifikasi dari aktivitas yang
baru.
diharapkan tergantung pada keberhasilan Analisis yang
Indirubin Antibiotika BAC Berbasis aktivitas

proses transkripsi dan translasi dari gen berdasarkan pada Lipase/esterase Enzim BAC, Plasmid Berbasis aktivitas
penyandi protein di dalam sel inang yang sekuen mengandalkan Oxygenase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas
digunakan. Di samping itu, ia juga pada sekuen-sekuen
tergantung pada ketersediaan dari Poliketide synthase Enzim Cosmid Berbasis sekuen
DNA yang sama pada
metode pengujan (assay) terhadap berbagai Protease Enzim Cosmid, Plasmid Berbasis aktivitas
aktivitas yang diinginkan. Beberapa mikroorganisme yang
enzim baru berhasil diperoleh dengan telah ada saat ini
Turbomycin A dan B Antibiotika BAC Berbasis aktivitas

metode analisis tersebut. Penggabungan
dari pendekatan metagenomik berbasis
aktivitas dan evolusi protein yang
terarah (directed evolution) yang
dilakukan oleh Diversa Corp., sebuah
perusahaan di San Diego, California yang
aktivitasnya berbasis pada metagenomik,
telah menghasilkan enzim á-amilase yang
memiliki aktivitas yang tinggi pada pH di
bawah 4,5 dan suhu di atas 105°C. Enzim
tersebut digunakan dalam proses
pencairan tepung (starch liquifaction)
dan pemanfaatannya pada industri
terkait dapat mengurangi biaya dan
waktu produksi, serta mengurangi limbah
produksi. Sebuah perusahaan serupa
B·R·A·I·N AG dari Zwingenberg, Jerman
berhasil menemukan enzim esterase yang
mampu mengubah menthylasetat menjadi
menthol dengan selektivitas terhadap
substrat dan enantioselektivitas yang
lebih tinggi bila dibandingkan dengan
enzim yang digunakan sebelumnya.
untuk mendisain Violacein Antibiotika Cosmid Berbasis aktivitas
pelacak (probe)
untuk hibridisasi
atau primer untuk
PCR dalam melakukan proses skrining dari gen-gen PKS baru. Gen-gen penyandi
pustaka metagenom. Keuntungan dari
biokatalis juga ditemukan dengan analisis
metode ini adalah bahwa ia tidak berbasis sekuen, antara lain gen-gen
bergantung pada ekspresi dari gen yang
penyandi amilase dan amidase.
diklon di dalam sel-sel inang heterolog
(yang berbeda dengan sel-sel yang
Metagenomik tidak hanya digunakan
merupakan sumber dari gen tersebut).
dalam penelitian terapan untuk pencarian
Analisis berdasarkan sekuen terutama
digunakan untuk memperoleh klon-klon terhadap biokatalis baru atau senyawa
yang mengandung gen dari RNA ribosomal aktif baru sebagai bahan obat-obatan,
melainkan juga dapat dimanfaatkan dalam
atau gene-gen penanda lainnya dalam
memperoleh pemahaman tentang habitat
survei tentang hubungan kekerabatan
dan peran ekologis dari mikroorganisme
dari mikroorganisme di suatu lingkungan.
Gen-gen penyandi biokatalis maupun di suatu lingkungan tertentu. Salah satu
senyawa aktif baru yang berpotensi contoh yang mengesankan dari
pemanfaatan metagenomik dalam kaitan
dalam aplikasi industri dapat pula
ini adalah penemuan proteorhodopsin dari
ditemukan dengan pendekatan ini. Salah
bakteriplankton yang sebelumnya tidak
satu contohnya adalah perolehan dari
bisa dikultur dan yang kemudian

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 17

digolongkan dalam gamma-
proteobakteria. Proteorhodopsin adalah
protein yang terkait dengan proses
fototrofi (phototrophy) dan dari
hubungan kekerabatannya serupa dengan
bakteriorhodopsin yang merupakan
pompa proton yang dikendalikan oleh
cahaya (light-driven proton- pump).
Penemuan proteorhodopsin pada
bakteriplankton menunjukkan bahwa
fototrofi juga merupakan proses global di
lautan.
Alasan utama dari keterbatasan
pengetahuan kita tentang ekologi dari
bakteri pathogen terletak pada
ketidakhandalan pendeteksian dengan
metode-metode konvensional yang
berbasis pada pengulturan. Hampir semua
sistem monitoring yang selama ini
digunakan di sektor kesehatan publik
berdasarkan pada metode-metode
konvensional. Di lain pihak, sebagian
besar bakteri pathogen yang terdapat di
lingkungan berada dalam kondisi hidup
dan dapat menimbulkan penyakit, namun
tidak dapat dikultur dan diisolasi dengan
metode konvensional. Dalam satu dekade BioSS menawarkan wahana untuk
terakhir, analisis secara langsung dari menjembatani kegiatan sekolah dengan
DNA yang diekstraksi dari sampel
lingkungan dan pendeteksian bakteri kegiatan di Pusat Penelitian Bioteknologi
dengan metode molekuler dapat LIPI. Peserta didikan mendapatkan
mengatasi keterbatasan tersebut. gambaran komprehensif tentang topik
Pendekatan metagenomik dan kemajuan
dalam teknologi DNA-chip akan membawa yang berhubungan dengan dunia
metode pendeteksian berbasis DNA ini bioteknologi.
satu langkah lebih maju dalam penaksiran
tingkat aktivitas dan virulensi bakteri di
lingkungan.
Tujuan kegiatan:
Penutup

Metagenomik merupakan teknologi yang - Meningkatkan pemahaman konsep-

masih baru serta memiliki potensi aplikasi Konsep bioteknologi
yang besar dalam bidang industri,
kedokteran atau pertanian, serta dalam
pemahaman tentang habitat dan peran - Meningkatkan kompetensi dalam
ekologis dari mikroorganisme. Berbagai bidang ilmu hayati
perkembangan dalam ekspresi gen di
dalam sel-sel inang heterolog, konstruksi
pustaka metagenom, disain vektor dan - Menumbuhkan ketertarikan pada
proses analisis/skrining membuktikan
bahwa teknologi ini mampu memberikan
dunia penelitian
jawaban terhadap berbagai
permasalahan, termasuk di antaranya - Memberikan kesempatan kepada
dalam penemuan biokatalis dan senyawa
bioaktif baru. Di masa mendatang siswa tingkat SMU untuk
metagenomik diharapkan dapat lebih merasakan suasana penelitian
berperan dalam menjawab berbagai
pertanyaan yang terkait dengan ekologi
dari mikroorganisme dan penemuan
aplikasi bioteknologi baru yang Untuk keterangan lebih lanjut hubungi
bermanfaat.
Sigit Purwantomo
Tlp: (021) 875 8547
*Dr. Wien Kusharyoto adalah staf peneliti Fax: (021) 875 4588
di Pusat Penelitian Bioteknologi - LIPI,
Cibinong.

18 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

 “ F u n c t i o n a l G e n o m i c s”
un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i ge n
da l a m sk a l a gl o b a l
Penulis: Satya Nugroho*
G
en adalah untaian DNA yang
mengkodekan pembentukan suatu
protein, seperti enzim, yang
mempunyai peran penting tertentu. DNA
dikemas dalam kromosom dan total
informasi genetika yang tersimpan dalam
seluruh kromosom di suatu organisma
merupakan komponen dari genom
organisme tersebut. DNA dari
suatu sel mengandung semua
gen yang diperlukan oleh sel
atau organisma tersebut.
Akan tetapi dari keseluruhan
gen pada suatu organisme,
tidak kesemuanya
diekspresikan pada saat
bersamaan. Lalu bagaimana
sel memutuskan kapan
membutuhkan ekspresi gen
tertentu dari genomnya?
Protein atau enzim akan
diproduksi di dalam sel
terutama pada saat sel
membutuhkan. Pada
dasarnya ada dua macam gen;
regulatory gen (gen regula-
tor) dan structural gene (gen
struktur). Protein tertentu
yang lebih dikenal sebagai
regulatory protein berperan
sebagai pengontrol ekspresi gen sehingga
hanya protein tertentu saja yang
diproduksi. Regulatory protein akan
menempel pada seutas DNA (regulatory
region) yang biasanya terletak di depan
gen tertentu berdekatan dengan pro-
moter gen tersebut. Menempelnya protein
regulator akan mendorong atau
menghambat ekspresi gen tersebut.
Regulatory protein sendiri akan aktif
(diekspresikan) setelah mendapatkan
rangsangan/stimulus tertentu, misalnya
cekaman/stress.
Upaya untuk mengerti fungsi-fungsi
dari gen-gen dan juga komponen-
kompenen lain seperti regulatory region
dari suatu genom diistilahkan sebagai
Functional Genomics. Sehingga tujuan
dari ‘ilmu’ Functional Genomics adalah
untuk memetakan fungsi semua gen dari
organisme ke dalam suatu functional
framework mulai dari lingkup kecil seperti
memastikan protein apa yang dikodekan
oleh suatu gen sampai pada pemahaman
tentang peranan protein tersebut dalam
keseluruhan fungsi sel maupun organisma.
Oleh karena itu dalam functional genomics
fungsi suatu gen dipelajari baik sebagai
individu gen maupun sebagai bagian dari
system yang menyeluruh di dalam sel
maupun secara kesatuan sebagai bagian
dari suatu organisme.
Gambar 1. Keragaman genetika seperti pada
jagung perlu dieksplorasi antara lain melalui
pendekatan functional genomics untuk
dimanfaatkan bagi pengembangan
bioteknologi. (CIMMYT)
Mamalia diperkirakan memiliki
sekitar 50,000 gen didalam genomnya.
Akan tetapi dalam satu sel tidak seluruh
gen-gen tersebut diekspresikan
bersamaan. Menurut perkiraan biasanya
di satu sel pada saat tertentu ada sekitar
12-15.000 gen yang ekspresikan. Jadi
perbedaan fungsi antara tipe sel (cell-
type) satu dengan yang lainnya adalah
pada perbedaan gen yang diekspresikan,
baik pada setiap tahap perkembangan sel.
Pada akhirnya setiap aktivitas sel pada
setiap proses biologi, baik pada saat
pembelahan sel, pembentukan embryo,
berpikir, melakukan respons terhadap
stimulus dan lain sebagainya, tergantung
kepada aktivitas dari gen-gen tertentu
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
pada genom. Adanya varietas-varietas
tertentu dalam suatu spesies yang memiliki
sifat (fenotip) tertentu yang tidak dimiliki
varietas lain dalam satu spesies, juga
dapat di sebabkan karena adanya
perbedaan ekspresi gen. Ekspresi gen di
genom yang selektif ini tidak hanya
berlaku untuk organisma tingkat tinggi
seperti pada mamalia yang
memiliki sekitar 50,000 gen
akan tetapi juga terdapat
pada organisme prokaryot
yang memiliki jumlah gen jauh
lebih sedikit (sekitar 2.000
gen). Dengan memakai
pendekatan secara global,
functional genomics dapat
memberikan penjelasan atas
mekanisme proses-proses
biologi dari suatu organisma
yang dipelajari dikaitkan
dengan fungsi gen atau gen-
gen, dan komponen genetika
lainnya pada genom.
Teknik-teknik untuk
functional genomics
Functional genomics
mengandalkan beberapa
pendekatan-pendekatan teknik utama
seperti; expression profiling, untuk
melihat pola dan tingkat expresi gen baik
pada level transkrip mRNA maupun pada
protein; reverse genetics dengan membuat
mutasi pada gen-gen yang dijadikan
sasaran; forward genetics dengan
membuat mutasi secara acak pada genom
organisma sasaran yang dilanjutkan
dengan pemilihan mutan dengan fenotip
menarik; dan bioinformatics untuk
menganalisa data yang diperoleh dari
semua pendekatan yang dilakukan diatas
untuk mendapatkan data semaksimal
mungkin. Kombinasi dari teknik-teknik
diatas akan sangat bermanfaat untuk
mengetahui dasar-dasar molekuler atas
terjadinya proses-proses biologi pada
suatu organisme.
A. Expression profiling
Salah satu pendekatan fundamental
untuk memahami fungsi-fumgsi gen adalah
19
 dianalisa lebih Stanford (1995). Sampai saat ini teknik-
lanjut. Dengan teknik dengan memanfaatkan transkrip
cara ini gen mana dan dikombinasi dengan teknik PCR
saja yang seperti diatas telah dapat
transkripsi translasi
terekspresi secara mengidentifikasi banyak gen, fungsinya,
DNA mRNA Protein
unik hanya pada dan kemungkinan interaksinya dengan
organisme target gen-gen lain.
replikasi saja atau pada
organisme control Selain dengan memanfaatkan
saja akan dapat transkrip mRNA expression profiling juga
DNA dapat dilakukan dengan melihat protein
diidentifikasi.
yang diekspresikan. Untuk ‘membedakan’
Cara lain dengan teknologi yang memanfaatkan
yang juga transkrip mRNA pada tahun 1995 istilah
menggunakan proteomics mulai dimunculkan oleh
Gambar 2: The central dogma of molecular biology
transkrip mRNA Wassinger dan koleganya untuk
dengan mengidentifikasi dimana dan kapan untuk mengetahui menyatakan total protein komplemen dari
gen tersebut diekspresikan (spatial and fungsi gen secara global yang juga suatu genom (total protein complement of
temporal expressions ). Upaya untuk memanfaatkan teknologi PCR antara lain a genome). Meskipun ada pendapat untuk
melakukan identifikasi gen yang adalah dengan differential display yang memisahkan proteomics sebagai disiplin
diekspresikan pada jaringan atau cell- pertama kali disampaikan oleh Pardee dan ilmu pengetahuan baru, pada tahun 1999
type tertentu sudah dilakukan sejak Liang (1992) dan kemudian diperbarui istilah ini dianggap sebagai bagian integral
sekitar duapuluh tahun lalu. Akan tetapi pada tahun 1997, representational dari analisa ekspresi gen. Pada prinsipnya
baru pada beberapa tahun terakhir difference analysis of cDNA (cDNA RDA) proteomics memanfaatkan ekspresi
metoda untuk mengetahui perbedaan yang disampaikan oleh Lisitsyn dan protein untuk mengidentifikasi fungsi gen-
ekspresi gen (expression profiling) pada koleganya (1993), serial analysis of gene gen tertentu. Dalam proteomics teknik-
skala genom (global) mulai dikembangkan. expression (SAGE) yang pertama kali teknik kimia protein modern diaplikasikan
disampaikan oleh Velculescu (1995) yang antara lain 2-D gel electrophoresis, 2-D
Expression profiling dapat dilakukan
kemudian dikembangkan versi baru yang High-perforance liquid chromatography
dengan melakukan pengamatan terhadap
dinamai SAGE adaptation for downsized (2-D HPLC), electrospray ionization mass
transkrip messenger RNA (mRNa) yang
extracts (SADE), three prime end spectrometry (ESI MS), matrix-assisted
dihasilkan maupun pada taraf protein yang
amplification PCR (TEA PCR) yang laser desorption/ionization time-of-flight
diproduksi, pada waktu atau tempat
disampaikan oleh Dixon dan koleganya mass spectrometry (MALDI-TOF MS) dan
tertentu. Pada saat gen aktif maka DNA
(1998) dan cDNA microarrays yang kombinasi dari teknik-teknik tersebut.
dari gen tersebut akan mengalami proses
pertama kali dilaporkan oleh Brown di
trankripsi (transcription) untuk
menghasilkan mRNA yang kemudian akan
diterjemahkan (translation) menjadi
protein. Proses-proses ini, ditambah
dengan proses perbanyakan untaian DNa
melalui proses replikasi (replication),
dalam biologi molekuler dikenal sebagai the
central dogma of molecular biology.
Karena proses transkripsi dari gen-gen
berbeda-beda baik tingkat ekspresinya,
waktu ekspresinya maupun tempat
ekspresinya, maka dengan melihat faktor-
faktor tersebut maka fungsi gen dapat
diperkirakan. Cara melihat perbedaan
ekspresi suatu gen dapat diketahui dari
transkrip maupun protein yang
dihasilkannya, sehingga expression
profiling dilakukan dengan melihat mRNA
maupun protein.
Teknologi yang telah dikembangkan
untuk expression profiling yang sering
diterapkan diantaranya adalah dengan
mengkonstruksi dan kemudian melakukan
screening suatu substractive library.
Substractive library, pertama kali Gambar 3. Perbedan komposisi DNA Saccharomyces cerevisiae pada galur-galur yang
disampaikan oleh Davis dan timnya, biasa dipakai untuk penelitian laboratorium dapat ditampilkan dengan menggunakan
melibatkan pembuatan utas tunggal teknik DNA microarrayer. a. galur yang digunakan S288c, A364, W303 and SK1 (dari
(single-strand/ss) cDNA dari organisme kiri ke kanan) memiliki perbedaan morfologi koloni. B. Panel kiri menunjukkan hasil
target dan poly(A)+RNA dari driver tissues hibridisasi dengan probe DNA dari SK1 (dilabel hijau) dan dari S288c (dilabel merah).
untuk melakukan substractive hybridiza- Iimej yang diperoleh dianalisa, dan setelah ditumpuk akan kelihatan DNa yang
tion. (ss-cDNA adalah DNA utas tunggal terdapat pada SK1 dan S288c memberikan warna gabungan merah dan hijau (kuning).
hasil perbanyakan mRNA dengan Yang hanya di SK1 saja akan berwarna hijau sementara yang hanya di S288c akan
menggunakan enzim RNA polymerase). ss- berwarna merah. Panel kanan eksperimen yang mirip untuk membandingkan galur
cDNa yang tidak tersubstaksi (atau tidak X2180 dengan S288c. Probe-probe yang tidak terhibridisasi dengan kuat pada DNa
mempunyai komplemen) oleh poly(A)+RNA, dari SK1 dan X2180 akan memberikan warna merah. Cara ini dapat terapkan untuk
kemudian dipisahkan dan diklon menunjukkan perbedaan tingkat ekspresi gen-gen. (gambar diambil dari http://
menggunakan teknik pengganaan utas DNA www.nature.com/nrg/journal/v3/n9/full/nrg886_fs.html)
polymerase chain reaction (PCR) untuk

20 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

B. Mutagenesis (Reverse genetics dan
Forward genetics)

Pada dua strategi yang biasa

dilakukan untuk mempelajari fungsi suatu
gen secara langsung. Cara yang pertama
adalah dengan mengoverekspresikan
(over-expression) gen dan yang kedua
dengan merusak/menghilangkan (knock-
out/disruption) gen yang dipelajari.
Fungsi gen tersebut dapat diperkirakan
dengan melihat fenotip yang dihasilkan
oleh tanaman transgenik yang dihasilkan.
Untuk melakukan overekspresi, gen yang
akan dipelajari fungsinya sudah harus
tersedia sehingga gen tersebut dapat
segera diklon di plasmid ekspresi untuk
kemudian dioverekspresikan pada
organisma target (tanaman). Untuk
melakukan knock-out, gen yang
berpengaruh pada sifat tertentu yang
akan dipelajari tidak perlu tersedia. Tidak
seperti pada organisme lain, untuk
tanaman saat ini teknologi yang dapat
dipercaya (reliable) untuk melakukan
knock-out pada gen tertentu (targeted
knock-out) pada belum tersedia.
Sehingga untuk mempelajari fungsi dan
mengidentifikasi gen secara menyeluruh
(functional genomics) dapat dilakukan
dengan cara knock-out yang dilakukan
secara random. Pendekatan ini biasa
disebut sebagai reverse genetics; untuk
mutagenesis dengan sasaran gen/target
tertentu, atau forward genetics; untuk
mutasi secara random pada genom untuk
kemudian di lakukan screening terhadap
fenotip tertentu.
Knock-out secara random pada
genom tanaman dapat dilakukan dengan
insersi T-DNA pada genom melalui
transformasi Agrobacterium untuk
tanaman tertentu seperti model tanaman
Arabidopsis, tembakau atau padi dan
tanaman lainnya. Metoda ini cukup
handal, akan tetapi untuk mendapatkan
insersi yang banyak untuk mendapatkan
saturasi diperlukan proses transformasi
yang banyak. Sehingga untuk lebih
memaksimalkan upaya mempelajari gene-
gen tanaman dengan cara knock-out saat
ini telah dikembangkan satu cara yang
efektif untuk melakukan knock-out pada
padi yaitu dengan memanfaatkan insersi
transposon, baik yang berasal dari
tanaman itu sendiri (endogenous
retrotransposon, misalkan Tos17pada
padi) maupun yang berasal dari tanaman
lain seperti jagung (A c/Ds, Activator/
Dissociation). Transposon dan
retrotransposon pada dasarnya adalah
elemen genetik yang dapat
bertransposisi/berpindah tempat dari
satu posisi di genom ke posisi lainnya pada
generasi berikutnya secara acak. Proses
berpindahnya transposon dikarenakan
oleh beberapa faktor induksi, diantaranya
adalah dengan induksi stres maupun
dengan memanfaatkan protein
transposase yang dihasilkan oleh
transposon. Perbedaan antara
A
Gambar 4. a. Aplikasi gene/enhancer trap untuk mengidentifikasi fungsi gen dengan melihat
ekspresi dari reporter gene; pada system syaraf embryo tikus (kiri) dan pada tanaman
Arabidopsis (kanan) (diambil dari beberapa sumber). b. knock-out mutagenesis dengan
transposon Ac/Ds menghasilkan mutan yang tumbuh lebih lambat (tanda panah) dari
tanaman galur liarnya (Dari Dr. Narayana Uppadhyaya, CSIRO, Australia)
transposon dan retrotransposon terletak
pada cara mereka bertransposisi
(berpindah tempat). Dengan pendekatan
ini maka mutasi inseri secara acak akan
bisa diperoleh dengan lebih cepat. Contoh
aplikasi dari penggunaan A c/Ds mutagen-
esis yang sudah cukup maju adalah di
Arabidopsis dan padi.
Oleh karena tidak setiap knock-out
menghasilkan fenotip baru; dimana hal ini
bisa disebabkan oleh adanya gen-gen lain
yang mampu menggantikan fungsi gen
yang telah di-knock-out (fungsional
redundancy), maka selain berfungsi untuk
knock-out konstruksi vektor yang
digunakan mempunyai fungsi lain yaitu
sebagai gene/enhancer-trap yang dapat
berfungsi untuk menangkap sinyal
aktivitas promoter/enhancer element
yang berperan sebagai regulator ekspresi
suatu gen dengan menggunakan reporter
Gambar 5. Pertukaran informasi terjadi
antara site-site database penyedia
informasi bioinformatics. Database dan
alat-alat bioinformatics pada server dapat
dimanfaatkan oleh client. Demikian pula
client dapat memasukkan data-data baru ke
dalam database.
B
gene (gusA/gfp), atau activation-tag
yang mampu mengoverekspresikan gen-
gen yang ada disekitar daerah insersi dari
activation tag tersebut. Dengan gene/
enhancer-trap, meskipun gen organisme
target yang terganggu karena insersi
transposon tidak menyebabkan munculnya
fenotip baru, aktivitas dari promoter atau
enhancer (expression control element)
gen tersebut dapat diidentifikasi dengan
memperhatikan ekspresi reporter gene.
Dengan melihat pola atau spesifisitas
ekspresi dari reporter gene tersebut
maka fungsi dari gen yang ada di sekitar
daerah insersi tersebut akan dapat
diperkirakan. Sementara activation-tag
akan dapat meningkatkan tingkat
ekspresi gen yang terpengaruh, sehingga
pengaruh overekspresinya dapat
dipanytau dengan melihat perubahan
fenotipnya. Melalui cara mutasi insersi
ini, isolasi dan identifikasi fungsi gen-gen
pada genom dapat dilakukan. Identifikasi
gen-gen penting dan prediksi fungsi-fungsi
mereka secara genomik dengan mutagen-
esis menggunakan transposon ini
prosesnya semakin dipercepat dengan
telah diselesaikannya draft-draft urutan
DNA organisme target.
C. Bioinformatics
Bioinformatics adalah satu area ilmu
pengetahuan baru yang sedang tumbuh
dan berkembang, yang memakai
pendekatan perhitungan dengan
memanfaatkan komputer (computational
biology) untuk menjawab pertanyaan-
pertanyaan seputar ilmu biologi. Untuk
menjawab pertanyaan-ppertanyaan
tersebut dibutuhkan pengolahan data
yang sangat besar dan kompleks, yang
dimiliki oleh pribadi maupun umum, untuk
mendapatkan kesimpulan data biologi yang

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 21

 Dari Redaksi >>
valid atau dapat dipercaya. Potensi-
potensi yang ditawarkan bioinformatics
mampu merubah cara pandang ilmu
pengetahuan dasar dengan memberikan
pemecahan permasalahan dan pendekatan
desain experimen di laboratorium.
Bioinformatics menjadi semakin
penting dengan telah diselesaikannya
pengurutan basa genom organisme-
organisme penting seperti manusia, lalat
buah, Saccharomyces cereviseae, padi,
Arabidopsis dan sebagainya. Keberadaan
data-data tersebut secara otomatis akan
mendukung upaya untuk mempelajari
fungsi gen-gen secara genomics (global)
melalui pendekatan-pendekatan functional
genomics. Data-data yang didapat
semakin mudah diakses dengan adanya
jaringan internet yang semakin mudah
dijangkau.
Selain menyediakan database
seperti urutan DNA genom, urutan asam
amino berbagai organism, urutan basa DNA
atau cDNA yang diperoleh dari expression
profilling dan mutagenesis beserta
prediksi fungsi-fungsi mereka,
bioinformatics juga memberikan alat-alat
untuk menganalisa secara biologi
molekuler seperti kemampuan untuk
mencari urutan basa yang sama (similarity IKLAN ANDA
search), melakukan sequence allignment,
memprediksi catalytic domain protein SEHARUSNYA
untuk meramalkan fungsi gen yang
bertanggungjawab, memprediksi regula-
tory region dari suatu gen seperti
BISA
promoter dan lokasi-lokasi yang penting
untuk interaksi (binding domain) dengan TERPAMPANG
protein yang berperan untuk proses
transkripsi (transcription factors), dan DI SINI
sebagainya. Salah satu site bioinformatics
yang mempunyai fasilitas terlengkap dalam
memfasilitasi penelitian functional
genomics adalah adalah yang dibangun dan
dikelola oleh NCBI (National Center for
Biotechnology Information yang
merupakan bagian dari National Institute
of Health di Amerika Serikat
(www.ncbi.nlm.nih.gov). NCBI
berkolaborasi dengan organisasi-
organisasi lain seperti DNA Databank of
Japan (DDBJ) dan European Molecular
biology Laboratory (EMBL) database milik
European Bioinformatics Institute dalam
hal pertukaran informasi sehingga data-
data baru yang diperoleh secara terpisah
akan dapat dikumpulkan untuk
dimanfaatkan oleh publik semaksimal
mungkin.
*Dr. Satya Nugroho adalah staf peneliti di
Pusat Penelitian Bioteknologi - LIPI,
Cibinong.

untuk pemasangan
iklan hubungi
sekretariat BioTrends

22 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

Program freeware DNA analysis: ClustalW, BioEdit,
dan CLC Free Workbench
Penulis: Sigit Purwantomo*
P
ada organisme prokariotik dan
eukariotik, semua informasi yang
nantinya akan diwariskan
disimpan dalam bentuk materi DNA. DNA
tersebut terdiri dari empat jenis basa
nukleotida adenine, guanine, cytocine,
dan thymine. Selanjutnya, kombinasi
untuk setiap tiga basa nukleotida akan
mengkode asam nukleat. Walaupun ada
beberapa pengecualian yang membedakan
antara kode asam amino tertentu dari
prokariotik dan eukariotik, akan tetapi
secara umum asam nukleat yang
dikodekan oleh tiga basa pengkodenya
adalah sama.
Gene hunting ataupun gene discovery,
merupakan upaya untuk menemukan
“kembali” gen untuk dipelajari fungsinya.
Beberapa tekhnik dikembangkan antara
lain melalui inseri buatan untuk
menghasilkan mutan atau teknik
metagenomik untuk mandapatkan
sejumlah gen dari organisme yang tidak
dapat atau masih sulit ditumbuhkan pada
kondisi lab. Melalui analisis PCR dari
flanking sequence yang diketahui dan
dideskripsikan dengan sequencing,
sequence DNA yang menjadi interest
selanjutnya dapat diketahui. Analisis
fungsi suatu sequence DNA biasanya akan
Gambar 1. Tabel kode genetik. Kode
genetik adalah gabungan tiga basa
nukleotida untuk menyandikan satu jenis
asam amino. Walaupun kode ini bersifat
universal, pada kode-kode tertentu
mengkode asam amino yang berbeda pada
urutan basa yang sama (Tabel diambil dari
DNAMan).
melibatkan sejumlah delesi atau
substitusi basa yang menyusunnya.
Disamping itu dari sequence DNA kita
dapat melihat hubungan kekerabatan dari
suatu jenis relative dengan species
lainnya melalui sequence homology yang
dimiliki.
Saat ini beberapa organisme seperti
Escerichia coli K12, Arabidopsis thaliana,
dan Oryza sativa telah secara utuh
disekuens urutan DNA begitu juga dengan
species Homo sapiens. Urutan DNA dapat
diketahui karena kita dapat malakukan
pengurutan DNA melalui DNA sequencing.
Sequencing dengan tekhnik
dideoxynucleotide atau umum dikenal
dengan metode Sanger merupakan contoh
metode sequencing. Pada cara ini,
digunakan 2’,3’-dideoxynucleotide
triphosphates (ddNTP), yang berbeda
dari normal deoxynucleotide. Akibatnya,
molekul ini akan menghentikan elongasi
rantai DNA disebabkan ketidakmampuan
Gambar 3. Tampilan help pada BioEdit.
Bioedit menghadirkan tutorial untuk
menjalankan fungsi yang tersedia.
Gambar 2. Restiksi enzim map. (Diambil dari
CFC Free Workbench) Gambar 4. Tampilan help dari CLC free
workbench. Disamping fungsi help,
program ini menyediakan petunjuk tutorial
membentuk ikatan phosphodiester untuk menjalankannya.
dengan deoxynucleotide selanjutnya.
Kemampuan untuk mengakses DNA saat ini
juga tidak terbatas. Sequence DNA
tersedia pada genebank yang dapat
diakses free dari NCBI website. Website
ini juga memiliki link dengan web data-
base DNA lainnya. Beberapa pusat riset di
dunia telah melakukan upaya genome
sequencing yang datanya dapat diakses
secara bebas. Manipulasi dan analisis DNA
dapat dilakukan secara on line atau off
line internet.
Kegiatan untuk melakukan manipulasi
urutan DNA secara artifisial sangatlah
Gambar 5. Fungsi program analisis DNA.
Program ini diperlukan antara lain untuk
dimungkinkan. Enzime restriksi endonu-
melihat homologi dan posisi restriksi enzim
clease yang telah diisolasi dari berbagai
serta analisis lain seperti desain primer
organisme seperti EcoRI dari E.coli
mampu mengenali sisi sekuens DNA
(A). Di samping itu program analisis DNA
khusus, GAATTC yang sangat spesifik
diperlukan untuk mempermudah pencarian
conserved region untuk menemukan gen
untuk selanjutnya dipotong. Enzim T4
uang sama pada organisme lain (B).
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 23
DNA ligase menjadi enzim penting jika
akan dilakukan penempelan antara ujung
yang telah dipotong. Dalam organisasi
genom, beberapa sequence telah
diketahui fungsinya akan tetapi ada
beberapa bagian yang belum diketahui
fungsinya, seperti misalnya intron pada
organisasi genom eukariotik. Intron bisa
saja terletak di awal, tengah, atau akhir
dari coding sequence suatu gen
fungsional. Gen fungsional selalu terdiri
dari bentukan yang sifatnya modular.
Secara sederhana terdiri dari bagian
promoter, coding sequence, dan termina-
tor.
Beberapa software tersedia secara
komersial untuk analisis DNA tidak secara
online.Akan tetapi harga dari software
ini relatif mahal karena membutuhkan
licence untuk penggunaannya. Sejumlah
program untuk menganalisis sequence
DNA. DNAMan dan Vektor NTI adalah
contoh versi komersial analisis DNA. Akan
tetapi beberapa diantaranya dapat kita
download secara free. Dengan
menggunakan kata kunci “molecular
biology freeware”pada search engine
kita dapat menjumpai daftar software
tersebut, atau langsung dengan kata
kunci menggunakan nama software
tersebut. ClustalW, BioEdit, dan CLC Free
Workbench merupakan contoh dari
freeware yang dapat diakses dan
didownload via internet. ClustalW
merupakan versi Windows untuk program
klasik clustalX. Program ini dipakai untuk
alignment dari beberapa sequence. Untuk
melihat alignment dan beberapa aplikasi
24 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
analisis sequence dapat digunakan
BioEdit atau CLC. Kedua program
terakhir cukup kuat untuk menganalisis
sequence DNA, seperti map restriction
site, alignment, dan pembuatan phyloge-
netic tree. Akan tetapi ukurannya
relative sangat besar sehingga
membutuhkan waktu saat download dari
internet. Disarankan untuk menggunakan
program accelerator pada saat download.
Hal ini untuk mengurangi kemungkinan
terputusnya koneksi internet saat
download yang dapat berakibat rusaknya
program, terlebih jika speed koneksi
internet sangat rendah.
Software analisis DNA yang ada pada
dasarnya memiliki fungsi dasar yang
sama. Untuk memakainya memang
terdapat perbedaan pada tampilan yang
disajikan dan menu fungsi yang diberikan.
Kita dapat mempelajari fungsi yang ada
melalui fungsi help yang diberikan. Semua
program analisis yang tersedia umumnya
dilengkapi dengan tutorial atau Help yang
sangat user friendly. Software CFC
Workbench yang direlease 2005 memiliki
tampilan dan help yang sangat mudah
diikuti begitu juga BioEdit yang direlease
tahun 2004. BioEdit menawarkan
sejumlah aplikasi seperti DNA alignment,
posisi restriksi enzim ataupun
menggambar plasmid yang dapat
dipelajari dari help tutorial yang
tersedia. Kita dapat melihat suatu fungsi
dari pilihan help pada bagian index atau
kita dapat memilih dari content ataupun
find. Hal ini dijumpai juga pada tutorial
dan help pada CLC.
Untuk analisis sequence DNA dengan
menggunakan program-program tersebut
diperlukan pengetahuan dasar terkait
dengan sequence DNA, seperti alignment,
restriksi enzim, complementary, dan lain-
lain. Seperti misalnya bahwa, Sequence
DNA akan ditulis dari ujung 5 ke ujung 3
yang menunjuk pada posisi karbon pada
gula di basa nukleotida. Umumnya DNA
adalah double strand, kecuali pada
beberapa organisme seperti virus dapat
single strand, utas 5’- …..-3’ akan
memiliki utas komplementari 3’-……-5’.
Pada genome posisi strand DNA yang
berisi modul tertentu yang diinginkan,
misalnya promoter, intron, exon, ataupun
open reading frame, dapat “ungkir
balik”, oleh karena itu mungkin
diperlukan reverse complement. Reverse
complement akan membuat complement
dari utas 5’-…….-3’ (utas 1) yaitu utas 2,
akan tetapi utas 2 ditulis dengan 5’-……-
3’. Kegiatan alignment merupakan fungsi
untuk menyamakan posisi basa pada satu
sequence dengan sequence lainnya.
Fungsi ini diperlukan untuk melihat
kesamaan antar sequence dan daerah
conserved pada sequence tersebut. Baik
ClustalW, BioEdit, atau CLC memberikan
fungsi untuk alignment DNA dan pembutan
phylogenetic tree dari sequence yang
dialignment. Disamping itu, alignment
dapat dilakukan untuk presiksi protein
yang dihasilkan. Dua program terakhir
mampu untuk memberikan input tentang
posisi enzim restriksi yang ada pada
suatu sequence. Kita dapat pula mengedit
dalam arti menambah enzyme restriksi
untuk keperluan up date.
Dengan mempelajari help dan tutorial
yang ada, kita dapat secara step-by-step
menggunakan software-software aplikasi
tersebut. Tampaknya software yang
tersedia bebas tidak kalah dari komersial
software yang berharga cukup mahal.
Walaupun mungkin ada keterbatasan
yang ada dibanding sepupunya yang
komersial, software gratis yang tersedia
saat ini dapat diberdayakan untuk
menganalisis DNA yang kita punya dan
menggali potensi diversitas DNA yang kita
miliki.
* Sigit Purwantomo, M.Sc adalah staf di
Pusat Peneliti Bioteknologi - LIPI,
Cibinong.
 COMBINATORIAL CHEMISTRY:

PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY

UNTUK PENEMUAN OBAT

Penulis: Adi Santoso*

PENDAHULUAN dengan masing-masing memiliki 3 jenis.

Pada reaksi pertama terjadi reaksi
Combinatorial chemistry adalah
antara 3 jenis molekul A (A1, A2, dan A3)
teknologi yang masih tergolong baru yang STAGE 1 dengan 3 jenis molekul B (B1, B2, dan B3).
STAGE 2
dikembangkan oleh peneliti dari berbagai R’ Secara simultan beberapa reaksi dapat
disiplin ilmu pengetahuan, diantaranya H2NCHCOOR’
R’
R’’’NH2
R’
terjadi seperti yang tertera pada
berasal dari: farmasi, bioteknologi, kimia RCOCl RCONHCHCOOR’’ RCONHCHCONHR’’’
Gambar 1. Pada reaksi tersebut (antara A
organik, kimia inorganik, biokimia, dan
dan B) dihasilkan 9 jenis molekul. Dengan
mikrobiologi. Teknologi ini dikembangkan A1 -B1
A 1-B1- C1
A 1-B1-C2
mereaksikan 9 jenis molekul yang
dengan tujuan utama untuk mendapatkan
A1- B1-C3

A1- B2-C1 dihasilkan dari reaksi A dan B dengan

cara yang paling efisien dan efektif untuk A1 A1 -B2
A1-B 2-C3
A1- B2-C2

molekul C (C1, C2, dan C3) maka dengan

mendapatkan bahan obat baru (drug A1-B 3-C1
cepat 9 molekul tadi bertambah menjadi
discovery). Disamping teknik
A1-B3 A1- B2-C2

27 jenis molekul. Berdasarkan pada

A1-B 3-C3

combinatorial chemistry, teknologi lain A2 -B1-C1

konsep ini maka jumlah dan keragaman
yang saat ini banyak digunakan dalam A1-B1
A2-B 1-C3
A2-B 1-C2

jenis molekul (molecular diversity) dapat

drug discovery adalah dengan mengisolasi A2 -B2-C1
diproduksi dengan sangat cepat.
A2 A2-B 2-C2

sampel dari tanaman atau mikroba atau

A1-B2
A 2-B2-C3

sumber lain kemudian dianalisa satu A1-B3

A2-B 3-C1
A 2-B2- C2
Hal lain yang juga berperan dalam
persatu pengaruhnya terhadap efek A2-B 3-C3
combinatorial chemistry terletak pada
biologi yang diteliti. Selain kedua cara A1 -B1
A3-B 1-C1
A 3-B1- C2
posisi ikatan suatu molekul dengan
tersebut diatas, cara mendisain suatu A3- B1-C3
molekul lainnya. Dalam hal ini, konsep
obat yang telah berhasil dan banyak A3 A1-B2
A3-B 2-C1
A 3-B2-C2 dasar combinatorial chemistry dapat
dilakukan oleh para peneliti dari bidang A 3-B2- C3
A3- B3-C1
dibagi menjadi 2 macam, yaitu: pertama,
biokimia sejak dulu adalah dengan A1-B3
A 3-B3- C3
A3 -B2-C2
dengan cara membuat molekul yang
mempelajari secara detil biochemical mempunyai struktur seperti pada Gambar
pathways (siklus biokimia) dari suatu
molekul didalam tubuh mahluk hidup.
Secara teori, dengan mengetahui fungsi
spesifik suatu molekul dalam biochemical Gambar 1: Konsep dasar reaksi combinato- (a)

pathway maka molekul baru yang rial chemistry.

B C D
berfungsi sebagai obat dapat didisain dan besar (high-throughput screening) maka
A A-B A - B- C A -B - C-D
disintesa. teknologi combinatorial chemistry dapat
Pada artikel ini keunikan dan potensi digunakan sebagai basis yang sangat D

teknologi combinatorial chemistry kuat dalam drug discovery efforts. Dalam A -B -C

(b) D
dibahas dalam kaitannya dengan drug teknik ini diharapkan dengan
discovery. Sebagai teknologi yang relatif meningkatkan jumlah populasi keragaman A C D

baru teknologi combinatorial chemistry molekul maka kemungkinan untuk B A -B A -B - C A- B - C - D

banyak mendapat perhatian dari mendapatkan molekul yang diinginkan

D
kalangan peneliti terutama dari kalangan dengan sifat tertentu juga akan D-A -B - C

industri farmasi. Hal ini karena teknik
baru ini sangat berpotensi sekali
digunakan sebagai cara untuk mensintesa
senyawa kimia yang berfungsi sebagai
obat yang bahkan dialam kombinasi
molekul tersebut tidak didapatkan.
Keunikan teknologi combinatorial
chemistry terletak pada kemampuannya
dalam mensintesa molekul dengan
keragaman yang tidak terbatas. Dengan
keragaman yang sangat tinggi maka
diharapkan sebagian dari molekul yang
disintesa mempunyai fungsi biologi
seperti yang kita harapkan dan mampu
digunakan untuk melawan suatu jenis
penyakit tertentu. Teknik semacam ini
bila digabung dengan kemampuan skrining
yang tinggi dan dalam jumlah sampel yang
meningkat. Ditambah dengan kemajuan
sains dan teknologi yang begitu cepat
dalam bidang life sciences seperti
genomik, proteomik, dan kemampuan Gambar 1: Pola dasar sintesa molekul dalam
membuat hewan transgenik sesuai combinatorial chemistry.
dengan yang diinginkan, akan membuat
potensi combinatorial chemistry akan 2a. Pada cara ini penambahan molekul
lebih tinggi untuk mendapatkan molekul terjadi seperti rantai dimana
penambahan molekul hanya dari satu arah
baru sebagai bahan obat yang lebih
sesuai dengan kondisi tubuh kita. (tidak bercabang); kedua, penambahan
molekul (seperti yang terlihat pada
KONSEP DASAR COMBINATORIAL Gambar 2b) secara bercabang. Seperti
CHEMISTRY diketahui walaupun suatu molekul
mempunyai rumus molekul yang sama
Secara umum konsep dasar reaksi tetapi dengan mempunyai rumus bangun
combinatorial chemistry dapat
yang berbeda maka reaksi yang
diterangkan seperti pada Gambar 1. Pada
dihasilkan juga akan berbeda. Bisa
contoh Gambar 1 tersebut molekul yang
dibayangkan apabila ini digunakan
digunakan adalah molekul A, B, dan C

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 25

sebagai obat, maka setiap molekul yang memudahkan sekali dalam proses 2. Solution
disintesa akan mempunyai fungsi dan purifikasinya. Salah satu contoh
Masalah yang sangat mendasar pada
potensi yang berbeda. combinatorial chemistry yang
menggunakan solid support system teknik ini adalah kesulitan dalam
Kemampuan untuk mendapatkan adalah dengan menggunakan well grid purifikasi. Karena dalam teknik ini semua
informasi tentang jenis molekul yang array (misal: 96 well plates). Pada sistim reaksi terjadi dalam satu tempat
berpotensi sebagai obat dan sistim ini setiap reaksi dilakukan secara sehingga banyak sekali terdapat molekul-
database yang digunakan untuk molekul yang tidak kita inginkan.
terpisah sehingga apabila suatu molekul
menyimpan informasi yang dihasilkan ternyata positif mempunyai fungsi yang Konsekuensinya, dalam teknik ini
adalah sangat mendasar dalam sebagian besar usaha yang dilakukan
combinatorial terfokus pada tahap
chemistry. Karena purifikasi. Bila
sifat teknik ini adalah dibandingkan dengan
kombinasi teknik solid support
(combinatorial) maka system, keuntungan
dengan cepat jumlah teknik ini adalah
molekul yang di sintesa beayanya yang relatif
akan meningkat murah dan bisa
dengan sangat tajam. dilakukan dalam skala
Menghadapi hal yang besar.
semacam ini,
KESIMPULAN
manajemen pustaka
molekul menjadi sangat Keunggulan
esensial. Tukar combinatorial
menukar informasi dan chemistry terletak pada
pustaka molekul yang kemampuannya dalam
telah disintesa antara menciptakan
satu peneliti dengan keanekaragaman
peneliti lainnya akan molekul (molecular
sangat menentukan diversity). Kemampuan
kecepatan drug dalam memodifikasi
discovery. dengan cara
CARA MENDISAIN menambahkan beberapa
COMBINATORIAL gugus kimia pada
molekul tertentu
CHEMISTRY
dikehendaki maka molekul ini dapat membuat molekul baru
Hal yang juga sangat mendasar dalam langsung di identifikasi dan diproduksi yang disintesa diharapkan secara spesifik
combinatorial chemistry adalah dimana dalam skala besar. Walaupun teknik ini dapat mempunyai mekanisme seperti
pustaka molekul disintesa? Terdapat 2 sangat menguntungkan tetapi yang diharapkan dalam fungsinya sebagai
macam cara pembuatan pustaka membutuhkan biaya yang sangat tinggi obat.
combinatorial chemistry: pertama adalah karena melibatkan proses pembuatan
pustaka yang dibuat dalam solid support * Adi Santoso, Ph.D adalah staf peneliti
solid support dan meletakkan molekul Pusat Penelitian Bioteknologi - LIPI,
(sejenis bahan plastik). Pustaka semacam yang diteliti pada support yang Cibinong.
ini biasanya dikerjakan dengan digunakan.
menggunakan robotic system dimana
molekul yang digunakan diletakkan pada
solid support. Pustaka yang dibuat
dengan cara ini mudah untuk dipurifikasi
karena masing-masing molekul yang Gambar 3. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solid support .
terdapat dalam pustaka tersebut
diletakkan secara terpisah pada support A1-B1-C1 A1 -B2-C1 A1-B3-C1 A2-B1-C1 A2-B 2-C 1 A2-B3-C1 A3 -B 1-C1 A3-B2-C1 A3-B3-C1
yang digunakan; kedua, adalah pustaka A1-B1-C2 A1 -B2-C2 A1-B3-C2 A2-B1-C2 A2-B 2-C 2 A2-B3-C2 A3 -B 1-C2 A3-B2-C2 A3-B3-C2
yang dibuat dalam bentuk cairan A1-B1-C3 A1 -B2-C3 A1-B3-C3 A2-B1-C3 A2-B 2-C 3 A2-B3-C3 A3 -B 1-C3 A3-B2-C3 A3-B3-C3

(solution). Pustaka yang berbentuk

cairan biasanya merupakan pustaka
mixture dimana semua molekul dalam
pustaka bersatu dalam cairan.
UJI BIOLOGIS
Pemilihan cara pembuatan pustaka
molekul, solid support system atau
solution, akan sangat dipengaruhi oleh
biaya dan teknologi purifikasi yang akan
digunakan. Berikut dibawah ini dijelaskan
keuntungan dan kerugian kedua sistim
tersebut:
1. Solid support system
Metode solid support pertama kali Gambar 4. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solution.
digunakan oleh perusahaan Merrifields
A1 + B1, B2, B3 + C1, C2, C3 -----> Campuran 1 mengandung senyawa A1, B1, 2, 3, dan C1, 2, 3. -----> Uji biologi s
dari USA. Hal yang sangat menguntungkan
dengan menggunakan teknik solid support A2 + B1, B2, B3 + C1, C2, C3 -----> Campuran 2 mengandung senyawa A2, B1, 2, 3, dan C1, 2, 3. -----> Uji Biologis
adalah tahap purifikasinya. Karena
masing-masing reaksi dilakukan secara A3 + B1, B2, B3 + C1, C2, C3 -----> Campuran 3 mengandung senyawa A3, B1, 2, 3, dan C1, 2, 3. -----> Uji Biologis
terpisah diatas suatu platform maka
proses purifikasi akan sangat

26 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

 Biokatalis, Enzim dan Biotransformasi
Penulis: Theresia Umi Harwati & Bambang Sunarko*
Kenapa biokatalis penting?
Biokatalisis, suatu reaksi kimiawi
yang menggunakan katalis biologis
(biokatalis), merupakan metoda yang
tidak asing dalam proses sintesis kimia
organik di ranah akademis maupun dalam
tataran industri. Sampai saat ini, metoda
tersebut banyak berperan dalam industri
kimia dan farmasi, industri pangan dan
pakan, serta dalam pengelolaan limbah
dan remediasi lingkungan. Sehingga,
tidaklah mengherankan, bila biokatalisis
dianggap sebagai komponen penting dan
bagian yang tak terpisahkan dari industri
life-science. Di masa depan, peranan
biokatalisis juga akan semakin penting
dalam industri kimia modern. Metode ini
akan menjadi proses inti untuk
memproduksi senyawa yang sulit atau
tidak dapat dilakukan dengan teknik-
teknik kimia konvensional, seperti dalam
sintesa senyawa-senyawa yang bersifat
regio-, enansio- dan stereoselektif.
Seperti kita ketahui, kebanyakan
farmaseutika adalah molekul-molekul
khiral. Inilah salah satu alasan mengapa
saat ini industri mulai melirik biokatalisis
dan memanfaatkan biokatalis secara
ekstensif untuk memproduksi precursor
dan ingradien penting untuk produksi
farmaseutika. Dan tampaknya, lambat
laun biokatalisis mulai menggeser dan
menjadi pesaing utama metode sintetik
konvensional, yang selama ini digunakan
sebagai sarana untuk memproduksi
molekul-molekul khiral sebagai bahan baku
industri farmasi. Semakin pentingnya
peran biokatalisis, dan juga biokatalis,
dalam industri, dapat dibuktikan dengan
kenyataan bahwa saat ini pasar
biokatalis (enzim saja) dalam bisnis global
mencapai 1 milyar dolar Amerika.
Biokatalis, yang berupa enzim, sel
mikroba (hidup atau mati), yang terikat
dalam matriks atau bebas, secara
tradisional telah digunakan untuk
mengkonversi bahan baku yang berasal
dari bahan organik atau bahan baku yang
terbarukan. Namun, pemanfaatannya
terus meluas, sehingga digunakan juga
untuk mengolah material yang berasal
dari bahan bakar fosil. Pemanfaatannya
juga begitu beragam, dari
biotransformasi senyawa khiral secara
enzimatis untuk produksi obat sampai
desulfurisasi bahan bakar diesel
menggunakan mikroba. Dalam skala
industri, misalnya, biokatalis telah
digunakan untuk produksi fruktosa,
aspartame, penisilin semi sintetik dan
obat kanker.
Selain itu, biokatalisis dianggap
sebagai representasi dari suatu strategi
yang menjanjikan dalam menopang
konsep “ green chemistry”. Seperti kita
ketahui, isu-isu lingkungan merupakan hal
yang penting bagi industri. Pemikiran
untuk menekan polusi telah meningkatkan
ketertarikan mereka terhadap produk
dan proses kimia, yang ramah lingkungan,
dapat menekan jumlah limbah dan
konsumsi energi, serta yang memihak
pada penggunaan sumber daya
terbarukan daripada bahan baku berbasis
petroleum. Dan tampaknya biokatalisis,
secara ideal dapat memenuhi tuntutan
itu.
Enzim sebagai biokatalis
Sebagai biokatalis, enzim mempunyai
karakteristik yang sangat menarik untuk
industri: sangat spesifik, aktif dalam
kondisi ’normal’, mudah didapat, dan
ramah lingkungan. Daya pikatnya berasal
dari selektivitasnya yang tinggi, aktif
dan bekerja dalam kondisi ’normal’, serta
limbah yang dihasilkan mudah
dituntaskan. Selain itu, reaksi-reaksi
yang dijembataninya seringkali
mempunyai kemo-, regio- dan
stereospesifitas yang tinggi. Secara
umum, enzim digunakan sebagai katalis
dalam beragam reaksi, seperti hidrolisis,
transesterifikasi, resolusi kinetik dari
campuran rasemat, dan lain-lain. Industri
proses kimia juga mulai menyadari bahwa
enzim bukan hanya efektif sebagai katalis
dalam transformasi senyawa-senyawa
’alami’ dalam sistem kehidupan, namun
juga dapat berperan dalam reaksi serupa
dengan senyawa-senyawa ’non-alami’.
Atas dasar kelebihan-kelebihan ini, enzim
dimanfaatkan untuk mengkatalisis
beragam reaksi-reaksi organik dan
banyak dilibatkan dalam industri pangan,
deterjen, diagnostik, kimia dan farmasi.
Sebagai ilustrasi betapa beragamnya
kegunaan biokatalis dalam sintesis kimia,
pada Tabel 1 ditampilkan beberapa contoh
senyawa-senyawa kimiawi yang
diproduksi secara enzimatis.
Bila enzim akan dimanfaatkan sebagai
biokatalis, maka faktor-faktor berikut
yang perlu mendapat diperhatikan:
· Spesifitas. Secara umum, enzim
bersifat sangat spesifik; dapat
bersifat substrat spesifik (selektif
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
terhadap senyawa atau kelompok
senyawa tertentu), atau regio-
spesifik , atau stereospesifik
(selektif hanya terhadap salah satu
stereoisomer)
· Kofaktor. Untuk bisa berfungsi,
beberapa enzim memerlukan
keberadaan materi lain, yang
disebut sebagai kofaktor. Ada dua
macam kofaktor; tipe pertama
berupa ion-ion logam sederhana,
sedangkan tipe kedua terdiri atas
molekul organik yang kompleks, yang
disebut sebagai ko-enzim. Semakin
kompleks kofaktor yang dibutuhkan,
maka akan semakin mahal biaya yang
diperlukan, yang pada akhirnya akan
membatasi penggunaannya (kecuali
ada cara-cara praktis untuk
mendapatkannya kembali).
· Sumber biologis. Spesifikasi sumber
enzim seringkali merupakan hal
penting. Enzim dengan nama yang
sama tetapi berasal dari sumber
yang berbeda seringkali menujukkan
perbedaan pula dalam struktur dan
sifat-sifatnya
· Stabilitas. Secara umum, ezim lebih
labil dibandingkan katalis sintetik.
Walaupun beberapa dapat
beroperasi diatas 60oC, secara umum
hanya ada perbedaan yang kecil
diantara beragam enzim dalam nilai
pH dan suhu operasinya.
· Inhibitor. Aktivitas enzim seringkali
peka terhadap keberadaan molekul-
molekul kecil. Sebagai contoh, enzim
dapat dihambat oleh substrat,
produk reaksi, atau oleh kontaminan
kimiawi yang ada dalam substrat.
Dengan demikian, pemahaman
tentang mekanisme pengendalian
semacam ini dapat merupakan hal
penting untuk optimasi proses
· Kondisi reaksi. Dalam praktek, ada
beberapa contoh enzim yang mampu
melakukan reaksi pada suhu lebih
rendah dari katalis konvensional,
namun rendeman dan kualitas produk
yang dihasilkan lebih tinggi, dan
sekaligus mengurangi konsumsi
enerji untuk produksinya.
27
Biokatalis dalam Industri Kimia
Seperti telah diuraikan, biokatalis
mempunyai peranan yang semakin
penting dalam industri kimia sintesis.
Namun, masih ada beberapa kelemahan
dalam pemanfaatannya dalam industri,
terutama karena kebanyakan indutri
kimia kurang begitu ‘akrab’ dengan
‘katalis alam’ ini. Oleh karena itu, “Kapan
dan bagaimana menggunakan biokatalis?”
merupakan pertanyaan penting yang
harus dijawab sebelum industri
memutuskan untuk mulai
menggunakannya dalm proses
produksinya.
Kapan?
”Kapan biokatalis bisa dianggap sebagai
alternatif yang menjanjikan, bila
dibandingkan reaksi kimia biasa, yang
sudah lama dikenal?”, merupakan
pertanyaan pertama yang harus dijawab
untuk memutuskan pemakaiannya dalam
industri. Aspek-aspek yang perlu
mendapat perhatian dalam keputusan
awal ini adalah: ketersediaan biokatalis,
kemurnian, biaya dan komponen media
lain yang diperlukan. Selain itu, jumlah
reaksi yang terlibat, selektivitas dan
rendeman (yield), serta kondisi reaksi
merupakan aspek lain yang perlu
mendapat perhatian. Tak kalah
pentingnya, kemudahan dalam purifikasi
produk, kualitas produk akhir, dan aspek-
aspek lingkungan (‘greenness”) juga
merupakan aspek penting lainnya. Dari
pengalaman dapat ditunjukkan bahwa
semakin positif jawaban yang dapat
diberikan atas aspek-aspek tersebut
diatas, maka semakin tinggi pula
efektivitas penggunaan biokatalis dalam
industri kimia.
Gambar: Dari tahapan riset sampai dengan aplikasi biokatalis
28 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
Peluang pemanfaatan biokatalis akan
meningkat, terutama bila jumlah tahapan
reaksi dalam memproduksi suatu produk
akhir dapat diturunkan secara drastis.
Aspek lain, seperti kebutuhan reagen dan
senyawa-senyawa esensial lainnya yang
lebih sedikit dan lebih murah, rendeman
yang lebih tinggi, laju reaksi yang lebih
cepat dan kondisi reaksi yang lebih mild,
juga akan mendorong penggunaan
biokatalis dalam proses produksi. Selain
itu, sifat biokatalis yang enansio- dan/
atau stereoselektif dapat menjadi
pertimbangan yang kuat untuk
penggunaan biokatalis, namun perlu juga
disadari bahwa saat ini kemajuan-
kemajuan dalam yang berarti dalam
bidang ini terjadi juga di bidang katalis
kimiawi. Jika isu ‘natural’ dan ‘green’
sangat menentukan penerimaan
masyarakat terhadap suatu produk-
produk tertentu, maka kecenderungan
ini juga akan mendorong penggunaan
biokatalis sebagai pilihan dalam proses
produksi. Adanya kepastian bahwa proses
atau reaksi akan berlangsung melalui rute
tertentu juga akan menjadi
pertimbangan penting dalam keputusan
untuk menggunakan atau tidak
menggunakan biokatalis dalam proses
produksi. Lebih lanjut, kompatibiliats
dengan proses yang telah ada juga
merupakan hal penting lain dalam
keputusan tersebut.
Bagaimana?
Bila aspek-aspek yang dikemukakan
diatas dijawab secara positif, yang
berarti bahwa penggunaan biokatalis
merupakan alternatif yang menarik dalam
proses produksi, maka pertanyaan
“Bagaimana biokatalis tersebut
dimanfaatkan dalam proses produksi?”
akan muncul dalam pengambilan
keputusan berikutnya. Masalah pertama
menyangkut bentuk biokatalis yang akan
digunakan; apakah biokatalis tersebut
diaplikasikan dalam bentuk sel utuh, sel
hasil rekayasa genetis, sel organela,
enzim kompleks, ataukah dalam bentuk
enzim kasar atau murni), diimobilisasi
ataupun diaplikasikan dalam bentuk
bebas. Ketersediaan, biaya, kebutuhan
kofaktor adalah beberapa aspek penting
yang perlu mendapat perhatian.
Sedangkan masalah kedua menyangkut
media reaksi; apakah reaksi biokatalisis
dilakukan dalam media cair konvensional
yang ramah lingkungan (green), ataukah
dalam media non-konvensional, seperti
dalam pelarut organik atau dalam media
padat. Media padat dapat merupakan
keuntungan yang meyakinkan bagi
penggunaan biokatalis, terutama
berkaitan dengan kelarutan, inhibitasi
substrat/produk, keseimbangan reaksi,
dan purifikasi produk.
Akhirnya, dalam keseluruhan pembuatan
keputusan, kebutuhan dan ‘pada tataran
mana’ integrasi proses dalam kaitannya
dengan reaksi-reaksi (jika lebih dari satu
reaksi yang terlibat), tahapan-tahapan
proses dan integrasi keseluruhan proses
perlu diperhitungkan. Kemampuan
komputer yang ada saat ini
memungkinkan untuk itu.
Bila industri akan menggunakan proses
yang melibatkan biokatalis dalam proses
produksinya, maka mereka memerlukan:
· Identifikasi biokatalis . Kegiatan ini
melibatkan pencarian dan penapisan
enzim yang tersedia secara
 komersial, atau bahkan melakukan
pengembangan biokatalis baru.
Upaya pengembangan biokatalis baru
mencakup penapisan mikroba dan
biomaterial secara ekstensif untuk
mengidentifikasi aktivitas yang
diinginkan, kemudian mengisolasi
enzim atau enzim-kompleks yang
cocok. Industri yang melakukan
pengembangan biokatalis secara
aktif biasanya mempunyai koleksi
strain-strain mikroba dan enzim-
enzim dalam jumlah besar dan
menganggapnya sebagai sumber
daya teknologi kunci.
· Sumber biokatalis. Dalam praktek,
industri dapat memperoleh atau
mengembangkan sendiri biokatalis
yang diinginkan. Untuk
pengembangan biokatalis in-house,
diperlukan sumber daya teknis yang
memadai (beragam keahlian
bioteknologis). Untuk mengawali
penguasaan teknologi biokatalis,
biasanya industri memanfaatkan
enzim yang tersedia secara
komersial untuk proses
biotransformasi sederhana (satu
tahap). Untuk tahap-tahap
selanjutnya, biasanya industri juga
mencoba proses yang multi-tahap
yang melibatkan lebih dari satu
enzim.
· Pengembangan proses. Proses
untuk biotransformasi yang
diinginkan perlu dikembangkan ,
menscale-up dan, bila perlu,
mengintegrasikan ke dalam
keseluruhan proses sintesis produk
yang diinginkan. Optimasi proses
downstream dari biotransformasi
seringkali sama pentingnya dengan
proses biotransformasi itu sendiri.
Tahapan produksi enzim secara umum
Secara umum, enzim diperoleh dari
mikroorganisme (bakteri, jamur dan
kapang) yang ‘dipanen’ melalui proses
fermentasi. Untuk menghasilkan
biokatalis yang memenuhi kebutuhan
komersial, tahap pertama yang perlu
dilakukan adalah pemurnian enzim dari
media fermentasi. Prosedur purifikasi
melibatkan teknik-teknik kromatografi,
misalnya dengan menggunakan HPLC
(High Pressure Liquid Chromatography),
FPLC (Fast Protein Liquid Chromatogra-
phy), dan lain-lain. Selain itu, teknik-
teknik pengkonsentrasian juga perlu
dilibatkan, misalnya metoda
penggaraman, presipitasi, sentrifugasi,
ultrafiltrasi, dialisis dan/atau liofilisasi.
Setelah enzim dimurnikan, karakterisasi
struktural enzim perlu dilakukan, dengan
melibatkan metoda-metoda, seperti
elektroferesa, ultrasentrifugasi analitis,
spektroskopi (UV-VIS dan/atau
flueresens). Demikian juga, karakterisasi
fungsional perlu juga dilakukan, seperti
penentuan aktivitas dan stabilitas enzim
pada suhu dan pH yang berbeda,
penentuan kinetika dan stoikiometri
reaksi, dan juga stabilitas dan aktivitas
dalam kondisi proses sebenarnya. Data-
data ini memberi landasan untuk dapat
dilakukannya site-directed mutagenesis
untuk memperoleh enzim baru yang dapat
digunakan dalam bioreaktor secara
industri.
Isolasi, kloning dan perunutan gena,
yang menyandikan sintesis enzim,
seringkali juga dilakukan, terutama untuk
mendapatkan jumlah protein yang lebih
tinggi. Biasanya, dalam tahap awal, upaya
kloning dan ekspresi enzim dilakukan
pada E.coli melalui suatu vektor
tertentu. Namun, bila upaya ini tidak/
kurang berhasil, baru dicoba dengan
menggunakan sistem-sistem kloning dan
ekspresi yang lain.
Setelah itu, dilakukan imobilisasi enzim,
yang bertujuan agar biokatalis dapat
dipanen dan digunakan kembali dalam
proses. Beragam metode imobilisasi telah
dikenal dan dapat disesuaikan dengan
proses-proses industrial, seperti
pencerapan dalam matriks gel
(poliakrilamida, agarosa, alginat,
karaginan), mikrokapsulasi (dengan cara
polimerasi interfasial atau dengan
mencampurkannya dengan surfaktan
tertentu sehingga membentuk reverse
micelles), pengikatan silang dengan
reaktan bifungsional (dialdehida, seperti
glutaraldehida, atau diamina yang
diaktivasi dengan carbodiimida), adsorpsi
dan pengikatan secara kovalen dengan
pedukung inorganik (seperti gelas
berpori, silica) atau dengan pendukung
organik (seperti selulosa, dekstran,
polimir akrilik).
Bila proses imobilisasi telah dilakukan
dengan hasil yang baik, maka tahap
berikutnya adalah optimasi proses yang
menggunakan biokatalis amobil tersebut.
Umumnnya kajian dilakukan untuk
mempelajari dan mengidentifikasi
pengaruh pH, suhu, waktu kontak dengan
matriks pendukung, perbandingan enzim/
dengan matriks dan sebagainya untuk
mendapatkan biokatalis yang tepat
secara industrial. Pada akhirnya, kondisi
proses yang paling baik (nilai pH dan suhu
optimal, stabilitas terhadap pH dan suhu,
parameter kinetika dan penggunaan
ulang) dapat diidentifikasi.
Riset dan Pengembangan Biokatalis
dan Biotransformasi
Riset dalam bidang ini terutama
diarahkan untuk mengembangkan dan
optimasi proses yang melibatkan
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
biokatalis, dan juga proses untuk
memproduksi biokatalis itu sendiri.
Pengembangan katalis yang stabil, yang
menunjukkan catalytic turnover yang
tinggi, dan mampu melakukan
transformasi baru merupakan hal penting
untuk memperluas area penerapan
bioteknologi. Seperti kita ketahui,
dekade terakhir ini dipahami sebagai
revolusi dalam pemahaman proses
biokonversi pada tataran genetik.
Dengan waktu yang relatif singkat,
metode-metode baru, seperti evolusi
enzim yang diarahkan (directed enzyme
evolution), biokatalisis kombinatorial,
serta rekayasa metabolik (metabolic
engineering), telah menghasilkan
beragam biokatalis-biokatalis baru.
Selain itu, dampak dari penggunaan
biokatalis rekombinan semacam ini
terhadap keseluruhan pentahapan reaksi
dan terhadap proses downstream juga
menjadi sasaran kajian dan riset dalam
biotransformasi. Tentu saja, penyelidikan
terhadap aspek-aspek regulasi katalitis
dan ekspresi enzim, demikian juga
mengenai struktur, fungsi dan aplikasi
enzim masih tetap diperlukan. Selain itu,
walaupun sampai saat ini, evolusi terarah
banyak diterapkan untuk
mengembangkan enzim-enzim secara
individual, namun dengan meningkatnya
akumulasi pengetahuan, teknik ini juga
akan dapat diaplikasikan untuk
perekayasaan sistem enzim kompleks.
Kesimpulan
Dalam artikel ini, beberapa pertanyaan
dipaparkan yang harus dijawab untuk
menghasilkan aplikasi biokatalis secara
optimal. Namun, pada akhirnya adalah
ekonomi yang menentukan apakah
aplikasi biokatalis dapat direalisasikan
dalam praktek ataukah apakah, seperti
kebanyakan kasus, sintesis secara
kimiawi konvensional memenangkan
kompetisi pada akhirnya. Pengalaman
mengajari kita bahwa hanya jika
sebagian besar aspek-aspek memihak
pada biokatalis, atau tidak ada alternatif
kimiawi yang ada, maka biokatalis
merupakan proses yang akan menjadi
pilihan.
* Theresia Umi Harwati, MSi & Dr.
Bambang Sunarko adalah staf peneliti
di Pusat Penelitian Bioteknologi - LIPI,
Cibinong.
29
 Peluang Biodiversity untuk
penemuan obat antivirus
Penulis: Andi Utama*
M
asalah penyakit infeksi virus
adalah masalah besar baik secara
global maupun nasional. Sebut
saja flu burung, misalnya. Wabah flu
burung H5N1 telah telah terjadi di
berbagai negara, tidak hanya di Asia,
bahkan sudah meluas sampai ke benua
Eropa dan Amerika. Sehingga WHO
memperkirakan akan terjadi pandemi flu
burung H5N1 di dunia di masa yang akan
datang. Di Indonesia sendiri telah terjadi
wabah H5N1 sebagai perluasan dari
wabah yang terjadi di Asia Tenggara.
(A) (B)
Gambar 1. Virus influenza H5N1 (A) dan
virus DBD (B)
Bahkan sejaktahun ini telah membawa
korban jiwa, sehingga Kementrian
Kesehatan menyatakan sebagai Keadaan
Luar Biasa (KLB). Sementara itu, demam
berdarah dengue (DBD) juga merupakan
penyakit infeksi serius, terutama di
negara-negara tropis, termasuk Indone-
sia. Secara global, lebih dari 100 jutas
kasus DBD terjadi setiap tahunnya.
Secara nasional, wabah DBD merupakan
wabah rutin yang terjadi setiap
tahunnya.
(A) (B)
Gambar 2. Virus HIV (A) dan Virus
Hepatitis C (B).
Begitu juga penyakit AIDS (Acquired
Immunodeficiency Syndrome) yang
disebabkan oleh infeksi virus HIV (Human
Immunodeficiency Virus), merupakan
penyakit lama yang sampai saat masih
menjadi masalah besar di dunia. Untuk
Indonesia, penyakit ini juga merupakan
masalah serius karena jumlah orang
dengan HIV/AIDS (ODHA) terus meningkat
tiap tahunnya. Karena penyakit ini
menyerang system imun tubuh, penyakit
AIDS sering menimbulkan komplikasi dan
ko-infeksi, seperti ko-infeksi dengan
Tuberkulosis (TBC) dan/atau hepatitis C.
Sampai saat ini belum ditemukan obat
yang efektif untuk sebagian besar
30 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
penyakit infeksi virus. Walaupun
beberapa obat digunakan secara klinis,
umumnya obat tersebut hanya
mempunyai tingkat efektifitas yang
rendah dan masih memilik efek samping.
Obat untuk hepatitis C, misalnya. Saat ini
digunakan interferon atau gabungan
interferon dengan ribavirin. Keampuhan
obat ini tidak lebih dari 50 persen, dan
pemakaian yang lama dari obat ini bisa
menimbulkan efek samping seperti
panas dan bahkan rontoknya rambut.
Begitu juga obat AIDS seperti AZT,
yang efektifitasnya tidak tinggi dan
memiliki efek samping yang sama. Juga
sama halnya dengan Amantadine, yang
merupakan obat antivirus influenza.
Obat ini memicu munculnya virus
influenza yang resisten.
Dengan alasan tersebut diatas,
maka usaha untuk penemuan dan
pengembangan obat antivirus
merupakan hal yang penting. Bahkan
dalam kondisi sekarang ini, dimana
terjadi berbagai penyakit infeksi
virus, penemuan obat antivirus
merupakan hal yang urgen.
Pendekatan untuk penemuan obat
antivirus
Untuk penemuan obat antivirus
perlu diketahui life cycle (siklus hidup)
dari virus itu sendiri. Secara umum
ada 3 tahap life cycle virus, yaitu 1)
virus entry, yaitu proses masuknya
virus ke dalam sel inang , 2) virus
replication, yaitu proses terjadinya
perbanyakan (replikasi) virus virus di
dalam sel inang, dan 3) virus budding,
yaitu proses keluarnya virus dari dalam
sel untuk menginfeksi sel lainnya. Secara
detil ketiga proses ini berbeda untuk
setiap virus. Virus HIV misalnya, proses
virus entry terdiri dari sedikitnya 3 step,
masing-masing binding, fusion, dan
uncoating. Proses replikasi virus lebih
kompleks lagi, dimana dimulai dari reverse
transcription, integration, genome
replication, protein synthesis , sampai
pada protein cleavage (Gambar 4).
Sesuai dengan life cycle dari virus
tersebut, penemuan obat antivirus juga
dilakukan melalui tiga pendekatan;
1) Penemuan senyawa/zat yang
menghambat proses virus entry
Sesuai dengan proses virus entry ini,
Gambar 3. Beberapa contoh obat antivirus.
Interferon adalah protein yang
diproduksi oleh sel ketika diinfeksi oleh
virus atau pathogen lainnya. Interferon
dilepas ke aliran darah atau cairan
intercellular dan menginduksi sel sehat
untuk memproduksi enzim guna
melawan infeksi tersebut. Karena itu,
interferon dianggap sebagai salah satu
biofarmasetik yang potensial. Awalnya
interferon diambil melalui ekstraksi dari
darah manusia, sehingga sulit untuk
mendapatkan dalam jumlah yang
banyak. Tetapi sejak tahun 1980,
dengan teknik genetic engineering,
interferon telah berhasil dibuat secara
masal. Ada tiga jenis interferon;
masing-masing alpha, beta, dan gamma
interferon. Alpha interferon telah
disapprove untuk pengobatan leukemia
dan hepatitis C. Alpha interferon juga
terbukti efektif untuk hepatitis B dan
beberapa penyakit kanker.
ada beberapa pendekatan yang bias
dilakukan untuk penemuan obat
antivirus. Kita ambil saja virus HIV
sebagai contoh. Proses virus entry dari
HIV terdiri dari binding (Step 1 Gambar
4), fusion (Step 2 Gambar 4), dan
uncoating (Step 3 Gambar 4). Binding
adalah interaksi antara virus dan sel
inang (host cell) melalui reseptor yang
ada di permukaan sel inang dengan
protein yang ada di permukaan virus
(Gambar 4). Reseptor ini bersifat
spesifik, artinya hanya bisa berinteraksi
dengan virus tertentu. Misalnya CD4,
yang merupakan reseptor dari virus HIV.
hanya bisa berinteraksi dengan virus HIV.
Fusion adalah proses menyatunya virus
dengan sel, dimana virus masuk ke dalam
sitoplasma sel. Sedangkan uncoating
adalah lepasnya gemon virus dari
selubungnya dan masuk ke sitoplasma.
Step binding merupakan tahap awal dari
infeksi dan merupakan proses yang
signifikan untuk menentukan terjadi
tidaknya infeksi. Karena itu, step ini bisa

Gambar 4. Siklus hidup virus HIV
dijadikan target untuk penemuan obat
antivirus. Inhibitor yang diperlukan di
sini bisa berupa senyawa/zat yang bisa
berinteraksi, baik secara langsung
maupun tidak langsung, dengan reseptor
atau protein dari virus, sehingga proses
binding tidak terjadi. Step fusion dan
uncoating juga bisa dijadikan target.
Tentu saja untuk itu mengetahui
mekanismenya menjadi syarat mutlak.
Seperti contoh virus influenza, telah
ditemukan bahwa proses uncoating/
encapsidation terjadi melalui ion channel
yang dibentuk oleh protein M2. Karena
itu, inhibitor protein M2 bisa dijadikan
sebagai obat antivirus influenza.
Amantadine dan rimantadine adalah obat
influenza dari inhibitor ion channel yang
dijual di pasaran dan digunakan secara
klinis sampai saat ini.
2) Penemuan senyawa/zat yang
menghambat replikasi virus di dalam sel
Di dalam sel terjadi proses replikasi
virus. Pada proses ini, umumnya
diperlukan beberapa enzim, baik dari sel
inang maupun dari virus itu sendiri.
Secara detil proses ini juga berbeda
untuk setiap virus. Mari kita lihat lagi
virus HIV sebagai contoh. Setelah genom
virus masuk ke dalam sitoplasma, terjadi
proses reverse transcription (Step 4
Gambar 4), yaitu proses sintesa DNA dari
RNA yang merupakan genom virus HIV.
Step ini difungsikan oleh enzim reverse
transcriptase yang Setelah replikasi genom terjadi di
diproduksi dan dalam sel, virus akan keluar dari sel dan
dimiliki oleh virus siap menginfeksi sel lainnya. Proses ini
HIV sendiri. melalui dua step, yaitu virus assembly
Setelah itu terjadi (Step 9 Gambar 4) dan release. Virus
proses genome assembly adalah step dimana semua
integration (Step 5 komponen virus seperti genom dan
Gambar 4), yaitu protein-protein menyatu sehingga
menyatunya DNA menjadi virus yang sempurna. Dalam step
tadi dengan genom ini, semua genom virus yang telah
sel inang. Step ini disintesa dibungkus oleh protein selubung
difungsikan oleh virus sehingga menjadi virus baru yang
enzim integrase sempurna. Virus baru ini kemudian keluar
yang juga dari sel (release) dan siap untuk
diproduksi dan menginfeksi sel lainnya. Jika proses ini
dimiliki oleh virus bisa dihambat, maka tertutup
HIV sendiri. kemungkinan virus bisa menyebar ke sel
Bersamaan dengan lain di dalam tubuh. Sama halnya dengan
itu, terjadi proses proses lainnya, untuk penemuan obat
genome replica- yang mentargetkan proses virus budding
tion (Step 6 ini diperlukan pengetahuan tentang
Gambar 4), yang mekanisme budding itu sendiri. Setiap
merupakan proses virus memiliki mekanisme yang berbeda
perbanyakan dan protein/enzim yang berperan dalam
genom yang proses tersebut berbeda pula. Pada virus
difungsikan oleh influenza misalnya, enzim neurimidase
enzim RNA (enzim yang terekspresi di selubung
polimerase dan RNA virus) berperan dalam proses budding ini,
helikase. RNA sehingga enzim ini dijadikan target
polimerase penemuan obat antivirus influenza.
berperan Oseltamivir atau yang lebih dikenal
membentuk untai dengan Tamiflu, yang saat ini menjadi
RNA (RNA strand) topik hangat, adalah obat influenza yang
baru yang merupakan inhibitor neurimidase, yang
komplementari menghambat proses budding ini.
dengan RNA
genom, yang menghasilkan untai RNA Biodiversity untuk obat antivirus
ganda (double strand RNA) yang
merupakan intermediate product. Double Berbicara tentang obat antivirus,
strand RNA ini kemudian dipisahkan lagi perlu diakui bahwa obat yang ada saat ini
menjadi untai RNA tunggal (single strand umumnya senyawa kimia sintetis. Namun,
RNA). Proses ini difungsikan oleh RNA karena banyak obat tradisional yang
helikase. Bersamaan dengan genome berasal dari biodiversity, terutama dari
replication, juga terjadi proses protein tanaman, dan berpegang pada prinsip
synthesis (Step 7 Gambar 4). Pada step bahwa yang alami itu lebih aman
ini terbentuk poliprotein yang belum dibandingkan yang sintetis, upaya untuk
matang (immature) dan belum berfungsi. penemuan obat antivirus dari
Untuk menjadi protein matang (mature) biodiversity terus dilakukan. Penemuan
dan berfungsi, poliprotein ini perlu obat antivirus harus memenuhi 3 kriteria
diproses menjadi masing-masing protein. (Colegate SM, 2000):
Proses ini dinamakan protein cleavage
(Step 8 Gambar 4) dan dilakukan oleh (1) Harus menghambat
enzim protease. Virus HIV juga memiliki perkembangbiakan virus tanpa
dan mengkodekan enzim protease ini. memberikan efek terhadap sel inang
(2) Harus memeiliki aktivitas yang luas
Jelas bahwa proses virus replication ini (3) Tidak boleh yang menekan sistem
merupakan proses yang kompleks, dimana immune (immunosuppressive)
banyak sekali enzim yang berperan, yang Pada penelitian tanaman di Amazon,
jika salah satunya tidak berfungsi proses ada beberapa tanaman yang bersifat
virus replication ini tidak akan terjadi. antivirus; Phyllanthus niruri, Copaifera
Karena itu, banyak yang bisa dijadikan paupera, Curcuma Ionga, Draconitium
target untuk penemuan obat antivirus, Ioretense, Mangifera indica, Croton
seperti enzim protease, reverse tran- lechleri, Nicotiana tabacum, dan Uncaria
scriptase, integrase, polimerase, atau tomentosa. Phyllanthus niruri, yang
helikase. Salah satu obat anti-HIV yang banyak diteliti, diketahui efektif
dipakai saat ini, 3’-azido-3’- terhadap penyakit infeksi hepatitis B,
deoxythimidine atau yang lebih dikenal dan dari hasil studi awal diduga juga
dengan AZT (Table 1) adalah inhibitor memiliki efek antivirus terhadap virus
reverse transcriptase. hepatitis C (HCV) dan HIV. Selain itu,
penelitian yang mendalam banyak
3) Penemuan senyawa/zat yang dilakukan terhadap Curcuma sebagai
menghambat proses virus budding obat antivirus HIV (Mazumder, 1995).
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 31
 Table 1. Fungsi beberapa obat antivirus

Nama obat Struktur kimia Penggunaan Fungsi

Acyclovir Digunakan untuk terapi Acyclovir menghambat

penyakit infeksi virus herpes,
lebih khusus virus herpes
simplex tipe 1 dan 2. Juga
digunakan untuk pengobatan
infeksi serius virus herpes
pada alat kelamin.
Gancyclovir Gancyclovir adalah analog
dari acyclovir yang digunakan
untuk terapi infeksi
cytomegalovirus dan virus
herpes lainnya.
Amantadine Digunakan untuk penanganan
pasien infeksi virus influenza
A, tidak untuk influenza B.
Osetalmivir Digunakan untuk penanganan
(Tamiflu) pasien infeksi virus influenza ,
baik influenza A maupun
influenza B.
fungsi enzim thymidine
kinase dari virus herpes,
yang mutlak diperlukan
untuk replikasi virus.
Cara kerja-nya sama
dengan acyclovir
Amantadine menghambat
fungsi protein M2 yang
berfungsi sebagai ion
channel, yang diperlukan
untuk uncoating.
Osetalmivir menghambat
fungsi enzim neurimidase
(NA) berperan dalam
proses budding virus
influenza.
Tanaman lain yang banyak diteliti
adalah Homalanthus nutans , tanaman
yang sering digunakan untuk berbagai
pengobatan. Ekstrak dari Homalanthus
nutans secara in vitro menunjukan
inhibisi terhadap virus HIV-1 (Gustafson,
1992). Setelah diteliti lebih jauh,
ternyata zat aktif yang berperan adalah
prostratin atau 12-deoxyphorbol ester.
Uji menggunakan sel menunjukan bahwa 1
mM prostratin menghambat virus HIV-1
membunuh sel C-8166 dan sel U937
(Gustafson, 1992). Juga telah dibuktikan
bahwa Prostatin berikatan dan
mengaktifkan protein kinase C secara in
vitro, dan senyawa ini tidak berfungsi
sebagai tumor promoter. Uji toksisitas
menunjukan bahwa Prostatin hanya
menginduksi ornithine decarboxylase 25-
30% dari senyawa phorbol ester lain,
walaupun dosisnya 30 kali lebih tinggi.

Studi lanjut membuktikan bahwa EC50

Ribavirin
Zidovudine
(AZT)
Sejauh ini, diantara penyakit infeksi
virus, yang banyak diteliti adalah obat
antivirus AIDS. Adapun sumber yang
digunakan cukup beragam termasuk
mikroba dan tanaman. Diantara sumber
tersebut yang banyak diteliti adalah
tanaman. Sebagai hasilnya ditemukan
bahwa tanaman dari tanaman Mangrove
dari famili Rhizophoraceae menghambat
perkembangbiakan virus HIV pada sel MT-
4 (Premanathan, 1996). Penelitian lebih
lanjut menunjukan bahwa tanaman
Rhizophoraceae menghambat proses
virus entry. Misalnya Rhizophora
Digunakan untuk terapi Ribavirin menghambat (konsentrasi untuk menghambat 50%
penyakit infeksi virus, baik fungsi inosine perkembangbiakan virus) dari Prostatin
virus DNA (seperti hepatitis B) monophosphate (IMP)
maupun virus RNA (seperti dehydrogenase, sehingga adalah 0.02-0.09 mg/ml (Witvrouw,
hepatitis C). mengakibatkan tumpukan 2003). Prostatin bahkan dibuktikan
IMP dan akhirnya
mengganggu replikasi
efektif terhadap virus HIV yang resisten
DNA/RNA. terhadap berbagai obat, termasuk
inhibitor reverse transcriptase dan
Digunakan untuk penanganan AZT adalah competitive
inhibitor protease. Hasil penelitian
pasien AIDS (acquired inhibitor dari enzim menunjukan bahwa Prostatin
immunodeficiency syndrome) reverse transcriptase virus menghambat proses viral entry melalui
HIV, yang diperlukan untuk
produksi DNA provirus dari interkasi dengan protein dari sel yang
template RNA. berperan penting dalam proses viral
entry. Pengembangan Prostatin sebagai
obat antivirus HIV terus dilakukan dan
sepertinya masih memerlukan waktu
mucronata, terutama ekstrak sampai penggunaan secara klinis. Kita
polisakarida-nya, terbukti menghambat berharap dalam waktu tidak lama, obat
pertumbuhan virus HIV dan bahkan juga ini benar-benar bisa digunakan untuk
menghambat ekspresi antigen virus HIV kebutuhan pasien yang mengidap
pada sel MT-4 (Premanathan, 1999). berbagai penyakit infeksi virus.
Polisakarida dari Rhizophora mucronata
menghambat ikatan virus HIV dengan sel * Dr. Andi Utama adalah staf peneliti
secara sempurna. Hal yang sama juga di Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI,
ditemukan pada Rhizophora apiculata Cibinong. (Bidang Virologi)
yang menghambat perkembangbiakan
virus HIV-1, HIV-2, dan bahkan SIV
(simian immunodeficiency virus)
(Premanathan, 1999).

Biodiversity adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan, hewan, mikroorganisme, dan

ekosistim dimana organisme ini hidup (Convention on Biological Diversity, 1998). Dengan kata lain,
biodiversity adalah sumber daya alam, yang penting bagi manusia dan ekosistem. Masyarakat local
hidup dengan biodiversity yang ada di sekelilingnya, dan mereka mempelajari bagaimana
memanfaatkannya; seperti contoh tanaman dan hewan sebagai makanan. Selain itu mereka juga
memanfaatkan biota liar untuk menjaga kesehatannya. Pengetahuan dan tradisi ini diturunkan dari
generasi ke generasi. Namun makin lama biodiversity makin berkurang karena industrialisasi,
modernisasi pertanian, polusi, dan migrasi penduduk ke kota. Diperkirakan ada sekitar 30 sampai 100
juta species di bumi ini. Diversity ini berkurang dengan kecepatan 27 ribu species/tahun atau 74
species/hari atau 3 species/jam (Wilson, 1992).

32 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

 Dari Redaksi >>
Melirik Prospek
Bioteknologi Kelautan
Indonesia
Penulis : Elvi Yetti*
S
ekali lagi, kita harus sangat
bersyukur karena Indonesia benar-
benar kaya. Kekayaan tak ternilai
tersebut tersebar dari darat, laut dan udara.
Perairan laut Indonesia menyimpan berbagai
potensi keanekaragaman hayati untuk
pengembangan bioteknologi. Berbagai
senyawa-senyawa bioaktif produk alam
(natural products) seperti skualen, omega-
3, fikokoloid dan biopolimer yang terdapat
pada mikro dan makroalgae, mikroorganisme
maupun invertebrate ternyata belum banyak
dimanfaatkan dan dikelola secara optimal.
Potensi tersebut sebenarnya memiliki
prospek yang cerah untuk dikembangkan
antara lain untuk keperluan industri makanan
sehat, farmasi, kosmetik dan industri
berbasis bioteknologi lainnya. Namun,
pemanfaatan seluruh jenis biota laut tetap
harus membumi atau memperhatikan prinsip-
prinsip lingkungan agar kita tidak menyesal
di kemudian hari.
Mengenal Potensi Laut Indonesia
Untuk Bioteknologi
Seluruh keanekaragaman jenis
mahluk hidup yang berada di laut dikenal
dengan biota laut. Sensus biota laut yang
diselenggarkan oleh Pusat Penelitian
Oseanografi LlPI bekerjasama dengan
Universitas Osaka Jepang baru-baru ini
berhasil menyeleksi 1.216 spesies spons.
Dari jumlah tersebut ditemukan 73 senyawa
aktif yang berkhasiat antikanker,
diantaranya senyawa baru Barangmide-
ditemukan di Kepulauan Barang Lombo dan
Bitungolide A-F dari Pulau Bitung.
Bila dilihat dari jenisnya, biota laut
Indonesia yang saat ini dapat bermanfaat
untuk pengembangan bioteknologi dapat
dikelompokkan menjadi:
A. Hewan Laut
Banyak sekali jenis hewan laut yang
memiliki potensi untuk pengembangan
bioteknologi Indonesia, antara lain ikan, kuda
laut, kura-kura, udang,
kepiting, ular laut, dan
kerang. Hewan-
hewan ini banyak
dimanfaatkan untuk
aplikasi bioteknologi
di bidang farmasi
yaitu: obat tidur dan
obat penenang dari
kuda laut, tempurung
kura-kura untuk obat
luka dan tetanus, hati
ikan buntel untuk obat
tetrodotoxin yang
memperbaiki saraf otak yang
rusak dan mengurangi rasa sakit. Selain itu,
juga ada kitin dan kitosan dari kulit udang
dan kepiting untuk obatanti kolesterol,
pelangsing tubuh, ataupun perban. Adapun
serbuk kerang digunakan untuk obat mag.
Ular dari laut diambil serbuknya untuk
meningkatkan daya ingat. Tidak ketinggalan
jenis invertebrate. Pada spons dan karang
lunak terdapat senyawa bioaktif yang
berfungsi sebagai alat pertahanan diri dari
musuh alaminya. Senyawa itu ternyata
berkhasiat obat dan kemudian dibuat
sintetisnya. Spons dari spesies Petrosia
contegnatta di antaranya diambil senyawa
bioaktifnya untuk obat anti-kanker.
Sedangkan obat anti-asma dibuat dari
senyawa spons Cymbacela. Senyawa
bioaktif lainnya dari spons yang juga
digunakan untuk industri farmasi adalah
Bastadin, Okadaic acid, dan Monoalide.
Senyawa bioaktif Monoalide yang diperoleh
dari spons Luffariella variabilis merupakan
senyawa yang memiliki nilai jual tertinggi
daripada senyawa bioaktif dari spesies
spons lainnya, yaitu 20.360 dollar AS per
miligram.
B. Tumbuhan Laut
Jenis tumbuhan laut yang sudah
diketahui manfaatnya untuk pengembangan
bioteknologi adalah rumput laut atau
berbagai jenis alga terutama alga hijau.
Rumput laut yang selama ini lebih dikenal
untuk makanan ternyata memiliki berbagai
khasiat. Tumbuhan ini dapat diolah untuk
obat influenza dan bahan pengawet
makanan. Alga hijau juga dapat bermanfaat
untuk menyembuhkan penyakit
kardiovascular. Disamping itu riset tentang
rumput laut saat ini diarahakan untuk obat
hepatitis, HIV/AIDS, dan diabetes.
C. Mikroorganisme
Kekayaan hayati laut Indonesia
menjadi lengkap dengan adanya berbagai
jenis mikroorganisme laut. Tahukah Anda,
hasil penelitian para pakar menyebutkan
bahwa banyak mikroorganisme laut
menyimpan kandungan senyawa
biopolimer, polisakarida, bioaktif, dan
sebagainya, yang sangat dibutuhkan dalam
proses pembuatan produk-produk kosmetik,
biomedis, biokatalis, makanan tambahan,
dan lain-lain. Salah seorang peneliti bakteri
laut dari Pusat Penelitian Oseanografi
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI)
Ruyitno bahkan menjelaskan bahwa selain
menjadi bahan obat-obatan, bakteri laut
dapat dimanfaatkan untuk mengatasi
pencemaran minyak. Melalui teknik
bioremediasi, bakteri laut sangat efektif
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
menurunkan tingkat pencemaran dengan
memecah komponen minyak hingga menjadi
air dan karbon dioksida. Kedua komponen
yang dihasilkan ini ramah lingkungan dan
tidak beracun bagi biota laut lainnya.
Selanjutnya ia menyebutkan ada sekitar 100
jenis bakteri di laut yang sebenarnya dapat
mendegradasi minyak.
Bioprospecting Keanekaraman Hayati
Laut Indonesia
Perlu dicatat bahwa selain pertanian,
bioteknologi kelautan pun sebenarnya
menjanjikan keuntungan bisnis yang cukup
besar. Sayangnya, bidang ini relatif belum
terjamah. Departemen Kelautan dan
Perikanan memperkirakan perolehan devisa
dari bioteknologi kelautan ini bisa mencapai
US$4 miliar. Ini dengan asumsi bila digarap
secara optimal. Sebagai negara maritim
terbesar di dunia dengan garis pantai
terpanjang kedua setelah Kanada (81.000
kilometer), laut Nusantara mewadahi hampir
semua makhluk hayati laut, baik makroflora
dan fauna laut, seperti ikan, udang, kerang-
kerangan, dan rumput laut, maupun
beragam mikroorganisme laut. Sebagai
perbandingan, Amerika Serikat saja yang
memiliki potensi keanekaragaman hayati laut
yang jauh lebih rendah daripada Indonesia,
sudah dapat meraup devisa dari industri
bioteknologi kelautan lebih dari 40 milyar
dollar per tahun.
Dari berbagai riset yang dilakukan
telah diketahui bahwa berbagai jenis
kekayaan hayati laut Indonesia dapat
bermanfaat untuk perkembangan riset dan
industri bidang bioteknologi. Potensi
kekayaan tersebut antara lain adalah:
a. Biota sebagai bahan obat dan aplikasi
bidang farmasi yaitu sebagai anti kanker,
hepatitis, influenza HIV/AIDS, diabetes
dan anti bakteri
b. Biota laut untuk industri yaitu industri
makanan, minuman, kosmetika, dan
minuman, farmasi dll
c. Biota laut sebagai alternatif bioenergi
d. Selain itu, dapat juga dilakukan rekayasa
genetika untuk budidaya ikan dan biota
laut yang bernilai ekonomis tinggi
Untuk dapat mengetahui potensi biota
sebagai bahan baku obat, kosmetika dan
apilaksi lain yang berbasis bioteknologi maka
perlu dilakukan uji bioprospecting. Menurut
Sugiono Moeljoprawiro, salah seorang
peneliti Balai Penelitian Bioteknologi dan
Genetika Pertanian, Bioprospecting adalah
pemanfaatan sumberdaya genetik dan
hayati berkelanjutan baik untuk tujuan ilmiah
33
ataupun komersil. Tahapan tersebut mulai
dari proses pencarian dan pengembangan
sumber-sumber baru senyawa kimia, gen,
dan organisme berkualitas. Lebih lanjut ia
menyebutkan bahwa pada dasarnya
konsep bioprospecting modern memberi
negara berkembang kemampuan
memperbaiki nilai tambah sumber daya
alamnya. Selain itu juga keterampilan,
infrastruktur, dan teknologi pengembangan
produk baru bagi pasar global.
Ada beberapa tahapan
bioprospecting yang harus dijalani untuk
memperoleh hasil akhir yang memuaskan.
Informasi mengenai sumber daya alam
ditindaklanjuti dengan penelitian dasar dan
penelitian terapan. Setelah itu dilakukan
pengembangan produk, kemudian masuk ke
tahap produksi, pemasaran, dan terakhir
distribusi. Contoh paling nyata adalah dalam
proses pencarian obat. Dalam proses ini
diperlukan penelitian dasar mengenai
penyakit hingga pengujian serta uji klinis.
Baru kemudian tanaman obat bisa dijadikan
sesuatu yang bernilai ekonomi tinggi.
Sangat disayangkan karena
keanekaragaman hayati yang
melimpah itu bukan saja
belum dimanfaatkan optimal,
tetapi lebih dari itu terdapat
indikasi adanya upaya
jangka pendek yang dapat
berakibat memusnahkan
keberadaan dan fungsi
ekologisnya . . .
Riset Bioteknologi Bidang
Keanekaragaman Hayati Laut
Riset bioteknologi kelautan saat ini
dilakukan oleh beberapa institusi, seperti
P2O-LIPI, BPPT dan beberapa Perguruan
Tinggi. Pusat Penelitian Oseanografi (P2O)
LIPI sudah melakukan penelitian aktivitas
antimikroba dan antikanker pada spons laut
sejak tahun 1997. Departemen Kelautan dan
Perikanan lewat Badan Riset Kelautan dan
Perikanan (BRKP) dilingkungan departemen
itu menetapkan bioteknologi kelautan dan
perikanan sebagai program unggulan atau
program utama sejak tahun 2002. Dalam
rangka pengembangan riset bioteknologi
kelautan dan perikanan bahkan telah
didirikan Laboratorium Bioteknologi Kelautan
dan Perikanan yang pembangunannya
dilakukan secara bertahap. Pembangunan
tahap pertama dilaksanakan tahun 2003 di
atas area seluas 840 meter persegi.
Dalam Suatu Diskusi Ahli Biokimia dan
Farmasi Kelautan yang diselenggarakan
Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP)
di Jakarta tahun 2004 lalu dipaparkan hasil
pengisolasian zat aktif yang berkhasiat obat
dari biota laut di perairan Indonesia.
Lembaga riset yang berhasil melakukan itu
antara lain LIPI, Badan Riset Kelautan dan
Perikanan DKP, IPB, dan Universitas
Andalas.
Di antara lembaga riset dan
34 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
perguruan tinggi itu, para peneliti dari IPB
saja, menurut Dr Linawati Hardjito dari
Departemen Teknologi Hasil Perairan
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB,
berhasil menemukan 34 senyawa aktif dari
57 spesies yang ditemukan di perairan
Indonesia. Beberapa spesies rumput laut,
sponge, karang lunak, moluska diketahui
memiliki zat antikanker, antibiotik,
antipenuaan, antikolesterol, antidiabetes,
dan bioinsektisida.
Namun, dalam diskusi itu terungkap
kendala dalam pengembangan obat-obatan,
antara lain terbatasnya sarana peralatan
untuk mengidentifikasi zat aktif dari bahan
alam itu. Akibatnya, untuk mengetahui
kandungan zat aktif, sampel biota yang ada
harus dikirim ke luar negeri antara lain ke
Belanda, kata Linawati menjelaskan. Hal
inilah yang membuat Indonesia tidak dapat
menjaga kerahasiaan dari faktor penting
yang terkait dengan HKI dan daya saing
industri.
Hal senada juga disinggung oleh
Direktur Lembaga Eijkman Prof Sangkot
Marzuki, PhD yang mengatakan untuk
mengidentifikasi senyawa aktif berkhasiat
obat diperlukan mesin otomatis yang disebut
high throughput screening, namun belum
ada lembaga riset dan industri yang memiliki
fasilitas tersebut. Kapasitas yang dapat
dilakukan alat pelarik ini 100.000 senyawa
per hari.
Di alam ini terdapat puluhan juta
senyawa di tumbuhan dan biota.
Diperkirakan dari 10.000 senyawa, apabila
dites secara acak, akan ditemukan satu
yang berkhasiat obat. Pengujian dengan
sistem robotik itu bertujuan untuk
mengetahui interaksi molekuler dari
senyawa dari alam.
Selanjutnya untuk mengembangkan
obat, kata Sangkot, perlu diketahui dulu
mekanisme timbulnya penyakit sehingga
kemudian dapat ditentukan target molekul
yang dapat digunakan untuk obat. Setelah
itu diketahui, lalu dilakukan kloning.
Prinsip Lingkungan Dalam
Pemanfaaatan Keanekaragaman Hayati
Secara teoretis, keanekaragaman
hayati ini merupakan potensi sangat
strategis bagi negara Indonesia untuk
meningkatkan taraf hidup masyarakatnya.
Hal itu disebabkan karena di dalam
keanekaragaman hayati itu tersimpan
sumber daya yang terbarukan (renewable
resources) yang berguna sebagai sumber
plasma nutfah, sumber pangan, bahan baku
kosmetik dan farmasi, dan penyedia jasa-
jasa lingkungan laut yang berpotensi
sebagai basis model pembangunan
berkelanjutan.
Sangat disayangkan karena
keanekaragaman hayati yang melimpah itu
belum dimanfaatkan optimal. Dan juga
terdapat indikasi adanya upaya jangka
pendek yang dapat berakibat memusnahkan
keberadaan dan fungsi ekologisnya, seperti
reklamasi pantai, alih fungsi kawasan hutan
mangrove, penambangan pasir laut,
introduksi spesies asing, penggunaan
tributiltin pada cat kapal, serta penangkapan
ikan menggunakan bom dan racun (sianida).
Erosi keanekaragaman hayati ini
bukan hanya merupakan krisis hilangnya
spesies yang memiliki potensi menghasilkan
dollar bagi perusahaan dengan
menyediakan bahan mentah industri. Lebih
dasar lagi, hal itu adalah krisis yang
mengancam sistem penopang hidup dan
penghidupan jutaan penduduk di negara-
negara Dunia Ketiga (Shiva, 1994).
Untuk menjaga agar pemanfaatan
keanekaragaman hayati tetap membumi
maka sebanyak 139 negara termasuk
Indonesia telah membuat kesepakatan yang
tertuang dalam Konvensi Keanekaragaman
Hayati (CBD) di Rio de Janeiro, Brazil tahun
1992. CBD
bertujuan agar
keanekaragaman
hayati di dunia
ini lestari dengan
mengkonservasi,
memanfaatkan
secara
berkelanjutan
dan berbagi
manfaat dari
keanekaragaman
hayati (to conserve, to sustainably use, and
to share the benefits of biological diver-
sity). CBD sudah ditandatangani oleh 168
negara dan diratifikasi oleh 160 negara.
Indonesia sudah menandatangani CBD pada
saat di KTT Bumi tanggal 5 Juni 1992 dan
sudah meratifikasi CBD tanggal 23 Agustus
1994 dengan UU No 5/1994.
Salah satu tema utama dari Confer-
ence of Parties (COP) kedua yang
diselenggarakan di Jakarta tahun 1995
adalah mengenai keanekaragaman hayati
pesisir dan laut yang menjadi kepentingan
Indonesia sebagai tuan rumah COP2. Selain
itu COP2 juga membahas akses pada
sumber daya genetik, konservasi dan
pemanfaatan keanekaragaman hayati yang
berkelanjutan dan keamanan hayati.
Keputusan menyangkut keanekaragaman
hayati pesisir dan laut ada tiga bagian yaitu
keputusan, Annex I (memuat kesimpulan
tambahan dari rekomendasi SBSTTA) dan
Annex II (program untuk kerja lebih lanjut).
Selain itu mengenai keanekaragaman hayati
pesisir dan laut termuat lengkap di dalam
“Jakarta Mandate on Marine and Coastal
Biological Diversity”. Salah satu ketentuan
yang termuat dalam kesepakatan tsb
menyebutkan bahwa habitat ekosistem dan
seluruh komponen hidup yang terdapat di
laut merupakan unsur utama yang yang
harus dilindungi.
Konservasi keragaman hayati juga
sangat penting untuk bioprospecting.
Perhatian pada konservasi dan
pemanfaatan berkesinambungan berarti
membuka sumber pendapatan baru. Oleh
karena itu dibutuhkan perangkat-perangkat
pendukung untuk pengaplikasiannya. Dan
sejatinya, dengan keanekaragaman hayati
laut tinggi, pemanfaatannya yang optimal
dan konservasi yang berkesinambungan
dapat menjamin masa depan bangsa.
*Elvi Yetti, S.Si. adalah staf peneliti di
Puslit Bioteknologi - LIPI, Cibinong.
RARE S U G A R S ,
K A R U N I A YA N G B E L U M
TEREKSPLORASI
P
roduksi gula telah dimulai sejak
abad ke 17, dan mengalami
pertumbuhan yang sangat
mengagumkan sejak itu. Pada tahun 2002,
produksi gula global melampaui angka
133 juta ton pertahunnya. Enzim amylase
pertama diperkenalkan oleh Anselme
Payen dan Jean Francois pada tahun 1833,
tetapi tidak sampai pada awal abad ke
20, para peneliti telah mampu
mengemukakan fenomena yang terjadi
pada starch dan apa akibat dari kerja
enzim tersebut.
Rare Sugars (gula langka)
Peningkatan jumlah penggunaan gula
pada industri makanan, pemanis dan
minuman ringan telah meningkatkan pula
perhatian manusia pada dampak
kesehatannya. Menurut hasil survei dari
WHO yang diumumkan pada bulan Maret
2003, jumlah penduduk yang terkena
penyakit diabetes, obesitas, kanker, dan
jantung meningkat dari tahun ketahun.
Meskipun demikian, sejak ditemukannya
gula xylitol, produksi gula alternatif bagi
gula yang sudah mendominasi saat ini
sangatlah mungkin. Gula xylitol adalah
gula polyol dengan 5 rantai karbon, yang
sangat baik bagi kesehatan. Gula ini
mampu mencegah tooth decay, otitis
acute pada anak-anak. Xylitol memiliki
derajat kemanisan hampir setara dengan
gula pasir. Oleh karena itu, xylitol sangat
potensial untuk dimanfaatkan sebagai
pengganti gula pasir pada industri proses
makanan. Pada tahun 2002, Produksi
xylitol dunia, telah mencapai 15.000 tons.
Sifat lain dari xylitol menghasilkan rasa
dingin pada mulut ketika berinteraksi
dengan air liur. Hal ini disebabkan xylitol
mampu menghasilkan panas negatif,
sehingga sangat cocok digunakan pada
industri chewing gum, mints dan pasta
gigi. Selain itu, xylitol mampu mencegah
terjadinya dental caries (pengeroposan
gigi). Metabolisme xylitol berlangsung
sangat mudah, terlepas dari insulin pada
manusia dan menghasilkan energy sebesar
4 Kcal. gm sama dengan beberapa
makanan diabet lainnya. Produksi xylitol
dilakukan dengan menggunakan yeast.
International Society of Rare Sugar
(ISRS) telah mendefinisikan rare sugars
sebagai monosakarida dan derivatifnya
yang terbilang langka di alam. Dengan
definisi tersebut, xylitol tergolong rare
sugars. Salah satu jenis dari rare sugars
adalah L-carbohydrate. Aplikasi L-
carbohy-
drate dan
derivatifnya L-arabinosa
dibidang
kedokteran
mengalami ( -) Sukrosa
peningkatan
drastis.
Seperti L-
sorbose
telah (+)
digunakan Sukrosa
sebagai
material
dasar bagi
produksi
Gambar 1. Fungsi L-Arabinosa dalam usus kecil. (G) Glukosa, (F) Fruktosa
L-ascorbid
acid (VIT
C). Huwig, pada tahun 1998
mengembangkan pemanfaatan L-sorbose
untuk memproduksi glycosidase inhibitor,
yaitu 1-deoxygalactonojirimycin. Beberapa
derivatif L-sugar juga diketahui memiliki
potensi sebagai antiviral agent dan bisa
juga digunakan sebagai terapi antigen.
Derivatif dari rare-sugars juga telah
digunakan sebagai agent bagi anti-
hepatitis B virus dan human immunodefi-
ciency virus (HIV). Akhir-akhir ini, Para
peneliti telah mengetahui aplikasi penting
dari L-arabinosa, dimana L-arabinosa
berperan sebagai inhibitor yang selektif
terhadap aktifitas enzim sucrase usus
(gambar 1) dan juga menekan pengaruh
glycemia paska penghambatan proses
absorpsi sukrosa.
Sanai et al. juga melaporkan bahwa L-
arabinosa juga berfungsi sebagai pencegah
postprandial hyperglycemia pada
penderita penyakit diabetes. L-arabinose
juga digunakan untuk pembuatan obat 2-
deoxy-2-fluoro-5-methyl-b-L-
arabinofuranosyl uracil (L-FMAU),
potensial obat untuk anti-HBV (Hepatitis
B Virus) dan anti EBV (Epstein B Virus).
Karena fungsinya yang seperti itu, di
Jepang harga L-arabinosa mencapai
Oleh : Budi Saksono*
¥10.000 (Rp. 900.000) per kg, suatu
angka yang fantastis. Rare sugars, bukan
saja tidak masuk ke dalam metabolisme
tubuh atau masuk ke dalam metabolisme
tetapi tidak teraplikasi lebih lanjut
dibanding dengan natural sugars. Dengan
fenomena tersebut, rare sugars diharapkan
sebagai pemanis berkalori rendah dan
sangat toleransi terhadap penyakit
diabetes. Selain itu, L-monosakarida
memiliki karakter antineoplastic dan
sangat berguna pada kombinasinya
dengan semua bentuk terapi kanker yang
meliputi terapi surgery, biologi terapi,
Usus kecil
Maltooligosakarida
Sucrase Monosakarida
G–F G F
Absorbed
Usus kecil
Maltooligosakarida
Maltooligosakarida
Sucrase
G–F G– F
Inhibitor
Non Absorbed
L-arabinosa
kimia terapi dan radioterapi dan hyper-
thermia. Beberapa aplikasi penting dari
rare sugars bisa dilihat pada tabel 2. Yang
pasti, dengan pemahaman teknologi
biotransformasi ini, produksi High
Fructose Corn Syrup (HFCS) bisa
dilakukan dengan bahan baku yang
murah, yaitu D-glukosa.
Waste material sebagai bahan baku
rare sugar yang murah dan berlimpah
Mengingat potensi dari rare sugars
tersebut, diperlukan upaya pengembangan
teknologi fermentasi yang mampu
memproduksi rare sugars tersebut secara
ekonomis. Diantara sumber utama gula
yang tersedia secara berlimpah dan
murah, adalah penggunaan pati, wood
atau whey sebagai material awal untuk
produksi rare sugars. D-glukosa bisa
didapat dari pati, D-xylosa atau L-
arabinose bisa didapatkan dari fraksi
hemiselulosa kayu. Whey mengandung
lactose, yang bisa dihidrolisa menjadi D-
glukosa dan D-galaktosa. Komponen
monosakarida tersebut, terdapat secara
berlimpah pada limbah pertanian, hutan,
dan industri makanan, terutama tepung.
Tabel 1, menunjukkan komposisi dari
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 35
 Tabel 1. Komposisi monosakarida dari beragam biomasa
Corn Wheat Rice Rice Baggase
Stover Straw Straw hulls Fiber
C a r b o h y d rate
Glukosa (C6) 39.0 36.6 41.0 36.1 38.1
Mannosa (C6) 0.3 0.8 1.8 3.0 -
Galactose
0.8 2.4 0.4 0.1 1.1
(C6)
Xylose (C5) 14.8 19.2 14.8 14.0 23.3
Arabinose
3.2 2.4 4.5 2.6 2.5
(C5)
Total C6 40.1 39.8 43.2 39.2 39.2
Total C5 18 21.8 19.3 16.6 25.8
♦ ♦ ♦
Gula xylitol adalah
gula polyol dengan 5
rantai karbon, yang
sangat baik bagi
kesehatan. Gula ini
mampu mencegah
tooth decay, otitis
acute pada anak-anak.
Xylitol memiliki
derajat kemanisan
hampir setara dengan
gula pasir

♦ ♦ ♦

36 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

beberapa jenis limbah, dimana masing
memiliki kadar glukosa, xylosa dan
arabinosa yang cukup relevan untuk
dimanfaatkan sebagai bahan baku
produksi rare sugars.
Bioteknologi, media produksi sekala
industri
Dengan semakin diketahuinya reaksi
enzimatik yang mampu memfasilitasi
proses biotransformasi tersebut, hal ini
bisa meningkatkan kemungkinan produksi
sekala industri. Produksi xylitol misalnya,
pada awalnya produksi xylitol sekala
industri dilakukan menggunakan reaksi
kimia reduksi dari D-xylose, yang
diekstrak dari hidrolisa kayu keras,
menggunakan Raney nickel katalis.
Prosedur ini memerlukan beberapa step
purifikasi karena hanya D-xylose murni
yang bisa digunakan untuk reaksi kimia
reduksi. Alternatif penggunaan yeast
sebagai bioreaktor sudah dilakukan secara
intensif. Reaksi enzimatik yang terjadi
pada yeast adalah sebagai berikut; D-
xylose direduksi oleh enzim xylose
reductase menjadi D-xylitol, dengan
mengkonsumsi NAD(P)H. D-xylitol yang
terbentuk kemudian di rubah menjadi D-
xylulose oleh enzim xylitol dehydrogenase,
dengan mengkonsumsi NAD. Terakhir, D-
xylulose mengalami phosphorilasi menjadi
D-xylulose-5-phosphate oleh enzim
xylulokinase.Proses reaksi ini dapat dilihat
pada gambar 2.
Contoh lain, misalnya pada produksi
1,5 Anhydro-D-fructose, rare sugars yang
berfungsi sebagai antioksidan, antibakteri
dengan kalori yang rendah. Sebagai
antioksidan, anhydro fructose memiliki
efektifitas 1.7 kali lebih tinggi dibanding L-
ascorbid Acid (vitamin C). Seperti halnya
xylitol, anhydrofructose pertama kali
diperkenalkan oleh Prof. Lichtenthaler dan
coworker di Darmstadt, German pada
tahun 1980. Baru pada tahun 1986, reaksi
secara enzimatik berantai diperkenalkan
oleh Prof. Akanuma. Dan baru pada
tahun 1988, produksi anhydrofructose
dari pati, dengan menggunakan enzim
glucan lyase diperkenalkan oleh Prof.
Baute dan coworkernya di Bordeaux,
Perancis. Reaksi enzimatik konversi pati
menjadi anhydrofructose akan nampak
Gambar 3. Skema konversi pati (starch) menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase
Gambar 3. Skema konversi pati menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase
NAD(P)H NAD(P)
D-xylose Xylose reductase
D-xylulose-5-phosphate Xylulokinase
ADP
Gambar 2. Metabolisme D-xylose pada yeast.
terlihat seperti pada gambar 3.
Dengan ditemukannya enzim-enzim
yang berperan dalam proses
biotransformasi tersebut, hal yang perlu
disadari bahwa tidak selalu enzim
tersebut memiliki karakteristik yang sesuai
untuk aplikasi industri. Oleh karena itu,
teknik rekayasa genetika, rekayasa protein
menggunakan metoda directed evolution
sangat mendukung dalam upaya
mendapatkan enzim dengan karakteristik
yang tepat untuk aplikasi industri. Tidak
bisa dipungkiri bahwa peranan
bioteknologi untuk memproduksi rare
sugars sekala industri dengan biaya
produksi murah sangat besar.
Pengembangan rare sugar masa
Depan.
Penemuan rare sugars sangat
menarik perhatian para peneliti, hingga
beberapa peneliti membentuk konsorsium
independen yang bernama International
Society of Rare Sugar (ISRS). Sebuah
konsorsium yang berdiri sendiri, terlepas
dari Amylase society dan lain sebagainya.
Hal ini setidaknya mengisyaratkan betapa
besarnya potensi rare sugars ditengah
pengembangan sugar konvensional.
Metoda produksi dari beragam jenis
rare sugars membutuhkan pendekatan
multidisiplin yang meliputi teknologi
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
D-xylitol
NAD
Xylitol
dehydrogenase
NADH
D-xylulose
ATP
fermentasi, biologi molekuler, teknologi
enzim, dan kimia organik. Dengan
semakin diketahuinya proses enzimatik,
sangat terbuka peluang bagi penemuan
rare sugars baru. Apalagi hal ini kemudian
didukung dengan tingkat pemahaman
akan fungsi physiologis dari masing-
masing rare sugars, penggunaan rare
sugars bagi obat maupun makanan
kesehatan semakin terbuka lebar.
Disisi lain, sedikitnya informasi
bagaimana rare sugars mampu berperan
sebagai antikanker, bagaimana mekanisme
rare sugars dalam tubuh, sehingga
mampu mempengaruhi beberapa jenis
penyakit berbahaya saat ini seperti virus
HIV, virus Hepatitis B, sangat menggelitik
untuk dikaji dan diteliti.
Indonesia adalah negara yang kaya
akan sumber karbohidrat, baik starch
maupun limbahnya. Pada saat yang
sama, Indonesia menempati urutan ke 6
terbesar dunia untuk penderita penyakit
diabetes, dan masih sangat tergantung
pada impor gula pasir, sangat
berkepentingan terhadap pengembangan
teknologi ini, untuk memproduksi gula
alternatif, yang ekonomis, ramah
lingkungan dan ramah bagi penderita
penyakit diabetes. Selain pasar gula non
kalori, pengembangan xylitol di Indonesia,
sangat berdampak pada kesehatan gigi
anak – anak, yang sangat gemar makan
perment, atau bisa menjadi bahan
campuran pasta gigi, yang segar dimulut
sekaligus melindungi gigi kita.
Teknologi tinggal dikembangkan, dan
potensi pasar terbuka secara luas. Tunggu
apa lagi?
*Budi Saksono, M.Sc, adalah staf peneliti
di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI,
Cibinong.
37
 KEANEKARAGAMAN BAKTERI Bacillus thuringiensis,
BIOLOGI MOLEKULER DAN UPAYA BIOTEKNOLOGI UNTUK
KETAHANAN PANGAN DAN KESEHATAN

Penulis: Eddy Jusuf*

S
erangga adalah mahluk yang paling
banyak jenis dan jumlahnya yang
secara langsung atau tidak langsung
berperan dalam kehidupan dan
perekonomian umat manusia. Bombyx mori
(kupu-kupu penghasil serat sutra) dan Apis
spp (lebah penghasil madu) adalah contoh
serangga yang memiliki nilai ekonomi yang
sejak ribuan tahun telah dibudidayakan
manusia. Tetapi tidak semua serangga
menguntungkan manusia. Untuk
menanggulangi serangga yang merugikan,
sejak revolusi industri pada abad 18 telah
diciptakan bahan kimia beracun yang
disebut insektisida atau pestisida yang kini
jenis dan mereknya sudah mencapai ribuan.
Pada awalnya usaha ini membuahkan hasil
yang gemilang dan dapat meningkatkan hasil
pertanian serta mengurangi wabah
penyakit, namun beberapa dekade
belakangan ini dirasakan dampaknya
dengan kerugian yang sangat besar. Residu
kimia beracun dari insektisida dapat
membunuh serangga-serangga yang
berguna bagi manusia seperti beberapa
jenis-jenis capung, belalang sembah yang
berperan sebagai pemangsa serangga
hama dan hewan-hewan lain seperti
cacing. Secara laten, residu kimia tersebut
terakumulasi baik dalam tanah maupun
dalam jaringan tanaman dan hewan yang
akhirnya dapat terkonsumsi oleh manusia
dan menimbulkan akibat fatal seperti pada
kasus Minamata, Buyat, dan lain-lain.
Dampak lainnya adalah munculnya
resistensi serangga hama terhadap racun
yang sudah sering diberikan sehingga
penggunaan insektisida menjadi sia-sia.
Peranan bakteri sebagai pestisida
hayati
Bt merupakan bakteri patogen terhadap
serangga, oleh karena itu disebut
entomofaga, termasuk dalam keluarga
Bacilliaceae, kelas Eubacteriales, divisio
Schizhopyta. Bt juga merupakan bakteri
tanah yang memberikan reaksi pewarnaan
Gram positif, berbentuk batang dengan
panjang 3-5 mikrometer dan lebar 1-1.2
mikrometer, bergerak aktif (motil) dengan
flagella peritrich (diseluruh dinding sel),
bersifat fakultatif aerob, bisa didapatkan
dari habitat di alam seperti pada tanah, pada
pepohonan, pada debu penyimpanan biji-
bijian serealia, pada pakan ternak, dan pada
serangga yang mati. Bakteri ini
memperbanyak diri dengan menginfeksi
insekta yang secara tidak sengaja memakan
spora dan protein kristalnya, termasuk
bakteri mesofil dengan kisaran suhu
pertumbuhan 15-45oC (suhu optimum 26-
37oC) dan kisaran pH 5,5-8,5 (pH optimum
6,5-7,5). Sporanya berbentuk oval
berwarna hijau kebiruan berukuran 1,0-1,3
mikrometer, sedang protein kristal berukuran
0,6-2,0 tergantung dari tipenya. Protein
kristal disebut sebagai protein Cry atau
d-endotoksin atau disebut juga ICP (Insecti-
cidal Crystal Protein). Protein toksin anti
serangga ini merupakan ciri khas dari Bt
yang dapat membedakan (pada observasi
dibawah mikroskop) dari bakteri Bacillus
lainnya. Secara biokimia dan genetika Bt
sama dengan B. cereus dan B. Antracis,
masing-masing patogen terhadap manusia
dengan penyakit pada sistem pencernaan
dan penyakit antrak. Perbedaannya terletak
pada karakter genetika yang didapatkan
pada DNA ekstrakromosomal yang disebut
plasmid.
Bila serangga memakan spora dan
kristal ini maka enzim dan asam lambung
dalam usus serangga akan melarutkan
protein kristal yang sebenarnya masih
merupakan protoksin menjadi protein toksik
yang terlarut. Protein ini kemudian berikatan
dengan protein reseptor pada pili sel epitel
usus serangga (brush border membrane
vesicle, disingkat BBMV) yang mirip seperti
mekanisme hormon insulin pada sel
manusia. Protein ini berperan memperbesar
pori-pori sel sehingga kesetimbangan
osmosis dalam sel epitel terganggu, cairan
sekitar akan terserap ke dalam sel, sel
menggembung selanjutnya pecah dan
akhirnya berakibat pada kematian serangga.
Untuk lebih efektif membunuh satu individu
serangga diperlukan cukup banyak kristal
protoksin yang akan memperbesar jumlah
sel eptitel usus yang lisis dan mempercepat
kematiannya. Sebenarnya Bt juga membuat
sejumlah besar faktor-faktor virulensi dalam
bentuk protein maupun non-protein atau
bentuk enzim yang dalam kondisi alami
dianggap yang menjadi pemicu infeksi
dengan cara melemahkan sistim pertahanan
serangga tersebut. Apabila serangga telah
mati maka bangkai serangga ini dapat
menjadi media untuk perkembangbiakan
bakteri; spora menetas membentuk sel
vegetatif dan membelah diri sampai dengan

Dengan telah ditemukannya satu jenis

bakteri yang dapat mematikan satu jenis
serangga tertentu oleh Ishiwata tahun 1901
di Jepang yang kemudian diberi nama
Bacillus thuringiensis (selanjutnya disingkat
Bt), maka dimulai revolusi baru mengganti
pestisida racun kimia dengan pestisida
hayati yang sangat spesifik. Keunggulan
pestisida hayati yang dihasilkan dengan
menggunakan Bt adalah dapat membunuh
jenis serangga tertentu dan aman terhadap
jenis organisme lain serta ramah lingkungan.
Formulasi komersil dari bakteri ini sebagai
pestisida biasanya berupa biomasa kering
atau cairan sangat kental yang berisi spora
dan kristal protein yang diperoleh dari hasil
fermentasi. Pada tahun 1990 formulasi
bakteri ini berhasil menggantikan pestisida
kimia sampai mencapai 20 milyar dolar AS di
Gambar 1. Gambaran mikroskopik elektronik dari bakteri Bacillus thuringiensis dari bentuk
pasar dunia (Carlton, et al. 1990).
sel vegetatif, sediaan kering komersial dan bentuk kristalnya

38 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

jumlah tertentu dimana kondisi nutrisi
memungkinkan, kemudian membentuk spora
dan kristal untuk infeksi ulang pada individu
lain.
Protein Cry ini banyak sekali tipenya
tergantung dari galur-galur Bt dan masing-
masing tipe memiliki target atau sasaran
toksisitas serangga tertentu, jadi satu tipe
protein toksik untuk satu jenis serangga
tetapi tidak ada pengaruh atau malahan
dapat menjadikan sumber nutrisi pada
serangga lain.
Galur-galur Bt dan potensi toksik
pada serangga sasaran
Dr. D.R. Zeigler dari Departement
Biochemistry, The Ohio State University USA
adalah kurator dari koleksi Bt dan B. cerus,
telah menyusun katalog (1999) yang berisi
galur-galur Bt dari seluruh dunia yang telah
diisolasi dan diidentifikasi. Bakteri Bt
diklasifikasikan dalam lebih dari 68
subspesies atau varietas dengan istilah
serovar yang ditentukan berdasarkan
perbedaan sifat antigen flagela-nya yang
dapat membuat antisera terhadap serum
darah kelinci. Misalnya serotype 1 adalah
serovar thuringiensis untuk Bt subsp.
Thuringiensis dan serotipe 2 adalah serovar
finitimus untuk Bt subsp. finitimus, dan
seterusnya. Tetapi ada yang tidak
memiliki serotipe yaitu serovar
wuhanensis untuk Bt subsp. Wuhanensis.
Tiap-tiap subspecies ini dibedakan lagi
berdasarkan sifat protein Cry, toksisitas
maupun karakter genetik lainnya dengan
istilah strain (galur). Data dari buku katalog
Zeigler disebutkan, Bt subsp. thuringiensis
memiliki 9 galur, beberapa diantaranya Bt.
subsp. thuringiensis HD2 yang dijadikan
standar antisera untuk penentuan serotype,
dari serotype 3a, 3c adalah serovar alesti
yang memiliki 3 galur diantaranya Bt subsp.
alesti HD4 (standar antisera seotipe ini),
serotype 3a, 3b, 3c adalah Bt. subsp.
kurstaki yang memiliki 22 galur dan satu
yang terkenal dan umum dikomersilkan
Tabel 1. Produk-produk komersial pestisida hayati berbahan aktif berbagai
galur bakteri Bacillus thuringiensis dan serangga sasarannya.
adalah galur HD1 dan masih banyak lagi
serotipe maupun galur-galur yang telah
diidentifikasi.
Tiap-tiap galur Bt memiliki toksisitas
yang spesifik dengan sasaran serangga
yang spesifik, akan tetapi ada juga yang
memiliki beberapa serangga sasaran.
Disamping itu jenis protein Cry yang
diproduksi oleh tiap galur juga bervariasi
dari 1 sampai 5 jenis protoksin. Apabila Bt
tidak menghasilkan protein ini maka secara
nomenklatur tidak disebut sebagai B.
thuringiensis lagi melainkan telah menjadi B.
cereus.
Pestisida hayati dengan formulasi
spora dan kristal Bt telah digunakan sejak
tahun 1920 dan saat ini secara luas dipakai
untuk menanggulangi lebih dari 160 jenis
serangga hama terutama yang termasuk
dalam ordo Lepidoptera, beberapa jenis
Diptera dan Coleoptera. Tahun 1997 Bravo
melaporkan bahwa beberapa galur baru
dari Bt memperlihatkan toksisitas terhadap
serangga dari ordo Hymenoptera,
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
Gambar 2. Mekanisme
toksisitas protein Cry
dalam membunuh
serangga. Kristal yang
tertelan dilarutkan oleh
cairan lambung dan
melekat pada reseptor pili
sel epitel usus serangga
dan membentuk pori-pori
sel yang menyebabkan
ganguan kesetimbangan
osmosis sehingga sel
menggembung dan
pecah.
Homoptera, Mallophaga dan Acarina.
Pengembangan produk komersial pestisida
hayati berbahan aktif bakteri ini diawali di
Perancis tahun 1938 dengan merek Sporine
menggunakan galur Bt subsp. thuringiensis
Berliner. Kemudian diikuti oleh Amerika
Serikat tahun 1957 dengan merek Thuricide
menggunakan galur yang sama.
Sejak ditemukan galur Bt subsp.
kurstaki HD-1 pada tahun 1967,
penggunaan galur Berliner sudah mulai
ditinggalkan karena galur baru ternyata lebih
ampuh. Pada tahun 1980-an perdagangan
pestisida hayati yang berbahan aktif galur
HD-1 dengan berbagai merek mendominasi
pasaran dunia hingga mencapai 60% dalam
bidang pertanian dan 20% untuk kehutanan
menggantikan pestisida kimia. Galur Bt.
Subsp. kurstaki lebih dari 20 tahun
digunakan dan diketahui telah mampu
mengendalikan populasi lebih dari 100 jenis
serangga hama. Galur-galur Bt subsp.
israelensis yang spesifik untuk serangga
dari ordo Diptera baru digunakan pada
tahun 1980 untuk menanggulangi nyamuk
vektor penyakit malaria dan demam
berdarah dan lalat hitam yang mencapai
20% dari total perdagangan pestisida hayati
di pasaran dunia (Frankenhuyzen, 1993).
Berikut ini dilampirkan tabel berbagai merek
produk-produk komersial dari galur-galur Bt
yang telah digunakan dan memenuhi pasar
dunia.
*Drs. Eddy Jusuf adalah staf peneliti di
Pusat Penelitian Bioteknologi - LIPI,
Cibinong.
39
 P r o d u k s i ed i b l e va ccin e
dengan Molekular Farming
Oleh : Anky Zannati*
“Dengan edible vaccine,
suatu saat manusia bisa
imunisasi dengan makan
pisang”
40 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006
P
erkembangan teknologi Molecular
Farming pada tanaman telah
memunculkan konsep baru, yaitu
sebagai penghasil vaksin. Konsep ini
didukung oleh kemampuan tanaman dalam
menghasilkan protein yang beragam, dan
dorongan untuk memproduksi vaksin yang
aman, murah dan praktis, terutama untuk
negara berkembang. Vaksin telah terbukti
merupakan intervensi yang paling efektif
dalam menurunkan angka kematian dan
kesakitan. Dalam penggunaan vaksin,
selain alasan epidemiologi penyakit,vaksin
juga harus efektif dan relatif aman
digunakan.
Dengan mengkombinasikan keefektifan
biaya sistem produksi, kemanjuran dan
keamanan dalam sistem pengirimannya,
tanaman edible vaccine yang
mengekspresikan antigen dalam jaringan
tanaman yang dapat dimakan, dapat
merupakan suatu cara menghasilkan
vaksin oral yang lebih baik. Dalam dekade
terakhir, perkembangan teknologi
rekombinasi DNA dibarengi dengan
perkembangan pengetahuan mengenai
mekanisme patogenesis dan respon imun,
telah mendorong munculnya
perkembangan vaksin baru. Vaksin-vaksin
baru ini termasuk protein dan peptida
rekombinan. Banyak vaksin rekombinan
yang telah memasuki tahap clinical trial.
Dengan mulai berkembangnya riset edible
vaccine, diharapkan dalam 5 hingga 10
tahun mendatang, vaksin-vaksin yang
lebih efektif akan tersedia.
Mason H.S dan Arntzen C.J dalam
Transgenic Plants as Vaccines Production
System pada jurnal Trends in Biotechnol-
ogy tahun 1995,menyebutkan terdapat
dua strategi yang dipelajari dalam
ekspresi transgen dalam menghasilkan
calon vaksin pada tanaman. Yang pertama
adalah mengintroduksi DNA asing pada
vektor Agrobacterium, dimana seluruh
gen yang mengkode antigen (target
antigen) yang berasal dari organisme
patogen seperti virus, bakteri atau
parasit disisipkan dalam vektor
transformasi tanaman. Vaksin ini dapat
digunakan dengan diekstraksi terlebih
dahulu atau juga dapat dimakan langsung,
seperti umbi kentang. Namun sebelumnya
tentu saja harus dilakukan uji
imunogenitasnya, baik dari yang ekstrak
maupun yang dimakan langsung. Strategi
kedua adalah menggunakan virus sebagai
vektor. Dengan cara yang sama, antigen
yang terdiri dari satu atau beberapa
epitop disisipkan pada genom virus. Epitop
umumnya disisipkan pada bagian coat
protein (CP) dari virus vektor, sehingga
menghasilkan protein kimera (chimeric
prtein). Virus tanaman yang biasanya
digunakan diantaranya adalah tobacco
mosaic virus (TMV). Replikasi virus dan
penyebarannya secara sistemik
memungkinkan terjadinya transient
expression dari CP khimera pada semua
jaringan tanaman. Partikel-partikel virus
yang mengekspresikan epitope asing lalu
dimurnikan, selanjutnya uji imunogenitas.
Pada edible vaccine, diharapkan
manusia dapat memakan langsung protein
dari bagian tanaman tanpa dimasak,
karena itulah disebut edible vaccine atau
vaksin siap makan. Pisang adalah salah
satu tanaman yang menjadi target dalam
banyak penelitian, karena pisang
diproduksi hampir di seluruh negara
berkembang, dapat dimakan langsung,
baik oleh anak-anak maupun dewasa. Pada
pisang kini sedang dikembangkan untuk
vaksin hepatitis B dan vaksin HPV (human
pappiloma virus) yang kini telah masuk
tahap evaluasi klinik.
Dengan vaksin telah dibuktikan
banyak mengurangi angka kematian,
penurunan angka penyakit infeksi. Dengan
adanya gelombang baru dari
perkembangan vaksin, seperti edible
vaccine diharapkan dapat melengkapi
bahkan memperbaiki kekurangan yang ada
pada vaksin-vaksin terdahulu. Tantangan
selanjutnya yang harus dihadapi adalah
membuktikan bahwa edible vaccine benar-
benar dapat menjadi vaksin yang aman,
murah, efektif dan praktis.
 Target Target Ekspresi pada Kapasitas
Penyakit vaksin tanaman vaksin
Enterotoxigenic E. Coli Manusia Tembakau Imunogenik, diberikan secara oral.
Imunogenik dan protektif, diberikan
Enterotoxigenic E. Coli Manusia Kentang
secara oral
Imunogenik dan protektif, diberikan
Enterotoxigenic E. Coli Manusia Jagung secara oral
Imunogenik dan protektif, diberikan
Vibrio cholerae (kolera) Manusia Kentang
secara oral
Ekstrak protein imunogenik,
Hepatitis B Manusia Tembakau
diberikan melalui suntik
Hepatitis B Manusia Kentang Imunogenik, diberikan secara oral.
Hepatitis B Manusia Lupin Imunogenik, diberikan secara oral.
Tabel. Protein yang
Hepatitis B Manusia Lettuce Imunogenik, diberikan secara oral.
diekspresikan oleh tanaman
transgenik untuk vaksin Infeksi Virus Norwalk Manusia Tembakau Imunogenik, diberikan secara oral.
pada manusia dan hewan Infeksi Virus Norwalk Manusia Kentang Partikel imunogenik, diberikan
secara oral
Rabies Manusia Tomat Intact Glikoprotein
Human cytomegalovirus Manusia Tembakau Imunological related Protein
Rabbit hemorrhagic Imunogenik dan protektif, diberikan
disease virus Kelinci Kentang
melalui suntik
Penyakit kuku dan mulut Hewan ternak Arabidobsis Imunogenik dan protektif, diberikan
melalui suntik
Penyakit kuku dan mulut Hewan ternak Alfalfa Imunogenik dan protektif, diberikan
melalui suntik ataupun oral
Gastroenteritis
Babi Arabidobsis Imunogenic, diberikan melalui suntik
coronavirus
Gastroenteritis Tembakau Protein intact, imunogenic, diberikan
Babi
coronavirus melalui suntik
Gastroenteritis Jagung
Babi Proektif, diberikan secara oral
coronavirus

Antigen dari
organisme
Virus
tanaman

Gen Penyatuan epitope untuk

Fragmen
Struktur DNA menghasilkan gen
khimera bagi CP virus

Transformasi genetik
Vektor dengan perantara Infeksi tanaman oleh
transformasi Agrobacterium dan virus yang dimodifikasi
tanaman regenerasi tanaman
transgenik
Gambar. Strategi
Transient menghasilkan calon antigen
Penyatuan expression
dari antigen vaksin pada jaringan
gen
asing tanaman.
Tanaman
Kentang Tanaman
tembakau

Pemberian makan Isolasi

pada binatang Ekstraksi partikel virus
percobaan antigen asing
* Anky Zannati, S.Si , bekerja di Pusat
Penelitian Bioteknologi - LIPI, Cibinong.

Penelitian mengenai imunogenitas

Sumber : Trends in Biotechnology (1995), 13 (9)

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 41