P. 1
biotrends edisi dua

biotrends edisi dua

|Views: 534|Likes:

More info:

Published by: SekzerBrataSimatupangWasBorn on Mar 30, 2011
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

12/24/2012

pdf

text

original

Dari Redaksi >>

Biodiversity dan manfaatnya
MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI
Biodiversity, apa itu? Menurut Convention on Biological Diversity (1998), biodiversity (keanekaragaman hayati) adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan, hewan, mikroorganisme, dan ekosistim dimana organisme ini hidup. Karenanya, biodiversity adalah sumber daya alam yang penting bagi manusia dan ekosistem. Biodiversity ini merupakan aset besar dalam pengembangan Bioteknologi, sehingga semestinya negara yang kaya dengan biodiversity dapat memetik hasil dari kekayaan tersebut. Indonesia konon adalah negara biodiversity terbesar kedua di dunia (megadiversity), setelah Brasil. Seharusnya kita bisa menikmati hasil dari kekayaan tersebut. Tapi kenyataannya belum, bahkan kita jauh tertinggal dalam bidang Bioteknologi termasuk pemanfaatan biodiversity. Oleh karena itu, perlu kesadaran dan perhatian kita bersama terhadap kekayaan yang kita miliki dan juga terhadap pengetahuan dan teknologi untuk memanfaatkan biodiversity tersebut untuk kepentingan bangsa dan rakyat Indonesia. Biotrends edisi ini akan menfokuskan pada biodiversity, khususnya tentang berbagai jenis biodiversity dan peluang pemanfaatan biodiveristy tersebut. Diantara topik yang hadir adalah tentang keanekaragaman mikroba endofit yang dapat dijadikan sebagai sumber molekul yang bermanfaat untuk farmasetikal. Begitu juga keanekaragaman bakteri Bacillus thuringtensis yang bisa dimanfaatkan untuk ketahanan pangan dan kesehatan. Juga hadir topik tentang peluang biodiversity, khususnya tanaman untuk penemuan obat penyakit infeksi virus, yang menjadi topik hangat saat ini. Indonesia adalah negara kepulauan dan sekitar 70% diantaranya adalah laut. Karena itu, selain di darat kita juga harus memperhatikan laut, yang diperkirakan juga mengandung biodiversity yang luar biasa. Ini juga tentunya merupakan aset besar yang berpeluang untuk dimanfaatkan. Dalam konteks ini, kami juga menghadirkan artikel tentang “Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia”. Selain itu, yang tidak kalah menarik adalah topik diversity di tingkat mikro; seperti diversity di tingkat protein, gen, dan molekul. Analisa diversity tersebut bahkan tidak terbatas pada organisme yang bisa dikulturkan, tetapi juga pada organisme (khususnya mikroorganisme) yang tidak bisa dikulturkan. Bagaimana caranya? Artikel yang bertajuk “Metagnomik: lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru”. Dengan cara itu bisa dilihat bahwa sesungguhnya di tingkat mikro ditemukan variasi yang sangat beragam. Keanekaragam ini tentunya memiliki fungsi yang beragam pula. Tugas kita adalah menemukan fungsi dari masing-masing protein, gen, atau molekul tersebut. Caranya bisa anda temukan pada artikel-artikel dalam edisi ini, diantaranya adalah “Functional Genomics, untuk mempelajari fungsi gen dalam skala global”. Bahkan keanekaragaman molekul itu bisa diperkaya lagi. Gunanya adalah untuk meningkatkan peluang penemuan obat. Bagaimana caranya? Jawabannya bisa anda temukan pada artikel “Combinational Chemistry, pengayaan molekul diversity untuk penemuan obat”. Namun, perlu kita sadari bahwa agar bisa memberikan manfaat secara terus-menerus, kita tidak boleh mengeksploitasi biodiveristy, tetapi yang lebih penting adalah bagaimana mengolah, memanfaatkan, dan melestarikannya. Apa yang harus kita lakukan untuk itu? Simaklah perbincangan kami dengan Prof. Dr. Endang Sukara, Deputi LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (LIPI). Di sana anda juga bisa melihat upaya yang telah dilakukan LIPI untuk mengolah, memanfaatkan dan melestarikan biodiversity yang kita miliki. Selamat membaca!

Penanggung Jawab: M. Ahkam Subroto Pimpinan Redaksi: Andi Utama Anggota Redaksi: Adi Santoso Bambang Sunarko InesAtmosukarto Wien Kusharyoto Satya Nugroho Sigit Purwantomo Syahrudin Said Sekretariat: Siti Elly Faisholyah Ludya Arica Bakti Yulnawati Wulansih D. Astuti Seksi Promosi dan Marketing: Tutang Yatri Hapsari Betalini Widhi Hapsari Iklan: Sogir Hayat Raharja Fotografer: S. Jitno Rijadi Noor Rachman Design grafis: Wien Kusharyoto Uus Faizal Firdaussy Ahmad Saefudin S Ario Tutuko

BioTrends Majalah Populer Bioteknologi Diterbitkan oleh Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Jalan Raya Bogor Km. 46, Cibinong 16911 Telepon (021) 875 1527, 8754587 Faks (021) 8754588

Hak Cipta dilindungi oleh undang-undang. Dilarang memproduksi seluruh atau sebagian foto, teks, atau ilustrasi isi majalah dalam bentuk apapun tanpa izin tertulis terlebih dahulu kepada penerbit.

Redaksi

2

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

Metagenomik
Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru

/Hal 16
MIKROBA ENDOFIT:
SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI

/Hal 13
Secangkir TEH
Dari Redaksi Biodiversity dan Manfaatnya /Hal 2 Surat Pembaca Komentar dari para pembaca, tentang BioTrends /Hal 5 Program freeware DNA analysis ClustalW, BioEdit, dan CLC Free Workbench /Hal 23 Biokatalis Biokatalis, Enzim dan Biotransformasi /Hal 27

DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI

/Hal 06
Profil Pemanfaatan Biodiversity

Prof. Dr. Endang Sukara
“We are within biodiversity, but we do not know what is the real value of biodiversity”

/Hal 08
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

3

Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

“Functional Genomics ”
un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i gen da l a m sk a l a gl o b a l

/Hal 19
COMBINATORIAL CHEMISTRY: Melirik prospek Bioteknologi kelautan Indonesia /Hal 33 Keanekaragaman bakteri Bacillus thuringiensis, biologi molekuler dan upaya Bioteknologi untuk ketahanan dan kesehatan /Hal 38 Produksi edible vaksin dengan molekular farming /Hal 40 PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT

/Hal 25

Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus

/Hal 30

Rare sugars, karunia yang belum tereksplorasi

/Hal 35

4

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

Menurut saya cover . tanggapan. Agung A. Bioterends sebelumnya baru saya dapatkan setelah memesan pada teman yang kuliah di Bogor. Bandung penyajiannya lebih mudah dimengerti. terutama bidang Bioteknologi. Mohon maaf . Isinya Terlalu Berat Salam kenal. kami akan terus berupaya untuk meningkatkan kualitas majalah ini untuk mencapai tujuan tersebut. nama saya Agung Firmansyah. Namun. untuk edisi perdana kami baru mendistribusikan ke institusiinstitusi pemerintah.toko buku di berbagai kota.surat PEMBACA Koreksi.com. mulai edisi ini kami juga akan mendistribusikannya ke toko . materi dan Menanggapi surat dari sekretaris Kepala LIPI terhadap BioTrends edisi sebelumnya tentang salah penulisan pada kolom profil. IPB . BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 5 . Hari Susanto. kami meralat sebagai berikut: Hal 9 9 10 10 Baris 27 58 9 14 Kolom 1 2 1 1 Tertulis (SD jaman Belanda) Prof. isi dan disain sudah cukup baik. pertanyaan dan artikel anda ke BioTrends@lipi. namun majalah ini agak sulit diperoleh. Menurut saya isinya cukup baik. Saya menyambut hangat terbitnya Biotrends. Kalau bisa. sumbangsih dan permintaan anda: disinilah forum tempat anda memberikan opini mengenai apa yang benar dan salah mengenai hal-hal yang kami angkat di majalah ini dan sebagai sarana agar kami tahu apa yang ingin anda baca. Redaksi: Terima kasih atas tanggapannya.Bogor Redaksi: Terima kasih atas saran dan masukannya. Peter Clezy Petroporphyrin Kirim Pertanyaan dan Komentar Anda Kirimkan opini. Distribusi Biotrends Sebelumya. Peter Klessy Peterporphyrin Seharusnya (SD pada dekade 40-60-an. Mungkin ada benarnya edisi sebelumnya memuat artikel yang agak sulit dipahami terutama bagi orang yang tidak berkecimpung di dunia Bioteknologi. Saya termasuk orang yang sangat menyenangi dunia ilmu pengetahuan.id atau Biotrends@yahoo. Samhoedi Prof. tapi sepertinya terlalu berat dan sulit dicerna.) Prof. Sambudi Prof. Tetapi mengingat tujuan penerbitan majalah ini adalah untuk mempopulerkan ilmu pengetahuan di bidang Bioteknologi untuk berbagai lapisan masyarakat.go. opini.Saya ucapkan selamat atas terbitnya edisi perdana dari Majalah Biotrend.

harganya murah). sepertinya kini sudah tidak relevant lagi. jelas merupakan bagian terpenting dari pusat itu. Sejujurnya penjajahan era kini meskipun sifatnya halus dan tidak kasat mata mungkin jauh lebih dahsyat dampaknya daripada penjajahan fisik yang menimbulkan trauma. Apa gerangan yang salah dengan negeri ini? Sebuah anecdote tentang orang Uganda. Banyak alasan (excuses) yang dijadikan kambing hitam sebagai penyebab keterpurukan bangsa ini. Argumentasi lain adalah karena alam Indonesia terlampau ramah dan pemurah. ternyata kini sudah benar-benar melayu. Nyatanya juga tidak demikian. melalui pembangunan tentunya. dan energik. akan tetapi terlalu naïf rasanya untuk melimpahkan semua kesalahan hanya kepada si penjajah. Menurut yang empunya cerita. yaitu Melayu. logikanya kita akan menemukan sosok-sosok manusia Indonesia yang rajin. istilah Jawa yang berarti lari. Kriteria utama penetapan pusat-pusat itu adalah adanya keanekaragaman tanaman budidaya yang tinggi di masing-masing pusat tersebut. terutama Gambar: Nikolai Ivanovich Vavilov. Suatu ungkapan versi lain untuk tidak menyebut malas. tandus dan gersang. Bahkan ada kesan bahwa dinamika dan mobilitas penduduk di daerah-daerah seperti itu justru (maaf beribu maaf) rendah. maka di belahan Nusantara yang alamnya tidak dapat dipandang ramah dan pemurah. konon ketika Tuhan bermurah hati memberikan pilihan kepada orang. pisang atau otak”. Maklum makanan juga serba sulit. tak pelak lagi Asia Tenggara ditetapkannya sebagai salah satu dari 8 pusat asal usul tanaman budidaya dunia. Katakanlah di jaman Majapahit atau Sriwijaya. rakyat Nusantara tetap saja hidup bersahaja untuk tidak dikatakan melarat. Konsekuensinya tentu mudah ditebak. Setelah kemerdekaan tercapai. Malaysia yang dimotori etnis yang sama. secara spontan mereka pun memilih pisang”. Tuhan berseru “ Hai kamu bangsa Uganda. Namun kekayaan itu pulalah yang telah mengantar bangsa ini ke neraka penjajahan. Meskipun pada kenyataannya pusat keanekaragaman suatu jenis tanaman tertentu tidak harus selalu identik dengan pusat asal usul dari tanaman yang bersangkutan. dan melesat meninggalkan Indonesia sambil membawa segelintir saudara serumpunnya. Salah satunya adalah dampak dari penjajahan yang berlangsung lebih dari 3. yang sulit dicari tandingannya di dunia. Kajian lebih lanjut yang dilakukan oleh ilmuwan lain sesudahnya semakin mengukuhkan pernyataan Vavilov. Dan konon sejak itu pula pisang berlimpah di negara itu sehingga dijadikan makanan pokok penduduk setempat. barangkali menurut versi orang Inggeris yang pernah menjajahnya. sebagai bagian dari kawasan Asia Tenggara. Indonesia diibaratkan sebagai “The Garden of Eden” karena keanekaragaman buahbuahannya. mungkin bisa membantu menguak kabut hitam kelam yang menyelimuti bangsa kita. Andaikan pernyataan itu benar. Indonesia. terkesan sederhana namun mengandung makna yang sangat dalam. kecuali apel.secangkir TEH DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI Penulis: Made Sri Prana* K etika Nikolai Ivanovich Vavilov. yang berkarang. tongkat pun ditancap tumbuh jadi tanaman kata Koes Bersaudara. Istilah orisinilnya the IndoMalayan Centre. Bahkan oleh salah satu tokoh keanekaragaman hayati.5 abad. kegiatan pikir memikir menjadi masalah. subur kang sarwi tinandur (segala yang ditanam tumbuh subur). Anecdote itu sungguh sangat menyakitkan. yang konon merupakan jembatan emas menuju masyarakat yang adil dan makmur. Ini mungkin juga terkait dengan pasokan energi yang tidak/kurang memadai. Sementara itu asumsi faktor etnis yang menjadi penyebab keterpurukan Indonesia.org) 6 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .lainsigna. Pilihlah salah satu yang kamu mau. Dengan semua kekayaan itu konon Indonesia pernah berjaya di masa silam. Argumentasi itu mungkin ada benarnya. meskipun sekedar sebagai pembantu. telah membuat bangsa ini menjadi manja . (www. ulet. Maka tanpa berpikir panjang. murah kang sarwi tinuku (segala yang dibeli.menyimpulkan hasil kajiannya tentang asal usul tanaman budidaya setelah perjalanan panjang melanglang buana. kau lihat di tangan kananku ada pisang dan di tangan kiriku ada otak. ilmuwan terkemuka Rusia.

8-9 November 2006: International Seminar on Tropical Animal Production (ISTAP-4). Made S. herdis_bppt@plasa. dan persatuan itu adalah rohnya organisasi. sebenarnya humor itu telah menyadarkan orang Uganda. Pentingnya otak atau SDM dalam meniti kehidupan dan kelangsungan hidup (sustainability) sebagai individu. Dengan bekal itu. persaudaraan.INFO bagi orang Uganda (juga kita yang simpati). Dayar Arbain.id/index. E-mail: Iis_arifiantini@telkom.apsprogram. M. Kontak: Dra. Prana. takdir69@yahoo. FKH.com. http:// www. jangan hendaknya dipertentangkan. Dan kalau pada suatu saat nanti di antara kita kebetulan ada yang meraih prestasi luar biasa maka pernyataan “ I am proud of him/her. sebab belakangan diketahui pula pentingnya kecerdasan emosional (EQ). IPB. Kesalahan serupa (salah pilih) konon juga mengantarkan Kurawa ke jurang kehancuran kalah perang di Kuru Setra melawan Pandawa .net. sementara perbedaan adalah anugerah yang berfungsi sebagai pengikat. 8 April 2006: Seminar Sehari: Peranan Bioteknologi Reproduksi dalam Pembangunan Peternakan di Indonesia. akan tetapi sikap dan komitmen dalam merealisasikannyalah yang tampak sangat berbeda-beda. 0251-629474. terutama dengan negara-negara maju. Pasalnya mereka lebih memilih mendapatkan bantuan bala tentara dan alat perang yang kuat daripada merangkul Sri Krishna. sementara teknologi atau pengetahuan tentang teknik membuka terus peluang untuk berinovasi sesuai tuntutan dan perkembangan jaman. semoga saja bioteknologi mampu memberikan kontribusi maksimal kepada pembangunan nasional sebagaimana yang selama ini diharapkan. Fax. kelompok. kalaupun ada.isap4.+62-751-72645. garam di laut asam di gunung bertemu dalam jambangan. Dr.com 2. Akibatnya integritas tim (team work) tidak solid atau bahkan berantakan. atau kirimkan e-mail ke info@apsprogram. guna meningkatkan kesejahteraan bangsa dan negara sekaligus mewujudkan konsep pemanfaatan sumberdaya hayati secara lestari. Teknik pada saatnya akan daluarsa. Spices and Other Natural Products (ASOMPS) XII. Banyak di antara kita yang hanya siap memimpin dan tidak terlalu siap untuk dipimpin.arbain@telkom. formulir. Cibinong. Jalan Agatis Kampus Darmaga IPB. integritas. Tel.ac. Persamaan adalah sebuah berkah yang menjadi perekat. Ir. salah seorang mantan Ketua LIPI yang disegani pada masanya. dan kita kitakan kami. Kontak: www.or.R. atau telepon kantor APS (021) 527 7648.or. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 7 . Keanekaragaman genetik Indonesia yang berlimpah itu menunggu kreativitas tangan-tangan trampil untuk meramunya menjadi produk-produk unggulan guna menunjang pengembangan berbagai sektor pembangunan agar sebagai bangsa kita tidak dipandang bak tikus jatuh ke lumbung mati kelaparan. Artinya wajib adanya ciri profesionalisme. Di sini persamaan dan perbedaan sama pentingnya. He/she is one of us!!!” akan terdengar sungguh sangat nyaring di telinga dan mengharukan di hati. tidak perlu dimunafikan sepanjang sifatnya saling menguntungkan (mutual benefit). E-mail: asompsxii@unand.unand. Padang 25163.id. Ini tentu sangat berbeda dengan ucapan “ Why him/her? Why not me?” yang lebih kerap terdengar dalam kehidupan sehari-hari. SEMINAR 1. Kita perlu menguasai teknologi dan bukan sekedar teknik agar mampu terus berkreasi. Animal Production and Sustainable Agriculture in The Tropics . tak peduli apapun bentuknya.net. Dengan semangat kebersamaan dan persaudaraan itu kita kamikan saya. Para anggota tim harus memiliki persamaan visi namun berbeda dalam kepakaran sesuai misi yang diemban. The University of Andalas. Tema itu relevant tidak hanya untuk tahun ini melainkan berlaku sepanjang masa dan buat siapa atau organisasi apa saja. yaitu tim peneliti. tentang betapa pentingnya otak dalam menjalani hidup dan kehidupan ini. Tetapi bioteknologi juga memiliki karakteristik synergisme dan pendekatan multidisiplin sebagai salah satu prasyarat.id atau d.id/asompsxii BEASISWA AUSTRALIAN PARTNERSHIP SCHOLARSHIPS (APS) Studi Pasca Sarjana di Australia Pendaftaran APS akan dibuka tgl 8 Mei 2006.ac. sesuai situasi dan kondisi. 0251626368.id). Gadjah Mada University. penasehat yang arif dan bijaksana. bisa dilihat dan didownload dari website aps (www. Bioteknologi menawarkan banyak peluang dan terobosan untuk bisa memanfaatkan khasanah/kekayaan sumber daya hayati untuk kesejahteraan bangsa. Akan tetapi bila diambil hikmahnya.php 3. APU adalah staf peneliti utama di Pusat Penelitian Bioteknologi .ac. Tepat sekali slogan “Bersatu meningkatkan mutu” diangkat sebagai tema filosofis dan spiritual oleh Puslit Bioteknologi LIPI. Kerjasama dengan pihak luar dalam hal ini. Masala pun akhirnya kerap timbul karenanya. APS akan mengadakan road show di kota-kota besar di seluruh Indonesia di bulan Mei-Juni 2006. *Dr. Itulah antara lain secuil cuplikan wejangan dari berbagai upaya serius dan sistematis untuk menggalang persatuan di lingkungan LIPI yang pernah dilakukan oleh Prof. Auditorium of Faculty of Animal Science. Formulir pendaftaran dan informasi lebih lanjut mengenai persyaratan beasiswa APS. Mereka bisa menikmati (bersama kita) benefit dari kekayaan sumberdaya genetik Indonesia. Kebersamaan. Jadilah sayur asem yang nikmat dan menyegarkan. jadwal road show. Bagian Reproduksi dan Kebidanan.+62-751-72645/71085. Fax. dan dinamika para pelaksananya. orang Afrika dan bahkan kita semua.LIPI. Rectorate Building 2nd floor. 13-18 November 2006: Asian Symposium on Medical Plants. Perbedaanperbedaan yang lain. mentok di ujung. Iis Arifiantini. sedangkan kita bisa menimba pengetahuan (knowledge) dan bukan sekedar ketrampilan (skill) dari mereka. Dr.ugm. Fakultas Kedokteran Hewan IPB. Semua pasti menganggap bahwa SDM itu penting. bangsa dan bahkan umat manusia (human being) sudah menjadi rahasia umum. Kontak: Prof.Si. baik untuk jajaran pemimpin maupun yang dipimpin. Otak atau tentu saja tidak harus diterjemahkan sebagai kecerdasan inteletual (IQ) semata. Telp. Semua itu toh juga karunia Tuhan yang harus disyukuri. Ibarat masakan. Tubagus Bachtiar Rifai. Research Institute. Yogyakarta.

Sebelum masuk sekolah. but we do not know what is the real value of biodiversity” Indonesia adalah negara yang kaya dari keuntungan hasil berjualan untuk dengan biodiversity (keanekaragaman ditabung atau untuk keperluan sekolah.Profile: Prof. anak-anak di Ciawi waktu itu. dan kepentingan umat manusia. semua dipenuhi oleh rumah-rumah. Sebenarnya saya ingin jadi dokter. tenteng kacang dan lain sebagainya untuk dijual di pasar Ciawi. saya langsung ke dapur membantu orang tua membuat berbagai jenis makanan kecil mulai dari permen. pak Basyuni Suriamihardja. Usai sarapan. but Endang Sukara. Dan itulah keseharian kebanyakan kita miliki tentang biodiversity ini. (IPH). wajik. Terasa begitu asri. Sewaktu tinggal bersama kakek dan terus berupaya melakukan terobosannenek. Sungai kering penuh lumpur bersampah dan airnya sangat kotor. Saya mencoba mengadu nasib dengan ikut tes di Universitas Padjadjaran (Unpad). Di sini Endang juga dikenalkan dengan pak Gazali Dunia (kolega pak Basyuni). Namun dengan segala keterbatasannya. makanan kecil seperti kerupuk yang dibuat dari beras ketan.000 Endang hijrah ke Jakarta dan disinilah Endang mulai meniti karirnya. Itulah suasana sekitar 45 tahun yang lalu. dan waktu itu kebanyakan orang ingin jadi dokter. We are within the biodiversity. seusai sekolah. Dr. Saya lahir 52 tahun yang lalu di satu kampung di kabupaten Tasikmalaya yang terletak di kaki Gunung Galunggung. berikut wawancara redaksi Biotrend dengan Prof. Ketua Umum Perhimpunan Guru Seluruh Indonesia) yang memberikan bimbingan untuk kelanjutan pendidikan saya. Kegiatan ini bangsa karena banyaknya dilakukan saat menjelang magrib sampai keterbatasan ilmu pengetahuan yang isya. Tapi saya juga menyadari banyak keterbatasan termasuk tentunya keterbatasan 8 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . saya dirawat oleh kakek dan nenek di kampung kelahiran saya di Indihiang Tasikmalaya. Endang diantar ke Jakarta oleh pamanda Wasita Kontara (mang guru) dan dipertemukan dengan Pak Basyuni. biasanya ikut dengan kakek ke sawah. Bisakah Bapak bercerita sedikit tentang masa kecil Bapak? Saya nggak tahu harus bercerita dari mana. Nasib belum beruntung. anak-anak kampung lainnya. 7 tahun. Dr. tutur Endang. dodol. Kolam dijumpai di mana-mana. saya kemudian ke Ciawi mulai sekolah di Sekolah Rakyat No. shalat subuh biodiversity tersebut untuk berjamaah di masjid (surau). Pertama di Jakarta mungkin lebih banyak pilihan.Kabupaten Tasikmalaya. yang bisa ditumpangi. pasti biaya masuknya mahal. Bagaimana LIPI melakukannya. Dengan modal Rp. sekecil apapun sumbangannya. lebih kemudian menemani nenek di dapur khusus lagi bangsa Indonesia. sambil menikmati hangatnya tungku. Endang Sukara “We are within biodiversity. Sungguh sangat mengasyikan karena dengan cara ini saya juga mendapatkan uang dana. saya tidak berhasil mendapatkan panggilan pertama. beraneka ragam jenis ikan dan udang serta kerang sangat mudah di dapat. namun kekayaan ini belum Kegiatan lain yang rutin saya lakukan bisa dimanfaatkan untuk kejayaan adalah pergi ke Madrasah. Lalu kenapa Bapak tibatiba ingin ke Jakarta? Cita-cita kan boleh tinggi. Saya masih ingat. hayati). “Tidak heran kalau orang bilang Indonesia adalah serpihan dari syurga”. Kedua. yang berjarak sekitar 25 km dari tempat ayah dan ibu menetap dan berusaha. Kolam di sekitar kampung nyaris tinggal kenangan. sungai yang sangat jernih. udara yang bersih. Setiap subuh memahami. Ada tiga pertimbangan. bahwa setiap hari. Ayah dan Ibu saya adalah pedagang kecil di Kecamatan Ciawi . dan memanfaatkan dibangunkan kakek. Ketiga di Jakarta ada adik kandung ayah yang sudah lama menetap. Terasa pengap. Di masa kecilnya tidak kedeputian ilmu pengetahuan hayati pernah membayangkan akan ke Jakarta. Saat memasuki usia sekolah. Akhirnya Terkadang juga ikut membakar “opak”. Hal ini terus berlangsung sampai menjelang saya masuk SMA. 4 Ciawi. Kalaupun dipaksakan. LIPI (Lembaga Ilmu Endang adalah anak kedua dari 8 Pengetahuan Indonesia) khususnya bersaudara. Pak Basyuni menyarankan untuk mendaftarkan diri ke Fakultas Biologi Universitas Nasional. country. Endang tidak ubahnya seperti terobosan untuk melindungi. 30. Indonesia. paling tidak untuk sementara. Sekarang suasananya sangat berbeda. Saya juga sering kali ikut menjajakan makananmakanan kecil ini di kampung termasuk ke pusat-pusat keramaian seperti terminal bus dan stasiun kereta api. Endang membayangkan suasana yang nyaman. di Jakarta ada famili (famili suami adiknya ayah. Karena itu saya memutuskan untuk nggak jadi masuk Unpad dan memutuskan untuk mencoba mencari peluang melanjutkan pendidikan di Jakarta. Deputi Kepala we do not know what is the real value of LIPI Bidang IPH yang juga salah biodiveristy for the prosperity of this seorang pakar biodiversity kita.

saya sudah mulai dikenalkan sejak tahun 1974. Sambil bekerja.000. Pak Sugardjito (sekarang Direktur Program Fauna and Flora International di Indonesia) dan Pak Barita Oloan Manullang. Lalu bagaimana Bapak bisa ke LIPI? Dari kegiatan di lapangan. konservasi. Saya adalah mahasiswa yang beruntung diberi kesempatan mendampingi Birute Galdikas Brendamour dan sekaligus ikut melakukan penelitian primata di hutan (Taman Nasional Tanjung Puting). Segala tingkah laku orang utan. Kita juga menyelenggarakan seminar di Istana Wakil Presiden tentang Pelestarian Orang Utan. Bagaimana Bapak menyesuaikan diri dengan kehidupan Jakarta? Awalnya agak susah. Saya mendaftar dan ikut tes di Bogor. mendiskusikan hasil penelitian dan mengolah data. yaitu ke Taman Nasional Tanjung Puting. Bersama dengan teman-teman kita menerbitkan majalah Biologica. “UNAS di bawah kepemimpinan Prof. Disamping itu kami juga ikut aktif dalam kelompok 10 bersama Pak Emil Salim. Pada waktu itu pengaruh kedaerahan sangat kuat. setiap arah gerakan diukur dan arah diperiksa dengan kompas sehingga kita tahu posisi saat itu. Saya lebih senang bekerja dengan lingkungan dan juga masyarakat. Bapak Dayat Bastiawan. Pada waktu itu Birute Galdikas Brendamour dari UCLA menginginkan counter part mahasiswa dari UNAS yang ikut bersamanya ke lapangan. dan juga bagaimana mereka membuat sarang diikuti dan dicermati dengan teropong dan dicatat. Setelah saya lulus sarjana muda mendapat gelar BSc. Dulu senang senang mengerjakan macam-macam kegiatan khususnya yang berhubungan dengan masalah lingkungan. Judul penelitian saya adalah tentang diosgenin dalam tumbuhan Costus. Selama di UNAS saya juga banyak belajar dari Pak Jatna Supriatna (sekarang direktur Conservation International di Indonesia). di bawah bimbingan Ibu Setijati (pada waktu itu Direktur LBN-LIPI) dan Prof. saya bilang kalau saya masih ingin menyelesaikan studi saya di UNAS. Saya sendiri tidak terlalu menyadari kalau itu semua kelihatannya sebagian dari hobi. Koesnoto (pada waktu itu Dekan Fakultas Biologi UNAS). saya ikut aktif pada program rehabilitasi orang utan di Taman Nasional Tanjung Puting. Pusat Penelitian Botani LBNLIPI. Selama di Tanjung Puting. Sutan Takdir Alisyahbana dan Fakultas Biologi dibawah pimpinan Prof Koesnoto cukup disegani waktu itu” tegas Endang. Perhatian dengan lingkungan hidup. Sewaktu tes. Di base camp. Akhirnya pada tahun 1979 saya dapat menyelesaikan kuliah. Saya pernah juga menyelenggarakan pameran tungku hemat energi di kampus UNAS dan senang sekali karena juga dikunjungi Pangeran Bernard dari Belanda. Kita juga mengadakan kerjasama dengan Kuartir Nasional Pramuka. saya melihat pengumuman bahwa Lembaga Biologi Nasional (LBN – LIPI) menerima pegawai baru. Jadi Bapak sudah sejak lama punya perhatian terhadap lingkungan hidup? Oh iya. Selain itu kita juga sangat aktif kerja sama dengan berbagai pihak termasuk Mapala UI. Kelompok 10 ini menjadi bidan pendirian lembaga swadaya masyarakat (LSM) yang dikenal dengan Wahana Lingkungan Hidup (Walhi). saya juga melakukan penelitian di tempat saya bekerja. akhirnya saya memutuskan untuk bergabung dengan laboratorium mikrobiologi Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI. Kita membuat program yang namanya “Wisata Kasat Bumi”. mulai dari keluar sarang sampai masuk sarang lagi. Setelah orang utan kembali ke sarangnya (biasanya lepas maghrib). seperti apa yang dimakan oleh “maroon red leaf eating monkey”. Bagaimana di bidang riset sendiri? Di bidang riset. atau orang utan sekalipun pernah belajar cukup intensif tentang masalah ini dari Birute Galdikas. Pak Gardjito meneliti “gibbon”. dan juga masalah sosial. dll. seminggu sekali pergi ke kampus UNAS. Karena itu dan juga atas undangan Pak Susono (pada waktu itu pimpinan Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI). Kebetulan uang masuknya Rp. Melalui grup pencinta alam. mengintroduksi bagaimana melakukan penelitian ekologi. saya meneliti “maroon red leaf eating monkeys ” alias Presbytis rubicundus . saya dan pak Gardjito banyak juga membantu Brendamour meneliti social behaviour dari orang utan dan program rehabilitasi orang utan. Saya menjadi ketua selama 2 tahun dan selama kepengurusan saya banyak yang dilakukan. misalnya Bapak Eddy Jusuf (sekarang menjadi peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). taksonomi. Saya pernah menjadi sekretaris senat di Fakultas Biologi. Selain kuliah. Kalimantan Tengah. Saya kemudian dibimbing oleh bapak Soetarjo BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 9 . sampel-sampel yang dimakan berupa bauh atau daun kemudian dikumpulkan dan dipelajari di Herbarium Bogorensis. saya mengumpulkan banyak data. apa kegiatan Bapak sewaktu di UNAS? Macam-macam. Saya banyak belajar dari Pak Eddy tentang kehidupan di Jakarta.Endang ke Universitas Nasional (UNAS) dan mendaftarkan diri menjadi mahasiswa di Fakultas Biologi. diantaranya ikut menggalang pembinaan kesadaran lingkungan dan mengenai ilmu biologi lainnya kepada siswa-siswi SMA. Saya masih diberi kesempatan. waktu saya masih menjadi mahasiswa tingkat 2 di UNAS. Saya juga senang sekali karena ada senior yang bisa bahasa Sunda. saya bahkan sering diajak menginap di rumahnya. Akhirnya saya diterima dan mulai bekerja pada tahun 1977. Dari UNAS selain saya juga ikut Pak Sugardjito. gibbon. meneruskan kuliah. kita mengajak siswasiswi SMA ke lapangan. Tapi kenapa Bapak kemudian mendalami bidang mikrobiologi di LIPI? Saya nggak begitu senang dengan penelitian lapangan mengamati dan mempelajari primata seperti lutung merah. suatu hari saya pernah menjadi moderator dalam acara pembahasan sampah kota. 30. Untung di UNAS saya ketemu dengan teman se-SMA. Sebenarnya sederhana sekali. Kami pada waktu itu mempunyai hubungan dengan Univeristy of California LA (UCLA). Pagi pagi buta saya dan pak Gardjito menemani Brendamour berangkat ke hutan. Ini juga berguna untuk mapping ruang gerak orang utan tersebut. Disitulah saya kenal dengan LIPI. Waktu itu yang menjadi pembicara kunci adalah Pak Ali Sadikin (Gubernur DKI Jakarta waktu itu). Saya masih ingat. kami bekerja lagi. kita pulang. Indonesia. Agar tidak tersesat. Saya juga ikut membesarkan Biological Sciences Club di sana. Disamping melakukan penelitian. Selama melakukan penelitian saya dibimbing secara teknis oleh bapak Lubis (staf senior di Pusat Penelitian Botani). Bahasa Jakarta sangat berbeda dengan bahasa Indonesia.

Oleh Dr. Endang pernah menjadi Sekjen di (Himpunan Pengajar dan Peneliti Indonesia di Australia) cabang Brisbane. pembimbingan dialihkan ke DR. “Tapi sekarang saya merasakan banyak hikmahnya”. suami Dra. “Jika saya jalan dari misalnya Bogor ke Bali. Tulisan tersebut berjudul “Emas Hijau sebagai Alternatif untuk Keluar dari Krisis Multidimensi”. Saya harus nginap di rumah mereka. Kepala Balai Teknologi Proses. Beliau menulis buku tentang microbial physiology dan kemudian menjadi buku pegagang di seluruh dunia. yang menjadi kenangkenangan sampai sekarang. di Brisbane. Itu semua pada waktu itu merupakan ilmu yang sangat modern karena tidak pernah ditemukan di Indonesia baik di bangku kuliah maupun selama bekerja di LIPI. Bagaimana Bapak bisa tertarik dan sampai menjadi narasumber Biodiversity di LIPI? Saya juga nggak tau ya. Saya pernah menjadi Kepada Balai Biak Sel dan Jaringan. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. Saya masih ingat. V. Alhamdulillah saya mendapat nilai yang memuaskan dari Prof Skerman. akhirnya saya memutuskan untuk menggunakan kapang tempe alias Rhizopus oligosporus. walaupun tidak sempat dilisensi orang. Oleh Pak Susono. Di Biotek saya macam-macam juga. Bimbingan penuh saya dapatkan selama saya mengikuti program kualifikasi dan program master. Saya harus cari key enzyme seperti adolase. Segala macam cara saintifik untuk identifikasi yeast ini dilakukan. Dalam hal ini saya banyak dibantu sama teman seperti Wangchen dari Thailand dan Tao dari Cina. Saya harus banyak pergi ke perpustakaan. Saya mulai memahami ilmu pengetahuan hayati dalam tingkatan yang lebih makro. Melalui proses skrining. selama 3 bulan. dll. Setelah itu saya pergi ke Australia. saya diarahkan untuk melanjutkan penelitian di bidang teknologi fermentasi dan mengambil topik baru untuk program doktor saya yaitu “microbial convertion of cassava starch to mycoprotein”. dan Kepala Puslitbang Bioteknologi sampai akhirnya dipercaya menjadi Deputi Kepala LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (IPH). Bangga juga karena proses ini kemudian didaftarkan ke kantor paten dan mendapatkan nomor paten pada tahun 1986. dan yang penting belajar memelihara dan menumbuhkan yeast ini dalam berbagai jenis medium mulai dari media gypsum hingga berbagai jenis media agar untuk melihat karakteristik yeast ini mulai dari sporulasi sampai dengan sifat-sifat fisiologisnya. Senang sekali karena ada tugas yang dapat saya selesaikan. itu berat sekali. sering diantar ke manapun saya perlu dengan gratis. kata Endang. Di Australia. Saya kemudian membuat tulisan yang kemudian saya bacakan dalam orasi ilmiah untuk pengukuhan Ahli Peneliti Utama (APU) saya. Kemudian yang menarik juga dari kuliah-kuliah yang saya ikuti di Queensland ini adalah menentukan pathway dari satu kuman tertentu. B. Saya juga menyadari bahwa sesuai dengan Surat Keputusan Presiden dan tugas dari Kepala LIPI. Horst Doelle mikrobiolog handal asal Jerman ahli dalam bidang microbial physiology. Pulang dari sana saya menulis satu buku yang berjudul “Menanam Jamur Merang di Pekarangan”. D. Saya juga dikenalkan dengan pakar mikrobiologi di kawasan ASEAN melalui berbagai channel termasuk UNESCO. saya kemudian dikenalkan dengan mikrobiologiwan Indonesia.Brotonegoro (alm) dan diberitugas meneliti tentang masalah kompos. saya belajar bagaimana membuat jamur tropis (edible tropical mushrom). Jadi selama di Australia. Dengan dana UNESCO ini. Begitu juga kalau sampai di Bali. Di Australia saya belajar tentang systematic bacteriology bersama Prof. Tomita dari Hokaido University dalam kerangka program kerjasama LIPI dengan JSPS. Waduh. saya dibawah berhasil mengembangan “One step process for the production of mycoprotein and enzyme”. Endang sering menjemput karyasiswa yang baru datang ke Australia dan membantu memfasilitasi agar masa transisi karyasiswa baru berjalan dengan mulus. Dan beberapa publikasi ilmiah di jurnal-jurnal yang baik seperti European Journal of Microbiology and Biotechnology. Kita kehilangan banyak biodiversity. Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Satu yang saya berhasil mengenali yeast pada tahap pertama kali adalah Trigometris karena sporanya berbentuk segitiga. kenangnya. Skerman di Deopartment of Microbiology. Akhirnya semua yeast tersebut bisa diidentifikasi. mampir dulu di Bandung atau Jogja. Itu merupakan metamorfose secara perlahan-lahan. yang lebih senior. Saya pernah dikirim ke Philippina untuk belajar budidaya jamur merang melalui program UNESCO dibawah bimbingan Prof. dan Ketua PPIA (Perhimpunan Pelajar Indonesia di Australia cabang Brisbane). Skerman? Ya. pada masa kualifikasi di universitas ini diberi tugas untuk mengidentifikasi 10 jenis yeast. Skerman akhirnya pensiun. Itulah hikmah silaturahmi yang saya rasakan yang dulu tidak pernah saya bayangkan”. Philippina. Emas hijau yang dimaksudkan di sini adalah biodiversity. Bapak dibimbing oleh Prof. Ratu Ratna Isnaniah ini juga aktif di berbagai organisasi. pasti teman-teman itu tidak membolehkan saya menginap di hotel. Dan setelah perumusan kebijakan harus mampu dirumuskan dan dilaksanakan. Di sini saya mempunyai peluang untuk belajar lebih banyak dari Puslit dan Unit-unit yag ada di bawah kedeputian saya. Saya sangat bersykur sekalipun Prof. Saya senang juga bisa mempatenkan. Penelitian yang saya rintis bersama dengan Prof. Endang membantu mereka mencari tempat tinggal. saya harus bisa mengembangkan dan merumuskan kebijakan dalam bidang ilmu pengetahuan hayati termasuk biodiversity. Apa yang Bapak dalami di Australia? Saya berangkat ke Australia tahun 1982 dengan dana beasiswa dari program Colombo Plan Australia. Dengan menggunakan kapang tempe ini. Saya juga meneliti masalah biogas. saya harus banyak bertanya. Saya juga diminta untuk melihat GC ratio. saya harus belajar menggunakan mikroskop dengan baik. Bahkan keluarga Endang tidak keberatan untuk sementara menampung karyasiswa sebelum karyasiswa mendapatkan tempat tinggal. Queensland University. amur merang. mulai melihat 10 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Romeo Alichbusan dari Tropical Mushroom Research Center di Bicutan. Doelle.

tepatnya dengan National Institute of Technology and Evaluation (NITE) didedikasikan untuk mempelajari taksonomi mikroba asli Indonesia. Scientific intergrity harus ditautkan dengan social responsibility BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 11 . Ribuan mikroba dari kelompok fungi dan aktinomisetes berhasil dikumpulkan dan dipelajari. lingkungan dan sosial. protein. Saya melihat ini yang jauh lebih strategis. ada program yang namanya tematik. Harapan kita. Saya sangat berharap agar koleksi tumbuhan (Herbarium dan Kebun Raya) serta koleksi fauna (Museum Woologicum Bogoriense) dapat diikuti oleh LIPI Microbial Culture Collection (LIPI-CC) yang diakui dan memenuhi Treaty Budapest. Pertelaan ilmiah tentang tumbuhan di kawasan Asia Tenggara yang dituangkan dalam buku PROSEA (Plant Resources in South East Asia) yang dikembangkan oleh Yayasan PROSEA dapat dijadikan modal untuk kegiatan di atas. dll. Dia itu sebenarnya didedikasikan untuk pembangunan kompetensi. dan fungi) yang kemudian dikenalkan sebagai mikroba endofit. dipelajari dan dimanfaatkan. Saat ini sungguh kita sebagai bangsa tidak mengerti apa-apa tentang biodiversity. Untuk membangun kompetensi ini tidak ada jalan kecuali link dengan international scientific community. Kita kehilangan banyak biodiversity. kita telah meratifikasi CBD (Convension Biological Diversity) dengan UU No 5 tahun 1994. small peptide. sebagian dari pisang. Jika saja kebijakan pemerintah berpihak pada pentingnya penelitian dan pengungkapan khazanah biodibersity milik bangsa ini dan mampu mengubahnya menjadi dollar. sosial maupun lingkungan. sungguh bangsa ini tidak dilahirkan untuk menjadi bangsa yang miskin. nilai sosial dan nilai lingkungan yang tinggi. cikal bakal antibiotik baru. Dan kehidupan bangsa kita dan bangsa-bangsa di dunia hanya tergantung pada puluhan saja biodiversity yang ada. Mulai sekarang kita galakan program penanaman. Banyak lagi contoh yang lainnya yang membuktikan adanya berbagai potensi dari biodiversity. Kalau di Sulawesi ditanami dengan Eboni misalnya. Dan tidak mengherankan jika LIPI mendukung perubahan kawasan Muller menjadi World Natural Heritage demi keselamatan pulau ini dari proses kehancurannya. punya tanah yang subur. Saya juga heran. Hutan juga berfungsi untuk konservasi air. industri nata de coco yant besar seperti Kara. Kedepannya diharapkan kita bisa mempunyai koleksi kultur mikroba yang bisa disandingkan dengan microbial culture collection seperti JCC di Jepang atau ATCC di Amerika. Makanya obsesi saya bisa nggak di seluruh bantaran sungai yang ada di Indonesia ditanaman dengan tumbuhan kharismatik. Bagaimana solusinya menurut Bapak? Kita masih punya secercah harapan. Apa batasan dalam kerja sama dengan NITE ini? Kita batasi pada taksonomi mikroorganisme. Padahal kita juga tahu bahwa hutan (disamping phytoplankton yang ada di laut) bekerja untuk mengkonversikan CO2. Buktikan kepada masyarakat dunia bahwa plant resources di kawasan ini mempunyai manfaat yang besar baik untuk pembangunan ekonomi. Untuk itu. Untuk itu kita harus bekerja keras. Selain itu. dll. punya cahaya matahari yang berlimpah. Dengan cara menterjemahkan bahasa ilmiah ke dalam bahasa yang lebih mudah dikenal oleh masyarakat umum menjadi sangat strategis. Begitulah fungsi pohon yang kalau ditebang memberikan dampak yang besar terhadap water storage. We are within the biodiversity. di kulit kodok ada kelenjar yang menghasilkan magainin. why not. Penanaman dengan jenis-jenis yang mempunyai nilai ekonomi. di Jawa dengan buah-buahan seperti manggis. sebagian dari padi. kedelai. yeast. di-rewrite menjadi bahasa publik. Ingat. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. Artinya kita harus yakin betul bahwa seluruh biodiversity yang ada di negeri ini adalah milik ekslusif bangas Indonesia. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. dan lain-lain termasuk beraneka jenis bahan kimia yang diperlukan sebagai bahan baku pembuatan obat). Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasabahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. Itupun dipersempit pada actinomycetes dan fungi. LIPI telah berhasil meyakinkan Presiden RI (waktu itu Megawati) akan pentingnya kawasan konservasi ex situ dengan membuat Kebun Raya di seluruh propinsi. Sebetulnya ini adalah pekerjaan besar yang menuntut peranan semua pihak. Indonesia. mengapa hutan terus menjadi bulan-bulanan. pembagian keuntungan. digunakan dan dijadikan sahabat. Apa yang telah dilakukan LIPI sejauh ini? Di satuan kerja saya di LIPI termasuk Puslit Bioteknologi. Tidaklah berlebihan jika LIPI mengatakan bahwa pegunungan Muller di Kalimantan adalah menara air pulau besar itu. Salah satu negara yang betul-betul memahami tentang keadaan Indonesia itu adalah Jepang. Sebelumnya dengan berbagai program lainnya kita telah berhasil mengumpulkan banyak jenis mikroba yang lainnya termasuk dari kelompok bakteri asam laktat dan asam asetat. durian. Masih banyak hal-hal yang kita nggak punya ilmu pengetahuan tentang itu. fiber. dana penelitian. Tapi begitu masuk ke Puslit Biotek.nilai biodiversity yang lebih besar ketika memahami bahwa di dalam jaringan pembuluh tumbuhan ditemukan begitu banyak mikroorganisma (bakteria. bahwa setiap pohon minimal 70% isinya air. Miroba endofitik ini ternyata juga mempunyai nilai tinggi karena mempunyai peluang membuka berbagai industri besar termasuk industri farmasi. sehingga bisa memberikan dampat ekonomi. Makanya saya berharap Biotrend terus maju dan berperan di sini. Kita harus ingat. Pelajari CBD agar kita tidak salah langkah dalam mengembangkan kerjasama. Mudah-mudahan semua pihak (peneliti) termasuk pembaca Biotrend menyadari bahwa kalau publikasi saja belum cukup. mereka menggunakan mikroba koleksi kita. but we do not know what is the real value of biodiveristy for the prosperity of this country. Sehingga keputusan di meja DPR harusnya dipengaruhi oleh ilmu pengetahuan. Sebenarnya apa peranan LIPI dalam hal ini? Fungsi (kedeputian) kita memberikan saran kebijakan kepada pemerintah supaya hal itu benar-benar dilaksanakan. Kerjasama kita dengan Jepang. Sekarang tidak konek antara science dan kebijakan. Data yang terakhir kita ketahui adalah banyaknya ditemukan jenis bahkan genus baru yang juga telah diakui dunia. Hutan juga memberikan kontribusi untuk mensuplai oksigen dan membantu mempertahankan bumi dari pemanasan global. kegiatan harus melibatkan masyarakat termasuk petani sehingga tumbuhan itu dipakai. Karenanya saya pikir akan banyak manfaat yang bisa kita dapatkan dan manfaat ini akan berlipat bila kita mampu melakukan kerja sama dengan pihak lain agar terjadi transfer technologi. minyak. Kita sangat beruntung. tapi provokasinya harus dari LIPI. sehingga mempunyai dampak sosial yang betul-betul dirasakan. berbagai jenis tumbuhan penting daerah bisa segera diselamatkan. dan hanya diberi akses pada tempat-tempat yang bisa diakses oleh LIPI misalnya kebunkebun raya atau komplek Science Center Cibinong. Saya ingin apa yang dihasilkan peneliti setelah ada publikasi. industri pertanian dan lingkungan. Kita hanya tahu jagung. Saya juga confidence karena Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Kalau kita punya laut yang luas. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. air dan mineral dengan bantuan sinar matahari menjadi biomass (karbohidrat. saya sedih melihat sumber plasmanutfah buahbuahan yang kita sudah miliki belum terurus dengan baik dan belum dijadikan modal melainkan beban. Insyaallah hal ini akan segera berubah.

Yang menjadi penting bagi kita adalah segera mempelajari isolatisolat itu untuk kepentingan bangsa Indonesia dengan mengarus utamakan penelitian bioprospekting dan pengungkapan potensi mikroba hasil koleksi ini. Plant Resources in Tropical Africa (PROTA) Foundation. Endang telah mengikuti banyak organisasi. Saya juga sangat berharap bila semua pengetahuan yang telah kita serap dari kerjasama dengan NITE ini hendaknya dapat dipakai untuk melakukan kegiatan sendiri melakukan eksplorasi dan pengungkapan potensi mikroba Indonesia di luar kerangka kerjasama LIP-NITE. yang merupakan rekomendasi SABSSTA pada CBD. bahwa perwakilan NITE hanya datang sekali atau dua kali dalam setahun ke Indonesia dan menetap di Indonesia selama 2 minggu. Makanya saya pesan pada teman-teman di sini. Apa kunci kerja sama dengan luar negri untuk menyelamatkan biodiversity Indonesia? Yang penting adalah bahwa kita harus hati-hati. harus ada material transfer agreement yang salah satu isinya pengakuan bahwa isolat tersebut asalnya Indonesia. dananya hampir seluruhnya dari Jepang (NITE). Dalam bayangan saya Ibu Yantiyati dengan timnya bisa mengumpulkan puluhan kali lipat dari jumlah yang dikumpulkan oleh kerjasama ini. Makanya ketika mau melimpahkan duplikat isolat ke Jepang. Puspita Lisdiyanti (dua peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). Ini paket CBD sebetulnya. Ayah dari dua anak ini juga menjadi chairman pada Man and the Biosphere (MAB) Program dari UNESCO di Indonesia dan juga anggota Governing Board dari Global Biodiversity Information Facilities. Yantiyati dan Dr. mereka bersama tim dari Indonesia mengumpulkan puluhan sampel saja tiap tahunnya. Isolat ini langsung dipinjam oleh Chugai dan Kyowa Hakko Pharma selama 1 tahun. Harusnya Indonesia sendiri yang mendapatkan dana juga dari program GTI ini. Aturan mainnya sudah ada. akses ke koleksi yang kita kumpulkan sendiri akan memperkuat posisi tawar bangsa. Diantaranya Perhimpunan Mikrobiologi Indoneisa (PERMI). Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. terutama biodiversity Indonesia. maka kali ini kepemilikannya adalah joint ownership (LIPI dan NITE). Bagaimana aturan peminjaman itu Pak? Dalam kaitan kerjasama NITE-LIPI. Sekarang LIPI-NITE sedang meminjamkan koleksinya ke industri farmasi di Jepang dengan harga 1000 yen/isolat/tahun. Perhimpunan Bioteknologi Pertanian Indonesia. Hasil kerjasama LIPI NITE ini sangat bagus. Bu Yanti harus kokoh dan berjuang agar Indonesia mendapatkan manfaat yang sebesar-besarnya. harganya akan bisa berubah. dan sepertinya akan diperpanjang 1 tahun lagi. Plant Resources in South East Asia (PROSEA) Foundation. Perlu diingat. Sudah barang tentu. Saya yakin ada metobolit-metabolit baru dari situ.kita punya orang yang kompeten seperti Dr. Dengan prosedur yang sama kita juga bisa meminjamkan ke pihak luar. Aturan mainnya harus jelas. dari 500 isolate actinomicetes yang diisolasi tahun 2003 dari Kebun Raya Cibodas dan dari Bali. Tapi dari perjanjian itu kalau ada hit dan dia tertarik terhadap beberapa isolat. hasilnya tetap dibagi dua (50% NITE dan 50% LIPI). Melalui organisasi ini Endang selalu aktif berperan untuk memanfaatkan dan meyelamatkan biodiversity. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasa-bahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. Dari contoh kemarin. Indonesian Foundation for the Advancement of Biological Sciences. Siapapun yang mempromosikan. Tapi karena Sekarang tidak relevan antara science dan kebijakan. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. cobalah digalang kursus-kursus penulisan proposal. 30% diantaranya new species. peminjaman didasarkan pada kesepakatan di joint project committee mengacu pada Material Transfer Agreement yang dibuat oleh Joint Steering Committee. UNTUK PEMASANGAN IKLAN HUBUNGI SEKRETARIAT BIOTRENDS 12 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Tapi Jepang lebih pintar karena proyek NITE itu sebenarnya juga ditautkan pada program CBD yaitu GTI (Global Taxonomi Initiative). Saya berharap tim ini terus berkembang dan mampu mengumpulkan isolat dari seluruh Indonesia. Tentu dalam hal ini kita sekarang sedang belajar. Sesuai dengan hobinya. Ibu Yantiyati adalah wakil dari Indonesia. Dengan keseriusan tim ini telah berhasil mengumpulkan ribuan kultur. tapi itu tidak terjadi karena ketidakmampuan kita menulis proposal. Perhimpunan Biologi Indonesia. Suprisingly. Dengan cara ini koleksi kita menjadi lebih besar melebihi koleksi NITE. baik organisasi ilmiah maupun profesi. memeliharanya dan mempromosikannya untuk kepentingan nasional.

Tren ini kemudian menurun perlahan seiring berkembangnya berbagai cabang ilmu pengetahuan biomedik dan bioinformatik termasuk juga ilmu kimia kombinatorial. Dreyfuss dan Chappela memperkirakan bahwa jumlah kapang yang hidup sebagai mikroba endofit saja berjumlah setidaknya satu juta jenis. bahan alam sering mempunyai kandungan karbon. definisi mikroba endofit telah disepakati sebagai “mikroba yang hidup di dalam jaringan internal tumbuhan hidup tanpa menyebabkan efek negatif langsung yang nyata” seperti yang dikemukakan oleh Stone dkk. Bahan alam sangat kompleks sifatnya.akan beda di lingkungan yang berbeda. Pilihan tersebut akan mempengaruhi keunikan dan aktivitas biologis produk yang dihasilkan dari mikroba endofitik. ternyata ada pula yang berupa saprofit agresif atau mikroba patogen oportunis. Mengapa hal itu terjadi padahal berbagai obat telah ditemukan dari sumber tersebut. Oleh karena itu. masih ada banyak kesempatan untuk menemukan berbagai jenis. hidrogen dan oksigen yang relatif lebih tinggi dan kandungan nitrogen yang relatif lebih rendah dari molekul terapetik sintetik. pada tahun 1904. dan archaebacteria. Lebih lanjut. seperti ricketsia. Mikroba endofit yang umum ditemukan adalah berupa bakteri dan kapang namun kapang lebih sering diisolasikan. Pemanfaatan mikroba endofit sebagai sumber molekul acuan baru perlu didasari pada pemilihan jenis tumbuhan inang yang tepat. maka biotop tempat hidup mikroba sangat unik sifatnya. namun dengan menilik biodiversitasnya.MIKROBA ENDOFIT: SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI Penulis: Anggia Prasetyoputri dan Ines Atmosukarto* E ra tahun 80-an. Beberapa pihak bahkan berspekulasi bahwa masih dimungkinkan adanya beberapa jenis mikroba endofit lain. Karena itu. Banyak pihak mulai lelah untuk mengejar sumbersumber senyawa bioaktif tradisional seperti tumbuhan dan mikroba terutama mikroba yang dikoleksi dari bermacam-macam sampel tanah. dengan sumber berbagai spesies baru yang belum dideskripsikan. Meskipun sifat mikroba endofit yang tidak berdampak negatif pada jaringan tumbuhan menunjukkan kemungkinan adanya hubungan simbiosis mutualisme antara mikroba endofit dan inangnya. Pertama. Berdasarkan pertimbangan tersebut endofit dapat menjadi sumber berbagai metabolit sekunder baru yang berpotensi untuk dikembangkan dalam bidang medis. sumber bahan aktif dari bahan biologis sering sulit didapatkan secara berkesinambungan. Ketiga. menyaksikan memuncaknya minat industri farmasetika dan bioteknologi untuk memanfaatkan produk hasil alam dalam pengembangan obat baru (natural product drug discovery). dalam mendahului jenis mikroba untuk pemurnian senyawa baru perlu mendahului jenis mikroba yang baru. pengalaman menunjukkan bahwa jenis mikroba baru sangat erat kaitannya dengan produk alam baru. Oleh karena itu. dan dihasilkan sebagai bentuk adaptasi organisme terhadap lingkungannya. Akhirnya. fisiologi tumbuhan tinggi -termasuk yang berasal dari spesies yang sama. Schultz mengatakan bahwa beberapa metabolit yang dihasilkan mikroba tampaknya merupakan ciri khas dari biotop tempat mikroba itu berada. molekul aktif bahan alam umumnya mempunyai berat molekul di atas 500 Dalton dengan polaritas yang tinggi. Beberapa contoh molekul bahan alam yang menggambarkan kompleksitas struktur bahan alam BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 13 . di mana tanaman yang satu tentunya berbeda dengan tanaman lainnya. Apa sebenarnya bahan aktif tersebut? Umumnya bahan aktif itu merupakan metabolit sekunder yang dihasilkan mikroba maupun tanaman. Karena itu keanekaragaman biotop endofit sangatlah tinggi. sehingga membuat optimasi penggunaannya sebagai terapetika melalui modifikasi kimia menjadi sangat kompleks. Bahan aktif dan molekul terapetik yang bersumber pada bahan alam memiliki berbagai karakteristik. Karena tumbuh dalam jaringan tanaman. Bahkan. Walau demikian. sang peneliti harus mempelajari dan memilih sumber organisme dengan cermat sebelum melakukan penelitian. tumbuhan yang telah diteliti mikroflora endofitnya masih sedikit. Tampak jelas bahwa mikroba endofit merupakan sumber keanekaragaman genetik yang kaya dan dapat diandalkan. sebut saja antibiotika seperti penicillin dan chloramphenicol dan obat lainnya seperti aspirin dan taxol? Jawabannya sederhana. pertanian. Sejauh ini. Sejak itu. Dengan demikian pencarian senyawa metabolit sekunder baru seringkali difokuskan pada organisme-organisme yang hidup di biotop yang sifatnya unik. Kedua. Metabolit sekunder didefinisikan sebagai senyawa dengan berat molekul rendah yang tidak diperlukan untuk pertumbuhan. Mikroba endofit Mikroba endofit pertama kali dilaporkan oleh Darnel dkk. fakta menunjukkan bahwa bahan alam menjadi sumber inspirasi bagi para ahli kimia. karena alam sesungguhnya memberi kita pelajaran tentang keanekaragaman struktur molekul termasuk molekul berukuran kecil. taksa endofit baru. dan/atau industri. bahan alam umumnya memiliki arsitektur/ susunan yang relatif lebih kompleks dari molekul sintetik.

Jenis-jenis tumbuhan tersebut dipilih baik dengan cara mengadakan kontak langsung dengan masyarakat setempat atau melalui literatur lokal. Tumbuhan merambat tersebut dipanen. marcescens terkait langsung dengan hubungan mikroba endofit dengan tumbuhan Prof Strobel. tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani yang terkait dengan beberapa penggunaan atau aplikasi spesifik perlu dipilih untuk diteliti. Saat ini. Malahan. dipilih untuk diteliti karena getahnya dimanfaatkan sebagai obat hutan tradisional selama berabad-abad. dan kerikil. dari tumbuhan R. juga mungkin memiliki mikroba endofit yang menghasilkan produk beraktifitas biologis tinggi tersebut sebagai inangnya. juga merupakan kandidat yang menjanjikan karena kegunaan tumbuhan tersebut dalam bidang medis lebih terkait dengan populasi mikroba endofitnya dibandingkan dengan karakteristik biokimia tumbuhan itu sendiri. Hasil fermentasi mikroba endofit (foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) 14 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Ines Atmosukarto) Tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani. Kedua. penicillata tersebut diisolasi satu galur mikroba Serratia marcescens . yaitu Kennedia nigriscans . Seperti tumbuhan yang hidup di lingkungan yang unik. dan dipanaskan dalam bentuk larutan oleh masyarakat Aborigin setempat di daerah barat daya Arnhemland untuk merawat luka-luka dan Isolasi endofit dari tanaman buah merah (Foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) tumbuhan tertentu sama sekali tidak terkait dengan produk alami tumbuhan tersebut. Beberapa hipotesis mendasari strategi pemilihan tumbuhan. perlu dipertimbangkan untuk dipelajari mikroflora endofitnya. yaitu oocydin A. ada kemungkinan bahwa sebenarnya kemampuan untuk menyembuhkan yang dimiliki oleh jenis dibandingkan dengan jenis tumbuhan lain. melainkan disebabkan oleh mikroba endofit yang hidup dalam jaringan tumbuhan tersebut. Australia. berbagai jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas juga dianggap sebagai sumber potensial mikroba endofit dan senyawa-senyawa baru. tumbuhan yang berasal dari lingkungan yang unik. Pertama. maka kita harus menggunakan pendekatan yang kreatif dan imajinatif agar dapat mempermudah pencarian mikroba endofit yang menunjukkan aktivitas biologis. Itu merupakan petunjuk biologi lingkungan yang digunakan untuk memilih tumbuhan tersebut sebagai obyek penelitian mikroba endofit yang komprehensif. terhempas oleh air. sejenis tumbuhan air. tumbuhan yang bersifat endemik. populasi tumbuhan tersebut tampak sehat. daerah tersebut dipilih sebagai lokasi pengambilan sampel tumbuhan karena merupakan rumah dari sebuah peradaban tua dunia – suku Aborigin Australia. Hal tersebut menyebabkan tumbuhan tersebut rentan terhadap serangan oomycetes yang bersifat pathogen. Rhyncholacis penicillata. Akhirnya. Ada dasar pemikiran tertentu yang digunakan dalam pemilihan jenis tumbuhan yang akan menjadi sumber isolasi mikroba endofit dan pencarian produk alam baru. dikoleksi oleh Dr Strobel dari Montana State University dari sebuah sungai di barat daya Venezuela di mana tumbuhan tersebut hidup dalam lingkungan yang keras. Pada akhirnya. Misalnya. terutama jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas dan cara pertahanan hidup yang lain dari biasanya. atau hidup di daratan kuno. memiliki masa hidup yang lain dari umumnya. dihancurkan. oocydin A akan dikembangkan dalam bidang pertanian untuk mengendalikan kapangkapang oomycetes yang bersifat pathogen seperti pythium dan phytophthora. bebatuan. kemungkinan terlindungi oleh senyawa yang dihasilkan mikroba endofit yang hidup di dalamnya.Dasar pemikiran dalam pemilihan jenis tumbuhan Oleh karena begitu banyaknya jenis tumbuhan di dunia. Terakhir. Kemungkinan besar produksi oocydin A oleh S. Misalnya sejenis tumbuhan merambat yang ditemukan kelompok Montana State University di Northern Territory. Ketiga. tumbuhan yang hidup di daerahdaerah yang memiliki keanekaragaman tinggi juga berpotensi untuk memiliki mikroba endofit dengan keanekaragaman yang tinggi pula. salah satu pelopor penelitian endofit dalam kunjungannya ke hutan di daerah Tesso Nilo (Foto koleksi pribadi. Akan tetapi. yang menghasilkan senyawa antioomycetes baru dengan ciriciri serupa dengan chlorinated macrocyclic lactone. seperti telah disebutkan sebelumnya.

dan lokasi. maka kebutuhan untuk menumbuhkan tumbuhan yang masa hidupnya panjang dan mungkin termasuk langka akan berkurang dan keanekaragaman hayati dunia juga terlindungi. tersedianya lebih banyak informasi mengenai latar belakang jenis tumbuhan tertentu dan karakteristik biologis mikroorganisme yang hidup di dalamnya akan sangat membantu dalam mengarahkan pencarian berbagai produk yang memiliki aktivitas biologis. diharapkan pula terdapat banyak mikroba endofit tertentu yang turut berevolusi dengan tumbuhan endemik yang ada. Daerah ini menutupi BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 15 . ada 20-25 daerah yang dianggap sebagai penyokong keanekaragaman hayati di bumi dan masing-masing dari daerah tersebut memiliki jumlah tumbuhan endemik yang sangat tinggi. andreanae dapat menghasilkan taxol. kemungkinan besar difasilitasi oleh senyawa-senyawa yang dihasilkan oleh satu atau lebih mikroba endofit yang hidup di jaringan tumbuhan.D adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . yang ditemukan di tiap jenis pohon yew (Taxus spp. Sayangnya. Memang saat ini dibutuhkan penelitian lebih lanjut di tingkat molekular untuk mempelajari interaksi dan ekologi mikroba endofit. ekosistem tersebut makin lama makin terancam hancur oleh berbagai kegiatan manusia. Pada tahun 1993. Dengan menyadari karakteristik ekologi dari endofit dan juga mengenai peranannya di alam akan memberikan banyak petunjuk dalam menentukan mikroba endofit tertentu sebagai target dengan potensi terbesar untuk bioprospecting. yaitu Streptomyces NRRL 30562. Data tersebut menunjukkan pentingnya peranan tumbuhan inang dalam mempengaruhi metabolisme umum mikroba endofit. Selain itu. Oleh karena itu. dan faktor-faktor lain seperti masa hidup. Selain itu. lingkungan. karena di ekosistem itulah terdapat kompetisi yang ketat. dengan cara menghitung data statistik dan membandingkan jumlah produk alami beraktivitas biologis yang diisolasi dari tumbuhan daerah tropis dan tumbuhan yang hidup di daerah beriklim sedang. Dapat diasumsikan bahwa proses penyembuhan yang terjadi. suatu senyawa diterpenoid yang merupakan agen anti kanker terkenal. banyak mikroba endofit dari spesies yang sama diisolasi dari jenis tumbuhan yang sama. tetapi menampung lebih dari 60% keanekaragaman hayati di darat. Berbagai ekstrak hasil mikroba endofit koleksi PT Indo Bio Pertiwi. Taxomyces andreanae. Xylaria ). selain dari produk tumbuhan itu sendiri. tumbuhan tersebut mengandung satu jenis mikroba endofit baru. Tampaknya ada banyak faktor yang berubah dalam tumbuhan inang terkait dengan perubahan musim. Ph. Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. hutan hujan tropis dianggap sebagai sumber berbagai struktur molekul baru dan senyawa-senyawa baru yang memiliki aktivitas biologis. Tentunya dengan adanya jumlah tumbuhan endemik yang tinggi. Hal itulah yang terjadi dengan taxol. Pada saat ini. Hubungan antara mikroba emdofit dan inangnya hanya dapat diasumsikan sebagai kebetulan semata. dapat juga mempengaruhi karakteristik biologi mikroba endofit. Pestalotiopsis. *Anggia Prasetyo Putri. tidak ada seorangpun yang dapat secara pasti mengatakan bahwa mikroba endofit bersifat spesifik dengan inangnya atau merupakan bagian sistemik dari tumbuhan. Hutan hujan tropis merupakan contoh yang baik. Mereka tidak hanya menemukan bahwa mikroba endofit tropis menghasilkan lebih banyak produk alami yang aktif.Si dan Ines Atmosukarto. seperti yang ditemukan oleh masyarakat setempat. Cibinong. Bills dkk. sehingga pada akhirnya menghasilkan produk dengan harga lebih murah. telah diisolasi kelompok Dr Strobel dari tumbuhan Taxus brevifolia dan dikarakterisasi. Ternyata. menggambarkan suatu perbedaan di tingkat metabolisme antara mikroba endofit dari daerah tropis dan daerah beriklim sedang. Selain itu. Ines Atmosukarto) Mikroba endofit dan keanekaragaman hayati Dari semua ekosistem yang ada di bumi. penggunaan mikroba sebagai sumber suatu produk akan memudahkan proses dan mengurangi biaya produksi.44% dari total luas permukaan daratan. Hal ini disebabkan inovasi kimiawi yang terusmenerus terjadi agar organisme dapat terus hidup dalam ekosistem dengan tingkat seleksi alam tinggi.LIPI. Hutan hujan tropis dan hutan di daerah beriklim sedang merupakan dua ekosistem darat yang paling tinggi keanekaragaman hayatinya di bumi. namun mereka juga menemukan bahwa sangat banyak mikroba endofit tropis yang menghasilkan jauh lebih banyak metabolit sekunder aktif dibandingkan dengan kapangkapang tropis yang bukan endofit. tidak banyak informasi yang tersedia mengenai karakteristik biokimia dan fisiologi dari interaksi mikroba endofit dengan tumbuhan inangnya. dan hanya satu dari semua endofit tersebut yang akan menghasilkan senyawa dengan aktivitas biologis dalam kultur. Tan dan Zou yakin bahwa alasan mengapa sebagian mikroba endofit menghasilkan beberapa senyawa fitokimia tertentu yang tadinya dihasilkan oleh tumbuhan inangnya mungkin terkait dengan adanya rekombinasi genetik oleh mikroba endofit dengan inangnya sepanjang waktu evolusinya. keterbatasan jumlah sumberdaya. S. Seringkali. Semua interaksi tersebut mungkin dimediasi secara kimiawi di alam untuk beberapa tujuan tertentu. Keanekaragaman hayati Indonesia merupakan sumber mikroba endofit yang belum terkaji dengan optimal pemanfaatannya (Foto koleksi pribadi.Endofit sekitar 1.). Oleh karena itu. Cibinong. satu galur kapang baru penghasil taxol. Masih belum diketahui dengan pasti hubungan antara apa yang dihasilkan mikroba endofit dalam kultur dan di alam. Tidak banyak yang menyadari bahwa sesungguhnya keanekaragaman hayati sangat erat kaitannya dengan keanekaragaman kimiawi. Semua aspek biologi dan keterkaitan mikroba endofit dengan inangnya masingmasing sangatlah menarik untuk diteliti. tidak ada yang yakin akan peranan mikroba endofit di alam dan hubungannya dengan tumbuhan inang mereka. Konsep tersebut dulu diusulkan sebagai mekanisme untuk menjelaskan mengapa T . apabila mikroba endofit dapat menghasilkan senyawa-senyawa bioaktif yang langka dan penting seperti tumbuhan inangnya. perlu dicatat bahwa beberapa jenis tumbuhan yang menghasilkan produk alami dengan aktivitas biologis mengandung mikroba endofit yang menghasilkan produk alami yang sama. Oleh karena itu. infeksi. Memang tampak jelas bahwa produksi senyawa bioaktif tertentu oleh mikroba endofit secara in situ mungkin memfasilitasi dominansinya dalam jaringan tumbuhan atau bahkan melindingi tumbuhan tersebut dari serangan patogen. Sementara beberapa jenis kapang endofit dapat ditemukan di manamana (misalnya Fusarium. yang menghasilkan antibiotika peptida baru dengan spektrum luas yang dinamakan munumbicin. ekosistem yang memiliki keanekaragaman tertinggi tampaknya merupakan ekosistem yang keanekaragaman mikroba endofitnya paling tinggi jenis dan jumlahnya. dan tekanan seleksi alam yang sangat tinggi. Selain itu.

serta kecilnya kemungkinan akan adanya bias oleh ekstraksi karena kegagalan dalam mengekstraksi DNA dari mikroba dengan dinding sel yang keras. Pada metode pertama mikroba diurai selnya (cell lysis ) ketika masih bersama sampel tanah (in situ). Metagenomik adalah analisis genom dari mikroorganisme tanpa bergantung pada pengulturan mikroorganisme tersebut. di dalam usus kita. metabolik dan genetik yang sangat tinggi. Kenyataannya adalah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dengan menggunakan metode kultur standard jarang yang merupakan spesies yang dari segi jumlahnya dominan di komunitas tempat asal mereka diisolasi. misalnya pada saat PCR. Dalam hal ini sampel tanah disuspensikan langsung dengan larutan penyangga untuk penguraian (lysis buffer) dan dilanjutkan oleh perlakuan dengan detergen dan enzim. mereka dapat diisolasi karena kemampuan mereka untuk dapat tumbuh secara cepat sebagai koloni-koloni pada medium pertumbuhan yang biasanya disiapkan dengan kandungan nutrisi yang tinggi. sehingga dengan demikian proses pengulturan dapat dihindari. Beberapa dari mikroorganisme tersebut dapat menyebabkan kita sakit. Jumlah keseluruhan dari berbagai jenis bakteri di bumi diperkirakan mencapai lebih dari 10 juta. Metode ini diperkenalkan pertama kali oleh Norman Pace dan koleganya untuk mengidentifikasi mikroba yang tidak dapat dikultur dan untuk memetakan hubungan kekerabatan di antara mereka. Cara ini dapat membatasi interferensi dari zat-zat penghambat dan komponen anorganik dengan prosedur penguraian sel dan ekstraksi DNA. terutama bakteri dan archaebakteri dari berbagai lingkungan. Keuntungannya adalah bahwa fragmen DNA yang diperoleh dapat berukuran besar (sampai 500 kb) serta berpotensi membawa keseluruhan kelompok gen (gene-cluster) dari suatu mikroorganisme. mereka memiliki keanekaragaman fisiologis. Isolasi DNA dengan metode ini biasanya melibatkan pula proses pemecahan sel secara mekanis. Fragmen DNA dengan ukuran tersebut terutama sesuai untuk kloning ke dalam vektor plasmid atau vektor lambda yang membawa promotor yang kuat untuk memungkinkan ekspresi gen dari fragmen DNA yang diklonkan. yang lainnya membantu kita dalam proses pencernaan atau dapat memproduksi antibiotika serta enzim-enzim yang bermanfaat. di air. Namun efisiensi dalam ekstrasi tersebut diringi pula oleh ukuran fragmen DNA yang cenderung kecil (1 kb sampai 50 kb) yang disebabkan oleh pemangkasan mekanis. terutama bila DNA tersebut diambil dari sampel tanah. Jumlah ini ditentukan berdasarkan perbandingan dari jumlah mikroba yang dapat tumbuh pada medium agar dengan jumlah mikroba dari suatu sampel lingkungan yang dapat dihitung di bawah mikroskop. Adalah konsep umum yang salah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dari lingkungan sebagai kultur tunggal murni merupakan spesies-spesies yang dominan baik dari jumlahnya ataupun fungsinya di lingkungan tersebut. Metagenomik dikembangkan berdasarkan perkembangan terkini dalam studi genom mikroorganisme. dan 18S rRNA pada eukaryota. serta pada suhu yang moderat. Jumlah mikroorganisme yang dengan mudah berhasil dikultur dengan menggunakan metode kultur standard diperkirakan lebih kecil dari 1% dari keseluruhan spesies mikroorganisme yang ada. Keberhasilan dalam pendekatan metagenomik sangat bergantung pada kemurnian dari DNA yang diekstraksi langsung dari sampel lingkungan. Fragmen DNA dengan ukuran sebesar itu terutama disiapkan untuk kloning ke dalam vektor cosmid 16 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . pada kondisi aerobik. Dengan demikian sebagian besar dari mikroorganisme yang hidup di bumi masih belum dikenal atau bahkan dimanfaatkan. bahkan di sumber-sumber air panas. Kenyataan bahwa sebagian besar mikroorganisme dari lingkungan tidak dapat dikultur serta belum termanfaatkan telah merangsang pengembangan metagenomik. di udara. Mikroorganisme dapat hidup di manamana: di tanah. Beberapa protokol untuk mengisolasi DNA dari sampel tanah telah dikembangkan. yaitu 16S rRNA pada prokaryota (bakteri dan archaebakteri). dan di samping itu. seperti pada sub-unit kecil dari RNA ribosomal (ribosomal RNA). Saat ini metode tersebut telah diadaptasikan untuk menganalisis keanekaragaman hayati mikroba. Pada dasarnya mereka dapat dikategorikan menjadi dua metode standard.Metagenomik Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru Penulis: Wien Kusharyoto* S elama lebih dari tiga setengah milyar tahun evolusi telah menciptakan keanekaragaman mikroorganisme yang luar biasa. Sebaliknya. Pembentukan pustaka metagenom Pendekatan metagenomik mencakup antara lain ekstrasi DNA genom secara langsung dari sampel lingkungan. DNA dari sampel lingkungan tersebut kemudian disisipkan (diklon) ke dalam vektor yang sesuai untuk membentuk pustaka DNA (pustaka metagenom). Keberadaan senyawa polifenol (yang terutama berasal dari degradasi lignin) yang ikut terekstraksi dari sampel tanah dapat mengganggu proses selanjutnya. serta dalam amplifikasi dengan PCR (polymerase chain reaction) dan kloning dari gen-gen yang memiliki kesamaan sekuen. Istilah tersebut berasal dari konsep statistik dari meta-analisis (proses yang secara statistik mengkombinasikan metode-metode analisis yang terpisah) serta dari genomik (analisis menyeluruh dari materi genetika suatu organisme). atau lebih dikenal dengan istilah “great-plate-count anomaly”. Metode ini memungkinkan perolehan DNA dalam jumlah yang tinggi. Pada metode kedua mikroba dipisahkan terlebih dahulu dari sampel tanah sebelum dilakukan penguraian sel (ex situ). serta mengurangi tekanan mekanis terhadap DNA genom yang terlepas dari sel.

LIL) dalam vektor cosmid atau BAC. Salah bakteriplankton yang sebelumnya tidak satu contohnya adalah perolehan dari bisa dikultur dan yang kemudian BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 17 . Gen-gen penyandi pustaka metagenom. Penggabungan dari pendekatan metagenomik berbasis aktivitas dan evolusi protein yang terarah (directed evolution) yang dilakukan oleh Diversa Corp. akan lebih Amidase Enzim Cosmid Berbasis sekuen mendorong Amilase Enzim BAC. Beberapa enzim baru berhasil diperoleh dengan metode analisis tersebut. yang dapat menciptakan besar (30 kb sampai 100 kb). California yang aktivitasnya berbasis pada metagenomik. Jerman berhasil menemukan enzim esterase yang mampu mengubah menthylasetat menjadi menthol dengan selektivitas terhadap substrat dan enantioselektivitas yang lebih tinggi bila dibandingkan dengan enzim yang digunakan sebelumnya. baik yang berupa pustaka dengan sisipan DNA (insert) berukuran kecil (small insert libraries. Vektor yang membawa fragmen DNA yang diperoleh melalui kedua cara tersebut kemudian ditransformasikan (dimasukkan) ke dalam sel inang. yang mengandung gen dari RNA ribosomal melainkan juga dapat dimanfaatkan dalam atau gene-gen penanda lainnya dalam memperoleh pemahaman tentang habitat survei tentang hubungan kekerabatan dan peran ekologis dari mikroorganisme dari mikroorganisme di suatu lingkungan. Plasmid Berbasis aktivitas berdasarkan pada sekuen mengandalkan Oxygenase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas pada sekuen-sekuen Poliketide synthase Enzim Cosmid Berbasis sekuen DNA yang sama pada Protease Enzim Cosmid. Terdapat dua metode analisis yang selama ini digunakan: analisis yang berdasarkan pada aktivitas (activity-based analysis ) dan analisis berdasarkan pada sekuen (sequence-based analysis ). Plasmid Berbasis aktivitas berbagai mikroorganisme yang Turbomycin A dan B Antibiotika BAC Berbasis aktivitas telah ada saat ini Violacein Antibiotika Cosmid Berbasis aktivitas untuk mendisain pelacak (probe) untuk hibridisasi atau primer untuk PCR dalam melakukan proses skrining dari gen-gen PKS baru. diklon di dalam sel-sel inang heterolog (yang berbeda dengan sel-sel yang Metagenomik tidak hanya digunakan merupakan sumber dari gen tersebut). Sebuah perusahaan serupa B·R·A·I·N AG dari Zwingenberg. Identifikasi dari aktivitas yang diharapkan tergantung pada keberhasilan proses transkripsi dan translasi dari gen penyandi protein di dalam sel inang yang digunakan. kedokteran maupun pertanian. variasi dalam struktur kimia dari produkpemanfaatan pustaka metagenom dengan produk enzimatik yang dihasilkan. Analisis yang berdasarkan pada aktivitas juga telah menghasilkan beberapa senyawa bioaktif baru dari pustaka metagenom.5 dan suhu di atas 105°C. Enzim-enzim lain yang diperoleh dari analisis yang berbasis pada aktivitas antara lain adalah amidase. seperti misalnya bakteri Target Jenis Vektor Metode analisis/skrining Alkohol oxidoreduktase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas Streptomyces lividans. telah menghasilkan enzim á-amilase yang memiliki aktivitas yang tinggi pada pH di bawah 4. lipase. Di samping itu.atau BAC (Bacterial Artificial Chromosome). sebuah perusahaan di San Diego. Di samping itu.. dalam penelitian terapan untuk pencarian Analisis berdasarkan sekuen terutama terhadap biokatalis baru atau senyawa digunakan untuk memperoleh klon-klon aktif baru sebagai bahan obat-obatan. di suatu lingkungan tertentu. Karena merupakan suatu modul dari beberapa kelompok gen biosintetik yang menyandi enzim dengan domain berulang yang pembentukan senyawa bioaktif atau mengandung bagian-bagian (regions ) metabolit sekunder rata-rata berukuran yang berlainan. beragam antibiotika baru. serta mengurangi limbah produksi. SIL) dalam vektor plasmid atau lambda. antara lain gen-gen bergantung pada ekspresi dari gen yang penyandi amilase dan amidase. PKS adalah Indirubin dan Violacein. oxygenase dan protease. serta kemungkinan bahwa mikroorganisme dengan dinding sel yang keras terlewatkan pada proses penguraian sel. chitinase. Enzim tersebut digunakan dalam proses pencairan tepung (starch liquifaction) dan pemanfaatannya pada industri terkait dapat mengurangi biaya dan waktu produksi. Cosmid Berbasis sekuen/aktivitas pembentukan metabolit sekunder Chitinase Enzim Lambda Berbasis aktivitas baru. insert berukuran besar atau LIL akan Penggabungan domain-domain PKS dari menguntungkan dalam penemuan obatberbagai sumber dapat menghasilkan obatan baru. Keuntungan dari biokatalis juga ditemukan dengan analisis metode ini adalah bahwa ia tidak berbasis sekuen. maupun informasi genetika dari komunitas mikroorganisme di lingkungan tertentu. Senyawa bioaktif yang berperan dalam sintesis beragam lainnya yang telah diperoleh antara lain antibiotika oleh mikroorganisme. Analisis dari pustaka metagenom Pustaka metagenom yang diperoleh. Indirubin Antibiotika BAC Berbasis aktivitas Analisis yang Lipase/esterase Enzim BAC. Salah satu contoh yang menarik adalah isolasi gen-gen yang menyandi poliketide antibiotika Turbomycin A dan B oleh synthase (PKS) dan peptide synthase Gillespie dan koleganya. Salah satu Gen-gen penyandi biokatalis maupun contoh yang mengesankan dari senyawa aktif baru yang berpotensi pemanfaatan metagenomik dalam kaitan dalam aplikasi industri dapat pula ini adalah penemuan proteorhodopsin dari ditemukan dengan pendekatan ini. maupun yang berupa pustaka dengan sisipan DNA berukuran besar (large insert libraries. sehingga hal pemanfaataan bakteri yang lebih sesuai itu merangsang minat untuk menemukan sebagai sel inang untuk ekspresi gengen penyandi Biokatalis (enzim) dan antibiotika yang diperoleh dengan metagenomik tersebut. Kelemahan metode ini adalah kemungkinan hilangnya mikroorganisme karena kegagalan dalam proses pemisahan mereka dari sampel tanah. Hal tersebut berakibat pada rendahnya jumlah DNA yang diperoleh. kemudian dianalisis untuk memperoleh biokatalis atau antibiotika baru. seperti misalnya bakteri Escherichia coli yang selama ini paling sering digunakan. ia juga tergantung pada ketersediaan dari metode pengujan (assay) terhadap aktivitas yang diinginkan. Analisis yang berbasis pada aktivitas digunakan untuk memperoleh gen-gen atau kelompok gen baru yang menyandi biokatalis atau bahan aktif (antibiotika) yang memiliki potensi aplikasi yang besar bagi industri.

Di lain pihak. BioSS menawarkan wahana untuk menjembatani kegiatan sekolah dengan kegiatan di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. Proteorhodopsin adalah protein yang terkait dengan proses fototrofi (phototrophy) dan dari hubungan kekerabatannya serupa dengan bakteriorhodopsin yang merupakan pompa proton yang dikendalikan oleh cahaya (light-driven proton. Penutup Metagenomik merupakan teknologi yang masih baru serta memiliki potensi aplikasi yang besar dalam bidang industri. Berbagai perkembangan dalam ekspresi gen di dalam sel-sel inang heterolog.Meningkatkan pemahaman konsepKonsep bioteknologi . serta dalam pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroorganisme. analisis secara langsung dari DNA yang diekstraksi dari sampel lingkungan dan pendeteksian bakteri dengan metode molekuler dapat mengatasi keterbatasan tersebut.Meningkatkan kompetensi dalam bidang ilmu hayati . Cibinong. Penemuan proteorhodopsin pada bakteriplankton menunjukkan bahwa fototrofi juga merupakan proses global di lautan.LIPI. Dalam satu dekade terakhir. Tujuan kegiatan: .Menumbuhkan ketertarikan pada dunia penelitian .digolongkan dalam gammaproteobakteria. termasuk di antaranya dalam penemuan biokatalis dan senyawa bioaktif baru.Memberikan kesempatan kepada siswa tingkat SMU untuk merasakan suasana penelitian Untuk keterangan lebih lanjut hubungi Sigit Purwantomo Tlp: (021) 875 8547 Fax: (021) 875 4588 *Dr. Di masa mendatang metagenomik diharapkan dapat lebih berperan dalam menjawab berbagai pertanyaan yang terkait dengan ekologi dari mikroorganisme dan penemuan aplikasi bioteknologi baru yang bermanfaat. Wien Kusharyoto adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . disain vektor dan proses analisis/skrining membuktikan bahwa teknologi ini mampu memberikan jawaban terhadap berbagai permasalahan. Hampir semua sistem monitoring yang selama ini digunakan di sektor kesehatan publik berdasarkan pada metode-metode konvensional. kedokteran atau pertanian. sebagian besar bakteri pathogen yang terdapat di lingkungan berada dalam kondisi hidup dan dapat menimbulkan penyakit. Alasan utama dari keterbatasan pengetahuan kita tentang ekologi dari bakteri pathogen terletak pada ketidakhandalan pendeteksian dengan metode-metode konvensional yang berbasis pada pengulturan. Pendekatan metagenomik dan kemajuan dalam teknologi DNA-chip akan membawa metode pendeteksian berbasis DNA ini satu langkah lebih maju dalam penaksiran tingkat aktivitas dan virulensi bakteri di lingkungan. namun tidak dapat dikultur dan diisolasi dengan metode konvensional. konstruksi pustaka metagenom. Peserta didikan mendapatkan gambaran komprehensif tentang topik yang berhubungan dengan dunia bioteknologi.pump). 18 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .

000 gen yang ekspresikan. DNA dari suatu sel mengandung semua gen yang diperlukan oleh sel atau organisma tersebut. pembentukan embryo. yang mempunyai peran penting tertentu. forward genetics dengan membuat mutasi secara acak pada genom organisma sasaran yang dilanjutkan dengan pemilihan mutan dengan fenotip menarik. Expression profiling Salah satu pendekatan fundamental untuk memahami fungsi-fumgsi gen adalah Gambar 1. Protein tertentu yang lebih dikenal sebagai regulatory protein berperan sebagai pengontrol ekspresi gen sehingga hanya protein tertentu saja yang diproduksi. Akan tetapi dalam satu sel tidak seluruh gen-gen tersebut diekspresikan bersamaan. berpikir. Adanya varietas-varietas tertentu dalam suatu spesies yang memiliki sifat (fenotip) tertentu yang tidak dimiliki varietas lain dalam satu spesies. Regulatory protein sendiri akan aktif (diekspresikan) setelah mendapatkan rangsangan/stimulus tertentu. Pada akhirnya setiap aktivitas sel pada setiap proses biologi. A. Oleh karena itu dalam functional genomics fungsi suatu gen dipelajari baik sebagai individu gen maupun sebagai bagian dari system yang menyeluruh di dalam sel maupun secara kesatuan sebagai bagian dari suatu organisme. tidak kesemuanya diekspresikan pada saat bersamaan. misalnya cekaman/stress. Dengan memakai pendekatan secara global. Pada dasarnya ada dua macam gen. Teknik-teknik untuk functional genomics Functional genomics mengandalkan beberapa pendekatan-pendekatan teknik utama seperti. melakukan respons terhadap stimulus dan lain sebagainya. regulatory gen (gen regulator) dan structural gene (gen struktur).000 gen). Kombinasi dari teknik-teknik diatas akan sangat bermanfaat untuk mengetahui dasar-dasar molekuler atas terjadinya proses-proses biologi pada suatu organisme. seperti enzim. pada genom. expression profiling. Menurut perkiraan biasanya di satu sel pada saat tertentu ada sekitar 12-15. Keragaman genetika seperti pada jagung perlu dieksplorasi antara lain melalui pendekatan functional genomics untuk dimanfaatkan bagi pengembangan bioteknologi. reverse genetics dengan membuat mutasi pada gen-gen yang dijadikan sasaran. Menempelnya protein regulator akan mendorong atau menghambat ekspresi gen tersebut.000 gen didalam genomnya. baik pada setiap tahap perkembangan sel. Akan tetapi dari keseluruhan gen pada suatu organisme. untuk melihat pola dan tingkat expresi gen baik pada level transkrip mRNA maupun pada protein. juga dapat di sebabkan karena adanya perbedaan ekspresi gen. functional genomics dapat memberikan penjelasan atas mekanisme proses-proses biologi dari suatu organisma yang dipelajari dikaitkan dengan fungsi gen atau gengen.“ F u n c t i o n a l G e n o m i c s” un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i ge n da l a m sk a l a gl o b a l Penulis: Satya Nugroho* G en adalah untaian DNA yang mengkodekan pembentukan suatu protein. Upaya untuk mengerti fungsi-fungsi dari gen-gen dan juga komponenkompenen lain seperti regulatory region dari suatu genom diistilahkan sebagai Functional Genomics. Jadi perbedaan fungsi antara tipe sel (celltype) satu dengan yang lainnya adalah pada perbedaan gen yang diekspresikan. dan komponen genetika lainnya pada genom. Ekspresi gen di genom yang selektif ini tidak hanya berlaku untuk organisma tingkat tinggi seperti pada mamalia yang memiliki sekitar 50. tergantung kepada aktivitas dari gen-gen tertentu BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 19 . baik pada saat pembelahan sel. Sehingga tujuan dari ‘ilmu’ Functional Genomics adalah untuk memetakan fungsi semua gen dari organisme ke dalam suatu functional framework mulai dari lingkup kecil seperti memastikan protein apa yang dikodekan oleh suatu gen sampai pada pemahaman tentang peranan protein tersebut dalam keseluruhan fungsi sel maupun organisma. Lalu bagaimana sel memutuskan kapan membutuhkan ekspresi gen tertentu dari genomnya? Protein atau enzim akan diproduksi di dalam sel terutama pada saat sel membutuhkan. (CIMMYT) Mamalia diperkirakan memiliki sekitar 50. dan bioinformatics untuk menganalisa data yang diperoleh dari semua pendekatan yang dilakukan diatas untuk mendapatkan data semaksimal mungkin. Regulatory protein akan menempel pada seutas DNA (regulatory region) yang biasanya terletak di depan gen tertentu berdekatan dengan promoter gen tersebut.000 gen akan tetapi juga terdapat pada organisme prokaryot yang memiliki jumlah gen jauh lebih sedikit (sekitar 2. DNA dikemas dalam kromosom dan total informasi genetika yang tersimpan dalam seluruh kromosom di suatu organisma merupakan komponen dari genom organisme tersebut.

ditambah dengan proses perbanyakan untaian DNa melalui proses replikasi (replication). dan kemungkinan interaksinya dengan gen-gen lain. (gambar diambil dari http:// www. matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) dan kombinasi dari teknik-teknik tersebut. disampaikan oleh Velculescu (1995) yang Expression profiling dapat dilakukan kemudian dikembangkan versi baru yang dengan melakukan pengamatan terhadap dinamai SAGE adaptation for downsized transkrip messenger RNA (mRNa) yang extracts (SADE). electrospray ionization mass spectrometry (ESI MS).html) 20 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Cara lain yang juga menggunakan Gambar 2: The central dogma of molecular biology transkrip mRNA untuk mengetahui dengan mengidentifikasi dimana dan kapan fungsi gen secara global yang juga gen tersebut diekspresikan (spatial and memanfaatkan teknologi PCR antara lain temporal expressions ). Karena proses transkripsi dari gen-gen berbeda-beda baik tingkat ekspresinya. pertama kali disampaikan oleh Davis dan timnya. fungsinya. A364. pada waktu atau tempat disampaikan oleh Dixon dan koleganya tertentu. three prime end dihasilkan maupun pada taraf protein yang amplification PCR (TEA PCR) yang diproduksi. (ss-cDNA adalah DNA utas tunggal hasil perbanyakan mRNA dengan menggunakan enzim RNA polymerase). Cara ini dapat terapkan untuk menunjukkan perbedaan tingkat ekspresi gen-gen. representational sekitar duapuluh tahun lalu. Pada prinsipnya proteomics memanfaatkan ekspresi protein untuk mengidentifikasi fungsi gengen tertentu. Panel kanan eksperimen yang mirip untuk membandingkan galur X2180 dengan S288c. galur yang digunakan S288c. Proses-proses ini. serial analysis of gene ekspresi gen (expression profiling) pada expression (SAGE) yang pertama kali skala genom (global) mulai dikembangkan. Untuk ‘membedakan’ dengan teknologi yang memanfaatkan transkrip mRNA pada tahun 1995 istilah proteomics mulai dimunculkan oleh Wassinger dan koleganya untuk menyatakan total protein komplemen dari suatu genom (total protein complement of a genome). Akan tetapi difference analysis of cDNA (cDNA RDA) baru pada beberapa tahun terakhir yang disampaikan oleh Lisitsyn dan metoda untuk mengetahui perbedaan koleganya (1993). Upaya untuk adalah dengan differential display yang melakukan identifikasi gen yang pertama kali disampaikan oleh Pardee dan diekspresikan pada jaringan atau cellLiang (1992) dan kemudian diperbarui type tertentu sudah dilakukan sejak pada tahun 1997. a. Probe-probe yang tidak terhibridisasi dengan kuat pada DNa dari SK1 dan X2180 akan memberikan warna merah. Teknologi yang telah dikembangkan untuk expression profiling yang sering diterapkan diantaranya adalah dengan mengkonstruksi dan kemudian melakukan screening suatu substractive library. dan setelah ditumpuk akan kelihatan DNa yang terdapat pada SK1 dan S288c memberikan warna gabungan merah dan hijau (kuning). Pada saat gen aktif maka DNA (1998) dan cDNA microarrays yang dari gen tersebut akan mengalami proses pertama kali dilaporkan oleh Brown di trankripsi (transcription) untuk menghasilkan mRNA yang kemudian akan diterjemahkan (translation) menjadi protein. kemudian dipisahkan dan diklon menggunakan teknik pengganaan utas DNA polymerase chain reaction (PCR) untuk Gambar 3. B. sehingga expression profiling dilakukan dengan melihat mRNA maupun protein. Selain dengan memanfaatkan transkrip mRNA expression profiling juga dapat dilakukan dengan melihat protein yang diekspresikan.transkripsi DNA replikasi DNA translasi mRNA Protein dianalisa lebih lanjut. melibatkan pembuatan utas tunggal (single-strand/ss) cDNA dari organisme target dan poly(A)+RNA dari driver tissues untuk melakukan substractive hybridization. Cara melihat perbedaan ekspresi suatu gen dapat diketahui dari transkrip maupun protein yang dihasilkannya. Substractive library. pada tahun 1999 istilah ini dianggap sebagai bagian integral dari analisa ekspresi gen. Dengan cara ini gen mana saja yang terekspresi secara unik hanya pada organisme target saja atau pada organisme control saja akan dapat diidentifikasi. sscDNa yang tidak tersubstaksi (atau tidak mempunyai komplemen) oleh poly(A)+RNA.com/nrg/journal/v3/n9/full/nrg886_fs. Dalam proteomics teknikteknik kimia protein modern diaplikasikan antara lain 2-D gel electrophoresis. Sampai saat ini teknikteknik dengan memanfaatkan transkrip dan dikombinasi dengan teknik PCR seperti diatas telah dapat mengidentifikasi banyak gen. Perbedan komposisi DNA Saccharomyces cerevisiae pada galur-galur yang biasa dipakai untuk penelitian laboratorium dapat ditampilkan dengan menggunakan teknik DNA microarrayer. maka dengan melihat faktorfaktor tersebut maka fungsi gen dapat diperkirakan. Yang hanya di SK1 saja akan berwarna hijau sementara yang hanya di S288c akan berwarna merah. Panel kiri menunjukkan hasil hibridisasi dengan probe DNA dari SK1 (dilabel hijau) dan dari S288c (dilabel merah). Stanford (1995). dalam biologi molekuler dikenal sebagai the central dogma of molecular biology. waktu ekspresinya maupun tempat ekspresinya. Iimej yang diperoleh dianalisa. 2-D High-perforance liquid chromatography (2-D HPLC).nature. Meskipun ada pendapat untuk memisahkan proteomics sebagai disiplin ilmu pengetahuan baru. W303 and SK1 (dari kiri ke kanan) memiliki perbedaan morfologi koloni.

Knock-out secara random pada genom tanaman dapat dilakukan dengan insersi T-DNA pada genom melalui transformasi Agrobacterium untuk tanaman tertentu seperti model tanaman Arabidopsis. Dengan gene/ enhancer-trap. pada system syaraf embryo tikus (kiri) dan pada tanaman Arabidopsis (kanan) (diambil dari beberapa sumber). akan tetapi untuk mendapatkan insersi yang banyak untuk mendapatkan saturasi diperlukan proses transformasi yang banyak. isolasi dan identifikasi fungsi gen-gen pada genom dapat dilakukan. Cara yang pertama adalah dengan mengoverekspresikan (over-expression) gen dan yang kedua dengan merusak/menghilangkan (knockout/disruption) gen yang dipelajari. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 21 . yang memakai pendekatan perhitungan dengan memanfaatkan komputer (computational biology) untuk menjawab pertanyaanpertanyaan seputar ilmu biologi. Identifikasi gen-gen penting dan prediksi fungsi-fungsi mereka secara genomik dengan mutagenesis menggunakan transposon ini prosesnya semakin dipercepat dengan telah diselesaikannya draft-draft urutan DNA organisme target. b. Melalui cara mutasi insersi ini. Tidak seperti pada organisme lain. Fungsi gen tersebut dapat diperkirakan dengan melihat fenotip yang dihasilkan oleh tanaman transgenik yang dihasilkan. a. Perbedaan antara A B Gambar 4. Narayana Uppadhyaya. Sementara activation-tag akan dapat meningkatkan tingkat ekspresi gen yang terpengaruh. Oleh karena tidak setiap knock-out menghasilkan fenotip baru. Sehingga untuk mempelajari fungsi dan mengidentifikasi gen secara menyeluruh (functional genomics) dapat dilakukan dengan cara knock-out yang dilakukan secara random. sehingga pengaruh overekspresinya dapat dipanytau dengan melihat perubahan fenotipnya. Pendekatan ini biasa disebut sebagai reverse genetics. tembakau atau padi dan tanaman lainnya. Mutagenesis (Reverse genetics dan Forward genetics) Pada dua strategi yang biasa dilakukan untuk mempelajari fungsi suatu gen secara langsung. dimana hal ini bisa disebabkan oleh adanya gen-gen lain yang mampu menggantikan fungsi gen yang telah di-knock-out (fungsional redundancy). atau activation-tag yang mampu mengoverekspresikan gengen yang ada disekitar daerah insersi dari activation tag tersebut. untuk mutasi secara random pada genom untuk kemudian di lakukan screening terhadap fenotip tertentu. diantaranya adalah dengan induksi stres maupun dengan memanfaatkan protein transposase yang dihasilkan oleh transposon. knock-out mutagenesis dengan transposon Ac/Ds menghasilkan mutan yang tumbuh lebih lambat (tanda panah) dari tanaman galur liarnya (Dari Dr. untuk tanaman saat ini teknologi yang dapat dipercaya (reliable) untuk melakukan knock-out pada gen tertentu (targeted knock-out) pada belum tersedia. Demikian pula client dapat memasukkan data-data baru ke dalam database. Database dan alat-alat bioinformatics pada server dapat dimanfaatkan oleh client. gen yang akan dipelajari fungsinya sudah harus tersedia sehingga gen tersebut dapat segera diklon di plasmid ekspresi untuk kemudian dioverekspresikan pada organisma target (tanaman). Untuk menjawab pertanyaan-ppertanyaan tersebut dibutuhkan pengolahan data yang sangat besar dan kompleks. Pertukaran informasi terjadi antara site-site database penyedia informasi bioinformatics. untuk mendapatkan kesimpulan data biologi yang Gambar 5. Australia) transposon dan retrotransposon terletak pada cara mereka bertransposisi (berpindah tempat). Aplikasi gene/enhancer trap untuk mengidentifikasi fungsi gen dengan melihat ekspresi dari reporter gene. untuk mutagenesis dengan sasaran gen/target tertentu. Transposon dan retrotransposon pada dasarnya adalah elemen genetik yang dapat bertransposisi/berpindah tempat dari satu posisi di genom ke posisi lainnya pada generasi berikutnya secara acak.B. C. meskipun gen organisme target yang terganggu karena insersi transposon tidak menyebabkan munculnya fenotip baru. CSIRO. Metoda ini cukup handal. Activator/ Dissociation). Bioinformatics Bioinformatics adalah satu area ilmu pengetahuan baru yang sedang tumbuh dan berkembang. baik yang berasal dari tanaman itu sendiri (endogenous retrotransposon. atau forward genetics. Untuk melakukan overekspresi. misalkan Tos17pada padi) maupun yang berasal dari tanaman lain seperti jagung (A c/Ds. Dengan melihat pola atau spesifisitas ekspresi dari reporter gene tersebut maka fungsi dari gen yang ada di sekitar daerah insersi tersebut akan dapat diperkirakan. Dengan pendekatan ini maka mutasi inseri secara acak akan bisa diperoleh dengan lebih cepat. yang dimiliki oleh pribadi maupun umum. aktivitas dari promoter atau enhancer (expression control element) gen tersebut dapat diidentifikasi dengan memperhatikan ekspresi reporter gene. Untuk melakukan knock-out. Contoh aplikasi dari penggunaan A c/Ds mutagenesis yang sudah cukup maju adalah di Arabidopsis dan padi. gen yang berpengaruh pada sifat tertentu yang akan dipelajari tidak perlu tersedia. maka selain berfungsi untuk knock-out konstruksi vektor yang digunakan mempunyai fungsi lain yaitu sebagai gene/enhancer-trap yang dapat berfungsi untuk menangkap sinyal aktivitas promoter/enhancer element yang berperan sebagai regulator ekspresi suatu gen dengan menggunakan reporter gene (gusA/gfp). Sehingga untuk lebih memaksimalkan upaya mempelajari genegen tanaman dengan cara knock-out saat ini telah dikembangkan satu cara yang efektif untuk melakukan knock-out pada padi yaitu dengan memanfaatkan insersi transposon. Proses berpindahnya transposon dikarenakan oleh beberapa faktor induksi.

Potensipotensi yang ditawarkan bioinformatics mampu merubah cara pandang ilmu pengetahuan dasar dengan memberikan pemecahan permasalahan dan pendekatan desain experimen di laboratorium. Keberadaan data-data tersebut secara otomatis akan mendukung upaya untuk mempelajari fungsi gen-gen secara genomics (global) melalui pendekatan-pendekatan functional genomics. dan sebagainya. padi. Bioinformatics menjadi semakin penting dengan telah diselesaikannya pengurutan basa genom organismeorganisme penting seperti manusia. urutan asam amino berbagai organism. lalat buah.LIPI. *Dr. Salah satu site bioinformatics yang mempunyai fasilitas terlengkap dalam memfasilitasi penelitian functional genomics adalah adalah yang dibangun dan dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information yang merupakan bagian dari National Institute of Health di Amerika Serikat ( www.gov). melakukan sequence allignment. Selain menyediakan database seperti urutan DNA genom.nlm. IKLAN ANDA SEHARUSNYA BISA TERPAMPANG DI SINI untuk pemasangan iklan hubungi sekretariat BioTrends 22 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Satya Nugroho adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Saccharomyces cereviseae. Arabidopsis dan sebagainya.Dari Redaksi >> valid atau dapat dipercaya.ncbi. bioinformatics juga memberikan alat-alat untuk menganalisa secara biologi molekuler seperti kemampuan untuk mencari urutan basa yang sama (similarity search). memprediksi catalytic domain protein untuk meramalkan fungsi gen yang bertanggungjawab. memprediksi regulatory region dari suatu gen seperti promoter dan lokasi-lokasi yang penting untuk interaksi (binding domain) dengan protein yang berperan untuk proses transkripsi (transcription factors). urutan basa DNA atau cDNA yang diperoleh dari expression profilling dan mutagenesis beserta prediksi fungsi-fungsi mereka. NCBI berkolaborasi dengan organisasiorganisasi lain seperti DNA Databank of Japan (DDBJ) dan European Molecular biology Laboratory (EMBL) database milik European Bioinformatics Institute dalam hal pertukaran informasi sehingga datadata baru yang diperoleh secara terpisah akan dapat dikumpulkan untuk dimanfaatkan oleh publik semaksimal mungkin. Data-data yang didapat semakin mudah diakses dengan adanya jaringan internet yang semakin mudah dijangkau.nih. Cibinong.

Akibatnya. GAATTC yang sangat spesifik untuk selanjutnya dipotong. Disamping fungsi help. Urutan DNA dapat diketahui karena kita dapat malakukan pengurutan DNA melalui DNA sequencing.Program freeware DNA analysis: ClustalW. Melalui analisis PCR dari flanking sequence yang diketahui dan dideskripsikan dengan sequencing.coli mampu mengenali sisi sekuens DNA khusus. dan thymine. Tampilan help dari CLC free workbench. Website ini juga memiliki link dengan web database DNA lainnya. program ini menyediakan petunjuk tutorial untuk menjalankannya. Gambar 2. yang berbeda dari normal deoxynucleotide. Bioedit menghadirkan tutorial untuk menjalankan fungsi yang tersedia. Enzim T4 Gambar 4. Sequence DNA tersedia pada genebank yang dapat diakses free dari NCBI website. Tabel kode genetik. Selanjutnya. DNA tersebut terdiri dari empat jenis basa nukleotida adenine. Fungsi program analisis DNA. BioEdit. kombinasi untuk setiap tiga basa nukleotida akan mengkode asam nukleat. pada kode-kode tertentu mengkode asam amino yang berbeda pada urutan basa yang sama (Tabel diambil dari DNAMan). melibatkan sejumlah delesi atau substitusi basa yang menyusunnya.3’-dideoxynucleotide triphosphates (ddNTP). merupakan upaya untuk menemukan “kembali” gen untuk dipelajari fungsinya. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 23 . dan CLC Free Workbench Penulis: Sigit Purwantomo* P ada organisme prokariotik dan eukariotik. Kode genetik adalah gabungan tiga basa nukleotida untuk menyandikan satu jenis asam amino. Manipulasi dan analisis DNA dapat dilakukan secara on line atau off line internet. Kemampuan untuk mengakses DNA saat ini juga tidak terbatas. Restiksi enzim map. digunakan 2’. sequence DNA yang menjadi interest selanjutnya dapat diketahui. Pada cara ini. Gene hunting ataupun gene discovery. dan Oryza sativa telah secara utuh disekuens urutan DNA begitu juga dengan species Homo sapiens. Kegiatan untuk melakukan manipulasi urutan DNA secara artifisial sangatlah dimungkinkan. semua informasi yang nantinya akan diwariskan disimpan dalam bentuk materi DNA. cytocine. Gambar 5. Beberapa tekhnik dikembangkan antara lain melalui inseri buatan untuk menghasilkan mutan atau teknik metagenomik untuk mandapatkan sejumlah gen dari organisme yang tidak dapat atau masih sulit ditumbuhkan pada kondisi lab. akan tetapi secara umum asam nukleat yang dikodekan oleh tiga basa pengkodenya adalah sama. Analisis fungsi suatu sequence DNA biasanya akan Saat ini beberapa organisme seperti Escerichia coli K12. (Diambil dari CFC Free Workbench) membentuk ikatan phosphodiester dengan deoxynucleotide selanjutnya. molekul ini akan menghentikan elongasi rantai DNA disebabkan ketidakmampuan Gambar 3. Walaupun kode ini bersifat universal. Walaupun ada beberapa pengecualian yang membedakan antara kode asam amino tertentu dari prokariotik dan eukariotik. Tampilan help pada BioEdit. guanine. Beberapa pusat riset di dunia telah melakukan upaya genome sequencing yang datanya dapat diakses secara bebas. Disamping itu dari sequence DNA kita dapat melihat hubungan kekerabatan dari suatu jenis relative dengan species lainnya melalui sequence homology yang dimiliki. Arabidopsis thaliana. Sequencing dengan tekhnik dideoxynucleotide atau umum dikenal dengan metode Sanger merupakan contoh metode sequencing. Gambar 1. Enzime restriksi endonuclease yang telah diisolasi dari berbagai organisme seperti EcoRI dari E. Program ini diperlukan antara lain untuk melihat homologi dan posisi restriksi enzim serta analisis lain seperti desain primer (A). Di samping itu program analisis DNA diperlukan untuk mempermudah pencarian conserved region untuk menemukan gen uang sama pada organisme lain (B).

complementary. alignment dapat dilakukan untuk presiksi protein yang dihasilkan. kita dapat secara step-by-step menggunakan software-software aplikasi tersebut. beberapa sequence telah diketahui fungsinya akan tetapi ada beberapa bagian yang belum diketahui fungsinya. Disarankan untuk menggunakan Untuk analisis sequence DNA dengan menggunakan program-program tersebut diperlukan pengetahuan dasar terkait dengan sequence DNA. ataupun open reading frame. Secara sederhana terdiri dari bagian promoter. 24 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Beberapa software tersedia secara komersial untuk analisis DNA tidak secara online. DNAMan dan Vektor NTI adalah contoh versi komersial analisis DNA. Gen fungsional selalu terdiri dari bentukan yang sifatnya modular. atau CLC memberikan fungsi untuk alignment DNA dan pembutan phylogenetic tree dari sequence yang dialignment. Kita dapat pula mengedit dalam arti menambah enzyme restriksi untuk keperluan up date. BioEdit menawarkan sejumlah aplikasi seperti DNA alignment. Tampaknya software yang tersedia bebas tidak kalah dari komersial software yang berharga cukup mahal. posisi restriksi enzim ataupun menggambar plasmid yang dapat dipelajari dari help tutorial yang tersedia. dan terminator. dari coding sequence suatu gen fungsional. Kita dapat mempelajari fungsi yang ada melalui fungsi help yang diberikan. Kedua program terakhir cukup kuat untuk menganalisis sequence DNA.-3’ akan memiliki utas komplementari 3’-……-5’.-3’ (utas 1) yaitu utas 2. utas 5’. Kita dapat melihat suatu fungsi dari pilihan help pada bagian index atau kita dapat memilih dari content ataupun find. Pada genome posisi strand DNA yang berisi modul tertentu yang diinginkan. Seperti misalnya bahwa. Untuk memakainya memang terdapat perbedaan pada tampilan yang disajikan dan menu fungsi yang diberikan. alignment. atau akhir analisis sequence dapat digunakan BioEdit atau CLC. Fungsi ini diperlukan untuk melihat kesamaan antar sequence dan daerah conserved pada sequence tersebut. Software analisis DNA yang ada pada dasarnya memiliki fungsi dasar yang sama. misalnya promoter.LIPI. kecuali pada beberapa organisme seperti virus dapat single strand. Untuk melihat alignment dan beberapa aplikasi program accelerator pada saat download. dan lainlain. software gratis yang tersedia saat ini dapat diberdayakan untuk menganalisis DNA yang kita punya dan menggali potensi diversitas DNA yang kita miliki. Sequence DNA akan ditulis dari ujung 5 ke ujung 3 yang menunjuk pada posisi karbon pada gula di basa nukleotida. seperti misalnya intron pada organisasi genom eukariotik. dan pembuatan phylogenetic tree.DNA ligase menjadi enzim penting jika akan dilakukan penempelan antara ujung yang telah dipotong. seperti alignment. Sejumlah program untuk menganalisis sequence DNA.Sc adalah staf di Pusat Peneliti Bioteknologi . Hal ini dijumpai juga pada tutorial dan help pada CLC. M. dapat “ungkir balik”. Program ini dipakai untuk alignment dari beberapa sequence. atau langsung dengan kata kunci menggunakan nama software tersebut. Reverse complement akan membuat complement dari utas 5’-……. Dua program terakhir mampu untuk memberikan input tentang posisi enzim restriksi yang ada pada suatu sequence. BioEdit. Intron bisa saja terletak di awal. Software CFC Workbench yang direlease 2005 memiliki tampilan dan help yang sangat mudah diikuti begitu juga BioEdit yang direlease tahun 2004. Dengan menggunakan kata kunci “molecular biology freeware”pada search engine kita dapat menjumpai daftar software tersebut. Baik ClustalW. terlebih jika speed koneksi internet sangat rendah. tengah. ClustalW. oleh karena itu mungkin diperlukan reverse complement. Dalam organisasi genom.Akan tetapi harga dari software ini relatif mahal karena membutuhkan licence untuk penggunaannya. Hal ini untuk mengurangi kemungkinan terputusnya koneksi internet saat download yang dapat berakibat rusaknya program. Akan tetapi beberapa diantaranya dapat kita download secara free. restriksi enzim. seperti map restriction site. Kegiatan alignment merupakan fungsi untuk menyamakan posisi basa pada satu sequence dengan sequence lainnya. Semua program analisis yang tersedia umumnya dilengkapi dengan tutorial atau Help yang sangat user friendly. Dengan mempelajari help dan tutorial yang ada. Akan tetapi ukurannya relative sangat besar sehingga membutuhkan waktu saat download dari internet. exon. akan tetapi utas 2 ditulis dengan 5’-……3’. Umumnya DNA adalah double strand. ClustalW merupakan versi Windows untuk program klasik clustalX. coding sequence..…. * Sigit Purwantomo. Cibinong. dan CLC Free Workbench merupakan contoh dari freeware yang dapat diakses dan didownload via internet. Walaupun mungkin ada keterbatasan yang ada dibanding sepupunya yang komersial. Disamping itu. BioEdit. intron.

dengan mengetahui fungsi spesifik suatu molekul dalam biochemical pathway maka molekul baru yang berfungsi sebagai obat dapat didisain dan disintesa.COMBINATORIAL CHEMISTRY: PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT Penulis: Adi Santoso* PENDAHULUAN Combinatorial chemistry adalah teknologi yang masih tergolong baru yang dikembangkan oleh peneliti dari berbagai disiplin ilmu pengetahuan.B2-C2 A2 -B1-C1 A1-B1 A2-B 1-C3 A2 -B2-C1 A2-B 1-C2 A2 A1-B2 A 2-B2-C3 A2-B 3-C1 A2-B 2-C 2 dengan masing-masing memiliki 3 jenis. akan membuat potensi combinatorial chemistry akan lebih tinggi untuk mendapatkan molekul baru sebagai bahan obat yang lebih sesuai dengan kondisi tubuh kita.D D-A -B .C 2 A3 A1-B2 A 3-B2. Pada reaksi tersebut (antara A dan B) dihasilkan 9 jenis molekul. Secara simultan beberapa reaksi dapat terjadi seperti yang tertera pada Gambar 1. Dengan mereaksikan 9 jenis molekul yang dihasilkan dari reaksi A dan B dengan molekul C (C1. dan kemampuan membuat hewan transgenik sesuai dengan yang diinginkan. Hal lain yang juga berperan dalam combinatorial chemistry terletak pada posisi ikatan suatu molekul dengan molekul lainnya. Disamping teknik combinatorial chemistry.B1-C3 A1. KONSEP DASAR COMBINATORIAL CHEMISTRY Secara umum konsep dasar reaksi combinatorial chemistry dapat diterangkan seperti pada Gambar 1.C Gambar 1: Pola dasar sintesa molekul dalam combinatorial chemistry.B3-C1 A 3-B2-C2 A1-B3 A 3-B3. Pada artikel ini keunikan dan potensi teknologi combinatorial chemistry dibahas dalam kaitannya dengan drug discovery. cara mendisain suatu obat yang telah berhasil dan banyak dilakukan oleh para peneliti dari bidang biokimia sejak dulu adalah dengan mempelajari secara detil biochemical pathways (siklus biokimia) dari suatu molekul didalam tubuh mahluk hidup. kedua. Dengan keragaman yang sangat tinggi maka diharapkan sebagian dari molekul yang disintesa mempunyai fungsi biologi seperti yang kita harapkan dan mampu digunakan untuk melawan suatu jenis penyakit tertentu.C-D D A -B -C (b) A B A -B C D D A -B . C2. B. dan B3). diantaranya berasal dari: farmasi. Sebagai teknologi yang relatif baru teknologi combinatorial chemistry banyak mendapat perhatian dari kalangan peneliti terutama dari kalangan industri farmasi. 2a. Pada cara ini penambahan molekul terjadi seperti rantai dimana penambahan molekul hanya dari satu arah (tidak bercabang). teknologi lain yang saat ini banyak digunakan dalam drug discovery adalah dengan mengisolasi sampel dari tanaman atau mikroba atau sumber lain kemudian dianalisa satu persatu pengaruhnya terhadap efek biologi yang diteliti. dan A3) dengan 3 jenis molekul B (B1. Dalam teknik ini diharapkan dengan meningkatkan jumlah populasi keragaman molekul maka kemungkinan untuk mendapatkan molekul yang diinginkan dengan sifat tertentu juga akan meningkat. kimia inorganik. Keunikan teknologi combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam mensintesa molekul dengan keragaman yang tidak terbatas.C D A. Ditambah dengan kemajuan sains dan teknologi yang begitu cepat dalam bidang life sciences seperti genomik. konsep dasar combinatorial chemistry dapat dibagi menjadi 2 macam.B2-C1 A1 A1 -B2 A1. proteomik. dengan cara membuat molekul yang mempunyai struktur seperti pada Gambar A1-B3 A2-B 3-C3 A 2-B2. Berdasarkan pada konsep ini maka jumlah dan keragaman jenis molekul (molecular diversity) dapat diproduksi dengan sangat cepat. A2. Secara teori.B1-C3 A3-B 2-C1 A 3-B1.C . Teknologi ini dikembangkan dengan tujuan utama untuk mendapatkan cara yang paling efisien dan efektif untuk mendapatkan bahan obat baru (drug discovery). biokimia.B. B2.C 2 A3-B 1-C1 A1 -B1 A3. yaitu: pertama. Dalam hal ini. dan mikrobiologi. Bisa dibayangkan apabila ini digunakan BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 25 .C 3 A3. dan C3) maka dengan cepat 9 molekul tadi bertambah menjadi 27 jenis molekul. penambahan molekul (seperti yang terlihat pada Gambar 2b) secara bercabang. dan C (a) A B A-B C A .B .C 3 A3 -B2-C2 Gambar 1: Konsep dasar reaksi combinatorial chemistry.C D A -B . Pada contoh Gambar 1 tersebut molekul yang digunakan adalah molekul A.B2-C2 A1-B 2-C3 A1-B 3-C1 A1-B3 A1-B 3-C 3 A1. kimia organik. Pada reaksi pertama terjadi reaksi antara 3 jenis molekul A (A1. Selain kedua cara tersebut diatas. Hal ini karena teknik baru ini sangat berpotensi sekali digunakan sebagai cara untuk mensintesa senyawa kimia yang berfungsi sebagai obat yang bahkan dialam kombinasi molekul tersebut tidak didapatkan. bioteknologi.C 1 A1 -B1 A 1-B1-C2 A1. Seperti diketahui walaupun suatu molekul mempunyai rumus molekul yang sama tetapi dengan mempunyai rumus bangun yang berbeda maka reaksi yang dihasilkan juga akan berbeda. besar (high-throughput screening) maka teknologi combinatorial chemistry dapat digunakan sebagai basis yang sangat kuat dalam drug discovery efforts. Teknik semacam ini bila digabung dengan kemampuan skrining yang tinggi dan dalam jumlah sampel yang STAGE 1 R’ R’ H2NCHCOOR’ RCOCl RCONHCHCOOR’’ STAGE 2 R’ R’’’NH2 RCONHCHCONHR’’’ A 1-B1.

3. Karena masing-masing reaksi dilakukan secara terpisah diatas suatu platform maka proses purifikasi akan sangat memudahkan sekali dalam proses purifikasinya. B1. C2. 2. Hal yang sangat menguntungkan dengan menggunakan teknik solid support adalah tahap purifikasinya. dalam teknik ini sebagian besar usaha yang dilakukan terfokus pada tahap purifikasi. 2. A1 + B1. dan C1. maka setiap molekul yang disintesa akan mempunyai fungsi dan potensi yang berbeda. C3 -----> Campuran 1 mengandung senyawa A1. Walaupun teknik ini sangat menguntungkan tetapi membutuhkan biaya yang sangat tinggi karena melibatkan proses pembuatan solid support dan meletakkan molekul yang diteliti pada support yang digunakan. B2. akan sangat dipengaruhi oleh biaya dan teknologi purifikasi yang akan digunakan. solid support system atau solution. dan C1. 3. 2. Bila dibandingkan dengan teknik solid support system. Berikut dibawah ini dijelaskan keuntungan dan kerugian kedua sistim tersebut: 1. Konsekuensinya. Menghadapi hal semacam ini. B2. 2. B3 + C1.LIPI.D adalah staf peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi . 3. Gambar 3. manajemen pustaka molekul menjadi sangat esensial. Karena sifat teknik ini adalah kombinasi (combinatorial) maka dengan cepat jumlah molekul yang di sintesa akan meningkat dengan sangat tajam. C3 -----> Campuran 3 mengandung senyawa A3. Cibinong. 2. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solid support . -----> Uji Biologis 26 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . keuntungan teknik ini adalah beayanya yang relatif murah dan bisa dilakukan dalam skala yang besar. Karena dalam teknik ini semua reaksi terjadi dalam satu tempat sehingga banyak sekali terdapat molekulmolekul yang tidak kita inginkan. KESIMPULAN Keunggulan combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam menciptakan keanekaragaman molekul (molecular diversity). 3. dikehendaki maka molekul ini dapat langsung di identifikasi dan diproduksi dalam skala besar. Kemampuan untuk mendapatkan informasi tentang jenis molekul yang berpotensi sebagai obat dan sistim database yang digunakan untuk menyimpan informasi yang dihasilkan adalah sangat mendasar dalam combinatorial chemistry. Kemampuan dalam memodifikasi dengan cara menambahkan beberapa gugus kimia pada molekul tertentu membuat molekul baru yang disintesa diharapkan secara spesifik dapat mempunyai mekanisme seperti yang diharapkan dalam fungsinya sebagai obat. Tukar menukar informasi dan pustaka molekul yang telah disintesa antara satu peneliti dengan peneliti lainnya akan sangat menentukan kecepatan drug discovery. B1. kedua. Solid support system Metode solid support pertama kali digunakan oleh perusahaan Merrifields dari USA. C2. C3 -----> Campuran 2 mengandung senyawa A2. 3. Pustaka yang dibuat dengan cara ini mudah untuk dipurifikasi karena masing-masing molekul yang terdapat dalam pustaka tersebut diletakkan secara terpisah pada support yang digunakan. B3 + C1. Pada sistim ini setiap reaksi dilakukan secara terpisah sehingga apabila suatu molekul ternyata positif mempunyai fungsi yang 2. 3. Pustaka yang berbentuk cairan biasanya merupakan pustaka mixture dimana semua molekul dalam pustaka bersatu dalam cairan. B3 + C1. B1. Pustaka semacam ini biasanya dikerjakan dengan menggunakan robotic system dimana molekul yang digunakan diletakkan pada solid support. Solution Masalah yang sangat mendasar pada teknik ini adalah kesulitan dalam purifikasi. Salah satu contoh combinatorial chemistry yang menggunakan solid support system adalah dengan menggunakan well grid array (misal: 96 well plates). Pemilihan cara pembuatan pustaka molekul. dan C1. -----> Uji Biologis A3 + B1.sebagai obat. 2. Ph. * Adi Santoso. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solution. CARA MENDISAIN COMBINATORIAL CHEMISTRY Hal yang juga sangat mendasar dalam combinatorial chemistry adalah dimana pustaka molekul disintesa? Terdapat 2 macam cara pembuatan pustaka combinatorial chemistry: pertama adalah pustaka yang dibuat dalam solid support (sejenis bahan plastik). C2. A1-B1-C1 A1-B1-C2 A1-B1-C3 A1 -B2-C1 A1 -B2-C2 A1 -B2-C3 A1-B3-C1 A1-B3-C2 A1-B3-C3 A2-B1-C1 A2-B1-C2 A2-B1-C3 A2-B 2-C 1 A2-B 2-C 2 A2-B 2-C 3 A2-B3-C1 A2-B3-C2 A2-B3-C3 A3 -B 1-C1 A3 -B 1-C2 A3 -B 1-C3 A3-B2-C1 A3-B2-C2 A3-B2-C3 A3-B3-C1 A3-B3-C2 A3-B3-C3 UJI BIOLOGIS Gambar 4. B2. -----> Uji biologi s A2 + B1. adalah pustaka yang dibuat dalam bentuk cairan (solution).

Dan tampaknya biokatalisis.dan stereoselektif. Selain itu. deterjen. atau oleh kontaminan kimiawi yang ada dalam substrat. maka akan semakin mahal biaya yang diperlukan. pemanfaatannya terus meluas. regio. Selain itu. dan lain-lain. enansio. Sampai saat ini. Inhibitor. Dengan demikian. enzim digunakan sebagai katalis dalam beragam reaksi. peranan biokatalisis juga akan semakin penting dalam industri kimia modern. Enzim sebagai biokatalis Sebagai biokatalis. maka faktor-faktor berikut yang perlu mendapat diperhatikan: · Spesifitas. yang terikat dalam matriks atau bebas. Sebagai contoh. seperti dalam sintesa senyawa-senyawa yang bersifat regio-. Ada dua macam kofaktor. beberapa enzim memerlukan keberadaan materi lain. yang ramah lingkungan. dapat bersifat substrat spesifik (selektif · terhadap senyawa atau kelompok senyawa tertentu). metoda tersebut banyak berperan dalam industri kimia dan farmasi. tipe pertama berupa ion-ion logam sederhana. Pemanfaatannya juga begitu beragam. Secara umum. aspartame. enzim mempunyai karakteristik yang sangat menarik untuk industri: sangat spesifik. aktif dan bekerja dalam kondisi ’normal’. isu-isu lingkungan merupakan hal yang penting bagi industri. Aktivitas enzim seringkali peka terhadap keberadaan molekulmolekul kecil. ada beberapa contoh enzim yang mampu melakukan reaksi pada suhu lebih rendah dari katalis konvensional. biokatalisis dianggap sebagai representasi dari suatu strategi yang menjanjikan dalam menopang konsep “ green chemistry”. sehingga digunakan juga untuk mengolah material yang berasal dari bahan bakar fosil. Dalam skala industri. Di masa depan. yang disebut sebagai ko-enzim. sedangkan tipe kedua terdiri atas molekul organik yang kompleks. sel mikroba (hidup atau mati). aktif dalam kondisi ’normal’. Pemikiran untuk menekan polusi telah meningkatkan ketertarikan mereka terhadap produk dan proses kimia. ezim lebih labil dibandingkan katalis sintetik. dan ramah lingkungan. Daya pikatnya berasal dari selektivitasnya yang tinggi. enzim dapat dihambat oleh substrat. Enzim dan Biotransformasi Penulis: Theresia Umi Harwati & Bambang Sunarko* Kenapa biokatalis penting? Biokatalisis. Secara umum. Seperti kita ketahui.Biokatalis. Semakin pentingnya peran biokatalisis. Biokatalis. pada Tabel 1 ditampilkan beberapa contoh senyawa-senyawa kimiawi yang diproduksi secara enzimatis. dalam industri. Dan tampaknya. yang berupa enzim. atau stereospesifik (selektif hanya terhadap salah satu stereoisomer) · Kofaktor. misalnya. Dalam praktek. namun juga dapat berperan dalam reaksi serupa dengan senyawa-senyawa ’non-alami’. dapat dibuktikan dengan kenyataan bahwa saat ini pasar biokatalis (enzim saja) dalam bisnis global mencapai 1 milyar dolar Amerika. enzim dimanfaatkan untuk mengkatalisis beragam reaksi-reaksi organik dan banyak dilibatkan dalam industri pangan. Industri proses kimia juga mulai menyadari bahwa enzim bukan hanya efektif sebagai katalis dalam transformasi senyawa-senyawa ’alami’ dalam sistem kehidupan. Seperti kita ketahui. Sehingga. Atas dasar kelebihan-kelebihan ini. tidaklah mengherankan. Sebagai ilustrasi betapa beragamnya kegunaan biokatalis dalam sintesis kimia. Bila enzim akan dimanfaatkan sebagai biokatalis. yang pada akhirnya akan membatasi penggunaannya (kecuali ada cara-cara praktis untuk mendapatkannya kembali). serta yang memihak pada penggunaan sumber daya terbarukan daripada bahan baku berbasis petroleum. Spesifikasi sumber enzim seringkali merupakan hal penting. Enzim dengan nama yang sama tetapi berasal dari sumber yang berbeda seringkali menujukkan perbedaan pula dalam struktur dan sifat-sifatnya Stabilitas. transesterifikasi. Namun. namun rendeman dan kualitas produk yang dihasilkan lebih tinggi.dan stereospesifitas yang tinggi. mudah didapat. atau regiospesifik . secara tradisional telah digunakan untuk mengkonversi bahan baku yang berasal dari bahan organik atau bahan baku yang terbarukan. secara ideal dapat memenuhi tuntutan itu. Sumber biologis. merupakan metoda yang tidak asing dalam proses sintesis kimia organik di ranah akademis maupun dalam tataran industri. suatu reaksi kimiawi yang menggunakan katalis biologis (biokatalis). dan sekaligus mengurangi konsumsi enerji untuk produksinya. secara umum hanya ada perbedaan yang kecil diantara beragam enzim dalam nilai pH dan suhu operasinya. reaksi-reaksi yang dijembataninya seringkali mempunyai kemo-. penisilin semi sintetik dan obat kanker. enzim bersifat sangat spesifik. bila biokatalisis dianggap sebagai komponen penting dan bagian yang tak terpisahkan dari industri life-science. diagnostik. Untuk bisa berfungsi. industri pangan dan pakan. yang disebut sebagai kofaktor. dan juga biokatalis. lambat laun biokatalisis mulai menggeser dan menjadi pesaing utama metode sintetik konvensional. biokatalis telah digunakan untuk produksi fruktosa. kebanyakan farmaseutika adalah molekul-molekul khiral. pemahaman tentang mekanisme pengendalian semacam ini dapat merupakan hal penting untuk optimasi proses Kondisi reaksi. serta dalam pengelolaan limbah dan remediasi lingkungan. · · · BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 27 . Secara umum. Metode ini akan menjadi proses inti untuk memproduksi senyawa yang sulit atau tidak dapat dilakukan dengan teknikteknik kimia konvensional. Inilah salah satu alasan mengapa saat ini industri mulai melirik biokatalisis dan memanfaatkan biokatalis secara ekstensif untuk memproduksi precursor dan ingradien penting untuk produksi farmaseutika. kimia dan farmasi. yang selama ini digunakan sebagai sarana untuk memproduksi molekul-molekul khiral sebagai bahan baku industri farmasi. produk reaksi. Walaupun beberapa dapat beroperasi diatas 60oC. dapat menekan jumlah limbah dan konsumsi energi. Semakin kompleks kofaktor yang dibutuhkan. dari biotransformasi senyawa khiral secara enzimatis untuk produksi obat sampai desulfurisasi bahan bakar diesel menggunakan mikroba. seperti hidrolisis. resolusi kinetik dari campuran rasemat. serta limbah yang dihasilkan mudah dituntaskan.

enzim kompleks. serta kondisi reaksi merupakan aspek lain yang perlu mendapat perhatian. Selain itu. Sedangkan masalah kedua menyangkut media reaksi. merupakan pertanyaan pertama yang harus dijawab untuk memutuskan pemakaiannya dalam industri. kemudahan dalam purifikasi produk. namun perlu juga disadari bahwa saat ini kemajuankemajuan dalam yang berarti dalam bidang ini terjadi juga di bidang katalis kimiawi. Tak kalah pentingnya. sel hasil rekayasa genetis. Oleh karena itu. ataukah dalam media non-konvensional. Akhirnya. Namun. yang sudah lama dikenal?”. Masalah pertama menyangkut bentuk biokatalis yang akan digunakan. Kegiatan ini melibatkan pencarian dan penapisan enzim yang tersedia secara Gambar: Dari tahapan riset sampai dengan aplikasi biokatalis 28 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . seperti kebutuhan reagen dan senyawa-senyawa esensial lainnya yang lebih sedikit dan lebih murah. yang berarti bahwa penggunaan biokatalis merupakan alternatif yang menarik dalam proses produksi. “Kapan dan bagaimana menggunakan biokatalis?” merupakan pertanyaan penting yang harus dijawab sebelum industri memutuskan untuk mulai menggunakannya dalm proses produksinya. rendeman yang lebih tinggi. seperti dalam pelarut organik atau dalam media padat. kemurnian. apakah biokatalis tersebut diaplikasikan dalam bentuk sel utuh. Bila industri akan menggunakan proses yang melibatkan biokatalis dalam proses produksinya. kebutuhan dan ‘pada tataran mana’ integrasi proses dalam kaitannya dengan reaksi-reaksi (jika lebih dari satu reaksi yang terlibat). dan aspekaspek lingkungan (‘greenness”) juga merupakan aspek penting lainnya. selektivitas dan rendeman (yield). inhibitasi substrat/produk. kualitas produk akhir. terutama berkaitan dengan kelarutan. dan purifikasi produk. tahapan-tahapan proses dan integrasi keseluruhan proses perlu diperhitungkan. laju reaksi yang lebih cepat dan kondisi reaksi yang lebih mild. Lebih lanjut. biaya dan komponen media lain yang diperlukan. masih ada beberapa kelemahan dalam pemanfaatannya dalam industri. maka pertanyaan “Bagaimana biokatalis tersebut dimanfaatkan dalam proses produksi?” akan muncul dalam pengambilan keputusan berikutnya. keseimbangan reaksi. ataukah dalam bentuk enzim kasar atau murni). maka semakin tinggi pula efektivitas penggunaan biokatalis dalam industri kimia.Biokatalis dalam Industri Kimia Seperti telah diuraikan. Selain itu. diimobilisasi ataupun diaplikasikan dalam bentuk bebas. biaya. Aspek lain. kompatibiliats dengan proses yang telah ada juga merupakan hal penting lain dalam keputusan tersebut. apakah reaksi biokatalisis dilakukan dalam media cair konvensional yang ramah lingkungan (green). terutama bila jumlah tahapan reaksi dalam memproduksi suatu produk akhir dapat diturunkan secara drastis. Aspek-aspek yang perlu mendapat perhatian dalam keputusan awal ini adalah: ketersediaan biokatalis. bila dibandingkan reaksi kimia biasa. terutama karena kebanyakan indutri kimia kurang begitu ‘akrab’ dengan ‘katalis alam’ ini. biokatalis mempunyai peranan yang semakin penting dalam industri kimia sintesis. Media padat dapat merupakan keuntungan yang meyakinkan bagi penggunaan biokatalis.dan/ atau stereoselektif dapat menjadi pertimbangan yang kuat untuk penggunaan biokatalis. Kapan? ”Kapan biokatalis bisa dianggap sebagai alternatif yang menjanjikan. maka kecenderungan ini juga akan mendorong penggunaan biokatalis sebagai pilihan dalam proses produksi. Adanya kepastian bahwa proses atau reaksi akan berlangsung melalui rute tertentu juga akan menjadi pertimbangan penting dalam keputusan untuk menggunakan atau tidak menggunakan biokatalis dalam proses produksi. Ketersediaan. Dari pengalaman dapat ditunjukkan bahwa semakin positif jawaban yang dapat diberikan atas aspek-aspek tersebut diatas. Kemampuan komputer yang ada saat ini memungkinkan untuk itu. Peluang pemanfaatan biokatalis akan meningkat. Bagaimana? Bila aspek-aspek yang dikemukakan diatas dijawab secara positif. sifat biokatalis yang enansio. kebutuhan kofaktor adalah beberapa aspek penting yang perlu mendapat perhatian. Jika isu ‘natural’ dan ‘green’ sangat menentukan penerimaan masyarakat terhadap suatu produkproduk tertentu. jumlah reaksi yang terlibat. dalam keseluruhan pembuatan keputusan. juga akan mendorong penggunaan biokatalis dalam proses produksi. maka mereka memerlukan: · Identifikasi biokatalis . sel organela.

agarosa. seperti pencerapan dalam matriks gel (poliakrilamida. Optimasi proses downstream dari biotransformasi seringkali sama pentingnya dengan proses biotransformasi itu sendiri. atau diamina yang diaktivasi dengan carbodiimida). kemudian mengisolasi enzim atau enzim-kompleks yang cocok. walaupun sampai saat ini. dalam tahap awal. mikrokapsulasi (dengan cara polimerasi interfasial atau dengan mencampurkannya dengan surfaktan tertentu sehingga membentuk reverse micelles). waktu kontak dengan matriks pendukung. yang menyandikan sintesis enzim. * Theresia Umi Harwati. Setelah itu. maka biokatalis merupakan proses yang akan menjadi pilihan. biasanya industri juga mencoba proses yang multi-tahap yang melibatkan lebih dari satu enzim. Upaya pengembangan biokatalis baru mencakup penapisan mikroba dan biomaterial secara ekstensif untuk mengidentifikasi aktivitas yang diinginkan. penyelidikan terhadap aspek-aspek regulasi katalitis dan ekspresi enzim. sentrifugasi. enzim diperoleh dari mikroorganisme (bakteri. atau tidak ada alternatif kimiawi yang ada. stabilitas terhadap pH dan suhu. dan lain-lain. Pengembangan katalis yang stabil. seperti kebanyakan kasus. polimir akrilik). Biasanya. kondisi proses yang paling baik (nilai pH dan suhu optimal. Prosedur purifikasi melibatkan teknik-teknik kromatografi. karakterisasi fungsional perlu juga dilakukan. tahap pertama yang perlu dilakukan adalah pemurnian enzim dari media fermentasi. dan juga proses untuk memproduksi biokatalis itu sendiri. dekade terakhir ini dipahami sebagai revolusi dalam pemahaman proses biokonversi pada tataran genetik. yang menunjukkan catalytic turnover yang tinggi. terutama untuk mendapatkan jumlah protein yang lebih tinggi. dialisis dan/atau liofilisasi. Umumnnya kajian dilakukan untuk mempelajari dan mengidentifikasi pengaruh pH. namun dengan meningkatnya akumulasi pengetahuan. Seperti kita ketahui. dengan melibatkan metoda-metoda. Selain itu. karakterisasi struktural enzim perlu dilakukan. seperti glutaraldehida. Setelah enzim dimurnikan. perbandingan enzim/ dengan matriks dan sebagainya untuk mendapatkan biokatalis yang tepat secara industrial. alginat. · Tahapan produksi enzim secara umum Secara umum. kloning dan perunutan gena. silica) atau dengan pendukung organik (seperti selulosa. Untuk tahap-tahap selanjutnya. baru dicoba dengan menggunakan sistem-sistem kloning dan ekspresi yang lain. pengikatan silang dengan reaktan bifungsional (dialdehida. dampak dari penggunaan biokatalis rekombinan semacam ini terhadap keseluruhan pentahapan reaksi dan terhadap proses downstream juga menjadi sasaran kajian dan riset dalam biotransformasi. diperlukan sumber daya teknis yang memadai (beragam keahlian bioteknologis). Bila proses imobilisasi telah dilakukan dengan hasil yang baik. misalnya metoda penggaraman. Proses untuk biotransformasi yang diinginkan perlu dikembangkan . teknik ini juga akan dapat diaplikasikan untuk perekayasaan sistem enzim kompleks. jamur dan kapang) yang ‘dipanen’ melalui proses fermentasi. spektroskopi (UV-VIS dan/atau flueresens). dilakukan imobilisasi enzim. FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography). ultrafiltrasi. Demikian juga. fungsi dan aplikasi enzim masih tetap diperlukan. biasanya industri memanfaatkan enzim yang tersedia secara komersial untuk proses biotransformasi sederhana (satu tahap). ultrasentrifugasi analitis. telah menghasilkan beragam biokatalis-biokatalis baru. Kesimpulan Dalam artikel ini. Pengalaman mengajari kita bahwa hanya jika sebagian besar aspek-aspek memihak pada biokatalis. bila upaya ini tidak/ kurang berhasil. upaya kloning dan ekspresi enzim dilakukan pada E. mengintegrasikan ke dalam keseluruhan proses sintesis produk yang diinginkan. Datadata ini memberi landasan untuk dapat dilakukannya site-directed mutagenesis untuk memperoleh enzim baru yang dapat digunakan dalam bioreaktor secara industri. Dalam praktek. Dengan waktu yang relatif singkat.komersial. Isolasi. seringkali juga dilakukan. maka tahap berikutnya adalah optimasi proses yang menggunakan biokatalis amobil tersebut. menscale-up dan. Selain itu. adsorpsi dan pengikatan secara kovalen dengan pedukung inorganik (seperti gelas berpori. biokatalisis kombinatorial. sintesis secara kimiawi konvensional memenangkan kompetisi pada akhirnya. Untuk mengawali penguasaan teknologi biokatalis. presipitasi. dan juga stabilitas dan aktivitas dalam kondisi proses sebenarnya. bila perlu. metode-metode baru. seperti penentuan aktivitas dan stabilitas enzim pada suhu dan pH yang berbeda. seperti elektroferesa. evolusi terarah banyak diterapkan untuk mengembangkan enzim-enzim secara individual. demikian juga mengenai struktur. dan mampu melakukan transformasi baru merupakan hal penting untuk memperluas area penerapan bioteknologi.LIPI. Namun. atau bahkan melakukan pengembangan biokatalis baru. yang bertujuan agar biokatalis dapat dipanen dan digunakan kembali dalam proses. misalnya dengan menggunakan HPLC (High Pressure Liquid Chromatography).coli melalui suatu vektor tertentu. karaginan). Bambang Sunarko adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . teknikteknik pengkonsentrasian juga perlu dilibatkan. Tentu saja. beberapa pertanyaan dipaparkan yang harus dijawab untuk menghasilkan aplikasi biokatalis secara optimal. suhu. Selain itu. Namun. MSi & Dr. Untuk pengembangan biokatalis in-house. Pengembangan proses. Pada akhirnya. parameter kinetika dan penggunaan ulang) dapat diidentifikasi. serta rekayasa metabolik (metabolic engineering). penentuan kinetika dan stoikiometri reaksi. Beragam metode imobilisasi telah dikenal dan dapat disesuaikan dengan proses-proses industrial. Industri yang melakukan pengembangan biokatalis secara aktif biasanya mempunyai koleksi strain-strain mikroba dan enzimenzim dalam jumlah besar dan menganggapnya sebagai sumber daya teknologi kunci. dekstran. pada akhirnya adalah ekonomi yang menentukan apakah aplikasi biokatalis dapat direalisasikan dalam praktek ataukah apakah. seperti evolusi enzim yang diarahkan (directed enzyme evolution). Untuk menghasilkan biokatalis yang memenuhi kebutuhan komersial. Riset dan Pengembangan Biokatalis dan Biotransformasi Riset dalam bidang ini terutama diarahkan untuk mengembangkan dan optimasi proses yang melibatkan biokatalis. Cibinong. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 29 . · Sumber biokatalis. industri dapat memperoleh atau mengembangkan sendiri biokatalis yang diinginkan.

Obat untuk hepatitis C. masing-masing alpha. dan gamma interferon. lebih dari 100 jutas kasus DBD terjadi setiap tahunnya. genome replication. (A) Hepatitis C (B). terutama di negara-negara tropis. Saat ini digunakan interferon atau gabungan interferon dengan ribavirin. yang efektifitasnya tidak tinggi dan memiliki efek samping yang sama. Virus influenza H5N1 (A) dan Bahkan sejaktahun ini telah membawa korban jiwa. yaitu proses masuknya virus ke dalam sel inang . yaitu proses terjadinya perbanyakan (replikasi) virus virus di dalam sel inang. demam berdarah dengue (DBD) juga merupakan penyakit infeksi serius. dimana dimulai dari reverse transcription. tidak hanya di Asia. yang merupakan reseptor dari virus HIV. misalnya. integration. Kita ambil saja virus HIV sebagai contoh. Di Indonesia sendiri telah terjadi wabah H5N1 sebagai perluasan dari wabah yang terjadi di Asia Tenggara. Binding adalah interaksi antara virus dan sel inang (host cell) melalui reseptor yang ada di permukaan sel inang dengan protein yang ada di permukaan virus (Gambar 4). Secara nasional. Juga sama halnya dengan Amantadine. Sedangkan uncoating adalah lepasnya gemon virus dari selubungnya dan masuk ke sitoplasma. Tetapi sejak tahun 1980. yaitu 1) virus entry. bahkan sudah meluas sampai ke benua Eropa dan Amerika. dan uncoating (Step 3 Gambar 4). Karena itu.Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus Penulis: Andi Utama* M asalah penyakit infeksi virus adalah masalah besar baik secara global maupun nasional. yang merupakan obat antivirus influenza. Alpha interferon juga terbukti efektif untuk hepatitis B dan beberapa penyakit kanker. sampai pada protein cleavage (Gambar 4). Proses replikasi virus lebih kompleks lagi. dan pemakaian yang lama dari obat ini bisa menimbulkan efek samping seperti panas dan bahkan rontoknya rambut. Virus HIV (A) dan Virus Begitu juga penyakit AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) yang disebabkan oleh infeksi virus HIV (Human Immunodeficiency Virus). dengan teknik genetic engineering. Reseptor ini bersifat spesifik. Dengan alasan tersebut diatas. Sementara itu. Interferon dilepas ke aliran darah atau cairan intercellular dan menginduksi sel sehat untuk memproduksi enzim guna melawan infeksi tersebut. Step binding merupakan tahap awal dari infeksi dan merupakan proses yang signifikan untuk menentukan terjadi tidaknya infeksi. interferon dianggap sebagai salah satu biofarmasetik yang potensial. Secara global. Alpha interferon telah disapprove untuk pengobatan leukemia dan hepatitis C. masing-masing binding. Ada tiga jenis interferon. hanya bisa berinteraksi dengan virus HIV. Gambar 3. artinya hanya bisa berinteraksi dengan virus tertentu. proses virus entry terdiri dari sedikitnya 3 step. step ini bisa 30 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . misalnya. 2) virus replication. Bahkan dalam kondisi sekarang ini. fusion (Step 2 Gambar 4). yaitu proses keluarnya virus dari dalam sel untuk menginfeksi sel lainnya. penemuan obat antivirus merupakan hal yang urgen. penemuan obat antivirus juga dilakukan melalui tiga pendekatan. dan 3) virus budding. Secara detil ketiga proses ini berbeda untuk setiap virus. Proses virus entry dari HIV terdiri dari binding (Step 1 Gambar 4). interferon telah berhasil dibuat secara masal. Sesuai dengan life cycle dari virus tersebut. termasuk Indonesia. dimana virus masuk ke dalam sitoplasma sel. Wabah flu burung H5N1 telah telah terjadi di berbagai negara. wabah DBD merupakan wabah rutin yang terjadi setiap tahunnya. Sebut saja flu burung. Walaupun beberapa obat digunakan secara klinis. umumnya obat tersebut hanya mempunyai tingkat efektifitas yang rendah dan masih memilik efek samping. Interferon adalah protein yang diproduksi oleh sel ketika diinfeksi oleh virus atau pathogen lainnya. Karena penyakit ini menyerang system imun tubuh. seperti ko-infeksi dengan Tuberkulosis (TBC) dan/atau hepatitis C. 1) Penemuan senyawa/zat yang menghambat proses virus entry Sesuai dengan proses virus entry ini. Sehingga WHO memperkirakan akan terjadi pandemi flu burung H5N1 di dunia di masa yang akan datang. Secara umum ada 3 tahap life cycle virus. Begitu juga obat AIDS seperti AZT. Beberapa contoh obat antivirus. fusion. Karena itu. protein synthesis . (A) virus DBD (B) (B) penyakit infeksi virus. Obat ini memicu munculnya virus influenza yang resisten. sehingga Kementrian Kesehatan menyatakan sebagai Keadaan Luar Biasa (KLB). Keampuhan obat ini tidak lebih dari 50 persen. Pendekatan untuk penemuan obat antivirus Untuk penemuan obat antivirus perlu diketahui life cycle (siklus hidup) dari virus itu sendiri. penyakit AIDS sering menimbulkan komplikasi dan ko-infeksi. Virus HIV misalnya. (B) Gambar 2. Untuk Indonesia. merupakan penyakit lama yang sampai saat masih menjadi masalah besar di dunia. Gambar 1. Fusion adalah proses menyatunya virus dengan sel. dimana terjadi berbagai penyakit infeksi virus. Misalnya CD4. beta. Sampai saat ini belum ditemukan obat yang efektif untuk sebagian besar ada beberapa pendekatan yang bias dilakukan untuk penemuan obat antivirus. dan uncoating. maka usaha untuk penemuan dan pengembangan obat antivirus merupakan hal yang penting. penyakit ini juga merupakan masalah serius karena jumlah orang dengan HIV/AIDS (ODHA) terus meningkat tiap tahunnya. Awalnya interferon diambil melalui ekstraksi dari darah manusia. sehingga sulit untuk mendapatkan dalam jumlah yang banyak.

enzim neurimidase (enzim yang terekspresi di selubung virus) berperan dalam proses budding ini. Mari kita lihat lagi deoxythimidine atau yang lebih dikenal virus HIV sebagai contoh. Jika proses ini bisa dihambat. dan dari hasil studi awal diduga juga memiliki efek antivirus terhadap virus hepatitis C (HCV) dan HIV. Nicotiana tabacum. merupakan proses yang kompleks. perlu diakui bahwa obat yang ada saat ini umumnya senyawa kimia sintetis. untuk penemuan obat yang mentargetkan proses virus budding ini diperlukan pengetahuan tentang mekanisme budding itu sendiri. helikase.transcriptase yang diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. Penemuan obat antivirus harus memenuhi 3 kriteria (Colegate SM. Croton lechleri. yang menghasilkan untai RNA dijadikan target untuk penemuan obat ganda (double strand RNA) yang antivirus. atau inang maupun dari virus itu sendiri. 3’-azido-3’untuk setiap virus. proses reverse transcription (Step 4 Gambar 4). terjadi proses genome replication (Step 6 Gambar 4). 1995). sehingga proses helikase. Setelah itu terjadi proses genome integration (Step 5 Gambar 4). banyak yang bisa dijadikan Di dalam sel terjadi proses replikasi target untuk penemuan obat antivirus. Pada virus influenza misalnya. Virus assembly adalah step dimana semua komponen virus seperti genom dan protein-protein menyatu sehingga menjadi virus yang sempurna. Draconitium Ioretense. dengan reseptor RNA). Inhibitor yang diperlukan di merupakan intermediate product. RNA polimerase berperan membentuk untai RNA (RNA strand) Gambar 4. yang saat ini menjadi topik hangat. Virus baru ini kemudian keluar dari sel (release) dan siap untuk menginfeksi sel lainnya. reverse trandiperlukan beberapa enzim. Dalam step ini. Setiap virus memiliki mekanisme yang berbeda dan protein/enzim yang berperan dalam proses tersebut berbeda pula. Pada step Tentu saja untuk itu mengetahui ini terbentuk poliprotein yang belum mekanismenya menjadi syarat mutlak. Phyllanthus niruri. Namun. Pada proses ini. upaya untuk penemuan obat antivirus dari biodiversity terus dilakukan. Biodiversity untuk obat antivirus Berbicara tentang obat antivirus. 2000): (1) Harus menghambat perkembangbiakan virus tanpa memberikan efek terhadap sel inang (2) Harus memeiliki aktivitas yang luas (3) Tidak boleh yang menekan sistem immune (immunosuppressive) Pada penelitian tanaman di Amazon. influenza dari inhibitor ion channel yang dijual di pasaran dan digunakan secara Jelas bahwa proses virus replication ini klinis sampai saat ini. yaitu virus assembly (Step 9 Gambar 4) dan release. terjadi reverse transcriptase. integrase. karena banyak obat tradisional yang berasal dari biodiversity. Salah satu obat anti-HIV yang Secara detil proses ini juga berbeda dipakai saat ini. baik secara langsung menjadi untai RNA tunggal (single strand maupun tidak langsung. dan berpegang pada prinsip bahwa yang alami itu lebih aman dibandingkan yang sintetis. Step ini difungsikan oleh enzim integrase yang juga diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. Copaifera paupera. terutama dari tanaman. Karena Proses ini dinamakan protein cleavage itu. yang menghambat proses budding ini. Oseltamivir atau yang lebih dikenal dengan Tamiflu. Mangifera indica. Setelah genom dengan AZT (Table 1) adalah inhibitor virus masuk ke dalam sitoplasma. maka tertutup kemungkinan virus bisa menyebar ke sel lain di dalam tubuh. baik dari sel scriptase. menghambat proses virus budding Step ini difungsikan oleh enzim reverse Setelah replikasi genom terjadi di dalam sel. yaitu menyatunya DNA tadi dengan genom sel inang. poliprotein ini perlu encapsidation terjadi melalui ion channel diproses menjadi masing-masing protein. semua genom virus yang telah disintesa dibungkus oleh protein selubung virus sehingga menjadi virus baru yang sempurna. Bersamaan dengan itu. Step fusion dan replication. Curcuma Ionga. yang merupakan proses perbanyakan genom yang difungsikan oleh enzim RNA polimerase dan RNA helikase. virus. Sama halnya dengan proses lainnya. dimana banyak sekali enzim yang berperan. juga terjadi proses protein uncoating juga bisa dijadikan target. dan Uncaria tomentosa. polimerase. ada beberapa tanaman yang bersifat antivirus. Karena itu. yang dibentuk oleh protein M2. sehingga enzim ini dijadikan target penemuan obat antivirus influenza. yang 2) Penemuan senyawa/zat yang jika salah satunya tidak berfungsi proses menghambat replikasi virus di dalam sel virus replication ini tidak akan terjadi. Selain itu. Seperti contoh virus influenza. diketahui efektif terhadap penyakit infeksi hepatitis B. umumnya seperti enzim protease. enzim protease. Proses ini melalui dua step. virus akan keluar dari sel dan siap menginfeksi sel lainnya. yang banyak diteliti. penelitian yang mendalam banyak dilakukan terhadap Curcuma sebagai obat antivirus HIV (Mazumder. Bersamaan dengan genome binding tidak terjadi. inhibitor protein M2 bisa dijadikan (Step 8 Gambar 4) dan dilakukan oleh sebagai obat antivirus influenza. yaitu proses sintesa DNA dari 3) Penemuan senyawa/zat yang RNA yang merupakan genom virus HIV. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 31 . Proses ini difungsikan oleh RNA atau protein dari virus. Siklus hidup virus HIV baru yang komplementari dengan RNA genom. Phyllanthus niruri. Double sini bisa berupa senyawa/zat yang bisa strand RNA ini kemudian dipisahkan lagi berinteraksi. telah Untuk menjadi protein matang (mature) ditemukan bahwa proses uncoating/ dan berfungsi. adalah obat influenza yang merupakan inhibitor neurimidase. matang (immature) dan belum berfungsi. Virus HIV juga memiliki Amantadine dan rimantadine adalah obat dan mengkodekan enzim protease ini. synthesis (Step 7 Gambar 4).

AZT adalah competitive inhibitor dari enzim reverse transcriptase virus HIV. mikroorganisme. 32 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Amantadine menghambat fungsi protein M2 yang berfungsi sebagai ion channel. 1998). 1992). yang diperlukan untuk produksi DNA provirus dari template RNA. hewan. obat ini benar-benar bisa digunakan untuk kebutuhan pasien yang mengidap berbagai penyakit infeksi virus. Fungsi beberapa obat antivirus Nama obat Acyclovir Struktur kimia Penggunaan Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus herpes. tanaman yang sering digunakan untuk berbagai pengobatan. Studi lanjut membuktikan bahwa EC50 (konsentrasi untuk menghambat 50% perkembangbiakan virus) dari Prostatin adalah 0. Setelah diteliti lebih jauh. dan mereka mempelajari bagaimana memanfaatkannya. Kita berharap dalam waktu tidak lama.09 mg/ml (Witvrouw. Juga telah dibuktikan bahwa Prostatin berikatan dan mengaktifkan protein kinase C secara in vitro. lebih khusus virus herpes simplex tipe 1 dan 2. dan bahkan SIV (simian immunodeficiency virus) (Premanathan. Prostatin bahkan dibuktikan efektif terhadap virus HIV yang resisten terhadap berbagai obat. diantara penyakit infeksi virus. yang diperlukan untuk uncoating. Namun makin lama biodiversity makin berkurang karena industrialisasi. Pengembangan Prostatin sebagai obat antivirus HIV terus dilakukan dan sepertinya masih memerlukan waktu sampai penggunaan secara klinis. sehingga mengakibatkan tumpukan IMP dan akhirnya mengganggu replikasi DNA/RNA. Gancyclovir adalah analog dari acyclovir yang digunakan untuk terapi infeksi cytomegalovirus dan virus herpes lainnya. Ekstrak dari Homalanthus nutans secara in vitro menunjukan inhibisi terhadap virus HIV-1 (Gustafson. Fungsi Acyclovir menghambat fungsi enzim thymidine kinase dari virus herpes. Dengan kata lain. Diperkirakan ada sekitar 30 sampai 100 juta species di bumi ini. Selain itu mereka juga memanfaatkan biota liar untuk menjaga kesehatannya. Uji toksisitas menunjukan bahwa Prostatin hanya menginduksi ornithine decarboxylase 2530% dari senyawa phorbol ester lain. Uji menggunakan sel menunjukan bahwa 1 mM prostratin menghambat virus HIV-1 membunuh sel C-8166 dan sel U937 (Gustafson. Hasil penelitian menunjukan bahwa Prostatin menghambat proses viral entry melalui interkasi dengan protein dari sel yang berperan penting dalam proses viral entry. * Dr. Cibinong. Diversity ini berkurang dengan kecepatan 27 ribu species/tahun atau 74 species/hari atau 3 species/jam (Wilson. Osetalmivir (Tamiflu) Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza . Osetalmivir menghambat fungsi enzim neurimidase (NA) berperan dalam proses budding virus influenza. Ribavirin menghambat fungsi inosine monophosphate (IMP) dehydrogenase. walaupun dosisnya 30 kali lebih tinggi. dan ekosistim dimana organisme ini hidup (Convention on Biological Diversity. baik influenza A maupun influenza B. Adapun sumber yang digunakan cukup beragam termasuk mikroba dan tanaman. 1999). Tanaman lain yang banyak diteliti adalah Homalanthus nutans . terbukti menghambat pertumbuhan virus HIV dan bahkan juga menghambat ekspresi antigen virus HIV pada sel MT-4 (Premanathan.02-0. polusi. Biodiversity adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan. HIV-2. 1999). Hal yang sama juga ditemukan pada Rhizophora apiculata yang menghambat perkembangbiakan virus HIV-1. modernisasi pertanian. yang banyak diteliti adalah obat antivirus AIDS. Misalnya Rhizophora mucronata. seperti contoh tanaman dan hewan sebagai makanan. yang mutlak diperlukan untuk replikasi virus. Sebagai hasilnya ditemukan bahwa tanaman dari tanaman Mangrove dari famili Rhizophoraceae menghambat perkembangbiakan virus HIV pada sel MT4 (Premanathan. Gancyclovir Cara kerja-nya sama dengan acyclovir Amantadine Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza A. yang penting bagi manusia dan ekosistem. 2003). Andi Utama adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI. biodiversity adalah sumber daya alam. 1996). tidak untuk influenza B. 1992). (Bidang Virologi) Ribavirin Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus. baik virus DNA (seperti hepatitis B) maupun virus RNA (seperti hepatitis C). Diantara sumber tersebut yang banyak diteliti adalah tanaman.Table 1. 1992). termasuk inhibitor reverse transcriptase dan inhibitor protease. dan migrasi penduduk ke kota. terutama ekstrak polisakarida-nya. Juga digunakan untuk pengobatan infeksi serius virus herpes pada alat kelamin. Zidovudine (AZT) Digunakan untuk penanganan pasien AIDS (acquired immunodeficiency syndrome) Sejauh ini. dan senyawa ini tidak berfungsi sebagai tumor promoter. Masyarakat local hidup dengan biodiversity yang ada di sekelilingnya. Penelitian lebih lanjut menunjukan bahwa tanaman Rhizophoraceae menghambat proses virus entry. ternyata zat aktif yang berperan adalah prostratin atau 12-deoxyphorbol ester. Pengetahuan dan tradisi ini diturunkan dari generasi ke generasi. Polisakarida dari Rhizophora mucronata menghambat ikatan virus HIV dengan sel secara sempurna.

kita harus sangat bersyukur karena Indonesia benarbenar kaya. minuman. dan diabetes. baik makroflora dan fauna laut. Spons dari spesies Petrosia contegnatta di antaranya diambil senyawa bioaktifnya untuk obat anti-kanker. kepiting.000 kilometer). antara lain ikan. hepatitis. Amerika Serikat saja yang memiliki potensi keanekaragaman hayati laut yang jauh lebih rendah daripada Indonesia. C. laut dan udara. Okadaic acid.360 dollar AS per miligram. makanan tambahan. Kedua komponen yang dihasilkan ini ramah lingkungan dan tidak beracun bagi biota laut lainnya. farmasi dll c. Alga hijau juga dapat bermanfaat untuk menyembuhkan penyakit kardiovascular. salah seorang peneliti Balai Penelitian Bioteknologi dan Genetika Pertanian. Dari jumlah tersebut ditemukan 73 senyawa aktif yang berkhasiat antikanker. Dari berbagai riset yang dilakukan telah diketahui bahwa berbagai jenis kekayaan hayati laut Indonesia dapat bermanfaat untuk perkembangan riset dan industri bidang bioteknologi. dan minuman. Selanjutnya ia menyebutkan ada sekitar 100 jenis bakteri di laut yang sebenarnya dapat mendegradasi minyak. Menurut Sugiono Moeljoprawiro. Kekayaan tak ternilai tersebut tersebar dari darat. Senyawa itu ternyata berkhasiat obat dan kemudian dibuat sintetisnya. Sebagai negara maritim terbesar di dunia dengan garis pantai terpanjang kedua setelah Kanada (81. Sayangnya. Hewanhewan ini banyak dimanfaatkan untuk aplikasi bioteknologi di bidang farmasi yaitu: obat tidur dan obat penenang dari kuda laut. laut Nusantara mewadahi hampir semua makhluk hayati laut. diantaranya senyawa baru Barangmideditemukan di Kepulauan Barang Lombo dan Bitungolide A-F dari Pulau Bitung. Bila dilihat dari jenisnya. Pada spons dan karang lunak terdapat senyawa bioaktif yang berfungsi sebagai alat pertahanan diri dari musuh alaminya. Salah seorang peneliti bakteri laut dari Pusat Penelitian Oseanografi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Ruyitno bahkan menjelaskan bahwa selain menjadi bahan obat-obatan. yang sangat dibutuhkan dalam proses pembuatan produk-produk kosmetik. polisakarida. Biota laut sebagai alternatif bioenergi d. omega3. Namun. dan kerang. fikokoloid dan biopolimer yang terdapat pada mikro dan makroalgae. yaitu 20. Tumbuhan ini dapat diolah untuk obat influenza dan bahan pengawet makanan. dan Monoalide. Senyawa bioaktif lainnya dari spons yang juga digunakan untuk industri farmasi adalah Bastadin. Biota laut untuk industri yaitu industri makanan. maupun beragam mikroorganisme laut. HIV/AIDS. Mengenal Potensi Laut Indonesia Untuk Bioteknologi Seluruh keanekaragaman jenis mahluk hidup yang berada di laut dikenal dengan biota laut. Potensi kekayaan tersebut antara lain adalah: a.216 spesies spons. Potensi tersebut sebenarnya memiliki prospek yang cerah untuk dikembangkan antara lain untuk keperluan industri makanan sehat. seperti ikan. udang.Dari Redaksi >> Melirik Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia Penulis : Elvi Yetti* S ekali lagi. kosmetika. bidang ini relatif belum terjamah. sudah dapat meraup devisa dari industri bioteknologi kelautan lebih dari 40 milyar dollar per tahun. Melalui teknik bioremediasi. ataupun perban. bioteknologi kelautan pun sebenarnya menjanjikan keuntungan bisnis yang cukup besar. pelangsing tubuh. Adapun serbuk kerang digunakan untuk obat mag. Ini dengan asumsi bila digarap secara optimal. Sedangkan obat anti-asma dibuat dari senyawa spons Cymbacela. udang. dan lain-lain. Berbagai senyawa-senyawa bioaktif produk alam (natural products) seperti skualen. kosmetika dan apilaksi lain yang berbasis bioteknologi maka perlu dilakukan uji bioprospecting. dapat juga dilakukan rekayasa genetika untuk budidaya ikan dan biota laut yang bernilai ekonomis tinggi Untuk dapat mengetahui potensi biota sebagai bahan baku obat. Bioprospecting adalah pemanfaatan sumberdaya genetik dan hayati berkelanjutan baik untuk tujuan ilmiah BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 33 . Sensus biota laut yang diselenggarkan oleh Pusat Penelitian Oseanografi LlPI bekerjasama dengan Universitas Osaka Jepang baru-baru ini berhasil menyeleksi 1. Perairan laut Indonesia menyimpan berbagai potensi keanekaragaman hayati untuk pengembangan bioteknologi. bioaktif. kosmetik dan industri berbasis bioteknologi lainnya. influenza HIV/AIDS. Rumput laut yang selama ini lebih dikenal untuk makanan ternyata memiliki berbagai khasiat. farmasi. tempurung kura-kura untuk obat luka dan tetanus. diabetes dan anti bakteri b. bakteri laut dapat dimanfaatkan untuk mengatasi pencemaran minyak. kerangkerangan. Senyawa bioaktif Monoalide yang diperoleh dari spons Luffariella variabilis merupakan senyawa yang memiliki nilai jual tertinggi daripada senyawa bioaktif dari spesies spons lainnya. Mikroorganisme Kekayaan hayati laut Indonesia menjadi lengkap dengan adanya berbagai jenis mikroorganisme laut. bakteri laut sangat efektif menurunkan tingkat pencemaran dengan memecah komponen minyak hingga menjadi air dan karbon dioksida. Tumbuhan Laut Jenis tumbuhan laut yang sudah diketahui manfaatnya untuk pengembangan bioteknologi adalah rumput laut atau berbagai jenis alga terutama alga hijau. Ular dari laut diambil serbuknya untuk meningkatkan daya ingat. ular laut. Biota sebagai bahan obat dan aplikasi bidang farmasi yaitu sebagai anti kanker. juga ada kitin dan kitosan dari kulit udang dan kepiting untuk obatanti kolesterol. Selain itu. Hewan Laut Banyak sekali jenis hewan laut yang memiliki potensi untuk pengembangan bioteknologi Indonesia. dan sebagainya. kura-kura. dan rumput laut. Tidak ketinggalan jenis invertebrate. Selain itu. biokatalis. biomedis. Bioprospecting Keanekaraman Hayati Laut Indonesia Perlu dicatat bahwa selain pertanian. mikroorganisme maupun invertebrate ternyata belum banyak dimanfaatkan dan dikelola secara optimal. hati ikan buntel untuk obat tetrodotoxin yang memperbaiki saraf otak yang rusak dan mengurangi rasa sakit. hasil penelitian para pakar menyebutkan bahwa banyak mikroorganisme laut menyimpan kandungan senyawa biopolimer. pemanfaatan seluruh jenis biota laut tetap harus membumi atau memperhatikan prinsipprinsip lingkungan agar kita tidak menyesal di kemudian hari. B. biota laut Indonesia yang saat ini dapat bermanfaat untuk pengembangan bioteknologi dapat dikelompokkan menjadi: A. kuda laut. Tahukah Anda. Sebagai perbandingan. Departemen Kelautan dan Perikanan memperkirakan perolehan devisa dari bioteknologi kelautan ini bisa mencapai US$4 miliar. Disamping itu riset tentang rumput laut saat ini diarahakan untuk obat hepatitis.

Annex I (memuat kesimpulan tambahan dari rekomendasi SBSTTA) dan Annex II (program untuk kerja lebih lanjut). hal itu adalah krisis yang mengancam sistem penopang hidup dan penghidupan jutaan penduduk di negaranegara Dunia Ketiga (Shiva. Badan Riset Kelautan dan Perikanan DKP. Hal senada juga disinggung oleh Direktur Lembaga Eijkman Prof Sangkot Marzuki. Pusat Penelitian Oseanografi (P2O) LIPI sudah melakukan penelitian aktivitas antimikroba dan antikanker pada spons laut sejak tahun 1997. seperti reklamasi pantai. antibiotik. 1994). Selain itu COP2 juga membahas akses pada sumber daya genetik. CBD bertujuan agar keanekaragaman hayati di dunia ini lestari dengan mengkonservasi. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu bukan saja belum dimanfaatkan optimal. moluska diketahui memiliki zat antikanker. para peneliti dari IPB saja.ataupun komersil. . lalu dilakukan kloning. pemanfaatannya yang optimal dan konservasi yang berkesinambungan dapat menjamin masa depan bangsa. kemudian masuk ke tahap produksi. perlu diketahui dulu mekanisme timbulnya penyakit sehingga kemudian dapat ditentukan target molekul yang dapat digunakan untuk obat. Contoh paling nyata adalah dalam proses pencarian obat. Brazil tahun 1992. akan ditemukan satu yang berkhasiat obat. Di antara lembaga riset dan ikan menggunakan bom dan racun (sianida). keanekaragaman hayati ini merupakan potensi sangat strategis bagi negara Indonesia untuk meningkatkan taraf hidup masyarakatnya. Lebih dasar lagi. konservasi dan pemanfaatan keanekaragaman hayati yang berkelanjutan dan keamanan hayati. Selain itu juga keterampilan. Oleh karena itu dibutuhkan perangkat-perangkat pendukung untuk pengaplikasiannya. adalah staf peneliti di Puslit Bioteknologi . serta penangkapan Riset Bioteknologi Bidang Keanekaragaman Hayati Laut Riset bioteknologi kelautan saat ini dilakukan oleh beberapa institusi. IPB. Dan juga terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya. Di alam ini terdapat puluhan juta senyawa di tumbuhan dan biota. sampel biota yang ada harus dikirim ke luar negeri antara lain ke Belanda. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu belum dimanfaatkan optimal. *Elvi Yetti. Diperkirakan dari 10. Akibatnya. infrastruktur. dan teknologi pengembangan produk baru bagi pasar global.Si. Hal inilah yang membuat Indonesia tidak dapat menjaga kerahasiaan dari faktor penting yang terkait dengan HKI dan daya saing industri. BPPT dan beberapa Perguruan Tinggi. perguruan tinggi itu. Lembaga riset yang berhasil melakukan itu antara lain LIPI. and to share the benefits of biological diversity). Pembangunan tahap pertama dilaksanakan tahun 2003 di atas area seluas 840 meter persegi. Salah satu tema utama dari Conference of Parties (COP) kedua yang diselenggarakan di Jakarta tahun 1995 adalah mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut yang menjadi kepentingan Indonesia sebagai tuan rumah COP2. dan penyedia jasajasa lingkungan laut yang berpotensi sebagai basis model pembangunan berkelanjutan. penambangan pasir laut. penggunaan tributiltin pada cat kapal. memanfaatkan secara berkelanjutan dan berbagi manfaat dari keanekaragaman hayati (to conserve.LIPI. pemasaran. introduksi spesies asing. dan terakhir distribusi. Untuk menjaga agar pemanfaatan keanekaragaman hayati tetap membumi maka sebanyak 139 negara termasuk Indonesia telah membuat kesepakatan yang tertuang dalam Konvensi Keanekaragaman Hayati (CBD) di Rio de Janeiro. seperti P2O-LIPI. Departemen Kelautan dan Perikanan lewat Badan Riset Kelautan dan Perikanan (BRKP) dilingkungan departemen itu menetapkan bioteknologi kelautan dan perikanan sebagai program unggulan atau program utama sejak tahun 2002. Indonesia sudah menandatangani CBD pada saat di KTT Bumi tanggal 5 Juni 1992 dan sudah meratifikasi CBD tanggal 23 Agustus 1994 dengan UU No 5/1994. antikolesterol. PhD yang mengatakan untuk mengidentifikasi senyawa aktif berkhasiat obat diperlukan mesin otomatis yang disebut high throughput screening. untuk mengetahui kandungan zat aktif. Pengujian dengan sistem robotik itu bertujuan untuk mengetahui interaksi molekuler dari senyawa dari alam. antipenuaan. dengan keanekaragaman hayati laut tinggi. 34 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . gen. to sustainably use. alih fungsi kawasan hutan mangrove. bahan baku kosmetik dan farmasi. S. Dalam Suatu Diskusi Ahli Biokimia dan Farmasi Kelautan yang diselenggarakan Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP) di Jakarta tahun 2004 lalu dipaparkan hasil pengisolasian zat aktif yang berkhasiat obat dari biota laut di perairan Indonesia. Dalam proses ini diperlukan penelitian dasar mengenai penyakit hingga pengujian serta uji klinis. sponge. Lebih lanjut ia menyebutkan bahwa pada dasarnya konsep bioprospecting modern memberi negara berkembang kemampuan memperbaiki nilai tambah sumber daya alamnya. Cibinong. Hal itu disebabkan karena di dalam keanekaragaman hayati itu tersimpan sumber daya yang terbarukan (renewable resources) yang berguna sebagai sumber plasma nutfah. kata Linawati menjelaskan. menurut Dr Linawati Hardjito dari Departemen Teknologi Hasil Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB. dan organisme berkualitas. apabila dites secara acak. Salah satu ketentuan yang termuat dalam kesepakatan tsb menyebutkan bahwa habitat ekosistem dan seluruh komponen hidup yang terdapat di laut merupakan unsur utama yang yang harus dilindungi. namun belum ada lembaga riset dan industri yang memiliki fasilitas tersebut. Informasi mengenai sumber daya alam ditindaklanjuti dengan penelitian dasar dan penelitian terapan.000 senyawa. Prinsip Lingkungan Dalam Pemanfaaatan Keanekaragaman Hayati Secara teoretis. tetapi lebih dari itu terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya . dan bioinsektisida. karang lunak. Setelah itu diketahui. dalam diskusi itu terungkap kendala dalam pengembangan obat-obatan. Namun. Konservasi keragaman hayati juga sangat penting untuk bioprospecting. Baru kemudian tanaman obat bisa dijadikan sesuatu yang bernilai ekonomi tinggi. Beberapa spesies rumput laut. antara lain terbatasnya sarana peralatan untuk mengidentifikasi zat aktif dari bahan alam itu. Selanjutnya untuk mengembangkan obat. Erosi keanekaragaman hayati ini bukan hanya merupakan krisis hilangnya spesies yang memiliki potensi menghasilkan dollar bagi perusahaan dengan menyediakan bahan mentah industri. Perhatian pada konservasi dan pemanfaatan berkesinambungan berarti membuka sumber pendapatan baru. Dalam rangka pengembangan riset bioteknologi kelautan dan perikanan bahkan telah didirikan Laboratorium Bioteknologi Kelautan dan Perikanan yang pembangunannya dilakukan secara bertahap. sumber pangan. Dan sejatinya. Setelah itu dilakukan pengembangan produk. berhasil menemukan 34 senyawa aktif dari 57 spesies yang ditemukan di perairan Indonesia. . Selain itu mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut termuat lengkap di dalam “Jakarta Mandate on Marine and Coastal Biological Diversity”. Keputusan menyangkut keanekaragaman hayati pesisir dan laut ada tiga bagian yaitu keputusan. Kapasitas yang dapat dilakukan alat pelarik ini 100. Tahapan tersebut mulai dari proses pencarian dan pengembangan sumber-sumber baru senyawa kimia.000 senyawa per hari. kata Sangkot. CBD sudah ditandatangani oleh 168 negara dan diratifikasi oleh 160 negara. dan Universitas Andalas. Ada beberapa tahapan bioprospecting yang harus dijalani untuk memperoleh hasil akhir yang memuaskan. antidiabetes.

murah. Para peneliti telah mengetahui aplikasi penting dari L-arabinosa. glukosa dan D-galaktosa. produksi gula alternatif bagi gula yang sudah mendominasi saat ini sangatlah mungkin. Salah satu jenis dari rare sugars meliputi terapi surgery. pasti. Beberapa biotransformasi ini. pemanis dan minuman ringan telah meningkatkan pula perhatian manusia pada dampak kesehatannya. K A R U N I A YA N G B E L U M TEREKSPLORASI Oleh : Budi Saksono* P roduksi gula telah dimulai sejak abad ke 17. Metabolisme xylitol berlangsung angka yang fantastis. L-arabinose arabinose bisa didapatkan dari fraksi juga digunakan untuk pembuatan obat 2hemiselulosa kayu. Oleh karena itu. Absorbed Seperti LUsus kecil sorbose Maltooligosakarida Maltooligosakarida (+) telah Sucrase G– F Sukrosa G–F digunakan Inhibitor sebagai material Non Absorbed dasar bagi L-arabinosa produksi Gambar 1. Selain itu. Menurut hasil survei dari WHO yang diumumkan pada bulan Maret 2003. di dan industri makanan. fenomena tersebut. Pada tahun 2002.RARE S U G A R S . kanker. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir. yang sangat baik bagi kesehatan. menunjukkan komposisi dari BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 35 . Diantara sumber utama gula absorpsi sukrosa. diperlukan upaya pengembangan terhadap aktifitas enzim sucrase usus teknologi fermentasi yang mampu (gambar 1) dan juga menekan pengaruh memproduksi rare sugars tersebut secara glycemia paska penghambatan proses ekonomis. 900.000 (Rp. obesitas. Gula ini mampu mencegah tooth decay. jumlah penduduk yang terkena penyakit diabetes. xylitol tergolong rare dengan semua bentuk terapi kanker yang sugars. (F) Fruktosa L-ascorbid acid (VIT kimia terapi dan radioterapi dan hyperC). Karena fungsinya yang seperti itu. Beberapa aplikasi penting dari mengembangkan pemanfaatan L-sorbose rare sugars bisa dilihat pada tabel 2. adalah penggunaan pati. hutan. suatu gigi). Dengan sangat berguna pada kombinasinya definisi tersebut. Whey mengandung deoxy-2-fluoro-5-methyl-b-Llactose. yaitu D-glukosa. telah mencapai 15. otitis acute pada anak-anak. dimana L-arabinosa Mengingat potensi dari rare sugars berperan sebagai inhibitor yang selektif tersebut. Huwig. Rare sugars. xylitol mampu mencegah terjadinya dental caries (pengeroposan ¥10. tetapi tidak sampai pada awal abad ke 20. Rare Sugars (gula langka) Peningkatan jumlah penggunaan gula pada industri makanan. adalah L-carbohydrate.000) per kg. Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon. Komponen potensial obat untuk anti-HBV (Hepatitis monosakarida tersebut. dan mengalami pertumbuhan yang sangat mengagumkan sejak itu. Produksi xylitol dunia. mints dan pasta gigi. sejak ditemukannya gula xylitol. Dengan dilakukan dengan menggunakan yeast. terdapat secara B Virus) dan anti EBV (Epstein B Virus). Fungsi L -Arabinosa dalam usus kecil. Hal ini disebabkan xylitol mampu menghasilkan panas negatif. Pada tahun 2002. produksi gula global melampaui angka 133 juta ton pertahunnya. yang bisa dihidrolisa menjadi Darabinofuranosyl uracil (L-FMAU). D-xylosa atau Lpenderita penyakit diabetes. L-monosakarida sebagai monosakarida dan derivatifnya memiliki karakter antineoplastic dan yang terbilang langka di alam. berlimpah pada limbah pertanian. Enzim amylase pertama diperkenalkan oleh Anselme Payen dan Jean Francois pada tahun 1833. sehingga sangat cocok digunakan pada industri chewing gum. pada tahun 1998 thermia. gm sama dengan beberapa tetapi tidak teraplikasi lebih lanjut makanan diabet lainnya. dan jantung meningkat dari tahun ketahun. rare sugars diharapkan sebagai pemanis berkalori rendah dan International Society of Rare Sugar sangat toleransi terhadap penyakit (ISRS) telah mendefinisikan rare sugars diabetes. Akhir-akhir ini. Meskipun demikian. yang tersedia secara berlimpah dan murah. juga melaporkan bahwa Latau whey sebagai material awal untuk arabinosa juga berfungsi sebagai pencegah produksi rare sugars. terutama tepung. Produksi xylitol dibanding dengan natural sugars. dengan pemahaman teknologi yaitu 1-deoxygalactonojirimycin.000 tons. Jepang harga L-arabinosa mencapai Tabel 1. Selain itu. terlepas dari insulin pada saja tidak masuk ke dalam metabolisme manusia dan menghasilkan energy sebesar tubuh atau masuk ke dalam metabolisme 4 Kcal. Yang untuk memproduksi glycosidase inhibitor. (G) Glukosa. Derivatif dari rare-sugars juga telah digunakan sebagai agent bagi antiWaste material sebagai bahan baku hepatitis B virus dan human immunodefirare sugar yang murah dan berlimpah ciency virus (HIV). para peneliti telah mampu mengemukakan fenomena yang terjadi pada starch dan apa akibat dari kerja enzim tersebut. biologi terapi. D-glukosa bisa postprandial hyperglycemia pada didapat dari pati. Aplikasi Lcarbohydrate dan L-arabinosa derivatifnya Usus kecil dibidang Maltooligosakarida Monosakarida kedokteran Sucrase ( -) Sukrosa G–F G F mengalami peningkatan drastis. xylitol sangat potensial untuk dimanfaatkan sebagai pengganti gula pasir pada industri proses makanan. bukan sangat mudah. produksi High derivatif L-sugar juga diketahui memiliki Fructose Corn Syrup (HFCS) bisa potensi sebagai antiviral agent dan bisa dilakukan dengan bahan baku yang juga digunakan sebagai terapi antigen. Sifat lain dari xylitol menghasilkan rasa dingin pada mulut ketika berinteraksi dengan air liur. wood Sanai et al.

1 18 Wheat Straw 36.1 14. yang sangat baik bagi kesehatan.8 Rice Straw 41. Gula ini mampu mencegah tooth decay.5 39. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir ♦ ♦ ♦ 36 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .2 2.3 2.0 2.8 0. Komposisi monosakarida dari beragam biomasa Corn Stover C a r b o h y d rate Glukosa (C6) Mannosa (C6) Galactose (C6) Xylose (C5) Arabinose (C5) Total C6 Total C5 39.4 14.6 0.Tabel 1.0 0.6 Baggase Fiber 38.6 39.3 0.2 40.2 16.8 2.4 39.2 25.2 19.8 ♦ ♦ ♦ Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon.8 4.3 Rice hulls 36.4 19.1 1.5 43.8 21.1 23. otitis acute pada anak-anak.1 3.0 1.0 0.8 3.8 14.

Metabolisme D-xylose pada yeast. Pengembangan rare sugar masa Depan. dan masih sangat tergantung pada impor gula pasir. sangat berdampak pada kesehatan gigi anak – anak. yang diekstrak dari hidrolisa kayu keras. M. pengembangan xylitol di Indonesia. rekayasa protein menggunakan metoda directed evolution sangat mendukung dalam upaya mendapatkan enzim dengan karakteristik yang tepat untuk aplikasi industri. Skema konversi pati (starch) menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase Gambar 3. Metoda produksi dari beragam jenis rare sugars membutuhkan pendekatan multidisiplin yang meliputi teknologi fermentasi. yang segar dimulut sekaligus melindungi gigi kita. dan kimia organik. Dxylulose mengalami phosphorilasi menjadi D-xylulose-5-phosphate oleh enzim xylulokinase. terlihat seperti pada gambar 3. media produksi sekala industri Dengan semakin diketahuinya reaksi enzimatik yang mampu memfasilitasi proses biotransformasi tersebut. produksi anhydrofructose dari pati. hingga beberapa peneliti membentuk konsorsium independen yang bernama International Society of Rare Sugar (ISRS). untuk memproduksi gula alternatif. Gambar 3. Sebuah konsorsium yang berdiri sendiri. Baru pada tahun 1986. Penemuan rare sugars sangat menarik perhatian para peneliti. dan potensi pasar terbuka secara luas. dengan mengkonsumsi NAD. biologi molekuler. bagaimana mekanisme rare sugars dalam tubuh. Lichtenthaler dan coworker di Darmstadt. rare sugars yang berfungsi sebagai antioksidan.5 Anhydro-D-fructose. Pada saat yang sama. Indonesia adalah negara yang kaya akan sumber karbohidrat. Dengan semakin diketahuinya proses enzimatik. sangat menggelitik untuk dikaji dan diteliti. Reaksi enzimatik yang terjadi pada yeast adalah sebagai berikut.beberapa jenis limbah. xylosa dan arabinosa yang cukup relevan untuk dimanfaatkan sebagai bahan baku produksi rare sugars. Produksi xylitol misalnya. Dan baru pada tahun 1988. dengan mengkonsumsi NAD(P)H. dengan menggunakan enzim glucan lyase diperkenalkan oleh Prof. reaksi secara enzimatik berantai diperkenalkan oleh Prof. Bioteknologi. Sebagai antioksidan. Oleh karena itu. Dxylose direduksi oleh enzim xylose reductase menjadi D-xylitol. Terakhir.7 kali lebih tinggi dibanding Lascorbid Acid (vitamin C). yang ekonomis. Perancis. anhydro fructose memiliki efektifitas 1. Seperti halnya xylitol. misalnya pada produksi 1. terlepas dari Amylase society dan lain sebagainya. dimana masing memiliki kadar glukosa. baik starch maupun limbahnya. sedikitnya informasi bagaimana rare sugars mampu berperan sebagai antikanker. menggunakan Raney nickel katalis. German pada tahun 1980. virus Hepatitis B. Dengan ditemukannya enzim-enzim yang berperan dalam proses biotransformasi tersebut. Baute dan coworkernya di Bordeaux. Tunggu apa lagi? *Budi Saksono. Disisi lain. Skema konversi pati menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 37 . pada awalnya produksi xylitol sekala industri dilakukan menggunakan reaksi kimia reduksi dari D-xylose. Alternatif penggunaan yeast sebagai bioreaktor sudah dilakukan secara intensif. Indonesia menempati urutan ke 6 terbesar dunia untuk penderita penyakit diabetes. hal yang perlu disadari bahwa tidak selalu enzim tersebut memiliki karakteristik yang sesuai untuk aplikasi industri. Contoh lain. Reaksi enzimatik konversi pati menjadi anhydrofructose akan nampak NAD(P)H NAD(P) D-xylose Xylose reductase D-xylitol NAD Xylitol dehydrogenase NADH D-xylulose-5-phosphate Xylulokinase D-xylulose ADP ATP Gambar 2. Prosedur ini memerlukan beberapa step purifikasi karena hanya D-xylose murni yang bisa digunakan untuk reaksi kimia reduksi. anhydrofructose pertama kali diperkenalkan oleh Prof. Tidak bisa dipungkiri bahwa peranan bioteknologi untuk memproduksi rare sugars sekala industri dengan biaya produksi murah sangat besar. antibakteri dengan kalori yang rendah. ramah lingkungan dan ramah bagi penderita penyakit diabetes. sangat berkepentingan terhadap pengembangan teknologi ini. Cibinong. Teknologi tinggal dikembangkan. Akanuma. sehingga mampu mempengaruhi beberapa jenis penyakit berbahaya saat ini seperti virus HIV. atau bisa menjadi bahan campuran pasta gigi. penggunaan rare sugars bagi obat maupun makanan kesehatan semakin terbuka lebar. Apalagi hal ini kemudian didukung dengan tingkat pemahaman akan fungsi physiologis dari masingmasing rare sugars. teknik rekayasa genetika.Sc. D-xylitol yang terbentuk kemudian di rubah menjadi Dxylulose oleh enzim xylitol dehydrogenase. hal ini bisa meningkatkan kemungkinan produksi sekala industri. adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI.Proses reaksi ini dapat dilihat pada gambar 2. Selain pasar gula non kalori. yang sangat gemar makan perment. sangat terbuka peluang bagi penemuan rare sugars baru. teknologi enzim. Hal ini setidaknya mengisyaratkan betapa besarnya potensi rare sugars ditengah pengembangan sugar konvensional.

oleh karena itu disebut entomofaga. Bt juga merupakan bakteri tanah yang memberikan reaksi pewarnaan Gram positif. sejak revolusi industri pada abad 18 telah diciptakan bahan kimia beracun yang disebut insektisida atau pestisida yang kini jenis dan mereknya sudah mencapai ribuan. dan lain-lain. Secara biokimia dan genetika Bt sama dengan B. Keunggulan pestisida hayati yang dihasilkan dengan menggunakan Bt adalah dapat membunuh jenis serangga tertentu dan aman terhadap jenis organisme lain serta ramah lingkungan.2 mikrometer.5-7. disingkat BBMV) yang mirip seperti mekanisme hormon insulin pada sel manusia. et al. kelas Eubacteriales. pada debu penyimpanan bijibijian serealia.5). cairan sekitar akan terserap ke dalam sel.6-2. pada pakan ternak. Untuk lebih efektif membunuh satu individu serangga diperlukan cukup banyak kristal protoksin yang akan memperbesar jumlah sel eptitel usus yang lisis dan mempercepat kematiannya. Untuk menanggulangi serangga yang merugikan. BIOLOGI MOLEKULER DAN UPAYA BIOTEKNOLOGI UNTUK KETAHANAN PANGAN DAN KESEHATAN Penulis: Eddy Jusuf* S erangga adalah mahluk yang paling banyak jenis dan jumlahnya yang secara langsung atau tidak langsung berperan dalam kehidupan dan perekonomian umat manusia. Protein toksin anti serangga ini merupakan ciri khas dari Bt yang dapat membedakan (pada observasi dibawah mikroskop) dari bakteri Bacillus lainnya. Pada tahun 1990 formulasi bakteri ini berhasil menggantikan pestisida kimia sampai mencapai 20 milyar dolar AS di pasar dunia (Carlton. spora menetas membentuk sel vegetatif dan membelah diri sampai dengan Gambar 1. berbentuk batang dengan panjang 3-5 mikrometer dan lebar 1-1. bergerak aktif (motil) dengan flagella peritrich (diseluruh dinding sel). cereus dan B. divisio Schizhopyta. Buyat. Apabila serangga telah mati maka bangkai serangga ini dapat menjadi media untuk perkembangbiakan bakteri. Bila serangga memakan spora dan kristal ini maka enzim dan asam lambung dalam usus serangga akan melarutkan protein kristal yang sebenarnya masih merupakan protoksin menjadi protein toksik yang terlarut. Gambaran mikroskopik elektronik dari bakteri Bacillus thuringiensis dari bentuk sel vegetatif. termasuk dalam keluarga Bacilliaceae. Sporanya berbentuk oval berwarna hijau kebiruan berukuran 1. sel menggembung selanjutnya pecah dan akhirnya berakibat pada kematian serangga. Peranan bakteri sebagai pestisida hayati Bt merupakan bakteri patogen terhadap serangga. Perbedaannya terletak pada karakter genetika yang didapatkan pada DNA ekstrakromosomal yang disebut plasmid. residu kimia tersebut terakumulasi baik dalam tanah maupun dalam jaringan tanaman dan hewan yang akhirnya dapat terkonsumsi oleh manusia dan menimbulkan akibat fatal seperti pada kasus Minamata.KEANEKARAGAMAN BAKTERI Bacillus thuringiensis. Protein ini kemudian berikatan dengan protein reseptor pada pili sel epitel usus serangga (brush border membrane vesicle.5-8. Pada awalnya usaha ini membuahkan hasil yang gemilang dan dapat meningkatkan hasil pertanian serta mengurangi wabah penyakit. pada pepohonan.0 tergantung dari tipenya. Protein ini berperan memperbesar pori-pori sel sehingga kesetimbangan osmosis dalam sel epitel terganggu. maka dimulai revolusi baru mengganti pestisida racun kimia dengan pestisida hayati yang sangat spesifik. Protein kristal disebut sebagai protein Cry atau d-endotoksin atau disebut juga ICP (Insecticidal Crystal Protein). Residu kimia beracun dari insektisida dapat membunuh serangga-serangga yang berguna bagi manusia seperti beberapa jenis-jenis capung.5 (pH optimum 6. termasuk bakteri mesofil dengan kisaran suhu pertumbuhan 15-45oC (suhu optimum 2637oC) dan kisaran pH 5. sedang protein kristal berukuran 0. Secara laten. Formulasi komersil dari bakteri ini sebagai pestisida biasanya berupa biomasa kering atau cairan sangat kental yang berisi spora dan kristal protein yang diperoleh dari hasil fermentasi. 1990). Dampak lainnya adalah munculnya resistensi serangga hama terhadap racun yang sudah sering diberikan sehingga penggunaan insektisida menjadi sia-sia. dan pada serangga yang mati. bersifat fakultatif aerob. sediaan kering komersial dan bentuk kristalnya 38 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . namun beberapa dekade belakangan ini dirasakan dampaknya dengan kerugian yang sangat besar. belalang sembah yang berperan sebagai pemangsa serangga hama dan hewan-hewan lain seperti cacing.3 mikrometer. Tetapi tidak semua serangga menguntungkan manusia. Sebenarnya Bt juga membuat sejumlah besar faktor-faktor virulensi dalam bentuk protein maupun non-protein atau bentuk enzim yang dalam kondisi alami dianggap yang menjadi pemicu infeksi dengan cara melemahkan sistim pertahanan serangga tersebut. Antracis. bisa didapatkan dari habitat di alam seperti pada tanah. Dengan telah ditemukannya satu jenis bakteri yang dapat mematikan satu jenis serangga tertentu oleh Ishiwata tahun 1901 di Jepang yang kemudian diberi nama Bacillus thuringiensis (selanjutnya disingkat Bt). masing-masing patogen terhadap manusia dengan penyakit pada sistem pencernaan dan penyakit antrak. Bakteri ini memperbanyak diri dengan menginfeksi insekta yang secara tidak sengaja memakan spora dan protein kristalnya. Bombyx mori (kupu-kupu penghasil serat sutra) dan Apis spp (lebah penghasil madu) adalah contoh serangga yang memiliki nilai ekonomi yang sejak ribuan tahun telah dibudidayakan manusia.0-1.

Eddy Jusuf adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Produk-produk komersial pestisida hayati berbahan aktif berbagai galur bakteri Bacillus thuringiensis dan serangga sasarannya. kemudian membentuk spora dan kristal untuk infeksi ulang pada individu lain. thuringiensis memiliki 9 galur. penggunaan galur Berliner sudah mulai ditinggalkan karena galur baru ternyata lebih ampuh. Tiap-tiap galur Bt memiliki toksisitas yang spesifik dengan sasaran serangga yang spesifik. akan tetapi ada juga yang memiliki beberapa serangga sasaran. cerus. Apabila Bt tidak menghasilkan protein ini maka secara nomenklatur tidak disebut sebagai B. finitimus. Cibinong. Tetapi ada yang tidak memiliki serotipe yaitu serovar wuhanensis untuk Bt subsp. Protein Cry ini banyak sekali tipenya tergantung dari galur-galur Bt dan masingmasing tipe memiliki target atau sasaran toksisitas serangga tertentu. Kristal yang tertelan dilarutkan oleh cairan lambung dan melekat pada reseptor pili sel epitel usus serangga dan membentuk pori-pori sel yang menyebabkan ganguan kesetimbangan osmosis sehingga sel menggembung dan pecah. Galur-galur Bt subsp. alesti HD4 (standar antisera seotipe ini). telah menyusun katalog (1999) yang berisi galur-galur Bt dari seluruh dunia yang telah diisolasi dan diidentifikasi. 1993). Sejak ditemukan galur Bt subsp. subsp. jadi satu tipe protein toksik untuk satu jenis serangga tetapi tidak ada pengaruh atau malahan dapat menjadikan sumber nutrisi pada serangga lain. Berikut ini dilampirkan tabel berbagai merek produk-produk komersial dari galur-galur Bt yang telah digunakan dan memenuhi pasar dunia.R. dari serotype 3a. Galur-galur Bt dan potensi toksik pada serangga sasaran Dr. kurstaki lebih dari 20 tahun digunakan dan diketahui telah mampu mengendalikan populasi lebih dari 100 jenis serangga hama. serotype 3a. Misalnya serotype 1 adalah serovar thuringiensis untuk Bt subsp. dan seterusnya. beberapa diantaranya Bt.jumlah tertentu dimana kondisi nutrisi memungkinkan. Tiap-tiap subspecies ini dibedakan lagi berdasarkan sifat protein Cry. thuringiensis Berliner. thuringiensis HD2 yang dijadikan standar antisera untuk penentuan serotype. Bakteri Bt diklasifikasikan dalam lebih dari 68 subspesies atau varietas dengan istilah serovar yang ditentukan berdasarkan perbedaan sifat antigen flagela-nya yang dapat membuat antisera terhadap serum darah kelinci. 3c adalah Bt. subsp. Bt subsp. Homoptera. Tahun 1997 Bravo melaporkan bahwa beberapa galur baru dari Bt memperlihatkan toksisitas terhadap serangga dari ordo Hymenoptera. kurstaki yang memiliki 22 galur dan satu yang terkenal dan umum dikomersilkan Gambar 2.LIPI. kurstaki HD-1 pada tahun 1967. Subsp. Zeigler dari Departement Biochemistry. 3c adalah serovar alesti yang memiliki 3 galur diantaranya Bt subsp. Tabel 1. *Drs. cereus. Data dari buku katalog Zeigler disebutkan. The Ohio State University USA adalah kurator dari koleksi Bt dan B. Wuhanensis. Galur Bt. thuringiensis lagi melainkan telah menjadi B. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 39 . beberapa jenis Diptera dan Coleoptera. Disamping itu jenis protein Cry yang diproduksi oleh tiap galur juga bervariasi dari 1 sampai 5 jenis protoksin. Mallophaga dan Acarina. D. Pada tahun 1980-an perdagangan pestisida hayati yang berbahan aktif galur HD-1 dengan berbagai merek mendominasi pasaran dunia hingga mencapai 60% dalam bidang pertanian dan 20% untuk kehutanan menggantikan pestisida kimia. Mekanisme toksisitas protein Cry dalam membunuh serangga. toksisitas maupun karakter genetik lainnya dengan istilah strain (galur). Thuringiensis dan serotipe 2 adalah serovar finitimus untuk Bt subsp. israelensis yang spesifik untuk serangga dari ordo Diptera baru digunakan pada tahun 1980 untuk menanggulangi nyamuk vektor penyakit malaria dan demam berdarah dan lalat hitam yang mencapai 20% dari total perdagangan pestisida hayati di pasaran dunia (Frankenhuyzen. Pestisida hayati dengan formulasi spora dan kristal Bt telah digunakan sejak tahun 1920 dan saat ini secara luas dipakai untuk menanggulangi lebih dari 160 jenis serangga hama terutama yang termasuk dalam ordo Lepidoptera. adalah galur HD1 dan masih banyak lagi serotipe maupun galur-galur yang telah diidentifikasi. 3b. Pengembangan produk komersial pestisida hayati berbahan aktif bakteri ini diawali di Perancis tahun 1938 dengan merek Sporine menggunakan galur Bt subsp. Kemudian diikuti oleh Amerika Serikat tahun 1957 dengan merek Thuricide menggunakan galur yang sama.

bakteri atau parasit disisipkan dalam vektor transformasi tanaman. Pada pisang kini sedang dikembangkan untuk vaksin hepatitis B dan vaksin HPV (human pappiloma virus) yang kini telah masuk tahap evaluasi klinik. selanjutnya uji imunogenitas. perkembangan teknologi rekombinasi DNA dibarengi dengan perkembangan pengetahuan mengenai mekanisme patogenesis dan respon imun. Konsep ini didukung oleh kemampuan tanaman dalam menghasilkan protein yang beragam. Vaksin ini dapat digunakan dengan diekstraksi terlebih dahulu atau juga dapat dimakan langsung. baik oleh anak-anak maupun dewasa. vaksin-vaksin yang lebih efektif akan tersedia. murah. Epitop umumnya disisipkan pada bagian coat protein (CP) dari virus vektor. seperti edible vaccine diharapkan dapat melengkapi bahkan memperbaiki kekurangan yang ada pada vaksin-vaksin terdahulu. terutama untuk negara berkembang. Pisang adalah salah satu tanaman yang menjadi target dalam banyak penelitian. Banyak vaksin rekombinan yang telah memasuki tahap clinical trial. Replikasi virus dan penyebarannya secara sistemik memungkinkan terjadinya transient expression dari CP khimera pada semua jaringan tanaman. Dengan mengkombinasikan keefektifan biaya sistem produksi. Dengan cara yang sama. murah dan praktis. diharapkan dalam 5 hingga 10 tahun mendatang. diharapkan manusia dapat memakan langsung protein dari bagian tanaman tanpa dimasak. Virus tanaman yang biasanya digunakan diantaranya adalah tobacco mosaic virus (TMV). dapat dimakan langsung. Vaksin telah terbukti merupakan intervensi yang paling efektif dalam menurunkan angka kematian dan kesakitan. telah mendorong munculnya perkembangan vaksin baru. penurunan angka penyakit infeksi. Pada edible vaccine. Dalam dekade terakhir. baik dari yang ekstrak maupun yang dimakan langsung. Partikel-partikel virus yang mengekspresikan epitope asing lalu dimurnikan.S dan Arntzen C. suatu saat manusia bisa imunisasi dengan makan pisang” 40 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Mason H. efektif dan praktis. Vaksin-vaksin baru ini termasuk protein dan peptida rekombinan. Dengan vaksin telah dibuktikan banyak mengurangi angka kematian. Dengan adanya gelombang baru dari perkembangan vaksin. tanaman edible vaccine yang mengekspresikan antigen dalam jaringan tanaman yang dapat dimakan. Dalam penggunaan vaksin. selain alasan epidemiologi penyakit. karena pisang diproduksi hampir di seluruh negara berkembang. antigen yang terdiri dari satu atau beberapa epitop disisipkan pada genom virus. kemanjuran dan keamanan dalam sistem pengirimannya. dapat merupakan suatu cara menghasilkan vaksin oral yang lebih baik. seperti umbi kentang. yaitu sebagai penghasil vaksin.menyebutkan terdapat dua strategi yang dipelajari dalam ekspresi transgen dalam menghasilkan calon vaksin pada tanaman. dan dorongan untuk memproduksi vaksin yang aman. Yang pertama adalah mengintroduksi DNA asing pada vektor Agrobacterium. dimana seluruh gen yang mengkode antigen (target antigen) yang berasal dari organisme patogen seperti virus. “Dengan edible vaccine. karena itulah disebut edible vaccine atau vaksin siap makan. sehingga menghasilkan protein kimera (chimeric prtein).P r o d u k s i ed i b l e va ccin e dengan Molekular Farming Oleh : Anky Zannati* P erkembangan teknologi Molecular Farming pada tanaman telah memunculkan konsep baru. Tantangan selanjutnya yang harus dihadapi adalah membuktikan bahwa edible vaccine benarbenar dapat menjadi vaksin yang aman. Strategi kedua adalah menggunakan virus sebagai vektor. Namun sebelumnya tentu saja harus dilakukan uji imunogenitasnya.vaksin juga harus efektif dan relatif aman digunakan. Dengan mulai berkembangnya riset edible vaccine.J dalam Transgenic Plants as Vaccines Production System pada jurnal Trends in Biotechnology tahun 1995.

diberikan secara oral. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. imunogenic. 13 (9) BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 41 . diberikan melalui suntik Imunogenik. diberikan secara oral.Si . diberikan melalui suntik ataupun oral Imunogenic. Imunogenik. diberikan secara oral Ekstrak protein imunogenik.Target Penyakit Enterotoxigenic E. S. Coli Vibrio cholerae (kolera) Hepatitis B Hepatitis B Target vaksin Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Kelinci Hewan ternak Hewan ternak Babi Babi Babi Ekspresi pada tanaman Tembakau Kentang Jagung Kentang Tembakau Kentang Lupin Lettuce Tembakau Kentang Tomat Tembakau Kentang Arabidobsis Alfalfa Arabidobsis Tembakau Jagung Kapasitas vaksin Imunogenik. diberikan melalui suntik Proektif. diberikan secara oral Antigen dari organisme Virus tanaman Fragmen DNA Penyatuan epitope untuk menghasilkan gen khimera bagi CP virus Gen Struktur Vektor transformasi tanaman Transformasi genetik dengan perantara Agrobacterium dan regenerasi tanaman transgenik Penyatuan gen Infeksi tanaman oleh virus yang dimodifikasi Transient expression dari antigen asing Gambar. bekerja di Pusat Penelitian Bioteknologi . diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. Imunogenik. diberikan secara oral. diberikan melalui suntik Protein intact. secara oral Intact Glikoprotein diberikan Tabel. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. diberikan secara oral. Cibinong. Partikel imunogenik. Imunogenik. Strategi menghasilkan calon antigen vaksin pada jaringan tanaman. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. diberikan secara oral. Coli Enterotoxigenic E. Penelitian mengenai imunogenitas Sumber : Trends in Biotechnology (1995). Coli Enterotoxigenic E. Tanaman Kentang Tanaman tembakau Pemberian makan pada binatang percobaan Ekstraksi antigen asing Isolasi partikel virus * Anky Zannati. Imunogenik dan protektif.LIPI. Protein yang diekspresikan oleh tanaman transgenik untuk vaksin pada manusia dan hewan Hepatitis B Hepatitis B Infeksi Virus Norwalk Infeksi Virus Norwalk Rabies Human cytomegalovirus Rabbit hemorrhagic disease virus Penyakit kuku dan mulut Penyakit kuku dan mulut Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Imunological related Protein Imunogenik dan protektif.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->