Dari Redaksi >>

Biodiversity dan manfaatnya
MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI
Biodiversity, apa itu? Menurut Convention on Biological Diversity (1998), biodiversity (keanekaragaman hayati) adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan, hewan, mikroorganisme, dan ekosistim dimana organisme ini hidup. Karenanya, biodiversity adalah sumber daya alam yang penting bagi manusia dan ekosistem. Biodiversity ini merupakan aset besar dalam pengembangan Bioteknologi, sehingga semestinya negara yang kaya dengan biodiversity dapat memetik hasil dari kekayaan tersebut. Indonesia konon adalah negara biodiversity terbesar kedua di dunia (megadiversity), setelah Brasil. Seharusnya kita bisa menikmati hasil dari kekayaan tersebut. Tapi kenyataannya belum, bahkan kita jauh tertinggal dalam bidang Bioteknologi termasuk pemanfaatan biodiversity. Oleh karena itu, perlu kesadaran dan perhatian kita bersama terhadap kekayaan yang kita miliki dan juga terhadap pengetahuan dan teknologi untuk memanfaatkan biodiversity tersebut untuk kepentingan bangsa dan rakyat Indonesia. Biotrends edisi ini akan menfokuskan pada biodiversity, khususnya tentang berbagai jenis biodiversity dan peluang pemanfaatan biodiveristy tersebut. Diantara topik yang hadir adalah tentang keanekaragaman mikroba endofit yang dapat dijadikan sebagai sumber molekul yang bermanfaat untuk farmasetikal. Begitu juga keanekaragaman bakteri Bacillus thuringtensis yang bisa dimanfaatkan untuk ketahanan pangan dan kesehatan. Juga hadir topik tentang peluang biodiversity, khususnya tanaman untuk penemuan obat penyakit infeksi virus, yang menjadi topik hangat saat ini. Indonesia adalah negara kepulauan dan sekitar 70% diantaranya adalah laut. Karena itu, selain di darat kita juga harus memperhatikan laut, yang diperkirakan juga mengandung biodiversity yang luar biasa. Ini juga tentunya merupakan aset besar yang berpeluang untuk dimanfaatkan. Dalam konteks ini, kami juga menghadirkan artikel tentang “Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia”. Selain itu, yang tidak kalah menarik adalah topik diversity di tingkat mikro; seperti diversity di tingkat protein, gen, dan molekul. Analisa diversity tersebut bahkan tidak terbatas pada organisme yang bisa dikulturkan, tetapi juga pada organisme (khususnya mikroorganisme) yang tidak bisa dikulturkan. Bagaimana caranya? Artikel yang bertajuk “Metagnomik: lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru”. Dengan cara itu bisa dilihat bahwa sesungguhnya di tingkat mikro ditemukan variasi yang sangat beragam. Keanekaragam ini tentunya memiliki fungsi yang beragam pula. Tugas kita adalah menemukan fungsi dari masing-masing protein, gen, atau molekul tersebut. Caranya bisa anda temukan pada artikel-artikel dalam edisi ini, diantaranya adalah “Functional Genomics, untuk mempelajari fungsi gen dalam skala global”. Bahkan keanekaragaman molekul itu bisa diperkaya lagi. Gunanya adalah untuk meningkatkan peluang penemuan obat. Bagaimana caranya? Jawabannya bisa anda temukan pada artikel “Combinational Chemistry, pengayaan molekul diversity untuk penemuan obat”. Namun, perlu kita sadari bahwa agar bisa memberikan manfaat secara terus-menerus, kita tidak boleh mengeksploitasi biodiveristy, tetapi yang lebih penting adalah bagaimana mengolah, memanfaatkan, dan melestarikannya. Apa yang harus kita lakukan untuk itu? Simaklah perbincangan kami dengan Prof. Dr. Endang Sukara, Deputi LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (LIPI). Di sana anda juga bisa melihat upaya yang telah dilakukan LIPI untuk mengolah, memanfaatkan dan melestarikan biodiversity yang kita miliki. Selamat membaca!

Penanggung Jawab: M. Ahkam Subroto Pimpinan Redaksi: Andi Utama Anggota Redaksi: Adi Santoso Bambang Sunarko InesAtmosukarto Wien Kusharyoto Satya Nugroho Sigit Purwantomo Syahrudin Said Sekretariat: Siti Elly Faisholyah Ludya Arica Bakti Yulnawati Wulansih D. Astuti Seksi Promosi dan Marketing: Tutang Yatri Hapsari Betalini Widhi Hapsari Iklan: Sogir Hayat Raharja Fotografer: S. Jitno Rijadi Noor Rachman Design grafis: Wien Kusharyoto Uus Faizal Firdaussy Ahmad Saefudin S Ario Tutuko

BioTrends Majalah Populer Bioteknologi Diterbitkan oleh Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Jalan Raya Bogor Km. 46, Cibinong 16911 Telepon (021) 875 1527, 8754587 Faks (021) 8754588

Hak Cipta dilindungi oleh undang-undang. Dilarang memproduksi seluruh atau sebagian foto, teks, atau ilustrasi isi majalah dalam bentuk apapun tanpa izin tertulis terlebih dahulu kepada penerbit.

Redaksi

2

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

Metagenomik
Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru

/Hal 16
MIKROBA ENDOFIT:
SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI

/Hal 13
Secangkir TEH
Dari Redaksi Biodiversity dan Manfaatnya /Hal 2 Surat Pembaca Komentar dari para pembaca, tentang BioTrends /Hal 5 Program freeware DNA analysis ClustalW, BioEdit, dan CLC Free Workbench /Hal 23 Biokatalis Biokatalis, Enzim dan Biotransformasi /Hal 27

DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI

/Hal 06
Profil Pemanfaatan Biodiversity

Prof. Dr. Endang Sukara
“We are within biodiversity, but we do not know what is the real value of biodiversity”

/Hal 08
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

3

Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

“Functional Genomics ”
un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i gen da l a m sk a l a gl o b a l

/Hal 19
COMBINATORIAL CHEMISTRY: Melirik prospek Bioteknologi kelautan Indonesia /Hal 33 Keanekaragaman bakteri Bacillus thuringiensis, biologi molekuler dan upaya Bioteknologi untuk ketahanan dan kesehatan /Hal 38 Produksi edible vaksin dengan molekular farming /Hal 40 PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT

/Hal 25

Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus

/Hal 30

Rare sugars, karunia yang belum tereksplorasi

/Hal 35

4

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

IPB . untuk edisi perdana kami baru mendistribusikan ke institusiinstitusi pemerintah. Bandung penyajiannya lebih mudah dimengerti.go. Kalau bisa.com. Peter Clezy Petroporphyrin Kirim Pertanyaan dan Komentar Anda Kirimkan opini. Samhoedi Prof. Saya menyambut hangat terbitnya Biotrends. sumbangsih dan permintaan anda: disinilah forum tempat anda memberikan opini mengenai apa yang benar dan salah mengenai hal-hal yang kami angkat di majalah ini dan sebagai sarana agar kami tahu apa yang ingin anda baca. Namun. terutama bidang Bioteknologi. pertanyaan dan artikel anda ke BioTrends@lipi. materi dan Menanggapi surat dari sekretaris Kepala LIPI terhadap BioTrends edisi sebelumnya tentang salah penulisan pada kolom profil. Distribusi Biotrends Sebelumya. Bioterends sebelumnya baru saya dapatkan setelah memesan pada teman yang kuliah di Bogor.Saya ucapkan selamat atas terbitnya edisi perdana dari Majalah Biotrend. kami akan terus berupaya untuk meningkatkan kualitas majalah ini untuk mencapai tujuan tersebut. isi dan disain sudah cukup baik.surat PEMBACA Koreksi. nama saya Agung Firmansyah. Menurut saya cover . namun majalah ini agak sulit diperoleh. Agung A. Menurut saya isinya cukup baik. Hari Susanto. Peter Klessy Peterporphyrin Seharusnya (SD pada dekade 40-60-an. Saya termasuk orang yang sangat menyenangi dunia ilmu pengetahuan. Isinya Terlalu Berat Salam kenal. tanggapan. Mungkin ada benarnya edisi sebelumnya memuat artikel yang agak sulit dipahami terutama bagi orang yang tidak berkecimpung di dunia Bioteknologi. Mohon maaf . opini.Bogor Redaksi: Terima kasih atas saran dan masukannya. Redaksi: Terima kasih atas tanggapannya. tapi sepertinya terlalu berat dan sulit dicerna.id atau Biotrends@yahoo. kami meralat sebagai berikut: Hal 9 9 10 10 Baris 27 58 9 14 Kolom 1 2 1 1 Tertulis (SD jaman Belanda) Prof. mulai edisi ini kami juga akan mendistribusikannya ke toko .toko buku di berbagai kota.) Prof. Tetapi mengingat tujuan penerbitan majalah ini adalah untuk mempopulerkan ilmu pengetahuan di bidang Bioteknologi untuk berbagai lapisan masyarakat. Sambudi Prof. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 5 .

Maklum makanan juga serba sulit. kegiatan pikir memikir menjadi masalah. Sejujurnya penjajahan era kini meskipun sifatnya halus dan tidak kasat mata mungkin jauh lebih dahsyat dampaknya daripada penjajahan fisik yang menimbulkan trauma. dan energik. Tuhan berseru “ Hai kamu bangsa Uganda. Sementara itu asumsi faktor etnis yang menjadi penyebab keterpurukan Indonesia. Salah satunya adalah dampak dari penjajahan yang berlangsung lebih dari 3. ulet. Bahkan oleh salah satu tokoh keanekaragaman hayati. logikanya kita akan menemukan sosok-sosok manusia Indonesia yang rajin. kau lihat di tangan kananku ada pisang dan di tangan kiriku ada otak. tongkat pun ditancap tumbuh jadi tanaman kata Koes Bersaudara. melalui pembangunan tentunya. dan melesat meninggalkan Indonesia sambil membawa segelintir saudara serumpunnya. Andaikan pernyataan itu benar. Malaysia yang dimotori etnis yang sama. barangkali menurut versi orang Inggeris yang pernah menjajahnya. Kajian lebih lanjut yang dilakukan oleh ilmuwan lain sesudahnya semakin mengukuhkan pernyataan Vavilov. tandus dan gersang. akan tetapi terlalu naïf rasanya untuk melimpahkan semua kesalahan hanya kepada si penjajah. Nyatanya juga tidak demikian. Kriteria utama penetapan pusat-pusat itu adalah adanya keanekaragaman tanaman budidaya yang tinggi di masing-masing pusat tersebut. sepertinya kini sudah tidak relevant lagi. Anecdote itu sungguh sangat menyakitkan. yang sulit dicari tandingannya di dunia. Katakanlah di jaman Majapahit atau Sriwijaya. Maka tanpa berpikir panjang. ilmuwan terkemuka Rusia. yaitu Melayu. pisang atau otak”. Konsekuensinya tentu mudah ditebak. Banyak alasan (excuses) yang dijadikan kambing hitam sebagai penyebab keterpurukan bangsa ini. Pilihlah salah satu yang kamu mau. mungkin bisa membantu menguak kabut hitam kelam yang menyelimuti bangsa kita. (www. Menurut yang empunya cerita. secara spontan mereka pun memilih pisang”.5 abad. sebagai bagian dari kawasan Asia Tenggara. kecuali apel. Suatu ungkapan versi lain untuk tidak menyebut malas. Dan konon sejak itu pula pisang berlimpah di negara itu sehingga dijadikan makanan pokok penduduk setempat. tak pelak lagi Asia Tenggara ditetapkannya sebagai salah satu dari 8 pusat asal usul tanaman budidaya dunia. rakyat Nusantara tetap saja hidup bersahaja untuk tidak dikatakan melarat.org) 6 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Istilah orisinilnya the IndoMalayan Centre. terkesan sederhana namun mengandung makna yang sangat dalam. Argumentasi lain adalah karena alam Indonesia terlampau ramah dan pemurah. Argumentasi itu mungkin ada benarnya. Indonesia. murah kang sarwi tinuku (segala yang dibeli. Dengan semua kekayaan itu konon Indonesia pernah berjaya di masa silam. ternyata kini sudah benar-benar melayu. harganya murah). Meskipun pada kenyataannya pusat keanekaragaman suatu jenis tanaman tertentu tidak harus selalu identik dengan pusat asal usul dari tanaman yang bersangkutan. Ini mungkin juga terkait dengan pasokan energi yang tidak/kurang memadai. yang berkarang. yang konon merupakan jembatan emas menuju masyarakat yang adil dan makmur.menyimpulkan hasil kajiannya tentang asal usul tanaman budidaya setelah perjalanan panjang melanglang buana. telah membuat bangsa ini menjadi manja . Indonesia diibaratkan sebagai “The Garden of Eden” karena keanekaragaman buahbuahannya.lainsigna. Setelah kemerdekaan tercapai. konon ketika Tuhan bermurah hati memberikan pilihan kepada orang. Bahkan ada kesan bahwa dinamika dan mobilitas penduduk di daerah-daerah seperti itu justru (maaf beribu maaf) rendah. jelas merupakan bagian terpenting dari pusat itu.secangkir TEH DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI Penulis: Made Sri Prana* K etika Nikolai Ivanovich Vavilov. subur kang sarwi tinandur (segala yang ditanam tumbuh subur). maka di belahan Nusantara yang alamnya tidak dapat dipandang ramah dan pemurah. Namun kekayaan itu pulalah yang telah mengantar bangsa ini ke neraka penjajahan. istilah Jawa yang berarti lari. Apa gerangan yang salah dengan negeri ini? Sebuah anecdote tentang orang Uganda. terutama Gambar: Nikolai Ivanovich Vavilov. meskipun sekedar sebagai pembantu.

Masala pun akhirnya kerap timbul karenanya. sementara perbedaan adalah anugerah yang berfungsi sebagai pengikat.arbain@telkom. Akibatnya integritas tim (team work) tidak solid atau bahkan berantakan. Semua itu toh juga karunia Tuhan yang harus disyukuri. baik untuk jajaran pemimpin maupun yang dipimpin.apsprogram. atau kirimkan e-mail ke info@apsprogram. persaudaraan. SEMINAR 1. semoga saja bioteknologi mampu memberikan kontribusi maksimal kepada pembangunan nasional sebagaimana yang selama ini diharapkan. Kontak: www. dan kita kitakan kami. jangan hendaknya dipertentangkan. Kontak: Dra. Dengan bekal itu. Fakultas Kedokteran Hewan IPB. atau telepon kantor APS (021) 527 7648. Padang 25163. IPB. Ibarat masakan. Tel. sebenarnya humor itu telah menyadarkan orang Uganda. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 7 . *Dr. sesuai situasi dan kondisi. Bioteknologi menawarkan banyak peluang dan terobosan untuk bisa memanfaatkan khasanah/kekayaan sumber daya hayati untuk kesejahteraan bangsa.INFO bagi orang Uganda (juga kita yang simpati).id/index. Otak atau tentu saja tidak harus diterjemahkan sebagai kecerdasan inteletual (IQ) semata.R. Research Institute.net. Kebersamaan. Pentingnya otak atau SDM dalam meniti kehidupan dan kelangsungan hidup (sustainability) sebagai individu. He/she is one of us!!!” akan terdengar sungguh sangat nyaring di telinga dan mengharukan di hati. Keanekaragaman genetik Indonesia yang berlimpah itu menunggu kreativitas tangan-tangan trampil untuk meramunya menjadi produk-produk unggulan guna menunjang pengembangan berbagai sektor pembangunan agar sebagai bangsa kita tidak dipandang bak tikus jatuh ke lumbung mati kelaparan.id). Tepat sekali slogan “Bersatu meningkatkan mutu” diangkat sebagai tema filosofis dan spiritual oleh Puslit Bioteknologi LIPI. bangsa dan bahkan umat manusia (human being) sudah menjadi rahasia umum. sedangkan kita bisa menimba pengetahuan (knowledge) dan bukan sekedar ketrampilan (skill) dari mereka. yaitu tim peneliti.Si. Tetapi bioteknologi juga memiliki karakteristik synergisme dan pendekatan multidisiplin sebagai salah satu prasyarat.com 2. Pasalnya mereka lebih memilih mendapatkan bantuan bala tentara dan alat perang yang kuat daripada merangkul Sri Krishna.ugm. 0251626368. kalaupun ada. 8 April 2006: Seminar Sehari: Peranan Bioteknologi Reproduksi dalam Pembangunan Peternakan di Indonesia. salah seorang mantan Ketua LIPI yang disegani pada masanya. penasehat yang arif dan bijaksana. kelompok. The University of Andalas. Kontak: Prof. bisa dilihat dan didownload dari website aps (www. Ir. Spices and Other Natural Products (ASOMPS) XII. 8-9 November 2006: International Seminar on Tropical Animal Production (ISTAP-4).LIPI. E-mail: Iis_arifiantini@telkom.or.or. Artinya wajib adanya ciri profesionalisme. Made S. sementara teknologi atau pengetahuan tentang teknik membuka terus peluang untuk berinovasi sesuai tuntutan dan perkembangan jaman. E-mail: asompsxii@unand. dan dinamika para pelaksananya. Itulah antara lain secuil cuplikan wejangan dari berbagai upaya serius dan sistematis untuk menggalang persatuan di lingkungan LIPI yang pernah dilakukan oleh Prof. Perbedaanperbedaan yang lain.isap4. guna meningkatkan kesejahteraan bangsa dan negara sekaligus mewujudkan konsep pemanfaatan sumberdaya hayati secara lestari. FKH. Yogyakarta. formulir. Mereka bisa menikmati (bersama kita) benefit dari kekayaan sumberdaya genetik Indonesia.id atau d. herdis_bppt@plasa.id. Banyak di antara kita yang hanya siap memimpin dan tidak terlalu siap untuk dipimpin. Prana. Iis Arifiantini. Telp. APS akan mengadakan road show di kota-kota besar di seluruh Indonesia di bulan Mei-Juni 2006. Persamaan adalah sebuah berkah yang menjadi perekat. Dengan semangat kebersamaan dan persaudaraan itu kita kamikan saya. Para anggota tim harus memiliki persamaan visi namun berbeda dalam kepakaran sesuai misi yang diemban. Kesalahan serupa (salah pilih) konon juga mengantarkan Kurawa ke jurang kehancuran kalah perang di Kuru Setra melawan Pandawa . Fax. mentok di ujung. Auditorium of Faculty of Animal Science.unand. terutama dengan negara-negara maju. Fax. Di sini persamaan dan perbedaan sama pentingnya. Jalan Agatis Kampus Darmaga IPB. 13-18 November 2006: Asian Symposium on Medical Plants. Animal Production and Sustainable Agriculture in The Tropics . tidak perlu dimunafikan sepanjang sifatnya saling menguntungkan (mutual benefit). tak peduli apapun bentuknya. Cibinong. Akan tetapi bila diambil hikmahnya. Rectorate Building 2nd floor.ac. Formulir pendaftaran dan informasi lebih lanjut mengenai persyaratan beasiswa APS. tentang betapa pentingnya otak dalam menjalani hidup dan kehidupan ini. dan persatuan itu adalah rohnya organisasi. Kerjasama dengan pihak luar dalam hal ini. akan tetapi sikap dan komitmen dalam merealisasikannyalah yang tampak sangat berbeda-beda. Jadilah sayur asem yang nikmat dan menyegarkan. Teknik pada saatnya akan daluarsa.ac.net. Dr.com. Dan kalau pada suatu saat nanti di antara kita kebetulan ada yang meraih prestasi luar biasa maka pernyataan “ I am proud of him/her. Tubagus Bachtiar Rifai. orang Afrika dan bahkan kita semua. Tema itu relevant tidak hanya untuk tahun ini melainkan berlaku sepanjang masa dan buat siapa atau organisasi apa saja. integritas. jadwal road show. Kita perlu menguasai teknologi dan bukan sekedar teknik agar mampu terus berkreasi. APU adalah staf peneliti utama di Pusat Penelitian Bioteknologi . Bagian Reproduksi dan Kebidanan.+62-751-72645.php 3.id/asompsxii BEASISWA AUSTRALIAN PARTNERSHIP SCHOLARSHIPS (APS) Studi Pasca Sarjana di Australia Pendaftaran APS akan dibuka tgl 8 Mei 2006. sebab belakangan diketahui pula pentingnya kecerdasan emosional (EQ). Dayar Arbain. garam di laut asam di gunung bertemu dalam jambangan. Dr. takdir69@yahoo. M. 0251-629474. Ini tentu sangat berbeda dengan ucapan “ Why him/her? Why not me?” yang lebih kerap terdengar dalam kehidupan sehari-hari. Gadjah Mada University.ac. http:// www. Semua pasti menganggap bahwa SDM itu penting.+62-751-72645/71085.

Saya masih ingat. shalat subuh biodiversity tersebut untuk berjamaah di masjid (surau). Kedua. Kolam di sekitar kampung nyaris tinggal kenangan. anak-anak kampung lainnya. Pertama di Jakarta mungkin lebih banyak pilihan. Dr. 4 Ciawi. bahwa setiap hari. hayati). Indonesia. Dengan modal Rp. tenteng kacang dan lain sebagainya untuk dijual di pasar Ciawi. Endang tidak ubahnya seperti terobosan untuk melindungi. Di masa kecilnya tidak kedeputian ilmu pengetahuan hayati pernah membayangkan akan ke Jakarta. but Endang Sukara. dan kepentingan umat manusia. but we do not know what is the real value of biodiversity” Indonesia adalah negara yang kaya dari keuntungan hasil berjualan untuk dengan biodiversity (keanekaragaman ditabung atau untuk keperluan sekolah. saya langsung ke dapur membantu orang tua membuat berbagai jenis makanan kecil mulai dari permen. Sebenarnya saya ingin jadi dokter. Dr. Itulah suasana sekitar 45 tahun yang lalu. namun kekayaan ini belum Kegiatan lain yang rutin saya lakukan bisa dimanfaatkan untuk kejayaan adalah pergi ke Madrasah. “Tidak heran kalau orang bilang Indonesia adalah serpihan dari syurga”.Profile: Prof. Terasa begitu asri. Kolam dijumpai di mana-mana. Deputi Kepala we do not know what is the real value of LIPI Bidang IPH yang juga salah biodiveristy for the prosperity of this seorang pakar biodiversity kita. beraneka ragam jenis ikan dan udang serta kerang sangat mudah di dapat. Hal ini terus berlangsung sampai menjelang saya masuk SMA. Dan itulah keseharian kebanyakan kita miliki tentang biodiversity ini. seusai sekolah. country. Usai sarapan. dan memanfaatkan dibangunkan kakek. (IPH). yang bisa ditumpangi. Nasib belum beruntung. Pak Basyuni menyarankan untuk mendaftarkan diri ke Fakultas Biologi Universitas Nasional.Kabupaten Tasikmalaya. Endang diantar ke Jakarta oleh pamanda Wasita Kontara (mang guru) dan dipertemukan dengan Pak Basyuni. Saya mencoba mengadu nasib dengan ikut tes di Universitas Padjadjaran (Unpad). Namun dengan segala keterbatasannya. paling tidak untuk sementara. 30. Ayah dan Ibu saya adalah pedagang kecil di Kecamatan Ciawi . wajik. berikut wawancara redaksi Biotrend dengan Prof. Sekarang suasananya sangat berbeda. LIPI (Lembaga Ilmu Endang adalah anak kedua dari 8 Pengetahuan Indonesia) khususnya bersaudara. Sungguh sangat mengasyikan karena dengan cara ini saya juga mendapatkan uang dana.000 Endang hijrah ke Jakarta dan disinilah Endang mulai meniti karirnya. lebih kemudian menemani nenek di dapur khusus lagi bangsa Indonesia. Saat memasuki usia sekolah. saya kemudian ke Ciawi mulai sekolah di Sekolah Rakyat No. Endang Sukara “We are within biodiversity. Kegiatan ini bangsa karena banyaknya dilakukan saat menjelang magrib sampai keterbatasan ilmu pengetahuan yang isya. Terasa pengap. anak-anak di Ciawi waktu itu. sungai yang sangat jernih. 7 tahun. Kalaupun dipaksakan. pak Basyuni Suriamihardja. Endang membayangkan suasana yang nyaman. Saya juga sering kali ikut menjajakan makananmakanan kecil ini di kampung termasuk ke pusat-pusat keramaian seperti terminal bus dan stasiun kereta api. Sebelum masuk sekolah. di Jakarta ada famili (famili suami adiknya ayah. Sewaktu tinggal bersama kakek dan terus berupaya melakukan terobosannenek. Tapi saya juga menyadari banyak keterbatasan termasuk tentunya keterbatasan 8 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . semua dipenuhi oleh rumah-rumah. Sungai kering penuh lumpur bersampah dan airnya sangat kotor. Saya lahir 52 tahun yang lalu di satu kampung di kabupaten Tasikmalaya yang terletak di kaki Gunung Galunggung. Ketiga di Jakarta ada adik kandung ayah yang sudah lama menetap. Setiap subuh memahami. Ketua Umum Perhimpunan Guru Seluruh Indonesia) yang memberikan bimbingan untuk kelanjutan pendidikan saya. Ada tiga pertimbangan. saya dirawat oleh kakek dan nenek di kampung kelahiran saya di Indihiang Tasikmalaya. pasti biaya masuknya mahal. dodol. biasanya ikut dengan kakek ke sawah. Bagaimana LIPI melakukannya. udara yang bersih. Lalu kenapa Bapak tibatiba ingin ke Jakarta? Cita-cita kan boleh tinggi. makanan kecil seperti kerupuk yang dibuat dari beras ketan. sambil menikmati hangatnya tungku. Karena itu saya memutuskan untuk nggak jadi masuk Unpad dan memutuskan untuk mencoba mencari peluang melanjutkan pendidikan di Jakarta. dan waktu itu kebanyakan orang ingin jadi dokter. sekecil apapun sumbangannya. saya tidak berhasil mendapatkan panggilan pertama. yang berjarak sekitar 25 km dari tempat ayah dan ibu menetap dan berusaha. Akhirnya Terkadang juga ikut membakar “opak”. We are within the biodiversity. Di sini Endang juga dikenalkan dengan pak Gazali Dunia (kolega pak Basyuni). Bisakah Bapak bercerita sedikit tentang masa kecil Bapak? Saya nggak tahu harus bercerita dari mana. tutur Endang.

Kita juga menyelenggarakan seminar di Istana Wakil Presiden tentang Pelestarian Orang Utan. 30. Tapi kenapa Bapak kemudian mendalami bidang mikrobiologi di LIPI? Saya nggak begitu senang dengan penelitian lapangan mengamati dan mempelajari primata seperti lutung merah. Disamping melakukan penelitian. Kebetulan uang masuknya Rp. saya sudah mulai dikenalkan sejak tahun 1974. Sewaktu tes. Saya pernah juga menyelenggarakan pameran tungku hemat energi di kampus UNAS dan senang sekali karena juga dikunjungi Pangeran Bernard dari Belanda. saya mengumpulkan banyak data. Koesnoto (pada waktu itu Dekan Fakultas Biologi UNAS). kita pulang. suatu hari saya pernah menjadi moderator dalam acara pembahasan sampah kota. Pusat Penelitian Botani LBNLIPI. meneruskan kuliah. Saya banyak belajar dari Pak Eddy tentang kehidupan di Jakarta. Disamping itu kami juga ikut aktif dalam kelompok 10 bersama Pak Emil Salim. mulai dari keluar sarang sampai masuk sarang lagi. seperti apa yang dimakan oleh “maroon red leaf eating monkey”. seminggu sekali pergi ke kampus UNAS. saya dan pak Gardjito banyak juga membantu Brendamour meneliti social behaviour dari orang utan dan program rehabilitasi orang utan. kami bekerja lagi. Bagaimana di bidang riset sendiri? Di bidang riset. dll. waktu saya masih menjadi mahasiswa tingkat 2 di UNAS. di bawah bimbingan Ibu Setijati (pada waktu itu Direktur LBN-LIPI) dan Prof. Karena itu dan juga atas undangan Pak Susono (pada waktu itu pimpinan Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI). mengintroduksi bagaimana melakukan penelitian ekologi. Judul penelitian saya adalah tentang diosgenin dalam tumbuhan Costus.Endang ke Universitas Nasional (UNAS) dan mendaftarkan diri menjadi mahasiswa di Fakultas Biologi. Saya lebih senang bekerja dengan lingkungan dan juga masyarakat. Bapak Dayat Bastiawan. apa kegiatan Bapak sewaktu di UNAS? Macam-macam. Sebenarnya sederhana sekali. Sambil bekerja. Saya masih diberi kesempatan. konservasi. misalnya Bapak Eddy Jusuf (sekarang menjadi peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI).000. Kita juga mengadakan kerjasama dengan Kuartir Nasional Pramuka. Saya juga senang sekali karena ada senior yang bisa bahasa Sunda. Ini juga berguna untuk mapping ruang gerak orang utan tersebut. Selama di UNAS saya juga banyak belajar dari Pak Jatna Supriatna (sekarang direktur Conservation International di Indonesia). Indonesia. Dulu senang senang mengerjakan macam-macam kegiatan khususnya yang berhubungan dengan masalah lingkungan. Kita membuat program yang namanya “Wisata Kasat Bumi”. Waktu itu yang menjadi pembicara kunci adalah Pak Ali Sadikin (Gubernur DKI Jakarta waktu itu). Saya juga ikut membesarkan Biological Sciences Club di sana. Saya kemudian dibimbing oleh bapak Soetarjo BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 9 . gibbon. Saya adalah mahasiswa yang beruntung diberi kesempatan mendampingi Birute Galdikas Brendamour dan sekaligus ikut melakukan penelitian primata di hutan (Taman Nasional Tanjung Puting). Saya masih ingat. Pagi pagi buta saya dan pak Gardjito menemani Brendamour berangkat ke hutan. akhirnya saya memutuskan untuk bergabung dengan laboratorium mikrobiologi Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI. Di base camp. Akhirnya saya diterima dan mulai bekerja pada tahun 1977. taksonomi. Setelah orang utan kembali ke sarangnya (biasanya lepas maghrib). Saya mendaftar dan ikut tes di Bogor. Kelompok 10 ini menjadi bidan pendirian lembaga swadaya masyarakat (LSM) yang dikenal dengan Wahana Lingkungan Hidup (Walhi). Agar tidak tersesat. Selain itu kita juga sangat aktif kerja sama dengan berbagai pihak termasuk Mapala UI. Setelah saya lulus sarjana muda mendapat gelar BSc. saya bahkan sering diajak menginap di rumahnya. Pak Sugardjito (sekarang Direktur Program Fauna and Flora International di Indonesia) dan Pak Barita Oloan Manullang. sampel-sampel yang dimakan berupa bauh atau daun kemudian dikumpulkan dan dipelajari di Herbarium Bogorensis. yaitu ke Taman Nasional Tanjung Puting. Selain kuliah. setiap arah gerakan diukur dan arah diperiksa dengan kompas sehingga kita tahu posisi saat itu. atau orang utan sekalipun pernah belajar cukup intensif tentang masalah ini dari Birute Galdikas. Kami pada waktu itu mempunyai hubungan dengan Univeristy of California LA (UCLA). Untung di UNAS saya ketemu dengan teman se-SMA. Bahasa Jakarta sangat berbeda dengan bahasa Indonesia. Dari UNAS selain saya juga ikut Pak Sugardjito. mendiskusikan hasil penelitian dan mengolah data. “UNAS di bawah kepemimpinan Prof. Selama di Tanjung Puting. kita mengajak siswasiswi SMA ke lapangan. Bersama dengan teman-teman kita menerbitkan majalah Biologica. dan juga bagaimana mereka membuat sarang diikuti dan dicermati dengan teropong dan dicatat. saya bilang kalau saya masih ingin menyelesaikan studi saya di UNAS. Selama melakukan penelitian saya dibimbing secara teknis oleh bapak Lubis (staf senior di Pusat Penelitian Botani). Lalu bagaimana Bapak bisa ke LIPI? Dari kegiatan di lapangan. Kalimantan Tengah. Perhatian dengan lingkungan hidup. saya melihat pengumuman bahwa Lembaga Biologi Nasional (LBN – LIPI) menerima pegawai baru. saya meneliti “maroon red leaf eating monkeys ” alias Presbytis rubicundus . Bagaimana Bapak menyesuaikan diri dengan kehidupan Jakarta? Awalnya agak susah. Saya sendiri tidak terlalu menyadari kalau itu semua kelihatannya sebagian dari hobi. Melalui grup pencinta alam. Jadi Bapak sudah sejak lama punya perhatian terhadap lingkungan hidup? Oh iya. saya juga melakukan penelitian di tempat saya bekerja. Saya menjadi ketua selama 2 tahun dan selama kepengurusan saya banyak yang dilakukan. Sutan Takdir Alisyahbana dan Fakultas Biologi dibawah pimpinan Prof Koesnoto cukup disegani waktu itu” tegas Endang. dan juga masalah sosial. Pada waktu itu pengaruh kedaerahan sangat kuat. Akhirnya pada tahun 1979 saya dapat menyelesaikan kuliah. saya ikut aktif pada program rehabilitasi orang utan di Taman Nasional Tanjung Puting. Pak Gardjito meneliti “gibbon”. diantaranya ikut menggalang pembinaan kesadaran lingkungan dan mengenai ilmu biologi lainnya kepada siswa-siswi SMA. Segala tingkah laku orang utan. Disitulah saya kenal dengan LIPI. Saya pernah menjadi sekretaris senat di Fakultas Biologi. Pada waktu itu Birute Galdikas Brendamour dari UCLA menginginkan counter part mahasiswa dari UNAS yang ikut bersamanya ke lapangan.

Saya harus cari key enzyme seperti adolase. Melalui proses skrining. itu berat sekali. yang menjadi kenangkenangan sampai sekarang. amur merang. Skerman? Ya. saya harus banyak bertanya. mulai melihat 10 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Saya mulai memahami ilmu pengetahuan hayati dalam tingkatan yang lebih makro. saya dibawah berhasil mengembangan “One step process for the production of mycoprotein and enzyme”. Beliau menulis buku tentang microbial physiology dan kemudian menjadi buku pegagang di seluruh dunia. Saya pernah menjadi Kepada Balai Biak Sel dan Jaringan. saya kemudian dikenalkan dengan mikrobiologiwan Indonesia. mampir dulu di Bandung atau Jogja. akhirnya saya memutuskan untuk menggunakan kapang tempe alias Rhizopus oligosporus. Saya senang juga bisa mempatenkan. dan yang penting belajar memelihara dan menumbuhkan yeast ini dalam berbagai jenis medium mulai dari media gypsum hingga berbagai jenis media agar untuk melihat karakteristik yeast ini mulai dari sporulasi sampai dengan sifat-sifat fisiologisnya. Apa yang Bapak dalami di Australia? Saya berangkat ke Australia tahun 1982 dengan dana beasiswa dari program Colombo Plan Australia. Skerman akhirnya pensiun. Doelle. Saya masih ingat. sering diantar ke manapun saya perlu dengan gratis. V. Saya kemudian membuat tulisan yang kemudian saya bacakan dalam orasi ilmiah untuk pengukuhan Ahli Peneliti Utama (APU) saya. Endang sering menjemput karyasiswa yang baru datang ke Australia dan membantu memfasilitasi agar masa transisi karyasiswa baru berjalan dengan mulus. Ratu Ratna Isnaniah ini juga aktif di berbagai organisasi. Itulah hikmah silaturahmi yang saya rasakan yang dulu tidak pernah saya bayangkan”. Senang sekali karena ada tugas yang dapat saya selesaikan. Itu semua pada waktu itu merupakan ilmu yang sangat modern karena tidak pernah ditemukan di Indonesia baik di bangku kuliah maupun selama bekerja di LIPI. Di sini saya mempunyai peluang untuk belajar lebih banyak dari Puslit dan Unit-unit yag ada di bawah kedeputian saya. Setelah itu saya pergi ke Australia. Saya pernah dikirim ke Philippina untuk belajar budidaya jamur merang melalui program UNESCO dibawah bimbingan Prof. “Tapi sekarang saya merasakan banyak hikmahnya”. Skerman di Deopartment of Microbiology. pada masa kualifikasi di universitas ini diberi tugas untuk mengidentifikasi 10 jenis yeast. Alhamdulillah saya mendapat nilai yang memuaskan dari Prof Skerman. Saya juga dikenalkan dengan pakar mikrobiologi di kawasan ASEAN melalui berbagai channel termasuk UNESCO. Bimbingan penuh saya dapatkan selama saya mengikuti program kualifikasi dan program master. yang lebih senior. Endang membantu mereka mencari tempat tinggal. Endang pernah menjadi Sekjen di (Himpunan Pengajar dan Peneliti Indonesia di Australia) cabang Brisbane. Kita kehilangan banyak biodiversity. di Brisbane. Satu yang saya berhasil mengenali yeast pada tahap pertama kali adalah Trigometris karena sporanya berbentuk segitiga. D. Itu merupakan metamorfose secara perlahan-lahan. Tulisan tersebut berjudul “Emas Hijau sebagai Alternatif untuk Keluar dari Krisis Multidimensi”. Kepala Balai Teknologi Proses. dan Ketua PPIA (Perhimpunan Pelajar Indonesia di Australia cabang Brisbane). Dengan dana UNESCO ini. Saya harus banyak pergi ke perpustakaan. Emas hijau yang dimaksudkan di sini adalah biodiversity. walaupun tidak sempat dilisensi orang. Di Australia. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. Oleh Dr. Dan beberapa publikasi ilmiah di jurnal-jurnal yang baik seperti European Journal of Microbiology and Biotechnology. Jadi selama di Australia. Saya sangat bersykur sekalipun Prof. Penelitian yang saya rintis bersama dengan Prof. Bahkan keluarga Endang tidak keberatan untuk sementara menampung karyasiswa sebelum karyasiswa mendapatkan tempat tinggal. Queensland University. Philippina. “Jika saya jalan dari misalnya Bogor ke Bali. Saya juga menyadari bahwa sesuai dengan Surat Keputusan Presiden dan tugas dari Kepala LIPI. Akhirnya semua yeast tersebut bisa diidentifikasi. Kemudian yang menarik juga dari kuliah-kuliah yang saya ikuti di Queensland ini adalah menentukan pathway dari satu kuman tertentu. Horst Doelle mikrobiolog handal asal Jerman ahli dalam bidang microbial physiology. saya belajar bagaimana membuat jamur tropis (edible tropical mushrom). B. Dalam hal ini saya banyak dibantu sama teman seperti Wangchen dari Thailand dan Tao dari Cina. Romeo Alichbusan dari Tropical Mushroom Research Center di Bicutan. dll. Di Biotek saya macam-macam juga. pembimbingan dialihkan ke DR. Tomita dari Hokaido University dalam kerangka program kerjasama LIPI dengan JSPS. Bapak dibimbing oleh Prof. Saya harus nginap di rumah mereka. Di Australia saya belajar tentang systematic bacteriology bersama Prof. suami Dra. kata Endang. Waduh. Bangga juga karena proses ini kemudian didaftarkan ke kantor paten dan mendapatkan nomor paten pada tahun 1986. Oleh Pak Susono. dan Kepala Puslitbang Bioteknologi sampai akhirnya dipercaya menjadi Deputi Kepala LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (IPH). Dan setelah perumusan kebijakan harus mampu dirumuskan dan dilaksanakan. Saya juga diminta untuk melihat GC ratio. saya harus belajar menggunakan mikroskop dengan baik. saya harus bisa mengembangkan dan merumuskan kebijakan dalam bidang ilmu pengetahuan hayati termasuk biodiversity. Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Segala macam cara saintifik untuk identifikasi yeast ini dilakukan. Bagaimana Bapak bisa tertarik dan sampai menjadi narasumber Biodiversity di LIPI? Saya juga nggak tau ya. Pulang dari sana saya menulis satu buku yang berjudul “Menanam Jamur Merang di Pekarangan”. pasti teman-teman itu tidak membolehkan saya menginap di hotel. Saya juga meneliti masalah biogas. Dengan menggunakan kapang tempe ini. Begitu juga kalau sampai di Bali.Brotonegoro (alm) dan diberitugas meneliti tentang masalah kompos. saya diarahkan untuk melanjutkan penelitian di bidang teknologi fermentasi dan mengambil topik baru untuk program doktor saya yaitu “microbial convertion of cassava starch to mycoprotein”. kenangnya. selama 3 bulan.

lingkungan dan sosial. digunakan dan dijadikan sahabat. small peptide. sosial maupun lingkungan. Selain itu. Saya ingin apa yang dihasilkan peneliti setelah ada publikasi. LIPI telah berhasil meyakinkan Presiden RI (waktu itu Megawati) akan pentingnya kawasan konservasi ex situ dengan membuat Kebun Raya di seluruh propinsi. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasabahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. Makanya saya berharap Biotrend terus maju dan berperan di sini. Artinya kita harus yakin betul bahwa seluruh biodiversity yang ada di negeri ini adalah milik ekslusif bangas Indonesia. di Jawa dengan buah-buahan seperti manggis. punya cahaya matahari yang berlimpah. air dan mineral dengan bantuan sinar matahari menjadi biomass (karbohidrat. tapi provokasinya harus dari LIPI. Sehingga keputusan di meja DPR harusnya dipengaruhi oleh ilmu pengetahuan. Begitulah fungsi pohon yang kalau ditebang memberikan dampak yang besar terhadap water storage. Kita kehilangan banyak biodiversity. Untuk membangun kompetensi ini tidak ada jalan kecuali link dengan international scientific community. Itupun dipersempit pada actinomycetes dan fungi. mengapa hutan terus menjadi bulan-bulanan. Tapi begitu masuk ke Puslit Biotek. Insyaallah hal ini akan segera berubah. dana penelitian. Harapan kita. Hutan juga berfungsi untuk konservasi air.nilai biodiversity yang lebih besar ketika memahami bahwa di dalam jaringan pembuluh tumbuhan ditemukan begitu banyak mikroorganisma (bakteria. Ribuan mikroba dari kelompok fungi dan aktinomisetes berhasil dikumpulkan dan dipelajari. protein. sebagian dari padi. Kalau di Sulawesi ditanami dengan Eboni misalnya. Kita harus ingat. punya tanah yang subur. sehingga mempunyai dampak sosial yang betul-betul dirasakan. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. Apa batasan dalam kerja sama dengan NITE ini? Kita batasi pada taksonomi mikroorganisme. Sebenarnya apa peranan LIPI dalam hal ini? Fungsi (kedeputian) kita memberikan saran kebijakan kepada pemerintah supaya hal itu benar-benar dilaksanakan. Mulai sekarang kita galakan program penanaman. dipelajari dan dimanfaatkan. Dan tidak mengherankan jika LIPI mendukung perubahan kawasan Muller menjadi World Natural Heritage demi keselamatan pulau ini dari proses kehancurannya. Data yang terakhir kita ketahui adalah banyaknya ditemukan jenis bahkan genus baru yang juga telah diakui dunia. Mudah-mudahan semua pihak (peneliti) termasuk pembaca Biotrend menyadari bahwa kalau publikasi saja belum cukup. dan fungi) yang kemudian dikenalkan sebagai mikroba endofit. Kita sangat beruntung. Dia itu sebenarnya didedikasikan untuk pembangunan kompetensi. Untuk itu kita harus bekerja keras. cikal bakal antibiotik baru. Salah satu negara yang betul-betul memahami tentang keadaan Indonesia itu adalah Jepang. sehingga bisa memberikan dampat ekonomi. Saya juga confidence karena Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Hutan juga memberikan kontribusi untuk mensuplai oksigen dan membantu mempertahankan bumi dari pemanasan global. Untuk itu. Scientific intergrity harus ditautkan dengan social responsibility BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 11 . dll. Saya sangat berharap agar koleksi tumbuhan (Herbarium dan Kebun Raya) serta koleksi fauna (Museum Woologicum Bogoriense) dapat diikuti oleh LIPI Microbial Culture Collection (LIPI-CC) yang diakui dan memenuhi Treaty Budapest. Sebetulnya ini adalah pekerjaan besar yang menuntut peranan semua pihak. minyak. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. why not. Buktikan kepada masyarakat dunia bahwa plant resources di kawasan ini mempunyai manfaat yang besar baik untuk pembangunan ekonomi. We are within the biodiversity. but we do not know what is the real value of biodiveristy for the prosperity of this country. dan lain-lain termasuk beraneka jenis bahan kimia yang diperlukan sebagai bahan baku pembuatan obat). fiber. Makanya obsesi saya bisa nggak di seluruh bantaran sungai yang ada di Indonesia ditanaman dengan tumbuhan kharismatik. dll. Tidaklah berlebihan jika LIPI mengatakan bahwa pegunungan Muller di Kalimantan adalah menara air pulau besar itu. di kulit kodok ada kelenjar yang menghasilkan magainin. Apa yang telah dilakukan LIPI sejauh ini? Di satuan kerja saya di LIPI termasuk Puslit Bioteknologi. sebagian dari pisang. ada program yang namanya tematik. mereka menggunakan mikroba koleksi kita. Pelajari CBD agar kita tidak salah langkah dalam mengembangkan kerjasama. Dan kehidupan bangsa kita dan bangsa-bangsa di dunia hanya tergantung pada puluhan saja biodiversity yang ada. sungguh bangsa ini tidak dilahirkan untuk menjadi bangsa yang miskin. saya sedih melihat sumber plasmanutfah buahbuahan yang kita sudah miliki belum terurus dengan baik dan belum dijadikan modal melainkan beban. Miroba endofitik ini ternyata juga mempunyai nilai tinggi karena mempunyai peluang membuka berbagai industri besar termasuk industri farmasi. Penanaman dengan jenis-jenis yang mempunyai nilai ekonomi. Jika saja kebijakan pemerintah berpihak pada pentingnya penelitian dan pengungkapan khazanah biodibersity milik bangsa ini dan mampu mengubahnya menjadi dollar. Karenanya saya pikir akan banyak manfaat yang bisa kita dapatkan dan manfaat ini akan berlipat bila kita mampu melakukan kerja sama dengan pihak lain agar terjadi transfer technologi. durian. kita telah meratifikasi CBD (Convension Biological Diversity) dengan UU No 5 tahun 1994. di-rewrite menjadi bahasa publik. Kalau kita punya laut yang luas. kedelai. Padahal kita juga tahu bahwa hutan (disamping phytoplankton yang ada di laut) bekerja untuk mengkonversikan CO2. yeast. tepatnya dengan National Institute of Technology and Evaluation (NITE) didedikasikan untuk mempelajari taksonomi mikroba asli Indonesia. Kita hanya tahu jagung. bahwa setiap pohon minimal 70% isinya air. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. berbagai jenis tumbuhan penting daerah bisa segera diselamatkan. Kerjasama kita dengan Jepang. Saat ini sungguh kita sebagai bangsa tidak mengerti apa-apa tentang biodiversity. nilai sosial dan nilai lingkungan yang tinggi. Saya melihat ini yang jauh lebih strategis. Pertelaan ilmiah tentang tumbuhan di kawasan Asia Tenggara yang dituangkan dalam buku PROSEA (Plant Resources in South East Asia) yang dikembangkan oleh Yayasan PROSEA dapat dijadikan modal untuk kegiatan di atas. industri pertanian dan lingkungan. Dengan cara menterjemahkan bahasa ilmiah ke dalam bahasa yang lebih mudah dikenal oleh masyarakat umum menjadi sangat strategis. dan hanya diberi akses pada tempat-tempat yang bisa diakses oleh LIPI misalnya kebunkebun raya atau komplek Science Center Cibinong. industri nata de coco yant besar seperti Kara. Ingat. Banyak lagi contoh yang lainnya yang membuktikan adanya berbagai potensi dari biodiversity. Masih banyak hal-hal yang kita nggak punya ilmu pengetahuan tentang itu. kegiatan harus melibatkan masyarakat termasuk petani sehingga tumbuhan itu dipakai. Sekarang tidak konek antara science dan kebijakan. Indonesia. Bagaimana solusinya menurut Bapak? Kita masih punya secercah harapan. pembagian keuntungan. Saya juga heran. Sebelumnya dengan berbagai program lainnya kita telah berhasil mengumpulkan banyak jenis mikroba yang lainnya termasuk dari kelompok bakteri asam laktat dan asam asetat. Kedepannya diharapkan kita bisa mempunyai koleksi kultur mikroba yang bisa disandingkan dengan microbial culture collection seperti JCC di Jepang atau ATCC di Amerika.

tapi itu tidak terjadi karena ketidakmampuan kita menulis proposal. Suprisingly. Ayah dari dua anak ini juga menjadi chairman pada Man and the Biosphere (MAB) Program dari UNESCO di Indonesia dan juga anggota Governing Board dari Global Biodiversity Information Facilities. Yang menjadi penting bagi kita adalah segera mempelajari isolatisolat itu untuk kepentingan bangsa Indonesia dengan mengarus utamakan penelitian bioprospekting dan pengungkapan potensi mikroba hasil koleksi ini. Saya yakin ada metobolit-metabolit baru dari situ. harus ada material transfer agreement yang salah satu isinya pengakuan bahwa isolat tersebut asalnya Indonesia. Ibu Yantiyati adalah wakil dari Indonesia. Aturan mainnya sudah ada. Makanya saya pesan pada teman-teman di sini. terutama biodiversity Indonesia. Dengan prosedur yang sama kita juga bisa meminjamkan ke pihak luar. Plant Resources in Tropical Africa (PROTA) Foundation. 30% diantaranya new species. UNTUK PEMASANGAN IKLAN HUBUNGI SEKRETARIAT BIOTRENDS 12 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . dari 500 isolate actinomicetes yang diisolasi tahun 2003 dari Kebun Raya Cibodas dan dari Bali. hasilnya tetap dibagi dua (50% NITE dan 50% LIPI). Hasil kerjasama LIPI NITE ini sangat bagus. Sudah barang tentu. Indonesian Foundation for the Advancement of Biological Sciences. memeliharanya dan mempromosikannya untuk kepentingan nasional. Tapi dari perjanjian itu kalau ada hit dan dia tertarik terhadap beberapa isolat. mereka bersama tim dari Indonesia mengumpulkan puluhan sampel saja tiap tahunnya. Dalam bayangan saya Ibu Yantiyati dengan timnya bisa mengumpulkan puluhan kali lipat dari jumlah yang dikumpulkan oleh kerjasama ini. Plant Resources in South East Asia (PROSEA) Foundation. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasa-bahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. Tapi karena Sekarang tidak relevan antara science dan kebijakan. Harusnya Indonesia sendiri yang mendapatkan dana juga dari program GTI ini. Aturan mainnya harus jelas. Puspita Lisdiyanti (dua peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). Saya berharap tim ini terus berkembang dan mampu mengumpulkan isolat dari seluruh Indonesia. Apa kunci kerja sama dengan luar negri untuk menyelamatkan biodiversity Indonesia? Yang penting adalah bahwa kita harus hati-hati. Perhimpunan Biologi Indonesia. Endang telah mengikuti banyak organisasi. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. Bagaimana aturan peminjaman itu Pak? Dalam kaitan kerjasama NITE-LIPI. Dengan keseriusan tim ini telah berhasil mengumpulkan ribuan kultur. Sesuai dengan hobinya. Tentu dalam hal ini kita sekarang sedang belajar. Bu Yanti harus kokoh dan berjuang agar Indonesia mendapatkan manfaat yang sebesar-besarnya. Tapi Jepang lebih pintar karena proyek NITE itu sebenarnya juga ditautkan pada program CBD yaitu GTI (Global Taxonomi Initiative). dan sepertinya akan diperpanjang 1 tahun lagi. cobalah digalang kursus-kursus penulisan proposal. Perhimpunan Bioteknologi Pertanian Indonesia. Perlu diingat. Melalui organisasi ini Endang selalu aktif berperan untuk memanfaatkan dan meyelamatkan biodiversity. Diantaranya Perhimpunan Mikrobiologi Indoneisa (PERMI). bahwa perwakilan NITE hanya datang sekali atau dua kali dalam setahun ke Indonesia dan menetap di Indonesia selama 2 minggu. harganya akan bisa berubah. dananya hampir seluruhnya dari Jepang (NITE). Saya juga sangat berharap bila semua pengetahuan yang telah kita serap dari kerjasama dengan NITE ini hendaknya dapat dipakai untuk melakukan kegiatan sendiri melakukan eksplorasi dan pengungkapan potensi mikroba Indonesia di luar kerangka kerjasama LIP-NITE. baik organisasi ilmiah maupun profesi. Dari contoh kemarin. maka kali ini kepemilikannya adalah joint ownership (LIPI dan NITE). Sekarang LIPI-NITE sedang meminjamkan koleksinya ke industri farmasi di Jepang dengan harga 1000 yen/isolat/tahun. Makanya ketika mau melimpahkan duplikat isolat ke Jepang.kita punya orang yang kompeten seperti Dr. peminjaman didasarkan pada kesepakatan di joint project committee mengacu pada Material Transfer Agreement yang dibuat oleh Joint Steering Committee. yang merupakan rekomendasi SABSSTA pada CBD. Dengan cara ini koleksi kita menjadi lebih besar melebihi koleksi NITE. akses ke koleksi yang kita kumpulkan sendiri akan memperkuat posisi tawar bangsa. Isolat ini langsung dipinjam oleh Chugai dan Kyowa Hakko Pharma selama 1 tahun. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. Ini paket CBD sebetulnya. Yantiyati dan Dr. Siapapun yang mempromosikan.

MIKROBA ENDOFIT: SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI Penulis: Anggia Prasetyoputri dan Ines Atmosukarto* E ra tahun 80-an. sehingga membuat optimasi penggunaannya sebagai terapetika melalui modifikasi kimia menjadi sangat kompleks. Schultz mengatakan bahwa beberapa metabolit yang dihasilkan mikroba tampaknya merupakan ciri khas dari biotop tempat mikroba itu berada. Beberapa pihak bahkan berspekulasi bahwa masih dimungkinkan adanya beberapa jenis mikroba endofit lain. definisi mikroba endofit telah disepakati sebagai “mikroba yang hidup di dalam jaringan internal tumbuhan hidup tanpa menyebabkan efek negatif langsung yang nyata” seperti yang dikemukakan oleh Stone dkk. Lebih lanjut. dan archaebacteria. Kedua. dan dihasilkan sebagai bentuk adaptasi organisme terhadap lingkungannya. dalam mendahului jenis mikroba untuk pemurnian senyawa baru perlu mendahului jenis mikroba yang baru. pada tahun 1904. Karena tumbuh dalam jaringan tanaman. Mikroba endofit Mikroba endofit pertama kali dilaporkan oleh Darnel dkk. seperti ricketsia. Dreyfuss dan Chappela memperkirakan bahwa jumlah kapang yang hidup sebagai mikroba endofit saja berjumlah setidaknya satu juta jenis. Sejak itu. Beberapa contoh molekul bahan alam yang menggambarkan kompleksitas struktur bahan alam BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 13 . Tren ini kemudian menurun perlahan seiring berkembangnya berbagai cabang ilmu pengetahuan biomedik dan bioinformatik termasuk juga ilmu kimia kombinatorial. Pertama. Karena itu keanekaragaman biotop endofit sangatlah tinggi. Dengan demikian pencarian senyawa metabolit sekunder baru seringkali difokuskan pada organisme-organisme yang hidup di biotop yang sifatnya unik. pengalaman menunjukkan bahwa jenis mikroba baru sangat erat kaitannya dengan produk alam baru. dan/atau industri. di mana tanaman yang satu tentunya berbeda dengan tanaman lainnya. sumber bahan aktif dari bahan biologis sering sulit didapatkan secara berkesinambungan. hidrogen dan oksigen yang relatif lebih tinggi dan kandungan nitrogen yang relatif lebih rendah dari molekul terapetik sintetik. Metabolit sekunder didefinisikan sebagai senyawa dengan berat molekul rendah yang tidak diperlukan untuk pertumbuhan. Mikroba endofit yang umum ditemukan adalah berupa bakteri dan kapang namun kapang lebih sering diisolasikan. Walau demikian. pertanian. molekul aktif bahan alam umumnya mempunyai berat molekul di atas 500 Dalton dengan polaritas yang tinggi. Berdasarkan pertimbangan tersebut endofit dapat menjadi sumber berbagai metabolit sekunder baru yang berpotensi untuk dikembangkan dalam bidang medis. bahan alam sering mempunyai kandungan karbon. Tampak jelas bahwa mikroba endofit merupakan sumber keanekaragaman genetik yang kaya dan dapat diandalkan. taksa endofit baru. Meskipun sifat mikroba endofit yang tidak berdampak negatif pada jaringan tumbuhan menunjukkan kemungkinan adanya hubungan simbiosis mutualisme antara mikroba endofit dan inangnya. Oleh karena itu. Bahkan. Banyak pihak mulai lelah untuk mengejar sumbersumber senyawa bioaktif tradisional seperti tumbuhan dan mikroba terutama mikroba yang dikoleksi dari bermacam-macam sampel tanah. fakta menunjukkan bahwa bahan alam menjadi sumber inspirasi bagi para ahli kimia. menyaksikan memuncaknya minat industri farmasetika dan bioteknologi untuk memanfaatkan produk hasil alam dalam pengembangan obat baru (natural product drug discovery). Sejauh ini. Mengapa hal itu terjadi padahal berbagai obat telah ditemukan dari sumber tersebut. Bahan alam sangat kompleks sifatnya. Pemanfaatan mikroba endofit sebagai sumber molekul acuan baru perlu didasari pada pemilihan jenis tumbuhan inang yang tepat. Oleh karena itu. Karena itu. karena alam sesungguhnya memberi kita pelajaran tentang keanekaragaman struktur molekul termasuk molekul berukuran kecil. dengan sumber berbagai spesies baru yang belum dideskripsikan. Ketiga. Bahan aktif dan molekul terapetik yang bersumber pada bahan alam memiliki berbagai karakteristik. ternyata ada pula yang berupa saprofit agresif atau mikroba patogen oportunis. tumbuhan yang telah diteliti mikroflora endofitnya masih sedikit. Pilihan tersebut akan mempengaruhi keunikan dan aktivitas biologis produk yang dihasilkan dari mikroba endofitik. sang peneliti harus mempelajari dan memilih sumber organisme dengan cermat sebelum melakukan penelitian. Apa sebenarnya bahan aktif tersebut? Umumnya bahan aktif itu merupakan metabolit sekunder yang dihasilkan mikroba maupun tanaman. bahan alam umumnya memiliki arsitektur/ susunan yang relatif lebih kompleks dari molekul sintetik.akan beda di lingkungan yang berbeda. masih ada banyak kesempatan untuk menemukan berbagai jenis. Akhirnya. fisiologi tumbuhan tinggi -termasuk yang berasal dari spesies yang sama. maka biotop tempat hidup mikroba sangat unik sifatnya. sebut saja antibiotika seperti penicillin dan chloramphenicol dan obat lainnya seperti aspirin dan taxol? Jawabannya sederhana. namun dengan menilik biodiversitasnya.

dikoleksi oleh Dr Strobel dari Montana State University dari sebuah sungai di barat daya Venezuela di mana tumbuhan tersebut hidup dalam lingkungan yang keras. kemungkinan terlindungi oleh senyawa yang dihasilkan mikroba endofit yang hidup di dalamnya. maka kita harus menggunakan pendekatan yang kreatif dan imajinatif agar dapat mempermudah pencarian mikroba endofit yang menunjukkan aktivitas biologis. yaitu Kennedia nigriscans . sejenis tumbuhan air. atau hidup di daratan kuno. dari tumbuhan R. Seperti tumbuhan yang hidup di lingkungan yang unik. Pertama. tumbuhan yang hidup di daerahdaerah yang memiliki keanekaragaman tinggi juga berpotensi untuk memiliki mikroba endofit dengan keanekaragaman yang tinggi pula. perlu dipertimbangkan untuk dipelajari mikroflora endofitnya. seperti telah disebutkan sebelumnya. memiliki masa hidup yang lain dari umumnya. Akhirnya. marcescens terkait langsung dengan hubungan mikroba endofit dengan tumbuhan Prof Strobel. Saat ini. juga mungkin memiliki mikroba endofit yang menghasilkan produk beraktifitas biologis tinggi tersebut sebagai inangnya. Akan tetapi. Misalnya. salah satu pelopor penelitian endofit dalam kunjungannya ke hutan di daerah Tesso Nilo (Foto koleksi pribadi. melainkan disebabkan oleh mikroba endofit yang hidup dalam jaringan tumbuhan tersebut. Beberapa hipotesis mendasari strategi pemilihan tumbuhan. terhempas oleh air. Terakhir. bebatuan. juga merupakan kandidat yang menjanjikan karena kegunaan tumbuhan tersebut dalam bidang medis lebih terkait dengan populasi mikroba endofitnya dibandingkan dengan karakteristik biokimia tumbuhan itu sendiri. populasi tumbuhan tersebut tampak sehat.Dasar pemikiran dalam pemilihan jenis tumbuhan Oleh karena begitu banyaknya jenis tumbuhan di dunia. dihancurkan. Pada akhirnya. Jenis-jenis tumbuhan tersebut dipilih baik dengan cara mengadakan kontak langsung dengan masyarakat setempat atau melalui literatur lokal. yang menghasilkan senyawa antioomycetes baru dengan ciriciri serupa dengan chlorinated macrocyclic lactone. Hal tersebut menyebabkan tumbuhan tersebut rentan terhadap serangan oomycetes yang bersifat pathogen. Rhyncholacis penicillata. ada kemungkinan bahwa sebenarnya kemampuan untuk menyembuhkan yang dimiliki oleh jenis dibandingkan dengan jenis tumbuhan lain. Ketiga. Misalnya sejenis tumbuhan merambat yang ditemukan kelompok Montana State University di Northern Territory. Australia. tumbuhan yang berasal dari lingkungan yang unik. tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani yang terkait dengan beberapa penggunaan atau aplikasi spesifik perlu dipilih untuk diteliti. tumbuhan yang bersifat endemik. dan dipanaskan dalam bentuk larutan oleh masyarakat Aborigin setempat di daerah barat daya Arnhemland untuk merawat luka-luka dan Isolasi endofit dari tanaman buah merah (Foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) tumbuhan tertentu sama sekali tidak terkait dengan produk alami tumbuhan tersebut. Malahan. dan kerikil. Ada dasar pemikiran tertentu yang digunakan dalam pemilihan jenis tumbuhan yang akan menjadi sumber isolasi mikroba endofit dan pencarian produk alam baru. terutama jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas dan cara pertahanan hidup yang lain dari biasanya. Tumbuhan merambat tersebut dipanen. Kedua. dipilih untuk diteliti karena getahnya dimanfaatkan sebagai obat hutan tradisional selama berabad-abad. Ines Atmosukarto) Tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani. Hasil fermentasi mikroba endofit (foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) 14 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . penicillata tersebut diisolasi satu galur mikroba Serratia marcescens . berbagai jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas juga dianggap sebagai sumber potensial mikroba endofit dan senyawa-senyawa baru. yaitu oocydin A. Itu merupakan petunjuk biologi lingkungan yang digunakan untuk memilih tumbuhan tersebut sebagai obyek penelitian mikroba endofit yang komprehensif. oocydin A akan dikembangkan dalam bidang pertanian untuk mengendalikan kapangkapang oomycetes yang bersifat pathogen seperti pythium dan phytophthora. daerah tersebut dipilih sebagai lokasi pengambilan sampel tumbuhan karena merupakan rumah dari sebuah peradaban tua dunia – suku Aborigin Australia. Kemungkinan besar produksi oocydin A oleh S.

Hal itulah yang terjadi dengan taxol. Hutan hujan tropis dan hutan di daerah beriklim sedang merupakan dua ekosistem darat yang paling tinggi keanekaragaman hayatinya di bumi.). karena di ekosistem itulah terdapat kompetisi yang ketat. banyak mikroba endofit dari spesies yang sama diisolasi dari jenis tumbuhan yang sama. Ines Atmosukarto) Mikroba endofit dan keanekaragaman hayati Dari semua ekosistem yang ada di bumi. diharapkan pula terdapat banyak mikroba endofit tertentu yang turut berevolusi dengan tumbuhan endemik yang ada. ada 20-25 daerah yang dianggap sebagai penyokong keanekaragaman hayati di bumi dan masing-masing dari daerah tersebut memiliki jumlah tumbuhan endemik yang sangat tinggi. Keanekaragaman hayati Indonesia merupakan sumber mikroba endofit yang belum terkaji dengan optimal pemanfaatannya (Foto koleksi pribadi. tidak banyak informasi yang tersedia mengenai karakteristik biokimia dan fisiologi dari interaksi mikroba endofit dengan tumbuhan inangnya. Bills dkk. ekosistem tersebut makin lama makin terancam hancur oleh berbagai kegiatan manusia. Oleh karena itu. Konsep tersebut dulu diusulkan sebagai mekanisme untuk menjelaskan mengapa T . Hubungan antara mikroba emdofit dan inangnya hanya dapat diasumsikan sebagai kebetulan semata. Memang saat ini dibutuhkan penelitian lebih lanjut di tingkat molekular untuk mempelajari interaksi dan ekologi mikroba endofit. seperti yang ditemukan oleh masyarakat setempat.Si dan Ines Atmosukarto. Xylaria ).Endofit sekitar 1. Semua interaksi tersebut mungkin dimediasi secara kimiawi di alam untuk beberapa tujuan tertentu. Sementara beberapa jenis kapang endofit dapat ditemukan di manamana (misalnya Fusarium. Ternyata. Tentunya dengan adanya jumlah tumbuhan endemik yang tinggi. dan lokasi. Mereka tidak hanya menemukan bahwa mikroba endofit tropis menghasilkan lebih banyak produk alami yang aktif. Selain itu. hutan hujan tropis dianggap sebagai sumber berbagai struktur molekul baru dan senyawa-senyawa baru yang memiliki aktivitas biologis.D adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Memang tampak jelas bahwa produksi senyawa bioaktif tertentu oleh mikroba endofit secara in situ mungkin memfasilitasi dominansinya dalam jaringan tumbuhan atau bahkan melindingi tumbuhan tersebut dari serangan patogen. S. Selain itu.LIPI. Cibinong. Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. tidak ada seorangpun yang dapat secara pasti mengatakan bahwa mikroba endofit bersifat spesifik dengan inangnya atau merupakan bagian sistemik dari tumbuhan. dan tekanan seleksi alam yang sangat tinggi. tidak ada yang yakin akan peranan mikroba endofit di alam dan hubungannya dengan tumbuhan inang mereka. Taxomyces andreanae. sehingga pada akhirnya menghasilkan produk dengan harga lebih murah. Data tersebut menunjukkan pentingnya peranan tumbuhan inang dalam mempengaruhi metabolisme umum mikroba endofit. yaitu Streptomyces NRRL 30562. Tan dan Zou yakin bahwa alasan mengapa sebagian mikroba endofit menghasilkan beberapa senyawa fitokimia tertentu yang tadinya dihasilkan oleh tumbuhan inangnya mungkin terkait dengan adanya rekombinasi genetik oleh mikroba endofit dengan inangnya sepanjang waktu evolusinya. ekosistem yang memiliki keanekaragaman tertinggi tampaknya merupakan ekosistem yang keanekaragaman mikroba endofitnya paling tinggi jenis dan jumlahnya. *Anggia Prasetyo Putri. perlu dicatat bahwa beberapa jenis tumbuhan yang menghasilkan produk alami dengan aktivitas biologis mengandung mikroba endofit yang menghasilkan produk alami yang sama. Dengan menyadari karakteristik ekologi dari endofit dan juga mengenai peranannya di alam akan memberikan banyak petunjuk dalam menentukan mikroba endofit tertentu sebagai target dengan potensi terbesar untuk bioprospecting. Pada tahun 1993. Cibinong. telah diisolasi kelompok Dr Strobel dari tumbuhan Taxus brevifolia dan dikarakterisasi. Tidak banyak yang menyadari bahwa sesungguhnya keanekaragaman hayati sangat erat kaitannya dengan keanekaragaman kimiawi. lingkungan. Pestalotiopsis. suatu senyawa diterpenoid yang merupakan agen anti kanker terkenal. andreanae dapat menghasilkan taxol. selain dari produk tumbuhan itu sendiri. Daerah ini menutupi BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 15 . yang ditemukan di tiap jenis pohon yew (Taxus spp. Berbagai ekstrak hasil mikroba endofit koleksi PT Indo Bio Pertiwi. yang menghasilkan antibiotika peptida baru dengan spektrum luas yang dinamakan munumbicin. menggambarkan suatu perbedaan di tingkat metabolisme antara mikroba endofit dari daerah tropis dan daerah beriklim sedang. keterbatasan jumlah sumberdaya. Dapat diasumsikan bahwa proses penyembuhan yang terjadi. Ph. dan faktor-faktor lain seperti masa hidup. apabila mikroba endofit dapat menghasilkan senyawa-senyawa bioaktif yang langka dan penting seperti tumbuhan inangnya. Hutan hujan tropis merupakan contoh yang baik.44% dari total luas permukaan daratan. Oleh karena itu. tersedianya lebih banyak informasi mengenai latar belakang jenis tumbuhan tertentu dan karakteristik biologis mikroorganisme yang hidup di dalamnya akan sangat membantu dalam mengarahkan pencarian berbagai produk yang memiliki aktivitas biologis. Masih belum diketahui dengan pasti hubungan antara apa yang dihasilkan mikroba endofit dalam kultur dan di alam. namun mereka juga menemukan bahwa sangat banyak mikroba endofit tropis yang menghasilkan jauh lebih banyak metabolit sekunder aktif dibandingkan dengan kapangkapang tropis yang bukan endofit. infeksi. Tampaknya ada banyak faktor yang berubah dalam tumbuhan inang terkait dengan perubahan musim. maka kebutuhan untuk menumbuhkan tumbuhan yang masa hidupnya panjang dan mungkin termasuk langka akan berkurang dan keanekaragaman hayati dunia juga terlindungi. kemungkinan besar difasilitasi oleh senyawa-senyawa yang dihasilkan oleh satu atau lebih mikroba endofit yang hidup di jaringan tumbuhan. Hal ini disebabkan inovasi kimiawi yang terusmenerus terjadi agar organisme dapat terus hidup dalam ekosistem dengan tingkat seleksi alam tinggi. Oleh karena itu. Semua aspek biologi dan keterkaitan mikroba endofit dengan inangnya masingmasing sangatlah menarik untuk diteliti. dan hanya satu dari semua endofit tersebut yang akan menghasilkan senyawa dengan aktivitas biologis dalam kultur. tumbuhan tersebut mengandung satu jenis mikroba endofit baru. penggunaan mikroba sebagai sumber suatu produk akan memudahkan proses dan mengurangi biaya produksi. tetapi menampung lebih dari 60% keanekaragaman hayati di darat. dengan cara menghitung data statistik dan membandingkan jumlah produk alami beraktivitas biologis yang diisolasi dari tumbuhan daerah tropis dan tumbuhan yang hidup di daerah beriklim sedang. Selain itu. Sayangnya. Pada saat ini. satu galur kapang baru penghasil taxol. dapat juga mempengaruhi karakteristik biologi mikroba endofit. Selain itu. Seringkali.

Metagenomik Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru Penulis: Wien Kusharyoto* S elama lebih dari tiga setengah milyar tahun evolusi telah menciptakan keanekaragaman mikroorganisme yang luar biasa. mereka dapat diisolasi karena kemampuan mereka untuk dapat tumbuh secara cepat sebagai koloni-koloni pada medium pertumbuhan yang biasanya disiapkan dengan kandungan nutrisi yang tinggi. Pada dasarnya mereka dapat dikategorikan menjadi dua metode standard. Cara ini dapat membatasi interferensi dari zat-zat penghambat dan komponen anorganik dengan prosedur penguraian sel dan ekstraksi DNA. Jumlah ini ditentukan berdasarkan perbandingan dari jumlah mikroba yang dapat tumbuh pada medium agar dengan jumlah mikroba dari suatu sampel lingkungan yang dapat dihitung di bawah mikroskop. Jumlah mikroorganisme yang dengan mudah berhasil dikultur dengan menggunakan metode kultur standard diperkirakan lebih kecil dari 1% dari keseluruhan spesies mikroorganisme yang ada. yang lainnya membantu kita dalam proses pencernaan atau dapat memproduksi antibiotika serta enzim-enzim yang bermanfaat. serta pada suhu yang moderat. seperti pada sub-unit kecil dari RNA ribosomal (ribosomal RNA). Pada metode kedua mikroba dipisahkan terlebih dahulu dari sampel tanah sebelum dilakukan penguraian sel (ex situ). di dalam usus kita. metabolik dan genetik yang sangat tinggi. Beberapa protokol untuk mengisolasi DNA dari sampel tanah telah dikembangkan. terutama bila DNA tersebut diambil dari sampel tanah. atau lebih dikenal dengan istilah “great-plate-count anomaly”. bahkan di sumber-sumber air panas. Namun efisiensi dalam ekstrasi tersebut diringi pula oleh ukuran fragmen DNA yang cenderung kecil (1 kb sampai 50 kb) yang disebabkan oleh pemangkasan mekanis. sehingga dengan demikian proses pengulturan dapat dihindari. yaitu 16S rRNA pada prokaryota (bakteri dan archaebakteri). Keuntungannya adalah bahwa fragmen DNA yang diperoleh dapat berukuran besar (sampai 500 kb) serta berpotensi membawa keseluruhan kelompok gen (gene-cluster) dari suatu mikroorganisme. Isolasi DNA dengan metode ini biasanya melibatkan pula proses pemecahan sel secara mekanis. Fragmen DNA dengan ukuran sebesar itu terutama disiapkan untuk kloning ke dalam vektor cosmid 16 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Mikroorganisme dapat hidup di manamana: di tanah. Pada metode pertama mikroba diurai selnya (cell lysis ) ketika masih bersama sampel tanah (in situ). Fragmen DNA dengan ukuran tersebut terutama sesuai untuk kloning ke dalam vektor plasmid atau vektor lambda yang membawa promotor yang kuat untuk memungkinkan ekspresi gen dari fragmen DNA yang diklonkan. terutama bakteri dan archaebakteri dari berbagai lingkungan. Jumlah keseluruhan dari berbagai jenis bakteri di bumi diperkirakan mencapai lebih dari 10 juta. Metode ini memungkinkan perolehan DNA dalam jumlah yang tinggi. Metode ini diperkenalkan pertama kali oleh Norman Pace dan koleganya untuk mengidentifikasi mikroba yang tidak dapat dikultur dan untuk memetakan hubungan kekerabatan di antara mereka. Kenyataannya adalah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dengan menggunakan metode kultur standard jarang yang merupakan spesies yang dari segi jumlahnya dominan di komunitas tempat asal mereka diisolasi. serta dalam amplifikasi dengan PCR (polymerase chain reaction) dan kloning dari gen-gen yang memiliki kesamaan sekuen. serta kecilnya kemungkinan akan adanya bias oleh ekstraksi karena kegagalan dalam mengekstraksi DNA dari mikroba dengan dinding sel yang keras. di air. pada kondisi aerobik. Keberadaan senyawa polifenol (yang terutama berasal dari degradasi lignin) yang ikut terekstraksi dari sampel tanah dapat mengganggu proses selanjutnya. Beberapa dari mikroorganisme tersebut dapat menyebabkan kita sakit. Keberhasilan dalam pendekatan metagenomik sangat bergantung pada kemurnian dari DNA yang diekstraksi langsung dari sampel lingkungan. Dalam hal ini sampel tanah disuspensikan langsung dengan larutan penyangga untuk penguraian (lysis buffer) dan dilanjutkan oleh perlakuan dengan detergen dan enzim. dan di samping itu. Metagenomik adalah analisis genom dari mikroorganisme tanpa bergantung pada pengulturan mikroorganisme tersebut. di udara. Pembentukan pustaka metagenom Pendekatan metagenomik mencakup antara lain ekstrasi DNA genom secara langsung dari sampel lingkungan. Saat ini metode tersebut telah diadaptasikan untuk menganalisis keanekaragaman hayati mikroba. Metagenomik dikembangkan berdasarkan perkembangan terkini dalam studi genom mikroorganisme. Sebaliknya. misalnya pada saat PCR. DNA dari sampel lingkungan tersebut kemudian disisipkan (diklon) ke dalam vektor yang sesuai untuk membentuk pustaka DNA (pustaka metagenom). Kenyataan bahwa sebagian besar mikroorganisme dari lingkungan tidak dapat dikultur serta belum termanfaatkan telah merangsang pengembangan metagenomik. Adalah konsep umum yang salah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dari lingkungan sebagai kultur tunggal murni merupakan spesies-spesies yang dominan baik dari jumlahnya ataupun fungsinya di lingkungan tersebut. Istilah tersebut berasal dari konsep statistik dari meta-analisis (proses yang secara statistik mengkombinasikan metode-metode analisis yang terpisah) serta dari genomik (analisis menyeluruh dari materi genetika suatu organisme). dan 18S rRNA pada eukaryota. serta mengurangi tekanan mekanis terhadap DNA genom yang terlepas dari sel. Dengan demikian sebagian besar dari mikroorganisme yang hidup di bumi masih belum dikenal atau bahkan dimanfaatkan. mereka memiliki keanekaragaman fisiologis.

Di samping itu. Di samping itu. Sebuah perusahaan serupa B·R·A·I·N AG dari Zwingenberg. Kelemahan metode ini adalah kemungkinan hilangnya mikroorganisme karena kegagalan dalam proses pemisahan mereka dari sampel tanah. Analisis yang berbasis pada aktivitas digunakan untuk memperoleh gen-gen atau kelompok gen baru yang menyandi biokatalis atau bahan aktif (antibiotika) yang memiliki potensi aplikasi yang besar bagi industri. Hal tersebut berakibat pada rendahnya jumlah DNA yang diperoleh. beragam antibiotika baru. baik yang berupa pustaka dengan sisipan DNA (insert) berukuran kecil (small insert libraries. antara lain gen-gen bergantung pada ekspresi dari gen yang penyandi amilase dan amidase. SIL) dalam vektor plasmid atau lambda. Plasmid Berbasis aktivitas berbagai mikroorganisme yang Turbomycin A dan B Antibiotika BAC Berbasis aktivitas telah ada saat ini Violacein Antibiotika Cosmid Berbasis aktivitas untuk mendisain pelacak (probe) untuk hibridisasi atau primer untuk PCR dalam melakukan proses skrining dari gen-gen PKS baru. Analisis dari pustaka metagenom Pustaka metagenom yang diperoleh. California yang aktivitasnya berbasis pada metagenomik. chitinase. yang dapat menciptakan besar (30 kb sampai 100 kb). Plasmid Berbasis aktivitas berdasarkan pada sekuen mengandalkan Oxygenase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas pada sekuen-sekuen Poliketide synthase Enzim Cosmid Berbasis sekuen DNA yang sama pada Protease Enzim Cosmid. serta mengurangi limbah produksi. sebuah perusahaan di San Diego.atau BAC (Bacterial Artificial Chromosome). kemudian dianalisis untuk memperoleh biokatalis atau antibiotika baru. Beberapa enzim baru berhasil diperoleh dengan metode analisis tersebut. seperti misalnya bakteri Escherichia coli yang selama ini paling sering digunakan. Karena merupakan suatu modul dari beberapa kelompok gen biosintetik yang menyandi enzim dengan domain berulang yang pembentukan senyawa bioaktif atau mengandung bagian-bagian (regions ) metabolit sekunder rata-rata berukuran yang berlainan. Senyawa bioaktif yang berperan dalam sintesis beragam lainnya yang telah diperoleh antara lain antibiotika oleh mikroorganisme. seperti misalnya bakteri Target Jenis Vektor Metode analisis/skrining Alkohol oxidoreduktase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas Streptomyces lividans. PKS adalah Indirubin dan Violacein. Vektor yang membawa fragmen DNA yang diperoleh melalui kedua cara tersebut kemudian ditransformasikan (dimasukkan) ke dalam sel inang. oxygenase dan protease. akan lebih Amidase Enzim Cosmid Berbasis sekuen mendorong Amilase Enzim BAC. kedokteran maupun pertanian.. Analisis yang berdasarkan pada aktivitas juga telah menghasilkan beberapa senyawa bioaktif baru dari pustaka metagenom. telah menghasilkan enzim á-amilase yang memiliki aktivitas yang tinggi pada pH di bawah 4. Gen-gen penyandi pustaka metagenom. maupun informasi genetika dari komunitas mikroorganisme di lingkungan tertentu. Terdapat dua metode analisis yang selama ini digunakan: analisis yang berdasarkan pada aktivitas (activity-based analysis ) dan analisis berdasarkan pada sekuen (sequence-based analysis ). Identifikasi dari aktivitas yang diharapkan tergantung pada keberhasilan proses transkripsi dan translasi dari gen penyandi protein di dalam sel inang yang digunakan. Jerman berhasil menemukan enzim esterase yang mampu mengubah menthylasetat menjadi menthol dengan selektivitas terhadap substrat dan enantioselektivitas yang lebih tinggi bila dibandingkan dengan enzim yang digunakan sebelumnya. diklon di dalam sel-sel inang heterolog (yang berbeda dengan sel-sel yang Metagenomik tidak hanya digunakan merupakan sumber dari gen tersebut). maupun yang berupa pustaka dengan sisipan DNA berukuran besar (large insert libraries. Salah satu contoh yang menarik adalah isolasi gen-gen yang menyandi poliketide antibiotika Turbomycin A dan B oleh synthase (PKS) dan peptide synthase Gillespie dan koleganya. Enzim-enzim lain yang diperoleh dari analisis yang berbasis pada aktivitas antara lain adalah amidase. dalam penelitian terapan untuk pencarian Analisis berdasarkan sekuen terutama terhadap biokatalis baru atau senyawa digunakan untuk memperoleh klon-klon aktif baru sebagai bahan obat-obatan. Cosmid Berbasis sekuen/aktivitas pembentukan metabolit sekunder Chitinase Enzim Lambda Berbasis aktivitas baru. Indirubin Antibiotika BAC Berbasis aktivitas Analisis yang Lipase/esterase Enzim BAC. lipase. Salah bakteriplankton yang sebelumnya tidak satu contohnya adalah perolehan dari bisa dikultur dan yang kemudian BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 17 . Salah satu Gen-gen penyandi biokatalis maupun contoh yang mengesankan dari senyawa aktif baru yang berpotensi pemanfaatan metagenomik dalam kaitan dalam aplikasi industri dapat pula ini adalah penemuan proteorhodopsin dari ditemukan dengan pendekatan ini. LIL) dalam vektor cosmid atau BAC. insert berukuran besar atau LIL akan Penggabungan domain-domain PKS dari menguntungkan dalam penemuan obatberbagai sumber dapat menghasilkan obatan baru. di suatu lingkungan tertentu. yang mengandung gen dari RNA ribosomal melainkan juga dapat dimanfaatkan dalam atau gene-gen penanda lainnya dalam memperoleh pemahaman tentang habitat survei tentang hubungan kekerabatan dan peran ekologis dari mikroorganisme dari mikroorganisme di suatu lingkungan. ia juga tergantung pada ketersediaan dari metode pengujan (assay) terhadap aktivitas yang diinginkan. Enzim tersebut digunakan dalam proses pencairan tepung (starch liquifaction) dan pemanfaatannya pada industri terkait dapat mengurangi biaya dan waktu produksi. Keuntungan dari biokatalis juga ditemukan dengan analisis metode ini adalah bahwa ia tidak berbasis sekuen. variasi dalam struktur kimia dari produkpemanfaatan pustaka metagenom dengan produk enzimatik yang dihasilkan. serta kemungkinan bahwa mikroorganisme dengan dinding sel yang keras terlewatkan pada proses penguraian sel. Penggabungan dari pendekatan metagenomik berbasis aktivitas dan evolusi protein yang terarah (directed evolution) yang dilakukan oleh Diversa Corp.5 dan suhu di atas 105°C. sehingga hal pemanfaataan bakteri yang lebih sesuai itu merangsang minat untuk menemukan sebagai sel inang untuk ekspresi gengen penyandi Biokatalis (enzim) dan antibiotika yang diperoleh dengan metagenomik tersebut.

Berbagai perkembangan dalam ekspresi gen di dalam sel-sel inang heterolog. Di lain pihak. Tujuan kegiatan: . Alasan utama dari keterbatasan pengetahuan kita tentang ekologi dari bakteri pathogen terletak pada ketidakhandalan pendeteksian dengan metode-metode konvensional yang berbasis pada pengulturan.Menumbuhkan ketertarikan pada dunia penelitian . Peserta didikan mendapatkan gambaran komprehensif tentang topik yang berhubungan dengan dunia bioteknologi.Memberikan kesempatan kepada siswa tingkat SMU untuk merasakan suasana penelitian Untuk keterangan lebih lanjut hubungi Sigit Purwantomo Tlp: (021) 875 8547 Fax: (021) 875 4588 *Dr. analisis secara langsung dari DNA yang diekstraksi dari sampel lingkungan dan pendeteksian bakteri dengan metode molekuler dapat mengatasi keterbatasan tersebut. kedokteran atau pertanian.Meningkatkan kompetensi dalam bidang ilmu hayati . Cibinong. Penemuan proteorhodopsin pada bakteriplankton menunjukkan bahwa fototrofi juga merupakan proses global di lautan. Hampir semua sistem monitoring yang selama ini digunakan di sektor kesehatan publik berdasarkan pada metode-metode konvensional. disain vektor dan proses analisis/skrining membuktikan bahwa teknologi ini mampu memberikan jawaban terhadap berbagai permasalahan. serta dalam pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroorganisme. 18 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . sebagian besar bakteri pathogen yang terdapat di lingkungan berada dalam kondisi hidup dan dapat menimbulkan penyakit. Proteorhodopsin adalah protein yang terkait dengan proses fototrofi (phototrophy) dan dari hubungan kekerabatannya serupa dengan bakteriorhodopsin yang merupakan pompa proton yang dikendalikan oleh cahaya (light-driven proton.Meningkatkan pemahaman konsepKonsep bioteknologi . namun tidak dapat dikultur dan diisolasi dengan metode konvensional. Dalam satu dekade terakhir. Di masa mendatang metagenomik diharapkan dapat lebih berperan dalam menjawab berbagai pertanyaan yang terkait dengan ekologi dari mikroorganisme dan penemuan aplikasi bioteknologi baru yang bermanfaat. BioSS menawarkan wahana untuk menjembatani kegiatan sekolah dengan kegiatan di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI.pump). termasuk di antaranya dalam penemuan biokatalis dan senyawa bioaktif baru. Penutup Metagenomik merupakan teknologi yang masih baru serta memiliki potensi aplikasi yang besar dalam bidang industri.digolongkan dalam gammaproteobakteria.LIPI. Wien Kusharyoto adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Pendekatan metagenomik dan kemajuan dalam teknologi DNA-chip akan membawa metode pendeteksian berbasis DNA ini satu langkah lebih maju dalam penaksiran tingkat aktivitas dan virulensi bakteri di lingkungan. konstruksi pustaka metagenom.

pada genom. Akan tetapi dalam satu sel tidak seluruh gen-gen tersebut diekspresikan bersamaan. berpikir. dan bioinformatics untuk menganalisa data yang diperoleh dari semua pendekatan yang dilakukan diatas untuk mendapatkan data semaksimal mungkin. Teknik-teknik untuk functional genomics Functional genomics mengandalkan beberapa pendekatan-pendekatan teknik utama seperti. baik pada saat pembelahan sel. Pada dasarnya ada dua macam gen. Kombinasi dari teknik-teknik diatas akan sangat bermanfaat untuk mengetahui dasar-dasar molekuler atas terjadinya proses-proses biologi pada suatu organisme.000 gen yang ekspresikan.000 gen akan tetapi juga terdapat pada organisme prokaryot yang memiliki jumlah gen jauh lebih sedikit (sekitar 2. reverse genetics dengan membuat mutasi pada gen-gen yang dijadikan sasaran. untuk melihat pola dan tingkat expresi gen baik pada level transkrip mRNA maupun pada protein. expression profiling. Pada akhirnya setiap aktivitas sel pada setiap proses biologi. Sehingga tujuan dari ‘ilmu’ Functional Genomics adalah untuk memetakan fungsi semua gen dari organisme ke dalam suatu functional framework mulai dari lingkup kecil seperti memastikan protein apa yang dikodekan oleh suatu gen sampai pada pemahaman tentang peranan protein tersebut dalam keseluruhan fungsi sel maupun organisma.“ F u n c t i o n a l G e n o m i c s” un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i ge n da l a m sk a l a gl o b a l Penulis: Satya Nugroho* G en adalah untaian DNA yang mengkodekan pembentukan suatu protein. DNA dikemas dalam kromosom dan total informasi genetika yang tersimpan dalam seluruh kromosom di suatu organisma merupakan komponen dari genom organisme tersebut. Jadi perbedaan fungsi antara tipe sel (celltype) satu dengan yang lainnya adalah pada perbedaan gen yang diekspresikan.000 gen). (CIMMYT) Mamalia diperkirakan memiliki sekitar 50. Lalu bagaimana sel memutuskan kapan membutuhkan ekspresi gen tertentu dari genomnya? Protein atau enzim akan diproduksi di dalam sel terutama pada saat sel membutuhkan. Upaya untuk mengerti fungsi-fungsi dari gen-gen dan juga komponenkompenen lain seperti regulatory region dari suatu genom diistilahkan sebagai Functional Genomics. Adanya varietas-varietas tertentu dalam suatu spesies yang memiliki sifat (fenotip) tertentu yang tidak dimiliki varietas lain dalam satu spesies. Expression profiling Salah satu pendekatan fundamental untuk memahami fungsi-fumgsi gen adalah Gambar 1. Akan tetapi dari keseluruhan gen pada suatu organisme. tergantung kepada aktivitas dari gen-gen tertentu BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 19 . juga dapat di sebabkan karena adanya perbedaan ekspresi gen. functional genomics dapat memberikan penjelasan atas mekanisme proses-proses biologi dari suatu organisma yang dipelajari dikaitkan dengan fungsi gen atau gengen. forward genetics dengan membuat mutasi secara acak pada genom organisma sasaran yang dilanjutkan dengan pemilihan mutan dengan fenotip menarik. tidak kesemuanya diekspresikan pada saat bersamaan. A. Keragaman genetika seperti pada jagung perlu dieksplorasi antara lain melalui pendekatan functional genomics untuk dimanfaatkan bagi pengembangan bioteknologi. regulatory gen (gen regulator) dan structural gene (gen struktur). misalnya cekaman/stress.000 gen didalam genomnya. pembentukan embryo. Ekspresi gen di genom yang selektif ini tidak hanya berlaku untuk organisma tingkat tinggi seperti pada mamalia yang memiliki sekitar 50. dan komponen genetika lainnya pada genom. Dengan memakai pendekatan secara global. Menempelnya protein regulator akan mendorong atau menghambat ekspresi gen tersebut. yang mempunyai peran penting tertentu. Regulatory protein sendiri akan aktif (diekspresikan) setelah mendapatkan rangsangan/stimulus tertentu. DNA dari suatu sel mengandung semua gen yang diperlukan oleh sel atau organisma tersebut. Protein tertentu yang lebih dikenal sebagai regulatory protein berperan sebagai pengontrol ekspresi gen sehingga hanya protein tertentu saja yang diproduksi. Regulatory protein akan menempel pada seutas DNA (regulatory region) yang biasanya terletak di depan gen tertentu berdekatan dengan promoter gen tersebut. seperti enzim. baik pada setiap tahap perkembangan sel. Menurut perkiraan biasanya di satu sel pada saat tertentu ada sekitar 12-15. Oleh karena itu dalam functional genomics fungsi suatu gen dipelajari baik sebagai individu gen maupun sebagai bagian dari system yang menyeluruh di dalam sel maupun secara kesatuan sebagai bagian dari suatu organisme. melakukan respons terhadap stimulus dan lain sebagainya.

dalam biologi molekuler dikenal sebagai the central dogma of molecular biology. Cara ini dapat terapkan untuk menunjukkan perbedaan tingkat ekspresi gen-gen. matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) dan kombinasi dari teknik-teknik tersebut. disampaikan oleh Velculescu (1995) yang Expression profiling dapat dilakukan kemudian dikembangkan versi baru yang dengan melakukan pengamatan terhadap dinamai SAGE adaptation for downsized transkrip messenger RNA (mRNa) yang extracts (SADE). Dalam proteomics teknikteknik kimia protein modern diaplikasikan antara lain 2-D gel electrophoresis.html) 20 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Untuk ‘membedakan’ dengan teknologi yang memanfaatkan transkrip mRNA pada tahun 1995 istilah proteomics mulai dimunculkan oleh Wassinger dan koleganya untuk menyatakan total protein komplemen dari suatu genom (total protein complement of a genome). melibatkan pembuatan utas tunggal (single-strand/ss) cDNA dari organisme target dan poly(A)+RNA dari driver tissues untuk melakukan substractive hybridization. Probe-probe yang tidak terhibridisasi dengan kuat pada DNa dari SK1 dan X2180 akan memberikan warna merah. sscDNa yang tidak tersubstaksi (atau tidak mempunyai komplemen) oleh poly(A)+RNA. pada waktu atau tempat disampaikan oleh Dixon dan koleganya tertentu. Akan tetapi difference analysis of cDNA (cDNA RDA) baru pada beberapa tahun terakhir yang disampaikan oleh Lisitsyn dan metoda untuk mengetahui perbedaan koleganya (1993). Panel kanan eksperimen yang mirip untuk membandingkan galur X2180 dengan S288c. Upaya untuk adalah dengan differential display yang melakukan identifikasi gen yang pertama kali disampaikan oleh Pardee dan diekspresikan pada jaringan atau cellLiang (1992) dan kemudian diperbarui type tertentu sudah dilakukan sejak pada tahun 1997. Proses-proses ini. kemudian dipisahkan dan diklon menggunakan teknik pengganaan utas DNA polymerase chain reaction (PCR) untuk Gambar 3. galur yang digunakan S288c. ditambah dengan proses perbanyakan untaian DNa melalui proses replikasi (replication). dan setelah ditumpuk akan kelihatan DNa yang terdapat pada SK1 dan S288c memberikan warna gabungan merah dan hijau (kuning). fungsinya. Stanford (1995). Yang hanya di SK1 saja akan berwarna hijau sementara yang hanya di S288c akan berwarna merah. Perbedan komposisi DNA Saccharomyces cerevisiae pada galur-galur yang biasa dipakai untuk penelitian laboratorium dapat ditampilkan dengan menggunakan teknik DNA microarrayer. three prime end dihasilkan maupun pada taraf protein yang amplification PCR (TEA PCR) yang diproduksi. representational sekitar duapuluh tahun lalu. sehingga expression profiling dilakukan dengan melihat mRNA maupun protein. Panel kiri menunjukkan hasil hibridisasi dengan probe DNA dari SK1 (dilabel hijau) dan dari S288c (dilabel merah). Meskipun ada pendapat untuk memisahkan proteomics sebagai disiplin ilmu pengetahuan baru.nature. pada tahun 1999 istilah ini dianggap sebagai bagian integral dari analisa ekspresi gen. Selain dengan memanfaatkan transkrip mRNA expression profiling juga dapat dilakukan dengan melihat protein yang diekspresikan. a. serial analysis of gene ekspresi gen (expression profiling) pada expression (SAGE) yang pertama kali skala genom (global) mulai dikembangkan. W303 and SK1 (dari kiri ke kanan) memiliki perbedaan morfologi koloni. electrospray ionization mass spectrometry (ESI MS). maka dengan melihat faktorfaktor tersebut maka fungsi gen dapat diperkirakan. (gambar diambil dari http:// www.com/nrg/journal/v3/n9/full/nrg886_fs. Iimej yang diperoleh dianalisa. pertama kali disampaikan oleh Davis dan timnya. 2-D High-perforance liquid chromatography (2-D HPLC). Pada saat gen aktif maka DNA (1998) dan cDNA microarrays yang dari gen tersebut akan mengalami proses pertama kali dilaporkan oleh Brown di trankripsi (transcription) untuk menghasilkan mRNA yang kemudian akan diterjemahkan (translation) menjadi protein. Pada prinsipnya proteomics memanfaatkan ekspresi protein untuk mengidentifikasi fungsi gengen tertentu. Cara melihat perbedaan ekspresi suatu gen dapat diketahui dari transkrip maupun protein yang dihasilkannya. Cara lain yang juga menggunakan Gambar 2: The central dogma of molecular biology transkrip mRNA untuk mengetahui dengan mengidentifikasi dimana dan kapan fungsi gen secara global yang juga gen tersebut diekspresikan (spatial and memanfaatkan teknologi PCR antara lain temporal expressions ). A364. (ss-cDNA adalah DNA utas tunggal hasil perbanyakan mRNA dengan menggunakan enzim RNA polymerase). dan kemungkinan interaksinya dengan gen-gen lain.transkripsi DNA replikasi DNA translasi mRNA Protein dianalisa lebih lanjut. Dengan cara ini gen mana saja yang terekspresi secara unik hanya pada organisme target saja atau pada organisme control saja akan dapat diidentifikasi. B. Teknologi yang telah dikembangkan untuk expression profiling yang sering diterapkan diantaranya adalah dengan mengkonstruksi dan kemudian melakukan screening suatu substractive library. Sampai saat ini teknikteknik dengan memanfaatkan transkrip dan dikombinasi dengan teknik PCR seperti diatas telah dapat mengidentifikasi banyak gen. waktu ekspresinya maupun tempat ekspresinya. Substractive library. Karena proses transkripsi dari gen-gen berbeda-beda baik tingkat ekspresinya.

Dengan gene/ enhancer-trap. dimana hal ini bisa disebabkan oleh adanya gen-gen lain yang mampu menggantikan fungsi gen yang telah di-knock-out (fungsional redundancy). Melalui cara mutasi insersi ini. Metoda ini cukup handal. untuk tanaman saat ini teknologi yang dapat dipercaya (reliable) untuk melakukan knock-out pada gen tertentu (targeted knock-out) pada belum tersedia. Proses berpindahnya transposon dikarenakan oleh beberapa faktor induksi. Knock-out secara random pada genom tanaman dapat dilakukan dengan insersi T-DNA pada genom melalui transformasi Agrobacterium untuk tanaman tertentu seperti model tanaman Arabidopsis. Contoh aplikasi dari penggunaan A c/Ds mutagenesis yang sudah cukup maju adalah di Arabidopsis dan padi. diantaranya adalah dengan induksi stres maupun dengan memanfaatkan protein transposase yang dihasilkan oleh transposon. aktivitas dari promoter atau enhancer (expression control element) gen tersebut dapat diidentifikasi dengan memperhatikan ekspresi reporter gene. untuk mendapatkan kesimpulan data biologi yang Gambar 5. Transposon dan retrotransposon pada dasarnya adalah elemen genetik yang dapat bertransposisi/berpindah tempat dari satu posisi di genom ke posisi lainnya pada generasi berikutnya secara acak. Dengan melihat pola atau spesifisitas ekspresi dari reporter gene tersebut maka fungsi dari gen yang ada di sekitar daerah insersi tersebut akan dapat diperkirakan. yang dimiliki oleh pribadi maupun umum. Sementara activation-tag akan dapat meningkatkan tingkat ekspresi gen yang terpengaruh. Sehingga untuk mempelajari fungsi dan mengidentifikasi gen secara menyeluruh (functional genomics) dapat dilakukan dengan cara knock-out yang dilakukan secara random. gen yang berpengaruh pada sifat tertentu yang akan dipelajari tidak perlu tersedia. Untuk melakukan overekspresi. maka selain berfungsi untuk knock-out konstruksi vektor yang digunakan mempunyai fungsi lain yaitu sebagai gene/enhancer-trap yang dapat berfungsi untuk menangkap sinyal aktivitas promoter/enhancer element yang berperan sebagai regulator ekspresi suatu gen dengan menggunakan reporter gene (gusA/gfp). Narayana Uppadhyaya. Cara yang pertama adalah dengan mengoverekspresikan (over-expression) gen dan yang kedua dengan merusak/menghilangkan (knockout/disruption) gen yang dipelajari. Mutagenesis (Reverse genetics dan Forward genetics) Pada dua strategi yang biasa dilakukan untuk mempelajari fungsi suatu gen secara langsung. untuk mutasi secara random pada genom untuk kemudian di lakukan screening terhadap fenotip tertentu. untuk mutagenesis dengan sasaran gen/target tertentu. baik yang berasal dari tanaman itu sendiri (endogenous retrotransposon. Perbedaan antara A B Gambar 4. a. b. Bioinformatics Bioinformatics adalah satu area ilmu pengetahuan baru yang sedang tumbuh dan berkembang. Oleh karena tidak setiap knock-out menghasilkan fenotip baru. yang memakai pendekatan perhitungan dengan memanfaatkan komputer (computational biology) untuk menjawab pertanyaanpertanyaan seputar ilmu biologi. Activator/ Dissociation). Database dan alat-alat bioinformatics pada server dapat dimanfaatkan oleh client. pada system syaraf embryo tikus (kiri) dan pada tanaman Arabidopsis (kanan) (diambil dari beberapa sumber). Identifikasi gen-gen penting dan prediksi fungsi-fungsi mereka secara genomik dengan mutagenesis menggunakan transposon ini prosesnya semakin dipercepat dengan telah diselesaikannya draft-draft urutan DNA organisme target. akan tetapi untuk mendapatkan insersi yang banyak untuk mendapatkan saturasi diperlukan proses transformasi yang banyak. Fungsi gen tersebut dapat diperkirakan dengan melihat fenotip yang dihasilkan oleh tanaman transgenik yang dihasilkan. knock-out mutagenesis dengan transposon Ac/Ds menghasilkan mutan yang tumbuh lebih lambat (tanda panah) dari tanaman galur liarnya (Dari Dr. C. atau activation-tag yang mampu mengoverekspresikan gengen yang ada disekitar daerah insersi dari activation tag tersebut. isolasi dan identifikasi fungsi gen-gen pada genom dapat dilakukan. sehingga pengaruh overekspresinya dapat dipanytau dengan melihat perubahan fenotipnya. atau forward genetics. Untuk melakukan knock-out. Pendekatan ini biasa disebut sebagai reverse genetics. Sehingga untuk lebih memaksimalkan upaya mempelajari genegen tanaman dengan cara knock-out saat ini telah dikembangkan satu cara yang efektif untuk melakukan knock-out pada padi yaitu dengan memanfaatkan insersi transposon. Pertukaran informasi terjadi antara site-site database penyedia informasi bioinformatics. meskipun gen organisme target yang terganggu karena insersi transposon tidak menyebabkan munculnya fenotip baru.B. gen yang akan dipelajari fungsinya sudah harus tersedia sehingga gen tersebut dapat segera diklon di plasmid ekspresi untuk kemudian dioverekspresikan pada organisma target (tanaman). CSIRO. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 21 . Dengan pendekatan ini maka mutasi inseri secara acak akan bisa diperoleh dengan lebih cepat. misalkan Tos17pada padi) maupun yang berasal dari tanaman lain seperti jagung (A c/Ds. Demikian pula client dapat memasukkan data-data baru ke dalam database. Australia) transposon dan retrotransposon terletak pada cara mereka bertransposisi (berpindah tempat). tembakau atau padi dan tanaman lainnya. Untuk menjawab pertanyaan-ppertanyaan tersebut dibutuhkan pengolahan data yang sangat besar dan kompleks. Aplikasi gene/enhancer trap untuk mengidentifikasi fungsi gen dengan melihat ekspresi dari reporter gene. Tidak seperti pada organisme lain.

gov). Salah satu site bioinformatics yang mempunyai fasilitas terlengkap dalam memfasilitasi penelitian functional genomics adalah adalah yang dibangun dan dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information yang merupakan bagian dari National Institute of Health di Amerika Serikat ( www. *Dr. urutan basa DNA atau cDNA yang diperoleh dari expression profilling dan mutagenesis beserta prediksi fungsi-fungsi mereka.nih. NCBI berkolaborasi dengan organisasiorganisasi lain seperti DNA Databank of Japan (DDBJ) dan European Molecular biology Laboratory (EMBL) database milik European Bioinformatics Institute dalam hal pertukaran informasi sehingga datadata baru yang diperoleh secara terpisah akan dapat dikumpulkan untuk dimanfaatkan oleh publik semaksimal mungkin. Satya Nugroho adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Saccharomyces cereviseae. Keberadaan data-data tersebut secara otomatis akan mendukung upaya untuk mempelajari fungsi gen-gen secara genomics (global) melalui pendekatan-pendekatan functional genomics. Selain menyediakan database seperti urutan DNA genom. Potensipotensi yang ditawarkan bioinformatics mampu merubah cara pandang ilmu pengetahuan dasar dengan memberikan pemecahan permasalahan dan pendekatan desain experimen di laboratorium. Bioinformatics menjadi semakin penting dengan telah diselesaikannya pengurutan basa genom organismeorganisme penting seperti manusia. padi.Dari Redaksi >> valid atau dapat dipercaya. IKLAN ANDA SEHARUSNYA BISA TERPAMPANG DI SINI untuk pemasangan iklan hubungi sekretariat BioTrends 22 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .ncbi.nlm. dan sebagainya. urutan asam amino berbagai organism. memprediksi regulatory region dari suatu gen seperti promoter dan lokasi-lokasi yang penting untuk interaksi (binding domain) dengan protein yang berperan untuk proses transkripsi (transcription factors). lalat buah. Cibinong.LIPI. memprediksi catalytic domain protein untuk meramalkan fungsi gen yang bertanggungjawab. bioinformatics juga memberikan alat-alat untuk menganalisa secara biologi molekuler seperti kemampuan untuk mencari urutan basa yang sama (similarity search). Data-data yang didapat semakin mudah diakses dengan adanya jaringan internet yang semakin mudah dijangkau. melakukan sequence allignment. Arabidopsis dan sebagainya.

Gambar 2. Restiksi enzim map. Tampilan help dari CLC free workbench. Beberapa pusat riset di dunia telah melakukan upaya genome sequencing yang datanya dapat diakses secara bebas. DNA tersebut terdiri dari empat jenis basa nukleotida adenine. Kemampuan untuk mengakses DNA saat ini juga tidak terbatas. molekul ini akan menghentikan elongasi rantai DNA disebabkan ketidakmampuan Gambar 3. digunakan 2’. Tampilan help pada BioEdit. sequence DNA yang menjadi interest selanjutnya dapat diketahui. Arabidopsis thaliana. melibatkan sejumlah delesi atau substitusi basa yang menyusunnya. Di samping itu program analisis DNA diperlukan untuk mempermudah pencarian conserved region untuk menemukan gen uang sama pada organisme lain (B). Analisis fungsi suatu sequence DNA biasanya akan Saat ini beberapa organisme seperti Escerichia coli K12. Manipulasi dan analisis DNA dapat dilakukan secara on line atau off line internet. akan tetapi secara umum asam nukleat yang dikodekan oleh tiga basa pengkodenya adalah sama. cytocine. Sequencing dengan tekhnik dideoxynucleotide atau umum dikenal dengan metode Sanger merupakan contoh metode sequencing. yang berbeda dari normal deoxynucleotide. kombinasi untuk setiap tiga basa nukleotida akan mengkode asam nukleat. semua informasi yang nantinya akan diwariskan disimpan dalam bentuk materi DNA. Enzim T4 Gambar 4. Selanjutnya. Kegiatan untuk melakukan manipulasi urutan DNA secara artifisial sangatlah dimungkinkan. Fungsi program analisis DNA. program ini menyediakan petunjuk tutorial untuk menjalankannya. Sequence DNA tersedia pada genebank yang dapat diakses free dari NCBI website. Akibatnya. Gambar 1. Kode genetik adalah gabungan tiga basa nukleotida untuk menyandikan satu jenis asam amino. Program ini diperlukan antara lain untuk melihat homologi dan posisi restriksi enzim serta analisis lain seperti desain primer (A). merupakan upaya untuk menemukan “kembali” gen untuk dipelajari fungsinya. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 23 . Beberapa tekhnik dikembangkan antara lain melalui inseri buatan untuk menghasilkan mutan atau teknik metagenomik untuk mandapatkan sejumlah gen dari organisme yang tidak dapat atau masih sulit ditumbuhkan pada kondisi lab. guanine. (Diambil dari CFC Free Workbench) membentuk ikatan phosphodiester dengan deoxynucleotide selanjutnya. Gambar 5. BioEdit. Melalui analisis PCR dari flanking sequence yang diketahui dan dideskripsikan dengan sequencing. pada kode-kode tertentu mengkode asam amino yang berbeda pada urutan basa yang sama (Tabel diambil dari DNAMan). Gene hunting ataupun gene discovery.coli mampu mengenali sisi sekuens DNA khusus. Tabel kode genetik. dan CLC Free Workbench Penulis: Sigit Purwantomo* P ada organisme prokariotik dan eukariotik. Website ini juga memiliki link dengan web database DNA lainnya. Disamping itu dari sequence DNA kita dapat melihat hubungan kekerabatan dari suatu jenis relative dengan species lainnya melalui sequence homology yang dimiliki. GAATTC yang sangat spesifik untuk selanjutnya dipotong. Walaupun ada beberapa pengecualian yang membedakan antara kode asam amino tertentu dari prokariotik dan eukariotik. Walaupun kode ini bersifat universal. Enzime restriksi endonuclease yang telah diisolasi dari berbagai organisme seperti EcoRI dari E. dan thymine. Disamping fungsi help. Urutan DNA dapat diketahui karena kita dapat malakukan pengurutan DNA melalui DNA sequencing.Program freeware DNA analysis: ClustalW.3’-dideoxynucleotide triphosphates (ddNTP). dan Oryza sativa telah secara utuh disekuens urutan DNA begitu juga dengan species Homo sapiens. Pada cara ini. Bioedit menghadirkan tutorial untuk menjalankan fungsi yang tersedia.

-3’ akan memiliki utas komplementari 3’-……-5’. dan terminator. Dengan mempelajari help dan tutorial yang ada. utas 5’. akan tetapi utas 2 ditulis dengan 5’-……3’. alignment. terlebih jika speed koneksi internet sangat rendah. BioEdit menawarkan sejumlah aplikasi seperti DNA alignment. tengah. seperti map restriction site. beberapa sequence telah diketahui fungsinya akan tetapi ada beberapa bagian yang belum diketahui fungsinya. atau akhir analisis sequence dapat digunakan BioEdit atau CLC. Secara sederhana terdiri dari bagian promoter. ClustalW. Program ini dipakai untuk alignment dari beberapa sequence. Sequence DNA akan ditulis dari ujung 5 ke ujung 3 yang menunjuk pada posisi karbon pada gula di basa nukleotida. kecuali pada beberapa organisme seperti virus dapat single strand. Software analisis DNA yang ada pada dasarnya memiliki fungsi dasar yang sama.LIPI. * Sigit Purwantomo. Beberapa software tersedia secara komersial untuk analisis DNA tidak secara online.…. exon. Umumnya DNA adalah double strand. Kita dapat mempelajari fungsi yang ada melalui fungsi help yang diberikan.DNA ligase menjadi enzim penting jika akan dilakukan penempelan antara ujung yang telah dipotong. posisi restriksi enzim ataupun menggambar plasmid yang dapat dipelajari dari help tutorial yang tersedia. Dalam organisasi genom. Cibinong. Kita dapat pula mengedit dalam arti menambah enzyme restriksi untuk keperluan up date. dari coding sequence suatu gen fungsional. Disarankan untuk menggunakan Untuk analisis sequence DNA dengan menggunakan program-program tersebut diperlukan pengetahuan dasar terkait dengan sequence DNA. Dua program terakhir mampu untuk memberikan input tentang posisi enzim restriksi yang ada pada suatu sequence. alignment dapat dilakukan untuk presiksi protein yang dihasilkan. kita dapat secara step-by-step menggunakan software-software aplikasi tersebut. Hal ini untuk mengurangi kemungkinan terputusnya koneksi internet saat download yang dapat berakibat rusaknya program. Pada genome posisi strand DNA yang berisi modul tertentu yang diinginkan. atau langsung dengan kata kunci menggunakan nama software tersebut. seperti alignment. Fungsi ini diperlukan untuk melihat kesamaan antar sequence dan daerah conserved pada sequence tersebut. Software CFC Workbench yang direlease 2005 memiliki tampilan dan help yang sangat mudah diikuti begitu juga BioEdit yang direlease tahun 2004. intron. atau CLC memberikan fungsi untuk alignment DNA dan pembutan phylogenetic tree dari sequence yang dialignment. Kedua program terakhir cukup kuat untuk menganalisis sequence DNA. Akan tetapi beberapa diantaranya dapat kita download secara free. BioEdit. Semua program analisis yang tersedia umumnya dilengkapi dengan tutorial atau Help yang sangat user friendly. software gratis yang tersedia saat ini dapat diberdayakan untuk menganalisis DNA yang kita punya dan menggali potensi diversitas DNA yang kita miliki. Dengan menggunakan kata kunci “molecular biology freeware”pada search engine kita dapat menjumpai daftar software tersebut. ataupun open reading frame. 24 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Hal ini dijumpai juga pada tutorial dan help pada CLC. Intron bisa saja terletak di awal. Akan tetapi ukurannya relative sangat besar sehingga membutuhkan waktu saat download dari internet. misalnya promoter.-3’ (utas 1) yaitu utas 2. complementary. M. Kegiatan alignment merupakan fungsi untuk menyamakan posisi basa pada satu sequence dengan sequence lainnya. Seperti misalnya bahwa. Untuk melihat alignment dan beberapa aplikasi program accelerator pada saat download. Tampaknya software yang tersedia bebas tidak kalah dari komersial software yang berharga cukup mahal. BioEdit. Kita dapat melihat suatu fungsi dari pilihan help pada bagian index atau kita dapat memilih dari content ataupun find. Reverse complement akan membuat complement dari utas 5’-……. Walaupun mungkin ada keterbatasan yang ada dibanding sepupunya yang komersial. seperti misalnya intron pada organisasi genom eukariotik.. restriksi enzim. Gen fungsional selalu terdiri dari bentukan yang sifatnya modular. Untuk memakainya memang terdapat perbedaan pada tampilan yang disajikan dan menu fungsi yang diberikan. Baik ClustalW. dan CLC Free Workbench merupakan contoh dari freeware yang dapat diakses dan didownload via internet.Sc adalah staf di Pusat Peneliti Bioteknologi . oleh karena itu mungkin diperlukan reverse complement. ClustalW merupakan versi Windows untuk program klasik clustalX. dan pembuatan phylogenetic tree.Akan tetapi harga dari software ini relatif mahal karena membutuhkan licence untuk penggunaannya. DNAMan dan Vektor NTI adalah contoh versi komersial analisis DNA. Disamping itu. dan lainlain. Sejumlah program untuk menganalisis sequence DNA. dapat “ungkir balik”. coding sequence.

B. Bisa dibayangkan apabila ini digunakan BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 25 . bioteknologi. Keunikan teknologi combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam mensintesa molekul dengan keragaman yang tidak terbatas. cara mendisain suatu obat yang telah berhasil dan banyak dilakukan oleh para peneliti dari bidang biokimia sejak dulu adalah dengan mempelajari secara detil biochemical pathways (siklus biokimia) dari suatu molekul didalam tubuh mahluk hidup. KONSEP DASAR COMBINATORIAL CHEMISTRY Secara umum konsep dasar reaksi combinatorial chemistry dapat diterangkan seperti pada Gambar 1.B1-C3 A1. diantaranya berasal dari: farmasi.B2-C1 A1 A1 -B2 A1. Selain kedua cara tersebut diatas. yaitu: pertama. dan mikrobiologi. Dalam teknik ini diharapkan dengan meningkatkan jumlah populasi keragaman molekul maka kemungkinan untuk mendapatkan molekul yang diinginkan dengan sifat tertentu juga akan meningkat.B3-C1 A 3-B2-C2 A1-B3 A 3-B3.C 2 A3-B 1-C1 A1 -B1 A3.C D A -B .B1-C3 A3-B 2-C1 A 3-B1. Teknologi ini dikembangkan dengan tujuan utama untuk mendapatkan cara yang paling efisien dan efektif untuk mendapatkan bahan obat baru (drug discovery). proteomik. konsep dasar combinatorial chemistry dapat dibagi menjadi 2 macam. dengan mengetahui fungsi spesifik suatu molekul dalam biochemical pathway maka molekul baru yang berfungsi sebagai obat dapat didisain dan disintesa. Dengan keragaman yang sangat tinggi maka diharapkan sebagian dari molekul yang disintesa mempunyai fungsi biologi seperti yang kita harapkan dan mampu digunakan untuk melawan suatu jenis penyakit tertentu.C 3 A3 -B2-C2 Gambar 1: Konsep dasar reaksi combinatorial chemistry.B.D D-A -B . dengan cara membuat molekul yang mempunyai struktur seperti pada Gambar A1-B3 A2-B 3-C3 A 2-B2.C 2 A3 A1-B2 A 3-B2. dan kemampuan membuat hewan transgenik sesuai dengan yang diinginkan. Disamping teknik combinatorial chemistry.COMBINATORIAL CHEMISTRY: PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT Penulis: Adi Santoso* PENDAHULUAN Combinatorial chemistry adalah teknologi yang masih tergolong baru yang dikembangkan oleh peneliti dari berbagai disiplin ilmu pengetahuan. biokimia. teknologi lain yang saat ini banyak digunakan dalam drug discovery adalah dengan mengisolasi sampel dari tanaman atau mikroba atau sumber lain kemudian dianalisa satu persatu pengaruhnya terhadap efek biologi yang diteliti. Ditambah dengan kemajuan sains dan teknologi yang begitu cepat dalam bidang life sciences seperti genomik. Pada artikel ini keunikan dan potensi teknologi combinatorial chemistry dibahas dalam kaitannya dengan drug discovery.B2-C2 A2 -B1-C1 A1-B1 A2-B 1-C3 A2 -B2-C1 A2-B 1-C2 A2 A1-B2 A 2-B2-C3 A2-B 3-C1 A2-B 2-C 2 dengan masing-masing memiliki 3 jenis. kimia organik. Dengan mereaksikan 9 jenis molekul yang dihasilkan dari reaksi A dan B dengan molekul C (C1. Hal ini karena teknik baru ini sangat berpotensi sekali digunakan sebagai cara untuk mensintesa senyawa kimia yang berfungsi sebagai obat yang bahkan dialam kombinasi molekul tersebut tidak didapatkan.C 1 A1 -B1 A 1-B1-C2 A1.C Gambar 1: Pola dasar sintesa molekul dalam combinatorial chemistry. Seperti diketahui walaupun suatu molekul mempunyai rumus molekul yang sama tetapi dengan mempunyai rumus bangun yang berbeda maka reaksi yang dihasilkan juga akan berbeda. Teknik semacam ini bila digabung dengan kemampuan skrining yang tinggi dan dalam jumlah sampel yang STAGE 1 R’ R’ H2NCHCOOR’ RCOCl RCONHCHCOOR’’ STAGE 2 R’ R’’’NH2 RCONHCHCONHR’’’ A 1-B1. B2. Hal lain yang juga berperan dalam combinatorial chemistry terletak pada posisi ikatan suatu molekul dengan molekul lainnya. dan B3). penambahan molekul (seperti yang terlihat pada Gambar 2b) secara bercabang.B2-C2 A1-B 2-C3 A1-B 3-C1 A1-B3 A1-B 3-C 3 A1. Dalam hal ini.C-D D A -B -C (b) A B A -B C D D A -B . Secara teori. Pada reaksi tersebut (antara A dan B) dihasilkan 9 jenis molekul. Secara simultan beberapa reaksi dapat terjadi seperti yang tertera pada Gambar 1. kimia inorganik. dan C3) maka dengan cepat 9 molekul tadi bertambah menjadi 27 jenis molekul. akan membuat potensi combinatorial chemistry akan lebih tinggi untuk mendapatkan molekul baru sebagai bahan obat yang lebih sesuai dengan kondisi tubuh kita. dan A3) dengan 3 jenis molekul B (B1. 2a. dan C (a) A B A-B C A . C2. besar (high-throughput screening) maka teknologi combinatorial chemistry dapat digunakan sebagai basis yang sangat kuat dalam drug discovery efforts. Sebagai teknologi yang relatif baru teknologi combinatorial chemistry banyak mendapat perhatian dari kalangan peneliti terutama dari kalangan industri farmasi. Pada contoh Gambar 1 tersebut molekul yang digunakan adalah molekul A. Pada reaksi pertama terjadi reaksi antara 3 jenis molekul A (A1. kedua.B . Pada cara ini penambahan molekul terjadi seperti rantai dimana penambahan molekul hanya dari satu arah (tidak bercabang). A2.C 3 A3.C D A. Berdasarkan pada konsep ini maka jumlah dan keragaman jenis molekul (molecular diversity) dapat diproduksi dengan sangat cepat.C .

dalam teknik ini sebagian besar usaha yang dilakukan terfokus pada tahap purifikasi. CARA MENDISAIN COMBINATORIAL CHEMISTRY Hal yang juga sangat mendasar dalam combinatorial chemistry adalah dimana pustaka molekul disintesa? Terdapat 2 macam cara pembuatan pustaka combinatorial chemistry: pertama adalah pustaka yang dibuat dalam solid support (sejenis bahan plastik). -----> Uji biologi s A2 + B1. Kemampuan dalam memodifikasi dengan cara menambahkan beberapa gugus kimia pada molekul tertentu membuat molekul baru yang disintesa diharapkan secara spesifik dapat mempunyai mekanisme seperti yang diharapkan dalam fungsinya sebagai obat. Bila dibandingkan dengan teknik solid support system. Salah satu contoh combinatorial chemistry yang menggunakan solid support system adalah dengan menggunakan well grid array (misal: 96 well plates). B3 + C1. Pustaka yang dibuat dengan cara ini mudah untuk dipurifikasi karena masing-masing molekul yang terdapat dalam pustaka tersebut diletakkan secara terpisah pada support yang digunakan. Gambar 3. Tukar menukar informasi dan pustaka molekul yang telah disintesa antara satu peneliti dengan peneliti lainnya akan sangat menentukan kecepatan drug discovery. dan C1.LIPI. 2. Karena masing-masing reaksi dilakukan secara terpisah diatas suatu platform maka proses purifikasi akan sangat memudahkan sekali dalam proses purifikasinya. Pustaka yang berbentuk cairan biasanya merupakan pustaka mixture dimana semua molekul dalam pustaka bersatu dalam cairan. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solution. Karena sifat teknik ini adalah kombinasi (combinatorial) maka dengan cepat jumlah molekul yang di sintesa akan meningkat dengan sangat tajam. C3 -----> Campuran 2 mengandung senyawa A2. A1-B1-C1 A1-B1-C2 A1-B1-C3 A1 -B2-C1 A1 -B2-C2 A1 -B2-C3 A1-B3-C1 A1-B3-C2 A1-B3-C3 A2-B1-C1 A2-B1-C2 A2-B1-C3 A2-B 2-C 1 A2-B 2-C 2 A2-B 2-C 3 A2-B3-C1 A2-B3-C2 A2-B3-C3 A3 -B 1-C1 A3 -B 1-C2 A3 -B 1-C3 A3-B2-C1 A3-B2-C2 A3-B2-C3 A3-B3-C1 A3-B3-C2 A3-B3-C3 UJI BIOLOGIS Gambar 4. A1 + B1. B2. Solution Masalah yang sangat mendasar pada teknik ini adalah kesulitan dalam purifikasi. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solid support . B1. KESIMPULAN Keunggulan combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam menciptakan keanekaragaman molekul (molecular diversity). B2. Pada sistim ini setiap reaksi dilakukan secara terpisah sehingga apabila suatu molekul ternyata positif mempunyai fungsi yang 2. C2. B3 + C1. kedua. B2. 3. 3. 2. Pustaka semacam ini biasanya dikerjakan dengan menggunakan robotic system dimana molekul yang digunakan diletakkan pada solid support. adalah pustaka yang dibuat dalam bentuk cairan (solution). -----> Uji Biologis A3 + B1. 3. C2. 2. Kemampuan untuk mendapatkan informasi tentang jenis molekul yang berpotensi sebagai obat dan sistim database yang digunakan untuk menyimpan informasi yang dihasilkan adalah sangat mendasar dalam combinatorial chemistry. solid support system atau solution.sebagai obat. 2. dan C1. Berikut dibawah ini dijelaskan keuntungan dan kerugian kedua sistim tersebut: 1. keuntungan teknik ini adalah beayanya yang relatif murah dan bisa dilakukan dalam skala yang besar. -----> Uji Biologis 26 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . maka setiap molekul yang disintesa akan mempunyai fungsi dan potensi yang berbeda. B3 + C1.D adalah staf peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi . * Adi Santoso. Karena dalam teknik ini semua reaksi terjadi dalam satu tempat sehingga banyak sekali terdapat molekulmolekul yang tidak kita inginkan. 3. Ph. Solid support system Metode solid support pertama kali digunakan oleh perusahaan Merrifields dari USA. 2. Menghadapi hal semacam ini. C3 -----> Campuran 1 mengandung senyawa A1. dikehendaki maka molekul ini dapat langsung di identifikasi dan diproduksi dalam skala besar. Hal yang sangat menguntungkan dengan menggunakan teknik solid support adalah tahap purifikasinya. B1. Pemilihan cara pembuatan pustaka molekul. manajemen pustaka molekul menjadi sangat esensial. Konsekuensinya. C3 -----> Campuran 3 mengandung senyawa A3. B1. Walaupun teknik ini sangat menguntungkan tetapi membutuhkan biaya yang sangat tinggi karena melibatkan proses pembuatan solid support dan meletakkan molekul yang diteliti pada support yang digunakan. 3. 2. C2. dan C1. 3. akan sangat dipengaruhi oleh biaya dan teknologi purifikasi yang akan digunakan. Cibinong.

Namun. Secara umum. reaksi-reaksi yang dijembataninya seringkali mempunyai kemo-. dalam industri. Sehingga. Ada dua macam kofaktor. namun juga dapat berperan dalam reaksi serupa dengan senyawa-senyawa ’non-alami’. biokatalisis dianggap sebagai representasi dari suatu strategi yang menjanjikan dalam menopang konsep “ green chemistry”. Dalam skala industri. tidaklah mengherankan. secara tradisional telah digunakan untuk mengkonversi bahan baku yang berasal dari bahan organik atau bahan baku yang terbarukan. atau stereospesifik (selektif hanya terhadap salah satu stereoisomer) · Kofaktor. penisilin semi sintetik dan obat kanker. sedangkan tipe kedua terdiri atas molekul organik yang kompleks. Metode ini akan menjadi proses inti untuk memproduksi senyawa yang sulit atau tidak dapat dilakukan dengan teknikteknik kimia konvensional. industri pangan dan pakan. yang selama ini digunakan sebagai sarana untuk memproduksi molekul-molekul khiral sebagai bahan baku industri farmasi. dan juga biokatalis. sel mikroba (hidup atau mati). pemahaman tentang mekanisme pengendalian semacam ini dapat merupakan hal penting untuk optimasi proses Kondisi reaksi. deterjen. Di masa depan.dan stereospesifitas yang tinggi. resolusi kinetik dari campuran rasemat. kebanyakan farmaseutika adalah molekul-molekul khiral. Atas dasar kelebihan-kelebihan ini. aktif dan bekerja dalam kondisi ’normal’. Bila enzim akan dimanfaatkan sebagai biokatalis. pada Tabel 1 ditampilkan beberapa contoh senyawa-senyawa kimiawi yang diproduksi secara enzimatis. Seperti kita ketahui. enzim digunakan sebagai katalis dalam beragam reaksi. Sampai saat ini. serta yang memihak pada penggunaan sumber daya terbarukan daripada bahan baku berbasis petroleum. Pemanfaatannya juga begitu beragam. suatu reaksi kimiawi yang menggunakan katalis biologis (biokatalis). Dengan demikian. Untuk bisa berfungsi. ada beberapa contoh enzim yang mampu melakukan reaksi pada suhu lebih rendah dari katalis konvensional. kimia dan farmasi. · · · BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 27 . atau regiospesifik . enzim dimanfaatkan untuk mengkatalisis beragam reaksi-reaksi organik dan banyak dilibatkan dalam industri pangan. yang ramah lingkungan. enzim dapat dihambat oleh substrat. enzim mempunyai karakteristik yang sangat menarik untuk industri: sangat spesifik. merupakan metoda yang tidak asing dalam proses sintesis kimia organik di ranah akademis maupun dalam tataran industri. biokatalis telah digunakan untuk produksi fruktosa. yang pada akhirnya akan membatasi penggunaannya (kecuali ada cara-cara praktis untuk mendapatkannya kembali). Enzim dengan nama yang sama tetapi berasal dari sumber yang berbeda seringkali menujukkan perbedaan pula dalam struktur dan sifat-sifatnya Stabilitas. Pemikiran untuk menekan polusi telah meningkatkan ketertarikan mereka terhadap produk dan proses kimia. aktif dalam kondisi ’normal’. yang disebut sebagai kofaktor. lambat laun biokatalisis mulai menggeser dan menjadi pesaing utama metode sintetik konvensional. mudah didapat. diagnostik. serta limbah yang dihasilkan mudah dituntaskan. secara umum hanya ada perbedaan yang kecil diantara beragam enzim dalam nilai pH dan suhu operasinya. bila biokatalisis dianggap sebagai komponen penting dan bagian yang tak terpisahkan dari industri life-science. enansio. Dan tampaknya biokatalisis. Dan tampaknya. tipe pertama berupa ion-ion logam sederhana. namun rendeman dan kualitas produk yang dihasilkan lebih tinggi. transesterifikasi. dapat bersifat substrat spesifik (selektif · terhadap senyawa atau kelompok senyawa tertentu). Inhibitor. atau oleh kontaminan kimiawi yang ada dalam substrat. Secara umum. serta dalam pengelolaan limbah dan remediasi lingkungan. metoda tersebut banyak berperan dalam industri kimia dan farmasi. Secara umum.Biokatalis.dan stereoselektif. Industri proses kimia juga mulai menyadari bahwa enzim bukan hanya efektif sebagai katalis dalam transformasi senyawa-senyawa ’alami’ dalam sistem kehidupan. Semakin kompleks kofaktor yang dibutuhkan. peranan biokatalisis juga akan semakin penting dalam industri kimia modern. Selain itu. yang disebut sebagai ko-enzim. Sumber biologis. Aktivitas enzim seringkali peka terhadap keberadaan molekulmolekul kecil. dan ramah lingkungan. isu-isu lingkungan merupakan hal yang penting bagi industri. dan sekaligus mengurangi konsumsi enerji untuk produksinya. regio. Sebagai contoh. dapat dibuktikan dengan kenyataan bahwa saat ini pasar biokatalis (enzim saja) dalam bisnis global mencapai 1 milyar dolar Amerika. Enzim dan Biotransformasi Penulis: Theresia Umi Harwati & Bambang Sunarko* Kenapa biokatalis penting? Biokatalisis. Inilah salah satu alasan mengapa saat ini industri mulai melirik biokatalisis dan memanfaatkan biokatalis secara ekstensif untuk memproduksi precursor dan ingradien penting untuk produksi farmaseutika. Selain itu. aspartame. ezim lebih labil dibandingkan katalis sintetik. enzim bersifat sangat spesifik. dapat menekan jumlah limbah dan konsumsi energi. maka akan semakin mahal biaya yang diperlukan. yang berupa enzim. sehingga digunakan juga untuk mengolah material yang berasal dari bahan bakar fosil. secara ideal dapat memenuhi tuntutan itu. dari biotransformasi senyawa khiral secara enzimatis untuk produksi obat sampai desulfurisasi bahan bakar diesel menggunakan mikroba. beberapa enzim memerlukan keberadaan materi lain. Walaupun beberapa dapat beroperasi diatas 60oC. seperti hidrolisis. Semakin pentingnya peran biokatalisis. Biokatalis. yang terikat dalam matriks atau bebas. seperti dalam sintesa senyawa-senyawa yang bersifat regio-. maka faktor-faktor berikut yang perlu mendapat diperhatikan: · Spesifitas. misalnya. Seperti kita ketahui. Enzim sebagai biokatalis Sebagai biokatalis. Sebagai ilustrasi betapa beragamnya kegunaan biokatalis dalam sintesis kimia. produk reaksi. Spesifikasi sumber enzim seringkali merupakan hal penting. Daya pikatnya berasal dari selektivitasnya yang tinggi. Dalam praktek. dan lain-lain. pemanfaatannya terus meluas.

dalam keseluruhan pembuatan keputusan. sel hasil rekayasa genetis. Media padat dapat merupakan keuntungan yang meyakinkan bagi penggunaan biokatalis. kebutuhan kofaktor adalah beberapa aspek penting yang perlu mendapat perhatian. seperti kebutuhan reagen dan senyawa-senyawa esensial lainnya yang lebih sedikit dan lebih murah. Peluang pemanfaatan biokatalis akan meningkat. bila dibandingkan reaksi kimia biasa. biaya. tahapan-tahapan proses dan integrasi keseluruhan proses perlu diperhitungkan. apakah reaksi biokatalisis dilakukan dalam media cair konvensional yang ramah lingkungan (green). kebutuhan dan ‘pada tataran mana’ integrasi proses dalam kaitannya dengan reaksi-reaksi (jika lebih dari satu reaksi yang terlibat). kompatibiliats dengan proses yang telah ada juga merupakan hal penting lain dalam keputusan tersebut. Selain itu. ataukah dalam bentuk enzim kasar atau murni). seperti dalam pelarut organik atau dalam media padat. ataukah dalam media non-konvensional. Akhirnya. dan aspekaspek lingkungan (‘greenness”) juga merupakan aspek penting lainnya. laju reaksi yang lebih cepat dan kondisi reaksi yang lebih mild. Selain itu. rendeman yang lebih tinggi. terutama bila jumlah tahapan reaksi dalam memproduksi suatu produk akhir dapat diturunkan secara drastis. Namun. namun perlu juga disadari bahwa saat ini kemajuankemajuan dalam yang berarti dalam bidang ini terjadi juga di bidang katalis kimiawi. Aspek lain. biokatalis mempunyai peranan yang semakin penting dalam industri kimia sintesis. kemudahan dalam purifikasi produk. Tak kalah pentingnya. juga akan mendorong penggunaan biokatalis dalam proses produksi. diimobilisasi ataupun diaplikasikan dalam bentuk bebas. biaya dan komponen media lain yang diperlukan. sifat biokatalis yang enansio. inhibitasi substrat/produk.Biokatalis dalam Industri Kimia Seperti telah diuraikan.dan/ atau stereoselektif dapat menjadi pertimbangan yang kuat untuk penggunaan biokatalis. kemurnian. keseimbangan reaksi. dan purifikasi produk. Masalah pertama menyangkut bentuk biokatalis yang akan digunakan. Kemampuan komputer yang ada saat ini memungkinkan untuk itu. terutama karena kebanyakan indutri kimia kurang begitu ‘akrab’ dengan ‘katalis alam’ ini. Bagaimana? Bila aspek-aspek yang dikemukakan diatas dijawab secara positif. Lebih lanjut. Dari pengalaman dapat ditunjukkan bahwa semakin positif jawaban yang dapat diberikan atas aspek-aspek tersebut diatas. maka semakin tinggi pula efektivitas penggunaan biokatalis dalam industri kimia. Sedangkan masalah kedua menyangkut media reaksi. selektivitas dan rendeman (yield). Kegiatan ini melibatkan pencarian dan penapisan enzim yang tersedia secara Gambar: Dari tahapan riset sampai dengan aplikasi biokatalis 28 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . maka pertanyaan “Bagaimana biokatalis tersebut dimanfaatkan dalam proses produksi?” akan muncul dalam pengambilan keputusan berikutnya. apakah biokatalis tersebut diaplikasikan dalam bentuk sel utuh. sel organela. merupakan pertanyaan pertama yang harus dijawab untuk memutuskan pemakaiannya dalam industri. maka kecenderungan ini juga akan mendorong penggunaan biokatalis sebagai pilihan dalam proses produksi. jumlah reaksi yang terlibat. Jika isu ‘natural’ dan ‘green’ sangat menentukan penerimaan masyarakat terhadap suatu produkproduk tertentu. Oleh karena itu. kualitas produk akhir. yang berarti bahwa penggunaan biokatalis merupakan alternatif yang menarik dalam proses produksi. Aspek-aspek yang perlu mendapat perhatian dalam keputusan awal ini adalah: ketersediaan biokatalis. Kapan? ”Kapan biokatalis bisa dianggap sebagai alternatif yang menjanjikan. serta kondisi reaksi merupakan aspek lain yang perlu mendapat perhatian. Ketersediaan. maka mereka memerlukan: · Identifikasi biokatalis . masih ada beberapa kelemahan dalam pemanfaatannya dalam industri. yang sudah lama dikenal?”. Adanya kepastian bahwa proses atau reaksi akan berlangsung melalui rute tertentu juga akan menjadi pertimbangan penting dalam keputusan untuk menggunakan atau tidak menggunakan biokatalis dalam proses produksi. terutama berkaitan dengan kelarutan. enzim kompleks. Bila industri akan menggunakan proses yang melibatkan biokatalis dalam proses produksinya. “Kapan dan bagaimana menggunakan biokatalis?” merupakan pertanyaan penting yang harus dijawab sebelum industri memutuskan untuk mulai menggunakannya dalm proses produksinya.

upaya kloning dan ekspresi enzim dilakukan pada E. kondisi proses yang paling baik (nilai pH dan suhu optimal. walaupun sampai saat ini. Selain itu. seperti evolusi enzim yang diarahkan (directed enzyme evolution). menscale-up dan. Selain itu. dekade terakhir ini dipahami sebagai revolusi dalam pemahaman proses biokonversi pada tataran genetik. dampak dari penggunaan biokatalis rekombinan semacam ini terhadap keseluruhan pentahapan reaksi dan terhadap proses downstream juga menjadi sasaran kajian dan riset dalam biotransformasi. Seperti kita ketahui. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 29 . dilakukan imobilisasi enzim. yang menyandikan sintesis enzim. seperti pencerapan dalam matriks gel (poliakrilamida. atau tidak ada alternatif kimiawi yang ada. ultrafiltrasi. Setelah itu. diperlukan sumber daya teknis yang memadai (beragam keahlian bioteknologis). karaginan). seperti glutaraldehida. Umumnnya kajian dilakukan untuk mempelajari dan mengidentifikasi pengaruh pH. Beragam metode imobilisasi telah dikenal dan dapat disesuaikan dengan proses-proses industrial. teknikteknik pengkonsentrasian juga perlu dilibatkan. sentrifugasi. Optimasi proses downstream dari biotransformasi seringkali sama pentingnya dengan proses biotransformasi itu sendiri. maka biokatalis merupakan proses yang akan menjadi pilihan. Namun. perbandingan enzim/ dengan matriks dan sebagainya untuk mendapatkan biokatalis yang tepat secara industrial. alginat. Pengembangan katalis yang stabil. dan lain-lain. penyelidikan terhadap aspek-aspek regulasi katalitis dan ekspresi enzim. serta rekayasa metabolik (metabolic engineering). Proses untuk biotransformasi yang diinginkan perlu dikembangkan . Datadata ini memberi landasan untuk dapat dilakukannya site-directed mutagenesis untuk memperoleh enzim baru yang dapat digunakan dalam bioreaktor secara industri. Pengembangan proses. Dengan waktu yang relatif singkat. adsorpsi dan pengikatan secara kovalen dengan pedukung inorganik (seperti gelas berpori. Industri yang melakukan pengembangan biokatalis secara aktif biasanya mempunyai koleksi strain-strain mikroba dan enzimenzim dalam jumlah besar dan menganggapnya sebagai sumber daya teknologi kunci.LIPI. Bila proses imobilisasi telah dilakukan dengan hasil yang baik. * Theresia Umi Harwati. Pada akhirnya. dan mampu melakukan transformasi baru merupakan hal penting untuk memperluas area penerapan bioteknologi. telah menghasilkan beragam biokatalis-biokatalis baru. jamur dan kapang) yang ‘dipanen’ melalui proses fermentasi. Bambang Sunarko adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography). · Tahapan produksi enzim secara umum Secara umum. seperti penentuan aktivitas dan stabilitas enzim pada suhu dan pH yang berbeda. kloning dan perunutan gena. sintesis secara kimiawi konvensional memenangkan kompetisi pada akhirnya. enzim diperoleh dari mikroorganisme (bakteri. Untuk mengawali penguasaan teknologi biokatalis. silica) atau dengan pendukung organik (seperti selulosa. karakterisasi fungsional perlu juga dilakukan. karakterisasi struktural enzim perlu dilakukan. dekstran. baru dicoba dengan menggunakan sistem-sistem kloning dan ekspresi yang lain. dialisis dan/atau liofilisasi. Namun. beberapa pertanyaan dipaparkan yang harus dijawab untuk menghasilkan aplikasi biokatalis secara optimal. dalam tahap awal. mengintegrasikan ke dalam keseluruhan proses sintesis produk yang diinginkan. yang menunjukkan catalytic turnover yang tinggi. dengan melibatkan metoda-metoda. stabilitas terhadap pH dan suhu. waktu kontak dengan matriks pendukung. Selain itu. Tentu saja. spektroskopi (UV-VIS dan/atau flueresens). polimir akrilik). metode-metode baru. fungsi dan aplikasi enzim masih tetap diperlukan. Dalam praktek. Biasanya. suhu. dan juga proses untuk memproduksi biokatalis itu sendiri. Riset dan Pengembangan Biokatalis dan Biotransformasi Riset dalam bidang ini terutama diarahkan untuk mengembangkan dan optimasi proses yang melibatkan biokatalis. bila upaya ini tidak/ kurang berhasil. penentuan kinetika dan stoikiometri reaksi. evolusi terarah banyak diterapkan untuk mengembangkan enzim-enzim secara individual. biokatalisis kombinatorial. yang bertujuan agar biokatalis dapat dipanen dan digunakan kembali dalam proses. Demikian juga. maka tahap berikutnya adalah optimasi proses yang menggunakan biokatalis amobil tersebut. pada akhirnya adalah ekonomi yang menentukan apakah aplikasi biokatalis dapat direalisasikan dalam praktek ataukah apakah. · Sumber biokatalis. parameter kinetika dan penggunaan ulang) dapat diidentifikasi. seringkali juga dilakukan. terutama untuk mendapatkan jumlah protein yang lebih tinggi. namun dengan meningkatnya akumulasi pengetahuan. Untuk pengembangan biokatalis in-house. seperti kebanyakan kasus. seperti elektroferesa. presipitasi. biasanya industri juga mencoba proses yang multi-tahap yang melibatkan lebih dari satu enzim. atau bahkan melakukan pengembangan biokatalis baru. industri dapat memperoleh atau mengembangkan sendiri biokatalis yang diinginkan. ultrasentrifugasi analitis. agarosa. mikrokapsulasi (dengan cara polimerasi interfasial atau dengan mencampurkannya dengan surfaktan tertentu sehingga membentuk reverse micelles). bila perlu. biasanya industri memanfaatkan enzim yang tersedia secara komersial untuk proses biotransformasi sederhana (satu tahap). Isolasi. MSi & Dr. Cibinong.komersial. Kesimpulan Dalam artikel ini. Untuk tahap-tahap selanjutnya. demikian juga mengenai struktur. tahap pertama yang perlu dilakukan adalah pemurnian enzim dari media fermentasi. atau diamina yang diaktivasi dengan carbodiimida). kemudian mengisolasi enzim atau enzim-kompleks yang cocok. Upaya pengembangan biokatalis baru mencakup penapisan mikroba dan biomaterial secara ekstensif untuk mengidentifikasi aktivitas yang diinginkan. Untuk menghasilkan biokatalis yang memenuhi kebutuhan komersial. Prosedur purifikasi melibatkan teknik-teknik kromatografi. misalnya dengan menggunakan HPLC (High Pressure Liquid Chromatography). Pengalaman mengajari kita bahwa hanya jika sebagian besar aspek-aspek memihak pada biokatalis. teknik ini juga akan dapat diaplikasikan untuk perekayasaan sistem enzim kompleks. Setelah enzim dimurnikan.coli melalui suatu vektor tertentu. misalnya metoda penggaraman. pengikatan silang dengan reaktan bifungsional (dialdehida. dan juga stabilitas dan aktivitas dalam kondisi proses sebenarnya.

dan gamma interferon. interferon telah berhasil dibuat secara masal. Sehingga WHO memperkirakan akan terjadi pandemi flu burung H5N1 di dunia di masa yang akan datang. dan 3) virus budding. Virus influenza H5N1 (A) dan Bahkan sejaktahun ini telah membawa korban jiwa. umumnya obat tersebut hanya mempunyai tingkat efektifitas yang rendah dan masih memilik efek samping. dan pemakaian yang lama dari obat ini bisa menimbulkan efek samping seperti panas dan bahkan rontoknya rambut. sehingga sulit untuk mendapatkan dalam jumlah yang banyak. Binding adalah interaksi antara virus dan sel inang (host cell) melalui reseptor yang ada di permukaan sel inang dengan protein yang ada di permukaan virus (Gambar 4). Juga sama halnya dengan Amantadine. Ada tiga jenis interferon. (A) Hepatitis C (B). yaitu proses keluarnya virus dari dalam sel untuk menginfeksi sel lainnya. Kita ambil saja virus HIV sebagai contoh. dengan teknik genetic engineering. step ini bisa 30 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . sampai pada protein cleavage (Gambar 4). Reseptor ini bersifat spesifik. Di Indonesia sendiri telah terjadi wabah H5N1 sebagai perluasan dari wabah yang terjadi di Asia Tenggara. wabah DBD merupakan wabah rutin yang terjadi setiap tahunnya. dimana dimulai dari reverse transcription. Pendekatan untuk penemuan obat antivirus Untuk penemuan obat antivirus perlu diketahui life cycle (siklus hidup) dari virus itu sendiri. 1) Penemuan senyawa/zat yang menghambat proses virus entry Sesuai dengan proses virus entry ini. penyakit ini juga merupakan masalah serius karena jumlah orang dengan HIV/AIDS (ODHA) terus meningkat tiap tahunnya. Sementara itu. termasuk Indonesia. Virus HIV (A) dan Virus Begitu juga penyakit AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) yang disebabkan oleh infeksi virus HIV (Human Immunodeficiency Virus). Fusion adalah proses menyatunya virus dengan sel. Alpha interferon juga terbukti efektif untuk hepatitis B dan beberapa penyakit kanker. yaitu 1) virus entry. dan uncoating (Step 3 Gambar 4). Step binding merupakan tahap awal dari infeksi dan merupakan proses yang signifikan untuk menentukan terjadi tidaknya infeksi. Virus HIV misalnya. tidak hanya di Asia. penemuan obat antivirus merupakan hal yang urgen. beta. Begitu juga obat AIDS seperti AZT. Untuk Indonesia. misalnya. protein synthesis . Karena itu. Wabah flu burung H5N1 telah telah terjadi di berbagai negara. Karena penyakit ini menyerang system imun tubuh. dimana virus masuk ke dalam sitoplasma sel. (B) Gambar 2. Secara nasional. yaitu proses terjadinya perbanyakan (replikasi) virus virus di dalam sel inang. Interferon dilepas ke aliran darah atau cairan intercellular dan menginduksi sel sehat untuk memproduksi enzim guna melawan infeksi tersebut. Walaupun beberapa obat digunakan secara klinis. Obat ini memicu munculnya virus influenza yang resisten. merupakan penyakit lama yang sampai saat masih menjadi masalah besar di dunia. 2) virus replication. Proses virus entry dari HIV terdiri dari binding (Step 1 Gambar 4). yang merupakan obat antivirus influenza. hanya bisa berinteraksi dengan virus HIV. Sedangkan uncoating adalah lepasnya gemon virus dari selubungnya dan masuk ke sitoplasma. Obat untuk hepatitis C. misalnya. Proses replikasi virus lebih kompleks lagi. Misalnya CD4. yang efektifitasnya tidak tinggi dan memiliki efek samping yang sama. Dengan alasan tersebut diatas. yang merupakan reseptor dari virus HIV. Gambar 1. penyakit AIDS sering menimbulkan komplikasi dan ko-infeksi. interferon dianggap sebagai salah satu biofarmasetik yang potensial. dan uncoating. artinya hanya bisa berinteraksi dengan virus tertentu. Gambar 3. lebih dari 100 jutas kasus DBD terjadi setiap tahunnya. Bahkan dalam kondisi sekarang ini. proses virus entry terdiri dari sedikitnya 3 step. seperti ko-infeksi dengan Tuberkulosis (TBC) dan/atau hepatitis C. Keampuhan obat ini tidak lebih dari 50 persen. Secara detil ketiga proses ini berbeda untuk setiap virus. Saat ini digunakan interferon atau gabungan interferon dengan ribavirin.Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus Penulis: Andi Utama* M asalah penyakit infeksi virus adalah masalah besar baik secara global maupun nasional. Tetapi sejak tahun 1980. Sesuai dengan life cycle dari virus tersebut. (A) virus DBD (B) (B) penyakit infeksi virus. terutama di negara-negara tropis. Karena itu. fusion. sehingga Kementrian Kesehatan menyatakan sebagai Keadaan Luar Biasa (KLB). yaitu proses masuknya virus ke dalam sel inang . dimana terjadi berbagai penyakit infeksi virus. Beberapa contoh obat antivirus. Sebut saja flu burung. Secara umum ada 3 tahap life cycle virus. masing-masing alpha. genome replication. Interferon adalah protein yang diproduksi oleh sel ketika diinfeksi oleh virus atau pathogen lainnya. demam berdarah dengue (DBD) juga merupakan penyakit infeksi serius. masing-masing binding. Secara global. Sampai saat ini belum ditemukan obat yang efektif untuk sebagian besar ada beberapa pendekatan yang bias dilakukan untuk penemuan obat antivirus. integration. bahkan sudah meluas sampai ke benua Eropa dan Amerika. penemuan obat antivirus juga dilakukan melalui tiga pendekatan. Awalnya interferon diambil melalui ekstraksi dari darah manusia. Alpha interferon telah disapprove untuk pengobatan leukemia dan hepatitis C. fusion (Step 2 Gambar 4). maka usaha untuk penemuan dan pengembangan obat antivirus merupakan hal yang penting.

yang saat ini menjadi topik hangat. ada beberapa tanaman yang bersifat antivirus. baik secara langsung menjadi untai RNA tunggal (single strand maupun tidak langsung. terjadi reverse transcriptase. Pada virus influenza misalnya. Penemuan obat antivirus harus memenuhi 3 kriteria (Colegate SM. Seperti contoh virus influenza. diketahui efektif terhadap penyakit infeksi hepatitis B. Virus assembly adalah step dimana semua komponen virus seperti genom dan protein-protein menyatu sehingga menjadi virus yang sempurna. Virus baru ini kemudian keluar dari sel (release) dan siap untuk menginfeksi sel lainnya. Double sini bisa berupa senyawa/zat yang bisa strand RNA ini kemudian dipisahkan lagi berinteraksi. Croton lechleri. maka tertutup kemungkinan virus bisa menyebar ke sel lain di dalam tubuh. dimana banyak sekali enzim yang berperan. terutama dari tanaman. Phyllanthus niruri. synthesis (Step 7 Gambar 4). Setelah genom dengan AZT (Table 1) adalah inhibitor virus masuk ke dalam sitoplasma. Siklus hidup virus HIV baru yang komplementari dengan RNA genom. Setiap virus memiliki mekanisme yang berbeda dan protein/enzim yang berperan dalam proses tersebut berbeda pula. menghambat proses virus budding Step ini difungsikan oleh enzim reverse Setelah replikasi genom terjadi di dalam sel. matang (immature) dan belum berfungsi. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 31 . helikase. Salah satu obat anti-HIV yang Secara detil proses ini juga berbeda dipakai saat ini. Draconitium Ioretense. Step fusion dan replication.transcriptase yang diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. Nicotiana tabacum. virus. sehingga enzim ini dijadikan target penemuan obat antivirus influenza. banyak yang bisa dijadikan Di dalam sel terjadi proses replikasi target untuk penemuan obat antivirus. Namun. influenza dari inhibitor ion channel yang dijual di pasaran dan digunakan secara Jelas bahwa proses virus replication ini klinis sampai saat ini. juga terjadi proses protein uncoating juga bisa dijadikan target. enzim protease. poliprotein ini perlu encapsidation terjadi melalui ion channel diproses menjadi masing-masing protein. penelitian yang mendalam banyak dilakukan terhadap Curcuma sebagai obat antivirus HIV (Mazumder. Sama halnya dengan proses lainnya. yang merupakan proses perbanyakan genom yang difungsikan oleh enzim RNA polimerase dan RNA helikase. Pada proses ini. Pada step Tentu saja untuk itu mengetahui ini terbentuk poliprotein yang belum mekanismenya menjadi syarat mutlak. yaitu proses sintesa DNA dari 3) Penemuan senyawa/zat yang RNA yang merupakan genom virus HIV. 1995). reverse trandiperlukan beberapa enzim. terjadi proses genome replication (Step 6 Gambar 4). Bersamaan dengan genome binding tidak terjadi. telah Untuk menjadi protein matang (mature) ditemukan bahwa proses uncoating/ dan berfungsi. yang menghambat proses budding ini. Phyllanthus niruri. untuk penemuan obat yang mentargetkan proses virus budding ini diperlukan pengetahuan tentang mekanisme budding itu sendiri. Karena Proses ini dinamakan protein cleavage itu. inhibitor protein M2 bisa dijadikan (Step 8 Gambar 4) dan dilakukan oleh sebagai obat antivirus influenza. 2000): (1) Harus menghambat perkembangbiakan virus tanpa memberikan efek terhadap sel inang (2) Harus memeiliki aktivitas yang luas (3) Tidak boleh yang menekan sistem immune (immunosuppressive) Pada penelitian tanaman di Amazon. baik dari sel scriptase. adalah obat influenza yang merupakan inhibitor neurimidase. Mari kita lihat lagi deoxythimidine atau yang lebih dikenal virus HIV sebagai contoh. RNA polimerase berperan membentuk untai RNA (RNA strand) Gambar 4. Step ini difungsikan oleh enzim integrase yang juga diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. polimerase. dan dari hasil studi awal diduga juga memiliki efek antivirus terhadap virus hepatitis C (HCV) dan HIV. Oseltamivir atau yang lebih dikenal dengan Tamiflu. yang banyak diteliti. Dalam step ini. Mangifera indica. Karena itu. Copaifera paupera. dan Uncaria tomentosa. atau inang maupun dari virus itu sendiri. dan berpegang pada prinsip bahwa yang alami itu lebih aman dibandingkan yang sintetis. semua genom virus yang telah disintesa dibungkus oleh protein selubung virus sehingga menjadi virus baru yang sempurna. Curcuma Ionga. Setelah itu terjadi proses genome integration (Step 5 Gambar 4). 3’-azido-3’untuk setiap virus. Proses ini difungsikan oleh RNA atau protein dari virus. yaitu virus assembly (Step 9 Gambar 4) dan release. enzim neurimidase (enzim yang terekspresi di selubung virus) berperan dalam proses budding ini. Inhibitor yang diperlukan di merupakan intermediate product. Proses ini melalui dua step. umumnya seperti enzim protease. proses reverse transcription (Step 4 Gambar 4). Biodiversity untuk obat antivirus Berbicara tentang obat antivirus. virus akan keluar dari sel dan siap menginfeksi sel lainnya. perlu diakui bahwa obat yang ada saat ini umumnya senyawa kimia sintetis. yang menghasilkan untai RNA dijadikan target untuk penemuan obat ganda (double strand RNA) yang antivirus. yang 2) Penemuan senyawa/zat yang jika salah satunya tidak berfungsi proses menghambat replikasi virus di dalam sel virus replication ini tidak akan terjadi. merupakan proses yang kompleks. yang dibentuk oleh protein M2. integrase. Selain itu. Bersamaan dengan itu. upaya untuk penemuan obat antivirus dari biodiversity terus dilakukan. dengan reseptor RNA). karena banyak obat tradisional yang berasal dari biodiversity. Jika proses ini bisa dihambat. yaitu menyatunya DNA tadi dengan genom sel inang. sehingga proses helikase. Virus HIV juga memiliki Amantadine dan rimantadine adalah obat dan mengkodekan enzim protease ini.

dan ekosistim dimana organisme ini hidup (Convention on Biological Diversity.02-0. Amantadine menghambat fungsi protein M2 yang berfungsi sebagai ion channel. Tanaman lain yang banyak diteliti adalah Homalanthus nutans . tanaman yang sering digunakan untuk berbagai pengobatan. 1998). walaupun dosisnya 30 kali lebih tinggi. biodiversity adalah sumber daya alam. termasuk inhibitor reverse transcriptase dan inhibitor protease. Studi lanjut membuktikan bahwa EC50 (konsentrasi untuk menghambat 50% perkembangbiakan virus) dari Prostatin adalah 0. Dengan kata lain. dan bahkan SIV (simian immunodeficiency virus) (Premanathan. Andi Utama adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI. yang mutlak diperlukan untuk replikasi virus. baik influenza A maupun influenza B. Diversity ini berkurang dengan kecepatan 27 ribu species/tahun atau 74 species/hari atau 3 species/jam (Wilson. hewan. Juga telah dibuktikan bahwa Prostatin berikatan dan mengaktifkan protein kinase C secara in vitro. mikroorganisme. Penelitian lebih lanjut menunjukan bahwa tanaman Rhizophoraceae menghambat proses virus entry. lebih khusus virus herpes simplex tipe 1 dan 2. Biodiversity adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan. dan mereka mempelajari bagaimana memanfaatkannya. Hasil penelitian menunjukan bahwa Prostatin menghambat proses viral entry melalui interkasi dengan protein dari sel yang berperan penting dalam proses viral entry. sehingga mengakibatkan tumpukan IMP dan akhirnya mengganggu replikasi DNA/RNA. baik virus DNA (seperti hepatitis B) maupun virus RNA (seperti hepatitis C). Fungsi beberapa obat antivirus Nama obat Acyclovir Struktur kimia Penggunaan Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus herpes. diantara penyakit infeksi virus. (Bidang Virologi) Ribavirin Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus. HIV-2. polusi. Gancyclovir adalah analog dari acyclovir yang digunakan untuk terapi infeksi cytomegalovirus dan virus herpes lainnya. terutama ekstrak polisakarida-nya. Fungsi Acyclovir menghambat fungsi enzim thymidine kinase dari virus herpes. yang penting bagi manusia dan ekosistem. Pengembangan Prostatin sebagai obat antivirus HIV terus dilakukan dan sepertinya masih memerlukan waktu sampai penggunaan secara klinis. 32 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Zidovudine (AZT) Digunakan untuk penanganan pasien AIDS (acquired immunodeficiency syndrome) Sejauh ini. Ekstrak dari Homalanthus nutans secara in vitro menunjukan inhibisi terhadap virus HIV-1 (Gustafson. dan senyawa ini tidak berfungsi sebagai tumor promoter. obat ini benar-benar bisa digunakan untuk kebutuhan pasien yang mengidap berbagai penyakit infeksi virus. Masyarakat local hidup dengan biodiversity yang ada di sekelilingnya. Diperkirakan ada sekitar 30 sampai 100 juta species di bumi ini.Table 1. Polisakarida dari Rhizophora mucronata menghambat ikatan virus HIV dengan sel secara sempurna. Prostatin bahkan dibuktikan efektif terhadap virus HIV yang resisten terhadap berbagai obat. Gancyclovir Cara kerja-nya sama dengan acyclovir Amantadine Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza A.09 mg/ml (Witvrouw. Uji menggunakan sel menunjukan bahwa 1 mM prostratin menghambat virus HIV-1 membunuh sel C-8166 dan sel U937 (Gustafson. Namun makin lama biodiversity makin berkurang karena industrialisasi. Selain itu mereka juga memanfaatkan biota liar untuk menjaga kesehatannya. Sebagai hasilnya ditemukan bahwa tanaman dari tanaman Mangrove dari famili Rhizophoraceae menghambat perkembangbiakan virus HIV pada sel MT4 (Premanathan. Osetalmivir (Tamiflu) Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza . tidak untuk influenza B. Setelah diteliti lebih jauh. 1992). Cibinong. Juga digunakan untuk pengobatan infeksi serius virus herpes pada alat kelamin. * Dr. seperti contoh tanaman dan hewan sebagai makanan. dan migrasi penduduk ke kota. Uji toksisitas menunjukan bahwa Prostatin hanya menginduksi ornithine decarboxylase 2530% dari senyawa phorbol ester lain. 1992). yang diperlukan untuk produksi DNA provirus dari template RNA. Misalnya Rhizophora mucronata. 1996). Kita berharap dalam waktu tidak lama. Diantara sumber tersebut yang banyak diteliti adalah tanaman. terbukti menghambat pertumbuhan virus HIV dan bahkan juga menghambat ekspresi antigen virus HIV pada sel MT-4 (Premanathan. Osetalmivir menghambat fungsi enzim neurimidase (NA) berperan dalam proses budding virus influenza. 1999). modernisasi pertanian. 1999). Pengetahuan dan tradisi ini diturunkan dari generasi ke generasi. yang diperlukan untuk uncoating. 1992). Ribavirin menghambat fungsi inosine monophosphate (IMP) dehydrogenase. ternyata zat aktif yang berperan adalah prostratin atau 12-deoxyphorbol ester. yang banyak diteliti adalah obat antivirus AIDS. Hal yang sama juga ditemukan pada Rhizophora apiculata yang menghambat perkembangbiakan virus HIV-1. Adapun sumber yang digunakan cukup beragam termasuk mikroba dan tanaman. 2003). AZT adalah competitive inhibitor dari enzim reverse transcriptase virus HIV.

kura-kura. sudah dapat meraup devisa dari industri bioteknologi kelautan lebih dari 40 milyar dollar per tahun. polisakarida. Amerika Serikat saja yang memiliki potensi keanekaragaman hayati laut yang jauh lebih rendah daripada Indonesia. dan lain-lain. dan kerang. dan sebagainya. farmasi. kerangkerangan. baik makroflora dan fauna laut. fikokoloid dan biopolimer yang terdapat pada mikro dan makroalgae. bioteknologi kelautan pun sebenarnya menjanjikan keuntungan bisnis yang cukup besar. Spons dari spesies Petrosia contegnatta di antaranya diambil senyawa bioaktifnya untuk obat anti-kanker. dapat juga dilakukan rekayasa genetika untuk budidaya ikan dan biota laut yang bernilai ekonomis tinggi Untuk dapat mengetahui potensi biota sebagai bahan baku obat. Biota sebagai bahan obat dan aplikasi bidang farmasi yaitu sebagai anti kanker. diabetes dan anti bakteri b. Sensus biota laut yang diselenggarkan oleh Pusat Penelitian Oseanografi LlPI bekerjasama dengan Universitas Osaka Jepang baru-baru ini berhasil menyeleksi 1. yaitu 20. maupun beragam mikroorganisme laut. Biota laut untuk industri yaitu industri makanan. omega3. hepatitis. Departemen Kelautan dan Perikanan memperkirakan perolehan devisa dari bioteknologi kelautan ini bisa mencapai US$4 miliar.Dari Redaksi >> Melirik Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia Penulis : Elvi Yetti* S ekali lagi. Tumbuhan Laut Jenis tumbuhan laut yang sudah diketahui manfaatnya untuk pengembangan bioteknologi adalah rumput laut atau berbagai jenis alga terutama alga hijau. bakteri laut dapat dimanfaatkan untuk mengatasi pencemaran minyak. bakteri laut sangat efektif menurunkan tingkat pencemaran dengan memecah komponen minyak hingga menjadi air dan karbon dioksida. Salah seorang peneliti bakteri laut dari Pusat Penelitian Oseanografi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Ruyitno bahkan menjelaskan bahwa selain menjadi bahan obat-obatan. Pada spons dan karang lunak terdapat senyawa bioaktif yang berfungsi sebagai alat pertahanan diri dari musuh alaminya. Dari jumlah tersebut ditemukan 73 senyawa aktif yang berkhasiat antikanker. kosmetika dan apilaksi lain yang berbasis bioteknologi maka perlu dilakukan uji bioprospecting. kosmetika. Selain itu. B. Menurut Sugiono Moeljoprawiro. dan Monoalide. Tidak ketinggalan jenis invertebrate. tempurung kura-kura untuk obat luka dan tetanus. pemanfaatan seluruh jenis biota laut tetap harus membumi atau memperhatikan prinsipprinsip lingkungan agar kita tidak menyesal di kemudian hari. Ular dari laut diambil serbuknya untuk meningkatkan daya ingat.000 kilometer). minuman. Ini dengan asumsi bila digarap secara optimal. Senyawa bioaktif lainnya dari spons yang juga digunakan untuk industri farmasi adalah Bastadin. Senyawa itu ternyata berkhasiat obat dan kemudian dibuat sintetisnya. Melalui teknik bioremediasi. C. Sayangnya. dan minuman. dan diabetes. bidang ini relatif belum terjamah. Sebagai negara maritim terbesar di dunia dengan garis pantai terpanjang kedua setelah Kanada (81. HIV/AIDS. farmasi dll c. udang. laut dan udara. Hewanhewan ini banyak dimanfaatkan untuk aplikasi bioteknologi di bidang farmasi yaitu: obat tidur dan obat penenang dari kuda laut. Disamping itu riset tentang rumput laut saat ini diarahakan untuk obat hepatitis. Bioprospecting Keanekaraman Hayati Laut Indonesia Perlu dicatat bahwa selain pertanian. Kedua komponen yang dihasilkan ini ramah lingkungan dan tidak beracun bagi biota laut lainnya. diantaranya senyawa baru Barangmideditemukan di Kepulauan Barang Lombo dan Bitungolide A-F dari Pulau Bitung. salah seorang peneliti Balai Penelitian Bioteknologi dan Genetika Pertanian. biomedis. Senyawa bioaktif Monoalide yang diperoleh dari spons Luffariella variabilis merupakan senyawa yang memiliki nilai jual tertinggi daripada senyawa bioaktif dari spesies spons lainnya. Rumput laut yang selama ini lebih dikenal untuk makanan ternyata memiliki berbagai khasiat. Kekayaan tak ternilai tersebut tersebar dari darat. Mikroorganisme Kekayaan hayati laut Indonesia menjadi lengkap dengan adanya berbagai jenis mikroorganisme laut. Selanjutnya ia menyebutkan ada sekitar 100 jenis bakteri di laut yang sebenarnya dapat mendegradasi minyak. Biota laut sebagai alternatif bioenergi d. Hewan Laut Banyak sekali jenis hewan laut yang memiliki potensi untuk pengembangan bioteknologi Indonesia. Mengenal Potensi Laut Indonesia Untuk Bioteknologi Seluruh keanekaragaman jenis mahluk hidup yang berada di laut dikenal dengan biota laut. kita harus sangat bersyukur karena Indonesia benarbenar kaya. hasil penelitian para pakar menyebutkan bahwa banyak mikroorganisme laut menyimpan kandungan senyawa biopolimer. Alga hijau juga dapat bermanfaat untuk menyembuhkan penyakit kardiovascular. udang. Potensi tersebut sebenarnya memiliki prospek yang cerah untuk dikembangkan antara lain untuk keperluan industri makanan sehat. makanan tambahan. yang sangat dibutuhkan dalam proses pembuatan produk-produk kosmetik. laut Nusantara mewadahi hampir semua makhluk hayati laut. Sebagai perbandingan. Perairan laut Indonesia menyimpan berbagai potensi keanekaragaman hayati untuk pengembangan bioteknologi. kuda laut.360 dollar AS per miligram. Bioprospecting adalah pemanfaatan sumberdaya genetik dan hayati berkelanjutan baik untuk tujuan ilmiah BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 33 . Tumbuhan ini dapat diolah untuk obat influenza dan bahan pengawet makanan. Sedangkan obat anti-asma dibuat dari senyawa spons Cymbacela. Bila dilihat dari jenisnya. antara lain ikan. influenza HIV/AIDS. Berbagai senyawa-senyawa bioaktif produk alam (natural products) seperti skualen. biokatalis. ataupun perban. pelangsing tubuh. Tahukah Anda. biota laut Indonesia yang saat ini dapat bermanfaat untuk pengembangan bioteknologi dapat dikelompokkan menjadi: A. ular laut.216 spesies spons. Dari berbagai riset yang dilakukan telah diketahui bahwa berbagai jenis kekayaan hayati laut Indonesia dapat bermanfaat untuk perkembangan riset dan industri bidang bioteknologi. seperti ikan. bioaktif. Potensi kekayaan tersebut antara lain adalah: a. Okadaic acid. Adapun serbuk kerang digunakan untuk obat mag. mikroorganisme maupun invertebrate ternyata belum banyak dimanfaatkan dan dikelola secara optimal. kepiting. Namun. hati ikan buntel untuk obat tetrodotoxin yang memperbaiki saraf otak yang rusak dan mengurangi rasa sakit. juga ada kitin dan kitosan dari kulit udang dan kepiting untuk obatanti kolesterol. Selain itu. kosmetik dan industri berbasis bioteknologi lainnya. dan rumput laut.

Indonesia sudah menandatangani CBD pada saat di KTT Bumi tanggal 5 Juni 1992 dan sudah meratifikasi CBD tanggal 23 Agustus 1994 dengan UU No 5/1994. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu belum dimanfaatkan optimal. lalu dilakukan kloning. Setelah itu diketahui. Erosi keanekaragaman hayati ini bukan hanya merupakan krisis hilangnya spesies yang memiliki potensi menghasilkan dollar bagi perusahaan dengan menyediakan bahan mentah industri. . penggunaan tributiltin pada cat kapal. Konservasi keragaman hayati juga sangat penting untuk bioprospecting. introduksi spesies asing.LIPI. dan Universitas Andalas. *Elvi Yetti. seperti P2O-LIPI. antidiabetes. Dan juga terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya. Lebih dasar lagi. tetapi lebih dari itu terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya . 1994). Beberapa spesies rumput laut. Salah satu tema utama dari Conference of Parties (COP) kedua yang diselenggarakan di Jakarta tahun 1995 adalah mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut yang menjadi kepentingan Indonesia sebagai tuan rumah COP2. dan organisme berkualitas. bahan baku kosmetik dan farmasi. sumber pangan. Oleh karena itu dibutuhkan perangkat-perangkat pendukung untuk pengaplikasiannya. akan ditemukan satu yang berkhasiat obat. Keputusan menyangkut keanekaragaman hayati pesisir dan laut ada tiga bagian yaitu keputusan. dan terakhir distribusi. Tahapan tersebut mulai dari proses pencarian dan pengembangan sumber-sumber baru senyawa kimia. Kapasitas yang dapat dilakukan alat pelarik ini 100. Dalam rangka pengembangan riset bioteknologi kelautan dan perikanan bahkan telah didirikan Laboratorium Bioteknologi Kelautan dan Perikanan yang pembangunannya dilakukan secara bertahap. Selain itu juga keterampilan. Dalam Suatu Diskusi Ahli Biokimia dan Farmasi Kelautan yang diselenggarakan Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP) di Jakarta tahun 2004 lalu dipaparkan hasil pengisolasian zat aktif yang berkhasiat obat dari biota laut di perairan Indonesia. Lembaga riset yang berhasil melakukan itu antara lain LIPI. Dalam proses ini diperlukan penelitian dasar mengenai penyakit hingga pengujian serta uji klinis. Departemen Kelautan dan Perikanan lewat Badan Riset Kelautan dan Perikanan (BRKP) dilingkungan departemen itu menetapkan bioteknologi kelautan dan perikanan sebagai program unggulan atau program utama sejak tahun 2002. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu bukan saja belum dimanfaatkan optimal. Namun. keanekaragaman hayati ini merupakan potensi sangat strategis bagi negara Indonesia untuk meningkatkan taraf hidup masyarakatnya. Akibatnya. Hal itu disebabkan karena di dalam keanekaragaman hayati itu tersimpan sumber daya yang terbarukan (renewable resources) yang berguna sebagai sumber plasma nutfah. perguruan tinggi itu.Si. seperti reklamasi pantai. Baru kemudian tanaman obat bisa dijadikan sesuatu yang bernilai ekonomi tinggi. CBD bertujuan agar keanekaragaman hayati di dunia ini lestari dengan mengkonservasi. kemudian masuk ke tahap produksi. pemasaran. Contoh paling nyata adalah dalam proses pencarian obat. Perhatian pada konservasi dan pemanfaatan berkesinambungan berarti membuka sumber pendapatan baru. . karang lunak. Annex I (memuat kesimpulan tambahan dari rekomendasi SBSTTA) dan Annex II (program untuk kerja lebih lanjut). dan teknologi pengembangan produk baru bagi pasar global. sponge. Setelah itu dilakukan pengembangan produk. berhasil menemukan 34 senyawa aktif dari 57 spesies yang ditemukan di perairan Indonesia. antibiotik. Brazil tahun 1992. Pengujian dengan sistem robotik itu bertujuan untuk mengetahui interaksi molekuler dari senyawa dari alam. apabila dites secara acak. kata Sangkot. Di alam ini terdapat puluhan juta senyawa di tumbuhan dan biota. to sustainably use. Dan sejatinya. perlu diketahui dulu mekanisme timbulnya penyakit sehingga kemudian dapat ditentukan target molekul yang dapat digunakan untuk obat. 34 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . hal itu adalah krisis yang mengancam sistem penopang hidup dan penghidupan jutaan penduduk di negaranegara Dunia Ketiga (Shiva. Selain itu COP2 juga membahas akses pada sumber daya genetik.ataupun komersil. pemanfaatannya yang optimal dan konservasi yang berkesinambungan dapat menjamin masa depan bangsa. dan penyedia jasajasa lingkungan laut yang berpotensi sebagai basis model pembangunan berkelanjutan. Salah satu ketentuan yang termuat dalam kesepakatan tsb menyebutkan bahwa habitat ekosistem dan seluruh komponen hidup yang terdapat di laut merupakan unsur utama yang yang harus dilindungi. antipenuaan. dan bioinsektisida. untuk mengetahui kandungan zat aktif. alih fungsi kawasan hutan mangrove. PhD yang mengatakan untuk mengidentifikasi senyawa aktif berkhasiat obat diperlukan mesin otomatis yang disebut high throughput screening. Selain itu mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut termuat lengkap di dalam “Jakarta Mandate on Marine and Coastal Biological Diversity”. and to share the benefits of biological diversity). IPB. infrastruktur. Ada beberapa tahapan bioprospecting yang harus dijalani untuk memperoleh hasil akhir yang memuaskan. moluska diketahui memiliki zat antikanker. penambangan pasir laut. Diperkirakan dari 10. kata Linawati menjelaskan. serta penangkapan Riset Bioteknologi Bidang Keanekaragaman Hayati Laut Riset bioteknologi kelautan saat ini dilakukan oleh beberapa institusi. Cibinong. Untuk menjaga agar pemanfaatan keanekaragaman hayati tetap membumi maka sebanyak 139 negara termasuk Indonesia telah membuat kesepakatan yang tertuang dalam Konvensi Keanekaragaman Hayati (CBD) di Rio de Janeiro. Hal senada juga disinggung oleh Direktur Lembaga Eijkman Prof Sangkot Marzuki.000 senyawa. Di antara lembaga riset dan ikan menggunakan bom dan racun (sianida). memanfaatkan secara berkelanjutan dan berbagi manfaat dari keanekaragaman hayati (to conserve. para peneliti dari IPB saja. Informasi mengenai sumber daya alam ditindaklanjuti dengan penelitian dasar dan penelitian terapan. Pembangunan tahap pertama dilaksanakan tahun 2003 di atas area seluas 840 meter persegi. menurut Dr Linawati Hardjito dari Departemen Teknologi Hasil Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB. dengan keanekaragaman hayati laut tinggi. adalah staf peneliti di Puslit Bioteknologi . CBD sudah ditandatangani oleh 168 negara dan diratifikasi oleh 160 negara. namun belum ada lembaga riset dan industri yang memiliki fasilitas tersebut. S. dalam diskusi itu terungkap kendala dalam pengembangan obat-obatan. antara lain terbatasnya sarana peralatan untuk mengidentifikasi zat aktif dari bahan alam itu.000 senyawa per hari. Pusat Penelitian Oseanografi (P2O) LIPI sudah melakukan penelitian aktivitas antimikroba dan antikanker pada spons laut sejak tahun 1997. Lebih lanjut ia menyebutkan bahwa pada dasarnya konsep bioprospecting modern memberi negara berkembang kemampuan memperbaiki nilai tambah sumber daya alamnya. gen. Badan Riset Kelautan dan Perikanan DKP. antikolesterol. sampel biota yang ada harus dikirim ke luar negeri antara lain ke Belanda. Hal inilah yang membuat Indonesia tidak dapat menjaga kerahasiaan dari faktor penting yang terkait dengan HKI dan daya saing industri. Prinsip Lingkungan Dalam Pemanfaaatan Keanekaragaman Hayati Secara teoretis. konservasi dan pemanfaatan keanekaragaman hayati yang berkelanjutan dan keamanan hayati. BPPT dan beberapa Perguruan Tinggi. Selanjutnya untuk mengembangkan obat.

produksi gula global melampaui angka 133 juta ton pertahunnya. Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon. diperlukan upaya pengembangan terhadap aktifitas enzim sucrase usus teknologi fermentasi yang mampu (gambar 1) dan juga menekan pengaruh memproduksi rare sugars tersebut secara glycemia paska penghambatan proses ekonomis. yang tersedia secara berlimpah dan murah. Enzim amylase pertama diperkenalkan oleh Anselme Payen dan Jean Francois pada tahun 1833. fenomena tersebut. L-arabinose arabinose bisa didapatkan dari fraksi juga digunakan untuk pembuatan obat 2hemiselulosa kayu. sejak ditemukannya gula xylitol. Jepang harga L-arabinosa mencapai Tabel 1. xylitol sangat potensial untuk dimanfaatkan sebagai pengganti gula pasir pada industri proses makanan. menunjukkan komposisi dari BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 35 . Pada tahun 2002. Absorbed Seperti LUsus kecil sorbose Maltooligosakarida Maltooligosakarida (+) telah Sucrase G– F Sukrosa G–F digunakan Inhibitor sebagai material Non Absorbed dasar bagi L-arabinosa produksi Gambar 1. Para peneliti telah mengetahui aplikasi penting dari L-arabinosa. bukan sangat mudah. di dan industri makanan. adalah L-carbohydrate. Meskipun demikian. dan mengalami pertumbuhan yang sangat mengagumkan sejak itu. tetapi tidak sampai pada awal abad ke 20. Selain itu. wood Sanai et al. jumlah penduduk yang terkena penyakit diabetes. Hal ini disebabkan xylitol mampu menghasilkan panas negatif. (G) Glukosa. pemanis dan minuman ringan telah meningkatkan pula perhatian manusia pada dampak kesehatannya. produksi gula alternatif bagi gula yang sudah mendominasi saat ini sangatlah mungkin. Produksi xylitol dibanding dengan natural sugars. murah. mints dan pasta gigi. terlepas dari insulin pada saja tidak masuk ke dalam metabolisme manusia dan menghasilkan energy sebesar tubuh atau masuk ke dalam metabolisme 4 Kcal. para peneliti telah mampu mengemukakan fenomena yang terjadi pada starch dan apa akibat dari kerja enzim tersebut. Rare sugars. yang sangat baik bagi kesehatan. pasti. Oleh karena itu.000 tons. Metabolisme xylitol berlangsung angka yang fantastis. Gula ini mampu mencegah tooth decay. Whey mengandung deoxy-2-fluoro-5-methyl-b-Llactose. Derivatif dari rare-sugars juga telah digunakan sebagai agent bagi antiWaste material sebagai bahan baku hepatitis B virus dan human immunodefirare sugar yang murah dan berlimpah ciency virus (HIV). Sifat lain dari xylitol menghasilkan rasa dingin pada mulut ketika berinteraksi dengan air liur. Huwig. Produksi xylitol dunia. Salah satu jenis dari rare sugars meliputi terapi surgery.RARE S U G A R S . Fungsi L -Arabinosa dalam usus kecil. xylitol mampu mencegah terjadinya dental caries (pengeroposan ¥10. berlimpah pada limbah pertanian. Dengan sangat berguna pada kombinasinya definisi tersebut.000 (Rp. otitis acute pada anak-anak. Dengan dilakukan dengan menggunakan yeast. Aplikasi Lcarbohydrate dan L-arabinosa derivatifnya Usus kecil dibidang Maltooligosakarida Monosakarida kedokteran Sucrase ( -) Sukrosa G–F G F mengalami peningkatan drastis. obesitas. dimana L-arabinosa Mengingat potensi dari rare sugars berperan sebagai inhibitor yang selektif tersebut. Karena fungsinya yang seperti itu. 900. D-xylosa atau Lpenderita penyakit diabetes. suatu gigi). rare sugars diharapkan sebagai pemanis berkalori rendah dan International Society of Rare Sugar sangat toleransi terhadap penyakit (ISRS) telah mendefinisikan rare sugars diabetes. Rare Sugars (gula langka) Peningkatan jumlah penggunaan gula pada industri makanan. dan jantung meningkat dari tahun ketahun. biologi terapi. juga melaporkan bahwa Latau whey sebagai material awal untuk arabinosa juga berfungsi sebagai pencegah produksi rare sugars. yaitu D-glukosa. hutan. Beberapa biotransformasi ini. Komponen potensial obat untuk anti-HBV (Hepatitis monosakarida tersebut. produksi High derivatif L-sugar juga diketahui memiliki Fructose Corn Syrup (HFCS) bisa potensi sebagai antiviral agent dan bisa dilakukan dengan bahan baku yang juga digunakan sebagai terapi antigen. xylitol tergolong rare dengan semua bentuk terapi kanker yang sugars. dengan pemahaman teknologi yaitu 1-deoxygalactonojirimycin. yang bisa dihidrolisa menjadi Darabinofuranosyl uracil (L-FMAU). telah mencapai 15. L-monosakarida sebagai monosakarida dan derivatifnya memiliki karakter antineoplastic dan yang terbilang langka di alam. Selain itu.000) per kg. kanker. terdapat secara B Virus) dan anti EBV (Epstein B Virus). pada tahun 1998 thermia. terutama tepung. Beberapa aplikasi penting dari mengembangkan pemanfaatan L-sorbose rare sugars bisa dilihat pada tabel 2. gm sama dengan beberapa tetapi tidak teraplikasi lebih lanjut makanan diabet lainnya. Menurut hasil survei dari WHO yang diumumkan pada bulan Maret 2003. glukosa dan D-galaktosa. K A R U N I A YA N G B E L U M TEREKSPLORASI Oleh : Budi Saksono* P roduksi gula telah dimulai sejak abad ke 17. D-glukosa bisa postprandial hyperglycemia pada didapat dari pati. adalah penggunaan pati. Diantara sumber utama gula absorpsi sukrosa. (F) Fruktosa L-ascorbid acid (VIT kimia terapi dan radioterapi dan hyperC). sehingga sangat cocok digunakan pada industri chewing gum. Pada tahun 2002. Yang untuk memproduksi glycosidase inhibitor. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir. Akhir-akhir ini.

4 39. otitis acute pada anak-anak. Gula ini mampu mencegah tooth decay.4 19.6 Baggase Fiber 38.8 4.8 3.6 39.0 0.2 2.5 39.6 0.1 18 Wheat Straw 36. Komposisi monosakarida dari beragam biomasa Corn Stover C a r b o h y d rate Glukosa (C6) Mannosa (C6) Galactose (C6) Xylose (C5) Arabinose (C5) Total C6 Total C5 39.8 Rice Straw 41.3 0.8 0.8 ♦ ♦ ♦ Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon.2 40.3 2.0 0. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir ♦ ♦ ♦ 36 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .Tabel 1.2 25.8 2.5 43.4 14.8 14.3 Rice hulls 36.8 21.1 23.2 19.0 2. yang sangat baik bagi kesehatan.1 1.0 1.2 16.1 3.1 14.

hal yang perlu disadari bahwa tidak selalu enzim tersebut memiliki karakteristik yang sesuai untuk aplikasi industri. antibakteri dengan kalori yang rendah. hal ini bisa meningkatkan kemungkinan produksi sekala industri. anhydro fructose memiliki efektifitas 1. rekayasa protein menggunakan metoda directed evolution sangat mendukung dalam upaya mendapatkan enzim dengan karakteristik yang tepat untuk aplikasi industri. pengembangan xylitol di Indonesia. rare sugars yang berfungsi sebagai antioksidan. penggunaan rare sugars bagi obat maupun makanan kesehatan semakin terbuka lebar. Perancis. sangat berkepentingan terhadap pengembangan teknologi ini. sehingga mampu mempengaruhi beberapa jenis penyakit berbahaya saat ini seperti virus HIV. Gambar 3. Contoh lain.7 kali lebih tinggi dibanding Lascorbid Acid (vitamin C). pada awalnya produksi xylitol sekala industri dilakukan menggunakan reaksi kimia reduksi dari D-xylose. hingga beberapa peneliti membentuk konsorsium independen yang bernama International Society of Rare Sugar (ISRS). Indonesia menempati urutan ke 6 terbesar dunia untuk penderita penyakit diabetes. Tunggu apa lagi? *Budi Saksono. Lichtenthaler dan coworker di Darmstadt. terlepas dari Amylase society dan lain sebagainya. Selain pasar gula non kalori. Prosedur ini memerlukan beberapa step purifikasi karena hanya D-xylose murni yang bisa digunakan untuk reaksi kimia reduksi. sangat menggelitik untuk dikaji dan diteliti. Cibinong. baik starch maupun limbahnya. dan masih sangat tergantung pada impor gula pasir. Skema konversi pati menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 37 . Pengembangan rare sugar masa Depan. Skema konversi pati (starch) menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase Gambar 3. yang sangat gemar makan perment. Dan baru pada tahun 1988. Dengan ditemukannya enzim-enzim yang berperan dalam proses biotransformasi tersebut. Metabolisme D-xylose pada yeast. Akanuma. ramah lingkungan dan ramah bagi penderita penyakit diabetes. media produksi sekala industri Dengan semakin diketahuinya reaksi enzimatik yang mampu memfasilitasi proses biotransformasi tersebut. Hal ini setidaknya mengisyaratkan betapa besarnya potensi rare sugars ditengah pengembangan sugar konvensional. teknik rekayasa genetika.Proses reaksi ini dapat dilihat pada gambar 2. D-xylitol yang terbentuk kemudian di rubah menjadi Dxylulose oleh enzim xylitol dehydrogenase. bagaimana mekanisme rare sugars dalam tubuh. Produksi xylitol misalnya. German pada tahun 1980. Dengan semakin diketahuinya proses enzimatik. Indonesia adalah negara yang kaya akan sumber karbohidrat. dengan mengkonsumsi NAD. yang ekonomis. sangat berdampak pada kesehatan gigi anak – anak. yang diekstrak dari hidrolisa kayu keras. Sebagai antioksidan. teknologi enzim. Reaksi enzimatik yang terjadi pada yeast adalah sebagai berikut. Sebuah konsorsium yang berdiri sendiri. dan kimia organik. dan potensi pasar terbuka secara luas. Apalagi hal ini kemudian didukung dengan tingkat pemahaman akan fungsi physiologis dari masingmasing rare sugars. anhydrofructose pertama kali diperkenalkan oleh Prof. Dxylulose mengalami phosphorilasi menjadi D-xylulose-5-phosphate oleh enzim xylulokinase. sangat terbuka peluang bagi penemuan rare sugars baru. produksi anhydrofructose dari pati. Oleh karena itu. Baru pada tahun 1986. dimana masing memiliki kadar glukosa. untuk memproduksi gula alternatif. yang segar dimulut sekaligus melindungi gigi kita. atau bisa menjadi bahan campuran pasta gigi.5 Anhydro-D-fructose. Bioteknologi.Sc. Metoda produksi dari beragam jenis rare sugars membutuhkan pendekatan multidisiplin yang meliputi teknologi fermentasi. Disisi lain. xylosa dan arabinosa yang cukup relevan untuk dimanfaatkan sebagai bahan baku produksi rare sugars. Tidak bisa dipungkiri bahwa peranan bioteknologi untuk memproduksi rare sugars sekala industri dengan biaya produksi murah sangat besar. Reaksi enzimatik konversi pati menjadi anhydrofructose akan nampak NAD(P)H NAD(P) D-xylose Xylose reductase D-xylitol NAD Xylitol dehydrogenase NADH D-xylulose-5-phosphate Xylulokinase D-xylulose ADP ATP Gambar 2. Baute dan coworkernya di Bordeaux. adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. Seperti halnya xylitol. biologi molekuler. Teknologi tinggal dikembangkan. Pada saat yang sama. sedikitnya informasi bagaimana rare sugars mampu berperan sebagai antikanker. dengan menggunakan enzim glucan lyase diperkenalkan oleh Prof.beberapa jenis limbah. Terakhir. Penemuan rare sugars sangat menarik perhatian para peneliti. Dxylose direduksi oleh enzim xylose reductase menjadi D-xylitol. virus Hepatitis B. M. terlihat seperti pada gambar 3. dengan mengkonsumsi NAD(P)H. menggunakan Raney nickel katalis. Alternatif penggunaan yeast sebagai bioreaktor sudah dilakukan secara intensif. misalnya pada produksi 1. reaksi secara enzimatik berantai diperkenalkan oleh Prof.

Protein ini berperan memperbesar pori-pori sel sehingga kesetimbangan osmosis dalam sel epitel terganggu. Keunggulan pestisida hayati yang dihasilkan dengan menggunakan Bt adalah dapat membunuh jenis serangga tertentu dan aman terhadap jenis organisme lain serta ramah lingkungan. Bakteri ini memperbanyak diri dengan menginfeksi insekta yang secara tidak sengaja memakan spora dan protein kristalnya. Bombyx mori (kupu-kupu penghasil serat sutra) dan Apis spp (lebah penghasil madu) adalah contoh serangga yang memiliki nilai ekonomi yang sejak ribuan tahun telah dibudidayakan manusia. divisio Schizhopyta. Tetapi tidak semua serangga menguntungkan manusia. oleh karena itu disebut entomofaga. Sebenarnya Bt juga membuat sejumlah besar faktor-faktor virulensi dalam bentuk protein maupun non-protein atau bentuk enzim yang dalam kondisi alami dianggap yang menjadi pemicu infeksi dengan cara melemahkan sistim pertahanan serangga tersebut. maka dimulai revolusi baru mengganti pestisida racun kimia dengan pestisida hayati yang sangat spesifik. Bila serangga memakan spora dan kristal ini maka enzim dan asam lambung dalam usus serangga akan melarutkan protein kristal yang sebenarnya masih merupakan protoksin menjadi protein toksik yang terlarut. Protein kristal disebut sebagai protein Cry atau d-endotoksin atau disebut juga ICP (Insecticidal Crystal Protein). Perbedaannya terletak pada karakter genetika yang didapatkan pada DNA ekstrakromosomal yang disebut plasmid. Buyat. BIOLOGI MOLEKULER DAN UPAYA BIOTEKNOLOGI UNTUK KETAHANAN PANGAN DAN KESEHATAN Penulis: Eddy Jusuf* S erangga adalah mahluk yang paling banyak jenis dan jumlahnya yang secara langsung atau tidak langsung berperan dalam kehidupan dan perekonomian umat manusia. Gambaran mikroskopik elektronik dari bakteri Bacillus thuringiensis dari bentuk sel vegetatif. Untuk lebih efektif membunuh satu individu serangga diperlukan cukup banyak kristal protoksin yang akan memperbesar jumlah sel eptitel usus yang lisis dan mempercepat kematiannya. Dampak lainnya adalah munculnya resistensi serangga hama terhadap racun yang sudah sering diberikan sehingga penggunaan insektisida menjadi sia-sia.5). pada pepohonan. pada pakan ternak. termasuk bakteri mesofil dengan kisaran suhu pertumbuhan 15-45oC (suhu optimum 2637oC) dan kisaran pH 5. kelas Eubacteriales.0 tergantung dari tipenya. Bt juga merupakan bakteri tanah yang memberikan reaksi pewarnaan Gram positif. Pada tahun 1990 formulasi bakteri ini berhasil menggantikan pestisida kimia sampai mencapai 20 milyar dolar AS di pasar dunia (Carlton. Secara biokimia dan genetika Bt sama dengan B.5 (pH optimum 6. Protein toksin anti serangga ini merupakan ciri khas dari Bt yang dapat membedakan (pada observasi dibawah mikroskop) dari bakteri Bacillus lainnya. sediaan kering komersial dan bentuk kristalnya 38 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . berbentuk batang dengan panjang 3-5 mikrometer dan lebar 1-1.5-8. Pada awalnya usaha ini membuahkan hasil yang gemilang dan dapat meningkatkan hasil pertanian serta mengurangi wabah penyakit. Sporanya berbentuk oval berwarna hijau kebiruan berukuran 1. Peranan bakteri sebagai pestisida hayati Bt merupakan bakteri patogen terhadap serangga. Antracis. cairan sekitar akan terserap ke dalam sel. bisa didapatkan dari habitat di alam seperti pada tanah. belalang sembah yang berperan sebagai pemangsa serangga hama dan hewan-hewan lain seperti cacing. bersifat fakultatif aerob. Apabila serangga telah mati maka bangkai serangga ini dapat menjadi media untuk perkembangbiakan bakteri.5-7. sel menggembung selanjutnya pecah dan akhirnya berakibat pada kematian serangga. dan lain-lain.0-1. masing-masing patogen terhadap manusia dengan penyakit pada sistem pencernaan dan penyakit antrak. sedang protein kristal berukuran 0. Formulasi komersil dari bakteri ini sebagai pestisida biasanya berupa biomasa kering atau cairan sangat kental yang berisi spora dan kristal protein yang diperoleh dari hasil fermentasi. Protein ini kemudian berikatan dengan protein reseptor pada pili sel epitel usus serangga (brush border membrane vesicle. Residu kimia beracun dari insektisida dapat membunuh serangga-serangga yang berguna bagi manusia seperti beberapa jenis-jenis capung. namun beberapa dekade belakangan ini dirasakan dampaknya dengan kerugian yang sangat besar. termasuk dalam keluarga Bacilliaceae. pada debu penyimpanan bijibijian serealia. dan pada serangga yang mati. 1990).KEANEKARAGAMAN BAKTERI Bacillus thuringiensis. disingkat BBMV) yang mirip seperti mekanisme hormon insulin pada sel manusia. et al. cereus dan B. Dengan telah ditemukannya satu jenis bakteri yang dapat mematikan satu jenis serangga tertentu oleh Ishiwata tahun 1901 di Jepang yang kemudian diberi nama Bacillus thuringiensis (selanjutnya disingkat Bt).6-2.3 mikrometer. sejak revolusi industri pada abad 18 telah diciptakan bahan kimia beracun yang disebut insektisida atau pestisida yang kini jenis dan mereknya sudah mencapai ribuan.2 mikrometer. bergerak aktif (motil) dengan flagella peritrich (diseluruh dinding sel). Untuk menanggulangi serangga yang merugikan. Secara laten. residu kimia tersebut terakumulasi baik dalam tanah maupun dalam jaringan tanaman dan hewan yang akhirnya dapat terkonsumsi oleh manusia dan menimbulkan akibat fatal seperti pada kasus Minamata. spora menetas membentuk sel vegetatif dan membelah diri sampai dengan Gambar 1.

Produk-produk komersial pestisida hayati berbahan aktif berbagai galur bakteri Bacillus thuringiensis dan serangga sasarannya.LIPI. Tetapi ada yang tidak memiliki serotipe yaitu serovar wuhanensis untuk Bt subsp. Homoptera. 3c adalah Bt. The Ohio State University USA adalah kurator dari koleksi Bt dan B. telah menyusun katalog (1999) yang berisi galur-galur Bt dari seluruh dunia yang telah diisolasi dan diidentifikasi. Kemudian diikuti oleh Amerika Serikat tahun 1957 dengan merek Thuricide menggunakan galur yang sama. Protein Cry ini banyak sekali tipenya tergantung dari galur-galur Bt dan masingmasing tipe memiliki target atau sasaran toksisitas serangga tertentu. Wuhanensis. kurstaki HD-1 pada tahun 1967. Tabel 1. beberapa diantaranya Bt. Apabila Bt tidak menghasilkan protein ini maka secara nomenklatur tidak disebut sebagai B. Mekanisme toksisitas protein Cry dalam membunuh serangga. subsp. Subsp. Zeigler dari Departement Biochemistry. dan seterusnya. thuringiensis HD2 yang dijadikan standar antisera untuk penentuan serotype. Cibinong. Sejak ditemukan galur Bt subsp. akan tetapi ada juga yang memiliki beberapa serangga sasaran. 1993). serotype 3a. Data dari buku katalog Zeigler disebutkan. Pengembangan produk komersial pestisida hayati berbahan aktif bakteri ini diawali di Perancis tahun 1938 dengan merek Sporine menggunakan galur Bt subsp. Galur-galur Bt subsp. jadi satu tipe protein toksik untuk satu jenis serangga tetapi tidak ada pengaruh atau malahan dapat menjadikan sumber nutrisi pada serangga lain. thuringiensis memiliki 9 galur. Mallophaga dan Acarina. beberapa jenis Diptera dan Coleoptera.R. kurstaki lebih dari 20 tahun digunakan dan diketahui telah mampu mengendalikan populasi lebih dari 100 jenis serangga hama. Misalnya serotype 1 adalah serovar thuringiensis untuk Bt subsp. Thuringiensis dan serotipe 2 adalah serovar finitimus untuk Bt subsp. Pestisida hayati dengan formulasi spora dan kristal Bt telah digunakan sejak tahun 1920 dan saat ini secara luas dipakai untuk menanggulangi lebih dari 160 jenis serangga hama terutama yang termasuk dalam ordo Lepidoptera. 3c adalah serovar alesti yang memiliki 3 galur diantaranya Bt subsp. kurstaki yang memiliki 22 galur dan satu yang terkenal dan umum dikomersilkan Gambar 2. Galur Bt. Tahun 1997 Bravo melaporkan bahwa beberapa galur baru dari Bt memperlihatkan toksisitas terhadap serangga dari ordo Hymenoptera. Bt subsp. thuringiensis lagi melainkan telah menjadi B. D. cereus. alesti HD4 (standar antisera seotipe ini). Galur-galur Bt dan potensi toksik pada serangga sasaran Dr. Kristal yang tertelan dilarutkan oleh cairan lambung dan melekat pada reseptor pili sel epitel usus serangga dan membentuk pori-pori sel yang menyebabkan ganguan kesetimbangan osmosis sehingga sel menggembung dan pecah. subsp. dari serotype 3a. Bakteri Bt diklasifikasikan dalam lebih dari 68 subspesies atau varietas dengan istilah serovar yang ditentukan berdasarkan perbedaan sifat antigen flagela-nya yang dapat membuat antisera terhadap serum darah kelinci. thuringiensis Berliner. Disamping itu jenis protein Cry yang diproduksi oleh tiap galur juga bervariasi dari 1 sampai 5 jenis protoksin. adalah galur HD1 dan masih banyak lagi serotipe maupun galur-galur yang telah diidentifikasi. Pada tahun 1980-an perdagangan pestisida hayati yang berbahan aktif galur HD-1 dengan berbagai merek mendominasi pasaran dunia hingga mencapai 60% dalam bidang pertanian dan 20% untuk kehutanan menggantikan pestisida kimia. Tiap-tiap subspecies ini dibedakan lagi berdasarkan sifat protein Cry. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 39 . cerus. 3b. kemudian membentuk spora dan kristal untuk infeksi ulang pada individu lain. israelensis yang spesifik untuk serangga dari ordo Diptera baru digunakan pada tahun 1980 untuk menanggulangi nyamuk vektor penyakit malaria dan demam berdarah dan lalat hitam yang mencapai 20% dari total perdagangan pestisida hayati di pasaran dunia (Frankenhuyzen. Eddy Jusuf adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . *Drs. Tiap-tiap galur Bt memiliki toksisitas yang spesifik dengan sasaran serangga yang spesifik.jumlah tertentu dimana kondisi nutrisi memungkinkan. penggunaan galur Berliner sudah mulai ditinggalkan karena galur baru ternyata lebih ampuh. Berikut ini dilampirkan tabel berbagai merek produk-produk komersial dari galur-galur Bt yang telah digunakan dan memenuhi pasar dunia. finitimus. toksisitas maupun karakter genetik lainnya dengan istilah strain (galur).

sehingga menghasilkan protein kimera (chimeric prtein). seperti umbi kentang.J dalam Transgenic Plants as Vaccines Production System pada jurnal Trends in Biotechnology tahun 1995. dapat merupakan suatu cara menghasilkan vaksin oral yang lebih baik. bakteri atau parasit disisipkan dalam vektor transformasi tanaman.P r o d u k s i ed i b l e va ccin e dengan Molekular Farming Oleh : Anky Zannati* P erkembangan teknologi Molecular Farming pada tanaman telah memunculkan konsep baru. Vaksin-vaksin baru ini termasuk protein dan peptida rekombinan. Yang pertama adalah mengintroduksi DNA asing pada vektor Agrobacterium. terutama untuk negara berkembang.S dan Arntzen C. Vaksin telah terbukti merupakan intervensi yang paling efektif dalam menurunkan angka kematian dan kesakitan. Strategi kedua adalah menggunakan virus sebagai vektor. Namun sebelumnya tentu saja harus dilakukan uji imunogenitasnya. Virus tanaman yang biasanya digunakan diantaranya adalah tobacco mosaic virus (TMV). antigen yang terdiri dari satu atau beberapa epitop disisipkan pada genom virus. tanaman edible vaccine yang mengekspresikan antigen dalam jaringan tanaman yang dapat dimakan. Dengan adanya gelombang baru dari perkembangan vaksin. Pada edible vaccine. murah. seperti edible vaccine diharapkan dapat melengkapi bahkan memperbaiki kekurangan yang ada pada vaksin-vaksin terdahulu. Dalam dekade terakhir. dimana seluruh gen yang mengkode antigen (target antigen) yang berasal dari organisme patogen seperti virus. Dalam penggunaan vaksin. baik dari yang ekstrak maupun yang dimakan langsung. murah dan praktis. kemanjuran dan keamanan dalam sistem pengirimannya. Tantangan selanjutnya yang harus dihadapi adalah membuktikan bahwa edible vaccine benarbenar dapat menjadi vaksin yang aman. dapat dimakan langsung. yaitu sebagai penghasil vaksin. Konsep ini didukung oleh kemampuan tanaman dalam menghasilkan protein yang beragam. selanjutnya uji imunogenitas. selain alasan epidemiologi penyakit. telah mendorong munculnya perkembangan vaksin baru. suatu saat manusia bisa imunisasi dengan makan pisang” 40 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .vaksin juga harus efektif dan relatif aman digunakan. Partikel-partikel virus yang mengekspresikan epitope asing lalu dimurnikan. Dengan mengkombinasikan keefektifan biaya sistem produksi. perkembangan teknologi rekombinasi DNA dibarengi dengan perkembangan pengetahuan mengenai mekanisme patogenesis dan respon imun. Banyak vaksin rekombinan yang telah memasuki tahap clinical trial. efektif dan praktis. karena pisang diproduksi hampir di seluruh negara berkembang.menyebutkan terdapat dua strategi yang dipelajari dalam ekspresi transgen dalam menghasilkan calon vaksin pada tanaman. diharapkan manusia dapat memakan langsung protein dari bagian tanaman tanpa dimasak. vaksin-vaksin yang lebih efektif akan tersedia. dan dorongan untuk memproduksi vaksin yang aman. Dengan vaksin telah dibuktikan banyak mengurangi angka kematian. “Dengan edible vaccine. diharapkan dalam 5 hingga 10 tahun mendatang. Replikasi virus dan penyebarannya secara sistemik memungkinkan terjadinya transient expression dari CP khimera pada semua jaringan tanaman. penurunan angka penyakit infeksi. karena itulah disebut edible vaccine atau vaksin siap makan. Pada pisang kini sedang dikembangkan untuk vaksin hepatitis B dan vaksin HPV (human pappiloma virus) yang kini telah masuk tahap evaluasi klinik. Pisang adalah salah satu tanaman yang menjadi target dalam banyak penelitian. baik oleh anak-anak maupun dewasa. Mason H. Epitop umumnya disisipkan pada bagian coat protein (CP) dari virus vektor. Vaksin ini dapat digunakan dengan diekstraksi terlebih dahulu atau juga dapat dimakan langsung. Dengan cara yang sama. Dengan mulai berkembangnya riset edible vaccine.

Partikel imunogenik. secara oral Intact Glikoprotein diberikan Tabel. Imunogenik. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. diberikan melalui suntik ataupun oral Imunogenic. diberikan melalui suntik Imunogenik. diberikan secara oral.Target Penyakit Enterotoxigenic E. Strategi menghasilkan calon antigen vaksin pada jaringan tanaman. diberikan melalui suntik Protein intact. Imunogenik dan protektif. S. diberikan melalui suntik Proektif. imunogenic. Tanaman Kentang Tanaman tembakau Pemberian makan pada binatang percobaan Ekstraksi antigen asing Isolasi partikel virus * Anky Zannati. diberikan secara oral. Coli Vibrio cholerae (kolera) Hepatitis B Hepatitis B Target vaksin Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Kelinci Hewan ternak Hewan ternak Babi Babi Babi Ekspresi pada tanaman Tembakau Kentang Jagung Kentang Tembakau Kentang Lupin Lettuce Tembakau Kentang Tomat Tembakau Kentang Arabidobsis Alfalfa Arabidobsis Tembakau Jagung Kapasitas vaksin Imunogenik. Cibinong. diberikan secara oral. diberikan secara oral Antigen dari organisme Virus tanaman Fragmen DNA Penyatuan epitope untuk menghasilkan gen khimera bagi CP virus Gen Struktur Vektor transformasi tanaman Transformasi genetik dengan perantara Agrobacterium dan regenerasi tanaman transgenik Penyatuan gen Infeksi tanaman oleh virus yang dimodifikasi Transient expression dari antigen asing Gambar. Penelitian mengenai imunogenitas Sumber : Trends in Biotechnology (1995). Imunogenik. 13 (9) BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 41 . diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. bekerja di Pusat Penelitian Bioteknologi . Coli Enterotoxigenic E. Coli Enterotoxigenic E. diberikan secara oral. diberikan secara oral.Si . diberikan secara oral Ekstrak protein imunogenik. Protein yang diekspresikan oleh tanaman transgenik untuk vaksin pada manusia dan hewan Hepatitis B Hepatitis B Infeksi Virus Norwalk Infeksi Virus Norwalk Rabies Human cytomegalovirus Rabbit hemorrhagic disease virus Penyakit kuku dan mulut Penyakit kuku dan mulut Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Imunological related Protein Imunogenik dan protektif. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif.LIPI. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. Imunogenik.