Dari Redaksi >>

Biodiversity dan manfaatnya
MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI
Biodiversity, apa itu? Menurut Convention on Biological Diversity (1998), biodiversity (keanekaragaman hayati) adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan, hewan, mikroorganisme, dan ekosistim dimana organisme ini hidup. Karenanya, biodiversity adalah sumber daya alam yang penting bagi manusia dan ekosistem. Biodiversity ini merupakan aset besar dalam pengembangan Bioteknologi, sehingga semestinya negara yang kaya dengan biodiversity dapat memetik hasil dari kekayaan tersebut. Indonesia konon adalah negara biodiversity terbesar kedua di dunia (megadiversity), setelah Brasil. Seharusnya kita bisa menikmati hasil dari kekayaan tersebut. Tapi kenyataannya belum, bahkan kita jauh tertinggal dalam bidang Bioteknologi termasuk pemanfaatan biodiversity. Oleh karena itu, perlu kesadaran dan perhatian kita bersama terhadap kekayaan yang kita miliki dan juga terhadap pengetahuan dan teknologi untuk memanfaatkan biodiversity tersebut untuk kepentingan bangsa dan rakyat Indonesia. Biotrends edisi ini akan menfokuskan pada biodiversity, khususnya tentang berbagai jenis biodiversity dan peluang pemanfaatan biodiveristy tersebut. Diantara topik yang hadir adalah tentang keanekaragaman mikroba endofit yang dapat dijadikan sebagai sumber molekul yang bermanfaat untuk farmasetikal. Begitu juga keanekaragaman bakteri Bacillus thuringtensis yang bisa dimanfaatkan untuk ketahanan pangan dan kesehatan. Juga hadir topik tentang peluang biodiversity, khususnya tanaman untuk penemuan obat penyakit infeksi virus, yang menjadi topik hangat saat ini. Indonesia adalah negara kepulauan dan sekitar 70% diantaranya adalah laut. Karena itu, selain di darat kita juga harus memperhatikan laut, yang diperkirakan juga mengandung biodiversity yang luar biasa. Ini juga tentunya merupakan aset besar yang berpeluang untuk dimanfaatkan. Dalam konteks ini, kami juga menghadirkan artikel tentang “Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia”. Selain itu, yang tidak kalah menarik adalah topik diversity di tingkat mikro; seperti diversity di tingkat protein, gen, dan molekul. Analisa diversity tersebut bahkan tidak terbatas pada organisme yang bisa dikulturkan, tetapi juga pada organisme (khususnya mikroorganisme) yang tidak bisa dikulturkan. Bagaimana caranya? Artikel yang bertajuk “Metagnomik: lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru”. Dengan cara itu bisa dilihat bahwa sesungguhnya di tingkat mikro ditemukan variasi yang sangat beragam. Keanekaragam ini tentunya memiliki fungsi yang beragam pula. Tugas kita adalah menemukan fungsi dari masing-masing protein, gen, atau molekul tersebut. Caranya bisa anda temukan pada artikel-artikel dalam edisi ini, diantaranya adalah “Functional Genomics, untuk mempelajari fungsi gen dalam skala global”. Bahkan keanekaragaman molekul itu bisa diperkaya lagi. Gunanya adalah untuk meningkatkan peluang penemuan obat. Bagaimana caranya? Jawabannya bisa anda temukan pada artikel “Combinational Chemistry, pengayaan molekul diversity untuk penemuan obat”. Namun, perlu kita sadari bahwa agar bisa memberikan manfaat secara terus-menerus, kita tidak boleh mengeksploitasi biodiveristy, tetapi yang lebih penting adalah bagaimana mengolah, memanfaatkan, dan melestarikannya. Apa yang harus kita lakukan untuk itu? Simaklah perbincangan kami dengan Prof. Dr. Endang Sukara, Deputi LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (LIPI). Di sana anda juga bisa melihat upaya yang telah dilakukan LIPI untuk mengolah, memanfaatkan dan melestarikan biodiversity yang kita miliki. Selamat membaca!

Penanggung Jawab: M. Ahkam Subroto Pimpinan Redaksi: Andi Utama Anggota Redaksi: Adi Santoso Bambang Sunarko InesAtmosukarto Wien Kusharyoto Satya Nugroho Sigit Purwantomo Syahrudin Said Sekretariat: Siti Elly Faisholyah Ludya Arica Bakti Yulnawati Wulansih D. Astuti Seksi Promosi dan Marketing: Tutang Yatri Hapsari Betalini Widhi Hapsari Iklan: Sogir Hayat Raharja Fotografer: S. Jitno Rijadi Noor Rachman Design grafis: Wien Kusharyoto Uus Faizal Firdaussy Ahmad Saefudin S Ario Tutuko

BioTrends Majalah Populer Bioteknologi Diterbitkan oleh Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Jalan Raya Bogor Km. 46, Cibinong 16911 Telepon (021) 875 1527, 8754587 Faks (021) 8754588

Hak Cipta dilindungi oleh undang-undang. Dilarang memproduksi seluruh atau sebagian foto, teks, atau ilustrasi isi majalah dalam bentuk apapun tanpa izin tertulis terlebih dahulu kepada penerbit.

Redaksi

2

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

Metagenomik
Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru

/Hal 16
MIKROBA ENDOFIT:
SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI

/Hal 13
Secangkir TEH
Dari Redaksi Biodiversity dan Manfaatnya /Hal 2 Surat Pembaca Komentar dari para pembaca, tentang BioTrends /Hal 5 Program freeware DNA analysis ClustalW, BioEdit, dan CLC Free Workbench /Hal 23 Biokatalis Biokatalis, Enzim dan Biotransformasi /Hal 27

DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI

/Hal 06
Profil Pemanfaatan Biodiversity

Prof. Dr. Endang Sukara
“We are within biodiversity, but we do not know what is the real value of biodiversity”

/Hal 08
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

3

Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

“Functional Genomics ”
un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i gen da l a m sk a l a gl o b a l

/Hal 19
COMBINATORIAL CHEMISTRY: Melirik prospek Bioteknologi kelautan Indonesia /Hal 33 Keanekaragaman bakteri Bacillus thuringiensis, biologi molekuler dan upaya Bioteknologi untuk ketahanan dan kesehatan /Hal 38 Produksi edible vaksin dengan molekular farming /Hal 40 PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT

/Hal 25

Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus

/Hal 30

Rare sugars, karunia yang belum tereksplorasi

/Hal 35

4

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

kami meralat sebagai berikut: Hal 9 9 10 10 Baris 27 58 9 14 Kolom 1 2 1 1 Tertulis (SD jaman Belanda) Prof. Kalau bisa. mulai edisi ini kami juga akan mendistribusikannya ke toko . Bandung penyajiannya lebih mudah dimengerti. Hari Susanto. Isinya Terlalu Berat Salam kenal. untuk edisi perdana kami baru mendistribusikan ke institusiinstitusi pemerintah. sumbangsih dan permintaan anda: disinilah forum tempat anda memberikan opini mengenai apa yang benar dan salah mengenai hal-hal yang kami angkat di majalah ini dan sebagai sarana agar kami tahu apa yang ingin anda baca. Agung A. terutama bidang Bioteknologi. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 5 . Peter Clezy Petroporphyrin Kirim Pertanyaan dan Komentar Anda Kirimkan opini. Saya menyambut hangat terbitnya Biotrends.surat PEMBACA Koreksi. nama saya Agung Firmansyah. Mohon maaf . opini.com. Distribusi Biotrends Sebelumya.Saya ucapkan selamat atas terbitnya edisi perdana dari Majalah Biotrend. Samhoedi Prof.id atau Biotrends@yahoo.) Prof. namun majalah ini agak sulit diperoleh. Peter Klessy Peterporphyrin Seharusnya (SD pada dekade 40-60-an. Mungkin ada benarnya edisi sebelumnya memuat artikel yang agak sulit dipahami terutama bagi orang yang tidak berkecimpung di dunia Bioteknologi. materi dan Menanggapi surat dari sekretaris Kepala LIPI terhadap BioTrends edisi sebelumnya tentang salah penulisan pada kolom profil.go. Bioterends sebelumnya baru saya dapatkan setelah memesan pada teman yang kuliah di Bogor. Tetapi mengingat tujuan penerbitan majalah ini adalah untuk mempopulerkan ilmu pengetahuan di bidang Bioteknologi untuk berbagai lapisan masyarakat. kami akan terus berupaya untuk meningkatkan kualitas majalah ini untuk mencapai tujuan tersebut. Menurut saya cover . tanggapan. Namun.toko buku di berbagai kota. Menurut saya isinya cukup baik.Bogor Redaksi: Terima kasih atas saran dan masukannya. IPB . Sambudi Prof. isi dan disain sudah cukup baik. Saya termasuk orang yang sangat menyenangi dunia ilmu pengetahuan. tapi sepertinya terlalu berat dan sulit dicerna. Redaksi: Terima kasih atas tanggapannya. pertanyaan dan artikel anda ke BioTrends@lipi.

konon ketika Tuhan bermurah hati memberikan pilihan kepada orang.5 abad.lainsigna. Kajian lebih lanjut yang dilakukan oleh ilmuwan lain sesudahnya semakin mengukuhkan pernyataan Vavilov. kegiatan pikir memikir menjadi masalah. Ini mungkin juga terkait dengan pasokan energi yang tidak/kurang memadai. logikanya kita akan menemukan sosok-sosok manusia Indonesia yang rajin. Dengan semua kekayaan itu konon Indonesia pernah berjaya di masa silam. Dan konon sejak itu pula pisang berlimpah di negara itu sehingga dijadikan makanan pokok penduduk setempat. ternyata kini sudah benar-benar melayu. mungkin bisa membantu menguak kabut hitam kelam yang menyelimuti bangsa kita. kau lihat di tangan kananku ada pisang dan di tangan kiriku ada otak.secangkir TEH DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI Penulis: Made Sri Prana* K etika Nikolai Ivanovich Vavilov. telah membuat bangsa ini menjadi manja . dan energik. Bahkan ada kesan bahwa dinamika dan mobilitas penduduk di daerah-daerah seperti itu justru (maaf beribu maaf) rendah. (www. yang sulit dicari tandingannya di dunia. Argumentasi lain adalah karena alam Indonesia terlampau ramah dan pemurah. harganya murah). barangkali menurut versi orang Inggeris yang pernah menjajahnya.org) 6 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . yang berkarang. Meskipun pada kenyataannya pusat keanekaragaman suatu jenis tanaman tertentu tidak harus selalu identik dengan pusat asal usul dari tanaman yang bersangkutan. maka di belahan Nusantara yang alamnya tidak dapat dipandang ramah dan pemurah. dan melesat meninggalkan Indonesia sambil membawa segelintir saudara serumpunnya. Pilihlah salah satu yang kamu mau. sebagai bagian dari kawasan Asia Tenggara. yang konon merupakan jembatan emas menuju masyarakat yang adil dan makmur. Namun kekayaan itu pulalah yang telah mengantar bangsa ini ke neraka penjajahan. Apa gerangan yang salah dengan negeri ini? Sebuah anecdote tentang orang Uganda. tongkat pun ditancap tumbuh jadi tanaman kata Koes Bersaudara. pisang atau otak”.menyimpulkan hasil kajiannya tentang asal usul tanaman budidaya setelah perjalanan panjang melanglang buana. murah kang sarwi tinuku (segala yang dibeli. tak pelak lagi Asia Tenggara ditetapkannya sebagai salah satu dari 8 pusat asal usul tanaman budidaya dunia. Banyak alasan (excuses) yang dijadikan kambing hitam sebagai penyebab keterpurukan bangsa ini. rakyat Nusantara tetap saja hidup bersahaja untuk tidak dikatakan melarat. Suatu ungkapan versi lain untuk tidak menyebut malas. Andaikan pernyataan itu benar. jelas merupakan bagian terpenting dari pusat itu. kecuali apel. Kriteria utama penetapan pusat-pusat itu adalah adanya keanekaragaman tanaman budidaya yang tinggi di masing-masing pusat tersebut. Menurut yang empunya cerita. subur kang sarwi tinandur (segala yang ditanam tumbuh subur). Indonesia diibaratkan sebagai “The Garden of Eden” karena keanekaragaman buahbuahannya. akan tetapi terlalu naïf rasanya untuk melimpahkan semua kesalahan hanya kepada si penjajah. Indonesia. Maka tanpa berpikir panjang. secara spontan mereka pun memilih pisang”. ulet. tandus dan gersang. Anecdote itu sungguh sangat menyakitkan. Katakanlah di jaman Majapahit atau Sriwijaya. Malaysia yang dimotori etnis yang sama. istilah Jawa yang berarti lari. terkesan sederhana namun mengandung makna yang sangat dalam. Setelah kemerdekaan tercapai. ilmuwan terkemuka Rusia. Sementara itu asumsi faktor etnis yang menjadi penyebab keterpurukan Indonesia. Salah satunya adalah dampak dari penjajahan yang berlangsung lebih dari 3. Maklum makanan juga serba sulit. Nyatanya juga tidak demikian. Sejujurnya penjajahan era kini meskipun sifatnya halus dan tidak kasat mata mungkin jauh lebih dahsyat dampaknya daripada penjajahan fisik yang menimbulkan trauma. yaitu Melayu. Bahkan oleh salah satu tokoh keanekaragaman hayati. melalui pembangunan tentunya. Argumentasi itu mungkin ada benarnya. meskipun sekedar sebagai pembantu. sepertinya kini sudah tidak relevant lagi. Konsekuensinya tentu mudah ditebak. Istilah orisinilnya the IndoMalayan Centre. terutama Gambar: Nikolai Ivanovich Vavilov. Tuhan berseru “ Hai kamu bangsa Uganda.

Jalan Agatis Kampus Darmaga IPB. Perbedaanperbedaan yang lain. dan dinamika para pelaksananya. Gadjah Mada University. tidak perlu dimunafikan sepanjang sifatnya saling menguntungkan (mutual benefit). BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 7 . jadwal road show. Cibinong.LIPI. bisa dilihat dan didownload dari website aps (www. Itulah antara lain secuil cuplikan wejangan dari berbagai upaya serius dan sistematis untuk menggalang persatuan di lingkungan LIPI yang pernah dilakukan oleh Prof. garam di laut asam di gunung bertemu dalam jambangan. 13-18 November 2006: Asian Symposium on Medical Plants. bangsa dan bahkan umat manusia (human being) sudah menjadi rahasia umum. dan kita kitakan kami.net. Persamaan adalah sebuah berkah yang menjadi perekat. FKH. Dengan bekal itu. Akibatnya integritas tim (team work) tidak solid atau bahkan berantakan. Spices and Other Natural Products (ASOMPS) XII. Fakultas Kedokteran Hewan IPB. salah seorang mantan Ketua LIPI yang disegani pada masanya. sebab belakangan diketahui pula pentingnya kecerdasan emosional (EQ).com. Rectorate Building 2nd floor. *Dr. M. Kerjasama dengan pihak luar dalam hal ini. Tel. Telp. Padang 25163. Jadilah sayur asem yang nikmat dan menyegarkan. 0251626368. http:// www. atau kirimkan e-mail ke info@apsprogram. Tubagus Bachtiar Rifai. IPB. Yogyakarta. orang Afrika dan bahkan kita semua. Made S. Semua itu toh juga karunia Tuhan yang harus disyukuri. Di sini persamaan dan perbedaan sama pentingnya. Kontak: Dra.+62-751-72645/71085.php 3.R. Kontak: Prof. Semua pasti menganggap bahwa SDM itu penting. Ir. tentang betapa pentingnya otak dalam menjalani hidup dan kehidupan ini. herdis_bppt@plasa.apsprogram. Masala pun akhirnya kerap timbul karenanya. tak peduli apapun bentuknya. Tetapi bioteknologi juga memiliki karakteristik synergisme dan pendekatan multidisiplin sebagai salah satu prasyarat.or.id atau d.net. Dr. 0251-629474.id). APS akan mengadakan road show di kota-kota besar di seluruh Indonesia di bulan Mei-Juni 2006.Si. APU adalah staf peneliti utama di Pusat Penelitian Bioteknologi . Bagian Reproduksi dan Kebidanan. Akan tetapi bila diambil hikmahnya. persaudaraan. He/she is one of us!!!” akan terdengar sungguh sangat nyaring di telinga dan mengharukan di hati.ugm. Formulir pendaftaran dan informasi lebih lanjut mengenai persyaratan beasiswa APS. Animal Production and Sustainable Agriculture in The Tropics . Keanekaragaman genetik Indonesia yang berlimpah itu menunggu kreativitas tangan-tangan trampil untuk meramunya menjadi produk-produk unggulan guna menunjang pengembangan berbagai sektor pembangunan agar sebagai bangsa kita tidak dipandang bak tikus jatuh ke lumbung mati kelaparan.id. Pentingnya otak atau SDM dalam meniti kehidupan dan kelangsungan hidup (sustainability) sebagai individu. 8 April 2006: Seminar Sehari: Peranan Bioteknologi Reproduksi dalam Pembangunan Peternakan di Indonesia. dan persatuan itu adalah rohnya organisasi. Kebersamaan. Tema itu relevant tidak hanya untuk tahun ini melainkan berlaku sepanjang masa dan buat siapa atau organisasi apa saja. penasehat yang arif dan bijaksana. kelompok. Tepat sekali slogan “Bersatu meningkatkan mutu” diangkat sebagai tema filosofis dan spiritual oleh Puslit Bioteknologi LIPI. E-mail: Iis_arifiantini@telkom. sementara teknologi atau pengetahuan tentang teknik membuka terus peluang untuk berinovasi sesuai tuntutan dan perkembangan jaman. Dengan semangat kebersamaan dan persaudaraan itu kita kamikan saya. Dan kalau pada suatu saat nanti di antara kita kebetulan ada yang meraih prestasi luar biasa maka pernyataan “ I am proud of him/her. Otak atau tentu saja tidak harus diterjemahkan sebagai kecerdasan inteletual (IQ) semata. E-mail: asompsxii@unand. Research Institute. sebenarnya humor itu telah menyadarkan orang Uganda. kalaupun ada. Iis Arifiantini. formulir.ac. Fax.ac.arbain@telkom. guna meningkatkan kesejahteraan bangsa dan negara sekaligus mewujudkan konsep pemanfaatan sumberdaya hayati secara lestari. Kesalahan serupa (salah pilih) konon juga mengantarkan Kurawa ke jurang kehancuran kalah perang di Kuru Setra melawan Pandawa . Fax. sementara perbedaan adalah anugerah yang berfungsi sebagai pengikat. Prana. takdir69@yahoo. Ini tentu sangat berbeda dengan ucapan “ Why him/her? Why not me?” yang lebih kerap terdengar dalam kehidupan sehari-hari. Mereka bisa menikmati (bersama kita) benefit dari kekayaan sumberdaya genetik Indonesia. Dayar Arbain.+62-751-72645. Kita perlu menguasai teknologi dan bukan sekedar teknik agar mampu terus berkreasi.id/asompsxii BEASISWA AUSTRALIAN PARTNERSHIP SCHOLARSHIPS (APS) Studi Pasca Sarjana di Australia Pendaftaran APS akan dibuka tgl 8 Mei 2006. SEMINAR 1. Kontak: www. Pasalnya mereka lebih memilih mendapatkan bantuan bala tentara dan alat perang yang kuat daripada merangkul Sri Krishna.id/index. akan tetapi sikap dan komitmen dalam merealisasikannyalah yang tampak sangat berbeda-beda. sedangkan kita bisa menimba pengetahuan (knowledge) dan bukan sekedar ketrampilan (skill) dari mereka.isap4. The University of Andalas. yaitu tim peneliti. integritas. Auditorium of Faculty of Animal Science.or. Teknik pada saatnya akan daluarsa. sesuai situasi dan kondisi. jangan hendaknya dipertentangkan. Bioteknologi menawarkan banyak peluang dan terobosan untuk bisa memanfaatkan khasanah/kekayaan sumber daya hayati untuk kesejahteraan bangsa.INFO bagi orang Uganda (juga kita yang simpati). 8-9 November 2006: International Seminar on Tropical Animal Production (ISTAP-4). Dr.unand. semoga saja bioteknologi mampu memberikan kontribusi maksimal kepada pembangunan nasional sebagaimana yang selama ini diharapkan. atau telepon kantor APS (021) 527 7648. baik untuk jajaran pemimpin maupun yang dipimpin. Para anggota tim harus memiliki persamaan visi namun berbeda dalam kepakaran sesuai misi yang diemban. Banyak di antara kita yang hanya siap memimpin dan tidak terlalu siap untuk dipimpin. Artinya wajib adanya ciri profesionalisme.ac. mentok di ujung. terutama dengan negara-negara maju.com 2. Ibarat masakan.

Saat memasuki usia sekolah. anak-anak di Ciawi waktu itu. (IPH). Usai sarapan. anak-anak kampung lainnya. saya kemudian ke Ciawi mulai sekolah di Sekolah Rakyat No. Saya mencoba mengadu nasib dengan ikut tes di Universitas Padjadjaran (Unpad). Sebelum masuk sekolah. sambil menikmati hangatnya tungku. Akhirnya Terkadang juga ikut membakar “opak”. sekecil apapun sumbangannya. Saya juga sering kali ikut menjajakan makananmakanan kecil ini di kampung termasuk ke pusat-pusat keramaian seperti terminal bus dan stasiun kereta api. country. Dr. hayati). seusai sekolah. bahwa setiap hari. Itulah suasana sekitar 45 tahun yang lalu. Sebenarnya saya ingin jadi dokter. Kolam di sekitar kampung nyaris tinggal kenangan. Endang Sukara “We are within biodiversity. Saya lahir 52 tahun yang lalu di satu kampung di kabupaten Tasikmalaya yang terletak di kaki Gunung Galunggung. tutur Endang. pak Basyuni Suriamihardja. Pak Basyuni menyarankan untuk mendaftarkan diri ke Fakultas Biologi Universitas Nasional. udara yang bersih. pasti biaya masuknya mahal. namun kekayaan ini belum Kegiatan lain yang rutin saya lakukan bisa dimanfaatkan untuk kejayaan adalah pergi ke Madrasah. Ayah dan Ibu saya adalah pedagang kecil di Kecamatan Ciawi . dan waktu itu kebanyakan orang ingin jadi dokter. Ketiga di Jakarta ada adik kandung ayah yang sudah lama menetap. Terasa begitu asri. Kalaupun dipaksakan. Tapi saya juga menyadari banyak keterbatasan termasuk tentunya keterbatasan 8 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Dan itulah keseharian kebanyakan kita miliki tentang biodiversity ini. Sekarang suasananya sangat berbeda. LIPI (Lembaga Ilmu Endang adalah anak kedua dari 8 Pengetahuan Indonesia) khususnya bersaudara. Bisakah Bapak bercerita sedikit tentang masa kecil Bapak? Saya nggak tahu harus bercerita dari mana. Terasa pengap. Saya masih ingat. dodol. Ketua Umum Perhimpunan Guru Seluruh Indonesia) yang memberikan bimbingan untuk kelanjutan pendidikan saya. yang bisa ditumpangi. Hal ini terus berlangsung sampai menjelang saya masuk SMA. Di sini Endang juga dikenalkan dengan pak Gazali Dunia (kolega pak Basyuni). but we do not know what is the real value of biodiversity” Indonesia adalah negara yang kaya dari keuntungan hasil berjualan untuk dengan biodiversity (keanekaragaman ditabung atau untuk keperluan sekolah. We are within the biodiversity. beraneka ragam jenis ikan dan udang serta kerang sangat mudah di dapat. yang berjarak sekitar 25 km dari tempat ayah dan ibu menetap dan berusaha. Di masa kecilnya tidak kedeputian ilmu pengetahuan hayati pernah membayangkan akan ke Jakarta. paling tidak untuk sementara. Endang diantar ke Jakarta oleh pamanda Wasita Kontara (mang guru) dan dipertemukan dengan Pak Basyuni. Endang membayangkan suasana yang nyaman. Lalu kenapa Bapak tibatiba ingin ke Jakarta? Cita-cita kan boleh tinggi. saya tidak berhasil mendapatkan panggilan pertama. Sungguh sangat mengasyikan karena dengan cara ini saya juga mendapatkan uang dana. semua dipenuhi oleh rumah-rumah. dan kepentingan umat manusia. di Jakarta ada famili (famili suami adiknya ayah.Profile: Prof. biasanya ikut dengan kakek ke sawah. Dengan modal Rp. “Tidak heran kalau orang bilang Indonesia adalah serpihan dari syurga”.000 Endang hijrah ke Jakarta dan disinilah Endang mulai meniti karirnya. Deputi Kepala we do not know what is the real value of LIPI Bidang IPH yang juga salah biodiveristy for the prosperity of this seorang pakar biodiversity kita. Bagaimana LIPI melakukannya. Dr. Ada tiga pertimbangan. tenteng kacang dan lain sebagainya untuk dijual di pasar Ciawi. saya dirawat oleh kakek dan nenek di kampung kelahiran saya di Indihiang Tasikmalaya. berikut wawancara redaksi Biotrend dengan Prof. Sewaktu tinggal bersama kakek dan terus berupaya melakukan terobosannenek. 30. Karena itu saya memutuskan untuk nggak jadi masuk Unpad dan memutuskan untuk mencoba mencari peluang melanjutkan pendidikan di Jakarta. sungai yang sangat jernih. Kedua. but Endang Sukara.Kabupaten Tasikmalaya. Setiap subuh memahami. Indonesia. wajik. shalat subuh biodiversity tersebut untuk berjamaah di masjid (surau). makanan kecil seperti kerupuk yang dibuat dari beras ketan. 7 tahun. lebih kemudian menemani nenek di dapur khusus lagi bangsa Indonesia. dan memanfaatkan dibangunkan kakek. Kolam dijumpai di mana-mana. Nasib belum beruntung. Kegiatan ini bangsa karena banyaknya dilakukan saat menjelang magrib sampai keterbatasan ilmu pengetahuan yang isya. Endang tidak ubahnya seperti terobosan untuk melindungi. saya langsung ke dapur membantu orang tua membuat berbagai jenis makanan kecil mulai dari permen. 4 Ciawi. Sungai kering penuh lumpur bersampah dan airnya sangat kotor. Pertama di Jakarta mungkin lebih banyak pilihan. Namun dengan segala keterbatasannya.

Selama di Tanjung Puting. Saya masih diberi kesempatan. Agar tidak tersesat. Saya menjadi ketua selama 2 tahun dan selama kepengurusan saya banyak yang dilakukan. Saya juga senang sekali karena ada senior yang bisa bahasa Sunda. Saya mendaftar dan ikut tes di Bogor. Pada waktu itu Birute Galdikas Brendamour dari UCLA menginginkan counter part mahasiswa dari UNAS yang ikut bersamanya ke lapangan. dan juga bagaimana mereka membuat sarang diikuti dan dicermati dengan teropong dan dicatat. Kalimantan Tengah. apa kegiatan Bapak sewaktu di UNAS? Macam-macam. Saya masih ingat. sampel-sampel yang dimakan berupa bauh atau daun kemudian dikumpulkan dan dipelajari di Herbarium Bogorensis. Selama di UNAS saya juga banyak belajar dari Pak Jatna Supriatna (sekarang direktur Conservation International di Indonesia). mengintroduksi bagaimana melakukan penelitian ekologi. Ini juga berguna untuk mapping ruang gerak orang utan tersebut. di bawah bimbingan Ibu Setijati (pada waktu itu Direktur LBN-LIPI) dan Prof. Kebetulan uang masuknya Rp. kita pulang. Akhirnya pada tahun 1979 saya dapat menyelesaikan kuliah. gibbon. Judul penelitian saya adalah tentang diosgenin dalam tumbuhan Costus. Dari UNAS selain saya juga ikut Pak Sugardjito. “UNAS di bawah kepemimpinan Prof. Melalui grup pencinta alam. waktu saya masih menjadi mahasiswa tingkat 2 di UNAS. Pak Sugardjito (sekarang Direktur Program Fauna and Flora International di Indonesia) dan Pak Barita Oloan Manullang. Saya juga ikut membesarkan Biological Sciences Club di sana. konservasi. Pak Gardjito meneliti “gibbon”. saya bilang kalau saya masih ingin menyelesaikan studi saya di UNAS. Kami pada waktu itu mempunyai hubungan dengan Univeristy of California LA (UCLA). seperti apa yang dimakan oleh “maroon red leaf eating monkey”. Saya sendiri tidak terlalu menyadari kalau itu semua kelihatannya sebagian dari hobi. Untung di UNAS saya ketemu dengan teman se-SMA. Kita juga mengadakan kerjasama dengan Kuartir Nasional Pramuka. Dulu senang senang mengerjakan macam-macam kegiatan khususnya yang berhubungan dengan masalah lingkungan. dan juga masalah sosial. Bahasa Jakarta sangat berbeda dengan bahasa Indonesia. seminggu sekali pergi ke kampus UNAS. Pusat Penelitian Botani LBNLIPI. setiap arah gerakan diukur dan arah diperiksa dengan kompas sehingga kita tahu posisi saat itu. Karena itu dan juga atas undangan Pak Susono (pada waktu itu pimpinan Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI). akhirnya saya memutuskan untuk bergabung dengan laboratorium mikrobiologi Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI. Jadi Bapak sudah sejak lama punya perhatian terhadap lingkungan hidup? Oh iya. mulai dari keluar sarang sampai masuk sarang lagi. saya juga melakukan penelitian di tempat saya bekerja. kita mengajak siswasiswi SMA ke lapangan. saya mengumpulkan banyak data. Pagi pagi buta saya dan pak Gardjito menemani Brendamour berangkat ke hutan. Pada waktu itu pengaruh kedaerahan sangat kuat. Saya kemudian dibimbing oleh bapak Soetarjo BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 9 . 30. Disitulah saya kenal dengan LIPI. kami bekerja lagi. Bagaimana di bidang riset sendiri? Di bidang riset. Kelompok 10 ini menjadi bidan pendirian lembaga swadaya masyarakat (LSM) yang dikenal dengan Wahana Lingkungan Hidup (Walhi). Kita membuat program yang namanya “Wisata Kasat Bumi”. Lalu bagaimana Bapak bisa ke LIPI? Dari kegiatan di lapangan. mendiskusikan hasil penelitian dan mengolah data. Saya pernah juga menyelenggarakan pameran tungku hemat energi di kampus UNAS dan senang sekali karena juga dikunjungi Pangeran Bernard dari Belanda. Sebenarnya sederhana sekali. saya melihat pengumuman bahwa Lembaga Biologi Nasional (LBN – LIPI) menerima pegawai baru. Saya banyak belajar dari Pak Eddy tentang kehidupan di Jakarta. Selain itu kita juga sangat aktif kerja sama dengan berbagai pihak termasuk Mapala UI. Disamping melakukan penelitian. Segala tingkah laku orang utan. Tapi kenapa Bapak kemudian mendalami bidang mikrobiologi di LIPI? Saya nggak begitu senang dengan penelitian lapangan mengamati dan mempelajari primata seperti lutung merah. Di base camp. Bagaimana Bapak menyesuaikan diri dengan kehidupan Jakarta? Awalnya agak susah. saya dan pak Gardjito banyak juga membantu Brendamour meneliti social behaviour dari orang utan dan program rehabilitasi orang utan. Saya adalah mahasiswa yang beruntung diberi kesempatan mendampingi Birute Galdikas Brendamour dan sekaligus ikut melakukan penelitian primata di hutan (Taman Nasional Tanjung Puting). meneruskan kuliah. misalnya Bapak Eddy Jusuf (sekarang menjadi peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). Selain kuliah. Bersama dengan teman-teman kita menerbitkan majalah Biologica. Kita juga menyelenggarakan seminar di Istana Wakil Presiden tentang Pelestarian Orang Utan. Sutan Takdir Alisyahbana dan Fakultas Biologi dibawah pimpinan Prof Koesnoto cukup disegani waktu itu” tegas Endang. saya sudah mulai dikenalkan sejak tahun 1974. saya ikut aktif pada program rehabilitasi orang utan di Taman Nasional Tanjung Puting. Indonesia. Bapak Dayat Bastiawan. saya meneliti “maroon red leaf eating monkeys ” alias Presbytis rubicundus . Saya pernah menjadi sekretaris senat di Fakultas Biologi. Disamping itu kami juga ikut aktif dalam kelompok 10 bersama Pak Emil Salim. Sambil bekerja. suatu hari saya pernah menjadi moderator dalam acara pembahasan sampah kota. Waktu itu yang menjadi pembicara kunci adalah Pak Ali Sadikin (Gubernur DKI Jakarta waktu itu). dll. yaitu ke Taman Nasional Tanjung Puting. Setelah saya lulus sarjana muda mendapat gelar BSc. taksonomi. saya bahkan sering diajak menginap di rumahnya. Sewaktu tes.Endang ke Universitas Nasional (UNAS) dan mendaftarkan diri menjadi mahasiswa di Fakultas Biologi. atau orang utan sekalipun pernah belajar cukup intensif tentang masalah ini dari Birute Galdikas. Perhatian dengan lingkungan hidup. Setelah orang utan kembali ke sarangnya (biasanya lepas maghrib). Selama melakukan penelitian saya dibimbing secara teknis oleh bapak Lubis (staf senior di Pusat Penelitian Botani). diantaranya ikut menggalang pembinaan kesadaran lingkungan dan mengenai ilmu biologi lainnya kepada siswa-siswi SMA. Koesnoto (pada waktu itu Dekan Fakultas Biologi UNAS). Akhirnya saya diterima dan mulai bekerja pada tahun 1977. Saya lebih senang bekerja dengan lingkungan dan juga masyarakat.000.

Doelle. saya belajar bagaimana membuat jamur tropis (edible tropical mushrom). Jadi selama di Australia. Skerman di Deopartment of Microbiology. Kepala Balai Teknologi Proses. mulai melihat 10 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Dalam hal ini saya banyak dibantu sama teman seperti Wangchen dari Thailand dan Tao dari Cina. Kita kehilangan banyak biodiversity. Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. suami Dra. Dengan menggunakan kapang tempe ini. Saya sangat bersykur sekalipun Prof. Skerman? Ya. Ratu Ratna Isnaniah ini juga aktif di berbagai organisasi. pasti teman-teman itu tidak membolehkan saya menginap di hotel. Horst Doelle mikrobiolog handal asal Jerman ahli dalam bidang microbial physiology. mampir dulu di Bandung atau Jogja. kata Endang. amur merang. Bangga juga karena proses ini kemudian didaftarkan ke kantor paten dan mendapatkan nomor paten pada tahun 1986. Saya juga diminta untuk melihat GC ratio. Di Australia saya belajar tentang systematic bacteriology bersama Prof. Saya pernah menjadi Kepada Balai Biak Sel dan Jaringan. yang menjadi kenangkenangan sampai sekarang. Saya harus nginap di rumah mereka. Apa yang Bapak dalami di Australia? Saya berangkat ke Australia tahun 1982 dengan dana beasiswa dari program Colombo Plan Australia. dll. Bagaimana Bapak bisa tertarik dan sampai menjadi narasumber Biodiversity di LIPI? Saya juga nggak tau ya. saya harus bisa mengembangkan dan merumuskan kebijakan dalam bidang ilmu pengetahuan hayati termasuk biodiversity. Itulah hikmah silaturahmi yang saya rasakan yang dulu tidak pernah saya bayangkan”. Melalui proses skrining. Queensland University. “Tapi sekarang saya merasakan banyak hikmahnya”. saya diarahkan untuk melanjutkan penelitian di bidang teknologi fermentasi dan mengambil topik baru untuk program doktor saya yaitu “microbial convertion of cassava starch to mycoprotein”. Dengan dana UNESCO ini. Bahkan keluarga Endang tidak keberatan untuk sementara menampung karyasiswa sebelum karyasiswa mendapatkan tempat tinggal. Saya senang juga bisa mempatenkan. dan yang penting belajar memelihara dan menumbuhkan yeast ini dalam berbagai jenis medium mulai dari media gypsum hingga berbagai jenis media agar untuk melihat karakteristik yeast ini mulai dari sporulasi sampai dengan sifat-sifat fisiologisnya. dan Ketua PPIA (Perhimpunan Pelajar Indonesia di Australia cabang Brisbane). Begitu juga kalau sampai di Bali. Saya harus banyak pergi ke perpustakaan. Endang pernah menjadi Sekjen di (Himpunan Pengajar dan Peneliti Indonesia di Australia) cabang Brisbane. Tulisan tersebut berjudul “Emas Hijau sebagai Alternatif untuk Keluar dari Krisis Multidimensi”. B. Saya juga dikenalkan dengan pakar mikrobiologi di kawasan ASEAN melalui berbagai channel termasuk UNESCO. Pulang dari sana saya menulis satu buku yang berjudul “Menanam Jamur Merang di Pekarangan”. “Jika saya jalan dari misalnya Bogor ke Bali. Di sini saya mempunyai peluang untuk belajar lebih banyak dari Puslit dan Unit-unit yag ada di bawah kedeputian saya. Satu yang saya berhasil mengenali yeast pada tahap pertama kali adalah Trigometris karena sporanya berbentuk segitiga. D. walaupun tidak sempat dilisensi orang. Saya masih ingat. di Brisbane. pada masa kualifikasi di universitas ini diberi tugas untuk mengidentifikasi 10 jenis yeast. Saya kemudian membuat tulisan yang kemudian saya bacakan dalam orasi ilmiah untuk pengukuhan Ahli Peneliti Utama (APU) saya. Itu semua pada waktu itu merupakan ilmu yang sangat modern karena tidak pernah ditemukan di Indonesia baik di bangku kuliah maupun selama bekerja di LIPI. Itu merupakan metamorfose secara perlahan-lahan. Endang sering menjemput karyasiswa yang baru datang ke Australia dan membantu memfasilitasi agar masa transisi karyasiswa baru berjalan dengan mulus. Saya mulai memahami ilmu pengetahuan hayati dalam tingkatan yang lebih makro. saya harus banyak bertanya. Penelitian yang saya rintis bersama dengan Prof. Dan beberapa publikasi ilmiah di jurnal-jurnal yang baik seperti European Journal of Microbiology and Biotechnology. Skerman akhirnya pensiun. Emas hijau yang dimaksudkan di sini adalah biodiversity. Waduh.Brotonegoro (alm) dan diberitugas meneliti tentang masalah kompos. dan Kepala Puslitbang Bioteknologi sampai akhirnya dipercaya menjadi Deputi Kepala LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (IPH). kenangnya. Oleh Pak Susono. Romeo Alichbusan dari Tropical Mushroom Research Center di Bicutan. Bapak dibimbing oleh Prof. Tomita dari Hokaido University dalam kerangka program kerjasama LIPI dengan JSPS. selama 3 bulan. Philippina. Segala macam cara saintifik untuk identifikasi yeast ini dilakukan. Oleh Dr. Beliau menulis buku tentang microbial physiology dan kemudian menjadi buku pegagang di seluruh dunia. saya harus belajar menggunakan mikroskop dengan baik. Di Biotek saya macam-macam juga. Akhirnya semua yeast tersebut bisa diidentifikasi. saya kemudian dikenalkan dengan mikrobiologiwan Indonesia. yang lebih senior. Saya juga menyadari bahwa sesuai dengan Surat Keputusan Presiden dan tugas dari Kepala LIPI. Saya harus cari key enzyme seperti adolase. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. sering diantar ke manapun saya perlu dengan gratis. Bimbingan penuh saya dapatkan selama saya mengikuti program kualifikasi dan program master. Saya pernah dikirim ke Philippina untuk belajar budidaya jamur merang melalui program UNESCO dibawah bimbingan Prof. saya dibawah berhasil mengembangan “One step process for the production of mycoprotein and enzyme”. akhirnya saya memutuskan untuk menggunakan kapang tempe alias Rhizopus oligosporus. Endang membantu mereka mencari tempat tinggal. Setelah itu saya pergi ke Australia. Senang sekali karena ada tugas yang dapat saya selesaikan. V. Kemudian yang menarik juga dari kuliah-kuliah yang saya ikuti di Queensland ini adalah menentukan pathway dari satu kuman tertentu. pembimbingan dialihkan ke DR. Saya juga meneliti masalah biogas. itu berat sekali. Alhamdulillah saya mendapat nilai yang memuaskan dari Prof Skerman. Di Australia. Dan setelah perumusan kebijakan harus mampu dirumuskan dan dilaksanakan.

mereka menggunakan mikroba koleksi kita. sosial maupun lingkungan. Kalau di Sulawesi ditanami dengan Eboni misalnya. Sebelumnya dengan berbagai program lainnya kita telah berhasil mengumpulkan banyak jenis mikroba yang lainnya termasuk dari kelompok bakteri asam laktat dan asam asetat. industri pertanian dan lingkungan. punya tanah yang subur. durian. berbagai jenis tumbuhan penting daerah bisa segera diselamatkan. sehingga bisa memberikan dampat ekonomi. mengapa hutan terus menjadi bulan-bulanan. Kita harus ingat. digunakan dan dijadikan sahabat. Ribuan mikroba dari kelompok fungi dan aktinomisetes berhasil dikumpulkan dan dipelajari. di kulit kodok ada kelenjar yang menghasilkan magainin. Hutan juga berfungsi untuk konservasi air. lingkungan dan sosial. Sehingga keputusan di meja DPR harusnya dipengaruhi oleh ilmu pengetahuan. Untuk itu.nilai biodiversity yang lebih besar ketika memahami bahwa di dalam jaringan pembuluh tumbuhan ditemukan begitu banyak mikroorganisma (bakteria. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. Karenanya saya pikir akan banyak manfaat yang bisa kita dapatkan dan manfaat ini akan berlipat bila kita mampu melakukan kerja sama dengan pihak lain agar terjadi transfer technologi. Tidaklah berlebihan jika LIPI mengatakan bahwa pegunungan Muller di Kalimantan adalah menara air pulau besar itu. Saya juga heran. sungguh bangsa ini tidak dilahirkan untuk menjadi bangsa yang miskin. Penanaman dengan jenis-jenis yang mempunyai nilai ekonomi. ada program yang namanya tematik. Dan tidak mengherankan jika LIPI mendukung perubahan kawasan Muller menjadi World Natural Heritage demi keselamatan pulau ini dari proses kehancurannya. Makanya saya berharap Biotrend terus maju dan berperan di sini. Itupun dipersempit pada actinomycetes dan fungi. Kedepannya diharapkan kita bisa mempunyai koleksi kultur mikroba yang bisa disandingkan dengan microbial culture collection seperti JCC di Jepang atau ATCC di Amerika. Saya ingin apa yang dihasilkan peneliti setelah ada publikasi. Dengan cara menterjemahkan bahasa ilmiah ke dalam bahasa yang lebih mudah dikenal oleh masyarakat umum menjadi sangat strategis. Dan kehidupan bangsa kita dan bangsa-bangsa di dunia hanya tergantung pada puluhan saja biodiversity yang ada. bahwa setiap pohon minimal 70% isinya air. sehingga mempunyai dampak sosial yang betul-betul dirasakan. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. kedelai. Saya melihat ini yang jauh lebih strategis. Begitulah fungsi pohon yang kalau ditebang memberikan dampak yang besar terhadap water storage. Hutan juga memberikan kontribusi untuk mensuplai oksigen dan membantu mempertahankan bumi dari pemanasan global. dan hanya diberi akses pada tempat-tempat yang bisa diakses oleh LIPI misalnya kebunkebun raya atau komplek Science Center Cibinong. Saya sangat berharap agar koleksi tumbuhan (Herbarium dan Kebun Raya) serta koleksi fauna (Museum Woologicum Bogoriense) dapat diikuti oleh LIPI Microbial Culture Collection (LIPI-CC) yang diakui dan memenuhi Treaty Budapest. Kita hanya tahu jagung. Kita kehilangan banyak biodiversity. Sebetulnya ini adalah pekerjaan besar yang menuntut peranan semua pihak. air dan mineral dengan bantuan sinar matahari menjadi biomass (karbohidrat. but we do not know what is the real value of biodiveristy for the prosperity of this country. dll. LIPI telah berhasil meyakinkan Presiden RI (waktu itu Megawati) akan pentingnya kawasan konservasi ex situ dengan membuat Kebun Raya di seluruh propinsi. di Jawa dengan buah-buahan seperti manggis. We are within the biodiversity. Masih banyak hal-hal yang kita nggak punya ilmu pengetahuan tentang itu. Indonesia. cikal bakal antibiotik baru. Padahal kita juga tahu bahwa hutan (disamping phytoplankton yang ada di laut) bekerja untuk mengkonversikan CO2. sebagian dari pisang. tepatnya dengan National Institute of Technology and Evaluation (NITE) didedikasikan untuk mempelajari taksonomi mikroba asli Indonesia. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. industri nata de coco yant besar seperti Kara. Harapan kita. kegiatan harus melibatkan masyarakat termasuk petani sehingga tumbuhan itu dipakai. minyak. Scientific intergrity harus ditautkan dengan social responsibility BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 11 . Apa batasan dalam kerja sama dengan NITE ini? Kita batasi pada taksonomi mikroorganisme. Pertelaan ilmiah tentang tumbuhan di kawasan Asia Tenggara yang dituangkan dalam buku PROSEA (Plant Resources in South East Asia) yang dikembangkan oleh Yayasan PROSEA dapat dijadikan modal untuk kegiatan di atas. Sebenarnya apa peranan LIPI dalam hal ini? Fungsi (kedeputian) kita memberikan saran kebijakan kepada pemerintah supaya hal itu benar-benar dilaksanakan. dipelajari dan dimanfaatkan. protein. Sekarang tidak konek antara science dan kebijakan. dll. Saya juga confidence karena Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Apa yang telah dilakukan LIPI sejauh ini? Di satuan kerja saya di LIPI termasuk Puslit Bioteknologi. dana penelitian. di-rewrite menjadi bahasa publik. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasabahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. Kerjasama kita dengan Jepang. Selain itu. dan lain-lain termasuk beraneka jenis bahan kimia yang diperlukan sebagai bahan baku pembuatan obat). Artinya kita harus yakin betul bahwa seluruh biodiversity yang ada di negeri ini adalah milik ekslusif bangas Indonesia. Miroba endofitik ini ternyata juga mempunyai nilai tinggi karena mempunyai peluang membuka berbagai industri besar termasuk industri farmasi. Tapi begitu masuk ke Puslit Biotek. kita telah meratifikasi CBD (Convension Biological Diversity) dengan UU No 5 tahun 1994. Banyak lagi contoh yang lainnya yang membuktikan adanya berbagai potensi dari biodiversity. Buktikan kepada masyarakat dunia bahwa plant resources di kawasan ini mempunyai manfaat yang besar baik untuk pembangunan ekonomi. Bagaimana solusinya menurut Bapak? Kita masih punya secercah harapan. small peptide. Mudah-mudahan semua pihak (peneliti) termasuk pembaca Biotrend menyadari bahwa kalau publikasi saja belum cukup. Dia itu sebenarnya didedikasikan untuk pembangunan kompetensi. Mulai sekarang kita galakan program penanaman. Untuk membangun kompetensi ini tidak ada jalan kecuali link dengan international scientific community. dan fungi) yang kemudian dikenalkan sebagai mikroba endofit. Pelajari CBD agar kita tidak salah langkah dalam mengembangkan kerjasama. punya cahaya matahari yang berlimpah. Makanya obsesi saya bisa nggak di seluruh bantaran sungai yang ada di Indonesia ditanaman dengan tumbuhan kharismatik. Insyaallah hal ini akan segera berubah. why not. nilai sosial dan nilai lingkungan yang tinggi. Data yang terakhir kita ketahui adalah banyaknya ditemukan jenis bahkan genus baru yang juga telah diakui dunia. fiber. sebagian dari padi. tapi provokasinya harus dari LIPI. Kita sangat beruntung. yeast. Untuk itu kita harus bekerja keras. Salah satu negara yang betul-betul memahami tentang keadaan Indonesia itu adalah Jepang. saya sedih melihat sumber plasmanutfah buahbuahan yang kita sudah miliki belum terurus dengan baik dan belum dijadikan modal melainkan beban. Jika saja kebijakan pemerintah berpihak pada pentingnya penelitian dan pengungkapan khazanah biodibersity milik bangsa ini dan mampu mengubahnya menjadi dollar. pembagian keuntungan. Ingat. Kalau kita punya laut yang luas. Saat ini sungguh kita sebagai bangsa tidak mengerti apa-apa tentang biodiversity.

tapi itu tidak terjadi karena ketidakmampuan kita menulis proposal. dan sepertinya akan diperpanjang 1 tahun lagi. Aturan mainnya harus jelas. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. Saya yakin ada metobolit-metabolit baru dari situ. Plant Resources in South East Asia (PROSEA) Foundation. Ini paket CBD sebetulnya. Suprisingly. Dalam bayangan saya Ibu Yantiyati dengan timnya bisa mengumpulkan puluhan kali lipat dari jumlah yang dikumpulkan oleh kerjasama ini. baik organisasi ilmiah maupun profesi. Hasil kerjasama LIPI NITE ini sangat bagus. mereka bersama tim dari Indonesia mengumpulkan puluhan sampel saja tiap tahunnya. Dari contoh kemarin. Yantiyati dan Dr. Saya berharap tim ini terus berkembang dan mampu mengumpulkan isolat dari seluruh Indonesia. Bu Yanti harus kokoh dan berjuang agar Indonesia mendapatkan manfaat yang sebesar-besarnya. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasa-bahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. peminjaman didasarkan pada kesepakatan di joint project committee mengacu pada Material Transfer Agreement yang dibuat oleh Joint Steering Committee. memeliharanya dan mempromosikannya untuk kepentingan nasional. Bagaimana aturan peminjaman itu Pak? Dalam kaitan kerjasama NITE-LIPI. Saya juga sangat berharap bila semua pengetahuan yang telah kita serap dari kerjasama dengan NITE ini hendaknya dapat dipakai untuk melakukan kegiatan sendiri melakukan eksplorasi dan pengungkapan potensi mikroba Indonesia di luar kerangka kerjasama LIP-NITE. maka kali ini kepemilikannya adalah joint ownership (LIPI dan NITE). cobalah digalang kursus-kursus penulisan proposal. Tapi dari perjanjian itu kalau ada hit dan dia tertarik terhadap beberapa isolat. Apa kunci kerja sama dengan luar negri untuk menyelamatkan biodiversity Indonesia? Yang penting adalah bahwa kita harus hati-hati. Perhimpunan Biologi Indonesia. bahwa perwakilan NITE hanya datang sekali atau dua kali dalam setahun ke Indonesia dan menetap di Indonesia selama 2 minggu. dananya hampir seluruhnya dari Jepang (NITE). Ibu Yantiyati adalah wakil dari Indonesia. Perlu diingat. Aturan mainnya sudah ada. yang merupakan rekomendasi SABSSTA pada CBD. Endang telah mengikuti banyak organisasi. Siapapun yang mempromosikan. Indonesian Foundation for the Advancement of Biological Sciences. Dengan keseriusan tim ini telah berhasil mengumpulkan ribuan kultur. Melalui organisasi ini Endang selalu aktif berperan untuk memanfaatkan dan meyelamatkan biodiversity. akses ke koleksi yang kita kumpulkan sendiri akan memperkuat posisi tawar bangsa. Makanya ketika mau melimpahkan duplikat isolat ke Jepang. Makanya saya pesan pada teman-teman di sini. Sekarang LIPI-NITE sedang meminjamkan koleksinya ke industri farmasi di Jepang dengan harga 1000 yen/isolat/tahun. harganya akan bisa berubah. UNTUK PEMASANGAN IKLAN HUBUNGI SEKRETARIAT BIOTRENDS 12 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Ayah dari dua anak ini juga menjadi chairman pada Man and the Biosphere (MAB) Program dari UNESCO di Indonesia dan juga anggota Governing Board dari Global Biodiversity Information Facilities. Puspita Lisdiyanti (dua peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). Sudah barang tentu. harus ada material transfer agreement yang salah satu isinya pengakuan bahwa isolat tersebut asalnya Indonesia. Tapi karena Sekarang tidak relevan antara science dan kebijakan. 30% diantaranya new species. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. Tapi Jepang lebih pintar karena proyek NITE itu sebenarnya juga ditautkan pada program CBD yaitu GTI (Global Taxonomi Initiative). Harusnya Indonesia sendiri yang mendapatkan dana juga dari program GTI ini. dari 500 isolate actinomicetes yang diisolasi tahun 2003 dari Kebun Raya Cibodas dan dari Bali. Isolat ini langsung dipinjam oleh Chugai dan Kyowa Hakko Pharma selama 1 tahun. terutama biodiversity Indonesia. Plant Resources in Tropical Africa (PROTA) Foundation. Perhimpunan Bioteknologi Pertanian Indonesia. hasilnya tetap dibagi dua (50% NITE dan 50% LIPI). Yang menjadi penting bagi kita adalah segera mempelajari isolatisolat itu untuk kepentingan bangsa Indonesia dengan mengarus utamakan penelitian bioprospekting dan pengungkapan potensi mikroba hasil koleksi ini. Dengan cara ini koleksi kita menjadi lebih besar melebihi koleksi NITE. Dengan prosedur yang sama kita juga bisa meminjamkan ke pihak luar. Tentu dalam hal ini kita sekarang sedang belajar. Sesuai dengan hobinya. Diantaranya Perhimpunan Mikrobiologi Indoneisa (PERMI).kita punya orang yang kompeten seperti Dr.

Sejauh ini. Kedua. namun dengan menilik biodiversitasnya. Oleh karena itu. masih ada banyak kesempatan untuk menemukan berbagai jenis. Mengapa hal itu terjadi padahal berbagai obat telah ditemukan dari sumber tersebut. fakta menunjukkan bahwa bahan alam menjadi sumber inspirasi bagi para ahli kimia.akan beda di lingkungan yang berbeda. Beberapa contoh molekul bahan alam yang menggambarkan kompleksitas struktur bahan alam BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 13 . definisi mikroba endofit telah disepakati sebagai “mikroba yang hidup di dalam jaringan internal tumbuhan hidup tanpa menyebabkan efek negatif langsung yang nyata” seperti yang dikemukakan oleh Stone dkk. Bahan aktif dan molekul terapetik yang bersumber pada bahan alam memiliki berbagai karakteristik. pengalaman menunjukkan bahwa jenis mikroba baru sangat erat kaitannya dengan produk alam baru. bahan alam sering mempunyai kandungan karbon.MIKROBA ENDOFIT: SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI Penulis: Anggia Prasetyoputri dan Ines Atmosukarto* E ra tahun 80-an. maka biotop tempat hidup mikroba sangat unik sifatnya. di mana tanaman yang satu tentunya berbeda dengan tanaman lainnya. taksa endofit baru. Berdasarkan pertimbangan tersebut endofit dapat menjadi sumber berbagai metabolit sekunder baru yang berpotensi untuk dikembangkan dalam bidang medis. hidrogen dan oksigen yang relatif lebih tinggi dan kandungan nitrogen yang relatif lebih rendah dari molekul terapetik sintetik. dan/atau industri. Apa sebenarnya bahan aktif tersebut? Umumnya bahan aktif itu merupakan metabolit sekunder yang dihasilkan mikroba maupun tanaman. Beberapa pihak bahkan berspekulasi bahwa masih dimungkinkan adanya beberapa jenis mikroba endofit lain. pada tahun 1904. Karena itu. Bahkan. molekul aktif bahan alam umumnya mempunyai berat molekul di atas 500 Dalton dengan polaritas yang tinggi. sang peneliti harus mempelajari dan memilih sumber organisme dengan cermat sebelum melakukan penelitian. menyaksikan memuncaknya minat industri farmasetika dan bioteknologi untuk memanfaatkan produk hasil alam dalam pengembangan obat baru (natural product drug discovery). pertanian. dan archaebacteria. Mikroba endofit Mikroba endofit pertama kali dilaporkan oleh Darnel dkk. Meskipun sifat mikroba endofit yang tidak berdampak negatif pada jaringan tumbuhan menunjukkan kemungkinan adanya hubungan simbiosis mutualisme antara mikroba endofit dan inangnya. sehingga membuat optimasi penggunaannya sebagai terapetika melalui modifikasi kimia menjadi sangat kompleks. Akhirnya. Banyak pihak mulai lelah untuk mengejar sumbersumber senyawa bioaktif tradisional seperti tumbuhan dan mikroba terutama mikroba yang dikoleksi dari bermacam-macam sampel tanah. Oleh karena itu. fisiologi tumbuhan tinggi -termasuk yang berasal dari spesies yang sama. Pertama. karena alam sesungguhnya memberi kita pelajaran tentang keanekaragaman struktur molekul termasuk molekul berukuran kecil. Schultz mengatakan bahwa beberapa metabolit yang dihasilkan mikroba tampaknya merupakan ciri khas dari biotop tempat mikroba itu berada. sumber bahan aktif dari bahan biologis sering sulit didapatkan secara berkesinambungan. dalam mendahului jenis mikroba untuk pemurnian senyawa baru perlu mendahului jenis mikroba yang baru. Walau demikian. Pilihan tersebut akan mempengaruhi keunikan dan aktivitas biologis produk yang dihasilkan dari mikroba endofitik. seperti ricketsia. dengan sumber berbagai spesies baru yang belum dideskripsikan. Mikroba endofit yang umum ditemukan adalah berupa bakteri dan kapang namun kapang lebih sering diisolasikan. tumbuhan yang telah diteliti mikroflora endofitnya masih sedikit. Tampak jelas bahwa mikroba endofit merupakan sumber keanekaragaman genetik yang kaya dan dapat diandalkan. bahan alam umumnya memiliki arsitektur/ susunan yang relatif lebih kompleks dari molekul sintetik. ternyata ada pula yang berupa saprofit agresif atau mikroba patogen oportunis. Ketiga. Pemanfaatan mikroba endofit sebagai sumber molekul acuan baru perlu didasari pada pemilihan jenis tumbuhan inang yang tepat. sebut saja antibiotika seperti penicillin dan chloramphenicol dan obat lainnya seperti aspirin dan taxol? Jawabannya sederhana. dan dihasilkan sebagai bentuk adaptasi organisme terhadap lingkungannya. Tren ini kemudian menurun perlahan seiring berkembangnya berbagai cabang ilmu pengetahuan biomedik dan bioinformatik termasuk juga ilmu kimia kombinatorial. Lebih lanjut. Dengan demikian pencarian senyawa metabolit sekunder baru seringkali difokuskan pada organisme-organisme yang hidup di biotop yang sifatnya unik. Sejak itu. Dreyfuss dan Chappela memperkirakan bahwa jumlah kapang yang hidup sebagai mikroba endofit saja berjumlah setidaknya satu juta jenis. Bahan alam sangat kompleks sifatnya. Karena tumbuh dalam jaringan tanaman. Metabolit sekunder didefinisikan sebagai senyawa dengan berat molekul rendah yang tidak diperlukan untuk pertumbuhan. Karena itu keanekaragaman biotop endofit sangatlah tinggi.

yang menghasilkan senyawa antioomycetes baru dengan ciriciri serupa dengan chlorinated macrocyclic lactone. Beberapa hipotesis mendasari strategi pemilihan tumbuhan. Terakhir. Itu merupakan petunjuk biologi lingkungan yang digunakan untuk memilih tumbuhan tersebut sebagai obyek penelitian mikroba endofit yang komprehensif. tumbuhan yang bersifat endemik. Misalnya. terhempas oleh air. dikoleksi oleh Dr Strobel dari Montana State University dari sebuah sungai di barat daya Venezuela di mana tumbuhan tersebut hidup dalam lingkungan yang keras. berbagai jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas juga dianggap sebagai sumber potensial mikroba endofit dan senyawa-senyawa baru. Hal tersebut menyebabkan tumbuhan tersebut rentan terhadap serangan oomycetes yang bersifat pathogen. Saat ini. Rhyncholacis penicillata. kemungkinan terlindungi oleh senyawa yang dihasilkan mikroba endofit yang hidup di dalamnya. maka kita harus menggunakan pendekatan yang kreatif dan imajinatif agar dapat mempermudah pencarian mikroba endofit yang menunjukkan aktivitas biologis. memiliki masa hidup yang lain dari umumnya. Kedua. Ines Atmosukarto) Tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani. dari tumbuhan R. dan dipanaskan dalam bentuk larutan oleh masyarakat Aborigin setempat di daerah barat daya Arnhemland untuk merawat luka-luka dan Isolasi endofit dari tanaman buah merah (Foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) tumbuhan tertentu sama sekali tidak terkait dengan produk alami tumbuhan tersebut. Australia. penicillata tersebut diisolasi satu galur mikroba Serratia marcescens . melainkan disebabkan oleh mikroba endofit yang hidup dalam jaringan tumbuhan tersebut. sejenis tumbuhan air. perlu dipertimbangkan untuk dipelajari mikroflora endofitnya. Misalnya sejenis tumbuhan merambat yang ditemukan kelompok Montana State University di Northern Territory. Jenis-jenis tumbuhan tersebut dipilih baik dengan cara mengadakan kontak langsung dengan masyarakat setempat atau melalui literatur lokal. tumbuhan yang berasal dari lingkungan yang unik. Akan tetapi. Pada akhirnya. marcescens terkait langsung dengan hubungan mikroba endofit dengan tumbuhan Prof Strobel. tumbuhan yang hidup di daerahdaerah yang memiliki keanekaragaman tinggi juga berpotensi untuk memiliki mikroba endofit dengan keanekaragaman yang tinggi pula. juga mungkin memiliki mikroba endofit yang menghasilkan produk beraktifitas biologis tinggi tersebut sebagai inangnya. yaitu Kennedia nigriscans . dipilih untuk diteliti karena getahnya dimanfaatkan sebagai obat hutan tradisional selama berabad-abad. populasi tumbuhan tersebut tampak sehat. salah satu pelopor penelitian endofit dalam kunjungannya ke hutan di daerah Tesso Nilo (Foto koleksi pribadi. terutama jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas dan cara pertahanan hidup yang lain dari biasanya. Hasil fermentasi mikroba endofit (foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) 14 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . oocydin A akan dikembangkan dalam bidang pertanian untuk mengendalikan kapangkapang oomycetes yang bersifat pathogen seperti pythium dan phytophthora. yaitu oocydin A. ada kemungkinan bahwa sebenarnya kemampuan untuk menyembuhkan yang dimiliki oleh jenis dibandingkan dengan jenis tumbuhan lain. tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani yang terkait dengan beberapa penggunaan atau aplikasi spesifik perlu dipilih untuk diteliti. Kemungkinan besar produksi oocydin A oleh S. Seperti tumbuhan yang hidup di lingkungan yang unik. dan kerikil. daerah tersebut dipilih sebagai lokasi pengambilan sampel tumbuhan karena merupakan rumah dari sebuah peradaban tua dunia – suku Aborigin Australia.Dasar pemikiran dalam pemilihan jenis tumbuhan Oleh karena begitu banyaknya jenis tumbuhan di dunia. atau hidup di daratan kuno. Malahan. Akhirnya. seperti telah disebutkan sebelumnya. juga merupakan kandidat yang menjanjikan karena kegunaan tumbuhan tersebut dalam bidang medis lebih terkait dengan populasi mikroba endofitnya dibandingkan dengan karakteristik biokimia tumbuhan itu sendiri. Ketiga. dihancurkan. bebatuan. Pertama. Ada dasar pemikiran tertentu yang digunakan dalam pemilihan jenis tumbuhan yang akan menjadi sumber isolasi mikroba endofit dan pencarian produk alam baru. Tumbuhan merambat tersebut dipanen.

yang ditemukan di tiap jenis pohon yew (Taxus spp. kemungkinan besar difasilitasi oleh senyawa-senyawa yang dihasilkan oleh satu atau lebih mikroba endofit yang hidup di jaringan tumbuhan. Pestalotiopsis. satu galur kapang baru penghasil taxol. dan tekanan seleksi alam yang sangat tinggi. dengan cara menghitung data statistik dan membandingkan jumlah produk alami beraktivitas biologis yang diisolasi dari tumbuhan daerah tropis dan tumbuhan yang hidup di daerah beriklim sedang. namun mereka juga menemukan bahwa sangat banyak mikroba endofit tropis yang menghasilkan jauh lebih banyak metabolit sekunder aktif dibandingkan dengan kapangkapang tropis yang bukan endofit. yang menghasilkan antibiotika peptida baru dengan spektrum luas yang dinamakan munumbicin. Semua aspek biologi dan keterkaitan mikroba endofit dengan inangnya masingmasing sangatlah menarik untuk diteliti. dan lokasi. suatu senyawa diterpenoid yang merupakan agen anti kanker terkenal. Cibinong. Masih belum diketahui dengan pasti hubungan antara apa yang dihasilkan mikroba endofit dalam kultur dan di alam. selain dari produk tumbuhan itu sendiri. Cibinong. Ines Atmosukarto) Mikroba endofit dan keanekaragaman hayati Dari semua ekosistem yang ada di bumi. Bills dkk. Hutan hujan tropis merupakan contoh yang baik. Xylaria ). Data tersebut menunjukkan pentingnya peranan tumbuhan inang dalam mempengaruhi metabolisme umum mikroba endofit. seperti yang ditemukan oleh masyarakat setempat. infeksi.).Si dan Ines Atmosukarto. tidak ada yang yakin akan peranan mikroba endofit di alam dan hubungannya dengan tumbuhan inang mereka. Memang saat ini dibutuhkan penelitian lebih lanjut di tingkat molekular untuk mempelajari interaksi dan ekologi mikroba endofit. Hal ini disebabkan inovasi kimiawi yang terusmenerus terjadi agar organisme dapat terus hidup dalam ekosistem dengan tingkat seleksi alam tinggi. perlu dicatat bahwa beberapa jenis tumbuhan yang menghasilkan produk alami dengan aktivitas biologis mengandung mikroba endofit yang menghasilkan produk alami yang sama. Tentunya dengan adanya jumlah tumbuhan endemik yang tinggi. tumbuhan tersebut mengandung satu jenis mikroba endofit baru.LIPI. yaitu Streptomyces NRRL 30562. Oleh karena itu. Oleh karena itu. Ph. Selain itu. Selain itu. Semua interaksi tersebut mungkin dimediasi secara kimiawi di alam untuk beberapa tujuan tertentu. penggunaan mikroba sebagai sumber suatu produk akan memudahkan proses dan mengurangi biaya produksi. Selain itu. Tampaknya ada banyak faktor yang berubah dalam tumbuhan inang terkait dengan perubahan musim. dan faktor-faktor lain seperti masa hidup. ekosistem yang memiliki keanekaragaman tertinggi tampaknya merupakan ekosistem yang keanekaragaman mikroba endofitnya paling tinggi jenis dan jumlahnya. Sementara beberapa jenis kapang endofit dapat ditemukan di manamana (misalnya Fusarium. tetapi menampung lebih dari 60% keanekaragaman hayati di darat.D adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . andreanae dapat menghasilkan taxol. Hutan hujan tropis dan hutan di daerah beriklim sedang merupakan dua ekosistem darat yang paling tinggi keanekaragaman hayatinya di bumi. karena di ekosistem itulah terdapat kompetisi yang ketat. Selain itu. Ternyata. Pada tahun 1993. Keanekaragaman hayati Indonesia merupakan sumber mikroba endofit yang belum terkaji dengan optimal pemanfaatannya (Foto koleksi pribadi.Endofit sekitar 1. Seringkali. Pada saat ini. Tan dan Zou yakin bahwa alasan mengapa sebagian mikroba endofit menghasilkan beberapa senyawa fitokimia tertentu yang tadinya dihasilkan oleh tumbuhan inangnya mungkin terkait dengan adanya rekombinasi genetik oleh mikroba endofit dengan inangnya sepanjang waktu evolusinya. S. lingkungan. telah diisolasi kelompok Dr Strobel dari tumbuhan Taxus brevifolia dan dikarakterisasi. Hubungan antara mikroba emdofit dan inangnya hanya dapat diasumsikan sebagai kebetulan semata. tidak ada seorangpun yang dapat secara pasti mengatakan bahwa mikroba endofit bersifat spesifik dengan inangnya atau merupakan bagian sistemik dari tumbuhan. Daerah ini menutupi BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 15 . Sayangnya. Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. Mereka tidak hanya menemukan bahwa mikroba endofit tropis menghasilkan lebih banyak produk alami yang aktif. diharapkan pula terdapat banyak mikroba endofit tertentu yang turut berevolusi dengan tumbuhan endemik yang ada. Memang tampak jelas bahwa produksi senyawa bioaktif tertentu oleh mikroba endofit secara in situ mungkin memfasilitasi dominansinya dalam jaringan tumbuhan atau bahkan melindingi tumbuhan tersebut dari serangan patogen. dan hanya satu dari semua endofit tersebut yang akan menghasilkan senyawa dengan aktivitas biologis dalam kultur. maka kebutuhan untuk menumbuhkan tumbuhan yang masa hidupnya panjang dan mungkin termasuk langka akan berkurang dan keanekaragaman hayati dunia juga terlindungi. dapat juga mempengaruhi karakteristik biologi mikroba endofit.44% dari total luas permukaan daratan. hutan hujan tropis dianggap sebagai sumber berbagai struktur molekul baru dan senyawa-senyawa baru yang memiliki aktivitas biologis. ekosistem tersebut makin lama makin terancam hancur oleh berbagai kegiatan manusia. Berbagai ekstrak hasil mikroba endofit koleksi PT Indo Bio Pertiwi. Taxomyces andreanae. Konsep tersebut dulu diusulkan sebagai mekanisme untuk menjelaskan mengapa T . menggambarkan suatu perbedaan di tingkat metabolisme antara mikroba endofit dari daerah tropis dan daerah beriklim sedang. Tidak banyak yang menyadari bahwa sesungguhnya keanekaragaman hayati sangat erat kaitannya dengan keanekaragaman kimiawi. Hal itulah yang terjadi dengan taxol. keterbatasan jumlah sumberdaya. ada 20-25 daerah yang dianggap sebagai penyokong keanekaragaman hayati di bumi dan masing-masing dari daerah tersebut memiliki jumlah tumbuhan endemik yang sangat tinggi. tersedianya lebih banyak informasi mengenai latar belakang jenis tumbuhan tertentu dan karakteristik biologis mikroorganisme yang hidup di dalamnya akan sangat membantu dalam mengarahkan pencarian berbagai produk yang memiliki aktivitas biologis. banyak mikroba endofit dari spesies yang sama diisolasi dari jenis tumbuhan yang sama. *Anggia Prasetyo Putri. Dapat diasumsikan bahwa proses penyembuhan yang terjadi. tidak banyak informasi yang tersedia mengenai karakteristik biokimia dan fisiologi dari interaksi mikroba endofit dengan tumbuhan inangnya. Dengan menyadari karakteristik ekologi dari endofit dan juga mengenai peranannya di alam akan memberikan banyak petunjuk dalam menentukan mikroba endofit tertentu sebagai target dengan potensi terbesar untuk bioprospecting. sehingga pada akhirnya menghasilkan produk dengan harga lebih murah. apabila mikroba endofit dapat menghasilkan senyawa-senyawa bioaktif yang langka dan penting seperti tumbuhan inangnya. Oleh karena itu.

yaitu 16S rRNA pada prokaryota (bakteri dan archaebakteri). Sebaliknya. terutama bila DNA tersebut diambil dari sampel tanah. serta dalam amplifikasi dengan PCR (polymerase chain reaction) dan kloning dari gen-gen yang memiliki kesamaan sekuen. Kenyataannya adalah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dengan menggunakan metode kultur standard jarang yang merupakan spesies yang dari segi jumlahnya dominan di komunitas tempat asal mereka diisolasi. Saat ini metode tersebut telah diadaptasikan untuk menganalisis keanekaragaman hayati mikroba. DNA dari sampel lingkungan tersebut kemudian disisipkan (diklon) ke dalam vektor yang sesuai untuk membentuk pustaka DNA (pustaka metagenom). Cara ini dapat membatasi interferensi dari zat-zat penghambat dan komponen anorganik dengan prosedur penguraian sel dan ekstraksi DNA. yang lainnya membantu kita dalam proses pencernaan atau dapat memproduksi antibiotika serta enzim-enzim yang bermanfaat. Isolasi DNA dengan metode ini biasanya melibatkan pula proses pemecahan sel secara mekanis. Beberapa dari mikroorganisme tersebut dapat menyebabkan kita sakit. dan 18S rRNA pada eukaryota. Keberhasilan dalam pendekatan metagenomik sangat bergantung pada kemurnian dari DNA yang diekstraksi langsung dari sampel lingkungan. Metagenomik adalah analisis genom dari mikroorganisme tanpa bergantung pada pengulturan mikroorganisme tersebut. Kenyataan bahwa sebagian besar mikroorganisme dari lingkungan tidak dapat dikultur serta belum termanfaatkan telah merangsang pengembangan metagenomik. pada kondisi aerobik. Keuntungannya adalah bahwa fragmen DNA yang diperoleh dapat berukuran besar (sampai 500 kb) serta berpotensi membawa keseluruhan kelompok gen (gene-cluster) dari suatu mikroorganisme. Dengan demikian sebagian besar dari mikroorganisme yang hidup di bumi masih belum dikenal atau bahkan dimanfaatkan. di dalam usus kita. Metode ini diperkenalkan pertama kali oleh Norman Pace dan koleganya untuk mengidentifikasi mikroba yang tidak dapat dikultur dan untuk memetakan hubungan kekerabatan di antara mereka. misalnya pada saat PCR. terutama bakteri dan archaebakteri dari berbagai lingkungan. Istilah tersebut berasal dari konsep statistik dari meta-analisis (proses yang secara statistik mengkombinasikan metode-metode analisis yang terpisah) serta dari genomik (analisis menyeluruh dari materi genetika suatu organisme). serta mengurangi tekanan mekanis terhadap DNA genom yang terlepas dari sel. serta pada suhu yang moderat. mereka dapat diisolasi karena kemampuan mereka untuk dapat tumbuh secara cepat sebagai koloni-koloni pada medium pertumbuhan yang biasanya disiapkan dengan kandungan nutrisi yang tinggi. bahkan di sumber-sumber air panas. metabolik dan genetik yang sangat tinggi. Jumlah mikroorganisme yang dengan mudah berhasil dikultur dengan menggunakan metode kultur standard diperkirakan lebih kecil dari 1% dari keseluruhan spesies mikroorganisme yang ada. Adalah konsep umum yang salah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dari lingkungan sebagai kultur tunggal murni merupakan spesies-spesies yang dominan baik dari jumlahnya ataupun fungsinya di lingkungan tersebut. Pada metode kedua mikroba dipisahkan terlebih dahulu dari sampel tanah sebelum dilakukan penguraian sel (ex situ). mereka memiliki keanekaragaman fisiologis. Jumlah ini ditentukan berdasarkan perbandingan dari jumlah mikroba yang dapat tumbuh pada medium agar dengan jumlah mikroba dari suatu sampel lingkungan yang dapat dihitung di bawah mikroskop. di udara. sehingga dengan demikian proses pengulturan dapat dihindari. Pada metode pertama mikroba diurai selnya (cell lysis ) ketika masih bersama sampel tanah (in situ). Namun efisiensi dalam ekstrasi tersebut diringi pula oleh ukuran fragmen DNA yang cenderung kecil (1 kb sampai 50 kb) yang disebabkan oleh pemangkasan mekanis. Keberadaan senyawa polifenol (yang terutama berasal dari degradasi lignin) yang ikut terekstraksi dari sampel tanah dapat mengganggu proses selanjutnya. Fragmen DNA dengan ukuran sebesar itu terutama disiapkan untuk kloning ke dalam vektor cosmid 16 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Beberapa protokol untuk mengisolasi DNA dari sampel tanah telah dikembangkan. Metode ini memungkinkan perolehan DNA dalam jumlah yang tinggi. Fragmen DNA dengan ukuran tersebut terutama sesuai untuk kloning ke dalam vektor plasmid atau vektor lambda yang membawa promotor yang kuat untuk memungkinkan ekspresi gen dari fragmen DNA yang diklonkan. atau lebih dikenal dengan istilah “great-plate-count anomaly”. Dalam hal ini sampel tanah disuspensikan langsung dengan larutan penyangga untuk penguraian (lysis buffer) dan dilanjutkan oleh perlakuan dengan detergen dan enzim. serta kecilnya kemungkinan akan adanya bias oleh ekstraksi karena kegagalan dalam mengekstraksi DNA dari mikroba dengan dinding sel yang keras. Jumlah keseluruhan dari berbagai jenis bakteri di bumi diperkirakan mencapai lebih dari 10 juta. dan di samping itu. di air. Metagenomik dikembangkan berdasarkan perkembangan terkini dalam studi genom mikroorganisme. Pada dasarnya mereka dapat dikategorikan menjadi dua metode standard.Metagenomik Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru Penulis: Wien Kusharyoto* S elama lebih dari tiga setengah milyar tahun evolusi telah menciptakan keanekaragaman mikroorganisme yang luar biasa. seperti pada sub-unit kecil dari RNA ribosomal (ribosomal RNA). Mikroorganisme dapat hidup di manamana: di tanah. Pembentukan pustaka metagenom Pendekatan metagenomik mencakup antara lain ekstrasi DNA genom secara langsung dari sampel lingkungan.

Karena merupakan suatu modul dari beberapa kelompok gen biosintetik yang menyandi enzim dengan domain berulang yang pembentukan senyawa bioaktif atau mengandung bagian-bagian (regions ) metabolit sekunder rata-rata berukuran yang berlainan. sebuah perusahaan di San Diego. Salah bakteriplankton yang sebelumnya tidak satu contohnya adalah perolehan dari bisa dikultur dan yang kemudian BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 17 . ia juga tergantung pada ketersediaan dari metode pengujan (assay) terhadap aktivitas yang diinginkan. akan lebih Amidase Enzim Cosmid Berbasis sekuen mendorong Amilase Enzim BAC. Di samping itu. seperti misalnya bakteri Escherichia coli yang selama ini paling sering digunakan.atau BAC (Bacterial Artificial Chromosome). Plasmid Berbasis aktivitas berbagai mikroorganisme yang Turbomycin A dan B Antibiotika BAC Berbasis aktivitas telah ada saat ini Violacein Antibiotika Cosmid Berbasis aktivitas untuk mendisain pelacak (probe) untuk hibridisasi atau primer untuk PCR dalam melakukan proses skrining dari gen-gen PKS baru. oxygenase dan protease. Plasmid Berbasis aktivitas berdasarkan pada sekuen mengandalkan Oxygenase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas pada sekuen-sekuen Poliketide synthase Enzim Cosmid Berbasis sekuen DNA yang sama pada Protease Enzim Cosmid. LIL) dalam vektor cosmid atau BAC. insert berukuran besar atau LIL akan Penggabungan domain-domain PKS dari menguntungkan dalam penemuan obatberbagai sumber dapat menghasilkan obatan baru. PKS adalah Indirubin dan Violacein.5 dan suhu di atas 105°C. lipase. SIL) dalam vektor plasmid atau lambda. yang dapat menciptakan besar (30 kb sampai 100 kb). Analisis yang berbasis pada aktivitas digunakan untuk memperoleh gen-gen atau kelompok gen baru yang menyandi biokatalis atau bahan aktif (antibiotika) yang memiliki potensi aplikasi yang besar bagi industri. Terdapat dua metode analisis yang selama ini digunakan: analisis yang berdasarkan pada aktivitas (activity-based analysis ) dan analisis berdasarkan pada sekuen (sequence-based analysis ). Penggabungan dari pendekatan metagenomik berbasis aktivitas dan evolusi protein yang terarah (directed evolution) yang dilakukan oleh Diversa Corp. chitinase. Beberapa enzim baru berhasil diperoleh dengan metode analisis tersebut. Enzim-enzim lain yang diperoleh dari analisis yang berbasis pada aktivitas antara lain adalah amidase. Cosmid Berbasis sekuen/aktivitas pembentukan metabolit sekunder Chitinase Enzim Lambda Berbasis aktivitas baru. kedokteran maupun pertanian. Keuntungan dari biokatalis juga ditemukan dengan analisis metode ini adalah bahwa ia tidak berbasis sekuen. beragam antibiotika baru. Analisis yang berdasarkan pada aktivitas juga telah menghasilkan beberapa senyawa bioaktif baru dari pustaka metagenom. maupun informasi genetika dari komunitas mikroorganisme di lingkungan tertentu. baik yang berupa pustaka dengan sisipan DNA (insert) berukuran kecil (small insert libraries.. serta kemungkinan bahwa mikroorganisme dengan dinding sel yang keras terlewatkan pada proses penguraian sel. sehingga hal pemanfaataan bakteri yang lebih sesuai itu merangsang minat untuk menemukan sebagai sel inang untuk ekspresi gengen penyandi Biokatalis (enzim) dan antibiotika yang diperoleh dengan metagenomik tersebut. kemudian dianalisis untuk memperoleh biokatalis atau antibiotika baru. di suatu lingkungan tertentu. telah menghasilkan enzim á-amilase yang memiliki aktivitas yang tinggi pada pH di bawah 4. diklon di dalam sel-sel inang heterolog (yang berbeda dengan sel-sel yang Metagenomik tidak hanya digunakan merupakan sumber dari gen tersebut). Identifikasi dari aktivitas yang diharapkan tergantung pada keberhasilan proses transkripsi dan translasi dari gen penyandi protein di dalam sel inang yang digunakan. yang mengandung gen dari RNA ribosomal melainkan juga dapat dimanfaatkan dalam atau gene-gen penanda lainnya dalam memperoleh pemahaman tentang habitat survei tentang hubungan kekerabatan dan peran ekologis dari mikroorganisme dari mikroorganisme di suatu lingkungan. Senyawa bioaktif yang berperan dalam sintesis beragam lainnya yang telah diperoleh antara lain antibiotika oleh mikroorganisme. Salah satu Gen-gen penyandi biokatalis maupun contoh yang mengesankan dari senyawa aktif baru yang berpotensi pemanfaatan metagenomik dalam kaitan dalam aplikasi industri dapat pula ini adalah penemuan proteorhodopsin dari ditemukan dengan pendekatan ini. variasi dalam struktur kimia dari produkpemanfaatan pustaka metagenom dengan produk enzimatik yang dihasilkan. antara lain gen-gen bergantung pada ekspresi dari gen yang penyandi amilase dan amidase. Vektor yang membawa fragmen DNA yang diperoleh melalui kedua cara tersebut kemudian ditransformasikan (dimasukkan) ke dalam sel inang. Analisis dari pustaka metagenom Pustaka metagenom yang diperoleh. Kelemahan metode ini adalah kemungkinan hilangnya mikroorganisme karena kegagalan dalam proses pemisahan mereka dari sampel tanah. Sebuah perusahaan serupa B·R·A·I·N AG dari Zwingenberg. dalam penelitian terapan untuk pencarian Analisis berdasarkan sekuen terutama terhadap biokatalis baru atau senyawa digunakan untuk memperoleh klon-klon aktif baru sebagai bahan obat-obatan. Gen-gen penyandi pustaka metagenom. Jerman berhasil menemukan enzim esterase yang mampu mengubah menthylasetat menjadi menthol dengan selektivitas terhadap substrat dan enantioselektivitas yang lebih tinggi bila dibandingkan dengan enzim yang digunakan sebelumnya. Hal tersebut berakibat pada rendahnya jumlah DNA yang diperoleh. maupun yang berupa pustaka dengan sisipan DNA berukuran besar (large insert libraries. Di samping itu. Indirubin Antibiotika BAC Berbasis aktivitas Analisis yang Lipase/esterase Enzim BAC. seperti misalnya bakteri Target Jenis Vektor Metode analisis/skrining Alkohol oxidoreduktase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas Streptomyces lividans. Enzim tersebut digunakan dalam proses pencairan tepung (starch liquifaction) dan pemanfaatannya pada industri terkait dapat mengurangi biaya dan waktu produksi. California yang aktivitasnya berbasis pada metagenomik. Salah satu contoh yang menarik adalah isolasi gen-gen yang menyandi poliketide antibiotika Turbomycin A dan B oleh synthase (PKS) dan peptide synthase Gillespie dan koleganya. serta mengurangi limbah produksi.

Cibinong. sebagian besar bakteri pathogen yang terdapat di lingkungan berada dalam kondisi hidup dan dapat menimbulkan penyakit. Penutup Metagenomik merupakan teknologi yang masih baru serta memiliki potensi aplikasi yang besar dalam bidang industri. Berbagai perkembangan dalam ekspresi gen di dalam sel-sel inang heterolog. 18 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Proteorhodopsin adalah protein yang terkait dengan proses fototrofi (phototrophy) dan dari hubungan kekerabatannya serupa dengan bakteriorhodopsin yang merupakan pompa proton yang dikendalikan oleh cahaya (light-driven proton. BioSS menawarkan wahana untuk menjembatani kegiatan sekolah dengan kegiatan di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI.pump).Menumbuhkan ketertarikan pada dunia penelitian . namun tidak dapat dikultur dan diisolasi dengan metode konvensional. Tujuan kegiatan: . Pendekatan metagenomik dan kemajuan dalam teknologi DNA-chip akan membawa metode pendeteksian berbasis DNA ini satu langkah lebih maju dalam penaksiran tingkat aktivitas dan virulensi bakteri di lingkungan. kedokteran atau pertanian. Penemuan proteorhodopsin pada bakteriplankton menunjukkan bahwa fototrofi juga merupakan proses global di lautan. disain vektor dan proses analisis/skrining membuktikan bahwa teknologi ini mampu memberikan jawaban terhadap berbagai permasalahan. analisis secara langsung dari DNA yang diekstraksi dari sampel lingkungan dan pendeteksian bakteri dengan metode molekuler dapat mengatasi keterbatasan tersebut.Meningkatkan pemahaman konsepKonsep bioteknologi . serta dalam pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroorganisme. Alasan utama dari keterbatasan pengetahuan kita tentang ekologi dari bakteri pathogen terletak pada ketidakhandalan pendeteksian dengan metode-metode konvensional yang berbasis pada pengulturan.Memberikan kesempatan kepada siswa tingkat SMU untuk merasakan suasana penelitian Untuk keterangan lebih lanjut hubungi Sigit Purwantomo Tlp: (021) 875 8547 Fax: (021) 875 4588 *Dr. Peserta didikan mendapatkan gambaran komprehensif tentang topik yang berhubungan dengan dunia bioteknologi. Di masa mendatang metagenomik diharapkan dapat lebih berperan dalam menjawab berbagai pertanyaan yang terkait dengan ekologi dari mikroorganisme dan penemuan aplikasi bioteknologi baru yang bermanfaat. Hampir semua sistem monitoring yang selama ini digunakan di sektor kesehatan publik berdasarkan pada metode-metode konvensional. termasuk di antaranya dalam penemuan biokatalis dan senyawa bioaktif baru. konstruksi pustaka metagenom.digolongkan dalam gammaproteobakteria. Dalam satu dekade terakhir. Di lain pihak. Wien Kusharyoto adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi .Meningkatkan kompetensi dalam bidang ilmu hayati .LIPI.

(CIMMYT) Mamalia diperkirakan memiliki sekitar 50. regulatory gen (gen regulator) dan structural gene (gen struktur). yang mempunyai peran penting tertentu. untuk melihat pola dan tingkat expresi gen baik pada level transkrip mRNA maupun pada protein. Expression profiling Salah satu pendekatan fundamental untuk memahami fungsi-fumgsi gen adalah Gambar 1. reverse genetics dengan membuat mutasi pada gen-gen yang dijadikan sasaran. Menurut perkiraan biasanya di satu sel pada saat tertentu ada sekitar 12-15.000 gen). Sehingga tujuan dari ‘ilmu’ Functional Genomics adalah untuk memetakan fungsi semua gen dari organisme ke dalam suatu functional framework mulai dari lingkup kecil seperti memastikan protein apa yang dikodekan oleh suatu gen sampai pada pemahaman tentang peranan protein tersebut dalam keseluruhan fungsi sel maupun organisma. baik pada saat pembelahan sel. Keragaman genetika seperti pada jagung perlu dieksplorasi antara lain melalui pendekatan functional genomics untuk dimanfaatkan bagi pengembangan bioteknologi. Dengan memakai pendekatan secara global. pembentukan embryo. A. dan komponen genetika lainnya pada genom. Pada dasarnya ada dua macam gen. Regulatory protein akan menempel pada seutas DNA (regulatory region) yang biasanya terletak di depan gen tertentu berdekatan dengan promoter gen tersebut. juga dapat di sebabkan karena adanya perbedaan ekspresi gen. Menempelnya protein regulator akan mendorong atau menghambat ekspresi gen tersebut. seperti enzim. Upaya untuk mengerti fungsi-fungsi dari gen-gen dan juga komponenkompenen lain seperti regulatory region dari suatu genom diistilahkan sebagai Functional Genomics. Pada akhirnya setiap aktivitas sel pada setiap proses biologi. DNA dikemas dalam kromosom dan total informasi genetika yang tersimpan dalam seluruh kromosom di suatu organisma merupakan komponen dari genom organisme tersebut. tergantung kepada aktivitas dari gen-gen tertentu BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 19 . Akan tetapi dalam satu sel tidak seluruh gen-gen tersebut diekspresikan bersamaan. Lalu bagaimana sel memutuskan kapan membutuhkan ekspresi gen tertentu dari genomnya? Protein atau enzim akan diproduksi di dalam sel terutama pada saat sel membutuhkan. tidak kesemuanya diekspresikan pada saat bersamaan. DNA dari suatu sel mengandung semua gen yang diperlukan oleh sel atau organisma tersebut. berpikir. expression profiling. pada genom. Adanya varietas-varietas tertentu dalam suatu spesies yang memiliki sifat (fenotip) tertentu yang tidak dimiliki varietas lain dalam satu spesies. Oleh karena itu dalam functional genomics fungsi suatu gen dipelajari baik sebagai individu gen maupun sebagai bagian dari system yang menyeluruh di dalam sel maupun secara kesatuan sebagai bagian dari suatu organisme. forward genetics dengan membuat mutasi secara acak pada genom organisma sasaran yang dilanjutkan dengan pemilihan mutan dengan fenotip menarik.“ F u n c t i o n a l G e n o m i c s” un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i ge n da l a m sk a l a gl o b a l Penulis: Satya Nugroho* G en adalah untaian DNA yang mengkodekan pembentukan suatu protein.000 gen yang ekspresikan. dan bioinformatics untuk menganalisa data yang diperoleh dari semua pendekatan yang dilakukan diatas untuk mendapatkan data semaksimal mungkin. Jadi perbedaan fungsi antara tipe sel (celltype) satu dengan yang lainnya adalah pada perbedaan gen yang diekspresikan. functional genomics dapat memberikan penjelasan atas mekanisme proses-proses biologi dari suatu organisma yang dipelajari dikaitkan dengan fungsi gen atau gengen. misalnya cekaman/stress. Regulatory protein sendiri akan aktif (diekspresikan) setelah mendapatkan rangsangan/stimulus tertentu. Teknik-teknik untuk functional genomics Functional genomics mengandalkan beberapa pendekatan-pendekatan teknik utama seperti. Akan tetapi dari keseluruhan gen pada suatu organisme. Ekspresi gen di genom yang selektif ini tidak hanya berlaku untuk organisma tingkat tinggi seperti pada mamalia yang memiliki sekitar 50. baik pada setiap tahap perkembangan sel.000 gen akan tetapi juga terdapat pada organisme prokaryot yang memiliki jumlah gen jauh lebih sedikit (sekitar 2. Kombinasi dari teknik-teknik diatas akan sangat bermanfaat untuk mengetahui dasar-dasar molekuler atas terjadinya proses-proses biologi pada suatu organisme. Protein tertentu yang lebih dikenal sebagai regulatory protein berperan sebagai pengontrol ekspresi gen sehingga hanya protein tertentu saja yang diproduksi.000 gen didalam genomnya. melakukan respons terhadap stimulus dan lain sebagainya.

Cara melihat perbedaan ekspresi suatu gen dapat diketahui dari transkrip maupun protein yang dihasilkannya. pertama kali disampaikan oleh Davis dan timnya. waktu ekspresinya maupun tempat ekspresinya. Dalam proteomics teknikteknik kimia protein modern diaplikasikan antara lain 2-D gel electrophoresis. Untuk ‘membedakan’ dengan teknologi yang memanfaatkan transkrip mRNA pada tahun 1995 istilah proteomics mulai dimunculkan oleh Wassinger dan koleganya untuk menyatakan total protein komplemen dari suatu genom (total protein complement of a genome). dan setelah ditumpuk akan kelihatan DNa yang terdapat pada SK1 dan S288c memberikan warna gabungan merah dan hijau (kuning). Cara lain yang juga menggunakan Gambar 2: The central dogma of molecular biology transkrip mRNA untuk mengetahui dengan mengidentifikasi dimana dan kapan fungsi gen secara global yang juga gen tersebut diekspresikan (spatial and memanfaatkan teknologi PCR antara lain temporal expressions ). matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) dan kombinasi dari teknik-teknik tersebut. Pada prinsipnya proteomics memanfaatkan ekspresi protein untuk mengidentifikasi fungsi gengen tertentu. Upaya untuk adalah dengan differential display yang melakukan identifikasi gen yang pertama kali disampaikan oleh Pardee dan diekspresikan pada jaringan atau cellLiang (1992) dan kemudian diperbarui type tertentu sudah dilakukan sejak pada tahun 1997. pada waktu atau tempat disampaikan oleh Dixon dan koleganya tertentu. W303 and SK1 (dari kiri ke kanan) memiliki perbedaan morfologi koloni. three prime end dihasilkan maupun pada taraf protein yang amplification PCR (TEA PCR) yang diproduksi. Substractive library. (ss-cDNA adalah DNA utas tunggal hasil perbanyakan mRNA dengan menggunakan enzim RNA polymerase). Selain dengan memanfaatkan transkrip mRNA expression profiling juga dapat dilakukan dengan melihat protein yang diekspresikan. galur yang digunakan S288c. Dengan cara ini gen mana saja yang terekspresi secara unik hanya pada organisme target saja atau pada organisme control saja akan dapat diidentifikasi. dan kemungkinan interaksinya dengan gen-gen lain. Akan tetapi difference analysis of cDNA (cDNA RDA) baru pada beberapa tahun terakhir yang disampaikan oleh Lisitsyn dan metoda untuk mengetahui perbedaan koleganya (1993). Cara ini dapat terapkan untuk menunjukkan perbedaan tingkat ekspresi gen-gen. Panel kanan eksperimen yang mirip untuk membandingkan galur X2180 dengan S288c. B.nature.transkripsi DNA replikasi DNA translasi mRNA Protein dianalisa lebih lanjut. 2-D High-perforance liquid chromatography (2-D HPLC). kemudian dipisahkan dan diklon menggunakan teknik pengganaan utas DNA polymerase chain reaction (PCR) untuk Gambar 3. Karena proses transkripsi dari gen-gen berbeda-beda baik tingkat ekspresinya. Panel kiri menunjukkan hasil hibridisasi dengan probe DNA dari SK1 (dilabel hijau) dan dari S288c (dilabel merah). Probe-probe yang tidak terhibridisasi dengan kuat pada DNa dari SK1 dan X2180 akan memberikan warna merah. A364. Stanford (1995).com/nrg/journal/v3/n9/full/nrg886_fs. electrospray ionization mass spectrometry (ESI MS). disampaikan oleh Velculescu (1995) yang Expression profiling dapat dilakukan kemudian dikembangkan versi baru yang dengan melakukan pengamatan terhadap dinamai SAGE adaptation for downsized transkrip messenger RNA (mRNa) yang extracts (SADE). Teknologi yang telah dikembangkan untuk expression profiling yang sering diterapkan diantaranya adalah dengan mengkonstruksi dan kemudian melakukan screening suatu substractive library. melibatkan pembuatan utas tunggal (single-strand/ss) cDNA dari organisme target dan poly(A)+RNA dari driver tissues untuk melakukan substractive hybridization. Proses-proses ini.html) 20 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . a. serial analysis of gene ekspresi gen (expression profiling) pada expression (SAGE) yang pertama kali skala genom (global) mulai dikembangkan. (gambar diambil dari http:// www. representational sekitar duapuluh tahun lalu. Pada saat gen aktif maka DNA (1998) dan cDNA microarrays yang dari gen tersebut akan mengalami proses pertama kali dilaporkan oleh Brown di trankripsi (transcription) untuk menghasilkan mRNA yang kemudian akan diterjemahkan (translation) menjadi protein. Iimej yang diperoleh dianalisa. Sampai saat ini teknikteknik dengan memanfaatkan transkrip dan dikombinasi dengan teknik PCR seperti diatas telah dapat mengidentifikasi banyak gen. ditambah dengan proses perbanyakan untaian DNa melalui proses replikasi (replication). maka dengan melihat faktorfaktor tersebut maka fungsi gen dapat diperkirakan. sscDNa yang tidak tersubstaksi (atau tidak mempunyai komplemen) oleh poly(A)+RNA. dalam biologi molekuler dikenal sebagai the central dogma of molecular biology. Yang hanya di SK1 saja akan berwarna hijau sementara yang hanya di S288c akan berwarna merah. Perbedan komposisi DNA Saccharomyces cerevisiae pada galur-galur yang biasa dipakai untuk penelitian laboratorium dapat ditampilkan dengan menggunakan teknik DNA microarrayer. pada tahun 1999 istilah ini dianggap sebagai bagian integral dari analisa ekspresi gen. Meskipun ada pendapat untuk memisahkan proteomics sebagai disiplin ilmu pengetahuan baru. sehingga expression profiling dilakukan dengan melihat mRNA maupun protein. fungsinya.

untuk mutagenesis dengan sasaran gen/target tertentu. Database dan alat-alat bioinformatics pada server dapat dimanfaatkan oleh client. atau forward genetics. CSIRO. dimana hal ini bisa disebabkan oleh adanya gen-gen lain yang mampu menggantikan fungsi gen yang telah di-knock-out (fungsional redundancy). untuk mutasi secara random pada genom untuk kemudian di lakukan screening terhadap fenotip tertentu. atau activation-tag yang mampu mengoverekspresikan gengen yang ada disekitar daerah insersi dari activation tag tersebut. tembakau atau padi dan tanaman lainnya. maka selain berfungsi untuk knock-out konstruksi vektor yang digunakan mempunyai fungsi lain yaitu sebagai gene/enhancer-trap yang dapat berfungsi untuk menangkap sinyal aktivitas promoter/enhancer element yang berperan sebagai regulator ekspresi suatu gen dengan menggunakan reporter gene (gusA/gfp). Bioinformatics Bioinformatics adalah satu area ilmu pengetahuan baru yang sedang tumbuh dan berkembang. gen yang berpengaruh pada sifat tertentu yang akan dipelajari tidak perlu tersedia. Pertukaran informasi terjadi antara site-site database penyedia informasi bioinformatics. Australia) transposon dan retrotransposon terletak pada cara mereka bertransposisi (berpindah tempat). Dengan gene/ enhancer-trap. untuk tanaman saat ini teknologi yang dapat dipercaya (reliable) untuk melakukan knock-out pada gen tertentu (targeted knock-out) pada belum tersedia. misalkan Tos17pada padi) maupun yang berasal dari tanaman lain seperti jagung (A c/Ds. gen yang akan dipelajari fungsinya sudah harus tersedia sehingga gen tersebut dapat segera diklon di plasmid ekspresi untuk kemudian dioverekspresikan pada organisma target (tanaman). Aplikasi gene/enhancer trap untuk mengidentifikasi fungsi gen dengan melihat ekspresi dari reporter gene. yang dimiliki oleh pribadi maupun umum. C. Untuk menjawab pertanyaan-ppertanyaan tersebut dibutuhkan pengolahan data yang sangat besar dan kompleks. Mutagenesis (Reverse genetics dan Forward genetics) Pada dua strategi yang biasa dilakukan untuk mempelajari fungsi suatu gen secara langsung. Knock-out secara random pada genom tanaman dapat dilakukan dengan insersi T-DNA pada genom melalui transformasi Agrobacterium untuk tanaman tertentu seperti model tanaman Arabidopsis. Transposon dan retrotransposon pada dasarnya adalah elemen genetik yang dapat bertransposisi/berpindah tempat dari satu posisi di genom ke posisi lainnya pada generasi berikutnya secara acak. knock-out mutagenesis dengan transposon Ac/Ds menghasilkan mutan yang tumbuh lebih lambat (tanda panah) dari tanaman galur liarnya (Dari Dr. sehingga pengaruh overekspresinya dapat dipanytau dengan melihat perubahan fenotipnya. aktivitas dari promoter atau enhancer (expression control element) gen tersebut dapat diidentifikasi dengan memperhatikan ekspresi reporter gene. Metoda ini cukup handal. Oleh karena tidak setiap knock-out menghasilkan fenotip baru. akan tetapi untuk mendapatkan insersi yang banyak untuk mendapatkan saturasi diperlukan proses transformasi yang banyak. diantaranya adalah dengan induksi stres maupun dengan memanfaatkan protein transposase yang dihasilkan oleh transposon. Pendekatan ini biasa disebut sebagai reverse genetics. Contoh aplikasi dari penggunaan A c/Ds mutagenesis yang sudah cukup maju adalah di Arabidopsis dan padi. Untuk melakukan knock-out. a. Sehingga untuk mempelajari fungsi dan mengidentifikasi gen secara menyeluruh (functional genomics) dapat dilakukan dengan cara knock-out yang dilakukan secara random. Dengan melihat pola atau spesifisitas ekspresi dari reporter gene tersebut maka fungsi dari gen yang ada di sekitar daerah insersi tersebut akan dapat diperkirakan. Perbedaan antara A B Gambar 4. Melalui cara mutasi insersi ini. untuk mendapatkan kesimpulan data biologi yang Gambar 5. isolasi dan identifikasi fungsi gen-gen pada genom dapat dilakukan. Sementara activation-tag akan dapat meningkatkan tingkat ekspresi gen yang terpengaruh. Proses berpindahnya transposon dikarenakan oleh beberapa faktor induksi. Activator/ Dissociation). BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 21 . pada system syaraf embryo tikus (kiri) dan pada tanaman Arabidopsis (kanan) (diambil dari beberapa sumber). Identifikasi gen-gen penting dan prediksi fungsi-fungsi mereka secara genomik dengan mutagenesis menggunakan transposon ini prosesnya semakin dipercepat dengan telah diselesaikannya draft-draft urutan DNA organisme target. Demikian pula client dapat memasukkan data-data baru ke dalam database. Sehingga untuk lebih memaksimalkan upaya mempelajari genegen tanaman dengan cara knock-out saat ini telah dikembangkan satu cara yang efektif untuk melakukan knock-out pada padi yaitu dengan memanfaatkan insersi transposon.B. Tidak seperti pada organisme lain. Dengan pendekatan ini maka mutasi inseri secara acak akan bisa diperoleh dengan lebih cepat. meskipun gen organisme target yang terganggu karena insersi transposon tidak menyebabkan munculnya fenotip baru. yang memakai pendekatan perhitungan dengan memanfaatkan komputer (computational biology) untuk menjawab pertanyaanpertanyaan seputar ilmu biologi. Cara yang pertama adalah dengan mengoverekspresikan (over-expression) gen dan yang kedua dengan merusak/menghilangkan (knockout/disruption) gen yang dipelajari. Fungsi gen tersebut dapat diperkirakan dengan melihat fenotip yang dihasilkan oleh tanaman transgenik yang dihasilkan. b. baik yang berasal dari tanaman itu sendiri (endogenous retrotransposon. Untuk melakukan overekspresi. Narayana Uppadhyaya.

urutan basa DNA atau cDNA yang diperoleh dari expression profilling dan mutagenesis beserta prediksi fungsi-fungsi mereka. IKLAN ANDA SEHARUSNYA BISA TERPAMPANG DI SINI untuk pemasangan iklan hubungi sekretariat BioTrends 22 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .nlm. *Dr. memprediksi regulatory region dari suatu gen seperti promoter dan lokasi-lokasi yang penting untuk interaksi (binding domain) dengan protein yang berperan untuk proses transkripsi (transcription factors). melakukan sequence allignment. padi.LIPI. NCBI berkolaborasi dengan organisasiorganisasi lain seperti DNA Databank of Japan (DDBJ) dan European Molecular biology Laboratory (EMBL) database milik European Bioinformatics Institute dalam hal pertukaran informasi sehingga datadata baru yang diperoleh secara terpisah akan dapat dikumpulkan untuk dimanfaatkan oleh publik semaksimal mungkin. Potensipotensi yang ditawarkan bioinformatics mampu merubah cara pandang ilmu pengetahuan dasar dengan memberikan pemecahan permasalahan dan pendekatan desain experimen di laboratorium. Saccharomyces cereviseae.gov). Satya Nugroho adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi .nih. Selain menyediakan database seperti urutan DNA genom. Arabidopsis dan sebagainya. Salah satu site bioinformatics yang mempunyai fasilitas terlengkap dalam memfasilitasi penelitian functional genomics adalah adalah yang dibangun dan dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information yang merupakan bagian dari National Institute of Health di Amerika Serikat ( www. bioinformatics juga memberikan alat-alat untuk menganalisa secara biologi molekuler seperti kemampuan untuk mencari urutan basa yang sama (similarity search). Cibinong. Bioinformatics menjadi semakin penting dengan telah diselesaikannya pengurutan basa genom organismeorganisme penting seperti manusia. urutan asam amino berbagai organism. lalat buah. dan sebagainya. memprediksi catalytic domain protein untuk meramalkan fungsi gen yang bertanggungjawab.ncbi. Data-data yang didapat semakin mudah diakses dengan adanya jaringan internet yang semakin mudah dijangkau.Dari Redaksi >> valid atau dapat dipercaya. Keberadaan data-data tersebut secara otomatis akan mendukung upaya untuk mempelajari fungsi gen-gen secara genomics (global) melalui pendekatan-pendekatan functional genomics.

Kode genetik adalah gabungan tiga basa nukleotida untuk menyandikan satu jenis asam amino. Beberapa pusat riset di dunia telah melakukan upaya genome sequencing yang datanya dapat diakses secara bebas. Gambar 1. Walaupun kode ini bersifat universal. Beberapa tekhnik dikembangkan antara lain melalui inseri buatan untuk menghasilkan mutan atau teknik metagenomik untuk mandapatkan sejumlah gen dari organisme yang tidak dapat atau masih sulit ditumbuhkan pada kondisi lab. Kemampuan untuk mengakses DNA saat ini juga tidak terbatas. Program ini diperlukan antara lain untuk melihat homologi dan posisi restriksi enzim serta analisis lain seperti desain primer (A). guanine. Restiksi enzim map. melibatkan sejumlah delesi atau substitusi basa yang menyusunnya. Arabidopsis thaliana. Di samping itu program analisis DNA diperlukan untuk mempermudah pencarian conserved region untuk menemukan gen uang sama pada organisme lain (B). BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 23 . Fungsi program analisis DNA. akan tetapi secara umum asam nukleat yang dikodekan oleh tiga basa pengkodenya adalah sama. Kegiatan untuk melakukan manipulasi urutan DNA secara artifisial sangatlah dimungkinkan. Akibatnya. BioEdit. (Diambil dari CFC Free Workbench) membentuk ikatan phosphodiester dengan deoxynucleotide selanjutnya. Enzim T4 Gambar 4. Gene hunting ataupun gene discovery. semua informasi yang nantinya akan diwariskan disimpan dalam bentuk materi DNA. Gambar 2. GAATTC yang sangat spesifik untuk selanjutnya dipotong. dan CLC Free Workbench Penulis: Sigit Purwantomo* P ada organisme prokariotik dan eukariotik. Selanjutnya. DNA tersebut terdiri dari empat jenis basa nukleotida adenine. Enzime restriksi endonuclease yang telah diisolasi dari berbagai organisme seperti EcoRI dari E. pada kode-kode tertentu mengkode asam amino yang berbeda pada urutan basa yang sama (Tabel diambil dari DNAMan). Sequencing dengan tekhnik dideoxynucleotide atau umum dikenal dengan metode Sanger merupakan contoh metode sequencing.coli mampu mengenali sisi sekuens DNA khusus. Disamping fungsi help. Urutan DNA dapat diketahui karena kita dapat malakukan pengurutan DNA melalui DNA sequencing. dan thymine. cytocine.3’-dideoxynucleotide triphosphates (ddNTP). Analisis fungsi suatu sequence DNA biasanya akan Saat ini beberapa organisme seperti Escerichia coli K12. kombinasi untuk setiap tiga basa nukleotida akan mengkode asam nukleat. Tampilan help pada BioEdit. Pada cara ini. digunakan 2’. Gambar 5. Bioedit menghadirkan tutorial untuk menjalankan fungsi yang tersedia. Sequence DNA tersedia pada genebank yang dapat diakses free dari NCBI website. Tabel kode genetik. dan Oryza sativa telah secara utuh disekuens urutan DNA begitu juga dengan species Homo sapiens. yang berbeda dari normal deoxynucleotide. molekul ini akan menghentikan elongasi rantai DNA disebabkan ketidakmampuan Gambar 3. Website ini juga memiliki link dengan web database DNA lainnya. sequence DNA yang menjadi interest selanjutnya dapat diketahui. Tampilan help dari CLC free workbench.Program freeware DNA analysis: ClustalW. Manipulasi dan analisis DNA dapat dilakukan secara on line atau off line internet. Melalui analisis PCR dari flanking sequence yang diketahui dan dideskripsikan dengan sequencing. Disamping itu dari sequence DNA kita dapat melihat hubungan kekerabatan dari suatu jenis relative dengan species lainnya melalui sequence homology yang dimiliki. Walaupun ada beberapa pengecualian yang membedakan antara kode asam amino tertentu dari prokariotik dan eukariotik. merupakan upaya untuk menemukan “kembali” gen untuk dipelajari fungsinya. program ini menyediakan petunjuk tutorial untuk menjalankannya.

Untuk memakainya memang terdapat perbedaan pada tampilan yang disajikan dan menu fungsi yang diberikan. Kita dapat melihat suatu fungsi dari pilihan help pada bagian index atau kita dapat memilih dari content ataupun find. BioEdit. DNAMan dan Vektor NTI adalah contoh versi komersial analisis DNA. intron. Secara sederhana terdiri dari bagian promoter. Seperti misalnya bahwa. terlebih jika speed koneksi internet sangat rendah. Kita dapat pula mengedit dalam arti menambah enzyme restriksi untuk keperluan up date.Sc adalah staf di Pusat Peneliti Bioteknologi . Cibinong. dan CLC Free Workbench merupakan contoh dari freeware yang dapat diakses dan didownload via internet. Untuk melihat alignment dan beberapa aplikasi program accelerator pada saat download. Reverse complement akan membuat complement dari utas 5’-……. M. 24 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Tampaknya software yang tersedia bebas tidak kalah dari komersial software yang berharga cukup mahal.DNA ligase menjadi enzim penting jika akan dilakukan penempelan antara ujung yang telah dipotong.….-3’ (utas 1) yaitu utas 2. utas 5’. alignment dapat dilakukan untuk presiksi protein yang dihasilkan. seperti alignment. Software CFC Workbench yang direlease 2005 memiliki tampilan dan help yang sangat mudah diikuti begitu juga BioEdit yang direlease tahun 2004. Baik ClustalW. seperti map restriction site. Dua program terakhir mampu untuk memberikan input tentang posisi enzim restriksi yang ada pada suatu sequence.. Walaupun mungkin ada keterbatasan yang ada dibanding sepupunya yang komersial. BioEdit menawarkan sejumlah aplikasi seperti DNA alignment. coding sequence. dan pembuatan phylogenetic tree. dapat “ungkir balik”. kita dapat secara step-by-step menggunakan software-software aplikasi tersebut. Dengan menggunakan kata kunci “molecular biology freeware”pada search engine kita dapat menjumpai daftar software tersebut. ataupun open reading frame. oleh karena itu mungkin diperlukan reverse complement. complementary. restriksi enzim. Dengan mempelajari help dan tutorial yang ada. atau akhir analisis sequence dapat digunakan BioEdit atau CLC. Akan tetapi ukurannya relative sangat besar sehingga membutuhkan waktu saat download dari internet. BioEdit. Beberapa software tersedia secara komersial untuk analisis DNA tidak secara online. Program ini dipakai untuk alignment dari beberapa sequence. akan tetapi utas 2 ditulis dengan 5’-……3’. Software analisis DNA yang ada pada dasarnya memiliki fungsi dasar yang sama. software gratis yang tersedia saat ini dapat diberdayakan untuk menganalisis DNA yang kita punya dan menggali potensi diversitas DNA yang kita miliki. Umumnya DNA adalah double strand. dari coding sequence suatu gen fungsional. alignment. Semua program analisis yang tersedia umumnya dilengkapi dengan tutorial atau Help yang sangat user friendly. * Sigit Purwantomo. Intron bisa saja terletak di awal. Pada genome posisi strand DNA yang berisi modul tertentu yang diinginkan. Disamping itu. atau langsung dengan kata kunci menggunakan nama software tersebut. beberapa sequence telah diketahui fungsinya akan tetapi ada beberapa bagian yang belum diketahui fungsinya. dan terminator. Kita dapat mempelajari fungsi yang ada melalui fungsi help yang diberikan. Sequence DNA akan ditulis dari ujung 5 ke ujung 3 yang menunjuk pada posisi karbon pada gula di basa nukleotida. Hal ini untuk mengurangi kemungkinan terputusnya koneksi internet saat download yang dapat berakibat rusaknya program. ClustalW. dan lainlain. atau CLC memberikan fungsi untuk alignment DNA dan pembutan phylogenetic tree dari sequence yang dialignment. Dalam organisasi genom. Disarankan untuk menggunakan Untuk analisis sequence DNA dengan menggunakan program-program tersebut diperlukan pengetahuan dasar terkait dengan sequence DNA. kecuali pada beberapa organisme seperti virus dapat single strand. Kedua program terakhir cukup kuat untuk menganalisis sequence DNA. posisi restriksi enzim ataupun menggambar plasmid yang dapat dipelajari dari help tutorial yang tersedia. Gen fungsional selalu terdiri dari bentukan yang sifatnya modular. tengah. ClustalW merupakan versi Windows untuk program klasik clustalX. misalnya promoter. Fungsi ini diperlukan untuk melihat kesamaan antar sequence dan daerah conserved pada sequence tersebut. Sejumlah program untuk menganalisis sequence DNA. Akan tetapi beberapa diantaranya dapat kita download secara free. seperti misalnya intron pada organisasi genom eukariotik.-3’ akan memiliki utas komplementari 3’-……-5’.Akan tetapi harga dari software ini relatif mahal karena membutuhkan licence untuk penggunaannya. exon. Kegiatan alignment merupakan fungsi untuk menyamakan posisi basa pada satu sequence dengan sequence lainnya. Hal ini dijumpai juga pada tutorial dan help pada CLC.LIPI.

Bisa dibayangkan apabila ini digunakan BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 25 . besar (high-throughput screening) maka teknologi combinatorial chemistry dapat digunakan sebagai basis yang sangat kuat dalam drug discovery efforts.B3-C1 A 3-B2-C2 A1-B3 A 3-B3. konsep dasar combinatorial chemistry dapat dibagi menjadi 2 macam.C D A -B .B1-C3 A3-B 2-C1 A 3-B1. dan C3) maka dengan cepat 9 molekul tadi bertambah menjadi 27 jenis molekul.B2-C2 A2 -B1-C1 A1-B1 A2-B 1-C3 A2 -B2-C1 A2-B 1-C2 A2 A1-B2 A 2-B2-C3 A2-B 3-C1 A2-B 2-C 2 dengan masing-masing memiliki 3 jenis. Dengan mereaksikan 9 jenis molekul yang dihasilkan dari reaksi A dan B dengan molekul C (C1. Pada cara ini penambahan molekul terjadi seperti rantai dimana penambahan molekul hanya dari satu arah (tidak bercabang). dan mikrobiologi. bioteknologi. Secara teori. Pada reaksi pertama terjadi reaksi antara 3 jenis molekul A (A1.D D-A -B . Teknik semacam ini bila digabung dengan kemampuan skrining yang tinggi dan dalam jumlah sampel yang STAGE 1 R’ R’ H2NCHCOOR’ RCOCl RCONHCHCOOR’’ STAGE 2 R’ R’’’NH2 RCONHCHCONHR’’’ A 1-B1. Selain kedua cara tersebut diatas. akan membuat potensi combinatorial chemistry akan lebih tinggi untuk mendapatkan molekul baru sebagai bahan obat yang lebih sesuai dengan kondisi tubuh kita.C Gambar 1: Pola dasar sintesa molekul dalam combinatorial chemistry. Disamping teknik combinatorial chemistry. biokimia. B2. yaitu: pertama. Hal lain yang juga berperan dalam combinatorial chemistry terletak pada posisi ikatan suatu molekul dengan molekul lainnya.C 3 A3.B2-C1 A1 A1 -B2 A1. kimia inorganik. B.C 2 A3-B 1-C1 A1 -B1 A3.B2-C2 A1-B 2-C3 A1-B 3-C1 A1-B3 A1-B 3-C 3 A1. dengan mengetahui fungsi spesifik suatu molekul dalam biochemical pathway maka molekul baru yang berfungsi sebagai obat dapat didisain dan disintesa. Hal ini karena teknik baru ini sangat berpotensi sekali digunakan sebagai cara untuk mensintesa senyawa kimia yang berfungsi sebagai obat yang bahkan dialam kombinasi molekul tersebut tidak didapatkan.C 1 A1 -B1 A 1-B1-C2 A1. Dalam hal ini.C . Pada reaksi tersebut (antara A dan B) dihasilkan 9 jenis molekul. Pada contoh Gambar 1 tersebut molekul yang digunakan adalah molekul A. Keunikan teknologi combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam mensintesa molekul dengan keragaman yang tidak terbatas.C 3 A3 -B2-C2 Gambar 1: Konsep dasar reaksi combinatorial chemistry.B1-C3 A1. dengan cara membuat molekul yang mempunyai struktur seperti pada Gambar A1-B3 A2-B 3-C3 A 2-B2. Ditambah dengan kemajuan sains dan teknologi yang begitu cepat dalam bidang life sciences seperti genomik. Berdasarkan pada konsep ini maka jumlah dan keragaman jenis molekul (molecular diversity) dapat diproduksi dengan sangat cepat.COMBINATORIAL CHEMISTRY: PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT Penulis: Adi Santoso* PENDAHULUAN Combinatorial chemistry adalah teknologi yang masih tergolong baru yang dikembangkan oleh peneliti dari berbagai disiplin ilmu pengetahuan.C 2 A3 A1-B2 A 3-B2.C D A. Dalam teknik ini diharapkan dengan meningkatkan jumlah populasi keragaman molekul maka kemungkinan untuk mendapatkan molekul yang diinginkan dengan sifat tertentu juga akan meningkat. teknologi lain yang saat ini banyak digunakan dalam drug discovery adalah dengan mengisolasi sampel dari tanaman atau mikroba atau sumber lain kemudian dianalisa satu persatu pengaruhnya terhadap efek biologi yang diteliti. kedua. dan C (a) A B A-B C A . Sebagai teknologi yang relatif baru teknologi combinatorial chemistry banyak mendapat perhatian dari kalangan peneliti terutama dari kalangan industri farmasi. dan A3) dengan 3 jenis molekul B (B1. penambahan molekul (seperti yang terlihat pada Gambar 2b) secara bercabang. dan kemampuan membuat hewan transgenik sesuai dengan yang diinginkan. Teknologi ini dikembangkan dengan tujuan utama untuk mendapatkan cara yang paling efisien dan efektif untuk mendapatkan bahan obat baru (drug discovery). 2a. KONSEP DASAR COMBINATORIAL CHEMISTRY Secara umum konsep dasar reaksi combinatorial chemistry dapat diterangkan seperti pada Gambar 1. kimia organik.B .B.C-D D A -B -C (b) A B A -B C D D A -B . diantaranya berasal dari: farmasi. cara mendisain suatu obat yang telah berhasil dan banyak dilakukan oleh para peneliti dari bidang biokimia sejak dulu adalah dengan mempelajari secara detil biochemical pathways (siklus biokimia) dari suatu molekul didalam tubuh mahluk hidup. A2. Secara simultan beberapa reaksi dapat terjadi seperti yang tertera pada Gambar 1. Pada artikel ini keunikan dan potensi teknologi combinatorial chemistry dibahas dalam kaitannya dengan drug discovery. Dengan keragaman yang sangat tinggi maka diharapkan sebagian dari molekul yang disintesa mempunyai fungsi biologi seperti yang kita harapkan dan mampu digunakan untuk melawan suatu jenis penyakit tertentu. proteomik. Seperti diketahui walaupun suatu molekul mempunyai rumus molekul yang sama tetapi dengan mempunyai rumus bangun yang berbeda maka reaksi yang dihasilkan juga akan berbeda. C2. dan B3).

B1. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solution. 2. dan C1. dan C1. B1. Kemampuan untuk mendapatkan informasi tentang jenis molekul yang berpotensi sebagai obat dan sistim database yang digunakan untuk menyimpan informasi yang dihasilkan adalah sangat mendasar dalam combinatorial chemistry. 3. Cibinong. KESIMPULAN Keunggulan combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam menciptakan keanekaragaman molekul (molecular diversity). -----> Uji Biologis 26 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . 3. -----> Uji Biologis A3 + B1. 2. C2. 3. Kemampuan dalam memodifikasi dengan cara menambahkan beberapa gugus kimia pada molekul tertentu membuat molekul baru yang disintesa diharapkan secara spesifik dapat mempunyai mekanisme seperti yang diharapkan dalam fungsinya sebagai obat. Pemilihan cara pembuatan pustaka molekul. Pada sistim ini setiap reaksi dilakukan secara terpisah sehingga apabila suatu molekul ternyata positif mempunyai fungsi yang 2. 3. C3 -----> Campuran 2 mengandung senyawa A2. * Adi Santoso. dan C1.LIPI. 2. Konsekuensinya. Walaupun teknik ini sangat menguntungkan tetapi membutuhkan biaya yang sangat tinggi karena melibatkan proses pembuatan solid support dan meletakkan molekul yang diteliti pada support yang digunakan. Pustaka yang dibuat dengan cara ini mudah untuk dipurifikasi karena masing-masing molekul yang terdapat dalam pustaka tersebut diletakkan secara terpisah pada support yang digunakan. Gambar 3. 2. 3. C2. Solution Masalah yang sangat mendasar pada teknik ini adalah kesulitan dalam purifikasi. Karena sifat teknik ini adalah kombinasi (combinatorial) maka dengan cepat jumlah molekul yang di sintesa akan meningkat dengan sangat tajam. Salah satu contoh combinatorial chemistry yang menggunakan solid support system adalah dengan menggunakan well grid array (misal: 96 well plates). C3 -----> Campuran 3 mengandung senyawa A3. adalah pustaka yang dibuat dalam bentuk cairan (solution). B3 + C1. Ph. Hal yang sangat menguntungkan dengan menggunakan teknik solid support adalah tahap purifikasinya. B3 + C1. Bila dibandingkan dengan teknik solid support system. 3.sebagai obat. Karena masing-masing reaksi dilakukan secara terpisah diatas suatu platform maka proses purifikasi akan sangat memudahkan sekali dalam proses purifikasinya. 2. B1. Tukar menukar informasi dan pustaka molekul yang telah disintesa antara satu peneliti dengan peneliti lainnya akan sangat menentukan kecepatan drug discovery. Karena dalam teknik ini semua reaksi terjadi dalam satu tempat sehingga banyak sekali terdapat molekulmolekul yang tidak kita inginkan. Pustaka semacam ini biasanya dikerjakan dengan menggunakan robotic system dimana molekul yang digunakan diletakkan pada solid support. B3 + C1. -----> Uji biologi s A2 + B1. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solid support . C2. maka setiap molekul yang disintesa akan mempunyai fungsi dan potensi yang berbeda. C3 -----> Campuran 1 mengandung senyawa A1. A1-B1-C1 A1-B1-C2 A1-B1-C3 A1 -B2-C1 A1 -B2-C2 A1 -B2-C3 A1-B3-C1 A1-B3-C2 A1-B3-C3 A2-B1-C1 A2-B1-C2 A2-B1-C3 A2-B 2-C 1 A2-B 2-C 2 A2-B 2-C 3 A2-B3-C1 A2-B3-C2 A2-B3-C3 A3 -B 1-C1 A3 -B 1-C2 A3 -B 1-C3 A3-B2-C1 A3-B2-C2 A3-B2-C3 A3-B3-C1 A3-B3-C2 A3-B3-C3 UJI BIOLOGIS Gambar 4. kedua. B2. A1 + B1. Solid support system Metode solid support pertama kali digunakan oleh perusahaan Merrifields dari USA. 2. manajemen pustaka molekul menjadi sangat esensial. akan sangat dipengaruhi oleh biaya dan teknologi purifikasi yang akan digunakan. B2. dikehendaki maka molekul ini dapat langsung di identifikasi dan diproduksi dalam skala besar. B2. Berikut dibawah ini dijelaskan keuntungan dan kerugian kedua sistim tersebut: 1.D adalah staf peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi . CARA MENDISAIN COMBINATORIAL CHEMISTRY Hal yang juga sangat mendasar dalam combinatorial chemistry adalah dimana pustaka molekul disintesa? Terdapat 2 macam cara pembuatan pustaka combinatorial chemistry: pertama adalah pustaka yang dibuat dalam solid support (sejenis bahan plastik). Pustaka yang berbentuk cairan biasanya merupakan pustaka mixture dimana semua molekul dalam pustaka bersatu dalam cairan. Menghadapi hal semacam ini. keuntungan teknik ini adalah beayanya yang relatif murah dan bisa dilakukan dalam skala yang besar. solid support system atau solution. dalam teknik ini sebagian besar usaha yang dilakukan terfokus pada tahap purifikasi.

yang berupa enzim. Biokatalis. peranan biokatalisis juga akan semakin penting dalam industri kimia modern. enzim mempunyai karakteristik yang sangat menarik untuk industri: sangat spesifik. yang selama ini digunakan sebagai sarana untuk memproduksi molekul-molekul khiral sebagai bahan baku industri farmasi. Dengan demikian. mudah didapat. yang disebut sebagai kofaktor. enzim bersifat sangat spesifik. merupakan metoda yang tidak asing dalam proses sintesis kimia organik di ranah akademis maupun dalam tataran industri. yang disebut sebagai ko-enzim. aktif dan bekerja dalam kondisi ’normal’. maka akan semakin mahal biaya yang diperlukan. biokatalisis dianggap sebagai representasi dari suatu strategi yang menjanjikan dalam menopang konsep “ green chemistry”. Dalam skala industri. Atas dasar kelebihan-kelebihan ini. deterjen. Semakin kompleks kofaktor yang dibutuhkan. Semakin pentingnya peran biokatalisis. namun rendeman dan kualitas produk yang dihasilkan lebih tinggi. Enzim dengan nama yang sama tetapi berasal dari sumber yang berbeda seringkali menujukkan perbedaan pula dalam struktur dan sifat-sifatnya Stabilitas. serta dalam pengelolaan limbah dan remediasi lingkungan. Enzim dan Biotransformasi Penulis: Theresia Umi Harwati & Bambang Sunarko* Kenapa biokatalis penting? Biokatalisis. regio.Biokatalis. namun juga dapat berperan dalam reaksi serupa dengan senyawa-senyawa ’non-alami’. yang ramah lingkungan. produk reaksi.dan stereoselektif. Selain itu. Sebagai ilustrasi betapa beragamnya kegunaan biokatalis dalam sintesis kimia. penisilin semi sintetik dan obat kanker. industri pangan dan pakan. dan sekaligus mengurangi konsumsi enerji untuk produksinya. Sebagai contoh. Secara umum. Aktivitas enzim seringkali peka terhadap keberadaan molekulmolekul kecil. Industri proses kimia juga mulai menyadari bahwa enzim bukan hanya efektif sebagai katalis dalam transformasi senyawa-senyawa ’alami’ dalam sistem kehidupan. Di masa depan. seperti hidrolisis. maka faktor-faktor berikut yang perlu mendapat diperhatikan: · Spesifitas. seperti dalam sintesa senyawa-senyawa yang bersifat regio-. Inilah salah satu alasan mengapa saat ini industri mulai melirik biokatalisis dan memanfaatkan biokatalis secara ekstensif untuk memproduksi precursor dan ingradien penting untuk produksi farmaseutika. Sumber biologis. misalnya. sel mikroba (hidup atau mati). secara umum hanya ada perbedaan yang kecil diantara beragam enzim dalam nilai pH dan suhu operasinya. dan ramah lingkungan. Sampai saat ini. enzim digunakan sebagai katalis dalam beragam reaksi. lambat laun biokatalisis mulai menggeser dan menjadi pesaing utama metode sintetik konvensional. Enzim sebagai biokatalis Sebagai biokatalis. yang terikat dalam matriks atau bebas. beberapa enzim memerlukan keberadaan materi lain. enzim dimanfaatkan untuk mengkatalisis beragam reaksi-reaksi organik dan banyak dilibatkan dalam industri pangan. Sehingga. biokatalis telah digunakan untuk produksi fruktosa. atau oleh kontaminan kimiawi yang ada dalam substrat. Spesifikasi sumber enzim seringkali merupakan hal penting. Inhibitor. dalam industri. diagnostik. enansio. · · · BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 27 . Daya pikatnya berasal dari selektivitasnya yang tinggi. Dan tampaknya. pemanfaatannya terus meluas. resolusi kinetik dari campuran rasemat. kimia dan farmasi. tidaklah mengherankan. aktif dalam kondisi ’normal’.dan stereospesifitas yang tinggi. atau stereospesifik (selektif hanya terhadap salah satu stereoisomer) · Kofaktor. Secara umum. transesterifikasi. metoda tersebut banyak berperan dalam industri kimia dan farmasi. dari biotransformasi senyawa khiral secara enzimatis untuk produksi obat sampai desulfurisasi bahan bakar diesel menggunakan mikroba. aspartame. atau regiospesifik . yang pada akhirnya akan membatasi penggunaannya (kecuali ada cara-cara praktis untuk mendapatkannya kembali). pemahaman tentang mekanisme pengendalian semacam ini dapat merupakan hal penting untuk optimasi proses Kondisi reaksi. reaksi-reaksi yang dijembataninya seringkali mempunyai kemo-. isu-isu lingkungan merupakan hal yang penting bagi industri. ezim lebih labil dibandingkan katalis sintetik. Pemikiran untuk menekan polusi telah meningkatkan ketertarikan mereka terhadap produk dan proses kimia. Seperti kita ketahui. Dalam praktek. Seperti kita ketahui. Dan tampaknya biokatalisis. ada beberapa contoh enzim yang mampu melakukan reaksi pada suhu lebih rendah dari katalis konvensional. kebanyakan farmaseutika adalah molekul-molekul khiral. Namun. Pemanfaatannya juga begitu beragam. sehingga digunakan juga untuk mengolah material yang berasal dari bahan bakar fosil. secara ideal dapat memenuhi tuntutan itu. Metode ini akan menjadi proses inti untuk memproduksi senyawa yang sulit atau tidak dapat dilakukan dengan teknikteknik kimia konvensional. tipe pertama berupa ion-ion logam sederhana. sedangkan tipe kedua terdiri atas molekul organik yang kompleks. dapat dibuktikan dengan kenyataan bahwa saat ini pasar biokatalis (enzim saja) dalam bisnis global mencapai 1 milyar dolar Amerika. Secara umum. enzim dapat dihambat oleh substrat. dapat bersifat substrat spesifik (selektif · terhadap senyawa atau kelompok senyawa tertentu). serta yang memihak pada penggunaan sumber daya terbarukan daripada bahan baku berbasis petroleum. dan lain-lain. Walaupun beberapa dapat beroperasi diatas 60oC. Ada dua macam kofaktor. Selain itu. dan juga biokatalis. dapat menekan jumlah limbah dan konsumsi energi. Bila enzim akan dimanfaatkan sebagai biokatalis. pada Tabel 1 ditampilkan beberapa contoh senyawa-senyawa kimiawi yang diproduksi secara enzimatis. serta limbah yang dihasilkan mudah dituntaskan. Untuk bisa berfungsi. secara tradisional telah digunakan untuk mengkonversi bahan baku yang berasal dari bahan organik atau bahan baku yang terbarukan. suatu reaksi kimiawi yang menggunakan katalis biologis (biokatalis). bila biokatalisis dianggap sebagai komponen penting dan bagian yang tak terpisahkan dari industri life-science.

Ketersediaan. juga akan mendorong penggunaan biokatalis dalam proses produksi. Aspek-aspek yang perlu mendapat perhatian dalam keputusan awal ini adalah: ketersediaan biokatalis. Selain itu. terutama karena kebanyakan indutri kimia kurang begitu ‘akrab’ dengan ‘katalis alam’ ini. Kemampuan komputer yang ada saat ini memungkinkan untuk itu. Media padat dapat merupakan keuntungan yang meyakinkan bagi penggunaan biokatalis. biaya. seperti dalam pelarut organik atau dalam media padat. maka pertanyaan “Bagaimana biokatalis tersebut dimanfaatkan dalam proses produksi?” akan muncul dalam pengambilan keputusan berikutnya. keseimbangan reaksi. “Kapan dan bagaimana menggunakan biokatalis?” merupakan pertanyaan penting yang harus dijawab sebelum industri memutuskan untuk mulai menggunakannya dalm proses produksinya. ataukah dalam media non-konvensional. maka semakin tinggi pula efektivitas penggunaan biokatalis dalam industri kimia. seperti kebutuhan reagen dan senyawa-senyawa esensial lainnya yang lebih sedikit dan lebih murah. rendeman yang lebih tinggi. Lebih lanjut. Sedangkan masalah kedua menyangkut media reaksi. Namun. kemudahan dalam purifikasi produk. dan aspekaspek lingkungan (‘greenness”) juga merupakan aspek penting lainnya. bila dibandingkan reaksi kimia biasa. Masalah pertama menyangkut bentuk biokatalis yang akan digunakan. Dari pengalaman dapat ditunjukkan bahwa semakin positif jawaban yang dapat diberikan atas aspek-aspek tersebut diatas. maka mereka memerlukan: · Identifikasi biokatalis . Kapan? ”Kapan biokatalis bisa dianggap sebagai alternatif yang menjanjikan. Selain itu. masih ada beberapa kelemahan dalam pemanfaatannya dalam industri. kebutuhan kofaktor adalah beberapa aspek penting yang perlu mendapat perhatian. terutama bila jumlah tahapan reaksi dalam memproduksi suatu produk akhir dapat diturunkan secara drastis. enzim kompleks. yang berarti bahwa penggunaan biokatalis merupakan alternatif yang menarik dalam proses produksi. apakah reaksi biokatalisis dilakukan dalam media cair konvensional yang ramah lingkungan (green). tahapan-tahapan proses dan integrasi keseluruhan proses perlu diperhitungkan. diimobilisasi ataupun diaplikasikan dalam bentuk bebas. Peluang pemanfaatan biokatalis akan meningkat. apakah biokatalis tersebut diaplikasikan dalam bentuk sel utuh. Kegiatan ini melibatkan pencarian dan penapisan enzim yang tersedia secara Gambar: Dari tahapan riset sampai dengan aplikasi biokatalis 28 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Bila industri akan menggunakan proses yang melibatkan biokatalis dalam proses produksinya. sel organela. Bagaimana? Bila aspek-aspek yang dikemukakan diatas dijawab secara positif. dalam keseluruhan pembuatan keputusan. maka kecenderungan ini juga akan mendorong penggunaan biokatalis sebagai pilihan dalam proses produksi. dan purifikasi produk.Biokatalis dalam Industri Kimia Seperti telah diuraikan. Akhirnya. sifat biokatalis yang enansio. Aspek lain. laju reaksi yang lebih cepat dan kondisi reaksi yang lebih mild. yang sudah lama dikenal?”. kualitas produk akhir. jumlah reaksi yang terlibat. inhibitasi substrat/produk. namun perlu juga disadari bahwa saat ini kemajuankemajuan dalam yang berarti dalam bidang ini terjadi juga di bidang katalis kimiawi. ataukah dalam bentuk enzim kasar atau murni). biokatalis mempunyai peranan yang semakin penting dalam industri kimia sintesis. Jika isu ‘natural’ dan ‘green’ sangat menentukan penerimaan masyarakat terhadap suatu produkproduk tertentu. Adanya kepastian bahwa proses atau reaksi akan berlangsung melalui rute tertentu juga akan menjadi pertimbangan penting dalam keputusan untuk menggunakan atau tidak menggunakan biokatalis dalam proses produksi. Tak kalah pentingnya. selektivitas dan rendeman (yield). terutama berkaitan dengan kelarutan. kebutuhan dan ‘pada tataran mana’ integrasi proses dalam kaitannya dengan reaksi-reaksi (jika lebih dari satu reaksi yang terlibat). kompatibiliats dengan proses yang telah ada juga merupakan hal penting lain dalam keputusan tersebut. biaya dan komponen media lain yang diperlukan. Oleh karena itu. kemurnian. serta kondisi reaksi merupakan aspek lain yang perlu mendapat perhatian. merupakan pertanyaan pertama yang harus dijawab untuk memutuskan pemakaiannya dalam industri.dan/ atau stereoselektif dapat menjadi pertimbangan yang kuat untuk penggunaan biokatalis. sel hasil rekayasa genetis.

Namun. stabilitas terhadap pH dan suhu. upaya kloning dan ekspresi enzim dilakukan pada E.LIPI. Biasanya. dan lain-lain. penentuan kinetika dan stoikiometri reaksi. penyelidikan terhadap aspek-aspek regulasi katalitis dan ekspresi enzim. Setelah itu. Untuk menghasilkan biokatalis yang memenuhi kebutuhan komersial. maka biokatalis merupakan proses yang akan menjadi pilihan. Prosedur purifikasi melibatkan teknik-teknik kromatografi. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 29 . sintesis secara kimiawi konvensional memenangkan kompetisi pada akhirnya. Tentu saja. fungsi dan aplikasi enzim masih tetap diperlukan. sentrifugasi. agarosa. Cibinong. dalam tahap awal. yang menunjukkan catalytic turnover yang tinggi. suhu. menscale-up dan. alginat. biasanya industri memanfaatkan enzim yang tersedia secara komersial untuk proses biotransformasi sederhana (satu tahap). mengintegrasikan ke dalam keseluruhan proses sintesis produk yang diinginkan. jamur dan kapang) yang ‘dipanen’ melalui proses fermentasi. seperti glutaraldehida. dan juga stabilitas dan aktivitas dalam kondisi proses sebenarnya. Selain itu. Pengalaman mengajari kita bahwa hanya jika sebagian besar aspek-aspek memihak pada biokatalis. Upaya pengembangan biokatalis baru mencakup penapisan mikroba dan biomaterial secara ekstensif untuk mengidentifikasi aktivitas yang diinginkan. Namun. kemudian mengisolasi enzim atau enzim-kompleks yang cocok. teknik ini juga akan dapat diaplikasikan untuk perekayasaan sistem enzim kompleks. walaupun sampai saat ini. yang menyandikan sintesis enzim. enzim diperoleh dari mikroorganisme (bakteri. Isolasi. Datadata ini memberi landasan untuk dapat dilakukannya site-directed mutagenesis untuk memperoleh enzim baru yang dapat digunakan dalam bioreaktor secara industri. Pengembangan katalis yang stabil. Proses untuk biotransformasi yang diinginkan perlu dikembangkan . karakterisasi struktural enzim perlu dilakukan. beberapa pertanyaan dipaparkan yang harus dijawab untuk menghasilkan aplikasi biokatalis secara optimal. seperti evolusi enzim yang diarahkan (directed enzyme evolution).coli melalui suatu vektor tertentu. Kesimpulan Dalam artikel ini. biasanya industri juga mencoba proses yang multi-tahap yang melibatkan lebih dari satu enzim. parameter kinetika dan penggunaan ulang) dapat diidentifikasi. kondisi proses yang paling baik (nilai pH dan suhu optimal. Setelah enzim dimurnikan. · Sumber biokatalis. dilakukan imobilisasi enzim. Pengembangan proses. evolusi terarah banyak diterapkan untuk mengembangkan enzim-enzim secara individual. seperti pencerapan dalam matriks gel (poliakrilamida. atau diamina yang diaktivasi dengan carbodiimida). atau bahkan melakukan pengembangan biokatalis baru. karaginan). ultrafiltrasi. demikian juga mengenai struktur. Optimasi proses downstream dari biotransformasi seringkali sama pentingnya dengan proses biotransformasi itu sendiri. mikrokapsulasi (dengan cara polimerasi interfasial atau dengan mencampurkannya dengan surfaktan tertentu sehingga membentuk reverse micelles). metode-metode baru. Untuk mengawali penguasaan teknologi biokatalis. dan mampu melakukan transformasi baru merupakan hal penting untuk memperluas area penerapan bioteknologi. industri dapat memperoleh atau mengembangkan sendiri biokatalis yang diinginkan. misalnya dengan menggunakan HPLC (High Pressure Liquid Chromatography). Pada akhirnya. · Tahapan produksi enzim secara umum Secara umum. Seperti kita ketahui. tahap pertama yang perlu dilakukan adalah pemurnian enzim dari media fermentasi. Dalam praktek. atau tidak ada alternatif kimiawi yang ada. biokatalisis kombinatorial. MSi & Dr. karakterisasi fungsional perlu juga dilakukan. maka tahap berikutnya adalah optimasi proses yang menggunakan biokatalis amobil tersebut. bila upaya ini tidak/ kurang berhasil. Dengan waktu yang relatif singkat. Untuk pengembangan biokatalis in-house. Industri yang melakukan pengembangan biokatalis secara aktif biasanya mempunyai koleksi strain-strain mikroba dan enzimenzim dalam jumlah besar dan menganggapnya sebagai sumber daya teknologi kunci. seperti penentuan aktivitas dan stabilitas enzim pada suhu dan pH yang berbeda. seperti elektroferesa. baru dicoba dengan menggunakan sistem-sistem kloning dan ekspresi yang lain. seperti kebanyakan kasus. diperlukan sumber daya teknis yang memadai (beragam keahlian bioteknologis). dampak dari penggunaan biokatalis rekombinan semacam ini terhadap keseluruhan pentahapan reaksi dan terhadap proses downstream juga menjadi sasaran kajian dan riset dalam biotransformasi. Bila proses imobilisasi telah dilakukan dengan hasil yang baik. pengikatan silang dengan reaktan bifungsional (dialdehida. Demikian juga. kloning dan perunutan gena. bila perlu. teknikteknik pengkonsentrasian juga perlu dilibatkan. Selain itu. dengan melibatkan metoda-metoda. silica) atau dengan pendukung organik (seperti selulosa. adsorpsi dan pengikatan secara kovalen dengan pedukung inorganik (seperti gelas berpori. telah menghasilkan beragam biokatalis-biokatalis baru. dekstran. Untuk tahap-tahap selanjutnya. namun dengan meningkatnya akumulasi pengetahuan. perbandingan enzim/ dengan matriks dan sebagainya untuk mendapatkan biokatalis yang tepat secara industrial. waktu kontak dengan matriks pendukung. dialisis dan/atau liofilisasi. FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography). serta rekayasa metabolik (metabolic engineering). Selain itu. Bambang Sunarko adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . ultrasentrifugasi analitis. * Theresia Umi Harwati. dekade terakhir ini dipahami sebagai revolusi dalam pemahaman proses biokonversi pada tataran genetik.komersial. seringkali juga dilakukan. yang bertujuan agar biokatalis dapat dipanen dan digunakan kembali dalam proses. Beragam metode imobilisasi telah dikenal dan dapat disesuaikan dengan proses-proses industrial. Riset dan Pengembangan Biokatalis dan Biotransformasi Riset dalam bidang ini terutama diarahkan untuk mengembangkan dan optimasi proses yang melibatkan biokatalis. terutama untuk mendapatkan jumlah protein yang lebih tinggi. misalnya metoda penggaraman. pada akhirnya adalah ekonomi yang menentukan apakah aplikasi biokatalis dapat direalisasikan dalam praktek ataukah apakah. spektroskopi (UV-VIS dan/atau flueresens). dan juga proses untuk memproduksi biokatalis itu sendiri. presipitasi. Umumnnya kajian dilakukan untuk mempelajari dan mengidentifikasi pengaruh pH. polimir akrilik).

Wabah flu burung H5N1 telah telah terjadi di berbagai negara. Juga sama halnya dengan Amantadine. sehingga Kementrian Kesehatan menyatakan sebagai Keadaan Luar Biasa (KLB). Kita ambil saja virus HIV sebagai contoh. dan uncoating (Step 3 Gambar 4). yang merupakan reseptor dari virus HIV. yaitu proses terjadinya perbanyakan (replikasi) virus virus di dalam sel inang. Misalnya CD4. Interferon dilepas ke aliran darah atau cairan intercellular dan menginduksi sel sehat untuk memproduksi enzim guna melawan infeksi tersebut. Walaupun beberapa obat digunakan secara klinis. misalnya. dengan teknik genetic engineering. Tetapi sejak tahun 1980. Gambar 1. integration. penyakit AIDS sering menimbulkan komplikasi dan ko-infeksi. interferon telah berhasil dibuat secara masal. penyakit ini juga merupakan masalah serius karena jumlah orang dengan HIV/AIDS (ODHA) terus meningkat tiap tahunnya. dan 3) virus budding. (B) Gambar 2. Interferon adalah protein yang diproduksi oleh sel ketika diinfeksi oleh virus atau pathogen lainnya. Sebut saja flu burung. dimana dimulai dari reverse transcription. Gambar 3. step ini bisa 30 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Sedangkan uncoating adalah lepasnya gemon virus dari selubungnya dan masuk ke sitoplasma. 2) virus replication. Begitu juga obat AIDS seperti AZT. proses virus entry terdiri dari sedikitnya 3 step. demam berdarah dengue (DBD) juga merupakan penyakit infeksi serius. genome replication. dimana virus masuk ke dalam sitoplasma sel. Secara detil ketiga proses ini berbeda untuk setiap virus. yaitu proses keluarnya virus dari dalam sel untuk menginfeksi sel lainnya. beta. dan gamma interferon. penemuan obat antivirus juga dilakukan melalui tiga pendekatan. yang merupakan obat antivirus influenza. Keampuhan obat ini tidak lebih dari 50 persen. Proses virus entry dari HIV terdiri dari binding (Step 1 Gambar 4). Bahkan dalam kondisi sekarang ini. lebih dari 100 jutas kasus DBD terjadi setiap tahunnya. dimana terjadi berbagai penyakit infeksi virus. merupakan penyakit lama yang sampai saat masih menjadi masalah besar di dunia. termasuk Indonesia. Sementara itu. Virus HIV misalnya. bahkan sudah meluas sampai ke benua Eropa dan Amerika. Sesuai dengan life cycle dari virus tersebut. Reseptor ini bersifat spesifik. Beberapa contoh obat antivirus. Karena itu. Secara nasional. Karena penyakit ini menyerang system imun tubuh. Ada tiga jenis interferon. masing-masing binding.Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus Penulis: Andi Utama* M asalah penyakit infeksi virus adalah masalah besar baik secara global maupun nasional. wabah DBD merupakan wabah rutin yang terjadi setiap tahunnya. Proses replikasi virus lebih kompleks lagi. Alpha interferon telah disapprove untuk pengobatan leukemia dan hepatitis C. 1) Penemuan senyawa/zat yang menghambat proses virus entry Sesuai dengan proses virus entry ini. Obat ini memicu munculnya virus influenza yang resisten. protein synthesis . yang efektifitasnya tidak tinggi dan memiliki efek samping yang sama. sampai pada protein cleavage (Gambar 4). Di Indonesia sendiri telah terjadi wabah H5N1 sebagai perluasan dari wabah yang terjadi di Asia Tenggara. maka usaha untuk penemuan dan pengembangan obat antivirus merupakan hal yang penting. seperti ko-infeksi dengan Tuberkulosis (TBC) dan/atau hepatitis C. Dengan alasan tersebut diatas. (A) virus DBD (B) (B) penyakit infeksi virus. misalnya. Untuk Indonesia. Pendekatan untuk penemuan obat antivirus Untuk penemuan obat antivirus perlu diketahui life cycle (siklus hidup) dari virus itu sendiri. terutama di negara-negara tropis. Secara global. yaitu 1) virus entry. Sampai saat ini belum ditemukan obat yang efektif untuk sebagian besar ada beberapa pendekatan yang bias dilakukan untuk penemuan obat antivirus. dan uncoating. hanya bisa berinteraksi dengan virus HIV. artinya hanya bisa berinteraksi dengan virus tertentu. Virus HIV (A) dan Virus Begitu juga penyakit AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) yang disebabkan oleh infeksi virus HIV (Human Immunodeficiency Virus). umumnya obat tersebut hanya mempunyai tingkat efektifitas yang rendah dan masih memilik efek samping. fusion. Awalnya interferon diambil melalui ekstraksi dari darah manusia. sehingga sulit untuk mendapatkan dalam jumlah yang banyak. masing-masing alpha. Virus influenza H5N1 (A) dan Bahkan sejaktahun ini telah membawa korban jiwa. Step binding merupakan tahap awal dari infeksi dan merupakan proses yang signifikan untuk menentukan terjadi tidaknya infeksi. yaitu proses masuknya virus ke dalam sel inang . fusion (Step 2 Gambar 4). Obat untuk hepatitis C. Fusion adalah proses menyatunya virus dengan sel. (A) Hepatitis C (B). tidak hanya di Asia. Sehingga WHO memperkirakan akan terjadi pandemi flu burung H5N1 di dunia di masa yang akan datang. penemuan obat antivirus merupakan hal yang urgen. interferon dianggap sebagai salah satu biofarmasetik yang potensial. dan pemakaian yang lama dari obat ini bisa menimbulkan efek samping seperti panas dan bahkan rontoknya rambut. Binding adalah interaksi antara virus dan sel inang (host cell) melalui reseptor yang ada di permukaan sel inang dengan protein yang ada di permukaan virus (Gambar 4). Saat ini digunakan interferon atau gabungan interferon dengan ribavirin. Alpha interferon juga terbukti efektif untuk hepatitis B dan beberapa penyakit kanker. Secara umum ada 3 tahap life cycle virus. Karena itu.

menghambat proses virus budding Step ini difungsikan oleh enzim reverse Setelah replikasi genom terjadi di dalam sel. Pada virus influenza misalnya. umumnya seperti enzim protease. perlu diakui bahwa obat yang ada saat ini umumnya senyawa kimia sintetis. baik secara langsung menjadi untai RNA tunggal (single strand maupun tidak langsung. Proses ini difungsikan oleh RNA atau protein dari virus. yang merupakan proses perbanyakan genom yang difungsikan oleh enzim RNA polimerase dan RNA helikase. diketahui efektif terhadap penyakit infeksi hepatitis B. Bersamaan dengan itu. Namun. terjadi reverse transcriptase. Proses ini melalui dua step. Setelah itu terjadi proses genome integration (Step 5 Gambar 4). Pada proses ini. Karena Proses ini dinamakan protein cleavage itu. Phyllanthus niruri. dan berpegang pada prinsip bahwa yang alami itu lebih aman dibandingkan yang sintetis. Croton lechleri. Biodiversity untuk obat antivirus Berbicara tentang obat antivirus. dan dari hasil studi awal diduga juga memiliki efek antivirus terhadap virus hepatitis C (HCV) dan HIV. Oseltamivir atau yang lebih dikenal dengan Tamiflu. penelitian yang mendalam banyak dilakukan terhadap Curcuma sebagai obat antivirus HIV (Mazumder. Step fusion dan replication. Setiap virus memiliki mekanisme yang berbeda dan protein/enzim yang berperan dalam proses tersebut berbeda pula. dengan reseptor RNA). Draconitium Ioretense. virus akan keluar dari sel dan siap menginfeksi sel lainnya. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 31 . dan Uncaria tomentosa. Sama halnya dengan proses lainnya. terutama dari tanaman. yang 2) Penemuan senyawa/zat yang jika salah satunya tidak berfungsi proses menghambat replikasi virus di dalam sel virus replication ini tidak akan terjadi. juga terjadi proses protein uncoating juga bisa dijadikan target. Penemuan obat antivirus harus memenuhi 3 kriteria (Colegate SM. atau inang maupun dari virus itu sendiri. Nicotiana tabacum. dimana banyak sekali enzim yang berperan. yaitu menyatunya DNA tadi dengan genom sel inang. Mangifera indica. enzim protease. virus. polimerase. untuk penemuan obat yang mentargetkan proses virus budding ini diperlukan pengetahuan tentang mekanisme budding itu sendiri. yaitu proses sintesa DNA dari 3) Penemuan senyawa/zat yang RNA yang merupakan genom virus HIV. Siklus hidup virus HIV baru yang komplementari dengan RNA genom. sehingga enzim ini dijadikan target penemuan obat antivirus influenza. Setelah genom dengan AZT (Table 1) adalah inhibitor virus masuk ke dalam sitoplasma. sehingga proses helikase. Dalam step ini. karena banyak obat tradisional yang berasal dari biodiversity. poliprotein ini perlu encapsidation terjadi melalui ion channel diproses menjadi masing-masing protein. enzim neurimidase (enzim yang terekspresi di selubung virus) berperan dalam proses budding ini. maka tertutup kemungkinan virus bisa menyebar ke sel lain di dalam tubuh. Inhibitor yang diperlukan di merupakan intermediate product. upaya untuk penemuan obat antivirus dari biodiversity terus dilakukan. Copaifera paupera. Double sini bisa berupa senyawa/zat yang bisa strand RNA ini kemudian dipisahkan lagi berinteraksi. influenza dari inhibitor ion channel yang dijual di pasaran dan digunakan secara Jelas bahwa proses virus replication ini klinis sampai saat ini. 1995). Jika proses ini bisa dihambat. Karena itu. Pada step Tentu saja untuk itu mengetahui ini terbentuk poliprotein yang belum mekanismenya menjadi syarat mutlak. merupakan proses yang kompleks. inhibitor protein M2 bisa dijadikan (Step 8 Gambar 4) dan dilakukan oleh sebagai obat antivirus influenza. RNA polimerase berperan membentuk untai RNA (RNA strand) Gambar 4. adalah obat influenza yang merupakan inhibitor neurimidase. helikase. Virus assembly adalah step dimana semua komponen virus seperti genom dan protein-protein menyatu sehingga menjadi virus yang sempurna. 3’-azido-3’untuk setiap virus. synthesis (Step 7 Gambar 4). yang banyak diteliti. banyak yang bisa dijadikan Di dalam sel terjadi proses replikasi target untuk penemuan obat antivirus. Phyllanthus niruri. Bersamaan dengan genome binding tidak terjadi. baik dari sel scriptase. telah Untuk menjadi protein matang (mature) ditemukan bahwa proses uncoating/ dan berfungsi. Seperti contoh virus influenza. Step ini difungsikan oleh enzim integrase yang juga diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. Curcuma Ionga. ada beberapa tanaman yang bersifat antivirus. yang saat ini menjadi topik hangat. integrase. Salah satu obat anti-HIV yang Secara detil proses ini juga berbeda dipakai saat ini. Mari kita lihat lagi deoxythimidine atau yang lebih dikenal virus HIV sebagai contoh. matang (immature) dan belum berfungsi. semua genom virus yang telah disintesa dibungkus oleh protein selubung virus sehingga menjadi virus baru yang sempurna. yang menghambat proses budding ini. yang menghasilkan untai RNA dijadikan target untuk penemuan obat ganda (double strand RNA) yang antivirus. yang dibentuk oleh protein M2. Selain itu. terjadi proses genome replication (Step 6 Gambar 4).transcriptase yang diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. Virus HIV juga memiliki Amantadine dan rimantadine adalah obat dan mengkodekan enzim protease ini. 2000): (1) Harus menghambat perkembangbiakan virus tanpa memberikan efek terhadap sel inang (2) Harus memeiliki aktivitas yang luas (3) Tidak boleh yang menekan sistem immune (immunosuppressive) Pada penelitian tanaman di Amazon. yaitu virus assembly (Step 9 Gambar 4) dan release. Virus baru ini kemudian keluar dari sel (release) dan siap untuk menginfeksi sel lainnya. proses reverse transcription (Step 4 Gambar 4). reverse trandiperlukan beberapa enzim.

sehingga mengakibatkan tumpukan IMP dan akhirnya mengganggu replikasi DNA/RNA. Prostatin bahkan dibuktikan efektif terhadap virus HIV yang resisten terhadap berbagai obat. yang banyak diteliti adalah obat antivirus AIDS. Cibinong. terbukti menghambat pertumbuhan virus HIV dan bahkan juga menghambat ekspresi antigen virus HIV pada sel MT-4 (Premanathan. 1992). dan mereka mempelajari bagaimana memanfaatkannya. 32 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . * Dr. Adapun sumber yang digunakan cukup beragam termasuk mikroba dan tanaman. Hal yang sama juga ditemukan pada Rhizophora apiculata yang menghambat perkembangbiakan virus HIV-1. Gancyclovir adalah analog dari acyclovir yang digunakan untuk terapi infeksi cytomegalovirus dan virus herpes lainnya. Setelah diteliti lebih jauh. obat ini benar-benar bisa digunakan untuk kebutuhan pasien yang mengidap berbagai penyakit infeksi virus. baik virus DNA (seperti hepatitis B) maupun virus RNA (seperti hepatitis C). tidak untuk influenza B.09 mg/ml (Witvrouw. Gancyclovir Cara kerja-nya sama dengan acyclovir Amantadine Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza A. Uji menggunakan sel menunjukan bahwa 1 mM prostratin menghambat virus HIV-1 membunuh sel C-8166 dan sel U937 (Gustafson. terutama ekstrak polisakarida-nya. HIV-2. Uji toksisitas menunjukan bahwa Prostatin hanya menginduksi ornithine decarboxylase 2530% dari senyawa phorbol ester lain. Fungsi Acyclovir menghambat fungsi enzim thymidine kinase dari virus herpes. baik influenza A maupun influenza B. lebih khusus virus herpes simplex tipe 1 dan 2. Diversity ini berkurang dengan kecepatan 27 ribu species/tahun atau 74 species/hari atau 3 species/jam (Wilson. Kita berharap dalam waktu tidak lama. 2003). (Bidang Virologi) Ribavirin Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus. Masyarakat local hidup dengan biodiversity yang ada di sekelilingnya. Sebagai hasilnya ditemukan bahwa tanaman dari tanaman Mangrove dari famili Rhizophoraceae menghambat perkembangbiakan virus HIV pada sel MT4 (Premanathan. Fungsi beberapa obat antivirus Nama obat Acyclovir Struktur kimia Penggunaan Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus herpes.Table 1. Ribavirin menghambat fungsi inosine monophosphate (IMP) dehydrogenase. 1998). 1999). Biodiversity adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan. Misalnya Rhizophora mucronata. dan bahkan SIV (simian immunodeficiency virus) (Premanathan. Osetalmivir menghambat fungsi enzim neurimidase (NA) berperan dalam proses budding virus influenza. Zidovudine (AZT) Digunakan untuk penanganan pasien AIDS (acquired immunodeficiency syndrome) Sejauh ini. Andi Utama adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI. ternyata zat aktif yang berperan adalah prostratin atau 12-deoxyphorbol ester. Dengan kata lain. dan senyawa ini tidak berfungsi sebagai tumor promoter. Tanaman lain yang banyak diteliti adalah Homalanthus nutans . Selain itu mereka juga memanfaatkan biota liar untuk menjaga kesehatannya. Osetalmivir (Tamiflu) Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza . Diperkirakan ada sekitar 30 sampai 100 juta species di bumi ini. Polisakarida dari Rhizophora mucronata menghambat ikatan virus HIV dengan sel secara sempurna. 1992). yang diperlukan untuk uncoating. Penelitian lebih lanjut menunjukan bahwa tanaman Rhizophoraceae menghambat proses virus entry. 1996). mikroorganisme. Hasil penelitian menunjukan bahwa Prostatin menghambat proses viral entry melalui interkasi dengan protein dari sel yang berperan penting dalam proses viral entry. Juga digunakan untuk pengobatan infeksi serius virus herpes pada alat kelamin. Studi lanjut membuktikan bahwa EC50 (konsentrasi untuk menghambat 50% perkembangbiakan virus) dari Prostatin adalah 0. dan ekosistim dimana organisme ini hidup (Convention on Biological Diversity. dan migrasi penduduk ke kota. walaupun dosisnya 30 kali lebih tinggi. Pengetahuan dan tradisi ini diturunkan dari generasi ke generasi. AZT adalah competitive inhibitor dari enzim reverse transcriptase virus HIV.02-0. polusi. Diantara sumber tersebut yang banyak diteliti adalah tanaman. yang diperlukan untuk produksi DNA provirus dari template RNA. Namun makin lama biodiversity makin berkurang karena industrialisasi. 1992). tanaman yang sering digunakan untuk berbagai pengobatan. Amantadine menghambat fungsi protein M2 yang berfungsi sebagai ion channel. yang mutlak diperlukan untuk replikasi virus. biodiversity adalah sumber daya alam. diantara penyakit infeksi virus. 1999). Ekstrak dari Homalanthus nutans secara in vitro menunjukan inhibisi terhadap virus HIV-1 (Gustafson. Juga telah dibuktikan bahwa Prostatin berikatan dan mengaktifkan protein kinase C secara in vitro. hewan. termasuk inhibitor reverse transcriptase dan inhibitor protease. modernisasi pertanian. Pengembangan Prostatin sebagai obat antivirus HIV terus dilakukan dan sepertinya masih memerlukan waktu sampai penggunaan secara klinis. yang penting bagi manusia dan ekosistem. seperti contoh tanaman dan hewan sebagai makanan.

diantaranya senyawa baru Barangmideditemukan di Kepulauan Barang Lombo dan Bitungolide A-F dari Pulau Bitung. Sedangkan obat anti-asma dibuat dari senyawa spons Cymbacela. farmasi. Perairan laut Indonesia menyimpan berbagai potensi keanekaragaman hayati untuk pengembangan bioteknologi. Okadaic acid. Selanjutnya ia menyebutkan ada sekitar 100 jenis bakteri di laut yang sebenarnya dapat mendegradasi minyak. Tumbuhan Laut Jenis tumbuhan laut yang sudah diketahui manfaatnya untuk pengembangan bioteknologi adalah rumput laut atau berbagai jenis alga terutama alga hijau. yang sangat dibutuhkan dalam proses pembuatan produk-produk kosmetik. biota laut Indonesia yang saat ini dapat bermanfaat untuk pengembangan bioteknologi dapat dikelompokkan menjadi: A. tempurung kura-kura untuk obat luka dan tetanus. Salah seorang peneliti bakteri laut dari Pusat Penelitian Oseanografi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Ruyitno bahkan menjelaskan bahwa selain menjadi bahan obat-obatan. kura-kura. Selain itu. pemanfaatan seluruh jenis biota laut tetap harus membumi atau memperhatikan prinsipprinsip lingkungan agar kita tidak menyesal di kemudian hari. Hewan Laut Banyak sekali jenis hewan laut yang memiliki potensi untuk pengembangan bioteknologi Indonesia. Senyawa itu ternyata berkhasiat obat dan kemudian dibuat sintetisnya. kuda laut. Biota laut untuk industri yaitu industri makanan. Menurut Sugiono Moeljoprawiro. dan sebagainya. dan diabetes. Kedua komponen yang dihasilkan ini ramah lingkungan dan tidak beracun bagi biota laut lainnya. polisakarida. baik makroflora dan fauna laut. ular laut. influenza HIV/AIDS. hepatitis.Dari Redaksi >> Melirik Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia Penulis : Elvi Yetti* S ekali lagi. Adapun serbuk kerang digunakan untuk obat mag. kepiting. Sebagai perbandingan. Tumbuhan ini dapat diolah untuk obat influenza dan bahan pengawet makanan.360 dollar AS per miligram. antara lain ikan. pelangsing tubuh.216 spesies spons. Sayangnya. laut dan udara. Sebagai negara maritim terbesar di dunia dengan garis pantai terpanjang kedua setelah Kanada (81. kosmetik dan industri berbasis bioteknologi lainnya. Ular dari laut diambil serbuknya untuk meningkatkan daya ingat. Ini dengan asumsi bila digarap secara optimal. kosmetika dan apilaksi lain yang berbasis bioteknologi maka perlu dilakukan uji bioprospecting. minuman. dan rumput laut. Bioprospecting adalah pemanfaatan sumberdaya genetik dan hayati berkelanjutan baik untuk tujuan ilmiah BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 33 . Rumput laut yang selama ini lebih dikenal untuk makanan ternyata memiliki berbagai khasiat. bakteri laut dapat dimanfaatkan untuk mengatasi pencemaran minyak. Kekayaan tak ternilai tersebut tersebar dari darat. bioaktif. kerangkerangan. kita harus sangat bersyukur karena Indonesia benarbenar kaya. Alga hijau juga dapat bermanfaat untuk menyembuhkan penyakit kardiovascular. yaitu 20. Potensi kekayaan tersebut antara lain adalah: a. diabetes dan anti bakteri b. Senyawa bioaktif Monoalide yang diperoleh dari spons Luffariella variabilis merupakan senyawa yang memiliki nilai jual tertinggi daripada senyawa bioaktif dari spesies spons lainnya. Potensi tersebut sebenarnya memiliki prospek yang cerah untuk dikembangkan antara lain untuk keperluan industri makanan sehat. B. mikroorganisme maupun invertebrate ternyata belum banyak dimanfaatkan dan dikelola secara optimal. Dari jumlah tersebut ditemukan 73 senyawa aktif yang berkhasiat antikanker.000 kilometer). Mikroorganisme Kekayaan hayati laut Indonesia menjadi lengkap dengan adanya berbagai jenis mikroorganisme laut. Biota laut sebagai alternatif bioenergi d. biomedis. maupun beragam mikroorganisme laut. Biota sebagai bahan obat dan aplikasi bidang farmasi yaitu sebagai anti kanker. Dari berbagai riset yang dilakukan telah diketahui bahwa berbagai jenis kekayaan hayati laut Indonesia dapat bermanfaat untuk perkembangan riset dan industri bidang bioteknologi. Selain itu. Bioprospecting Keanekaraman Hayati Laut Indonesia Perlu dicatat bahwa selain pertanian. dan Monoalide. Amerika Serikat saja yang memiliki potensi keanekaragaman hayati laut yang jauh lebih rendah daripada Indonesia. Pada spons dan karang lunak terdapat senyawa bioaktif yang berfungsi sebagai alat pertahanan diri dari musuh alaminya. Mengenal Potensi Laut Indonesia Untuk Bioteknologi Seluruh keanekaragaman jenis mahluk hidup yang berada di laut dikenal dengan biota laut. Tidak ketinggalan jenis invertebrate. Namun. Departemen Kelautan dan Perikanan memperkirakan perolehan devisa dari bioteknologi kelautan ini bisa mencapai US$4 miliar. Tahukah Anda. Spons dari spesies Petrosia contegnatta di antaranya diambil senyawa bioaktifnya untuk obat anti-kanker. juga ada kitin dan kitosan dari kulit udang dan kepiting untuk obatanti kolesterol. Sensus biota laut yang diselenggarkan oleh Pusat Penelitian Oseanografi LlPI bekerjasama dengan Universitas Osaka Jepang baru-baru ini berhasil menyeleksi 1. dapat juga dilakukan rekayasa genetika untuk budidaya ikan dan biota laut yang bernilai ekonomis tinggi Untuk dapat mengetahui potensi biota sebagai bahan baku obat. kosmetika. dan lain-lain. bioteknologi kelautan pun sebenarnya menjanjikan keuntungan bisnis yang cukup besar. salah seorang peneliti Balai Penelitian Bioteknologi dan Genetika Pertanian. hati ikan buntel untuk obat tetrodotoxin yang memperbaiki saraf otak yang rusak dan mengurangi rasa sakit. fikokoloid dan biopolimer yang terdapat pada mikro dan makroalgae. omega3. udang. hasil penelitian para pakar menyebutkan bahwa banyak mikroorganisme laut menyimpan kandungan senyawa biopolimer. C. Bila dilihat dari jenisnya. HIV/AIDS. dan kerang. laut Nusantara mewadahi hampir semua makhluk hayati laut. udang. sudah dapat meraup devisa dari industri bioteknologi kelautan lebih dari 40 milyar dollar per tahun. bakteri laut sangat efektif menurunkan tingkat pencemaran dengan memecah komponen minyak hingga menjadi air dan karbon dioksida. seperti ikan. ataupun perban. dan minuman. Hewanhewan ini banyak dimanfaatkan untuk aplikasi bioteknologi di bidang farmasi yaitu: obat tidur dan obat penenang dari kuda laut. farmasi dll c. Disamping itu riset tentang rumput laut saat ini diarahakan untuk obat hepatitis. bidang ini relatif belum terjamah. biokatalis. Senyawa bioaktif lainnya dari spons yang juga digunakan untuk industri farmasi adalah Bastadin. makanan tambahan. Berbagai senyawa-senyawa bioaktif produk alam (natural products) seperti skualen. Melalui teknik bioremediasi.

Untuk menjaga agar pemanfaatan keanekaragaman hayati tetap membumi maka sebanyak 139 negara termasuk Indonesia telah membuat kesepakatan yang tertuang dalam Konvensi Keanekaragaman Hayati (CBD) di Rio de Janeiro. infrastruktur. CBD sudah ditandatangani oleh 168 negara dan diratifikasi oleh 160 negara. berhasil menemukan 34 senyawa aktif dari 57 spesies yang ditemukan di perairan Indonesia. Selain itu juga keterampilan. dengan keanekaragaman hayati laut tinggi. Dalam rangka pengembangan riset bioteknologi kelautan dan perikanan bahkan telah didirikan Laboratorium Bioteknologi Kelautan dan Perikanan yang pembangunannya dilakukan secara bertahap. 1994). *Elvi Yetti. Selain itu COP2 juga membahas akses pada sumber daya genetik. serta penangkapan Riset Bioteknologi Bidang Keanekaragaman Hayati Laut Riset bioteknologi kelautan saat ini dilakukan oleh beberapa institusi.Si. antibiotik. perlu diketahui dulu mekanisme timbulnya penyakit sehingga kemudian dapat ditentukan target molekul yang dapat digunakan untuk obat. akan ditemukan satu yang berkhasiat obat. bahan baku kosmetik dan farmasi. Di antara lembaga riset dan ikan menggunakan bom dan racun (sianida). perguruan tinggi itu. memanfaatkan secara berkelanjutan dan berbagi manfaat dari keanekaragaman hayati (to conserve. dan organisme berkualitas. Contoh paling nyata adalah dalam proses pencarian obat. Lebih lanjut ia menyebutkan bahwa pada dasarnya konsep bioprospecting modern memberi negara berkembang kemampuan memperbaiki nilai tambah sumber daya alamnya. lalu dilakukan kloning. Lembaga riset yang berhasil melakukan itu antara lain LIPI. Ada beberapa tahapan bioprospecting yang harus dijalani untuk memperoleh hasil akhir yang memuaskan. Hal itu disebabkan karena di dalam keanekaragaman hayati itu tersimpan sumber daya yang terbarukan (renewable resources) yang berguna sebagai sumber plasma nutfah. penambangan pasir laut. antipenuaan. antara lain terbatasnya sarana peralatan untuk mengidentifikasi zat aktif dari bahan alam itu. namun belum ada lembaga riset dan industri yang memiliki fasilitas tersebut. Informasi mengenai sumber daya alam ditindaklanjuti dengan penelitian dasar dan penelitian terapan. hal itu adalah krisis yang mengancam sistem penopang hidup dan penghidupan jutaan penduduk di negaranegara Dunia Ketiga (Shiva. antidiabetes.000 senyawa. karang lunak. antikolesterol. dan bioinsektisida. PhD yang mengatakan untuk mengidentifikasi senyawa aktif berkhasiat obat diperlukan mesin otomatis yang disebut high throughput screening. Hal senada juga disinggung oleh Direktur Lembaga Eijkman Prof Sangkot Marzuki. S. Salah satu tema utama dari Conference of Parties (COP) kedua yang diselenggarakan di Jakarta tahun 1995 adalah mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut yang menjadi kepentingan Indonesia sebagai tuan rumah COP2. Beberapa spesies rumput laut. apabila dites secara acak. Baru kemudian tanaman obat bisa dijadikan sesuatu yang bernilai ekonomi tinggi. pemasaran. BPPT dan beberapa Perguruan Tinggi. and to share the benefits of biological diversity). dan terakhir distribusi. Dalam Suatu Diskusi Ahli Biokimia dan Farmasi Kelautan yang diselenggarakan Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP) di Jakarta tahun 2004 lalu dipaparkan hasil pengisolasian zat aktif yang berkhasiat obat dari biota laut di perairan Indonesia. konservasi dan pemanfaatan keanekaragaman hayati yang berkelanjutan dan keamanan hayati. Di alam ini terdapat puluhan juta senyawa di tumbuhan dan biota. penggunaan tributiltin pada cat kapal. Setelah itu dilakukan pengembangan produk. Oleh karena itu dibutuhkan perangkat-perangkat pendukung untuk pengaplikasiannya. Prinsip Lingkungan Dalam Pemanfaaatan Keanekaragaman Hayati Secara teoretis. Pusat Penelitian Oseanografi (P2O) LIPI sudah melakukan penelitian aktivitas antimikroba dan antikanker pada spons laut sejak tahun 1997. Keputusan menyangkut keanekaragaman hayati pesisir dan laut ada tiga bagian yaitu keputusan. seperti reklamasi pantai. Brazil tahun 1992. tetapi lebih dari itu terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya . sampel biota yang ada harus dikirim ke luar negeri antara lain ke Belanda. Konservasi keragaman hayati juga sangat penting untuk bioprospecting. seperti P2O-LIPI. IPB. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu bukan saja belum dimanfaatkan optimal. Salah satu ketentuan yang termuat dalam kesepakatan tsb menyebutkan bahwa habitat ekosistem dan seluruh komponen hidup yang terdapat di laut merupakan unsur utama yang yang harus dilindungi. Badan Riset Kelautan dan Perikanan DKP. moluska diketahui memiliki zat antikanker. dalam diskusi itu terungkap kendala dalam pengembangan obat-obatan. pemanfaatannya yang optimal dan konservasi yang berkesinambungan dapat menjamin masa depan bangsa. Cibinong. Selain itu mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut termuat lengkap di dalam “Jakarta Mandate on Marine and Coastal Biological Diversity”. Pembangunan tahap pertama dilaksanakan tahun 2003 di atas area seluas 840 meter persegi. alih fungsi kawasan hutan mangrove. Tahapan tersebut mulai dari proses pencarian dan pengembangan sumber-sumber baru senyawa kimia. sumber pangan. Departemen Kelautan dan Perikanan lewat Badan Riset Kelautan dan Perikanan (BRKP) dilingkungan departemen itu menetapkan bioteknologi kelautan dan perikanan sebagai program unggulan atau program utama sejak tahun 2002.ataupun komersil. Pengujian dengan sistem robotik itu bertujuan untuk mengetahui interaksi molekuler dari senyawa dari alam. Indonesia sudah menandatangani CBD pada saat di KTT Bumi tanggal 5 Juni 1992 dan sudah meratifikasi CBD tanggal 23 Agustus 1994 dengan UU No 5/1994. Perhatian pada konservasi dan pemanfaatan berkesinambungan berarti membuka sumber pendapatan baru. Dan juga terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya. to sustainably use. 34 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . menurut Dr Linawati Hardjito dari Departemen Teknologi Hasil Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB. Annex I (memuat kesimpulan tambahan dari rekomendasi SBSTTA) dan Annex II (program untuk kerja lebih lanjut). Setelah itu diketahui. Akibatnya. Lebih dasar lagi. kata Sangkot.000 senyawa per hari. Selanjutnya untuk mengembangkan obat. Kapasitas yang dapat dilakukan alat pelarik ini 100. keanekaragaman hayati ini merupakan potensi sangat strategis bagi negara Indonesia untuk meningkatkan taraf hidup masyarakatnya. untuk mengetahui kandungan zat aktif. Diperkirakan dari 10. kata Linawati menjelaskan. . Namun. introduksi spesies asing. Dalam proses ini diperlukan penelitian dasar mengenai penyakit hingga pengujian serta uji klinis. sponge. dan teknologi pengembangan produk baru bagi pasar global. CBD bertujuan agar keanekaragaman hayati di dunia ini lestari dengan mengkonservasi. Erosi keanekaragaman hayati ini bukan hanya merupakan krisis hilangnya spesies yang memiliki potensi menghasilkan dollar bagi perusahaan dengan menyediakan bahan mentah industri. Dan sejatinya. gen. Hal inilah yang membuat Indonesia tidak dapat menjaga kerahasiaan dari faktor penting yang terkait dengan HKI dan daya saing industri. para peneliti dari IPB saja.LIPI. dan Universitas Andalas. dan penyedia jasajasa lingkungan laut yang berpotensi sebagai basis model pembangunan berkelanjutan. adalah staf peneliti di Puslit Bioteknologi . kemudian masuk ke tahap produksi. . Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu belum dimanfaatkan optimal.

terutama tepung. Yang untuk memproduksi glycosidase inhibitor.RARE S U G A R S . Karena fungsinya yang seperti itu. Absorbed Seperti LUsus kecil sorbose Maltooligosakarida Maltooligosakarida (+) telah Sucrase G– F Sukrosa G–F digunakan Inhibitor sebagai material Non Absorbed dasar bagi L-arabinosa produksi Gambar 1. Pada tahun 2002. menunjukkan komposisi dari BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 35 . K A R U N I A YA N G B E L U M TEREKSPLORASI Oleh : Budi Saksono* P roduksi gula telah dimulai sejak abad ke 17. di dan industri makanan. pasti. L-arabinose arabinose bisa didapatkan dari fraksi juga digunakan untuk pembuatan obat 2hemiselulosa kayu. terdapat secara B Virus) dan anti EBV (Epstein B Virus). dimana L-arabinosa Mengingat potensi dari rare sugars berperan sebagai inhibitor yang selektif tersebut. Dengan sangat berguna pada kombinasinya definisi tersebut. Produksi xylitol dunia. murah. Huwig. Hal ini disebabkan xylitol mampu menghasilkan panas negatif. (F) Fruktosa L-ascorbid acid (VIT kimia terapi dan radioterapi dan hyperC). Para peneliti telah mengetahui aplikasi penting dari L-arabinosa. Oleh karena itu. produksi gula alternatif bagi gula yang sudah mendominasi saat ini sangatlah mungkin. Meskipun demikian. jumlah penduduk yang terkena penyakit diabetes. Gula ini mampu mencegah tooth decay. Enzim amylase pertama diperkenalkan oleh Anselme Payen dan Jean Francois pada tahun 1833. gm sama dengan beberapa tetapi tidak teraplikasi lebih lanjut makanan diabet lainnya. Rare sugars. xylitol mampu mencegah terjadinya dental caries (pengeroposan ¥10. xylitol tergolong rare dengan semua bentuk terapi kanker yang sugars. (G) Glukosa. suatu gigi). Metabolisme xylitol berlangsung angka yang fantastis. biologi terapi. yang tersedia secara berlimpah dan murah. L-monosakarida sebagai monosakarida dan derivatifnya memiliki karakter antineoplastic dan yang terbilang langka di alam. obesitas. Pada tahun 2002.000 tons. juga melaporkan bahwa Latau whey sebagai material awal untuk arabinosa juga berfungsi sebagai pencegah produksi rare sugars. mints dan pasta gigi. Aplikasi Lcarbohydrate dan L-arabinosa derivatifnya Usus kecil dibidang Maltooligosakarida Monosakarida kedokteran Sucrase ( -) Sukrosa G–F G F mengalami peningkatan drastis. produksi High derivatif L-sugar juga diketahui memiliki Fructose Corn Syrup (HFCS) bisa potensi sebagai antiviral agent dan bisa dilakukan dengan bahan baku yang juga digunakan sebagai terapi antigen. hutan. sejak ditemukannya gula xylitol. diperlukan upaya pengembangan terhadap aktifitas enzim sucrase usus teknologi fermentasi yang mampu (gambar 1) dan juga menekan pengaruh memproduksi rare sugars tersebut secara glycemia paska penghambatan proses ekonomis. tetapi tidak sampai pada awal abad ke 20. Rare Sugars (gula langka) Peningkatan jumlah penggunaan gula pada industri makanan. Dengan dilakukan dengan menggunakan yeast. pemanis dan minuman ringan telah meningkatkan pula perhatian manusia pada dampak kesehatannya. dan mengalami pertumbuhan yang sangat mengagumkan sejak itu. para peneliti telah mampu mengemukakan fenomena yang terjadi pada starch dan apa akibat dari kerja enzim tersebut. Akhir-akhir ini. fenomena tersebut. Jepang harga L-arabinosa mencapai Tabel 1. kanker. berlimpah pada limbah pertanian. Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon. yang sangat baik bagi kesehatan. Selain itu. adalah L-carbohydrate. D-xylosa atau Lpenderita penyakit diabetes. Fungsi L -Arabinosa dalam usus kecil. yaitu D-glukosa. glukosa dan D-galaktosa. Menurut hasil survei dari WHO yang diumumkan pada bulan Maret 2003. Salah satu jenis dari rare sugars meliputi terapi surgery. Beberapa aplikasi penting dari mengembangkan pemanfaatan L-sorbose rare sugars bisa dilihat pada tabel 2. yang bisa dihidrolisa menjadi Darabinofuranosyl uracil (L-FMAU).000) per kg. Derivatif dari rare-sugars juga telah digunakan sebagai agent bagi antiWaste material sebagai bahan baku hepatitis B virus dan human immunodefirare sugar yang murah dan berlimpah ciency virus (HIV). Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir. Diantara sumber utama gula absorpsi sukrosa. rare sugars diharapkan sebagai pemanis berkalori rendah dan International Society of Rare Sugar sangat toleransi terhadap penyakit (ISRS) telah mendefinisikan rare sugars diabetes. dengan pemahaman teknologi yaitu 1-deoxygalactonojirimycin. Produksi xylitol dibanding dengan natural sugars. terlepas dari insulin pada saja tidak masuk ke dalam metabolisme manusia dan menghasilkan energy sebesar tubuh atau masuk ke dalam metabolisme 4 Kcal. 900. adalah penggunaan pati. otitis acute pada anak-anak. produksi gula global melampaui angka 133 juta ton pertahunnya. Sifat lain dari xylitol menghasilkan rasa dingin pada mulut ketika berinteraksi dengan air liur. wood Sanai et al. telah mencapai 15. D-glukosa bisa postprandial hyperglycemia pada didapat dari pati. xylitol sangat potensial untuk dimanfaatkan sebagai pengganti gula pasir pada industri proses makanan.000 (Rp. sehingga sangat cocok digunakan pada industri chewing gum. Beberapa biotransformasi ini. dan jantung meningkat dari tahun ketahun. pada tahun 1998 thermia. Whey mengandung deoxy-2-fluoro-5-methyl-b-Llactose. Selain itu. Komponen potensial obat untuk anti-HBV (Hepatitis monosakarida tersebut. bukan sangat mudah.

Komposisi monosakarida dari beragam biomasa Corn Stover C a r b o h y d rate Glukosa (C6) Mannosa (C6) Galactose (C6) Xylose (C5) Arabinose (C5) Total C6 Total C5 39.Tabel 1. Gula ini mampu mencegah tooth decay.1 14.6 Baggase Fiber 38.3 Rice hulls 36.0 0.2 25.2 19.8 ♦ ♦ ♦ Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon.5 39.2 16.4 39.4 19.1 18 Wheat Straw 36.4 14.8 2.2 40.8 21.1 23.8 3.0 0.1 1.5 43. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir ♦ ♦ ♦ 36 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .6 0.8 14. otitis acute pada anak-anak.0 1.8 0.3 0.2 2.6 39.3 2.0 2.1 3.8 Rice Straw 41.8 4. yang sangat baik bagi kesehatan.

pada awalnya produksi xylitol sekala industri dilakukan menggunakan reaksi kimia reduksi dari D-xylose. Alternatif penggunaan yeast sebagai bioreaktor sudah dilakukan secara intensif. German pada tahun 1980. Reaksi enzimatik yang terjadi pada yeast adalah sebagai berikut.7 kali lebih tinggi dibanding Lascorbid Acid (vitamin C). untuk memproduksi gula alternatif. anhydro fructose memiliki efektifitas 1. Prosedur ini memerlukan beberapa step purifikasi karena hanya D-xylose murni yang bisa digunakan untuk reaksi kimia reduksi. M. Seperti halnya xylitol. antibakteri dengan kalori yang rendah. sedikitnya informasi bagaimana rare sugars mampu berperan sebagai antikanker. Contoh lain. rare sugars yang berfungsi sebagai antioksidan. D-xylitol yang terbentuk kemudian di rubah menjadi Dxylulose oleh enzim xylitol dehydrogenase. Disisi lain. teknik rekayasa genetika. Pada saat yang sama. Bioteknologi. yang segar dimulut sekaligus melindungi gigi kita. misalnya pada produksi 1. xylosa dan arabinosa yang cukup relevan untuk dimanfaatkan sebagai bahan baku produksi rare sugars. Sebagai antioksidan. Perancis. dimana masing memiliki kadar glukosa. Reaksi enzimatik konversi pati menjadi anhydrofructose akan nampak NAD(P)H NAD(P) D-xylose Xylose reductase D-xylitol NAD Xylitol dehydrogenase NADH D-xylulose-5-phosphate Xylulokinase D-xylulose ADP ATP Gambar 2. ramah lingkungan dan ramah bagi penderita penyakit diabetes. media produksi sekala industri Dengan semakin diketahuinya reaksi enzimatik yang mampu memfasilitasi proses biotransformasi tersebut. hal yang perlu disadari bahwa tidak selalu enzim tersebut memiliki karakteristik yang sesuai untuk aplikasi industri. dengan menggunakan enzim glucan lyase diperkenalkan oleh Prof. atau bisa menjadi bahan campuran pasta gigi. Skema konversi pati (starch) menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase Gambar 3. Hal ini setidaknya mengisyaratkan betapa besarnya potensi rare sugars ditengah pengembangan sugar konvensional. Dengan ditemukannya enzim-enzim yang berperan dalam proses biotransformasi tersebut. Skema konversi pati menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 37 . Cibinong. Dan baru pada tahun 1988. yang ekonomis. reaksi secara enzimatik berantai diperkenalkan oleh Prof. yang sangat gemar makan perment. Indonesia adalah negara yang kaya akan sumber karbohidrat. Indonesia menempati urutan ke 6 terbesar dunia untuk penderita penyakit diabetes. pengembangan xylitol di Indonesia. sangat terbuka peluang bagi penemuan rare sugars baru. produksi anhydrofructose dari pati. hal ini bisa meningkatkan kemungkinan produksi sekala industri. Teknologi tinggal dikembangkan. terlepas dari Amylase society dan lain sebagainya. Akanuma. dan potensi pasar terbuka secara luas. Oleh karena itu. Dengan semakin diketahuinya proses enzimatik.Sc. hingga beberapa peneliti membentuk konsorsium independen yang bernama International Society of Rare Sugar (ISRS). penggunaan rare sugars bagi obat maupun makanan kesehatan semakin terbuka lebar. sangat berkepentingan terhadap pengembangan teknologi ini. Terakhir. anhydrofructose pertama kali diperkenalkan oleh Prof. virus Hepatitis B. Baute dan coworkernya di Bordeaux. Gambar 3. rekayasa protein menggunakan metoda directed evolution sangat mendukung dalam upaya mendapatkan enzim dengan karakteristik yang tepat untuk aplikasi industri. Selain pasar gula non kalori. sangat menggelitik untuk dikaji dan diteliti. sehingga mampu mempengaruhi beberapa jenis penyakit berbahaya saat ini seperti virus HIV. bagaimana mekanisme rare sugars dalam tubuh. adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. Produksi xylitol misalnya. Sebuah konsorsium yang berdiri sendiri.5 Anhydro-D-fructose. sangat berdampak pada kesehatan gigi anak – anak. Metabolisme D-xylose pada yeast. menggunakan Raney nickel katalis. biologi molekuler.Proses reaksi ini dapat dilihat pada gambar 2. Dxylose direduksi oleh enzim xylose reductase menjadi D-xylitol. Tidak bisa dipungkiri bahwa peranan bioteknologi untuk memproduksi rare sugars sekala industri dengan biaya produksi murah sangat besar. dengan mengkonsumsi NAD(P)H. dengan mengkonsumsi NAD. Apalagi hal ini kemudian didukung dengan tingkat pemahaman akan fungsi physiologis dari masingmasing rare sugars. Pengembangan rare sugar masa Depan. Penemuan rare sugars sangat menarik perhatian para peneliti. yang diekstrak dari hidrolisa kayu keras. Dxylulose mengalami phosphorilasi menjadi D-xylulose-5-phosphate oleh enzim xylulokinase. dan kimia organik. Tunggu apa lagi? *Budi Saksono.beberapa jenis limbah. Baru pada tahun 1986. dan masih sangat tergantung pada impor gula pasir. terlihat seperti pada gambar 3. Metoda produksi dari beragam jenis rare sugars membutuhkan pendekatan multidisiplin yang meliputi teknologi fermentasi. baik starch maupun limbahnya. Lichtenthaler dan coworker di Darmstadt. teknologi enzim.

Dampak lainnya adalah munculnya resistensi serangga hama terhadap racun yang sudah sering diberikan sehingga penggunaan insektisida menjadi sia-sia. spora menetas membentuk sel vegetatif dan membelah diri sampai dengan Gambar 1. Pada awalnya usaha ini membuahkan hasil yang gemilang dan dapat meningkatkan hasil pertanian serta mengurangi wabah penyakit. pada pepohonan. Untuk menanggulangi serangga yang merugikan. Antracis. Apabila serangga telah mati maka bangkai serangga ini dapat menjadi media untuk perkembangbiakan bakteri. Formulasi komersil dari bakteri ini sebagai pestisida biasanya berupa biomasa kering atau cairan sangat kental yang berisi spora dan kristal protein yang diperoleh dari hasil fermentasi. Keunggulan pestisida hayati yang dihasilkan dengan menggunakan Bt adalah dapat membunuh jenis serangga tertentu dan aman terhadap jenis organisme lain serta ramah lingkungan. Sporanya berbentuk oval berwarna hijau kebiruan berukuran 1. Dengan telah ditemukannya satu jenis bakteri yang dapat mematikan satu jenis serangga tertentu oleh Ishiwata tahun 1901 di Jepang yang kemudian diberi nama Bacillus thuringiensis (selanjutnya disingkat Bt). kelas Eubacteriales. dan lain-lain. namun beberapa dekade belakangan ini dirasakan dampaknya dengan kerugian yang sangat besar. sediaan kering komersial dan bentuk kristalnya 38 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . cairan sekitar akan terserap ke dalam sel. berbentuk batang dengan panjang 3-5 mikrometer dan lebar 1-1. belalang sembah yang berperan sebagai pemangsa serangga hama dan hewan-hewan lain seperti cacing.6-2. Bt juga merupakan bakteri tanah yang memberikan reaksi pewarnaan Gram positif. masing-masing patogen terhadap manusia dengan penyakit pada sistem pencernaan dan penyakit antrak.2 mikrometer. pada debu penyimpanan bijibijian serealia. Perbedaannya terletak pada karakter genetika yang didapatkan pada DNA ekstrakromosomal yang disebut plasmid. oleh karena itu disebut entomofaga. bersifat fakultatif aerob.5-8. residu kimia tersebut terakumulasi baik dalam tanah maupun dalam jaringan tanaman dan hewan yang akhirnya dapat terkonsumsi oleh manusia dan menimbulkan akibat fatal seperti pada kasus Minamata. Peranan bakteri sebagai pestisida hayati Bt merupakan bakteri patogen terhadap serangga. maka dimulai revolusi baru mengganti pestisida racun kimia dengan pestisida hayati yang sangat spesifik. Tetapi tidak semua serangga menguntungkan manusia. sedang protein kristal berukuran 0. Sebenarnya Bt juga membuat sejumlah besar faktor-faktor virulensi dalam bentuk protein maupun non-protein atau bentuk enzim yang dalam kondisi alami dianggap yang menjadi pemicu infeksi dengan cara melemahkan sistim pertahanan serangga tersebut. termasuk bakteri mesofil dengan kisaran suhu pertumbuhan 15-45oC (suhu optimum 2637oC) dan kisaran pH 5. Protein ini berperan memperbesar pori-pori sel sehingga kesetimbangan osmosis dalam sel epitel terganggu.0-1.5-7. cereus dan B. Protein ini kemudian berikatan dengan protein reseptor pada pili sel epitel usus serangga (brush border membrane vesicle. Residu kimia beracun dari insektisida dapat membunuh serangga-serangga yang berguna bagi manusia seperti beberapa jenis-jenis capung. Protein kristal disebut sebagai protein Cry atau d-endotoksin atau disebut juga ICP (Insecticidal Crystal Protein). divisio Schizhopyta. Secara laten. Secara biokimia dan genetika Bt sama dengan B. Gambaran mikroskopik elektronik dari bakteri Bacillus thuringiensis dari bentuk sel vegetatif. et al. dan pada serangga yang mati. Bombyx mori (kupu-kupu penghasil serat sutra) dan Apis spp (lebah penghasil madu) adalah contoh serangga yang memiliki nilai ekonomi yang sejak ribuan tahun telah dibudidayakan manusia. Untuk lebih efektif membunuh satu individu serangga diperlukan cukup banyak kristal protoksin yang akan memperbesar jumlah sel eptitel usus yang lisis dan mempercepat kematiannya. bisa didapatkan dari habitat di alam seperti pada tanah. pada pakan ternak.5). Pada tahun 1990 formulasi bakteri ini berhasil menggantikan pestisida kimia sampai mencapai 20 milyar dolar AS di pasar dunia (Carlton. 1990). Buyat. disingkat BBMV) yang mirip seperti mekanisme hormon insulin pada sel manusia. sejak revolusi industri pada abad 18 telah diciptakan bahan kimia beracun yang disebut insektisida atau pestisida yang kini jenis dan mereknya sudah mencapai ribuan. sel menggembung selanjutnya pecah dan akhirnya berakibat pada kematian serangga. bergerak aktif (motil) dengan flagella peritrich (diseluruh dinding sel).5 (pH optimum 6.KEANEKARAGAMAN BAKTERI Bacillus thuringiensis.0 tergantung dari tipenya. termasuk dalam keluarga Bacilliaceae. Bakteri ini memperbanyak diri dengan menginfeksi insekta yang secara tidak sengaja memakan spora dan protein kristalnya. BIOLOGI MOLEKULER DAN UPAYA BIOTEKNOLOGI UNTUK KETAHANAN PANGAN DAN KESEHATAN Penulis: Eddy Jusuf* S erangga adalah mahluk yang paling banyak jenis dan jumlahnya yang secara langsung atau tidak langsung berperan dalam kehidupan dan perekonomian umat manusia. Protein toksin anti serangga ini merupakan ciri khas dari Bt yang dapat membedakan (pada observasi dibawah mikroskop) dari bakteri Bacillus lainnya.3 mikrometer. Bila serangga memakan spora dan kristal ini maka enzim dan asam lambung dalam usus serangga akan melarutkan protein kristal yang sebenarnya masih merupakan protoksin menjadi protein toksik yang terlarut.

D. Galur Bt. Sejak ditemukan galur Bt subsp. thuringiensis memiliki 9 galur.R. Zeigler dari Departement Biochemistry. toksisitas maupun karakter genetik lainnya dengan istilah strain (galur). Protein Cry ini banyak sekali tipenya tergantung dari galur-galur Bt dan masingmasing tipe memiliki target atau sasaran toksisitas serangga tertentu. 1993). Cibinong. Pengembangan produk komersial pestisida hayati berbahan aktif bakteri ini diawali di Perancis tahun 1938 dengan merek Sporine menggunakan galur Bt subsp.LIPI. beberapa jenis Diptera dan Coleoptera. dan seterusnya. Data dari buku katalog Zeigler disebutkan. israelensis yang spesifik untuk serangga dari ordo Diptera baru digunakan pada tahun 1980 untuk menanggulangi nyamuk vektor penyakit malaria dan demam berdarah dan lalat hitam yang mencapai 20% dari total perdagangan pestisida hayati di pasaran dunia (Frankenhuyzen. Galur-galur Bt dan potensi toksik pada serangga sasaran Dr. Tiap-tiap subspecies ini dibedakan lagi berdasarkan sifat protein Cry. Disamping itu jenis protein Cry yang diproduksi oleh tiap galur juga bervariasi dari 1 sampai 5 jenis protoksin. jadi satu tipe protein toksik untuk satu jenis serangga tetapi tidak ada pengaruh atau malahan dapat menjadikan sumber nutrisi pada serangga lain. subsp. serotype 3a. dari serotype 3a.jumlah tertentu dimana kondisi nutrisi memungkinkan. Subsp. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 39 . Kemudian diikuti oleh Amerika Serikat tahun 1957 dengan merek Thuricide menggunakan galur yang sama. Mekanisme toksisitas protein Cry dalam membunuh serangga. Kristal yang tertelan dilarutkan oleh cairan lambung dan melekat pada reseptor pili sel epitel usus serangga dan membentuk pori-pori sel yang menyebabkan ganguan kesetimbangan osmosis sehingga sel menggembung dan pecah. adalah galur HD1 dan masih banyak lagi serotipe maupun galur-galur yang telah diidentifikasi. Wuhanensis. Galur-galur Bt subsp. Pada tahun 1980-an perdagangan pestisida hayati yang berbahan aktif galur HD-1 dengan berbagai merek mendominasi pasaran dunia hingga mencapai 60% dalam bidang pertanian dan 20% untuk kehutanan menggantikan pestisida kimia. Thuringiensis dan serotipe 2 adalah serovar finitimus untuk Bt subsp. Homoptera. kemudian membentuk spora dan kristal untuk infeksi ulang pada individu lain. beberapa diantaranya Bt. Eddy Jusuf adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Bakteri Bt diklasifikasikan dalam lebih dari 68 subspesies atau varietas dengan istilah serovar yang ditentukan berdasarkan perbedaan sifat antigen flagela-nya yang dapat membuat antisera terhadap serum darah kelinci. Tiap-tiap galur Bt memiliki toksisitas yang spesifik dengan sasaran serangga yang spesifik. kurstaki yang memiliki 22 galur dan satu yang terkenal dan umum dikomersilkan Gambar 2. penggunaan galur Berliner sudah mulai ditinggalkan karena galur baru ternyata lebih ampuh. Tabel 1. 3b. Mallophaga dan Acarina. cereus. 3c adalah Bt. akan tetapi ada juga yang memiliki beberapa serangga sasaran. telah menyusun katalog (1999) yang berisi galur-galur Bt dari seluruh dunia yang telah diisolasi dan diidentifikasi. thuringiensis Berliner. 3c adalah serovar alesti yang memiliki 3 galur diantaranya Bt subsp. Tetapi ada yang tidak memiliki serotipe yaitu serovar wuhanensis untuk Bt subsp. finitimus. thuringiensis HD2 yang dijadikan standar antisera untuk penentuan serotype. kurstaki lebih dari 20 tahun digunakan dan diketahui telah mampu mengendalikan populasi lebih dari 100 jenis serangga hama. Produk-produk komersial pestisida hayati berbahan aktif berbagai galur bakteri Bacillus thuringiensis dan serangga sasarannya. thuringiensis lagi melainkan telah menjadi B. Tahun 1997 Bravo melaporkan bahwa beberapa galur baru dari Bt memperlihatkan toksisitas terhadap serangga dari ordo Hymenoptera. cerus. alesti HD4 (standar antisera seotipe ini). subsp. Pestisida hayati dengan formulasi spora dan kristal Bt telah digunakan sejak tahun 1920 dan saat ini secara luas dipakai untuk menanggulangi lebih dari 160 jenis serangga hama terutama yang termasuk dalam ordo Lepidoptera. Misalnya serotype 1 adalah serovar thuringiensis untuk Bt subsp. *Drs. kurstaki HD-1 pada tahun 1967. Berikut ini dilampirkan tabel berbagai merek produk-produk komersial dari galur-galur Bt yang telah digunakan dan memenuhi pasar dunia. Bt subsp. Apabila Bt tidak menghasilkan protein ini maka secara nomenklatur tidak disebut sebagai B. The Ohio State University USA adalah kurator dari koleksi Bt dan B.

Mason H. dan dorongan untuk memproduksi vaksin yang aman. Namun sebelumnya tentu saja harus dilakukan uji imunogenitasnya. Vaksin telah terbukti merupakan intervensi yang paling efektif dalam menurunkan angka kematian dan kesakitan. terutama untuk negara berkembang. Dengan adanya gelombang baru dari perkembangan vaksin. bakteri atau parasit disisipkan dalam vektor transformasi tanaman. seperti umbi kentang. Partikel-partikel virus yang mengekspresikan epitope asing lalu dimurnikan. “Dengan edible vaccine. Yang pertama adalah mengintroduksi DNA asing pada vektor Agrobacterium. murah. kemanjuran dan keamanan dalam sistem pengirimannya. dimana seluruh gen yang mengkode antigen (target antigen) yang berasal dari organisme patogen seperti virus. telah mendorong munculnya perkembangan vaksin baru. selanjutnya uji imunogenitas. Dengan vaksin telah dibuktikan banyak mengurangi angka kematian. seperti edible vaccine diharapkan dapat melengkapi bahkan memperbaiki kekurangan yang ada pada vaksin-vaksin terdahulu. Vaksin-vaksin baru ini termasuk protein dan peptida rekombinan. Banyak vaksin rekombinan yang telah memasuki tahap clinical trial. dapat dimakan langsung. baik dari yang ekstrak maupun yang dimakan langsung. Virus tanaman yang biasanya digunakan diantaranya adalah tobacco mosaic virus (TMV). Strategi kedua adalah menggunakan virus sebagai vektor. suatu saat manusia bisa imunisasi dengan makan pisang” 40 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Konsep ini didukung oleh kemampuan tanaman dalam menghasilkan protein yang beragam. sehingga menghasilkan protein kimera (chimeric prtein). efektif dan praktis. yaitu sebagai penghasil vaksin. dapat merupakan suatu cara menghasilkan vaksin oral yang lebih baik.menyebutkan terdapat dua strategi yang dipelajari dalam ekspresi transgen dalam menghasilkan calon vaksin pada tanaman. karena pisang diproduksi hampir di seluruh negara berkembang. Pada edible vaccine.J dalam Transgenic Plants as Vaccines Production System pada jurnal Trends in Biotechnology tahun 1995. Dalam dekade terakhir. baik oleh anak-anak maupun dewasa. Dengan mulai berkembangnya riset edible vaccine. Pada pisang kini sedang dikembangkan untuk vaksin hepatitis B dan vaksin HPV (human pappiloma virus) yang kini telah masuk tahap evaluasi klinik. Epitop umumnya disisipkan pada bagian coat protein (CP) dari virus vektor. penurunan angka penyakit infeksi. Dengan cara yang sama. antigen yang terdiri dari satu atau beberapa epitop disisipkan pada genom virus. Pisang adalah salah satu tanaman yang menjadi target dalam banyak penelitian. diharapkan dalam 5 hingga 10 tahun mendatang. selain alasan epidemiologi penyakit. Dalam penggunaan vaksin. karena itulah disebut edible vaccine atau vaksin siap makan.P r o d u k s i ed i b l e va ccin e dengan Molekular Farming Oleh : Anky Zannati* P erkembangan teknologi Molecular Farming pada tanaman telah memunculkan konsep baru. Replikasi virus dan penyebarannya secara sistemik memungkinkan terjadinya transient expression dari CP khimera pada semua jaringan tanaman. Dengan mengkombinasikan keefektifan biaya sistem produksi. tanaman edible vaccine yang mengekspresikan antigen dalam jaringan tanaman yang dapat dimakan.vaksin juga harus efektif dan relatif aman digunakan. perkembangan teknologi rekombinasi DNA dibarengi dengan perkembangan pengetahuan mengenai mekanisme patogenesis dan respon imun. murah dan praktis.S dan Arntzen C. Tantangan selanjutnya yang harus dihadapi adalah membuktikan bahwa edible vaccine benarbenar dapat menjadi vaksin yang aman. diharapkan manusia dapat memakan langsung protein dari bagian tanaman tanpa dimasak. vaksin-vaksin yang lebih efektif akan tersedia. Vaksin ini dapat digunakan dengan diekstraksi terlebih dahulu atau juga dapat dimakan langsung.

13 (9) BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 41 . diberikan melalui suntik Proektif. diberikan secara oral. bekerja di Pusat Penelitian Bioteknologi . diberikan melalui suntik ataupun oral Imunogenic. Cibinong. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif.Si . diberikan secara oral Ekstrak protein imunogenik. Imunogenik dan protektif. diberikan secara oral. Imunogenik. diberikan secara oral. Protein yang diekspresikan oleh tanaman transgenik untuk vaksin pada manusia dan hewan Hepatitis B Hepatitis B Infeksi Virus Norwalk Infeksi Virus Norwalk Rabies Human cytomegalovirus Rabbit hemorrhagic disease virus Penyakit kuku dan mulut Penyakit kuku dan mulut Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Imunological related Protein Imunogenik dan protektif. Partikel imunogenik. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. Coli Enterotoxigenic E. Tanaman Kentang Tanaman tembakau Pemberian makan pada binatang percobaan Ekstraksi antigen asing Isolasi partikel virus * Anky Zannati. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. Coli Enterotoxigenic E. Imunogenik. Coli Vibrio cholerae (kolera) Hepatitis B Hepatitis B Target vaksin Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Kelinci Hewan ternak Hewan ternak Babi Babi Babi Ekspresi pada tanaman Tembakau Kentang Jagung Kentang Tembakau Kentang Lupin Lettuce Tembakau Kentang Tomat Tembakau Kentang Arabidobsis Alfalfa Arabidobsis Tembakau Jagung Kapasitas vaksin Imunogenik. diberikan secara oral Antigen dari organisme Virus tanaman Fragmen DNA Penyatuan epitope untuk menghasilkan gen khimera bagi CP virus Gen Struktur Vektor transformasi tanaman Transformasi genetik dengan perantara Agrobacterium dan regenerasi tanaman transgenik Penyatuan gen Infeksi tanaman oleh virus yang dimodifikasi Transient expression dari antigen asing Gambar. diberikan secara oral. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. diberikan secara oral. S. diberikan melalui suntik Imunogenik. Strategi menghasilkan calon antigen vaksin pada jaringan tanaman. Penelitian mengenai imunogenitas Sumber : Trends in Biotechnology (1995). imunogenic.LIPI.Target Penyakit Enterotoxigenic E. secara oral Intact Glikoprotein diberikan Tabel. Imunogenik. diberikan melalui suntik Protein intact.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful