Dari Redaksi >>

Biodiversity dan manfaatnya
MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI
Biodiversity, apa itu? Menurut Convention on Biological Diversity (1998), biodiversity (keanekaragaman hayati) adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan, hewan, mikroorganisme, dan ekosistim dimana organisme ini hidup. Karenanya, biodiversity adalah sumber daya alam yang penting bagi manusia dan ekosistem. Biodiversity ini merupakan aset besar dalam pengembangan Bioteknologi, sehingga semestinya negara yang kaya dengan biodiversity dapat memetik hasil dari kekayaan tersebut. Indonesia konon adalah negara biodiversity terbesar kedua di dunia (megadiversity), setelah Brasil. Seharusnya kita bisa menikmati hasil dari kekayaan tersebut. Tapi kenyataannya belum, bahkan kita jauh tertinggal dalam bidang Bioteknologi termasuk pemanfaatan biodiversity. Oleh karena itu, perlu kesadaran dan perhatian kita bersama terhadap kekayaan yang kita miliki dan juga terhadap pengetahuan dan teknologi untuk memanfaatkan biodiversity tersebut untuk kepentingan bangsa dan rakyat Indonesia. Biotrends edisi ini akan menfokuskan pada biodiversity, khususnya tentang berbagai jenis biodiversity dan peluang pemanfaatan biodiveristy tersebut. Diantara topik yang hadir adalah tentang keanekaragaman mikroba endofit yang dapat dijadikan sebagai sumber molekul yang bermanfaat untuk farmasetikal. Begitu juga keanekaragaman bakteri Bacillus thuringtensis yang bisa dimanfaatkan untuk ketahanan pangan dan kesehatan. Juga hadir topik tentang peluang biodiversity, khususnya tanaman untuk penemuan obat penyakit infeksi virus, yang menjadi topik hangat saat ini. Indonesia adalah negara kepulauan dan sekitar 70% diantaranya adalah laut. Karena itu, selain di darat kita juga harus memperhatikan laut, yang diperkirakan juga mengandung biodiversity yang luar biasa. Ini juga tentunya merupakan aset besar yang berpeluang untuk dimanfaatkan. Dalam konteks ini, kami juga menghadirkan artikel tentang “Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia”. Selain itu, yang tidak kalah menarik adalah topik diversity di tingkat mikro; seperti diversity di tingkat protein, gen, dan molekul. Analisa diversity tersebut bahkan tidak terbatas pada organisme yang bisa dikulturkan, tetapi juga pada organisme (khususnya mikroorganisme) yang tidak bisa dikulturkan. Bagaimana caranya? Artikel yang bertajuk “Metagnomik: lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru”. Dengan cara itu bisa dilihat bahwa sesungguhnya di tingkat mikro ditemukan variasi yang sangat beragam. Keanekaragam ini tentunya memiliki fungsi yang beragam pula. Tugas kita adalah menemukan fungsi dari masing-masing protein, gen, atau molekul tersebut. Caranya bisa anda temukan pada artikel-artikel dalam edisi ini, diantaranya adalah “Functional Genomics, untuk mempelajari fungsi gen dalam skala global”. Bahkan keanekaragaman molekul itu bisa diperkaya lagi. Gunanya adalah untuk meningkatkan peluang penemuan obat. Bagaimana caranya? Jawabannya bisa anda temukan pada artikel “Combinational Chemistry, pengayaan molekul diversity untuk penemuan obat”. Namun, perlu kita sadari bahwa agar bisa memberikan manfaat secara terus-menerus, kita tidak boleh mengeksploitasi biodiveristy, tetapi yang lebih penting adalah bagaimana mengolah, memanfaatkan, dan melestarikannya. Apa yang harus kita lakukan untuk itu? Simaklah perbincangan kami dengan Prof. Dr. Endang Sukara, Deputi LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (LIPI). Di sana anda juga bisa melihat upaya yang telah dilakukan LIPI untuk mengolah, memanfaatkan dan melestarikan biodiversity yang kita miliki. Selamat membaca!

Penanggung Jawab: M. Ahkam Subroto Pimpinan Redaksi: Andi Utama Anggota Redaksi: Adi Santoso Bambang Sunarko InesAtmosukarto Wien Kusharyoto Satya Nugroho Sigit Purwantomo Syahrudin Said Sekretariat: Siti Elly Faisholyah Ludya Arica Bakti Yulnawati Wulansih D. Astuti Seksi Promosi dan Marketing: Tutang Yatri Hapsari Betalini Widhi Hapsari Iklan: Sogir Hayat Raharja Fotografer: S. Jitno Rijadi Noor Rachman Design grafis: Wien Kusharyoto Uus Faizal Firdaussy Ahmad Saefudin S Ario Tutuko

BioTrends Majalah Populer Bioteknologi Diterbitkan oleh Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Jalan Raya Bogor Km. 46, Cibinong 16911 Telepon (021) 875 1527, 8754587 Faks (021) 8754588

Hak Cipta dilindungi oleh undang-undang. Dilarang memproduksi seluruh atau sebagian foto, teks, atau ilustrasi isi majalah dalam bentuk apapun tanpa izin tertulis terlebih dahulu kepada penerbit.

Redaksi

2

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

Metagenomik
Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru

/Hal 16
MIKROBA ENDOFIT:
SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI

/Hal 13
Secangkir TEH
Dari Redaksi Biodiversity dan Manfaatnya /Hal 2 Surat Pembaca Komentar dari para pembaca, tentang BioTrends /Hal 5 Program freeware DNA analysis ClustalW, BioEdit, dan CLC Free Workbench /Hal 23 Biokatalis Biokatalis, Enzim dan Biotransformasi /Hal 27

DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI

/Hal 06
Profil Pemanfaatan Biodiversity

Prof. Dr. Endang Sukara
“We are within biodiversity, but we do not know what is the real value of biodiversity”

/Hal 08
BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

3

Vol I Nomor 2 Tahun 2006

DAFTAR ISI

MAJALAH POPULER BIOTEKNOLOGI

“Functional Genomics ”
un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i gen da l a m sk a l a gl o b a l

/Hal 19
COMBINATORIAL CHEMISTRY: Melirik prospek Bioteknologi kelautan Indonesia /Hal 33 Keanekaragaman bakteri Bacillus thuringiensis, biologi molekuler dan upaya Bioteknologi untuk ketahanan dan kesehatan /Hal 38 Produksi edible vaksin dengan molekular farming /Hal 40 PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT

/Hal 25

Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus

/Hal 30

Rare sugars, karunia yang belum tereksplorasi

/Hal 35

4

BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006

surat PEMBACA Koreksi. IPB . nama saya Agung Firmansyah. Tetapi mengingat tujuan penerbitan majalah ini adalah untuk mempopulerkan ilmu pengetahuan di bidang Bioteknologi untuk berbagai lapisan masyarakat.Bogor Redaksi: Terima kasih atas saran dan masukannya. kami akan terus berupaya untuk meningkatkan kualitas majalah ini untuk mencapai tujuan tersebut.) Prof. Isinya Terlalu Berat Salam kenal. Mungkin ada benarnya edisi sebelumnya memuat artikel yang agak sulit dipahami terutama bagi orang yang tidak berkecimpung di dunia Bioteknologi. Kalau bisa. Distribusi Biotrends Sebelumya. tanggapan. kami meralat sebagai berikut: Hal 9 9 10 10 Baris 27 58 9 14 Kolom 1 2 1 1 Tertulis (SD jaman Belanda) Prof. Menurut saya cover . Bioterends sebelumnya baru saya dapatkan setelah memesan pada teman yang kuliah di Bogor. Mohon maaf .toko buku di berbagai kota. opini. namun majalah ini agak sulit diperoleh. Namun. untuk edisi perdana kami baru mendistribusikan ke institusiinstitusi pemerintah. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 5 . Hari Susanto. materi dan Menanggapi surat dari sekretaris Kepala LIPI terhadap BioTrends edisi sebelumnya tentang salah penulisan pada kolom profil. Redaksi: Terima kasih atas tanggapannya. Saya termasuk orang yang sangat menyenangi dunia ilmu pengetahuan. isi dan disain sudah cukup baik. terutama bidang Bioteknologi. Bandung penyajiannya lebih mudah dimengerti. Peter Klessy Peterporphyrin Seharusnya (SD pada dekade 40-60-an. sumbangsih dan permintaan anda: disinilah forum tempat anda memberikan opini mengenai apa yang benar dan salah mengenai hal-hal yang kami angkat di majalah ini dan sebagai sarana agar kami tahu apa yang ingin anda baca. pertanyaan dan artikel anda ke BioTrends@lipi. Peter Clezy Petroporphyrin Kirim Pertanyaan dan Komentar Anda Kirimkan opini. Sambudi Prof.com. Samhoedi Prof.id atau Biotrends@yahoo. Saya menyambut hangat terbitnya Biotrends. Agung A. Menurut saya isinya cukup baik.Saya ucapkan selamat atas terbitnya edisi perdana dari Majalah Biotrend. tapi sepertinya terlalu berat dan sulit dicerna. mulai edisi ini kami juga akan mendistribusikannya ke toko .go.

Menurut yang empunya cerita. Suatu ungkapan versi lain untuk tidak menyebut malas. Katakanlah di jaman Majapahit atau Sriwijaya. yang sulit dicari tandingannya di dunia. Indonesia. Meskipun pada kenyataannya pusat keanekaragaman suatu jenis tanaman tertentu tidak harus selalu identik dengan pusat asal usul dari tanaman yang bersangkutan. Setelah kemerdekaan tercapai. Bahkan ada kesan bahwa dinamika dan mobilitas penduduk di daerah-daerah seperti itu justru (maaf beribu maaf) rendah. Kriteria utama penetapan pusat-pusat itu adalah adanya keanekaragaman tanaman budidaya yang tinggi di masing-masing pusat tersebut. sebagai bagian dari kawasan Asia Tenggara. pisang atau otak”. Pilihlah salah satu yang kamu mau. rakyat Nusantara tetap saja hidup bersahaja untuk tidak dikatakan melarat. Konsekuensinya tentu mudah ditebak. kecuali apel. ilmuwan terkemuka Rusia. telah membuat bangsa ini menjadi manja . Maklum makanan juga serba sulit. Ini mungkin juga terkait dengan pasokan energi yang tidak/kurang memadai. istilah Jawa yang berarti lari. Tuhan berseru “ Hai kamu bangsa Uganda. Namun kekayaan itu pulalah yang telah mengantar bangsa ini ke neraka penjajahan. Andaikan pernyataan itu benar. akan tetapi terlalu naïf rasanya untuk melimpahkan semua kesalahan hanya kepada si penjajah. Istilah orisinilnya the IndoMalayan Centre. yang berkarang. tak pelak lagi Asia Tenggara ditetapkannya sebagai salah satu dari 8 pusat asal usul tanaman budidaya dunia. ternyata kini sudah benar-benar melayu. harganya murah). terutama Gambar: Nikolai Ivanovich Vavilov. (www. Dengan semua kekayaan itu konon Indonesia pernah berjaya di masa silam. Bahkan oleh salah satu tokoh keanekaragaman hayati.menyimpulkan hasil kajiannya tentang asal usul tanaman budidaya setelah perjalanan panjang melanglang buana. subur kang sarwi tinandur (segala yang ditanam tumbuh subur). sepertinya kini sudah tidak relevant lagi. barangkali menurut versi orang Inggeris yang pernah menjajahnya.lainsigna. tongkat pun ditancap tumbuh jadi tanaman kata Koes Bersaudara. Salah satunya adalah dampak dari penjajahan yang berlangsung lebih dari 3. yaitu Melayu. terkesan sederhana namun mengandung makna yang sangat dalam. dan melesat meninggalkan Indonesia sambil membawa segelintir saudara serumpunnya. konon ketika Tuhan bermurah hati memberikan pilihan kepada orang. meskipun sekedar sebagai pembantu. ulet. Argumentasi lain adalah karena alam Indonesia terlampau ramah dan pemurah. Dan konon sejak itu pula pisang berlimpah di negara itu sehingga dijadikan makanan pokok penduduk setempat. Sementara itu asumsi faktor etnis yang menjadi penyebab keterpurukan Indonesia. logikanya kita akan menemukan sosok-sosok manusia Indonesia yang rajin. tandus dan gersang. Maka tanpa berpikir panjang. kau lihat di tangan kananku ada pisang dan di tangan kiriku ada otak. Sejujurnya penjajahan era kini meskipun sifatnya halus dan tidak kasat mata mungkin jauh lebih dahsyat dampaknya daripada penjajahan fisik yang menimbulkan trauma. melalui pembangunan tentunya. Banyak alasan (excuses) yang dijadikan kambing hitam sebagai penyebab keterpurukan bangsa ini.secangkir TEH DARI NIKOLAI IVANOVICH VAVILOV SAMPAI KE TUBAGUS BACHTIAR RIFAI Penulis: Made Sri Prana* K etika Nikolai Ivanovich Vavilov. kegiatan pikir memikir menjadi masalah.5 abad. mungkin bisa membantu menguak kabut hitam kelam yang menyelimuti bangsa kita. Argumentasi itu mungkin ada benarnya. Kajian lebih lanjut yang dilakukan oleh ilmuwan lain sesudahnya semakin mengukuhkan pernyataan Vavilov. dan energik. Nyatanya juga tidak demikian. Indonesia diibaratkan sebagai “The Garden of Eden” karena keanekaragaman buahbuahannya. Malaysia yang dimotori etnis yang sama. maka di belahan Nusantara yang alamnya tidak dapat dipandang ramah dan pemurah. Apa gerangan yang salah dengan negeri ini? Sebuah anecdote tentang orang Uganda. Anecdote itu sungguh sangat menyakitkan.org) 6 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . jelas merupakan bagian terpenting dari pusat itu. murah kang sarwi tinuku (segala yang dibeli. secara spontan mereka pun memilih pisang”. yang konon merupakan jembatan emas menuju masyarakat yang adil dan makmur.

Yogyakarta. Ibarat masakan. integritas. sebab belakangan diketahui pula pentingnya kecerdasan emosional (EQ).apsprogram. APS akan mengadakan road show di kota-kota besar di seluruh Indonesia di bulan Mei-Juni 2006. guna meningkatkan kesejahteraan bangsa dan negara sekaligus mewujudkan konsep pemanfaatan sumberdaya hayati secara lestari. 8-9 November 2006: International Seminar on Tropical Animal Production (ISTAP-4). Rectorate Building 2nd floor. sementara teknologi atau pengetahuan tentang teknik membuka terus peluang untuk berinovasi sesuai tuntutan dan perkembangan jaman. Made S.arbain@telkom. atau telepon kantor APS (021) 527 7648. kelompok. Fax. sebenarnya humor itu telah menyadarkan orang Uganda. Masala pun akhirnya kerap timbul karenanya. Padang 25163. Artinya wajib adanya ciri profesionalisme. 0251626368. yaitu tim peneliti. Auditorium of Faculty of Animal Science. Jadilah sayur asem yang nikmat dan menyegarkan. Tema itu relevant tidak hanya untuk tahun ini melainkan berlaku sepanjang masa dan buat siapa atau organisasi apa saja. bisa dilihat dan didownload dari website aps (www. takdir69@yahoo. jangan hendaknya dipertentangkan.ugm. *Dr. garam di laut asam di gunung bertemu dalam jambangan. Animal Production and Sustainable Agriculture in The Tropics . Bioteknologi menawarkan banyak peluang dan terobosan untuk bisa memanfaatkan khasanah/kekayaan sumber daya hayati untuk kesejahteraan bangsa. E-mail: Iis_arifiantini@telkom. FKH.id/asompsxii BEASISWA AUSTRALIAN PARTNERSHIP SCHOLARSHIPS (APS) Studi Pasca Sarjana di Australia Pendaftaran APS akan dibuka tgl 8 Mei 2006. dan kita kitakan kami. jadwal road show.php 3. Pasalnya mereka lebih memilih mendapatkan bantuan bala tentara dan alat perang yang kuat daripada merangkul Sri Krishna. Ini tentu sangat berbeda dengan ucapan “ Why him/her? Why not me?” yang lebih kerap terdengar dalam kehidupan sehari-hari.unand.id). Pentingnya otak atau SDM dalam meniti kehidupan dan kelangsungan hidup (sustainability) sebagai individu. Akibatnya integritas tim (team work) tidak solid atau bahkan berantakan. Jalan Agatis Kampus Darmaga IPB. tidak perlu dimunafikan sepanjang sifatnya saling menguntungkan (mutual benefit). Tetapi bioteknologi juga memiliki karakteristik synergisme dan pendekatan multidisiplin sebagai salah satu prasyarat. Gadjah Mada University. Research Institute. herdis_bppt@plasa. Spices and Other Natural Products (ASOMPS) XII. tak peduli apapun bentuknya.id/index. Kebersamaan. terutama dengan negara-negara maju. E-mail: asompsxii@unand. Fax. Dan kalau pada suatu saat nanti di antara kita kebetulan ada yang meraih prestasi luar biasa maka pernyataan “ I am proud of him/her. sedangkan kita bisa menimba pengetahuan (knowledge) dan bukan sekedar ketrampilan (skill) dari mereka. Para anggota tim harus memiliki persamaan visi namun berbeda dalam kepakaran sesuai misi yang diemban. baik untuk jajaran pemimpin maupun yang dipimpin.+62-751-72645. Telp. http:// www. Kerjasama dengan pihak luar dalam hal ini. He/she is one of us!!!” akan terdengar sungguh sangat nyaring di telinga dan mengharukan di hati. Keanekaragaman genetik Indonesia yang berlimpah itu menunggu kreativitas tangan-tangan trampil untuk meramunya menjadi produk-produk unggulan guna menunjang pengembangan berbagai sektor pembangunan agar sebagai bangsa kita tidak dipandang bak tikus jatuh ke lumbung mati kelaparan. Kontak: Dra. Dengan semangat kebersamaan dan persaudaraan itu kita kamikan saya. salah seorang mantan Ketua LIPI yang disegani pada masanya. IPB. The University of Andalas. sesuai situasi dan kondisi. atau kirimkan e-mail ke info@apsprogram. Perbedaanperbedaan yang lain.net. Kesalahan serupa (salah pilih) konon juga mengantarkan Kurawa ke jurang kehancuran kalah perang di Kuru Setra melawan Pandawa . dan dinamika para pelaksananya. Formulir pendaftaran dan informasi lebih lanjut mengenai persyaratan beasiswa APS. dan persatuan itu adalah rohnya organisasi.or. Dengan bekal itu. sementara perbedaan adalah anugerah yang berfungsi sebagai pengikat. Cibinong. mentok di ujung.isap4. Banyak di antara kita yang hanya siap memimpin dan tidak terlalu siap untuk dipimpin.INFO bagi orang Uganda (juga kita yang simpati). tentang betapa pentingnya otak dalam menjalani hidup dan kehidupan ini. orang Afrika dan bahkan kita semua. Dayar Arbain. Teknik pada saatnya akan daluarsa.+62-751-72645/71085.ac. Tepat sekali slogan “Bersatu meningkatkan mutu” diangkat sebagai tema filosofis dan spiritual oleh Puslit Bioteknologi LIPI. Itulah antara lain secuil cuplikan wejangan dari berbagai upaya serius dan sistematis untuk menggalang persatuan di lingkungan LIPI yang pernah dilakukan oleh Prof. akan tetapi sikap dan komitmen dalam merealisasikannyalah yang tampak sangat berbeda-beda. Dr. M. formulir. SEMINAR 1. Iis Arifiantini. APU adalah staf peneliti utama di Pusat Penelitian Bioteknologi . Kontak: www. Tel. Kontak: Prof.id atau d. 0251-629474.R. Akan tetapi bila diambil hikmahnya. Kita perlu menguasai teknologi dan bukan sekedar teknik agar mampu terus berkreasi. Semua itu toh juga karunia Tuhan yang harus disyukuri. Ir.ac. Persamaan adalah sebuah berkah yang menjadi perekat. 8 April 2006: Seminar Sehari: Peranan Bioteknologi Reproduksi dalam Pembangunan Peternakan di Indonesia. Di sini persamaan dan perbedaan sama pentingnya. kalaupun ada. Bagian Reproduksi dan Kebidanan.net. Dr.com 2. Mereka bisa menikmati (bersama kita) benefit dari kekayaan sumberdaya genetik Indonesia.LIPI.id. semoga saja bioteknologi mampu memberikan kontribusi maksimal kepada pembangunan nasional sebagaimana yang selama ini diharapkan. bangsa dan bahkan umat manusia (human being) sudah menjadi rahasia umum. persaudaraan. Prana. penasehat yang arif dan bijaksana. Semua pasti menganggap bahwa SDM itu penting. Tubagus Bachtiar Rifai. Fakultas Kedokteran Hewan IPB. Otak atau tentu saja tidak harus diterjemahkan sebagai kecerdasan inteletual (IQ) semata.ac.or. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 7 .com. 13-18 November 2006: Asian Symposium on Medical Plants.Si.

shalat subuh biodiversity tersebut untuk berjamaah di masjid (surau). dan kepentingan umat manusia. Kalaupun dipaksakan. Sekarang suasananya sangat berbeda. Saya mencoba mengadu nasib dengan ikut tes di Universitas Padjadjaran (Unpad). lebih kemudian menemani nenek di dapur khusus lagi bangsa Indonesia. Dengan modal Rp. 30. Setiap subuh memahami. pasti biaya masuknya mahal. dodol. saya dirawat oleh kakek dan nenek di kampung kelahiran saya di Indihiang Tasikmalaya. tenteng kacang dan lain sebagainya untuk dijual di pasar Ciawi. Bagaimana LIPI melakukannya. Karena itu saya memutuskan untuk nggak jadi masuk Unpad dan memutuskan untuk mencoba mencari peluang melanjutkan pendidikan di Jakarta. Dr. Ketiga di Jakarta ada adik kandung ayah yang sudah lama menetap. biasanya ikut dengan kakek ke sawah. Ayah dan Ibu saya adalah pedagang kecil di Kecamatan Ciawi . Sungguh sangat mengasyikan karena dengan cara ini saya juga mendapatkan uang dana. Lalu kenapa Bapak tibatiba ingin ke Jakarta? Cita-cita kan boleh tinggi. saya langsung ke dapur membantu orang tua membuat berbagai jenis makanan kecil mulai dari permen. Sewaktu tinggal bersama kakek dan terus berupaya melakukan terobosannenek. (IPH). udara yang bersih. Tapi saya juga menyadari banyak keterbatasan termasuk tentunya keterbatasan 8 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Terasa pengap. Pertama di Jakarta mungkin lebih banyak pilihan. Sebelum masuk sekolah. bahwa setiap hari. Endang tidak ubahnya seperti terobosan untuk melindungi. Kegiatan ini bangsa karena banyaknya dilakukan saat menjelang magrib sampai keterbatasan ilmu pengetahuan yang isya. Endang membayangkan suasana yang nyaman. Hal ini terus berlangsung sampai menjelang saya masuk SMA. semua dipenuhi oleh rumah-rumah. pak Basyuni Suriamihardja. sekecil apapun sumbangannya. “Tidak heran kalau orang bilang Indonesia adalah serpihan dari syurga”. yang berjarak sekitar 25 km dari tempat ayah dan ibu menetap dan berusaha. Di sini Endang juga dikenalkan dengan pak Gazali Dunia (kolega pak Basyuni). Kedua. sungai yang sangat jernih. 7 tahun. seusai sekolah. Pak Basyuni menyarankan untuk mendaftarkan diri ke Fakultas Biologi Universitas Nasional. yang bisa ditumpangi. Namun dengan segala keterbatasannya. Endang diantar ke Jakarta oleh pamanda Wasita Kontara (mang guru) dan dipertemukan dengan Pak Basyuni. Indonesia. Akhirnya Terkadang juga ikut membakar “opak”. sambil menikmati hangatnya tungku. wajik. beraneka ragam jenis ikan dan udang serta kerang sangat mudah di dapat. Kolam dijumpai di mana-mana. Sungai kering penuh lumpur bersampah dan airnya sangat kotor. Di masa kecilnya tidak kedeputian ilmu pengetahuan hayati pernah membayangkan akan ke Jakarta. Deputi Kepala we do not know what is the real value of LIPI Bidang IPH yang juga salah biodiveristy for the prosperity of this seorang pakar biodiversity kita. Nasib belum beruntung. Dr. Bisakah Bapak bercerita sedikit tentang masa kecil Bapak? Saya nggak tahu harus bercerita dari mana. Saat memasuki usia sekolah. 4 Ciawi. hayati). Itulah suasana sekitar 45 tahun yang lalu. Dan itulah keseharian kebanyakan kita miliki tentang biodiversity ini. berikut wawancara redaksi Biotrend dengan Prof. Saya lahir 52 tahun yang lalu di satu kampung di kabupaten Tasikmalaya yang terletak di kaki Gunung Galunggung. anak-anak di Ciawi waktu itu. Sebenarnya saya ingin jadi dokter. Saya masih ingat. makanan kecil seperti kerupuk yang dibuat dari beras ketan. dan memanfaatkan dibangunkan kakek. tutur Endang. anak-anak kampung lainnya. country. Ketua Umum Perhimpunan Guru Seluruh Indonesia) yang memberikan bimbingan untuk kelanjutan pendidikan saya. Terasa begitu asri. saya tidak berhasil mendapatkan panggilan pertama. LIPI (Lembaga Ilmu Endang adalah anak kedua dari 8 Pengetahuan Indonesia) khususnya bersaudara. Saya juga sering kali ikut menjajakan makananmakanan kecil ini di kampung termasuk ke pusat-pusat keramaian seperti terminal bus dan stasiun kereta api. di Jakarta ada famili (famili suami adiknya ayah. We are within the biodiversity.Kabupaten Tasikmalaya. Kolam di sekitar kampung nyaris tinggal kenangan. paling tidak untuk sementara. dan waktu itu kebanyakan orang ingin jadi dokter.000 Endang hijrah ke Jakarta dan disinilah Endang mulai meniti karirnya.Profile: Prof. but we do not know what is the real value of biodiversity” Indonesia adalah negara yang kaya dari keuntungan hasil berjualan untuk dengan biodiversity (keanekaragaman ditabung atau untuk keperluan sekolah. Ada tiga pertimbangan. Usai sarapan. saya kemudian ke Ciawi mulai sekolah di Sekolah Rakyat No. namun kekayaan ini belum Kegiatan lain yang rutin saya lakukan bisa dimanfaatkan untuk kejayaan adalah pergi ke Madrasah. Endang Sukara “We are within biodiversity. but Endang Sukara.

saya dan pak Gardjito banyak juga membantu Brendamour meneliti social behaviour dari orang utan dan program rehabilitasi orang utan. saya sudah mulai dikenalkan sejak tahun 1974.000. Dulu senang senang mengerjakan macam-macam kegiatan khususnya yang berhubungan dengan masalah lingkungan. Selama melakukan penelitian saya dibimbing secara teknis oleh bapak Lubis (staf senior di Pusat Penelitian Botani). mengintroduksi bagaimana melakukan penelitian ekologi. Saya mendaftar dan ikut tes di Bogor. mendiskusikan hasil penelitian dan mengolah data. Saya kemudian dibimbing oleh bapak Soetarjo BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 9 . Bapak Dayat Bastiawan. saya mengumpulkan banyak data. gibbon. saya melihat pengumuman bahwa Lembaga Biologi Nasional (LBN – LIPI) menerima pegawai baru. Kalimantan Tengah. Ini juga berguna untuk mapping ruang gerak orang utan tersebut. Sutan Takdir Alisyahbana dan Fakultas Biologi dibawah pimpinan Prof Koesnoto cukup disegani waktu itu” tegas Endang. Lalu bagaimana Bapak bisa ke LIPI? Dari kegiatan di lapangan. seminggu sekali pergi ke kampus UNAS. Untung di UNAS saya ketemu dengan teman se-SMA. Perhatian dengan lingkungan hidup. Sewaktu tes. Saya pernah menjadi sekretaris senat di Fakultas Biologi. Bagaimana Bapak menyesuaikan diri dengan kehidupan Jakarta? Awalnya agak susah. saya ikut aktif pada program rehabilitasi orang utan di Taman Nasional Tanjung Puting. Akhirnya pada tahun 1979 saya dapat menyelesaikan kuliah. saya bahkan sering diajak menginap di rumahnya. Jadi Bapak sudah sejak lama punya perhatian terhadap lingkungan hidup? Oh iya. Disamping itu kami juga ikut aktif dalam kelompok 10 bersama Pak Emil Salim. yaitu ke Taman Nasional Tanjung Puting. Selain itu kita juga sangat aktif kerja sama dengan berbagai pihak termasuk Mapala UI. meneruskan kuliah. Sambil bekerja. kami bekerja lagi. waktu saya masih menjadi mahasiswa tingkat 2 di UNAS. dan juga bagaimana mereka membuat sarang diikuti dan dicermati dengan teropong dan dicatat. Saya banyak belajar dari Pak Eddy tentang kehidupan di Jakarta. kita mengajak siswasiswi SMA ke lapangan. Kita juga menyelenggarakan seminar di Istana Wakil Presiden tentang Pelestarian Orang Utan. Pada waktu itu Birute Galdikas Brendamour dari UCLA menginginkan counter part mahasiswa dari UNAS yang ikut bersamanya ke lapangan. akhirnya saya memutuskan untuk bergabung dengan laboratorium mikrobiologi Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI. Setelah saya lulus sarjana muda mendapat gelar BSc. Di base camp. Saya masih ingat. Tapi kenapa Bapak kemudian mendalami bidang mikrobiologi di LIPI? Saya nggak begitu senang dengan penelitian lapangan mengamati dan mempelajari primata seperti lutung merah. Saya pernah juga menyelenggarakan pameran tungku hemat energi di kampus UNAS dan senang sekali karena juga dikunjungi Pangeran Bernard dari Belanda. saya bilang kalau saya masih ingin menyelesaikan studi saya di UNAS.Endang ke Universitas Nasional (UNAS) dan mendaftarkan diri menjadi mahasiswa di Fakultas Biologi. Akhirnya saya diterima dan mulai bekerja pada tahun 1977. dll. Saya lebih senang bekerja dengan lingkungan dan juga masyarakat. apa kegiatan Bapak sewaktu di UNAS? Macam-macam. seperti apa yang dimakan oleh “maroon red leaf eating monkey”. Selama di UNAS saya juga banyak belajar dari Pak Jatna Supriatna (sekarang direktur Conservation International di Indonesia). di bawah bimbingan Ibu Setijati (pada waktu itu Direktur LBN-LIPI) dan Prof. 30. Pak Gardjito meneliti “gibbon”. Kita juga mengadakan kerjasama dengan Kuartir Nasional Pramuka. Judul penelitian saya adalah tentang diosgenin dalam tumbuhan Costus. Kebetulan uang masuknya Rp. Melalui grup pencinta alam. setiap arah gerakan diukur dan arah diperiksa dengan kompas sehingga kita tahu posisi saat itu. Saya juga ikut membesarkan Biological Sciences Club di sana. Saya menjadi ketua selama 2 tahun dan selama kepengurusan saya banyak yang dilakukan. Selama di Tanjung Puting. saya meneliti “maroon red leaf eating monkeys ” alias Presbytis rubicundus . Pak Sugardjito (sekarang Direktur Program Fauna and Flora International di Indonesia) dan Pak Barita Oloan Manullang. Disitulah saya kenal dengan LIPI. Karena itu dan juga atas undangan Pak Susono (pada waktu itu pimpinan Pusat Penelitian Botani LBN-LIPI). Pagi pagi buta saya dan pak Gardjito menemani Brendamour berangkat ke hutan. Waktu itu yang menjadi pembicara kunci adalah Pak Ali Sadikin (Gubernur DKI Jakarta waktu itu). konservasi. Selain kuliah. Koesnoto (pada waktu itu Dekan Fakultas Biologi UNAS). Sebenarnya sederhana sekali. dan juga masalah sosial. Kita membuat program yang namanya “Wisata Kasat Bumi”. Bahasa Jakarta sangat berbeda dengan bahasa Indonesia. suatu hari saya pernah menjadi moderator dalam acara pembahasan sampah kota. Bagaimana di bidang riset sendiri? Di bidang riset. Saya juga senang sekali karena ada senior yang bisa bahasa Sunda. Segala tingkah laku orang utan. Kelompok 10 ini menjadi bidan pendirian lembaga swadaya masyarakat (LSM) yang dikenal dengan Wahana Lingkungan Hidup (Walhi). misalnya Bapak Eddy Jusuf (sekarang menjadi peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). diantaranya ikut menggalang pembinaan kesadaran lingkungan dan mengenai ilmu biologi lainnya kepada siswa-siswi SMA. Saya masih diberi kesempatan. “UNAS di bawah kepemimpinan Prof. atau orang utan sekalipun pernah belajar cukup intensif tentang masalah ini dari Birute Galdikas. Indonesia. Dari UNAS selain saya juga ikut Pak Sugardjito. Kami pada waktu itu mempunyai hubungan dengan Univeristy of California LA (UCLA). Setelah orang utan kembali ke sarangnya (biasanya lepas maghrib). Bersama dengan teman-teman kita menerbitkan majalah Biologica. mulai dari keluar sarang sampai masuk sarang lagi. sampel-sampel yang dimakan berupa bauh atau daun kemudian dikumpulkan dan dipelajari di Herbarium Bogorensis. Agar tidak tersesat. saya juga melakukan penelitian di tempat saya bekerja. Disamping melakukan penelitian. Pada waktu itu pengaruh kedaerahan sangat kuat. Pusat Penelitian Botani LBNLIPI. Saya adalah mahasiswa yang beruntung diberi kesempatan mendampingi Birute Galdikas Brendamour dan sekaligus ikut melakukan penelitian primata di hutan (Taman Nasional Tanjung Puting). Saya sendiri tidak terlalu menyadari kalau itu semua kelihatannya sebagian dari hobi. taksonomi. kita pulang.

Saya kemudian membuat tulisan yang kemudian saya bacakan dalam orasi ilmiah untuk pengukuhan Ahli Peneliti Utama (APU) saya. saya dibawah berhasil mengembangan “One step process for the production of mycoprotein and enzyme”. Dan beberapa publikasi ilmiah di jurnal-jurnal yang baik seperti European Journal of Microbiology and Biotechnology. Itulah hikmah silaturahmi yang saya rasakan yang dulu tidak pernah saya bayangkan”. Dan setelah perumusan kebijakan harus mampu dirumuskan dan dilaksanakan. Saya harus cari key enzyme seperti adolase. Tulisan tersebut berjudul “Emas Hijau sebagai Alternatif untuk Keluar dari Krisis Multidimensi”. mulai melihat 10 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . dan Ketua PPIA (Perhimpunan Pelajar Indonesia di Australia cabang Brisbane). Bangga juga karena proses ini kemudian didaftarkan ke kantor paten dan mendapatkan nomor paten pada tahun 1986. Akhirnya semua yeast tersebut bisa diidentifikasi. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. itu berat sekali. Satu yang saya berhasil mengenali yeast pada tahap pertama kali adalah Trigometris karena sporanya berbentuk segitiga. Endang membantu mereka mencari tempat tinggal. saya harus banyak bertanya. Saya harus nginap di rumah mereka. Melalui proses skrining. Di Australia. Ratu Ratna Isnaniah ini juga aktif di berbagai organisasi.Brotonegoro (alm) dan diberitugas meneliti tentang masalah kompos. Saya pernah menjadi Kepada Balai Biak Sel dan Jaringan. suami Dra. Pulang dari sana saya menulis satu buku yang berjudul “Menanam Jamur Merang di Pekarangan”. saya harus bisa mengembangkan dan merumuskan kebijakan dalam bidang ilmu pengetahuan hayati termasuk biodiversity. Segala macam cara saintifik untuk identifikasi yeast ini dilakukan. di Brisbane. Saya juga menyadari bahwa sesuai dengan Surat Keputusan Presiden dan tugas dari Kepala LIPI. Begitu juga kalau sampai di Bali. B. saya diarahkan untuk melanjutkan penelitian di bidang teknologi fermentasi dan mengambil topik baru untuk program doktor saya yaitu “microbial convertion of cassava starch to mycoprotein”. Romeo Alichbusan dari Tropical Mushroom Research Center di Bicutan. Oleh Pak Susono. Saya senang juga bisa mempatenkan. saya harus belajar menggunakan mikroskop dengan baik. Queensland University. Endang sering menjemput karyasiswa yang baru datang ke Australia dan membantu memfasilitasi agar masa transisi karyasiswa baru berjalan dengan mulus. pada masa kualifikasi di universitas ini diberi tugas untuk mengidentifikasi 10 jenis yeast. Philippina. Saya pernah dikirim ke Philippina untuk belajar budidaya jamur merang melalui program UNESCO dibawah bimbingan Prof. Beliau menulis buku tentang microbial physiology dan kemudian menjadi buku pegagang di seluruh dunia. akhirnya saya memutuskan untuk menggunakan kapang tempe alias Rhizopus oligosporus. Tomita dari Hokaido University dalam kerangka program kerjasama LIPI dengan JSPS. Dengan dana UNESCO ini. pembimbingan dialihkan ke DR. Saya harus banyak pergi ke perpustakaan. Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Saya masih ingat. Kita kehilangan banyak biodiversity. Setelah itu saya pergi ke Australia. dll. yang menjadi kenangkenangan sampai sekarang. Bimbingan penuh saya dapatkan selama saya mengikuti program kualifikasi dan program master. Bahkan keluarga Endang tidak keberatan untuk sementara menampung karyasiswa sebelum karyasiswa mendapatkan tempat tinggal. Kemudian yang menarik juga dari kuliah-kuliah yang saya ikuti di Queensland ini adalah menentukan pathway dari satu kuman tertentu. Doelle. sering diantar ke manapun saya perlu dengan gratis. Saya juga meneliti masalah biogas. Kepala Balai Teknologi Proses. Oleh Dr. Di sini saya mempunyai peluang untuk belajar lebih banyak dari Puslit dan Unit-unit yag ada di bawah kedeputian saya. Di Biotek saya macam-macam juga. Dengan menggunakan kapang tempe ini. kenangnya. Skerman akhirnya pensiun. Senang sekali karena ada tugas yang dapat saya selesaikan. Saya mulai memahami ilmu pengetahuan hayati dalam tingkatan yang lebih makro. Endang pernah menjadi Sekjen di (Himpunan Pengajar dan Peneliti Indonesia di Australia) cabang Brisbane. Emas hijau yang dimaksudkan di sini adalah biodiversity. selama 3 bulan. dan Kepala Puslitbang Bioteknologi sampai akhirnya dipercaya menjadi Deputi Kepala LIPI Bidang Ilmu Pengetahuan Hayati (IPH). Alhamdulillah saya mendapat nilai yang memuaskan dari Prof Skerman. Bapak dibimbing oleh Prof. Itu semua pada waktu itu merupakan ilmu yang sangat modern karena tidak pernah ditemukan di Indonesia baik di bangku kuliah maupun selama bekerja di LIPI. “Jika saya jalan dari misalnya Bogor ke Bali. Skerman di Deopartment of Microbiology. dan yang penting belajar memelihara dan menumbuhkan yeast ini dalam berbagai jenis medium mulai dari media gypsum hingga berbagai jenis media agar untuk melihat karakteristik yeast ini mulai dari sporulasi sampai dengan sifat-sifat fisiologisnya. saya kemudian dikenalkan dengan mikrobiologiwan Indonesia. mampir dulu di Bandung atau Jogja. Saya juga dikenalkan dengan pakar mikrobiologi di kawasan ASEAN melalui berbagai channel termasuk UNESCO. kata Endang. saya belajar bagaimana membuat jamur tropis (edible tropical mushrom). Bagaimana Bapak bisa tertarik dan sampai menjadi narasumber Biodiversity di LIPI? Saya juga nggak tau ya. Di Australia saya belajar tentang systematic bacteriology bersama Prof. Apa yang Bapak dalami di Australia? Saya berangkat ke Australia tahun 1982 dengan dana beasiswa dari program Colombo Plan Australia. Penelitian yang saya rintis bersama dengan Prof. Itu merupakan metamorfose secara perlahan-lahan. Horst Doelle mikrobiolog handal asal Jerman ahli dalam bidang microbial physiology. V. Saya juga diminta untuk melihat GC ratio. amur merang. Jadi selama di Australia. Waduh. D. yang lebih senior. walaupun tidak sempat dilisensi orang. Dalam hal ini saya banyak dibantu sama teman seperti Wangchen dari Thailand dan Tao dari Cina. pasti teman-teman itu tidak membolehkan saya menginap di hotel. Skerman? Ya. Saya sangat bersykur sekalipun Prof. “Tapi sekarang saya merasakan banyak hikmahnya”.

berbagai jenis tumbuhan penting daerah bisa segera diselamatkan. Sebenarnya apa peranan LIPI dalam hal ini? Fungsi (kedeputian) kita memberikan saran kebijakan kepada pemerintah supaya hal itu benar-benar dilaksanakan. Kedepannya diharapkan kita bisa mempunyai koleksi kultur mikroba yang bisa disandingkan dengan microbial culture collection seperti JCC di Jepang atau ATCC di Amerika. Kalau kita punya laut yang luas. Ingat. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasabahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. Sehingga keputusan di meja DPR harusnya dipengaruhi oleh ilmu pengetahuan. why not. Pertelaan ilmiah tentang tumbuhan di kawasan Asia Tenggara yang dituangkan dalam buku PROSEA (Plant Resources in South East Asia) yang dikembangkan oleh Yayasan PROSEA dapat dijadikan modal untuk kegiatan di atas. small peptide. di Jawa dengan buah-buahan seperti manggis. Mudah-mudahan semua pihak (peneliti) termasuk pembaca Biotrend menyadari bahwa kalau publikasi saja belum cukup. Mulai sekarang kita galakan program penanaman. Artinya kita harus yakin betul bahwa seluruh biodiversity yang ada di negeri ini adalah milik ekslusif bangas Indonesia. cikal bakal antibiotik baru. Saya sangat berharap agar koleksi tumbuhan (Herbarium dan Kebun Raya) serta koleksi fauna (Museum Woologicum Bogoriense) dapat diikuti oleh LIPI Microbial Culture Collection (LIPI-CC) yang diakui dan memenuhi Treaty Budapest. sebagian dari padi. LIPI telah berhasil meyakinkan Presiden RI (waktu itu Megawati) akan pentingnya kawasan konservasi ex situ dengan membuat Kebun Raya di seluruh propinsi. Salah satu negara yang betul-betul memahami tentang keadaan Indonesia itu adalah Jepang. Kita harus ingat. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. Kita hanya tahu jagung. Dengan cara menterjemahkan bahasa ilmiah ke dalam bahasa yang lebih mudah dikenal oleh masyarakat umum menjadi sangat strategis. Saya ingin apa yang dihasilkan peneliti setelah ada publikasi. Kita kehilangan banyak biodiversity. dipelajari dan dimanfaatkan. kita telah meratifikasi CBD (Convension Biological Diversity) dengan UU No 5 tahun 1994. punya cahaya matahari yang berlimpah. dan hanya diberi akses pada tempat-tempat yang bisa diakses oleh LIPI misalnya kebunkebun raya atau komplek Science Center Cibinong. Kerjasama kita dengan Jepang. Bagaimana solusinya menurut Bapak? Kita masih punya secercah harapan. Masih banyak hal-hal yang kita nggak punya ilmu pengetahuan tentang itu. Saya melihat ini yang jauh lebih strategis. lingkungan dan sosial. yeast. di kulit kodok ada kelenjar yang menghasilkan magainin. dana penelitian. minyak. sehingga bisa memberikan dampat ekonomi. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. kegiatan harus melibatkan masyarakat termasuk petani sehingga tumbuhan itu dipakai. durian. Karenanya saya pikir akan banyak manfaat yang bisa kita dapatkan dan manfaat ini akan berlipat bila kita mampu melakukan kerja sama dengan pihak lain agar terjadi transfer technologi. kedelai. Harapan kita. air dan mineral dengan bantuan sinar matahari menjadi biomass (karbohidrat. fiber. ada program yang namanya tematik. Saya juga heran. dan fungi) yang kemudian dikenalkan sebagai mikroba endofit. Selain itu. industri pertanian dan lingkungan. Kita sangat beruntung. Saya juga confidence karena Saya juga menjadi miris melihat suatu kenyataan bahwa pada tahun 1980-an kita masih punya 121 juta ha hutan. Sebelumnya dengan berbagai program lainnya kita telah berhasil mengumpulkan banyak jenis mikroba yang lainnya termasuk dari kelompok bakteri asam laktat dan asam asetat.nilai biodiversity yang lebih besar ketika memahami bahwa di dalam jaringan pembuluh tumbuhan ditemukan begitu banyak mikroorganisma (bakteria. digunakan dan dijadikan sahabat. Insyaallah hal ini akan segera berubah. protein. sosial maupun lingkungan. Banyak lagi contoh yang lainnya yang membuktikan adanya berbagai potensi dari biodiversity. Tapi begitu masuk ke Puslit Biotek. sungguh bangsa ini tidak dilahirkan untuk menjadi bangsa yang miskin. Makanya obsesi saya bisa nggak di seluruh bantaran sungai yang ada di Indonesia ditanaman dengan tumbuhan kharismatik. saya sedih melihat sumber plasmanutfah buahbuahan yang kita sudah miliki belum terurus dengan baik dan belum dijadikan modal melainkan beban. Ribuan mikroba dari kelompok fungi dan aktinomisetes berhasil dikumpulkan dan dipelajari. Kalau di Sulawesi ditanami dengan Eboni misalnya. punya tanah yang subur. Sekarang tidak konek antara science dan kebijakan. Dan kehidupan bangsa kita dan bangsa-bangsa di dunia hanya tergantung pada puluhan saja biodiversity yang ada. dll. dan pada hari ini tinggal 19 juta ha saja. Buktikan kepada masyarakat dunia bahwa plant resources di kawasan ini mempunyai manfaat yang besar baik untuk pembangunan ekonomi. sehingga mempunyai dampak sosial yang betul-betul dirasakan. Apa yang telah dilakukan LIPI sejauh ini? Di satuan kerja saya di LIPI termasuk Puslit Bioteknologi. Penanaman dengan jenis-jenis yang mempunyai nilai ekonomi. Sebetulnya ini adalah pekerjaan besar yang menuntut peranan semua pihak. Jika saja kebijakan pemerintah berpihak pada pentingnya penelitian dan pengungkapan khazanah biodibersity milik bangsa ini dan mampu mengubahnya menjadi dollar. tapi provokasinya harus dari LIPI. tepatnya dengan National Institute of Technology and Evaluation (NITE) didedikasikan untuk mempelajari taksonomi mikroba asli Indonesia. Begitulah fungsi pohon yang kalau ditebang memberikan dampak yang besar terhadap water storage. Itupun dipersempit pada actinomycetes dan fungi. Hutan juga berfungsi untuk konservasi air. Indonesia. di-rewrite menjadi bahasa publik. Untuk itu. Makanya saya berharap Biotrend terus maju dan berperan di sini. pembagian keuntungan. but we do not know what is the real value of biodiveristy for the prosperity of this country. Scientific intergrity harus ditautkan dengan social responsibility BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 11 . Miroba endofitik ini ternyata juga mempunyai nilai tinggi karena mempunyai peluang membuka berbagai industri besar termasuk industri farmasi. Saat ini sungguh kita sebagai bangsa tidak mengerti apa-apa tentang biodiversity. sebagian dari pisang. Padahal kita juga tahu bahwa hutan (disamping phytoplankton yang ada di laut) bekerja untuk mengkonversikan CO2. We are within the biodiversity. mereka menggunakan mikroba koleksi kita. Apa batasan dalam kerja sama dengan NITE ini? Kita batasi pada taksonomi mikroorganisme. Dan tidak mengherankan jika LIPI mendukung perubahan kawasan Muller menjadi World Natural Heritage demi keselamatan pulau ini dari proses kehancurannya. Untuk membangun kompetensi ini tidak ada jalan kecuali link dengan international scientific community. Dia itu sebenarnya didedikasikan untuk pembangunan kompetensi. mengapa hutan terus menjadi bulan-bulanan. bahwa setiap pohon minimal 70% isinya air. Pelajari CBD agar kita tidak salah langkah dalam mengembangkan kerjasama. Tidaklah berlebihan jika LIPI mengatakan bahwa pegunungan Muller di Kalimantan adalah menara air pulau besar itu. Hutan juga memberikan kontribusi untuk mensuplai oksigen dan membantu mempertahankan bumi dari pemanasan global. Data yang terakhir kita ketahui adalah banyaknya ditemukan jenis bahkan genus baru yang juga telah diakui dunia. dan lain-lain termasuk beraneka jenis bahan kimia yang diperlukan sebagai bahan baku pembuatan obat). dll. industri nata de coco yant besar seperti Kara. nilai sosial dan nilai lingkungan yang tinggi. Untuk itu kita harus bekerja keras.

Saya juga sangat berharap bila semua pengetahuan yang telah kita serap dari kerjasama dengan NITE ini hendaknya dapat dipakai untuk melakukan kegiatan sendiri melakukan eksplorasi dan pengungkapan potensi mikroba Indonesia di luar kerangka kerjasama LIP-NITE. memeliharanya dan mempromosikannya untuk kepentingan nasional. Makanya saya pesan pada teman-teman di sini. tapi itu tidak terjadi karena ketidakmampuan kita menulis proposal. cobalah digalang kursus-kursus penulisan proposal. Plant Resources in Tropical Africa (PROTA) Foundation. Sudah barang tentu. Sekarang LIPI-NITE sedang meminjamkan koleksinya ke industri farmasi di Jepang dengan harga 1000 yen/isolat/tahun. Ayah dari dua anak ini juga menjadi chairman pada Man and the Biosphere (MAB) Program dari UNESCO di Indonesia dan juga anggota Governing Board dari Global Biodiversity Information Facilities. Plant Resources in South East Asia (PROSEA) Foundation. Dengan prosedur yang sama kita juga bisa meminjamkan ke pihak luar. baik organisasi ilmiah maupun profesi. Hasil kerjasama LIPI NITE ini sangat bagus. Bu Yanti harus kokoh dan berjuang agar Indonesia mendapatkan manfaat yang sebesar-besarnya. Dengan cara ini koleksi kita menjadi lebih besar melebihi koleksi NITE. Indonesian Foundation for the Advancement of Biological Sciences. Yang menjadi penting bagi kita adalah segera mempelajari isolatisolat itu untuk kepentingan bangsa Indonesia dengan mengarus utamakan penelitian bioprospekting dan pengungkapan potensi mikroba hasil koleksi ini. dananya hampir seluruhnya dari Jepang (NITE). Tapi Jepang lebih pintar karena proyek NITE itu sebenarnya juga ditautkan pada program CBD yaitu GTI (Global Taxonomi Initiative).kita punya orang yang kompeten seperti Dr. Aturan mainnya harus jelas. Yang paling penting sekarang bagi LIPI adalah bagaimana menformulasikan bahasa-bahasa ilmu pengetahuan itu menjadi bahasa publik dan kebijakan. hasilnya tetap dibagi dua (50% NITE dan 50% LIPI). yang merupakan rekomendasi SABSSTA pada CBD. UNTUK PEMASANGAN IKLAN HUBUNGI SEKRETARIAT BIOTRENDS 12 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . harganya akan bisa berubah. Aturan mainnya sudah ada. Makanya ketika mau melimpahkan duplikat isolat ke Jepang. 30% diantaranya new species. Yantiyati dan Dr. harus ada material transfer agreement yang salah satu isinya pengakuan bahwa isolat tersebut asalnya Indonesia. Sesuai dengan hobinya. Endang telah mengikuti banyak organisasi. Melalui organisasi ini Endang selalu aktif berperan untuk memanfaatkan dan meyelamatkan biodiversity. Isolat ini langsung dipinjam oleh Chugai dan Kyowa Hakko Pharma selama 1 tahun. Siapapun yang mempromosikan. peminjaman didasarkan pada kesepakatan di joint project committee mengacu pada Material Transfer Agreement yang dibuat oleh Joint Steering Committee. bahwa perwakilan NITE hanya datang sekali atau dua kali dalam setahun ke Indonesia dan menetap di Indonesia selama 2 minggu. Siapa yang akan peduli untuk mencari gen yang tahan terhadap kekeringan misalnya. Apa kunci kerja sama dengan luar negri untuk menyelamatkan biodiversity Indonesia? Yang penting adalah bahwa kita harus hati-hati. dan sepertinya akan diperpanjang 1 tahun lagi. Dari contoh kemarin. Tapi karena Sekarang tidak relevan antara science dan kebijakan. Suprisingly. Perhimpunan Bioteknologi Pertanian Indonesia. akses ke koleksi yang kita kumpulkan sendiri akan memperkuat posisi tawar bangsa. Harusnya Indonesia sendiri yang mendapatkan dana juga dari program GTI ini. maka kali ini kepemilikannya adalah joint ownership (LIPI dan NITE). Ibu Yantiyati adalah wakil dari Indonesia. Saya berharap tim ini terus berkembang dan mampu mengumpulkan isolat dari seluruh Indonesia. tapi manakala suhu bumi itu benar-benar naik baru kita tahu bahwa kita perlu ada tanaman yang bisa tumbuh di dalam kekeringan. Ini paket CBD sebetulnya. dari 500 isolate actinomicetes yang diisolasi tahun 2003 dari Kebun Raya Cibodas dan dari Bali. Bagaimana aturan peminjaman itu Pak? Dalam kaitan kerjasama NITE-LIPI. Puspita Lisdiyanti (dua peneliti di Puslit Bioteknologi-LIPI). Tentu dalam hal ini kita sekarang sedang belajar. mereka bersama tim dari Indonesia mengumpulkan puluhan sampel saja tiap tahunnya. Diantaranya Perhimpunan Mikrobiologi Indoneisa (PERMI). terutama biodiversity Indonesia. Tapi dari perjanjian itu kalau ada hit dan dia tertarik terhadap beberapa isolat. Perlu diingat. Dalam bayangan saya Ibu Yantiyati dengan timnya bisa mengumpulkan puluhan kali lipat dari jumlah yang dikumpulkan oleh kerjasama ini. Dengan keseriusan tim ini telah berhasil mengumpulkan ribuan kultur. Saya yakin ada metobolit-metabolit baru dari situ. Perhimpunan Biologi Indonesia.

molekul aktif bahan alam umumnya mempunyai berat molekul di atas 500 Dalton dengan polaritas yang tinggi. Apa sebenarnya bahan aktif tersebut? Umumnya bahan aktif itu merupakan metabolit sekunder yang dihasilkan mikroba maupun tanaman. menyaksikan memuncaknya minat industri farmasetika dan bioteknologi untuk memanfaatkan produk hasil alam dalam pengembangan obat baru (natural product drug discovery). masih ada banyak kesempatan untuk menemukan berbagai jenis. definisi mikroba endofit telah disepakati sebagai “mikroba yang hidup di dalam jaringan internal tumbuhan hidup tanpa menyebabkan efek negatif langsung yang nyata” seperti yang dikemukakan oleh Stone dkk. Karena tumbuh dalam jaringan tanaman.MIKROBA ENDOFIT: SUMBER MOLEKUL ACUAN BARU YANG BERPOTENSI Penulis: Anggia Prasetyoputri dan Ines Atmosukarto* E ra tahun 80-an. Berdasarkan pertimbangan tersebut endofit dapat menjadi sumber berbagai metabolit sekunder baru yang berpotensi untuk dikembangkan dalam bidang medis. ternyata ada pula yang berupa saprofit agresif atau mikroba patogen oportunis. Walau demikian. taksa endofit baru. sehingga membuat optimasi penggunaannya sebagai terapetika melalui modifikasi kimia menjadi sangat kompleks. namun dengan menilik biodiversitasnya. hidrogen dan oksigen yang relatif lebih tinggi dan kandungan nitrogen yang relatif lebih rendah dari molekul terapetik sintetik. Pertama. Oleh karena itu. Pilihan tersebut akan mempengaruhi keunikan dan aktivitas biologis produk yang dihasilkan dari mikroba endofitik. Bahan aktif dan molekul terapetik yang bersumber pada bahan alam memiliki berbagai karakteristik. Karena itu keanekaragaman biotop endofit sangatlah tinggi. Tren ini kemudian menurun perlahan seiring berkembangnya berbagai cabang ilmu pengetahuan biomedik dan bioinformatik termasuk juga ilmu kimia kombinatorial. dengan sumber berbagai spesies baru yang belum dideskripsikan. Kedua. Lebih lanjut. di mana tanaman yang satu tentunya berbeda dengan tanaman lainnya. Schultz mengatakan bahwa beberapa metabolit yang dihasilkan mikroba tampaknya merupakan ciri khas dari biotop tempat mikroba itu berada. Karena itu. dalam mendahului jenis mikroba untuk pemurnian senyawa baru perlu mendahului jenis mikroba yang baru. fakta menunjukkan bahwa bahan alam menjadi sumber inspirasi bagi para ahli kimia. sang peneliti harus mempelajari dan memilih sumber organisme dengan cermat sebelum melakukan penelitian. pertanian. bahan alam sering mempunyai kandungan karbon. Oleh karena itu. dan/atau industri. Dengan demikian pencarian senyawa metabolit sekunder baru seringkali difokuskan pada organisme-organisme yang hidup di biotop yang sifatnya unik. Dreyfuss dan Chappela memperkirakan bahwa jumlah kapang yang hidup sebagai mikroba endofit saja berjumlah setidaknya satu juta jenis. Mikroba endofit yang umum ditemukan adalah berupa bakteri dan kapang namun kapang lebih sering diisolasikan. Beberapa pihak bahkan berspekulasi bahwa masih dimungkinkan adanya beberapa jenis mikroba endofit lain. sumber bahan aktif dari bahan biologis sering sulit didapatkan secara berkesinambungan.akan beda di lingkungan yang berbeda. Tampak jelas bahwa mikroba endofit merupakan sumber keanekaragaman genetik yang kaya dan dapat diandalkan. fisiologi tumbuhan tinggi -termasuk yang berasal dari spesies yang sama. pengalaman menunjukkan bahwa jenis mikroba baru sangat erat kaitannya dengan produk alam baru. sebut saja antibiotika seperti penicillin dan chloramphenicol dan obat lainnya seperti aspirin dan taxol? Jawabannya sederhana. bahan alam umumnya memiliki arsitektur/ susunan yang relatif lebih kompleks dari molekul sintetik. Banyak pihak mulai lelah untuk mengejar sumbersumber senyawa bioaktif tradisional seperti tumbuhan dan mikroba terutama mikroba yang dikoleksi dari bermacam-macam sampel tanah. dan archaebacteria. Bahan alam sangat kompleks sifatnya. tumbuhan yang telah diteliti mikroflora endofitnya masih sedikit. Mikroba endofit Mikroba endofit pertama kali dilaporkan oleh Darnel dkk. Metabolit sekunder didefinisikan sebagai senyawa dengan berat molekul rendah yang tidak diperlukan untuk pertumbuhan. Akhirnya. Ketiga. Beberapa contoh molekul bahan alam yang menggambarkan kompleksitas struktur bahan alam BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 13 . Pemanfaatan mikroba endofit sebagai sumber molekul acuan baru perlu didasari pada pemilihan jenis tumbuhan inang yang tepat. Bahkan. maka biotop tempat hidup mikroba sangat unik sifatnya. Mengapa hal itu terjadi padahal berbagai obat telah ditemukan dari sumber tersebut. karena alam sesungguhnya memberi kita pelajaran tentang keanekaragaman struktur molekul termasuk molekul berukuran kecil. seperti ricketsia. Meskipun sifat mikroba endofit yang tidak berdampak negatif pada jaringan tumbuhan menunjukkan kemungkinan adanya hubungan simbiosis mutualisme antara mikroba endofit dan inangnya. pada tahun 1904. Sejak itu. dan dihasilkan sebagai bentuk adaptasi organisme terhadap lingkungannya. Sejauh ini.

dipilih untuk diteliti karena getahnya dimanfaatkan sebagai obat hutan tradisional selama berabad-abad. Hasil fermentasi mikroba endofit (foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) 14 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Ketiga. berbagai jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas juga dianggap sebagai sumber potensial mikroba endofit dan senyawa-senyawa baru. daerah tersebut dipilih sebagai lokasi pengambilan sampel tumbuhan karena merupakan rumah dari sebuah peradaban tua dunia – suku Aborigin Australia. dihancurkan. Australia.Dasar pemikiran dalam pemilihan jenis tumbuhan Oleh karena begitu banyaknya jenis tumbuhan di dunia. Rhyncholacis penicillata. Saat ini. penicillata tersebut diisolasi satu galur mikroba Serratia marcescens . tumbuhan yang hidup di daerahdaerah yang memiliki keanekaragaman tinggi juga berpotensi untuk memiliki mikroba endofit dengan keanekaragaman yang tinggi pula. juga mungkin memiliki mikroba endofit yang menghasilkan produk beraktifitas biologis tinggi tersebut sebagai inangnya. tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani yang terkait dengan beberapa penggunaan atau aplikasi spesifik perlu dipilih untuk diteliti. salah satu pelopor penelitian endofit dalam kunjungannya ke hutan di daerah Tesso Nilo (Foto koleksi pribadi. Hal tersebut menyebabkan tumbuhan tersebut rentan terhadap serangan oomycetes yang bersifat pathogen. terhempas oleh air. tumbuhan yang bersifat endemik. maka kita harus menggunakan pendekatan yang kreatif dan imajinatif agar dapat mempermudah pencarian mikroba endofit yang menunjukkan aktivitas biologis. Jenis-jenis tumbuhan tersebut dipilih baik dengan cara mengadakan kontak langsung dengan masyarakat setempat atau melalui literatur lokal. perlu dipertimbangkan untuk dipelajari mikroflora endofitnya. Beberapa hipotesis mendasari strategi pemilihan tumbuhan. Seperti tumbuhan yang hidup di lingkungan yang unik. Tumbuhan merambat tersebut dipanen. terutama jenis tumbuhan yang memiliki karakteristik biologis yang khas dan cara pertahanan hidup yang lain dari biasanya. dan kerikil. Ada dasar pemikiran tertentu yang digunakan dalam pemilihan jenis tumbuhan yang akan menjadi sumber isolasi mikroba endofit dan pencarian produk alam baru. Misalnya sejenis tumbuhan merambat yang ditemukan kelompok Montana State University di Northern Territory. tumbuhan yang berasal dari lingkungan yang unik. Pertama. kemungkinan terlindungi oleh senyawa yang dihasilkan mikroba endofit yang hidup di dalamnya. ada kemungkinan bahwa sebenarnya kemampuan untuk menyembuhkan yang dimiliki oleh jenis dibandingkan dengan jenis tumbuhan lain. sejenis tumbuhan air. Terakhir. juga merupakan kandidat yang menjanjikan karena kegunaan tumbuhan tersebut dalam bidang medis lebih terkait dengan populasi mikroba endofitnya dibandingkan dengan karakteristik biokimia tumbuhan itu sendiri. dan dipanaskan dalam bentuk larutan oleh masyarakat Aborigin setempat di daerah barat daya Arnhemland untuk merawat luka-luka dan Isolasi endofit dari tanaman buah merah (Foto koleksi PT Indo Bio Pertiwi) tumbuhan tertentu sama sekali tidak terkait dengan produk alami tumbuhan tersebut. bebatuan. memiliki masa hidup yang lain dari umumnya. Itu merupakan petunjuk biologi lingkungan yang digunakan untuk memilih tumbuhan tersebut sebagai obyek penelitian mikroba endofit yang komprehensif. Kemungkinan besar produksi oocydin A oleh S. Misalnya. Akan tetapi. atau hidup di daratan kuno. Pada akhirnya. dikoleksi oleh Dr Strobel dari Montana State University dari sebuah sungai di barat daya Venezuela di mana tumbuhan tersebut hidup dalam lingkungan yang keras. Kedua. oocydin A akan dikembangkan dalam bidang pertanian untuk mengendalikan kapangkapang oomycetes yang bersifat pathogen seperti pythium dan phytophthora. yaitu Kennedia nigriscans . populasi tumbuhan tersebut tampak sehat. seperti telah disebutkan sebelumnya. Malahan. Ines Atmosukarto) Tumbuhan yang memiliki sejarah etnobotani. marcescens terkait langsung dengan hubungan mikroba endofit dengan tumbuhan Prof Strobel. yang menghasilkan senyawa antioomycetes baru dengan ciriciri serupa dengan chlorinated macrocyclic lactone. Akhirnya. dari tumbuhan R. yaitu oocydin A. melainkan disebabkan oleh mikroba endofit yang hidup dalam jaringan tumbuhan tersebut.

diharapkan pula terdapat banyak mikroba endofit tertentu yang turut berevolusi dengan tumbuhan endemik yang ada. suatu senyawa diterpenoid yang merupakan agen anti kanker terkenal. tidak ada yang yakin akan peranan mikroba endofit di alam dan hubungannya dengan tumbuhan inang mereka. Semua interaksi tersebut mungkin dimediasi secara kimiawi di alam untuk beberapa tujuan tertentu. Xylaria ). Sementara beberapa jenis kapang endofit dapat ditemukan di manamana (misalnya Fusarium. tetapi menampung lebih dari 60% keanekaragaman hayati di darat. Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. telah diisolasi kelompok Dr Strobel dari tumbuhan Taxus brevifolia dan dikarakterisasi. Oleh karena itu.). Ines Atmosukarto) Mikroba endofit dan keanekaragaman hayati Dari semua ekosistem yang ada di bumi. Cibinong. kemungkinan besar difasilitasi oleh senyawa-senyawa yang dihasilkan oleh satu atau lebih mikroba endofit yang hidup di jaringan tumbuhan. sehingga pada akhirnya menghasilkan produk dengan harga lebih murah. Selain itu. penggunaan mikroba sebagai sumber suatu produk akan memudahkan proses dan mengurangi biaya produksi. ekosistem yang memiliki keanekaragaman tertinggi tampaknya merupakan ekosistem yang keanekaragaman mikroba endofitnya paling tinggi jenis dan jumlahnya. selain dari produk tumbuhan itu sendiri.Si dan Ines Atmosukarto. *Anggia Prasetyo Putri. Tan dan Zou yakin bahwa alasan mengapa sebagian mikroba endofit menghasilkan beberapa senyawa fitokimia tertentu yang tadinya dihasilkan oleh tumbuhan inangnya mungkin terkait dengan adanya rekombinasi genetik oleh mikroba endofit dengan inangnya sepanjang waktu evolusinya. ekosistem tersebut makin lama makin terancam hancur oleh berbagai kegiatan manusia. apabila mikroba endofit dapat menghasilkan senyawa-senyawa bioaktif yang langka dan penting seperti tumbuhan inangnya. dan faktor-faktor lain seperti masa hidup. yang ditemukan di tiap jenis pohon yew (Taxus spp.LIPI. Semua aspek biologi dan keterkaitan mikroba endofit dengan inangnya masingmasing sangatlah menarik untuk diteliti. Bills dkk. yang menghasilkan antibiotika peptida baru dengan spektrum luas yang dinamakan munumbicin. hutan hujan tropis dianggap sebagai sumber berbagai struktur molekul baru dan senyawa-senyawa baru yang memiliki aktivitas biologis. Hutan hujan tropis merupakan contoh yang baik. Tampaknya ada banyak faktor yang berubah dalam tumbuhan inang terkait dengan perubahan musim. banyak mikroba endofit dari spesies yang sama diisolasi dari jenis tumbuhan yang sama. Hal itulah yang terjadi dengan taxol. Memang saat ini dibutuhkan penelitian lebih lanjut di tingkat molekular untuk mempelajari interaksi dan ekologi mikroba endofit. dan lokasi. lingkungan. dan hanya satu dari semua endofit tersebut yang akan menghasilkan senyawa dengan aktivitas biologis dalam kultur. Hutan hujan tropis dan hutan di daerah beriklim sedang merupakan dua ekosistem darat yang paling tinggi keanekaragaman hayatinya di bumi. Masih belum diketahui dengan pasti hubungan antara apa yang dihasilkan mikroba endofit dalam kultur dan di alam. Hal ini disebabkan inovasi kimiawi yang terusmenerus terjadi agar organisme dapat terus hidup dalam ekosistem dengan tingkat seleksi alam tinggi. namun mereka juga menemukan bahwa sangat banyak mikroba endofit tropis yang menghasilkan jauh lebih banyak metabolit sekunder aktif dibandingkan dengan kapangkapang tropis yang bukan endofit. Ph. Data tersebut menunjukkan pentingnya peranan tumbuhan inang dalam mempengaruhi metabolisme umum mikroba endofit. Tidak banyak yang menyadari bahwa sesungguhnya keanekaragaman hayati sangat erat kaitannya dengan keanekaragaman kimiawi. Berbagai ekstrak hasil mikroba endofit koleksi PT Indo Bio Pertiwi. Seringkali. keterbatasan jumlah sumberdaya. Memang tampak jelas bahwa produksi senyawa bioaktif tertentu oleh mikroba endofit secara in situ mungkin memfasilitasi dominansinya dalam jaringan tumbuhan atau bahkan melindingi tumbuhan tersebut dari serangan patogen. Konsep tersebut dulu diusulkan sebagai mekanisme untuk menjelaskan mengapa T .44% dari total luas permukaan daratan. Mereka tidak hanya menemukan bahwa mikroba endofit tropis menghasilkan lebih banyak produk alami yang aktif. Pada tahun 1993. seperti yang ditemukan oleh masyarakat setempat. Selain itu. Selain itu. Pada saat ini. Dapat diasumsikan bahwa proses penyembuhan yang terjadi.Endofit sekitar 1. ada 20-25 daerah yang dianggap sebagai penyokong keanekaragaman hayati di bumi dan masing-masing dari daerah tersebut memiliki jumlah tumbuhan endemik yang sangat tinggi. tersedianya lebih banyak informasi mengenai latar belakang jenis tumbuhan tertentu dan karakteristik biologis mikroorganisme yang hidup di dalamnya akan sangat membantu dalam mengarahkan pencarian berbagai produk yang memiliki aktivitas biologis. Oleh karena itu. dan tekanan seleksi alam yang sangat tinggi. Oleh karena itu. menggambarkan suatu perbedaan di tingkat metabolisme antara mikroba endofit dari daerah tropis dan daerah beriklim sedang. maka kebutuhan untuk menumbuhkan tumbuhan yang masa hidupnya panjang dan mungkin termasuk langka akan berkurang dan keanekaragaman hayati dunia juga terlindungi. Taxomyces andreanae. Ternyata. Keanekaragaman hayati Indonesia merupakan sumber mikroba endofit yang belum terkaji dengan optimal pemanfaatannya (Foto koleksi pribadi. Tentunya dengan adanya jumlah tumbuhan endemik yang tinggi. Daerah ini menutupi BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 15 . karena di ekosistem itulah terdapat kompetisi yang ketat. Hubungan antara mikroba emdofit dan inangnya hanya dapat diasumsikan sebagai kebetulan semata. tidak ada seorangpun yang dapat secara pasti mengatakan bahwa mikroba endofit bersifat spesifik dengan inangnya atau merupakan bagian sistemik dari tumbuhan. tidak banyak informasi yang tersedia mengenai karakteristik biokimia dan fisiologi dari interaksi mikroba endofit dengan tumbuhan inangnya. perlu dicatat bahwa beberapa jenis tumbuhan yang menghasilkan produk alami dengan aktivitas biologis mengandung mikroba endofit yang menghasilkan produk alami yang sama. Dengan menyadari karakteristik ekologi dari endofit dan juga mengenai peranannya di alam akan memberikan banyak petunjuk dalam menentukan mikroba endofit tertentu sebagai target dengan potensi terbesar untuk bioprospecting. infeksi. S. Selain itu. dapat juga mempengaruhi karakteristik biologi mikroba endofit.D adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . satu galur kapang baru penghasil taxol. Pestalotiopsis. dengan cara menghitung data statistik dan membandingkan jumlah produk alami beraktivitas biologis yang diisolasi dari tumbuhan daerah tropis dan tumbuhan yang hidup di daerah beriklim sedang. Sayangnya. yaitu Streptomyces NRRL 30562. Cibinong. tumbuhan tersebut mengandung satu jenis mikroba endofit baru. andreanae dapat menghasilkan taxol.

sehingga dengan demikian proses pengulturan dapat dihindari. Jumlah keseluruhan dari berbagai jenis bakteri di bumi diperkirakan mencapai lebih dari 10 juta. dan 18S rRNA pada eukaryota. Istilah tersebut berasal dari konsep statistik dari meta-analisis (proses yang secara statistik mengkombinasikan metode-metode analisis yang terpisah) serta dari genomik (analisis menyeluruh dari materi genetika suatu organisme). Mikroorganisme dapat hidup di manamana: di tanah. misalnya pada saat PCR. Jumlah ini ditentukan berdasarkan perbandingan dari jumlah mikroba yang dapat tumbuh pada medium agar dengan jumlah mikroba dari suatu sampel lingkungan yang dapat dihitung di bawah mikroskop. Dalam hal ini sampel tanah disuspensikan langsung dengan larutan penyangga untuk penguraian (lysis buffer) dan dilanjutkan oleh perlakuan dengan detergen dan enzim. di udara. Sebaliknya.Metagenomik Lebih dari sekedar pencarian biokatalis dan antibiotika baru Penulis: Wien Kusharyoto* S elama lebih dari tiga setengah milyar tahun evolusi telah menciptakan keanekaragaman mikroorganisme yang luar biasa. Cara ini dapat membatasi interferensi dari zat-zat penghambat dan komponen anorganik dengan prosedur penguraian sel dan ekstraksi DNA. Fragmen DNA dengan ukuran sebesar itu terutama disiapkan untuk kloning ke dalam vektor cosmid 16 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Dengan demikian sebagian besar dari mikroorganisme yang hidup di bumi masih belum dikenal atau bahkan dimanfaatkan. serta dalam amplifikasi dengan PCR (polymerase chain reaction) dan kloning dari gen-gen yang memiliki kesamaan sekuen. mereka memiliki keanekaragaman fisiologis. Metode ini memungkinkan perolehan DNA dalam jumlah yang tinggi. terutama bakteri dan archaebakteri dari berbagai lingkungan. Pada metode kedua mikroba dipisahkan terlebih dahulu dari sampel tanah sebelum dilakukan penguraian sel (ex situ). Kenyataan bahwa sebagian besar mikroorganisme dari lingkungan tidak dapat dikultur serta belum termanfaatkan telah merangsang pengembangan metagenomik. terutama bila DNA tersebut diambil dari sampel tanah. serta pada suhu yang moderat. Beberapa dari mikroorganisme tersebut dapat menyebabkan kita sakit. Pada dasarnya mereka dapat dikategorikan menjadi dua metode standard. di air. mereka dapat diisolasi karena kemampuan mereka untuk dapat tumbuh secara cepat sebagai koloni-koloni pada medium pertumbuhan yang biasanya disiapkan dengan kandungan nutrisi yang tinggi. metabolik dan genetik yang sangat tinggi. Adalah konsep umum yang salah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dari lingkungan sebagai kultur tunggal murni merupakan spesies-spesies yang dominan baik dari jumlahnya ataupun fungsinya di lingkungan tersebut. Fragmen DNA dengan ukuran tersebut terutama sesuai untuk kloning ke dalam vektor plasmid atau vektor lambda yang membawa promotor yang kuat untuk memungkinkan ekspresi gen dari fragmen DNA yang diklonkan. Pembentukan pustaka metagenom Pendekatan metagenomik mencakup antara lain ekstrasi DNA genom secara langsung dari sampel lingkungan. serta mengurangi tekanan mekanis terhadap DNA genom yang terlepas dari sel. yaitu 16S rRNA pada prokaryota (bakteri dan archaebakteri). Metagenomik adalah analisis genom dari mikroorganisme tanpa bergantung pada pengulturan mikroorganisme tersebut. seperti pada sub-unit kecil dari RNA ribosomal (ribosomal RNA). Beberapa protokol untuk mengisolasi DNA dari sampel tanah telah dikembangkan. Pada metode pertama mikroba diurai selnya (cell lysis ) ketika masih bersama sampel tanah (in situ). dan di samping itu. serta kecilnya kemungkinan akan adanya bias oleh ekstraksi karena kegagalan dalam mengekstraksi DNA dari mikroba dengan dinding sel yang keras. atau lebih dikenal dengan istilah “great-plate-count anomaly”. Saat ini metode tersebut telah diadaptasikan untuk menganalisis keanekaragaman hayati mikroba. Keberadaan senyawa polifenol (yang terutama berasal dari degradasi lignin) yang ikut terekstraksi dari sampel tanah dapat mengganggu proses selanjutnya. di dalam usus kita. Keberhasilan dalam pendekatan metagenomik sangat bergantung pada kemurnian dari DNA yang diekstraksi langsung dari sampel lingkungan. Metagenomik dikembangkan berdasarkan perkembangan terkini dalam studi genom mikroorganisme. Jumlah mikroorganisme yang dengan mudah berhasil dikultur dengan menggunakan metode kultur standard diperkirakan lebih kecil dari 1% dari keseluruhan spesies mikroorganisme yang ada. Metode ini diperkenalkan pertama kali oleh Norman Pace dan koleganya untuk mengidentifikasi mikroba yang tidak dapat dikultur dan untuk memetakan hubungan kekerabatan di antara mereka. yang lainnya membantu kita dalam proses pencernaan atau dapat memproduksi antibiotika serta enzim-enzim yang bermanfaat. Kenyataannya adalah bahwa mikroorganisme yang diisolasi dengan menggunakan metode kultur standard jarang yang merupakan spesies yang dari segi jumlahnya dominan di komunitas tempat asal mereka diisolasi. Isolasi DNA dengan metode ini biasanya melibatkan pula proses pemecahan sel secara mekanis. bahkan di sumber-sumber air panas. pada kondisi aerobik. Keuntungannya adalah bahwa fragmen DNA yang diperoleh dapat berukuran besar (sampai 500 kb) serta berpotensi membawa keseluruhan kelompok gen (gene-cluster) dari suatu mikroorganisme. Namun efisiensi dalam ekstrasi tersebut diringi pula oleh ukuran fragmen DNA yang cenderung kecil (1 kb sampai 50 kb) yang disebabkan oleh pemangkasan mekanis. DNA dari sampel lingkungan tersebut kemudian disisipkan (diklon) ke dalam vektor yang sesuai untuk membentuk pustaka DNA (pustaka metagenom).

maupun informasi genetika dari komunitas mikroorganisme di lingkungan tertentu. Identifikasi dari aktivitas yang diharapkan tergantung pada keberhasilan proses transkripsi dan translasi dari gen penyandi protein di dalam sel inang yang digunakan. Enzim-enzim lain yang diperoleh dari analisis yang berbasis pada aktivitas antara lain adalah amidase. Penggabungan dari pendekatan metagenomik berbasis aktivitas dan evolusi protein yang terarah (directed evolution) yang dilakukan oleh Diversa Corp. Terdapat dua metode analisis yang selama ini digunakan: analisis yang berdasarkan pada aktivitas (activity-based analysis ) dan analisis berdasarkan pada sekuen (sequence-based analysis ). Vektor yang membawa fragmen DNA yang diperoleh melalui kedua cara tersebut kemudian ditransformasikan (dimasukkan) ke dalam sel inang. maupun yang berupa pustaka dengan sisipan DNA berukuran besar (large insert libraries. akan lebih Amidase Enzim Cosmid Berbasis sekuen mendorong Amilase Enzim BAC. Salah satu contoh yang menarik adalah isolasi gen-gen yang menyandi poliketide antibiotika Turbomycin A dan B oleh synthase (PKS) dan peptide synthase Gillespie dan koleganya.. Karena merupakan suatu modul dari beberapa kelompok gen biosintetik yang menyandi enzim dengan domain berulang yang pembentukan senyawa bioaktif atau mengandung bagian-bagian (regions ) metabolit sekunder rata-rata berukuran yang berlainan. Sebuah perusahaan serupa B·R·A·I·N AG dari Zwingenberg. Salah bakteriplankton yang sebelumnya tidak satu contohnya adalah perolehan dari bisa dikultur dan yang kemudian BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 17 . Plasmid Berbasis aktivitas berbagai mikroorganisme yang Turbomycin A dan B Antibiotika BAC Berbasis aktivitas telah ada saat ini Violacein Antibiotika Cosmid Berbasis aktivitas untuk mendisain pelacak (probe) untuk hibridisasi atau primer untuk PCR dalam melakukan proses skrining dari gen-gen PKS baru. telah menghasilkan enzim á-amilase yang memiliki aktivitas yang tinggi pada pH di bawah 4. Kelemahan metode ini adalah kemungkinan hilangnya mikroorganisme karena kegagalan dalam proses pemisahan mereka dari sampel tanah. kedokteran maupun pertanian. Plasmid Berbasis aktivitas berdasarkan pada sekuen mengandalkan Oxygenase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas pada sekuen-sekuen Poliketide synthase Enzim Cosmid Berbasis sekuen DNA yang sama pada Protease Enzim Cosmid. SIL) dalam vektor plasmid atau lambda. Enzim tersebut digunakan dalam proses pencairan tepung (starch liquifaction) dan pemanfaatannya pada industri terkait dapat mengurangi biaya dan waktu produksi. Analisis yang berbasis pada aktivitas digunakan untuk memperoleh gen-gen atau kelompok gen baru yang menyandi biokatalis atau bahan aktif (antibiotika) yang memiliki potensi aplikasi yang besar bagi industri. Keuntungan dari biokatalis juga ditemukan dengan analisis metode ini adalah bahwa ia tidak berbasis sekuen. di suatu lingkungan tertentu. Analisis dari pustaka metagenom Pustaka metagenom yang diperoleh. Di samping itu. Gen-gen penyandi pustaka metagenom. seperti misalnya bakteri Target Jenis Vektor Metode analisis/skrining Alkohol oxidoreduktase Enzim Plasmid Berbasis aktivitas Streptomyces lividans. sehingga hal pemanfaataan bakteri yang lebih sesuai itu merangsang minat untuk menemukan sebagai sel inang untuk ekspresi gengen penyandi Biokatalis (enzim) dan antibiotika yang diperoleh dengan metagenomik tersebut. Jerman berhasil menemukan enzim esterase yang mampu mengubah menthylasetat menjadi menthol dengan selektivitas terhadap substrat dan enantioselektivitas yang lebih tinggi bila dibandingkan dengan enzim yang digunakan sebelumnya. serta kemungkinan bahwa mikroorganisme dengan dinding sel yang keras terlewatkan pada proses penguraian sel. serta mengurangi limbah produksi. kemudian dianalisis untuk memperoleh biokatalis atau antibiotika baru. LIL) dalam vektor cosmid atau BAC. chitinase. Di samping itu. diklon di dalam sel-sel inang heterolog (yang berbeda dengan sel-sel yang Metagenomik tidak hanya digunakan merupakan sumber dari gen tersebut). yang dapat menciptakan besar (30 kb sampai 100 kb). Salah satu Gen-gen penyandi biokatalis maupun contoh yang mengesankan dari senyawa aktif baru yang berpotensi pemanfaatan metagenomik dalam kaitan dalam aplikasi industri dapat pula ini adalah penemuan proteorhodopsin dari ditemukan dengan pendekatan ini. insert berukuran besar atau LIL akan Penggabungan domain-domain PKS dari menguntungkan dalam penemuan obatberbagai sumber dapat menghasilkan obatan baru. variasi dalam struktur kimia dari produkpemanfaatan pustaka metagenom dengan produk enzimatik yang dihasilkan. antara lain gen-gen bergantung pada ekspresi dari gen yang penyandi amilase dan amidase. dalam penelitian terapan untuk pencarian Analisis berdasarkan sekuen terutama terhadap biokatalis baru atau senyawa digunakan untuk memperoleh klon-klon aktif baru sebagai bahan obat-obatan. lipase. beragam antibiotika baru. sebuah perusahaan di San Diego. oxygenase dan protease. Beberapa enzim baru berhasil diperoleh dengan metode analisis tersebut. Hal tersebut berakibat pada rendahnya jumlah DNA yang diperoleh. yang mengandung gen dari RNA ribosomal melainkan juga dapat dimanfaatkan dalam atau gene-gen penanda lainnya dalam memperoleh pemahaman tentang habitat survei tentang hubungan kekerabatan dan peran ekologis dari mikroorganisme dari mikroorganisme di suatu lingkungan. Senyawa bioaktif yang berperan dalam sintesis beragam lainnya yang telah diperoleh antara lain antibiotika oleh mikroorganisme. Analisis yang berdasarkan pada aktivitas juga telah menghasilkan beberapa senyawa bioaktif baru dari pustaka metagenom. California yang aktivitasnya berbasis pada metagenomik. Cosmid Berbasis sekuen/aktivitas pembentukan metabolit sekunder Chitinase Enzim Lambda Berbasis aktivitas baru. ia juga tergantung pada ketersediaan dari metode pengujan (assay) terhadap aktivitas yang diinginkan. Indirubin Antibiotika BAC Berbasis aktivitas Analisis yang Lipase/esterase Enzim BAC. seperti misalnya bakteri Escherichia coli yang selama ini paling sering digunakan. baik yang berupa pustaka dengan sisipan DNA (insert) berukuran kecil (small insert libraries. PKS adalah Indirubin dan Violacein.atau BAC (Bacterial Artificial Chromosome).5 dan suhu di atas 105°C.

Cibinong.Memberikan kesempatan kepada siswa tingkat SMU untuk merasakan suasana penelitian Untuk keterangan lebih lanjut hubungi Sigit Purwantomo Tlp: (021) 875 8547 Fax: (021) 875 4588 *Dr. 18 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Peserta didikan mendapatkan gambaran komprehensif tentang topik yang berhubungan dengan dunia bioteknologi. Dalam satu dekade terakhir. Hampir semua sistem monitoring yang selama ini digunakan di sektor kesehatan publik berdasarkan pada metode-metode konvensional.Meningkatkan kompetensi dalam bidang ilmu hayati . disain vektor dan proses analisis/skrining membuktikan bahwa teknologi ini mampu memberikan jawaban terhadap berbagai permasalahan.LIPI. Pendekatan metagenomik dan kemajuan dalam teknologi DNA-chip akan membawa metode pendeteksian berbasis DNA ini satu langkah lebih maju dalam penaksiran tingkat aktivitas dan virulensi bakteri di lingkungan. Penemuan proteorhodopsin pada bakteriplankton menunjukkan bahwa fototrofi juga merupakan proses global di lautan. Di lain pihak. sebagian besar bakteri pathogen yang terdapat di lingkungan berada dalam kondisi hidup dan dapat menimbulkan penyakit. Wien Kusharyoto adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Di masa mendatang metagenomik diharapkan dapat lebih berperan dalam menjawab berbagai pertanyaan yang terkait dengan ekologi dari mikroorganisme dan penemuan aplikasi bioteknologi baru yang bermanfaat. Tujuan kegiatan: .pump). Alasan utama dari keterbatasan pengetahuan kita tentang ekologi dari bakteri pathogen terletak pada ketidakhandalan pendeteksian dengan metode-metode konvensional yang berbasis pada pengulturan.Menumbuhkan ketertarikan pada dunia penelitian . namun tidak dapat dikultur dan diisolasi dengan metode konvensional. termasuk di antaranya dalam penemuan biokatalis dan senyawa bioaktif baru. BioSS menawarkan wahana untuk menjembatani kegiatan sekolah dengan kegiatan di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. analisis secara langsung dari DNA yang diekstraksi dari sampel lingkungan dan pendeteksian bakteri dengan metode molekuler dapat mengatasi keterbatasan tersebut. Proteorhodopsin adalah protein yang terkait dengan proses fototrofi (phototrophy) dan dari hubungan kekerabatannya serupa dengan bakteriorhodopsin yang merupakan pompa proton yang dikendalikan oleh cahaya (light-driven proton. konstruksi pustaka metagenom.digolongkan dalam gammaproteobakteria. kedokteran atau pertanian. Berbagai perkembangan dalam ekspresi gen di dalam sel-sel inang heterolog.Meningkatkan pemahaman konsepKonsep bioteknologi . Penutup Metagenomik merupakan teknologi yang masih baru serta memiliki potensi aplikasi yang besar dalam bidang industri. serta dalam pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroorganisme.

DNA dikemas dalam kromosom dan total informasi genetika yang tersimpan dalam seluruh kromosom di suatu organisma merupakan komponen dari genom organisme tersebut.000 gen yang ekspresikan. Expression profiling Salah satu pendekatan fundamental untuk memahami fungsi-fumgsi gen adalah Gambar 1. Pada akhirnya setiap aktivitas sel pada setiap proses biologi. seperti enzim. (CIMMYT) Mamalia diperkirakan memiliki sekitar 50. Akan tetapi dari keseluruhan gen pada suatu organisme.000 gen). tidak kesemuanya diekspresikan pada saat bersamaan. A. expression profiling. Adanya varietas-varietas tertentu dalam suatu spesies yang memiliki sifat (fenotip) tertentu yang tidak dimiliki varietas lain dalam satu spesies. berpikir. dan komponen genetika lainnya pada genom. Ekspresi gen di genom yang selektif ini tidak hanya berlaku untuk organisma tingkat tinggi seperti pada mamalia yang memiliki sekitar 50. Lalu bagaimana sel memutuskan kapan membutuhkan ekspresi gen tertentu dari genomnya? Protein atau enzim akan diproduksi di dalam sel terutama pada saat sel membutuhkan. Menurut perkiraan biasanya di satu sel pada saat tertentu ada sekitar 12-15.“ F u n c t i o n a l G e n o m i c s” un t u k me m p e l a j a r i fu n g s i ge n da l a m sk a l a gl o b a l Penulis: Satya Nugroho* G en adalah untaian DNA yang mengkodekan pembentukan suatu protein. Dengan memakai pendekatan secara global. reverse genetics dengan membuat mutasi pada gen-gen yang dijadikan sasaran. misalnya cekaman/stress. Sehingga tujuan dari ‘ilmu’ Functional Genomics adalah untuk memetakan fungsi semua gen dari organisme ke dalam suatu functional framework mulai dari lingkup kecil seperti memastikan protein apa yang dikodekan oleh suatu gen sampai pada pemahaman tentang peranan protein tersebut dalam keseluruhan fungsi sel maupun organisma. pada genom. tergantung kepada aktivitas dari gen-gen tertentu BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 19 . Pada dasarnya ada dua macam gen. melakukan respons terhadap stimulus dan lain sebagainya. Jadi perbedaan fungsi antara tipe sel (celltype) satu dengan yang lainnya adalah pada perbedaan gen yang diekspresikan. regulatory gen (gen regulator) dan structural gene (gen struktur). Regulatory protein sendiri akan aktif (diekspresikan) setelah mendapatkan rangsangan/stimulus tertentu. Akan tetapi dalam satu sel tidak seluruh gen-gen tersebut diekspresikan bersamaan. baik pada saat pembelahan sel. Keragaman genetika seperti pada jagung perlu dieksplorasi antara lain melalui pendekatan functional genomics untuk dimanfaatkan bagi pengembangan bioteknologi. Kombinasi dari teknik-teknik diatas akan sangat bermanfaat untuk mengetahui dasar-dasar molekuler atas terjadinya proses-proses biologi pada suatu organisme.000 gen didalam genomnya. Teknik-teknik untuk functional genomics Functional genomics mengandalkan beberapa pendekatan-pendekatan teknik utama seperti. Regulatory protein akan menempel pada seutas DNA (regulatory region) yang biasanya terletak di depan gen tertentu berdekatan dengan promoter gen tersebut. Upaya untuk mengerti fungsi-fungsi dari gen-gen dan juga komponenkompenen lain seperti regulatory region dari suatu genom diistilahkan sebagai Functional Genomics. functional genomics dapat memberikan penjelasan atas mekanisme proses-proses biologi dari suatu organisma yang dipelajari dikaitkan dengan fungsi gen atau gengen. DNA dari suatu sel mengandung semua gen yang diperlukan oleh sel atau organisma tersebut. Menempelnya protein regulator akan mendorong atau menghambat ekspresi gen tersebut.000 gen akan tetapi juga terdapat pada organisme prokaryot yang memiliki jumlah gen jauh lebih sedikit (sekitar 2. Protein tertentu yang lebih dikenal sebagai regulatory protein berperan sebagai pengontrol ekspresi gen sehingga hanya protein tertentu saja yang diproduksi. baik pada setiap tahap perkembangan sel. dan bioinformatics untuk menganalisa data yang diperoleh dari semua pendekatan yang dilakukan diatas untuk mendapatkan data semaksimal mungkin. Oleh karena itu dalam functional genomics fungsi suatu gen dipelajari baik sebagai individu gen maupun sebagai bagian dari system yang menyeluruh di dalam sel maupun secara kesatuan sebagai bagian dari suatu organisme. juga dapat di sebabkan karena adanya perbedaan ekspresi gen. pembentukan embryo. yang mempunyai peran penting tertentu. untuk melihat pola dan tingkat expresi gen baik pada level transkrip mRNA maupun pada protein. forward genetics dengan membuat mutasi secara acak pada genom organisma sasaran yang dilanjutkan dengan pemilihan mutan dengan fenotip menarik.

Selain dengan memanfaatkan transkrip mRNA expression profiling juga dapat dilakukan dengan melihat protein yang diekspresikan. Iimej yang diperoleh dianalisa. sscDNa yang tidak tersubstaksi (atau tidak mempunyai komplemen) oleh poly(A)+RNA. Yang hanya di SK1 saja akan berwarna hijau sementara yang hanya di S288c akan berwarna merah. Cara melihat perbedaan ekspresi suatu gen dapat diketahui dari transkrip maupun protein yang dihasilkannya. maka dengan melihat faktorfaktor tersebut maka fungsi gen dapat diperkirakan. Stanford (1995). dan setelah ditumpuk akan kelihatan DNa yang terdapat pada SK1 dan S288c memberikan warna gabungan merah dan hijau (kuning). representational sekitar duapuluh tahun lalu.nature. dan kemungkinan interaksinya dengan gen-gen lain. sehingga expression profiling dilakukan dengan melihat mRNA maupun protein. A364.com/nrg/journal/v3/n9/full/nrg886_fs. Panel kiri menunjukkan hasil hibridisasi dengan probe DNA dari SK1 (dilabel hijau) dan dari S288c (dilabel merah). Akan tetapi difference analysis of cDNA (cDNA RDA) baru pada beberapa tahun terakhir yang disampaikan oleh Lisitsyn dan metoda untuk mengetahui perbedaan koleganya (1993). three prime end dihasilkan maupun pada taraf protein yang amplification PCR (TEA PCR) yang diproduksi. kemudian dipisahkan dan diklon menggunakan teknik pengganaan utas DNA polymerase chain reaction (PCR) untuk Gambar 3. galur yang digunakan S288c. serial analysis of gene ekspresi gen (expression profiling) pada expression (SAGE) yang pertama kali skala genom (global) mulai dikembangkan. melibatkan pembuatan utas tunggal (single-strand/ss) cDNA dari organisme target dan poly(A)+RNA dari driver tissues untuk melakukan substractive hybridization. Sampai saat ini teknikteknik dengan memanfaatkan transkrip dan dikombinasi dengan teknik PCR seperti diatas telah dapat mengidentifikasi banyak gen. ditambah dengan proses perbanyakan untaian DNa melalui proses replikasi (replication).transkripsi DNA replikasi DNA translasi mRNA Protein dianalisa lebih lanjut. 2-D High-perforance liquid chromatography (2-D HPLC). waktu ekspresinya maupun tempat ekspresinya. pada waktu atau tempat disampaikan oleh Dixon dan koleganya tertentu. Probe-probe yang tidak terhibridisasi dengan kuat pada DNa dari SK1 dan X2180 akan memberikan warna merah. Cara lain yang juga menggunakan Gambar 2: The central dogma of molecular biology transkrip mRNA untuk mengetahui dengan mengidentifikasi dimana dan kapan fungsi gen secara global yang juga gen tersebut diekspresikan (spatial and memanfaatkan teknologi PCR antara lain temporal expressions ).html) 20 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Teknologi yang telah dikembangkan untuk expression profiling yang sering diterapkan diantaranya adalah dengan mengkonstruksi dan kemudian melakukan screening suatu substractive library. Perbedan komposisi DNA Saccharomyces cerevisiae pada galur-galur yang biasa dipakai untuk penelitian laboratorium dapat ditampilkan dengan menggunakan teknik DNA microarrayer. pada tahun 1999 istilah ini dianggap sebagai bagian integral dari analisa ekspresi gen. Pada saat gen aktif maka DNA (1998) dan cDNA microarrays yang dari gen tersebut akan mengalami proses pertama kali dilaporkan oleh Brown di trankripsi (transcription) untuk menghasilkan mRNA yang kemudian akan diterjemahkan (translation) menjadi protein. (gambar diambil dari http:// www. Dalam proteomics teknikteknik kimia protein modern diaplikasikan antara lain 2-D gel electrophoresis. Dengan cara ini gen mana saja yang terekspresi secara unik hanya pada organisme target saja atau pada organisme control saja akan dapat diidentifikasi. Untuk ‘membedakan’ dengan teknologi yang memanfaatkan transkrip mRNA pada tahun 1995 istilah proteomics mulai dimunculkan oleh Wassinger dan koleganya untuk menyatakan total protein komplemen dari suatu genom (total protein complement of a genome). Substractive library. Upaya untuk adalah dengan differential display yang melakukan identifikasi gen yang pertama kali disampaikan oleh Pardee dan diekspresikan pada jaringan atau cellLiang (1992) dan kemudian diperbarui type tertentu sudah dilakukan sejak pada tahun 1997. pertama kali disampaikan oleh Davis dan timnya. Panel kanan eksperimen yang mirip untuk membandingkan galur X2180 dengan S288c. Cara ini dapat terapkan untuk menunjukkan perbedaan tingkat ekspresi gen-gen. B. fungsinya. disampaikan oleh Velculescu (1995) yang Expression profiling dapat dilakukan kemudian dikembangkan versi baru yang dengan melakukan pengamatan terhadap dinamai SAGE adaptation for downsized transkrip messenger RNA (mRNa) yang extracts (SADE). Meskipun ada pendapat untuk memisahkan proteomics sebagai disiplin ilmu pengetahuan baru. (ss-cDNA adalah DNA utas tunggal hasil perbanyakan mRNA dengan menggunakan enzim RNA polymerase). W303 and SK1 (dari kiri ke kanan) memiliki perbedaan morfologi koloni. dalam biologi molekuler dikenal sebagai the central dogma of molecular biology. Proses-proses ini. Karena proses transkripsi dari gen-gen berbeda-beda baik tingkat ekspresinya. electrospray ionization mass spectrometry (ESI MS). Pada prinsipnya proteomics memanfaatkan ekspresi protein untuk mengidentifikasi fungsi gengen tertentu. a. matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) dan kombinasi dari teknik-teknik tersebut.

Activator/ Dissociation). CSIRO. Oleh karena tidak setiap knock-out menghasilkan fenotip baru. Perbedaan antara A B Gambar 4. Sementara activation-tag akan dapat meningkatkan tingkat ekspresi gen yang terpengaruh. Narayana Uppadhyaya. Untuk melakukan knock-out. knock-out mutagenesis dengan transposon Ac/Ds menghasilkan mutan yang tumbuh lebih lambat (tanda panah) dari tanaman galur liarnya (Dari Dr. akan tetapi untuk mendapatkan insersi yang banyak untuk mendapatkan saturasi diperlukan proses transformasi yang banyak. dimana hal ini bisa disebabkan oleh adanya gen-gen lain yang mampu menggantikan fungsi gen yang telah di-knock-out (fungsional redundancy). Dengan gene/ enhancer-trap. atau activation-tag yang mampu mengoverekspresikan gengen yang ada disekitar daerah insersi dari activation tag tersebut. untuk tanaman saat ini teknologi yang dapat dipercaya (reliable) untuk melakukan knock-out pada gen tertentu (targeted knock-out) pada belum tersedia. Australia) transposon dan retrotransposon terletak pada cara mereka bertransposisi (berpindah tempat). misalkan Tos17pada padi) maupun yang berasal dari tanaman lain seperti jagung (A c/Ds. isolasi dan identifikasi fungsi gen-gen pada genom dapat dilakukan. Proses berpindahnya transposon dikarenakan oleh beberapa faktor induksi. b. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 21 . meskipun gen organisme target yang terganggu karena insersi transposon tidak menyebabkan munculnya fenotip baru. Metoda ini cukup handal. tembakau atau padi dan tanaman lainnya. Database dan alat-alat bioinformatics pada server dapat dimanfaatkan oleh client.B. untuk mutagenesis dengan sasaran gen/target tertentu. sehingga pengaruh overekspresinya dapat dipanytau dengan melihat perubahan fenotipnya. untuk mutasi secara random pada genom untuk kemudian di lakukan screening terhadap fenotip tertentu. aktivitas dari promoter atau enhancer (expression control element) gen tersebut dapat diidentifikasi dengan memperhatikan ekspresi reporter gene. C. Untuk menjawab pertanyaan-ppertanyaan tersebut dibutuhkan pengolahan data yang sangat besar dan kompleks. baik yang berasal dari tanaman itu sendiri (endogenous retrotransposon. yang dimiliki oleh pribadi maupun umum. Pendekatan ini biasa disebut sebagai reverse genetics. Bioinformatics Bioinformatics adalah satu area ilmu pengetahuan baru yang sedang tumbuh dan berkembang. Sehingga untuk mempelajari fungsi dan mengidentifikasi gen secara menyeluruh (functional genomics) dapat dilakukan dengan cara knock-out yang dilakukan secara random. Knock-out secara random pada genom tanaman dapat dilakukan dengan insersi T-DNA pada genom melalui transformasi Agrobacterium untuk tanaman tertentu seperti model tanaman Arabidopsis. untuk mendapatkan kesimpulan data biologi yang Gambar 5. Tidak seperti pada organisme lain. Dengan melihat pola atau spesifisitas ekspresi dari reporter gene tersebut maka fungsi dari gen yang ada di sekitar daerah insersi tersebut akan dapat diperkirakan. Untuk melakukan overekspresi. Transposon dan retrotransposon pada dasarnya adalah elemen genetik yang dapat bertransposisi/berpindah tempat dari satu posisi di genom ke posisi lainnya pada generasi berikutnya secara acak. Dengan pendekatan ini maka mutasi inseri secara acak akan bisa diperoleh dengan lebih cepat. a. Aplikasi gene/enhancer trap untuk mengidentifikasi fungsi gen dengan melihat ekspresi dari reporter gene. Pertukaran informasi terjadi antara site-site database penyedia informasi bioinformatics. pada system syaraf embryo tikus (kiri) dan pada tanaman Arabidopsis (kanan) (diambil dari beberapa sumber). Demikian pula client dapat memasukkan data-data baru ke dalam database. Contoh aplikasi dari penggunaan A c/Ds mutagenesis yang sudah cukup maju adalah di Arabidopsis dan padi. Fungsi gen tersebut dapat diperkirakan dengan melihat fenotip yang dihasilkan oleh tanaman transgenik yang dihasilkan. atau forward genetics. diantaranya adalah dengan induksi stres maupun dengan memanfaatkan protein transposase yang dihasilkan oleh transposon. Mutagenesis (Reverse genetics dan Forward genetics) Pada dua strategi yang biasa dilakukan untuk mempelajari fungsi suatu gen secara langsung. Identifikasi gen-gen penting dan prediksi fungsi-fungsi mereka secara genomik dengan mutagenesis menggunakan transposon ini prosesnya semakin dipercepat dengan telah diselesaikannya draft-draft urutan DNA organisme target. gen yang berpengaruh pada sifat tertentu yang akan dipelajari tidak perlu tersedia. Melalui cara mutasi insersi ini. Sehingga untuk lebih memaksimalkan upaya mempelajari genegen tanaman dengan cara knock-out saat ini telah dikembangkan satu cara yang efektif untuk melakukan knock-out pada padi yaitu dengan memanfaatkan insersi transposon. gen yang akan dipelajari fungsinya sudah harus tersedia sehingga gen tersebut dapat segera diklon di plasmid ekspresi untuk kemudian dioverekspresikan pada organisma target (tanaman). yang memakai pendekatan perhitungan dengan memanfaatkan komputer (computational biology) untuk menjawab pertanyaanpertanyaan seputar ilmu biologi. Cara yang pertama adalah dengan mengoverekspresikan (over-expression) gen dan yang kedua dengan merusak/menghilangkan (knockout/disruption) gen yang dipelajari. maka selain berfungsi untuk knock-out konstruksi vektor yang digunakan mempunyai fungsi lain yaitu sebagai gene/enhancer-trap yang dapat berfungsi untuk menangkap sinyal aktivitas promoter/enhancer element yang berperan sebagai regulator ekspresi suatu gen dengan menggunakan reporter gene (gusA/gfp).

Saccharomyces cereviseae.gov). Potensipotensi yang ditawarkan bioinformatics mampu merubah cara pandang ilmu pengetahuan dasar dengan memberikan pemecahan permasalahan dan pendekatan desain experimen di laboratorium. melakukan sequence allignment. lalat buah. Cibinong. dan sebagainya. NCBI berkolaborasi dengan organisasiorganisasi lain seperti DNA Databank of Japan (DDBJ) dan European Molecular biology Laboratory (EMBL) database milik European Bioinformatics Institute dalam hal pertukaran informasi sehingga datadata baru yang diperoleh secara terpisah akan dapat dikumpulkan untuk dimanfaatkan oleh publik semaksimal mungkin. Keberadaan data-data tersebut secara otomatis akan mendukung upaya untuk mempelajari fungsi gen-gen secara genomics (global) melalui pendekatan-pendekatan functional genomics. IKLAN ANDA SEHARUSNYA BISA TERPAMPANG DI SINI untuk pemasangan iklan hubungi sekretariat BioTrends 22 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Bioinformatics menjadi semakin penting dengan telah diselesaikannya pengurutan basa genom organismeorganisme penting seperti manusia.ncbi. Selain menyediakan database seperti urutan DNA genom. Satya Nugroho adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi .nih. padi.nlm. memprediksi catalytic domain protein untuk meramalkan fungsi gen yang bertanggungjawab. Arabidopsis dan sebagainya. *Dr.Dari Redaksi >> valid atau dapat dipercaya. Salah satu site bioinformatics yang mempunyai fasilitas terlengkap dalam memfasilitasi penelitian functional genomics adalah adalah yang dibangun dan dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information yang merupakan bagian dari National Institute of Health di Amerika Serikat ( www. memprediksi regulatory region dari suatu gen seperti promoter dan lokasi-lokasi yang penting untuk interaksi (binding domain) dengan protein yang berperan untuk proses transkripsi (transcription factors). urutan basa DNA atau cDNA yang diperoleh dari expression profilling dan mutagenesis beserta prediksi fungsi-fungsi mereka. urutan asam amino berbagai organism. bioinformatics juga memberikan alat-alat untuk menganalisa secara biologi molekuler seperti kemampuan untuk mencari urutan basa yang sama (similarity search). Data-data yang didapat semakin mudah diakses dengan adanya jaringan internet yang semakin mudah dijangkau.LIPI.

Sequencing dengan tekhnik dideoxynucleotide atau umum dikenal dengan metode Sanger merupakan contoh metode sequencing. Arabidopsis thaliana. Urutan DNA dapat diketahui karena kita dapat malakukan pengurutan DNA melalui DNA sequencing. Walaupun ada beberapa pengecualian yang membedakan antara kode asam amino tertentu dari prokariotik dan eukariotik. dan thymine. BioEdit. Pada cara ini. molekul ini akan menghentikan elongasi rantai DNA disebabkan ketidakmampuan Gambar 3. akan tetapi secara umum asam nukleat yang dikodekan oleh tiga basa pengkodenya adalah sama. Beberapa pusat riset di dunia telah melakukan upaya genome sequencing yang datanya dapat diakses secara bebas. Gambar 5. Manipulasi dan analisis DNA dapat dilakukan secara on line atau off line internet.Program freeware DNA analysis: ClustalW. Analisis fungsi suatu sequence DNA biasanya akan Saat ini beberapa organisme seperti Escerichia coli K12. Fungsi program analisis DNA. Sequence DNA tersedia pada genebank yang dapat diakses free dari NCBI website. Disamping fungsi help. kombinasi untuk setiap tiga basa nukleotida akan mengkode asam nukleat. (Diambil dari CFC Free Workbench) membentuk ikatan phosphodiester dengan deoxynucleotide selanjutnya.coli mampu mengenali sisi sekuens DNA khusus.3’-dideoxynucleotide triphosphates (ddNTP). Enzime restriksi endonuclease yang telah diisolasi dari berbagai organisme seperti EcoRI dari E. Program ini diperlukan antara lain untuk melihat homologi dan posisi restriksi enzim serta analisis lain seperti desain primer (A). digunakan 2’. Bioedit menghadirkan tutorial untuk menjalankan fungsi yang tersedia. Kemampuan untuk mengakses DNA saat ini juga tidak terbatas. GAATTC yang sangat spesifik untuk selanjutnya dipotong. Melalui analisis PCR dari flanking sequence yang diketahui dan dideskripsikan dengan sequencing. Tabel kode genetik. Tampilan help dari CLC free workbench. Kode genetik adalah gabungan tiga basa nukleotida untuk menyandikan satu jenis asam amino. melibatkan sejumlah delesi atau substitusi basa yang menyusunnya. Gambar 1. dan Oryza sativa telah secara utuh disekuens urutan DNA begitu juga dengan species Homo sapiens. Akibatnya. merupakan upaya untuk menemukan “kembali” gen untuk dipelajari fungsinya. program ini menyediakan petunjuk tutorial untuk menjalankannya. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 23 . cytocine. Gene hunting ataupun gene discovery. Website ini juga memiliki link dengan web database DNA lainnya. Selanjutnya. Tampilan help pada BioEdit. guanine. Walaupun kode ini bersifat universal. DNA tersebut terdiri dari empat jenis basa nukleotida adenine. Beberapa tekhnik dikembangkan antara lain melalui inseri buatan untuk menghasilkan mutan atau teknik metagenomik untuk mandapatkan sejumlah gen dari organisme yang tidak dapat atau masih sulit ditumbuhkan pada kondisi lab. Gambar 2. yang berbeda dari normal deoxynucleotide. Enzim T4 Gambar 4. Restiksi enzim map. Di samping itu program analisis DNA diperlukan untuk mempermudah pencarian conserved region untuk menemukan gen uang sama pada organisme lain (B). Disamping itu dari sequence DNA kita dapat melihat hubungan kekerabatan dari suatu jenis relative dengan species lainnya melalui sequence homology yang dimiliki. Kegiatan untuk melakukan manipulasi urutan DNA secara artifisial sangatlah dimungkinkan. sequence DNA yang menjadi interest selanjutnya dapat diketahui. pada kode-kode tertentu mengkode asam amino yang berbeda pada urutan basa yang sama (Tabel diambil dari DNAMan). semua informasi yang nantinya akan diwariskan disimpan dalam bentuk materi DNA. dan CLC Free Workbench Penulis: Sigit Purwantomo* P ada organisme prokariotik dan eukariotik.

Beberapa software tersedia secara komersial untuk analisis DNA tidak secara online. * Sigit Purwantomo. coding sequence. Cibinong. BioEdit menawarkan sejumlah aplikasi seperti DNA alignment. dan CLC Free Workbench merupakan contoh dari freeware yang dapat diakses dan didownload via internet. Untuk melihat alignment dan beberapa aplikasi program accelerator pada saat download. restriksi enzim. Umumnya DNA adalah double strand. seperti map restriction site. Kedua program terakhir cukup kuat untuk menganalisis sequence DNA. seperti misalnya intron pada organisasi genom eukariotik. Disamping itu. kecuali pada beberapa organisme seperti virus dapat single strand. Reverse complement akan membuat complement dari utas 5’-……. terlebih jika speed koneksi internet sangat rendah. dari coding sequence suatu gen fungsional. dapat “ungkir balik”. atau CLC memberikan fungsi untuk alignment DNA dan pembutan phylogenetic tree dari sequence yang dialignment. Dalam organisasi genom. posisi restriksi enzim ataupun menggambar plasmid yang dapat dipelajari dari help tutorial yang tersedia. complementary. Kita dapat mempelajari fungsi yang ada melalui fungsi help yang diberikan. Dengan menggunakan kata kunci “molecular biology freeware”pada search engine kita dapat menjumpai daftar software tersebut. Sequence DNA akan ditulis dari ujung 5 ke ujung 3 yang menunjuk pada posisi karbon pada gula di basa nukleotida. Hal ini untuk mengurangi kemungkinan terputusnya koneksi internet saat download yang dapat berakibat rusaknya program. Semua program analisis yang tersedia umumnya dilengkapi dengan tutorial atau Help yang sangat user friendly.Sc adalah staf di Pusat Peneliti Bioteknologi . Kita dapat pula mengedit dalam arti menambah enzyme restriksi untuk keperluan up date. dan pembuatan phylogenetic tree. 24 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .LIPI. Kegiatan alignment merupakan fungsi untuk menyamakan posisi basa pada satu sequence dengan sequence lainnya. Tampaknya software yang tersedia bebas tidak kalah dari komersial software yang berharga cukup mahal.. Dengan mempelajari help dan tutorial yang ada. Akan tetapi beberapa diantaranya dapat kita download secara free. alignment. Kita dapat melihat suatu fungsi dari pilihan help pada bagian index atau kita dapat memilih dari content ataupun find. Hal ini dijumpai juga pada tutorial dan help pada CLC. ClustalW merupakan versi Windows untuk program klasik clustalX. Software analisis DNA yang ada pada dasarnya memiliki fungsi dasar yang sama.…. Baik ClustalW. dan terminator. Program ini dipakai untuk alignment dari beberapa sequence. BioEdit. dan lainlain. Gen fungsional selalu terdiri dari bentukan yang sifatnya modular. Seperti misalnya bahwa. Disarankan untuk menggunakan Untuk analisis sequence DNA dengan menggunakan program-program tersebut diperlukan pengetahuan dasar terkait dengan sequence DNA. M. Secara sederhana terdiri dari bagian promoter. Fungsi ini diperlukan untuk melihat kesamaan antar sequence dan daerah conserved pada sequence tersebut. oleh karena itu mungkin diperlukan reverse complement. beberapa sequence telah diketahui fungsinya akan tetapi ada beberapa bagian yang belum diketahui fungsinya. BioEdit. kita dapat secara step-by-step menggunakan software-software aplikasi tersebut. atau akhir analisis sequence dapat digunakan BioEdit atau CLC.DNA ligase menjadi enzim penting jika akan dilakukan penempelan antara ujung yang telah dipotong. software gratis yang tersedia saat ini dapat diberdayakan untuk menganalisis DNA yang kita punya dan menggali potensi diversitas DNA yang kita miliki. Akan tetapi ukurannya relative sangat besar sehingga membutuhkan waktu saat download dari internet. Untuk memakainya memang terdapat perbedaan pada tampilan yang disajikan dan menu fungsi yang diberikan. Pada genome posisi strand DNA yang berisi modul tertentu yang diinginkan. utas 5’. ClustalW. intron.-3’ akan memiliki utas komplementari 3’-……-5’. Walaupun mungkin ada keterbatasan yang ada dibanding sepupunya yang komersial. alignment dapat dilakukan untuk presiksi protein yang dihasilkan. tengah. Sejumlah program untuk menganalisis sequence DNA.-3’ (utas 1) yaitu utas 2. Dua program terakhir mampu untuk memberikan input tentang posisi enzim restriksi yang ada pada suatu sequence. ataupun open reading frame. DNAMan dan Vektor NTI adalah contoh versi komersial analisis DNA. seperti alignment. misalnya promoter. Intron bisa saja terletak di awal. akan tetapi utas 2 ditulis dengan 5’-……3’. atau langsung dengan kata kunci menggunakan nama software tersebut. exon. Software CFC Workbench yang direlease 2005 memiliki tampilan dan help yang sangat mudah diikuti begitu juga BioEdit yang direlease tahun 2004.Akan tetapi harga dari software ini relatif mahal karena membutuhkan licence untuk penggunaannya.

C . kimia organik. dan A3) dengan 3 jenis molekul B (B1. B2.B2-C2 A1-B 2-C3 A1-B 3-C1 A1-B3 A1-B 3-C 3 A1.B1-C3 A1. akan membuat potensi combinatorial chemistry akan lebih tinggi untuk mendapatkan molekul baru sebagai bahan obat yang lebih sesuai dengan kondisi tubuh kita.C 2 A3 A1-B2 A 3-B2. Dengan mereaksikan 9 jenis molekul yang dihasilkan dari reaksi A dan B dengan molekul C (C1.C Gambar 1: Pola dasar sintesa molekul dalam combinatorial chemistry. dengan cara membuat molekul yang mempunyai struktur seperti pada Gambar A1-B3 A2-B 3-C3 A 2-B2. Hal lain yang juga berperan dalam combinatorial chemistry terletak pada posisi ikatan suatu molekul dengan molekul lainnya. Selain kedua cara tersebut diatas. 2a.C 1 A1 -B1 A 1-B1-C2 A1.B2-C1 A1 A1 -B2 A1. Secara teori.C 3 A3 -B2-C2 Gambar 1: Konsep dasar reaksi combinatorial chemistry. Dalam hal ini. dan C3) maka dengan cepat 9 molekul tadi bertambah menjadi 27 jenis molekul.B .COMBINATORIAL CHEMISTRY: PENGAYAAN MOLECULAR DIVERSITY UNTUK PENEMUAN OBAT Penulis: Adi Santoso* PENDAHULUAN Combinatorial chemistry adalah teknologi yang masih tergolong baru yang dikembangkan oleh peneliti dari berbagai disiplin ilmu pengetahuan.C D A -B . dan B3). dengan mengetahui fungsi spesifik suatu molekul dalam biochemical pathway maka molekul baru yang berfungsi sebagai obat dapat didisain dan disintesa. Hal ini karena teknik baru ini sangat berpotensi sekali digunakan sebagai cara untuk mensintesa senyawa kimia yang berfungsi sebagai obat yang bahkan dialam kombinasi molekul tersebut tidak didapatkan. biokimia. cara mendisain suatu obat yang telah berhasil dan banyak dilakukan oleh para peneliti dari bidang biokimia sejak dulu adalah dengan mempelajari secara detil biochemical pathways (siklus biokimia) dari suatu molekul didalam tubuh mahluk hidup. besar (high-throughput screening) maka teknologi combinatorial chemistry dapat digunakan sebagai basis yang sangat kuat dalam drug discovery efforts. yaitu: pertama. A2. KONSEP DASAR COMBINATORIAL CHEMISTRY Secara umum konsep dasar reaksi combinatorial chemistry dapat diterangkan seperti pada Gambar 1. Teknologi ini dikembangkan dengan tujuan utama untuk mendapatkan cara yang paling efisien dan efektif untuk mendapatkan bahan obat baru (drug discovery).C 2 A3-B 1-C1 A1 -B1 A3. Pada cara ini penambahan molekul terjadi seperti rantai dimana penambahan molekul hanya dari satu arah (tidak bercabang). Pada reaksi pertama terjadi reaksi antara 3 jenis molekul A (A1. Disamping teknik combinatorial chemistry. dan C (a) A B A-B C A .D D-A -B . Bisa dibayangkan apabila ini digunakan BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 25 . dan mikrobiologi. Secara simultan beberapa reaksi dapat terjadi seperti yang tertera pada Gambar 1. Dengan keragaman yang sangat tinggi maka diharapkan sebagian dari molekul yang disintesa mempunyai fungsi biologi seperti yang kita harapkan dan mampu digunakan untuk melawan suatu jenis penyakit tertentu. Pada reaksi tersebut (antara A dan B) dihasilkan 9 jenis molekul.B1-C3 A3-B 2-C1 A 3-B1.C-D D A -B -C (b) A B A -B C D D A -B . bioteknologi. kedua. Pada artikel ini keunikan dan potensi teknologi combinatorial chemistry dibahas dalam kaitannya dengan drug discovery. Sebagai teknologi yang relatif baru teknologi combinatorial chemistry banyak mendapat perhatian dari kalangan peneliti terutama dari kalangan industri farmasi.B3-C1 A 3-B2-C2 A1-B3 A 3-B3.B. Seperti diketahui walaupun suatu molekul mempunyai rumus molekul yang sama tetapi dengan mempunyai rumus bangun yang berbeda maka reaksi yang dihasilkan juga akan berbeda. teknologi lain yang saat ini banyak digunakan dalam drug discovery adalah dengan mengisolasi sampel dari tanaman atau mikroba atau sumber lain kemudian dianalisa satu persatu pengaruhnya terhadap efek biologi yang diteliti. B. penambahan molekul (seperti yang terlihat pada Gambar 2b) secara bercabang.B2-C2 A2 -B1-C1 A1-B1 A2-B 1-C3 A2 -B2-C1 A2-B 1-C2 A2 A1-B2 A 2-B2-C3 A2-B 3-C1 A2-B 2-C 2 dengan masing-masing memiliki 3 jenis. C2. kimia inorganik. Keunikan teknologi combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam mensintesa molekul dengan keragaman yang tidak terbatas. konsep dasar combinatorial chemistry dapat dibagi menjadi 2 macam. Pada contoh Gambar 1 tersebut molekul yang digunakan adalah molekul A. dan kemampuan membuat hewan transgenik sesuai dengan yang diinginkan.C 3 A3. proteomik. Dalam teknik ini diharapkan dengan meningkatkan jumlah populasi keragaman molekul maka kemungkinan untuk mendapatkan molekul yang diinginkan dengan sifat tertentu juga akan meningkat. Berdasarkan pada konsep ini maka jumlah dan keragaman jenis molekul (molecular diversity) dapat diproduksi dengan sangat cepat. Ditambah dengan kemajuan sains dan teknologi yang begitu cepat dalam bidang life sciences seperti genomik.C D A. Teknik semacam ini bila digabung dengan kemampuan skrining yang tinggi dan dalam jumlah sampel yang STAGE 1 R’ R’ H2NCHCOOR’ RCOCl RCONHCHCOOR’’ STAGE 2 R’ R’’’NH2 RCONHCHCONHR’’’ A 1-B1. diantaranya berasal dari: farmasi.

Pustaka yang berbentuk cairan biasanya merupakan pustaka mixture dimana semua molekul dalam pustaka bersatu dalam cairan. solid support system atau solution. Solution Masalah yang sangat mendasar pada teknik ini adalah kesulitan dalam purifikasi. kedua. Salah satu contoh combinatorial chemistry yang menggunakan solid support system adalah dengan menggunakan well grid array (misal: 96 well plates). C3 -----> Campuran 3 mengandung senyawa A3. A1-B1-C1 A1-B1-C2 A1-B1-C3 A1 -B2-C1 A1 -B2-C2 A1 -B2-C3 A1-B3-C1 A1-B3-C2 A1-B3-C3 A2-B1-C1 A2-B1-C2 A2-B1-C3 A2-B 2-C 1 A2-B 2-C 2 A2-B 2-C 3 A2-B3-C1 A2-B3-C2 A2-B3-C3 A3 -B 1-C1 A3 -B 1-C2 A3 -B 1-C3 A3-B2-C1 A3-B2-C2 A3-B2-C3 A3-B3-C1 A3-B3-C2 A3-B3-C3 UJI BIOLOGIS Gambar 4.sebagai obat. C2.D adalah staf peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi . 2. 3. 2. KESIMPULAN Keunggulan combinatorial chemistry terletak pada kemampuannya dalam menciptakan keanekaragaman molekul (molecular diversity). akan sangat dipengaruhi oleh biaya dan teknologi purifikasi yang akan digunakan. 3. C3 -----> Campuran 2 mengandung senyawa A2. B2. 2. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solution. B3 + C1. 2. 2. B1. Kemampuan dalam memodifikasi dengan cara menambahkan beberapa gugus kimia pada molekul tertentu membuat molekul baru yang disintesa diharapkan secara spesifik dapat mempunyai mekanisme seperti yang diharapkan dalam fungsinya sebagai obat. 3. Pustaka semacam ini biasanya dikerjakan dengan menggunakan robotic system dimana molekul yang digunakan diletakkan pada solid support. 2. dikehendaki maka molekul ini dapat langsung di identifikasi dan diproduksi dalam skala besar. Menghadapi hal semacam ini. B2. -----> Uji biologi s A2 + B1. Tukar menukar informasi dan pustaka molekul yang telah disintesa antara satu peneliti dengan peneliti lainnya akan sangat menentukan kecepatan drug discovery. B2. Hal yang sangat menguntungkan dengan menggunakan teknik solid support adalah tahap purifikasinya. Cibinong. Karena sifat teknik ini adalah kombinasi (combinatorial) maka dengan cepat jumlah molekul yang di sintesa akan meningkat dengan sangat tajam. Pada sistim ini setiap reaksi dilakukan secara terpisah sehingga apabila suatu molekul ternyata positif mempunyai fungsi yang 2. Karena masing-masing reaksi dilakukan secara terpisah diatas suatu platform maka proses purifikasi akan sangat memudahkan sekali dalam proses purifikasinya. Pemilihan cara pembuatan pustaka molekul. 3. Gambar 3. manajemen pustaka molekul menjadi sangat esensial. 3. B1. dan C1. C2.LIPI. B1. B3 + C1. dan C1. dan C1. keuntungan teknik ini adalah beayanya yang relatif murah dan bisa dilakukan dalam skala yang besar. Solid support system Metode solid support pertama kali digunakan oleh perusahaan Merrifields dari USA. adalah pustaka yang dibuat dalam bentuk cairan (solution). -----> Uji Biologis A3 + B1. Walaupun teknik ini sangat menguntungkan tetapi membutuhkan biaya yang sangat tinggi karena melibatkan proses pembuatan solid support dan meletakkan molekul yang diteliti pada support yang digunakan. dalam teknik ini sebagian besar usaha yang dilakukan terfokus pada tahap purifikasi. * Adi Santoso. C2. Skema combinatorial chemistry dengan menggunakan solid support . CARA MENDISAIN COMBINATORIAL CHEMISTRY Hal yang juga sangat mendasar dalam combinatorial chemistry adalah dimana pustaka molekul disintesa? Terdapat 2 macam cara pembuatan pustaka combinatorial chemistry: pertama adalah pustaka yang dibuat dalam solid support (sejenis bahan plastik). C3 -----> Campuran 1 mengandung senyawa A1. Berikut dibawah ini dijelaskan keuntungan dan kerugian kedua sistim tersebut: 1. Karena dalam teknik ini semua reaksi terjadi dalam satu tempat sehingga banyak sekali terdapat molekulmolekul yang tidak kita inginkan. Pustaka yang dibuat dengan cara ini mudah untuk dipurifikasi karena masing-masing molekul yang terdapat dalam pustaka tersebut diletakkan secara terpisah pada support yang digunakan. 3. -----> Uji Biologis 26 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Kemampuan untuk mendapatkan informasi tentang jenis molekul yang berpotensi sebagai obat dan sistim database yang digunakan untuk menyimpan informasi yang dihasilkan adalah sangat mendasar dalam combinatorial chemistry. Konsekuensinya. maka setiap molekul yang disintesa akan mempunyai fungsi dan potensi yang berbeda. Bila dibandingkan dengan teknik solid support system. B3 + C1. Ph. A1 + B1.

Seperti kita ketahui. secara umum hanya ada perbedaan yang kecil diantara beragam enzim dalam nilai pH dan suhu operasinya. metoda tersebut banyak berperan dalam industri kimia dan farmasi. enzim digunakan sebagai katalis dalam beragam reaksi. diagnostik. ada beberapa contoh enzim yang mampu melakukan reaksi pada suhu lebih rendah dari katalis konvensional. enzim dapat dihambat oleh substrat. lambat laun biokatalisis mulai menggeser dan menjadi pesaing utama metode sintetik konvensional. Dalam skala industri. Dalam praktek. enzim dimanfaatkan untuk mengkatalisis beragam reaksi-reaksi organik dan banyak dilibatkan dalam industri pangan. Pemikiran untuk menekan polusi telah meningkatkan ketertarikan mereka terhadap produk dan proses kimia. Walaupun beberapa dapat beroperasi diatas 60oC. Sampai saat ini. dapat bersifat substrat spesifik (selektif · terhadap senyawa atau kelompok senyawa tertentu). Inhibitor.dan stereoselektif. Secara umum. aktif dalam kondisi ’normal’. aktif dan bekerja dalam kondisi ’normal’. Industri proses kimia juga mulai menyadari bahwa enzim bukan hanya efektif sebagai katalis dalam transformasi senyawa-senyawa ’alami’ dalam sistem kehidupan. isu-isu lingkungan merupakan hal yang penting bagi industri. Biokatalis. Bila enzim akan dimanfaatkan sebagai biokatalis. yang disebut sebagai ko-enzim. secara ideal dapat memenuhi tuntutan itu. Atas dasar kelebihan-kelebihan ini. Dengan demikian. atau oleh kontaminan kimiawi yang ada dalam substrat. Daya pikatnya berasal dari selektivitasnya yang tinggi. produk reaksi. atau stereospesifik (selektif hanya terhadap salah satu stereoisomer) · Kofaktor. mudah didapat. enansio. maka faktor-faktor berikut yang perlu mendapat diperhatikan: · Spesifitas. merupakan metoda yang tidak asing dalam proses sintesis kimia organik di ranah akademis maupun dalam tataran industri. Seperti kita ketahui. Dan tampaknya biokatalisis. penisilin semi sintetik dan obat kanker. Metode ini akan menjadi proses inti untuk memproduksi senyawa yang sulit atau tidak dapat dilakukan dengan teknikteknik kimia konvensional. pemahaman tentang mekanisme pengendalian semacam ini dapat merupakan hal penting untuk optimasi proses Kondisi reaksi. kimia dan farmasi. maka akan semakin mahal biaya yang diperlukan. kebanyakan farmaseutika adalah molekul-molekul khiral. peranan biokatalisis juga akan semakin penting dalam industri kimia modern. Enzim dengan nama yang sama tetapi berasal dari sumber yang berbeda seringkali menujukkan perbedaan pula dalam struktur dan sifat-sifatnya Stabilitas. Secara umum. dalam industri. yang pada akhirnya akan membatasi penggunaannya (kecuali ada cara-cara praktis untuk mendapatkannya kembali). Sumber biologis. yang disebut sebagai kofaktor. Secara umum. sehingga digunakan juga untuk mengolah material yang berasal dari bahan bakar fosil. dari biotransformasi senyawa khiral secara enzimatis untuk produksi obat sampai desulfurisasi bahan bakar diesel menggunakan mikroba. atau regiospesifik . Aktivitas enzim seringkali peka terhadap keberadaan molekulmolekul kecil. dan sekaligus mengurangi konsumsi enerji untuk produksinya. biokatalisis dianggap sebagai representasi dari suatu strategi yang menjanjikan dalam menopang konsep “ green chemistry”. ezim lebih labil dibandingkan katalis sintetik. Spesifikasi sumber enzim seringkali merupakan hal penting. industri pangan dan pakan. dapat dibuktikan dengan kenyataan bahwa saat ini pasar biokatalis (enzim saja) dalam bisnis global mencapai 1 milyar dolar Amerika.Biokatalis. secara tradisional telah digunakan untuk mengkonversi bahan baku yang berasal dari bahan organik atau bahan baku yang terbarukan. beberapa enzim memerlukan keberadaan materi lain. dapat menekan jumlah limbah dan konsumsi energi. Selain itu. biokatalis telah digunakan untuk produksi fruktosa. regio. dan lain-lain. reaksi-reaksi yang dijembataninya seringkali mempunyai kemo-. Sebagai contoh.dan stereospesifitas yang tinggi. dan ramah lingkungan. Untuk bisa berfungsi. yang ramah lingkungan. seperti hidrolisis. deterjen. serta limbah yang dihasilkan mudah dituntaskan. Sebagai ilustrasi betapa beragamnya kegunaan biokatalis dalam sintesis kimia. transesterifikasi. resolusi kinetik dari campuran rasemat. misalnya. yang terikat dalam matriks atau bebas. Semakin pentingnya peran biokatalisis. · · · BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 27 . yang selama ini digunakan sebagai sarana untuk memproduksi molekul-molekul khiral sebagai bahan baku industri farmasi. serta yang memihak pada penggunaan sumber daya terbarukan daripada bahan baku berbasis petroleum. enzim bersifat sangat spesifik. bila biokatalisis dianggap sebagai komponen penting dan bagian yang tak terpisahkan dari industri life-science. Semakin kompleks kofaktor yang dibutuhkan. namun juga dapat berperan dalam reaksi serupa dengan senyawa-senyawa ’non-alami’. seperti dalam sintesa senyawa-senyawa yang bersifat regio-. namun rendeman dan kualitas produk yang dihasilkan lebih tinggi. enzim mempunyai karakteristik yang sangat menarik untuk industri: sangat spesifik. sel mikroba (hidup atau mati). pemanfaatannya terus meluas. dan juga biokatalis. Sehingga. suatu reaksi kimiawi yang menggunakan katalis biologis (biokatalis). Selain itu. Ada dua macam kofaktor. Di masa depan. Inilah salah satu alasan mengapa saat ini industri mulai melirik biokatalisis dan memanfaatkan biokatalis secara ekstensif untuk memproduksi precursor dan ingradien penting untuk produksi farmaseutika. Enzim dan Biotransformasi Penulis: Theresia Umi Harwati & Bambang Sunarko* Kenapa biokatalis penting? Biokatalisis. tidaklah mengherankan. Namun. Dan tampaknya. aspartame. pada Tabel 1 ditampilkan beberapa contoh senyawa-senyawa kimiawi yang diproduksi secara enzimatis. Pemanfaatannya juga begitu beragam. serta dalam pengelolaan limbah dan remediasi lingkungan. sedangkan tipe kedua terdiri atas molekul organik yang kompleks. tipe pertama berupa ion-ion logam sederhana. yang berupa enzim. Enzim sebagai biokatalis Sebagai biokatalis.

Jika isu ‘natural’ dan ‘green’ sangat menentukan penerimaan masyarakat terhadap suatu produkproduk tertentu. Ketersediaan. Aspek lain. ataukah dalam bentuk enzim kasar atau murni). maka semakin tinggi pula efektivitas penggunaan biokatalis dalam industri kimia. ataukah dalam media non-konvensional. dan aspekaspek lingkungan (‘greenness”) juga merupakan aspek penting lainnya. kebutuhan kofaktor adalah beberapa aspek penting yang perlu mendapat perhatian. merupakan pertanyaan pertama yang harus dijawab untuk memutuskan pemakaiannya dalam industri. Peluang pemanfaatan biokatalis akan meningkat. enzim kompleks.Biokatalis dalam Industri Kimia Seperti telah diuraikan. terutama berkaitan dengan kelarutan. serta kondisi reaksi merupakan aspek lain yang perlu mendapat perhatian. Tak kalah pentingnya. sel organela. Lebih lanjut. yang berarti bahwa penggunaan biokatalis merupakan alternatif yang menarik dalam proses produksi. laju reaksi yang lebih cepat dan kondisi reaksi yang lebih mild. kebutuhan dan ‘pada tataran mana’ integrasi proses dalam kaitannya dengan reaksi-reaksi (jika lebih dari satu reaksi yang terlibat). namun perlu juga disadari bahwa saat ini kemajuankemajuan dalam yang berarti dalam bidang ini terjadi juga di bidang katalis kimiawi. Kapan? ”Kapan biokatalis bisa dianggap sebagai alternatif yang menjanjikan. masih ada beberapa kelemahan dalam pemanfaatannya dalam industri. tahapan-tahapan proses dan integrasi keseluruhan proses perlu diperhitungkan. Selain itu. keseimbangan reaksi. bila dibandingkan reaksi kimia biasa. Oleh karena itu. Kemampuan komputer yang ada saat ini memungkinkan untuk itu. kompatibiliats dengan proses yang telah ada juga merupakan hal penting lain dalam keputusan tersebut. seperti dalam pelarut organik atau dalam media padat. Namun. dan purifikasi produk. rendeman yang lebih tinggi. sifat biokatalis yang enansio. kemurnian. seperti kebutuhan reagen dan senyawa-senyawa esensial lainnya yang lebih sedikit dan lebih murah. sel hasil rekayasa genetis. biaya. “Kapan dan bagaimana menggunakan biokatalis?” merupakan pertanyaan penting yang harus dijawab sebelum industri memutuskan untuk mulai menggunakannya dalm proses produksinya. Akhirnya. Dari pengalaman dapat ditunjukkan bahwa semakin positif jawaban yang dapat diberikan atas aspek-aspek tersebut diatas. Bila industri akan menggunakan proses yang melibatkan biokatalis dalam proses produksinya. kualitas produk akhir. maka kecenderungan ini juga akan mendorong penggunaan biokatalis sebagai pilihan dalam proses produksi. kemudahan dalam purifikasi produk. Media padat dapat merupakan keuntungan yang meyakinkan bagi penggunaan biokatalis. Kegiatan ini melibatkan pencarian dan penapisan enzim yang tersedia secara Gambar: Dari tahapan riset sampai dengan aplikasi biokatalis 28 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Selain itu. yang sudah lama dikenal?”. biokatalis mempunyai peranan yang semakin penting dalam industri kimia sintesis. maka pertanyaan “Bagaimana biokatalis tersebut dimanfaatkan dalam proses produksi?” akan muncul dalam pengambilan keputusan berikutnya. inhibitasi substrat/produk. Sedangkan masalah kedua menyangkut media reaksi.dan/ atau stereoselektif dapat menjadi pertimbangan yang kuat untuk penggunaan biokatalis. Bagaimana? Bila aspek-aspek yang dikemukakan diatas dijawab secara positif. terutama karena kebanyakan indutri kimia kurang begitu ‘akrab’ dengan ‘katalis alam’ ini. selektivitas dan rendeman (yield). dalam keseluruhan pembuatan keputusan. apakah biokatalis tersebut diaplikasikan dalam bentuk sel utuh. Aspek-aspek yang perlu mendapat perhatian dalam keputusan awal ini adalah: ketersediaan biokatalis. apakah reaksi biokatalisis dilakukan dalam media cair konvensional yang ramah lingkungan (green). diimobilisasi ataupun diaplikasikan dalam bentuk bebas. maka mereka memerlukan: · Identifikasi biokatalis . terutama bila jumlah tahapan reaksi dalam memproduksi suatu produk akhir dapat diturunkan secara drastis. juga akan mendorong penggunaan biokatalis dalam proses produksi. jumlah reaksi yang terlibat. Adanya kepastian bahwa proses atau reaksi akan berlangsung melalui rute tertentu juga akan menjadi pertimbangan penting dalam keputusan untuk menggunakan atau tidak menggunakan biokatalis dalam proses produksi. biaya dan komponen media lain yang diperlukan. Masalah pertama menyangkut bentuk biokatalis yang akan digunakan.

komersial. dalam tahap awal. Upaya pengembangan biokatalis baru mencakup penapisan mikroba dan biomaterial secara ekstensif untuk mengidentifikasi aktivitas yang diinginkan. spektroskopi (UV-VIS dan/atau flueresens). Beragam metode imobilisasi telah dikenal dan dapat disesuaikan dengan proses-proses industrial. evolusi terarah banyak diterapkan untuk mengembangkan enzim-enzim secara individual. dekade terakhir ini dipahami sebagai revolusi dalam pemahaman proses biokonversi pada tataran genetik. agarosa. metode-metode baru. Setelah enzim dimurnikan. kloning dan perunutan gena. biasanya industri juga mencoba proses yang multi-tahap yang melibatkan lebih dari satu enzim. jamur dan kapang) yang ‘dipanen’ melalui proses fermentasi. Pengembangan proses. enzim diperoleh dari mikroorganisme (bakteri. dan lain-lain. Pengalaman mengajari kita bahwa hanya jika sebagian besar aspek-aspek memihak pada biokatalis. walaupun sampai saat ini. mikrokapsulasi (dengan cara polimerasi interfasial atau dengan mencampurkannya dengan surfaktan tertentu sehingga membentuk reverse micelles). yang bertujuan agar biokatalis dapat dipanen dan digunakan kembali dalam proses. maka biokatalis merupakan proses yang akan menjadi pilihan. Datadata ini memberi landasan untuk dapat dilakukannya site-directed mutagenesis untuk memperoleh enzim baru yang dapat digunakan dalam bioreaktor secara industri. Untuk menghasilkan biokatalis yang memenuhi kebutuhan komersial. Seperti kita ketahui. Umumnnya kajian dilakukan untuk mempelajari dan mengidentifikasi pengaruh pH. seringkali juga dilakukan. adsorpsi dan pengikatan secara kovalen dengan pedukung inorganik (seperti gelas berpori. tahap pertama yang perlu dilakukan adalah pemurnian enzim dari media fermentasi. seperti kebanyakan kasus. Pada akhirnya. polimir akrilik). · Sumber biokatalis. atau diamina yang diaktivasi dengan carbodiimida). penentuan kinetika dan stoikiometri reaksi. atau bahkan melakukan pengembangan biokatalis baru. industri dapat memperoleh atau mengembangkan sendiri biokatalis yang diinginkan. MSi & Dr. silica) atau dengan pendukung organik (seperti selulosa. teknikteknik pengkonsentrasian juga perlu dilibatkan. namun dengan meningkatnya akumulasi pengetahuan. atau tidak ada alternatif kimiawi yang ada. Industri yang melakukan pengembangan biokatalis secara aktif biasanya mempunyai koleksi strain-strain mikroba dan enzimenzim dalam jumlah besar dan menganggapnya sebagai sumber daya teknologi kunci. kondisi proses yang paling baik (nilai pH dan suhu optimal. ultrasentrifugasi analitis. Untuk mengawali penguasaan teknologi biokatalis. seperti evolusi enzim yang diarahkan (directed enzyme evolution). dilakukan imobilisasi enzim. Biasanya. Tentu saja. biasanya industri memanfaatkan enzim yang tersedia secara komersial untuk proses biotransformasi sederhana (satu tahap). demikian juga mengenai struktur. Optimasi proses downstream dari biotransformasi seringkali sama pentingnya dengan proses biotransformasi itu sendiri. pada akhirnya adalah ekonomi yang menentukan apakah aplikasi biokatalis dapat direalisasikan dalam praktek ataukah apakah. diperlukan sumber daya teknis yang memadai (beragam keahlian bioteknologis). dialisis dan/atau liofilisasi. penyelidikan terhadap aspek-aspek regulasi katalitis dan ekspresi enzim. waktu kontak dengan matriks pendukung. suhu. Selain itu. Namun. Cibinong. Dalam praktek. teknik ini juga akan dapat diaplikasikan untuk perekayasaan sistem enzim kompleks. yang menunjukkan catalytic turnover yang tinggi. Selain itu. misalnya metoda penggaraman. karakterisasi struktural enzim perlu dilakukan. Prosedur purifikasi melibatkan teknik-teknik kromatografi. stabilitas terhadap pH dan suhu. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 29 . biokatalisis kombinatorial. dengan melibatkan metoda-metoda. * Theresia Umi Harwati.LIPI. seperti pencerapan dalam matriks gel (poliakrilamida. bila upaya ini tidak/ kurang berhasil. Setelah itu. Demikian juga. mengintegrasikan ke dalam keseluruhan proses sintesis produk yang diinginkan. Bambang Sunarko adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . baru dicoba dengan menggunakan sistem-sistem kloning dan ekspresi yang lain. parameter kinetika dan penggunaan ulang) dapat diidentifikasi. FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography). Proses untuk biotransformasi yang diinginkan perlu dikembangkan . pengikatan silang dengan reaktan bifungsional (dialdehida. perbandingan enzim/ dengan matriks dan sebagainya untuk mendapatkan biokatalis yang tepat secara industrial. karaginan). seperti penentuan aktivitas dan stabilitas enzim pada suhu dan pH yang berbeda. Untuk pengembangan biokatalis in-house. menscale-up dan. dampak dari penggunaan biokatalis rekombinan semacam ini terhadap keseluruhan pentahapan reaksi dan terhadap proses downstream juga menjadi sasaran kajian dan riset dalam biotransformasi. alginat. maka tahap berikutnya adalah optimasi proses yang menggunakan biokatalis amobil tersebut. Pengembangan katalis yang stabil. telah menghasilkan beragam biokatalis-biokatalis baru. Namun. · Tahapan produksi enzim secara umum Secara umum. yang menyandikan sintesis enzim. karakterisasi fungsional perlu juga dilakukan. Untuk tahap-tahap selanjutnya. seperti elektroferesa. dan juga stabilitas dan aktivitas dalam kondisi proses sebenarnya. sintesis secara kimiawi konvensional memenangkan kompetisi pada akhirnya. Riset dan Pengembangan Biokatalis dan Biotransformasi Riset dalam bidang ini terutama diarahkan untuk mengembangkan dan optimasi proses yang melibatkan biokatalis. serta rekayasa metabolik (metabolic engineering). presipitasi. seperti glutaraldehida. kemudian mengisolasi enzim atau enzim-kompleks yang cocok. beberapa pertanyaan dipaparkan yang harus dijawab untuk menghasilkan aplikasi biokatalis secara optimal. dan mampu melakukan transformasi baru merupakan hal penting untuk memperluas area penerapan bioteknologi. dekstran. Isolasi. Kesimpulan Dalam artikel ini. fungsi dan aplikasi enzim masih tetap diperlukan. Dengan waktu yang relatif singkat. bila perlu. terutama untuk mendapatkan jumlah protein yang lebih tinggi. sentrifugasi. Selain itu. upaya kloning dan ekspresi enzim dilakukan pada E.coli melalui suatu vektor tertentu. misalnya dengan menggunakan HPLC (High Pressure Liquid Chromatography). dan juga proses untuk memproduksi biokatalis itu sendiri. ultrafiltrasi. Bila proses imobilisasi telah dilakukan dengan hasil yang baik.

Secara global. Sehingga WHO memperkirakan akan terjadi pandemi flu burung H5N1 di dunia di masa yang akan datang. dengan teknik genetic engineering. umumnya obat tersebut hanya mempunyai tingkat efektifitas yang rendah dan masih memilik efek samping. lebih dari 100 jutas kasus DBD terjadi setiap tahunnya. interferon dianggap sebagai salah satu biofarmasetik yang potensial. penemuan obat antivirus merupakan hal yang urgen. wabah DBD merupakan wabah rutin yang terjadi setiap tahunnya. misalnya. Secara umum ada 3 tahap life cycle virus. dimana terjadi berbagai penyakit infeksi virus. sehingga sulit untuk mendapatkan dalam jumlah yang banyak. Obat untuk hepatitis C. beta. hanya bisa berinteraksi dengan virus HIV. Alpha interferon juga terbukti efektif untuk hepatitis B dan beberapa penyakit kanker. Sesuai dengan life cycle dari virus tersebut. Alpha interferon telah disapprove untuk pengobatan leukemia dan hepatitis C. dan uncoating. yang merupakan reseptor dari virus HIV. Di Indonesia sendiri telah terjadi wabah H5N1 sebagai perluasan dari wabah yang terjadi di Asia Tenggara. dan uncoating (Step 3 Gambar 4). fusion (Step 2 Gambar 4). Awalnya interferon diambil melalui ekstraksi dari darah manusia. masing-masing binding. Untuk Indonesia. Karena itu. Interferon adalah protein yang diproduksi oleh sel ketika diinfeksi oleh virus atau pathogen lainnya. Sedangkan uncoating adalah lepasnya gemon virus dari selubungnya dan masuk ke sitoplasma. Tetapi sejak tahun 1980. dan pemakaian yang lama dari obat ini bisa menimbulkan efek samping seperti panas dan bahkan rontoknya rambut. step ini bisa 30 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . yang efektifitasnya tidak tinggi dan memiliki efek samping yang sama. Obat ini memicu munculnya virus influenza yang resisten. protein synthesis . misalnya. Step binding merupakan tahap awal dari infeksi dan merupakan proses yang signifikan untuk menentukan terjadi tidaknya infeksi. Interferon dilepas ke aliran darah atau cairan intercellular dan menginduksi sel sehat untuk memproduksi enzim guna melawan infeksi tersebut. Dengan alasan tersebut diatas. Reseptor ini bersifat spesifik. 2) virus replication. yaitu proses keluarnya virus dari dalam sel untuk menginfeksi sel lainnya. Proses replikasi virus lebih kompleks lagi. Virus HIV (A) dan Virus Begitu juga penyakit AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) yang disebabkan oleh infeksi virus HIV (Human Immunodeficiency Virus). Beberapa contoh obat antivirus. dan 3) virus budding. Walaupun beberapa obat digunakan secara klinis. Sampai saat ini belum ditemukan obat yang efektif untuk sebagian besar ada beberapa pendekatan yang bias dilakukan untuk penemuan obat antivirus. Proses virus entry dari HIV terdiri dari binding (Step 1 Gambar 4). Sebut saja flu burung. Misalnya CD4. merupakan penyakit lama yang sampai saat masih menjadi masalah besar di dunia. Begitu juga obat AIDS seperti AZT. penemuan obat antivirus juga dilakukan melalui tiga pendekatan. tidak hanya di Asia. dimana dimulai dari reverse transcription. sampai pada protein cleavage (Gambar 4). 1) Penemuan senyawa/zat yang menghambat proses virus entry Sesuai dengan proses virus entry ini. Keampuhan obat ini tidak lebih dari 50 persen. Saat ini digunakan interferon atau gabungan interferon dengan ribavirin. Virus influenza H5N1 (A) dan Bahkan sejaktahun ini telah membawa korban jiwa. Kita ambil saja virus HIV sebagai contoh.Peluang Biodiversity untuk penemuan obat antivirus Penulis: Andi Utama* M asalah penyakit infeksi virus adalah masalah besar baik secara global maupun nasional. Virus HIV misalnya. Gambar 1. Sementara itu. penyakit ini juga merupakan masalah serius karena jumlah orang dengan HIV/AIDS (ODHA) terus meningkat tiap tahunnya. Bahkan dalam kondisi sekarang ini. Fusion adalah proses menyatunya virus dengan sel. Juga sama halnya dengan Amantadine. Ada tiga jenis interferon. Binding adalah interaksi antara virus dan sel inang (host cell) melalui reseptor yang ada di permukaan sel inang dengan protein yang ada di permukaan virus (Gambar 4). Karena penyakit ini menyerang system imun tubuh. terutama di negara-negara tropis. (A) virus DBD (B) (B) penyakit infeksi virus. maka usaha untuk penemuan dan pengembangan obat antivirus merupakan hal yang penting. Secara nasional. yaitu 1) virus entry. dan gamma interferon. Gambar 3. bahkan sudah meluas sampai ke benua Eropa dan Amerika. seperti ko-infeksi dengan Tuberkulosis (TBC) dan/atau hepatitis C. yaitu proses masuknya virus ke dalam sel inang . integration. dimana virus masuk ke dalam sitoplasma sel. sehingga Kementrian Kesehatan menyatakan sebagai Keadaan Luar Biasa (KLB). penyakit AIDS sering menimbulkan komplikasi dan ko-infeksi. Secara detil ketiga proses ini berbeda untuk setiap virus. Pendekatan untuk penemuan obat antivirus Untuk penemuan obat antivirus perlu diketahui life cycle (siklus hidup) dari virus itu sendiri. Karena itu. artinya hanya bisa berinteraksi dengan virus tertentu. termasuk Indonesia. (B) Gambar 2. yaitu proses terjadinya perbanyakan (replikasi) virus virus di dalam sel inang. yang merupakan obat antivirus influenza. demam berdarah dengue (DBD) juga merupakan penyakit infeksi serius. fusion. genome replication. masing-masing alpha. interferon telah berhasil dibuat secara masal. Wabah flu burung H5N1 telah telah terjadi di berbagai negara. (A) Hepatitis C (B). proses virus entry terdiri dari sedikitnya 3 step.

integrase. 2000): (1) Harus menghambat perkembangbiakan virus tanpa memberikan efek terhadap sel inang (2) Harus memeiliki aktivitas yang luas (3) Tidak boleh yang menekan sistem immune (immunosuppressive) Pada penelitian tanaman di Amazon. Oseltamivir atau yang lebih dikenal dengan Tamiflu. menghambat proses virus budding Step ini difungsikan oleh enzim reverse Setelah replikasi genom terjadi di dalam sel. Virus HIV juga memiliki Amantadine dan rimantadine adalah obat dan mengkodekan enzim protease ini. Karena Proses ini dinamakan protein cleavage itu. atau inang maupun dari virus itu sendiri. dengan reseptor RNA). Step fusion dan replication.transcriptase yang diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. yang dibentuk oleh protein M2. yang 2) Penemuan senyawa/zat yang jika salah satunya tidak berfungsi proses menghambat replikasi virus di dalam sel virus replication ini tidak akan terjadi. Penemuan obat antivirus harus memenuhi 3 kriteria (Colegate SM. Draconitium Ioretense. Siklus hidup virus HIV baru yang komplementari dengan RNA genom. Proses ini difungsikan oleh RNA atau protein dari virus. reverse trandiperlukan beberapa enzim. Namun. penelitian yang mendalam banyak dilakukan terhadap Curcuma sebagai obat antivirus HIV (Mazumder. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 31 . yaitu virus assembly (Step 9 Gambar 4) dan release. terutama dari tanaman. perlu diakui bahwa obat yang ada saat ini umumnya senyawa kimia sintetis. dimana banyak sekali enzim yang berperan. untuk penemuan obat yang mentargetkan proses virus budding ini diperlukan pengetahuan tentang mekanisme budding itu sendiri. Nicotiana tabacum. Virus baru ini kemudian keluar dari sel (release) dan siap untuk menginfeksi sel lainnya. yang saat ini menjadi topik hangat. Curcuma Ionga. Jika proses ini bisa dihambat. upaya untuk penemuan obat antivirus dari biodiversity terus dilakukan. dan Uncaria tomentosa. umumnya seperti enzim protease. yaitu menyatunya DNA tadi dengan genom sel inang. ada beberapa tanaman yang bersifat antivirus. Double sini bisa berupa senyawa/zat yang bisa strand RNA ini kemudian dipisahkan lagi berinteraksi. inhibitor protein M2 bisa dijadikan (Step 8 Gambar 4) dan dilakukan oleh sebagai obat antivirus influenza. Phyllanthus niruri. yang merupakan proses perbanyakan genom yang difungsikan oleh enzim RNA polimerase dan RNA helikase. Bersamaan dengan genome binding tidak terjadi. enzim neurimidase (enzim yang terekspresi di selubung virus) berperan dalam proses budding ini. merupakan proses yang kompleks. maka tertutup kemungkinan virus bisa menyebar ke sel lain di dalam tubuh. yang banyak diteliti. Mangifera indica. matang (immature) dan belum berfungsi. sehingga enzim ini dijadikan target penemuan obat antivirus influenza. Biodiversity untuk obat antivirus Berbicara tentang obat antivirus. enzim protease. yang menghambat proses budding ini. Bersamaan dengan itu. karena banyak obat tradisional yang berasal dari biodiversity. Sama halnya dengan proses lainnya. RNA polimerase berperan membentuk untai RNA (RNA strand) Gambar 4. telah Untuk menjadi protein matang (mature) ditemukan bahwa proses uncoating/ dan berfungsi. adalah obat influenza yang merupakan inhibitor neurimidase. Pada proses ini. Salah satu obat anti-HIV yang Secara detil proses ini juga berbeda dipakai saat ini. banyak yang bisa dijadikan Di dalam sel terjadi proses replikasi target untuk penemuan obat antivirus. virus akan keluar dari sel dan siap menginfeksi sel lainnya. Pada step Tentu saja untuk itu mengetahui ini terbentuk poliprotein yang belum mekanismenya menjadi syarat mutlak. Proses ini melalui dua step. Inhibitor yang diperlukan di merupakan intermediate product. Virus assembly adalah step dimana semua komponen virus seperti genom dan protein-protein menyatu sehingga menjadi virus yang sempurna. terjadi reverse transcriptase. semua genom virus yang telah disintesa dibungkus oleh protein selubung virus sehingga menjadi virus baru yang sempurna. polimerase. Selain itu. Croton lechleri. baik dari sel scriptase. terjadi proses genome replication (Step 6 Gambar 4). Mari kita lihat lagi deoxythimidine atau yang lebih dikenal virus HIV sebagai contoh. virus. yaitu proses sintesa DNA dari 3) Penemuan senyawa/zat yang RNA yang merupakan genom virus HIV. diketahui efektif terhadap penyakit infeksi hepatitis B. synthesis (Step 7 Gambar 4). helikase. juga terjadi proses protein uncoating juga bisa dijadikan target. poliprotein ini perlu encapsidation terjadi melalui ion channel diproses menjadi masing-masing protein. dan berpegang pada prinsip bahwa yang alami itu lebih aman dibandingkan yang sintetis. Setelah genom dengan AZT (Table 1) adalah inhibitor virus masuk ke dalam sitoplasma. Setiap virus memiliki mekanisme yang berbeda dan protein/enzim yang berperan dalam proses tersebut berbeda pula. Dalam step ini. Pada virus influenza misalnya. Setelah itu terjadi proses genome integration (Step 5 Gambar 4). proses reverse transcription (Step 4 Gambar 4). Karena itu. sehingga proses helikase. Copaifera paupera. 1995). Step ini difungsikan oleh enzim integrase yang juga diproduksi dan dimiliki oleh virus HIV sendiri. Phyllanthus niruri. influenza dari inhibitor ion channel yang dijual di pasaran dan digunakan secara Jelas bahwa proses virus replication ini klinis sampai saat ini. dan dari hasil studi awal diduga juga memiliki efek antivirus terhadap virus hepatitis C (HCV) dan HIV. Seperti contoh virus influenza. 3’-azido-3’untuk setiap virus. baik secara langsung menjadi untai RNA tunggal (single strand maupun tidak langsung. yang menghasilkan untai RNA dijadikan target untuk penemuan obat ganda (double strand RNA) yang antivirus.

sehingga mengakibatkan tumpukan IMP dan akhirnya mengganggu replikasi DNA/RNA. Masyarakat local hidup dengan biodiversity yang ada di sekelilingnya. walaupun dosisnya 30 kali lebih tinggi. Polisakarida dari Rhizophora mucronata menghambat ikatan virus HIV dengan sel secara sempurna. 1998). dan ekosistim dimana organisme ini hidup (Convention on Biological Diversity. Hal yang sama juga ditemukan pada Rhizophora apiculata yang menghambat perkembangbiakan virus HIV-1. * Dr. 1992). Ekstrak dari Homalanthus nutans secara in vitro menunjukan inhibisi terhadap virus HIV-1 (Gustafson. dan migrasi penduduk ke kota.09 mg/ml (Witvrouw.02-0. Setelah diteliti lebih jauh. terutama ekstrak polisakarida-nya. Uji menggunakan sel menunjukan bahwa 1 mM prostratin menghambat virus HIV-1 membunuh sel C-8166 dan sel U937 (Gustafson. Cibinong. AZT adalah competitive inhibitor dari enzim reverse transcriptase virus HIV. Juga digunakan untuk pengobatan infeksi serius virus herpes pada alat kelamin. Pengetahuan dan tradisi ini diturunkan dari generasi ke generasi. Diperkirakan ada sekitar 30 sampai 100 juta species di bumi ini. Zidovudine (AZT) Digunakan untuk penanganan pasien AIDS (acquired immunodeficiency syndrome) Sejauh ini. tidak untuk influenza B. Sebagai hasilnya ditemukan bahwa tanaman dari tanaman Mangrove dari famili Rhizophoraceae menghambat perkembangbiakan virus HIV pada sel MT4 (Premanathan. dan bahkan SIV (simian immunodeficiency virus) (Premanathan. diantara penyakit infeksi virus.Table 1. yang banyak diteliti adalah obat antivirus AIDS. Gancyclovir adalah analog dari acyclovir yang digunakan untuk terapi infeksi cytomegalovirus dan virus herpes lainnya. Misalnya Rhizophora mucronata. Selain itu mereka juga memanfaatkan biota liar untuk menjaga kesehatannya. Studi lanjut membuktikan bahwa EC50 (konsentrasi untuk menghambat 50% perkembangbiakan virus) dari Prostatin adalah 0. Diversity ini berkurang dengan kecepatan 27 ribu species/tahun atau 74 species/hari atau 3 species/jam (Wilson. tanaman yang sering digunakan untuk berbagai pengobatan. Penelitian lebih lanjut menunjukan bahwa tanaman Rhizophoraceae menghambat proses virus entry. dan senyawa ini tidak berfungsi sebagai tumor promoter. 1999). 2003). Osetalmivir menghambat fungsi enzim neurimidase (NA) berperan dalam proses budding virus influenza. mikroorganisme. Andi Utama adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI. Dengan kata lain. yang penting bagi manusia dan ekosistem. Juga telah dibuktikan bahwa Prostatin berikatan dan mengaktifkan protein kinase C secara in vitro. Fungsi Acyclovir menghambat fungsi enzim thymidine kinase dari virus herpes. seperti contoh tanaman dan hewan sebagai makanan. Tanaman lain yang banyak diteliti adalah Homalanthus nutans . baik influenza A maupun influenza B. 1999). 1992). Namun makin lama biodiversity makin berkurang karena industrialisasi. lebih khusus virus herpes simplex tipe 1 dan 2. HIV-2. dan mereka mempelajari bagaimana memanfaatkannya. Diantara sumber tersebut yang banyak diteliti adalah tanaman. Osetalmivir (Tamiflu) Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza . termasuk inhibitor reverse transcriptase dan inhibitor protease. Biodiversity adalah kumpulan organisme termasuk tumbuhan. terbukti menghambat pertumbuhan virus HIV dan bahkan juga menghambat ekspresi antigen virus HIV pada sel MT-4 (Premanathan. 32 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . 1992). Kita berharap dalam waktu tidak lama. Pengembangan Prostatin sebagai obat antivirus HIV terus dilakukan dan sepertinya masih memerlukan waktu sampai penggunaan secara klinis. 1996). yang diperlukan untuk uncoating. ternyata zat aktif yang berperan adalah prostratin atau 12-deoxyphorbol ester. Prostatin bahkan dibuktikan efektif terhadap virus HIV yang resisten terhadap berbagai obat. yang mutlak diperlukan untuk replikasi virus. (Bidang Virologi) Ribavirin Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus. Fungsi beberapa obat antivirus Nama obat Acyclovir Struktur kimia Penggunaan Digunakan untuk terapi penyakit infeksi virus herpes. obat ini benar-benar bisa digunakan untuk kebutuhan pasien yang mengidap berbagai penyakit infeksi virus. hewan. Ribavirin menghambat fungsi inosine monophosphate (IMP) dehydrogenase. Hasil penelitian menunjukan bahwa Prostatin menghambat proses viral entry melalui interkasi dengan protein dari sel yang berperan penting dalam proses viral entry. Gancyclovir Cara kerja-nya sama dengan acyclovir Amantadine Digunakan untuk penanganan pasien infeksi virus influenza A. modernisasi pertanian. Adapun sumber yang digunakan cukup beragam termasuk mikroba dan tanaman. baik virus DNA (seperti hepatitis B) maupun virus RNA (seperti hepatitis C). Uji toksisitas menunjukan bahwa Prostatin hanya menginduksi ornithine decarboxylase 2530% dari senyawa phorbol ester lain. yang diperlukan untuk produksi DNA provirus dari template RNA. polusi. biodiversity adalah sumber daya alam. Amantadine menghambat fungsi protein M2 yang berfungsi sebagai ion channel.

pelangsing tubuh. Mengenal Potensi Laut Indonesia Untuk Bioteknologi Seluruh keanekaragaman jenis mahluk hidup yang berada di laut dikenal dengan biota laut. seperti ikan. dan lain-lain. salah seorang peneliti Balai Penelitian Bioteknologi dan Genetika Pertanian. Senyawa bioaktif lainnya dari spons yang juga digunakan untuk industri farmasi adalah Bastadin. Sebagai perbandingan. Biota sebagai bahan obat dan aplikasi bidang farmasi yaitu sebagai anti kanker. Tumbuhan ini dapat diolah untuk obat influenza dan bahan pengawet makanan. dan diabetes. Spons dari spesies Petrosia contegnatta di antaranya diambil senyawa bioaktifnya untuk obat anti-kanker. Okadaic acid. pemanfaatan seluruh jenis biota laut tetap harus membumi atau memperhatikan prinsipprinsip lingkungan agar kita tidak menyesal di kemudian hari. antara lain ikan. HIV/AIDS. biota laut Indonesia yang saat ini dapat bermanfaat untuk pengembangan bioteknologi dapat dikelompokkan menjadi: A. Ular dari laut diambil serbuknya untuk meningkatkan daya ingat. Tahukah Anda. kerangkerangan. mikroorganisme maupun invertebrate ternyata belum banyak dimanfaatkan dan dikelola secara optimal. C. Selain itu. B. Salah seorang peneliti bakteri laut dari Pusat Penelitian Oseanografi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) Ruyitno bahkan menjelaskan bahwa selain menjadi bahan obat-obatan. Tidak ketinggalan jenis invertebrate. kura-kura. yaitu 20.Dari Redaksi >> Melirik Prospek Bioteknologi Kelautan Indonesia Penulis : Elvi Yetti* S ekali lagi. diantaranya senyawa baru Barangmideditemukan di Kepulauan Barang Lombo dan Bitungolide A-F dari Pulau Bitung. Amerika Serikat saja yang memiliki potensi keanekaragaman hayati laut yang jauh lebih rendah daripada Indonesia.360 dollar AS per miligram. minuman. dan rumput laut. baik makroflora dan fauna laut. Tumbuhan Laut Jenis tumbuhan laut yang sudah diketahui manfaatnya untuk pengembangan bioteknologi adalah rumput laut atau berbagai jenis alga terutama alga hijau. makanan tambahan. ataupun perban. bioteknologi kelautan pun sebenarnya menjanjikan keuntungan bisnis yang cukup besar. hepatitis. hati ikan buntel untuk obat tetrodotoxin yang memperbaiki saraf otak yang rusak dan mengurangi rasa sakit. biomedis. kita harus sangat bersyukur karena Indonesia benarbenar kaya. dapat juga dilakukan rekayasa genetika untuk budidaya ikan dan biota laut yang bernilai ekonomis tinggi Untuk dapat mengetahui potensi biota sebagai bahan baku obat. omega3. Sedangkan obat anti-asma dibuat dari senyawa spons Cymbacela. kepiting. Dari berbagai riset yang dilakukan telah diketahui bahwa berbagai jenis kekayaan hayati laut Indonesia dapat bermanfaat untuk perkembangan riset dan industri bidang bioteknologi. Departemen Kelautan dan Perikanan memperkirakan perolehan devisa dari bioteknologi kelautan ini bisa mencapai US$4 miliar. laut dan udara. fikokoloid dan biopolimer yang terdapat pada mikro dan makroalgae. yang sangat dibutuhkan dalam proses pembuatan produk-produk kosmetik. Kekayaan tak ternilai tersebut tersebar dari darat. Bila dilihat dari jenisnya. bakteri laut dapat dimanfaatkan untuk mengatasi pencemaran minyak. Menurut Sugiono Moeljoprawiro. juga ada kitin dan kitosan dari kulit udang dan kepiting untuk obatanti kolesterol. bidang ini relatif belum terjamah. kuda laut. dan kerang. Sayangnya. Sebagai negara maritim terbesar di dunia dengan garis pantai terpanjang kedua setelah Kanada (81.000 kilometer). Mikroorganisme Kekayaan hayati laut Indonesia menjadi lengkap dengan adanya berbagai jenis mikroorganisme laut. ular laut. tempurung kura-kura untuk obat luka dan tetanus. Adapun serbuk kerang digunakan untuk obat mag. Alga hijau juga dapat bermanfaat untuk menyembuhkan penyakit kardiovascular. Hewan Laut Banyak sekali jenis hewan laut yang memiliki potensi untuk pengembangan bioteknologi Indonesia. Melalui teknik bioremediasi. Rumput laut yang selama ini lebih dikenal untuk makanan ternyata memiliki berbagai khasiat. farmasi dll c. Potensi tersebut sebenarnya memiliki prospek yang cerah untuk dikembangkan antara lain untuk keperluan industri makanan sehat. Biota laut sebagai alternatif bioenergi d. Ini dengan asumsi bila digarap secara optimal. Bioprospecting Keanekaraman Hayati Laut Indonesia Perlu dicatat bahwa selain pertanian. Kedua komponen yang dihasilkan ini ramah lingkungan dan tidak beracun bagi biota laut lainnya. udang. diabetes dan anti bakteri b. Berbagai senyawa-senyawa bioaktif produk alam (natural products) seperti skualen. Selanjutnya ia menyebutkan ada sekitar 100 jenis bakteri di laut yang sebenarnya dapat mendegradasi minyak. laut Nusantara mewadahi hampir semua makhluk hayati laut. udang. hasil penelitian para pakar menyebutkan bahwa banyak mikroorganisme laut menyimpan kandungan senyawa biopolimer. Senyawa bioaktif Monoalide yang diperoleh dari spons Luffariella variabilis merupakan senyawa yang memiliki nilai jual tertinggi daripada senyawa bioaktif dari spesies spons lainnya. kosmetika dan apilaksi lain yang berbasis bioteknologi maka perlu dilakukan uji bioprospecting. Pada spons dan karang lunak terdapat senyawa bioaktif yang berfungsi sebagai alat pertahanan diri dari musuh alaminya. influenza HIV/AIDS. Selain itu. biokatalis. Perairan laut Indonesia menyimpan berbagai potensi keanekaragaman hayati untuk pengembangan bioteknologi. Bioprospecting adalah pemanfaatan sumberdaya genetik dan hayati berkelanjutan baik untuk tujuan ilmiah BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 33 . farmasi. Hewanhewan ini banyak dimanfaatkan untuk aplikasi bioteknologi di bidang farmasi yaitu: obat tidur dan obat penenang dari kuda laut. Biota laut untuk industri yaitu industri makanan. polisakarida.216 spesies spons. Potensi kekayaan tersebut antara lain adalah: a. Disamping itu riset tentang rumput laut saat ini diarahakan untuk obat hepatitis. bakteri laut sangat efektif menurunkan tingkat pencemaran dengan memecah komponen minyak hingga menjadi air dan karbon dioksida. kosmetik dan industri berbasis bioteknologi lainnya. sudah dapat meraup devisa dari industri bioteknologi kelautan lebih dari 40 milyar dollar per tahun. Dari jumlah tersebut ditemukan 73 senyawa aktif yang berkhasiat antikanker. dan sebagainya. Sensus biota laut yang diselenggarkan oleh Pusat Penelitian Oseanografi LlPI bekerjasama dengan Universitas Osaka Jepang baru-baru ini berhasil menyeleksi 1. maupun beragam mikroorganisme laut. kosmetika. Namun. Senyawa itu ternyata berkhasiat obat dan kemudian dibuat sintetisnya. dan minuman. bioaktif. dan Monoalide.

moluska diketahui memiliki zat antikanker. Diperkirakan dari 10. . sponge. to sustainably use. penggunaan tributiltin pada cat kapal. PhD yang mengatakan untuk mengidentifikasi senyawa aktif berkhasiat obat diperlukan mesin otomatis yang disebut high throughput screening. Indonesia sudah menandatangani CBD pada saat di KTT Bumi tanggal 5 Juni 1992 dan sudah meratifikasi CBD tanggal 23 Agustus 1994 dengan UU No 5/1994. antidiabetes. Namun. CBD sudah ditandatangani oleh 168 negara dan diratifikasi oleh 160 negara. Setelah itu diketahui. Lebih dasar lagi. alih fungsi kawasan hutan mangrove.000 senyawa per hari. pemanfaatannya yang optimal dan konservasi yang berkesinambungan dapat menjamin masa depan bangsa.000 senyawa. introduksi spesies asing. Hal itu disebabkan karena di dalam keanekaragaman hayati itu tersimpan sumber daya yang terbarukan (renewable resources) yang berguna sebagai sumber plasma nutfah. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu bukan saja belum dimanfaatkan optimal. Hal inilah yang membuat Indonesia tidak dapat menjaga kerahasiaan dari faktor penting yang terkait dengan HKI dan daya saing industri. antikolesterol. berhasil menemukan 34 senyawa aktif dari 57 spesies yang ditemukan di perairan Indonesia. antibiotik. Brazil tahun 1992. dan teknologi pengembangan produk baru bagi pasar global. dan Universitas Andalas. penambangan pasir laut. lalu dilakukan kloning. akan ditemukan satu yang berkhasiat obat. Pengujian dengan sistem robotik itu bertujuan untuk mengetahui interaksi molekuler dari senyawa dari alam. 34 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Baru kemudian tanaman obat bisa dijadikan sesuatu yang bernilai ekonomi tinggi. adalah staf peneliti di Puslit Bioteknologi . menurut Dr Linawati Hardjito dari Departemen Teknologi Hasil Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB. Untuk menjaga agar pemanfaatan keanekaragaman hayati tetap membumi maka sebanyak 139 negara termasuk Indonesia telah membuat kesepakatan yang tertuang dalam Konvensi Keanekaragaman Hayati (CBD) di Rio de Janeiro. apabila dites secara acak. gen. karang lunak. BPPT dan beberapa Perguruan Tinggi. infrastruktur. memanfaatkan secara berkelanjutan dan berbagi manfaat dari keanekaragaman hayati (to conserve. Informasi mengenai sumber daya alam ditindaklanjuti dengan penelitian dasar dan penelitian terapan. Perhatian pada konservasi dan pemanfaatan berkesinambungan berarti membuka sumber pendapatan baru. dan penyedia jasajasa lingkungan laut yang berpotensi sebagai basis model pembangunan berkelanjutan. Badan Riset Kelautan dan Perikanan DKP. dan terakhir distribusi. Departemen Kelautan dan Perikanan lewat Badan Riset Kelautan dan Perikanan (BRKP) dilingkungan departemen itu menetapkan bioteknologi kelautan dan perikanan sebagai program unggulan atau program utama sejak tahun 2002. Selain itu juga keterampilan. Oleh karena itu dibutuhkan perangkat-perangkat pendukung untuk pengaplikasiannya. dan bioinsektisida. pemasaran. Lembaga riset yang berhasil melakukan itu antara lain LIPI. Cibinong. Keputusan menyangkut keanekaragaman hayati pesisir dan laut ada tiga bagian yaitu keputusan. Beberapa spesies rumput laut. keanekaragaman hayati ini merupakan potensi sangat strategis bagi negara Indonesia untuk meningkatkan taraf hidup masyarakatnya. Dan juga terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya. antara lain terbatasnya sarana peralatan untuk mengidentifikasi zat aktif dari bahan alam itu. kata Sangkot. Salah satu tema utama dari Conference of Parties (COP) kedua yang diselenggarakan di Jakarta tahun 1995 adalah mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut yang menjadi kepentingan Indonesia sebagai tuan rumah COP2. Ada beberapa tahapan bioprospecting yang harus dijalani untuk memperoleh hasil akhir yang memuaskan. seperti reklamasi pantai.LIPI. Di alam ini terdapat puluhan juta senyawa di tumbuhan dan biota. tetapi lebih dari itu terdapat indikasi adanya upaya jangka pendek yang dapat berakibat memusnahkan keberadaan dan fungsi ekologisnya . kata Linawati menjelaskan. sampel biota yang ada harus dikirim ke luar negeri antara lain ke Belanda. 1994). antipenuaan. *Elvi Yetti. serta penangkapan Riset Bioteknologi Bidang Keanekaragaman Hayati Laut Riset bioteknologi kelautan saat ini dilakukan oleh beberapa institusi. Erosi keanekaragaman hayati ini bukan hanya merupakan krisis hilangnya spesies yang memiliki potensi menghasilkan dollar bagi perusahaan dengan menyediakan bahan mentah industri. Prinsip Lingkungan Dalam Pemanfaaatan Keanekaragaman Hayati Secara teoretis. and to share the benefits of biological diversity). konservasi dan pemanfaatan keanekaragaman hayati yang berkelanjutan dan keamanan hayati. Tahapan tersebut mulai dari proses pencarian dan pengembangan sumber-sumber baru senyawa kimia. bahan baku kosmetik dan farmasi. sumber pangan. S. Akibatnya. Kapasitas yang dapat dilakukan alat pelarik ini 100. Dalam rangka pengembangan riset bioteknologi kelautan dan perikanan bahkan telah didirikan Laboratorium Bioteknologi Kelautan dan Perikanan yang pembangunannya dilakukan secara bertahap. kemudian masuk ke tahap produksi. dalam diskusi itu terungkap kendala dalam pengembangan obat-obatan. Selain itu COP2 juga membahas akses pada sumber daya genetik. hal itu adalah krisis yang mengancam sistem penopang hidup dan penghidupan jutaan penduduk di negaranegara Dunia Ketiga (Shiva.ataupun komersil. Sangat disayangkan karena keanekaragaman hayati yang melimpah itu belum dimanfaatkan optimal. perguruan tinggi itu. dan organisme berkualitas. dengan keanekaragaman hayati laut tinggi. perlu diketahui dulu mekanisme timbulnya penyakit sehingga kemudian dapat ditentukan target molekul yang dapat digunakan untuk obat. Di antara lembaga riset dan ikan menggunakan bom dan racun (sianida). Contoh paling nyata adalah dalam proses pencarian obat. namun belum ada lembaga riset dan industri yang memiliki fasilitas tersebut.Si. Hal senada juga disinggung oleh Direktur Lembaga Eijkman Prof Sangkot Marzuki. Salah satu ketentuan yang termuat dalam kesepakatan tsb menyebutkan bahwa habitat ekosistem dan seluruh komponen hidup yang terdapat di laut merupakan unsur utama yang yang harus dilindungi. Pusat Penelitian Oseanografi (P2O) LIPI sudah melakukan penelitian aktivitas antimikroba dan antikanker pada spons laut sejak tahun 1997. Dalam proses ini diperlukan penelitian dasar mengenai penyakit hingga pengujian serta uji klinis. Lebih lanjut ia menyebutkan bahwa pada dasarnya konsep bioprospecting modern memberi negara berkembang kemampuan memperbaiki nilai tambah sumber daya alamnya. Dalam Suatu Diskusi Ahli Biokimia dan Farmasi Kelautan yang diselenggarakan Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP) di Jakarta tahun 2004 lalu dipaparkan hasil pengisolasian zat aktif yang berkhasiat obat dari biota laut di perairan Indonesia. Selanjutnya untuk mengembangkan obat. Setelah itu dilakukan pengembangan produk. . CBD bertujuan agar keanekaragaman hayati di dunia ini lestari dengan mengkonservasi. IPB. untuk mengetahui kandungan zat aktif. para peneliti dari IPB saja. seperti P2O-LIPI. Annex I (memuat kesimpulan tambahan dari rekomendasi SBSTTA) dan Annex II (program untuk kerja lebih lanjut). Selain itu mengenai keanekaragaman hayati pesisir dan laut termuat lengkap di dalam “Jakarta Mandate on Marine and Coastal Biological Diversity”. Pembangunan tahap pertama dilaksanakan tahun 2003 di atas area seluas 840 meter persegi. Dan sejatinya. Konservasi keragaman hayati juga sangat penting untuk bioprospecting.

sehingga sangat cocok digunakan pada industri chewing gum. Derivatif dari rare-sugars juga telah digunakan sebagai agent bagi antiWaste material sebagai bahan baku hepatitis B virus dan human immunodefirare sugar yang murah dan berlimpah ciency virus (HIV). pasti. bukan sangat mudah. Rare Sugars (gula langka) Peningkatan jumlah penggunaan gula pada industri makanan. telah mencapai 15. gm sama dengan beberapa tetapi tidak teraplikasi lebih lanjut makanan diabet lainnya. Fungsi L -Arabinosa dalam usus kecil. Karena fungsinya yang seperti itu. xylitol sangat potensial untuk dimanfaatkan sebagai pengganti gula pasir pada industri proses makanan. diperlukan upaya pengembangan terhadap aktifitas enzim sucrase usus teknologi fermentasi yang mampu (gambar 1) dan juga menekan pengaruh memproduksi rare sugars tersebut secara glycemia paska penghambatan proses ekonomis. produksi gula alternatif bagi gula yang sudah mendominasi saat ini sangatlah mungkin. Rare sugars. Beberapa aplikasi penting dari mengembangkan pemanfaatan L-sorbose rare sugars bisa dilihat pada tabel 2. Beberapa biotransformasi ini. D-xylosa atau Lpenderita penyakit diabetes. Enzim amylase pertama diperkenalkan oleh Anselme Payen dan Jean Francois pada tahun 1833. dimana L-arabinosa Mengingat potensi dari rare sugars berperan sebagai inhibitor yang selektif tersebut. Akhir-akhir ini. Dengan sangat berguna pada kombinasinya definisi tersebut. Diantara sumber utama gula absorpsi sukrosa. glukosa dan D-galaktosa. Metabolisme xylitol berlangsung angka yang fantastis. produksi High derivatif L-sugar juga diketahui memiliki Fructose Corn Syrup (HFCS) bisa potensi sebagai antiviral agent dan bisa dilakukan dengan bahan baku yang juga digunakan sebagai terapi antigen. suatu gigi). pada tahun 1998 thermia. Sifat lain dari xylitol menghasilkan rasa dingin pada mulut ketika berinteraksi dengan air liur. biologi terapi. Oleh karena itu. adalah penggunaan pati. dan mengalami pertumbuhan yang sangat mengagumkan sejak itu. Meskipun demikian. Absorbed Seperti LUsus kecil sorbose Maltooligosakarida Maltooligosakarida (+) telah Sucrase G– F Sukrosa G–F digunakan Inhibitor sebagai material Non Absorbed dasar bagi L-arabinosa produksi Gambar 1. hutan. fenomena tersebut. Menurut hasil survei dari WHO yang diumumkan pada bulan Maret 2003. jumlah penduduk yang terkena penyakit diabetes. juga melaporkan bahwa Latau whey sebagai material awal untuk arabinosa juga berfungsi sebagai pencegah produksi rare sugars. yang sangat baik bagi kesehatan. mints dan pasta gigi. berlimpah pada limbah pertanian.000 (Rp. terlepas dari insulin pada saja tidak masuk ke dalam metabolisme manusia dan menghasilkan energy sebesar tubuh atau masuk ke dalam metabolisme 4 Kcal.000) per kg. xylitol mampu mencegah terjadinya dental caries (pengeroposan ¥10. Para peneliti telah mengetahui aplikasi penting dari L-arabinosa. dan jantung meningkat dari tahun ketahun. L-monosakarida sebagai monosakarida dan derivatifnya memiliki karakter antineoplastic dan yang terbilang langka di alam. produksi gula global melampaui angka 133 juta ton pertahunnya. obesitas. sejak ditemukannya gula xylitol. otitis acute pada anak-anak. Dengan dilakukan dengan menggunakan yeast. Salah satu jenis dari rare sugars meliputi terapi surgery. Aplikasi Lcarbohydrate dan L-arabinosa derivatifnya Usus kecil dibidang Maltooligosakarida Monosakarida kedokteran Sucrase ( -) Sukrosa G–F G F mengalami peningkatan drastis. Komponen potensial obat untuk anti-HBV (Hepatitis monosakarida tersebut. kanker. yang bisa dihidrolisa menjadi Darabinofuranosyl uracil (L-FMAU). K A R U N I A YA N G B E L U M TEREKSPLORASI Oleh : Budi Saksono* P roduksi gula telah dimulai sejak abad ke 17. Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon. di dan industri makanan. dengan pemahaman teknologi yaitu 1-deoxygalactonojirimycin. terdapat secara B Virus) dan anti EBV (Epstein B Virus). Yang untuk memproduksi glycosidase inhibitor. para peneliti telah mampu mengemukakan fenomena yang terjadi pada starch dan apa akibat dari kerja enzim tersebut. rare sugars diharapkan sebagai pemanis berkalori rendah dan International Society of Rare Sugar sangat toleransi terhadap penyakit (ISRS) telah mendefinisikan rare sugars diabetes. Whey mengandung deoxy-2-fluoro-5-methyl-b-Llactose. Hal ini disebabkan xylitol mampu menghasilkan panas negatif. Produksi xylitol dibanding dengan natural sugars. Produksi xylitol dunia. Jepang harga L-arabinosa mencapai Tabel 1.000 tons. menunjukkan komposisi dari BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 35 . Gula ini mampu mencegah tooth decay. terutama tepung. tetapi tidak sampai pada awal abad ke 20. Pada tahun 2002. (F) Fruktosa L-ascorbid acid (VIT kimia terapi dan radioterapi dan hyperC). Selain itu. (G) Glukosa. L-arabinose arabinose bisa didapatkan dari fraksi juga digunakan untuk pembuatan obat 2hemiselulosa kayu. D-glukosa bisa postprandial hyperglycemia pada didapat dari pati. 900. Pada tahun 2002. pemanis dan minuman ringan telah meningkatkan pula perhatian manusia pada dampak kesehatannya. wood Sanai et al. murah. Huwig. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir. yaitu D-glukosa. adalah L-carbohydrate. yang tersedia secara berlimpah dan murah. xylitol tergolong rare dengan semua bentuk terapi kanker yang sugars.RARE S U G A R S . Selain itu.

2 2. yang sangat baik bagi kesehatan.5 43.0 1.8 4.3 2.4 39.0 0.1 1. Komposisi monosakarida dari beragam biomasa Corn Stover C a r b o h y d rate Glukosa (C6) Mannosa (C6) Galactose (C6) Xylose (C5) Arabinose (C5) Total C6 Total C5 39. otitis acute pada anak-anak.8 21.1 14.6 Baggase Fiber 38.3 Rice hulls 36.6 0.1 23.8 14.8 2.2 16.Tabel 1.8 Rice Straw 41. Gula ini mampu mencegah tooth decay.8 0. Xylitol memiliki derajat kemanisan hampir setara dengan gula pasir ♦ ♦ ♦ 36 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 .5 39.2 19.2 40.2 25.4 19.1 3.0 2.6 39.4 14.3 0.0 0.1 18 Wheat Straw 36.8 3.8 ♦ ♦ ♦ Gula xylitol adalah gula polyol dengan 5 rantai karbon.

Metabolisme D-xylose pada yeast. Bioteknologi. terlepas dari Amylase society dan lain sebagainya. Lichtenthaler dan coworker di Darmstadt. Prosedur ini memerlukan beberapa step purifikasi karena hanya D-xylose murni yang bisa digunakan untuk reaksi kimia reduksi. Alternatif penggunaan yeast sebagai bioreaktor sudah dilakukan secara intensif. Indonesia adalah negara yang kaya akan sumber karbohidrat. Apalagi hal ini kemudian didukung dengan tingkat pemahaman akan fungsi physiologis dari masingmasing rare sugars. Reaksi enzimatik yang terjadi pada yeast adalah sebagai berikut. Dengan semakin diketahuinya proses enzimatik. dimana masing memiliki kadar glukosa. Teknologi tinggal dikembangkan. sangat menggelitik untuk dikaji dan diteliti. yang segar dimulut sekaligus melindungi gigi kita.5 Anhydro-D-fructose.Sc. Terakhir. Sebagai antioksidan. biologi molekuler. misalnya pada produksi 1. untuk memproduksi gula alternatif. Dxylulose mengalami phosphorilasi menjadi D-xylulose-5-phosphate oleh enzim xylulokinase. D-xylitol yang terbentuk kemudian di rubah menjadi Dxylulose oleh enzim xylitol dehydrogenase. sehingga mampu mempengaruhi beberapa jenis penyakit berbahaya saat ini seperti virus HIV.Proses reaksi ini dapat dilihat pada gambar 2. Selain pasar gula non kalori. Oleh karena itu. Indonesia menempati urutan ke 6 terbesar dunia untuk penderita penyakit diabetes. yang sangat gemar makan perment. dan masih sangat tergantung pada impor gula pasir. pada awalnya produksi xylitol sekala industri dilakukan menggunakan reaksi kimia reduksi dari D-xylose. Skema konversi pati (starch) menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase Gambar 3. reaksi secara enzimatik berantai diperkenalkan oleh Prof. sangat berkepentingan terhadap pengembangan teknologi ini. antibakteri dengan kalori yang rendah. menggunakan Raney nickel katalis. anhydro fructose memiliki efektifitas 1. Contoh lain. Dengan ditemukannya enzim-enzim yang berperan dalam proses biotransformasi tersebut. dengan menggunakan enzim glucan lyase diperkenalkan oleh Prof. Dxylose direduksi oleh enzim xylose reductase menjadi D-xylitol. Dan baru pada tahun 1988. Cibinong. media produksi sekala industri Dengan semakin diketahuinya reaksi enzimatik yang mampu memfasilitasi proses biotransformasi tersebut. yang ekonomis. Penemuan rare sugars sangat menarik perhatian para peneliti. sedikitnya informasi bagaimana rare sugars mampu berperan sebagai antikanker. Baute dan coworkernya di Bordeaux. produksi anhydrofructose dari pati. Hal ini setidaknya mengisyaratkan betapa besarnya potensi rare sugars ditengah pengembangan sugar konvensional. Pengembangan rare sugar masa Depan. dan potensi pasar terbuka secara luas. hingga beberapa peneliti membentuk konsorsium independen yang bernama International Society of Rare Sugar (ISRS). dengan mengkonsumsi NAD(P)H. Baru pada tahun 1986. dengan mengkonsumsi NAD. virus Hepatitis B. Produksi xylitol misalnya. teknologi enzim.beberapa jenis limbah. German pada tahun 1980. dan kimia organik. Metoda produksi dari beragam jenis rare sugars membutuhkan pendekatan multidisiplin yang meliputi teknologi fermentasi. adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. yang diekstrak dari hidrolisa kayu keras. Pada saat yang sama. Seperti halnya xylitol. Perancis. Akanuma. ramah lingkungan dan ramah bagi penderita penyakit diabetes. rare sugars yang berfungsi sebagai antioksidan. hal ini bisa meningkatkan kemungkinan produksi sekala industri. pengembangan xylitol di Indonesia. terlihat seperti pada gambar 3. Disisi lain. Reaksi enzimatik konversi pati menjadi anhydrofructose akan nampak NAD(P)H NAD(P) D-xylose Xylose reductase D-xylitol NAD Xylitol dehydrogenase NADH D-xylulose-5-phosphate Xylulokinase D-xylulose ADP ATP Gambar 2. Tunggu apa lagi? *Budi Saksono. Gambar 3. xylosa dan arabinosa yang cukup relevan untuk dimanfaatkan sebagai bahan baku produksi rare sugars.7 kali lebih tinggi dibanding Lascorbid Acid (vitamin C). Skema konversi pati menjadi AF oleh enzim Glucan Lyase BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 37 . penggunaan rare sugars bagi obat maupun makanan kesehatan semakin terbuka lebar. teknik rekayasa genetika. Sebuah konsorsium yang berdiri sendiri. anhydrofructose pertama kali diperkenalkan oleh Prof. baik starch maupun limbahnya. atau bisa menjadi bahan campuran pasta gigi. M. Tidak bisa dipungkiri bahwa peranan bioteknologi untuk memproduksi rare sugars sekala industri dengan biaya produksi murah sangat besar. sangat berdampak pada kesehatan gigi anak – anak. sangat terbuka peluang bagi penemuan rare sugars baru. bagaimana mekanisme rare sugars dalam tubuh. rekayasa protein menggunakan metoda directed evolution sangat mendukung dalam upaya mendapatkan enzim dengan karakteristik yang tepat untuk aplikasi industri. hal yang perlu disadari bahwa tidak selalu enzim tersebut memiliki karakteristik yang sesuai untuk aplikasi industri.

Bombyx mori (kupu-kupu penghasil serat sutra) dan Apis spp (lebah penghasil madu) adalah contoh serangga yang memiliki nilai ekonomi yang sejak ribuan tahun telah dibudidayakan manusia. sel menggembung selanjutnya pecah dan akhirnya berakibat pada kematian serangga. Pada awalnya usaha ini membuahkan hasil yang gemilang dan dapat meningkatkan hasil pertanian serta mengurangi wabah penyakit. pada debu penyimpanan bijibijian serealia.KEANEKARAGAMAN BAKTERI Bacillus thuringiensis. namun beberapa dekade belakangan ini dirasakan dampaknya dengan kerugian yang sangat besar. spora menetas membentuk sel vegetatif dan membelah diri sampai dengan Gambar 1. maka dimulai revolusi baru mengganti pestisida racun kimia dengan pestisida hayati yang sangat spesifik.2 mikrometer. Tetapi tidak semua serangga menguntungkan manusia. dan lain-lain. Keunggulan pestisida hayati yang dihasilkan dengan menggunakan Bt adalah dapat membunuh jenis serangga tertentu dan aman terhadap jenis organisme lain serta ramah lingkungan.5 (pH optimum 6.5-7.0-1. Sebenarnya Bt juga membuat sejumlah besar faktor-faktor virulensi dalam bentuk protein maupun non-protein atau bentuk enzim yang dalam kondisi alami dianggap yang menjadi pemicu infeksi dengan cara melemahkan sistim pertahanan serangga tersebut. Protein ini berperan memperbesar pori-pori sel sehingga kesetimbangan osmosis dalam sel epitel terganggu.5). Protein kristal disebut sebagai protein Cry atau d-endotoksin atau disebut juga ICP (Insecticidal Crystal Protein). termasuk dalam keluarga Bacilliaceae. Buyat. 1990). masing-masing patogen terhadap manusia dengan penyakit pada sistem pencernaan dan penyakit antrak. Dengan telah ditemukannya satu jenis bakteri yang dapat mematikan satu jenis serangga tertentu oleh Ishiwata tahun 1901 di Jepang yang kemudian diberi nama Bacillus thuringiensis (selanjutnya disingkat Bt). residu kimia tersebut terakumulasi baik dalam tanah maupun dalam jaringan tanaman dan hewan yang akhirnya dapat terkonsumsi oleh manusia dan menimbulkan akibat fatal seperti pada kasus Minamata. belalang sembah yang berperan sebagai pemangsa serangga hama dan hewan-hewan lain seperti cacing.0 tergantung dari tipenya. cereus dan B. pada pepohonan. dan pada serangga yang mati. Secara biokimia dan genetika Bt sama dengan B. Residu kimia beracun dari insektisida dapat membunuh serangga-serangga yang berguna bagi manusia seperti beberapa jenis-jenis capung. Sporanya berbentuk oval berwarna hijau kebiruan berukuran 1. sejak revolusi industri pada abad 18 telah diciptakan bahan kimia beracun yang disebut insektisida atau pestisida yang kini jenis dan mereknya sudah mencapai ribuan. Gambaran mikroskopik elektronik dari bakteri Bacillus thuringiensis dari bentuk sel vegetatif. Bila serangga memakan spora dan kristal ini maka enzim dan asam lambung dalam usus serangga akan melarutkan protein kristal yang sebenarnya masih merupakan protoksin menjadi protein toksik yang terlarut. oleh karena itu disebut entomofaga. termasuk bakteri mesofil dengan kisaran suhu pertumbuhan 15-45oC (suhu optimum 2637oC) dan kisaran pH 5. Perbedaannya terletak pada karakter genetika yang didapatkan pada DNA ekstrakromosomal yang disebut plasmid. Peranan bakteri sebagai pestisida hayati Bt merupakan bakteri patogen terhadap serangga. berbentuk batang dengan panjang 3-5 mikrometer dan lebar 1-1. Pada tahun 1990 formulasi bakteri ini berhasil menggantikan pestisida kimia sampai mencapai 20 milyar dolar AS di pasar dunia (Carlton. cairan sekitar akan terserap ke dalam sel. bisa didapatkan dari habitat di alam seperti pada tanah. bergerak aktif (motil) dengan flagella peritrich (diseluruh dinding sel). Bakteri ini memperbanyak diri dengan menginfeksi insekta yang secara tidak sengaja memakan spora dan protein kristalnya. kelas Eubacteriales. BIOLOGI MOLEKULER DAN UPAYA BIOTEKNOLOGI UNTUK KETAHANAN PANGAN DAN KESEHATAN Penulis: Eddy Jusuf* S erangga adalah mahluk yang paling banyak jenis dan jumlahnya yang secara langsung atau tidak langsung berperan dalam kehidupan dan perekonomian umat manusia. Bt juga merupakan bakteri tanah yang memberikan reaksi pewarnaan Gram positif. bersifat fakultatif aerob.3 mikrometer.6-2. Protein toksin anti serangga ini merupakan ciri khas dari Bt yang dapat membedakan (pada observasi dibawah mikroskop) dari bakteri Bacillus lainnya. Antracis. divisio Schizhopyta.5-8. sedang protein kristal berukuran 0. disingkat BBMV) yang mirip seperti mekanisme hormon insulin pada sel manusia. Untuk lebih efektif membunuh satu individu serangga diperlukan cukup banyak kristal protoksin yang akan memperbesar jumlah sel eptitel usus yang lisis dan mempercepat kematiannya. sediaan kering komersial dan bentuk kristalnya 38 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . Protein ini kemudian berikatan dengan protein reseptor pada pili sel epitel usus serangga (brush border membrane vesicle. pada pakan ternak. Dampak lainnya adalah munculnya resistensi serangga hama terhadap racun yang sudah sering diberikan sehingga penggunaan insektisida menjadi sia-sia. Apabila serangga telah mati maka bangkai serangga ini dapat menjadi media untuk perkembangbiakan bakteri. et al. Formulasi komersil dari bakteri ini sebagai pestisida biasanya berupa biomasa kering atau cairan sangat kental yang berisi spora dan kristal protein yang diperoleh dari hasil fermentasi. Secara laten. Untuk menanggulangi serangga yang merugikan.

Sejak ditemukan galur Bt subsp. Apabila Bt tidak menghasilkan protein ini maka secara nomenklatur tidak disebut sebagai B. Pada tahun 1980-an perdagangan pestisida hayati yang berbahan aktif galur HD-1 dengan berbagai merek mendominasi pasaran dunia hingga mencapai 60% dalam bidang pertanian dan 20% untuk kehutanan menggantikan pestisida kimia. alesti HD4 (standar antisera seotipe ini). Disamping itu jenis protein Cry yang diproduksi oleh tiap galur juga bervariasi dari 1 sampai 5 jenis protoksin. toksisitas maupun karakter genetik lainnya dengan istilah strain (galur). thuringiensis HD2 yang dijadikan standar antisera untuk penentuan serotype. israelensis yang spesifik untuk serangga dari ordo Diptera baru digunakan pada tahun 1980 untuk menanggulangi nyamuk vektor penyakit malaria dan demam berdarah dan lalat hitam yang mencapai 20% dari total perdagangan pestisida hayati di pasaran dunia (Frankenhuyzen. subsp. akan tetapi ada juga yang memiliki beberapa serangga sasaran. jadi satu tipe protein toksik untuk satu jenis serangga tetapi tidak ada pengaruh atau malahan dapat menjadikan sumber nutrisi pada serangga lain. BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 39 . Bt subsp. kurstaki yang memiliki 22 galur dan satu yang terkenal dan umum dikomersilkan Gambar 2. 3c adalah Bt. Produk-produk komersial pestisida hayati berbahan aktif berbagai galur bakteri Bacillus thuringiensis dan serangga sasarannya. finitimus. Protein Cry ini banyak sekali tipenya tergantung dari galur-galur Bt dan masingmasing tipe memiliki target atau sasaran toksisitas serangga tertentu. cerus. cereus. dan seterusnya. Data dari buku katalog Zeigler disebutkan. Homoptera. 1993). thuringiensis lagi melainkan telah menjadi B. serotype 3a. Misalnya serotype 1 adalah serovar thuringiensis untuk Bt subsp. thuringiensis memiliki 9 galur. dari serotype 3a. Galur-galur Bt subsp. The Ohio State University USA adalah kurator dari koleksi Bt dan B. Tiap-tiap subspecies ini dibedakan lagi berdasarkan sifat protein Cry. Berikut ini dilampirkan tabel berbagai merek produk-produk komersial dari galur-galur Bt yang telah digunakan dan memenuhi pasar dunia. Galur-galur Bt dan potensi toksik pada serangga sasaran Dr. Zeigler dari Departement Biochemistry. 3c adalah serovar alesti yang memiliki 3 galur diantaranya Bt subsp. Kemudian diikuti oleh Amerika Serikat tahun 1957 dengan merek Thuricide menggunakan galur yang sama. *Drs. D. adalah galur HD1 dan masih banyak lagi serotipe maupun galur-galur yang telah diidentifikasi. Pengembangan produk komersial pestisida hayati berbahan aktif bakteri ini diawali di Perancis tahun 1938 dengan merek Sporine menggunakan galur Bt subsp. Galur Bt. Tahun 1997 Bravo melaporkan bahwa beberapa galur baru dari Bt memperlihatkan toksisitas terhadap serangga dari ordo Hymenoptera. beberapa diantaranya Bt. kurstaki lebih dari 20 tahun digunakan dan diketahui telah mampu mengendalikan populasi lebih dari 100 jenis serangga hama. Subsp. kurstaki HD-1 pada tahun 1967. Cibinong. penggunaan galur Berliner sudah mulai ditinggalkan karena galur baru ternyata lebih ampuh. Mekanisme toksisitas protein Cry dalam membunuh serangga. Pestisida hayati dengan formulasi spora dan kristal Bt telah digunakan sejak tahun 1920 dan saat ini secara luas dipakai untuk menanggulangi lebih dari 160 jenis serangga hama terutama yang termasuk dalam ordo Lepidoptera.jumlah tertentu dimana kondisi nutrisi memungkinkan. Tiap-tiap galur Bt memiliki toksisitas yang spesifik dengan sasaran serangga yang spesifik. Bakteri Bt diklasifikasikan dalam lebih dari 68 subspesies atau varietas dengan istilah serovar yang ditentukan berdasarkan perbedaan sifat antigen flagela-nya yang dapat membuat antisera terhadap serum darah kelinci.R. beberapa jenis Diptera dan Coleoptera.LIPI. Tetapi ada yang tidak memiliki serotipe yaitu serovar wuhanensis untuk Bt subsp. 3b. Mallophaga dan Acarina. kemudian membentuk spora dan kristal untuk infeksi ulang pada individu lain. thuringiensis Berliner. Thuringiensis dan serotipe 2 adalah serovar finitimus untuk Bt subsp. Tabel 1. subsp. telah menyusun katalog (1999) yang berisi galur-galur Bt dari seluruh dunia yang telah diisolasi dan diidentifikasi. Eddy Jusuf adalah staf peneliti di Pusat Penelitian Bioteknologi . Kristal yang tertelan dilarutkan oleh cairan lambung dan melekat pada reseptor pili sel epitel usus serangga dan membentuk pori-pori sel yang menyebabkan ganguan kesetimbangan osmosis sehingga sel menggembung dan pecah. Wuhanensis.

P r o d u k s i ed i b l e va ccin e dengan Molekular Farming Oleh : Anky Zannati* P erkembangan teknologi Molecular Farming pada tanaman telah memunculkan konsep baru. Pisang adalah salah satu tanaman yang menjadi target dalam banyak penelitian. Epitop umumnya disisipkan pada bagian coat protein (CP) dari virus vektor. Mason H. Namun sebelumnya tentu saja harus dilakukan uji imunogenitasnya. murah. seperti umbi kentang. Vaksin ini dapat digunakan dengan diekstraksi terlebih dahulu atau juga dapat dimakan langsung. Virus tanaman yang biasanya digunakan diantaranya adalah tobacco mosaic virus (TMV). Vaksin-vaksin baru ini termasuk protein dan peptida rekombinan. Pada edible vaccine. karena pisang diproduksi hampir di seluruh negara berkembang. selain alasan epidemiologi penyakit. penurunan angka penyakit infeksi. antigen yang terdiri dari satu atau beberapa epitop disisipkan pada genom virus. selanjutnya uji imunogenitas.menyebutkan terdapat dua strategi yang dipelajari dalam ekspresi transgen dalam menghasilkan calon vaksin pada tanaman. perkembangan teknologi rekombinasi DNA dibarengi dengan perkembangan pengetahuan mengenai mekanisme patogenesis dan respon imun. “Dengan edible vaccine. Strategi kedua adalah menggunakan virus sebagai vektor. murah dan praktis. Dalam dekade terakhir.S dan Arntzen C. kemanjuran dan keamanan dalam sistem pengirimannya. Konsep ini didukung oleh kemampuan tanaman dalam menghasilkan protein yang beragam. suatu saat manusia bisa imunisasi dengan makan pisang” 40 BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 . yaitu sebagai penghasil vaksin. Partikel-partikel virus yang mengekspresikan epitope asing lalu dimurnikan.J dalam Transgenic Plants as Vaccines Production System pada jurnal Trends in Biotechnology tahun 1995. seperti edible vaccine diharapkan dapat melengkapi bahkan memperbaiki kekurangan yang ada pada vaksin-vaksin terdahulu. dan dorongan untuk memproduksi vaksin yang aman. bakteri atau parasit disisipkan dalam vektor transformasi tanaman. Replikasi virus dan penyebarannya secara sistemik memungkinkan terjadinya transient expression dari CP khimera pada semua jaringan tanaman. baik oleh anak-anak maupun dewasa. Dengan vaksin telah dibuktikan banyak mengurangi angka kematian. Pada pisang kini sedang dikembangkan untuk vaksin hepatitis B dan vaksin HPV (human pappiloma virus) yang kini telah masuk tahap evaluasi klinik. telah mendorong munculnya perkembangan vaksin baru. baik dari yang ekstrak maupun yang dimakan langsung. vaksin-vaksin yang lebih efektif akan tersedia. Tantangan selanjutnya yang harus dihadapi adalah membuktikan bahwa edible vaccine benarbenar dapat menjadi vaksin yang aman. terutama untuk negara berkembang. tanaman edible vaccine yang mengekspresikan antigen dalam jaringan tanaman yang dapat dimakan. karena itulah disebut edible vaccine atau vaksin siap makan. dimana seluruh gen yang mengkode antigen (target antigen) yang berasal dari organisme patogen seperti virus. diharapkan dalam 5 hingga 10 tahun mendatang. Vaksin telah terbukti merupakan intervensi yang paling efektif dalam menurunkan angka kematian dan kesakitan.vaksin juga harus efektif dan relatif aman digunakan. dapat merupakan suatu cara menghasilkan vaksin oral yang lebih baik. Dengan adanya gelombang baru dari perkembangan vaksin. sehingga menghasilkan protein kimera (chimeric prtein). Dengan mengkombinasikan keefektifan biaya sistem produksi. Banyak vaksin rekombinan yang telah memasuki tahap clinical trial. efektif dan praktis. Dengan cara yang sama. Dengan mulai berkembangnya riset edible vaccine. Dalam penggunaan vaksin. dapat dimakan langsung. diharapkan manusia dapat memakan langsung protein dari bagian tanaman tanpa dimasak. Yang pertama adalah mengintroduksi DNA asing pada vektor Agrobacterium.

Strategi menghasilkan calon antigen vaksin pada jaringan tanaman. diberikan secara oral. diberikan melalui suntik Imunogenik. Penelitian mengenai imunogenitas Sumber : Trends in Biotechnology (1995). diberikan secara oral.LIPI.Si . 13 (9) BioTrends Vol I Nomor 2 Tahun 2006 41 . Imunogenik. diberikan secara oral Ekstrak protein imunogenik. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. Protein yang diekspresikan oleh tanaman transgenik untuk vaksin pada manusia dan hewan Hepatitis B Hepatitis B Infeksi Virus Norwalk Infeksi Virus Norwalk Rabies Human cytomegalovirus Rabbit hemorrhagic disease virus Penyakit kuku dan mulut Penyakit kuku dan mulut Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Gastroenteritis coronavirus Imunological related Protein Imunogenik dan protektif. Partikel imunogenik. Coli Vibrio cholerae (kolera) Hepatitis B Hepatitis B Target vaksin Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Manusia Kelinci Hewan ternak Hewan ternak Babi Babi Babi Ekspresi pada tanaman Tembakau Kentang Jagung Kentang Tembakau Kentang Lupin Lettuce Tembakau Kentang Tomat Tembakau Kentang Arabidobsis Alfalfa Arabidobsis Tembakau Jagung Kapasitas vaksin Imunogenik. diberikan secara oral. Imunogenik. bekerja di Pusat Penelitian Bioteknologi . Cibinong. diberikan secara oral. diberikan melalui suntik Protein intact. diberikan secara oral. diberikan melalui suntik Proektif.Target Penyakit Enterotoxigenic E. Imunogenik. secara oral Intact Glikoprotein diberikan Tabel. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. Coli Enterotoxigenic E. S. diberikan secara oral Imunogenik dan protektif. diberikan melalui suntik Imunogenik dan protektif. imunogenic. diberikan secara oral Antigen dari organisme Virus tanaman Fragmen DNA Penyatuan epitope untuk menghasilkan gen khimera bagi CP virus Gen Struktur Vektor transformasi tanaman Transformasi genetik dengan perantara Agrobacterium dan regenerasi tanaman transgenik Penyatuan gen Infeksi tanaman oleh virus yang dimodifikasi Transient expression dari antigen asing Gambar. Imunogenik dan protektif. Tanaman Kentang Tanaman tembakau Pemberian makan pada binatang percobaan Ekstraksi antigen asing Isolasi partikel virus * Anky Zannati. diberikan melalui suntik ataupun oral Imunogenic. Coli Enterotoxigenic E.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful