Tryptophan operon

Tryptophan operon

Trp operon adalah contoh operon biosintesis yang ekspresinya diatur oleh sebuah effector:

operon terdiri dari 5 gen struktural bahwa kode untuk tiga enzim yang diperlukan untuk
mengkonversi asam chorismic ke triptofan:

 Anthranilate synthetase Anthranilate sintetase

component I - encoded by trpE Komponen I - dikode oleh trpE
component II - encoded by trpD Komponen II - dikode oleh trpD

 N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate isomerase/Indole-3-glycerol phosphate

synthase - encoded by trpC N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate synthase fosfat
isomerase/Indole-3-glycerol - dikode oleh trpC

 Tryptophan synthase Tryptophan synthase

 -subunit - encoded by trpB  - dikode oleh trpB
 -subunit - encoded by trpA  - dikode oleh trpA

operon ini juga mengandung gen penyandi oligopeptide pendek (trpL) yang fungsi dalam
redaman (di bawah).

Ekspresi diatur oleh TRP represor protein yang dikodekan oleh gen trpR. Tidak seperti operon
lac, trpR tidak berdekatan dengan operon. Gen-gen struktural yang berlokasi di 28 menit pada E.
coli peta; trpR terletak pada 100 menit. Represor TrpR sebenarnya mengatur ekspresi dari dua
operon yang lain di samping operon trp.
protein TrpR tidak mampu untuk mengikat ke operator dengan sendirinya. Selama ada cukup
triptofan dalam sel, ia akan tetap begitu. Namun, setelah tingkat tryptophan membangun, maka
represor TRP akan memblokir lebih lanjut transkripsi operon dan, sebagai hasilnya, sintesis tiga
enzim akan menurun.

Atenuasi

Sebuah prediksi langsung dari model ekspresi gen operon diterapkan pada kasus operon trp
adalah ekspresi dari operon dalam mutan trpR harus sensitif terhadap triptofan ditambahkan. Jika
tidak ada represssor mempengaruhi transkripsi, maka sejak itu represor yang merasakan
kehadiran triptofan, harus ada pengaruh.

Tapi ada! Ekspresi trpEDCBA dikurangi dengan penambahan trypophan di mutan trpR.

Penelitian lebih lanjut membuktikan bahwa tingkat kedua kontrol triptofan melibatkan dua
komponen:

 tRNA, khususnya tryptophanyl-tRNA TRP, yaitu tRNA TRP

dibebankan dengan
triptofan.
 gen trpL

trpL kode untuk oligopeptide 14 aa pendek.. Ini mengandung dua kodon trp berturut-turut dan
karena itu berfungsi sebagai ukuran pasokan triptofan dalam sel. Jika suplai yang baik, maka
tRNA akan diisi dan peptida pemimpin akan diterjemahkan tanpa masalah. Jika pasokan cukup
memadai, maka tRNA tidak akan dikenakan biaya, dan terjemahan akan kios di kodon trp.

Bagaimana hal ini mempengaruhi transkripsi operon trp?

penjelasan ini berasal dari pengamatan bahwa wilayah mRNA trpL dapat mengadopsi sejumlah
konformasi yang berbeda. Daerah ini berisi beberapa pelengkap diri yang dapat membentuk
berbagai struktur stem-loop sebagai berikut:
Dalam satu konformasi, ditampilkan di sebelah kiri, terminator transkripsi khas bakteri dapat
terbentuk sebagai akibat dari pasangan antara daerah 3 (kotak hijau) & 4 (kotak kuning). Dalam
konformasi lain, di kanan, terminator tersebut dilarang karena membentuk 3 daerah kini
dipasangkan dengan wilayah 2 (kotak ungu) membentuk struktur alternatif.

Sekarang, apa yang mengatur pembentukan terminator atau anti-terminator?

Ingat bahwa transkripsi dan translasi dapat terjadi secara simultan pada bakteri. Ini berarti bahwa
ribosom akan melampirkan mRNA dan mampu mempengaruhi pembentukan struktur sekunder
oleh mRNA.

Dalam kasus mRNA trpL, jika ada suplai triptofan, maka ribosom mengikuti tepat di belakang
RNA polimerase sampai dihentikan oleh kodon berhenti. Hal ini memungkinkan pembentukan
terminator batang-loop yang akan menyebabkan RNA polimerase untuk memisahkan.

Perhatikan kodon UGA berhenti di bagian bawah wilayah 1 di urutan diagram di atas.

Jika pasokan triptofan rendah, maka tRNA TRP tidak akan dikenakan biaya dengan triptofan, dan
ribosom akan warung menunggu tRNA cocok untuk dibawa ke situs A:

Karena warung ribosom, wilayah 2 (ungu) sekarang dapat dasar-pasangan dengan wilayah 3
(hijau) segera setelah kedua ditranskripsi. Pembentukan terminator-anti mencegah pembentukan
terminator tersebut.
Operon lac adalah operon diperlukan untuk transportasi dan metabolisme dari laktosa dalam
Escherichia coli dan beberapa lainnya bakteri enterik . Ini terdiri dari tiga berdekatan gen
struktural , sebuah promotor , sebuah terminator , dan operator . Operon lac diatur oleh beberapa
faktor termasuk ketersediaan glukosa dan laktosa . Regulasi gen dari operon lac adalah
mekanisme genetik kompleks peraturan pertama yang harus ditetapkan dan merupakan salah satu
contoh terkemuka prokariotik regulasi gen .

Dalam lingkungan alam, operon lac memungkinkan untuk pencernaan efektif laktosa. Sel dapat
menggunakan laktosa sebagai sumber energi dengan menghasilkan enzim β-galaktosidase untuk
mencerna laktosa yang menjadi glukosa . Namun, akan tidak efisien untuk menghasilkan enzim
bila tidak ada laktosa tersedia, atau jika ada sumber energi yang tersedia lebih mudah tersedia
seperti glukosa. Operon lac menggunakan-bagian pengendali mekanisme dua untuk memastikan
bahwa sel mengeluarkan energi yang memproduksi β-galaktosidase , -galactoside permease β
dan transasetilase thiogalactoside (juga dikenal sebagai O-asetiltransferase galactoside) hanya
bila diperlukan. Ini mencapai ini dengan represor lac , yang menghentikan produksi karena tidak
adanya laktosa, dan katabolit protein aktivator (CAP), yang membantu dalam produksi tanpa
adanya glukosa. Mekanisme kontrol ini menyebabkan pemanfaatan dual sekuensial glukosa dan
laktosa dalam dua tahap pertumbuhan yang berbeda, yang dikenal sebagai diauxie . Diauxic pola
pertumbuhan serupa telah diamati dalam pertumbuhan bakteri pada campuran lain gula juga,
seperti campuran glukosa dan xilosa , atau glukosa dan arabinosa , dll mekanisme kontrol
genetik yang mendasari pola-pola pertumbuhan tersebut diauxic dikenal sebagai xyl operon dan
ara operon , dll

Struktur operon lac

Struktur laktosa dan produk dari belahan dada nya.

 Lac operon terdiri dari tiga gen struktural , dan promotor , sebuah terminator , regulator , dan
operator . Ketiga gen struktural: lacZ, lacY, dan lacA.
  . lacZ menyandikan β-galaktosidase (lacZ), sebuah intraselular enzim yang melekat pada
disakarida laktosa menjadi glukosa dan galaktosa .
 . lacY menyandikan β-galactoside permease (Lacy), sebuah membran transpor protein
yang terikat-pompa laktosa ke dalam sel.
 lacA encode -galactoside transasetilase β (LacA), sebuah enzim yang mentransfer
sebuah grup asetil dari asetil-KoA untuk β-galactosides .

Hanya lacZ dan lacY tampaknya perlu untuk laktosa katabolisme .

kontrol khusus dari gen lac tergantung pada ketersediaan substrat untuk bakteri laktosa.. Protein
yang tidak diproduksi oleh bakteri ketika laktosa tidak tersedia sebagai sumber karbon. Gen lac
diatur menjadi operon , yaitu, mereka berorientasi pada arah yang sama langsung yang
berdekatan di kromosom dan co-ditranskripsi menjadi satu polisistronik molekul mRNA.
Transkripsi dari semua gen dimulai dengan pengikatan enzim polimerase RNA (RNAP), yang
mengikat protein DNA , yang mengikat DNA spesifik ke situs pengikatan, promotor, segera hulu
dari gen.Dari posisi ini RNAP hasil untuk mencatat semua tiga gen (lacZYA) ke dalam mRNA.
Urutan DNA dari E. coli lac operon , the lacZYA mRN , yang lacZYA mRNA , dan gen lacI
tersedia dari GenBank (tampilan) .

Mekanisme kontrol pertama adalah respons peraturan untuk laktosa, yang menggunakan sebuah
protein intraselular peraturan disebut represor laktosa untuk menghambat produksi β-
galaktosidase tanpa adanya laktosa. . LacI gen coding untuk represor terletak dekat operon lac
dan selalu disajikan (konstitutif).. Jika laktosa yang hilang dari medium pertumbuhan, represor
sangat erat mengikat urutan DNA pendek hanya hilir dari promotor dekat awal lacZ disebut
operator lac. . represor yang mengikat operator mengganggu pengikatan RNAP ke promotor,
dan karena itu lacZ mRNA encoding dan Lacy hanya dibuat pada tingkat yang sangat rendah. .
Ketika sel-sel yang tumbuh dengan adanya laktosa Namun, metabolit disebut laktosa alolaktosa ,
yang merupakan kombinasi glukosa dan galaktosa, mengikat represor, menyebabkan perubahan
dalam bentuk. Jadi diubah, represor tidak mampu untuk mengikat ke operator, memungkinkan
RNAP untuk mentranskripsikan gen lac dan dengan demikian yang mengarah ke tingkat tinggi
dari protein yang disandikan.

Mekanisme kontrol yang kedua adalah tanggapan terhadap glukosa, yang menggunakan protein
aktivator katabolit (CAP) untuk lebih meningkatkan produksi β-galaktosidase dengan tidak
adanya glukosa. siklik adenosine monophosphate (cAMP) adalah molekul sinyal yang prevalensi
berbanding terbalik dengan yang glukosa.. Ia mengikat ke CAP, yang pada gilirannya
memungkinkan CAP untuk mengikat ke situs CAP mengikat (16 pb DNA hulu promotor di
sebelah kiri pada diagram di bawah), yang membantu RNAP dalam mengikat DNA. Dengan
tidak adanya glukosa, cAMP konsentrasi tinggi dan mengikat CAP-cAMP untuk DNA secara
signifikan meningkatkan produksi β-galaktosidase , memungkinkan sel untuk hydrolyse
(mencerna) laktosa dan galaktosa dan glukosa rilis.

. Diagram di bawah ini merangkum laporan.

lac operon terinci

Tatanama Genetik

Tiga huruf singkatan yang digunakan untuk menggambarkan fenotipe pada bakteri termasuk E.
coli . coli.

Contohnya termasuk:

 Lac (kemampuan untuk menggunakan laktosa),

 Nya (kemampuan untuk mensintesis asam amino histidin)

Mot (motilitas berenang)

 Sm R (response to the antibiotic streptomycin) Sm R (respon terhadap antibiotik streptomisin)

Dalam kasus Lac, sel tipe liar Lac + dan dapat menggunakan laktosa sebagai sumber karbon dan
energi, sementara Lac - Turunan mutan tidak dapat menggunakan laktosa. Tiga huruf yang sama
biasanya digunakan (huruf kecil, dicetak miring) untuk label gen terlibat dalam fenotipe tertentu,
di mana setiap gen yang berbeda adalah tambahan dibedakan dengan surat ekstra. Gen lac
pengkodean enzim adalah lacZ, lacY, dan lacA.. Gen lac keempat adalah lacI, pengkodean
represor laktosa-"Aku" singkatan inducibility.

Lancar memperluas penggunaan nomenklatur fenotipik untuk diterapkan ke protein: demikian,

lacZ adalah produk protein dari gen lacZ, β-galaktosidase. Berbagai urutan pendek yang tidak
gen juga mempengaruhi ekspresi gen, termasuk promotor lac, lac p, dan operator lac, o lac.
Walaupun tidak secara ketat penggunaan standar, mutasi mempengaruhi lac o disebut sebagai c o
lac, karena alasan historis.

Sebuah terobosan konseptual Yakub dan Monod [4] adalah untuk mengenali perbedaan antara
substansi peraturan dan situs mana mereka bertindak untuk mengubah ekspresi gen. Jacob
menggunakan analogi dari seorang pembom yang akan rilis kargo mematikan perusahaan setelah
menerima transmisi radio khusus atau sinyal. Sebuah sistem bekerja membutuhkan kedua
pemancar tanah dan penerima dalam pesawat.Sekarang, anggaplah bahwa pemancar biasa rusak.
Sistem ini dapat dibuat untuk bekerja dengan penerapan suatu pemancar, kedua
fungsional.Sebaliknya, katanya, pertimbangkan pembom dengan penerima rusak. Perilaku
pembom ini tidak dapat diubah dengan pengenalan fungsional, pesawat kedua.

Untuk menganalisis mutan regulasi operon lac, Yakub dikembangkan suatu sistem dimana
salinan kedua gen lac (lacI dengan promotor, dan lacZYA dengan promotor dan operator) dapat
diperkenalkan ke dalam sel tunggal. Budaya bakteri tersebut, yang diploid untuk gen lac tapi
dinyatakan normal, kemudian diuji untuk fenotipe peraturan. Secara khusus, itu ditentukan
apakah lacZ dan Lacy dibuat bahkan dalam ketiadaan IPTG. Percobaan ini, di mana gen atau
kelompok gen diuji berpasangan, disebut uji komplementasi .
Tes ini diilustrasikan pada gambar (lacA dihilangkan untuk kesederhanaan). Pertama, negara
haploid tertentu yang ditampilkan (yaitu sel hanya membawa satu salinan dari gen lac). Panel (a)
menunjukkan penindasan, (b) menunjukkan induksi oleh IPTG, dan (c) dan (d) menunjukkan
pengaruh mutasi ke gen lacI atau operator, masing-masing. Pada bagian (e) uji komplementasi
untuk represor ditampilkan. Jika salah satu salinan gen lac membawa mutasi di lacI, namun
salinan kedua jenis liar untuk lacI, fenotipe yang dihasilkan adalah normal --- tetapi lacZ
diungkapkan ketika terkena inducer IPTG. Mutasi mempengaruhi represor dikatakan resesif
untuk mengetik liar (dan yang wild type dominan), dan ini dijelaskan oleh fakta bahwa represor
merupakan protein kecil yang dapat menyebar di dalam sel . Salinan operon lac berdekatan
dengan gen lacI rusak secara efektif mematikan oleh protein yang dihasilkan dari copy kedua
lacI.

Jika eksperimen yang sama dilakukan dengan menggunakan operator mutasi, hasil yang berbeda
diperoleh (panel (f)). Fenotipe dari sel membawa satu mutan dan satu jenis situs operator liar
adalah bahwa lacZ dan Lacy diproduksi bahkan dalam tidak adanya IPTG inducer; karena situs
operator yang rusak, tidak mengizinkan pengikatan represor untuk menghambat transkripsi gen
struktural . Ketika situs operator mana represor harus mengikat dirusak oleh mutasi, kehadiran
situs fungsional kedua dalam sel yang sama tidak ada bedanya ekspresi gen dikontrol oleh situs
mutan.

Sebuah versi yang lebih canggih dari percobaan ini menggunakan ditandai operon untuk
membedakan antara dua salinan gen lac dan menunjukkan bahwa gen yang tidak diatur (s)
adalah orang-orang di sebelah operator mutan (panel (g). Sebagai contoh, anggaplah bahwa satu
salinan ditandai oleh mutasi menonaktifkan lacZ sehingga hanya bisa menghasilkan protein
Lacy, sedangkan yang kedua membawa salinan mutasi yang mempengaruhi lacY dan hanya bisa
menghasilkan lacZ. Dalam versi ini, hanya salinan operon lac yang berdekatan dengan operator
mutan diungkapkan tanpa IPTG. Kami mengatakan bahwa mutasi operator cis-dominan, adalah
yang dominan dengan jenis liar namun hanya mempengaruhi salinan operon yang berbatasan
langsung dengan itu.

Penjelasan ini menyesatkan dalam arti penting, karena hasil dari deskripsi percobaan dan
kemudian menjelaskan hasil dalam hal model. Namun pada kenyataannya, sering benar bahwa
model datang pertama, dan percobaan adalah model khusus untuk menguji model. Jacob dan
Monod pertama membayangkan bahwa harus ada sebuah situs di DNA dengan sifat-sifat
operator, dan kemudian dirancang tes komplementasi mereka untuk acara ini.

Dominasi mutan operator juga menyarankan sebuah prosedur untuk memilih mereka secara
khusus. Jika mutan peraturan dipilih dari budaya wild type menggunakan fenil-Gal, seperti
dijelaskan di atas, operator mutasi jarang terjadi dibandingkan dengan mutan represor karena
target-ukuran sangat kecil. Tapi kalau bukan kita mulai dengan suatu galur yang membawa dua
salinan dari seluruh wilayah lac (yang diploid untuk lac), mutasi represor (yang masih terjadi)
tidak sembuh karena komplementasi oleh, kedua gen tipe liar lacI menganugerahkan jenis liar
fenotipe. Sebaliknya, mutasi dari satu salinan dari operator menganugerahkan fenotipe mutan
karena dominan untuk salinan, jenis kedua liar.

Penggunaan dalam biologi molekular

Gen lac dan turunannya yang setuju untuk digunakan sebagai gen reporter di sejumlah pilihan
berdasarkan teknik-bakteri seperti dua hibrida analisis, di mana berhasil mengikat dari aktivator
transkripsi ke urutan promotor spesifik harus ditentukan. [3] Dalam LB piring berisi X-gadis,
perubahan warna dari koloni putih ke warna biru, sesuai dengan sekitar 2-10 unit β-
galaktosidase, sedangkan laktosa tetrazolium dan media laktosa MacConkey memiliki kisaran 1-
100 unit, yang paling sensitif dalam bagian-bagian yang tinggi dan rendah dari rentang masing-
masing. Sejak laktosa MacConkey dan laktosa media tetrazolium baik mengandalkan produk
mengalami gangguan laktosa, mereka membutuhkan keberadaan kedua lacZ dan lacY gen. Fusi
teknik lac banyak yang hanya mencakup gen lacZ demikian sesuai dengan piring-cewek X atau
ONPG kaldu cair