P. 1
Tryptophan operon

Tryptophan operon

|Views: 840|Likes:
Published by Roni Uzumaky

More info:

Published by: Roni Uzumaky on Apr 26, 2011
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOCX, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

05/24/2015

pdf

text

original

Tryptophan operon

Tryptophan operon
Trp operon adalah contoh operon biosintesis yang ekspresinya diatur oleh sebuah effector:

operon terdiri dari 5 gen struktural bahwa kode untuk tiga enzim yang diperlukan untuk mengkonversi asam chorismic ke triptofan:
y

Anthranilate synthetase Anthranilate sintetase component I - encoded by trpE Komponen I - dikode oleh trpE component II - encoded by trpD Komponen II - dikode oleh trpD N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate isomerase/Indole-3-glycerol phosphate synthase - encoded by trpC N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate synthase fosfat isomerase/Indole-3-glycerol - dikode oleh trpC Tryptophan synthase Tryptophan synthase F -subunit - encoded by trpB FWYFYRMX - dikode oleh trpB E -subunit - encoded by trpA EWYFYRMX - dikode oleh trpA

y

y

operon ini juga mengandung gen penyandi oligopeptide pendek (trpL) yang fungsi dalam redaman (di bawah). Ekspresi diatur oleh TRP represor protein yang dikodekan oleh gen trpR. Tidak seperti operon lac, trpR tidak berdekatan dengan operon. Gen-gen struktural yang berlokasi di 28 menit pada E. coli peta; trpR terletak pada 100 menit. Represor TrpR sebenarnya mengatur ekspresi dari dua operon yang lain di samping operon trp.

Selama ada cukup triptofan dalam sel. Daerah ini berisi beberapa pelengkap diri yang dapat membentuk berbagai struktur stem-loop sebagai berikut: . gen trpL trpL kode untuk oligopeptide 14 aa pendek. Bagaimana hal ini mempengaruhi transkripsi operon trp? penjelasan ini berasal dari pengamatan bahwa wilayah mRNA trpL dapat mengadopsi sejumlah konformasi yang berbeda. sintesis tiga enzim akan menurun. sebagai hasilnya. Jika pasokan cukup memadai. khususnya tryptophanyl-tRNA TRP. Namun. maka tRNA akan diisi dan peptida pemimpin akan diterjemahkan tanpa masalah. dan terjemahan akan kios di kodon trp. ia akan tetap begitu. maka tRNA tidak akan dikenakan biaya. Jika tidak ada represssor mempengaruhi transkripsi. Penelitian lebih lanjut membuktikan bahwa tingkat kedua kontrol triptofan melibatkan dua komponen: y y tRNA.protein TrpR tidak mampu untuk mengikat ke operator dengan sendirinya. Tapi ada! Ekspresi trpEDCBA dikurangi dengan penambahan trypophan di mutan trpR. yaitu tRNA TRP dibebankan dengan triptofan. Jika suplai yang baik.. harus ada pengaruh. Ini mengandung dua kodon trp berturut-turut dan karena itu berfungsi sebagai ukuran pasokan triptofan dalam sel. maka sejak itu represor yang merasakan kehadiran triptofan. Atenuasi Sebuah prediksi langsung dari model ekspresi gen operon diterapkan pada kasus operon trp adalah ekspresi dari operon dalam mutan trpR harus sensitif terhadap triptofan ditambahkan. setelah tingkat tryptophan membangun. maka represor TRP akan memblokir lebih lanjut transkripsi operon dan.

Dalam kasus mRNA trpL. . Hal ini memungkinkan pembentukan terminator batang-loop yang akan menyebabkan RNA polimerase untuk memisahkan. maka tRNA TRP tidak akan dikenakan biaya dengan triptofan. maka ribosom mengikuti tepat di belakang RNA polimerase sampai dihentikan oleh kodon berhenti. Jika pasokan triptofan rendah. Dalam konformasi lain. terminator transkripsi khas bakteri dapat terbentuk sebagai akibat dari pasangan antara daerah 3 (kotak hijau) & 4 (kotak kuning). di kanan. ditampilkan di sebelah kiri. Sekarang.Dalam satu konformasi. Pembentukan terminator-anti mencegah pembentukan terminator tersebut. wilayah 2 (ungu) sekarang dapat dasar-pasangan dengan wilayah 3 (hijau) segera setelah kedua ditranskripsi. apa yang mengatur pembentukan terminator atau anti-terminator? Ingat bahwa transkripsi dan translasi dapat terjadi secara simultan pada bakteri. Perhatikan kodon UGA berhenti di bagian bawah wilayah 1 di urutan diagram di atas. terminator tersebut dilarang karena membentuk 3 daerah kini dipasangkan dengan wilayah 2 (kotak ungu) membentuk struktur alternatif. dan ribosom akan warung menunggu tRNA cocok untuk dibawa ke situs A: Karena warung ribosom. Ini berarti bahwa ribosom akan melampirkan mRNA dan mampu mempengaruhi pembentukan struktur sekunder oleh mRNA. jika ada suplai triptofan.

Mekanisme kontrol ini menyebabkan pemanfaatan dual sekuensial glukosa dan laktosa dalam dua tahap pertumbuhan yang berbeda. operon lac memungkinkan untuk pencernaan efektif laktosa. dan promotor . dan katabolit protein aktivator (CAP). . Dalam lingkungan alam. seperti campuran glukosa dan xilosa . sebuah promotor . yang membantu dalam produksi tanpa adanya glukosa. Ketiga gen struktural: lacZ. yang menghentikan produksi karena tidak adanya laktosa. dan operator . Namun. regulator . dll Struktur operon lac Struktur laktosa dan produk dari belahan dada nya. dan operator . sebuah terminator . y Lac operon terdiri dari tiga gen struktural .Operon lac adalah operon diperlukan untuk transportasi dan metabolisme dari laktosa dalam Escherichia coli dan beberapa lainnya bakteri enterik . Regulasi gen dari operon lac adalah mekanisme genetik kompleks peraturan pertama yang harus ditetapkan dan merupakan salah satu contoh terkemuka prokariotik regulasi gen . Diauxic pola pertumbuhan serupa telah diamati dalam pertumbuhan bakteri pada campuran lain gula juga. Ini terdiri dari tiga berdekatan gen struktural . atau glukosa dan arabinosa . sebuah terminator . dan lacA. Operon lac menggunakan-bagian pengendali mekanisme dua untuk memastikan bahwa sel mengeluarkan energi yang memproduksi -galaktosidase . akan tidak efisien untuk menghasilkan enzim bila tidak ada laktosa tersedia. lacY. Operon lac diatur oleh beberapa faktor termasuk ketersediaan glukosa dan laktosa . atau jika ada sumber energi yang tersedia lebih mudah tersedia seperti glukosa. -galactoside permease dan transasetilase thiogalactoside (juga dikenal sebagai O-asetiltransferase galactoside) hanya bila diperlukan. dll mekanisme kontrol genetik yang mendasari pola-pola pertumbuhan tersebut diauxic dikenal sebagai xyl operon dan ara operon . Sel dapat menggunakan laktosa sebagai sumber energi dengan menghasilkan enzim -galaktosidase untuk mencerna laktosa yang menjadi glukosa . Ini mencapai ini dengan represor lac . yang dikenal sebagai diauxie .

segera hulu dari gen. sebuah intraselular enzim yang melekat pada disakarida laktosa menjadi glukosa dan galaktosa . Diagram di bawah ini merangkum laporan. coli lac operon . Ketika sel-sel yang tumbuh dengan adanya laktosa Namun. . Hanya lacZ dan lacY tampaknya perlu untuk laktosa katabolisme . memungkinkan RNAP untuk mentranskripsikan gen lac dan dengan demikian yang mengarah ke tingkat tinggi dari protein yang disandikan. yang merupakan kombinasi glukosa dan galaktosa. represor tidak mampu untuk mengikat ke operator. Jadi diubah.y y y . LacI gen coding untuk represor terletak dekat operon lac dan selalu disajikan (konstitutif). siklik adenosine monophosphate (cAMP) adalah molekul sinyal yang prevalensi berbanding terbalik dengan yang glukosa. Protein yang tidak diproduksi oleh bakteri ketika laktosa tidak tersedia sebagai sumber karbon. yang mengikat DNA spesifik ke situs pengikatan.. yang mengikat protein DNA . lacY menyandikan -galactoside permease (Lacy). the lacZYA mRN . yaitu. Transkripsi dari semua gen dimulai dengan pengikatan enzim polimerase RNA (RNAP). . kontrol khusus dari gen lac tergantung pada ketersediaan substrat untuk bakteri laktosa. lacA encode -galactoside transasetilase (LacA). memungkinkan sel untuk hydrolyse (mencerna) laktosa dan galaktosa dan glukosa rilis. . Urutan DNA dari E. yang menggunakan sebuah protein intraselular peraturan disebut represor laktosa untuk menghambat produksi galaktosidase tanpa adanya laktosa. yang membantu RNAP dalam mengikat DNA. yang menggunakan protein aktivator katabolit (CAP) untuk lebih meningkatkan produksi -galaktosidase dengan tidak adanya glukosa. lacZ menyandikan -galaktosidase (lacZ). represor yang mengikat operator mengganggu pengikatan RNAP ke promotor. Jika laktosa yang hilang dari medium pertumbuhan. yang pada gilirannya memungkinkan CAP untuk mengikat ke situs CAP mengikat (16 pb DNA hulu promotor di sebelah kiri pada diagram di bawah). menyebabkan perubahan dalam bentuk. cAMP konsentrasi tinggi dan mengikat CAP-cAMP untuk DNA secara signifikan meningkatkan produksi -galaktosidase . .. represor sangat erat mengikat urutan DNA pendek hanya hilir dari promotor dekat awal lacZ disebut operator lac. Dengan tidak adanya glukosa. dan karena itu lacZ mRNA encoding dan Lacy hanya dibuat pada tingkat yang sangat rendah. mengikat represor. dan gen lacI tersedia dari GenBank (tampilan) . Gen lac diatur menjadi operon . metabolit disebut laktosa alolaktosa . yang lacZYA mRNA . Ia mengikat ke CAP. . promotor.. . mereka berorientasi pada arah yang sama langsung yang berdekatan di kromosom dan co-ditranskripsi menjadi satu polisistronik molekul mRNA. Mekanisme kontrol pertama adalah respons peraturan untuk laktosa.Dari posisi ini RNAP hasil untuk mencatat semua tiga gen (lacZYA) ke dalam mRNA. sebuah enzim yang mentransfer sebuah grup asetil dari asetil-KoA untuk -galactosides . sebuah membran transpor protein yang terikat-pompa laktosa ke dalam sel. Mekanisme kontrol yang kedua adalah tanggapan terhadap glukosa.

Contohnya termasuk: y y Lac (kemampuan untuk menggunakan laktosa). sel tipe liar Lac + dan dapat menggunakan laktosa sebagai sumber karbon dan energi. dicetak miring) untuk label gen terlibat dalam fenotipe tertentu. Nya (kemampuan untuk mensintesis asam amino histidin) Mot (motilitas berenang) y Sm R (response to the antibiotic streptomycin) Sm R (respon terhadap antibiotik streptomisin) Dalam kasus Lac. coli .lac operon terinci Tatanama Genetik Tiga huruf singkatan yang digunakan untuk menggambarkan fenotipe pada bakteri termasuk E. Tiga huruf yang sama biasanya digunakan (huruf kecil. coli.Turunan mutan tidak dapat menggunakan laktosa. . sementara Lac .

Budaya bakteri tersebut. anggaplah bahwa pemancar biasa rusak.. Lancar memperluas penggunaan nomenklatur fenotipik untuk diterapkan ke protein: demikian. Sistem ini dapat dibuat untuk bekerja dengan penerapan suatu pemancar. Perilaku pembom ini tidak dapat diubah dengan pengenalan fungsional. Sebuah sistem bekerja membutuhkan kedua pemancar tanah dan penerima dalam pesawat. pesawat kedua. itu ditentukan apakah lacZ dan Lacy dibuat bahkan dalam ketiadaan IPTG. mutasi mempengaruhi lac o disebut sebagai c o lac. Walaupun tidak secara ketat penggunaan standar. karena alasan historis.Sekarang. yang diploid untuk gen lac tapi dinyatakan normal. lacY. Berbagai urutan pendek yang tidak gen juga mempengaruhi ekspresi gen. Yakub dikembangkan suatu sistem dimana salinan kedua gen lac (lacI dengan promotor. Gen lac pengkodean enzim adalah lacZ. Jacob menggunakan analogi dari seorang pembom yang akan rilis kargo mematikan perusahaan setelah menerima transmisi radio khusus atau sinyal. o lac. -galaktosidase. . pengkodean represor laktosa-"Aku" singkatan inducibility. Percobaan ini. Gen lac keempat adalah lacI.di mana setiap gen yang berbeda adalah tambahan dibedakan dengan surat ekstra. di mana gen atau kelompok gen diuji berpasangan. Secara khusus. termasuk promotor lac.Sebaliknya. lacZ adalah produk protein dari gen lacZ. dan operator lac. katanya. kedua fungsional. Untuk menganalisis mutan regulasi operon lac. kemudian diuji untuk fenotipe peraturan. lac p. dan lacA. disebut uji komplementasi . Sebuah terobosan konseptual Yakub dan Monod [4] adalah untuk mengenali perbedaan antara substansi peraturan dan situs mana mereka bertindak untuk mengubah ekspresi gen. dan lacZYA dengan promotor dan operator) dapat diperkenalkan ke dalam sel tunggal. pertimbangkan pembom dengan penerima rusak.

Ketika situs operator mana represor harus mengikat dirusak oleh mutasi. tidak mengizinkan pengikatan represor untuk menghambat transkripsi gen struktural . Salinan operon lac berdekatan dengan gen lacI rusak secara efektif mematikan oleh protein yang dihasilkan dari copy kedua lacI. dan ini dijelaskan oleh fakta bahwa represor merupakan protein kecil yang dapat menyebar di dalam sel . (b) menunjukkan induksi oleh IPTG. dan (c) dan (d) menunjukkan pengaruh mutasi ke gen lacI atau operator. karena situs operator yang rusak.tetapi lacZ diungkapkan ketika terkena inducer IPTG. Pada bagian (e) uji komplementasi untuk represor ditampilkan. Jika salah satu salinan gen lac membawa mutasi di lacI.Tes ini diilustrasikan pada gambar (lacA dihilangkan untuk kesederhanaan). Panel (a) menunjukkan penindasan. Mutasi mempengaruhi represor dikatakan resesif untuk mengetik liar (dan yang wild type dominan). negara haploid tertentu yang ditampilkan (yaitu sel hanya membawa satu salinan dari gen lac). masing-masing. kehadiran situs fungsional kedua dalam sel yang sama tidak ada bedanya ekspresi gen dikontrol oleh situs mutan. Fenotipe dari sel membawa satu mutan dan satu jenis situs operator liar adalah bahwa lacZ dan Lacy diproduksi bahkan dalam tidak adanya IPTG inducer. Jika eksperimen yang sama dilakukan dengan menggunakan operator mutasi. fenotipe yang dihasilkan adalah normal --. Pertama. Sebuah versi yang lebih canggih dari percobaan ini menggunakan ditandai operon untuk membedakan antara dua salinan gen lac dan menunjukkan bahwa gen yang tidak diatur (s) . namun salinan kedua jenis liar untuk lacI. hasil yang berbeda diperoleh (panel (f)).

sesuai dengan sekitar 2-10 unit galaktosidase. hanya salinan operon lac yang berdekatan dengan operator mutan diungkapkan tanpa IPTG. di mana berhasil mengikat dari aktivator transkripsi ke urutan promotor spesifik harus ditentukan. Namun pada kenyataannya. adalah yang dominan dengan jenis liar namun hanya mempengaruhi salinan operon yang berbatasan langsung dengan itu. dan kemudian dirancang tes komplementasi mereka untuk acara ini. perubahan warna dari koloni putih ke warna biru. mereka membutuhkan keberadaan kedua lacZ dan lacY gen. sedangkan laktosa tetrazolium dan media laktosa MacConkey memiliki kisaran 1100 unit. Kami mengatakan bahwa mutasi operator cis-dominan. Sebagai contoh. operator mutasi jarang terjadi dibandingkan dengan mutan represor karena target-ukuran sangat kecil. Sejak laktosa MacConkey dan laktosa media tetrazolium baik mengandalkan produk mengalami gangguan laktosa. jenis kedua liar. [3] Dalam LB piring berisi X-gadis.adalah orang-orang di sebelah operator mutan (panel (g). Sebaliknya. sering benar bahwa model datang pertama. karena hasil dari deskripsi percobaan dan kemudian menjelaskan hasil dalam hal model. Jika mutan peraturan dipilih dari budaya wild type menggunakan fenil-Gal. anggaplah bahwa satu salinan ditandai oleh mutasi menonaktifkan lacZ sehingga hanya bisa menghasilkan protein Lacy. Dalam versi ini. Fusi teknik lac banyak yang hanya mencakup gen lacZ demikian sesuai dengan piring-cewek X atau ONPG kaldu cair . mutasi dari satu salinan dari operator menganugerahkan fenotipe mutan karena dominan untuk salinan. yang paling sensitif dalam bagian-bagian yang tinggi dan rendah dari rentang masingmasing. kedua gen tipe liar lacI menganugerahkan jenis liar fenotipe. dan percobaan adalah model khusus untuk menguji model. Tapi kalau bukan kita mulai dengan suatu galur yang membawa dua salinan dari seluruh wilayah lac (yang diploid untuk lac). Jacob dan Monod pertama membayangkan bahwa harus ada sebuah situs di DNA dengan sifat-sifat operator. Dominasi mutan operator juga menyarankan sebuah prosedur untuk memilih mereka secara khusus. Penggunaan dalam biologi molekular Gen lac dan turunannya yang setuju untuk digunakan sebagai gen reporter di sejumlah pilihan berdasarkan teknik-bakteri seperti dua hibrida analisis. seperti dijelaskan di atas. sedangkan yang kedua membawa salinan mutasi yang mempengaruhi lacY dan hanya bisa menghasilkan lacZ. mutasi represor (yang masih terjadi) tidak sembuh karena komplementasi oleh. Penjelasan ini menyesatkan dalam arti penting.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->