Tryptophan operon

Tryptophan operon
Trp operon adalah contoh operon biosintesis yang ekspresinya diatur oleh sebuah effector:

operon terdiri dari 5 gen struktural bahwa kode untuk tiga enzim yang diperlukan untuk mengkonversi asam chorismic ke triptofan:
y

Anthranilate synthetase Anthranilate sintetase component I - encoded by trpE Komponen I - dikode oleh trpE component II - encoded by trpD Komponen II - dikode oleh trpD N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate isomerase/Indole-3-glycerol phosphate synthase - encoded by trpC N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate synthase fosfat isomerase/Indole-3-glycerol - dikode oleh trpC Tryptophan synthase Tryptophan synthase F -subunit - encoded by trpB FWYFYRMX - dikode oleh trpB E -subunit - encoded by trpA EWYFYRMX - dikode oleh trpA

y

y

operon ini juga mengandung gen penyandi oligopeptide pendek (trpL) yang fungsi dalam redaman (di bawah). Ekspresi diatur oleh TRP represor protein yang dikodekan oleh gen trpR. Tidak seperti operon lac, trpR tidak berdekatan dengan operon. Gen-gen struktural yang berlokasi di 28 menit pada E. coli peta; trpR terletak pada 100 menit. Represor TrpR sebenarnya mengatur ekspresi dari dua operon yang lain di samping operon trp.

gen trpL trpL kode untuk oligopeptide 14 aa pendek. sebagai hasilnya. Namun. sintesis tiga enzim akan menurun. Tapi ada! Ekspresi trpEDCBA dikurangi dengan penambahan trypophan di mutan trpR. Jika suplai yang baik. khususnya tryptophanyl-tRNA TRP. maka tRNA akan diisi dan peptida pemimpin akan diterjemahkan tanpa masalah. Bagaimana hal ini mempengaruhi transkripsi operon trp? penjelasan ini berasal dari pengamatan bahwa wilayah mRNA trpL dapat mengadopsi sejumlah konformasi yang berbeda. yaitu tRNA TRP dibebankan dengan triptofan. ia akan tetap begitu. maka represor TRP akan memblokir lebih lanjut transkripsi operon dan. Jika tidak ada represssor mempengaruhi transkripsi. maka sejak itu represor yang merasakan kehadiran triptofan.protein TrpR tidak mampu untuk mengikat ke operator dengan sendirinya. setelah tingkat tryptophan membangun. Jika pasokan cukup memadai. Atenuasi Sebuah prediksi langsung dari model ekspresi gen operon diterapkan pada kasus operon trp adalah ekspresi dari operon dalam mutan trpR harus sensitif terhadap triptofan ditambahkan. maka tRNA tidak akan dikenakan biaya. dan terjemahan akan kios di kodon trp.. Daerah ini berisi beberapa pelengkap diri yang dapat membentuk berbagai struktur stem-loop sebagai berikut: . Selama ada cukup triptofan dalam sel. harus ada pengaruh. Penelitian lebih lanjut membuktikan bahwa tingkat kedua kontrol triptofan melibatkan dua komponen: y y tRNA. Ini mengandung dua kodon trp berturut-turut dan karena itu berfungsi sebagai ukuran pasokan triptofan dalam sel.

terminator transkripsi khas bakteri dapat terbentuk sebagai akibat dari pasangan antara daerah 3 (kotak hijau) & 4 (kotak kuning). Hal ini memungkinkan pembentukan terminator batang-loop yang akan menyebabkan RNA polimerase untuk memisahkan. Dalam konformasi lain. terminator tersebut dilarang karena membentuk 3 daerah kini dipasangkan dengan wilayah 2 (kotak ungu) membentuk struktur alternatif. di kanan. Jika pasokan triptofan rendah. Perhatikan kodon UGA berhenti di bagian bawah wilayah 1 di urutan diagram di atas. maka tRNA TRP tidak akan dikenakan biaya dengan triptofan. ditampilkan di sebelah kiri. Dalam kasus mRNA trpL. . apa yang mengatur pembentukan terminator atau anti-terminator? Ingat bahwa transkripsi dan translasi dapat terjadi secara simultan pada bakteri. Ini berarti bahwa ribosom akan melampirkan mRNA dan mampu mempengaruhi pembentukan struktur sekunder oleh mRNA. jika ada suplai triptofan. maka ribosom mengikuti tepat di belakang RNA polimerase sampai dihentikan oleh kodon berhenti. Pembentukan terminator-anti mencegah pembentukan terminator tersebut.Dalam satu konformasi. wilayah 2 (ungu) sekarang dapat dasar-pasangan dengan wilayah 3 (hijau) segera setelah kedua ditranskripsi. Sekarang. dan ribosom akan warung menunggu tRNA cocok untuk dibawa ke situs A: Karena warung ribosom.

Ini mencapai ini dengan represor lac . Mekanisme kontrol ini menyebabkan pemanfaatan dual sekuensial glukosa dan laktosa dalam dua tahap pertumbuhan yang berbeda. sebuah terminator . lacY. dan operator . sebuah promotor . Sel dapat menggunakan laktosa sebagai sumber energi dengan menghasilkan enzim -galaktosidase untuk mencerna laktosa yang menjadi glukosa . akan tidak efisien untuk menghasilkan enzim bila tidak ada laktosa tersedia. dan katabolit protein aktivator (CAP). dan operator . seperti campuran glukosa dan xilosa . atau jika ada sumber energi yang tersedia lebih mudah tersedia seperti glukosa. Operon lac menggunakan-bagian pengendali mekanisme dua untuk memastikan bahwa sel mengeluarkan energi yang memproduksi -galaktosidase . Diauxic pola pertumbuhan serupa telah diamati dalam pertumbuhan bakteri pada campuran lain gula juga. yang menghentikan produksi karena tidak adanya laktosa. Regulasi gen dari operon lac adalah mekanisme genetik kompleks peraturan pertama yang harus ditetapkan dan merupakan salah satu contoh terkemuka prokariotik regulasi gen . yang membantu dalam produksi tanpa adanya glukosa. dll mekanisme kontrol genetik yang mendasari pola-pola pertumbuhan tersebut diauxic dikenal sebagai xyl operon dan ara operon . dan lacA. dan promotor . Ini terdiri dari tiga berdekatan gen struktural .Operon lac adalah operon diperlukan untuk transportasi dan metabolisme dari laktosa dalam Escherichia coli dan beberapa lainnya bakteri enterik . Operon lac diatur oleh beberapa faktor termasuk ketersediaan glukosa dan laktosa . atau glukosa dan arabinosa . -galactoside permease dan transasetilase thiogalactoside (juga dikenal sebagai O-asetiltransferase galactoside) hanya bila diperlukan. y Lac operon terdiri dari tiga gen struktural . . dll Struktur operon lac Struktur laktosa dan produk dari belahan dada nya. sebuah terminator . yang dikenal sebagai diauxie . Dalam lingkungan alam. regulator . Ketiga gen struktural: lacZ. Namun. operon lac memungkinkan untuk pencernaan efektif laktosa.

. . lacZ menyandikan -galaktosidase (lacZ). Gen lac diatur menjadi operon . LacI gen coding untuk represor terletak dekat operon lac dan selalu disajikan (konstitutif).. memungkinkan RNAP untuk mentranskripsikan gen lac dan dengan demikian yang mengarah ke tingkat tinggi dari protein yang disandikan. . lacY menyandikan -galactoside permease (Lacy). Jika laktosa yang hilang dari medium pertumbuhan. promotor. kontrol khusus dari gen lac tergantung pada ketersediaan substrat untuk bakteri laktosa. sebuah enzim yang mentransfer sebuah grup asetil dari asetil-KoA untuk -galactosides . Urutan DNA dari E. coli lac operon . Protein yang tidak diproduksi oleh bakteri ketika laktosa tidak tersedia sebagai sumber karbon. metabolit disebut laktosa alolaktosa . the lacZYA mRN . . . represor tidak mampu untuk mengikat ke operator. memungkinkan sel untuk hydrolyse (mencerna) laktosa dan galaktosa dan glukosa rilis. mengikat represor. mereka berorientasi pada arah yang sama langsung yang berdekatan di kromosom dan co-ditranskripsi menjadi satu polisistronik molekul mRNA.y y y . yaitu. dan gen lacI tersedia dari GenBank (tampilan) . yang menggunakan sebuah protein intraselular peraturan disebut represor laktosa untuk menghambat produksi galaktosidase tanpa adanya laktosa. . Ketika sel-sel yang tumbuh dengan adanya laktosa Namun. sebuah intraselular enzim yang melekat pada disakarida laktosa menjadi glukosa dan galaktosa .. Jadi diubah. sebuah membran transpor protein yang terikat-pompa laktosa ke dalam sel. yang mengikat protein DNA . . yang mengikat DNA spesifik ke situs pengikatan. yang lacZYA mRNA . represor sangat erat mengikat urutan DNA pendek hanya hilir dari promotor dekat awal lacZ disebut operator lac.Dari posisi ini RNAP hasil untuk mencatat semua tiga gen (lacZYA) ke dalam mRNA. Mekanisme kontrol pertama adalah respons peraturan untuk laktosa. cAMP konsentrasi tinggi dan mengikat CAP-cAMP untuk DNA secara signifikan meningkatkan produksi -galaktosidase . yang merupakan kombinasi glukosa dan galaktosa. Transkripsi dari semua gen dimulai dengan pengikatan enzim polimerase RNA (RNAP). yang membantu RNAP dalam mengikat DNA. menyebabkan perubahan dalam bentuk. Hanya lacZ dan lacY tampaknya perlu untuk laktosa katabolisme . yang pada gilirannya memungkinkan CAP untuk mengikat ke situs CAP mengikat (16 pb DNA hulu promotor di sebelah kiri pada diagram di bawah). Diagram di bawah ini merangkum laporan. Dengan tidak adanya glukosa. lacA encode -galactoside transasetilase (LacA). represor yang mengikat operator mengganggu pengikatan RNAP ke promotor. yang menggunakan protein aktivator katabolit (CAP) untuk lebih meningkatkan produksi -galaktosidase dengan tidak adanya glukosa. Mekanisme kontrol yang kedua adalah tanggapan terhadap glukosa. segera hulu dari gen. dan karena itu lacZ mRNA encoding dan Lacy hanya dibuat pada tingkat yang sangat rendah. Ia mengikat ke CAP. siklik adenosine monophosphate (cAMP) adalah molekul sinyal yang prevalensi berbanding terbalik dengan yang glukosa.

Turunan mutan tidak dapat menggunakan laktosa. coli. Nya (kemampuan untuk mensintesis asam amino histidin) Mot (motilitas berenang) y Sm R (response to the antibiotic streptomycin) Sm R (respon terhadap antibiotik streptomisin) Dalam kasus Lac. dicetak miring) untuk label gen terlibat dalam fenotipe tertentu. Tiga huruf yang sama biasanya digunakan (huruf kecil. coli . sel tipe liar Lac + dan dapat menggunakan laktosa sebagai sumber karbon dan energi. .lac operon terinci Tatanama Genetik Tiga huruf singkatan yang digunakan untuk menggambarkan fenotipe pada bakteri termasuk E. sementara Lac . Contohnya termasuk: y y Lac (kemampuan untuk menggunakan laktosa).

itu ditentukan apakah lacZ dan Lacy dibuat bahkan dalam ketiadaan IPTG. pertimbangkan pembom dengan penerima rusak. termasuk promotor lac. Sebuah terobosan konseptual Yakub dan Monod [4] adalah untuk mengenali perbedaan antara substansi peraturan dan situs mana mereka bertindak untuk mengubah ekspresi gen. pesawat kedua. Yakub dikembangkan suatu sistem dimana salinan kedua gen lac (lacI dengan promotor. Gen lac pengkodean enzim adalah lacZ. Untuk menganalisis mutan regulasi operon lac. dan operator lac. lac p. mutasi mempengaruhi lac o disebut sebagai c o lac. pengkodean represor laktosa-"Aku" singkatan inducibility. . Gen lac keempat adalah lacI. kedua fungsional. lacZ adalah produk protein dari gen lacZ. di mana gen atau kelompok gen diuji berpasangan. anggaplah bahwa pemancar biasa rusak. -galaktosidase.Sekarang.di mana setiap gen yang berbeda adalah tambahan dibedakan dengan surat ekstra. Budaya bakteri tersebut. Walaupun tidak secara ketat penggunaan standar. Jacob menggunakan analogi dari seorang pembom yang akan rilis kargo mematikan perusahaan setelah menerima transmisi radio khusus atau sinyal. katanya. o lac. dan lacZYA dengan promotor dan operator) dapat diperkenalkan ke dalam sel tunggal. dan lacA. karena alasan historis. Berbagai urutan pendek yang tidak gen juga mempengaruhi ekspresi gen.Sebaliknya. kemudian diuji untuk fenotipe peraturan. Secara khusus. Sistem ini dapat dibuat untuk bekerja dengan penerapan suatu pemancar. yang diploid untuk gen lac tapi dinyatakan normal. lacY. Perilaku pembom ini tidak dapat diubah dengan pengenalan fungsional. Lancar memperluas penggunaan nomenklatur fenotipik untuk diterapkan ke protein: demikian.. Percobaan ini. Sebuah sistem bekerja membutuhkan kedua pemancar tanah dan penerima dalam pesawat. disebut uji komplementasi .

namun salinan kedua jenis liar untuk lacI. Fenotipe dari sel membawa satu mutan dan satu jenis situs operator liar adalah bahwa lacZ dan Lacy diproduksi bahkan dalam tidak adanya IPTG inducer. kehadiran situs fungsional kedua dalam sel yang sama tidak ada bedanya ekspresi gen dikontrol oleh situs mutan. masing-masing. karena situs operator yang rusak. Ketika situs operator mana represor harus mengikat dirusak oleh mutasi. tidak mengizinkan pengikatan represor untuk menghambat transkripsi gen struktural . negara haploid tertentu yang ditampilkan (yaitu sel hanya membawa satu salinan dari gen lac). dan (c) dan (d) menunjukkan pengaruh mutasi ke gen lacI atau operator. fenotipe yang dihasilkan adalah normal --. Jika eksperimen yang sama dilakukan dengan menggunakan operator mutasi. dan ini dijelaskan oleh fakta bahwa represor merupakan protein kecil yang dapat menyebar di dalam sel . hasil yang berbeda diperoleh (panel (f)). Mutasi mempengaruhi represor dikatakan resesif untuk mengetik liar (dan yang wild type dominan). Pertama. Salinan operon lac berdekatan dengan gen lacI rusak secara efektif mematikan oleh protein yang dihasilkan dari copy kedua lacI. Jika salah satu salinan gen lac membawa mutasi di lacI.Tes ini diilustrasikan pada gambar (lacA dihilangkan untuk kesederhanaan).tetapi lacZ diungkapkan ketika terkena inducer IPTG. Pada bagian (e) uji komplementasi untuk represor ditampilkan. (b) menunjukkan induksi oleh IPTG. Panel (a) menunjukkan penindasan. Sebuah versi yang lebih canggih dari percobaan ini menggunakan ditandai operon untuk membedakan antara dua salinan gen lac dan menunjukkan bahwa gen yang tidak diatur (s) .

jenis kedua liar. perubahan warna dari koloni putih ke warna biru. mutasi represor (yang masih terjadi) tidak sembuh karena komplementasi oleh. dan kemudian dirancang tes komplementasi mereka untuk acara ini. sesuai dengan sekitar 2-10 unit galaktosidase. mutasi dari satu salinan dari operator menganugerahkan fenotipe mutan karena dominan untuk salinan. Penjelasan ini menyesatkan dalam arti penting. Penggunaan dalam biologi molekular Gen lac dan turunannya yang setuju untuk digunakan sebagai gen reporter di sejumlah pilihan berdasarkan teknik-bakteri seperti dua hibrida analisis. anggaplah bahwa satu salinan ditandai oleh mutasi menonaktifkan lacZ sehingga hanya bisa menghasilkan protein Lacy. Fusi teknik lac banyak yang hanya mencakup gen lacZ demikian sesuai dengan piring-cewek X atau ONPG kaldu cair . [3] Dalam LB piring berisi X-gadis. operator mutasi jarang terjadi dibandingkan dengan mutan represor karena target-ukuran sangat kecil. seperti dijelaskan di atas. adalah yang dominan dengan jenis liar namun hanya mempengaruhi salinan operon yang berbatasan langsung dengan itu. karena hasil dari deskripsi percobaan dan kemudian menjelaskan hasil dalam hal model.adalah orang-orang di sebelah operator mutan (panel (g). di mana berhasil mengikat dari aktivator transkripsi ke urutan promotor spesifik harus ditentukan. Sebagai contoh. Dalam versi ini. sedangkan laktosa tetrazolium dan media laktosa MacConkey memiliki kisaran 1100 unit. Sebaliknya. Jacob dan Monod pertama membayangkan bahwa harus ada sebuah situs di DNA dengan sifat-sifat operator. yang paling sensitif dalam bagian-bagian yang tinggi dan rendah dari rentang masingmasing. Dominasi mutan operator juga menyarankan sebuah prosedur untuk memilih mereka secara khusus. sering benar bahwa model datang pertama. Sejak laktosa MacConkey dan laktosa media tetrazolium baik mengandalkan produk mengalami gangguan laktosa. Kami mengatakan bahwa mutasi operator cis-dominan. dan percobaan adalah model khusus untuk menguji model. sedangkan yang kedua membawa salinan mutasi yang mempengaruhi lacY dan hanya bisa menghasilkan lacZ. Namun pada kenyataannya. hanya salinan operon lac yang berdekatan dengan operator mutan diungkapkan tanpa IPTG. Tapi kalau bukan kita mulai dengan suatu galur yang membawa dua salinan dari seluruh wilayah lac (yang diploid untuk lac). Jika mutan peraturan dipilih dari budaya wild type menggunakan fenil-Gal. kedua gen tipe liar lacI menganugerahkan jenis liar fenotipe. mereka membutuhkan keberadaan kedua lacZ dan lacY gen.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful