Tryptophan operon

Tryptophan operon
Trp operon adalah contoh operon biosintesis yang ekspresinya diatur oleh sebuah effector:

operon terdiri dari 5 gen struktural bahwa kode untuk tiga enzim yang diperlukan untuk mengkonversi asam chorismic ke triptofan:
y

Anthranilate synthetase Anthranilate sintetase component I - encoded by trpE Komponen I - dikode oleh trpE component II - encoded by trpD Komponen II - dikode oleh trpD N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate isomerase/Indole-3-glycerol phosphate synthase - encoded by trpC N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate synthase fosfat isomerase/Indole-3-glycerol - dikode oleh trpC Tryptophan synthase Tryptophan synthase F -subunit - encoded by trpB FWYFYRMX - dikode oleh trpB E -subunit - encoded by trpA EWYFYRMX - dikode oleh trpA

y

y

operon ini juga mengandung gen penyandi oligopeptide pendek (trpL) yang fungsi dalam redaman (di bawah). Ekspresi diatur oleh TRP represor protein yang dikodekan oleh gen trpR. Tidak seperti operon lac, trpR tidak berdekatan dengan operon. Gen-gen struktural yang berlokasi di 28 menit pada E. coli peta; trpR terletak pada 100 menit. Represor TrpR sebenarnya mengatur ekspresi dari dua operon yang lain di samping operon trp.

Bagaimana hal ini mempengaruhi transkripsi operon trp? penjelasan ini berasal dari pengamatan bahwa wilayah mRNA trpL dapat mengadopsi sejumlah konformasi yang berbeda. maka sejak itu represor yang merasakan kehadiran triptofan. khususnya tryptophanyl-tRNA TRP. sintesis tiga enzim akan menurun. maka represor TRP akan memblokir lebih lanjut transkripsi operon dan. setelah tingkat tryptophan membangun. Penelitian lebih lanjut membuktikan bahwa tingkat kedua kontrol triptofan melibatkan dua komponen: y y tRNA. Selama ada cukup triptofan dalam sel. maka tRNA tidak akan dikenakan biaya. Daerah ini berisi beberapa pelengkap diri yang dapat membentuk berbagai struktur stem-loop sebagai berikut: . gen trpL trpL kode untuk oligopeptide 14 aa pendek. sebagai hasilnya. harus ada pengaruh. Jika suplai yang baik. Jika pasokan cukup memadai. dan terjemahan akan kios di kodon trp. yaitu tRNA TRP dibebankan dengan triptofan.protein TrpR tidak mampu untuk mengikat ke operator dengan sendirinya. Namun. Ini mengandung dua kodon trp berturut-turut dan karena itu berfungsi sebagai ukuran pasokan triptofan dalam sel. Jika tidak ada represssor mempengaruhi transkripsi. maka tRNA akan diisi dan peptida pemimpin akan diterjemahkan tanpa masalah.. ia akan tetap begitu. Atenuasi Sebuah prediksi langsung dari model ekspresi gen operon diterapkan pada kasus operon trp adalah ekspresi dari operon dalam mutan trpR harus sensitif terhadap triptofan ditambahkan. Tapi ada! Ekspresi trpEDCBA dikurangi dengan penambahan trypophan di mutan trpR.

Dalam kasus mRNA trpL. apa yang mengatur pembentukan terminator atau anti-terminator? Ingat bahwa transkripsi dan translasi dapat terjadi secara simultan pada bakteri. maka tRNA TRP tidak akan dikenakan biaya dengan triptofan.Dalam satu konformasi. terminator tersebut dilarang karena membentuk 3 daerah kini dipasangkan dengan wilayah 2 (kotak ungu) membentuk struktur alternatif. Hal ini memungkinkan pembentukan terminator batang-loop yang akan menyebabkan RNA polimerase untuk memisahkan. ditampilkan di sebelah kiri. dan ribosom akan warung menunggu tRNA cocok untuk dibawa ke situs A: Karena warung ribosom. terminator transkripsi khas bakteri dapat terbentuk sebagai akibat dari pasangan antara daerah 3 (kotak hijau) & 4 (kotak kuning). jika ada suplai triptofan. di kanan. Perhatikan kodon UGA berhenti di bagian bawah wilayah 1 di urutan diagram di atas. Ini berarti bahwa ribosom akan melampirkan mRNA dan mampu mempengaruhi pembentukan struktur sekunder oleh mRNA. wilayah 2 (ungu) sekarang dapat dasar-pasangan dengan wilayah 3 (hijau) segera setelah kedua ditranskripsi. Pembentukan terminator-anti mencegah pembentukan terminator tersebut. maka ribosom mengikuti tepat di belakang RNA polimerase sampai dihentikan oleh kodon berhenti. Dalam konformasi lain. Sekarang. . Jika pasokan triptofan rendah.

yang dikenal sebagai diauxie . akan tidak efisien untuk menghasilkan enzim bila tidak ada laktosa tersedia. -galactoside permease dan transasetilase thiogalactoside (juga dikenal sebagai O-asetiltransferase galactoside) hanya bila diperlukan. lacY. dan operator . Namun. atau glukosa dan arabinosa . seperti campuran glukosa dan xilosa . dan katabolit protein aktivator (CAP). operon lac memungkinkan untuk pencernaan efektif laktosa. Regulasi gen dari operon lac adalah mekanisme genetik kompleks peraturan pertama yang harus ditetapkan dan merupakan salah satu contoh terkemuka prokariotik regulasi gen . regulator . . sebuah promotor . Diauxic pola pertumbuhan serupa telah diamati dalam pertumbuhan bakteri pada campuran lain gula juga. dll Struktur operon lac Struktur laktosa dan produk dari belahan dada nya. Ini terdiri dari tiga berdekatan gen struktural . dan lacA. sebuah terminator . Operon lac diatur oleh beberapa faktor termasuk ketersediaan glukosa dan laktosa . dll mekanisme kontrol genetik yang mendasari pola-pola pertumbuhan tersebut diauxic dikenal sebagai xyl operon dan ara operon . y Lac operon terdiri dari tiga gen struktural . Sel dapat menggunakan laktosa sebagai sumber energi dengan menghasilkan enzim -galaktosidase untuk mencerna laktosa yang menjadi glukosa . dan promotor . Operon lac menggunakan-bagian pengendali mekanisme dua untuk memastikan bahwa sel mengeluarkan energi yang memproduksi -galaktosidase . yang membantu dalam produksi tanpa adanya glukosa. Ketiga gen struktural: lacZ.Operon lac adalah operon diperlukan untuk transportasi dan metabolisme dari laktosa dalam Escherichia coli dan beberapa lainnya bakteri enterik . Ini mencapai ini dengan represor lac . sebuah terminator . Mekanisme kontrol ini menyebabkan pemanfaatan dual sekuensial glukosa dan laktosa dalam dua tahap pertumbuhan yang berbeda. Dalam lingkungan alam. atau jika ada sumber energi yang tersedia lebih mudah tersedia seperti glukosa. yang menghentikan produksi karena tidak adanya laktosa. dan operator .

Jika laktosa yang hilang dari medium pertumbuhan. yaitu. metabolit disebut laktosa alolaktosa . menyebabkan perubahan dalam bentuk. Mekanisme kontrol pertama adalah respons peraturan untuk laktosa. yang menggunakan sebuah protein intraselular peraturan disebut represor laktosa untuk menghambat produksi galaktosidase tanpa adanya laktosa. lacZ menyandikan -galaktosidase (lacZ). yang mengikat DNA spesifik ke situs pengikatan. represor tidak mampu untuk mengikat ke operator. Mekanisme kontrol yang kedua adalah tanggapan terhadap glukosa. Urutan DNA dari E. represor sangat erat mengikat urutan DNA pendek hanya hilir dari promotor dekat awal lacZ disebut operator lac. segera hulu dari gen. . promotor. yang merupakan kombinasi glukosa dan galaktosa. . mereka berorientasi pada arah yang sama langsung yang berdekatan di kromosom dan co-ditranskripsi menjadi satu polisistronik molekul mRNA. yang membantu RNAP dalam mengikat DNA. sebuah membran transpor protein yang terikat-pompa laktosa ke dalam sel. lacY menyandikan -galactoside permease (Lacy). Protein yang tidak diproduksi oleh bakteri ketika laktosa tidak tersedia sebagai sumber karbon. the lacZYA mRN . . memungkinkan sel untuk hydrolyse (mencerna) laktosa dan galaktosa dan glukosa rilis. dan karena itu lacZ mRNA encoding dan Lacy hanya dibuat pada tingkat yang sangat rendah. yang mengikat protein DNA . Jadi diubah. Ketika sel-sel yang tumbuh dengan adanya laktosa Namun. yang menggunakan protein aktivator katabolit (CAP) untuk lebih meningkatkan produksi -galaktosidase dengan tidak adanya glukosa. cAMP konsentrasi tinggi dan mengikat CAP-cAMP untuk DNA secara signifikan meningkatkan produksi -galaktosidase . coli lac operon . Ia mengikat ke CAP. mengikat represor. . memungkinkan RNAP untuk mentranskripsikan gen lac dan dengan demikian yang mengarah ke tingkat tinggi dari protein yang disandikan. siklik adenosine monophosphate (cAMP) adalah molekul sinyal yang prevalensi berbanding terbalik dengan yang glukosa. Dengan tidak adanya glukosa. dan gen lacI tersedia dari GenBank (tampilan) . yang pada gilirannya memungkinkan CAP untuk mengikat ke situs CAP mengikat (16 pb DNA hulu promotor di sebelah kiri pada diagram di bawah). yang lacZYA mRNA . .. sebuah intraselular enzim yang melekat pada disakarida laktosa menjadi glukosa dan galaktosa .. Hanya lacZ dan lacY tampaknya perlu untuk laktosa katabolisme .. lacA encode -galactoside transasetilase (LacA).Dari posisi ini RNAP hasil untuk mencatat semua tiga gen (lacZYA) ke dalam mRNA. Diagram di bawah ini merangkum laporan. . kontrol khusus dari gen lac tergantung pada ketersediaan substrat untuk bakteri laktosa.y y y . represor yang mengikat operator mengganggu pengikatan RNAP ke promotor. sebuah enzim yang mentransfer sebuah grup asetil dari asetil-KoA untuk -galactosides . LacI gen coding untuk represor terletak dekat operon lac dan selalu disajikan (konstitutif). Gen lac diatur menjadi operon . Transkripsi dari semua gen dimulai dengan pengikatan enzim polimerase RNA (RNAP).

sel tipe liar Lac + dan dapat menggunakan laktosa sebagai sumber karbon dan energi. sementara Lac . Contohnya termasuk: y y Lac (kemampuan untuk menggunakan laktosa).Turunan mutan tidak dapat menggunakan laktosa. Nya (kemampuan untuk mensintesis asam amino histidin) Mot (motilitas berenang) y Sm R (response to the antibiotic streptomycin) Sm R (respon terhadap antibiotik streptomisin) Dalam kasus Lac. coli . . coli.lac operon terinci Tatanama Genetik Tiga huruf singkatan yang digunakan untuk menggambarkan fenotipe pada bakteri termasuk E. Tiga huruf yang sama biasanya digunakan (huruf kecil. dicetak miring) untuk label gen terlibat dalam fenotipe tertentu.

di mana gen atau kelompok gen diuji berpasangan.Sebaliknya. Untuk menganalisis mutan regulasi operon lac.. pertimbangkan pembom dengan penerima rusak.di mana setiap gen yang berbeda adalah tambahan dibedakan dengan surat ekstra. kemudian diuji untuk fenotipe peraturan. Gen lac keempat adalah lacI. Jacob menggunakan analogi dari seorang pembom yang akan rilis kargo mematikan perusahaan setelah menerima transmisi radio khusus atau sinyal. karena alasan historis. Sistem ini dapat dibuat untuk bekerja dengan penerapan suatu pemancar. kedua fungsional. dan lacZYA dengan promotor dan operator) dapat diperkenalkan ke dalam sel tunggal. disebut uji komplementasi . termasuk promotor lac. Berbagai urutan pendek yang tidak gen juga mempengaruhi ekspresi gen. lacZ adalah produk protein dari gen lacZ. Yakub dikembangkan suatu sistem dimana salinan kedua gen lac (lacI dengan promotor. dan lacA. Lancar memperluas penggunaan nomenklatur fenotipik untuk diterapkan ke protein: demikian. anggaplah bahwa pemancar biasa rusak. mutasi mempengaruhi lac o disebut sebagai c o lac. . Sebuah sistem bekerja membutuhkan kedua pemancar tanah dan penerima dalam pesawat. -galaktosidase. lac p. itu ditentukan apakah lacZ dan Lacy dibuat bahkan dalam ketiadaan IPTG.Sekarang. yang diploid untuk gen lac tapi dinyatakan normal. Percobaan ini. pengkodean represor laktosa-"Aku" singkatan inducibility. o lac. pesawat kedua. Secara khusus. Perilaku pembom ini tidak dapat diubah dengan pengenalan fungsional. dan operator lac. lacY. katanya. Gen lac pengkodean enzim adalah lacZ. Budaya bakteri tersebut. Walaupun tidak secara ketat penggunaan standar. Sebuah terobosan konseptual Yakub dan Monod [4] adalah untuk mengenali perbedaan antara substansi peraturan dan situs mana mereka bertindak untuk mengubah ekspresi gen.

karena situs operator yang rusak.tetapi lacZ diungkapkan ketika terkena inducer IPTG.Tes ini diilustrasikan pada gambar (lacA dihilangkan untuk kesederhanaan). Panel (a) menunjukkan penindasan. dan (c) dan (d) menunjukkan pengaruh mutasi ke gen lacI atau operator. Ketika situs operator mana represor harus mengikat dirusak oleh mutasi. (b) menunjukkan induksi oleh IPTG. dan ini dijelaskan oleh fakta bahwa represor merupakan protein kecil yang dapat menyebar di dalam sel . Sebuah versi yang lebih canggih dari percobaan ini menggunakan ditandai operon untuk membedakan antara dua salinan gen lac dan menunjukkan bahwa gen yang tidak diatur (s) . Mutasi mempengaruhi represor dikatakan resesif untuk mengetik liar (dan yang wild type dominan). fenotipe yang dihasilkan adalah normal --. negara haploid tertentu yang ditampilkan (yaitu sel hanya membawa satu salinan dari gen lac). hasil yang berbeda diperoleh (panel (f)). Jika salah satu salinan gen lac membawa mutasi di lacI. masing-masing. tidak mengizinkan pengikatan represor untuk menghambat transkripsi gen struktural . Pertama. Pada bagian (e) uji komplementasi untuk represor ditampilkan. Fenotipe dari sel membawa satu mutan dan satu jenis situs operator liar adalah bahwa lacZ dan Lacy diproduksi bahkan dalam tidak adanya IPTG inducer. Jika eksperimen yang sama dilakukan dengan menggunakan operator mutasi. Salinan operon lac berdekatan dengan gen lacI rusak secara efektif mematikan oleh protein yang dihasilkan dari copy kedua lacI. kehadiran situs fungsional kedua dalam sel yang sama tidak ada bedanya ekspresi gen dikontrol oleh situs mutan. namun salinan kedua jenis liar untuk lacI.

seperti dijelaskan di atas. Penggunaan dalam biologi molekular Gen lac dan turunannya yang setuju untuk digunakan sebagai gen reporter di sejumlah pilihan berdasarkan teknik-bakteri seperti dua hibrida analisis. kedua gen tipe liar lacI menganugerahkan jenis liar fenotipe. perubahan warna dari koloni putih ke warna biru. Sejak laktosa MacConkey dan laktosa media tetrazolium baik mengandalkan produk mengalami gangguan laktosa. mutasi dari satu salinan dari operator menganugerahkan fenotipe mutan karena dominan untuk salinan.adalah orang-orang di sebelah operator mutan (panel (g). Dominasi mutan operator juga menyarankan sebuah prosedur untuk memilih mereka secara khusus. Sebagai contoh. dan percobaan adalah model khusus untuk menguji model. Sebaliknya. jenis kedua liar. anggaplah bahwa satu salinan ditandai oleh mutasi menonaktifkan lacZ sehingga hanya bisa menghasilkan protein Lacy. Fusi teknik lac banyak yang hanya mencakup gen lacZ demikian sesuai dengan piring-cewek X atau ONPG kaldu cair . Penjelasan ini menyesatkan dalam arti penting. adalah yang dominan dengan jenis liar namun hanya mempengaruhi salinan operon yang berbatasan langsung dengan itu. mereka membutuhkan keberadaan kedua lacZ dan lacY gen. [3] Dalam LB piring berisi X-gadis. Kami mengatakan bahwa mutasi operator cis-dominan. Jika mutan peraturan dipilih dari budaya wild type menggunakan fenil-Gal. Dalam versi ini. karena hasil dari deskripsi percobaan dan kemudian menjelaskan hasil dalam hal model. yang paling sensitif dalam bagian-bagian yang tinggi dan rendah dari rentang masingmasing. mutasi represor (yang masih terjadi) tidak sembuh karena komplementasi oleh. Namun pada kenyataannya. sedangkan laktosa tetrazolium dan media laktosa MacConkey memiliki kisaran 1100 unit. operator mutasi jarang terjadi dibandingkan dengan mutan represor karena target-ukuran sangat kecil. Tapi kalau bukan kita mulai dengan suatu galur yang membawa dua salinan dari seluruh wilayah lac (yang diploid untuk lac). sering benar bahwa model datang pertama. Jacob dan Monod pertama membayangkan bahwa harus ada sebuah situs di DNA dengan sifat-sifat operator. sedangkan yang kedua membawa salinan mutasi yang mempengaruhi lacY dan hanya bisa menghasilkan lacZ. di mana berhasil mengikat dari aktivator transkripsi ke urutan promotor spesifik harus ditentukan. dan kemudian dirancang tes komplementasi mereka untuk acara ini. hanya salinan operon lac yang berdekatan dengan operator mutan diungkapkan tanpa IPTG. sesuai dengan sekitar 2-10 unit galaktosidase.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful