Tryptophan operon

Tryptophan operon
Trp operon adalah contoh operon biosintesis yang ekspresinya diatur oleh sebuah effector:

operon terdiri dari 5 gen struktural bahwa kode untuk tiga enzim yang diperlukan untuk mengkonversi asam chorismic ke triptofan:
y

Anthranilate synthetase Anthranilate sintetase component I - encoded by trpE Komponen I - dikode oleh trpE component II - encoded by trpD Komponen II - dikode oleh trpD N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate isomerase/Indole-3-glycerol phosphate synthase - encoded by trpC N-(5'-phosphoribosyl)-anthranilate synthase fosfat isomerase/Indole-3-glycerol - dikode oleh trpC Tryptophan synthase Tryptophan synthase F -subunit - encoded by trpB FWYFYRMX - dikode oleh trpB E -subunit - encoded by trpA EWYFYRMX - dikode oleh trpA

y

y

operon ini juga mengandung gen penyandi oligopeptide pendek (trpL) yang fungsi dalam redaman (di bawah). Ekspresi diatur oleh TRP represor protein yang dikodekan oleh gen trpR. Tidak seperti operon lac, trpR tidak berdekatan dengan operon. Gen-gen struktural yang berlokasi di 28 menit pada E. coli peta; trpR terletak pada 100 menit. Represor TrpR sebenarnya mengatur ekspresi dari dua operon yang lain di samping operon trp.

sintesis tiga enzim akan menurun.protein TrpR tidak mampu untuk mengikat ke operator dengan sendirinya. Daerah ini berisi beberapa pelengkap diri yang dapat membentuk berbagai struktur stem-loop sebagai berikut: . Ini mengandung dua kodon trp berturut-turut dan karena itu berfungsi sebagai ukuran pasokan triptofan dalam sel. maka represor TRP akan memblokir lebih lanjut transkripsi operon dan. Bagaimana hal ini mempengaruhi transkripsi operon trp? penjelasan ini berasal dari pengamatan bahwa wilayah mRNA trpL dapat mengadopsi sejumlah konformasi yang berbeda. Atenuasi Sebuah prediksi langsung dari model ekspresi gen operon diterapkan pada kasus operon trp adalah ekspresi dari operon dalam mutan trpR harus sensitif terhadap triptofan ditambahkan. dan terjemahan akan kios di kodon trp. Tapi ada! Ekspresi trpEDCBA dikurangi dengan penambahan trypophan di mutan trpR.. khususnya tryptophanyl-tRNA TRP. maka tRNA akan diisi dan peptida pemimpin akan diterjemahkan tanpa masalah. maka tRNA tidak akan dikenakan biaya. setelah tingkat tryptophan membangun. ia akan tetap begitu. harus ada pengaruh. yaitu tRNA TRP dibebankan dengan triptofan. Selama ada cukup triptofan dalam sel. Jika pasokan cukup memadai. Penelitian lebih lanjut membuktikan bahwa tingkat kedua kontrol triptofan melibatkan dua komponen: y y tRNA. Namun. sebagai hasilnya. maka sejak itu represor yang merasakan kehadiran triptofan. Jika suplai yang baik. Jika tidak ada represssor mempengaruhi transkripsi. gen trpL trpL kode untuk oligopeptide 14 aa pendek.

Pembentukan terminator-anti mencegah pembentukan terminator tersebut. maka tRNA TRP tidak akan dikenakan biaya dengan triptofan. Ini berarti bahwa ribosom akan melampirkan mRNA dan mampu mempengaruhi pembentukan struktur sekunder oleh mRNA. wilayah 2 (ungu) sekarang dapat dasar-pasangan dengan wilayah 3 (hijau) segera setelah kedua ditranskripsi. apa yang mengatur pembentukan terminator atau anti-terminator? Ingat bahwa transkripsi dan translasi dapat terjadi secara simultan pada bakteri. . Perhatikan kodon UGA berhenti di bagian bawah wilayah 1 di urutan diagram di atas. maka ribosom mengikuti tepat di belakang RNA polimerase sampai dihentikan oleh kodon berhenti. dan ribosom akan warung menunggu tRNA cocok untuk dibawa ke situs A: Karena warung ribosom. ditampilkan di sebelah kiri. di kanan. Dalam konformasi lain. Jika pasokan triptofan rendah. jika ada suplai triptofan.Dalam satu konformasi. Sekarang. terminator transkripsi khas bakteri dapat terbentuk sebagai akibat dari pasangan antara daerah 3 (kotak hijau) & 4 (kotak kuning). terminator tersebut dilarang karena membentuk 3 daerah kini dipasangkan dengan wilayah 2 (kotak ungu) membentuk struktur alternatif. Hal ini memungkinkan pembentukan terminator batang-loop yang akan menyebabkan RNA polimerase untuk memisahkan. Dalam kasus mRNA trpL.

Diauxic pola pertumbuhan serupa telah diamati dalam pertumbuhan bakteri pada campuran lain gula juga. Regulasi gen dari operon lac adalah mekanisme genetik kompleks peraturan pertama yang harus ditetapkan dan merupakan salah satu contoh terkemuka prokariotik regulasi gen . Ini terdiri dari tiga berdekatan gen struktural . y Lac operon terdiri dari tiga gen struktural . sebuah terminator . Ketiga gen struktural: lacZ. regulator . sebuah terminator . seperti campuran glukosa dan xilosa . Operon lac diatur oleh beberapa faktor termasuk ketersediaan glukosa dan laktosa . lacY. dll mekanisme kontrol genetik yang mendasari pola-pola pertumbuhan tersebut diauxic dikenal sebagai xyl operon dan ara operon . Operon lac menggunakan-bagian pengendali mekanisme dua untuk memastikan bahwa sel mengeluarkan energi yang memproduksi -galaktosidase . akan tidak efisien untuk menghasilkan enzim bila tidak ada laktosa tersedia. Mekanisme kontrol ini menyebabkan pemanfaatan dual sekuensial glukosa dan laktosa dalam dua tahap pertumbuhan yang berbeda. dan promotor . Ini mencapai ini dengan represor lac . . yang membantu dalam produksi tanpa adanya glukosa.Operon lac adalah operon diperlukan untuk transportasi dan metabolisme dari laktosa dalam Escherichia coli dan beberapa lainnya bakteri enterik . operon lac memungkinkan untuk pencernaan efektif laktosa. yang dikenal sebagai diauxie . dan katabolit protein aktivator (CAP). sebuah promotor . Dalam lingkungan alam. yang menghentikan produksi karena tidak adanya laktosa. -galactoside permease dan transasetilase thiogalactoside (juga dikenal sebagai O-asetiltransferase galactoside) hanya bila diperlukan. dan operator . dan lacA. atau jika ada sumber energi yang tersedia lebih mudah tersedia seperti glukosa. Namun. Sel dapat menggunakan laktosa sebagai sumber energi dengan menghasilkan enzim -galaktosidase untuk mencerna laktosa yang menjadi glukosa . dan operator . dll Struktur operon lac Struktur laktosa dan produk dari belahan dada nya. atau glukosa dan arabinosa .

yang menggunakan sebuah protein intraselular peraturan disebut represor laktosa untuk menghambat produksi galaktosidase tanpa adanya laktosa. yang menggunakan protein aktivator katabolit (CAP) untuk lebih meningkatkan produksi -galaktosidase dengan tidak adanya glukosa. siklik adenosine monophosphate (cAMP) adalah molekul sinyal yang prevalensi berbanding terbalik dengan yang glukosa. Dengan tidak adanya glukosa. . represor sangat erat mengikat urutan DNA pendek hanya hilir dari promotor dekat awal lacZ disebut operator lac. the lacZYA mRN . menyebabkan perubahan dalam bentuk. sebuah membran transpor protein yang terikat-pompa laktosa ke dalam sel. Jika laktosa yang hilang dari medium pertumbuhan. coli lac operon . cAMP konsentrasi tinggi dan mengikat CAP-cAMP untuk DNA secara signifikan meningkatkan produksi -galaktosidase .. lacA encode -galactoside transasetilase (LacA). yang mengikat DNA spesifik ke situs pengikatan.y y y .. sebuah intraselular enzim yang melekat pada disakarida laktosa menjadi glukosa dan galaktosa . Hanya lacZ dan lacY tampaknya perlu untuk laktosa katabolisme . mereka berorientasi pada arah yang sama langsung yang berdekatan di kromosom dan co-ditranskripsi menjadi satu polisistronik molekul mRNA. Gen lac diatur menjadi operon . Mekanisme kontrol pertama adalah respons peraturan untuk laktosa. yang lacZYA mRNA . represor yang mengikat operator mengganggu pengikatan RNAP ke promotor.Dari posisi ini RNAP hasil untuk mencatat semua tiga gen (lacZYA) ke dalam mRNA. lacY menyandikan -galactoside permease (Lacy). . yang membantu RNAP dalam mengikat DNA. . Ketika sel-sel yang tumbuh dengan adanya laktosa Namun. Jadi diubah. Urutan DNA dari E. Mekanisme kontrol yang kedua adalah tanggapan terhadap glukosa. . dan gen lacI tersedia dari GenBank (tampilan) . lacZ menyandikan -galaktosidase (lacZ). yaitu. Protein yang tidak diproduksi oleh bakteri ketika laktosa tidak tersedia sebagai sumber karbon. yang merupakan kombinasi glukosa dan galaktosa. . Ia mengikat ke CAP. metabolit disebut laktosa alolaktosa . mengikat represor. kontrol khusus dari gen lac tergantung pada ketersediaan substrat untuk bakteri laktosa. memungkinkan sel untuk hydrolyse (mencerna) laktosa dan galaktosa dan glukosa rilis. dan karena itu lacZ mRNA encoding dan Lacy hanya dibuat pada tingkat yang sangat rendah. Diagram di bawah ini merangkum laporan. yang mengikat protein DNA . segera hulu dari gen. yang pada gilirannya memungkinkan CAP untuk mengikat ke situs CAP mengikat (16 pb DNA hulu promotor di sebelah kiri pada diagram di bawah). represor tidak mampu untuk mengikat ke operator. Transkripsi dari semua gen dimulai dengan pengikatan enzim polimerase RNA (RNAP). memungkinkan RNAP untuk mentranskripsikan gen lac dan dengan demikian yang mengarah ke tingkat tinggi dari protein yang disandikan. . LacI gen coding untuk represor terletak dekat operon lac dan selalu disajikan (konstitutif). promotor. sebuah enzim yang mentransfer sebuah grup asetil dari asetil-KoA untuk -galactosides ..

. Nya (kemampuan untuk mensintesis asam amino histidin) Mot (motilitas berenang) y Sm R (response to the antibiotic streptomycin) Sm R (respon terhadap antibiotik streptomisin) Dalam kasus Lac. sel tipe liar Lac + dan dapat menggunakan laktosa sebagai sumber karbon dan energi.Turunan mutan tidak dapat menggunakan laktosa.lac operon terinci Tatanama Genetik Tiga huruf singkatan yang digunakan untuk menggambarkan fenotipe pada bakteri termasuk E. coli . Tiga huruf yang sama biasanya digunakan (huruf kecil. dicetak miring) untuk label gen terlibat dalam fenotipe tertentu. Contohnya termasuk: y y Lac (kemampuan untuk menggunakan laktosa). coli. sementara Lac .

pertimbangkan pembom dengan penerima rusak. Perilaku pembom ini tidak dapat diubah dengan pengenalan fungsional. Budaya bakteri tersebut. Gen lac pengkodean enzim adalah lacZ. Secara khusus. . Jacob menggunakan analogi dari seorang pembom yang akan rilis kargo mematikan perusahaan setelah menerima transmisi radio khusus atau sinyal.. katanya. kemudian diuji untuk fenotipe peraturan. Sebuah sistem bekerja membutuhkan kedua pemancar tanah dan penerima dalam pesawat. itu ditentukan apakah lacZ dan Lacy dibuat bahkan dalam ketiadaan IPTG. dan operator lac. Berbagai urutan pendek yang tidak gen juga mempengaruhi ekspresi gen. di mana gen atau kelompok gen diuji berpasangan. -galaktosidase. pesawat kedua. yang diploid untuk gen lac tapi dinyatakan normal. Sistem ini dapat dibuat untuk bekerja dengan penerapan suatu pemancar. Yakub dikembangkan suatu sistem dimana salinan kedua gen lac (lacI dengan promotor. pengkodean represor laktosa-"Aku" singkatan inducibility.di mana setiap gen yang berbeda adalah tambahan dibedakan dengan surat ekstra. Sebuah terobosan konseptual Yakub dan Monod [4] adalah untuk mengenali perbedaan antara substansi peraturan dan situs mana mereka bertindak untuk mengubah ekspresi gen. karena alasan historis. termasuk promotor lac. Walaupun tidak secara ketat penggunaan standar. Gen lac keempat adalah lacI. lacY. mutasi mempengaruhi lac o disebut sebagai c o lac. lacZ adalah produk protein dari gen lacZ. Lancar memperluas penggunaan nomenklatur fenotipik untuk diterapkan ke protein: demikian. dan lacA. anggaplah bahwa pemancar biasa rusak. Percobaan ini. Untuk menganalisis mutan regulasi operon lac. dan lacZYA dengan promotor dan operator) dapat diperkenalkan ke dalam sel tunggal. disebut uji komplementasi . o lac. lac p.Sebaliknya. kedua fungsional.Sekarang.

tidak mengizinkan pengikatan represor untuk menghambat transkripsi gen struktural . dan ini dijelaskan oleh fakta bahwa represor merupakan protein kecil yang dapat menyebar di dalam sel . Pada bagian (e) uji komplementasi untuk represor ditampilkan. dan (c) dan (d) menunjukkan pengaruh mutasi ke gen lacI atau operator. Jika salah satu salinan gen lac membawa mutasi di lacI. hasil yang berbeda diperoleh (panel (f)). fenotipe yang dihasilkan adalah normal --. Pertama. masing-masing.Tes ini diilustrasikan pada gambar (lacA dihilangkan untuk kesederhanaan). (b) menunjukkan induksi oleh IPTG. namun salinan kedua jenis liar untuk lacI. Fenotipe dari sel membawa satu mutan dan satu jenis situs operator liar adalah bahwa lacZ dan Lacy diproduksi bahkan dalam tidak adanya IPTG inducer. Ketika situs operator mana represor harus mengikat dirusak oleh mutasi. Jika eksperimen yang sama dilakukan dengan menggunakan operator mutasi. Panel (a) menunjukkan penindasan. karena situs operator yang rusak. Mutasi mempengaruhi represor dikatakan resesif untuk mengetik liar (dan yang wild type dominan). Sebuah versi yang lebih canggih dari percobaan ini menggunakan ditandai operon untuk membedakan antara dua salinan gen lac dan menunjukkan bahwa gen yang tidak diatur (s) . negara haploid tertentu yang ditampilkan (yaitu sel hanya membawa satu salinan dari gen lac). kehadiran situs fungsional kedua dalam sel yang sama tidak ada bedanya ekspresi gen dikontrol oleh situs mutan. Salinan operon lac berdekatan dengan gen lacI rusak secara efektif mematikan oleh protein yang dihasilkan dari copy kedua lacI.tetapi lacZ diungkapkan ketika terkena inducer IPTG.

Kami mengatakan bahwa mutasi operator cis-dominan. Namun pada kenyataannya. Penggunaan dalam biologi molekular Gen lac dan turunannya yang setuju untuk digunakan sebagai gen reporter di sejumlah pilihan berdasarkan teknik-bakteri seperti dua hibrida analisis. Tapi kalau bukan kita mulai dengan suatu galur yang membawa dua salinan dari seluruh wilayah lac (yang diploid untuk lac). sedangkan yang kedua membawa salinan mutasi yang mempengaruhi lacY dan hanya bisa menghasilkan lacZ. Dalam versi ini. Jika mutan peraturan dipilih dari budaya wild type menggunakan fenil-Gal. di mana berhasil mengikat dari aktivator transkripsi ke urutan promotor spesifik harus ditentukan. Sejak laktosa MacConkey dan laktosa media tetrazolium baik mengandalkan produk mengalami gangguan laktosa. kedua gen tipe liar lacI menganugerahkan jenis liar fenotipe. sering benar bahwa model datang pertama. hanya salinan operon lac yang berdekatan dengan operator mutan diungkapkan tanpa IPTG. Dominasi mutan operator juga menyarankan sebuah prosedur untuk memilih mereka secara khusus. mutasi dari satu salinan dari operator menganugerahkan fenotipe mutan karena dominan untuk salinan. mutasi represor (yang masih terjadi) tidak sembuh karena komplementasi oleh. yang paling sensitif dalam bagian-bagian yang tinggi dan rendah dari rentang masingmasing. karena hasil dari deskripsi percobaan dan kemudian menjelaskan hasil dalam hal model. seperti dijelaskan di atas. Jacob dan Monod pertama membayangkan bahwa harus ada sebuah situs di DNA dengan sifat-sifat operator. Sebaliknya. Fusi teknik lac banyak yang hanya mencakup gen lacZ demikian sesuai dengan piring-cewek X atau ONPG kaldu cair . adalah yang dominan dengan jenis liar namun hanya mempengaruhi salinan operon yang berbatasan langsung dengan itu. Sebagai contoh. perubahan warna dari koloni putih ke warna biru. anggaplah bahwa satu salinan ditandai oleh mutasi menonaktifkan lacZ sehingga hanya bisa menghasilkan protein Lacy. sesuai dengan sekitar 2-10 unit galaktosidase.adalah orang-orang di sebelah operator mutan (panel (g). dan percobaan adalah model khusus untuk menguji model. operator mutasi jarang terjadi dibandingkan dengan mutan represor karena target-ukuran sangat kecil. dan kemudian dirancang tes komplementasi mereka untuk acara ini. jenis kedua liar. Penjelasan ini menyesatkan dalam arti penting. mereka membutuhkan keberadaan kedua lacZ dan lacY gen. sedangkan laktosa tetrazolium dan media laktosa MacConkey memiliki kisaran 1100 unit. [3] Dalam LB piring berisi X-gadis.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful