Peranan yang Merugikan

 Penyebab penyakit, baik pada manusia, hewan maupun tumbuhan

Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium

diphtheriae penyebab dipteri.

 Penyebab kebusukan makanan (spoilage)

Adanya kebusukan pada makanan dapat disebabkan oleh beberapa jenis bakteri
yang tumbuh dalam makanan tersebut. Beberapa di antara mikroorganisme dapat
mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan
mikroorganisme pembusuk. Dalam pembusukan daging, mikroorganisme yang
menghasilkan enzim proteolitik mampu merombak protein-protein. Pada proses
pembusukan sayur dan buah, mikroorganisme pektinolitik mampu merombak bahan-
bahan yang mengandung pektin yang terdapat pada dinding sel tumbuhan (Tarigan,
1988). Mikroorganisme seperti bakteri, khamir (yeast) dan kapang (mould) dapat
menyebabkan perubahan yang tidak dikehendaki pada penampakan visual, bau, tekstur
atau rasa suatu makanan. Mikroorganisme ini dikelompokkan berdasarkan tipe
aktivitasnya, seperti proteolitik, lipolitik, dll. Atau berdasarkan kebutuhan hidupnya
seperti termofilik, halofilik, dll.

 Penyebab keracunan makanan (food borne disease).

Kusnadi, dkk (2003) menjelaskan bahwa bakteri penghasil racun (enterotoksin atau
eksotoksin) dapat mencemari badan air, misalnya spora Clostridium perfringens, C.
Botulinum, Bacillus cereus, dan Vibrio parahaemolyticus. Spora dapat masuk ke dalam
air melalui debu/tanah, kotoran hewan, dan makanan-limbah. Jika makanan atau
minuman dan air bersih tercemari air tersebut, maka dalam keadaan yang memungkinkan,
bakteri tersebut akan mengeluarkan racun sehingga makanan atau minuman mengandung
racun dan bila dikonsumsi dapat menyebabkan keracunan makanan. Bahkan menurut
Dwidjoseputro (2005) pada makanan yang telah dipasteurisasi pun juga dapat
mengandung racun (toksin) . Makanan yang telah dipasteurisasi kemudian terus menerus
disimpan di dalam kaleng pada temperatur kamar, dapat mengandung racun yang berasal
dari Clostridium botulinum. Spora-spora dari bakteri ini tidak mati dalam proses
pasteurisasi. Dalam keadaan tertutup (anaerob) dan suhu yang menguntungkan, maka
spora-spora tersebut dapat tumbuh menjadi bakteri serta menghasilkan toksin. Racun
yang dihasilkan tidak mengganggu alat pencernaan, melainkan mengganggu urat saraf
tepi.