Alat-alat dan teknik-teknik yang dipakai dalam rekayasa genetika

Kloning gen Teknologi DNA rekombinan, Rekayasa genetika, Kloning molekuler
Prinsip dasarnya adalah memasukkan suatu gen dari suatu organisme ke sel host dengan tujuan memelihara gen tersebut secara terus menerus dan dipelajari.

Langkah kerja dalam kloning DNA .

peternakan. ‡ Berakar dari ilmu biokimia dan genetika. ‡ Terjadi peningkatan pengetahuan yang signifikan tentang dasar molekuler penyakit-penyakit genetik pada manusia. ‡ Diterapkan dalam bidang pertanian. . penelitian ²penelitian dasar.Teknologi DNA rekombinan ‡ Berkembang pada awal tahun 1980. kedokteran forensik.

‡ RE dapat memotong secara simetris ikatan fosofodiester pada untai DNA yang berlawanan pada situs spesifiknya. .Enzim restriksi endonuklease ‡ Teknologi DNA rekombinan tidak dapat berjalan tanpa adanya enzim restriksi endonuklease.

Beberapa contoh enzim restriksi Enzim EcoRI Sekuens pengenalan 5¶-GAATTC-3¶ 3¶-CTTAAG-5¶ 5¶-GGATCC-3¶ 3¶-CCTAGG-5¶ 5¶-AGCT-3¶ 3¶-TCGA-5¶ 5¶-CTGCAG-3¶ 3¶-GACGTC-5¶ Jenis ujung Sticky. 5¶ overhang End sequences 5¶-G AATTC-3¶ 3¶-CTTAA G-5¶ 5¶-G GATCC-3¶ 3¶-CCTAG G-5¶ 5¶-AG 3¶-TC CT-3¶ GA-5¶ BamHI AluI Blunt Sticky. 5¶ overhang Sticky. 3¶overhang PstI 5¶-CTGCA G-3¶ 3¶-G ACGTC-5¶ .

Enzim restriksi endonuklease .

dll. cosmid. . dan sekuensing DNA insert. invitro mutagenesis. ‡ Terdiri dari beberapa macam: plasmid (elemen bakteri ekstrakromosom yang dapat bereplikasi sendiri). untuk transkripsi.Vektor kloning ‡ Suatu ´wadahµ yang dipergunakan untuk memperbanyak fragment DNA yang ingin dipelajari. bakteriophage.

Plasmid .

‡ Membawa gen resisten terhadap antibiotik tertentu. ‡ Contoh: Pemotongan DNA sumber dan vektor dengan enzim RE yang sama. . disatukan dalam tube yang sama. ditambahkan enzim T4DNA ligase DNA diinkorporasikan ke situs spesifik. ‡ Mengandung satu atau lebih situs restriksi endonuklease tunggal yang menyediakan pilihan situs insersi yang memungkinkan.Syarat vektor kloning ‡ Dapat dipelihara dan direplikasikan di dalam sel host.

Sequencing ‡ Sequencing: metoda untuk membaca urutan basa-basa nukleotida dari suatu gen.Chemical degradation method (Maxam and Gilbert.. . 1977): urutan molekul DNA untai ganda ditentukan dengan menggunakan bahan kimia yang memotong molekul DNA pada posisi nukleotida tertentu.Chain termination method (Sanger et al. ‡ Keunggulan chain terminal method: Lebih mudah dikerjakan secara otomatis menggunakan mesin sekuensing. . ‡ Ada 2 metoda sequencing: . bahan-bahan yang digunakan tidak toksik. 1977): urutan molekul DNA untai tunggal ditentukan dengan sintesis rantai polinukleotida komplementer secara enzimatis.

. Penempelan (annealing) primer pada DNA cetakan. 2.Chain termination sequencing ‡ Prinsip kerja: berdasarkan perbedaan panjang molekul DNA untai tunggal yang dipisahkan dengan elektroforesis gel poliakrilamid. ‡ Dengan gel ini dapat dipisahkan sekelompok molekul mulai dari 10 ± 1500 nukleotida ke dalam suatu seri pita DNA. ‡ Langkah kerja: 1. Mempersiapkan molekul DNA untai tunggal yang identik sebagai cetakan.

3. Reaksi perpanjangan rantai dengan bantuan enzim DNA polimerase. Inkorporasi dNTP dan ddNTP pada rantai yang diperpanjang. Elektroforesis pita DNA yang baru disintesis menggunakan gel poliakrilamid. 5. Pita yang bergerak paling jauh merupakan pita DNA terkecil. Setelah elektroforesis urutan DNA dapat dibaca langsung dari posisi pita pada gel . 4. .

Sequencing .

‡ Radioaktif yang digunakan adalah 33P atau 35S karena energi emisinya rendah sehingga dapat menghasilkan resolusi yang tinggi. . ‡ Keunggulan: Reaksi sekuensing dapat dilakukan dalam 1 tube dan loading ke-4 molekul nukleotida dilakukan dalam 1 lane gel poliakrilamid karena detektor fluorescent dapat membedakan antara label-label yang berbeda. ‡ Label dikaitkan ke ddNTP dengan warna yang berbeda untuk setiap nukleotidanya.Automathic chain termination ‡ Prinsip: menggunakan label radioaktif untuk melacak nukleotida yang diinkorporasikan.

Automatic chain termination .

3. .Pemberian label pada masing-masing ujung DNA untai tunggal.Chemical degradation method ‡ Prinsip kerja: molekul DNA dihasilkan setelah diberi perlakuan dengan bahan kimia yang memotong secara spesifik pada nukleotida tertentu. ‡ Langkah kerja: 1.Denaturasi DNA untai ganda menjadi untai tunggal 2. Molekul diberi dimethyl sulfate yang menempelkan grup metil pada cincin purin dari nukleotida G (terjadi modifikasi nukleotida G).

‡ Hasilnya adalah suatu set DNA yang terpotong-potong. ada yang terlabel dan ada yang tidak. Piperidine membuang cincin G yang dimodifikasi dan memotong molekul DNA pada ikatan fosfodiester tepat pada bagian atas dari cincin G yang dibuang. ‡ Potongan-potongan DNA ini selanjutnya dielektroforesis dalam gel poliakrilamid. ‡ Potongan untai DNA yang dihasilkan tidak sama panjang (hasilnya equivalent dengan hasil yang didapat dari metoda chain terminal).‡ Karena pemberian dimethyl sulfate hanya dalam jumlah kecil maka proses modifikasi berlangsung lambat (1 per nukleotida). ‡ Pemotongan untai DNA akibat pemberian piperidine. . ‡ Pada stadium ini untai DNA masih utuh.

Chemical degradation method .

SSCP ‡ Metoda untuk mendeteksi mutasi 1 basa pada suatu untai DNA tunggal dari suatu gen. ‡ Prinsip kerja: terjadinya perubahan konformasi untai DNA tunggal akibat adanya mutasi yang terdeteksi dari posisi pita DNA dalam gel poliakrilamid. .

‡ Visualisasi pita-pita DNA dengan pewarnaan perak nitrat. .Langkah kerja: ‡ Aplifikasi gen yang akan diamati dengan PCR. ‡ Elektroforesis DNA untai tunggal dalam gel poliakrilamide selama s 4 jam. ‡ Denaturasi DNA untai ganda menjadi untai tunggal.

SSCP .

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful