Professional Documents
Culture Documents
Mikroorganisme terdiri dari beberapa kelas. Bakteri dan yeast adalah contoh
mikroorganisme. Mikroorganisme dalam hidupnya melakukan aktivitas metabolisme.
Metabolisme mikroorganisme merupakan proses-proses kimia yang terjadi di dalam tubuh
mikroorganisme. Metabolisme disebut juga reaksi enzimatis, karena metabolisme terjadi selalu
menggunakan katalisator enzim. Dalam metabolisme mikroorganisme, energi fisik atau kimiawi
dikonversi menjadi energi melalui metabolisme mikrorganisme dan disimpan dalam bentuk
senyawa kimia yang disebut adenosine 5′-triphospate (ATP). Berikut ini adalah struktur ATP.
Energi yang tersimpan dalam bentuk senyawa ATP dapat diperoleh oleh mikroorganisme
melalui hidrolisa. Energi yang diperoleh dari melalui proses atau reaksi kimia disebut sebagai
free energy atau energi bebas (G). Pada reaksi yang melepaskan energi, maka harga G adalah
negatif, sedangkan pada reaksi yang memerlukan energi, maka harga G adalah positif. Energi
hasil metabolisme disimpan oleh mikroorganisme dalam bentuk senyawa phosporyl.
ATP terbentuk dari reaksi antara adenosine 5′-diphospate (ADP) dengan phospat
anorganik, membentuk ikatan phosporyl sebagai berikut (Horan, 1991):
Reaksi diatas menunjukkan proses katabolisme, yaitu proses penguraian zat untuk membebaskan
energi kimia sebesar 30 kJ yang tersimpan dalam senyawa organik.
ATP yang telah tersintesa tersebut disimpan di dalam sel untuk digunakan bila
diperlukan. Energi yang tersimpan tersebut dikeluarkan melalui hidrolisa ikatan phosporyl dalam
suatu reaksi yang merupakan kebalikan dari reaksi (1), yaitu sebagai berikut:
Reaksi diatas merupakan proses anabolisme, yaitu pembentukan molekul yang kompleks dengan
menggunakan energi sebesar 30 kJ/mol. Kedua reaksi di atas terjadi karena katalisa enzim ATP-
ase.
1. Katabolisme: penguraian bahan organic kompleks menjadi bahan organic yang lebih
sederhana, pembentukan energi dengan menguraikan karbohidrat melalui reaksi oksidasi
substrat
2. Anabolisme : penyusunan/pengambilan zat makanan, pembentukan karbohidrat yang
membutuhkan energi dan sintetis protoplasma.
Anabolisme
Proses anabolisme disebut juga proses biosintesis, hal ini berbeda dengan nutrisi karena
di dalam proses biosintesis diperlukan sumber energy. Bahan baku proses anabolisme adalah zat
makanan. Berikut adalah komponen-komponen yang terdapat dalam proses anabolisme,
Enzim dan zat makanan
Enzim merupakan substansi yang ada dalam sel dalam jumlah yang amat kecil dan mampu
menyebabkan terjadinya perubahan-perubahan yang berkaitandengan proses-proses seluler dan
kehidupan. Nama lain dari enzim adalah fermen. Enzim adalah katalis hayati yang berfungsi
untuk mempercepat berlangsungnya reaksi kimiawi tanpa enzim itu sendiri terkonsumsi atau
berubah setelah reaksi selesai dan katalis bekerja secara spesifik yakni hanya untuk suatu jenis
reaksi tertentu saja. Selain dihasilkan di dalam sel, beberapa jenis bakteri diekspresikan melalui
didnding sel dan dapat berfungsi di luar sel. Terdapat dua tipe enzim : eksoenzim(enzim
ekstraseluler) dan endoenzim (enzim intraseluler)
Fungsi utama dari eksoenzim adalah melangsungkan perubahan-perubahan pada nutrien
di sekitarnya sehingga memungkinkan nutrien tersebut memasuki sel. Contoh: Enzim amilase
menguraikan zat pati menjadi unit-unti gula yang lebih kecil sedangkan endoenzim mensintesis
bahan seluler dan menguraikan nutrient untuk menyediakan energi yang dibutuhkan oleh sel,
misalnya heksokinase mengkatalisis fosforilasi glukosa dan heksosa (senyawa gula sederhana) di
dalam sel. Perlu diketahui, setiap enzim yang dihasilkan makhluk hidup memiliki ciri-ciri yang
sama. Di bawah ini merupakan sifat-sifat umum biokatalisator,
Enzim merupakan protein
Enzim bekerja secara khusus, untuk pengubahan suatu zat tertentu diperlukan enzim yang
tertentu pula. Khasnya satu molekul enzim dapat mengkatalisa perubahan 10 sampai
1000 molekul substrat per detik.
Banyak enzim yang dapat bekerja bolak-balik
Enzim tidak tahan temperature yang agak tinggi. Kegiatannya sangat dipengaruhi oleh
suhu.
Enzim dipengaruhi oleh pH, konsentrasi, suhu, substrat, dan oleh hasil akhir
Banyak enzim memerlukan pembantu yang disebut koenzim, yang dapat berupa zat
anorganik seperti K, Mg dan Fe. Bagian proteinnya disebut apoenzim. Bila bergabung,
kedua bagian tersebut membentuk enzim yang lengkap dinamakan holoenzim.
Enzim bersifat tidak stabil. Aktivitasnya dapat berkurang dengan nyata atau hancur oleh
berbagai kondisi fisik atau kimiawi. Beberapa diantaranya menjadi tidak aktif oleh karena
perubahan-perubahan yang amat kecil di sekitarnya, misalnya kalau dibiarkan di dalam suhu
kamar dalma waktu yang relatif cepat.
a. Transferase
Enzi mini mentransfer gugusan fungsional meliputi amino, fosfat, metal, dll. Contoh
enzim ini adalah enzim transaminase yang bertugas memindahkan gugusan amina
dari suatu asam amino ke suatu asam organic sehingga hasil terakgir ini berubah
menjadi suatu asam amino.
b. Oksidareduktase
Reaksi katalitiknya adalah dalam reaksi transfer elektron. Enzim ini terbagi menjadi
enzim oksidase dan enzim reduktase. Enzim oksidase terbagi dalm kelompok kecil
enzim dehidrogenase dan katalase. Enzim dehidrogenase mengubah zat-zat organic
menjadi hasil-hasil oksidasi, enzim katalase menguraikan hydrogen peroksida
menjadi air
c. Hidrolase
Merupakan sekumpulan enzim yang menguraikan suatu zat dengan pertolongan air.
Berdasarkan substrat yang diuraikan, enzim hidrolase terbagi atas kelompok kecil enzim
karbohidrase, esterase, dan proteinase
Karbohidrase
Karbohidrase adalah enzim-enzim yang menguraikan golongan karbohidrat. Menurut
jenis karbohidrat yang diuraikannya, kelompok ini di bagi dalam beberapa bagian:
Amilase, enzim yang menguraikan amilum menjadi maltose, reaksi di bawah ini,
2(CHO)n + nH₂O → nC₂H₄O₃
Maltase, enzim yang menguraikan maltose menjadi glukosa
CHO + H₂O → 2CHO
Laktase, enzim yang mengubah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa
Pektinase, enzim yang menguraikan pectin menjadi asam pectin.
Sukrase, enzim yang mengubah sukrosa (gula tebu) menjadi glukosa dan fruktosa
Selulase, enzim yang menguraiakan selulosa menjadi selobiosa
Esterase,
Esterase adalah enzim-enzim yang memecah golongan ester
Protease
Protease adalah enzim-enzim yang menguraikan golongan protein, seperti:
Peptidase, enzim yang menguraikan peptide menjadi asam amino
Renin, enzim yang menguraiakan kasein dari susu
Gelatinase, enzim yang menguraikan gelatin
d. Liase
Enzim ini adalah reaksi katalitik penambahan ikatan ganda pda molekul dan juga
pengusiran gugusan kimiawi
e. Ligase
Enzi mini berperan dalam pembentukan ikatan disertai pemecahan atau penambahan
ATP (adenosine trifosfat)
f. Isomerase
Enzi mini berperan dalam reaksi pengubahan suatu senyawa menjadi isomer
(isomerasi)
Katabolisme
Katabolisme merupakan reaksi kimiawi yang membebaskan energi melalui perombakan
nutrient disebut juga reaksi disimilasi. Bila sel merombak ikatan-ikatan kimiawi tertentu selama
metabolisme, energi yang dilepaskan menjadi tersedia dalam melangsungkan kerja biologis.
Mikroba heterotrofik non fotosintetik memperoleh energinya dari proses oksidase senyawa-
senyawa anorganik. Mikroba fotosintetik memperoleh energinya dari cahaya.
Klorofil
CO₂ + 2H₂O + Sinar matahari → H₂O + (CH₂O)n + O₂
Klorofil
CO₂ + 2H₂B + Sinar matahari → H₂O + (CH₂O)n + 2B
Terdapat beberapa bakteri yang dapat melakukan metabolisme heterotrof. Di bawah ini
akan diuraikan proses metabolisme heterotrof oleh bakteri.
Jalur metabolisme bakteri juga dapat dibedakan menjadi dua kelompok, yaitu sebagai
fermentatif dan respirasi. Perbedaan kedua jalur ini terletak pada reseptor elektron terakhir yang
digunakan.
Respirasi terjadi pada saat elektron yang dibebaskan akan bereaksi oksidasi melalui
serangkain elektron yang menyebabkan keluarnya proton melalui membran sel dan
energi dialirkan melalui fosforilasi oksidatif. Sedangkan,
Fermentasi adalah proses yang berlangsung dalam keadaan anaerob dimana proses
ini tidak melibatkan serangkaian transfer elektron yang dikatalis oleh enzim yang
terdapat dalam membran sel. Dalam hal ini elektron dan proton ditransfer langsung
dari senyawa yang oksidatif menuju senyawa organik intermediate yang lain yang
pada akhirnya terbentuk hasil fermentasi yang stabil. Pada proses fermentasi, terjadi
pengumpulan hasil akhir dimana oleh bakteri tidak dapat dioksidasi lebih lanjut.
Fermentasi
Dalam proses fermentasi, produk intermediet yang terbentuk dari katabolisme senyawa
organik seperti glukosa memiliki peran sebagai aseptor elektron terakhir menyebabkan senyawa
produk akhir fermentasi yang stabil terbentuk. Misalnya, mikroorganisme pada umumnya
mengubah glukosa menjadi gula dan asam piruvat. Selama proses ini juga mikrooragnisme akan
membentuk NHDA dan jika mikroorganisme ingin melakukan metabolisme lebih lanjut harus
melepaskan elektronnya kepada aseptor yakni menggunakan asam piruvat atau beberapa produk
sebagi aseptor elektron terakhir. Bila pada proses fermentasi tidak terjadi transfer elektron maka
ikatan fosfat berenergi tinggi akan terbentuk melalui fosfolirasi substrat. Dalam hal ini senyawa
intermediet dioksidasi, energi yang dilepaskan dikonversi langsung ke dalam ikatan yang
mengandung energi tinggi. Senyawa yang mengandung energi tinggi tersebut selanjutnya dapat
ditransfer ke ADP untuk dibentuk menjadi ATP sebagaimana.
Glukosa
Glukosa 6P
Frukrosa 6P
1,3 bifosfogliserat(2)
3P gliserat (2)
PEP (2)
H₂O
Berakhir berproduksi
Keterangan skema
Skema di atas adalah jalur Embden-Meyerhof yakni untuk disimilasi glukosa. Pada setiap
molekul fruktosa 1,6 biP dipecah menjadi 3 senyawa 3C yang seimbang. Senyawa gliseraldehid
3P dioksidasi, sehingga senyawa dihidroksi aseton P dikonversi menjadi giseraldehid dikonversi
menjadi gliserardehid 3P(2). Melalui skema di atas juga diketahui bahwa molekul ATP
dibutuhkan untuk mengawali reaksi, akan tetapi 4 molekul ATP terbentuk selama disimilasi 1
molekul glukosa menjadi dua molekul piruvat. Di lai hal juga terbentuk 2 molekul NADH yang
dioksidasi dengan pelepasan proton dan elektron pada aseptor elektron terakhir.
Jalur-jalur Fermentasi
Pada skema di atas, terdapat asam piruvat sebagai hasil akhir, sesui dengan tipe organism asam
piruvat dapat dimetabolisme lebih lanjut untuk menghasilkan produk akhir fermentasi seperti
ditunjukkan di bawah ini:
1. Fermentasi Asam homolaktat
Dilakukan oleh beberapa bakteri Streptococcus dan lactobacillus
NADH NAD+
Asam piruvat → asam laktat
NADH NAD+
Asam piruvat → Asam laktat
CO2
3 asam piruvat → asam asetat
6. Fermentasi Asam Butirat, butanol, dan aseton
Bakteri yang melakukan fermentasi tersebut adalah Clostridium
4CO2
4 asam piruvat → 4 asetil CoA → asam asetat
Kesimpulan bahwa berbagai macam senyawa dapat berperan sebagai aseptor elektron terakhir
sehingga produk akhir dari fermentasi juga berbeda-beda. Dalam hal fermentasi asam laktat atau
alcohol hanya satu macam. Tidak semua bakteri melakukan metabolisme gula melalui jalur
embden-meyerhof.
Respirasi Mikroba
Respirasi merupakan penggunaan serangkaian transfor elektron untuk mentrasnfer
elektron menuju aseptor elektron terakhir. Energi diperoleh melalui fosporilasi oksidatif tetapi
dalam prosesnya bisa menggunakan oksigen sebagai aseptor elektron terakhir (respirasi aerob)
atau senyawa anorganik lain (respirasi anaerob).
Respirasi Aerob
Seperti yang disebutkan diatas terdapat banyak bakteri yang mampu menggunakan
oksigen sebagai aseptor elektron terakhir. Dalam kasus ini tidak diperlukan reduksi senyawa
intermediator seperti dalam proses fermentasi. Pada respirasi aerob senyawa-senyawa
TCA cycle
Metabolisma suksinil COA 2 ATP
Oksidasi 6 NADH 18 ATP
Oksidasi 2 FADH 4 ATP
Respirasi Anaerob
Selain metabolisme aerob dan fermentasi terdapat metabolisma lain yang pada umumnya
bersifat anaerob. Hanya saja mikroorganisma tersebut tidak melakukan fermentasi. Bakteri
tersebut menggunakan senyawa anorganik sebagai aseptor elektron terakhirnya. Organisme
tersebut dapat dibagai dalam 3 kelompok yaitu : reducer sulfat, reducer nitrat dan bakteri metan.
Meskipun tipe metabolismenya adalah anaerob, elektron yang dibebaskan melalui reaksi oksidasi
ditransfer melalui serangkaian transfer elektron dan energi dihasilkan melalui fosforilasi
SO ₄²ˉ+ 8 e- + 8 H+ →S²ˉ + H ₂O
Nitrat Reducer
Kebanyakan mikroorganisma yang dapat menggunakan nitrat sebagai aseptor elektron
terakhir adapat dikatakan sebagai fakultatif. Jadi dalam keadan anaerob dapat menggunakan
nitrat jika tersedia. Jika tidak, mikroorganisma akan melakukan metabolisma aerob ataupun
permetasi. Kelompok bakteri ini antara lain: Escherichia, Enterobakter, Bacillus, Pseudomonas,
Mikrocoocus dan Rhizobium. Mikroorganisam tersebut mereduksi nitrat menjadi nitrogen bebas.
Reaksinya :
2NO₃ˉ+ 12 eˉ + 12 H+ → N2 + 6 H₂0
Proses ini disebut dengan Denitrifkasi yang merupakan masalah serius bagi pertanian
karena menyebabkan hilangnya nitrat dari tanah. Akan tetapi proses tersebut sangat bermanfaat
untuk mengambil nitrogen dari limbah tinja atau limbah yang lain.
Bakteri Metan
Kelompok bakteri ini dapat menggunakan CO2 sebagai aseptor elektron dan
mereduksinya manjadi metan. Mikroorganisme ini terdapat dalam usus binatang ruminansia.
Bakteri ini dapat menghasilkan gas metan sebanyak 60 L setiap hari. Reaksinya,