Struktur Molekul Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan

organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa (Gambar 2.1.b). Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5metilurasil. Gambar 2.1. Komponen-komponen asam nukleat a) gugus fosfat b) gula pentosa c) basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja. Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’, 2’, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik (Gambar 2.2). Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2’-

Sekuens asam nukleat Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja. Ikatan fosfodiester dan ikatan glikosidik pada asam nukleat Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada nukleotida berikutnya. Selanjutnya. asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang sangat bermuatan negatif. Sebagai contoh.deoksiribo)nukleosidanya deoksitimidin.Crick.Watson dan F. Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif.D. deoksiguanosin. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5’→ 3’. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3’ gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung 3’. Inilah alasan pemberian nama ’asam’ kepada molekul polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N. Model tersebut dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Oleh karena itu. Ikatan fosfodiester terdiri atas deoksiadenosin. Secara alami DNA pada umumnya mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester (Gambar 2. Gambar 2.2. rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Jadi. Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan. J. deoksisitidin. maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. seperti halnya pada kromosom dan plasmid bakteri. dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5’ di sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan. Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5’ gula pentosa. Dengan demikian. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai arah tertentu. akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester. sedangkan yang lain 3’→ 5’). mengajukan model struktur molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan dasar dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA. juga harus dilihat dari arah pembacaannya.2).H.C. pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. Kenyataannya. Fosfat dan gula pada masing- . ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5’. dan Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N. Struktur tangga berpilin (double helix) DNA Dua orang ilmuwan. spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya. suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu sekuens RNA dituliskan 5’-GGUCUGAAUG-3’. Kecuali yang berbentuk sirkuler.

Akan tetapi. G = guanin. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen).4 nm. kedua rantai tersebut sejajar. Dengan perkataan lain. sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga.masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan. sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. 3’ 5’ 5’ 3’ Gambar 2. sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang sangat khas sebagai pasangan – pasangan basa antara kedua rantai. kondisi semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium larutan fisiologis dengan kadar garam rendah seperti halnya yang terdapat di dalam protoplasma sel hidup.34 nm. Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa dalam . akan dijumpai jika DNA berada dalam medium dengan kadar garam tinggi. misalnya bentuk A. maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan. maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’. T =timin Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0. Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik. Jadi. Artinya. Dalam hal ini. jika rantai yang satu dibaca dari arah 5’ ke 3’. C = sitosin. maka jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap. Namun. DNA semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B atau bentuk yang sesuai dengan model asli Watson-Crick.3. kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel). Bentuk yang lain. Model struktur tangga berpilin DNA P = fosfat S =gula A = adenin. Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling komplementer. Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua. di dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara dua basa yang tegak lurus di dalam masingmasing rantai menjadi 3. Sementara itu. begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui. basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya.

Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekulmolekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. Sebagai contoh. Padahal. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. di dalam asam mineral yang lebih encer. yaitu bentuk molekul DNA yang mempunyai arah pilinan spiral ke kiri. asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya. ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat. artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain bergantung kepada kondisi lingkungannya. perubahan ini akan menyebabkan ter . pengaruh alkali. pengaruh asam. denaturasi kimia. tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa. Namun. Selain itu. sebenarnya tidaklah demikian. viskositas. Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA. Namun. Modifikasi struktur molekul RNA Tidak seperti DNA. Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik basa. Jadi. sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat.setiap putaran spiral. RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA). Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA. yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA). molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai struktur sekunder. misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC. Struktur mRNA dikatakan sebagai struktur primer. modifikasi struktur juga terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri (intramolekuler). dan kerapatan apung. Ikatan hidrogen di antara pasanganpasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Pengaruh asam Di dalam asam pekat dan suhu tinggi. kita mengenal tiga macam RNA. ada pula bentuk Z. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. Perbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing. Bermacam-macam bentuk DNA ini sifatnya fleksibel. dan RNA ribosomal (rRNA). Selanjutnya. hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.