Struktur Molekul Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan

organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa (Gambar 2.1.b). Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5metilurasil. Gambar 2.1. Komponen-komponen asam nukleat a) gugus fosfat b) gula pentosa c) basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja. Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’, 2’, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik (Gambar 2.2). Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2’-

asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang sangat bermuatan negatif. Sebagai contoh. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3’ gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung 3’. seperti halnya pada kromosom dan plasmid bakteri. Ikatan fosfodiester terdiri atas deoksiadenosin. Kecuali yang berbentuk sirkuler. Ikatan fosfodiester dan ikatan glikosidik pada asam nukleat Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada nukleotida berikutnya. Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5’ gula pentosa. dan Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N. suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu sekuens RNA dituliskan 5’-GGUCUGAAUG-3’. deoksiguanosin. akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester. Struktur tangga berpilin (double helix) DNA Dua orang ilmuwan. pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan. mengajukan model struktur molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan dasar dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA. Selanjutnya.C.Watson dan F. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5’→ 3’. Inilah alasan pemberian nama ’asam’ kepada molekul polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N. Secara alami DNA pada umumnya mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini. Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif.2).D. Model tersebut dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Sekuens asam nukleat Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja.H. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai arah tertentu. dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5’ di sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan. juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Gambar 2. Oleh karena itu. rantai polinukleotida memiliki dua ujung. maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Fosfat dan gula pada masing- . deoksisitidin. Jadi. Dengan demikian. ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5’. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester (Gambar 2. spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya. Kenyataannya.deoksiribo)nukleosidanya deoksitimidin. sedangkan yang lain 3’→ 5’).Crick.2. J.

akan dijumpai jika DNA berada dalam medium dengan kadar garam tinggi. kedua rantai tersebut sejajar.masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan. Bentuk yang lain. Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling komplementer. Akan tetapi. misalnya bentuk A. DNA semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B atau bentuk yang sesuai dengan model asli Watson-Crick.4 nm. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). G = guanin. Artinya.3. Jadi. Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua. T =timin Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0. Dengan perkataan lain.34 nm. sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui. Model struktur tangga berpilin DNA P = fosfat S =gula A = adenin. Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik. jika rantai yang satu dibaca dari arah 5’ ke 3’. maka jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap. kondisi semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium larutan fisiologis dengan kadar garam rendah seperti halnya yang terdapat di dalam protoplasma sel hidup. 3’ 5’ 5’ 3’ Gambar 2. Dalam hal ini. Namun. Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa dalam . maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan. basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya. di dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara dua basa yang tegak lurus di dalam masingmasing rantai menjadi 3. sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel). maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’. Sementara itu. sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang sangat khas sebagai pasangan – pasangan basa antara kedua rantai. C = sitosin.

Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA. sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai struktur sekunder. Bermacam-macam bentuk DNA ini sifatnya fleksibel. Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik basa. Sebagai contoh. tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa. misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC. pengaruh asam. Pengaruh asam Di dalam asam pekat dan suhu tinggi. Struktur mRNA dikatakan sebagai struktur primer. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. dan kerapatan apung. pengaruh alkali. peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. kita mengenal tiga macam RNA. ada pula bentuk Z. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekulmolekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. viskositas. denaturasi kimia. hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik. dan RNA ribosomal (rRNA). sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA). Selain itu. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat. asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya. Modifikasi struktur molekul RNA Tidak seperti DNA.setiap putaran spiral. Namun. yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA). Namun. perubahan ini akan menyebabkan ter . yaitu bentuk molekul DNA yang mempunyai arah pilinan spiral ke kiri. di dalam asam mineral yang lebih encer. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. modifikasi struktur juga terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri (intramolekuler). ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat. Ikatan hidrogen di antara pasanganpasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. Selanjutnya. Jadi. Perbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing. Padahal. Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA. artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain bergantung kepada kondisi lingkungannya. sebenarnya tidaklah demikian.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful