P. 1
Struktur Molekul

Struktur Molekul

|Views: 169|Likes:

More info:

Published by: Asri Adyttia SparKyu on May 17, 2011
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOC, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

11/04/2012

pdf

text

original

Struktur Molekul Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan

organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa (Gambar 2.1.b). Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5metilurasil. Gambar 2.1. Komponen-komponen asam nukleat a) gugus fosfat b) gula pentosa c) basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja. Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’, 2’, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik (Gambar 2.2). Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2’-

Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai arah tertentu. juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dengan demikian. spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya.Watson dan F. Inilah alasan pemberian nama ’asam’ kepada molekul polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N. mengajukan model struktur molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan dasar dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA.deoksiribo)nukleosidanya deoksitimidin. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester (Gambar 2.Crick. Model tersebut dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Selanjutnya. Jadi.C. Ikatan fosfodiester terdiri atas deoksiadenosin. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5’→ 3’. deoksiguanosin. Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan. Struktur tangga berpilin (double helix) DNA Dua orang ilmuwan.D. Secara alami DNA pada umumnya mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini. ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5’. rantai polinukleotida memiliki dua ujung. deoksisitidin. asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang sangat bermuatan negatif. Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif. akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester. Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5’ gula pentosa. J.H. Gambar 2.2). Kecuali yang berbentuk sirkuler. dan Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N. Kenyataannya. pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. sedangkan yang lain 3’→ 5’). Fosfat dan gula pada masing- . Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3’ gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung 3’. Sekuens asam nukleat Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja. maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5’ di sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan.2. Ikatan fosfodiester dan ikatan glikosidik pada asam nukleat Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada nukleotida berikutnya. Oleh karena itu. suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu sekuens RNA dituliskan 5’-GGUCUGAAUG-3’. Sebagai contoh. seperti halnya pada kromosom dan plasmid bakteri.

sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang sangat khas sebagai pasangan – pasangan basa antara kedua rantai. kondisi semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium larutan fisiologis dengan kadar garam rendah seperti halnya yang terdapat di dalam protoplasma sel hidup. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel). Namun. maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan. sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Jadi. C = sitosin. G = guanin. T =timin Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0. akan dijumpai jika DNA berada dalam medium dengan kadar garam tinggi. Akan tetapi. jika rantai yang satu dibaca dari arah 5’ ke 3’. Dalam hal ini.34 nm. misalnya bentuk A. Sementara itu.3.masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan. maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’. maka jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap. Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling komplementer. Artinya. Dengan perkataan lain. 3’ 5’ 5’ 3’ Gambar 2. Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik.4 nm. sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa dalam . DNA semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B atau bentuk yang sesuai dengan model asli Watson-Crick. Bentuk yang lain. basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya. begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui. di dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara dua basa yang tegak lurus di dalam masingmasing rantai menjadi 3. Model struktur tangga berpilin DNA P = fosfat S =gula A = adenin. Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua. kedua rantai tersebut sejajar.

Modifikasi struktur molekul RNA Tidak seperti DNA. tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa.setiap putaran spiral. pengaruh asam. Sebagai contoh. Bermacam-macam bentuk DNA ini sifatnya fleksibel. kita mengenal tiga macam RNA. peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai struktur sekunder. Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik basa. yaitu bentuk molekul DNA yang mempunyai arah pilinan spiral ke kiri. Selanjutnya. perubahan ini akan menyebabkan ter . Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA. modifikasi struktur juga terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri (intramolekuler). Ikatan hidrogen di antara pasanganpasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain bergantung kepada kondisi lingkungannya. di dalam asam mineral yang lebih encer. asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya. pengaruh alkali. denaturasi kimia. Jadi. molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. ada pula bentuk Z. Selain itu. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. dan kerapatan apung. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekulmolekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. sebenarnya tidaklah demikian. Padahal. Struktur mRNA dikatakan sebagai struktur primer. Perbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat. sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Namun. Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA. dan RNA ribosomal (rRNA). Namun. hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik. RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA). viskositas. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat. yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA). misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC. Pengaruh asam Di dalam asam pekat dan suhu tinggi.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->