Makalah Biokimia Umum II

METABOLISME PROTEIN DAN ASAM NUKLEAT
D S U S U N

Oleh :
Nama : Fitra Jaya Burnama Nim : 0705105010056

FAKULTAS PERTANIAN JURUSAN TEKNOLOGI HASIL PERTANIAN UNIVERSITAS SYIAH KUALA DARUSSALAM-BANDA ACEH 2011

KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmanirrahim… Puji syukur kita sampaikan kehadirat Allah SWT, yang telah melimpahkan rahmad dan karuniaNya berupa nikmat dan kesehatan, iman dan ilmu pengetahuan. Ringkasan makalah ini bertujuan untuk melengkapi tugas mahasiswa dalam pemahaman tentang proses dari METABOLISME PROTEIN DAN KARBOHIDRAT. Kami sepenuhnya menyadari bahwa masih banyak kekurangan dan kesalahan dalam menyusun makalah ini, maka dari itu kritik dan saran yang bersifat konstruktif sangat kami harapkan demi kesempurnaan makalah ini. Kami mengucapkan terima kasih kepada Ibu atas ide dan saranya, serta menilai dan memeriksa makalah ini. Akhirnya saya mengharapkan semoga makalah ini mendapatkan keridhaan dari Allah SWT, dan dapat memberikan manfaat bagi saya sendiri dan kepada semua pembaca. Amin

Darussalam, 17 April 2011

Secara umum. dan dipercepat (dikatalisis) oleh enzim. Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. Sedangkan untuk katabolisme itu sendiri yaitu reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi. untuk diserap oleh sel tubuh. termasuk yang terjadi di tingkat selular. bekerja. Pada .I Latar Belakang Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme. Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap organisme untuk dapat bertahan hidup.BAB I PENDAHULUAN I. 2. dan buang air besar. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik yaitu: 1. untuk diserap oleh sel tubuh. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik. Secara umum. “Ars de statica medecina” yang membuatnya terkenal di Eropa. Dia menemukan bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannnya hilang dari tubuh melalui “perspiratio insensibilis” (mungkin dapat diterjemahkan sebagai keringatan yang tidak tampak). berpuasa makan atau minum. yang melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi yang digantung pada sebuah timbangan besar sebelum dan sesudah makan. Arah lintasan metabolisme ditentukan oleh suatu senyawa yang disebut sebagai hormon. Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan oleh Santorio pada tahun 1614 di dalam bukunya. Dan anabolisme merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. tidur. Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang dilakukannya. Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa molekul organik untuk mendapatkan energy.

Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks. gula pentosa. dan guanin dapat ditemukan pada RNA maupun DNA. yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin). Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. sebuah gula pentosa. sedangkan timin dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA. RNA merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah nukleotida. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. sitosin. dan monomer penyusunnya adalah nukleotida.senyawa organik. dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). satu gugus pentosa. Selain itu. dan sebuah gugus fosfat. Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen. Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. penentu arah reaksi kimia disebut promoter dan penentu mempercepatan reaksi kimia disebut katalis. DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2deoksiribosa). berbobot molekul tinggi. Asam nukleat merupakan biopolimer. . Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetik. dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus. basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenin. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut (misalnya. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat.

serta penyerapannya keseluruh bagian tubuh yang memerlukannya. Proses sintesis itu disebut anabolisme dan proses penguraian disebut katabolisme. begitu juga dengan proses sintesis dan penguraian berlangsung dalam berbagai jalur metabolisme. Semua reaksi metabolism dikatalisis oleh enzim. I. termasuk reaksi yang sederhana seperti penguraian asamkarbonat menjadi air dan karbondioksida.Metabolisme meliputi proses sintesis dan proses penguraian senyawa atau komponen dalam sel hidup.2 Tujuan Makalah ini Adapun tujuan pembuatan makalah ini untuk mengetahui proses metabolisme dan katabolisme protein dan asam nukleat dalam tubuh . proses pemasukan dan pengeluaran zat kimia dari dan ke dalam sel melalui membran proses biosintesis protein yang panjang dan rumit atau pun proses penguraian bahan makanan dalam sistem pencernaan mulai dari mulut. dan penyerapan hasil penguraian tersebut melalui dinding usus. lambung. usus.

BAB II PEMBAHASAN 2. Biosintesis protein Manusia memakan banyak protein untuk menggantikan protein endogen. Biosintesis asam amino 4. . Jalur katabolisme merupakan beberapa proses dengan zat yaitu: Jalur sangat panjang (contohnya triptophan) sementara yang lainnya pendek (contohnya alanin).1 Metabolisme Protein Protein bersama karbohidrat dan lemak merupakan sumber energi bagi tubuh. Asam amino esensial dapat disintesis oleh tubuh namun tetap diperlukan asupan dari makanan untuk menjaga keseimbangan asam amino tersebut di dalam tubuh. Asam amino esensial ialah asam amino yang tidak dapat disintesis oleh tubuh. Di dalam tubuh mamalia asam amino terbagi menjadi dua bagian yaitu asam amino esensial dan non esensial. H2O dan energi (ATP) melalui siklus asam sitrat dan rantai pernafasan. Metabolisme protein meliputi: 1. protein tersusun dari molekul-molekul yang disebut asam amino. Rantai karbon asam amino mengalami proses katabolisme yang diubah menjadi CO2. Oksidasi asam amino 3. Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino 2. Beberapa jalur asam amino menunjukkan hasil akhir produk katabolisme utama seperti pada gambar 1. Kelebihan asam amino tidak dapat disimpan karena langsung mengalami katabolisme dalam tubuh.

Protein Tubuh Protein di dalam tubuh terdiri dari ¾ zat padat dari protein yaitu otot. protein plasma. Jalur metabolisme asam amino dalam siklus asam sitrat Setiap asam amino didegradasi menjadi piruvat atau zat siklus asam sitrat lainnya dan dapat menjadi prekrusor sintesis glukosa di hepar yang disebut glikogenik atau glukoneogenik.Gambar 1. antibodi. Protein merupakan rangkaian asam amino dengan ikatan peptida dan banyak protein terdiri dari ikatan komplek dengan fibril menjadi . hanya sebagian dari rantai karbonnya yang digunakan untuk mensintesis glukosa karena sisa rantai karbon di ubah menjadi asetil koa yang tidak dapat digunakan untuk sintesis glukosa. Untuk beberapa asam amino seperti tirosin dan fenilalanin. hormon. A. enzim. Protein Tubuh dan Fungsinya 1.

Asam amino dibedakan: asam amino esensial dan asam amino non esensial 2. valin → histidin. Macam-macam protein: 1. Hati merupakan jaringan utama untuk menyimpan dan mengolah protein d. Antara asam amino saling berikatan dengan ikatan peptide 5. Transport protein 1. leusin. kuku). Jika jumlah protein terus meningkat → protein sel dipecah jadi asam amino untuk dijadikan energi atau disimpan dalam bentuk lemak. Asam amino non esensial: SAGA SATGA (serin. Protein diabsorpsi di usus halus dalam bentuk asam amino → masuk dalam darah 2. tulang). Lipoprotein: gabungan lipid dan protein b. Glikoprotein: gabungan glukose dengan protein 6. lisin. arginin. Asam amino esensial: T2L2V HAMIF (treonin. Peptide: 2 – 10 asam amino 2. tirosin. kartilago. . Polipeptide: 10 – 100 asam amino 3. keratin (rambut. asam glutamat) c. isoleusin. Dalam darah asam amino disebar keseluruh sel untuk disimpan 3.protein fibrosa. asparadin → sistein. triptofan. elastin (arteri). glutamin. Didalam sel asam amino disimpan dalam bentuk protein (dengan menggunakan enzim) 4. fenilalanin) 3. asam aspartat. metionin. Penggunaan Protein Untuk Energi 1. Ada beberapa macam protein dan asam amino diantaranya sebagai berikut: a. glisin. dan aktin-miosin. Asam amino 1. alanin. Protein: > 100 asam amino 4. ada beberapa macam protein fibrosa seperti: kolagen (tendon.

protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. Struktur pertama adalah struktur primer. Informasi yang menentukan urutan asam amino suatu protein tersimpan dalam molekul DNA dalam bentuk kode genetik. yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja pada tingkat molekular. B. fibrous protein. Suatu sistem metabolisme akan terganggu apabila biokatalis yang berperan di dalamnya mengalami kerusakan. dan kuku. Selain itu protein juga dapat berperan sebagai biokatalis untuk reaksi-reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup. maka protein struktural adalah dinding batu-batanya. Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain.2. seperti kolagen. Beberapa protein struktural. sebagai contoh α dan β -keratin yang terdapat pada kulit. Struktur protein terdiri dari empat macam struktur. Struktur ini terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida. Fungsi Protein Fungsi dari protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam dua kelompok besar. rambut. Deaminasi merupakan proses pembuangan gugus amino dari asam amino sedangkan transaminasi adalah proses perubahan asam amino menjadi asam ket 2. Sebelum kode genetik ini . Struktur Protein Bagaimana suatu protein dapat memerankan berbagai fungsi dalam sistem makhluk hidup? Jawabnya adalah terletak pada strukturnya. Sedangkan protein struktural lain ada juga yang berfungsi sebagai perekat. Pemecahan protein jadi asam amino terjadi di hati dengan proses deaminasi atau transaminasi 3. Apabila tulang dan kitin adalah beton. Makromolekul ini mengendalikan jalur dan waktu metabolisme yang kompleks untuk menjaga kelangsungan hidup suatu organisma. berfungsi sebagai pelindung.

Ikatan yang membentuk struktur ini. didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping . Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi urutan asam amino (Gambar 1). Pada struktur sekunder. Skema Aliran Informasi Genetik dari DNA ke Protein Struktur yang kedua adalah struktur sekunder.diterjemahkan menjadi asam-asam amino yang membangun struktur primer protein. melalui rantai samping asam amino. yaitu dalam bentuk molekul RNA. Gambar 1. mula-mula kode ini disalin kedalam bentuk kode lain yang berpadanan dengan urutan kode genetik pada DNA. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi. protein sudah mengalami interaksi intermolekul.

a-heliks Gambar-2. Disini interakasi intra molekuler seperti ikatan hidrogen. kemudian dikemas sedemikian rupa sehingga membentuk struktur tiga dimensi yang paling pavorable secara termodinamika. van der Waals. hidropobik dll turut menentukan orientasi struktur 3 dimensi dari protein (Gambar 3). ikatan ion. b-sheet itu sendiri ada yang paralel dan juga ada yang anti-paralel. Struktur Sekunder Protein b-sheet Struktur-struktur sekunder ini. . bergantung pada orientasi kedua rantai polipeptida yang membentuk struktur sekunder tersebut.yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. yaitu: a-heliks dan b-sheet (Gambar 2). Struktur ruang ini adalah struktur ketiga atau juga dinamakan struktur tersier. Ada dua jenis struktur sekunder.

Intraksi intermolekul antar sub unit protein ini membentuk struktur keempat/kwaterner (Gambar 4). Tentu saja struktur yang paling pavorable secara termodinamika saja yang akan terbentuk. maka jumlah struktur 3 dimensi yang mungkin adalah 20100 struktur. Karena banyaknya kemungkinan struktur ini. Hingga saat ini tidak satu sintetik polimerpun yang memiliki monomer sebanyak protein. Gambar-4. Bisa dibanyangkan berapa peluang kemungkinan struktur 3 dimensi yang mungkin terbentuk dengan monomer sebanyak ini. Struktur Kwaterner Protein. Bila saja protein memiliki panjang 100 residu asam amino.Gambar-3. bila dalam protein ini ke dua puluh asam amino tersebut dipakai untuk mensintesis protein. dengan kata lain multi subunit. Struktur Tersier Protein Banyak molekul protein yang memiliki lebih dari satu struktur tersier. Setiap subunit protein dapat melakukan komunikasi dan saling mempengaruhi satu sama lain melalui interaksi intermolekular ini. maka protein dapat memerankan berbagai macam fungsi. Jumlah monomer asam amino yang membangun suatu protein adalah 20 asam amino. Perubahan pada struktur .

Beberapa penyakit pada manusia disebabkan oleh perubahan struktur dari protein yang merusak fungsi dari protein tersebut. tirosin. Pada awalnya. lalu bagaimana dengan prion? Dari hasil pencarian yang panjang. Salah satu contoh pentingnya struktur tiga dimensi adalah pada fenomena yang sangat terkenal saat ini. C. Dari hasil ini. sehingga aktifitasnya yang tertinggi ialah di dalam lambung.akan mempengaruhi fungsi dari protein. saat gen ini diekspresikan dan proteinnya di injeksikan ke dalam tubuh tikus percobaan. Pencernaan Protein Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. bagaimana protein ini bisa diturunkan dan bertambah jumlahnya di dalam tubuh tanpa adanya gen yang mengkodenya. para ahli biokimia memprediksi adanya struktur lain diluar struktur protein PrP normal. Virus saja untuk berkembang biak harus memasukan DNAnya ke dalam inang. Dari sini para ilmuan lalu menyimpulkan bahwa prion tidak memiliki DNA ataupun RNA. Penyakit ini belakangan diketahui disebabkan oleh protein yang dikenal dengan nama prion. metionin) atau dikarboksilat (glutamat dan aspartat). Enzim ini tidak . yang menyebabkan penyakit. Hasil penelitian menunjukan bahwa protein ini lebih tahan terhadap serangan protease dibanding protein biasa. Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. PH optimum ialah 2. Tetapi. triptofan). tetapi saat dimasukan protease aktivitasnya menurun. hidrofobik (leusin. yaitu penyakit sapi gila di Inggris. aktivitas prion tidak menurun. Protease adalah suatu enzim yang berfungsi untuk mengurai protein. ternyata ditemukan bahwa gen yang mengkode prion terdapat disetiap organisma hidup yang menjadi inang untuk berkembangnya prion. para ilmuan sangat sukar memahami bagaimana mungkin protein bisa menjadi desease agent dan dapat diturunkan. isoleusin. tidak dideteksi adanya penyakit. Gen tersebut dikenal sebagai PrP. Penelitian lain juga mendapati bahwa saat DNAase dan RNAase dimasukan ke dalam sistem. Lalu.

Pengaktifannya menjadi pepsin dilakukan oleh asam lambung dan secara otokatalisis juga oleh pepsin itu sendiri yang sudah terbentuk. Peristiwa ini mengubah konformasi dan mengaktifkan protein tersebut.– lis lis – – tir tir – – arg – gli gli – – ile ile – – I             Gambar .bekerja lagi bila berada pada pH yang tinggi seperti yang terdapat di dalam usus halus. Ini pada gilirannya mengaktifkan suatu kinase protein. Histamin meningkatkan proses sekresi H+ dengan cara meningkatkan konsentrasi cAMP intrasel.-. kinase tersebut memfosforilasikan anhidrase karbonat sehingga aktifitasnya pun bertambah. Oleh karena pH yang rendah dari lambung sangatlah musthak bagi kerja enzim dan pada kenyataannya mampu pula menghidrolisis beberapa ikatan peptida. dilepaskan 42 asam amino dari ujung NH2 bebas pada molekul \ imogen tadi. Dengan demikian jelaslah bahwa proses ini memerlukan energi. Pada proses pengaktifan ini. Hidrolisis ATP ini dikaitkan dengan pertukaran K+ dengan H+. maka perlu pulalah agaknya diuraikan secara singkat bagaimana pHyang tidak lazim ini dicapat ion H dalam lambung adalah hasil sekresi sel-sel parital. Pemecahan protein oleh pepsin. yang pada kenyataannya didapat dengan cara hidrolisis ATP. karena konsentrasi H + di dalam sel ialah sebesar 10-7 M. sedangkan di luar sel lambung sebesar 10-1M. I – I – phe – metval val – – leu leu – – trp trp – arg – – ala ala – – aspasp – I phe – met -. Melalui suatu jeram reaksi yang mirip dengan yang ditemukan pada metabolisme glikogen. Hormon gastrin menyebabkan hal yang sama. Peristiwa sekresi ini berlangsung dengan melawan gradien. H+ intrasel berasal dari reaksi yang berkaitan dengan anhidrase karbonat. Pepsin disekresikan sebagai zmi ogen yang bernama pepsinogen. seperti yang terlukis pada Gambar . Zat seperti kafein yang menghambat pemecahan cAMP meningkatkan sekresi asam lambung. Enzim ini bekerja dengan cara mengaktifkan enzim histidin dekarboksilase sehingga .

Kira-kira 4% dari seluruh orang dewasa dan 40% dari seluruh orang yang berusia lebih dari 60 tahun kekurangan sekresi HCl di lambung. Di dalam usus.terbentuklah histamin. Selanjtnya yang bekerja ialah enzim karboksipeptidase yang bekerja memutus satu demi satu ikatan peptida yang tersisa pada berbagai peptida tadi. Akibatnya. Selain pepsin. kasein yang terdapat di dalam susu diubah oleh rennin menjadi parakasein. yang mengkoagulasikan susu. karboksipeptidase dan elastase. keadaan ini tidaklah menimbulkan gejala klinik yang berat. Semua enzim ini disekresikan dalam bentuk zimogen. dipeptida dan tripeptida. Selama proses hidrolisis oleh enzim-enzim tersebut berlangsung. Enteropeptidase atau enterokinase mampu mengubah tripsinogen menjadi tripsin. Dengan bantuan kalsium. Babungan hasil kerja enzim ini ialah monopeptida. prokarboksipeptidase dan poelastase. Tripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam-asam amino basa. sedangkan elastase selanjutnya bekerja terhadap ikatan peptida yang dibentuk asamamino alifatik. Keadaan ini disebut “achlorhydrea”. yaitu tripsin. pepsin mereka tidaklah aktif dan proses pencernaan protein barulah dimulai di usus halus. Tripsin. Pada orang-orang dengan keadaan ini. lambung juga mensekresikan enzim rennin. protein diolah oleh sejumlah enzim yang disekresikan oleh pancreas. Oleh karena ada beberapa enzim yang khas mencernakan protein. kimotripsin. kimotripsin dan elastase mempunyai serin pada situs katalitik masingmasing dan karena itu enzim-enzim ini dikelompokkan dalam robongan protease serin. segala peristiwa yang telah diuraikan tadi meningkat dan hasil akhirnya ialah meningkatnya produksi asam lambung. dari sisi gugus karboksil bebas. Sebaliknya tripsin yang sudah aktif ini akan mengaktifkan enzim-enzim lain yang masih berbentuk zimogen. dan juga enzim aminopeptidase yang bekerja dengan cara yang sama dari sisi gugus amino bebas. . Kimotripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam amino aromatik. yaitu kimotripsinogen. yang selanjutnya dihidrolisis oleh pepsin. Hal ini penting bagi anak kecil karena peristiwa ini mencegah pengosongan lambung yang terlalu cepat.

CO2 dan nitrogen dari aspartat menjadi urea. Bagian lain dari peptida atau protein yang dioleh dibebaskan oleh enzim. Daur urea terdiri atas lima reaksi yang mengubah ammonia. CO2 yang berada di dalam . sedangkan sisanya terjadi di sitoplasma. Daur ini terlukis pada gambar . Amonia dibentuk pada pemecahan asam amino dan asam nukleat oleh sel. negatif ataupun keseimbangan yang normal. Perlu diperhatikan bahwa dua reaksi dalam daur ini berlangsung di dalam mitokondria. ammonia yang dibentuknya dapat segera dipakai untuk sintesis urea. Glutamat ini sebaliknya dapat pula mengalami dehidrogenasi dan membebaskan ammonia.ujung karboksil dari suatu asam amino terikat secara kovalen dengan residu serin yang ada di situs katalitik. Selain itu ammonia juga dihasilkan oleh bakteri usus. dibebaskan dalam bentuk ammonia oleh kerja enzim ini. serin dehidratase dan sistein dehidratase adalah penghasil ammonia yang lain di dalam sel. Otot menggunakan glutamin dan juga alanin untuk membawa kelebihan nitrogen. Nitrogen yang diikat oleh glutamat. Oleh karena en\im ini ada di dalam mitokondria. Sesudah hidrolisis ester serin tersebut oleh air. Dalam reaksi yang pertama. Pemecahan berbagai \at dan menghasilkan ammonia ini terjadi baik pada keseimbangan nitrogen yang positif. berbagai oksidase asam amino kesemuanya menghasilkan ammonia. terutama dalam jaringan hati. Glutami yang sampai ke hati dapat membebaskan dua molekul ammonia dengan kerja sama dari glutaminase dan glutamat dihidrogenase. yang sebelumnya berasal dari reaksi transaminasi asam-asam amino yang lain. Blutaminase. Perlu diingat bahwa enzim yang diperlukan untuk sintesis glutamin berbeda dengan enzim yang diperlukan untuk memecahnya. reaksipun selesai. ialah reaksi yang dikatalisis oleh enzim glutamat dehidrogenase yang terdapat dalam mitokondria. Alanin dibuat dari piruvat. sumber terbesar dari ammonia sel. Histidase. suatu zat yang mudah ditemukan di mana-mana sebagai hasil metabolisme glukosa atau glikogen dan siap untuk dipakai  ketoglutarat sehinggga terbentuklah glutamat. Berbagai protease serin dapat dibuat tidak aktif dengan cara mengikatnya secara kovalen dengan diisopropil fluorofosfat. asparaginase. Sekali pun demikian.

Dua ikatan diperlukan untuk menghasilkan karbamoil fosfat dan dua lagi untuk kondensasi aspartat dengan sitrulin. Di dalam sitoplasma sitrulin ini berkondensasi dengan aspartat dan inilah reaksi yang ketiga. dapat diinduksi dalam hati oleh kortikosteroid adrenal dan triptofan. Dalam reaksi kedua yang juga terjadi de dalam mitokondria. karbamoil fosfat berkondensasi dengan ornitin sehingga terbentuklah sitrulin dan fosfat bebas. Sebagian enzim yang baru disintesis ini akan berada dalam bentuk laten yang memerlukan pengaktifan. Reaksi ini adalah reaksi yang mengatur laju sintesis urea. Enzim oksigenase yang merupakan metaloprotein besi pofirin. Ornitin ini kemudian masuk lagi ke dalam mitokondria dan menyelesaikan daur. Arginin dihidrolisis untuk menghasilkan urea dan ornitin. Reaksi ini adalah reaksi kedua yang mengatur laju sintesis urea. Triptofan juga menstabilkan enzim oksigenase terhadap reaksi penguraian proteolitik. Hasilnya terbentuklah karbamoil fosfat. Pengeluaran hidrolitik gugus formil pada . Dengan transaminasi maka aspartatpun terbentuk kembali. Dalam reaksi ini ATP diubah menjadi AMP. dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintetase dan memerlukan N-asetil glutamat sebagai suatu kofaktor. Arginosuksinat yang terbentuk sebagai produk diubah dalam reaksi keempat menjadi arginin dan fumarat.mitokondria mengalami fosforilasi oleh ATP dan kemudian berkondensasi dengan ammonia dengan menggunakan energi yang berasal dari hidrolisis satu molekul ATP lainnya. Fumarat dapat masuk ke dalam mitokondria dan dioksidasi menjadi oksaloasetat melalui daur Krebs. Proses katabolisme triptofan pada manusia merupakan penguraian seluruh atom karbon pada rantai samping maupun pada cincin aromatik menjadi senyawaantara amfiolik melalui lintasan kinurenin-antranilat (Gambar 4). Enzim triptofan oksigenase (triptofan pirolase) mengkatalisis reaksi pemutusan cincin indol dengan penyatuan dua atom dari molekul oksigen sehingga terbentuk senyawa Nformilkinurenin. Secara keseluruhan diperlukan empat ikatan fosfat kaya – energi atau ekivalen ATP untuk sintesis satu molekul urea. Triptofan oksigenase dihambat secara umpan balik oleh derivat asam nikotinat. termasuk NADPH. Selanjutnya sitrulin meninggalkan mitokondria.

Kinurenin dapat mengalami deaminasi lewat reaksi transaminasi. D.N-formilkinurenin yang dikatalisis oleh enzim kinurenin formilase pada hati akan menghasilkan senyawa kinurenin. Hidroksilasi memerlukan oksigen molekuler dalam reaksi yang tergantung NADPH dan serupa dengan reaksi hidroksilasi fenilalanin. Katabolisme serotonin diawali oleh oleh reaksi deaminase oksidatif yang dikatalisis enzim monoamin oksidase menjadi senyawa 5-hidroksiindolasetat (Gambar 5). Dekarboksilase selanjutnya akan membentuk serotonin (5-hidroksitriptamin). Metabolisme selanjutnya kinurenin akan melibatkan konversi senyawa ini menjadi 3-hidroksikinurenin yang kemudian menjadi 3hidroksiantranilat. Hasil utama katabolisme triptofan dalam urin yang normal adalah senyawa 5.hidroksiindolasetat dan indol-3 asetat. Proses Glikolisis . Ginjal mamalia. Senyawa ini pada manusia diekskresikan dalam urin (2-8 mg/dL). Triptofan membentuk sejumlah derivat indol tambahan. Senyawa 2-amino-3-hidroksi benzoil piruvat yang dihasilkan akan kehilangan air dan penutupan cincin yang terjadi secara spontan akan membentuk kinurenat. Hidroksilasi triptofan menjadi 5hidroksitriptofan dikatalisis selanjutnya oleh enzim tirosin hidroksilase hati. hati dan bakteri dalam feses manusia dapat mengadakan dekarboksilasi triptofan menjadi triptamin yang kemudian bisa teroksidasi menjadi senyawa inol-3 asetat.

guanin. Arus informasi genetik pada sel normal berawal dari DNA ke RNA terus ke protein. komplemen DNA-RNA (hibrid DNARNA) yang dihasilkan membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk diikuti hibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda. terjadi pengubahan secara kimia RNA yang terbentuk. Pada tahap ini asam-asam amino secara berurutan diikat satu dengan yng lain.k edua RNA polimerase mengkatalisis pemanjangan ikatan fosfodiester antara ribonukleotia trifosfat dan ujung 3’-fosfat melalui cara seperti DNA polimerase I. sesuai pesan yang diberikan DNA. Produk yang terbentuk adalah RNA yang komplementer dengan salah satu rantai DNA dupleks yang jadi cetakan. pada sintesis RNA tidak semua DNA ditranskripsi menjadi RNA. Proses sintesis RNA menyerupai pembentukan Dna tetapi ada perbedaan prinsip dimana kalau sintesis DNA seluruh urutan nkleotida DNA digandakan seperti DNA induk. terminasi dan pembebasan rantai polipeptida serta tahap pelipatan dan pengolahan. pemanjangan (elongasi) rantai polipetida. Sintesis RNA berdasarkan suatu cetakan DNA disebut proses transkripsi. Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5’-nya mengikat asam fosfat (gugus fosfat) dengan ikatan ester. DNA Girase. Keempat. Sintesis RNA (transkripsi) terdiri 4 tahap reaksi :pertama enzim RNA polimerase mengikat urutan basa spesifik. inisiasi rantai polipetida.ketiga. Sedangkan sintesis protein berdasarkan suatu cetakan RNA disebut Translasi. Basa purin dan pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin. Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah ribosa. sitosin .Protein pengikat. Nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau pirimidin) melalui ikatan glikosida. Berlangsung diribosom dan melalui 5 tahapan reaksi yakni aktivasi asam amino. hanya gen atau kolompok gen yang ditarnskripsi. Sintesis protein (translasi) yaitu molekul Rna yang terbentuk menerjemahkan informasi genetik ke dalam proses pembentukan protein.

Dilihat dari strukturnya. Metabolisme Asam Nukleat Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Ada dua macam asam nukleat. Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.dan timin. pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Basa N. purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa. . Sedangkan basa RNA terdiri atas adenin. Pada DNA. sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa. gula pentosa. yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T). Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. guanin. dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik). untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Akan tetapi. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. sitosin dan urasil. dan juga RNA. yaitu purin dan pirimidin. Dengan demikian nukleosida adalah penyusun nukleotida dan dapat diberi nama trivial dan nama sistematis seperti terlihat pada tabel berikut : II. baik pada DNA maupun pada RNA.

nukleotidanya akan ada empat macam. Komponen-komponen asam nukleat a). maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. dan sebuah basa N. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet'. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. Begitu pula. Namun. dan uridin monofosfat. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. dan deoksitimidin. Dengan demikian. Dengan perkataan lain. sitidin. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomermonomer berupa nukleotida. gula pentosa c). Dalam peran ini. deoksiguanosin. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. sebuah gula pentosa. . guanosin. yaitu adenosin monofosfat. dan uridin. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. deoksisitidin. gugus fosfat b). yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. Sebagai contoh. identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.A. setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. basa N Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas. sitidin monofosfat. Sementara itu. guanosin monofosfat. hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi.

yang dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti). tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa. Pengaruh asam Di dalam asam pekat dan suhu tinggi. . sebenarnya tidaklah demikian. yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi. Jadi. denaturasi kimia. misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC. asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. Lihat ekspresi genetic untuk keterangan lebih lanjut. monomer yang menyusun protein. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. A. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. dan kerapatan apung. pengaruh asam. b. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori 'dunia RNA'. viskositas. Padahal. Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA. RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organisme hidup memakai DNA. sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat.tiga urutan basa N. pengaruh alkali. a.

Pada konsentrasi yang relatif tinggi. hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik. Viskositas DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm. C. tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter. RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya. DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Selanjutnya. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh. Bahkan pada pH netral sekalipun. Denaturasi kimia Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH netral. DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Selain itu. senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi. Artinya. Kerapatan apung . d. perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik basa. peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. f. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Dengan demikian. e.Namun. di dalam asam mineral yang lebih encer. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Sebagai contoh.

sebuah gula pentosa.66 + 0. dan sebuah basa N. Dengan demikian. teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa.Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant density)-nya.7 g/cm3. 2’. yakni sekitar 1. Begitu juga. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi. Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’. Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. B. . setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik. DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat molekul tinggi.098% (G + C). Namun. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. dan seterusnya). Selain itu. Dalam hal ini. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik. maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein. misalnya sesium klorid (CsCl) 8M. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh. ρ = 1. Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar tabung dan protein akan mengapung. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida.

Dipecah lebih lanjut dg fosfodiesterase (ensim exonuclease non spesifik) menjadi monofosfat. . dan uridin sitidin. Begitu pula. dan uridin monofosfat. nukleotidanya akan ada empat macam. Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah ada  salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin  dari sel yang mati (regenerasi) atau dari makanan. guanosin. guanosin monofosfat. deoksisitidin. jalur de novo untuk nukleotida. Sementara itu. Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dr prekursor yg lebih sederhana. deoksiguanosin. yaitu adenosin monofosfat. Degradasi nukleotida Di dalam usus halus tjd pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease (pankreas) à oligonukleotida. dan deoksitimidin. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. Dipecah lbh lanjut fosfomonoesterase . sitidin monofosfat.Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. mirip utk setiap organism. C.

. Nucleosida phosphorylaseà menghasilkan basa dan and ribose-1-phosphate. ureidopropionat (pyrimidine).dikenal sebagai nukleotidase à menghasilkan nukleosida and orthophosphate. basa akan lebih lanjut didegradasi menjadi asam urat (purin). Jika basa atau nukleosida tidak digunakan kembali utk salvage pathways.

6. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. Antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas.BAB III PENUTUP 3. triptofan). maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. guanosin. dan uridin sitidin.1 Kesimpulan 1. berbobot molekul tinggi. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran ini. hanya basa N- lah yang memungkinkan terjadinya variasi. 4. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. . tirosin. 7. . Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. yaitu purin dan pirimidin. Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N. baik pada DNA maupun pada RNA. 2. 3. 5. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi.

Biosintesis asam amino. 9. Metabolisme protein meliputi: Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino. Biosintesis protein . protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain.8. termasuk yang terjadi di tingkat selular. Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme.Oksidasi asam amino. 10.

Caballero. D. 2nd Edition. Glucose : Function and Metabolism. and Noakes. & Finglas. B. 2nd Edition Caballero..M. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. S.C.. Academic Press. Trugo. P. K.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition..C.. Trugo. L. Exercise Muscle. Academic Press.Eds. Academic Press. 2003.. L. & Finglas.C. B. 2003. Academic Press... 2nd Edition.Eds. P. Academic Press..M.Eds.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. .DAFTAR PUSTAKA Sreeranjit. Energy Metabolism. 2003. Carbohydrates: Classification and Properties... B. B.Eds. Trugo.. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. F..C. T. A. Caballero.. & Finglas. 2003.M.M.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. V. Tester. R. L. J. P. Rubinstein-Litwak. B. Caballero. 2003.M. Trugo.. S. Bender. and Karkalas. M.. & Finglas. Glucose : Properties and Analysis. Caballero. .Eds. B. 2nd Edition.C. L.C. H. & Finglas. C.Eds. 2nd Edition. 2003. Dennis.... L. B. 2nd Edition. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. I.M... Carbohydrates : Metabolism of Sugar. J. D. Trugo. J.Eds. P. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. Trugo. and Lal. L. Academic Press.. Rocha Leao. P. & Finglas. 2003... Caballero.C.M.C. L.. M. & Finglas. P.. P. Trugo. Mac donald. Academic Press. Glycogen. Caballero... 2nd Edition.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful