Makalah Biokimia Umum II

METABOLISME PROTEIN DAN ASAM NUKLEAT
D S U S U N

Oleh :
Nama : Fitra Jaya Burnama Nim : 0705105010056

FAKULTAS PERTANIAN JURUSAN TEKNOLOGI HASIL PERTANIAN UNIVERSITAS SYIAH KUALA DARUSSALAM-BANDA ACEH 2011

KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmanirrahim… Puji syukur kita sampaikan kehadirat Allah SWT, yang telah melimpahkan rahmad dan karuniaNya berupa nikmat dan kesehatan, iman dan ilmu pengetahuan. Ringkasan makalah ini bertujuan untuk melengkapi tugas mahasiswa dalam pemahaman tentang proses dari METABOLISME PROTEIN DAN KARBOHIDRAT. Kami sepenuhnya menyadari bahwa masih banyak kekurangan dan kesalahan dalam menyusun makalah ini, maka dari itu kritik dan saran yang bersifat konstruktif sangat kami harapkan demi kesempurnaan makalah ini. Kami mengucapkan terima kasih kepada Ibu atas ide dan saranya, serta menilai dan memeriksa makalah ini. Akhirnya saya mengharapkan semoga makalah ini mendapatkan keridhaan dari Allah SWT, dan dapat memberikan manfaat bagi saya sendiri dan kepada semua pembaca. Amin

Darussalam, 17 April 2011

Secara umum.I Latar Belakang Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik yaitu: 1. Dan anabolisme merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap organisme untuk dapat bertahan hidup. berpuasa makan atau minum. 2. dan buang air besar. tidur. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik. termasuk yang terjadi di tingkat selular. Secara umum. Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa molekul organik untuk mendapatkan energy. bekerja. “Ars de statica medecina” yang membuatnya terkenal di Eropa. untuk diserap oleh sel tubuh. Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. untuk diserap oleh sel tubuh. dan dipercepat (dikatalisis) oleh enzim. Pada . Arah lintasan metabolisme ditentukan oleh suatu senyawa yang disebut sebagai hormon. Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang dilakukannya. Sedangkan untuk katabolisme itu sendiri yaitu reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi.BAB I PENDAHULUAN I. yang melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi yang digantung pada sebuah timbangan besar sebelum dan sesudah makan. Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan oleh Santorio pada tahun 1614 di dalam bukunya. Dia menemukan bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannnya hilang dari tubuh melalui “perspiratio insensibilis” (mungkin dapat diterjemahkan sebagai keringatan yang tidak tampak).

RNA merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah nukleotida. basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenin. dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen. berbobot molekul tinggi. dan guanin dapat ditemukan pada RNA maupun DNA. dan satu gugus basa nitrogen (basa N). sedangkan timin dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus. Asam nukleat merupakan biopolimer. penentu arah reaksi kimia disebut promoter dan penentu mempercepatan reaksi kimia disebut katalis. dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetik. . sitosin. gula pentosa. DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2deoksiribosa). satu gugus pentosa. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. dan monomer penyusunnya adalah nukleotida.senyawa organik. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut (misalnya. Selain itu. Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks. dan sebuah gugus fosfat. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin). Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat. Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel. sebuah gula pentosa.

Metabolisme meliputi proses sintesis dan proses penguraian senyawa atau komponen dalam sel hidup. usus.2 Tujuan Makalah ini Adapun tujuan pembuatan makalah ini untuk mengetahui proses metabolisme dan katabolisme protein dan asam nukleat dalam tubuh . serta penyerapannya keseluruh bagian tubuh yang memerlukannya. lambung. Proses sintesis itu disebut anabolisme dan proses penguraian disebut katabolisme. Semua reaksi metabolism dikatalisis oleh enzim. I. begitu juga dengan proses sintesis dan penguraian berlangsung dalam berbagai jalur metabolisme. dan penyerapan hasil penguraian tersebut melalui dinding usus. termasuk reaksi yang sederhana seperti penguraian asamkarbonat menjadi air dan karbondioksida. proses pemasukan dan pengeluaran zat kimia dari dan ke dalam sel melalui membran proses biosintesis protein yang panjang dan rumit atau pun proses penguraian bahan makanan dalam sistem pencernaan mulai dari mulut.

Kelebihan asam amino tidak dapat disimpan karena langsung mengalami katabolisme dalam tubuh. Metabolisme protein meliputi: 1. protein tersusun dari molekul-molekul yang disebut asam amino. Oksidasi asam amino 3. Asam amino esensial dapat disintesis oleh tubuh namun tetap diperlukan asupan dari makanan untuk menjaga keseimbangan asam amino tersebut di dalam tubuh. Di dalam tubuh mamalia asam amino terbagi menjadi dua bagian yaitu asam amino esensial dan non esensial.BAB II PEMBAHASAN 2. Jalur katabolisme merupakan beberapa proses dengan zat yaitu: Jalur sangat panjang (contohnya triptophan) sementara yang lainnya pendek (contohnya alanin). . Biosintesis asam amino 4. Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino 2.1 Metabolisme Protein Protein bersama karbohidrat dan lemak merupakan sumber energi bagi tubuh. Beberapa jalur asam amino menunjukkan hasil akhir produk katabolisme utama seperti pada gambar 1. Rantai karbon asam amino mengalami proses katabolisme yang diubah menjadi CO2. H2O dan energi (ATP) melalui siklus asam sitrat dan rantai pernafasan. Biosintesis protein Manusia memakan banyak protein untuk menggantikan protein endogen. Asam amino esensial ialah asam amino yang tidak dapat disintesis oleh tubuh.

hanya sebagian dari rantai karbonnya yang digunakan untuk mensintesis glukosa karena sisa rantai karbon di ubah menjadi asetil koa yang tidak dapat digunakan untuk sintesis glukosa. Protein Tubuh Protein di dalam tubuh terdiri dari ¾ zat padat dari protein yaitu otot. protein plasma. antibodi.Gambar 1. A. Protein Tubuh dan Fungsinya 1. Protein merupakan rangkaian asam amino dengan ikatan peptida dan banyak protein terdiri dari ikatan komplek dengan fibril menjadi . enzim. hormon. Jalur metabolisme asam amino dalam siklus asam sitrat Setiap asam amino didegradasi menjadi piruvat atau zat siklus asam sitrat lainnya dan dapat menjadi prekrusor sintesis glukosa di hepar yang disebut glikogenik atau glukoneogenik. Untuk beberapa asam amino seperti tirosin dan fenilalanin.

glutamin. keratin (rambut. alanin. Lipoprotein: gabungan lipid dan protein b. arginin. Polipeptide: 10 – 100 asam amino 3. elastin (arteri). Asam amino esensial: T2L2V HAMIF (treonin.protein fibrosa. lisin. tulang). asam aspartat. Penggunaan Protein Untuk Energi 1. triptofan. Macam-macam protein: 1. Transport protein 1. . Didalam sel asam amino disimpan dalam bentuk protein (dengan menggunakan enzim) 4. Protein: > 100 asam amino 4. Protein diabsorpsi di usus halus dalam bentuk asam amino → masuk dalam darah 2. ada beberapa macam protein fibrosa seperti: kolagen (tendon. Hati merupakan jaringan utama untuk menyimpan dan mengolah protein d. Jika jumlah protein terus meningkat → protein sel dipecah jadi asam amino untuk dijadikan energi atau disimpan dalam bentuk lemak. Asam amino dibedakan: asam amino esensial dan asam amino non esensial 2. leusin. tirosin. Asam amino non esensial: SAGA SATGA (serin. asparadin → sistein. Antara asam amino saling berikatan dengan ikatan peptide 5. kartilago. Peptide: 2 – 10 asam amino 2. Ada beberapa macam protein dan asam amino diantaranya sebagai berikut: a. valin → histidin. glisin. Dalam darah asam amino disebar keseluruh sel untuk disimpan 3. isoleusin. metionin. kuku). Asam amino 1. fenilalanin) 3. asam glutamat) c. Glikoprotein: gabungan glukose dengan protein 6. dan aktin-miosin.

Makromolekul ini mengendalikan jalur dan waktu metabolisme yang kompleks untuk menjaga kelangsungan hidup suatu organisma. maka protein struktural adalah dinding batu-batanya. Struktur Protein Bagaimana suatu protein dapat memerankan berbagai fungsi dalam sistem makhluk hidup? Jawabnya adalah terletak pada strukturnya. Fungsi Protein Fungsi dari protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam dua kelompok besar. Struktur pertama adalah struktur primer. Pemecahan protein jadi asam amino terjadi di hati dengan proses deaminasi atau transaminasi 3. Suatu sistem metabolisme akan terganggu apabila biokatalis yang berperan di dalamnya mengalami kerusakan. yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja pada tingkat molekular.2. Sebelum kode genetik ini . B. fibrous protein. Informasi yang menentukan urutan asam amino suatu protein tersimpan dalam molekul DNA dalam bentuk kode genetik. rambut. Selain itu protein juga dapat berperan sebagai biokatalis untuk reaksi-reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup. Sedangkan protein struktural lain ada juga yang berfungsi sebagai perekat. sebagai contoh α dan β -keratin yang terdapat pada kulit. Deaminasi merupakan proses pembuangan gugus amino dari asam amino sedangkan transaminasi adalah proses perubahan asam amino menjadi asam ket 2. Apabila tulang dan kitin adalah beton. protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. Struktur protein terdiri dari empat macam struktur. Beberapa protein struktural. dan kuku. Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain. berfungsi sebagai pelindung. Struktur ini terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida. seperti kolagen.

Ikatan yang membentuk struktur ini. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi. Gambar 1. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi urutan asam amino (Gambar 1). Skema Aliran Informasi Genetik dari DNA ke Protein Struktur yang kedua adalah struktur sekunder. mula-mula kode ini disalin kedalam bentuk kode lain yang berpadanan dengan urutan kode genetik pada DNA. melalui rantai samping asam amino. yaitu dalam bentuk molekul RNA. Pada struktur sekunder. protein sudah mengalami interaksi intermolekul.diterjemahkan menjadi asam-asam amino yang membangun struktur primer protein. didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping .

Struktur ruang ini adalah struktur ketiga atau juga dinamakan struktur tersier. ikatan ion. a-heliks Gambar-2. b-sheet itu sendiri ada yang paralel dan juga ada yang anti-paralel.yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. . hidropobik dll turut menentukan orientasi struktur 3 dimensi dari protein (Gambar 3). Ada dua jenis struktur sekunder. kemudian dikemas sedemikian rupa sehingga membentuk struktur tiga dimensi yang paling pavorable secara termodinamika. yaitu: a-heliks dan b-sheet (Gambar 2). Disini interakasi intra molekuler seperti ikatan hidrogen. Struktur Sekunder Protein b-sheet Struktur-struktur sekunder ini. van der Waals. bergantung pada orientasi kedua rantai polipeptida yang membentuk struktur sekunder tersebut.

Setiap subunit protein dapat melakukan komunikasi dan saling mempengaruhi satu sama lain melalui interaksi intermolekular ini. Intraksi intermolekul antar sub unit protein ini membentuk struktur keempat/kwaterner (Gambar 4). maka jumlah struktur 3 dimensi yang mungkin adalah 20100 struktur. Jumlah monomer asam amino yang membangun suatu protein adalah 20 asam amino.Gambar-3. Gambar-4. Tentu saja struktur yang paling pavorable secara termodinamika saja yang akan terbentuk. dengan kata lain multi subunit. Bisa dibanyangkan berapa peluang kemungkinan struktur 3 dimensi yang mungkin terbentuk dengan monomer sebanyak ini. Bila saja protein memiliki panjang 100 residu asam amino. bila dalam protein ini ke dua puluh asam amino tersebut dipakai untuk mensintesis protein. Perubahan pada struktur . Struktur Tersier Protein Banyak molekul protein yang memiliki lebih dari satu struktur tersier. maka protein dapat memerankan berbagai macam fungsi. Struktur Kwaterner Protein. Hingga saat ini tidak satu sintetik polimerpun yang memiliki monomer sebanyak protein. Karena banyaknya kemungkinan struktur ini.

akan mempengaruhi fungsi dari protein. Pencernaan Protein Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. tidak dideteksi adanya penyakit. yaitu penyakit sapi gila di Inggris. ternyata ditemukan bahwa gen yang mengkode prion terdapat disetiap organisma hidup yang menjadi inang untuk berkembangnya prion. Dari sini para ilmuan lalu menyimpulkan bahwa prion tidak memiliki DNA ataupun RNA. bagaimana protein ini bisa diturunkan dan bertambah jumlahnya di dalam tubuh tanpa adanya gen yang mengkodenya. triptofan). Pada awalnya. para ahli biokimia memprediksi adanya struktur lain diluar struktur protein PrP normal. aktivitas prion tidak menurun. Penyakit ini belakangan diketahui disebabkan oleh protein yang dikenal dengan nama prion. Tetapi. sehingga aktifitasnya yang tertinggi ialah di dalam lambung. Virus saja untuk berkembang biak harus memasukan DNAnya ke dalam inang. yang menyebabkan penyakit. Dari hasil ini. Hasil penelitian menunjukan bahwa protein ini lebih tahan terhadap serangan protease dibanding protein biasa. tirosin. saat gen ini diekspresikan dan proteinnya di injeksikan ke dalam tubuh tikus percobaan. Lalu. Gen tersebut dikenal sebagai PrP. hidrofobik (leusin. Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. PH optimum ialah 2. metionin) atau dikarboksilat (glutamat dan aspartat). Beberapa penyakit pada manusia disebabkan oleh perubahan struktur dari protein yang merusak fungsi dari protein tersebut. lalu bagaimana dengan prion? Dari hasil pencarian yang panjang. para ilmuan sangat sukar memahami bagaimana mungkin protein bisa menjadi desease agent dan dapat diturunkan. Protease adalah suatu enzim yang berfungsi untuk mengurai protein. Penelitian lain juga mendapati bahwa saat DNAase dan RNAase dimasukan ke dalam sistem. tetapi saat dimasukan protease aktivitasnya menurun. Enzim ini tidak . Salah satu contoh pentingnya struktur tiga dimensi adalah pada fenomena yang sangat terkenal saat ini. isoleusin. C.

Dengan demikian jelaslah bahwa proses ini memerlukan energi. Zat seperti kafein yang menghambat pemecahan cAMP meningkatkan sekresi asam lambung. Histamin meningkatkan proses sekresi H+ dengan cara meningkatkan konsentrasi cAMP intrasel. yang pada kenyataannya didapat dengan cara hidrolisis ATP. karena konsentrasi H + di dalam sel ialah sebesar 10-7 M.-. H+ intrasel berasal dari reaksi yang berkaitan dengan anhidrase karbonat. Pada proses pengaktifan ini. Ini pada gilirannya mengaktifkan suatu kinase protein. Peristiwa ini mengubah konformasi dan mengaktifkan protein tersebut. Melalui suatu jeram reaksi yang mirip dengan yang ditemukan pada metabolisme glikogen. Pemecahan protein oleh pepsin. I – I – phe – metval val – – leu leu – – trp trp – arg – – ala ala – – aspasp – I phe – met -. dilepaskan 42 asam amino dari ujung NH2 bebas pada molekul \ imogen tadi. Pepsin disekresikan sebagai zmi ogen yang bernama pepsinogen. maka perlu pulalah agaknya diuraikan secara singkat bagaimana pHyang tidak lazim ini dicapat ion H dalam lambung adalah hasil sekresi sel-sel parital. Peristiwa sekresi ini berlangsung dengan melawan gradien. Enzim ini bekerja dengan cara mengaktifkan enzim histidin dekarboksilase sehingga . Hormon gastrin menyebabkan hal yang sama.– lis lis – – tir tir – – arg – gli gli – – ile ile – – I             Gambar . sedangkan di luar sel lambung sebesar 10-1M. Oleh karena pH yang rendah dari lambung sangatlah musthak bagi kerja enzim dan pada kenyataannya mampu pula menghidrolisis beberapa ikatan peptida. Pengaktifannya menjadi pepsin dilakukan oleh asam lambung dan secara otokatalisis juga oleh pepsin itu sendiri yang sudah terbentuk. seperti yang terlukis pada Gambar .bekerja lagi bila berada pada pH yang tinggi seperti yang terdapat di dalam usus halus. kinase tersebut memfosforilasikan anhidrase karbonat sehingga aktifitasnya pun bertambah. Hidrolisis ATP ini dikaitkan dengan pertukaran K+ dengan H+.

Di dalam usus. Oleh karena ada beberapa enzim yang khas mencernakan protein. kasein yang terdapat di dalam susu diubah oleh rennin menjadi parakasein. Selanjtnya yang bekerja ialah enzim karboksipeptidase yang bekerja memutus satu demi satu ikatan peptida yang tersisa pada berbagai peptida tadi. Hal ini penting bagi anak kecil karena peristiwa ini mencegah pengosongan lambung yang terlalu cepat. keadaan ini tidaklah menimbulkan gejala klinik yang berat. Selain pepsin. . lambung juga mensekresikan enzim rennin. Enteropeptidase atau enterokinase mampu mengubah tripsinogen menjadi tripsin. karboksipeptidase dan elastase. kimotripsin. dari sisi gugus karboksil bebas. yaitu kimotripsinogen.terbentuklah histamin. Kimotripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam amino aromatik. protein diolah oleh sejumlah enzim yang disekresikan oleh pancreas. Tripsin. Semua enzim ini disekresikan dalam bentuk zimogen. yang selanjutnya dihidrolisis oleh pepsin. segala peristiwa yang telah diuraikan tadi meningkat dan hasil akhirnya ialah meningkatnya produksi asam lambung. yaitu tripsin. dipeptida dan tripeptida. Kira-kira 4% dari seluruh orang dewasa dan 40% dari seluruh orang yang berusia lebih dari 60 tahun kekurangan sekresi HCl di lambung. kimotripsin dan elastase mempunyai serin pada situs katalitik masingmasing dan karena itu enzim-enzim ini dikelompokkan dalam robongan protease serin. sedangkan elastase selanjutnya bekerja terhadap ikatan peptida yang dibentuk asamamino alifatik. Selama proses hidrolisis oleh enzim-enzim tersebut berlangsung. Keadaan ini disebut “achlorhydrea”. Dengan bantuan kalsium. Tripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam-asam amino basa. pepsin mereka tidaklah aktif dan proses pencernaan protein barulah dimulai di usus halus. Sebaliknya tripsin yang sudah aktif ini akan mengaktifkan enzim-enzim lain yang masih berbentuk zimogen. Akibatnya. prokarboksipeptidase dan poelastase. yang mengkoagulasikan susu. Babungan hasil kerja enzim ini ialah monopeptida. dan juga enzim aminopeptidase yang bekerja dengan cara yang sama dari sisi gugus amino bebas. Pada orang-orang dengan keadaan ini.

negatif ataupun keseimbangan yang normal. Histidase.ujung karboksil dari suatu asam amino terikat secara kovalen dengan residu serin yang ada di situs katalitik. reaksipun selesai. Alanin dibuat dari piruvat. ammonia yang dibentuknya dapat segera dipakai untuk sintesis urea. CO2 yang berada di dalam . Bagian lain dari peptida atau protein yang dioleh dibebaskan oleh enzim. Glutami yang sampai ke hati dapat membebaskan dua molekul ammonia dengan kerja sama dari glutaminase dan glutamat dihidrogenase. dibebaskan dalam bentuk ammonia oleh kerja enzim ini. Glutamat ini sebaliknya dapat pula mengalami dehidrogenasi dan membebaskan ammonia. Amonia dibentuk pada pemecahan asam amino dan asam nukleat oleh sel. CO2 dan nitrogen dari aspartat menjadi urea. Dalam reaksi yang pertama. Blutaminase. Perlu diperhatikan bahwa dua reaksi dalam daur ini berlangsung di dalam mitokondria. suatu zat yang mudah ditemukan di mana-mana sebagai hasil metabolisme glukosa atau glikogen dan siap untuk dipakai  ketoglutarat sehinggga terbentuklah glutamat. terutama dalam jaringan hati. Perlu diingat bahwa enzim yang diperlukan untuk sintesis glutamin berbeda dengan enzim yang diperlukan untuk memecahnya. Nitrogen yang diikat oleh glutamat. Sesudah hidrolisis ester serin tersebut oleh air. sumber terbesar dari ammonia sel. Daur ini terlukis pada gambar . Pemecahan berbagai \at dan menghasilkan ammonia ini terjadi baik pada keseimbangan nitrogen yang positif. berbagai oksidase asam amino kesemuanya menghasilkan ammonia. Daur urea terdiri atas lima reaksi yang mengubah ammonia. sedangkan sisanya terjadi di sitoplasma. Otot menggunakan glutamin dan juga alanin untuk membawa kelebihan nitrogen. ialah reaksi yang dikatalisis oleh enzim glutamat dehidrogenase yang terdapat dalam mitokondria. Oleh karena en\im ini ada di dalam mitokondria. asparaginase. serin dehidratase dan sistein dehidratase adalah penghasil ammonia yang lain di dalam sel. Sekali pun demikian. yang sebelumnya berasal dari reaksi transaminasi asam-asam amino yang lain. Berbagai protease serin dapat dibuat tidak aktif dengan cara mengikatnya secara kovalen dengan diisopropil fluorofosfat. Selain itu ammonia juga dihasilkan oleh bakteri usus.

Dua ikatan diperlukan untuk menghasilkan karbamoil fosfat dan dua lagi untuk kondensasi aspartat dengan sitrulin. Arginin dihidrolisis untuk menghasilkan urea dan ornitin. Proses katabolisme triptofan pada manusia merupakan penguraian seluruh atom karbon pada rantai samping maupun pada cincin aromatik menjadi senyawaantara amfiolik melalui lintasan kinurenin-antranilat (Gambar 4). Arginosuksinat yang terbentuk sebagai produk diubah dalam reaksi keempat menjadi arginin dan fumarat. dapat diinduksi dalam hati oleh kortikosteroid adrenal dan triptofan. Sebagian enzim yang baru disintesis ini akan berada dalam bentuk laten yang memerlukan pengaktifan. Ornitin ini kemudian masuk lagi ke dalam mitokondria dan menyelesaikan daur. Triptofan oksigenase dihambat secara umpan balik oleh derivat asam nikotinat. Enzim oksigenase yang merupakan metaloprotein besi pofirin.mitokondria mengalami fosforilasi oleh ATP dan kemudian berkondensasi dengan ammonia dengan menggunakan energi yang berasal dari hidrolisis satu molekul ATP lainnya. karbamoil fosfat berkondensasi dengan ornitin sehingga terbentuklah sitrulin dan fosfat bebas. Pengeluaran hidrolitik gugus formil pada . Secara keseluruhan diperlukan empat ikatan fosfat kaya – energi atau ekivalen ATP untuk sintesis satu molekul urea. dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintetase dan memerlukan N-asetil glutamat sebagai suatu kofaktor. Enzim triptofan oksigenase (triptofan pirolase) mengkatalisis reaksi pemutusan cincin indol dengan penyatuan dua atom dari molekul oksigen sehingga terbentuk senyawa Nformilkinurenin. termasuk NADPH. Selanjutnya sitrulin meninggalkan mitokondria. Dalam reaksi ini ATP diubah menjadi AMP. Dalam reaksi kedua yang juga terjadi de dalam mitokondria. Triptofan juga menstabilkan enzim oksigenase terhadap reaksi penguraian proteolitik. Dengan transaminasi maka aspartatpun terbentuk kembali. Hasilnya terbentuklah karbamoil fosfat. Reaksi ini adalah reaksi yang mengatur laju sintesis urea. Di dalam sitoplasma sitrulin ini berkondensasi dengan aspartat dan inilah reaksi yang ketiga. Fumarat dapat masuk ke dalam mitokondria dan dioksidasi menjadi oksaloasetat melalui daur Krebs. Reaksi ini adalah reaksi kedua yang mengatur laju sintesis urea.

Dekarboksilase selanjutnya akan membentuk serotonin (5-hidroksitriptamin). Katabolisme serotonin diawali oleh oleh reaksi deaminase oksidatif yang dikatalisis enzim monoamin oksidase menjadi senyawa 5-hidroksiindolasetat (Gambar 5).N-formilkinurenin yang dikatalisis oleh enzim kinurenin formilase pada hati akan menghasilkan senyawa kinurenin. Proses Glikolisis . Hasil utama katabolisme triptofan dalam urin yang normal adalah senyawa 5. hati dan bakteri dalam feses manusia dapat mengadakan dekarboksilasi triptofan menjadi triptamin yang kemudian bisa teroksidasi menjadi senyawa inol-3 asetat. Triptofan membentuk sejumlah derivat indol tambahan. Senyawa 2-amino-3-hidroksi benzoil piruvat yang dihasilkan akan kehilangan air dan penutupan cincin yang terjadi secara spontan akan membentuk kinurenat. D. Kinurenin dapat mengalami deaminasi lewat reaksi transaminasi. Metabolisme selanjutnya kinurenin akan melibatkan konversi senyawa ini menjadi 3-hidroksikinurenin yang kemudian menjadi 3hidroksiantranilat.hidroksiindolasetat dan indol-3 asetat. Hidroksilasi memerlukan oksigen molekuler dalam reaksi yang tergantung NADPH dan serupa dengan reaksi hidroksilasi fenilalanin. Senyawa ini pada manusia diekskresikan dalam urin (2-8 mg/dL). Ginjal mamalia. Hidroksilasi triptofan menjadi 5hidroksitriptofan dikatalisis selanjutnya oleh enzim tirosin hidroksilase hati.

terminasi dan pembebasan rantai polipeptida serta tahap pelipatan dan pengolahan. komplemen DNA-RNA (hibrid DNARNA) yang dihasilkan membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk diikuti hibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda. Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5’-nya mengikat asam fosfat (gugus fosfat) dengan ikatan ester. sesuai pesan yang diberikan DNA. DNA Girase. Keempat. Sintesis protein (translasi) yaitu molekul Rna yang terbentuk menerjemahkan informasi genetik ke dalam proses pembentukan protein. Sintesis RNA berdasarkan suatu cetakan DNA disebut proses transkripsi. Basa purin dan pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin. Sedangkan sintesis protein berdasarkan suatu cetakan RNA disebut Translasi. Berlangsung diribosom dan melalui 5 tahapan reaksi yakni aktivasi asam amino. pemanjangan (elongasi) rantai polipetida. Produk yang terbentuk adalah RNA yang komplementer dengan salah satu rantai DNA dupleks yang jadi cetakan. Pada tahap ini asam-asam amino secara berurutan diikat satu dengan yng lain. terjadi pengubahan secara kimia RNA yang terbentuk. sitosin . Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah ribosa.ketiga. Arus informasi genetik pada sel normal berawal dari DNA ke RNA terus ke protein. inisiasi rantai polipetida. pada sintesis RNA tidak semua DNA ditranskripsi menjadi RNA.k edua RNA polimerase mengkatalisis pemanjangan ikatan fosfodiester antara ribonukleotia trifosfat dan ujung 3’-fosfat melalui cara seperti DNA polimerase I.Protein pengikat. Sintesis RNA (transkripsi) terdiri 4 tahap reaksi :pertama enzim RNA polimerase mengikat urutan basa spesifik. Proses sintesis RNA menyerupai pembentukan Dna tetapi ada perbedaan prinsip dimana kalau sintesis DNA seluruh urutan nkleotida DNA digandakan seperti DNA induk. hanya gen atau kolompok gen yang ditarnskripsi. guanin. Nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau pirimidin) melalui ikatan glikosida.

dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). baik pada DNA maupun pada RNA. purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. Sedangkan basa RNA terdiri atas adenin. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T). Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik). Ada dua macam asam nukleat. Dilihat dari strukturnya. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada DNA. untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. dan juga RNA. sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa. Dengan demikian nukleosida adalah penyusun nukleotida dan dapat diberi nama trivial dan nama sistematis seperti terlihat pada tabel berikut : II. . sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik).dan timin. yaitu purin dan pirimidin. sitosin dan urasil. Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil. Metabolisme Asam Nukleat Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. guanin. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Akan tetapi. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa. Basa N. gula pentosa. yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).

Sebagai contoh. Begitu pula. . dan sebuah basa N. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. guanosin monofosfat. Dengan perkataan lain. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. gula pentosa c). Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. sitidin. guanosin. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomermonomer berupa nukleotida. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Dengan demikian. dan uridin monofosfat. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. sebuah gula pentosa. basa N Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas. Komponen-komponen asam nukleat a). gugus fosfat b). Dalam peran ini. setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. deoksisitidin. Namun. hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet'. dan uridin. nukleotidanya akan ada empat macam. sitidin monofosfat. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sementara itu. dan deoksitimidin. yaitu adenosin monofosfat. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.A. deoksiguanosin.

tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa. A. pengaruh alkali. Padahal. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti). RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organisme hidup memakai DNA. viskositas. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. sebenarnya tidaklah demikian. ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat. Lihat ekspresi genetic untuk keterangan lebih lanjut. Jadi. Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA. Pengaruh asam Di dalam asam pekat dan suhu tinggi.tiga urutan basa N. dan kerapatan apung. a. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat. yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi. monomer yang menyusun protein. misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori 'dunia RNA'. denaturasi kimia. . pengaruh asam. b. yang dikenal dengan nama kodon.

Dengan demikian. di dalam asam mineral yang lebih encer. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh. Selanjutnya. DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik. f. peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. C. stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi. Denaturasi kimia Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi. RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Sebagai contoh. d. Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik basa. senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Viskositas DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm. DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Artinya. Kerapatan apung . tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter. e. Selain itu. Bahkan pada pH netral sekalipun.Namun.

yakni sekitar 1. Selain itu.7 g/cm3. ρ = 1. sebuah gula pentosa. Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Begitu juga. dan seterusnya). B. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida. maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein.098% (G + C). . sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik. setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat.66 + 0. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat molekul tinggi. Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’. 2’. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik. misalnya sesium klorid (CsCl) 8M. DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. Sebagai contoh. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi. dan sebuah basa N. Dalam hal ini.Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant density)-nya. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Dengan demikian. Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar tabung dan protein akan mengapung. teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Namun.

guanosin. Begitu pula. deoksisitidin.Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah ada  salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin  dari sel yang mati (regenerasi) atau dari makanan. Dipecah lebih lanjut dg fosfodiesterase (ensim exonuclease non spesifik) menjadi monofosfat. deoksiguanosin. maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. yaitu adenosin monofosfat. guanosin monofosfat. Degradasi nukleotida Di dalam usus halus tjd pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease (pankreas) à oligonukleotida. dan uridin sitidin. sitidin monofosfat. jalur de novo untuk nukleotida. nukleotidanya akan ada empat macam. C. dan uridin monofosfat. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. . Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dr prekursor yg lebih sederhana. mirip utk setiap organism. Dipecah lbh lanjut fosfomonoesterase . dan deoksitimidin. Sementara itu. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA.

ureidopropionat (pyrimidine). Nucleosida phosphorylaseà menghasilkan basa dan and ribose-1-phosphate. . basa akan lebih lanjut didegradasi menjadi asam urat (purin).dikenal sebagai nukleotidase à menghasilkan nukleosida and orthophosphate. Jika basa atau nukleosida tidak digunakan kembali utk salvage pathways.

maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. 4. Dalam peran ini. Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. berbobot molekul tinggi. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. yaitu purin dan pirimidin. tirosin.BAB III PENUTUP 3. Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. guanosin. . 5. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. 7. hanya basa N- lah yang memungkinkan terjadinya variasi. 2. baik pada DNA maupun pada RNA.1 Kesimpulan 1. 3. . Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. dan uridin sitidin. 6. Antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas. Basa N. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. triptofan).

termasuk yang terjadi di tingkat selular. Biosintesis protein .Oksidasi asam amino.8. Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme. 10. Biosintesis asam amino. Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain. protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. Metabolisme protein meliputi: Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino. 9.

Caballero. Academic Press.. Academic Press. 2003. 2003. Carbohydrates: Classification and Properties. Dennis. Caballero. P. Caballero.. and Noakes. Trugo.C. Glycogen.. Academic Press.Eds.M.C.M. B. 2nd Edition..Eds. F. V.M. Trugo. 2003. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.C. Bender. D. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.C. and Lal. & Finglas. Rubinstein-Litwak. & Finglas.. Trugo.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. Trugo.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.C. P.DAFTAR PUSTAKA Sreeranjit. 2nd Edition Caballero. Academic Press. 2nd Edition. J. Energy Metabolism. C. & Finglas. R. L. B. S. . 2003. J.. D.M.. .. L. Tester. P. P. L. I.. J. Caballero.. B. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. 2003. Caballero. Glucose : Function and Metabolism.M. & Finglas. P. Rocha Leao.C.. H. 2nd Edition.Eds. L.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. T. P... & Finglas...C. 2nd Edition. & Finglas. M. Trugo. Trugo.. Academic Press. 2nd Edition.. B. Caballero. L.. Glucose : Properties and Analysis. A... L...Eds.. P.. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. Academic Press.Eds.Eds.M. B. 2003. & Finglas.. 2nd Edition. 2003. L. and Karkalas. M.C. Trugo. B. Exercise Muscle.. Mac donald. Carbohydrates : Metabolism of Sugar. K. S. Academic Press. B..Eds.M.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful