Makalah Biokimia Umum II

METABOLISME PROTEIN DAN ASAM NUKLEAT
D S U S U N

Oleh :
Nama : Fitra Jaya Burnama Nim : 0705105010056

FAKULTAS PERTANIAN JURUSAN TEKNOLOGI HASIL PERTANIAN UNIVERSITAS SYIAH KUALA DARUSSALAM-BANDA ACEH 2011

KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmanirrahim… Puji syukur kita sampaikan kehadirat Allah SWT, yang telah melimpahkan rahmad dan karuniaNya berupa nikmat dan kesehatan, iman dan ilmu pengetahuan. Ringkasan makalah ini bertujuan untuk melengkapi tugas mahasiswa dalam pemahaman tentang proses dari METABOLISME PROTEIN DAN KARBOHIDRAT. Kami sepenuhnya menyadari bahwa masih banyak kekurangan dan kesalahan dalam menyusun makalah ini, maka dari itu kritik dan saran yang bersifat konstruktif sangat kami harapkan demi kesempurnaan makalah ini. Kami mengucapkan terima kasih kepada Ibu atas ide dan saranya, serta menilai dan memeriksa makalah ini. Akhirnya saya mengharapkan semoga makalah ini mendapatkan keridhaan dari Allah SWT, dan dapat memberikan manfaat bagi saya sendiri dan kepada semua pembaca. Amin

Darussalam, 17 April 2011

Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan oleh Santorio pada tahun 1614 di dalam bukunya. Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang dilakukannya. Secara umum. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik yaitu: 1. “Ars de statica medecina” yang membuatnya terkenal di Eropa. untuk diserap oleh sel tubuh. bekerja. Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. Sedangkan untuk katabolisme itu sendiri yaitu reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi. Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa molekul organik untuk mendapatkan energy. berpuasa makan atau minum. tidur. dan dipercepat (dikatalisis) oleh enzim. Pada . Dan anabolisme merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. yang melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi yang digantung pada sebuah timbangan besar sebelum dan sesudah makan. Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap organisme untuk dapat bertahan hidup.BAB I PENDAHULUAN I. 2. untuk diserap oleh sel tubuh. Dia menemukan bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannnya hilang dari tubuh melalui “perspiratio insensibilis” (mungkin dapat diterjemahkan sebagai keringatan yang tidak tampak). termasuk yang terjadi di tingkat selular. Secara umum. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik.I Latar Belakang Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme. dan buang air besar. Arah lintasan metabolisme ditentukan oleh suatu senyawa yang disebut sebagai hormon.

Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen. dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut (misalnya. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). sedangkan timin dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA. berbobot molekul tinggi. Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat. satu gugus pentosa. Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. dan sebuah gugus fosfat. dan monomer penyusunnya adalah nukleotida. dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). RNA merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah nukleotida. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus. gula pentosa. basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenin. Selain itu. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin). dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetik. DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2deoksiribosa). . Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain. Asam nukleat merupakan biopolimer. sebuah gula pentosa. penentu arah reaksi kimia disebut promoter dan penentu mempercepatan reaksi kimia disebut katalis. dan guanin dapat ditemukan pada RNA maupun DNA. sitosin.senyawa organik. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks.

Proses sintesis itu disebut anabolisme dan proses penguraian disebut katabolisme. begitu juga dengan proses sintesis dan penguraian berlangsung dalam berbagai jalur metabolisme. proses pemasukan dan pengeluaran zat kimia dari dan ke dalam sel melalui membran proses biosintesis protein yang panjang dan rumit atau pun proses penguraian bahan makanan dalam sistem pencernaan mulai dari mulut.2 Tujuan Makalah ini Adapun tujuan pembuatan makalah ini untuk mengetahui proses metabolisme dan katabolisme protein dan asam nukleat dalam tubuh . usus. serta penyerapannya keseluruh bagian tubuh yang memerlukannya. termasuk reaksi yang sederhana seperti penguraian asamkarbonat menjadi air dan karbondioksida. Semua reaksi metabolism dikatalisis oleh enzim. dan penyerapan hasil penguraian tersebut melalui dinding usus.Metabolisme meliputi proses sintesis dan proses penguraian senyawa atau komponen dalam sel hidup. lambung. I.

Asam amino esensial dapat disintesis oleh tubuh namun tetap diperlukan asupan dari makanan untuk menjaga keseimbangan asam amino tersebut di dalam tubuh. Di dalam tubuh mamalia asam amino terbagi menjadi dua bagian yaitu asam amino esensial dan non esensial. Metabolisme protein meliputi: 1. Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino 2. . H2O dan energi (ATP) melalui siklus asam sitrat dan rantai pernafasan. Jalur katabolisme merupakan beberapa proses dengan zat yaitu: Jalur sangat panjang (contohnya triptophan) sementara yang lainnya pendek (contohnya alanin).1 Metabolisme Protein Protein bersama karbohidrat dan lemak merupakan sumber energi bagi tubuh.BAB II PEMBAHASAN 2. Rantai karbon asam amino mengalami proses katabolisme yang diubah menjadi CO2. Kelebihan asam amino tidak dapat disimpan karena langsung mengalami katabolisme dalam tubuh. Biosintesis protein Manusia memakan banyak protein untuk menggantikan protein endogen. Biosintesis asam amino 4. protein tersusun dari molekul-molekul yang disebut asam amino. Beberapa jalur asam amino menunjukkan hasil akhir produk katabolisme utama seperti pada gambar 1. Asam amino esensial ialah asam amino yang tidak dapat disintesis oleh tubuh. Oksidasi asam amino 3.

hormon. hanya sebagian dari rantai karbonnya yang digunakan untuk mensintesis glukosa karena sisa rantai karbon di ubah menjadi asetil koa yang tidak dapat digunakan untuk sintesis glukosa. Untuk beberapa asam amino seperti tirosin dan fenilalanin. enzim. Jalur metabolisme asam amino dalam siklus asam sitrat Setiap asam amino didegradasi menjadi piruvat atau zat siklus asam sitrat lainnya dan dapat menjadi prekrusor sintesis glukosa di hepar yang disebut glikogenik atau glukoneogenik. antibodi. Protein Tubuh dan Fungsinya 1. Protein merupakan rangkaian asam amino dengan ikatan peptida dan banyak protein terdiri dari ikatan komplek dengan fibril menjadi . Protein Tubuh Protein di dalam tubuh terdiri dari ¾ zat padat dari protein yaitu otot. A. protein plasma.Gambar 1.

metionin. isoleusin. . asparadin → sistein. keratin (rambut. Didalam sel asam amino disimpan dalam bentuk protein (dengan menggunakan enzim) 4. Macam-macam protein: 1. Polipeptide: 10 – 100 asam amino 3. Transport protein 1. tirosin. ada beberapa macam protein fibrosa seperti: kolagen (tendon. arginin. fenilalanin) 3. Ada beberapa macam protein dan asam amino diantaranya sebagai berikut: a. Glikoprotein: gabungan glukose dengan protein 6. glutamin. lisin. triptofan. Asam amino non esensial: SAGA SATGA (serin. dan aktin-miosin.protein fibrosa. leusin. Asam amino esensial: T2L2V HAMIF (treonin. Asam amino 1. Jika jumlah protein terus meningkat → protein sel dipecah jadi asam amino untuk dijadikan energi atau disimpan dalam bentuk lemak. valin → histidin. Penggunaan Protein Untuk Energi 1. Protein diabsorpsi di usus halus dalam bentuk asam amino → masuk dalam darah 2. Protein: > 100 asam amino 4. glisin. tulang). Lipoprotein: gabungan lipid dan protein b. kuku). alanin. Antara asam amino saling berikatan dengan ikatan peptide 5. Asam amino dibedakan: asam amino esensial dan asam amino non esensial 2. asam glutamat) c. Dalam darah asam amino disebar keseluruh sel untuk disimpan 3. Hati merupakan jaringan utama untuk menyimpan dan mengolah protein d. Peptide: 2 – 10 asam amino 2. kartilago. asam aspartat. elastin (arteri).

Fungsi Protein Fungsi dari protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam dua kelompok besar. Informasi yang menentukan urutan asam amino suatu protein tersimpan dalam molekul DNA dalam bentuk kode genetik. Struktur Protein Bagaimana suatu protein dapat memerankan berbagai fungsi dalam sistem makhluk hidup? Jawabnya adalah terletak pada strukturnya. Sedangkan protein struktural lain ada juga yang berfungsi sebagai perekat. sebagai contoh α dan β -keratin yang terdapat pada kulit. Struktur protein terdiri dari empat macam struktur. Sebelum kode genetik ini . Selain itu protein juga dapat berperan sebagai biokatalis untuk reaksi-reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup. Suatu sistem metabolisme akan terganggu apabila biokatalis yang berperan di dalamnya mengalami kerusakan. maka protein struktural adalah dinding batu-batanya. Apabila tulang dan kitin adalah beton. dan kuku. Struktur pertama adalah struktur primer. rambut. Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain. seperti kolagen. yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja pada tingkat molekular. protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. B. Pemecahan protein jadi asam amino terjadi di hati dengan proses deaminasi atau transaminasi 3. berfungsi sebagai pelindung. Makromolekul ini mengendalikan jalur dan waktu metabolisme yang kompleks untuk menjaga kelangsungan hidup suatu organisma. Struktur ini terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida.2. Deaminasi merupakan proses pembuangan gugus amino dari asam amino sedangkan transaminasi adalah proses perubahan asam amino menjadi asam ket 2. fibrous protein. Beberapa protein struktural.

diterjemahkan menjadi asam-asam amino yang membangun struktur primer protein. Skema Aliran Informasi Genetik dari DNA ke Protein Struktur yang kedua adalah struktur sekunder. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi. protein sudah mengalami interaksi intermolekul. Gambar 1. melalui rantai samping asam amino. yaitu dalam bentuk molekul RNA. Pada struktur sekunder. Ikatan yang membentuk struktur ini. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi urutan asam amino (Gambar 1). mula-mula kode ini disalin kedalam bentuk kode lain yang berpadanan dengan urutan kode genetik pada DNA. didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping .

Struktur ruang ini adalah struktur ketiga atau juga dinamakan struktur tersier. Struktur Sekunder Protein b-sheet Struktur-struktur sekunder ini. ikatan ion. hidropobik dll turut menentukan orientasi struktur 3 dimensi dari protein (Gambar 3). Ada dua jenis struktur sekunder. yaitu: a-heliks dan b-sheet (Gambar 2).yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. van der Waals. a-heliks Gambar-2. Disini interakasi intra molekuler seperti ikatan hidrogen. kemudian dikemas sedemikian rupa sehingga membentuk struktur tiga dimensi yang paling pavorable secara termodinamika. . bergantung pada orientasi kedua rantai polipeptida yang membentuk struktur sekunder tersebut. b-sheet itu sendiri ada yang paralel dan juga ada yang anti-paralel.

Bisa dibanyangkan berapa peluang kemungkinan struktur 3 dimensi yang mungkin terbentuk dengan monomer sebanyak ini. Tentu saja struktur yang paling pavorable secara termodinamika saja yang akan terbentuk. Struktur Tersier Protein Banyak molekul protein yang memiliki lebih dari satu struktur tersier. maka jumlah struktur 3 dimensi yang mungkin adalah 20100 struktur. Intraksi intermolekul antar sub unit protein ini membentuk struktur keempat/kwaterner (Gambar 4). Karena banyaknya kemungkinan struktur ini. dengan kata lain multi subunit. Hingga saat ini tidak satu sintetik polimerpun yang memiliki monomer sebanyak protein. Perubahan pada struktur .Gambar-3. bila dalam protein ini ke dua puluh asam amino tersebut dipakai untuk mensintesis protein. Jumlah monomer asam amino yang membangun suatu protein adalah 20 asam amino. maka protein dapat memerankan berbagai macam fungsi. Setiap subunit protein dapat melakukan komunikasi dan saling mempengaruhi satu sama lain melalui interaksi intermolekular ini. Gambar-4. Struktur Kwaterner Protein. Bila saja protein memiliki panjang 100 residu asam amino.

tidak dideteksi adanya penyakit. aktivitas prion tidak menurun. bagaimana protein ini bisa diturunkan dan bertambah jumlahnya di dalam tubuh tanpa adanya gen yang mengkodenya. Dari sini para ilmuan lalu menyimpulkan bahwa prion tidak memiliki DNA ataupun RNA. Hasil penelitian menunjukan bahwa protein ini lebih tahan terhadap serangan protease dibanding protein biasa. Dari hasil ini. metionin) atau dikarboksilat (glutamat dan aspartat). Virus saja untuk berkembang biak harus memasukan DNAnya ke dalam inang. C. yaitu penyakit sapi gila di Inggris. tetapi saat dimasukan protease aktivitasnya menurun. tirosin.akan mempengaruhi fungsi dari protein. ternyata ditemukan bahwa gen yang mengkode prion terdapat disetiap organisma hidup yang menjadi inang untuk berkembangnya prion. yang menyebabkan penyakit. Tetapi. PH optimum ialah 2. triptofan). lalu bagaimana dengan prion? Dari hasil pencarian yang panjang. Pencernaan Protein Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. Penelitian lain juga mendapati bahwa saat DNAase dan RNAase dimasukan ke dalam sistem. Lalu. saat gen ini diekspresikan dan proteinnya di injeksikan ke dalam tubuh tikus percobaan. Gen tersebut dikenal sebagai PrP. Protease adalah suatu enzim yang berfungsi untuk mengurai protein. sehingga aktifitasnya yang tertinggi ialah di dalam lambung. Pada awalnya. hidrofobik (leusin. para ilmuan sangat sukar memahami bagaimana mungkin protein bisa menjadi desease agent dan dapat diturunkan. Penyakit ini belakangan diketahui disebabkan oleh protein yang dikenal dengan nama prion. Salah satu contoh pentingnya struktur tiga dimensi adalah pada fenomena yang sangat terkenal saat ini. Beberapa penyakit pada manusia disebabkan oleh perubahan struktur dari protein yang merusak fungsi dari protein tersebut. Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. isoleusin. Enzim ini tidak . para ahli biokimia memprediksi adanya struktur lain diluar struktur protein PrP normal.

Hidrolisis ATP ini dikaitkan dengan pertukaran K+ dengan H+. Hormon gastrin menyebabkan hal yang sama. H+ intrasel berasal dari reaksi yang berkaitan dengan anhidrase karbonat.-.bekerja lagi bila berada pada pH yang tinggi seperti yang terdapat di dalam usus halus. Melalui suatu jeram reaksi yang mirip dengan yang ditemukan pada metabolisme glikogen. Pada proses pengaktifan ini. Ini pada gilirannya mengaktifkan suatu kinase protein. maka perlu pulalah agaknya diuraikan secara singkat bagaimana pHyang tidak lazim ini dicapat ion H dalam lambung adalah hasil sekresi sel-sel parital. seperti yang terlukis pada Gambar . karena konsentrasi H + di dalam sel ialah sebesar 10-7 M. Pepsin disekresikan sebagai zmi ogen yang bernama pepsinogen. Pengaktifannya menjadi pepsin dilakukan oleh asam lambung dan secara otokatalisis juga oleh pepsin itu sendiri yang sudah terbentuk. Pemecahan protein oleh pepsin. Peristiwa sekresi ini berlangsung dengan melawan gradien. Histamin meningkatkan proses sekresi H+ dengan cara meningkatkan konsentrasi cAMP intrasel. Enzim ini bekerja dengan cara mengaktifkan enzim histidin dekarboksilase sehingga . Dengan demikian jelaslah bahwa proses ini memerlukan energi. kinase tersebut memfosforilasikan anhidrase karbonat sehingga aktifitasnya pun bertambah. Zat seperti kafein yang menghambat pemecahan cAMP meningkatkan sekresi asam lambung. yang pada kenyataannya didapat dengan cara hidrolisis ATP.– lis lis – – tir tir – – arg – gli gli – – ile ile – – I             Gambar . dilepaskan 42 asam amino dari ujung NH2 bebas pada molekul \ imogen tadi. I – I – phe – metval val – – leu leu – – trp trp – arg – – ala ala – – aspasp – I phe – met -. Oleh karena pH yang rendah dari lambung sangatlah musthak bagi kerja enzim dan pada kenyataannya mampu pula menghidrolisis beberapa ikatan peptida. sedangkan di luar sel lambung sebesar 10-1M. Peristiwa ini mengubah konformasi dan mengaktifkan protein tersebut.

Tripsin. Pada orang-orang dengan keadaan ini. dipeptida dan tripeptida. yang selanjutnya dihidrolisis oleh pepsin. Oleh karena ada beberapa enzim yang khas mencernakan protein. Di dalam usus. karboksipeptidase dan elastase. sedangkan elastase selanjutnya bekerja terhadap ikatan peptida yang dibentuk asamamino alifatik. kimotripsin dan elastase mempunyai serin pada situs katalitik masingmasing dan karena itu enzim-enzim ini dikelompokkan dalam robongan protease serin. Dengan bantuan kalsium. Sebaliknya tripsin yang sudah aktif ini akan mengaktifkan enzim-enzim lain yang masih berbentuk zimogen. Keadaan ini disebut “achlorhydrea”. protein diolah oleh sejumlah enzim yang disekresikan oleh pancreas. Kimotripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam amino aromatik. kimotripsin. yang mengkoagulasikan susu. prokarboksipeptidase dan poelastase. keadaan ini tidaklah menimbulkan gejala klinik yang berat. Babungan hasil kerja enzim ini ialah monopeptida. Selain pepsin. yaitu tripsin. Tripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam-asam amino basa. Akibatnya. . dari sisi gugus karboksil bebas. Selanjtnya yang bekerja ialah enzim karboksipeptidase yang bekerja memutus satu demi satu ikatan peptida yang tersisa pada berbagai peptida tadi. kasein yang terdapat di dalam susu diubah oleh rennin menjadi parakasein. Selama proses hidrolisis oleh enzim-enzim tersebut berlangsung. Enteropeptidase atau enterokinase mampu mengubah tripsinogen menjadi tripsin.terbentuklah histamin. segala peristiwa yang telah diuraikan tadi meningkat dan hasil akhirnya ialah meningkatnya produksi asam lambung. Semua enzim ini disekresikan dalam bentuk zimogen. dan juga enzim aminopeptidase yang bekerja dengan cara yang sama dari sisi gugus amino bebas. yaitu kimotripsinogen. Hal ini penting bagi anak kecil karena peristiwa ini mencegah pengosongan lambung yang terlalu cepat. Kira-kira 4% dari seluruh orang dewasa dan 40% dari seluruh orang yang berusia lebih dari 60 tahun kekurangan sekresi HCl di lambung. lambung juga mensekresikan enzim rennin. pepsin mereka tidaklah aktif dan proses pencernaan protein barulah dimulai di usus halus.

serin dehidratase dan sistein dehidratase adalah penghasil ammonia yang lain di dalam sel. CO2 dan nitrogen dari aspartat menjadi urea. Dalam reaksi yang pertama. reaksipun selesai. Daur urea terdiri atas lima reaksi yang mengubah ammonia. berbagai oksidase asam amino kesemuanya menghasilkan ammonia. ammonia yang dibentuknya dapat segera dipakai untuk sintesis urea. Selain itu ammonia juga dihasilkan oleh bakteri usus. yang sebelumnya berasal dari reaksi transaminasi asam-asam amino yang lain. Glutamat ini sebaliknya dapat pula mengalami dehidrogenasi dan membebaskan ammonia. negatif ataupun keseimbangan yang normal. terutama dalam jaringan hati. Bagian lain dari peptida atau protein yang dioleh dibebaskan oleh enzim. Pemecahan berbagai \at dan menghasilkan ammonia ini terjadi baik pada keseimbangan nitrogen yang positif. Alanin dibuat dari piruvat. Sekali pun demikian. Glutami yang sampai ke hati dapat membebaskan dua molekul ammonia dengan kerja sama dari glutaminase dan glutamat dihidrogenase.ujung karboksil dari suatu asam amino terikat secara kovalen dengan residu serin yang ada di situs katalitik. Blutaminase. dibebaskan dalam bentuk ammonia oleh kerja enzim ini. ialah reaksi yang dikatalisis oleh enzim glutamat dehidrogenase yang terdapat dalam mitokondria. Berbagai protease serin dapat dibuat tidak aktif dengan cara mengikatnya secara kovalen dengan diisopropil fluorofosfat. sumber terbesar dari ammonia sel. Oleh karena en\im ini ada di dalam mitokondria. Amonia dibentuk pada pemecahan asam amino dan asam nukleat oleh sel. Perlu diingat bahwa enzim yang diperlukan untuk sintesis glutamin berbeda dengan enzim yang diperlukan untuk memecahnya. Daur ini terlukis pada gambar . Nitrogen yang diikat oleh glutamat. Sesudah hidrolisis ester serin tersebut oleh air. asparaginase. CO2 yang berada di dalam . suatu zat yang mudah ditemukan di mana-mana sebagai hasil metabolisme glukosa atau glikogen dan siap untuk dipakai  ketoglutarat sehinggga terbentuklah glutamat. Perlu diperhatikan bahwa dua reaksi dalam daur ini berlangsung di dalam mitokondria. Histidase. Otot menggunakan glutamin dan juga alanin untuk membawa kelebihan nitrogen. sedangkan sisanya terjadi di sitoplasma.

Sebagian enzim yang baru disintesis ini akan berada dalam bentuk laten yang memerlukan pengaktifan. termasuk NADPH. Secara keseluruhan diperlukan empat ikatan fosfat kaya – energi atau ekivalen ATP untuk sintesis satu molekul urea. Dalam reaksi ini ATP diubah menjadi AMP.mitokondria mengalami fosforilasi oleh ATP dan kemudian berkondensasi dengan ammonia dengan menggunakan energi yang berasal dari hidrolisis satu molekul ATP lainnya. Ornitin ini kemudian masuk lagi ke dalam mitokondria dan menyelesaikan daur. Enzim oksigenase yang merupakan metaloprotein besi pofirin. Reaksi ini adalah reaksi kedua yang mengatur laju sintesis urea. Di dalam sitoplasma sitrulin ini berkondensasi dengan aspartat dan inilah reaksi yang ketiga. Enzim triptofan oksigenase (triptofan pirolase) mengkatalisis reaksi pemutusan cincin indol dengan penyatuan dua atom dari molekul oksigen sehingga terbentuk senyawa Nformilkinurenin. Selanjutnya sitrulin meninggalkan mitokondria. Triptofan juga menstabilkan enzim oksigenase terhadap reaksi penguraian proteolitik. dapat diinduksi dalam hati oleh kortikosteroid adrenal dan triptofan. Dalam reaksi kedua yang juga terjadi de dalam mitokondria. Hasilnya terbentuklah karbamoil fosfat. karbamoil fosfat berkondensasi dengan ornitin sehingga terbentuklah sitrulin dan fosfat bebas. Dengan transaminasi maka aspartatpun terbentuk kembali. Pengeluaran hidrolitik gugus formil pada . Arginin dihidrolisis untuk menghasilkan urea dan ornitin. Triptofan oksigenase dihambat secara umpan balik oleh derivat asam nikotinat. Proses katabolisme triptofan pada manusia merupakan penguraian seluruh atom karbon pada rantai samping maupun pada cincin aromatik menjadi senyawaantara amfiolik melalui lintasan kinurenin-antranilat (Gambar 4). Dua ikatan diperlukan untuk menghasilkan karbamoil fosfat dan dua lagi untuk kondensasi aspartat dengan sitrulin. dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintetase dan memerlukan N-asetil glutamat sebagai suatu kofaktor. Fumarat dapat masuk ke dalam mitokondria dan dioksidasi menjadi oksaloasetat melalui daur Krebs. Arginosuksinat yang terbentuk sebagai produk diubah dalam reaksi keempat menjadi arginin dan fumarat. Reaksi ini adalah reaksi yang mengatur laju sintesis urea.

Katabolisme serotonin diawali oleh oleh reaksi deaminase oksidatif yang dikatalisis enzim monoamin oksidase menjadi senyawa 5-hidroksiindolasetat (Gambar 5). Triptofan membentuk sejumlah derivat indol tambahan. hati dan bakteri dalam feses manusia dapat mengadakan dekarboksilasi triptofan menjadi triptamin yang kemudian bisa teroksidasi menjadi senyawa inol-3 asetat. D. Senyawa 2-amino-3-hidroksi benzoil piruvat yang dihasilkan akan kehilangan air dan penutupan cincin yang terjadi secara spontan akan membentuk kinurenat. Dekarboksilase selanjutnya akan membentuk serotonin (5-hidroksitriptamin).N-formilkinurenin yang dikatalisis oleh enzim kinurenin formilase pada hati akan menghasilkan senyawa kinurenin. Kinurenin dapat mengalami deaminasi lewat reaksi transaminasi. Hidroksilasi triptofan menjadi 5hidroksitriptofan dikatalisis selanjutnya oleh enzim tirosin hidroksilase hati. Senyawa ini pada manusia diekskresikan dalam urin (2-8 mg/dL).hidroksiindolasetat dan indol-3 asetat. Metabolisme selanjutnya kinurenin akan melibatkan konversi senyawa ini menjadi 3-hidroksikinurenin yang kemudian menjadi 3hidroksiantranilat. Proses Glikolisis . Hasil utama katabolisme triptofan dalam urin yang normal adalah senyawa 5. Hidroksilasi memerlukan oksigen molekuler dalam reaksi yang tergantung NADPH dan serupa dengan reaksi hidroksilasi fenilalanin. Ginjal mamalia.

Basa purin dan pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin. sitosin . Nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau pirimidin) melalui ikatan glikosida. pemanjangan (elongasi) rantai polipetida. terminasi dan pembebasan rantai polipeptida serta tahap pelipatan dan pengolahan. Sintesis RNA berdasarkan suatu cetakan DNA disebut proses transkripsi.ketiga. Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5’-nya mengikat asam fosfat (gugus fosfat) dengan ikatan ester. terjadi pengubahan secara kimia RNA yang terbentuk. inisiasi rantai polipetida. hanya gen atau kolompok gen yang ditarnskripsi. pada sintesis RNA tidak semua DNA ditranskripsi menjadi RNA. Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah ribosa. guanin. Sintesis protein (translasi) yaitu molekul Rna yang terbentuk menerjemahkan informasi genetik ke dalam proses pembentukan protein. Arus informasi genetik pada sel normal berawal dari DNA ke RNA terus ke protein.Protein pengikat. Pada tahap ini asam-asam amino secara berurutan diikat satu dengan yng lain.k edua RNA polimerase mengkatalisis pemanjangan ikatan fosfodiester antara ribonukleotia trifosfat dan ujung 3’-fosfat melalui cara seperti DNA polimerase I. sesuai pesan yang diberikan DNA. Berlangsung diribosom dan melalui 5 tahapan reaksi yakni aktivasi asam amino. Proses sintesis RNA menyerupai pembentukan Dna tetapi ada perbedaan prinsip dimana kalau sintesis DNA seluruh urutan nkleotida DNA digandakan seperti DNA induk. Keempat. Sintesis RNA (transkripsi) terdiri 4 tahap reaksi :pertama enzim RNA polimerase mengikat urutan basa spesifik. Produk yang terbentuk adalah RNA yang komplementer dengan salah satu rantai DNA dupleks yang jadi cetakan. Sedangkan sintesis protein berdasarkan suatu cetakan RNA disebut Translasi. DNA Girase. komplemen DNA-RNA (hibrid DNARNA) yang dihasilkan membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk diikuti hibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda.

Akan tetapi.dan timin. sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa. baik pada DNA maupun pada RNA. Dilihat dari strukturnya. Pada DNA. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik). dan juga RNA. dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Metabolisme Asam Nukleat Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T). yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). yaitu purin dan pirimidin. Dengan demikian nukleosida adalah penyusun nukleotida dan dapat diberi nama trivial dan nama sistematis seperti terlihat pada tabel berikut : II. sitosin dan urasil. untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Basa N. Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil. gula pentosa. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Sedangkan basa RNA terdiri atas adenin. guanin. Ada dua macam asam nukleat. . perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya.

dan sebuah basa N. Sebagai contoh. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomermonomer berupa nukleotida. gula pentosa c). maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. Dengan perkataan lain. . hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. yaitu adenosin monofosfat. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Dengan demikian. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. sitidin. Komponen-komponen asam nukleat a). identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. Begitu pula. dan deoksitimidin. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. sebuah gula pentosa.A. guanosin. gugus fosfat b). Dalam peran ini. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. nukleotidanya akan ada empat macam. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. basa N Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. deoksisitidin. deoksiguanosin. guanosin monofosfat. Sementara itu. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Namun. sitidin monofosfat. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet'. dan uridin monofosfat. dan uridin.

denaturasi kimia. Pengaruh asam Di dalam asam pekat dan suhu tinggi. monomer yang menyusun protein. sebenarnya tidaklah demikian. dan kerapatan apung. b. yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. Lihat ekspresi genetic untuk keterangan lebih lanjut. pengaruh asam.tiga urutan basa N. RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organisme hidup memakai DNA. A. Padahal. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat. asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti). Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. viskositas. Jadi. misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC. sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori 'dunia RNA'. . yang dikenal dengan nama kodon. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa. Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA. pengaruh alkali. a. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal.

Artinya. Viskositas DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm. stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi. Dengan demikian. e. tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter. RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya. C. Sebagai contoh. peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Pada konsentrasi yang relatif tinggi. Denaturasi kimia Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH netral. DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selanjutnya. f. Kerapatan apung . Selain itu. d. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Bahkan pada pH netral sekalipun. perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. di dalam asam mineral yang lebih encer. hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh. Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik basa. Hal yang sama terjadi pula pada RNA.Namun.

Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Dalam hal ini. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat molekul tinggi. DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut. yakni sekitar 1. 2’. Namun. Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar tabung dan protein akan mengapung. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi. Sebagai contoh.66 + 0. sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya.7 g/cm3.Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant density)-nya. sebuah gula pentosa. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. dan seterusnya). Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida.098% (G + C). maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein. maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan. Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’. dan sebuah basa N. teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. . B. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. ρ = 1. Selain itu. Begitu juga. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Dengan demikian. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik. misalnya sesium klorid (CsCl) 8M.

deoksisitidin. Dipecah lbh lanjut fosfomonoesterase . dan uridin monofosfat. maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. Dipecah lebih lanjut dg fosfodiesterase (ensim exonuclease non spesifik) menjadi monofosfat. dan uridin sitidin. yaitu adenosin monofosfat. dan deoksitimidin. guanosin. . maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. sitidin monofosfat. deoksiguanosin. mirip utk setiap organism. Degradasi nukleotida Di dalam usus halus tjd pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease (pankreas) à oligonukleotida.Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dr prekursor yg lebih sederhana. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. Begitu pula. nukleotidanya akan ada empat macam. Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah ada  salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin  dari sel yang mati (regenerasi) atau dari makanan. Sementara itu. C. jalur de novo untuk nukleotida. guanosin monofosfat.

basa akan lebih lanjut didegradasi menjadi asam urat (purin).dikenal sebagai nukleotidase à menghasilkan nukleosida and orthophosphate. ureidopropionat (pyrimidine). . Jika basa atau nukleosida tidak digunakan kembali utk salvage pathways. Nucleosida phosphorylaseà menghasilkan basa dan and ribose-1-phosphate.

yaitu purin dan pirimidin. . Dalam peran ini. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. 4. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. 2.1 Kesimpulan 1. guanosin. 5. Antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. 6. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks. berbobot molekul tinggi. tirosin. 7. baik pada DNA maupun pada RNA. Basa N. Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin.BAB III PENUTUP 3. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. triptofan). Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. dan uridin sitidin. . RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. hanya basa N- lah yang memungkinkan terjadinya variasi. 3.

Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme. Metabolisme protein meliputi: Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino. 10. protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. 9. termasuk yang terjadi di tingkat selular.8. Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain. Biosintesis asam amino. Biosintesis protein .Oksidasi asam amino.

Trugo. Carbohydrates: Classification and Properties. B.C.DAFTAR PUSTAKA Sreeranjit. P. & Finglas..M. & Finglas... F. & Finglas. M. 2nd Edition. Mac donald. Academic Press. 2nd Edition Caballero. 2nd Edition. Caballero. Rubinstein-Litwak.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.M. 2003. B. Rocha Leao.M. Energy Metabolism...M. Glucose : Function and Metabolism. Glycogen. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.C. and Karkalas. Caballero.C. L.. B.. Trugo. J. 2003. D. 2nd Edition. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition..In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. . P. J.C.Eds. & Finglas. Dennis.Eds. Trugo... 2003. L. L...Eds.C.M. Tester.C. 2nd Edition.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. P..M.Eds. & Finglas. and Lal. A.Eds. M. Carbohydrates : Metabolism of Sugar.. B. B. S.. Caballero. L.Eds. Academic Press. H... P. J. Academic Press. T. 2003.... B. S.C. R. Caballero. Academic Press. 2nd Edition. Trugo.. L. . B...Eds. Exercise Muscle. 2003. P. D. L. Trugo. P.. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. Academic Press. Trugo. K. P. Caballero. Academic Press. Trugo. 2003. Glucose : Properties and Analysis. 2nd Edition. Academic Press. & Finglas. Bender. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.M. & Finglas.. Caballero. C. L. 2003.. V.C. I. and Noakes..

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful