Makalah Biokimia Umum II

METABOLISME PROTEIN DAN ASAM NUKLEAT
D S U S U N

Oleh :
Nama : Fitra Jaya Burnama Nim : 0705105010056

FAKULTAS PERTANIAN JURUSAN TEKNOLOGI HASIL PERTANIAN UNIVERSITAS SYIAH KUALA DARUSSALAM-BANDA ACEH 2011

KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmanirrahim… Puji syukur kita sampaikan kehadirat Allah SWT, yang telah melimpahkan rahmad dan karuniaNya berupa nikmat dan kesehatan, iman dan ilmu pengetahuan. Ringkasan makalah ini bertujuan untuk melengkapi tugas mahasiswa dalam pemahaman tentang proses dari METABOLISME PROTEIN DAN KARBOHIDRAT. Kami sepenuhnya menyadari bahwa masih banyak kekurangan dan kesalahan dalam menyusun makalah ini, maka dari itu kritik dan saran yang bersifat konstruktif sangat kami harapkan demi kesempurnaan makalah ini. Kami mengucapkan terima kasih kepada Ibu atas ide dan saranya, serta menilai dan memeriksa makalah ini. Akhirnya saya mengharapkan semoga makalah ini mendapatkan keridhaan dari Allah SWT, dan dapat memberikan manfaat bagi saya sendiri dan kepada semua pembaca. Amin

Darussalam, 17 April 2011

yang melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi yang digantung pada sebuah timbangan besar sebelum dan sesudah makan. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik. berpuasa makan atau minum. Secara umum. Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa molekul organik untuk mendapatkan energy. bekerja. Arah lintasan metabolisme ditentukan oleh suatu senyawa yang disebut sebagai hormon. untuk diserap oleh sel tubuh. Dia menemukan bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannnya hilang dari tubuh melalui “perspiratio insensibilis” (mungkin dapat diterjemahkan sebagai keringatan yang tidak tampak). untuk diserap oleh sel tubuh. Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan oleh Santorio pada tahun 1614 di dalam bukunya. Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik yaitu: 1. termasuk yang terjadi di tingkat selular. “Ars de statica medecina” yang membuatnya terkenal di Eropa. Sedangkan untuk katabolisme itu sendiri yaitu reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi. Secara umum. dan buang air besar. 2.BAB I PENDAHULUAN I.I Latar Belakang Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme. Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap organisme untuk dapat bertahan hidup. Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang dilakukannya. Pada . Dan anabolisme merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. tidur. dan dipercepat (dikatalisis) oleh enzim.

Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. sedangkan timin dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA. dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Selain itu. Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. berbobot molekul tinggi. RNA merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah nukleotida. sitosin. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). dan monomer penyusunnya adalah nukleotida. satu gugus pentosa. Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel. Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus. Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat. sebuah gula pentosa.senyawa organik. . basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenin. dan sebuah gugus fosfat. penentu arah reaksi kimia disebut promoter dan penentu mempercepatan reaksi kimia disebut katalis. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut (misalnya. yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin). dan guanin dapat ditemukan pada RNA maupun DNA. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks. DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2deoksiribosa). Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. gula pentosa. Asam nukleat merupakan biopolimer. dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetik.

begitu juga dengan proses sintesis dan penguraian berlangsung dalam berbagai jalur metabolisme. termasuk reaksi yang sederhana seperti penguraian asamkarbonat menjadi air dan karbondioksida. serta penyerapannya keseluruh bagian tubuh yang memerlukannya. dan penyerapan hasil penguraian tersebut melalui dinding usus. I.Metabolisme meliputi proses sintesis dan proses penguraian senyawa atau komponen dalam sel hidup. Proses sintesis itu disebut anabolisme dan proses penguraian disebut katabolisme. lambung. Semua reaksi metabolism dikatalisis oleh enzim.2 Tujuan Makalah ini Adapun tujuan pembuatan makalah ini untuk mengetahui proses metabolisme dan katabolisme protein dan asam nukleat dalam tubuh . proses pemasukan dan pengeluaran zat kimia dari dan ke dalam sel melalui membran proses biosintesis protein yang panjang dan rumit atau pun proses penguraian bahan makanan dalam sistem pencernaan mulai dari mulut. usus.

Rantai karbon asam amino mengalami proses katabolisme yang diubah menjadi CO2. Biosintesis protein Manusia memakan banyak protein untuk menggantikan protein endogen. Asam amino esensial ialah asam amino yang tidak dapat disintesis oleh tubuh. Kelebihan asam amino tidak dapat disimpan karena langsung mengalami katabolisme dalam tubuh. protein tersusun dari molekul-molekul yang disebut asam amino. Beberapa jalur asam amino menunjukkan hasil akhir produk katabolisme utama seperti pada gambar 1. H2O dan energi (ATP) melalui siklus asam sitrat dan rantai pernafasan. Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino 2.1 Metabolisme Protein Protein bersama karbohidrat dan lemak merupakan sumber energi bagi tubuh. Oksidasi asam amino 3. Metabolisme protein meliputi: 1. . Asam amino esensial dapat disintesis oleh tubuh namun tetap diperlukan asupan dari makanan untuk menjaga keseimbangan asam amino tersebut di dalam tubuh.BAB II PEMBAHASAN 2. Jalur katabolisme merupakan beberapa proses dengan zat yaitu: Jalur sangat panjang (contohnya triptophan) sementara yang lainnya pendek (contohnya alanin). Di dalam tubuh mamalia asam amino terbagi menjadi dua bagian yaitu asam amino esensial dan non esensial. Biosintesis asam amino 4.

hanya sebagian dari rantai karbonnya yang digunakan untuk mensintesis glukosa karena sisa rantai karbon di ubah menjadi asetil koa yang tidak dapat digunakan untuk sintesis glukosa. enzim. Protein Tubuh dan Fungsinya 1. Untuk beberapa asam amino seperti tirosin dan fenilalanin. antibodi. Jalur metabolisme asam amino dalam siklus asam sitrat Setiap asam amino didegradasi menjadi piruvat atau zat siklus asam sitrat lainnya dan dapat menjadi prekrusor sintesis glukosa di hepar yang disebut glikogenik atau glukoneogenik. Protein Tubuh Protein di dalam tubuh terdiri dari ¾ zat padat dari protein yaitu otot. Protein merupakan rangkaian asam amino dengan ikatan peptida dan banyak protein terdiri dari ikatan komplek dengan fibril menjadi . A. protein plasma.Gambar 1. hormon.

elastin (arteri). valin → histidin. Protein: > 100 asam amino 4. Hati merupakan jaringan utama untuk menyimpan dan mengolah protein d. isoleusin. Glikoprotein: gabungan glukose dengan protein 6. tulang). Didalam sel asam amino disimpan dalam bentuk protein (dengan menggunakan enzim) 4. Macam-macam protein: 1. triptofan. Antara asam amino saling berikatan dengan ikatan peptide 5. dan aktin-miosin. Protein diabsorpsi di usus halus dalam bentuk asam amino → masuk dalam darah 2. Ada beberapa macam protein dan asam amino diantaranya sebagai berikut: a. Asam amino non esensial: SAGA SATGA (serin. metionin. Asam amino dibedakan: asam amino esensial dan asam amino non esensial 2. keratin (rambut. fenilalanin) 3. . asam aspartat. Lipoprotein: gabungan lipid dan protein b. Transport protein 1. Dalam darah asam amino disebar keseluruh sel untuk disimpan 3. leusin. ada beberapa macam protein fibrosa seperti: kolagen (tendon. tirosin. kuku). Asam amino 1. Jika jumlah protein terus meningkat → protein sel dipecah jadi asam amino untuk dijadikan energi atau disimpan dalam bentuk lemak. kartilago. Asam amino esensial: T2L2V HAMIF (treonin. glutamin. Peptide: 2 – 10 asam amino 2. Penggunaan Protein Untuk Energi 1. asparadin → sistein. Polipeptide: 10 – 100 asam amino 3. arginin. lisin. alanin. glisin.protein fibrosa. asam glutamat) c.

Makromolekul ini mengendalikan jalur dan waktu metabolisme yang kompleks untuk menjaga kelangsungan hidup suatu organisma. sebagai contoh α dan β -keratin yang terdapat pada kulit. protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain. dan kuku. Struktur ini terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida. rambut. Apabila tulang dan kitin adalah beton. berfungsi sebagai pelindung. Sebelum kode genetik ini . Deaminasi merupakan proses pembuangan gugus amino dari asam amino sedangkan transaminasi adalah proses perubahan asam amino menjadi asam ket 2. fibrous protein. Struktur pertama adalah struktur primer. Selain itu protein juga dapat berperan sebagai biokatalis untuk reaksi-reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup. B. Fungsi Protein Fungsi dari protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam dua kelompok besar. Struktur protein terdiri dari empat macam struktur. maka protein struktural adalah dinding batu-batanya. yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja pada tingkat molekular. Informasi yang menentukan urutan asam amino suatu protein tersimpan dalam molekul DNA dalam bentuk kode genetik. Sedangkan protein struktural lain ada juga yang berfungsi sebagai perekat. Beberapa protein struktural. Suatu sistem metabolisme akan terganggu apabila biokatalis yang berperan di dalamnya mengalami kerusakan. seperti kolagen.2. Pemecahan protein jadi asam amino terjadi di hati dengan proses deaminasi atau transaminasi 3. Struktur Protein Bagaimana suatu protein dapat memerankan berbagai fungsi dalam sistem makhluk hidup? Jawabnya adalah terletak pada strukturnya.

Ikatan yang membentuk struktur ini. didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping . Gambar 1. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi urutan asam amino (Gambar 1). mula-mula kode ini disalin kedalam bentuk kode lain yang berpadanan dengan urutan kode genetik pada DNA. melalui rantai samping asam amino. Pada struktur sekunder. yaitu dalam bentuk molekul RNA. protein sudah mengalami interaksi intermolekul. Skema Aliran Informasi Genetik dari DNA ke Protein Struktur yang kedua adalah struktur sekunder.diterjemahkan menjadi asam-asam amino yang membangun struktur primer protein. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi.

. b-sheet itu sendiri ada yang paralel dan juga ada yang anti-paralel. yaitu: a-heliks dan b-sheet (Gambar 2). hidropobik dll turut menentukan orientasi struktur 3 dimensi dari protein (Gambar 3). Struktur Sekunder Protein b-sheet Struktur-struktur sekunder ini.yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. bergantung pada orientasi kedua rantai polipeptida yang membentuk struktur sekunder tersebut. Disini interakasi intra molekuler seperti ikatan hidrogen. Struktur ruang ini adalah struktur ketiga atau juga dinamakan struktur tersier. a-heliks Gambar-2. ikatan ion. Ada dua jenis struktur sekunder. kemudian dikemas sedemikian rupa sehingga membentuk struktur tiga dimensi yang paling pavorable secara termodinamika. van der Waals.

Bila saja protein memiliki panjang 100 residu asam amino. Jumlah monomer asam amino yang membangun suatu protein adalah 20 asam amino. Hingga saat ini tidak satu sintetik polimerpun yang memiliki monomer sebanyak protein.Gambar-3. Karena banyaknya kemungkinan struktur ini. Gambar-4. maka protein dapat memerankan berbagai macam fungsi. bila dalam protein ini ke dua puluh asam amino tersebut dipakai untuk mensintesis protein. dengan kata lain multi subunit. Intraksi intermolekul antar sub unit protein ini membentuk struktur keempat/kwaterner (Gambar 4). Bisa dibanyangkan berapa peluang kemungkinan struktur 3 dimensi yang mungkin terbentuk dengan monomer sebanyak ini. maka jumlah struktur 3 dimensi yang mungkin adalah 20100 struktur. Setiap subunit protein dapat melakukan komunikasi dan saling mempengaruhi satu sama lain melalui interaksi intermolekular ini. Struktur Tersier Protein Banyak molekul protein yang memiliki lebih dari satu struktur tersier. Struktur Kwaterner Protein. Tentu saja struktur yang paling pavorable secara termodinamika saja yang akan terbentuk. Perubahan pada struktur .

yang menyebabkan penyakit. Penyakit ini belakangan diketahui disebabkan oleh protein yang dikenal dengan nama prion. aktivitas prion tidak menurun. tetapi saat dimasukan protease aktivitasnya menurun. saat gen ini diekspresikan dan proteinnya di injeksikan ke dalam tubuh tikus percobaan. tirosin.akan mempengaruhi fungsi dari protein. isoleusin. Dari sini para ilmuan lalu menyimpulkan bahwa prion tidak memiliki DNA ataupun RNA. Enzim ini tidak . yaitu penyakit sapi gila di Inggris. Pada awalnya. Penelitian lain juga mendapati bahwa saat DNAase dan RNAase dimasukan ke dalam sistem. Gen tersebut dikenal sebagai PrP. Tetapi. bagaimana protein ini bisa diturunkan dan bertambah jumlahnya di dalam tubuh tanpa adanya gen yang mengkodenya. ternyata ditemukan bahwa gen yang mengkode prion terdapat disetiap organisma hidup yang menjadi inang untuk berkembangnya prion. Dari hasil ini. Salah satu contoh pentingnya struktur tiga dimensi adalah pada fenomena yang sangat terkenal saat ini. Pencernaan Protein Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. metionin) atau dikarboksilat (glutamat dan aspartat). Virus saja untuk berkembang biak harus memasukan DNAnya ke dalam inang. Hasil penelitian menunjukan bahwa protein ini lebih tahan terhadap serangan protease dibanding protein biasa. PH optimum ialah 2. para ahli biokimia memprediksi adanya struktur lain diluar struktur protein PrP normal. C. para ilmuan sangat sukar memahami bagaimana mungkin protein bisa menjadi desease agent dan dapat diturunkan. Protease adalah suatu enzim yang berfungsi untuk mengurai protein. triptofan). lalu bagaimana dengan prion? Dari hasil pencarian yang panjang. Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. Beberapa penyakit pada manusia disebabkan oleh perubahan struktur dari protein yang merusak fungsi dari protein tersebut. hidrofobik (leusin. tidak dideteksi adanya penyakit. sehingga aktifitasnya yang tertinggi ialah di dalam lambung. Lalu.

– lis lis – – tir tir – – arg – gli gli – – ile ile – – I             Gambar . I – I – phe – metval val – – leu leu – – trp trp – arg – – ala ala – – aspasp – I phe – met -. Peristiwa ini mengubah konformasi dan mengaktifkan protein tersebut. sedangkan di luar sel lambung sebesar 10-1M. Melalui suatu jeram reaksi yang mirip dengan yang ditemukan pada metabolisme glikogen. Pengaktifannya menjadi pepsin dilakukan oleh asam lambung dan secara otokatalisis juga oleh pepsin itu sendiri yang sudah terbentuk. Hidrolisis ATP ini dikaitkan dengan pertukaran K+ dengan H+. Histamin meningkatkan proses sekresi H+ dengan cara meningkatkan konsentrasi cAMP intrasel. Oleh karena pH yang rendah dari lambung sangatlah musthak bagi kerja enzim dan pada kenyataannya mampu pula menghidrolisis beberapa ikatan peptida. karena konsentrasi H + di dalam sel ialah sebesar 10-7 M. Enzim ini bekerja dengan cara mengaktifkan enzim histidin dekarboksilase sehingga .bekerja lagi bila berada pada pH yang tinggi seperti yang terdapat di dalam usus halus. yang pada kenyataannya didapat dengan cara hidrolisis ATP. Pada proses pengaktifan ini. Pepsin disekresikan sebagai zmi ogen yang bernama pepsinogen. dilepaskan 42 asam amino dari ujung NH2 bebas pada molekul \ imogen tadi. Hormon gastrin menyebabkan hal yang sama. H+ intrasel berasal dari reaksi yang berkaitan dengan anhidrase karbonat. seperti yang terlukis pada Gambar . kinase tersebut memfosforilasikan anhidrase karbonat sehingga aktifitasnya pun bertambah. Peristiwa sekresi ini berlangsung dengan melawan gradien. Zat seperti kafein yang menghambat pemecahan cAMP meningkatkan sekresi asam lambung. Ini pada gilirannya mengaktifkan suatu kinase protein. Dengan demikian jelaslah bahwa proses ini memerlukan energi.-. Pemecahan protein oleh pepsin. maka perlu pulalah agaknya diuraikan secara singkat bagaimana pHyang tidak lazim ini dicapat ion H dalam lambung adalah hasil sekresi sel-sel parital.

Akibatnya. Dengan bantuan kalsium.terbentuklah histamin. sedangkan elastase selanjutnya bekerja terhadap ikatan peptida yang dibentuk asamamino alifatik. Sebaliknya tripsin yang sudah aktif ini akan mengaktifkan enzim-enzim lain yang masih berbentuk zimogen. Selain pepsin. kasein yang terdapat di dalam susu diubah oleh rennin menjadi parakasein. kimotripsin. Selanjtnya yang bekerja ialah enzim karboksipeptidase yang bekerja memutus satu demi satu ikatan peptida yang tersisa pada berbagai peptida tadi. prokarboksipeptidase dan poelastase. dipeptida dan tripeptida. segala peristiwa yang telah diuraikan tadi meningkat dan hasil akhirnya ialah meningkatnya produksi asam lambung. Oleh karena ada beberapa enzim yang khas mencernakan protein. pepsin mereka tidaklah aktif dan proses pencernaan protein barulah dimulai di usus halus. lambung juga mensekresikan enzim rennin. yaitu tripsin. dari sisi gugus karboksil bebas. Keadaan ini disebut “achlorhydrea”. kimotripsin dan elastase mempunyai serin pada situs katalitik masingmasing dan karena itu enzim-enzim ini dikelompokkan dalam robongan protease serin. Babungan hasil kerja enzim ini ialah monopeptida. Enteropeptidase atau enterokinase mampu mengubah tripsinogen menjadi tripsin. yaitu kimotripsinogen. Selama proses hidrolisis oleh enzim-enzim tersebut berlangsung. keadaan ini tidaklah menimbulkan gejala klinik yang berat. karboksipeptidase dan elastase. Di dalam usus. protein diolah oleh sejumlah enzim yang disekresikan oleh pancreas. Tripsin. Hal ini penting bagi anak kecil karena peristiwa ini mencegah pengosongan lambung yang terlalu cepat. . dan juga enzim aminopeptidase yang bekerja dengan cara yang sama dari sisi gugus amino bebas. Pada orang-orang dengan keadaan ini. yang mengkoagulasikan susu. yang selanjutnya dihidrolisis oleh pepsin. Semua enzim ini disekresikan dalam bentuk zimogen. Tripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam-asam amino basa. Kimotripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam amino aromatik. Kira-kira 4% dari seluruh orang dewasa dan 40% dari seluruh orang yang berusia lebih dari 60 tahun kekurangan sekresi HCl di lambung.

Nitrogen yang diikat oleh glutamat. Blutaminase. Amonia dibentuk pada pemecahan asam amino dan asam nukleat oleh sel. Perlu diperhatikan bahwa dua reaksi dalam daur ini berlangsung di dalam mitokondria. sedangkan sisanya terjadi di sitoplasma. Alanin dibuat dari piruvat. ialah reaksi yang dikatalisis oleh enzim glutamat dehidrogenase yang terdapat dalam mitokondria. Sekali pun demikian. Otot menggunakan glutamin dan juga alanin untuk membawa kelebihan nitrogen. serin dehidratase dan sistein dehidratase adalah penghasil ammonia yang lain di dalam sel. Daur ini terlukis pada gambar . Dalam reaksi yang pertama. Glutamat ini sebaliknya dapat pula mengalami dehidrogenasi dan membebaskan ammonia. reaksipun selesai. Sesudah hidrolisis ester serin tersebut oleh air. Histidase. suatu zat yang mudah ditemukan di mana-mana sebagai hasil metabolisme glukosa atau glikogen dan siap untuk dipakai  ketoglutarat sehinggga terbentuklah glutamat. berbagai oksidase asam amino kesemuanya menghasilkan ammonia. negatif ataupun keseimbangan yang normal. Oleh karena en\im ini ada di dalam mitokondria. Bagian lain dari peptida atau protein yang dioleh dibebaskan oleh enzim. CO2 dan nitrogen dari aspartat menjadi urea.ujung karboksil dari suatu asam amino terikat secara kovalen dengan residu serin yang ada di situs katalitik. terutama dalam jaringan hati. Glutami yang sampai ke hati dapat membebaskan dua molekul ammonia dengan kerja sama dari glutaminase dan glutamat dihidrogenase. yang sebelumnya berasal dari reaksi transaminasi asam-asam amino yang lain. Perlu diingat bahwa enzim yang diperlukan untuk sintesis glutamin berbeda dengan enzim yang diperlukan untuk memecahnya. Pemecahan berbagai \at dan menghasilkan ammonia ini terjadi baik pada keseimbangan nitrogen yang positif. CO2 yang berada di dalam . ammonia yang dibentuknya dapat segera dipakai untuk sintesis urea. Selain itu ammonia juga dihasilkan oleh bakteri usus. dibebaskan dalam bentuk ammonia oleh kerja enzim ini. sumber terbesar dari ammonia sel. Daur urea terdiri atas lima reaksi yang mengubah ammonia. Berbagai protease serin dapat dibuat tidak aktif dengan cara mengikatnya secara kovalen dengan diisopropil fluorofosfat. asparaginase.

Secara keseluruhan diperlukan empat ikatan fosfat kaya – energi atau ekivalen ATP untuk sintesis satu molekul urea. Pengeluaran hidrolitik gugus formil pada . Triptofan oksigenase dihambat secara umpan balik oleh derivat asam nikotinat. Dalam reaksi kedua yang juga terjadi de dalam mitokondria. Enzim triptofan oksigenase (triptofan pirolase) mengkatalisis reaksi pemutusan cincin indol dengan penyatuan dua atom dari molekul oksigen sehingga terbentuk senyawa Nformilkinurenin. Dengan transaminasi maka aspartatpun terbentuk kembali. Selanjutnya sitrulin meninggalkan mitokondria. Ornitin ini kemudian masuk lagi ke dalam mitokondria dan menyelesaikan daur. Sebagian enzim yang baru disintesis ini akan berada dalam bentuk laten yang memerlukan pengaktifan. Enzim oksigenase yang merupakan metaloprotein besi pofirin. Triptofan juga menstabilkan enzim oksigenase terhadap reaksi penguraian proteolitik. Dalam reaksi ini ATP diubah menjadi AMP. termasuk NADPH. Arginosuksinat yang terbentuk sebagai produk diubah dalam reaksi keempat menjadi arginin dan fumarat. Hasilnya terbentuklah karbamoil fosfat. Reaksi ini adalah reaksi yang mengatur laju sintesis urea. Proses katabolisme triptofan pada manusia merupakan penguraian seluruh atom karbon pada rantai samping maupun pada cincin aromatik menjadi senyawaantara amfiolik melalui lintasan kinurenin-antranilat (Gambar 4). dapat diinduksi dalam hati oleh kortikosteroid adrenal dan triptofan. Fumarat dapat masuk ke dalam mitokondria dan dioksidasi menjadi oksaloasetat melalui daur Krebs. Reaksi ini adalah reaksi kedua yang mengatur laju sintesis urea. karbamoil fosfat berkondensasi dengan ornitin sehingga terbentuklah sitrulin dan fosfat bebas. Arginin dihidrolisis untuk menghasilkan urea dan ornitin. dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintetase dan memerlukan N-asetil glutamat sebagai suatu kofaktor. Dua ikatan diperlukan untuk menghasilkan karbamoil fosfat dan dua lagi untuk kondensasi aspartat dengan sitrulin.mitokondria mengalami fosforilasi oleh ATP dan kemudian berkondensasi dengan ammonia dengan menggunakan energi yang berasal dari hidrolisis satu molekul ATP lainnya. Di dalam sitoplasma sitrulin ini berkondensasi dengan aspartat dan inilah reaksi yang ketiga.

Kinurenin dapat mengalami deaminasi lewat reaksi transaminasi. Hidroksilasi triptofan menjadi 5hidroksitriptofan dikatalisis selanjutnya oleh enzim tirosin hidroksilase hati. Hidroksilasi memerlukan oksigen molekuler dalam reaksi yang tergantung NADPH dan serupa dengan reaksi hidroksilasi fenilalanin. D.N-formilkinurenin yang dikatalisis oleh enzim kinurenin formilase pada hati akan menghasilkan senyawa kinurenin. Dekarboksilase selanjutnya akan membentuk serotonin (5-hidroksitriptamin). Proses Glikolisis . Senyawa 2-amino-3-hidroksi benzoil piruvat yang dihasilkan akan kehilangan air dan penutupan cincin yang terjadi secara spontan akan membentuk kinurenat. Senyawa ini pada manusia diekskresikan dalam urin (2-8 mg/dL). Triptofan membentuk sejumlah derivat indol tambahan.hidroksiindolasetat dan indol-3 asetat. Hasil utama katabolisme triptofan dalam urin yang normal adalah senyawa 5. Ginjal mamalia. hati dan bakteri dalam feses manusia dapat mengadakan dekarboksilasi triptofan menjadi triptamin yang kemudian bisa teroksidasi menjadi senyawa inol-3 asetat. Katabolisme serotonin diawali oleh oleh reaksi deaminase oksidatif yang dikatalisis enzim monoamin oksidase menjadi senyawa 5-hidroksiindolasetat (Gambar 5). Metabolisme selanjutnya kinurenin akan melibatkan konversi senyawa ini menjadi 3-hidroksikinurenin yang kemudian menjadi 3hidroksiantranilat.

pemanjangan (elongasi) rantai polipetida. Sintesis RNA (transkripsi) terdiri 4 tahap reaksi :pertama enzim RNA polimerase mengikat urutan basa spesifik. Keempat. DNA Girase.Protein pengikat. hanya gen atau kolompok gen yang ditarnskripsi. Sedangkan sintesis protein berdasarkan suatu cetakan RNA disebut Translasi. Produk yang terbentuk adalah RNA yang komplementer dengan salah satu rantai DNA dupleks yang jadi cetakan. Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah ribosa. pada sintesis RNA tidak semua DNA ditranskripsi menjadi RNA. Proses sintesis RNA menyerupai pembentukan Dna tetapi ada perbedaan prinsip dimana kalau sintesis DNA seluruh urutan nkleotida DNA digandakan seperti DNA induk.ketiga. Arus informasi genetik pada sel normal berawal dari DNA ke RNA terus ke protein. sesuai pesan yang diberikan DNA. Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5’-nya mengikat asam fosfat (gugus fosfat) dengan ikatan ester.k edua RNA polimerase mengkatalisis pemanjangan ikatan fosfodiester antara ribonukleotia trifosfat dan ujung 3’-fosfat melalui cara seperti DNA polimerase I. komplemen DNA-RNA (hibrid DNARNA) yang dihasilkan membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk diikuti hibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda. terjadi pengubahan secara kimia RNA yang terbentuk. Sintesis protein (translasi) yaitu molekul Rna yang terbentuk menerjemahkan informasi genetik ke dalam proses pembentukan protein. Nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau pirimidin) melalui ikatan glikosida. sitosin . Berlangsung diribosom dan melalui 5 tahapan reaksi yakni aktivasi asam amino. inisiasi rantai polipetida. Sintesis RNA berdasarkan suatu cetakan DNA disebut proses transkripsi. terminasi dan pembebasan rantai polipeptida serta tahap pelipatan dan pengolahan. Basa purin dan pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin. Pada tahap ini asam-asam amino secara berurutan diikat satu dengan yng lain. guanin.

Ada dua macam asam nukleat. gula pentosa. Basa N.dan timin. perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Metabolisme Asam Nukleat Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Dengan demikian nukleosida adalah penyusun nukleotida dan dapat diberi nama trivial dan nama sistematis seperti terlihat pada tabel berikut : II. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T). pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Sedangkan basa RNA terdiri atas adenin. Pada DNA. guanin. sitosin dan urasil. purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). dan juga RNA. yaitu purin dan pirimidin. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa. . Akan tetapi. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik). baik pada DNA maupun pada RNA. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Dilihat dari strukturnya.

Dalam peran ini. Komponen-komponen asam nukleat a). Dengan perkataan lain. sebuah gula pentosa. dan sebuah basa N. identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. yaitu adenosin monofosfat. deoksisitidin. maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. dan uridin. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. gula pentosa c). Namun. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Dengan demikian. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomermonomer berupa nukleotida. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. dan deoksitimidin. deoksiguanosin. Sementara itu. guanosin. setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat.A. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. nukleotidanya akan ada empat macam. dan uridin monofosfat. . guanosin monofosfat. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. sitidin monofosfat. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet'. gugus fosfat b). hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Begitu pula. basa N Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas. Sebagai contoh. sitidin.

Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi. sebenarnya tidaklah demikian. Jadi. Padahal. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori 'dunia RNA'. denaturasi kimia. b. viskositas. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. monomer yang menyusun protein. Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA. . dan kerapatan apung. pengaruh asam. Pengaruh asam Di dalam asam pekat dan suhu tinggi. RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organisme hidup memakai DNA. pengaruh alkali. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya. a. misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC. sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan.tiga urutan basa N. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat. A. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti). Lihat ekspresi genetic untuk keterangan lebih lanjut. ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat. yang dikenal dengan nama kodon.

tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter. DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh. peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Denaturasi kimia Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH netral. Selanjutnya. hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik. Bahkan pada pH netral sekalipun. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Selain itu. RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya. Dengan demikian. C. e. Pada konsentrasi yang relatif tinggi. Artinya.Namun. di dalam asam mineral yang lebih encer. f. Sebagai contoh. Viskositas DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm. DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Kerapatan apung . Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik basa. perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. d. stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.

setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. 2’. sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat molekul tinggi. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut. sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. Sebagai contoh. Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Begitu juga. Dalam hal ini. Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’. Dengan demikian. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida. ρ = 1. Selain itu.7 g/cm3. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. dan seterusnya). Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik. sebuah gula pentosa. . yakni sekitar 1.66 + 0.Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant density)-nya.098% (G + C). Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar tabung dan protein akan mengapung. maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan. B. teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein. Namun. misalnya sesium klorid (CsCl) 8M. dan sebuah basa N.

Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. Dipecah lebih lanjut dg fosfodiesterase (ensim exonuclease non spesifik) menjadi monofosfat. yaitu adenosin monofosfat. jalur de novo untuk nukleotida. deoksisitidin. mirip utk setiap organism. Begitu pula. dan uridin monofosfat. dan deoksitimidin. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. guanosin monofosfat. deoksiguanosin. . nukleotidanya akan ada empat macam. dan uridin sitidin. Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah ada  salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin  dari sel yang mati (regenerasi) atau dari makanan. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dr prekursor yg lebih sederhana. Degradasi nukleotida Di dalam usus halus tjd pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease (pankreas) à oligonukleotida. Dipecah lbh lanjut fosfomonoesterase . sitidin monofosfat. guanosin. C. Sementara itu.

ureidopropionat (pyrimidine).dikenal sebagai nukleotidase à menghasilkan nukleosida and orthophosphate. Jika basa atau nukleosida tidak digunakan kembali utk salvage pathways. . basa akan lebih lanjut didegradasi menjadi asam urat (purin). Nucleosida phosphorylaseà menghasilkan basa dan and ribose-1-phosphate.

Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. . Basa N.1 Kesimpulan 1. berbobot molekul tinggi. guanosin. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. 5. Antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. baik pada DNA maupun pada RNA. hanya basa N- lah yang memungkinkan terjadinya variasi. 7. 4. 2. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. 3. . maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. dan uridin sitidin.BAB III PENUTUP 3. Dalam peran ini. tirosin. Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks. yaitu purin dan pirimidin. 6. triptofan).

9. 10. Biosintesis asam amino. protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme. Biosintesis protein . Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain. termasuk yang terjadi di tingkat selular.8. Metabolisme protein meliputi: Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino.Oksidasi asam amino.

J. 2003. B..Eds. Academic Press.Eds. P. Trugo. 2003. B. B. Academic Press.. Trugo. B.Eds. 2nd Edition. 2nd Edition. Trugo. Mac donald. Carbohydrates : Metabolism of Sugar. Trugo. F.M. & Finglas...M. P. Exercise Muscle. & Finglas... Caballero.M. A. Academic Press. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. Trugo. P.. D.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. and Noakes.M. L. Academic Press. T. P. L..DAFTAR PUSTAKA Sreeranjit. 2003. 2nd Edition.Eds. J.. S. Dennis.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition... L. ..Eds. & Finglas.C. C. S.C. Caballero. 2003. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. M.M. I. and Lal. Glucose : Function and Metabolism.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. Academic Press.. Caballero. L. 2003. Carbohydrates: Classification and Properties.. J. Trugo. V. . B. M. 2003.. L.C. L..M. P. 2nd Edition.C.. B..C. Rocha Leao. 2nd Edition Caballero. K. and Karkalas. & Finglas. Rubinstein-Litwak. 2nd Edition. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.M.Eds. P. H. Bender.. Tester. Academic Press. Glycogen.. L. & Finglas. B.Eds. Caballero. 2nd Edition. Energy Metabolism.C. Trugo..... D. Academic Press... & Finglas. Caballero..C. 2003. P. R.C. & Finglas. Caballero. Glucose : Properties and Analysis.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful