Makalah Biokimia Umum II

METABOLISME PROTEIN DAN ASAM NUKLEAT
D S U S U N

Oleh :
Nama : Fitra Jaya Burnama Nim : 0705105010056

FAKULTAS PERTANIAN JURUSAN TEKNOLOGI HASIL PERTANIAN UNIVERSITAS SYIAH KUALA DARUSSALAM-BANDA ACEH 2011

KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmanirrahim… Puji syukur kita sampaikan kehadirat Allah SWT, yang telah melimpahkan rahmad dan karuniaNya berupa nikmat dan kesehatan, iman dan ilmu pengetahuan. Ringkasan makalah ini bertujuan untuk melengkapi tugas mahasiswa dalam pemahaman tentang proses dari METABOLISME PROTEIN DAN KARBOHIDRAT. Kami sepenuhnya menyadari bahwa masih banyak kekurangan dan kesalahan dalam menyusun makalah ini, maka dari itu kritik dan saran yang bersifat konstruktif sangat kami harapkan demi kesempurnaan makalah ini. Kami mengucapkan terima kasih kepada Ibu atas ide dan saranya, serta menilai dan memeriksa makalah ini. Akhirnya saya mengharapkan semoga makalah ini mendapatkan keridhaan dari Allah SWT, dan dapat memberikan manfaat bagi saya sendiri dan kepada semua pembaca. Amin

Darussalam, 17 April 2011

metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik. untuk diserap oleh sel tubuh.I Latar Belakang Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme. Secara umum. Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan oleh Santorio pada tahun 1614 di dalam bukunya. termasuk yang terjadi di tingkat selular. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik yaitu: 1. Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. dan dipercepat (dikatalisis) oleh enzim. Sedangkan untuk katabolisme itu sendiri yaitu reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi.BAB I PENDAHULUAN I. Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa molekul organik untuk mendapatkan energy. “Ars de statica medecina” yang membuatnya terkenal di Eropa. yang melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi yang digantung pada sebuah timbangan besar sebelum dan sesudah makan. Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap organisme untuk dapat bertahan hidup. Arah lintasan metabolisme ditentukan oleh suatu senyawa yang disebut sebagai hormon. untuk diserap oleh sel tubuh. dan buang air besar. Dan anabolisme merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang dilakukannya. tidur. Secara umum. 2. berpuasa makan atau minum. Pada . Dia menemukan bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannnya hilang dari tubuh melalui “perspiratio insensibilis” (mungkin dapat diterjemahkan sebagai keringatan yang tidak tampak). bekerja.

sitosin. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut (misalnya. penentu arah reaksi kimia disebut promoter dan penentu mempercepatan reaksi kimia disebut katalis.senyawa organik. sebuah gula pentosa. satu gugus pentosa. dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat. yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin). Selain itu. dan monomer penyusunnya adalah nukleotida. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. gula pentosa. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen. DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2deoksiribosa). dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Asam nukleat merupakan biopolimer. basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenin. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. sedangkan timin dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA. RNA merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah nukleotida. Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain. Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetik. berbobot molekul tinggi. Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus. dan sebuah gugus fosfat. . dan guanin dapat ditemukan pada RNA maupun DNA. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks.

Metabolisme meliputi proses sintesis dan proses penguraian senyawa atau komponen dalam sel hidup. begitu juga dengan proses sintesis dan penguraian berlangsung dalam berbagai jalur metabolisme. proses pemasukan dan pengeluaran zat kimia dari dan ke dalam sel melalui membran proses biosintesis protein yang panjang dan rumit atau pun proses penguraian bahan makanan dalam sistem pencernaan mulai dari mulut. dan penyerapan hasil penguraian tersebut melalui dinding usus. lambung. termasuk reaksi yang sederhana seperti penguraian asamkarbonat menjadi air dan karbondioksida.2 Tujuan Makalah ini Adapun tujuan pembuatan makalah ini untuk mengetahui proses metabolisme dan katabolisme protein dan asam nukleat dalam tubuh . Proses sintesis itu disebut anabolisme dan proses penguraian disebut katabolisme. serta penyerapannya keseluruh bagian tubuh yang memerlukannya. I. usus. Semua reaksi metabolism dikatalisis oleh enzim.

Biosintesis protein Manusia memakan banyak protein untuk menggantikan protein endogen. Rantai karbon asam amino mengalami proses katabolisme yang diubah menjadi CO2. Kelebihan asam amino tidak dapat disimpan karena langsung mengalami katabolisme dalam tubuh. Jalur katabolisme merupakan beberapa proses dengan zat yaitu: Jalur sangat panjang (contohnya triptophan) sementara yang lainnya pendek (contohnya alanin). Biosintesis asam amino 4. Beberapa jalur asam amino menunjukkan hasil akhir produk katabolisme utama seperti pada gambar 1. . Di dalam tubuh mamalia asam amino terbagi menjadi dua bagian yaitu asam amino esensial dan non esensial. H2O dan energi (ATP) melalui siklus asam sitrat dan rantai pernafasan. protein tersusun dari molekul-molekul yang disebut asam amino.BAB II PEMBAHASAN 2. Asam amino esensial dapat disintesis oleh tubuh namun tetap diperlukan asupan dari makanan untuk menjaga keseimbangan asam amino tersebut di dalam tubuh.1 Metabolisme Protein Protein bersama karbohidrat dan lemak merupakan sumber energi bagi tubuh. Oksidasi asam amino 3. Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino 2. Asam amino esensial ialah asam amino yang tidak dapat disintesis oleh tubuh. Metabolisme protein meliputi: 1.

A. protein plasma. Protein merupakan rangkaian asam amino dengan ikatan peptida dan banyak protein terdiri dari ikatan komplek dengan fibril menjadi . enzim. hormon.Gambar 1. hanya sebagian dari rantai karbonnya yang digunakan untuk mensintesis glukosa karena sisa rantai karbon di ubah menjadi asetil koa yang tidak dapat digunakan untuk sintesis glukosa. Jalur metabolisme asam amino dalam siklus asam sitrat Setiap asam amino didegradasi menjadi piruvat atau zat siklus asam sitrat lainnya dan dapat menjadi prekrusor sintesis glukosa di hepar yang disebut glikogenik atau glukoneogenik. Untuk beberapa asam amino seperti tirosin dan fenilalanin. Protein Tubuh dan Fungsinya 1. antibodi. Protein Tubuh Protein di dalam tubuh terdiri dari ¾ zat padat dari protein yaitu otot.

triptofan. Protein: > 100 asam amino 4. tirosin. glutamin. leusin. Lipoprotein: gabungan lipid dan protein b. asam aspartat. keratin (rambut. valin → histidin. Ada beberapa macam protein dan asam amino diantaranya sebagai berikut: a. metionin. Transport protein 1. Jika jumlah protein terus meningkat → protein sel dipecah jadi asam amino untuk dijadikan energi atau disimpan dalam bentuk lemak. kartilago. Asam amino esensial: T2L2V HAMIF (treonin. elastin (arteri). dan aktin-miosin. Protein diabsorpsi di usus halus dalam bentuk asam amino → masuk dalam darah 2. tulang). Antara asam amino saling berikatan dengan ikatan peptide 5. glisin. fenilalanin) 3. Macam-macam protein: 1. Asam amino 1. alanin. ada beberapa macam protein fibrosa seperti: kolagen (tendon. Polipeptide: 10 – 100 asam amino 3. Asam amino dibedakan: asam amino esensial dan asam amino non esensial 2. lisin. Peptide: 2 – 10 asam amino 2. Hati merupakan jaringan utama untuk menyimpan dan mengolah protein d. asam glutamat) c. asparadin → sistein. Penggunaan Protein Untuk Energi 1. isoleusin. Asam amino non esensial: SAGA SATGA (serin. Dalam darah asam amino disebar keseluruh sel untuk disimpan 3. . Glikoprotein: gabungan glukose dengan protein 6. arginin.protein fibrosa. kuku). Didalam sel asam amino disimpan dalam bentuk protein (dengan menggunakan enzim) 4.

protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. Sedangkan protein struktural lain ada juga yang berfungsi sebagai perekat. Selain itu protein juga dapat berperan sebagai biokatalis untuk reaksi-reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup. seperti kolagen. berfungsi sebagai pelindung. Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain. maka protein struktural adalah dinding batu-batanya. B. Struktur protein terdiri dari empat macam struktur. Deaminasi merupakan proses pembuangan gugus amino dari asam amino sedangkan transaminasi adalah proses perubahan asam amino menjadi asam ket 2. fibrous protein. Struktur pertama adalah struktur primer. Makromolekul ini mengendalikan jalur dan waktu metabolisme yang kompleks untuk menjaga kelangsungan hidup suatu organisma. Informasi yang menentukan urutan asam amino suatu protein tersimpan dalam molekul DNA dalam bentuk kode genetik. Apabila tulang dan kitin adalah beton. sebagai contoh α dan β -keratin yang terdapat pada kulit. dan kuku. Struktur Protein Bagaimana suatu protein dapat memerankan berbagai fungsi dalam sistem makhluk hidup? Jawabnya adalah terletak pada strukturnya. Suatu sistem metabolisme akan terganggu apabila biokatalis yang berperan di dalamnya mengalami kerusakan. yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja pada tingkat molekular. rambut. Beberapa protein struktural. Sebelum kode genetik ini . Fungsi Protein Fungsi dari protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam dua kelompok besar. Struktur ini terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida. Pemecahan protein jadi asam amino terjadi di hati dengan proses deaminasi atau transaminasi 3.2.

Pada struktur sekunder. melalui rantai samping asam amino. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi urutan asam amino (Gambar 1). Gambar 1. didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping . mula-mula kode ini disalin kedalam bentuk kode lain yang berpadanan dengan urutan kode genetik pada DNA. Ikatan yang membentuk struktur ini. Skema Aliran Informasi Genetik dari DNA ke Protein Struktur yang kedua adalah struktur sekunder. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi.diterjemahkan menjadi asam-asam amino yang membangun struktur primer protein. yaitu dalam bentuk molekul RNA. protein sudah mengalami interaksi intermolekul.

Struktur Sekunder Protein b-sheet Struktur-struktur sekunder ini. Ada dua jenis struktur sekunder. b-sheet itu sendiri ada yang paralel dan juga ada yang anti-paralel. kemudian dikemas sedemikian rupa sehingga membentuk struktur tiga dimensi yang paling pavorable secara termodinamika. a-heliks Gambar-2. hidropobik dll turut menentukan orientasi struktur 3 dimensi dari protein (Gambar 3).yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. bergantung pada orientasi kedua rantai polipeptida yang membentuk struktur sekunder tersebut. ikatan ion. Struktur ruang ini adalah struktur ketiga atau juga dinamakan struktur tersier. van der Waals. Disini interakasi intra molekuler seperti ikatan hidrogen. . yaitu: a-heliks dan b-sheet (Gambar 2).

Gambar-3. dengan kata lain multi subunit. Karena banyaknya kemungkinan struktur ini. bila dalam protein ini ke dua puluh asam amino tersebut dipakai untuk mensintesis protein. maka protein dapat memerankan berbagai macam fungsi. maka jumlah struktur 3 dimensi yang mungkin adalah 20100 struktur. Perubahan pada struktur . Struktur Tersier Protein Banyak molekul protein yang memiliki lebih dari satu struktur tersier. Hingga saat ini tidak satu sintetik polimerpun yang memiliki monomer sebanyak protein. Bisa dibanyangkan berapa peluang kemungkinan struktur 3 dimensi yang mungkin terbentuk dengan monomer sebanyak ini. Bila saja protein memiliki panjang 100 residu asam amino. Struktur Kwaterner Protein. Gambar-4. Intraksi intermolekul antar sub unit protein ini membentuk struktur keempat/kwaterner (Gambar 4). Setiap subunit protein dapat melakukan komunikasi dan saling mempengaruhi satu sama lain melalui interaksi intermolekular ini. Jumlah monomer asam amino yang membangun suatu protein adalah 20 asam amino. Tentu saja struktur yang paling pavorable secara termodinamika saja yang akan terbentuk.

metionin) atau dikarboksilat (glutamat dan aspartat). para ilmuan sangat sukar memahami bagaimana mungkin protein bisa menjadi desease agent dan dapat diturunkan. Beberapa penyakit pada manusia disebabkan oleh perubahan struktur dari protein yang merusak fungsi dari protein tersebut. Dari sini para ilmuan lalu menyimpulkan bahwa prion tidak memiliki DNA ataupun RNA. Lalu. para ahli biokimia memprediksi adanya struktur lain diluar struktur protein PrP normal. yang menyebabkan penyakit. Dari hasil ini. tidak dideteksi adanya penyakit. saat gen ini diekspresikan dan proteinnya di injeksikan ke dalam tubuh tikus percobaan. Enzim ini tidak . hidrofobik (leusin. Tetapi. Penyakit ini belakangan diketahui disebabkan oleh protein yang dikenal dengan nama prion. triptofan). isoleusin. tetapi saat dimasukan protease aktivitasnya menurun. tirosin. PH optimum ialah 2. Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. C. yaitu penyakit sapi gila di Inggris. Protease adalah suatu enzim yang berfungsi untuk mengurai protein. Hasil penelitian menunjukan bahwa protein ini lebih tahan terhadap serangan protease dibanding protein biasa. lalu bagaimana dengan prion? Dari hasil pencarian yang panjang. sehingga aktifitasnya yang tertinggi ialah di dalam lambung.akan mempengaruhi fungsi dari protein. Salah satu contoh pentingnya struktur tiga dimensi adalah pada fenomena yang sangat terkenal saat ini. Virus saja untuk berkembang biak harus memasukan DNAnya ke dalam inang. Penelitian lain juga mendapati bahwa saat DNAase dan RNAase dimasukan ke dalam sistem. aktivitas prion tidak menurun. Pada awalnya. Gen tersebut dikenal sebagai PrP. Pencernaan Protein Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. bagaimana protein ini bisa diturunkan dan bertambah jumlahnya di dalam tubuh tanpa adanya gen yang mengkodenya. ternyata ditemukan bahwa gen yang mengkode prion terdapat disetiap organisma hidup yang menjadi inang untuk berkembangnya prion.

Peristiwa sekresi ini berlangsung dengan melawan gradien. Pepsin disekresikan sebagai zmi ogen yang bernama pepsinogen. yang pada kenyataannya didapat dengan cara hidrolisis ATP. maka perlu pulalah agaknya diuraikan secara singkat bagaimana pHyang tidak lazim ini dicapat ion H dalam lambung adalah hasil sekresi sel-sel parital. Histamin meningkatkan proses sekresi H+ dengan cara meningkatkan konsentrasi cAMP intrasel.-. Enzim ini bekerja dengan cara mengaktifkan enzim histidin dekarboksilase sehingga .– lis lis – – tir tir – – arg – gli gli – – ile ile – – I             Gambar . Hidrolisis ATP ini dikaitkan dengan pertukaran K+ dengan H+. karena konsentrasi H + di dalam sel ialah sebesar 10-7 M. Pemecahan protein oleh pepsin. Peristiwa ini mengubah konformasi dan mengaktifkan protein tersebut. H+ intrasel berasal dari reaksi yang berkaitan dengan anhidrase karbonat. seperti yang terlukis pada Gambar . Pada proses pengaktifan ini. Oleh karena pH yang rendah dari lambung sangatlah musthak bagi kerja enzim dan pada kenyataannya mampu pula menghidrolisis beberapa ikatan peptida. Dengan demikian jelaslah bahwa proses ini memerlukan energi. dilepaskan 42 asam amino dari ujung NH2 bebas pada molekul \ imogen tadi. I – I – phe – metval val – – leu leu – – trp trp – arg – – ala ala – – aspasp – I phe – met -.bekerja lagi bila berada pada pH yang tinggi seperti yang terdapat di dalam usus halus. Ini pada gilirannya mengaktifkan suatu kinase protein. sedangkan di luar sel lambung sebesar 10-1M. Melalui suatu jeram reaksi yang mirip dengan yang ditemukan pada metabolisme glikogen. kinase tersebut memfosforilasikan anhidrase karbonat sehingga aktifitasnya pun bertambah. Zat seperti kafein yang menghambat pemecahan cAMP meningkatkan sekresi asam lambung. Pengaktifannya menjadi pepsin dilakukan oleh asam lambung dan secara otokatalisis juga oleh pepsin itu sendiri yang sudah terbentuk. Hormon gastrin menyebabkan hal yang sama.

Dengan bantuan kalsium. keadaan ini tidaklah menimbulkan gejala klinik yang berat. segala peristiwa yang telah diuraikan tadi meningkat dan hasil akhirnya ialah meningkatnya produksi asam lambung. yaitu tripsin. . Selama proses hidrolisis oleh enzim-enzim tersebut berlangsung. Kimotripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam amino aromatik. yang selanjutnya dihidrolisis oleh pepsin. yang mengkoagulasikan susu. Enteropeptidase atau enterokinase mampu mengubah tripsinogen menjadi tripsin. dan juga enzim aminopeptidase yang bekerja dengan cara yang sama dari sisi gugus amino bebas. kimotripsin. Selanjtnya yang bekerja ialah enzim karboksipeptidase yang bekerja memutus satu demi satu ikatan peptida yang tersisa pada berbagai peptida tadi. Kira-kira 4% dari seluruh orang dewasa dan 40% dari seluruh orang yang berusia lebih dari 60 tahun kekurangan sekresi HCl di lambung. Tripsin. yaitu kimotripsinogen. protein diolah oleh sejumlah enzim yang disekresikan oleh pancreas. Pada orang-orang dengan keadaan ini. Oleh karena ada beberapa enzim yang khas mencernakan protein. Semua enzim ini disekresikan dalam bentuk zimogen. Sebaliknya tripsin yang sudah aktif ini akan mengaktifkan enzim-enzim lain yang masih berbentuk zimogen. kasein yang terdapat di dalam susu diubah oleh rennin menjadi parakasein. Hal ini penting bagi anak kecil karena peristiwa ini mencegah pengosongan lambung yang terlalu cepat. dipeptida dan tripeptida. karboksipeptidase dan elastase. Selain pepsin. Babungan hasil kerja enzim ini ialah monopeptida. lambung juga mensekresikan enzim rennin. prokarboksipeptidase dan poelastase. Tripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam-asam amino basa. kimotripsin dan elastase mempunyai serin pada situs katalitik masingmasing dan karena itu enzim-enzim ini dikelompokkan dalam robongan protease serin. dari sisi gugus karboksil bebas. pepsin mereka tidaklah aktif dan proses pencernaan protein barulah dimulai di usus halus.terbentuklah histamin. Keadaan ini disebut “achlorhydrea”. Akibatnya. Di dalam usus. sedangkan elastase selanjutnya bekerja terhadap ikatan peptida yang dibentuk asamamino alifatik.

Blutaminase. Perlu diingat bahwa enzim yang diperlukan untuk sintesis glutamin berbeda dengan enzim yang diperlukan untuk memecahnya. Daur urea terdiri atas lima reaksi yang mengubah ammonia. berbagai oksidase asam amino kesemuanya menghasilkan ammonia. Sesudah hidrolisis ester serin tersebut oleh air. sumber terbesar dari ammonia sel. Histidase. Amonia dibentuk pada pemecahan asam amino dan asam nukleat oleh sel. CO2 yang berada di dalam . terutama dalam jaringan hati. Sekali pun demikian. yang sebelumnya berasal dari reaksi transaminasi asam-asam amino yang lain. asparaginase. dibebaskan dalam bentuk ammonia oleh kerja enzim ini. Glutamat ini sebaliknya dapat pula mengalami dehidrogenasi dan membebaskan ammonia. Alanin dibuat dari piruvat. negatif ataupun keseimbangan yang normal. Pemecahan berbagai \at dan menghasilkan ammonia ini terjadi baik pada keseimbangan nitrogen yang positif. serin dehidratase dan sistein dehidratase adalah penghasil ammonia yang lain di dalam sel. Nitrogen yang diikat oleh glutamat. Dalam reaksi yang pertama. Perlu diperhatikan bahwa dua reaksi dalam daur ini berlangsung di dalam mitokondria.ujung karboksil dari suatu asam amino terikat secara kovalen dengan residu serin yang ada di situs katalitik. Daur ini terlukis pada gambar . ialah reaksi yang dikatalisis oleh enzim glutamat dehidrogenase yang terdapat dalam mitokondria. Berbagai protease serin dapat dibuat tidak aktif dengan cara mengikatnya secara kovalen dengan diisopropil fluorofosfat. Otot menggunakan glutamin dan juga alanin untuk membawa kelebihan nitrogen. reaksipun selesai. suatu zat yang mudah ditemukan di mana-mana sebagai hasil metabolisme glukosa atau glikogen dan siap untuk dipakai  ketoglutarat sehinggga terbentuklah glutamat. Selain itu ammonia juga dihasilkan oleh bakteri usus. Oleh karena en\im ini ada di dalam mitokondria. CO2 dan nitrogen dari aspartat menjadi urea. Glutami yang sampai ke hati dapat membebaskan dua molekul ammonia dengan kerja sama dari glutaminase dan glutamat dihidrogenase. ammonia yang dibentuknya dapat segera dipakai untuk sintesis urea. sedangkan sisanya terjadi di sitoplasma. Bagian lain dari peptida atau protein yang dioleh dibebaskan oleh enzim.

Secara keseluruhan diperlukan empat ikatan fosfat kaya – energi atau ekivalen ATP untuk sintesis satu molekul urea. Dalam reaksi ini ATP diubah menjadi AMP. Arginin dihidrolisis untuk menghasilkan urea dan ornitin. Arginosuksinat yang terbentuk sebagai produk diubah dalam reaksi keempat menjadi arginin dan fumarat. Reaksi ini adalah reaksi kedua yang mengatur laju sintesis urea. dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintetase dan memerlukan N-asetil glutamat sebagai suatu kofaktor. Selanjutnya sitrulin meninggalkan mitokondria. Enzim oksigenase yang merupakan metaloprotein besi pofirin. Dua ikatan diperlukan untuk menghasilkan karbamoil fosfat dan dua lagi untuk kondensasi aspartat dengan sitrulin. Enzim triptofan oksigenase (triptofan pirolase) mengkatalisis reaksi pemutusan cincin indol dengan penyatuan dua atom dari molekul oksigen sehingga terbentuk senyawa Nformilkinurenin. Reaksi ini adalah reaksi yang mengatur laju sintesis urea. Pengeluaran hidrolitik gugus formil pada . Triptofan oksigenase dihambat secara umpan balik oleh derivat asam nikotinat. Dengan transaminasi maka aspartatpun terbentuk kembali. termasuk NADPH. Triptofan juga menstabilkan enzim oksigenase terhadap reaksi penguraian proteolitik. Sebagian enzim yang baru disintesis ini akan berada dalam bentuk laten yang memerlukan pengaktifan. karbamoil fosfat berkondensasi dengan ornitin sehingga terbentuklah sitrulin dan fosfat bebas. Proses katabolisme triptofan pada manusia merupakan penguraian seluruh atom karbon pada rantai samping maupun pada cincin aromatik menjadi senyawaantara amfiolik melalui lintasan kinurenin-antranilat (Gambar 4). Di dalam sitoplasma sitrulin ini berkondensasi dengan aspartat dan inilah reaksi yang ketiga. Fumarat dapat masuk ke dalam mitokondria dan dioksidasi menjadi oksaloasetat melalui daur Krebs.mitokondria mengalami fosforilasi oleh ATP dan kemudian berkondensasi dengan ammonia dengan menggunakan energi yang berasal dari hidrolisis satu molekul ATP lainnya. Dalam reaksi kedua yang juga terjadi de dalam mitokondria. Hasilnya terbentuklah karbamoil fosfat. dapat diinduksi dalam hati oleh kortikosteroid adrenal dan triptofan. Ornitin ini kemudian masuk lagi ke dalam mitokondria dan menyelesaikan daur.

Ginjal mamalia. Hasil utama katabolisme triptofan dalam urin yang normal adalah senyawa 5. Kinurenin dapat mengalami deaminasi lewat reaksi transaminasi. Hidroksilasi triptofan menjadi 5hidroksitriptofan dikatalisis selanjutnya oleh enzim tirosin hidroksilase hati. Senyawa 2-amino-3-hidroksi benzoil piruvat yang dihasilkan akan kehilangan air dan penutupan cincin yang terjadi secara spontan akan membentuk kinurenat. Senyawa ini pada manusia diekskresikan dalam urin (2-8 mg/dL). Proses Glikolisis . D. Hidroksilasi memerlukan oksigen molekuler dalam reaksi yang tergantung NADPH dan serupa dengan reaksi hidroksilasi fenilalanin.N-formilkinurenin yang dikatalisis oleh enzim kinurenin formilase pada hati akan menghasilkan senyawa kinurenin. Metabolisme selanjutnya kinurenin akan melibatkan konversi senyawa ini menjadi 3-hidroksikinurenin yang kemudian menjadi 3hidroksiantranilat. Triptofan membentuk sejumlah derivat indol tambahan.hidroksiindolasetat dan indol-3 asetat. Katabolisme serotonin diawali oleh oleh reaksi deaminase oksidatif yang dikatalisis enzim monoamin oksidase menjadi senyawa 5-hidroksiindolasetat (Gambar 5). hati dan bakteri dalam feses manusia dapat mengadakan dekarboksilasi triptofan menjadi triptamin yang kemudian bisa teroksidasi menjadi senyawa inol-3 asetat. Dekarboksilase selanjutnya akan membentuk serotonin (5-hidroksitriptamin).

terjadi pengubahan secara kimia RNA yang terbentuk. Basa purin dan pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin.ketiga. sesuai pesan yang diberikan DNA. pada sintesis RNA tidak semua DNA ditranskripsi menjadi RNA. hanya gen atau kolompok gen yang ditarnskripsi.k edua RNA polimerase mengkatalisis pemanjangan ikatan fosfodiester antara ribonukleotia trifosfat dan ujung 3’-fosfat melalui cara seperti DNA polimerase I. inisiasi rantai polipetida. Sintesis protein (translasi) yaitu molekul Rna yang terbentuk menerjemahkan informasi genetik ke dalam proses pembentukan protein. Sedangkan sintesis protein berdasarkan suatu cetakan RNA disebut Translasi. sitosin . Nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau pirimidin) melalui ikatan glikosida. Produk yang terbentuk adalah RNA yang komplementer dengan salah satu rantai DNA dupleks yang jadi cetakan. DNA Girase. terminasi dan pembebasan rantai polipeptida serta tahap pelipatan dan pengolahan. Sintesis RNA (transkripsi) terdiri 4 tahap reaksi :pertama enzim RNA polimerase mengikat urutan basa spesifik. komplemen DNA-RNA (hibrid DNARNA) yang dihasilkan membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk diikuti hibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda. Arus informasi genetik pada sel normal berawal dari DNA ke RNA terus ke protein. Sintesis RNA berdasarkan suatu cetakan DNA disebut proses transkripsi. guanin. Proses sintesis RNA menyerupai pembentukan Dna tetapi ada perbedaan prinsip dimana kalau sintesis DNA seluruh urutan nkleotida DNA digandakan seperti DNA induk. Keempat. Pada tahap ini asam-asam amino secara berurutan diikat satu dengan yng lain. Berlangsung diribosom dan melalui 5 tahapan reaksi yakni aktivasi asam amino. pemanjangan (elongasi) rantai polipetida. Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah ribosa. Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5’-nya mengikat asam fosfat (gugus fosfat) dengan ikatan ester.Protein pengikat.

untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. baik pada DNA maupun pada RNA. sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). . yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Basa N. yaitu purin dan pirimidin. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. Pada DNA. Metabolisme Asam Nukleat Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T). Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik). pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). guanin.dan timin. Ada dua macam asam nukleat. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa. purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). dan juga RNA. sitosin dan urasil. Akan tetapi. Dilihat dari strukturnya. Dengan demikian nukleosida adalah penyusun nukleotida dan dapat diberi nama trivial dan nama sistematis seperti terlihat pada tabel berikut : II. sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa. perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Sedangkan basa RNA terdiri atas adenin. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. gula pentosa.

. Sebagai contoh. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. dan sebuah basa N. deoksiguanosin. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Komponen-komponen asam nukleat a). Namun. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomermonomer berupa nukleotida. Dengan perkataan lain. dan uridin. Sementara itu. setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. yaitu adenosin monofosfat. hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. basa N Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. gula pentosa c). dan uridin monofosfat. identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet'. sitidin. gugus fosfat b). molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. deoksisitidin. Begitu pula. Dalam peran ini. sebuah gula pentosa. Dengan demikian. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. guanosin monofosfat. sitidin monofosfat. guanosin. dan deoksitimidin. nukleotidanya akan ada empat macam. maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin.A.

yang dikenal dengan nama kodon. pengaruh asam. ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat. b. sebenarnya tidaklah demikian. pengaruh alkali. misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC. Jadi. RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organisme hidup memakai DNA. Lihat ekspresi genetic untuk keterangan lebih lanjut. . viskositas. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti). dan kerapatan apung. denaturasi kimia. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA. Padahal. a. yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi. Pengaruh asam Di dalam asam pekat dan suhu tinggi.tiga urutan basa N. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori 'dunia RNA'. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. A. monomer yang menyusun protein. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa.

di dalam asam mineral yang lebih encer. Kerapatan apung . senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Viskositas DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm. stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. C. f. e. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Sebagai contoh. perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Selain itu. peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik basa. Denaturasi kimia Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH netral. Dengan demikian. DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. d. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya. Pada konsentrasi yang relatif tinggi. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh. Artinya. Selanjutnya. DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter. hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik. Bahkan pada pH netral sekalipun.Namun.

teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya.7 g/cm3. maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan. dan sebuah basa N. DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut. ρ = 1. Namun. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat molekul tinggi. Begitu juga. sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. yakni sekitar 1. sebuah gula pentosa. B. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi.66 + 0. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. 2’. Selain itu. Dalam hal ini. maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein. Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar tabung dan protein akan mengapung. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik.Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant density)-nya.098% (G + C). Dengan demikian. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik. Sebagai contoh. misalnya sesium klorid (CsCl) 8M. . dan seterusnya). Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida. setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat.

C. deoksisitidin. guanosin monofosfat. maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. . mirip utk setiap organism. jalur de novo untuk nukleotida. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. nukleotidanya akan ada empat macam. Dipecah lebih lanjut dg fosfodiesterase (ensim exonuclease non spesifik) menjadi monofosfat. dan deoksitimidin.Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. Degradasi nukleotida Di dalam usus halus tjd pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease (pankreas) à oligonukleotida. Sementara itu. deoksiguanosin. Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah ada  salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin  dari sel yang mati (regenerasi) atau dari makanan. dan uridin monofosfat. yaitu adenosin monofosfat. guanosin. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. Begitu pula. Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dr prekursor yg lebih sederhana. dan uridin sitidin. sitidin monofosfat. Dipecah lbh lanjut fosfomonoesterase .

Nucleosida phosphorylaseà menghasilkan basa dan and ribose-1-phosphate. ureidopropionat (pyrimidine). .dikenal sebagai nukleotidase à menghasilkan nukleosida and orthophosphate. basa akan lebih lanjut didegradasi menjadi asam urat (purin). Jika basa atau nukleosida tidak digunakan kembali utk salvage pathways.

Basa N. Dalam peran ini. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. 6. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks. . Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. tirosin. hanya basa N- lah yang memungkinkan terjadinya variasi. berbobot molekul tinggi. triptofan).BAB III PENUTUP 3. 3. 5. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. guanosin. baik pada DNA maupun pada RNA. 2. yaitu purin dan pirimidin. dan uridin sitidin.1 Kesimpulan 1. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. . Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. 7. 4. Antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas.

Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain. protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. 10. Biosintesis protein .Oksidasi asam amino. termasuk yang terjadi di tingkat selular. 9. Biosintesis asam amino. Metabolisme protein meliputi: Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino. Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme.8.

In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. L. Exercise Muscle. Dennis.C.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.. Trugo. 2003.C.C.Eds. A.Eds. . L. P. 2nd Edition.. Trugo.Eds. Caballero. B.. and Lal.M. J. & Finglas. Academic Press.. P.. and Karkalas. Glucose : Function and Metabolism. 2nd Edition.. Academic Press.. 2003.. 2003. F. I. L. Trugo.. & Finglas. D... Rocha Leao. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition... Caballero. & Finglas. J.C.Eds. Glycogen. Caballero. L. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. and Noakes. Academic Press. M. D. Caballero. C. T. L. 2nd Edition. 2003.. M. Trugo. P. 2003..DAFTAR PUSTAKA Sreeranjit. & Finglas. P.M. 2003. P..Eds.. Trugo.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. Caballero. 2nd Edition.. B. R. & Finglas. B...C.Eds. & Finglas.C. Glucose : Properties and Analysis. 2nd Edition Caballero. Academic Press. Carbohydrates: Classification and Properties. Academic Press. 2003. P. Academic Press.. Caballero. L. B.. Academic Press.M. V. Rubinstein-Litwak.M. Trugo. Trugo. J. B. P. K. . L... S. Carbohydrates : Metabolism of Sugar. & Finglas. 2nd Edition.M.Eds. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.M.. Energy Metabolism. B. B.C. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.C. S.. H. 2nd Edition. Bender.M. Mac donald.. Tester.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful