Proses replikasi DNA :

Pertama adanya replication origin, kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya RNA primer
synthesis. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan membuka dengan
bantuan helikase. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer sintesis, karena DNA
polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer.

Kemudian terjadi proses replikasi. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading-strand dan
lagging strand. Dari ORI didapatkan 2 replication fork.

Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication bubble.

Untuk replikasi perlu:

1. ORI
2. Helikase
3. Replication bubble

Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Merah RNA, Biru DNA. Bubble semakin
besar, replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork
Replication fork pada plasmid

Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5’-3’ dan 3’-5’. DNA
polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5’-3’. Satu strain bisa secara kontinyu
disintesis yaitu yang 5’-3 (leading strain). Sementara yang 3’-5’ tidak bisa dibentuk, tetapi tetap
harus dibentuk dengan 5’-3’, sehingga perlu satu strain yang terbentuk dari small discontinue
peaces yang disebut sebagai lagging strain. Small peaces disebut okazaki fragmen.

Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5’-3’ maka tinggal menambah saja. Sedangkan
pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3’-5’ maka hanya diam, tetapi pada titik tertentu akan
ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5’-3’ (okazaki fragmen: fragmen2
potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada lagging strand arahnya
dari 3’-5’

Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging strand
template. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di OF ada
RNA-DNA hybrid. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Setelah itu untuk menggantikan
RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi juga bisa bersifat
endonuclease, yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. Pada saat RNA dibuang maka akan
digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama sekali. Tetapi masih
belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk menempelkan. Akhirnya
diperoleh 2 strain yang sama persis.

Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu:

- Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA
- Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding, untuk mencegah DNA
yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi).
- Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu.

DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang bertugas untuk
mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa membentuk
hairpins.
Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga terbentuk
hairpins. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding protein supaya
tetap lurus dan tidak berbelok-belok.

Topoisomerase, cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk memutar
karena sudah dipotong. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang terpotong.

Protein aksesori:
Brace protein, : Replication factor C (RFC), supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil (tidak
mudah terlepas dari DNA template).
Sliding-clamps protein, supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2.

Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan, tetapi proses pada lagging
bertahap. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Sintesis terjadi pada leading strand terlebih
dahulu. Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-nya datang lagi.
Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan dengan DNA yang baru.

Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi, brace, clamp, DNA helicase, single-strand binding
protein, primase, topoisomerase.

Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). Bila tidak ada telomere maka
kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk gandeng2 (tidak
diketahui).

Chromosome end:
Pada lagging strand, di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan, RNA juga akan dihilangkan,
sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Hal ini terjadi karena menggunakan primer RNA
untuk proses replikasi, dan RNA primer setelah replikasi harus dibuang dan tidak bisa digantikan.
Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang dibuat berkali-kali. (slide 76:
TTGGGGTTGGGTTGGGG). Telomer dibuat oleh enzim telomerase. Telomer: ujung yang
merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek tidak akan menjadi masalah karena tidak
mengkode apapun. Telomer diadakan untuk mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan
memendek. EXTENDS 3’ PRIMARY GENE --> TELOMERE, dan enzim yang membuatnya :
telomerase. Semua sel selain stem sel tidak punya telomere. Pada saat sel replikasi maka akan selalu
memendek. Sampai pada suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel untuk berhenti
membelah. Karena kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh panjangnya telomerase. Pada saat
telomere memendek sampai batas tertentu maka akan memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti
membelah. Sedangkan pada stem sel yang memiliki telomerase, maka kemampuan membelahnya
tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka telomerase akan membentuk telomere baru. Hal
ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker memiliki telomerase sehingga sel kanker
dapat terus membelah. Manusia memiliki kemampuan replikasi sel yang terbatas karena
keterbatasan telomere, shg bila telomere habis sel akan berhenti membelah.

Sumber : Molecular Biology of the cell Fifth Edition 2008

Sumber: http://id.shvoong.com/medicine-and-health/genetics/2077848-proses-replikasi-
dna/#ixzz1M2sF0KTr