Bab 2

Interaksi antara atom dalam molekul

dan antar molekul sendiri
3. Kimia dalam kehidupan
* Interaksi dalam ilmu fisika:
1. Interaksi nuklir (Nuklir Interaktion or strong
interaktion)
- Radius 10
-13
cm - Radius 10
-13
cm
- Tidak mempunyai efek terhadap karakteristik
sistem molekul
2. Interaksi lemah (weak interaktion)
- Radius 10-
14
cm
- Tidak mempunyai efek terhadap karakteristik
sistem molekul
- Terlibat dalam transformasi proton dan Neutron
3. Interaksi Gravitasi (Gravitational interaktion)
- Energi berbanding terbalik dengan jarak antar
muatan
- Gaya tarik sebanding dengan masa benda-
benda yang berinteraksi
- Signifikansi ketika melibatkan benda-benda
yang sangat berat yang sangat berat
4. Interaksi Elektromagnet (Elektromagnetik
Interaktion)
- Respon terhadap struktur atom dan
interaksi antar atom
Molekul dan atom
Sebagai pondasi untuk meningkatkan organisme hidup
proton
inti atom
Molekul Atom netron
elektron elektron
Molekul - molekul utama yang menyusun organisme
hidup mengandung :
Kabohidrat, protein, asam Nukleat, dan lain-lain
Di dalam sel dan intra sel membran:
Karbohidrat di bangun oleh : H, C, O.
Protein dibangun oleh: H, C, O, N, dan S
Asam Nukleat dibangun oleh: H,C,O,N dan P
Ke enam unsur di atas terdapat dalam tabel Ke enam unsur di atas terdapat dalam tabel
mendeleef
Sebagai dasar kehidupan yang memainkan peranan
penting melalui ion positif (kation) dan Ion negatif
(anion)
Unsur-unsur penting dalam tubuh manusia
- Kalium (K) = 0,35%
- Natrium (Na) = 0,1%
- Kalsium (Ca) = 2%
- Magnesium (Mg) = 0,06%
Terlibat dalam aturan
membran, aktifitas otot,
konduksi inpls saraf, dan
fenomena lain
Unsur-unsur lain dalam tubuh manusia
- Besi (Fe)
- Tembaga (Cu)
- Seng (Zn)
- Kobalt (Co)
- Mangan (Mn)
- Molybdenum (Mo)
Unsur-unsur lain dalam tubuh manusia
konsentrasinya kurang dari
0,001%, sebagai aktifator
enzim
4. Struktur elektron dan atom utama biomolekul
- Atom : elektron dan inti atom (Proton dan Neutron)
- Atom Netral jumlah proton = jumlah elektron
- Diameter atom = 10
-8
cm
- Diameter inti = 10
-13
cm
- Massa inti = 10.000 X massa seluruh elektron dalam atom - Massa inti = 10.000 X massa seluruh elektron dalam atom
- Gerakan elektron dalam medan Coulomb dari inti atom :
- Gaya tolak listrik :
r Ze r U / ) (
2
=
r e r U / ) (
2
12
=
Perlakuan elektron dalam medan coulomb terhadap
proton untuk atom Hidrogen ditentukan dengan
persamaan Schrodinger :
. (4.1)
Dimana,
( ) ( ) z y x E z y x r e
m
, , , , /
2
2 2
2
v v =

V

Dimana,
M = massa elektron
e = muatan elektron
2 2 2
2
2
2
2
2
2
2
; z y x r
z y x
+ + =
c
c
+
c
c
+
c
c
= V
Penyebaran rata-rata kerapatan muatan
listrik negatif dalam atom dinyatakan :
(4.2)
Energi keadaan tetap atom Hidrogen
Di mana :
2
2 / n E E
n o
=
Tanda negatif khusus nilai
potensial energi dari
interaksi elektron dan inti.
( ) ( )
2
, , . , z y x e z y x v p =
Di mana :
n = bilangan kuantum :1,2,3,.
E
a
= energi dalam atom
E
n
= energi yang diperlukan untuk melepas
elektron dari satu keadaan sampai
tak terhingga
interaksi elektron dan inti.
s erg eV m E
e a
. 10 . 054 , 1 , 21 , 27 /
27
4

= = =
Persamaan (4.3) sesuai fungsi gelombang dalam
koordinat spherik dinyatakan :
(4.4)
Jika nilai n tertentu, bilangan kuantum l dan m
nilainya adalah:
( )
( ) ( ) m u v
o u
, , ,
, ,
lm nl
r
n
Y r R m L =
l =0,1,2,3,; m
Sesuai dengan persamaan (4.2) dan (4.4) fungsi spherik
Bergantung pada muatan negatif dalam atom Hidrogen,
tidak bergantung pada sudut dan bilangan kuantum m
l = ,....., 2 , 1 , 0
2
lm
Y
( ) u , r P
u
Nilai l= 0,1,2 biasanya ditunjukkan dengan
huruf-huruf s,p,d,f,g,
Keadaan dasar atom Hidrogen didefinisikan
oleh bilangan kuantum n=0, l=0, E
n
= -E
a
/2
Nilai muatan listrik dalam bola berjari-jari r dan
tebal dr sesuai dengan persamaan (4.2) dan
(4.4) dinyatakan : (4.4) dinyatakan :
Dimana muatan maksimum pada jarak r=a
0
dari pusat atom.
( ) ( )
|
|
.
|

\
|
|
|
.
|

\
|

|
|
.
|

\
|
= =
0 0
2
0
2
2
exp 4
a
r
d
a
r
a
r
e dr r r dr r W p t
fungsi Nilai fungsi dalam atom hidrogen
( ) r R
10
( ) r R
20
( ) r R
21
( )
0
2 / 3
0
/ exp 2 a r a

( ) ( ) ( )
0 0
2 / 3
0
2 / exp / 2 2 a r a r a

( ) ( ) ( )
0 0
2 / 3
0
2 / exp 3 / 2 a r a r a

Keadaan tetap atom dengan elektron didefinisikan oleh

persamaan Schrodinger
( ) ( ) ( ) 0 ,...... ,
2
2 1
1
2
2
=

+ + V

= <
r r E r U r U
m
z
i i j
ij ij i i
v

Gambar 2 hal. 13
masing-masing sub kulit maksimum berisi 2(2l+1)
elektron, (l=n-1)
Contoh :
Konfigurasi elektron
10
Ne =1s
2
2s
2
2p
6
Ne =1s 2s 2p
18
Ar =1s
2
2s
2
2p
6
3s
2
3p
6
5. Interaksi antar atom
5.1 Lokalisasi ikatan kimia:
Sistem molekul
sederhana adalah sistem sederhana adalah sistem
yang terdiri dari dua
atom hidrogen.
Teori ini diperkenalkan
oleh Heitler dan London
tahun 1927
Ikatan multiple antar atom
Ikatan multiple terdiri dari beberapa pasangan
elektron.
Contoh :
Ikatan triple molekul Nitrogen
NN
2
Ikatan triple diantara atom karbon dalam
molekul asetelin
N N
H C C H
Keadaan valensi atom
karbon digambarkan
oleh fungsi
y
P =
2
v
Elektron dalam
keadaan
3
dan
4
membentuk 2 ikatan-
dalam setiap atom
x
P =
1
v
( ) z S + =
2
1
3
v
( )
z
p s =
2
1
4
v
dalam setiap atom
karbon
Elektron pada
1
dan

2
keadaan sangat
respon terhadap 2
ikatan- antara atom
Karbon
Bentuk ikatan dalam molekul Etilen
Dalam beberapa kasus keadaan valensi atom karbon ditunjukkan
oleh 4 fungsi berikut:
( )
1
+ = v
oleh 4 fungsi berikut:
( )
x
p s 2
3
1
1
+ = v
|
.
|

\
|
+ =
y x
p p s 3 2
6
1
2
v
( )
y
p s 3 2
6
1
3
= v
z
p =
4
v
5.2 Lokasi inkomplit ikatan kimia
hal ini membahas karakter lokal pada ikatan
dan mempersentasikan tiap ikatan ke dalam
formula struktur molekul oleh penghubung
(komposisi aromatik)
Ciri khas sebuah molekul aromatic adalah Ciri khas sebuah molekul aromatic adalah
benzena yang mengandung 6 atom karbon
dan 6 atom hidrogen. Molekul benzena
adalah terstruktur
Struktur benzena
sebagai berikut:
fundamental penting
bahwa kerapatan
elektron dalam semua
ikatan C ... C
memiliki sebuah
distribusi yang sama.
Jarak antara semua Jarak antara semua
atom karbon sama
dan sederajat 1.40
o
A
Aromatik bersenyawa
dengan delokalisasi
ikatan. Kerangkanya di
gambarkan sebagai
berikut :
Contoh molekul lain
dengan ikatan
konjugasi diretinal
C
19
H
25
CHO yang
terlibat dalam sistem
fotoreceptor :
-Dalam senyawa
heterosiklis struktur
elektronik pada ikatan
dalam cincin seperti
molekul aromatik dan
ditunjukkan dalam
- Contoh 6-heterosiklik
dengan satu
heteroatom Nitrogen
diberikan pada
rangkaian berikut:
ditunjukkan dalam
formula benzena,
dengan ikatan ganda
dan tunggal.
6. Interaksi antar molekul:
6.1 Dispersi atau Gaya Van der Waals
Molekul netral mengikat tiap molekul lain pada jarak yang
luas dan menolak tiap molekul lain pada jarak kecil.
Energi potensial dari interaksi inter-molekul sebagai fungsi
jarak antara molekul pusat dijelaskan oleh fungsi Potensial jarak antara molekul pusat dijelaskan oleh fungsi Potensial
Lennar-Jones,
Persamaannya :
(6.1)
, ) (
6 12
r
D
r
A
r U =
Menurut perhitungan kontribusi Keesom,
interaksi orientasi pada molekul a dan b
menjadi koefisien D pada persamaan (6.1)
dijelaskan dengan persamaan:
, 3 /
2 2
kT d d D
b a cr
=
Dimana : a dan b adalah momen dipol listrik
interaksi molekul.
kT adalah energi gerak termal.
Menurut model
interaksi
intermolekul Van der
Waals, atom dalam
molekul memenuhi
jari-jari Van der
Waals (R). Jari-jari
ini diberikan dalam
6.2 Ikatan Hidrogen antar
Molekul
Atom hidrogen mempunyai
2 elektron terluar dengan
spin anti-paralel yang tidak
berikatan kimia
Elektron bebas dan tidak
berpasangan akan menarik
sebuah proton dan struktur
ini diberikan dalam
tabel 4 untuk
beberapa atom.
sebuah proton dan struktur
ikatan kimia dengannya.
Hasilnya rantai molekul
akan menuju ke keadaan
ionik (C
5
NH
6
)
+
.
Atom H C N O P S
RA
0
1,17 1,80 1,58 1,52 1,90 1,85
Jika ada dua rantai molekul mereka akan
bersaing mendapatkan proton dan bentuk
senyawanya adalah :
N-HN
3,10 A
Gambar : kurva energi potensial pada proton sebagai
fungsi jarak antara atom Nitrogen pada dua gugus
molekul
Effek timbal-balik dari
dua ikatan hidrogen
antara basis Nitrogen
Adenin dan Timin yang
menyusun molekul DNA
a Timin (T) dan
Adenin merupakan
unsur pokok dari
molekul DNA. Panah
menunjukan dimana
basis dihubungkan
dalam molekul gula dalam molekul gula
dan rantai asam
fospat
b Kurva potensial
ikatan hidrogen
Struktur es
Tiap molekul air dihubungkan dengan ikatan
hidrogen (tiga titik) pada keempat sudutnya
membentuk struktur tetrahidorgen
Molekul dalam kristal terbentuk oleh ikatan
Hidrogen yang saling menguatkan sama lain.
Nilai eksperimen frekuensi imfra merah
dari getaran OH dalam air yang
dibentuk ikatan Hidrogen pada sudut .
Menurut fisika statistik bentuk termodinamika dari
sistem molekul adalah volume V pada tekanan
konstan P dalam keseimbangan statistik dengan
sebuah termostat yang didefinisikan sebagai :
............ (6.2)
V = volume sistem; k = konstanta Boltzman;
T = temperatur mutlak; Sp = operator statistik dan
)
`

=
kT
H PV
Sp Z exp
T = temperatur mutlak; Sp = operator statistik dan
H = operator kuantum untuk energi sistem.
Operator ini sama dengan operator energi kinetik
dari translasi dan rotasi molekul dan operator energi
potensial untuk interaksi semua molekul. Jika semua
fungsi eigen diketahui dengan spektrum kompleks
dari energi Es dari operator H dari rumus (6.2)
diperoleh persamaan:
........... (6.3)

=
s
s
kT
E PV
Z exp
Energi bebas gibbs sistem pada tekanan
dan temperatur konstan ditentukan dengan
persamaan sederhana :
( 6.4 )
Berdasarkan energi bebas gibs kita dapat
menentukan energi total :
Z kT PV ST E G ln = +
menentukan energi total :
Entropi S = , Volume V = ,
Kapasitas panas Cp = dan lain-lain.
P T
T
G
T
T
P
G
P E
|
.
|

\
|
c
c

|
.
|

\
|
c
c
=
2
P
T
G
|
.
|

\
|
c
c

T
P
G
|
.
|

\
|
c
c
P
T
G
T
|
|
.
|

\
|
c
c

2
2
7. Interaksi Ion dan Molekul dengan Air
7.1 Hidrasi Ion dalam Air
Dalam medan listrik sebuah ion, molekul
air yang terpolarisasi, sebagian bergabung
sehingga melindungi medannya. Proses ini
disebut hidrasi. disebut hidrasi.
Untuk menghitung polarisasi energi
potensial sebuah medium disekitar ion
dibuat oleh Born pada tahun 1920. Dengan
persamaan :
( ) t
c
4 / ) (
1
1 r D r P

|
.
|

\
|
=
Medan ini mempolarisasi medium. Polarisasi
digolongkan dengan vektor polarisasi listrik :
Energi potensial polarisasi mdium diberikan
pada persamaan :
( ) t
c
4 / ) (
1
1 r D r P

|
.
|

\
|
=
pada persamaan :
(7.1)
( ) R Ze dr r r P r D U 2 /
1
1 ) ( ) ( 2
2 2
|
.
|

\
|
= =

c
t
Dalam sistem biologi semua proses
berada pada tekanan dan temperatur
konstan sehingga perbedaan temperatur
dari 0 energi hidrasi ditentukan dengan
perubahan energi bebas Gibbs sebagai
hasil polarisasi medium:
V P S T U E A + A =
Dimana S adalah perubahan entropi
sistem; V adalah perubahan volume.
Entropi hidrasi berharga negatif karena
perubahan susunan molekul direduksi
sekitar ion entropi air.
V P S T U E A + A =
Perhitungan listrik sederhana energi hidrasi
diusulkan oleh Mischenko dan Sukotin
berdasarkan pada pertimbangan interaksi ion
dengan kekuatan dipol molekul air. Maka
diperoleh persamaan energi hidrasi sebagai
berikut:
( )
) / (
2 , 127
2
mol kkal U
| + +
=
dimana
ri = radius Cristalografik ion;
rH
2
O sebesar 1,93 ;
untuk kation dan anion.
( )
) / (
2
2
mol kkal
r r
U
O H i
| + +
=
25 , 0 = |
o
A