Manusia secara tetap berhubungan dengan beribu-ribu mikroorganisme.

Mikroba tidak hanya terdapat di lingkungan, tetapi juga menghuni tubuh manusia. Mikroba yang secara ilmiah menghuni tubuh manusia disebut flora normal atau mikrobiota (Waluyo, 2004). Mikrobiota normal tubuh manusia yang sehat perlu diketahui karena alasanalasan berikut: 1. Diketahuinya hal ini dapat membantu menduga macam infeksi yang mungkin timbul setelah terjadinya kerusakan jaringan pada situs-situs yang khusus. 2. Hal ini memberikan petunjuk mengenai kemungkinan sumber dan pentingnya mikroorganisme yang teramati pada beberapa infeksi klinis. Sebagai contoh Escherichia coli tidak berbahaya di dalam usus tetapi bila memasuki kandung kemih dapat menyebabkan sistitis, suatu peradangan pada selaput lender organ ini. 3. Hal ini dapat membuat kita menaruh perhatian lebih besar terhadap infeksi yang disebabkan oleh mikroorganisme yang merupakan mikrobiota normal atau asli pada inang manusia (Waluyo, 2004). Pada umumnya mikroba asli yang berada di dalam tubuh manusia adalah komensal: mereka memanfaatkan hubungan dengan inang, tetapi inangnya tidak terpengaruh. Mikroba komensal memperoleh makanannya dari sekresi dan produk- produk buangan tubuh manusia. Mikroorganisme asli lain mempunyai hubungan hubungan mutualisme dengan inangnya; yaitu, mereka memanfaatkan inangnya dan hidup bersama-sama (Waluyo, 2004).

1. Kulit Kulit manusia terlihat lebih mudah pecah atau rusak bila dibandingkan dengan kulit hewan, seperti badak, gajah, dan kura-kura. Namun, kulit manusia memiliki sifat sebagai pertahanan (barrier) yang sangat efektif terhadap infeksi. Dalam kenyataannya, tidak ada contoh bakteri yang telah ditemukan yang dapat menembus kulit utuh yang "telanjang", tanpa pelindung (Sylvia, 2005). Kulit bersifat sedikit asam dengan pH 5 dan memiliki temperatur kurang dari 37 derajat Celsius. Lapisan sel-sel yang mati akan membuat permukaan kulit secara konstan berganti sehingga bakteri yang berada di permukaan kulit tersebut akan juga dengan konstan terbuang dengan sel

yang mati. Lubang-lubang yang alami terdapat di permukaan kulit, seperti pori, folikel rambut, atau kelenjar keringat, memberikan suatu lingkungan yang mendukung pertumbuhan bakteri. Namun, lubang-lubang tersebut secara alami dilindungi oleh lisosim (enzim yang dapat merusak peptidoglikan bakteri yang merupakan unsur utama pembentuk dinding sel bakteri gram- positif) dan lipida toksik (Sylvia, 2005). Pelindung lain terhadap kolonisasi kulit oleh bakteri patogen adalah mikroflora normal kulit. Mikroflora tersebut merupakan suatu kumpulan dari bakteri nonpatogen yang normal berkolonisasi pada setiap area kulit yang mampu mendukung pertumbuhan bakteri. Bakteri patogen yang akan menginfeksi kulit harus mampu bersaing dengan mikroflora normal yang ada untuk mendapatkan tempat kolonisasi dan nutrien untuk tumbuh dan berkembang. Mikroflora normal kulit terutama terdiri dari bakteri gram- positif. Adalah suatu hal yang belum diketahui dengan baik mengapa bakteri gram-positif terlihat mampu berkolonisasi pada permukaan kulit. Namun, hal tersebut merefleksikan suatu kemampuan superior untuk bertoleransi terhadap kondisi asam yang kering yang ditemukan pada permukaan kulit (Sylvia, 2005). Walaupun ada pertahanan tersebut di atas, beberapa bakteri patogen dapat berkolonisasi sementara pada kulit dan dapat mengambil manfaat dari luka yang ada pada permukaan kulit untuk memperoleh jalan masuk ke jaringan yang ada di bawah kulit. Di bawah kulit, mereka akan menghadapi sejumlah sel yang telah terspesifikasi yang disebut dengan skin-associated lymphoid tissue (SALT). Fungsi SALT adalah mencegah bakteri patogen tidak sampai ke area yang lebih jauh di bawah kulit dan mencegah mereka tidak sampai ke aliran darah. Relatif sedikit yang diketahui tentang sel-sel yang menyusun SALT. Salah satu tipe selnya adalah sel yang memaparkan antigen yang terspesialisasi yang membantu tipe sel yang lain, specialized skinseeking lymphocyte, untuk memproduksi antibodi. Sel-sel limfosit tersebut juga memproduksi sitokin, protein yang merangsang sel-sel dari sistem imun dan memiliki sejumlah efek lain. Komponen SALT yang lain adalah keratinosit yang banyak terdapat pada lapisan epidemis dan bertanggung jawab untuk memelihara lingkungan mikrokulit yang bersifat asam. Keratinosit memproduksi sitokin dan juga mampu untuk ingesti dan membunuh bakteri (Sylvia, 2005). Pentingnya pertahanan kulit ini diilustrasikan paling baik dengan pengaruh luka bakar yang parah, yang akan mengeliminasi semua bentuk pertahanan kulit termasuk SALT. Seseorang

yang mengalami luka bakar tingkat dua dan tiga yang ekstensif dan orang yang bertahan hidup dari trauma inisial yang berhubungan dengan luka bakar masih belum terbebas dari bahaya. Banyak korban luka bakar mati karena infeksi bakterial yang terjadi sebelum kulit terbakar mengalami penyembuhan. Hilangnya pertahanan kulit dan tereksposnya lapisan jaringan di bawah kulit yang basah dan kaya nutrien merupakan hal yang ideal untuk kolonisasi bakteri pada area yang terbakar. Penyebab yang paling umum pada infeksi kulit yang terbakar adalah Pseudomonas aeruginosa dan Staphylococcus aureus, dua spesies bakteri yang terdapat di manamana pada lingkungan rumah sakit. Kedua spesies juga dikenal resisten terhadap antibiotik. Antibiotik paling efektif bila aksi antibakterial mereka didukung dengan aktivitas pembunuhan oleh sistem imun. Efek kombinasi dari kerusakan SALT dan resistensi alami bakteri telah membuat infeksi luka bakar sulit untuk ditangani dengan efektif. Infeksi tersebut merupakan suatu penyebab utama kematian di antara penderita luka bakar. Bahkan, bila tidak bersifat fatal, infeksi bakterial pada jaringan yang terbakar meningkatkan jumlah kerusakan jaringan dan mencegah penyembuhan area kulit yang terbakar (Sylvia, 2005). Kulit secara konstan berhubungan dengan bakteri dari udara atau benda-benda, tetapi kebanyakan bakteri ini tidak tumbuh pada kulit karena kulit tidak sesuai untuk pertumbuhannya. Kulit mempunyai keragaman yang luas dalam hal struktur dan fungsi di berbagai situs tubuh. Perbedaan- perbedaan ini berfungsi sebagai faktor ekologis selektif, untuk menentukan tipe dan jumlah mikroorganisme yang terdapat pada setiap situs kulit (Irianto, 2006). Pada umumnya beberapa bakteri yang ada pada kulit tidak mampu bertahan hidup lama karena kulit mengeluarkan substansi bakterisida. Sebagai contoh, kelenjar keringat mengekskresikan lisozim, suatu enzim yang dapat menghancurkan dinding sel bakteri. Kelenjar lemak mengekskresikan lipid yang kompleks, yang mungkin diuraikan sebagian oleh beberapa bakteri; asam-asam lemak yang dihasilkannya sangat beracun bagi bakteri-bakteri lain (Irianto, 2006).

Kebanyakan bakteri kulit dijumpai pada epitelium yang seakan-akan bersisik (lapisan luar epidermis), membentuk koloni pada permukaan sel-sel mati. Kebanyakan bakteri ini adalah spesies Staphylococcus (kebanyakan Staphylococcus epidermidisdan Staphylococcus aureus) dan sianobakteri aerobik, atau difteroid. Jauh di dalam kelenjar lemak dijumpai bakteri-bakteri anaerobik lipofilik, seperti Propionibacterium acnes, penyebab jerawat. Jumlahnya tidak banyak dipengaruhi oleh pencucian (Irianto, 2006). Kulit normal umumnya tidak dapat ditumbuhi oleh mikroba. Lapisan kering keratin yang membentuk epidermis, sekresi kelenjar minyak dan garam basil presipitasi bersifat menghambat pertumbuhan mikroorganisme, meskipun demikian terdapat mikroorganisme yang mampu tumbuh di kulit (normal flora) terutama pada kulit yang luka. Variasi normal flora pada kulit bergantung kepada daerah kulit (Irianto, 2006). 2. Saluran kemih kelamin Pada orang sehat, ginjal, ureter (saluran dari ginjal ke kandung kemih), dan kandung kemih bebas dari mikroorganisme, namun bakteri pada umumnya dijumpai pada uretra (saluran dari kandung kemih ke luar) bagian bawah baik pada pria maupun wanita. Tetapi jumlahnya berkurang di dekat kandung kemih agaknya disebabkan oleh efek antibakterial yang dilancarkan oleh selaput lendir uretra dan seringnya epithelium terbilas oleh air seni. Ciri populasi ini berubah menurut variasi daur haid. Penghuni utama vagina dewasa ialah Lactobasillus yang toleran terhadap asam. Bakteri ini mengubah glikogen yang dihasilkan oleh epithelium vagina, dan di dalam proses tersebut menghasilkan asam. Penumpukan glikogen pada dinding vagina disebabkan oleh kegiatan indung telur; hal ini tidak dijumpai sebelum masa akil balig ataupun setelah menopause (berhenti haid). Sebagai akibat perombakan glikogen, maka pH di dalam vagina terpelihara pada sekitar 4,4 sampai 4,6. Mikroorganisme yang mampu berbiak pada pH rendah ini dijumpai di dalam vagina dan mencakup enterokokus, Candida albicans, dan sejumlah besar bakteri anaerobik (Irianto, 2006).

Sistem urinary dan genital secara anatomis terletak berdekatan, suatu penyakit yang menginfeksi satu sistim akan mempengaruhi sistim yang lain khususnya pada laki-laki. Saluran urin bagian atas dan kantong urin steril dalam keadaan normal. Saluran uretra mengandung mikroorganisme seperti Streptococcus, Bacteriodes, Mycobacterium, Neisseria dan enterik. Sebagian besar mikroorganisme yang ditemukan pada urin merupakan kontaminasi dari flora normal yang terdapat pada kulit. Keberadaan bakteri dalam urine belum dapat disimpulkan sebagai penyakit saluran urine kecuali jumlah mikroorganisme di dalam urine melebihi 105 sel/ml (Dharma, 2007).

DAFTAR PUSTAKA Dharma, B, S.Si, M.Si. 2007. Penuntun Praktikum Mikrobiologi Dasar. FMIPA Unmul: Samarinda. Irianto. 2006.Mikrobiolog i. CV. Yrama Widya: Bandung. Sylvia, T. 2005. Pengujian Cemaran Bakteri Dan Cemaran Kapang / Khamir Pada Produk Jamu Gendong Di Daerah Istimewa Yogyakarta. Universitas Muhammadiyah Surakarta: Surakarta. Waluyo. 2004. Mikrobiologi Umum. Universitas Muhammadiyah: Malang

Mikroba yang hidup dan berkembang dalam tubuh inang tanpa menimbulkan penyakit disebut mikroba flora normal. Faktor-faktor yang menyebabkan kehadiran mikroba flora normal, adalah pH, suhu, potensial redoks, oksigen, air, nutrien, dan lainlain. Distribusi mikroba flora normal, yaitu kulit, ketiak, dan sela-sela jari kaki, sedang jenis mikrobanya, antara lain: Staphylococcus epidermidis, Microccous luteus, Enterobacter, Klebsiella, E. coli, dan lain-lain.

Mikrobiologi Medis Pemeriksaan dan cara membuat biaakan urine

Urine Urine yang disekresi dalam ginjal bersifat steril kecuali jika ginjal terinfeksi. Urine dalam kandung kemih yang tidak terkontaminasi juga steril dalam keadaan normal. Namun, uretra mengandung flora mengandung flora normal sehingga urine normal yanhg dikeluarkan mengandung sedikit bakteri. Oleh karena penting untuk membedakan organisme yang mengontaminasi dengan organisme penting secara etiologis, hanya pemeriksaan urine kuantitatif yang dapat memberikan hasil berarti. Pemeriksaan Mikroskopik Pemeriksaan mikroskopik sederhana. Setetes urine segar yang yang tidak disentrifugasi ditempatkan pada slide, ditutup dengan kaca penutup, dan diperiksa dengan intensitas cahaya terbatas di bawah objektif-kering tinggi mikroskop klinis biasa dapat memperlihatkan leukosit, sel epitel, dan bakteri jika terdapat lebih dari 105/ml. Ditemukan 105 organisme per mililiter pada spesimen urine yang dikumpulkan secara tepat dan diperiksa merupakan bukti kuat adanya infeksi aktif saluran kemih. Apusan urine midstream tidak disentrifugasi dengan pewarnaan gram yang memperlihatkan batang gram negative bersifat diagnostic untuk infeksi saluran kemih. Sentrifugasi urine yang singkat dapat menghasilkan sedimentasi sel plus, yang dapat membawa bakteri dan oleh karena itu dapat membantu diagnosis mikroskopik infeksi. Adanya unsure lain yang terbentuk dalam sediment atau adanya proteinuria merupakan bantuan kecil langsung dalam identifikasi spesifik infeksi aktif saluran kemih. Sel pus mungkin ada tanpa bakteri, dan sebaliknya, bakteriuria dapat terjadi tanpa piuria. Adanya banyak sel epitel skuamosa, laktobasilus, atau campuran flora pada biakan menunjukkan pengumpulan urine yang tidak baik. Beberapa dipstick urine mengandung leukosit esterase dan nitrit, dan penghitungan sel polimorfonuklear serta bakteri, masing-masing dalam urine. Reaksi positif merupakan bukti kuat terjadinya infeksi saluran kemih oleh bakteri. Pemeriksaan bakteriologi urine dilakukan terutama bila tanda atau gejala menunjukkan infeksi saluran kemih, insufisiensi ginjal, atau hipertensi. Pemeriksaan tersebut sebaiknya dilakukan pada orang yang dicurigai menderita infeksi sistematik atau demam yang tidak diketahui penyebabnya. Pemeriksaan bakteriologi sangat diperlukan bagi perempuan dalam trimester pertama kehamilan (Jewetz, 2007) Biakan Biakan urine harur dilakukan secara kuantitatif. Urine yang dikumpulkan secara tepat dibiak dalam jumlah terukur pada medium padat, dan koloni yang tampak setelah inkubasi dianggap menunjukkan jumlah bakteri per mililiter. Prosedur yang lazim adalah menyebarkan 0,001-0,05 ml urine yang tidak diencerkan pada lempeng agar darah dan medium padat lain untuk biakan kuantitatif. Semua medium diinkubasi semalaman pada 370 C; kemudian densitas pertumbuhan dibandingkan dengan fotograf densitas pertumbuhan yang berbeda untuk bakteri yang serupa, akan memberikan data semikuantitatif. Pada pielonefritis, jumlah bakteri dalam urine yang dikumpulkan dengan keteter ureteral relative rendah. Saat pengumpulan dalam kandung kemih, bakteri memperbanyak diri secra cepat kemudian mencapai jumlah lebih dari 105/ml jauh lebih banyak daripada yang dapat terjadi

sebagai kontaminasi oleh flora uretra atau kulit atau dari udara. Oleh karena itu, secara umum disetujui bahwa jika lebih dari 105koloni/ml dibiak dari pengumpulan yang tepat dan specimen urine yang dibiakkan secara baik, akan menunjukkan secra kuat terjadinya infeksi aktif saluran kemih. Adanya lebih dari 105 bakteri jenis yang sama per mililiter dalam dua spesimen berturutturut menegakkan diagnosis infeksi aktif saluran kemih dengan kepastian 95%. Jika lebih sedkit baketri dibiak, pemeriksaan urine ulang diindikasikan untu menegakkan adanya infeksi. Adanya bakteri kurang dari 104 per mililiter, termasuk beberapa jenis bakteri yang berbeda, menunjukkan bahwa organisme berasal dari flora normal dan kontaminan, biasanya dari spesimen yang dikumpulkan secara tidak tepat. Adanya 104/ml satu jenis batang gram negative enterik sangat kuat menunjukkan infeksi saluran kemih, terutama pada laki-laki. Kadang-kadang, perempuan muda dengan disuria akut dan infeksi saluran kemih akan empunyai bakteri sebayak 102-103/ml. jika biakan negatif tetapi ada tanda klinis infeksi saluran kemih, sindrom uretra, obstruksi ureter, tuberkolosis kandng kemih, atau penyakit lain harus dipikirkan (Jewetz, 2007). DAFTAR PUSTAKA Jewetz, 2007, Mikrobiologi Kedokteran, Cetakan I Edisi 23, Jakarta : Buku Kedokteran EGC

Enterobacteriaceae adalah keluarga basil Gram-negatif yang mengandung lebih dari 100 jenis bakteri yang biasanya menghuni usus manusia dan hewan. Enterobacteriaceae, yang umumnya bagian dari flora normal saluran usus, yang disebut sebagai coliformnya. Anggota Enterobacteriaceae relatif kecil, non-spora membentuk basil. Beberapa motil, sementara yang lain tidak. Beberapa berbentuk kapsul, yang lainnya tidak. Anggota sering resisten terhadap antibiotik yang umum. Mereka fermentasi berbagai karbohidrat yang berbeda. Pola fermentasi ini digunakan untuk membedakan dan mengklasifikasikan mereka. Beberapa anggota ditemukan dalam tanah, air, dan membusuk materi. Beberapa strain patogen juga memproduksi exotoxins, sementara yang lain menghasilkan exotoxins yang disebut "enterotoksin" karena mereka secara khusus mempengaruhi saluran pencernaan, menyebabkan diare dan kehilangan cairan tubuh. Hal ini, memang, beragam keluarga. Berbagai spesies Enterobacteriaceae dapat menyebabkan pneumonia dan infeksi saluran kemih. Mereka juga diakui sebagai penyebab utama infeksi nosokomial luka dan lainnya (rumah sakit diperoleh) infeksi. Mereka juga dapat menyebabkan bakteremia dan meningitis jika kondisi benar. Bakteri ini diperkirakan akan bertanggung jawab untuk sekitar 100.000 kematian setiap tahun di Amerika Serikat, dan account untuk sekitar setengah dari seluruh klinis signifikan bakteri terisolasi oleh laboratorium rumah sakit. Mereka tidak menyerah pada konsentrasi yang relatif rendah disinfektan umum, termasuk klorinasi, tetapi kepekaannya terhadap antibiotik bervariasi, dan mereka sekarang sering resisten. Namun, tidak pembekuan menghancurkan mereka - baik di alam dalam air, atau pada makanan beku yang terkontaminasi dengan bakteri. Karena bakteri ini ditemukan dalam jumlah besar di saluran usus, mereka paling sering ditularkan melalui rute / fecal oral. Hal ini paling sering terjadi sebagai akibat dari cuci tangan yang tidak tepat setelah penanganan kotoran manusia atau hewan atau dengan minum air yang tercemar.

Genera klinis signifikan dari Enterobacteriaceae adalah sebagai berikut:

y y y y

y y y

y y

y y y

y y

Cedecea (Cedecia) memiliki tiga spesies yang terkait dengan infeksi pada manusia, sebagian besar menyebabkan bakteremia. Citrobacter berkaitan erat dengan Salmonella dan telah menjadi agen causitive untuk infeksi saluran kemih. Edwardsiella berhubungan dengan meningitis, septicaemia, dan infeksi luka. Enterobacter berkaitan erat dengan Klebsiella dan menyebabkan infeksi serupa. Yang paling sering ditemui adalah spesies E. cloacae yang sering resisten terhadap antimikroba, sehingga memberikan kontribusi terhadap infeksi yang lebih serius. Escherichia memiliki spesies terkenal dikenal sebagai E. coli itu, selama bertahun-tahun, dianggap nonpathogenic. Ini adalah salah satu bakteri anaerobik fakultatif dominan dalam saluran usus dan digunakan sebagai organisme indikator dalam menentukan kadar air feses dan makanan. Karena sebagian besar bekerja saat ini dalam biologi molekuler dan DNA rekombinan menggunakan E. coli, lebih banyak diketahui tentang organisme ini dari yang lain. Berbagai tingkat patogenisitas ada di dalam spesies. Certain strains of E. Beberapa strain dari E. coli called enterotoxigenic E.coli (ETEC) produce enterotoxins that function like those produced by the cholera bacillus, V.cholerae . Escherichia coli disebut enterotoksigenik (ETEC) menghasilkan enterotoksin yang berfungsi seperti yang dihasilkan oleh basil kolera, V.cholerae. These strains are the most frequent cause of infectious diarrhea in the world. Strain ini merupakan penyebab paling sering diare menular di dunia. Ewingella dikaitkan dengan septikemia, luka infeksi, dan's (ISK infeksi saluran kemih). Hafnia dikaitkan dengan bakteremia dan kasus diare. Klebsiella adalah spesies utama dari Enterobacteriaceae, dan merupakan penyebab pneumonia primer pada orang tua sudah menderita akibat penyakit lain seperti bronkitis kronis, diabetes, atau alkoholisme. Itu juga merupakan penyebab umum dari septikemia, infeksi saluran kemih, dan infeksi luka. Kluyvera dikaitkan dengan infeksi luka yang tidak biasa terjadi pada penderita diabetes. Proteus, Providencia, dan Morganella semua erat terkait. Bakteri dari genus ini biasanya ditemukan di dalam air, tanah, kotoran, dan saluran usus manusia dan hewan. Mereka sering merupakan penyebab infeksi saluran kemih dan infeksi luka bakar, dan bertanggung jawab untuk sekitar 10% dari (rumah sakit diperoleh) infeksi nosokomial. Salmonella adalah jenis utama dari keluarga Enterobacteriaceae dan berhubungan dengan gastroenteritis, demam tipus, dan osteomyelitis. Shigella memiliki empat serogrup bertanggung jawab terhadap infeksi pada manusia yang terkait dengan penyakit usus yang memiliki tingkat kematian tinggi. S. Serratia, dalam bentuk yang paling sering S. marcescens, adalah bakteri yang memproduksi-pigmented koloni merah pada saat tumbuh pada suhu kamar. Untuk waktu yang lama, itu dianggap sebagai non-patogen, namun sekarang diakui sebagai penyebab pneumonia, cystitis, dan infeksi seperti lainnya. Bakteri ini sering antimikroba-tahan dan pengobatan oleh karena itu sulit. Tatumella dikaitkan dengan bakteremia dan ISK's. Yersinia dikenal sebagai organisme yang bertanggung jawab untuk "Penyakit sampar." Kutu tikus yang bertanggung jawab (cheopis xenopsylla) biasanya dipersalahkan karena

menyebabkan wabah, tapi salah satu dari 1.500 jenis kutu dapat menjadi pembawa organisme. (http://www.innvista.com/health/microbes/bacteria/entero.htm)