P. 1
BIOLOGI MOLEKULER

BIOLOGI MOLEKULER

|Views: 430|Likes:
Published by Doli Reza

More info:

Published by: Doli Reza on Sep 05, 2011
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOCX, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

04/30/2015

pdf

text

original

BIOLOGI MOLEKULER

LAPORAN RESMI PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER P2 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
Tujuan

1. Mampu melakukan analisis terhadap ekspresi gen dan dapat mendeteksi hasil ekspresi gen. 2. Dapat mencari homologi gen penghasil protein tertentu dari manusia dengan gen beberapa organisme lain. Dasar teori Ekspresi gen pada dasarnya merupakan suatu proses sintesis protein. Proses ekspresi gen ditentukan oleh sel itu sendiri, jika sel tersebut membutuhkan suatu protein, maka gen tertentu akan diekspresikan, namun jika gen tersebut tidak membutuhkan protein maka gen tersebut tidak diekspresikan. Jadi tidak semua gen akan diekspresikan pada saat yang bersamaan namun tergantung dari kebutuhan sel tersebut. Reaksi dasar dari sintesis protein adalah pembentukan ikatan polipeptida antara gugus karboksil dari asam amino yang akan tumbuh dengan gugus amina dari asam amino bebas. Reaksi sintesis ini membutuhkan cetakan atau template yaitu mRNA yang diperoleh dari ahsil transkripsi DNA. Sintesis protein diawali dari proses inisiasi, yaitu berikatanya dua sub unit ribosom dengan mRNA pada daerah spesifik, yaitu 10-30 nukleotida pada daerah upstream dan star kodon. Proses inisiasi memerlukan suatu kodon spesifik yaitu AUG ( menyandi asam amino metionin ) Setelah proses inisiasi selesai maka dilanjutkan dengan terjadinya proses perpanjangan ( elongasi ). Pada proses perpanjangan rantai polipeptida ini dapat dikatakan melewati siklus yang terdiri dari tiga tahap. Pertama molekul amina asil tRNA akan terikat pada A-site yang kosong dengan jalan berikatan dengan kodon dari mRNA yang terdapat pada A-site. Kedua, gugus karboksil akhir dari rantai polipeptida akan taerlepas dari molekul tRNA yang ada pada P-site dan membentuk ikatan polipeptida dengan gugus amino dari asam amino yang terikat pada tRNA dalam A-site. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim peptidil transferase. Ketiga, peptidil transferase yang baru terbentuk dalam A-site tersebut kemudian dipindahkan ke P-site saat ribosom bergerak kedepan sepanjang tiga nukleotida dari mRNA. Pada saat proses translokasi tahap tiga tersebut, tRNA bebas yang semula menduduki P-site akan terlepas dari ribosom dan siap menerima molekul tRNA yang baru dan mulailah siklus seperti tadi lagi, proses perpanjangan ini akan terus berlangsung sampai ahirnya ribosom mengenal salah satu dari tiga stop kodon yakni UAA, UAG, UGA sehingga sintesis protein akan mengalami terminasi dan rantai polipeptida yang sudah terbentuk tadi akan lepas dari ribosom. Seperti telah dijelaskan sebelumnya, protein merupakan polipeptida yang tersusun atas asam amino. Sekuens asam amino dari masing-masing protein tertentu oleh gen yang mengkodenya. Gen ditranskripsi menjadi mRNA dan kemudian mRNA ditranslasikan menjadi protein oleh ribosom. mRNA merupakan nukleotida yang terdiri atas fosfat, gula deoksi dan basa. Urutan basa yang berbeda akan menghasilkan asam amino dan protein yang sama, misalnya insulin terdapat pada manusia, babi, kera, kuda, dan beberapa hewan mamalia lainya. Meskipun fungsi insulin pada masing-masing organism tersebut sama, namun ternyata memiliki struktur primer yang berbeda, sehingga manusia tidak dapat dengan mudah memakai produk insulin dari berbagai organisme untuk terapi karena dapat menimbulkan reaksi antigen antibody. Oleh sebab itu diperlukan penelitian mengenai homologi protein antar organisme sehingga dapat dibandingkan kemiripan asam amino yang menyusun protein. Melalui program blastp yang terdapat pada situs NCBI, kita dapat mencari protein sehomolog dari berbagai macam organisme. Homologi bukan berarti sama persis, namun terdapat kemiripan antara satu dengan yang lainnya dengan persen kemiripan tertentu. Untuk tujuan terapi, misalnya diinginkan suatu protein pengganti dari hewan tertentu, tentu akan dipilih protein yang memiliki persen kemiripan yang paling tinggi

Di bawah ini adalah struktur dari tudor protein D. Homologi dapat dicari dengan rangkaian DNA tetapi biasanya rangkaian gen tentative ini dimasukan oleh rangkaian asam amino sebelum pencarian dilakukan. mereka harus terhubung dengan segmen gen lainya dari lokus manapun. Informasinya digunakan untuk sintesis protein tripsinogen yang terpisah menjadi 5 ekson. Analisis computer sangat penting bagi penentuan lokasi gen dalam rangkaian DNA. domain ini ditemukan pada protein kedua Drosophila. dan dipisahkan oleh 4 intron non koding. yang di dalamnya terdapat 10 kopian dari tudor domain. jadi gen-gen itu biasanya tidak berhubungan dengan lebih dari satu asam amino yang lainya. Terdapat 4 tipe utama genom panjang berulang. gen-gen secara tidak langsung memiliki segmen-segmen yang pendek yang sama antara yang satu dengan yang lain. tetapi titik utamanya adalah tipe dari percobaan itu harus diselesaikan untuk menghasilkan data lebih jelas lagi tentang fungsi dari tudor domain tersebut. hanya satu segmen dari sebuah gen. memiliki 120 asam amino yang diidentifikasi pertama kali pada gen Drosophila melonogaster. dan merupakan contoh gen diskontinyu. sebuah pseudogen merupakan salinan nonfungsional dari sebuah gen. V28 dan V29-1 merupakan gen diskontinyu. dengan membandingkan rangkaian DNA dengan rangkaian DNA lainya. dinamakan LINEs ( elemen nuclear panjang yang berselang-seling . Software computer yang biasa digunakan untuk analisis homologi gen adalah blast (basic local alighment search tool ) ( Altshul et al. Kandungan genom inti manusia (Segmen 50-kb pada kromosom 7) Untuk memulai mengungkapkan tentang komposisi dari genom inti manusia akan dipelajari mengenai segmen 50-kb pada kromosom 7. persamaan ini dapat dilihat dari molekuler filogeni sebagai dasarnya. tetapi hanya 2 nukleotida dalam DNA. Analisis ini lebih mudah atau dengan masuk ke salah satu jaringan DNA database dang kemudian rangkaiannya dapat dilihat secara langsung. biasanya satu sekuens nukleotida dapat berubah sehingga infotmasi biologi di dalamnya menjadi tidak dapat dibaca. segmen ini membentuk bagia dari reseptor lokus selTβ. wilayah yang lebih besar (685 kb) pada genom yang mempunya protein spesifik dalam respon imun.dengan protein yang kita miliki. Contoh dari analisis computer adalah tudor domain. homoles pada protein ancestor A-kinase pada manusia (AKAPI149) yang berperan dalam metabolism RNA. dan sebelumnya diekspresikan. gen ini dinamakan TRY4 dan mengandung iformasi untuk sintesis protein bernama tripsinogen. melanogaster. Kenyataanya. Segmen 50kb mengandung informasi genetic sebagai berikut : Satu gen. Dasar dari pencarian homologi ini adalah dengan membandingkan gen-gen yang memiliki kemiripan atau sama sehingga gen baru dapat ditemukan dengan kemiripan dengan gen-gen yang lain. Protein ini memiliki kesamaan struktur dengan lainya dan lebih tampak dari tudor domain. sekuens terdapat di berbagai tempat pada genom. Hal ini terjadi pada limfosit T dan merupakan contoh perubahan permanen dalam aktifitas genom yang muncul sepanjang diferensial sel. Hasil yang cocok atau positif pada gen yang sudah ada pada database dapat memberikan indikasi yang jelas tentang fungsi dari gen yang baru atau implikasi dari gen-gen yang cocok untuk gen lebih halus atau licin. mereka adalah V28 dan V29-1. Homologi gen merupakan salah satu dari revolusioner ancestor yang dibuka oleh rangkaian yang mirip antara gen-gen. Satu pseudoen. V28 dan V29-1 merupakan gen tidak lengkap. 1990 ). yang merupakan prekusor inaktif dalam enzim digesti tripsin.. dan merupakan bagian spesifik dari setiap reseptor protein sel Tβ. Walaupun gen-gen tidak berhubungan. Alasanya adalah karena asam amino memiliki 20 asam amino yang berbedadalam protein. TRY4 merupakan salah satu anggota dari kelompok gen tripsinogen yang mengandung dua kluster pada kesemua bagian ahir dari lokus reseptor sel-Tβ. dan aktifitas pada masing-masing protein melibatkan RNA. Dua segmen gen. sehingga diharapkan reaksi alergi tidak terjadi dan protein tersebut dapat bekerja dengan baik sesuai yang diharapkan. Informasi yang berasal dari analisis computer tidak lengkap. tujuanya adalah untuk pencarian homologi. 52 gen sekuens panjang berulang. Gen ini tidak berhubungan dengan respon imun. tetapi protein-proteinya memiliki fungsi yang sama. Pseudogen ini dinamakan TRY5 dan pseudogen ini berhubungan dengan anggota fungsional dari kelompok gen tripsinogen.

basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein. Jepang). Selain berisi sekuens asam nukleat. dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam amino nukleat. BLAST merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis.GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA 3. dan TrEMBEL(EUR). tidak berulang. dan pendaftaran paten. basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein.EMBL(Eropa). basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein. contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (protein informasi resource. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein.spektokrofi NMR dan mikroskopi electron). sementara metode-metode klastering digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen. Analisis ekspresi gen Analisis klastering ekspresi gen pada kangker payudara Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik. entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA).dan DDBJ(Dna Data Bank of japan). dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt yang didanai sebagian besar oleh AS. EMBL (Eropa). Ketiga basis data . Dua mikrosatelit. Sementara itu. Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalang GenBank (Amerika Serikat). bahkan genom dan menghasilkan data skala besar. pustaka yang berkaitan.). dan DDBJ(en) (DNA Data Bank of Japan. satu salinan DNA yang belum diketahui fungsinya atau signifikan. Sebagai contoh. PDB adalah basis data tunggal yang menyimpan model structural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi-X. proyek sekuens genom. nama organism sumber asam nukleat tersebut. nama organism sumber protein. Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen. elemen LTR ( ujung panjang yang berulang ) dan tranpor DNA. metode-metode komprasi digunakan untuk membandingkan ekspresi diantara gen-gen. PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat. Sesuai dengan informasi biologis yang disimpanya. Swiss-Prot(EUR). dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat.USA). Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens. sepanjang sekuens : 5. dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT Mikrosatelit kedua meliputi 6 motif TATT berulang. Basis data sekuens biologis Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya. Metode-metode pengalian data diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informative. Satu dari mikro satelit dapat dilihat di bawah ini yang mempunyai motif GA berulang sebanyak 16 kali. Penelusuran BLAST pada basis data sekuens memungkinkan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein. Terakhir. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari pariset individual. kira-kira 50% dari segmen 50kb pada genom manusia terbuat dari peregangan non gen. sebutan di atas merupakan sekuens dimana sebuah motif pendek berulang dalam tandem. Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertutur data secara harian untuk menjaga keluasan kecakupan masing-masing basis data. Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat).

Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat). Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein. entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA). Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual. dan pendaftaran paten. Algoritmayang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens. PDB (Protein Data Bank. "ccatcaac" dan "caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat. Sequence . Sementara itu. Amerika Serikat). ccat---caac | || |||| caatgggcaac Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. nama organisme sumber asam nukleat tersebut. dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut. tanda "–") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda "–") sedemikian rupa sehingga kolomkolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. nama organisme sumber protein. Bank Data Protein) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda. proyek sekuensinggenom. spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya.tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masingmasing basis data. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). dan TrEMBL (Eropa). sedangkan kesenjangan (gap. Swiss-Prot (Eropa). contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource. Selain berisi sekuens asam nukleat. Penyejajaran sekuens Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. pustaka yang berkaitan. dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut. HMM). Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment lokal. namun kedua metode tersebut sangat memakan waktu dan relatif mahal. Prediksi struktur protein berusaha meramalkan struktur tiga dimensi protein berdasarkan sekuens asam aminonya (dengan kata lain. yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. BLAST adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens. yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein.alignment memberikan hipotesis atas prosesevolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. kedua sekuens dalam contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama "ccatgggcaac". bentuk struktur protein diungkap dengan kristalografi sinarX ataupunspektroskopi NMR. Dalam kaitannya dengan hal ini. meramalkan struktur tersier dan struktur sekunder berdasarkan struktur primer protein). metode sekuensing protein relatif lebih mudah mengungkapkan sekuens asam amino protein. alignment juga dapat menunjukkan posisiposisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein. Misalnya. Salah satu penerapan metode ini adalah pemodelan homologi (homology modelling). Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming) dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment) Clustal adalah program bioinformatika untuk alignment multipel (multiple alignment). BLAST menggunakan algoritma heuristikdalam penyusunan alignment. Selain digunakan untuk alignment. Pemodelan protein komparatif (comparative protein modelling) meramalkan struktur suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. Secara umum. yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus. metode prediksi struktur protein yang ada saat ini dapat dikategorikan ke dalam dua kelompok. Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih sekuens. Selain itu. yaitu metode pemodelan protein komparatif dan metode pemodelan de novo. Prediksi struktur protein Secara kimia/fisika. Sementara itu. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX. sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode yang berhubungan dengan Hidden Markov Model ("Model Markov Tersembunyi". yaitu prediksi struktur tersier protein . HMM juga digunakan dalam metodemetode analisis sekuens lainnya. Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode "NeedlemanWunsch" dan "Smith-Waterman". HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (speech recognition).

Pada pendekatan ini. Cara Kerja A. struktur protein ditentukan dari sekuens primernya tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. Metode-metode penggalian data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. Prosedur-prosedur ini cenderung membutuhkan proses komputasi yang intens. Beberapa usaha telah dilakukan untuk mengatasi kekurangan sumber daya komputasi tersebut. misalnya dengan menirukan proses pelipatan (folding) protein dari sekuens primernya menjadi struktur tersiernya (misalnya dengan simulasi dinamika molekular). Latar belakang protein threading adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi daripada sekuens protein selama evolusi. misalnya dengan superkomputer (misalnya superkomputer Blue Gene [1] dari IBM) atau komputasi terdistribusi (distributed computing. SAGE]). struktur suatu protein (disebut protein target) ditentukan berdasarkan struktur protein lain (protein templat) yang sudah diketahui dan memiliki kemiripan sekuens dengan protein target tersebut. Analisis Ekspresi Gen Buka situs NCBI ↓ Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen yang akan dianalisis (kode keterangan homosapiens) ↓ Pilih gen yang akan dianalisis ↓ Copy sekuens dalam region CDS ↓ Buka situs NCBI lagi kemudian klik OFR Finder ↓ . struktur yang paling kompatibel untuk suatu sekuens asam amino dipilih dari semua jenis struktur tiga dimensi protein yang ada. sementara metode-metode klastering (clustering) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen. Pada metode ini. Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Selain itu. misalnya proyek Folding@home) maupun komputasi grid. daerah-daerah yang penting bagi fungsi protein dipertahankan strukturnya. Dalam pendekatan de novo atau ab initio. Metode-metode yang tergolong dalam protein threading berusaha menentukan tingkat kompatibilitas tersebut. sehingga saat ini hanya digunakan dalam menentukan struktur protein-protein kecil. penerapan lain pemodelan komparatif adalah protein threading yang didasarkan pada kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens primer. Pemodelan homologi didasarkan pada teori bahwa dua protein yang homolog memiliki struktur yang sangat mirip satu sama lain. atau dengan optimisasi global fungsi energi protein. Analisis ekspresi gen Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik (misalnya dengan microarray ataupun Serial Analysis of Gene Expression ["Analisis Serial Ekspresi Gen".berdasarkan kesamaan struktur primer protein. Sebagai contoh. Terdapat banyak kemungkinan dalam pendekatan ini. metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen.

akan muncul 6 frame ↓ Klik frame tersebut satu-persatu maka akanmuncul sekuens asam amino hasil transkripsi CDS yang telah dimasukan tadi. Carilah frame mana yang merupakan sekuens gen pengkode protein target dengan mencocokan sekuens asam amino yang didapat dengan sekuens asam amino pada tampilan awal identitas gen (features) Ekspresi Gen Hasil Pengamatan Kode gen : Nama Gen : CDS : frame +1 +2 Kode gen NM_002692 NM_002692 NM_002692 Homosapiens G-rich RNAsequens binding factor 1 (GRSF1) 283-4002 Nama gen Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA CDS 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 Length AA 1239 35 60 63 33 241 59 35 88 95 64 lenght 3720 108 183 192 102 180 108 267 279 195 ORF 1 4 4 4 4 1 5 5 5 5 5 Star 34 2 2 5 2 1 2 1 Stop 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 +3 -1 NM_002692 NM_002692 -2 NM_002692 -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 35 65 73 64 73 107 198 222 195 222 10 10 10 10 10 1 6 3 2 1 1 1 1 .Masukan sekuens CDS yang telah di-copy (langkah 4) ke kolom FASTA Format-V ↓ Klik Orf Find.

001912188.002747994.511957.1 AAC.-Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -3 NM_002692 -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 63 38 40 57 124 210 65 4 75 192 117 123 174 375 631 198 126 228 10 10 10 10 10 4 4 4 4 2 2 3 2 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 Homologi protein Organisme : Kode mRNA XP_523149.1 Homosapiens tumor protein SPESIES Pan troglodytes Macaca mulatta Callithrix jacchus Bos Taurus Sus scrofa Ailuropoda melanoleuca Mus musculus Rattus norvegicus Danio rerio Xenopus laevis SCORE BIT 764 737 739 711 615 610 607 515 - Keterangan : Pan troglodytes Macaca mulatta Callithrix jacchus Bos Taurus Sus scrofa Ailuropoda melanoleuca Mus musculus Rattus norvegicus Danio rerio Xenopus laevis : : : : : : : : : : Simpanse afrika Monyet reshus Monyet kecil Sapi tanduk panjang Babi Hutan Panda Tikus Tikus gede Ikan gubby garis zebra Katak Hutan .91535.1 XP.53040.601040616.2 XP.413344.1 NP.1 XP.1 AAB.2 AAB.1 BAA78379.

5038  #.# 4248.# 4248.803 10.20  17.# 4248.5038  #.2090780-:98.8.20 4/003 ./0399.897.5038  #.# 4248.3 .# 4248.# 4248./ .5038  #.5038  #.# 4248.947 #$  $   17.2345.5038  #.380:038.5038  #.034248..03 $ 039 039 # $9.32:3.# 4248.# 4248.7.39.8.8.3.38758$.234..3.#                                                           *  *                                                                                        *  4248.5038  #.# 4248../2.4.2.234.9.8:.2.9:708             8570803 ...# 4248.390.#                                                                    .3//.5.9/03.9.202.:17.5038 7.7 $945   *  *  4248.5038  #.# 4248.5038  #. 0442$%472.# 4248.380:038.#806:038-3/31.3203.380:038$..8!03.45 ..# 4248.2.5038  #.380:038035034/05749039.2./ .2.5038  #.:80:038.5038  #.9:2.8:.3207:5..32:3.4.25..9: 5078.5038  #.3 90.9 '   713/ .2.5038  #.709 /03.5038  #.3 4/003*  ./.17.

.:7:8$.3. :82:8.99:8347.:9.0.:7:8  !   $:88.:8%:80/0 .5038  #.38204248..5038  #.0. 48%..# 4248.97.9.59.99.780-7....3/.      :82:8.5038  #..99.#  *  4248.5038  #.3 :7454/..17.::8     #.8   0907.::8%:8 #.# 4248.# 4248.0.5038  #.3/:5.39744/908  !   ..3.:843090.99:8347.# 4248.5038  #.5038  #.3   .8..340:..5038  #.!.97.741..     :7454/.     . 4248.3 !.-:9.#                                                                                                                                 4244574903 7.50389:247574903 4/02# $!$$ $ #% !*  !.0.:8   !   .# 4248.741.39744/908$25.347074.347074   0345:8.340:.380.:8  !      48%....2:. .20. 0345:8.3:--.4309708:8 .3 $:88.# 4248.20.# 4248.2:.5038  #.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->