BIOLOGI MOLEKULER

LAPORAN RESMI PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER P2 ANALISIS GEN DAN HEMOLOGI PROTEIN
Tujuan

1. Mampu melakukan analisis terhadap ekspresi gen dan dapat mendeteksi hasil ekspresi gen. 2. Dapat mencari homologi gen penghasil protein tertentu dari manusia dengan gen beberapa organisme lain. Dasar teori Ekspresi gen pada dasarnya merupakan suatu proses sintesis protein. Proses ekspresi gen ditentukan oleh sel itu sendiri, jika sel tersebut membutuhkan suatu protein, maka gen tertentu akan diekspresikan, namun jika gen tersebut tidak membutuhkan protein maka gen tersebut tidak diekspresikan. Jadi tidak semua gen akan diekspresikan pada saat yang bersamaan namun tergantung dari kebutuhan sel tersebut. Reaksi dasar dari sintesis protein adalah pembentukan ikatan polipeptida antara gugus karboksil dari asam amino yang akan tumbuh dengan gugus amina dari asam amino bebas. Reaksi sintesis ini membutuhkan cetakan atau template yaitu mRNA yang diperoleh dari ahsil transkripsi DNA. Sintesis protein diawali dari proses inisiasi, yaitu berikatanya dua sub unit ribosom dengan mRNA pada daerah spesifik, yaitu 10-30 nukleotida pada daerah upstream dan star kodon. Proses inisiasi memerlukan suatu kodon spesifik yaitu AUG ( menyandi asam amino metionin ) Setelah proses inisiasi selesai maka dilanjutkan dengan terjadinya proses perpanjangan ( elongasi ). Pada proses perpanjangan rantai polipeptida ini dapat dikatakan melewati siklus yang terdiri dari tiga tahap. Pertama molekul amina asil tRNA akan terikat pada A-site yang kosong dengan jalan berikatan dengan kodon dari mRNA yang terdapat pada A-site. Kedua, gugus karboksil akhir dari rantai polipeptida akan taerlepas dari molekul tRNA yang ada pada P-site dan membentuk ikatan polipeptida dengan gugus amino dari asam amino yang terikat pada tRNA dalam A-site. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim peptidil transferase. Ketiga, peptidil transferase yang baru terbentuk dalam A-site tersebut kemudian dipindahkan ke P-site saat ribosom bergerak kedepan sepanjang tiga nukleotida dari mRNA. Pada saat proses translokasi tahap tiga tersebut, tRNA bebas yang semula menduduki P-site akan terlepas dari ribosom dan siap menerima molekul tRNA yang baru dan mulailah siklus seperti tadi lagi, proses perpanjangan ini akan terus berlangsung sampai ahirnya ribosom mengenal salah satu dari tiga stop kodon yakni UAA, UAG, UGA sehingga sintesis protein akan mengalami terminasi dan rantai polipeptida yang sudah terbentuk tadi akan lepas dari ribosom. Seperti telah dijelaskan sebelumnya, protein merupakan polipeptida yang tersusun atas asam amino. Sekuens asam amino dari masing-masing protein tertentu oleh gen yang mengkodenya. Gen ditranskripsi menjadi mRNA dan kemudian mRNA ditranslasikan menjadi protein oleh ribosom. mRNA merupakan nukleotida yang terdiri atas fosfat, gula deoksi dan basa. Urutan basa yang berbeda akan menghasilkan asam amino dan protein yang sama, misalnya insulin terdapat pada manusia, babi, kera, kuda, dan beberapa hewan mamalia lainya. Meskipun fungsi insulin pada masing-masing organism tersebut sama, namun ternyata memiliki struktur primer yang berbeda, sehingga manusia tidak dapat dengan mudah memakai produk insulin dari berbagai organisme untuk terapi karena dapat menimbulkan reaksi antigen antibody. Oleh sebab itu diperlukan penelitian mengenai homologi protein antar organisme sehingga dapat dibandingkan kemiripan asam amino yang menyusun protein. Melalui program blastp yang terdapat pada situs NCBI, kita dapat mencari protein sehomolog dari berbagai macam organisme. Homologi bukan berarti sama persis, namun terdapat kemiripan antara satu dengan yang lainnya dengan persen kemiripan tertentu. Untuk tujuan terapi, misalnya diinginkan suatu protein pengganti dari hewan tertentu, tentu akan dipilih protein yang memiliki persen kemiripan yang paling tinggi

dengan protein yang kita miliki, sehingga diharapkan reaksi alergi tidak terjadi dan protein tersebut dapat bekerja dengan baik sesuai yang diharapkan. Analisis computer sangat penting bagi penentuan lokasi gen dalam rangkaian DNA, tujuanya adalah untuk pencarian homologi, dengan membandingkan rangkaian DNA dengan rangkaian DNA lainya. Dasar dari pencarian homologi ini adalah dengan membandingkan gen-gen yang memiliki kemiripan atau sama sehingga gen baru dapat ditemukan dengan kemiripan dengan gen-gen yang lain. Homologi gen merupakan salah satu dari revolusioner ancestor yang dibuka oleh rangkaian yang mirip antara gen-gen. persamaan ini dapat dilihat dari molekuler filogeni sebagai dasarnya. Homologi dapat dicari dengan rangkaian DNA tetapi biasanya rangkaian gen tentative ini dimasukan oleh rangkaian asam amino sebelum pencarian dilakukan. Alasanya adalah karena asam amino memiliki 20 asam amino yang berbedadalam protein, tetapi hanya 2 nukleotida dalam DNA, jadi gen-gen itu biasanya tidak berhubungan dengan lebih dari satu asam amino yang lainya. Software computer yang biasa digunakan untuk analisis homologi gen adalah blast (basic local alighment search tool ) ( Altshul et al., 1990 ). Analisis ini lebih mudah atau dengan masuk ke salah satu jaringan DNA database dang kemudian rangkaiannya dapat dilihat secara langsung. Hasil yang cocok atau positif pada gen yang sudah ada pada database dapat memberikan indikasi yang jelas tentang fungsi dari gen yang baru atau implikasi dari gen-gen yang cocok untuk gen lebih halus atau licin. Kenyataanya, gen-gen secara tidak langsung memiliki segmen-segmen yang pendek yang sama antara yang satu dengan yang lain. Walaupun gen-gen tidak berhubungan, tetapi protein-proteinya memiliki fungsi yang sama. Contoh dari analisis computer adalah tudor domain, memiliki 120 asam amino yang diidentifikasi pertama kali pada gen Drosophila melonogaster. Di bawah ini adalah struktur dari tudor protein D. melanogaster, yang di dalamnya terdapat 10 kopian dari tudor domain, domain ini ditemukan pada protein kedua Drosophila, homoles pada protein ancestor A-kinase pada manusia (AKAPI149) yang berperan dalam metabolism RNA. Protein ini memiliki kesamaan struktur dengan lainya dan lebih tampak dari tudor domain, dan aktifitas pada masing-masing protein melibatkan RNA. Informasi yang berasal dari analisis computer tidak lengkap, tetapi titik utamanya adalah tipe dari percobaan itu harus diselesaikan untuk menghasilkan data lebih jelas lagi tentang fungsi dari tudor domain tersebut. Kandungan genom inti manusia (Segmen 50-kb pada kromosom 7) Untuk memulai mengungkapkan tentang komposisi dari genom inti manusia akan dipelajari mengenai segmen 50-kb pada kromosom 7, segmen ini membentuk bagia dari reseptor lokus selT, wilayah yang lebih besar (685 kb) pada genom yang mempunya protein spesifik dalam respon imun. Segmen 50kb mengandung informasi genetic sebagai berikut : Satu gen, gen ini dinamakan TRY4 dan mengandung iformasi untuk sintesis protein bernama tripsinogen, yang merupakan prekusor inaktif dalam enzim digesti tripsin. TRY4 merupakan salah satu anggota dari kelompok gen tripsinogen yang mengandung dua kluster pada kesemua bagian ahir dari lokus reseptor sel-T. Gen ini tidak berhubungan dengan respon imun, dan merupakan contoh gen diskontinyu. Informasinya digunakan untuk sintesis protein tripsinogen yang terpisah menjadi 5 ekson, dan dipisahkan oleh 4 intron non koding. Dua segmen gen, mereka adalah V28 dan V29-1, dan merupakan bagian spesifik dari setiap reseptor protein sel T. V28 dan V29-1 merupakan gen tidak lengkap, hanya satu segmen dari sebuah gen, dan sebelumnya diekspresikan, mereka harus terhubung dengan segmen gen lainya dari lokus manapun. Hal ini terjadi pada limfosit T dan merupakan contoh perubahan permanen dalam aktifitas genom yang muncul sepanjang diferensial sel. V28 dan V29-1 merupakan gen diskontinyu. Satu pseudoen, sebuah pseudogen merupakan salinan nonfungsional dari sebuah gen, biasanya satu sekuens nukleotida dapat berubah sehingga infotmasi biologi di dalamnya menjadi tidak dapat dibaca. Pseudogen ini dinamakan TRY5 dan pseudogen ini berhubungan dengan anggota fungsional dari kelompok gen tripsinogen. 52 gen sekuens panjang berulang, sekuens terdapat di berbagai tempat pada genom. Terdapat 4 tipe utama genom panjang berulang, dinamakan LINEs ( elemen nuclear panjang yang berselang-seling

), elemen LTR ( ujung panjang yang berulang ) dan tranpor DNA. Dua mikrosatelit, sebutan di atas merupakan sekuens dimana sebuah motif pendek berulang dalam tandem. Satu dari mikro satelit dapat dilihat di bawah ini yang mempunyai motif GA berulang sebanyak 16 kali, sepanjang sekuens : 5- GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA 3- CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT Mikrosatelit kedua meliputi 6 motif TATT berulang. Terakhir, kira-kira 50% dari segmen 50kb pada genom manusia terbuat dari peregangan non gen, tidak berulang, satu salinan DNA yang belum diketahui fungsinya atau signifikan. Sesuai dengan informasi biologis yang disimpanya, basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalang GenBank (Amerika Serikat),EMBL(Eropa),dan DDBJ(Dna Data Bank of japan). Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertutur data secara harian untuk menjaga keluasan kecakupan masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari pariset individual, proyek sekuens genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organism sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam amino nukleat. Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (protein informasi resource,USA), Swiss-Prot(EUR), dan TrEMBEL(EUR). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt yang didanai sebagian besar oleh AS. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organism sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut. BLAST merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST pada basis data sekuens memungkinkan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens. PDB adalah basis data tunggal yang menyimpan model structural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi-X,spektokrofi NMR dan mikroskopi electron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat. Analisis ekspresi gen Analisis klastering ekspresi gen pada kangker payudara Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik. Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen, bahkan genom dan menghasilkan data skala besar. Metode-metode pengalian data diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informative. Sebagai contoh, metode-metode komprasi digunakan untuk membandingkan ekspresi diantara gen-gen, sementara metode-metode klastering digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen. Basis data sekuens biologis Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ(en) (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga basis data

tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masingmasing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual, proyek sekuensinggenom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut. Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat). Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritmayang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens. PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat. Penyejajaran sekuens Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda "") sedemikian rupa sehingga kolomkolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda, "ccatcaac" dan "caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens). ccat---caac | || |||| caatgggcaac Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda "") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Sequence

alignment memberikan hipotesis atas prosesevolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama "ccatgggcaac". Dalam kaitannya dengan hal ini, alignment juga dapat menunjukkan posisiposisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein, yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut. Selain itu, sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. BLAST adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens. BLAST menggunakan algoritma heuristikdalam penyusunan alignment. Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode "NeedlemanWunsch" dan "Smith-Waterman". Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih sekuens, yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment lokal, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming) dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment) Clustal adalah program bioinformatika untuk alignment multipel (multiple alignment), yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX. Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode yang berhubungan dengan Hidden Markov Model ("Model Markov Tersembunyi", HMM). HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). Selain digunakan untuk alignment, HMM juga digunakan dalam metodemetode analisis sekuens lainnya, seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein. Prediksi struktur protein Secara kimia/fisika, bentuk struktur protein diungkap dengan kristalografi sinarX ataupunspektroskopi NMR, namun kedua metode tersebut sangat memakan waktu dan relatif mahal. Sementara itu, metode sekuensing protein relatif lebih mudah mengungkapkan sekuens asam amino protein. Prediksi struktur protein berusaha meramalkan struktur tiga dimensi protein berdasarkan sekuens asam aminonya (dengan kata lain, meramalkan struktur tersier dan struktur sekunder berdasarkan struktur primer protein). Secara umum, metode prediksi struktur protein yang ada saat ini dapat dikategorikan ke dalam dua kelompok, yaitu metode pemodelan protein komparatif dan metode pemodelan de novo. Pemodelan protein komparatif (comparative protein modelling) meramalkan struktur suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. Salah satu penerapan metode ini adalah pemodelan homologi (homology modelling), yaitu prediksi struktur tersier protein

berdasarkan kesamaan struktur primer protein. Pemodelan homologi didasarkan pada teori bahwa dua protein yang homolog memiliki struktur yang sangat mirip satu sama lain. Pada metode ini, struktur suatu protein (disebut protein target) ditentukan berdasarkan struktur protein lain (protein templat) yang sudah diketahui dan memiliki kemiripan sekuens dengan protein target tersebut. Selain itu, penerapan lain pemodelan komparatif adalah protein threading yang didasarkan pada kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens primer. Latar belakang protein threading adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi daripada sekuens protein selama evolusi; daerah-daerah yang penting bagi fungsi protein dipertahankan strukturnya. Pada pendekatan ini, struktur yang paling kompatibel untuk suatu sekuens asam amino dipilih dari semua jenis struktur tiga dimensi protein yang ada. Metode-metode yang tergolong dalam protein threading berusaha menentukan tingkat kompatibilitas tersebut. Dalam pendekatan de novo atau ab initio, struktur protein ditentukan dari sekuens primernya tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. Terdapat banyak kemungkinan dalam pendekatan ini, misalnya dengan menirukan proses pelipatan (folding) protein dari sekuens primernya menjadi struktur tersiernya (misalnya dengan simulasi dinamika molekular), atau dengan optimisasi global fungsi energi protein. Prosedur-prosedur ini cenderung membutuhkan proses komputasi yang intens, sehingga saat ini hanya digunakan dalam menentukan struktur protein-protein kecil. Beberapa usaha telah dilakukan untuk mengatasi kekurangan sumber daya komputasi tersebut, misalnya dengan superkomputer (misalnya superkomputer Blue Gene [1] dari IBM) atau komputasi terdistribusi (distributed computing, misalnya proyek Folding@home) maupun komputasi grid. Analisis ekspresi gen Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik (misalnya dengan microarray ataupun Serial Analysis of Gene Expression ["Analisis Serial Ekspresi Gen", SAGE]). Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Metode-metode penggalian data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. Sebagai contoh, metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen, sementara metode-metode klastering (clustering) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen. Cara Kerja A. Analisis Ekspresi Gen Buka situs NCBI Isi kotak search nucleotide for dengan nama gen yang akan dianalisis (kode keterangan homosapiens) Pilih gen yang akan dianalisis Copy sekuens dalam region CDS Buka situs NCBI lagi kemudian klik OFR Finder

Masukan sekuens CDS yang telah di-copy (langkah 4) ke kolom FASTA Format-V Klik Orf Find, akan muncul 6 frame Klik frame tersebut satu-persatu maka akanmuncul sekuens asam amino hasil transkripsi CDS yang telah dimasukan tadi. Carilah frame mana yang merupakan sekuens gen pengkode protein target dengan mencocokan sekuens asam amino yang didapat dengan sekuens asam amino pada tampilan awal identitas gen (features)

Ekspresi Gen Hasil Pengamatan Kode gen : Nama Gen : CDS :

frame +1 +2 Kode gen NM_002692 NM_002692

NM_002692 Homosapiens G-rich RNAsequens binding factor 1 (GRSF1) 283-4002

Nama gen Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA CDS 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 Length AA 1239 35 60 63 33 241 59 35 88 95 64 lenght 3720 108 183 192 102 180 108 267 279 195 ORF 1 4 4 4 4 1 5 5 5 5 5 Star 34 2 2 5 2 1 2 1 Stop 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

+3 -1

NM_002692 NM_002692

-2

NM_002692

-Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA

283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002

35 65 73 64 73

107 198 222 195 222

10 10 10 10 10

1 6 3 2

1 1 1 1

-Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -3 NM_002692 -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA -Homosapiens G-Rich RNA

283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002 283-4002

63 38 40 57 124 210 65 4 75

192 117 123 174 375 631 198 126 228

10 10 10 10 10 4 4 4 4

2 2 3 2 3 2 1 1 1

1 1 1 1 1 1 1

Homologi protein Organisme : Kode mRNA XP_523149.2 XP.511957.2 AAB.91535.1 NP.601040616.1 XP.002747994.1 AAB.413344.1 AAC.53040.1 BAA78379.1 XP.001912188.1

Homosapiens tumor protein SPESIES Pan troglodytes Macaca mulatta Callithrix jacchus Bos Taurus Sus scrofa Ailuropoda melanoleuca Mus musculus Rattus norvegicus Danio rerio Xenopus laevis

SCORE BIT 764 737 739 711 615 610 607 515

Keterangan : Pan troglodytes Macaca mulatta Callithrix jacchus Bos Taurus Sus scrofa Ailuropoda melanoleuca Mus musculus Rattus norvegicus Danio rerio Xenopus laevis

: : : : : : : : : :

Simpanse afrika Monyet reshus Monyet kecil Sapi tanduk panjang Babi Hutan Panda Tikus Tikus gede Ikan gubby garis zebra Katak Hutan