P. 1
Teknologi DNA Rekombinan_httpisjd.pdii.Lipi.go.Idadminjurnal22075664

Teknologi DNA Rekombinan_httpisjd.pdii.Lipi.go.Idadminjurnal22075664

|Views: 363|Likes:

More info:

Published by: أحمد نور الهداية on Nov 02, 2011
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

04/26/2014

pdf

text

original

TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN DAN APLIKASINYA DALAM EKSPLORASI MIKROBA LAUT

Dedi NoviendrP ABSTRAK Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik penggabungan DNA dari spesies yang berbeda sehingga akan diperoleh organisme baru dengan sltat-sifat yang diinginkan. Pada pengembangan bioteknologi kelautan dan perikanan, teknik DNA rekombinan ini dapat digunakan antara lain untuk melakukan eksplorasl potensi dan biodiversitas organisme laut, seperti mikroba laut. Mikroba laut yang sebelumnya hanya merupakan kekayaan alarn laut yang potensial dan belum memberikan nilai tambah, maka dengan teknologi DNA rekornbinan dapat ditingkatkan nilai tambahnya untuk menghasilkan produk yang sangat prospektif. Secara garis besar, teknologi DNA rekombinan (rekayasa genetika) rnelibatkan penyisipan informasi genetik baru ke dalam organisme, biasanya bakteri, untuk memberikan kemampuan baru, Metode int tidak mengikuti rangkaian prosedur yang pasti. Pernl'ihan metode bergantung kepada gen mana yang akan dipindahkan dan jenis organisme mana yang akan menerima informasi genetik baru. Pilihan tersebut bergantung pada sarnpai sejauh mana keterlibatan pilihan pribadi ilmuwan yang bersangkutan. KATA KUNCI: teknologi DNA rekombinan, transformasi, kloning DNA PENDAHULUAN Tingginya biodiversitas dan kelimpahan mikroba laut menunjukkan potensinya sebagai sumber yang paling menjanjikan dan memberikan peluang besar kepada ahll-ahli bioteknologi kelautan untuk menemukan produk alami yang bernilai ekonomi. Menurut Dahuri (2003), khusus tentang biodiversitas laut, terdapat tidak kurang dari 782 spesies alga, 12 spesies lamun, 38 spesies mangrove, 850 spesies spons, 210 spesies karang lunak, serta ratusan ribu spesies berbagai biota lainnya, balk makro rnaupun mikro yang merupakan kekayaan alam lautan Indonesia. Selain spesies-spesles tersebut, kelompok organisme yang masih sedikit dieksplorasi dan didayagunakan adalah berbagai jenis rnikroba laut. Semua itu merupakan potensi luar biasa sebagai sumber pangan, obat-obatan, bahan diagnostika, maupun aneka produk industri bernilai ekonomi tinggi. Sejak ditemukannya enzlrn endonuklease restriksi yang dapat mengkatalisis pemotongan rnolekul DNA pada bagian atau temp at spesifik pada tahun 1971, rnaka lahirlah teknologi baru dalam bidang biologi molekuler yang disebut teknologi DNA rekombinan atau rekayasa genetika (Murdiyatmo, 1992). Teknologi DNA rekombinan merupakan teknik penggabungan DNA darl spesies yang berbeda sehingga akan diperoleh organisme baru dengan sifat-sifat yang diinginkan (Hala, 1999). Pad a pengembangan bioteknologi kefautan dan perikanan, teknik DNA rekombinan ini dapat digunakan antara lain untuk eksplorasl potensi dan biodiversitas organisme laut.
.) Peneliti pada Balai Besar Riset Pengolahan

Organisme laut (dalam hal ini mikroba laut) yang sebelumnya hanya merupakan kekayaan alam laut yang potensial dan belurn memberikan nilai tambah, maka dengan teknologi DNA rekombinan dapat ditingkatkan nilai tambahnya menjadi produk yang sangat prospektif. Salah satu contohnya adalah dari suatu mikroorganisme (rnikroba laut), dapat diisolasi gen-gen fungsionalnya yang menyandikan satu atau lebih enzim-enzim yang potensial yang dapat digunakan di dalam dunia medis. Adapun enzirn-enzirn yang dipandang penting di dalarn dunia medis di antaranya adalah protease, lisozirn, lipase, invertase, hemiselulase, kolagenase, glukoaminase, dekstranase dan katafase (Suhartono, 1989). Dengan kemajuan teknologi molekuler ini, perpindahan gen dapat terjadi antar organisme yang sama sekali tidak berkerabat dekat, misalnya gen manusia dipindahkan ke bakteri atau gen manusia dipindahkan ke ternak babi dan lain sebagainya (Muladno, 2002). Kemungkinan memindahkan gen dari satu organisme ke organisme lain merupakan prospek yang sangat memikat, karena rekayasa genetika dapat mengurangi biaya dan meningkatkan penyediaan sejumlah besar bahan yang sekarang dipergunakan di dalarn kedokteran, farmasi (Murdiyatmo, 1992), pertanian, dan lndustrl (Prentis, 1990), maupun bidang kefautan. TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Berhasilnya suatu teknik DNA rekombinan sangat didukung oleh cara-cara bagaimana kita menangani,
Kelaulftn dan Perikanan

Produk dan Bioteknologi

56

Beberapa keterampilan dasaryang dlperlukan untuk melakukan kloning gen/DNA secara sederhana adalah: preparasi sam pel DNA mumi. penggabungan molekul DNA dengan enzim ligase. salah satunya berasal dari mikroba laut Enzim digunakan untuk memotong DNA donor dan vektor pada lokasi spesifik. maka ada lima komponen utama yang harus dipenuhi agar suatu eksperimen dapat berjalan dengan baik. Di lain pihak. endonuklease restriksi EcoRI artinya adalah enzim restriksi pertama yang diisolasi dari bakteri Escherichia coli strain R. (1997) • 57 . Endonuklease tipe I dan III agak kompleks dan hanya mempunyai peran yang sangat terbatas dalam rekayasa genetika. Namun sifat-sifat ini tidak berguna tanpa adanya teknik-teknik eksperimen untuk manipulasi molekul DNA di dalam laboratorium. pemotongan molekul DNA dengan enzim restriksi. Fungsi dari masing-masing komponen terse but dapat dilihat pada Tabel1 . memasukkan molekul DNA rekombinan ke dalam sei inang (cara yang paling umum adalah dengan cara transformasi). Komponen-komponen kepentingannya. dari suatu eksperimen kloning Komponen kloning DNA donor (insert) Endonuklease restriksi Fungsi Sumber dari DNA atau gen yang diklon. Komponen Eksperimen Kloning Bila melakukan suatu eksperimen kloning. 2 No. Ketiga enzim tersebut masing-masing dibedakan oleh cara kerjanya yang agak berbeda satu sama lain. Vektor DNA ligase Sel inang (host cell) Sumber: Stanfield et al. 1991). Endonuklease tipe II yang digunakan dalam eksperimen kloning memiliki panjang sekuen pasangan basa pengenalan dari 4 sampai 8 nukleotida. Dua komponen eksperimen kloning tersebut adalah endonuklease restriksi dan vektor. Endonuklease restriksi merupakan enzim yang umumnya dilsolasi dari mikroorganisme prokariotik (Artama. DNA ligase. bahwa rnolekul DNA plasmid dan fage mempunyai sifat-sifat dasar yang dibutuhkan sebagai vektor kloning. Dari kelima komponen eksperimen kloning yang disebutkan pada Tabel1 .. dan enzim Hina111artinya. dan memisahkan DNA pada lokasi tersebut. Langkah-Iangkah dasar dalam kloning gen/DNA membutuhkan beberapa keterampilan manlpulasi. Enzim ini dinamai berdasarkan sumber spesies bakteri asal isolasinya. dan identifikasi sel yang mengandung molekul DNA rekombinan hasil kloning. enzim restriksi ketiga yang diisolasi dari bakteri Haemophilus iniiuenzse strain D (Stanfield et al. Menurut Brown (1991). dan kemudian membentuk suatu vektor rekombinan Biasanya suatu bakteri atau yeast. Endonuklease restriksi -Endonuklease restriksi adalah enzim bakteri yang mengenal sekuen nukleotida spesitik dalarn suatu molekul DNA double-stranded.2. analisis ukuran fragmen DNA. endonuklease restriksi tipe II adalah enzim pemotong yang begitu penting dalam rekayasa genetika (kegiatan kloning gen). sehingga DNA donor dapat disambungkan ke dalam vektor Plasmid atau bakteriofage yang digunakan untuk mengintroduksi gen untuk diklonkan ke dalam suatu sel inang yang cocok Enzim yang digunakan untuk menggabungkan ujung sambungan (splice) dari vektor dan DNA donor. endonuklease restriksi. dan sel inang (host cel~. Menurut Brown (1991). Enzim-enzim ini memotong DNA ke dalam fragmen-fragmen dari berbagai ukuran. tergantung dari jumlah waktu situs pengenalan enzim yang berulang dalarn molekul. Tempat diintroduksikan vektor rekombinan ke dalam sel inang . hanya dua topik yang akan dijelaskan pada tulisan in mengingat urgensinya Tabel1. Desember 2007 mengembangkan mikroorganisme atau fage dari seleksi/kloning dari beberapa strain bakteri yang digunakan dalam sistem ini (Artama. bahwa ada tiga jenis endonuklease restriksi yang telah dikenal. 1997) (TabeI2). Sebagai contoh. 1991).Squalen Vol. Komponen-komponen yang harus dipenuhi tersebut adalah DNA donor (insert). vektor.

Vektor kloning harus memiliki situs pengenalan endonuklease restriksi. dimana hanya terdapat 1 kepi plasmid tiap genom bakteri. Jumlah Tabel2. 1991). sehingga dalam satu sel dapat dijumpai 1-20 kopi plasmid (Artama. 1997). 1991). Kebanyakan endonuklease restriksi akan berfungsi secara memadai pada pH 7. Sifat pertama adalah kekhususannya. Nama enzim A/u' BamHI CIa I Eco RI Hae III Hind III Kpn I Not I Pst I Sumber A tthrobecter bakteri futeus Situs pengenalannya AG*CT G*GATCC AT*CGAT G*AATIC GG*CC A*AGCT GGTAC*C GC*GGCCGC CTGCA*G Bacillus emytotiqueieciens Caryphanon latum Escherichia Haemophilus Haemophilus coli aegyptius inffuenzae Kfebsieffa pneumoniae Nocardia otidis-caviarum Provkiencie stuartii Sumber: Stanfield et al. (6) dipotong pad a situs tunggal oleh endonuklease restriksi. Enzim restriksi ini memiliki dua sifat yang membuatnya sanqat bermanfaat.D. sedangkan pembuatari pustaka genom yang mengandung fragmen DNA besar biasanya menggunakan fage. Beberapa enzim restriksi dan situs pengenalannya . 1989). Pembuatan pustaka eDNA biasanya menggunakan plasmid sebagai vektornya. yaitu plasmid dengan kontrol replikasi yang tidak begitu ketat. (2) mengandung gen resistensi antibiotik tertentu. Sifat kedua adalah kemampuan sebagian mereka untuk rnenqhasilkan potongan runcing atau dikenal dengan ujung bangku/ujung lengket (sticky ends) ketika mereka memotong DNA yang beruntai ganda (Marx. 1991). yaitu plasmid. Kemudian berdasarkan kemampuan memperbanyak diri secara alami maka plasmid dapat dibagi dua. biasanya NaGI serta semua endonuklease restriksi tipe II membutuhkan Mg2Tuntuk berfungsi (Brown.4 dan dalam kekuatan ionik. yang masing-masing mengandung beberapa situs restriksi yang berbeda. Selain itu aktivitas endonuklease tipe II ini seringkali dipaeu pula oleh senyawa pereduksi seperti 2-merkaptoetanol atau ditiotretiol (Suhartono. yang dapat dipotong dengan enzim restriksi endonuklease tertentu (Artama. (7) tidak ditransfer dengan konjugasi. sehingga rnernudahkan seleksi dari gen rekombinan (Artama. 1991. Artama. (2) plasmid relaxed. 1991). penggunaan jenis vektor tergantung dari tujuan pengklonan. dan (9) dengan mudah diisolasi dari sel (Stanfield et a/. (1997) • 58 . (4) memiliki daerah restriksi atau MCS. Menurut Suharsono (2000). kosmid atau YAC. 1990). Dengan kata lain. fage. 1991) serta dapat mengontrol replikasinya sendiri. yaitu plasmid dengan kontrol replikasi ketat. Beberapa vektor kloninq telah direkayasa untuk mengandung suatu situs kloning ganda atau dikenal multiple cloning site (MGS). Noviendri Sejak awal tahun 1970an. yaltu: (1) plasmid stringent. (5) berukuran kecil. 2000) dan kosmid (Artama. Dalam hal ini tiap enzlrn men genal dan memotong hanya urutan nukleotida tertentu pada DNA. Vektor Sejumlah vektor dari prokariotik. 1991). (8) cirinya dengan rnudah dideteksi. (3) memiliki titik ori (sebagai titik awal replikasi). eukariotik dan vektor sintesis telah banyak digunakan dalam sistem kloning DNA. 1991). plasmid tersebut dapat berbiak autonom (Marx. tetapi dapat juga mengubah spesifisitas enzim. sehingga bisa bereplikasi atau multiplikasi sendiri.apabila tidak tepat maka kondisi tersebut dapat menyebabkan tidak saja penurunan aktivitas. Secara garis besar ada 4 vektor yang sering digunakan dalam proses pengklonan gen (sebagai vektor kloning). Karakteristik penting yang harus dimiliki oleh suatu vektor kloning adalah: (1) stabil dalam sel inang. kira-kirasudah 300 jenis enzim restriksi telah ditemukan (Prentis.. kromosom buatan dari khamir (YAG=yeast artificial chromosome) (Suharsono. sehingga pemotongan DNA terjadi pada urutan pengenal tambahan yang tidak baku. Mernbuat kondisi yang tepat untuk aktivitas enzim adalah penting misalnya konsentrasi NaGI atau Mg2+. dimana informasi genetik dapat disisipkan.

Peta vektor plasmid pUC18/19 (A). yaitu dapat bereplikasi antara 10-200 kopi setiap sel. 2 No. 1994). Gen merupakan suatu segmen DNA yang mampu menyandikan protein (enzim). Transformasi Secara alami plasmid dapat dipindahkan ke sel inang baru rnelalui proses konjugasi atau dengan cara lain.2. tetapi di dalam laboratorium dapat dipindahkan secara artifisial. 1991). 59 . Penanda resistensi antibiotik adalah penanda yang paling sering digunakan dan telah banyak dibuat sebagai dasar untuk pengembangan teknik penanda yang lainnya. aktlvltas bakteri tersebut di lingkungan dapat dipantau sehingga langkah-Iangkah apa yang akan diambil untuk kegiatan selanjutnya dapat ditentukan (Wahyudi. dengan proses yang disebut transformasi. perlu adanya penanda molekuler dengan menggunakan gen yang mudah diassai penampilan dan ekspresinya.B/GG/p/asmid. baik itu bakteri hasil rekayasa genetika maupun bukan hasil rekayasa genetika. Jumlah kopi ini rnenunjukkan jumlah molekul plasmid masing-masing ditemukan dalam satu sel bakteri (Brown. penanda resistensi antibiotik sering digunakan sebagai suatu selectable markeruntuk memastikan bahwa suatu bakteri dalam kultur mengandung gen penyandi antibiotik tertentu (Brown. Sedangkan strinqent control (pengendalian yang kuat) memperbanyak diri dengan kecepatan yang hampir sama dengan kromosom selnya. dan terdapat hanya dalarn satu atau beberapa kopi plasmid per sel. Tipe plasmid ini berg una untuk penelitian DNA rekombinan karena memiliki jumlah kopi yang banyak (high copy number). Desember 2007 kopi suatu plasmid dapat merupakan relaxed-control (pengendalian yang lemah). yaitu plasmid dimasukkan ke dalam (A) (B) Gambar 1. dan teknik ini dapat dilakukan hanya dengan teknik pencawanan dengan menggunakan menggunakan antibiotik yang sesuai.htm/). Di dalam laboratoriurn. Gen penanda (marker gene) tersebut nantinya dapat juga berperan sebagai gen pelapor (reporter gene) yang akan menunjukkan aktivitas bakteri tersebut di habitatnya.org/It. Keuntungan dari teknik ini adalah dimungkinkan untuk menyeleksi populasl bakteri yang hidup dari bakteri yang ditandai.Squa/en Vol. Penanda Resistensi Antibiotik Untuk mengetahui berbagai aktivltas bakteri di habitat (Iingkungannya). Banyak penanda molekuler yang dapat digunakan untuk menandai bakteri. dan tahap tahap kloning DNA (B) (http://www.accessexcel/ence. Plasmid ini bereplikasi tidak tergantung pada replikasi DNA kromosom sel inang (Nicholl. Dengan demikian. 1997). 1991).

lalu dicuci 2 kali dengan volume yang sama CaCI2 0. pUC19 dan derivat-derivatnya.. Bagaimariapun. yaitu: (1) sel kompeten tidak kemasukan molekul DNA apapun. rnaka perlu dihitung efisiensi transformasi yang terjadi. induksi dapat terjadi jika suatu senyawa analog laktosa seperti IPTG digunakan (Nicholl.1 mM. Efisiensi transformasi dihitung berdasarkan rumus berikut (Anwar. Enzim ini dalam kondisi normal akan disintesis oleh E. 2002). Senyawa indoksil derivatif ini akan teroksidasi dengan adanya udara membentuk senyawa indigo yang berwarna biru. yang akan mengkonversi laktosa menjadi galaktosa dan glukosa. Plasmid ini merupakan pengembangan dari pBR322. maka tidak akan dihasilkan suatu enzim fungsional yaitu enzim a-galaktosidase. Untuk memudahkan plasmid masuk ke dalam sel inang. 2002) (Gambar 1B). Reaksi hidrolisis senyawa X-gal yang tidak i'erwarna menjadi suatu senyawa yang 60 . maka kolonl yang membawa plasmid rekombinan dapat dideteksi dengan menggunakan media tumbuh yang mengandung X-gal. Pasta sel dipisahkan dengan sentrifugasi dingin selama 10 menit pada 8000 rpm. Hasil pengamatan koloni pad a media tersebut memperlihatkan adanya koloni berwarna biru Efisiensi Transformasi (cfu/~g) = .D. Dengan kata lain. Dalam proses transformasi. sel kompeten yang dicampur dengan molekul DNA hasll penggabungan akan mengalami tiga kemungkinan. bahwa sel inang dapat dibuat kompeten dengan cara menginokulasi 30 mL media Luria Bl. Kemudian plasmid yang dipakai sebagai vektor untuk kloning semula berasal dari plasmid relaxed yang telah dimodifikasi menjadi berbagai jenis plasmid yang terdapat bebas di pasaran seperti pBR322. Koloni bakteri yang mengandung plasmid pUC 18/19 akan berwarna biru karena plasmid pUC18/19 mengandung gen lacZ yang dapat menghasilkan a-galaktosidase. Menurut Seno & Wirahadikusumah (1992). sel yang digunakan dalam proses transformasi ini biasanya disebut dengan sel kompeten (Muladno. dan merubah laktosa menjadi galaktosa dan glukosa (Stryer. maka sel inang harus dibuat kompeten terlebih dahulu. serta sentrifugasi lagi dalam kondisi yang sama dan endapan sel dilarutkan dengan Yz volume larutan 30% sukrosa dalam CaCI2 0. Untuk mendeteksi tingkat keberhasilan terjadinya transformasi. 1994).'::::::::===============-' ng DNA vector-sislpan Jumlah koloni turnbuh (cfu) x 11000 ng x~ ~ FP : Faktor pengenceran cfu : Colony forming unit Seleksi Biru Putih Kebanyakan vektor kloning modern. menunjukkan terekspresikan gen lacZ tersebut (Wahyudi. dan (3) sel kompeten kemasukan DNA vektor yang membawa gen target (yaitu DNA rekombinan) (Muladno. sehi ngga u ntu k sementara dinding sel bersifat permiabe/ dan dapat dilewati molekul DNA kecll (Artama. Fenomena ini dikenal dengan dengan inserlional inactivation. dalam hal ini pada posisi gen lacZ. Oleh karena itu koloni bakteri yang mengandung plasmid pUC18/19 akan berwarna biru bila ditumbuhkan pad a media pertumbuhan yang mengandung X-gal. Enzim ini memecah X-gal menjadi galaktosa dan lndoksil derivatif. 1991). (2) sel kompeten kemasukan DNA vektor yang membawa gen target. Coli yang berumur semalam.'Jrtani LB) dengan ( 1% biakan E. Noviendri bakteri yang di buat kompeten. Warna biru ini disebabkan karena enzim a-galaktosidase yang disandikan oleh gen lacZ yang dikandung pUC18/19 mempunyai kemampuan untuk menghidrolisis X-gal (5-kloro-4bromo-3-indolil-a -D-galaktopiranosida) suatu substrat kromogenik inerlyang tidak berwarna menjadi derivat indigo yang berwarna biru (Artama. kemudian dikocok pada suhu 30°C sampai pertumbuhan disekitar fase log (± 3 jam). Bila menggunakan plasmid pUC18/19 sebagai vektor.coli jika ada laktosa. Plasmid pUC18/19 mengandung gen lacZ yang dapat menyandikan enzim a-galaktosidase. 1991). memiliki suatu MCS dalam gen lacZ Gen ini dalam keberadaan suatu induser seperti I PTG (isopropil-a-Dtiogalaktosida) akan menghasilkan enzirnagalaktosidase. 2000). 1999) : Jika segmen dari DNA donor disisipkan pada situs kloning ganda (MCS). Hal ini sering digunakan untuk mendeteksi rekombinanrekombinan dengan metode skrining yang dikenal sebagai skrining koloni biru putih (blue-white colony screening) . Contoh plasmid yang telah lama digunakan sebagai vektor untuk mengklonkan gen adalah plasmid pUC18/19 (Gambar 1A). 1997).1 mM.

2006).. dengan mata telanjang bisa disimpulkan bahwa apabila sel bakteri membentuk koloni berwarna biru berarti gen lacZ-nya masih beriungsi. teknologi DNA rekombinan yang dilakukan adalah sama. senyawa eksopolisakarida (EPS) baru (DelbarreLadrat et aI. enzim baru yang memiliki aktivitas antimikrobial (Eck et aI. 2006). Koloni bakteri akan berwarna putih bila pUC18/19 telah disisipi oieh DNA asing pada bagian gen lacZ. dalam hal ini menemukan dan menghasilkan mikroba yang dapat mendegradasi tumpahan minyak di laut. Reaksi hidrolisis X-gal oleh enzim a-galaktosidase I 61 .Gambar 2. Warna putih pada koloni diakibatkan adanya kerusakan pada gen lacZyang disisipi gen target. bila gen lacZ-nya rusak atau dirusak maka sel akan membentuk koloni yang berwarna putih. penggunaan teknologi ini pada mikroba laut telah banyak dilakukan orang. 2002). 2004). (Webb et al. . Namun pada prinsipnya. senyawa sitotoksik. Pilihan tersebut akan bergantung pada sampai sejauh mana keterlibatan pilihan pribadi ilmuwan yang bersangkutan (Prentis. 2004). untuk perbandingan keragaman genetik (biodiversitas) (Suwanto. sedangkan apabila koloninya berwarna putih gen lacZ-nya sudah rusak dan tidak berfungsi (Muladno. Metode ini tidak mengikuti rangkaian prosedur yang pasti. Tujuan dari penggunaan teknologi ini terhadap mikroba laut bermacam-macam."'__-O" t ott j ott (A) (B) (8).. Dalam prakteknya. 2006). diantaranya untuk konstruksi pustaka gen (Liebl. Jadi. Desember 2007 berwarna biru dengan adanya enzim a-galaktosidase dapat dilihat pada Gambar 2S. 2002) (Gambar 2A). rnaka secara tidak langsung ada moditikasi-moditikasi metode yang dilakukan. Pemilihan metode bergantung kepada gen mana yang akan dipindahkan dan jenis organisme mana yang akan menerima informasi genetik baru. Contoh seleksi koloni bakteri rekornbinan dengan menggunakan X-gal (dikenal dengan seleksi biru putih)(A).OH O~.Squalen Vol. 2006). mikroba laut yang CK. selain itu untuk menemukan mikroba penghasil bahan baku plastik biodegradable.. 2 No. Terbentuknya koloni berwarna putih berarti sel kompeten membawa DNA rekombinan (DNA plasmid dan gen target). untuk keperluan bioremediasi. konstruksi gen klaster yang menyandikan enzim poliketida sintase I (PKS-I) (Grozdanov et al. untuk menemukan senyawa metabolit antitumor (Calle.2. Dalam hal ini gen lacZ menjadi tidak berfungsi (tidak akan menghasilkan a-galaktosidase) karena telah disisipi DNA asing.. Adapun koloni berwarna biru berarti sel kompeten yang tumbuh membawa DNA plasmid saja (tidak disisipi gen terget) (Muladno. Bentuk ini menurut Nicholl (1994) adalah dasar untuk metode skrining rekombinan secara langsung menggunakan X-gal substrat kromogenik.. 2006).. contohnya poii-a-hldroksialkanoat (PHA) (Noviendri. 2006). 1990). APLIKASI TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN Penggunaan teknologi DNA rekombinan untuk eksplorasi mikroba. 2006). terutama rnikroba laut telah banyak dilakukan. inhibitor likopen a-siklase (suatu senyawa antioksidan) (Totighi et al. Jadi dengan demikian. Dengan kata lain. Seiring dengan penggunaan metode ini dengan tujuan yang bermacarn-rnacarn.

t 62 . diinkubasi 5' pada OoG selama Ditambahkan fenol/kloroform/isoaminalkohol (25:24:1) kedalam supernatan.. 10' Diinkubasi selama 15' pada -20oG. ditambahkan absoul dingin. maka dengan adanya teknologi DNA rekombinan dapat ditingkatkan nllal tambahnya untuk menghasilkan suatu produk yang sangat prospektif. Isolasi DNA Plasmid Koloni pembawa plasmid diturnbuhkan dalarn media LB yang mengandung antibiotik yang sesuai Inokulasi pada media LB yang baru'. (Suhartono et et. dikocok Diendapkan dengan sentrifus. diforteks.. 1995). Isolasi DNA kromosom B. Contoh penggunaan teknologi DNA rekombinan yang telah berhasil dilakukan adalah kloning gen protease Bacillus stearothermophillus DSM297 ke dalam Escherichia coli DH5 alfa (Suhartono et a/. diendapkan sentrifus selama 2' dengan Kultur disentrifus Pelet dilarutkan dalam Tris/EDTA/Glukosa Endapan disuspensi dalarn TE. dikeringkan DNA kromosom yang diperoleh dilarutkan dalam TE DNA pals mid yang diperoleh dilarutkan dalam TE Gambar 3. dan isolasi DNA plasmid (B). dikeringkan Pele! dicuci dengan EtOH 70% dingin. Adapun tahap-tahap kloning gen yang telah dilakukannya tersebut dapat dilihat pada Gambar 3 dan4. proteinase K. 1995). stearothermophillu5 Kultur bakteri diturnbuhkan dalam media LB. . Disentrifus 3'. 4 jam Diinkubasi semalam.. disentrifus selama 3' Dilambahkan isopropanol dingin pada supernatannya Lapisan atas diambil. PENUTUP Pada pengembangan bioteknologi kelautan dan perikanan. Etanol (A). dan disentrifus NaOH/SDS. Organisme laut (dalarn hal ini mikroba laut) yang sebelumnya hanya merupakan kekayaan (A). Noviendri semula hanya sebagai penghuni laut yang merupakan kekayaan alam laut potensial. teknologi DNA rekombinan ini dapat digunakan untuk eksplorasi potensi dan biodiversitas organisme laut. SDS... Diagram alir tahap isolasi DNA kromosom Keterangan: LB TE SDS EtOH : Luria bertani : Bufer Tris EDTA : Sodium dodesil sulfat .D. disentrifus selama 3' EtOH Dicuci dengan alkohol . samalarn (B). selama 1 jam Diinkubasi selama 30' pada OoG Ditambahkan Ditambahkan campuran fenol/kloroform/is oaminal ko hal.

1991. Calle.GoN) yang telah kompeten Ditarnbahkan kedalam 50 uL DNA pada tabung mikro Carnpuran diinkubasi selama 30' pada OoC Campuran dikejutpanaskan selama 2' pada 42°C Segera lnkubasi selama 50' pada OoC Transforman diseleksi pda media SMMLA + IPTG. Yogyakarta. ditambahkan dH20 dan bufer yang sesuai untuk endonuklease DNA kromoson atau plasmid yang telah dipotong dengan endonuklease tertentu Ditambahkan endonuklease restriksi (EcoRI atau Dicampur dengan dHp dan bufer T4 DNA ligans Hinalll) Suspensi dikocok. plus X-gal untuk seleksi biru putih Gambar 4. D. IPB. F.. Bogor. Keterangan: SMMLA IPTG Diagram alir tahap pemotongan DNA dengan enzim restriksi (A). Yayasan Essentia Medica.Squalen Vol. 1995). selama 414jam Carnpuran Inkubasi pad a suhu 70oe. 1991. Pemotongan DNA dengan dengan enzim restriksi (8). ligasi DNA krornosorn dan plasmid (B). Disertasi Program Pascasarjana. Ugasi DNA kromoson DNA plasmid dan DNA kromosom atau plasmid. Drug discovery of marine microorganisms as source of new antitumor compounds at pharmaMar. Artarna. 274 pp. Pusal Antar Universitas-Bioteknologi. Jogjakarta. selama 20'. Desember 2007 (A). dan transformasi (C) (Suhartono et al. UGM. maka dengan teknologi DNA rekombinan dapat ditingkatkan nilai tambahnya untuk menghasilkan suatu produk yang sangat prospektif. 1999. 2006. Rekayasa Genetika.2. oleh Aluminium pede Kedetei (Glycine max (L) 63 . Transformasi Sel inang (E. Pengantar Kloning Gena. dinginkan pada suhu kamar ligasi slap digunakan transformasi untuk proses Carnpuran tersebut slap untuk proses ligasi (e). 28 pp. Brown. yang mengandung antibiotik yang sesuai. : Skim Milk Modified Luria Agar : Isopropil-ii-D-tiogalaktosida alam laut yang potensial dan belum memberikan nilai tam bah. Pengklonan Gen-Gen yang Diinduksi Merryl). S. Conference: From w. semalam Suspensi dikocok. T. diinkubasi pada 37oe. inkubasi pada 12-15°e. T. DAFTAR PUSTAKA Anwar. 148 pp. 2 No. L.

Penyandi Enzim PHA Sintase. T. Biokimia. J. 98-109. Conference: From Functional Genomics to Natural Products of Marine Microorganism. Greifswald.. Ratiskol. 2003. S. Prentis. 1991. 78 pp.. S. Accesing metagenomes for industrial applications.. J. Conference: From Functional Genomics to Natural Products of Marine Microorganism. M. Bogor. T.D. Suwanto. Dirjen DIKTI. Jakarta. S. M dan Junaidi. A. M. 1999. Gen Penisilin GAs karta. 25 Maret 2004. Revolusi Bioteknologi. 2006. Vol. Reader. June 21-24. Metagenomic analysis of secondary metabolic gene clusters from marine sponge associated microbial consortia. Keanekaragaman Hayati Laut. 2006. 2006. Pusat Bioteknologi. Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Hinkley. S.. Jakarta. R. 1997. D. 123 pp. Pusat S. T.. 2004. 168 pp. Dion. Webb.. and Cano. Rand Mirzae. and Hentschel. PAU-IPB.. Forum Bioteknologi Kelautan Genomics to Natural Products of Marine Microorganism. June 21-24. Germany. T. diverse herbicidal Inhibitors in Ounaliella salina CCaP 19/18. Bioteknologi untuk menggali potensi mikroorganisme laut. Kilimnik. 2004. Greifswald. 2006. A. A. and Thomson.. D. IPB. Sinquin. Tesis Program Pascasarjana IPB. W. 1992. Germany. 3. Obor Indonesia. Hopf. Pen. A. Penerbit Buku Kedokteran. L. C. Kloning dan over ekspresi struktural dehalogenase dari Pseudomonas cepacia MBA4 pada E. R. June 21-24. Germany. Greifswald. 2006. H dan Wirahadikusumah. dan Perikanan Indonesia: "Optimalisasi Pemanfaatan Sumberdaya Laut Melalui Pengembangan Bioteknologi Kelautan dan Perikanan". 100 pp. Greifswald. June 2124. Bogor. 1989. coli. C. Murdiyatmo.. 279 pp. Lap. Germany. C. Delbarre-Ladrat. Erlangga. Seno. 2006. Eck. 322 pp. Dahuri. Conference: From Functional Genomics to Natural Products of Marine Microorganism. V. Theory and Problems of Molecular and CeJlBiology. USA. Antar Universitas Suhartono. EGC. Edisi 1. 200 pp. Gen penanda moiekuler pad a bakteri (Molecular Marker Gene in Bacteria). S. L. Suhartono. M.2006. S.. D. Meurer. Bogor. Kloning gen protease Bacillus stearothermophillus DSM297 ke dalam Escherichia coli DH5 alfa dan telaah ekspresinya. 513 pp. Germany. Liebl. Fazeli. L.. Penelitian dan Pengembangan Bogor. Extremophiles: from genomes to enzymes. Cambridge University Press. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Penghasil Poli-a-Ndroksialkanoat (PHA) Sebagai Bahan Baku Plastik Biodegradabel dan Deteksi Gen t 64 . Pustaka Wirausaha Muda. Bogor. 2006. Hulston. 2000. Hala. DiktiDikbud. U. Chandra. Tesis Program Pascasarjana. McGraw-Hili. Nicholl. J.. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Piel. IPB. LIP!. A.. 2006. p186-195. Stanfield. Conference: From Functional Penuntun Praktikum Pelatihan Teknik Pengklonan Gen dan Pengurutan DNA.. Y. D. PAU-IPB. Bioteknologi Suatu Revolusi Industri yang Baru. K. 1994.. p. 412 pp. Suharsono. 4(1): 27-29.. Colome. Noviendri. J. Bogor. Noel. Greifswald. Wahyudi. J. Noviendri Functional Genomics to Natural Products of Marine Microorganism. Y. Stryer. 2002. Computer aided test and selection for Iycpene cyclase inhibitors: Molecular docking of Structurally vavasan a- Muladno. B. June 21-24. 62 pp. P. L. Wu. 2006. L.. U. P. J. June 2124. Enzyme for The Engineering of marine bacterial exopolysacoharldes. 1997. Marx. Conference: From Functional Genomics to Natural Products of Marine Microorganism. D. M. June 21-24. Jakarta. S. and Jouault. 16 pp. Enzim dan Bioteknolgi. Bogor. Suwanto.. Schaum's outline series. I. Germany. Pro siding Seminar Hasil Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi. Greifswald. S. 2006. Tofighi. 2006. Screening tor cytotoxic compounds for marine bacteria. G. Jakarta. 2000. 2006. PT Gramedia Pustaka Utama. Greifswald. Grozdanov. Ed 4. Schulze. and Lorenz. A. 1992. H. M. An Introduction to Genetic Engineering. S. Penggunaan Gen Penanda Molekular untuk Deteksi Pelekatan dan Kolonisasi Vibrio harveyi pede Larva Udang Windu (Penaeus monodon). 1990. R J. Germany. Fieseler. Kloning W. Hayati. 1995. 279 pp Conference: From Functional Genomics to Natural Products of Marine Microorganism.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->