TUGAS BIOKIMIA II

SIKLUS ASAM SITRAT

Oleh : Windha Novita Suryapratiwi (140210070063) Sani Widyastuti Pratiwi (140210070075) Sihabudin (14021007007003)

Jurusan Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Padjadjaran

Siklus Asam Sitrat

Beberapa sel menghasilkan energi berupa ATP dari fermentasi, pemecahan glukosa melalui penghilangan oksigen. Kebanyakan sel eukariotik dan bakteri hidup pada kondisi aerob dan mengoksidasi sumbesi organic menjadi karbondioksida dan air yang merupakan glikolisis namun pada step yang pertama menyempurnakan oksidasi pada glukosa. Pada fase anaerobic pada katabolisme atau biasa disebut dengan respirasi yang ditujukan pada organisme multiselular yang meningkatkan O2 dan menhasilkan CO2. bagian ini merupakan bagian sel yang menggunakan O2 sehingga dihasilkan CO2. proses ini dinamakan sebagai resperasi selular. Respirasi selular terjadi melalui tiga tahap yaitu :

Pada tahap pertama terjadi oksidasi asam lemak, glukosa, dan beberapa asam amino sehingga dihasilkan asetil-CoA. Lalu pada tahap dua asetil group masuk ke

dalam siklus asam sitrat dimana terjadi reaksi oksidasi secara enzimatik yang memisahkan empat electron, sehingga dihasilkan CO2, dan kemuadia energi tersebut a tahapdirubah melalui reduksi electron pembawa NADH dan FADH. Pada tahap ketiga electron yang dibawa oleh NADH dan FADH2 disalurkan melalui rantai di mitokondria, electron pembawa pada rantai pernapasan mereduksi O2 menjadi H2O. energi yang dihasilkan dirubah saat pembentukan ATP sehingga proses ini dinamakan phosporilasi oksidatif. Konversi pertama piruvat menjadi asetil group dan selanjutnya masuk asetil group tersebut ke siklus asam sitrat biasa disebut dengan siklus asam triasilkarboksil (TCA) atau siklus krebs. Siklus asam sitrat merupakan pusat metabolisme yang merupakan jalur pendegradasi masuk an jalur anabolisme leading out dan mengkordinasi jalur lainnya. 1. Produksi Acetyl-CoA (Asetat teraktivasi) Pada oganisme aerobic, glukosa dan beberapa gula lainnya, asam lemak dan kebanyakan asam amino dioksidasi menjadi CO2 dan H2O melalui siklus asam sitrat dan rantai pernapasan. Namun sebelum masuk ke dalam siklus asam sitrat, kerangka karbon dari gula dan asam lemak terdegradasi menjadi asetil group yaitu asetil-CoA yang merupakan bahan bakar pada siklus asam sitrat. Asam amino didegradagi melalui siklus lain sehingga dapat menjadi asetil-CoA. Sedangkan pada glukosa dan beberapa gula lainnya melalui dioksidasi menjadi asetil-CoA dan CO2 melalui pyruvatedehydrogenase (PDH) complex. PDH complex merupakan prototype dari dua komplek enzim terpenting yaitu -ketoglutarate dehydrogenase pada siklus asam sitrat dan rantai percabangan asam -keto dehydogenase pda jalur oksidasi asam amino. Pyruvate dioksidasi menjadi Acetyl-CoA dan CO2 Reaksi ini dikatalisis oleh pyruvate dehydroenase complekx yaitu oxidative decarboxylation.

Dimana merupakan proses oksidasi irrevelsibel, group carboxyl merepakan hasil pemindahan dari piruvat menjadi CO2 dan dua karbn sisanya membentuk asetilCoA. Selain itu juga dihasilkan NADH yang merupakan hasil pemberian ion hidrida pada rantai pernapasan yang membawa dua electron menjadi oksigen. Electron hasil transfer degenerate menjadi ATP

Pyruvate dehydrogenerase complex membutuhkan lima koenzim. Berdasarkan gambar 16.2 dapat ditunjukan adanya kombinasi antara dehidrogenase dan dekarboksilasi dari piruvat menjadi asetil-CoA dengan menggunakan tiga enzim yang berbeda sebagai katalis dan lima coenzim yaitu Thiamine pyrophosphate (TPP), flavin adenine dinueleotide (FAD), coenzim A (CoA), nicotinamide adenine dinucleotide (NAD), dan lipoate. Sedangkan empat vitamin yang dibutuhkan dalam nutrisi tubuh yaitu tiamin (dalam TPP), riboflavin ( dalam FAD), niasin (dalam NAD) dan pantotenat (dalam KoA). Koenzim A mempunyai gugus tiol yang rekatif (-SH) yang berperan pada KoA sebagai pembawa asil pada reaksi metabolik. Gugus asil berikatan kovalen ke gugus tiol, membentuk tioester. Karena memiliki energi bebas standar yang

relative tinggi pada hidrolisis, tioester memiliki gugus asil dengan potensial transfer yang tinggi dan dapat memberikan gugus asilnya kepada akseptor molekul. Gugus asil menyerang ke koenzim A, sehingga bertindak sebagai activated untuk gugus transfer.

Dari gambar tersebut terlihat bahwa gugus hidroksil pada asam pantotenat bergabung untuk mengubah ( memodifikasi ) ADP oleh ikatan fosfat ester, dan gugus karboksil menyerang -merkaptoetilamina dalam ikatan amida. Gugus hidroksil di posisi 3 pada moiety ADP mempunyi gugus fosforil yang tidak terdapat dalam keadaan ADP bebas. Lalu gugus SH pada merkaptoetilamina membentuk suatu tiester dengan asetat dalam asetil-koenzim A (asetil-KoA). Kofaktor ke lima pada kompleks PDH, yaitu lipoat memiliki dua gugus tiol yang dapat mengalami oksidasi reversible menjadi ikatan disulfida ( -S-S- ), karena kapasitas untuk mengalami reaksi oksidasi reduksi, gugus lipoil dapat terjadi dalam bentuk teroksidasi (disulfide) dan tereduksi (ditiol), lipoat juga bertindak sebagai suatu pembawa electron (hydrogen) dan sebagai pembawa asil.

Kompleks Piruvat Dehidrogenase Terdiri dari Tiga Enzim PDH kompleks mengandung tiga enzim yaitu piruvat dehidrogenase (E1), dihidrolipoil transasetilase (E2) dan dihidrolipoil dehidrogenase (E3). Pada setia enzimnya mampu untuk melipatgandakan diri. PDH kompleks diisolasi dari mamalia dengan diameter sekitar 50 nm.

gambar tiga dimensi PDH kmpleks, menunjukan stuktur subunit: E1, piruvat dehidrogenase; dehidrogenase. E2, dihidrolipoil transasetilase ; dan E3, dihidrolipoil

Gambar ini merupakan rekonstruksi dari analisis dari gambar (a), lalu dikombinasikan dengan study kristalografi pada subunitnya masing-masing. Core (hijau) terdiri dari 60 molekul pada E2, yang disusun dalam 20 trimer untuk

membentuk suatu dodecahedron pentagonal. Lalu domain lipoil pada E2 (biru) menjangkau keluar untuk menyentuh sisi aktif molekul E1 (kuning) yang disusun pada core E2. Lalu subunit E3 (merah) juga mengikat ke core, mengikuti lengan terakhir pada E2 yang dapat menjangkau sisi aktifnya.E2 mangandung tiga tipe ikatan domain : amino-terminal domain lipoil, yang mengandung lipoil-residu lisin; pusat E1 dan E3 ikatan domain dan iner-core domain asiltransferase, yang mengandung sisi aktif asil transferase.

Gambar 16-5 Kompleks Piruvat Dehidrogenase Aktif site pada E1 berikatan dengan TPP dan E3 berikatan dengan FAD. Bagian kompleks tersebut terdiri dari dua protein regulasi. Pada dasarnya E1-E2E3 merupakan suatu reaksi oksidasi dari -ketoglutarate pada siklus asam sitrat dan reaksi oksidasi antara asam -keto yang merupakan turunan dari pemecahan rantai cabang asam amino valine, isoleusine dan leusine. Dalam Channel Substrat, Intermediate Tidak Pernah Lepas dari Permukaan Enzim Gambar ini menunjukan skema bagaimana piruvat dehidrogenase membawa lima reaksi berurutan dalam dekarboksilasi dan dehidrogenasi piruvat.

Gambar 16-6 Dekarboksilasi oksidatif piruvat menjadi asetil-KoA oleh PDH kompleks

Tahap 1 : piruvat bereaksi dengan ikatan tiamina pirofosfat (TPP) pada piruvat dehidrogenase (E1), mengalami proses dekarboksilasi menuju derivate hidroksietil. Piruvat dehidrogenase juga dibawa keluar.

Tahap 2 : transfer dua electron dan gugus asetil dari TPP ke dalam bentuk oksidasi dari gugus lipoilisil pada core enzim, dihidrolipoil transasetilase (E2), untuk membentuk asetil tioester yang direduksi gugus lipoil.

Tahap 3 : merupakan proses tranesterifikasi dari gugus SH pada KoA menggantikan gugus SH pada E2 untuk menghasilkan asetil-KoA dan direduksi (ditiol) membentuk gugus lipoil.

Tahap 4 : dihidrolipoil dehidrogenase (E3) menaikan transfer pada dua atom hydrogen dari reduksi gugus lipoil pada E2 ke FAD gugus prostetik pada E3, dan penyimpanan kembali bentuk oksidasi pada gugus lipoilisil pada E2.

Tahap 5 : reduksi FADH2 pada transfer ion hidrida ke NAD+,membentuk NADH.

Mutasi pada gen subunit PDH complex atau adanya efisiensi dari thiamine dapat menyebakan penyakit.Hal ini disebabkan karena ketidakmampuan thiamine untuk mengoksidasi piruvat secara normal. Beri-beri merupakan suatu penyakit yang disebabkan karena defisiensi dari thiamine yang kehilang fungsi neural. Biasanya menyerang pada orang-orang yang biasa mengkonsumsi banyak alkohol karena makanan yang mengandung vitamin tersebut didistilasi dengan adanya alkohol sehingga menyebabkan penyakit beri-beri.

Siklus asam sitrat merupakan bagian dari respirasi tahap kedua. Pada proses ini terjadi oksidasi asetil Co-A sebagai degradasi dari lemak, protein, dan karbohidrat, namun khusus karbohidrat akan melalui reaksi glikolisis terlebih dahulu sedangkan untuk lemak dan protein langsung tanpa adanya proses glikolis. 2. Siklus Asam Sitrat Untuk memulai perputaran siklus, asetil-KoA akan mendonasikan gugus asetilnya pada senyawa oksaloasetat dengan empat karbon membentuk sitrat dengan enam karbon. Sitrat kemudian diubah menjadi isositrat, masih mengandung molekul enam karbon, yang kemudian didehidrogenasi dengan kehilangan menghasilkan CO2 menghasilkan empat senyawa karbon, lima karbon -Ketoglutarat suksinat (oksoglutarat). Ketoglutarat kehilangan senyawa molekul CO2 yang kedua dan suksinat. Selanjutnya

dikonversikan secara enzimatik dalam tiga tahap menjadi senyawa empat karbon, oksaloasetatyang kemudian akan segera bereaksi kembali dengan molekul asetil-KoA lain. Setiap satu siklus asam sitrat, satu gugus asetil (dua buah karbon) masuk sebagai asetil-KoA dan dua molekul CO2 dilepaskan; satu molekul oksaloasetat digunakan untuk membentuk sitrat dan kemudian akan dihasilkan kembali. Satu siklus asam sitrat terdiri dari 8 tahapan reaksi, dimana 4 diantaranya merupakan proses oksidasi; energy yang dihasilkan digunakan untuk membentuk koenzim NADH dan FADH2 tereduksi.

C.1 Pembentukkan Sitrat Reaksi pertama pada siklus asam sitrat ini yaitu kondensasi asetil-KoA dan oksaloasetat menjadi sitrat, yang dikatalis enzim sitrat sintase.

Karbon metil dari gugus asetil bergabung bersama gugus karbonil dari oksaloasetat. Sitroil-KoA terbentuk sebagai zat antara pada sisi aktif enzim. Secara cepat reaksi hidrolisis terjadi, KoA dan sitrat dibebaskan dari sisi aktif. KoA yang dibebaskan pada reaksi ini diperbaharui untuk menjalani dekarboksilasi oksidatif dengan molekul piruvat lain oleh kompleks PDH. Sitrat sintase dari mitokondria dikristalkan dan divisualisasi oleh difraksi sinar-X dengan ada atau tidak adanya substrat dan inhibitor. Oksaloasetat, substrat pertama terikat pada enzim, menyebabkan perubahan konformasi pada daerah yang fleksibel, membentuk sisi pengikatan dengan substrat kedua, yaitu asetilKoA. Ketika sitroil-KoA dibentuk pada sisi aktif enzim, perubahan konformasi lain menyebabkan hidrolisis tioester, melepaskan KoA-SH. Reaksi ini dikatalis oleh sitrat sintase dengan mekanisme kerja kondensasi Claisen, menghasilkan tioester (asetil-KoA) dan keton (oksaloasetat). C.2 Pembentukkan Isositrat Melalui cis-Akonitat Enzim akonitase (akonitat hidratase) mengkatalis transformasi reversible dari sitrat menjadi isoitrat, melalui formasi zat antara asam trikarboksilat cisakonitat. Akonitase membantu adisi reversible dari H2O pada ikatan rangkap enzim, dan mengikat cis-akonitat dalam cara berbeda; menempuh jalan reksi dengan sitrat dan yang lainnya dengan isositrat.

Akonitase terdiri dari pusat besi-sulfur, yang berperan dalam pengikatan substrat pada sisi aktif dan dalam adisi katalitik atau penghilangan molekul H2O. Padas elsel yang kehabisan molekul besi, akonitase akan melepaskan pusat besi-sulfur dan memperoleh jalur baru dalam regulasi homeostatis besi.

C.3 Oksidasi Isositrat Menjadi -Ketoglutarat dan CO2 Isositrat dehidrogenase mengkatalis proses dekarboksilasi oksidatif dari isositrat membentuk -Ketoglutarat. Mn2+ pada sisi aktif berinteraksi dengan gugus karbonil pada intermediet oksalosuksinat, yang terbentuk sementara tetapi

tidak meninggalkan sisi ikatan hingga proses dekarboksilasi mengubahnya menjadi -Ketoglutarat.

C.4 Oksidasi -Ketoglutarat Menjadi Suksinil-KoA dan CO2 Tahap selanjutnya yaitu karboksilasi oksidatif lainnya, dimana Ketoglutarat dikonversikan menjadi suksinil-KoA dan CO2 melibatkan kompleks -Ketoglutarat dehidrogenase; NAD+ berperan sebagai penerima elektron dan KoA sebagai pembawa gugus suksinil.

Reaksi yang terjadi identik dengan reaksi piruvat dehidrogenase dan kompleks Ketoglutarat dehidrogenase mirip dengan struktur dan fungsi kompleks PDH; dimana ini terdiri dari tiga enzim yang homolog dengan E1, E2 dan E3 dari kompleks PDH, dan juga pengikatan enzim dengan TPP, ikatan lipoate, FAD, NAD dan konzim A. C.5 Konversi Suksinil-KoA menjadi Suksinat Suksinil-KoA, seperti juga asetil-CoA, memiliki ikatan tioester dengan energi bebas standard dari hidrolisis yang bernilai sangat negative (Go -36kJ/mol). Pada tahap selanjutnya dalam siklus asam sitrat, energi yang dibebaskan pada saat pemutusan ikatan digunakan dalam sintesis ikatan fosfoanhidrid pada GTP atau ATP, dengan keseluruhan Go hanya -2,9 kJ/mol.

Enzim yang mengkatalis reaksi reversible pada tahap ini yaitu suksinil-KoA sintase atau suksinat tiokinase, reaksi yang terjadi adalah sebagai berikut:

Reaksi pemeliharaan energi melibatkan tahapan menengah (terbentuknya zat antara), dimana molekul enzim itu sendiri terfosforilasi pada residu Histidin pada sisi aktif. Gugus fosforil ini, yang memiliki gugus transfer potensial yang tinggi, ditransfer ke ADP (atau GDP) membentuk ATP (GTP). Formasi ATP (GTP) dengan mengorbankan pembebasan energy oleh dekarboksilasi oksidatif dari Ketoglutarat adalah fosforilasi level substrat, seperti juga sintesis ATP pada reaksi glikolisis yang dikatalis oleh gliseraldehida-3-fosfat dan piruvat kinase. GTP yang dibentuk dari suksinil-KoA sintase dapat menyumbangkan sambungan gugus fosforilnya pada ADP untuk membentuk ATP, pada reaksi reversible yang dikatalis oleh nukleotida difosfat kinase:

C.6 Oksidasi Suksinat Menjadi Fumarat Suksinat terbentuk dari suksinil-KoA yang dioksidasi menjadi fumarat oleh flavoprotein suksinat dehidrogenase:

Pada sel eukariot, suksinat dehidrogenase diikat secara kuat di membran dalam mitokondria; pada bakteri di plasma membran. Enzim ini terdiri dari tiga kelas

besi-sulfur berbeda dan satu molekul yang mengikat FAD secara kovalen. Elektron mengalir dari suksinat melalui FAD dan pusat besi-sulfur sebelum memasuki rantai pembawa elektron pada membrane dalam mitokondria. Elektron mengalir dari suksinat melalui pembawa-pembawa electron ini ke tujuan akhir yaitu penerima electron, O2. C.7 Hidrasi Fumarat Menjadi Malat Hidrasi secara reversible dari fumarat menjadi L-Malat dikatalis oleh fumarase (fumarat hidratase). Struktur transisi dari reaksi ini yaitu berupa karbanion:

Enzim fumarase bekerja secara stereospesifik; mengkatalis hidrasi trans ikatan rangkap dua fumarat tetapi tidak pada cis ikatan rangkap dua maleat (isomer cis dari fumarat). Secara reverse (dari L-malat menjadi fumarat), fumarase sangatlah stereospesifik: D-malat tidak dipilihnya sebagai substrat).

C.8 Oksidasi Malat Menjadi Oksaloasetat Tahapan reaksi yang terakhir, NAD-terikat pada L-malat dehidrogenase mengkatalis oksidasi L-malat menjadi oksaloasetat :

Satu putaran penuh dari siklus asam sitrat dimulai dengan masuknya 2 karbon gugus asetil yang berkombinasi dengan oksaloasetat. Dua karbon muncul sebagai CO2 dari oksidasi isositrat dan -Ketoglutarat. Energi yang dibebaskan dari oksidasi ini digunakan untuk mereduksi 3NAD+ dan 1FADH dan memproduksi 1ATP atau GTP. Meskipun siklus asam sitrat hanya menghasilkan satu ATP per putaran, empat tahap oksidasi pada siklus memberikan aliran electron yang besar pada rantai pernafasan melalui NADH dan FADH2, menyebabkan pembentukan sejumlah besar molekul ATP selama phosphorilasi oksidatif. Saat phosphorilasi oksidatif, dua elektron dari NADH menjadi O2 menjalani pembentukkan 2,5 ATP; dua electron dari FADH2 menjadi O2 menghasilkan 1,5 ATP.

Siklus asam sitrat merupakan jalur ampibolik, berpartisipasi dalam kedua jalur yaitu katabolisme dan anabolisme.. Siklus intermediet dapat digambarkan dan digunakan untuk berbagai produk biosintetik.

Sebagai contoh, -Ketoglutarat dan oksaloasetat dapat bertindak sebagai prekursor bagi asam amino aspartat dan glutamate dalam transaminasi sederhana. Melalui aspartat dan glutamate, karbon-karbon dari oksaloasetat dan Ketoglutarat kemudian digunakan untuk membangun asam-asam amino, sebagaimana nukleotida-nukleotida purin dan pirimidin. Oksaloasetat dikonversikan menjadi glukosa dalam glukoneogenesis. Suksinil-KoA adalah pusat intermediet dalam sintesis cincin porphyrin, yang bertindak sebagai pembawa oksigen (dalam hemoglobin dan myoglobin) dan pembawa elektron (dalam sitokrom). Dan sitrat yang diproduksi pada beberapa organism digunakan untuk berbagai tujuan yang berbeda. Ketikan zat antara dilangsir dari siklus asam sitrat ke jalur metabolisme lain, mereka akan dihasilkan kembali dari berbagai reaksi anaplerotik yang memproduksi 4-karbon intermediet oleh karboksilasi 3 senyawa karbon. Reaksireaksi ini dikatalis oleh enzim piruvat karboksilase, PEP karboksinase, PEP karboksilase dan enzim malat. Enzim yang mengkatalis karboksilasi pada umumnya melibatkan biotin untuk mengaktivasi CO2 dan membawanya ke acceptor seperti piruvat atau PEP.

Reaksi piruvat karboksilase membutuhkan vitamin biotin. Biotin memegang peranan kunci pada banyak reaksi karboksilasi Biotin merupakan spesialis pembawa gugus 1-karbon, pada bentuk paling teroksidasinya: CO2. Gugus karboksil teraktivasi pada reaksi yang mengkonsumsi ATP dan mengikat CO2 pada enzim yang berikatan dengan biotin. CO2 teraktivasi kemudian dialirkan ke acceptor pada reaksi karboksilasi. Piruvat karboksilase memiliki empat subunit yang identik, setiap subunit mengandung molekul biotin yang terikat secara kovalen melalui ikatan amida pada gugus -amino dari reside Lysin yang spesifik pada sisi aktif enzim.

3. Regulasi Siklus Asam Sitrat Aliran atom karbon dari piruvat yang masuk ke siklus asam sitrat baik secara allosterik efektor atau modifikasi kovalen, melibatkan dua tahap : pengubahan piruvat menjadi asetil-KoA (reaksi kompleks piruvat dehidrogenase), dan masuknya asetil-KoA kedalam siklus (reaksi sitrat sintase). Asetil-KoA juga diproduksi dari jalur lain selain reaksi PDH kompleks. Hampir semua sel menghasikan asetil-KoA dari oksidasi asam lemak dan asam amino dan adanya intermediate dari jalur lain yang penting dalam regulasi oksidasi piruvat dan dari siklus asam sitrat. Siklus tersebut juga diregulasi pada reaksi isositrat dehidrogenasi dan dehidrogenasi -ketogutarat. Produksi Aseti-KoA oleh Kompleks Piruvat Dehidrogenase yang diregulasi dengan mekanisme Allosterik dan Kovalen PDH kompleks pada mamalia dihambat dengan kuat oleh ATP , asetil-KoA dan NADH. Penghambatan alosterik pada oksidasi piruvat itu membesar ketika panjang rantai asam aminonya tersedia. AMP, KoA dan NAD+, terakumulasi ketika aliran asetat yang masuk ke siklus asam sitrat itu kecil, dan mengaktifkan

kompleks PDH. Sehingga aktivitas enzimya terhenti ketika tersedia banyak bahan bakar (fuel) dalam bentuk asam lemak dan asetil-KoA dan ketika sel memiliki rasio [ATP]/[ADP] dan [NADH]/[NAD+] tinggi, dan jalan kembali ketika permintaan energi yag tinggi dan sel membutuhkan fluks yang lebih besar pada asetil-KoA yang masuk ke dalam siklus asam sitrat.

Gambar 16-18 regulasi aliran metabolic dari kompleks PDH melalui siklus asam sitrat pada mamalia Pada mamalia, mekanisme regulasi dikomplementasi oleh level kedua dari regulasi : modifikasi kovalen protein. Kompleks PDH tersebut dihambat oleh fosforilasi reversible dari suatu residu serin. Kompleks PDH mamalia tersebut mengandung dua protein regulator yang berfungsi untuk meregulasi aktivitas pada kompleks tersebut. Protein spesifik kinase akan mengbonaktifkan E1 dan phosphoprotein phosphatase akan memindahkan grup fosforil melalui hidrolisis yang mengaktifkan E1. bila kinase diaktifkan oleh ATP : ketika [ATP] tinggi, kompleks PDH tidak aktif oleh fosforilasi pada E1. Ketika [ATP] rendah, aktivitas kinase menurun dan aksi fosfatase menghilangkan gugus fosforil dari E 1, dan megaktifkan kompleks. Komlpeks PDH pada tanaman, terletak di matriks mitokondria dan di plastida, yang dihambat oleh produk, yaitu NADH dan asetil-KoA. Enzim tanaman

mitokodria juga dapat diregulasi oleh proses fosforilasi; dimana piruvat dihambat oleh kinase, sehingga mengaktifkan kompleks PDH dan NH4+ menstimulasi kinase, yang menyebabkan tidak aktifnya kompleks tersebut. Siklus Asam Sitrat Diregulasi dengan Tiga Tahap Eksergonik Tiga tahap exergonik tersebut dikatalisis oleh sitrat sintase, isositrat dehidrogenase dan -ketoglutarat dehidrogenase (gambar 16-18). Beberapa faktur yang empengauhi kevepatan fluk sampai ke dalam suatu siklus asam sitrat yaitu ketersediaanya substrat, penghambatan yang disebabkan oleh adanya pengakumulasian terhadap produk, adanya alosterik feedback penhambatan yang mengkatalis reaksi awal pada siklus asam sitrat. Tersedianya substrat untuk sitrat sintase (asetil-KoA dan oksaloasetat) dengan metabolic pada sel dan kadangkadang lajunya terbatas pada pembentukan sitrat. NADH,suatu produk oksidasi dari isositrat dan -ketoglutarat, jika [NADH]/[NAD+] tinggi, reaksi dehidrogenase akan dihambat oleh aksi massa. Singkatnya, di dalam sel, reaksi malat dehidrogenase pada dasarnya itu setimbang dan ketika [NADH]/[NAD+] tinggi, konsentrasi oksaloasetat rendah, dapat memperlambat tahap pertama pada siklus. Pengakumulasian (pengumpulan) produk menghambat tiga tahap pada siklus yaitu : suksinil-KoA menghambat -ketogluarat dehidrogenase ( dan juga sitrat sintase); sitrat memblok sitrat sintase; dan produk terakhir, ATP menghambat sitrat sintase dan isositrat dehidrogenase. Penghambat sitrat sintase oleh ATP dapat dikurangi dengan adanya ADP, yaitu suatu activator alosterik pada enzim tersebut. Pada otot vertebrata, Ca2+, yaitu sinyal untuk kontraksi dan untuk meningkatkan permintaan ATP, mengaktifkan isositrat dehidrogenase dan -ketoglutarat dehidrogenase. Pada kondisi normal, dasar dari glikolisis dan siklus asam sitrat itu yaitu integrasi sehingga banyak glukosa yang dimetabolisme menjadi piruvat yang memerlukan persediaan bahan bakar untuk siklus asam sitrat.

Subrat Channeling sampai Kompleks Multienzim Dapat Terjadi di dalam Siklus Asam Sitrat Enzim dalam siklus asam sitrat merupakan suatu komponen yang larut dalam matrik mitokondria dimana pada prose pertumbuhan menunjukan indikasi bahwa di dalam mitokondria turut serta sebagai kompleks multi enzim. Enzim pada siklus asam sitrat dapat ditemukan terasosiasi dengan membran mitokondria bagian alam ang ditunjukan untuk berdifusi pada matrik mitokondria yang lebih lambat dibandingkan dengan protein individual dalam larutan. Di dalamnya dapat mennjukan adanya substrat channeling pada kompleks multi enzim pada alur metabolik lainnya. Dan enzim lainnya sebagai fungsi terlarut dalam sel sebagai kompleks pengenal yang peka terhadap channel intermediet

Peranan Penting Beberapa Mutasi pada Enzim dari Siklus Asam Sitrat menjadi Penyakit Kanker Ketika mekanisme untuk regulasi suatu jalur seperti siklus asam sitrat diliputi oleh gangguan utama metabolic, dapat mengakibatkan penyakit yang serius. Mutasi pada enzim siklus asam sitrat sangat jarang terjadi pada manusia dan mamalia lainnya, tetapi bisa terjadi penghancuran. Kerusakan genetic pada peran gen fumarat akan menjadi tumor di otot halus (leiomas) dan ginjal;

Mutasi pada suksinat dehidrogenase akan menyebabkan tumor kelenjar adrenalin (feokromositomas)

pada

Mekanisme pada pembentukan tumor dihasilkan dari suatu pseudohipoksi. Di dalam sel dengan mutasi itu, terjadi suatu regulasi gen normal yang diregulasi oleh HIF-1. Dampak dari mutasi gen fumarase dan suksinat dehidrogenase dijelaskan sebagai gen tumor supresor. Dasar keseluruhan siklus asam sitrat adalah dikontrol oleh dasar pengubahan piruvat menjadi asetil-KoA dan oleh fluks sitrat sintase, isositrat dehidrogenase dan -keiglutarat dehidrogenase. Produksi adari asetil-KoA untuk siklus asam sitrat oleh kompleks PDH di hambat oleh ATP, asetil-KoA, NADH dan asam sitrat, dan distimulasi oleh AMP, NAD+ dan KoA.Prinsip regulasi enzimatik :
1. Zat penghambat rekaksi adalah produk reaksi misalkan pada siklus ini

jika NADH tinggi dan NAD+ rendah maka akan terjadi pemblokan karena produk telah berlebih
2. Zat pendukung reaksi adalah substrat reaksi yang tinggi dengan substrat

tinggi, dapat terjadi aktivasi yang mendukung dalm aktivitas enzim. Secara istilahnya terjadi feedback inhibition yang merupakan suatu unpan balik inhibisi, sehingga terdapat efisiensi energi.
4. Siklus Glioksilat

Vertebrata tidak dapat mengkonversi asam lemak, atau asetat hasil turunan dari asam lemak, menjadi karbohidrat. Konversi PEP menjadi piruvat dan piruvat menjadi asetil-KoA merupakan reaksi eksergonik yang irreversible. Vertebrata tidak memiliki enzim-enzim spesifik untuk siklus glioksilat (isositrat liase dan malat sintase) sehingga tidak dapat mensintesis glukosa dari lipid. Pada tanaman, invertebrata tertentu dan beberapa mikroorganisme, enzim enzim siklus glioksilat mengkatalis konversi keseluruhan dari asetat menjadi suksinat atau empat kerangka karbon intermediet lainnya dari siklus asam sitrat:

Dalam siklus asam glioksilat, asetil-KoA dikondensasikan dengan oksaloasetat membentuk sitrat, sitrat dikonversi menjadi isositrat sama seperti pada siklus asam sitrat. Tahap selanjutnya penguraian isositrat oleh isositrat liase membentuk suksinat dan glioksilat. Glioksilat kemudian berkondensasi dengan molekul kedua dari asetil-KoA membentuk malat, yang dikatalis oleh malat sintase. Secara beruntun malat dioksidasi menjadi oksaloasetat, yang akan berkondensasi dengan molekul asetil-KoA memulai putaran kembali untuk siklus glioksilat.

Pada perkecambahan biji, transformasi enzimatik dari asam dikarboksilat dan trikarboksilat terjadi pada tiga kompartemen intraselular: mitokondria, glioksisom dan sitosol.

Kerangka karbon oksalat dari siklus asam sitrat (dalam mitokondria) dibawa ke glioksisom pada pembentukan asapartat. Aspartat dikonversi menjadi oksaloasetat, yang dikondensasikan dengan asetil-KoA. Sitrat yang terbentuk kemudian dikonversikan menjadi isositrat oleh enzim akonitase, dan terpecah menjadi glioksilat dan suksinat oleh enzim isositrat liase. Suksinat kembali ke mitokondria, dan kembali memasuki siklus asam sitrat dan ditransformasikan menjadi malat. Yang masuk ke sitosol dan dioksidasi menjadi oksaloasetat. Oksaloasetat dikonversi melalui glukoneogenesis menjadi heksosa dan sukrosa. Adapun pengaturan koordinasi antara siklus asam sitrat dan siklus glioksilat, aktivitas regulasi isositrat dehidrogenase menentukan pembagian isositrat antara siklus glioksilat dan siklus asam sitrat. Ketika enzim dinonaktifkan oleh phosphorilasi (oleh protein kinase spesifik), isositrat secara langsung akan memasuki biosintesis via siklus glioksilat. Ketika enzim teraktivasi oleh dephosphorilasi (oleh phosphatase spesifik), maka isositrat akan memasuki siklus asam sitrat dan ATP dihasilkan.