Bioinformatika

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Komputasi sebetulnya bisa dijelaskan sebagai menemukan pemecahan masalah dari input yang diberikan dengan menggunakan algoritma. Ini ialah apa yang disebut teori komputasi, sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika. Selama ribuan tahun, perhitungan dilakukan dengan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau secara mental, kadang-kadang dengan bantuan tabel. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Sequence alignment; salah satu aplikasi dasar bioinformatika. Sekuens biologis yang dianalisis dalam hal ini adalah sekuens asam amino dari empat protein hemoglobin.

Sejarah
Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan

penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat). nama organisme sumber asam nukleat tersebut. Perkembangan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein. Selain berisi sekuens asam nukleat. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual. dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut. dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Jepang). Swiss-Prot (Eropa). dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika. pustaka yang berkaitan. proyek sekuensing genom. Selain itu. dan pendaftaran paten. nama organisme sumber protein. Amerika Serikat). dan TrEMBL (Eropa). dan DDBJ(en) (DNA Data Bank of Japan. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens. Basis data bioinformatika yang terhubung melalui internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. EMBL (Eropa). basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein. entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA). Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing basis data. Penerapan utama bioinformatika Basis data sekuens biologis Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya. . Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat). BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource.terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an. Sementara itu. meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens. dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom. basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein.

tanda "–") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. kedua sekuens dalam contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama "ccatgggcaac". Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment lokal.nlm. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming) dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment) . Misalnya.PDB (Protein Data Bank. yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut. alignment juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat. Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih sekuens. yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. BLAST menggunakan algoritma heuristik dalam penyusunan alignment. Selain itu. sedangkan kesenjangan (gap. Dalam kaitannya dengan hal ini. Sequence alignment memberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode "Needleman-Wunsch" dan "Smith-Waterman". Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda. "ccatcaac" dan "caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens). yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. BLAST adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens.nih. Bank Data Protein) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X dan spektroskopi NMR).gov Penyejajaran sekuens Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. info@ncbi. ccat---caac | || |||| caatgggcaac Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda "–") sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi.

metode prediksi struktur protein yang ada saat ini dapat dikategorikan ke dalam dua kelompok. Secara umum.Clustal adalah program bioinformatika untuk alignment multipel (multiple alignment). yaitu prediksi struktur tersier protein berdasarkan kesamaan struktur primer protein. [sunting] Prediksi struktur protein Model protein hemagglutinin dari virus influensa Secara kimia/fisika. Prediksi struktur protein berusaha meramalkan struktur tiga dimensi protein berdasarkan sekuens asam aminonya (dengan kata lain. Sementara itu. Pemodelan protein komparatif (comparative protein modelling) meramalkan struktur suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein. Salah satu penerapan metode ini adalah pemodelan homologi (homology modelling). namun kedua metode tersebut sangat memakan waktu dan relatif mahal. HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis sekuens lainnya. Selain digunakan untuk alignment. yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus. HMM). Pemodelan . meramalkan struktur tersier dan struktur sekunder berdasarkan struktur primer protein). metode sekuensing protein relatif lebih mudah mengungkapkan sekuens asam amino protein. HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). yaitu metode pemodelan protein komparatif dan metode pemodelan de novo. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX. Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode yang berhubungan dengan Hidden Markov Model ("Model Markov Tersembunyi". bentuk struktur protein diungkap dengan kristalografi sinar-X ataupun spektroskopi NMR.

Pada pendekatan ini. misalnya dengan superkomputer (misalnya superkomputer Blue Gene dari IBM) atau komputasi terdistribusi (distributed computing. Latar belakang protein threading adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi daripada sekuens protein selama evolusi. daerah-daerah yang penting bagi fungsi protein dipertahankan strukturnya. Terdapat banyak kemungkinan dalam pendekatan ini. sehingga saat ini hanya digunakan dalam menentukan struktur protein-protein kecil. struktur yang paling kompatibel untuk suatu sekuens asam amino dipilih dari semua jenis struktur tiga dimensi protein yang ada. struktur suatu protein (disebut protein target) ditentukan berdasarkan struktur protein lain (protein templat) yang sudah diketahui dan memiliki kemiripan sekuens dengan protein target tersebut. penerapan lain pemodelan komparatif adalah protein threading yang didasarkan pada kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens primer. misalnya proyek Folding@home). Prosedur-prosedur ini cenderung membutuhkan proses komputasi yang intens. struktur protein ditentukan dari sekuens primernya tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. Selain itu. [sunting] Analisis ekspresi gen Analisis klastering ekspresi gen pada kanker payudara . Metode-metode yang tergolong dalam protein threading berusaha menentukan tingkat kompatibilitas tersebut. Beberapa usaha telah dilakukan untuk mengatasi kekurangan sumber daya komputasi tersebut. misalnya dengan menirukan proses pelipatan (folding) protein dari sekuens primernya menjadi struktur tersiernya (misalnya dengan simulasi dinamika molekular). Dalam pendekatan de novo atau ab initio. Pada metode ini. atau dengan optimisasi global fungsi energi protein.homologi didasarkan pada teori bahwa dua protein yang homolog memiliki struktur yang sangat mirip satu sama lain.

Jakarta menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika". Fundamental Concepts of Bioinformatics. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Pusat Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI).L. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Lembaga Biologi Molekul Eijkman. Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. dan M.K. Selain itu. San Francisco: Benjamin Cummings. dan D.J. secara khusus memiliki laboratorium bioinformatika sebagai fasilitas penunjang kegiatan risetnya. Mata kuliah "Bioinformatika" diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas Indonesia (UI). basis data sekuens DNA mikroorganisme asli Indonesia sedang dikembangkan di UI. D. Cibinong. Jakarta. Yogyakarta. 2003. T. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biologi dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB).W. Mata kuliah "Proteomik dan Bioinformatika" termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada (UGM). D. Metode-metode penggalian data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. [sunting] Bioinformatika di Indonesia Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan bioinformatika sudah diajarkan di beberapa perguruan tinggi di Indonesia.Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik (misalnya dengan microarray ataupun Serial Analysis of Gene Expression ["Analisis Serial Ekspresi Gen". Bogor.E.. ISBN 0805346333 (en) Mount. Jakarta. Selain itu. metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen. ISBN 0582327881 (en) Krane. Raymer. Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya. Sebagai contoh. Harlow: Pearson Education. 1999. 2001. ISBN 0879696087 . Riset bioinformatika protein dilaksanakan sebagai bagian dari aktivitas riset rekayasa protein pada Laboratorium Rekayasa Protein. Introduction to Bioinformatics. Referensi dan bacaan lanjutan • • • (en) Attwood. riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB. Parry-Smith.. sementara metode-metode klastering (clustering) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen. SAGE]).

. Pendahuluan Dalam kimia teori. cairan. Di antara sebagian besar waktu yang digunakan untuk hal tersebut. Kimiawan komputasi kebanyakan “sekedar” menggunakan program komputer dan metodologi yang ada dan menerapkannya untuk permasalahan kimia tertentu. atau sistem banyak molekul seperti gas. antara lain: • • • • • • • • Penyajian komputasi atom dan molekul Pendekatan dalam penyimpanan dan pencarian spesi kimia (Basisdata kimia) Pendekatan dalam penentuan pola dan hubungan antara struktur kimia dan sifatsifatnya (QSPR. logam. agar diperoleh proses komputasi yang paling efisien dan akurat.Kimia komputasi Kimia komputasi adalah cabang kimia teori yang tujuan utamanya adalah membuat program komputer yang efisien untuk menghitung sifat-sifat molekul (seperti energi total. Terdapat beberapa pendekatan yang dapat dilakukan: 1. dan kristal (termasuk kristal cair). Kajian komputasi dapat digunakan untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem. 3. serta simulasi sistem makroskopis. 2. Kajian komputasi dapat dilakukan untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium. maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein dan asam nukleat. khususnya dalam perancangan obat. dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. kimiawan dan fisikawan secara bersama mengembangkan algoritma dan program komputer untuk memungkinkan peramalan sifat-sifat atom dan molekul. Kadang-kadang digunakan juga untuk bidang-bidang tumpang-tindah antara ilmu komputer dan kimia. QSAR). dan/atau lintasan reaksi untuk reaksi kimia. dan padatan). frekuensi getaran). kimiawan komputasi juga dapat terlibat dalam pengembangan algoritma baru. maupun pemilihan teori kimia yang sesuai. Kajian komputasi dapat digunakan untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan pengamatan pada reaksi di laboratorium. momen dipol. Simulasi proses transisi fasa Simulasi sifat-sifat bahan seperti polimer. Elusidasi struktur secara teoretis berdasarkan pada simulasi gaya-gaya Pendekatan komputasi untuk membantu sintesis senyawa yang efisien Pendekatan komputasi untuk merancang molekul yang berinteraksi lewat caracara yang khusus. Terdapat beberapa bidang utama dalam topik ini.

2001 . David C. keterpolaran. struktur. atau hyperpolarizability merupakan beberapa besaran yang dapat dihitung lewat perhitungan. Christopher J. Computational Chemistry.Program yang digunakan dalam kimia komputasi didasarkan pada berbagai metode kimia-kuantum yang memecahkan persamaan Schrödinger untuk molekul. interaksi konfigurasi. Di antara yang luas digunakan adalah: • • • • • • • • • • Gaussian Gamess Q-Chem NWChem ACES Molpro Dalton Spartan Psi PLATO (Package for Linear Combination of Atomic Orbitals) [sunting] Rujukan • • • Computational Chemistry dari Wikipedia berbahasa Inggris. [sunting] Paket Perangkat Lunak Sejumlah paket perangkat lunak menyediakan berbagai metode kimia-kuantum. Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models. seperti energi. 2004. coupled cluster. dan teori fungsi kerapatan. Cramer. Dalam komputasi molekul. teori gangguan Møller-Plesset. Jenis-jenis metode ab-initio yang populer adalah: Hartree-Fock. Young. 2nd edition. teori fungsi kerapatan atau teori struktur elektron. Metode kimia-kuantum yang tidak mencakup parameter empiris dan semi-empiris dalam persamaannya disebut metode ab-initio. terdapat beberapa teknik untuk menghitung sifat-sifat molekul. maupun pendekatan fisika klasik (mekanika molekul) untuk simulasi sistem yang besar. yaitu mekanika molekul. momen dipol. [sunting] Komputasi Molekul Sifat-sifat molekul. matriks kerapatan tereduksi.

terdapat juga perangkat lunak pemrograman basis data aras rendah (low level). Pada awalnya kata algorisme adalah istilah yang merujuk kepada aturan-aturan aritmetis untuk menyelesaikan persoalan dengan menggunakan bilangan numerik arab (sebenarnya dari India. Pada abad 18. istilah ini berkembang menjadi . diantaranya: • • Btrieve Tsunami Record Manager Algoritma Pendahuluan Kata algoritma berasal dari latinisasi nama seorang ahli matematika dari Usbekistan Al Khawārizmi (hidup sekitar abad ke-9). [sunting] Perangkat lunak basis data Perangkat lunak basis data yang banyak digunakan dalam pemrogramam dan merupakan perangkat basis data aras tinggi (high level): • • • • • • • • • • DB2 Microsoft SQL Server Oracle Sybase Interbase XBase Teradata Firebird MySQL PostgreSQL Selain perangkat lunak di atas. seperti tertulis pada judul di atas). Perangkat lunak yang digunakan untuk mengelola dan memanggil kueri (query) basis data disebut sistem manajemen basis data (database management system/DBMS). Sistem basis data dipelajari dalam ilmu informasi. sebagaimana tercantum pada terjemahan karyanya dalam bahasa latin dari abad ke-12 "Algorithmi de numero Indorum".Basis data Basis data (bahasa Inggris: database) adalah kumpulan informasi yang disimpan di dalam komputer secara sistematik sehingga dapat diperiksa menggunakan suatu program komputer untuk memperoleh informasi dari basis data tersebut.

paradigma untuk membagi suatu permasalahan besar menjadi permasalahan-permasalahan yang lebih kecil. • Divide and Conquer. dan mengandung beberapa bagian permasalahan yang tumpang tindih . Perintah-perintah ini dapat diterjemahkan secara bertahap dari awal hingga akhir. Singkatnya menyelesaikan keseluruhan masalah dengan membagi masalah besar dan kemudian memecahkan permasalahan-permasalahan kecil yang terbentuk. Paradigma ini sekilas terlihat mirip dengan paradigma Divide and Conquer. yang mencakup semua prosedur atau urutan langkah yang jelas dan diperlukan untuk menyelesaikan suatu permasalahan. Beberapa paradigma yang digunakan dalam menyusun suatu algoritma akan dipaparkan dibagian ini. Algoritma yang berbeda dapat diterapkan pada suatu masalah dengan kriteria yang sama. Pembagian masalah ini dilakukan terus menerus sampai ditemukan bagian masalah kecil yang mudah untuk dipecahkan. Dynamic programming.algoritma. Masalah tersebut dapat berupa apa saja. Dalam cabang disiplin ini algoritma dipelajari secara abstrak. sementara algoritma yang membutuhkan waktu lama untuk menyelesaikan suatu masalah membutuhkan kompleksitas yang tinggi. sama-sama mencoba • . terlepas dari implementasi algoritma tersebut. Algoritma sering mempunyai langkah pengulangan (iterasi) atau memerlukan keputusan (logika Boolean dan perbandingan) sampai tugas selesai. Salah satu cara untuk melakukan klasifikasi jenis-jenis algoritma adalah dengan memperhatikan paradigma dan metode yang digunakan untuk mendesain algoritma tersebut. terlepas dari sistem komputer atau bahasa pemrograman yang digunakan. algoritma (Inggris: algorithm) merupakan kumpulan perintah untuk menyelesaikan suatu masalah. Secara informal. Jika dijelaskan lebih lanjut. Kompleksitas dari suatu algoritma merupakan ukuran seberapa banyak komputasi yang dibutuhkan algoritma tersebut untuk menyelesaikan masalah. Desain dan analisis algorithma adalah suatu cabang khusus dalam ilmu komputer yang mempelajari karakteristik dan performa dari suatu algoritma dalam menyelesaikan masalah. berbeda dengan heuristik. Algoritma akan dapat selalu berakhir untuk semua kondisi awal yang memenuhi kriteria. ada kriteria kondisi awal yang harus dipenuhi sebelum menjalankan algoritma. Masing-masing paradigma dapat digunakan dalam banyak algoritma yang berbeda. algoritma yang dapat menyelesaikan suatu permasalahan dalam waktu yang singkat memiliki kompleksitas yang rendah. dengan catatan untuk setiap masalah. [sunting] Jenis-jenis Algoritma Terdapat beragam klasifikasi algoritma dan setiap klasifikasi mempunyai alasan tersendiri. paradigma pemrograman dinamik akan sesuai jika digunakan pada suatu masalah yang mengandung sub-struktur yang optimal (.

Ilmu Komputer berbeda dengan pemrograman komputer. rekayasa perangkat lunak dan teknik komputer. Sebuah algoritma serakah mirip dengan sebuah Pemrograman dinamik. dan perangkat keras. Ilmu komputer (Ilkom). dan menggunakan pilihan "serakah" apa yang dilihat terbaik pada saat itu. dan apa yang tidak (komputabilitas dan intelegensia buatan). Ilmu komputer Secara umum. Edsger Dijkstra mengatakan: .untuk membagi permasalahan menjadi sub permasalahan yang lebih kecil. Tesis Church-Turing menyatakan bahwa semua alat komputasi yang telah umum diketahui sebenarnya sama dalam hal apa yang bisa mereka lakukan. Para ahli ilmu komputer juga mempelajari jenis mesin yang lain. beberapa diantaranya praktikal (seperti paralel dan kuantum) dan beberapa diantaranya cukup teoritis (seperti random and oracle). perangkat lunak. matematika dan linguistik. bedanya jawaban dari submasalah tidak perlu diketahui dalam setiap tahap. Para ahli ilmu komputer biasanya menekankan komputer von Neumann atau mesin Turing (komputer yang mengerjakan tugas yang kecil dan deterministik pada suatu waktu tertentu). pemenang penghargaan ini adalah semua pionir di bidangnya. Dalam tiga dekade terakhir dari abad 20. Hampir semua universitas sekarang mempunyai departemen ilmu komputer. dan bagaimana program dan pengguna berkomunikasi (antarmuka pengguna dan bahasa pemrograman). karena seperti itulah kebanyakan komputer digunakan sekarang ini. atau yang dalam bahasa Inggrisnya disebut Computer Science (CS). • Metode serakah. dari analisa abstrak algoritma sampai subyek yang lebih konkret seperti bahasa pemrograman. Departemen ilmu komputer pertama didirikan di Universitas Purdue pada tahun 1962. tapi secara intrinsik ada perbedaan dari karakter permasalahan yang dihadapi. Ilmu Komputer mempelajari apa yang bisa dilakukan oleh program. sekalipun ketiga istilah tersebut sering disalahartikan. Penghargaan tertinggi dalam ilmu komputer adalah Turing Award. Ilmu komputer berakar dari elektronika. bagaimana program harus mengevaluasi suatu hasil (algoritma). Ilmu komputer mencakup beragam topik berkaitan dengan komputer. Tesis ini terkadang dianggap sebagai prinsip dasar dari ilmu komputer. baik perangkat keras (hardware) maupun perangkat lunak (software). adalah ilmu yang mempelajari tentang komputasi. sekalipun dengan efisiensi yang berbeda. ilmu komputer telah menjadi suatu disiplin ilmu baru dan telah mengembangkan metode dan istilah sendiri. bagaimana program harus menyimpan dan mengambil bit tertentu dari suatu informasi (struktur data). Sebagai suatu disiplin ilmu.

[sunting] Ilmu Informasi Ilmu Informasi adalah ilmu yang mempelajari data dan informasi. menganalisa. ini tidak berarti bahwa "hidangan" ilmuwan komputer jauh lebih sedikit dibanding fisikawan. Namun. Sistem Informasi Manajemen adalah kunci dari bidang yang menekankan finansial dan personal manajemen. Memang lebih muda. perangkat lunak. Sebenarnya. dan mengambil kembali. Bidang-bidang ini tidak benar-benar terpisah.Ilmu komputer bukan tentang komputer sebagaimana astronomi bukan tentang teleskop Fisikawan ternama Richard Feynman mengatakan: Ilmu komputer umurnya tidak setua fisika. menyimpan. dimana memproses dan mengolah data menjadi suatu bentuk informasi yang dapat digunakan dalam mendukung keputusan. kata ini identik dengan istilah computer science di Amerika Serikat dan computing science di Inggris. yaitu lebih menekankan pada aspek pengolahan informasi secara sistematis dan rasional. 'Sistem Informasi' dapat berupa gabungan dari beberapa elemen teknologi berbasis komputer yang saling berinteraksi dan bekerja sama berdasarkan suatu prosedur kerja (aturan kerja) yang telah ditetapkan. lebih muda beberapa ratus tahun. istilah Informatika diturunkan dari bahasa Perancis informatique. dan perawatan komputer. istilah informatics dalam bahasa Inggris memiliki makna yang sedikit berbeda. yang dalam bahasa Jerman disebut Informatik. tapi dibesarkan secara jauh lebih intensif! Catatan tentang istilah 'Informatika' dan 'Ilmu komputer' Dalam bahasa Indonesia. Ilmu informasi dimulai sebagai dasar dari analisa komunikasi dan basis data. Walaupun begitu. dan data. [sunting] Sistem Informasi Sistem Informasi adalah aplikasi komputer untuk mendukung operasi dari suatu organisasi: operasi. instalasi. mencakup bagaimana menginterpretasi. . [sunting] Hubungan Informatika dengan bidang lain Ilmu komputer berkaitan erat dengan beberapa bidang lain. sekalipun mempunyai perbedaan penting.

Ilmu yang mempelajari segala aspek pembuatan. desain. Pada tahap yang lebih luas Rekayasa Perangkat Lunak mengacu pada Manajemen Proyek pengembangan Perangkat Lunak itu sendiri dengan tetap memperhatikan tahapan-tahapan pengembangan sebelumnya. model sequensial linear. pemeliharaan perangkat lunak.[sunting] Rekayasa Perangkat Lunak Rekayasa Perangkat Lunak pada prinsipnya menekankan pada tahapan-tahapan pengembangan suatu perangkat lunak yakni : Analisis. model prototype ('model yang disukai oleh user dan pengembang). [sunting] Keamanan Informasi Keamanan Informasi adalah ilmu yang mempelajari analisa dan implementasi dari keamanan sistem informasi (termasuk Kriptografi). Dalam pengembangannya perangkat lunak memiliki berbagai model yaitu model water fall ('model konvensional' sebagai model terdahulu yang dikembangkan dan karena model water fall nyaris sama dengan siklus hidup pengembangan sistem). Implementasi. model RAD 'rapid aplikation model'. Desain. [sunting] Rekayasa Komputer Rekayasa Komputer adalah ilmu yang mempelajari analisa. [sunting] Cabang Ilmu Utama Informatika [sunting] Dasar Matematika • • • • Aljabar Boolean Matematika Diskrit Teori Graf Teori Informasi . dan konstruksi dari perangkat keras komputer. konstruksi. Testing dan Maintenance.

• • Logika Simbolik Peluang and Statistik [sunting] Teori Ilmu Komputer • • • • • • Teori Informasi Algoritmik Kompilator o Analisis Leksikal o Penguraian Kriptografi Semantik Denotasional Teori Komputasi (atau Ilmu Komputer Teoritis) o analisa dari algoritma dan kompleksitas dari problem o logika dan arti dari program o logika matematika dan bahasa formal Teori Tipe [sunting] Perangkat Keras (lihat juga elektronika) • • • • • • • • struktur kontrol dan Mikroprogram aritmetic dan struktur logika struktur memori masukan/keluaran dan komunikasi data media penyimpanan o Floppy Disk dan Floppy Disk Drive o CD Media dan CD ROM o DVD Media dan DVD ROM o HardDisk dan HardDisk Drive o FlashDisk dan FlashDisk Drive desain logika sirkuit terpadu o desain VLSI kinerja dan reliabilitas [sunting] Organisasi Sistem Komputer (lihat juga elektronika) .

• • • • • • Arsitektur Komputer Jaringan Komputer Komputasi Terdistribusi Komputasi Grid Kinerja dari Sistem Implementasi dari Sistem Komputer [sunting] Perangkat Lunak • • • • • Program Komputer and Pemrograman Komputer o Pemrograman Paralel o Spesifikasi Program o Verifikasi Program Teknik Pemrograman Rekayasa Perangkat Lunak o Optimisasi o Metrik Perangkat Lunak o Pola Desain o Metode Pengembangan Perangkat Lunak Bahasa Pemrograman Sistem Operasi [sunting] Data dan Sistem Informasi • • • • • • • Struktur Data Representasi penyimpan data Enkripsi data Kompresi data Pengkodean dan Teori Informasi Berkas o Format Berkas Sistem Informasi o Basis Data o Data Minning o Data Warehouse o Penyimpanan dan Pengambilan Informasi o Antarmuka dan presentasi informasi [sunting] Metodologi Komputasi .

• • • • • • • • manipulasi simbolik dan aljabar Kecerdasan Buatan Grafik Komputer Pengolahan Citra dan Visi Komputer Pengenalan Pola o Pengenalan Suara Simulasi dan Pemodelan Pengolahan dokumen dan teks Pengolahan Sinyal Digital [sunting] Aplikasi Komputer • • • • • • • • • • Pengolahan data administratif Perangkat lunak matematika o Analisis numerik o Pembukti teori otomatis o Aljabar komputer Ilmu dan teknik fisika o Kimia Komputasional o Fisika Komputasional Ilmu hayat dan medis o Bioinformatika o Biologi Komputasional o Informatika Medika Sosiologi Seni dan kemanusiaan rekayasa berbantuan komputer Robotik Interaksi manusia dan komputer o Sintesa suara o Rekayasa kedapatgunaan Hiburan o Permainan Komputer [sunting] Lingkungan Komputasi • • • • • Industri Komputer Sejarah dari Perhitungan Komputer dan pendidikan Komputer dan masyarakat o Kerja Kooperatif Didukung Komputer Aspek hukum dari komputer .

bahasa pemrograman tingkat tinggi pertama dan susunan Backus-Naur untuk mendeskripsikan bahasa formal sintaks. Ole-Johan Dahl dan Kristen Nygaard. Claude E. komputer di Inggris yang pertama. (lihat Wilkinson pada biografi MacTutor. Edsger Dijkstra untuk algoritma. Shannon untuk teori informasi Alan Turing untuk teori komputabilitas. Kenneth Iverson Penemu APL. penemu bahasa berorientasi objek SIMULA.) Konrad Zuse Pembuat binari komputer yang pertama pada 1930-an. William Kahan untuk standard IEEE floating-point. di mana dia menrencanakan bahasa pemrograman jauh sebelum waktunya. Wilkinson adalah juga penggerak dalam pengembangan Pilot ACE. Donald Knuth untuk Seni dari Pemrograman Komputer Ada Lovelace programer terkenal pertama di dunia John von Neumann yang telah mengembangkan arsitektur von Neumann.php/ . Materi Kuliah silahkan untuk On Line dengan alamat situs web berikut ini: http://ilmukomputer.com/index. Goto dianggap berbahaya. James Cooley dan John Tuckey Fourier Transform Cepat (Fast Fourier Transform) dan pengaruhnya pada riset keilmuan. untuk kontribusinya di perhitungan interaktif.• • • manajemen dari komputasi dan sistem informasi personal komputer Komputer dan Keamanan Informasi [sunting] Sejarah • • • • Sejarah dari Perhitungan Projek pemrograman awal Departemen Ilmu Komputer Garis Waktu dari Algoritma [sunting] Ahli Terkenal Ilmu Komputer • • • • • • • • • • • • • John Backus Penemu FORTRAN. James Wilkinson Teknik "analisa kesalahan dari belakang" dan kemajuan di bidang perhitungan matriks. pada akhir 1940an.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful