Bioinformatika

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Komputasi sebetulnya bisa dijelaskan sebagai menemukan pemecahan masalah dari input yang diberikan dengan menggunakan algoritma. Ini ialah apa yang disebut teori komputasi, sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika. Selama ribuan tahun, perhitungan dilakukan dengan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau secara mental, kadang-kadang dengan bantuan tabel. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Sequence alignment; salah satu aplikasi dasar bioinformatika. Sekuens biologis yang dianalisis dalam hal ini adalah sekuens asam amino dari empat protein hemoglobin.

Sejarah
Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan

Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat). pustaka yang berkaitan. meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens.terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an. Selain itu. dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut. EMBL (Eropa). basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein. dan pendaftaran paten. dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika. entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA). Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual. Penerapan utama bioinformatika Basis data sekuens biologis Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya. Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat). penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya. . proyek sekuensing genom. Amerika Serikat). dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut. dan DDBJ(en) (DNA Data Bank of Japan. nama organisme sumber asam nukleat tersebut. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein. nama organisme sumber protein. menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom. Jepang). Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing basis data. dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Selain berisi sekuens asam nukleat. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein. Perkembangan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. dan TrEMBL (Eropa). Sementara itu. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource. Swiss-Prot (Eropa). Basis data bioinformatika yang terhubung melalui internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya.

Dalam kaitannya dengan hal ini. Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode "Needleman-Wunsch" dan "Smith-Waterman".nlm.gov Penyejajaran sekuens Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment lokal. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). "ccatcaac" dan "caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens). Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut. kedua sekuens dalam contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama "ccatgggcaac". info@ncbi. Sequence alignment memberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat. tanda "–") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Selain itu. sedangkan kesenjangan (gap. Misalnya. Bank Data Protein) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X dan spektroskopi NMR). Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda "–") sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda. Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi. BLAST adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens.PDB (Protein Data Bank. BLAST menggunakan algoritma heuristik dalam penyusunan alignment. sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. alignment juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein. Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming) dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment) . ccat---caac | || |||| caatgggcaac Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens.nih. Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih sekuens.

yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus. [sunting] Prediksi struktur protein Model protein hemagglutinin dari virus influensa Secara kimia/fisika. Selain digunakan untuk alignment. Pemodelan protein komparatif (comparative protein modelling) meramalkan struktur suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. Prediksi struktur protein berusaha meramalkan struktur tiga dimensi protein berdasarkan sekuens asam aminonya (dengan kata lain. bentuk struktur protein diungkap dengan kristalografi sinar-X ataupun spektroskopi NMR. HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode yang berhubungan dengan Hidden Markov Model ("Model Markov Tersembunyi". HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis sekuens lainnya. metode sekuensing protein relatif lebih mudah mengungkapkan sekuens asam amino protein. Sementara itu. Secara umum. namun kedua metode tersebut sangat memakan waktu dan relatif mahal. yaitu metode pemodelan protein komparatif dan metode pemodelan de novo. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX. seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein. Pemodelan . meramalkan struktur tersier dan struktur sekunder berdasarkan struktur primer protein). metode prediksi struktur protein yang ada saat ini dapat dikategorikan ke dalam dua kelompok. yaitu prediksi struktur tersier protein berdasarkan kesamaan struktur primer protein. HMM). Salah satu penerapan metode ini adalah pemodelan homologi (homology modelling).Clustal adalah program bioinformatika untuk alignment multipel (multiple alignment).

struktur suatu protein (disebut protein target) ditentukan berdasarkan struktur protein lain (protein templat) yang sudah diketahui dan memiliki kemiripan sekuens dengan protein target tersebut. sehingga saat ini hanya digunakan dalam menentukan struktur protein-protein kecil.homologi didasarkan pada teori bahwa dua protein yang homolog memiliki struktur yang sangat mirip satu sama lain. Dalam pendekatan de novo atau ab initio. Metode-metode yang tergolong dalam protein threading berusaha menentukan tingkat kompatibilitas tersebut. Pada pendekatan ini. penerapan lain pemodelan komparatif adalah protein threading yang didasarkan pada kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens primer. misalnya proyek Folding@home). Terdapat banyak kemungkinan dalam pendekatan ini. Latar belakang protein threading adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi daripada sekuens protein selama evolusi. struktur yang paling kompatibel untuk suatu sekuens asam amino dipilih dari semua jenis struktur tiga dimensi protein yang ada. Prosedur-prosedur ini cenderung membutuhkan proses komputasi yang intens. struktur protein ditentukan dari sekuens primernya tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. Pada metode ini. atau dengan optimisasi global fungsi energi protein. misalnya dengan superkomputer (misalnya superkomputer Blue Gene dari IBM) atau komputasi terdistribusi (distributed computing. misalnya dengan menirukan proses pelipatan (folding) protein dari sekuens primernya menjadi struktur tersiernya (misalnya dengan simulasi dinamika molekular). daerah-daerah yang penting bagi fungsi protein dipertahankan strukturnya. Beberapa usaha telah dilakukan untuk mengatasi kekurangan sumber daya komputasi tersebut. [sunting] Analisis ekspresi gen Analisis klastering ekspresi gen pada kanker payudara . Selain itu.

2001. Metode-metode penggalian data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. ISBN 0879696087 . Jakarta. Mata kuliah "Proteomik dan Bioinformatika" termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada (UGM). Introduction to Bioinformatics.E. [sunting] Bioinformatika di Indonesia Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan bioinformatika sudah diajarkan di beberapa perguruan tinggi di Indonesia. Cibinong. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. D. Bogor. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biologi dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB).Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik (misalnya dengan microarray ataupun Serial Analysis of Gene Expression ["Analisis Serial Ekspresi Gen". secara khusus memiliki laboratorium bioinformatika sebagai fasilitas penunjang kegiatan risetnya. basis data sekuens DNA mikroorganisme asli Indonesia sedang dikembangkan di UI. Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya. Lembaga Biologi Molekul Eijkman. Selain itu. ISBN 0582327881 (en) Krane. Sebagai contoh. riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB. ISBN 0805346333 (en) Mount. Yogyakarta. Harlow: Pearson Education. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press. sementara metode-metode klastering (clustering) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen. Jakarta menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika". Riset bioinformatika protein dilaksanakan sebagai bagian dari aktivitas riset rekayasa protein pada Laboratorium Rekayasa Protein. 2003.. Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Mata kuliah "Bioinformatika" diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas Indonesia (UI).K. 1999. Parry-Smith. Referensi dan bacaan lanjutan • • • (en) Attwood. Raymer. Fundamental Concepts of Bioinformatics. T. SAGE]). metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen. Pusat Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI).J.L. San Francisco: Benjamin Cummings. Jakarta. dan D. Selain itu. dan M.W. D..

Terdapat beberapa bidang utama dalam topik ini. Kajian komputasi dapat digunakan untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem. serta simulasi sistem makroskopis. Kimiawan komputasi kebanyakan “sekedar” menggunakan program komputer dan metodologi yang ada dan menerapkannya untuk permasalahan kimia tertentu. maupun pemilihan teori kimia yang sesuai. Kajian komputasi dapat dilakukan untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium. momen dipol. Terdapat beberapa pendekatan yang dapat dilakukan: 1. Kajian komputasi dapat digunakan untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan pengamatan pada reaksi di laboratorium. Elusidasi struktur secara teoretis berdasarkan pada simulasi gaya-gaya Pendekatan komputasi untuk membantu sintesis senyawa yang efisien Pendekatan komputasi untuk merancang molekul yang berinteraksi lewat caracara yang khusus. atau sistem banyak molekul seperti gas. dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein dan asam nukleat. antara lain: • • • • • • • • Penyajian komputasi atom dan molekul Pendekatan dalam penyimpanan dan pencarian spesi kimia (Basisdata kimia) Pendekatan dalam penentuan pola dan hubungan antara struktur kimia dan sifatsifatnya (QSPR.Kimia komputasi Kimia komputasi adalah cabang kimia teori yang tujuan utamanya adalah membuat program komputer yang efisien untuk menghitung sifat-sifat molekul (seperti energi total. dan kristal (termasuk kristal cair). Pendahuluan Dalam kimia teori. 3. QSAR). cairan. logam. Di antara sebagian besar waktu yang digunakan untuk hal tersebut. dan/atau lintasan reaksi untuk reaksi kimia. Simulasi proses transisi fasa Simulasi sifat-sifat bahan seperti polimer. 2. Kadang-kadang digunakan juga untuk bidang-bidang tumpang-tindah antara ilmu komputer dan kimia. kimiawan komputasi juga dapat terlibat dalam pengembangan algoritma baru. dan padatan). agar diperoleh proses komputasi yang paling efisien dan akurat. . kimiawan dan fisikawan secara bersama mengembangkan algoritma dan program komputer untuk memungkinkan peramalan sifat-sifat atom dan molekul. frekuensi getaran). khususnya dalam perancangan obat.

Metode kimia-kuantum yang tidak mencakup parameter empiris dan semi-empiris dalam persamaannya disebut metode ab-initio. dan teori fungsi kerapatan. Computational Chemistry. Jenis-jenis metode ab-initio yang populer adalah: Hartree-Fock. [sunting] Komputasi Molekul Sifat-sifat molekul. maupun pendekatan fisika klasik (mekanika molekul) untuk simulasi sistem yang besar. David C. yaitu mekanika molekul. teori fungsi kerapatan atau teori struktur elektron. Young. seperti energi.Program yang digunakan dalam kimia komputasi didasarkan pada berbagai metode kimia-kuantum yang memecahkan persamaan Schrödinger untuk molekul. Di antara yang luas digunakan adalah: • • • • • • • • • • Gaussian Gamess Q-Chem NWChem ACES Molpro Dalton Spartan Psi PLATO (Package for Linear Combination of Atomic Orbitals) [sunting] Rujukan • • • Computational Chemistry dari Wikipedia berbahasa Inggris. interaksi konfigurasi. keterpolaran. struktur. 2nd edition. momen dipol. [sunting] Paket Perangkat Lunak Sejumlah paket perangkat lunak menyediakan berbagai metode kimia-kuantum. Christopher J. terdapat beberapa teknik untuk menghitung sifat-sifat molekul. 2004. Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models. Dalam komputasi molekul. teori gangguan Møller-Plesset. 2001 . Cramer. coupled cluster. matriks kerapatan tereduksi. atau hyperpolarizability merupakan beberapa besaran yang dapat dihitung lewat perhitungan.

sebagaimana tercantum pada terjemahan karyanya dalam bahasa latin dari abad ke-12 "Algorithmi de numero Indorum". diantaranya: • • Btrieve Tsunami Record Manager Algoritma Pendahuluan Kata algoritma berasal dari latinisasi nama seorang ahli matematika dari Usbekistan Al Khawārizmi (hidup sekitar abad ke-9). istilah ini berkembang menjadi . Pada awalnya kata algorisme adalah istilah yang merujuk kepada aturan-aturan aritmetis untuk menyelesaikan persoalan dengan menggunakan bilangan numerik arab (sebenarnya dari India.Basis data Basis data (bahasa Inggris: database) adalah kumpulan informasi yang disimpan di dalam komputer secara sistematik sehingga dapat diperiksa menggunakan suatu program komputer untuk memperoleh informasi dari basis data tersebut. Perangkat lunak yang digunakan untuk mengelola dan memanggil kueri (query) basis data disebut sistem manajemen basis data (database management system/DBMS). seperti tertulis pada judul di atas). [sunting] Perangkat lunak basis data Perangkat lunak basis data yang banyak digunakan dalam pemrogramam dan merupakan perangkat basis data aras tinggi (high level): • • • • • • • • • • DB2 Microsoft SQL Server Oracle Sybase Interbase XBase Teradata Firebird MySQL PostgreSQL Selain perangkat lunak di atas. terdapat juga perangkat lunak pemrograman basis data aras rendah (low level). Sistem basis data dipelajari dalam ilmu informasi. Pada abad 18.

Beberapa paradigma yang digunakan dalam menyusun suatu algoritma akan dipaparkan dibagian ini. Dynamic programming. Algoritma akan dapat selalu berakhir untuk semua kondisi awal yang memenuhi kriteria. paradigma untuk membagi suatu permasalahan besar menjadi permasalahan-permasalahan yang lebih kecil. algoritma yang dapat menyelesaikan suatu permasalahan dalam waktu yang singkat memiliki kompleksitas yang rendah. Algoritma sering mempunyai langkah pengulangan (iterasi) atau memerlukan keputusan (logika Boolean dan perbandingan) sampai tugas selesai. Singkatnya menyelesaikan keseluruhan masalah dengan membagi masalah besar dan kemudian memecahkan permasalahan-permasalahan kecil yang terbentuk. Algoritma yang berbeda dapat diterapkan pada suatu masalah dengan kriteria yang sama. [sunting] Jenis-jenis Algoritma Terdapat beragam klasifikasi algoritma dan setiap klasifikasi mempunyai alasan tersendiri. Paradigma ini sekilas terlihat mirip dengan paradigma Divide and Conquer. • Divide and Conquer. Masing-masing paradigma dapat digunakan dalam banyak algoritma yang berbeda. Secara informal. terlepas dari implementasi algoritma tersebut.algoritma. Desain dan analisis algorithma adalah suatu cabang khusus dalam ilmu komputer yang mempelajari karakteristik dan performa dari suatu algoritma dalam menyelesaikan masalah. algoritma (Inggris: algorithm) merupakan kumpulan perintah untuk menyelesaikan suatu masalah. Perintah-perintah ini dapat diterjemahkan secara bertahap dari awal hingga akhir. Pembagian masalah ini dilakukan terus menerus sampai ditemukan bagian masalah kecil yang mudah untuk dipecahkan. sama-sama mencoba • . Jika dijelaskan lebih lanjut. Masalah tersebut dapat berupa apa saja. dengan catatan untuk setiap masalah. yang mencakup semua prosedur atau urutan langkah yang jelas dan diperlukan untuk menyelesaikan suatu permasalahan. terlepas dari sistem komputer atau bahasa pemrograman yang digunakan. paradigma pemrograman dinamik akan sesuai jika digunakan pada suatu masalah yang mengandung sub-struktur yang optimal (. dan mengandung beberapa bagian permasalahan yang tumpang tindih . Salah satu cara untuk melakukan klasifikasi jenis-jenis algoritma adalah dengan memperhatikan paradigma dan metode yang digunakan untuk mendesain algoritma tersebut. sementara algoritma yang membutuhkan waktu lama untuk menyelesaikan suatu masalah membutuhkan kompleksitas yang tinggi. Dalam cabang disiplin ini algoritma dipelajari secara abstrak. berbeda dengan heuristik. Kompleksitas dari suatu algoritma merupakan ukuran seberapa banyak komputasi yang dibutuhkan algoritma tersebut untuk menyelesaikan masalah. ada kriteria kondisi awal yang harus dipenuhi sebelum menjalankan algoritma.

Ilmu komputer Secara umum. Ilmu komputer (Ilkom). Para ahli ilmu komputer biasanya menekankan komputer von Neumann atau mesin Turing (komputer yang mengerjakan tugas yang kecil dan deterministik pada suatu waktu tertentu). Departemen ilmu komputer pertama didirikan di Universitas Purdue pada tahun 1962. Penghargaan tertinggi dalam ilmu komputer adalah Turing Award. • Metode serakah. Dalam tiga dekade terakhir dari abad 20. Ilmu Komputer mempelajari apa yang bisa dilakukan oleh program. dari analisa abstrak algoritma sampai subyek yang lebih konkret seperti bahasa pemrograman. atau yang dalam bahasa Inggrisnya disebut Computer Science (CS). Ilmu Komputer berbeda dengan pemrograman komputer. adalah ilmu yang mempelajari tentang komputasi. perangkat lunak. ilmu komputer telah menjadi suatu disiplin ilmu baru dan telah mengembangkan metode dan istilah sendiri. dan apa yang tidak (komputabilitas dan intelegensia buatan). Sebuah algoritma serakah mirip dengan sebuah Pemrograman dinamik. Ilmu komputer mencakup beragam topik berkaitan dengan komputer. Ilmu komputer berakar dari elektronika. Para ahli ilmu komputer juga mempelajari jenis mesin yang lain. pemenang penghargaan ini adalah semua pionir di bidangnya. Sebagai suatu disiplin ilmu. baik perangkat keras (hardware) maupun perangkat lunak (software). Edsger Dijkstra mengatakan: . tapi secara intrinsik ada perbedaan dari karakter permasalahan yang dihadapi. rekayasa perangkat lunak dan teknik komputer. dan menggunakan pilihan "serakah" apa yang dilihat terbaik pada saat itu. karena seperti itulah kebanyakan komputer digunakan sekarang ini.untuk membagi permasalahan menjadi sub permasalahan yang lebih kecil. beberapa diantaranya praktikal (seperti paralel dan kuantum) dan beberapa diantaranya cukup teoritis (seperti random and oracle). bedanya jawaban dari submasalah tidak perlu diketahui dalam setiap tahap. Hampir semua universitas sekarang mempunyai departemen ilmu komputer. Tesis ini terkadang dianggap sebagai prinsip dasar dari ilmu komputer. dan perangkat keras. dan bagaimana program dan pengguna berkomunikasi (antarmuka pengguna dan bahasa pemrograman). Tesis Church-Turing menyatakan bahwa semua alat komputasi yang telah umum diketahui sebenarnya sama dalam hal apa yang bisa mereka lakukan. sekalipun ketiga istilah tersebut sering disalahartikan. bagaimana program harus menyimpan dan mengambil bit tertentu dari suatu informasi (struktur data). sekalipun dengan efisiensi yang berbeda. matematika dan linguistik. bagaimana program harus mengevaluasi suatu hasil (algoritma).

[sunting] Ilmu Informasi Ilmu Informasi adalah ilmu yang mempelajari data dan informasi. yaitu lebih menekankan pada aspek pengolahan informasi secara sistematis dan rasional. [sunting] Sistem Informasi Sistem Informasi adalah aplikasi komputer untuk mendukung operasi dari suatu organisasi: operasi. instalasi. Ilmu informasi dimulai sebagai dasar dari analisa komunikasi dan basis data. Namun.Ilmu komputer bukan tentang komputer sebagaimana astronomi bukan tentang teleskop Fisikawan ternama Richard Feynman mengatakan: Ilmu komputer umurnya tidak setua fisika. mencakup bagaimana menginterpretasi. istilah Informatika diturunkan dari bahasa Perancis informatique. [sunting] Hubungan Informatika dengan bidang lain Ilmu komputer berkaitan erat dengan beberapa bidang lain. dan mengambil kembali. Sebenarnya. dan perawatan komputer. Sistem Informasi Manajemen adalah kunci dari bidang yang menekankan finansial dan personal manajemen. 'Sistem Informasi' dapat berupa gabungan dari beberapa elemen teknologi berbasis komputer yang saling berinteraksi dan bekerja sama berdasarkan suatu prosedur kerja (aturan kerja) yang telah ditetapkan. kata ini identik dengan istilah computer science di Amerika Serikat dan computing science di Inggris. yang dalam bahasa Jerman disebut Informatik. istilah informatics dalam bahasa Inggris memiliki makna yang sedikit berbeda. tapi dibesarkan secara jauh lebih intensif! Catatan tentang istilah 'Informatika' dan 'Ilmu komputer' Dalam bahasa Indonesia. dan data. . lebih muda beberapa ratus tahun. Bidang-bidang ini tidak benar-benar terpisah. perangkat lunak. sekalipun mempunyai perbedaan penting. Walaupun begitu. dimana memproses dan mengolah data menjadi suatu bentuk informasi yang dapat digunakan dalam mendukung keputusan. menganalisa. ini tidak berarti bahwa "hidangan" ilmuwan komputer jauh lebih sedikit dibanding fisikawan. menyimpan. Memang lebih muda.

Pada tahap yang lebih luas Rekayasa Perangkat Lunak mengacu pada Manajemen Proyek pengembangan Perangkat Lunak itu sendiri dengan tetap memperhatikan tahapan-tahapan pengembangan sebelumnya. Ilmu yang mempelajari segala aspek pembuatan.[sunting] Rekayasa Perangkat Lunak Rekayasa Perangkat Lunak pada prinsipnya menekankan pada tahapan-tahapan pengembangan suatu perangkat lunak yakni : Analisis. dan konstruksi dari perangkat keras komputer. Desain. desain. Implementasi. konstruksi. Testing dan Maintenance. model sequensial linear. model prototype ('model yang disukai oleh user dan pengembang). [sunting] Keamanan Informasi Keamanan Informasi adalah ilmu yang mempelajari analisa dan implementasi dari keamanan sistem informasi (termasuk Kriptografi). model RAD 'rapid aplikation model'. pemeliharaan perangkat lunak. Dalam pengembangannya perangkat lunak memiliki berbagai model yaitu model water fall ('model konvensional' sebagai model terdahulu yang dikembangkan dan karena model water fall nyaris sama dengan siklus hidup pengembangan sistem). [sunting] Cabang Ilmu Utama Informatika [sunting] Dasar Matematika • • • • Aljabar Boolean Matematika Diskrit Teori Graf Teori Informasi . [sunting] Rekayasa Komputer Rekayasa Komputer adalah ilmu yang mempelajari analisa.

• • Logika Simbolik Peluang and Statistik [sunting] Teori Ilmu Komputer • • • • • • Teori Informasi Algoritmik Kompilator o Analisis Leksikal o Penguraian Kriptografi Semantik Denotasional Teori Komputasi (atau Ilmu Komputer Teoritis) o analisa dari algoritma dan kompleksitas dari problem o logika dan arti dari program o logika matematika dan bahasa formal Teori Tipe [sunting] Perangkat Keras (lihat juga elektronika) • • • • • • • • struktur kontrol dan Mikroprogram aritmetic dan struktur logika struktur memori masukan/keluaran dan komunikasi data media penyimpanan o Floppy Disk dan Floppy Disk Drive o CD Media dan CD ROM o DVD Media dan DVD ROM o HardDisk dan HardDisk Drive o FlashDisk dan FlashDisk Drive desain logika sirkuit terpadu o desain VLSI kinerja dan reliabilitas [sunting] Organisasi Sistem Komputer (lihat juga elektronika) .

• • • • • • Arsitektur Komputer Jaringan Komputer Komputasi Terdistribusi Komputasi Grid Kinerja dari Sistem Implementasi dari Sistem Komputer [sunting] Perangkat Lunak • • • • • Program Komputer and Pemrograman Komputer o Pemrograman Paralel o Spesifikasi Program o Verifikasi Program Teknik Pemrograman Rekayasa Perangkat Lunak o Optimisasi o Metrik Perangkat Lunak o Pola Desain o Metode Pengembangan Perangkat Lunak Bahasa Pemrograman Sistem Operasi [sunting] Data dan Sistem Informasi • • • • • • • Struktur Data Representasi penyimpan data Enkripsi data Kompresi data Pengkodean dan Teori Informasi Berkas o Format Berkas Sistem Informasi o Basis Data o Data Minning o Data Warehouse o Penyimpanan dan Pengambilan Informasi o Antarmuka dan presentasi informasi [sunting] Metodologi Komputasi .

• • • • • • • • manipulasi simbolik dan aljabar Kecerdasan Buatan Grafik Komputer Pengolahan Citra dan Visi Komputer Pengenalan Pola o Pengenalan Suara Simulasi dan Pemodelan Pengolahan dokumen dan teks Pengolahan Sinyal Digital [sunting] Aplikasi Komputer • • • • • • • • • • Pengolahan data administratif Perangkat lunak matematika o Analisis numerik o Pembukti teori otomatis o Aljabar komputer Ilmu dan teknik fisika o Kimia Komputasional o Fisika Komputasional Ilmu hayat dan medis o Bioinformatika o Biologi Komputasional o Informatika Medika Sosiologi Seni dan kemanusiaan rekayasa berbantuan komputer Robotik Interaksi manusia dan komputer o Sintesa suara o Rekayasa kedapatgunaan Hiburan o Permainan Komputer [sunting] Lingkungan Komputasi • • • • • Industri Komputer Sejarah dari Perhitungan Komputer dan pendidikan Komputer dan masyarakat o Kerja Kooperatif Didukung Komputer Aspek hukum dari komputer .

Shannon untuk teori informasi Alan Turing untuk teori komputabilitas. James Wilkinson Teknik "analisa kesalahan dari belakang" dan kemajuan di bidang perhitungan matriks. Claude E. pada akhir 1940an. Ole-Johan Dahl dan Kristen Nygaard. (lihat Wilkinson pada biografi MacTutor. James Cooley dan John Tuckey Fourier Transform Cepat (Fast Fourier Transform) dan pengaruhnya pada riset keilmuan. Kenneth Iverson Penemu APL. Donald Knuth untuk Seni dari Pemrograman Komputer Ada Lovelace programer terkenal pertama di dunia John von Neumann yang telah mengembangkan arsitektur von Neumann.php/ . bahasa pemrograman tingkat tinggi pertama dan susunan Backus-Naur untuk mendeskripsikan bahasa formal sintaks.• • • manajemen dari komputasi dan sistem informasi personal komputer Komputer dan Keamanan Informasi [sunting] Sejarah • • • • Sejarah dari Perhitungan Projek pemrograman awal Departemen Ilmu Komputer Garis Waktu dari Algoritma [sunting] Ahli Terkenal Ilmu Komputer • • • • • • • • • • • • • John Backus Penemu FORTRAN. Edsger Dijkstra untuk algoritma. komputer di Inggris yang pertama. Goto dianggap berbahaya. Wilkinson adalah juga penggerak dalam pengembangan Pilot ACE.com/index. di mana dia menrencanakan bahasa pemrograman jauh sebelum waktunya. Materi Kuliah silahkan untuk On Line dengan alamat situs web berikut ini: http://ilmukomputer. William Kahan untuk standard IEEE floating-point.) Konrad Zuse Pembuat binari komputer yang pertama pada 1930-an. penemu bahasa berorientasi objek SIMULA. untuk kontribusinya di perhitungan interaktif.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful