Bioinformatika

Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Komputasi sebetulnya bisa dijelaskan sebagai menemukan pemecahan masalah dari input yang diberikan dengan menggunakan algoritma. Ini ialah apa yang disebut teori komputasi, sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika. Selama ribuan tahun, perhitungan dilakukan dengan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau secara mental, kadang-kadang dengan bantuan tabel. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Sequence alignment; salah satu aplikasi dasar bioinformatika. Sekuens biologis yang dianalisis dalam hal ini adalah sekuens asam amino dari empat protein hemoglobin.

Sejarah
Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan

Sementara itu. . Swiss-Prot (Eropa). meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens. dan DDBJ(en) (DNA Data Bank of Japan. penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya. Jepang). dan TrEMBL (Eropa). proyek sekuensing genom. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika. dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut. entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA). EMBL (Eropa). Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens. basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein. Perkembangan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing basis data. dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut. Basis data bioinformatika yang terhubung melalui internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat).terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an. pustaka yang berkaitan. Amerika Serikat). contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource. Penerapan utama bioinformatika Basis data sekuens biologis Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya. nama organisme sumber protein. Selain berisi sekuens asam nukleat. Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat). dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. nama organisme sumber asam nukleat tersebut. menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom. basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein. dan pendaftaran paten. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual. Selain itu.

PDB (Protein Data Bank. yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut. Sequence alignment memberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. tanda "–") diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. sedangkan kesenjangan (gap. Selain itu. kedua sekuens dalam contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama "ccatgggcaac".gov Penyejajaran sekuens Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat.nlm. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment lokal. Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi. Dalam kaitannya dengan hal ini. BLAST menggunakan algoritma heuristik dalam penyusunan alignment. info@ncbi. Bank Data Protein) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X dan spektroskopi NMR). Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming) dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment) . yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. "ccatcaac" dan "caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens). Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode "Needleman-Wunsch" dan "Smith-Waterman". Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda "–") sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. alignment juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein. Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih sekuens. yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda.nih. Misalnya. sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. ccat---caac | || |||| caatgggcaac Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. BLAST adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens.

yaitu prediksi struktur tersier protein berdasarkan kesamaan struktur primer protein. Secara umum. yaitu metode pemodelan protein komparatif dan metode pemodelan de novo. namun kedua metode tersebut sangat memakan waktu dan relatif mahal. Sementara itu. Pemodelan . Pemodelan protein komparatif (comparative protein modelling) meramalkan struktur suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. bentuk struktur protein diungkap dengan kristalografi sinar-X ataupun spektroskopi NMR. Selain digunakan untuk alignment. HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus. Salah satu penerapan metode ini adalah pemodelan homologi (homology modelling). [sunting] Prediksi struktur protein Model protein hemagglutinin dari virus influensa Secara kimia/fisika. meramalkan struktur tersier dan struktur sekunder berdasarkan struktur primer protein).Clustal adalah program bioinformatika untuk alignment multipel (multiple alignment). metode sekuensing protein relatif lebih mudah mengungkapkan sekuens asam amino protein. Prediksi struktur protein berusaha meramalkan struktur tiga dimensi protein berdasarkan sekuens asam aminonya (dengan kata lain. HMM). HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis sekuens lainnya. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX. seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein. Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode yang berhubungan dengan Hidden Markov Model ("Model Markov Tersembunyi". metode prediksi struktur protein yang ada saat ini dapat dikategorikan ke dalam dua kelompok.

Pada pendekatan ini. Pada metode ini.homologi didasarkan pada teori bahwa dua protein yang homolog memiliki struktur yang sangat mirip satu sama lain. Selain itu. Prosedur-prosedur ini cenderung membutuhkan proses komputasi yang intens. struktur suatu protein (disebut protein target) ditentukan berdasarkan struktur protein lain (protein templat) yang sudah diketahui dan memiliki kemiripan sekuens dengan protein target tersebut. Terdapat banyak kemungkinan dalam pendekatan ini. Latar belakang protein threading adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi daripada sekuens protein selama evolusi. misalnya proyek Folding@home). misalnya dengan superkomputer (misalnya superkomputer Blue Gene dari IBM) atau komputasi terdistribusi (distributed computing. [sunting] Analisis ekspresi gen Analisis klastering ekspresi gen pada kanker payudara . Dalam pendekatan de novo atau ab initio. Beberapa usaha telah dilakukan untuk mengatasi kekurangan sumber daya komputasi tersebut. struktur yang paling kompatibel untuk suatu sekuens asam amino dipilih dari semua jenis struktur tiga dimensi protein yang ada. penerapan lain pemodelan komparatif adalah protein threading yang didasarkan pada kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens primer. atau dengan optimisasi global fungsi energi protein. Metode-metode yang tergolong dalam protein threading berusaha menentukan tingkat kompatibilitas tersebut. struktur protein ditentukan dari sekuens primernya tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. misalnya dengan menirukan proses pelipatan (folding) protein dari sekuens primernya menjadi struktur tersiernya (misalnya dengan simulasi dinamika molekular). sehingga saat ini hanya digunakan dalam menentukan struktur protein-protein kecil. daerah-daerah yang penting bagi fungsi protein dipertahankan strukturnya.

L. Lembaga Biologi Molekul Eijkman. Referensi dan bacaan lanjutan • • • (en) Attwood. basis data sekuens DNA mikroorganisme asli Indonesia sedang dikembangkan di UI. ISBN 0805346333 (en) Mount.W. Cibinong. Fundamental Concepts of Bioinformatics. sementara metode-metode klastering (clustering) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen. Mata kuliah "Proteomik dan Bioinformatika" termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada (UGM). Selain itu. secara khusus memiliki laboratorium bioinformatika sebagai fasilitas penunjang kegiatan risetnya. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biologi dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Selain itu. Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya.Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik (misalnya dengan microarray ataupun Serial Analysis of Gene Expression ["Analisis Serial Ekspresi Gen". Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1999.E. Jakarta. ISBN 0582327881 (en) Krane. Parry-Smith. Jakarta. Bogor. Raymer. T. Jakarta menawarkan mata kuliah "Pengantar Bioinformatika". Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Pusat Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI). Mata kuliah "Bioinformatika" diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas Indonesia (UI). Riset bioinformatika protein dilaksanakan sebagai bagian dari aktivitas riset rekayasa protein pada Laboratorium Rekayasa Protein. SAGE]). dan M. D. Harlow: Pearson Education.J. Sebagai contoh. riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB.K. 2003. Metode-metode penggalian data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. D. dan D. 2001.. San Francisco: Benjamin Cummings.. Yogyakarta. metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen. [sunting] Bioinformatika di Indonesia Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan bioinformatika sudah diajarkan di beberapa perguruan tinggi di Indonesia. Introduction to Bioinformatics. ISBN 0879696087 .

Di antara sebagian besar waktu yang digunakan untuk hal tersebut.Kimia komputasi Kimia komputasi adalah cabang kimia teori yang tujuan utamanya adalah membuat program komputer yang efisien untuk menghitung sifat-sifat molekul (seperti energi total. Kadang-kadang digunakan juga untuk bidang-bidang tumpang-tindah antara ilmu komputer dan kimia. Simulasi proses transisi fasa Simulasi sifat-sifat bahan seperti polimer. Kajian komputasi dapat dilakukan untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium. Pendahuluan Dalam kimia teori. Kimiawan komputasi kebanyakan “sekedar” menggunakan program komputer dan metodologi yang ada dan menerapkannya untuk permasalahan kimia tertentu. kimiawan dan fisikawan secara bersama mengembangkan algoritma dan program komputer untuk memungkinkan peramalan sifat-sifat atom dan molekul. dan kristal (termasuk kristal cair). dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. QSAR). Terdapat beberapa pendekatan yang dapat dilakukan: 1. agar diperoleh proses komputasi yang paling efisien dan akurat. . Terdapat beberapa bidang utama dalam topik ini. antara lain: • • • • • • • • Penyajian komputasi atom dan molekul Pendekatan dalam penyimpanan dan pencarian spesi kimia (Basisdata kimia) Pendekatan dalam penentuan pola dan hubungan antara struktur kimia dan sifatsifatnya (QSPR. 2. dan padatan). dan/atau lintasan reaksi untuk reaksi kimia. frekuensi getaran). Kajian komputasi dapat digunakan untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan pengamatan pada reaksi di laboratorium. atau sistem banyak molekul seperti gas. momen dipol. maupun pemilihan teori kimia yang sesuai. kimiawan komputasi juga dapat terlibat dalam pengembangan algoritma baru. serta simulasi sistem makroskopis. logam. Kajian komputasi dapat digunakan untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem. maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein dan asam nukleat. khususnya dalam perancangan obat. Elusidasi struktur secara teoretis berdasarkan pada simulasi gaya-gaya Pendekatan komputasi untuk membantu sintesis senyawa yang efisien Pendekatan komputasi untuk merancang molekul yang berinteraksi lewat caracara yang khusus. cairan. 3.

interaksi konfigurasi. Christopher J. [sunting] Komputasi Molekul Sifat-sifat molekul. matriks kerapatan tereduksi. Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models. Cramer. Young. terdapat beberapa teknik untuk menghitung sifat-sifat molekul. [sunting] Paket Perangkat Lunak Sejumlah paket perangkat lunak menyediakan berbagai metode kimia-kuantum. atau hyperpolarizability merupakan beberapa besaran yang dapat dihitung lewat perhitungan. maupun pendekatan fisika klasik (mekanika molekul) untuk simulasi sistem yang besar. David C. 2004. 2nd edition. Metode kimia-kuantum yang tidak mencakup parameter empiris dan semi-empiris dalam persamaannya disebut metode ab-initio. Jenis-jenis metode ab-initio yang populer adalah: Hartree-Fock. keterpolaran. yaitu mekanika molekul. Di antara yang luas digunakan adalah: • • • • • • • • • • Gaussian Gamess Q-Chem NWChem ACES Molpro Dalton Spartan Psi PLATO (Package for Linear Combination of Atomic Orbitals) [sunting] Rujukan • • • Computational Chemistry dari Wikipedia berbahasa Inggris. coupled cluster. dan teori fungsi kerapatan. struktur. momen dipol. 2001 . seperti energi. teori gangguan Møller-Plesset.Program yang digunakan dalam kimia komputasi didasarkan pada berbagai metode kimia-kuantum yang memecahkan persamaan Schrödinger untuk molekul. Computational Chemistry. teori fungsi kerapatan atau teori struktur elektron. Dalam komputasi molekul.

[sunting] Perangkat lunak basis data Perangkat lunak basis data yang banyak digunakan dalam pemrogramam dan merupakan perangkat basis data aras tinggi (high level): • • • • • • • • • • DB2 Microsoft SQL Server Oracle Sybase Interbase XBase Teradata Firebird MySQL PostgreSQL Selain perangkat lunak di atas. Pada awalnya kata algorisme adalah istilah yang merujuk kepada aturan-aturan aritmetis untuk menyelesaikan persoalan dengan menggunakan bilangan numerik arab (sebenarnya dari India. terdapat juga perangkat lunak pemrograman basis data aras rendah (low level). diantaranya: • • Btrieve Tsunami Record Manager Algoritma Pendahuluan Kata algoritma berasal dari latinisasi nama seorang ahli matematika dari Usbekistan Al Khawārizmi (hidup sekitar abad ke-9). Sistem basis data dipelajari dalam ilmu informasi. Pada abad 18. sebagaimana tercantum pada terjemahan karyanya dalam bahasa latin dari abad ke-12 "Algorithmi de numero Indorum". Perangkat lunak yang digunakan untuk mengelola dan memanggil kueri (query) basis data disebut sistem manajemen basis data (database management system/DBMS). seperti tertulis pada judul di atas). istilah ini berkembang menjadi .Basis data Basis data (bahasa Inggris: database) adalah kumpulan informasi yang disimpan di dalam komputer secara sistematik sehingga dapat diperiksa menggunakan suatu program komputer untuk memperoleh informasi dari basis data tersebut.

Masing-masing paradigma dapat digunakan dalam banyak algoritma yang berbeda. Salah satu cara untuk melakukan klasifikasi jenis-jenis algoritma adalah dengan memperhatikan paradigma dan metode yang digunakan untuk mendesain algoritma tersebut. [sunting] Jenis-jenis Algoritma Terdapat beragam klasifikasi algoritma dan setiap klasifikasi mempunyai alasan tersendiri. sama-sama mencoba • . Beberapa paradigma yang digunakan dalam menyusun suatu algoritma akan dipaparkan dibagian ini. Perintah-perintah ini dapat diterjemahkan secara bertahap dari awal hingga akhir. algoritma yang dapat menyelesaikan suatu permasalahan dalam waktu yang singkat memiliki kompleksitas yang rendah. sementara algoritma yang membutuhkan waktu lama untuk menyelesaikan suatu masalah membutuhkan kompleksitas yang tinggi. Singkatnya menyelesaikan keseluruhan masalah dengan membagi masalah besar dan kemudian memecahkan permasalahan-permasalahan kecil yang terbentuk. Algoritma yang berbeda dapat diterapkan pada suatu masalah dengan kriteria yang sama. terlepas dari implementasi algoritma tersebut. Dynamic programming. algoritma (Inggris: algorithm) merupakan kumpulan perintah untuk menyelesaikan suatu masalah. yang mencakup semua prosedur atau urutan langkah yang jelas dan diperlukan untuk menyelesaikan suatu permasalahan. paradigma pemrograman dinamik akan sesuai jika digunakan pada suatu masalah yang mengandung sub-struktur yang optimal (.algoritma. • Divide and Conquer. Secara informal. Paradigma ini sekilas terlihat mirip dengan paradigma Divide and Conquer. berbeda dengan heuristik. Kompleksitas dari suatu algoritma merupakan ukuran seberapa banyak komputasi yang dibutuhkan algoritma tersebut untuk menyelesaikan masalah. Algoritma akan dapat selalu berakhir untuk semua kondisi awal yang memenuhi kriteria. Jika dijelaskan lebih lanjut. Desain dan analisis algorithma adalah suatu cabang khusus dalam ilmu komputer yang mempelajari karakteristik dan performa dari suatu algoritma dalam menyelesaikan masalah. paradigma untuk membagi suatu permasalahan besar menjadi permasalahan-permasalahan yang lebih kecil. dan mengandung beberapa bagian permasalahan yang tumpang tindih . Algoritma sering mempunyai langkah pengulangan (iterasi) atau memerlukan keputusan (logika Boolean dan perbandingan) sampai tugas selesai. terlepas dari sistem komputer atau bahasa pemrograman yang digunakan. Dalam cabang disiplin ini algoritma dipelajari secara abstrak. ada kriteria kondisi awal yang harus dipenuhi sebelum menjalankan algoritma. Pembagian masalah ini dilakukan terus menerus sampai ditemukan bagian masalah kecil yang mudah untuk dipecahkan. dengan catatan untuk setiap masalah. Masalah tersebut dapat berupa apa saja.

bagaimana program harus mengevaluasi suatu hasil (algoritma). adalah ilmu yang mempelajari tentang komputasi. • Metode serakah. dan menggunakan pilihan "serakah" apa yang dilihat terbaik pada saat itu. Penghargaan tertinggi dalam ilmu komputer adalah Turing Award. Departemen ilmu komputer pertama didirikan di Universitas Purdue pada tahun 1962. bagaimana program harus menyimpan dan mengambil bit tertentu dari suatu informasi (struktur data). Ilmu komputer mencakup beragam topik berkaitan dengan komputer. karena seperti itulah kebanyakan komputer digunakan sekarang ini. Ilmu Komputer berbeda dengan pemrograman komputer. Ilmu komputer (Ilkom). Edsger Dijkstra mengatakan: . Dalam tiga dekade terakhir dari abad 20. Hampir semua universitas sekarang mempunyai departemen ilmu komputer. atau yang dalam bahasa Inggrisnya disebut Computer Science (CS). perangkat lunak. tapi secara intrinsik ada perbedaan dari karakter permasalahan yang dihadapi. Sebuah algoritma serakah mirip dengan sebuah Pemrograman dinamik. Para ahli ilmu komputer juga mempelajari jenis mesin yang lain. dari analisa abstrak algoritma sampai subyek yang lebih konkret seperti bahasa pemrograman. Ilmu komputer berakar dari elektronika. Tesis ini terkadang dianggap sebagai prinsip dasar dari ilmu komputer. Ilmu komputer Secara umum. pemenang penghargaan ini adalah semua pionir di bidangnya. sekalipun dengan efisiensi yang berbeda. Ilmu Komputer mempelajari apa yang bisa dilakukan oleh program. dan apa yang tidak (komputabilitas dan intelegensia buatan). Tesis Church-Turing menyatakan bahwa semua alat komputasi yang telah umum diketahui sebenarnya sama dalam hal apa yang bisa mereka lakukan. dan bagaimana program dan pengguna berkomunikasi (antarmuka pengguna dan bahasa pemrograman). Para ahli ilmu komputer biasanya menekankan komputer von Neumann atau mesin Turing (komputer yang mengerjakan tugas yang kecil dan deterministik pada suatu waktu tertentu). dan perangkat keras. beberapa diantaranya praktikal (seperti paralel dan kuantum) dan beberapa diantaranya cukup teoritis (seperti random and oracle). bedanya jawaban dari submasalah tidak perlu diketahui dalam setiap tahap. baik perangkat keras (hardware) maupun perangkat lunak (software). sekalipun ketiga istilah tersebut sering disalahartikan. matematika dan linguistik. rekayasa perangkat lunak dan teknik komputer.untuk membagi permasalahan menjadi sub permasalahan yang lebih kecil. ilmu komputer telah menjadi suatu disiplin ilmu baru dan telah mengembangkan metode dan istilah sendiri. Sebagai suatu disiplin ilmu.

'Sistem Informasi' dapat berupa gabungan dari beberapa elemen teknologi berbasis komputer yang saling berinteraksi dan bekerja sama berdasarkan suatu prosedur kerja (aturan kerja) yang telah ditetapkan. Walaupun begitu. dan data. yang dalam bahasa Jerman disebut Informatik.Ilmu komputer bukan tentang komputer sebagaimana astronomi bukan tentang teleskop Fisikawan ternama Richard Feynman mengatakan: Ilmu komputer umurnya tidak setua fisika. Sistem Informasi Manajemen adalah kunci dari bidang yang menekankan finansial dan personal manajemen. lebih muda beberapa ratus tahun. istilah informatics dalam bahasa Inggris memiliki makna yang sedikit berbeda. menyimpan. dan perawatan komputer. dan mengambil kembali. Ilmu informasi dimulai sebagai dasar dari analisa komunikasi dan basis data. [sunting] Sistem Informasi Sistem Informasi adalah aplikasi komputer untuk mendukung operasi dari suatu organisasi: operasi. instalasi. tapi dibesarkan secara jauh lebih intensif! Catatan tentang istilah 'Informatika' dan 'Ilmu komputer' Dalam bahasa Indonesia. [sunting] Ilmu Informasi Ilmu Informasi adalah ilmu yang mempelajari data dan informasi. kata ini identik dengan istilah computer science di Amerika Serikat dan computing science di Inggris. dimana memproses dan mengolah data menjadi suatu bentuk informasi yang dapat digunakan dalam mendukung keputusan. [sunting] Hubungan Informatika dengan bidang lain Ilmu komputer berkaitan erat dengan beberapa bidang lain. mencakup bagaimana menginterpretasi. Namun. yaitu lebih menekankan pada aspek pengolahan informasi secara sistematis dan rasional. Bidang-bidang ini tidak benar-benar terpisah. ini tidak berarti bahwa "hidangan" ilmuwan komputer jauh lebih sedikit dibanding fisikawan. Sebenarnya. . menganalisa. istilah Informatika diturunkan dari bahasa Perancis informatique. perangkat lunak. Memang lebih muda. sekalipun mempunyai perbedaan penting.

Testing dan Maintenance.[sunting] Rekayasa Perangkat Lunak Rekayasa Perangkat Lunak pada prinsipnya menekankan pada tahapan-tahapan pengembangan suatu perangkat lunak yakni : Analisis. Pada tahap yang lebih luas Rekayasa Perangkat Lunak mengacu pada Manajemen Proyek pengembangan Perangkat Lunak itu sendiri dengan tetap memperhatikan tahapan-tahapan pengembangan sebelumnya. [sunting] Rekayasa Komputer Rekayasa Komputer adalah ilmu yang mempelajari analisa. desain. model RAD 'rapid aplikation model'. pemeliharaan perangkat lunak. model sequensial linear. Implementasi. dan konstruksi dari perangkat keras komputer. [sunting] Cabang Ilmu Utama Informatika [sunting] Dasar Matematika • • • • Aljabar Boolean Matematika Diskrit Teori Graf Teori Informasi . Ilmu yang mempelajari segala aspek pembuatan. Desain. Dalam pengembangannya perangkat lunak memiliki berbagai model yaitu model water fall ('model konvensional' sebagai model terdahulu yang dikembangkan dan karena model water fall nyaris sama dengan siklus hidup pengembangan sistem). konstruksi. model prototype ('model yang disukai oleh user dan pengembang). [sunting] Keamanan Informasi Keamanan Informasi adalah ilmu yang mempelajari analisa dan implementasi dari keamanan sistem informasi (termasuk Kriptografi).

• • Logika Simbolik Peluang and Statistik [sunting] Teori Ilmu Komputer • • • • • • Teori Informasi Algoritmik Kompilator o Analisis Leksikal o Penguraian Kriptografi Semantik Denotasional Teori Komputasi (atau Ilmu Komputer Teoritis) o analisa dari algoritma dan kompleksitas dari problem o logika dan arti dari program o logika matematika dan bahasa formal Teori Tipe [sunting] Perangkat Keras (lihat juga elektronika) • • • • • • • • struktur kontrol dan Mikroprogram aritmetic dan struktur logika struktur memori masukan/keluaran dan komunikasi data media penyimpanan o Floppy Disk dan Floppy Disk Drive o CD Media dan CD ROM o DVD Media dan DVD ROM o HardDisk dan HardDisk Drive o FlashDisk dan FlashDisk Drive desain logika sirkuit terpadu o desain VLSI kinerja dan reliabilitas [sunting] Organisasi Sistem Komputer (lihat juga elektronika) .

• • • • • • Arsitektur Komputer Jaringan Komputer Komputasi Terdistribusi Komputasi Grid Kinerja dari Sistem Implementasi dari Sistem Komputer [sunting] Perangkat Lunak • • • • • Program Komputer and Pemrograman Komputer o Pemrograman Paralel o Spesifikasi Program o Verifikasi Program Teknik Pemrograman Rekayasa Perangkat Lunak o Optimisasi o Metrik Perangkat Lunak o Pola Desain o Metode Pengembangan Perangkat Lunak Bahasa Pemrograman Sistem Operasi [sunting] Data dan Sistem Informasi • • • • • • • Struktur Data Representasi penyimpan data Enkripsi data Kompresi data Pengkodean dan Teori Informasi Berkas o Format Berkas Sistem Informasi o Basis Data o Data Minning o Data Warehouse o Penyimpanan dan Pengambilan Informasi o Antarmuka dan presentasi informasi [sunting] Metodologi Komputasi .

• • • • • • • • manipulasi simbolik dan aljabar Kecerdasan Buatan Grafik Komputer Pengolahan Citra dan Visi Komputer Pengenalan Pola o Pengenalan Suara Simulasi dan Pemodelan Pengolahan dokumen dan teks Pengolahan Sinyal Digital [sunting] Aplikasi Komputer • • • • • • • • • • Pengolahan data administratif Perangkat lunak matematika o Analisis numerik o Pembukti teori otomatis o Aljabar komputer Ilmu dan teknik fisika o Kimia Komputasional o Fisika Komputasional Ilmu hayat dan medis o Bioinformatika o Biologi Komputasional o Informatika Medika Sosiologi Seni dan kemanusiaan rekayasa berbantuan komputer Robotik Interaksi manusia dan komputer o Sintesa suara o Rekayasa kedapatgunaan Hiburan o Permainan Komputer [sunting] Lingkungan Komputasi • • • • • Industri Komputer Sejarah dari Perhitungan Komputer dan pendidikan Komputer dan masyarakat o Kerja Kooperatif Didukung Komputer Aspek hukum dari komputer .

bahasa pemrograman tingkat tinggi pertama dan susunan Backus-Naur untuk mendeskripsikan bahasa formal sintaks. komputer di Inggris yang pertama. Goto dianggap berbahaya. Wilkinson adalah juga penggerak dalam pengembangan Pilot ACE. James Wilkinson Teknik "analisa kesalahan dari belakang" dan kemajuan di bidang perhitungan matriks.php/ . Edsger Dijkstra untuk algoritma. pada akhir 1940an.• • • manajemen dari komputasi dan sistem informasi personal komputer Komputer dan Keamanan Informasi [sunting] Sejarah • • • • Sejarah dari Perhitungan Projek pemrograman awal Departemen Ilmu Komputer Garis Waktu dari Algoritma [sunting] Ahli Terkenal Ilmu Komputer • • • • • • • • • • • • • John Backus Penemu FORTRAN. Ole-Johan Dahl dan Kristen Nygaard. (lihat Wilkinson pada biografi MacTutor. Materi Kuliah silahkan untuk On Line dengan alamat situs web berikut ini: http://ilmukomputer. Kenneth Iverson Penemu APL. Shannon untuk teori informasi Alan Turing untuk teori komputabilitas. James Cooley dan John Tuckey Fourier Transform Cepat (Fast Fourier Transform) dan pengaruhnya pada riset keilmuan. Claude E.com/index. Donald Knuth untuk Seni dari Pemrograman Komputer Ada Lovelace programer terkenal pertama di dunia John von Neumann yang telah mengembangkan arsitektur von Neumann. di mana dia menrencanakan bahasa pemrograman jauh sebelum waktunya. untuk kontribusinya di perhitungan interaktif. penemu bahasa berorientasi objek SIMULA. William Kahan untuk standard IEEE floating-point.) Konrad Zuse Pembuat binari komputer yang pertama pada 1930-an.