Limbah budidaya perikanan, salah satunya, adalah limbah organik yang tersusun oleh karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen,

fosforus, sulfur dan mineral lainnya. Pemberian pakan menjadi salah satu sumber penghasil limbah dalam proses budidaya perikanan. Hal ini disebabkan ada kemungkinan sebagian pakan yang telah masuk mulut dimuntahkan kembali (supperflous feeding) dan jika ditelanpun tidak dapat dicerna dengan optimal, maupun pakan tidak dimakan ikan. Hal tersebut dapat ditunjukkan dengan Food Convertion Ratio (FCR). Apabila FCR >1 maka ada cukup banyak limbah dari pakan, bahkan dengan FCR =1 pun tetap akan menghasilkan limbah. Hal lain yang menjadi sumber limbah adalah sisa metabolism dari organisme yang dibudidaya. Sisa metabolisme yang dikeluarkan oleh ikan berupa feses merupakan yang paling banyak. Sebagian besar feses akan mengendap di dasar perairan. Jasad organisme, baik itu organisme yang dibudidayakan, plankton, maupun organisme perairan lain, yang mati juga menjadi sumber lembah dalam budidaya perikanan. Limbah dalam perairan dapat berbentuk padatan yang terendap, koloid, tersuspensi dan terlarut . Padatan limbah terendap akan langsung mengendap menuju dasar perairan. sedangkan bentuk lainnya akan tetap berada di badan air, baik di badan air yang aerobik maupun anaerobik. Dilapisan aerobik maupun anaerobik bahan organik limbah tersebut akan menjadi sumber makanan bagi mikroba heterotropik untuk hidup dan berkembang biak. Aktifitas mikroba anaerobik selain menghasilkan sel-sel mikroba baru juga menghasilkan senyawa-senyawa CO2, NH3, H2S, dan CH4 serta senyawa lainnya seperti amin, PH3 dan komponen fosfor.