P. 1
Asam Nukleat Dalam Sel Terdiri Dari DNA

Asam Nukleat Dalam Sel Terdiri Dari DNA

|Views: 166|Likes:

More info:

Published by: Ratna Dewi Kumalasari on Mar 22, 2012
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOC, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

05/10/2014

pdf

text

original

Sections

  • Peran RNA Dalam Mempertahankan Keberadaan Mahluk Hidup
  • Asam deoksiribonukleat

Asam nukleat dalam sel terdiri dari DNA (DeoxyriboNucleic
Acid) dan RNA (RiboNucleic Acid). Kedua jenis asam nukleat ini
memiliki perbedaan basa purin yang merupakan molekul
penyusunnya. Untuk RNA disusun oleh gula D-ribosa dan basa
urasil. Sedangkan untuk DNA disusun oleh gula 2-deoksi-D-
ribosa yaitu gula D-ribosa yang kehilangan gugus OH pada
atom C nomor 2 dan basa timin.

Pokok bahasan di dalam bab ini menguraikan struktur molekul dan komponen
asam nukleat, termasuk macam-macam ikatan kimia yang menghubungkan
komponen-komponen tersebut. Selain itu, dijelaskan pula perbedaan struktur
antara DNA dan RNA, serta sifat-sifat fisika-kimia dan spektroskopik-termal
asam nukleat, khususnya DNA. Dengan mempelajari pokok bahasan ini akan
diperoleh gambaran mengenai perubahan struktur yang terjadi pada asam
nukleat yang dimanipulasi, dan juga mekanisme manipulasi asam nukleat yang
pada dasarnya berkaitan dengan sifat-sifat fisika-kimianya.

Setelah mempelajari pokok bahasan di dalam bab ini mahasiswa diharapkan
mampu menjelaskan:

1.struktur molekul dan komponen-komponen asam nukleat, termasuk
macam-macam ikatan kimia yang terdapat di dalamnya,
2.perbedaan struktur antara DNA dan RNA,
3.cara pembacaan sekuens suatu molekul asam nukleat,
4.sifat-sifat fisika-kimia asam nukleat, dan
5. sifat-sifat spektroskopik-termal asam nukleat

Pengetahuan awal yang diperlukan oleh mahasiswa agar dapat mempelajari
pokok bahasan ini dengan lebih baik adalah sejarah penemuan asam nukleat
beserta percobaan-percobaan yang membuktikan bahwa DNA merupakan
materi genetik pada sebagian besar organisme dan RNA merupakan materi
genetik pada virus tertentu. Pengetahuan tersebut telah diperoleh melalui mata
kuliah Genetika pada semester VI. Adapun urutan bahasan di dalam bab ini
adalah struktur molekul asam nukleat, sifat-sifat fisika-kimia asam nukleat, dan
sifat-sifat spektroskopik-temal asam nukleat.

Struktur Molekul

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan
sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan
informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena
tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap
nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa,
dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N).

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid
(RNA)
. Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam
nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula
pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami
kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-
deoksiribosa (Gambar 2.1.b).

Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa
N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin
aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan
menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua

buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin
(monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan
guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA.
Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada
RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda
dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga
timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.

Gambar 2.1. Komponen-komponen asam nukleat

a) gugus fosfat b) gula pentosa c) basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa
N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang
urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu
bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan
berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa
menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan
basanya saja.

Nukleosida dan nukleotida

Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen
(1’, 2’, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran
posisi pada cincin basa. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-
9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan
glikosidik atau glikosilik (Gambar 2.2). Kompleks gula-basa ini dinamakan
nukleosida.

Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer
berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah

gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada
asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian
nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau
lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah
nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.

Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula,
nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin
monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula
pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2’-
deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin,
deoksisitidin, dan deoksitimidin.

Ikatan fosfodiester

Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N,
pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan
gugus hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini
dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam
bentuk diester (Gambar 2.2).

Gambar 2.2. Ikatan fosfodiester dan ikatan glikosidik pada asam nukleat

Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida
dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus
menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian,
akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya
satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester.

Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid
bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya berupa
gugus fosfat yang terikat pada posisi 5’ gula pentosa. Oleh karena itu, ujung ini
dinamakan ujung P atau ujung 5’. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil
yang terikat pada posisi 3’ gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung
OH
atau ujung 3’. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai
polinukleotida linier mempunyai arah tertentu.

Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan
negatif. Inilah alasan pemberian nama ’asam’ kepada molekul polinukleotida
meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N. Kenyataannya, asam
nukleat memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang
sangat bermuatan negatif.

Sekuens asam nukleat

Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas suatu
molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul
asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja.
Selanjutnya, dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk
menempatkan ujung 5’ di sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan. Sebagai
contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau
suatu sekuens RNA dituliskan 5’-GGUCUGAAUG-3’.

Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya,
juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki
sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut
dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5’→ 3’, sedangkan yang lain
3’→ 5’).

Struktur tangga berpilin (double helix) DNA

Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model struktur
molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan
dasar dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA. Model
tersebut dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Secara alami DNA
pada umumnya mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini.

Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua
rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah
pilinan ke kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke
arah luar sumbu pilinan, sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu
pilinan dengan susunan yang sangat khas sebagai pasangan – pasangan basa
antara kedua rantai. Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan
dengan basa T pada rantai lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa
C. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah
(nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua,
sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga.
Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat
satu sama lain dan saling komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada
salah satu rantai diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat
ditentukan.

Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka
jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu
tetap. Dengan perkataan lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika
rantai yang satu dibaca dari arah 5’ ke 3’, maka rantai pasangannya dibaca dari
arah 3’ ke 5’. Jadi, kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah
(antiparalel).

3’
5’
5’

3’

Gambar 2.3. Model struktur tangga berpilin DNA

P = fosfat S =gula

A = adenin, G = guanin, C = sitosin, T =timin

Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0,34 nm. Sementara itu,
di dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara
dua basa yang tegak lurus di dalam masing-masing rantai menjadi 3,4 nm.
Namun, kondisi semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam
medium larutan fisiologis dengan kadar garam rendah seperti halnya yang
terdapat di dalam protoplasma sel hidup. DNA semacam ini dikatakan berada
dalam bentuk B atau bentuk yang sesuai dengan model asli Watson-Crick.

Bentuk yang lain, misalnya bentuk A, akan dijumpai jika DNA berada dalam
medium dengan kadar garam tinggi. Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa
dalam setiap putaran spiral. Selain itu, ada pula bentuk Z, yaitu bentuk molekul
DNA yang mempunyai arah pilinan spiral ke kiri. Bermacam-macam bentuk
DNA ini sifatnya fleksibel, artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain
bergantung kepada kondisi lingkungannya.

Modifikasi struktur molekul RNA

Tidak seperti DNA, molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal
sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. Namun, modifikasi struktur
juga terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu
sendiri (intramolekuler).

Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA, kita mengenal tiga macam
RNA, yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA), RNA pemindah atau
transfer RNA (tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Struktur mRNA
dikatakan sebagai struktur primer, sedangkan struktur tRNA dan rRNA
dikatakan sebagai struktur sekunder. Perbedaan di antara ketiga struktur
molekul RNA tersebut berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing.

Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat

Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat.
Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat, pengaruh asam, pengaruh
alkali, denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung.

Stabilitas asam nukleat

Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur
sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil
akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Padahal,

sebenarnya tidaklah demikian. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan
basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul
air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas
tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat, tetapi sekedar
menentukan spesifitas perpasangan basa.

Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan
(stacking interactions)
antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang
bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela
perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.

Pengaruh asam

Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari
100ºC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-
komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan
glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat
dikatakan bersifat apurinik.

Pengaruh alkali

Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan
status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan
perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena
molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan
menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya
rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada
RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap
hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C
nomor 2 di dalam gula ribosanya.

Denaturasi kimia

Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat
pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan
formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa
tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder
asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.

Viskositas

DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena
diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa
sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain
itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan
mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA
menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah
tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.

Kerapatan apung

Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung
(bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan
berat molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai
kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3

. Jika
larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka garam
CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien
kerapatan
. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien
yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi
seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient
centrifugation)
atau sentrifugasi isopiknik.

Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar
tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari
RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk
keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi
linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 + 0,098% (G + C).

Gambar 2.4. Sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan

Sifat-sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat

Sifat spektroskopik-termal asam nukleat meliputi kemampuan absorpsi sinar
UV, hipokromisitas, penghitungan konsentrasi asam nukleat, penentuan
kemurnian DNA, serta denaturasi termal dan renaturasi asam nukleat. Masing-
masing akan dibicarakan sekilas berikut ini.

Absorpsi UV

Asam nukleat dapat mengabsorpsi sinar UV karena adanya basa nitrogen yang
bersifat aromatik; fosfat dan gula tidak memberikan kontribusi dalam absorpsi
UV. Panjang gelombang untuk absorpsi maksimum baik oleh DNA maupun
RNA adalah 260 nm atau dikatakan λmaks = 260 nm. Nilai ini jelas sangat
berbeda dengan nilai untuk protein yang mempunyai λmaks = 280 nm. Sifat-sifat
absorpsi asam nukleat dapat digunakan untuk deteksi, kuantifikasi, dan
perkiraan kemurniannya.

Hipokromisitas

Meskipun λmaks untuk DNA dan RNA konstan, ternyata ada perbedaan nilai
yang bergantung kepada lingkungan di sekitar basa berada. Dalam hal ini,
absorbansi pada λ 260 nm (A260) memperlihatkan variasi di antara basa-basa

pada kondisi yang berbeda. Nilai tertinggi terlihat pada nukleotida yang
diisolasi, nilai sedang diperoleh pada molekul DNA rantai tunggal (ssDNA)
atau RNA, dan nilai terendah dijumpai pada DNA rantai ganda (dsDNA). Efek
ini disebabkan oleh pengikatan basa di dalam lingkungan hidrofobik. Istilah
klasik untuk menyatakan perbedaan nilai absorbansi tersebut adalah
hipokromisitas. Molekul dsDNA dikatakan relatif hipokromik (kurang
berwarna) bila dibandingkan dengan ssDNA. Sebaliknya, ssDNA dikatakan
hiperkromik terhadap dsDNA.

Penghitungan konsentrasi asam nukleat

Konsentrasi DNA dihitung atas dasar nilai A260-nya. Molekul dsDNA dengan
konsentrasi 1mg/ml mempunyai A260 sebesar 20, sedangkan konsentrasi yang
sama untuk molekul ssDNA atau RNA mempunyai A260 lebih kurang sebesar 25.
Nilai A260 untuk ssDNA dan RNA hanya merupakan perkiraan karena
kandungan basa purin dan pirimidin pada kedua molekul tersebut tidak selalu
sama, dan nilai A260 purin tidak sama dengan nilai A260 pirimidin. Pada dsDNA,
yang selalu mempunyai kandungan purin dan pirimidin sama, nilai A260 -nya
sudah pasti.

Kemurnian asam nukleat

Tingkat kemurnian asam nukleat dapat diestimasi melalui penentuan nisbah A260
terhadap A280. Molekul dsDNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sebesar 1,8.
Sementara itu, RNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sekitar 2,0. Protein,
dengan λmaks = 280 nm, tentu saja mempunyai nisbah A260 /A280 kurang dari 1,0.
Oleh karena itu, suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai A260 /A280 lebih
dari 1,8 dikatakan terkontaminasi oleh RNA. Sebaliknya, suatu sampel DNA
yang memperlihatkan nilai A260 /A280 kurang dari 1,8 dikatakan terkontaminasi
oleh protein.

Denaturasi termal dan renaturasi

Di atas telah disinggung bahwa beberapa senyawa kimia tertentu dapat
menyebabkan terjadinya denaturasi asam nukleat. Ternyata, panas juga dapat
menyebabkan denaturasi asam nukleat. Proses denaturasi ini dapat diikuti
melalui pengamatan nilai absorbansi yang meningkat karena molekul rantai
ganda (pada dsDNA dan sebagian daerah pada RNA) akan berubah menjadi
molekul rantai tunggal.

Denaturasi termal pada DNA dan RNA ternyata sangat berbeda. Pada RNA
denaturasi berlangsung perlahan dan bersifat acak karena bagian rantai ganda
yang pendek akan terdenaturasi lebih dahulu daripada bagian rantai ganda yang
panjang. Tidaklah demikian halnya pada DNA. Denaturasi terjadi sangat cepat
dan bersifat koperatif karena denaturasi pada kedua ujung molekul dan pada
daerah kaya AT akan mendestabilisasi daerah-daerah di sekitarnya.

Suhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami denaturasi dinamakan titik
leleh
atau melting temperature (Tm). Nilai Tm merupakan fungsi kandungan GC
sampel DNA, dan berkisar dari 80 ºC hingga 100ºC untuk molekul-molekul
DNA yang panjang.

DNA yang mengalami denaturasi termal dapat dipulihkan (direnaturasi) dengan
cara didinginkan. Laju pendinginan berpengaruh terhadap hasil renaturasi yang
diperoleh. Pendinginan yang berlangsung cepat hanya memungkinkan
renaturasi pada beberapa bagian/daerah tertentu. Sebaliknya, pendinginan yang
dilakukan perlahan-lahan dapat mengembalikan seluruh molekul DNA ke
bentuk rantai ganda seperti semula. Renaturasi yang terjadi antara daerah
komplementer dari dua rantai asam nukleat yang berbeda dinamakan
hibridisasi.

Superkoiling DNA

Banyak molekul dsDNA berada dalam bentuk sirkuler tertutup atau closed-
circular
(CC)
, misalnya DNA plasmid dan kromosom bakteri serta DNA
berbagai virus. Artinya, kedua rantai membentuk lingkaran dan satu sama lain
dihubungkan sesuai dengan banyaknya putaran heliks (Lk) di dalam molekul
DNA tersebut.

Sejumlah sifat muncul dari kondisi sirkuler DNA. Cara yang baik untuk
membayangkannya adalah menganggap struktur tangga berpilin DNA seperti
gelang karet dengan suatu garis yang ditarik di sepanjang gelang tersebut. Jika
kita membayangkan suatu pilinan pada gelang, maka deformasi yang terbentuk
akan terkunci ke dalam sistem pilinan tersebut. Deformasi inilah yang disebut
sebagai superkoiling.

Interkalator

Geometri suatu molekul yang mengalami superkoiling dapat berubah akibat
beberapa faktor yang mempengaruhi pilinan internalnya. Sebagai contoh,
peningkatan suhu dapat menurunkan jumlah pilinan, atau sebaliknya,
peningkatan kekuatan ionik dapat menambah jumlah pilinan. Salah satu faktor
yang penting adalah keberadaan interkalator seperti etidium bromid (EtBr).
Molekul ini merupakan senyawa aromatik polisiklik bermuatan positif yang
menyisip di antara pasangan-pasangan basa. Dengan adanya EtBr molekul DNA
dapat divisualisasikan menggunakan paparan sinar UV.

Filed under: Pewarisan Sifat — gurungeblog @ 2:01 am
Tags: DNA, RNA

dna

DNA

DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN)
merupakan tempat penyimpanan informasi genetik.

Struktur DNA

Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model molekul
DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal
dengan heliks ganda Watson-Crick.DNA merupakan makromolekul
polinukleotida yang tersusun atas polimer nukleotida yang berulang-ulang,
tersusun rangkap, membentuk DNA haliks ganda dan berpilin ke kanan.Setiap
nukleotida terdiri dari tiga gugus molekul, yaitu :
- Gula 5 karbon (2-deoksiribosa)
- basa nitrogen yang terdiri golongan purin yaitu adenin (Adenin = A) dan
guanin (guanini = G), serta golongan pirimidin, yaitu sitosin (cytosine = C) dan
timin (thymine = T)
- gugus fosfat

Berikut susunan struktur kimia komponen penyusun DNA :
Baik purin ataupun pirimidin yang berkaitan dengan deoksiribosa membentuk
suatu molekul yang dinamakan nukleosida atau deoksiribonukleosida yang
merupakan prekursor elementer untuk sintesis DNA.Prekursor merupakan suatu
unsur awal pembentukan senyawa deoksiribonukleosida yang berkaitan dengan

gugus fosfat.DNA tersusun dari empat jenis monomer nukleotida.
Keempat basa nitrogen nukleotida di dalam DNA tidak berjumlah sama
rata.Akan tetapi, pada setiap molekul DNA, jumlah adenin (A) selalu sama
dengan jumlah timin (T).Demikian pula jumlah guanin (G) dengan sitisin(C)
selalu sama.Fenomena ini dinamakan ketentuan Chargaff.Adenin (A) selalu
berpasangan dengan timin (T) dan membentuk dua ikatan hidrogen (A=T),
sedagkan sitosin (C) selalu berpasangan dengan guanin (G) dan membentuk 3
ikatan hirogen (C = G).

Stabilitas DNA heliks ganda ditentukan oleh susunan basa dan ikatan hidrogen
yang terbentuk sepanjang rantai tersebut.karean perubahan jumlah hidrogen ini,
tidak mengehrankan bahwa ikatan C=G memerlukan tenaga yang lebih besar
untuk memisahkannya.
DNA merupakan makromolekul yang struktur primernya adalah polinukleotida
rantai rangkap berpilin.Sturktur ini diibaratkan sebagai sebuah tangga.Anak
tangganya adalah susunan basa nitrogen, dengan ikatan A-T dan G-C.Kedua
“tulang punggung tangganya” adalah gula ribosa.Antara mononukleotida satu
dengan yang lainnya berhubungan secara kimia melalui ikatan fosfodiester.
DNA heliks ganda yang panjangnya juga memiliki suatu polaritas.Polaritas
heliks ganda berlawanan orientasi satu sama lain.Kedua rantai polinukleotida
DNA yang membentuk heliks ganda berjajar secara antipararel.Jika
digambarkan sebagai berikut :

Replikasi DNA

Replikasi adalah peristiwa sintesis DNA.Saat suatu sel membelah secara
mitosis, tiap-tiap sel hasila pembelahan mengandung DNA penuh dan identik
seperti induknya.Dengan demikian, DNA harus secara tepat direplikasi sebelum
pembelahan dimulai.Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai
nukleotida baru dari rantai nukleotida lama.Proses komplementasi pasangan
basa menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA
lama sebagai cetakan.Kemungkinan terjadinya replikasi dapat melalui tiga
model.
Model pertama adalah model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak
berubah, berfungsi sebagai cetakan untuk dua dua rantai DNA baru.
Model kedua disebut model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama
terpisah dan rantai baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-
masing rantai DNA lama tersebut.Model ketiga adalah model dispersif, yaitu
beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan sebgai cetakan untuk
sintesis rantai DNA baru.

Berikut adalah gambaran replikasi yang terjadi terhadap DNA :
Dari ketiga model replikasi tersebut, model semikonservatif merupakan model
yang tepat untuk proses replikasi DNA.Replikasi DNA semikonservatif ini

berlaku bagi organisme prokariot maupun eukariot.Perbedaan replikasi antara
organisme prokariot dengan eukariot adalah dalam hal jenis dan jumlah enzim
yang terlibat, serta kecepatan dan kompleksitas replkasi DNA.Pada organisme
eukariot, peristiwa replikasi terjadi sebelum pembelahan mitosis, tepatnya pada
fase sintsis dalam siklus pembelahan sel.

RNA

rna

RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul yang
berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik.RNA sebagai
penyimpan informasi genetik misalnya pada materi genetik virus, terutama
golongan retrovirus.RNA sebagai penyalur informasi genetik misalnya pada
proses translasi untuk sintesis protein.RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim
( ribozim ) yang dapat mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA
lain.

Struktur RNA

RNA merupakan rantai tungga polinukleotida.Setiap ribonukleotida terdiri dari
tiga gugus molekul, yaitu :
- 5 karbon
- basa nitrogen yang terdiri dari golongan purin (yang sama dengan DNA) dan
golongan pirimidin yang berbeda yaitu sitosin (C) dan Urasil (U)
- gugus fosfat

Purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa membentuk suatu molekul
yang dinamakan nukleosida atau ribonukleosida, yang merupakan prekursor
dasar untuk sintesis DNA.Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat

membentuk suatu nukleotida atau ribonukleotida.RNA merupakan hasil
transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA merupakan polimer yang
jauh lebih pendek dibandingkan DNA.

Tipe RNA

RNA terdiri dari tiga tipe, yaitu mRNA ( messenger RNA ) atau RNAd ( RNA
duta ), tRNA ( transfer RNA ) atau RNAt ( RNA transfer ), dan rRNA
( ribosomal RNA ) atau RNAr ( RNA ribosomal ).

RNAd

RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer dengan salah satu
urutan basa rantai DNA.RNAd membawa pesan atau kode genetik (kodon) dari
kromosom (di dalam inti sel) ke ribosom (di sitoplasma).Kode genetik RNAd
tersebut kemudian menjadi cetakan utnuk menetukan spesifitas urutan asam
amino pada rantai polipeptida.RNAd berupa rantai tunggal yang relatif
panjang.Berikut gambarnya :

RNAr

RNAr merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom.Setiap
subunit ribosom terdiri dari 30 – 46% molekul RNAr dan 70 – 80% protein.

RNAt

RNAt merupakan RNA yang membawa asam amino satu per satu ke
ribosom.Pada salah satu ujung RNAt terdapat tiga rangkaian baa pendek
( disebut antikodon ).Suatu asam amino akan melekat pada ujung RNAt yang
berseberangan dengan ujung antikodon.Pelekatan ini merupakan cara
berfungsinya RNAt, yaitu membawa asam amino spesifik yang nantinya
berguna dalam sintesis protein yaitu pengurutan asam amino sesuai urutan
kodonnya pada RNAd.

Perbedaan antara DNA dan RNA

Berdasarkan penjelasan sebelumnya kita dapat menyimpulkan beberapa
perbedaan antara DNA dengan RNA sebagai berikut :
- komponen :
Gula pada DNA deoksiribosa , sedangkan RNA adalah ribosa
Basa nitrogen : – purin — DNA adalah Adenin dan Guanin, pada RNA adalah
Adenin dan Guanin
- Pirimidin — DNA adalah Timin dan sitosin, pada RNA adalah Urasil dan
sitosin
- Bentuk : — DNA berbentuk rantai panjang , ganda, dan berpilin (double
heliks)
— RNA berbentuk rantai pendek, tunggal, dan tidak berpilin
- Letak : — DNA terletak di dalam nukleus, kloroplas, mitokondria
– RNA terletak di dalam nukleus, sitoplasma, kloroplas, mitokondria

- Kadar : — DNA tetap
– RNA tidak tetap

DNA dan RNA
Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit
mononukleotida, jika unit-unit pembangunnya dioksinukleotida maka
asam nukleat itu disebut dioksiribonukleat(DNA) dan jika terdiri dari
unit-unit mononukleotida disebut asam ribonukleat(RNA).

DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama
sebab antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu
melalui jembatan fosfodiester antara posisi 3′ suatu mononukleotida dan
posisi 5′ pada mononukleotida lainnya(Harpet, 1980).

Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam
ribonukleat (RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan
di dalam semua sel. Asam nukleat merupakan molekul makro yang
memberi keterangan tiap asam nukleat mempunyai urutan nukleotida
yang unik sama seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein
tertentu karena asam nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun

dari satuan monomer yang disebut nukleotida(Dage, 1992).

Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat(DNA) dan
asam ribonukleat(RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini
merupakan pengemban kode genetik dan dapat memproduksi atau
mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk sel-sel baru untuk
memproduksi organisme itu dalam sebagian besar organisme, DNA
suatu sel mengerahkan sintesis molekul RNA, satu tipe RNA, yaitu
messenger RNA(mRNA), meninggalkan inti sel dan mengarahkan
tiosintesis dari berbagai tipe protein dalam organisme itu sesuai dengan
kode DNA-nya(fessenden, 1990).
Meskipun banyak memiliki persamaan dengan DNA, RNA memiliki
perbedaan dengan DNA, antara lain yaitu(Poedjiati, 1994):

1. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA
adalah dioksiribosa.
2. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda, bentuk molekul RNA
berupa rantai tunggal yang terlipat, sehingga menyerupai rantai ganda.
3. RNA mengandung basa adenin, guanin dan sitosin seperti DNA tetapi
tidak mengandung timin, sebagai gantinya RNA mengandung urasil.
4. Jumlah guanin dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin,
demikian pula jumlah adenin, tidak perlu sama dengan urasil.
Selain itu perbedaan RNA dengan DNA yang lain adalah dalam
hal(Suryo, 1992):

1. Ukuran dan bentuk
Pada umumnya molekul RNA lebih pendek dari molekul DNA. DNA
berbentuk double helix, sedangkan RNA berbentuk pita tunggal.
Meskipun demikian pada beberapa virus tanaman, RNA merupakan pita
double namun tidak terpilih sebagai spiral.

2. Susunan kimia
Molekul RNA juga merupakan polimer nukleotida, perbedaannya dengan
DNA yaitu:
a. Gula yang menyusunnya bukan dioksiribosa, melainkan ribosa.
b. Basa pirimidin yang menyusunnya bukan timin seperti DNA, tetapi

urasil.

3. Lokasi
DNA pada umumnya terdapat di kromosom, sedangkan RNA tergantung
dari macamnya, yaitu:
a. RNA d(RNA duta), terdapat dalam nukleus, RNA d dicetak oleh salah
satu pita DNA yang berlangsung didalam nukleus.
b. RNA p(RNA pemindah) atau RNA t(RNA transfer), terdapat di
sitoplasma.
c. RNA r(RNA ribosom), terdapat didalam ribosom.

4. Fungsinya
DNA berfungsi memberikan informasi atau keterangan genetik,
sedangkan fungsi RNA tergantung dari macamnya, yaitu:
a. RNA d, menerima informasi genetik dari DNA, prosesnya dinamakan
transkripsi, berlangsung didalam inti sel.
b. RNA t, mengikat asam amino yang ada di sitoplasma.
c. RNA t, mensintesa protein dengan menggunakan bahan asam amino,
proses ini berlangsung di ribosom dan hasil akhir berupa polipeptida.

Ada beberapa cara untuk menentukan DNA dan RNA, yaitu(Frutan and
Sofia, 1968):

1. Jaringan hewan dan alkali hangat
RNA akan terpecah menjadi komponen-komponen nukleotida yang larut
dalam asam. DNA sulit dipecah atau dirusak oleh alkali.
2. Metode Schnider
Jaringan dan asam trikloro asetat panas dan diperkirakan DNA dapat
diuji oleh reaksi kalorimetri dengan difenilanin, yang mana akan bereaksi
dengan purin dioksiribosa dan tidak bereaksi dengan purin ribosa.
3. Metode Feligen
Fuchsin sulfurous acid akan berwarna merah dengan DNA, dan tidak
dengan RNA. Reaksi ini diterapkan untuk mempelajari distribusi RNA dan
DNA didalam bagian-bagian sel.
4. Secara Spektroskopi
Pengaukuran absorbsi cahaya oleh RNA dan DNA pada 260nm dimana

spektra cincin purin dan pirimidin asam nukleat menunjukkan maksimal.
Tiga bentuk utama RNA yang terdapat didalam sel adalah
mRNA(messenger RNA), rRNA(ribosa RNA), dan tRNA(transfer RNA).
Tiap bentuk RNA ini mempunyai berat molekul dan komposisi yang
berlainan, tetapi khas untuk tiap macam bentuk RNA.
Semua RNA terdiri dari rantai tunggal poliribonukleotida. Pada sel
bakteri, hampir semua RNA ada di dalam sitoplasma. Disel hati kira-kira
11% terdapat dalam nukleus(terutama mRNA), sekitar 15% dalam
mitokondria, lebih dari 50% dalam ribosom, dan kira-kira 24% dalam
strosol

Filed under: 2. Macam-macam RNA — biodesy @ 15:57
Tags: E. RNA, mRNA, perbedaan RNA DNA, RNA genetik, rRNA, tRNA

Macam-macam RNA

RNA dapat dibedakan menjadi dua kelompok utama, yaitu RNA genetik dan
RNA non-genetik.

1.RNA genetik

RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai pembawa
keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu
yang tidak memiliki DNA, misalnya virus. Dalam hal ini fungsi RNA menjadi
sama dengan DNA, baik sebagai materi genetik maupun dalam mengatur
aktivitas sel.

1.RNA non-genetik

RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik sehingga
RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga memiliki DNA.
Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non-genetik dibedakan menjadi mRNA,
tRNA, dan rRNA.

1) mRNA (messenger RNA) atau ARNd (ARN duta)

mRNA merupakan RNA yang urutan basanya komplementer (berpasangan)
dengan salah satu urutan basa rantai DNA. RNA jenis ini merupakan
polinukleotida berbentuk pita tunggal linier dan disintesis oleh DNA di dalam
nukleus. Panjang pendeknya mRNA berhubungan dengan panjang pendeknya
rantai polipeptida yang akan disusun. Urutan asam amino yang menyusun rantai
polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang terdapat di dalam molekul
mRNA yang bersangkutan. mRNA bertindak sebagai pola cetakan pembentuk
polipeptida. Adapun fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode genetik
dari DNA di inti sel menuju ke ribosom di sitoplasma. mRNA ini dibentuk bila
diperlukan dan jika tugasnya selesai, maka akan dihancurkan dalam plasma.

A

2) tRNA
(transfer RNA)
atau ARNt (ARN

transfer)

RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi menempatkan diri di dalam
sitoplasma. tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai
penerjemah kodon dari mRNA. Fungsi lain tRNA adalah mengikat asam-asam
amino di dalam sitoplasma yang akan disusun menjadi protein dan
mengangkutnya ke ribosom. Bagian tRNA yang berhubungan dengan kodon
dinamakan antikodon.

Gb. Struktur tRNA

3) rRNA (ribosomal RNA) atau ARNr (ARN ribosomal)

RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat di
dalam nukleus. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan fleksibel.
Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA. Fungsi dari RNA ribosom adalah
sebagai mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah
sepanjang mRNA. Di dalam ribosom, molekul rRNA ini mencapai 30-46%.

Dengan adanya penjelasan materi di atas, terdapat perbedaan antara DNA dan
RNA.

Tabel . Perbedaan DNA dan RNA

DNA (Deoxyribo Nukleat
Acid)

RNA (Ribo Nukleat
Acid)

- LetakDalam inti sel, mitokondria,
kloroplas, senriol.

Dalam inti sel, sitoplasma
dan ribosom.

- BentukPolinukleotida ganda yang
terpilin panjang

Polinukleotida tunggal dan
pendekl

- GulaDeoxyribosa

Ribosa

- BasanyaGolongan purin : adenine
dan guanine

Golongan pirimidin :
cytosine dan timin

Golongan purin : adenine
dan guanine

Golongan pirimidin :
cytosine dan urasil

- Fungsi- mengontrol sifat
yang menurun

- sintesis protein

- sintesis RNA

- sintesis protein

-
KadarnyaTidak dipengaruhi sintesis
protein.

Letak basa nitrogen dari
kedua pita ADN saling
berhadapan dengan
pasangan yang tetap yaitu
Adenin selalu berpasangan
dengan Timin, Cytosin
dengan Guanin. Kedua pita
itu diikatkan oleh ikatan
hidrogen.

Dipengaruhi sintesis
protein.

Macam ARN :

ARN duta

ARN ribosom

ARN transfer

Gb. Jenis-jenis RNA yang dibentuk dari hasil transkripsi DNA merupakan
bahan dasar sintesis protein

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->