Reaksi gelap pada tumbuhan dapat terjadi melalui 2 jalur, yaitu siklus Calvin-Benson dan siklus Hatch-Slack.

Pada siklus Calvin-Benson, tumbuhan mengubah senyawa ribolusa 1,5 bifosfat menjadi senyawa dengan jumlah atom karbon 3 yaitu senyawa 3-phosphogliserat, tumbuhan yang mengalami reaksi gelap dengan siklus ini dinamakan tumbuhan C3. Tumbuhan C3 merupakan tumbuhan yang berasal dari daerah subtropis. Tumbuhan ini menghasilkan glukosa dengan pengolahan CO2 melelui siklus Clavin, yang melibatkan enzim Rubisco sebagai penambat CO2. Contoh tumbuhan C3 adalah padi (Oryza sativa), gandum (triticum aestivum), kedelai (Glycinemax), kentang (Solanum tubenosum). Tumbuhan C3 memerlukan 3 ATP untuk menghasilkan glukosa. Tapi ATP dapat terpakai sia-sia karena tidak dihasilkannya glukosa. Hal ini dapat terjadi apabila ada fotorespirasi dimana enzim rubisco tidak menambat CO2 melainkan O2. Siklus Calvin terjadi di sel bundle sheath. Kloroplas terletak pada sel mesofil. Tumbuhan yang reaksi gelapnya mengikuti jalur hatch-slack disebut tumbuhan C4 karena senyawa yang terbentuk setelah penambatan CO2 adalah oksaloasetat yang memiliki 4 atom karbon. Tumbuhan C4 adalah tumbuhan yang pada umumnya ditemukan didaerah tropis, contohnya jagung (Zea mays), tebu (Saccharum officinarum). Enzim yang berperan dalam mengolah CO2 menjadi glukosa adalah phosphoenolpiruvat carboxilase (PEPco) yang mengikat CO2 dari udara dan kemudian akan menjadi oksaloasetat. Oksaloasetat diubah menjadi malat. Malat akan terkarboksilasi menjadi piruvat dan CO2. Piruvat kembali menjadi PEPco, dan CO2 akan masuk kedalam siklus calvin. Siklus Hatch-Slack terjadi di sel mesofil dan digunakan 5 ATP. Kloroplas terletak pada sel mesofil dan bundle sheath cell. CAM (Crassulaceaen Acid Metabolism) yaitu tumbuhan yang tahan terhadap kondisi kering misalnya tumbuhan sukulen (penyimpan air), kaktus, nanas, cocor bebek. Tumbuahan ini membuka stomata pada malam hari dan menutup stomata pada siang hari. Menutupnya stomata pada siang hari menyebabkan tumbuhan menghemat air dan mencegah masuknya CO2. Saat stomata terbuka pada malam hari, tumbuhan mengambil CO2 dan memasukkannya ke asam-asam organik. Sel mesofil tumbuhan CAM menyimpan asam organik yang dibuatnya selama malam hari di dalam vakuola. Pada siang hari saat terjadi reaksi terang menyediakan ATP dan NADPH untuk siklus Calvin. CO2 dilepas dari asam organik yang dbuat pada malam hari itu sebelum dimasukkan ke dalam gula dalam kloroplas.