5 E. HASIL PENGAMATAN 1.

Isolasi DNA tomat Setelah diberi ethanol absolut dingin, larutan pada tabung reaksi terlihat membentuk tiga lapisan yang dapat dilihat pada gambar berikut :

Massa DNA buah Ethanol Sari buah

Hasil positif terlihat adanya 3 lapisan, yaitu lapisan pertama di dasar tabung reaksi berisi sari buah, lapisan tengah berisi etahanol dan lapisan ketiga berisi massa putih DNA buah. 2. Perbedaan hasil isolasi DNA dari bermacam-macam buah

(dari kiri ke kanan) belimbing, jambu biji, pisang, tomat, strawberry, dan jeruk

F. PEMBAHASAN Pada praktikum kali ini, praktikan mempelajari cara yang tepat untuk melihat DNA suatu organisme dengan mengisolasinya dari lokasi awalnya, yaitu di dalam nukleus. Dalam proses isolasi DNA, umumnya terdapat tiga tahapan yang harus dilakukan, yaitu : 1. Melisiskan/menghancurkan sel dengan cara mekanik maupun kimiawi, karena untuk mengekstraksi DNA, dinding sel(jika ada), membran sel, dan membran nukleus(pada eukariot) harus dihancurkan terlebih dahulu sehingga DNA dapat keluar dan terlihat massanya.

pemilihan buah dengan daging buah yang lunak tak lain ialah untuk mempermudah proses pelumatan. maka hal pertama yang dilakukan adalah mendegradasi dinding sel yang merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan dengan cara menggerus bagian buah yang dijadikan sampel hingga lumat dan sehalus mungkin. Selain itu. praktikan melakukan langkah-langkah sebagai berikut dalam praktikum ini: 1. sehingga molekul-molekul yang memiliki muatan yang sama(negatif) dan bersifat polar kini tidak lagi saling tolak menolak karena tidak lagi bermuatan (netral) atau nonpolar. dalam hal ini alkohol dingin. karena dalam praktikum ini kita tidak menggunakan blender sebagai alat untuk menghaluskan bahan dan hanya menggerusnya dengan bantuan mortal dan alu saja. Bahan yang digunakan dalam praktikum ini ialah irisan daging buah yang lunak seperti tomat (Lycopersicum esculentum). Untuk mengisolasi DNA.6 2.pada DNA. Purifikasi(pemurnian larutan). Sel tumbuhan memiliki sistem proteksi berupa dinding sel dan membran sel. penggerusan juga bertujuan untuk memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses ekstraksi selanjutnya. Berdasarkan teori pelaksanaan isolasi DNA tersebut. Pemilihan bahan. khususnya dengan konsentrasi tinggi (> 1 M) dapat memisahkan nuclear protein (khususnya protein histon sehingga gulungan DNA dapat terurai dan terlihat sebagai gumpalan benang putih di permukaan larutan) dan juga memisahkan karbohidrat(polisakarida) yang terkandung dalam esktrak. Presipitasi. kemungkinan digunakan enzim pencerna protein. maka DNA yang terdapat di dalam nukleus perlu diuraikan dari protein-protein lain yang mengikatnya. Untuk mengekstraksi DNA. Untuk proses ini. Proses tersebut mempermudah . 3. seluruh komponen sel akan bercampur satu sama lain. Ion Na+ dari NaCl akan memasuki membran sel secara difusi dan memasuki nukleus melalui pori-pori nukleus. 2. Sebagian besar proses manipulasi DNA mengharuskan agar DNA terpisah dan bebas dari protein dan RNA.. 3. Penambahan garam juga dapat membantu proses presipitasi DNA. yaitu pemisahan DNA dari larutan. sehingga DNA dapat memisah/terpresipitasi. penambahan bahan kimia tertentu atau larutan organik seperti fenol untuk menonaktifkan enzim dan menghilangkan protein dari nukleus. Ion Na+ pada garam dapat mengikat ion fosfat. Dinding sel tersusun dari polisakarida. dengan cara mencampurkannya dengan suatu bahan yang tidak dapat melarutkannya DNA. Penghalusan/pelumatan buah. Penambahan garam. pemanasan. Ketika sel telah lisis. Penambahan garam.

‘kepala’ fosfolipid) dan hidrofobik (kolesterol. Komponen-komponen membran sel tersebut ada yang bersifat hidrofilik (glikoprotein. membran sel harus didegradasi terlebih dahulu. sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis. sebagian protein intrinsik. maka setelah detergen dituang. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel. tanda bahwa larutan telah homogen. Setelah disaring.7 pemekatan dan pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA. terlihat adanya kumpulan massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. yang tadinya orange kemerahan khas warna tomat menjadi hijau. Oleh karena itulah diperlukan deterjen yang dapat mendegradasi membran sel melalui mekanisme khusus. Fungsi proses filtrasi ini ialah untuk mengumpulkan larutan yang kaya akan DNA dan untuk memisahkannya dari sisa-sisa sel dan jaringan lainnya pada buah yang kemudian akan dibuang. Setelah dihomogenkan. Membran sel tersusun atas fosfolipid. Sisi hidrofilik pada deterjen akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan mengikat lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid proteindeterjen kompleks”.(Weising et al. Warna larutan pun berubah. maka akan terlihat bahwa ethanol berada di atas lapisan atas. . Penambahan ethanol absolute dingin. Kemudian. Oleh karena itu. protein ekstrinsik. Namun. maka larutan terlebih dahulu didiamkan selama 12 menit agar molekul dengan massa terbesar dapat mengendap di dasar. perlu dilakukan homogenisasi antara gerusan buah dan larutan detergen. 2005: 90) 4. larutan tersebut dituang ke dalam tabung reaksi hingga ¼ tinggi tabung. dan kolesterol. glikogen. setelah diamati selama ± 15-30 menit. ‘ekor’ fosfolipid) (Kimball. protein. sementara filtrat berada di dasar. Untuk mempercepat proses penghancuran membran sel. 5. Setelah beberapa saat. Penambahan larutan detergen. 1983: 89). Penambahan aquades dan pengadukan. campuran keduanya lalu ditambahkan aquades dan diaduk perlahan. 7. DNA dapat memisah dari larutan campuran (ethanol+filtrat) karena DNA tidak larut dalam ethanol. Kumpulan massa putih tersebut ialah DNA yang terpresipitasi dari filtrat. Kini DNA di dalam nukleus menjadi terurai. Ethanol absolute dingin sejumlah 5 mL dituangkan secara perlahan melewati dinding tabung agar larutan yang berbagai komponennya mulai terpisah tidak menyatu kembali. Untuk mempermudah proses penyaringan. 6. untuk dapat keluar dari sel. hal ini terjadi karena ethanol memiliki densitas(kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan air. maka larutan harus disaring dengan mengunakan kertas saring.. Penyaringan larutan.

Hal ini umumnya terjadi jika jumlah ethanol telah mencapai 64% dari volume larutan. Walaupun ion positif juga ada dalam larutan. semakin dingin suhu ethanol. dan mekanisme tersebut mengharuskan adanya ion positif yang terlarut. melainkan hanya terlihat seperti massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi.1(pada suhu 20°C). maka kemungkinan Na+ lah yang memegang peranan terbesar dalam proses ini.8 DNA bersifat polar. semakin lama pula waktu yang diperlukan dalam mempresipitasi DNA. Mekanisme yang sama terjadi antara muatan negatif fosfat DNA. Ethanol memiliki tingkat polar yang lebih rendah daripada air. Daya listrik pada ikatan ion pada Kristal NaCl akan melemah saat terlarut dalam air. tidak didapatkan DNA berupa benang-benang putih. Walau DNA yang terkumpul sangat banyak. Sifat polar air dibuktikan dengan tingginya nilai konstanta dielektriknya. NH4+. Semakin tinggi kadar air dalam buah. kekuatan listrik yang relatif lemah mencegahnya untuk membentuk ikatan ion yang stabil dengan fosfat pada DNA dan memisahkannya dari larutan. Pada praktikum kali ini. kita tidak akan dapat melihat DNA dalam susunan double helix. Kadar air dalam buah mempengaruhi waktu yang digunakan dalam presipitasi DNA. berdasarkan prinsip “like dissolve like” (sejenis terlarut dalam sejenis). Suhu ethanol yang dingin berperan dalam mempermudah proses pemekatan DNA. sehingga membiarkan ion Na+ yang dilindungi oleh pelindung hidrasi (hydration shell)tersebar dalam air. membuat DNA larut dalam air yang juga memiliki sifat polar yang tinggi. maka daya tarik antara fosfat dan beberapa ion positif yang terlarut (contohnya ion Na+ dari NaCl yang telah ditambahkan sebelumnya) menjadi cukup kuat untuk membentuk ikatan ion yang stabil dan mempresipitasikan/ memisahkan DNA. Artinya.3(pada suhu 25°C). karena adanya muatan negatif dari gugus rangka fosfatnya. maka DNA yang mengumpul dan terpresipitasi akan semakin banyak. namun karena sebelumnya praktikan telah menambahkan NaCl pada ekstrak buah. konstanta dielektriknya adalah 24. atau Li+ memegang peranan ini. walaupun dengan mikroskop elektronik sekalipun. karena susunan double helix DNA hanyalah gambaran mikrograf saja. penambahan ethanol pada larutan akan mengacaukan ‘penyaringan’ muatan oleh air. Sifat polar ini. Biasanya Na +. memiliki sel-sel yang lebih sedikit dibanding dengan kadar air yang . Jika ethanol dalam jumlah memadai ditambahkan . Hal ini disebabkan karena tingkat kematangan buah tomat yang kurang dan kadar air buah tomat relatif yang tinggi. yang berarti bahwa kekuatan listrik antara dua muatan dalam larutan yang mengandung air jauh berkurang jika dibandingkan dengan kekuatan yang terjadi di ruang hampa atau di udara. yaitu 80. Ini disebabkan karena buah yang memiliki kadar air yang banyak.

yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. tingkat kemasakan. antara lain belimbing. dan jumlah DNA yang terpresipitasi semakin sedikit. kurang masak. tomat. . Semakin keras. dan jeruk. yaitu menghancurkan dinding sel dengan penggerusan bahan. Terdapat enam macam buah yang diisolasi DNAnya. DNA akan terlihat sebagai massa (benang-benang) putih yang perlahan naik ke permukaan tabung. Sebaliknya pada buah pisang. pisang. sehingga sulit mendapatkan massa putih (DNA) pada praktikum ini. terjadi pula kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. dan banyak kadar air maka semakin lama waktu yang dibutuhkan. sehingga memudahkan proses isolasi DNA ini. Untuk mengisolasi DNA pada buah. strawberry. Kelunakan daging buah. 2. disebabkan penggunaan deterjen. melisiskan membran sel dan membran nukleus dengan pencampuran detergen. serta presipitasi DNA dengan penambahan ethanol absolut dingin dan bantuan ion Na+ dari NaCl (Kristal garam). teksturnya yang lunak memudahkan proses ekstraksi dan pisang memiliki kadar air yang relatif rendah. jambu biji. G. hal ini disebabkan penggunaan deterjen. Dari perbedaan hasil isolasi DNA yang didapat pada buah-buahan yang berbeda. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. dan kadar air pada buah akan mempengaruhi hasil isolasi. Selain itu. Buah yang memiliki kandungan air yang lebih sedikit memiliki jumlah sel yang lebih banyak sehingga DNA yang dihasilkan lebih banyak dan lebih cepat terlihat massanya di permukaan tabung. tingkat kemasakan. diperlukan langkah-langkah sistematis. 4. Buah belimbing paling sulit di ekstrak karena teksturnya yang kurang lunak dan juga belimbing memiliki kadar air yag relatif tinggi. dan kadar air pada buah akan membuat hasil isolasi yang berbeda.9 dikandungnya. Kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. 3. KESIMPULAN 1. dapat diketahui bahwa perbedaan kelunakan.

Jakarta : Penerbit Erlangga Kimball.2005. Minggu. Schaum’s: Biologi. 2nd ed. et al. .org/edu/edu_aids/TomatoDNA.html. George.1999. 2004. Taylor and Francis Group Frey. et al. 20. 18 Desember 2011. Jakarta : Penerbit Erlangga Frired.10 DAFTAR PUSTAKA Campbell. Jakarta: Penerbit Erlangga Queen-Baker. methods and applications. 2004. Biologi. Weising. Petra M. Meischer’s Discovery A DNA Extraction Laboratory. John. 1983. (Diperoleh dari http://ucbiotech. Easy isolation/extraction protocol for isolating tomato DNA. Biologi. USA: University of Maryland Biotechnology Institute.00 WIB). Jennie. DNA fingerprinting in plants: principles. 2007.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful