5 E. HASIL PENGAMATAN 1.

Isolasi DNA tomat Setelah diberi ethanol absolut dingin, larutan pada tabung reaksi terlihat membentuk tiga lapisan yang dapat dilihat pada gambar berikut :

Massa DNA buah Ethanol Sari buah

Hasil positif terlihat adanya 3 lapisan, yaitu lapisan pertama di dasar tabung reaksi berisi sari buah, lapisan tengah berisi etahanol dan lapisan ketiga berisi massa putih DNA buah. 2. Perbedaan hasil isolasi DNA dari bermacam-macam buah

(dari kiri ke kanan) belimbing, jambu biji, pisang, tomat, strawberry, dan jeruk

F. PEMBAHASAN Pada praktikum kali ini, praktikan mempelajari cara yang tepat untuk melihat DNA suatu organisme dengan mengisolasinya dari lokasi awalnya, yaitu di dalam nukleus. Dalam proses isolasi DNA, umumnya terdapat tiga tahapan yang harus dilakukan, yaitu : 1. Melisiskan/menghancurkan sel dengan cara mekanik maupun kimiawi, karena untuk mengekstraksi DNA, dinding sel(jika ada), membran sel, dan membran nukleus(pada eukariot) harus dihancurkan terlebih dahulu sehingga DNA dapat keluar dan terlihat massanya.

Pemilihan bahan. Penambahan garam. Penghalusan/pelumatan buah. Ketika sel telah lisis. Penambahan garam juga dapat membantu proses presipitasi DNA. Selain itu. Presipitasi. Ion Na+ pada garam dapat mengikat ion fosfat. Bahan yang digunakan dalam praktikum ini ialah irisan daging buah yang lunak seperti tomat (Lycopersicum esculentum). Ion Na+ dari NaCl akan memasuki membran sel secara difusi dan memasuki nukleus melalui pori-pori nukleus. karena dalam praktikum ini kita tidak menggunakan blender sebagai alat untuk menghaluskan bahan dan hanya menggerusnya dengan bantuan mortal dan alu saja. Berdasarkan teori pelaksanaan isolasi DNA tersebut. 2.. kemungkinan digunakan enzim pencerna protein. Sel tumbuhan memiliki sistem proteksi berupa dinding sel dan membran sel. khususnya dengan konsentrasi tinggi (> 1 M) dapat memisahkan nuclear protein (khususnya protein histon sehingga gulungan DNA dapat terurai dan terlihat sebagai gumpalan benang putih di permukaan larutan) dan juga memisahkan karbohidrat(polisakarida) yang terkandung dalam esktrak. seluruh komponen sel akan bercampur satu sama lain. Dinding sel tersusun dari polisakarida. Proses tersebut mempermudah . Sebagian besar proses manipulasi DNA mengharuskan agar DNA terpisah dan bebas dari protein dan RNA. pemanasan. pemilihan buah dengan daging buah yang lunak tak lain ialah untuk mempermudah proses pelumatan.6 2. Untuk mengekstraksi DNA. maka hal pertama yang dilakukan adalah mendegradasi dinding sel yang merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan dengan cara menggerus bagian buah yang dijadikan sampel hingga lumat dan sehalus mungkin. maka DNA yang terdapat di dalam nukleus perlu diuraikan dari protein-protein lain yang mengikatnya. praktikan melakukan langkah-langkah sebagai berikut dalam praktikum ini: 1. 3. penambahan bahan kimia tertentu atau larutan organik seperti fenol untuk menonaktifkan enzim dan menghilangkan protein dari nukleus.pada DNA. Penambahan garam. yaitu pemisahan DNA dari larutan. dalam hal ini alkohol dingin. penggerusan juga bertujuan untuk memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses ekstraksi selanjutnya. sehingga DNA dapat memisah/terpresipitasi. 3. dengan cara mencampurkannya dengan suatu bahan yang tidak dapat melarutkannya DNA. sehingga molekul-molekul yang memiliki muatan yang sama(negatif) dan bersifat polar kini tidak lagi saling tolak menolak karena tidak lagi bermuatan (netral) atau nonpolar. Untuk proses ini. Purifikasi(pemurnian larutan). Untuk mengisolasi DNA.

protein. ‘kepala’ fosfolipid) dan hidrofobik (kolesterol. Ethanol absolute dingin sejumlah 5 mL dituangkan secara perlahan melewati dinding tabung agar larutan yang berbagai komponennya mulai terpisah tidak menyatu kembali. untuk dapat keluar dari sel. Untuk mempercepat proses penghancuran membran sel. Penambahan larutan detergen. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel. maka larutan harus disaring dengan mengunakan kertas saring. 7. Setelah beberapa saat. Kumpulan massa putih tersebut ialah DNA yang terpresipitasi dari filtrat. Untuk mempermudah proses penyaringan. tanda bahwa larutan telah homogen. Setelah dihomogenkan. sebagian protein intrinsik. Warna larutan pun berubah. Kini DNA di dalam nukleus menjadi terurai. ‘ekor’ fosfolipid) (Kimball. sementara filtrat berada di dasar. Sisi hidrofilik pada deterjen akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan mengikat lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid proteindeterjen kompleks”. Penambahan aquades dan pengadukan. Setelah disaring. yang tadinya orange kemerahan khas warna tomat menjadi hijau..(Weising et al. larutan tersebut dituang ke dalam tabung reaksi hingga ¼ tinggi tabung. sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis. dan kolesterol. terlihat adanya kumpulan massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. Oleh karena itulah diperlukan deterjen yang dapat mendegradasi membran sel melalui mekanisme khusus. 6. setelah diamati selama ± 15-30 menit. . membran sel harus didegradasi terlebih dahulu. Penyaringan larutan. maka larutan terlebih dahulu didiamkan selama 12 menit agar molekul dengan massa terbesar dapat mengendap di dasar. protein ekstrinsik. maka setelah detergen dituang. campuran keduanya lalu ditambahkan aquades dan diaduk perlahan. Penambahan ethanol absolute dingin. Oleh karena itu. maka akan terlihat bahwa ethanol berada di atas lapisan atas. Kemudian. DNA dapat memisah dari larutan campuran (ethanol+filtrat) karena DNA tidak larut dalam ethanol. perlu dilakukan homogenisasi antara gerusan buah dan larutan detergen. Membran sel tersusun atas fosfolipid.7 pemekatan dan pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA. Fungsi proses filtrasi ini ialah untuk mengumpulkan larutan yang kaya akan DNA dan untuk memisahkannya dari sisa-sisa sel dan jaringan lainnya pada buah yang kemudian akan dibuang. glikogen. 1983: 89). Namun. Komponen-komponen membran sel tersebut ada yang bersifat hidrofilik (glikoprotein. 2005: 90) 4. 5. hal ini terjadi karena ethanol memiliki densitas(kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan air.

membuat DNA larut dalam air yang juga memiliki sifat polar yang tinggi. Sifat polar air dibuktikan dengan tingginya nilai konstanta dielektriknya. Ethanol memiliki tingkat polar yang lebih rendah daripada air. semakin lama pula waktu yang diperlukan dalam mempresipitasi DNA. maka daya tarik antara fosfat dan beberapa ion positif yang terlarut (contohnya ion Na+ dari NaCl yang telah ditambahkan sebelumnya) menjadi cukup kuat untuk membentuk ikatan ion yang stabil dan mempresipitasikan/ memisahkan DNA.8 DNA bersifat polar. Artinya. karena adanya muatan negatif dari gugus rangka fosfatnya. maka kemungkinan Na+ lah yang memegang peranan terbesar dalam proses ini. dan mekanisme tersebut mengharuskan adanya ion positif yang terlarut. yang berarti bahwa kekuatan listrik antara dua muatan dalam larutan yang mengandung air jauh berkurang jika dibandingkan dengan kekuatan yang terjadi di ruang hampa atau di udara. karena susunan double helix DNA hanyalah gambaran mikrograf saja. penambahan ethanol pada larutan akan mengacaukan ‘penyaringan’ muatan oleh air. Hal ini umumnya terjadi jika jumlah ethanol telah mencapai 64% dari volume larutan. Biasanya Na +. Semakin tinggi kadar air dalam buah. tidak didapatkan DNA berupa benang-benang putih. Ini disebabkan karena buah yang memiliki kadar air yang banyak. Walaupun ion positif juga ada dalam larutan. semakin dingin suhu ethanol. kekuatan listrik yang relatif lemah mencegahnya untuk membentuk ikatan ion yang stabil dengan fosfat pada DNA dan memisahkannya dari larutan. sehingga membiarkan ion Na+ yang dilindungi oleh pelindung hidrasi (hydration shell)tersebar dalam air. memiliki sel-sel yang lebih sedikit dibanding dengan kadar air yang . walaupun dengan mikroskop elektronik sekalipun. NH4+. Walau DNA yang terkumpul sangat banyak.1(pada suhu 20°C). kita tidak akan dapat melihat DNA dalam susunan double helix. Suhu ethanol yang dingin berperan dalam mempermudah proses pemekatan DNA. Mekanisme yang sama terjadi antara muatan negatif fosfat DNA. Hal ini disebabkan karena tingkat kematangan buah tomat yang kurang dan kadar air buah tomat relatif yang tinggi. atau Li+ memegang peranan ini. namun karena sebelumnya praktikan telah menambahkan NaCl pada ekstrak buah. maka DNA yang mengumpul dan terpresipitasi akan semakin banyak.3(pada suhu 25°C). melainkan hanya terlihat seperti massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. Sifat polar ini. berdasarkan prinsip “like dissolve like” (sejenis terlarut dalam sejenis). Daya listrik pada ikatan ion pada Kristal NaCl akan melemah saat terlarut dalam air. Jika ethanol dalam jumlah memadai ditambahkan . Kadar air dalam buah mempengaruhi waktu yang digunakan dalam presipitasi DNA. yaitu 80. Pada praktikum kali ini. konstanta dielektriknya adalah 24.

kurang masak. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. jambu biji. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. melisiskan membran sel dan membran nukleus dengan pencampuran detergen. Selain itu. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. serta presipitasi DNA dengan penambahan ethanol absolut dingin dan bantuan ion Na+ dari NaCl (Kristal garam). strawberry. disebabkan penggunaan deterjen. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. antara lain belimbing. tomat. diperlukan langkah-langkah sistematis. pisang. dan kadar air pada buah akan membuat hasil isolasi yang berbeda. Kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. Dari perbedaan hasil isolasi DNA yang didapat pada buah-buahan yang berbeda. dapat diketahui bahwa perbedaan kelunakan. Buah yang memiliki kandungan air yang lebih sedikit memiliki jumlah sel yang lebih banyak sehingga DNA yang dihasilkan lebih banyak dan lebih cepat terlihat massanya di permukaan tabung. yaitu menghancurkan dinding sel dengan penggerusan bahan. dan jumlah DNA yang terpresipitasi semakin sedikit. tingkat kemasakan. DNA akan terlihat sebagai massa (benang-benang) putih yang perlahan naik ke permukaan tabung. Semakin keras. . 4.9 dikandungnya. dan kadar air pada buah akan mempengaruhi hasil isolasi. KESIMPULAN 1. Untuk mengisolasi DNA pada buah. teksturnya yang lunak memudahkan proses ekstraksi dan pisang memiliki kadar air yang relatif rendah. Sebaliknya pada buah pisang. dan banyak kadar air maka semakin lama waktu yang dibutuhkan. terjadi pula kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. Buah belimbing paling sulit di ekstrak karena teksturnya yang kurang lunak dan juga belimbing memiliki kadar air yag relatif tinggi. 3. tingkat kemasakan. Kelunakan daging buah. sehingga sulit mendapatkan massa putih (DNA) pada praktikum ini. hal ini disebabkan penggunaan deterjen. dan jeruk. G. Terdapat enam macam buah yang diisolasi DNAnya. 2. sehingga memudahkan proses isolasi DNA ini.

et al. Weising. Jakarta: Penerbit Erlangga Queen-Baker. Taylor and Francis Group Frey.00 WIB). 2nd ed. 1983. 2004.10 DAFTAR PUSTAKA Campbell. Meischer’s Discovery A DNA Extraction Laboratory. Biologi.2005. Jakarta : Penerbit Erlangga Kimball. et al.html. USA: University of Maryland Biotechnology Institute. (Diperoleh dari http://ucbiotech. John. . Jennie.1999. Biologi.org/edu/edu_aids/TomatoDNA. George. 20. Minggu. 2004. Schaum’s: Biologi. methods and applications. Petra M. Jakarta : Penerbit Erlangga Frired. DNA fingerprinting in plants: principles. Easy isolation/extraction protocol for isolating tomato DNA. 2007. 18 Desember 2011.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful