5 E. HASIL PENGAMATAN 1.

Isolasi DNA tomat Setelah diberi ethanol absolut dingin, larutan pada tabung reaksi terlihat membentuk tiga lapisan yang dapat dilihat pada gambar berikut :

Massa DNA buah Ethanol Sari buah

Hasil positif terlihat adanya 3 lapisan, yaitu lapisan pertama di dasar tabung reaksi berisi sari buah, lapisan tengah berisi etahanol dan lapisan ketiga berisi massa putih DNA buah. 2. Perbedaan hasil isolasi DNA dari bermacam-macam buah

(dari kiri ke kanan) belimbing, jambu biji, pisang, tomat, strawberry, dan jeruk

F. PEMBAHASAN Pada praktikum kali ini, praktikan mempelajari cara yang tepat untuk melihat DNA suatu organisme dengan mengisolasinya dari lokasi awalnya, yaitu di dalam nukleus. Dalam proses isolasi DNA, umumnya terdapat tiga tahapan yang harus dilakukan, yaitu : 1. Melisiskan/menghancurkan sel dengan cara mekanik maupun kimiawi, karena untuk mengekstraksi DNA, dinding sel(jika ada), membran sel, dan membran nukleus(pada eukariot) harus dihancurkan terlebih dahulu sehingga DNA dapat keluar dan terlihat massanya.

Ion Na+ pada garam dapat mengikat ion fosfat. Berdasarkan teori pelaksanaan isolasi DNA tersebut. penggerusan juga bertujuan untuk memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses ekstraksi selanjutnya. Sebagian besar proses manipulasi DNA mengharuskan agar DNA terpisah dan bebas dari protein dan RNA. 3. Sel tumbuhan memiliki sistem proteksi berupa dinding sel dan membran sel. sehingga DNA dapat memisah/terpresipitasi. dalam hal ini alkohol dingin. Dinding sel tersusun dari polisakarida. Untuk mengekstraksi DNA. Pemilihan bahan. Selain itu. Penambahan garam juga dapat membantu proses presipitasi DNA. karena dalam praktikum ini kita tidak menggunakan blender sebagai alat untuk menghaluskan bahan dan hanya menggerusnya dengan bantuan mortal dan alu saja. khususnya dengan konsentrasi tinggi (> 1 M) dapat memisahkan nuclear protein (khususnya protein histon sehingga gulungan DNA dapat terurai dan terlihat sebagai gumpalan benang putih di permukaan larutan) dan juga memisahkan karbohidrat(polisakarida) yang terkandung dalam esktrak. dengan cara mencampurkannya dengan suatu bahan yang tidak dapat melarutkannya DNA. Ketika sel telah lisis. maka hal pertama yang dilakukan adalah mendegradasi dinding sel yang merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan dengan cara menggerus bagian buah yang dijadikan sampel hingga lumat dan sehalus mungkin. Penambahan garam. maka DNA yang terdapat di dalam nukleus perlu diuraikan dari protein-protein lain yang mengikatnya.pada DNA. seluruh komponen sel akan bercampur satu sama lain. 2. Presipitasi. Purifikasi(pemurnian larutan).. Untuk mengisolasi DNA. praktikan melakukan langkah-langkah sebagai berikut dalam praktikum ini: 1. kemungkinan digunakan enzim pencerna protein. pemilihan buah dengan daging buah yang lunak tak lain ialah untuk mempermudah proses pelumatan. Proses tersebut mempermudah . penambahan bahan kimia tertentu atau larutan organik seperti fenol untuk menonaktifkan enzim dan menghilangkan protein dari nukleus.6 2. Untuk proses ini. yaitu pemisahan DNA dari larutan. Bahan yang digunakan dalam praktikum ini ialah irisan daging buah yang lunak seperti tomat (Lycopersicum esculentum). sehingga molekul-molekul yang memiliki muatan yang sama(negatif) dan bersifat polar kini tidak lagi saling tolak menolak karena tidak lagi bermuatan (netral) atau nonpolar. Penambahan garam. Ion Na+ dari NaCl akan memasuki membran sel secara difusi dan memasuki nukleus melalui pori-pori nukleus. Penghalusan/pelumatan buah. 3. pemanasan.

untuk dapat keluar dari sel. . sebagian protein intrinsik. protein. Penambahan larutan detergen. Komponen-komponen membran sel tersebut ada yang bersifat hidrofilik (glikoprotein. Untuk mempercepat proses penghancuran membran sel. maka larutan terlebih dahulu didiamkan selama 12 menit agar molekul dengan massa terbesar dapat mengendap di dasar. ‘kepala’ fosfolipid) dan hidrofobik (kolesterol. glikogen. dan kolesterol.7 pemekatan dan pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA. sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis. hal ini terjadi karena ethanol memiliki densitas(kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan air. Namun. Warna larutan pun berubah. 2005: 90) 4. Ethanol absolute dingin sejumlah 5 mL dituangkan secara perlahan melewati dinding tabung agar larutan yang berbagai komponennya mulai terpisah tidak menyatu kembali. Kemudian. Setelah beberapa saat. Membran sel tersusun atas fosfolipid. membran sel harus didegradasi terlebih dahulu. tanda bahwa larutan telah homogen. maka akan terlihat bahwa ethanol berada di atas lapisan atas.. Setelah disaring. 5. Penambahan ethanol absolute dingin. 1983: 89). terlihat adanya kumpulan massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. perlu dilakukan homogenisasi antara gerusan buah dan larutan detergen. Setelah dihomogenkan. larutan tersebut dituang ke dalam tabung reaksi hingga ¼ tinggi tabung. setelah diamati selama ± 15-30 menit. DNA dapat memisah dari larutan campuran (ethanol+filtrat) karena DNA tidak larut dalam ethanol. protein ekstrinsik. Oleh karena itu. Sisi hidrofilik pada deterjen akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan mengikat lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid proteindeterjen kompleks”. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel. maka setelah detergen dituang. Fungsi proses filtrasi ini ialah untuk mengumpulkan larutan yang kaya akan DNA dan untuk memisahkannya dari sisa-sisa sel dan jaringan lainnya pada buah yang kemudian akan dibuang. yang tadinya orange kemerahan khas warna tomat menjadi hijau. Penyaringan larutan. 6.(Weising et al. 7. Penambahan aquades dan pengadukan. maka larutan harus disaring dengan mengunakan kertas saring. Oleh karena itulah diperlukan deterjen yang dapat mendegradasi membran sel melalui mekanisme khusus. Kini DNA di dalam nukleus menjadi terurai. ‘ekor’ fosfolipid) (Kimball. sementara filtrat berada di dasar. Untuk mempermudah proses penyaringan. Kumpulan massa putih tersebut ialah DNA yang terpresipitasi dari filtrat. campuran keduanya lalu ditambahkan aquades dan diaduk perlahan.

atau Li+ memegang peranan ini. kita tidak akan dapat melihat DNA dalam susunan double helix. Sifat polar air dibuktikan dengan tingginya nilai konstanta dielektriknya.3(pada suhu 25°C). tidak didapatkan DNA berupa benang-benang putih. semakin lama pula waktu yang diperlukan dalam mempresipitasi DNA. Jika ethanol dalam jumlah memadai ditambahkan . walaupun dengan mikroskop elektronik sekalipun. NH4+. Daya listrik pada ikatan ion pada Kristal NaCl akan melemah saat terlarut dalam air.1(pada suhu 20°C). maka DNA yang mengumpul dan terpresipitasi akan semakin banyak. berdasarkan prinsip “like dissolve like” (sejenis terlarut dalam sejenis). kekuatan listrik yang relatif lemah mencegahnya untuk membentuk ikatan ion yang stabil dengan fosfat pada DNA dan memisahkannya dari larutan. semakin dingin suhu ethanol. Kadar air dalam buah mempengaruhi waktu yang digunakan dalam presipitasi DNA. Walaupun ion positif juga ada dalam larutan. Artinya. maka daya tarik antara fosfat dan beberapa ion positif yang terlarut (contohnya ion Na+ dari NaCl yang telah ditambahkan sebelumnya) menjadi cukup kuat untuk membentuk ikatan ion yang stabil dan mempresipitasikan/ memisahkan DNA. Ethanol memiliki tingkat polar yang lebih rendah daripada air. karena adanya muatan negatif dari gugus rangka fosfatnya. penambahan ethanol pada larutan akan mengacaukan ‘penyaringan’ muatan oleh air. yaitu 80. namun karena sebelumnya praktikan telah menambahkan NaCl pada ekstrak buah.8 DNA bersifat polar. Biasanya Na +. Hal ini disebabkan karena tingkat kematangan buah tomat yang kurang dan kadar air buah tomat relatif yang tinggi. Sifat polar ini. Ini disebabkan karena buah yang memiliki kadar air yang banyak. Suhu ethanol yang dingin berperan dalam mempermudah proses pemekatan DNA. yang berarti bahwa kekuatan listrik antara dua muatan dalam larutan yang mengandung air jauh berkurang jika dibandingkan dengan kekuatan yang terjadi di ruang hampa atau di udara. Walau DNA yang terkumpul sangat banyak. konstanta dielektriknya adalah 24. Mekanisme yang sama terjadi antara muatan negatif fosfat DNA. Hal ini umumnya terjadi jika jumlah ethanol telah mencapai 64% dari volume larutan. sehingga membiarkan ion Na+ yang dilindungi oleh pelindung hidrasi (hydration shell)tersebar dalam air. membuat DNA larut dalam air yang juga memiliki sifat polar yang tinggi. Pada praktikum kali ini. maka kemungkinan Na+ lah yang memegang peranan terbesar dalam proses ini. karena susunan double helix DNA hanyalah gambaran mikrograf saja. melainkan hanya terlihat seperti massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. dan mekanisme tersebut mengharuskan adanya ion positif yang terlarut. memiliki sel-sel yang lebih sedikit dibanding dengan kadar air yang . Semakin tinggi kadar air dalam buah.

dan kadar air pada buah akan mempengaruhi hasil isolasi. kurang masak. hal ini disebabkan penggunaan deterjen. Untuk mengisolasi DNA pada buah. jambu biji. Kelunakan daging buah. terjadi pula kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. serta presipitasi DNA dengan penambahan ethanol absolut dingin dan bantuan ion Na+ dari NaCl (Kristal garam). dan kadar air pada buah akan membuat hasil isolasi yang berbeda. Selain itu. dan jumlah DNA yang terpresipitasi semakin sedikit. strawberry. antara lain belimbing. tingkat kemasakan. . sehingga memudahkan proses isolasi DNA ini. disebabkan penggunaan deterjen. Buah yang memiliki kandungan air yang lebih sedikit memiliki jumlah sel yang lebih banyak sehingga DNA yang dihasilkan lebih banyak dan lebih cepat terlihat massanya di permukaan tabung. sehingga sulit mendapatkan massa putih (DNA) pada praktikum ini. Terdapat enam macam buah yang diisolasi DNAnya. teksturnya yang lunak memudahkan proses ekstraksi dan pisang memiliki kadar air yang relatif rendah. 4. melisiskan membran sel dan membran nukleus dengan pencampuran detergen. yaitu menghancurkan dinding sel dengan penggerusan bahan. G. Kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. dapat diketahui bahwa perbedaan kelunakan. KESIMPULAN 1. DNA akan terlihat sebagai massa (benang-benang) putih yang perlahan naik ke permukaan tabung. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. Dari perbedaan hasil isolasi DNA yang didapat pada buah-buahan yang berbeda. Buah belimbing paling sulit di ekstrak karena teksturnya yang kurang lunak dan juga belimbing memiliki kadar air yag relatif tinggi. pisang. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. Semakin keras. Sebaliknya pada buah pisang. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. diperlukan langkah-langkah sistematis. tingkat kemasakan.9 dikandungnya. 2. tomat. dan banyak kadar air maka semakin lama waktu yang dibutuhkan. dan jeruk. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. 3.

et al.00 WIB).html.1999. Meischer’s Discovery A DNA Extraction Laboratory.org/edu/edu_aids/TomatoDNA. Minggu. Jakarta : Penerbit Erlangga Frired. 20. George. 1983. et al. Biologi. Biologi. Taylor and Francis Group Frey. USA: University of Maryland Biotechnology Institute. . Jakarta : Penerbit Erlangga Kimball. John. 2004. 18 Desember 2011. 2nd ed. 2004. methods and applications. Petra M. Schaum’s: Biologi. Weising. Easy isolation/extraction protocol for isolating tomato DNA. Jakarta: Penerbit Erlangga Queen-Baker. Jennie. DNA fingerprinting in plants: principles.10 DAFTAR PUSTAKA Campbell.2005. (Diperoleh dari http://ucbiotech. 2007.