5 E. HASIL PENGAMATAN 1.

Isolasi DNA tomat Setelah diberi ethanol absolut dingin, larutan pada tabung reaksi terlihat membentuk tiga lapisan yang dapat dilihat pada gambar berikut :

Massa DNA buah Ethanol Sari buah

Hasil positif terlihat adanya 3 lapisan, yaitu lapisan pertama di dasar tabung reaksi berisi sari buah, lapisan tengah berisi etahanol dan lapisan ketiga berisi massa putih DNA buah. 2. Perbedaan hasil isolasi DNA dari bermacam-macam buah

(dari kiri ke kanan) belimbing, jambu biji, pisang, tomat, strawberry, dan jeruk

F. PEMBAHASAN Pada praktikum kali ini, praktikan mempelajari cara yang tepat untuk melihat DNA suatu organisme dengan mengisolasinya dari lokasi awalnya, yaitu di dalam nukleus. Dalam proses isolasi DNA, umumnya terdapat tiga tahapan yang harus dilakukan, yaitu : 1. Melisiskan/menghancurkan sel dengan cara mekanik maupun kimiawi, karena untuk mengekstraksi DNA, dinding sel(jika ada), membran sel, dan membran nukleus(pada eukariot) harus dihancurkan terlebih dahulu sehingga DNA dapat keluar dan terlihat massanya.

2. Penambahan garam juga dapat membantu proses presipitasi DNA. Pemilihan bahan. Untuk mengekstraksi DNA. Ketika sel telah lisis. dalam hal ini alkohol dingin. Selain itu. Bahan yang digunakan dalam praktikum ini ialah irisan daging buah yang lunak seperti tomat (Lycopersicum esculentum). seluruh komponen sel akan bercampur satu sama lain. pemanasan. Ion Na+ pada garam dapat mengikat ion fosfat. maka hal pertama yang dilakukan adalah mendegradasi dinding sel yang merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan dengan cara menggerus bagian buah yang dijadikan sampel hingga lumat dan sehalus mungkin. Proses tersebut mempermudah . Presipitasi. Ion Na+ dari NaCl akan memasuki membran sel secara difusi dan memasuki nukleus melalui pori-pori nukleus. khususnya dengan konsentrasi tinggi (> 1 M) dapat memisahkan nuclear protein (khususnya protein histon sehingga gulungan DNA dapat terurai dan terlihat sebagai gumpalan benang putih di permukaan larutan) dan juga memisahkan karbohidrat(polisakarida) yang terkandung dalam esktrak. Berdasarkan teori pelaksanaan isolasi DNA tersebut. maka DNA yang terdapat di dalam nukleus perlu diuraikan dari protein-protein lain yang mengikatnya. penambahan bahan kimia tertentu atau larutan organik seperti fenol untuk menonaktifkan enzim dan menghilangkan protein dari nukleus.pada DNA. Untuk mengisolasi DNA.. Untuk proses ini. 3. pemilihan buah dengan daging buah yang lunak tak lain ialah untuk mempermudah proses pelumatan. kemungkinan digunakan enzim pencerna protein.6 2. sehingga DNA dapat memisah/terpresipitasi. dengan cara mencampurkannya dengan suatu bahan yang tidak dapat melarutkannya DNA. Dinding sel tersusun dari polisakarida. Sebagian besar proses manipulasi DNA mengharuskan agar DNA terpisah dan bebas dari protein dan RNA. Purifikasi(pemurnian larutan). sehingga molekul-molekul yang memiliki muatan yang sama(negatif) dan bersifat polar kini tidak lagi saling tolak menolak karena tidak lagi bermuatan (netral) atau nonpolar. Sel tumbuhan memiliki sistem proteksi berupa dinding sel dan membran sel. Penambahan garam. Penghalusan/pelumatan buah. Penambahan garam. praktikan melakukan langkah-langkah sebagai berikut dalam praktikum ini: 1. penggerusan juga bertujuan untuk memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses ekstraksi selanjutnya. karena dalam praktikum ini kita tidak menggunakan blender sebagai alat untuk menghaluskan bahan dan hanya menggerusnya dengan bantuan mortal dan alu saja. yaitu pemisahan DNA dari larutan. 3.

larutan tersebut dituang ke dalam tabung reaksi hingga ¼ tinggi tabung.(Weising et al. Kini DNA di dalam nukleus menjadi terurai. terlihat adanya kumpulan massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. campuran keduanya lalu ditambahkan aquades dan diaduk perlahan. protein. Penyaringan larutan. sebagian protein intrinsik. perlu dilakukan homogenisasi antara gerusan buah dan larutan detergen. 2005: 90) 4. Untuk mempermudah proses penyaringan. ‘ekor’ fosfolipid) (Kimball. Setelah beberapa saat. Setelah dihomogenkan. sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis. dan kolesterol. setelah diamati selama ± 15-30 menit. maka larutan terlebih dahulu didiamkan selama 12 menit agar molekul dengan massa terbesar dapat mengendap di dasar. Warna larutan pun berubah. Kemudian. hal ini terjadi karena ethanol memiliki densitas(kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan air. Fungsi proses filtrasi ini ialah untuk mengumpulkan larutan yang kaya akan DNA dan untuk memisahkannya dari sisa-sisa sel dan jaringan lainnya pada buah yang kemudian akan dibuang. Penambahan larutan detergen. ‘kepala’ fosfolipid) dan hidrofobik (kolesterol. Oleh karena itulah diperlukan deterjen yang dapat mendegradasi membran sel melalui mekanisme khusus. Oleh karena itu. Setelah disaring. Penambahan ethanol absolute dingin.7 pemekatan dan pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA. Penambahan aquades dan pengadukan. Sisi hidrofilik pada deterjen akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan mengikat lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid proteindeterjen kompleks”. 6. protein ekstrinsik. Ethanol absolute dingin sejumlah 5 mL dituangkan secara perlahan melewati dinding tabung agar larutan yang berbagai komponennya mulai terpisah tidak menyatu kembali. Membran sel tersusun atas fosfolipid. membran sel harus didegradasi terlebih dahulu. 5.. 7. maka akan terlihat bahwa ethanol berada di atas lapisan atas. Kumpulan massa putih tersebut ialah DNA yang terpresipitasi dari filtrat. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel. tanda bahwa larutan telah homogen. Untuk mempercepat proses penghancuran membran sel. . maka setelah detergen dituang. sementara filtrat berada di dasar. Namun. yang tadinya orange kemerahan khas warna tomat menjadi hijau. untuk dapat keluar dari sel. 1983: 89). maka larutan harus disaring dengan mengunakan kertas saring. Komponen-komponen membran sel tersebut ada yang bersifat hidrofilik (glikoprotein. glikogen. DNA dapat memisah dari larutan campuran (ethanol+filtrat) karena DNA tidak larut dalam ethanol.

penambahan ethanol pada larutan akan mengacaukan ‘penyaringan’ muatan oleh air. membuat DNA larut dalam air yang juga memiliki sifat polar yang tinggi. Biasanya Na +. Suhu ethanol yang dingin berperan dalam mempermudah proses pemekatan DNA.8 DNA bersifat polar. konstanta dielektriknya adalah 24. kekuatan listrik yang relatif lemah mencegahnya untuk membentuk ikatan ion yang stabil dengan fosfat pada DNA dan memisahkannya dari larutan. namun karena sebelumnya praktikan telah menambahkan NaCl pada ekstrak buah. semakin lama pula waktu yang diperlukan dalam mempresipitasi DNA. Mekanisme yang sama terjadi antara muatan negatif fosfat DNA. Pada praktikum kali ini. Sifat polar ini. berdasarkan prinsip “like dissolve like” (sejenis terlarut dalam sejenis). Hal ini umumnya terjadi jika jumlah ethanol telah mencapai 64% dari volume larutan. melainkan hanya terlihat seperti massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. sehingga membiarkan ion Na+ yang dilindungi oleh pelindung hidrasi (hydration shell)tersebar dalam air. maka daya tarik antara fosfat dan beberapa ion positif yang terlarut (contohnya ion Na+ dari NaCl yang telah ditambahkan sebelumnya) menjadi cukup kuat untuk membentuk ikatan ion yang stabil dan mempresipitasikan/ memisahkan DNA. yang berarti bahwa kekuatan listrik antara dua muatan dalam larutan yang mengandung air jauh berkurang jika dibandingkan dengan kekuatan yang terjadi di ruang hampa atau di udara. karena susunan double helix DNA hanyalah gambaran mikrograf saja.3(pada suhu 25°C). Ini disebabkan karena buah yang memiliki kadar air yang banyak. tidak didapatkan DNA berupa benang-benang putih. semakin dingin suhu ethanol. Artinya. kita tidak akan dapat melihat DNA dalam susunan double helix. Semakin tinggi kadar air dalam buah. Kadar air dalam buah mempengaruhi waktu yang digunakan dalam presipitasi DNA. Hal ini disebabkan karena tingkat kematangan buah tomat yang kurang dan kadar air buah tomat relatif yang tinggi. Ethanol memiliki tingkat polar yang lebih rendah daripada air. memiliki sel-sel yang lebih sedikit dibanding dengan kadar air yang . Walau DNA yang terkumpul sangat banyak. maka DNA yang mengumpul dan terpresipitasi akan semakin banyak. karena adanya muatan negatif dari gugus rangka fosfatnya. walaupun dengan mikroskop elektronik sekalipun. dan mekanisme tersebut mengharuskan adanya ion positif yang terlarut. yaitu 80. atau Li+ memegang peranan ini. Daya listrik pada ikatan ion pada Kristal NaCl akan melemah saat terlarut dalam air.1(pada suhu 20°C). Jika ethanol dalam jumlah memadai ditambahkan . Walaupun ion positif juga ada dalam larutan. Sifat polar air dibuktikan dengan tingginya nilai konstanta dielektriknya. NH4+. maka kemungkinan Na+ lah yang memegang peranan terbesar dalam proses ini.

2. melisiskan membran sel dan membran nukleus dengan pencampuran detergen. terjadi pula kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. strawberry. 3.9 dikandungnya. tingkat kemasakan. Kelunakan daging buah. dan kadar air pada buah akan mempengaruhi hasil isolasi. sehingga memudahkan proses isolasi DNA ini. antara lain belimbing. jambu biji. G. teksturnya yang lunak memudahkan proses ekstraksi dan pisang memiliki kadar air yang relatif rendah. pisang. kurang masak. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. yaitu menghancurkan dinding sel dengan penggerusan bahan. Buah belimbing paling sulit di ekstrak karena teksturnya yang kurang lunak dan juga belimbing memiliki kadar air yag relatif tinggi. dan jeruk. Semakin keras. Dari perbedaan hasil isolasi DNA yang didapat pada buah-buahan yang berbeda. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. dan kadar air pada buah akan membuat hasil isolasi yang berbeda. Selain itu. Buah yang memiliki kandungan air yang lebih sedikit memiliki jumlah sel yang lebih banyak sehingga DNA yang dihasilkan lebih banyak dan lebih cepat terlihat massanya di permukaan tabung. hal ini disebabkan penggunaan deterjen. Kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. tomat. DNA akan terlihat sebagai massa (benang-benang) putih yang perlahan naik ke permukaan tabung. diperlukan langkah-langkah sistematis. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. dapat diketahui bahwa perbedaan kelunakan. . dan banyak kadar air maka semakin lama waktu yang dibutuhkan. KESIMPULAN 1. dan jumlah DNA yang terpresipitasi semakin sedikit. Sebaliknya pada buah pisang. disebabkan penggunaan deterjen. serta presipitasi DNA dengan penambahan ethanol absolut dingin dan bantuan ion Na+ dari NaCl (Kristal garam). tingkat kemasakan. sehingga sulit mendapatkan massa putih (DNA) pada praktikum ini. 4. Untuk mengisolasi DNA pada buah. Terdapat enam macam buah yang diisolasi DNAnya.

html. 2004. 2nd ed. methods and applications.00 WIB). Minggu.org/edu/edu_aids/TomatoDNA. USA: University of Maryland Biotechnology Institute.10 DAFTAR PUSTAKA Campbell. 2007. et al.1999. Easy isolation/extraction protocol for isolating tomato DNA. Weising. 18 Desember 2011. 1983. DNA fingerprinting in plants: principles. 20. . Taylor and Francis Group Frey. Biologi. Meischer’s Discovery A DNA Extraction Laboratory. Jakarta : Penerbit Erlangga Kimball. Schaum’s: Biologi. Jakarta : Penerbit Erlangga Frired. George. 2004. Jakarta: Penerbit Erlangga Queen-Baker. et al. John. Biologi. Petra M. (Diperoleh dari http://ucbiotech. Jennie.2005.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful