P. 1
Lap. Akhir Isolasi DNA

Lap. Akhir Isolasi DNA

|Views: 1,406|Likes:
Published by Dwi Yanti

More info:

Published by: Dwi Yanti on Mar 31, 2012
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

11/26/2014

pdf

text

original

5 E. HASIL PENGAMATAN 1.

Isolasi DNA tomat Setelah diberi ethanol absolut dingin, larutan pada tabung reaksi terlihat membentuk tiga lapisan yang dapat dilihat pada gambar berikut :

Massa DNA buah Ethanol Sari buah

Hasil positif terlihat adanya 3 lapisan, yaitu lapisan pertama di dasar tabung reaksi berisi sari buah, lapisan tengah berisi etahanol dan lapisan ketiga berisi massa putih DNA buah. 2. Perbedaan hasil isolasi DNA dari bermacam-macam buah

(dari kiri ke kanan) belimbing, jambu biji, pisang, tomat, strawberry, dan jeruk

F. PEMBAHASAN Pada praktikum kali ini, praktikan mempelajari cara yang tepat untuk melihat DNA suatu organisme dengan mengisolasinya dari lokasi awalnya, yaitu di dalam nukleus. Dalam proses isolasi DNA, umumnya terdapat tiga tahapan yang harus dilakukan, yaitu : 1. Melisiskan/menghancurkan sel dengan cara mekanik maupun kimiawi, karena untuk mengekstraksi DNA, dinding sel(jika ada), membran sel, dan membran nukleus(pada eukariot) harus dihancurkan terlebih dahulu sehingga DNA dapat keluar dan terlihat massanya.

Bahan yang digunakan dalam praktikum ini ialah irisan daging buah yang lunak seperti tomat (Lycopersicum esculentum). karena dalam praktikum ini kita tidak menggunakan blender sebagai alat untuk menghaluskan bahan dan hanya menggerusnya dengan bantuan mortal dan alu saja. Sel tumbuhan memiliki sistem proteksi berupa dinding sel dan membran sel.. seluruh komponen sel akan bercampur satu sama lain. Ion Na+ dari NaCl akan memasuki membran sel secara difusi dan memasuki nukleus melalui pori-pori nukleus. Penghalusan/pelumatan buah. Pemilihan bahan. 3. penggerusan juga bertujuan untuk memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses ekstraksi selanjutnya. pemilihan buah dengan daging buah yang lunak tak lain ialah untuk mempermudah proses pelumatan. kemungkinan digunakan enzim pencerna protein. dengan cara mencampurkannya dengan suatu bahan yang tidak dapat melarutkannya DNA. Selain itu. Penambahan garam. 3. Sebagian besar proses manipulasi DNA mengharuskan agar DNA terpisah dan bebas dari protein dan RNA. yaitu pemisahan DNA dari larutan. Presipitasi.pada DNA. Penambahan garam juga dapat membantu proses presipitasi DNA. pemanasan. Dinding sel tersusun dari polisakarida. Untuk mengisolasi DNA. khususnya dengan konsentrasi tinggi (> 1 M) dapat memisahkan nuclear protein (khususnya protein histon sehingga gulungan DNA dapat terurai dan terlihat sebagai gumpalan benang putih di permukaan larutan) dan juga memisahkan karbohidrat(polisakarida) yang terkandung dalam esktrak. Purifikasi(pemurnian larutan). Untuk mengekstraksi DNA.6 2. sehingga DNA dapat memisah/terpresipitasi. Ion Na+ pada garam dapat mengikat ion fosfat. 2. maka DNA yang terdapat di dalam nukleus perlu diuraikan dari protein-protein lain yang mengikatnya. sehingga molekul-molekul yang memiliki muatan yang sama(negatif) dan bersifat polar kini tidak lagi saling tolak menolak karena tidak lagi bermuatan (netral) atau nonpolar. Berdasarkan teori pelaksanaan isolasi DNA tersebut. Proses tersebut mempermudah . penambahan bahan kimia tertentu atau larutan organik seperti fenol untuk menonaktifkan enzim dan menghilangkan protein dari nukleus. Ketika sel telah lisis. dalam hal ini alkohol dingin. praktikan melakukan langkah-langkah sebagai berikut dalam praktikum ini: 1. Penambahan garam. maka hal pertama yang dilakukan adalah mendegradasi dinding sel yang merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan dengan cara menggerus bagian buah yang dijadikan sampel hingga lumat dan sehalus mungkin. Untuk proses ini.

Namun. Kumpulan massa putih tersebut ialah DNA yang terpresipitasi dari filtrat. larutan tersebut dituang ke dalam tabung reaksi hingga ¼ tinggi tabung. Oleh karena itulah diperlukan deterjen yang dapat mendegradasi membran sel melalui mekanisme khusus. hal ini terjadi karena ethanol memiliki densitas(kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan air. 2005: 90) 4. dan kolesterol. Setelah dihomogenkan. 5. protein ekstrinsik. 1983: 89). glikogen. setelah diamati selama ± 15-30 menit. maka setelah detergen dituang. Warna larutan pun berubah. Kini DNA di dalam nukleus menjadi terurai. . protein. Oleh karena itu. sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis. Penambahan ethanol absolute dingin. maka akan terlihat bahwa ethanol berada di atas lapisan atas. Untuk mempermudah proses penyaringan. Membran sel tersusun atas fosfolipid. Fungsi proses filtrasi ini ialah untuk mengumpulkan larutan yang kaya akan DNA dan untuk memisahkannya dari sisa-sisa sel dan jaringan lainnya pada buah yang kemudian akan dibuang. 7. Ethanol absolute dingin sejumlah 5 mL dituangkan secara perlahan melewati dinding tabung agar larutan yang berbagai komponennya mulai terpisah tidak menyatu kembali. Sisi hidrofilik pada deterjen akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan mengikat lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid proteindeterjen kompleks”. sebagian protein intrinsik. maka larutan harus disaring dengan mengunakan kertas saring. 6. terlihat adanya kumpulan massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. campuran keduanya lalu ditambahkan aquades dan diaduk perlahan. tanda bahwa larutan telah homogen. Kemudian. ‘kepala’ fosfolipid) dan hidrofobik (kolesterol. sementara filtrat berada di dasar. Penyaringan larutan. Setelah disaring. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel. Komponen-komponen membran sel tersebut ada yang bersifat hidrofilik (glikoprotein. untuk dapat keluar dari sel. yang tadinya orange kemerahan khas warna tomat menjadi hijau. Setelah beberapa saat. Untuk mempercepat proses penghancuran membran sel. ‘ekor’ fosfolipid) (Kimball. Penambahan larutan detergen. DNA dapat memisah dari larutan campuran (ethanol+filtrat) karena DNA tidak larut dalam ethanol.(Weising et al.. maka larutan terlebih dahulu didiamkan selama 12 menit agar molekul dengan massa terbesar dapat mengendap di dasar.7 pemekatan dan pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA. membran sel harus didegradasi terlebih dahulu. perlu dilakukan homogenisasi antara gerusan buah dan larutan detergen. Penambahan aquades dan pengadukan.

konstanta dielektriknya adalah 24. Sifat polar air dibuktikan dengan tingginya nilai konstanta dielektriknya. sehingga membiarkan ion Na+ yang dilindungi oleh pelindung hidrasi (hydration shell)tersebar dalam air. Ethanol memiliki tingkat polar yang lebih rendah daripada air. atau Li+ memegang peranan ini. Sifat polar ini. maka kemungkinan Na+ lah yang memegang peranan terbesar dalam proses ini. Daya listrik pada ikatan ion pada Kristal NaCl akan melemah saat terlarut dalam air. maka daya tarik antara fosfat dan beberapa ion positif yang terlarut (contohnya ion Na+ dari NaCl yang telah ditambahkan sebelumnya) menjadi cukup kuat untuk membentuk ikatan ion yang stabil dan mempresipitasikan/ memisahkan DNA. semakin lama pula waktu yang diperlukan dalam mempresipitasi DNA. Artinya. Jika ethanol dalam jumlah memadai ditambahkan . memiliki sel-sel yang lebih sedikit dibanding dengan kadar air yang . tidak didapatkan DNA berupa benang-benang putih. dan mekanisme tersebut mengharuskan adanya ion positif yang terlarut. berdasarkan prinsip “like dissolve like” (sejenis terlarut dalam sejenis). namun karena sebelumnya praktikan telah menambahkan NaCl pada ekstrak buah. kita tidak akan dapat melihat DNA dalam susunan double helix. Mekanisme yang sama terjadi antara muatan negatif fosfat DNA. karena adanya muatan negatif dari gugus rangka fosfatnya. yang berarti bahwa kekuatan listrik antara dua muatan dalam larutan yang mengandung air jauh berkurang jika dibandingkan dengan kekuatan yang terjadi di ruang hampa atau di udara. Hal ini disebabkan karena tingkat kematangan buah tomat yang kurang dan kadar air buah tomat relatif yang tinggi.1(pada suhu 20°C). Walau DNA yang terkumpul sangat banyak. Walaupun ion positif juga ada dalam larutan. Suhu ethanol yang dingin berperan dalam mempermudah proses pemekatan DNA. yaitu 80. membuat DNA larut dalam air yang juga memiliki sifat polar yang tinggi. kekuatan listrik yang relatif lemah mencegahnya untuk membentuk ikatan ion yang stabil dengan fosfat pada DNA dan memisahkannya dari larutan. Kadar air dalam buah mempengaruhi waktu yang digunakan dalam presipitasi DNA. Ini disebabkan karena buah yang memiliki kadar air yang banyak. Semakin tinggi kadar air dalam buah. maka DNA yang mengumpul dan terpresipitasi akan semakin banyak. Hal ini umumnya terjadi jika jumlah ethanol telah mencapai 64% dari volume larutan. karena susunan double helix DNA hanyalah gambaran mikrograf saja. NH4+. Biasanya Na +. penambahan ethanol pada larutan akan mengacaukan ‘penyaringan’ muatan oleh air. Pada praktikum kali ini.8 DNA bersifat polar. semakin dingin suhu ethanol. melainkan hanya terlihat seperti massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. walaupun dengan mikroskop elektronik sekalipun.3(pada suhu 25°C).

sehingga memudahkan proses isolasi DNA ini. kurang masak. dan kadar air pada buah akan membuat hasil isolasi yang berbeda. dapat diketahui bahwa perbedaan kelunakan. dan kadar air pada buah akan mempengaruhi hasil isolasi. DNA akan terlihat sebagai massa (benang-benang) putih yang perlahan naik ke permukaan tabung. dan jeruk. tomat. pisang. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. antara lain belimbing. Kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. serta presipitasi DNA dengan penambahan ethanol absolut dingin dan bantuan ion Na+ dari NaCl (Kristal garam). 3. jambu biji. Selain itu.9 dikandungnya. melisiskan membran sel dan membran nukleus dengan pencampuran detergen. diperlukan langkah-langkah sistematis. hal ini disebabkan penggunaan deterjen. 4. Dari perbedaan hasil isolasi DNA yang didapat pada buah-buahan yang berbeda. . sehingga sulit mendapatkan massa putih (DNA) pada praktikum ini. 2. terjadi pula kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. Terdapat enam macam buah yang diisolasi DNAnya. tingkat kemasakan. dan jumlah DNA yang terpresipitasi semakin sedikit. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. yaitu menghancurkan dinding sel dengan penggerusan bahan. teksturnya yang lunak memudahkan proses ekstraksi dan pisang memiliki kadar air yang relatif rendah. Buah yang memiliki kandungan air yang lebih sedikit memiliki jumlah sel yang lebih banyak sehingga DNA yang dihasilkan lebih banyak dan lebih cepat terlihat massanya di permukaan tabung. G. tingkat kemasakan. Untuk mengisolasi DNA pada buah. dan banyak kadar air maka semakin lama waktu yang dibutuhkan. Semakin keras. Sebaliknya pada buah pisang. Kelunakan daging buah. Buah belimbing paling sulit di ekstrak karena teksturnya yang kurang lunak dan juga belimbing memiliki kadar air yag relatif tinggi. KESIMPULAN 1. strawberry. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. disebabkan penggunaan deterjen.

1983. 20. Jennie. 18 Desember 2011. George. Minggu.2005. (Diperoleh dari http://ucbiotech. methods and applications.org/edu/edu_aids/TomatoDNA.html.1999.10 DAFTAR PUSTAKA Campbell. John. USA: University of Maryland Biotechnology Institute. et al. Jakarta: Penerbit Erlangga Queen-Baker. Taylor and Francis Group Frey. . 2004. 2nd ed. 2007. Meischer’s Discovery A DNA Extraction Laboratory. Jakarta : Penerbit Erlangga Kimball. Petra M. Biologi. et al. Jakarta : Penerbit Erlangga Frired. Biologi. Schaum’s: Biologi. DNA fingerprinting in plants: principles.00 WIB). Weising. Easy isolation/extraction protocol for isolating tomato DNA. 2004.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->