5 E. HASIL PENGAMATAN 1.

Isolasi DNA tomat Setelah diberi ethanol absolut dingin, larutan pada tabung reaksi terlihat membentuk tiga lapisan yang dapat dilihat pada gambar berikut :

Massa DNA buah Ethanol Sari buah

Hasil positif terlihat adanya 3 lapisan, yaitu lapisan pertama di dasar tabung reaksi berisi sari buah, lapisan tengah berisi etahanol dan lapisan ketiga berisi massa putih DNA buah. 2. Perbedaan hasil isolasi DNA dari bermacam-macam buah

(dari kiri ke kanan) belimbing, jambu biji, pisang, tomat, strawberry, dan jeruk

F. PEMBAHASAN Pada praktikum kali ini, praktikan mempelajari cara yang tepat untuk melihat DNA suatu organisme dengan mengisolasinya dari lokasi awalnya, yaitu di dalam nukleus. Dalam proses isolasi DNA, umumnya terdapat tiga tahapan yang harus dilakukan, yaitu : 1. Melisiskan/menghancurkan sel dengan cara mekanik maupun kimiawi, karena untuk mengekstraksi DNA, dinding sel(jika ada), membran sel, dan membran nukleus(pada eukariot) harus dihancurkan terlebih dahulu sehingga DNA dapat keluar dan terlihat massanya.

Selain itu.. 3. Penambahan garam. Penghalusan/pelumatan buah. Penambahan garam. 3. kemungkinan digunakan enzim pencerna protein. Sebagian besar proses manipulasi DNA mengharuskan agar DNA terpisah dan bebas dari protein dan RNA. Presipitasi. sehingga molekul-molekul yang memiliki muatan yang sama(negatif) dan bersifat polar kini tidak lagi saling tolak menolak karena tidak lagi bermuatan (netral) atau nonpolar. pemilihan buah dengan daging buah yang lunak tak lain ialah untuk mempermudah proses pelumatan. Sel tumbuhan memiliki sistem proteksi berupa dinding sel dan membran sel. Pemilihan bahan. penambahan bahan kimia tertentu atau larutan organik seperti fenol untuk menonaktifkan enzim dan menghilangkan protein dari nukleus. Bahan yang digunakan dalam praktikum ini ialah irisan daging buah yang lunak seperti tomat (Lycopersicum esculentum). Dinding sel tersusun dari polisakarida. pemanasan. Ion Na+ pada garam dapat mengikat ion fosfat. Untuk mengisolasi DNA. Ion Na+ dari NaCl akan memasuki membran sel secara difusi dan memasuki nukleus melalui pori-pori nukleus. seluruh komponen sel akan bercampur satu sama lain. sehingga DNA dapat memisah/terpresipitasi. yaitu pemisahan DNA dari larutan.6 2.pada DNA. maka hal pertama yang dilakukan adalah mendegradasi dinding sel yang merupakan struktur paling luar dari sel tumbuhan dengan cara menggerus bagian buah yang dijadikan sampel hingga lumat dan sehalus mungkin. maka DNA yang terdapat di dalam nukleus perlu diuraikan dari protein-protein lain yang mengikatnya. dalam hal ini alkohol dingin. khususnya dengan konsentrasi tinggi (> 1 M) dapat memisahkan nuclear protein (khususnya protein histon sehingga gulungan DNA dapat terurai dan terlihat sebagai gumpalan benang putih di permukaan larutan) dan juga memisahkan karbohidrat(polisakarida) yang terkandung dalam esktrak. dengan cara mencampurkannya dengan suatu bahan yang tidak dapat melarutkannya DNA. praktikan melakukan langkah-langkah sebagai berikut dalam praktikum ini: 1. Proses tersebut mempermudah . Ketika sel telah lisis. karena dalam praktikum ini kita tidak menggunakan blender sebagai alat untuk menghaluskan bahan dan hanya menggerusnya dengan bantuan mortal dan alu saja. 2. Untuk proses ini. Berdasarkan teori pelaksanaan isolasi DNA tersebut. Penambahan garam juga dapat membantu proses presipitasi DNA. Purifikasi(pemurnian larutan). Untuk mengekstraksi DNA. penggerusan juga bertujuan untuk memisahkan sel yang satu dengan lainnya sehingga memberikan hasil yang lebih baik pada proses ekstraksi selanjutnya.

(Weising et al. yang tadinya orange kemerahan khas warna tomat menjadi hijau. sementara filtrat berada di dasar. 6. sehingga membran sel pun terdegradasi/lisis. Oleh karena itu. hal ini terjadi karena ethanol memiliki densitas(kerapatan) yang lebih kecil dibandingkan air. Namun. protein. Membran sel tersusun atas fosfolipid. Fungsi proses filtrasi ini ialah untuk mengumpulkan larutan yang kaya akan DNA dan untuk memisahkannya dari sisa-sisa sel dan jaringan lainnya pada buah yang kemudian akan dibuang. terlihat adanya kumpulan massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. Warna larutan pun berubah. Setelah dihomogenkan. Kumpulan massa putih tersebut ialah DNA yang terpresipitasi dari filtrat.. tanda bahwa larutan telah homogen. setelah diamati selama ± 15-30 menit. . Penambahan aquades dan pengadukan. 1983: 89). 2005: 90) 4. Penyaringan larutan. maka larutan harus disaring dengan mengunakan kertas saring. maka setelah detergen dituang. sebagian protein intrinsik. larutan tersebut dituang ke dalam tabung reaksi hingga ¼ tinggi tabung. Oleh karena itulah diperlukan deterjen yang dapat mendegradasi membran sel melalui mekanisme khusus. Penambahan ethanol absolute dingin. Setelah disaring. Komponen-komponen membran sel tersebut ada yang bersifat hidrofilik (glikoprotein. membran sel harus didegradasi terlebih dahulu. maka larutan terlebih dahulu didiamkan selama 12 menit agar molekul dengan massa terbesar dapat mengendap di dasar. Sisi hidrofilik pada deterjen akan mengikat sisi protein yang bersifat hidrofilik dan sisi hidrofobik detergen akan mengikat lipid dan sisi hidrofobik protein sehingga membentuk senyawa “lipid proteindeterjen kompleks”. 5.7 pemekatan dan pengumpulan massa DNA pada proses presipitasi DNA. perlu dilakukan homogenisasi antara gerusan buah dan larutan detergen. Untuk mempermudah proses penyaringan. Kemudian. protein ekstrinsik. Kini DNA di dalam nukleus menjadi terurai. dan kolesterol. glikogen. Setelah beberapa saat. ‘kepala’ fosfolipid) dan hidrofobik (kolesterol. 7. Peristiwa inilah menyebabkan interaksi polar yang menyatukan membran sel. campuran keduanya lalu ditambahkan aquades dan diaduk perlahan. DNA dapat memisah dari larutan campuran (ethanol+filtrat) karena DNA tidak larut dalam ethanol. maka akan terlihat bahwa ethanol berada di atas lapisan atas. Ethanol absolute dingin sejumlah 5 mL dituangkan secara perlahan melewati dinding tabung agar larutan yang berbagai komponennya mulai terpisah tidak menyatu kembali. untuk dapat keluar dari sel. Untuk mempercepat proses penghancuran membran sel. ‘ekor’ fosfolipid) (Kimball. Penambahan larutan detergen.

NH4+. konstanta dielektriknya adalah 24. dan mekanisme tersebut mengharuskan adanya ion positif yang terlarut. penambahan ethanol pada larutan akan mengacaukan ‘penyaringan’ muatan oleh air. namun karena sebelumnya praktikan telah menambahkan NaCl pada ekstrak buah. Artinya. atau Li+ memegang peranan ini. maka DNA yang mengumpul dan terpresipitasi akan semakin banyak. Sifat polar air dibuktikan dengan tingginya nilai konstanta dielektriknya. tidak didapatkan DNA berupa benang-benang putih. Pada praktikum kali ini. Suhu ethanol yang dingin berperan dalam mempermudah proses pemekatan DNA. Walaupun ion positif juga ada dalam larutan. karena adanya muatan negatif dari gugus rangka fosfatnya. Ethanol memiliki tingkat polar yang lebih rendah daripada air.3(pada suhu 25°C). walaupun dengan mikroskop elektronik sekalipun. yang berarti bahwa kekuatan listrik antara dua muatan dalam larutan yang mengandung air jauh berkurang jika dibandingkan dengan kekuatan yang terjadi di ruang hampa atau di udara. semakin dingin suhu ethanol. melainkan hanya terlihat seperti massa putih yang terletak di permukaan tabung reaksi. Sifat polar ini. Biasanya Na +. maka daya tarik antara fosfat dan beberapa ion positif yang terlarut (contohnya ion Na+ dari NaCl yang telah ditambahkan sebelumnya) menjadi cukup kuat untuk membentuk ikatan ion yang stabil dan mempresipitasikan/ memisahkan DNA. memiliki sel-sel yang lebih sedikit dibanding dengan kadar air yang . berdasarkan prinsip “like dissolve like” (sejenis terlarut dalam sejenis). kekuatan listrik yang relatif lemah mencegahnya untuk membentuk ikatan ion yang stabil dengan fosfat pada DNA dan memisahkannya dari larutan. Kadar air dalam buah mempengaruhi waktu yang digunakan dalam presipitasi DNA.8 DNA bersifat polar. Walau DNA yang terkumpul sangat banyak. Ini disebabkan karena buah yang memiliki kadar air yang banyak. semakin lama pula waktu yang diperlukan dalam mempresipitasi DNA. Semakin tinggi kadar air dalam buah. yaitu 80. Hal ini disebabkan karena tingkat kematangan buah tomat yang kurang dan kadar air buah tomat relatif yang tinggi.1(pada suhu 20°C). Daya listrik pada ikatan ion pada Kristal NaCl akan melemah saat terlarut dalam air. Jika ethanol dalam jumlah memadai ditambahkan . Hal ini umumnya terjadi jika jumlah ethanol telah mencapai 64% dari volume larutan. kita tidak akan dapat melihat DNA dalam susunan double helix. karena susunan double helix DNA hanyalah gambaran mikrograf saja. Mekanisme yang sama terjadi antara muatan negatif fosfat DNA. maka kemungkinan Na+ lah yang memegang peranan terbesar dalam proses ini. membuat DNA larut dalam air yang juga memiliki sifat polar yang tinggi. sehingga membiarkan ion Na+ yang dilindungi oleh pelindung hidrasi (hydration shell)tersebar dalam air.

tingkat kemasakan. strawberry. serta presipitasi DNA dengan penambahan ethanol absolut dingin dan bantuan ion Na+ dari NaCl (Kristal garam). 3. tomat. dan banyak kadar air maka semakin lama waktu yang dibutuhkan. Kelunakan daging buah. sehingga sulit mendapatkan massa putih (DNA) pada praktikum ini. DNA akan terlihat sebagai massa (benang-benang) putih yang perlahan naik ke permukaan tabung. pisang. Terdapat enam macam buah yang diisolasi DNAnya. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. . Buah yang memiliki kandungan air yang lebih sedikit memiliki jumlah sel yang lebih banyak sehingga DNA yang dihasilkan lebih banyak dan lebih cepat terlihat massanya di permukaan tabung. G. teksturnya yang lunak memudahkan proses ekstraksi dan pisang memiliki kadar air yang relatif rendah. 2. sehingga memudahkan proses isolasi DNA ini. Sebaliknya pada buah pisang. dan jumlah DNA yang terpresipitasi semakin sedikit. dalam hal ini sunlight cair berwarna hijau. dapat diketahui bahwa perbedaan kelunakan. diperlukan langkah-langkah sistematis. Dari perbedaan hasil isolasi DNA yang didapat pada buah-buahan yang berbeda. disebabkan penggunaan deterjen. terjadi pula kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. Buah belimbing paling sulit di ekstrak karena teksturnya yang kurang lunak dan juga belimbing memiliki kadar air yag relatif tinggi. tingkat kemasakan. yaitu menghancurkan dinding sel dengan penggerusan bahan. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. hal ini disebabkan penggunaan deterjen. 4. Semakin keras. dan jeruk. kurang masak. Selain itu.9 dikandungnya. jambu biji. Kesulitan melihat massa putih pada tabung reaksi. dan kadar air pada buah akan membuat hasil isolasi yang berbeda. dan kadar air pada buah akan mempengaruhi hasil isolasi. KESIMPULAN 1. antara lain belimbing. melisiskan membran sel dan membran nukleus dengan pencampuran detergen. yang terlalu kental sehingga warna hijau menjadi sangat mendominansi. Untuk mengisolasi DNA pada buah.

. Schaum’s: Biologi. (Diperoleh dari http://ucbiotech. Jakarta : Penerbit Erlangga Kimball. Taylor and Francis Group Frey. 18 Desember 2011. 2004. 1983. Jennie. Weising.1999.html. 2007. Biologi. Petra M. et al. John.2005. methods and applications. USA: University of Maryland Biotechnology Institute. Jakarta: Penerbit Erlangga Queen-Baker. 2nd ed. DNA fingerprinting in plants: principles.org/edu/edu_aids/TomatoDNA. 20. George. Biologi. Easy isolation/extraction protocol for isolating tomato DNA.10 DAFTAR PUSTAKA Campbell. 2004. Meischer’s Discovery A DNA Extraction Laboratory. et al. Minggu.00 WIB). Jakarta : Penerbit Erlangga Frired.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful