ISOLASI DNA Laporan Praktikum UNIVERSITAS NEGERI MALANG FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM Jurusan Biologi

Judul : Isolasi DNA B. DNA adala polimer bukleotida biasa : bila dua nukleotida digabungkan. Tujuan : Tujuan dari praktikum kali ini adalah mengetahiu pengaruh jenis buah dan jenis detergen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi. dan pirimidin yang umum adalah sitosin dan timin. karena atom hidrogennya mempunyai kebebasan tertentu. dan struktur struktur molekul berbeda yang dihasilkannya disebut tauto mer ( Goodenough 1988 ). Misalnya saja satu atom hidrogen dapat berpindah dari suatu gugusan asam amino ( -NH2 ). C. Fluktuasi kimia semacam itu disebut pergeseran tautomer. bila tiga menjadi trinukleotida . Pendahuluan : DNA merupakan suatu materi genetik yang terbentuk dari dua kelompok basa yang berbeda yang mengandung nitrogen. Molekul molekul yang berisi ikatan demikian itu mempunyai potensi untuk hadir dalam sejumlah struktur kimia yang berbeda. molekul resultannya disebut dinukleotida . yaitu purin dan pirimdin. bil a . Dua purin yang paling banyak terdapat dalam DNA adalah adenin dan guanin. Purin dan pirimidin berisi beberapa ikatan ganda yang berhubungan.September 2010 A. dengan meninggalkan gugusan asam amino ( -NH ) dan muatan negatif netto yang diserap oleh sistem cincin molekul yang berkonjugasi.

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. 2006 ). dapat dilakukan dengan memecahkan deinding sel. Hanya satu gugusan fosfat dari setiap trifosf at pelopor termasuk dalam polimer.beberapa membentuk polinukleotida. Hal ini bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain ytang tidak diinginkan. Proses ini har us dilakukan dengan hati hati. sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. yang terikat pada 5 -karbon gula pentosa pada satu nukleotida. Macam macam detergan yang digunakan . sehingga diberi nama a sam nukleat ( Goodenough 1988 ). Residu fosfat ( PO4 ) sepanjang rantai ini bersifat asam. dan kloroplas. mitokondria. 2005 ). Jika dengan cara mekanik bisa dilakukan dengan memblender atau menggerus dengan menggunakan mortar dan pistil. D. Untuk mengluarkan DNA dari sel. juga terikata secara kimiawi pada 3 -karbon gul a nukleotida kedua. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda. Gugusan fosfat ini. DNA tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deeoksiribosa. Kajian Pustaka DNA ( Deoxyribose Nucleid Acid ) adalah master molekul yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme ( jamilah. membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik maupun secra kimiawi. melalui ikatan yang dibentuk melalui sis i hidrofobik detregen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa lipid protein kompleks ( Machfud. Ikatan ikatan fosfat itu sangat kuat dan dikenal sebagai ikatan ikatan ester kovalen. basa nitrogen. dimana basa nitrogen da n kedua benag polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. atau ikatan fosfodiester. Penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena detergen dapat menyebabkan rusaknya membran sel. sehingga suatu deret 5 -3 pautan fosfat mengikat nukleotida nukleotida itu menjadi satu sejauh panjangnya polimer.

keduanya berfungsi seperti halnya lysing buffer ( Dollard.Saringan .Kain saring . bukrim.Detergen ( rinso. sunlight ) .Blender .Aquades .Kertas saring . Bahan -Buah ( pepaya.Pipet tetes .Spatula . pear ) .Garam dapur F. Alat . Alat dan Bahan 1.Tabung reaksi . attack. E. melon. 1994 ). Pemekatan dengan etanol pada lapisan atas sampel sehingga ter jadi presipitasi DNA pada perbatasan kedua larutan. Garam garam memegang peran penting yang lain untuk menghilangkan proteindan karbohidart karena garam dapat menyebabkan kedua terpresipitasi dan bersama sama dengan detergen.Beaker glass .Sendok plastik kecil 2. nanas.Alkohol absolut 95 % .jega berpengeruh pada hasil dari isolasi DNA dengan kualitas baik karena kandung an pada masing masing detergen berbeda.Sendok . Metode Kerja .

bukrim. ANALISIS DATA DAN PEMBAHASAN Tabel Data Hasil Pengamatan Buah Detergen Waktu Banyak DNA Pepaya Rinso 15 detik . Menambahkan 1ml campuran detergen. Mengaduk detrgen diatas dan jangan sampai berbuih . nanas. DATA HASIL PENGAMATAN. 56 ml aquades . sunlight t ) . pear ) . Menambahkan 1 sendok detrgen. G. Menyaring dengan saringan. melon. Meletakkan hasil saringan pada beaker glass . lalu menyaring kembali dengan kertas saring . Memasukkan 15 ml saringan buah ( alikot ) kedalam tabung reaksi . 2 spatula NaCl. attack. lalu meneteskan 6 ml etanol 70% yang dingin melalui dinding tabung reaksi .Memblender 20 gr buah dan 20 ml aquades selama 1 menit ( semua buah diblender satu persatu : buah pepaya. Mencatat waktu awal terbentuknya benang benang DNA dan membandingkan ketebalan lapisan DNA yang terbentuk pada masing masing jenis buah Mengulangi tiap jenis buah dan detergen masing-masing 2 kali. dan memasukkannya kedalam beaker glass ( semua detergen dimasukkan ke dalam beaker glass satu per satu : rinso. Mengambil detergen.

.

27 detik 34 detik Rinso 7.04 detik Sunlight 3.37 menit Rinso 11 detik 15 detik Attack 6 detik Tomat 13 detik Bukrim 17 detik 38 detik Sunlight 27 detik 19 detik .57 detik Sunlight 13.40 menit 3.15 detik Melon 9.26 detik 7.31 detik Nanas 6.05 detik 9.91 detik 6.13 detik Bukrim 8.49 detik Attack 6.33 detik Attack 5.17 detik Attack 3 detik 4 detik Bukrim 20 detik 26 detik Sunlight 7 detik 8 detik Rinso 8.24 detik Bukrim 45 detik 30.

Kemudian menuangkan 15 ml alikot kedalam tabung reaksi yang selanjutnya ditetesi etanol 70 % dingin melalui dinding tabung reaksi. damn pear.Keterangan : + : tipis ++ : sedang +++ : agak tebal ++++ : tebal Analisis Data Praktikum kali ini yaitu isolasi DNA bertujuan untuk mengetahui pengaruh macam buah dan jenis detergen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi. da n mengaduknya. Kemudian untuk waktu yang dibutuhkan detergen untuk membentuk DNA itu paling cepat didapatkan oleg larutan sabun attack dengan waktu untuk ulangan pertama 3 detik dan ulangan yang keduan 4 detik. Perolehan kualifikasi ini sama untuk setiap ulangan art inya pada semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama. DNA yang berhasil diisolasi paling tebal dengan kualifikasi +++ ( agak tebal ) ditemukan pada tabung reaksi yang be risi larutan sabun rinso dan attack. melon. Sedangkan waktu yang paling lama yang dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini dittempati oleh larutan sabun bukrim. untuk ulangan pertama 20 detik dan ulangan yang kedua 26 detik. Setelah buah diblender menyiapkan detergen yang telah ditambai dengan 2 spatula NaCl. namun dalam mengaduk diusahakan jangan sampai berbuih. Sebelumnya buah buah ini di blender terlebih dahulu selama satu menit agar nantinya bisa didapatkan alikot. nanas. Setalah proses isolasi DNA dilakuakn. misalnya pada larutan sabun bukrim ini kualifikasinya ulangan pertama dan kedua sama yaitu ++ ( sedang ). Buah yang digunakan dalam proses isolasi DNA kali ini adalah buah pepay a. aquades 56 ml. sedangkan isolasi DNA yang kualifikasinya paling tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun cair sunlight deng an kualifikasi + ( tipis ). kami mendapatkan data bahwa pada penggunaan buah pepaya sebagai sumber DNA. Untuk detergen yang lain memiliki waktu yang berada ditengah tengah larutan sabun atta ck .

Proses isolasi yang kedua ini menggunakan buah nanas. dimana didapatkan data bahwa pada penggunaan buah melon sebagai sumber DNA. DNA yang berhasil diisolasi paling tebal dengan kualifikasi ++++ ( tebal ) ditemukan pada tabung r eaksi yang berisi larutan sabun attack. Proses isolasi yang ketiga ini menggunakan buah melon. Kemudia n untuk waktu yang dibutuhkan detergen untuk membentuk DNA itu paling cepat didapatkan oleh larutan sabun attack dengan waktu untuk ulangan pertama yaitu 5. Sedangkan waktu yang dibutuhkan pada larutan sabun sunlight untuk membentuk DNA pada ulangan pertama selama 7 detik dan ulangan ke dua selama 8 detik. DNA yang berhasil diisolasi paling tebal dengan kualifikasi ++++ ( tebal ) ditemukan pada tabung r eaksi yang berisi larutan sabun attack. misalnya pada larutan sabun bukarim dan rinso yang mempunyai kualifikasi untuk ulangan pertamadan kedua sama yaitu bukrim ++ ( sedang ) dan rinso +++ ( agak ). dimana didapatkan data bahwa pada penggunaan buah nanas sebagai suber DNA. 31 detik dan untuk ulangan yang kedua yaitu 6. Perolehan kualifikasi ini sama untuk semua ulangan ulan gan artinya pada semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama.26 detik.24 detik. dan untuk ulangan kedua selama 17 detik. dan untuk ulangan yang kedua selama 7. sedangkan isolasi DNA yang kualifikasinya pali ng tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun cair sunlight deng an .dan bukrim. untuk ulangan pertama 45 detik dan ulangan yang kedua 30. untuk ulangan pertama selama 15 detik.33 detik. Pada larutan sabun rinso waktu yang dibutuhkan untuk membentuk DNA ini. sedangkan isolasi DNA yang kualifikasinya pali ng tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun cair sunlight deng an kualifikasi + ( tipis ). Sedangkan waktu yang paling lama yang dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini ditempatioleh larutan sabun bukrim. Untuk detergen yang lain memiliki waktu yang berada ditengah tengah larutan atta ck dan larutan sabun bukrim. Pada larutan sabun rinso waktu yang dibutuhkan untuik membentuk DNA ini untuk ulangan pertama selama 8.27 detik dan ulangan kedua selama 34 detik. Sedangkan waktu yang dibutuhkan pada larutan sabun sunlight untuk membentuk DNA pada ulangan pertama sela 13.57 detik.

dan untuk ulangan yang kedua selama 9. untuk ulangan pertama 3. Proses isolasi yang keempat ini menggunakan buah pear. misalnya pada larutan sabun bukrim dan rinso yang mempunyai kualifikasi untuk ulangan pertama dan kedua sama yaitu bukrim ++ ( sedeang ) dan rinso +++ ( agak tebal ).37 menit.05 detik dan ulangan yang kdua selama 9.15 detik. dimana didapatkan data bahwa pada penggunaan buah pear sebagai sumber DNA. misalnya pada larutan sabun bukrim dan attack yang mempunyai kualifikasi untuk ulangan pertama dan kedua sama yaitu bukrim +++ ( agak tebal ) dan rinso ++ ( sedang ). Kemudian untuk waktu yang dibutuhkan detregen untuk membentuk DNA itu paling cepat didapatkan oleh larutan sabun attack dengan waktu : untuk ulangan pertama yaitu selama 6 detik dan untuk ulangan yang kedua yaitu 13 detik. Sedangkan wakt u yang paling lama yang dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini ditempati oleh larutan sabun bukrim. Pada larutan sabun atta ck waktu yang dibutuhkan untuk membentuk DNA ini untuk ulangan pertma selama 6. Sedangkan waktu yang dibutuhkan pada larutan sabun bukrim untuk membentuk DNA pada ulangan pertama selama 8. sedangkan isolasi DNA yang kualifikasinya palin g tipis didapatkan oleh tabung reaksi yang berisi larutan sabun cair sunlight deng an kualifikasi + ( tipis ). Untuk detergen yang lain memiliki waktu yang berada ditengah tengah . Sedangkan waktu yang paling lama yang dibutuhkan detergen untuk menghasilkan DNA ini ditempati oleh larutan sabun cair senlight. Kemudian untuk waktu yang dibutuhkan detregen untuk membentuk DNA itu paling cepat didapatkan oleh larutan sabun rinso dengan waktu : untuk ulangan pertama yaitu selama 7.04 detik.49 detik. Untuk detergen yang lain memiliki waktu yang berada ditengah tengah larutan sabun sunlight dan rinso.40 menit dan ulangan yang kedua 3. Perolehan kualifikasi ini sama untuk semua ulangan ulan gan artinya pada semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama. DNA yang berhasil diisolasi paling tebal dengan kualifikasi ++++ ( tebal ) ditemukan pada tabung r eaksi yang berisi larutan sabun rinso.kualifikasi + ( tipis ). untuk ulangan pertama 17 detik dan ulangan yang kedua 38 detik.13 detik. Perolehan kualifikasi ini sama untuk semua ulangan ulan gan artinya pada semua ulangan perolehan DNA yang dapat diisolasi ini sama.91 detik dan untuk ulangan yang kedua yaitu 6.

. Untuk wakttu yang dibutuhkan untuk menghasilkan isolasi DN A paling lama ini diperoleh oleh larutan sabun bukrim dan untuk larutan sabun yang paling cepat menghasilkan isolasi DNA adalah pada larutan sabun attack. Untuk waktu yang dibutuhkan untuk menghasilkan isolasi DNA ini bervariasi dari setiap detergen. attack. larutan detergen attack sering menghasilkan DNA dengan ketebalan paling tinggi sedangkan larutan dengan sabun cair sunlight memiliki hasil isolas i DNA yang paling tipis. Cara yang digunakan untuk merusak membran membran inti untuk mengambil DNA tersebut sangat beraneka ragam. Untuk sumber DNA yang membutuhkan waktu pailing cepat tuk menghasilkan proses isolasi DNA ini dimiliki oleh buah pepaya. Sedangkan waktu yang dibutuhkan pada larutan sabun cair sunlight untuk membentuk DNA pada ulangan pertama selama 27 detik dan ulangan yang kdua selama 19 detik. bukrim. Pada larutan sabun rinso waktu yang dibutuhkan untuk membentuk DNA ini untuk ulangan pertma selama 11 detik. dan untuk ulangan yang kedua selama 15 detik. Pada pengamatan kali ini macam detergen yang digunakan sebanyak 4 macam detergen yaitu rinso. Dengan melihat tabel hasil pengamatan dan juga analisis data dapat diketrahui bahwa jenis detergen itu mempengaruhi hasil dari isolasi DNA. misalnyadengan pemblenderan atau penggerusan dengan mortal dan pistil. Pada beberapa perlakuan dan juga ulan gan yang dilakukan. sedangkan waktu yang dibutuhkan untuk membentuk isolasi DNA paling lama ini di tempati oleh sumber DNA buah melon.larutan sabun bukrim dan attack. dan sunlight. Pembhasan Pada dasarnya isolasi DNA dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai macam sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan. Untuk sumber DNA yang menghasilkan isolasi DNA paling tebal itu diperoleh oleh buah nanas. Selain perusakan dengan cara fisik membran inti dapat dirusak dengan cara menggunakan senyawa senyawa kimia. . Dari detergen yang telah digunakan ada yang berpengaruh sangat baik dalam pembentukan isolasi DNA dan ada pula yang memberikan pengaruh kurang baik terhadap iaolasi DNA.

Pada teori yang kami peroleh dijelaskan bahwa semakin banyak kandungan air pada buah maka sel yang terlarut dalam ekstrak akan semakin sedikit. : 38 ). Hal ini terbukti bahwa pada perlakuan buah melon mempunyai kadar iar yang lebih banyak bila dibandingkan dengan buah yang lain. Misalnya pada buah pepaya. ternyata buah yang memiliki kadar air rendah menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik jika dibandingkan dengan sumber DNA yang dari buah yang memiliki kadar air yang tinggi. Pada saat penghancuran jarin ga jaringan sampel pada awal proses isolasi DNA. Jika melihat dari jenis buah yang digunakan sebagai sumber DNA. Misaslnya saja dalam penentuan kadar kepekatan hasil isolasi DNA yang kami nilai. larutan akan tampak terbalik untuk beberapa saat. Detergen mengandung sodium dodesil sulfat ( SDA ) yang dapat menyebabkan hilangnya molekullipid pada membran sel sehingga struktur membran akan rusak dan melisiskan isi sel ( kamilah. Pada saat penambahan etanol. DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit. . terjadi pelepasan senyawa polifeno l dan polisakarida ( Zubaidah. Pada salah satu sumber menyatakan bahwa dalam proses pembuatan sumber DNA untuk isolasi DNA hendaknya jangan terlalu encer karena semakin encer sumber DNA . dan pada akhirnya ethanol akan berada di ba gian atas tabung. Namunb pqada pengamatan iaolasi DNA kali ini kami rasa hasil yang diperoleh kurang akurat. dalam penentuan kepekatan bisa saja kelompok kami mengatakan bahwa pada buah ini sangat pekat namun kelompok lain mengatakan kepekatanm buah ini sedikit seperti itu. sementara filtrat berada dibagian dasar tabung karena ethanol memil iki kerapatan yang lebih kecil dibandingkan air ( Jamilah 2005 ).2005 ). Dalam proses isolasi DNA detergen berfungsi menggantikan senyawa senyawa kimia. Sehingga adalam penentuan kepekatan antara kelompok satu dengan kelompok yang lain itu bisa berbeda. Dalam penentuan kepekatan kadar isolasi DNA ini dilakuakn oleh 4 kelompok besar.

Apakah fungsi dari penambahan alkohol . maupun kloroplas. Karena pada garam ini memang dapat menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi.. Fungsi dari penambahan detergen yaitu untuk melisiskan barier sel secar kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel.. Isolasi DNA merupakan cara ataupun metode yang digunakan untuk memisahkan DNA dari sel . Dalam hal ini penambahan garam bisa dikatakan dapat membantu dalam hal pemekatan DNA.Diskusi . Apakah kecepatan pembentukan DNA pada masing masing buah dan detergen berbeda ? . Adapun fungsi dari penambahan garam yaitu untuk menghilangkan protein dan karbohidrat. karena ion Na+ yang diakndung oleh garam mampu memblikir dengan kutub negatif fosfat DNA. mitokondria. Apakah yang dimaksud dengan isolasi DNA ? . Apakah fungsi dari penembahan detergen ? . Apakah fungsi dari penambahan garam ? ... . Mengapa larutan tidak boleh berbuih ketika diaduk dengan penambahan detergen ? . .G... Penambahan garam juga dpat digunakan untuk melarutka n DAN.. Jawaban : ... Karena pada detergen mengandung sodium dodesil sulfat ( SDA ) yang dapat . Mengapa alkohol yang ditambahkan dalam keadaan dingin ? . baik dari inti... Apa kesimpulan dari praktikum isolasi DNA ? .

Fungsi dari penambahan alkohol yaiut untuk mengikat strand DNA yang telah terkumpul. selain itu det ergen yang digunakan dalam proses isolasi DNA nantinya juga akan menghasilkan hasil isolasi DNA yang berbeda. . . Larutan sabun tidak boleh berbuih karena agar sel dapat mengalami lisis yang disebabkan karena rusaknya dinding dan membran sel. Alkohol yang ditambahkan dalam keadaan dingin..menyebabkan hilangnya molekullipid pada membran sel sehingga struktur membran akan rusak dan melisiskan isi sel. Pada buah juga demikian ada buah yang memberikan pengaruh baik dalam proses isolasi DNA dan ada juga yang memberikan pengruh kurang baik dalam proses isolasi DNA. . . Kesimpulan dari praktikum kali ini adalah bahwa sumber DNA yang digunakan itu berpengaruh terhadap hasil dari proses isolasi DNA.. dan sebaliknya jika buah yang memiliki kadar air tinggi maka nantinya akan menghasilkan presipitasi DNA yang kurang baik. kecepatan pembentukan DNA pada masing masing buah dan detergen itu berbeda karena jenis detergen ada yang memberikan pengruh baik dalam proses isolasi DNA dan ada jiga yang memberikan pengaruh kurang baik dalam proses isolasi DNA.. Selain itu alkohol juga berfun gsi mempertifikasi DNA. Selain itu jika alkohol yang dingin yang diberikan maka konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan semakin pekat. mislanya pada buah yang memiliki kadar air rendah maka nantinya akan menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik.. Iya. karena pada alkohol yang dingin dapat membentu mempercepat proses mempertifikasi DNA. . . Strand strand DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagai benang benang putih yang terapung diatas filtrat..

H. Semakin rendah kadar air dalam buah maka semakin tinggi hasil presipitasi DNA.... Kesimpulan . Jenis buah yang digunakan dalamproses isolasi DNA berpengaruh terhadap hasil dari isolasi DNA itu sendiri . dan sebaliknya jika buah yang memiliki kadar air tinggi maka nantinya akan menghasilkan presipitasi DNA yang rendah . Detergen berpengaruh terhadap hasil dari isolasi DNA .

Malang : program pasca sarjana Universitas Brawijaya. penambahan enzim. Malang : Unoversitas Negeri Malang. 2004. Com Http : //www. Isolasi DNA. Goodenough. Genetics //.Daftar Pustaka Jamilah. 1988. variasi genetik. Desertasi tidakl diterbitkan. Http : //www. dan ekstrak nanas ( Ananas comunis )terhadap hasil isolasi DNA berbagai macam buah sebagia topik praktikum mata kuliah genetika. Skripsi tidak diterbitkan. pengaruh berbagai macam detergen. distribusi dan upaya eliminasi bakteri penyebab CVPD ( Citrus Vein Phloem Degeneration ). siti. Identifikasi. Jakarta : erlangga. com . Zubaidah. 2005. ursula. Com Http : //www/ structur DNA. Genetics. // wiki.