Professional Documents
Culture Documents
DNA --- messenger RNA (mRNA) keluar nukleus menuju ke sitoplasma =pada ribosom, -- molekul protein
GENETIK
Gen-membawa kunci untuk kesamaan kita dan warisan keunikan; KERUSAKAN GEN >>> cacat dan penyakit, bahkan kematian
GENETIK
Sel manusia .== 2 set kromosom, dari ibu dan ayah. Tiap set = 23 kromosom tunggal = 22 autosom dan kromosom X atau Y seks..(Wanita mewarisi X dari orang tua masing-masing, sementara laki-laki mendapat X dari ibu dan Y dari ayah.) GEN = STRUKTUR DAN BENTUK PROTEIN -- BENTUK DAN FUNGSI SEL
MUTASI GENETIK
MUTASI GEN : -BASE MERUBAH BASE DNA (misspelling) -KEHILANGAN ATAU KELEBIHAN BASE -TIDAK TERLIHAT (SILENT) STRUKTUR, FUNGSI TIDAK PENGARUH - MUTASI LAIN PERUBAHAN PROTEIN STRUKTUR DAN FUNGSI (CACAT HAEMOGLOBIN SICKLE CELL ANEMIA) HILANG FUNGSI PROTEIN TOTAL
MUTASI GENETIK
MUTASI BERBEDA PADA GEN YANG SAMA MENGHASILKAN EFEK BERBEDA CONTOH PROUKSI GEN MUCUS 300 MUTASI GEN BEBERAPA SIMPTOM BERAT, BEBERAPA SIMPTON MENENGAH, TIDAK ADA SIMPTON SAMA SEKALI
MUTASI GERMLINE : WARISAN ORANG TUA PERUBAHAN GEN PADA SEL REPRODUKSI AWAL PEMBELAHAN SEL AKUMULASI DNA SEMUA SEL TUBUH DITURUNKAN ACQUIRED MUTASI / MUTASI SOMATIK: MUTASI DNA KESALAHAN GEN PADA SEL TERTENTU BERKEMBANG SAAT HIDUP KESALAHAN SAAT PEMBELAHAN SEL DAMPAK LINGKUNGGAN (RADIASI, RACUN) PERUBAHAN DNA SEL INDIVIDU
MUTASI GENETIK
MUTASI GENETIK
GANGGUAN GEN DOMINAN SALAH SATU ORANG TUA ALEL PENYEBAB PENYAKIT DOMINASI SEL NORMAL 50% PROBABILITAS DITURUNKAAN PADA SETIAP ANAK
GANGGUAN GEN RESESIF KEDUA ORANG TUA FREE DESEASE SATU ALEL NORMAL, SATU MUTASI ALEL DITURUNKAN PROBABILITAS ANAK DUA MUTASI ALEL / AFFECTED, SEL NORMAL DAN ALEL / CARRIER, ALEL NORMAL
REKAYASA GENETIK
SEJARAH Jack Williamsons Science Fiction Novel Dragon Island, 1951, ISTILAH GENETIC ENGINEERING 1952 JAMES WATSON, FRANCIS CRICK STRUKTUR DAN FUNGSI DNA Rekayasa Genetic 1960an TEKNIK LABORATORIUM MERUBAH DNA ORGANISME HIDUP
lainnya Mengisolasi gen tertentu Memproduksi RNA yang diinginkan atau molekul protein Membentuk organisme transgenik Merubah gen perubahan produk gen Merubah ekspresi gen memberikan informasi dan aplikasi lain Mengkoreksi cacat gen pada organisme komplek Meningkatkan efisiensi produksi enzim dan obat
DNA
DIGUNAKAN UNTUK MELAKSANAKAN LIMA OPERASI DASAR DALAM REKAYASA GENETIK YAITU 1. MEMOTONG RANTAI PANJANG DNA MENJADI FRAGMEN YANG LEBIH KECIL DENGAN ENZIM RESTRIKSI DAN MEMISAHKAN DENGAN GEL ELEKTROPHORESIS (PEMOTONGAN-PEMETAAN DNA) 2. ISOLASI, MEMPERBANYAK/ AMPLIFIKASI, DAN MEMURNIKAN FRAGMEN MELALUI MOLEKUL CLONING (MENYISIPKAN GEN KE VEKTOR, MENYISIPKAN 9-13 VEKTOR KE HOST), REPLIKASI,
DNA
3. MENGGUNAKAN FRAGMEN DNA YANG TELAH DIMURNIKAN SEBAGAI PROBE HIBRIDISASI UNTUK MENGIDENTIFIKASI SUSUNAN YANG SERUPA PADA LIBRARIES CLONE ATAU MIXED MOLEKUL DNA DAN RNA (HIBRIDISASI , PROBE, LIBRARIES) 4. MENGISOLASI SECARA CEPAT DAN MEMPERBANYAK GENOME ATAU SUSUNAN mRNA YANG TELAH DITENTUKAN SEBELUMNYA MELALUI POLYMERASE CHAIN REACTION(PCR) (PRODUKSI GEN) 5. MENENTUKAN SUSUNAN BASE YANG TEPAT DENGAN 9-14 MENGISOLASI FRAGMEN DNA
DNA
E. coli is the most widely used cloning host for amplification of recombinant DNA
http://www.bmb.psu.edu/courses/micro106/biotech/biotechover.jp
DNA
http://www.bmb.psu.edu/courses/micro106/biotech/biotech.ht
PLASMID/VEKTOR
Plasmids adalah potongan-potongan lingkaran genetik pada bakteri yang memiliki kemampuan untuk melewati batas spesies. Lingkaran dapat dipecah dan materi genetik baru ditambahkan dan menempatkan materi genetik baru terhadap gen bakteri itu sendiri. Virus juga dapat bertindak sebagai vektor dalam rekayasa genetika.Virus adalah partikel yang menular berisi materi genetik yang dapat dikombinasikan dengan sebuah gen baru.Virus ini dapat membawa gen baru ke dalam sel penerima dalam proses menginfeksi sel tersebut. Juga dapat dinonaktifkan sehingga saat membawa gen baru ke dalam sel, virus tidak dapat menjalankan mesin genetik
PLASMID/VEKTOR
VECTORS PEMBAWA GEN Jenis Jenis Vektor diantaranya :.
retroviruses adenoviruses adeno-associated viruses (AAV) herpes simplex virus rhinoviruses Human Immunodeficiency Virus
(HIV) pBR322 and pUC plasmids phage lambda , untai tunggal DNA phages (berguna karena susunan DNA dibawa pada untai tunggal DNA pada Metode Sanger) cosmids (hybrids dari phage lambda dan plasmids, sangat berguna karena digunakan untuk menyisipkan fragmen DNA yang
PLASMID/VEKTOR
Vektor mengatasi masalah tidak berlangsungnya replikasi kerena memiliki sifat : Cukup besar untuk membawa terus gen yang diinginkan Namun cukup kecil untuk mengalami degradasi saat purifikasi atau proses pemurnian. Bentuk sirkular/ lingkaran (atau lebih tepatnya loop tertutup), mengurangi faktorkerusakan Memiliki sifat replikasi alam sehingga DNA endogenote dapat direplikasi dengan sel host. mengandung susunan pengendali, seperti promotor transkripsi sehingga gen akan direplikasi atau diekspresikan. Memiliki beberapa site restriksi unik sehingga vektor DNA akan terpotong pada lokasi yang diinginkan, dan beberapa lokasi untuk menyisipkan DNA asing Mengandung Gen Marker/Penanda, seperti gen resitansi antibiotik, yang dapat mengidentifikasi sel-sel vektor untuk menganalisa proses transformasi.
EUKARYOTIC VECTORS
EUKARIOTIK VEKTOR DIGUNAKAN : DNA plasmid dan vektor bakteri tidak cukup memadai. E. coli tidak memiliki beberapa sistem enzim perubahan post-transcriptional/ post-translational protein. Studi fungsi genom eukariotik in vivo Bidang kesehatan dan pertimbangan ekonomi
EUKARYOTIC VECTORS
VEKTOR KHUSUS UNTUK HEWAN
Virus tumor DNA SV40 (Virus
monyet vacuolating virus) mengubah sel-sel eukariota normal menjadi sel kanker.
SV40 membawa DNA asing. Dapat direplikasi dalam sel-sel
sel hewan
EUKARYOTIC VECTORS
VEKTOR KHUSUS UNTUK TANAMAN
Bakteri
tanah Agrobacterium tumefaciens dikenal penyebab tumor tumbuhan dikotil empedu. plasmid Ti, mengubah sel tanaman normal menjadi sel kanker saat integrasi ke DNA tanaman. (Petunjuk vektor yang baik!!).
afinitas DNA tanaman dikotil untuk memfasilitasi penyisipan gen baru ke dalam tanaman.
PEMOTONGAN DNA
Pemotongan gen dengan menggunakan RESTRIKSI PEMOTONGAN DNA PADA BASE SPESIFIK ENDONUKLEASE
PEMOTONGAN DENGAN ENZIM RETRIKSI YANG SAMA (ENZIM EX EcoR1, HANYA MEMOTONG PADA BASE SPESIFIK, 4-8 PASANG BASE) DNA FRAGMEN RESTRIKSI STICKE END ANNEAL KE DNA LAIN DENGAN PASANGAN BASE KOMPLEMENTER
PEMOTONGAN DNA
Sticky Ends (Ujung Kohesif)
PEMOTONGAN DNA Teknnik Penghancuran sebagian enzim memotong hanya sebagian dari total jumlah situs rekognasi pada genom
9-25 Copyright The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required to reproduce or display
PEMOTONGAN DNA
Membuat komplek framen gen menjadi beberapa bagian
9-26 Copyright The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required to reproduce or display
Jumlah pasangan base dari enzim restriksi memulai penentuan jarak rata rata antara sites dan kemudian ukuran fragmen diproduksi
PEMOTONGAN DNA
9-27 Copyright The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required to reproduce or display
PEMOTONGAN DNA
Pemotongan gen dengan menggunakan Kloning TA DNA plasmid / vektor sisipan (produk PCR) menggunakan enzim polimerase Taq , Menambahkan Adenin (A) yang mengantung pada ujung 3 Pemotongan secara tumpul Penambahan ujung T yang menggantung dengan jalan mereaksikan ujung 3 DNA yang tumpul dengan dTTP menggunakan katalisator enzim polimerase Taq. Eisiensi proses ligasi DNA ujung tumpul tidak sebaik ujung kohesif dan lebih sulit dalam memperoleh plasmid rekombinasi.
PEMOTONGAN DNA Pada Gambar A terlihat enzim memotong molekul DNA pada lokasi spesifik TA dan memproduksi blunt ends.
9-29 Copyright The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required to reproduce or display
PEMOTONGAN DNA
Pemotongan gen dengan menggunakan Reverse DNA UNTAI TUNGGAL DENGAN ENZIM Transkripsi
REVERSE TRANSKRIPSI mRNA DIKONVERSI ENZIM DNA POLYMERASI UNTAI GANDA / KOMPLEMENTARI DNA DISEBUT cDNA
Reverse transkripsi primed dari poly-A ditemukan pada hampir semua eukaryotic mRNAs Banyak variasi membuat rantai DNA kedua Rantai diciptakan menggunakan enzim kedua yang diprime kan melalui generasi Hairpin DNA dengan reverse transkripsi
DNA menjadi tiga bagian/aliquots Potong satu aliquot dengan EcoRI, satu dengan with BamHI, dan yang ketiga dengan kedua enzim Pisahkan fragmen dengan Gel Electrophoresis Tentukan ukuran dengan perbandingan pada ukuran standar Gunakan proses eliminasi untuk menghasilkan hanya susunan yang dapat menghitung ukuran fragmen yang didapat pada ketiga aliquot
9-31
9-32 Copyright The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required to reproduce or display
PEMETAAN DNA
Gel electrophoresis dan Blotting adalah teknik analisa yang umum digunakan untuk pemetaan DNA fragments
SOUTHERN BLOT
Southern blot
ada wilayah komplementer dari gen, probe bekerja, bahkan jika intron membentuk "outloopings" pada hibrida probe-DNA.. Penggunaan autoradiograf untuk pengambilan gambar pada film ini yang dibentuk oleh paparan pada suatu radioaktivitas. Northern Blot :untuk menguji RNA Western Blot :untuk menguji 9-33
SOUTHERN BLOT
http://www.bio.miami.edu/dana/250/25003_10.htm
Polyacrylamide Gels
Memisahkan fragmen DNA
hingga 1000 bp long Kekuatan penyelesaian yang lebih tinggi dibanding agarose Memisahkan fragmen yang berbeda pada single nucleotide panjang Agarose Gels Memisahkan campuran fragmen up to 20 kb Mudah disiapkan
algae Kopolimer dari mannose dan galactose Melebur dan mendingin menjadi bentuk gel dengan variasi ukuran lubang/pore Overall kecepatan konsentrasi agarose :Pulsedfield gel electrophoresis Migrasi DNA - Negative charged phosphate backbone size DNA fragments- compared to standard
9-39 Copyright The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required to reproduce or display
9-40
41 http://www.bio.miami.edu/dana/250/25003_10.htm
9-42 Copyright The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required to reproduce or display
Produk lain :
-Plasmid reanneal membentuk plasmid asli, -Fragmen DNA bergabung membentuk rantai Produk berbeda dipisahkan dengan gen penanda, dan mengidentifikasi vektor hibrida.
http://www.bio.miami.edu/dana/250/25003_10.htm
-Plasmid host disiapkan menerima plasmid rekombinan -(pengolahan treatment shock, kejutan suhu, kalsium ion, dll) -Tidak semua bakteri mengambil vektor -Identifikasi dan isolasi -Identifikasi marker membedakan sel
http://www.bio.miami.edu/dana/250/25003_10.html
PELAPISAN REPLIKASI
Teknik sederhana membuat salinan piring agar. Pad kain steril ukuran yang sama sebagai pelat ditekan pada permukaan pelat agar dengan bakteri yang tumbuh di atasnya. Beberapa sel koloni akan menempel pada kain.Jika kain tersebut kemudian ditekan ke piringan agar-agar baru, beberapa sel akan tertanam dan koloni tumbuh dalam posisi yang sama persis pada pelat baru.
9-50
Untuk membedakan sel-sel yang PELAPISAN REPLIKASI telah mengambil vektor plasmid hibrida (dengan gen asing di dalamnya) dari sel-sel yang telah mengambil plasmid tanpa gen Gen penanda/marker (ketahanan terhadap ampisilin). Gen asing dimasukkan ke gen marker, Produk gen yang tidak tepat. Sel-sel dengan plasmid hibrida dibunuh ampisilin, sel-sel dengan plasmid normal kebal terhadap ampisilin. Koloni sel berisi plasmid vektor hibrida teridentifikasi, dapat dipilih dan ditanam pada piring lain. Teknik replikasi ini dijabarkan pada metod Hibridasasi dan Probe yang
HIBRIDISASI - PROBE
PRINSIP HYBRIDISASI
Mendeteksi susunan RNA atau DNA yang spesifik pada sampel biologis DNA dan RNA , 4 nucleotide bases : CGAT(U)
Probe Base Nukleotida Komplementari
C G A T G C T A
HYBRID
CTTAGGTCAGTAA GAATCCAGTCATT
Target gene
Hybridisasi ; Reaksi kimia antara probe dan DNA atau RNA yang akan dideteksi
HIBRIDISASI - PROBE
Hybridisasi digunakan untuk mengidentifikasi susunan DNA yang serupa
NORMAL HYBRIDIZATION Ekstrasi dan isolasi DNA atau RNA Penghancuran DNA dengan enzim restriksi Pemisahannya pada Gel Blotting pada nitrocellulose Probing dengan susunan komplementar Prinsip dasar pada hibridisasi in situ serupa, kecuali probe diutilisasikan untuk mendeteksi susunan nukleotida yang spesifik pada sel dan jaringan.
HIBRIDISASI - PROBE
IN-SITU HYBRIDIZATION (ISH) Tipe hibridisasi yang menggunakan Rantai Komplementari DNA atau RNA yang berlabel (ex. probe) untuk melokalisasi susunan mRNA atau DNA yang spesifik pada bagian morfologis yang diawetkan dari bagian jaringan akutal, persiapan sel atau kromoson yang terisolasi, atau jika jaringan cukup kecil (misalnya bibit tanaman, embrio Drosophila) pada seluruh jaringan ( seluruh ISH) -Dengan hibridasasi rantai komplementari dari probe nukleotida pada susunan yang diinginkan -ISH memungkinkan visualisasi pada : -autoradiographic in-situ hybridization (35S, 32P) -Fluorescence in-situ hybridization (FITC dye) -enzymatic in-situ hybridization (biotin, digoxigenin
HIBRIDISASI - PROBE
Autoradiografi In situ Hibridisasi
Prinsip : setiap base nukleotida mengikat setiap base nukleotida komplementari Pengikatan spesifik Probe DNA label pada susunan komplementari sampel jaringan diikuti visualisasi Probe
RNA
transcripts
UCCAAUGGCUUAUUUCCCUA
Deteksi susunan spesifik nukleotida DNA (Northern blotting), RNA (Southern Blotting) RNAprobes-DNA - stable hybrids RNAprobes-RNA stable hybrids
Radiolabelled-RNA
HIBRIDISASI - PROBE
Persiapan
Library.
Distribusi Klone
Persiapan probe.
Klone DNA
Screen/Saring
library.
untuk klone pada nitrocellulose. Tentukan lokasi klone yang sesuai Copyright oleh The McGraw-Hillrequired Companies, Inc. Permission to reproduce or display 9-56 Autoradiographi
Tampilkan probe
HIBRIDISASI - PROBE
Sebuah PROBE genetika adalah
dari susunan yang diketahui dapat memungkinkan lokasi yang tepat dari susunan DNA tertentu pada untai tunggal DNA yang tidak diketahui (rantai tunggal terjadi karena denaturasi buatan melalui panas, dll) sampel dengan hibridisasi padanya.
HIBRIDISASI - PROBE
Berikut adalah salah satu cara membuat Probe Berlabel: 1.Memillih produk protein yang diinginkan, dan menentukan urutan aa. 2.Dari urutan aa , kemudian urutan mRNA dapat diekstrapolasi, dan mRNA diisolasi 3.Menggunakan reverse transcripsi untuk memproduksi DNA dari mRNA terisolasi 4.Supply radioaktif nukleotida (biasanya dilabeli dengan 32P) sebagai bahan baku untuk sintesis 5.Proses Denaturasi hybrid DNA-RNA asam nukleat dan didapatkan rantai tunggal, probe DNA radioaktif yang akan berikatan dengan DNA yang dikodekan untuk mRNA Anda awalnya terisolasi 6.Lakukan proses Klon
HIBRIDISASI - PROBE
REVERSE GENETICS
Radioactive klone sebagai Probe
bakteri untuk menentukan fungsi gen terganggu, karena bakteri tidak dapat memproduksi produk gen terganggu/ disrupted gene. (gen eukaryote disisipkan pada bakteri selalu mengekspresikan (dalam keadaan wild type atau mutant), bakteri tidak memiliki sekuens gen eukariotik yang akan mengaktifkan/menonaktifkannya). KNOCKOUT.
HIBRIDISASI - PROBE
04/14/12
http://www.bio.miami.edu/dana/250/25003_10.html
60
HIBRIDISASI - PROBE
Pewarnaan dengan
Ethidium bromide
9-61
HIBRIDISASI - PROBE
9-62
PUSTAKA
Pustaka adalah kumpulan dari fragmen fragmen yang telah di klon.
Langkah mengumpulkan pustaka genome Lengkapi pustaki genome dengan mengumpulkan klon klon yang mengandung satu kopi dari setiap susunan pada semua genom Ekuivalen Genom jumlah klon klaon pada pustaka yang sempurna Bagi panjang genome dengan rata rata ukuran sisipan yang dibawa oleh vektor pustaka. Peneliti biasanya membuat pustaka dengan empat atau lima ekuivalen geneome untuk 9-63 probabilitas 95% yang setiap lokus
DNA LIBRARIES
Perpustakaan DNA sebagai satu buku kompilasi informasi yang besar. Setiap organisme memiliki genom,. PERPUSTAKAAN DNA , kumpulan fragmen restriksi kloning dari genom organism tunggal. Tujuannya untuk memiliki perpustakaan berisi klon geln SEMUA organisme.tapi semua perpustakaan DNA lengkap. Genomik PERPUSTAKAAN berisi DNA genom lengkap suatu organisme, dalam bentuk fragmen DNA kecil/oligonucleotides mewakili gen dikenal. Bidang bioinformatika melibatkan penggunaan komputer untuk menganalisis dan menyimpan data genetik, seperti perpustakaan DNA dari spesies tertentu. cDNA PERPUSTAKAAN adalah library DNA dari klon DNA direkonstruksi (menggunakan
DNA LIBRARIES
ttp://www.bio.miami.edu/dana/250/25003_10.html
DNA LIBRARIES
http://www.bio.miami.edu/dana/250/25003_10.htm
DNA LIBRARIES
http://www.bio.miami.edu/dana/250/25003_10.htm
EXPRESSION LIBRARIES
dibuat dengan vektor kloning mengandung unsur teratur dibutuhkan ekspresi gen, seperti wilayah promotor. Dalam vektor ekspresi E. coli, merupakan promotor berada di samping daerah unik restriksi tempat DNA diinginkan dapat disisipkan. Jika berhasil, penyisipan gen asing ke dalam kerangka baca yang benar akan menghasilkan transkrip gen &diterjemahkan sel inang E. coli. Blotting dan perlakuan kultur memungkinkan protein diinginkan tetap difilter nitroselulosa. Antibodi yang diiketahui, dilabelkan radioaktif, dicuci ke saringan dan dibiarkan glom ke protein yang diinginkan. Antibodi yang tidak terikat kemudian dibilas Filter diatur di atas film radiografi, dan diberi label koloni yang terungkap.
EXPRESSION LIBRARIES
http://www.bio.miami.edu/dana/250/25003_10.htm
PUSTAKA cDNA
Pustaka cDNA membawa informasi dari Transkrip TNA pada jaringan tertentu.
Semua Pustaka genom
9-70
PUSTAKA cDNA
library seluruh pustaka cDNA Probe library dengan fluoresc en yang di label antibod y yang mengika t protein produk gen
9-71 Copyright The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required to reproduce or display
PUSTAKA cDNA
9-72 Copyright The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required to reproduce or display
9-73 Copyright The McGraw-Hill Companies, Inc. Permission required to reproduce or display
MULTIPLIKASI DNA
Multiplikasi DNA memungkinkan untuk menumbuhkan fragmen DNA dalam jumlah besar yang merupakan DNA Clone yang diinginkan. Fermentor skala besar oleh cloning ini memiliki semua genetik identik karena reproduksi aseksual. Jumlah cloned DNA yang besar, memerlukan proses karakterisasi, metode diantaranya : Karakterisasi Susunan dengan DNA Sekuensi (Metode Sanger), Gene Fungsi, PCR Modifikasi yang diinginkan Penyisipan pada organisme host
ditumbuhkan tetapi urutan atau susunan basenya tidak diketahui, Maka Ditentukan urutan kloning fragmen DNA dengan berbagai metode sekuensing DNA, diantaranya :
Metode dideoksi
Ide Utama: Setelah proses pengikatan dideoksi selesai, maka metode Sanger sequencing gel (melalui elektroforesis) dilakukan. Sejumlah besar fragmen DNA, masingmasing satu nukleotida lebih panjang dari yang terakhir. Urutan nukleotida pada dasarnya dapat dibaca langsung dari gel tersebut.
DNA SEKUENSI
Dideoksi nukleotida menyebabkan penghentian proses perpanjangan rantai selama replikasi DNA. Konfigurasi Dideoksi primer kekurangan group 3OH yang dibutuhkan untuk perpanjangan rantai pada konfigurasi primer.
DNA SEKUENSI
Step pertama metode Dideoksi: Asteris/dideoksinukleotida. DNA disekuensi ditempatkan pada konfigurasi primer(a,b).4 reaksi campuran diciptakan, reaksi dengan 4 normal nukleotida plus 1 dideoksinukleotida. Sintesis DNA eaksi campuran berhenti saat complement dideoksinukleotida muncul template (c ).
DNA SEKUENSI
Elektroporesis produk segmen dilakukan dengan metode dideoksi DNA sekuensi memungkinkan pembacaan langsung susunan DNA. Asterisk/dideoksinukleotida. Reaksi sintesa produkdiisolasi dengan penghilangan primer dan template. Setiap reaksi campuran (contoh :ddTT adalah campuran mengandung dideoksitimin) menghasilkan produk spesifik terhadap panjang yang dapat ditentukan dengan elektroporesis. Pada kasus campuran ddTTP, Kedua ujung framen berhenti pada Timin adalah mungkin, satu dengan panjang dua base, dan satunya dengan panjang tujuh base. Kemudian komplemen dari timin, adenine, muncul pada posisi 2 dan 7 pada DNA asli. Namun, baik pada untai asli atau komplemen (sintesa baru) memberikan susunan original karena DNA adalah double helix yang susunannya pada satu rantai tunggal didefinisikan oleh susunan komplementari rantai lainnya.
DNA SEKUENSI
Semua proyek sekuensing
Metode Sanger
Perpanjangan enzimatis DNA untuk
menentukan penghentian duplikasi base Metode ini sangat popular dan efisien, terutama untuk metode automasi
DNA SEKUENSI
Prinsip Umum Metode Susunan Sanger
9-80
DNA SEKUENSI
9-81
DNA SEKUENSI
9-82
DNA SEKUENSI
9-83
DNA SEKUENSI
Automasi Susunan DNA
Output dari
menampilkan susunan yang didapat dari pemisahan DNA sampel dan primer
9-84
DNA SEKUENSI
Automasi Susunan DNA
komplementari terhadap templat strand dari kanan ke kiri (5 3 direction). Mesin menghasilkan rantai komplementari. Ambiguities direkam sebagai N dan dapat diselesaikan oleh teknisi.
sequencing
Susunan panjang
9-86
DNA di potong menjadi fragmen kecil yang masing masing akan diklone Semua susunan fragmen kecil ditentukan Fragmen kecil diselaraskan oleh komputer untuk menghasilkan satu urutan kontinu
DNA SEKUENSI
Susunan DNA Cepat/Rapid
Pendekatan Susunan Shotgun
3-4 kali jumlah sebenarnya Pasangan basa dari klon asli untuk cakupan penuh - Kadang-kadang harus mengisi kekosongan dengan primer walking - Harus memiliki banyak otomatis sequencer - Sangat cepat jika laboratorium memiliki peralatan cukup
Primer Walking
- Tidak memerlukan penyelarasan - Lebih lambat dari sekuensing shotgun karena harus membuat primer setelah setiap putaran urutan - Bekerja dengan baik di dalam laboratorium tanpa sejumlah besar sequencers otomatis
9-87
REAKSI RANTAI POLIMER (PCR) Polymerase chain reaction untuk mengisolasi fragmen DNA secara cepat
PCR (polymerase chain
MULTIPLIKASI DNA
reaction) mencapai akumulasi eksponensial dari target DNA Berdasarkan urutan DNA yang telah ditentukan sebelumnya, oligonucleotides pendek (~ 20bp) dikembangkan dan dilengkapi untuk menyusun DNA target yang diapit . Oligonucleotides bertindak sebagai primers untuk menyalin DNA yang serupa 9-88 (Replikasi DNA).
9-89
9-90
9-91
9-92
dari organmisma yang berhubungan Bandingkan susunan dari variasi sumber Studi keanekaragaman gene
RNA tidak dapat digunakan sebagai template PCR, sehingga harus ditranskripsikan menjadi cDNA dengan reverse transcriptase dari Moloney murine virus atau Avian virus, duplikat cDNA kemudian diperbanyak. Teknik diawali pencampuran mixing short (12-18 base) polymers thymidine (oligo dT) dengan mRNA, dan Roche Molecular Biochemicals: PCR Application Manual. RT-PCR anneal RNA's
using the 5 to 3 exo activity and a third primer with a Fluor and Quencher.
D O P P C R
Genomi c Walking
REAKSI RANTAI Teknik yang mengubah POLIMER cara campuran PCR dengan pemanasan Hot-start awal. Polimerase aktif, tapi PCR target
belum didenaturasi dan Primer dapat mengikat ke lokasi non-spesifik (atau bahkan satu sama lainnya). Teknik dilakukan manual dengan memanaskan komponen reaksi pada suhu pencairan (mis. 95 C) sebelum menambahkan polimerase . Atau, sistem yang menghambat aktivitas polimerase yang pada suhu lingkungan, baik oleh pengikatan suatu antibodi, atau dengan adanya inhibitor yang terikat kovalen yang hanya terdisosiasi setelah langkah aktivasi temperatur tinggi.
Prone Menentukan varians baru protein Berdasarkan prinsip bahwa Taq Polymerase dapat berannealing pada pasangan base yang tidak kompatibel satu sama lain selama proses amplifikasi / penguatan dalam kondisi PCR yang tidak sempurna. PCR dengan ketelitian
yang rendah! Dicapai dengan: - Peningkatan konsentrasi ion Mg2 + - Penambahan Mn2 + - Konsentrasi yang tidak sama pada keempat dNTPs - Penggunaan dITP - Meningkatkan jumlah Taq polimerase (Polymerase tanpa bukti fungsi pembacaan)
TRANSFORMASI
Transformasi, >>> molekul sel host
transformasi DNA inang, dengan DNA dari spesies yang berbeda. dengan mudah mengambil DNA asing, dan dikatakan KOMPETEN.
Namun, jenis bakteri lainnya dapat digunakan dengan "dipaksa" untuk mengambil fragmen DNA melalui metode seperti terpapar/exposure pada larutan garam (misalnya, klorida kalsium), atau Kejutan panas . Transformasi sel eukariotik bukan lah merupakan metode yang sederhana.
TRANSFORMASI
Transformation: DNA picked up directly from the medium and recombined into the genome
TRANSFORMASI
Note that plasmid is vector that carries DNA into recipient cells
TRANSFEKSI
Bila DNA asing dimasukkan ke
dalam genom eukariotik, Transfeksi dikatakan telah terjadi (mirip dengan transformasi bakteri, namun penamaannya dibedakan dari eukariotik "transformasi" yang umumnya mengacu ke suatu sel menjadi kanker).
Organisme eukariotik yang telah
taksonomi. Organisme terkait yang sangat jauh dapat secara artifisial diimplantasi dengan DNA masing-masing.
TRANSFEKSI
Masuknya benda asing ke dalam sel
eukariotik.
transien atau 'lubang' di membran plasma sel, untuk memungkinkan penyerapan bahan. Bahan genetik (seperti superkoil plasmid DNA atau siRNA konstruksi), atau bahkan protein seperti antibodi, dapat transfeksikan. Transfeksi sering dilakukan dengan mencampur lipid kationik dengan bahan untuk memproduksi liposom, yang menyatu dengan membran plasma sel dan mengendapkannya di dalam kargo.
Istilah transfeksi ini paling sering
digunakan dalam referensi untuk sel mamalia, sedangkan istilah transformasi lebih sering digunakan untuk proses yang sama pada bakteri dan, kadang-kadang, tanaman.
TRANSFEKSI
ethode Transfecksi:
ransfeksi presipitasi Kalsium Fosfat, metode termurah (paling diandalkan) , ditemukan S. Bacchetti dan FL Graham 1977. HEPES-buffered larutan garam (HeBS) mengandung ion fosfat dikombinasikan dengan larutan kalsium klorida mengandung DNA yang akan transfeksikan. Ketika keduanya digabungkan, presipitat halus kalsium fosfat membentuk, mengikat DNA yang akan transfeksikan pada permukaannya.Larutan presipitat ditambahkan ke sel-sel yang akan transfeksikan (biasanya tumbuh pada kultur sel monolayer). Dengan proses yang tidak sepenuhnya dipahami, sel akan
TRANSFEKSI
Metode senyawa organik dendrimers,
yang ditransfeksikan ke liposom (membran tubuh yang sangat kecil mirip struktur sel dan dapat menyatu dengan membran sel), melepaskan DNA ke dalam sel.
Untuk sel-sel eukariotik, lipid-kation
berbasis transfeksi biasanya lebih digunakan, karena sifat sel-selnya yang lebih sensitif.
Metode Gene Gun yaitu metode sasaran
lansgsung dengan penggabungan DNA pada nanopartikel dari inert padatan (biasanya emas) yang kemudian
TRANSFEKSI
Plasmids dan gen sisipan dipisahkan dari bakteri dan vektor dengan sentrifugasi, penghancuran restriksi digests dan Gel electrophoresis
TRANSFEKSI
Kadang kadang sulit menentukan apakah
gen yang disisipkan "turned on, geneticists kadangkala menyisipkan REPORTER GENE di samping gene interest. Reporter gene ini mudah dideteksi pada phenotype. Ketika berfungsi, produk menampilkan indikasi yang baik bahwa gen interest yang berdekatan juga berfungsi. Salah satu reporter gene yang memberikan hasil agak luar biasa adalah gen LUCIFERASE, yang menyebabkan transgenic organism mengekspresikan ke bioluminesce. Glowing mouse embryos atau glowing tobacco plants, adalah hasil dari genetic marker yang digunakan untuk mendeteksi kemungkinan aktifitas gen disekitarnya yang benar benar di inginkant. The race is on. Organisme transgenic kebanyakan diciptakan untuk mempelajari fungsi tertentu pada manusia atau gangguan pada manusia.
TRANSFEKSI
Beberapa contoh ...
Tikus transgen secara rutin
didapatkan dengan menginjeksikan vektor mengandung kloning DNA menjadi oosit atau bahkan satu atau dua-sel embrio yang kemudian kembali implan.
operasi sebenarnya ini DNA asing dimasukkan ke genom inang.Itu tidak selalu bekerja!
pernah dibuat (1988) adalah seorang tikus yang membawa gen yang cenderung ke kanker.Hal ini digunakan sebagai model untuk mempelajari kanker.
proses transfeksi biasanya tidak dimasukkan ke dalam inti genom, DNA asing hilang pada tahap berikutnya, ketika sel mengalami mitosis.
Transfeksi stabil >> gen transfeksi
TRANSDUCTION
Disebut transduksi viral, dan,
jenis sel tertentu digunakan sebagai vektor jika mereka "dimuat" dengan DNA asing yang diinginkan dan diizinkan untuk menginfeksi sel inang sasaran.
Transduksi adalah proses
dimana DNA bakteri dipindahkan dari satu bakteri yang lain dengan media virus.
TRANSDUCTION
MICROINJECTION
Memungkinkan Transformasi sel
mutasi gen dan substitusi gen fungsional kepada gen yang rusak. Regenerasi seluruh hewan dari transformasi satu sel tunggal tidak memungkinkan. Mikroinjeksi digunakan untuk menghasilkan hewan transgenik, DNA asing dimasukkan ke dalam sebuah zigot atau embrio awal. DNA disuntikkan langsung ke inti sel dengan pipet yang sangat mungil. Setelah transfer DNA selesai, dimasukkan ke dalam kromosom sel host. Zigot/embrio yang bertransformasi kemudian dapat
MICROINJECTION
BIOLISTICS
Metode Proyektil menggunakan
potongan logam untuk menyampaikan materi genetik ke interior sel. Proses membombardir sel dengan proyektil mikroskopis diameter lebih kecil dari sel target , terbuat dari zat inert seperti tungsten atau emas serta dilapisi dengan DNA/bahan genetik. Penembakan dilakukan dengan kecepatan tinggi dari pistol partikel ke dalam sel atau jaringan. Sebuah plat logam berlubang menghentikan cartridge shell, tapi memungkinkan slivers/potongan melewati dan masuk ke sel-sel hidup pada sisi lainnya Setelah di dalam sel, materi genetik diangkut menuju inti di mana ia akan bergabung di antara gen host. Teknik ini menjanjikan untuk digunakan dalam organisme hidup ditemukan oleh A.Guy.
ELECTROPORASI
Jika sel inang memiliki dinding sel, enzim
dapat digunakan untuk membubarkan dinding, dan kemudian hanya menyisakan protoplas (sel tanpa dinding)
DNA asing kemudian dimasukkan
melalui elektroporasi - protoplas yang diekspose terhadap pulsa arus listrik pendek dan membuka saluran membran transien yang dapat dilalui DNA .
Sel sel transformasi kemudian dapat
dikultur dalam media yang memungkinkan pembentukan kembali dinding sel dan pertumbuhan normal menjadi organisme keseluruhan (tumbuhan, jamur, beberapa protista).
Sel Hewan memiliki sel dinding yang
ELECTROPORASI
ELECTROPORASI
Phonophoresis (Sonophoresis)
Pulsa Ultrasoundare passed melalui probe ke permukaan , memfluidakan lapisan lemak dengan pembentukan gelembung yang disebabkan kavitasi
Menggunakan energi Ultrasound agar penetrasi pada substansi aktif meningkat Efek utamanya adalah pembentukan dan subsekuensi ancurnya gelembung gas pada larutan yang disebut Kavitasi Efek pemanasan meningkatkan fluiditas dan difusivitas molekul melalui penghalang Ultrasound dapat mendorong partikel melalui nya dengan meningkatkan tekanan walaupun hanya sedikit
ELECTROPORASI
Iontophoresis (Electrophoresis ) elektroda Arus mengalir antara
aktif dan elektroda indifferent electrode repelling drug away dari aktif elektroda dan memasuki permukaan
Menggunakan aliran listrik kecil Menyediakan driving force untuk dapat memulai penerasi dengan menCharge- mengalirkan arus molekul pada permukaan Terdiri dari dua elektroda, aktif elektroda dnegan penetrat charged yang sama dan posisi elektroda positif dimanapun Efektif terutama untuk mengalirkan aris ke molekul dan molekul kecih yang mempunyai masa jenis kurang dari 5,000 daltons
ELECTROPORASI
Electroporation
Menggunakan tegangan tinggi 30~1,000V (dengan tujuan aestetik, terbatas apada 50V untuk periode pendek (10s to 100ms) berlawanan dengan iontophoresis yang menggunakan tegangan rendah. Membuat pore hidrofilik transient (aqueous pathways) (Electropore bervariasi ukuran dari 40-250m) Memungkinkan lewatnya molekul makro melalui kombinasi difusi , elektrophoresis dan elektroosmosis Efektif untuk charged, neutral dan molekul natural serta molekul besar bermasa jenis lebih dari 40,000
ELECTROPORASI
Electroporation vs Iontophoresis
ELECTROPORASI
Electroporation vs Iontophoresis