You are on page 1of 8

TUGAS TERSTRUKTUR MATA KULIAH PENGELOLAAN DAS TERPADU

Indikator Kualitas Air Dosen Pengampu: Dr.Ir.Sugeng Prijono, MS

Disusun oleh:
Diana Permatasari Kairupan 0910480213

MINAT MANAJEMEN SUMBERDAYA LAHAN PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

1. Protein 1.1 Pengertian Protein Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida.Tumbuhan menyerap unsur-unsur hara dalam tanah melalui akar dan disalurkan keseluruh bagian tanaman sampai ke daun sehingga tumbuhan membentuk protein dan melakukan perombakan (proses katabolisme). Nitrogen berperan dalam pembentukan sel , jaringan , dan organ tanaman. Ia berfungsi sebagai sebagai bahan sintetis klorofil , protein , dan asam amino. Karena itu kehadirannya dibutuhkan dalam jumlah besar , terutama saat pertumbuhan vegetatif. Dalam unsur-unsur tersebut mengandung unsur Nitrogen yang merupakan unsur pembentuk pada protein. Unsur Nitrogen yang terdapat pada protein adalah 16% dari protein tersebut. Yang banyak tersimpan pada pucuk dan daun muda. Dan masih banyak lagi unsur-unsur yang merupakan pembentuk dari protein yang tersedia pada tumbuhan. Beberapa penelitian menunjukkan keberadaan protein yang memiliki letak berbeda-beda pada tumbuhan. Pada famili serealia seperti gandum, padi, polong polongan dan jagung protein berada pada bagian bijinya. Pada tanaman tembakau, protein banyak ditemukan dibagian daunnya. Sedangkan pada kantong semar, protein banyak ditemukan pada bagian antara batang dengan bunga 1.2 Pembentukkan Protein Terbentuknya protein bermula dari proses anabolisme dan kemudian dirombak pada tumbuhan tersebut melalui proses katabolisme. Tumbuhan membentuk protein yaitu informasi didalam gen ditentukan oleh rangkaian linear nukleotida pada DNA. Suatu gen tunggal mungkin mempunyai panjang ratusan ribu nukleotida. DNA tidak membentuk protein secara langsung, DNA memberikan perintah perangkat sintesis protein dalam bentuk RNA. Proses pembentukan salinan RNA dari DNA adalah transkipsi. Setelah DNA ditranskripsikan di dalam nukleus RNA bergerak ke sitoplasma. Proses penggunaan informasi di RNA untuk menyintesis protein adalah translasi. Dan translasi berlangsung di sitoplasma. Pada tumbuhan protein dapat dilihat dari kandungan Nitrogen pada tumbuhan. Kandungan Nitrogen merupakan unsur yang dominan mempengaruhi pertumbuhan tanaman tersebut. Sehingga tanaman sangat memerlukan Nitrogen untuk pembentukan protein pada tanaman dan apabila kekurangan Nitrogen dapat diartikan sebagai kekurangan protein. Struktur Protein Struktur tersier protein. Protein ini memiliki banyak struktur sekunder beta-sheet dan alpha-helix yang sangat pendek. Model dibuat dengan menggunakan koordinat dari Bank Data Protein (nomor 1EDH). Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat satu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat).

struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Frederick Sanger merupakan ilmuwan yang berjasa dengan temuan metode penentuan deret asam amino pada protein, dengan penggunaan beberapa enzim protease yang mengiris ikatan antara asam amino tertentu, menjadi fragmen peptida yang lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuan kertas kromatografik. struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya ialah sebagai berikut: o alpha helix (-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk seperti spiral; o beta-sheet (-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H); o beta-turn, (-turn, "lekukan-beta"); dan o gamma-turn, (-turn, "lekukan-gamma"). struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener. contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.

Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari 40-350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada protein yang lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai polipeptida yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda dengan komponen penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang membedakan struktur domain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah struktur kompleksnya berpisah, protein tersebut tidak fungsional.

Gambar Struktur Protein. Protein ini memiliki banyak struktur sekunder beta-sheet dan alphahelix yang sangat pendek. Model dibuat dengan menggunakan koordinat dari Bank Data Protein (nomor 1EDH).

1.3 Jenis protein Protein yang terdapat pada makhluk hidup memiliki jenis yang berbeda dan memiliki fungsi masing-masing. Protein yang dihasilkan oleh tumbuhan berbeda beda dapat dicontohkan pada beberapa tanaman sebagai berikut: Protein prolamin banyak terdapat pada tanaman biji-bijian/sereal seperti beras polongpolongan dan jagung, tidak memiliki lysine. Pada tanaman polong/kacang-kacangan yang mayoritas mengandung protein yaitu protein globulin, kekurangan cysteine, dan methionine. Protein ini memiliki asam amino yang esensial.
a. b. c. d. e. f.

Peptide: 2 10 asam amino Polipeptide: 10 100 asam amino Protein: > 100 asam amino Antara asam amino saling berikatan dengan ikatan peptide Glikoprotein: gabungan glukose dengan protein Lipoprotein: gabungan lipid dan protein

1.4 Ciri-ciri tumbuhan yang kekurangan protein Kekurangan protein pada tanaman sama dengan kekurangan Nitrogen karena padatanaman terdapat 16% Nitrogen penyusun protein gejala kekurangannya yaitu: a. Tanaman tumbuh kerdil, b. Daun menguning karena kekurangan klorofil. Lebih lanjut mengering dan rontok. c. Tulang-tulang di bawah permukaan daun muda tampak pucat. d. Pertumbuhan tanaman lambat , kerdil dan lemah. e. Produksi bunga dan biji rendah. f. Jaringan tanaman mengering dan mati, g. Tanaman akan mati atau kering apabila tidak diatasi 1.5 Pembentuk dan Fungsi Protein disusun atas unsure karbon (C ), hydrogen (H), oksigen dan kadang-kadang ada unsur phosphor (P) dan sulfur (S). Protein dibentuk dari asam amino yaitu :

a. Asam amino esensial yaitu asam amino yang tidak dapat dibentuk oleh tubuh yang
berjumlah 8 yaitu isoleusin, leusin, lisin, metionin, valin, triptofan, tronin dan fenilanin.

b. Asam amino non esensial yaitu asam amino yang dapat disintesis oleh tubuh yaitu
alanin, asparagin, glisin, glutamine dan prolin. Dalam tubuh kita protein mempunyai beberapa fungsi antara lain :

a. Bahan enzim untuk mengkatalisi reaksi-reaksi biokimia misalnya tripsin b. Protein cadangan disimpan dalam beberapa bahan sebagai cadangan makanan
misalnya da;am lapisan aleuron (biji jagung) , ovalbumin (putih telur).

c. Protein transport , mentransfer zat-zat atau unsure-unsur tertentu misalnya hemoglobin


untuk mengikat O2.

d. Protein kontraktil , untuk kontraksi jaringan tertentu, misalnya myosin untuk kontraksi
otot. e. Protein pelindung, melindungi tubuh terhadap zat-zat asing, misalnya antibody yang mengadakan perlawanan terhadap masuknya molekul asing (antigen) ke dalam tubuh. f. Toksin , merupakan racun yang berasal dari hewan, tumbuhan, misalnya bisa ular.

g. Hormone merupakan protein yang berfungsi sebagai pengatur proses dalam tubuh,
misalnya hormone insulin, pada hewan hormone auksin dan gibberellins pada tumbuhan. h. Protein structural, merupakan protein yang menyusun struktur sel, jaringan dan tubuh organism hidup misalnya glikoprotein untuk dinding sel, keratin untuk rambut dan bulu. 1.6 Sumber Protein Berdasarkan sumbernya, protein ada dua macam yatu : a. Protein hewani , yaitu protein yang berasal dari hewan contohnya daging, ikan, telur. b. Protein nabati , yaitu protein yang berasal dari tumbuh-tumbuhan contohnya kacangkacangnya. 2.Proses Fiksasi Nitrogen oleh Bintil Akar Untuk memahami proses fiksasi nitrogen (N) oleh bintil akar, perlu diketahui mengenai bintil akar itu sendiri terlebih dahulu. 2.1 Bintil Akar Bintil akar adalah organ simbiosis yang mampu melakukan fiksasi N dari udara sehingga mampu memenuhi kebutuhan N dari hasil fiksasi tersebut. Seringkali bintil akar terdapat pada tanaman legum yang tumbuh pada tanah berpasir yang kurang subur seperti tanah jenis PMK. Bintil akar tidak selalu tumbuh di pangkal akar, ada juga yang tumbuh di ujung-ujung akar. Bakteri yang dapat membentuk bintil akar adalah Rhizibium dan Brodyrhizobium. Rhizobium : Lebih banyak membentuk bintil akar pada tanaman kacang-kacangan di daerah beriklim sedang. Brodyrhizobium : Membentuk bintil akar pada tanaman kacang-kacangan pada iklim tropis. 2.2 Tahap Pembentukan Bintil Akar Umur Bintil (Hari) Tahap Nodulasi 0 Bakteri masuk ke daalm rambut akar/sel epidermis 1-2 Benang infeksi mencapai dasar sel epidermis dan memasuki korteks 3-4 Suatu massa kecil sel-sel terinfeksi dalam premordium bintil 5 Pembagian pesat dari sel-sel bakteri dan sel-sel inang 7-9 Bintil mulai Nampak 12-18 Pertumbuhan lanjut dari bintil menjadi jaringan bakteroid merah muda, multi terjadi fiksasi N 23 Bintil berlanjut menjadi periode aktif fiksasi N 28-37 Bintil mencapai besar maksimal dan fiksasi N berlanjut 50-60 Pelapukan bintil

2.3 Mekanisme Penambatan Nitrogen oleh bakteri bintil akar : Untuk menambat nitrogen, bakteri ini menggunakan enzim nitrogenase, dimana enzim ini akan menambat gas nitrogen di udara dan merubahnya menjadi gas amoniak. Gen yang mengatur proses penambatan ini adalah gen nif (Singkatan nitrogen fixation). Gen gen nif ini berbentuk suatu rantai , tidak terpencar kedalam sejumlah DNA yang sangat besar yang menyusun kromosom bakteri, tetapi semuanya terkelompok dalam suatu daerah. Hal ini memudahkan untuk memotong bagian untaian DNA yang sesuai dari kromoson Rhizobium dan menyisipkanya ke dalam mikroorganisme lain (Prentis, 1984). Faktor-faktor yang mempengaruhi keberadaan bakteri bintil akar: a. Lenoglobin

Aktifitas nitrogenase dan fikasasi N2 oleh legume berhubungan erat dengan Lenoglobin. Fungsi Lenoglobin diduga untuk mengirim O2 bagi respirasi dalma bintil dan produksi ATP.

b.

Sumber makanan (BO dan perakaran)

Sumber makanan diperlukan untuk bertahan sambil menginfeksi akar c. Mikroorganisme lain (sbg kompetitor di rizosfir)

Mikroorganisme lain,terutama yang antagonis, dapat menghalangi bakteri bintil akar untuk menginfeksi akar. d. pH

Pertumbuhan bakteri menghendaki pH optimal sedikit dibawah netral, sedikit alkali. Namun beberapa dapat hidup dibawah pH 5. pH sangat rendah menghambat proses infeksi bakteri e. Suhu

Suhu optimal bagi kehidupan bakteri Rhizobium bervariasi tergantung pada spesies tanaman dan iklim. Misal pada kacang kapri, suhu optimal yang dikehendaki adalah 26 C. Pada suhu 20 C bintil akar tidak dapat tumbuh dengan baik. Namun, simbiosis masih tetap efektif pada suhu 7 C sampai 40 C. Pemanasan selama 5 pada suhu 60 C sampai 62 C dapat mematikan Rhizobium f. Kelembaban

Kelembaban yang berlebihan akan menurunkan jumlah fiksasi N2 menurun. Kelembaban tanah 25-75% dari kapasitas lapang optimal untuk simbiosis kedelai dan alfalfa. g.

Senyawa racun Atom N dalam ion NH4+ dan dan NO3- mengurangi bintil akar dan fiksasi N2 oleh bintil akar dengan cara mengganggu pembentukan benang benang infeksi oleh Rhizobium.

Mn pada kadar tinggi mengganggu pertumbuhan bintil akar.

Ketersediaan nutrisi Atom P diperlukan untuk pembentukan dan aktifitas bintil yang maksimal. Ca dibutuhkan oleh Rhizobium untuk meginfeksi akar. Kekurangan S akan mengganggu sitesis nitrogenase sehingga kekurangan S menurunkan fiksasi N2. Mo adalah unsure penting bagi pertumbuhan bakteri karena Mo berperan pada nitrogenase.

2.5 Siklus Penyediaan Nitrogen di Alam

Sumber : Anonim a. 2010. http://id.wikipedia.org/wiki/Protein

Anonim b. tumbuhan.html

2011.

http://agusbio.blogspot.com/2011/04/pembentukan-protein-pada-

Anonim c . 2011. http://fandicka.wordpress.com/2011/04/04/proses-fiksasi-nitrogen-oleh-bintilakar/

You might also like