TUGAS TERSTRUKTUR MATA KULIAH PENGELOLAAN DAS TERPADU

“Indikator Kualitas Air ” Dosen Pengampu: Dr.Ir.Sugeng Prijono, MS

Disusun oleh:
Diana Permatasari Kairupan 0910480213

MINAT MANAJEMEN SUMBERDAYA LAHAN PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2011

1 Pengertian Protein Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Protein ini memiliki banyak struktur sekunder beta-sheet dan alpha-helix yang sangat pendek.2 Pembentukkan Protein Terbentuknya protein bermula dari proses anabolisme dan kemudian dirombak pada tumbuhan tersebut melalui proses katabolisme. Pada famili serealia seperti gandum. Tumbuhan membentuk protein yaitu informasi didalam gen ditentukan oleh rangkaian linear nukleotida pada DNA. sekunder (tingkat dua). Nitrogen berperan dalam pembentukan sel . Struktur Protein Struktur tersier protein. dan kuartener (tingkat empat). polong – polongan dan jagung protein berada pada bagian bijinya. Dan masih banyak lagi unsur-unsur yang merupakan pembentuk dari protein yang tersedia pada tumbuhan. Yang banyak tersimpan pada pucuk dan daun muda. Suatu gen tunggal mungkin mempunyai panjang ratusan ribu nukleotida. padi.Tumbuhan menyerap unsur-unsur hara dalam tanah melalui akar dan disalurkan keseluruh bagian tanaman sampai ke daun sehingga tumbuhan membentuk protein dan melakukan perombakan (proses katabolisme). DNA tidak membentuk protein secara langsung. Model dibuat dengan menggunakan koordinat dari Bank Data Protein (nomor 1EDH). Setelah DNA ditranskripsikan di dalam nukleus RNA bergerak ke sitoplasma. Proses pembentukan salinan RNA dari DNA adalah transkipsi. dan organ tanaman. Dan translasi berlangsung di sitoplasma. tersier (tingkat tiga). Dalam unsur-unsur tersebut mengandung unsur Nitrogen yang merupakan unsur pembentuk pada protein. dan asam amino. Sehingga tanaman sangat memerlukan Nitrogen untuk pembentukan protein pada tanaman dan apabila kekurangan Nitrogen dapat diartikan sebagai kekurangan protein. DNA memberikan perintah perangkat sintesis protein dalam bentuk RNA. protein banyak ditemukan dibagian daunnya. Proses penggunaan informasi di RNA untuk menyintesis protein adalah translasi. protein banyak ditemukan pada bagian antara batang dengan bunga 1. jaringan . Beberapa penelitian menunjukkan keberadaan protein yang memiliki letak berbeda-beda pada tumbuhan. yaitu berupa struktur primer (tingkat satu). Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki. . Protein 1. Karena itu kehadirannya dibutuhkan dalam jumlah besar . Unsur Nitrogen yang terdapat pada protein adalah 16% dari protein tersebut. protein . Pada tumbuhan protein dapat dilihat dari kandungan Nitrogen pada tumbuhan. Sedangkan pada kantong semar. Kandungan Nitrogen merupakan unsur yang dominan mempengaruhi pertumbuhan tanaman tersebut. terutama saat pertumbuhan vegetatif. Ia berfungsi sebagai sebagai bahan sintetis klorofil .1. Pada tanaman tembakau.

maka fungsi biologis masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya ialah sebagai berikut: o alpha helix (α-helix. Inilah yang membedakan struktur domain dengan struktur kuartener. berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H). dengan penggunaan beberapa enzim protease yang mengiris ikatan antara asam amino tertentu. trimer. contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin. o beta-sheet (β-sheet. dan o gamma-turn. Model dibuat dengan menggunakan koordinat dari Bank Data Protein (nomor 1EDH). protein tersebut tidak fungsional. "lekukan-beta"). struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Gambar Struktur Protein. setelah struktur kompleksnya berpisah. "lekukan-gamma").• • • • struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer. ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada struktur kuartener. berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk seperti spiral. Hubungan rantai polipeptida yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda dengan komponen penyusunnya. Struktur ini terdiri dari 40-350 asam amino. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah. struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Protein ini memiliki banyak struktur sekunder beta-sheet dan alphahelix yang sangat pendek. o beta-turn. Pada protein yang lebih kompleks. Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener. menjadi fragmen peptida yang lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuan kertas kromatografik. (β-turn. "lempeng-beta"). "puntiran-alfa"). (γ-turn. . Frederick Sanger merupakan ilmuwan yang berjasa dengan temuan metode penentuan deret asam amino pada protein.

Protein yang dihasilkan oleh tumbuhan berbeda – beda dapat dicontohkan pada beberapa tanaman sebagai berikut: Protein prolamin banyak terdapat pada tanaman biji-bijian/sereal seperti beras polongpolongan dan jagung. hydrogen (H). Toksin . oksigen dan kadang-kadang ada unsur phosphor (P) dan sulfur (S). d. e. c. Daun menguning karena kekurangan klorofil. b. merupakan racun yang berasal dari hewan. glisin. Protein pelindung. Asam amino non esensial yaitu asam amino yang dapat disintesis oleh tubuh yaitu alanin.4 Ciri-ciri tumbuhan yang kekurangan protein Kekurangan protein pada tanaman sama dengan kekurangan Nitrogen karena padatanaman terdapat 16% Nitrogen penyusun protein gejala kekurangannya yaitu: a. Protein ini memiliki asam amino yang esensial. Pada tanaman polong/kacang-kacangan yang mayoritas mengandung protein yaitu protein globulin. Protein kontraktil . e.1. glutamine dan prolin. f. d. b. leusin. a. Protein transport . melindungi tubuh terhadap zat-zat asing. kerdil dan lemah. Tanaman tumbuh kerdil. Jaringan tanaman mengering dan mati. valin. g. Protein dibentuk dari asam amino yaitu : a. Lebih lanjut mengering dan rontok. f. Dalam tubuh kita protein mempunyai beberapa fungsi antara lain : a. f.3 Jenis protein Protein yang terdapat pada makhluk hidup memiliki jenis yang berbeda dan memiliki fungsi masing-masing. asparagin. triptofan. misalnya antibody yang mengadakan perlawanan terhadap masuknya molekul asing (antigen) ke dalam tubuh. untuk kontraksi jaringan tertentu. metionin. . e. c. Tanaman akan mati atau kering apabila tidak diatasi 1. Tulang-tulang di bawah permukaan daun muda tampak pucat. tumbuhan. Peptide: 2 – 10 asam amino Polipeptide: 10 – 100 asam amino Protein: > 100 asam amino Antara asam amino saling berikatan dengan ikatan peptide Glikoprotein: gabungan glukose dengan protein Lipoprotein: gabungan lipid dan protein 1.am lapisan aleuron (biji jagung) . Bahan enzim untuk mengkatalisi reaksi-reaksi biokimia misalnya tripsin b. c. b. tronin dan fenilanin. Produksi bunga dan biji rendah. Pertumbuhan tanaman lambat . Asam amino esensial yaitu asam amino yang tidak dapat dibentuk oleh tubuh yang berjumlah 8 yaitu isoleusin. misalnya myosin untuk kontraksi otot. Protein cadangan disimpan dalam beberapa bahan sebagai cadangan makanan misalnya da. mentransfer zat-zat atau unsure-unsur tertentu misalnya hemoglobin untuk mengikat O2. dan methionine. tidak memiliki lysine. misalnya bisa ular. lisin. ovalbumin (putih telur). kekurangan cysteine.5 Pembentuk dan Fungsi Protein disusun atas unsure karbon (C ). d.

pada hewan hormone auksin dan gibberellins pada tumbuhan. misalnya hormone insulin. b.1 Bintil Akar Bintil akar adalah organ simbiosis yang mampu melakukan fiksasi N dari udara sehingga mampu memenuhi kebutuhan N dari hasil fiksasi tersebut. protein ada dua macam yatu : a. Protein structural.2 Tahap Pembentukan Bintil Akar Umur Bintil (Hari) Tahap Nodulasi 0 Bakteri masuk ke daalm rambut akar/sel epidermis 1-2 Benang infeksi mencapai dasar sel epidermis dan memasuki korteks 3-4 Suatu massa kecil sel-sel terinfeksi dalam premordium bintil 5 Pembagian pesat dari sel-sel bakteri dan sel-sel inang 7-9 Bintil mulai Nampak 12-18 Pertumbuhan lanjut dari bintil menjadi jaringan bakteroid merah muda. merupakan protein yang menyusun struktur sel. ikan. 2. jaringan dan tubuh organism hidup misalnya glikoprotein untuk dinding sel. Bintil akar tidak selalu tumbuh di pangkal akar.Proses Fiksasi Nitrogen oleh Bintil Akar Untuk memahami proses fiksasi nitrogen (N) oleh bintil akar. 1. Rhizobium : Lebih banyak membentuk bintil akar pada tanaman kacang-kacangan di daerah beriklim sedang.6 Sumber Protein Berdasarkan sumbernya. Bakteri yang dapat membentuk bintil akar adalah Rhizibium dan Brodyrhizobium. Seringkali bintil akar terdapat pada tanaman legum yang tumbuh pada tanah berpasir yang kurang subur seperti tanah jenis PMK. keratin untuk rambut dan bulu. ada juga yang tumbuh di ujung-ujung akar. 2. yaitu protein yang berasal dari tumbuh-tumbuhan contohnya kacangkacangnya. multi terjadi fiksasi N 23 Bintil berlanjut menjadi periode aktif fiksasi N 28-37 Bintil mencapai besar maksimal dan fiksasi N berlanjut 50-60 Pelapukan bintil . Brodyrhizobium : Membentuk bintil akar pada tanaman kacang-kacangan pada iklim tropis. Protein hewani . h. telur. perlu diketahui mengenai bintil akar itu sendiri terlebih dahulu. Protein nabati .g. Hormone merupakan protein yang berfungsi sebagai pengatur proses dalam tubuh. yaitu protein yang berasal dari hewan contohnya daging. 2.

. Misal pada kacang kapri. Kelembaban Kelembaban yang berlebihan akan menurunkan jumlah fiksasi N2 menurun. Pada suhu 20 C bintil akar tidak dapat tumbuh dengan baik.2.mengurangi bintil akar dan fiksasi N2 oleh bintil akar dengan cara mengganggu pembentukan benang – benang infeksi oleh Rhizobium. b. Fungsi Lenoglobin diduga untuk mengirim O2 bagi respirasi dalma bintil dan produksi ATP. Suhu Suhu optimal bagi kehidupan bakteri Rhizobium bervariasi tergantung pada spesies tanaman dan iklim. Lenoglobin Aktifitas nitrogenase dan fikasasi N2 oleh legume berhubungan erat dengan Lenoglobin. sedikit alkali. bakteri ini menggunakan enzim nitrogenase. • Senyawa racun Atom N dalam ion NH4+ dan dan NO3. Mikroorganisme lain (sbg kompetitor di rizosfir) Mikroorganisme lain. g. simbiosis masih tetap efektif pada suhu 7 C sampai 40 C. 1984). d. Faktor-faktor yang mempengaruhi keberadaan bakteri bintil akar: a. Kelembaban tanah 25-75% dari kapasitas lapang optimal untuk simbiosis kedelai dan alfalfa.3 Mekanisme Penambatan Nitrogen oleh bakteri bintil akar : Untuk menambat nitrogen. dimana enzim ini akan menambat gas nitrogen di udara dan merubahnya menjadi gas amoniak. Namun. Gen – gen nif ini berbentuk suatu rantai . Pemanasan selama 5’ pada suhu 60 C sampai 62 C dapat mematikan Rhizobium f.terutama yang antagonis. Hal ini memudahkan untuk memotong bagian untaian DNA yang sesuai dari kromoson Rhizobium dan menyisipkanya ke dalam mikroorganisme lain (Prentis. pH sangat rendah menghambat proses infeksi bakteri e. dapat menghalangi bakteri bintil akar untuk menginfeksi akar. tidak terpencar kedalam sejumlah DNA yang sangat besar yang menyusun kromosom bakteri. pH Pertumbuhan bakteri menghendaki pH optimal sedikit dibawah netral. Namun beberapa dapat hidup dibawah pH 5. Gen yang mengatur proses penambatan ini adalah gen nif (Singkatan nitrogen – fixation). tetapi semuanya terkelompok dalam suatu daerah. suhu optimal yang dikehendaki adalah 26 C. Sumber makanan (BO dan perakaran) Sumber makanan diperlukan untuk bertahan sambil menginfeksi akar c.

http://id.wikipedia.org/wiki/Protein . 2010. Mo adalah unsure penting bagi pertumbuhan bakteri karena Mo berperan pada nitrogenase. 2. • • • • Ketersediaan nutrisi Atom P diperlukan untuk pembentukan dan aktifitas bintil yang maksimal. Ca dibutuhkan oleh Rhizobium untuk meginfeksi akar.5 Siklus Penyediaan Nitrogen di Alam Sumber : Anonim a.• Mn pada kadar tinggi mengganggu pertumbuhan bintil akar. Kekurangan S akan mengganggu sitesis nitrogenase sehingga kekurangan S menurunkan fiksasi N2.

blogspot. tumbuhan. http://agusbio. 2011.wordpress.com/2011/04/04/proses-fiksasi-nitrogen-oleh-bintilakar/ .Anonim b.html 2011.com/2011/04/pembentukan-protein-pada- Anonim c . http://fandicka.